lowQualScore : 22222222222222222222222222222 3333333333333333333333333 222222222222222222222 444444444444444444444444444
lowQualScore : 4 33 2 1 2 2 66666666666666666666666666666 3 2 9999999999999999999999999 33 2 000000000000000000000 55555 777777777777777777777777777 2 4 1 3
lowQualScore : . .. . . . . ............................. . . ......................... .. . ..................... ..... ........................... . . . .
lowQualScore : 2 77 0 9 0 0 00000000000000000000000000000 1 1 2222222222222222222222222 11 1 000000000000000000000 33333 333333333333333333333333333 9 7 5 6
consensus : TTCGAGG--ACAA-CAGCT-GTTTTGT-TTG-ACC--------------C--G-A----G-GA-C-GGATCCGTT----------------C-G------G--GGTCAA-ACA---------------------AAAC-----AGCTGT--TG-TCCGTCCGAGGA---NA--CA-GTCT-ATAACTGTT-TTGTTA
Reference ( gi|14 ) : TTCGAGG--ACAA-CAGCT-GTTTTGT-TTG-ACC--------------C--G-A----G-GA-C-GGATCCGTT----------------C-G------G--GGTCAA-ACA---------------------AAAC-----AGCTGT--AG-TCCGTCCGAGGA---AA--TG-GTCT-ATAATTGTT-TTGTTA
gi|13 : TTTGAGG--ACAA-CAGCT-GTTTTGT-TTG-ACT--------------C--G-AGGTTG-GACC-AGATCCGCT----------------C-GA-----G--AGTCAT-ACA---------------------AAGC-----ATCTGT--TG-TCCG
gi|6 : acagttattgactgggTTTGAGG--ACAA-CAGCT-GTT---------ATC--------------C--G-A----A-G--------------------------------------------C----CA---------------------AAAC-----AGCT----AA-T--GTCCGAGGA---AA--CA-GTCT-ATAACTCTT-TCGTTAagaacacagt
gi|18 : atacagttattgactgggTTCAAGG--ACAA-CGATA-GTTTTAT-TTG-ACA--------------T--G-A----G-AA-C-GGATCTGTT----------------tacaccctcattctttttatgatttttttcctagatgcgcatgtttgaag
gi|3 : cagttctgcaaaacagctgtactttgggTCCAAAG--GCAA-CAACT-GTTTTAT-TTG-ACC--------------T--C-A----G-AA-C-TGATCgtccgaagcat
gi|12 : cgattctaaaagtgacagttatcgactggtTTCAAGG--GCAA-CAGCT-GCT-----------------------------------------C-GGAGCCG--------------------A------G--GGCCAA-ACTT--------------------AAAC-----GGCTGT--TG-TCTG---AAAGA---CC--CA-ATCA-ATAATAGTT-TTGTTAtcttgcccgaagccgtaggctgagggtaacagataagtttgaggggcacagtccgtacctgttttgttttctccttcatactattaggttgttttccactaaatgtacatgattgttaacttttaactt
gi|2 : cagtatttctaaaaaatgggTTC-AGG--ACAATCAGCTTGTTTTGT-TCGAACC--------------C--A-A----ATGA-TGGGATCTGtac
gi|1 : tgttatttgactaggTTCAAGGTCAAAA-CAGCA-ATTTTGT-TTG-ACC--------------C--gttaccccgaagctttaggctggggcaacagatccatttggtgggtcaaacaaaacagttcttgtctaaggaacacttcatttgtttttagaattttggattttttttctctaaatgtaagcaagactgtgttgaccttgagcttt
gi|22 : atacaatacacacagctacagttatattgactgggTTTGAGG--ACAA-CAGCT-GTTcaacaaaagatgtatagcctgaagctgcttgagggcaacacacatttatctgagggtcaaacaactgccactgatttcacggatccagtctgtaaggagttaatgctaattacatccttccatttttcacaacagttactcataaatcaca
gi|13 : tacagtttattgactgggGG--ACAA-CAGAT-GCTTTGT-ATG-ACT--------------CTCG-A----G----C-GGATCTGGT----------------C-CAACCTCG--AGTCAA-ACA---------------------AAAC-----AGCTGT--TG-TCC-TC-----A---AACCCA-GTCA-ATAACTGT
gi|8 : GG--ACAA-CAGCT-GCTTTGC-TTG-ACC--------------gagaacacagt
gi|4 : aG--ACAA-CAGTT-TTATTGT-TTG-ACC--------------C--aaggacacagtgagtctataactgttttgttatacaccttcattggttgctttttttcccctccaaatctatgcacatgatttgttgacttcaaa
gi|2 : tacagttattgactgatttcagctgctttgtttgacccaaggatggatctgttgcccgaagccatatagaccgtactaattcgaG--ACAA-GAACT-GTTTTGT-TTG-ACC--------------C--ACC----A-AA-T-GGATCTGTT----------------tgaagacacagtctataaagttttgttatacacctttattccttttaagttgttatcttatgatgcacatagtttgttgattttgaagt
gi|11 : tgttatttgactaggttcaggacaatcagcttgttttgttcgaacccaaatgatgggatctggttaccccgaagctttaggctggggc--ACAA-CAGCT-GTTTTGT-TTG-ACC--------------C--taaggaacacttcatttgtttttagaattttggattttttttctctaaatgtaagcaagactgtgttgaccttgagcttt
gi|7 : ga--ACAA-CAGCT-GTTTTGTATTG-ACC--------------C--acgaggacatagtctatagttttgttatataactaatgaacttcatttttctcctagatgcgcgtatagtttatagatttaa
gi|15 : ttcga--ACAA-CAGCT-GTTTTGT-TTG-ACC--------------C--acgaggacatagtctatagtttttagttatataaaactaagttgaacttcatttttctccttagatcggcgtatatgtttatagattttaaa
gi|19 : atgatgtgttcgaCAA-CAGCT-GTTTTGT-TTG-ACC--------------C--aacgaggcatagtctatagtttgtttgttttatataaaactaatgaacttcattttt
gi|10 : CAA-CAGCT-GTTTTGT-TTG-CCC--------------agctcagtcccactctataactgttttgtaatacaaatt
gi|5 : gcagcaaatttgttaAA-AAACT-GTTTT-T-TTG-ACCTCAGCCTAAAGCTTC--G-G----GCAA-C-AGATCCGTT----------------C-TT-----G--GGTCAA-ACC---------------------AAAC-----gagcgaggaattagtctgatttgttgttgtacaaattcattttttgttgtggttgtacgtaatgtagattt
gi|20 : tataatattgactggattccgggaaaagtttgtgA-CAGCT-GTTTTGT-CTG-ACC--------------C--tttcggaggacacagtcttcactgtgttgtaaaactttaaaatgttgtcttttatcaatgtgcatatggttttgttgaagtttaaacttt
gi|4 : ctgttcga-CAGCT-GCTTTGT-TTG-ACC--------------C--A-A----G-GA-T-GGATCTGTTGCC-------------C-G------A--AGCCAT-ATAGACCGTACTAATTCGAGGGTCAAACAATAAAACTGT-------TGTCTGAAGA---CA--CA-GTCT-ATAA-AGTT-TTGTTAaaggccaaggacacagtctat
gi|5 : tacagttattgactgattt-GTTTGGT-TTG-ACC--------------C--A-A----G-AA-C-GGATCTGTTGCCCGAAGCTTTAGGCT-G------A--GGTCAA-A-A---------------------AAAC-----AGTTTT--TT-TTCG---GAGGA---CA--CA-GTCT--TCACTGTG-TTGTtacacctttattccttttaagttgttatcttatgatgcacatagtttgttgattttgaagt
gi|4 : tataatattgactggattccgggaaaagtttgtgA-C-AGATCCATC----------------C-TT-----G--GGTCAA-ACA---------------------AAGC-----AGCTGA--AA-TCAGTCaaaactttaaaatgttgtcttttatcaatgtgcatatggttttgttgaagtttaaacttt
gi|2 : tacagttattA-C-AGATCCATT----------------T-G------GTGGGTCAA-ACA---------------------AAAC-----AGTTCT-------TGTCTAAGGA---Atgcccgaagccatatagaccgtactaattcgagggtcaaacaataaaactgttgtctgaagacacagtctataaagttttgttatacacctttattccttttaagttgttatcttatgatgcacatagtttgttgattttgaagt
gi|15 : tgttatttgactaggttcaggacaatcagcttgttttgttcgaacccaaatgatgggatctggttaccccgaagctttaggctggggcaGATGTGTT----------------C-GA-----G--GGTCAA-ACA---------------------AAAC-----AGCTGT--TG-TA---ACGAGG----CA--TA-GTCT-ATAGTTTGT-TTGTTcacttcatttgtttttagaattttggattttttttctctaaatgtaagcaagactgtgttgaccttgagcttt
gi|3 : atGATCAGTT----------------CTG------A--GGTCAA-ATA---------------------AAAC-----AGTTGT--TG-CCTTT----GGA---AC--CA-GTCG-ATAACTGTttatataaaactaatgaacttcattttt
gi|10 : cgattctaaaagtgATTTGTT----------------A-G------G--G--CAA-ACA---------------------AAAC-----AGCTGT--TG----GAGCGAGGA---AT--TA-GTCTGAT--TTGTTGTTGTtcttgcccgaagccgtaggctgagggtaacagataagtttgaggggcacagtccgtacctgttttgttttctccttcatactattaggttgttttccactaaatgtacatgattgttaacttttaactt
gi|20 : gcagcaaCTGTT----------------C-GA-----G--GGTCAG-ACA---------------------AAAC-----AGCTGT--AA----GGCCAAGGA---CA--CA-GTCT-ATacaaattcattttttgttgtggttgtacgtaatgtagattt
gi|7 : TT----------------C-GA-----G--GGTCAATACA---------------------AAAC-----AGCTGT-------TGTACGAGGA---CA--TA-GTCT-ATAGTT-TT-TAGTTA
gi|1 : T----------------T-G------G--GGTCAA-ACA---------------------AAAT-----TGCTGT--tataaaactaagttgaacttcatttttctccttagatcggcgtatatgtttatagattttaaa
gi|11 : atacaatacacacagctacagttatattgactgggttcaaggtcaaa------G--GGTCAA-ACA---------------------AAAC-----AGCTGT-------TGTACGAGGA---CA--TA-GTCT-ATA---GTT-TTGTTAcaaaagatgtatagcctgaagctgcttgagggcaacacacatttatctgagggtcaaacaactgccactgatttcacggatccagtctgtaaggagttaatgctaattacatccttccatttttcacaacagttactcataaatcaca
gi|19 : ga------G--GGTCAA-ACA---------------------AAAC-----AGCTGTTGAGCTCAGTCCCA-------------CTCT-ATAACTGTT-TTGTtataactaatgaacttcatttttctcctagatgcgcgtatagtttatagatttaa
gi|8 : --GGTCAA-GCA---------------------AAGC-----AGCTGT-------TGTCCAAGGACACAG--TGAGTCT-ATAACTGTT-TTGTTAaatacaaatt
gi|9 : aAA-GCC---------------------AAAC-----AGCT----AA-T--GTCCGAGGA---AA--CA-GTCT-ATAACT-CT-TCGTTAtacaccttcattggttgctttttttcccctccaaatctatgcacatgatttgttgacttcaaa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGAGGGTCAAAATATTAAACAAAACTCTCCCTGTGATTGGAGCACCGTTTAAAACTGTTTGTTATACACCTTCATTTCACTTTAGATCGT
Unaligned ( gi|17 ): AGTCTGTAACTGATTTGTTATACACCTTCATTCTAATATTGTTGTTTTCTAGATGCAAGTGGCTTGTTAACATTGATCTTTTAAC
Unaligned ( gi|21 ): ACAGTTATTCTAAAAATGGGTTCAAGGGCAACAGCTGCTCGGAGCCGA
Alignments
lowQualScore : 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444444444444
lowQualScore : 333 0 0000 3 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 2 22 2 2 2 4444 1 1 000000000000 2 3 4444 22 2 0 2
lowQualScore : ... . .... . . ......................................................... .. . .. . . . .... . . ............ . . .... .. . . .
lowQualScore : 555 2 6666 6 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 1 88 0 0 0 0000 9 9 333333333333 0 7 2222 99 1 2 7
consensus : TTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACCCGA----GGA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG---TCCGTCCGA-GGACAC----AGTC--T-ATAACTGTT-TTGTTA
Reference ( family-3944 ) : TTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACCCGA----GGA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG---TCCGTCCGA-GGANAC----AGTC--T-ATAACTGTT-TTGTTA
gi|1 : ------T----------------T-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAT-TGCTG-TTT---T--GACCTT-GAACCC----AGTCAAT-ATAACTGT
gi|10 : atacaatacacacagctAT----------------------TT----GT------T----------------A-G-G--G---C--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG------GAGCGA-GGAATT----AGTC--TGAT--TTGTTGTTGTcaaaagatgtatagcctgaagctgcttgagggcaacacacatttatctgagggtcaaacaactgccactgatttcacggatccagtctgtaaggagttaatgctaattacatccttccatttttcacaacagttactcataaatcaca
gi|11 : gcagcaa-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TT-------GTACGA-GGACAT----AGTC--T-ATA---GTT-TTGTTAacaaattcattttttgttgtggttgtacgtaatgtagattt
gi|12 : gaTTCAAGGGCAACAGCTGCT---------------------CGGAG----------------------CC----G--------------------------A-G--G-GCC--AA-AC-TTA----AAC-GGCTG-TTG---TCTG---AA-AGACCC----AATC--A-ATAATAGTT-TTGTTAtataactaatgaacttcatttttctcctagatgcgcgtatagtttatagatttaa
gi|13 : cagtatttctaaaaaatgggTTTGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACTCGAGGTTGGACCAGAT----------------------CC----GC------T----------------C-GAG--A-GTC--AT-AC-A-A----AGC-ATCTG-TT-------GTCCGA-GAACAC----AGTtac
gi|14 : acagttattgactgggTTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACCCGA----GGA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TAG---TCCGTCCGA-GGAAAT----GGTC--T-ATAATTGTT-TTGTTA
gi|15 : GAT----------------------GT----GT------T----------------C-GAG--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG---TA---ACGA-GG-CAT----AGTC--T-ATAGTTTGT-TTGTT
gi|18 : atA-CAGAT----------------------CC----GT------T----------------C-T-C--ATGTC--AA-AT-A-A----AAC-TATCG-TTG---TCCTT-----GAACCC----AAAG--T-ACAGCTGTT-TTGttatataaaactaatgaacttcattttt
gi|18 : cagttctgTTCAAGGACAACGATAGTTTTATTTGACATGA----GAA-CGGAT----------------------CT----GT------T----------------tgtccgaagcat
gi|19 : cagttctgcaaaacagctgtactttggg-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTGAGCTCAGTCC--------C----ACTC--T-ATAACTGTT-TTGTgtccgaagcat
gi|2 : -CAGAT----------------------CCCATCAT------T----------------T-G-G--G-TTC--GA-AC-A-A----AACAAGCTGATTG---TCCaatacaaatt
gi|2 : tgttatttgactaggttcaA-CAGAT----------------------CC----AT------T----------------T-G-GTGG-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGTTC-TT-------GTCTAA-GGA-AC----ACTT--C-AT--TTGTT-TTgttaccccgaagctttaggctggggcaacagatccatttggtgggtcaaacaaaacagttcttgtctaaggaacacttcatttgtttttagaattttggattttttttctctaaatgtaagcaagactgtgttgaccttgagcttt
gi|20 : tgttatttgactaggttcaggacaatcagcttgttttgttcgaacccaaatgatgggatctggttaccccgaagctttaggctggggca----------------------CT----GT------T----------------C-GAG--G-GTC--AG-AC-A-A----AAC-AGCTG-TAA------GGCCAA-GGACAC----AGTC--T-ATtagaattttggattttttttctctaaatgtaagcaagactgtgttgaccttgagcttt
gi|22 : TTTGAGGACAACAGCTGTT
gi|3 : tacagtttattgactgggGAT----------------------CA----GT------T----------------CTG-A--G-GTC--AA-AT-A-A----AAC-AGTTG-TTG---CCTTT-----GGAACC----AGTC--G-ATAACTGT
gi|3 : cgattctaaaagtgTCCAAAGGCAACAACTGTTTTATTTGACCTCA----GAA-CTGAT----------------------CT----CT------TGCC-------------C-G-A--A-GCCGTAG-GCTG-AGGGTAAC-AG------A---TAAGTTTGAGGGGCAC----AGTC--C-GTACCTGTT-TTGTTtcttgcccgaagccgtaggctgagggtaacagataagtttgaggggcacagtccgtacctgttttgttttctccttcatactattaggttgttttccactaaatgtacatgattgttaacttttaactt
gi|4 : cgattctaaaagtgacagttatcgactggtCAGCTGCTTTGTTTGACCCAA----GGA-TGGATCTGTTGCCCGAAGCCATATAGACC----GTACTAATT----------------C-GAG--G-GTC--AA-AC-A-A----TAA-AACTG-TT-------GTCTGA-AGACAC----AGTC--T-ATAAA-GTT-TTGTTAttctccttcatactattaggttgttttccactaaatgtacatgattgttaacttttaactt
gi|5 : tacagttattgactgatttGTTTGGTTTGACCCAA----GAA-CGGAT----------------------CT----GT------TGCCCGAAGCTTTAGGCT-G-A--G-GTC--AA-A--A-A----AAC-AGTTT-TTT---TTCG---GA-GGACAC----AGTC--T--TCACTGTG-TTGTtacacctttattccttttaagttgttatcttatgatgcacatagtttgttgattttgaagt
gi|6 : tataatattgactggattccgggaaaagtttgtg----AAC-AGCTG-TTG---TCC-TC----AAACCC----AGTC--A-ATAACTGTaaaactttaaaatgttgtcttttatcaatgtgcatatggttttgttgaagtttaaacttt
gi|6 : atTTTGAGGACAACAGCTGTT-------ATCCGA----AG-----------------------------------------------------------------------C------C-A-A----AAC-AGCTA-ATG---TCCG----A-GGAAAC----AGTC--T-ATAACTCTT-TCGTTAatccgaagccaaaacagctaatgtccgaggaaacagtctataactctttcgttatacaccctcattctttttatgatttttttcctagatgcgcatgtttgaag
gi|7 : atacagttattgactgggT------T----------------C-GAG--G-GTC--AATAC-A-A----AAC-AGCTG-TT-------GTACGA-GGACAT----AGTC--T-ATAGTT-TT-TAGTTAtacaccctcattctttttatgatttttttcctagatgcgcatgtttgaag
gi|8 : --G-GTC--AA-GC-A-A----AGC-AGCTG-TT-------GTCCAA-GGACACAGTGAGTC--T-ATAACTGTT-TTGTTAtataaaactaagttgaacttcatttttctccttagatcggcgtatatgtttatagattttaaa
gi|9 : a--AA-GC-C-A----AAC-AGCTA-ATG---TCCG----A-GGAAAC----AGTC--T-ATAACT-CT-TCGTTAtacaccttcattggttgctttttttcccctccaaatctatgcacatgatttgttgacttcaaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGAGGGTCAAAATATTAAACAAAACTCTCCCTGTGATTGGAGCACCGTTTAAAACTGTTTGTTATACACCTTCATTTCACTTTAGATCGT
Unaligned ( gi|17 ): AGTCTGTAACTGATTTGTTATACACCTTCATTCTAATATTGTTGTTTTCTAGATGCAAGTGGCTTGTTAACATTGATCTTTTAAC
Unaligned ( gi|21 ): ACAGTTATTCTAAAAATGGGTTCAAGGGCAACAGCTGCTCGGAGCCGA
Alignments
lowQualScore : 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333
lowQualScore : 333 0 0000 3 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 2 22 2 2 2 3333 1 1 99999999999999 0 4444 22 2 2 2
lowQualScore : ... . .... . . ......................................................... .. . .. . . . .... . . .............. . .... .. . . .
lowQualScore : 555 2 6666 6 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 1 88 0 0 0 9999 8 8 88888888888888 3 0000 88 0 0 7
consensus : TTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACCCGA----GGA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG---TCCGTCCGA-GGACAC----AGTC--T-AT-AACTGTT-TTGTTA
Reference ( family-3944 ) : TTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACCCGA----GGA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG---TCCGTCCGA-GGACAC----AGTC--T-AT-AACTGTT-TTGTTA
gi|1 : ------T----------------T-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAT-TGCTG-TTT---T--GACCTT-GAACCC----AGTCAAT-AT-AACTGT
gi|10 : atacaatacacacagctAT----------------------TT----GT------T----------------A-G-G--G---C--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG------GAGCGA-GGAATT----AGTC--TGAT---TTGTTGTTGTcaaaagatgtatagcctgaagctgcttgagggcaacacacatttatctgagggtcaaacaactgccactgatttcacggatccagtctgtaaggagttaatgctaattacatccttccatttttcacaacagttactcataaatcaca
gi|11 : gcagcaa-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TT-------GTACGA-GGACAT----AGTC--T-AT-A---GTT-TTGTTAacaaattcattttttgttgtggttgtacgtaatgtagattt
gi|12 : gaTTCAAGGGCAACAGCTGCT---------------------CGGAG----------------------CC----G--------------------------A-G--G-GCC--AA-AC-TTA----AAC-GGCTG-TTG---TCTG---AA-AGACCC----AATC--A-AT-AATAGTT-TTGTTAtataactaatgaacttcatttttctcctagatgcgcgtatagtttatagatttaa
gi|13 : cagtatttctaaaaaatgggTTTGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACTCGAGGTTGGACCAGAT----------------------CC----GC------T----------------C-GAG--A-GTC--AT-AC-A-A----AGC-ATCTG-TT-------GTCCGA-GAACAC----AGTtac
gi|14 : acagttattgactgggTTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACCCGA----GGA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TAG---TCCGTCCGA-GGAAAT----GGTC--T-AT-AATTGTT-TTGTTA
gi|15 : GAT----------------------GT----GT------T----------------C-GAG--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG---TA---ACGA-GG-CAT----AGTC--T-AT-AGTTTGT-TTGTT
gi|18 : atA-CAGAT----------------------CC----GT------T----------------C-T-C--ATGTC--AA-AT-A-A----AAC-TATCG-TTG---TCCTT-----GAACCC----AAAG--T-AC-AGCTGTT-TTGttatataaaactaatgaacttcattttt
gi|18 : cagttctgTTCAAGGACAACGATAGTTTTATTTGACATGA----GAA-CGGAT----------------------CT----GT------T----------------tgtccgaagcat
gi|19 : cagttctgcaaaacagctgtactttggg-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTGAGCTCAGTCC------CAC------TC--T-AT-AACTGTT-TTGTgtccgaagcat
gi|2 : -CAGAT----------------------CCCATCAT------T----------------T-G-G--G-TTC--GA-AC-A-A----AACAAGCTGATTG---TCCaatacaaatt
gi|2 : tgttatttgactaggttcaA-CAGAT----------------------CC----AT------T----------------T-G-GTGG-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGTTC-TT-------GTCTAA-GGA-AC----ACTT--C-AT---TTGTT-TTgttaccccgaagctttaggctggggcaacagatccatttggtgggtcaaacaaaacagttcttgtctaaggaacacttcatttgtttttagaattttggattttttttctctaaatgtaagcaagactgtgttgaccttgagcttt
gi|20 : tgttatttgactaggttcaggacaatcagcttgttttgttcgaacccaaatgatgggatctggttaccccgaagctttaggctggggca----------------------CT----GT------T----------------C-GAG--G-GTC--AG-AC-A-A----AAC-AGCTG-TAA------GGCCAA-GGACAC----AGTC--T-AT-tagaattttggattttttttctctaaatgtaagcaagactgtgttgaccttgagcttt
gi|22 : ----AAC-AGCTG-TTG---TCC-TC----AAACCC----AGTC--A-ATAAACTGT
gi|22 : tTTTGAGGACAACAGCTGTT
gi|3 : tacagtttattgactgggGAT----------------------CA----GT------T----------------CTG-A--G-GTC--AA-AT-A-A----AAC-AGTTG-TTG---CC--TTTG--GAAC-C----AGTC--G-AT-AACTGT
gi|3 : cgattctaaaagtgTCCAAAGGCAACAACTGTTTTATTTGACCTCA----GAA-CTGAT----------------------CT----CT------TGCC-------------C-G-A--A-GCCGTAG-GCTG-AGGGTAAC-AG------A---TAAGTTTGAGGGGCAC----AGTC--C-GT-ACCTGTT-TTGTTtcttgcccgaagccgtaggctgagggtaacagataagtttgaggggcacagtccgtacctgttttgttttctccttcatactattaggttgttttccactaaatgtacatgattgttaacttttaactt
gi|4 : cgattctaaaagtgacagttatcgactggtCAGCTGCTTTGTTTGACCCAA----GGA-TGGATCTGTTGCCCGAAGCCATATAGACC----GTACTAATT----------------C-GAG--G-GTC--AA-AC-A-A----TAA-AACTG-TTG---TCTG----A-AGACAC----AGTC--T-AT-AAA-GTT-TTGTTAttctccttcatactattaggttgttttccactaaatgtacatgattgttaacttttaactt
gi|5 : tacagttattgactgatttGTTTGGTTTGACCCAA----GAA-CGGAT----------------------CT----GT------TGCCCGAAGCTTTAGGCT-G-A--G-GTC--AA-A--A-A----AAC-AGTTT-TTT---TTCG---GA-GGACAC----AGTC--T--T-CACTGTG-TTGTtacacctttattccttttaagttgttatcttatgatgcacatagtttgttgattttgaagt
gi|6 : tataatattgactggattccgggaaaagtttgtg----AAC-AGCTG-TTG---TCC-TC----AAACCC----AGTC--A-AT-AACTGTaaaactttaaaatgttgtcttttatcaatgtgcatatggttttgttgaagtttaaacttt
gi|6 : atTTTGAGGACAACAGCTGTT-------ATCCGA----AG-----------------------------------------------------------------------C------C-A-A----AAC-AGCTA-ATG---TCCG----A-GGAAAC----AGTC--T-AT-AACTCTT-TCGTTAatccgaagccaaaacagctaatgtccgaggaaacagtctataactctttcgttatacaccctcattctttttatgatttttttcctagatgcgcatgtttgaag
gi|7 : atacagttattgactgggT------T----------------C-GAG--G-GTC--AATAC-A-A----AAC-AGCTG-TT-------GTACGA-GGACAT----AGTC--T-AT-AGTT-TT-TAGTTAtacaccctcattctttttatgatttttttcctagatgcgcatgtttgaag
gi|8 : --G-GTC--AA-GC-A-A----AGC-AGCTG-TT-------GTCCAA-GGACACAGTGAGTC--T-AT-AACTGTT-TTGTTAtataaaactaagttgaacttcatttttctccttagatcggcgtatatgtttatagattttaaa
gi|9 : a--AA-GC-C-A----AAC-AGCTA-ATG---TCCG----A-GGAAAC----AGTC--T-AT-AACT-CT-TCGTTAtacaccttcattggttgctttttttcccctccaaatctatgcacatgatttgttgacttcaaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGAGGGTCAAAATATTAAACAAAACTCTCCCTGTGATTGGAGCACCGTTTAAAACTGTTTGTTATACACCTTCATTTCACTTTAGATCGT
Unaligned ( gi|17 ): AGTCTGTAACTGATTTGTTATACACCTTCATTCTAATATTGTTGTTTTCTAGATGCAAGTGGCTTGTTAACATTGATCTTTTAAC
Unaligned ( gi|21 ): ACAGTTATTCTAAAAATGGGTTCAAGGGCAACAGCTGCTCGGAGCCGA
Alignments
lowQualScore : 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333
lowQualScore : 333 0 0000 3 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 2 22 2 2 2 3333 1 1 99999999999999 0 4444 22 2 2 2
lowQualScore : ... . .... . . ......................................................... .. . .. . . . .... . . .............. . .... .. . . .
lowQualScore : 555 2 6666 6 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 1 88 0 0 0 9999 8 8 88888888888888 3 0000 88 0 0 7
consensus : TTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACCCGA----GGA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG---TCCGTCCGA-GGACAC----AGTC--T-AT-AACTGTT-TTGTTA
Reference ( family-3944 ) : TTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACCCGA----GGA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG---TCCGTCCGA-GGACAC----AGTC--T-AT-AACTGTT-TTGTTA
gi|1 : ------T----------------T-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAT-TGCTG-TTT---T--GACCTT-GAACCC----AGTCAAT-AT-AACTGT
gi|10 : atacaatacacacagctAT----------------------TT----GT------T----------------A-G-G--G---C--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG------GAGCGA-GGAATT----AGTC--TGAT---TTGTTGTTGTcaaaagatgtatagcctgaagctgcttgagggcaacacacatttatctgagggtcaaacaactgccactgatttcacggatccagtctgtaaggagttaatgctaattacatccttccatttttcacaacagttactcataaatcaca
gi|11 : gcagcaa-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TT-------GTACGA-GGACAT----AGTC--T-AT-A---GTT-TTGTTAacaaattcattttttgttgtggttgtacgtaatgtagattt
gi|12 : gaTTCAAGGGCAACAGCTGCT---------------------CGGAG----------------------CC----G--------------------------A-G--G-GCC--AA-AC-TTA----AAC-GGCTG-TTG---TCTG---AA-AGACCC----AATC--A-AT-AATAGTT-TTGTTAtataactaatgaacttcatttttctcctagatgcgcgtatagtttatagatttaa
gi|13 : cagtatttctaaaaaatgggTTTGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACTCGAGGTTGGACCAGAT----------------------CC----GC------T----------------C-GAG--A-GTC--AT-AC-A-A----AGC-ATCTG-TT-------GTCCGA-GAACAC----AGTtac
gi|14 : acagttattgactgggTTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACCCGA----GGA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TAG---TCCGTCCGA-GGAAAT----GGTC--T-AT-AATTGTT-TTGTTA
gi|15 : GAT----------------------GT----GT------T----------------C-GAG--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG---TA---ACGA-GG-CAT----AGTC--T-AT-AGTTTGT-TTGTT
gi|18 : atA-CAGAT----------------------CC----GT------T----------------C-T-C--ATGTC--AA-AT-A-A----AAC-TATCG-TTG---TCCTT-----GAACCC----AAAG--T-AC-AGCTGTT-TTGttatataaaactaatgaacttcattttt
gi|18 : cagttctgTTCAAGGACAACGATAGTTTTATTTGACATGA----GAA-CGGAT----------------------CT----GT------T----------------tgtccgaagcat
gi|19 : cagttctgcaaaacagctgtactttggg-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTGAGCTCAGTCC------CAC------TC--T-AT-AACTGTT-TTGTgtccgaagcat
gi|2 : -CAGAT----------------------CCCATCAT------T----------------T-G-G--G-TTC--GA-AC-A-A----AACAAGCTGATTG---TCCaatacaaatt
gi|2 : tgttatttgactaggttcaA-CAGAT----------------------CC----AT------T----------------T-G-GTGG-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGTTC-TT-------GTCTAA-GGA-AC----ACTT--C-AT---TTGTT-TTgttaccccgaagctttaggctggggcaacagatccatttggtgggtcaaacaaaacagttcttgtctaaggaacacttcatttgtttttagaattttggattttttttctctaaatgtaagcaagactgtgttgaccttgagcttt
gi|20 : tgttatttgactaggttcaggacaatcagcttgttttgttcgaacccaaatgatgggatctggttaccccgaagctttaggctggggca----------------------CT----GT------T----------------C-GAG--G-GTC--AG-AC-A-A----AAC-AGCTG-TAA------GGCCAA-GGACAC----AGTC--T-AT-tagaattttggattttttttctctaaatgtaagcaagactgtgttgaccttgagcttt
gi|22 : ----AAC-AGCTG-TTG---TCC-TC----AAACCC----AGTC--A-ATAAACTGT
gi|22 : tTTTGAGGACAACAGCTGTT
gi|3 : tacagtttattgactgggGAT----------------------CA----GT------T----------------CTG-A--G-GTC--AA-AT-A-A----AAC-AGTTG-TTG---CC--TTTG--GAAC-C----AGTC--G-AT-AACTGT
gi|3 : cgattctaaaagtgTCCAAAGGCAACAACTGTTTTATTTGACCTCA----GAA-CTGAT----------------------CT----CT------TGCC-------------C-G-A--A-GCCGTAG-GCTG-AGGGTAAC-AG------A---TAAGTTTGAGGGGCAC----AGTC--C-GT-ACCTGTT-TTGTTtcttgcccgaagccgtaggctgagggtaacagataagtttgaggggcacagtccgtacctgttttgttttctccttcatactattaggttgttttccactaaatgtacatgattgttaacttttaactt
gi|4 : cgattctaaaagtgacagttatcgactggtCAGCTGCTTTGTTTGACCCAA----GGA-TGGATCTGTTGCCCGAAGCCATATAGACC----GTACTAATT----------------C-GAG--G-GTC--AA-AC-A-A----TAA-AACTG-TTG---TCTG----A-AGACAC----AGTC--T-AT-AAA-GTT-TTGTTAttctccttcatactattaggttgttttccactaaatgtacatgattgttaacttttaactt
gi|5 : tacagttattgactgatttGTTTGGTTTGACCCAA----GAA-CGGAT----------------------CT----GT------TGCCCGAAGCTTTAGGCT-G-A--G-GTC--AA-A--A-A----AAC-AGTTT-TTT---TTCG---GA-GGACAC----AGTC--T--T-CACTGTG-TTGTtacacctttattccttttaagttgttatcttatgatgcacatagtttgttgattttgaagt
gi|6 : tataatattgactggattccgggaaaagtttgtg----AAC-AGCTG-TTG---TCC-TC----AAACCC----AGTC--A-AT-AACTGTaaaactttaaaatgttgtcttttatcaatgtgcatatggttttgttgaagtttaaacttt
gi|6 : atTTTGAGGACAACAGCTGTT-------ATCCGA----AG-----------------------------------------------------------------------C------C-A-A----AAC-AGCTA-ATG---TCCG----A-GGAAAC----AGTC--T-AT-AACTCTT-TCGTTAatccgaagccaaaacagctaatgtccgaggaaacagtctataactctttcgttatacaccctcattctttttatgatttttttcctagatgcgcatgtttgaag
gi|7 : atacagttattgactgggT------T----------------C-GAG--G-GTC--AATAC-A-A----AAC-AGCTG-TT-------GTACGA-GGACAT----AGTC--T-AT-AGTT-TT-TAGTTAtacaccctcattctttttatgatttttttcctagatgcgcatgtttgaag
gi|8 : --G-GTC--AA-GC-A-A----AGC-AGCTG-TT-------GTCCAA-GGACACAGTGAGTC--T-AT-AACTGTT-TTGTTAtataaaactaagttgaacttcatttttctccttagatcggcgtatatgtttatagattttaaa
gi|9 : a--AA-GC-C-A----AAC-AGCTA-ATG---TCCG----A-GGAAAC----AGTC--T-AT-AACT-CT-TCGTTAtacaccttcattggttgctttttttcccctccaaatctatgcacatgatttgttgacttcaaa
blockSeqs : TTG GGTT C CTGTTGCCCGAAGCCATATAGACCGTACTAATTCGA TG T GT T T T GGGT A A GAGCTCAGTCC AGTG . G A .
blockSeqs : TTG . . CTGTTGCCCGAAGCTTTAGGCTG . . . . . . . . . ATAAGTTTGAG . . . . .
blockSeqs : TTA . . CCCATCATTTG . . . . . . . . . GTCCGTCCGA . . . . .
blockSeqs : TTA . . CTCTTGCCCG . . . . . . . . . GGAGCGA . . . . .
blockSeqs : TTG . . CCGCTCGA . . . . . . . . . GTCTGAA . . . . .
blockSeqs : TGG . . GTGTTCGA . . . . . . . . . GTAACGA . . . . .
blockSeqs : . . . CTGTTCGA . . . . . . . . . AGGCCAA . . . . .
blockSeqs : . CAGTTCTG . . . . . . . . . GCCTTTG . . . . .
blockSeqs : . CCGTTCG . . . . . . . . . TTTCGGA . . . . .
blockSeqs : . CCGTTCT . . . . . . . . . GTACGA . . . . .
blockSeqs : CCATTTG . . . . . . . . . GTCCGA . . . . .
blockSeqs : CCGA . . . . . . . . . GTCCTT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . GTCTAA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GTCCTC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GTCTGA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GTCCTC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GTCCGA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GTACGA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . GTCCAA . . . .
blockSeqs : . . . GTCCGA .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : TTG GTCCGA******** **
originalCons : TTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACCCGA----GGA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTG---TCCGTCCGA-GGACAC----AGTC--T-AT-AACTGTT-TTGTTA
finalCons : TTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACCCGA----GGA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC-AGCTG-TTGTCCGA--------GGACAC----AGTC--T-AT-AACTGTT-TTGTTA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGAGGGTCAAAATATTAAACAAAACTCTCCCTGTGATTGGAGCACCGTTTAAAACTGTTTGTTATACACCTTCATTTCACTTTAGATCGT
Unaligned ( gi|17 ): AGTCTGTAACTGATTTGTTATACACCTTCATTCTAATATTGTTGTTTTCTAGATGCAAGTGGCTTGTTAACATTGATCTTTTAAC
Unaligned ( gi|21 ): ACAGTTATTCTAAAAATGGGTTCAAGGGCAACAGCTGCTCGGAGCCGA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 555 666666666666666666666 5555 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 2 22 1 1 1 3333 5555 1 5555 333 55 777 1 3333 5555 1 2
lowQualScore : ... ..................... .... . ......................................................... .. . .. . . . .... .... . .... ... .. ... . .... .... . .
lowQualScore : 666 333333333333333333333 3333 8 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88 0 66 9 9 9 7777 4444 7 4444 000 99 000 5 7777 5555 8 7
consensus : TTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACC--------------CGA----G-GA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC----AGCTG-T----TG---T--CCG-A-GGACAC----AGTC--T-AT-AACTGTT-TTGTTA
Reference ( family-3944 ) : TTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACC--------------CGA----G-GA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC----AGCTG-T----TG---T--CCG-A-GGACAC----AGTC--T-AT-AACTGTT-TTGTTA
gi|1 : ------T----------------T-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAT----TGCTG-T----TT---TGACCT-T-GAACCC----AGTCAAT-AT-AACTGT
gi|10 : atacaatacacacagctAT----------------------TT----GT------T----------------A-G-G--G---C--AA-AC-A-A----AAC----AGCTG-T----TG---GA-GCG-A-GGAATT----AGTC--TGAT---TTGTTGTTGTcaaaagatgtatagcctgaagctgcttgagggcaacacacatttatctgagggtcaaacaactgccactgatttcacggatccagtctgtaaggagttaatgctaattacatccttccatttttcacaacagttactcataaatcaca
gi|11 : gcagcaa-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC----AGCTG-T----TG---T--ACG-A-GGACAT----AGTC--T-AT-A---GTT-TTGTTAacaaattcattttttgttgtggttgtacgtaatgtagattt
gi|12 : gaTTCAAGGGCAACAGCTGCT------------------------------------CGGAG----------------------CC----G--------------------------A-G--G-GCC--AA-AC-TTA----AAC----GGCTG-T----TG---T--CTGAA-AGACCC----AATC--A-AT-AATAGTT-TTGTTAtataactaatgaacttcatttttctcctagatgcgcgtatagtttatagatttaa
gi|13 : cagtatttctaaaaaatgggTTTGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACT--------------CGAGGTTG-GACCAGAT----------------------CC----GC------T----------------C-GAG--A-GTC--AT-AC-A-A----AGC----ATCTG-T----TG---T--CCG-A-GAACAC----AGTtac
gi|14 : acagttattgactgggTTCGAGGACAACAGCTGTTTTGTTTGACC--------------CGA----G-GA-CGGAT----------------------CC----GT------T----------------C-G-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC----AGCTG-TAGTCCG---T--CCG-A-GGAAAT----GGTC--T-AT-AATTGTT-TTGTTA
gi|15 : GAT----------------------GT----GT------T----------------C-GAG--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC----AGCTG-T----TG---TA-ACG-A-GG-CAT----AGTC--T-AT-AGTTTGT-TTGTT
gi|18 : atA-CAGAT----------------------CC----GT------T----------------C-T-C--ATGTC--AA-AT-A-A----AAC----TATCG-T----TG---T--CCT-T-GAACCC----AAAG--T-AC-AGCTGTT-TTGttatataaaactaatgaacttcattttt
gi|18 : cagttctgTTCAAGGACAACGATAGTTTTATTTGACA--------------TGA----G-AA-CGGAT----------------------CT----GT------T----------------tgtccgaagcat
gi|19 : cagttctgcaaaacagctgtactttggg-G--G-GTC--AA-AC-A-A----AAC----AGCTG-T----TGAGCT--C-----AGTCCC----ACTC--T-AT-AACTGTT-TTGTgtccgaagcat
gi|2 : -CAGAT----------------------CCCATCAT------T----------------T-G-G--G-TTC--GA-AC-A-A----AACA---AGCTGAT----TG---T--CCT---GAACCT----AGTCA-A-AT-AACaatacaaatt
gi|2 : tA-CAGAT----------------------CC----AT------T----------------T-G-GTGG-GTC--AA-AC-A-A----AAC----AGTTC-T----TG---T--CTA-A-GGA-AC----ACTT--C-AT---TTGTT-TTgttaccccgaagctttaggctggggcaacagatccatttggtgggtcaaacaaaacagttcttgtctaaggaacacttcatttgtttttagaattttggattttttttctctaaatgtaagcaagactgtgttgaccttgagcttt
gi|20 : tgttatttgactaggttcaggacaatcagcttgttttgttcgaacccaaatgatgggatctggttaccccgaagctttaggctggggca----------------------CT----GT------T----------------C-GAG--G-GTC--AG-AC-A-A----AAC----AGCTG-TA---AG---G--CCA-A-GGACAC----AGTC--T-AT-tagaattttggattttttttctctaaatgtaagcaagactgtgttgaccttgagcttt
gi|22 : ----AAC----AGCTG-T----TG---T--CCT-C-AAACCC----AGTC--A-ATAAACTGT
gi|3 : tGAT----------------------CA----GT------T----------------CTG-A--G-GTC--AA-AT-A-A----AAC----AGTTG-T----TG---C--CTT-T-GGAACC----AGTC--G-AT-AACTGT
gi|3 : cgattctaaaagtgTCCAAAGGCAACAACTGTTTTATTTGACC--------------TCA----G-AA-CTGAT----------------------CT----CT------TGCC-------------C-G-A--A-GCCGTAG-GCTG-AGGGTAAC----AGATA------AG---T--TTG-AGGGGCAC----AGTC--C-GT-ACCTGTT-TTGTTtcttgcccgaagccgtaggctgagggtaacagataagtttgaggggcacagtccgtacctgttttgttttctccttcatactattaggttgttttccactaaatgtacatgattgttaacttttaactt
gi|4 : cgattctaaaagtgacagttatcgactggtCAGCTGCTTTGTTTGACC--------------CAA----G-GA-TGGATCTGTTGCCCGAAGCCATATAGACC----GTACTAATT----------------C-GAG--G-GTC--AA-AC-A-A----TAA----AACTG-T----TG---T--CTG-A-AGACAC----AGTC--T-AT-AAA-GTT-TTGTTAttctccttcatactattaggttgttttccactaaatgtacatgattgttaacttttaactt
gi|5 : tacagttattgactgatttAAAAACTGTTTT-TTTGACCTCAGCCTAAAGCTTCGG----GCAA-CAGAT----------------------CC----GT------T----------------C-TTG--G-GTC--AA-AC-C-A----AACCACAAACT--T----TT---C--CCG---GAATCC----AGTC--A-AT-Atacacctttattccttttaagttgttatcttatgatgcacatagtttgttgattttgaagt
gi|5 : tataaGTTTGGTTTGACC--------------CAA----G-AA-CGGAT----------------------CT----GT------TGCCCGAAGCTTTAGGCT-G-A--G-GTC--AA-A--A-A----AAC----AGTTT-T----TT---T--TCGGA-GGACAC----AGTC--T--T-CACTGTG-TTGTtttcggaggacacagtcttcactgtgttgtaaaactttaaaatgttgtcttttatcaatgtgcatatggttttgttgaagtttaaacttt
gi|6 : tataatattgactggattccgggaaaagtttgtg----AAC----AGCTG-T----TG---T--CCT-C-AAACCC----AGTC--A-AT-AACTGTaaaactttaaaatgttgtcttttatcaatgtgcatatggttttgttgaagtttaaacttt
gi|6 : atTTTGAGGACAACAGCTGTT-------ATC--------------CGA----A-G-----------------------------------------------------------------------C------C-A-A----AAC----AGCTA-A----TG---T--CCG-A-GGAAAC----AGTC--T-AT-AACTCTT-TCGTTAatccgaagccaaaacagctaatgtccgaggaaacagtctataactctttcgttatacaccctcattctttttatgatttttttcctagatgcgcatgtttgaag
gi|7 : atacagttattgactgggT------T----------------C-GAG--G-GTC--AATAC-A-A----AAC----AGCTG-T----TG---T--ACG-A-GGACAT----AGTC--T-AT-AGTT-TT-TAGTTAtacaccctcattctttttatgatttttttcctagatgcgcatgtttgaag
gi|8 : --G-GTC--AA-GC-A-A----AGC----AGCTG-T----TG---T--CCA-A-GGACACAGTGAGTC--T-AT-AACTGTT-TTGTTAtataaaactaagttgaacttcatttttctccttagatcggcgtatatgtttatagattttaaa
gi|9 : a--AA-GC-C-A----AAC----AGCTA-A----TG---T--CCG-A-GGAAAC----AGTC--T-AT-AACT-CT-TCGTTAtacaccttcattggttgctttttttcccctccaaatctatgcacatgatttgttgacttcaaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGAGGGTCAAAATATTAAACAAAACTCTCCCTGTGATTGGAGCACCGTTTAAAACTGTTTGTTATACACCTTCATTTCACTTTAGATCGT
Unaligned ( gi|17 ): AGTCTGTAACTGATTTGTTATACACCTTCATTCTAATATTGTTGTTTTCTAGATGCAAGTGGCTTGTTAACATTGATCTTTTAAC
Unaligned ( gi|21 ): ACAGTTATTCTAAAAATGGGTTCAAGGGCAACAGCTGCTCGGAGCCGA