lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 1 4444444 33 2222222222 11111111 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111
lowQualScore : 6 7 7 5 5555555 0 33 6 6666666666 99999999 00 99 1 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 9999 2 22 22 22 6666 1 1 1 3333 222 1 33 1 2
lowQualScore : . . . . ....... . .. . .......... ........ .. .. . . ............................................................................................................................................................................................ . .... . .. .. .. .... . . . .... ... . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 7 1111111 8 22 0 2222222222 33333333 00 22 0 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 5555 1 55 33 33 7777 6 6 6 4444 888 6 99 6 8
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCTATCTATGCAGGATAAAGTTC--GTGTTGTTGAAATCCAAGTCA----A--T--TACCT-A------AAAA-TAT--GAAGGACAACA-----AAAC-----AAAACA-TCCCAGGGAGT------TGTA--TA-TGCA-----A-TTGTTAT--AAAATCTGAAN-CATTN------ATGAC----C-GAACCT-A------TTTTG--TTTC----CAGNATT---G-A--CT-CGAACTT--------T-GATC-TCT----------CGA--TC-AC---TCGAAGT--TTTA--T--C-NN-GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CGA-GTTATCGAGAGTCACCTGT
Reference ( gi|1 ) : AAAAGAACAAATAGATACATGAACTTCGATATGTTTTTTTAACTTTGCATGATAAAGGTCAGGTGTTGTTGAAATCCAAGTTA----A--T--TACCT-A------AAAA-CAT--GAAGGACAACA-----AAAC-----AAAACCATGCCAGGAAGT------TGTACATA-TGCAC-TCCAATTGCTAT--AAAATCTGAAA-CATTT------ATGGT----T-GGACCT-A------TTTTG--TTTC----TGGAATT---G-A--CT-TAAACTT--------T-GATT-TTT----------CAA--TC-AT---TCAAAGT--TTTA--T--C-CA-GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-TGA-GTTATCAAGAGTCACCTGTG
gi|6 : TCTCTATCTATGCAAGATAAAGTTC-TGTGTTGTTGAAAT-CAAGTCA----G--T--TACTG-A------AAAA-TAC--AAAGGACGACA-----GA
gi|2 : gtcttgtaaacatacatgtgtacgtttgtcttacaaaatttaattaaactttaaaaaTTTATCTATGCAGGATAAAGTTT-----TTGTTGAAATC-AAGTCA----AAATAGTACCT-A------AAA--TAT--GGAGGACAcagcatgtccaaaca
gi|4 : agttacttttatcataacaaaacacacttaaactttttcagaaaaaaGCAGGATAAAGTTT-----TTGTTGAAATC-AAGTCA----G--T--TACCT-ATAAAATAAAA-TAT--AGAGGACAGCA-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatcactcaaaattttaccaaggtcctttgaagtccgaattattttgagtcacct
gi|3 : ctacCAAGTGG-GTTCAAATT-AAGTCATTACA--TG-TACCT-G------AAAATCATTAGAAGGATAACATTGTTAAAT-----AAT----TCCCAGGGA-----------------TG---------TTGCTAT--TAAATCTTAAC-CATA-------ATGAC----CCGAACCT---------TTTA--TTCC------GTATT---G-A--TG-TGGACCT--------TCGATTACTTGAAGAACTCGCAG--TC-AC---TTGAAGT--TT-A--T--C--A-AG-T-T-CC----TT---GAA-CTT-TTA-GTTATCAAGAGTCA-CTGTtgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttttaccaaggtcctttgaacttggagttgtcaagagtcacctgt
gi|9 : GTGTTGTTGAAAT-CAAGTCA----A--T--TGTATGA------AAAA-TTT--GAAG------------AAACTTGTTTAAATAATTACAGGATGTTTTACATGTAAATA-TACACTTTCA---GTTAT--AAAATCTGAAT-C-TTA------AAGAT----T-GGACC
gi|5 : ----A--T--TGCCT-A------AAAA-TAT--GAAGAA-AACA-----TGTC-----AAAACATTCCCAGGGAGT------TATAC-TACTGTA-----AATTCTTATCCATAAT---GAC-CATTCCTTTACATGGTCCCTT-GAACTTCA------AGTTA--TTT------AGAGTN---GCA--CTGTAAAATC--------T-TATC-CAT-----------AA--TG-AT---C---AGTCCTTTAGAT-------GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CAA-GTTATTTAGAGTCACCTGT
gi|7 : taaatacatccAT--AAAAACTAAAAACGCTT------A------------ACCT-AACCAACTTTTG--ATTC----TTGGATTTT-G-A--CT-CAACCTT--------C-AATC-TCT----------TGA--TC-AC---TCTACGT--TTTA--T--A-AT-AG-T-T-CC----TT---GAA-CTT-CGA-GTTATCGAGGGTCa
gi|8 : T--AAAATATGCAA-CATAA------ATGTC----C-GAA----A------TTTTAA-TTTT----CGGTATC---G-A--------ATTT--------T-GATC-TCTAGAACT----CAAGATC-AC---TCAAAGT--TTTA--C--C-AA-GA-T-C-TA----TT---GAA-TTT-CGA-TTTATCTCGAATCACCTGTttccgtatgatcac
gi|13 : -A------TCTTGATTTTC----CAGATTG---G-A--CT-CAAGTTT--------T-GATC-TCT----------CAAACTCGATCTCTTGAACT--TCTA--T--C-AA-GG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-TGA-GTAATCTCGAGTCACCTG
gi|14 : ttgc------TTTTG--TTTCAAAACAGAGTTAGGG-ATTCT-TGAACTT--------T-AA----------------CAG--CC-A-----CAAAAT--TTTA--T--G-TT-GGCT-T-CA----TT---G-A-CTT-TCA-GTTATCAAGTGGCACCT
gi|11 : TT---G-A--CT-TTACCTTGTATCTCTT-GAAC-TCT----------CGA--TC-TT---TCGAAGT--TTTA--T--T-AA-GG-T-C-CC----TG---GAA-CTT-CGA-GTTATCGAGAGTCATCttat
gi|16 : atcttaaccatagtgatcgttcttCTT--------T-AACT-TTT-----------GA--TC-TT---GCAAAGT--TTCA--T--C-AA-GG-T-C-CC----TT---GAA-CTTGTGA-GTTATGGAGAGTCACCTGTcat
gi|17 : caatctT----------CAA--TC-AC---TCAAAGT--TTTA--C--C-AA-GG-T-C-CCTTAATT---GAA-CTT-CGA-ATTATCAGGAGTCACat
gi|2 : A--TC-AC---TCAAAAT--TTTA--C--C-AA-GG-T-C-CT----TT---GAA-GTC-CGA-ATTATTTTGAGTCACCTat
gi|24 : agttacttttatcataacaaaacacacttaaactttttcagaaaaaatttatctatgcaggataaagtttttgttgaaatcaagtcaaaatagtacctaaaatatggaggacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-AC---TCGAAGC--TTTA-----C-CATGA-T-C-CC----TT---GAA-CTT---A-GCTATCATGAGTCACCT
gi|19 : ---TCGAAGT--TTTG--TAAC-TT-GG-TTC-CC----TT---GAA-CTT-CGAAGTTATCAAGAGTCA
gi|20 : ctcCGAAGT--TTTG--T--C-TT-GG-T-C-CC----TTAATGAA-CCT-TGA-ATAATCGAGAGTCACCTGacc
gi|22 : CGAAGT--TTTC--T--C-TT-GA-T-C-CC----TT---GAT-CTT-CAA-GTTTTCGAGAGTCACCTGTc
gi|4 : AATT--TTTA--C--C-AA-GG-T-C-CT----TT---GAA-CTT-GGA-GTTGTCAAGAGTCACCTGTa
gi|25 : ctacgcaggataaagtttttgttgaaatcaagtcagttacctataaaataaaatatagaggacagcatgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGT--TTTG--T--C-TT-GG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-TGA-GTTATCTCGAGTCACCTGT
gi|26 : AAGT--TTCA--T--CACA-G--T-C-CC----TA---TAA-CTT-TGA-GTTATCAAGATTCACCTGTa
gi|23 : AAGT--TTTC--T--C-TT-GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CAA-CTTATCGAAAGTCGCATGT
gi|28 : AGT--TTTG--T--C-TT-GG-T-C-CC----TT---GA--CTT-CGA-GTTATCGAGAGTCACTTGTa
gi|18 : GT--TTTA--T--T-AA-GA-T-G-CC----TT---GAA-CTT-TGA-GTTATTGATAGTCACCTAT
gi|15 : ttgatctccttacGT--TTTA--T--T-AA-GA-T-G-CC----TT---GAA-CTT-TGA-GTTATTGATAGTCACCTag
gi|29 : tgatctccttac--TTTG--C--C-TT-GG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-CGA-ATTATCGAGTGTCACCTGTtagttctttgtatgatctaaacactt
gi|27 : TTG--T--C-TT-GG-T-CTCC----AT---GAAACTT-CGA-GTTATCGAGAGTCACCTGT
gi|31 : tgTA--T--T-AA-GG-T-T-CC----TT---GGA-CTT-CGA-GTTATCAAGAGTCACCTGTa
gi|32 : -GG-C-C-CC----TT---GCA-CTT-CGA-GGTATCAAGAGTCACCTGT
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GACATTTTAAGGTATATTAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATC
Unaligned ( gi|12 ): CCAGGATGTTATGATGTGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATCAC
Unaligned ( gi|21 ): TCACTCGAAGTGTTATCAAGGTCTCTGGAACTTAGAATATCTCGAGTCATCTG
Unaligned ( gi|30 ): TATTCGATTTGCGGATTGGAGTCAACTTTTTATTTCTCTATCTC
Alignments
lowQualScore : 2222 2 1111111 11 22222222 3333333333333333333333333333 777777777777777777777777777 111 222222222222222222222222222 11 3333333333333333333333333333 33333333333333333333333333333
lowQualScore : 0 0 9999 4 4444444 33 22222222 5 77 6666666666666666666666666666 0 2 333333333333333333333333333 444 77 0 2 66 0 444444444444444444444444444 66 6666666666666666666666666666 1 11111111111111111111111111111 1 2 22 22 1 1 1 3333 222 1 1 1 1
lowQualScore : . . .... . ....... .. ........ . .. ............................ . . ........................... ... .. . . .. . ........................... .. ............................ . ............................. . . .. .. . . . .... ... . . . .
lowQualScore : 7 2 6666 4 4444444 66 33333333 7 99 0000000000000000000000000000 4 2 000000000000000000000000000 000 99 8 8 00 2 555555555555555555555555555 77 9999999999999999999999999999 8 33333333333333333333333333333 7 3 11 00 5 5 5 1111 666 5 5 5 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATCTATGCAGGATAAAGTTC--GTGTTGTTGAAAT-CAAGTC--A----AT--TACCT-A------AAAAT-AT--GAAGGACAACA-----AAAC------AAAAC-A-TCCCAGGGAGTTNTAC-TA-TGT-A-----A--------TT---GCTAT--AAAATCTGAAN-CATT------NATGACC----GAACCT-A-TTTTG--TTT--C----CGGNATT---G-AC-T-C--GAACTTTGAT-----------CTCT------C------GATCACTCGAAGTTTTAT--CANGG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
Reference ( family-3924 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCTATCTATGCAGGATAAAGTTC--GTGTTGTTGAAATCCAAGTC--A----AT--TACCT-A------AAAAT-AT--GAAGGACAACA-----AAAC------AAAAC-A-TCCCAGGGAGTTGTA--TA-TGC-A-----A--------TT---GTTAT--AAAATCTGAAN-CATT------NATGACC----GAACCT-A-TTTTG--TTT--C----CAGNATT---G-AC-T-C--GAACTTTGAT-----------CTCT------C------GATCACTCGAAGTTTTAT--CNNGG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
gi|1 : TTTTTAACTTTGCATGATAAAGGTCAGGTGTTGTTGAAATCCAAGTT--A----AT--TACCT-A------AAAAC-AT--GAAGGACAACA-----AAAC------AAAACCA-TGCCAGGAAGTTGTACATA-TGC-ACTCCAA--------TT---GCTAT--AAAATCTGAAA-CATT------TATGGTT----GGACCT-A-TTTTG--TTT--C----TGGAATT---G-AC-T-T--AAACTTTGAT-----------TTTT------C------AATCATTCAAAGTTTTAT--CCAGG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-TG-AGTTATCAAGAGTCACCTGT
gi|11 : aaaagaacaaatagatacatgaacttcgatatgttATCTTAAC-CAT-------AGTGATC----G---TT-C-TTTTGACTTTACC----TTGTAT-------C-T-C-------TTGAA-----------CTCT------C------GATCTTTCGAAGTTTTAT--TAAGG-T-C-CC----TG---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCATCg
gi|13 : -A-TCTTGATTTT--C----CAG-ATT---GGAC-T-C--AAGTTTTGAT-----------CTCT------CAAACTCGATCTCTTGAACTTCTAT--CAAGG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-TG-AGTAATCTCGAGTCACCTGcat
gi|14 : ttgc-TTTTG--TTT--CAAAACAGAGTTAGGG-AT-T-CTTGAACTTTAA----------------------C------AGCCAC--AAAATTTTAT--GTTGGCT-T-CA----TT---GAC-TTT-C--AGTTATCAAGTGGCACCT
gi|15 : TGAT-----------CTCC---------------TTAC-----GTTTTAT--TAAGA-T-G-CC----TT---GAA-CTT-TG-AGTTATTGATAGTCACCTttat
gi|16 : CTTTAA------------CTTT------T------GATCTTGCAAAGTTTCAT--CAAGG-T-C-CC----TT---GAA-CTTGTG-AGTTATGGAGAGTCACCTGTtagttctttgtatgatctaaacactt
gi|17 : caatctT------C------AATCACTCAAAGTTTTAC--CAAGG-T-C-CCTTAATT---GAA-CTT-CG-AATTATCAGGAGTCACat
gi|18 : TTGAT-----------CTCC---------------TTAC-----GTTTTAT--TAAGA-T-G-CC----TT---GAA-CTT-TG-AGTTATTGATAGTCACCTATat
gi|19 : CTCGAAGTTTTGTAACTTGG-TTC-CC----TT---GAA-CTT-CGAAGTTATCAAGAGTCAag
gi|2 : ctTTTATCTATGCAGGATAAAGTTT-----TTGTTGAAAT-CAAGTCAAA----ATAGTACCT--------AAAAT-AT--GGAGGAC----------ANN------NNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNN-N-----N--------NN---NNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNN------NNNNNNN----NNNNNN-N-NNNNN--NNN--N----NNNNNNN---N-NN-N-N--NNNNNNNNNN-----------NNNN------N------GATCACTCAAAATTTTAC--CAAGG-T-C-CT----TT---GAA-GTC-CG-AATTATTTTGAGTCACCTacc
gi|20 : agttacttttatcataacaaaacacacttaaactttttcagaaaaaaCGAAGTTTTGT--CTTGG-T-C-CC----TTAATGAA-CCT-TG-AATAATCGAGAGTCACCTG
gi|21 : TCACTCGAAGTGTTAT--CAAGG-T-C-TC----TG---GAA-CTT-AG-AA-TATCTCGAGTCATCTGc
gi|22 : CGAAGTTTTCT--CTTGA-T-C-CC----TT---GAT-CTT-CA-AGTTTTCGAGAGTCACCTGT
gi|23 : AAGTTTTCT--CTTGG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CA-ACTTATCGAAAGTCGCATGTa
gi|24 : ACTCGAAGCTTTAC--CATGA-T-C-CC----TT---GAA-CTT----AGCTATCATGAGTCACCTa
gi|25 : AAGTTTTGT--CTTGG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-TG-AGTTATCTCGAGTCACCTGT
gi|26 : AAGTTTCAT--CACAG-T-C-CC----TA---TAA-CTT-TG-AGTTATCAAGATTCACCTGTa
gi|27 : TTGT--CTTGG-T-CTCC----AT---GAAACTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
gi|28 : tgAGTTTTGT--CTTGG-T-C-CC----TT---GA--CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACTTGTa
gi|29 : TTTGC--CTTGG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-CG-AATTATCGAGTGTCACCTGT
gi|3 : GTTCAAATT-AAGTC--ATTACATG-TACCT-G------AAAATCATTAGAAGGATAACATTGTTAAAT------AAT-----TCCCAGGGA-----------TG-----------------TT---GCTAT--TAAATCTTAAC-CAT-------AATGACCC---GAACCT----TTTA--TTC--C------GTATT---G-ATGT-G--GACCTTCGATTACTTGAAGAACTCG------C------AGTCACTTGAAGTTT-AT--CAAG--T-T-CC----TT---GAA-CTT-TT-AGTTATCAAGAGTCA-CTGT
gi|31 : caagtggTAT--TAAGG-T-T-CC----TT---GGA-CTT-CG-AGTTATCAAGAGTCACCTGT
gi|32 : GG-C-C-CC----TT---GCA-CTT-CG-AGGTATCAAGAGTCACCTGT
gi|4 : CTACGCAGGATAAAGTTT-----TTGTTGAAAT-CAAGTC--A----GT--TACCT-ATAAAATAAAAT-AT--AGAGGACAGCA-----a
gi|4 : AATTTTTAC--CAAGG-T-C-CT----TT---GAA-CTT-GG-AGTTGTCAAGAGTCACCTGTtgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttttaccaaggtcctttgaacttggagttgtcaagagtcacctgt
gi|5 : ctacgcaggataaagtttttgttgaaatcaagtcagttacctataaaataaaatatagaggacagcatgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATACA--TC--C----AT--TGCCT-A------AAAAT-AT--GAAGAA-AACA-----TGTC------AAAAC-ATTCCCAGGGAGTTATAC-TACTGTAA-----A--------TT---CTTATCCATAAT---GAC-CATTCCTTTACATGGTCCCTTGAACTTCA-AGTTA--TTT--------AGAGTN---GCAC-TGT--AAAATCTTAT-----------CCATAA----T------GATCAGTC----CTTTA---GATGG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CA-AGTTATTTAGAGTCACCTGT
gi|6 : tTCTCTATCTATGCAAGATAAAGTTCT-GTGTTGTTGAAAT-CAAGTC--A----GT--TACTG-A------AAAAT-AC--AAAGGACGACA-----GAa
gi|7 : gtcttgtaaacatacatgtgtacgtttgtcttacaaaatttaattaaactttaaaaaAT--AAAAACTAAAAACGCT------TA--ACC----TAACCA-ACTTTTG--ATT--C----TTGGATTTT-G-AC-T-C--AACCTTCAAT-----------CTCT------T------GATCACTCTACGTTTTAT--AATAG-T-T-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGGGTCcagcatgtccaaaca
gi|8 : T--AAAATATGCAA-CATA------AATGTCC----GAA----A-TTTTAA-TTT--T----CGGTAT-----------C--GAATTTTGAT-----------CTCTAGAACTCAA----GATCACTCAAAGTTTTAC--CAAGA-T-C-TA----TT---GAA-TTT-CG-ATTTATCTCGAATCACCTGTttccgtatgatcac
gi|9 : --GTGTTGTTGAAAT-CAAGTC--A----AT--TGTATGA------AAAAT-TT--GAAG------------AAACTTGTTTAAATA-A-TTACAGGATGTTTTA--CA-TGT-A-----AATATACACTTTCAGTTAT--AAAATCTGAAT-C-TT------AAAGATT----GGACC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GACATTTTAAGGTATATTAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATC
Unaligned ( gi|12 ): CCAGGATGTTATGATGTGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATCAC
Unaligned ( gi|30 ): TATTCGATTTGCGGATTGGAGTCAACTTTTTATTTCTCTATCTC
Alignments
lowQualScore : 2222 1111111 11 22222222 33333333333333333333333 6666666666666666666666666666 222222222222222222222222222 11 3333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333
lowQualScore : 0 9999 6 4444444 33 22222222 5 77 3 77 33333333333333333333333 0 2 3 5555555555555555555555555555 77 0 2 66 0 444444444444444444444444444 66 7777777777777777777777777777 1 222222222222222222222222222222 3 2 333 1 1 1 3333 222 1 1 1 1
lowQualScore : . .... . ....... .. ........ . .. . .. ....................... . . . ............................ .. . . .. . ........................... .. ............................ . .............................. . . ... . . . .... ... . . . .
lowQualScore : 2 6666 7 4444444 66 33333333 7 99 0 99 88888888888888888888888 4 2 8 0000000000000000000000000000 99 8 8 00 2 555555555555555555555555555 77 9999999999999999999999999999 8 999999999999999999999999999999 2 3 000 5 5 5 1111 666 5 5 5 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATCTATGCAGGATAAAGTTC--GTGTTGTTGAAATC-AAGTC--A----AT--TACCT-A------AAAAT-AT--GAAGGACA--ACA-----AAAC------AAAAC-A-TCCCAGGGAGTTNTAC-TA-TGT-A-----A--------TT---GCTAT--AAAATCTGAAN-CATT------NATGACC----GAACCT-A-TTTTG--TTT--C----CGGNATT---G-AC-T-C--GAACTTTGAT-----------CTCT------C------GATCACTCGAAGTTTTATCAN--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
Reference ( family-3924 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATCTATGCAGGATAAAGTTC--GTGTTGTTGAAATC-AAGTC--A----AT--TACCT-A------AAAAT-AT--GAAGGACA--ACA-----AAAC------AAAAC-A-TCCCAGGGAGTTNTAC-TA-TGT-A-----A--------TT---GCTAT--AAAATCTGAAN-CATT------NATGACC----GAACCT-A-TTTTG--TTT--C----CGGNATT---G-AC-T-C--GAACTTTGAT-----------CTCT------C------GATCACTCGAAGTTTTATCAN--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
gi|1 : TTTTTAACTTTGCATGATAAAGGTCAGGTGTTGTTGAAATCCAAGTT--A----AT--TACCT-A------AAAAC-AT--GAAGGACA--ACA-----AAAC------AAAACCA-TGCCAGGAAGTTGTACATA-TGC-ACTCCAA--------TT---GCTAT--AAAATCTGAAA-CATT------TATGGTT----GGACCT-A-TTTTG--TTT--C----TGGAATT---G-AC-T-T--AAACTTTGAT-----------TTTT------C------AATCATTCAAAGTTTTATCCA--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-TG-AGTTATCAAGAGTCACCTGT
gi|11 : aaaagaacaaatagatacatgaacttcgatatgttATCTTAAC-CAT-------AGTGATC----G---TT-C-TTTTGACTTTACC----TTGTAT-------C-T-C-------TTGAA-----------CTCT------C------GATCTTTCGAAGTTTTATTAA--GG-T-C-CC----TG---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCATCg
gi|13 : -A-TCTTGATTTT--C----CAG-ATT---GGAC-T-C--AAGTTTTGAT-----------CTCT------CAAACTCGATCTCTTGAACTTCTATCAA--GG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-TG-AGTAATCTCGAGTCACCTGcat
gi|14 : ttgc-TTTTG--TTT--CAAAACAGAGTTAGGG-AT-T-CTTGAACTTTAA----------------------C------AGCCAC--AAAATTTTATGTT--GGCT-T-CA----TT---GAC-TTT-C--AGTTATCAAGTGGCACCT
gi|15 : TGAT-----------CTCC---------------TTAC-----GTTTTATTAA--GA-T-G-CC----TT---GAA-CTT-TG-AGTTATTGATAGTCACCTttat
gi|16 : CTTTAA------------CTTT------T------GATCTTGCAAAGTTTCATCAA--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTTGTG-AGTTATGGAGAGTCACCTGTtagttctttgtatgatctaaacactt
gi|17 : caatctT------C------AATCACTCAAAGTTTTACCAA--GG-T-C-CCTTAATT---GAA-CTT-CG-AATTATCAGGAGTCACat
gi|18 : TTGAT-----------CTCC---------------TTAC-----GTTTTATTAA--GA-T-G-CC----TT---GAA-CTT-TG-AGTTATTGATAGTCACCTATat
gi|19 : CTCGAAGTTTTGTAACTTGG-TTC-CC----TT---GAA-CTT-CGAAGTTATCAAGAGTCAag
gi|2 : ctTTTATCTATGCAGGATAAAGTTT-----TTGTTGAAATC-AAGTCAAA----ATAGTACCT--------AAAAT-AT--GGAGGACANNNNN-----NNNN------NNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNN-N-----N--------NN---NNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNN------NNNNNNN----NNNNNN-N-NNNNN--NNN--N----NNNNNNN---N-NN-N-N--NNNNNNNGAT-----------CACT--------------------CAAAATTTTACCAA--GG-T-C-CT----TT---GAA-GTC-CG-AATTATTTTGAGTCACCTacc
gi|20 : agttacttttatcataacaaaacacacttaaactttttcagaaaaaaCGAAGTTTTGTCTT--GG-T-C-CC----TTAATGAA-CCT-TG-AATAATCGAGAGTCACCTG
gi|21 : TCACTCGAAGTGTTATCAA--GG-T-C-TC----TG---GAA-CTT-AG-AA-TATCTCGAGTCATCTGc
gi|22 : CGAAGTTTTCTCTT--GA-T-C-CC----TT---GAT-CTT-CA-AGTTTTCGAGAGTCACCTGT
gi|23 : AAGTTTTCTCTT--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CA-ACTTATCGAAAGTCGCATGTa
gi|24 : ACTCGAAGCTTTACCAT--GA-T-C-CC----TT---GAA-CTT----AGCTATCATGAGTCACCTa
gi|25 : AAGTTTTGTCTT--GG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-TG-AGTTATCTCGAGTCACCTGT
gi|26 : AAGTTTCATCAC--AG-T-C-CC----TA---TAA-CTT-TG-AGTTATCAAGATTCACCTGTa
gi|27 : TTGTCTT--GG-T-CTCC----AT---GAAACTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
gi|28 : tgAGTTTTGTCTT--GG-T-C-CC----TT---GA--CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACTTGTa
gi|29 : TTTGCCTT--GG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-CG-AATTATCGAGTGTCACCTGT
gi|3 : GTTCAAATT-AAGTC--ATTACATG-TACCT-G------AAAATCATTAGAAGGATA--ACATTGTTAAAT------AAT-----TCCCAGGGA-----------TGT-----------------T---GCTAT--TAAATCTTAAC-CAT-------AATGACCC---GAACCT----TTTA--TTC--C------GTATT---G-ATGT-G--GACCTTCGATTACTTGAAGAACTCG------C------AGTCACTTGAAGTTT-ATCAA--G--T-T-CC----TT---GAA-CTT-TT-AGTTATCAAGAGTCA-CTGT
gi|31 : caagtggTATTAA--GG-T-T-CC----TT---GGA-CTT-CG-AGTTATCAAGAGTCACCTGT
gi|32 : --GG-C-C-CC----TT---GCA-CTT-CG-AGGTATCAAGAGTCACCTGT
gi|4 : CTACGCAGGATAAAGTTT-----TTGTTGAAATC-AAGTC--A----GT--TACCT-ATAAAATAAAAT-AT--AGAGGACA--GCA-----a
gi|4 : AATTTTTACCAA--GG-T-C-CT----TT---GAA-CTT-GG-AGTTGTCAAGAGTCACCTGTtgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttttaccaaggtcctttgaacttggagttgtcaagagtcacctgt
gi|5 : ctacgcaggataaagtttttgttgaaatcaagtcagttacctataaaataaaatatagaggacagcatgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTC--C----AT--TGCCT-A------AAAAT-AT--GAAGAA-A--ACA-----TGTC------AAAAC-ATTCCCAGGGAGTTATAC-TACTGTAA-----A--------TT---CTTATCCATAAT---GAC-CATTCCTTTACATGGTCCCTTGAACTTCA-AGTTA--TTT--------AGAGTN---GCAC-TGT--AAAATCTTAT-----------CCATAA----T------GATCAGTC----CTTTA-GAT--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CA-AGTTATTTAGAGTCACCTGT
gi|6 : taaatacaTCTCTATCTATGCAAGATAAAGTTCT-GTGTTGTTGAAATC-AAGTC--A----GT--TACTG-A------AAAAT-AC--AAAGGACG--ACA-----GAa
gi|7 : gtcttgtaaacatacatgtgtacgtttgtcttacaaaatttaattaaactttaaaaaAT--AAAAACTAAAAACGCT------TA--ACC----TAACCA-ACTTTTG--ATT--C----TTGGATTTT-G-AC-T-C--AACCTTCAAT-----------CTCT------T------GATCACTCTACGTTTTATAAT--AG-T-T-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGGGTCcagcatgtccaaaca
gi|8 : T--AAAATATGCAA-CATA------AATGTCC----GAA----A-TTTTAA-TTT--T----CGGTAT-----------C--GAATTTTGAT-----------CTCTAGAACTCAA----GATCACTCAAAGTTTTACCAA--GA-T-C-TA----TT---GAA-TTT-CG-ATTTATCTCGAATCACCTGTttccgtatgatcac
gi|9 : --GTGTTGTTGAAATC-AAGTC--A----AT--TGTATGA------AAAAT-TT--GAAG--------------AAACTTGTTTAAATA-A-TTACAGGATGTTTTAC--A-TGT-A-----AATATACACTTTCAGTTAT--AAAATCTGAAT-C-TT------AAAGATT----GGACC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GACATTTTAAGGTATATTAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATC
Unaligned ( gi|12 ): CCAGGATGTTATGATGTGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATCAC
Unaligned ( gi|30 ): TATTCGATTTGCGGATTGGAGTCAACTTTTTATTTCTCTATCTC
Alignments
lowQualScore : 2222 1111111 11 22222222 33333333333333333333333 6666666666666666666666666666 222222222222222222222222222 11 3333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333
lowQualScore : 0 9999 6 4444444 33 22222222 5 77 3 77 33333333333333333333333 0 2 3 5555555555555555555555555555 77 0 2 66 0 444444444444444444444444444 66 7777777777777777777777777777 1 222222222222222222222222222222 3 2 333 1 1 1 3333 222 1 1 1 1
lowQualScore : . .... . ....... .. ........ . .. . .. ....................... . . . ............................ .. . . .. . ........................... .. ............................ . .............................. . . ... . . . .... ... . . . .
lowQualScore : 2 6666 7 4444444 66 33333333 7 99 0 99 88888888888888888888888 4 2 8 0000000000000000000000000000 99 8 8 00 2 555555555555555555555555555 77 9999999999999999999999999999 8 999999999999999999999999999999 2 3 000 5 5 5 1111 666 5 5 5 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATCTATGCAGGATAAAGTTC--GTGTTGTTGAAATC-AAGTC--A----AT--TACCT-A------AAAAT-AT--GAAGGACA--ACA-----AAAC------AAAAC-A-TCCCAGGGAGTTNTAC-TA-TGT-A-----A--------TT---GCTAT--AAAATCTGAAN-CATT------NATGACC----GAACCT-A-TTTTG--TTT--C----CGGNATT---G-AC-T-C--GAACTTTGAT-----------CTCT------C------GATCACTCGAAGTTTTATCAN--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
Reference ( family-3924 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATCTATGCAGGATAAAGTTC--GTGTTGTTGAAATC-AAGTC--A----AT--TACCT-A------AAAAT-AT--GAAGGACA--ACA-----AAAC------AAAAC-A-TCCCAGGGAGTTNTAC-TA-TGT-A-----A--------TT---GCTAT--AAAATCTGAAN-CATT------NATGACC----GAACCT-A-TTTTG--TTT--C----CGGNATT---G-AC-T-C--GAACTTTGAT-----------CTCT------C------GATCACTCGAAGTTTTATCAN--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
gi|1 : TTTTTAACTTTGCATGATAAAGGTCAGGTGTTGTTGAAATCCAAGTT--A----AT--TACCT-A------AAAAC-AT--GAAGGACA--ACA-----AAAC------AAAACCA-TGCCAGGAAGTTGTACATA-TGC-ACTCCAA--------TT---GCTAT--AAAATCTGAAA-CATT------TATGGTT----GGACCT-A-TTTTG--TTT--C----TGGAATT---G-AC-T-T--AAACTTTGAT-----------TTTT------C------AATCATTCAAAGTTTTATCCA--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-TG-AGTTATCAAGAGTCACCTGT
gi|11 : aaaagaacaaatagatacatgaacttcgatatgttATCTTAAC-CAT-------AGTGATC----G---TT-C-TTTTGACTTTACC----TTGTAT-------C-T-C-------TTGAA-----------CTCT------C------GATCTTTCGAAGTTTTATTAA--GG-T-C-CC----TG---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCATCg
gi|13 : -A-TCTTGATTTT--C----CAG-ATT---GGAC-T-C--AAGTTTTGAT-----------CTCT------CAAACTCGATCTCTTGAACTTCTATCAA--GG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-TG-AGTAATCTCGAGTCACCTGcat
gi|14 : ttgc-TTTTG--TTT--CAAAACAGAGTTAGGG-AT-T-CTTGAACTTTAA----------------------C------AGCCAC--AAAATTTTATGTT--GGCT-T-CA----TT---GAC-TTT-C--AGTTATCAAGTGGCACCT
gi|15 : TGAT-----------CTCC---------------TTAC-----GTTTTATTAA--GA-T-G-CC----TT---GAA-CTT-TG-AGTTATTGATAGTCACCTttat
gi|16 : CTTTAA------------CTTT------T------GATCTTGCAAAGTTTCATCAA--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTTGTG-AGTTATGGAGAGTCACCTGTtagttctttgtatgatctaaacactt
gi|17 : caatctT------C------AATCACTCAAAGTTTTACCAA--GG-T-C-CCTTAATT---GAA-CTT-CG-AATTATCAGGAGTCACat
gi|18 : TTGAT-----------CTCC---------------TTAC-----GTTTTATTAA--GA-T-G-CC----TT---GAA-CTT-TG-AGTTATTGATAGTCACCTATat
gi|19 : CTCGAAGTTTTGTAACTTGG-TTC-CC----TT---GAA-CTT-CGAAGTTATCAAGAGTCAag
gi|2 : ctTTTATCTATGCAGGATAAAGTTT-----TTGTTGAAATC-AAGTCAAA----ATAGTACCT--------AAAAT-AT--GGAGGACANNNNN-----NNNN------NNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNN-N-----N--------NN---NNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNN------NNNNNNN----NNNNNN-N-NNNNN--NNN--N----NNNNNNN---N-NN-N-N--NNNNNNNGAT-----------CACT--------------------CAAAATTTTACCAA--GG-T-C-CT----TT---GAA-GTC-CG-AATTATTTTGAGTCACCTacc
gi|20 : agttacttttatcataacaaaacacacttaaactttttcagaaaaaaCGAAGTTTTGTCTT--GG-T-C-CC----TTAATGAA-CCT-TG-AATAATCGAGAGTCACCTG
gi|21 : TCACTCGAAGTGTTATCAA--GG-T-C-TC----TG---GAA-CTT-AG-AA-TATCTCGAGTCATCTGc
gi|22 : CGAAGTTTTCTCTT--GA-T-C-CC----TT---GAT-CTT-CA-AGTTTTCGAGAGTCACCTGT
gi|23 : AAGTTTTCTCTT--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CA-ACTTATCGAAAGTCGCATGTa
gi|24 : ACTCGAAGCTTTACCAT--GA-T-C-CC----TT---GAA-CTT----AGCTATCATGAGTCACCTa
gi|25 : AAGTTTTGTCTT--GG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-TG-AGTTATCTCGAGTCACCTGT
gi|26 : AAGTTTCATCAC--AG-T-C-CC----TA---TAA-CTT-TG-AGTTATCAAGATTCACCTGTa
gi|27 : TTGTCTT--GG-T-CTCC----AT---GAAACTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
gi|28 : tgAGTTTTGTCTT--GG-T-C-CC----TT---GA--CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACTTGTa
gi|29 : TTTGCCTT--GG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-CG-AATTATCGAGTGTCACCTGT
gi|3 : GTTCAAATT-AAGTC--ATTACATG-TACCT-G------AAAATCATTAGAAGGATA--ACATTGTTAAAT------AAT-----TCCCAGGGA-----------TGT-----------------T---GCTAT--TAAATCTTAAC-CAT-------AATGACCC---GAACCT----TTTA--TTC--C------GTATT---G-ATGT-G--GACCTTCGATTACTTGAAGAACTCG------C------AGTCACTTGAAGTTT-ATCAA--G--T-T-CC----TT---GAA-CTT-TT-AGTTATCAAGAGTCA-CTGT
gi|31 : caagtggTATTAA--GG-T-T-CC----TT---GGA-CTT-CG-AGTTATCAAGAGTCACCTGT
gi|32 : --GG-C-C-CC----TT---GCA-CTT-CG-AGGTATCAAGAGTCACCTGT
gi|4 : CTACGCAGGATAAAGTTT-----TTGTTGAAATC-AAGTC--A----GT--TACCT-ATAAAATAAAAT-AT--AGAGGACA--GCA-----a
gi|4 : AATTTTTACCAA--GG-T-C-CT----TT---GAA-CTT-GG-AGTTGTCAAGAGTCACCTGTtgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttttaccaaggtcctttgaacttggagttgtcaagagtcacctgt
gi|5 : ctacgcaggataaagtttttgttgaaatcaagtcagttacctataaaataaaatatagaggacagcatgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTC--C----AT--TGCCT-A------AAAAT-AT--GAAGAA-A--ACA-----TGTC------AAAAC-ATTCCCAGGGAGTTATAC-TACTGTAA-----A--------TT---CTTATCCATAAT---GAC-CATTCCTTTACATGGTCCCTTGAACTTCA-AGTTA--TTT--------AGAGTN---GCAC-TGT--AAAATCTTAT-----------CCATAA----T------GATCAGTC----CTTTA-GAT--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CA-AGTTATTTAGAGTCACCTGT
gi|6 : taaatacaTCTCTATCTATGCAAGATAAAGTTCT-GTGTTGTTGAAATC-AAGTC--A----GT--TACTG-A------AAAAT-AC--AAAGGACG--ACA-----GAa
gi|7 : gtcttgtaaacatacatgtgtacgtttgtcttacaaaatttaattaaactttaaaaaAT--AAAAACTAAAAACGCT------TA--ACC----TAACCA-ACTTTTG--ATT--C----TTGGATTTT-G-AC-T-C--AACCTTCAAT-----------CTCT------T------GATCACTCTACGTTTTATAAT--AG-T-T-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGGGTCcagcatgtccaaaca
gi|8 : T--AAAATATGCAA-CATA------AATGTCC----GAA----A-TTTTAA-TTT--T----CGGTAT-----------C--GAATTTTGAT-----------CTCTAGAACTCAA----GATCACTCAAAGTTTTACCAA--GA-T-C-TA----TT---GAA-TTT-CG-ATTTATCTCGAATCACCTGTttccgtatgatcac
gi|9 : --GTGTTGTTGAAATC-AAGTC--A----AT--TGTATGA------AAAAT-TT--GAAG--------------AAACTTGTTTAAATA-A-TTACAGGATGTTTTAC--A-TGT-A-----AATATACACTTTCAGTTAT--AAAATCTGAAT-C-TT------AAAGATT----GGACC
blockSeqs : TGT . ATTAC AG ATAAAAT C TA C NN AAACTTGTTTAAATAA N N ATGTAAATATACACTTTCA CC T AA TCCTTTACATGGTCCCTTGAACTTCA AC CAAAACAGAGTTAGGGATTCTTG G TTACTTGAAGAACTCGCA T G CTT C T T TTAA AAT A G A G
blockSeqs : GT . AAA G GA . . T . TTGTTAAATAAT G A TACTGTAAATT . N C NNNNNNNNNNNNNNN AT CTTGGATTTTGACTCA A TCTCTAGAACTCAAG T G A . . . . . . . . T
blockSeqs : . . A . G . . C . TGTCAAAACAT G T NNNNNNNNN . T N AATGACCCGAACCT A CCAGATTGGACTCA N TCTCTCAAACTCG G A A . . . . . . . . A
blockSeqs : . . C . A . . C . NNNNNNNNNN . . TGTT . A C TTAACCTAACCAAC . NNNNNNNNNNNNNN C TCCATAATG T A T . . . . . . . . G
blockSeqs : . A . A . . . . . G C AAATGTCCGAAA . AGAGTNGCACTGTA A ACTCTCG T A A . . . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . . . G A AGTGATCGTTC . CGTATTGATGTGG C TCTCTTG T G A . . . . . . . . A
blockSeqs : . T . ACCTTGTATCTC A CTTTTG T A A . . . . . . . . G
blockSeqs : . TCGGTATCG . TCTCC T G A . . . . . . . . A
blockSeqs : TCTCC T G A . . . . . . . . T
blockSeqs : TCACT T G T . . . . . . . . G
blockSeqs : CA T G A . . . . . . . . T
blockSeqs : . G T . . . . . . . . G
blockSeqs : . T T . . . . . . . . G
blockSeqs : . A T . . . . . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . . . . . T
blockSeqs : . C . . . . . . . . A
blockSeqs : . T . . . . . . . . G
blockSeqs : T . . . . . . . . G
blockSeqs : T . . . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . . . . A
blockSeqs : A . . . . . . . . A
blockSeqs : A . . . . . . . . A
blockSeqs : T . . . . . . . . A
blockSeqs : T . . . . . . . . T
blockSeqs : A . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . T
blockSeqCons : **** TTGTCAAANAT************ TGTGTAATT******************* AATGATCCGAACTC************* TCTCTCG***********************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATCTATGCAGGATAAAGTTC--GTGTTGTTGAAATC-AAGTC--A----AT--TACCT-A------AAAAT-AT--GAAGGACA--ACA-----AAAC------AAAAC-A-TCCCAGGGAGTTNTAC-TA-TGT-A-----A--------TT---GCTAT--AAAATCTGAAN-CATT------NATGACC----GAACCT-A-TTTTG--TTT--C----CGGNATT---G-AC-T-C--GAACTTTGAT-----------CTCT------C------GATCACTCGAAGTTTTATCAN--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATCTATGCAGGATAAAGTTC----GTTGTTGAAATC-AAGTC--A----AT--TACCT-A------AAAAT-AT--GAAGGACA--ACATTGTCAAANAT------------TCCCAGGGAGTTNTACTGTGTAATT-------------------GCTAT--AAAATCTGAAN-CATAATGATCCGAACTC-------------TTTTG--TTT--C----CGGNATT---G-AC-T-C--GAACTTTGATCTCTCG-----------------------ATCACTCGAAGTTTTATCAN--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GACATTTTAAGGTATATTAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATC
Unaligned ( gi|12 ): CCAGGATGTTATGATGTGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATCAC
Unaligned ( gi|30 ): TATTCGATTTGCGGATTGGAGTCAACTTTTTATTTCTCTATCTC
Alignments
lowQualScore : 44444 1111111 11 22222222 1111 11111 99999999999999999999999999 222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 0 11111 6 4444444 33 22222222 5 77 3 77 1111 1 88888 0 2 3 88888888888888888888888888 2 9999 5 66 3 000000000 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 2 333 1 1 1 3333 222 1 1 1 1
lowQualScore : . ..... . ....... .. ........ . .. . .. .... . ..... . . . .......................... . .... . .. . ......... ......................................................................................... . . ... . . . .... ... . . . .
lowQualScore : 2 00000 7 4444444 66 33333333 7 99 0 99 5555 3 22222 4 2 8 66666666666666666666666666 8 8888 0 66 2 444444444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 3 000 5 5 5 1111 666 5 5 5 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATCTATGCAGGATAAAGTTC-G--GTTGTTGAAATC-AAGTC--A----AT--TACCT-A------AAAAT-AT--GAAGGACA--ACATTG-TCAAA-N-ANTCCCAGGGAGTTNTAC-TATGCA-----A--------TT---GCTATAAAATCTNAAN---CATA-A-TGATCCGAACT--CTTTT-----G--T---------TT--C----CGG-NATT---G-AC-TC--GAACTTT--GAT-----------CTC-T------C------GATCACTCGAAGTTTTATCAN--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
Reference ( family-3924 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATCTATGCAGGATAAAGTTC----GTTGTTGAAATC-AAGTC--A----AT--TACCT-A------AAAAT-AT--GAAGGACA--ACATTG-TCAAA-N-ATTCCCAGGGAGTTNTAC-TGTGTA-----A--------TT---GCTATAAAATCTGAAN---CATA-A-TGATCCGAACT--CTTTT-----G--T---------TT--C----CGG-NATT---G-AC-TC--GAACTTT--GAT-----------CTC-T------C------GATCACTCGAAGTTTTATCAN--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
gi|1 : TTTTTAACTTTGCATGATAAAGGTCAGGTGTTGTTGAAATCCAAGTT--A----AT--TACCT-A------AAAAC-AT--GAAGGACA--ACAAAA-CAAAA-C-CATGCCAGGAAGTTGTACATATGCACTCCAA--------TT---GCTATAAAATCTGAAA---CATTTA-TGGTTGGACCT--ATTTT-----G--T---------TT--C----TGG-AATT---G-AC-TT--AAACTTT--GAT-----------TTT-T------C------AATCATTCAAAGTTTTATCCA--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-TG-AGTTATCAAGAGTCACCTGT
gi|11 : aaaagaacaaatagatacatgaacttcgatatgttATCTTAAC---CATA-G-TGATC---GTT--CTTTT-----GACT---------TTACC----TTG-TAT-------C-TC-------TT--GAA-----------CTC-T------C------GATCTTTCGAAGTTTTATTAA--GG-T-C-CC----TG---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCATCg
gi|13 : TCTT-----GATT---------TT--C----CAG--ATT---GGAC-TC--AAGTTTT--GAT-----------CTC-T------CAAACTCGATCTCTTGAACTTCTATCAA--GG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-TG-AGTAATCTCGAGTCACCTGcat
gi|14 : ttgcaTTTT-----G--T---------TT--CAAAACAG-AGTTAGGG-AT-TCTTGAACTTT--AA-----------------------C------AGCCAC--AAAATTTTATGTT--GGCT-T-CA----TT---GAC-TTT-C--AGTTATCAAGTGGCACCT
gi|15 : T--GAT-----------CTC-C---------------TTAC-----GTTTTATTAA--GA-T-G-CC----TT---GAA-CTT-TG-AGTTATTGATAGTCACCTttat
gi|16 : CTTT--AA------------CTT-T------T------GATCTTGCAAAGTTTCATCAA--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTTGTG-AGTTATGGAGAGTCACCTGTtagttctttgtatgatctaaacactt
gi|17 : caatct-T------C------AATCACTCAAAGTTTTACCAA--GG-T-C-CCTTAATT---GAA-CTT-CG-AATTATCAGGAGTCACat
gi|18 : TT--GAT-----------CTC-C---------------TTAC-----GTTTTATTAA--GA-T-G-CC----TT---GAA-CTT-TG-AGTTATTGATAGTCACCTATat
gi|19 : CTCGAAGTTTTGTAACTTGG-TTC-CC----TT---GAA-CTT-CGAAGTTATCAAGAGTCAag
gi|2 : ctTTTATCTATGCAGGATAAAGTTT-----TTGTTGAAATC-AAGTCAAA----ATAGTACCT--------AAAAT-AT--GGAGGACANNNNNNNN-NNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-----N--------NN---NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-N-NNNNNNNNNNN--NNNNN-----N--N---------NN--N----NNN-NNNN---N-NN-NN--NNNNNNN--GAT-----------CAC-T--------------------CAAAATTTTACCAA--GG-T-C-CT----TT---GAA-GTC-CG-AATTATTTTGAGTCACCTacc
gi|20 : agttacttttatcataacaaaacacacttaaactttttcagaaaaaaCGAAGTTTTGTCTT--GG-T-C-CC----TTAATGAA-CCT-TG-AATAATCGAGAGTCACCTG
gi|21 : TCACTCGAAGTGTTATCAA--GG-T-C-TC----TG---GAA-CTT-AG-AA-TATCTCGAGTCATCTGc
gi|22 : CGAAGTTTTCTCTT--GA-T-C-CC----TT---GAT-CTT-CA-AGTTTTCGAGAGTCACCTGT
gi|23 : AAGTTTTCTCTT--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CA-ACTTATCGAAAGTCGCATGTa
gi|24 : ACTCGAAGCTTTACCAT--GA-T-C-CC----TT---GAA-CTT----AGCTATCATGAGTCACCTa
gi|25 : AAGTTTTGTCTT--GG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-TG-AGTTATCTCGAGTCACCTGT
gi|26 : AAGTTTCATCAC--AG-T-C-CC----TA---TAA-CTT-TG-AGTTATCAAGATTCACCTGTa
gi|27 : TTGTCTT--GG-T-CTCC----AT---GAAACTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACCTGT
gi|28 : tgAGTTTTGTCTT--GG-T-C-CC----TT---GA--CTT-CG-AGTTATCGAGAGTCACTTGTa
gi|29 : TTTGCCTT--GG-T-C-CC----CT---GAA-CTT-CG-AATTATCGAGTGTCACCTGT
gi|3 : GTTCAAATT-AAGTC--ATTACATG-TACCT-G------AAAATCATTAGAAGGATA--ACATTG-TTAAATA-ATTCCCAGGGA--------TG------------------TT---GCTATTAAATCTTAAC---CATA-A-TGACCCGAAC---CTTTT-----A--T---------TC--C------G-TATT---G-ATGTG--GACCTTC--GATTACTTGAAGAACTC-G------C------AGTCACTTGAAG-TTTATCAA---G-T-T-CC----TT---GAA-CTT-TT-AGTTATCAAGAGTCA-CTGT
gi|31 : caagtggTATTAA--GG-T-T-CC----TT---GGA-CTT-CG-AGTTATCAAGAGTCACCTGT
gi|32 : --GG-C-C-CC----TT---GCA-CTT-CG-AGGTATCAAGAGTCACCTGT
gi|4 : CTACGCAGGATAAAGTTT-----TTGTTGAAATC-AAGTC--A----GT--TACCT-ATAAAATAAAAT-AT--AGAGGACA--GCA-TG-TCAa
gi|4 : AATTTTTACCAA--GG-T-C-CT----TT---GAA-CTT-GG-AGTTGTCAAGAGTCACCTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttttaccaaggtcctttgaacttggagttgtcaagagtcacctgt
gi|5 : ctacgcaggataaagtttttgttgaaatcaagtcagttacctataaaataaaatatagaggacagcatgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTC--C----AT--TGCCT-A------AAAAT-AT--GAAGAA-A--ACAT-G-TCAAA-ACATTCCCAGGGAGTTATAC----------------------T---ACTGTAAATTCTTATC---CATA-A-TGACC---ATT--CCTTTACATGG--TCCCTTGAACTT--C----AAGTTATTTA-G-AG-TN--GCACTGTAAAAT-----------CTTAT------CCATAATGATCAGTC----CTTTA-GAT--GG-T-C-CC----TT---GAA-CTT-CA-AGTTATTTAGAGTCACCTGT
gi|6 : taaatacaTCTCTATCTATGCAAGATAAAGTTCTGT-GTTGTTGAAATC-AAGTC--A----GT--TACTG-A------AAAAT-AC--AAAGGACG--ACAa
gi|7 : gtcttgtaaacatacatgtgtacgtttgtcttacaaaatttaattaaactttaaaaaATAAAAACTAAAAACGCTTA-A-----CCTAACCAACTTTT-----G--A---------TT--C----TTG-GATTTT-G-AC-TC--AACCTTC--AAT-----------CTC-T------T------GATCACTCTACGTTTTATAAT--AG-T-T-CC----TT---GAA-CTT-CG-AGTTATCGAGGGTCgacagcatgtccaaaca
gi|8 : TAAAATATGCAA---CATA-AATG-TCCGAAAT---TTTA-----A--T---------TT--T----CGG-TAT----------C--GAATTTT--GAT-----------CTC-TAGAACTCAA----GATCACTCAAAGTTTTACCAA--GA-T-C-TA----TT---GAA-TTT-CG-ATTTATCTCGAATCACCTGTttccgtatgatcac
gi|9 : ----GTTGTTGAAATC-AAGTC--A----AT--TGTATGA------AAAAT-TT--GAAGA--A--AC-TTGTTTAAA-T-AATTACAGGATGTTTTAC--ATGTA-----AATATACACTTTCAGTTATAAAATCTGAAT---CTTA-A-AGAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GACATTTTAAGGTATATTAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATC
Unaligned ( gi|12 ): CCAGGATGTTATGATGTGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATCAC
Unaligned ( gi|30 ): TATTCGATTTGCGGATTGGAGTCAACTTTTTATTTCTCTATCTC