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Reference ( gi|4 )            :       TTTTCCTGA-TTTGGTGTGTTGATTTTT-ACCTCTAG-AACCG-TTTCT--AA-ACCAGCGTCAAGAAGAACCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATAT-GATTCGTAG-TGTA--TAAC--A-GT--TTAAAAATTATT----CAAAAAT-ACC--AA-TT----------ACACCCA--AGC------TGGTTAA---TCCT-C-ATA---A--TA-T--------CTAC-TA-T-A----GAAACA-CAC-AATG-AT-C-A--TA-A---TTGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CCA-A-AA-TTAA--CATT-GATGAA-A----T-ATT--TA-TTTA--ATATA----TC-TC-----------AT--------A--------A--------GT-AA-T------------T-AAAATAATAA---C-GGC-G-A-T-AA--C-TCT---CGC-TA--T-GAAAT-A---AGTA-ATACAGCTTCCCGCTTCA
gi|19                         :       TTTTCCTGA-TTTGGTGTGTTGATTTTT-A-CTCTAGAAACCGTTTTCTAAAA-ACCAGCGTCAAGAAGAACCCTAC--AT
gi|18                         :    acaTTTACCTGA-TTTGATTTGTTGAGTTTT-ACCTCTAG-AAACG-TCCTT--AA-ACCAGCGCCAAGAAGAATCCTAC--ATAC
gi|16                         : catataTTTACTTGA-ACTGGTTTGTCGAGTTTA-ACCCCTAG-AACCG-TTACT--TA-ACAATCATCAAGAAGAATCCTAC--ATATCCGC
gi|5                          :   ttaagTTTTCTGAATTTGGTGTGTTGATTTTTTACCTCTAG-GACCG-TTTCT--AA--CCAGC-TCA-GAAGACCCCTAC--ATACCCG-ATTTC-ATATATGGATTCGTAG-TGTA--TAAC--A-G---TTAAAAATTATT----CAAAAATAACC--AA--T----------ACA-CCA--AGCT-----TGGTTAA---TCCT-C-ATA---A--TA-T--------CTAC-TA---A----G----A-CAC-AATG-AC------TA-AT--TTGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CC--A-AA-TTAA--CATT-GA-GAA-A----T-ATT--T--TTTA--AT-TA----TCTTC-----------AT--------A--------A--------GT-AA-T------------T-AAAATAATAA---CAGGC-G-A-T-AA--CTTCT---CGC-TAATT-GAAAT-A---AGTA-ATACAGGTTCCCGCTTCA
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gi|17                         :        taaCCTTA-TTTGGTTTGTTGGATTTT-ACCTCTAG-AACT--TTTTT--AATACCAACGTCAAGAAGAATCCTAC--ATATCC
gi|20                         :   cttatatgtaTGA-ACTGGTTTGTTGAATTTA-ACCCCTAG-AA--------T--GA--------TCAAGAAGAATCCTACATATATCCGCAGTTC-
gi|2                          :                                             agtttattTTT--AA-CCCAATGTCAAAAA-AATCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATAT-GATCCATAGTTGTATTTAAC--T-AT--TTACAAATTATT----CAAAAAT-AC----A-TTAAGATA----ACACCAA--AACTG----TGGCAAA---TCCT-C-ATA---G--TA-T--------CCAC-TA-TAA----GAAACA-CACAAATG-AT-C-A--TA-A---TTGC------A-TACTTT---TTAATT-A-------CCA-ATAA-TTTAGCCATT-GA------------GTTCACA-TTTA--GCATA----TT-TC-----------AT--------AACTTTCATA--------GTAAA-T------------TAAAAATGATAAGGGG-GGC-G-ATT-AA--C-TCT---CGC-TA--T-GAA----------------AGCTTTTTGCTTCA
gi|1                          :          tttattatcccaccaggacactcagtctctgaatgttttggttgttctag-ACCAATGTGAAGAAGAATC-TAC--AT--CCGCATTTC-ATA-AT-GAC-CGTAG-TGTA--TAAC--T-AT--TTACAAATTATTTTTGCAATAAT-ATCTAAA-CTTCACAATATAACAACCAACAACCACTTATGGCAAAAATTCCT-CAATA---AGTTG-TGCATTCAACTAA-TA-T-GTAATGAAACA-CAC-AATG-ATGC-AACTACA---TTAC------ACTAC--TATATTAATA-A-------CAATA-AA-TTAG--CAT---GTGG---------ATT--CA-TTTAGCATAAA----TCGTCTTATACAATCAAT--------A--------A--------GG-AA-T------------TCAAAATGATAA---G-TGC-ATA-T-CA--C-TCCTAATGC-TA--T-GAAacagtatatatgtccctgattaaagtaattgagcctttgatttttttccccagtaaatttgcattgtaatcaaattataatgttattgaaattgagaaatcataaatctat
gi|3                          :                                                             ctctaaaacaaatactttgCTAC--ATACCTGTATTTCTGTGTAT-GATCCGTAG-TGTA--TAACTTA-GTATTTACAAATTATT----CAAAGAT-ACT--AA-TT----------ACACCCA--AAC------TGGCAAA---TCCT-C-ATA---G--TA-T--------CCAC-TA-T-ATA--GAAACA-CAC-AATG-AT-C-A--TA-A---TTGC------A-TAC--T---TAAATT-A-------CCA-A-AA-TTAG--CATT-GAT-------------T--CA-TTTA--ACATA----TC-TC-----------AT--------A--------ACTTCATAAGT-AA-TATAAGTTAATATT-AAAATGAAAA---G-GGCCG-A-TTAA--C-TCT---CGCTTA--T-GAAgcttaattgatcttcaaagtgtcatattgtctctgattaagataattaagtccttattgattttttattttttcagtgaaatttgcaaattgtgaatcaaatcaatcaatgtatgaaaaattgagagaaatcataaatctatt
gi|7                          :                                                                                        ACCCG-ATTTC--TATAT-GATTCGTAG-TGTA--TAAC--AAGTA-TTAAAAATTATT----CATGAAT-ACC--AAGTT----------ACACCCA--AGC------TGGTTAA---TCTGGC-ATA---A--TA-T--------CTAC-TA-T-A----GAAACA-CAC-AATGAAT-CAA--TA-A---TTGC------A-TACT-T---TTAATT-A-------CCA-A-AAGTTAA--CATT-GATGAA-A----TCATT--TA-TTTA--A-ATAATAGTC-TC-----------ATGAA-----A--------A--------GT--A-T------------T-AAACTAATAA---C-GGC---C-T-AA--CTTCT---CG--TA--T-GAgctgttttgcttctaacgtcagcgctgtttatatatatatatattgtctctgattataagttattattaagccttatttgattttttttcagtaaatttggcattttgtaatcaaatca
gi|8                          :                                                                                                     TATAT-GATTCGTAG-TGTAA-TAAC-----TA-TTAAAA--TATT----CAAAA-T-ACC--AA-TT----------ACACCCA--AAC------TGGCTAA---TCCT-T-ATA---G--TA-T--------C-AC-TA-T-A----GAAACA-CAC-AATG-AT-C-A--TA-A---TTG-------A-TAC--T---TTAATT-A-------CCA-A-AA-TTAA--CATT-GATGAA-A----G-ATT--TA-TTTA--GTATA----TC-TCA----------AT--------A--------A--------GT-AA-T------------T-AAAATAATAA---G-GGC-G-A-T-AA--C-TCTC--CGC-----------------------CACAGCTTTCCGCT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                               ------TGGCTAA---TCCA-G-ATA---G--TAAT--------CCAC-TAAT-A----GAAACA-CA----------------A-A-------------A-TAC--T---TTAATTAA-------CCC-A-AA-CT-A--CATT-GGTGAAGA----T--TT--TA--TTA--GTATAG---TC-TC-----------TA--------A--------A--------GT-AC-TG-----------T-AATATAATAA---G-GGC-G-A-T-AAACT-TCT---CGC-TA--TAGAAAT-ATTTAG-A-ACACAGCTTca
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                   --------CCAC-AA-T-A----AAATCA-CAC-AATG-AT-A-A--TA-A---TTGT------A-TAC--T---TAAATT---------TTA-A-AA-TTAA--CA-T-AATGAA-A----T-ATT--TATTTTA--GTATA----TT-TA-----------AT--------A--------A--------GT-AA-T------------T-AAAta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATT-A-------CCA-A-AA-TCAA--CATT-GATGAG-A----A-GTC--TA-ATTA--GGATC----TC-TA-----------AT--------A--------A--------GC-AA-A------------T-AAAATAATAG---G-GGC-G-A-T-AA--C-TCT---CGC-TA--T-GAAAT-C---AGTC-ATACAGCTTTCCGCTTCA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATA----TC-TC-----------AT--------A--------A--------GT-AA-T------------T-AAAATGATAA---G-GGG-G-A-T-AA--C-TCT---CGC-TA--T-GAAATCA---AACATTTACAGCTgctttttgcttcaacag
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cC-TC-----------AT--------A--------A--------GT-AA-A------------T-AAAATAAG-------GGC-G-A-T-AA--C-CCT---CGC-TC--C-GAAAT-A---AGTT-ATACAGCTTTTTGCTTCActcttattaaagtttagcctttgattttttttgatttttttttttagtaaatttgcatt
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-3919 )     :                                                   TTTACCTGANTT-GGTTTGTTGAGTTTT-ACCTCTAGAA-CCGTTT-CTAA-A--CCAGCGTCAAGAAGAATCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATATG-ATCCGTAG-TGTA--TAACN--GTATT-ACAAATTATT----C--AAAAAT-A-CC--AA-T-------------T----------ACACCCA--AA---C------TG-GCN-AA---TCCT-C----ATA------GT--A-TC-C-AC--T-A-T-A------GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAA--CATT--GATGAA-A----T-ATT--TA--TTTAG----TA-------TA-----TC--------TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATAATAA---GGG-C--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAAAT-A---AG-T-A--CACAGCTTTCCGCTTCA
gi|1                          :                                                                                                      -A--CCAATGTGAAGAAGAATC-TAC--AT--CCGCATTTC-ATA-ATG-A-CCGTAG-TGTA--TAACT--AT-TT-ACAAATTATTTTTGC--AATAAT-A-TCTAAA-C-------------TTCACAATATAACAACCAACAA---CCACTTATG-GCA-AAAATTCCT-CA---ATAAGTTGTGC--A-TT-CAAC--TAA-T-ATGTAATGA-AACA-CAC-AA--TG-ATGC-AACTACA---T----TAC------ACTAC--TATATTAATA-A-------CAATA-A-A-TTAG--CAT----GTGG---------ATT--CA--TTTAG----CA-------TAAATCGTC--------TTATACAATCAAT--------A--------AGG-A------------A-T-TCAAAATGATAA---GTG-C--ATA-TCA--C-TCCTAAT-GC-TA--T-GAA
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gi|11                         :                                                    TTACCTGAATT-AGTTTGTTGAGTATG-ACCTCTCGAA-CCGTTC-CTTT-A--TCTTCGTCAAGAAGAATCCTAT--ATACCCGCGGTTC-ATATATG-ATCCATAA-TGTA--TAATT--AT-TT-ACAAATTATT----C--AAAAAT-A-CT--AA-T-------------T----------ta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            taaA-------TA-----TC--------TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATGATAA---GGG-G--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAAATCA---AA-C-ATTTACAGCTCTC
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gi|18                         :                                           cttatatgTTTACCTGATTT-GATTTGTTGAGTTTT-ACCTCTAGAA-ACGTCC-TTAA-A--CCAGCGCCAAGAAGAATCCTAC--ATAC
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gi|2                          :                                                                                             acaT-TTAA-C--CCAATGTCAAAAA-AATCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATATG-ATCCATAGTTGTATTTAACT--AT-TT-ACAAATTATT----C--AAAAAT-A-C----A-T-------------TAAGATA----ACACCAA--AA---CTG----TG-GCA-AA---TCCT-C----ATA------GT--A-TC-C-AC--T-A-TAA------GA-AACA-CACAAA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TACTTT---TTAATT-A-------CCA-ATA-A-TTTAGCCATT--GA------------GTTCACA--TTTAG----CA-------TA-----TT--------TC---------AT--------AACTTTCATAGTAA------------A-T-TAAAAATGATAAGGGGGG-C--G-ATTAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAA------------------AGCTTTTTGCTTCA
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agC--------TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-A-T-AAAATA---A---GGG-C--G-A-TAA--C-CCT---C-GC-TC--C-GAAAT-A---AGTT-A--TACAGCTTTTTGCTTCA
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Reference ( family-3919 )     :                                                   TTTACCTGANTT-GGTTTGTTGANTTTT-ACCTCTAGAA-CCGTTT-CTAA-A--CCAGCGTCAAGAAGAATCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATATG-ATCCGTAG-TGTA--TAACN--GTATT-ACAAATTATT----C--AAAAAT-A-CC--AA-T-------------T----------ACACCCA--AA---C------TG-GCT-AA---TCCT-C----ATA------GT--A-TC-C-AC-T-AT-A------GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAA--CATT--GATGAA-A----T-ATT--TA--TTTAG----TA-------TA-----TC-TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATGATAA---GGG-C--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAAAT-A---AG-T-A--TACAGCTTTCCGCTTCA
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gi|11                         :                                                    TTACCTGAATT-AGTTTGTTGAGTATG-ACCTCTCGAA-CCGTTC-CTTT-A--TCTTCGTCAAGAAGAATCCTAT--ATACCCGCGGTTC-ATATATG-ATCCATAA-TGTA--TAATT--AT-TT-ACAAATTATT----C--AAAAAT-A-CT--AA-T-------------T----------ta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          taaA-------TA-----TC-TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATGATAA---GGG-G--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAAATCA---AA-C-ATTTACAGCTCTC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cATT-A-------CCA-A-A-A-TCAA--CATT--GATGAG-A----A-GTC--TA--ATTAG----GA-------TC-----TC-TA---------AT--------A--------AGC-A------------A-A-T-AAAATAATAG---GGG-C--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAAAT-C---AG-TCA--TACAGCTTTCCGCTTCAttattaaagtttagcctttgattttttttgatttttttttttagtaaatttgcatt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -------CCA-A-A-A-TTAG--CATT--GAT-------------T--CA--TTTAGCA--TA-------TA-----TC-TC---------ATAACTTCATA--------AGT-A------------A-T-T-AAAACGATAA---GGG-C--G-A-TAA--C-TCG---C-GC-TA--T-GA-------------------AGCTTTTTGCTTCAgtt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         C-C-AC-A-AT-A------AA-ATCA-CAC-AA--TG-AT-A-A--TA-A---T----TGT------A-TAC--T---TAAATT---------TTA-A-A-A-TTAA--CA-T--AATGAA-A----T-ATT--TAT-TTTAG----TA-------TA-----TT-TA---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAacag
gi|16                         :                                                   TTTACTTGAACT-GGTTTGTCGAGTTTA-ACCCCTAGAA-CCGTTA-CTTA-A--CAATCATCAAGAAGAATCCTAC--ATATCCGC
gi|17                         :                                                ttaagTACCTTATTT-GGTTTGTTGGATTTT-ACCTCTAGAA-CT-TTT-TTAATA--CCAACGTCAAGAAGAATCCTAC--ATATCC
gi|18                         :                                           cttatatgTTTACCTGATTT-GATTTGTTGAGTTTT-ACCTCTAGAA-ACGTCC-TTAA-A--CCAGCGCCAAGAAGAATCCTAC--ATAC
gi|19                         :                                             catataTTTTCCTGATTT-GGTGTGTTGATTTTT-AC-TCTAGAAACCGTTTTCTAA-AAACCAGCGTCAAGAAGAACCCTAC--AT
gi|2                          :                                                                                             acaT-TTAA-C--CCAATGTCAAAAA-AATCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATATG-ATCCATAGTTGTATTTAACT--AT-TT-ACAAATTATT----C--AAAAAT-A-C----A-T-------------TAAGATA----ACACCAA--AA---CTG----TG-GCA-AA---TCCT-C----ATA------GT--A-TC-C-AC-T-ATAA------GA-AACA-CACAAA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TACTTT---TTAATT-A-------CCA-ATA-A-TTTAGCCATT--GA------------GTTCACA--TTTAG----CA-------TA-----TT-TC---------AT--------AACTTTCATAGTAA------------A-T-TAAAAATGATAAGGGGGG-C--G-ATTAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAA------------------AGCTTTTTGCTTCA
gi|20                         : tttattatcccaccaggacactcagtctctgaatgttttggttgttctagTTTATTTGAACT-GGTTTGTTGAATTTA-ACCCCTAGAA---------TGA----------TCAAGAAGAATCCTACATATATCCGCAGTTC-acagtatatatgtccctgattaaagtaattgagcctttgatttttttccccagtaaatttgcattgtaatcaaattataatgttattgaaattgagaaatcataaatctat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           agC-TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-A-T-AAAAT---AA---GGG-C--G-A-TAA--C-CCT---C-GC-TC--C-GAAAT-A---AGTT-A--TACAGCTTTTTGCTTCA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -A------------A-T-T-AAAATAATAA---GGG-C--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-------------------------CACAGCTTTCCGCTTCAttag
gi|3                          :                                                                                                                            CTAC--ATACCTGTATTTCTGTGTATG-ATCCGTAG-TGTA--TAACTTAGTATTTACAAATTATT----C--AAAGAT-A-CT--AA-T-------------T----------ACACCCA--AA---C------TG-GCA-AA---TCCT-C----ATA------GT--A-TC-C-AC-T-AT-ATA----GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TAC--T---TAAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAG--CATT--GAT-------------T--CA--TTTAA----CA-------TA-----TC-TC---------ATAACTTCATA--------AGT-AATATAAGTTAATA-T-T-AAAATGAAAA---GGGCC--G-ATTAA--C-TCT---C-GCTTA--T-GAAattgta
gi|4                          :                                                   TTTTCCTGATTT-GGTGTGTTGATTTTT-ACCTCTAGAA-CCGTTT-CTAA-A--CCAGCGTCAAGAAGAACCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATATG-ATTCGTAG-TGTA--TAACA--GT-TT-AAAAATTATT----C--AAAAAT-A-CC--AA-T-------------T----------ACACCCA--AG---C------TG-GTT-AA---TCCT-C----ATA------AT--A-TC-T-AC-T-AT-A------GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAA--CATT--GATGAA-A----T-ATT--TA--TTTAA----TA-------TA-----TC-TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATAATAA---CGG-C--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAAAT-A---AG-TAA--TACAGCTTCCCGCTTCAgctgttttgcttctaacgtcagcgctgtttatatatatatatattgtctctgattataagttattattaagccttatttgattttttttcagtaaatttggcattttgtaatcaaatca
gi|5                          :                                                        CTGAATTTGGTGTGTTGATTTTTTACCTCTAGGA-CCGTTT-CTAA----CCAGC-TCA-GAAGACCCCTAC--ATACCCG-ATTTC-ATATATGGATTCGTAG-TGTA--TAACA--GT--T-AAAAATTATT----C--AAAAATAA-CC--AA---------------T----------ACA-CCA--AG---CT-----TG-GTT-AA---TCCT-C----ATA------AT--A-TC-T-AC-T-A--A------G-----A-CAC-AA--TG-AC------TA-AT--T----TGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CC--A-A-A-TTAA--CATT--GA-GAA-A----T-ATT--T---TTTAA----T--------TA-----TCTTC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATAATAAC--AGG-C--G-A-TAA--CTTCT---C-GC-TAATT-GAAAT-A---AG-TAA--TACAGGTTCCCGCTTCA
gi|6                          :                                                                                                                                                                          tacattttT-ACAAATTATT----ATAAAAAAC-AACC--AA-TAAATACATAGACTT----------ACACCCA--AATAAC------TGTGCTCAA---TTCT-CCACTATAA-----GTCAG-TCAC-AC---AT-A------AATAACA-CAC-GAGCTG-AAAC-A--TG-A---TATAGCGCC-----A-TACAGT---ATAATCCA-------ATA-A-ATA-TTAA--CATTTTGATGA-----------T--TAGGTTTAGCTGTTAAAGCACCTA-----TC-TCTTC------AT--------A--------AGT-A------------A-T-TAAAAATGATAAACCGAG-TCAG-A-TAA--C-TCT---CAGC-TA--T-GAA
gi|7                          :                                                                                                                                    ACCCG-ATTTC--TATATG-ATTCGTAG-TGTA--TAACAA-GTATT-AAAAATTATT----C--ATGAAT-A-CC--AAGT-------------T----------ACACCCA--AG---C------TG-GTT-AA---TCTGGC----ATA------AT--A-TC-T-AC-T-AT-A------GA-AACA-CAC-AA--TGAAT-CAA--TA-A---T----TGC------A-TACT-T---TTAATT-A-------CCA-A-A-AGTTAA--CATT--GATGAA-A----TCATT--TA--TTTAA-----A-------TAATAG-TC-TC---------ATGAA-----A--------AGT--------------A-T-T-AAACTAATAA---CGG-C----C-TAA--CTTCT---C-G--TA--T-GAgactt
gi|8                          :                                                                                                                                                 TATATG-ATTCGTAG-TGTAA-TAAC----TATT-A-AAAT-ATT----C--AAAA-T-A-CC--AA-T-------------T----------ACACCCA--AA---C------TG-GCT-AA---TCCT-T----ATA------GT--A-TC---AC-T-AT-A------GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TG-------A-TAC--T---TTAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAA--CATT--GATGAA-A----G-ATT--TA--TTTAG----TA-------TA-----TC-TCA--------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATAATAA---GGG-C--G-A-TAA--C-TCTC--C-GC-------------------------CACAGCTTTCCGCT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                             ------TG-GCT-AA---TCCA-G----ATA------GTA-A-TC-C-AC-TAAT-A------GA-AACA-CA--AA----------------------------------A-TAC--T---TTAATTAA-------CCC-A-A-A-CT-A--CATT--GGTGAAGA----T--TT--TA---TTAG----TA-------TAG----TC-TC---------TA--------A--------AGT-A------------C-TGT-AATATAATAA---GGG-C--G-A-TAAACT-TCT---C-GC-TA--TAGAAAT-ATTTAG-A-A--CACAGCTTTca





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lowQualScore                  :                                                            0  0          0   55          0      4    7777   3                  00       9     11      0        0    99    555555  4 9        4444 11      4 4  11  22222222222222222222222222       99  888 333333  4   4  888    0 5555   555555  55 0  222  777  6 555555  6    6   6  00  6  444444  6 99999999   111111 6   66 444      888888888   1 1 1 1    22    33     9999999999  22  33     6666666666666  11111  7  8888888888888888888888888888   5 888888888888 5 5 5     6    999   9 99 9 7   99 7   999 9  9  99 9   0000000000000000                
consensus                     :                                                   TTTACCTGANTT-GGTTTGTTGANTTTT-ACCTCTAGAA-CCGTTT-CTAA-A--CCAGCGTCAAGAAGAATCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATATG-ATCCGTAG-TGTA--TAACN--GTATT-ACAAATTATT----C--AAAAAT-A-CC--AA-T-------------T----------ACACCCA--AA---C------TG-GCT-AA---TCCT-C----ATA------GT--A-TC-C-AC-T-AT-A------GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAA--CATT--GATGAA-A----T-ATT--TA--TTTAG----TA-------TA-----TC-TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATGATAA---GGG-C--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAAAT-A---AG-T-A--TACAGCTTTCCGCTTCA
Reference ( family-3919 )     :                                                   TTTACCTGANTT-GGTTTGTTGANTTTT-ACCTCTAGAA-CCGTTT-CTAA-A--CCAGCGTCAAGAAGAATCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATATG-ATCCGTAG-TGTA--TAACN--GTATT-ACAAATTATT----C--AAAAAT-A-CC--AA-T-------------T----------ACACCCA--AA---C------TG-GCT-AA---TCCT-C----ATA------GT--A-TC-C-AC-T-AT-A------GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAA--CATT--GATGAA-A----T-ATT--TA--TTTAG----TA-------TA-----TC-TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATGATAA---GGG-C--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAAAT-A---AG-T-A--TACAGCTTTCCGCTTCA
gi|1                          :                                                                                                      -A--CCAATGTGAAGAAGAATC-TAC--AT--CCGCATTTC-ATA-ATG-A-CCGTAG-TGTA--TAACT--AT-TT-ACAAATTATTTTTGC--AATAAT-A-TCTAAA-C-------------TTCACAATATAACAACCAACAA---CCACTTATG-GCA-AAAATTCCT-CA---ATAAGTTGTGC--A-TT-CAAC-TAAT-ATGTAATGA-AACA-CAC-AA--TG-ATGC-AACTACA---T----TAC------ACTAC--TATATTAATA-A-------CAATA-A-A-TTAG--CAT----GTGG---------ATT--CA--TTTAG----CA-------TAAATCGTC-TTATACAATCAAT--------A--------AGG-A------------A-T-TCAAAATGATAA---GTG-C--ATA-TCA--C-TCCTAAT-GC-TA--T-GAA
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gi|16                         :                                                   TTTACTTGAACT-GGTTTGTCGAGTTTA-ACCCCTAGAA-CCGTTA-CTTA-A--CAATCATCAAGAAGAATCCTAC--ATATCCGC
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gi|18                         :                                           cttatatgTTTACCTGATTT-GATTTGTTGAGTTTT-ACCTCTAGAA-ACGTCC-TTAA-A--CCAGCGCCAAGAAGAATCCTAC--ATAC
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gi|2                          :                                                                                             acaT-TTAA-C--CCAATGTCAAAAA-AATCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATATG-ATCCATAGTTGTATTTAACT--AT-TT-ACAAATTATT----C--AAAAAT-A-C----A-T-------------TAAGATA----ACACCAA--AA---CTG----TG-GCA-AA---TCCT-C----ATA------GT--A-TC-C-AC-T-ATAA------GA-AACA-CACAAA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TACTTT---TTAATT-A-------CCA-ATA-A-TTTAGCCATT--GA------------GTTCACA--TTTAG----CA-------TA-----TT-TC---------AT--------AACTTTCATAGTAA------------A-T-TAAAAATGATAAGGGGGG-C--G-ATTAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAA------------------AGCTTTTTGCTTCA
gi|20                         : tttattatcccaccaggacactcagtctctgaatgttttggttgttctagTTTATTTGAACT-GGTTTGTTGAATTTA-ACCCCTAGAA---------TGA----------TCAAGAAGAATCCTACATATATCCGCAGTTC-acagtatatatgtccctgattaaagtaattgagcctttgatttttttccccagtaaatttgcattgtaatcaaattataatgttattgaaattgagaaatcataaatctat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           agC-TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-A-T-AAAAT---AA---GGG-C--G-A-TAA--C-CCT---C-GC-TC--C-GAAAT-A---AGTT-A--TACAGCTTTTTGCTTCA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -A------------A-T-T-AAAATAATAA---GGG-C--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-------------------------CACAGCTTTCCGCTTCAttag
gi|3                          :                                                                                                                            CTAC--ATACCTGTATTTCTGTGTATG-ATCCGTAG-TGTA--TAACTTAGTATTTACAAATTATT----C--AAAGAT-A-CT--AA-T-------------T----------ACACCCA--AA---C------TG-GCA-AA---TCCT-C----ATA------GT--A-TC-C-AC-T-AT-ATA----GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TAC--T---TAAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAG--CATT--GAT-------------T--CA--TTTAA----CA-------TA-----TC-TC---------ATAACTTCATA--------AGT-AATATAAGTTAATA-T-T-AAAATGAAAA---GGGCC--G-ATTAA--C-TCT---C-GCTTA--T-GAAattgta
gi|4                          :                                                   TTTTCCTGATTT-GGTGTGTTGATTTTT-ACCTCTAGAA-CCGTTT-CTAA-A--CCAGCGTCAAGAAGAACCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATATG-ATTCGTAG-TGTA--TAACA--GT-TT-AAAAATTATT----C--AAAAAT-A-CC--AA-T-------------T----------ACACCCA--AG---C------TG-GTT-AA---TCCT-C----ATA------AT--A-TC-T-AC-T-AT-A------GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAA--CATT--GATGAA-A----T-ATT--TA--TTTAA----TA-------TA-----TC-TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATAATAA---CGG-C--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAAAT-A---AG-TAA--TACAGCTTCCCGCTTCAgctgttttgcttctaacgtcagcgctgtttatatatatatatattgtctctgattataagttattattaagccttatttgattttttttcagtaaatttggcattttgtaatcaaatca
gi|5                          :                                                        CTGAATTTGGTGTGTTGATTTTTTACCTCTAGGA-CCGTTT-CTAA----CCAGC-TCA-GAAGACCCCTAC--ATACCCG-ATTTC-ATATATGGATTCGTAG-TGTA--TAACA--GT--T-AAAAATTATT----C--AAAAATAA-CC--AA---------------T----------ACA-CCA--AG---CT-----TG-GTT-AA---TCCT-C----ATA------AT--A-TC-T-AC-T-A--A------G-----A-CAC-AA--TG-AC------TA-AT--T----TGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CC--A-A-A-TTAA--CATT--GA-GAA-A----T-ATT--T---TTTAA----T--------TA-----TCTTC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATAATAAC--AGG-C--G-A-TAA--CTTCT---C-GC-TAATT-GAAAT-A---AG-TAA--TACAGGTTCCCGCTTCA
gi|6                          :                                                                                                                                                                          tacattttT-ACAAATTATT----ATAAAAAAC-AACC--AA-TAAATACATAGACTT----------ACACCCA--AATAAC------TGTGCTCAA---TTCT-CCACTATAA-----GTCAG-TCAC-AC---AT-A------AATAACA-CAC-GAGCTG-AAAC-A--TG-A---TATAGCGCC-----A-TACAGT---ATAATCCA-------ATA-A-ATA-TTAA--CATTTTGATGA-----------T--TAGGTTTAGCTGTTAAAGCACCTA-----TC-TCTTC------AT--------A--------AGT-A------------A-T-TAAAAATGATAAACCGAG-TCAG-A-TAA--C-TCT---CAGC-TA--T-GAA
gi|7                          :                                                                                                                                    ACCCG-ATTTC--TATATG-ATTCGTAG-TGTA--TAACAA-GTATT-AAAAATTATT----C--ATGAAT-A-CC--AAGT-------------T----------ACACCCA--AG---C------TG-GTT-AA---TCTGGC----ATA------AT--A-TC-T-AC-T-AT-A------GA-AACA-CAC-AA--TGAAT-CAA--TA-A---T----TGC------A-TACT-T---TTAATT-A-------CCA-A-A-AGTTAA--CATT--GATGAA-A----TCATT--TA--TTTAA-----A-------TAATAG-TC-TC---------ATGAA-----A--------AGT--------------A-T-T-AAACTAATAA---CGG-C----C-TAA--CTTCT---C-G--TA--T-GAgactt
gi|8                          :                                                                                                                                                 TATATG-ATTCGTAG-TGTAA-TAAC----TATT-A-AAAT-ATT----C--AAAA-T-A-CC--AA-T-------------T----------ACACCCA--AA---C------TG-GCT-AA---TCCT-T----ATA------GT--A-TC---AC-T-AT-A------GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TG-------A-TAC--T---TTAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAA--CATT--GATGAA-A----G-ATT--TA--TTTAG----TA-------TA-----TC-TCA--------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATAATAA---GGG-C--G-A-TAA--C-TCTC--C-GC-------------------------CACAGCTTTCCGCT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                             ------TG-GCT-AA---TCCA-G----ATA------GTA-A-TC-C-AC-TAAT-A------GA-AACA-CA--AA----------------------------------A-TAC--T---TTAATTAA-------CCC-A-A-A-CT-A--CATT--GGTGAAGA----T--TT--TA---TTAG----TA-------TAG----TC-TC---------TA--------A--------AGT-A------------C-TGT-AATATAATAA---GGG-C--G-A-TAAACT-TCT---C-GC-TA--TAGAAAT-ATTTAG-A-A--CACAGCTTTca


blockSeqs                     :                                                            A  T          G   TT          A      T    AAA    T                  AT       C     TG      G        T    TT    TTAGTA  T C        .    TA      A A  .   TAAATACATAGACTT                  .   TAA TG      T   C  .      G CACT   TAA     CA A  AC   CT   A TA      T    A   A  GC  A  ACA     . TATAG      TAAAAG .   TT .        AATTATCA    . T T G    GC    TT     ATAGGTTTA   CA  GG     CTGTTAAAGCACC  ATAG   T  ATAACTTCATA                    A ATATAAGTTAAT G G A     G    GGG   C CA . T   AC T   C   A  T  AT A   ATATTTAGAAC     
blockSeqs                     :                                                            T  .          A   A           .      .    TA     T                  .        C     A       .        .    A     AAGTA   . C        .    .       . .  .   TTAAGATA                         .   .   T       .   .  .      . .      A       A  .  C    TA   . .       .    .   .  .   .  CAA     . ATTT       C      .   AG .        CA          . . . .    .     T      AATCA       .   T      CATA           G      .  ATAACTTTCAT                    . .            . . A     A    ACC   . .  . T   .  T   .   .  .  .  .   ATCAGTCAT       
blockSeqs                     :                                                            T  .          G   T           .      .    A      A                  .        C     A       .        .    .     TAT     . C        .    .       . .  .   GTT                              .   .   .       .   .  .      . .      .       .  .  C    A    . .       .    .   .  .   .  CA      . TT         .      .   T  .        AA          . . . .    .     .      GAAG        .   .      TA             .      .  ATAACTTCATA                    . .            . . .     G    C     . .  . .   .  .   .   .  .  .  .   ATAAGTTAT       
blockSeqs                     :                                                            T  .          T   T           .      .    A      G                  .        C     A       .        .    .     TAT     . A        .    .       . .  .   TT                               .   .   .       .   .  .      . .      .       .  .  C    T    . .       .    .   .  .   .  AA      . T          .      .   .  .        A           . . . .    .     .      AATA        .   .      GA             .      .  TTCATA                         . .            . . .     G    .     . .  . .   .  .   .   .  .  .  .   ATAAGTAAT       
blockSeqs                     :                                                            A  .          A   T           .      .    A      G                  .        T     A       .        .    .     AGT     . A        .    .       . .  .   TT                               .   .   .       .   .  .      . .      .       .  .  C    T    . .       .    .   .  .   .  CA      . T          .      .   .  .        A           . . . .    .     .      AATA        .   .      TA             .      .  ATGAAA                         . .            . . .     A    .     . .  . .   .  .   .   .  .  .  .   ATAAGTAAT       
blockSeqs                     :                                                            T  .          T   A           .      .    C      A                  .        C     .       .        .    .     AGT     . C        .    .       . .  .   TT                               .   .   .       .   .  .      . .      .       .  .  T    T    . .       .    .   .  .   .  CA      . T          .      .   .  .        A           . . . .    .     .      AATA        .   .      CA             .      .  ATAC                           . .            . . .     G    .     . .  . .   .  .   .   .  .  .  .   C               
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Reference ( family-3919 )     :                                                   TTTACCTGANTT-GGTTTGTTGANTTTT-ACCTCTAGAA-CCGTTT-CTAA-A--CCAGCGTCAAGAAGAATCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATATG-ATCCGTAG-TGTA--TAACN--GTATT-ACAAATTATT----C--AAAAAT-A-CC--AA-T-------------T----------ACACCCA--AA---C------TG-GCT-AA---TCCT-C----ATA------GT--A-TC-C-AC-T-AT-A------GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAA--CATT--GATGAA-A----T-ATT--TA--TTTAG----TA-------TA-----TC-TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATGATAA---GGG-C--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAAAT-A---AG-T-A--CACAGCTTTCCGCTTCA
gi|1                          :                                                                                                      -A--CCAATGTGAAGAAGAATC-TAC--AT--CCGCATTTC-ATA-ATG-A-CCGTAG-TGTA--TAACT--AT-TT-ACAAATTATTTTTGC--AATAAT-A-TCTAAA-C-------------TTCACAATATAACAACCAACAA---CCACTTATG-GCA-AAAATTCCT-CA---ATAAGTTGTGC--A-TT-CAAC-TAAT-ATGTAATGA-AACA-CAC-AA--TG-ATGC-AACTACA---T----TAC------ACTAC--TATATTAATA-A-------CAATA-A-A-TTAG--CAT----GTGG---------ATT--CA--TTTAG----CA-------TAAATCGTC-TTATACAATCAAT--------A--------AGG-A------------A-T-TCAAAATGATAA---GTG-C--ATA-TCA--C-TCCTAAT-GC-TA--T-GAA
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gi|16                         :                                                   TTTACTTGAACT-GGTTTGTCGAGTTTA-ACCCCTAGAA-CCGTTA-CTTA-A--CAATCATCAAGAAGAATCCTAC--ATATCCGC
gi|17                         :                                                ttaagTACCTTATTT-GGTTTGTTGGATTTT-ACCTCTAGAA-CT-TTT-TTAATA--CCAACGTCAAGAAGAATCCTAC--ATATCC
gi|18                         :                                           cttatatgTTTACCTGATTT-GATTTGTTGAGTTTT-ACCTCTAGAA-ACGTCC-TTAA-A--CCAGCGCCAAGAAGAATCCTAC--ATAC
gi|19                         :                                             catataTTTTCCTGATTT-GGTGTGTTGATTTTT-AC-TCTAGAAACCGTTTTCTAA-AAACCAGCGTCAAGAAGAACCCTAC--AT
gi|2                          :                                                                                             acaT-TTAA-C--CCAATGTCAAAAA-AATCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATATG-ATCCATAGTTGTATTTAACT--AT-TT-ACAAATTATT----C--AAAAAT-A-C----A-T-------------TAAGATA----ACACCAA--AA---CTG----TG-GCA-AA---TCCT-C----ATA------GT--A-TC-C-AC-T-ATAA------GA-AACA-CACAAA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TACTTT---TTAATT-A-------CCA-ATA-A-TTTAGCCATT--GA------------GTTCACA--TTTAG----CA-------TA-----TT-TC---------AT--------AACTTTCATAGTAA------------A-T-TAAAAATGATAAGGGGGG-C--G-ATTAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAA------------------AGCTTTTTGCTTCA
gi|20                         : tttattatcccaccaggacactcagtctctgaatgttttggttgttctagTTTATTTGAACT-GGTTTGTTGAATTTA-ACCCCTAGAA---------TGA----------TCAAGAAGAATCCTACATATATCCGCAGTTC-acagtatatatgtccctgattaaagtaattgagcctttgatttttttccccagtaaatttgcattgtaatcaaattataatgttattgaaattgagaaatcataaatctat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           agC-TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-A-T-AAAAT---AA---GGG-C--G-A-TAA--C-CCT---C-GC-TC--C-GAAAT-A---AGTT-A--TACAGCTTTTTGCTTCA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -A------------A-T-T-AAAATAATAA---GGG-C--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-------------------------CACAGCTTTCCGCTTCAttag
gi|3                          :                                                                                                                            CTAC--ATACCTGTATTTCTGTGTATG-ATCCGTAG-TGTA--TAACTTAGTATTTACAAATTATT----C--AAAGAT-A-CT--AA-T-------------T----------ACACCCA--AA---C------TG-GCA-AA---TCCT-C----ATA------GT--A-TC-C-AC-T-AT-ATA----GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TAC--T---TAAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAG--CATT--GAT-------------T--CA--TTTAA----CA-------TA-----TC-TC---------ATAACTTCATA--------AGT-AATATAAGTTAATA-T-T-AAAATGAAAA---GGGCC--G-ATTAA--C-TCT---C-GCTTA--T-GAAattgta
gi|4                          :                                                   TTTTCCTGATTT-GGTGTGTTGATTTTT-ACCTCTAGAA-CCGTTT-CTAA-A--CCAGCGTCAAGAAGAACCCTAC--ATACCCGCATTTC-ATATATG-ATTCGTAG-TGTA--TAACA--GT-TT-AAAAATTATT----C--AAAAAT-A-CC--AA-T-------------T----------ACACCCA--AG---C------TG-GTT-AA---TCCT-C----ATA------AT--A-TC-T-AC-T-AT-A------GA-AACA-CAC-AA--TG-AT-C-A--TA-A---T----TGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CCA-A-A-A-TTAA--CATT--GATGAA-A----T-ATT--TA--TTTAA----TA-------TA-----TC-TC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATAATAA---CGG-C--G-A-TAA--C-TCT---C-GC-TA--T-GAAAT-A---AG-TAA--TACAGCTTCCCGCTTCAgctgttttgcttctaacgtcagcgctgtttatatatatatatattgtctctgattataagttattattaagccttatttgattttttttcagtaaatttggcattttgtaatcaaatca
gi|5                          :                                                        CTGAATTTGGTGTGTTGATTTTTTACCTCTAGGA-CCGTTT-CTAA----CCAGC-TCA-GAAGACCCCTAC--ATACCCG-ATTTC-ATATATGGATTCGTAG-TGTA--TAACA--GT--T-AAAAATTATT----C--AAAAATAA-CC--AA---------------T----------ACA-CCA--AG---CT-----TG-GTT-AA---TCCT-C----ATA------AT--A-TC-T-AC-T-A--A------G-----A-CAC-AA--TG-AC------TA-AT--T----TGC------A-TAC--T---TTAATT-A-------CC--A-A-A-TTAA--CATT--GA-GAA-A----T-ATT--T---TTTAA----T--------TA-----TCTTC---------AT--------A--------AGT-A------------A-T-T-AAAATAATAAC--AGG-C--G-A-TAA--CTTCT---C-GC-TAATT-GAAAT-A---AG-TAA--TACAGGTTCCCGCTTCA
gi|6                          :                                                                                                                                                                          tacattttT-ACAAATTATT----ATAAAAAAC-AACC--AA-TAAATACATAGACTT----------ACACCCA--AATAAC------TGTGCTCAA---TTCT-CCACTATAA-----GTCAG-TCAC-AC---AT-A------AATAACA-CAC-GAGCTG-AAAC-A--TG-A---TATAGCGCC-----A-TACAGT---ATAATCCA-------ATA-A-ATA-TTAA--CATTTTGATGA-----------T--TAGGTTTAGCTGTTAAAGCACCTA-----TC-TCTTC------AT--------A--------AGT-A------------A-T-TAAAAATGATAAACCGAG-TCAG-A-TAA--C-TCT---CAGC-TA--T-GAA
gi|7                          :                                                                                                                                    ACCCG-ATTTC--TATATG-ATTCGTAG-TGTA--TAACAA-GTATT-AAAAATTATT----C--ATGAAT-A-CC--AAGT-------------T----------ACACCCA--AG---C------TG-GTT-AA---TCTGGC----ATA------AT--A-TC-T-AC-T-AT-A------GA-AACA-CAC-AA--TGAAT-CAA--TA-A---T----TGC------A-TACT-T---TTAATT-A-------CCA-A-A-AGTTAA--CATT--GATGAA-A----TCATT--TA--TTTAA-----A-------TAATAG-TC-TC---------ATGAA-----A--------AGT--------------A-T-T-AAACTAATAA---CGG-C----C-TAA--CTTCT---C-G--TA--T-GAgactt
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