lowQualScore : 1 1 2222 11111 111111 22222222222222222222222 111 11 111 1111111111 1111111 1111111 1111 1111 111 333333333333333333333333333333333333333333333333 4444 1
lowQualScore : 6 3 6 8888 6 8 1 5 5 4 3 7777 3 55 3 2 44 555 22222 44 2 3 3 3 111111 99999 4 88888888888888888888888 000 3 55 7 00 3 111 3 3 7777 3 44 3 555 44 88888 3 5555555555 1111111 5555555 44 0000 6666 55 222 3 555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 3 2 6 0 777 666 3 0000 4 4 6 2
lowQualScore : . . . .... . . . . . . . .... . .. . . .. ... ..... .. . . . . ...... ..... . ....................... ... . .. . .. . ... . . .... . .. . ... .. ..... . .......... ....... ....... .. .... .... .. ... . ................................................ . . . . . . ... ... . .... . . . .
lowQualScore : 0 3 7 3333 7 0 0 4 0 4 1 7777 6 00 6 7 66 888 99999 66 2 6 6 0 555555 11111 0 44444444444444444444444 000 6 00 6 00 6 444 6 6 1111 3 66 3 888 66 77777 3 5555555555 3333333 4444444 66 5555 1111 00 777 1 111111111111111111111111111111111111111111111111 1 8 8 9 8 2 000 444 6 9999 0 4 7 0
consensus : CTAACTGGAGAGTT-CCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTAACGCTTGACTG-A-TAGACCGCGGCTATGCCAAATG----AGGTCGGGCCATGCCATA--TGC-AAAAAAG--ATAT---CCCGAATTG-----TC--TATGCCAAA-TTCTA-TTAAC------AA-----AGG-ACAATATCAAT---AT---A-TC---AAC-----TGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTATGAA--GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTC---A-A-TA----NAT--GTG----T--TAC-------TTTT--GTC--G-TCAAA---TTTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGG-TC--A----ATG-CCGCAT-CAAAAAGACGTAGACCAA-TTGTC---T-ATGCCATTT-C--AAAAAG-T-AAATTCTCAGACTGAATGG
Reference ( gi|1 ) : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTG-A-TAGACCACGGCTATGCCAAATG----AGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATAT---CCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCTA-TTGAC------AA-----GGA-ACAATATCAAT---AT---A-TC---AAC-----TGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTATTAA--GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTC---A-A-TA----CAT--CTG----T--TAC-------TTTT--GTC--A-TCAAA---ATTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGG-TC--A----ATG-CTGTAT-CAAAGAGACATAGACCAA-TTGTC---T-ATGCCATTT-CTGAAAAAG-T-AAATTCTCAGAGTGAATGGGGATTGAAC
gi|2 : CTAACTGGAGAGTT-CCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTATTGCTTGA-TG-A-TAGACCACGGCTATGCCAAATG----AGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATAT---CCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCTAATTGAC------AA-----GGA-ACAATATCAAT---AT---A-TC---AAC-----TGTAAA---ATT-GGAAA--TGGAGTATTAA--GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTA-TT---TT--TCTC---A-A-TA----CAT--CTG----T--TAC-------TTTT--G-C--A-TCAAA---ATTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGG-TC--AC---ATG-CTGTAT-CAAAGAGACATAGACCAA-TTGTC---T-ATGCCA-TT-CTGAAAAAG-TAAAATTCTCAGAGT-AATGG
gi|10 : CTAACTGGAGAGTTTCCACTCCCTGTTTAACTGAAGTTACAACTGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAAAGTATTTCTACAGG-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTG-A-TAGATCACGGCTATGCCAAATA----AGATCAGGCCATGCCATA--TGCAAAAAAAG--ATAT---CTCAAACTG-----TC--TATGCAAAA-TTCTA-TTTAC------AA-----AGG-ACAATATCAAT---AT---a
gi|3 : TAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTG-AATAGACCACGGCTATGCCAAATG----AGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATAT---CCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCTA-TTGAC------AA-----GGA-ACAATATCAAT---AT---A-TC---AAC-----TG-AGA---ATT-GGAAA--TGGAGTATTAA--GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---T---TCTC---A-A-TA----CAT--CTG----T--TAC-------TTTT--GTC--A-TCAAA---ATTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGG-TC--A----ATG-CTGTAT-CAAAGAGACATAGACCAA-TTGTC---T-ATGCCATTT-CTGAAAAAG-T-AAATTCT
gi|18 : TCAATAGATAAATG------C-AGTTTGAGA-------GTTTAAC-G-G-TAGACT--GGCTATGCCAAATG----AGGTCGGGCCATACC
gi|22 : tcgaaGA-AAATGTTAAGGC-AGTCTGAGAATTTAACGGTAGACAG-A-TAGACCGCGGCTATGTCAAA
gi|21 : GA-AAATGTTAAGGCCAGTCTGAGAATTTAACGGTAGACAGCA-TAGACCGGGGCTATGTCAAA
gi|4 : ACTG-A-TAG-CTGCGGCTATGCAAATTA----AGGTTGGGTCAT--TAC---TGC-AAAAA----ATTT---CCCGAA------------CATGCCAAAGTTCTA-TTAATTAAACAAA-----GGA-CCAATATAAATTAAAT---AGTT---AA------TGCAGA---ATTAGGAAA--TGGA-TATTGAACGTTGAGATAAAAAAG-G-A-CATGAAATATGTCAAATCA-TG--GTTTATTT---TT--TCTC---A-ATTA----AAT--GTGTACAT--TACTT-----TTTT--GTC-----CAAA---ATTTT-G---TCAGGTT-T-------GTGGG-------CAAATGCA-------TAGG-TCT-A----GTG-TCACAT-CAGA-AAACATAGACT-A-TTCTC---T-ATGCCACAT-C-AAAGAAG-
gi|17 : -A-TGGACTGCGGCTATGCCAAATG----AGATCGGGCCATGCCATATGTGC-AAAAAGG--ATAT---CCTGATTTG-----TC--TATGC-----TTCTA-TTAAA------AA-----
gi|15 : ca-TAGACCATGGCTTTGCCAAATG----AGGTTGGGCCGTGAGATA--TGC-AAAAAAGATATAT---CCTGAATTG-----TC--TATTCCAAA-TTCTA-TTGAC------AAACTTGAGG-ACAATATCAAT---AG---A-TT---ATA-----TACAGA---ATC-GAAAA--TGGAGTATttaa
gi|12 : ttTATGCCAAATGCCACAGGT----CTATGTCGCA--T-C--AAAAAG--ATGTAGACCT--ATTG-----TC--TATGCCA
gi|5 : tatggagttgaataaatagacacaaagtttgttcatgactttttctttttctcaatatgtgtgttacttttttgttgtcaaattttggtcaggttTGCCAAATG----AGGTCGGGCCATACCATA--TGC-AAAAAAG--ATAT---CCCAAATTG-----TC--GATGCCAAA-TTCTA-TTAAC------AA-----AGG-AGAGTATCAAT---AA---ACTT---AAC-----TGTAGAACCATT-GGAAA--TGGAGTATGAA--GTTGA-ATAAAAA---------------TTGT----TTA-TT--A-CTATTT---TC--CCTC---A-A-TA----AA---ATG----TA-TAC-------CTTT--G----G-TTTAA---TTTTGCG---TCA-GTC-T-------TT--G-------C-----CA----------------A----A---CAGCAT-CAAAAAGACATAGACCAA-TTGTC---C-ATGCCATTT----AAAAAG-T-AAATTCTCAGtttaaaaagtaaattctcag
gi|8 : AAATG----AGGTCGGGCCATGCCATA--GGC-AAAA--G--ATGT---ACCGAATTGCATTGTA--TATACCAAA-TTCTA-TCAAC------AA-----AAC-ACAATATCAAT---A--------------------GTAGG---ATT-GGAAA--TGGTGTACGAA--GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATAAAATTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTC---G-G-TATAATTAT--GTG----T--TAC-------TTTT--GTC--G-TCAAA---TTCTA-G---TCAGGTT-TATGCCAAAT--G-------C-----CA-------TAGG-TC--T----ATG-CCGCAT-CAAAAAGATGTAGATCAgctgtacatgttgtattgaag
gi|6 : AATG----AGGTCGAGCCATGCCATA--GGC-AAAGATG--GT-T---ACCGAATTGCA---TTAGTATACCAAA-TTCTA-T---C------AA-----AAACACAATATCAAT---A----G-T--------------TAGG---ATT-GGAAA--TGGTGTAACGACAGTTGA-ATAAAAA---G-AACATAAAATTTGT----TCA-TGCGA-CTATTT---TT---CTC---GTA-TAAT--TAT--GTG----T--TAC-------TTTT--GTC--G-TCAAA---TTCTA-G---TCAGGTTATGCGCAAAAT--G-------C-----CA-------TAGG-TCT-A----TTG-CCGACT-CAAAAAGATGTAGc
gi|7 : --TGC-AAATATG--ATAT---CCCAAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCTA-gatcacctattc
gi|9 : AG--ATAT---CCTGAATTG-----TC--TATGCTAAA-TTCTA-TTAAT------AA-----AGG-ACAATATCAAT---AG---A-TT---AAC-----TGTCAA---ATT-GGAAA--TGGAGTTTGAA--GTTGA-ATAAAAA---GAA-CATGAAGTTTTT----TCA-TG--G-CTACAT---TT--TCTC---A-A-TA----TAT--GTG----G--TAC-------TTTC--GTC--A-TCAAA---TTTTG-G---TTAGTTC-TATGCCAAAT--G-------C-----CA-------TAGA-TC--T----ATG-CCGAAT-CAAAAA---------------GTC---T-ATGCAATTT----AAAAAG-T-CAATTagcaacaaaggattaattatgataagtgtgtgtgataattatacacttcaaataaatattttcccttgcaattgtcaaaatctatttttgtgacctggagttctttcggcaactttgaagtaactgtatagagctttaaagtgttacttttatcgttgattttggtcaggtctatgccataggtctatactgcattagaaagacgtagac
gi|11 : -----GGA-CTAATTTCAATTA-ATTG-A-TT---AAC-----TGTAGAT--ATC-GGAAAGTCAGAG-ATGAA--GTTGA-ATAAAAAAGTG-A-CATGAAGTTTGT----TCATTG--A-TTATCT---TTCCTCTC---A-A-TG----TATTACTA----TG-TACTTTTCAGTTTT--GTC--ATTTAGATGTATTTG-T---TCAGGTC-T-------A------------------------------------------------AC-CAA------ATA--CCA---TGTC---TAATGCCATTTACTG-GAAAG-T-AAATTCTataag
gi|13 : AATATCAAC---ATAGCA-TCGATAACTTAAATGTAGA---ACG-GGAAA--TAGAGTATGAA--GTGTA-TTGAAAA---G-A-TATG-ATTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTC-----A-TA----AAT--GTA----T--TAC-------TTTG--TTCATA-TCAAA---TTTTT-GGT-TCA-GTC-T-------AT--G-------C-----CA----------------A----ATGCCTATAT-
gi|24 : aatt---A-TC---AAC-----TGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTATGAA--GTatccattttaaaga
gi|12 : TATGGA--GTTGA-ATAAATA---G-A-CACAAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTTTTTCTTTT--TCTC---A-A-TA----TGT--GTG----T--TAC-------TTTTTTGTT--G-TCAAA---TTTTG-G---TCAGGTT-T-------AT--G-------C-----CAAATGCCACAGG-TC--T----ATG-TCGCAT-CAAAAAGATGTAGACCTA-TTGTC---T-ATGCCATTT----AAAAAG-T-AAATTCTCAG
gi|23 : GA-ATAAAAA---G-A-TATGAAGTTTGT----TCA-GG--A-CAATTT---TT--T-TCAAAA-A-TA----CA
gi|14 : GAAGTTTGT----TAA-TG--A---ATTT---TA--TAT------G-TG----CAT--GTG----TGTTAC-------TTGT--ATT--G-ACAAA---TTTTG-GGTACTAGGTA-T-------AT--GACAAATGC-----CA-------TAGG-TCTAAT---ATG-CTGCAT-TAAAAAGACGTAGACCTA-TTGTC---T-ATGCCATTC----AATAAGTT-GAATTCTCAGACTG
gi|7 : TG----T--TAC-------TTTT--ATC--G-TTGAT----TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGG-TC--T----ATA-CTGCAT-TAGAAAGACGTAGACc
gi|10 : tgcaaatatgatatcccaaattgtctatgtcaaattctaagcaacaaaggattaattatgataagtgtgtgtgataattatacacttcaaataaatattttcccttgcaattgtcaaaatctatttttgtgacctggagttctttcggcaactttgaagtaactgtatagagctttaaagTA-GA--TCACGGC-T-------AT--G-------C-----CAAA-----TAAGATC--AGGCCATG-CCATATGCAAAAAAAGATATCTCAAACTGTC---T-ATGC
gi|19 : ctaactggagagtttccactccctgtttaactgaagttacaactgctttcttataaaaagcaatatcaaaagtatttctacaggaaatgggcagtttgagaattttatgcttgactgaT-CAAAAATACAAAGACCTA-TTGTCAAAT-ATACCATTC----AAAAAG-T-AAATTCTCAGaaaattctatttacaaaggacaatatcaatat
gi|20 : ggacaattttttACAGACATA-TTGTC---T-ATACCATTT----AAAAAG-T-TAATTCTTAGACTAAAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTGTGTGATAATGTACCTACAAATATTTTCCCTTACAATCATCAAATCAACATTTATTTTTGTGACCTGGGTTTCCCTTCTGTTGATTTTAAAGTATACAGCTAAAGCCGTTTAAA
Alignments
lowQualScore : 3 1 2222 11111 111111111 111 1111111 1111111 3333333 1111111 11111111 1111 22222
lowQualScore : 0 0 5 4444 5 2 0 2 444 0 88 3 2 44 22222 44 3 6 77777 77777 1 3 3 666666666 4 2 999 3 44 6 3 3 3 000 3 3 6666 3 44 3 555 44 3 2 1111111 6666 6666 3 0000000 44 4444 44 55555 3 555 3 0000000 44 0000000 77777 33333333 5555 0 1 1 5 666 3 3 66666 4 4 3
lowQualScore : . . . .... . . . . ... . .. . . .. ..... .. . . ..... ..... . . . ......... . . ... . .. . . . . ... . . .... . .. . ... .. . . ....... .... .... . ....... .. .... .. ..... . ... . ....... .. ....... ..... ........ .... . . . . ... . . ..... . . .
lowQualScore : 0 0 7 3333 7 1 7 1 999 5 66 6 7 66 99999 66 3 2 77777 77777 4 1 3 111111111 2 5 222 3 66 2 3 3 3 444 3 3 5555 1 22 1 444 22 1 9 0000000 1111 5555 1 0000000 22 7777 22 55555 1 444 1 0000000 22 0000000 77777 55555555 5555 2 5 2 8 444 6 6 99999 0 0 2
consensus : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTNACGCTNGACTG-A-TAGACCGCGGCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--A-TTAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----N--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCCGCATCAAAAAGACGTAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--C--AAAAAG-T-AAATTCTCAGACTGAATGG
Reference ( family-3897 ) : CTAACTGGAGAGTT-CCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTAACGCTTGACTG-A-TAGACCGCGGCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----N--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCCGCATCAAAAAGACGTAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--C--AAAAAG-T-AAATTCTCAGACTGAATGG
gi|1 : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTG-A-TAGACCACGGCTATGCCAAATGAGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCT-ATT-----GACAA-----GGAA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TTA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----C--A----TCTG----T-TAC-------TTTT--GTC--A-TC--AAA-A---TTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCTGTATCAAAGAGACATAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--CTGAAAAAG-T-AAATTCTCAGAGTGAATGG
gi|10 : CTAACTGGAGAGTTTCCACTCCCTGTTTAACTGAAGTTACAACTGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAAAGTATTTCTACAGG-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTG-A-TAGATCACGGCTATGCCAAATAAGATCAGGCCATGCCATA--TGCAAAAAAAG--ATATCTCAAACTG-----TC--TATGCAAAA-TTCT-ATT-----TACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--ggattgaac
gi|11 : GGA-CTAATTTCAATTA-ATTGA-TTAACTGTAGAT--ATC-GGAAAGTCAGAG-A-TGA-A-GTTGA-ATAAAAAAGTG-A-CATGAAGTTTGT----TCATTG--A-TTATCT---TTCCTCTCA-A-TG----T--ATTACTATG------TACTTTTCAGTTTT--GTC--ATTT--AGA-TGTATTTG-T---TCAGGTC-T-------A---A-------C-----CA---------------A-AT--------------------ACCA--TGTC---TAATGCCATT-TACT--GGAAAG-T-AAATTCT
gi|12 : TA-TGG-A-GTTGA-ATAAATA---G-A-CACAAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTTTTTCTTTT--TCTCA-A-TA----T--G----TGTG----T-TAC-------TTTTTTGTT--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTT-T-------AT--G-------C-----CAAATGCCACAGGTC--T-ATGTCGCATCAAAAAGATGTAGACCTATTGTC---T-ATGCCATT-T-----AAAAAG-T-AAATTCTCAG
gi|13 : T-ATC-----AACAT-----AG-------CATCGAT---AA--C-TTAAATGTAGA---ACG-GGAAA--TAGAGTA-TGA-A-GTGTA-TTGAAAA---G-A-TATG-ATTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTC--A-TA----A--A----TGTA----T-TAC-------TTTG--TTCATA-TC--AAATT---TTTG-G---TTCAGTC-T-------AT--G-------C-----CA---------------A-ATGCC
gi|14 : aattaaGAAGTTTGT----TAA-TG--A---ATTT---TA--TATGT-G-CA----T--G----TGTG----T-TAC-------TTGT--ATT--G-AC--AAA-T---TTTG-GGTACTAGGTA-T-------AT--GACAAATGC-----CA-------TAGGTCTAATATGCTGCATTAAAAAGACGTAGACCTATTGTC---T-ATGCCA-T-T--C--AATAAGTT-GAATTCTCAGACTGtatatatccattttaaaga
gi|15 : -TAGACCATGGCTTTGCCAAATGAGGTTGGGCCGTGAGATA--TGC-AAAAAAGATATATCCTGAATTG-----TC--TATTCCAAA-TTCT-ATT-----GACAAACTTGAGGA-C-AATATCAAT---AG--A-TTATATACAGA---ATC-GAAAA--TGGAGTA-Tc
gi|17 : tt-A-TGGACTGCGGCTATGCCAAATGAGATCGGGCCATGCCATATGTGC-AAAAAGG--ATATCCTGATTTG-----TC--TATGC-----TTCT-ATT-----AAAAA-----
gi|18 : caTCAATAGATAAATG------C-AGTTTGAGAGTTTAACGGTAGACTG------------GCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATACCttaa
gi|19 : tcgaaTCAAAAATACAAAGACCTATTGTCAAAT-ATACCATT----C--AAAAAG-T-AAATTCTCAG
gi|2 : ggacaattttttCTAACTGGAGAGTT-CCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTATTGCTTGA-TG-A-TAGACCACGGCTATGCCAAATGAGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCTAATT-----GACAA-----GGAA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTGTAAA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TTA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTA-TT---TT--TCTCA-A-TA----C--A----TCTG----T-TAC-------TTTT--G-C--A-TC--AAA-A---TTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--ACATGCTGTATCAAAGAGACATAGACCAATTGTC---T-ATGCCATTCT--G--AAAAAG-TAAAATTCTCAGAGT-AATGG
gi|20 : AGACATATTGTC---T-ATACCATT-T-----AAAAAG-T-TAATTCTTAGACTAAATa
gi|21 : acGA-AAATGTTAAGGCCAGTCTGAGAATTTAACGGTAGACAGCA-TAGACCGGGGCTATGTCAAAatttatcagaaataaa
gi|22 : GA-AAATGTTAAGGC-AGTCTGAGAATTTAACGGTAGACAG-A-TAGACCGCGGCTATGTCAAA
gi|23 : GA-ATAAAAA---G-A-TATGAAGTTTGT----TCA-GG--A-CAATTT---TT--T-TCA-A--A----A--A----T
gi|24 : --A-TCAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTaca
gi|3 : TAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTG-AATAGACCACGGCTATGCCAAATGAGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCT-ATT-----GACAA-----GGAA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTG-AGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TTA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTA-TT---TT--TCTCA-A-TA----C--A----TCTG----T-TAC-------TTTT--GTC--A-TC--AAA-A---TTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCTGTATCAAAGAGACATAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--CTGAAAAAG-T-AAATTCT
gi|4 : ACTG-A-TAG-CTGCGGCTATGCAAATTAAGGTTGGGTCAT----TAC-TGC-AAAAA----ATTTCCCGAA------------CATGCCAAAGTTCT-ATTAATTAAACAA-----AGGACC-AATATAAATTAAAT--AGTTAA-TGCAGA---ATTAGGAAA--TGGA-TATTGA-ACGTTGAGATAAAAAAG-G-A-CATGAAATATGTCAAATCA-TG--GTTTATTT---TT--TCTCA-ATTA----A--A----TGTGTACAT-TAC-------TTTT---TT--G-TCCAAAA-T---TTT--G---TCAGGTT-T-------GTGGG-------CAAATGCA-------TAGGTCT-A-GTGTCACATCAGAAA-ACATAGACT-ATTCTC---T-ATGCCACA-T--C--AAAGA
gi|5 : TGCCAAATGAGGTCGGGCCATACCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCAAATTG-----TC--GATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-G-AGTATCAAT---AA--ACTTAACTGTAGAACCATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---------------TTGT----TTA-TT--A-CTATTT---TC--CCTCA-A-TA----A--A-----ATG----TATAC-------CTTT--G----G-TT--TAA-T---TTTGCG---TCA-GTC-T-------TT--G-------C-----CA---------------A-A--CAGCATCAAAAAGACATAGACCAATTGTC---C-ATGCCATT-T-----AAAAAG-T-AAATTCTCAGGCTGag
gi|6 : AATGAGGTCGAGCCATGCCATA--GGC-AAAGATG--GT-TACCGAATTGCA---TTAGTATACCAAA-TTCT-ATC-----AA--A-----AACA-C-AATATCAAT---A---G-T------TAGG---ATT-GGAAA--TGGTGTAACGACA-GTTGA-ATAAAAA---G-AACATAAAATTTGT----TCA-TGCGA-CTATTT---TT---CTCGTA-TA----ATTA----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TCTA-G---TCAGGTTATGCGCAAAAT--G-------C-----CA-------TAGGTCT-A-TTGCCGACTCAAAAAGATGTAGtacatgttgtattgaag
gi|7 : --TGC-AAATATG--ATATCCCAAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCTAAGC-----AACAA-----AGGA-gatcacctattc
gi|7 : -TA----A--A-----GTG----T-TAC-------TTTT--ATC--G-TT--GA--T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--T-ATACTGCATTAGAAAGACGTAGACttaattatgataagtgtgtgtgataattatacacttcaaataaatattttcccttgcaattgtcaaaatctatttttgtgacctggagttctttcggcaactttgaagtaactgtatagagctttaaagtgttacttttatcgttgattttggtcaggtctatgccataggtctatactgcattagaaagacgtagac
gi|8 : tgcaaatatgatatcccaaattgtctatgtcaaattctaagcaacaaaggattaattatgataagtgtgtgtgataattatacacttcaaataaatattttcccttgcaattgtcaaaatctatttttgtgacctggagttctttcggcaactttgaagtaactgtatagagcttAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--GGC-AAAA--G--ATGTACCGAATTGCATTGTA--TATACCAAA-TTCT-ATC-----AACAA-----AACA-C-AATATCAAT---A-----------GTAGG---ATT-GGAAA--TGGTGTA-CGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATAAAATTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCG-G-TATAATT--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TCTA-G---TCAGGTT-TATGCCAAAT--G-------C-----CA-------TAGGTC--T-ATGCCGCATCAAAAAGATGTAGATCA
gi|9 : AG--ATATCCTGAATTG-----TC--TATGCTAAA-TTCT-ATT-----AATAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AG--A-TTAACTGTCAA---ATT-GGAAA--TGGAGTT-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---GAA-CATGAAGTTTTT----TCA-TG--G-CTACAT---TT--TCTCA-A-TA----T--A----TGTG----G-TAC-------TTTC--GTC--A-TC--AAA-T---TTTG-G---TTAGTTC-TATGCCAAAT--G-------C-----CA-------TAGATC--T-ATGCCGAATCAAAAA--------------GTC---T-ATGCAATT-T-----AAAAAG-T-CAATTc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTGTGTGATAATGTACCTACAAATATTTTCCCTTACAATCATCAAATCAACATTTATTTTTGTGACCTGGGTTTCCCTTCTGTTGATTTTAAAGTATACAGCTAAAGCCGTTTAAA
Alignments
lowQualScore : 1 2222 11111 111111111 111 1111111 1111111 3333333 1111111 11111111 1111 22222
lowQualScore : 9 0 5 4444 5 1 0 1 8 0 88 3 2 44 22222 44 3 6 77777 77777 1 3 3 666666666 2 999 3 44 6 3 3 3 000 3 3 6666 3 44 3 555 44 3 2 1111111 6666 6666 3 0000000 44 4444 44 55555 3 555 3 0000000 44 0000000 77777 33333333 5555 0 1 1 5 666 3 3 66666 4 4 3
lowQualScore : . . . .... . . . . . . .. . . .. ..... .. . . ..... ..... . . . ......... . ... . .. . . . . ... . . .... . .. . ... .. . . ....... .... .... . ....... .. .... .. ..... . ... . ....... .. ....... ..... ........ .... . . . . ... . . ..... . . .
lowQualScore : 8 0 7 3333 7 0 7 0 9 5 66 6 7 66 99999 66 3 2 77777 77777 4 1 3 111111111 5 222 3 66 2 3 3 3 444 3 3 5555 1 22 1 444 22 1 9 0000000 1111 5555 1 0000000 22 7777 22 55555 1 444 1 0000000 22 0000000 77777 55555555 5555 2 5 2 8 444 6 6 99999 0 0 2
consensus : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTNACGCTNGACTG-ATAGACCGCGGCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--A-TTAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----N--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCCGCATCAAAAAGACGTAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--C--AAAAAG-T-AAATTCTCAGACTGAATGG
Reference ( family-3897 ) : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTNACGCTNGACTG-ATAGACCGCGGCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--A-TTAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----N--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCCGCATCAAAAAGACGTAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--C--AAAAAG-T-AAATTCTCAGACTGAATGG
gi|1 : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTG-ATAGACCACGGCTATGCCAAATGAGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCT-ATT-----GACAA-----GGAA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TTA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----C--A----TCTG----T-TAC-------TTTT--GTC--A-TC--AAA-A---TTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCTGTATCAAAGAGACATAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--CTGAAAAAG-T-AAATTCTCAGAGTGAATGG
gi|10 : CTAACTGGAGAGTTTCCACTCCCTGTTTAACTGAAGTTACAACTGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAAAGTATTTCTACAGG-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTG-ATAGATCACGGCTATGCCAAATAAGATCAGGCCATGCCATA--TGCAAAAAAAG--ATATCTCAAACTG-----TC--TATGCAAAA-TTCT-ATT-----TACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--ggattgaac
gi|11 : GGA-CTAATTTCAATTA-ATTGA-TTAACTGTAGAT--ATC-GGAAAGTCAGAG-A-TGA-A-GTTGA-ATAAAAAAGTG-A-CATGAAGTTTGT----TCATTG--A-TTATCT---TTCCTCTCA-A-TG----T--ATTACTATG------TACTTTTCAGTTTT--GTC--ATTT--AGA-TGTATTTG-T---TCAGGTC-T-------A---A-------C-----CA---------------A-AT--------------------ACCA--TGTC---TAATGCCATT-TACT--GGAAAG-T-AAATTCT
gi|12 : TA-TGG-A-GTTGA-ATAAATA---G-A-CACAAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTTTTTCTTTT--TCTCA-A-TA----T--G----TGTG----T-TAC-------TTTTTTGTT--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTT-T-------AT--G-------C-----CAAATGCCACAGGTC--T-ATGTCGCATCAAAAAGATGTAGACCTATTGTC---T-ATGCCATT-T-----AAAAAG-T-AAATTCTCAG
gi|13 : T-ATC-----AACAT-----AG-------CATCGAT---AA--C-TTAAATGTAGA---ACG-GGAAA--TAGAGTA-TGA-A-GTGTA-TTGAAAA---G-A-TATG-ATTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTC--A-TA----A--A----TGTA----T-TAC-------TTTG--TTCATA-TC--AAATT---TTTG-G---TTCAGTC-T-------AT--G-------C-----CA---------------A-ATGCC
gi|14 : aattaaGAAGTTTGT----TAA-TG--A---ATTT---TA--TATGT-G-CA----T--G----TGTG----T-TAC-------TTGT--ATT--G-AC--AAA-T---TTTG-GGTACTAGGTA-T-------AT--GACAAATGC-----CA-------TAGGTCTAATATGCTGCATTAAAAAGACGTAGACCTATTGTC---T-ATGCCA-T-T--C--AATAAGTT-GAATTCTCAGACTGtatatatccattttaaaga
gi|15 : TAGACCATGGCTTTGCCAAATGAGGTTGGGCCGTGAGATA--TGC-AAAAAAGATATATCCTGAATTG-----TC--TATTCCAAA-TTCT-ATT-----GACAAACTTGAGGA-C-AATATCAAT---AG--A-TTATATACAGA---ATC-GAAAA--TGGAGTA-Tc
gi|17 : tt-ATGGACTGCGGCTATGCCAAATGAGATCGGGCCATGCCATATGTGC-AAAAAGG--ATATCCTGATTTG-----TC--TATGC-----TTCT-ATT-----AAAAA-----
gi|18 : caTCAATAGATAAATG------C-AGTTTGAGAGTTTAACGGTAGACTG-----------GCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATACCttaa
gi|19 : tcgaaTCAAAAATACAAAGACCTATTGTCAAAT-ATACCATT----C--AAAAAG-T-AAATTCTCAG
gi|2 : ggacaattttttCTAACTGGAGAGTT-CCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTATTGCTTGA-TG-ATAGACCACGGCTATGCCAAATGAGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCTAATT-----GACAA-----GGAA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTGTAAA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TTA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTA-TT---TT--TCTCA-A-TA----C--A----TCTG----T-TAC-------TTTT--G-C--A-TC--AAA-A---TTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--ACATGCTGTATCAAAGAGACATAGACCAATTGTC---T-ATGCCATTCT--G--AAAAAG-TAAAATTCTCAGAGT-AATGG
gi|20 : AGACATATTGTC---T-ATACCATT-T-----AAAAAG-T-TAATTCTTAGACTAAATa
gi|21 : acGA-AAATGTTAAGGCCAGTCTGAGAATTTAACGGTAGACAGCATAGACCGGGGCTATGTCAAAatttatcagaaataaa
gi|22 : GA-AAATGTTAAGGC-AGTCTGAGAATTTAACGGTAGACAG-ATAGACCGCGGCTATGTCAAA
gi|23 : GA-ATAAAAA---G-A-TATGAAGTTTGT----TCA-GG--A-CAATTT---TT--T-TCA-A--A----A--A----T
gi|24 : --A-TCAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTaca
gi|3 : TAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTGAATAGACCACGGCTATGCCAAATGAGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCT-ATT-----GACAA-----GGAA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTG-AGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TTA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTA-TT---TT--TCTCA-A-TA----C--A----TCTG----T-TAC-------TTTT--GTC--A-TC--AAA-A---TTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCTGTATCAAAGAGACATAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--CTGAAAAAG-T-AAATTCT
gi|4 : ACTG-ATAG-CTGCGGCTATGCAAATTAAGGTTGGGTCAT----TAC-TGC-AAAAA----ATTTCCCGAA------------CATGCCAAAGTTCT-ATTAATTAAACAA-----AGGACC-AATATAAATTAAAT--AGTTAA-TGCAGA---ATTAGGAAA--TGGA-TATTGA-ACGTTGAGATAAAAAAG-G-A-CATGAAATATGTCAAATCA-TG--GTTTATTT---TT--TCTCA-ATTA----A--A----TGTGTACAT-TAC-------TTTT---TT--G-TCCAAAA-T---TTT--G---TCAGGTT-T-------GTGGG-------CAAATGCA-------TAGGTCT-A-GTGTCACATCAGAAA-ACATAGACT-ATTCTC---T-ATGCCACA-T--C--AAAGA
gi|5 : TGCCAAATGAGGTCGGGCCATACCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCAAATTG-----TC--GATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-G-AGTATCAAT---AA--ACTTAACTGTAGAACCATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---------------TTGT----TTA-TT--A-CTATTT---TC--CCTCA-A-TA----A--A-----ATG----TATAC-------CTTT--G----G-TT--TAA-T---TTTGCG---TCA-GTC-T-------TT--G-------C-----CA---------------A-A--CAGCATCAAAAAGACATAGACCAATTGTC---C-ATGCCATT-T-----AAAAAG-T-AAATTCTCAGGCTGag
gi|6 : AATGAGGTCGAGCCATGCCATA--GGC-AAAGATG--GT-TACCGAATTGCA---TTAGTATACCAAA-TTCT-ATC-----AA--A-----AACA-C-AATATCAAT---A---G-TTA------GG---ATT-GGAAA--TGGTGTAACGACA-GTTGA-ATAAAAA---G-AACATAAAATTTGT----TCA-TGCGA-CTATTT---TT---CTCGTA-TA----ATTA----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TCTA-G---TCAGGTTATGCGCAAAAT--G-------C-----CA-------TAGGTCT-A-TTGCCGACTCAAAAAGATGTAGtacatgttgtattgaag
gi|7 : --TGC-AAATATG--ATATCCCAAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCTAAGC-----AACAA-----AGGA-gatcacctattc
gi|7 : -TA----A--A-----GTG----T-TAC-------TTTT--ATC--G-TT--GA--T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--T-ATACTGCATTAGAAAGACGTAGACttaattatgataagtgtgtgtgataattatacacttcaaataaatattttcccttgcaattgtcaaaatctatttttgtgacctggagttctttcggcaactttgaagtaactgtatagagctttaaagtgttacttttatcgttgattttggtcaggtctatgccataggtctatactgcattagaaagacgtagac
gi|8 : tgcaaatatgatatcccaaattgtctatgtcaaattctaagcaacaaaggattaattatgataagtgtgtgtgataattatacacttcaaataaatattttcccttgcaattgtcaaaatctatttttgtgacctggagttctttcggcaactttgaagtaactgtatagagcttAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--GGC-AAAA--G--ATGTACCGAATTGCATTGTA--TATACCAAA-TTCT-ATC-----AACAA-----AACA-C-AATATCAAT---A-----------GTAGG---ATT-GGAAA--TGGTGTA-CGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATAAAATTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCG-G-TATAATT--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TCTA-G---TCAGGTT-TATGCCAAAT--G-------C-----CA-------TAGGTC--T-ATGCCGCATCAAAAAGATGTAGATCA
gi|9 : AG--ATATCCTGAATTG-----TC--TATGCTAAA-TTCT-ATT-----AATAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AG--A-TTAACTGTCAA---ATT-GGAAA--TGGAGTT-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---GAA-CATGAAGTTTTT----TCA-TG--G-CTACAT---TT--TCTCA-A-TA----T--A----TGTG----G-TAC-------TTTC--GTC--A-TC--AAA-T---TTTG-G---TTAGTTC-TATGCCAAAT--G-------C-----CA-------TAGATC--T-ATGCCGAATCAAAAA--------------GTC---T-ATGCAATT-T-----AAAAAG-T-CAATTc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTGTGTGATAATGTACCTACAAATATTTTCCCTTACAATCATCAAATCAACATTTATTTTTGTGACCTGGGTTTCCCTTCTGTTGATTTTAAAGTATACAGCTAAAGCCGTTTAAA
Alignments
lowQualScore : 1 2222 11111 111111111 111 1111111 1111111 3333333 1111111 11111111 1111 22222
lowQualScore : 9 0 5 4444 5 1 0 1 8 0 88 3 2 44 22222 44 3 6 77777 77777 1 3 3 666666666 2 999 3 44 6 3 3 3 000 3 3 6666 3 44 3 555 44 3 2 1111111 6666 6666 3 0000000 44 4444 44 55555 3 555 3 0000000 44 0000000 77777 33333333 5555 0 1 1 5 666 3 3 66666 4 4 3
lowQualScore : . . . .... . . . . . . .. . . .. ..... .. . . ..... ..... . . . ......... . ... . .. . . . . ... . . .... . .. . ... .. . . ....... .... .... . ....... .. .... .. ..... . ... . ....... .. ....... ..... ........ .... . . . . ... . . ..... . . .
lowQualScore : 8 0 7 3333 7 0 7 0 9 5 66 6 7 66 99999 66 3 2 77777 77777 4 1 3 111111111 5 222 3 66 2 3 3 3 444 3 3 5555 1 22 1 444 22 1 9 0000000 1111 5555 1 0000000 22 7777 22 55555 1 444 1 0000000 22 0000000 77777 55555555 5555 2 5 2 8 444 6 6 99999 0 0 2
consensus : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTNACGCTNGACTG-ATAGACCGCGGCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--A-TTAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----N--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCCGCATCAAAAAGACGTAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--C--AAAAAG-T-AAATTCTCAGACTGAATGG
Reference ( family-3897 ) : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTNACGCTNGACTG-ATAGACCGCGGCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--A-TTAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----N--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCCGCATCAAAAAGACGTAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--C--AAAAAG-T-AAATTCTCAGACTGAATGG
gi|1 : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTG-ATAGACCACGGCTATGCCAAATGAGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCT-ATT-----GACAA-----GGAA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TTA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----C--A----TCTG----T-TAC-------TTTT--GTC--A-TC--AAA-A---TTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCTGTATCAAAGAGACATAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--CTGAAAAAG-T-AAATTCTCAGAGTGAATGG
gi|10 : CTAACTGGAGAGTTTCCACTCCCTGTTTAACTGAAGTTACAACTGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAAAGTATTTCTACAGG-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTG-ATAGATCACGGCTATGCCAAATAAGATCAGGCCATGCCATA--TGCAAAAAAAG--ATATCTCAAACTG-----TC--TATGCAAAA-TTCT-ATT-----TACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--ggattgaac
gi|11 : GGA-CTAATTTCAATTA-ATTGA-TTAACTGTAGAT--ATC-GGAAAGTCAGAG-A-TGA-A-GTTGA-ATAAAAAAGTG-A-CATGAAGTTTGT----TCATTG--A-TTATCT---TTCCTCTCA-A-TG----T--ATTACTATG------TACTTTTCAGTTTT--GTC--ATTT--AGA-TGTATTTG-T---TCAGGTC-T-------A---A-------C-----CA---------------A-AT--------------------ACCA--TGTC---TAATGCCATT-TACT--GGAAAG-T-AAATTCT
gi|12 : TA-TGG-A-GTTGA-ATAAATA---G-A-CACAAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTTTTTCTTTT--TCTCA-A-TA----T--G----TGTG----T-TAC-------TTTTTTGTT--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTT-T-------AT--G-------C-----CAAATGCCACAGGTC--T-ATGTCGCATCAAAAAGATGTAGACCTATTGTC---T-ATGCCATT-T-----AAAAAG-T-AAATTCTCAG
gi|13 : T-ATC-----AACAT-----AG-------CATCGAT---AA--C-TTAAATGTAGA---ACG-GGAAA--TAGAGTA-TGA-A-GTGTA-TTGAAAA---G-A-TATG-ATTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTC--A-TA----A--A----TGTA----T-TAC-------TTTG--TTCATA-TC--AAATT---TTTG-G---TTCAGTC-T-------AT--G-------C-----CA---------------A-ATGCC
gi|14 : aattaaGAAGTTTGT----TAA-TG--A---ATTT---TA--TATGT-G-CA----T--G----TGTG----T-TAC-------TTGT--ATT--G-AC--AAA-T---TTTG-GGTACTAGGTA-T-------AT--GACAAATGC-----CA-------TAGGTCTAATATGCTGCATTAAAAAGACGTAGACCTATTGTC---T-ATGCCA-T-T--C--AATAAGTT-GAATTCTCAGACTGtatatatccattttaaaga
gi|15 : TAGACCATGGCTTTGCCAAATGAGGTTGGGCCGTGAGATA--TGC-AAAAAAGATATATCCTGAATTG-----TC--TATTCCAAA-TTCT-ATT-----GACAAACTTGAGGA-C-AATATCAAT---AG--A-TTATATACAGA---ATC-GAAAA--TGGAGTA-Tc
gi|17 : tt-ATGGACTGCGGCTATGCCAAATGAGATCGGGCCATGCCATATGTGC-AAAAAGG--ATATCCTGATTTG-----TC--TATGC-----TTCT-ATT-----AAAAA-----
gi|18 : caTCAATAGATAAATG------C-AGTTTGAGAGTTTAACGGTAGACTG-----------GCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATACCttaa
gi|19 : tcgaaTCAAAAATACAAAGACCTATTGTCAAAT-ATACCATT----C--AAAAAG-T-AAATTCTCAG
gi|2 : ggacaattttttCTAACTGGAGAGTT-CCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTATTGCTTGA-TG-ATAGACCACGGCTATGCCAAATGAGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCTAATT-----GACAA-----GGAA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTGTAAA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TTA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTA-TT---TT--TCTCA-A-TA----C--A----TCTG----T-TAC-------TTTT--G-C--A-TC--AAA-A---TTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--ACATGCTGTATCAAAGAGACATAGACCAATTGTC---T-ATGCCATTCT--G--AAAAAG-TAAAATTCTCAGAGT-AATGG
gi|20 : AGACATATTGTC---T-ATACCATT-T-----AAAAAG-T-TAATTCTTAGACTAAATa
gi|21 : acGA-AAATGTTAAGGCCAGTCTGAGAATTTAACGGTAGACAGCATAGACCGGGGCTATGTCAAAatttatcagaaataaa
gi|22 : GA-AAATGTTAAGGC-AGTCTGAGAATTTAACGGTAGACAG-ATAGACCGCGGCTATGTCAAA
gi|23 : GA-ATAAAAA---G-A-TATGAAGTTTGT----TCA-GG--A-CAATTT---TT--T-TCA-A--A----A--A----T
gi|24 : --A-TCAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTaca
gi|3 : TAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTGAATAGACCACGGCTATGCCAAATGAGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCT-ATT-----GACAA-----GGAA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTG-AGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TTA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTA-TT---TT--TCTCA-A-TA----C--A----TCTG----T-TAC-------TTTT--GTC--A-TC--AAA-A---TTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCTGTATCAAAGAGACATAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--CTGAAAAAG-T-AAATTCT
gi|4 : ACTG-ATAG-CTGCGGCTATGCAAATTAAGGTTGGGTCAT----TAC-TGC-AAAAA----ATTTCCCGAA------------CATGCCAAAGTTCT-ATTAATTAAACAA-----AGGACC-AATATAAATTAAAT--AGTTAA-TGCAGA---ATTAGGAAA--TGGA-TATTGA-ACGTTGAGATAAAAAAG-G-A-CATGAAATATGTCAAATCA-TG--GTTTATTT---TT--TCTCA-ATTA----A--A----TGTGTACAT-TAC-------TTTT---TT--G-TCCAAAA-T---TTT--G---TCAGGTT-T-------GTGGG-------CAAATGCA-------TAGGTCT-A-GTGTCACATCAGAAA-ACATAGACT-ATTCTC---T-ATGCCACA-T--C--AAAGA
gi|5 : TGCCAAATGAGGTCGGGCCATACCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCAAATTG-----TC--GATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-G-AGTATCAAT---AA--ACTTAACTGTAGAACCATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---------------TTGT----TTA-TT--A-CTATTT---TC--CCTCA-A-TA----A--A-----ATG----TATAC-------CTTT--G----G-TT--TAA-T---TTTGCG---TCA-GTC-T-------TT--G-------C-----CA---------------A-A--CAGCATCAAAAAGACATAGACCAATTGTC---C-ATGCCATT-T-----AAAAAG-T-AAATTCTCAGGCTGag
gi|6 : AATGAGGTCGAGCCATGCCATA--GGC-AAAGATG--GT-TACCGAATTGCA---TTAGTATACCAAA-TTCT-ATC-----AA--A-----AACA-C-AATATCAAT---A---G-TTA------GG---ATT-GGAAA--TGGTGTAACGACA-GTTGA-ATAAAAA---G-AACATAAAATTTGT----TCA-TGCGA-CTATTT---TT---CTCGTA-TA----ATTA----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TCTA-G---TCAGGTTATGCGCAAAAT--G-------C-----CA-------TAGGTCT-A-TTGCCGACTCAAAAAGATGTAGtacatgttgtattgaag
gi|7 : --TGC-AAATATG--ATATCCCAAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCTAAGC-----AACAA-----AGGA-gatcacctattc
gi|7 : -TA----A--A-----GTG----T-TAC-------TTTT--ATC--G-TT--GA--T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--T-ATACTGCATTAGAAAGACGTAGACttaattatgataagtgtgtgtgataattatacacttcaaataaatattttcccttgcaattgtcaaaatctatttttgtgacctggagttctttcggcaactttgaagtaactgtatagagctttaaagtgttacttttatcgttgattttggtcaggtctatgccataggtctatactgcattagaaagacgtagac
gi|8 : tgcaaatatgatatcccaaattgtctatgtcaaattctaagcaacaaaggattaattatgataagtgtgtgtgataattatacacttcaaataaatattttcccttgcaattgtcaaaatctatttttgtgacctggagttctttcggcaactttgaagtaactgtatagagcttAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--GGC-AAAA--G--ATGTACCGAATTGCATTGTA--TATACCAAA-TTCT-ATC-----AACAA-----AACA-C-AATATCAAT---A-----------GTAGG---ATT-GGAAA--TGGTGTA-CGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATAAAATTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCG-G-TATAATT--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TCTA-G---TCAGGTT-TATGCCAAAT--G-------C-----CA-------TAGGTC--T-ATGCCGCATCAAAAAGATGTAGATCA
gi|9 : AG--ATATCCTGAATTG-----TC--TATGCTAAA-TTCT-ATT-----AATAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AG--A-TTAACTGTCAA---ATT-GGAAA--TGGAGTT-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---GAA-CATGAAGTTTTT----TCA-TG--G-CTACAT---TT--TCTCA-A-TA----T--A----TGTG----G-TAC-------TTTC--GTC--A-TC--AAA-T---TTTG-G---TTAGTTC-TATGCCAAAT--G-------C-----CA-------TAGATC--T-ATGCCGAATCAAAAA--------------GTC---T-ATGCAATT-T-----AAAAAG-T-CAATTc
blockSeqs : T A T TTAA C T T C TG A A AT CATTG AG G A AATTA ACTTG G C T TAATTGA C ACC A GT T C C G AGT A A CAAA T CG T CTT CC T T TAATT TTAC TACA A TTTTCAG TT ATA CA TGTA C GTA A GCGCAAA GG ACAAATG AAATG AATGCCAC TAAT G G A AAA A C ACT T A G
blockSeqs : A . . TTAA . A A A C . A . CA . . A . . G . . TAAATAG A T . . A . . . AG . . . . . . . . . . ATT . . . . . AT . TT . . . ATGCCAA . . . T AC G G T . . . CTG . . A
blockSeqs : . . . . . A T . . . G . . . . . . . G . . AAAC A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . G . T . . . ATGCCAA . . . T TA T A T . . . C . . G
blockSeqs : . . . A A . . . A . . . . . . . A . . AAC C . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . G . T . . . . . . . T TA G A T . . . C . . .
blockSeqs : . . . A A . . . A . . . . . . . A . . AGA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . A . . . . . . . T A G A A . . . G . .
blockSeqs : . . . T T . . . A . . . . . . . G . . ATA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . A . . . . . . . T T G A T . . . C . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . G . . ATA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . G . T . . . . . . . T A G A A . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . C . . AGA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . T . . . . . . . T A G G A . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . G . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . G . T . . . . . . . T A G G A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . T . . . . . . . . T . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . T . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . T . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . T .
blockSeqCons : C****
originalCons : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTNACGCTNGACTG-ATAGACCGCGGCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--A-TTAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----N--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCCGCATCAAAAAGACGTAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--C--AAAAAG-T-AAATTCTCAGACTGAATGG
finalCons : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTNACGCTNGACTG-ATAGACCGCGGCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--A-TTAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----N--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCCGCATCAAAAAGACGTAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-TC----AAAAAG-T-AAATTCTCAGACTGAATGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTGTGTGATAATGTACCTACAAATATTTTCCCTTACAATCATCAAATCAACATTTATTTTTGTGACCTGGGTTTCCCTTCTGTTGATTTTAAAGTATACAGCTAAAGCCGTTTAAA
Alignments
lowQualScore : 1 2222 11111 111111111 111 1111111 1111111 3333333 1111111 11111111 1111 22222
lowQualScore : 9 0 5 4444 5 1 0 1 8 0 88 3 2 44 22222 44 3 6 77777 77777 1 3 3 666666666 2 999 3 44 6 3 3 3 000 3 3 6666 3 44 3 555 44 3 2 1111111 6666 6666 3 0000000 44 4444 44 55555 3 555 3 0000000 44 0000000 77777 33333333 5555 0 1 1 5 666 3 3 66666 4 4 3
lowQualScore : . . . .... . . . . . . .. . . .. ..... .. . . ..... ..... . . . ......... . ... . .. . . . . ... . . .... . .. . ... .. . . ....... .... .... . ....... .. .... .. ..... . ... . ....... .. ....... ..... ........ .... . . . . ... . . ..... . . .
lowQualScore : 8 0 7 3333 7 0 7 0 9 5 66 6 7 66 99999 66 3 2 77777 77777 4 1 3 111111111 5 222 3 66 2 3 3 3 444 3 3 5555 1 22 1 444 22 1 9 0000000 1111 5555 1 0000000 22 7777 22 55555 1 444 1 0000000 22 0000000 77777 55555555 5555 2 5 2 8 444 6 6 99999 0 0 2
consensus : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTNACGCTNGACTG-ATAGACCGCGGCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--A-TTAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----N--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCCGCATCAAAAAGACGTAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--C--AAAAAG-T-AAATTCTCAGACTGAATGG
Reference ( family-3897 ) : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTNACGCTNGACTG-ATAGACCGCGGCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--A-TTAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----N--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCCGCATCAAAAAGACGTAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--C--AAAAAG-T-AAATTCTCAGACTGAATGG
gi|1 : CTAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTG-ATAGACCACGGCTATGCCAAATGAGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCT-ATT-----GACAA-----GGAA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TTA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCA-A-TA----C--A----TCTG----T-TAC-------TTTT--GTC--A-TC--AAA-A---TTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCTGTATCAAAGAGACATAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--CTGAAAAAG-T-AAATTCTCAGAGTGAATGG
gi|10 : CTAACTGGAGAGTTTCCACTCCCTGTTTAACTGAAGTTACAACTGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAAAGTATTTCTACAGG-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTG-ATAGATCACGGCTATGCCAAATAAGATCAGGCCATGCCATA--TGCAAAAAAAG--ATATCTCAAACTG-----TC--TATGCAAAA-TTCT-ATT-----TACAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AT--ggattgaac
gi|11 : GGA-CTAATTTCAATTA-ATTGA-TTAACTGTAGAT--ATC-GGAAAGTCAGAG-A-TGA-A-GTTGA-ATAAAAAAGTG-A-CATGAAGTTTGT----TCATTG--A-TTATCT---TTCCTCTCA-A-TG----T--ATTACTATG------TACTTTTCAGTTTT--GTC--ATTT--AGA-TGTATTTG-T---TCAGGTC-T-------A---A-------C-----CA---------------A-AT--------------------ACCA--TGTC---TAATGCCATT-TACT--GGAAAG-T-AAATTCT
gi|12 : TA-TGG-A-GTTGA-ATAAATA---G-A-CACAAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTTTTTCTTTT--TCTCA-A-TA----T--G----TGTG----T-TAC-------TTTTTTGTT--G-TC--AAA-T---TTTG-G---TCAGGTT-T-------AT--G-------C-----CAAATGCCACAGGTC--T-ATGTCGCATCAAAAAGATGTAGACCTATTGTC---T-ATGCCATT-T-----AAAAAG-T-AAATTCTCAG
gi|13 : T-ATC-----AACAT-----AG-------CATCGAT---AA--C-TTAAATGTAGA---ACG-GGAAA--TAGAGTA-TGA-A-GTGTA-TTGAAAA---G-A-TATG-ATTTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTC--A-TA----A--A----TGTA----T-TAC-------TTTG--TTCATA-TC--AAATT---TTTG-G---TTCAGTC-T-------AT--G-------C-----CA---------------A-ATGCC
gi|14 : aattaaGAAGTTTGT----TAA-TG--A---ATTT---TA--TATGT-G-CA----T--G----TGTG----T-TAC-------TTGT--ATT--G-AC--AAA-T---TTTG-GGTACTAGGTA-T-------AT--GACAAATGC-----CA-------TAGGTCTAATATGCTGCATTAAAAAGACGTAGACCTATTGTC---T-ATGCCA-T-T--C--AATAAGTT-GAATTCTCAGACTGtatatatccattttaaaga
gi|15 : TAGACCATGGCTTTGCCAAATGAGGTTGGGCCGTGAGATA--TGC-AAAAAAGATATATCCTGAATTG-----TC--TATTCCAAA-TTCT-ATT-----GACAAACTTGAGGA-C-AATATCAAT---AG--A-TTATATACAGA---ATC-GAAAA--TGGAGTA-Tc
gi|17 : tt-ATGGACTGCGGCTATGCCAAATGAGATCGGGCCATGCCATATGTGC-AAAAAGG--ATATCCTGATTTG-----TC--TATGC-----TTCT-ATT-----AAAAA-----
gi|18 : caTCAATAGATAAATG------C-AGTTTGAGAGTTTAACGGTAGACTG-----------GCTATGCCAAATGAGGTCGGGCCATACCttaa
gi|19 : tcgaaTCAAAAATACAAAGACCTATTGTCAAAT-ATACCATT----C--AAAAAG-T-AAATTCTCAG
gi|2 : ggacaattttttCTAACTGGAGAGTT-CCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTATTGCTTGA-TG-ATAGACCACGGCTATGCCAAATGAGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCTAATT-----GACAA-----GGAA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTGTAAA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TTA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTA-TT---TT--TCTCA-A-TA----C--A----TCTG----T-TAC-------TTTT--G-C--A-TC--AAA-A---TTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--ACATGCTGTATCAAAGAGACATAGACCAATTGTC---T-ATGCCATTCT--G--AAAAAG-TAAAATTCTCAGAGT-AATGG
gi|20 : AGACATATTGTC---T-ATACCATT-T-----AAAAAG-T-TAATTCTTAGACTAAATa
gi|21 : acGA-AAATGTTAAGGCCAGTCTGAGAATTTAACGGTAGACAGCATAGACCGGGGCTATGTCAAAatttatcagaaataaa
gi|22 : GA-AAATGTTAAGGC-AGTCTGAGAATTTAACGGTAGACAG-ATAGACCGCGGCTATGTCAAA
gi|23 : GA-ATAAAAA---G-A-TATGAAGTTTGT----TCA-GG--A-CAATTT---TT--T-TCA-A--A----A--A----T
gi|24 : --A-TCAACTGTAGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTaca
gi|3 : TAACTGGAGAGTTACCACTCAATGTTTAACTGAAGTTACAACAGCTTTCTTATAAAAAGCAATATCAAA-GTATTTCTACAGA-AAATG----GGC-AGTTTGAGAATTTTATGCTTGACTGAATAGACCACGGCTATGCCAAATGAGGTTGGGCCATGCCACA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCGAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCT-ATT-----GACAA-----GGAA-C-AATATCAAT---AT--A-TCAACTG-AGA---ATT-GGAAA--TGGAGTA-TTA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATGAAGTTTGT----TCA-TG--A-CTA-TT---TT--TCTCA-A-TA----C--A----TCTG----T-TAC-------TTTT--GTC--A-TC--AAA-A---TTTA-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--A-ATGCTGTATCAAAGAGACATAGACCAATTGTC---T-ATGCCATT-T--CTGAAAAAG-T-AAATTCT
gi|4 : ACTG-ATAG-CTGCGGCTATGCAAATTAAGGTTGGGTCAT----TAC-TGC-AAAAA----ATTTCCCGAA------------CATGCCAAAGTTCT-ATTAATTAAACAA-----AGGACC-AATATAAATTAAAT--AGTTAA-TGCAGA---ATTAGGAAA--TGGA-TATTGA-ACGTTGAGATAAAAAAG-G-A-CATGAAATATGTCAAATCA-TG--GTTTATTT---TT--TCTCA-ATTA----A--A----TGTGTACAT-TAC-------TTTT---TT--G-TCCAAAA-T---TTT--G---TCAGGTT-T-------GTGGG-------CAAATGCA-------TAGGTCT-A-GTGTCACATCAGAAA-ACATAGACT-ATTCTC---T-ATGCCACA-T--C--AAAGA
gi|5 : TGCCAAATGAGGTCGGGCCATACCATA--TGC-AAAAAAG--ATATCCCAAATTG-----TC--GATGCCAAA-TTCT-ATT-----AACAA-----AGGA-G-AGTATCAAT---AA--ACTTAACTGTAGAACCATT-GGAAA--TGGAGTA-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---------------TTGT----TTA-TT--A-CTATTT---TC--CCTCA-A-TA----A--A-----ATG----TATAC-------CTTT--G----G-TT--TAA-T---TTTGCG---TCA-GTC-T-------TT--G-------C-----CA---------------A-A--CAGCATCAAAAAGACATAGACCAATTGTC---C-ATGCCATT-T-----AAAAAG-T-AAATTCTCAGGCTGag
gi|6 : AATGAGGTCGAGCCATGCCATA--GGC-AAAGATG--GT-TACCGAATTGCA---TTAGTATACCAAA-TTCT-ATC-----AA--A-----AACA-C-AATATCAAT---A---G-TTA------GG---ATT-GGAAA--TGGTGTAACGACA-GTTGA-ATAAAAA---G-AACATAAAATTTGT----TCA-TGCGA-CTATTT---TT---CTCGTA-TA----ATTA----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TCTA-G---TCAGGTTATGCGCAAAAT--G-------C-----CA-------TAGGTCT-A-TTGCCGACTCAAAAAGATGTAGtacatgttgtattgaag
gi|7 : --TGC-AAATATG--ATATCCCAAATTG-----TC--TATGTCAAA-TTCTAAGC-----AACAA-----AGGA-gatcacctattc
gi|7 : -TA----A--A-----GTG----T-TAC-------TTTT--ATC--G-TT--GA--T---TTTG-G---TCAGGTC-T-------AT--G-------C-----CA-------TAGGTC--T-ATACTGCATTAGAAAGACGTAGACttaattatgataagtgtgtgtgataattatacacttcaaataaatattttcccttgcaattgtcaaaatctatttttgtgacctggagttctttcggcaactttgaagtaactgtatagagctttaaagtgttacttttatcgttgattttggtcaggtctatgccataggtctatactgcattagaaagacgtagac
gi|8 : tgcaaatatgatatcccaaattgtctatgtcaaattctaagcaacaaaggattaattatgataagtgtgtgtgataattatacacttcaaataaatattttcccttgcaattgtcaaaatctatttttgtgacctggagttctttcggcaactttgaagtaactgtatagagcttAAATGAGGTCGGGCCATGCCATA--GGC-AAAA--G--ATGTACCGAATTGCATTGTA--TATACCAAA-TTCT-ATC-----AACAA-----AACA-C-AATATCAAT---A-----------GTAGG---ATT-GGAAA--TGGTGTA-CGA-A-GTTGA-ATAAAAA---G-A-CATAAAATTTGT----TCA-TG--A-CTATTT---TT--TCTCG-G-TATAATT--A----TGTG----T-TAC-------TTTT--GTC--G-TC--AAA-T---TCTA-G---TCAGGTT-TATGCCAAAT--G-------C-----CA-------TAGGTC--T-ATGCCGCATCAAAAAGATGTAGATCA
gi|9 : AG--ATATCCTGAATTG-----TC--TATGCTAAA-TTCT-ATT-----AATAA-----AGGA-C-AATATCAAT---AG--A-TTAACTGTCAA---ATT-GGAAA--TGGAGTT-TGA-A-GTTGA-ATAAAAA---GAA-CATGAAGTTTTT----TCA-TG--G-CTACAT---TT--TCTCA-A-TA----T--A----TGTG----G-TAC-------TTTC--GTC--A-TC--AAA-T---TTTG-G---TTAGTTC-TATGCCAAAT--G-------C-----CA-------TAGATC--T-ATGCCGAATCAAAAA--------------GTC---T-ATGCAATT-T-----AAAAAG-T-CAATTc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTGTGTGATAATGTACCTACAAATATTTTCCCTTACAATCATCAAATCAACATTTATTTTTGTGACCTGGGTTTCCCTTCTGTTGATTTTAAAGTATACAGCTAAAGCCGTTTAAA