lowQualScore : 4 11 88888888888888888888888888888888888888 22222 1 1 2222222222 11111 22222222222222222 22222222222222222 1 444 22222222 11111 2 33
lowQualScore : 0 4 3 888 8 7 888 22 2 3 44444444444444444444444444444444444444 4 0 33 00000 3 3 6666 7 4 3 3 2 33 8888888888 00000 33 1 2 9 33 555 9999999 33 33 66666666666666666 2 3 77777777777777777 555 2 5 1 33 33 000 2 33 77 4 00000000 1 44 3 8 0 44444 3 3 22 3 6 666 3 0
lowQualScore : . . . ... . . ... .. . . ...................................... . . .. ..... . . .... . . . . . .. .......... ..... .. . . . .. ... ....... .. .. ................. . . ................. ... . . . .. .. ... . .. .. . ........ . .. . . . ..... . . .. . . ... . .
lowQualScore : 0 0 7 777 6 0 999 22 2 3 55555555555555555555555555555555555555 5 5 66 33333 3 3 1111 2 3 3 3 3 99 1111111111 44444 99 5 8 5 99 000 3333333 99 99 44444444444444444 9 1 88888888888888888 000 9 7 8 88 99 000 9 99 99 5 00000000 2 22 1 4 7 11111 3 6 77 6 0 444 6 6
consensus : NNNNNNNNNNNTCTGTTNTTTNTAACGCTCGTCGTGTGAT--TGGTCCGCGAATAATCCCGAGATCATTCGGA-TGAT--CNC-GG--GAC---TA-----AAT------------TGCGGACCAATCACACGACGC-GTAAC-AA-A-T-TCGTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGT-GGAAGAGA--AGAAG--CCCTGT-CC--GA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A--------A--GAGATGA-GA-T--------G-GTTTTG-AGTTGA---AGAA-AC-TTGTAG-TA--TGACATC-TCCC--T--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-ATTCCTTAGGTAA----CGCTGCAATTAC-CTGGAA--AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
Reference ( gi|2 ) : TTTGATCGGAATCT-TTATTTCTAACTCTCGTCGTATGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCAAGATCATTCGGA-TGAT--CGT-GA--AAC---TA-----AAT---A--------TGCGGACCAGTCACACAACGC-GTAAT-GA-A-T-TCGTACTCTG----TGAACTCCTCTTTGGGTGC-CAGT-GGAGGAGA--AAAAG--CC--GT-TC--GA--TTAATGTAAGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A--------A--GAGATGA-GA-T--------G-ATTTCT-AGTTGA---AGAA-AC-TTTTAG-CA--T---ATC-TCCC--T--GATCTG-------TCGCTCGTCAA--A-ATTCCTCAGGTAA----TGCTGCAATT-C-CTGGAAT-AATGTG-CTCCG---AA-GCAGGA
gi|16 : TCTGTTTTTTTTA---CGCGTTGCTTGAT--TAGCCCG--AATGGTCTCAGGATTATT-----------------------------------------------TACGGACCAATCACACGACGC-GTTAC-AA-ATT-TCGTATTCTG----TGA
gi|16 : ttggATTTGTAACGC--GTCGTGTGAT--TGGTCCGTAAATAATCCTGAGACCATTCGGGCTAAT--CAA-GC--AACGCGTA-----AActtc
gi|3 : ttggtctgtttttTTTCTAACTCTCGTCGTATGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCAAGATCATTCGGA-TGAT--CGTGGA--AAC---TA-----AAT---A--------TGCGGACCAGTCA-ACAACGCGGTAAT-GACA-T-TCGTATCTTG----TGAACTCCTCTTTGGGTGCACAGT-GG-GGAGA--AAAAG--CC--GT-TC--GAAGTTAATGTAAGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAATT--A--------T--AAGATGATGA-T--------G-ATTTCT-AGTTGA---AGAATACTTTTTAG-CAATT---ATC-TCCC--TTGAATCTG-------TCGCTCGTCAA--A-ATTCCTCAGGTAA----TGCTGCAATT-C-CT-GAATAAATGTG-CT-CG---AATGCAGGAttcgtattctgtgacttc
gi|8 : TCCTGTTGTTTGAT--TGGTCCGCAAGTAATCCCGAGATCATTCGGA-Tccct
gi|1 : TTGTTATGTAAT--TGGTCCGC-ACTGGTCTTGGGATCATCCAGA-TGAT--CTC-AG--AAT---TATTC--ACT------------TACTG--TAATCACATGACGC-ATAAC--A-A-T-TTGTACTCAG----TGA---CATCTTTGGTTGaacagattcatactctgtaaccccctttttggctgccagtaggagggaagaaaccctgtccgtttaatgcacgcgtgatagtgacaaataaacgagatgagatacgttttgagttgaggaaacttgcagcatatctcccttcatttccataggtaacgctgccatt
gi|1 : CGTCATGTGATTACAGTAAGTGAATAATTCTGAGATCATCTGGA-TGAT--CCC-AA--GAC---CA-----G--------------TGCGGACCAATTACATAACA---------A-A-T-TCGTACTCTG----TGACCTACTCTTTGGCTGC-CAGT-GGAAGAG---AAGAG--CCCTGT-CT--GA--TCAATGCATGC--AAGA---T-------CAG--AA--TAA-----A--------A--GAGATGA-GA-TACGAGATGG-GTTTTG-AGATGA---AGAG-AA-TTGTAG-TA--TGACATC-TCTC--T--GGCCTG-------CCTCTCACCAA--A-ATGCCTTAGGAAACACGTACTGCAATTAC-TTGGAA--ATTGTG-CCTCA---AA-attcgtactctgtgacctactctttggctgccagtggaagagaagagccctgtctgatcaatgcatgcaagatcagaataaaagagatgagatacgagatgggttttgagatgaagagaattgtagtatgacatctctctggcctgcctctcaccaaaatgccttaggaaacacgtactgcaattacttggaaattgtgcctcaaa
gi|4 : caaccaaagatgtcactgagtacaaattgttatgCGTCATGTGAT--TGGTCCGCGAATAATCCCGAAACCATTCGGA-TGAT--C
gi|17 : TGTT--TGGTCCGGTAATAATCCCGAGATCATTTGGA--------GT-G----------------AGT---A--------CAC--ACCCATCACATGAAGC-GTTACAGA-A-T-TCGTATTATG----TGCCTTCTTCTTTTGCTGA-CAcgtactttgtcacctctttggctgccagtggaaaagaagaagccctgtccgattaatacacaccagattgtgacaaaagaggtgagaggcattttgagttgaagaaacttgtagtatgacacgtctctgacctgcctctcttcaaaatttcttaggtaacacgcaattactaggaaaatgtgtcccgaagctggaacac
gi|4 : GATCATCCGAA-TGGT--TTC-GG--GAT---TA-------T---T--------CGCGGACCAATCACATGACGC-GTA---------------CTTTG----TCA---CCTCTTTGGCTGC-CAGT-GGAAAAGA--AGAAG--CCCTGT-CC--GA--TTAATACACAC--CAGA---T-------TGT--GA--CAA-----A--------A--GAGGTGA-GA-G--------GCATTTTG-AGTTGA---AGAA-AC-TTGTAG-TA--TGACACG-TCTC--T--GACCTG-------CCTCTCTTCAA--A-ATTTCTTAGGTAA----CAC-GCAATT-A-CTAGGAA-AATGTG-TCCCG---AA-GCTGGA
gi|7 : ACCATTCGGA-TGATACCGA-GATCAGT---TA-----AAC---AAGTGCCAATGTGGACCAATCATACAAAGT-GTAAC-AA-A-TGTC-TACGCTG----TAGCCTCCTCAATGGCTGC-CAGT-GGAAGAGAAGAAAAT--GC--GT-CC---A--TCAATGTATGC--AAGA---TTACAATGTAT--GA--TAAG-TTAA--------A--AAGATAA-GA-TG-------G-ATTTCG-ACTTAA---AGCA----TT---G-C-------ATC-TCCC--T--GATacac
gi|8 : tgagaATCCGAA-TGAT--CTC-GG--GAT---TA-------C---T--------TGCGGACCAATCAAACAACAG-GAAAC-AG-A-T-TCATACTCTG----TAACCCCCTTTTTGGCTGC-CAGTAGGAGG-GA--AGAAA--CCCTGT-CC--GT--TTAATGCACGC--GTGA---T-------AGT--GA--CAAA-T--A--------AACGAGATGA-GA-T--------ACGTTTTG-AGTTGA---GGAA-AC-TTGCAG-CA--T---ATC-TCCC--T-------------------TCAT--------TTCCATAGGTAA----CGCTGCCATT-tat
gi|15 : A-TGAT--TTT-GA--GAC---TACACAAAATTCAG--------TGCAGACCAATCACACGATGT-ATAAC-AA-A-T-TCGTATTTTA----TGACGTAATTTCTGAAAGG-GAGG-GAAAGTGA--AGAAA--CC--GTATCA-GG--TGAATG
gi|18 : --------TGCAGACCAATCACACGACAC-CTAAC-AT-A-T-TCGTACTCTG----TGATTTCCTga
gi|5 : GGACCAATCACACGACGT-GTTAC-AACA-T-TCGTAGTCTGGCTATGAACTTTTC---AGCTGC-CAGT-GGAAGAAA--AGAAG--CCCTGT-GC--GA--TTAATGTACTC--AAGA---T-------TGT--AA--CAAA-T--AAATTAAAGA--GAAATGA-GG-TG-------G-ATTTTG-AGTTGA---ATAG-GC-CTGCAG-TA--TGACACC-TTCC--T--GACCTG-------CTGCTTGCTAA--A-ATTTGTTAGGTAA----CACTGTAATTAC-TTGGGGA-AATGTG-CTCCG---AA-G-AGGAagtgcacgcaaaattgtgacaaataaaagagatgagct
gi|9 : ACGC-ATAAC-AA-A-T-TTGCACTATA----TGA---CCTCTTTGGCTGC-CAGT-AGAAAAGA--A---T--CCTTGT-CC--GA--TCAATGCACGC--AAGA---C-------TGT--GA--CAAT-T--A--------A-----ATAA-A-----------G-ATTG---AGATGA---AGAG-AC-TTGTAGGCA--TG--ATC-TCTCCAT--GACTCG-------CCGCTCACCAA--A-A---CTTAAGTAA----AGCTGCAATTAC-TTGGAA--AATGTG-CTCCG---AA-GCGGGtac
gi|6 : agGTACTCTG----TGACCTCCTTTTTCGCTGC-CAGT-GGAAGAGA--A---T--CCCTGC-GC--GA--TTAATGCAAGC--AAAA---T-------TGT--AAAACAAA-T--A--------AAAGAGATGA-GA-TT-------G-GTTTTG-AATTAA---AAAC-AA-TTATAG-TA--TGACATG-TCCT--T--GACCAG-------ATGATCGTCAA--ACATT-CTTAGGTAA----CGCTGTGTTTAC-TTGGAA--AATGTG-CCCCG---AA-GTGGGAgatcc
gi|10 : aaatatcaaaatcagaTG----TGACCTCCTTTTTCGCTGC-C-GT-GGAAGAGA--A---T--CCCTGC-GC--GA--TTAATGCAAGC--AAAA---T-------TGTAAAA--CAAA-TAAA--------A--GAGATGA-GATT--------G-GTTT-----TTGAAATAAAA-ACAATTAAG-TA--TGACATG-TCCT--T--GACCAG-------ATGATCGTCAAACA-ATT-CTTAGGTAC----AGCTGTGGTT-TACTTGAA--AATGTG-C-CCG---AA-
gi|12 : CTCCTTTTTTC-TGC-ATGT-GGAAGAGA--A---GTCCC--GT-CC--GA--TTGATGCACAC--AATA---T-------TGT--GG--CAAA-TAAA--------A--GAGATGA-GA-TA-------A-ATTTTT-AGTTGA---AGAA-AC-TTGTAG-CA--TGACATT-TTCC--T--GAT-TG-------AAGCTCGTCGA--A-ATCCTTC-CGTAA----AGCAGTAATTAC-CTA-----AATGTG-CCCTG---AA-GCGGGAttgg
gi|11 : T-GGGAAAGA--AGAAG--CC--CT-TCCCGA--TCAATGCGCGCCAAAGACAGT-------TGT--GA--CAAA-T--A--------C--ATGGTGG-GG-G--------G-GTG----AGTTTA---AGAG-AC-ATGTAG-AA--TGACATC-TCCC--T--GAACTGGACATCACCACTCACCAA--A-ATTA-TCAGGTAA----CGCTGCATTTAC-TTGGCA--AATGTG-CACTGTTCAA-GCGGGc
gi|14 : GGTGA--AAAAG-------------GA--T--ATGCAGAT--CAGA---T-------TA--------AAA-A--A--------G--GAGTTAA-GA-T--------G-AGTTTG-AGTTGA---CGAG-AC-TTGTCG-TA--T---GTCATCAC--TATGATCTG-------CTGTTTACCAC--A-ATTTCgaccacct
gi|13 : ccAGG--AAAAC--TC--GT-T----------ACACACGC--AAG----T-------TGT--GA--CAAA-T--AC-------AT-GAGATGA-GA-T--------G-GGGTTTGAGTTGA---AGAA-AC-TTGTAG-TA--TGGCATC-ATCC--T--GA-CAGT------TCGCTCATCAA----------CA-----------------TT-T-CTGGAA--AATGGGACCCCG---AA-GCAGGctttgttacatgtaat
gi|18 : TAGTGCACGC--AAAA---T-------TGT--GA--CAAA-TAAA--------A--GAGATGA-Ggaacccatgtttctttaca
gi|21 : tgcagaccaatcacacgacacctaacatattcgtactctgtgatttcc-AGTTGA---AGAA-AC-TTTTAG-TA--T---ct
gi|19 : gtttg---ATT-TCTC--T--GATCTG-------CCGCTCTCCAC--A-ATTTCTTAGGTAA----CGCTGCAATTAC-ATGGAA--AATGTG-CCCCG---AT-GCAGGAgacaatcgtcttaacc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AGGTAACGCTGTAATTACTTGGAAAATGCGCCTCAAAGAATGGACTTTGAGATACGA
Alignments
lowQualScore : 1 11 6666666666666666666666 222222222222222 2222222222222
lowQualScore : 5 1 1 7 6 3 1 99 33 5 0 2 4 99999 0000000000000000000000 3 2 5 2 2 555 5555 2 3 444 2 44 0 33 444 8888888 33 33 555555555555555 5 2 3333333333333 2 2 2 2 2 2 33 0 99999999 2 33 2 2 5 6666 2 0 3 3 3 3 555 3
lowQualScore : . . . . . . . .. .. . . . . ..... ...................... . . . . . ... .... . . ... . .. . .. ... ....... .. .. ............... . . ............. . . . . . . .. . ........ . .. . . . .... . . . . . . ... .
lowQualScore : 0 0 0 3 7 2 4 22 00 0 3 4 0 00000 9999999999999999999999 1 9 7 9 9 000 7777 1 1 000 8 22 5 77 777 7777777 77 77 222222222222222 3 9 6666666666666 7 7 7 7 7 5 44 9 99999999 9 99 9 9 9 1111 4 5 1 1 1 1 444 1
consensus : NNNNNNNNNNNTCTGTTNTTTCTAACTCTCGTCGTGTGATCG--GTCCGTGAATAATCCCGAGA-TCATCCGGATGATCTCGG-GAC----TA-----AAT---------T----GCGGACCAATCACACGACGC-GTAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-G--T-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCCCT--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-A-TTCCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACCT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
Reference ( family-3868 ) : NNNNNNNNNNNTCTGTTNTTTNTAACGCTCGTCGTGTGATTG--GTCCGCGAATAATCCCGAGA-TCATTCGGATGATCNCGG-GAC----TA-----AAT---------T----GCGGACCAATCACACGACGC-GTAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-G--T-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCCCT--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-A-TTCCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACCT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
gi|1 : TTGTTATGTAATTG--GTCCGC-ACTGGTCTTGGGA-TCATCCAGATGATCTCAG-AAT----TATTC--ACT---------T----ACTG--TAATCACATGACGC-ATAAC--A-A-T-TT---GTACTCAG----TGA---CATCTTTGGTTG
gi|1 : CGTCATGTGATTACAGTAAGTGAATAATTCTGAGA-TCATCTGGATGATCCCAA-GAC----CA-----G-----------T----GCGGACCAATTACA--------TAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTACTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGA-GCCCTGTCTGA--TCAATGCATGC--AAGA---T-------CAG--AA--TAAA------A--------GAGATGA-GA-TACGAGATGG-G--T-TTTGAGATGAAGAG-AA-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCTCT--GGCCTG-------CCTCTCACCAA--A-A-TGCCTTAGGAAACACGTACTGCAATTACTT-GGA-A-ATTGTG-CCTCA---AA-attcgtactctgtgacctactctttggctgccagtggaagagaagagccctgtctgatcaatgcatgcaagatcagaataaaagagatgagatacgagatgggttttgagatgaagagaattgtagtatgacatctctctggcctgcctctcaccaaaatgccttaggaaacacgtactgcaattacttggaaattgtgcctcaaa
gi|10 : caaccaaagatgtcactgagtacaaattgttatgTG----TGACCTCCTTTTTCGCTGC-C-GTGGAAGAGAAT---CCCTGCGCGA--TTAATGCAAGC--AAAA---T-------TGTAAAA--CAAA-TAAA-A--------GAGATGA-GATT--------G-GT-T-TTTGAAATAAAAAC-AA-TTA-AG-TATGA-C-ATGTCCTT--GACCAG-------ATGATCGTCAAACA-A-TT-CTTAGGTACA----GCTGTGGTTTACT-TGA-A-AATGTG--CCCG---AA-
gi|11 : TGGGAAAGAAGAAGCCCTTCCCGA--TCAATGCGCGCCAAAGACAGT-------TGT--GA--CAAA-T--A-C--------ATGGTGG-GG-G--------G-G--T----GAGTTTAAGAG-AC-ATGTAG-AATGA-C-ATCTCCCT--GAACTGGACATCACCACTCACCAA--A-A-TT-ATCAGGTAAC----GCTGCATTTACTT-GGC-A-AATGTG-CACTGTTCAA-GCGGGttgg
gi|12 : CTCCTTTTTT-CTGC-ATGTGGAAGAGAAG---TCCCGTCCGA--TTGATGCACAC--AATA---T-------TGT--GG--CAAA-TAAA-A--------GAGATGA-GA-TA-------A-A--T-TTTTAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-CATGA-C-ATTTTCCT--GA-TTG-------AAGCTCGTCGA--A-A--TCCTTCCGTAAA----GCAGTAATTACCT-----A-AATGTG-CCCTG---AA-GCGGGAgaccacct
gi|13 : CACGC--AAG----T-------TGT--GA--CAAA-T--ACAT-------GAGATGA-GA-T--------G-G--GGTTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGG-C-ATCATCCT--GACAGT-------TCGCTCATCAA--C-A-TT-------------------------TCT-GGA-A-AATGGGACCCCG---AA-GCAGGc
gi|14 : aggaaaactcgttacaATGCAGAT--CAGA---T-------TA--------AAA-A--A-G--------GAGTTAA-GA-T--------G-A--G-TTTGAGTTGACGAG-AC-TTGTCG-TATGT-C-ATCACTAT--GATCTG-------CTGTTTACCAC--A-ATTTCCTTgaacccatgtttctttaca
gi|15 : ccggtgaaaaaggatATGATTTTGA-GAC----TACACAAAAT---------TCAGTGCAGACCAATCACACGATGT-ATAACA-A-A-T-TC---GTATTTTA----TGACGTAATTTCTGAAAGG-GAGGGAAAGTGAAGAAACCGTATCAGG--TGAATGtgttacatgtaat
gi|16 : TCTGTTTTTTTTA-CGC--GTTGCTTGATTA--G------------CCCGA-----------ATGGTCTCAG-GAT----TA-----T-T---------T----ACGGACCAATCACACGACGC-GTTACA-A-ATT-TC---GTATTCTG----TGACTTCga
gi|17 : ttggTGTTTG--GTCCGGTAATAATCCCGAGA-TCATTTGGA-------GT-GAG----TA-----------------------CACACCCATCACATGAAGC-GTTACAGA-A-T-TC---GTATTATG----TGCCTTCTTCTTTTGCTGA-CA
gi|18 : ---------T----GCAGACCAATCACACGACAC-CTAACA-T-A-T-TC---GTACTCTG----TGATTTCCT
gi|18 : TAGTGCACGC--AAAA---T-------TGT--GA--CAAA-TAAA-A--------GAGATGA-Gagtgcacgcaaaattgtgacaaataaaagagatgagct
gi|19 : tgcagaccaatcacacgacacctaacatattcgtactctgtgatttcc-ATTTCTCT--GATCTG-------CCGCTCTCCAC--A-A-TTTCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACAT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AT-GCAGGAct
gi|2 : TCT-TTATTTCTAACTCTCGTCGTATGATCG--GTCCGTGAATAATCCCAAGA-TCATTCGGATGATCGTGA-AAC----TA-----AATA--------T----GCGGACCAGTCACACAACGC-GTAATG-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGAACTCCTCTTTGGGTGC-CAGTGGAGGAGAAAAAGCC--GTTCGA--TTAATGTAAGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-A--T-TTCTAGTTGAAGAA-AC-TTTTAG-CAT-----ATCTCCCT--GATCTG-------TCGCTCGTCAA--A-A-TTCCTCAGGTAAT----GCTGCAATT-CCT-GGA-ATAATGTG-CTCCG---AA-GCAGGAaccccctgt
gi|20 : tttgatcggaaAGGTAAC----GCTGTAATTACTT-GGA-A-AATGCG-CCTCA---AA-
gi|21 : -TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTTTAG-TATGA-CAATCGTCTT--AACCaatggactttgagatacga
gi|3 : gTTTCTAACTCTCGTCGTATGATCG--GTCCGTGAATAATCCCAAGA-TCATTCGGATGATCGTGGAAAC----TA-----AATA--------T----GCGGACCAGTCA-ACAACGCGGTAATG-ACA-T-TC---GTATCTTG----TGAACTCCTCTTTGGGTGCACAGTGG-GGAGAAAAAGCC--GTTCGAAGTTAATGTAAGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAATT--A-T--------AAGATGATGA-T--------G-A--T-TTCTAGTTGAAGAATACTTTTTAG-CA--ATT-ATCTCCCTTGAATCTG-------TCGCTCGTCAA--A-A-TTCCTCAGGTAAT----GCTGCAATT-CCT-GAATA-AATGTG--CTCG---AATGCAGGA
gi|4 : GA-TCATCCGAATGGTTTCGG-GAT----TA-------T---------TC---GCGGACCAATCACATGACGC-GTA------------------CTTTG----TCACCTC---TTTGGCTGC-CAGTGGAAAAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATACACAC--CAGA---T-------TGT--GA--CAA-----A-A--------GAGGTGA-GA----------G-GCAT-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ACGTCTCT--GACCTG-------CCTCTCTTCAA--A-A-TTTCTTAGGTAAC----AC-GCAATTACTA-GGA-A-AATGTG-TCCCG---AA-GCTGGAccct
gi|5 : GGACCAATCACACGACGT-GTTACA-ACA-T-TC---GTAGTCTGGCTATGAACTTTTC---AGCTGC-CAGTGGAAGAAAAGAAGCCCTGTGCGA--TTAATGTACTC--AAGA---T-------TGT--AA--CAAA-T--A-AATTAAAGAGAAATGA-GG-T--------G-GA-T-TTTGAGTTGAATAG-GC-CTGCAG-TATGA-C-ACCTTCCT--GACCTG-------CTGCTTGCTAA--A-A-TTTGTTAGGTAAC----ACTGTAATTACTTGGGG-A-AATGTG-CTCCG---AA-GAGGacac
gi|6 : TATCA-A-A-A-TCAGAGTACTCTG----TGACCTCCTTTTTCGCTGC-CAGTGGAAGAGAAT---CCCTGCGCGA--TTAATGCAAGC--AAAA---T-------TGT--AAAACAAA-T--A-AAA------GAGATGA-GA-TT-------G-G--T-TTTGAATTAAAAAC-AA-TTATAG-TATGA-C-ATGTCCTT--GACCAG-------ATGATCGTCAA--ACA-TTC-TTAGGTAAC----GCTGTGTTTACTT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GTGGGAatac
gi|7 : aaaGAGAACCATTCGGATGATACCGA-GATCAGTTA-----AACAAGTGCCAAT----GTGGACCAATCATACAAAGT-GTAACA-A-A-TGTC----TACGCTG----TAGCCTCCTCAATGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAAATGCGTCC-A--TCAATGTATGC--AAGA---TTACAATGTAT--GA--TAAG-TTAA-A--------AAGATAA-GA-T--------G-GA-T-TTCGACTTAAAGCA----TTG----------C-ATCTCCCT--GA
gi|8 : tATCCGAATGATCTCGG-GAT----TA-----C-T---------T----GCGGACCAATCAAACAACAG-GAAACA-G-A-T-TC---ATACTCTG----TAACCCCCTTTTTGGCTGC-CAGTAGGAGGGAAGAAACCCTGTCCGT--TTAATGCACGC--GTGA---T-------AGT--GA--CAAA-T--A-AAC------GAGATGA-GA-T--------ACG--T-TTTGAGTTGAGGAA-AC-TTGCAG-CAT-----ATCTCCCT-------------------TC-------A-T-TTCCATAGGTAAC----GCTGCCATTttat
gi|9 : GACGC-ATAACA-A-A-T-TT---GCACTATA----TGACCTC---TTTGGCTGC-CAGTAGAA---AAGAATCCTTGTCCGA--TCAATGCACGC--AAGA---C-------TGT--GA--CAAT-T--A-A-----------ATAAAGA-T-----------------TGAGATGAAGAG-AC-TTGTAGGCATGA-T-CTCTCCAT--GACTCG-------CCGCTCACCAA--A-A----CTTAAGTAAA----GCTGCAATTACTT-GGA-A-AATGTG-CTCCG---AA-GCGGG
Alignments
lowQualScore : 4 11 6666666666666666666666 222222222222222 2222222222222
lowQualScore : 0 1 11 5 5 1 4 99999 0000000000000000000000 3 2 5 2 2 555 5555 2 3 444 2 44 0 33 444 8888888 33 33 555555555555555 5 2 3333333333333 2 2 2 2 2 2 33 0 99999999 2 33 2 2 5 6666 2 0 3 3 3 3 555 3
lowQualScore : . . .. . . . . ..... ...................... . . . . . ... .... . . ... . .. . .. ... ....... .. .. ............... . . ............. . . . . . . .. . ........ . .. . . . .... . . . . . . ... .
lowQualScore : 0 0 00 0 7 2 0 00000 9999999999999999999999 1 9 7 9 9 000 7777 1 1 000 8 22 5 77 777 7777777 77 77 222222222222222 3 9 6666666666666 7 7 7 7 7 5 44 9 99999999 9 99 9 9 9 1111 4 5 1 1 1 1 444 1
consensus : NNNNNNNNNNNTCT-TTATTTCTAACTCTCGTCGTGTGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCGAGA-TCATCCGGATGATCTCGG-GA----CTA-----AAT---------T----GCGGACCAATCACACGACGC-GTAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-G--T-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCCCT--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-A-TTCCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACCT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
Reference ( family-3868 ) : NNNNNNNNNNNTCTGTTNTTTCTAACTCTCGTCGTGTGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCGAGA-TCATCCGGATGATCTCGG-GA----CTA-----AAT---------T----GCGGACCAATCACACGACGC-GTAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-G--T-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCCCT--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-A-TTCCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACCT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
gi|1 : TTGTTATGTAAT--TGGTCCGC-ACTGGTCTTGGGA-TCATCCAGATGATCTCAG-AA----TTATTC--ACT---------T----ACTG--TAATCACATGACGC-ATAAC--A-A-T-TT---GTACTCAG----TGA---CATCTTTGGTTG
gi|1 : CGTCATGTGATTACAGTAAGTGAATAATTCTGAGA-TCATCTGGATGATCCCAA-GA----CCA-----G-----------T----GCGGACCAATTACA--------TAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTACTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGA-GCCCTGTCTGA--TCAATGCATGC--AAGA---T-------CAG--AA--TAAA------A--------GAGATGA-GA-TACGAGATGG-G--T-TTTGAGATGAAGAG-AA-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCTCT--GGCCTG-------CCTCTCACCAA--A-A-TGCCTTAGGAAACACGTACTGCAATTACTT-GGA-A-ATTGTG-CCTCA---AA-attcgtactctgtgacctactctttggctgccagtggaagagaagagccctgtctgatcaatgcatgcaagatcagaataaaagagatgagatacgagatgggttttgagatgaagagaattgtagtatgacatctctctggcctgcctctcaccaaaatgccttaggaaacacgtactgcaattacttggaaattgtgcctcaaa
gi|10 : caaccaaagatgtcactgagtacaaattgttatgTG----TGACCTCCTTTTTCGCTGC-C-GTGGAAGAGAAT---CCCTGCGCGA--TTAATGCAAGC--AAAA---T-------TGTAAAA--CAAA-TAAA-A--------GAGATGA-GATT--------G-GT-T-TTTGAAATAAAAAC-AA-TTA-AG-TATGA-C-ATGTCCTT--GACCAG-------ATGATCGTCAAACA-A-TT-CTTAGGTACA----GCTGTGGTTTACT-TGA-A-AATGTG--CCCG---AA-
gi|11 : TGGGAAAGAAGAAGCCCTTCCCGA--TCAATGCGCGCCAAAGACAGT-------TGT--GA--CAAA-T--A-C--------ATGGTGG-GG-G--------G-G--T----GAGTTTAAGAG-AC-ATGTAG-AATGA-C-ATCTCCCT--GAACTGGACATCACCACTCACCAA--A-A-TT-ATCAGGTAAC----GCTGCATTTACTT-GGC-A-AATGTG-CACTGTTCAA-GCGGGttgg
gi|12 : CTCCTTTTTT-CTGC-ATGTGGAAGAGAAG---TCCCGTCCGA--TTGATGCACAC--AATA---T-------TGT--GG--CAAA-TAAA-A--------GAGATGA-GA-TA-------A-A--T-TTTTAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-CATGA-C-ATTTTCCT--GA-TTG-------AAGCTCGTCGA--A-A--TCCTTCCGTAAA----GCAGTAATTACCT-----A-AATGTG-CCCTG---AA-GCGGGAgaccacct
gi|13 : CACGC--AAG----T-------TGT--GA--CAAA-T--ACAT-------GAGATGA-GA-T--------G-G--GGTTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGG-C-ATCATCCT--GACAGT-------TCGCTCATCAA--C-A-TT-------------------------TCT-GGA-A-AATGGGACCCCG---AA-GCAGGc
gi|14 : aggaaaactcgttacaATGCAGAT--CAGA---T-------TA--------AAA-A--A-G--------GAGTTAA-GA-T--------G-A--G-TTTGAGTTGACGAG-AC-TTGTCG-TATGT-C-ATCACTAT--GATCTG-------CTGTTTACCAC--A-ATTTCCTTgaacccatgtttctttaca
gi|15 : ccggtgaaaaaggatATGATTTTGA-GA----CTACACAAAAT---------TCAGTGCAGACCAATCACACGATGT-ATAACA-A-A-T-TC---GTATTTTA----TGACGTAATTTCTGAAAGG-GAGGGAAAGTGAAGAAACCGTATCAGG--TGAATGtgttacatgtaat
gi|16 : CCGAATGGTCTCAG-GA----TTA-----T-T---------T----ACGGACCAATCACACGACGC-GTTACA-A-ATT-TC---GTATTCTG----TGACTTCga
gi|17 : ttggtctgttttttttacgcgttgcttgattagcTGTT--TGGTCCGGTAATAATCCCGAGA-TCATTTGGA-------GT-GA----GTA-----------------------CACACCCATCACATGAAGC-GTTACAGA-A-T-TC---GTATTATG----TGCCTTCTTCTTTTGCTGA-CA
gi|18 : ---------T----GCAGACCAATCACACGACAC-CTAACA-T-A-T-TC---GTACTCTG----TGATTTCCT
gi|18 : TAGTGCACGC--AAAA---T-------TGT--GA--CAAA-TAAA-A--------GAGATGA-Gagtgcacgcaaaattgtgacaaataaaagagatgagct
gi|19 : tgcagaccaatcacacgacacctaacatattcgtactctgtgatttcc-ATTTCTCT--GATCTG-------CCGCTCTCCAC--A-A-TTTCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACAT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AT-GCAGGAct
gi|2 : TCT-TTATTTCTAACTCTCGTCGTATGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCAAGA-TCATTCGGATGATCGTGA-AA----CTA-----AATA--------T----GCGGACCAGTCACACAACGC-GTAATG-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGAACTCCTCTTTGGGTGC-CAGTGGAGGAGAAAAAGCC--GTTCGA--TTAATGTAAGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-A--T-TTCTAGTTGAAGAA-AC-TTTTAG-CAT-----ATCTCCCT--GATCTG-------TCGCTCGTCAA--A-A-TTCCTCAGGTAAT----GCTGCAATT-CCT-GGA-ATAATGTG-CTCCG---AA-GCAGGAaccccctgt
gi|20 : tttgatcggaaAGGTAAC----GCTGTAATTACTT-GGA-A-AATGCG-CCTCA---AA-
gi|21 : -TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTTTAG-TATGA-CAATCGTCTT--AACCaatggactttgagatacga
gi|3 : gTTTCTAACTCTCGTCGTATGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCAAGA-TCATTCGGATGATCGTGGAAA----CTA-----AATA--------T----GCGGACCAGTCA-ACAACGCGGTAATG-ACA-T-TC---GTATCTTG----TGAACTCCTCTTTGGGTGCACAGTGG-GGAGAAAAAGCC--GTTCGAAGTTAATGTAAGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAATT--A-T--------AAGATGATGA-T--------G-A--T-TTCTAGTTGAAGAATACTTTTTAG-CA--ATT-ATCTCCCTTGAATCTG-------TCGCTCGTCAA--A-A-TTCCTCAGGTAAT----GCTGCAATT-CCT-GAATA-AATGTG--CTCG---AATGCAGGA
gi|4 : GA-TCATCCGAATGGTTTCGG-GA----TTA-------T---------TC---GCGGACCAATCACATGACGC-GTA------------------CTTTG----TCACCTC---TTTGGCTGC-CAGTGGAAAAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATACACAC--CAGA---T-------TGT--GA--CAA-----A-A--------GAGGTGA-GA----------G-GCAT-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ACGTCTCT--GACCTG-------CCTCTCTTCAA--A-A-TTTCTTAGGTAAC----AC-GCAATTACTA-GGA-A-AATGTG-TCCCG---AA-GCTGGAccct
gi|5 : GGACCAATCACACGACGT-GTTACA-ACA-T-TC---GTAGTCTGGCTATGAACTTTTC---AGCTGC-CAGTGGAAGAAAAGAAGCCCTGTGCGA--TTAATGTACTC--AAGA---T-------TGT--AA--CAAA-T--A-AATTAAAGAGAAATGA-GG-T--------G-GA-T-TTTGAGTTGAATAG-GC-CTGCAG-TATGA-C-ACCTTCCT--GACCTG-------CTGCTTGCTAA--A-A-TTTGTTAGGTAAC----ACTGTAATTACTTGGGG-A-AATGTG-CTCCG---AA-GAGGacac
gi|6 : TATCA-A-A-A-TCAGAGTACTCTG----TGACCTCCTTTTTCGCTGC-CAGTGGAAGAGAAT---CCCTGCGCGA--TTAATGCAAGC--AAAA---T-------TGT--AAAACAAA-T--A-AAA------GAGATGA-GA-TT-------G-G--T-TTTGAATTAAAAAC-AA-TTATAG-TATGA-C-ATGTCCTT--GACCAG-------ATGATCGTCAA--ACA-TTC-TTAGGTAAC----GCTGTGTTTACTT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GTGGGAatac
gi|7 : aaaGAGAACCATTCGGATGATACCGA-GATCAGTTA-----AACAAGTGCCAAT----GTGGACCAATCATACAAAGT-GTAACA-A-A-TGTC----TACGCTG----TAGCCTCCTCAATGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAAATGCGTCC-A--TCAATGTATGC--AAGA---TTACAATGTAT--GA--TAAG-TTAA-A--------AAGATAA-GA-T--------G-GA-T-TTCGACTTAAAGCA----TTG----------C-ATCTCCCT--GA
gi|8 : tATCCGAATGATCTCGG-GA----TTA-----C-T---------T----GCGGACCAATCAAACAACAG-GAAACA-G-A-T-TC---ATACTCTG----TAACCCCCTTTTTGGCTGC-CAGTAGGAGGGAAGAAACCCTGTCCGT--TTAATGCACGC--GTGA---T-------AGT--GA--CAAA-T--A-AAC------GAGATGA-GA-T--------ACG--T-TTTGAGTTGAGGAA-AC-TTGCAG-CAT-----ATCTCCCT-------------------TC-------A-T-TTCCATAGGTAAC----GCTGCCATTttat
gi|9 : GACGC-ATAACA-A-A-T-TT---GCACTATA----TGACCTC---TTTGGCTGC-CAGTAGAA---AAGAATCCTTGTCCGA--TCAATGCACGC--AAGA---C-------TGT--GA--CAAT-T--A-A-----------ATAAAGA-T-----------------TGAGATGAAGAG-AC-TTGTAGGCATGA-T-CTCTCCAT--GACTCG-------CCGCTCACCAA--A-A----CTTAAGTAAA----GCTGCAATTACTT-GGA-A-AATGTG-CTCCG---AA-GCGGG
Alignments
lowQualScore : 11 6666666666666666666666 222222222222222 2222222222222
lowQualScore : 11 5 5 1 4 99999 0000000000000000000000 3 2 5 2 2 555 5555 2 3 444 2 44 0 33 444 8888888 33 33 555555555555555 5 2 3333333333333 2 2 2 2 2 2 33 0 99999999 2 33 2 2 5 6666 2 0 3 3 3 3 555 3
lowQualScore : .. . . . . ..... ...................... . . . . . ... .... . . ... . .. . .. ... ....... .. .. ............... . . ............. . . . . . . .. . ........ . .. . . . .... . . . . . . ... .
lowQualScore : 00 0 7 2 0 00000 9999999999999999999999 1 9 7 9 9 000 7777 1 1 000 8 22 5 77 777 7777777 77 77 222222222222222 3 9 6666666666666 7 7 7 7 7 5 44 9 99999999 9 99 9 9 9 1111 4 5 1 1 1 1 444 1
consensus : NNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTAACTCTCGTCGTGTGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCGAGA-TCATCCGGATGATCTCGG-GA----CTA-----AAT---------T----GCGGACCAATCACACGACGC-GTAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-G--T-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCCCT--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-A-TTCCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACCT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
Reference ( family-3868 ) : NNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTAACTCTCGTCGTGTGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCGAGA-TCATCCGGATGATCTCGG-GA----CTA-----AAT---------T----GCGGACCAATCACACGACGC-GTAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-G--T-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCCCT--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-A-TTCCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACCT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
gi|1 : TTGTTATGTAAT--TGGTCCGC-ACTGGTCTTGGGA-TCATCCAGATGATCTCAG-AA----TTATTC--ACT---------T----ACTG--TAATCACATGACGC-ATAAC--A-A-T-TT---GTACTCAG----TGA---CATCTTTGGTTG
gi|1 : CGTCATGTGATTACAGTAAGTGAATAATTCTGAGA-TCATCTGGATGATCCCAA-GA----CCA-----G-----------T----GCGGACCAATTACA--------TAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTACTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGA-GCCCTGTCTGA--TCAATGCATGC--AAGA---T-------CAG--AA--TAAA------A--------GAGATGA-GA-TACGAGATGG-G--T-TTTGAGATGAAGAG-AA-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCTCT--GGCCTG-------CCTCTCACCAA--A-A-TGCCTTAGGAAACACGTACTGCAATTACTT-GGA-A-ATTGTG-CCTCA---AA-attcgtactctgtgacctactctttggctgccagtggaagagaagagccctgtctgatcaatgcatgcaagatcagaataaaagagatgagatacgagatgggttttgagatgaagagaattgtagtatgacatctctctggcctgcctctcaccaaaatgccttaggaaacacgtactgcaattacttggaaattgtgcctcaaa
gi|10 : caaccaaagatgtcactgagtacaaattgttatgTG----TGACCTCCTTTTTCGCTGC-C-GTGGAAGAGAAT---CCCTGCGCGA--TTAATGCAAGC--AAAA---T-------TGTAAAA--CAAA-TAAA-A--------GAGATGA-GATT--------G-GT-T-TTTGAAATAAAAAC-AA-TTA-AG-TATGA-C-ATGTCCTT--GACCAG-------ATGATCGTCAAACA-A-TT-CTTAGGTACA----GCTGTGGTTTACT-TGA-A-AATGTG--CCCG---AA-
gi|11 : TGGGAAAGAAGAAGCCCTTCCCGA--TCAATGCGCGCCAAAGACAGT-------TGT--GA--CAAA-T--A-C--------ATGGTGG-GG-G--------G-G--T----GAGTTTAAGAG-AC-ATGTAG-AATGA-C-ATCTCCCT--GAACTGGACATCACCACTCACCAA--A-A-TT-ATCAGGTAAC----GCTGCATTTACTT-GGC-A-AATGTG-CACTGTTCAA-GCGGGttgg
gi|12 : CTCCTTTTTT-CTGC-ATGTGGAAGAGAAG---TCCCGTCCGA--TTGATGCACAC--AATA---T-------TGT--GG--CAAA-TAAA-A--------GAGATGA-GA-TA-------A-A--T-TTTTAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-CATGA-C-ATTTTCCT--GA-TTG-------AAGCTCGTCGA--A-A--TCCTTCCGTAAA----GCAGTAATTACCT-----A-AATGTG-CCCTG---AA-GCGGGAgaccacct
gi|13 : CACGC--AAG----T-------TGT--GA--CAAA-T--ACAT-------GAGATGA-GA-T--------G-G--GGTTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGG-C-ATCATCCT--GACAGT-------TCGCTCATCAA--C-A-TT-------------------------TCT-GGA-A-AATGGGACCCCG---AA-GCAGGc
gi|14 : aggaaaactcgttacaATGCAGAT--CAGA---T-------TA--------AAA-A--A-G--------GAGTTAA-GA-T--------G-A--G-TTTGAGTTGACGAG-AC-TTGTCG-TATGT-C-ATCACTAT--GATCTG-------CTGTTTACCAC--A-ATTTCCTTgaacccatgtttctttaca
gi|15 : ccggtgaaaaaggatATGATTTTGA-GA----CTACACAAAAT---------TCAGTGCAGACCAATCACACGATGT-ATAACA-A-A-T-TC---GTATTTTA----TGACGTAATTTCTGAAAGG-GAGGGAAAGTGAAGAAACCGTATCAGG--TGAATGtgttacatgtaat
gi|16 : CCGAATGGTCTCAG-GA----TTA-----T-T---------T----ACGGACCAATCACACGACGC-GTTACA-A-ATT-TC---GTATTCTG----TGACTTCga
gi|17 : ttggtctgttttttttacgcgttgcttgattagcTGTT--TGGTCCGGTAATAATCCCGAGA-TCATTTGGA-------GT-GA----GTA-----------------------CACACCCATCACATGAAGC-GTTACAGA-A-T-TC---GTATTATG----TGCCTTCTTCTTTTGCTGA-CA
gi|18 : ---------T----GCAGACCAATCACACGACAC-CTAACA-T-A-T-TC---GTACTCTG----TGATTTCCT
gi|18 : TAGTGCACGC--AAAA---T-------TGT--GA--CAAA-TAAA-A--------GAGATGA-Gagtgcacgcaaaattgtgacaaataaaagagatgagct
gi|19 : tgcagaccaatcacacgacacctaacatattcgtactctgtgatttcc-ATTTCTCT--GATCTG-------CCGCTCTCCAC--A-A-TTTCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACAT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AT-GCAGGAct
gi|2 : TCTTTATTTCTAACTCTCGTCGTATGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCAAGA-TCATTCGGATGATCGTGA-AA----CTA-----AATA--------T----GCGGACCAGTCACACAACGC-GTAATG-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGAACTCCTCTTTGGGTGC-CAGTGGAGGAGAAAAAGCC--GTTCGA--TTAATGTAAGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-A--T-TTCTAGTTGAAGAA-AC-TTTTAG-CAT-----ATCTCCCT--GATCTG-------TCGCTCGTCAA--A-A-TTCCTCAGGTAAT----GCTGCAATT-CCT-GGA-ATAATGTG-CTCCG---AA-GCAGGAaccccctgt
gi|20 : tttgatcggaaAGGTAAC----GCTGTAATTACTT-GGA-A-AATGCG-CCTCA---AA-
gi|21 : -TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTTTAG-TATGA-CAATCGTCTT--AACCaatggactttgagatacga
gi|3 : gTTTCTAACTCTCGTCGTATGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCAAGA-TCATTCGGATGATCGTGGAAA----CTA-----AATA--------T----GCGGACCAGTCA-ACAACGCGGTAATG-ACA-T-TC---GTATCTTG----TGAACTCCTCTTTGGGTGCACAGTGG-GGAGAAAAAGCC--GTTCGAAGTTAATGTAAGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAATT--A-T--------AAGATGATGA-T--------G-A--T-TTCTAGTTGAAGAATACTTTTTAG-CA--ATT-ATCTCCCTTGAATCTG-------TCGCTCGTCAA--A-A-TTCCTCAGGTAAT----GCTGCAATT-CCT-GAATA-AATGTG--CTCG---AATGCAGGA
gi|4 : GA-TCATCCGAATGGTTTCGG-GA----TTA-------T---------TC---GCGGACCAATCACATGACGC-GTA------------------CTTTG----TCACCTC---TTTGGCTGC-CAGTGGAAAAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATACACAC--CAGA---T-------TGT--GA--CAA-----A-A--------GAGGTGA-GA----------G-GCAT-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ACGTCTCT--GACCTG-------CCTCTCTTCAA--A-A-TTTCTTAGGTAAC----AC-GCAATTACTA-GGA-A-AATGTG-TCCCG---AA-GCTGGAccct
gi|5 : GGACCAATCACACGACGT-GTTACA-ACA-T-TC---GTAGTCTGGCTATGAACTTTTC---AGCTGC-CAGTGGAAGAAAAGAAGCCCTGTGCGA--TTAATGTACTC--AAGA---T-------TGT--AA--CAAA-T--A-AATTAAAGAGAAATGA-GG-T--------G-GA-T-TTTGAGTTGAATAG-GC-CTGCAG-TATGA-C-ACCTTCCT--GACCTG-------CTGCTTGCTAA--A-A-TTTGTTAGGTAAC----ACTGTAATTACTTGGGG-A-AATGTG-CTCCG---AA-GAGGacac
gi|6 : TATCA-A-A-A-TCAGAGTACTCTG----TGACCTCCTTTTTCGCTGC-CAGTGGAAGAGAAT---CCCTGCGCGA--TTAATGCAAGC--AAAA---T-------TGT--AAAACAAA-T--A-AAA------GAGATGA-GA-TT-------G-G--T-TTTGAATTAAAAAC-AA-TTATAG-TATGA-C-ATGTCCTT--GACCAG-------ATGATCGTCAA--ACA-TTC-TTAGGTAAC----GCTGTGTTTACTT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GTGGGAatac
gi|7 : aaaGAGAACCATTCGGATGATACCGA-GATCAGTTA-----AACAAGTGCCAAT----GTGGACCAATCATACAAAGT-GTAACA-A-A-TGTC----TACGCTG----TAGCCTCCTCAATGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAAATGCGTCC-A--TCAATGTATGC--AAGA---TTACAATGTAT--GA--TAAG-TTAA-A--------AAGATAA-GA-T--------G-GA-T-TTCGACTTAAAGCA----TTG----------C-ATCTCCCT--GA
gi|8 : tATCCGAATGATCTCGG-GA----TTA-----C-T---------T----GCGGACCAATCAAACAACAG-GAAACA-G-A-T-TC---ATACTCTG----TAACCCCCTTTTTGGCTGC-CAGTAGGAGGGAAGAAACCCTGTCCGT--TTAATGCACGC--GTGA---T-------AGT--GA--CAAA-T--A-AAC------GAGATGA-GA-T--------ACG--T-TTTGAGTTGAGGAA-AC-TTGCAG-CAT-----ATCTCCCT-------------------TC-------A-T-TTCCATAGGTAAC----GCTGCCATTttat
gi|9 : GACGC-ATAACA-A-A-T-TT---GCACTATA----TGACCTC---TTTGGCTGC-CAGTAGAA---AAGAATCCTTGTCCGA--TCAATGCACGC--AAGA---C-------TGT--GA--CAAT-T--A-A-----------ATAAAGA-T-----------------TGAGATGAAGAG-AC-TTGTAGGCATGA-T-CTCTCCAT--GACTCG-------CCGCTCACCAA--A-A----CTTAAGTAAA----GCTGCAATTACTT-GGA-A-AATGTG-CTCCG---AA-GCGGG
Alignments
lowQualScore : 11 6666666666666666666666 222222222222222 2222222222222
lowQualScore : 11 5 5 1 4 99999 0000000000000000000000 3 2 5 2 2 555 5555 2 3 444 2 44 0 33 444 8888888 33 33 555555555555555 5 2 3333333333333 2 2 2 2 2 2 33 0 99999999 2 33 2 2 5 6666 2 0 3 3 3 3 555 3
lowQualScore : .. . . . . ..... ...................... . . . . . ... .... . . ... . .. . .. ... ....... .. .. ............... . . ............. . . . . . . .. . ........ . .. . . . .... . . . . . . ... .
lowQualScore : 00 0 7 2 0 00000 9999999999999999999999 1 9 7 9 9 000 7777 1 1 000 8 22 5 77 777 7777777 77 77 222222222222222 3 9 6666666666666 7 7 7 7 7 5 44 9 99999999 9 99 9 9 9 1111 4 5 1 1 1 1 444 1
consensus : NNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTAACTCTCGTCGTGTGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCGAGA-TCATCCGGATGATCTCGG-GA----CTA-----AAT---------T----GCGGACCAATCACACGACGC-GTAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-G--T-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCCCT--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-A-TTCCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACCT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
Reference ( family-3868 ) : NNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTAACTCTCGTCGTGTGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCGAGA-TCATCCGGATGATCTCGG-GA----CTA-----AAT---------T----GCGGACCAATCACACGACGC-GTAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-G--T-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCCCT--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-A-TTCCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACCT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
gi|1 : TTGTTATGTAAT--TGGTCCGC-ACTGGTCTTGGGA-TCATCCAGATGATCTCAG-AA----TTATTC--ACT---------T----ACTG--TAATCACATGACGC-ATAAC--A-A-T-TT---GTACTCAG----TGA---CATCTTTGGTTG
gi|1 : CGTCATGTGATTACAGTAAGTGAATAATTCTGAGA-TCATCTGGATGATCCCAA-GA----CCA-----G-----------T----GCGGACCAATTACA--------TAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTACTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGA-GCCCTGTCTGA--TCAATGCATGC--AAGA---T-------CAG--AA--TAAA------A--------GAGATGA-GA-TACGAGATGG-G--T-TTTGAGATGAAGAG-AA-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCTCT--GGCCTG-------CCTCTCACCAA--A-A-TGCCTTAGGAAACACGTACTGCAATTACTT-GGA-A-ATTGTG-CCTCA---AA-attcgtactctgtgacctactctttggctgccagtggaagagaagagccctgtctgatcaatgcatgcaagatcagaataaaagagatgagatacgagatgggttttgagatgaagagaattgtagtatgacatctctctggcctgcctctcaccaaaatgccttaggaaacacgtactgcaattacttggaaattgtgcctcaaa
gi|10 : caaccaaagatgtcactgagtacaaattgttatgTG----TGACCTCCTTTTTCGCTGC-C-GTGGAAGAGAAT---CCCTGCGCGA--TTAATGCAAGC--AAAA---T-------TGTAAAA--CAAA-TAAA-A--------GAGATGA-GATT--------G-GT-T-TTTGAAATAAAAAC-AA-TTA-AG-TATGA-C-ATGTCCTT--GACCAG-------ATGATCGTCAAACA-A-TT-CTTAGGTACA----GCTGTGGTTTACT-TGA-A-AATGTG--CCCG---AA-
gi|11 : TGGGAAAGAAGAAGCCCTTCCCGA--TCAATGCGCGCCAAAGACAGT-------TGT--GA--CAAA-T--A-C--------ATGGTGG-GG-G--------G-G--T----GAGTTTAAGAG-AC-ATGTAG-AATGA-C-ATCTCCCT--GAACTGGACATCACCACTCACCAA--A-A-TT-ATCAGGTAAC----GCTGCATTTACTT-GGC-A-AATGTG-CACTGTTCAA-GCGGGttgg
gi|12 : CTCCTTTTTT-CTGC-ATGTGGAAGAGAAG---TCCCGTCCGA--TTGATGCACAC--AATA---T-------TGT--GG--CAAA-TAAA-A--------GAGATGA-GA-TA-------A-A--T-TTTTAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-CATGA-C-ATTTTCCT--GA-TTG-------AAGCTCGTCGA--A-A--TCCTTCCGTAAA----GCAGTAATTACCT-----A-AATGTG-CCCTG---AA-GCGGGAgaccacct
gi|13 : CACGC--AAG----T-------TGT--GA--CAAA-T--ACAT-------GAGATGA-GA-T--------G-G--GGTTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGG-C-ATCATCCT--GACAGT-------TCGCTCATCAA--C-A-TT-------------------------TCT-GGA-A-AATGGGACCCCG---AA-GCAGGc
gi|14 : aggaaaactcgttacaATGCAGAT--CAGA---T-------TA--------AAA-A--A-G--------GAGTTAA-GA-T--------G-A--G-TTTGAGTTGACGAG-AC-TTGTCG-TATGT-C-ATCACTAT--GATCTG-------CTGTTTACCAC--A-ATTTCCTTgaacccatgtttctttaca
gi|15 : ccggtgaaaaaggatATGATTTTGA-GA----CTACACAAAAT---------TCAGTGCAGACCAATCACACGATGT-ATAACA-A-A-T-TC---GTATTTTA----TGACGTAATTTCTGAAAGG-GAGGGAAAGTGAAGAAACCGTATCAGG--TGAATGtgttacatgtaat
gi|16 : CCGAATGGTCTCAG-GA----TTA-----T-T---------T----ACGGACCAATCACACGACGC-GTTACA-A-ATT-TC---GTATTCTG----TGACTTCga
gi|17 : ttggtctgttttttttacgcgttgcttgattagcTGTT--TGGTCCGGTAATAATCCCGAGA-TCATTTGGA-------GT-GA----GTA-----------------------CACACCCATCACATGAAGC-GTTACAGA-A-T-TC---GTATTATG----TGCCTTCTTCTTTTGCTGA-CA
gi|18 : ---------T----GCAGACCAATCACACGACAC-CTAACA-T-A-T-TC---GTACTCTG----TGATTTCCT
gi|18 : TAGTGCACGC--AAAA---T-------TGT--GA--CAAA-TAAA-A--------GAGATGA-Gagtgcacgcaaaattgtgacaaataaaagagatgagct
gi|19 : tgcagaccaatcacacgacacctaacatattcgtactctgtgatttcc-ATTTCTCT--GATCTG-------CCGCTCTCCAC--A-A-TTTCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACAT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AT-GCAGGAct
gi|2 : TCTTTATTTCTAACTCTCGTCGTATGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCAAGA-TCATTCGGATGATCGTGA-AA----CTA-----AATA--------T----GCGGACCAGTCACACAACGC-GTAATG-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGAACTCCTCTTTGGGTGC-CAGTGGAGGAGAAAAAGCC--GTTCGA--TTAATGTAAGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-A--T-TTCTAGTTGAAGAA-AC-TTTTAG-CAT-----ATCTCCCT--GATCTG-------TCGCTCGTCAA--A-A-TTCCTCAGGTAAT----GCTGCAATT-CCT-GGA-ATAATGTG-CTCCG---AA-GCAGGAaccccctgt
gi|20 : tttgatcggaaAGGTAAC----GCTGTAATTACTT-GGA-A-AATGCG-CCTCA---AA-
gi|21 : -TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTTTAG-TATGA-CAATCGTCTT--AACCaatggactttgagatacga
gi|3 : gTTTCTAACTCTCGTCGTATGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCAAGA-TCATTCGGATGATCGTGGAAA----CTA-----AATA--------T----GCGGACCAGTCA-ACAACGCGGTAATG-ACA-T-TC---GTATCTTG----TGAACTCCTCTTTGGGTGCACAGTGG-GGAGAAAAAGCC--GTTCGAAGTTAATGTAAGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAATT--A-T--------AAGATGATGA-T--------G-A--T-TTCTAGTTGAAGAATACTTTTTAG-CA--ATT-ATCTCCCTTGAATCTG-------TCGCTCGTCAA--A-A-TTCCTCAGGTAAT----GCTGCAATT-CCT-GAATA-AATGTG--CTCG---AATGCAGGA
gi|4 : GA-TCATCCGAATGGTTTCGG-GA----TTA-------T---------TC---GCGGACCAATCACATGACGC-GTA------------------CTTTG----TCACCTC---TTTGGCTGC-CAGTGGAAAAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATACACAC--CAGA---T-------TGT--GA--CAA-----A-A--------GAGGTGA-GA----------G-GCAT-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ACGTCTCT--GACCTG-------CCTCTCTTCAA--A-A-TTTCTTAGGTAAC----AC-GCAATTACTA-GGA-A-AATGTG-TCCCG---AA-GCTGGAccct
gi|5 : GGACCAATCACACGACGT-GTTACA-ACA-T-TC---GTAGTCTGGCTATGAACTTTTC---AGCTGC-CAGTGGAAGAAAAGAAGCCCTGTGCGA--TTAATGTACTC--AAGA---T-------TGT--AA--CAAA-T--A-AATTAAAGAGAAATGA-GG-T--------G-GA-T-TTTGAGTTGAATAG-GC-CTGCAG-TATGA-C-ACCTTCCT--GACCTG-------CTGCTTGCTAA--A-A-TTTGTTAGGTAAC----ACTGTAATTACTTGGGG-A-AATGTG-CTCCG---AA-GAGGacac
gi|6 : TATCA-A-A-A-TCAGAGTACTCTG----TGACCTCCTTTTTCGCTGC-CAGTGGAAGAGAAT---CCCTGCGCGA--TTAATGCAAGC--AAAA---T-------TGT--AAAACAAA-T--A-AAA------GAGATGA-GA-TT-------G-G--T-TTTGAATTAAAAAC-AA-TTATAG-TATGA-C-ATGTCCTT--GACCAG-------ATGATCGTCAA--ACA-TTC-TTAGGTAAC----GCTGTGTTTACTT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GTGGGAatac
gi|7 : aaaGAGAACCATTCGGATGATACCGA-GATCAGTTA-----AACAAGTGCCAAT----GTGGACCAATCATACAAAGT-GTAACA-A-A-TGTC----TACGCTG----TAGCCTCCTCAATGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAAATGCGTCC-A--TCAATGTATGC--AAGA---TTACAATGTAT--GA--TAAG-TTAA-A--------AAGATAA-GA-T--------G-GA-T-TTCGACTTAAAGCA----TTG----------C-ATCTCCCT--GA
gi|8 : tATCCGAATGATCTCGG-GA----TTA-----C-T---------T----GCGGACCAATCAAACAACAG-GAAACA-G-A-T-TC---ATACTCTG----TAACCCCCTTTTTGGCTGC-CAGTAGGAGGGAAGAAACCCTGTCCGT--TTAATGCACGC--GTGA---T-------AGT--GA--CAAA-T--A-AAC------GAGATGA-GA-T--------ACG--T-TTTGAGTTGAGGAA-AC-TTGCAG-CAT-----ATCTCCCT-------------------TC-------A-T-TTCCATAGGTAAC----GCTGCCATTttat
gi|9 : GACGC-ATAACA-A-A-T-TT---GCACTATA----TGACCTC---TTTGGCTGC-CAGTAGAA---AAGAATCCTTGTCCGA--TCAATGCACGC--AAGA---C-------TGT--GA--CAAT-T--A-A-----------ATAAAGA-T-----------------TGAGATGAAGAG-AC-TTGTAGGCATGA-T-CTCTCCAT--GACTCG-------CCGCTCACCAA--A-A----CTTAAGTAAA----GCTGCAATTACTT-GGA-A-AATGTG-CTCCG---AA-GCGGG
blockSeqs : TA G A C A TCAGT CACAAAATTCAGT G G C T G AGA GCTA C A AAG C AG CA CAG TACAATG AA AA TAAATTAAAGA T T GGCA G T T G T A TG GACATCAC G AC C T C . T G T T A TTC T
blockSeqs : . T . T . C AACAAGTGCCAAT . . C . . . . C . AAA C . . . . . . TAAAA A . GGT . . . . . . . A A . . . C . A . . . . . .
blockSeqs : . G . T . C AATAT . . . . . . . C . AAG C . . . . . . TAAAA . . AAA . . . . . . . A G . . . T . A . . . . . .
blockSeqs : . G . G . T AATAT . . . . . . . A . AAG G . . . . . . TACAT . . GGA . . . . . . . T A . . . C . A . . . . . .
blockSeqs : . G . G TTT . . . . . . . T . AAG C . . . . . . TAAAA . . TGG . . . . . . . C A . . . C . A . . . . . .
blockSeqs : . T . C TTC . . . . . . . C . AAG C . . . . . . TAAAA . . GGA . . . . . . . C T . . . T . A . . . . . .
blockSeqs : C . C CTT . . . . . . . C . AAA C . . . . . . TTAAA . . ACG . . . . . . . T G . . . T . A . . . . . .
blockSeqs : T . T GT . . . . . . . C . AAA G . . . . . . TAAAC . . GG . . . . . . . T G . . . C . A . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . T . AAT C . . . . . . TTAT . . GG . . . . . . . C T . . . C . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . T . . . . . . TAC . . GA . . . . . . . C G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . AAG . . GA . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . TAA . . GA . . . . . . . C A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TAA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : AATNT***************** AAG TAAAA********** GGA********** ****
originalCons : NNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTAACTCTCGTCGTGTGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCGAGA-TCATCCGGATGATCTCGG-GA----CTA-----AAT---------T----GCGGACCAATCACACGACGC-GTAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAA-T--A-A--------GAGATGA-GA-T--------G-G--T-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCCCT--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-A-TTCCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACCT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
finalCons : NNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTAACTCTCGTCGTGTGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCGAGA-TCATCCGGATGATCTCGG-GA----CTAAATNT-----------------GCGGACCAATCACACGACGC-GTAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGT--GA--CAAATAAAA----------GAGATGA-GA-TGGA----------T-TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCCCT--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-A-TTCCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACCT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
Alignments
lowQualScore : 11 444444444444444444444444 111111 1111111111
lowQualScore : 11 5 5 4 1 4 999999999999999999999999 44 3 2 5 2 2 555 5555 2 3 444 2 44 0 33 444 8888888 77 2 000000 2 2 4444444444 2 2 2 2 2 33 0 99999999 2 33 2 2 9 6666 2 0 3 3 3 3 555 3
lowQualScore : .. . . . . . ........................ .. . . . . . ... .... . . ... . .. . .. ... ....... .. . ...... . . .......... . . . . . .. . ........ . .. . . . .... . . . . . . ... .
lowQualScore : 00 0 7 0 2 0 999999999999999999999999 66 1 9 7 9 9 000 7777 1 1 000 8 22 5 77 777 7777777 33 7 333333 7 9 7777777777 7 7 7 7 5 44 9 99999999 9 99 9 9 5 1111 4 5 1 1 1 1 444 1
consensus : NNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTAACTCTCGTCGTGTGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCGAGA-TCATCCGGA-TGATCTCGG-GAC----TA-----AATN--------TGCGGAC--CAATCACACGACGC-GTAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGTGA--CA-AATAAA------AGAGATGA-GA-T-------GGATTTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCCCT--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-A-TTCCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACCT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
Reference ( family-3868 ) : NNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTAACTCTCGTCGTGTGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCGAGA-TCATCCGGA-TGATCTCGG-GAC----TA-----AATN--------TGCGGAC--CAATCACACGACGC-GTAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTCCTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATGCACGC--AAGA---T-------TGTGA--CA-AATAAA------AGAGATGA-GA-T-------GGATTTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCCCT--GACCTG-------CCGCTCGCCAA--A-A-TTCCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACCT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GCGGGA
gi|1 : TTGTTATGTAAT--TGGTCCGC-ACTGGTCTTGGGA-TCATCCAGA-TGATCTCAG-AAT----T-------ATT--------CACTTACTGTAATCACATGACGC-ATAAC--A-A-T-TT---GTACTCAG----TGA---CATCTTTGGTTG
gi|1 : CGTCATGTGATTACAGTAAGTGAATAATTCTGAGA-TCATCTGGA-TGATCCCAA-GAC----CA--------G--------TGCGGAC--CAATTACA--------TAACA-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGACCTACTCTTTGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGA-GCCCTGTCTGA--TCAATGCATGC--AAGA---T--------------CAGAATAAA------AGAGATGA-GA-TACGAGATGGGTTTTGAGATGAAGAG-AA-TTGTAG-TATGA-C-ATCTCTCT--GGCCTG-------CCTCTCACCAA--A-A-TGCCTTAGGAAACACGTACTGCAATTACTT-GGA-A-ATTGTG-CCTCA---AA-attcgtactctgtgacctactctttggctgccagtggaagagaagagccctgtctgatcaatgcatgcaagatcagaataaaagagatgagatacgagatgggttttgagatgaagagaattgtagtatgacatctctctggcctgcctctcaccaaaatgccttaggaaacacgtactgcaattacttggaaattgtgcctcaaa
gi|10 : caaccaaagatgtcactgagtacaaattgttatgTG----TGACCTCCTTTTTCGCTGC-C-GTGGAAGAGAAT---CCCTGCGCGA--TTAATGCAAGC--AAAA---T-------TGTAAAACA-AATAAA------AGAGATGA-GATT-------GGTTTTTGAAATAAAAAC-AA-TTA-AG-TATGA-C-ATGTCCTT--GACCAG-------ATGATCGTCAAACA-A-TT-CTTAGGTACA----GCTGTGGTTTACT-TGA-A-AATGTG--CCCG---AA-
gi|11 : TGGGAAAGAAGAAGCCCTTCCCGA--TCAATGCGCGCCAAAGACAGT-------TGTGA--CA-AATACA------TGG--TGG-GG-G-------GG----TGAGTTTAAGAG-AC-ATGTAG-AATGA-C-ATCTCCCT--GAACTGGACATCACCACTCACCAA--A-A-TT-ATCAGGTAAC----GCTGCATTTACTT-GGC-A-AATGTG-CACTGTTCAA-GCGGGttgg
gi|12 : CTCCTTTTTT-CTGC-ATGTGGAAGAGAAG---TCCCGTCCGA--TTGATGCACAC--AATA---T-------TGTGG--CA-AATAAA------AGAGATGA-GA-T-------AAATTTTTAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-CATGA-C-ATTTTCCT--GA-TTG-------AAGCTCGTCGA--A-A--TCCTTCCGTAAA----GCAGTAATTACCT-----A-AATGTG-CCCTG---AA-GCGGGAgaccacct
gi|13 : CACGC--AAG----T-------TGTGA--CA-AATACA------TGAGATGA-GA-T-------GGGGTTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGG-C-ATCATCCT--GACAGT-------TCGCTCATCAA--C-A-TT-------------------------TCT-GGA-A-AATGGGACCCCG---AA-GCAGGc
gi|14 : aggaaaactcgttacaATGCAGAT--CAGA---T-------T-------A-AA-AAA------GGAGTTAA-GA-T-------G-AGTTTGAGTTGACGAG-AC-TTGTCG-TATGT-C-ATCACTAT--GATCTG-------CTGTTTACCAC--A-ATTTCCTTgaacccatgtttctttaca
gi|15 : ccggtgaaaaaggatA-TGATTTTGA-GAC----TACACAAAATTCAG-----TGCAGAC--CAATCACACGATGT-ATAACA-A-A-T-TC---GTATTTTA----TGACGTAATTTCTGAAAGG-GAGGGAAAGTGAAGAAACCGTATCAGG--TGAATGtgttacatgtaat
gi|16 : CCGAA-TGGTCTCAG-GAT----TA-------TT--------TACGGAC--CAATCACACGACGC-GTTACA-A-ATT-TC---GTATTCTG----TGACTTCga
gi|17 : ttggtctgttttttttacgcgttgcttgattagcTGTT--TGGTCCGGTAATAATCCCGAGA-TCATTTGGAGTGA------------------------G--------TACACAC--CCATCACATGAAGC-GTTACAGA-A-T-TC---GTATTATG----TGCCTTCTTCTTTTGCTGA-CA
gi|18 : --------TGCAGAC--CAATCACACGACAC-CTAACA-T-A-T-TC---GTACTCTG----TGATTTCCT
gi|18 : TAGTGCACGC--AAAA---T-------TGTGA--CA-AATAAA------AGAGATGA-Gagtgcacgcaaaattgtgacaaataaaagagatgagct
gi|19 : tgcagaccaatcacacgacacctaacatattcgtactctgtgatttcc-ATTTCTCT--GATCTG-------CCGCTCTCCAC--A-A-TTTCTTAGGTAAC----GCTGCAATTACAT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AT-GCAGGAct
gi|2 : TCTTTATTTCTAACTCTCGTCGTATGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCAAGA-TCATTCGGA-TGATCGTGA-AAC----TA-----AATA--------TGCGGAC--CAGTCACACAACGC-GTAATG-A-A-T-TC---GTACTCTG----TGAACTCCTCTTTGGGTGC-CAGTGGAGGAGAAAAAGCC--GTTCGA--TTAATGTAAGC--AAGA---T-------TGTGA--CA-AAT--A------AGAGATGA-GA-T--------GATTTCTAGTTGAAGAA-AC-TTTTAG-CAT-----ATCTCCCT--GATCTG-------TCGCTCGTCAA--A-A-TTCCTCAGGTAAT----GCTGCAATT-CCT-GGA-ATAATGTG-CTCCG---AA-GCAGGAaccccctgt
gi|20 : tttgatcggaaAGGTAAC----GCTGTAATTACTT-GGA-A-AATGCG-CCTCA---AA-
gi|21 : TTTGAGTTGAAGAA-AC-TTTTAG-TATGA-CAATCGTCTT--AACCaatggactttgagatacga
gi|3 : gTTTCTAACTCTCGTCGTATGAT--CGGTCCGTGAATAATCCCAAGA-TCATTCGGA-TGATCGTGGAAAC----TA-----AATA--------TGCGGAC--CAGTCA-ACAACGCGGTAATG-ACA-T-TC---GTATCTTG----TGAACTCCTCTTTGGGTGCACAGTGG-GGAGAAAAAGCC--GTTCGAAGTTAATGTAAGC--AAGA---T-------TGTGA--CA-AATTAT------A-AGATGATGA-T--------GATTTCTAGTTGAAGAATACTTTTTAG-CA--ATT-ATCTCCCTTGAATCTG-------TCGCTCGTCAA--A-A-TTCCTCAGGTAAT----GCTGCAATT-CCT-GAATA-AATGTG--CTCG---AATGCAGGA
gi|4 : GA-TCATCCGAA-TGGTTTCGG-GAT----TA-------TT--------CGCGGAC--CAATCACATGACGC-GTA------------------CTTTG----TCACCTC---TTTGGCTGC-CAGTGGAAAAGAAGAAGCCCTGTCCGA--TTAATACACAC--CAGA---T-------TGTGA--CA-AA----------AGAGGTGA-GA-G-------GCATTTTGAGTTGAAGAA-AC-TTGTAG-TATGA-C-ACGTCTCT--GACCTG-------CCTCTCTTCAA--A-A-TTTCTTAGGTAAC----AC-GCAATTACTA-GGA-A-AATGTG-TCCCG---AA-GCTGGAccct
gi|5 : GGAC--CAATCACACGACGT-GTTACA-ACA-T-TC---GTAGTCTGGCTATGAACTTTTC---AGCTGC-CAGTGGAAGAAAAGAAGCCCTGTGCGA--TTAATGTACTC--AAGA---T-------TGTAA--CA-AATAAATTAAAGAGAAATGA-GG-T-------GGATTTTGAGTTGAATAG-GC-CTGCAG-TATGA-C-ACCTTCCT--GACCTG-------CTGCTTGCTAA--A-A-TTTGTTAGGTAAC----ACTGTAATTACTTGGGG-A-AATGTG-CTCCG---AA-GAGGacac
gi|6 : TATCA-A-A-A-TCAGAGTACTCTG----TGACCTCCTTTTTCGCTGC-CAGTGGAAGAGAAT---CCCTGCGCGA--TTAATGCAAGC--AAAA---T-------TGTAAAACA-AATAAA------AGAGATGA-GA-T-------TGGTTTTGAATTAAAAAC-AA-TTATAG-TATGA-C-ATGTCCTT--GACCAG-------ATGATCGTCAA--ACA-TT-CTTAGGTAAC----GCTGTGTTTACTT-GGA-A-AATGTG-CCCCG---AA-GTGGGAatac
gi|7 : aaaGAGAACCATTCGGA-TGATACCGA-GATCAGTTA-----AACAAGTGCCAATGTGGAC--CAATCATACAAAGT-GTAACA-A-A-TGTC----TACGCTG----TAGCCTCCTCAATGGCTGC-CAGTGGAAGAGAAGAAAATGCGTCC-A--TCAATGTATGC--AAGA---TTACAATGTATGA--TA-AGTTAA------AAAGATAA-GA-T-------GGATTTCGACTTAAAGCA----TTG----------C-ATCTCCCT--GA
gi|8 : tATCCGAA-TGATCTCGG-GAT----TA-------CT--------TGCGGAC--CAATCAAACAACAG-GAAACA-G-A-T-TC---ATACTCTG----TAACCCCCTTTTTGGCTGC-CAGTAGGAGGGAAGAAACCCTGTCCGT--TTAATGCACGC--GTGA---T-------AGTGA--CA-AATAAA------CGAGATGA-GA-T-------ACGTTTTGAGTTGAGGAA-AC-TTGCAG-CAT-----ATCTCCCT-------------------TC-------A-T-TTCCATAGGTAAC----GCTGCCATTttat
gi|9 : GACGC-ATAACA-A-A-T-TT---GCACTATA----TGACCTC---TTTGGCTGC-CAGTAGAA---AAGAATCCTTGTCCGA--TCAATGCACGC--AAGA---C-------TGTGA--CA-ATTAAAT-----AAAGAT--------------------TGAGATGAAGAG-AC-TTGTAGGCATGA-T-CTCTCCAT--GACTCG-------CCGCTCACCAA--A-A----CTTAAGTAAA----GCTGCAATTACTT-GGA-A-AATGTG-CTCCG---AA-GCGGG