lowQualScore                  :                                       2    55555         11         2           666666666666666666666666          1        222        11111           3333333333333     1   1         555555555555555555         1    333333    1           11      2222222    1  33333333333         111                 1111                     1             1111        11111                                                               555555555555555555           2   1      2   2222222222222            11        888888888888888                    7777777777      11       22                       333          33333333333    111111      11        11111       11  11   1           111                       
lowQualScore                  :                                       3    00000    1    11   5  77 2      5    999999999999999999999999    5  5  0    66  333   66   22222  2    3   4444444444444     5   3 0  5    111111111111111111 0       0    666666    0 0    66   11      6666666    5  99999999999         444          2 8    7777   8  8    3  77     5        3 3  6666    0   88888  33         6         6                 6 3  0 33 2    8      777777777777777777   4  3    7   8   5  0   7777777777777 5  888   4 88   3    888888888888888         88888      1111111111      99 8     00       44 8888    4    444       66 22222222222    222222  1   66   5    33333     8 33  55   0   8     0 000   6           3       
lowQualScore                  :                                       .    .....    .    ..   .  .. .      .    ........................    .  .  .    ..  ...   ..   .....  .    .   .............     .   . .  .    .................. .       .    ......    . .    ..   ..      .......    .  ...........         ...          . .    ....   .  .    .  ..     .        . .  ....    .   .....  ..         .         .                 . .  . .. .    .      ..................   .  .    .   .   .  .   ............. .  ...   . ..   .    ...............         .....      ..........      .. .     ..       .. ....    .    ...       .. ...........    ......  .   ..   .    .....     . ..  ..   .   .     . ...   .           .       
lowQualScore                  :                                       3    77777    4    11   7  99 9      7    777777777777777777777777    0  0  0    99  999   99   55555  0    1   7777777777777     0   2 8  0    000000000000000000 6       0    444444    6 8    44   00      0000000    0  44444444444         888          5 8    8888   8  8    2  88     5        2 2  8888    8   00000  55         7         7                 5 2  8 22 5    3      222222222222222222   3  2    5   5   0  6   5555555555555 0  888   2 88   2    888888888888888         77777      7777777777      44 9     88       88 5555    0    333       11 33333333333    555555  4   88   4    22222     0 66  00   6   0     8 444   8           2       
consensus                     :        AAATCAATTAACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----AAATTTAAGGTTGT-AA--TTGAGGAC-GTTA--G-TCC-TC-TTCG--GGNT---ATTA-GG-CA-CTGA--AA-A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAATGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACATGCCAGGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCATACGCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGAG--AAGT--TCCCTCTCCTA-ACTTGCA-GC-GGA----------T-NT-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAA-----CNTCGTCCCAA---A-CTCCACG-T-----GATGACTC--A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTG-TAAA-A-GTTTCCG--C---T--CT---TTAT-TGCTCCTCGTGTTAGTGCTTCCGTGTGAATG-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCNTGGCCCACCAAAGTTGGTCCTAT
Reference ( gi|1 )            :        AAATCAATTAACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGAAATCTAAGAGTGT-AA--T-GAGGAC-GTTA--AATCCCTC-TCCA--GGTT---ATTA-GG-CA-CTGA--AA-ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACATGCCAGGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCATACGCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGCA-GCTGGA----------T-GT-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCCAA---A-CTCCACGATAGTCGGATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTG-TAAAGAGGTTTCCG--C---T--CT---TTAT-TGCTCCTCGTG-TAGTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|3                          :        AAATCAATTAACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGAAATCTAAGAGTGT-AA--T-GAGGAC-GTTA--AATCCCTC-TCCA--GGTT---ATTA-GG-CA-CTGA--AA-ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACATGCCAGGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCATACGCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGCA-GCTGGA----------T-GT-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCCAA---A-CTCCACGATAGTCGGATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTG-TAAAGAGGTTTCCG--C---T--CT---TTAT-TGCTCCTCGTG-TAGTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|2                          :        AAATCAATTAACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGAAATCTAAGAGTGT-AA--T-GAGGAC-GTTA--AATCCCTC-TCCA--GGTT---ATTA-GG-CA-CTGA--AA-ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACATGCCAGGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCATACGCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGCA-GCTGGA----------T-GT-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCCAA---A-CTCCACGATAGTCGGATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTG-TAAAGAGGTTTCCG--C---T--CT---TTAT-TGCTCCTCGTG-TAGTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTA
gi|5                          :                                 aCAGTA-AATT-----AAATTTAAAGTTGTTAA--TTGAGGAC-GTTA-----------TTCATTGAGT---ATTA-GGGCA-CTGA--AA---TGC--TTT-----ATTAAAATTGT---A---------GTTAT--TT-TATCTATCT----G-CACCT---------ATTACTGCACA-------AATATT-CCCAT-GTA--TGGGTGA------TTTT-CAA-CAT-------TTGGATACC----ATGCCGGACT-------------TGACGAA---CGACACA-GCCAGGCATT--------------------ATT--CATACGCT-----TGCCA-----TGCAAGTGTGTGCAT---------GGCATATTCCT-----TCGAG--AA----TCC---TCCTA-ACT-GCA-GC-GGA----------T-TT-CT---CGCAA-ATGT-TCGTTTCAT-----------CGTCCCAA---A-CTCCAC--------GGTGACTCA-A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTG-TAAA---GTTTCCG--C-----------CTAT-------TTGTATTAGTGCTTC----TGGATG-G--TG--CAT-ACG-GATTT---CCTGG-CCACCAAAGTTG--TCTAT
gi|7                          :      aatcaaaaattgaatgttgacaagtaaaCAGTA-AATT-----AAATTTAAAGTTGT-AA--TTGAGGAC-GTTA--G-----TC-ATTG--AGAT---ATTA-GG-CA-CTGA--AA-A-CAC--TTT-----ATTAAAATTGgcgactcatccatgacgcacggtctgcagaaacagtcggacataca
gi|11                         :         caaaagattgaatgttgacaagtaaCAGTA-AATT-----AAATTTAAAGTTGT-AA--TTGAGGAC-GTTA--G--CCATG-ATTA--GGTAGAAATTAAGG-CA-CTGATTAA-A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---TACacatagttattttatctatctgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacatacatattccttcgagaatccctcctaactgcagcggttctcgcaatgtattgttcatcgtcccaaactccacggtgactcaacatagtctaaaactttttgtaaaatttccgcctatttgtattattgcttcgatctggatggtacatatggatttcc
gi|13                         : atcaaaagatttgacttggttaggactaagtaaCAGTA-AATT-----AAATTTAAAGTTGT-AA--TTGAGGAC-GTTA--G-----TCATTGA--G------AATA-GG-CAACTGA--AA-A-CGC--TTT-----ATTAAAAATGT---actagttaacttttgt
gi|4                          :                         aaaagattgaatgttgacaagtaaAAATTAAAGTTTGT-AACTT-GAGGACTGTTAGTAGTATTT-----G--AGAT---ATTA-GG-CAACTGG--AACAACGCCTTTT-----ATTAAAATTGTCGAGAGTTTATTCATTATACTTAT-----TCT----G-CACCTT------TCATTACTG-CCAC----ATAATG-TTCCCAGTGGG--TTATTGATGTTGATTTT-CAA-CA--------TTGGATACag
gi|6                          :                                                                    tgaaaaatgttgacaagtataccagttaataaattataTTA-GG-CA-CTGA--AA-A-CGC--TTTATTACATTAAAATTGT---AA--------GTTAT--TT-TATCTATTT----G-CACC--------TAATTACTG-CCAC------AATG--TCCCA-TGTAGCTTGTGG--------TTTCCA--------CTTCTTAGTCAC---ATGCTCGGAA---CTTG----AAC--G--GAAATG--ACACA-GTCAGGCA-TTAT----GTCTCTCTT----ATATCCATACGCaatgctcggtatcttgacgcaattgacccacaaggccaaggcagttatgtctctcttatatccaattacagcttgccatgccaatagttgtggcatggagcaatatcctcctaacttgcaggcggaacataaagattttcttcccgcaatgtatcgtttcaaatcgtcccaataaactccacggtggaataccccaacatagtccaaaactattatgtttgttaaagtttccgcctattttgtatctaagggtgcttacatggaatgtggctgcagtgaacgagacatttccctggccaaccaaagttagtgccctcatgcgaaaactcattcccatgaacagcaccgcggtctcagaaacc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaaagattgaatgttatagccaaataacatattaaattgttaagttgtaattgagacgttagtcattgaaagAGCCC-TTGCCACACATACATATTCCT-----TCGAG---AAT--TCCCTC--CTA-ACT-GCA-GC-GGA----------T-TTTCT---CGCCA-ATGTA----ATTGT--------CATCGTCCCAA---AACTCCACGGT--------GACTC--AACATAGT-CCAAAAC-------CTTG-TA---ATGTTTCCGGCC---T--AT---TTattgcaacatacatatccttcgagaacccttctaactgcagcgtattatctcgcaatgtatcgttcatcttcgtcccaaactccacgtgactcacatagaccaaacttttttgtaaaggtttccgcctattttatatgcttactggatgtgcaatacggattcctgccac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ccacGGCATATTCCT-----TCGAG--AA----TCC---TCCTA-ACTGGCAAGCAGGA----------T-AT--T---CTCCA-ATGT-TCGT------------TCTTCGTCCCAA-----CTCCACGGT--------GACTC--AACATAGT-CCAAAAC--T----TTTG-TAAA---GTTTCCG--C-----------CTAT-------TTGTATTAGTGCTTCTG---GGATG-G--TG--CAT-ACG-GATTTTC---CGGCCCAACCAAGTT-GTTCTATtgtattattg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           attcatacgcttgccatgcaatgtgtgcatCATATTCCT-----TCGAG--AA----TCCCTC--CTA-ACT-GCA-GC--GG----------T--T-CT---CGCAAT--GTAT--TGTT----------CATCGTCCCAA---A-CTCCAC--------GGTGACTCA-A-CATAGT-CTAAAACT-T----TTTG-TAAA---ATTTCCG--CCTAT--TTGTATTAT-TGCTTCgcgactcatccatgacgcacggtcctgcagaaaccagtcgggacataca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                          caaaagattgaatgttgacaagtaacagtaaattaaatttaaagttgtaattgaggacgttagtcattgagatattaggcactgaaaacactttattaaaattgacatagttattttatctatctgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacataCCCTTCTA-ACT-GCA-GC-GTA----------TTAT-CT---CGCAAT--GTATCGT-TCAT--------CTTCGTCCCAA---A-CTCCACG---------TGACTC--A-CATAG-ACCAAACTT-T----TTTG-TAA--AGGTTTCCG--C---CTATT---TTATATGCTgatctggatggtacatatggatttcc
gi|4                          :                                                                                                                                                                         taaaagattgaatgttatagccaaataacatattaaattgttaagttgtaattgagacgttagtcattgaaagttaggcactgaaaacgctttattacattaaaattgtaagttattttatctatttgcacctaattactgccacaatgtcccatgtagcttgtggtttccacttcttagtcacatgctcggaacttgaacggaaatgacacagtcaggcattatgtctctcttatatccatacgcattgcaacatacatatccttcgagaaCTCCTA-ACTTGCA-GGCGGAACATAAAGATT-TT-CTTCCCGCAAT--GTATCGT-TT-CAAA-------TCGTCCCAATAAA-CTCCACG---GTGGAAT-ACCCCAA-CATAGT-CCAAAACTATTATGTTTGTTAAA---GTTTCCG--C------CT---ATTT-TGTATCTAAGG---GTGCTTACATG-GAATGTGGCTGCAGTGAACGAGACATTTCCCTGGCCAACCAAAGTTAGTtactggatgtgcaatacggattcctgccac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                   tgaaaaatgttgacaagtataccagttaataaattataaaattaaagtttgtaacttgaggactgttagtagtatttgagatattaggcaactggaacaacgccttttattaaaattgtcgagagtttattcattatacttattctgcacctttcattactgccacataatgttcccagtgggttattgatgttgattttcaacattggatacaatgctcggtatcttgacgcaattgacccacaaggccaaggcagttatgtctctcttatatccaattacagcttgccatgccaatagttgtggcatggagcaatatcTCCCAC---A-CCCCACG--------ATGACTCG-A-CATGG-ACCAAAACT-T----ATTA-TAAAgccctcatgcgaaaactcattcccatgaacagcaccgcggtctcagaaacc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tttatggattaagggtatgaaataaatcaaactatcgacagctatcttaagtcaagagtctgttcactactgccacaaatgtgccatgtaaggctgactttgatgggtgggatttggcaaatgacatagtctggcacaattctctcttgaatctatttgctgttttgtcaaacatacagtttccagcaggtgtctctgcttactgcggtgaatttttagctatgtattgactaTAGTCC-AAAACT-T----TTTG-TAAA---GTTTCCG--C---C--TT---TTtttttttttctgttcaaattatatatttttaattttttttttttttttggaaaaattctcttgtcatcaaagttgtgtgtgtgacttgtcccggacacatggcc
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TGAAATTTGTTGACAAATAACTTGAATAAATCTAAATTTGTAATTGAGGAGCGTTAGCCATGAGAAGGATTAGGTCACAAAATGTTTATTAAAATTGTAGAGCTAACATGCCTATTTTTTCAAT
Unaligned ( gi|14 ): AGTAACAGTAAATTAAATCTAAAGTTGTAATTGAAGACGTTAAGCATTGAAATTTACTTTATTATTTTTATGGTTATTT
Unaligned ( gi|15 ): GTGTGCATGGCATACATATTTCTTCGAGAATCCCTCCTAACTGCAGCGGA
Unaligned ( gi|17 ): AATTGTAGTTATTTTATCTATCTGCACCTA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                1                      1    22222                                      44444444444444444444                    1111        11111           2222222222222     11  1         222222     2222222              222222                         111111    1   1   111111         111          111    1111   1                 2222              1111         1111                11111     11111                                   22222    11   4444   11      1   1       1   1111111111            1111        7777777777777         111         555555555555       11        1                   1111            4444444444444444     11            11111       11  11   1                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                0     2         2 1    0    77777 666    55    3    3  3 4     3 3     99999999999999999999   4   8 4 4    55  3333   55   00000           2222222222222     55  3    3    999999     4444444              000000      7    3    99       666666    0   1   777777         666          000    9999   0  777    44      1111    6    3    4444         0000  1    99   6   22222     11111 0      3    1    999999           77777    55   1111   33      0   1  3 3  4   9999999999 55   777   3333   0    0000000000000 2       111         999999999999       77 8      0        3 7777     7777         55 5555555555555555     44  888       11111     5 44  55   2   5      55 1   6           1       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                .     .         . .    .    ..... ...    ..    .    .  . .     . .     ....................   .   . . .    ..  ....   ..   .....           .............     ..  .    .    ......     .......              ......      .    .    ..       ......    .   .   ......         ...          ...    ....   .  ...    ..      ....    .    .    ....         ....  .    ..   .   .....     ..... .      .    .    ......           .....    ..   ....   ..      .   .  . .  .   .......... ..   ...   ....   .    ............. .       ...         ............       .. .      .        . ....     ....         .. ................     ..  ...       .....     . ..  ..   .   .      .. .   .           .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                0     5         5 4    9    33333 444    00    5    6  6 4     6 6     33333333333333333333   0   0 0 0    55  4444   55   00000           8888888888888     77  7    0    555555     8888888              888888      3    2    22       333333    8   3   000000         888          888    8888   8  222    22      5555    7    2    7777         3333  0    22   7   44444     88888 6      5    0    555555           33333    00   5555   77      9   0  6 6  5   5555555555 00   000   6666   8    2222222222222 4       000         555555555555       55 0      9        6 7777     2222         55 9999999999999999     44  888       66666     7 99  77   0   7      77 0   3           0       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGCGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--GAAGT--TCCCTCTCCTA-ACTTGC-A-GC-GGA----------TT-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAA-----CNTCGTCCC---AAACTCCAC-G-T-----G--ATGACTC--A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCG--CT--CTTTAT-TGCTCCTCGTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATG-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
Reference ( family-386 )      :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCCT-CTTCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAATGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--GAAGT--TCCCTCTCCTA-ACTTGC-A-GC-GGA----------TN-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAA-----CNTCGTCCC---AAACTCCAC-G-T-----G--ATGACTC--A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--AAGTTTCCG--CT--CTTTAT-TGCTCCTCGTGT-TA---GTGCTTCCGTGTGAATG-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCNTGGCCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------TG-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAACTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCG--CT--CTTTAT-TGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGCCC-TTGCCACACATACATATTCCT-----TCGA--GAA-T--TCC--CTCCTA-AC-TGC-A-GC-GGAT---------TT-TCT---CGCCA-ATGTA----ATTGT--------CATCGTCCCA--AAACTCCAC---------G--GTGACTCA-A-CATAGT-CCAAAAC-------CTTGT-A--ATGTTTCCGGCCT--ATTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                              ccacCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCATGATTAGGTAG--AAATTAAGG-C-A-CTGATTAA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---TACtgtattattg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                            atcaaaagatttgacttggttaggactaagtaaTAACT---TG-AAT------A---AATC--TAAATTTGT-AA-TTGAGGAGC-GTTAG--CCAT-----GA--GAAGGATT-AGGTC-A-C--A--AA--A-TG---TTT-----ATTAAAATTGT---actagttaacttttgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                 tgaaatttgttgacaaaCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCAT-T-------G--AGAAT-AGG-CAA-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAAATGT---agagctaacatgcctattttttcaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                          aaaagattgaatgttgacaagtaaCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAAGTTGT-AA-TTGAAGA-C-GTTAag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agtaaCATATTTCT-----TCGA--GAA----TCC--CTCCTA-AC-TGC-A-GC-GGA----------agcattgaaatttactttattatttttatggttattt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtgtgcatggcataTAGT-CCAAAACT-T----TTTGT-A--AAGTTTCCG--C---CTTT---------TTGTAT-TA---GTG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------TG-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAACTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCG--CT--CTTTAT-TGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                      aAAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------TG-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAACTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCG--CT--CTTTAT-TGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                          AGTTAA-----TA-AATT-----ATAAAATT--AAAGTTTGT-AACTTGAGGA-CTGTTAG--TAGT-ATTTGA--G--ATATT-AGG-C-AACTGG--AACAA-CGCCTTTT-----ATTAAAATTGTCGAGAGTTTATTCATTATACTTAT-----TCT----G-CACCTT------TCATTACTGCC-AC----ATAATGTT-CCCAGTGGG--TTATTGATGTTGATTTT-CAA-CAT--------TGGATACA--ATGCTCGGTAT--CTTG-----AC--GC---AAT-TGACCCACAAGGCCAAGGCAGTTATG------TCTCTCTTA--TATCCAATTACAGCT-----TGCCA-----TGCCAATA-----GTTGT------GGCATG------------GA--GCAATA-TCC---TCCTA-ACTTGC-AGGC-GGAACATAAAGATTT-TCTTCCCGCA--ATGTATCGT-TT-CAAA-------TCGTCCCAATAAACTCCACGG-T-----GGAAT-ACCCCAA-CATAGT-CCAAAACTATTATGTTTGTTA--AAGTTTCCG--C-----CTAT-T-----TTGTATCTAAGGGTGCTTACATG-GAATGTGGCTGCAGTGAACGAGACATTTCCCTGGCCAACCAAAGTTAGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                           tgaaaaatgttgacaagtataccCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGTTAA-TTGAGGA-C-GTTAT--TCAT-T----G--A--GTATT-AGGGC-A-CTGA--AA----TGC--TTT-----ATTAAAATTGT---A---------GTTAT--TT-TATCTATCT----G-CACCT---------ATTACTGCACA-------AATATT-CCCAT-GTA--TGGGTGA------TTTT-CAA-CAT-------TTGGATACC----ATGCCGGACT-------------TGACGAA---CGACACA----GCCA-GGCATT--------------------ATT--CA--TAC-GCT-----TGCCA-----TGCAAGTGTGTGCAT---------GGCATATTCCT-----TCGA--GAA----TCC---TCCTA-ACT-GC-A-GC-GGA----------TT-TCT---CGCAA-ATGT-TCGT-TT----------CATCGTCCC---AAACTCCAC-G----------GTGACTC--AACATAGT-CCAAAACT-T----TTTGT-A--AAGTTTCCG--C-----CTAT-------TTGTAT-TA---GTGCTTC----TGGATG-G--TG--CAT-ACG-GATTT---CCTGG-CCACCAAAGTTG--TCTATgccctcatgcgaaaactcattcccatgaacagcaccgcggtctcagaaacc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                 aatcaaaaattgaatgttgacaagtaaaATTGAATGT-TATAGCCAAAT-AACA-TATT-----A---AATTGTTAAG-TTGT-AA-TTGAG-A-C-GTTAG--TCAT-T----G--A--AAGTT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTTATTACATTAAAATTGT---AA--------GTTAT--TT-TATCTATTT----G-CACC--------TAATTACTG-CCAC------AATG--TCCCA-TGTAGCTTGTGG--------TTTCCA--------CTTCTTAGTCAC---ATGCTCGGAA---CTTG----AAC--G--GAAATG--ACACA----GTCA-GGCA-TTAT----GTCTCTCTT----ATATCCA--TAC-GCgcgactcatccatgacgcacggtctgcagaaacagtcggacataca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaaagCATAT-CCT-----TCGA--GAA-------CCCTTCTA-ACT-GC-A-GC-GTA----------TTATCT---CGCAAT--GTATCGT-TCAT--------CTTCGTCCC---AAACTCCAC-G-T-----G--A---CTC--A-CATAGA-CCAAACTT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCG--CCTATTTTATATGCTattgcaacatacatatccttcgagaacccttctaactgcagcgtattatctcgcaatgtatcgttcatcttcgtcccaaactccacgtgactcacatagaccaaacttttttgtaaaggtttccgcctattttatatgcttactggatgtgcaatacggattcctgccac
gi|7                          : taaaagattgaatgttatagccaaataacatattaaattgttaagttgtaattgagacgttagtcattgaaagttaggcactgaaaacgctttattacattaaaattgtaagttattttatctatttgcacctaattactgccacaatgtcccatgtagcttgtggtttccacttcttagtcacatgctcggaacttgaacggaaatgacacagtcaggcattatgtctctcttatatccatacgcattgcaacataCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCA----TTGA--G--ATATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CAC--TTT-----ATTAAAAT--T---GACAT---A-GTTAT--TT-TATCTATCTtactggatgtgcaatacggattcctgccac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           caaaagattgaatgttgacaagtaaCATATTCCT-----TCGA--GAA----TCCCTC--CTA-ACT-GC-A-GC-GG------------T-TCT---CGCAAT--GTAT--TGTT----------CATCGTCCC---AAACTCCAC-G----------GTGACTC--AACATAGT-CTAAAACT-T----TTTGTAA--AA-TTTCCG--C-----CTAT-------TTGTAT-TA---TTGCTTCGATCTGGATG-G--TA--CAT-ATG-GATTTgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacatacatattccttcgagaatccctcctaactgcagcggttctcgcaatgtattgttcatcgtcccaaactccacggtgactcaacatagtctaaaactttttgtaaaatttccgcctatttgtattattgcttcgatctggatggtacatatggatttcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               caaaagattgaatgttgacaagtaacagtaaattaaatttaaagttgtaattgaggacgttagtcattgagatattaggcactgaaaacactttattaaaattgacatagttattttatctatctgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacataT-----TCCA--GCAGG--TGTCTCTGCTT-ACT-GC-G-GT-GAA----------TT-TTT---AGC--TATGTATTG--------A-----CT--ATCCC---ACACCCCAC-G----------ATGACTCG-A-CATGGA-CCAAAACT-T----ATTATAA--Acc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttatggattaagggtatgaaataaatcaaactatcgacagctatcttaagtcaagagtctgttcactactgccacaaatgtgccatgtaaggctgactttgatgggtgggatttggcaaatgacatagtctggcacaattctctcttgaatctatttgctgttttgtcaaacatacagtGGCATATTCCT-----TCGA--GAA----TC---CTCCTA-ACTGGCAA-GCAGGA----------TA-T-T---CTCCA-ATGT-TCGT-T-----------CTTCGTCCC----AACTCCAC---------G--GTGACTCA-A-CATAGT-CCAAAAC--T----TTTGT-A--AAGTTTCCG--C-----CTAT-------TTGTAT-TA---GTGCTTCTG---GGATG-G--TG--CAT-ACG-GATTTT---CCGGCCCAACCAAGTT-GTTCTATtttttttttctgttcaaattatatatttttaattttttttttttttttggaaaaattctcttgtcatcaaagttgtgtgtgtgacttgtcccggacacatggcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATTGTAGTTATTTTATCTATCTGCACCTA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                1                      1    22222                                      11    44444444444444                    1111        11111           2222222222222     11  1         222222     2222222              222222                         111111    1   1   111111         111        11111    1111                     2222              1111         1111                11111     11111                                   22222    11   4444   11      1   1       1   1111111111                         7777777777777         111         555555555555       11        1                     1111        6666666666666                   11111     1111  11                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                0     2         2 1    0    77777 666    55    3    3  3 4     3 3     55    11111111111111   4   8 4 4    55  3333   55   00000           2222222222222     55  3    3    999999     4444444              000000      7    3    99       666666    0   1   777777         666    6   55555    9999   9  777    44      1111    6    3    4444         0000  1    99   6   22222     11111 0      3    1    999999           77777    55   1111   33      0   1  3 3  4   9999999999 666   777   9999        0000000000000 2       111         999999999999       77 8      0        3 7777       6666        4444444444444 1   99  777       66666     8888  44   9   5     222 1   4           1       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                .     .         . .    .    ..... ...    ..    .    .  . .     . .     ..    ..............   .   . . .    ..  ....   ..   .....           .............     ..  .    .    ......     .......              ......      .    .    ..       ......    .   .   ......         ...    .   .....    ....   .  ...    ..      ....    .    .    ....         ....  .    ..   .   .....     ..... .      .    .    ......           .....    ..   ....   ..      .   .  . .  .   .......... ...   ...   ....        ............. .       ...         ............       .. .      .        . ....       ....        ............. .   ..  ...       .....     ....  ..   .   .     ... .   .           .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                0     5         5 4    9    33333 444    00    5    6  6 4     6 6     00    11111111111111   0   0 0 0    55  4444   55   00000           8888888888888     77  7    0    555555     8888888              888888      3    2    22       333333    8   3   000000         888    7   00000    8888   3  222    22      5555    7    2    7777         3333  0    22   7   44444     88888 6      5    0    555555           33333    00   5555   77      9   0  6 6  5   5555555555 222   000   3333        2222222222222 4       000         555555555555       55 0      9        6 7777       7777        5555555555555 2   77  000       55555     0000  44   4   0     333 0   2           0       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGCGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--GAAGT--TCCCTCTCCTA-ACTTGC-A-GC-GGA----------T-T-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAA-----CNTCGTCCC---AAACTCCAC-G-T-----G--ATGACTC--A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCGCCCTCTATT-----TCGTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATG-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
Reference ( family-386 )      :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGCGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--GAAGT--TCCCTCTCCTA-ACTTGC-A-GC-GGA----------T-T-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAA-----CNTCGTCCC---AAACTCCAC-G-T-----G--ATGACTC--A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCGCTCTTTATTGCTCCTCGTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATG-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------T-G-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAACTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCGCTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGCCC-TTGCCACACATACATATTCCT-----TCGA--GAA-T--TCC--CTCCTA-AC-TGC-A-GC-GGAT---------T-T-TCT---CGCCA-ATGTA----ATTGT--------CATCGTCCCA--AAACTCCAC---------G--GTGACTCA-A-CATAGT-CCAAAAC-------CTTGT-A--ATGTTTCCGGCC--TATT-----TTGTAT-TA---TTG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                              ccacCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCATGATTAGGTAG--AAATTAAGG-C-A-CTGATTAA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---TAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                            atcaaaagatttgacttggttaggactaagtaaTAACT---TG-AAT------A---AATC--TAAATTTGT-AA-TTGAGGAGC-GTTAG--CCAT-----GA--GAAGGATT-AGGTC-A-C--A--AA--A-TG---TTT-----ATTAAAATTGT---actagttaacttttgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                 tgaaatttgttgacaaaCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCAT-T-------G--AGAAT-AGG-CAA-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAAATGT---agagctaacatgcctattttttcaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                          aaaagattgaatgttgacaagtaaCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAAGTTGT-AA-TTGAAGA-C-GTTAA--GCAT-ag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agtaaCATATTTCT-----TCGA--GAA----TCC--CTCCTA-AC-TGC-A-GC-GGA----------tgaaatttactttattatttttatggttattt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gtgtgcatggcataTAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--A-GTTTCCGC-CTTT--------TTGTAT-TA---GTG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------T-G-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAACTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCGCTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                      aAAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------T-G-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAACTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCGCTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                          AGTTAA-----TA-AATT-----ATAAAATT--AAAGTTTGT-AACTTGAGGA-CTGTTAG--TAGT-ATTTGA--G--ATATT-AGG-C-AACTGG--AACAA-CGCCTTTT-----ATTAAAATTGTCGAGAGTTTATTCATTATACTTAT-----TCT----G-CACCTT------TCATTACTGCC-AC----ATAATGTT-CCCAGTGGG--TTATTGATGTTGATTTT-CAA-CAT--------TGGATACA--ATGCTCGGTAT--CTTG-----AC--GC---AAT-TGACCCACAAGGCCAAGGCAGTTATG------TCTCTCTTA--TATCCAATTACAGCT-----TGCCA-----TGCCAATA-----GTTGT------GGCATG------------GA--GCAATA-TCC---TCCTA-ACTTGC-AGGC-GGAACATAAAGATT-T-TCTTCCCGCA--ATGTATCGT-TT-CAAA-------TCGTCCCAATAAACTCCACGG-T-----GGAAT-ACCCCAA-CATAGT-CCAAAACTATTATGTTTGTTA--AAGTTTCCGC---CTATT-----TTGTATCTAAGGGTGCTTACATG-GAATGTGGCTGCAGTGAACGAGACATTTCCCTGGCCAACCAAAGTTAGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                           tgaaaaatgttgacaagtataccCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGTTAA-TTGAGGA-C-GTTAT--TCAT-T----G--A--GTATT-AGGGC-A-CTGA--AA----TGC--TTT-----ATTAAAATTGT---A---------GTTAT--TT-TATCTATCT----G-CACCT---------ATTACTGCACA-------AATATT-CCCAT-GTA--TGGGTGA------TTTT-CAA-CAT-------TTGGATACC--ATGC-CGG--------------ACTTGACGAA---CGACACA----GCCA-GGCATT--------------------ATT--CA--TAC-GCT-----TGCCA-----TGCAAGTGTGTGCAT---------GGCATATTCCT-----TCGA--GAA----TCC---TCCTA-ACT-GC-A-GC-GGA----------T-T-TCT---CGCAA-ATGT-TCGT-TT----------CATCGTCCC---AAACTCCAC-G----------GTGACTC--AACATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--A-GTTTCCGC---CTAT------TTGTAT-TA---GTGCTTC----TGGATG-G--TG--CAT-ACG-GATTT---CCTGG-CCACCAAAGTTG--TCTATgccctcatgcgaaaactcattcccatgaacagcaccgcggtctcagaaacc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                 aatcaaaaattgaatgttgacaagtaaaATTGAATGT-TATAGCCAAAT-AACA-TATT-----A---AATTGTTAAG-TTGT-AA-TTGAG-A-C-GTTAG--TCAT-T----G--A--AAGTT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTTATTACATTAAAATTGT---AA--------GTTAT--TT-TATCTATTT----G-CACC--------TAATTACTG-CCAC------AATG--TCCCA-TGTAGCTTGTGG--------TTTCCA--------CTTCTTAGTCAC---ATGCTCGGAA---CTTG----AAC--G--GAAATG--ACACA----GTCA-GGCA-TTAT----GTCTCTCTT----ATATCCA--TAC-GCgcgactcatccatgacgcacggtctgcagaaacagtcggacataca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaaagCATAT-CCT-----TCGA--GAA-------CCCTTCTA-ACT-GC-A-GC-GTA----------T-TATCT---CGCAAT--GTATCGT-TCAT--------CTTCGTCCC---AAACTCCAC-G-T-----G--A---CTC--A-CATAGA-CCAAACTT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCGCC---TATT-----TTATAT--------GCTTAC---TGGATG----TGCA-ATA-CG-GATTCCTGCattgcaacatacatatccttcgagaacccttctaactgcagcgtattatctcgcaatgtatcgttcatcttcgtcccaaactccacgtgactcacatagaccaaacttttttgtaaaggtttccgcctattttatatgcttactggatgtgcaatacggattcctgccac
gi|7                          : taaaagattgaatgttatagccaaataacatattaaattgttaagttgtaattgagacgttagtcattgaaagttaggcactgaaaacgctttattacattaaaattgtaagttattttatctatttgcacctaattactgccacaatgtcccatgtagcttgtggtttccacttcttagtcacatgctcggaacttgaacggaaatgacacagtcaggcattatgtctctcttatatccatacgcattgcaacataCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCAT----TGA--G--ATATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CAC--TTT-----ATTAAAAT--T---GACAT---A-GTTAT--TT-TATCTATCTcac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           caaaagattgaatgttgacaagtaaCATATTCCT-----TCGA--GAA----TCCCTC--CTA-ACT-GC-A-GC-GG-------------T-TCT---CGCAAT--GTAT--TGTT----------CATCGTCCC---AAACTCCAC-G----------GTGACTC--AACATAGT-CTAAAACT-T----TTTGTAA--AA-TTTCCGCC---TATT------TGTAT-TA---TTGCTTCGATCTGGATG-G--TA--CAT-ATG-GATTTgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacatacatattccttcgagaatccctcctaactgcagcggttctcgcaatgtattgttcatcgtcccaaactccacggtgactcaacatagtctaaaactttttgtaaaatttccgcctatttgtattattgcttcgatctggatggtacatatggatttcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               caaaagattgaatgttgacaagtaacagtaaattaaatttaaagttgtaattgaggacgttagtcattgagatattaggcactgaaaacactttattaaaattgacatagttattttatctatctgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacataT-----TCCA--GCAGG--TGTCTCTGCTT-ACT-GC-G-GT-GAA----------T-T-TTT---AGC--TATGTATTG--------A-----CT--ATCCC---ACACCCCAC-G----------ATGACTCG-A-CATGGA-CCAAAACT-T----ATTATAA--Acc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttatggattaagggtatgaaataaatcaaactatcgacagctatcttaagtcaagagtctgttcactactgccacaaatgtgccatgtaaggctgactttgatgggtgggatttggcaaatgacatagtctggcacaattctctcttgaatctatttgctgttttgtcaaacatacagtGGCATATTCCT-----TCGA--GAA----TC---CTCCTA-ACTGGCAA-GCAGGA----------TAT-TCT---C-CAATGT---TCGT-T-----------CTTCGTCCC----AACTCCAC---------G--GTGACTCA-A-CATAGT-CCAAAAC--T----TTTGTAA--A-GTTTCCGC---CTAT------TTGTAT-TA---GTGCTTCTG---GGATG-G--TG--CAT-ACG-GATTTT---CCGGCCCAACCAAGTT-GTTCTATtttttttttctgttcaaattatatatttttaattttttttttttttttggaaaaattctcttgtcatcaaagttgtgtgtgtgacttgtcccggacacatggcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATTGTAGTTATTTTATCTATCTGCACCTA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                1                      1    22222                                      11    44444444444444                    1111        11111           2222222222222     11  1         222222     2222222              222222                         111111    1   1   111111         111        11111    1111                     2222              1111         1111                11111     11111                                   22222    11   4444   11      1   1       1   1111111111                         7777777777777         111         555555555555       11        1                     2222        333     3333333   11            11111     11111111   1                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                0     2         2 1    0    77777 666    55    3    3  3 4     3 3     55    11111111111111   4   8 4 4    55  3333   55   00000           2222222222222     55  3    3    999999     4444444              000000      7    3    99       666666    0   1   777777         666    6   55555    9999   9  777    44      1111    6    3    4444         0000  1    99   6   22222     11111 0      3    1    999999           77777    55   1111   33      0   1  3 3  4   9999999999 666   777   9999        0000000000000 2       111         999999999999       77 8      0        3 7777       0000        999     2222222   44  777       66666     88888888   5   5     222 1   4           1       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                .     .         . .    .    ..... ...    ..    .    .  . .     . .     ..    ..............   .   . . .    ..  ....   ..   .....           .............     ..  .    .    ......     .......              ......      .    .    ..       ......    .   .   ......         ...    .   .....    ....   .  ...    ..      ....    .    .    ....         ....  .    ..   .   .....     ..... .      .    .    ......           .....    ..   ....   ..      .   .  . .  .   .......... ...   ...   ....        ............. .       ...         ............       .. .      .        . ....       ....        ...     .......   ..  ...       .....     ........   .   .     ... .   .           .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                0     5         5 4    9    33333 444    00    5    6  6 4     6 6     00    11111111111111   0   0 0 0    55  4444   55   00000           8888888888888     77  7    0    555555     8888888              888888      3    2    22       333333    8   3   000000         888    7   00000    8888   3  222    22      5555    7    2    7777         3333  0    22   7   44444     88888 6      5    0    555555           33333    00   5555   77      9   0  6 6  5   5555555555 222   000   3333        2222222222222 4       000         555555555555       55 0      9        6 7777       1111        222     4444444   66  000       55555     55555555   5   0     333 0   2           0       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGCGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--GAAGT--TCCCTCTCCTA-ACTTGC-A-GC-GGA----------T-T-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAA-----CNTCGTCCC---AAACTCCAC-G-T-----G--ATGACTC--A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCGC---CTATT-----TCGTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATG-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
Reference ( family-386 )      :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGCGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--GAAGT--TCCCTCTCCTA-ACTTGC-A-GC-GGA----------T-T-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAA-----CNTCGTCCC---AAACTCCAC-G-T-----G--ATGACTC--A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCGCCCTCTATT-----TCGTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATG-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------T-G-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAACTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCGCTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGCCC-TTGCCACACATACATATTCCT-----TCGA--GAA-T--TCC--CTCCTA-AC-TGC-A-GC-GGAT---------T-T-TCT---CGCCA-ATGTA----ATTGT--------CATCGTCCCA--AAACTCCAC---------G--GTGACTCA-A-CATAGT-CCAAAAC-------CTTGT-A--ATGTTTCCGGC--CTATT-----TTGTAT-TA---TTG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                              ccacCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCATGATTAGGTAG--AAATTAAGG-C-A-CTGATTAA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---TAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                            atcaaaagatttgacttggttaggactaagtaaTAACT---TG-AAT------A---AATC--TAAATTTGT-AA-TTGAGGAGC-GTTAG--CCAT-----GA--GAAGGATT-AGGTC-A-C--A--AA--A-TG---TTT-----ATTAAAATTGT---actagttaacttttgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                 tgaaatttgttgacaaaCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCAT-T-------G--AGAAT-AGG-CAA-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAAATGT---agagctaacatgcctattttttcaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                          aaaagattgaatgttgacaagtaaCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAAGTTGT-AA-TTGAAGA-C-GTTAA--GCAT-ag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agtaaCATATTTCT-----TCGA--GAA----TCC--CTCCTA-AC-TGC-A-GC-GGA----------tgaaatttactttattatttttatggttattt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gtgtgcatggcataTAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--A-GTTTCCGCCT----TT-----TTGTAT-TA---GTG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------T-G-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAACTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCGCTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                      aAAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------T-G-TCT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAACTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCGCTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                          AGTTAA-----TA-AATT-----ATAAAATT--AAAGTTTGT-AACTTGAGGA-CTGTTAG--TAGT-ATTTGA--G--ATATT-AGG-C-AACTGG--AACAA-CGCCTTTT-----ATTAAAATTGTCGAGAGTTTATTCATTATACTTAT-----TCT----G-CACCTT------TCATTACTGCC-AC----ATAATGTT-CCCAGTGGG--TTATTGATGTTGATTTT-CAA-CAT--------TGGATACA--ATGCTCGGTAT--CTTG-----AC--GC---AAT-TGACCCACAAGGCCAAGGCAGTTATG------TCTCTCTTA--TATCCAATTACAGCT-----TGCCA-----TGCCAATA-----GTTGT------GGCATG------------GA--GCAATA-TCC---TCCTA-ACTTGC-AGGC-GGAACATAAAGATT-T-TCTTCCCGCA--ATGTATCGT-TT-CAAA-------TCGTCCCAATAAACTCCACGG-T-----GGAAT-ACCCCAA-CATAGT-CCAAAACTATTATGTTTGTTA--AAGTTTCCGC---CTATT-----TTGTATCTAAGGGTGCTTACATG-GAATGTGGCTGCAGTGAACGAGACATTTCCCTGGCCAACCAAAGTTAGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                           tgaaaaatgttgacaagtataccCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGTTAA-TTGAGGA-C-GTTAT--TCAT-T----G--A--GTATT-AGGGC-A-CTGA--AA----TGC--TTT-----ATTAAAATTGT---A---------GTTAT--TT-TATCTATCT----G-CACCT---------ATTACTGCACA-------AATATT-CCCAT-GTA--TGGGTGA------TTTT-CAA-CAT-------TTGGATACC--ATGC-CGG--------------ACTTGACGAA---CGACACA----GCCA-GGCATT--------------------ATT--CA--TAC-GCT-----TGCCA-----TGCAAGTGTGTGCAT---------GGCATATTCCT-----TCGA--GAA----TCC---TCCTA-ACT-GC-A-GC-GGA----------T-T-TCT---CGCAA-ATGT-TCGT-TT----------CATCGTCCC---AAACTCCAC-G----------GTGACTC--AACATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--A-GTTTCCGC---CTATT-----T-GTAT-TA---GTGCTTC----TGGATG-G--TG--CAT-ACG-GATTT---CCTGG-CCACCAAAGTTG--TCTATgccctcatgcgaaaactcattcccatgaacagcaccgcggtctcagaaacc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                 aatcaaaaattgaatgttgacaagtaaaATTGAATGT-TATAGCCAAAT-AACA-TATT-----A---AATTGTTAAG-TTGT-AA-TTGA-GA-C-GTTAG--TCAT-T----G--A--AAGTT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTTATTACATTAAAATTGT---AA--------GTTAT--TT-TATCTATTT----G-CACC--------TAATTACTG-CCAC------AATG--TCCCA-TGTAGCTTGTGG--------TTTCCA--------CTTCTTAGTCAC---ATGCTCGGAA---CTTG----AAC--G--GAAATG--ACACA----GTCA-GGCA-TTAT----GTCTCTCTT----ATATCCA--TAC-GCgcgactcatccatgacgcacggtctgcagaaacagtcggacataca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaaagCATAT-CCT-----TCGA--GAA-------CCCTTCTA-ACT-GC-A-GC-GTA----------T-TATCT---CGCAAT--GTATCGT-TCAT--------CTTCGTCCC---AAACTCCAC-G-T-----G--A---CTC--A-CATAGA-CCAAACTT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCGC---CTATT-----TTATA--------TGCTTAC---TGGATG----TG-CAAT-ACG-GATTCCTGCattgcaacatacatatccttcgagaacccttctaactgcagcgtattatctcgcaatgtatcgttcatcttcgtcccaaactccacgtgactcacatagaccaaacttttttgtaaaggtttccgcctattttatatgcttactggatgtgcaatacggattcctgccac
gi|7                          : taaaagattgaatgttatagccaaataacatattaaattgttaagttgtaattgagacgttagtcattgaaagttaggcactgaaaacgctttattacattaaaattgtaagttattttatctatttgcacctaattactgccacaatgtcccatgtagcttgtggtttccacttcttagtcacatgctcggaacttgaacggaaatgacacagtcaggcattatgtctctcttatatccatacgcattgcaacataCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCAT----TGA--G--ATATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CAC--TTT-----ATTAAAAT--T---GACAT---A-GTTAT--TT-TATCTATCTcac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           caaaagattgaatgttgacaagtaaCATATTCCT-----TCGA--GAA----TCCCTC--CTA-ACT-GC-A-GC-GG-------------T-TCT---CGCAAT--GTAT--TGTT----------CATCGTCCC---AAACTCCAC-G----------GTGACTC--AACATAGT-CTAAAACT-T----TTTGTAA--A-ATTTCCGC---CTATT-----T-GTAT-TA---TTGCTTCGATCTGGATG-G--TA--CAT-ATG-GATTTgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacatacatattccttcgagaatccctcctaactgcagcggttctcgcaatgtattgttcatcgtcccaaactccacggtgactcaacatagtctaaaactttttgtaaaatttccgcctatttgtattattgcttcgatctggatggtacatatggatttcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               caaaagattgaatgttgacaagtaacagtaaattaaatttaaagttgtaattgaggacgttagtcattgagatattaggcactgaaaacactttattaaaattgacatagttattttatctatctgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacataT-----TCCA--GCAGG--TGTCTCTGCTT-ACT-GC-G-GT-GAA----------T-T-TTT---AGC--TATGTATTG--------A-----CT--ATCCC---ACACCCCAC-G----------ATGACTCG-A-CATGGA-CCAAAACT-T----ATTATAA--Acc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttatggattaagggtatgaaataaatcaaactatcgacagctatcttaagtcaagagtctgttcactactgccacaaatgtgccatgtaaggctgactttgatgggtgggatttggcaaatgacatagtctggcacaattctctcttgaatctatttgctgttttgtcaaacatacagtGGCATATTCCT-----TCGA--GAA----TC---CTCCTA-ACTGGCAA-GCAGGA----------TAT-TCT---C-CAATGT---TCGT-T-----------CTTCGTCCC----AACTCCAC---------G--GTGACTCA-A-CATAGT-CCAAAAC--T----TTTGTAA--A-GTTTCCGC---CTATT-----T-GTAT-TA---GTGCTTCTG---GGATG-G--TG--CAT-ACG-GATTTT---CCGGCCCAACCAAGTT-GTTCTATtttttttttctgttcaaattatatatttttaattttttttttttttttggaaaaattctcttgtcatcaaagttgtgtgtgtgacttgtcccggacacatggcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATTGTAGTTATTTTATCTATCTGCACCTA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                1                      1    22222                                      11    44444444444444                    1111        11111           2222222222222     11  1         222222     2222222              222222                         111111    1   1   111111         111        11111    1111                     2222              1111         1111                11111     11111                                   22222    11   4444           1   1       1   1111111111                          7777777777777                        6666666666       1111      1                     2222         222     3333333   11            11111     11111111   1                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                0     2         2 1    0    77777 666    55    3    3  3 4     3 3     55    11111111111111   4   8 4 4    55  3333   55   00000           2222222222222     55  3    3    999999     4444444              000000      7    3    99       666666    0   1   777777         666    6   55555    9999   9  777    44      1111    6    3    4444         0000  1    99   6   22222     11111 0      3    1    999999           77777    55   1111   77      0   5  3 3  4   5555555555 666 4  777   9999        0000000000000 2       777   4      4 0000000000       6666      0        3 7777       4444       4 111     2222222   44  777       66666     88888888   5   5     222 1   4           1       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                .     .         . .    .    ..... ...    ..    .    .  . .     . .     ..    ..............   .   . . .    ..  ....   ..   .....           .............     ..  .    .    ......     .......              ......      .    .    ..       ......    .   .   ......         ...    .   .....    ....   .  ...    ..      ....    .    .    ....         ....  .    ..   .   .....     ..... .      .    .    ......           .....    ..   ....   ..      .   .  . .  .   .......... ... .  ...   ....        ............. .       ...   .      . ..........       ....      .        . ....       ....       . ...     .......   ..  ...       .....     ........   .   .     ... .   .           .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                0     5         5 4    9    33333 444    00    5    6  6 4     6 6     00    11111111111111   0   0 0 0    55  4444   55   00000           8888888888888     77  7    0    555555     8888888              888888      3    2    22       333333    8   3   000000         888    7   00000    8888   3  222    22      5555    7    2    7777         3333  0    22   7   44444     88888 6      5    0    555555           33333    00   5555   00      9   5  6 6  5   9999999999 222 0  000   3333        2222222222222 4       000   0      0 5555555555       5555      9        6 7777       6666       0 000     4444444   66  000       55555     55555555   5   0     333 0   2           0       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGCGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--GAAGT--TCCCTCTCCTA-ACTTGC-A-GC-GGA----------T-T-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAA-----CNTCGTCCC---AAA-CTCCAC-G-T-----G--ATGACTC--A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCG-C---CTATT-----TCGTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATG-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
Reference ( family-386 )      :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGCGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--GAAGT--TCCCTCTCCTA-ACTTGC-A-GC-GGA----------T-T-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAA-----CNTCGTCCC---AAA-CTCCAC-G-T-----G--ATGACTC--A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCG-C---CTATT-----TCGTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATG-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------T-G-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAA-CTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCG-CTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGCCC-TTGCCACACATACATATTCCT-----TCGA--GAA-T--TCCCTC--CTA-ACT-GC-A-GC-GGA----------T-T-TTCT---CGCCA-ATGTA----ATTGT--------CATCGTCCC---AAAACTCCAC-G----------GTGACTC--AACATAGT-CCAAAACC-T----T--GTAA---TGTTTCCGGC---CTATT-----TTGTAT-TA---TTG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                              ccacCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCATGATTAGGTAG--AAATTAAGG-C-A-CTGATTAA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---TAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                            atcaaaagatttgacttggttaggactaagtaaTAACT---TG-AAT------A---AATC--TAAATTTGT-AA-TTGAGGAGC-GTTAG--CCAT-----GA--GAAGGATT-AGGTC-A-C--A--AA--A-TG---TTT-----ATTAAAATTGT---actagttaacttttgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                 tgaaatttgttgacaaaCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCAT-T-------G--AGAAT-AGG-CAA-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAAATGT---agagctaacatgcctattttttcaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                          aaaagattgaatgttgacaagtaaCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAAGTTGT-AA-TTGAAGA-C-GTTAA--GCAT-ag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agtaaCATATTTCT-----TCGA--GAA----TCC--CTCCTA-AC-TGC-A-GC-GGA----------tgaaatttactttattatttttatggttattt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtgtgcatggcataTAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--A-GTTTCCG-C---CT-TT-----TTGTAT-TA---GTG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------T-G-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAA-CTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCG-CTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                      aAAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------T-G-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAA-CTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCG-CTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                          AGTTAA-----TA-AATT-----ATAAAATT--AAAGTTTGT-AACTTGAGGA-CTGTTAG--TAGT-ATTTGA--G--ATATT-AGG-C-AACTGG--AACAA-CGCCTTTT-----ATTAAAATTGTCGAGAGTTTATTCATTATACTTAT-----TCT----G-CACCTT------TCATTACTGCC-AC----ATAATGTT-CCCAGTGGG--TTATTGATGTTGATTTT-CAA-CAT--------TGGATACA--ATGCTCGGTAT--CTTG-----AC--GC---AAT-TGACCCACAAGGCCAAGGCAGTTATG------TCTCTCTTA--TATCCAATTACAGCT-----TGCCA-----TGCCAATA-----GTTGT------GGCATG------------GA--GCAATA-TCC---TCCTA-ACTTGC-AGGC-GGAACATAAAGATT-T-T-CTTCCCGCA--ATGTATCGT-TT-CAAA-------TCGTCCCAATAAA-CTCCACGG-T-----GGAAT-ACCCCAA-CATAGT-CCAAAACTATTATGTTTGTTA--AAGTTTCCG-C---CTATT-----TTGTATCTAAGGGTGCTTACATG-GAATGTGGCTGCAGTGAACGAGACATTTCCCTGGCCAACCAAAGTTAGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                           tgaaaaatgttgacaagtataccCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGTTAA-TTGAGGA-C-GTTAT--TCAT-T----G--A--GTATT-AGGGC-A-CTGA--AA----TGC--TTT-----ATTAAAATTGT---A---------GTTAT--TT-TATCTATCT----G-CACCT---------ATTACTGCACA-------AATATT-CCCAT-GTA--TGGGTGA------TTTT-CAA-CAT-------TTGGATACC--ATGC-CGG--------------ACTTGACGAA---CGACACA----GCCA-GGCATT--------------------ATT--CA--TAC-GCT-----TGCCA-----TGCAAGTGTGTGCAT---------GGCATATTCCT-----TCGA--GAA----TCC---TCCTA-ACT-GC-A-GC-GGA----------T-T-T-CT---CGCAA-ATGT-TCGT-TT----------CATCGTCCC---AAA-CTCCAC-G----------GTGACTC--AACATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--A-GTTTCCG-C---CTATT-----T-GTAT-TA---GTGCTTC----TGGATG-G--TG--CAT-ACG-GATTT---CCTGG-CCACCAAAGTTG--TCTATgccctcatgcgaaaactcattcccatgaacagcaccgcggtctcagaaacc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                 aatcaaaaattgaatgttgacaagtaaaATTGAATGT-TATAGCCAAAT-AACA-TATT-----A---AATTGTTAAG-TTGT-AA-TTGAG-A-C-GTTAG--TCAT-T----G--A--AAGTT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTTATTACATTAAAATTGT---AA--------GTTAT--TT-TATCTATTT----G-CACC--------TAATTACTG-CCAC------AATG--TCCCA-TGTAGCTTGTGG--------TTTCCA--------CTTCTTAGTCAC---ATGCTCGGAA---CTTG----AAC--G--GAAATG--ACACA----GTCA-GGCA-TTAT----GTCTCTCTT----ATATCCA--TAC-GCgcgactcatccatgacgcacggtctgcagaaacagtcggacataca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaaagCATAT-CCT-----TCGA--GAA-------CCCTTCTA-ACT-GC-A-GC-GTA----------T-TAT-CT---CGCAAT--GTATCGT-TCAT--------CTTCGTCCC---AAA-CTCCAC-G-T-----G--A---CTC--A-CATAGA-CCAAACTT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCG-C---CTATT-----TTATA--------TGCTTAC---TGGATG----TG-CAAT-ACG-GATTCCTGCattgcaacatacatatccttcgagaacccttctaactgcagcgtattatctcgcaatgtatcgttcatcttcgtcccaaactccacgtgactcacatagaccaaacttttttgtaaaggtttccgcctattttatatgcttactggatgtgcaatacggattcctgccac
gi|7                          : taaaagattgaatgttatagccaaataacatattaaattgttaagttgtaattgagacgttagtcattgaaagttaggcactgaaaacgctttattacattaaaattgtaagttattttatctatttgcacctaattactgccacaatgtcccatgtagcttgtggtttccacttcttagtcacatgctcggaacttgaacggaaatgacacagtcaggcattatgtctctcttatatccatacgcattgcaacataCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCAT----TGA--G--ATATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CAC--TTT-----ATTAAAAT--T---GACAT---A-GTTAT--TT-TATCTATCTcac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           caaaagattgaatgttgacaagtaaCATATTCCT-----TCGA--GAA----TCCCTC--CTA-ACT-GC-A-GC-GG-------------T-T-CT---CGCAAT--GTAT--TGTT----------CATCGTCCC---AAA-CTCCAC-G----------GTGACTC--AACATAGT-CTAAAACT-T----TTTGTAA--A-ATTTCCG-C---CTATT-----T-GTAT-TA---TTGCTTCGATCTGGATG-G--TA--CAT-ATG-GATTTgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacatacatattccttcgagaatccctcctaactgcagcggttctcgcaatgtattgttcatcgtcccaaactccacggtgactcaacatagtctaaaactttttgtaaaatttccgcctatttgtattattgcttcgatctggatggtacatatggatttcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               caaaagattgaatgttgacaagtaacagtaaattaaatttaaagttgtaattgaggacgttagtcattgagatattaggcactgaaaacactttattaaaattgacatagttattttatctatctgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacataT-----TCCA--GCAGG--TGTCTCTGCTT-ACT-GC-G-GT-GAA----------T-T-T-TT---AGC--TATGTATTG--------A-----CT--ATCCC---ACA-CCCCAC-G----------ATGACTCG-A-CATGGA-CCAAAACT-T----ATTATAA--Acc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttatggattaagggtatgaaataaatcaaactatcgacagctatcttaagtcaagagtctgttcactactgccacaaatgtgccatgtaaggctgactttgatgggtgggatttggcaaatgacatagtctggcacaattctctcttgaatctatttgctgttttgtcaaacatacagtGGCATATTCCT-----TCGA--GAA----TC---CTCCTA-ACTGGCAA-GCAGGA----------TAT-T-CT---C-CAATGT---TCGT-T-----------CTTCGTCCC----AA-CTCCAC---------G--GTGACTCA-A-CATAGT-CCAAAAC--T----TTTGTAA--A-GTTTCCG-C---CTATT-----T-GTAT-TA---GTGCTTCTG---GGATG-G--TG--CAT-ACG-GATTTT---CCGGCCCAACCAAGTT-GTTCTATtttttttttctgttcaaattatatatttttaattttttttttttttttggaaaaattctcttgtcatcaaagttgtgtgtgtgacttgtcccggacacatggcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATTGTAGTTATTTTATCTATCTGCACCTA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                1                      1    22222                                      11    44444444444444                    1111        11111           2222222222222     11  1         222222     2222222              222222                         111111    1   1   111111         111        11111    1111                     2222              1111         1111                11111     11111                                   22222    11   4444           1   1       1   1111111111                          7777777777777                        6666666666       1111      1                     2222         222     3333333   11            11111     11111111   1                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                0     2         2 1    0    77777 666    55    3    3  3 4     3 3     55    11111111111111   4   8 4 4    55  3333   55   00000           2222222222222     55  3    3    999999     4444444              000000      7    3    99       666666    0   1   777777         666    6   55555    9999   9  777    44      1111    6    3    4444         0000  1    99   6   22222     11111 0      3    1    999999           77777    55   1111   77      0   5  3 3  4   5555555555 666 4  777   9999        0000000000000 2       777   4      4 0000000000       6666      0        3 7777       4444       4 111     2222222   44  777       66666     88888888   5   5     222 1   4           1       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                .     .         . .    .    ..... ...    ..    .    .  . .     . .     ..    ..............   .   . . .    ..  ....   ..   .....           .............     ..  .    .    ......     .......              ......      .    .    ..       ......    .   .   ......         ...    .   .....    ....   .  ...    ..      ....    .    .    ....         ....  .    ..   .   .....     ..... .      .    .    ......           .....    ..   ....   ..      .   .  . .  .   .......... ... .  ...   ....        ............. .       ...   .      . ..........       ....      .        . ....       ....       . ...     .......   ..  ...       .....     ........   .   .     ... .   .           .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                0     5         5 4    9    33333 444    00    5    6  6 4     6 6     00    11111111111111   0   0 0 0    55  4444   55   00000           8888888888888     77  7    0    555555     8888888              888888      3    2    22       333333    8   3   000000         888    7   00000    8888   3  222    22      5555    7    2    7777         3333  0    22   7   44444     88888 6      5    0    555555           33333    00   5555   00      9   5  6 6  5   9999999999 222 0  000   3333        2222222222222 4       000   0      0 5555555555       5555      9        6 7777       6666       0 000     4444444   66  000       55555     55555555   5   0     333 0   2           0       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGCGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--GAAGT--TCCCTCTCCTA-ACTTGC-A-GC-GGA----------T-T-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAA-----CNTCGTCCC---AAA-CTCCAC-G-T-----G--ATGACTC--A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCG-C---CTATT-----TCGTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATG-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
Reference ( family-386 )      :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGCGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--GAAGT--TCCCTCTCCTA-ACTTGC-A-GC-GGA----------T-T-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAA-----CNTCGTCCC---AAA-CTCCAC-G-T-----G--ATGACTC--A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCG-C---CTATT-----TCGTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATG-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------T-G-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAA-CTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCG-CTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGCCC-TTGCCACACATACATATTCCT-----TCGA--GAA-T--TCCCTC--CTA-ACT-GC-A-GC-GGA----------T-T-TTCT---CGCCA-ATGTA----ATTGT--------CATCGTCCC---AAAACTCCAC-G----------GTGACTC--AACATAGT-CCAAAACC-T----T--GTAA---TGTTTCCGGC---CTATT-----TTGTAT-TA---TTG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                              ccacCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCATGATTAGGTAG--AAATTAAGG-C-A-CTGATTAA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---TAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                            atcaaaagatttgacttggttaggactaagtaaTAACT---TG-AAT------A---AATC--TAAATTTGT-AA-TTGAGGAGC-GTTAG--CCAT-----GA--GAAGGATT-AGGTC-A-C--A--AA--A-TG---TTT-----ATTAAAATTGT---actagttaacttttgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                 tgaaatttgttgacaaaCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCAT-T-------G--AGAAT-AGG-CAA-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAAATGT---agagctaacatgcctattttttcaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                          aaaagattgaatgttgacaagtaaCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAAGTTGT-AA-TTGAAGA-C-GTTAA--GCAT-ag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agtaaCATATTTCT-----TCGA--GAA----TCC--CTCCTA-AC-TGC-A-GC-GGA----------tgaaatttactttattatttttatggttattt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtgtgcatggcataTAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--A-GTTTCCG-C---CT-TT-----TTGTAT-TA---GTG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------T-G-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAA-CTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCG-CTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                      aAAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTT-----ATCAAAACTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGGAAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGC-A-GCTGGA----------T-G-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAA-CTCCAC-GATAGTCGG--ATGACTC--A-CATAGTCCCAAAACT-T----TTTGTAAAGAGGTTTCCG-CTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                          AGTTAA-----TA-AATT-----ATAAAATT--AAAGTTTGT-AACTTGAGGA-CTGTTAG--TAGT-ATTTGA--G--ATATT-AGG-C-AACTGG--AACAA-CGCCTTTT-----ATTAAAATTGTCGAGAGTTTATTCATTATACTTAT-----TCT----G-CACCTT------TCATTACTGCC-AC----ATAATGTT-CCCAGTGGG--TTATTGATGTTGATTTT-CAA-CAT--------TGGATACA--ATGCTCGGTAT--CTTG-----AC--GC---AAT-TGACCCACAAGGCCAAGGCAGTTATG------TCTCTCTTA--TATCCAATTACAGCT-----TGCCA-----TGCCAATA-----GTTGT------GGCATG------------GA--GCAATA-TCC---TCCTA-ACTTGC-AGGC-GGAACATAAAGATT-T-T-CTTCCCGCA--ATGTATCGT-TT-CAAA-------TCGTCCCAATAAA-CTCCACGG-T-----GGAAT-ACCCCAA-CATAGT-CCAAAACTATTATGTTTGTTA--AAGTTTCCG-C---CTATT-----TTGTATCTAAGGGTGCTTACATG-GAATGTGGCTGCAGTGAACGAGACATTTCCCTGGCCAACCAAAGTTAGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                           tgaaaaatgttgacaagtataccCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGTTAA-TTGAGGA-C-GTTAT--TCAT-T----G--A--GTATT-AGGGC-A-CTGA--AA----TGC--TTT-----ATTAAAATTGT---A---------GTTAT--TT-TATCTATCT----G-CACCT---------ATTACTGCACA-------AATATT-CCCAT-GTA--TGGGTGA------TTTT-CAA-CAT-------TTGGATACC--ATGC-CGG--------------ACTTGACGAA---CGACACA----GCCA-GGCATT--------------------ATT--CA--TAC-GCT-----TGCCA-----TGCAAGTGTGTGCAT---------GGCATATTCCT-----TCGA--GAA----TCC---TCCTA-ACT-GC-A-GC-GGA----------T-T-T-CT---CGCAA-ATGT-TCGT-TT----------CATCGTCCC---AAA-CTCCAC-G----------GTGACTC--AACATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--A-GTTTCCG-C---CTATT-----T-GTAT-TA---GTGCTTC----TGGATG-G--TG--CAT-ACG-GATTT---CCTGG-CCACCAAAGTTG--TCTATgccctcatgcgaaaactcattcccatgaacagcaccgcggtctcagaaacc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                 aatcaaaaattgaatgttgacaagtaaaATTGAATGT-TATAGCCAAAT-AACA-TATT-----A---AATTGTTAAG-TTGT-AA-TTGAG-A-C-GTTAG--TCAT-T----G--A--AAGTT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTTATTACATTAAAATTGT---AA--------GTTAT--TT-TATCTATTT----G-CACC--------TAATTACTG-CCAC------AATG--TCCCA-TGTAGCTTGTGG--------TTTCCA--------CTTCTTAGTCAC---ATGCTCGGAA---CTTG----AAC--G--GAAATG--ACACA----GTCA-GGCA-TTAT----GTCTCTCTT----ATATCCA--TAC-GCgcgactcatccatgacgcacggtctgcagaaacagtcggacataca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaaagCATAT-CCT-----TCGA--GAA-------CCCTTCTA-ACT-GC-A-GC-GTA----------T-TAT-CT---CGCAAT--GTATCGT-TCAT--------CTTCGTCCC---AAA-CTCCAC-G-T-----G--A---CTC--A-CATAGA-CCAAACTT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCG-C---CTATT-----TTATA--------TGCTTAC---TGGATG----TG-CAAT-ACG-GATTCCTGCattgcaacatacatatccttcgagaacccttctaactgcagcgtattatctcgcaatgtatcgttcatcttcgtcccaaactccacgtgactcacatagaccaaacttttttgtaaaggtttccgcctattttatatgcttactggatgtgcaatacggattcctgccac
gi|7                          : taaaagattgaatgttatagccaaataacatattaaattgttaagttgtaattgagacgttagtcattgaaagttaggcactgaaaacgctttattacattaaaattgtaagttattttatctatttgcacctaattactgccacaatgtcccatgtagcttgtggtttccacttcttagtcacatgctcggaacttgaacggaaatgacacagtcaggcattatgtctctcttatatccatacgcattgcaacataCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCAT----TGA--G--ATATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CAC--TTT-----ATTAAAAT--T---GACAT---A-GTTAT--TT-TATCTATCTcac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           caaaagattgaatgttgacaagtaaCATATTCCT-----TCGA--GAA----TCCCTC--CTA-ACT-GC-A-GC-GG-------------T-T-CT---CGCAAT--GTAT--TGTT----------CATCGTCCC---AAA-CTCCAC-G----------GTGACTC--AACATAGT-CTAAAACT-T----TTTGTAA--A-ATTTCCG-C---CTATT-----T-GTAT-TA---TTGCTTCGATCTGGATG-G--TA--CAT-ATG-GATTTgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacatacatattccttcgagaatccctcctaactgcagcggttctcgcaatgtattgttcatcgtcccaaactccacggtgactcaacatagtctaaaactttttgtaaaatttccgcctatttgtattattgcttcgatctggatggtacatatggatttcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               caaaagattgaatgttgacaagtaacagtaaattaaatttaaagttgtaattgaggacgttagtcattgagatattaggcactgaaaacactttattaaaattgacatagttattttatctatctgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacataT-----TCCA--GCAGG--TGTCTCTGCTT-ACT-GC-G-GT-GAA----------T-T-T-TT---AGC--TATGTATTG--------A-----CT--ATCCC---ACA-CCCCAC-G----------ATGACTCG-A-CATGGA-CCAAAACT-T----ATTATAA--Acc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttatggattaagggtatgaaataaatcaaactatcgacagctatcttaagtcaagagtctgttcactactgccacaaatgtgccatgtaaggctgactttgatgggtgggatttggcaaatgacatagtctggcacaattctctcttgaatctatttgctgttttgtcaaacatacagtGGCATATTCCT-----TCGA--GAA----TC---CTCCTA-ACTGGCAA-GCAGGA----------TAT-T-CT---C-CAATGT---TCGT-T-----------CTTCGTCCC----AA-CTCCAC---------G--GTGACTCA-A-CATAGT-CCAAAAC--T----TTTGTAA--A-GTTTCCG-C---CTATT-----T-GTAT-TA---GTGCTTCTG---GGATG-G--TG--CAT-ACG-GATTTT---CCGGCCCAACCAAGTT-GTTCTATtttttttttctgttcaaattatatatttttaattttttttttttttttggaaaaattctcttgtcatcaaagttgtgtgtgtgacttgtcccggacacatggcc


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                G     G         C C    C    TCCAG TAA    GT    G    T  C T     G T     AT    GATTAGGTAGAA     A   T A A    TT  CAA    CT   ATTAC           CGAGAGTTTATTC     CC  G    G    CATAGT     TGTATAT              TCAGAG      T    T    GC       TGTTGA    G   T   ACCCTA         CTT    G   GACTC    TTCA   C  CCA    GT      CAAG    A    T    GGTC         TCAA  C    AT   A   CTAAA     GCATT        A    G    CACACA           CACTA    GG   GTGC   CT      G   T  A G  T   ACATAAAGAT TA  T  TCC   GATA        GTTATAAACGGAC A       AAT   A      G ATAGTCGG         CAA       C        A TATG       AGAG       G TCT     GCTCCTC   TC  AGG       TGTGT     TGGCTGCA   A   A     TTG A   T           G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                .     G         C C    C    TCCAG .      .     T    .  . T     . .     AT    CTCCAGGTT        .   G . .    .   AT     .    .               GACCTTGCT         CC  G    G    CATAGT     TGTATAT              TCAGAG      T    T    .        GTT       G   T   ACCCTA         CTT    G   GACTC    TTCA   C  CCA    GT      T       .    T    GGTC         TCAA  C    .    .   CTAAA     GCATT        A    G    TATCCC           CACTA    GG   GTGC   CT      G   T  . .  T   .          AT  .  .     GATA        GTTATAAACGGAC C       .     .      . ATAGTCGG         AA        C        . .          AGAG       . TCT     GCTCCTC   T   .         TGTGT     GGTTGCC    A   .     TTG A   T           G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                .     .         C C    .    .     .      .     G    .  . T     . .     .     CTCCAGGTT        .   . . .    .   AT     .    .               GACCTTGCT         AC  A    T    G          T                    AT          T    G    .        GTT       C   .   CTT            A      T   TAT      .      T  ACG    T       T       .    G    G            TTA   A    .    .   .         .            A    G    TATCCC           .        .    ATA    CT      .   T  . .  A   .          T   .  .     AATG        TTCAAA        C       .     .      . TGGA             AA        .        . .          AA         . .       TT        T   .         GATCT     GGTTGCC    A   .     TTC C   C           A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                A C    .    .     .      .     G    .  . T     . .     .     ATTTGAGAT        .   . . .    .   A      .    .               GACATA            .   .    T    G          .                    .           .    T    .        .         .   .   .              C      T   AA       .      .  C      C       .       .    T    .            .     T    .    .   .         .            T    A    .                .        .    GG     CC      .   T  . .  .   .          G   .  .     CAA         ATTGT         A       .     .      . TG               AA        .        . .          AG         . .       TT        T   .         CATG      GTG        .   .     CTG C   C           G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                . C    .    .     .      .     A    .  . T     . .     .     GAGAAGG          .   . . .    .   A      .    .               AA                .   .    T    G          .                    .           .    .    .        .         .   .   .              .      .   .        .      .  G      G       .       .    .    .            .     A    .    .                          .    .    .                .        .    T      CT      .   G  . .  .   .          G   .  .     AAA         TCAT          T       .     .      . G                GA        .        . .          T          . .       TT        T   .         CT        TGC        .   .     T   C   .           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                  C    .    .     .      .     A    .  . T     . .     .     TGAGAT           .   . . .    .   A      .    .               A                 .   .    .                                                                                                                                                                                                                                                      .        .    .      CT      .   .  . .  .   .          T   .  .     AAT         GTT           A       .     .      . .                AA        .        . .          A          . .       TT        T   .         TG        GTA        .   .     .                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                  C    .    .     .      .     T    .  . T     . .     .     TGAGT            .   . . .    .   A      .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .        .    .      .       .   .  . .  .   .          T   .  .     AAT         TT            T       .     .      . .                A         .        . .          A          . .       T         .   .         T         GTG        .   .                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                  .    .    .     .      .     G    .  . T     . .     .     TGAAA            .   . . .    .   A      .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .        .    .      .       .   .  . .  .   .          T   .  .     AA          A             T       .     .      . .                A         .        . .          A          . .       T         .   .                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                  .    .    .     .      .     G    .  . .     . .     .     TGAG             .   . . .    .   .      .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .        .    .      .       .   .  . .  .   .          T   .  .     TA          T             .       .     .      . .                A         .        . .          A          . .       T         .   .                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                  .    .    .     .      .     .    .  . .     . .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .        .    .      .       .   .  . .  .   .                                                                                                   .        . .                                                                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                            *****                                      **                                      A***                                          C*            G*****                          A*****                         GTT***                           C**                 ****             N*                                     TCA*                *****                                             *****    **   G***                                                   AAT*        NTTAA********                        **********       AA**                            A***         ***     TT*****   T*                      GTG*****
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATCCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCCCACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGCGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--GAAGT--TCCCTCTCCTA-ACTTGC-A-GC-GGA----------T-T-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAA-----CNTCGTCCC---AAA-CTCCAC-G-T-----G--ATGACTC--A-CATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAA--AGGTTTCCG-C---CTATT-----TCGTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATG-GGTTGCCCATAACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AAA---CGC--TTT-----ATTAAAATTGT---GACCTTGCT-GTTATC-TTGTATCNATCTG-----CACCTTGTATATTAATTACTGCCCACA-----AGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGAGTT---TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACC--ATGCGCGGGACTCCTTG----AACCTGCCGAAATN-AACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCA-ATCTCCA--TAC-GCT-----TGCCGGCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--GAAG---TCCCTCTCCTA-ACTTGC-A-GC-GGA----------T-T-T-CT---CGCAAT-TGTATCGTNTTAA--------CNTCGTCCC---AAA-CTCCAC-G----------ATGACTCAA--CATAGT-CCAAAACT-T----TTTGTAAA---GTTTCCG-C---CTATTTT-----GTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATGGTG-----CATAACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATTGTAGTTATTTTATCTATCTGCACCTA






Alignments
lowQualScore                  :                                1                      1    22222                                      11    44444444444444                    1111            11111       3333333333333     111  1         444444     2222222               55555       1                  111111    1   1   111111         333                 55555555555      22      2222               222222        222               44444    111111111             333333333           22222    11    3333           1   1      1   1111111111                222       6666666666666                      44444444     11111           1                       222         222     33333     11            11111       333333    11                                     
lowQualScore                  :                                0     2         2 1    0    77777 666    55    3    3  3 4     3 3     55    11111111111111   4   8 4 4    55  3333   55       00000       2222222222222     666  0    3    333333     9999999           99  00000  9    1     7   99       666666    0   1   777777         000    6      99    33333333333      11      1111    6      7   444444        222 1    77   5   22222    777777777   0  6  2 2 999999999           77777    55 3  5555   77      0   5   7  4   5555555555 666 4  777   2 333  0    5555555555555 1       777   4      33333333 3   00000   7       0        3 7777    3    222      4  111   5 00000     44  777       66666    77 111111  5 77   5     222 1   4           1       
lowQualScore                  :                                .     .         . .    .    ..... ...    ..    .    .  . .     . .     ..    ..............   .   . . .    ..  ....   ..       .....       .............     ...  .    .    ......     .......           ..  .....  .    .     .   ..       ......    .   .   ......         ...    .      ..    ...........      ..      ....    .      .   ......        ... .    ..   .   .....    .........   .  .  . . .........           .....    .. .  ....   ..      .   .   .  .   .......... ... .  ...   . ...  .    ............. .       ...   .      ........ .   .....   .       .        . ....    .    ...      .  ...   . .....     ..  ...       .....    .. ......  . ..   .     ... .   .           .       
lowQualScore                  :                                0     5         5 4    9    33333 444    00    5    6  6 4     6 6     00    11111111111111   0   0 0 0    55  4444   55       00000       5555555555555     000  1    0    666666     0000000           22  00000  3    3     3   22       333333    8   3   000000         000    7      88    88888888888      00      5555    7      3   333333        333 0    99   7   99999    777777777   1  6  5 2 888888888           33333    00 6  5555   00      9   5   3  5   9999999999 222 0  000   8 666  8    0000000000000 0       000   0      55555555 4   00000   2       9        6 7777    6    777      0  000   7 00000     66  000       55555    22 111111  0 66   0     333 0   2           0       
consensus                     :                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTTATTA-----AAATTGT---GACCTTGCT-GTTAT-CCTTGTATCNATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCC-CACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGCGCGGGACTCCTTGTTCAAACCTGCCGAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCG-GCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--G-AAG---TCCCTCTCCTA-ACTTGCA-GC-GGA----------T-T-T-CT---CGCGAT-TGTATCGTNTTA-A-------CNTCGTCCC---AAA-CTCCAC--------GGTGA-----CTCAACATAGT-CCAAAACT-T----TTTG-TAAAG--GTTTCC-GC---CTATT-----TCGTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATG-GGTTGCCCA-T-AACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
Reference ( family-386 )      :                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAGGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCAT-CTCCGG--G--NTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTTATTA-----AAATTGT---GACCTTGCT-GTTAT-C-TTGTATCNATCT----G-CACCTTGTATATTAATTACTGCC-CAC-----AAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACC--ATGCGCGGGACTCCTTG----AACCTGCCGAAAT-NAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTC-AATCTCCA--TAC-GCT-----TGCCG-GCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCATATTCCT-----TCGA--G-AAG---TCCCTCTCCTA-ACTTGCA-GC-GGA----------T-T-T-CT---CGCAAT-TGTATCGTNTTA-A-------CNTCGTCCC---AAA-CTCCAC--------GATGA-----CTCAACATAGT-CCAAAACT-T----TTTG-TAAA---GTTTCC-GC---CTATT-----TTGTAT-TA---GTGCTTCCGTGTGGATG-G--TG--CA-T-AACG-GATTTTTGCNTGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|1                          :                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTTATCA-----AAACTGT---GACCTTGCT-GTTAT-CCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCC-CACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCG-GCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGG-AAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGCA-GCTGGA----------T-G-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAA-CTCCACGATAGTCGGATGA-----CTC-ACATAGTCCCAAAACT-T----TTTG-TAAAGAGGTTTCC-GCTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCA-T-AACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGCCC-TTGCCACACATACATATTCCT-----TCGA--G-AAT---TCCCTC--CTA-ACT-GCA-GC-GGA----------T-T-TTCT---CGCCAA-TGTA----ATTG-T-------CATCGTCCC---AAAACTCCAC--------GGTGA-----CTCAACATAGT-CCAAAAC-------CTTG-TAAT---GTTTCCGGC---CTATT-----TTGTAT-TA---TTG
gi|11                         :                                              ccacCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--CCATGATTAGGTAG--AAATTAAGG-C-A-CTGATTAA--A-CGC--TTTATTA-----AAATTGT---TAC---ACTAGTTAA-C-TT
gi|12                         :            atcaaaagatttgacttggttaggactaagtaaTAACT---TG-AAT------A---AATC--TAAATTTGT-AA-TTGAGGAGC-GTTAG--CCAT-----GA--GAAGGATT-AGGTC-A-C--A--AA--A-TG---TTTATTA-----AAATTGT---ttgt
gi|13                         :                                 tgaaatttgttgacaaaCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCAT-T-------G--AGAAT-AGG-CAA-CTGA--AA--A-CGC--TTTATTA-----AAAATGT---agagctaacatgcctattttttcaat
gi|14                         :                          aaaagattgaatgttgacaagtaaCAGTA-AATT-----A---AATC--TAAAGTTGT-AA-TTGAAGA-C-GTTAA--GCAT-ag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agtaaCATATTTCT-----TCGA--G-AA----TCC--CTCCTA-AC-TGCA-GC-GGA----------tgaaatttactttattatttttatggttattt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtgtgcatggcataTAGT-CCAAAACT-T----TTTG-TAAA---GTTTCC-GC---CT-TT-----TTGTAT-TA---GTG
gi|2                          :                       AAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTTATCA-----AAACTGT---GACCTTGCT-GTTAT-CCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCC-CACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCG-GCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGG-AAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGCA-GCTGGA----------T-G-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAA-CTCCACGATAGTCGGATGA-----CTC-ACATAGTCCCAAAACT-T----TTTG-TAAAGAGGTTTCC-GCTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCA-T-AACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTA
gi|3                          :                      aAAATCAATT-AACGTGTGTAGTTAACTCAGTACAATTTCCAGA---AATC--TAAGAGTGT-AA-T-GAGGA-C-GTTAAATCCCT-CTCCAG--G--TTATT-AGG-C-A-CTGA--AA--ATCGC--TTTATCA-----AAACTGT---GACCTTGCT-GTTAT-CCTTGTATCGATCTCATAGTCACCTTGTATATTAATTACTGCC-CACTCAGAGAGTGTTTCCCATTGTA--TTGTTGA-GTT--TTTTGCAATCATACCCTACTTGGATACCTTATGTGCGAGACTCCTTGTTCAAACCTGCCAAAATGTAACACAT---GCCA-GGCATTTATGGTCGTCTTTCTCTCAAATCTCCA--TAC-GCTCTAAATGCCG-GCATTTTCAAATGAGTCCGTTGCTATCCCGGCAAATTCCTCACTATCGAGGG-AAGTGCTCCCTCTCCTAGACTTGCA-GCTGGA----------T-G-T-CT---CGCGATATGTATCGTGTTATAAACGGACCCTCGTCCC---AAA-CTCCACGATAGTCGGATGA-----CTC-ACATAGTCCCAAAACT-T----TTTG-TAAAGAGGTTTCC-GCTCTTTATTGCTCCTCGTG--TA---GTTCTTCTGTGTGAATA-GGTTGCCCA-T-AACG-GATTTTTGCATGGTCCACCAAAGTTGGTCCTAT
gi|4                          :                                          AGTTAA-----TA-AATT-----ATAAAATT--AAAGTTTGT-AACTTGAGGA-CTGTTAG--TAGT-ATTTGA--G--ATATT-AGG-C-AACTGG--AACAA-CGCCTTTTATTA-----AAATTGTCGAGAGTTTATTCATTATAC-TTAT-----TCT----G-CACCTT------TCATTACTGCCACAT-----AA-TGTT-CCCAGTGGG--TTATTGATGTTGATTTT-CAA-CAT--------TGGATACA--ATGCTCGGTAT--CTTG----A------CGCAAT-TGACCCACAAGGCCAAGGCAGTTATG------TCTCTCTT-A-TATCCAATTACAGCT-----TGCCA------TGCCAATA-----GTTGT------GGCATG------------GA--G-CAA---TATC-CTCCTA-ACTTGCAGGC-GGAACATAAAGATT-T-T-CTTCCCGCAA--TGTATCGTTTCA-A--------ATCGTCCCAATAAA-CTCCAC--------GGTGGAATACCCCAACATAGT-CCAAAACTATTATGTTTGTTAAA---GTTTCC-GC---CTATT-----TTGTATCTAAGGGTGCTTACATG-GAATGTGGCTG--CAGTGAACGAGACATTTCCCTGGCCAACCAAAGTTAGT
gi|5                          :                           tgaaaaatgttgacaagtataccCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGTTAA-TTGAGGA-C-GTTAT--TCAT-T----G--A--GTATT-AGGGC-A-CTGA--AA----TGC--TTTATTA-----AAATTGT---A---------GTTAT-T-TT--ATCTATCT----G-CACCT---------ATTACTGC---AC-----AAATATT-CCCAT-GTA--TGGGTGA------TTTT-CAA-CAT-------TTGGATACC--ATGC-CGGA----CTTG----A------CGAA---CGACACA----GCCA-GGCATT--------------------ATT--CA--TAC-GCT-----TGCCA------TGCAAGTGTGTGCAT---------GGCATATTCCT-----TCGA--G-AA----TCC---TCCTA-ACT-GCA-GC-GGA----------T-T-T-CT---CGCAAA-TGT-TCGTTT-----------CATCGTCCC---AAA-CTCCAC--------GGTGA-----CTCAACATAGT-CCAAAACT-T----TTTG-TAAA---GTTTCC-GC---CTA-T-----TTGTAT-TA---GTGCTTC----TGGATG-G--TG--CA-T--ACG-GATTT---CCTGG-CCACCAAAGTTG--TCTATgccctcatgcgaaaactcattcccatgaacagcaccgcggtctcagaaacc
gi|6                          : aatcaaaaattgaatgttgacaagtaaaATTGAATGT-TATAGCCAAAT-AACA-TATT-----A---AATTGTTAAG-TTGT-AA-TTGAG-A-C-GTTAG--TCAT-T----G--A--AAGTT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CGC--TTTATTACATTAAAATTGT---AA--------GTTAT-T-TT--ATCTATTT----G-CACCT--------AATTACTGCC--AC-----AA-TGT--CCCAT-GTAGCTTGTGG--------TTTCCA--------CTTCTTAGTCAC---ATGCTCGGAACT---TG----AAC--G--GAAAT-GA-CACA----GTCA-GGCATT-ATG------TCTCTCTT-A-TATCCA--TAC---------------GCATTG-CAA-------CAT----------ACATAT-CCT-----TCGA--G-AA-------CCCTTCTA-ACT-GCA-GC-GTA----------T-TAT-CT---CGCAAT--GTATCGT-TCA-T-------CTTCGTCCC---AAA-CTCCAC--------G-TGA-----CTCA-CATAGA-CCAAACTT-T----TTTG-TAAAG--GTTTCC-GC---CTATT-----TTATA--------TGCTTAC---TGGAT--G--TG--CA-A-TACG-GATTCCTGCgcgactcatccatgacgcacggtctgcagaaacagtcggacataca
gi|7                          :                                            taaaagCAGTA-AATT-----A---AATT--TAAAGTTGT-AA-TTGAGGA-C-GTTAG--TCAT----TGA--G--ATATT-AGG-C-A-CTGA--AA--A-CAC--TTTATTA-----AAAT--T---GACAT---A-GTTAT-T-T--TATCTATCT----G-CACCTcac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              caaaagattgaatgttgacaagtaaCATATTCCT-----TCGA--G-AA----TCCCTC--CTA-ACT-GCA-GC-GG-------------T-T-CT---CGCAAT--GTATTGTT------------CATCGTCCC---AAA-CTCCAC--------GGTGA-----CTCAACATAGT-CTAAAACT-T----TTTG-TAAA---ATTTCC-GC---CTA-T-----TTGTAT-TA---TTGCTTCGATCTGGATG-G--TA--CA-T--ATG-GATTTaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacatacatattccttcgagaatccctcctaactgcagcggttctcgcaatgtattgttcatcgtcccaaactccacggtgactcaacatagtctaaaactttttgtaaaatttccgcctatttgtattattgcttcgatctggatggtacatatggatttcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                  caaaagattgaatgttgacaagtaacagtaaattaaatttaaagttgtaattgaggacgttagtcattgagatattaggcactgaaaacactttattaaaattgacatagttattttatctatctgcacctaattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcacacataT-----TCCA--GCAGG---TGTCTCTGCTT-ACT-GCG-GT-GAA----------T-T-T-TT---AGC------TAT-GTATTG-A-------CT--ATCCC---ACA-CCCCAC--------GATGA-----CTCGACATGGA-CCAAAACT-T----ATTA-TAAA---TTTTcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                            tttatggattaagggtatgaaataaatcaaactatcgacagctatcttaagtcaagagtctgttcactactgccacaaatgtgccatgtaaggctgactttgatgggtgggatttggcaaatgacatagtctggcacaattctctcttgaatctatttgctgttttgtcaaacatacagtTTCA--TAC-GCT-----TGCCATGCA-------ATGTGTGCAT---------GGCATATTCCT-----TCGA--G-AA----TCC---TCCTA-ACTGGCAAGCAGGA----------TAT-T-CT---C-CAAT--GT-TCGTT------------CTTCGTCCC---AA--CTCCAC--------GGTGA-----CTCAACATAGT-CCAAAAC--T----TTTG-TAAA---GTTTCC-GC---CTA-T-----TTGTAT-TA---GTGCTTCTG---GGATG-G--TG--CA-T--ACG-GATTTT---CCGGCCCAACCAAGTT-GTTCTATtttttctgttcaaattatatatttttaattttttttttttttttggaaaaattctcttgtcatcaaagttgtgtgtgtgacttgtcccggacacatggcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATTGTAGTTATTTTATCTATCTGCACCTA