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Reference ( gi|11 ) : CTCA--CA--A-CGT---C--AGGG-G-----TCT-T--GA-G-----T-CC-------A---------------C-T--C-A---T----G-----G--C-C---------G-TG-GG------------A-------------------C-------C--AC----A---------G----C-----CA-C----G--A----G-T-------GG-A-----C-TC--A-GGA------------C-CCCT--G---ACG-T--TG--TGAGGAT
gi|10 : CTCA--CA--A-CGT---C--AGGG-G-----TCC-TA-GA-G-----T-CC-------A---------------C-T--C-G---T----G-----G--C-C---------G-TG-GG------------A-------------------C-------C--AC----G---------G----C-----CA-C----G--A----G-T--------G-A-----C-TC--A-GGA------------CGCCCT--G---ACG-T--TG--TGAG
gi|10 : tcCTCA--CA--A-CGT---C--AGGGCG-----TCC-T--GA-G-----T-C--------A---------------C-T--C-G---T----G-----G--C-C---------G-TG-GT------------C-------------------C-------C--AC----G---------G----C-----CA-C----G--A----G-T-------GG-A-----C-TCT-A-GGA------------C-CCCT--G---ACG-T--TG--TGAGGA
gi|3 : CTCA--CA--A-CGT---C--AGGG-G-----TCC-T--GA-G-----T-CC-------A---------------C-T--C-G---T----G-----G--C-C---------G-TG-GG------------ACCGCGTGGAACCGTGGAACC-------C--AC----G---------A----C-----CA-C----G--A----G-T-------GG-A-----C-TC--G-GGA------------C-CCCT--G---ATG-T--TG--TGAGGA
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gi|5 : CTCA--TA--G-CGT---C--AGGG-G-----TCC-T--GA-G-----T-CC-------A---------------C-T--C-C---G----G-----G--C-CCCTGACGTTG-TGAGG------------ATGTC---------------C-------C--AC----G---------G----C-----CA-C----G--A----G-T-------GG-A-----C-TC--C-GGA------------C-CCCT--G---ACG-T--TG--TGAG
gi|19 : CTCA--CATTA-CGT---CCCAGGG-G-----TCC-T--TA-G-----T-CC-------A---------------C-T--C----------------G--T-C------------------------------------------------C-------C--AC----G---------G----C-----CA-C----G--A----G-T-------GG-A-----C-TC--A-GGA------------C-CCCT--G---ACG-T--TG--TGAga
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gi|14 : cCTCA--CA--A-CAT---C--AGGG-------TAT-C--GA-G-----T-TC-------A---------------C-T--C-G---T----G-----G--T-A---------G-TG-CG------------T-------------------C-------CT-AA----G---------G----C-----CG-T----A--A----G-T-------GG-A-----C-TC--A-GGA------------C-TCCT--G---ACG-T--
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gi|6 : cCTCA--CA--A-CGTACGCG-AGGG-G-----TCA-C--GA-T-----T-CC-------A---------------C-A--C-T---C----GA----G--C-C---------G-TG-GT------------C-------------------C-------C--GT----G---------G----C-----CA-T----G--A----G-T-------GG-ACTCATC-TC--A-GGA------------C-CCCT--G---TTA-T--TG--CGAGGAga
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gi|34 : CTCA--CA--A-CGT---C--AGGA-G-----TCC-T--GA-G-----T-CC-------A---------------C------------------------------------G-TG-G--------------------------------------------------------------------------C----G--A----G-T-------GG-A-----C-TC--A-GGA------------C-CCCT--
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gi|12 : CTCA--CA--A-TGC---C--AGGA-G-----TCC-A--GA-G-----T-CT-------A---------------C----------T----G-----G--C-C------------A-GA------------ATC-----------------C-------C--AA----G---------A----C-----CA-A----G--A----G-T-------GG-A-----C-AT--G-GGA------------A-CCAT--G---GCG-T--TA--CAAGGAga
gi|7 : cCTCA--CA--A-CGT---T--ATGGCG-----TCC-C--GA-G-----T-CC-------A---------------C-A--C-A---T----G-----G--T-C---------A-TG-----------------------------------C-------C--TC----G---------G----G-----CAGC----A--A----G-T-------GA-C-----C-TT--A-AAAAT----------T-CCAT--G---ACGCT--TG--TG
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gi|21 : A--CA--A-CGT---C--AGGG-G-----TTC-T--GA-G-----T-CC-------A---------------C-T--CGA---C----A-----G--T-C---------G-TG-G-----------------------------------------------------------------C-----C---------------G-T-------GG-T-----C-CC--A-GGA------------C-CC-T--G---ACG-T--TG--TGAGGattgtga
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gi|22 : cctcacatcagggggcccggg----C-----CA-C----T--C----G-T-------GG-C-----A-AC--A-GGA------------T-CCCT--G---ATG-T--TG--TGAGaacaggatccctgatgttgtgag
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gi|35 : ga----G--A----G-T-------GG-A-----C-TC--A-GGA------------C-CCCT--G---ACG-T--TG--
gi|39 : tcctcacagacgtcaggggtggccaaa-------GG-A-----C-TC--A-GGA------------T-CCCT--G---ATG-T--TG--TGAGG
gi|39 : -----C-TC--A-GGA------------C-CCCT--G---ACG-T--TG--TGAGtcaggacccctgacgttgtgag
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6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|11 : tcCTCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCT---------------T-GA-G-----T-CCACT-C-A----TGGCC----G-TGGG-A-------------------C-----C-AC---------A-G--C-----CA-CG--A--G-------TGGACTC--A-GGA-----C-CCCT--G---ACGT--TG-TGAGGAT
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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blockSeqs : . . . . . . . . . G A CACGGC . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A G CATGAC . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G G GAGGC . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G T ACGGC . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G G GTCC . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G G GGC . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G A GC . . . . . . C . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . G . G . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . G . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . C . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** C******
originalCons : CTCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------T-GA-G-----T-CCACT-C-G----TGGCC----G-TGGG-A-------------------C-----C-AC---------G-G--C-----CA-CG--A--G-------TGGACTC--A-GGA-----C-CCCT--G---ACGT--TG-TGAGGAT
finalCons : CTCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------T-GA-G-----T-CCACT-C-G----TGGCC----G-TGGG-A-------------------C-----C-AC---------G-G--C-----CA-CG--A--G-------TGGACTC--A-GGAC------CCCT--G---ACGT--TG-TGAGGAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATCTTTATTTCTGAACATGTAACAAACAAAATGTGTTTAGTTACAATGATCATAGAGACCGGCA
Unaligned ( gi|27 ): GCATGTTTATTTCTTCTGTAACAAAAGTGAAATACAGTTGTCTTCCAAAGATAATATACAGCAT
Unaligned ( gi|28 ): CATGTTCTTGTTCTGAATAGAGGCAATGATGACGTATGTTTTCTAAATGACGAATTGCAGAATC
Unaligned ( gi|36 ): GTGGATCAACTTGGCATTAACTGTGTAATATGGTCTCATTCATGTTGAATTA
Unaligned ( gi|41 ): GGACAAATTGTGAAATGTGATTAGTTTTGCTATATTATATAATCTA
Unaligned ( gi|42 ): CTGTAATAACAGTAGAGTTATCTACATCCTGCCATCCCCCA
Alignments
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lowQualScore : .. . ............ ............... . . ..... . . ...... ...... .................................................... . .. .. ....... .. . ....... .. ... .. .
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consensus : CTCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------T-GA-G-----T-CCACT-C-G----TGGCC----G-TGGG-A-------------------C-----C-AC---------G-G--C-----CA-CG--A--G-------TGGACTC--A-GGA-----C-CCCT--G---ACGT--TG-TGAGGAT
Reference ( family-3725 ) : CTCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------T-GA-G-----T-CCACT-C-G----TGGCC----G-TGGG-A-------------------C-----C-AC---------G-G--C-----CA-CG--A--G-------TGGACTC--A-GGA-----C-CCCT--G---ACGT--TG-TGAGGAT
gi|1 : -G-----T-CCATTTC-G----TGGCC----G-TGG----------------------------C-A----------------------A-CG--A--G-------TGCACGCCAA-GGA-------CGCT--G---ACGT--TG-TG-GGAT
gi|1 : cA--CAA-CG-CAGCGG------------TGC---------------T-AG-C-----T-GCACT-C-G----T----------TG-----------------------C-----C-AC---------G-G--C-----CA-TG--A--A-------TGGACTC--AGGGA-----C-CCCT--G---GCGT--TGTTGAGAATaacgcagcggtgctagctgcactcgttgccacggccatgaatggactcagggacccctggcgttgttgagaatg
gi|10 : catcccacaacgtcagcgtccttggcgtgcactcgttgccacggccacgaaatggCTCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------TAGA-G-----T-CCACT-C-G----TGGCC----G-TGGG-A-------------------C-----C-AC---------G-G--C-----CA-CG--A--G-------T-GACTC--A-GGA-----CGCCCT--G---ACGT--TG-TGAGg
gi|11 : tcCTCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCT---------------T-GA-G-----T-CCACT-C-A----TGGCC----G-TGGG-A-------------------C-----C-AC---------A-G--C-----CA-CG--A--G-------TGGACTC--A-GGA-----C-CCCT--G---ACGT--TG-TGAGGAT
gi|12 : CTTG--TAA-CGCCATGGT------------TCC---------------C-AT-G-----T-CCACT-C-T----TGGTC----T-TGGG-A-------------------T-----T-CT---------G-G--C-----CA--------G-------TAGACTC--T-GGA-----C-TCCT--G---GCAT--TG-TGAGG
gi|13 : CTCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------C-GA-G-----T-CCACT-C-G----TGGCC----G-TGGG-A-------------------C-----C-ga
gi|14 : A-CGTCAGGAG------------TCC---------------T-GA-G-----T-CCACT-T-A----CGGCC----T-TAGG-A-------------------CG----C-AC---------T-A--C-----CA-CG--A--G-------TGAACTC-----GA-----TACCCT--G---ATGT--TG-TGAGGcctgacaaacaagtttgtcaggggtcccacggccac
gi|15 : TCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------T-GA-G-----G-CCACA-A-G----TGGCC----G-TGGG-A--------------------------------------G-G--C-----CA-AG--A--G-------TGGACTT--A-TGA-------CCCT--G---ACCT--TG-TGAGG
gi|16 : A-TGCCAGGAT------------TTC---------------T-AA-G-----T-CCACA-T-G----TGGCC----T-CAAG-G-------------------C-----C-AT---------G-A--C-----CA-TG--T--G-------TGGACTC--G-GGA-----C-CCAT--A---ACAT--TG-TGAGG
gi|17 : TCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------T-GA-G-----T-CCACT-C-G----TGGCC----G-TGGG----------------------------------------------------A-CG--A--G-------TGGACTA--A-GGA-----C-CCCTGGG---ACGTAATG-TGAG
gi|18 : TCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------T-GA-G-----T-CCACT-C-G----TGGCC----G-TGGG----------------------------------------------------A-CG--A--G-------TGGACTA--A-GGA-----C-CCCTGGG---ACGTAATG-TGAG
gi|19 : TCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------T-GA-G-----T-CCACT-C-G----TGGCC----G-TGGG----------------------------------------------------A-CG--A--G-------TGGACTA--A-GGA-----C-CCCTGGG---ACGTAATG-TGAG
gi|2 : --CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------T-GA-G-----T-CCAG--A-G----TGCAC----T-CAGG-A-------------------C-----T-GC--------------------------------------TGGACTC--A-GGA-----C-CCCT--G---ACGT--TG-TGA
gi|2 : aTCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCCTGAGTCCAGCAGTCCT-GA-G-----T-GCACT-C------TGGAC----T-CAGG-A-------------------C-----C-CC---------T-G--A-----CGTTG--A--GTCCACTCTGGACTC--G-GGA-----C-CCCT--G---ATGT--TG-TGAGGAagtccactctggactcgggacccctgatgttgtgagga
gi|20 : aCTTA--CAA-CGTCAGGAG------------TCC---------------T-GA-G-----T-C-------------GGCC----T-TAGG-A-------------------CG----C-AC---------T-A--C-----CA-CG--A--G-------TGAACTC-----GA-----T-ACCC--G---ATGT--TG--GAGG
gi|21 : A--CAA-CGTCAGGGG------------TTC---------------T-GA-G-----T-CCACT-C-GA---CAGTC----G-TGG----------------------------------------------C-----C---------G-------TGGTCCC--A-GGA-----C-CC-T--G---ACGT--TG-TGAGG
gi|22 : CTCA--CAA-CATCAGGGA------------TCC---------------T----G-----T-T---------------------------------------------------------------------G--C-----CA-CG--A--G-------TGGACTC--G-GAA-----A-CCCT--
gi|23 : cctcacatcagggggcccggg-GA-G-----T-CCACT-C-G------GCC----G-TGGG-A-------------------C-----CCAC---------G-GGCT-----CA-CG--AA-G-------TGGACTCCCA-GGA-----C-CC-T--G---ACGT--TG-TGAGG
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gi|25 : tcctcacaacaagtttgtcaggCTCA--CAA-CG--AGGGG------------TCC---------------T-GA-G-----T-CCACT-C-G----TGGCC----A-CGAG-T-------------------C-----C------------------------------A--G-------TGGACTC--A-GGA-------CCCT--G---ACGT--
gi|29 : GGGG------------TCC---------------T-GA-G-----T-TCACT-C-A----TGG-----------------------------------------AC---------G-G--C-----CA-CG--A--G-------TGGACTC--G-GGA-----C-ACCT--G---ATGT--TT-TGAGGA
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gi|30 : cTCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------T-GA-A-----T------------------------------A-------------------T-------AC---------G-G--C-----CT-CG--A--G-------TGGACTC--A-GGA-----C-CCCT--G---ACGT--TG-TG
gi|31 : TCA--CAA-CGTCAGGAG------------TCC---------------T-GA-G-----T-CCACT-C-G----TGGCC----G-T
gi|32 : tcatcacaacatcaggggtCTCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCT---------------T-GA-G-----T-CCATT-C----------------------------------------------------------------------------------G-------TGGAATC--A-GGA-----C-CCCT--G---ACGT--TG-TGt
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gi|35 : --CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------T-GA-G-----T-CCACT-CTT----TGGCC----ggccaaagagtggactcaggacccctgacgttg
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gi|39 : CTCA--CAA-CGTCAGGGG------------TCC---------------T-GA-G-----tcaggacccctgacgttgtgag
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATCTTTATTTCTGAACATGTAACAAACAAAATGTGTTTAGTTACAATGATCATAGAGACCGGCA
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