lowQualScore : 11111111111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 77777 22222222222222222222222 1 222 2 4 11 8888 1 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333 11 111111111111111111 2 11111 22222222222222 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 222222222 444444444444444 22
lowQualScore : 88888 11111111111111111111111 3 3 5 6 555 0 0 22 5555 6 6 5 0 6 6 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 66 66 000000 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 66 5 5 2 222222222 888 66 44 888 8888 55 3 5 44 7 1 666666666666666666 55 3 4 8 1 3 11111 1 44444444444444 5 0000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 66666 7 6 666666666 6 99 111111111111111 55 0 8
lowQualScore : ..... ....................... . . . . ... . . .. .... . . . . . . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . .. .. ...... . ............................................................................. . .. . . . ......... ... .. .. ... .... .. . . .. . . .................. .. . . . . . ..... . .............. . .... .................................................................. . ..... . . ......... . .. ............... .. . .
lowQualScore : 00000 55555555555555555555555 0 0 5 0 555 0 0 00 0000 0 0 0 0 0 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 11 11 222222 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 99 0 0 6 999999999 888 44 88 999 5555 00 6 6 22 3 5 555555555555555555 66 7 4 9 9 3 33333 3 44444444444444 0 4444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 77777 0 7 777777777 7 22 777777777777777 88 7 0
consensus : TAGGAACTATCCCAACCGAATCTTCA-CAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACNTGNCCTGTTCTTTCTAAGATTGAATGTAAAT-AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTCGACCTTAATGAAATATATTTTTAA-TTGCATTACTCTCTCCGGGAAAACGAGTTCCCGTCTTCTCGTGACNGAAATGTN----GA-ACAC--T-CTGTCNAGGGNTAC-TTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTT-C--ATNTGC-A---CAAG--A-CACA----AAA-A---T---A------------TAC----------A-----------TAA-------TTCGC---A----CT-TC----TTAACC--G-G-T---ATCA--AT-NTTTCGG--A---TTTTCANTATTNTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGTGCATTGT------ACAT------ATCAT-GGTATATTAT----G--T-TT----T--CT-TTT--GTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT---AC--GTAGC-CTCG----------GGGGTG------G-------------TG-G--------G----GTG----TCA-T--TTC-A-ACGGNGA---NGA---TCCTC---TTATT-CAATT-ACAT--GGA----AA--TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG-TCG-AA-ATT-TTNAA--TTCAA-G-GGATTT-----TT-TTG--AGGCGAATCAAATAAATCACATG-N----CCA-TTTTC----T-------------A---TTGATCTTTTGT-CTTTCC-TTCTCTT-----GGGTCGATGGAGC--------C-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTTTTCTGGTC-ATGACTTT
Reference ( gi|2 ) : TAGGAACTTT---AACCGAATCTTCAATAAGTTAAACTTTGTTGTCCTTAACTTGATTTGCTCTT-CTAAGATT-AATGTAAATCAATAATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGCTGACCTT----AAACACATTTTGAATTTACATTACTTTC------------AGTTCCTGTTTTC--ATGACCG--ATGTA----GA-ACAT--T-TTGTCG---GTTAT-TTTC-TAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTTA-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----AAA-A---T---AGA---------GTAC----------A-----------TAA-------TTTGC---A----CT-TC---ATTGACC--G-A-T---ATCA--AT-GTTTTGG--A---TTTTCAATATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGTACATTGT------ACAT------ATCAT-GGTATATTATACATGTAT-TT----T--CT-TTT--GTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT---ACATGTAGC-CTCA----------GGGGTG------G-------------TG-G--------G----GTA----TCA-T--TTC-A-ACGGAGA---AG----TCCTC---TTATT-CAATG-ACAT--AAA----AA--TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TTCG--CGTG-TCG-AA-ATTGTTTAA--TTCAA-G-GGCTTT-----TT-TTG--AGGTGAATCAAATAAACCACATG-A----CCA-TATTC----T-------------A---TTG--------------CC-TTCTCTT-----GGTTCGATGGAGC--------C-ACAAT--GA---------------TTGC-GTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|1 : TAGGAACTATCCCAACCGAATCTTCA-CAAGT-----------------AACGTGCCTTGTTCTT-C-AAGATTGAATGTAAA
gi|9 : tttgtttcataggccagttcattctataatacaaaatatgcgctgtgcctcactgcaattcaaagatggaacttataccccacccttatgAACTTTGCTGTCCCTAACTTGATC-GTTCTTTCTAAAATT-AATGTAAAT-AATagttctgccataattgcagacccttgaattacatcaattttcctctttccgggcgaaacgcattccgttttctcatgaccgatgtgtaatgatacacaactgtcgagggtgacctttcgtaattctaataaacagctagaccaatcaagacatatacgtttgctggttatttgcgcatatgctaacccaagagcacaaaatatccgagattcatgattatactcctcccataataaaattcgctctactttcaaattgacctgggtatcatgattgttcaagcgatttcatattctcatcagctgttacaactacccaccccggtacattgatatatcattggtattcatttctttcccatgttgcatgttccgaatgattctgtcaacacggtagctcccaagggtgggtggttccattggtggtaggtcacggtatcaataattcaacggagactaagctctcttatttcaatgcacataaagattaatactcattacgggctatttagtccttttcgcgtgtcgaaatttttaaattcaatgggattatttggacaggtgaatcaaatgtccattttctattgatcttttgtactttccttctcttggttcgatgagacacaatgagattgctttttgctggtcgatgactt
gi|9 : aggaaccctatccgATGTCGACCTTAATGAAATATATTTTTAA-TTGCATTACTCTCTCCGGGAAAACGAGTTCCCGTCTTC--GTGACGGAAATGTT----G--ACATC-T-CTGTCgtcgaccttaatgaaatatatttttaattgcattactctctccgggaaaacgagttcccgtcttcgtgacggaaatgttgacatctctgtctatct
gi|1 : aggaaccctatccgaactttgctgtccctaacttgatcgttctttctaaaattaatgtaaataTTCC-GTTTTCTCATGACCG--ATGTGTAATGATACAC--AACTGTCGAGGGTGACCTTTCGTAATTCTAATAAACAGCTAGACCAATCAAGACATATACGTTTGCTGGTTATTTGCGCATATGCTAACCCAAG--AGCACA----AAATA---TCCGAGATTCATGATTATACTCCTCCCATAA-----------TAAAA-----TTCGCTCTA----CT-TTCAAATTGACCTGG-G-T---ATCATGATTGTTCAAGCGA---TTTC--ATATTCTCAT-----CAGCTGTTACAACTACCCACCCCGGTACATTG-------ATAT------ATCATTGGTAT-TCAT----------T----T--CT-TTCCCATGTTGCATGTTCCGAATGATT----CTGTCAACACG--------GTAGCTCCCA----------AGGGTG------GGTGGTTCCATTGGTG-GTAGGTCACG----GTA----TCAATAATTC-A-ACGGAGACTAAG----CTCTC---TTATTTCAATGCACAT--AAAGATTAA--TACTCATTACGGGCTATTTAGTCC-----TT-TTCG--CGTG-TCG-AA-ATTTTTAAA--TTCAATG-GGATTA-----TT-TGGACAGGTGAATCAA---------ATG-T----CCA-TTTTC----T-------------A---TTGATCTTTTGTACTTTCC-TTCTCTT-----GGTTCGAT-GAGA--------C-ACAATGAGA---------------TTGC-TTTTTGCTGGTCGATGACTTtatct
gi|7 : tttgtttcataggccagttcattctataatacaaaatatgcgctgtgcctcactgcaattcaaagatggaacttataccccacccttatgtaggaactatcccaaccgaatcttcacaagtaacgtgccttgttcttcaagattgaatgtaaaagttctgccataattgcagacccttgaattacatcaattttcctctttccgggcgaaacgcaTA----GA-ACACACT-TTGGCT---GGTAT-TTCC-CAATTC-AA-AAACAACAAGAACGA--AATGT--------TTG--C-----------ATTTGCAA---CAAGGTA-CACATTATAAA-ACTTT---ATT---------TTAC----------AATTATTGTGTTTAACTAGCTTTTTGA---AAGGTCT-TC---CTGAACC--G-G-T---ATCA--AT-GTTTTGGA-A---TTTTCATTTTTTTCAT-----CAACTGT-AC-----------------------------ACAT------ATTTT-GTTATTCTAT-------T-TT----T--CT-TCT--GTACTGCATGTTC--GATAAAT----C-GTCAACA
gi|3 : TAC-TTTC------C-AA-AAACAGCAACAACGA--AATGT-TAT-CGTTTC--GAT-ATTTTTC-ATCT--------AAA--A-CAAA----ACA-A---------------------------------A-----------TTA-------TTCGC---A----ATGTC----TTTATC--GTA-TTTAACTA--GT-TTTTCGG--AAGGTCTT-AAT----TCAC-----C-GATCT-AAA--TGCT------T-TGAATTGT-------CATTTTCTCATCA-------GCTGTACATATATAGT----T--CC-TCA--ATGTTGCATGTTC--GGCGATT----C-CTCAACACGT---A------GC-CTTAATTGGAAGGGGGGGGG------G-------------GG-G--------G----GGG----TCA-T--TTC-A-ACGGTGG---CGA---TCCTC---GTATT-CAATT-ACAT--AGA----AA--TA-CCCT-GCGGGCT-TTTAG--A-----TT-----------------A-ATT-TTGAA--TTTCA-G-GAATTT-----TT-TTT--AGGTGAATCAAATACACCACCAG-C----CCA-TTTTC----T-------------C---TTGCTCTGTTGTCTTTTCC-TTCTCTT-----GGGT-GATGAAG---------C-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTACTGGTC-ATGGCTTT
gi|5 : aggTAACC--G-AAT---TTCA--TT-TTTTTT-------TTTTCATTATTATCATTCTCCCAGCTGT-A----TACA------AGTCCA--GT------A---------ATC-T-GCCATA--------G-------------CT-TGT--TTGTTGCATGTTT--AATAACT----T-GTCAACATGT---GCTTGGGG-----G----------GGGGTG------G-------------TGTG--------GGTGTGTG----TCT-T--TTC-A-ACGGTGG---AGA---TCCT----TTG-T-GAAT--ACATGGAGA----AATGTA-TCCT-GTTGGATATTCAG--CCGGAATT-ACCGGAGGTT-TCA-AT-ATT-TTGAG--TTCCA-A-GAATGT-----TT-TTA--AGG
gi|15 : --TACC------GGTGCATTGT------A--T------ATCAT-GGTATATT------------T----T--TT-ATT--GTGCTGCATGTTC--GATGAGT----C-GTCAACACAT---AC--GTAGC-CTCG----------GGGGGG------G-------------GG-G--------G----Ggt
gi|10 : cc--TATC------GGTA--TTGTTCCTGAATTT------ATTAC-GGTAT--------TGTAC-TTCGCTT--CTGTTT--GCTTTGCAGGTTC--GATGAT-----------ACATGT---AC-----GT-CTTG----------GGGGT---------------------------------------------TCA-T--TTC-A-ACAGAAA---TGA---TCCTT---TTATT-GAAAA-TCAC--GAA----AA--TA-TCTT-GTGAGCT-TTg
gi|4 : ATATCATACGGGC-T-TT----TAGCT-TTT--ATGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT---A------GC-CCCA----------AGGGTGGTGGTGG-------------TG-G--------G----GTACGGTTCA-T--TTC-ACACGGAGA---CG----TCCTC---TTATT-CAATG-ACAT---AA----AA--TA-TCAT-AC-GGCT-TTTAC--G-----TT-TTCG--CGT--TCG-AA-ATT-TTAAA--TTCAA-GTGGA--T-----TA-TTG--A-GTGAATCAA---------ATG-T----CCATTTTTC----T-------------A---TTGATCTTTTGTACTTTCC-TTCTCTT-----GGGTCGATGGAGC--------CAACAAT--GA---------------TTGC--TTTTTCTGGTC-ATGACTc
gi|6 : aaa-TT----T--CT-TTT--GTGATGCATGTTT--ATTGATTTATCC-ACCAACA-GTTGAACACGTAA-----A----------GGGGGG------G-------------CG-G--------G----GTG----TCA-T--TTCCA-AAGGGGA---AG----TCATC---TTATA-CAATT-ACAT--AAA----AA--TA-TCGT-GCGGGCT-TTCAC--C-----TT-TTTG--
gi|19 : gT--GTGTTGCATGTTC--GATAACT----T-GTCAACACGT---aggtgaatcaaacaaatcaccagaccattttctcgtgatcttttgtattttcgttctcttgggtcgatggagcatccgagccacaatgattgctttttttttggtgaag
gi|8 : CA-T--TTC-A-ACGGAAA---TGATCCTCCTCAACTTGTT-TGATT-ACAT--GGA----AA--TA-TCCT-GCAGGTT-TTCAG--C-----TT-TTTT--GGTGCTGG-AG-ATT-TTAAA--TTCCA-C-GGATTT-----TT-T----GGGCAAATCAAATAAATCA-ATGTACAGTCCA-T-TTCCTCTT-------------AATCTTGAATGTT--------CC-TCCTCTT-----GGGTCAATGGAGC--------C-ACAAT--GATGTTTTTGTTTTGTTTTGG-TTTTTTCTGGTC-ATG
gi|12 : ttg-T--TTC-A-ACGGTGG---AGA---TCCTC---TTGTT-GAATT-ACAT--GGA----AA--TA-TCCT-GTAGGCT-GTCGG--C-----AT-TGCA--GGTG-TAG-AA-G--ATTT----TGCAA-G-AA--TG-----TT-TTA--GGGTGAATCGAgatt
gi|17 : at-ACAT--GGA----AA--TA-TCAT-GTGGGCT-TTCAG--T-----GT-TTTA--GGTG-TTG-AAGATTTTTT
gi|18 : -ATAT--GGA----AA--TA-ACCT-ATGGGCT-TTCAG--C-----GT-TTCA--AGTG-TTGCAG-ATT
gi|14 : t--TA-TTAC-ATGGATA-TTCAA--T-----TTCTTTG--GGTG-TTG-GAGA--GTTTGAGTTCCAA-----CTTT-----TTATTT--AGGCGAATCAAGTAAATCAtt
gi|6 : tt-G-GGCTTTCACCTTT-TTG--AGGTGAATCAAACAAATCACCAG-A----CCA-TTTTC----TCGTGATCTTTTGTA---TTT--------------TCGTTCTCTT-----GGGTCGATGGAGCATCCGAGCC-ACAAT--GA---------------TTGCTTTTTTTTTGGTgaatgcagtccatttc
gi|16 : gtttcttttgtgatgcatgtttattgatttatccaccaacagttgaacacgtaaagggggggcggggtgtcatttccaaaggggaagtcatcttatacaattacataaaaatatcgtgc--------------CC-TTCTCTTAATTGGGTT-GATGCAGC--------C-ACAAA--GA---------------TTGC-TTTCTTTTGGTT-ATGACTTTgaag
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGAAATATTTTTTATCTGCAACAAGGAACACAAAATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTGTTCAACTAGCATTTCTACAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCGGTATTNATCT
Unaligned ( gi|13 ): NATCTGCAACAAGGAACACAAATATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTATTCAACTAGCATTTCTATAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 222 2 11 11 4444444444444444444444444444444444444444444444 111 111 22 11 1 111 22 222222 1111 222 11 1111 11 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11 11 2222222 22222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444 22222222222 111 111111 1 111 111111 22222222222222 333333333 1111 22222222 333333333333333
lowQualScore : 4 000 0 88 7 3 3 1 9999 99 3333333333333333333333333333333333333333333333 44 333 1 333 55 7 77 2 0 333 0 1 00 666666 1111 666 1 33 3 4444 33 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 7777 11 8 1 11 1 6666666 0 8 6 1 00000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 4 55 55 8888 4 1 0000000000000000000000000000 6666666666666666666666666666666666 11111111111 4 4 1 1 333 222222 44 3 6666 6666 3 2 3 0 6 99999999 3 999 88 1 3 0 3 1 4 1 777 2 666666 4 5 1 99999999999999 1 5 7 777777777 2222 00000000 0 5 77 555555555555555 77 6
lowQualScore : . ... . .. . . . . .... .. .............................................. .. ... . ... .. . .. . . ... . . .. ...... .... ... . .. . .... .. ..... ......................................................................................................................................................... . .... .. . . .. . ....... . . . . ..... .................................................................. .. . .. .. .... . . ............................ .................................. ........... . . . . ... ...... .. . .... .... . . . . . ........ . ... .. . . . . . . . ... . ...... . . . .............. . . . ......... .... ........ . . .. ............... .. .
lowQualScore : 0 000 0 33 3 7 7 0 7777 00 8888888888888888888888888888888888888888888888 77 777 0 333 33 3 33 0 7 000 7 0 00 777777 5555 777 0 88 2 0000 88 22222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0000 00 0 0 00 0 2222222 8 8 0 0 00000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 4 55 55 5555 0 9 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333 11111111111 4 4 0 0 444 888888 66 6 5555 5555 1 1 1 2 2 88888888 3 222 66 2 6 9 6 0 4 7 333 7 222222 2 7 3 11111111111111 0 7 2 777777777 1111 77777777 7 7 99 777777777777777 11 7
consensus : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATTTGTTCTTCCTAAGATT-AATGTAAAT-AATGNNGNNGTTCTGCCATAAT------------TATGCCGACCTTAATGAAATACATTTT-AATT-GCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCGA-GTGTA--GA-ACA-CT-CTGTCTA-GGNTACTTTCC--AATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTT-C-C--ATTTGCT-AC--AAG--A-CACA----A-AA---------------A---TTA---TAC----------A-----------TAA--T-------TCGCTCT---A-----CTT-------------------C----TT-AA----CC--GA-TATCA--ATGTTTTG---G-ATTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-CATTGT------ACATATCAT-GGTATATTA------T-TTT----T--CT-TTT--GTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TCG-AA-ATT-TTGAA-TTCAA-G-GGATTTTTT--TGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTATTGATCTTT--TGT-C-TTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
Reference ( family-3701 ) : TAGGAACTATCCCAACCGAATCTTCA-CAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACNTGNCCTGTTCTTTCTAAGATTGAATGTAAAT-AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTCGACCTTAATGAAATATATTTTTAATT-GCATTACTCTCTCCGGG-AAAACGAGTTCCCGTCTTCTCGTGACNGAAATGTN--GA-ACA-CT-CTGTCNAGGGNTACTTTCC--AATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTT---C--ATNTGC--AC--AAG--A-CACA----A-AA---------------A---T-A---TAC----------A-----------TAA--T-------TCGC------A-----CTT-------------------C----TT-AA----CC--GG-TATCA--ATNTTTCG---G-ATTTTCANTATTNTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGTGCATTGT------ACATATCAT-GGTATATTA------TGTTT----T--CT-TTT--GTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGNGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TCG-AA-ATT-TTNAA-TTCAA-G-GGATTTTTT--TGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGNCCA-TTTTCTATTGATCTTT--TGT-C-TTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTTTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|1 : TAGGAACTATCCCAACCGAATCTTCA-CAAGT--AAC---------------GTGCCTTGTTCTTC--AAGATTG----------AATGTAAAAGTTCTGCCATAAT--------------TGCAGACCCT--TGAATTACATC---AATT----TTCCTCTTTCCGGGCGAAACGCATTCC-GTTTTCTCATGACCGATGTGTAATGATACA-CAACTGTCGAGGGTGACCTTTCGTAATTCTAATAAACAGCTAGACCAATCAAGACATATACGTTTGCTGGTTATTTGCGC--ATATGCTAACCCAAG--AGCACA----A-AATATCCGAGATTCATGA---TTA---TACTCCTCCCATAA-----------TAAAAT-------TCGCTCT---A-----CTT-------------------TCAAATT-GA----CCTGGG-TATCATGATTGTTCAAGCG-ATTT-CA-TATTCTCAT-----CAGCTGTTACAACTACCCACCCCGGTACATTG-------ATATATCATTGGTAT-TCA------T---T----T--CT-TTCCCATGTTGCATGTTCCGAATGATT----CTGTCAACACG----------GTAGCTCCC----------AAGGGTGGGTGGTTCCATTG-GTG----GTAGG---------TCACGGTATCAATAATT-CA-ACGGAGACTAAGCTCTC------TTATTTCAATGCACATAAAGATTAA----TACTCATTACGGGCTATTTAGTCC-----TT-TTCG--CGTG--TCG-AA-ATT-TTTAAATTCAATG-GGATTATTT--GGA-------CAGGTGAATC-----A-----AATGTCCA-TTTTCTATTGATCTTT--TGTAC-TTTCCTTCTCTT----GGTTCGAT---------GAGAC-ACAATGAGA---------------TTGC-TTTTTGCTGGTCGATGACTT
gi|10 : tttgtttcataggccagttcattctataatacaaaatatgcgctgtgcctcactgcaattcaaagatggaacttataccccacccttatg--TATC------GGT--ATTGTTCCTGAATTTATTAC-GGTAT--TG------TACTTCGCTT--CTGTTT--GCTTTGCAGGTTC--GATGAT-----------ACATGT-----AC--GT----CTT----------GGGGGT------------------------------------TCAT-----------TT-CA-ACAGAAATGA--TCCTT------TTATT-GAAA-ATCACGAA----AA----TA-TCTT-GTGAGCT-TTC
gi|12 : T-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCTC------TTGTT-GAAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GTAGGCT-GTCGG--C-----AT-TGCA--GGTG--TAG-AAGATT-TTG-----CAA----GAATGTTT--TAGGGTGAATCGA
gi|14 : atAT-TACATGGA----------TA-T-------------TCAA--T-----TTCTTTG--GGTG--TTG-GAGAGT-TTGAG-TTCCA-----ACTTTTTATTTAGGCGAATCAAGTAAATC-----AGAATGCA-GTCCA-TTT
gi|15 : ttt--TACC------GGTGCATTGT------A--TATCAT-GGTATATT-----------T----T--TT-ATT--GTGCTGCATGTTC--GATGAGT----C-GTCAACACAT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGGGG----------GG-G-G----Gc
gi|16 : ccTCCTTCTCTTAATTGGGTTGATG--------CAGCC-ACAAA--GA---------------TTGC-TTTCTTTTGGTT-ATGACTTTg
gi|17 : taACATGGA----AA----TA-TCAT-GTGGGCT-TTCAG--T-----GT-TTTA--GGTG--TTG-AAGATT-TT
gi|18 : -TATATGGA----AA----TA-ACCT-ATGGGCT-TTCAG--C-----GT-TTCA--AGTG--TTGCAG-ATT-TTtt
gi|19 : T--GTGTTGCATGTTC--GATAACT----T-GTCAACACGT-----
gi|2 : TAGGAACTTT---AACCGAATCTTCAATAAGTTAAACTTTGTTGTCCTTAACTTGATTTGCTCTT-CTAAGATT-AATGTAAATCAATAATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGCTGACCTTAA----ACACATTTTGAATTTACATTACTTTC-------------AGTTCCTGTTTTC--ATGACCGA--TGTA--GA-ACA-TT-TTGTC---GGTTATTTTCT--AATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTT---TTAATTTGCT-AC--AAG--A-CACA----A-AA---------------A---T-AGAGTAC----------A-----------TAA--T-------TTGC------A-----CTT-------------------CA---TT-GA----CC--GA-TATCA--ATGTTTTG---G-ATTTTCAATATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGTACATTGT------ACATATCAT-GGTATATTATACATGTATTT----T--CT-TTT--GTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----ACATGTAGC-CTC----------AGGGGTGG----------TG-G-G----GT--A---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGAAG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACATAAA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TTCG--CGTG--TCG-AA-ATTGTTTAA-TTCAA-G-GGCTTTTTT--TGAGGTGAATCAAATAAACC-----A-----CATGACCA-TATTCTATTG-----------------CCTTCTCTT----GGTTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-GTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|3 : GGTACTTTCC--AA-------AAACAGCAACAACGA--AATGT-TAT-CGTTTC--GAT-ATTTTT-C--ATCT--------AAA--A-CAAA----ACAA---------------A---TTA---TTC----------G-----------CAA--TGTCTTTATCGT------A-----TTTAACTAGTTTTTCGGAAGGTC----TT-AATTCACC--GA-TCTAA--ATGCTTTG---A-ATTGTCATT-TTCTCAT-----CAGCTGT-AC-------------------------------ATAT-AT-AGT---------------------T--CC-TCA--ATGTTGCATGTTC--GGCGATT----C-CTCAACACGT-----A------GC-CTTAATTGGAAGGGGGGGGGG----------GG-G-G----GG--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGTGGCGA--TCCTC------GTATT-CAAT-TACATAGA----AA----TA-CCCT-GCGGGCT-TTTAG--A-----TT------------------A-ATT-TTGAA-TTTCA-G-GAATTTTTT--TTAGGTGAATCAAATACACC-----A-----CCAGCCCA-TTTTCTCTTGCTCTGT--TGT-CTTTTCCTTCTCTT----GGGT-GATG--------AAG-C-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTACTGGTC-ATGGCTTT
gi|4 : aA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TT
gi|4 : aTTT----TAGCT-TTT--ATGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAAC---------AC--GTAGC-CCC----------AAGGGTGG----------TG-GTG----GT--GGGGTACGGTTCAT-----------TT-CACACGGAGACG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACAT-AA----AA----TA-TCAT-AC-GGCT-TTTAC--G-----TT-TTCG--CGT---TCG-AA-ATT-TTAAA-TTCAA-GTGGA--TTAT--TGA-GTGAATCAA-------------------ATGTCCATTTTTCTATTGATCTTT--TGTAC-TTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCCAACAAT--GA---------------TTGC--TTTTTCTGGTC-ATGACTatgttgcatgttcgatgattcgtcaacacgtagccccaagggtggtggtggtggggtacggttcatttcacacggagacgtcctcttattcaatgacataaaatatcatacggcttttacgttttcgcgttcgaaattttaaattcaagtggattattgagtgaatcaaatgtccatttttctattgatcttttgtactttccttctcttgggtcgatggagccaacaatgattgctttttctggtcatgact
gi|5 : aaaatatcatacgggcT-AA----CC--GAATTTCA--TTTTTTTT------TTTTCATTATTATCATTCTCCCAGCTGT---A--TACA------AGTCCA--GT------A---ATC-T-GCCATAGCT------TGTT-----------------TGTTGCATGTTT--AATAACT----T-GTCAACATGT-----GC--TTGG---GG----------GGGGGTGG----------TGTG-GGTGTGT--G---------TCTT-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCT-------TTGT---GAA-TACATGGA----GAAATGTA-TCCT-GTTGGATATTCAG--CCGGAATT-ACCGGAGGTT--TCA-AT-ATT-TTGAG-TTCCA-A-GAATGTTTT--TAAGG
gi|6 : TT----T--CT-TTT--GTGATGCATGTTT--ATTGATTTATCC-ACCAACA-GTTGAACAC--GTAA---------------AGGGGGGG----------CG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TTCCA-AAGGGGAAG---TCATC------TTATA-CAAT-TACATAAA----AA----TA-TCGT-GCGGGCT-TTCAC--C-----TT-TTTGA-GGTGAATCA-AA-------CAA-ATCAC-C-AGACCATTT--------------------TC-----T-----CGTGATC--TTTTGTAT-----TTT--CG-----TTC--TCT--T----GGGTCGATGGAGCATCCGAGCC-ACAAT--GA---------------TTGCTTTTTTTTTGGTgt
gi|7 : g-ACA-CT-TTGGCT---GGTATTTCCC--AATTC-AA-AAACAACAAGAACGA--AATGT-T-------TG-------------C--ATTTGCA-AC--AAGGTA-CACATTATA-AA---------------ACTTT-ATTTTAC----------AATTATTGTGTTTAA--C-------TAGCTTTTTGAAAGGTCTT-------------------C----CTGAA----CC--GG-TATCA--ATGTTTTG---GAATTTTCATTTTTTTCAT-----CAACTGT-AC-----------------------------ACATATTTT-GTTATTCTA------T-TTT----T--CT-TCT--GTACTGCATGTTC--GATAAAT----C-GTCAACAgaag
gi|8 : tagaacCAT-----------TT-CA-ACGGAAATGA--TCCTCCTCAACTTGTT-TGAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GCAGGTT-TTCAG--C-----TT-TTTT--GGTGC-TGG-AG-ATT-TTAAA-TTCCA-C-GGATTTTTT----GGGCAAATCAAATAAATCAATGTA-----CA-GTCCA-TTTCCTCTTAATCTTGAATG-----TTCCTCCTCTT----GGGTCAATG--------GAGCC-ACAAT--GATGTTTTTGTTTTGTTTTGG-TTTTTTCTGGTC-ATG
gi|9 : ttg--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATC-GTTCTTTCTAAAATT-AATGTAAAT-AATgatt
gi|9 : aggaaccctatccgATGTCGACCTTAATGAAATATATTTTTAATT-GCATTACTCTCTCCGGG-AAAACGAGTTCCCGTCT--TCGTGACGGAAATGTT--G--ACATCT-CTGTCTAgtcgaccttaatgaaatatatttttaattgcattactctctccgggaaaacgagttcccgtcttcgtgacggaaatgttgacatctctgtctatct
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGAAATATTTTTTATCTGCAACAAGGAACACAAAATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTGTTCAACTAGCATTTCTACAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCGGTATTNATCT
Unaligned ( gi|13 ): NATCTGCAACAAGGAACACAAATATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTATTCAACTAGCATTTCTATAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 1 11 11 2 1 888888888888888888888888888888888888888888 111 2222222 1 11 1 111 2222 11111 222222 11 11 1 1111 11 11111 4444444444444 1 11111 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11 11 11111 22222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444 22222222222 111 111111 111 33333333333333 3333 1111 22222222 333333333333333
lowQualScore : 1 000 5 88 7 3 7 11 3 3 555555555555555555555555555555555555555555 333 5555555 2 7 77 2 333 9999 77777 555555 88 1 33 0 3 4444 33 11111 5555555555555 0 1 2 88888 4444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 7777 11 8 1 11 8 88888 0 66 00000 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 4 55 8888 4 1 0000000000000000000000000000 6666666666666666666666666666666666 11111111111 4 4 1 1 333 222222 44 3 6666 6666 3 2 3 0 6 99999999 3 999 88 44 3 7 4 4 3 777 2 66 1 1 3 2 00000000000000 0 5 3 3 99 0000 2222 00000000 0 5 77 555555555555555 5 4 6
lowQualScore : . ... . .. . . . .. . . .......................................... ... ....... . . .. . ... .... ..... ...... .. . .. . . .... .. ..... ............. . . . ..... .... ................................................................................................................ . .... .. . . .. . ..... . .. ..... . .............................................................. .. . .. .... . . ............................ .................................. ........... . . . . ... ...... .. . .... .... . . . . . ........ . ... .. .. . . . . . ... . .. . . . . .............. . . . . .. .... .... ........ . . .. ............... . . .
lowQualScore : 0 000 5 33 3 7 3 33 3 3 333333333333333333333333333333333333333333 777 0000000 0 3 00 0 000 7777 00000 222222 55 0 88 0 2 0000 88 22222 8888888888888 0 2 5 00000 8888 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0000 00 0 0 00 0 00000 8 88 00000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 4 55 5555 0 9 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333 11111111111 4 4 3 0 444 888888 66 6 5555 5555 1 1 1 2 2 88888888 3 222 66 88 6 3 0 0 0 666 2 11 9 1 1 3 44444444444444 6 7 0 2 22 8888 1111 77777777 7 7 99 777777777777777 7 0 7
consensus : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTCTTC-TAAGATT-AATGTAAAT----AATGC---AGTTCTGCCATAAT---------T--GCCGACCTTAATGAAATACATTTT-AA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTT-T-CA-TTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---T---AC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT-----AG--CT--------------TC----TT-AA----CC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--A-TTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TC-G-AA-ATT-TT-GAATTCNA-G-GGATTTTT--TTGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTT--TGTAC-TTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
Reference ( family-3701 ) : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATTTGTTCTTCCTAAGATT-AATGTAAAT----AATGNNGNNGTTCTGCCATAAT---------TATGCCGACCTTAATGAAATACATTTT-AA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGNTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTT-C-CA-TTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---T---AC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TCT-----A---CT--------------TC----TT-AA----CC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--A-TTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TC-G-AA-ATT-TT-GAATTCAA-G-GGATTTTT--TTGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTATTGATCTTT--TGT-C-TTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|1 : TAGGAACTATCCCAACCGAATCTTCA-CAAGT--AAC------GTGCCT---------TGTTCTTC--AAGATTGAATGTAAA-------------AGTTCTGCCATAAT---------T--GCAGACCCT--TGAATTACATC---AA--TT---TTCCTCTTTCCGGGCGAAACGCATTCC-GTTTTCTCATGACCG-ATGTGTAATGATACA-C--AACTGTCGAGGGTGACCTTTCGTAATTCTAATAAACAGCTAGACCAATCAAGACATATACGTTTGCTGGTTATTTGCGCA-TATGCTAACCCAAG--AGCACA----A-AATATCCGAGATTCATGA--TTA---T---ACTCCTCCCATAA-----------TAAAAT-------TCGC-TCT-----A---CT--------------TTCAAATT-GA----CCTGGG-TATCATGATTGTTCAAGCGA-TTT-CAT-ATTCTCAT-----CAGCTGTTACAACTACCCACCCCGGTAC-ATTG-------ATATATCATTGGTAT-TCAT-------TT---CT--TT-CCCATGTTGCATGTTCCGAATGATT----CTGTCAACACG----------GTAGCTCCC----------AAGGGTGGGTGGTTCCATTG-GTG----GTAGG---------TCACGGTATCAATAATT-CA-ACGGAGACTAAGCTCTC------TTATTTCAATGCACATAAAGATTAA----TACTCATTACGGGCTATTTAGTCC-----TT-TTCG--CGTG--TC-G-AA-ATT-TTTAAATTCAATG-GGATTATT--TGGA-------CAGGTGAATC-----A-----AATGTCCA-TTTTCTATTGATCTTT--TGTAC-TTTCCTTCTCTT----GGTTCGAT---------GAGAC-ACAATGAGA---------------TTGC-TTTTTGCTGGTCGATGACTT
gi|10 : tttgtttcataggccagttcattctataatacaaaatatgcgctgtgcctcactgcaattcaaagatggaacttataccccacccttatg--TATC------GGT---ATTGTTCCTGAATTTATTAC-GGTATTGTAC-------TTCGCTT--CTGTTTGCTTTGCAGGTTC--GATGAT-----------ACATGT-----AC--GT----CTT----------GGGGGT------------------------------------TCAT-----------TT-CA-ACAGAAATGA--TCCTT------TTATT-GAAA-ATCACGAA----AA----TA-TCTT-GTGAGCT-TTC
gi|12 : T-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCTC------TTGTT-GAAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GTAGGCT-GTCGG--C-----AT-TGCA--GGTG--TA-G-AAGATT-TT-G----CAA----GAATGTT--TTAGGGTGAATCGA
gi|14 : atAT-TACATGG------A----TA--------------TTCAA--T-----TTCTTTG--GGTG--TTGG-AG-AGT-TT-GAGTTCCA-----ACTTTTTATTTAGGCGAATCAAGTAAATC-----AGAATGCA-GTCCA-TTT
gi|15 : ttt--TACC------GGTGC-ATTGT------A--TATCAT-GGTATATT--------------TT--TT-ATTGTGCTGCATGTTC--GATGAGT----C-GTCAACACAT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGGGG----------GG-G-G----Gc
gi|16 : ccTCCTTCTCTTAATTGGGTTGATG--------CAGCC-ACAAA--GA---------------TTGC-TTTCTTTTGGTT-ATGACTTTg
gi|17 : taACATGGA----AA----TA-TCAT-GTGGGCT-TTCAG--T-----GT-TTTA--GGTG--TT-G-AAGATT-TT-
gi|18 : -TATATGGA----AA----TA-ACCT-ATGGGCT-TTCAG--C-----GT-TTCA--AGTG--TT-GCAG-ATT-TT-tt
gi|19 : TGTGTTGCATGTTC--GATAACT----T-GTCAACACGT-----
gi|2 : TAGGAACTTT---AACCGAATCTTCAATAAGTTAAACTTTGTTGTCCTTAACTTGATTTGCTCTTC-TAAGATT-AATGTAAATCAATAATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGCTGACCTTAA----ACACATTTT-GAATTTACATTACTTTC-------------AGTTCCTGTTTTC--ATGACCG-A--TGTA--GA-ACA-T--T-TTGTC--GGTTA--TTTTC-TAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTT-T-TAATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A---TAGAGT---AC----------A-----------TAA--T-------TTGC---------A---CT--------------TCA---TT-GA----CC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--A-TTTTCAATATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGTAC-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTATACATGTATT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----ACATGTAGC-CTC----------AGGGGTGG----------TG-G-G----GT--A---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGAAG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACATAAA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TTCG--CGTG--TC-G-AA-ATTGTT-TAATTCAA-G-GGCTTTTT--TTGAGGTGAATCAAATAAACC-----A-----CATGACCA-TATTCTATTG-----------------CCTTCTCTT----GGTTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-GTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|3 : GGTA--CTTTC-CAA-------AAACAGCAACAACGA--AATGT-TAT-CGTTTC--GAT-ATTT-TTCA-TCT--------AAA--A-CAAA----ACAA---------------A--TTA---T---TC----------G-----------CAA--TGTCTTTATCGTATTT-----AA--CTAGTTTTTCGGAAGGTC----TT-AATTCACC--GA-TCTAA--AT-GCTTTGA--A-TTGTCATT-TTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--------------------------------TAT-AT-AGT--------------------T--CC-TCAATGTTGCATGTTC--GGCGATT----C-CTCAACACGT-----A------GC-CTTAATTGGAAGGGGGGGGGG----------GG-G-G----GG--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGTGGCGA--TCCTC------GTATT-CAAT-TACATAGA----AA----TA-CCCT-GCGGGCT-TTTAG--A-----TT-------------------A-ATT-TT-GAATTTCA-G-GAATTTTT--TTTAGGTGAATCAAATACACC-----A-----CCAGCCCA-TTTTCTCTTGCTCTGT--TGT-CTTTTCCTTCTCTT----GGGT-GATG--------AAG-C-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTACTGGTC-ATGGCTTT
gi|4 : aA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TT
gi|4 : a-------TT---TTAGCT-TTTATGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAAC---------AC--GTAGC-CCC----------AAGGGTGG----------TG-GTG----GT--GGGGTACGGTTCAT-----------TT-CACACGGAGACG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACAT-AA----AA----TA-TCAT-AC-GGCT-TTTAC--G-----TT-TTCG--CGT---TC-G-AA-ATT-TT-AAATTCAA-GTGGA--TTA--TTGA-GTGAATCAA-------------------ATGTCCATTTTTCTATTGATCTTT--TGTAC-TTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCCAACAAT--GA---------------TTGC-TTT-TTCTGGTC-ATGACTatgttgcatgttcgatgattcgtcaacacgtagccccaagggtggtggtggtggggtacggttcatttcacacggagacgtcctcttattcaatgacataaaatatcatacggcttttacgttttcgcgttcgaaattttaaattcaagtggattattgagtgaatcaaatgtccatttttctattgatcttttgtactttccttctcttgggtcgatggagccaacaatgattgctttttctggtcatgact
gi|5 : aaaatatcatacgggcT-AA----CC--GAATTTCA--TT-TTTTTT-----TTTTCATTATTATCATTCTCCCAGCTGT-A----TACA------AGT-CCA--GT------A---ATC-T-GCCATAG-------------------CT-TGTTTGTTGCATGTTT--AATAACT----T-GTCAACATGT-----GC--TTGG---GG----------GGGGGTGG----------TGTG-GGTGTGT--G---------TCTT-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCT-------TTGT---GAA-TACATGGA----GAAATGTA-TCCT-GTTGGATATTCAG--CCGGAATT-ACCGGAGGTT--TC-A-AT-ATT-TT-GAGTTCCA-A-GAATGTTT--TTAAGG
gi|6 : T---TT--CT-TTTGTGATGCATGTTT--ATTGATTTATCC-ACCAACA-GTTGAACAC--GTAA---------------AGGGGGGG----------CG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TTCCA-AAGGGGAAG---TCATC------TTATA-CAAT-TACATAAA----AA----TA-TCGT-GCGGGCT-TTCAC--C-----TT-TTTGA-GGTGAATC-A-AA-gt
gi|6 : gTTT--TTGAGGTGAATCAAACAAATC-----A-----CCAGACCA-TTTTCTCGTGATCTTT--TGTAT-TTTCGTTCTCTT----GGGTCGATGGAGCATCCGAGCC-ACAAT--GA---------------TTGCTTTTTTTTTGGTcaaatcaccagaccattttctcgtgatcttttgtattttcgttctcttgggtcgatggagcatccgagccacaatgattgctttttttttggtgaag
gi|7 : gtttcttttgtgatgcatgtttattgatttatccaccaacagttgaacacgtaaagggggggcggggtgtcatttccaaaggggaagtcatcttatacaattacataaaaatatcgtgcgggctttcaccTA--GA-ACA-CACT-TTGGCT--GGTA--TTTCC-CAATTC-AA-AAACAACAAGAACGA--AATGT-T-------TG-------------CA-TTTGCAA---CAAGGTA-CACATTATA-AA---------------ACTTTA---TTTTAC----------AATTATTGTGTTTAA--C-------TAGC-TTTTTGAAAGGTCT--------------TC----CTGAA----CC--GG-TATCA--AT-GTTTTGG--AATTTTCATTTTTTTCAT-----CAACTGT-AC------------------------------ACATATTTT-GTTATTCTAT-------TT---TT--CT-TCTGTACTGCATGTTC--GATAAAT----C-GTCAACAgaag
gi|8 : CAT-----------TT-CA-ACGGAAATGA--TCCTCCTCAACTTGTT-TGAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GCAGGTT-TTCAG--C-----TT-TTTT--GGTGC-TG-G-AG-ATT-TT-AAATTCCA-C-GGATTTTT--T--GGGCAAATCAAATAAATCAATGTA-----CA-GTCCA-TTTCCTCTTAATCTTGAATG-----TTCCTCCTCTT----GGGTCAATG--------GAGCC-ACAAT--GATGTTTTTGTTTTGTTTTGG-TTTTTTCTGGTC-ATG
gi|9 : ttg--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATC-GTTCTTTCTAAAATT-AATGTAAAT----AATGT-------------------------------CGACCTTAATGAAATATATTTTTAA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-AAAACGAGTTCCCGTCT--TCGTGACGGAA-ATGTT--G--ACATC--T-CTGTCTAgatt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGAAATATTTTTTATCTGCAACAAGGAACACAAAATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTGTTCAACTAGCATTTCTACAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCGGTATTNATCT
Unaligned ( gi|13 ): NATCTGCAACAAGGAACACAAATATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTATTCAACTAGCATTTCTATAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 1 11 11 1 1 77777777777777777777777777777777777777 111 1 11 1 11 1 111 2222 11111 222222 11 11 1 1111 11 11111 444444444444444 11111 1111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11 11 11111 22222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444 22222222222 111 111111 1 111 33333333333333 1111 22222222 333333333333333
lowQualScore : 1 000 5 88 7 3 7 11 3 7 3 66666666666666666666666666666666666666 3 333 3 7 88 2 7 77 2 333 9999 77777 555555 88 33 0 3 4444 33 11111 222222222222222 1 2 88888 4444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 7777 11 8 1 11 8 88888 0 66 00000 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 4 55 8888 4 1 0000000000000000000000000000 6666666666666666666666666666666666 11111111111 4 4 1 1 333 222222 44 3 6666 6666 3 2 3 0 6 99999999 3 999 88 1 3 0 4 4 1 777 2 7777 1 3 2 00000000000000 0 5 1 3 66 2 2222 00000000 0 5 77 555555555555555 5 4 6
lowQualScore : . ... . .. . . . .. . . . ...................................... . ... . . .. . . .. . ... .... ..... ...... .. .. . . .... .. ..... ............... . . ..... .... ............................................................................................................... . .... .. . . .. . ..... . .. ..... . .............................................................. .. . .. .... . . ............................ .................................. ........... . . . . ... ...... .. . .... .... . . . . . ........ . ... .. . . . . . . ... . .... . . . .............. . . . . .. . .... ........ . . .. ............... . . .
lowQualScore : 0 000 5 33 3 7 3 00 3 3 3 77777777777777777777777777777777777777 7 777 3 3 33 0 3 00 0 000 7777 00000 222222 55 88 0 2 0000 88 22222 222222222222222 2 5 00000 8888 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0000 00 0 0 00 0 00000 8 88 00000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 4 55 5555 0 9 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333 11111111111 4 4 3 0 444 888888 66 6 5555 5555 1 1 1 2 2 88888888 3 222 66 2 6 9 0 0 0 666 2 1111 1 1 3 44444444444444 6 7 0 2 22 2 1111 77777777 7 7 99 777777777777777 7 0 7
consensus : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTC-TTCTAAGATT-AATGTAAAT----AA----------------AGTTCTGCCATAAT-TGCCGACCTTAATGAAATACA-TTTTAA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTT-CG-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---T---AC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT-----AA--CT--------------TCA--TT-AA----CC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--A-TTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TCG-AA-ATT-TT-GAATTCNA-G-GGATTTTTT--TGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTTTGTATTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
Reference ( family-3701 ) : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTC-TTCTAAGATT-AATGTAAAT----AATGC-------------AGTTCTGCCATAAT-TGCCGACCTTAATGAAATACA-TTTTAA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTT-C--ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---T---AC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT-----AG--CT--------------TC---TT-AA----CC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--A-TTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TCG-AA-ATT-TT-GAATTCNA-G-GGATTTTTT--TGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTTTGTACTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|1 : TAGGAACTATCCCAACCGAATCTTCA-CAAGT--AAC------GTGCCT---------TGTTC-TTC-AAGATTGAATGTAAA-----------------------AGTTCTGCCATAAT-TGCAGACCCT--TGAATTACA-TC--AA--TT---TTCCTCTTTCCGGGCGAAACGCATTCC-GTTTTCTCATGACCG-ATGTGTAATGATACA-C--AACTGTCGAGGGTGACCTTTCGTAATTCTAATAAACAGCTAGACCAATCAAGACATATACGTTTGCTGGTTATTTG-CGCATATGCTAACCCAAG--AGCACA----A-AATATCCGAGATTCATGA--TTA---T---ACTCCTCCCATAA-----------TAAAAT-------TCGC-TCT-----AC--TT--------------TCAAATT-GA----CCTGGG-TATCATGATTGTTCAAGCGA-TTT-CAT-ATTCTCAT-----CAGCTGTTACAACTACCCACCCCGGTAC-ATTG-------ATATATCATTGGTAT-TCAT-------TT---CT--TT-CCCATGTTGCATGTTCCGAATGATT----CTGTCAACACG----------GTAGCTCCC----------AAGGGTGGGTGGTTCCATTG-GTG----GTAGG---------TCACGGTATCAATAATT-CA-ACGGAGACTAAGCTCTC------TTATTTCAATGCACATAAAGATTAA----TACTCATTACGGGCTATTTAGTCC-----TT-TTCG--CGTG--TCG-AA-ATT-TTTAAATTCAATG-GGATTATTT--GGA-------CAGGTGAATC-----A-----AATGTCCA-TTTTCTATTGATCTTTTGTACTTTCCTTCTCTT----GGTTCGAT---------GAGAC-ACAATGAGA---------------TTGC-TTTTTGCTGGTCGATGACTT
gi|10 : tttgtttcataggccagttcattctataatacaaaatatgcgctgtgcctcactgcaattcaaagatggaacttataccccacccttatg--TATC------GGT---ATTGTTCCTGAATTTATTAC-GGTATTGTAC-------TTCGCTT--CTGTTTGCTTTGCAGGTTC--GATGAT-----------ACATGT-----AC--GT----CTT----------GGGGGT------------------------------------TCAT-----------TT-CA-ACAGAAATGA--TCCTT------TTATT-GAAA-ATCACGAA----AA----TA-TCTT-GTGAGCT-TTC
gi|12 : T-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCTC------TTGTT-GAAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GTAGGCT-GTCGG--C-----AT-TGCA--GGTG--TAG-AAGATT-TT-G----CAA----GAATGTTT--TAGGGTGAATCGA
gi|14 : atAT-TACATGGA----------TA-T-------------TCAA--T-----TTCTTTG--GGTG--TTG-GAGAGT-TT-GAGTTCCA-----ACTTTTTATTTAGGCGAATCAAGTAAATC-----AGAATGCA-GTCCA-TTT
gi|15 : ttt--TACC------GGTGC-ATTGT------A--TATCAT-GGTATATT--------------TT--TT-ATTGTGCTGCATGTTC--GATGAGT----C-GTCAACACAT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGGGG----------GG-G-G----Gc
gi|16 : ccTCCTTCTCTTAATTGGGTTGATG--------CAGCC-ACAAA--GA---------------TTGC-TTTCTTTTGGTT-ATGACTTTg
gi|17 : taACATGGA----AA----TA-TCAT-GTGGGCT-TTCAG--T-----GT-TTTA--GGTG--TTG-AAGATT-TT-
gi|18 : -TATATGGA----AA----TA-ACCT-ATGGGCT-TTCAG--C-----GT-TTCA--AGTG--TTGCAG-ATT-TT-tt
gi|19 : TGTGTTGCATGTTC--GATAACT----T-GTCAACACGT-----
gi|2 : TAGGAACTTT---AACCGAATCTTCAATAAGTTAAACTTTGTTGTCCTTAACTTGATTTGCTC-TTCTAAGATT-AATGTAAATCAATAATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGCTGACCTTAA----ACACA-TTTTGAATTTACATTACTTTC-------------AGTTCCTGTTTTC--ATGACCG-A--TGTA--GA-ACA-T--T-TTGTC--GGTTA--TTTTC-TAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTT-TA-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A---TAGAGT---AC----------A-----------TAA--T-------TTGC----------A--CT--------------TCA--TT-GA----CC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--A-TTTTCAATATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGTAC-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTATACATGTATT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----ACATGTAGC-CTC----------AGGGGTGG----------TG-G-G----GT--A---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGAAG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACATAAA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TTCG--CGTG--TCG-AA-ATTGTT-TAATTCAA-G-GGCTTTTTT--TGAGGTGAATCAAATAAACC-----A-----CATGACCA-TATTCTATTG--------------CCTTCTCTT----GGTTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-GTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|3 : GGTA--CTTTC-CAA-------AAACAGCAACAACGA--AATGT-TAT-CGTTTC--GAT-ATTTTTC--ATCT--------AAA--A-CAAA----ACAA---------------A--TTA---T---TC----------G-----------CAA--TGTCTTTATCGTATTT-----AA--CTAGTTTTTCGGAAGGTC---TT-AATTCACC--GA-TCTAA--AT-GCTTTGA--A-TTGTCATT-TTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--------------------------------TAT-AT-AGT--------------------T--CC-TCAATGTTGCATGTTC--GGCGATT----C-CTCAACACGT-----A------GC-CTTAATTGGAAGGGGGGGGGG----------GG-G-G----GG--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGTGGCGA--TCCTC------GTATT-CAAT-TACATAGA----AA----TA-CCCT-GCGGGCT-TTTAG--A-----TT------------------A-ATT-TT-GAATTTCA-G-GAATTTTTT--TTAGGTGAATCAAATACACC-----A-----CCAGCCCA-TTTTCTCTTGCTCTGTTGTCTTTTCCTTCTCTT----GGGT-GATG--------AAG-C-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTACTGGTC-ATGGCTTT
gi|4 : aA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TT
gi|4 : a-------TT---TTAGCT-TTTATGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAAC---------AC--GTAGC-CCC----------AAGGGTGG----------TG-GTG----GT--GGGGTACGGTTCAT-----------TT-CACACGGAGACG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACAT-AA----AA----TA-TCAT-AC-GGCT-TTTAC--G-----TT-TTCG--CGT---TCG-AA-ATT-TT-AAATTCAA-GTGGA--TTAT--TGA-GTGAATCAA-------------------ATGTCCATTTTTCTATTGATCTTTTGTACTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCCAACAAT--GA---------------TTGC-TTT-TTCTGGTC-ATGACTatgttgcatgttcgatgattcgtcaacacgtagccccaagggtggtggtggtggggtacggttcatttcacacggagacgtcctcttattcaatgacataaaatatcatacggcttttacgttttcgcgttcgaaattttaaattcaagtggattattgagtgaatcaaatgtccatttttctattgatcttttgtactttccttctcttgggtcgatggagccaacaatgattgctttttctggtcatgact
gi|5 : aaaatatcatacgggcT-AA----CC--GAATTTCA--TT-TTTTTT-----TTTTCATTATTATCATTCTCCCAGCTGT-A----TACA------AGT-CCA--GT------A---ATC-T-GCCATAG-------------------CT-TGTTTGTTGCATGTTT--AATAACT----T-GTCAACATGT-----GC--TTGG---GG----------GGGGGTGG----------TGTG-GGTGTGT--G---------TCTT-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCT-------TTGT---GAA-TACATGGA----GAAATGTA-TCCT-GTTGGATATTCAG--CCGGAATT-ACCGGAGGTT--TCA-AT-ATT-TT-GAGTTCCA-A-GAATGTTTT--TAAGG
gi|6 : T---TT--CT-TTTGTGATGCATGTTT--ATTGATTTATCC-ACCAACA-GTTGAACAC--GTAA---------------AGGGGGGG----------CG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TTCCA-AAGGGGAAG---TCATC------TTATA-CAAT-TACATAAA----AA----TA-TCGT-GCGGGCT-TTCAC--C-----TT-TTTGA-GGTGAATCA-AA-gt
gi|6 : gTTTT--TGAGGTGAATCAAACAAATC-----A-----CCAGACCA-TTTTCTCGTGATCTTTTGTATTTTCGTTCTCTT----GGGTCGATGGAGCATCCGAGCC-ACAAT--GA---------------TTGCTTTTTTTTTGGTcaaatcaccagaccattttctcgtgatcttttgtattttcgttctcttgggtcgatggagcatccgagccacaatgattgctttttttttggtgaag
gi|7 : gtttcttttgtgatgcatgtttattgatttatccaccaacagttgaacacgtaaagggggggcggggtgtcatttccaaaggggaagtcatcttatacaattacataaaaatatcgtgcgggctttcaccTA--GA-ACA-CACT-TTGGCT--GGTA--TTTCC-CAATTC-AA-AAACAACAAGAACGA--AATGT-T-------TG------------C--ATTTGCAA---CAAGGTA-CACATTATA-AA---------------ACTTTA---TTTTAC----------AATTATTGTGTTTAA--C-------TAGC-TTTTTGAAAGGTCT--------------TC---CTGAA----CC--GG-TATCA--AT-GTTTTGG--AATTTTCATTTTTTTCAT-----CAACTGT-AC------------------------------ACATATTTT-GTTATTCTAT-------TT---TT--CT-TCTGTACTGCATGTTC--GATAAAT----C-GTCAACAgaag
gi|8 : CAT-----------TT-CA-ACGGAAATGA--TCCTCCTCAACTTGTT-TGAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GCAGGTT-TTCAG--C-----TT-TTTT--GGTGC-TGG-AG-ATT-TT-AAATTCCA-C-GGATTTTTT----GGGCAAATCAAATAAATCAATGTA-----CA-GTCCA-TTTCCTCTTAATC--TTGAATGTTCCTCCTCTT----GGGTCAATG--------GAGCC-ACAAT--GATGTTTTTGTTTTGTTTTGG-TTTTTTCTGGTC-ATG
gi|9 : ttg--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATC-GTTCTTTCTAAAATT-AATGTAAAT----AA-------------------------------TGTCGACCTTAATGAAATATATTTTTAA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-AAAACGAGTTCCCGTCT--TCGTGACGGAA-ATGTT--G--ACATC--T-CTGTCTAgatt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGAAATATTTTTTATCTGCAACAAGGAACACAAAATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTGTTCAACTAGCATTTCTACAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCGGTATTNATCT
Unaligned ( gi|13 ): NATCTGCAACAAGGAACACAAATATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTATTCAACTAGCATTTCTATAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 1 11 11 1 1 777777777777777777777777777777777777777 111 1 11 1 11 1 111 2222 11111 222222 11 11 1 1111 11 11111 33333333333333 11111 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 11 11111 22222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444 22222222222 111 111111 1 111 33333333333333 1111 22222222 333333333333333
lowQualScore : 1 000 5 88 7 3 7 11 3 7 3 333333333333333333333333333333333333333 3 333 3 7 88 2 7 77 2 333 9999 77777 555555 88 33 0 3 4444 33 11111 55555555555555 1 2 88888 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11 8 1 11 8 88888 0 66 00000 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 4 55 8888 4 1 0000000000000000000000000000 6666666666666666666666666666666666 11111111111 4 4 1 1 333 222222 44 3 6666 6666 3 2 3 0 6 99999999 3 999 88 1 3 0 4 4 1 777 2 7777 1 3 2 00000000000000 0 5 1 3 66 2222 00000000 0 5 77 555555555555555 5 4 6
lowQualScore : . ... . .. . . . .. . . . ....................................... . ... . . .. . . .. . ... .... ..... ...... .. .. . . .... .. ..... .............. . . ..... .... .................................................................................................................. . .. . . .. . ..... . .. ..... . .............................................................. .. . .. .... . . ............................ .................................. ........... . . . . ... ...... .. . .... .... . . . . . ........ . ... .. . . . . . . ... . .... . . . .............. . . . . .. .... ........ . . .. ............... . . .
lowQualScore : 0 000 5 33 3 7 3 00 3 3 3 000000000000000000000000000000000000000 7 777 3 3 33 0 3 00 0 000 7777 00000 222222 55 88 0 2 0000 88 22222 22222222222222 2 5 00000 8888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 00 0 0 00 0 00000 8 88 00000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 4 55 5555 0 9 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333 11111111111 4 4 3 0 444 888888 66 6 5555 5555 1 1 1 2 2 88888888 3 222 66 2 6 9 0 0 0 666 2 1111 1 1 3 44444444444444 6 7 0 2 22 1111 77777777 7 7 99 777777777777777 7 0 7
consensus : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTC-TTCTAAGATT-AATGTAAAT-AA-T--TGCCATAAT----------------------TGCCGACCTTAATGAAATACA-TTTTAA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTCG-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---T---AC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT----AA---CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--A-TTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TCG-AA-ATT-TT-GAATTCNA-G-GGATTTTTT--TGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTTTGTATTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
Reference ( family-3701 ) : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTC-TTCTAAGATT-AATGTAAATAAAGTTCTGCCATAAT----------------------TGCCGACCTTAATGAAATACA-TTTTAA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTCG-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---T---AC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT----AA---CT--------------TC---A--TTAACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--A-TTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TCG-AA-ATT-TT-GAATTCNA-G-GGATTTTTT--TGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTTTGTATTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|1 : TAGGAACTATCCCAACCGAATCTTCA-CAAGT--AAC------GTGCCT---------TGTTC-TTC-AAGATTGAATGTAAA---AGTTCTGCCATAAT----------------------TGCAGACCCT--TGAATTACA-TC--AA--TT---TTCCTCTTTCCGGGCGAAACGCATTCC-GTTTTCTCATGACCG-ATGTGTAATGATACA-C--AACTGTCGAGGGTGACCTTTCGTAATTCTAATAAACAGCTAGACCAATCAAGACATATACGTTTGCTGGTTATTTGCGCATATGCTAACCCAAG--AGCACA----A-AATATCCGAGATTCATGA--TTA---T---ACTCCTCCCATAA-----------TAAAAT-------TCGC-TCT----AC---TT--------------TC---AAATTGACCTGGG-TATCATGATTGTTCAAGCGA-TTT-CAT-ATTCTCAT-----CAGCTGTTACAACTACCCACCCCGGTAC-ATTG-------ATATATCATTGGTAT-TCAT-------TT---CT--TT-CCCATGTTGCATGTTCCGAATGATT----CTGTCAACACG----------GTAGCTCCC----------AAGGGTGGGTGGTTCCATTG-GTG----GTAGG---------TCACGGTATCAATAATT-CA-ACGGAGACTAAGCTCTC------TTATTTCAATGCACATAAAGATTAA----TACTCATTACGGGCTATTTAGTCC-----TT-TTCG--CGTG--TCG-AA-ATT-TTTAAATTCAATG-GGATTATTT--GGA-------CAGGTGAATC-----A-----AATGTCCA-TTTTCTATTGATCTTTTGTACTTTCCTTCTCTT----GGTTCGAT---------GAGAC-ACAATGAGA---------------TTGC-TTTTTGCTGGTCGATGACTT
gi|10 : tttgtttcataggccagttcattctataatacaaaatatgcgctgtgcctcactgcaattcaaagatggaacttataccccacccttatg--TATC------GGT---ATTGTTCCTGAATTTATTAC-GGTATTGTAC-------TTCGCTT--CTGTTTGCTTTGCAGGTTC--GATGAT-----------ACATGT-----AC--GT----CTT----------GGGGGT------------------------------------TCAT-----------TT-CA-ACAGAAATGA--TCCTT------TTATT-GAAA-ATCACGAA----AA----TA-TCTT-GTGAGCT-TTC
gi|12 : T-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCTC------TTGTT-GAAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GTAGGCT-GTCGG--C-----AT-TGCA--GGTG--TAG-AAGATT-TT-G----CAA----GAATGTTT--TAGGGTGAATCGA
gi|14 : atAT-TACATGGA----------TA-T-------------TCAA--T-----TTCTTTG--GGTG--TTG-GAGAGT-TT-GAGTTCCA-----ACTTTTTATTTAGGCGAATCAAGTAAATC-----AGAATGCA-GTCCA-TTT
gi|15 : ttt--TACC------GGTGC-ATTGT------A--TATCAT-GGTATATT--------------TT--TT-ATTGTGCTGCATGTTC--GATGAGT----C-GTCAACACAT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGGGG----------GG-G-G----Gc
gi|16 : ccTCCTTCTCTTAATTGGGTTGATG--------CAGCC-ACAAA--GA---------------TTGC-TTTCTTTTGGTT-ATGACTTTg
gi|17 : taACATGGA----AA----TA-TCAT-GTGGGCT-TTCAG--T-----GT-TTTA--GGTG--TTG-AAGATT-TT-
gi|18 : -TATATGGA----AA----TA-ACCT-ATGGGCT-TTCAG--C-----GT-TTCA--AGTG--TTGCAG-ATT-TT-tt
gi|19 : TGTGTTGCATGTTC--GATAACT----T-GTCAACACGT-----
gi|2 : TAGGAACTTT---AACCGAATCTTCAATAAGTTAAACTTTGTTGTCCTTAACTTGATTTGCTC-TTCTAAGATT-AATGTAAATCAA-TAATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGCTGACCTTAA----ACACA-TTTTGAATTTACATTACTTTC-------------AGTTCCTGTTTTC--ATGACCG-A--TGTA--GA-ACA-T--T-TTGTC--GGTTA--TTTTC-TAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTTA-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A---TAGAGT---AC----------A-----------TAA--T-------TTGC---------A---CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--A-TTTTCAATATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGTAC-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTATACATGTATT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----ACATGTAGC-CTC----------AGGGGTGG----------TG-G-G----GT--A---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGAAG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACATAAA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TTCG--CGTG--TCG-AA-ATTGTT-TAATTCAA-G-GGCTTTTTT--TGAGGTGAATCAAATAAACC-----A-----CATGACCA-TATTCTATTG--------------CCTTCTCTT----GGTTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-GTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|3 : GGTA--CTTTC-CAA-------AAACAGCAACAACGA--AATGT-TAT-CGTTTC--GAT-ATTTTTC-ATCT--------AAA--A-CAAA----ACAA---------------A--TTA---T---TC----------G-----------CAA--TGTCTTTATCGTATTT----AA---CTAGTTTTTCGGAAGGTCTTAA--TTCACC--GA-TCTAA--AT-GCTTTGA--A-TTGTCATT-TTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--------------------------------TAT-AT-AGT--------------------T--CC-TCAATGTTGCATGTTC--GGCGATT----C-CTCAACACGT-----A------GC-CTTAATTGGAAGGGGGGGGGG----------GG-G-G----GG--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGTGGCGA--TCCTC------GTATT-CAAT-TACATAGA----AA----TA-CCCT-GCGGGCT-TTTAG--A-----TT------------------A-ATT-TT-GAATTTCA-G-GAATTTTTT--TTAGGTGAATCAAATACACC-----A-----CCAGCCCA-TTTTCTCTTGCTCTGTTGTCTTTTCCTTCTCTT----GGGT-GATG--------AAG-C-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTACTGGTC-ATGGCTTT
gi|4 : aA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TT
gi|4 : a-------TT---TTAGCT-TTTATGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAAC---------AC--GTAGC-CCC----------AAGGGTGG----------TG-GTG----GT--GGGGTACGGTTCAT-----------TT-CACACGGAGACG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACAT-AA----AA----TA-TCAT-AC-GGCT-TTTAC--G-----TT-TTCG--CGT---TCG-AA-ATT-TT-AAATTCAA-GTGGA--TTAT--TGA-GTGAATCAA-------------------ATGTCCATTTTTCTATTGATCTTTTGTACTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCCAACAAT--GA---------------TTGC-TTT-TTCTGGTC-ATGACTatgttgcatgttcgatgattcgtcaacacgtagccccaagggtggtggtggtggggtacggttcatttcacacggagacgtcctcttattcaatgacataaaatatcatacggcttttacgttttcgcgttcgaaattttaaattcaagtggattattgagtgaatcaaatgtccatttttctattgatcttttgtactttccttctcttgggtcgatggagccaacaatgattgctttttctggtcatgact
gi|5 : aaaatatcatacgggcTAACC--GAATTTCA--TT-TTTTTT-----TTTTCATTATTATCATTCTCCCAGCTGT-A----TACA------AGT-CCA--GT------A---ATC-T-GCCATAG-------------------CT-TGTTTGTTGCATGTTT--AATAACT----T-GTCAACATGT-----GC--TTGG---GG----------GGGGGTGG----------TGTG-GGTGTGT--G---------TCTT-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCT-------TTGT---GAA-TACATGGA----GAAATGTA-TCCT-GTTGGATATTCAG--CCGGAATT-ACCGGAGGTT--TCA-AT-ATT-TT-GAGTTCCA-A-GAATGTTTT--TAAGG
gi|6 : T---TT--CT-TTTGTGATGCATGTTT--ATTGATTTATCC-ACCAACA-GTTGAACAC--GTAA---------------AGGGGGGG----------CG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TTCCA-AAGGGGAAG---TCATC------TTATA-CAAT-TACATAAA----AA----TA-TCGT-GCGGGCT-TTCAC--C-----TT-TTTGA-GGTGAATCA-AA-gt
gi|6 : gTTTT--TGAGGTGAATCAAACAAATC-----A-----CCAGACCA-TTTTCTCGTGATCTTTTGTATTTTCGTTCTCTT----GGGTCGATGGAGCATCCGAGCC-ACAAT--GA---------------TTGCTTTTTTTTTGGTcaaatcaccagaccattttctcgtgatcttttgtattttcgttctcttgggtcgatggagcatccgagccacaatgattgctttttttttggtgaag
gi|7 : gtttcttttgtgatgcatgtttattgatttatccaccaacagttgaacacgtaaagggggggcggggtgtcatttccaaaggggaagtcatcttatacaattacataaaaatatcgtgcgggctttcaccTA--GA-ACA-CACT-TTGGCT--GGTA--TTTCC-CAATTC-AA-AAACAACAAGAACGA--AATGT-T-------TG-----------C--ATTTGCAA---CAAGGTA-CACATTATA-AA---------------ACTTTA---TTTTAC----------AATTATTGTGTTTAA--C-------TAGC-TTTTTGAAAGGTCT--------------TC---C--TGAACC--GG-TATCA--AT-GTTTTGG--AATTTTCATTTTTTTCAT-----CAACTGT-AC------------------------------ACATATTTT-GTTATTCTAT-------TT---TT--CT-TCTGTACTGCATGTTC--GATAAAT----C-GTCAACAgaag
gi|8 : CAT-----------TT-CA-ACGGAAATGA--TCCTCCTCAACTTGTT-TGAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GCAGGTT-TTCAG--C-----TT-TTTT--GGTGC-TGG-AG-ATT-TT-AAATTCCA-C-GGATTTTTT----GGGCAAATCAAATAAATCAATGTA-----CA-GTCCA-TTTCCTCTTAATC--TTGAATGTTCCTCCTCTT----GGGTCAATG--------GAGCC-ACAAT--GATGTTTTTGTTTTGTTTTGG-TTTTTTCTGGTC-ATG
gi|9 : ttg--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATC-GTTCTTTCTAAAATT-AATGTAAATAA------------------------------------TGTCGACCTTAATGAAATATATTTTTAA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-AAAACGAGTTCCCGTCT--TCGTGACGGAA-ATGTT--G--ACATC--T-CTGTCTAgatt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGAAATATTTTTTATCTGCAACAAGGAACACAAAATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTGTTCAACTAGCATTTCTACAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCGGTATTNATCT
Unaligned ( gi|13 ): NATCTGCAACAAGGAACACAAATATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTATTCAACTAGCATTTCTATAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 1 11 11 1 1 22 66666666666666666666666666666666666 111 2222222 1 11 1 111 2222 11111 222222 11 11 1 1111 11 1111111 33333333333333 11111 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 11 222 22222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444 22222222222 111 111111 111 33333333333333 1111 22222222 333333333333333
lowQualScore : 1 000 5 88 7 3 7 11 3 7 3 00 99999999999999999999999999999999999 3 333 5555555 2 7 77 2 333 9999 77777 555555 88 33 0 3 4444 33 8888888 55555555555555 1 2 88888 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11 8 1 11 8 222 0 66 00000 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 4 55 8888 4 1 0000000000000000000000000000 6666666666666666666666666666666666 11111111111 4 4 1 1 333 222222 44 3 6666 6666 3 2 3 0 6 99999999 3 999 88 44 3 7 4 4 1 777 2 66 1 1 3 2 00000000000000 0 5 1 3 66 2222 00000000 0 5 77 555555555555555 5 4 6
lowQualScore : . ... . .. . . . .. . . . .. ................................... . ... ....... . . .. . ... .... ..... ...... .. .. . . .... .. ....... .............. . . ..... .... ............................................................................................................... . .. . . .. . ... . .. ..... . .............................................................. .. . .. .... . . ............................ .................................. ........... . . . . ... ...... .. . .... .... . . . . . ........ . ... .. .. . . . . . ... . .. . . . . .............. . . . . .. .... ........ . . .. ............... . . .
lowQualScore : 0 000 5 33 3 7 3 00 3 3 3 77 00000000000000000000000000000000000 7 777 0000000 0 3 00 0 000 7777 00000 222222 55 88 0 2 0000 88 2222222 22222222222222 2 5 00000 8888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 00 0 0 00 0 222 8 88 00000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 4 55 5555 0 9 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333 11111111111 4 4 3 0 444 888888 66 6 5555 5555 1 1 1 2 2 88888888 3 222 66 88 6 3 0 0 0 666 2 11 9 1 1 3 44444444444444 6 7 0 2 22 1111 77777777 7 7 99 777777777777777 7 0 7
consensus : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTCTT-CTAAGATT-AATGTAAAT-AAT--T--GCCATAAT----------------------TGCCGACCTTAATGAAATACATTTT-AA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTCG-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---TAC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT---AA----CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--ATTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TC-G-AA-ATT-TT-GAATTCNA-G-GGATTTTT--TTGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTTTGTATTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
Reference ( family-3701 ) : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTCTT-CTAAGATT-AATGTAAAT-AAT--T--GCCATAAT----------------------TGCCGACCTTAATGAAATACATTTT-AA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTCG-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---TAC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT---AA----CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--ATTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TC-G-AA-ATT-TT-GAATTCNA-G-GGATTTTT--TTGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTTTGTATTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|1 : TAGGAACTATCCCAACCGAATCTTCA-CAAGT--AAC------GTGCCT---------TGTTCTT-C-AAGATTGAATGTAAA--AGT--TCTGCCATAAT----------------------TGCAGACCCT--TGAATTACATC---AA--TT---TTCCTCTTTCCGGGCGAAACGCATTCC-GTTTTCTCATGACCG-ATGTGTAATGATACA-C--AACTGTCGAGGGTGACCTTTCGTAATTCTAATAAACAGCTAGACCAATCAAGACATATACGTTTGCTGGTTATTTGCGCATATGCTAACCCAAG--AGCACA----A-AATATCCGAGATTCATGA--TTA---TACTCCTCCCATAA-----------TAAAAT-------TCGC-TCT---AC----TT--------------TC---AAATTGACCTGGG-TATCATGATTGTTCAAGCGATTT-CAT-ATTCTCAT-----CAGCTGTTACAACTACCCACCCCGGTAC-ATTG-------ATATATCATTGGTAT-TCAT-------TT---CT--TT-CCCATGTTGCATGTTCCGAATGATT----CTGTCAACACG----------GTAGCTCCC----------AAGGGTGGGTGGTTCCATTG-GTG----GTAGG---------TCACGGTATCAATAATT-CA-ACGGAGACTAAGCTCTC------TTATTTCAATGCACATAAAGATTAA----TACTCATTACGGGCTATTTAGTCC-----TT-TTCG--CGTG--TC-G-AA-ATT-TTTAAATTCAATG-GGATTATT--TGGA-------CAGGTGAATC-----A-----AATGTCCA-TTTTCTATTGATCTTTTGTACTTTCCTTCTCTT----GGTTCGAT---------GAGAC-ACAATGAGA---------------TTGC-TTTTTGCTGGTCGATGACTT
gi|10 : tttgtttcataggccagttcattctataatacaaaatatgcgctgtgcctcactgcaattcaaagatggaacttataccccacccttatg--TATC------GGT---ATTGTTCCTGAATTTATTAC-GGTATTGTAC-------TTCGCTT--CTGTTTGCTTTGCAGGTTC--GATGAT-----------ACATGT-----AC--GT----CTT----------GGGGGT------------------------------------TCAT-----------TT-CA-ACAGAAATGA--TCCTT------TTATT-GAAA-ATCACGAA----AA----TA-TCTT-GTGAGCT-TTC
gi|12 : T-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCTC------TTGTT-GAAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GTAGGCT-GTCGG--C-----AT-TGCA--GGTG--TA-G-AAGATT-TT-G----CAA----GAATGTT--TTAGGGTGAATCGA
gi|14 : atAT-TACATGG------A----TA--------------TTCAA--T-----TTCTTTG--GGTG--TTGG-AG-AGT-TT-GAGTTCCA-----ACTTTTTATTTAGGCGAATCAAGTAAATC-----AGAATGCA-GTCCA-TTT
gi|15 : ttt--TACC------GGTGC-ATTGT------A--TATCAT-GGTATATT--------------TT--TT-ATTGTGCTGCATGTTC--GATGAGT----C-GTCAACACAT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGGGG----------GG-G-G----Gc
gi|16 : ccTCCTTCTCTTAATTGGGTTGATG--------CAGCC-ACAAA--GA---------------TTGC-TTTCTTTTGGTT-ATGACTTTg
gi|17 : taACATGGA----AA----TA-TCAT-GTGGGCT-TTCAG--T-----GT-TTTA--GGTG--TT-G-AAGATT-TT-
gi|18 : -TATATGGA----AA----TA-ACCT-ATGGGCT-TTCAG--C-----GT-TTCA--AGTG--TT-GCAG-ATT-TT-tt
gi|19 : TGTGTTGCATGTTC--GATAACT----T-GTCAACACGT-----
gi|2 : TAGGAACTTT---AACCGAATCTTCAATAAGTTAAACTTTGTTGTCCTTAACTTGATTTGCTCTT-CTAAGATT-AATGTAAATCAATAAT--GCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGCTGACCTTAA----ACACATTTT-GAATTTACATTACTTTC-------------AGTTCCTGTTTTC--ATGACCG-A--TGTA--GA-ACA-T--T-TTGTC--GGTTA--TTTTC-TAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTTA-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A---TAGAGTAC----------A-----------TAA--T-------TTGC--------A----CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--ATTTTCAATATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGTAC-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTATACATGTATT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----ACATGTAGC-CTC----------AGGGGTGG----------TG-G-G----GT--A---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGAAG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACATAAA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TTCG--CGTG--TC-G-AA-ATTGTT-TAATTCAA-G-GGCTTTTT--TTGAGGTGAATCAAATAAACC-----A-----CATGACCA-TATTCTATTG--------------CCTTCTCTT----GGTTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-GTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|3 : GGTA--CTTTC-CAA-------AAACAGCAACAACGA--AATGT-TAT-CGTTTC--GAT-ATTTTTC-ATCT--------AAA--A-CAAA----ACAA---------------A--TTA---TTC----------G-----------CAA--TGTCTTTATCGTATTT---AA----CTAGTTTTTCGGAAGGTCTTAA--TTCACC--GA-TCTAA--AT-GCTTTGA--ATTGTCATT-TTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--------------------------------TAT-AT-AGT--------------------T--CC-TCAATGTTGCATGTTC--GGCGATT----C-CTCAACACGT-----A------GC-CTTAATTGGAAGGGGGGGGGG----------GG-G-G----GG--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGTGGCGA--TCCTC------GTATT-CAAT-TACATAGA----AA----TA-CCCT-GCGGGCT-TTTAG--A-----TT-------------------A-ATT-TT-GAATTTCA-G-GAATTTTT--TTTAGGTGAATCAAATACACC-----A-----CCAGCCCA-TTTTCTCTTGCTCTGTTGTCTTTTCCTTCTCTT----GGGT-GATG--------AAG-C-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTACTGGTC-ATGGCTTT
gi|4 : aA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TT
gi|4 : a-------TT---TTAGCT-TTTATGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAAC---------AC--GTAGC-CCC----------AAGGGTGG----------TG-GTG----GT--GGGGTACGGTTCAT-----------TT-CACACGGAGACG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACAT-AA----AA----TA-TCAT-AC-GGCT-TTTAC--G-----TT-TTCG--CGT---TC-G-AA-ATT-TT-AAATTCAA-GTGGA--TTA--TTGA-GTGAATCAA-------------------ATGTCCATTTTTCTATTGATCTTTTGTACTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCCAACAAT--GA---------------TTGC-TTT-TTCTGGTC-ATGACTatgttgcatgttcgatgattcgtcaacacgtagccccaagggtggtggtggtggggtacggttcatttcacacggagacgtcctcttattcaatgacataaaatatcatacggcttttacgttttcgcgttcgaaattttaaattcaagtggattattgagtgaatcaaatgtccatttttctattgatcttttgtactttccttctcttgggtcgatggagccaacaatgattgctttttctggtcatgact
gi|5 : aaaatatcatacgggcTAACC--GAATTTCA--TT-TTTTTT----TTTTCATTATTATCATTCTCCCAGCTGT-A----TACA------AGT-CCA--GT------A---ATC-T-GCCATAG-------------------CT-TGTTTGTTGCATGTTT--AATAACT----T-GTCAACATGT-----GC--TTGG---GG----------GGGGGTGG----------TGTG-GGTGTGT--G---------TCTT-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCT-------TTGT---GAA-TACATGGA----GAAATGTA-TCCT-GTTGGATATTCAG--CCGGAATT-ACCGGAGGTT--TC-A-AT-ATT-TT-GAGTTCCA-A-GAATGTTT--TTAAGG
gi|6 : T---TT--CT-TTTGTGATGCATGTTT--ATTGATTTATCC-ACCAACA-GTTGAACAC--GTAA---------------AGGGGGGG----------CG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TTCCA-AAGGGGAAG---TCATC------TTATA-CAAT-TACATAAA----AA----TA-TCGT-GCGGGCT-TTCAC--C-----TT-TTTGA-GGTGAATC-A-AA-gt
gi|6 : gTTT--TTGAGGTGAATCAAACAAATC-----A-----CCAGACCA-TTTTCTCGTGATCTTTTGTATTTTCGTTCTCTT----GGGTCGATGGAGCATCCGAGCC-ACAAT--GA---------------TTGCTTTTTTTTTGGTcaaatcaccagaccattttctcgtgatcttttgtattttcgttctcttgggtcgatggagcatccgagccacaatgattgctttttttttggtgaag
gi|7 : gtttcttttgtgatgcatgtttattgatttatccaccaacagttgaacacgtaaagggggggcggggtgtcatttccaaaggggaagtcatcttatacaattacataaaaatatcgtgcgggctttcaccTA--GA-ACA-CACT-TTGGCT--GGTA--TTTCC-CAATTC-AA-AAACAACAAGAACGA--AAT--------GTTTG-----------C--ATTTGCAA---CAAGGTA-CACATTATA-AA---------------ACTTTATTTTAC----------AATTATTGTGTTTAA--C-------TAGC-TTTTTGAAAGGTCT--------------TC---C--TGAACC--GG-TATCA--AT-GTTTTGGA-ATTTTCATTTTTTTCAT-----CAACTGT-AC------------------------------ACATATTTT-GTTATTCTAT-------TT---TT--CT-TCTGTACTGCATGTTC--GATAAAT----C-GTCAACAgaag
gi|8 : CAT-----------TT-CA-ACGGAAATGA--TCCTCCTCAACTTGTT-TGAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GCAGGTT-TTCAG--C-----TT-TTTT--GGTGC-TG-G-AG-ATT-TT-AAATTCCA-C-GGATTTTT--T--GGGCAAATCAAATAAATCAATGTA-----CA-GTCCA-TTTCCTCTTAATC--TTGAATGTTCCTCCTCTT----GGGTCAATG--------GAGCC-ACAAT--GATGTTTTTGTTTTGTTTTGG-TTTTTTCTGGTC-ATG
gi|9 : ttg--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATC-GTTCTTTCTAAAATT-AATGTAAAT-AAT------------------------------------GTCGACCTTAATGAAATATATTTTTAA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-AAAACGAGTTCCCGTCT--TCGTGACGGAA-ATGTT--G--ACATC--T-CTGTCTAgatt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGAAATATTTTTTATCTGCAACAAGGAACACAAAATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTGTTCAACTAGCATTTCTACAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCGGTATTNATCT
Unaligned ( gi|13 ): NATCTGCAACAAGGAACACAAATATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTATTCAACTAGCATTTCTATAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 1 11 11 1 1 22 66666666666666666666666666666666666 111 2222222 1 11 1 111 2222 11111 222222 11 11 1 1111 11 1111111 33333333333333 11111 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 11 222 22222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444 22222222222 111 111111 111 33333333333333 1111 22222222 333333333333333
lowQualScore : 1 000 5 88 7 3 7 11 3 7 3 00 99999999999999999999999999999999999 3 333 5555555 2 7 77 2 333 9999 77777 555555 88 33 0 3 4444 33 8888888 55555555555555 1 2 88888 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11 8 1 11 8 222 0 66 00000 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 4 55 8888 4 1 0000000000000000000000000000 6666666666666666666666666666666666 11111111111 4 4 1 1 333 222222 44 3 6666 6666 3 2 3 0 6 99999999 3 999 88 44 3 7 4 4 1 777 2 66 1 1 3 2 00000000000000 0 5 1 3 66 2222 00000000 0 5 77 555555555555555 5 4 6
lowQualScore : . ... . .. . . . .. . . . .. ................................... . ... ....... . . .. . ... .... ..... ...... .. .. . . .... .. ....... .............. . . ..... .... ............................................................................................................... . .. . . .. . ... . .. ..... . .............................................................. .. . .. .... . . ............................ .................................. ........... . . . . ... ...... .. . .... .... . . . . . ........ . ... .. .. . . . . . ... . .. . . . . .............. . . . . .. .... ........ . . .. ............... . . .
lowQualScore : 0 000 5 33 3 7 3 00 3 3 3 77 00000000000000000000000000000000000 7 777 0000000 0 3 00 0 000 7777 00000 222222 55 88 0 2 0000 88 2222222 22222222222222 2 5 00000 8888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 00 0 0 00 0 222 8 88 00000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 4 55 5555 0 9 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333 11111111111 4 4 3 0 444 888888 66 6 5555 5555 1 1 1 2 2 88888888 3 222 66 88 6 3 0 0 0 666 2 11 9 1 1 3 44444444444444 6 7 0 2 22 1111 77777777 7 7 99 777777777777777 7 0 7
consensus : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTCTT-CTAAGATT-AATGTAAAT-AAT--T--GCCATAAT----------------------TGCCGACCTTAATGAAATACATTTT-AA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTCG-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---TAC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT---AA----CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--ATTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TC-G-AA-ATT-TT-GAATTCNA-G-GGATTTTT--TTGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTTTGTATTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
Reference ( family-3701 ) : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTCTT-CTAAGATT-AATGTAAAT-AAT--T--GCCATAAT----------------------TGCCGACCTTAATGAAATACATTTT-AA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTCG-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---TAC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT---AA----CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--ATTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TC-G-AA-ATT-TT-GAATTCNA-G-GGATTTTT--TTGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTTTGTATTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|1 : TAGGAACTATCCCAACCGAATCTTCA-CAAGT--AAC------GTGCCT---------TGTTCTT-C-AAGATTGAATGTAAA--AGT--TCTGCCATAAT----------------------TGCAGACCCT--TGAATTACATC---AA--TT---TTCCTCTTTCCGGGCGAAACGCATTCC-GTTTTCTCATGACCG-ATGTGTAATGATACA-C--AACTGTCGAGGGTGACCTTTCGTAATTCTAATAAACAGCTAGACCAATCAAGACATATACGTTTGCTGGTTATTTGCGCATATGCTAACCCAAG--AGCACA----A-AATATCCGAGATTCATGA--TTA---TACTCCTCCCATAA-----------TAAAAT-------TCGC-TCT---AC----TT--------------TC---AAATTGACCTGGG-TATCATGATTGTTCAAGCGATTT-CAT-ATTCTCAT-----CAGCTGTTACAACTACCCACCCCGGTAC-ATTG-------ATATATCATTGGTAT-TCAT-------TT---CT--TT-CCCATGTTGCATGTTCCGAATGATT----CTGTCAACACG----------GTAGCTCCC----------AAGGGTGGGTGGTTCCATTG-GTG----GTAGG---------TCACGGTATCAATAATT-CA-ACGGAGACTAAGCTCTC------TTATTTCAATGCACATAAAGATTAA----TACTCATTACGGGCTATTTAGTCC-----TT-TTCG--CGTG--TC-G-AA-ATT-TTTAAATTCAATG-GGATTATT--TGGA-------CAGGTGAATC-----A-----AATGTCCA-TTTTCTATTGATCTTTTGTACTTTCCTTCTCTT----GGTTCGAT---------GAGAC-ACAATGAGA---------------TTGC-TTTTTGCTGGTCGATGACTT
gi|10 : tttgtttcataggccagttcattctataatacaaaatatgcgctgtgcctcactgcaattcaaagatggaacttataccccacccttatg--TATC------GGT---ATTGTTCCTGAATTTATTAC-GGTATTGTAC-------TTCGCTT--CTGTTTGCTTTGCAGGTTC--GATGAT-----------ACATGT-----AC--GT----CTT----------GGGGGT------------------------------------TCAT-----------TT-CA-ACAGAAATGA--TCCTT------TTATT-GAAA-ATCACGAA----AA----TA-TCTT-GTGAGCT-TTC
gi|12 : T-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCTC------TTGTT-GAAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GTAGGCT-GTCGG--C-----AT-TGCA--GGTG--TA-G-AAGATT-TT-G----CAA----GAATGTT--TTAGGGTGAATCGA
gi|14 : atAT-TACATGG------A----TA--------------TTCAA--T-----TTCTTTG--GGTG--TTGG-AG-AGT-TT-GAGTTCCA-----ACTTTTTATTTAGGCGAATCAAGTAAATC-----AGAATGCA-GTCCA-TTT
gi|15 : ttt--TACC------GGTGC-ATTGT------A--TATCAT-GGTATATT--------------TT--TT-ATTGTGCTGCATGTTC--GATGAGT----C-GTCAACACAT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGGGG----------GG-G-G----Gc
gi|16 : ccTCCTTCTCTTAATTGGGTTGATG--------CAGCC-ACAAA--GA---------------TTGC-TTTCTTTTGGTT-ATGACTTTg
gi|17 : taACATGGA----AA----TA-TCAT-GTGGGCT-TTCAG--T-----GT-TTTA--GGTG--TT-G-AAGATT-TT-
gi|18 : -TATATGGA----AA----TA-ACCT-ATGGGCT-TTCAG--C-----GT-TTCA--AGTG--TT-GCAG-ATT-TT-tt
gi|19 : TGTGTTGCATGTTC--GATAACT----T-GTCAACACGT-----
gi|2 : TAGGAACTTT---AACCGAATCTTCAATAAGTTAAACTTTGTTGTCCTTAACTTGATTTGCTCTT-CTAAGATT-AATGTAAATCAATAAT--GCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGCTGACCTTAA----ACACATTTT-GAATTTACATTACTTTC-------------AGTTCCTGTTTTC--ATGACCG-A--TGTA--GA-ACA-T--T-TTGTC--GGTTA--TTTTC-TAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTTA-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A---TAGAGTAC----------A-----------TAA--T-------TTGC--------A----CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--ATTTTCAATATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGTAC-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTATACATGTATT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----ACATGTAGC-CTC----------AGGGGTGG----------TG-G-G----GT--A---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGAAG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACATAAA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TTCG--CGTG--TC-G-AA-ATTGTT-TAATTCAA-G-GGCTTTTT--TTGAGGTGAATCAAATAAACC-----A-----CATGACCA-TATTCTATTG--------------CCTTCTCTT----GGTTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-GTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|3 : GGTA--CTTTC-CAA-------AAACAGCAACAACGA--AATGT-TAT-CGTTTC--GAT-ATTTTTC-ATCT--------AAA--A-CAAA----ACAA---------------A--TTA---TTC----------G-----------CAA--TGTCTTTATCGTATTT---AA----CTAGTTTTTCGGAAGGTCTTAA--TTCACC--GA-TCTAA--AT-GCTTTGA--ATTGTCATT-TTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--------------------------------TAT-AT-AGT--------------------T--CC-TCAATGTTGCATGTTC--GGCGATT----C-CTCAACACGT-----A------GC-CTTAATTGGAAGGGGGGGGGG----------GG-G-G----GG--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGTGGCGA--TCCTC------GTATT-CAAT-TACATAGA----AA----TA-CCCT-GCGGGCT-TTTAG--A-----TT-------------------A-ATT-TT-GAATTTCA-G-GAATTTTT--TTTAGGTGAATCAAATACACC-----A-----CCAGCCCA-TTTTCTCTTGCTCTGTTGTCTTTTCCTTCTCTT----GGGT-GATG--------AAG-C-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTACTGGTC-ATGGCTTT
gi|4 : aA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TT
gi|4 : a-------TT---TTAGCT-TTTATGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAAC---------AC--GTAGC-CCC----------AAGGGTGG----------TG-GTG----GT--GGGGTACGGTTCAT-----------TT-CACACGGAGACG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACAT-AA----AA----TA-TCAT-AC-GGCT-TTTAC--G-----TT-TTCG--CGT---TC-G-AA-ATT-TT-AAATTCAA-GTGGA--TTA--TTGA-GTGAATCAA-------------------ATGTCCATTTTTCTATTGATCTTTTGTACTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCCAACAAT--GA---------------TTGC-TTT-TTCTGGTC-ATGACTatgttgcatgttcgatgattcgtcaacacgtagccccaagggtggtggtggtggggtacggttcatttcacacggagacgtcctcttattcaatgacataaaatatcatacggcttttacgttttcgcgttcgaaattttaaattcaagtggattattgagtgaatcaaatgtccatttttctattgatcttttgtactttccttctcttgggtcgatggagccaacaatgattgctttttctggtcatgact
gi|5 : aaaatatcatacgggcTAACC--GAATTTCA--TT-TTTTTT----TTTTCATTATTATCATTCTCCCAGCTGT-A----TACA------AGT-CCA--GT------A---ATC-T-GCCATAG-------------------CT-TGTTTGTTGCATGTTT--AATAACT----T-GTCAACATGT-----GC--TTGG---GG----------GGGGGTGG----------TGTG-GGTGTGT--G---------TCTT-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCT-------TTGT---GAA-TACATGGA----GAAATGTA-TCCT-GTTGGATATTCAG--CCGGAATT-ACCGGAGGTT--TC-A-AT-ATT-TT-GAGTTCCA-A-GAATGTTT--TTAAGG
gi|6 : T---TT--CT-TTTGTGATGCATGTTT--ATTGATTTATCC-ACCAACA-GTTGAACAC--GTAA---------------AGGGGGGG----------CG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TTCCA-AAGGGGAAG---TCATC------TTATA-CAAT-TACATAAA----AA----TA-TCGT-GCGGGCT-TTCAC--C-----TT-TTTGA-GGTGAATC-A-AA-gt
gi|6 : gTTT--TTGAGGTGAATCAAACAAATC-----A-----CCAGACCA-TTTTCTCGTGATCTTTTGTATTTTCGTTCTCTT----GGGTCGATGGAGCATCCGAGCC-ACAAT--GA---------------TTGCTTTTTTTTTGGTcaaatcaccagaccattttctcgtgatcttttgtattttcgttctcttgggtcgatggagcatccgagccacaatgattgctttttttttggtgaag
gi|7 : gtttcttttgtgatgcatgtttattgatttatccaccaacagttgaacacgtaaagggggggcggggtgtcatttccaaaggggaagtcatcttatacaattacataaaaatatcgtgcgggctttcaccTA--GA-ACA-CACT-TTGGCT--GGTA--TTTCC-CAATTC-AA-AAACAACAAGAACGA--AAT--------GTTTG-----------C--ATTTGCAA---CAAGGTA-CACATTATA-AA---------------ACTTTATTTTAC----------AATTATTGTGTTTAA--C-------TAGC-TTTTTGAAAGGTCT--------------TC---C--TGAACC--GG-TATCA--AT-GTTTTGGA-ATTTTCATTTTTTTCAT-----CAACTGT-AC------------------------------ACATATTTT-GTTATTCTAT-------TT---TT--CT-TCTGTACTGCATGTTC--GATAAAT----C-GTCAACAgaag
gi|8 : CAT-----------TT-CA-ACGGAAATGA--TCCTCCTCAACTTGTT-TGAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GCAGGTT-TTCAG--C-----TT-TTTT--GGTGC-TG-G-AG-ATT-TT-AAATTCCA-C-GGATTTTT--T--GGGCAAATCAAATAAATCAATGTA-----CA-GTCCA-TTTCCTCTTAATC--TTGAATGTTCCTCCTCTT----GGGTCAATG--------GAGCC-ACAAT--GATGTTTTTGTTTTGTTTTGG-TTTTTTCTGGTC-ATG
gi|9 : ttg--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATC-GTTCTTTCTAAAATT-AATGTAAAT-AAT------------------------------------GTCGACCTTAATGAAATATATTTTTAA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-AAAACGAGTTCCCGTCT--TCGTGACGGAA-ATGTT--G--ACATC--T-CTGTCTAgatt
blockSeqs : T . A TA T T A TT T T . TC AATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA T AAT TTGAAT A T A T TC AAA GA CACT TA . . T AA . GTTAT GGTATTTTTA T G TA GTA TTATAAAACTTTATTTTACAATTATTGTGTTTAACTAGCTTTTTGAAAGGTCTTCC G . A A . . GA TA TCTCC . ATACCGGTACATTGTACATATCATGGTATATTATACATGTATT AG G . TATC . T AGCCTTAATTGGAAGG TGGTGGTGGGGTACGGT . C C A T A CTCAAC G . . AATG . T . A CCGGAA C GAG AA TG C G G . A GT A TA A G T G AGAATGCA T A C TG AATT GAGCATCC A . TGTTTTTGTTTTGTT T C .
blockSeqs : . T C A C . T . T . C AA TTTAA G . . C T A GA TCT T . . T AA . GTTAT GATATTTTTC C G AA A ACAAATTATTCGCAATGTCTTTATCGTATTTAACTAGTTTTTCGGAAGGTCTTAA C . . C . . G TA . . TACAAGTCCAGTAATCTGCCATAG . . . . . C ACATGTAGCCTC TGTGGGTGTGTG . . . T A A . G . . . . C . . C . AG C A . G . . C G C . T G C A AATGTACA . C A TT . . . . . . C .
blockSeqs : G TT . . . . . . . C T . . A AAAATAGAGTACATAATTTGCACTTCA A . . T . . A TT . . ACATATTTTGTTATTCTATTT . . . . . C TGAACACGTAA TGGGGTA . . . A A A . C . . . . A . . T . G . T . . . . A G T . G G T A ACAT . A A TT . . . . . . C .
blockSeqs : A . . A . . . T . . ATATATAGT . . . . . C ACGTAGCCTC GGGGGGG . . . T C A . C . . . . C . . T . G . T . . . . C A T . T G T A ACCA . C A . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . C ACGTAGCCCC CGGGGTG . . . A C A . C . . . . A . . C . G . C . . . . A C T . G G T A ACCA . C . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . T GCTTGGGG . . . . T A . . C . . . . C . . C . A . C . . . . C . T . A G T . AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . ACGTCTT . . . G A . . T . . . . A . . A . C . C . . . . C . . . G G C
blockSeqs : . . . . . . . . . A T . . . . . . . A . . C . C . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . G . G . G . . . .
blockSeqs : . . . . G . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . C .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** ** G** TA ** ACGTAGCCTC****************** CGGGGTG*************************** *********** A** C* **** C******* G** **
originalCons : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTCTT-CTAAGATT-AATGTAAAT-AAT--T--GCCATAAT----------------------TGCCGACCTTAATGAAATACATTTT-AA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTCG-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---TAC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT---AA----CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--ATTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TC-G-AA-ATT-TT-GAATTCNA-G-GGATTTTT--TTGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTTTGTATTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
finalCons : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTCTT-CTAAGATT-AATGTAAAT-AAT--T--GCCATAAT----------------------TGCCGACCTTAATGAAATACATTTT-AA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTCG-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---TAC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT---AA----CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--ATTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGTACGTAGCCTC------------------GGGGGTGGCGGGGTG---------------------------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATTC-AAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAGC-------TT-TTCG--GGTG--TC-G-AA-ATT-TT-GAATTCNAG--GGATTTTT--TTGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTTTGTATTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGAAATATTTTTTATCTGCAACAAGGAACACAAAATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTGTTCAACTAGCATTTCTACAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCGGTATTNATCT
Unaligned ( gi|13 ): NATCTGCAACAAGGAACACAAATATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTATTCAACTAGCATTTCTATAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 1 11 11 1 1 22 66666666666666666666666666666666666 111 2222222 1 11 1 111 2222 11111 222222 11 11 1 1111 11 1111111 33333333333333 11111 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 11 222 22222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333333333333 5555555555555555555555555555555555 22222222222 111 111111 111 33333333333333 1111 22222222 333333333333333
lowQualScore : 1 000 5 88 7 3 7 11 3 7 3 00 99999999999999999999999999999999999 3 333 5555555 2 7 77 2 333 9999 77777 555555 88 33 0 3 4444 33 8888888 55555555555555 1 2 88888 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11 8 1 11 8 222 0 66 00000 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 4 55 8888 4 1 0000000000000000000000000000 1111111111111111111111111111111111 11111111111 4 4 1 1 333 222222 44 3 6666 6666 3 2 3 0 6 99999999 3 999 88 44 3 7 4 4 1 777 2 66 1 1 3 2 00000000000000 0 5 1 3 66 2222 00000000 0 5 77 555555555555555 5 4 6
lowQualScore : . ... . .. . . . .. . . . .. ................................... . ... ....... . . .. . ... .... ..... ...... .. .. . . .... .. ....... .............. . . ..... .... ............................................................................................................... . .. . . .. . ... . .. ..... . .............................................................. .. . .. .... . . ............................ .................................. ........... . . . . ... ...... .. . .... .... . . . . . ........ . ... .. .. . . . . . ... . .. . . . . .............. . . . . .. .... ........ . . .. ............... . . .
lowQualScore : 0 000 5 33 3 7 3 00 3 3 3 77 00000000000000000000000000000000000 7 777 0000000 0 3 00 0 000 7777 00000 222222 55 88 0 2 0000 88 2222222 22222222222222 2 5 00000 8888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 00 0 0 00 0 222 8 88 00000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 4 55 5555 0 9 4444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888 11111111111 4 4 3 0 444 888888 66 6 5555 5555 1 1 1 2 2 88888888 3 222 66 88 6 3 0 0 0 666 2 11 9 1 1 3 44444444444444 6 7 0 2 22 1111 77777777 7 7 99 777777777777777 7 0 7
consensus : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTCTT-CTAAGATT-AATGTAAAT-AAT--T--GCCATAAT----------------------TGCCGACCTTAATGAAATACATTTT-AA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTCG-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---TAC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT---AA----CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--ATTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------TG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TC-G-AA-ATT-TT-GAATTCNA-G-GGATTTTT--TTGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTTTGTATTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
Reference ( family-3701 ) : TAGGAACTNTCCCAACCGAATCTTCAACAAGT--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATCTGTTCTT-CTAAGATT-AATGTAAAT-AAT--T--GCCATAAT----------------------TGCCGACCTTAATGAAATACATTTT-AA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-GAAACGAGTTCCCGTTTTCTCATGACCG-A-GTGTA--GA-ACA-C--T-CTGTCTAGGGTA--CTTTC-CAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTCG-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A--TTA---TAC----------A-----------TAA--T-------TCGC-TTT---AA----CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--ATTTTCATTATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGT-C-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTAT-------TT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGTGG----------CG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGANGA--TCCTC------TTATT-CAAT-TACATGGA----AA----TA-TCNT-GCGGGCT-TTCAG--C-----TT-TTCG--GGTG--TC-G-AA-ATT-TT-GAATTCNA-G-GGATTTTT--TTGAGGCGAATCAAATAAATC-----A-----CATGTCCA-TTTTCTNTTGATCTTTTGTATTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|1 : TAGGAACTATCCCAACCGAATCTTCA-CAAGT--AAC------GTGCCT---------TGTTCTT-C-AAGATTGAATGTAAA--AGT--TCTGCCATAAT----------------------TGCAGACCCT--TGAATTACATC---AA--TT---TTCCTCTTTCCGGGCGAAACGCATTCC-GTTTTCTCATGACCG-ATGTGTAATGATACA-C--AACTGTCGAGGGTGACCTTTCGTAATTCTAATAAACAGCTAGACCAATCAAGACATATACGTTTGCTGGTTATTTGCGCATATGCTAACCCAAG--AGCACA----A-AATATCCGAGATTCATGA--TTA---TACTCCTCCCATAA-----------TAAAAT-------TCGC-TCT---AC----TT--------------TC---AAATTGACCTGGG-TATCATGATTGTTCAAGCGATTT-CAT-ATTCTCAT-----CAGCTGTTACAACTACCCACCCCGGTAC-ATTG-------ATATATCATTGGTAT-TCAT-------TT---CT--TT-CCCATGTTGCATGTTCCGAATGATT----CTGTCAACACG----------GTAGCTCCC----------AAGGGTGGGTGGTTCCATTG-GTG----GTAGG---------TCACGGTATCAATAATT-CA-ACGGAGACTAAGCTCTC------TTATTTCAATGCACATAAAGATTAA----TACTCATTACGGGCTATTTAGTCC-----TT-TTCG--CGTG--TC-G-AA-ATT-TTTAAATTCAATG-GGATTATT--TGGA-------CAGGTGAATC-----A-----AATGTCCA-TTTTCTATTGATCTTTTGTACTTTCCTTCTCTT----GGTTCGAT---------GAGAC-ACAATGAGA---------------TTGC-TTTTTGCTGGTCGATGACTT
gi|10 : tttgtttcataggccagttcattctataatacaaaatatgcgctgtgcctcactgcaattcaaagatggaacttataccccacccttatg--TATC------GGT---ATTGTTCCTGAATTTATTAC-GGTATTGTAC-------TTCGCTT--CTGTTTGCTTTGCAGGTTC--GATGAT-----------ACATGT-----AC--GT----CTT----------GGGGGT------------------------------------TCAT-----------TT-CA-ACAGAAATGA--TCCTT------TTATT-GAAA-ATCACGAA----AA----TA-TCTT-GTGAGCT-TTC
gi|12 : T-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCTC------TTGTT-GAAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GTAGGCT-GTCGG--C-----AT-TGCA--GGTG--TA-G-AAGATT-TT-G----CAA----GAATGTT--TTAGGGTGAATCGA
gi|14 : atAT-TACATGG------A----TA--------------TTCAA--T-----TTCTTTG--GGTG--TTGG-AG-AGT-TT-GAGTTCCA-----ACTTTTTATTTAGGCGAATCAAGTAAATC-----AGAATGCA-GTCCA-TTT
gi|15 : ttt--TACC------GGTGC-ATTGT------A--TATCAT-GGTATATT--------------TT--TT-ATTGTGCTGCATGTTC--GATGAGT----C-GTCAACACAT-----AC--GTAGC-CTC----------GGGGGGGG----------GG-G-G----Gc
gi|16 : ccTCCTTCTCTTAATTGGGTTGATG--------CAGCC-ACAAA--GA---------------TTGC-TTTCTTTTGGTT-ATGACTTTg
gi|17 : taACATGGA----AA----TA-TCAT-GTGGGCT-TTCAG--T-----GT-TTTA--GGTG--TT-G-AAGATT-TT-
gi|18 : -TATATGGA----AA----TA-ACCT-ATGGGCT-TTCAG--C-----GT-TTCA--AGTG--TT-GCAG-ATT-TT-tt
gi|19 : TGTGTTGCATGTTC--GATAACT----T-GTCAACACGT-----
gi|2 : TAGGAACTTT---AACCGAATCTTCAATAAGTTAAACTTTGTTGTCCTTAACTTGATTTGCTCTT-CTAAGATT-AATGTAAATCAATAAT--GCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGCTGACCTTAA----ACACATTTT-GAATTTACATTACTTTC-------------AGTTCCTGTTTTC--ATGACCG-A--TGTA--GA-ACA-T--T-TTGTC--GGTTA--TTTTC-TAATTC-AA-AAACAGCAAGAACGA--AATGT-TAT-CGTTTG--GGT-ATTTTTA-ATTTGCTA---CAAG--A-CACA----A-AA---------------A---TAGAGTAC----------A-----------TAA--T-------TTGC--------A----CT--------------TC---A--TTGACC--GA-TATCA--AT-GTTTTGG--ATTTTCAATATTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--TACC------GGTAC-ATTGT------ACATATCAT-GGTATATTATACATGTATT---TT--CT-TTTGTGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAACACGT-----ACATGTAGC-CTC----------AGGGGTGG----------TG-G-G----GT--A---------TCAT-----------TT-CA-ACGGAGAAG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACATAAA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TTCG--CGTG--TC-G-AA-ATTGTT-TAATTCAA-G-GGCTTTTT--TTGAGGTGAATCAAATAAACC-----A-----CATGACCA-TATTCTATTG--------------CCTTCTCTT----GGTTCGATG--------GAGCC-ACAAT--GA---------------TTGC-GTTCTTCTGGTC-ATGACTTT
gi|3 : GGTA--CTTTC-CAA-------AAACAGCAACAACGA--AATGT-TAT-CGTTTC--GAT-ATTTTTC-ATCT--------AAA--A-CAAA----ACAA---------------A--TTA---TTC----------G-----------CAA--TGTCTTTATCGTATTT---AA----CTAGTTTTTCGGAAGGTCTTAA--TTCACC--GA-TCTAA--AT-GCTTTGA--ATTGTCATT-TTCTCAT-----CAGCTGT-ACA--------------------------------TAT-AT-AGT--------------------T--CC-TCAATGTTGCATGTTC--GGCGATT----C-CTCAACACGT-----A------GC-CTTAATTGGAAGGGGGGGGGG----------GG-G-G----GG--G---------TCAT-----------TT-CA-ACGGTGGCGA--TCCTC------GTATT-CAAT-TACATAGA----AA----TA-CCCT-GCGGGCT-TTTAG--A-----TT-------------------A-ATT-TT-GAATTTCA-G-GAATTTTT--TTTAGGTGAATCAAATACACC-----A-----CCAGCCCA-TTTTCTCTTGCTCTGTTGTCTTTTCCTTCTCTT----GGGT-GATG--------AAG-C-ACAAT--GA---------------TTGC-TTTCTACTGGTC-ATGGCTTT
gi|4 : aA----AA----TA-TCAT-ACGGGCT-TTTAG--C-----TT-TT
gi|4 : a-------TT---TTAGCT-TTTATGTTGCATGTTC--GATGATT----C-GTCAAC---------AC--GTAGC-CCC----------AAGGGTGG----------TG-GTG----GT--GGGGTACGGTTCAT-----------TT-CACACGGAGACG---TCCTC------TTATT-CAAT-GACAT-AA----AA----TA-TCAT-AC-GGCT-TTTAC--G-----TT-TTCG--CGT---TC-G-AA-ATT-TT-AAATTCAA-GTGGA--TTA--TTGA-GTGAATCAA-------------------ATGTCCATTTTTCTATTGATCTTTTGTACTTTCCTTCTCTT----GGGTCGATG--------GAGCCAACAAT--GA---------------TTGC-TTT-TTCTGGTC-ATGACTatgttgcatgttcgatgattcgtcaacacgtagccccaagggtggtggtggtggggtacggttcatttcacacggagacgtcctcttattcaatgacataaaatatcatacggcttttacgttttcgcgttcgaaattttaaattcaagtggattattgagtgaatcaaatgtccatttttctattgatcttttgtactttccttctcttgggtcgatggagccaacaatgattgctttttctggtcatgact
gi|5 : aaaatatcatacgggcTAACC--GAATTTCA--TT-TTTTTT----TTTTCATTATTATCATTCTCCCAGCTGT-A----TACA------AGT-CCA--GT------A---ATC-T-GCCATAG-------------------CT-TGTTTGTTGCATGTTT--AATAACT----T-GTCAACATGT-----GC--TTGG---GG----------GGGGGTGG----------TGTG-GGTGTGT--G---------TCTT-----------TT-CA-ACGGTGGAGA--TCCT-------TTGT---GAA-TACATGGA----GAAATGTA-TCCT-GTTGGATATTCAG--CCGGAATT-ACCGGAGGTT--TC-A-AT-ATT-TT-GAGTTCCA-A-GAATGTTT--TTAAGG
gi|6 : T---TT--CT-TTTGTGATGCATGTTT--ATTGATTTATCC-ACCAACA-GTTGAACAC--GTAA---------------AGGGGGGG----------CG-G-G----GT--G---------TCAT-----------TTCCA-AAGGGGAAG---TCATC------TTATA-CAAT-TACATAAA----AA----TA-TCGT-GCGGGCT-TTCAC--C-----TT-TTTGA-GGTGAATC-A-AA-gt
gi|6 : gTTT--TTGAGGTGAATCAAACAAATC-----A-----CCAGACCA-TTTTCTCGTGATCTTTTGTATTTTCGTTCTCTT----GGGTCGATGGAGCATCCGAGCC-ACAAT--GA---------------TTGCTTTTTTTTTGGTcaaatcaccagaccattttctcgtgatcttttgtattttcgttctcttgggtcgatggagcatccgagccacaatgattgctttttttttggtgaag
gi|7 : gtttcttttgtgatgcatgtttattgatttatccaccaacagttgaacacgtaaagggggggcggggtgtcatttccaaaggggaagtcatcttatacaattacataaaaatatcgtgcgggctttcaccTA--GA-ACA-CACT-TTGGCT--GGTA--TTTCC-CAATTC-AA-AAACAACAAGAACGA--AAT--------GTTTG-----------C--ATTTGCAA---CAAGGTA-CACATTATA-AA---------------ACTTTATTTTAC----------AATTATTGTGTTTAA--C-------TAGC-TTTTTGAAAGGTCT--------------TC---C--TGAACC--GG-TATCA--AT-GTTTTGGA-ATTTTCATTTTTTTCAT-----CAACTGT-AC------------------------------ACATATTTT-GTTATTCTAT-------TT---TT--CT-TCTGTACTGCATGTTC--GATAAAT----C-GTCAACAgaag
gi|8 : CAT-----------TT-CA-ACGGAAATGA--TCCTCCTCAACTTGTT-TGAT-TACATGGA----AA----TA-TCCT-GCAGGTT-TTCAG--C-----TT-TTTT--GGTGC-TG-G-AG-ATT-TT-AAATTCCA-C-GGATTTTT--T--GGGCAAATCAAATAAATCAATGTA-----CA-GTCCA-TTTCCTCTTAATC--TTGAATGTTCCTCCTCTT----GGGTCAATG--------GAGCC-ACAAT--GATGTTTTTGTTTTGTTTTGG-TTTTTTCTGGTC-ATG
gi|9 : ttg--AACTTTGCTGTCCCTAACTTGATC-GTTCTTTCTAAAATT-AATGTAAAT-AAT------------------------------------GTCGACCTTAATGAAATATATTTTTAA--TTGCATTACTCTCTCCGGG-AAAACGAGTTCCCGTCT--TCGTGACGGAA-ATGTT--G--ACATC--T-CTGTCTAgatt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGAAATATTTTTTATCTGCAACAAGGAACACAAAATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTGTTCAACTAGCATTTCTACAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCGGTATTNATCT
Unaligned ( gi|13 ): NATCTGCAACAAGGAACACAAATATTAATAATTCTTTTGCAATGCATTTATCGTATTCAACTAGCATTTCTATAGCTTTTGAAAGATCTACAGGTACCG