lowQualScore                  :                         11111                                       111                           111    11111        222                                                      11111          1111111                        2222222222222222                         1111111                                  
lowQualScore                  :              3 88  3  3 77777  44 3   3 7777  3    3 777777   3  3  666 3  77  3 3   3    6666    111    55555    4   666  4   666    4  3    44   333 55555  1 1      1  1  5 55555 1 22   1 2222222   4444   22 888  1  1  0000000000000000  2    2 4  6 333 6   7  0000000   5  2  777777   55   33  3      
lowQualScore                  :              . ..  .  . .....  .. .   . ....  .    . ......   .  .  ... .  ..  . .   .    ....    ...    .....    .   ...  .   ...    .  .    ..   ... .....  . .      .  .  . ..... . ..   . .......   ....   .. ...  .  .  ................  .    . .  . ... .   .  .......   .  .  ......   ..   ..  .      
lowQualScore                  :              6 66  6  6 44444  66 3   3 6666  3    3 222222   3  3  888 5  99  3 6   6    9999    000    55555    0   999  0   333    0  1    88   555 00000  9 9      7  7  0 88888 7 33   7 4444444   3333   33 888  7  7  3333333333333333  2    2 2  3 777 3   5  6666666   0  5  222222   00   99  3      
consensus                     :      GCACGTGT-G--TG-CA-C-GAG-CA--T-ACA-T--GTGC-ACCA-T----GTGCA-TG-CA-C-ACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATG-ATG-C-AC-TAT--ATACT-GC-TTTA-TTTT---T-----TG-A-ATTGCG-AA-CT-G-----C-G--TTC-T---A---GAA--C-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-G-TG-A---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG
Reference ( gi|6 )            :      GCACGTGT-G--TG-CA-C-TAG-CA--T-ACA-T--GCGC-ACCA-T----GCGCA-TG-CA-T-ATGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATG-ATG-A-AC-TAT--ATACT-GT-TTTA-TTTT---T-----TG-A-ATTGCG-AA-CT-G-----C-G--TTC-T---A---GAA--T-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-G-TG-A---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG
gi|7                          :      GCACGTGT-G--TG-CA-C-GA--CA--T-ACATT--TTGC-ACCA-T----GTGCA-TG-CACC-ACGT--G--C-CAC-ATAC--ATTGTG---TATT-----AATG-ATGCA-AC-TAT---TACT-GT-TTCA--TTT---T-----TG-A-ATTGCG-AA-CT-G-----C-G--TTC-T---A---GAA--T-GCA--G---TT-CA-C---------T-------TG-AATA-G-TA-A---ATTTG-CG-------AACGTG-CG-------TCCAAAA--TCTTGATT
gi|3                          :      GCACGTGT-GG-TG-CAGCGTAA-CA--C--CA-T--GT-T-ACCA-T----GTACAGTGGCA-TCACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---T-TT-----AATG--TG-C-AC-TAT--ATAGT-GC-TTTA-TTTT---T-----TG-A-ATTGCG--A-CT-G-----CGG--TTC-T---A---GAA--TGGCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TGAAATA-G-TG-A---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAAAGTC-TGATT
gi|5                          : tgtgtGCACGTGT-G--TGGCA-C-GAG-CA--T-ACA-T--TTGC-ACCA-T----GTGCA-TG-C--C-ACGT--GC-C-CACCATAT--A-TGTG---TAAT-----AATGCCTGCA-GC-TAC---CACT-GCATCTG-TATT---T-----T--------------CT-G-----C-G---TC-T---A---GAA--T-GCA--G---TT-TAGCT------T-T-------TG-ACTATG-TG-AACGA-TTG-CGC------AACGTG-CGAAGTGCTTCC-AAA--TC-TGATT
gi|10                         :     aGCAC-TGT-GGTTG--A-C-GAGGCA--T-ACA-T--GTGC-ATTA-T----GTGCA-TG-CA-C-ACGT--GC-CTCAC-ATAT----TGTG---TATTTG---AATG-ACT-ATAA-TAT--ACGCTAAT-ATTA--TTT---T-----TG-A-ATTG
gi|8                          :      gCACGTGT-G--TG-CA-C-GAG-CA--T-ACA-T--GTGC-ACCA-T----GTGCA-TA-CA-C-ATGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATG-ATG-C-AC-GAT--ATGCT-GT-TTTATTTTT---T-----TG-A-ATTGCG-AA-CC-G-----C-G--TTC-T---A---GAA--T-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-A-TG-A---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------GTCCAAAA--TC-TAATggcga
gi|1                          :       CACGTGTTG--TG-CA-C-GA--CA--C-ACA-TTTGCCC-ACCA-T----GTACA-TG-CA-C-ACGTT-GC-C-CAC-AAATTAA-TGTGA--TATT-----AAGG-ATG-GCAC-TAT--A-AGT-GC-TTTA-TTTT---TGTGTTTGGA-ATTGGA-AA-CG-C-----C-G--TTCGT---A---GAA--T-GCA--G---TTTCA-CT------T-TGATTAGGTG-AACT-G-CG-A---AACTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATT
gi|18                         :       CACGTGT-A--TG-CA-T-GAG-CA--T-ACA-T--GTGC-ACCA-T----GTGAA-TG-CA-C-ACGT--GC-C-CAC-AT
gi|19                         :     gaCACGTGT-G--TG-CA-C-GAA-CT--T-ACA-T--TTGC-ACCA-T----GTGCA-TG-CA-C-ACGT--GC-
gi|9                          :         CGTGC-G--TG-CA-C-TTG-CA--T-ACA-C--GTGC-ACC----------------CA-C-ACGTTCGC-G-CAC-ATAT--A-TGAG---TATT-----AATG-AT-----C-TAT--ATACT-GC-TATA-TATTGTAT-----TG-A-ATTGCA-AA-CT-G-----C-G--TTC-----------------------------A-CT------T-T-------TG-AATA-G-TG-A---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--AC-TG
gi|4                          :           TGT-G--TG-CA-C-GAGACAAAC-ACA-T--TTGC-ACCAAT----GTACA-TG-CAAC-ACGT--GCGC-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATG-ATG-C-AC-TATGGATAGT-GC-TTTA-TTTT---T-----TG-A-ATTGCG-AA-CT-G-----C-G---TC-T---AAT-GAA--T-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-GCTG-A---ATTTG-CG-------AAC-TG-CG------
gi|2                          :            GT-G--CG-CA-C--AG-CA--TGACA-T--GTGCCACCA-T----ATGCA-CA-CAAC-ACGT--GC-C-CAA-ATAT--A-TGTGATATGTTGGGCAAATG-ATG-CTAC-TAT--ATAGT-GC-TT-A-TTTT---T-----TG-A-ATTGCG-AA-CT-G-----C-GGTTTC-T---A---GAA--T-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-GTTG-A---A-TTG-CGAACTGCAAAC-TG-CG------TTCC-AAA--TC-TGATTaaactggcgttccaa
gi|8                          :                      cgatgAG-CA--T-AT--C--GTGC-ATCA-TTAATACACA-T---A-T-ATGT--GG-G-CAC-ATGT--G-TATG---CAC-------ATG-GTG-C-ACATGT--ATGCT-
gi|14                         :                                                                                                                           cacgtgtgtgcacgT-TTCA-TTTT---C-----AA-A-AGTGC---A-CT-G-----C-G--TTC-T---A---GAA--T-GAA--A---TT--G-C------------------G-AATA-T-CA-A---A-TTT-CA-------AAT-TG-CG------TTCCAAAA--Tgttttatttttttgaattgcgaaccgcgttctagaatgcagttcacttttgaataatgaattgcgaactgcggtccaaaatctaat
gi|8                          :                                                                                                                               gaaatccattc-TTCA-TTAT---T-----CA-A-AA-GTG-AA-CT-G-----C-A--TTC-T---A---GAA--C-GCG--G---TT-CG-Caaaattgc
gi|7                          :                                     cacgtgtgtgcacgagcatacatgtgcaccatgtgcatacacatgtgcccacatatatgtgtattaatgatgcacgatatgctgttttatttttttgaatt-TTTA-CTAT---T-----CA-A----GTG-AA-CT-G-----C-A--TTC-T---A---GAA--C-GCA--G---TT-CG-CA------A-T-------TC-AAAA-A-TG-A---A-ttgcgaactgcggtccaaaatctaat
gi|16                         :                                                   gcacgtgtgtgcacgacatacattttgcaccatgtgcatgcaccacgtgccacatacattgtgtattaatgatgcaactattactgt-TTCA-ATCT---T-----TG-A-ATTTCG-AA-CT-G-----C-T--TTC-T---A---GAA--T-ACA--G---TT-CA-CT------A-T-------TG-AATA-G-TG-A---G-Ttttgcgaacgtgcgtccaaaatcttgatt
gi|13                         :                                                                                                                                                  TT---T-----TG-A-ATTGTG-AA-CT-GAACTGC-G--TTC-T---AACAGAA--C-GCA--AGTTTT-CA-TTAATGAAT-TG------TG-AATA-G-TGGA---A-ATGTCA-------AAC-TG-CG------TTC--AAA--TC-AAATT
gi|12                         :                                                                                                                                                  TT---T-----TG-A-ATTGTG-AA-CT-GAACTGC-G--TTC-T---AACAGAA--C-GCA--AGTTTT-CA-TTAATGAAT-TG------TG-AATA-G-TGGA---A-ATGTCA-------AAC-TG-CG------TTC--AAA--TC-AAATT
gi|11                         :                                                                                                                                                  TT---T-----TG-A-ATTGTG-AA-CT-GAACTGC-G--TTC-T---AACAGAA--C-GCA--AGTTTT-CA-TTAATGAAT-TG------TG-AATA-G-TGGA---A-ATGTCA-------AAC-TG-CG------TTC--AAA--TC-AAATT
gi|15                         :                                                                                                                                                  TT---C-----TG-A-ACTGAG-AA-CT-GT----C-G--T-C-T---G---GAC--G-ATA--G---AT-TA-CT------T-T-------TG-AATA-A-TG-A---A-CTG-TA-------AAT-TGTCG------TCC
gi|14                         :                                                                                                                                                   T---T-----TG-ATATT-CGCAA-TT-T-----C-A--TTC-T---A---GAA--C-GCA--G---TG-CA-CT------T-T-------TG-AA-A-A-TG-A---A-
gi|17                         :                                                                                                                                       gaaatccattctT---T-----TG-A-ATTTCG-AATCT-GT----C-T--TTC-T---A---GAA--T-ACAACG---TT-CA-CT------TAT-------TG-AATA-G-Ttttcaaattgcgttccaaaataaaattgc
gi|16                         :                                                                                                                                                   c---T-----TC-A-ATAGTG-AA-CT-G-----T-A--TTC-T---A---GAA--A-GCA--G---TT-Ctgagt
gi|21                         :                                                                                                                                              ttcaatctttgaatttc-A-ATTGCG-AA-CT-G-----C-G--TTC-C---A---AAA--T-tagtgagt
gi|2                          :                                                                                                                                                                     GTG-AA-CT-G-----C-A--TTC-T---A---GAAACC-GCA--G---TT-CG-Cttgattgc
gi|13                         :                                                          cgatggtgcgcacagcatgacatgtgccaccatatgcacacaacacgtgcccaaatatatgtgatatgttgggcaaatgatgctactatatagtgcttattttttgaatt-AA-CTTG-----C-G--TTC-TGTTA---GAA--C-GCA--G---TT-CA-GT------T-ttttgaatagttgaattgcgaactgcaaactgcgttccaaatctgatt
gi|12                         :                                                                                                                                                            ttttgaattgtg-AA-CTTG-----C-G--TTC-TGTTA---GAA--C-GCA--G---TT-CA-GT------T-ttcattaatgaattgtgaatagtggaaatgtcaaactgcgttcaaatcaaatt
gi|11                         :                                                                                                                                                            ttttgaattgtg-AA-CTTG-----C-G--TTC-TGTTA---GAA--C-GCA--G---TT-CA-GT------T-ttcattaatgaattgtgaatagtggaaatgtcaaactgcgttcaaatcaaatt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                   ttttgaattgtgA--G---TT-CA-CT------T-T-------TC-AATA-G-TG-A---A-TTT-CG-------AAC-CG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATttcattaatgaattgtgaatagtggaaatgtcaaactgcgttcaaatcaaatt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                       -TG-A---A-TTT-CG-------AAC-TG-CT------TTCTAGAA--T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                 ttcaatctt-A---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TT-TGATTGacagttcactattgaatagtgagt





Alignments
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lowQualScore                  :          . ..  .  .  . ..  .. .   . .   ..    .      .  .  .     ..  . .   .    .. .    ...    .....     .  ... .    ...      . .   ..   ... .....  .     .....    .   . . ..   . ... ..   .. .  .. ...  .  .  ................  .    . . .  ... .   .  .......   .  .  ......   ..   ..  .      
lowQualScore                  :          3 99  3  3  3 77  66 3   3 4   99    3      3  3  3     99  3 6   6    55 0    000    55555     0  666 0    333      3 3   77   111 99999  4     66666    5   0 5 44   5 111 44   11 5  22 444  4  4  1111111111111111  4    4 7 1  111 1   5  6666666   0  5  222222   99   99  1      
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Reference ( family-3647 )     :  GCACGTGT-G--TG-CA-CG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CTAT--ATACTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAC-G-CA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG
gi|1                          :   CACGTGTTG--TG-CA-CG-A--CA--C-ACA-TTTGCCCACCA-TGTACA-TG-CA-CACGTT-GC-C-CAC-AAATTAA-TGTGA--TATT-----AAGGA-TGGC-A-CTAT--A-AGTGC-T-TTA-TTTT---TGTGTTTGGAATTG-----GAAA-CGC-C-G--TTCGT---A--GAAT-G-CA--G---TTTCA-CT------T-TGATTAGGTG-AACT-G-C-GA---AACTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATT
gi|10                         :  GCAC-TGT-GGTTG--A-CG-AGGCA--T-ACA-TGTGC--ATTA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-CTCAC-ATAT----TGTG---TATTTG---AATGACTA-T-A-ATAT--ACGCTAA-TATTA--TTT---T-----TG-AATTG-----
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gi|15                         :                                                                                                                            gaaatccattctTT---C-----TG-AACTG-----AGAA-CTGTC-G--T-C-T---G--GA-C-GATA--G---AT-TA-CT------T-T-------TG-AATA-A-T-GA---A-CTG-TA-------AAT-TGTCG------TCCaaaattgc
gi|16                         :                                                                                                                               -T-TCA-ATCT---T-----TG-AATTT-----CGAA-CTG-C-T--TTC-T---A--GAAT-A-CA--G---TT-CA-CT------A-T-------TG-AATA-G-T-GA---G-T
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gi|18                         :  cCACGTGT-A--TG-CA-TG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGAA-TG-CA-CACGT--GC-C-CAC-ATtgagt
gi|19                         : gaCACGTGT-G--TG-CA-CG-AA-CT--T-ACA-TTTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-
gi|2                          :        GT-G--CG-CA-C--AG-CA--TGACA-TGTGCC-ACCA-TATGCA-CA-CAACACGT--GC-C-CAA-ATAT--A-TGTGATATGTTGGGCAAATGA-TG-CTA-CTAT--ATAGTGC-T-T-A-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-GGTTTC-T---A--GAAT-G-CA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-GTT-GA---A-TTG-CGAACTGCAAAC-TG-CG------TTCC-AAA--TC-TGATT
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gi|3                          :  GCACGTGT-GG-TG-CAGCGTAA-CA--C--CA-TGT-T--ACCA-TGTACAGTGGCATCACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---T-TT-----AATG--TG-C-A-CTAT--ATAGTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CG-A-CTG-CGG--TTC-T---A--GAATGG-CA--G---TT-CA-CT------T-T-------TGAAATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAAAGTC-TGATTc
gi|4                          :  tgtgtTGT-G--TG-CA-CG-AGACAAAC-ACA-TTTGC--ACCAATGTACA-TG-CAACACGT--GCGC-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CTATGGATAGTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G---TC-T---AATGAAT-G-CA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-GCT-GA---ATTTG-CG-------AAC-TG-CG------
gi|5                          :  GCACGTGT-G--TGGCA-CG-AG-CA--T-ACA-TTTGC--ACCA-TGTGCA-TG-C--CACGT--GC-C-CACCATAT--A-TGTG---TAAT-----AATGCCTG-C-AGCTAC---CACTGCAT-CTG-TATT---T-----T-----------------CTG-C-G--T-C-T---A--GAAT-G-CA--G---TT-TAGCT------T-T-------TG-ACTATG-T-GAACGA-TTG-CGC------AACGTG-CGAAGTGCTTCC-AAA--TC-TGATTaaactggcgttccaa
gi|6                          : aGCACGTGT-G--TG-CA-CT-AG-CA--T-ACA-TGCGC--ACCA-TGCGCA-TG-CA-TATGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-A-A-CTAT--ATACTGT-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-G-CA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG
gi|7                          :  GCACGTGT-G--TG-CA-CG-A--CA--T-ACATTTTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CACCACGT--G--C-CAC-ATAC--ATTGTG---TATT-----AATGA-TG-CAA-CTAT---TACTGT-T-TCA--TTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-G-CA--G---TT-CA-C---------T-------TG-AATA-G-T-AA---ATTTG-CG-------AACGTG-CG-------TCCAAAA--TCTTGATT
gi|8                          :   CACGTGT-G--TG-CA-CG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGCA-TA-CA-CATGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CGAT--ATGCTGT-T-TTATTTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CCG-C-G--TTC-T---A--GAAT-G-CA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-A-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------GTCCAAAA--TC-TAAT
gi|9                          :     CGTGC-G--TG-CA-CT-TG-CA--T-ACA-CGTGC--ACC------------CA-CACGTTCGC-G-CAC-ATAT--A-TGAG---TATT-----AATGA-T------CTAT--ATACTGC-T-ATA-TATTGTAT-----TG-AATTG-----CAAA-CTG-C-G--TTC---------------------------A-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--AC-TG





Alignments
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lowQualScore                  :          3 77  3  3  3 77  44 3   3 0   77    3      3  3  3     77  3 3   3    55 4    111    55555     8  888 4    666      3 3   44   444 55555  2     77777    2   5 2 33   2 333 33    2   33 222  2  2  5555555555555555  2    2 4 7  444 7   7  0000000   5  2  777777   33   33  3      
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lowQualScore                  :          3 99  3  3  3 77  66 3   3 4   99    3      3  3  3     99  3 6   6    55 0    000    55555     0  666 0    333      3 3   77   111 99999  4     66666    5   0 5 44   5 111 44    5   22 444  4  4  1111111111111111  4    4 7 1  111 1   5  6666666   0  5  222222   99   99  1      
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Reference ( family-3647 )     :  GCACGTGT-G--TG-CA-CG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CTAT--ATACTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG
gi|1                          :   CACGTGTTG--TG-CA-CG-A--CA--C-ACA-TTTGCCCACCA-TGTACA-TG-CA-CACGTT-GC-C-CAC-AAATTAA-TGTGA--TATT-----AAGGA-TGGC-A-CTAT--A-AGTGC-T-TTA-TTTT---TGTGTTTGGAATTG-----GAAA-CGC-C-G--TTCGT---A--GAAT-GCA--G---TTTCA-CT------T-TGATTAGGTG-AACT-G-C-GA---AACTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATT
gi|10                         :  GCAC-TGT-GGTTG--A-CG-AGGCA--T-ACA-TGTGC--ATTA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-CTCAC-ATAT----TGTG---TATTTG---AATGACTA-T-A-ATAT--ACGCTAA-TATTA--TTT---T-----TG-AATTG-----
gi|11                         :                                                                                                                                       gTT---T-----TG-AATTGTGAACTGAA-CTG-C-G--TTC-TAACA--GAAC-GCA--AGTTTT-CA-TTAATGAAT-TG------TG-AATA-G-TGGA---A-ATGTCA-------AAC-TG-CG------TTC--AAA--TC-AAATTggcga
gi|12                         :                                                                                                                                        TT---T-----TG-AATTGTGAACTGAA-CTG-C-G--TTC-TAACA--GAAC-GCA--AGTTTT-CA-TTAATGAAT-TG------TG-AATA-G-TGGA---A-ATGTCA-------AAC-TG-CG------TTC--AAA--TC-AAATT
gi|13                         :                                                                                                                                        TT---T-----TG-AATTGTGAACTGAA-CTG-C-G--TTC-TAACA--GAAC-GCA--AGTTTT-CA-TTAATGAAT-TG------TG-AATA-G-TGGA---A-ATGTCA-------AAC-TG-CG------TTC--AAA--TC-AAATT
gi|14                         :                                                                                                                               -T-TCA-TTTT---C-----AA-AAGTG-----C--A-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GAA--A---TT--G-C------------------G-AATA-T-C-AA---A-TTT-CA-------AAT-TG-CG------TTCCAAAA--T
gi|15                         :                                                                                                                            gaaatccattctTT---C-----TG-AACTG-----AGAA-CTGTC-G--T-C-T---G--GACG-ATA--G---AT-TA-CT------T-T-------TG-AATA-A-T-GA---A-CTG-TA-------AAT-TGTCG------TCCaaaattgc
gi|16                         :                                                                                                                               -T-TCA-ATCT---T-----TG-AATTT-----CGAA-CTG-C-T--TTC-T---A--GAAT-ACA--G---TT-CA-CT------A-T-------TG-AATA-G-T-GA---G-T
gi|17                         :                                                                                                                                         T---T-----TG-AATTT-----CGAATCTGTC-T--TTC-T---A--GAAT-ACAACG---TT-CA-CT------TAT-------TG-AATA-G-T-
gi|18                         :  cCACGTGT-A--TG-CA-TG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGAA-TG-CA-CACGT--GC-C-CAC-ATtgagt
gi|19                         : gaCACGTGT-G--TG-CA-CG-AA-CT--T-ACA-TTTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-
gi|2                          :        GT-G--CG-CA-C--AG-CA--TGACA-TGTGCC-ACCA-TATGCA-CA-CAACACGT--GC-C-CAA-ATAT--A-TGTGATATGTTGGGCAAATGA-TG-CTA-CTAT--ATAGTGC-T-T-A-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-GGTTTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-GTT-GA---A-TTG-CGAACTGCAAAC-TG-CG------TTCC-AAA--TC-TGATT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                           cgatgA--G---TT-CA-CT------T-T-------TC-AATA-G-T-GA---A-TTT-CG-------AAC-CG-CG------TTCCAAAA--TC-TGAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                            A---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TT-TGATTG
gi|3                          :  GCACGTGT-GG-TG-CAGCGTAA-CA--C--CA-TGT-T--ACCA-TGTACAGTGGCATCACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---T-TT-----AATG--TG-C-A-CTAT--ATAGTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CG-A-CTG-CGG--TTC-T---A--GAATGGCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TGAAATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAAAGTC-TGATTc
gi|4                          :  tgtgtTGT-G--TG-CA-CG-AGACAAAC-ACA-TTTGC--ACCAATGTACA-TG-CAACACGT--GCGC-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CTATGGATAGTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G---TC-T---AATGAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-GCT-GA---ATTTG-CG-------AAC-TG-CG------
gi|5                          :  GCACGTGT-G--TGGCA-CG-AG-CA--T-ACA-TTTGC--ACCA-TGTGCA-TG-C--CACGT--GC-C-CACCATAT--A-TGTG---TAAT-----AATGCCTG-C-AGCTAC---CACTGCAT-CTG-TATT---T-----T-----------------CTG-C-G--T-C-T---A--GAAT-GCA--G---TT-TAGCT------T-T-------TG-ACTATG-T-GAACGA-TTG-CGC------AACGTG-CGAAGTGCTTCC-AAA--TC-TGATTaaactggcgttccaa
gi|6                          : aGCACGTGT-G--TG-CA-CT-AG-CA--T-ACA-TGCGC--ACCA-TGCGCA-TG-CA-TATGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-A-A-CTAT--ATACTGT-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG
gi|7                          :  GCACGTGT-G--TG-CA-CG-A--CA--T-ACATTTTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CACCACGT--G--C-CAC-ATAC--ATTGTG---TATT-----AATGA-TG-CAA-CTAT---TACTGT-T-TCA--TTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-C---------T-------TG-AATA-G-T-AA---ATTTG-CG-------AACGTG-CG-------TCCAAAA--TCTTGATT
gi|8                          :   CACGTGT-G--TG-CA-CG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGCA-TA-CA-CATGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CGAT--ATGCTGT-T-TTATTTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CCG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-A-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------GTCCAAAA--TC-TAAT
gi|9                          :     CGTGC-G--TG-CA-CT-TG-CA--T-ACA-CGTGC--ACC------------CA-CACGTTCGC-G-CAC-ATAT--A-TGAG---TATT-----AATGA-T------CTAT--ATACTGC-T-ATA-TATTGTAT-----TG-AATTG-----CAAA-CTG-C-G--TTC--------------------------A-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--AC-TG





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Reference ( family-3647 )     :  GCACGTGT-G--TG-CA-CG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CTAT--ATACTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG
gi|1                          :   CACGTGTTG--TG-CA-CG-A--CA--C-ACA-TTTGCCCACCA-TGTACA-TG-CA-CACGTT-GC-C-CAC-AAATTAA-TGTGA--TATT-----AAGGA-TGGC-A-CTAT--A-AGTGC-T-TTA-TTTT---TGTGTTTGGAATTG-----GAAA-CGC-C-G--TTCGT---A--GAAT-GCA--G---TTTCA-CT------T-TGATTAGGTG-AACT-G-C-GA---AACTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATT
gi|10                         :  GCAC-TGT-GGTTG--A-CG-AGGCA--T-ACA-TGTGC--ATTA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-CTCAC-ATAT----TGTG---TATTTG---AATGACTA-T-A-ATAT--ACGCTAA-TATTA--TTT---T-----TG-AATTG-----
gi|11                         :                                                                                                                                       gTT---T-----TG-AATTGTGAACTGAA-CTG-C-G--TTC-TAACA--GAAC-GCA--AGTTTT-CA-TTAATGAAT-TG------TG-AATA-G-TGGA---A-ATGTCA-------AAC-TG-CG------TTC--AAA--TC-AAATTggcga
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gi|15                         :                                                                                                                            gaaatccattctTT---C-----TG-AACTG-----AGAA-CTGTC-G--T-C-T---G--GACG-ATA--G---AT-TA-CT------T-T-------TG-AATA-A-T-GA---A-CTG-TA-------AAT-TGTCG------TCCaaaattgc
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gi|18                         :  cCACGTGT-A--TG-CA-TG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGAA-TG-CA-CACGT--GC-C-CAC-ATtgagt
gi|19                         : gaCACGTGT-G--TG-CA-CG-AA-CT--T-ACA-TTTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-
gi|2                          :        GT-G--CG-CA-C--AG-CA--TGACA-TGTGCC-ACCA-TATGCA-CA-CAACACGT--GC-C-CAA-ATAT--A-TGTGATATGTTGGGCAAATGA-TG-CTA-CTAT--ATAGTGC-T-T-A-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-GGTTTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-GTT-GA---A-TTG-CGAACTGCAAAC-TG-CG------TTCC-AAA--TC-TGATT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                           cgatgA--G---TT-CA-CT------T-T-------TC-AATA-G-T-GA---A-TTT-CG-------AAC-CG-CG------TTCCAAAA--TC-TGAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                            A---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TT-TGATTG
gi|3                          :  GCACGTGT-GG-TG-CAGCGTAA-CA--C--CA-TGT-T--ACCA-TGTACAGTGGCATCACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---T-TT-----AATG--TG-C-A-CTAT--ATAGTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CG-A-CTG-CGG--TTC-T---A--GAATGGCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TGAAATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAAAGTC-TGATTc
gi|4                          :  tgtgtTGT-G--TG-CA-CG-AGACAAAC-ACA-TTTGC--ACCAATGTACA-TG-CAACACGT--GCGC-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CTATGGATAGTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G---TC-T---AATGAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-GCT-GA---ATTTG-CG-------AAC-TG-CG------
gi|5                          :  GCACGTGT-G--TGGCA-CG-AG-CA--T-ACA-TTTGC--ACCA-TGTGCA-TG-C--CACGT--GC-C-CACCATAT--A-TGTG---TAAT-----AATGCCTG-C-AGCTAC---CACTGCAT-CTG-TATT---T-----T-----------------CTG-C-G--T-C-T---A--GAAT-GCA--G---TT-TAGCT------T-T-------TG-ACTATG-T-GAACGA-TTG-CGC------AACGTG-CGAAGTGCTTCC-AAA--TC-TGATTaaactggcgttccaa
gi|6                          : aGCACGTGT-G--TG-CA-CT-AG-CA--T-ACA-TGCGC--ACCA-TGCGCA-TG-CA-TATGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-A-A-CTAT--ATACTGT-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG
gi|7                          :  GCACGTGT-G--TG-CA-CG-A--CA--T-ACATTTTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CACCACGT--G--C-CAC-ATAC--ATTGTG---TATT-----AATGA-TG-CAA-CTAT---TACTGT-T-TCA--TTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-C---------T-------TG-AATA-G-T-AA---ATTTG-CG-------AACGTG-CG-------TCCAAAA--TCTTGATT
gi|8                          :   CACGTGT-G--TG-CA-CG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGCA-TA-CA-CATGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CGAT--ATGCTGT-T-TTATTTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CCG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-A-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------GTCCAAAA--TC-TAAT
gi|9                          :     CGTGC-G--TG-CA-CT-TG-CA--T-ACA-CGTGC--ACC------------CA-CACGTTCGC-G-CAC-ATAT--A-TGAG---TATT-----AATGA-T------CTAT--ATACTGC-T-ATA-TATTGTAT-----TG-AATTG-----CAAA-CTG-C-G--TTC--------------------------A-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--AC-TG


blockSeqs                     :          . GT  G  G  T GG  AA G   T     C     A      G  G  A     TC  G T   C    .  T    ATA    GGGCA     C  CT  G    GGA      A A   TT   GTA .      .     TGAAC    T   T G GT   . AAC AT    G   AC GTT  .  G  AATGAATTG         A    T T G  ACG T   T  AACTGCA   G  T  AAGTGC   CA   AG  T
blockSeqs                     :          . G   .  .  . GA  .  .   .     .     .      .  .  T     .   . .   .    .  .    .      TG        C  CA  .    A        . .   T    .   .      .     TGAAC    .   T . .    . AAC .     .   .  GTT  .  .  AATGAATTG         .    . C G  .   T   T  C         G  .  .        CA   .   .
blockSeqs                     :          . .   .  .  . G   .  .   .     .     .      .  .  A     .   . .   .    .  .    .      .         .  T   .    A        . .   A    .   .      .     TGAAC    .   . . .    . AAC .     .   .  GTT  .  .  AATGAATTG         .    . . G  .   .   T  .         .  .  .        CA   .   .
blockSeqs                     :          . .   .  .  . A   .  .   .     .     .      .  .  C     .   . .   .    .  .    .      .         .  C   .    A        . .   T    .   .      .     .        .   . . .    . .   .     .   .  .    .  .  TAT               .    . . .  .   .   .  .         .  .  .        CA   .   .
blockSeqs                     :          . .   .  .  . G   .  .   .     .     .      .  .  .     .   . .   .    .  .    .      .         .  C   .    A        . .   T    .   .      .     .        .   . . .    . .   .     .   .  .    .  .  TT                .    . . .  .   .   .  .         .  .  .        CA   .   .
blockSeqs                     :          . .   .  .  . A   .  .   .     .     .      .  .  .     .   . .   .    .  .    .      .         .  C   .    A        . .   T    .   .      .     .        .   . . .    . .   .     .   .  .    .  .  AT                .    . . .  .   .   .  .         .  .  .        CA   .   .
blockSeqs                     :          . .   .  .  . G   .  .   .     .     .      .  .  .     .   . .   .    .  .    .      .         .  A   .    A        . .   T    .   .      .     .        .   . . .    . .   .     .   .  .    .  .  TT                .    . . .  .   .   .  .         .  .  .        CA   .   .
blockSeqs                     :          . .   .  .  . G   .  .   .     .     .      .  .  .     .   . .   .    .  .    .      .         .  C   .    .        . .   T    .   .      .     .        .   . . .    . .   .     .   .  .    .  .  TT                .    . . .  .   .   .  .         .  .  .        CA   .   .
blockSeqs                     :          . .   .  .  . G   .  .   .     .     .      .  .  .     .   . .   .    .  .    .      .         .  .   .    .        . .   T    .   .      .     .        .   . . .    . .   .     .   .  .    .  .  TT                .    . . .  .   .   .  .         .  .  .        C    .   .
blockSeqs                     :          . .   .  .  . G   .  .   .     .     .      .  .  .     .   . .   .                                                  . .   .    .   .      .     .        .   . . .    . .   .     .   .  .    .  .  TT                .    . . .  .   .   .  .         .  .  .        C    .   .
blockSeqs                     :          . .   .  .  . .   .  .   .     .     .      .  .  .     .   .                                                        . .   .    .   .      .     .        .   . . .    . .   .     .   .  .    .  .  TT                .    . . .  .   .   .  .         .  .  .        .    .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .   .      .     .        .   . . .    . .   .     .   .  .    .  .  TT                .    . . .  .   .   .  .         .  .  .        .    .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .   .      .     .        .   . . .    . .   .     .   .  .    .  .  TT                .    . . .  .   .   .  .         .  .  .        .    .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .   .      .     .        .   . . .    . .   .     .   .  .    .  .  TT                .    . . .  .   .   .  .         .  .  .                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .   .      .     .        .   . . .    . .   .     .   .  .    .  .  T                 .    . . .  .   .   .  .         .  .  .                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .   .      .     .                                     .  .    .  .  .                 .    . . .  .   .                                         


blockSeqCons                  :                        G*               **                       **             **      ***                 C**                              *****                                                            TT**************
originalCons                  :  GCACGTGT-G--TG-CA-CG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CTAT--ATACTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG
finalCons                     :  GCACGTGT-G--TG-CA-CG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TGC--A-CTAT--ATACTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CTTT--------------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG





Alignments
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lowQualScore                  :          3 77  3  3  3 77  44 3   3 0   77    3      3  3  3     77  3 3   3    55 4    111    55555     8  888 4    666      3 3   44   444 55555  2     77777    2   5 2 33   2 333 33    2   33 222  2  2  5555555555555555  2    2 4 7  444 7   7  0000000   5  2  777777   33   33  3      
lowQualScore                  :          . ..  .  .  . ..  .. .   . .   ..    .      .  .  .     ..  . .   .    .. .    ...    .....     .  ... .    ...      . .   ..   ... .....  .     .....    .   . . ..   . ... ..    .   .. ...  .  .  ................  .    . . .  ... .   .  .......   .  .  ......   ..   ..  .      
lowQualScore                  :          3 99  3  3  3 77  66 3   3 4   99    3      3  3  3     99  3 6   6    55 0    000    55555     0  666 0    333      3 3   77   111 99999  4     66666    5   0 5 44   5 111 44    5   22 444  4  4  1111111111111111  4    4 7 1  111 1   5  6666666   0  5  222222   99   99  1      
consensus                     :  GCACGTGT-G--TG-CA-CG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CTAT--ATACTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG
Reference ( family-3647 )     :  GCACGTGT-G--TG-CA-CG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CTAT--ATACTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG
gi|1                          :   CACGTGTTG--TG-CA-CG-A--CA--C-ACA-TTTGCCCACCA-TGTACA-TG-CA-CACGTT-GC-C-CAC-AAATTAA-TGTGA--TATT-----AAGGA-TGGC-A-CTAT--A-AGTGC-T-TTA-TTTT---TGTGTTTGGAATTG-----GAAA-CGC-C-G--TTCGT---A--GAAT-GCA--G---TTTCA-CT------T-TGATTAGGTG-AACT-G-C-GA---AACTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATT
gi|10                         :  GCAC-TGT-GGTTG--A-CG-AGGCA--T-ACA-TGTGC--ATTA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-CTCAC-ATAT----TGTG---TATTTG---AATGACTA-T-A-ATAT--ACGCTAA-TATTA--TTT---T-----TG-AATTG-----
gi|11                         :                                                                                                                                       gTT---T-----TG-AATTGTGAACTGAA-CTG-C-G--TTC-TAACA--GAAC-GCA--AGTTTT-CA-TTAATGAAT-TG------TG-AATA-G-TGGA---A-ATGTCA-------AAC-TG-CG------TTC--AAA--TC-AAATTggcga
gi|12                         :                                                                                                                                        TT---T-----TG-AATTGTGAACTGAA-CTG-C-G--TTC-TAACA--GAAC-GCA--AGTTTT-CA-TTAATGAAT-TG------TG-AATA-G-TGGA---A-ATGTCA-------AAC-TG-CG------TTC--AAA--TC-AAATT
gi|13                         :                                                                                                                                        TT---T-----TG-AATTGTGAACTGAA-CTG-C-G--TTC-TAACA--GAAC-GCA--AGTTTT-CA-TTAATGAAT-TG------TG-AATA-G-TGGA---A-ATGTCA-------AAC-TG-CG------TTC--AAA--TC-AAATT
gi|14                         :                                                                                                                               -T-TCA-TTTT---C-----AA-AAGTG-----C--A-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GAA--A---TT--G-C------------------G-AATA-T-C-AA---A-TTT-CA-------AAT-TG-CG------TTCCAAAA--T
gi|15                         :                                                                                                                            gaaatccattctTT---C-----TG-AACTG-----AGAA-CTGTC-G--T-C-T---G--GACG-ATA--G---AT-TA-CT------T-T-------TG-AATA-A-T-GA---A-CTG-TA-------AAT-TGTCG------TCCaaaattgc
gi|16                         :                                                                                                                               -T-TCA-ATCT---T-----TG-AATTT-----CGAA-CTG-C-T--TTC-T---A--GAAT-ACA--G---TT-CA-CT------A-T-------TG-AATA-G-T-GA---G-T
gi|17                         :                                                                                                                                         T---T-----TG-AATTT-----CGAATCTGTC-T--TTC-T---A--GAAT-ACAACG---TT-CA-CT------TAT-------TG-AATA-G-T-
gi|18                         :  cCACGTGT-A--TG-CA-TG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGAA-TG-CA-CACGT--GC-C-CAC-ATtgagt
gi|19                         : gaCACGTGT-G--TG-CA-CG-AA-CT--T-ACA-TTTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CA-CACGT--GC-
gi|2                          :        GT-G--CG-CA-C--AG-CA--TGACA-TGTGCC-ACCA-TATGCA-CA-CAACACGT--GC-C-CAA-ATAT--A-TGTGATATGTTGGGCAAATGA-TG-CTA-CTAT--ATAGTGC-T-T-A-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-GGTTTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-GTT-GA---A-TTG-CGAACTGCAAAC-TG-CG------TTCC-AAA--TC-TGATT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                           cgatgA--G---TT-CA-CT------T-T-------TC-AATA-G-T-GA---A-TTT-CG-------AAC-CG-CG------TTCCAAAA--TC-TGAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                            A---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TT-TGATTG
gi|3                          :  GCACGTGT-GG-TG-CAGCGTAA-CA--C--CA-TGT-T--ACCA-TGTACAGTGGCATCACGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---T-TT-----AATG--TG-C-A-CTAT--ATAGTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CG-A-CTG-CGG--TTC-T---A--GAATGGCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TGAAATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAAAGTC-TGATTc
gi|4                          :  tgtgtTGT-G--TG-CA-CG-AGACAAAC-ACA-TTTGC--ACCAATGTACA-TG-CAACACGT--GCGC-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CTATGGATAGTGC-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G---TC-T---AATGAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-GCT-GA---ATTTG-CG-------AAC-TG-CG------
gi|5                          :  GCACGTGT-G--TGGCA-CG-AG-CA--T-ACA-TTTGC--ACCA-TGTGCA-TG-C--CACGT--GC-C-CACCATAT--A-TGTG---TAAT-----AATGCCTG-C-AGCTAC---CACTGCAT-CTG-TATT---T-----T-----------------CTG-C-G--T-C-T---A--GAAT-GCA--G---TT-TAGCT------T-T-------TG-ACTATG-T-GAACGA-TTG-CGC------AACGTG-CGAAGTGCTTCC-AAA--TC-TGATTaaactggcgttccaa
gi|6                          : aGCACGTGT-G--TG-CA-CT-AG-CA--T-ACA-TGCGC--ACCA-TGCGCA-TG-CA-TATGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-A-A-CTAT--ATACTGT-T-TTA-TTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--TC-TGATTG
gi|7                          :  GCACGTGT-G--TG-CA-CG-A--CA--T-ACATTTTGC--ACCA-TGTGCA-TG-CACCACGT--G--C-CAC-ATAC--ATTGTG---TATT-----AATGA-TG-CAA-CTAT---TACTGT-T-TCA--TTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CTG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-C---------T-------TG-AATA-G-T-AA---ATTTG-CG-------AACGTG-CG-------TCCAAAA--TCTTGATT
gi|8                          :   CACGTGT-G--TG-CA-CG-AG-CA--T-ACA-TGTGC--ACCA-TGTGCA-TA-CA-CATGT--GC-C-CAC-ATAT--A-TGTG---TATT-----AATGA-TG-C-A-CGAT--ATGCTGT-T-TTATTTTT---T-----TG-AATTG-----CGAA-CCG-C-G--TTC-T---A--GAAT-GCA--G---TT-CA-CT------T-T-------TG-AATA-A-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------GTCCAAAA--TC-TAAT
gi|9                          :     CGTGC-G--TG-CA-CT-TG-CA--T-ACA-CGTGC--ACC------------CA-CACGTTCGC-G-CAC-ATAT--A-TGAG---TATT-----AATGA-T------CTAT--ATACTGC-T-ATA-TATTGTAT-----TG-AATTG-----CAAA-CTG-C-G--TTC--------------------------A-CT------T-T-------TG-AATA-G-T-GA---A-TTG-CG-------AAC-TG-CG------TTCCAAAA--AC-TG