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consensus : GTGGCGGATCC--A--GGAA--TTTCA-T---------AA-CGG--GG----G---------GG----G-----GGGC---CGGT-AGAA----GG-------CAGGG--------GGTCTCA--G--------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-T-C-CAG--G-G--CAA-----AG---------C----------------C-CCCGG------A---AG-CTGA-CG-----A--ATTC-T-TACAAACA-A-GAG--G-T-G------N-----T-TT-------A-T-T----AN--T--A-----AAT-GCTTGTTG---TACAA-A--CA----A-AAT-----TT---C----N----A--------N----A------A---A--A--AT---TC-A-A-A------------CGGG--G---GGG-G---GGG-GG---GGGGTGG--AN----C-GGCGCTGGATCC
Reference ( gi|6 ) : GTGGCAGATCC--T--GGAA--CTTCA-T---------AA-TGG--GG----G---------GG----GCAT--GGGC--ATGGT-AGAA----GG-------CAGGG--------GGTCTCA--G--------TTG--A----AGTT-C-CC-AG----TGGG-T-A-CAG--G-G--CAA-----AG---------C----------------C-CCTGG------A---AG-CTGG-CA-----A--ATTC-T-TACAAACA-A-GAG--G-T-G------G-----T-TT-------A-C-T----AG--C--A-----AAT-GCTTGTTT---TACAA-A--CA----A-AAT-----TT---C----C----A--------C----A------A---A--A--AT---TT-A-A-A------------CGGG--A---GGG-G---GGG-GG---GGGGTGA--AA----C-AGCGCTGGATCC
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gi|8 : aGCGGCGGATCCAGT--GGAA--TTTCC-G---------AA-GGC--GG----G---------TGTTGTGCTTTTGGGT-----GT-AAAA----GG-------C------------TGTCTTA--G-------------A----GGAT-C----AG----TGGG-T-C-CAG--G-G--AAA-----GA---------C----------------C-CCCGG------A---AG-CTGA-CG-----A--ATTC-T-TACAAACC-A-GAG----------------------------------------------A-----AAT-GCTTTGTG---TACAA-C--CA----A-AA---------------------AAAAAAAACC----A------A---AC-A--AT---TC-A-A-A------------CGGG--G---GGG-G---GGG-GGGGTGGGGTCAC-GC----C-GGCGCTGGATCatc
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gi|41 : tgcc--A----AGCA-C-CC-AG----TGGG-T-C-CAG--G-G--CAA-----AG---------C----------------C-CCCTG------A---Aca
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gi|43 : -G--CAA-----AG---------T----------------T-CCCGG------A---AG-CTGC-CA-----A--ATTT-T-TACAAGCA-A-GAG--G-T-G------T-----T-TT-------gatgtgaatgggg
gi|35 : a-G--CAA-----CT---------C----------------C-CC--G------A---AA-CTGC-CG-----A--ATTC-T-TACAAACA-A-GAG--G-T-A------T-----T-TT---------C-TTTTAAC--C--A-----AAT-GCTTGTTG---TA
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gi|32 : ACAAACA-A-GAG--T-T-T------T-----T-TT---------T-T----AATTC--------AAT-GCTTGTTG---TACAA-A--CG----A-AAT-----TT--------G----A--------A----A------C---A--A--AT---TT-C-A-A------------GGGG--G---GGG-G---ag
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gi|31 : ACAAACA-A-GAG--G-T-T------T-----T-TT-------T-T-TTA--AT--T--A-----AAT-GCTTGT------ACGA-A--CA----A-AAT--------------------A-------------A------A---A--A--ATAA-TC-A-T-A------------CGGG--A---TGG-G---GGT-TG---GGGGTGG--A
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gi|18 : t-----AATCGCTT--TG---TACAT-A--GA----T-AAT-----TT---T----TTTA-A--------G----A------A---A--A--AT---CT-A-C-A------------CGGGGTA---GGG-GTGGGGGTGG---GGGGTAA--AA------AGTGTTGggcct
gi|38 : gggggggggttttgaagtggaatcttcagaatcggaggggggggggggTGTTA---TACAA-A--CA----A-AAT-----TT---CAA--CA---A--------C----A------A---A--AACAT---TC-A-A-A------------CGGG--G---AGG-tttcc
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|46 ): ACAAACTCTAAGTAAAAAAGTGAATTAGTTTTAATAGCAGT
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lowQualScore : . . .... . .. .................... .. .... ........ ... .................................................................................................... .. .... . . . .. .... . . .. ..................................... . .......... ... . . .. ..... . . . ....... .............. ............................ .. . . . .... . .... . ................................................... .... .. . . . ............ ... . .. .................... . .
lowQualScore : 2 2 5555 2 00 22222222222222222222 88 2222 33333333 777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 9999 0 6 8 77 9999 9 8 55 4444444444444444444444444444444444444 4 3333333333 111 2 2 66 99999 2 1 4 5555555 88888888888888 6666666666666666666666666666 77 2 2 2 6666 2 7777 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666 9999 22 4 4 5 444444444444 777 6 11 77777777777777777777 9 6
consensus : GTGGCGGATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C---CG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-GAG-G-----T-G------N-----TTT-------A---TT-------A-T-----TAAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--N---A----NA------A--------A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGGG-GGGGGGGG--GGTG---------G----A----CC-GGCG-CTGGATCC
Reference ( family-36 ) : GTGGCGGATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C---CG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-GAG-G-----T-G------N-----TTT-------A---TT-------A-N-----TAAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--N---A----NA------A--------A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGGG-GGGGGGGG--GGTG---------G----A----NC-GGCG-CTGGATCC
gi|1 : GTGGTGGATCAC-A-G--GGAA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----GCGCTTGTAGGN---NNN--N---NN-----------NN----N-N-NN--------N----------------N-NNNNN--------N-NNN---------NNN--N--------NNN--N----NNNN-N-NN-NN----NNNN-NN-NNN--N-N---NNNNNTAA-----AGC----------------C-CCAC--------A---TG-TTAA-C--G-----AATTC-TTACAACCA-A-GAGTG-----T-G------T-----TTT----------------------------TAAA-------------GT----ACAA-ACA----A-CAT-----TT------C--A---A----AA------AACAAAAATA--------A----AT--TA-A-A-ACAGGGGAAGGGTGGG---GGGGTGGGGGGGG--GGTT---------G----G----CCAAGCG-CTGGATTC
gi|10 : agatcaGTAGC--ATC-C-A-A--G-AAA-TTTCC-C--A--------------GG--GG----G--------GGG---CGG--G---CG-----------CT----A-GCAA--------GTCTATATGAAACCGGAG-CAAGG--------GCGGC----------AA--GAAATGCC-TTG--A----AGCC-C-CT-AGCTGATGGA-TCACAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGG------G---AA-CTGATC--G-----AA-TC-TTACCAACA-ACGAG-G-----T-ATT----G-----TTT-------AC--TT-------A-T-----TGAA--T-GC--TG---GA----ACCA-A-A----A-AAT-----TT------
gi|11 : cagttgGTGGCGGATC-C-A-T--G-AA--CTTCA-A--AAA------------AA--GG----G--------TGG---GGG--T----------------------------------------------------------GG--------G-GTT---------TAGATG--------TAG--A----AGCC-------------GGG-TC-CAG--G-GGG-C-----GA-----AGC----------------T-AC-CAG------A---AG-CCGA-C--G-----AATTA-T---------------G-----T-A------T-----TTT-------T---TTTCTTTCAA-T-----CAAA--T-GT-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--A---A----AAAG----A--------A--------A----AT--TC-A-A-AT-----------------GGGG-GAGGGGGG--CGT--------------------CC-GGCG-CTGGATC
gi|12 : aGTGGTGTATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-----ACAAAAAAAAAAGGGG--GG----G--------GGG---GGG--G---GG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-C---------------CC---------CCA--A-------------A----AGCC-C-AC-------TGGG-CT--------------------------GC----------------C-TT-TGG------GTCCAG-CTGA----G-----AATTC-GTACAAACA---------------G------A-----CTA-------A---CTGA-----A-G-----TAAA--T-GC-TTG-TTGT----ACTA-TCA----A-AAT-----AT------C--A---ACAACAA------A--------A--------A----ATAATA-A-A-AC-----------GAG---TGGG-GGTGG
gi|13 : caGATC-C-A-T--G-GA--TTTCA-G--AAC------------GG--GGA---G--------GGG---GGG--CGGACG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAAGA--------G-TTT---------ACG--ACTGCC---TTG--A----AGCC-C-CA-AG----TGGG-TC-C------------------------------------------------------------AG-CTGA-T--G-----AATTC-TTACAAGCA-A-GAG-G-----T-GT-----G-----CGT-------A---TTTCA----A-G-----TAAA--T-GC-TTG-TT-T----GCAT-ACA----A-A----------------------A----AA------A--------A--------A----AT--a
gi|14 : ----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TAA--G--------TTGC-ATTGTAGCC-C-CA-AG----TGGA-TC-CAG--G-----------------------------------------------------------TGA-C--T-----AATTC-TTACAAACA-A-GGG-G-----T-G------A-----TTT-------T---TTTTTA---A-T-----CAAA--A-GC-----TTGT----ACAG-ACA----ATTGT-----TT------T--T---A----GA------A--------A--------A----AT-----A-ACAC-----------GGG---GTAG-GGGTGGGG--Gctagcagcgccagcgctggatccgcc
gi|15 : ggggaatgaagatgggaatttcGTGGCGGATC-C-A-G--A-AA--TTTCA-T--AAC------------CC--GG----G--------GGG---GGG--T----------------GT----A-G-AA--------G-------------------------------------------------------------G--A----AG---------------GGA-TC-TGG--G-G-----------------GC----------------------GG------A---AG-TTGA-C--A-----A--------CAGA-A-A-GTG-T-----T-G------G-----TTT-------T---TTTTA----A-T-----TAAA--T-GA-T-G-TTGT----GCAA-GCA----A-AA---------------------------------------------------------AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGTG-GGG----------C---------G----A----GC-GGCG-CTGGATCC
gi|16 : aA-----AGC----------------C-CC-AAA------A---CGACTGA-C--ACTCGAAATTC-TTACAAACGTA-AAG-G-----TGG------G-----TGT-------A---TT---------------------T-AC-TTG-TT-T-----CAA-ACA----A-AAA-----TT------CTTC---A----TACCCAACA--------A--------A----ATC-TA-A-A-AC-----------GGG---CATG-AGAGGACG--AGCGCCCCGGCACG----G----CC-GGCG-C-GGATCCgc
gi|17 : G------G---AG-CTGA-C--G-----AATTC-T-ACAAATA-A-GAG-G-----C-G------GGATTTTTT-------A---TT-------A-T-----TAAA--T-TT-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAG---C--A---A----GA------G--------A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGGATTGGGA-AGGGGGGA--GGAG---------G----AGCGCCC-GGCG-CTGAATCCgccgtttg
gi|18 : AA--TCGC-TT---TGT----ACAT-AGA----T-AAT-----TT------T--TTTAA----GA------A--------A--------A----AT--CT-A-C-AC------------GG---GGTA-GGGGTGGG--GGTG---------G----gc
gi|19 : gggggggggttttgaagtggaatcttcagaatcggaggggggggggggGTGGTGGATC-C-A-G--G-AA--TGTCC-A--AAG------------GGAAGG----G--------GGG---GGG--CG--CA-----------GT----A-G-AA--------G----------------A-TTGGA--------G-GGC---------TAA--GGGAATGCCTTG--A----AGCC-C-GT-AG----TGGG-TC-CAG--A-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGA------A---AG-CTGA-T--G-----AATTC-TTAggggtaaaaagtgttgtttcc
gi|2 : caGTGGCGGATC-CTA-A--A-AA--TTTTC-TTAAAC------------GG--GGTTCTG--------GAG---AGG--G---GA-----------GT----A-G-AAAAGGTCAGG----------------GTCAGGA--------G-GCC---------TCC--GA-------TTG--A----AGGC-CGCT-AG----TGGGATC-CAG--GTA---T-----AA-----AGCGCATTGCTGTAGATGTC-TC-AGGC-----A---AG-CTGA-CATG-----GATTC-TCTGAAATA-A-GAG-AAGGTTT-T------T-----TTT-------ACTTTT-------A-T-----CAAA--T-GC-TTG-CTGT----ACAAGACA----A-AATACTAGTA------T--T---A----AA------A--------A--------A----TC--TC-A-A-AC-----------GGG---GAGG-
gi|20 : a----------------C-CC-CCA------A---AA-CTAA-C-----------TC-TTACAAA-A-A-CAG-T-----T-A------T-----TTT-------T---TTCTA----A-G-----TAAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAACAAC--A---A----CA------A--------A--------A----AT--TC-A----------------GGG---GTGG-GGG
gi|21 : ggcagggagtttgat-----AA-----AGC----------------C-TC-TGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATTC-TTCCAAACA-A-GAG-G-----T--------A-----TAT-------C---TTGAA----A-G-----TAAA--T-GC-TTG-CTGT----ATAA-ACA----A-TAT----------------A---A----TA------A--------AAT------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---GGTG-GGGTGGGG--ctggat
gi|22 : GGCAGATC-C-A-G--G-AA--TTTGT-T--A--------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C------------------------G-AAATTC----G----------------G-CGAGG--------G-GTA---------TCA------------TA--A----GGTC-C-CC-AG----CGGG-TC-GAA--G-ACCCC-----CC-----CCC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AGTTT-Tat
gi|23 : ggG--G-G---C-----AA-----AGC----------------G-CC-CTG------A---AG-CTGA-C--A-----AATTG-TTACAAACA-A-GAG-A-----T-G--------------T-------A---TT---------T-----TAAT--T-GTATTG-TTGT----ACAA-AC---------T-----TT------T--T---T----TA------A--------A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---G
gi|24 : ------A---AG-CTGA-C--A-----AATTC-TTACAAAGA-A-GAG-------T-G------A-----TTT------------T-------A-G------GGG--T-AT-TTA-TTA-------AA-ACA----ACAAT-----TG------A--A---A----AA------A--------A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---AGGG-GGGGGAGG--GTTG---------G----A----TC-CGCatgtgaatgggg
gi|25 : --------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--------------------------------------------------------------TGT-C--G-----AAATC-CTACAAACA-A-G-G-T-----T-A------T-----TTT-------AAA-TT-------T-G-----AAAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--G---AG---AA------A--------A--------A----AT--TC-A-c
gi|26 : tgccGTGGCGGATC-C-A-T--G-AA--TTTTA-T--AA---------------------------------GG---GGG-------G-----------AT----A-G-AA--------G----------------G-CAG----------------------------------------------------------------TGGG-TC-TGG--G-G---------AC-----TGC----------------C-TT---A------A---AG-CTGA-C--G-----AATTT-TTATAAGCA-A-GAG-G-----T-T------C-----TT
gi|27 : ccttcaG-CTGA-C--G-----AATTC-TTACAAATT-A-AAA-A-----C-A------T-----TTT-------T---TT-------AGT-----TAAA--T-GT-TCG-TTAT----AAAT-TCA----A-TAT-----TT---------A---A----AA------A--------A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------CGG---GGGG-GGGGGGGG--
gi|28 : aggG------A---AG-CACA-A--G-----GATTC-TTACAAAAA-G-GAG-G-----T-T------T-----TTT-------A---TC-------A-TCATTTTAAA--T-GC-TTG-TTGTTTAAACAA-AAA----A-AA-------T------G--G---A----AAT-----A--------A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------AG
gi|29 : ccttGGCGGATC-C-A-A--G-AA--CTTCC-G--AAT------------GG--GA----T--------GGC---G--------CG-----------GTTTG-G-G-AACT------G----------------A-C---------------TT---------TC-------------TG--A----AGCC-C-CC-AG-----GGG-TC-CAGAGG-G---C-----GA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CT
gi|3 : caacGTGGCGGATC-C-A-C--G-AG--ATTTA-T--AAT------------GG--GG----GTGG-----GGG---GGG--T---GG-----------GTGGTTA-G-AA--------G----------------GACAGGGAGGCCGGGG-GGC---------TGG--GGGGTGGC-CTG--A----AGCC-C-CCCAG----GGGG--A-CAG--G-G---T-----GGGGAGTAGC----------------C-CC-TGG------A---AG-CTGG-A--A-----AATTC-TTACAAA-----GAG-G-----T-T------T-----TTT-------T---TTT------A-T-----TAAA--T-GC-TTG-TTAT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAA---C--C---A----TA------A--------AAT------A----AT--TC-A-A-AC-----------------GGGG-GTGTGGGG--GGTG---------G----A----TC-
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gi|32 : ACAAACA-A-GAG-T-----T-T------T-----TTT-------T---TA-------A-T-----TCAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACG----A-AAT-----TT------G--A---A----AC------A--------A--------A----TT--TC-A-A--------------GGG---GGGG-GG
gi|33 : -----TAAA--T-GC-TTG-CTGT----ACAA-ACA----A-AAT----------------A---A----TA------A--------A--------A----AA--AT-A-A-GC-----------GGG---GGGT-AGGTGGGG--GGTG---------GGC--G----CC-GGCG-CTGGGTCaccaggcccagg
gi|34 : -----AGC----------------C-CC-TGGTCGGTCC---AG-TTGA-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-GG------------------------TT-------A---TT-------A-T-----Tggcct
gi|35 : ggatctagcggctgtcctgt-G---C-----AA-------C----------------T-CC-CCG------A---AA-CTGC-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-GAG-G-----T-A------T-----TTT-------C---TTTTA----A-C-----CAAA--T-GC-TTG-TTGT----Attttatcaga
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gi|38 : TG-TTAT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--A---A----CA------AC-------A--------AAAACAT--TC-A-A-AC-----------GGG---GAGG-
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gi|4 : GTGGCAGATC-C-ATG--G-AAACTTTCAAT--AAT------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C---AT-----------GT----AAG-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTGGGA----AGTTTC-CC-AG----TGGG-TAACAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------CGCC-TGG------A---AG-CTG--C--A-----AATTC-CTTCAAACA-AAGAGCG-----T-G------GG----TTT-------A---CT-------A-G-----CAAA--T-GC-T-G-TTTT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--C---A----CA------A--------A--------A----AT--TTAA-A-AC-------------G---GAGG-GGGGGGGG--GGTG---------A----A----AC-AGCG-CTGGATTCgcaag
gi|40 : aAC------------GG--GA----G--------GGG---AGG-------G-----------GTT---A-G-AA--------A----------------G-CAGGG--------G-GTCCGTGGGCTGTC------------TTG--A----AGCC-C-CA-AG----cacc
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gi|9 : a--G-----AATTC-TTACAAGCA-A-GAG-G-----T-GGGCGTCG-----TTTTTTTAAAA---TA-------A-G-----TAAA--T-GC-TTGTTTGT----ACCT-AAA----A-AAT-----CT------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|46 ): ACAAACTCTAAGTAAAAAAGTGAATTAGTTTTAATAGCAGT
Alignments
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consensus : GTGGCGGATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C---CG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-GAG-G-----T-G------N-----TTT--N---TT-------A--T-----T---AAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--N---A----NA------A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGGG-GGGGGGGG--GGTG---------G----A----CC-GGCG-CTGGATCC
Reference ( family-36 ) : GTGGCGGATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C---CG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-GAG-G-----T-G------N-----TTT--A---TT-------A--T-----T---AAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--N---A----NA------A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGGG-GGGGGGGG--GGTG---------G----A----CC-GGCG-CTGGATCC
gi|1 : GTGGTGGATCAC-A-G--GGAA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----GCGCTTGTAGGN---NNN--N---NN-----------NN----N-N-NN--------N----------------N-NNNNN--------N-NNN---------NNN--N--------NNN--N----NNNN-N-NN-NN----NNNN-NN-NNN--N-N---NNNNNTAA-----AGC----------------C-CCAC--------A---TG-TTAA-C--G-----AATTC-TTACAACCA-A-GAGTG-----T-G------T-----TTT------------------------T---AAA-------------GT----ACAA-ACA----A-CAT-----TT------C--A---A----AA------A-ACAAAAATAA----AT--TA-A-A-ACAGGGGAAGGGTGGG---GGGGTGGGGGGGG--GGTT---------G----G----CCAAGCG-CTGGATTC
gi|10 : agatcaGTAGC--ATC-C-A-A--G-AAA-TTTCC-C--A--------------GG--GG----G--------GGG---CGG--G---CG-----------CT----A-GCAA--------GTCTATATGAAACCGGAG-CAAGG--------GCGGC----------AA--GAAATGCC-TTG--A----AGCC-C-CT-AGCTGATGGA-TCACAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGG------G---AA-CTGATC--G-----AA-TC-TTACCAACA-ACGAG-G-----T-ATT----G-----TTT--AC--TT-------A--T-----T---GAA--T-GC--TG---GA----ACCA-A-A----A-AAT-----TT------
gi|11 : cagttgGTGGCGGATC-C-A-T--G-AA--CTTCA-A--AAA------------AA--GG----G--------TGG---GGG--T----------------------------------------------------------GG--------G-GTT---------TAGATG--------TAG--A----AGCC-------------GGG-TC-CAG--G-GGG-C-----GA-----AGC----------------T-AC-CAG------A---AG-CCGA-C--G-----AATTA-T---------------G-----T-A------T-----TTT--T---TTTCTTTCAA--T-----C---AAA--T-GT-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--A---A----AAAG----A-A--------A----AT--TC-A-A-AT-----------------GGGG-GAGGGGGG--CGT--------------------CC-GGCG-CTGGATC
gi|12 : aGTGGTGTATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-----ACAAAAAAAAAAGGGG--GG----G--------GGG---GGG--G---GG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-C---------------CC---------CCA--A-------------A----AGCC-C-AC-------TGGG-CT--------------------------GC----------------C-TT-TGG------GTCCAG-CTGA----G-----AATTC-GTACAAACA---------------G------A-----CTA--A---CTGA-----A--G-----T---AAA--T-GC-TTG-TTGT----ACTA-TCA----A-AAT-----AT------C--A---ACAACAA------A-A--------A----ATAATA-A-A-AC-----------GAG---TGGG-GGTGG
gi|13 : caGATC-C-A-T--G-GA--TTTCA-G--AAC------------GG--GGA---G--------GGG---GGG--CGGACG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAAGA--------G-TTT---------ACG--ACTGCC---TTG--A----AGCC-C-CA-AG----TGGG-TC-C------------------------------------------------------------AG-CTGA-T--G-----AATTC-TTACAAGCA-A-GAG-G-----T-GT-----G-----CGT--A---TTTCA----A--G-----T---AAA--T-GC-TTG-TT-T----GCAT-ACA----A-A----------------------A----AA------A-A--------A----AT--a
gi|14 : ----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TAA--G--------TTGC-ATTGTAGCC-C-CA-AG----TGGA-TC-CAG--G-----------------------------------------------------------TGA-C--T-----AATTC-TTACAAACA-A-GGG-G-----T-G------A-----TTT--T---TTTTTA---A--T-----C---AAA--A-GC-----TTGT----ACAG-ACA----ATTGT-----TT------T--T---A----GA------A-A--------A----AT-----A-ACAC-----------GGG---GTAG-GGGTGGGG--Gctagcagcgccagcgctggatccgcc
gi|15 : ggggaatgaagatgggaatttcGTGGCGGATC-C-A-G--A-AA--TTTCA-T--AAC------------CC--GG----G--------GGG---GGG--T----------------GT----A-G-AA--------G-------------------------------------------------------------G--A----AG---------------GGA-TC-TGG--G-G-----------------GC----------------------GG------A---AG-TTGA-C--A-----A--------CAGA-A-A-GTG-T-----T-G------G-----TTT--T---TTTTA----A--T-----T---AAA--T-GA-T-G-TTGT----GCAA-GCA----A-AA--------------------------------------------------AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGTG-GGGCGAG---------------------------C-GGCG-CTGGATCC
gi|16 : aA-----AGC----------------C-CC-AAA------A---CGACTGA-C--ACTCGAAATTC-TTACAAACGTA-AAG-G-----TGG------G-----TGT--A---TT-------------------------T-AC-TTG-TT-T-----CAA-ACA----A-AAA-----TT------CTTC---A----TACCCAACA-A--------A----ATC-TA-A-A-AC-----------GGG---CATG-AGAGGACG--AGCGCCCCGGCACG----G----CC-GGCG-C-GGATCCgc
gi|17 : G------G---AG-CTGA-C--G-----AATTC-T-ACAAATA-A-GAG-G-----C-G------GGATTTTTT--A---TT-------A--T-----T---AAA--T-TT-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAG---C--A---A----GA------G-A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGGATTGGGA-AGGGGGGA--GGAG---------G----AGCGCCC-GGCG-CTGAATCCgccgtttg
gi|18 : AA--TCGC-TT---TGT----ACAT-AGA----T-AAT-----TT------T--TTTAA----GA------A-A--------A----AT--CT-A-C-AC-----------GGG---GTAG-GGGTGGGG--G-TG---------G----gc
gi|19 : gggggggggttttgaagtggaatcttcagaatcggaggggggggggggGTGGTGGATC-C-A-G--G-AA--TGTCC-A--AAG------------GGAAGG----G--------GGG---GGG--CG--CA-----------GT----A-G-AA--------G----------------A-TTGGA--------G-GGC---------TAA--GGGAATGCCTTG--A----AGCC-C-GT-AG----TGGG-TC-CAG--A-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGA------A---AG-CTGA-T--G-----AATTC-TTAggggtaaaaagtgttgtttcc
gi|2 : caGTGGCGGATC-CTA-A--A-AA--TTTTC-TTAAAC------------GG--GGTTCTG--------GAG---AGG--G---GA-----------GT----A-G-AAAAGGTCAGG----------------GTCAGGA--------G-GCC---------TCC--GA-------TTG--A----AGGC-CGCT-AG----TGGGATC-CAG--GTA---T-----AA-----AGCGCATTGCTGTAGATGTC-TC-AGGC-----A---AG-CTGA-CATG-----GATTC-TCTGAAATA-A-GAG-AAGGTTT-T------T-----TTT--ACTTTT-------A--T-----C---AAA--T-GC-TTG-CTGT----ACAAGACA----A-AATACTAGTA------T--T---A----AA------A-A--------A----TC--TC-A-A-AC-----------GGG---GAGG-
gi|20 : a----------------C-CC-CCA------A---AA-CTAA-C-----------TC-TTACAAA-A-A-CAG-T-----T-A------T-----TTT--T---TT-------C--TAAG--T---AAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAACAAC--A---A----CA------A-A--------A----AT--TC-A----------------GGG---GTGG-GGG
gi|21 : ggcagggagtttgat-----AA-----AGC----------------C-TC-TGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATTC-TTCCAAACA-A-GAG-G-----T--------A-----TAT--C---TTGAA----A--G-----T---AAA--T-GC-TTG-CTGT----ATAA-ACA----A-TAT----------------A---A----TA------A-AAT------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---GGTG-GGGTGGGG--ctggat
gi|22 : GGCAGATC-C-A-G--G-AA--TTTGT-T--A--------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C------------------------G-AAATTC----G----------------G-CGAGG--------G-GTA---------TCA------------TA--A----GGTC-C-CC-AG----CGGG-TC-GAA--G-ACCCC-----CC-----CCC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AGTTT-Tat
gi|23 : ggG--G-G---C-----AA-----AGC----------------G-CC-CTG------A---AG-CTGA-C--A-----AATTG-TTACAAACA-A-GAG-A-----T-G--------------T--A---TT----------T-----T---AAT--T-GTATTG-TTGT----ACAA-AC---------T-----TT------T--T---T----TA------A-A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---G
gi|24 : ------A---AG-CTGA-C--A-----AATTC-TTACAAAGA-A-GAG-------T-G------A-----TTT------------------------T---AGGGGT-AT-TTA-TTA-------AA-ACA----ACAAT-----TG------A--A---A----AA------A-A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---AGGG-GGGGGAGG--GTTG---------G----A----TC-CGCatgtgaatgggg
gi|25 : --------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--------------------------------------------------------------TGT-C--G-----AAATC-CTACAAACA-A-G-G-T-----T-A------T-----TTT--A---A--------A--T-----TTGAAAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--G---AG---AA------A-A--------A----AT--TC-A-c
gi|26 : tgccGTGGCGGATC-C-A-T--G-AA--TTTTA-T--AA---------------------------------GG---GGG-------G-----------AT----A-G-AA--------G----------------G-CAG----------------------------------------------------------------TGGG-TC-TGG--G-G---------AC-----TGC----------------C-TT---A------A---AG-CTGA-C--G-----AATTT-TTATAAGCA-A-GAG-G-----T-T------C-----TT
gi|27 : ccttcaG-CTGA-C--G-----AATTC-TTACAAATT-A-AAA-A-----C-A------T-----TTT--T---TT-------AG-T-----T---AAA--T-GT-TCG-TTAT----AAAT-TCA----A-TAT-----TT---------A---A----AA------A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------CGG---GGGG-GGGGGGGG--
gi|28 : aggG------A---AG-CACA-A--G-----GATTC-TTACAAAAA-G-GAG-G-----T-T------T-----TTT--A---TC-------A--TCATTTT---AAA--T-GC-TTG-TTGTTTAAACAA-AAA----A-AA-------T------G--G---A----AAT-----A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------AG
gi|29 : ccttGGCGGATC-C-A-A--G-AA--CTTCC-G--AAT------------GG--GA----T--------GGC---G--------CG-----------GTTTG-G-G-AACT------G----------------A-C---------------TT---------TC-------------TG--A----AGCC-C-CC-AG-----GGG-TC-CAGAGG-G---C-----GA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CT
gi|3 : caacGTGGCGGATC-C-A-C--G-AG--ATTTA-T--AAT------------GG--GG----GTGG-----GGG---GGG--T---GG-----------GTGGTTA-G-AA--------G----------------GACAGGGAGGCCGGGG-GGC---------TGG--GGGGTGGC-CTG--A----AGCC-C-CCCAG----GGGG--A-CAG--G-G---T-----GGGGAGTAGC----------------C-CC-TGG------A---AG-CTGG-A--A-----AATTC-TTACAAA-----GAG-G-----T-T------T-----TTT--T---TTT------A--T-----T---AAA--T-GC-TTG-TTAT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAA---C--C---A----TA------A-AAT------A----AT--TC-A-A-AC-----------------GGGG-GTGTGGGG--GGTG---------G----A----TC-
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gi|31 : ACAAACA-A-GAG-G-----T-T------T-----TTT--T---TTTA-----A--T-----T---AAA--T-GC-TTG-T-------ACGA-ACA----A-AAT-------------------------AA------A-A--------A----ATAATC-A-T-AC-----------GGG---ATGG-GGGTTGGG--GGTG---------G----A----TC-
gi|32 : ACAAACA-A-GAG-T-----T-T------T-----TTT--T---TA-------A--T-----T---CAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACG----A-AAT-----TT------G--A---A----AC------A-A--------A----TT--TC-A-A--------------GGG---GGGG-GG
gi|33 : -----T---AAA--T-GC-TTG-CTGT----ACAA-ACA----A-AAT----------------A---A----TA------A-A--------A----AA--AT-A-A-GC-----------GGG---GGGT-AGGTGGGG--GGTG---------GGC--G----CC-GGCG-CTGGGTCaccaggcccagg
gi|34 : -----AGC----------------C-CC-TGGTCGGTCC---AG-TTGA-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-GG------------------------TT--A---TT-------A--T-----T---ggcct
gi|35 : ggatctagcggctgtcctgt-G---C-----AA-------C----------------T-CC-CCG------A---AA-CTGC-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-GAG-G-----T-A------T-----TTT--C---TTTTA----A--C-----C---AAA--T-GC-TTG-TTGT----Attttatcaga
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gi|37 : tttttgaaagACAAAAA-A-GGG-G-----T-A------T-----TTT------TT-------AGAT-----T---AGA--T-GC-TGG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT--------------------------------------------------T--TC-A-A-AC-----------GCG---GGGG-TGGGGGGctggatccgc
gi|38 : TG-TTAT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--A---A----CA------ACA--------AAAACAT--TC-A-A-AC-----------GGG---GAGG-
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gi|47 : ca------A---AG-CTGA-T--A-----AATTC-TTACAAACA-A-GAG-G-----T-G------G-----CTcgcggtcataggaagg
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gi|7 : GCGGAG----A-G--G-AA--TTTCC-A--AAC------------GG--AG----G--------G----------C---CG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGTG--------G--TC----------CA--G--------AGC--A----AGTC-C-T--GG----AGGA-TC-CAG--G-GGG-C-----AA-------T----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----A-TTC-TTACAACGA-G-GAT-A-----T-G------T-----TTT--T---TTTAA----A--T-----T---AAACAT-GC-TTG-CTGT----ACAA-AAAGGAAA-AAT-----TT------C--A---A----AA------A-A--------A----AT--TC-ACA-AC-----------AGG---GGGG-GG-GGGGGTCGGC----------A----C----CC-GGCGCCTGGA
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gi|9 : a--G-----AATTC-TTACAAGCA-A-GAG-G-----T-GGGCGTCG-----TTT--T---TTTAAA---A--TAAG--T---AAA--T-GC-TTGTTTGT----ACCT-AAA----A-AAT-----CT------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|45 ): GCAGTGGTGGATCCAGGATTTCAATAAAAAAAAAGGGGGGGGGGG
Unaligned ( gi|46 ): ACAAACTCTAAGTAAAAAAGTGAATTAGTTTTAATAGCAGT
Alignments
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lowQualScore : . . .... . .. .................... .. .... ........ ... .................................................................................................... .. .... . . . .. .... . . .. ..................................... . .......... ... . . .. ..... . . . ...... ............. .................... ... .. . . . .... . .... . ............................................ .... .. . . . ............ ... . .. .................... . .
lowQualScore : 2 2 5555 2 00 22222222222222222222 88 2222 33333333 777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 9999 0 6 8 77 9999 9 8 55 4444444444444444444444444444444444444 4 3333333333 111 2 2 66 99999 2 1 4 333333 8888888888888 88888888888888888888 222 33 2 2 2 6666 2 7777 5 66666666666666666666666666666666666666666666 9999 22 4 4 5 444444444444 777 6 11 77777777777777777777 9 6
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Reference ( family-36 ) : GTGGCGGATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C---CG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-GAG--G---TG------N-----TTTNT-T--------A-T-----T---AAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--N---A----NA------A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGGG-GGGGGGGG--GGTG---------G----A----CC-GGCG-CTGGATCC
gi|1 : GTGGTGGATCAC-A-G--GGAA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----GCGCTTGTAGGN---NNN--N---NN-----------NN----N-N-NN--------N----------------N-NNNNN--------N-NNN---------NNN--N--------NNN--N----NNNN-N-NN-NN----NNNN-NN-NNN--N-N---NNNNNTAA-----AGC----------------C-CCAC--------A---TG-TTAA-C--G-----AATTC-TTACAACCA-A-GAGT-G---TG------T-----TTT--------------------T---AAA-------------GT----ACAA-ACA----A-CAT-----TT------C--A---A----AA------A-ACAAAAATAA----AT--TA-A-A-ACAGGGGAAGGGTGGG---GGGGTGGGGGGGG--GGTT---------G----G----CCAAGCG-CTGGATTC
gi|10 : agatcaGTAGC--ATC-C-A-A--G-AAA-TTTCC-C--A--------------GG--GG----G--------GGG---CGG--G---CG-----------CT----A-GCAA--------GTCTATATGAAACCGGAG-CAAGG--------GCGGC----------AA--GAAATGCC-TTG--A----AGCC-C-CT-AGCTGATGGA-TCACAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGG------G---AA-CTGATC--G-----AA-TC-TTACCAACA-ACGAG--GTATTG------T-----TTACT-T--------A-T-----T---GAA--T-GC--TG---GA----ACCA-A-A----A-AAT-----TT------
gi|11 : cagttgGTGGCGGATC-C-A-T--G-AA--CTTCA-A--AAA------------AA--GG----G--------TGG---GGG--T----------------------------------------------------------GG--------G-GTT---------TAGATG--------TAG--A----AGCC-------------GGG-TC-CAG--G-GGG-C-----GA-----AGC----------------T-AC-CAG------A---AG-CCGA-C--G-----AATTA-T----------------G---TA------T-----TTTTT-TTCTTTCA-A-T-----C---AAA--T-GT-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--A---A----AAAG----A-A--------A----AT--TC-A-A-AT-----------------GGGG-GAGGGGGG--CGT--------------------CC-GGCG-CTGGATC
gi|12 : aGTGGTGTATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-----ACAAAAAAAAAAGGGG--GG----G--------GGG---GGG--G---GG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-C---------------CC---------CCA--A-------------A----AGCC-C-AC-------TGGG-CT--------------------------GC----------------C-TT-TGG------GTCCAG-CTGA----G-----AATTC-GTACAAACA-------------G------A-----CTAAC-TGA------A-G-----T---AAA--T-GC-TTG-TTGT----ACTA-TCA----A-AAT-----AT------C--A---ACAACAA------A-A--------A----ATAATA-A-A-AC-----------GAG---TGGG-GGTGG
gi|13 : caGATC-C-A-T--G-GA--TTTCA-G--AAC------------GG--GGA---G--------GGG---GGG--CGGACG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAAGA--------G-TTT---------ACG--ACTGCC---TTG--A----AGCC-C-CA-AG----TGGG-TC-C------------------------------------------------------------AG-CTGA-T--G-----AATTC-TTACAAGCA-A-GAG--G---TGT-----G-----CGTAT-TTCA-----A-G-----T---AAA--T-GC-TTG-TT-T----GCAT-ACA----A-A----------------------A----AA------A-A--------A----AT--a
gi|14 : ----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TAA--G--------TTGC-ATTGTAGCC-C-CA-AG----TGGA-TC-CAG--G-----------------------------------------------------------TGA-C--T-----AATTC-TTACAAACA-A-GGG--G---TG------A-----TTTTT-TTTTA----A-T-----C---AAA--A-GC-----TTGT----ACAG-ACA----ATTGT-----TT------T--T---A----GA------A-A--------A----AT-----A-ACAC-----------GGG---GTAG-GGGTGGGG--Gctagcagcgccagcgctggatccgcc
gi|15 : ggggaatgaagatgggaatttcGTGGCGGATC-C-A-G--A-AA--TTTCA-T--AAC------------CC--GG----G--------GGG---GGG--T----------------GT----A-G-AA--------G-------------------------------------------------------------G--A----AG---------------GGA-TC-TGG--G-G-----------------GC----------------------GG------A---AG-TTGA-C--A-----A--------CAGA-A-A-GTG--T---TG------G-----TTTTT-TTTA-----A-T-----T---AAA--T-GA-T-G-TTGT----GCAA-GCA----A-AA--------------------------------------------------AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGTG-GGGCGAG---------------------------C-GGCG-CTGGATCC
gi|16 : aA-----AGC----------------C-CC-AAA------A---CGACTGA-C--ACTCGAAATTC-TTACAAACGTA-AAG--G---TG------G-----GT--G-T--------A-T-----T--------T-AC-TTG-TT-T-----CAA-ACA----A-AAA-----TT------CTTC---A----TACCCAACA-A--------A----ATC-TA-A-A-AC-----------GGG---CATG-AGAGGACG--AGCGCCCCGGCACG----G----CC-GGCG-C-GGATCCgc
gi|17 : G------G---AG-CTGA-C--G-----AATTC-T-ACAAATA-A-GAG--G---CG------GGATTTTTTAT-T--------A-T-----T---AAA--T-TT-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAG---C--A---A----GA------G-A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGGATTGGGA-AGGGGGGA--GGAG---------G----AGCGCCC-GGCG-CTGAATCCgccgtttg
gi|18 : AA--TCGC-TT---TGT----ACAT-AGA----T-AAT-----TT------T--TTTAA----GA------A-A--------A----AT--CT-A-C-AC------------GG---GGTA-GGGGTGGG--GGTG---------G----gc
gi|19 : gggggggggttttgaagtggaatcttcagaatcggaggggggggggggGTGGTGGATC-C-A-G--G-AA--TGTCC-A--AAG------------GGAAGG----G--------GGG---GGG--CG--CA-----------GT----A-G-AA--------G----------------A-TTGGA--------G-GGC---------TAA--GGGAATGCCTTG--A----AGCC-C-GT-AG----TGGG-TC-CAG--A-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGA------A---AG-CTGA-T--G-----AATTC-TTAggggtaaaaagtgttgtttcc
gi|2 : caGTGGCGGATC-CTA-A--A-AA--TTTTC-TTAAAC------------GG--GGTTCTG--------GAG---AGG--G---GA-----------GT----A-G-AAAAGGTCAGG----------------GTCAGGA--------G-GCC---------TCC--GA-------TTG--A----AGGC-CGCT-AG----TGGGATC-CAG--GTA---T-----AA-----AGCGCATTGCTGTAGATGTC-TC-AGGC-----A---AG-CTGA-CATG-----GATTC-TCTGAAATA-A-GAG--A---AG------G-----TTTTT-TTTACTTTTA-T-----C---AAA--T-GC-TTG-CTGT----ACAAGACA----A-AATACTAGTA------T--T---A----AA------A-A--------A----TC--TC-A-A-AC-----------GGG---GAGG-
gi|20 : a----------------C-CC-CCA------A---AA-CTAA-C-----------TC-TTACAAA-A-A-CAG--T---TA------T-----TTTTT-T--------C-TAAG--T---AAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAACAAC--A---A----CA------A-A--------A----AT--TC-A----------------GGG---GTGG-GGG
gi|21 : ggcagggagtttgat-----AA-----AGC----------------C-TC-TGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATTC-TTCCAAACA-A-GAG--G---T-------A-----TATCT-TGAA-----A-G-----T---AAA--T-GC-TTG-CTGT----ATAA-ACA----A-TAT----------------A---A----TA------A-AAT------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---GGTG-GGGTGGGG--ctggat
gi|22 : GGCAGATC-C-A-G--G-AA--TTTGT-T--A--------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C------------------------G-AAATTC----G----------------G-CGAGG--------G-GTA---------TCA------------TA--A----GGTC-C-CC-AG----CGGG-TC-GAA--G-ACCCC-----CC-----CCC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AGTTT-Tat
gi|23 : ggG--G-G---C-----AA-----AGC----------------G-CC-CTG------A---AG-CTGA-C--A-----AATTG-TTACAAACA-A-GAG--A---TG--------------TAT-T----------T-----T---AAT--T-GTATTG-TTGT----ACAA-AC---------T-----TT------T--T---T----TA------A-A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---G
gi|24 : ------A---AG-CTGA-C--A-----AATTC-TTACAAAGA-A-GAG------TG------A-----TTT--------------------T---AGGGGT-AT-TTA-TTA-------AA-ACA----ACAAT-----TG------A--A---A----AA------A-A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---AGGG-GGGGGAGG--GTTG---------G----A----TC-CGCatgtgaatgggg
gi|25 : --------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--------------------------------------------------------------TGT-C--G-----AAATC-CTACAAACA-A-G----G---TT------A-----TTTTA-A--------A-T-----TTGAAAA--T-GC-TTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--G---AG---AA------A-A--------A----AT--TC-A-c
gi|26 : tgccGTGGCGGATC-C-A-T--G-AA--TTTTA-T--AA---------------------------------GG---GGG-------G-----------AT----A-G-AA--------G----------------G-CAG----------------------------------------------------------------TGGG-TC-TGG--G-G---------AC-----TGC----------------C-TT---A------A---AG-CTGA-C--G-----AATTT-TTATAAGCA-A-GAG--G---TT------C-----TT
gi|27 : ccttcaG-CTGA-C--G-----AATTC-TTACAAATT-A-AAA--A---CA------T-----TTTTT-T--------AGT-----T---AAA--T-GT-TCG-TTAT----AAAT-TCA----A-TAT-----TT---------A---A----AA------A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------CGG---GGGG-GGGGGGGG--
gi|28 : aggG------A---AG-CACA-A--G-----GATTC-TTACAAAAA-G-GAG--G---TT------T-----TTTAT-C--------A-TCATTTT---AAA--T-GC-TTG-TTGTTTAAACAA-AAA----A-AA-------T------G--G---A----AAT-----A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------AG
gi|29 : ccttGGCGGATC-C-A-A--G-AA--CTTCC-G--AAT------------GG--GA----T--------GGC---G--------CG-----------GTTTG-G-G-AACT------G----------------A-C---------------TT---------TC-------------TG--A----AGCC-C-CC-AG-----GGG-TC-CAGAGG-G---C-----GA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CT
gi|3 : caacGTGGCGGATC-C-A-C--G-AG--ATTTA-T--AAT------------GG--GG----GTGG-----GGG---GGG--T---GG-----------GTGGTTA-G-AA--------G----------------GACAGGGAGGCCGGGG-GGC---------TGG--GGGGTGGC-CTG--A----AGCC-C-CCCAG----GGGG--A-CAG--G-G---T-----GGGGAGTAGC----------------C-CC-TGG------A---AG-CTGG-A--A-----AATTC-TTACAAA-----GAG--G---TT------T-----TTTTT-TT-------A-T-----T---AAA--T-GC-TTG-TTAT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAA---C--C---A----TA------A-AAT------A----AT--TC-A-A-AC-----------------GGGG-GTGTGGGG--GGTG---------G----A----TC-
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gi|37 : tttttgaaagACAAAAA-A-GGG--G---TA------T-----TTTTTAG--------A-T-----T---AGA--T-GC-TGG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT--------------------------------------------------T--TC-A-A-AC-----------GCG---GGGG-TGGGGGGctggatccgc
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-36 ) : GTGGCGGATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C---CG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-G--AG--GTG------N----T-TTT--T-T--------A-T-----T---AAA--T-GCTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--N---A----NA------A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGGG-GGGGGGGG--GGTG---------G----A----CC-GGCG-CTGGATCC
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gi|14 : ----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TAA--G--------TTGC-ATTGTAGCC-C-CA-AG----TGGA-TC-CAG--G-----------------------------------------------------------TGA-C--T-----AATTC-TTACAAACA-A-G--GG--GTG------A----T-TTT--T-TTTTA----A-T-----C---AAA--A-GC----TTGT----ACAG-ACA----ATTGT-----TT------T--T---A----GA------A-A--------A----AT-----A-ACAC-----------GGG---GTAG-GGGTGGGG--Gctagcagcgccagcgctggatccgcc
gi|15 : ggggaatgaagatgggaatttcGTGGCGGATC-C-A-G--A-AA--TTTCA-T--AAC------------CC--GG----G--------GGG---GGG--T----------------GT----A-G-AA--------G-------------------------------------------------------------G--A----AG---------------GGA-TC-TGG--G-G-----------------GC----------------------GG------A---AG-TTGA-C--A-----A--------CAGA-A-A-G--TG--TTG------G----T-TTT--T-TTTA-----A-T-----T---AAA--T-GAT-G-TTGT----GCAA-GCA----A-AA--------------------------------------------------AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGTG-GGGCGAG---------------------------C-GGCG-CTGGATCC
gi|16 : aA-----AGC----------------C-CC-AAA------A---CGACTGA-C--ACTCGAAATTC-TTACAAACGTA-A--AG--GTG------G-------GT--G-T--------A-T-----T--------T-ACTTG-TT-T-----CAA-ACA----A-AAA-----TT------CTTC---A----TACCCAACA-A--------A----ATC-TA-A-A-AC-----------GGG---CATG-AGAGGACG--AGCGCCCCGGCACG----G----CC-GGCG-C-GGATCCgc
gi|17 : G------G---AG-CTGA-C--G-----AATTC-T-ACAAATA-A-G--AG--GCG------GGATTT-TTTA-T-T--------A-T-----T---AAA--T-TTTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAG---C--A---A----GA------G-A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGGATTGGGA-AGGGGGGA--GGAG---------G----AGCGCCC-GGCG-CTGAATCCgccgtttg
gi|18 : AA--TCGCTT---TGT----ACAT-AGA----T-AAT-----TT------T--TTTAA----GA------A-A--------A----AT--CT-A-C-AC-----------GGG---GTAG-GGGTGGGG--G-TG---------G----gc
gi|19 : gggggggggttttgaagtggaatcttcagaatcggaggggggggggggGTGGTGGATC-C-A-G--G-AA--TGTCC-A--AAG------------GGAAGG----G--------GGG---GGG--CG--CA-----------GT----A-G-AA--------G----------------A-TTGGA--------G-GGC---------TAA--GGGAATGCCTTG--A----AGCC-C-GT-AG----TGGG-TC-CAG--A-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGA------A---AG-CTGA-T--G-----AATTC-TTAggggtaaaaagtgttgtttcc
gi|2 : caGTGGCGGATC-CTA-A--A-AA--TTTTC-TTAAAC------------GG--GGTTCTG--------GAG---AGG--G---GA-----------GT----A-G-AAAAGGTCAGG----------------GTCAGGA--------G-GCC---------TCC--GA-------TTG--A----AGGC-CGCT-AG----TGGGATC-CAG--GTA---T-----AA-----AGCGCATTGCTGTAGATGTC-TC-AGGC-----A---AG-CTGA-CATG-----GATTC-TCTGAAATA-A-G--AG--AAG------G----T-TTT--T-TTTACTTTTA-T-----C---AAA--T-GCTTG-CTGT----ACAAGACA----A-AATACTAGTA------T--T---A----AA------A-A--------A----TC--TC-A-A-AC-----------GGG---GAGG-
gi|20 : a----------------C-CC-CCA------A---AA-CTAA-C-----------TC-TTACAAA-A-A-C--AG--TTA------T----T-TTT--T-T--------C-TAAG--T---AAA--T-GCTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAACAAC--A---A----CA------A-A--------A----AT--TC-A----------------GGG---GTGG-GGG
gi|21 : ggcagggagtttgat-----AA-----AGC----------------C-TC-TGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATTC-TTCCAAACA-A-G--AG--GT-------A----T-ATC--T-TGAA-----A-G-----T---AAA--T-GCTTG-CTGT----ATAA-ACA----A-TAT----------------A---A----TA------A-AAT------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---GGTG-GGGTGGGG--ctggat
gi|22 : GGCAGATC-C-A-G--G-AA--TTTGT-T--A--------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C------------------------G-AAATTC----G----------------G-CGAGG--------G-GTA---------TCA------------TA--A----GGTC-C-CC-AG----CGGG-TC-GAA--G-ACCCC-----CC-----CCC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AGTTT-Tat
gi|23 : ggG--G-G---C-----AA-----AGC----------------G-CC-CTG------A---AG-CTGA-C--A-----AATTG-TTACAAACA-A-G--AG--ATG------T----A-TTT--T-A--------A-T-----T---GTA------TTG-TTGT----ACAA-AC---------T-----TT------T--T---T----TA------A-A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---G
gi|24 : ------A---AG-CTGA-C--A-----AATTC-TTACAAAGA-A-G--AG---TG------A----T-TTT-------------------------AGGGGT-ATTTA-TTA-------AA-ACA----ACAAT-----TG------A--A---A----AA------A-A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---AGGG-GGGGGAGG--GTTG---------G----A----TC-CGCatgtgaatgggg
gi|25 : --------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--------------------------------------------------------------TGT-C--G-----AAATC-CTACAAACA-A-G------GTT------A----T-TTT--A-A--------A-T-----TTGAAAA--T-GCTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--G---AG---AA------A-A--------A----AT--TC-A-c
gi|26 : tgccGTGGCGGATC-C-A-T--G-AA--TTTTA-T--AA---------------------------------GG---GGG-------G-----------AT----A-G-AA--------G----------------G-CAG----------------------------------------------------------------TGGG-TC-TGG--G-G---------AC-----TGC----------------C-TT---A------A---AG-CTGA-C--G-----AATTT-TTATAAGCA-A-G--AG--GTT------C----T-T
gi|27 : ccttcaG-CTGA-C--G-----AATTC-TTACAAATT-A-A--AA--ACA------T----T-TTT--T-T--------AGT-----T---AAA--T-GTTCG-TTAT----AAAT-TCA----A-TAT-----TT---------A---A----AA------A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------CGG---GGGG-GGGGGGGG--
gi|28 : aggG------A---AG-CACA-A--G-----GATTC-TTACAAAAA-G-G--AG--GTT------T----T-TTA--T-C--------A-TCATTTT---AAA--T-GCTTG-TTGTTTAAACAA-AAA----A-AA-------T------G--G---A----AAT-----A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------AG
gi|29 : ccttGGCGGATC-C-A-A--G-AA--CTTCC-G--AAT------------GG--GA----T--------GGC---G--------CG-----------GTTTG-G-G-AACT------G----------------A-C---------------TT---------TC-------------TG--A----AGCC-C-CC-AG-----GGG-TC-CAGAGG-G---C-----GA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CT
gi|3 : caacGTGGCGGATC-C-A-C--G-AG--ATTTA-T--AAT------------GG--GG----GTGG-----GGG---GGG--T---GG-----------GTGGTTA-G-AA--------G----------------GACAGGGAGGCCGGGG-GGC---------TGG--GGGGTGGC-CTG--A----AGCC-C-CCCAG----GGGG--A-CAG--G-G---T-----GGGGAGTAGC----------------C-CC-TGG------A---AG-CTGG-A--A-----AATTC-TTACAAA-----G--AG--GTT------T----T-TTTT-T-T--------A-T-----T---AAA--T-GCTTG-TTAT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAA---C--C---A----TA------A-AAT------A----AT--TC-A-A-AC-----------------GGGG-GTGTGGGG--GGTG---------G----A----TC-
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-36 ) : GTGGCGGATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C---CG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-G--AG--GTG------N----T-TTT--T-T--------A-T-----T---AAA--T-GCTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--N---A----NA------A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGGG-GGGGGGGG--GGTG---------G----A----CC-GGCG-CTGGATCC
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gi|15 : ggggaatgaagatgggaatttcGTGGCGGATC-C-A-G--A-AA--TTTCA-T--AAC------------CC--GG----G--------GGG---GGG--T----------------GT----A-G-AA--------G-------------------------------------------------------------G--A----AG---------------GGA-TC-TGG--G-G-----------------GC----------------------GG------A---AG-TTGA-C--A-----A--------CAGA-A-A-G--TG--TTG------G----T-TTT--T-TTTA-----A-T-----T---AAA--T-GAT-G-TTGT----GCAA-GCA----A-AA--------------------------------------------------AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGTG-GGGCGAG---------------------------C-GGCG-CTGGATCC
gi|16 : aA-----AGC----------------C-CC-AAA------A---CGACTGA-C--ACTCGAAATTC-TTACAAACGTA-A--AG--GTG------G-------GT--G-T--------A-T-----T--------T-ACTTG-TT-T-----CAA-ACA----A-AAA-----TT------CTTC---A----TACCCAACA-A--------A----ATC-TA-A-A-AC-----------GGG---CATG-AGAGGACG--AGCGCCCCGGCACG----G----CC-GGCG-C-GGATCCgc
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gi|19 : gggggggggttttgaagtggaatcttcagaatcggaggggggggggggGTGGTGGATC-C-A-G--G-AA--TGTCC-A--AAG------------GGAAGG----G--------GGG---GGG--CG--CA-----------GT----A-G-AA--------G----------------A-TTGGA--------G-GGC---------TAA--GGGAATGCCTTG--A----AGCC-C-GT-AG----TGGG-TC-CAG--A-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGA------A---AG-CTGA-T--G-----AATTC-TTAggggtaaaaagtgttgtttcc
gi|2 : caGTGGCGGATC-CTA-A--A-AA--TTTTC-TTAAAC------------GG--GGTTCTG--------GAG---AGG--G---GA-----------GT----A-G-AAAAGGTCAGG----------------GTCAGGA--------G-GCC---------TCC--GA-------TTG--A----AGGC-CGCT-AG----TGGGATC-CAG--GTA---T-----AA-----AGCGCATTGCTGTAGATGTC-TC-AGGC-----A---AG-CTGA-CATG-----GATTC-TCTGAAATA-A-G--AG--AAG------G----T-TTT--T-TTTACTTTTA-T-----C---AAA--T-GCTTG-CTGT----ACAAGACA----A-AATACTAGTA------T--T---A----AA------A-A--------A----TC--TC-A-A-AC-----------GGG---GAGG-
gi|20 : a----------------C-CC-CCA------A---AA-CTAA-C-----------TC-TTACAAA-A-A-C--AG--TTA------T----T-TTT--T-T--------C-TAAG--T---AAA--T-GCTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAACAAC--A---A----CA------A-A--------A----AT--TC-A----------------GGG---GTGG-GGG
gi|21 : ggcagggagtttgat-----AA-----AGC----------------C-TC-TGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATTC-TTCCAAACA-A-G--AG--GT-------A----T-ATC--T-TGAA-----A-G-----T---AAA--T-GCTTG-CTGT----ATAA-ACA----A-TAT----------------A---A----TA------A-AAT------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---GGTG-GGGTGGGG--ctggat
gi|22 : GGCAGATC-C-A-G--G-AA--TTTGT-T--A--------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C------------------------G-AAATTC----G----------------G-CGAGG--------G-GTA---------TCA------------TA--A----GGTC-C-CC-AG----CGGG-TC-GAA--G-ACCCC-----CC-----CCC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AGTTT-Tat
gi|23 : ggG--G-G---C-----AA-----AGC----------------G-CC-CTG------A---AG-CTGA-C--A-----AATTG-TTACAAACA-A-G--AG--ATG------T----A-TTT--T-A--------A-T-----T---GTA------TTG-TTGT----ACAA-AC---------T-----TT------T--T---T----TA------A-A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---G
gi|24 : ------A---AG-CTGA-C--A-----AATTC-TTACAAAGA-A-G--AG---TG------A----T-TTT-------------------------AGGGGT-ATTTA-TTA-------AA-ACA----ACAAT-----TG------A--A---A----AA------A-A--------A----AA--TC-A-A-AC-----------GGG---AGGG-GGGGGAGG--GTTG---------G----A----TC-CGCatgtgaatgggg
gi|25 : --------TTG--A----AGCC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--------------------------------------------------------------TGT-C--G-----AAATC-CTACAAACA-A-G------GTT------A----T-TTT--A-A--------A-T-----TTGAAAA--T-GCTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--G---AG---AA------A-A--------A----AT--TC-A-c
gi|26 : tgccGTGGCGGATC-C-A-T--G-AA--TTTTA-T--AA---------------------------------GG---GGG-------G-----------AT----A-G-AA--------G----------------G-CAG----------------------------------------------------------------TGGG-TC-TGG--G-G---------AC-----TGC----------------C-TT---A------A---AG-CTGA-C--G-----AATTT-TTATAAGCA-A-G--AG--GTT------C----T-T
gi|27 : ccttcaG-CTGA-C--G-----AATTC-TTACAAATT-A-A--AA--ACA------T----T-TTT--T-T--------AGT-----T---AAA--T-GTTCG-TTAT----AAAT-TCA----A-TAT-----TT---------A---A----AA------A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------CGG---GGGG-GGGGGGGG--
gi|28 : aggG------A---AG-CACA-A--G-----GATTC-TTACAAAAA-G-G--AG--GTT------T----T-TTA--T-C--------A-TCATTTT---AAA--T-GCTTG-TTGTTTAAACAA-AAA----A-AA-------T------G--G---A----AAT-----A-A--------A----AT--TC-A-A-AC-----------AG
gi|29 : ccttGGCGGATC-C-A-A--G-AA--CTTCC-G--AAT------------GG--GA----T--------GGC---G--------CG-----------GTTTG-G-G-AACT------G----------------A-C---------------TT---------TC-------------TG--A----AGCC-C-CC-AG-----GGG-TC-CAGAGG-G---C-----GA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CT
gi|3 : caacGTGGCGGATC-C-A-C--G-AG--ATTTA-T--AAT------------GG--GG----GTGG-----GGG---GGG--T---GG-----------GTGGTTA-G-AA--------G----------------GACAGGGAGGCCGGGG-GGC---------TGG--GGGGTGGC-CTG--A----AGCC-C-CCCAG----GGGG--A-CAG--G-G---T-----GGGGAGTAGC----------------C-CC-TGG------A---AG-CTGG-A--A-----AATTC-TTACAAA-----G--AG--GTT------T----T-TTTT-T-T--------A-T-----T---AAA--T-GCTTG-TTAT----ACAA-ACA----A-AAT-----TTCAA---C--C---A----TA------A-AAT------A----AT--TC-A-A-AC-----------------GGGG-GTGTGGGG--GGTG---------G----A----TC-
gi|30 : aA--TTTCA-G--AAC------------GG--GA----G--------GGG---AGG--G---GG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------T-A--GGCTGTC--TTG--T----AGAC-C-CA-AG----TAGA-TC-CAG--G-----------------------------------------------------------TGA-C--T-----AATTC-TTACAAACA-A-G--A
gi|31 : ACAAACA-A-G--AG--GTT------T----T-TTT--T-TTA------A-T-----T---AAA--T-GCTTG-T-------ACGA-ACA----A-AAT-------------------------AA------A-A--------A----ATAATC-A-T-AC-----------GGG---ATGG-GGGTTGGG--GGTG---------G----A----TC-
gi|32 : ACAAACA-A-G--AG--TTT------T----T-TTT--T-A--------A-T-----T---CAA--T-GCTTG-TTGT----ACAA-ACG----A-AAT-----TT------G--A---A----AC------A-A--------A----TT--TC-A-A--------------GGG---GGGG-GG
gi|33 : -----T---AAA--T-GCTTG-CTGT----ACAA-ACA----A-AAT----------------A---A----TA------A-A--------A----AA--AT-A-A-GC-----------GGG---GGGT-AGGTGGGG--GGTG---------GGC--G----CC-GGCG-CTGGGTCaccaggcccagg
gi|34 : -----AGC----------------C-CC-TGGTCGGTCC---AG-TTGA-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-G---GTTATT------A----T-TTT--T-T--------A-T-----C---AGA--ggcct
gi|35 : ggatctagcggctgtcctgt-G---C-----AA-------C----------------T-CC-CCG------A---AA-CTGC-C--G-----AATTC-TTACAAACA-A-G--AG--GTA------T----T-TTC--T-TTTA-----A-C-----C---AAA--T-GCTTG-TTGT----A
gi|36 : tggt-TTT--T-TGAA-----A-G-----T---AAA--T-GCATG-TTGT----ACAA-ATA----A-TTT-----TT------T--T---T----TA------A----------------T--TC-A-A-AC-----------GGG---GGAG-GGGG
gi|37 : ACAAAAA-A-G--GG--GTA------T----T-TTT--TAG--------A-T-----T---AGA--T-GCTGG-TTGT----ACAA-ACA----A-AAT--------------------------------------------------T--TC-A-A-AC-----------GCG---GGGG-TGGGGGGctggatccgc
gi|38 : TG-TTAT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--A---A----CA------ACA--------AAAACAT--TC-A-A-AC-----------GGG---GAGG-
gi|39 : ACAAACA-A-G--AG--GTG------C----T-TTT--TAT--------T-T-----T---AAA--T-GCTTG-TTGT----AGAA-ACA----A-AAT-----TT------cactccggcactagatccgc
gi|4 : GTGGCAGATC-C-ATG--G-AAACTTTCAAT--AAT------------GG--GG----G--------GGG---GGG--C---AT-----------GT----AAG-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTGGGA----AGTTTC-CC-AG----TGGG-TAACAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------CGCC-TGG------A---AG-CTG--C--A-----AATTC-CTTCAAACA-AAG--AGC-GTG------G----G-TTTA-C-T--------A-G-----C---AAA--T-GCT-G-TTTT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--C---A----CA------A-A--------A----AT--TTAA-A-AC-------------G---GAGG-GGGGGGGG--GGTG---------A----A----AC-AGCG-CTGGATTCgcaag
gi|40 : aAC------------GG--GA----G--------GGG---AGG-------G-----------GTT---A-G-AA--------A----------------G-CAGGG--------G-GTCCGTGGGCTGTC------------TTG--A----AGCC-C-CA-AG----cacc
gi|41 : --A----AGCA-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-CTG------A---A--CCAA-T--G-----AGTTC-T
gi|42 : -CC-CTG------A---AG-CTGA-C--A-----AATTC-TTACAATTA-A-G--AG--GT------------T-TTT--T-T--------ga
gi|43 : tgtgggctg-G---C-----AA-----AGT----------------T-CC-CGG------A---AG-CTGC-C--A-----AATTT-TTACAAGCA-A-G--AG--GTG------T----T-TT
gi|44 : aGTGGCGGATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----
gi|47 : ca------A---AG-CTGA-T--A-----AATTC-TTACAAACA-A-G--AG--GTG------G----C-Tcgcggtcataggaagg
gi|5 : GTGGCAGATC-C-T-G--G-AA--CTTCA-T--AAT------------GG--GG----G--------GGG---GGGGGC---AT-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G--TC---------TCA--G--------TTG--A----AGTTTC-CC-AG----TGGG-TA-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGG------A---AG-CTGG-C--A-----AATTCCTTACAAACA-AAG--AG--GTG------G----T-TTA--C-T--------A-G-----C---AAA--T-GCTTG-TTTT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--C---A----CA------A-A--------A----AT--TT-A-A-AC------------GG---GAGG-GGGGGGGG--GGTG---------A----A----AC-AGCG-CTGGATCC
gi|6 : aGTGGCAGATC-C-T-G--G-AA--CTTCA-T--AAT------------GG--GG----G--------GGGCATGGG--CA--TG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTG--A----AGTT-C-CC-AG----TGGG-TA-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGG------A---AG-CTGG-C--A-----AATTC-TTACAAACA-A-G--AG--GTG------G----T-TTA--C-T--------A-G-----C---AAA--T-GCTTG-TTTT----ACAA-ACA----A-AAT-----TT------C--C---A----CA------A-A--------A----AT--TT-A-A-AC-----------GGG---AGGG-GGGGGGGG--GGTG---------A----A----AC-AGCG-CTGGATCCacct
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blockSeqs : . . TG . A CTTAAAC . A . . TGGGTGGTTAGAAGGACAGGGAGGCCGGGGGGCTGGGGGGTGGCC C . T . T . . A . GTGGGGAGTAGC . AGGC . . . . . . . A . C GGGATT A TTTCTTTCAAT . CA . . . . . C TTCAACAACAACAAA . AA . . . . . . . GAGCGCC . .
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blockSeqs : . . T . . ATAAC . . . . CATGGTAGAAGGCAGGGGGTCTCAGT . . . . A . . . . GCAAAGT . CTG . . . . . . . . . . AT . TTTAAAT . . . . . . . . TTCAACAACA . . . . . . . . . ACC .
blockSeqs : . . A . . ATAAT . . . . CCGGTAGAAGGCAGTGGTCCAGA . . . . C . . . . GCAAAGC . CGG . . . . . . . . . . GT . ACTTAT . . . . . . . . TTTTAGAAA . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . C . . ATAAT . . . . CGAAATTCGGCGAGGGGTATCA . . . . A . . . . GCAAAGC . TGG . . . . . . . . . . GA . TTTAAT . . . . . . . . TTTTTTAAA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . CAAAC . . . . CGGTTTGGGAACTGACTTTC . . . . C . . . . GGGCAAT . CCG . . . . . . . . . . TA . ATTAT . . . . . . . . TGAAAAAAA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . ATAA . . . . GGGGTAGAAGGCCCCCAA . . . . C . . . . GAAAGAC . TGG . . . . . . . . . . TC . TTAGT . . . . . . . . TGGAAATAA . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus : GTGGCGGATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----G--------GGG---GGGC---CG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTG--A----AG-CC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATT-CTTACAAAC-A-A-GAG--GTG------NT-TT-TT--T-T-----A-----A-T-----T---AAA--T-GCTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AA---TTT---C---A-----A----A-----A--AA--------A-AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGGG-GGGGGGGGGGTG---------G----A----CC-GGCG-CTGGATCC
Reference ( family-36 ) : GTGGCGGATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----G--------GGG---GGGC---CG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTG--A----AG-CC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATT-CTTACAAAC-A-A-GAG--GTG------NT-TT-TT--T-T-----A-----A-T-----T---AAA--T-GCTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AA---TTT---C---A-----A----A-----A--AA--------A-AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGGG-GGGGGGGGGGTG---------G----A----CC-GGCG-CTGGATCC
gi|1 : GTGGTGGATCAC-A-G--GGAA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----GCGCTTGTAGGN---NNNN---NN-----------NN----N-N-NN--------N----------------N-NNNNN--------N-NNN---------NNN--N--------NNN--N----NN-NN-N-NN-NN----NNNN-NN-NNN--N-N---NNNNNTAA-----AGC----------------C-CCAC--------A---TG-TTAA-C--G-----AATT-CTTACAACC-A-A-GAGT-GTG------TT-TT-T-----------------------------AAA------------GT----ACAA-ACA----A-CA---TTT---C---A-----A----A-----A--AACAAAAATAA-AT--TA-A-A-ACAGGGGAAGGGTGGG---GGGGTGGGGGGGGGGTT---------G----G----CCAAGCG-CTGGATTC
gi|10 : agatcaGTAGC--ATC-C-A-A--G-AAA-TTTCC-C--A--------------GG--GG----G--------GGG---CGGG---CG-----------CT----A-GCAA--------GTCTATATGAAACCGGAG-CAAGG--------GCGGC----------AA--GAAATGCC-TTG--A----AG-CC-C-CT-AGCTGATGGA-TCACAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGG------G---AA-CTGATC--G-----AA-T-CTTACCAAC-A-ACGAG--GTA------TT-GT-TTACT-T-----------A-T-----T---GAA--T-GC-TG---GA----ACCA-A-A----A-AA---TTT---
gi|11 : cagttgGTGGCGGATC-C-A-T--G-AA--CTTCA-A--AAA------------AA--GG----G--------TGG---GGGT----------------------------------------------------------GG--------G-GTT---------TAGATG--------TAG--A----AG-CC-------------GGG-TC-CAG--G-GGG-C-----GA-----AGC----------------T-AC-CAG------A---AG-CCGA-C--G-----AATT-AT-----------------GTA------TT-TT-TT--T-TCTTTCA-----A-T-----C---AAA--T-GTTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AA---TTT---C---A-----A----A-----AAGAA--------A-AT--TC-A-A-AT-----------------GGGG-GAGGGGGGCGT--------------------CC-GGCG-CTGGATC
gi|12 : aGTGGTGTATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-----ACAAAAAAAAAAGGGG--GG----G--------GGG---GGGG---GG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-C---------------CC---------CCA--A-------------A----AG-CC-C-AC-------TGGG-CT--------------------------GC----------------C-TT-TGG------GTCCAG-CTGA----G-----AATT-CGTACAAAC-A----------G------AC-TA-AC--T-G-----A-----A-G-----T---AAA--T-GCTTG-TTGT----ACTA-TCA----A-AA---TAT---C---A-----ACAACA-----A--AA--------A-ATAATA-A-A-AC-----------GAG---TGGG-GGTGG
gi|13 : caGATC-C-A-T--G-GA--TTTCA-G--AAC------------GG--GGA---G--------GGG---GGGCGGACG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAAGA--------G-TTT---------ACG--ACTGCC---TTG--A----AG-CC-C-CA-AG----TGGG-TC-C------------------------------------------------------------AG-CTGA-T--G-----AATT-CTTACAAGC-A-A-GAGGTGTG------CG-TA-TT--T-C-----A-----A-G-----T---AAA--T-GCTTG-TT-T----GCAT-ACA----A-AA-------------A-----A----A-----A--AA--------a
gi|14 : ----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TAA--G--------TTGC-ATTGTAG-CC-C-CA-AG----TGGA-TC-CAG--G-----------------------------------------------------------TGA-C--T-----AATT-CTTACAAAC-A-A-GGG--GTGAT----TT-TT-TT--T-T-----A-----A-T-----C---AAA--A-GC----TTGT----ACAG-ACA----ATTG---TTT---T---T-----A----G-----A--AA--------A-AT-----A-ACAC-----------GGG---GTAG-GGGTGGGGGtctagcagcgccagcgctggatccgcc
gi|15 : ggggaatgaagatgggaatttcGTGGCGGATC-C-A-G--A-AA--TTTCA-T--AAC------------CC--GG----G--------GGG---GGGT----------------GT----A-G-AA--------G-------------------------------------------------------------G--A----AG----------------GGA-TC-TGG--G-G-----------------GC----------------------GG------A---AG-TTGA-C--A-----A--------CAGA--A-A-GTG--TTG------GT-TT-TT--T-TT----A-----A-T-----T---AAA--T-GAT-G-TTGT----GCAA-GCA----A-AA---------------------------------------------AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGTG-GGGCGAG-------------------------C-GGCG-CTGGATCC
gi|16 : aA-----AGC----------------C-CC-AAA------A---CGACTGA-C--ACTCGAAATT-CTTACAAAC-GTA-AAG--GTG------GG-TG-T-----------------A-T-----T--------T-ACTTG-TT-T-----CAA-ACA----A-AAATTCTT---C---ATACCCA----A-----C--AA--------A-ATC-TA-A-A-AC-----------GGG---CATG-AGAGGACGAGCGCCCCGGCACG----G----CC-GGCG-C-GGATCCgc
gi|17 : G------G---AG-CTGA-C--G-----AATT-CT-ACAAAT-A-A-GAG--GCG------GGATT-TT--T-T-----ATT---A-T-----T---AAA--T-TTTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AA---TTTCAGC---A-----A----G-----A--GA--------A-AA--TC-A-A-AC-----------GGGATTGGGA-AGGGGGGAGGAG---------G----AGCGCCC-GGCG-CTGAATCCgccgtttg
gi|18 : AA--TCGCTT---TGT----ACAT-AGA----T-AA---TTT---TTTTA-----A----G-----A--AA--------A-AT--CT-A-C-AC-----------GGG---GTAG-GGGTGGGGG-TG---------G----gc
gi|19 : gggggggggttttgaagtggaatcttcagaatcggaggggggggggggGTGGTGGATC-C-A-G--G-AA--TGTCC-A--AAG------------GGAAGG----G--------GGG---GGGCG--CA-----------GT----A-G-AA--------G----------------A-TTGGA--------G-GGC---------TAA--GGGAATGCCTTG--A----AG-CC-C-GT-AG----TGGG-TC-CAG--A-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGA------A---AG-CTGA-T--G-----AATT-CTTAggggtaaaaagtgttgtttcc
gi|2 : caGTGGCGGATC-CTA-A--A-AA--TTTTC-TTAAAC------------GG--GGTTCTG--------GAG---AGGG---GA-----------GT----A-G-AAAAGGTCAGG----------------GTCAGGA--------G-GCC---------TCC--GA-------TTG--A----AG-GC-CGCT-AG----TGGGATC-CAG--GTA---T-----AA-----AGCGCATTGCTGTAGATGTC-TC-AGGC-----A---AG-CTGA-CATG-----GATT-CTCTGAAAT-A-A-GAGAAG-G------TT-TT-TT--T-T-----ACTTTTA-T-----C---AAA--T-GCTTG-CTGT----ACAAGACA----A-AA---TAC---T---A-----GTATTA-----A--AA--------A-ATC-TC-A-A-AC-----------GGG---GAGG-
gi|20 : a----------------C-CC-CCA------A---AA-CTAA-C-----------T-CTTACAAA--A-A-CAG--TTA------TT-TT-TT--TCT-----A-----A-G-----T---AAA--T-GCTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AA---TTT---C---A-----AC---AACAACA--AA--------A-AT--TC-A----------------GGG---GTGG-GGG
gi|21 : ggcagggagtttgat-----AA-----AGC----------------C-TC-TGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATT-CTTCCAAAC-A-A-GAG--GTA------TA-TC-TT--G-A-----A-----A-G-----T---AAA--T-GCTTG-CTGT----ATAA-ACA----A-TA---TAA---T---A-----A----A-----A--TA--------A-A---TC-A-A-AC-----------GGG---GGTG-GGGTGGGGctggat
gi|22 : GGCAGATC-C-A-G--G-AA--TTTGT-T--A--------------GG--GG----G--------GGG---GGGC------------------------G-AAATTC----G----------------G-CGAGG--------G-GTA---------TCA------------TA--A----GG-TC-C-CC-AG----CGGG-TC-GAA--G-ACCCC-----CC-----CCC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AGTT-TTat
gi|23 : ggG--G-G---C-----AA-----AGC----------------G-CC-CTG------A---AG-CTGA-C--A-----AATT-GTTACAAAC-A-A-GAG--ATG---------TA-TT--T-T-----A-----A-T-----T---GTA------TTG-TTGT----ACAA-AC---------TTTTTT---T---A-----A----A-----A--AA--------------TC-A-A-AC-----------GGG---G
gi|24 : ------A---AG-CTGA-C--A-----AATT-CTTACAAAG-A-A-GAG---TG------AT-TT-T-----------A-----G-----------GGG--T-ATTTA-TTA-------AA-ACA----ACAA---TTG---A---A-----A----A-----A--AA--------A-AA--TC-A-A-AC-----------GGG---AGGG-GGGGGAGGGTTG---------G----A----TC-CGCatgtgaatgggg
gi|25 : --------TTG--A----AG-CC-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--------------------------------------------------------------TGT-C--G-----AAAT-CCTACAAAC-A-A-G------G------TT-AT-TT--T-A-----A-----A-T-----TTGAAAA--T-GCTTG-TTGT----ACAA-ACA----A-AA---TTT---CG--A-----G----A-----A--AA--------A-AT--TC-A-c
gi|26 : tgccGTGGCGGATC-C-A-T--G-AA--TTTTA-T--AA---------------------------------GG---GGG-----G-----------AT----A-G-AA--------G----------------G-CAG-----------------------------------------------------------------TGGG-TC-TGG--G-G---------AC-----TGC----------------C-TT---A------A---AG-CTGA-C--G-----AATT-TTTATAAGC-A-A-GAG--GTT------CT-T
gi|27 : ccttcaG-CTGA-C--G-----AATT-CTTACAAAT-T-A-AAA--AC-------AT-TT-TT--T-T-----A-----G-T-----T---AAA--T-GTTCG-TTAT----AAAT-TCA----A-TA---TTT-------A-----A----A-----A--AA--------A-AT--TC-A-A-ACC----------GGG---GGGG-GGGGGGG
gi|28 : aggG------A---AG-CACA-A--G-----GATT-CTTACAAAA-A-G-GAG--GT--------T-TT-TT--A-T-----C-----A-TCATTTT---AAA--T-GCTTG-TTGTTTAAACAA-AAA----A-AA----TG---G---A-----A----A-----T--AA--------A-AT--TC-A-A-AC-----------AG
gi|29 : ccttGGCGGATC-C-A-A--G-AA--CTTCC-G--AAT------------GG--GA----T--------GGC---G------CG-----------GTTTG-G-G-AACT------G----------------A-C---------------TT---------TC-------------TG--A----AG-CC-C-CC-AG-----GGG-TC-CAGAGG-G---C-----GA-----AGC----------------C-CC-CGG------A---AG-CT
gi|3 : caacGTGGCGGATC-C-A-C--G-AG--ATTTA-T--AAT------------GG--GG----GTGG-----GGG---GGGT---GG-----------GTGGTTA-G-AA--------G----------------GACAGGGAGGCCGGGG-GGC---------TGG--GGGGTGGC-CTG--A----AG-CC-C-CCCAG----GGGG--A-CAG--G-G---T-----GGGGAGTAGC----------------C-CC-TGG------A---AG-CTGG-A--A-----AATT-CTTACAAA------GAG--GTT------TT-TT-TT--T-T-----A-------T-----T---AAA--T-GCTTG-TTAT----ACAA-ACA----A-AA---TTT---C---A-----ACCATA-----A--AAT-------A-AT--TC-A-A-AC-----------------GGGG-GTGTGGGGGGTG---------G----A----TC-
gi|30 : aA--TTTCA-G--AAC------------GG--GA----G--------GGG---AGGG---GG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------T-A--GGCTGTC--TTG--T----AG-AC-C-CA-AG----TAGA-TC-CAG--G-----------------------------------------------------------TGA-C--T-----AATT-CTTACAAAC-A-A-GA
gi|31 : ACAAAC-A-A-GAG--GTT------TT-TT-TT--T-T-----A-----A-T-----T---AAA--T-GC----TTGT----ACGA-ACA----A-AA---T---------A-----A----A-----A--AA--------T-AA--TC-A-T-AC-----------GGG---ATGG-GGGTTGGGGGTG---------G----A----TC-
gi|32 : ACAAAC-A-A-GAG--TT--------T-TT-TT--T-T-----A-----A-T-----T---CAA--T-GCTTG-TTGT----ACAA-ACG----A-AA---TTT---G---A-----A----A-----C--AA--------A-TT--TC-A-A--------------GGG---GGGG-GG
gi|33 : -----T---AAA--T-GCTTG-CTGT----ACAA-ACA----A-AA---T---------AAT---A----A-----A--AA--------A-AT-----A-A-GC-----------GGG---GGGT-AGGTGGGGGGTG---------GGC--G----CC-GGCG-CTGGGTCaccaggcccagg
gi|34 : -----AGC----------------C-CC-TGGTCGGTCC---AG-TTGA-C--G-----AATT-CTTACAAAC-A-A-G-G--TTA------TTATT-TT--T-T-----A-----ggcct
gi|35 : ggatctagcggctgtcctgt-G---C-----AA-------C----------------T-CC-CCG------A---AA-CTGC-C--G-----AATT-CTTACAAAC-A-A-GAG--GTA------TT-TTCTT--T-T-----A-----A-C-----C---AAA--T-GCTTG-TTGT----Atcaga
gi|36 : tggtT-TT--T-TGA---A-----A-G-----T---AAA--T-GCATG-TTGT----ACAA-ATA----A-TT---TTT---T-------------------------TTT-----A-AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGAG-GGGG
gi|37 : ACAAAA-A-A-GGG--GT-------AT-TT-TT--T-A-----G-----A-T-----T---AGA--T-GCTGG-TTGT----ACAA-ACA----A-AA---T------------------------------------------T--TC-A-A-AC-----------GCG---GGGG-TGGGGGGctggatccgc
gi|38 : TG-TTAT----ACAA-ACA----A-AA---TTT---C---A-----ACAACA-----A--AA--------ACAT--TC-A-A-AC-----------GGG---GAGG-
gi|39 : ACAAAC-A-A-GAG--GTG------CT-TT-TTA-T-T-------------T-----T---AAA--T-GCTTG-TTGT----AGAA-ACA----A-AA---TTTG--C---A-----A----cactccggcactagatccgc
gi|4 : GTGGCAGATC-C-ATG--G-AAACTTTCAAT--AAT------------GG--GG----G--------GGG---GGGC---AT-----------GT----AAG-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTGGGA----AG-TTTC-CC-AG----TGGG-TAACAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------CGCC-TGG------A---AG-CTG--C--A-----AATT-CCTTCAAACAA-A-GAGC-GTG------GG-TT-TA--C-T-----A-----G-------C---AAA--T-GC-TG-TTTT----ACAA-ACA----A-AA---TTT---C---C-----A----C-----A--AA--------A-AT--TTAA-A-AC-------------G---GAGG-GGGGGGGGGGTG---------A----A----AC-AGCG-CTGGATTCg
gi|40 : aAC------------GG--GA----G--------GGG---AGG-----G-----------GTT---A-G-AA--------A----------------G-CAGGG--------G-GTCCGTGGGCTGTC------------TTG--A----AG-CC-C-CA-AG----cacc
gi|41 : --A----AG-CA-C-CC-AG----TGGG-TC-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-CTG------A---A--CCAA-T--G-----AGTT-CT
gi|42 : -CC-CTG------A---AG-CTGA-C--A-----AATT-CTTACAATT-A-A-GAG--GT--------T-TT-TT--T-ga
gi|43 : tgtgggctg-G---C-----AA-----AGT----------------T-CC-CGG------A---AG-CTGC-C--A-----AATT-TTTACAAGC-A-A-GAG--GTG------TT-TT-
gi|44 : aGTGGCGGATC-C-A-G--G-AA--TTTCA-T--AAC------------GG--GG----
gi|47 : ca------A---AG-CTGA-T--A-----AATT-CTTACAAAC-A-A-GAG--GTG------GC-Tcgcggtcataggaagg
gi|5 : GTGGCAGATC-C-T-G--G-AA--CTTCA-T--AAT------------GG--GGGG--G--------GGG---GGGC---AT-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CA-GG--------G-GTC---------TCA--G--------TTG--A----AGTTT-C-CC-AG----TGGG-TA-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGG------A---AG-CTGG-C--A-----AATTCCTTACAAACAA-A-GAG--GTG------GT-TT-AC--T-------------A-G-----C---AAA--T-GCTTG-TTTT----ACAA-ACA----A-AA---TTT---C---C-----A----C-----A--AA--------A-AT--TT-A-A-AC------------GG---GAGG-GGGGGGGGGGTG---------A----A----AC-AGCG-CTGGATCC
gi|6 : aGTGGCAGATC-C-T-G--G-AA--CTTCA-T--AAT------------GG--GG----G--------GGGCATGGGCA--TG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGGG--------G-GTC---------TCA--G--------TTG--A----AG-TT-C-CC-AG----TGGG-TA-CAG--G-G---C-----AA-----AGC----------------C-CC-TGG------A---AG-CTGG-C--A-----AATT-CTTACAAAC-A-A-GAG--GTG------GT-TT-AC--T-------------A-G-----C---AAA--T-GCTTG-TTTT----ACAA-ACA----A-AA---TTT---C---C-----A----C-----A--AA--------A-AT--TT-A-A-AC-----------GGG---AGGG-GGGGGGGGGGTG---------A----A----AC-AGCG-CTGGATCCacct
gi|7 : GCGGAG----A-G--G-AA--TTTCC-A--AAC------------GG--AG----G--------G--------C---CG-----------GT----A-G-AA--------G----------------G-CAGTG--------G--TC----------CA--G--------AGC--A----AG-TC-C-T--GG----AGGA-TC-CAG--G-GGG-C-----AA-------T----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----A-TT-CTTACAACG-A-G-GAT--ATG------TT-TT-TT--T-T-----A-----AAT-----T---AAACAT-GCTTG-CTGT----ACAA-AAAGGAAA-AA---TTT---C---A-----A----A-----A--AA--------A-AT--TC-ACA-AC-----------AGG---GGGG-GGGGGGGTCG-G---------C----AC---CC-GGCGCCTGGA
gi|8 : gacaGCGGCGGATC-C-A-GTGG-AA--TTTC-------C------------GA--AG----G--------CGG---GTGT---TGTGCTTTTGGGTGT----A-A-AA--------G----------------G-C------------T-GTC---------TTA--G--------AGG--A------------TC-AG----TGGG-TC-CAG--G-G---A-----AA-----GAC----------------C-CC-CGG------A---AG-CTGA-C--G-----AATT-CTTACAAAC-C-A-GAG-----------------------------------------------AAA--T-GCTTT-GTGT----ACAA-CCA----A-AA-------------A-----A----A-----A--AAAACCAAACA-AT--TC-A-A-AC-----------GGG---GGGG-GGGGGGGGTGGG---------GTCACG----CC-GGCG-CTGGATCa
gi|9 : a--G-----AATT-CTTACAAGC-A-A-GAG--GTGGGCGTCGT-TT-TT--T-TAA---A-----A-TAAG--T---AAA--T-GCTTGTTTGT----ACCT-AAA----A-AA---TCT---
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|45 ): GCAGTGGTGGATCCAGGATTTCAATAAAAAAAAAGGGGGGGGGGG
Unaligned ( gi|46 ): ACAAACTCTAAGTAAAAAAGTGAATTAGTTTTAATAGCAGT