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Reference ( gi|2 )            :                                                                     AGTTGATTTT-A-GAAGTT--TG---------TCC-A--C--C----C----AC--------AT---TCA-G-TAACT--T-TT-AGA----A----G---TT-CG---CC--CCT--C----CC-CC--AC--A--TT-GC-G-TG---------A-T--TT-T-AGAA-G-TT-GCCCCCCCCCCCCCCCCCAG-------CCCTTCCCCCATCACAGGGTCTATTA--CTTTTT----TTT------CA---CATTATTTAGAAGTTTGCCCGTA
gi|5                          :                                                                     AGTGGATTTTTA-GAAGTT--TG-----------C-A--C--C----C-----C--------AT---TCA-G-TGATTGGTATT-AGA----A----A-------A---GC--CCT--C----CC-CC---------TTCGG-G-TG---------AAT--TT-T-AAAA-G-----CCCCCCCCCCCC
gi|1                          :                                    atttagaagattgtgctcccgccccccgcccattacTGATTTA-AAGAAGTT--TG---------CCC-C--C--C----C-----C--------AT---TCA-G-TGATT--T-TT-AGA----A----G---TT--G---CA--CCT--atttagtgtcttatt
gi|17                         : cacagggggcaacccccacttttgtcaacgtaatcttattggcttgtcaatattcgagaagtcacattcagTGCTTTT-G-AAAGTT--TG---------CCC-C--C--C----C----A---------A----TCA-G-T-GCT--T-TTGAGA----A----GCCTCT-TG---CC--CCT--T----CC-CCCGAG--A--TT-AT-G-TGCCT------A----TT-T-AG-A-G-T---CCCTCCCtagtgattataagccctccctcggagtgaatctaaaagcccccc
gi|11                         :                                                                          ATTGT-A-GAAGTCACCC---------CCC-A--C--C----C----CG--------CT---TCA-G-TGATT--T-TT-AGA----A----C---AT-TG---CA--TCC--C----CC-TC--ACTTC--TT-TCAG-TG---------ATT--TT-T-AGAA-
gi|25                         :                                           gtcaagtaacttttttctgcatgaagtcacatTTTT-A-GAAGTT--TG---------TCC----C--C----C----AC--------TT---TCA-T-TGATT--T-AT-AAA----G----G---TT-TG---CC--CCC--C----CC-c
gi|15                         :                                                                           tTTT-A-GAAGTT--TG---------TCCCA--CGGC----CTCA-AC--------AT---TCA-G-TGATTC-T-TT-A-----------------------------T--C----CC-CC--AC--ACCTT-CA-G-AG---------A-T--TT---AGAA-G-TT-TACCCCCCCCCCCCC
gi|19                         :                                                                         ataTTT-A-GAAGTT--TG---------CCC-CTCC--C----C----CC--------AG---TCA-G-TGA-T--T-TT-AGA----A----T---TT-TG---CC--CCT--T----CC-CC--Aattctgtgttctat
gi|16                         :                                                                   gtcacacaaTTT-A-GAAGTT--TG---------CCCCA--C--C----C----T----------T---TCA-G-T-----------------------G---TT-TG---TC--CCTTCC----CC-CC--AC--A--TT-CA-G-TGTTTCATGCCA-TAATT-T-AGAA-GTTT-GCCCCCCCC
gi|13                         :                                                               ttatgtcacataaTTT-A-GAAGTT--TG---------CCC-C--C--CTCCCC----CC--------AT---TCA-G-TGATT--T-TT-GGA----A----C---TTGTA---CC--CAC--T----TT-CT--ATG-A--TT--T-G-TG---------GTT--TT-T-AGAATA-TC-GCCCCTCC
gi|8                          :                                                                           aTTT-A-GAAGTT--TGAGACACCACTCC-A--C--C----CTCTTGC--------AT---TCA-A--AAC--------AGA----GCAGTG---TT-TA---TC--CTG--C----TTGCC--AT--A--T------------------A-T--TT-T-AGAA-GTTT-GCCCCCCCCCCCacattttgtgtacttt
gi|10                         :                                                  tttctgcatcatgtcacattctgtaaTTT-A-GAAGTT--TG---------CCC-A--CA-C----C----AC--------CT---TTT-G-T---T--T-TT-AGA---------------------CC--CCA--C----CT-CC--A
gi|7                          :                                                        ctgaattatgttcatcatagTTT-A-GAAGTT--TG---------TCCCG--C--C----C----ACTGCTCCCCAT---TCA-AACAA---------AGAGCAGA----G---TT-TA---TCTGCAT--CATAGCCACC--AT--A--TT-G-----------------------T-AGAA-G-TT-GTCGCCCCCCCCCCCgtgttccattttccctttttgccatctgacacattatttagaagtttgc
gi|4                          :                                                                    acttatttccactgcacctccatggatacaactaaC-A--C--C----C----AC--------ACATGTCC-A-TGAGT--T-TT-AGC----A--------TT-GGAACCC--CCC--C----CC-CC--CC--A--TT-G----TG---------A-T--TT-TTAGAA-G-TT-GTTCCACCCCTACCCCC--A-------CCCT--CCTCGTTTT--GTTGTATTATCCTTTTT----TTTTTCGTTCA---CATTA-TTAGAAGGTTGttt
gi|1                          :                                                                                                                ----C----AC--------AT---TCA-G-TGATT--T-AA-AGA----A----G---TT-TG---CC--CCC--C----C-------C--A--TT-CA-G-TG---------ATT--TT-T-AGAA-G-TT-GCACCtgcgc
gi|6                          :                                                  cacagggggcaacccccacttttgtcaacgtaatcttattggcttgtcaatattcgagaagt----C----AC--------AT---GCACA-TAA----T-TT-AGA----A----G---TT-TA---CC--CCC--C----CC-CC--ttagtgattataagccctccctcggagtgaatctaaaagcccccc
gi|12                         :                                       ggcccatgggcctcttgtttttgttgcttgtcacaaaatttagaattttgcctccctcccctcttttttttttttttttgctaatattcaatctttacacta-TAAAT--T-TT-AGA----A----GG--TT-CG---CC--CCC--C----CC-Cc
gi|25                         :                                                            gggggggcaaaagttatgttttgtttgtttttcccccacccttttgtcataagtaaaccttttttcttctgcatcaattgatcacaT--T-TT-AGA----A----G---TT-TG---------T--C----CC-CC--AC-----TT-TC-ATTG---------A-T--TTAT-AAAG-GTTT-GCCCCCCCC
gi|19                         :                                                                                                                                                  t--T-TT-AGA----A----G---TT-TG---CC--CCT--C----CC-CC---C--A--GT-CA-G-TG---------A-T--TT-T-AGAATT-TT-GCCCCTTCCCC
gi|10                         :                                                                                                                                          gtcacacaa--T-TT-AGA----A----G---TT-TG---CC--CA--------CA-CC--AC--C--TT-TT-G-T------------T--TT-T-AGA---------------CCCCACCTCCAG-------TGTT----CCAT---------TTTCC--CTTTTTGCCATCTGA----CA---CATTATTTAGAAGTTTGCa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                ctgaattatgttcatcatag--TT-T-AGAA-G-TTTGCCCCACCCTTTC-----AGTGTTTGTCCCTTCCCCC--CACA---TTCAGTG------------TTT------CATGCCATAATTTAGAAGTTTGCCC
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttatg------CA---CATAATTTAGAAGTTTACCCcaccctttcagtgtttgtcccttccccccacattcagtgtttcatgccataatttagaagtttgcccccccc
12 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|9 ): TTTTTTTCTGCACCATGTCACATAATTTAGAATCCCCCCAACACCCACATTCAAAACAGAACAGAGTTTATGGGCCTTATTATTTTATGTTTGTCACAAAATGTAGAAGCCCCCCCCCCT
Unaligned ( gi|14 ): GGGGGGCGTTATGTTTTTCTGCCTCCCCCCCCTTTTTTTTGGTCACAATTAATCAATACTTTTATGTCTGCATAAAGTCACAACTTTTAAGTTTCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|18 ): TTGGGAGGGGGTGCACAATTGCCCCTCCCCCACCCACGTTTTGGTCAAGTGAACTTTGTTGTTATTCTGCATAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCTGCATGATATCGCATAATTTAGAAGTCCCCCCCCTCTCCCCTTTGAATTTTGAAA
Unaligned ( gi|21 ): TAGAAGTTTGCCCTCCCCCTACCTCCACATTCAGTGTTCTATTAGTCCCCCACCCCTT
Unaligned ( gi|22 ): GTCAAGTGGTTTTTTTTCTGCATCATGCCACATAATTTAGAAATCCCCACCACAT
Unaligned ( gi|23 ): TTGGCCCCTCCCCGCATTCAAAACAGAGCAGTGTTTATAAGCCTTATTTGTATTT
Unaligned ( gi|24 ): ATGTGGCCCATGGGCCTCTTGTCTTTAATATGCCAGAAAATTTAGGAAATTTT
Unaligned ( gi|26 ): TTTATGCATAAAGTAAGATAATTTAAAAGTCCCCCCCTTTCAGTGATTTTT
Unaligned ( gi|27 ): ATTCTAAATTACGTGACATAATGCAGAATTTTTTTATGATTTGCCCCA
Unaligned ( gi|28 ): CCAGGCGGTGAATTAGAAGTCACCCGCCCCCCCCCC






Alignments
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Reference ( family-3530 )     :                                                                                                      AGCCGATTTTA-GAAG--TT--TG----CC---C-AC--C----C---AC--------A--T---T-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AG---TT-T--G----CCCC--CCCC------CCA---C-ATTNNGTG----A-T-------T----TTAGAA-G-TT----G-CCCCCCCCCCCCCCCCAGCCCT--C----C----CCGTC------CT----TAT--TNCTTTTT----T------TT--CA-CATAATTTAGAAGTTTGCCC
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gi|1                          :                                            cacagggggcaacccccacttttgtcaacgtaatcttattggcttgtcaatattcgagaagtGATTTAAAGAAG--TT--TG----CC---C-CC--C----C----C--------A--T---T-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AG----T-T--G----CACC----------------------TTAGTG----A-T-------T----ATAA-----------G-CCCTCCCTCttagtgattataagccctccctcggagtgaatctaaaagcccccc
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gi|15                         :                                                                                                                   ata--TT--TA----TC---C--C--C----C---AC--------ACCT---T-C----A---G-AG-ATT--T---AGA----AG---TT-T--AC---CCCC--CCCC------CCC---C-ATTCTGTG------T-------T----CTAattctgtgttctat
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gi|16                         :                                                                                                        ttatgTTTA-GAAG--TT--TG----CC---CCAC--C----C---T------------T---T-C----A---G-TG----------------------TT-T--G----TCCCTTCCCC------CCA---C-ATTCAGTGTTTCA-TGCCATAAT----TTAGAA-GTTT----G-CCCCCCCCcaccctttcagtgtttgtcccttccccccacattcagtgtttcatgccataatttagaagtttgcccccccc
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gi|25                         :                                                                                                            TTTTA-GAAG--TT--TG----TC---C--C--C----C---AC--------T--T---T-C----A---T-TG-ATT--T-ATAAA----GG---TT-T--G----CCCC--CCCC------tt
gi|3                          :                                                                                                            tTTTA-GAAGTTTT--TG----CCGCGC-CC--C----C---CC--------T--T---C-C----A---G-TG-ATTA-T-GTAGA----AG---TT-TGGG----CCCC--
gi|4                          :                                             ggccggggtcaaaagtatggtttttggaactccccgcagctttttgtgaagataagttttttttccgctgcatcatgtcaacacaaa---C-AC--C----C---AC--------A--CATGT-C----C---A-TG-AGT--T-TTAGC----A-----T-T--GGAACCCCC--CCCC------CCC---C-ATT--GTG----ATT-------T----TTAGAA-G-TT----G-TTCCACCCCTACCCCCA-CCCT--C----C----TCGTT------TTGTTGTATTATCCTTTTT----TTTTTCGTT--CA-CATTA-TTAGAAGGTTGactttcaggtga
gi|5                          :                                                                                                             TTTA-GAAG--AT--TGTGCTCC---C-GC--C----C---CCCGCCC---A--T---TAC----A---G-TGGATT--T-TTAGA----AG---TT-T--G----CACC--C---------------C-ATTCAGTG----A-T-------TGGTATTAGAA-A--A----G-CCCTCCCCCtgcgc
gi|5                          :                                                                                                           aTTTTA-GAAG--TT--TG----C------AC--C----C----C--------A--T---T-C----A---G-TG-ATTGGTATTAGA----AA---A-----G----CCCT--CCCC------CT-------TCGGGTG----AAT-------T----TTAAAA-G---------CCCCCCCCCCCCttcgggtgaattttaaaagccccccccccccatttagtgtcttatt
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gi|6                          :                                                                 atttagaagattgtgctcccgccccccgcccattacagtggatttttagaagtttgcaccccattcagtgattggta----C---AC--------A--T---G-C----AC--A-TA-ATT--T---AGA----AG---TT-T--A----CCCC--CCCC------CCtt
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11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3530 )     :                                                                                                      AGTTGATTTT-A-GAAG--TTTG--------CC---CNC---C----C---AC--------ATT-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AG---TT-TG----CCCC--CCCC------CCA---C-ATTC-NGTG----A-T-------T----TT-AGAA-G-TT----G-CCCCCCCCCCCCCCCCA-GCNCT--C----C----CCGT------NTT----TAT--TCCTTTTT----T------TT--CA-CATAATTTAGAAGTTTGCCC
gi|1                          :                                                                                                                                                 ----C---AC--------ATT-C----A---G-TG-ATT--T-AAAGA----AG---TT-TG----CCCC--CCC-------------C-ATTC-AGTG----ATT-------T----TT-AGAA-G-TT----G-CACC
gi|1                          :                                           cacagggggcaacccccacttttgtcaacgtaatcttattggcttgtcaatattcgagaagtTGATTTA-AAGAAG--TTTG--------CC---CCC---C----C----C--------ATT-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AG----T-TG----CACC----------------------TT-AGTG----A-T-------T----AT-AA-----------G-CCCTCCCTCttagtgattataagccctccctcggagtgaatctaaaagcccccc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        cacagggggcaacccccacttttgtcaacgtaatcttattggcttgtcaatattcgagaagtcacattcag------TT--CATCATAGTTTAGAAGTTTGCCCggagtgaatctaaaagcccccc
gi|10                         :                                                                                                                                                                              ctgaattatg--T-TTAGA----AG---TT-TG----CCCA--CACC--------A---C-CTTT-TGT-------T-------T----TT-AGA------------------CCCCACCTCCA-GTGTT--C----C--------------ATT----T-T--CCCTTTTTGCCAT------CTGACA-CATTATTTAGAAGTTTGCacaccaccttttgtttttagaccccacctccagtgttccattttccctttttgccatctgacacattatttagaagtttgc
gi|11                         :                                                                                       ctgaattatgttcatcatagATTGT-A-GAAG--TCAC--------CC---CCCACCC----C---GC---------TT-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AC---AT-TG----CATC--CCCC------TCACTTC-TTTC-AGTG----ATT-------T----TT-AGAA-
gi|13                         :                                                                             gtcaagtaacttttttctgcatgaagtcacatTTT-A-GAAG--TTTG--------CC---CCC---CTCCCC---CC--------ATT-C----A---G-TG-ATT--T-TTGGA----AC---TTGTA----CCCA--CTTT------CTA---T-GATT-TGTG----GTT-------T----TT-AGAATA-TC----G-CCCCTCCc
gi|13                         :                                                                                                        aTGATTTT-T-GGAA--CTTG--------T-----AC---C----C---AC--------TTT-CTATGATTTG-TG-GTT--T-TTAGA----A-------TA----TCGC--CCCT------CCA---C-ATTT-TGTGT---A-C-------T----TT-acattttgtgtacttt
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gi|15                         :                                                                                                                    ata--TTTA--------TC---CCC---CA---C---AC--------CTT-C----A---G-AG-ATT--T---AGA----AG---TT-TAC---CCCC--CCCC------CCC---C-ATTC-TGTG------T-------T----CT-Aattctgtgttctat
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gi|16                         :                                                                                                        ttatgTTT-A-GAAG--TTTG--------CC---CCA---C----C----C--------TTT-C----A---G-TG----------------------TT-TG----TCCCTTCCCC------CCA---C-ATTC-AGTGTTTCA-TGCCATAAT----TT-AGAA-GTTT----G-CCCCCCCCcaccctttcagtgtttgtcccttccccccacattcagtgtttcatgccataatttagaagtttgcccccccc
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                       g--T-TTAGA----AG---TT-TG----CCCC--TCCC------CC----C-AGTC-AGTG----A-T-------T----TT-AGAATT-TT----G-CCCCTTCCCCctccccccagtcagtgattttagaattttgccccttcccca
gi|2                          :                                                                                             gtcacacaaAGTTGATTTT-A-GAAG--TTTG--------TC---CAC---C----C---AC--------ATT-C----A---G-TA-ACT--T-TTAGA----AG---TT-CG----CCCC--TCCC------CCA---C-ATTG-CGTG----A-T-------T----TT-AGAA-G-TT----GCCCCCCCCCCCCCCCCCA-GCCCTTCC----C----CCATCACAGGGTC----TAT--TACTTTTT----T------TT--CA-CATTATTTAGAAGTTTGCCCa
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gi|25                         :                                                                                                            TTTT-A-GAAG--TTTG--------TC---C-C---C----C---AC--------TTT-C----A---T-TG-ATT--T-ATAAA----GG---TT-TG----CCCC--CCCC------tt
gi|3                          :                                                                                                            tTTT-A-GAAGTTTTTG--------CCGCGCCC---C----C---CC--------TTC-C----A---G-TG-ATTA-T-GTAGA----AG---TT-TG----------GGCC------CCA---C-TTTCAGGTG----A-
gi|4                          :                                      ggccggggtcaaaagtatggtttttggaactccccgcagctttttgtgaagataagttttttttccgctgcatcatgtcaacacaaa--------CC---CAC---A----C---AT--------GTC-C----A-----TG-AGT--T-TTAGC----A-----T-TGGAACCCCC--CCCC------CCC---C-ATT---GTG----A-T-------T----TTTAGAA-G-TT----G-TTCCACCCCTACCCCCA--CCCT--C----C----TCGT------TTTGTTGTATTATCCTTTTT----TTTTTCGTT--CA-CATTA-TTAGAAGGTTG
gi|5                          :                                                                                                           caTTT-A-GAAG--ATTGTGCTCCCGCC---CCC---CG---C---CC--------ATTAC----A---G-TGGATT--T-TTAGA----AG---TT-TG----CACC--C---------------C-ATTC-AGTG----A-T-------TGGTATT-AGAA-A--A----G-CCCTCCCCCtgcgc
gi|5                          :                                                                                                     aAGTGGATTTTTA-GAAG--TTTG-------------CAC---C----C----C--------ATT-C----A---G-TG-ATTGGTATTAGA----AA------AG----CCCT--CCCC------C--------TTCGGGTGA---A-T-------T----TT-AAAA---------G-CCCCCCCCCCCCttcgggtgaattttaaaagccccccccccccatttagtgtcttatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                  atttagaagattgtgctcccgccccccgcccattacCCCATGGGCC--T----C----TTGT------TTT----TGT--TGCTTGT----------------CA-CAAAATTTAGAATTTTGCCatttagtgtcttatt
gi|6                          :                                                                                                                                               gg----C---AC--------ATG-C----AC--A-TA-ATT--T---AGA----AG---TT-TA----CCCC--CCCC------CCtccctcccctcttttttttttttttttgctaatattcaatctttacactacacatgcacataatttagaagtttaccccccccccc
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gi|7                          : ggcccatgggcctcttgtttttgttgcttgtcacaaaatttagaattttgcctccctcccctcttttttttttttttttgctaatattcaatctttacactacacatgTTT-A-GAAG--TTTGT-------CC---CGC---C----C---ACTGCTCCCCATT-C----A---AACA-A--------AGAGCAGAG---TT-TA----TCTG--CATCATAG--CCA---CCAT-----------A-T-------T----GT-AGAA-G-TT----G-TCGCCCCCCCCCCCcccccccc
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11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3530 )     :                                                                                                      AGTTGATTTT-A-GAAGTTT--G--------CC---CC-----C---C----CA-C--------AT-T-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AG---TT-TG----CCCC--CCCC------CCA---C-ATTC-NGTG----A-T-------T----TT-AGAA-G-TT----G-CCCCCCCCCCCCCCCCA-GCGCT--C----C----CCGT------NTT----TAT--TCCTTTTT----T------TT--CA-CATAATTTAGAAGTTTGCCC
gi|1                          :                                                                                                                                                      ----CA-C--------AT-T-C----A---G-TG-ATT--T-AAAGA----AG---TT-TG----CCCC--CCC-------------C-ATTC-AGTG----ATT-------T----TT-AGAA-G-TT----G-CACC
gi|1                          :                                           cacagggggcaacccccacttttgtcaacgtaatcttattggcttgtcaatattcgagaagtTGATTTA-AAGAAGTTT--G--------CC---CC-----C---C----C--C--------AT-T-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AG----T-TG----CACC----------------------TT-AGTG----A-T-------T----AT-AA-----------G-CCCTCCCTCttagtgattataagccctccctcggagtgaatctaaaagcccccc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            cacagggggcaacccccacttttgtcaacgtaatcttattggcttgtcaatattcgagaagtcacattcag------TT--CATCATAGTTTAGAAGTTTGCCCggagtgaatctaaaagcccccc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                  ctgaattatg--T-TTAGA----AG---TT-TG----CCCA--CACC--------A---C-CTTT-TGT-------T-------T----TT-AGA------------------CCCCACCTCCA-GTGTT--C----C--------------ATT----T-T--CCCTTTTTGCCAT------CTGACA-CATTATTTAGAAGTTTGCacaccaccttttgtttttagaccccacctccagtgttccattttccctttttgccatctgacacattatttagaagtttgc
gi|11                         :                                                                                       ctgaattatgttcatcatagATTGT-A-GAAGTCA--C--------CC---CC-----CACCC----CG-C---------T-T-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AC---AT-TG----CATC--CCCC------TCACTTC-TTTC-AGTG----ATT-------T----TT-AGAA-
gi|13                         :                                                                             gtcaagtaacttttttctgcatgaagtcacatTTT-A-GAAGTTT--G--------CC---CC-----C---CTCCCCC-C--------AT-T-C----A---G-TG-ATT--T-TTGGA----AC---TTGTA----CCCA--CTTT------CTA---T-GATT-TGTG----GTT-------T----TT-AGAATA-TC----G-CCCCTCCc
gi|13                         :                                                                                                        aTGATTTT-T-GGAACTT--G--------TA---CC-----C---------A-C--------TT-T-CTATGATTTG-TG-GTT--T-TTAGA----A-------TA----TCGC--CCCT------CCA---C-ATTT-TGTGT---A-C-------T----TT-acattttgtgtacttt
gi|15                         :                                                                             atttagaagtttgcccccctccccccattcagTTT-A-GAAGTTT--G--------TC---CCACGGCC---T----CAAC--------AT-T-C----A---G-TG-ATTC-T-TTA----------------------TC--CCCC------ACA---C-CTTC-AGAG----A---------T----TT-AGAA-G-TT----T-ACCCCCCCCCCCCC
gi|15                         :                                                                                                                    ataTTT--A--------TC---CC-----C---CA---CA-C--------CT-T-C----A---G-AG-ATT--T---AGA----AG---TT-TAC---CCCC--CCCC------CCC---C-ATTC-TGTG------T-------T----CT-Aattctgtgttctat
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gi|16                         :                                                                                                        ttatgTTT-A-GAAGTTT--G--------CC---CC-----A---C----C--C--------TT-T-C----A---G-T-------------------G---TT-TG----TCCCTTCCCC------CCA---C-ATTC-AGTGTTTCA-TGCCATAAT----TT-AGAA-GTTT----G-CCCCCCCCcaccctttcagtgtttgtcccttccccccacattcagtgtttcatgccataatttagaagtttgcccccccc
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gi|26                         :                                                                                                            tTTT-A-AAAGT--------------C---CC-----C---C----C--C--------TT-T-C----A---G-TG-ATT--T-TT
gi|3                          :                                                                                        tttatgcataaagtaagataaTTT-A-GAAGTTTTTG--------CCGCGCC-----C---C----CC-C--------TT-C-C----A---G-TG-ATTA-T-GTAGA----AG---TT-TG----------GGCC------CCA---C-TTTCAGGTG----A-
gi|4                          :                                                ggccggggtcaaaagtatggtttttggaactccccgcagctttttgtgaagataagttttttttccgctgcatcatgtcaacacaaa---CC-----C---A----CA-C--------ATGT-C----C---A-TG-AGT--T-TTAGC----A-----T-TGGAACCCCC--CCCC------CCC---C-ATT---GTG----A-T-------T----TTTAGAA-G-TT----G-TTCCACCCCTACCCCCA--CCCT--C----C----TCGT------TTTGTTGTATTATCCTTTTT----TTTTTCGTT--CA-CATTA-TTAGAAGGTTG
gi|5                          :                                                                                                           caTTT-A-GAAGATT--GTGCTCCCGCC---CC-----C---CG---CC-C--------AT-TAC----A---G-TGGATT--T-TTAGA----AG---TT-TG----CACC--C---------------C-ATTC-AGTG----A-T-------TGGTATT-AGAA-A--A----G-CCCTCCCCCtgcgc
gi|5                          :                                                                                                     aAGTGGATTTTTA-GAAGTTT--G--------CA---CC-----C-----------C--------AT-T-C----A---G-TG-ATTGGTATTAGA----AA------AG----CCCT--CCCC------C--------TTCGGGTGA---A-T-------T----TT-AAAA---------G-CCCCCCCCCCCCttcgggtgaattttaaaagccccccccccccatttagtgtcttatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      atttagaagattgtgctcccgccccccgcccattacCCCATGGGCC--T----C----TTGT------TTT----TGT--TGCTTGT----------------CA-CAAAATTTAGAATTTTGCCatttagtgtcttatt
gi|6                          :                                                                                                                                                    gg----CA-C--------AT-G-C----AC--A-TA-ATT--T---AGA----AG---TT-TA----CCCC--CCCC------CCtccctcccctcttttttttttttttttgctaatattcaatctttacactacacatgcacataatttagaagtttaccccccccccc
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10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3530 )     :                                                                                                      AGTTGATTTT-A-GAAGTTT--G--------CC---CC-----C---C----CA-C--------AT-T-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AG---TT-TG----CCCC--CCCC------CCA---C-ATTC-NGTG----A-T-------T----TT-AGAA-G-TT----G-CCCCCCCCCCCCCCCCA-GCGCT--C----C----CCGT------NTT----TAT--TCCTTTTT----T------TT--CA-CATAATTTAGAAGTTTGCCC
gi|1                          :                                                                                                                                                      ----CA-C--------AT-T-C----A---G-TG-ATT--T-AAAGA----AG---TT-TG----CCCC--CCC-------------C-ATTC-AGTG----ATT-------T----TT-AGAA-G-TT----G-CACC
gi|1                          :                                           cacagggggcaacccccacttttgtcaacgtaatcttattggcttgtcaatattcgagaagtTGATTTA-AAGAAGTTT--G--------CC---CC-----C---C----C--C--------AT-T-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AG----T-TG----CACC----------------------TT-AGTG----A-T-------T----AT-AA-----------G-CCCTCCCTCttagtgattataagccctccctcggagtgaatctaaaagcccccc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            cacagggggcaacccccacttttgtcaacgtaatcttattggcttgtcaatattcgagaagtcacattcag------TT--CATCATAGTTTAGAAGTTTGCCCggagtgaatctaaaagcccccc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                  ctgaattatg--T-TTAGA----AG---TT-TG----CCCA--CACC--------A---C-CTTT-TGT-------T-------T----TT-AGA------------------CCCCACCTCCA-GTGTT--C----C--------------ATT----T-T--CCCTTTTTGCCAT------CTGACA-CATTATTTAGAAGTTTGCacaccaccttttgtttttagaccccacctccagtgttccattttccctttttgccatctgacacattatttagaagtttgc
gi|11                         :                                                                                       ctgaattatgttcatcatagATTGT-A-GAAGTCA--C--------CC---CC-----CACCC----CG-C---------T-T-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AC---AT-TG----CATC--CCCC------TCACTTC-TTTC-AGTG----ATT-------T----TT-AGAA-
gi|13                         :                                                                             gtcaagtaacttttttctgcatgaagtcacatTTT-A-GAAGTTT--G--------CC---CC-----C---CTCCCCC-C--------AT-T-C----A---G-TG-ATT--T-TTGGA----AC---TTGTA----CCCA--CTTT------CTA---T-GATT-TGTG----GTT-------T----TT-AGAATA-TC----G-CCCCTCCc
gi|13                         :                                                                                                        aTGATTTT-T-GGAACTT--G--------TA---CC-----C---------A-C--------TT-T-CTATGATTTG-TG-GTT--T-TTAGA----A-------TA----TCGC--CCCT------CCA---C-ATTT-TGTGT---A-C-------T----TT-acattttgtgtacttt
gi|15                         :                                                                             atttagaagtttgcccccctccccccattcagTTT-A-GAAGTTT--G--------TC---CCACGGCC---T----CAAC--------AT-T-C----A---G-TG-ATTC-T-TTA----------------------TC--CCCC------ACA---C-CTTC-AGAG----A---------T----TT-AGAA-G-TT----T-ACCCCCCCCCCCCC
gi|15                         :                                                                                                                    ataTTT--A--------TC---CC-----C---CA---CA-C--------CT-T-C----A---G-AG-ATT--T---AGA----AG---TT-TAC---CCCC--CCCC------CCC---C-ATTC-TGTG------T-------T----CT-Aattctgtgttctat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atatttagaagtttgtcccacggcctcaacattcagtgattcT--CA-CATAATTTAGAAGTTTGCCCt
gi|16                         :                                                                                                        ttatgTTT-A-GAAGTTT--G--------CC---CC-----A---C----C--C--------TT-T-C----A---G-T-------------------G---TT-TG----TCCCTTCCCC------CCA---C-ATTC-AGTGTTTCA-TGCCATAAT----TT-AGAA-GTTT----G-CCCCCCCCcaccctttcagtgtttgtcccttccccccacattcagtgtttcatgccataatttagaagtttgcccccccc
gi|17                         :                                                                                            ttatgtcacataaTGCTTTT-G-AAAGTTT--G--------CC---CC-----C---C----CA----------A--T-C----A---G-TG-CTT--T-TGAGA----AGCCTCT-TG----CCCCTTCCCC------CGA---G-ATTA-TGTG----C-CTA-----T----TT-AG-A-G-T-------CCCTCCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T--CA-CACAATTTAGAAGTTTGCCC
gi|19                         :                                                                                                            gTTT-A-GAAGTTT--G--------CC---CCTC---C---C----CC-C--------AG-T-C----A---G-TG-ATT--T-T-AGA----AT---TT-TG----CCCC--TTCC------CCA---ctccccccagtcagtgattttagaattttgccccttcccca
gi|2                          :                                                                                             gtcacacaaAGTTGATTTT-A-GAAGTTT--G--------TC---CA-----C---C----CA-C--------AT-T-C----A---G-TA-ACT--T-TTAGA----AG---TT-CG----CCCC--TCCC------CCA---C-ATTG-CGTG----A-T-------T----TT-AGAA-G-TT----GCCCCCCCCCCCCCCCCCA-GCCCTTCC----C----CCATCACAGGGTC----TAT--TACTTTTT----T------TT--CA-CATTATTTAGAAGTTTGCCC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                 TAGA----AG---TT-TG----CCCT--CCCCCTACCTCCA---C-ATTC-AGTG------T-------T----CT-ATTA-G-T-------CCCCCACCCCgta
gi|25                         :                                                                                                            TTTT-A-GAAGTTT--G--------TC---CC-----C---C-----A-C--------TT-T-C----A---T-TG-ATT--T-ATAAA----GG---TT-TG----CCCC--CCCC------tt
gi|26                         :                                                                                                            tTTT-A-AAAGT--------------C---CC-----C---C----C--C--------TT-T-C----A---G-TG-ATT--T-TT
gi|3                          :                                                                                        tttatgcataaagtaagataaTTT-A-GAAGTTTTTG--------CCGCGCC-----C---C----CC-C--------TT-C-C----A---G-TG-ATTA-T-GTAGA----AG---TT-TG----------GGCC------CCA---C-TTTCAGGTG----A-
gi|4                          :                                                ggccggggtcaaaagtatggtttttggaactccccgcagctttttgtgaagataagttttttttccgctgcatcatgtcaacacaaa---CC-----C---A----CA-C--------ATGT-C----C---A-TG-AGT--T-TTAGC----A-----T-TGGAACCCCC--CCCC------CCC---C-ATT---GTG----A-T-------T----TTTAGAA-G-TT----G-TTCCACCCCTACCCCCA--CCCT--C----C----TCGT------TTTGTTGTATTATCCTTTTT----TTTTTCGTT--CA-CATTA-TTAGAAGGTTG
gi|5                          :                                                                                                           caTTT-A-GAAGATT--GTGCTCCCGCC---CC-----C---CG---CC-C--------AT-TAC----A---G-TGGATT--T-TTAGA----AG---TT-TG----CACC--C---------------C-ATTC-AGTG----A-T-------TGGTATT-AGAA-A--A----G-CCCTCCCCCtgcgc
gi|5                          :                                                                                                     aAGTGGATTTTTA-GAAGTTT--G--------CA---CC-----C-----------C--------AT-T-C----A---G-TG-ATTGGTATTAGA----AA------AG----CCCT--CCCC------C--------TTCGGGTGA---A-T-------T----TT-AAAA---------G-CCCCCCCCCCCCttcgggtgaattttaaaagccccccccccccatttagtgtcttatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      atttagaagattgtgctcccgccccccgcccattacCCCATGGGCC--T----C----TTGT------TTT----TGT--TGCTTGT----------------CA-CAAAATTTAGAATTTTGCCatttagtgtcttatt
gi|6                          :                                                                                                                                                    gg----CA-C--------AT-G-C----AC--A-TA-ATT--T---AGA----AG---TT-TA----CCCC--CCCC------CCtccctcccctcttttttttttttttttgctaatattcaatctttacactacacatgcacataatttagaagtttaccccccccccc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     ggcccatgggcctcttgtttttgttgcttgtcacaaaatttagaattttgcctccctcccctcttttttttttttttttgctaatattcaatctttacacta--CA-CATAATTTAGAAGTTTACCCc
gi|7                          : ggcccatgggcctcttgtttttgttgcttgtcacaaaatttagaattttgcctccctcccctcttttttttttttttttgctaatattcaatctttacactacacatgTTT-A-GAAGTTT--G--------TC---CCG----C---C----CA-CTGCTCCCCAT-T-C----A---AACA-A--------AGAGCAGAG---TT-TA----TCTG--CATCATAG--CCA---CCAT-----------A-T-------T----GT-AGAA-G-TT----G-TCGCCCCCCCCCCCcccccccc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                     acttatttccactgcacctccatggatacaactaaCA---C-ATTC-TGTA----A-T-------T----T--AGAA-G-TTTGAGA-CACCACTCCACCCTCTT-GCATT--CAAAACAGAGCAGT------GTT----TAT--CC--TGCT----T------GC--CA-TATATTTTAGAAGTTTGCCCttt
gi|8                          :                                                                                                                                                                             tttctgcatcatgtT--T-TTAGA----AG---TT-TG----CCCC--CCCC------CCcccccccc


blockSeqs                     :                                                                                                                T .       TT TGCTCCCG  GCG  GCCCACTGCTCCCCA             G A TATG TTT A  G   GG AT    GCAG GCCTC G  GAAC    TT    CTACCT   CTT CA  CAG   TTTCATGCCATAA  GGTA  T    GTTTGAGA                    TGGG  CCTCGTTTTGTTGTATTATCCTTTTTTTTTTCGTT                        .
blockSeqs                     :                                                                                                                . .       .  .         .    ACGGCCTCAACA                . . .    C   .  .   C  T     .    GT    .  C       TT    ATAG     .   C   CGG   CCTA           .     .    TATCG                       GCC   TCCCCCATCACAGGGTCTATTACTTTTTTTT                            .
blockSeqs                     :                                                                                                                . .       .  .         .    CCTCCCCCCA                  . . .    .   .  .   A  T     .    CA    .  .       .     .        .   T   TA    ATT            .     .    GTTTG                       GCA   CAAAACAGAGCAGTGTTTATCCTGCTTGC                              .
blockSeqs                     :                                                                                                                . .       .  .         .    CACCCCGC                    . . .    .   .  .   .  T     .    CT    .  .       .     .        .   G   TT    GTT            .     .    GTTGC                       CC    TCTTGTTTTTGTTGCTTGT                                        .
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10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|12 ): GGGGGGGCAAAAGTTATGTTTTGTTTGTTTTTCCCCCACCCTTTTGTCATAAGTAAACCTTTTTTCTTCTGCATCAATTGATCACATAAATTTTAGAAGGTTCGCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|14 ): GGGGGGCGTTATGTTTTTCTGCCTCCCCCCCCTTTTTTTTGGTCACAATTAATCAATACTTTTATGTCTGCATAAAGTCACAACTTTTAAGTTTCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|18 ): TTGGGAGGGGGTGCACAATTGCCCCTCCCCCACCCACGTTTTGGTCAAGTGAACTTTGTTGTTATTCTGCATAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCTGCATGATATCGCATAATTTAGAAGTCCCCCCCCTCTCCCCTTTGAATTTTGAAA
Unaligned ( gi|22 ): GTCAAGTGGTTTTTTTTCTGCATCATGCCACATAATTTAGAAATCCCCACCACAT
Unaligned ( gi|23 ): TTGGCCCCTCCCCGCATTCAAAACAGAGCAGTGTTTATAAGCCTTATTTGTATTT
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Reference ( family-3530 )     :                                                                                                      AGTTGATTTT-A-GAAGTTT--G--------CC---CC-----C---C----CA-C--------AT-T-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AG---TT-TG----CCCC--CCCC------CCA---C-ATTC-NGTG----A-T-------T----TT-AGAA-G-TT----G-CCCCCCCCCCCCCCCCA-GCGCT--C----C----CCGT------NTT----TAT--TCCTTTTT----T------TT--CA-CATAATTTAGAAGTTTGCCC
gi|1                          :                                                                                                                                                      ----CA-C--------AT-T-C----A---G-TG-ATT--T-AAAGA----AG---TT-TG----CCCC--CCC-------------C-ATTC-AGTG----ATT-------T----TT-AGAA-G-TT----G-CACC
gi|1                          :                                           cacagggggcaacccccacttttgtcaacgtaatcttattggcttgtcaatattcgagaagtTGATTTA-AAGAAGTTT--G--------CC---CC-----C---C----C--C--------AT-T-C----A---G-TG-ATT--T-TTAGA----AG----T-TG----CACC----------------------TT-AGTG----A-T-------T----AT-AA-----------G-CCCTCCCTCttagtgattataagccctccctcggagtgaatctaaaagcccccc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            cacagggggcaacccccacttttgtcaacgtaatcttattggcttgtcaatattcgagaagtcacattcag------TT--CATCATAGTTTAGAAGTTTGCCCggagtgaatctaaaagcccccc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                  ctgaattatg--T-TTAGA----AG---TT-TG----CCCA--CACC--------A---C-CTTT-TGT-------T-------T----TT-AGA------------------CCCCACCTCCA-GTGTT--C----C--------------ATT----T-T--CCCTTTTTGCCAT------CTGACA-CATTATTTAGAAGTTTGCacaccaccttttgtttttagaccccacctccagtgttccattttccctttttgccatctgacacattatttagaagtttgc
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gi|13                         :                                                                                                        aTGATTTT-T-GGAACTT--G--------TA---CC-----C---------A-C--------TT-T-CTATGATTTG-TG-GTT--T-TTAGA----A-------TA----TCGC--CCCT------CCA---C-ATTT-TGTGT---A-C-------T----TT-acattttgtgtacttt
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gi|15                         :                                                                                                                    ataTTT--A--------TC---CC-----C---CA---CA-C--------CT-T-C----A---G-AG-ATT--T---AGA----AG---TT-TAC---CCCC--CCCC------CCC---C-ATTC-TGTG------T-------T----CT-Aattctgtgttctat
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gi|16                         :                                                                                                        ttatgTTT-A-GAAGTTT--G--------CC---CC-----A---C----C--C--------TT-T-C----A---G-T-------------------G---TT-TG----TCCCTTCCCC------CCA---C-ATTC-AGTGTTTCA-TGCCATAAT----TT-AGAA-GTTT----G-CCCCCCCCcaccctttcagtgtttgtcccttccccccacattcagtgtttcatgccataatttagaagtttgcccccccc
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gi|3                          :                                                                                        tttatgcataaagtaagataaTTT-A-GAAGTTTTTG--------CCGCGCC-----C---C----CC-C--------TT-C-C----A---G-TG-ATTA-T-GTAGA----AG---TT-TG----------GGCC------CCA---C-TTTCAGGTG----A-
gi|4                          :                                                ggccggggtcaaaagtatggtttttggaactccccgcagctttttgtgaagataagttttttttccgctgcatcatgtcaacacaaa---CC-----C---A----CA-C--------ATGT-C----C---A-TG-AGT--T-TTAGC----A-----T-TGGAACCCCC--CCCC------CCC---C-ATT---GTG----A-T-------T----TTTAGAA-G-TT----G-TTCCACCCCTACCCCCA--CCCT--C----C----TCGT------TTTGTTGTATTATCCTTTTT----TTTTTCGTT--CA-CATTA-TTAGAAGGTTG
gi|5                          :                                                                                                           caTTT-A-GAAGATT--GTGCTCCCGCC---CC-----C---CG---CC-C--------AT-TAC----A---G-TGGATT--T-TTAGA----AG---TT-TG----CACC--C---------------C-ATTC-AGTG----A-T-------TGGTATT-AGAA-A--A----G-CCCTCCCCCtgcgc
gi|5                          :                                                                                                     aAGTGGATTTTTA-GAAGTTT--G--------CA---CC-----C-----------C--------AT-T-C----A---G-TG-ATTGGTATTAGA----AA------AG----CCCT--CCCC------C--------TTCGGGTGA---A-T-------T----TT-AAAA---------G-CCCCCCCCCCCCttcgggtgaattttaaaagccccccccccccatttagtgtcttatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      atttagaagattgtgctcccgccccccgcccattacCCCATGGGCC--T----C----TTGT------TTT----TGT--TGCTTGT----------------CA-CAAAATTTAGAATTTTGCCatttagtgtcttatt
gi|6                          :                                                                                                                                                    gg----CA-C--------AT-G-C----AC--A-TA-ATT--T---AGA----AG---TT-TA----CCCC--CCCC------CCtccctcccctcttttttttttttttttgctaatattcaatctttacactacacatgcacataatttagaagtttaccccccccccc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     ggcccatgggcctcttgtttttgttgcttgtcacaaaatttagaattttgcctccctcccctcttttttttttttttttgctaatattcaatctttacacta--CA-CATAATTTAGAAGTTTACCCc
gi|7                          : ggcccatgggcctcttgtttttgttgcttgtcacaaaatttagaattttgcctccctcccctcttttttttttttttttgctaatattcaatctttacactacacatgTTT-A-GAAGTTT--G--------TC---CCG----C---C----CA-CTGCTCCCCAT-T-C----A---AACA-A--------AGAGCAGAG---TT-TA----TCTG--CATCATAG--CCA---CCAT-----------A-T-------T----GT-AGAA-G-TT----G-TCGCCCCCCCCCCCcccccccc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                     acttatttccactgcacctccatggatacaactaaCA---C-ATTC-TGTA----A-T-------T----T--AGAA-G-TTTGAGA-CACCACTCCACCCTCTT-GCATT--CAAAACAGAGCAGT------GTT----TAT--CC--TGCT----T------GC--CA-TATATTTTAGAAGTTTGCCCttt
gi|8                          :                                                                                                                                                                             tttctgcatcatgtT--T-TTAGA----AG---TT-TG----CCCC--CCCC------CCcccccccc
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TTTTTTTCTGCACCATGTCACATAATTTAGAATCCCCCCAACACCCACATTCAAAACAGAACAGAGTTTATGGGCCTTATTATTTTATGTTTGTCACAAAATGTAGAAGCCCCCCCCCCT
Unaligned ( gi|12 ): GGGGGGGCAAAAGTTATGTTTTGTTTGTTTTTCCCCCACCCTTTTGTCATAAGTAAACCTTTTTTCTTCTGCATCAATTGATCACATAAATTTTAGAAGGTTCGCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|14 ): GGGGGGCGTTATGTTTTTCTGCCTCCCCCCCCTTTTTTTTGGTCACAATTAATCAATACTTTTATGTCTGCATAAAGTCACAACTTTTAAGTTTCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|18 ): TTGGGAGGGGGTGCACAATTGCCCCTCCCCCACCCACGTTTTGGTCAAGTGAACTTTGTTGTTATTCTGCATAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCTGCATGATATCGCATAATTTAGAAGTCCCCCCCCTCTCCCCTTTGAATTTTGAAA
Unaligned ( gi|22 ): GTCAAGTGGTTTTTTTTCTGCATCATGCCACATAATTTAGAAATCCCCACCACAT
Unaligned ( gi|23 ): TTGGCCCCTCCCCGCATTCAAAACAGAGCAGTGTTTATAAGCCTTATTTGTATTT
Unaligned ( gi|24 ): ATGTGGCCCATGGGCCTCTTGTCTTTAATATGCCAGAAAATTTAGGAAATTTT
Unaligned ( gi|27 ): ATTCTAAATTACGTGACATAATGCAGAATTTTTTTATGATTTGCCCCA
Unaligned ( gi|28 ): CCAGGCGGTGAATTAGAAGTCACCCGCCCCCCCCCC