lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33 111111 111 222 555555555 33 333333333333333333333 222 77777777777777777777777777777777777777777 11 444444444444444444444 1111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 7777777777777777777777777777777777777 11 111 2222222222222 3333 111 1 1 11 6666666666 66666666666666666666 1 3 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 1111 333333 3333333 11
lowQualScore : 22 55 4 44 555555 111 666 4 333333333 4 33 4 999999999999999999999 777 4 444 22222222222222222222222222222222222222222 5 2 66 4 66 3 333333333333333333333 5 5 7777777 888888 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9999 0 1111111111111111111111111111111111111 11 000 5 8888888888888 0 7777 1 99 222 6 6 6 0 1 11 3333333333 0 2 88888888888888888888 6 6 1 6 77 5 4 5 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 2222 5 5 8888 888888 1 9 2222222 88 4
lowQualScore : .. .. . .. ...... ... ... . ......... . .. . ..................... ... . ... ......................................... . . .. . .. . ..................... . . ....... ...... . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .... . ..................................... .. ... . ............. . .... . .. ... . . . . . .. .......... . . .................... . . . . .. . . . .. ............................................................. ... .... . . .... ...... . . ....... .. .
lowQualScore : 88 88 4 88 111111 999 111 0 888888888 0 55 0 777777777777777777777 000 5 777 66666666666666666666666666666666666666666 0 2 99 1 44 0 333333333333333333333 7 0 6666666 666666 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4444 6 1111111111111111111111111111111111111 99 555 0 0000000000000 1 5555 0 22 777 5 7 7 8 4 00 0000000000 2 5 44444444444444444444 7 7 0 7 99 0 3 7 66 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 1111 7 7 1111 888888 0 0 7777777 00 0
consensus : NTGGAAAAC-GTT-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCN-ATCTG--GCAGAA-AAGT-TTCCG-GCGAATTG-TTTT-GACTG-GCTATT-GT---C----CA---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGGA--G--CAAA--A-TCA--TCA---GCCCTGGC-TN--N--GAAA-GCGG--TCGCCG-TGGAAGACT------------------TGTCAA-TC-AA-CG--T-GTC--TAT-TTC-ATTT-------ATC-TTTTCTACAATT----AGAATGTGCT--T--AC---TAA--------AGTT-A--------A---AA---------AAAAANAGC--GCTTAACCC--AN-NGTTGTAAAACAAA-AATC-ATGCATA-ATA--TCTAT-A--TTT--TT-----GCGGATCCTGCG-TAT-T--T-ATAGTGGACA------TTACGGATTGCGATAAAG----NATAAGAA-TTTTTTGAGG--AATT---------CA-ATCGAAA--AT--A--GTTGTG-----T-A------------CACCC----CCCCCCCCCCCGC---------NCA--C-----GTGC--AT--ATA----TTG--TATTC--A-TTCTGGA--TTTT---AGC-TTTCAAAACGCGTTGATATGCATTTT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGGA--AATTCTTTATTACCC--GCCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCT---CTCTATTAAA-TTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC-TGTT-TA--AGATTCTG-CCTA------A-TTA-C--GC-T--ATA--ATTGTACGCAGTATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAATTC-TCTC-----TCTCTTTCTTTCTCTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCTNATTATCAG
Reference ( gi|1 ) : CTGGAAAA--GTT-GAA-GTTCGAAGC----ATGGGCA-ATCTG--GCAGAA-AAGTGTTCTG-GTAAATTG-TTT--GACTG-GCTATTCGT---C----TA---AT-T-GA---ATGTTTAGGAGGCGG---G--CAAA-GAGTCA--TCA---GCCCTGGC-TT--C--GAAA-GCGG--TCACCG-GGGAAGACT------------------TGCCAA-TC-AA-CA--T-GTC--TAT-TTC-ATTT-------ATC-TTTTCTACAATT----AGAA----CT--T--AC---TAA--------A-------------A---AA---------AAAAATTGTCGGCTTA--CT--AT-TGTTGTAAAACAAA-AATC-AGGCATA-ATA--TCTAT-A--TTT--TT-----GCGGATCCTGCT-TAT-T--T-ATAATGGACA------TTACGGATTGTGATAGAG----GATAAGAAGTTTTTTGAGG--AATT---------CA-GTCGGAA--AT--A--GTTGTGG----TGA------------CACCC----CCCGCCCCCCCGC---------ACA--C-----GTGT--AT--ATAT---TTG--TATTT--A-TTCTGGA--GTTT---AGCATTTCAAAACGTGTCGATATGCATTTT--TAC--TTACTATCCTGAGGT-TT-TGGGA--AATTCTTTACTACCCCCGCCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTTTCCTCTATTAAA-TTA-GCAAAAC-GA--TTTTGCCTCAG-GATG-A--TGTGCAAGTT-TA--AGATTCTG-CTTA------A-TTAGC--GC-T--ATA-GATT--------TATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAATTC-TCT------TCTTTTTCTCTCTCTCTCATCTCTGCCAAGTTTCTTATTATCAGC
gi|2 : TGGAAAAC-GTT-GAA-GTT-GAAGC----ACGGGCA-ATCTG---CAAGA-AAG-ATTTTGCACACATTG-TTTTCGACTGCGCTATT-GT---C----TA---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGGA--G--CAAA-A--TCA--TCA---GCCCTGGCGTG--T--GAAA-GCAG--GCGCGT-TGGAAGACT--------------------------------------------------ATTT-------ATC---TTCTGCAA-T----AGAA----ATTCT--AC---TAAGAATACGTA-------------A---AAATGAACCATAAAAAAAGGC-GCTTGACCT--AT-GTTTGTAAAAC-AA-AATCAAGGCATACATAATCCTAT-A--TTG--TT-----GCGGATCCTGCG-AAT-T--TAATAGTGGACA------TTACG----ATGATAAAA----GAT-AGAAGTTTTTTGAAG---ATT---------CA--TGGCAA--AT--ACTGTT--------TAAACCCCCAACAACCACCCACCACCCCCTCCCCCGCG--------ACA--CGAA--GCGT--AC---TA----TTG--TATTC--A-TTCTGGA---TTT---AGC-TTTCAAAACGC-TTGATG-----------AC---TACTAACATGAGGT-TT-T-TTA--AATTATTTAT--------CCCCCCCACCCCCT---------------CTCTA--AAA-TAG-GCAAAGC--A--TTTGGCCTGAGCGATGAA--TGTGC-TGTT-TA--A-ATTCTG-CCT---------TTA-T--GC-T--TTT-AATTGTACGCA-TATTTG---ATCTTCTATT-AT-TGTAGTAA
gi|3 : TGGAAAAC-GTTTGAACGTTATAAGC----ACGGGCA-ATCT---GCAGAA-AAGT-TTCT--GCAAATTG-TTTC-GGCTG-G-TATT-GA---C----TA---AT-TAGA---ACGTT--GGGAGCGGA--G--TAA---AATCA--TCA---GC---G---TA--C--GAAA-GC-G--TCGCCGTGAGAAA--T------------------TGTCAA-TCAAA-CG--TCGTC--TAT-TTCAAGTT-------ATC-TTT--TAC-ATT----AGAAATGCCT--TTGAC---TAA--------AGTTTATATGGACTA---AT---------GAAAAT-----GCGCAACCT--ATGTACTGT-AAAC-AA-AATC-ATGGATA-AAA--TC-AT-AATTCT--TT-----GCGGATCCTGCTGTAT-TGGT-TTAGTGGCGA------TTAC-GATTGCGATA--------AT-ATAAATGTTTTGAGG--AAT-----------------------------GTTAT-----------------------TCC----TCC-TTCCCCCGC---------TCA--C------TGT--TC--GCGA---TTG--TATTC--A-TTCTGGC--TTTT---AAC-TTTCAAATCGC-TTGATATGCATATT--TAC--TTACTA-ACTGAGGTGTTATGGAA--AATTCTTTACTACCCTTGCCTC
gi|5 : gTGAAAAAT-GTT-GAA-GTGCAAAGC-----TTGGCC-TTCTG---CAGA----GT-TTTTG-G-GATTTG-TTTT-GACTA-ACCATT-GT---CCTATTAGGCAT-TAGA---ACGT--AGTAGGCGG---AGCCAAA----TCT--TCA---GCTCTTGT-GT--G--GGCATGCGG--TCACCG-TAGAAGACT------------------TGTCTA-TC-AA-TG--T-GTC--TAT-TTC-ATTT-------ATT-Tattacgcaaagcgattcagcctgagcgatgaggtgttgtttagattctgcccaaattatgcttaataattgtatgcgtatttgacctttattgtagta
gi|12 : TGGAAAAC-GTA-GAA-GCTCGAAGC----CCGGACT-GTCTGT-TTAGAA-----GTTAAT-GCCAATTGTTTT--GTCTG-GCTATT-GT---C----CA---AC-TAGA---ATG-TTAGGAGGCGGA--G--CAA---ACTCT--TCA-----CCTGGC-GTAAG--GAAA-GCGG--TCGCCG-atcagatcatttccttcaacgtatattgaatatgccttaatttttttttattagaatgtgcttactaaagttgaaaaaaaaaaagtgcttaccaaagttgtaaaacacaattttgtgattcttgcagatcctgcatatttattgttattgggtaaagtttaagttttgaggaattttaagaggacaaattaaaacagctgtatttctccccctcccccacacaaaaacacgtaca
gi|10 : TGGAAAAC-GTA-GAA-GCTCGAAGC----TCGGGCT-AGCTG---TATAG-AAGT--------TAA-------------TG-CCAATT-GT---C----CA---AC-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGGA--G--CAAAAGA---------------CTGGC-GT--AAGGAAA-GCGG--TCGCCG-TGGAAGACTGCTTATTTCTTTTATTTGTATCAGTTC-AATCC--C-TTC--TACGTTC-ATTT--------TG-TTTT-TATAAAT----AGAATGTGCT--T--AC---TAA--------A-------------
gi|25 : gTGGAAAAC-GTC-GAA-GTTATAAGC----ACGGGCA-ATCTG--gtta
gi|4 : tatgGGAAAC--GTA-GGA-GTTCGAAGC----ACGCTCG---CTT--GCATAAGAAGT-TTCCA--CAAATTG-TTTT-GACTG-GCTATT-GTTTTC----CA---ATATAGAGGCACGCT--AGAGGCGGAAAG--CAAA--ACTCACTTCACTTGCGGTGG---------GAAA-GCAGAGTCGCCT-TGAAA-ACT------------------TGTCAA-TC-AG-CGCGT-GTCGATGT-TTC-ATTTTATTATTATCAGTTTCGA-AATTGCTCAAAA----GT--G--ACGTTTGA--------A-------------ATGAAA---------AAAAATTGC--GCT-A--CCCAAA-TGTTTAAAAACAAATAAT--ATACA-A-GTA--TCTAT-A--TTT--TTCTTTCGCGGATCCTGC--TATGT--T-ATAGTGGACGAAAATTTTTTTGTTTCT--TAG-G----TTTGAGAATGTCATAAAAG--AA-T---------GA-ATCAAAA--AG--A-----ATGG------A------------CCCCC----CCCCCCCCCCCGC---------ACA--CAGCAGGTAC--AT---TAG---TAG--TATTT--GTTTTTGGA--ATCT---caa
gi|9 : GAAAAATGTT-GAA-GTTTTAAGCTCAGATAGACC-TTCTG---CAGAA-AACT-TTC-A-GCAAATTG-TTTT-GACTG-ACTATTATT---C----TG---TT-T-GA---ACGT-----AGGC-----------------CA--TCA---GCCCTGGCATG--C--AAAA-GCGG--TCGCCG-TGGAAGACT------------------TGTCAA-CC-AA-CT--T-GTC--TGT-TTC-GTTTCTTA---ATC-AGTTCTA
gi|13 : aAAT--GTT-GAA-GTGTGA--------TGTGCATGTCTTCTGCAGAA-AAGT-TACCG--CGAATTG-TTTT-GACTG-ACTATT-GT---C----CA---AT-TAGA---ACG--TAGTAGGCGGA--G--CCA---AGTCA--TCG---GCGCTGtttattctactacattaaatttgctttttttttctatcaaaatgtgtttgctaaagctacattgaaaaaccaattgcactaaataaagttg
gi|20 : -ATCTG---CAGAA-AAGT-TTC-A-GCGAATTG-TTTT-GACTG-ACTA-TCGT---C----CA---GT-TAGA---ACATTtcgtgggaaagtatt
gi|23 : agtgtgaacaagtgaaagtc--GTAGAA-AAGT-TTCTG--CAAATTG-TTTT-GACTG-GGTATT-GT---C----CA---AT-gctt
gi|17 : tcatt-GA---ACGTT-AGGAGGCGGA--G--CAA---AATCA--TAA---GCCCTGACGTG--G--GAAA-GCAG--TCGCTG-TGAAACATT------------------TGTCAA-TC-AA-CG--T-GTT--TAT-TTC-ATTT-------ATT-Tacat
gi|26 : taTTAGGAGGCGGA--G--CAAA-A--TTA--TCA---GCCCTGGC-at
gi|5 : g-AA-TA--T-GCC--T----TA-ATTT-----------TTTTTTA---TT----AGAATGTGCT--T--AC---TAA--------AGTTGA--------A---AA---------AAAAAAAGT--GCTTA--CC--AA-AGTTGTAAAACA-------------CA-AT---TTTGTGA--TTC--TT-----GCAGATCCTGCA-TAT-T--T-AT--TG----------TT----ATTG-GGTAAAG----TTTAAG-----TTTTGAGG--AATTTTAAGAGGACA-AATTAAA--AC--A--GCTGTAT----T----------------TCT----CCCCCTCCCCCAC---------ACA--
gi|6 : tgaaaaatgttgaagtgcaaagcttggccttctgcagagtttttgggatttgttttgactaaccattgtcctattaggcattagaacgtagtaggcggagccaaatcttcagctcttgtgtgggcatgcggtcaccgtagaagacttgtctatcaatgtgtctatttcatttatttatcagatcatttccttcaacgtatattgA-ATA---CTAT-A--TTTATTT-----GCGATCCCTGCTATGT-A--T-ATAATGGACA------TTACG-ATTGGAATAGAG----CATAAAAA----TTTGATGTAAGTT---------CATATTAAAA--CT--A--ATAGTGT----T-A------------TACCC----CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACA--C-----G-GC--ATTAATATAGGTTGA-TATTTCAA-TTCTGGATCATTA---AGCATTCAAAAACACGGTGATATACATTTT--TACATTTACTAACCTGAG-T-TT-TGGAA--ATTTCTTT--TAC----ACCCCCCCCTCCTCTCT-------------CTCTATTAAAGTTA-GCAAAAC-GA--TTTT-CCTGAC-CATG-AT-TTTGC-AGTT-C-----ATTCTG-CCTAGACGCTA-TTATT--G--T--ACA-CAGT--------AATATT---ATCT----TT-AT-T-TAGTAATTCTTCTCTCAACTCTCTTTCTTTCTCTCTC-TCT---CCAA--TTCTTATTATCAGaaaacacgtaca
gi|19 : aT-A--TTT--TT-----GCGGATCCTGCG-T-----------------A------TTGCAG-TTG-GGTAAAGTTTTAATAAG-----TTTTGAGG--AATT---------CG---CAGAC--GTTAA--ATTATAACATCTG-------------CACCC----CCCCCCC
gi|16 : GATAAAG-----ATAA-AAGTTTT-TGAGG--AATC---------CA---TGGAAATAT--A--GCTGT------T--------------TATCT----CTC-TACCCCCGC---------TCA--C-----GTGC--GT--A-A----TTG--TATTC--G-TTCAGGA--TTTA---AGT-TTTCATAACG
gi|18 : gC----CCCCCCCCCCCGC---------TCA--C-----GTG----C--GGAT---TTG--TATTC--A-CTCTGGA--TTTA---AGC-TTTCATAACGC-TTGGTATGTATTTT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGcttgat
gi|7 : ----CCCCCCCCTCCGA---------A----------GTGTTAAT--ATAT---TTGAGTATTA--A-TTCTGGA---TTT---AG-ATT-CAACACGTG---ATATTCATTTTATTAT--ATACT-TACTGAGGT-TT-TTGGATAAATTCTTTAT---------------CCCCTGTCTCCCTC-CTCTT--CTCTATTAAA-GTA-GCAAAAC-GA--TTTTG-CTGAGTGATG-AATTGTGC--GTTATT--TGATTCTG-CT--------A-TT--C--GC-T--ATATAATTGTACACAGTATTTGTATATGT----TTGATATGTAGTTATCT-TCTC-----TCTTCTCTTTTTTCTCTTCTCTCT-CCAAGTTCTTAATTATa
gi|8 : tCCCCGC---------TCAATC-----GCGT--AT---------TTG--TATTC--A-TTCTGGA--TTTTTAAAGC-TTTCAAAACG-ATTGATATGCATTAT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-T-GGA--AGTTCTTTAATA-CCCCGCCa
gi|14 : tcccccctaaCTCTCTCTCTCTCTC---------TCAAA-TTA-GCAAAGCAGAATTTCTGCTTGAGCGATG-A--TGTGC-TGTT-T---AGATTC-----TA------A-CTATCAAGC-T------------------------------T----TT-AT-TGTAGTAAT---CCC------TCTCTGTCTGTCTCTCTC-TGTCTGTCattctgtctgagcgatggtgtgctgtttaaattctgcctattacgctttataattgtacgcagtatttgatctttattgtagtaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctctttctccaagttcttttagattat
gi|15 : CTCTCTCTCT---CTCTA--AAA-TTA-GCAAAGC-GT--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC-TGTT-TATTAGATTCTGTCTTA------------C--ACTT--ATA--ATTGTACACAGCATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA-TC-TCT------
gi|3 : CCCTTGCCTC------A-TTACGCAAAGC-GA--TTCAGCCTGAGCGATG-A--GGTGTT-GTT-TA---GATTCTG-CCCA------AATTA-T--GC-TTAATA--ATTGTATGCG-TATTTG---ACCT----TT-AT-TGTAGTA
gi|8 : gtggaaaacgtttgaacgttataagcacgggcaatctgcagaaaagtttctgcaaattgtttcggctggtattgactaattagaacgttgggagcggagtaaaatcatcagcgtacgaaagcgtcgccgtgagaaattgtcaatcaaacgtcgtctatttcaagttatcttttacattagaaatgcctttgactaaagtttatatggactaatgaaaatgcgcaacctatgtactgtaaacaaaatcatggataaaatcataattctttgcggatcctgctgtattggtttagtggcgattacgattgcgataatataaatgttttgaggaatgttattcctccttcccccgctcactgttcgcgattgtattcattctggcttttaactttcaaatcgcttgatatgcatatttacttactaactgaggtgttatggaaaattctttactaA--TTCTGTCTGAGCGATG-G--TGTGCT-GTT-TA--A-ATTCTG-CCTA--------TTA-C--GC-TTTATA--ATTGTACGCAGTATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAAT
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATATTGAATATGACTTTTATCTTTTTATAGGATGTGTTTATAAAAGTTGAAGAGAAATGCGCCTACCAAAGTCATGCGTATTGAATATTTATATTTTCTGTAAATCTTTGCGATTCCTGCGTATATATCATTGGTATGGTTTAGGACAGATGAAGGAATTTT
Unaligned ( gi|21 ): CCCTTATACGTTCATTTTGTTTTAATTAAGTATGCCTTACTAAAGTGACGTTGAAAATGAAAATGCGCTTAC
Unaligned ( gi|22 ): GTTATCTAGCGAATCGTATTGACCGCTATTGTCCATCAAACGTAGTAGGCGGAGCAAA
Unaligned ( gi|24 ): TGTGGAAAACGGAGAAGCTCAAAGTCCGGGCTGTCTGTATAAAAGTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 2222222 111 22222 333333333333333333 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 222222222222222 2222222222 11111 22222222222222 11111 11 111111 333333333333333333333 11111 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333333333333333333333333333333333333 1111 22 666666666666 3333333 111 11 11 22222 2222 222222 1111 111 111 3333 1111
lowQualScore : 55 3 2 99999 77 999 3 3 6666666 2 3 44 3 555 7777 555 3 555 55 44 111 55 0 3 66666 66 666666666666666666 5 2222 1 5 66 5 4 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 99 999999999999999 55 0000000000 33333 55 5 66 66666666666666 22222 33 111111 888 444444444444444444444 44444 222222 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 8888 666 000000000000000000000000000000000000000000000 4 66 4 777 5555 5 5 44 77 999 7 5 5 7 99 333333333333 8 0 0000000 0 000 1 66 5 5 5 66 5 66 5 11 22222 4444 5 222222 5 2 55 5 888 0000 5 5 555 444 0000 2 44 8 8 2 8888
lowQualScore : .. . . ..... .. ... . . ....... . . .. . ... .... ... . ... .. .. ... .. . . ..... .. .................. . .... . . .. . . ................................................................................................................................. .. .. ............... .. .......... ..... .. . .. .............. ..... .. ...... ... ..................... ..... ...... .. ..................................................... .... ... ............................................. . .. . ... .... . . .. .. ... . . . . .. ............ . . ....... . ... . .. . . . .. . .. . .. ..... .... . ...... . . .. . ... .... . . ... ... .... . .. . . . ....
lowQualScore : 55 6 0 22222 00 999 3 1 4444444 2 3 99 3 888 1111 888 1 888 44 66 222 00 5 6 55555 11 999999999999999999 0 8888 4 0 99 0 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 77 22 888888888888888 77 5555555555 88888 11 0 99 55555555555555 55555 44 555555 555 000000000000000000000 88888 333333 99 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555 444 333333333333333333333333333333333333333333333 4 11 4 000 6666 0 0 66 99 666 9 7 7 9 22 222222222222 0 8 3333333 7 000 4 66 7 7 0 99 0 99 0 99 00000 4444 0 000000 0 2 66 0 888 6666 0 0 222 000 0000 5 00 0 0 5 5555
consensus : NTGGAAAACGTN-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCNATCTG-C-AGAA-AAGT-T--TCCGGCGAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTG-GCGT-GGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-AT-T--A----GAA--TNTGC------------T-----T---AC-TAAA--------------GT-----------T-GA--------A----AAAAAANTGC--GCTTAACCT-AT-GT--TGTAAAACAA----A-AGTCATGCAT----AATATCTAT-A--TT-----------T--TT-----GCGGATCCTGC-GTAT-T--T-AT-AGTGGACA-------TTACGGATTG-GATAAAGN----ATAAGAA-TTTTTTGAGG--AATT---------C--A-ATCG--AAA--ATAGCTGTN-T-A-------------CACCC----CCCCCCC---CCCCGC----NC---------AC-G-TGC--G--T----A-TA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTN---AGC-TTTCAAAA-CGC-TTGATATGCATTTT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGGA--AATTCTTTACTA--C-C-CCCCCCC-CCCCTCTCTCTCTCTCTCT---CTCTATTAAA-TTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGT-GC--TGTTTA--AGATTCTGCCT-AATTA-CGCT-T--ATA-ATTGTACGCAGTATT-TG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCT---CTC---TCTCTTTCTTTCTCTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCT---NATTATCAG
Reference ( family-3457 ) : NTGGAAAACGTT-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCNATCTGGC-AGAA-AAGT-T--TCCGGCGAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTG-GC-T-NNGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-AT-T--A----GAA--TGTGC------------T-----T---AC-TAAA--------------GT-----------T-AA--------A----AAAAAANAGC--GCTTAACCC-ANNGT--TGTAAAACAA----A-AATCATGCAT----AATATCTAT-A--TT-----------T--TT-----GCGGATCCTGC-GTAT-T--T-AT-AGTGGACA-------TTACGGATTGCGATAAAGN----ATAAGAA-TTTTTTGAGG--AATT---------C--A-ATCG--AAA--ATAGTTGTG-T-A-------------CACCC----CCCCCCC---CCCCGC----NC---------AC-G-TGC--A--T----A-TA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTT---AGC-TTTCAAAA-CGCGTTGATATGCATTTT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGGA--AATTCTTTATTA--CCCGCCCCCCC-CCCCTCTCTCTCTCTCTCT---CTCTATTAAA-TTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGT-GC--TGTTTA--AGATTCTGCCT-AATTA-CGC--T--ATA-ATTGTACGCAGTATT-TG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCT---CTC---TCTCTTTCTTTCTCTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCT---NATTATCAG
gi|1 : TGGAAAA-GTT-GAA-GTTCGAAGC----ATGGGCAATCTGGC-AGAA-AAGTGT--TCTGGTAAATTGTTT--GACTG-GCTATTCG---TCT----A---AT-T-GA---ATGTTTAGGAGGCGG---GCAAAGAGTCA--TCAGCCCTG-GC-T-TCGAAAGC--GGTCACCGGGGAAGACT------------------TGCCAA-TCA--A-CAT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-AT-T--A----GAA------C------------T-----T---AC-TAAA------------------------------A--------A----AAAAAATTGTCGGCTTA--CT-ATTGT--TGTAAAACAA----A-AATCAGGCAT----AATATCTAT-A--TT-----------T--TT-----GCGGATCCTGC-TTAT-T--T-AT-AATGGACA-------TTACGGATTGTGATAGAGG----ATAAGAAGTTTTTTGAGG--AATT---------C--A-GTCG--GAA--ATAGTTGTGGTGA-------------CACCC----CCCGCCC---CCCCGC----AC---------AC-G-TGT--A--T----A-TA--TTT---G-TATTT--A-TTCTGGAG--TTT---AGCATTTCAAAA-CGTGTCGATATGCATTTT--TAC--TTACTATCCTGAGGT-TT-TGGGA--AATTCTTTACTACCCCCGCCCCCCC-CCCCTCTCTCTCTCTCTCTTTCCTCTATTAAA-TTA-GCAAAAC-GA--TTTTGCCTCAG-GATG-A--TGT-GCA-AGTTTA--AGATTCTGCTT-AATTAGCGC--T--ATAGATT--------TATT-TG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCT---CT----TCTTTTTCTCTCTCTCTCATCTCTGCCAAGTTTCT---TATTATCAG
gi|10 : cTGGAAAACGTA-GAA-GCTCGAAGC----TCGGGCTAGCTG-T-ATAG-AAGT-T---------AAT-----------G-CCAATT-G---TCC----A---AC-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAA----------AG-ACTG-GCGTAAGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACTGCTTATTTCTTTTATTTGTATCAGTTCA--ATCCC-TTC--TACGTTCA-TTT-----TG----------TT-------TT-TAT-A-AA-T--A----GAA--TGTGC------------T-----T---AC-TAAA--------------GT-----------T-Ac
gi|11 : g-TTT----ATC----------TT-------TT-TA-------T--A----GGA--TGTGT------------T-----T---AT-AAAA--------------GT-----------T-GA--------A----GAGAAAT-GC--GCCT-ACC------------------A----A-AGTCATGCGTATTGAATATTTAT-A--TTTTCTGTAAATCT--TT-----GCGATTCCTGC-GTAT-A--T-ATCATTGG-----------TATGGTTTAGGACAGATG----A-AGGAA-TTTT
gi|12 : atattgaatatgactTGGAAAACGTA-GAA-GCTCGAAGC----CCGGACTGTCTGTTTAGAA---GT-TAAT---GCCAATTGTTTT-GTCTG-GCTATT-G---TCC----A---AC-TAGA---ATGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAC--TCT--TCA--CCTG-GCGTAAGGAAAGC--GGTCGCCG
gi|13 : AATGTT-GAA-GTGTGATGT----GCATGTCTTCTG-C-AGAA-AAGT-T--ACCG-CGAATTGTTTT-GACTG-ACTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACG-T-AGTAGGCGG--AGCCAAG--TCA--TCGGCGCTG-TCGT-GGGAAAG
gi|14 : CTCTCTCTCTCTCT---CTC----AAA-TTA-GCAAAGCAGAATTTCTGCTTGAGCGATG-A--TGT-GC--TGTTT---AGATTCTAACT--ATCA-AGC--T------------------------------T----TT-AT-TGTAGTAA-----T---CCC---TCTCTGTCTGTCTCTCTC-TGTCT-tatt
gi|15 : CTCTCTCTCT---CTCTA--AAA-TTA-GCAAAGC-GT--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGT-GC--TGTTTATTAGATTCTGTC----TTA-CACT-T--ATA-ATTGTACACAGCATT-TG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA---TCT---CTgtc
gi|16 : GATAAAG-----ATAA-AA-GTTTTTGAGG--AATC---------C--A--TGG--AAAT-ATAGCTGTT-T-A-------------T---C----TCTCTAC---CCCCGC----TC---------AC-G-TGC--G--T----A--A--TT----G-TATTC--G-TTCAGGAT--TTA---AGT-TTTCATAA-CGC-TTGAT
gi|17 : g-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TAAGCCCTG-ACGT-GGGAAAGC--AGTCGCTGTGAAACATT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTT--TAT-TTCA-TTT----ATT----------T
gi|18 : C----CCCCCCC---CCCCGC----TC---------AC-G-TGC--G--G----A-T---TT----G-TATTC--A-CTCTGGAT--TTA---AGC-TTTCATAA-CGC-TTGGTATGTATTTT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGat
gi|19 : T-A--TT-----------T--TT-----GCGGATCCTGC-GTAT-T------------------------GCAG-TTG-GGTAAAGTTTTAATAAG-----TTTTGAGG--AATT---------CGCA-GACGTTAAATTATAAC-ATC-T-G-------------CACCC----CCCCCCC---a
gi|2 : TGGAAAACGTT-GAA-GTT-GAAGC----ACGGGCAATCTGCA-AGAA-AGAT-T--TTGCACACATTGTTTTCGACTGCGCTATT-G---TCT----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTG-GCGT-GTGAAAGC--AGGCGCGTTGGAAGACT------------------------------------------------A-TTT----ATC----------TT---------CTGC-A-AT----A----GAAATTCTAC------------TAAGAAT---ACGTAAA--------------AA-----------T-GA--------ACCATAAAAAAAGGC--GCTTGACCT-ATGTT--TGTAAAACAAAATCA-AGGCATACAT----AAT-CCTAT-A--TT-----------G--TT-----GCGGATCCTGC-GAAT-T--TAAT-AGTGGACA-------TTAC-GAT---GATAAAAG----ATAGAAG-TTTTTTGAAG---ATT---------C----ATGG--CAA--ATA-CTGTT-T-AAACCCCCAACAACCACCCACCACCCCCTC---CCCCGCG---AC---------AC-GAAGC--G--T----ACTA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGA---TTT---AGC-TTTCAAAA-CGC-TTGATG-----------AC---TACTAACATGAGGT-TT-T-TTA--AATTATTTAT--------CCCCCCCACCCC-------------CT---CTCTA--AAA-TAG-GCAAAGC--A--TTTGGCCTGAGCGATGAA--TGT-GC--TGTTTA--A-ATTCTGCCT---TTA-TGCT-T--TTA-ATTGTACGCA-TATT-TG---ATCTTCTATT-AT-TGTAGTAA--
gi|20 : GTCATCTG-C-AGAA-AAGT-T--TC-AGCGAATTGTTTT-GACTG-ACTATC-G---TCC----A---GT-TAGA---ACATT-
gi|22 : agtgtgaacaagtgaaaGT-TA-TCTAGCGAATCGTATT-GACCG--CTATT-G---TCC----A----T-CA-A---ACGT--AGTAGGCGG--AGCAAAgctt
gi|23 : GT-AGAA-AAGT-T--TCTG-CAAATTGTTTT-GACTG-GGTATT-G---TCC----A---AT-
gi|24 : tcattTGGAAAACGGA-GAA-GCTCAAAGT----CCGGGCTGTCT-GT-ATAA-AAGT-T--acat
gi|25 : tgTGGAAAACGTC-GAA-GTTATAAGC----ACGGGCAATCTG
gi|26 : tatgGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TTA--TCAGCCCTG-GC-caa
gi|3 : TGGAAAACGTTTGAACGTTATAAGC----ACGGGCAATCTG-C-AGAA-AAGT-T--TCTG-CAAATTGTTTC-GGCTG-G-TATT-G---ACT----A---AT-TAGA---ACGTT-GGGAG-CGG--AGTAAAA--TCA--TCAGC-----G--T-ACGAAAGC--G-TCGCCGTGAGAAA-T------------------TGTCAA-TCA--AACGTCGTC--TAT-TTCAAGTT----ATC----------TT-------TT--AC-A--T-T--A----GAA---ATGC------------C-----TTTGAC-TAAA--------------GT-----------T-TATATGGACTA----ATGAAAATGC--GC--AACCT-AT-GTACTGTAAA-CAA----A-A-TCATGGAT----AAAATC-AT-AATTC-----------T--TT-----GCGGATCCTGCTGTAT-TGGT-TT-AGTGGCGA-------TTACG-ATTGCGATAA--T----ATAA--A-TGTTTTGAGG--AAT-----------------------------GTTAT---------------------TC----CTCCTTC---CCCCGC----TC---------ACTG-TTC--G--C----G--A--TT----G-TATTC--A-TTCTGGCT--TTT---AAC-TTTCAAAT-CGC-TTGATATGCATATT--TAC--TTACTAAC-TGAGGTGTTATGGAA--AATTCTTTACTA---------CCCT-TGCCTC-------------------------A-TTACGCAAAGC-GA--TTCAGCCTGAGCGATG-A--GGT-GT--TGTTT---AGATTCTGCCCAAATTA-TGC--TTAATA-ATTGTATGC-GTATT-TG---ACCT----TT-AT-TGTAGTA
gi|4 : gGGAAACGTA-GGA-GTTCGAAGC----ACGCTCG--CTTGC-ATAAGAAGT-T--TCCA-CAAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-GTTTTCC----A---ATATAGAGGCACGCT-A-GAGGCGGAAAGCAAAAC-TCACTTCA--CTTGCGG-T-GGGAAAGCAGAGTCGCC-TTGAAAACT------------------TGTCAA-TCAGCG-CGT-GTCGATGT-TTCA-TTT-----TA----------TTA------TTAT-C-A-GT-TTCG----AAA--T-TGC------------T-----C---A---AAA--------------GTGACGTTTGAAAT-GA--------A----AAAAAATTGC--GCT--ACCCAAATGT--TTAAAAACAA----ATAAT-ATACA-----AGTATCTAT-A--TT-----------T--TTCTTTCGCGGATCCTGC--TATGT--T-AT-AGTGGACGAAAATTTTTTTG--TTTC--TTAGGT----TTGAGAA-TGTCATAAAA--GAAT---------G--A-ATCA--AAA--AGA---ATG-G-A-------------CCCCC----CCCCCCC---CCCCGC----AC---------AC-A--GC--AGGT----A-CA--TTAGTAG-TATTT--GTTTTTGGA
gi|5 : TGAAAAATGTT-GAA-GTGCAAAGC----TTGGCCT-TCTG-C-AGA----GT-T--TTTGG-GATTTGTTTT-GACTA-ACCATT-G---TCCTATTAGGCAT-TAGA---ACGT--AGTAGGCGG--AGCCAAA--TCT--TCAGCTCTT-GTGT-GGGCATGC--GGTCACCGTAGAAGACT------------------TGTCTA-TCA--A-TGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATTTATCAGATCATT-------TCCTTC-A-ACGT--ATATTGAA--TATGCCTTAATTTTTTTT-----T---AT-TAGAATGTGCTTACTAAAGT-----------TGAA--------A----AAAAAAAAGT--GCTTA--CC-AAAGT--TGTAAAA----------------CAC----AAT-TTTGTGA--TT-----------C--TT-----GCAGATCCTGC-ATAT-T--T-AT---TG-----------TT----ATTG-GGTAAAGT----TTAAG-----TTTTGAGG--AATTTTAAGAGGAC--A-AATT--AAA--ACAGCTGTA-T-T-------------TCTCC----CCCTCCC---CCACACAAAAAC---------AC-G-TAC--A--atct
gi|6 : ----AATA-CTAT-A--TT-----------TATTT-----GCGATCCCTGCTATGT-A--T-AT-AATGGACA-------TTACG-ATTGGAATAGAGC----ATAAAAA-TTT---GATGTAAGTT---------C--ATATTA--AAA--CTAATAGTG-TTA-------------TACCC----CCCCCCC---CCCCCC----CCCCCCCCCACAC-G--GC--A--TTAATA-TAGGTT----GATATTTCAA-TTCTGGATCATTA---AGC-ATTCAAAAACACGGTGATATACATTTT--TACATTTACTAACCTGAG-T-TT-TGGAA--ATTTCTTT--TA--CAC-----CCC-CCCCTC-------CTCTCT---CTCTATTAAAGTTA-GCAAAAC-GA--TTTT-CCTGACC-ATG-A--TTTTGC--AGTTCA-----TTCTGCCT-AG--A-CGC--T--ATT-ATTGTACACAGTAATATT---ATCT----TT-AT-T-TAGTAA--TTCTTCTCTCAACTCTCTTTCTT--TCTCTC-TCTCT-CCAA--TTCT---TATTATCAG
gi|7 : a----CCCCCCC---CTCCG----------------AA-G-TGTTAA--T----A-TA--TTTGA-G-TATTA--A-TTCTGGAT--TT----AGA-TT-CAACA-CG---TGATATTCATTTTATTAT--ATACTTAC-TGAGGT-TT-TTGGATAAATTCTTTAT-------------CC-CCTGTCTCCCTC-CTCT-T---CTCTATTAAA-GTA-GCAAAAC-GA--TTTTG-CTGAGTGATG-AATTGT-GCGTTATTT----GATTCTGCT---ATT--CGCTAT--ATA-ATTGTACACAGTATT-TGTATATGT----TTGATATGTAGTTATCTTCT---CTCT--TCTCTTT-TTTCTCT-TC-TCTCT-CCAAGTTCTT---AATTAT
gi|8 : tCCCCCCTAACCCCGC----TC---------AA-T-CGC--G--T----A-T---TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTTTAAAGC-TTTCAAAA-CG-ATTGATATGCATTAT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-T-GGA--AGTTCTTTAATAC-CCCGCCa
gi|8 : tGC-CA--TTCTGTCTGAGCGATG-G--TGT-GC--TGTTTA--A-ATTCTGCCT-A-TTA-CGC--TTTATA-ATTGTACGCAGTATT-TG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--Tattctgtctgagcgatggtgtgctgtttaaattctgcctattacgctttataattgtacgcagtatttgatctttattgtagtaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctctttctccaagttcttttagattat
gi|8 : tcccccctaaccccgctcaatcgcgtatttgtattcattctggatttttaaagctttcaaaacgattgatatgcattattacttactaacctgaggttttggaagttctttaataccccCTCTC-TTTCT-CCAAGTTCTTTTAGATTATattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctctttctccaagttcttttagattat
gi|9 : tcccccctaaccccgctcaatcgcgtatttgtattcattctggatttttaaagctttcaaaacgattgatatgcattattacttactaacctgaggttttggaagttctttaataccccgccattctgtctgagcgatggtgtgctgtttaaattctgcctattacgctttataattgtacgcagtatttgatctttattgtagtaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAAAATGTT-GAA-GTTTTAAGCTCAGATAGACCTTCTG-C-AGAA-AACT-T--TC-AGCAAATTGTTTT-GACTG-ACTATT-A---TTC----T---GT-TTGA---ACGT-----AGGC--------------CA--TCAGCCCTG-GCAT-GCAAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-CCA--A-CTT-GTC--TGT-TTCG-TTTCTTAATCAG--------TTCTATTTATTCTACTACAT-T--A-----AA--TTTGC------------T-----T---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CCCTTATACGTTCATTTTGTTTTAATTAAGTATGCCTTACTAAAGTGACGTTGAAAATGAAAATGCGCTTAC
Alignments
lowQualScore : 22222222 111 333333333333333333 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 111111 1111 222222222 1111 22222222222222222 11 111111 22222222222222 11111 111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 11 22222222222222222222 1111 33333333333333333333333333333 111 11 11 11 22222 2222 1111 1111 111 11 111 11 1111
lowQualScore : 44 3 2 99999 44 3 3 3 66666666 2 3 44 3 555 7777 555 3 555 55 44 111 55 2 3 8 66 666666666666666666 5 2222 1 5 66 4 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 6 77 2222 666666 0000 55 555555555 1 2222 55 5 66 66 77777777777777777 33 111111 888 99999999999999 4 8 99999 44444 222222 66 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 8888 666 66 3333333 4 00 44444444444444444444 4 66 4 66 4444 5 5 8888 77 999 7 5 5 7 99 6 99999999999999999999999999999 0 000 1 66 5 5 5 66 5 11 11 55555 4444 5 5555 5 2 6666 888 0000 5 5 555 22 777 0 2 0 33 8 8 2 8888
lowQualScore : .. . . ..... .. . . . ........ . . .. . ... .... ... . ... .. .. ... .. . . . .. .................. . .... . . .. . . ................................................................................................................................ . . .. .... ...... .... .. ......... . .... .. . .. .. ................. .. ...... ... .............. . . ..... ..... ...... .. .................................................... .... ... .. ....... . .. .................... . .. . .. .... . . .... .. ... . . . . .. . ............................. . ... . .. . . . .. . .. .. ..... .... . .... . . .... ... .... . . ... .. ... . . . .. . . . ....
lowQualScore : 66 6 0 22222 99 1 3 1 99999999 2 3 99 3 888 1111 888 1 888 44 66 222 00 8 6 0 11 999999999999999999 0 8888 4 0 99 4 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 6 99 5555 222222 8888 77 222222222 7 1111 11 0 99 99 22222222222222222 44 555555 555 44444444444444 4 9 22222 88888 333333 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555 444 44 0000000 4 99 77777777777777777777 4 11 4 99 6666 0 0 4444 99 666 9 7 7 9 22 7 44444444444444444444444444444 7 000 4 66 7 7 0 99 0 99 99 00000 4444 0 4444 0 2 5555 888 6666 0 0 222 55 555 8 5 8 88 0 0 5 5555
consensus : NTGGAAAACGTN-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCNATCTG-CAGAA-AAGT-T--TCTG-GCGAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA--TNTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------G-A--A----AA-GAAAATGC--GCTTAACCT--AT-GT--T-GTAAAACAAA-A----GTCATGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T--T-AT-AGTGGAC----ATTACGGATT-G-G---A-TAAAGN----ATAAGAA-TTTTTTGAGG--AATT---------CA-ATCG--AAA---ATAGCTGTN-T-A-------------CACCC----CCCCCCC---CCCCGC-NC-------AC-G-TGC--GT----A-TA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTN---AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATATGCATTTT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGGA--AATTCTTT-ACTACC----CCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCT---CTCTATTAAA-TTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTTA--AGATTCTGCCT-AATTA-CGCT-T-ATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCTCTC-TCT---CTTTCTTTC--TCTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCT---NATTATCAG
Reference ( family-3457 ) : NTGGAAAACGTN-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCNATCTG-CAGAA-AAGT-T--TCCG-GCGAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA--TNTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------G-A--A----AA-AAAANTGC--GCTTAACCT--AT-GT--T-GTAAAACAAA-A----GTCATGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T--T-AT-AGTGGAC----ATTACGGATT-G-G---A-TAAAGN----ATAAGAA-TTTTTTGAGG--AATT---------CA-ATCG--AAA---ATAGCTGTN-T-A-------------CACCC----CCCCCCC---CCCCGC-NC-------AC-G-TGC--GT----A-TA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTN---AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATATGCATTTT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGGA--AATTCTTT-ACTACC----CCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCT---CTCTATTAAA-TTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTTA--AGATTCTGCCT-AATTA-CGCT-T-ATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCTCTC-TCT---CTTTCTTTC--TCTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCT---NATTATCAG
gi|1 : TGGAAAA-GTT-GAA-GTTCGAAGC----ATGGGCAATCTGGCAGAA-AAGTGT--TCTG-GTAAATTGTTT--GACTG-GCTATTCG---TCT----A---AT-T-GA---ATGTTTAGGAGGCGG---GCAAAGAGTCA--TCAGCCCTGGC-TT-CG-AAAGC--GGTCACCGGGGAAGACT------------------TGCCAA-TCA--A-CAT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA------C------------T-----T---AC-TA--------------AA----------------------A--A----AA-AAAATTGTCGGCTTA--CT--ATTGT--T-GTAAAACAAA-A----ATCAGGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-TTAT-T--T-AT-AATGGAC----ATTACGGATT-GTG---A-TAGAGG----ATAAGAAGTTTTTTGAGG--AATT---------CA-GTCG--GAA---ATAGTTGTGGTGA-------------CACCC----CCCGCCC---CCCCGC-AC-------AC-G-TGT--AT----A-TA--TTT---G-TATTT--A-TTCTGGAG--TTT---AGCATTTCAAAA-CGTGT-CGATATGCATTTT--TAC--TTACTATCCTGAGGT-TT-TGGGA--AATTCTTT-ACTACCCCCGCCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTTTCCTCTATTAAA-TTA-GCAAAAC-GA--TTTTGCCTCAG-GATG-A--TGTGCA-AGTTTA--AGATTCTGCTT-AATTAGCGC--T-ATAGATT--------T-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCTCT--TCT---TTTTCTCTC--TCTCTCATCTCTGCCAAGTTTCT---TATTATCAG
gi|10 : cTGGAAAACGTA-GAA-GCTCGAAGC----TCGGGCTAGCTG-TATAG-AAGT-T----------AAT-----------G-CCAATT-G---TCC----A---AC-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAA----------AG-ACTGGC-GTAAGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACTGCTTATTTCTTTTATTTGTATCAGTTCA--ATCCC-TTC--TACGTTCA-TTT-----TG----------TT-------TT-TAT-A-A-A-TA----GAA--TGTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------c
gi|11 : g-TTT----ATC----------TT-------TT-TA--------TA----GGA--TGTGT------------T-----T---AT-AA--------------AAGT-----------T------G-A--A----GA-GAAA-TGC--GCCTA-CC--------------------AA-A----GTCATGCGTATTGAATATTTAT-A--TTT--TCTGTAAATCTTT-----GCGATTCCTGC-GTAT-A--T-ATCATTGG--------TATGGTTTAG-G---A-CAGATG----A-AGGAA-TTTTa
gi|12 : atattgaatatgactTGGAAAACGTA-GAA-GCTCGAAGC----CCGGACTGTCTG-TTTAG-AAGT-TAAT----GCCAATTGTTTT-GTCTG-GCTATT-G---TCC----A---AC-TAGA---ATGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAC--TCT--TCA--CCTGGC-GTAAGGAAAGC--GGTCGCCG
gi|13 : AATGTT-GAA-GTGTGATGT----GCATGTCTTCTG-CAGAA-AAGT-T--ACCG--CGAATTGTTTT-GACTG-ACTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACG-T-AGTAGGCGG--AGCCAAG--TCA--TCGGCGCTGTC-GT-GGGAAAG
gi|14 : CTCTCTCTCTCTCT---CTC----AAA-TTA-GCAAAGCAGAATTTCTGCTTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTT---AGATTCTAACT--ATCA-AGCT-------------------------------T----TT-AT-TGTAGTAA-----TCCC-TCT---CTGTCTGTC--TCTCTC-TGTCT-tatt
gi|15 : CTCTCTCTCT---CTCTA--AAA-TTA-GCAAAGC-GT--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTTATTAGATTCTGTC----TTA-CACT-T-ATA-ATTGTACACAGC-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA---TCTCTgtc
gi|16 : -G-G---A-TAAAG-----ATAA-AA-GTTTTTGAGG--AATC---------CA--TGG--AAAT--ATAGCTGTT-T-A-------------T---C----TCTCTAC---CCCCGC-TC-------AC-G-TGC--GT----A--A--TT----G-TATTC--G-TTCAGGAT--TTA---AGT-TTTCATAA-CGC-T-TGAT
gi|17 : -TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TAAGCCCTGAC-GT-GGGAAAGC--AGTCGCTGTGAAACATT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTT--TAT-TTCA-TTT----ATT----------T
gi|18 : C----CCCCCCC---CCCCGC-TC-------AC-G-TGC--GG----A-T---TT----G-TATTC--A-CTCTGGAT--TTA---AGC-TTTCATAA-CGC-T-TGGTATGTATTTT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGat
gi|19 : T-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T---------------------GCAG-TT-G-G---G-TAAAGTTTTAATAAG-----TTTTGAGG--AATTCG-------CA-GACGTTAAATT-ATAAC-ATC-T-G-------------CACCC----CCCCCCC---a
gi|2 : TGGAAAACGTT-GAA-GTT-GAAGC----ACGGGCAATCTG-CAAGA-AAGA-T--TTTGCACACATTGTTTTCGACTGCGCTATT-G---TCT----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GTGAAAGC--AGGCGCGTTGGAAGACT------------------------------------------------A-TTT----ATC----------TT---------CTGC-A-A-T--A----GAAATTCTAC------------TAAGAAT---ACGTA--------------AAAA-----------T------G-A--ACCATAA-AAAAAGGC--GCTTGACCT--AT-GT--TTGTAAAACAAA-ATCAAGGCATACATA----AT-CCTAT-A--TTG--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GAAT-T--TAAT-AGTGGAC----ATTAC-GAT----G---A-TAAAAG----ATAGAAG-TTTTTTGAAG---ATT---------C--ATGG--CAA---ATA-CTGTT-T-AAACCCCCAACAACCACCCACCACCCCCTC---CCCCGCGAC-------AC-GAAGC--GT----ACTA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TT----AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATG-----------AC---TACTAACATGAGGT-TT-T-TTA--AATTATTT-AT--CC----CCCCCACCCC--------------CT---CTCTA--AAA-TAG-GCAAAGC--A--TTTGGCCTGAGCGATGAA--TGTGC--TGTTTA--A-ATTCTGCCT---TTA-TGCT-T-TTA-ATTGTACGCA-T-ATTTG---ATCTTCTATT-AT-TGTAGTAA--
gi|20 : GTCATCTG-CAGAA-AAGT-T--TC-A-GCGAATTGTTTT-GACTG-ACTATC-G---TCC----A---GT-TAGA---ACATT-
gi|21 : agtgtgaacaagtgaaa-TTCA-TTT-----TG----------TT-------TT-----A-A-T-TA-----AG--TATGCC-----------T-----T---AC-TA--------------AAGTGACGT------T------G-A--A----AATGAAAATGC--GCTTAgctt
gi|22 : cccttatacgGT-TA-TCTA-GCGAATCGTATT-GACCG--CTATT-G---TCC----A----T-CA-A---ACGT--AGTAGGCGG--AGCAAAc
gi|23 : TG-TAGAA-AAGT-T--TCTG--CAAATTGTTTT-GACTG-GGTATT-G---TCC----A---AT-
gi|24 : tcatTGGAAAACGGA-GAA-GCTCAAAGT----CCGGGCTGTCTG-TATAA-AAGT-T--acat
gi|25 : tgTGGAAAACGTC-GAA-GTTATAAGC----ACGGGCAATCTG-CA
gi|26 : tatgGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TTA--TCAGCCCTGGC-a
gi|3 : TGGAAAACGTTTGAACGTTATAAGC----ACGGGCAATCTG-CAGAA-AAGT-T--TCTG--CAAATTGTTTC-GGCTG-G-TATT-G---ACT----A---AT-TAGA---ACGTT-GGGAG-CGG--AGTAAAA--TCA--TCAGC-------GT-ACGAAAGC--G-TCGCCGTGAGAAA-T------------------TGTCAA-TCA--AACGTCGTC--TAT-TTCAAGTT----ATC----------TT-------TT--AC-A---T-TA----GAA---ATGC------------C-----TTTGAC-TA--------------AAGT-----------TTATATGG-ACTA----AT-GAAAATGC--GC--AACCT--AT-GTACT-GTAAA-CAAA-A-----TCATGGATA----AAATC-AT-AATTCT--T-----------T-----GCGGATCCTGCTGTAT-TGGT-TT-AGTGGCG----ATTACG-ATT-GCG---A-TAA--T----ATAA--A-TGTTTTGAGG--AAT-------------------------------GTT------------------ATTC----CTCCTTC---CCCCGC-TC-------ACTG-TTC--GC----G--A--TT----G-TATTC--A-TTCTGGCT--TTT---AAC-TTTCAAAT-CGC-T-TGATATGCATATT--TAC--TTACTAAC-TGAGGTGTTATGGAA--AATTCTTT-ACTAC---------CCTTGCCTC-------------------------A-TTACGCAAAGC-GA--TTCAGCCTGAGCGATG-A--GGTGT--TGTTT---AGATTCTGCCCAAATTA-TGCT-TAATA-ATTGTATGC-GT-ATTTG---ACCT----TT-AT-TGTAGTA
gi|4 : gGGAAACGTA-GGA-GTTCGAAGC----ACGCTCGCT-TG-CATAAGAAGT-T--TCCA--CAAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-GTTTTCC----A---ATATAGAGGCACGCT-A-GAGGCGGAAAGCAAAAC-TCACTTCA---CTTGCGGT-GGGAAAGCAGAGTCGCC-TTGAAAACT------------------TGTCAA-TCAGCG-CGT-GTCGATGT-TTCA-TTT-----TA----------TTA------TTAT-C-A-GTT-TC----GAA--ATTGC------------T-----C---A---A--------------AAGTGACGTTTGAAAT------G-A--A----AA-AAAATTGC--GCT--ACCCAAAT-GT--T-TAAAAACAAATA----AT-ATACA-A----GTATCTAT-A--TTT--T-----------TCTTTCGCGGATCCTGC--TATGT--T-AT-AGTGGACGAAAATTTT---TT-T-GTTTC-TTAGGT----TTGAGAA-TGTCATAAAA--GAAT---------GA-ATCA--AAA---AGA---ATG-G-A-------------CCCCC----CCCCCCC---CCCCGC-AC-------AC-A--GCAGGT----A-CA--TTAGTAG-TATTT--GTTTTTGGA
gi|5 : TGAAAAATGTT-GAA-GTGCAAAGC----TTGGCCT-TCTG-CAGA----GT-T--TTTG-G-GATTTGTTTT-GACTA-ACCATT-G---TCCTATTAGGCAT-TAGA---ACGT--AGTAGGCGG--AGCCAAA--TCT--TCAGCTCTTGT-GT-GGGCATGC--GGTCACCGTAGAAGACT------------------TGTCTA-TCA--A-TGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATTTATCAGATCATT-------TCCTTC-A-A-CGTATATTGAA--TATGCCTTAATTTTTTTT-----T---AT-TAGAATGTGCTTACTAAAGT-----------T------GAA--A----AA-AAAAAAGT--GCTT-ACCA--AA-GT--T-GTAAAA----------------CACA----AT-TTTGTGA--TTC--T-----------T-----GCAGATCCTGC-ATAT-T--T-AT---TG--------TT----ATT-G-G---G-TAAAGT----TTAAG-----TTTTGAGG--AATTTTAAGAGGACA-AATT--AAA---ACAGCTGTA-T----------------TTCT----CCCCCTC---CCCCAC-AC-------Aatct
gi|6 : A----ATA-CTAT-A--TTTATT-----------T-----GCGATCCCTGCTATGT-A--T-AT-AATGGAC----ATTACG-ATT-G-G---AATAGAGC----ATAAAAA-TTT---GATGTAAGTT---------CATATTA--AAACTAATAG-TGTTAT-A-------------CCCCC----CCCCCCC---CCCCCC-CCCCCCCACAC-G--GC--ATTAATA-TAGGTT----GATATTTCAA-TTCTGGATCATTA---AGC-ATTCAAAAACAC-GGTGATATACATTTT--TACATTTACTAACCTGAG-T-TT-TGGAA--ATTTCTTTTAC-ACC----CCCCCCTC------------CTCTCT---CTCTATTAAAGTTA-GCAAAAC-GA--TTTT-CCTGA-CCATG-AT-TTTGC--AGTTC-----ATTCTGCCT-AG--A-CGC--T-ATT-ATTGTACACAGTAATATT---ATCT----TT-AT-T-TAGTAA--TTCT-TC-TCTCAACTCTCTTTCTTTCTCTC-TCTCT-CCAA--TTCT---TATTATCAGaaaacacgtaca
gi|7 : a----CCCCCCC---CTCCG-----------AA-G-TGTTAAT----A-TA--TTTGA-G-TATTA--A-TTCTGGAT--TTA---GA---TTCAACA-CG----TGATATTCATTTTATTAT--ATACTTAC-TGAGGT-TT-TTGGATAAATTCTTT-A-------------TCCCCTGTCTCCCTC-CTCT-T---CTCTATTAAA-GTA-GCAAAAC-GA--TTTTG-CTGAGTGATG-AATTGTGCGTTATTT----GATTCTGCT---ATT--CGCTAT-ATA-ATTGTACACAGT-ATTTGTATATGT----TTGATATGTAGTTATCTTCTCTCTTCT---CTTT-TTTC--TCT-TC-TCTCT-CCAAGTTCTT---AATTAT
gi|8 : tCCCCCCTAACCCCGC-TC-------AA-T-CGC--GT----A-T---TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTTTAAAGC-TTTCAAAA-CGA-T-TGATATGCATTAT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-T-GGA--AGTTCTTT-AATACC----CCGCCa
gi|8 : tGC-CA--TTCTGTCTGAGCGATG-G--TGTGC--TGTTTA--A-ATTCTGCCT-A-TTA-CGCT-TTATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--Tattctgtctgagcgatggtgtgctgtttaaattctgcctattacgctttataattgtacgcagtatttgatctttattgtagtaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctctttctccaagttcttttagattat
gi|8 : tcccccctaaccccgctcaatcgcgtatttgtattcattctggatttttaaagctttcaaaacgattgatatgcattattacttactaacctgaggttttggaagttctttaataccccCTCTC-TTTCT-CCAAGTTCTTTTAGATTATattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctctttctccaagttcttttagattat
gi|9 : tcccccctaaccccgctcaatcgcgtatttgtattcattctggatttttaaagctttcaaaacgattgatatgcattattacttactaacctgaggttttggaagttctttaataccccgccattctgtctgagcgatggtgtgctgtttaaattctgcctattacgctttataattgtacgcagtatttgatctttattgtagtaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAAAATGTT-GAA-GTTTTAAGCTCAGATAGACCTTCTG-CAGAA-AACT-T--TC-A-GCAAATTGTTTT-GACTG-ACTATT-A---TTC----T---GT-TTGA---ACGT-----AGGC--------------CA--TCAGCCCTGGC-AT-GCAAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-CCA--A-CTT-GTC--TGT-TTCG-TTTCTTAATCAG--------TTCTATTTATTCTACTACA-T-TA-----AA--TTTGC------------T-----T---
Alignments
lowQualScore : 111111 111 333333333333333333 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 111111 1111 222222222 1111 22222222222222222 11 111111 22222222222222 11111 111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 11 22222222222222222222 1111 11111 33333333333333333333333333333 111 11 11 11 22222 2222 1111 1111 111 11 111 11 1111
lowQualScore : 44 3 2 99999 44 3 3 3 3 888888 3 44 3 555 7777 555 3 555 55 44 111 55 2 3 8 66 666666666666666666 5 2222 1 5 66 4 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 77 2222 666666 0000 55 555555555 1 2222 55 5 66 66 77777777777777777 33 111111 888 99999999999999 4 8 99999 44444 222222 66 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8888 666 66 3333333 4 00 44444444444444444444 4 66 4 66 4444 5 5 8888 77 999 0 5 5 00000 6 99999999999999999999999999999 0 000 1 66 5 5 5 66 5 11 11 55555 4444 5 5555 5 2 6666 888 0000 5 5 555 22 777 0 2 0 33 8 8 2 8888
lowQualScore : .. . . ..... .. . . . . ...... . .. . ... .... ... . ... .. .. ... .. . . . .. .................. . .... . . .. . . ................................................................................................................................ . . .. .... ...... .... .. ......... . .... .. . .. .. ................. .. ...... ... .............. . . ..... ..... ...... .. ...................................................... .... ... .. ....... . .. .................... . .. . .. .... . . .... .. ... . . . ..... . ............................. . ... . .. . . . .. . .. .. ..... .... . .... . . .... ... .... . . ... .. ... . . . .. . . . ....
lowQualScore : 66 6 0 22222 99 1 3 1 1 444444 3 99 3 888 1111 888 1 888 44 66 222 00 8 6 0 11 999999999999999999 0 8888 4 0 99 4 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 4 99 5555 222222 8888 77 222222222 7 1111 11 0 99 99 22222222222222222 44 555555 555 44444444444444 4 9 22222 88888 333333 99 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555 444 44 0000000 4 99 77777777777777777777 4 11 4 99 6666 0 0 4444 99 666 7 7 7 11111 7 44444444444444444444444444444 7 000 4 66 7 7 0 99 0 99 99 00000 4444 0 4444 0 2 5555 888 6666 0 0 222 55 555 8 5 8 88 0 0 5 5555
consensus : NTGGAAAACGTN-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCNATCTG-CAGAA-AAGT-T-TCTG-GCGAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA--TNTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------G-A--A----AA-GAAAATGC--GCTTAACCT--AT-GT--T-GTAAAACAAA-A----GTCATGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T--T-AT-AGTGGAC----ATTACGGATT-G-G---A-TAAAGN----ATAAGAA-TTTTTTGAGG--AATT---------C--A-ATCG--AAA---ATAGCTGTN-T-A-------------CACCC----CCCCCCC---CCCCGC-NC-------AC-G-TGC--GT----A-TA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTN---AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATATGCATTT--TTAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGG--AAATTCTTT-ACTACC----CCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCT---CTCTATTAAA-TTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTTA--AGATTCTGCCT-AATTA-CGCT-T-ATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCTCTC-TCT---CTTTCTTTC--TCTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCT---NATTATCAG
Reference ( family-3457 ) : NTGGAAAACGTN-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCNATCTG-CAGAA-AAGT-T-TCTG-GCGAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA--TNTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------G-A--A----AA-GAAAATGC--GCTTAACCT--AT-GT--T-GTAAAACAAA-A----GTCATGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T--T-AT-AGTGGAC----ATTACGGATT-G-G---A-TAAAGN----ATAAGAA-TTTTTTGAGG--AATT---------C--A-ATCG--AAA---ATAGCTGTN-T-A-------------CACCC----CCCCCCC---CCCCGC-NC-------AC-G-TGC--GT----A-TA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTN---AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATATGCATTT--TTAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGG--AAATTCTTT-ACTACC----CCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCT---CTCTATTAAA-TTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTTA--AGATTCTGCCT-AATTA-CGCT-T-ATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCTCTC-TCT---CTTTCTTTC--TCTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCT---NATTATCAG
gi|1 : TGGAAAA-GTT-GAA-GTTCGAAGC----ATGGGCAATCTGGCAGAA-AAGTGT-TCTG-GTAAATTGTTT--GACTG-GCTATTCG---TCT----A---AT-T-GA---ATGTTTAGGAGGCGG---GCAAAGAGTCA--TCAGCCCTGGC-TT-CG-AAAGC--GGTCACCGGGGAAGACT------------------TGCCAA-TCA--A-CAT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA------C------------T-----T---AC-TA--------------AA----------------------A--A----AA-AAAATTGTCGGCTTA--CT--ATTGT--T-GTAAAACAAA-A----ATCAGGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-TTAT-T--T-AT-AATGGAC----ATTACGGATT-GTG---A-TAGAGG----ATAAGAAGTTTTTTGAGG--AATT---------C--A-GTCG--GAA---ATAGTTGTGGTGA-------------CACCC----CCCGCCC---CCCCGC-AC-------AC-G-TGT--AT----A-TA--TTT---G-TATTT--A-TTCTGGAG--TTT---AGCATTTCAAAA-CGTGT-CGATATGCATTT--TTAC--TTACTATCCTGAGGT-TT-TGGG--AAATTCTTT-ACTACCCCCGCCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTTTCCTCTATTAAA-TTA-GCAAAAC-GA--TTTTGCCTCAG-GATG-A--TGTGCA-AGTTTA--AGATTCTGCTT-AATTAGCGC--T-ATAGATT--------T-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCTCT--TCT---TTTTCTCTC--TCTCTCATCTCTGCCAAGTTTCT---TATTATCAG
gi|10 : cTGGAAAACGTA-GAA-GCTCGAAGC----TCGGGCTAGCTG-TATAG-AAGT-T---------AAT-----------G-CCAATT-G---TCC----A---AC-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAA----------AG-ACTGGC-GTAAGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACTGCTTATTTCTTTTATTTGTATCAGTTCA--ATCCC-TTC--TACGTTCA-TTT-----TG----------TT-------TT-TAT-A-A-A-TA----GAA--TGTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------c
gi|11 : g-TTT----ATC----------TT-------TT-TA--------TA----GGA--TGTGT------------T-----T---AT-AA--------------AAGT-----------T------G-A--A----GA-GAAA-TGC--GCCTA-CC--------------------AA-A----GTCATGCGTATTGAATATTTAT-A--TTT--TCTGTAAATCTTT-----GCGATTCCTGC-GTAT-A--T-ATCATTGG--------TATGGTTTAG-G---A-CAGATG----A-AGGAA-TTTTa
gi|12 : atattgaatatgactTGGAAAACGTA-GAA-GCTCGAAGC----CCGGACTGTCTG-TTTAG-AAGT-T-AATG-CC-AATTGTTTT-GTCTG-GCTATT-G---TCC----A---AC-TAGA---ATGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAC--TCT--TCA--CCTGGC-GTAAGGAAAGC--GGTCGCCG
gi|13 : AATGTT-GAA-GTGTGATGT----GCATGTCTTCTG-CAGAA-AAGT-T-ACCG--CGAATTGTTTT-GACTG-ACTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACG-T-AGTAGGCGG--AGCCAAG--TCA--TCGGCGCTGTC-GT-GGGAAAG
gi|14 : CTCTCTCTCTCTCT---CTC----AAA-TTA-GCAAAGCAGAATTTCTGCTTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTT---AGATTCTAACT--ATCA-AGCT-------------------------------T----TT-AT-TGTAGTAA-----TCCC-TCT---CTGTCTGTC--TCTCTC-TGTCT-tatt
gi|15 : CTCTCTCTCT---CTCTA--AAA-TTA-GCAAAGC-GT--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTTATTAGATTCTGTC----TTA-CACT-T-ATA-ATTGTACACAGC-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA---TCTCTgtc
gi|16 : -G-G---A-TAAAG-----ATAA-AA-GTTTTTGAGG--AATC---------C--A--TGG--AAAT--ATAGCTGTT-T-A-------------T---C----TCTCTAC---CCCCGC-TC-------AC-G-TGC--GT----A--A--TT----G-TATTC--G-TTCAGGAT--TTA---AGT-TTTCATAA-CGC-T-TGAT
gi|17 : -TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TAAGCCCTGAC-GT-GGGAAAGC--AGTCGCTGTGAAACATT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTT--TAT-TTCA-TTT----ATT----------T
gi|18 : C----CCCCCCC---CCCCGC-TC-------AC-G-TGC--GG----A-T---TT----G-TATTC--A-CTCTGGAT--TTA---AGC-TTTCATAA-CGC-T-TGGTATGTATTT--TTAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGat
gi|19 : T-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T---------------------GCAG-TT-G-G---G-TAAAGTTTTAATAAG-----TTTTGAGG--AATT---------CGCA-GACGTTAAATT-ATAAC-ATC-T-G-------------CACCC----CCCCCCC---a
gi|2 : TGGAAAACGTT-GAA-GTT-GAAGC----ACGGGCAATCTG-CAAGA-AAGA-T-TTTGCACACATTGTTTTCGACTGCGCTATT-G---TCT----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GTGAAAGC--AGGCGCGTTGGAAGACT------------------------------------------------A-TTT----ATC----------TT---------CTGC-A-A-T--A----GAAATTCTAC------------TAAGAAT---ACGTA--------------AAAA-----------T------G-A--ACCATAA-AAAAAGGC--GCTTGACCT--AT-GT--TTGTAAAACAAA-ATCAAGGCATACATA----AT-CCTAT-A--TTG--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GAAT-T--TAAT-AGTGGAC----ATTAC-GAT----G---A-TAAAAG----ATAGAAG-TTTTTTGAAG---ATT---------C----ATGG--CAA---ATA-CTGTT-T-AAACCCCCAACAACCACCCACCACCCCCTC---CCCCGCGAC-------AC-GAAGC--GT----ACTA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TT----AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATG-----------AC---TACTAACATGAGGT-TT-T-TT--AAATTATTT-AT--CC----CCCCCACCCC--------------CT---CTCTA--AAA-TAG-GCAAAGC--A--TTTGGCCTGAGCGATGAA--TGTGC--TGTTTA--A-ATTCTGCCT---TTA-TGCT-T-TTA-ATTGTACGCA-T-ATTTG---ATCTTCTATT-AT-TGTAGTAA--
gi|20 : GTCATCTG-CAGAA-AAGT-T-TC-A-GCGAATTGTTTT-GACTG-ACTATC-G---TCC----A---GT-TAGA---ACATT-
gi|21 : agtgtgaacaagtgaaa-TTCA-TTT-----TG----------TT-------TT-----A-A-T-TA-----AG--TATGCC-----------T-----T---AC-TA--------------AAGTGACGT------T------G-A--A----AATGAAAATGC--GCTTAgctt
gi|22 : cccttatacgGT-TATCTA-GCGAATCGTATT-GACCG--CTATT-G---TCC----A----T-CA-A---ACGT--AGTAGGCGG--AGCAAAc
gi|23 : TG-TAGAA-AAGT-T-TCTG--CAAATTGTTTT-GACTG-GGTATT-G---TCC----A---AT-
gi|24 : tcatTGGAAAACGGA-GAA-GCTCAAAGT----CCGGGCTGTCTG-TATAA-AAGT-T-acat
gi|25 : tgTGGAAAACGTC-GAA-GTTATAAGC----ACGGGCAATCTG-CA
gi|26 : tatgGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TTA--TCAGCCCTGGC-a
gi|3 : TGGAAAACGTTTGAACGTTATAAGC----ACGGGCAATCTG-CAGAA-AAGT-T-TCTG--CAAATTGTTTC-GGCTG-G-TATT-G---ACT----A---AT-TAGA---ACGTT-GGGAG-CGG--AGTAAAA--TCA--TCAGC-------GT-ACGAAAGC--G-TCGCCGTGAGAAA-T------------------TGTCAA-TCA--AACGTCGTC--TAT-TTCAAGTT----ATC----------TT-------TT--AC-A---T-TA----GAA---ATGC------------C-----TTTGAC-TA--------------AAGT-----------TTATATGG-ACTA----AT-GAAAATGC--GC--AACCT--AT-GTACT-GTAAA-CAAA-A-----TCATGGATA----AAATC-AT-AATTCT--T-----------T-----GCGGATCCTGCTGTAT-TGGT-TT-AGTGGCG----ATTACG-ATT-GCG---A-TAA--T----ATAA--A-TGTTTTGAGG--AAT---------------------------------GTT------------------ATTC----CTCCTTC---CCCCGC-TC-------ACTG-TTC--GC----G--A--TT----G-TATTC--A-TTCTGGCT--TTT---AAC-TTTCAAAT-CGC-T-TGATATGCATAT--TTAC--TTACTAAC-TGAGGTGTTATGGA--AAATTCTTT-ACTAC---------CCTTGCCTC-------------------------A-TTACGCAAAGC-GA--TTCAGCCTGAGCGATG-A--GGTGT--TGTTT---AGATTCTGCCCAAATTA-TGCT-TAATA-ATTGTATGC-GT-ATTTG---ACCT----TT-AT-TGTAGTA
gi|4 : gGGAAACGTA-GGA-GTTCGAAGC----ACGCTCGCT-TG-CATAAGAAGT-T-TCCA--CAAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-GTTTTCC----A---ATATAGAGGCACGCT-A-GAGGCGGAAAGCAAAAC-TCACTTCA---CTTGCGGT-GGGAAAGCAGAGTCGCC-TTGAAAACT------------------TGTCAA-TCAGCG-CGT-GTCGATGT-TTCA-TTT-----TA----------TTA------TTAT-C-A-GTT-TC----GAA--ATTGC------------T-----C---A---A--------------AAGTGACGTTTGAAAT------G-A--A----AA-AAAATTGC--GCT--ACCCAAAT-GT--T-TAAAAACAAATA----AT-ATACA-A----GTATCTAT-A--TTT--T-----------TCTTTCGCGGATCCTGC--TATGT--T-AT-AGTGGACGAAAATTTT---TT-T-GTTTC-TTAGGT----TTGAGAA-TGTCATAAAA--GAAT---------G--A-ATCA--AAA---AGA---ATG-G-A-------------CCCCC----CCCCCCC---CCCCGC-AC-------AC-A--GCAGGT----A-CA--TTAGTAG-TATTT--GTTTTTGGA
gi|5 : TGAAAAATGTT-GAA-GTGCAAAGC----TTGGCCT-TCTG-CAGA----GT-T-TTTG-G-GATTTGTTTT-GACTA-ACCATT-G---TCCTATTAGGCAT-TAGA---ACGT--AGTAGGCGG--AGCCAAA--TCT--TCAGCTCTTGT-GT-GGGCATGC--GGTCACCGTAGAAGACT------------------TGTCTA-TCA--A-TGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATTTATCAGATCATT-------TCCTTC-A-A-CGTATATTGAA--TATGCCTTAATTTTTTTT-----T---AT-TAGAATGTGCTTACTAAAGT-----------T------GAA--A----AA-AAAAAAGT--GCTT-ACCA--AA-GT--T-GTAAAA----------------CACA----AT-TTTGTGA--TTC--T-----------T-----GCAGATCCTGC-ATAT-T--T-AT---TG--------TT----ATT-G-G---G-TAAAGT----TTAAG-----TTTTGAGG--AATTTTAAGAGGAC--A-AATT--AAA---ACAGCTGTA-T----------------TTCT----CCCCCTC---CCCCAC-AC-------Aatct
gi|6 : A----ATA-CTAT-A--TTTATT-----------T-----GCGATCCCTGCTATGT-A--T-AT-AATGGAC----ATTACG-ATT-G-G---AATAGAGC----ATAAAAA-TTT---GATGTAAGTT---------C--ATATTA--AAACTAATAG-TGTTAT-A-------------CCCCC----CCCCCCC---CCCCCC-CCCCCCCACAC-G--GC--ATTAATA-TAGGTT----GATATTTCAA-TTCTGGATCATTA---AGC-ATTCAAAAACAC-GGTGATATACATTT--TTACATTTACTAACCTGAG-T-TT-TGGA--AATTTCTTTTAC-ACC----CCCCCCTC------------CTCTCT---CTCTATTAAAGTTA-GCAAAAC-GA--TTTT-CCTGA-CCATG-AT-TTTGC--AGTTC-----ATTCTGCCT-AG--A-CGC--T-ATT-ATTGTACACAGTAATATT---ATCT----TT-AT-T-TAGTAA--TTCT-TC-TCTCAACTCTCTTTCTTTCTCTC-TCTCT-CCAA--TTCT---TATTATCAGaaaacacgtaca
gi|7 : a----CCCCCCC---CTCCG-----------AA-G-TGTTAAT----A-TA--TTTGA-G-TATTA--A-TTCTGGAT--TTA---GA---TTCAACA-CG----TGATATTCATTTTATTAT--ATACTTA-CTGAGGT-TT-TTGGATAAATTCTTT-A-------------TCCCCTGTCTCCCTC-CTCT-T---CTCTATTAAA-GTA-GCAAAAC-GA--TTTTG-CTGAGTGATG-AATTGTGCGTTATTT----GATTCTGCT---ATT--CGCTAT-ATA-ATTGTACACAGT-ATTTGTATATGT----TTGATATGTAGTTATCTTCTCTCTTCT---CTTT-TTTC--TCT-TC-TCTCT-CCAAGTTCTT---AATTAT
gi|8 : tCCCCCCTAACCCCGC-TC-------AA-T-CGC--GT----A-T---TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTTTAAAGC-TTTCAAAA-CGA-T-TGATATGCATTA--TTAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-T-GG--AAGTTCTTT-AATACC----CCGCCa
gi|8 : tGC-CA--TTCTGTCTGAGCGATG-G--TGTGC--TGTTTA--A-ATTCTGCCT-A-TTA-CGCT-TTATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--Tattctgtctgagcgatggtgtgctgtttaaattctgcctattacgctttataattgtacgcagtatttgatctttattgtagtaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctctttctccaagttcttttagattat
gi|8 : tcccccctaaccccgctcaatcgcgtatttgtattcattctggatttttaaagctttcaaaacgattgatatgcattattacttactaacctgaggttttggaagttctttaataccccCTCTC-TTTCT-CCAAGTTCTTTTAGATTATattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctctttctccaagttcttttagattat
gi|9 : tcccccctaaccccgctcaatcgcgtatttgtattcattctggatttttaaagctttcaaaacgattgatatgcattattacttactaacctgaggttttggaagttctttaataccccgccattctgtctgagcgatggtgtgctgtttaaattctgcctattacgctttataattgtacgcagtatttgatctttattgtagtaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAAAATGTT-GAA-GTTTTAAGCTCAGATAGACCTTCTG-CAGAA-AACT-T-TC-A-GCAAATTGTTTT-GACTG-ACTATT-A---TTC----T---GT-TTGA---ACGT-----AGGC--------------CA--TCAGCCCTGGC-AT-GCAAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-CCA--A-CTT-GTC--TGT-TTCG-TTTCTTAATCAG--------TTCTATTTATTCTACTACA-T-TA-----AA--TTTGC------------T-----T---
Alignments
lowQualScore : 111111 111 333333333333333333 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 111111 1111 222222222 1111 22222222222222222 11 111111 22222222222222 11111 111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 11 22222222222222222222 1111 11111 33333333333333333333333333333 111 11 11 11 22222 2222 1111 1111 111 11 111 11 1111
lowQualScore : 44 3 2 99999 44 3 3 3 3 888888 3 44 3 555 7777 555 3 555 55 44 111 55 2 3 8 66 666666666666666666 5 2222 1 5 66 4 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 77 2222 666666 0000 55 555555555 1 2222 55 5 66 66 77777777777777777 33 111111 888 99999999999999 4 8 99999 44444 222222 66 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8888 666 66 3333333 4 00 44444444444444444444 4 66 4 66 4444 5 5 8888 77 999 0 5 5 00000 6 99999999999999999999999999999 0 000 1 66 5 5 5 66 5 11 11 55555 4444 5 5555 5 2 6666 888 0000 5 5 555 22 777 0 2 0 33 8 8 2 8888
lowQualScore : .. . . ..... .. . . . . ...... . .. . ... .... ... . ... .. .. ... .. . . . .. .................. . .... . . .. . . ................................................................................................................................ . . .. .... ...... .... .. ......... . .... .. . .. .. ................. .. ...... ... .............. . . ..... ..... ...... .. ...................................................... .... ... .. ....... . .. .................... . .. . .. .... . . .... .. ... . . . ..... . ............................. . ... . .. . . . .. . .. .. ..... .... . .... . . .... ... .... . . ... .. ... . . . .. . . . ....
lowQualScore : 66 6 0 22222 99 1 3 1 1 444444 3 99 3 888 1111 888 1 888 44 66 222 00 8 6 0 11 999999999999999999 0 8888 4 0 99 4 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 4 99 5555 222222 8888 77 222222222 7 1111 11 0 99 99 22222222222222222 44 555555 555 44444444444444 4 9 22222 88888 333333 99 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555 444 44 0000000 4 99 77777777777777777777 4 11 4 99 6666 0 0 4444 99 666 7 7 7 11111 7 44444444444444444444444444444 7 000 4 66 7 7 0 99 0 99 99 00000 4444 0 4444 0 2 5555 888 6666 0 0 222 55 555 8 5 8 88 0 0 5 5555
consensus : NTGGAAAACGTN-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCNATCTG-CAGAA-AAGT-T-TCTG-GCGAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA--TNTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------G-A--A----AA-GAAAATGC--GCTTAACCT--AT-GT--T-GTAAAACAAA-A----GTCATGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T--T-AT-AGTGGAC----ATTACGGATT-G-G---A-TAAAGN----ATAAGAA-TTTTTTGAGG--AATT---------C--A-ATCG--AAA---ATAGCTGTN-T-A-------------CACCC----CCCCCCC---CCCCGC-NC-------AC-G-TGC--GT----A-TA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTN---AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATATGCATTT--TTAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGG--AAATTCTTT-ACTACC----CCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCT---CTCTATTAAA-TTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTTA--AGATTCTGCCT-AATTA-CGCT-T-ATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCTCTC-TCT---CTTTCTTTC--TCTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCT---NATTATCAG
Reference ( family-3457 ) : NTGGAAAACGTN-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCNATCTG-CAGAA-AAGT-T-TCTG-GCGAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA--TNTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------G-A--A----AA-GAAAATGC--GCTTAACCT--AT-GT--T-GTAAAACAAA-A----GTCATGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T--T-AT-AGTGGAC----ATTACGGATT-G-G---A-TAAAGN----ATAAGAA-TTTTTTGAGG--AATT---------C--A-ATCG--AAA---ATAGCTGTN-T-A-------------CACCC----CCCCCCC---CCCCGC-NC-------AC-G-TGC--GT----A-TA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTN---AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATATGCATTT--TTAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGG--AAATTCTTT-ACTACC----CCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCT---CTCTATTAAA-TTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTTA--AGATTCTGCCT-AATTA-CGCT-T-ATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCTCTC-TCT---CTTTCTTTC--TCTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCT---NATTATCAG
gi|1 : TGGAAAA-GTT-GAA-GTTCGAAGC----ATGGGCAATCTGGCAGAA-AAGTGT-TCTG-GTAAATTGTTT--GACTG-GCTATTCG---TCT----A---AT-T-GA---ATGTTTAGGAGGCGG---GCAAAGAGTCA--TCAGCCCTGGC-TT-CG-AAAGC--GGTCACCGGGGAAGACT------------------TGCCAA-TCA--A-CAT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA------C------------T-----T---AC-TA--------------AA----------------------A--A----AA-AAAATTGTCGGCTTA--CT--ATTGT--T-GTAAAACAAA-A----ATCAGGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-TTAT-T--T-AT-AATGGAC----ATTACGGATT-GTG---A-TAGAGG----ATAAGAAGTTTTTTGAGG--AATT---------C--A-GTCG--GAA---ATAGTTGTGGTGA-------------CACCC----CCCGCCC---CCCCGC-AC-------AC-G-TGT--AT----A-TA--TTT---G-TATTT--A-TTCTGGAG--TTT---AGCATTTCAAAA-CGTGT-CGATATGCATTT--TTAC--TTACTATCCTGAGGT-TT-TGGG--AAATTCTTT-ACTACCCCCGCCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTTTCCTCTATTAAA-TTA-GCAAAAC-GA--TTTTGCCTCAG-GATG-A--TGTGCA-AGTTTA--AGATTCTGCTT-AATTAGCGC--T-ATAGATT--------T-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCTCT--TCT---TTTTCTCTC--TCTCTCATCTCTGCCAAGTTTCT---TATTATCAG
gi|10 : cTGGAAAACGTA-GAA-GCTCGAAGC----TCGGGCTAGCTG-TATAG-AAGT-T---------AAT-----------G-CCAATT-G---TCC----A---AC-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAA----------AG-ACTGGC-GTAAGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACTGCTTATTTCTTTTATTTGTATCAGTTCA--ATCCC-TTC--TACGTTCA-TTT-----TG----------TT-------TT-TAT-A-A-A-TA----GAA--TGTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------c
gi|11 : g-TTT----ATC----------TT-------TT-TA--------TA----GGA--TGTGT------------T-----T---AT-AA--------------AAGT-----------T------G-A--A----GA-GAAA-TGC--GCCTA-CC--------------------AA-A----GTCATGCGTATTGAATATTTAT-A--TTT--TCTGTAAATCTTT-----GCGATTCCTGC-GTAT-A--T-ATCATTGG--------TATGGTTTAG-G---A-CAGATG----A-AGGAA-TTTTa
gi|12 : atattgaatatgactTGGAAAACGTA-GAA-GCTCGAAGC----CCGGACTGTCTG-TTTAG-AAGT-T-AATG-CC-AATTGTTTT-GTCTG-GCTATT-G---TCC----A---AC-TAGA---ATGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAC--TCT--TCA--CCTGGC-GTAAGGAAAGC--GGTCGCCG
gi|13 : AATGTT-GAA-GTGTGATGT----GCATGTCTTCTG-CAGAA-AAGT-T-ACCG--CGAATTGTTTT-GACTG-ACTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACG-T-AGTAGGCGG--AGCCAAG--TCA--TCGGCGCTGTC-GT-GGGAAAG
gi|14 : CTCTCTCTCTCTCT---CTC----AAA-TTA-GCAAAGCAGAATTTCTGCTTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTT---AGATTCTAACT--ATCA-AGCT-------------------------------T----TT-AT-TGTAGTAA-----TCCC-TCT---CTGTCTGTC--TCTCTC-TGTCT-tatt
gi|15 : CTCTCTCTCT---CTCTA--AAA-TTA-GCAAAGC-GT--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTTATTAGATTCTGTC----TTA-CACT-T-ATA-ATTGTACACAGC-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA---TCTCTgtc
gi|16 : -G-G---A-TAAAG-----ATAA-AA-GTTTTTGAGG--AATC---------C--A--TGG--AAAT--ATAGCTGTT-T-A-------------T---C----TCTCTAC---CCCCGC-TC-------AC-G-TGC--GT----A--A--TT----G-TATTC--G-TTCAGGAT--TTA---AGT-TTTCATAA-CGC-T-TGAT
gi|17 : -TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TAAGCCCTGAC-GT-GGGAAAGC--AGTCGCTGTGAAACATT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTT--TAT-TTCA-TTT----ATT----------T
gi|18 : C----CCCCCCC---CCCCGC-TC-------AC-G-TGC--GG----A-T---TT----G-TATTC--A-CTCTGGAT--TTA---AGC-TTTCATAA-CGC-T-TGGTATGTATTT--TTAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGat
gi|19 : T-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T---------------------GCAG-TT-G-G---G-TAAAGTTTTAATAAG-----TTTTGAGG--AATT---------CGCA-GACGTTAAATT-ATAAC-ATC-T-G-------------CACCC----CCCCCCC---a
gi|2 : TGGAAAACGTT-GAA-GTT-GAAGC----ACGGGCAATCTG-CAAGA-AAGA-T-TTTGCACACATTGTTTTCGACTGCGCTATT-G---TCT----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GTGAAAGC--AGGCGCGTTGGAAGACT------------------------------------------------A-TTT----ATC----------TT---------CTGC-A-A-T--A----GAAATTCTAC------------TAAGAAT---ACGTA--------------AAAA-----------T------G-A--ACCATAA-AAAAAGGC--GCTTGACCT--AT-GT--TTGTAAAACAAA-ATCAAGGCATACATA----AT-CCTAT-A--TTG--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GAAT-T--TAAT-AGTGGAC----ATTAC-GAT----G---A-TAAAAG----ATAGAAG-TTTTTTGAAG---ATT---------C----ATGG--CAA---ATA-CTGTT-T-AAACCCCCAACAACCACCCACCACCCCCTC---CCCCGCGAC-------AC-GAAGC--GT----ACTA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TT----AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATG-----------AC---TACTAACATGAGGT-TT-T-TT--AAATTATTT-AT--CC----CCCCCACCCC--------------CT---CTCTA--AAA-TAG-GCAAAGC--A--TTTGGCCTGAGCGATGAA--TGTGC--TGTTTA--A-ATTCTGCCT---TTA-TGCT-T-TTA-ATTGTACGCA-T-ATTTG---ATCTTCTATT-AT-TGTAGTAA--
gi|20 : GTCATCTG-CAGAA-AAGT-T-TC-A-GCGAATTGTTTT-GACTG-ACTATC-G---TCC----A---GT-TAGA---ACATT-
gi|21 : agtgtgaacaagtgaaa-TTCA-TTT-----TG----------TT-------TT-----A-A-T-TA-----AG--TATGCC-----------T-----T---AC-TA--------------AAGTGACGT------T------G-A--A----AATGAAAATGC--GCTTAgctt
gi|22 : cccttatacgGT-TATCTA-GCGAATCGTATT-GACCG--CTATT-G---TCC----A----T-CA-A---ACGT--AGTAGGCGG--AGCAAAc
gi|23 : TG-TAGAA-AAGT-T-TCTG--CAAATTGTTTT-GACTG-GGTATT-G---TCC----A---AT-
gi|24 : tcatTGGAAAACGGA-GAA-GCTCAAAGT----CCGGGCTGTCTG-TATAA-AAGT-T-acat
gi|25 : tgTGGAAAACGTC-GAA-GTTATAAGC----ACGGGCAATCTG-CA
gi|26 : tatgGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TTA--TCAGCCCTGGC-a
gi|3 : TGGAAAACGTTTGAACGTTATAAGC----ACGGGCAATCTG-CAGAA-AAGT-T-TCTG--CAAATTGTTTC-GGCTG-G-TATT-G---ACT----A---AT-TAGA---ACGTT-GGGAG-CGG--AGTAAAA--TCA--TCAGC-------GT-ACGAAAGC--G-TCGCCGTGAGAAA-T------------------TGTCAA-TCA--AACGTCGTC--TAT-TTCAAGTT----ATC----------TT-------TT--AC-A---T-TA----GAA---ATGC------------C-----TTTGAC-TA--------------AAGT-----------TTATATGG-ACTA----AT-GAAAATGC--GC--AACCT--AT-GTACT-GTAAA-CAAA-A-----TCATGGATA----AAATC-AT-AATTCT--T-----------T-----GCGGATCCTGCTGTAT-TGGT-TT-AGTGGCG----ATTACG-ATT-GCG---A-TAA--T----ATAA--A-TGTTTTGAGG--AAT---------------------------------GTT------------------ATTC----CTCCTTC---CCCCGC-TC-------ACTG-TTC--GC----G--A--TT----G-TATTC--A-TTCTGGCT--TTT---AAC-TTTCAAAT-CGC-T-TGATATGCATAT--TTAC--TTACTAAC-TGAGGTGTTATGGA--AAATTCTTT-ACTAC---------CCTTGCCTC-------------------------A-TTACGCAAAGC-GA--TTCAGCCTGAGCGATG-A--GGTGT--TGTTT---AGATTCTGCCCAAATTA-TGCT-TAATA-ATTGTATGC-GT-ATTTG---ACCT----TT-AT-TGTAGTA
gi|4 : gGGAAACGTA-GGA-GTTCGAAGC----ACGCTCGCT-TG-CATAAGAAGT-T-TCCA--CAAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-GTTTTCC----A---ATATAGAGGCACGCT-A-GAGGCGGAAAGCAAAAC-TCACTTCA---CTTGCGGT-GGGAAAGCAGAGTCGCC-TTGAAAACT------------------TGTCAA-TCAGCG-CGT-GTCGATGT-TTCA-TTT-----TA----------TTA------TTAT-C-A-GTT-TC----GAA--ATTGC------------T-----C---A---A--------------AAGTGACGTTTGAAAT------G-A--A----AA-AAAATTGC--GCT--ACCCAAAT-GT--T-TAAAAACAAATA----AT-ATACA-A----GTATCTAT-A--TTT--T-----------TCTTTCGCGGATCCTGC--TATGT--T-AT-AGTGGACGAAAATTTT---TT-T-GTTTC-TTAGGT----TTGAGAA-TGTCATAAAA--GAAT---------G--A-ATCA--AAA---AGA---ATG-G-A-------------CCCCC----CCCCCCC---CCCCGC-AC-------AC-A--GCAGGT----A-CA--TTAGTAG-TATTT--GTTTTTGGA
gi|5 : TGAAAAATGTT-GAA-GTGCAAAGC----TTGGCCT-TCTG-CAGA----GT-T-TTTG-G-GATTTGTTTT-GACTA-ACCATT-G---TCCTATTAGGCAT-TAGA---ACGT--AGTAGGCGG--AGCCAAA--TCT--TCAGCTCTTGT-GT-GGGCATGC--GGTCACCGTAGAAGACT------------------TGTCTA-TCA--A-TGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATTTATCAGATCATT-------TCCTTC-A-A-CGTATATTGAA--TATGCCTTAATTTTTTTT-----T---AT-TAGAATGTGCTTACTAAAGT-----------T------GAA--A----AA-AAAAAAGT--GCTT-ACCA--AA-GT--T-GTAAAA----------------CACA----AT-TTTGTGA--TTC--T-----------T-----GCAGATCCTGC-ATAT-T--T-AT---TG--------TT----ATT-G-G---G-TAAAGT----TTAAG-----TTTTGAGG--AATTTTAAGAGGAC--A-AATT--AAA---ACAGCTGTA-T----------------TTCT----CCCCCTC---CCCCAC-AC-------Aatct
gi|6 : A----ATA-CTAT-A--TTTATT-----------T-----GCGATCCCTGCTATGT-A--T-AT-AATGGAC----ATTACG-ATT-G-G---AATAGAGC----ATAAAAA-TTT---GATGTAAGTT---------C--ATATTA--AAACTAATAG-TGTTAT-A-------------CCCCC----CCCCCCC---CCCCCC-CCCCCCCACAC-G--GC--ATTAATA-TAGGTT----GATATTTCAA-TTCTGGATCATTA---AGC-ATTCAAAAACAC-GGTGATATACATTT--TTACATTTACTAACCTGAG-T-TT-TGGA--AATTTCTTTTAC-ACC----CCCCCCTC------------CTCTCT---CTCTATTAAAGTTA-GCAAAAC-GA--TTTT-CCTGA-CCATG-AT-TTTGC--AGTTC-----ATTCTGCCT-AG--A-CGC--T-ATT-ATTGTACACAGTAATATT---ATCT----TT-AT-T-TAGTAA--TTCT-TC-TCTCAACTCTCTTTCTTTCTCTC-TCTCT-CCAA--TTCT---TATTATCAGaaaacacgtaca
gi|7 : a----CCCCCCC---CTCCG-----------AA-G-TGTTAAT----A-TA--TTTGA-G-TATTA--A-TTCTGGAT--TTA---GA---TTCAACA-CG----TGATATTCATTTTATTAT--ATACTTA-CTGAGGT-TT-TTGGATAAATTCTTT-A-------------TCCCCTGTCTCCCTC-CTCT-T---CTCTATTAAA-GTA-GCAAAAC-GA--TTTTG-CTGAGTGATG-AATTGTGCGTTATTT----GATTCTGCT---ATT--CGCTAT-ATA-ATTGTACACAGT-ATTTGTATATGT----TTGATATGTAGTTATCTTCTCTCTTCT---CTTT-TTTC--TCT-TC-TCTCT-CCAAGTTCTT---AATTAT
gi|8 : tCCCCCCTAACCCCGC-TC-------AA-T-CGC--GT----A-T---TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTTTAAAGC-TTTCAAAA-CGA-T-TGATATGCATTA--TTAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-T-GG--AAGTTCTTT-AATACC----CCGCCa
gi|8 : tGC-CA--TTCTGTCTGAGCGATG-G--TGTGC--TGTTTA--A-ATTCTGCCT-A-TTA-CGCT-TTATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--Tattctgtctgagcgatggtgtgctgtttaaattctgcctattacgctttataattgtacgcagtatttgatctttattgtagtaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctctttctccaagttcttttagattat
gi|8 : tcccccctaaccccgctcaatcgcgtatttgtattcattctggatttttaaagctttcaaaacgattgatatgcattattacttactaacctgaggttttggaagttctttaataccccCTCTC-TTTCT-CCAAGTTCTTTTAGATTATattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctctttctccaagttcttttagattat
gi|9 : tcccccctaaccccgctcaatcgcgtatttgtattcattctggatttttaaagctttcaaaacgattgatatgcattattacttactaacctgaggttttggaagttctttaataccccgccattctgtctgagcgatggtgtgctgtttaaattctgcctattacgctttataattgtacgcagtatttgatctttattgtagtaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAAAATGTT-GAA-GTTTTAAGCTCAGATAGACCTTCTG-CAGAA-AACT-T-TC-A-GCAAATTGTTTT-GACTG-ACTATT-A---TTC----T---GT-TTGA---ACGT-----AGGC--------------CA--TCAGCCCTGGC-AT-GCAAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-CCA--A-CTT-GTC--TGT-TTCG-TTTCTTAATCAG--------TTCTATTTATTCTACTACA-T-TA-----AA--TTTGC------------T-----T---
blockSeqs : TT C C TCAGA TA . G . A TGCACA C CG . TTT TATT GGC A GGC T AA AC CT A G A AG GCTTATTTCTTTTATTTG T GCG C C GA G A ATTTATCAGATCATTTCCTTCAACGTATATTGAATATGCCTTAATTTTTTTTTATTAGAATGTGCTTACTAAAGTTGAAA T A . TTGA CAAAT ACT AC ATCAAGGC T TTGA AT G AT AT CTGTAAATCTTT TG TGGT CAT ACGAAAATTTT A C TTTC TTTTA GAATT TA CATGGCAAATACTGTTTAAACCCCCAACAACCA ACCA TAA GA CCCCCAC T AA AGGTACATTAGTA A CA T CA TTAA . A CGG TA ATT G A TGGAT T TCCCCTGTCTCCCTC . T TT G C A AT A AT GT ATTAG CAAA . TTA . A AGTA TAT TCTA G A TCT CT CAA C TT . . G TTAG
blockSeqs : A . C T TG . . . . TAGCG . C . . . . . . T . C . C . A . . . AT G . . . . ATCTTCTGCAATAGAAATTCTACTAAGAATACGTAAAAATGAACCAT . A . CTA TAT TT AC AGTC T . AT . . . TCTTTC TA TTA AG ACATTACGA . . AA G AAGTT . TTAAGAGGACAAATTAAAACAGCTGTATT . . T . . T ATTAATATAGGTT . . . . A . . CT . T . . GGA . TCCCCCCCACCCC . T TT . . . . . T . AG TAG . TAT . G AGC . . . . T C . C . . . G T
blockSeqs : A . T C CT . . . . TGCC . G . . . . . . T . G . G . . . . . AA G . . . . TATTATTATCAGTTTCGAAATTGCTCAAAAGTGACGTTTGAAATGAA . A . TTA TAT T C TAAT T . AT . . . T G GTT AG CGATTACGA . . A G GAATG . CGCAGACGTTAAATTATAACATCTGCA . . T . . T TAATATATTTGA . . . . A . . CT . T . . GGA . CTACCCTTGCCTC . T . . . . . . . . AA TA . TTT . G AGT . . . . T C . . . . . . A
blockSeqs : T . C G AA . . . . CGCG . A . . . . . . T . A . C . . . . . A G . . . . ATCTTTTACATTAGAAATGCCTTTGACTAAAGTTTATATGGACTA . T . AA AAA T A ATC C . C . . . T G AT AG ACATTACGA . . A T AAATT . CATATTAAAACTAATAGTGTTATACC . . T . . T GTACTATT . . . . T . . CT . A . . TT . CACCCCCCCCTC . T . . . . . . . . AG TA . TT . A AGT . . . . . . .
blockSeqs : T . A A CA . . . . AGCG . A . . . . . . T . A . C . . . . . A G . . . . TGTTTTAATTAAGTATGCCTTACTAAAGTGACGTTGAA . A . TA . . . . . . T . . . T G TT AA TATGGT . . G T AAGT . CATGGAAATATAGCTGTTTAT . . A . . T GTAATT . . . . A . . CT . T . . GG . . . . . . . . . . . AA T . TT . A AT . . . . .
blockSeqs : A . A C TG . . . . TGCA . G . . . . . . T . A . C . . . . . A T . . . . ATCTTTTTATAGGATGTGTTTATAAAAGTTGAA . . . . A . . . T A AT . GCAG . . A T ATG . GAATCAAAAAGAATGGACC . . A . . C GGATTT . . . . A . . AT . . . . . . . . . . . . . . G A . T . G GT . . . .
blockSeqs : C . C A AA . . . . TGCA . G . . . . . . T . A . T . . . . . . . . . . . . . . T . T . TTA . . A C G . GTTA . . C . . . GCGATT . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : A . C A AA . . . . CACA . G . . . . . . T . A . C . . . . . . . G . G . . T . . . GTATTT . . .
blockSeqs : T . T A GC . . . . TGGG . A . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . T CT . . . . AGCA . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : CGCG** T* A** ** TAT*** AC ACATTACGA***** GAATT* GTAATT************** CT** GGA** TCCCCCTCCCTC***************** *** ** ** AG*** TA** TT** AGT*
originalCons : NTGGAAAACGTN-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCNATCTG-CAGAA-AAGT-T-TCTG-GCGAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA--TNTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------G-A--A----AA-GAAAATGC--GCTTAACCT--AT-GT--T-GTAAAACAAA-A----GTCATGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T--T-AT-AGTGGAC----ATTACGGATT-G-G---A-TAAAGN----ATAAGAA-TTTTTTGAGG--AATT---------C--A-ATCG--AAA---ATAGCTGTN-T-A-------------CACCC----CCCCCCC---CCCCGC-NC-------AC-G-TGC--GT----A-TA--TT----G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTN---AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATATGCATTT--TTAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGG--AAATTCTTT-ACTACC----CCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCT---CTCTATTAAA-TTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTTA--AGATTCTGCCT-AATTA-CGCT-T-ATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCTCTC-TCT---CTTTCTTTC--TCTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCT---NATTATCAG
finalCons : NTGGAAAACGTN-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCNATCTG-CAGAA-AAGT-T-TCCGCG--AATTGTTTT-GACTG-GCTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-TCA--A-CGT-GTC--TAT-TTCA-TTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA--TNTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------G-A--A----AA-GAAAATGC--GCTTAACCTAT---GT--T-GTAAAACAAA-A----GTCATGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T--T-AT-AGTGGACATTACGA-----TT-G-G---A-TAAAGN----ATAAGAATT-TTTTGAGG--AATT---------C--A-ATCG--AAA---ATAGCTGTN-T-A-------------CACCC----CCCCCCC---CCCCGC-NC-------AC-G-TGCGTAATT--------------G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTN---AGC-TTTCAAAA-CGCT--TGATATGCATTT--TTAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-TGGA--AAATTCTTT-ATCCCCCTCCCTC-----------------CTCTCT---CTCTA--AAA-TTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTTAG---ATTCTGCCTA--TTA-CGCTT--ATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAA--TTCTCTC-TCT---CTTTCTTTC--TCTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCT---NATTATCAG
Alignments
lowQualScore : 111 333333333333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 111111111111111 222222222 1111 22222222222222222 11 111111 2222222222 1111 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 2222222222222222222222222222222 1111 11 3333333333333 111 33333333333333333333333333 11 11 11 11111 111 111 777777777777777777777777 1111
lowQualScore : 44 3 2 99999 44 3 3 44 3 0 4 3 2 3 44 3 555 7777 555 3 555 55 44 111 55 555 3 8 777 666666666666666666 5 5 7777 1 5 66 4 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 77 2222 777777777777777 2 555555555 1 2222 55 5 66 66 77777777777777777 33 111111 888 6666666666 2 5 3333 4 44444 666666 66 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 8888 666 66 3333333 5555555555555555555555555555555 4 66 4 66 4444 5 5 8888 77 999 0 5 5 5 22 6 6 4444444444444 000 0 44444444444444444444444444 5 88888 0 0 4 00 00 777 66 00 4 66666 4 0 22 4 777 9999 4 4 66 222 0 2 8 444 0 2 0 222222222222222222222222 8 8 2 8888
lowQualScore : .. . . ..... .. . . .. . . . . . . .. . ... .... ... . ... .. .. ... .. ... . . ... .................. . . .... . . .. . . ................................................................................................................................ . . .. .... ............... . ......... . .... .. . .. .. ................. .. ...... ... .......... . . .... . ..... ...... .. . .................................................... .... ... .. ....... ............................... . .. . .. .... . . .... .. ... . . . . .. . . ............. ... . .......................... . ..... . . . .. .. ... .. .. . ..... . . .. . ... .... . . .. ... . . . ... . . . ........................ . . . ....
lowQualScore : 66 6 0 22222 99 1 3 66 3 2 1 3 2 3 99 3 888 1111 888 1 888 44 66 222 00 555 6 0 000 999999999999999999 0 0 8888 4 0 99 4 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 4 99 5555 000000000000000 5 222222222 7 1111 11 0 99 99 22222222222222222 44 555555 555 8888888888 2 0 3333 4 88888 999999 99 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555 444 44 0000000 3333333333333333333333333333333 4 11 4 99 6666 0 0 4444 99 666 7 7 7 7 99 7 7 3333333333333 000 9 55555555555555555555555555 0 22222 1 1 4 66 66 888 33 66 4 11111 4 9 99 4 888 4444 4 4 11 999 2 2 0 000 8 2 8 000000000000000000000000 0 0 5 5555
consensus : NTGGAAAACGTN-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCNATCTG-CAGAA-AAG--T-TTCCG-CGAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-TC-A--A-CGT-GTC--TAT-TTC-ATTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA--TNTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------G-A--A----AA-GAAAATGC--GCTTAACCT--AT-GT--T-GTAAAACAAA-A----GTCATGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T--T-AT-AGTGGACA-------TTACG-ATT--G-GA-TAAAGN----ATAAGAA-TTTTTTGAGG--AATT---------CA-ATCG--AAA---ATAGCTGTN-T-A-------------CACCC----CCCCCCC---CCCCGC-NC-------AC-----G-TGC--G-T-A--AT------T---G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTN---AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATATGCATTTT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-T-GGA-AAATTC-TTT-A-T----------NCCC---CCCCCTC---CTCTCT-------CTC---TA--AAATTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGT---TT-AGATTCTGCCT--ATTA-CGC-T-T-ATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTA--AT--TCTCTCT-CT---CTTTCTTTC--T---------------------CTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCT---NATTATCAG
Reference ( family-3457 ) : NTGGAAAACGTN-GAA-GTTCGAAGC----ACGGGCNATCTG-CAGAA-AAG--T-TTCCG-CGAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-TC-A--A-CGT-GTC--TAT-TTC-ATTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA--TNTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------G-A--A----AA-GAAAATGC--GCTTAACCT--AT-GT--T-GTAAAACAAA-A----GTCATGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T--T-AT-AGTGGACA-------TTACG-ATT--G-GA-TAAAGN----ATAAGAA-TTTTTTGAGG--AATT---------CA-ATCG--AAA---ATAGCTGTN-T-A-------------CACCC----CCCCCCC---CCCCGC-NC-------AC-----G-TGC--G-T-A--AT------T---G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTN---AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATATGCATTTT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-T-GGA-AAATTC-TTT-A-T----------CCCC---CTCCCTC---CTCTCT-------CTC---TA--AAATTA-GCAAAGC-GA--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGT---TT-AGATTCTGCCT--ATTA-CGC-T-T-ATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTA--AT--TCTCTCT-CT---CTTTCTTTC--T---------------------CTCTC-TCTCT-CCAAGTTCCT---NATTATCAG
gi|1 : TGGAAAA-GTT-GAA-GTTCGAAGC----ATGGGCAATCTGGCAGAA-AAG--TGTTCTGGTAAATTGTTT--GACTG-GCTATTCG---TCT----A---AT-T-GA---ATGTTTAGGAGGCGG---GCAAAGAGTCA--TCAGCCCTGGC-TT-CG-AAAGC--GGTCACCGGGGAAGACT------------------TGCCAA-TC-A--A-CAT-GTC--TAT-TTC-ATTT----ATC----------TT-------TTCTAC-A-A-T-TA----GAA------C------------T-----T---AC-TA--------------AA----------------------A--A----AA-AAAATTGTCGGCTTA--CT--ATTGT--T-GTAAAACAAA-A----ATCAGGCATA----ATATCTAT-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-TTAT-T--T-AT-AATGGACA-------TTACGGATT--GTGA-TAGAGG----ATAAGAAGTTTTTTGAGG--AATT---------CA-GTCG--GAA---ATAGTTGTGGTGA-------------CACCC----CCCGCCC---CCCCGC-AC-------AC-----G-TGT--A-T-AT-AT------TT--G-TATTT--A-TTCTGGAG--TTT---AGCATTTCAAAA-CGTGT-CGATATGCATTTT--TAC--TTACTATCCTGAGGT-TT-T-GGG-AAATTC-TTT-A-CTACCCCCGCCCCCC---CCCCCTCTCTCTCTCTCTCTTTCCTC---TATTAAATTA-GCAAAAC-GA--TTTTGCCTCAG-GATG-A--TGTGCA-AGT---TTAAGATTCTGCTTA-ATTAGCGC---T-ATAGATT--------T-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTA--AT--TCTCT-T-CT---TTTTCTCTC--T---------------------CTCTCATCTCTGCCAAGTTTCT---TATTATCAG
gi|10 : cTGGAAAACGTA-GAA-GCTCGAAGC----TCGGGCTAGCTG-TATAG-AAG--T-T-------AAT-----------G-CCAATT-G---TCC----A---AC-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAA----------AG-ACTGGC-GTAAGGAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACTGCTTATTTCTTTTATTTGTATCAGTTC-A--ATCCC-TTC--TACGTTC-ATTT-----TG----------TT-------TT-TAT-A-A-A-TA----GAA--TGTGC------------T-----T---AC-TA--------------AAGT-----------T------c
gi|11 : gTTT----ATC----------TT-------TT-TA--------TA----GGA--TGTGT------------T-----T---AT-AA--------------AAGT-----------T------G-A--A----GA-GAAA-TGC--GCCTA-CC--------------------AA-A----GTCATGCGTATTGAATATTTAT-A--TTT--TCTGTAAATCTTT-----GCGATTCCTGC-GTAT-A--T-ATCATTGG-----------TATG-GTTTAG-GA-CAGATG----A-AGGAA-TTTTa
gi|12 : atattgaatatgactTGGAAAACGTA-GAA-GCTCGAAGC----CCGGACTGTCTG-TTTAG-AAG--T-TAATG-CCAATTGTTTT-GTCTG-GCTATT-G---TCC----A---AC-TAGA---ATGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAC--TCT--TCA--CCTGGC-GTAAGGAAAGC--GGTCGCCG
gi|13 : AATGTT-GAA-GTGTGATGT----GCATGTCTTCTG-CAGAA-AAG--T-TACCG-CGAATTGTTTT-GACTG-ACTATT-G---TCC----A---AT-TAGA---ACG-T-AGTAGGCGG--AGCCAAG--TCA--TCGGCGCTGTC-GT-GGGAAAG
gi|14 : ---CTCTCTC----TCTCT-------CTC---TC--AAATTA-GCAAAGCAGAATTTCTGCTTGAGCGATG-A--TGTGC--TGT---TT-AGATTCTAACT--ATCA-AGC-T-------------------------------T----TT-AT-TGTAGTA--A-----TCCCT-CT---CTGTCTGTC--T---------------------CTCTC-TGTCT-tatt
gi|15 : CTCT--CTCTCT-------CTC---TA--AAATTA-GCAAAGC-GT--TTCTGCCTGAGCGATG-A--TGTGC--TGTTTATT-AGATTCTGTC----TTA-CAC-T-T-ATA-ATTGTACACAGC-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTA--A---TCTCTgtc
gi|16 : --G-GA-TAAAG-----ATAA-AA-GTTTTTGAGG--AATC---------CA--TGG--AAAT--ATAGCTGTT-T-A-------------T---C----TCTCTAC---CCCCGC-TC-------AC-----G-TGC--G-T-A--AT------T---G-TATTC--G-TTCAGGAT--TTA---AGT-TTTCATAA-CGC-T-TGAT
gi|17 : -TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TAAGCCCTGAC-GT-GGGAAAGC--AGTCGCTGTGAAACATT------------------TGTCAA-TC-A--A-CGT-GTT--TAT-TTC-ATTT----ATT----------T
gi|18 : C----CCCCCCC---CCCCGC-TC-------AC-----G-TGC--G-G-A--TT------T---G-TATTC--A-CTCTGGAT--TTA---AGC-TTTCATAA-CGC-T-TGGTATGTATTTT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-T-GGA-at
gi|19 : T-A--TTT--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GTAT-T------------------------GCA-GTT--G-GG-TAAAGTTTTAATAAG-----TTTTGAGG--AATTCG-------CA-GACGTTAAATT-ATAAC-ATC-T-G-------------CACCC----CCCCCCC---
gi|2 : TGGAAAACGTT-GAA-GTT-GAAGC----ACGGGCAATCTG-CAAGA-AAGATT-TTGCA-CACATTGTTTTCGACTGCGCTATT-G---TCT----A---AT-TAGA---ACGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TCA--TCAGCCCTGGC-GT-GTGAAAGC--AGGCGCGTTGGAAGACT--------------------------------------------------ATTT----ATC----------TT---------CTGC-A-A-T--A----GAAATTCTAC------------TAAGAAT---ACGTA--------------AAAA-----------T------G-A--ACCATAA-AAAAAGGC--GCTTGACCT--AT-GT--TTGTAAAACAAA-ATCAAGGCATACATA----AT-CCTAT-A--TTG--T-----------T-----GCGGATCCTGC-GAAT-T--TAAT-AGTGGACA-------TTACG-AT-----GA-TAAAAG----ATAGAAG-TTTTTTGAAG---ATT---------C--ATGG--CAA---ATA-CTGTT-T-AAACCCCCAACAACCACCCACCACCCCCTC---CCCCGCGAC-------AC-----GAAGC--G-T-ACTAT------T---G-TATTC--A-TTCTGGAT--TT----AGC-TTTCAAAA-CGC-T-TGATG-----------AC---TACTAACATGAGGT-TT-T-TT--AAATTA-TTT-A-T----------CCCC---CCCACCC---C---CT-------CTC---TA--AAATAG-GCAAAGC--A--TTTGGCCTGAGCGATGAA--TGTGC--TGT---TT-AAATTCTGCCT---TTA-TGC-T-T-TTA-ATTGTACGCA-T-ATTTG---ATCTTCTATT-AT-TGTAGTA--A
gi|20 : GTCATCTG-CAGAA-AAG--T-TTCAG-CGAATTGTTTT-GACTG-ACTATC-G---TCC----A---GT-TAGA---ACATT-
gi|21 : agtgtgaacaagtgaaa-TTC-ATTT-----TG----------TT-------TT-----A-A-T-TA-----AG--TATGCC-----------T-----T---AC-TA--------------AAGTGACGT------T------G-A--A----AATGAAAATGC--GCTTAgctt
gi|22 : cccttatacgG-CGAATCGTATT-GACCG--CTATT-G---TCC----A----T-CA-A---ACGT--AGTAGGCGG--AGCAAAc
gi|23 : gttatctaTG-TAGAA-AAG--T-TTCTG-CAAATTGTTTT-GACTG-GGTATT-G---TCC----A---AT-
gi|24 : tcatTGGAAAACGGA-GAA-GCTCAAAGT----CCGGGCTGTCTG-TATAA-AAG--T-Tacat
gi|25 : tgTGGAAAACGTC-GAA-GTTATAAGC----ACGGGCAATCTG-CA
gi|26 : tatgGTT-AGGAGGCGG--AGCAAAA--TTA--TCAGCCCTGGC-a
gi|3 : TGGAAAACGTTTGAACGTTATAAGC----ACGGGCAATCTG-CAGAA-AAG--T-TTCTG-CAAATTGTTTC-GGCTG-G-TATT-G---ACT----A---AT-TAGA---ACGTT-GGGA-GCGG--AGTAAAA--TCA--TCA------GC-GT-ACGAAAGC---GTCGCCGTGAGAAA-T------------------TGTCAA-TCAA--A-CGTCGTC--TAT-TTCAAGTT----ATC----------TT-------T--TAC---A-T-TA----GAA---ATGC------------C-----TTTGAC-TA--------------AAGT-----------TTATATGG-ACTA----AT-GAAAATGC--GC--AACCT--AT-GTACT-GT-AAACAAA-A-----TCATGGATA----AAATC-AT-AATTCT--T-----------T-----GCGGATCCTGCTGTAT-TGGT-TT-AGTGGCGA-------TTACG-ATT--GCGA-TAA--T----ATA--AA-TGTTTTGAGG--AA-------------------------------TGTT------------------ATTC----CTCCTTC---CCCCGC-TC-------ACT----G-TTC--G-C-G--AT------T---G-TATTC--A-TTCTGGCT--TTT---AAC-TTTCAAAT-CGC-T-TGATATGCATATT--TAC--TTACTAA-CTGAGGTGTTAT-GGA-AAATTC-TTT-ACT----------ACCC---TTGCCTC----------------------------ATTACGCAAAGC-GA--TTCAGCCTGAGCGATG-A--GGTGT--TGT---TT-AGATTCTGCCCAAATTA-TGC-T-TAATA-ATTGTATGC-GT-ATTTG---ACCT----TT-AT-TGTAGTA--
gi|4 : gGGAAACGTA-GGA-GTTCGAAGC----ACGCTCGCT-TG-CATAAGAAG--T-TTCCA-CAAATTGTTTT-GACTG-GCTATT-GTTTTCC----A---ATATAGAGGCACGCT-A-GAGGCGGAAAGCAAAAC-TCACTTCA---CTTGCGGT-GGGAAAGCAGAGTCGCC-TTGAAAACT------------------TGTCAA-TC-AGCG-CGT-GTCGATGT-TTC-ATTT-----TA----------TTA------TTAT-C-A-GTT-TC----GAA--ATTGC------------T-----C---A---A--------------AAGTGACGTTTGAAAT------G-A--A----AA-AAAATTGC--GCT--ACCCAAAT-GT--T-TAAAAACAAATA----AT-ATACA-A----GTATCTAT-A--TTT--T-----------TCTTTCGCGGATCCTGC--TATGT--T-AT-AGTGGACGAAAATTTTTTTG-TTT-----C-TTAGGT----TTGAGAA-TGTCATAAAA--GAAT---------GA-ATCA--AAA---AGA---ATG-G-A-------------CCCCC----CCCCCCC---CCCCGC-AC-------ACAGCAGG-TAC--ATT-A--GT------A---G-TATTT--GTTTTTGGA
gi|5 : TGAAAAATGTT-GAA-GTGCAAAGC----TTGGCCT-TCTG-CAGA----G--T-TTTTG-GGATTTGTTTT-GACTA-ACCATT-G---TCCTATTAGGCAT-TAGA---ACGT--AGTAGGCGG--AGCCAAA--TCT--TCAGCTCTTGT-GT-GGGCATGC--GGTCACCGTAGAAGACT------------------TGTCTA-TC-A--A-TGT-GTC--TAT-TTC-ATTT----ATTTATCAGATCATT-------TCCTTC-A-A-CGTATATTGAA--TATGCCTTAATTTTTTTT-----T---AT-TAGAATGTGCTTACTAAAGT-----------T------GAA--A----AA-AAAAAAGT--GCTT-ACCA--AA-GT--T-GTAAAA----------------CACA----AT-TTTGTGA--TTC--T-----------T-----GCAGATCCTGC-ATAT-T--T-AT---TG-----------TT----ATT--G-GG-TAAAGT----TTAAG-----TTTTGAGG--AATTTTAAGAGGACA-AATT--AAA---ACAGCTGTA-T----------------TTCT----CCCCCTC---CCCCAC-AC-------Aatct
gi|6 : A----ATA-CTAT-A--TTTATT-----------T-----GCGATCCCTGCTATGT-A--T-AT-AATGGACA-------TTACG-ATT--G-GAATAGAGC----ATAAAAA-TTT---GATGTAAGTT---------CATATTA--AAACTAATAG-TGTTAT-A-------------CCCCC----CCCCCCC---CCCCCC-CCCCCCCACAC-----G--GC--A-TTA--ATATAGGTT---GATATTTCAA-TTCTGGATCATTA---AGC-ATTCAAAAACAC-GGTGATATACATTTT--TACATTTACTAACCTGA-GT-TT-T-GGA-AATTTCTTTT-A-C----------ACCC---CCCCCTC---CTCTCT-------CTCTATTA--AAGTTA-GCAAAAC-GA--TTTT-CCTGA-CCATG-AT-TTTGC--AGT---TC---ATTCTGCCT--A-GA-CGC---T-ATT-ATTGTACACAGTAATATT---ATCT----TT-AT-T-TAGTA--AT--TCT-TCT-CTCAACTCTCTTTCTTT---------------------CTCTC-TCTCT-CCAA--TTCT---TATTATCAGaaaacacgtaca
gi|7 : a----CCCCCCC---CTCCG-----------AA-----G-TGTTAA-T-AT-AT------TTGAG-TATTA--A-TTCTGGAT--TTA---GA---TTCAACA-CG----TGATATTCATTTTATTAT--ATACTTAC-TGAGGT-TT-TTGGATAAATTC-TTT-A-T----------CCCCTGTCTCCCTC---CTCT-T-------CTC---TATTAAAGTA-GCAAAAC-GA--TTTTGC-TGAGTGATG-AATTGTGCGTTAT---TT--GATTCTGC-T--ATT--CGC-TAT-ATA-ATTGTACACAGT-ATTTGTATATGT----TTGATATGTAGTT--ATCTTCTCTCTTCT---CTTT-TTTC--T---------------------CT-TC-TCTCT-CCAAGTTCTT---AATTAT
gi|8 : tCCCCCCTAACCCCGC-TC-------AA-----T-CGC--G-T-A--TT------T---G-TATTC--A-TTCTGGAT--TTTTAAAGC-TTTCAAAA-CGA-T-TGATATGCATTAT--TAC--TTACTAACCTGAGGT-TT-T-GG--AAGTTC-TTTAA-T----------ACCC---CGCCATT---CTGTCT---------------------------GAGC-G----------------ATG-G--TGTGC--TGT---TT-AAATTCTGCCT--ATTA-CGCTT-T-ATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTA--AT--a
gi|8 : tGC-CA--TTCTGTCTGAGCGATG-G--TGTGC--TGT---TT-AAATTCTGCCT--ATTA-CGC-T-TTATA-ATTGTACGCAGT-ATTTG---ATCT----TT-AT-TGTAGTAATAT--TNNNNNN-NN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCTC-TTTCT-CCAAGTTCTTTTAGATTATattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctctttctccaagttcttttagattat
gi|9 : tcccccctaaccccgctcaatcgcgtatttgtattcattctggatttttaaagctttcaaaacgattgatatgcattattacttactaacctgaggttttggaagttctttaataccccGAAAAATGTT-GAA-GTTTTAAGCTCAGATAGACCTTCTG-CAGAA-AAC--T-TTCAG-CAAATTGTTTT-GACTG-ACTATT-A---TTC----T---GT-TTGA---ACGT-----AGGC--------------CA--TCAGCCCTGGC-AT-GCAAAAGC--GGTCGCCGTGGAAGACT------------------TGTCAA-CC-A--A-CTT-GTC--TGT-TTC-GTTTCTTAATCAG--------TTCTATTTATTCTACTACA-T-TA-----AA--TTTGC------------T-----T---