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lowQualScore                  :            0    6 2   2    2 6  2 2   2    2 33 2   2         77 2 4 2 2  2 2 4444 2     
lowQualScore                  :            .    . .   .    . .  . .   .    . .. .   .         .. . . . .  . . .... .     
lowQualScore                  :            9    7 2   2    2 7  2 2   2    2 33 2   2         55 2 4 4 4  5 5 5555 7     
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Reference ( gi|12 )           :     TCAAAACTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT--A-A-T-G-AA-A-A--G-A-TGTCG
gi|10                         :     TCAAAACTATGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT--A-A-T-G-AA-A-A--T-A-TGTCG
gi|14                         :    aTCAAAACGACGT-A-CAA-GGCG-A-CT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-AATTGATTT--A-A-T-G-AA-A-A--T-A-TGTCG
gi|9                          :     TCAAAACGACAT-A-CAA-AGCG-ACTC-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-A-TTGTGTT--A-A-T-G--A-A-A--T-A-TGTCG
gi|2                          :    gTCAAAACGACAT-A-CAA-AGCG-A-CTGTATAT-CAAG-TC-GTCTT-ATTTGGTTTA-A-A-T-GCAA-A-A--A-ATTGTCt
gi|19                         :   tgTCAAAACTAAGTTA-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT--CTTGG-TT--A-A-T-G-
gi|6                          : gttaTCAAAACTAAGTTA-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT--CTTGGTTC--A-A-
gi|1                          : gttaTCAAAACGACAT-A-CAACAGCG-A-CT-T-T-T-CAAG-TC-G--TT-ATTTGGTTTTGACA-T-G-AA-A-aaacgtattata
gi|3                          :   ttgCAAAACGACAT-AGCAA-AGCG-AGCT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ATTTGGTTT--A-AGT-G-AA-A-A--T-A-TGTCGtattttgtcgt
gi|7                          :      cAAAATTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT-ACTTGGTTT--A-ATT-G-AA-A-A--G-A-TGTCt
gi|13                         :     atAAAACTAC-T-A-CAA--GCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT--A-A-T-G-AA-A-A--GTA-TGTCGtg
gi|8                          :     aaAAAACTATTT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-C-T-ACTTGGTTT--A-A-T-G-AA-A-A--T-A-TGTCGt
gi|4                          :   atcaAAAAATACGT---CAG-AGCG-A-TT-T-AGT-CAAGGTC-C-TTC-ACTTGGTTT--A-A-T-G-AA-ACA--G-A-TGTCG
gi|16                         :   ttatAAAACTACGTTA-GAA-AG-G-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGG-TT--A-T-T-G----A-A--G-A-TGt
gi|11                         :    tataAAACGACGT-A-CAA-AGCG-A-CT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ATTTGGTTT--A-A-T-G-AA-A-A--T-A-TGT
gi|5                          :      ccAAACGACGT-A-CAA-AGCACG-TT-T-TATCCAAG-TCTG-CCT-TTTTGTTTT--A-A-T-G-AAGA-A--T-A-TGTCGtcg
gi|17                         :         AACTACAT---CGA-AGCG-A-TT-T-TAT-C-AG-T----CTT-ACTTTGGTT--A-A-T-G-AG-A-AATG-A-TGTt
gi|15                         :          ACTACGT-A-CAA-AGCG-ATTT-T-TAG-CTAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTTG-A-A-T-G-AA-A------A-TGTCGagtc
gi|18                         :              CGT-A-CAA-AGCG-A-CT-T-TAT-C-AG-TC-G-CTTAAGTTGATTT--A-A-TAG-AA-A-AT-A-A-TGTt





Alignments
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lowQualScore                  :            0    6 2   2    2 6  2 2   2    2 22 2   2         77 2 4 2 2  2 2 000 2     
lowQualScore                  :            .    . .   .    . .  . .   .    . .. .   .         .. . . . .  . . ... .     
lowQualScore                  :            3    3 1   1    1 3  1 1   1    1 66 1   1         11 1 2 2 2  4 4 444 7     
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Reference ( family-3437 )     :     TCAAAACTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT--A-A-T-G-AA-A-A--NA-TGTCG
gi|1                          :     TCAAAACGACAT-A-CAACAGCG-A-CT-T-T-T-CAAG-TC-G--TT-ATTTGGTTTTGACA-T-G-AA-A-
gi|10                         :  ttgTCAAAACTATGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT--A-A-T-G-AA-A-A--TA-TGTCGtattttgtcgt
gi|11                         :       aAAACGACGT-A-CAA-AGCG-A-CT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ATTTGGTTT--A-A-T-G-AA-A-A--TA-TGT
gi|12                         :   ccTCAAAACTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT--A-A-T-G-AA-A-A--GA-TGTCGtcg
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gi|14                         :   aaTCAAAACGACGT-A-CAA-GGCG-A-CT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-AATTGATTT--A-A-T-G-AA-A-A--TA-TGTCGt
gi|15                         :          ACTACGT-A-CAA-AGCG-ATTT-T-TAG-CTAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTTG-A-A-T-G-AA-A-----A-TGTCG
gi|16                         :       AAAACTACGTTA-GAA-AG-G-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGG-TT--A-T-T-G-AA-G-A--t
gi|17                         :     tataAACTACAT---CGA-AGCG-A-TT-T-TAT-C-AG-T----CTT-ACTTTGGTT--A-A-T-G-AG-A-AATGA-TGTtg
gi|18                         :              CGT-A-CAA-AGCG-A-CT-T-TAT-C-AG-TC-G-CTTAAGTTGATTT--A-A-TAG-AA-A-AT-AA-TGTagtc
gi|19                         :     TCAAAACTAAGTTA-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT--CTTGG-TT--A-A-T-G-ag
gi|2                          : gttaTCAAAACGACAT-A-CAA-AGCG-A-CTGTATAT-CAAG-TC-GTCTT-ATTTGGTTTA-A-A-T-GCAA-A-A--AATTGTC
gi|3                          :    tgCAAAACGACAT-AGCAA-AGCG-AGCT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ATTTGGTTT--A-AGT-G-AA-A-A--TA-TGTCG
gi|4                          :      cAAAAATACGT---CAG-AGCG-A-TT-T-AGT-CAAGGTC-C-TTC-ACTTGGTTT--A-A-T-G-AA-ACA--GA-TGTCGt
gi|5                          :    ttatAAACGACGT-A-CAA-AGCACG-TT-T-TATCCAAG-TCTG-CCT-TTTTGTTTT--A-A-T-G-AAGA-A--TA-TGTCGt
gi|6                          :     TCAAAACTAAGTTA-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT--CTTGGTTC--A-A-t
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gi|8                          :     atAAAACTATTT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-C-T-ACTTGGTTT--A-A-T-G-AA-A-A--TA-TGTCGtg
gi|9                          : atcaTCAAAACGACAT-A-CAA-AGCG-ACTC-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-A-TTGTGTT--A-A-T-G--A-A-A--TA-TGTCG





Alignments
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lowQualScore                  :            .    . .   .    . .  . .   .    . .. .   .         .  . . ... .... . . . . ...     
lowQualScore                  :            3    3 1   1    1 3  1 1   1    1 66 1   1         2  2 2 999 4444 4 4 4 7 444     
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Reference ( family-3437 )     :     TCAAAACTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCG
gi|1                          :     TCAAAACGACAT-A-CAACAGCG-A-CT-T-T-T-CAAG-TC-G--TT-ATTTGGTTT----T-G---ACATGA-A-A-T-ATTTTGTCG
gi|10                         :  ttgTCAAAACTATGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCGt
gi|11                         :       aAAACGACGT-A-CAA-AGCG-A-CT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ATTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGT
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gi|14                         :   aaTCAAAACGACGT-A-CAA-GGCG-A-CT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-AATTGATTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCGt
gi|15                         :          ACTACGT-A-CAA-AGCG-ATTT-T-TAG-CTAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTTGAA-T-G---A----A-A-----A---TGTCG
gi|16                         :       AAAACTACGTTA-GAA-AG-G-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGG-TT-AT-T-G---A----A-G-A-T-t
gi|17                         :     tataAACTACAT---CGA-AGCG-A-TT-T-TAT-C-AG-T----CTT-ACTTTGGTT-AA-T-G---AG---A-A-A-TGA---TGTg
gi|18                         :              CGT-A-CAA-AGCG-A-CT-T-TAT-C-AG-TC-G-CTTAAGTTGATTT-AA-TAG---A----A-A-A-TAA---TGTagtc
gi|19                         :     TCAAAACTAAGTTA-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT--CTTGG-TT-AA-T-G---ag
gi|2                          : gttaTCAAAACGACAT-A-CAA-AGCG-A-CTGTATAT-CAAG-TC-GTCTT-ATTTGGTTTAAA-T-GCAAA----A-A-A-T-----TGTC
gi|3                          :    tgCAAAACGACAT-AGCAA-AGCG-AGCT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ATTTGGTTT-AAGT-G---A----A-A-A-T-A---TGTCG
gi|4                          :      cAAAAATACGT---CAG-AGCG-A-TT-T-AGT-CAAGGTC-C-TTC-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-ACA-G-A---TGTCGt
gi|5                          :    ttatAAACGACGT-A-CAA-AGCACG-TT-T-TATCCAAG-TCTG-CCT-TTTTGTTTT-AA-T-G---A----AGA-A-T-A---TGTCGt
gi|6                          :     TCAAAACTAAGTTA-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT--CTTGGTTC-AA-t
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gi|8                          :     atAAAACTATTT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-C-T-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCGtg
gi|9                          : atcaTCAAAACGACAT-A-CAA-AGCG-ACTC-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-A-TTGTGTT-AA-T-G--------A-A-A-T-A---TGTCG





Alignments
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lowQualScore                  :            .    . .   .    . .  . .   .    . .. .   .         .  . . ... .... . . . . ...     
lowQualScore                  :            3    3 1   1    1 3  1 1   1    1 66 1   1         2  2 2 999 4444 4 4 4 7 444     
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Reference ( family-3437 )     :     TCAAAACTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCG
gi|1                          :     TCAAAACGACAT-A-CAACAGCG-A-CT-T-T-T-CAAG-TC-G--TT-ATTTGGTTT----T-G---ACATGA-A-A-T-ATTTTGTCG
gi|10                         :  ttgTCAAAACTATGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCGt
gi|11                         :       aAAACGACGT-A-CAA-AGCG-A-CT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ATTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGT
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gi|14                         :   aaTCAAAACGACGT-A-CAA-GGCG-A-CT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-AATTGATTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCGt
gi|15                         :          ACTACGT-A-CAA-AGCG-ATTT-T-TAG-CTAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTTGAA-T-G---A----A-A-----A---TGTCG
gi|16                         :       AAAACTACGTTA-GAA-AG-G-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGG-TT-AT-T-G---A----A-G-A-T-t
gi|17                         :     tataAACTACAT---CGA-AGCG-A-TT-T-TAT-C-AG-T----CTT-ACTTTGGTT-AA-T-G---AG---A-A-A-TGA---TGTg
gi|18                         :              CGT-A-CAA-AGCG-A-CT-T-TAT-C-AG-TC-G-CTTAAGTTGATTT-AA-TAG---A----A-A-A-TAA---TGTagtc
gi|19                         :     TCAAAACTAAGTTA-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT--CTTGG-TT-AA-T-G---ag
gi|2                          : gttaTCAAAACGACAT-A-CAA-AGCG-A-CTGTATAT-CAAG-TC-GTCTT-ATTTGGTTTAAA-T-GCAAA----A-A-A-T-----TGTC
gi|3                          :    tgCAAAACGACAT-AGCAA-AGCG-AGCT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ATTTGGTTT-AAGT-G---A----A-A-A-T-A---TGTCG
gi|4                          :      cAAAAATACGT---CAG-AGCG-A-TT-T-AGT-CAAGGTC-C-TTC-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-ACA-G-A---TGTCGt
gi|5                          :    ttatAAACGACGT-A-CAA-AGCACG-TT-T-TATCCAAG-TCTG-CCT-TTTTGTTTT-AA-T-G---A----AGA-A-T-A---TGTCGt
gi|6                          :     TCAAAACTAAGTTA-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT--CTTGGTTC-AA-t
gi|7                          :   gttaAAAATTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT-ACTTGGTTT-AATT-G---A----A-A-A-G-A---TGTCaaacgtattata
gi|8                          :     atAAAACTATTT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-C-T-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCGtg
gi|9                          : atcaTCAAAACGACAT-A-CAA-AGCG-ACTC-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-A-TTGTGTT-AA-T-G--------A-A-A-T-A---TGTCG


blockSeqs                     :                 T G   .    C T  G A   C    G CT T   A         G  G A CAA G    G C G G .  
blockSeqs                     :                 T .   .    . G  . .   .    . C  .   .         A  T . .   .    . . . A .  
blockSeqs                     :                 T .   .    . C  . .   .    . C  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . C  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . C  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . C  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . C  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . C  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . C  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . C  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . C  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . C  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . C  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . C  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . .  .   .         .  . . .   .    . . . . .  
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . .  .   .         .  . . .   .    . . . .    
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . .  .   .         .  . . .                   
blockSeqs                     :                 . .   .    . .  . .   .    . .  .   .         .  .                       


blockSeqCons                  :                                                                          ****         ***
originalCons                  :     TCAAAACTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCG
finalCons                     :     TCAAAACTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCG





Alignments
lowQualScore                  :            0    6 2   2    2 6  2 2   2    2 22 2   2         4  4 2 333 7777 2 2 2 4 444     
lowQualScore                  :            .    . .   .    . .  . .   .    . .. .   .         .  . . ... .... . . . . ...     
lowQualScore                  :            3    3 1   1    1 3  1 1   1    1 66 1   1         2  2 2 999 4444 4 4 4 7 444     
consensus                     :     TCAAAACTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCG
Reference ( family-3437 )     :     TCAAAACTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCG
gi|1                          :     TCAAAACGACAT-A-CAACAGCG-A-CT-T-T-T-CAAG-TC-G--TT-ATTTGGTTT----T-G---ACATGA-A-A-T-ATTTTGTCG
gi|10                         :  ttgTCAAAACTATGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCGt
gi|11                         :       aAAACGACGT-A-CAA-AGCG-A-CT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ATTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGT
gi|12                         :   ccTCAAAACTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-G-A---TGTCGtcg
gi|13                         :       AAAACTAC-T-A-CAA--GCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-AGT-A---TGTCG
gi|14                         :   aaTCAAAACGACGT-A-CAA-GGCG-A-CT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-AATTGATTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCGt
gi|15                         :          ACTACGT-A-CAA-AGCG-ATTT-T-TAG-CTAG-TC-G-CTT-ACTTGGTTTGAA-T-G---A----A-A-----A---TGTCG
gi|16                         :       AAAACTACGTTA-GAA-AG-G-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ACTTGG-TT-AT-T-G---A----A-G-A-T-t
gi|17                         :     tataAACTACAT---CGA-AGCG-A-TT-T-TAT-C-AG-T----CTT-ACTTTGGTT-AA-T-G---AG---A-A-A-TGA---TGTg
gi|18                         :              CGT-A-CAA-AGCG-A-CT-T-TAT-C-AG-TC-G-CTTAAGTTGATTT-AA-TAG---A----A-A-A-TAA---TGTagtc
gi|19                         :     TCAAAACTAAGTTA-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT--CTTGG-TT-AA-T-G---ag
gi|2                          : gttaTCAAAACGACAT-A-CAA-AGCG-A-CTGTATAT-CAAG-TC-GTCTT-ATTTGGTTTAAA-T-GCAAA----A-A-A-T-----TGTC
gi|3                          :    tgCAAAACGACAT-AGCAA-AGCG-AGCT-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-ATTTGGTTT-AAGT-G---A----A-A-A-T-A---TGTCG
gi|4                          :      cAAAAATACGT---CAG-AGCG-A-TT-T-AGT-CAAGGTC-C-TTC-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-ACA-G-A---TGTCGt
gi|5                          :    ttatAAACGACGT-A-CAA-AGCACG-TT-T-TATCCAAG-TCTG-CCT-TTTTGTTTT-AA-T-G---A----AGA-A-T-A---TGTCGt
gi|6                          :     TCAAAACTAAGTTA-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT--CTTGGTTC-AA-t
gi|7                          :   gttaAAAATTACGT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-T--G-CTT-ACTTGGTTT-AATT-G---A----A-A-A-G-A---TGTCaaacgtattata
gi|8                          :     atAAAACTATTT-A-CAA-AGCG-A-TT-T-TAT-CAAG-TC-G-C-T-ACTTGGTTT-AA-T-G---A----A-A-A-T-A---TGTCGtg
gi|9                          : atcaTCAAAACGACAT-A-CAA-AGCG-ACTC-T-TAT-CAAG-TC-G-CTT-A-TTGTGTT-AA-T-G--------A-A-A-T-A---TGTCG