lowQualScore                  :          111      222                   111     11  1                    3333333333333                    1111111      3333333333   111111                           1     111        11         11      1111   2222    22222222222    11       111111      111111                   1111111                                               1111   11       2222222222                      111111          1           33333333     222222            11       2                                                                                1                           99999999999999999999              1      1  1           22      33333      1   777777777777777777777777777777777777  11             1                11       333333333         11   77777777777777          2             
lowQualScore                  :     5  5 444    5 555  66 5    66     4 222   4 00  7      4  55   8888  5555555555555 4     888888    4  3333333 777  7777777777 4 333333     55 4  77 3 3  88 55   4  7  000    55  11     55  00   3  0000   3333    88888888888    11  2 3  333333  44  888888     3   3 3    33 7777777     3 3         4    4  4   777  77      666  2222   00    77 9999999999    5 0 5 6  5        555555    5   5 1 5      7  66666666 0   222222  8         99       9   7777 9999  4  4  88             888 777   9    8   4 3     66         4      3     4 1  4        5       44444444444444444444        0 44  5      3  3           11   7  77777      7   000000000000000000000000000000000000  11   4         2  66  8     9   99       999999999     3   33   88888888888888          1   8         
lowQualScore                  :     .  . ...    . ...  .. .    ..     . ...   . ..  .      .  ..   ....  ............. .     ......    .  ....... ...  .......... . ......     .. .  .. . .  .. ..   .  .  ...    ..  ..     ..  ..   .  ....   ....    ...........    ..  . .  ......  ..  ......     .   . .    .. .......     . .         .    .  .   ...  ..      ...  ....   ..    .. ..........    . . . .  .        ......    .   . . .      .  ........ .   ......  .         ..       .   .... ....  .  .  ..             ... ...   .    .   . .     ..         .      .     . .  .        .       ....................        . ..  .      .  .           ..   .  .....      .   ....................................  ..   .         .  ..  .     .   ..       .........     .   ..   ..............          .   .         
lowQualScore                  :     7  7 000    0 000  99 0    11     4 222   4 66  8      4  55   5555  1111111111111 0     000000    0  0000000 000  7777777777 0 111111     55 0  00 6 6  66 00   5  3  444    00  55     00  33   3  2222   7777    22222222222    22  5 1  555555  66  555555     6   6 6    44 0000000     6 6         0    0  0   000  11      111  1111   00    99 6666666666    7 1 7 0  7        999999    7   7 4 7      3  44444444 7   111111  4         33       1   1111 4444  4  4  33             111 888   8    9   4 9     11         4      4     4 1  4        0       55555555555555555555        8 77  0      3  3           00   3  88888      0   222222222222222222222222222222222222  00   8         8  44  0     0   88       222222222     2   88   00000000000000          0   3         
consensus                     : TTAA-TG-AGA-TTTA-ACC-AC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA---AT-G---TG-T-TACGC---T--TGTT-CG-------G---TCG--------GT-A--C--TGGTAT--T-GGG-C-C-TG--T--TTT-AT-GC--ACAGC--TGN-CATCC--CCT-GCA-TTTT--CGG--G-CCATTA---TAG-T-TTGC-CCCGC-AC---A-NAT--AT---C--GCTGA-CGT-C-ACGGATTT-TGC--GTTAT-C-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG--TT-GAAAT-T-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACCAA---CGAGCTCCGTT--AATTATTGTAGCA--TTCAATTCTCCC---A----CA-TC-GAG-TTATAGTTATTAT--GC-G-TTCCATTT-AGC-TCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGANTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCATTAG-----C-NTGTAAT-AT-AGCCATGCCTTNCGAGCATGTC-CA-TCGAACTCGTAN-TGCTAAAG---TTTTACTTTAGGTTCTT-CAATTTA-NAAT----T---------C-CC--CCCGTTACAAATGCAATTAT-TGTGTATGTCAAGTTGCA-TN-----TACATATATT--TTA--CAT---ATCCGGTAATGCTTCG-ATGATGTCCCCAG
Reference ( gi|1 )            : TTAA-TG-ATA-TTTA-ATT-AC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTGATCAAA-GT--GAA----AA---AT-G---TG-T-TATGC---T--TGTT-CG-------G---TCA--------AT-A--C--GGGTAT--T-GGA-C-C-TG--T--TTT-AT-GC--GCAGC--TGC-CATCC--CCC-GCA-TTCT--CGG--T-CCATTA---TAG-T-TTGC-TCCAC-AC---A-AAT--AT---T--GCTGA-CGT-C-ACGGATTT-TAC--GTTAT-C-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG--TG-GACAT-T-TAGC-ATC-TCTG-AAATTTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATGCCTA---CGTGCTCTATG--GATTATTGTAGCA--TTCAATTATCCC---A----CA-TC-GAG-TTATAGTTATTAT--AC-G-TTCTATTT-AGC-TCGATGGC-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCATTA------C-ATGTAAT-AT--GCCATGCCTTGTGACCATGTC-CA-TCAAACTCGTAT-TGCTAATT---TTTTACATTATGTTCTT----TTTA-AAAT----T---------C-CC--CCCATTACAAATGTAATTAT-TGTATATGT-AAGTTGCA-TC-----TATATATATT--TTATGTATTGAATCTGGTAATGCTTTGTATGTTGTCCCCAG
gi|2                          : TTAA-TG-AAA-TTAA-AC--AC--T-AA-G--GTTCA-A---TCCCA--T--ATCAAA-GT--GAA----AA---AT-A---AA-TATGTAC---C--T-TT-CG-------G---TCG---------T-A--C--GGTTTC--T-GG--T-C-TT--T--TTT-ATTGC--ACA-C--GAC-CATCC--CCT-GCA-TTT----GG----CCATTA---TAA------CATCCAC-ACTGAA-AAC--ACACAC--ACACA-CACAC-ACCAATGCGTAC--ACAAC-T-G-CATCGCC-TCAA-GC-TAA---AAGTTTCCAG-T-GG----TAAG-GACG--TT-G-CAG-A-CAGCTACT-TTTG-AAATCTTA---------T-CTA-T-G-TTAAATAC--A---CGAGCTCTGTT--AA--ATTG-AGCAATTCCAATC-TCTC---A----CA-TCAGA----ATAG--A-TAT--GCAA-TTCCATTT-AGC-T-GAAGGTGCTGAC------TTTGA--ATTA-CGGA---TTGATTGTCCATTAGCCTACC-AAGTCA------GCCATTCC-TATGAGCATGTCGCAGTCAAACTCGCGTATGC--ATCAAGTTTTACTTTAGG---------TTTACAAATTACCT---------C-CC--CCCCCTACAAATG-AA-TAT-TGTGT-TGTCAAGTTGCACTC-----GACATATAATGATTA--TATT--ATTCG--AATGCTTCA-ATTATGCCCCC
gi|12                         : TTAA-TGGAGACTTTA-ACC-ACATT-AAAG--GTTCA-A---TT--A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA---AT--------T-TTTGC---C--TATG-CT-------G---TTC--------AT-ATTC--GCGTATAAT-GTA-CTC-TGT-T--TTT-AG-GC--ACAGC--TTC-TATCG--CT---CA-TTTT--CGG--G-CCA-TG---TAG-TCTTGC-CCCGC-AC-----ACT--AT---TACGCTGACCGT-C-ACAG-TTT-TGCCTGTTAT-CAGTCATCAATGTCTA-GC--GA---AA-CTTTCA
gi|5                          :  TAA-TG-AGA-TTTA-ACC-AC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAAAGT--GAA----AATAAATAG---T--T-TCCGC---T--TGTTTCG-------GCGTTT----------T-A--C--TGGTAT--T-GGG-C-C-TG--T--TTTTAT-GC--ACAAC--TGT-CATCC--CCCTGCA-TTTTTTCGG--G-CCATCA-----G-T-TTGC-CCCGCCAC---A-CAT--AT---C--GCTGA-CGT-C-ATGGATTT--GC--GTTATTC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---AA-TTTTCAGAA-GG----TAAG-GACGTTTG-CA-AG-C-TAGT-A-C-TTTG-AAACTTAT----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACCAAG--CGAGCCCTCCGTTAATTATTGTAGCA--TTCAATC-TCTC---A----CA-TC-GAGTTTATAGTTATTAT--GC-A-TCC---------------GGT-TTGATA-TC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC
gi|7                          :  TAA-TG-AGA-TTTA-AAC-AC--T-AAAG--GTTCA-AC--TCC-A--TT--TTCAA-GT--GAA----AATGAAT-A---TGGT-TACGC---T--TGTT-TG-------G---TCG---------T-A--C--TGGTAT--TAGGG-C-C-TG--T--TTTTAT-GC--ACAGC--TGGACATCC--CCT-GCA-TTTT--CGG--G-CCATTA-----G-T-T-GC-CCCGC-AC---A-ACT--AT---C--GCTGA-CGT-C-ACGGATT---GC--GTTAT-C-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---GA-ATTTCAG-A-GG----TAA--GACG--TT-GA-ATCT-TAGC-ATCTTTTA-AAATCTTA----TATTTT-CTA-TGG-TTAAATACC-A----GCGACCTGTT--AAT--TTGTAGCAT-TTCAATT-TCCTTCGA----CA-TC-GAG-TTATAGTTATTAT--GC-GATGCCATTA-AGC-T-GATGGG-TTTACATTCTTTTTGA--ATTA-C-GA-TTTTcaatttataggcctacaagggtcaggccatgg
gi|6                          :  TAACTG-AGA-TTTA-AC--AC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAA--GT--GAA----AC---AT-GATATGGT-TACTC---T--TGTT-TG-------G---TGC--------GT-AACT--GGATTT--A-GGG-C-C-TG--TATTTT-ATTGC--ACAGC--TGGACATCC--CCT-GCA-TTTT--CGG--GACCATTA-----G-T-TTGC-CCCGC-AC---A-ACT--AT---C--GCTGA-CGT-C--CGGATT---GCT-GTTAT-C-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAG---AA--TTTCAG-ATGG----TAA--GACG--TATGAAATCT-TAGC-ATC-TTTT-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-TGG-TTAAATACCAG---CG-ACTCTGTT--AAT--TTGTCGCAT-TTCAATT-TCTA---A----CACTC-GAG-TTATAGTTATTAT--GC-A-TGCCATTTAAGC-TCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGAAATTC----GA-TTTTGA-T-TGGATTAGG----C-CTACAGTCAG--GCCATGCCTatggcattaggcctacaaggtcaaggccatgct
gi|4                          :  TGA-CG-AT--TTTATACC-AC--TTAAAGTCGTTCATA---TCC-AC-TTTATCAAA-GT--GAA----AA---AT-A---AA-T--ATGC---C--TGTA-CGTATGTTCG---TCC--------GTCA--C--TGGTAT--T-GGG-C-CCTG--T--TTTTAT-GCCCACAGC--TGA-CATCC--CTT-GCA-TTTTACCGG--C-GCATT----TAGATGTTGC--CCGC-AC---A-CAT--ATA--C--GCTGA-CGC-CCATGGATTT--GC--GTTAC----TCATCAAT-TCAACGCCTAA---AA-TTTTCAG-A-GAGTTTTAAGCGACG--TT-GAAAC-TCTAGC-ATC-TTTGCAAATTCTA----T-TTTTTCTACT-GCTTAAATACC-AGCCCGAG-TCTGTT--AATTATTGTAGCA--TTCAATT-CCTC---AACACCA-TC-GAG-TTATAGT-GTTACTCCC-A-TTCCATTTTAGCCTCGATGGC-TTGATATTC-TTTGCAATTTTATCGGATTTTTGATT-TCCATTA------
gi|11                         :   aa-TG-AGA-TTTA-ACTCAC--A-TAAT--GTTCA-AAACTCC-AAGTTTATCAAA-GTCTGAA----AATAAAT-G---TT-T-TATATGTATGATGTT-TG-------A---TCACGGCTTTCGT-A--CTTGGTTAT--T-GGAAC-C-TGGTT--TTT-AC-TC--CCACCAGTGA-CATCC--CCT-GCATTTTT--CGGGCC-CCGT-----TAG---TTGC--CCAC-AC---A-CAT--AT---C--Gggcctacacaagcgtccagcccatgccc
gi|9                          :          tA-TTTA-ACC-AC--T-AAAG--ATTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA----T-T---TT-T-TATGC---T--TGTT-CG-------G---TCA--------GT-A--C--TGGTAT--T-GAA-C-C-TG--T--TTT-AT-GC--ACAAC--TGC-CATCC--CCC-GTA-ATTT--TGG--G-CCAT-----TAG-T-TTGC-CCCGC-AC------AC--AT---C--GCTGA-CGT-C-ATGGA-TT-TAC--GTTAT-C-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGAATCAA-TTCTCaatctgggacgctcgatgccgcatttgctgtt
gi|8                          :                       tattgggAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAACAATAA---AT-A---TG-A-TACGT---T--TGTT-CG-------G---TCG---------T-A--C--TGGTAT--T-GGG-C-C-TG--T--TTTTAT-GC--ACAGC--TGA-CATCC--CCT-GCA-TTTT--CGG--A-CCATTA-----G-T-TTGC-CCCGC-AC---A-CAT--AT---C--ACTGA-CGT-C-ATGGATTT--GC--GTTAT-C-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG--TT-GAAAT-C-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTATTTTT-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACCAG---CGAGCACCGTT--AATTATTGTAGCA--TTCAATTCTCTC---caacattgacttatagttataatacgttccatttagctcgatggtttgacattcttttgatttttacggattttgatttc
gi|3                          :                                                              T--AAA----TA---AT-G---TG-C-TATGT---T--TGTT-CA-------G---TCA--------GT-A--C--TGGCAT--T-GGA-C-A-TG--T--ATT-TT-GT--ACAGC--TGC-TATCC--CCT-GTA-ATTT--CAG--G-TCATTA-----A-T-TT---TCCAT-GC---A-TATTTAT---C--ACTGA-CGT-C-ATGG-TTT-CAC--ATTAT-C-TTCATCAAT-TCGA-GC-TGA---AA-CTTTCAG-A-GA----TAAG-GGCG--TG-GAAAT-T-TAGC-ATT-TTTG-GATTTTTA----T-TGTT-CGA-T-G-TTAAATTTCAA---CGTGCTCCGTG--AATTATTTTAGCA--ATCAATTTTCCC---A----CA-AC-GAC-TTAC--TTACTAT--AT-G-TTCCATTT-ATC-TCCATGGC-TTGACATTC-TTTTGCTTTTTA-CTGA-TTCTAATT-TCCACCA-----------TAAT-ATAAGACATGCCTTTCGAGCATGTT-CA-TCAAACTGGTAG-TTCTAAAG---TTTTACTTCAGGTACTTACAATATG-AAAT----A---------T-CCAGCCCGTTACTAATACAATTAT-TGTGTATGT-GA
gi|14                         :                                                                                                                                                       -C-C-TA--T--TTA-CT-GC--GTAGT--TGT---TCCTTCCA-GTA-ATTT--CTG--G-CTATTAGTATAA-T----C-TCCGC-AC---ATAAC---T---C--ACTGA-GGT-C-ACTGCCTC-TAT--GTTAT-C-GACATCAAT-TTGA-GC-TGA---a
gi|18                         :                                                                                                                                                                   tgaataatttctagttttcctcattcgggcag-GCA-TTTT--CGG--G-CCATTA-----G-T-TTGC-CCCGC-A
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                          CCGC-AC---A-CCT--AT---C--ACTGA-CGT-C-ATGGA-TT-TGC--GTTAT-C-GT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCAATTCTCCA---A----CA-TT-GAC-TTATAGTTATAAT--AC-G-TTCCATTT-AGC-TCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                            tattgggatttaaccactaaagattcaatccatttatcaaagtgaaaattttttatgcttgttcggtcagtactggtattgaacctgttttatgcacaactgccatcccccgtaattttgggccattagtttgccccgcacacatcgctgacgtcatggatttacgttatcgtcatcaattcaagctgaaTCAATTCTCCA---A----CA-TT-GAC-TTATAGTTATAAT--AC-G-TTCCATTT-AGC-TCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCATTA------CAATGTAA------GCCATGCCTTGCGAGCATGTC-CA-TCGAACTCGTAA-TGCTAAAG---TTTTACTTTAGGTTCTTGCAATT-----AT----T---------C-AC--CCCGTTACAAATGCAAT--T-TATATATAT-------CA-TA-----TACATA-ATT--TCA-------------ATAATGCTTTGAATGATGTCCACAG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         attcaagctgaa---A----CA-TC-GAG-TTATAGTTGTTAC--GC-A-TTCCATTT-AGC-TCGATGGC-TTGATATTC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCATTAGG----C-CTACAAG-GTCAGCCATGCCTTctatg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ---TTTTACTTTAGGTTCGT----TTTA-CAAT----TATCACCCCCC-CC--CCCATTACAAATGCAATTATATGTGTTTGTCAAGTTGCA-TCGACAACATATATATT--a
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T----TTTA-CAAT----T---------AACC--CCCGTTACAGATGCAAGTAT-TATATGTGC-AAGTTGCAATA-----TATATGTATT--TTATGCATAGAATCTGGTAATGCTTTGCATGTTGTCCCCAG

lowQualScore                  :                                                   111                              555555555555555555555555555           11        2222222                                 1                                                 222222222222                                                                                                   1111                  1111                      111111          1                                           1                                                                                                                   44444444444444444                     1  1       11    1   1                      333333333333333333333333                                  1           11111         11   66666666666                3             
lowQualScore                  :             4  4 4  4   4 4  4   66 4    55     4 111   4 99        44  55   7777  333333333333333333333333333           00  666   4444444  3  3   3   88   3 3 3  77 44   3  6  44     44  77     44  3    3    77    3 3   000000000000        6666 2   77   77      3    3    99999  77  555  3  3         3    3  3   666  55      5 5  0000   77    5 5  5   1111    5   5    5        777777    5   5 0 5           5 66   66   1      6        5 0       55    55  4  4  4  66      0     55   666     4   4  4  2      4         4      44    4    4        4       88888888888888888          1          0  0  2    33    0   0                      000000000000000000000000  99             1  3   6     6   0       8 8 55555     0   11 0 88888888888  0  6        2 0   4         
lowQualScore                  :             .  . .  .   . .  .   .. .    ..     . ...   . ..        ..  ..   ....  ...........................           ..  ...   .......  .  .   .   ..   . . .  .. ..   .  .  ..     ..  ..     ..  .    .    ..    . .   ............        .... .   ..   ..      .    .    .....  ..  ...  .  .         .    .  .   ...  ..      . .  ....   ..    . .  .   ....    .   .    .        ......    .   . . .           . ..   ..   .      .        . .       ..    ..  .  .  .  ..      .     ..   ...     .   .  .  .      .         .      ..    .    .        .       .................          .          .  .  .    ..    .   .                      ........................  ..             .  .   .     .   .       . . .....     .   .. . ...........  .  .        . .   .         
lowQualScore                  :             4  4 4  4   4 4  4   11 4    55     0 000   0 55        88  00   7777  666666666666666666666666666           00  444   6666666  6  6   6   66   3 3 3  99 66   3  7  66     66  77     66  3    1    33    1 1   555555555555        1111 9   11   33      3    3    66666  99  888  3  3         6    6  6   444  55      0 0  6666   55    0 0  0   6666    0   0    0        888888    0   0 0 0           0 99   99   1      2        0 0       55    55  0  0  0  55      8     55   000     0   0  0  5      0         0      44    0    0        0       99999999999999999          0          0  0  0    88    8   0                      222222222222222222222222  22             0  2   7     0   8       0 0 66666     8   00 8 22222222222  2  5        0 0   0         
consensus                     :         TTAA-TG-A-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-G----TG-T---TACGCTTGTTC--GG---TCG-G-----TA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG--T--TTT-AT-GC--ACAGC--TGN-CATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGG-C-CATTA---TAG--T-TTGCCCCG----C-ACACATAT--CGCTGA-CGTC-ACGGATTTTGC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-TG-AAAT-T-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACCAG-C--GAG--CTCCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CTCC--CA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGACATTC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCATTAGGCCTA-CAANNT---AGCCATGCCTTGCGAGCATGTC-CA-TCAAACT--CGTANTGC-TAAAGTTTTACTTTAGGTTCTT-CAATTTACAATT---------C-CC--CCCGTTACAAATGCAATTAT-TGTGTATGTCAAGTTGC-A-TCT---ACATATATT--TTA--TA-TA----ATCCGGTAATGCTTCGNATGNTGTCCCCAG
Reference ( family-3423 )     :         TTAA-TG-A-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-G----TG-T---TACGCTTGTTC--GG---TCG-G-----TA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG--T--TTT-AT-GC--ACAGC--TGN-CATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGG-C-CATTA---TAG--T-TTGCCCCG----C-ACANATAT--CGCTGA-CGTC-ACGGATTTTGC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-TG-AAAT-T-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACCAA-C--GAG--CTCCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CTCC--CA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGANTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCATTA-GCNTG-TAATAT---AGCCATGCCTTNCGAGCATGTC-CA-TCGAACT--CGTANTGC-TAAAGTTTTACTTTAGGTTCTT-CAATTTANAATT---------C-CC--CCCGTTACAAATGCAATTAT-TGTGTATGTCAAGTTGC-A-TNT---ACATATATT--TTA--CA-T-----ATCCGGTAATGCTTCG-ATGATGTCCCCAG
gi|1                          :         TTAA-TG-A-TA-TTT-A-AT-TAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTGATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-G----TG-T---TATGCTTGTTC--GG---TCA-A-----TA-CG-GGT-ATT--GGA-C-C-TG--T--TTT-AT-GC--GCAGC--TGC-CATCC--CC-CGCA-TTCT--CGGT-C-CATTA---TAG--T-TTGCTCCA----C-ACAAATAT--TGCTGA-CGTC-ACGGATTTTAC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-GG-ACAT-T-TAGC-ATC-TCTG-AAATTTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATGCCTA-C--GTG--CTCTATGGATTATTGTAGC-A-TTCAATT--ATCC--CA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TAC-G-TTCTA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCATTA--CATG-TAATAT----GCCATGCCTTGTGACCATGTC-CA-TCAAACT--CGTATTGC-TAATTTTTTACATTATGTTCTT----TTTAAAATT---------C-CC--CCCATTACAAATGTAATTAT-TGTATATGT-AAGTTGC-A-TCT---ATATATATT--TTA--TG-TATTGAATCTGGTAATGCTTTGTATGTTGTCCCCAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCAATT--CTCC--AA-CA-TT-GAC-TTATAGTTATAA--TAC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCATTA-CAATG-TA-------AGCCATGCCTTGCGAGCATGTC-CA-TCGAACT--CGTAATGC-TAAAGTTTTACTTTAGGTTCTTGCAATT----ATT---------C-AC--CCCGTTACAAATGCAAT--T-TATATATAT-------C-A-TAT---ACATA-ATT--T----------------CAATAATGCTTTGAATGATGTCCACAG
gi|11                         : attcaagctgaa-TG-A-GA-TTT-A-ACTCAC--A-TAAT--GTTCA-AAACTCC-AAGTTTATCAAA-GTCTGAA----AATAAATGTTTTATAT-G----TA-T---GATGTTTGATCACGGCTTTCG-------TA-CTTGGTTATT--GGAAC-C-TGGTT--TTT-AC-TC--CCACCAGTGA-CATCC--CC-TGCATTTTT--CGGG-C-CCCGT---TAG----TTG-CCCA----C-ACACATAT--CGctatg
gi|12                         :        tTTAA-TGGA-GACTTT-A-AC-CACATT-AAAG--GTTCA-A---TT--A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-T----TT-TGCCTATGC-TGTTCATAT---TCGCG-----TA------T-AAT--GTA-CTC-TGT-T--TTT-AG-GC--ACAGC--TTC-TATCG--CT---CA-TTTT--CGGG-C-CA-TG---TAG--TCTTGCCCCG----C-ACAC-TATTACGCTGACCGTC-ACAG-TTTTGCCTGT---TA-TCAGTCATCAATGTCTA-GC--GA---AA-CTTTCAaatctgggacgctcgatgccgcatttgctgtt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -CATTTTACAATT---------AACC--CCCGTTACAGATGCAAGTAT-TATATGTG-CAAGTTGCAA-TAT---ATATGTATT--TTATGCA-TAGA--ATCTGGTAATGCTTTGCATGTTGTCCCCAG
gi|14                         :                                                                                                               acaattgtaaactactttagcgaacgtttcattcataatacgtgaG-C-C-TA--T--TTA-CT-GC--GTAGT--TGT---TCCTTCC-AGTA-ATTT--CTGG-C-TATTAGTATAA--T----CTCCG----C-ACATAACT--CACTGA-GGTC-ACTGCCTCTAT--GT---TA-TC-GACATCAAT-TTGA-GC-TGA---ctatgat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgaataatttctagttttcctcattcgggcaA-CA-TC-GAG-TTATAGTTGTTA--CGC-A-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGATATTC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCATTAGGCCTA-CAAGGTC--AGCCATGCCTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTTACTTTAGGTTCGT----TTTACAATTATCACCCCCC-CC--CCCATTACAAATGCAATTATATGTGTTTGTCAAGTTGC-A-TCGACAACATATATA--TTa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                               CCG----C-ACACCTAT--CACTGA-CGTC-ATGGA-TTTGC--GT---TA-TC-GT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                          GCA-TTTT--CGGG-C-CAT-----TAG--T-TTGCCCCG----C-A
gi|2                          :         TTAA-TG-A-AA-TT--A-AA-CAC--T-AA-G--GTTCA-A---TCCCA--T--ATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-AAA--TA-TG--TAC-CTT--TC--GG---TCG-------TA-C--GGT-TTC--TGG-T-C-TT--T--TTT-ATTGC--ACA-C--GAC-CATCC--CC-TGCA-TTT-----GG-C-CATTA---TAACAT-CCACACTGAAAAC-ACACACA---CACACA-CA-C-ACCAAT---GC--GTACACA-AC-TGCATCGCC-TCAA-GC-TAA---AAGTTTCCAG-T-GG----TAAG-GACG-T-TGCAGA----CAGCTACT-TTTG-AAATCTTA---------T-CTA-T-G-TTAAATAC--A-C--GAG--CTCTGTTAA--ATTG-AGCAA-TTCCAAT--CTCT--CA-CA-TCAGA----ATAG--A-TA--TGCAA-TTCCA-TTT-AG-CT-GAAGGTGCTGAC------TTTGAA--TTA-CGGA---TTGATTGTCCATTA-GCCTACCAAGTC---AGCCATTCC-TATGAGCATGTCGCAGTCAAACTCGCGTA-TGCATCAAGTTTTACTTTAGGTT-TA-CAAATTAC--CT---------C-CC--CCCCCTACAAATG-AA-TAT-TGTGT-TGTCAAGTTGC-ACTCG---ACATATAATGATTA--TATT-----ATTCG--AATGCTTCA-ATTATGCCCCC
gi|3                          :                                                                        T--AAA----TA------------AT-G----TG-C---TATGTTTGTTC--AG---TCA-G-----TA-CT-GGC-ATT--GGA-C-A-TG--T--ATT-TT-GT--ACAGC--TGC-TATCC--CC-TGTA-ATTT--CAGG-T-CATTA-----A--T-TTTCCATG----C-ATATTTAT--CACTGA-CGTC-ATGG-TTTCAC--AT---TA-TC-TTCATCAAT-TCGA-GC-TGA---AA-CTTTCAG-A-GA----TAAG-GGCG-T-GG-AAAT-T-TAGC-ATT-TTTG-GATTTTTA----T-TGTT-CGA-T-G-TTAAATTTCAA-C--GTG--CTCCGTGAATTATTTTAGC-A-ATCAATT--TTCC--CA-CA-AC-GAC-TTAC--TTACTA--TAT-G-TTCCA-TTT-AT-CTCCATGGC-TTGACATTC-TTTTGCTTTTTA-CTGA-TTCTAATT-TCCACCA-------TAATATA--AGACATGCCTTTCGAGCATGTT-CA-TCAAACT--GGTAGTTC-TAAAGTTTTACTTCAGGTACTTACAATATGAAATA---------T-CCAGCCCGTTACTAATACAATTAT-TGTGTATGTGAA
gi|4                          :           AA-TG-ACGA-TTTTATAC-CAC--TTAAAGTCGTTCATA---TCC-AC-TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-AAATATG-CCTGTACGTATGTTC--GT---CCG-T-----CA-CT-GGT-ATT--GGG-C-CCTG--T--TTTTAT-GCCCACAGC--TGA-CATCC--CT-TGCA-TTTTA-CCGG-CGCATT----TAGA-TGTTGCCC-G----C-ACACATATA-CGCTGA-CGCCCATGGATTT-GC--GT---TA-C---TCATCAAT-TCAACGCCTAA---AA-TTTTCAG-A-GAGTTTTAAGCGACG-T-TG-AAAC-TCTAGC-ATC-TTTGCAAATTCTA----T-TTTTTCTACT-GCTTAAATACCAG-CCCGAG---TCTGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CCTCAACACCA-TC-GAG-TTATAG-TGTTACTCCC-A-TTCCATTTT-AGCCTCGATGGC-TTGATATTC-TTTGCAATTTTATCGGATTTTTGATT-TCCATTA-G
gi|5                          :          TAA-TG-A-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAAAGT--GAA----AATAA---------ATAG----T--T---TCCGCTTGTT--------TCG-GCGTTTTA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG--T--TTTTAT-GC--ACAAC--TGT-CATCC--CCCTGCA-TTTTTTCGGG-C-CATCA-----G--T-TTGCCCCG----CCACACATAT--CGCTGA-CGTC-ATGGA-TTTGC--GT---TATTC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---AA-TTTTCAGAA-GG----TAAG-GACGTT-TG-CAAG-C-TAGT-A-C-TTTG-AAA-CTTAT---T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACCAAGC--GAGCCCTCCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAA-T--CTCT--CA-CA-TC-GAGTTTATAGTTATTA--TGC-A-TCC----------------GGT-TTGATA-TC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCgcctacacaagcgtccagcccatgccc
gi|6                          :          TAACTG-A-GA-TTT-A-AC--AC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAA--GT--GAA----AC------------AT-GATA-TGGT---TACTCTTGTTT--GG---TGC-G-----TAACT-GG--ATTTAGGG-C-C-TG--TATTTT-ATTGC--ACAGC--TGGACATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGGAC-CATTA-----G--T-TTGCCCCG----C-ACAACTAT--CGCTGA-CGTC--CGGATT--GCT-GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAG---AA--TTTCAG-ATGG----TAA--GACG-TATG-AAATCT-TAGC-ATC-TTTT-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-TGG-TTAAATACCAG-C--GA---CTCTGTTAAT--TTGTCGC-ATTTCAATT---TCT--AA-CACTC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-A-TGCCA-TTTAAG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGAAATTC----GA-TTTTGA-T-TGGATTAGGCCTA-CAGTCA---GGCCATGCCTcaatttataggcctacaagggtcaggccatgg
gi|7                          :          TAA-TG-A-GA-TTT-A-AA-CAC--T-AAAG--GTTCA-AC--TCC-A--TTT-TCAA--GT--GAA----AATGA---------AT-A----TGGT---TACGCTTGTTT--GG---TCG-------TA-CT-GGT-ATTA-GGG-C-C-TG--T--TTTTAT-GC--ACAGC--TGGACATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGG-C-CATTA-----G--T-T-GCCCCG----C-ACAACTAT--CGCTGA-CGTC-ACGGATT--GC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---GA-ATTTCAG-A-GG----TAA--GACG-T-TG-AATC-T-TAGC-ATCTTTTA-AAATCTTA----TATTTT-CTA-TGG-TTAAATACCAG-C--GAC--CT--GTTAAT--TTGTAGC-ATTTCAATTTCCTTC--GA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-GATGCCA-TTA-AG-CT-GATGGG-TTTACATTCTTTTTGAA--TTA-C-GA-TTTTA--T-GGCATTAGGCCTA-CAAGGTCAAGGCCATGC
gi|8                          :                                        AG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAACAATAA------------AT-A----TG-A---TACGTTTGTTC--GG---TCG-------TA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG--T--TTTTAT-GC--ACAGC--TGA-CATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGA-C-CATTA-----G--T-TTGCCCCG----C-ACACATAT--CACTGA-CGTC-ATGGATTT-GC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-TG-AAAT-C-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTATTTTT-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACCAG-C--GAG--CACCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CTCT--Ct
gi|9                          :          TAT-TG-G-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--ATTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA-------------T-T----TT-T---TATGCTTGTTC--GG---TCA-G-----TA-CT-GGT-ATT--GAA-C-C-TG--T--TTT-AT-GC--ACAAC--TGC-CATCC--CC-CGTA-ATTT--TGGG-C-CAT-----TAG--T-TTGCCCCG----C-ACAC--AT--CGCTGA-CGTC-ATGGA-TTTAC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGAATCAA-TTCTC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCAATT--CTCC--AA-CA-TT-GAC-TTATAGTTATAA--TAC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCcaacattgacttatagttataatacgttccatttagctcgatggtttgacattcttttgatttttacggattttgatttc

lowQualScore                  :                                                   111                              555555555555555555555555555               111   2222222                                 1                                                 222222222222                                                                                                   1111                  1111                      111111          1                                           1                                                                                                                                 3333333333333                      1  1       11    1   1                      2222         33333333333                                  1            1111         11    555555555                              
lowQualScore                  :             4  4 4  4   4 4  4   66 4    55     4 111   4 99        44  55   7777  333333333333333333333333333           55  111   4444444  3  3   3   88   3 3 3  44 44   6  6  44     44  77     44  3    3    77    3 3   000000000000        6666 2    6   77      3    3    99999  77  555  3  3         3    3  3   666  4       5 5  0000    5    5 5  5   1111    5   5    5        777777    5   5 0 5         5   66   66   1      6        5 0       55    55  4  4  4  66      0     55   666     4   4  4  2     44         4      44    4    4        4   66  999999     4  3333333333333 4       1            0  0       33    0   0                      2222    55   00000000000  99             1  3   6     6   0       8 8  4444     0   11 0  000000000  0  6        555   1         
lowQualScore                  :             .  . .  .   . .  .   .. .    ..     . ...   . ..        ..  ..   ....  ...........................           ..  ...   .......  .  .   .   ..   . . .  .. ..   .  .  ..     ..  ..     ..  .    .    ..    . .   ............        .... .    .   ..      .    .    .....  ..  ...  .  .         .    .  .   ...  .       . .  ....    .    . .  .   ....    .   .    .        ......    .   . . .         .   ..   ..   .      .        . .       ..    ..  .  .  .  ..      .     ..   ...     .   .  .  .     ..         .      ..    .    .        .   ..  ......     .  ............. .       .            .  .       ..    .   .                      ....    ..   ...........  ..             .  .   .     .   .       . .  ....     .   .. .  .........  .  .        ...   .         
lowQualScore                  :             4  4 4  4   4 4  4   11 4    55     0 000   0 55        88  00   7777  666666666666666666666666666           00  444   6666666  6  6   6   66   3 3 3  66 66   7  7  66     66  77     66  3    1    33    1 1   555555555555        1111 9    1   33      3    3    66666  99  888  3  3         6    6  6   444  0       0 0  6666    0    0 0  0   6666    0   0    0        888888    0   0 0 0         0   99   99   1      2        0 0       55    55  0  0  0  55      8     55   000     0   0  0  5     55         0      88    0    0        0   11  999999     4  7777777777777 4       7            0  0       88    8   0                      3333    77   22222222222  22             0  2   7     0   8       0 0  6666     8   00 8  000000000  2  5        555   0         
consensus                     :         TTAA-TG-A-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-G----TG-T---TACGCTTGTTC--GG---TCG-G-----TA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG--T--TTTTAT-GC--ACAGC--TGN-CATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGG-C-CATTA---TAG--T-TTGCCCCG----C-ACACATAT--CGCTGA-CGTC-ACGGATTTTGC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-TG-AAAT-T-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACC-AGC--GAG--CTCCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CTCC--CA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGACATTC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---TAGGCCTA-CA-----ATGT---AG-CCATGCCTTGCGAGCATGTC-CA-TCAAACT--CGTANTGC-TAAAGTTTTACTTTAGGTTCTT-CAATTTACAATT---------C-CC--CCCGTTACAAATGCAATTAT-TGTGTATGTCAAGTTGC-A-TCT---ACATATATT--TTAT--ATA---AATCCGGTAATGCTTTGNATGNTGTCCCCAG
Reference ( family-3423 )     :         TTAA-TG-A-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-G----TG-T---TACGCTTGTTC--GG---TCG-G-----TA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG--T--TTT-AT-GC--ACAGC--TGN-CATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGG-C-CATTA---TAG--T-TTGCCCCG----C-ACACATAT--CGCTGA-CGTC-ACGGATTTTGC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-TG-AAAT-T-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACC-AGC--GAG--CTCCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CTCC--CA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGACATTC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---TAGGCCTA-CA-----ANNT---AG-CCATGCCTTGCGAGCATGTC-CA-TCAAACT--CGTANTGC-TAAAGTTTTACTTTAGGTTCTT-CAATTTACAATT---------C-CC--CCCGTTACAAATGCAATTAT-TGTGTATGTCAAGTTGC-A-TCT---ACATATATT--TTAT--AT----AATCCGGTAATGCTTCGNATGNTGTCCCCAG
gi|1                          :         TTAA-TG-A-TA-TTT-A-AT-TAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTGATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-G----TG-T---TATGCTTGTTC--GG---TCA-A-----TA-CG-GGT-ATT--GGA-C-C-TG--T--TTT-AT-GC--GCAGC--TGC-CATCC--CC-CGCA-TTCT--CGGT-C-CATTA---TAG--T-TTGCTCCA----C-ACAAATAT--TGCTGA-CGTC-ACGGATTTTAC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-GG-ACAT-T-TAGC-ATC-TCTG-AAATTTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATGCC-TAC--GTG--CTCTATGGATTATTGTAGC-A-TTCAATT--ATCC--CA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TAC-G-TTCTA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---TA--CATG-TA-----ATAT----G-CCATGCCTTGTGACCATGTC-CA-TCAAACT--CGTATTGC-TAATTTTTTACATTATGTTCTT----TTTAAAATT---------C-CC--CCCATTACAAATGTAATTAT-TGTATATGT-AAGTTGC-A-TCT---ATATATATT--TTAT--GTATTGAATCTGGTAATGCTTTGTATGTTGTCCCCAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCAATT--CTCC--AA-CA-TT-GAC-TTATAGTTATAA--TAC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---------TA-CA-----ATGTA--AG-CCATGCCTTGCGAGCATGTC-CA-TCGAACT--CGTAATGC-TAAAGTTTTACTTTAGGTTCTTGCAATT----ATT---------C-AC--CCCGTTACAAATGCAAT--T-TATATATAT-------C-A-TAT---ACATA-ATT--T---------------CAATAATGCTTTGAATGATGTCCACAG
gi|11                         : attcaagctgaa-TG-A-GA-TTT-A-ACTCAC--A-TAAT--GTTCA-AAACTCC-AAGTTTATCAAA-GTCTGAA----AATAAATGTTTTATAT-G----TA-T---GATGTTTGATCACGGCTTTCG-------TA-CTTGGTTATT--GGAAC-C-TGGTT--TTT-AC-TC--CCACCAGTGA-CATCC--CC-TGCATTTTT--CGGG-C-CCCGT---TAG----TTG-CCCA----C-ACACATAT--CGctatg
gi|12                         :        tTTAA-TGGA-GACTTT-A-AC-CACATT-AAAG--GTTCA-A---TT--A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-T----TT-TGCCTATGCT-GTTC--ATAT-TCGCG-----TA------T-AAT--GTA-CTC-TG--T--TTTTAG-GC--ACAGC--TTC-TATCG--CT---CA-TTTT--CGGG-C-CA-TG---TAG--TCTTGCCCCG----C-ACAC-TATTACGCTGACCGTC-ACAG-TTTTGCCTGT---TA-TCAGTCATCAATGTCTA-GC--GA---AA-CTTTCAaatctgggacgctcgatgccgcatttgctgtt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -CATTTTACAATT---------AACC--CCCGTTACAGATGCAAGTAT-TATATGTG-CAAGTTGCAA-TAT---ATATGTATT--TTATGCATAG--AATCTGGTAATGCTTTGCATGTTGTCCCCAG
gi|14                         :                                                                                                               acaattgtaaactactttagcgaacgtttcattcataatacgtgaG-C-C-TA--T--TTA-CT-GC--GTAGT--TGT---TCCTTCC-AGTA-ATTT--CTGG-C-TATTAGTATAA--T----CTCCG----C-ACATAACT--CACTGA-GGTC-ACTGCCTCTAT--GT---TA-TC-GACATCAAT-TTGA-GC-TGA---ctatgat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgaataatttctagttttcctcattcgggcaA-CA-TC-GAG-TTATAGTTGTTA--CGC-A-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGATATTC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---TAGGCCTA-CA-----AGGTC--AG-CCATGCCTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTTACTTTAGGTTCGT----TTTACAATTATCACCCCCC-CC--CCCATTACAAATGCAATTATATGTGTTTGTCAAGTTGC-A-TCGACAACATATATA--TTa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                               CCG----C-ACACCTAT--CACTGA-CGTC-ATGGA-TTTGC--GT---TA-TC-GT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                          GCA-TTTT--CGGG-C-CAT-----TAG--T-TTGCCCCG----C-A
gi|2                          :         TTAA-TG-A-AA-TT--A-AA-CAC--T-AA-G--GTTCA-A---TCCCA--T--ATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-AAA--TA-TG--TAC-CTT--TC--GG---TCG-------TA-C--GGT-TTC--TGG-T-C-TT--T--TTT-ATTGC--ACA-C--GAC-CATCC--CC-TGCA-TTT-----GG-C-CATTA---TAACAT-CCACACTGAAAAC-ACACACA---CACACA-CA-C-ACCAAT---GC--GTACACA-AC-TGCATCGCC-TCAA-GC-TAA---AAGTTTCCAG-T-GG----TAAG-GACG-T-TGCAGA----CAGCTACT-TTTG-AAATCTTA---------T-CTA-T-G-TTAAATAC---AC--GAG--CTCTGTTAA--ATTG-AGCAA-TTCCAAT--CTCT--CA-CA-TCAGA----ATAG--A-TA--TGCAA-TTCCA-TTT-AG-CT-GAAGGTGCTGAC------TTTGAA--TTA-CGGA---TTGATTGTCC--AT---TA-GCCTACCA-----AGTC---AG-CCATTCC-TATGAGCATGTCGCAGTCAAACTCGCGTA-TGCATCAAGTTTTACTTTAGGTT-TA-CAAATTAC--CT---------C-CC--CCCCCTACAAATG-AA-TAT-TGTGT-TGTCAAGTTGC-ACTCG---ACATATAATGATTAT--AT----TATTCG--AATGCTTC-AATTATGCCCCC
gi|3                          :                                                                        T--AAA----TA------------AT-G----TG-C---TATGTTTGTTC--AG---TCA-G-----TA-CT-GGC-ATT--GGA-C-A-TG--T--ATT-TT-GT--ACAGC--TGC-TATCC--CC-TGTA-ATTT--CAGG-T-CATTA-----A--T-TTTCCATG----C-ATATTTAT--CACTGA-CGTC-ATGG-TTTCAC--AT---TA-TC-TTCATCAAT-TCGA-GC-TGA---AA-CTTTCAG-A-GA----TAAG-GGCG-T-GG-AAAT-T-TAGC-ATT-TTTG-GATTTTTA----T-TGTT-CGA-T-G-TTAAATTTC-AAC--GTG--CTCCGTGAATTATTTTAGC-A-ATCAATT--TTCC--CA-CA-AC-GAC-TTAC--TTACTA--TAT-G-TTCCA-TTT-AT-CTCCATGGC-TTGACATTC-TTTTGCTTTTTA-CTGA-TTCTAATT-TCC--A---------CCA-TA-----ATATA--AG-ACATGCCTTTCGAGCATGTT-CA-TCAAACT--GGTAGTTC-TAAAGTTTTACTTCAGGTACTTACAATATGAAATA---------T-CCAGCCCGTTACTAATACAATTAT-TGTGTATGTGAA
gi|4                          :           AA-TG-ACGA-TTTTATAC-CAC--TTAAAGTCGTTCATA---TCC-AC-TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-AAATATG-CCTGTACGTATGTTC--GT---CCG-T-----CA-CT-GGT-ATT--GGG-C-CCTG--T--TTTTAT-GCCCACAGC--TGA-CATCC--CT-TGCA-TTTTA-CCGG-CGCATT----TAGA-TGTTGCCC-G----C-ACACATATA-CGCTGA-CGCCCATGGATTT-GC--GT---TA-C---TCATCAAT-TCAACGCCTAA---AA-TTTTCAG-A-GAGTTTTAAGCGACG-T-TG-AAAC-TCTAGC-ATC-TTTGCAAATTCTA----T-TTTTTCTACT-GCTTAAATACC-AGCCCGAG---TCTGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CCTCAACACCA-TC-GAG-TTATAG-TGTTACTCCC-A-TTCCATTTT-AGCCTCGATGGC-TTGATATTC-TTTGCAATTTTATCGGATTTTTGATT-TCC--AT---TAGGCCTA-CACAAGCGTCC---AGCCCATGCC
gi|5                          :          TAA-TG-A-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAAAGT--GAA----AATAA---------ATAG----T--T---TCCGCTTGTT--------TCG-GCGTTTTA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG--T--TTTTAT-GC--ACAAC--TGT-CATCC--CCCTGCA-TTTTTTCGGG-C-CATCA-----G--T-TTGCCCCG----CCACACATAT--CGCTGA-CGTC-ATGGA-TTTGC--GT---TATTC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---AA-TTTTCAGAA-GG----TAAG-GACGTT-TG-CAAG-C-TAGT-A-C-TTTG-AAA-CTTAT---T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACCAAGC--GAGCCCTCCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAA-T--CTCT--CA-CA-TC-GAGTTTATAGTTATTA--TGC-A-TCC----------------GGT-TTGATA-TC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCCAATTTATAGGCCTA-CA-----AGG-----G-TCAGGCCATGc
gi|6                          :          TAACTG-A-GA-TTT-A-AC--AC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAA--GT--GAA----AC------------AT-GATA-TGGT---TACTCTTGTTT--GG---TGC-G-----TAACT-GG--ATTTAGGG-C-C-TG--TATTTT-ATTGC--ACAGC--TGGACATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGGAC-CATTA-----G--T-TTGCCCCG----C-ACAACTAT--CGCTGA-CGTC--CGGATT--GCT-GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAG---AA-TTT-CAG-ATGG----TAAG--ACG-TATG-AAATCT-TAGC-ATC-TTTT-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-TGG-TTAAATACC-AGC--GA---CTCTGTTAAT--TTGTCGC-ATTTCAATT---TCT--AA-CACTC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-A-TGCCA-TTTAAG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGAAATTC----GA-TTTTGA-T-TGG--AT---TAGGCCTA-CA-----GTCA---GG-CCATGCCTg
gi|7                          :          TAA-TG-A-GA-TTT-A-AA-CAC--T-AAAG--GTTCA-AC--TCC-A--TTT-TCAA--GT--GAA----AATGA---------AT-A----TGGT---TACGCTTGTTT--GG---TCG-------TA-CT-GGT-ATTA-GGG-C-C-TG--T--TTTTAT-GC--ACAGC--TGGACATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGG-C-CATTA-----G--T-T-GCCCCG----C-ACAACTAT--CGCTGA-CGTC-ACGGATT--GC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---GA-ATTTCAG-A-GG----TAA--GACG-T-TG-AATC-T-TAGC-ATCTTTTA-AAATCTTA----TATTTT-CTA-TGG-TTAAATACC-AGC--GAC--CT--GTTAAT--TTGTAGC-ATTTCAATTTCCTTC--GA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-GATGCCA-TTA-AG-CT-GATGGG-TTTACATTCTTTTTGAA--TTA-C-GA-TTTTA--T-GGC--AT---TAGGCCTA-CA-----AGGTCAAGG-CCATGC
gi|8                          :                                        AG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAACAATAA------------AT-A----TG-A---TACGTTTGTTC--GG---TCG-------TA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG--T--TTTTAT-GC--ACAGC--TGA-CATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGA-C-CATTA-----G--T-TTGCCCCG----C-ACACATAT--CACTGA-CGTC-ATGGATTT-GC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-TG-AAAT-C-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTATTTTT-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACC-AGC--GAG--CACCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CTCT--Ct
gi|9                          :          TAT-TG-G-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--ATTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA-------------T-T----TT-T---TATGCTTGTTC--GG---TCA-G-----TA-CT-GGT-ATT--GAA-C-C-TG--T--TTT-AT-GC--ACAAC--TGC-CATCC--CC-CGTA-ATTT--TGGG-C-CAT-----TAG--T-TTGCCCCG----C-ACAC--AT--CGCTGA-CGTC-ATGGA-TTTAC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGAATCAA-TTCTC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCAATT--CTCC--AA-CA-TT-GAC-TTATAGTTATAA--TAC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCcaacattgacttatagttataatacgttccatttagctcgatggtttgacattcttttgatttttacggattttgatttc

lowQualScore                  :                                                   111                              444444444444444444444444444               111   2222222                                                                                  222222222222                                                                                                   1111                  1111                      111111          1                                           1                                                                                                                                       3333                      1  1       11    1   1                      2222         33333333333                                  1        2222222         11    555555555                              
lowQualScore                  :             4  4 4  4   4 4  4   66 4    55     4 111   4 99        44  55   7777  999999999999999999999999999           55  111   4444444  3  3   3   88   3 3 3  3 3     3 6  44     44  77     44  3    3    77    3 3   000000000000        6666 2    6   77      3    3    99999  77  555  3  3         3    3  3   666  4       5 5  0000    5    5 5  5   1111    5   5    5        777777    5   5 0 5         5   66   66   1      6        5 0       55    55  4  4  4  66      0     55   666     4   4  4  2     44         4      44    4    4        4   66  999999      777  3  4444 4       1            0  0       33    0   0                      2222    55   00000000000  99             1  3   6     6   0        1111111     0   11 0  111111111  0  6         33   1         
lowQualScore                  :             .  . .  .   . .  .   .. .    ..     . ...   . ..        ..  ..   ....  ...........................           ..  ...   .......  .  .   .   ..   . . .  . .     . .  ..     ..  ..     ..  .    .    ..    . .   ............        .... .    .   ..      .    .    .....  ..  ...  .  .         .    .  .   ...  .       . .  ....    .    . .  .   ....    .   .    .        ......    .   . . .         .   ..   ..   .      .        . .       ..    ..  .  .  .  ..      .     ..   ...     .   .  .  .     ..         .      ..    .    .        .   ..  ......      ...  .  .... .       .            .  .       ..    .   .                      ....    ..   ...........  ..             .  .   .     .   .        .......     .   .. .  .........  .  .         ..   .         
lowQualScore                  :             4  4 4  4   4 4  4   11 4    55     0 000   0 55        88  00   7777  222222222222222222222222222           00  444   6666666  6  6   6   66   3 3 3  3 3     3 7  66     66  77     66  3    1    33    1 1   555555555555        1111 9    1   33      3    3    66666  99  888  3  3         6    6  6   444  0       0 0  6666    0    0 0  0   6666    0   0    0        888888    0   0 0 0         0   99   99   1      2        0 0       55    55  0  0  0  55      8     55   000     0   0  0  5     55         0      88    0    0        0   11  999999      888  6  1111 4       7            0  0       88    8   0                      3333    77   22222222222  22             0  2   7     0   8        6666666     8   00 8  888888888  2  5         55   0         
consensus                     :         TTAA-TG-A-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-G----TG-T---TACGCTTGTTC--GG---TCG-G-----TA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG-T-TTTTA-T-GC--ACAGC--TGN-CATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGG-C-CATTA---TAG--T-TTGCCCCG----C-ACACATAT--CGCTGA-CGTC-ACGGATTTTGC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-TG-AAAT-T-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACC-AGC--GAG--CTCCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CTCC--CA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGACATTC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---TAGGCCTAC---AANGTC--GG-CCATGCCTTGCGAGCATGTC-CA-TCAAACT--CGTANTGC-TAAAGTTTTACTTTAGGTTCTT-CAATTTACAATT---------C-CC--CCCGTTACAAATGCAATTAT-TGTGTATGTCAAGTTGCA-TCT---ACATATATT--TTAT--ATA---AATCCGGTAATGCTTTGNATGNTGTCCCCAG
Reference ( family-3423 )     :         TTAA-TG-A-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-G----TG-T---TACGCTTGTTC--GG---TCG-G-----TA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG-T-TTTTA-T-GC--ACAGC--TGN-CATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGG-C-CATTA---TAG--T-TTGCCCCG----C-ACACATAT--CGCTGA-CGTC-ACGGATTTTGC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-TG-AAAT-T-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACC-AGC--GAG--CTCCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CTCC--CA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGACATTC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---TAGGCCTAC---AATGT---AG-CCATGCCTTGCGAGCATGTC-CA-TCAAACT--CGTANTGC-TAAAGTTTTACTTTAGGTTCTT-CAATTTACAATT---------C-CC--CCCGTTACAAATGCAATTAT-TGTGTATGTCAAGTTGCA-TCT---ACATATATT--TTAT--ATA---AATCCGGTAATGCTTTGNATGNTGTCCCCAG
gi|1                          :         TTAA-TG-A-TA-TTT-A-AT-TAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTGATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-G----TG-T---TATGCTTGTTC--GG---TCA-A-----TA-CG-GGT-ATT--GGA-C-C-TG-T-TTT-A-T-GC--GCAGC--TGC-CATCC--CC-CGCA-TTCT--CGGT-C-CATTA---TAG--T-TTGCTCCA----C-ACAAATAT--TGCTGA-CGTC-ACGGATTTTAC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-GG-ACAT-T-TAGC-ATC-TCTG-AAATTTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATGCC-TAC--GTG--CTCTATGGATTATTGTAGC-A-TTCAATT--ATCC--CA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TAC-G-TTCTA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---TA--CATGT---AATAT----G-CCATGCCTTGTGACCATGTC-CA-TCAAACT--CGTATTGC-TAATTTTTTACATTATGTTCTT----TTTAAAATT---------C-CC--CCCATTACAAATGTAATTAT-TGTATATGT-AAGTTGCA-TCT---ATATATATT--TTAT--GTATTGAATCTGGTAATGCTTTGTATGTTGTCCCCAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCAATT--CTCC--AA-CA-TT-GAC-TTATAGTTATAA--TAC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---------TAC---AATGTA--AG-CCATGCCTTGCGAGCATGTC-CA-TCGAACT--CGTAATGC-TAAAGTTTTACTTTAGGTTCTTGCAATT----ATT---------C-AC--CCCGTTACAAATGCAAT--T-TATATATAT-------CA-TAT---ACATA-ATT--T---------------CAATAATGCTTTGAATGATGTCCACAG
gi|11                         : attcaagctgaa-TG-A-GA-TTT-A-ACTCAC--A-TAAT--GTTCA-AAACTCC-AAGTTTATCAAA-GTCTGAA----AATAAATGTTTTATAT-G----TA-T---GATGTTTGATCACGGCTTTCG-------TA-CTTGGTTATT--GGAAC-C-TGGT-TTTTA-C-TC--CCACCAGTGA-CATCC--CC-TGCATTTTT--CGGG-C-CCCGT---TAG----TTG-CCCA----C-ACACATAT--CGctatg
gi|12                         :        tTTAA-TGGA-GACTTT-A-AC-CACATT-AAAG--GTTCA-A---TT--A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-T----TT-TGCCTATGCT-GTTC--ATAT-TCGCG-----TA------T-AAT--GTA-CTC-TG-T-TTTTA-G-GC--ACAGC--TTC-TATCG--CT---CA-TTTT--CGGG-C-CA-TG---TAG--TCTTGCCCCG----C-ACAC-TATTACGCTGACCGTC-ACAG-TTTTGCCTGT---TA-TCAGTCATCAATGTCTA-GC--GA---AA-CTTTCAaatctgggacgctcgatgccgcatttgctgtt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -CATTTTACAATT---------AACC--CCCGTTACAGATGCAAGTAT-TATATGTG-CAAGTTGCAATAT---ATATGTATT--TTATGCATAG--AATCTGGTAATGCTTTGCATGTTGTCCCCAG
gi|14                         :                                                                                                               acaattgtaaactactttagcgaacgtttcattcataatacgtgaG-C-C-TA-T-TT--ACT-GC--GTAGT--TGT---TCCTTCC-AGTA-ATTT--CTGG-C-TATTAGTATAA--T----CTCCG----C-ACATAACT--CACTGA-GGTC-ACTGCCTCTAT--GT---TA-TC-GACATCAAT-TTGA-GC-TGA---ctatgat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgaataatttctagttttcctcattcgggcaA-CA-TC-GAG-TTATAGTTGTTA--CGC-A-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGATATTC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---TAGGCCTAC---AAGGTC--AG-CCATGCCTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTTACTTTAGGTTCGT----TTTACAATTATCACCCCCC-CC--CCCATTACAAATGCAATTATATGTGTTTGTCAAGTTGCA-TCGACAACATATATA--TTa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                              CCG----C-ACACCTAT--CACTGA-CGTC-ATGGA-TTTGC--GT---TA-TC-GT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                         GCA-TTTT--CGGG-C-CAT-----TAG--T-TTGCCCCG----C-A
gi|2                          :         TTAA-TG-A-AA-TT--A-AA-CAC--T-AA-G--GTTCA-A---TCCCA--T--ATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-AAA--TA-TG--TAC-CTT--TC--GG---TCG-------TA-C--GGT-TTC--TGG-T-C-T--T-TTTTA-TTGC--ACA-C--GAC-CATCC--CC-TGCA-TTT-----GG-C-CATTA---TAACAT-CCACACTGAAAAC-ACACACA---CACACA-CA-C-ACCAAT---GC--GTACACA-AC-TGCATCGCC-TCAA-GC-TAA---AAGTTTCCAG-T-GG----TAAG-GACG-T-TGCAGA----CAGCTACT-TTTG-AAATCTTA---------T-CTA-T-G-TTAAATAC---AC--GAG--CTCTGTTAA--ATTG-AGCAA-TTCCAAT--CTCT--CA-CA-TCAGA----ATAG--A-TA--TGCAA-TTCCA-TTT-AG-CT-GAAGGTGCTGAC------TTTGAA--TTA-CGGA---TTGATTGTCC--AT---TA-GCCTAC---CAAGTC--AG-CCATTCC-TATGAGCATGTCGCAGTCAAACTCGCGTA-TGCATCAAGTTTTACTTTAGGTT-TA-CAAATTAC--CT---------C-CC--CCCCCTACAAATG-AA-TAT-TGTGT-TGTCAAGTTGCACTCG---ACATATAATGATTAT--AT----TATTCG--AATGCTTC-AATTATGCCCCC
gi|3                          :                                                                        T--AAA----TA------------AT-G----TG-C---TATGTTTGTTC--AG---TCA-G-----TA-CT-GGC-ATT--GGA-C-A-TG-T-ATTT--T-GT--ACAGC--TGC-TATCC--CC-TGTA-ATTT--CAGG-T-CATTA-----A--T-TTTCCATG----C-ATATTTAT--CACTGA-CGTC-ATGG-TTTCAC--AT---TA-TC-TTCATCAAT-TCGA-GC-TGA---AA-CTTTCAG-A-GA----TAAG-GGCG-T-GG-AAAT-T-TAGC-ATT-TTTG-GATTTTTA----T-TGTT-CGA-T-G-TTAAATTTC-AAC--GTG--CTCCGTGAATTATTTTAGC-A-ATCAATT--TTCC--CA-CA-AC-GAC-TTAC--TTACTA--TAT-G-TTCCA-TTT-AT-CTCCATGGC-TTGACATTC-TTTTGCTTTTTA-CTGA-TTCTAATT-TCC--A---------CCAT---AATATA--AG-ACATGCCTTTCGAGCATGTT-CA-TCAAACT--GGTAGTTC-TAAAGTTTTACTTCAGGTACTTACAATATGAAATA---------T-CCAGCCCGTTACTAATACAATTAT-TGTGTATGTGAA
gi|4                          :           AA-TG-ACGA-TTTTATAC-CAC--TTAAAGTCGTTCATA---TCC-AC-TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-AAATATG-CCTGTACGTATGTTC--GT---CCG-T-----CA-CT-GGT-ATT--GGG-C-CCTG-T-TTTTA-T-GCCCACAGC--TGA-CATCC--CT-TGCA-TTTTA-CCGG-CGCATT----TAGA-TGTTGCCC-G----C-ACACATATA-CGCTGA-CGCCCATGGATTT-GC--GT---TA-C---TCATCAAT-TCAACGCCTAA---AA-TTTTCAG-A-GAGTTTTAAGCGACG-T-TG-AAAC-TCTAGC-ATC-TTTGCAAATTCTA----T-TTTTTCTACT-GCTTAAATACC-AGCCCGAG---TCTGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CCTCAACACCA-TC-GAG-TTATAG-TGTTACTCCC-A-TTCCATTTT-AGCCTCGATGGC-TTGATATTC-TTTGCAATTTTATCGGATTTTTGATT-TCC--AT---TAGGCCTACACAAGCGTCC-AGCCCATGCC
gi|5                          :          TAA-TG-A-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAAAGT--GAA----AATAA---------ATAG----T--T---TCCGCTTGTT--------TCG-GCGTTTTA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG-T-TTTTA-T-GC--ACAAC--TGT-CATCC--CCCTGCA-TTTTTTCGGG-C-CATCA-----G--T-TTGCCCCG----CCACACATAT--CGCTGA-CGTC-ATGGA-TTTGC--GT---TATTC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---AA-TTTTCAGAA-GG----TAAG-GACGTT-TG-CAAG-C-TAGT-A-C-TTTG-AAA-CTTAT---T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACCAAGC--GAGCCCTCCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAA-T--CTCT--CA-CA-TC-GAGTTTATAGTTATTA--TGC-A-TCC----------------GGT-TTGATA-TC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCCAATTTATAGGCCTAC---AAGG-----G-TCAGGCCATGc
gi|6                          :          TAACTG-A-GA-TTT-A-AC--AC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAA--GT--GAA----AC------------AT-GATA-TGGT---TACTCTTGTTT--GG---TGC-G-----TAACT-GG--ATTTAGGG-C-C-TG-TATTTTA-TTGC--ACAGC--TGGACATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGGAC-CATTA-----G--T-TTGCCCCG----C-ACAACTAT--CGCTGA-CGTC--CGGATT--GCT-GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAG---AA-TTT-CAG-ATGG----TAAG--ACG-TATG-AAATCT-TAGC-ATC-TTTT-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-TGG-TTAAATACC-AGC--GA---CTCTGTTAAT--TTGTCGC-ATTTCAATT---TCT--AA-CACTC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-A-TGCCA-TTTAAG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGAAATTC----GA-TTTTGA-T-TGG--AT---TAGGCCTAC---AGTCA---GG-CCATGCCTg
gi|7                          :          TAA-TG-A-GA-TTT-A-AA-CAC--T-AAAG--GTTCA-AC--TCC-A--TTT-TCAA--GT--GAA----AATGA---------AT-A----TGGT---TACGCTTGTTT--GG---TCG-------TA-CT-GGT-ATTA-GGG-C-C-TG-T-TTTTA-T-GC--ACAGC--TGGACATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGG-C-CATTA-----G--T-T-GCCCCG----C-ACAACTAT--CGCTGA-CGTC-ACGGATT--GC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---GA-ATTTCAG-A-GG----TAA--GACG-T-TG-AATC-T-TAGC-ATCTTTTA-AAATCTTA----TATTTT-CTA-TGG-TTAAATACC-AGC--GAC--CT--GTTAAT--TTGTAGC-ATTTCAATTTCCTTC--GA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-GATGCCA-TTA-AG-CT-GATGGG-TTTACATTCTTTTTGAA--TTA-C-GA-TTTTA--T-GGC--AT---TAGGCCTAC---AAGGTCAAGG-CCATGC
gi|8                          :                                        AG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAACAATAA------------AT-A----TG-A---TACGTTTGTTC--GG---TCG-------TA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG-T-TTTTA-T-GC--ACAGC--TGA-CATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGA-C-CATTA-----G--T-TTGCCCCG----C-ACACATAT--CACTGA-CGTC-ATGGATTT-GC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-TG-AAAT-C-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTATTTTT-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACC-AGC--GAG--CACCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CTCT--Ct
gi|9                          :          TAT-TG-G-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--ATTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--G-A----AA------------AT-T----TT-T---TATGCTTGTTC--GG---TCA-G-----TA-CT-GGT-ATT--GAA-C-C-TG---TTTTA-T-GC--ACAAC--TGC-CATCC--CC-CGTA-ATTT--TGGG-C-CAT-----TAG--T-TTGCCCCG----C-ACAC--AT--CGCTGA-CGTC-ATGGA-TTTAC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGAATCAA-TTCTC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCAATT--CTCC--AA-CA-TT-GAC-TTATAGTTATAA--TAC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCcaacattgacttatagttataatacgttccatttagctcgatggtttgacattcttttgatttttacggattttgatttc

lowQualScore                  :                                                   111                              444444444444444444444444444               111   2222222                                                                                  222222222222                                                                                                   1111                  1111                      111111          1                                           1                                                                                                                                        222                      1  1       11    1   1                      2222         33333333333                                  1        2222222         11    555555555                              
lowQualScore                  :             4  4 4  4   4 4  4   66 4    55     4 111   4 99        44  55   7777  999999999999999999999999999           55  111   4444444  3  3   3   88   3 3 3  3 3     3 6  44     44  77     44  3    3    77    3 3   000000000000        6666 2    6   77      3    3    99999  77  555  3  3         3    3  3   666  4       5 5  0000    5    5 5  5   1111    5   5    5        777777    5   5 0 5         5   66   66   1      6        5 0       55    55  4  4  4  66      0     55   666     4   4  4  2     44         4      44    4    4        4   66  999999      777  77  222           0          0  0       33    0   0                      2222    55   00000000000  99             1  3   6     6   0        1111111     0   11 0  111111111  0  6         33   1         
lowQualScore                  :             .  . .  .   . .  .   .. .    ..     . ...   . ..        ..  ..   ....  ...........................           ..  ...   .......  .  .   .   ..   . . .  . .     . .  ..     ..  ..     ..  .    .    ..    . .   ............        .... .    .   ..      .    .    .....  ..  ...  .  .         .    .  .   ...  .       . .  ....    .    . .  .   ....    .   .    .        ......    .   . . .         .   ..   ..   .      .        . .       ..    ..  .  .  .  ..      .     ..   ...     .   .  .  .     ..         .      ..    .    .        .   ..  ......      ...  ..  ...           .          .  .       ..    .   .                      ....    ..   ...........  ..             .  .   .     .   .        .......     .   .. .  .........  .  .         ..   .         
lowQualScore                  :             4  4 4  4   4 4  4   11 4    55     0 000   0 55        88  00   7777  222222222222222222222222222           00  444   6666666  6  6   6   66   3 3 3  3 3     3 7  66     66  77     66  3    1    33    1 1   555555555555        1111 9    1   33      3    3    66666  99  888  3  3         6    6  6   444  0       0 0  6666    0    0 0  0   6666    0   0    0        888888    0   0 0 0         0   99   99   1      2        0 0       55    55  0  0  0  55      8     55   000     0   0  0  5     55         0      88    0    0        0   11  999999      888  00  222           2          0  0       88    8   0                      3333    77   22222222222  22             0  2   7     0   8        6666666     8   00 8  888888888  2  5         55   0         
consensus                     :         TTAA-TG-A-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-G----TG-T---TACGCTTGTTC--GG---TCG-G-----TA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG-T-TTTTA-T-GC--ACAGC--TGN-CATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGG-C-CATTA---TAG--T-TTGCCCCG----C-ACACATAT--CGCTGA-CGTC-ACGGATTTTGC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-TG-AAAT-T-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACC-AGC--GAG--CTCCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CTCC--CA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGACATTC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---TAGGCCTAC---AA-NGTC--GGCCATGCCTTGCGAGCATGTC-CA-TCAAACT--CGTANTGC-TAAAGTTTTACTTTAGGTTCTT-CAATTTACAATT---------C-CC--CCCGTTACAAATGCAATTAT-TGTGTATGTCAAGTTGCA-TCT---ACATATATT--TTAT--ATA---AATCCGGTAATGCTTTGNATGNTGTCCCCAG
Reference ( family-3423 )     :         TTAA-TG-A-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-G----TG-T---TACGCTTGTTC--GG---TCG-G-----TA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG-T-TTTTA-T-GC--ACAGC--TGN-CATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGG-C-CATTA---TAG--T-TTGCCCCG----C-ACACATAT--CGCTGA-CGTC-ACGGATTTTGC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-TG-AAAT-T-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACC-AGC--GAG--CTCCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CTCC--CA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGACATTC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---TAGGCCTAC---AA-NGTC--GGCCATGCCTTGCGAGCATGTC-CA-TCAAACT--CGTANTGC-TAAAGTTTTACTTTAGGTTCTT-CAATTTACAATT---------C-CC--CCCGTTACAAATGCAATTAT-TGTGTATGTCAAGTTGCA-TCT---ACATATATT--TTAT--ATA---AATCCGGTAATGCTTTGNATGNTGTCCCCAG
gi|1                          :         TTAA-TG-A-TA-TTT-A-AT-TAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTGATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-G----TG-T---TATGCTTGTTC--GG---TCA-A-----TA-CG-GGT-ATT--GGA-C-C-TG-T-TTT-A-T-GC--GCAGC--TGC-CATCC--CC-CGCA-TTCT--CGGT-C-CATTA---TAG--T-TTGCTCCA----C-ACAAATAT--TGCTGA-CGTC-ACGGATTTTAC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-GG-ACAT-T-TAGC-ATC-TCTG-AAATTTTA----T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATGCC-TAC--GTG--CTCTATGGATTATTGTAGC-A-TTCAATT--ATCC--CA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TAC-G-TTCTA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---TA--CATGT---AA-TAT----GCCATGCCTTGTGACCATGTC-CA-TCAAACT--CGTATTGC-TAATTTTTTACATTATGTTCTT----TTTAAAATT---------C-CC--CCCATTACAAATGTAATTAT-TGTATATGT-AAGTTGCA-TCT---ATATATATT--TTAT--GTATTGAATCTGGTAATGCTTTGTATGTTGTCCCCAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCAATT--CTCC--AA-CA-TT-GAC-TTATAGTTATAA--TAC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---------TAC---AA-TGTA--AGCCATGCCTTGCGAGCATGTC-CA-TCGAACT--CGTAATGC-TAAAGTTTTACTTTAGGTTCTTGCAATT----ATT---------C-AC--CCCGTTACAAATGCAAT--T-TATATATAT-------CA-TAT---ACATA-ATT--T---------------CAATAATGCTTTGAATGATGTCCACAG
gi|11                         : attcaagctgaa-TG-A-GA-TTT-A-ACTCAC--A-TAAT--GTTCA-AAACTCC-AAGTTTATCAAA-GTCTGAA----AATAAATGTTTTATAT-G----TA-T---GATGTTTGATCACGGCTTTCG-------TA-CTTGGTTATT--GGAAC-C-TGGT-TTTTA-C-TC--CCACCAGTGA-CATCC--CC-TGCATTTTT--CGGG-C-CCCGT---TAG----TTG-CCCA----C-ACACATAT--CGctatg
gi|12                         :        tTTAA-TGGA-GACTTT-A-AC-CACATT-AAAG--GTTCA-A---TT--A--TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-T----TT-TGCCTATGCT-GTTC--ATAT-TCGCG-----TA------T-AAT--GTA-CTC-TG-T-TTTTA-G-GC--ACAGC--TTC-TATCG--CT---CA-TTTT--CGGG-C-CA-TG---TAG--TCTTGCCCCG----C-ACAC-TATTACGCTGACCGTC-ACAG-TTTTGCCTGT---TA-TCAGTCATCAATGTCTA-GC--GA---AA-CTTTCAaatctgggacgctcgatgccgcatttgctgtt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -CATTTTACAATT---------AACC--CCCGTTACAGATGCAAGTAT-TATATGTG-CAAGTTGCAATAT---ATATGTATT--TTATGCATAG--AATCTGGTAATGCTTTGCATGTTGTCCCCAG
gi|14                         :                                                                                                               acaattgtaaactactttagcgaacgtttcattcataatacgtgaG-C-C-TA-T-TT--ACT-GC--GTAGT--TGT---TCCTTCC-AGTA-ATTT--CTGG-C-TATTAGTATAA--T----CTCCG----C-ACATAACT--CACTGA-GGTC-ACTGCCTCTAT--GT---TA-TC-GACATCAAT-TTGA-GC-TGA---ctatgat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgaataatttctagttttcctcattcgggcaA-CA-TC-GAG-TTATAGTTGTTA--CGC-A-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGC-TTGATATTC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCC--AT---TAGGCCTAC---AA-GGTC--AGCCATGCCTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTTACTTTAGGTTCGT----TTTACAATTATCACCCCCC-CC--CCCATTACAAATGCAATTATATGTGTTTGTCAAGTTGCA-TCGACAACATATATA--TTa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                              CCG----C-ACACCTAT--CACTGA-CGTC-ATGGA-TTTGC--GT---TA-TC-GT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                         GCA-TTTT--CGGG-C-CAT-----TAG--T-TTGCCCCG----C-A
gi|2                          :         TTAA-TG-A-AA-TT--A-AA-CAC--T-AA-G--GTTCA-A---TCCCA--T--ATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-AAA--TA-TG--TAC-CTT--TC--GG---TCG-------TA-C--GGT-TTC--TGG-T-C-T--T-TTTTA-TTGC--ACA-C--GAC-CATCC--CC-TGCA-TTT-----GG-C-CATTA---TAACAT-CCACACTGAAAAC-ACACACA---CACACA-CA-C-ACCAAT---GC--GTACACA-AC-TGCATCGCC-TCAA-GC-TAA---AAGTTTCCAG-T-GG----TAAG-GACG-T-TGCAGA----CAGCTACT-TTTG-AAATCTTA---------T-CTA-T-G-TTAAATAC---AC--GAG--CTCTGTTAA--ATTG-AGCAA-TTCCAAT--CTCT--CA-CA-TCAGA----ATAG--A-TA--TGCAA-TTCCA-TTT-AG-CT-GAAGGTGCTGAC------TTTGAA--TTA-CGGA---TTGATTGTCC--AT---TA-GCCTAC---CA-AGTC--AGCCATTCC-TATGAGCATGTCGCAGTCAAACTCGCGTA-TGCATCAAGTTTTACTTTAGGTT-TA-CAAATTAC--CT---------C-CC--CCCCCTACAAATG-AA-TAT-TGTGT-TGTCAAGTTGCACTCG---ACATATAATGATTAT--AT----TATTCG--AATGCTTC-AATTATGCCCCC
gi|3                          :                                                                        T--AAA----TA------------AT-G----TG-C---TATGTTTGTTC--AG---TCA-G-----TA-CT-GGC-ATT--GGA-C-A-TG-T-ATTT--T-GT--ACAGC--TGC-TATCC--CC-TGTA-ATTT--CAGG-T-CATTA-----A--T-TTTCCATG----C-ATATTTAT--CACTGA-CGTC-ATGG-TTTCAC--AT---TA-TC-TTCATCAAT-TCGA-GC-TGA---AA-CTTTCAG-A-GA----TAAG-GGCG-T-GG-AAAT-T-TAGC-ATT-TTTG-GATTTTTA----T-TGTT-CGA-T-G-TTAAATTTC-AAC--GTG--CTCCGTGAATTATTTTAGC-A-ATCAATT--TTCC--CA-CA-AC-GAC-TTAC--TTACTA--TAT-G-TTCCA-TTT-AT-CTCCATGGC-TTGACATTC-TTTTGCTTTTTA-CTGA-TTCTAATT-TCC--A---------CCAT---AA-TATA--AGACATGCCTTTCGAGCATGTT-CA-TCAAACT--GGTAGTTC-TAAAGTTTTACTTCAGGTACTTACAATATGAAATA---------T-CCAGCCCGTTACTAATACAATTAT-TGTGTATGTGAA
gi|4                          :           AA-TG-ACGA-TTTTATAC-CAC--TTAAAGTCGTTCATA---TCC-AC-TTTATCAAA-GT--GAA----AA------------AT-AAATATG-CCTGTACGTATGTTC--GT---CCG-T-----CA-CT-GGT-ATT--GGG-C-CCTG-T-TTTTA-T-GCCCACAGC--TGA-CATCC--CT-TGCA-TTTTA-CCGG-CGCATT----TAGA-TGTTGCCC-G----C-ACACATATA-CGCTGA-CGCCCATGGATTT-GC--GT---TA-C---TCATCAAT-TCAACGCCTAA---AA-TTTTCAG-A-GAGTTTTAAGCGACG-T-TG-AAAC-TCTAGC-ATC-TTTGCAAATTCTA----T-TTTTTCTACT-GCTTAAATACC-AGCCCGAG---TCTGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CCTCAACACCA-TC-GAG-TTATAG-TGTTACTCCC-A-TTCCATTTT-AGCCTCGATGGC-TTGATATTC-TTTGCAATTTTATCGGATTTTTGATT-TCC--AT---TAGGCCTACACAAG-CGTCCAGCCCATGCC
gi|5                          :          TAA-TG-A-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAAAGT--GAA----AATAA---------ATAG----T--T---TCCGCTTGTT--------TCG-GCGTTTTA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG-T-TTTTA-T-GC--ACAAC--TGT-CATCC--CCCTGCA-TTTTTTCGGG-C-CATCA-----G--T-TTGCCCCG----CCACACATAT--CGCTGA-CGTC-ATGGA-TTTGC--GT---TATTC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---AA-TTTTCAGAA-GG----TAAG-GACGTT-TG-CAAG-C-TAGT-A-C-TTTG-AAA-CTTAT---T-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACCAAGC--GAGCCCTCCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAA-T--CTCT--CA-CA-TC-GAGTTTATAGTTATTA--TGC-A-TCC----------------GGT-TTGATA-TC-TTTTGAATTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCCCAATTTATAGGCCTAC---AAGGGTCA-GGCCATGc
gi|6                          :          TAACTG-A-GA-TTT-A-AC--AC--T-AAAG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAA--GT--GAA----AC------------AT-GATA-TGGT---TACTCTTGTTT--GG---TGC-G-----TAACT-GG--ATTTAGGG-C-C-TG-TATTTTA-TTGC--ACAGC--TGGACATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGGAC-CATTA-----G--T-TTGCCCCG----C-ACAACTAT--CGCTGA-CGTC--CGGATT--GCT-GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAG---AA-TTT-CAG-ATGG----TAAG--ACG-TATG-AAATCT-TAGC-ATC-TTTT-AAATCTTA----T-TTTT-CTA-TGG-TTAAATACC-AGC--GA---CTCTGTTAAT--TTGTCGC-ATTTCAATT---TCT--AA-CACTC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-A-TGCCA-TTTAAG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGAAATTC----GA-TTTTGA-T-TGG--AT---TAGGCCTAC---A---GTCA-GGCCATGCCTg
gi|7                          :          TAA-TG-A-GA-TTT-A-AA-CAC--T-AAAG--GTTCA-AC--TCC-A--TTT-TCAA--GT--GAA----AATGA---------AT-A----TGGT---TACGCTTGTTT--GG---TCG-------TA-CT-GGT-ATTA-GGG-C-C-TG-T-TTTTA-T-GC--ACAGC--TGGACATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGG-C-CATTA-----G--T-T-GCCCCG----C-ACAACTAT--CGCTGA-CGTC-ACGGATT--GC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---GA-ATTTCAG-A-GG----TAA--GACG-T-TG-AATC-T-TAGC-ATCTTTTA-AAATCTTA----TATTTT-CTA-TGG-TTAAATACC-AGC--GAC--CT--GTTAAT--TTGTAGC-ATTTCAATTTCCTTC--GA-CA-TC-GAG-TTATAGTTATTA--TGC-GATGCCA-TTA-AG-CT-GATGGG-TTTACATTCTTTTTGAA--TTA-C-GA-TTTTA--T-GGC--AT---TAGGCCTAC---AA-GGTCAAGGCCATGC
gi|8                          :                                        AG--GTTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--GAACAATAA------------AT-A----TG-A---TACGTTTGTTC--GG---TCG-------TA-CT-GGT-ATT--GGG-C-C-TG-T-TTTTA-T-GC--ACAGC--TGA-CATCC--CC-TGCA-TTTT--CGGA-C-CATTA-----G--T-TTGCCCCG----C-ACACATAT--CACTGA-CGTC-ATGGATTT-GC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TAA---AA-TTTTCAG-A-GG----TAAG-GACG-T-TG-AAAT-C-TAGC-ATC-TTTG-AAATCTTATTTTT-TTTT-CTA-T-G-TTAAATACC-AGC--GAG--CACCGTTAATTATTGTAGC-A-TTCAATT--CTCT--Ct
gi|9                          :          TAT-TG-G-GA-TTT-A-AC-CAC--T-AAAG--ATTCA-A---TCC-A--TTTATCAAA-GT--G-A----AA------------AT-T----TT-T---TATGCTTGTTC--GG---TCA-G-----TA-CT-GGT-ATT--GAA-C-C-TG---TTTTA-T-GC--ACAAC--TGC-CATCC--CC-CGTA-ATTT--TGGG-C-CAT-----TAG--T-TTGCCCCG----C-ACAC--AT--CGCTGA-CGTC-ATGGA-TTTAC--GT---TA-TC-GTCATCAAT-TCAA-GC-TGAATCAA-TTCTC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCAATT--CTCC--AA-CA-TT-GAC-TTATAGTTATAA--TAC-G-TTCCA-TTT-AG-CTCGATGGT-TTGACATTC-TTTTGATTTTTA-CGGA-TTTTGATT-TCcaacattgacttatagttataatacgttccatttagctcgatggtttgacattcttttgatttttacggattttgatttc