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Reference ( gi|4 ) : AAGATT-TAGA-CCAC-T--AAAG--GTTC--AAT--CGCATTTATCAAAGTGAAAAA---TAA------ATT---A-TGTTAC-CTTGT-T-CG-GTC-GTTACT---GGTATTGG--GCCTGTTTTTAT-GCACAA-CTGTCAATCCCT-GC-AT--T--T-TTCG--G-GCCAT-TA-G-TTT-G--C-------------------CC-GC-AC-ACATA--T-CG--CT-G-A--CG-TC-ATG-G------A--TT--------TG------C-G-T-TA--TCGT-CA--T-CAATT-C-A-AG-CTAAAA-ATTT-TCA--CC--CT-CCTC----CCA----CC-C--T---T-T----TT-TTA------CAAGCC------AT---ACGCG--GCC-----GATA----T----T---TGGGT-GACGTC--ATCGAT--AGCT-A-C--GATT---ACGTT---G-TTCTT-TT-------T---A------ATATAGGT-TATAA-TTATTGA-TTAAT---TTG--TTTTGT-----T------TTTTGTT-T------GTTGC------TCGA---TTTTT------CTGCCGTTT-GC-TGTG---ATTTTTTCAGA--TTG--GGT---TGTGGTATTG-CA---A-A--CACCTAG-CGA------AT--A--GCTTCCCGTCA---C---GG--CCACC-TCCTC-ATTCC-AGGCTTCTT-AGCAGTACATCAGTGAT-TCCGGTTTT--TGGGCTTACCAG-TAG--CTC-ATTGA-ACTT-T-A--TTT-GAGCAACTTGACA-GTAATT-TTTA---A-T---G------AGAC-T--------------A-----GT----------GTGAATTTTCTGTT-CCCAGG-GTTCACC--TCTG---CAATTTTTTCGG-G--ATGC----C-AT-ATAAG-GC-T-A-T-ATATT-G-AT-GCCTC---GGC-TCCCT------ATTTTAAGCGG----CC-GT-GGCCCATTCA-GCCAATAA------A--TCA-AGTCT---G-----T----C---T-T--T--TT----TTTG-T--TTT---GC---T-T-ATGCAATTG-AGCGCT--CCTGTTCCG---TTTTT--ATTTTCTGATA
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gi|5 : taatgGATT-CTAA-CCAC-TCTAAAG--GCTCTCAAT--C-CATT-A-CAAAGTGAAAAAATCTAA------ATA---AGTGCTATGCTTGT-TACG-GTC-GCTACG---GGTATTGG--GCCTGTTTTTATGGCACAGCCTGACATCCCCT-GCTGT--T--TGTGCGGCG-GTCAT-TA-A-TTT-GTTC-------------------CC-GCAAC-A-ATA--TGCG--CT-G-A--CG-TC-ATGAG------ACTTT--------TGC-----C-G-T-TA--TCGT-CA--TCCAATT-C-ATAG-C--AAA-ATTT-TCA--CC--CTCCCTC----TCA----CC-CGTC---T-T----TC-TTA------CAAGCC------TTACGACGCA--ACC-----GATA----T----TATGCGGGC-G-CGTCATATCAATTAAGCT-ACC--GATT---ACGTCATGG-TACTT-TT-------C---AACT---ATATAGATCTATAATTTATTAA-
gi|21 : taatgacGATT-T-GA-CCAC-T--ATAG--GTTC--AAT--C-CATTTATCTAAGTatctagtgcctaggttttttttggcgtggcgggcggtgttctttcttttttcttcgctttttttctttttttttttatttttatttcttcaggttgcttgttttttctgccgtttctgtgatttttcagaacttggtttatgtcattgaaatcagcacctagcaagatagctcccgtcacggccccacctcctcaattccaagcgtcttgagcagtcaagcagtgacttcggttttcgtgggcttcacagctaggtctcgattgacactttcatctttgaga
gi|3 : ggATT-TA-A-CCACAT--AAAGATGTTC--AATACCAGATTTATCAAAGTGAAAAA---T--------ATT---G-TGCTGT-----T-T-TG-GTC-ATATCC---GGTATCGGTAACCTG--TTTACGGCAC-A-C------TTCTT-GC-CTA-T--C-TTCG--G-GCCATATA-G--TT-GCCC-------------------CC-GC-ACAATATA--C-CG--CT-G-A--CGATC--CA-G------ATTTT--------TG------C-G-T-TA--TCGTCCA--T-CAATT-CTT-AG-CTGAAA-CTTT-TC---CC--CT-CCCT----CCC----CC-C--T---T-T----TT-TTAGATCT-CAAGCC------AT---TTAC------------ATACTGTT----C---TGTGT-GCCACC--CTTGAT--TGTT--------TT---AC-CC---G-CT------------------------ATATGGG--TACAA-GCA---A--TAAT---GTGT-TTTTGTAAACCT------ATTGGTA-T------ATTCCAAAGTTTCTG---TTTTTGTTTTTCTGCCGTTT-GC-TGTT---GTTTTTCCAGA--TTG--GAT---T-TTGTATGGTTA---G-ATGTACCTAG-CGAG-----AT--ACTGCTT--CGTCA-------GG--CCGCC-TACTC-ATTC------------ATCAG-----CAGTGATGGCTGGTTTT--T--GCTTACCAGTTAG--CGC-TTTGA-ACAT-T-T--TTT-GAACAATTTTGTATGT--TT-CTCAAATA-T---G-------GAC-T--------------A-----GTTTAAAAAGAGGTGAAACTTCTGTT-CCCA-G-GTTCACC--TGCG---CA---TTTCTGG-G--ATGC----CTAT-ATAAG-GT-T-A-TAATATT-G-AT-GCCTC---GGC-TCCCT------CATTTAA-CGG----CC-GT-GG-CCATTCT-G-CAATAAACTTGTA--TTACACTAT---A-----T----A---T-TG-T--TG----TTTG-T--TTT---A------T-A-GCAATTT-AGCGCTC-CCTGTT-GG---TTTTTC-ATCTTt
gi|6 : taagtgaG--ATTT--AAC--CACTTTTA---AATTGAAAGA---T----------------TGTTATGCTTGT-T-CG-GTC-AGGCCT---GGTATTGA--GCCCG---------------CTGTC---CCAT-GT-AA--T--T-TTGT--G-GC-AT-TG-A-TTT-G--C-------------------CC--C-AC-ATATACAT-CA--CT-G-T--CA-AC-ACG-G------A--TT--------TA------A-G-T-TA--TCGT-CA--T-CAGAT-C-A-AG-TTGAAACA--T-TAA--CA--CA-CAAC----CCA----CT-T--T---T-TTATATT-TTG------CAAGCC------AT---ACACG--TAC-----GGTA----T----T---TGCGTCGACGCC--ATAGAT--TATT-A-C--GATT---ATGTT---G-CTCTT-TTAC-----TCTGA------ATATGGGT-TATAA-T--TTA---TAAC---CT---TTTTGT-----TGAGCGATTTGGTA-T------ATTCC------AAGA----TTTT------CTGCCGATT-GC-TGGGTTTATTTTATCAGA--AT---GGT---TATGGTATTG-AA---A-A--CACCTAG-TGAT-----AT--A--AC-TACTGTCAAGGCCTAGG--CCGCC-TGTTC-ATTCC-AGAATTATT-AGTAGT-CAACAGTGAT-T-GGGTTTT--GGGGCTTACCAG-T
gi|11 : gC--AAT--C-CATTTATCAAAGTGAA------TAA------CTTTTCA-TG-----CTTGT-T-CG-GTC-TGTACT---GGCATTGA--ACGTATTTATAT-GCACAG-ATGCCATTTCCC-GT-TA--T--T-TTCG--G-GCCAT-TC-G-TTT-G--C-------------------CCTGC-AC-ACATA--T-TG--CT-G-A--CG-TC-ACG-G------A--TT--------TA------C-G-T-TA--TCGT-CA--T-CA
gi|12 : ---A-TGTTATGCTTGT-T-CG-GTC-AATACT---GGTATTGA--ACCTGTTTA-AT-GCACAG-CTGCCATCCCCC-GC-AT--T--T-T-CG--G-GCCAT-TA-G-TTT-G--CT------------------CC-GC-AC-AAATA--T-CG--CT-G-A--CG-TC-ACG-GTTTA--A--TT--------TA------C-G-T-TA--
gi|13 : a-CTTGT-T-CG-GTC-ATTACT---GGTATTGA--ATCTG-TTTTAT-GCCCAG-CTGCC-ATCCCTCGT-A---A--T-TTCG--G-GCCAT-TA-G-TTT-G--C-------------------CC--C-GC-ACAT
gi|19 : ta---GGTATTGA--ACGTGTTT--AT-GCACAA-CTGCCATTTCCT-GT-CT--C--T-TTCG--G-GCTAT-TA-G-TTT-GC-C-------------------CC-GC-AC-ATATA--T-TG--CT-G-A--Cgacaacaaccaac
gi|7 : CACAG-C-GCCA--CCCC-GC-AT--TGTT-TTCA--G-GCCAT-TA-GGTTT-G--CACGTGATTTAGATGCAATCCT-GC-AC-AAAAA--T-CGACTT-G-A--CG-TCCACG-G------A--TG--------TGGTGTAAC-A-TATAATTCGTTCAATT-CAATT-C-A-AGTCTAGAAGATTTATCATTCC--CT-C-TCAGTGCCATTCTCC-C--TGACTAC----TT-TTA------CA-GCC------AT---ACGCGTCGCCCAGGAGATA----T----T---TCGTC-GAC--C--ATAGTT--A-CT-A-C--GATTTAAACATT---G-CTCTT-TA-------T---ACTCGGTATATAAGT-TATAGCTTATTAAGTTAGT---T
gi|14 : -A-AG-CTGAAA--TTT-TCA--CC--CTCCCTC----CCA----CTAC--------T----TT-TTA------CAAGCC------AT---ACGCG--TGC-----GGTA----T----T---TCGGTCGACGCC--ATAGTT--AGCT-A-C--GATT---ACATT---G-CTCTT-
gi|5 : T---TTT--TTTTAT-----T------TTT-ATT-TCTTCAGGTTGC------TTGT---TTTTT------CTGCCGTTT--C-TGTG---A-TTTTTCAGAACTTG--GTT---TATGTCATTG-AAATCA-G--CACCTAG-CAAG-----AT--A--GC-TCCCGTCA---C---GGCCCCACC-TCCTCAATTCC-AAGCGTCTTGAGCAGTCAAGCAGTGAC-TTCGGTTTTCGTGGGCTTCACAGCTAGGTCTCGATTGACACTT-TCATCTTT-GAG
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gi|16 : aTAAGCGG----CC-GT-GGCCCATTCA-GCCAATCA------A--ACA-AGTAT---G-----C----CACTT-TA-T--TTG---TTTG-T--TTTA--GC---T-T-AT----------------CCTGTTGAG---TTTTTC-ATCTTCTGAg
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Reference ( family-3422 ) : NAGATT-TAGA-CCAC-T--AAAG--GTTC--AAT-C-CA--TTTATCAAAGTGAAAAA---TAA------ATTA-TGTTATG-CTTGT-T-CG-GTCGNTA-CT---GGTATTG--A--ACCTGTTTTTAT-GCACAG-CTGCCATTCCCCGC-GT--T--T-TTCG--G-GCCAT-TA-G-TTT-G--C-------------------CC--GCACAN-ATA--T-CG--CT-G-A--CG-TC-ACG-G------A--TT--------T------A-C-G-T-TA--TCGT-C-A--T-CAATT-CA-AG-CT-GAAA-ATTT-TCA--CC--CTCCC---C----CCA----CC-C--T---T-T----TT-TTA------CAAGCCATACG-CGT--NC------GGTA---T----T---T-GNG-CGACGCC--ATNGAT--NGCT-A-C--GATT---ACGTC---GCT-CTTT--------T--T---A------ATATAGGT-TATAA-TTATTAA--TTA--------AT---TTGTTTTGTT--G--------A-G---T----TTNGTT-TGTTC------C------TC-G-----A---TTTTTCTGCCGTTT-GC-TG---TTGTTTT------TTCAGA--TTG--GGT----TAT--GGTATTGNA---A-ACACCTAG-CGAGA----AT--A--GCTTNCCGTCA---C---GG--CCGCCTCCTC-ATTCC-A-A-CTTCTT-AGCAGT-C-AGCAGTGA-T--T-CGGTTTT--TGGGCTTACCAG-TAGG-CTC-NTTGA-ACTT-T-A--TTT-GAGCAATTTGACAGCATTT-TTTAG---A--T---G-AGAC-T----AGT----T--NAA--AGA--GGTGAACTTTCTGTT-CCCAGG-GTTCACC--T---TCGC-ATT-TTCTNGG-G--ATNC----C-A-TATAAG-G-T-TA-T-ATATT-G-A-TGCC---TCGGC-TCCCT------NA-TTTAAGC----GGCC-GT-GGCCCATTC-NGCCAATAA------AT--CA-AGTNT---G-----T----C----T-T-T--TN--TTTG-T-T--TT---G-CT---T-ATGCAATTNAGCGCT-CCCTGTTGAG-TTTTTCATCTTCTGATA
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Reference ( family-3422 ) : NAGATT-TAGA-CCAC-T--AAAG--GTTC--AAT-C-CA--TTTATCAAAGTGAAAAA---T-A-------ATTA--TGTTATG-CTTGT-T-CG-GTCGGTA-CT---GGTATTG--A--ACCTGTTTTTAT-GCACAG-CTGCCATCCCCCGC-GT-T--T-TTCG--G-GCCAT-TA-G-TTT-G--C-------------------CC--GCACAN-ATA--T-CG--CT-G-A--CG-TC-ACG-G------A--TT--------T------A-C-G-T-TA--TCGT-C-A--T-CAATT-CA-AG-CT-GAAA-ATTT-TCA--CC--CTCCC---C----CCA----CC-C--T---T-T----TT-TTA------CAAGCCATACG-CGT--NC------GGTA---T----T---T-G-GGCGACGCC--ATNGATT--GCT-A-C--GATT---ACGTC---GCT-CTTT--------T--T---A------ATATAGGT-TATAA-TTATTAA-----TTA--------GTTTGTTT-----TGTTG-----------A-G---T----TT-TGTTTNTTC------CTCGNTTTTTCTGCCGTTT-GC-TG---TTGTTTT------TTCAGA--TTG--GGT----TAT--GGTATTGNA---A-GCACCTAG-CGAGA----AT--A--GCTTNCCGTCA---C---GG--CCGCCTNCTC-ATTCC-A-A-CTTCTT-AGCAGT-C-AGCAGTGA-T--T-CGGTTTT--TGGGCTTACCAG-TAGG-CTC-ATTGA-ACTT-T-A--TTT-GAGCAATTTGACAGCGTTTTTTAAAT---G------GGACTGAGT-------T--AAA--AGAGGTGAACTTTCTGTT-CCCAGG-GTTCACC--T---TCGC-ATT-TTCTNGG-G--ATGC----C-A-TATAAG-G-T-TA-T-ATATT-G-A-TGCC---TCGGC-TCCCT---C---ATTTAAGC----GGCC-G-TGGCCCATTC-NGCCAATAA------A--TCA-AGTCT---G-----T----C---T-T-T--TA--TTTG-T--TTT---G-C---T-T-ATGCAATTNAGCGCT-CCCTGTTGAG-TTTTTCATCTTCTGATA
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Reference ( family-3422 ) : NAGATT-TAGA-CCAC-T--AAAG--GTTC--AAT-C-CA--TTTATCAAAGTGAAAAA---TAA--------TA--TGTTATG-CTTGT-T-CG-GTCGGTA-CT---GGTATTG--A--ACCTGTTTTTAT-GCACAG-CTGCCATCCCCCGC-GT-T--T-TTCG--G-GCCAT-TA-G-TTT-G--C-------------------CC--GCACAN-ATA--T-CG--CT-G-A--CG-TC-ACG-G------A--TT--------T------A-C-G-T-TA--TCGT-C-A--T-CAATT-CA-AG-CT-GAAA-ATTT-TCA--CC--CTCCC---C----CCA----CC-C--T---T-T----TT-TTA------CAAGCCATACG-CGT--NC------GGTA---T----T---T-G-GGCGACGCC--ATNGATT--GCT-A-C--GATT---ACGTC---GCT-CTTT--------T--T---A------ATATAGGT-TATAA-TTATTAA-----TTA--------GTTTTTTT-----TGTTG-----------A-G---T----TT-TGTTTNTTC------CTCGNTTTTTCTGCCGTTT-GC-TG---TTGTTTT------TTCAGA--TTG--GGT----TAT--GGTATTGNA---A-GCACCTAG-CGAGA----AT--A--GCTTNCCGTCA---C---GG--CCGCCTNCTC-ATTCC-A-A-CTTCTT-AGCAGT-C-AGCAGTGA-T--T-CGGTTTT--TGGGCTTACCAG-TAGG-CTC-ATTGA-ACTT-T-A--TTTGAGCAATTTGACAGCGTTTNTTAAAT---G------GGACTGAGT----TTA-AAA--AGAGGTGAACTTTCTG-TTCCCAGG-GTTCACC--T---TCGC-ATT-TTCTNGG-G--ATGC----C-A-TATAAG-G-T-TA-T-ATATT-G-A-TGCC---TCGGC-TCCCT-----CAATTTAAGC----GGCC-G-TGGCCCATTC-NGCCAATAA------A--TCA-AGTCT---G-----T----C---T-T-T--TA--TTTG-T--TTT---G-C---T-T-ATGCAATTTA-GCGCT-CCCTGTTGAG-TTTTTCATCTTCTGATA
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Reference ( family-3422 ) : NAGATT-TAGA-CCAC-T--AAAG--GTTC--AAT-C-CA--TTTATCAAAGTGAAAAA---TAA--------TA--TGTTATG-CTTGT-T-CG-GTCGGTA-CT---GGTATTG--A--ACCTGTTTTTAT-GCACAG-CTGCCATCCCCCGC-GT-T--T-TTCG--G-GCCAT-TA-G-TTT-G--C-------------------CC--GCACAN-ATA--T-CG--CT-G-A--CG-TC-ACG-G------A--TT--------T------A-C-G-T-TA--TCGT-C-A--T-CAATT-CA-AG-CT-GAAA-ATTT-TCA--CC--CTCCC---C----CCA----CC-C--T---T-T----TT-TTA------CAAGCCATACG-CGT--NC------GGTA---T----T---T-G-GGCGACGCC--ATNGATT--GCT-A-C--GATT---ACGTC---GCT-CTTT--------T--T---A------ATATAGGT-TATAA-TTATTAA-----TTA--------GTTTTTTT-----TGTTG-----------A-G---T----TT-TGTTTNTTC------CTCGNTTTTTCTGCCGTTT-GC-TG---TTGTTTT------TTCAGA--TTG--GGT----TAT--GGTATTGNA---A-GCACCTAG-CGAGA----AT--A--GCTTNCCGTCA---C---GG--CCGCCTNCTC-ATTCC-A-A-CTTCTT-AGCAGT-C-AGCAGTGA-T--T-CGGTTTT--TGGGCTTACCAG-TAGG-CTC-ATTGA-ACTT-T-A--TTTGAGCAATTTGACAGC-GTTTNT------CAAAT---G-GGACTGAGT----TTA-AAA--AGAGGTGAACTTTCTG-TTCCCAGG-GTTCACC--T---TCGC-ATT-TTCTNGG-G--ATGC----C-A-TATAAG-G-T-TA-T-ATATT-G-A-TGCC---TCGGC-TCCCT-----CAATTTAAGC----GGCC-G-TGGCCCATTC-NGCCAATAA------A--TCA-AGTCT---G-----T----C---T-T-T--TA--TTTG-T--TTT---G-C---T-T-ATGCAATTTA-GCGCT-CCCTGTTGAG-TTTTTCATCTTCTGATA
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Reference ( family-3422 ) : NAGATT-TAGA-CCAC-T--AAAG--GTTC--AAT-C-CA--TTTATCAAAGTGAAAAA---TAA--------TA--TGTTATG-CTTGT-T-CG-GTCGGTA-CT---GGTATTG--A--ACCTGTTTTTAT-GCACAG-CTGCCATCCCCCGC-GT-T--T-TTCG--G-GCCAT-TA-G-TTT-G--C-------------------CC--GCACAN-ATA--T-CG--CT-G-A--CG-TC-ACG-G------A--TT--------T------A-C-G-T-TA--TCGT-C-A--T-CAATT-CA-AG-CT-GAAA-ATTT-TCA--CC--CTCCC---C----CCA----CC-C--T---T-T----TT-TTA------CAAGCCATACG-CGT--NC------GGTA---T----T---T-G-GGCGACGCC--ATNGATT--GCT-A-C--GATT---ACGTC---GCT-CTTT--------T--T---A------ATATAGGT-TATAA-TTATTAA-----TTA--------GTTTTTTT-----TGTTG-----------A-G---T----TT-TGTTTNTTC------CTCGNTTTTTCTGCCGTTT-GC-TG---TTGTTTT------TTCAGA--TTG--GGT----TAT--GGTATTGNA---A-GCACCTAG-CGAGA----AT--A--GCTTNCCGTCA---C---GG--CCGCCTNCTC-ATTCC-A-A-CTTCTT-AGCAGT-C-AGCAGTGA-T--T-CGGTTTT--TGGGCTTACCAG-TAGG-CTC-ATTGA-ACTT-T-A--TTTGAGCAATTTGACAGC-GTTTNT------CAAAT---G-GGACTGAGT----TTA-AAA--AGAGGTGAACTTTCTG-TTCCCAGG-GTTCACC--T---TCGC-ATT-TTCTNGG-G--ATGC----C-A-TATAAG-G-T-TA-T-ATATT-G-A-TGCC---TCGGC-TCCCT-----CAATTTAAGC----GGCC-G-TGGCCCATTC-NGCCAATAA------A--TCA-AGTCT---G-----T----C---T-T-T--TA--TTTG-T--TTT---G-C---T-T-ATGCAATTTA-GCGCT-CCCTGTTGAG-TTTTTCATCTTCTGATA
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gi|19 : ---GGTATTG--A--ACGTGTTT--AT-GCACAA-CTGCCATTTCCTGT-CT-C--T-TTCG--G-GCTAT-TA-G-TTT-GC-C-------------------CC--GCACAT-ATA--T-TG--CT-G-A--C
gi|2 : AGATT-TAAA-CCAC-T--AAAG--GT-C--AAT-C-CA--TT-ATCAAAGTGAAAAA---ACC--------TA--TTTTATG-CTTGT-TTCGCGTCGGTA--T---GGTAT-G--A--AACTGTTT--AT-GCACAG-C-GCCATTTCCCGT--C-T--T-TTCG--G--CCAT-TA-G-TTT-G--C-------------------CC--GACCAC-ATA--T-TG--CTTGTA--CG-TC-ACG-G------A--TT--------T------A-C-G-T-TA--TCGT-C-A--T---ATT-CA-AG-CT-GAAA--TTT-TCA--CCGCCTCCC---C----CC------C-C--T---A-T----AT-TTA---------ACTATACA-CGT--AC------GGTA---TAATAT---T-G-A------TC--CTTAATT--GCT-T-T--GATT---GTGCT---GGT-TTTTGTTCACCCTG-T---A------GTA-AGGT-TATGA-TTATAAT-----TTA--------GTTTTT--------GCTG-----------ACG---T----TT-TGTTT--TC------GAAGTTTTTTCTGC-GTTT-GCATG---TTGTTTT------TTCAGA--CGG--TGTC---TATTTGGTATTGAA---A--CACCTAA-CGAGATTACATGCA--GCT-ACCGTCA---C---GG--GCCACTATCC-ATTCCTATA-CTCCCT--GCAGT-C-AGCAGTGA-T--T-CGTTTTT--TGCGCTTGC-AG-TAG--CTC-ATTGA-ACTTAT-T--TTTGAGCAATTTGACAGC-ATTTGT---------AT---G---ACTGAGT----TTA-AAA--AAGGGTGCACTTTCTG--TCCCA-G-GTTCACC--CTTGTTGC-ATT-TACTAGG-GGAATG-----C-A-TA-AAG-G-TATACT-ATGTT-G-A-TGCT---CAGGC-TCCCT-----C-ATTTAAGC----GCGC-G-TGGCCCATTC-AGTCAATAATTCAT-A--TCA-A--CT---GGACAAT----T---TAT-T--TA--TTTG-TG-TTT---GTT---T-T-TTACATTGCA-GCG-T-CCCTG
gi|20 : taatg-T--TTT---G-C---T-TTATGCA-TTGA-GCGC--CTCTGTTGAT-TTTTTCATCTACTGATAc
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gi|5 : taatgacTTTTTT-----TTTTT-----------A-T---T----TT-TATTTCTTCAGGTTGCTTGTTTTTTCTGCCGTTT--C-TG----TGATTT------TTCAGAACTTG--GTT----TAT--GTCATTGAAATCA-GCACCTAG-CAAG-----AT--A--GC-TCCCGTCA---C---GGCCCCACCTCCTCAATTCC-A-AGCGTCTTGAGCAGT-CAAGCAGTGACT--T-CGGTTTTCGTGGGCTTCACAGCTAGGTCTCGATTGACACTT-TCATCTTTGAGcttgttttttctgccgtttctgtgatttttcagaacttggtttatgtcattgaaatcagcacctagcaagatagctcccgtcacggccccacctcctcaattccaagcgtcttgagcagtcaagcagtgacttcggttttcgtgggcttcacagctaggtctcgattgacactttcatctttgaga
gi|6 : taatgacgattctaaccactctaaaggctctcaatccattacaaagtgaaaaaatctaaataagtgctatgcttgttacggtcgctacgggtattgggcctgtttttatggcacagcctgacatcccctgctgtttgtgcggcggtcattaatttgttcccgcaacaatatgcgctgacgtcatgagacttttgccgttatcgtcatccaattcatagcaaaattttcaccctccctctcacccgtctttcttacaagccttacgacgcaaccgatattatgcgggcgcgtcatatcaattaagctaccgattacgtcatggtacttttcaactatatagatctataatttattaaatctagtgcctaggttttttttggcgtggcgggcggtgttctttcttttttcttcgctttttttcG--ATTT--AA--C-CA--CTT-TTAAATTGAAAGA---T--------------TGTTATG-CTTGT-T-CG-GTCAGGC-CT---GGTATTG--A--GCCCG---------------CTG---TCCCATGT-AA-T--T-TTGT--G-GC-AT-TG-A-TTT-G--C-------------------CC---CACAT-ATACAT-CA--CT-G-T--CA-AC-ACG-G------A--TT--------T------A-A-G-T-TA--TCGT-C-A--T-CAGAT-CA-AG-TT-GAAACA--T-TAA--CA--CACAA---C----CCA----CT-T--T---T-TTATATT-TTG------CAAGCCATACA-CGT--AC------GGTA---T----T---T-GCGTCGACGCC--ATAGATT--ATT-A-C--GATT---ATGTT---GCT-CTTT--------TACTCTGA------ATATGGGT-TATAA-TTTATAA------------------CCTTTT-----TGTTG-----------A-GCGAT----TT-GGTATATTC------CAAGA-TTTTCTGCCGATT-GC-TGGGTTTATTTT------ATCAGA--AT---GGT----TAT--GGTATTGAA---A-ACACCTAG-TGAT-----AT--A--AC-TACTGTCAAGGCCTAGG--CCGCCTGTTC-ATTCC-AGA-ATTATT-AGTAGT-C-AACAGTGA-T--T-GGGTTTT--GGGGCTTACCAG-Ta
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blockSeqs : . G . . . . . . . . ATCTAAATAAG . . A . TG . . A T TTAG . T C ATTGT . . . . . . . TTC T T . . . . . . . . . CATTACGTTTA . . . . . . . . . T . . C . . . CCCACTTTTTTATA . . . AACC . TTCGGTCGACG A T . AC . ATT . ATACTCGGT . C A TGTGTTTTTGTAAACCTATTGGTATATTCCAAAGT . GTTGCTC G G . . . . . C . TA G TG . G ATACTGCTT C . A . CTATACTCCCT CA . TCC . . AG A . . T A C CAAATATG G TTA . C T G . AATT . T . C TA C . . . TT . . . . . . . C . . . T ACTTGTATTACACTATATATTGT . AT CGCTC . AA . . A .
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blockSeqs : . A . . . . . . . . TAACT . . . . AT . . A T TTAT . T C TGTT . . . . . . . CT . A . . . . . . . . . TTTAATTTA . . . . . . . . . . . . A . . . TCCCACTACT . . . AC . CTGTGTGCCA C C . AC . GTT . TCAACT . . T CCTTTTTGTTGAGCGAT . ATTCCAA C T . . . . . . . TA A AA . G ATAGCTC C . C . CAGAATTATTA C . TC . . G A . . A T G ATG . . . . . . . TCT . . . . G . . . . C . . . . . . . A . . . A ATCATATCTTACACCTTT . T GTTT . A . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . ACCTA . . . . GG . . A T TTAT . T T TAT . . . . . . . CC . T . . . . . . . . . ACTTTTGC . . . . . . . . . . . . A . . . TCCCCCCTTT . . . AC . TTGGGTGACG A C . AC . GTT . TTA . . A TTAATTTGTTTTGTTT . TCGAA T G . . . . . . . . A A . . ATAACTA . . G . . C . TG . . . . A . . . A AACAAGTATGCCACTT . T GCT . A . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TT . . . . GT . . A T AAT . T C CTC . . . . . . . CC . C . . . . . . . . . ATTTTTG . . . . . . . . . . . . . . . . CCCACCCTTT . . . CC . AATATTGA A A . AC . ATT . . . . T . TT A . . . . . . . . T ATCAAGTCTGTCTTT . T GCT . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TA . . . . GC . . G T TTT . T T ATT . . . . . . . CT . C . . . . . . . . . ATTTA . . . . . . . . . . . . . . . . CCCCCTAT . . . AC . TTCGTCGA A A . . . CC . A ATCATATCTTA . T GT . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TT . . . . AG . . G T AT . T T AAT . . . . . . . C . A . . . . . . . . . ATTTA . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . AA . . A . AT . T T AT . . . . . . . C . T . . . . . . . . . ATTTG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . A . . . . T AA . . . . . . . C . A . . . . . . . . . ATTTA . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . C CT . . . . . . . C . A . . . . . .
blockSeqs : . . . T AT . . . . . . . C .
blockSeqCons : ** TAATTA************ *** A**** TTAT* ** ATTTA*********************** TCCCCCCTNT********************** ****** *** TTGCGTCGACG******** A** AC**** GTT*** TTCCTC******* G* ** TA AA**** ATAGCTN********** CAGNATTCTTA*** TC*** G** N*** CAGTGCG********** TTA***** T** C****** ATCATGTCTTACACTTTT************************* T*** GCT******** A*
originalCons : NAGATT-TAGA-CCAC-T--AAAG--GTTC--AAT-C-CA--TTTATCAAAGTGAAAAA---TAA--------TA--TGTTATG-CTTGT-T-CG-GTCGGTA-CT---GGTATTG--A--ACCTGTTTTTAT-GCACAG-CTGCCATCCCCCGC-GT-T--T-TTCG--G-GCCAT-TA-G-TTT-G--C-------------------CC--GCACAN-ATA--T-CG--CT-G-A--CG-TC-ACG-G------A--TT--------T------A-C-G-T-TA--TCGT-C-A--T-CAATT-CA-AG-CT-GAAA-ATTT-TCA--CC--CTCCC---C----CCA----CC-C--T---T-T----TT-TTA------CAAGCCATACG-CGT--NC------GGTA---T----T---T-G-GGCGACGCC--ATNGATT--GCT-A-C--GATT---ACGTC---GCT-CTTT--------T--T---A------ATATAGGT-TATAA-TTATTAA-----TTA--------GTTTTTTT-----TGTTG-----------A-G---T----TT-TGTTTNTTC------CTCGNTTTTTCTGCCGTTT-GC-TG---TTGTTTT------TTCAGA--TTG--GGT----TAT--GGTATTGNA---A-GCACCTAG-CGAGA----AT--A--GCTTNCCGTCA---C---GG--CCGCCTNCTC-ATTCC-A-A-CTTCTT-AGCAGT-C-AGCAGTGA-T--T-CGGTTTT--TGGGCTTACCAG-TAGG-CTC-ATTGA-ACTT-T-A--TTTGAGCAATTTGACAGC-GTTTNT------CAAAT---G-GGACTGAGT----TTA-AAA--AGAGGTGAACTTTCTG-TTCCCAGG-GTTCACC--T---TCGC-ATT-TTCTNGG-G--ATGC----C-A-TATAAG-G-T-TA-T-ATATT-G-A-TGCC---TCGGC-TCCCT-----CAATTTAAGC----GGCC-G-TGGCCCATTC-NGCCAATAA------A--TCA-AGTCT---G-----T----C---T-T-T--TA--TTTG-T--TTT---G-C---T-T-ATGCAATTTA-GCGCT-CCCTGTTGAG-TTTTTCATCTTCTGATA
finalCons : NAGATT-TAGA-CCAC-T--AAAG--GTTC--AAT-C-CA--TTTATCAAAGTGAAAAATAATTA------------TGTTATG-CTTGT-T-CG-GTCGGTA-CT---GGTATTGA----ACCTGTTTTTAT-GCACAG-CTGCCATCCCCCGC-GT-T--T-TTCG--G-GCCAT-TA-G-TTT-G--C-------------------CC--GCACAN-ATA--T-CG--CT-G-A--CG-TC-ACG-GATTTA-----------------------C-G-T-TA--TCGT-C-A--T-CAATT-CA-AG-CT-GAAA-ATTT-TCA--CC--CTCCCTCCCCCCTNT----------------------TT-TTA------CAAGCCATACG-CGT--NC------GGTA---TTTGCGTCGACG--------CCA--TNGATT--GCTAC----GATT---ACGTT---GCT-CTTT--------T--T---A------ATATAGGT-TATAA-TTATTAA-----TTA--------GTTTTTTT-----TGTTG-----------A-G---T----TT-TGTTTTTCCTC-------GNTTTTTCTGCCGTTTG-C-TG---TTGTTTT------TTCAGA--TTG--GGT----TAT--GGTATTGNAAA----CACCTAG-CGAGATAGCTN----------CCGTCA---C---GG--CCGCCTNCTC-ATTCCAGNATTCTTA---GCAGT-C-AGCAGTGA-TTC---GGTTTT--TGGGCTTACCAG-TAG--CTC-ATTGA-ACTT-TN---TTTGAGCAATTTGACAGC-GTTTNTCAGTGCG----------GACTGAGTTTA-----AAA--AGAGGTGAACTTTCTG-TTCCCAGG-GTTCACC--T---TCGC-ATT-TTCTNGG-G--ATGC----C-A-TATAAG-GT--TA-T-ATATT-G-A-TGCC---TCGGC-TCCCTC------ATTTAAGC----GGCC-G-TGGCCCATTC-NGCCAATAAATCATGTCTTACACTTTT-------------------------TA--TTTGT---TTTGCT--------T-ATGCA-TTTA-GCGCT-CCCTGTTGAG-TTTTTCATCTTCTGATA
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Reference ( family-3422 ) : NAGATT-TAGA-CCAC-T--AAAG--GTTC--AAT-C-CA--TTTATCAAAGTGAAAAA---T-A-------ATTA--TGTTATG-CTTGT-T-CG-GTCGGTA-CT---GGTATTG--A--ACCTGTTTTTATG-CACAGC-TGCCATCCCCCGC-GT-T--TTT-CGG--GCCAT-TA-G-TTT-G--C-------------------CC--GCACAN-ATA--T-CG--CT-G-A--CG-TC-ACG-G------A--TT--------T------AC-G-T-TA--TCGT-C-A--T-CAATT-CA-AG-CT-GAAA-ATTT-TCA--CCCT-CCC--------T----CCC-CC---C-TNT-TT-TTA------CAAGCCATACG-CGT--NC------GGTA---TT-TGCGT-CGACGC----CATNGATT--GCT-A-C--GATT---ACGT--TGCT-CTTT--------T--T---A------ATATAGGT-TATAA-TTATTAA-----TTA--------GTTTTTTT-----TGTTG-----------A-G-------------TTT-TGT-TT-TTC------CTCGNTTTTTCTGCCGTTT-GC-TG---TTGTTTT------TTCAGA--TTG--GGT-T----AT--GGTATTGNAA---ACACCTAG-CGAGAT-------A--GC-TN-CCGTCA---C---GG--CCGCCTNCTC-ATTCCAGNATTCTT-AGCAGT-C-AGCAGTGA-T--T-CGGTTTT--TGGGCTTACCAG-T-AG--CTC-ATTGA-ACTT---TNTTT-GAGCAATTTGACAGCGTTTNTC-AG---TGCGG-----ACTGAGT----TTA-AAA--AGAGGTGAACTTTCTGTT-CCCAGG-GTTCACC--TTCG---C-ATT-TTCTNGG-G--ATGC----C-AT-ATAAG-GT-T-A-TA-TATT-G-AT-GCCTC---GGC-TCCCT-----CA-TTTAAGCGG----CC-GT-GGCCCATTCN-GCCAATAAAT--CATGT-C--T-T--ACACTT--T--T--TAT--TTG-T-T--TT---G-CT---T-AT-GC-A-TT-TA-GCGCT-CCCTGTTGAG-TTTTTCATCTTCTGATA
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