lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222 222222222222 444444444444444444 11 22 1
lowQualScore : 2 6666666666666666666666666666666666666666 3 1 1 2 3333 333 1 333333 222222222222 4 44 2 111111111111111111 33 66 2 2 77777 8888888 444 88 6666 4
lowQualScore : . ........................................ . . . . .... ... . ...... ............ . .. . .................. .. .. . . ..... ....... ... .. .... .
lowQualScore : 7 2222222222222222222222222222222222222222 8 8 8 1 2222 222 8 888888 000000000000 0 22 4 777777777777777777 44 55 5 4 77777 6666666 777 00 1111 0
consensus : TCCACCCTCATGTGACTTATC-------------------AATA------NT---N--A-T-G-GT-TCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-TTA--------ANTTC-C-AC--T-N----AA---N---A--TAGTTTA-ATT-TAATC--AA-TAACCAAA------GAAAA---TG-TGTATG----TTGCCACCTT
Reference ( gi|11 ) : TCCATCCTCATGTGACTTATC-------------------AATA------AT---T--A-T-G-GT-TCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-TAA--------AATTT-C-AC--T-A----AA---G---A--TAGTCCA-ATT-TAATC--AG-TAACCAAA------GAAAA---TGATGTATG----TTGCGACCTT
gi|12 : TCCACTCTCATGTGCTTTATC-------------------AATA------TC---A--A-T-G-GT-TGAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTACT----------AATTT-CAAC--T-T----GA---T---A--TTGTTTA-ATT-TAATT--TA-TAACCGAG------GTATA---TG-TGTATG----
gi|10 : gtTCCATCATAATGCGAATTTTC-------------------AATA------TT---A--A-T-G-GT-TAAAAGTGA--AAA---A-A--AAAATGTA-TTA--------ATGTC-C-AC--T-C----AA---T---A--TAGTTCA-ATT-TAATT---G-TTACCAAG------GGAAA---TG-TATATG----CT-CCACCTT
gi|7 : acTCCACACTCATGCAACTCATT-------------------GA-A------AT---C--AAT-G-GC-CTAAAGTT----AA---G-A--C---TGTA-TCA--------ATTTT-T-AT--TTA----AATTTG---ACTTAGTTTA-GTT-TAATC--AAATGACCAAA------GGAAA---T-ATATATGTTAATTGCTACCTTtttaagatgt
gi|4 : cTTCACCCTCATGTAACTTATG-------------------AATA-------T---T--A-------------------ATA---A-A--C---TGTA-TTG--------ATTTT-T-AC--T-C----GA---T---A--TAGTTTA-ACT-TAATCAAAA-TAACCAAA------GAAAA---TGtttaaaggtgtcggacataccatgcatgcttaa
gi|21 : gtagcTCCATCCTCTTTTG-CTTATC-------------------AAT-------AT---T--ATT-G-CT-TCAAAGTAG--AAA---A-A--T---TGTA-TCA--------Atttttttttaagtggcatacatacaaaatcaacatatcaacaccagaaacgaacaccaaaatatgtataaaagttcttaattga
gi|26 : TCCATCCTTATGCAACTTACC-------------------A-TA------ATGCTT--A-T-G-GT-TGAAAGTGA--AAA---A-A--ttg
gi|28 : TTCATCCTCGTGTGAATTATC-------------------AATA------TT---A--A-T-G-GT-TCCAAGT
gi|24 : tgcTCCACCCCCATGCGACTTATC-------------------AA-A------AT---T--ATT-C-GT-TCCAGCTAG--AAA---A-A--
gi|16 : ggttgaTCCATCCTCATATGA-------------------------------------------A-T-A-GT-TCA--------------A-A--C---TATA-T------------TTT-T-A-----G----AA---T---A--TAGTTTA-ATT-TAATC--AT-TGACTAAA------GAAAaa
gi|8 : ggtaacCCACCCTCATGTGACTCATC-------------------AATA------CT---A--A-T-G-GT-TCCA---GG--AAA---ATAATC---TGTA-TCA--------AATTC-C-AA--T-T----AA---T---A--TAGTTTA-GTT-CAATC--AA-TAACCAAA------AAGAAATTTGGTGGAGG----TTgcgtatctctt
gi|19 : tagccCCATCCTCAATTGAATTATC-------------------AGT-------AT---T--ATT-G-GT-TGAAACTGG--AAA---A-A------TGTA-TTA--------ATTTC-C-AC--taatatttctttacttggcatggacacataa
gi|1 : ccCATCCTCCTGTGACTTATCTAAGTGGAAAAACTGCATTAATA------TT---A--A-T-A-GT-TGGAAGTAG--AAA---G-A--C---TGTC-TCA--------ATTTC-C-AC--T-C----GA---T---A--TTGTTTA-ATG-TAATC--AC-TAACCAAA-------AAAA---TG-TGTATG----CTGTCACTTTaat
gi|20 : ttgctgCACCCTTGTGTGACTTATC-------------------AATA------TT---A--A-T-G-GT-TGAAAGT-A--AAC---A-A--T---TGT----C--------AATTTCC-AC--T-ttatcagatggcagacatctgaaaattttaaaattacacaaaaatgaaaatagatacaaaatcagt
gi|23 : tgTCCTCATGTGACTAGTC-------------------AATA------TC---A--A-T-G-GT-TGAAAGTGGGAAAA---A-A--C---TGCACTAA--------c
gi|18 : tCCTCATGTGAATTATC-------------------AATA------TT---T--T-A-G-GT-TGAAAGTGA--AAAAATA-A--C---CGTA-Tt
gi|6 : ctgcTCATGTGAAACATT-------------------AATA------TT---A--A-T-G-AT-TCAAAGCAG--AAA---A-A--C---TGTA-GTA--------ATTTC-C-ACT-T-ATCATAT---A---A--TAGT-----TT-TATTC--AA--AAGAAAA------AAAAA---T-ACACATG----TTGCCACCTTtattttctacctaata
gi|3 : ATGTGAATTACA-------------------AATGTATCATAT---C--AAT-G-GT-TCCAAGTGC--GAA---A-A--C---TGAATTTA--------AATTC-C-CC--T-------T---G---A--TAGTTTACATT-CCAGC--AA-TAATC--A------TATAA---TTGTGTAGG----TTACCACCTTtataaagatgtcagacatacatgtatatataaagagatgtaaaatcacatatttttatta
gi|2 : atggaATGTGAATTAC---------------------ATG-----------T--A-TCA-GTATCAATGTGG--AAA---A-A--G---TGGA-AAACTGAATCTAATTT-C-CCCTT-----------G---A--TAGTTTA-AAT-CCAGC--AA-TAATCATA------TAAAA---TG-TGTAGG----TTACCACCTTtttaaaaatgtcaacatacatcacaaacatttttattaaaataatttttaaaagatataaatcttattaaaatgac
gi|17 : TGTGACTT-T---------------------GTA------AT---TGCA-T-GAAT-TCAAAGTAG--AAC---A-A--C---TGTA-TTA--------AATTC-C-ACT-T-A----AA---ATATA--TAGTCTG-ATT-tttaaaaatgtcagacgtacgtgtcaacatcacaacatttttattaaaaagaatttttaaaaatacataaaatcttattaaaatgac
gi|13 : ccccTATC-------------------AGTA------TC---A--A-T-G-GT-TCCAAGTGG---AA---A-A--C---TGAA-TTT--------AATTT-C-CCCTT-----------G---A--TAGTTTA-ATT-CCAGC--AA-TAATCATA------TAAAA---TG-TGTAGG----TT
gi|5 : aatgtgaattacatg------AT---T--A-TTG-GT-TGGAAGTAT--AAA---A-A--C-----TA-TTA--------AGTTC-T-AT--G-C----AA---T---A--TGGTTTA-ATT-TGATT--AA-TAGCCAAAGCCTCGGAAAA---TG-TACATG----TT
gi|14 : t-GT-TCAAAGTGG--AAA---A-A--C-----TA-TCA--------ATTTC-C-AT--T-T----AA---T---G--TAGTTTG-ATTATATTA--AG-T-AC--AA------GAAAA---C--TGTGTG----TTGCCACCTTttcacttttttttaagatgctaaacatacaaaaacaaattttcaacatcagaaaattttcgttaaacaaataatgaaaatacataaaa
gi|15 : a--AAA---A-A--A---TGTACTAA--------TATC--C-AC--T-A----AA---AT--A--TAGTAAA-ACT-CAATA--GA-TGAGCAAA------GAAAA---TG-TGTATA----TTtttaaagatatacat
gi|27 : a--TAGT--A-ATG-TAATT--AA-TAACCAAA------GAAAA---TG-TGTATG----TTGCAACcaactatattgcaacctttttaagatg
gi|22 : -TAATC--AA-TAACCAAA------CAAAA---TG-TATGTG----TTGTCATCTTt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GTAGCTCCACTCTCGTGCGACTTATGAAAGAAACTGTAATATAGGTTCATTAAATTTTAAAATAACCAAAGAAAATATAAATAAGTTGTCAGCTTTTTTTTTTAATGTCGAGACATTTTCTACCAACATCAGAAA
Unaligned ( gi|25 ): ACATCTGAAAATTTGAAAATTACACTAATGAAAAGATATAAAATCAGTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111
lowQualScore : 0 4444444444444444444 222 1 1 2 3333 333 1 22 333 1 1 1 1 1 22 77777 33 2 4444 33 2 6666666 2 2 33 5555
lowQualScore : . ................... ... . . . .... ... . .. ... . . . . . .. ..... .. . .... .. . ....... . . .. ....
lowQualScore : 6 8888888888888888888 999 7 7 7 7777 000 7 44 222 8 8 8 8 7 77 99999 11 2 7777 11 2 5555555 2 2 11 7777
consensus : TCCACCCTCATGTGACTTATC-------------------AATATTAATG-G-TTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-T-A-ATTTCCACTTAAT----A--TAGTTTA-AT----TTAATC--AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCCACCTT
Reference ( family-3401 ) : TCCACCCTCATGTGACTTATC-------------------AATANTNATG-G-TTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-T-A-ANTTCCACTNAAN----A--TAGTTTA-AT----TTAATC--AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCCACCTT
gi|1 : CATCCTCCTGTGACTTATCTAAGTGGAAAAACTGCATTAATATTAATA-G-TTGGAAGTAG--AAA---G-A--C---TGTC-T-C-A-ATTTCCACTCGAT----A--TTGTTTA-AT----GTAATC--AC-TAACCAAA-------A-AAATG-T--GTATG----CTGTCACTTT
gi|10 : ttgctgTCCATCATAATGCGAATTTTC-------------------AATATTAATG-G-TTAAAAGTGA--AAA---A-A--AAAATGTA-T-T-A-ATGTCCACTCAAT----A--TAGTTCA-AT----TTAATT---G-TTACCAAG------GG-AAATG-T--ATATG----CT-CCACCTTttatcagatggcagacatctgaaaattttaaaattacacaaaaatgaaaatagatacaaaatcagt
gi|11 : acTCCATCCTCATGTGACTTATC-------------------AATAATTATG-G-TTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-A-A-AATTTCACTAAAG----A--TAGTCCA-AT----TTAATC--AG-TAACCAAA------GA-AAATGAT--GTATG----TTGCGACCTTtttaagatgt
gi|12 : TCCACTCTCATGTGCTTTATC-------------------AATATCAATG-G-TTGAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-C-T-A-ATTTCAACTTGAT----A--TTGTTTA-AT----TTAATT--TA-TAACCGAG------GT-ATATG-T--GTATG----
gi|13 : gtTATC-------------------AGTATCAATG-G-TTCCAAGTGG--AAA---A----C---TGAA-T-TTA-ATTTCCCCTT--G----A--TAGTTTA-AT----TCCAGC--AA-TAATCATA------TA-AAATG-T--GTAGG----TT
gi|14 : aatgtgaattacatg-G-TTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---T--A-T-C-A-ATTTCCATTTAAT----G--TAGTTTG-AT----TATATT--AA-GTAC--AA------GA-AAAC--T--GTGTG----TTGCCACCTT
gi|15 : a--AAA---A-A--A---TGTA-C-T-A-ATATCCACTAAAAT---A--TAGTAAA-AC----TCAATA--GA-TGAGCAAA------GA-AAATG-T--GTATA----TTtttaaagatatacat
gi|16 : aTCCATCCTCATATGA--------------------------------ATA-G-TTCAAA-----------------C---TATA-T-T------TTTA--GAAT----A--TAGTTTA-AT----TTAATC--AT-TGACTAAA------GA-AA--G-C--GTATcaactatattgcaacctttttaagatg
gi|17 : ggtaacTGTGACTTTGT-------------------AAT-TGCATG-AATTCAAAGTAG--AAC---A-A--C---TGTA-T-T-A-AATTCCACTTAAA----A--TA-TATA-GT----CTGATctctt
gi|18 : ccccCCCTCATGTGAATTATC-------------------AATATTTTAG-G-TTGAAAGTGA--AAAAATA-A--C---CGTA-T-T-A-TTTTCTACCTAAT----A--t
gi|19 : ctgCCATCCTCAATTGAATTATC-------------------AGTATTATTG-G-TTGAAACTGG--AAA---A-A------TGTA-T-T-A-ATTTCCAC
gi|2 : ccTATC-------------------AGTATCAATGTG-GAAAAAGTGG--AAA---A----C---TGAA-TCT-A-ATTTCCCCTT--G----A--TAGTTTA-AA----TCCAGC--AA-TAATCATA------TA-AAATG-T--GTAGG----TTACCACCTTaat
gi|20 : atgtgaattacatgCACCCTTGTGTGACTTATC-------------------AATATTAATG-G-TTGAAAGT-A--AAC---A-A--T---TG---T-C-A-ATTTCCACTtttaaaaatgtcagacgtacgtgtcaacatcacaacatttttattaaaaagaatttttaaaaatacataaaatcttattaaaatgac
gi|21 : tgTCCATCCTCTTTTG-CTTATC-------------------AATATTATTG-C-TTCAAAGTAG--AAA---A-A--T---TGTA-T-C-A-ATTc
gi|22 : TAATC--AA-TAACCAAA------CA-AAATG-T--ATGTG----TTGTCATCTTg
gi|23 : gCCTCATGTGACTAGTC-------------------AATATCAATG-G-TTGAAAGTGGGAAAA---A-A--C---TGCA-C-T-A-Atttaaacacgccagatat
gi|24 : ttTCCACCCCCATGCGACTTATC-------------------AAAATTATTC-G-TTCCAGCTAG--AAA---A-A--t
gi|27 : ggttgaTA-AT----GTAATT--AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCAACaa
gi|28 : tagTTCATCCTCGTGTGAATTATC-------------------AATATTAATG-G-TTCCAAGTt
gi|3 : tgcTATC-------------------A-TATCAATG-G-TTCCAAGTGC--GAA---A-A--C---TGAATT-T-A-AATTCCCCTT--G----A--TAGTTTACAT----TCCAGC--AA-TAATCATA------T--AATTG-T--GTAGG----TTACCACCTT
gi|4 : atggaatgtgaattacaaatgTTCACCCTCATGTAACTTATG-------------------AATATTAAT------------------A---A-A--C---TGTA-T-T-G-ATTTTTACTCGAT----A--TAGTTTA-AC----TTAATCAAAA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--tttaaaaatgtcaacatacatcacaaacatttttattaaaataatttttaaaagatataaatcttattaaaatgac
gi|5 : gtagcTATTATTG-G-TTGGAAGTAT--AAA---A-A--C---T--A-T-T-A-AGTTCTATGCAAT----A--TGGTTTA-AT----TTGATT--AA-TAGCCAAAGCCTCGGA-AAATG-T--ACATG----TTTTCACTTTttttttttaagtggcatacatacaaaatcaacatatcaacaccagaaacgaacaccaaaatatgtataaaagttcttaattga
gi|6 : TCATGTGAAACATT-------------------AATATTAATG-A-TTCAAAGCAG--AAA---A-A--C---TGTA-G-T-A-ATTTCCACTTATC----A--TA---TA-ATAGTTTTATTC--AA--AAGAAAA------AA-AAATA-C--ACATG----TTGCCACCTTtttttaagatgctaaacatacaaaaacaaattttcaacatcagaaaattttcgttaaacaaataatgaaaatacataaaa
gi|7 : TCCACACTCATGCAACTCATT-------------------GAAATCAATG-G-CCTAAAGTT----AA---G-A--C---TGTA-T-C-A-ATTTTTATTTAAATTTGACTTAGTTTA-GT----TTAATC--AAATGACCAAA------GG-AAATA-T--ATATGTTAATTGCTACCTTtataaagatgtcagacatacatgtatatataaagagatgtaaaatcacatatttttatta
gi|8 : cCCACCCTCATGTGACTCATC-------------------AATACTAATG-G-TTCCA---GG--AAA---ATAATC---TGTA-T-C-A-AATTCCAATTAAT----A--TAGTTTA-GT----TCAATC--AA-TAACCAAA------AAGAAATT-T--Gtttaaaggtgtcggacataccatgcatgcttaa
gi|9 : tagccTCCACTCTCGTGCGACTTAT-------------------------------G----AAAG-------A---A-A--C---TGTA-A-T-ATAGGTTCATTAAAT----------------T----TTAA----AA-TAACCAAA------GA-AAATA-TAAATAAG----TTGTCAGCTTgtggaggtttaatatttctttacttggcatggacacataa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ACATCTGAAAATTTGAAAATTACACTAATGAAAAGATATAAAATCAGTCA
Unaligned ( gi|26 ): TCCATCCTTATGCAACTTACCATAATGCTTATGGTTGAAAGTGAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 11111111
lowQualScore : 6666666666666666666 333 1 2 0 22 333 1 22 333 3 1 2 00000000 333 333 2 7777 2 6666666 2 2 33 5555
lowQualScore : ................... ... . . . .. ... . .. ... . . . ........ ... ... . .... . ....... . . .. ....
lowQualScore : 3333333333333333333 333 8 1 5 55 222 8 55 333 8 9 1 33333333 999 999 2 8888 2 5555555 2 2 11 7777
consensus : TCCACCCTCATGTGACTTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-TAATTTCCACT-TA----A---T---A---TAGTTTA-ATTTAATC----AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCCACCTT
Reference ( family-3401 ) : TCCACCCTCATGTGACTTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-TAATTTCCACT-TA----A---T---A---TAGTTTA-ATTTAATC----AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCCACCTT
gi|1 : CATCCTCCTGTGACTTATCTAAGTGGAAAAACTGCATTAAT---ATTAATA-GTTGGAAGTAG--AAA---G-A--C---TGTC-T-CAATTTCCACT-CG----A---T---A---TTGTTTA-ATGTAATC----AC-TAACCAAA-------A-AAATG-T--GTATG----CTGTCACTTT
gi|10 : ttgctgTCCATCATAATGCGAATTTTC-------------------AAT---ATTAATG-GTTAAAAGTGA--AAA---A-A--AAAATGTA-T-TAATGTCCACT-CA----A---T---A---TAGTTCA-ATTTAATT-----G-TTACCAAG------GG-AAATG-T--ATATG----CT-CCACCTTttatcagatggcagacatctgaaaattttaaaattacacaaaaatgaaaatagatacaaaatcagt
gi|11 : acTCCATCCTCATGTGACTTATC-------------------AAT---AATTATG-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-AAAATTTCACT-AA----A---G---A---TAGTCCA-ATTTAATC----AG-TAACCAAA------GA-AAATGAT--GTATG----TTGCGACCTTtttaagatgt
gi|12 : TCCACTCTCATGTGCTTTATC-------------------AAT---ATCAATG-GTTGAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-C-TAATTTCAACT-TG----A---T---A---TTGTTTA-ATTTAATT----TA-TAACCGAG------GT-ATATG-T--GTATG----
gi|13 : gtTATC-------------------AGT---ATCAATG-GTTCCAAGTGG---AA---A-A--C---TGAATT-TAATTTCCCCT-TG------------A---TAGTTTA-ATTCCAGC----AA-TAATCATA------TA-AAATG-T--GTAGG----TT
gi|14 : aatgtgaattacatg-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---T--A-T-CAATTTCCATT-TA----A---T---G---TAGTTTG-ATTATATT----AA-GTAC--AA------GA-AAAC--T--GTGTG----TTGCCACCTT
gi|15 : a--AAA---A-A--A---TGTA-C-TAATATCCACT-AA----AA--T---A---TAGTAAA-ACTCAATA----GA-TGAGCAAA------GA-AAATG-T--GTATA----TTtttaaagatatacat
gi|16 : aAT---ATGAATA-GTTCAAA-----------------C---TATA-T-T--TTT--AG---A----A---T---A---TAGTTTA-ATTTAATC----AT-TGACTAAA------GA-AA--G-C--GTATcaactatattgcaacctttttaagatg
gi|17 : ggtaactccatcctcTGTGACTTTGT-------------------AATTGCATGAAT----TCAAAGTAG--AAC---A-A--C---TGTA-T-TAAATTCCACT-TAAAATA---T---A---TAGTCTG-ATTctctt
gi|18 : ccccCCCTCATGTGAATTATC-------------------AAT---ATTTTAG-GTTGAAAGTGA--AAAAATA-A--C---CGTA-T-TATTTTCTACC-TA----A---T---A---
gi|19 : ctgCCATCCTCAATTGAATTATC-------------------AGT---ATTATTG-GTTGAAACTGG--AAA---A-A------TGTA-T-TAATTTCCAC
gi|2 : ccTATC-------------------AGT---ATCAATGTGGAAAAAGTGG--AAA---A----C---TGAA-TCTAATTTCCCCT-TG----A---T---A-----GTTTA-AATCCAGC----AA-TAATCATA------TA-AAATG-T--GTAGG----TTACCACCTTaat
gi|20 : atgtgaattacatgCACCCTTGTGTGACTTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTGAAAGT-A--AAC---A-A--T---TG---T-CAATTTCCACT-tttaaaaatgtcagacgtacgtgtcaacatcacaacatttttattaaaaagaatttttaaaaatacataaaatcttattaaaatgac
gi|21 : tgTCCATCCTCTTTTG-CTTATC-------------------AAT---ATTATTG-CTTCAAAGTAG--AAA---A-A--T---TGTA-T-CAATTc
gi|22 : TAATC----AA-TAACCAAA------CA-AAATG-T--ATGTG----TTGTCATCTTg
gi|23 : gCCTCATGTGACTAGTC-------------------AAT---ATCAATG-GTTGAAAGTGGGAAAA---A-A--C---TGCA-C-TAATtttaaacacgccagatat
gi|24 : ttTCCACCCCCATGCGACTTATC-------------------AAA---ATTATTC-GTTCCAGCTAG--AAA---A-A--
gi|27 : ggttgaTA-ATGTAATT----AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCAACaa
gi|28 : tagTTCATCCTCGTGTGAATTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTCCAAGTt
gi|3 : tgcTATC-------------------A-T---ATCAATG-GTTCCAAGTGC--GAA---A-A--C---TGAATT-TAAATTCCCCT-TG------------A---TAGTTTACATTCCAGC----AA-TAATCATA------T--AATTG-T--GTAGG----TTACCACCTT
gi|4 : atggaatgtgaattacaaatgTTCACCCTCATGTAACTTATG-------------------AAT---ATTAAT-----------------A---A-A--C---TGTA-T-TGATTTTTACT-CG----A---T---A---TAGTTTA-ACTTAATCAA--AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--tttaaaaatgtcaacatacatcacaaacatttttattaaaataatttttaaaagatataaatcttattaaaatgac
gi|5 : gtagcT---ATTATTG-GTTGGAAGTAT--AAA---A-A--C---T--A-T-TAAGTTCTATG-CA----A---T---A---TGGTTTA-ATTTGATT----AA-TAGCCAAAGCCTCGGA-AAATG-T--ACATG----TTTTCACTTTttttttttaagtggcatacatacaaaatcaacatatcaacaccagaaacgaacaccaaaatatgtataaaagttcttaattga
gi|6 : TCATGTGAAACATT-------------------AAT---ATTAATG-ATTCAAAGCAG--AAA---A-A--C---TGTA-G-TAATTTCCACT-TATC--A---TATAA---TAGTTTT-ATTCAA------AA-GA---AAA------AA-AAATA-C--ACATG----TTGCCACCTTtttttaagatgctaaacatacaaaaacaaattttcaacatcagaaaattttcgttaaacaaataatgaaaatacataaaa
gi|7 : TCCACACTCATGCAACTCATT-------------------GAA---ATCAATG-GCCTAAAGTT----AA---G-A--C---TGTA-T-CAATTTTTATT-TA----AATTT---GACTTAGTTTA-GTTTAATC----AAATGACCAAA------GG-AAATA-T--ATATGTTAATTGCTACCTTtataaagatgtcagacatacatgtatatataaagagatgtaaaatcacatatttttatta
gi|8 : cCCACCCTCATGTGACTCATC-------------------AAT---ACTAATG-GTTCCA---GG--AAA---ATAATC---TGTA-T-CAAATTCCAAT-TA----A---T---A---TAGTTTA-GTTCAATC----AA-TAACCAAA------AAGAAATT-T--Gtttaaaggtgtcggacataccatgcatgcttaa
gi|9 : tagccACTGTA----A---T---A---TAGGTTC-ATTAAATTTTAAAA-TAACCAAA------GA-AAATA-TAAATAAG----TTGTCAGCTTgtggaggtttaatatttctttacttggcatggacacataa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ACATCTGAAAATTTGAAAATTACACTAATGAAAAGATATAAAATCAGTCA
Unaligned ( gi|26 ): TCCATCCTTATGCAACTTACCATAATGCTTATGGTTGAAAGTGAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 11111111
lowQualScore : 6666666666666666666 333 1 2 0 22 333 1 22 333 3 1 2 00000000 333 333 2 7777 2 6666666 2 2 33 5555
lowQualScore : ................... ... . . . .. ... . .. ... . . . ........ ... ... . .... . ....... . . .. ....
lowQualScore : 3333333333333333333 333 8 1 5 55 222 8 55 333 8 9 1 33333333 999 999 2 8888 2 5555555 2 2 11 7777
consensus : TCCACCCTCATGTGACTTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-TAATTTCCACT-TA----A---T---A---TAGTTTA-ATTTAATC----AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCCACCTT
Reference ( family-3401 ) : TCCACCCTCATGTGACTTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-TAATTTCCACT-TA----A---T---A---TAGTTTA-ATTTAATC----AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCCACCTT
gi|1 : CATCCTCCTGTGACTTATCTAAGTGGAAAAACTGCATTAAT---ATTAATA-GTTGGAAGTAG--AAA---G-A--C---TGTC-T-CAATTTCCACT-CG----A---T---A---TTGTTTA-ATGTAATC----AC-TAACCAAA-------A-AAATG-T--GTATG----CTGTCACTTT
gi|10 : ttgctgTCCATCATAATGCGAATTTTC-------------------AAT---ATTAATG-GTTAAAAGTGA--AAA---A-A--AAAATGTA-T-TAATGTCCACT-CA----A---T---A---TAGTTCA-ATTTAATT-----G-TTACCAAG------GG-AAATG-T--ATATG----CT-CCACCTTttatcagatggcagacatctgaaaattttaaaattacacaaaaatgaaaatagatacaaaatcagt
gi|11 : acTCCATCCTCATGTGACTTATC-------------------AAT---AATTATG-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-AAAATTTCACT-AA----A---G---A---TAGTCCA-ATTTAATC----AG-TAACCAAA------GA-AAATGAT--GTATG----TTGCGACCTTtttaagatgt
gi|12 : TCCACTCTCATGTGCTTTATC-------------------AAT---ATCAATG-GTTGAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-C-TAATTTCAACT-TG----A---T---A---TTGTTTA-ATTTAATT----TA-TAACCGAG------GT-ATATG-T--GTATG----
gi|13 : gtTATC-------------------AGT---ATCAATG-GTTCCAAGTGG---AA---A-A--C---TGAATT-TAATTTCCCCT-TG------------A---TAGTTTA-ATTCCAGC----AA-TAATCATA------TA-AAATG-T--GTAGG----TT
gi|14 : aatgtgaattacatg-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---T--A-T-CAATTTCCATT-TA----A---T---G---TAGTTTG-ATTATATT----AA-GTAC--AA------GA-AAAC--T--GTGTG----TTGCCACCTT
gi|15 : a--AAA---A-A--A---TGTA-C-TAATATCCACT-AA----AA--T---A---TAGTAAA-ACTCAATA----GA-TGAGCAAA------GA-AAATG-T--GTATA----TTtttaaagatatacat
gi|16 : aAT---ATGAATA-GTTCAAA-----------------C---TATA-T-T--TTT--AG---A----A---T---A---TAGTTTA-ATTTAATC----AT-TGACTAAA------GA-AA--G-C--GTATcaactatattgcaacctttttaagatg
gi|17 : ggtaactccatcctcTGTGACTTTGT-------------------AATTGCATGAAT----TCAAAGTAG--AAC---A-A--C---TGTA-T-TAAATTCCACT-TAAAATA---T---A---TAGTCTG-ATTctctt
gi|18 : ccccCCCTCATGTGAATTATC-------------------AAT---ATTTTAG-GTTGAAAGTGA--AAAAATA-A--C---CGTA-T-TATTTTCTACC-TA----A---T---A---
gi|19 : ctgCCATCCTCAATTGAATTATC-------------------AGT---ATTATTG-GTTGAAACTGG--AAA---A-A------TGTA-T-TAATTTCCAC
gi|2 : ccTATC-------------------AGT---ATCAATGTGGAAAAAGTGG--AAA---A----C---TGAA-TCTAATTTCCCCT-TG----A---T---A-----GTTTA-AATCCAGC----AA-TAATCATA------TA-AAATG-T--GTAGG----TTACCACCTTaat
gi|20 : atgtgaattacatgCACCCTTGTGTGACTTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTGAAAGT-A--AAC---A-A--T---TG---T-CAATTTCCACT-tttaaaaatgtcagacgtacgtgtcaacatcacaacatttttattaaaaagaatttttaaaaatacataaaatcttattaaaatgac
gi|21 : tgTCCATCCTCTTTTG-CTTATC-------------------AAT---ATTATTG-CTTCAAAGTAG--AAA---A-A--T---TGTA-T-CAATTc
gi|22 : TAATC----AA-TAACCAAA------CA-AAATG-T--ATGTG----TTGTCATCTTg
gi|23 : gCCTCATGTGACTAGTC-------------------AAT---ATCAATG-GTTGAAAGTGGGAAAA---A-A--C---TGCA-C-TAATtttaaacacgccagatat
gi|24 : ttTCCACCCCCATGCGACTTATC-------------------AAA---ATTATTC-GTTCCAGCTAG--AAA---A-A--
gi|27 : ggttgaTA-ATGTAATT----AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCAACaa
gi|28 : tagTTCATCCTCGTGTGAATTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTCCAAGTt
gi|3 : tgcTATC-------------------A-T---ATCAATG-GTTCCAAGTGC--GAA---A-A--C---TGAATT-TAAATTCCCCT-TG------------A---TAGTTTACATTCCAGC----AA-TAATCATA------T--AATTG-T--GTAGG----TTACCACCTT
gi|4 : atggaatgtgaattacaaatgTTCACCCTCATGTAACTTATG-------------------AAT---ATTAAT-----------------A---A-A--C---TGTA-T-TGATTTTTACT-CG----A---T---A---TAGTTTA-ACTTAATCAA--AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--tttaaaaatgtcaacatacatcacaaacatttttattaaaataatttttaaaagatataaatcttattaaaatgac
gi|5 : gtagcT---ATTATTG-GTTGGAAGTAT--AAA---A-A--C---T--A-T-TAAGTTCTATG-CA----A---T---A---TGGTTTA-ATTTGATT----AA-TAGCCAAAGCCTCGGA-AAATG-T--ACATG----TTTTCACTTTttttttttaagtggcatacatacaaaatcaacatatcaacaccagaaacgaacaccaaaatatgtataaaagttcttaattga
gi|6 : TCATGTGAAACATT-------------------AAT---ATTAATG-ATTCAAAGCAG--AAA---A-A--C---TGTA-G-TAATTTCCACT-TATC--A---TATAA---TAGTTTT-ATTCAA------AA-GA---AAA------AA-AAATA-C--ACATG----TTGCCACCTTtttttaagatgctaaacatacaaaaacaaattttcaacatcagaaaattttcgttaaacaaataatgaaaatacataaaa
gi|7 : TCCACACTCATGCAACTCATT-------------------GAA---ATCAATG-GCCTAAAGTT----AA---G-A--C---TGTA-T-CAATTTTTATT-TA----AATTT---GACTTAGTTTA-GTTTAATC----AAATGACCAAA------GG-AAATA-T--ATATGTTAATTGCTACCTTtataaagatgtcagacatacatgtatatataaagagatgtaaaatcacatatttttatta
gi|8 : cCCACCCTCATGTGACTCATC-------------------AAT---ACTAATG-GTTCCA---GG--AAA---ATAATC---TGTA-T-CAAATTCCAAT-TA----A---T---A---TAGTTTA-GTTCAATC----AA-TAACCAAA------AAGAAATT-T--Gtttaaaggtgtcggacataccatgcatgcttaa
gi|9 : tagccACTGTA----A---T---A---TAGGTTC-ATTAAATTTTAAAA-TAACCAAA------GA-AAATA-TAAATAAG----TTGTCAGCTTgtggaggtttaatatttctttacttggcatggacacataa
blockSeqs : . TGC T A GA AAT T AT AAA T C G AAATA ATA ACT C TTAA A GCCTCGG G A AA TTAA
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . AATT . . . AA . G . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . TCA . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . AA . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . A . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . A . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . A . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . A . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . A . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . A . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . A . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . A . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . A . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . A . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . A . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ******************* G******
originalCons : TCCACCCTCATGTGACTTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-TAATTTCCACT-TA----A---T---A---TAGTTTA-ATTTAATC----AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCCACCTT
finalCons : TCCACCCTCATGTGACTTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-TAATTTCCACT-TA----A---T---A---TAGTTTA-ATTTAATC----AA-TAACCAAAG------A-AAATG-T--GTATG----TTGCCACCTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ACATCTGAAAATTTGAAAATTACACTAATGAAAAGATATAAAATCAGTCA
Unaligned ( gi|26 ): TCCATCCTTATGCAACTTACCATAATGCTTATGGTTGAAAGTGAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 11111111
lowQualScore : 6666666666666666666 333 1 2 0 22 333 1 22 333 3 1 2 00000000 333 333 2 7777 2 6666666 2 2 33 5555
lowQualScore : ................... ... . . . .. ... . .. ... . . . ........ ... ... . .... . ....... . . .. ....
lowQualScore : 3333333333333333333 333 8 1 5 55 222 8 55 333 8 9 1 33333333 999 999 2 8888 2 5555555 2 2 11 7777
consensus : TCCACCCTCATGTGACTTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-TAATTTCCACT-TA----A---T---A---TAGTTTA-ATTTAATC----AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCCACCTT
Reference ( family-3401 ) : TCCACCCTCATGTGACTTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-TAATTTCCACT-TA----A---T---A---TAGTTTA-ATTTAATC----AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCCACCTT
gi|1 : CATCCTCCTGTGACTTATCTAAGTGGAAAAACTGCATTAAT---ATTAATA-GTTGGAAGTAG--AAA---G-A--C---TGTC-T-CAATTTCCACT-CG----A---T---A---TTGTTTA-ATGTAATC----AC-TAACCAAA-------A-AAATG-T--GTATG----CTGTCACTTT
gi|10 : ttgctgTCCATCATAATGCGAATTTTC-------------------AAT---ATTAATG-GTTAAAAGTGA--AAA---A-A--AAAATGTA-T-TAATGTCCACT-CA----A---T---A---TAGTTCA-ATTTAATT-----G-TTACCAAG------GG-AAATG-T--ATATG----CT-CCACCTTttatcagatggcagacatctgaaaattttaaaattacacaaaaatgaaaatagatacaaaatcagt
gi|11 : acTCCATCCTCATGTGACTTATC-------------------AAT---AATTATG-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-T-AAAATTTCACT-AA----A---G---A---TAGTCCA-ATTTAATC----AG-TAACCAAA------GA-AAATGAT--GTATG----TTGCGACCTTtttaagatgt
gi|12 : TCCACTCTCATGTGCTTTATC-------------------AAT---ATCAATG-GTTGAAAGTGG--AAA---A-A--C---TGTA-C-TAATTTCAACT-TG----A---T---A---TTGTTTA-ATTTAATT----TA-TAACCGAG------GT-ATATG-T--GTATG----
gi|13 : gtTATC-------------------AGT---ATCAATG-GTTCCAAGTGG---AA---A-A--C---TGAATT-TAATTTCCCCT-TG------------A---TAGTTTA-ATTCCAGC----AA-TAATCATA------TA-AAATG-T--GTAGG----TT
gi|14 : aatgtgaattacatg-GTTCAAAGTGG--AAA---A-A--C---T--A-T-CAATTTCCATT-TA----A---T---G---TAGTTTG-ATTATATT----AA-GTAC--AA------GA-AAAC--T--GTGTG----TTGCCACCTT
gi|15 : a--AAA---A-A--A---TGTA-C-TAATATCCACT-AA----AA--T---A---TAGTAAA-ACTCAATA----GA-TGAGCAAA------GA-AAATG-T--GTATA----TTtttaaagatatacat
gi|16 : aAT---ATGAATA-GTTCAAA-----------------C---TATA-T-T--TTT--AG---A----A---T---A---TAGTTTA-ATTTAATC----AT-TGACTAAA------GA-AA--G-C--GTATcaactatattgcaacctttttaagatg
gi|17 : ggtaactccatcctcTGTGACTTTGT-------------------AATTGCATGAAT----TCAAAGTAG--AAC---A-A--C---TGTA-T-TAAATTCCACT-TAAAATA---T---A---TAGTCTG-ATTctctt
gi|18 : ccccCCCTCATGTGAATTATC-------------------AAT---ATTTTAG-GTTGAAAGTGA--AAAAATA-A--C---CGTA-T-TATTTTCTACC-TA----A---T---A---
gi|19 : ctgCCATCCTCAATTGAATTATC-------------------AGT---ATTATTG-GTTGAAACTGG--AAA---A-A------TGTA-T-TAATTTCCAC
gi|2 : ccTATC-------------------AGT---ATCAATGTGGAAAAAGTGG--AAA---A----C---TGAA-TCTAATTTCCCCT-TG----A---T---A-----GTTTA-AATCCAGC----AA-TAATCATA------TA-AAATG-T--GTAGG----TTACCACCTTaat
gi|20 : atgtgaattacatgCACCCTTGTGTGACTTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTGAAAGT-A--AAC---A-A--T---TG---T-CAATTTCCACT-tttaaaaatgtcagacgtacgtgtcaacatcacaacatttttattaaaaagaatttttaaaaatacataaaatcttattaaaatgac
gi|21 : tgTCCATCCTCTTTTG-CTTATC-------------------AAT---ATTATTG-CTTCAAAGTAG--AAA---A-A--T---TGTA-T-CAATTc
gi|22 : TAATC----AA-TAACCAAA------CA-AAATG-T--ATGTG----TTGTCATCTTg
gi|23 : gCCTCATGTGACTAGTC-------------------AAT---ATCAATG-GTTGAAAGTGGGAAAA---A-A--C---TGCA-C-TAATtttaaacacgccagatat
gi|24 : ttTCCACCCCCATGCGACTTATC-------------------AAA---ATTATTC-GTTCCAGCTAG--AAA---A-A--
gi|27 : ggttgaTA-ATGTAATT----AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--GTATG----TTGCAACaa
gi|28 : tagTTCATCCTCGTGTGAATTATC-------------------AAT---ATTAATG-GTTCCAAGTt
gi|3 : tgcTATC-------------------A-T---ATCAATG-GTTCCAAGTGC--GAA---A-A--C---TGAATT-TAAATTCCCCT-TG------------A---TAGTTTACATTCCAGC----AA-TAATCATA------T--AATTG-T--GTAGG----TTACCACCTT
gi|4 : atggaatgtgaattacaaatgTTCACCCTCATGTAACTTATG-------------------AAT---ATTAAT-----------------A---A-A--C---TGTA-T-TGATTTTTACT-CG----A---T---A---TAGTTTA-ACTTAATCAA--AA-TAACCAAA------GA-AAATG-T--tttaaaaatgtcaacatacatcacaaacatttttattaaaataatttttaaaagatataaatcttattaaaatgac
gi|5 : gtagcT---ATTATTG-GTTGGAAGTAT--AAA---A-A--C---T--A-T-TAAGTTCTATG-CA----A---T---A---TGGTTTA-ATTTGATT----AA-TAGCCAAAGCCTCGGA-AAATG-T--ACATG----TTTTCACTTTttttttttaagtggcatacatacaaaatcaacatatcaacaccagaaacgaacaccaaaatatgtataaaagttcttaattga
gi|6 : TCATGTGAAACATT-------------------AAT---ATTAATG-ATTCAAAGCAG--AAA---A-A--C---TGTA-G-TAATTTCCACT-TATC--A---TATAA---TAGTTTT-ATTCAA------AA-GA---AAA------AA-AAATA-C--ACATG----TTGCCACCTTtttttaagatgctaaacatacaaaaacaaattttcaacatcagaaaattttcgttaaacaaataatgaaaatacataaaa
gi|7 : TCCACACTCATGCAACTCATT-------------------GAA---ATCAATG-GCCTAAAGTT----AA---G-A--C---TGTA-T-CAATTTTTATT-TA----AATTT---GACTTAGTTTA-GTTTAATC----AAATGACCAAA------GG-AAATA-T--ATATGTTAATTGCTACCTTtataaagatgtcagacatacatgtatatataaagagatgtaaaatcacatatttttatta
gi|8 : cCCACCCTCATGTGACTCATC-------------------AAT---ACTAATG-GTTCCA---GG--AAA---ATAATC---TGTA-T-CAAATTCCAAT-TA----A---T---A---TAGTTTA-GTTCAATC----AA-TAACCAAA------AAGAAATT-T--Gtttaaaggtgtcggacataccatgcatgcttaa
gi|9 : tagccACTGTA----A---T---A---TAGGTTC-ATTAAATTTTAAAA-TAACCAAA------GA-AAATA-TAAATAAG----TTGTCAGCTTgtggaggtttaatatttctttacttggcatggacacataa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ACATCTGAAAATTTGAAAATTACACTAATGAAAAGATATAAAATCAGTCA
Unaligned ( gi|26 ): TCCATCCTTATGCAACTTACCATAATGCTTATGGTTGAAAGTGAAAAAA