lowQualScore                  :                                                                                              111111     2222222222222222222222222222                                      1111111111111111111                       111                   444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                11111                                    2222222     555555555555555555555555555            11111         3333                 1             22           11111     1111111                6666666                       
lowQualScore                  :                                                                                   1   888 1  000000  11 4444444444444444444444444444 222  1 1 66666   33 2  11 33   11    0000000000000000000 77777 222 999 2  222  777 3333 1  11  33 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666  1 77777  33  11   444 1 1  1  22222 1 222 77777 1   777   33 11  2   5 2222222  1  111111111111111111111111111    2 77777 66666  1   1  6666 0 1  2      88  3    33  2    33      2  8 44444  2  6666666 77    9 2      2222222              6        
lowQualScore                  :                                                                                   .   ... .  ......  .. ............................ ...  . . .....   .. .  .. ..   ..    ................... ..... ... ... .  ...  ... .... .  ..  .. .. ...........................................................................  . .....  ..  ..   ... . .  .  ..... . ... ..... .   ...   .. ..  .   . .......  .  ...........................    . ..... .....  .   .  .... . .  .      ..  .    ..  .    ..      .  . .....  .  ....... ..    . .      .......              .        
lowQualScore                  :                                                                                   4   777 6  888888  88 2222222222222222222222222222 222  2 2 88888   77 5  77 00   77    6666666666666666666 33333 111 333 4  222  888 9999 2  77  55 88 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  4 11111  44  77   555 2 2  2  99999 2 222 55555 2   555   11 88  6   7 5555555  3  555555555555555555555555555    2 66666 00000  4   5  4444 4 3  7      55  9    66  5    66      9  0 88888  7  4444444 66    1 9      5555555              0        
consensus                     :                                                                           TACAATTA-TTG---ACTT----C-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G--A--CCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-CGG-GG---AAT--G----T-GA--TA--T--T---------CA---C-CT-C-----G--G-CCG--TCG----------GC-C------T-------C------G-GT-G-----AA--TA--TCA---C-A-TT-CC-CC--G-G---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-AGAGG---T-C-AA-CC---G-A---------------T--CA-TCAGAA---N-TC----AA-TAATTG-ATTTGTTTT-ATTAAA--TTATTCCCGGG-TTGATAAATCAA-GAGG---TCAA-CCGA-TT--TC-AGAAGT-CAATAATTG---TTGTTTTATTAAATTATTCCGAAA
Reference ( gi|1 )            :                                                                           TACAATTA-TTG---ACTT----T-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G--A--CCT-TT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-CAG-GG---AAA--G----T-GA--TA--T--T---------CA---G-CT-C-----G--G-CCG--TTG----------GC-C------T-------C------G-GT-G-----AA--TA--TCA---C-A-TT-CC-TC--G-G---G-----T-TGAC--AAA--T--CA-AGAAG---C-T-AA-CC---G-A---------------T--T--TCAGAA---A-TT----AA-TAATTGAATTTGTTTT-ATTAAA--TTGTTCCNAGG-TTGACTAATCAA-GAAG---CTAA-CCGA-TT--TT-AGAAAT-CAATAATTGAATTTGTTTTATTAAATTGTTCCAAAA
gi|10                         :                                                                           TACAATTA-TTGGAAATGT----C-TGGAA---T------GA----------------G---GT-TTG--A--CCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----T---C-CGA-GG---AT---G----T-GA--TA--T--T---------CC---A-CC-G-----A--G---G--GTG----------GC-C------T-------C------G-GT-G-----AA--TA--TCA---C-A-TT-CC-CC--G-G---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-AGAGG---T-C-AA-CC---G-A---------------T--T--TCAGAA---T-TC----AA-TAA------TTGTTTT-ATTAA
gi|13                         :                                                                           TATAATTG-TTG---ACTT----C-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G--A--CCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C--------------------------------------------------------------------CCG--T-G----------GC-C------T-------C------G-GT-G-----AA--TA--TCA---C-A-TT-CC-CC--G-G---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-AGAGG---T-C-AA-CC---G-AT--------------T--T--TCAGAA---G-TC----AA-TAATTGt
gi|9                          :                                                                          aTACAATTA-TTG---AGTC----T--G--A---T------GA----------------G---GT---G--A--CCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-C-G-GG---AAT--GT---T-GA--TA--T-----------------G-CC-C-----G--A--------G----------GC-C------A-------CGCGA--G-GT-G-----AA--TA--TCAC--C-ATTT-CC-TC--G-GGCCG-----T-TGAT--AAA--T--CA-AGAGG---T-T-CA-AC---G-A---------------T--T--TCAGAA---T-CC----AA--AATTG----TG--TT-ATTAAA--TTATT
gi|6                          :                                                                           TACAATTA-TTG---ACTT----C-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G--A--CCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-CGG-GG---A------------A--TA--T--T----------A---T-CA-CA----G--G-CCA--CCG----------A------------------------G-GT-G-----AA---A----------A-TT-------------------------C--AAA-----CA-A--------------CC---G-A---------------T--T--TCAGAA---G-TC----AA-TAA------TTGTTTT-ATTAAA--TTATTCCAAt
gi|8                          :                          atgaacgcgcttttgtcttattcaataaatgcattatcatatatggaatTACAATTA-TTG---AACT----C-TG--A---TAAATCTGA----------------G---GT-T-G--CGTCCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------AAAACAC---C-----GG---AAT--G----T-GA--TA--T--T---------CA---C-TC-C-----G--G-CCG---TG----------GC-CCG----T-------C------ACGT-GT----AACTTA--TCA---C-A-TC-CC-TG--C-G---G-----T-TATT--AAA--T--C--AGAGG---C---AA-CC---------------------T--CA-TCAGGA---A-TTTC--AA-TAATT
gi|7                          :                                                        ttggagtaaattttaataaTACAATTA-TTG---AACT----C-TG--A---TAAATCTGA----------------G---GT-T-G--CGTCCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------AAAACAC---C-----GG---AAT--G----T-GA--TA--T--T---------CA---C-TC-C-----G--G-CCG---TG----------GC-CCG----T-------C------ACGT-GT----AACTTA--TCA---C-A-TC-CC-TG--C-G---G-----T-TATT--AAA--T--C--AGAGG---C---AA-CC---------------------T--CA-TCAGGA---A-TTTC--AA-TAATT
gi|3                          :                                                        ttggagtaaattttaataaTACAATTA-TTGT--AATT----C-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G--AG-CCT-CTGTG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-CGA-GG---AAT--G----T-GA--TA--T--TG--------CA---C-TT-CCGGAGA--G-CCC--CCG----------G--C------T-------CGAGTTGG-GT-GGGGGTGA--TA--TCA---C-A-TTGCCGCC--G-G---GT----T-TGAT--AAA--TTGCATAGGAT---C-A-GA-CC---G-AGGAT-----------T--T--TCACCG---A-TTGCAAGA-TAATTG----TGTTTTAATTAAA--
gi|23                         :                                                                  gcaataatcTACAATTA-TTG---AATT----C-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G--A--CC---T-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-CGG-GG---AAT--G----G-GA--Tt
gi|17                         :                                                                           TACAATTA-TTG---ACTT----C-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G--A--CCT-CT-GC--A---CT--ATCA-------------------A-----C---C-CGG-GGAATAAA--T----T-GA--TA--T--T---------C
gi|22                         :                                                                         taTACAATTA-TTG---ACTT----C-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G------CT-CT-TG--AT-TTT--TTCAC------------------A-----C---C-CAG-GG---TAT--G----T-GA--TA--T--T---------ccgaggccaac
gi|26                         :                                                                          aTACAATTA-TTG---AATT----C-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G--A--CCT-a
gi|25                         :                                                                           TACAATCA-TCG---ACTT----C-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G--A--CCT-taa
gi|27                         :                                                                          gTACAATTA-TTG---AATT----C-TG--A---T------AA----------------G---GT-T-tat
gi|10                         :                                                                      acattaACAATTA-TTG---AATT----C-TG--A----------AATC--------------G---GT-T-G--A--CCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-CGG-GG---AAT--G----T-GA--TA--T--T---------CA---C-CG-A-----G--G-CCA--C-------------C-C------T-------C------G-GTGG-----AA--TA--TCA---C-A--T-CC-TC--G-G---A-----T-TGAT--AAA--T--CA-AGAGGT--C-A-AA-CCT--C-A---------------T--T--CCAGAC---A-TTTCC-AA-TAATTGTAT
gi|13                         :                                                                    ttaataaaACAATTA-TTG---ACTT----C-TG--A---A------AATC--------------G---GT-T-G--A--CCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-CGG-GG---AAT--G----T-GA--TA--T--T---------CA-------------------CCG---AG----------GC-------------------------------------------CA---C-------------G-G---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-AGAGG---T-C-AA-CC---------------------T--CA-TCAGAA---G-TC----AA-CAATT
gi|9                          :                                                                            ACAATT--TTG---GATT----C-TG--A---A------AT----------------C---GT-T-G--AA-CCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----CGGCC-CGA-GG---AAATGG----T-GA--TA--T--T---------CA---C-CT-C-----G-----CG--T-G----------GC-C------T-------C------G-G--G-----CA--TA--TCAA--C-A-TT-CC--C--G-G---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-AGAGG---T-C-AC-CT---C-A---------------------TCAG-A---C-TC----AA-TAATTGata
gi|11                         :                                                                          taACAATTA-TTGG--AATT----C-TG--A---T------GATA--------------G---GT-T-G--A--C---TG-TG--AATTCT--ATCA-------------------A-----C---C--AG-GG---AAT--G----T-GA--TA--T--T---------CA--------C-----GACG-CCA--C-G----------GC-C------G-------A------G-GT-G-----AA--TA--TCA---C-A-TC-CC-C-----G---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-GAAAGGTCC-C-AATCC---GAA---------------T--T--TCAGAA---A-TTC---AA-TAATT--AT---TTTT-ATgttattaaattattt
gi|11                         :                                                                           tATAATTA-TTG---AATT----TCTG--AAATT------CG----------------G---AT-T-GGGA--CCT-TTCTG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C---G-GG---GAT--G----T-GA--TA--T--T---------CA---C-CT-C-----G--G-CCG---TG----------GC-G------T-------C--------GT-G-----AA--TA--TCA---C-A-TT-CC--C--T-G---G-----T-TGAT--AGAATT--CA---CAG---T-C-AA-CC---T-A---------------T--CA-TCAG-A---A-TTCC--AA-TAATTG
gi|2                          :                                                                     tataaaaACAATTA-TTG---TCTT----C-TG--AAA-T-------A----------------G---GT-T-G--A--CCTCTT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-CAG-GG---AAT--G----C-GA--TA--T--T----------A---A-CTGA-----G--G-CCAATTTG----------AT-T------TATCAACGC------A-GG-G-----AA--TG--TGA---C-A-TT-Ct
gi|6                          :                                    ctttatttatcatctcagggaatgtgacgttggcgtcggtACAATTA-TTG---ACTT----C-TG--A----------AATC--------------G---GT-T-G---------TT-TG--A--ATT------------------------------------------------------------------T--T---------CA---C-CT-C-----G--G-------TG----------GC-C------T----------------GT-G-----A---TA----A---T-A-TT-CC-CC--G-G---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-AGAGG---T-C-AA-CC---------------------T--CA-TCAGAA---G-TC----AA-TAATTGtttattaaattattctgaaattccattaataagaccttaattgaatgagacaaaaacacattcattggaaaatatcaacaa
gi|14                         :         atgaacgcgcttttgtcttattcaataaatgcattatcatatatggaatttggaataatttaataaaACAGTTA-TTG---ACTT----C-TG--A-----------A----------------ATCCGT-T-G--A--CCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-CGG-GG---AAT--G----T-GA--TA--T--T---------CA---C-CT-C-----G--A-CCta
gi|3                          :                                                        ttttggaataatttagtaaaACAATTA-T------CTTGCAAT-CG--G---T------GAAAATCCTC--------G---GTCT-G--A--TCC-TA-TGCAA--TTT--ATCA-------------------AA----C---C-CGGCGG---CAAT-G----T-GA--TA--T--CACCCCCACCCA---A-CT-C-----GA-G-CCG--GGG----------GCTC------T-------CCGGA--A-GT-GC----AA--TA--TCA---C-A-TT-CC-TC--G-G---G-----T-TGAT--AAA--T--CACAGAGG---C-TCAA-CC---------------------T--CA-TCAG-A---A-TTAC--AA-TAATTGTATagaagtcaatataat
gi|12                         :                                                       gcaataatctttaattaaaacACAATTA-TTG---ACTT----G-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G--A--CCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-C-G-GG---AAT--G----T-GA--TA--T--T---------GA---C-CG-A-----G--G-CCA--T
gi|5                          : tgaacgcgttttggtttattcattgaatattattaatggaatttggaataatttgataaaacaatatgacttctgACATTTA-TTG---ACTT----TCTG--A---A------AAAAAAAAAAAACAAATCG---GC-T-G--A--C----T-TG--A--TTTTAATCA-------------------A-----C---T-CCT-GG---AAT--G----T-GAGCTA--T--T---------CC-----CT-C-----G--GGCCG--TTG----------GT-CG-----T-------CT-----G-GT-G-----A---TA--TCA---C-A-TC-TC-TC--TCG---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-AGAGG-----T-CA-CC---T-A---------------------TCAGAt
gi|16                         :                                              ttattaatggaattttggaataatctaataACAATTG-TTG---ACTG----A-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G--A---CT-TT-TG--T--TAT--ATCC-------------------A-----C---C-TTA-GG---AAG--T----T-AA--TA--T--T---------CA---tgtc
gi|4                          :                                                   aaaacagacttagctgttggctttggCAATTAATTG---AATT----C-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G--A--C------TG--A--TTT--ATCACCGGAGGAATTGTGTATTCA-----C---C-GAG-GG---ACG--GCTGGT-GA--TA--T--C---------TAC--A-TT-C-----G--G---G--TTGATAAATCAAGGC-CCACGGCT-------C------G-GT-G-----AA--TA--T-A---C-A-CT-CC-C-----G---G-----T-TGAT--AA---T--CA-AGA-G---T-C-AA-C----G-A---------------T--T--TCAGA------TTC---AA-TA--TG----TGTTTT-ATTAAA--TTta
gi|8                          :                                                                             tAATTA-TTGAA-ATTC----C-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G------CC-TC-TG--A--TTT--AATA-------------------A-----C---CGCAG-GG----AT--G----T-GA--TAAGT--TA--------CACGTG-AC-G-----G--G-CCA---CG----------GC-C------G-------G------A-GT-G-----AA--TA--TCA---C-A-TT-CC-------G---GTGTTTT-TGAT--AAA--T--CA-AGAGGA--CGC-AA-CCTCAG-A---------------T--TTATCAGAG---T-TC----AA-TAA------TTGTATT-ATTAAAATTTACTCCAAaattc
gi|7                          :                                                                              AATTA-TTGAA-ATTC----C-TG--A---T------GA----------------G---GT-T-G------CC-TC-TG--A--TTT--AATA-------------------A-----C---CGCAG-GG----AT--G----T-GA--TAAGT--TA--------CACGTG-AC-G-----G--G-CCA---CG----------GC-C------G-------G------A-GT-G-----AA--TA--TCA---C-A-TT-CC-------G---GTGTTTT-TGAT--AAA--T--CA-AGAGGA--CGC-AA-CCTCAG-A---------------T--TTATCAGAG---T-TC----AA-TAA------TTGTATT-ATTAAAATTTACTCCAA
gi|19                         :                                                                                  A-TGG---GCTT----TCTG--A---TT-----GAT---------------G---GT-T-G--A--CCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-CGG-G
gi|5                          :                                                                       tgatattgcatacctG---ACAT----C-TG--A---T-------A----------------G---GT---G--A--CCT-CT-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-GAG-AG---AGAT-G----T-GA--TA--TCAC---------CA---G-A--C-----G--A-CCA--ACG----------GC-C------C-------G------A-GG-G-----AA--TAGCTCA---C-A-TT-CC-AG--G-A---G-----T-TGATTAAAA--T--C----AAG---T-C-AG-CC---G-ATTTGTTTTTTTTTTTT--T--TCAGAA---AGTC----AA-TAAATG--------TT-ATTAGA--TTATTCCAAAA-TTttatgtatc
gi|18                         :                                                                                  ttattaatggTT----C-TG--AA--T------GA----------------T---GT-T-G--A--CTT-CT-TG--A--TT---ATCA-------------------A-----A---C-CAGAGG---AAT--G----T-GA--T---T--T---------CA---
gi|21                         :                                                                                                                             ttggatcgg---GT-T-G--A--TCT-CT-TG--A--TTT--ATTA-------------------A-----C---C-CTG-GG---AAC--A----T-GA--TA--T--T---------CA---tttcattgcattaa
gi|2                          :                                                                                                                             aagagttaatgtattctgaaaccaCT-TT-----A--TTT--ATCA-------------------T-----C---T-CAG-GG---AAT--G----T-GA-----------------------------------------CG--TTG----------GC-G------T-------C------G-GT-G-----AA--TG--TCA---C-A-TT-CC-CT--G-C---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-A------------A-TT---G-G---------------C--C--TCAG-------TT----AA-TA-TCGCATTC-------------------CCTGGG-TTGATAAATCAAAGAGG---TCAA-CCTA-TT--TC-AGAAGA-CAATAA------TTGTTTTATTAAATTATTCTGAAAt
gi|4                          :                                                                                                                                                         T-TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-C----G---AAT--G----TAGA--TA--T------------CA------C-C-----A--G-CCG--TC------------C-C------T-------C------G-GT-G-----AA--TA---CA---CAA-TT-CC-TC--C-G---G-------TGAT--AAA--T--C-----AG---T-C-AA-CC---------------------T--CA-TCAGAA---T-TC----AATTAATTGAttccattaataagaccttaattgaatgagacaaaaacacattcattggaaaatatcaacaa
gi|29                         :                                                                                                                                                          -TG--A--TTT--ATCA-------------------A-----C---C-CGG-GG---AAT--G----T-GA--TA--T--T---------ggcccacggctcggtgaatatacactcccggttgataatcaagagtcaacgatttcagattcaatatgtgttttattaaattaattc
gi|28                         :                                                                                                                                                                           -------------------A-----C---C-CGG-GG---AAT--G----T-GA--TA--T--T---------CA---C-CT-C-----G--G-CC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                           ---------CA---GACT-T-----A--G-CTG--TTG----------GC-T------T-------T------G-GT-G-----AA--TA--TTA---A-C-TT-CC-TA--A-G---G-----T-GGAT--ATA--A--CA-A-AAG---T-C-AA-CCT--C-A---------------T--CA-TCAG-------TC----AA-CAATTGa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       aaaaG--TTG----------GC-C------T-------C------G-G--G-----AA--TA--TCAATTT-A-TT-CC-CC--G-G---G-----T-TGAT---AG--T--GC-AGAGG---T-C-AA-CC---------------------T--CA-TCAGAA---G-TC----AA-TAATTGTATtta
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              tTG----------GT-C------G-------A------G-GT-G-----AA--TA--TCA---C-A-TT-CC-CC--G-G---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-AGAGG---T-C-AA-CG---G-A---------------T--T--TCAGAA---G-TC----AA-TAA------CTGTTTT-ACTAAA--TTATTCCAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             ttTG----------GC-C------T-------C------G-GT-C-----AA--TA--TCA---C-A-TT-CC--C--G-G---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-AGAGG---T-C-AA-CC---------------------T--CA-TCACAA---G-TC----AA-TAATTGgaagtcaatataat
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                   tgaacgcgttttggtttattcattgaatattattaatggaatttggaataatttgataaaacaatatgacttctgaTG----------GC-C------G-------A------G-GT-G-----AA--TA--TCA---C-A-TT-CC-CC--G-G---G-----T-tt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               ------T-------C------G-GT-G-----AA---A--TCA---C-A-TT-CC-TCT-G-G---T-----T-TGAT---AA--T--CA-AGAAG---T-C-AA-C------A---------------TCAT--TCAG-A---A-TT-------TCATTGCATT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttggaT-G-----AA--TA--TCA---T-G-TT-CC-CA--G-G---G-----T-TAAT--AAA--T--CA-AGAGA---T-C-AA-CT---G-G---------------T--T--TCAGAATACA-TT----AA-aa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aagag-----AA--TA--TCA---C-A-TA-CC-CT--G-G---G-----TGTGAA--AAAA-T--CA-AGA-G---C---AA-CC---------------------T--CA-TCAGAA---G-TC----AA-TAATTGTATt
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -----AA--TA--TCA---C-A-TT-CC-CC--G-G---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-a
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                A--TA--TTG---C-A-TA-CC-TCCCG-G---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-AGAGG---T-C-AA-CC-----A---------------T--CAATCAGAA---A-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgA--TCC---C-A-TT-CC-CC--G-G---G-----T-TGAT--AAA--T--CA-AG--G---T-C-AA-CC---------------------T--CA-TCAGAA---T-TC----AA-TAATTGgcccatttatgtatc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ta--TCAGAA---G-TC----AA-TAATTG------TTTT-ATCAAA--TTATTCCAAAA-TT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tatagatattttctaatgaacgcgtttttggtttattcattgaatgaattattaatggT-ATCACA--TT--CCCCGGG-TTGATAAATCAA-GAGG---TCAA-CCGA-TT--TC-AGAATT-CAATAA------TTGTTTTATTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-ATCACA--TT--CCCCGGG-TTGATAAATCAA-GAGG---TCAA-CCGA-TT--TTCAGAAGT-CAATAATTGttcaccgaggccaccctcggtggaatatcacatcctcggattgataaatcaagaggtcaaacctcattccagacatttccaataattgtat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aT-ATCACA--TT--CCCCGGG-TTGATAAATCAA-GAGG---TCAA-CGGA-TT--TC-AGAAGT-CAATAA------CTGTTTTACTAAATTATTCCAAAAttcaccgaggccacgggttgataaatcaagaggtcaacctcatcagaagtcaacaattata
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGTTCCCAGGGTTAATAAATCAA-GAGA---TCAA-CTGG-TT--TC-AGAAttcacctcgaccagaagtcaatataat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aagagttaatgtaTTCCCGGG-TTGATAAATCAA-GAGG---TCAC-CTCA-----TC-AG-ACT-CAATAATTGtgatattcat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taTCCCCGGG-TTGATAAATCAA-GAGG---TCAA-CC---TCA-TC-AGAAGT-CAATAATTGtgttgatatgcccgaggccacgcgaggtgaatatcaccatttcctcgggccgttgataaatcaagaggttcaacgatttcagaatccaaaattgtgttattaaattattt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atgaacgcgcttttgtcttattcaataaatgcattatcatatatggaatttggaataatttaataaaacaattattgacttctgaaatcggttgtttgaattttcacctcggtggcctgtgataatatTTCCCGGG-TTGATAAATCAA-GAGG---TCAA-CC---TCA-TC-ACAAGT-CAATAATTGta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tgaacgcgttttggtttattcattgaatattattaatggaatttggaataatttgataaaacaatatgacttctgatggcctcggtcaatatcacaTCCCCGGG-TTGATAAATCAA-G--G---TCAA-CC---TCA-TC-AGAATT-CAATAATTGtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     taTCCCCGG-TTGATAAATCAG-AAAGGTCCCAATCCGAATT--TC-AGAAATTCAATAATT--AT---TTTTATatgggat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tTCCC-GG-TTGA-TAATCAA-GA-G---TCAA-C-GA-TT--TC-AGAT-T-CAATA--TG----TGTTTTATTAAATTtgtgatattcacctcggccgtggcgtcgtgaatatcacattccctggttgatagaattcacagtcaacctatcatcagaattccaataattgt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tcaattaattgaattctgatgaggttgactgatttatcaccggaggaattgtgtattcaccgagggacggctggtgatatctacattcgggttgataaatcaaggcccacggctcggtgaatatacacTCCCGGG-TTGATAAATCAA-GAGG---TCAA-CC-A-TCAATC-AGAAAaattc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgatattgcataccGG-TTGATAAATCAA-GAGG---TCAA-CC---TCA-TC-AGAAGT-CAACAATTgcccatttatgtatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 acaattattgacttctgaaaatcggttgacctcttgatttatcaacccggggaatgtgatattcaccgaggccacgG-TTGATAAATCAA-GAGG---TTCA-ACGA-TT--TC-AGAATC-CAA-AATTG----TG--TTATTAAATTATTata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tacaattattgagtctgatgaggtgacctcttgatttatcaacccgggaatgttgatatgcccgaggccacgcgaggtgaatatcaccatttcctcgggccAA-CCGA-TT--TC-AGAAGT-CAATAA------TTGTTTTATTAAATTATTCCAAAt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atgaacgcgcttttgtcttattcaataaatgcattatcatatatggaa--TC-AGAAGT-CAATAATTG------TTTTATCAAATTATTCCAAAAgtttgaattttcacctcggtggcctgtgataatattccccgggttgataaatcaagaggtcaacctcatcagaagtcaataattgta

Unaligned ( gi|20 ): ACATGTTGAATTCAAACACTAACAAGCAACAAGCAGCAAAAAGATATGAGACATCAACATAATTATCT
Unaligned ( gi|24 ): ATTAATGGAATTTTGGAATAATAAAACAATTATTGACTTCTGAAAT

lowQualScore                  :                                                                                                       111111                                11111                           1111111111         11111111111111   11111                                                                333333333333333333333                    44444444444                            222                 222    2222    11             2222222               11            
lowQualScore                  :                                                                                 2   666 66     33 444 333333      2 99999     5   2       2 11111  88 2   2  2 2       2 2  6666666666  2   9  44444444444444   00000  66  33  2 666  2  2  77 1 4 333 2     33 2   33 0 3   33  2   222222222222222222222    2  777 2  33    22222222222  4     777       66   99 6 333    99      6    222    5555    33     22      5555555    3     66   33  5     3   
lowQualScore                  :                                                                                 .   ... ..     .. ... ......      . .....     .   .       . .....  .. .   .  . .       . .  ..........  .   .  ..............   .....  ..  ..  . ...  .  .  .. . . ... .     .. .   .. . .   ..  .   .....................    .  ... .  ..    ...........  .     ...       ..   .. . ...    ..      .    ...    ....    ..     ..      .......    .     ..   ..  .     .   
lowQualScore                  :                                                                                 5   555 00     22 111 555555      4 99999     0   5       4 88888  88 4   4  4 4       4 7  9999999999  5   6  00000000000000   66666  11  11  2 111  2  2  55 4 4 999 2     11 2   11 4 4   00  2   666666666666666666666    2  999 4  44    22222222222  0     333       88   22 7 333    22      7    333    8888    88     22      6666666    8     99   88  0     3   
consensus                     :                                                                         TACAATTA-TTG---A-NTTCTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-AT-G-TGATATT-C-ACC--NC-----GGCCGTCGGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TC-A-TCAG-AA--NT-CA--ATAATTG---TTGTTTT-ATTAA--ATTATTCCC-GGG--T-T---GATA--AATCAA-GAGG--NCAACC---GATT--TCAGAAGTCAATAATTG---TTGTNTTATT--AAA--TT-ATTCCAAAA
Reference ( family-3362 )     :                                                                         TACAATTA-TTG---A-CTTCTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-AT-G-TGATATT-C-ACC--TC-----GGCCGTCGGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TC-A-TCAG-AA--NT-CA--ATAATTG-ATTTGTTTT-ATTAA--ATTATTCCC-GGG--T-T---GATA--AATCAA-GAGG--TCAACC---GATT--TCAGAAGTCAATAATTG---TTGTTTTATT--AAA--TT-ATTCCGAAA
gi|1                          :                                                                         TACAATTA-TTG---A-CTTTTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTTT-TGA-TTTATCA-A-----CCCAG-GGA-AA-G-TGATATT-C-AGC--TC-----GGCCGTTGGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--TCG-G---G-TTGAC--A-AAT--CAAGAAG-CTA-ACCGA--------------TT---TCAG-AA--AT-TA--ATAATTGAATTTGTTTT-ATTAA--ATTGTTCCN-AGG--T-T---GACT--AATCAA-GAAG--CTAACC---GATT--TTAGAAATCAATAATTGAATTTGTTTTATT--AAA--TT-GTTCCAAAA
gi|10                         :                                                                         TACAATTA-TTGGAAA-TGTCTGGAA---T------GAGGTTTG--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----TCCGA-GGA--T-G-TGATATT-CCACC--GA-----GG--GT-GGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TT---TCAG-AA--TT-CA--ATAA------TTGTTTT-ATTAA--
gi|11                         :                                                                          ATAATTA-TTG---AATTTCTG--AAATT------CGGATT-GGGA--CCTTTCTGA-TTTATCA-A-----CC--G-GGG-AT-G-TGATATT-C-ACC--TC-----GGCCGT-GGCG--TC--------GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CT--G---G-TTGAT--AGAAT--TCACA-G-TCA-ACCTA--------------TC-A-TCAG-AA--TTCCA--ATAATTG-t
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tataaaaTTGATTT-ATCAA--------CCC-GGGAATGT---GATATTGACC---GAGG--CCA------------TCAGAAGTCA-----TA---TTGTTTTATC--AAA--TT-ATTCCAAAt
gi|12                         :                                 tgaacgcgttttggtttattcattgaatattattaatggaaACAATTA-TTG---A-CTTGTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCC-G-GGA-AT-G-TGATATT-G-ACC--GA-----GGCCATCAGgaggtcaacctcatcacaagtcaataattgtt
gi|13                         : tgaacgcgttttggtttattcattgaatattattaatggaatttggaataatttgataaaacaatatgacttTATAATTG-TTG---A-CTTCTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CC--------------------------------------CGT-GGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TT-T-TCAG-AA--GT-CA--ATAATTG-t
gi|14                         :                                                                                                                                                                  aATATT-G-ACT--TC-----TG--GTCGA------------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACGGA--------------TT---TCAG-AA--GT-CA--ATAA------CTGTTTT-ACTAA--ATTATTCC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tttt--TCAGAAGTCAATAATTG---TT---TTATC--AAA--TT-ATTCCAAAAaat
gi|16                         :                                                                                                                 tatagatattttctaatgaacgcgtttttggtttattcattgaatgaattattaatggaaC--TT-----AGCTGTTGGCT--TT------G-GTG-----AA--TA--TT-A---AC-TT-CC--TAA-G---G-TGGAT--A-TAA--CAA-AAG-TCA-ACC----------------TC-A-TCAT-CA--GT-CA--ACAATTG-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                   aaaacagaGTTGGCC--TC------G-G-G-----AA--TA--TC-AATTTA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-G-T--GCAGAGG-TCA-ACC----------------TC-A-TCAG-AA--GT-CA--ATAATTG-tta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                              tata--TC------G-GTG-----AA---A--TC-A---CA-TT-CCT-CTG-G---T-TTGAT----AAT--CAAGAAG-TCA-AC--A--------------TC-ATTCAG-AA--TT-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                  ttggaA--TA--TT-G---CA-TA-CCTCCCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACC-A--------------TCAA-TCAG-AA--tcattgcattaa
gi|2                          :                                                                                                                           tgCT-TTA-TTTATCA-T-----CTCAG-GGA-AT-G-TGA----------------------CGTTGGCG--TC------G-GTG-----AA--TG--TC-A---CA-TT-CC--CTG-C---G-TTGAT--A-AAT--CA--------A-ATTGG--------------CC---TCAG------T-TA--ATA-------TCGC--------------ATTCCCTGGG--T-T---GATA--AATCAAAGAGG--TCAACC---TATT--TCAGAAGACAATAA------TTGTTTTATT--AAA--TT-ATTCTGAAAagcccatttatgtatc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                               TG-----AA--TA--TC-A---TG-TT-CC--CAG-G---G-TTAAT--A-AAT--CAAGAGA-TCA-ACTGG--------------TT---TCAG-AA--TA-CA--TTAACTttccattaataagaccttaattgaatgagacaaaaacacattcattggaaaatatcaacaa
gi|22                         :                                                                      aagTACAATTA-TTG---A-CTTCTG--A---T------GAGGTT-G------CTCT-TGATTTTTTCACA-----CCCAG-GGT-AT-G-TGATATT-t
gi|23                         :                                                                        aTACAATTA-TTG---A-ATTCTG--A---T------GAGGTT-G--A--C--CT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-AT-G-GGATa
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATT--TCAGAAGTCAATAATTG---TTTTATTATTCCAAA-----ATTCC
gi|25                         :                                                                   attaatTACAATCA-TCG---A-CTTCTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTC
gi|26                         :                                                                         TACAATTA-TTG---A-ATTCTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTtat
gi|27                         :                                                                         TACAATTA-TTG---A-ATTCTG--A---T------AAGGTT-taa
gi|28                         :                                                                                                                                     acatta-A-----CCCGG-GGA-AT-G-TGATATT-C-ACC--TC-----GGCC
gi|29                         :                                                                                                                               -TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-AT-G-TGATATT-a
gi|3                          :                                                                         TACAATTA-TTGT--A-ATTCTG--A---T------GAGGTT-G--AG-CCTCTGTGA-TTTATCA-A-----CCCGA-GGA-AT-G-TGATATTGC-ACT--TCCGGAGAGCCCCCGG-C--TCGAGTTGG-GTGGGGGTGA--TA--TC-A---CA-TTGCCG-CCG-G---GTTTGAT--A-AATTGCATAGGA-TCAGACCGAGGATTT--------TC-A-CC-G-AT--TG-CAAGATAATTG----TGTTTTAATTAAAGATTATT
gi|4                          :                                                                         gcCAATTAATTG---A-ATTCTG--A---T------GAGGTT-G--A--C-----TGA-TTTATCA--------CCGGAGGA-ATTG-TG-TATT-C-ACC--GA-----GG--GACGGCT----------G-GTG-----A---TA--TCTA---CA-TT-C-----G-G---G-TTGAT--A-AAT--CAA--GG-CCC-ACGGC--------------TC-G----------GT-GA--ATA-----------------TA-----CACTCCC-GG---T-T---GATA--A-TCAA-GAG---TCAAC----GATT--TCAGA-TTCAATA--TG---T-GTTTTATT--AAA--TTAATTCt
gi|5                          :                                                                                   tG---A-CATCTG--A---T-------AGGT--G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCGAG-AGAGAT-G-TGATA-T-C-ACCAGAC-----GACCAACGGCC--CG------A-GGG-----AA--TAGCTC-A---CA-TT-CC--AGG-A---G-TTGATTAA-AAT--CAA---G-TCA-GCCGATTTGTTTTTTTTTTTT-T-TCAGAAA--GT-CA--ATAAATG--------TT-ATTAG--ATTATTCC
gi|6                          :                                                         ttattaatggaattttTACAATTA-TTG---A-CTTCTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-AT-A-T--TA-T-C-AC----A-----GGCCACCGA------------G-GTG-----AA---A----------A-TT-C--------------------A-AA------------CA-ACCGA--------------TT---TCAG-AA--GT-CA--ATAA------TTGTTTT-ATTAA--ATTATTCC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atgaacgcgcttttgtcttattcaataaatgcattatcatatatggaatttATTCCG-GTG--T-TTTTGATA--AATCAA-GAGGACGCAACCTCAGATTTATCAGAGTTCAATAA------TTGTATTATT--AAAATTT-ACTCCA
gi|7                          :                                                                         TACAATTA-TTG---A-ACTCTG--A---TAAATCTGAGGTT-G--CGTCCTCT-TGA-TTTATCA-AAAACACC----GGA-AT-G-TGATATT-C-ACT--CC-----GGCCGT-GGCCCGTC------ACGTGT----AACTTA--TC-A---CA--T-CC--CTGCG---G-TTATT--A-AAT--C-AGAGG--CA-ACC----------------TC-A-TCAG-GAATTT-CA--ATAATTgtgatattcactccggccgtggcccgtcacgtgtaacttatcacatccctgcggttattaaatcagaggcaacctcatcaggaatttcaataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttggagtaaattttaataaATTCCG-GTG--T-TTTTGATA--AATCAA-GAGGACGCAACCTCAGATTTATCAGAGTTCAATAA------TTGTATTATT--AAAATTT-ACTCCA
gi|8                          :                                                                         TACAATTA-TTG---A-ACTCTG--A---TAAATCTGAGGTT-G--CGTCCTCT-TGA-TTTATCA-AAAACACC----GGA-AT-G-TGATATT-C-ACT--CC-----GGCCGT-GGCCCGTC------ACGTGT----AACTTA--TC-A---CA--T-CC--CTGCG---G-TTATT--A-AAT--C-AGAGG--CA-ACC----------------TC-A-TCAG-GAATTT-CA--ATAATTgtgatattcactccggccgtggcccgtcacgtgtaacttatcacatccctgcggttattaaatcagaggcaacctcatcaggaatttcaataatt
gi|9                          :                                                      ttggagtaaattttaataaTACAATTA-TTG---A-GT-CTG--A---T------GAGGT--G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCC-G-GGA-AT-GTTGATATG-C--CC--GA-----GGCCA-CG--C--GA------G-GTG-----AA--TA--TC-AC--CATTT-CC--TCG-GGCCG-TTGAT--A-AAT--CAAGAGGTTCA-A-CGA--------------TT---TCAG-AA--TC-CA--A-AATTG----TG--TT-ATTAA--ATTATT

Unaligned ( gi|20 ): ACATGTTGAATTCAAACACTAACAAGCAACAAGCAGCAAAAAGATATGAGACATCAACATAATTATCT

lowQualScore                  :                                                                                                       111111                                11111                           1111111111         11111111111111   11111                                                                333333333333333333333                    1111111                                222   111           111     222    11             1111111               11            
lowQualScore                  :                                                                                 2   55 1 2 2   33 444 333333      2 99999     5   2       2 11111  88 2   2 2  2       2 2  6666666666  2   9  44444444444444   00000  66  33  2 666  2  2  77   4 333 2     33 2   33 0 1   2   2   888888888888888888888    2  777 2  33    3333333  77  4     777       777  99 6 333   222      6  1 999   2 333    33      1      3333333  777     66   33  5         
lowQualScore                  :                                                                                 .   .. . . .   .. ... ......      . .....     .   .       . .....  .. .   . .  .       . .  ..........  .   .  ..............   .....  ..  ..  . ...  .  .  ..   . ... .     .. .   .. . .   .   .   .....................    .  ... .  ..    .......  ..  .     ...       ...  .. . ...   ...      .  . ...   . ...    ..      .      .......  ...     ..   ..  .         
lowQualScore                  :                                                                                 5   66 0 4 4   22 111 555555      4 99999     0   5       4 88888  88 4   4 4  4       4 7  7777777777  5   6  11111111111111   66666  11  11  2 111  2  2  55   4 999 2     11 2   11 4 5   2   2   333333333333333333333    2  999 4  44    0000000  99  0     333       888  22 7 333   777      7  0 333   5 333    88      4      4444444  111     99   88  0         
consensus                     :                                                                         TACAATTA-TTG--AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-A-TG-TGATATT-C-ACC--NC-----GGCCGTCGGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TC-A-TCAG-AA--NT-CA--ATAATTG---TTGTTTT-ATTAA--ATTATTCCC-GGG--T-T---GATA--AATCAA-GAGG--NCAACC---GATT--TCAGAAGTCAATAATTG---TTGTNTTATT--AAA--TT-ATTCCAAAA
Reference ( family-3362 )     :                                                                         TACAATTA-TTG--ANT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-A-TG-TGATATT-C-ACC--NC-----GGCCGTCGGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TC-A-TCAG-AA--NT-CA--ATAATTG---TTGTTTT-ATTAA--ATTATTCCC-GGG--T-T---GATA--AATCAA-GAGG--NCAACC---GATT--TCAGAAGTCAATAATTG---TTGTNTTATT--AAA--TT-ATTCCAAAA
gi|1                          :                                                                         TACAATTA-TTG--ACT-T-TTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTTT-TGA-TTTATCA-A-----CCCAG-GGA-A-AG-TGATATT-C-AGC--TC-----GGCCGTTGGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--TCG-G---G-TTGAC--A-AAT--CAAGAAG-CTA-ACCGA--------------TT---TCAG-AA--AT-TA--ATAATTGAATTTGTTTT-ATTAA--ATTGTTCCN-AGG--T-T---GACT--AATCAA-GAAG--CTAACC---GATT--TTAGAAATCAATAATTGAATTTGTTTTATT--AAA--TT-GTTCCAAAA
gi|10                         :                                                                         TACAATTA-TTGGAAATGT-CTGGAA---T------GAGGTTTG--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----TCCGA-GGA---TG-TGATATT-CCACC--GA-----GG--GT-GGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TT---TCAG-AA--TT-CA--ATAA------TTGTTTT-ATTAA--
gi|11                         :                                                                          ATAATTA-TTG--AAT-TTCTG--AAATT------CGGATT-GGGA--CCTTTCTGA-TTTATCA-A-----CC--G-GGG-A-TG-TGATATT-C-ACC--TC-----GGCCGT-GGCG--TC--------GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CT--G---G-TTGAT--AGAAT--TCACA-G-TCA-ACCTA--------------TC-A-TCAG-AA--TTCCA--ATAATTG---Tt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tataaaa---TTGATTT-ATCAA--------CCC-GGGAATGT---GATATTGACC---GAGG--CCA------------TCAGAAGTCA-----TA---TTGTTTTATC--AAA--TT-ATTCCAAA
gi|12                         :                                 tgaacgcgttttggtttattcattgaatattattaatggaaACAATTA-TTG--ACT-T-GTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCC-G-GGA-A-TG-TGATATT-G-ACC--GA-----GGCCATCAGgaggtcaacctcatcacaagtcaataattgtt
gi|13                         : tgaacgcgttttggtttattcattgaatattattaatggaatttggaataatttgataaaacaatatgacttTATAATTG-TTG--ACT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CC--------------------------------------CGT-GGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TT-T-TCAG-AA--GT-CA--ATAATTG---Tt
gi|14                         :                                                                                                                                                                   ATATT-G-ACT--TC-----TG--GTCGA------------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACGGA--------------TT---TCAG-AA--GT-CA--ATAA------CTGTTTT-ACTAA--ATTATTCC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tttt--TCAGAAGTCAATAATTG---TT---TTATC--AAA--TT-ATTCCAAAAaat
gi|16                         :                                                                                                                            tatagatattttctaatgaacgcgtttttggtttattcattgaatgaattattaatggaaGCTGTTGGCT--TT------G-GTG-----AA--TA--TT-A---AC-TT-CC--TAA-G---G-TGGAT--A-TAA--CAA-AAG-TCA-ACC----------------TC-A-TCAT-CA--GT-CA--ACAATTG---TT
gi|17                         :                                                                                                                                                                               aaaacagacttaGTTGGCC--TC------G-G-G-----AA--TA--TC-AATTTA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-G-T--GCAGAGG-TCA-ACC----------------TC-A-TCAG-AA--GT-CA--ATAATTG---Ta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                               tat--TC------G-GTG-----AA---A--TC-A---CA-TT-CCT-CTG-G---T-TTGAT----AAT--CAAGAAG-TCA-AC--A--------------TC-ATTCAG-AA--TT-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                  ttggaA--TA--TT-G---CA-TA-CCTCCCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACC-A--------------TCAA-TCAG-AA--tcattgcattaa
gi|2                          :                                                                                                                           tgCT-TTA-TTTATCA-T-----CTCAG-GGA-A-TG-TGA----------------------CGTTGGCG--TC------G-GTG-----AA--TG--TC-A---CA-TT-CC--CTG-C---G-TTGAT--A-AAT--CAAA----TTG-GCC---------------------TCAG------T-TA--ATA-------TCGC--------------ATTCCCTGGG--T-T---GATA--AATCAAAGAGG--TCAACC---TATT--TCAGAAGACAATAATTG---TT---TTATT--AAA--TT-ATTCTGAAAagcccatttatgtatc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                               TG-----AA--TA--TC-A---TG-TT-CC--CAG-G---G-TTAAT--A-AAT--CAAGAGA-TCA-ACTGG--------------TT---TCAG-AA--TA-CA--TTAACTC---TTttccattaataagaccttaattgaatgagacaaaaacacattcattggaaaatatcaacaa
gi|22                         :                                                                         TACAATTA-TTG--ACT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G------CTCT-TGATTTTTTCACA-----CCCAG-GGT-A-TG-TGATATT-t
gi|23                         :                                                                        aTACAATTA-TTG--AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--C--CT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-A-TG-GGATa
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATT--TCAGAAGTCAATAATTG---TTTTATTATTCCAAA-----ATTCCA
gi|25                         :                                                                    attaaTACAATCA-TCG--ACT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTC
gi|26                         :                                                                         TACAATTA-TTG--AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTtat
gi|27                         :                                                                         TACAATTA-TTG--AAT-T-CTG--A---T------AAGGTT-taa
gi|28                         :                                                                                                                                     acatta-A-----CCCGG-GGA-A-TG-TGATATT-C-ACC--TC-----GGCC
gi|29                         :                                                                                                                               -TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-A-TG-TGATATT-a
gi|3                          :                                                                         TACAATTA-TTGT-AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--AG-CCTCTGTGA-TTTATCA-A-----CCCGA-GGA-A-TG-TGATATTGC-ACT--TCCGGAGAGCCCCCGG-C--TCGAGTTGG-GTGGGGGTGA--TA--TC-A---CA-TTGCCG-CCG-G---GTTTGAT--A-AATTGCATAGGA-TCAGACCGAGGATTT--------TC-A-CC-G-AT--TG-CAAGATAATTG----TGTTTTAATTAAAGATTATT
gi|4                          :                                                                         gcCAATTAATTG--AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--C-----TGA-TTTATCA--------CCGGAGGA-ATTG-TG-TATT-C-ACC--GA-----GG--GACGGC----T------G-GTG------A--TA--TCTA---CA-TT------CG-G---G-TTGAT--A-AAT--CA--AGG-CCC-ACGGC--------------TC---------G--GT-GA--ATA-------------T-A--------CACTCCC--GG--T-T---GAT---AATCAA-GA-G--TCAA-C---GATT--TCAG-ATTCAATA--TG----TGTTTTATT--AAA--TTAATTCt
gi|5                          :                                                                                   tG--ACA-T-CTG--A---T-------AGGT--G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCGAG-AGAGA-TG-TGATA-T-C-ACCAGAC-----GACCAACGGCC--CG------A-GGG-----AA--TAGCTC-A---CA-TT-CC--AGG-A---G-TTGATTAA-AAT--CAA---G-TCA-GCCGATTTGTTTTTTTTTTTT-T-TCAGAAA--GT-CA--ATAAATG--------TT-ATTAG--ATTATTCC
gi|6                          :                                                         ttattaatggaattttTACAATTA-TTG--ACT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-A-TA-T--TA-T-C-AC----A-----GGCCACCGA------------G-GTG-----AA---A----------A-TT-C--------------------A-AA------------CA-ACCGA--------------TT---TCAG-AA--GT-CA--ATAA------TTGTTTT-ATTAA--ATTATTCC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atgaacgcgcttttgtcttattcaataaatgcattatcatatatggaatttATTCCG-GTG--T-TTTTGATA--AATCAA-GAGGACGCAACCTCAGATTTATCAGAGTTCAATAA------TTGTATTATT--AAAATTT-ACTCCAA
gi|7                          :                                                                         TACAATTA-TTG--AAC-T-CTG--A---TAAATCTGAGGTT-G--CGTCCTCT-TGA-TTTATCA-AAAACACC----GGA-A-TG-TGATATT-C-ACT--CC-----GGCCGT-GGCCCGTC------ACGTGT----AACTTA--TC-A---CA--T-CC--CTGCG---G-TTATT--A-AAT--C-AGAGG--CA-ACC----------------TC-A-TCAG-GAATTT-CA--ATAATTgtgatattcactccggccgtggcccgtcacgtgtaacttatcacatccctgcggttattaaatcagaggcaacctcatcaggaatttcaataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttggagtaaattttaataaATTCCG-GTG--T-TTTTGATA--AATCAA-GAGGACGCAACCTCAGATTTATCAGAGTTCAATAA------TTGTATTATT--AAAATTT-ACTCCAA
gi|8                          :                                                                         TACAATTA-TTG--AAC-T-CTG--A---TAAATCTGAGGTT-G--CGTCCTCT-TGA-TTTATCA-AAAACACC----GGA-A-TG-TGATATT-C-ACT--CC-----GGCCGT-GGCCCGTC------ACGTGT----AACTTA--TC-A---CA--T-CC--CTGCG---G-TTATT--A-AAT--C-AGAGG--CA-ACC----------------TC-A-TCAG-GAATTT-CA--ATAATTgtgatattcactccggccgtggcccgtcacgtgtaacttatcacatccctgcggttattaaatcagaggcaacctcatcaggaatttcaataatt
gi|9                          :                                                      ttggagtaaattttaataaTACAATTA-TTG--AGT---CTG--A---T------GAGGT--G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCC-G-GGA-A-TGTTGATATG-C--CC--GA-----GGCCA-CG--C--GA------G-GTG-----AA--TA--TC-AC--CATTT-CC--TCG-GGCCG-TTGAT--A-AAT--CAAGAGGTTCA-A-CGA--------------TT---TCAG-AA--TC-CA--A-AATTG----TG--TT-ATTAA--ATTATT

Unaligned ( gi|20 ): ACATGTTGAATTCAAACACTAACAAGCAACAAGCAGCAAAAAGATATGAGACATCAACATAATTATCT

lowQualScore                  :                                                                                                            111111        11111                   11111                           1111111111      1  11111111111111   11111                                                                333333333333333333333                                                           222   111           111     222    11             1111111               11            
lowQualScore                  :                                                                                      2   66   2 2   33 444 444444      2 11111     5   2       2 22222  77 2   2 2  2     0 2 2  7777777777  3   0  00000000000000   00000  55  22  2 555  2  2  77 2 4 333 2     22 2   22   0   2   2   777777777777777777777    2  777 2  33    9999999  77  4     777       777  99 6 333   222      6  1 999   2 333    33      1      3333333  777     66   33  5         
lowQualScore                  :                                                                                      .   ..   . .   .. ... ......      . .....     .   .       . .....  .. .   . .  .     . . .  ..........  .   .  ..............   .....  ..  ..  . ...  .  .  .. . . ... .     .. .   ..   .   .   .   .....................    .  ... .  ..    .......  ..  .     ...       ...  .. . ...   ...      .  . ...   . ...    ..      .      .......  ...     ..   ..  .         
lowQualScore                  :                                                                                      7   33   5 5   44 444 444444      5 11111     3   7       5 55555  44 5   5 5  5     1 5 9  5555555555  3   9  33333333333333   00000  88  99  1 888  1  1  11 1 2 777 1     99 1   99   9   1   1   777777777777777777777    1  666 2  22    9999999  99  0     333       888  22 7 333   777      7  0 333   5 333    88      4      4444444  111     99   88  0         
consensus                     :                                                                              TACAATTA-TTG--AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-A-TG-TGATATT-C-ACC--NC-----GGCCGTCGGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TC-A-TCAG-AA--NT-CA--ATAATTG---TTGTTTT-ATTAA--ATTATTCCC-GGG--T-T---GATA--AATCAA-GAGG--NCAACC---GATT--TCAGAAGTCAATAATTG---TTGTNTTATT--AAA--TT-ATTCCAAAA
Reference ( family-3362 )     :                                                                              TACAATTA-TTG--AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-A-TG-TGATATT-C-ACC--NC-----GGCCGTCGGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TC-A-TCAG-AA--NT-CA--ATAATTG---TTGTTTT-ATTAA--ATTATTCCC-GGG--T-T---GATA--AATCAA-GAGG--NCAACC---GATT--TCAGAAGTCAATAATTG---TTGTNTTATT--AAA--TT-ATTCCAAAA
gi|1                          :                                                                              TACAATTA-TTG--ACT-T-TTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTTT-TGA-TTTATCA-A-----CCCAG-GGA-A-AG-TGATATT-C-AGC--TC-----GGCCGTTGGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--TCG-G---G-TTGAC--A-AAT--CAAGAAG-CTA-ACCGA--------------TT---TCAG-AA--AT-TA--ATAATTGAATTTGTTTT-ATTAA--ATTGTTCCN-AGG--T-T---GACT--AATCAA-GAAG--CTAACC---GATT--TTAGAAATCAATAATTGAATTTGTTTTATT--AAA--TT-GTTCCAAAA
gi|10                         :                                                                              TACAATTA-TTGGAAATGT-CTGGAA---T------GAGGTTTG--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----TCCGA-GGA---TG-TGATATT-CCACC--GA-----GG--GT-GGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TT---TCAG-AA--TT-CA--ATAA------TTGTTTT-ATTAA--
gi|11                         :                                                                               ATAATTA-TTG--AAT-TTCTG--AAATT------CGGATT-GGGA--CCTTTCTGA-TTTATCA-A-----CC--G-GGG-A-TG-TGATATT-C-ACC--TC-----GGCCGT-GGCG--TC--------GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CT--G---G-TTGAT--AGAAT--TCACA-G-TCA-ACCTA--------------TC-A-TCAG-AA--TTCCA--ATAATTG---Tt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tataaaa---TTGATTT-ATCAA--------CCC-GGGAATGT---GATATTGACC---GAGG--CCA------------TCAGAAGTCA-----TA---TTGTTTTATC--AAA--TT-ATTCCAAA
gi|12                         :                                                                                                                                                          tgaacgcgttttggtttattcattgaatattattaatggaaGGCC--TC------G-GTC-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--C-G-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACC----------------TC-A-TCAC-AA--GT-CA--ATAATTG---TTgaggtcaacctcatcacaagtcaataattgtt
gi|13                         : tgaacgcgttttggtttattcattgaatattattaatggaatttggaataatttgataaaacaatatgacttctgatTATAATTG-TTG--ACT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CC--------------------------------------CGT-GGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TT-T-TCAG-AA--GT-CA--ATAATTG---T
gi|14                         :                                                                                                                                                                        ATATT-G-ACT--TC-----TG--GTCGA------------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACGGA--------------TT---TCAG-AA--GT-CA--ATAA------CTGTTTT-ACTAA--ATTATTCC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tttt--TCAGAAGTCAATAATTG---TT---TTATC--AAA--TT-ATTCCAAAAaat
gi|16                         :                                                                                                                                 tatagatattttctaatgaacgcgtttttggtttattcattgaatgaattattaatggaaGCTGTTGGCT--TT------G-GTG-----AA--TA--TT-A---AC-TT-CC--TAA-G---G-TGGAT--A-TAA--CAA-AAG-TCA-ACC----------------TC-A-TCAT-CA--GT-CA--ACAATTG---TT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    aaaacagacttaGTTGGCC--TC------G-G-G-----AA--TA--TC-AATTTA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-G-T--GCAGAGG-TCA-ACC----------------TC-A-TCAG-AA--GT-CA--ATAATTG---Ta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                    tat--TC------G-GTG-----AA---A--TC-A---CA-TT-CCT-CTG-G---T-TTGAT----AAT--CAAGAAG-TCA-AC--A--------------TC-ATTCAG-AA--TT-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                       ttggaA--TA--TT-G---CA-TA-CCTCCCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACC-A--------------TCAA-TCAG-AA--tcattgcattaa
gi|2                          :                                                                                                                                tgCT-TTA-TTTATCA-T-----CTCAG-GGA-A-TG-TGA----------------------CGTTGGCG--TC------G-GTG-----AA--TG--TC-A---CA-TT-CC--CTG-C---G-TTGAT--A-AAT--CAAA----TTG-GCC---------------------TCAG------T-TA--ATA-------TCGC--------------ATTCCCTGGG--T-T---GATA--AATCAAAGAGG--TCAACC---TATT--TCAGAAGACAATAATTG---TT---TTATT--AAA--TT-ATTCTGAAAagcccatttatgtatc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                    TG-----AA--TA--TC-A---TG-TT-CC--CAG-G---G-TTAAT--A-AAT--CAAGAGA-TCA-ACTGG--------------TT---TCAG-AA--TA-CA--TTAACTC---TTttccattaataagaccttaattgaatgagacaaaaacacattcattggaaaatatcaacaa
gi|22                         :                                                                              TACAATTA-TTG--ACT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G------CTCT-TGATTTTTTCACA-----CCCAG-GGT-A-TG-TGATATT-t
gi|23                         :                                                                             aTACAATTA-TTG--AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--C--CT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-A-TG-GGATa
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATT--TCAGAAGTCAATAATTG---TTTTATTATTCCAAA-----ATTCCA
gi|25                         :                                                                         attaaTACAATCA-TCG--ACT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTC
gi|26                         :                                                                              TACAATTA-TTG--AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTtat
gi|27                         :                                                                              TACAATTA-TTG--AAT-T-CTG--A---T------AAGGTT-taa
gi|28                         :                                                                                                                                          acatta-A-----CCCGG-GGA-A-TG-TGATATT-C-ACC--TC-----GGCC
gi|29                         :                                                                                                                                    -TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-A-TG-TGATATT-a
gi|3                          :                                                                              TACAATTA-TTGT-AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--AG-CCTCTGTGA-TTTATCA-A-----CCCGA-GGA-A-TG-TGATATTGC-ACT--TCCGGAGAGCCCCCGG-C--TCGAGTTGG-GTGGGGGTGA--TA--TC-A---CA-TTGCCG-CCG-G---GTTTGAT--A-AATTGCATAGGA-TCAGACCGAGGATTT--------TC-A-CC-G-AT--TG-CAAGATAATTG----TGTTTTAATTAAAGATTATT
gi|4                          :                                                                              gcCAATTAATTG--AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--C-----TGA-TTTATCA--------CCGGAGGA-ATTG-TG-TATT-C-ACC--GA-----GG--GACGGC----T------G-GTG------A--TA--TCTA---CA-TT------CG-G---G-TTGAT--A-AAT--CA--AGG-CCC-ACGGC--------------TC---------G--GT-GA--ATA-------------T-A--------CACTCCC--GG--T-T---GAT---AATCAA-GA-G--TCAA-C---GATT--TCAG-ATTCAATA--TG----TGTTTTATT--AAA--TTAATTCt
gi|5                          :                                                                                              t-T-CTG--A---T-------AGGT--G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCGAG-AGAGA-TG-TGATA-T-C-ACCAGAC-----GACCAACGGCC--CG------A-GGG-----AA--TAGCTC-A---CA-TT-CC--AGG-A---G-TTGATTAA-AAT--CAA---G-TCA-GCCGATTTGTTTTTTTTTTTT-T-TCAGAAA--GT-CA--ATAAATG--------TT-ATTAG--ATTATTCC
gi|6                          :                                                              ttattaatggaattttTACAATTA-TTG--ACT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-A-TA-T--TA-T-C-AC----A-----GGCCACCGA------------G-GTG-----AA---A----------A-TT-C--------------------A-AA------------CA-ACCGA--------------TT---TCAG-AA--GT-CA--ATAA------TTGTTTT-ATTAA--ATTATTCCtgtc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atgaacgcgcttttgtcttattcaataaatgcattatcatatatggaatttATTCCG-GTG--T-TTTTGATA--AATCAA-GAGGACGCAACCTCAGATTTATCAGAGTTCAATAA------TTGTATTATT--AAAATTT-ACTCCAA
gi|7                          :                                                                              TACAATTA-TTG--AAC-T-CTG--A---TAAATCTGAGGTT-G--CGTCCTCT-TGA-TTTATCA-AAAACACC----GGA-A-TG-TGATATT-C-ACT--CC-----GGCCGT-GGCCCGTC------ACGTGT----AACTTA--TC-A---CA--T-CC--CTGCG---G-TTATT--A-AAT--C-AGAGG--CA-ACC----------------TC-A-TCAG-GAATTT-CA--ATAATTgtgatattcactccggccgtggcccgtcacgtgtaacttatcacatccctgcggttattaaatcagaggcaacctcatcaggaatttcaataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttggagtaaattttaataaATTCCG-GTG--T-TTTTGATA--AATCAA-GAGGACGCAACCTCAGATTTATCAGAGTTCAATAA------TTGTATTATT--AAAATTT-ACTCCAA
gi|8                          :                                                                              TACAATTA-TTG--AAC-T-CTG--A---TAAATCTGAGGTT-G--CGTCCTCT-TGA-TTTATCA-AAAACACC----GGA-A-TG-TGATATT-C-ACT--CC-----GGCCGT-GGCCCGTC------ACGTGT----AACTTA--TC-A---CA--T-CC--CTGCG---G-TTATT--A-AAT--C-AGAGG--CA-ACC----------------TC-A-TCAG-GAATTT-CA--ATAATTgtgatattcactccggccgtggcccgtcacgtgtaacttatcacatccctgcggttattaaatcagaggcaacctcatcaggaatttcaataatt
gi|9                          :                                                           ttggagtaaattttaataaTACAATTA-TTG--AGT---CTG--A---T------GAGGT--G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCC-G-GGA-A-TGTTGATATG-C--CC--GA-----GGCCA-CG--C--GA------G-GTG-----AA--TA--TC-AC--CATTT-CC--TCG-GGCCG-TTGAT--A-AAT--CAAGAGGTTCA-A-CGA--------------TT---TCAG-AA--TC-CA--A-AATTG----TG--TT-ATTAA--ATTATT


blockSeqs                     :                                                                                      A   GA   G T   GA AAT AAATCT      T GGA       C   T       C AAACA  CG A   G T  T       G C  TTCCGGAG    C   C  CTCGAGTTGG       GGGGT  CT  GC  T ATT  T  G  TC C C GCC T     TA G   TG       T   G   GATTTGTTTTTTTTTTTTT      A  ATT C  AG    TTGT     TT  A     AGA       CTG  AA G TTT   ATT      A  G ACG   C TCA    TA      G      ATTG     GTT     CC   AT  A
blockSeqs                     :                                                                                      .   T    . .   .  .   AAATCT      . CGT       G   .       . AAACA  CA .   . .  .       . .  CAGAC       C   T  CCCGTCAC         T      CT  .   . C    .  .  T  T C .   .     .  .   .        .   .   GAGGATTTTCA              .  ATT .  .     TTGT     AT  .     A         CG   .  . TTT   A        .  G ACG   C TCA    TA      G      ATTG     TTA     .    AT  .
blockSeqs                     :                                                                                      .   .    . .   .  .   .           . CGT       .   .       . .      CA .   . .  .       . .  CGA         C   T  CCCGTCAC         T      .   .   . .    .  .  G  C . .   .     .  .   .        .   .   TATCA                    .  T   .  .     TTGT     TT  .     A         GG   .  . .     A        .  G C     C .      .       G      ATTG     GTT     .    .   .
blockSeqs                     :                                                                                      .   .    . .   .  .   .           . AG        .   .       . .      CG .   . .  .       . .  CTC         C   T  CCTCG            .      .   .   . .    .  .  .  C . .   .     .  .   .        .   .   GATTT                    .  T   .  .     TTGT     TT  .     A         GG   .  . .     A        .  G T     . .      .       G      TA       GTA     .    .   .
blockSeqs                     :                                                                                      .   .    . .   .  .   .           . A         .   .       . .      CG .   . .  .       . .  TTC         C   C  CCTCG            .      .   .   . .    .  .  .  A . .   .     .  .   .        .   .   ATCAT                    .  G   .  .     TTGT     TT  .     A         C    .  . .     .        .  . T     . .      .       T      TG       GTA     .    .   .
blockSeqs                     :                                                                                      .   .    . .   .  .   .           . A         .   .       . .      CG .   . .  .       . .  CTC         C   C  CCTCG            .      .   .   . .    .  .  .  C . .   .     .  .   .        .   .   ATCAA                    .  G   .  .     CTCT     C   .     .                                                      .       T      A        .       .    .   .
blockSeqs                     :                                                                                      .   .    . .   .  .   .           . A         .   .       . .      CG .   . .  .       . .  CGA         C   C  CTTTG            .      .   .   . .    .  .  .  T . .   .     .  .   .        .   .   GATT                     .  G   .  .     TTG      .   .     .                                                      .       T      A        .       .    .   .
blockSeqs                     :                                                                                      .   .    . .   .  .   .           . A         .   .       . .      CG .   . .  .       . .  TCC         C   C  CCTCG            .      .   .   . .    .  .  .  C . .   .     .  .   .        .   .   GATT                     .  G   .  .     ATG      .   .     .                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                      .   .    . .   .  .   .           . A         .   .       . .      GA .   . .  .       . .  TCC         C   C  CGTCG            .      .   .   . .    .  .  .  T . .   .     .  .   .        .   .   GGTT                     .  G   .  .     TTG      .   .                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                      .   .    . .   .  .   .           . A         .   .       . .      CG .   . .  .       . .  CGA         .   .  CCCGA            .      .   .   . .    .  .  .  A . .   .     .  .   .        .   .   GCTC                     .  T   .  .     T                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                      .   .    . .   .  .   .           . A         .   .       . .      C  .   . .  .       . .  A           .   .  CGTC             .      .   .   . .    .  .  .  C . .   .     .  .   .        .   .   GATT                     .  T   .  .     C                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                      .   .    . .   .  .   .           . A         .   .       . .      .  .   . .  .       . .  .           .   .  CGAG             .      .   .   . .    .  .  .  C . .   .     .  .   .        .   .   GATT                     .  T   .  .     T                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                      .   .    . .   .  .   .           . A         .   .       . .      .  .   . .  .       . .  .           .   .  CTG              .      .   .   . .    .  .  .  G . .   .     .  .   .        .   .   TCA                      .  G   .  .     T                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                      .   .    . .   .  .   .           . .         .   .       . .      .  .   . .  .       .                .   .  G                .      .   .   . .    .  .  .  T . .   .     .  .   .        .   .   TCA                      .  G   .  .     .                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                               . .   .  .   .           .                       . .      .  .   . .  .       .                       G                .      .   .   . .    .  .  .  T . .   .     .  .   .        .   .   TCA                      .  G   .  .                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                      .      .   .   . .    .  .  .  C . .   .     .  .   .        .   .   TCA                      .  T   .  .                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                      .      .   .   . .    .  .  .  . . .   .     .  .   .        .   .   TCA                      .  .   .                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                             .   .   . .    .  .  .  . . .   .     .  .   .        .   .   .                        .                                                                                                                                   


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTGT***                                                                                  ATG****
originalCons                  :                                                                              TACAATTA-TTG--AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-A-TG-TGATATT-C-ACC--NC-----GGCCGTCGGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TC-A-TCAG-AA--NT-CA--ATAATTG---TTGTTTT-ATTAA--ATTATTCCC-GGG--T-T---GATA--AATCAA-GAGG--NCAACC---GATT--TCAGAAGTCAATAATTG---TTGTNTTATT--AAA--TT-ATTCCAAAA
finalCons                     :                                                                              TACAATTA-TTG--AAT-T-CTG--A---T------GAGGTT-G--A--CCTCT-TGA-TTTATCA-A-----CCCGG-GGA-A-TG-TGATATT-C-ACC--NC-----GGCCGTCGGCC--TC------G-GTG-----AA--TA--TC-A---CA-TT-CC--CCG-G---G-TTGAT--A-AAT--CAAGAGG-TCA-ACCGA--------------TC-A-TCAG-AA--NT-CA--ATAATTGT---TGTTTT-ATTAA--ATTATTCCC-GGG--T-T---GATA--AATCAA-GAGG--NCAACC---GATT--TCAGAAGTCAATAATG----TTGTNTTATT--AAA--TT-ATTCCAAAA