lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333333333333333 111 222222 222222222222 111 11111 2222222222 333333333333333333333 222222222 4444444444444444444444444444444 1 444444444444444444444444444444444444444 111 111 3333333333 333333 222222 111111 111 1111111 111 11111111 222 1 333333333 4444444444444444444 111 22222222 111 11
lowQualScore : 111 6 77 0 99999 9999 4 6 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 3 888 7777 0 111111111111111 6666 000 33 3 3 555 333333 555 3 2 1 888 777 333 333333333333 22 000 0 44444 2222222222 666666666666666666666 44 222222222 8888888888888888888888888888888 8 8 1 8 8 333333333333333333333333333333333333333 6 555 111 8888888888 666666 0 5 5 111111 3 888 4 2 99 1 999999 111 3 8888888 000 3 55555555 222 6 3 6 666666666 3333333333333333333 111 66666666 444 3 8 88 3 6
lowQualScore : ... . .. . ..... .... . . . ....................................................................................... ... . ... .... . ............... .... ... .. . . ... ...... ... . . . ... ... ... ............ .. ... . ..... .......... ..................... .. ......... ............................... . . . . . ....................................... . ... ... .......... ...... . . . ...... . ... . . .. . ...... ... . ....... ... . ........ ... . . . ......... ................... ... ........ ... . . .. . .
lowQualScore : 777 7 22 2 11111 4444 4 4 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 3 222 1111 1 666666666666666 1111 777 99 7 1 888 888888 888 3 0 1 111 333 444 333333333333 11 111 7 33333 5555555555 777777777777777777777 33 777777777 0000000000000000000000000000000 0 0 8 0 0 000000000000000000000000000000000000000 7 000 777 8888888888 222222 1 7 7 555555 2 222 2 5 22 0 222222 333 7 5555555 222 2 22222222 777 7 5 7 888888888 5555555555555555555 777 11111111 000 8 0 33 0 0
consensus : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-ATCT--A--TA----CAGT-GTTAATTACA-CANCTC-----TAC---A-----CAGTGTT--AA---TT--ACGTATCTA---NACAN-----AGCG----------------------TTA---TTT-ACA--GCA----GTATGTTAATTACA--GTG--NCTC----GT----T---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---GATGTG------T---AAC-TTACATGTACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCACTGCTGTTTA-----GTA-----AT-T-ATAT-C-TACTTACAATAT------CAGTATNA--TTNTGT-TTAG-TA-AA--CAGTATC---AATTTN--ACTNTACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTAC-TA-A--A--CATCTAT------TT------TA-TATACA-AT--NTTTTC---AACACNCGT------GAAT-GTAT-TGAAC-AC-AAT-NCG--ATGAACGTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACT--NAGGAA-----TTTCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GC--CTTGA-ATTATAGTACATCCACTANTG--------AGTACTT----A-AAC---GTAT--NCA---TGTA-C-TTG--TTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
Reference ( gi|2 ) : ATCACAG---TG-TTAATTACAT-ATCT--A--TA----CAGT-GTTAATTATA-CAGCTC-----TAT---A-----CAGTGTT--CA---TT--ACATATCTA---TGGAT-----AACA----------------------TTA---TTT-ACA--GCA----GTATGTTAATTACA--ATG--ACTT----GT----T---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---GATGTG------T---AAC-TTATATGTACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACTTTAGTCTCTCCCTGCTGTTTA-----GTA-----AT-T-ATAT-C-TACTTATATCAT------CAGTACCA--TAATGT-TTAG-TACAG--CAGTATC---AATTTA--ACTTGACTAATT-A-CTAATTTGAC-TG-TGTTAC-TAGA-GATTCATTTAT------TT------CA-TATACA-AT--ATTTTC---AACACGCGTG-----GAAT-ATAT-TGAAC-AT-AAT-ACG--ATGACCATAAATCAGTT--ATTGT------GAAGTACT--TAGGAA-----TATCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GC--ATTGA-AGTATAGTACATCCACTACTG--------TGTACTT----A-ATC---GTAT--TCA---TGTA-C-TAG--TTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATTAACA
gi|1 : ATCACAGACACGATTAATTACAC-AGCT--C--TA----CAGT-GTT
gi|7 : aTCACAG---TG-TTAATTACAC-AGCT--C--TA----CAGT-GTTGATTACA-TG--TC-----TAG---AAAAACCA-TGTT--AA---TT--TCACATCTA---CACAT-----AGCG----------------------TTA---TTT-ACA--TCA----GCATGTTAATTACA--GTG--CCTC----GT----T---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---GATGTG------T---AAC-TTACATGTACTGGTTTTTCTG-G-GTTTA--TGAG----TG-AACATTAGTC-----------TTTA-----GTA-----AT-TAATAT-C-TAGTTAAAATAT------CAGTACAA--TTATGT-TTAA-TAGAA--CAGTgattcaacaatctaagcagagtgatattacaagcagcatgtctcgtttaattataaagccctgtgttttgttttaatgtgatggaataacattacaattacttgttttctgggtttaactgaaaagatgcgacattagtctctccctgcttttagtcatatattctactatataataacagtatcaattatcgtattagatacaaaacagtatccataatttactgtactaatttactaattagactgctgctacataaaagaaccatttatcctaattttactatacatgttcattctccccaacacgcctgctccagaatgatatgttaactattaattacgttagaaccgtgaatcagttttactgttaatgaaaagtactaaaaaagtatatatcactttgtcaagaatgtgtgtaaagcccgttgaaattaagtacatccactagtgagtacttcaacactgtatagcgatgtatcttgttttttgtaaagtgataaacaatataa
gi|3 : CATAG---TG-TTAATTACAC-ATCTCAA--CA----CAGT-GTTAATTA------CT-------------------AATGTT---G---TT---CGTATCTAAGCTG--------AGTG----------------------TTA---TTC-ACA--GCA----GTATGATAATTACA--GTG--CCTC----AT----T---AGTTACA--GCCCTGTGTTT-GT---GACGTG------T---AAC-TTACATGTAGTTGTGTTTCTG-G-GTTTCACTGAG----TG-AAAATTAGTCTCTCAATGCTGTTTAGTACCGTA-----AT-T-ATTT-C-TTTTTACAATAT------TAGTATAA--TTATGT-TTAG-GAAAA--CAATATC---AATTGC--ACTGTACTAATT-A-TTTATTTGAA-TG-T----------------ATCCAT------TT------TA-TATACA-AT--TTTTTC---ATCGGATGTT-----GAAT-GT-T-TG-AT-AT-AAA-TTG--ATGAATGTAATTTAGTA--ATTGT------GATGTACT--TATGAA-----TTTCA-T-TTTGTCAGTATTTTGTGTTTA----GC--CTTGA-ATTATA
gi|12 : aCACAG---TG-TTAATTACAC-AACT--aatgcatgttttttatgtgataaatcactaaatggatatt
gi|19 : aCACAG---TG-TTAAGTACACAATCC-----TT----CAGC-GTTAATTACA-CAGCTC-----TAC---A-----CAGcagccgagttcaagcttcataactacattgccaaagactggcctttacagctccttgctaattacagccctgtttacttacagcactgtgtttgtgacgtgcacttaactt
gi|11 : ACAG---TG-TTAATTACAT-ATCC--AAATA----CTGTTGTTAATTTTAACA---T-----TATGTAA-----CAGTG---------------GTA---A---AAGAG-----AGTA----------------------CTA---CCTCACA--GCA----GTGTGTTAATTGCA-------ACTTTTTAGT----T---AATTATA--G--TTG----T-GT---GA-GTG------T---AAA-TTA
gi|13 : ataaatTAATTACAC-ATCT--C--TA------GT-GTTAATTACA-TATCTA-----AAC---A-----CAGGGTT--AC---TT--GCGTATCT--------T-----AACACTTCTTTG--------------TTA---ATT-ACA--GCA----ATAAG-------CA--ACA--G--T----GT----T---GATTTCA-----CAATGTCT-GT---GCTTTG------T---AAT-TTc
gi|8 : AATTCAAT-ATCT--A--TAAACACAGT-GTTAAT--TA-CAGGTC-----TATAC-A-----CAGTGTT--AA---TT--ACATATATA---TCTA------AACACAGTGCACTTTCCGGCGCCGTGTTA---ATT-GCATGGCA----G--TGTTGATTACACCACG--G--T----GT----T---AATTACA--GCCA-GTGTTG-GG---GATGTG------TATAAAC---ATGTGTATATATGCGTCTG-
gi|12 : acagtgttaattacacagtcctacagtggcttgtaatggagatcaaaaagtgtacaa--A--CA----CAGT-GTTAATTACA-CAACTC------A----G-----CCGAGTT--CAAGCTT---CATAACTA---C--ATTGCCAAAGA----------------------CTGGCCTTT-ACA--GCT----CCTTGCTAATTACA----G--CCCT----GT----TT--ACTTACA--GCACTGTGTTT-GT---GACGTGCACT--T---AAC-TTactga
gi|6 : ----CAGC-TTTAATTACA-CATCTCATCTCTAC---A-----CAGTGCCAATA---TT--ACATAT-TG---TAGGCGG---AGTG----------------------CTA---TTT-GCA--ACA----GTATGTTAATTACA--GTG--TTTT----TT----TTTAAATTACA--GCCC--TGTTT-GT---GATGTG------T---A-----------ACTTGTG--------------ACTGAC----AG-AACATTAGCCTCTCACTGCAGTTTT-----GTA-----A----ATA-------TTACAATAT------CTGTTTTA--T-CTGTATTGG----AG--CATTATC---AAATTT--ACTATAATAATT-A-CTTATCT-ACATG-TAT--C-TATA-----CAT-------------------G-TATAAA-GT--ATATTC---AACACTTGC------GAAT-A-AT-TGAAC-AC-AA
gi|1 : TTAATTACA-CAGCTC-----TA----------CAGTGTT--GA---TTCAACA-ATCTA---AGCAG-----AGTG----------------------ATA---TT--ACAA-GCA----GCATGT----------------CTC----GT----TT--AATTATAAAGCCCTGTGTTTTGTTTTAATGTGATGGAAT---AACATTACAATTACTTGT-TTTCTG-G-GTTTAACTGAAAAGATGCGACATTAGTCTCTCCCTGCT-TTTA-----GTC-----AT---ATATTC-TACT-ATATAATAA----CAGTATCAATTATCGTATTAGATACAAAACAGTATCCATAATTTA---CTGTACTAATTTA-CTAATTAGAC-TGCTGCTACATAAAAGAACCATTTATCCTAATTT------TACTATACATGTTCATTCTCCCCAACACGCCTGCTCCAGAATGATATGTTAACTATTAATTACGTTAGAACCGTGAATCAGTTTTACTGTTAATGAAAAGTACT--AAAAAAGTATATATCA-C-TTTGTCAAGAATGTGTGTAAA----GCCCGTTGA-AATTAAGTACATCCACTAGTG--------AGTACTT----C-AACACTGTATAGCGA---TGTATC-TTGTTTTTTGTAAAGTGA-TAAACAA
gi|13 : aatcacagacacgaTAATTACA-CATCTC-----TA------------GTGTT--AA---TT--ACATATCTA---AACAC-----AGGG----------------------TTA---CTT-GC----------GTATCTTAA---CA--CTT--CTTT----GT----T---AATTACA--GCtataa
gi|10 : -----AGCG----------------------TTA---TTT-ACA--TCA----GCATGTTAATTACA--GTG--CCTC----GT----T---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---GATGTG------T---AAC-TTACATGTACTTGTTTTTCTG-G-GTTTAAATGAG----TG-GATATTAGTCTCTCCCAGCTGATTA------TA-----AT-aataagcaacagtgttgatttcacaatgtctgtgctttgtaattt
gi|17 : taagcagTA---TTT-ACA--ATATATAGTATGTTAATTACAG-ATG---CTT----GT----T---AATTACA--GCCCCGTATCT-Gggttaatcagtatcagcatcattat
gi|16 : ttc---TTT-ACA--ACA----GTATTTTAATTACA--TTT--AATT----CT----T---AATTACA--GCCCAGTGTTT-GT---GATTTT------T---ATC-TAACATGTACTTGTGTTTGTG-caaattttgtcagacaaa
gi|4 : atctaggttggatgtTGTTAATTACA--GTGGTACAT----GTATATT---ACTTACA--GCCTTGTGTTT-GT---GATGTG------T---AAT-TAATAT-------------------------TGA---------ACATTAATATCTCACTGCTGTTTA-----GTATTTACATGT-ATAT-CTTAC-TATACCAGAAGAAACAGTACTA--TGA----TTAG-TCT----TAGCAT------------AC-TGACTACTT-ATCTTATTTGAC-TG-TGTTAT-TAGT-TATTTATCTAT------TTCATGTACA-TGTACA-AT--CTTTTC---AACACACGT------GAAT--CAC-TGAAC-AC--AT-TTA--ATGAATGTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACT--TGGAAA-----TTTCA-C-TTTGTCAGTGTTTTGTGTGTG----AC--CTTCA-ATTATAGTACATCCACTACTGAGTGCATATGTACTT----GCAT----GTAT--GCA---TGTA-C-TTG--TTtat
gi|5 : taattacagtccccCA--ATG-----T----GT----T---AATTACA--TTGATGTATCT-GT---GATGTGTACA--T---AAC-ATGTTCGTACATGTATGTCTGTGTGTTTAAC-GGT----TA-AATATGAGT---------CTGTTTA-----GTA-----TT-T-ATAT-----CTTACAATTT------CAGTATCA--TTTTGT-TTAA-T---G--AAACATT---AGTTTAGTATATTACTAGTT-A-TTTATCTGTC-TA-TA-TAC-AA-----------------------------A-TATACA-AT--CTTTTA---AACTCA-GT------GAAT--CAC-TGGAA-GC-AAT-TTA--TTGAATGTAAATAATTT--ATCTT------AAAATACT--CAGGAA-----TGTCA-G-TGTGTcatcttcgcaagccaagtgtcagatt
gi|9 : aattatcttacacT------TT------TA-TATACA-AT--GTTTTC---AACACCTGTA-----GAAT-GT---TGAAC-AT-AAT-ACG--ATGACCGTGAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACT--AAAGTA-----TTTCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GC--CTTGA-ATTATAGTACATCCACTAGTG--------AGTACTT----A-AAT---GTAT--GCA---TGTA-C-TTGT-TTTTGT---GTGA-TAAACAATTA--AATGAATtgcaattactgagtacgcatgtacttatttttgtgctattaagtaactactaattaaacat
gi|15 : -TGAAT-AT-AAT-AGT--A----CAT---TCA-CT--ACTG---------AGTACTCTTAG-AA-----TTTCAACGTTTGATAG-ATTTTGTGGGTAATCAGC--CTTGTTATTATAGTACATCCACTAATG--------AGTACTT----A-tt
gi|14 : TGTTAGTATTCTGTG--------GC--CTTGA-ATTACAGTACATCCACTAATG--------AGTACTT----A-AAC---GTAA--CCA---TGT
gi|15 : ATAGTACATTCACTACTG--------AGTACTCTTAGA-AT-------T--TCAACGTTTG-A-TAGA-TTTTGT---G-GG-TAATCAGCgaaggttatagttggatcagtttctacatatgtaattgaacatcat
gi|5 : tgaatataCA---TGTA-CTTAT--TTTTGT---GCTATTAAGTAACTACTAATTAActtgttattatagtacatccactaatgagtactta
gi|3 : aattatcttacaccaatgtgttaattacattgatgtatctgtgatgtgtacataacatgttcgtacatgtatgtctgtgtgtttaacggttaaatatgagtctgtttagtatttatatcttacaatttcagtatcattttgtttaatgaaacattagtttagtatattactagttatttatctgtctatatacaaatatacaatcttttaaactcagtgaatcactggaagcaatttattgaatgtaaataatttatcttaaaatactcaggaatgtcagtgtgttgcaattactgagtacg--TTTTAT---GTGA-TAAATCACTA--AATacat
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GACTGGCATTTATACGTAAATAGGTATTGTCTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGA
Unaligned ( gi|20 ): TAATGTCTCATCTTCGCAAGCCATGTGTCCGAT
Unaligned ( gi|21 ): TGTTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGAT
Alignments
lowQualScore : 111 111 222222222222222 2222222222 2222222222222222222222 111111 111111111111111111 1111111 11111 11111 11111 111111 1 4444444 1111111 99999999999999999999999999999999999999 11111 11111111 222222 111111 111111 1111 11111111 1111111111111 222 111 11
lowQualScore : 000 5 5 5 333 55 3 44 44 222222222222222 55 55 99999 1 7 2222222222 666 2 3333333333333333333333 3 777777 1 111111 2 2 999 6666 2 5 999999999999999999 33 2 555 888888 33 44 0000000 5 0 555 4 1 22222 5 0 6 0 0 22222 777 66 66666 5 444444 1 5 1 5 1 1111111 77 3 1 5555555 44 6 6 6 6 99999999999999999999999999999999999999 5 0 1 77 44444 55 5 77777777 666666 0 5 5 77 6 6 77 666666 888 1 666666 777 3 0 0000 66 4 4 4 55 1 66666666 9999999999999 5 6 333 444 8 33 1
lowQualScore : ... . . . ... .. . .. .. ............... .. .. ..... . . .......... ... . ...................... . ...... . ...... . . ... .... . . .................. .. . ... ...... .. .. ....... . . ... . . ..... . . . . . ..... ... .. ..... . ...... . . . . . ....... .. . . ....... .. . . . . ...................................... . . . .. ..... .. . ........ ...... . . . .. . . .. ...... ... . ...... ... . . .... .. . . . .. . ........ ............. . . ... ... . .. .
lowQualScore : 000 7 0 0 555 55 6 66 66 777777777777777 00 00 11111 0 3 1111111111 444 3 2222222222222222222222 6 999999 0 555555 9 9 111 1111 7 3 111111111111111111 77 9 444 888888 99 22 0000000 7 8 888 4 1 00000 0 2 0 2 2 55555 000 66 66666 0 444444 0 0 0 0 4 4444444 99 0 0 7777777 22 7 7 7 7 00000000000000000000000000000000000000 7 1 0 99 33333 00 7 99999999 333333 1 7 7 77 7 7 99 444444 999 7 000000 333 1 1 6666 99 4 4 4 22 0 11111111 6666666666666 7 7 555 000 0 88 0
consensus : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCTA--T--ACAGT-G--T--TAAT---------------T--AC--A-----CANC-TC-----T----ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------GTATC-TANG----CANAG--C---GTTAT-TT-ACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TG-NCTCGT------T---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---GATGTG------TAAC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GT-TTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAG-T-A---AAC--AGTATCAAT--TTN--ACTGTACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--A-----CATCTAT------TT------TA-TATACAATNTT--TTC-----AACACGCG-T-G------AATG-TAT-TGAAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-GC-ATGTA-CTTGT-TTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
Reference ( family-3360 ) : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCTA--T--ACAGT-G--T--TAAT---------------T--AC--A-----CANC-TC-----T----ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------GTATC-TANA----CANAG--C---GTTAT-TT-ACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TG-NCTCGT------T---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---GATGTG------TAAC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GT-TTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCACTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATNA-TTNT-GT-TTAG-T-A---AAC--AGTATCAAT--TTN--ACTNTACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTAC-TAA--A-----CATCTAT------TT------TA-TATACAATNTT--TTC-----AACACNCG-T-G------AATG-TAT-TGAAC-AC-AATN-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-NC-ATGTA-CTTG--TTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
gi|1 : ATCACAGACACGATTAATTACAC-A-GCTC--T--ACAGT-G--T--T
gi|1 : a--T--TAAT---------------T--AC--A-----CAGC-TC-----T----ACA-----GTGTTGA--T--TCAAC-----------A-ATC-TAAG----CAGAG--T---GATAT-T--ACAA-GCA----GCATGT---------------CTCGT------TT--AATTATAAAGCCCTGTGTTTTGTTTTAATGTGATGGAATAACATT--ACAATT----ACTTGT-TTTCTG-G-GT-TTAACTGAAAAGATGCGACATTAGTCTCTCCCTGCT-TTTA-----GTCATAT-AT-TCTA---CTATATAATAACAG------TATCAATTATCGTATTAGAT-ACAAAAC--AGTATCCATAATTT--ACTGTACTAATTTA-CTAATTAGAC-TGCTGCTACATAA--AAGAACCATTTATCCTAATTT------TACTATACA-TGTTCATTCTCCCCAACACGCC-T-GCTCCAGAATGATATGTTAACTATTAATTACGTTAGAACCGTGAATCAGTTTTACTGTTAATGAAAAGTACTA--AAAAAGTATATATCA-C-TTTGTCAAGAATGTGTGTAAA----GCCCGTTGA-AAT-TA--AGTACATCCACTAGTGA--------GTACTTCAACACTGTATAGCGATGTATCTTGTTTTTTGTAAAGTGA-TAAACAAgattcaacaatctaagcagagtgatattacaagcagcatgtctcgtttaattataaagccctgtgttttgttttaatgtgatggaataacattacaattacttgttttctgggtttaactgaaaagatgcgacattagtctctccctgcttttagtcatatattctactatataataacagtatcaattatcgtattagatacaaaacagtatccataatttactgtactaatttactaattagactgctgctacataaaagaaccatttatcctaattttactatacatgttcattctccccaacacgcctgctccagaatgatatgttaactattaattacgttagaaccgtgaatcagttttactgttaatgaaaagtactaaaaaagtatatatcactttgtcaagaatgtgtgtaaagcccgttgaaattaagtacatccactagtgagtacttcaacactgtatagcgatgtatcttgttttttgtaaagtgataaacaatataa
gi|10 : aatcacagacacga-TAAG----CAGAG--C---GTTAT-TT-ACA--TCA----GCATGT-TAATTACAG-TG-CCTCGT------T---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---GATGTG------TAAC-TT--ACATGT----ACTTGTTTTTCTG-G-GT-TTAAATGAG----TG-GATATTAGTCTCTCCCAGCTGATTA------TAAT-G-GT---TA---AT---CAGTATCAG------CATCA-TTAT-tataa
gi|11 : ACAG---TG-TTAATTACAT-A-TCCAAAT--ACTGTTG--T--TAAT---------------TTTA---A-----CATTATG-----T----A-A---CAGTG-------------------------GTA----AAA----GAGAG--T---ACTAC-CTCACA--GCA----GTGTGT-TAATTGCAACTT-TTTAGT------T---AATTATA--G--TTG----T-GT---GA-GTG------TAAA-TT--AC
gi|12 : ataaatA--C--ACAGT-G--T--TAAT---------------T--AC--A-----CAAC-TC-----A----GCC---GAGT-TCAAGCT--T---C-----------ATAAC-TACATTGCCAAAGACT---GGCCT-TT-ACA--GCT----CCTTGC-TAATTACAG-C--CCTGTT------T---ACTTACA--GCACTGTGTTT-GT---GACGTG------C-AC-TT--A
gi|13 : TAATTACAC-A-TCTC--T--A--GT-G--T--TAAT---------------T--AC--A-----TATC-TA-----A----ACA---CAGGGTTAC--T--T--GC-----------GTATC-TTAA----CACTT--CTTTGTTAA-TT-ACA--GCA----ATA-----AGCAACAG-T------GT------T---GATTTCA-----CAATGTCT-GT---GCTTTG------TAAT-TT--actt
gi|14 : TGTTAGTATTCTGTG--------GCC--TTGA-A-T-TA-CAGTACATCCACTAATGA--------GTACTTAAAC---GTAA-CC-ATGT
gi|15 : TGA-A-TATAATAGTACATTCACTACTGA--------GTACTgaaggttatagttggatcagtttctacatatgtaattgaacatcat
gi|15 : T--ACTG---------AGTACTCTTAG-AATT-----TCAACGTTTGATAG-ATTTTGTGGGTAATCAGCC--TTGTTA-T-TA-TAGTACATCCACTAATGA--------GTACTTActtagaatttcaacgtttgatagattttgtgggtaatcagccttgttattatagtacatccactaatgagtactta
gi|16 : tgaatataatagtacattcacT-TT-ACA--ACA----GTATTT-TAATTACAT-TT-AATTCT------T---AATTACA--GCCCAGTGTTT-GT---GATTTT------TATC-TA--ACATGT----ACTTGTGTTTGTG-
gi|17 : atctaggttggatgtTAT-TT-ACA--ATATATAGTATGT-TAATTACAGATG--CTTGT------T---AATTACA--GCCCCGTATCT-Gtat
gi|19 : ttcCACAG---TG-TTAAGTACACAA-TCC---T--TCAGC-G--T--TAAT---------------T--AC--A-----CAGC-TC-----T----ACA---CAGcaaattttgtcagacaaa
gi|2 : ATCACAG---TG-TTAATTACAT-A-TCTA--T--ACAGT-G--T--TAAT---------------T--AT--A-----CAGC-TC-----T----ATA---CAGTGTTCA--T--T--AC-----------ATATC-TATG----GATAA--C---ATTAT-TT-ACA--GCA----GTATGT-TAATTACAA-TG-ACTTGT------T---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---GATGTG------TAAC-TT--ATATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GT-TTAACTGAG----TG-AACTTTAGTCTCTCCCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TATATCATCAG------TACCA-TAAT-GT-TTAG-T-AC--AGC--AGTATCAAT--TTA--ACTTGACTAATT-A-CTAATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--AGATT-CATTTAT------TT------CA-TATACAATATT--TTC-----AACACGCG-TGG------AATA-TAT-TGAAC-AT-AATA-CGAT-GACC-ATAAATCAGTT--ATTGT------GAAGTACTT--AGGAATA-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCA--TTGA-A-G-TA-TAGTACATCCACTACTGT--------GTACTTAATC---GTAT-TC-ATGTA-CTAG--TTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATTAACA
gi|3 : A--C--ATAGT-G--T--TAAT---------------T--AC--A-----CATC-TC-----A----ACA---CAGTGTTAA--T--T--ACTAATGTTGTTCGTATC-TAAG----CTGAG--T---GTTAT-TC-ACA--GCA----GTATGA-TAATTACAG-TG-CCTCAT------T---AGTTACA--GCCCTGTGTTT-GT---GACGTG------TAAC-TT--ACATGT----AGTTGTGTTTCTG-G-GT-TTCACTGAG----TG-AAAATTAGTCTCTCAATGCTGTTTAGTACCGTAAT-T-ATTTCTT---TT-TACAATATTAG------TATAA-TTAT-GT-TTAG-GAA---AAC--AATATCAAT--TGC--ACTGTACTAATT-A-TTTATTTGAA-TG-T------------------ATCCAT------TT------TA-TATACAATTTT--TTC-----ATCGGATGTT-G------AATG-T-T-TG-AT-AT-AAAT-TGAT-GAAT-GTAATTTAGTA--ATTGT------GATGTACTT--ATGAATT-----TCA-T-TTTGTCAGTATTTTGTGTTTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TA-----------AATG----------------------------C-ATGT---TT----TTTAT---GTGA-TAAATCACTA--AATGGATA
gi|4 : TGT-TAATTACAG-TG-GTACATGTATATT---ACTTACA--GCCTTGTGTTT-GT---GATGTG------TAA--TT--A-ATAT---------------TG-A-ACATTAA-----------------TA---TCTCACTGCTGTTTA-----GTATT-T-ACATGTATATCT-TACTATACCAGAAGAAACAGTA-CTAT-GA-TTAG-T-------CTTAGCAT-----------ACTG-ACTACTT-ATCTTATTTGAC-TG-TGTTAT-TAGTTATT---TATCTAT------TTCATGTACA-TGTACAATCTT--TTC-----AACACACG-T-G------AAT--CAC-TGAAC-AC--ATT-TAAT-GAAT-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTT--GGAAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTGTTTTGTGTGTG----ACC--TTCA-A-T-TA-TAGTACATCCACTACTGAGTGCATATGTACTTGCAT---GTAT-GC-ATGTA-CTTG--TTtt
gi|5 : taattacagtccccTTATCTT-ACA--CCA----ATGTGT-TAATTACAT-TG-A----------------------------TGTATCT-GT---GATGTG------TACA-TA--ACATGTTCGTACATGTATGTCTGTGTGT-TTAAC-GGT----TA-AATATGAGTCT---------GTTTA-----GTATT-T-ATATCT-------TACAATTTCAG------TATCA-TTTT-GT-TTAA-TGA---AAC--A---TTAGT--TTAGTATATTACTAGTT-A-TTTATCTGTC-TA-TAT---------A-----CA---A----------------A-TATACAATCTT--TTA-----AACTCA-G-T-G------AAT--CAC-TGGAA-GC-AATT-TATT-GAAT-GTAAATAATTT--ATCTT------AAAATACTC--AGGAAT---------------GTCA-------GTGTGTT----GC------A-A-T----------------TACTGA--------GTAC--------------GC-ATGTA-CTTAT-TTTTGT---GCTATTAAGTAACTACTAATTAAcatcttcgcaagccaagtgtcagatt
gi|6 : aaCAGC-T--T--TAAT---------------T--AC--A-----CATC-TCATCTCT----ACA---CAGTGCCAA--TATT--AC-----------ATATTGTAGG----CGGAG--T---GCTAT-TT-GCA--ACA----GTATGT-TAATTACAG-TG-TTTTTT------TTTAAATTACA--GCCCTGT--TT-GT---GATGTG------TAAC-TT----------------GTG---------------ACTGAC----AG-AACATTAGCCTCTCACTGCAGTTTT-----GTAA----ATA--------T-TACAATATCTG------TTTTA--TCT-GTATTGG-------AGC--ATTATCAAA--TTT--ACTATAATAATT-A-CTTATCT-ACATG-TAT--C-TAT--A-----CA-------------------TG-TATAAAGTATA--TTC-----AACACTTG-C-G------AATA--AT-TGAAC-AC-AAacat
gi|7 : TCACAG---TG-TTAATTACAC-A-GCTC--T--ACAGT-G--T--TGAT---------------T--AC--A-----TGTC-TA-----G----AAAAACCA-TGTTAA--T--T--TC-----------ACATC-TACA----CATAG--C---GTTAT-TT-ACA--TCA----GCATGT-TAATTACAG-TG-CCTCGT------T---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---GATGTG------TAAC-TT--ACATGT----ACTGGTTTTTCTG-G-GT-TTA--TGAG----TG-AACATTAGTC-----------TTTA-----GTAAT-TAATATCTA---GT-TAAAATATCAG------TACAA-TTAT-GT-TTAA-T-AG--AAC--AGT
gi|8 : ACAG---TG-TTAATTACAC-AGTCC---T--ACAGT-GGCTTGTAATGGAGATCAAAAAGTGT--AC--AAAATTCAATATC-----TATAAACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------AGGTC-TATA----CACAG--T---GTTAA-TT-ACA---TA-----TATATCTAAACACAG-TGCACT---------------TTCCG--GCGCCGTGTT
gi|8 : CACAG---TG-TTAATTACAG-G-TCTA--TACACAGT-G--T--TAAT---------------T--ACATA-----TATA-TC-----TAA--ACA---CAGTG---------C--AC-----------TT-TC-C-GG----CGCCG--T---GTTAA-TT-GCATGGCA----G--TGT-TGATTACAC-CA-CGGTGT------T---AATTACA--GCCA-GTGTTG-GG---GATGTG------TA----TAAACATG--------TGTATATATG-C-GT-CTGACTGAaattgcatggcagtgttgattacaccacggtgttaattacagccagtgttggggatgtgtataaacatgtgtatatatgcgtctgactga
gi|9 : acagtgttaattacacagtcctacagtggcttgtaatggagatcaaaaagtgtacaaaattcaatatctataaaT------TT------TA-TATACAATGTT--TTC-----AACACCTG-TAG------AATG-T---TGAAC-AT-AATA-CGAT-GACC-GTGAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTA--AAGTATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTAGTGA--------GTACTTAAAT---GTAT-GC-ATGTA-CTTGT-TTTTGT---GTGA-TAAACAATTA--AATGAATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GACTGGCATTTATACGTAAATAGGTATTGTCTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGA
Unaligned ( gi|20 ): TAATGTCTCATCTTCGCAAGCCATGTGTCCGAT
Unaligned ( gi|21 ): TGTTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGAT
Alignments
lowQualScore : 111 111 222222222222222 2222222222 33333333333333333333333 111111 111111 111 11111 11111 11111 111111 1 4444444 99999999999999999999999999999999999999 11111 1111111111111 222222 111111 11111 1111 11111111 1111111111111 111 11
lowQualScore : 000 5 5 5 333 55 3 44 44 222222222222222 55 55 99999 1 7 2222222222 666 00000000000000000000000 3 1 7777 1 111111 2 2 999 6666 2 5 666666 777 33 4 2 555 3 888888 88888 44 0 8888 3 000 88888 5 4 0 0 22222 777 66 66666 5 444444 0 5 0 5 1 1111111 77 3 1 99 3 6 99 6 6 6 6 55555555555555555555555555555555555555 5 0 1 77 44444 8888888888888 666666 0 5 5 6 6 6 77 666666 888 1 1 44444 777 3 0 0000 66 4 4 4 55 1 66666666 7777777777777 5 6 6 444 8 33 1
lowQualScore : ... . . . ... .. . .. .. ............... .. .. ..... . . .......... ... ....................... . . .... . ...... . . ... .... . . ...... ... .. . . ... . ...... ..... .. . .... . ... ..... . . . . ..... ... .. ..... . ...... . . . . . ....... .. . . .. . . .. . . . . ...................................... . . . .. ..... ............. ...... . . . . . . .. ...... ... . . ..... ... . . .... .. . . . .. . ........ ............. . . . ... . .. .
lowQualScore : 000 7 0 0 555 55 6 66 66 777777777777777 00 00 11111 0 3 1111111111 444 44444444444444444444444 3 0 1111 0 111111 9 9 111 1111 7 3 222222 333 77 6 9 444 1 888888 66666 22 9 5555 2 222 99999 0 5 2 2 55555 000 66 66666 0 444444 2 0 4 0 4 4444444 99 0 0 22 3 7 88 7 7 7 7 88888888888888888888888888888888888888 7 1 0 99 33333 3333333333333 333333 1 7 7 7 7 7 99 444444 999 7 4 33333 333 1 1 6666 99 4 4 4 22 0 11111111 3333333333333 7 7 7 000 0 88 0
consensus : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCTA--T--ACAGT-G--T--TAAT---------------T--AC--A-----CANC-TC-----T----ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TANG----CAGAG--C---GTTAT-TT-ACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TG-CCTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAG-T-A---AAC--AGTATCAAT--TTNAC-TGT-ACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--A-----CATCTAT------TT------TA-TATACAATNTT--TTC-----AACACGCG-T-G------AATG-TAT-TGAAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
Reference ( family-3360 ) : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCTA--T--ACAGT-G--T--TAAT---------------T--AC--A-----CANC-TC-----T----ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------GTATC-TANG----CANAG--C---GTTAT-TT-ACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TG-NCTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAG-T-A---AAC--AGTATCAAT--TTNAC-TGT-ACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--A-----CATCTAT------TT------TA-TATACAATNTT--TTC-----AACACGCG-T-G------AATG-TAT-TGAAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
gi|1 : ATCACAGACACGATTAATTACAC-A-GCTC--T--ACAGT-G--T--T
gi|1 : a--T--TAAT---------------T--AC--A-----CAGC-TC-----T----ACA-----GTGTTGA--T--TCAAC-----------A-ATC-TAAG----CAGAG--T---GATAT-T--ACAA-GCA----GCATGT---------------CTCGTTT--AATTATAAAGCCCTGTGTTTTGTTTTA-ATGTGATGGAATA--ACATT--ACAATT----ACTTGT-TTTCTG-G-GTTTAACTGAAAAGATGCGACATTAGTCTCTCCCTGCT-TTTA-----GTCATAT-AT-TCTA---CTATATAATAACAG------TATCAATTATCGTATTAGAT-ACAAAAC--AGTATCCATAATTTAC-TGT-ACTAATTTA-CTAATTAGAC-TGCTGCTACATAA--AAGAACCATTTATCCTAATTT------TACTATACA-TGTTCATTCTCCCCAACACGCC-T-GCTCCAGAATGATATGTTAACTATTAATTACGTTAGAACCGTGAATCAGTTTTACTGTTAATGAAAAGTACTA--AAAAAGTATATATCA-C-TTTGTCAAGAATGTGTGTAAA----GCCCGTTGA-AAT-TA--AGTACATCCACTAGTGA--------GTACTTCAACACTGTATAGCGATGTATCTTGTTTTTTGTAAAGTGA-TAAACAAgattcaacaatctaagcagagtgatattacaagcagcatgtctcgtttaattataaagccctgtgttttgttttaatgtgatggaataacattacaattacttgttttctgggtttaactgaaaagatgcgacattagtctctccctgcttttagtcatatattctactatataataacagtatcaattatcgtattagatacaaaacagtatccataatttactgtactaatttactaattagactgctgctacataaaagaaccatttatcctaattttactatacatgttcattctccccaacacgcctgctccagaatgatatgttaactattaattacgttagaaccgtgaatcagttttactgttaatgaaaagtactaaaaaagtatatatcactttgtcaagaatgtgtgtaaagcccgttgaaattaagtacatccactagtgagtacttcaacactgtatagcgatgtatcttgttttttgtaaagtgataaacaatataa
gi|10 : aatcacagacacga-TAAG----CAGAG--C---GTTAT-TT-ACA--TCA----GCATGT-TAATTACAG-TG-CCTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTTTTTCTG-G-GTTTAAATGAG----TG-GATATTAGTCTCTCCCAGCTGATTA------TAAT-G-GT---TA---AT---CAGTATCAG------CATCA-TTAT-tataa
gi|11 : ACAG---TG-TTAATTACAT-A-TCCAAAT--ACTGTTG--T--TAAT---------------TTTA---A-----CATTATG-----T----A-A---CAGTGGTAA----------------------------AAG-----AGAG--T---ACTAC-CTCACA--GCA----GTGTGT-TAATTGCAACTT-TTTAGTT---AATTATA--G--TTG----T-GT---G-A-GTG------TA--AA-TT--AC
gi|12 : ataaatA--C--ACAGT-G--T--TAAT---------------T--AC--A-----CAAC-TC-----A----GCC---GAGT-TCAAGCT--T---C-----------ATAAC-TACATTGCCAAAGACT---GGCCT-TT-ACA--GCT----CCTTGC-TAATTACAG-C--CCTGTTT---ACTTACA--GCACTGTGTTT-GT---G-ACGTG------C---AC-TT--A
gi|13 : TAATTACAC-A-TCTC--T--A--GT-G--T--TAAT---------------T--AC--A-----TATC-TA-----A----ACA---CAGGGTTAC--T--T--GC-----------GTATC-TTAA----CACTT--CTTTGTTAA-TT-ACA--GCA----ATA-----AGCAACAG-T------GTT---GATTTCA-----CAATGTCT-GT---G-CTTTG------TA--AT-TT--actt
gi|14 : TGTTAGTATTCTGTG--------GCC--TTGA-A-T-TA-CAGTACATCCACTAATGA--------GTACTTAAAC---GTAA-CC-ATGT
gi|15 : TGA-A-TATAATAGTACATTCACTACTGA--------GTACTgaaggttatagttggatcagtttctacatatgtaattgaacatcat
gi|15 : T--ACTG---------AGTACTCTTAG-AATT-----TCAACGTTTGATAG-ATTTTGTGGGTAATCAGCC--TTGTTA-T-TA-TAGTACATCCACTAATGA--------GTACTTActtagaatttcaacgtttgatagattttgtgggtaatcagccttgttattatagtacatccactaatgagtactta
gi|16 : tgaatataatagtacattcacATC-TAGG----TTGGA--T---GTT---TT-ACA--ACA----GTATTT-TAATTACAT-TT-AATTCTT---AATTACA--GCCCAGTGTTT-GT---G-ATTTT------TA--TC-TA--ACATGT----ACTTGTGTTTGTG-
gi|17 : TAT-TT-ACA--ATATATAGTATGT-TAATTACAGATG--CTTGTT---AATTACA--GCCCCGTATCT-Gtat
gi|19 : ttcCACAG---TG-TTAAGTACACAA-TCC---T--TCAGC-G--T--TAAT---------------T--AC--A-----CAGC-TC-----T----ACA---CAGcaaattttgtcagacaaa
gi|2 : ATCACAG---TG-TTAATTACAT-A-TCTA--T--ACAGT-G--T--TAAT---------------T--AT--A-----CAGC-TC-----T----ATA---CAGTGTTCA--T--T--AC-----------ATATC-TATG----GATAA--C---ATTAT-TT-ACA--GCA----GTATGT-TAATTACAA-TG-ACTTGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ATATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACTTTAGTCTCTCCCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TATATCATCAG------TACCA-TAAT-GT-TTAG-T-AC--AGC--AGTATCAAT--TTAAC-TTG-ACTAATT-A-CTAATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--AGATT-CATTTAT------TT------CA-TATACAATATT--TTC-----AACACGCG-TGG------AATA-TAT-TGAAC-AT-AATA-CGAT-GACC-ATAAATCAGTT--ATTGT------GAAGTACTT--AGGAATA-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCA--TTGA-A-G-TA-TAGTACATCCACTACTGT--------GTACTTAATC---GTAT-TC-ATGTA-CTAG--TTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATTAACA
gi|3 : A--C--ATAGT-G--T--TAAT---------------T--AC--A-----CATC-TC-----A----ACA---CAGTGTTAA--T--T--ACTAATGTTGTTCGTATC-TAAG----CTGAG--T---GTTAT-TC-ACA--GCA----GTATGA-TAATTACAG-TG-CCTCATT---AGTTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ACGTG------TA--AC-TT--ACATGT----AGTTGTGTTTCTG-G-GTTTCACTGAG----TG-AAAATTAGTCTCTCAATGCTGTTTAGTACCGTAAT-T-ATTTCTT---TT-TACAATATTAG------TATAA-TTAT-GT-TTAG-GAA---AAC--AATATCAAT--TGCAC-TGT-ACTAATT-A-TTTATTTGAA-TG-T------------------ATCCAT------TT------TA-TATACAATTTT--TTC-----ATCGGATGTT-G------AATG-T-T-TG-AT-AT-AAAT-TGAT-GAAT-GTAATTTAGTA--ATTGT------GATGTACTT--ATGAATT-----TCA-T-TTTGTCAGTATTTTGTGTTTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TA-----------AATG----------------------------C-ATGT-------TTTTTAT---GTGA-TAAATCACTA--AATGGATA
gi|4 : -TAATTACAG-TC-CCCTGTT---AATTACA--G-----TG----GT---ACATGTA------TATTAC-TT--ACA-GC-----CTTGTGTTTGTG-ATGTGTAATTAATAT--TG-AACATTAATATCTCACTGCTGTTTA-----GTATT-T-ACATGTATATCT-TACTATACCAGAAGAAACAGTA-CTAT-GA-TTAG-T-------CTTAGCAT---------AC-TG--ACTACTT-ATCTTATTTGAC-TG-TGTTAT-TAGTTATT---TATCTAT------TTCATGTACA-TGTACAATCTT--TTC-----AACACACG-T-G------AAT--CAC-TGAAC-AC--ATT-TAAT-GAAT-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTT--GGAAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTGTTTTGTGTGTG----ACC--TTCA-A-T-TA-TAGTACATCCACTACTGAGTGCATATGTACTTGCAT---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTtt
gi|5 : TTATCTT-ACA--CCA----ATGTGT-TAATTACAT-TG-A----------------------TGTATCT-GT---G-ATGTG------TA--CA-TA--ACATGTTCGTACATGTATGTCTGTGTGTTTAAC-GGT----TA-AATATGAGTCT---------GTTTA-----GTATT-T-ATATCT-------TACAATTTCAG------TATCA-TTTT-GT-TTAA-TGA---AAC--A---TTAGT--TTAGTATATTACTAGTT-A-TTTATCTGTC-TA-TAT---------A-----CA---A----------------A-TATACAATCTT--TTA-----AACTCA-G-T-G------AAT--CAC-TGGAA-GC-AATT-TATT-GAAT-GTAAATAATTT--ATCTT------AAAATACTC--AGGAA---------------TGTCA-------GTGTGTT----GC------A-A-T----------------TACTGA--------GTAC--------------GC-ATGTA-CTTA-TTTTTGT---GCTATTAAGTAACTACTAATTAAcatcttcgcaagccaagtgtcagatt
gi|6 : aaCAGC-T--T--TAAT---------------T--AC--A-----CATC-TCATCTCT----ACA---CAGTGCCAA--TATT--AC-----------ATATTGTAGG----CGGAG--T---GCTAT-TT-GCA--ACA----GTATGT-TAATTACAG-TG-TTTTTTTTTAAATTACA--GCCC--TGTTT-GT---G-ATGTG------TA-------------------ACTTGTG--------------ACTGAC----AG-AACATTAGCCTCTCACTGCAGTTTT-----GTAA----ATA--------T-TACAATATCTG------TTTTA-TC-T-GTATTGG-------AGC--ATTATCAAA--TTTAC-TAT-AATAATT-A-CTTATCT-ACATG-TAT--C-TAT--A-----CA-------------------TG-TATAAAGTATA--TTC-----AACACTTG-C-G------AATA--AT-TGAAC-AC-AAacat
gi|7 : TCACAG---TG-TTAATTACAC-A-GCTC--T--ACAGT-G--T--TGAT---------------T--AC--A-----TGTC-TA-----G----AAAAACCA-TGTTAA--T--T--TC-----------ACATC-TACA----CATAG--C---GTTAT-TT-ACA--TCA----GCATGT-TAATTACAG-TG-CCTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTGGTTTTTCTG-G-GTTTA--TGAG----TG-AACATTAGTC-----------TTTA-----GTAAT-TAATATCTA---GT-TAAAATATCAG------TACAA-TTAT-GT-TTAA-T-AG--AAC--AGT
gi|8 : ACAG---TG-TTAATTACAC-AGTCC---T--ACAGT-GGCTTGTAATGGAGATCAAAAAGTGT--AC--AAAATTCAATATC-----TATAAACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------AGGTC-TATA----CACAG--T---GTTAA-TT-ACA---TA-----TATATCTAAACACAG-TGCACT---------TTCCG--GCGCCGTGTT
gi|8 : CACAG---TG-TTAATTACAG-G-TCTA--TACACAGT-G--T--TAAT---------------T--ACATA-----TATA-TC-----TAA--ACA---CAGTG---------C--AC-----------TT-TC-C-GG----CGCCG--T---GTTAA-TT-GCATGGCA----G--TGT-TGATTACAC-CA-CGGTGTT---AATTACA--GCCA-GTGTTG-GG---G-ATGTG------TA------TAAACATG--------TGTATATATG-C-GTCTGACTGAaattgcatggcagtgttgattacaccacggtgttaattacagccagtgttggggatgtgtataaacatgtgtatatatgcgtctgactga
gi|9 : acagtgttaattacacagtcctacagtggcttgtaatggagatcaaaaagtgtacaaaattcaatatctataaaT------TT------TA-TATACAATGTT--TTC-----AACACCTG-TAG------AATG-T---TGAAC-AT-AATA-CGAT-GACC-GTGAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTA--AAGTATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTAGTGA--------GTACTTAAAT---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAATTA--AATGAATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GACTGGCATTTATACGTAAATAGGTATTGTCTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGA
Unaligned ( gi|20 ): TAATGTCTCATCTTCGCAAGCCATGTGTCCGAT
Unaligned ( gi|21 ): TGTTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGAT
Alignments
lowQualScore : 111 111 222222222222222 1111111111 22222222222222222 111111111 111 11111 11111 11111 111111 1 4444444 88888888888888888888888888888888 1111111 11111 1111111111111 222222 111111 11111 1111 11111111 1111111111111 111 11
lowQualScore : 000 5 5 5 333 55 3 44 44 44 000000000000000 44 88888 1 6 9999999999 1 555 55555 44444444444444444 3 6666 555 1 7777 555 999 5555 2 666666666 666 33 6 2 555 3 888888 88888 44 0 8888 3 000 88888 5 4 0 0 22222 777 66 66666 5 444444 0 5 0 5 1 1111111 77 3 1 99 3 6 99 6 6 6 6 33333333333333333333333333333333 5 6666666 1 77 44444 8888888888888 666666 0 5 5 6 6 6 77 666666 888 1 1 44444 777 3 0 0000 66 4 4 4 55 1 66666666 7777777777777 5 6 6 444 8 33 1
lowQualScore : ... . . . ... .. . .. .. .. ............... .. ..... . . .......... . ... ..... ................. . .... ... . .... ... ... .... . ......... ... .. . . ... . ...... ..... .. . .... . ... ..... . . . . ..... ... .. ..... . ...... . . . . . ....... .. . . .. . . .. . . . . ................................ . ....... . .. ..... ............. ...... . . . . . . .. ...... ... . . ..... ... . . .... .. . . . .. . ........ ............. . . . ... . .. .
lowQualScore : 000 7 0 0 555 55 6 66 22 66 888888888888888 66 33333 0 7 5555555555 8 888 55555 11111111111111111 1 4444 444 5 2222 111 555 7777 5 444444444 999 44 2 9 444 1 888888 66666 22 9 5555 2 222 99999 0 5 2 2 55555 000 66 66666 0 444444 2 0 4 0 4 4444444 99 0 0 22 3 7 88 7 7 7 7 77777777777777777777777777777777 7 6666666 0 99 33333 3333333333333 333333 1 7 7 7 7 7 99 444444 999 7 4 33333 333 1 1 6666 99 4 4 4 22 0 11111111 3333333333333 7 7 7 000 0 88 0
consensus : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--A-----CATC-TC-----T----ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAN---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAG-T-A---AAC--AGTATCAAT--TTNAC-TGT-ACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--A-----C--ATCTAT------TTTA-TATACA------ATNTT--TTC-----AACACGCG-T-G------AATG-TAT-TGAAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
Reference ( family-3360 ) : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--A-----CANC-TC-----T----ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAN---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAG-T-A---AAC--AGTATCAAT--TTNAC-TGT-ACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--A-----C--ATCTAT------TTTA-TATACA------ATNTT--TTC-----AACACGCG-T-G------AATG-TAT-TGAAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
gi|1 : ATCACAGACACGATTAATTACAC-A-GCT--CT--ACAG-TG--T--T
gi|1 : a--T--TAA--T---------------TAC--A-----CAGC-TC-----T----ACA-----GTGTTGA--T--TCAAC-----------A-ATC-TAA---GC---AGAGT---GATA-T-T-ACAA-GCA----GCATGT---------------CTCGTTT--AATTATAAAGCCCTGTGTTTTGTTTTA-ATGTGATGGAATA--ACATT--ACAATT----ACTTGT-TTTCTG-G-GTTTAACTGAAAAGATGCGACATTAGTCTCTCCCTGCT-TTTA-----GTCATAT-AT-TCTA---CTATATAATAACAG------TATCAATTATCGTATTAGAT-ACAAAAC--AGTATCCATAATTTAC-TGT-ACTAATTTA-CTAATTAGAC-TGCTGCTACATAA--AAGAACC--ATTTATCCTAATTTTACTATACA-------TGTTCATTCTCCCCAACACGCC-T-GCTCCAGAATGATATGTTAACTATTAATTACGTTAGAACCGTGAATCAGTTTTACTGTTAATGAAAAGTACTA--AAAAAGTATATATCA-C-TTTGTCAAGAATGTGTGTAAA----GCCCGTTGA-AAT-TA--AGTACATCCACTAGTGA--------GTACTTCAACACTGTATAGCGATGTATCTTGTTTTTTGTAAAGTGA-TAAACAAgattcaacaatctaagcagagtgatattacaagcagcatgtctcgtttaattataaagccctgtgttttgttttaatgtgatggaataacattacaattacttgttttctgggtttaactgaaaagatgcgacattagtctctccctgcttttagtcatatattctactatataataacagtatcaattatcgtattagatacaaaacagtatccataatttactgtactaatttactaattagactgctgctacataaaagaaccatttatcctaattttactatacatgttcattctccccaacacgcctgctccagaatgatatgttaactattaattacgttagaaccgtgaatcagttttactgttaatgaaaagtactaaaaaagtatatatcactttgtcaagaatgtgtgtaaagcccgttgaaattaagtacatccactagtgagtacttcaacactgtatagcgatgtatcttgttttttgtaaagtgataaacaatataa
gi|10 : aatcacagacacga-TAA---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--TCA----GCATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTTTTTCTG-G-GTTTAAATGAG----TG-GATATTAGTCTCTCCCAGCTGATTA------TAAT-G-GT---TA---AT---CAGTATCAG------CATCA-TTAT-tataa
gi|11 : ACAG---TG-TTAATTACAT-A-TCCAAAT--ACTGTTG--T--TAATTT---------------TA---A-----CATTATG-----T----A-A---CAGTGGTAA----------------------------AA---G----AGAGT---ACTACC-TCACA--GCA----GTGTGT-TAATTGCAACTTT-TTAGTT---AATTATA--G--TTG----T-GT---G-A-GTG------TA--AA-TT--AC
gi|12 : ataaat--AC--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--A-----CAAC-TC-----A----GCC---GAGT-TCAAGCT--T---C-----------ATAAC-TACATTGCCAAAGACT---GGCC-T-TTACA--GCT----CCTTGC-TAATTACAG-C-C-CTGTTT---ACTTACA--GCACTGTGTTT-GT---G-ACGTG------C---AC-TT--A
gi|13 : --TAA--T---------------TAC--A-----CATC-TC-----T----A-------GTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAA---AC---ACAGG---GTTA-C-TTGC----------GTATCT-TAA---CAC-TTC-TTTGTT---AATTACA--GCactt
gi|13 : TAATTACAC-A-TCT--CT--A--G-TG--T--TAA--T---------------TAC--A-----TATC-TA-----A----ACA---CAGGGTTAC--T--T--GC-----------GTATC-TTA---AC---ACTTCTTTGTTA-A-TTACA--GCA----ATA-----AGCAACAG-T------GTT---GATTTCA-----CAATGTCT-GT---G-CTTTG------TA--AT-TT--aataagcaacagtgttgatttcacaatgtctgtgctttgtaattt
gi|14 : TGTTAGTATTCTGTG--------GCC--TTGA-A-T-TA-CAGTACATCCACTAATGA--------GTACTTAAAC---GTAA-CC-ATGT
gi|15 : TGA-A-TATAATAGTACATTCACTACTGA--------GTACTgaaggttatagttggatcagtttctacatatgtaattgaacatcat
gi|15 : T--ACTG---------AGTACTCTTAG-AATT-----TCAACGTTTGATAG-ATTTTGTGGGTAATCAGCC--TTGTTA-T-TA-TAGTACATCCACTAATGA--------GTACTTActtagaatttcaacgtttgatagattttgtgggtaatcagccttgttattatagtacatccactaatgagtactta
gi|16 : tgaatataatagtacattcacATC-TAG---GT---TGGAT---GTT----TTACA--ACA----GTATTT-TAATTACAT-TTA-ATTCTT---AATTACA--GCCCAGTGTTT-GT---G-ATTTT------TA--TC-TA--ACATGT----ACTTGTGTTTGTG-
gi|17 : TA-T-TTACA--ATATATAGTATGT-TAATTACAGATG--CTTGTT---AATTACA--GCCCCGTATCT-Gtat
gi|19 : ttcCACAG---TG-TTAAGTACACAA-TCC---T--TCAG-CG--T--TAA--T---------------TAC--A-----CAGC-TC-----T----ACA---CAGcaaattttgtcagacaaa
gi|2 : ATCACAG---TG-TTAATTACAT-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAT--A-----CAGC-TC-----T----ATA---CAGTGTTCA--T--T--AC-----------ATATC-TAT---GG---ATAAC---ATTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAA-TGA-CTTGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ATATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACTTTAGTCTCTCCCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TATATCATCAG------TACCA-TAAT-GT-TTAG-T-AC--AGC--AGTATCAAT--TTAAC-TTG-ACTAATT-A-CTAATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--AGATT-C--ATTTAT------TTCA-TATACA------ATATT--TTC-----AACACGCG-TGG------AATA-TAT-TGAAC-AT-AATA-CGAT-GACC-ATAAATCAGTT--ATTGT------GAAGTACTT--AGGAATA-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCA--TTGA-A-G-TA-TAGTACATCCACTACTGT--------GTACTTAATC---GTAT-TC-ATGTA-CTAG--TTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATTAACA
gi|3 : --AC--ATAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--A-----CATC-TC-----A----ACA---CAGTGTTAA--T--T--ACTAATGTTGTTCGTATC-TAA---GC---TGAGT---GTTA-T-TCACA--GCA----GTATGA-TAATTACAG-TGC-CTCATT---AGTTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ACGTG------TA--AC-TT--ACATGT----AGTTGTGTTTCTG-G-GTTTCACTGAG----TG-AAAATTAGTCTCTCAATGCTGTTTAGTACCGTAAT-T-ATTTCTT---TT-TACAATATTAG------TATAA-TTAT-GT-TTAG-GAA---AAC--AATATCAAT--TGCAC-TGT-ACTAATT-A-TTTATTTGAA-TG-T--------------------ATCCAT------TTTA-TATACA------ATTTT--TTC-----ATCGGATGTT-G------AATG-T-T-TG-AT-AT-AAAT-TGAT-GAAT-GTAATTTAGTA--ATTGT------GATGTACTT--ATGAATT-----TCA-T-TTTGTCAGTATTTTGTGTTTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TA-----------AATG----------------------------C-ATGT-------TTTTTAT---GTGA-TAAATCACTA--AATGGATA
gi|4 : -TAATTACAG-TCC-CCTGTT---AATTACA--G-----TG----GT---ACATGTA------TATTAC-TT--ACA-GC-----CTTGTGTTTGTG-ATGTGTAATTAATAT--TG-AACATTAATATCTCACTGCTGTTTA-----GTATT-T-ACATGTATATCT-TACTATACCAGAAGAAACAGTA-CTAT-GA-TTAG-T-------CTTAGCAT---------AC-TG--ACTACTT-ATCTTATTTGAC-TG-TGTTAT-TAGTTA-----TTTATCTAT------TTCA-TGTACATGTACAATCTT--TTC-----AACACACG-T-G------AAT--CAC-TGAAC-AC-A-TT-TAAT-GAAT-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTT--GGAAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTGTTTTGTGTGTG----ACC--TTCA-A-T-TA-TAGTACATCCACTACTGAGTGCATATGTACTTGCAT---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTtt
gi|5 : TTA-TCTTACA--CCA----ATGTGT-TAATTACA----------TT---GAT-----------GTATCT-GT---G-ATGTG------TA--CA-TA--ACATGTTCGTACATGTATGTCTGTGTGTTTAAC-GGT----TA-AATATGAGTCT---------GTTTA-----GTATT-T-ATATCT-------TACAATTTCAG------TATCA-TTTT-GT-TTAA-TGA---AAC--A---TTAGT--TTAGTATATTACTAGTT-A-TTTATCTGTC-TA-TAT---------A-----C--A---A----------A-TATACA------ATCTT--TTA-----AACTCA-G-T-G------AAT--CAC-TGGAA-GC-AATT-TATT-GAAT-GTAAATAATTT--ATCTT------AAAATACTC--AGGAA---------------TGTCA-------GTGTGTT----GC------A-A-T----------------TACTGA--------GTAC--------------GC-ATGTA-CTTA-TTTTTGT---GCTATTAAGTAACTACTAATTAAcatcttcgcaagccaagtgtcagatt
gi|6 : aaCAG-CT--T--TAA--T---------------TAC--A-----CATC-TCATCTCT----ACA---CAGTGCCAA--TATT--AC-----------ATATTGTAG---GC---GGAGT---GCTA-T-TTGCA--ACA----GTATGT-TAATTACAG-TGT-TTTTTTTTAAATTACA--GCCC--TGTTT-GT---G-ATGTG------TA-------------------ACTTGTG--------------ACTGAC----AG-AACATTAGCCTCTCACTGCAGTTTT-----GTAA----ATA--------T-TACAATATCTG------TTTTA-TC-T-GTATTGG-------AGC--ATTATCAAA--TTTAC-TAT-AATAATT-A-CTTATCT-ACATG-TAT--C-TAT--A-----C--A-------------TG-TATAAA------GTATA--TTC-----AACACTTG-C-G------AATA--AT-TGAAC-AC-AAacat
gi|7 : TCACAG---TG-TTAATTACAC-A-GCT--CT--ACAG-TG--T--TGA--T---------------TAC--A-----TGTC-TA-----G----AAAAACCA-TGTTAA--T--T--TC-----------ACATC-TAC---AC---ATAGC---GTTA-T-TTACA--TCA----GCATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTGGTTTTTCTG-G-GTTTA--TGAG----TG-AACATTAGTC-----------TTTA-----GTAAT-TAATATCTA---GT-TAAAATATCAG------TACAA-TTAT-GT-TTAA-T-AG--AAC--AGT
gi|8 : ACAG---TG-TTAATTACAC-AGTCC---T--ACAG-TGGCTTGTAA--TGGAGATCAAAAAGTGTAC--AAAATTCAATATC-----TATAAACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------AGGTC-TAT---AC---ACAGT---GTTA-A-TTACA---TA-----TATATCTAAACACAG-TGCACT---------TTCCG--GCGCCGTGTT
gi|8 : CACAG---TG-TTAATTACAG-G-TCT--ATACACAG-TG--T--TAA--T---------------TACATA-----TATA-TC-----TAA--ACA---CAGTG-CAC--T--T------------------TC-C-G---GC---GCCGT---GTTA-A-TTGCATGGCA----G--TGT-TGATTACAC-CAC-GGTGTT---AATTACA--GCCA-GTGTTG-GG---G-ATGTG------TA------TAAACATG--------TGTATATATG-C-GTCTGACTGAaattgcatggcagtgttgattacaccacggtgttaattacagccagtgttggggatgtgtataaacatgtgtatatatgcgtctgactga
gi|9 : acagtgttaattacacagtcctacagtggcttgtaatggagatcaaaaagtgtacaaaattcaatatctataaaT------TTTA-TATACA------ATGTT--TTC-----AACACCTG-TAG------AATG-T---TGAAC-AT-AATA-CGAT-GACC-GTGAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTA--AAGTATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTAGTGA--------GTACTTAAAT---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAATTA--AATGAATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GACTGGCATTTATACGTAAATAGGTATTGTCTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGA
Unaligned ( gi|20 ): TAATGTCTCATCTTCGCAAGCCATGTGTCCGAT
Unaligned ( gi|21 ): TGTTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGAT
Alignments
lowQualScore : 111 111 222222222222222 11111111 11111111 22222222222222222 111111111 111 11111 11111 11111 111111 1 4444444 88888888888888888888888888888888 1111111 11111 1111111111111 222222 111111 11111 1111 11111111 1111111111111 111 11
lowQualScore : 000 5 5 5 333 55 3 44 44 44 000000000000000 66666666 3 77777777 1 555 55555 44444444444444444 3 6666 555 1 7777 555 999 5555 2 666666666 666 33 6 2 555 3 888888 88888 44 0 8888 3 000 88888 5 4 0 0 22222 777 66 66666 5 444444 0 5 0 5 1 1111111 77 3 1 99 3 6 99 6 6 6 6 33333333333333333333333333333333 5 6666666 1 77 44444 8888888888888 666666 0 5 5 6 6 6 77 666666 888 1 1 44444 777 3 0 0000 66 4 4 4 55 1 66666666 7777777777777 5 6 6 444 8 33 1
lowQualScore : ... . . . ... .. . .. .. .. ............... ........ . ........ . ... ..... ................. . .... ... . .... ... ... .... . ......... ... .. . . ... . ...... ..... .. . .... . ... ..... . . . . ..... ... .. ..... . ...... . . . . . ....... .. . . .. . . .. . . . . ................................ . ....... . .. ..... ............. ...... . . . . . . .. ...... ... . . ..... ... . . .... .. . . . .. . ........ ............. . . . ... . .. .
lowQualScore : 000 7 0 0 555 55 6 66 22 66 888888888888888 77777777 3 00000000 8 888 55555 11111111111111111 1 4444 444 5 2222 111 555 7777 5 444444444 999 44 2 9 444 1 888888 66666 22 9 5555 2 222 99999 0 5 2 2 55555 000 66 66666 0 444444 2 0 4 0 4 4444444 99 0 0 22 3 7 88 7 7 7 7 77777777777777777777777777777777 7 6666666 0 99 33333 3333333333333 333333 1 7 7 7 7 7 99 444444 999 7 4 33333 333 1 1 6666 99 4 4 4 22 0 11111111 3333333333333 7 7 7 000 0 88 0
consensus : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----T--ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAN---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAG-T-A---AAC--AGTATCAAT--TTNAC-TGT-ACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--A-----C--ATCTAT------TTTA-TATACA------ATNTT--TTC-----AACACGCG-T-G------AATG-TAT-TGAAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
Reference ( family-3360 ) : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----T--ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAN---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAG-T-A---AAC--AGTATCAAT--TTNAC-TGT-ACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--A-----C--ATCTAT------TTTA-TATACA------ATNTT--TTC-----AACACGCG-T-G------AATG-TAT-TGAAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
gi|1 : ATCACAGACACGATTAATTACAC-A-GCT--CT--ACAG-TG--T--T
gi|1 : a--T--TAA--T---------------TAC--------ACAGC-TC-----T--ACA-----GTGTTGA--T--TCAAC-----------A-ATC-TAA---GC---AGAGT---GATA-T-T-ACAA-GCA----GCATGT---------------CTCGTTT--AATTATAAAGCCCTGTGTTTTGTTTTA-ATGTGATGGAATA--ACATT--ACAATT----ACTTGT-TTTCTG-G-GTTTAACTGAAAAGATGCGACATTAGTCTCTCCCTGCT-TTTA-----GTCATAT-AT-TCTA---CTATATAATAACAG------TATCAATTATCGTATTAGAT-ACAAAAC--AGTATCCATAATTTAC-TGT-ACTAATTTA-CTAATTAGAC-TGCTGCTACATAA--AAGAACC--ATTTATCCTAATTTTACTATACA-------TGTTCATTCTCCCCAACACGCC-T-GCTCCAGAATGATATGTTAACTATTAATTACGTTAGAACCGTGAATCAGTTTTACTGTTAATGAAAAGTACTA--AAAAAGTATATATCA-C-TTTGTCAAGAATGTGTGTAAA----GCCCGTTGA-AAT-TA--AGTACATCCACTAGTGA--------GTACTTCAACACTGTATAGCGATGTATCTTGTTTTTTGTAAAGTGA-TAAACAAgattcaacaatctaagcagagtgatattacaagcagcatgtctcgtttaattataaagccctgtgttttgttttaatgtgatggaataacattacaattacttgttttctgggtttaactgaaaagatgcgacattagtctctccctgcttttagtcatatattctactatataataacagtatcaattatcgtattagatacaaaacagtatccataatttactgtactaatttactaattagactgctgctacataaaagaaccatttatcctaattttactatacatgttcattctccccaacacgcctgctccagaatgatatgttaactattaattacgttagaaccgtgaatcagttttactgttaatgaaaagtactaaaaaagtatatatcactttgtcaagaatgtgtgtaaagcccgttgaaattaagtacatccactagtgagtacttcaacactgtatagcgatgtatcttgttttttgtaaagtgataaacaatataa
gi|10 : aatcacagacacga-TAA---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--TCA----GCATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTTTTTCTG-G-GTTTAAATGAG----TG-GATATTAGTCTCTCCCAGCTGATTA------TAAT-G-GT---TA---AT---CAGTATCAG------CATCA-TTAT-tataa
gi|11 : ACAG---TG-TTAATTACAT-A-TCCAAAT--ACTGTTG--T--TAATTT---------------TA---------ACATTATG-----T--A-A---CAGTGGTAA----------------------------AA---G----AGAGT---ACTACC-TCACA--GCA----GTGTGT-TAATTGCAACTTT-TTAGTT---AATTATA--G--TTG----T-GT---G-A-GTG------TA--AA-TT--AC
gi|12 : ataaat--AC--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACAAC-TC-----A--GCC---GAGT-TCAAGCT--T---C-----------ATAAC-TACATTGCCAAAGACT---GGCC-T-TTACA--GCT----CCTTGC-TAATTACAG-C-C-CTGTTT---ACTTACA--GCACTGTGTTT-GT---G-ACGTG------C---AC-TT--A
gi|13 : --TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----T--A-------GTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAA---AC---ACAGG---GTTA-C-TTGC----------GTATCT-TA---ACAC-TTC-TTTGTT---AATTACA--GCactt
gi|13 : TAATTACAC-A-TCT--CT--A--G-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ATATC-TA-----A--ACA---CAGGGTTAC--T--T--GC-----------GTATC-TTA---AC---ACTTCTTTGTTA-A-TTACA--GCA----ATA-----AGCAACAG-T------GTT---GATTTCA-----CAATGTCT-GT---G-CTTTG------TA--AT-TT--aataagcaacagtgttgatttcacaatgtctgtgctttgtaattt
gi|14 : TGTTAGTATTCTGTG--------GCC--TTGA-A-T-TA-CAGTACATCCACTAATGA--------GTACTTAAAC---GTAA-CC-ATGT
gi|15 : TGA-A-TATAATAGTACATTCACTACTGA--------GTACTgaaggttatagttggatcagtttctacatatgtaattgaacatcat
gi|15 : T--ACTG---------AGTACTCTTAG-AATT-----TCAACGTTTGATAG-ATTTTGTGGGTAATCAGCC--TTGTTA-T-TA-TAGTACATCCACTAATGA--------GTACTTActtagaatttcaacgtttgatagattttgtgggtaatcagccttgttattatagtacatccactaatgagtactta
gi|16 : tgaatataatagtacattcacATC-TAG---GT---TGGAT---GTT----TTACA--ACA----GTATTT-TAATTACAT-TTA-ATTCTT---AATTACA--GCCCAGTGTTT-GT---G-ATTTT------TA--TC-TA--ACATGT----ACTTGTGTTTGTG-
gi|17 : TA-T-TTACA--ATATATAGTATGT-TAATTACAGATG--CTTGTT---AATTACA--GCCCCGTATCT-Gtat
gi|19 : ttcCACAG---TG-TTAAGTACACAA-TCC---T--TCAG-CG--T--TAA--T---------------TAC--------ACAGC-TC-----T--ACA---CAGcaaattttgtcagacaaa
gi|2 : ATCACAG---TG-TTAATTACAT-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAT--------ACAGC-TC-----T--ATA---CAGTGTTCA--T--T--AC-----------ATATC-TAT---GG---ATAAC---ATTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAA-TGA-CTTGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ATATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACTTTAGTCTCTCCCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TATATCATCAG------TACCA-TAAT-GT-TTAG-T-AC--AGC--AGTATCAAT--TTAAC-TTG-ACTAATT-A-CTAATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--AGATT-C--ATTTAT------TTCA-TATACA------ATATT--TTC-----AACACGCG-TGG------AATA-TAT-TGAAC-AT-AATA-CGAT-GACC-ATAAATCAGTT--ATTGT------GAAGTACTT--AGGAATA-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCA--TTGA-A-G-TA-TAGTACATCCACTACTGT--------GTACTTAATC---GTAT-TC-ATGTA-CTAG--TTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATTAACA
gi|3 : --AC--ATAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----A--ACA---CAGTGTTAA--T--T--ACTAATGTTGTTCGTATC-TAA---GC---TGAGT---GTTA-T-TCACA--GCA----GTATGA-TAATTACAG-TGC-CTCATT---AGTTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ACGTG------TA--AC-TT--ACATGT----AGTTGTGTTTCTG-G-GTTTCACTGAG----TG-AAAATTAGTCTCTCAATGCTGTTTAGTACCGTAAT-T-ATTTCTT---TT-TACAATATTAG------TATAA-TTAT-GT-TTAG-GAA---AAC--AATATCAAT--TGCAC-TGT-ACTAATT-A-TTTATTTGAA-TG-T--------------------ATCCAT------TTTA-TATACA------ATTTT--TTC-----ATCGGATGTT-G------AATG-T-T-TG-AT-AT-AAAT-TGAT-GAAT-GTAATTTAGTA--ATTGT------GATGTACTT--ATGAATT-----TCA-T-TTTGTCAGTATTTTGTGTTTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TA-----------AATG----------------------------C-ATGT-------TTTTTAT---GTGA-TAAATCACTA--AATGGATA
gi|4 : -TAATTACAG-TCC-CCTGTT---AATTACA--G-----TG----GT---ACATGTA------TATTAC-TT--ACA-GC-----CTTGTGTTTGTG-ATGTGTAATTAATAT--TG-AACATTAATATCTCACTGCTGTTTA-----GTATT-T-ACATGTATATCT-TACTATACCAGAAGAAACAGTA-CTAT-GA-TTAG-T-------CTTAGCAT---------AC-TG--ACTACTT-ATCTTATTTGAC-TG-TGTTAT-TAGTTA-----TTTATCTAT------TTCA-TGTACATGTACAATCTT--TTC-----AACACACG-T-G------AAT--CAC-TGAAC-AC-A-TT-TAAT-GAAT-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTT--GGAAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTGTTTTGTGTGTG----ACC--TTCA-A-T-TA-TAGTACATCCACTACTGAGTGCATATGTACTTGCAT---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTtt
gi|5 : TTA-TCTTACA--CCA----ATGTGT-TAATTACA----------TT---GAT-----------GTATCT-GT---G-ATGTG------TA--CA-TA--ACATGTTCGTACATGTATGTCTGTGTGTTTAAC-GGT----TA-AATATGAGTCT---------GTTTA-----GTATT-T-ATATCT-------TACAATTTCAG------TATCA-TTTT-GT-TTAA-TGA---AAC--A---TTAGT--TTAGTATATTACTAGTT-A-TTTATCTGTC-TA-TAT---------A-----C--A---A----------A-TATACA------ATCTT--TTA-----AACTCA-G-T-G------AAT--CAC-TGGAA-GC-AATT-TATT-GAAT-GTAAATAATTT--ATCTT------AAAATACTC--AGGAA---------------TGTCA-------GTGTGTT----GC------A-A-T----------------TACTGA--------GTAC--------------GC-ATGTA-CTTA-TTTTTGT---GCTATTAAGTAACTACTAATTAAcatcttcgcaagccaagtgtcagatt
gi|6 : aaCAG-CT--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TCATCTCT--ACA---CAGTGCCAA--TATT--AC-----------ATATTGTAG---GC---GGAGT---GCTA-T-TTGCA--ACA----GTATGT-TAATTACAG-TGT-TTTTTTTTAAATTACA--GCCC--TGTTT-GT---G-ATGTG------TA-------------------ACTTGTG--------------ACTGAC----AG-AACATTAGCCTCTCACTGCAGTTTT-----GTAA----ATA--------T-TACAATATCTG------TTTTA-TC-T-GTATTGG-------AGC--ATTATCAAA--TTTAC-TAT-AATAATT-A-CTTATCT-ACATG-TAT--C-TAT--A-----C--A-------------TG-TATAAA------GTATA--TTC-----AACACTTG-C-G------AATA--AT-TGAAC-AC-AAacat
gi|7 : TCACAG---TG-TTAATTACAC-A-GCT--CT--ACAG-TG--T--TGA--T---------------TAC--------ATGTC-TA-----G--AAAAACCA-TGTTAA--T--T--TC-----------ACATC-TAC---AC---ATAGC---GTTA-T-TTACA--TCA----GCATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTGGTTTTTCTG-G-GTTTA--TGAG----TG-AACATTAGTC-----------TTTA-----GTAAT-TAATATCTA---GT-TAAAATATCAG------TACAA-TTAT-GT-TTAA-T-AG--AAC--AGT
gi|8 : ACAG---TG-TTAATTACAC-AGTCC---T--ACAG-TGGCTTGTAA--TGGAGATCAAAAAGTGTACAAAATTCAATATC-TA-----TAAACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------AGGTC-TAT---AC---ACAGT---GTTA-A-TTACA---TA-----TATATCTAAACACAG-TGCACT---------TTCCG--GCGCCGTGTT
gi|8 : CACAG---TG-TTAATTACAG-G-TCT--ATACACAG-TG--T--TAA--T---------------TACAT------ATATA-TC-----TAAACA---CAGTG-CAC--T--T------------------TC-C-G---GC---GCCGT---GTTA-A-TTGCATGGCA----G--TGT-TGATTACAC-CAC-GGTGTT---AATTACA--GCCA-GTGTTG-GG---G-ATGTG------TA------TAAACATG--------TGTATATATG-C-GTCTGACTGAaattgcatggcagtgttgattacaccacggtgttaattacagccagtgttggggatgtgtataaacatgtgtatatatgcgtctgactga
gi|9 : acagtgttaattacacagtcctacagtggcttgtaatggagatcaaaaagtgtacaaaattcaatatctataaaT------TTTA-TATACA------ATGTT--TTC-----AACACCTG-TAG------AATG-T---TGAAC-AT-AATA-CGAT-GACC-GTGAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTA--AAGTATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTAGTGA--------GTACTTAAAT---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAATTA--AATGAATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GACTGGCATTTATACGTAAATAGGTATTGTCTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGA
Unaligned ( gi|20 ): TAATGTCTCATCTTCGCAAGCCATGTGTCCGAT
Unaligned ( gi|21 ): TGTTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGAT
Alignments
lowQualScore : 111 111 222222222222222 11111111 11111111 22222222222222222 111111111 111 11111 11111 11111 111111 1 4444444 88888888888888888888888888888888 1111111 11111 1111111111111 222222 111111 11111 1111 11111111 1111111111111 111 11
lowQualScore : 000 5 5 5 333 55 3 44 44 44 000000000000000 66666666 3 77777777 1 555 55555 44444444444444444 3 6666 555 1 7777 555 999 5555 2 666666666 666 33 6 2 555 3 888888 88888 44 0 8888 3 000 88888 5 4 0 0 22222 777 66 66666 5 444444 0 5 0 5 1 1111111 77 3 1 99 3 6 99 6 6 6 6 33333333333333333333333333333333 5 6666666 1 77 44444 8888888888888 666666 0 5 5 6 6 6 77 666666 888 1 1 44444 777 3 0 0000 66 4 4 4 55 1 66666666 7777777777777 5 6 6 444 8 33 1
lowQualScore : ... . . . ... .. . .. .. .. ............... ........ . ........ . ... ..... ................. . .... ... . .... ... ... .... . ......... ... .. . . ... . ...... ..... .. . .... . ... ..... . . . . ..... ... .. ..... . ...... . . . . . ....... .. . . .. . . .. . . . . ................................ . ....... . .. ..... ............. ...... . . . . . . .. ...... ... . . ..... ... . . .... .. . . . .. . ........ ............. . . . ... . .. .
lowQualScore : 000 7 0 0 555 55 6 66 22 66 888888888888888 77777777 3 00000000 8 888 55555 11111111111111111 1 4444 444 5 2222 111 555 7777 5 444444444 999 44 2 9 444 1 888888 66666 22 9 5555 2 222 99999 0 5 2 2 55555 000 66 66666 0 444444 2 0 4 0 4 4444444 99 0 0 22 3 7 88 7 7 7 7 77777777777777777777777777777777 7 6666666 0 99 33333 3333333333333 333333 1 7 7 7 7 7 99 444444 999 7 4 33333 333 1 1 6666 99 4 4 4 22 0 11111111 3333333333333 7 7 7 000 0 88 0
consensus : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----T--ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAN---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAG-T-A---AAC--AGTATCAAT--TTNAC-TGT-ACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--A-----C--ATCTAT------TTTA-TATACA------ATNTT--TTC-----AACACGCG-T-G------AATG-TAT-TGAAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
Reference ( family-3360 ) : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----T--ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAN---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAG-T-A---AAC--AGTATCAAT--TTNAC-TGT-ACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--A-----C--ATCTAT------TTTA-TATACA------ATNTT--TTC-----AACACGCG-T-G------AATG-TAT-TGAAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
gi|1 : ATCACAGACACGATTAATTACAC-A-GCT--CT--ACAG-TG--T--T
gi|1 : a--T--TAA--T---------------TAC--------ACAGC-TC-----T--ACA-----GTGTTGA--T--TCAAC-----------A-ATC-TAA---GC---AGAGT---GATA-T-T-ACAA-GCA----GCATGT---------------CTCGTTT--AATTATAAAGCCCTGTGTTTTGTTTTA-ATGTGATGGAATA--ACATT--ACAATT----ACTTGT-TTTCTG-G-GTTTAACTGAAAAGATGCGACATTAGTCTCTCCCTGCT-TTTA-----GTCATAT-AT-TCTA---CTATATAATAACAG------TATCAATTATCGTATTAGAT-ACAAAAC--AGTATCCATAATTTAC-TGT-ACTAATTTA-CTAATTAGAC-TGCTGCTACATAA--AAGAACC--ATTTATCCTAATTTTACTATACA-------TGTTCATTCTCCCCAACACGCC-T-GCTCCAGAATGATATGTTAACTATTAATTACGTTAGAACCGTGAATCAGTTTTACTGTTAATGAAAAGTACTA--AAAAAGTATATATCA-C-TTTGTCAAGAATGTGTGTAAA----GCCCGTTGA-AAT-TA--AGTACATCCACTAGTGA--------GTACTTCAACACTGTATAGCGATGTATCTTGTTTTTTGTAAAGTGA-TAAACAAgattcaacaatctaagcagagtgatattacaagcagcatgtctcgtttaattataaagccctgtgttttgttttaatgtgatggaataacattacaattacttgttttctgggtttaactgaaaagatgcgacattagtctctccctgcttttagtcatatattctactatataataacagtatcaattatcgtattagatacaaaacagtatccataatttactgtactaatttactaattagactgctgctacataaaagaaccatttatcctaattttactatacatgttcattctccccaacacgcctgctccagaatgatatgttaactattaattacgttagaaccgtgaatcagttttactgttaatgaaaagtactaaaaaagtatatatcactttgtcaagaatgtgtgtaaagcccgttgaaattaagtacatccactagtgagtacttcaacactgtatagcgatgtatcttgttttttgtaaagtgataaacaatataa
gi|10 : aatcacagacacga-TAA---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--TCA----GCATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTTTTTCTG-G-GTTTAAATGAG----TG-GATATTAGTCTCTCCCAGCTGATTA------TAAT-G-GT---TA---AT---CAGTATCAG------CATCA-TTAT-tataa
gi|11 : ACAG---TG-TTAATTACAT-A-TCCAAAT--ACTGTTG--T--TAATTT---------------TA---------ACATTATG-----T--A-A---CAGTGGTAA----------------------------AA---G----AGAGT---ACTACC-TCACA--GCA----GTGTGT-TAATTGCAACTTT-TTAGTT---AATTATA--G--TTG----T-GT---G-A-GTG------TA--AA-TT--AC
gi|12 : ataaat--AC--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACAAC-TC-----A--GCC---GAGT-TCAAGCT--T---C-----------ATAAC-TACATTGCCAAAGACT---GGCC-T-TTACA--GCT----CCTTGC-TAATTACAG-C-C-CTGTTT---ACTTACA--GCACTGTGTTT-GT---G-ACGTG------C---AC-TT--A
gi|13 : --TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----T--A-------GTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAA---AC---ACAGG---GTTA-C-TTGC----------GTATCT-TA---ACAC-TTC-TTTGTT---AATTACA--GCactt
gi|13 : TAATTACAC-A-TCT--CT--A--G-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ATATC-TA-----A--ACA---CAGGGTTAC--T--T--GC-----------GTATC-TTA---AC---ACTTCTTTGTTA-A-TTACA--GCA----ATA-----AGCAACAG-T------GTT---GATTTCA-----CAATGTCT-GT---G-CTTTG------TA--AT-TT--aataagcaacagtgttgatttcacaatgtctgtgctttgtaattt
gi|14 : TGTTAGTATTCTGTG--------GCC--TTGA-A-T-TA-CAGTACATCCACTAATGA--------GTACTTAAAC---GTAA-CC-ATGT
gi|15 : TGA-A-TATAATAGTACATTCACTACTGA--------GTACTgaaggttatagttggatcagtttctacatatgtaattgaacatcat
gi|15 : T--ACTG---------AGTACTCTTAG-AATT-----TCAACGTTTGATAG-ATTTTGTGGGTAATCAGCC--TTGTTA-T-TA-TAGTACATCCACTAATGA--------GTACTTActtagaatttcaacgtttgatagattttgtgggtaatcagccttgttattatagtacatccactaatgagtactta
gi|16 : tgaatataatagtacattcacATC-TAG---GT---TGGAT---GTT----TTACA--ACA----GTATTT-TAATTACAT-TTA-ATTCTT---AATTACA--GCCCAGTGTTT-GT---G-ATTTT------TA--TC-TA--ACATGT----ACTTGTGTTTGTG-
gi|17 : TA-T-TTACA--ATATATAGTATGT-TAATTACAGATG--CTTGTT---AATTACA--GCCCCGTATCT-Gtat
gi|19 : ttcCACAG---TG-TTAAGTACACAA-TCC---T--TCAG-CG--T--TAA--T---------------TAC--------ACAGC-TC-----T--ACA---CAGcaaattttgtcagacaaa
gi|2 : ATCACAG---TG-TTAATTACAT-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAT--------ACAGC-TC-----T--ATA---CAGTGTTCA--T--T--AC-----------ATATC-TAT---GG---ATAAC---ATTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAA-TGA-CTTGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ATATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACTTTAGTCTCTCCCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TATATCATCAG------TACCA-TAAT-GT-TTAG-T-AC--AGC--AGTATCAAT--TTAAC-TTG-ACTAATT-A-CTAATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--AGATT-C--ATTTAT------TTCA-TATACA------ATATT--TTC-----AACACGCG-TGG------AATA-TAT-TGAAC-AT-AATA-CGAT-GACC-ATAAATCAGTT--ATTGT------GAAGTACTT--AGGAATA-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCA--TTGA-A-G-TA-TAGTACATCCACTACTGT--------GTACTTAATC---GTAT-TC-ATGTA-CTAG--TTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATTAACA
gi|3 : --AC--ATAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----A--ACA---CAGTGTTAA--T--T--ACTAATGTTGTTCGTATC-TAA---GC---TGAGT---GTTA-T-TCACA--GCA----GTATGA-TAATTACAG-TGC-CTCATT---AGTTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ACGTG------TA--AC-TT--ACATGT----AGTTGTGTTTCTG-G-GTTTCACTGAG----TG-AAAATTAGTCTCTCAATGCTGTTTAGTACCGTAAT-T-ATTTCTT---TT-TACAATATTAG------TATAA-TTAT-GT-TTAG-GAA---AAC--AATATCAAT--TGCAC-TGT-ACTAATT-A-TTTATTTGAA-TG-T--------------------ATCCAT------TTTA-TATACA------ATTTT--TTC-----ATCGGATGTT-G------AATG-T-T-TG-AT-AT-AAAT-TGAT-GAAT-GTAATTTAGTA--ATTGT------GATGTACTT--ATGAATT-----TCA-T-TTTGTCAGTATTTTGTGTTTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TA-----------AATG----------------------------C-ATGT-------TTTTTAT---GTGA-TAAATCACTA--AATGGATA
gi|4 : -TAATTACAG-TCC-CCTGTT---AATTACA--G-----TG----GT---ACATGTA------TATTAC-TT--ACA-GC-----CTTGTGTTTGTG-ATGTGTAATTAATAT--TG-AACATTAATATCTCACTGCTGTTTA-----GTATT-T-ACATGTATATCT-TACTATACCAGAAGAAACAGTA-CTAT-GA-TTAG-T-------CTTAGCAT---------AC-TG--ACTACTT-ATCTTATTTGAC-TG-TGTTAT-TAGTTA-----TTTATCTAT------TTCA-TGTACATGTACAATCTT--TTC-----AACACACG-T-G------AAT--CAC-TGAAC-AC-A-TT-TAAT-GAAT-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTT--GGAAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTGTTTTGTGTGTG----ACC--TTCA-A-T-TA-TAGTACATCCACTACTGAGTGCATATGTACTTGCAT---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTtt
gi|5 : TTA-TCTTACA--CCA----ATGTGT-TAATTACA----------TT---GAT-----------GTATCT-GT---G-ATGTG------TA--CA-TA--ACATGTTCGTACATGTATGTCTGTGTGTTTAAC-GGT----TA-AATATGAGTCT---------GTTTA-----GTATT-T-ATATCT-------TACAATTTCAG------TATCA-TTTT-GT-TTAA-TGA---AAC--A---TTAGT--TTAGTATATTACTAGTT-A-TTTATCTGTC-TA-TAT---------A-----C--A---A----------A-TATACA------ATCTT--TTA-----AACTCA-G-T-G------AAT--CAC-TGGAA-GC-AATT-TATT-GAAT-GTAAATAATTT--ATCTT------AAAATACTC--AGGAA---------------TGTCA-------GTGTGTT----GC------A-A-T----------------TACTGA--------GTAC--------------GC-ATGTA-CTTA-TTTTTGT---GCTATTAAGTAACTACTAATTAAcatcttcgcaagccaagtgtcagatt
gi|6 : aaCAG-CT--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TCATCTCT--ACA---CAGTGCCAA--TATT--AC-----------ATATTGTAG---GC---GGAGT---GCTA-T-TTGCA--ACA----GTATGT-TAATTACAG-TGT-TTTTTTTTAAATTACA--GCCC--TGTTT-GT---G-ATGTG------TA-------------------ACTTGTG--------------ACTGAC----AG-AACATTAGCCTCTCACTGCAGTTTT-----GTAA----ATA--------T-TACAATATCTG------TTTTA-TC-T-GTATTGG-------AGC--ATTATCAAA--TTTAC-TAT-AATAATT-A-CTTATCT-ACATG-TAT--C-TAT--A-----C--A-------------TG-TATAAA------GTATA--TTC-----AACACTTG-C-G------AATA--AT-TGAAC-AC-AAacat
gi|7 : TCACAG---TG-TTAATTACAC-A-GCT--CT--ACAG-TG--T--TGA--T---------------TAC--------ATGTC-TA-----G--AAAAACCA-TGTTAA--T--T--TC-----------ACATC-TAC---AC---ATAGC---GTTA-T-TTACA--TCA----GCATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTGGTTTTTCTG-G-GTTTA--TGAG----TG-AACATTAGTC-----------TTTA-----GTAAT-TAATATCTA---GT-TAAAATATCAG------TACAA-TTAT-GT-TTAA-T-AG--AAC--AGT
gi|8 : ACAG---TG-TTAATTACAC-AGTCC---T--ACAG-TGGCTTGTAA--TGGAGATCAAAAAGTGTACAAAATTCAATATC-TA-----TAAACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------AGGTC-TAT---AC---ACAGT---GTTA-A-TTACA---TA-----TATATCTAAACACAG-TGCACT---------TTCCG--GCGCCGTGTT
gi|8 : CACAG---TG-TTAATTACAG-G-TCT--ATACACAG-TG--T--TAA--T---------------TACAT------ATATA-TC-----TAAACA---CAGTG-CAC--T--T------------------TC-C-G---GC---GCCGT---GTTA-A-TTGCATGGCA----G--TGT-TGATTACAC-CAC-GGTGTT---AATTACA--GCCA-GTGTTG-GG---G-ATGTG------TA------TAAACATG--------TGTATATATG-C-GTCTGACTGAaattgcatggcagtgttgattacaccacggtgttaattacagccagtgttggggatgtgtataaacatgtgtatatatgcgtctgactga
gi|9 : acagtgttaattacacagtcctacagtggcttgtaatggagatcaaaaagtgtacaaaattcaatatctataaaT------TTTA-TATACA------ATGTT--TTC-----AACACCTG-TAG------AATG-T---TGAAC-AT-AATA-CGAT-GACC-GTGAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTA--AAGTATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTAGTGA--------GTACTTAAAT---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAATTA--AATGAATA
blockSeqs : . . A G AAA AC T GC TG TT GGAGATCAAAAAGTG AAAATTCA A ATCTCT C AAC GCT ACTAATGTTGTTCGT G CATT CAA G CTTT CC TGG TATA C ACTTTTTA TTA . T . . C . TTAC AA TCGT T TGT TAT . C GTACC TA AT ATATC . AAGAAA . . A TAC TT G C . A A TT . T A . GTTACTAGAGATTCATTTAT . TGTACAA A . . GCGTGG ATAT . . . . . . . CTT G T . ACG T ATCA . T . A AT A GTGCATAT AAACGTAAC . . . . T CT G
blockSeqs : . . . . A . . . . . . AT . TAA C . TAT ACAT . A . G C TC T . . GTGCCTC . . T . . . . AC . . G AT G . C . G TT AA . . . . . GAA . A C . C . G . . . . GTTATTAGTTATTTATCTAT . A T . . ATGTTG GTT . . . . . . . T G T . C T . . . . . C C . AATCGTATT . . . . . . T
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . TAA C . T GCGT . A . G T T G . . CTTCTTT . . T . . . . AA . . G G G . A . T AT AC . . . . . TGA . G T . A . T . . . . ATCTATACA . A C . . CTGTAG CAC . . . . . . . T A T . T T . . . . . T A . GCATGTATG . . . . . . G
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . T T . T ACAT . A . C T T G . . TTTAATT . . A . . . . AC . . G G G . A . T AT TT . . . . . TAG . T C . T . T . . . . ATCCAT . A C . . ACGTG CAC . . . . . . . T G T . C T . . . . . T C . AAATGTATG . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . A C . T ACAT . A . C G C G . . GATGCTT . . A . . . . AT . . G G T . A . T AT AG . . . . . T . G . . . . . . . . . ATACAA . G A . . TTGCG AAT . . . . . . . C G T . C T . . . . . T A . G . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . T C . T TCAC . G . G T A A . . ATGACTT . . C . . . . TC . . A G C . . . T A . . . . . . . . . . A G . . AGTG GT . . . . A . . . . . . . . . . T C . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . A A . T ACAG . T . T C T A . . GTGCCTC . . T . . . . AC . . G C G . . . . . . . . . . . . . . . . T C .
blockSeqs : . . . . . . . . . T C . T CAT . A . G T T G . . GTCCCCT . . T . . . . AC . . T . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . T C . T . . G . G T T G . . GTGTTTT . . T . . . . CA . . A
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . C . T C T C . . GTGCCTC . . C . . . . AC .
blockSeqs : . . . . . . G . . . T . C T T A . . GTGCACT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . C T A T . . CCACGGT . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . GCCCTG . . . .
blockSeqs : . . . . GT . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : *** ACAT************* G** GTGCCTT** *** ** *** ****** AC*** G**** T** AT TAA**** ** GTTACTAGATTCATCTAT************** A****** ** ***** NTGTG******** NAC*** ** ****** ***** ** T* AAACGTATN**** ***
originalCons : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----T--ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAN---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TGC-CTCGTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAG-T-A---AAC--AGTATCAAT--TTNAC-TGT-ACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTAC-TAG--A-----C--ATCTAT------TTTA-TATACA------ATNTT--TTC-----AACACGCG-T-G------AATG-TAT-TGAAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
finalCons : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----T--ACA---CAGTGTTAA--T--TACAT-------------ATC-TAN---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACAG--CA----GTATGT-TAATTACAGTGCCTT--GTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TAAC---TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAATT--ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAGTAA----AAC--AGTATCAAT--TTNAC-TGT-ACTAATT-A-CTTATTTGAC-TG-TGTTACTAGATTCATCTAT--------------TTTA-TATACAA------TNTT--TTC-----AACACNTGTG--------AATNAC---TGAAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TAT-AGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAACGTATN----C-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GACTGGCATTTATACGTAAATAGGTATTGTCTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGA
Unaligned ( gi|20 ): TAATGTCTCATCTTCGCAAGCCATGTGTCCGAT
Unaligned ( gi|21 ): TGTTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGAT
Alignments
lowQualScore : 111 111 222222222222222 11111111 11111111 22222222222222222 111111 111 11111 11111 11111 111111 111111 11111 55555555555555555555555555 1111111 11111 22222222222 11111 111111 11111 1111 11111111 1111111111111 111 11
lowQualScore : 000 5 5 5 333 55 3 44 44 44 000000000000000 66666666 3 77777777 1 555 55555 44444444444444444 3 6666 555 1 7777 555 999 5555 2 444444 2 999 33 6 2 555 3 888888 88888 44 0 8888 3 000 88888 5 4 0 0 22222 777 66 66666 5 444444 4 5 5 5 111111 77 1 33333 3 6 6 88888888888888888888888888 99 5 5 6666666 1 77 44444 55555555555 55555 888 5 5 6 6 6 77 666666 888 1 1 44444 777 3 0 0000 66 4 4 4 55 1 66666666 9999999999999 5 6 6 444 8 33 1
lowQualScore : ... . . . ... .. . .. .. .. ............... ........ . ........ . ... ..... ................. . .... ... . .... ... ... .... . ...... . ... .. . . ... . ...... ..... .. . .... . ... ..... . . . . ..... ... .. ..... . ...... . . . . ...... .. . ..... . . . .......................... .. . . ....... . .. ..... ........... ..... ... . . . . . .. ...... ... . . ..... ... . . .... .. . . . .. . ........ ............. . . . ... . .. .
lowQualScore : 000 7 0 0 555 55 6 66 22 66 888888888888888 77777777 3 00000000 8 888 55555 11111111111111111 1 4444 444 5 2222 111 555 7777 5 888888 5 444 44 2 9 444 1 888888 66666 22 9 5555 2 222 99999 0 5 2 2 55555 000 66 66666 0 444444 5 0 0 7 000000 99 0 00000 2 7 7 22222222222222222222222222 22 7 7 6666666 0 99 33333 77777777777 66666 000 7 7 7 7 7 99 444444 999 7 4 33333 333 1 1 6666 99 4 4 4 22 0 11111111 6666666666666 7 7 7 000 0 88 0
consensus : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----T--ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAN---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TGC-CTC-GTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAG---TAAAAC--AGTATCAAT--TT-ACTGTACTAATT-A-CTTATTTGACTG-TGTTAC-T--AN--A-------TTTATCT--AT-TTTA-TATACA------ATNTT--TTC-----AACACG--CG-C----GAAT-NAT-TG--AAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
Reference ( family-3360 ) : ATCACAG---TG-TTAATTACAC-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----T--ACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAN---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAG-TGC-CTT-GTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACATTAGTCTCTCNCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TACAATATCAG------TATCA-TTAT-GT-TTAG---TAAAAC--AGTATCAAT--TTNACTGTACTAATT-A-CTTATTTGACTG-TGTTAC-T--AG--A-------TTCATCT--AT-TTTA-TATACA------ATNTT--TTC-----AACACN--TG-T----GAAT-NAC-TG--AAC-AC-AATT-CGAT-GAAC-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTN--AGGAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTANTGA--------GTACTTAAAC---GTAT-NC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATNAATA
gi|1 : ATCACAGACACGATTAATTACAC-A-GCT--CT--ACAG-TG--T--T
gi|1 : a--T--TAA--T---------------TAC--------ACAGC-TC-----T--ACA-----GTGTTGA--T--TCAAC-----------A-ATC-TAA---GC---AGAGT---GATA-T-T-ACAA-GCA----GCATGT---------------CTC-GTTT--AATTATAAAGCCCTGTGTTTTGTTTTA-ATGTGATGGAATA--ACATT--ACAATT----ACTTGT-TTTCTG-G-GTTTAACTGAAAAGATGCGACATTAGTCTCTCCCTGCT-TTTA-----GTCATAT-AT-TCTA---CTATATAATAACAG------TATCAATTATCGTATTAGATACAAAAC--AGTATCCATAATTTACTGTACTAATTTA-CTAATTAGACTGCTGCTACAT--AA--AAGAACCATTTATCCTAAT-TTTACTATACA-------TGTTCATTCTCCCCAACACGCCTG-CTCCAGAAT-GATATGTTAACTATTAATTACGTTAGAACCGTGAATCAGTTTTACTGTTAATGAAAAGTACTA--AAAAAGTATATATCA-C-TTTGTCAAGAATGTGTGTAAA----GCCCGTTGA-AAT-TA--AGTACATCCACTAGTGA--------GTACTTCAACACTGTATAGCGATGTATCTTGTTTTTTGTAAAGTGA-TAAACAAgattcaacaatctaagcagagtgatattacaagcagcatgtctcgtttaattataaagccctgtgttttgttttaatgtgatggaataacattacaattacttgttttctgggtttaactgaaaagatgcgacattagtctctccctgcttttagtcatatattctactatataataacagtatcaattatcgtattagatacaaaacagtatccataatttactgtactaatttactaattagactgctgctacataaaagaaccatttatcctaattttactatacatgttcattctccccaacacgcctgctccagaatgatatgttaactattaattacgttagaaccgtgaatcagttttactgttaatgaaaagtactaaaaaagtatatatcactttgtcaagaatgtgtgtaaagcccgttgaaattaagtacatccactagtgagtacttcaacactgtatagcgatgtatcttgttttttgtaaagtgataaacaatataa
gi|10 : aatcacagacacga-TAA---GC---AGAGC---GTTA-T-TTACA--TCA----GCATGT-TAATTACAG-TGC-CTC-GTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTTGTTTTTCTG-G-GTTTAAATGAG----TG-GATATTAGTCTCTCCCAGCTGATTA------TAAT-G-GT---TA---AT---CAGTATCAG------CATCA-TTAT-tataa
gi|11 : ACAG---TG-TTAATTACAT-A-TCCAAAT--ACTGTTG--T--TAATTT---------------TA---------ACATTATG-----T--A-A---CAGTGGTAA----------------------------AA---G----AGAGT---ACTACC-TCACA--GCA----GTGTGT-TAATTGCAA-CTT-TTTAGTT---AATTATA--G--TTG----T-GT---G-A-GTG------TA--AA-TT--AC
gi|12 : ataaat--AC--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACAAC-TC-----A--GCC---GAGT-TCAAGCT--T---C-----------ATAAC-TACATTGCCAAAGACT---GGCC-T-TTACA--GCT----CCTTGC-TAATTACAG---C-CCT-GTTT--ACTTACA--GCACTGTGTTT-GT---G-ACGTG------C---AC-TT--A
gi|13 : --TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----T--A-------GTGTTAA--T--T--AC-----------ATATC-TAA---AC---ACAGG---GTTA-C-TTGC----------GTATCT-TAA---CAC-TTC-TTT-GTT---AATTACA--GCactt
gi|13 : TAATTACAC-A-TCT--CT--A--G-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ATATC-TA-----A--ACA---CAGGGTTAC--T--T--GC-----------GTATC-TTA---AC---ACTTCTTTGTTA-A-TTACA--GCA----ATA-----AGCAACAG-------T-GTT---GATTTCA-----CAATGTCT-GT---G-CTTTG------TA--AT-TT--aataagcaacagtgttgatttcacaatgtctgtgctttgtaattt
gi|14 : TGTTAGTATTCTGTG--------GCC--TTGA-A-T-TA-CAGTACATCCACTAATGA--------GTACTTAAAC---GTAA-CC-ATGT
gi|15 : TGA-A-TATAATAGTACATTCACTACTGA--------GTACTgaaggttatagttggatcagtttctacatatgtaattgaacatcat
gi|15 : T--ACTG---------AGTACTCTTAG-AATT-----TCAACGTTTGATAG-ATTTTGTGGGTAATCAGCC--TTGTTA-T-TA-TAGTACATCCACTAATGA--------GTACTTActtagaatttcaacgtttgatagattttgtgggtaatcagccttgttattatagtacatccactaatgagtactta
gi|16 : tgaatataatagtacattcacATC-TAG---GT---TGGAT---GTT----TTACA--ACA----GTATTT-TAATTACAT-TTA-ATT-CTT---AATTACA--GCCCAGTGTTT-GT---G-ATTTT------TA--TC-TA--ACATGT----ACTTGTGTTTGTG-
gi|17 : TA-T-TTACA--ATATATAGTATGT-TAATTACAGATG--CTT-GTT---AATTACA--GCCCCGTATCT-Gtat
gi|19 : ttcCACAG---TG-TTAAGTACACAA-TCC---T--TCAG-CG--T--TAA--T---------------TAC--------ACAGC-TC-----T--ACA---CAGcaaattttgtcagacaaa
gi|2 : ATCACAG---TG-TTAATTACAT-A-TCT--AT--ACAG-TG--T--TAA--T---------------TAT--------ACAGC-TC-----T--ATA---CAGTGTTCA--T--T--AC-----------ATATC-TAT---GG---ATAAC---ATTA-T-TTACA--GCA----GTATGT-TAATTACAA-TGA-CTT-GTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ATATGT----ACTTGTGTTTCTG-G-GTTTAACTGAG----TG-AACTTTAGTCTCTCCCTGCTGTTTA-----GTAAT-T-ATATCTA---CT-TATATCATCAG------TACCA-TAAT-GT-TTAG---TACAGC--AGTATCAAT--TTAACTTGACTAATT-A-CTAATTTGACTG-TGTTAC-TAGAG--A-------TTCATTT--AT-TTCA-TATACA------ATATT--TTC-----AACACG--CG-TG---GAATATAT-TG--AAC-AT-AATA-CGAT-GACC-ATAAATCAGTT--ATTGT------GAAGTACTT--AGGAATA-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCA--TTGA-A-G-TA-TAGTACATCCACTACTGT--------GTACTTAATC---GTAT-TC-ATGTA-CTAG--TTTTGT---GTGA-TAAACAACTA--AATTAACA
gi|3 : --AC--ATAG-TG--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TC-----A--ACA---CAGTGTTAA--T--T--ACTAATGTTGTTCGTATC-TAA---GC---TGAGT---GTTA-T-TCACA--GCA----GTATGA-TAATTACAG-TGC-CTC-ATT---AGTTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ACGTG------TA--AC-TT--ACATGT----AGTTGTGTTTCTG-G-GTTTCACTGAG----TG-AAAATTAGTCTCTCAATGCTGTTTAGTACCGTAAT-T-ATTTCTT---TT-TACAATATTAG------TATAA-TTAT-GT-TTAG---GAAAAC--AATATCAAT--TGCACTGTACTAATT-A-TTTATTTGAATG-T------------------------ATCC--AT-TTTA-TATACA------ATTTT--TTC-----ATCGGA--TGTT----GAAT-GTT-TG---AT-AT-AAAT-TGAT-GAAT-GTAATTTAGTA--ATTGT------GATGTACTT--ATGAATT-----TCA-T-TTTGTCAGTATTTTGTGTTTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TA-----------AATG----------------------------C-ATGT-------TTTTTAT---GTGA-TAAATCACTA--AATGGATA
gi|4 : -TAATTACAG-TCC-CCT-GTT---AATTACA--G-----TG----GT---ACATGTA------TATTAC-TT--ACA-GC-----CTTGTGTTTGTG-ATGTGTAATTAATAT--TG-AACATTAATATCTCACTGCTGTTTA-----GTATT-T-ACATGTATATCT-TACTATACCAGAAGAAACAGTA-CTAT-GA-TTAG---T----CTTAGCAT---------ACTG-ACTACTT-ATCTTATTTGACTG-TGTTAT-T--AGTTA-------TTTATCT--AT-TTCA-TGTACATGTACAATCTT--TTC-----AACACA--CG-T----GAAT-CAC-TG--AAC-AC-A-TT-TAAT-GAAT-GTAAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTT--GGAAATT-----TCA-C-TTTGTCAGTGTTTTGTGTGTG----ACC--TTCA-A-T-TA-TAGTACATCCACTACTGAGTGCATATGTACTTGCAT---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTtt
gi|5 : TTA-TCTTACA--CCA----ATGTGT-TAATTACA-----------TT---GAT-----------GTATCT-GT---G-ATGTG------TA--CA-TA--ACATGTTCGTACATGTATGTCTGTGTGTTTAAC-GGT----TA-AATATGAGTCT---------GTTTA-----GTATT-T-ATATCT-------TACAATTTCAG------TATCA-TTTT-GT-TTAA---TGAAAC-----ATTAGT--TT-AGTATATT-ACT-A-GTTATTTATCTG-T----C-T--AT--A-------TACA-----A-----A-TATACA------ATCTT--TTA-----AACTCA---G-T----GAAT-CAC-TG--GAA-GC-AATT-TATT-GAAT-GTAAATAATTT--ATCTT------AAAATACTC--AGGAA---------------TGTCA-------GTGTGTT----GC------A-A-T----------------TACTGA--------GTAC--------------GC-ATGTA-CTTA-TTTTTGT---GCTATTAAGTAACTACTAATTAAcatcttcgcaagccaagtgtcagatt
gi|6 : aaCAG-CT--T--TAA--T---------------TAC--------ACATC-TCATCTCT--ACA---CAGTGCCAA--TATT--AC-----------ATATTGTAG---GC---GGAGT---GCTA-T-TTGCA--ACA----GTATGT-TAATTACAG-TGT-TTT-TTTTTAAATTACA--GCCC--TGTTT-GT---G-ATGTG------TA-------------------ACTTGTG--------------ACTGAC----AG-AACATTAGCCTCTCACTGCAGTTTT-----GTAA----ATA--------T-TACAATATCTG------T-T---TTAT-CT-GTAT---TGGAGC--ATTATCAAA--TTTACTATAATAATT-A-CTTAT-------------C-T--AC--A-------TGTATCT--ATACATG-TATAAA------GTATA--TTC-----AACACT--TG-C----GAAT-AAT-TG--AAC-AC-AAacat
gi|7 : TCACAG---TG-TTAATTACAC-A-GCT--CT--ACAG-TG--T--TGA--T---------------TAC--------ATGTC-TA-----G--AAAAACCA-TGTTAA--T--T--TC-----------ACATC-TAC---AC---ATAGC---GTTA-T-TTACA--TCA----GCATGT-TAATTACAG-TGC-CTC-GTT---AATTACA--GCCCTGTGTTT-GT---G-ATGTG------TA--AC-TT--ACATGT----ACTGGTTTTTCTG-G-GTTTA--TGAG----TG-AACATTAGTC-----------TTTA-----GTAAT-TAATATCTA---GT-TAAAATATCAG------TACAA-TTAT-GT-TTAA---TAGAAC--AGT
gi|8 : ACAG---TG-TTAATTACAC-AGTCC---T--ACAG-TGGCTTGTAA--TGGAGATCAAAAAGTGTACAAAATTCAATATC-TA-----TAAACA---CAGTGTTAA--T--T--AC-----------AGGTC-TAT---AC---ACAGT---GTTA-A-TTACA---TA-----TATATCTAAACACAG-TGCACT----------TTCCG--GCGCCGTGTT
gi|8 : CACAG---TG-TTAATTACAG-G-TCT--ATACACAG-TG--T--TAA--T---------------TACAT------ATATA-TC-----TAAACA---CAGTG-CAC--T--T------------------TC-C-G---GC---GCCGT---GTTA-A-TTGCATGGCA----G--TGT-TGATTACAC-CAC-GGT-GTT---AATTACA--GCCA-GTGTTG-GG---G-ATGTG------TA------TAAACATG--------TGTATATATG-C-GTCTGACTGAaattgcatggcagtgttgattacaccacggtgttaattacagccagtgttggggatgtgtataaacatgtgtatatatgcgtctgactga
gi|9 : acagtgttaattacacagtcctacagtggcttgtaatggagatcaaaaagtgtacaaaattcaatatctataaaT-TTTA-TATACA------ATGTT--TTC-----AACACC--TG-TA---GAAT-G-T-TG--AAC-AT-AATA-CGAT-GACC-GTGAATCAGTT--ACTGT------GAAGTACTA--AAGTATT-----TCA-C-TTTGTCAGTATTTTGTGTGTA----GCC--TTGA-A-T-TA-TAGTACATCCACTAGTGA--------GTACTTAAAT---GTAT-GC-ATGTA-CTTG-TTTTTGT---GTGA-TAAACAATTA--AATGAATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GACTGGCATTTATACGTAAATAGGTATTGTCTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGA
Unaligned ( gi|20 ): TAATGTCTCATCTTCGCAAGCCATGTGTCCGAT
Unaligned ( gi|21 ): TGTTCATCTTCGCAAGCCAAGTGTCCGAT