lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 44444444444 222 44 111 11111 111 1111 11 11111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444444444444444444444 111111 11111 11 11 1111 2 1111 22222222222 22 111 2 222
lowQualScore : 0 77777777777 111 6 2 55 6 111 2 6 6 11111 111 4 4444 55 6 77 5 5 66 22222 5 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 5 88888 66 111111111111111111111 4 3 66 4 4 999999 5 5 55555 66 5 4 66 0 4 22 5 5 6 5 55 5555 1 6 4444 5 5 77 3 5 6 5 999 66666666666 77 66 555 2 1 6 555
lowQualScore : . ........... ... . . .. . ... . . . ..... ... . .... .. . .. . . .. ..... . ......................................................................................................................................................... . . ..... .. ..................... . . .. . . ...... . . ..... .. . . .. . . .. . . . . .. .... . . .... . . .. . . . . ... ........... .. .. ... . . . ...
lowQualScore : 2 00000000000 222 0 5 22 7 777 5 0 7 00000 777 2 8888 88 7 99 7 1 99 55555 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 77777 11 666666666666666666666 4 4 11 4 4 666666 0 0 11111 99 0 4 11 3 4 44 0 0 0 1 66 3333 2 7 2222 7 7 99 7 7 0 7 666 11111111111 99 33 777 2 2 0 555
consensus : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATGTGGACAATTTATTTCTTGTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTANAGGAAAAGTAAACTTT-C---TNCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA--TA-TG--CAACAG-AACAACAAAATT--ATTGTAA-----AA-GATTTC-ATAT-AGATATA--ATT--------CCCT-CT-AC--------------TA--------------C-----------CA--------------A------------A-TCTA-A---------------GA---AAGGTTG--------TGTAA-AGA-AA--T--GT--A---T----A------------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA-AAA----GT-TTTCC-AACTTCTGAAAGTAAATTGN-TTC--AAAAT-GGT-A--TCAACTT-TAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATTT--CAAA-TGCT-TCACAGACTATCTGCTANNAAACTAC
Reference ( gi|1 ) : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGTAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAC-GTAAACTTT-C---TGCAATTTTCTGATCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA--TA-TG--CAACAG-AATAACAAAATT--ATTATAA-----AA-GATTT------------T--------------CCCT-CT-GC--------------T---------------C-----------CA--------------A------------A-TCTA-A---------------GA---AAGGTT---------TCTAA-AGA-AA--T--GT--A---C----A------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA-AGA----GT-TTTCC-AACTTCTGAAAGTAAATTGG-TTC--AAAAT-GGT-A--TCAATTT-TAGTAGAG-AA-G-AATGGAAAACAGT-CTA--T-ATGCTTCATTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGGA-ACGAAATTA-CAA--TGG------TT-TAAATTT--CAAATTGCT-TTATATATTATCTGCT-CAAAACTAC
gi|3 : TAATACACATTGGGTACCTAAGTAAT-------------TTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTAGAGGAAAAGTAAACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--T--AATA---AAGAAA----CA--TA-TG--CAACAG-AACAACAAAATT--ATTATAA-----AA-GATTTCAATATTAGATAT--------------CCCT-CT-ACTGACAATTTAATATT---------------C-----------C---------------A------------A-TCTA-A---------------GA---AA-GTT---------TATAA-AGA-AA--T--GT--A---T----A------------ATGTT-CTTATTT--CA-AAGAAAA-CAA----GT-TTTCC-AACTTCTGAAAGTAAATGGT-TTC--AAAAT-GGT-A--TCAATTT-TAGTAGAA-AC-G-AATGGGAAGCTGT-CTA--T-A
gi|15 : TAATACACATTGGGGACTTATGTAATATGGATAATTCATTTC-TGTCATATGCAGACatttctgtaccaaaaccttcgaagatttg
gi|6 : AATACACATTGGGGACGTATGTAAT---------TTATTTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAAAGTAAACTTT-C---TGCAATGTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAG-AA---ACA--TA-TG--CAACAG-AACAACAAAACT--ATTATTA-----AA-TATTTCAATATTAGATAT--------------CTCT-TT-AC--------------TA--------------T-----------CAATTTAATATTCC--A------------A-TCTA-A---------------GA---AAGG-T---------TGTAA-AGA-AC--T--GT--A---T----A------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA-AAT----GT-TTTCC-AACTTCTGAAATTAAATTAT-TTC--AAAAT-GGT-A--TCAATTT-TAGTAGAA-A
gi|4 : CTATGTAATGTGGACAATTTATTTGTT-TCATGTGCAGAATTCGAAGAAATGTCTACAAAAAAAGTAAACTTTTC---TTCAATTTTTTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---GAGAAACATACATGTA-TG--CAACGG-AATAACAAAATT--TTTGTTA-----AA-GATTTCAATATTAGATAT--------------CCCT-CT-AC--------------TA--------------T-----------CA--------------A------------ATTTTA-AAATATTTCCATCAATGA---AAGGTTGTAAAGAAATTT-A-AGA-AA--T--GT--A---T----AATCATAATTATGATATT-CTCATTT--CA-ACGAAAA-AAA--------TTCT-AATCTCTG---GT--------TTC--AAAAT-GGT-A--TTAATTT-CAGTAGAA-AA-G-TATGGGAAACAGT-TTA--T-ATGCTTC
gi|16 : taatacaCAAAGAAATATCTAAAAAAA--ATAAACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCT
gi|2 : -GTAAACTTT-CCTTTCCAATTTTCTGG-CTTAT--GCAAAAC--AATA---TAAGAA---ACA--TAATA--CAA-AG-AACAA-AAGATT--ATTGTAA-----AA-GATTT------------TATAATTTAGGTATGCCCT-CTAGC--------------TATCAGTTTAATAATTT-----------CA--------------A------------G-TCTACAT--------------GA---AAGGAT---------G-TAATAGAGAA--T--GTCTA---T----A------------ATGTT-CTCATTTTTCA-AAGAAAA-AAAAAAAGT-TTTCC-AAGTTCTGAAA-TAAAGTGG-TTTCAAAAAT-GGT-AATTGAACTT-TAGTAGAA-AAGG-AATGAGAGCCAGTGGTA--CAATGCTTC-CTTTAAAACG-AATATT-TG-C--AGAA-ACAAAACTATCAG--TGG------TT-TCAATTT--CAAA-TGCT-
gi|11 : aACTTT-C---TCCAATTTTCTTGTCTTGTT-GAAG--C--AATATTTAAAGAA---ACAT-TA-TG--CAACAG-AACAAC-----T--GTAAAAA-----AA-AATTT------------acacaggacctatcgtacgtacaattacta
gi|5 : aataaatgtttattaaaaatgaaattttcCTTGTTTGCAG--CCCAATA---AAGAAA---CTA--TC-TGGGCAACAGTAACAACAAGATTTTGTTTTAAGATTCAA-TATTTATCGGTA-----T--------------CCCTTCT-A---------------T---------------C-----------TATTAGTTAATTTTTCA------------A-TCTA-----------------GA---AAGGTT---------G-TAA-GGG-AA-------------------------------ATA---CTT---T--CA-AAGAAAATAAA----GC-TTTCCCAACTTCTGAAAGTAAAATGGTTTC--AAAATGGGT-A--TC-ATCT-TAATAGAACAA-G-AATGGGAAGCAGT-TTACCC-ATGCTTCCTTTACAACCA-A----CTTG-CATAGAA-ACAAAAGTA-CAGGTCGG------TTCCCAATTT--CAA--TGCT-TTca
gi|8 : G--CAACAA-CAGAACACATTT--ATTGTAA-----AAAGATTT------------CAATATTAGGTA---TCCT-CT-AC--------------TAT-------------CAGTTTAATATGTA--------------A------------A-TCTA-A---------------GACATAACGTTG--------TGTAA-GGA-AAAAT--GT--AATTT----AG-----------ATGTT-CTCATTT--CATAAGAAAA-AAA----GTATTCCC-AACTTCTGAAAGGAGATGGC-TTC--AAAGT-GTT-A--TCAACTTATAGAAAGG-AA-G-AATcccaggactatcgctacaaattact
gi|10 : AACAAAATT--ATTATAA-----AA-GATTT------------CAATATTAAATAC--CCCT-CT-AC--------------TA--------------T-----------CA--------------ATTTCGTATTCCAA-TCTA-A---------------GA---AATGTTG--------TAAAA-AAA-AA--T--GT--A---C----A------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA-
gi|7 : --------------A------------A-TCTA-A---------------GA---AAGGAT---------G-TAA-GGA-AA--TTTAT--A---CCGGTA------------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA-AAAAA--GT-TT-CC-AACTTCTGAAAGTAAATGGT-TTC--AAAAT-GGT-A--TTAACTT-TAGTAGA--AA-G-AATGGGAAGCAGT--TA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-C-AATTT--CAAA-TGCTACAACAGACTATCTGCTACAAA
gi|9 : taaaactaagaagaaatgtatcatcattagaaaaaccttcaaataagcaatcatgttt--T--GT--A---T----A------------ATGTTTCTCATTT--CA-AAGAAAA-AAG----GT-TTTCC-AATTTCTGAAAGTACA-TGG-TGT--AAAAT-GGTAA--TTA--TT-TAGTAGAA-AA-GTATTGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGTTTTCTTTTAAAACA-A----C-AG-C--A-GA-ACAAAACTA-CAG--TGG------TT-C---TTT--CAAATttt
gi|17 : GT-A--TTAACTT-TAGTAGAA-AA-G-AATGGGGAGCGGT-TTA--C-ATGCTTgtacacagtaacgtactgcta
gi|12 : TTTTAAAACATA----C-TGAC--AGAAGACACAATTA-CAG--TGT------TT-CAAACTTATCACGATGCT-C-ACA-ACTATCTGCTACAAA
gi|13 : AAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAA--TGGATTCAATT-TCAATTT--CAAA-TGCT-TCACAGACTATCTGCT-ACAAACTACta
gi|14 : -TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAA--TGG------TA-TCAATTT--CAAA-TGCT-TCATAGACTATCTGCT-ACAAACTAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 11 11111 111 111 111 11 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333 222222222222 333333333333 1111 1111 111111 111 1111 22
lowQualScore : 222222222 1 11 1 3 1 44444 5 000 1 5 88888 000 9 000 33 5 66 5 2 4 222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 4 222222222222222 777 1 222222222222 4 66 4 55 777 666666666666 4 55 4 2222 66 4 4 1 4 66 1 66 4 4 55 4 55 4 5 7777 5 2222 5 5 66 5 5 66 444444 111 66 5 5 5 0 5 1111 66 5 11
lowQualScore : ......... . .. . . . ..... . ... . . ..... ... . ... .. . .. . . . ... ............................................................................ . . ............... ... . ............ . .. . .. ... ............ . .. . .... .. . . . . .. . .. . . .. . .. . . .... . .... . . .. . . .. ...... ... .. . . . . . .... .. . ..
lowQualScore : 666666666 8 44 0 7 7 33333 7 000 0 7 00000 000 3 000 66 7 99 0 0 4 222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 222222222222222 888 1 999999999999 4 11 4 55 000 000000000000 0 55 0 5555 11 4 4 1 4 11 0 11 4 0 55 0 22 4 0 9999 7 1111 0 0 99 0 0 99 444444 888 99 0 0 0 8 0 2222 99 0 55
consensus : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTACAGGAAAAGTAA-----AC-TTTC---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA--TA-T--GCAACAG-AACAACAAAATTATTG-T---AAAAGATTTCAA-TAT--T-AGAT--AT---TCCCTCTA-CTATC------------A-TT-A-T--TC---A------------A-TCTA-A---------------GA---AAGGTTGTG-------TAA-AG--A-AATGT--A---TA------------ATG-TTCTCATTT--CA-AAGAAAA----AAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAATNGTTTC--AAAAT-GGT-A--TCAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATT--TCA-AA-TGC-TTC-ACA-G--A--C-TATCTGCTACNAAACTAC
Reference ( family-3359 ) : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATGTGGACAATTTATTTCTTGTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTANAGGAAAAGTAA-----AC-TTTC---TNCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA--TA-T--GCAACAG-AACAACAAAATTATTG-T---AAAAGATTTC-A-TA---T-AGAT--ATAATTCCCTCTA-CTACC------------A--------------A------------A-TCTA-A---------------GA---AAGGTTGTG-------TAA-AG--A-AATGT--A---TA------------ATG-TTCTCATTT--CA-AAGAAAA----AAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAATTGNTTC--AAAAT-GGT-A--TCAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATT--TCA-AA-TGC-TTC-ACA-G--A--C-TATCTGCTANNAAACTAC
gi|1 : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGTAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAC-GTAA-----AC-TTTC---TGCAATTTTCTGATCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA--TA-T--GCAACAG-AATAACAAAATTATTA-T---AAAAGATTT----------------------TCCCTCTG-CT-CC------------A--------------A------------A-TCTA-A---------------GA---AAGGTT-TC-------TAA-AG--A-AATGT--A---CA------------ATA-TTCTTATCT--CA-AAGAAAA----AGA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAATTGGTTC--AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAG-AA-G-AATGGAAAACAGT-CTA--T-ATGCTTCATTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGGA-ACGAAATTA-CAA--TGG------TT-TAAATT--TCA-AATTGC-TTT-ATA-T--A--T-TATCTGCT-CAAAACTAC
gi|10 : AACAAAATTATTA-T---AAAAGATTTC-AATA---TTAAAT--AC----CCCTCTA-CTATC------------A--------------ATTTCGTATTCCAA-TCTA-A---------------GA---AATGTTGTA-------AAA-AA--A-AATGT--A---CA------------ATA-TTCTTATCT--CA-AAGAAAA----
gi|11 : AATAAATGTTTATTAAAAATGAAATTTTCAC-TTTC---TCCAATTTTCTTGTCTTGTT-GAAG--C--AATATTTAAAGAA---ACAT-TA-T--GCAACAG-AACAAC--------TG-TAAAAAAAAATTTC-A-
gi|12 : TTTTAAAACATA----C-TGAC--AGAAGACACAATTA-CAG--TGT------TT-CAAACTTATCACGA-TGC--TC-ACA----A--C-TATCTGCTACAAA
gi|13 : AAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAA--TGGATTCAATT-TCAATT--TCA-AA-TGC-TTC-ACA-G--A--C-TATCTGCTA-CAAACTACta
gi|14 : -TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAA--TGG------TA-TCAATT--TCA-AA-TGC-TTC-ATA-G--A--C-TATCTGCTA-CAAACTAC
gi|15 : taTAATACACATTGGGGACTTATGTAATATGGATAATTCATTTC-TGTCATATGCAGAC
gi|16 : CAAAGAAATATCTAAA--AAAAATAA-----AC-TTTC---TGCAATTTTCTGGTCT
gi|17 : GT-A--TTAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGGAGCGGT-TTA--C-ATGCTT
gi|2 : AGTAA-----AC-TTTCCTTTCCAATTTTCTGG-CTTAT--GCAAAAC--AATA---TAAGAA---ACA--TAAT--ACAA-AG-AACAA-AAGATTATTG-T---AAAAGATTTT-A-TAATTT-AGGT--ATG---CCCTCTAGCTATC------------AGTTTAATAATTTCAA------------G-TCTACAT--------------GA---AAGG--ATG-------TAATAG--AGAATGTCTA---TA------------ATG-TTCTCATTTTTCA-AAGAAAAAAAAAAA--G-T-TTTCCAAGTTCTGAAA-T-AAAGTGGTTTCAAAAAT-GGT-AATTGAACTTTAGTAGAA-AAGG-AATGAGAGCCAGTGGTA--CAATGCTTCC-TTTAAAACG-AATATT-TG-C--AGAA-ACAAAACTATCAG--TGG------TT-TCAATT--TCA-AA-TGC-TAC-ACA-G--GACC-TATC
gi|3 : TAATACACATTGGGTACCTAAGTAAT-------------TTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTAGAGGAAAAGTAA-----AC-TTTC---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--T--AATA---AAG-AA---ACA--TA-T--GCAACAG-AACAACAAAATTATTA-T---AAAAGATTTCAA-TAT--T-AGAT--A----TCCCTCTA-CTGAC------------AATTTAATATTCC--A------------A-TCTA-A---------------GA---AA-GTT-TA-------TAA-AG--A-AATGT--A---TA------------ATG-TTCTTATTT--CA-AAGAAAA----CAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAATGGTTTC--AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAA-AC-G-AATGGGAAGCTGT-CTA--T-Agtacgtacaattacta
gi|4 : CTATGTAATGTGGACAATTTATTTGTT-TCATGTGCAGAATTCGAAGAAATGTCTACAAAAAAAGTAA-----ACTTTTC---TTCAATTTTTTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---GAGAAACATACATGTA-T--GCAACGG-AATAACAAAATTTTTG-T---TAAAGATTTCAA-TAT--T-AGAT--A----TCCCTCTA-CTATC------------A--------------A------------ATTTTA-AAATATTTCCATCAATGA---AAGGTTGTAAAGAAATTTA-AG--A-AATGT--A---TAATCATAATTATGATA-TTCTCATTT--CA-ACGAAAA----AAA-------TTCTAATCTCTG-----------GTTTC--AAAAT-GGT-A--TTAATTTCAGTAGAA-AA-G-TATGGGAAACAGT-TTA--T-ATGCTTCatttctgtaccaaaaccttcgaagatttg
gi|5 : taatacaCTTGTTTGCAG--CCCAATA---AAGAAA---CTA--TC-TGGGCAACAGTAACAACAAGATT-TTGTT---TTAAGATTCA-A-TA---T-TTATCGGT-ATCCCTTCTATCTATT------------AGTTAATTTTTC---A------------A-TCT--A---------------GA---AAGGT--TG-------TAA-GG--G-AA-----A---TA------------------C---TTT--CA-AAGAAAAT---AAA--GCT-TTCCCAACTTCTGAAAGTAAAATGGTTTC--AAAATGGGT-A--TCATC-TTAATAGAACAA-G-AATGGGAAGCAGT-TTACCC-ATGCTTCCTTTACAACCA-A----CTTG-CATAGAA-ACAAAAGTA-CAGGTCGG------TTCCCAATT--TC--AA-TGCTTTC-CCAGG--A--C-TATC-GCTA-CAAATTAC
gi|6 : AATACACATTGGGGACGTATGTAAT---------TTATTTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAAAGTAA-----AC-TTTC---TGCAATGTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAG-AA---ACA--TA-T--GCAACAG-AACAACAAAACTATTA-T---TAAATATTTCAA-TAT--T-AGAT--A----TCTCTTTA-CTATC------------AATTTAATATTCC--A------------A-TCTA-A---------------GA---AAGGT--TG-------TAA-AG--A-ACTGT--A---TA------------ATA-TTCTTATCT--CA-AAGAAAA----AAT--G-T-TTTCCAACTTCTGAAATT-AAATTATTTC--AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAA-At
gi|7 : --------------A------------A-TCTA-A---------------GA---AAGG--ATG-------TAA-GG--A-AATTT--A---TACCGGTA------ATG-TTCTCATTT--CA-AAGAAAA----AAAAAG-T-TT-CCAACTTCTGAAAGT-AAATGGTTTC--AAAAT-GGT-A--TTAACTTTAGTAGAA-A--G-AATGGGAAGCAGT-T-A--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT--CAATT--TCA-AA-TGC-TACAACA-G--A--C-TATCTGCTACAAA
gi|8 : taaaactaagaagaaatgtatcatcattagaaaaaccttcaaataagcaatcatgttt--GCAACAA-CAGAACACATTTATTG-TA--AAAAGATTTCAA-TAT--T-AGGT--AT-----CCTCTA-CTATCAGTTTAATATGTA--------------A------------A-TCTA-A---------------GACATAACGTTGTG-------TAA-GGAAA-AATGT--AATTTAG-----------ATG-TTCTCATTT--CATAAGAAAA----AAA--G-TATTCCCAACTTCTGAAAGG-AGATGGCTTC--AAAGT-GTT-A--TCAACTT--ATAGAA-AG-G-AAttt
gi|9 : TGT--A---TA------------ATGTTTCTCATTT--CA-AAGAAAA----AAG--G-T-TTTCCAATTTCTGAAAGT-ACA-TGGTGT--AAAAT-GGTAA--TTA--TTTAGTAGAA-AA-GTATTGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGTTTTCTTTTAAAACA-A----C-AG-C--AG-A-ACAAAACTA-CAG--TGG------TT-C---TT--TCA-AA-TG--TAC-ACA-GTAA--CGTA-CTGCTAgaat
Alignments
lowQualScore : 111111111111111
lowQualScore : 111111111 11 11111 111 111 1111 22 1 000000000000000 222222222222 333333333333 1111 1111 111111 111 1111 2
lowQualScore : 999999999 1 11 1 3 1 44444 5 000 0 5 88888 000 2 1111 5 8888 66 5 2 777 4 4 66 0 5 66 22 0 333333333333333 4 4 4 4 4 777 222222222222 4 4 55 55 777 666666666666 4 55 4 2222 66 4 4 1 4 4 2 4 4 4 55 4 55 4 5 7777 5 2222 5 5 66 5 5 66 444444 111 66 5 5 5 0 5 1111 66 5 5 5 3
lowQualScore : ......... . .. . . . ..... . ... . . ..... ... . .... . .... .. . . ... . . .. . . .. .. . ............... . . . . . ... ............ . . .. .. ... ............ . .. . .... .. . . . . . . . . . .. . .. . . .... . .... . . .. . . .. ...... ... .. . . . . . .... .. . . . .
lowQualScore : 888888888 4 44 0 7 7 33333 7 000 7 7 00000 000 3 4444 7 0000 99 0 0 888 4 4 11 1 0 99 44 0 111111111111111 4 4 4 4 4 888 999999999999 4 4 55 55 000 000000000000 0 55 0 5555 11 4 4 1 4 4 6 4 4 0 55 0 22 4 0 9999 7 1111 0 0 99 0 0 99 444444 888 99 0 0 0 8 0 2222 99 0 0 0 3
consensus : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTACAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTGT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GGTATTCCCTCTA-CTATCAGT--T--TAATAT--T-TC-AA-TCTA-A-GA---AAGGTTGTG-------TAA-AGA-AA--TGT--A---TA------------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATT--TCA-AA-TGC-TTC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAAACTAC
Reference ( family-3359 ) : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTACAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTGT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GATATTCCCTCTA-CTATCA----T--TA------T-TC-AA-TCTA-A-GA---AAGGTTGTG-------TAA-AGA-AA--TGT--A---TA------------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TNGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATT--TCA-AA-TGC-TTC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TACNAAACTAC
gi|1 : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGTAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAC-GTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGATCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AATAACAAAATTATTAT---AA-AA-GATTT------------------TCCCTCTG-CT-CCA--------------------AA-TCTA-A-GA---AAGGTT-TC-------TAA-AGA-AA--TGT--A---CA------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA----AGA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TTGGTTC-AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAG-AA-G-AATGGAAAACAGT-CTA--T-ATGCTTCATTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGGA-ACGAAATTA-CAA--TGG------TT-TAAATT--TCA-AATTGC-TTT-ATA-T--A--T-TATC-TGC-T-CAAAACTAC
gi|10 : AACAAAATTATTAT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--AATAC-CCCTCTA-CTATCAATT-TCGTA------T-TCCAA-TCTA-A-GA---AATGTTGTA-------AAA-AAA-AA--TGT--A---CA------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA----
gi|11 : AATAAATGTTTATTAAAAATGAAATTTTCACTTT-C---TCCAATTTTCTTGTCTTGTT-GAAG--C--AATATTTAAAGAA---ACATT--A-TG--CAACAG-AACAAC--------TGTAAAAA-AA-AATTTCA--
gi|12 : TTTTAAAACATA----C-TGAC--AGAAGACACAATTA-CAG--TGT------TT-CAAACTTATCACGA-TGC--TC-ACA----A--C-TATC-TGC-TACAAA
gi|13 : AAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAA--TGGATTCAATT-TCAATT--TCA-AA-TGC-TTC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TAC-AAACTACta
gi|14 : -TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAA--TGG------TA-TCAATT--TCA-AA-TGC-TTC-ATA-G--A--C-TATC-TGC-TAC-AAACTAC
gi|15 : taTAATACACATTGGGGACTTATGTAATATGGATAATTCATTTC-TGTCATATGCAGAC
gi|16 : CAAAGAAATATCTAAA--AAAAATAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCT
gi|17 : GT-A--TTAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGGAGCGGT-TTA--C-ATGCTT
gi|2 : AGTAA-----ACTTT-CCTTTCCAATTTTCTGG-CTTAT--GCAAAAC--AATA---TAAGAA---ACA-T--AATA--CAA-AG-AACAA-AAGATTATTGT---AA-AA-GATTTTATAAT-TT-A--GGTATGCCCTCTAGCTATCAGT--T--TAATAAT-T-TC-AAGTCTACATGA---AAGG--ATG-------TAATAGAGAA--TGTCTA---TA------------ATGTT-CTCATTTTTCA-AAGAAAAAAAAAAA--G-T-TTTCCAAGTTCTGAAA-T-AAAGTGGTTTCAAAAAT-GGT-AATTGAACTTTAGTAGAA-AAGG-AATGAGAGCCAGTGGTA--CAATGCTTCC-TTTAAAACG-AATATT-TG-C--AGAA-ACAAAACTATCAG--TGG------TT-TCAATT--TCA-AA-TGC-TAC-ACA-G--GACC-TATCGTACGTAC--AATTAC
gi|3 : TAATACACATTGGGTACCTAAGTAAT-------------TTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTAGAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--T--AATA---AAGAAA----CA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTAT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GATAT-CCCTCTA-CTGACAAT--T--TAATAT--T-CC-AA-TCTA-A-GA---AAG-TT-TA-------TAA-AGA-AA--TGT--A---TA------------ATGTT-CTTATTT--CA-AAGAAAA----CAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAA-AC-G-AATGGGAAGCTGT-CTA--T-Ata
gi|4 : CTATGTAATGTGGACAATTTATTTGTT-TCATGTGCAGAATTCGAAGAAATGTCTACAAAAAAAGTAA-----ACTTTTC---TTCAATTTTTTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---GAGAAACATACA-TGTA-TG--CAACGG-AATAACAAAATTTTTGT---TA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GATA-TCCCTCTA-CTATCAAATTT--TAAAATATT-TC-CA-TCAA-T-GA---AAGGTTGTAAAGAAATTTA-AGA-AA--TGT--A---TAATCATAATTATGATATT-CTCATTT--CA-ACGAAAA----AAA-------TTCTAATCTCTG------------GTTTC-AAAAT-GGT-A--TTAATTTCAGTAGAA-AA-G-TATGGGAAACAGT-TTA--T-ATGCTTCatttctgtaccaaaaccttcgaagatttg
gi|5 : taatacaCTTGTTTGCAG--CCCAATA---AAGAAA---CTA-T--C-TGGGCAACAGTAACAACAAGATT-TTGT---TTTAA-GATT-CA--ATATTTATCGGTATCCCTTCTATCTATTAG---T--TAATTT--T-TC-AA-TCT--A-GA---AAGGT--TG-------TAA-GGG-AA-------A---TA------------------C---TTT--CA-AAGAAAAT---AAA--GCT-TTCCCAACTTCTGAAAGTAAAA-TGGTTTC-AAAATGGGT-A--TCATC-TTAATAGAACAA-G-AATGGGAAGCAGT-TTACCC-ATGCTTCCTTTACAACCA-A----CTTG-CATAGAA-ACAAAAGTA-CAGGTCGG------TTCCCAATT--TC--AA-TGCTTTC-CCAGG--A--C-TATC--GC-TAC-AAATTAC
gi|6 : AATACACATTGGGGACGTATGTAAT---------TTATTTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATGTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAG-AA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAACTATTAT---TA-AA-TATTTCA--ATATT-A--GATA-TCTCTTTA-CTATCAAT--T--TAATAT--T-CC-AA-TCTA-A-GA---AAGGT--TG-------TAA-AGA-AC--TGT--A---TA------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA----AAT--G-T-TTTCCAACTTCTGAAATT-AAA-TTATTTC-AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAA-At
gi|7 : ATCA----T---G------T-TT-AA-TCTA-A-GA---AAGG--ATG-------TAA-GGA-AA--TTT--A---TACCGGTA------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAAAAG-T-TT-CCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TTAACTTTAGTAGAA-A--G-AATGGGAAGCAGT-T-A--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT--CAATT--TCA-AA-TGC-TACAACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAA
gi|8 : taaaactaagaagaaatgtatcatcattagaaaaaccttcaaataagcaG--CAACAA-CAGAACACATTTATTGT---AA-AAAGATTTCA--ATATT-A--GGTAT--CCTCTA-CTATCAGTT-TAATA------TGTA-AA-TCTA-A-GACATAACGTTGTG-------TAA-GGA-AAAATGT--AATTTAG-----------ATGTT-CTCATTT--CATAAGAAAA----AAA--G-TATTCCCAACTTCTGAAAGG-AGA-TGGCTTC-AAAGT-GTT-A--TCAACTT--ATAGAA-AG-G-AAttt
gi|9 : --TGT--A---TA------------ATGTTTCTCATTT--CA-AAGAAAA----AAG--G-T-TTTCCAATTTCTGAAAGT-ACA-TGGTGT--AAAAT-GGTAA--TTA--TTTAGTAGAA-AA-GTATTGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGTTTTCTTTTAAAACA-A----C-AG-C--AG-A-ACAAAACTA-CAG--TGG------TT-C---TT--TCA-AA-TG--TAC-ACA-GTAA--CGTA-C-TGC-TAgaat
Alignments
lowQualScore : 111111111 11 11111 111 111 1111 22 1 222222222222 333333333333 1111 1111 111111 111 1111
lowQualScore : 999999999 1 11 1 3 1 44444 5 000 0 5 88888 000 2 1111 5 8888 66 5 2 777 4 4 66 0 5 66 1 22 0 5 4 8888 4 1 4 4 4 777 222222222222 4 4 55 55 777 666666666666 4 55 4 2222 66 4 4 1 4 4 4 4 4 55 4 55 4 5 7777 5 2222 5 5 66 5 5 66 444444 111 66 5 5 5 6 5 1111 66 5 5 5 5
lowQualScore : ......... . .. . . . ..... . ... . . ..... ... . .... . .... .. . . ... . . .. . . .. . .. . . . .... . . . . . ... ............ . . .. .. ... ............ . .. . .... .. . . . . . . . . .. . .. . . .... . .... . . .. . . .. ...... ... .. . . . . . .... .. . . . .
lowQualScore : 888888888 4 44 0 7 7 33333 7 000 7 7 00000 000 3 4444 7 0000 99 0 0 888 4 4 11 1 0 99 1 44 0 0 2 9999 4 1 4 4 4 888 999999999999 4 4 55 55 000 000000000000 0 55 0 5555 11 4 4 1 4 4 4 4 0 55 0 22 4 0 9999 7 1111 0 0 99 0 0 99 444444 888 99 0 0 0 9 0 2222 99 0 0 0 0
consensus : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTACAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTGT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GGTATTCCCTCTA-CTATC-AGTTT---AATA-TTTCAA-TCTA-A-GA---AAGGTTGTG-------TAA-AGA-AA--TGT--A---TA------------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATTT--CA-AA-TGC-TNC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAAACTAC
Reference ( family-3359 ) : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTACAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTGT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GGTATTCCCTCTA-CTATC-AGTTT---AATA-TTTCAA-TCTA-A-GA---AAGGTTGTG-------TAA-AGA-AA--TGT--A---TA------------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATTT--CA-AA-TGC-TTC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAAACTAC
gi|1 : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGTAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAC-GTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGATCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AATAACAAAATTATTAT---AA-AA-GATTT------------------TCCCTCTG-CT-CC-A----------------AA-TCTA-A-GA---AAGGTT-TC-------TAA-AGA-AA--TGT--A---CA------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA----AGA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TTGGTTC-AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAG-AA-G-AATGGAAAACAGT-CTA--T-ATGCTTCATTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGGA-ACGAAATTA-CAA--TGG------TT-TAAATTT--CA-AATTGC-TTT-ATA-T--A--T-TATC-TGC-T-CAAAACTAC
gi|10 : AACAAAATTATTAT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--AATAC-CCCTCTA-CTATC-AATTT---CGTA-TTCCAA-TCTA-A-GA---AATGTTGTA-------AAA-AAA-AA--TGT--A---CA------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA----
gi|11 : AATAAATGTTTATTAAAAATGAAATTTTCACTTT-C---TCCAATTTTCTTGTCTTGTT-GAAG--C--AATATTTAAAGAA---ACATT--A-TG--CAACAG-AACAAC--------TGTAAAAA-AA-AATTTCA--
gi|12 : TTTTAAAACATA----C-TGAC--AGAAGACACAATTA-CAG--TGT------TT-CAAACTTATCACGA-TGC-T-C-ACA----A--C-TATC-TGC-TACAAA
gi|13 : AAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAA--TGGATTCAATT-TCAATTT--CA-AA-TGC-TTC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TAC-AAACTACta
gi|14 : -TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAA--TGG------TA-TCAATTT--CA-AA-TGC-TTC-ATA-G--A--C-TATC-TGC-TAC-AAACTAC
gi|15 : taTAATACACATTGGGGACTTATGTAATATGGATAATTCATTTC-TGTCATATGCAGAC
gi|16 : CAAAGAAATATCTAAA--AAAAATAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCT
gi|17 : GT-A--TTAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGGAGCGGT-TTA--C-ATGCTT
gi|2 : AGTAA-----ACTTT-CCTTTCCAATTTTCTGG-CTTAT--GCAAAAC--AATA---TAAGAA---ACA-T--AATA--CAA-AG-AACAA-AAGATTATTGT---AA-AA-GATTTTATAAT-TT-A--GGTATGCCCTCTAGCTATC-AGTTT---AATAATTTCAAGTCTACATGA---AAGG--ATG-------TAATAGAGAA--TGTCTA---TA------------ATGTT-CTCATTTTTCA-AAGAAAAAAAAAAA--G-T-TTTCCAAGTTCTGAAA-T-AAAGTGGTTTCAAAAAT-GGT-AATTGAACTTTAGTAGAA-AAGG-AATGAGAGCCAGTGGTA--CAATGCTTCC-TTTAAAACG-AATATT-TG-C--AGAA-ACAAAACTATCAG--TGG------TT-TCAATTT--CA-AA-TGC-TAC-ACA-G--GACC-TATCGTACGTACA
gi|3 : TAATACACATTGGGTACCTAAGTAAT-------------TTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTAGAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--T--AATA---AAGAAA----CA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTAT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GATAT-CCCTCTA-CTGAC-AATTT---AATA-TTCCAA-TCTA-A-GA---AAG-TT-TA-------TAA-AGA-AA--TGT--A---TA------------ATGTT-CTTATTT--CA-AAGAAAA----CAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAA-AC-G-AATGGGAAGCTGT-CTA--T-Attacta
gi|4 : CTATGTAATGTGGACAATTTATTTGTT-TCATGTGCAGAATTCGAAGAAATGTCTACAAAAAAAGTAA-----ACTTTTC---TTCAATTTTTTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---GAGAAACATACA-TGTA-TG--CAACGG-AATAACAAAATTTTTGT---TA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GATA-TCCCTCTA-CTATCAAATTTTAAAATA-TTTCCA-TCAA-T-GA---AAGGTTGTAAAGAAATTTA-AGA-AA--TGT--A---TAATCATAATTATGATATT-CTCATTT--CA-ACGAAAA----AAA-------TTCTAATCTC------------TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TTAATTTCAGTAGAA-AA-G-TATGGGAAACAGT-TTA--T-ATGCTTCatttctgtaccaaaaccttcgaagatttg
gi|5 : taatacaCTTGTTTGCAG--CCCAATA---AAGAAA---CTA-T--C-TGGGCAACAGTAACAACAAGATT-TTGT---TTTAA-GATT-CA--ATATTTATCGGTATCCCTTCTATCTATT-AGTT----AATT-TTTCAA-TCT--A-GA---AAGGT--TG-------TAA-GGG-AA-------A---TA------------------C---TTT--CA-AAGAAAAT---AAA--GCT-TTCCCAACTTCTGAAAGTAAAA-TGGTTTC-AAAATGGGT-A--TCATC-TTAATAGAACAA-G-AATGGGAAGCAGT-TTACCC-ATGCTTCCTTTACAACCA-A----CTTG-CATAGAA-ACAAAAGTA-CAGGTCGG------TTCCCAATTT--C--AA-TGCTTTC-CCAGG--A--C-TATC--GC-TACAAA
gi|6 : AATACACATTGGGGACGTATGTAAT---------TTATTTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATGTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAG-AA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAACTATTAT---TA-AA-TATTTCA--ATATT-A--GATA-TCTCTTTA-CTATC-AATTT---AATA-TTCCAA-TCTA-A-GA---AAGGT--TG-------TAA-AGA-AC--TGT--A---TA------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA----AAT--G-T-TTTCCAACTTCTGAAATT-AAA-TTATTTC-AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAA-Attact
gi|7 : ATG-TTT-AA-TCTA-A-GA---AAGG--ATG-------TAA-GGA-AA--TTT--A---TACCGGTA------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAAAAG-T-TT-CCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TTAACTTTAGTAGAA-A--G-AATGGGAAGCAGT-T-A--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT--CAATTT--CA-AA-TGC-TACAACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAA
gi|8 : taaaactaagaagaaatgtatcatcattagaaaaaccttcaaataagcaatcG--CAACAA-CAGAACACATTTATTGT---AA-AAAGATTTCA--ATATT-A--GGTAT--CCTCTA-CTATC-AGTTT---AATA-TGTAAA-TCTA-A-GACATAACGTTGTG-------TAA-GGA-AAAATGT--AATTTAG-----------ATGTT-CTCATTT--CATAAGAAAA----AAA--G-TATTCCCAACTTCTGAAAGG-AGA-TGGCTTC-AAAGT-GTT-A--TCAACTT--ATAGAA-AG-G-AAttt
gi|9 : --TGT--A---TA------------ATGTTTCTCATTT--CA-AAGAAAA----AAG--G-T-TTTCCAATTTCTGAAAGT-ACA-TGGTGT--AAAAT-GGTAA--TTA--TTTAGTAGAA-AA-GTATTGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGTTTTCTTTTAAAACA-A----C-AG-C--AG-A-ACAAAACTA-CAG--TGG------TT-C---TTT--CA-AA-TG--TAC-ACA-GTAA--CGTA-C-TGC-TAgaat
Alignments
lowQualScore : 111111111 11 11111 111 111 1111 22 1 222222222222 333333333333 1111 1111 111111 111 1111
lowQualScore : 999999999 1 11 1 3 1 44444 5 000 0 5 88888 000 2 1111 5 8888 66 5 2 777 4 4 66 0 5 66 1 22 0 5 4 8888 4 1 4 4 4 777 222222222222 4 4 55 55 777 666666666666 4 55 4 2222 66 4 4 1 4 4 4 4 4 55 4 55 4 5 7777 5 2222 5 5 66 5 5 66 444444 111 66 5 5 5 5 5 1111 66 5 5 5 5
lowQualScore : ......... . .. . . . ..... . ... . . ..... ... . .... . .... .. . . ... . . .. . . .. . .. . . . .... . . . . . ... ............ . . .. .. ... ............ . .. . .... .. . . . . . . . . .. . .. . . .... . .... . . .. . . .. ...... ... .. . . . . . .... .. . . . .
lowQualScore : 888888888 4 44 0 7 7 33333 7 000 7 7 00000 000 3 4444 7 0000 99 0 0 888 4 4 11 1 0 99 1 44 0 0 2 9999 4 1 4 4 4 888 999999999999 4 4 55 55 000 000000000000 0 55 0 5555 11 4 4 1 4 4 4 4 0 55 0 22 4 0 9999 7 1111 0 0 99 0 0 99 444444 888 99 0 0 0 9 0 2222 99 0 0 0 0
consensus : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTACAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTGT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GGTATTCCCTCTA-CTATC-AGTTT---AATA-TTTCAA-TCTA-A-GA---AAGGTTGTG-------TAA-AGA-AA--TGT--A---TA------------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATTT--CA-AA-TGC-TNC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAAACTAC
Reference ( family-3359 ) : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTACAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTGT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GGTATTCCCTCTA-CTATC-AGTTT---AATA-TTTCAA-TCTA-A-GA---AAGGTTGTG-------TAA-AGA-AA--TGT--A---TA------------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATTT--CA-AA-TGC-TNC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAAACTAC
gi|1 : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGTAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAC-GTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGATCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AATAACAAAATTATTAT---AA-AA-GATTT------------------TCCCTCTG-CT-CC-A----------------AA-TCTA-A-GA---AAGGTT-TC-------TAA-AGA-AA--TGT--A---CA------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA----AGA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TTGGTTC-AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAG-AA-G-AATGGAAAACAGT-CTA--T-ATGCTTCATTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGGA-ACGAAATTA-CAA--TGG------TT-TAAATTT--CA-AATTGC-TTT-ATA-T--A--T-TATC-TGC-T-CAAAACTAC
gi|10 : AACAAAATTATTAT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--AATAC-CCCTCTA-CTATC-AATTT---CGTA-TTCCAA-TCTA-A-GA---AATGTTGTA-------AAA-AAA-AA--TGT--A---CA------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA----
gi|11 : AATAAATGTTTATTAAAAATGAAATTTTCACTTT-C---TCCAATTTTCTTGTCTTGTT-GAAG--C--AATATTTAAAGAA---ACATT--A-TG--CAACAG-AACAAC--------TGTAAAAA-AA-AATTTCA--
gi|12 : TTTTAAAACATA----C-TGAC--AGAAGACACAATTA-CAG--TGT------TT-CAAACTTATCACGA-TGC-T-C-ACA----A--C-TATC-TGC-TACAAA
gi|13 : AAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAA--TGGATTCAATT-TCAATTT--CA-AA-TGC-TTC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TAC-AAACTACta
gi|14 : -TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAA--TGG------TA-TCAATTT--CA-AA-TGC-TTC-ATA-G--A--C-TATC-TGC-TAC-AAACTAC
gi|15 : taTAATACACATTGGGGACTTATGTAATATGGATAATTCATTTC-TGTCATATGCAGAC
gi|16 : CAAAGAAATATCTAAA--AAAAATAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCT
gi|17 : GT-A--TTAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGGAGCGGT-TTA--C-ATGCTT
gi|2 : AGTAA-----ACTTT-CCTTTCCAATTTTCTGG-CTTAT--GCAAAAC--AATA---TAAGAA---ACA-T--AATA--CAA-AG-AACAA-AAGATTATTGT---AA-AA-GATTTTATAAT-TT-A--GGTATGCCCTCTAGCTATC-AGTTT---AATAATTTCAAGTCTACATGA---AAGG--ATG-------TAATAGAGAA--TGTCTA---TA------------ATGTT-CTCATTTTTCA-AAGAAAAAAAAAAA--G-T-TTTCCAAGTTCTGAAA-T-AAAGTGGTTTCAAAAAT-GGT-AATTGAACTTTAGTAGAA-AAGG-AATGAGAGCCAGTGGTA--CAATGCTTCC-TTTAAAACG-AATATT-TG-C--AGAA-ACAAAACTATCAG--TGG------TT-TCAATTT--CA-AA-TGC-TAC-ACA-G--GACC-TATCGTACGTACA
gi|3 : TAATACACATTGGGTACCTAAGTAAT-------------TTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTAGAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--T--AATA---AAGAAA----CA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTAT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GATAT-CCCTCTA-CTGAC-AATTT---AATA-TTCCAA-TCTA-A-GA---AAG-TT-TA-------TAA-AGA-AA--TGT--A---TA------------ATGTT-CTTATTT--CA-AAGAAAA----CAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAA-AC-G-AATGGGAAGCTGT-CTA--T-Attacta
gi|4 : CTATGTAATGTGGACAATTTATTTGTT-TCATGTGCAGAATTCGAAGAAATGTCTACAAAAAAAGTAA-----ACTTTTC---TTCAATTTTTTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---GAGAAACATACA-TGTA-TG--CAACGG-AATAACAAAATTTTTGT---TA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GATA-TCCCTCTA-CTATCAAATTTTAAAATA-TTTCCA-TCAA-T-GA---AAGGTTGTAAAGAAATTTA-AGA-AA--TGT--A---TAATCATAATTATGATATT-CTCATTT--CA-ACGAAAA----AAA-------TTCTAATCTC------------TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TTAATTTCAGTAGAA-AA-G-TATGGGAAACAGT-TTA--T-ATGCTTCatttctgtaccaaaaccttcgaagatttg
gi|5 : taatacaCTTGTTTGCAG--CCCAATA---AAGAAA---CTA-T--C-TGGGCAACAGTAACAACAAGATT-TTGT---TTTAA-GATT-CA--ATATTTATCGGTATCCCTTCTATCTATT-AGTT----AATT-TTTCAA-TCT--A-GA---AAGGT--TG-------TAA-GGG-AA-------A---TA------------------C---TTT--CA-AAGAAAAT---AAA--GCT-TTCCCAACTTCTGAAAGTAAAA-TGGTTTC-AAAATGGGT-A--TCATC-TTAATAGAACAA-G-AATGGGAAGCAGT-TTACCC-ATGCTTCCTTTACAACCA-A----CTTG-CATAGAA-ACAAAAGTA-CAGGTCGG------TTCCCAATTT--C--AA-TGCTTTC-CCAGG--A--C-TATC--GC-TACAAA
gi|6 : AATACACATTGGGGACGTATGTAAT---------TTATTTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATGTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAG-AA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAACTATTAT---TA-AA-TATTTCA--ATATT-A--GATA-TCTCTTTA-CTATC-AATTT---AATA-TTCCAA-TCTA-A-GA---AAGGT--TG-------TAA-AGA-AC--TGT--A---TA------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA----AAT--G-T-TTTCCAACTTCTGAAATT-AAA-TTATTTC-AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAA-Attact
gi|7 : ATG-TTT-AA-TCTA-A-GA---AAGG--ATG-------TAA-GGA-AA--TTT--A---TACCGGTA------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAAAAG-T-TT-CCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TTAACTTTAGTAGAA-A--G-AATGGGAAGCAGT-T-A--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT--CAATTT--CA-AA-TGC-TACAACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAA
gi|8 : taaaactaagaagaaatgtatcatcattagaaaaaccttcaaataagcaatcG--CAACAA-CAGAACACATTTATTGT---AA-AAAGATTTCA--ATATT-A--GGTAT--CCTCTA-CTATC-AGTTT---AATA-TGTAAA-TCTA-A-GACATAACGTTGTG-------TAA-GGA-AAAATGT--AATTTAG-----------ATGTT-CTCATTT--CATAAGAAAA----AAA--G-TATTCCCAACTTCTGAAAGG-AGA-TGGCTTC-AAAGT-GTT-A--TCAACTT--ATAGAA-AG-G-AAttt
gi|9 : --TGT--A---TA------------ATGTTTCTCATTT--CA-AAGAAAA----AAG--G-T-TTTCCAATTTCTGAAAGT-ACA-TGGTGT--AAAAT-GGTAA--TTA--TTTAGTAGAA-AA-GTATTGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGTTTTCTTTTAAAACA-A----C-AG-C--AG-A-ACAAAACTA-CAG--TGG------TT-C---TTT--CA-AA-TG--TAC-ACA-GTAA--CGTA-C-TGC-TAgaat
blockSeqs : ATGGATAAT C TT T A T TTTTC T CTT T AAC TTT G CATA T GTA GG T A AAA T A TA T TC A TG G A A TTAA A C G C T CAT TTGTAAAGAAAT T G AA CT ATT ATCATAATTATG T TT T AAAA AA C A G A G A G A AT C AG T G CCC T ATAT T A AT G T GT ATTCAA CCC AT C . T T A GTA AC G G G A
blockSeqs : GTGGACAAT T T A G A . . . . CCC . G A . AA . . A . . . . . . G TC T . G T . C . . . . TTGTA . . . . . CCGGTA . . . T . . . G . . . . . . . A . . CA . . . . . . . . . CA . . . . T . GG . . . . A
blockSeqs : . T T G A A . . . . C . A A . A . . A . . . . . . A C . . A T . C . . . . TTGTG . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . C . . C . . . . . . . . . TC . . . . A . G . . . . A
blockSeqs : . . T C G A . . . . T . A C . A . . T . . . . . . A T . . A T . C . . . . TTTA . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . TC . . . . T . G . . . . A
blockSeqs : C . A . . . . C . A A . C . . A . . . . . . G T . . G T . C . . . . ATG . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . TC . . . . A . G . . . . .
blockSeqs : A . . . . C . . . . A . . A . . . . . . A T . . A T . C . . . . TTG . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . C . . . . A . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G T . . G . . A . . . . TTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ********* T* T*** TTG*********
originalCons : TAATACACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTACAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTGT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GGTATTCCCTCTA-CTATC-AGTTT---AATA-TTTCAA-TCTA-A-GA---AAGGTTGTG-------TAA-AGA-AA--TGT--A---TA------------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATTT--CA-AA-TGC-TNC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAAACTAC
finalCons : TAATACACATTGGGGACCTATGTAAT---------TCATTTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTACAGGAAAAGTAA-----ACTTT-C---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA-T--A-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTGT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GGTATTCCCTCTA-CTATC-AGTTT---AATA-TTTCAA-TCTA-A-GA---AAGGTTG---------TAA-AGA-AA--TGT--A---TA------------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATTT--CA-AA-TGC-TNC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAAACTAC
Alignments
lowQualScore : 1111 666666666 11111 111 111 1111 11 22 1 222222222 333333333333 1111 1111 111111 111 1111
lowQualScore : 8 7777 8 1 444444444 6 8 1 3 1 44444 5 000 0 5 88888 000 8888 33 5 66 5 2 777 4 4 66 0 5 66 1 22 0 5 4 8888 4 1 4 888 777 4 66 222222222 4 777 4 55 777 666666666666 4 55 4 2222 66 4 4 1 4 4 4 4 4 55 4 55 4 5 7777 5 2222 5 5 66 5 5 66 444444 111 66 5 5 5 5 5 1111 66 5 5 5 5
lowQualScore : . .... . . ......... . . . . . ..... . ... . . ..... ... .... .. . .. . . ... . . .. . . .. . .. . . . .... . . . ... ... . .. ......... . ... . .. ... ............ . .. . .... .. . . . . . . . . .. . .. . . .... . .... . . .. . . .. ...... ... .. . . . . . .... .. . . . .
lowQualScore : 0 0000 2 0 000000000 4 0 0 7 7 33333 7 000 7 7 00000 000 4444 66 7 99 0 0 888 4 4 11 1 0 99 1 44 0 0 2 9999 4 1 4 222 888 4 11 222222222 4 888 4 55 000 000000000000 0 55 0 5555 11 4 4 1 4 4 4 4 0 55 0 22 4 0 9999 7 1111 0 0 99 0 0 99 444444 888 99 0 0 0 9 0 2222 99 0 0 0 0
consensus : TAATACAC-AT----TGGGGACCTATGTAATATGGA-AATTCATTTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTACAGGAAAAGTAA-----AC-TTTC---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA--TA-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTGT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GGTAT-CCCTCTA-CTATC-AGTTT---AATA-TTTCAA-TCTA-A-GA---AAGG-TTGT--A---------A-AG---A-AATGT--A---TA------------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATTT--CA-AA-TGC-TNC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAAACTAC
Reference ( family-3359 ) : TAATACAC-AT----TGGGGACCTATGTAAT---------TCATTTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTACAGGAAAAGTAA-----AC-TTTC---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA--TA-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTGT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GGTATTCCCTCTA-CTATC-AGTTT---AATA-TTTCAA-TCTA-A-GA---AAGG-TTGT--A---------A-AG---A-AATGT--A---TA------------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT-CCAATTT--CA-AA-TGC-TNC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAAACTAC
gi|1 : TAATACAC-AT----TGGGGACCTATGTAATATGGACAATTCATTTCTTGTCATATGTAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAC-GTAA-----AC-TTTC---TGCAATTTTCTGATCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA---ACA--TA-TG--CAACAG-AATAACAAAATTATTAT---AA-AA-GATTT------------------TCCCTCTG-CT-CC-A----------------AA-TCTA-A-GA---AAGGTTTCT--A---------A-AG---A-AATGT--A---CA------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA----AGA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TTGGTTC-AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAG-AA-G-AATGGAAAACAGT-CTA--T-ATGCTTCATTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGGA-ACGAAATTA-CAA--TGG------TT-TAAATTT--CA-AATTGC-TTT-ATA-T--A--T-TATC-TGC-T-CAAAACTAC
gi|10 : AACAAAATTATTAT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--AATAC-CCCTCTA-CTATC-AATTT---CGTA-TTCCAA-TCTA-A-GA---AATG-TTGTAAA---------A-AA---A-AATGT--A---CA------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA----
gi|11 : AATAAATGTTTATTAAAAATGAAATTTTCAC-TTTC---TCCAATTTTCTTGTCTTGTT-GAAG--C--AATATTTAAAGAA---ACAT-TA-TG--CAACAG-AACAAC--------TGTAAAAA-AA-AATTTCA--
gi|12 : TTTTAAAACATA----C-TGAC--AGAAGACACAATTA-CAG--TGT------TT-CAAACTTATCACGA-TGC-T-C-ACA----A--C-TATC-TGC-TACAAA
gi|13 : AAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAA--TGGATTCAATT-TCAATTT--CA-AA-TGC-TTC-ACA-G--A--C-TATC-TGC-TAC-AAACTACta
gi|14 : -TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAA--TGG------TA-TCAATTT--CA-AA-TGC-TTC-ATA-G--A--C-TATC-TGC-TAC-AAACTAC
gi|15 : taTAATACAC-AT----TGGGGACTTATGTAATATGGATAATTCATTTCT-GTCATATGCAGAC
gi|16 : CAAAGAAATATCTAAA--AAAAATAA-----AC-TTTC---TGCAATTTTCTGGTCT
gi|17 : GT-A--TTAACTTTAGTAGAA-AA-G-AATGGGGAGCGGT-TTA--C-ATGCTT
gi|2 : AGTAA-----AC-TTTCCTTTCCAATTTTCTGG-CTTAT--GCAAAAC--AATA---TAAGAA---ACA--TAATA--CAA-AG-AACAA-AAGATTATTGT---AA-AA-GATTTTATAAT-TT-A--GGTATGCCCTCTAGCTATC-AGTTT---AATAATTTCAAGTCTACATGA---AAGG-ATGT--A---------ATAG---AGAATGTCTA---TA------------ATGTT-CTCATTTTTCA-AAGAAAAAAAAAAA--G-T-TTTCCAAGTTCTGAAA-T-AAAGTGGTTTCAAAAAT-GGT-AATTGAACTTTAGTAGAA-AAGG-AATGAGAGCCAGTGGTA--CAATGCTTCC-TTTAAAACG-AATATT-TG-C--AGAA-ACAAAACTATCAG--TGG------TT-TCAATTT--CA-AA-TGC-TAC-ACA-G--GACC-TATCGTACGTACA
gi|3 : TAATACAC-AT----TGGGTACCTAAGTAAT---------T----TCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATGTCTAGAGGAAAAGTAA-----AC-TTTC---TGCAATTTTCTGGTCTTGTT-GCAG--T--AATA---AAGAAA----CA--TA-TG--CAACAG-AACAACAAAATTATTAT---AA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GATAT-CCCTCTA-CTGAC-AATTT---AATA-TTCCAA-TCTA-A-GA---AAGT-TTAT--A---------A-AG---A-AATGT--A---TA------------ATGTT-CTTATTT--CA-AAGAAAA----CAA--G-T-TTTCCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAA-AC-G-AATGGGAAGCTGT-CTA--T-Attacta
gi|4 : TAATACACTATGTAATGTGGAC------AAT---------TTATTTGT-TTCATGTGCAGAATTCGAAGAAATGTCTACAAAAAAAGTAA-----ACTTTTC---TTCAATTTTTTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---GAGAAACATACATGTA-TG--CAACGG-AATAACAAAATTTTTGT---TA-AA-GATTTCA--ATATT-A--GATA-TCCCTCTA-CTATCAAATTTTAAAATA-TTTCCA-TCAA-T-GA---AAGG-TTGT--AAAGAAATTTA-AG---A-AATGT--A---TAATCATAATTATGATATT-CTCATTT--CA-ACGAAAA----AAA-------TTCTAATCTC------------TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TTAATTTCAGTAGAA-AA-G-TATGGGAAACAGT-TTA--T-ATGCTTCatttctgtaccaaaaccttcgaagatttg
gi|5 : CTTGTTTGCAG--CCCAATA---AAGAAA---CTA--TC-TGGGCAACAGTAACAACAAGATT-TTGT---TTTAA-GATT-CA--ATATTTATCGGTATCCCTTCTATCTATT-AGTT----AATT-TTTCAA-TCTA---GA---AAGG-TTGT--A---------A-GG---G-AA-----A---TA------------------C---TTT--CA-AAGAAAAT---AAA--GCT-TTCCCAACTTCTGAAAGTAAAA-TGGTTTC-AAAATGGGT-A--TCATC-TTAATAGAACAA-G-AATGGGAAGCAGT-TTACCC-ATGCTTCCTTTACAACCA-A----CTTG-CATAGAA-ACAAAAGTA-CAGGTCGG------TTCCCAATTT--C--AA-TGCTTTC-CCAGG--A--C-TATC--GC-TACAAA
gi|6 : AATACAC-AT----TGGGGACGTATGTAAT---------TTATTTCT-GTCATATGCAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAAAGTAA-----AC-TTTC---TGCAATGTTCTGGTCTTGTT-GCAG--C--AATA---AAGAAA----CA--TA-TG--CAACAG-AACAACAAAACTATTAT---TA-AA-TATTTCA--ATATT-A--GATAT-CTCTTTA-CTATC-AATTT---AATA-TTCCAA-TCTA-A-GA---AAGG-TTGT--A---------A-AG---A-ACTGT--A---TA------------ATATT-CTTATCT--CA-AAGAAAA----AAT--G-T-TTTCCAACTTCTGAAATT-AAA-TTATTTC-AAAAT-GGT-A--TCAATTTTAGTAGAA-Attact
gi|7 : ATG-TTT-AA-TCTA-A-GA---AAGG-ATGT--A---------A-GG---A-AATTT--A---TACCGGTA------ATGTT-CTCATTT--CA-AAGAAAA----AAAAAG-T-TT-CCAACTTCTGAAAGT-AAA-TGGTTTC-AAAAT-GGT-A--TTAACTTTAGTAGAA-A--G-AATGGGAAGCAGT-T-A--C-ATGCTTCCTTTTAAAACA-A----C-TG-C--AGAA-ACAAAATTA-CAG--TGG------TT--CAATTT--CA-AA-TGC-TACAACA-G--A--C-TATC-TGC-TACAAA
gi|8 : taaaactaagaagaaatgtatcatcattagaaaaaccttcaaataagcaatcG--CAACAA-CAGAACACATTTATTGT---AA-AAAGATTTCA--ATATT-A--GGTAT--CCTCTA-CTATC-AGTTT---AATA-TGTAAA-TCTA-A-GACATAACG-TTGT--GT--------A-AGGAAA-AATGT--AATTTAG-----------ATGTT-CTCATTT--CATAAGAAAA----AAA--G-TATTCCCAACTTCTGAAAGG-AGA-TGGCTTC-AAAGT-GTT-A--TCAACTT--ATAGAA-AG-G-AAttt
gi|9 : TGT--A---TA------------ATGTTTCTCATTT--CA-AAGAAAA----AAG--G-T-TTTCCAATTTCTGAAAGT-ACA-TGGTGT--AAAAT-GGTAA--TTA--TTTAGTAGAA-AA-GTATTGGGAAGCAGT-TTA--C-ATGTTTTCTTTTAAAACA-A----C-AG-C--AG-A-ACAAAACTA-CAG--TGG------TT-C---TTT--CA-AA-TG--TAC-ACA-GTAA--CGTA-C-TGC-TAgaat