lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 333333333 77777777777777777777777777777777777 2222222222222222222 2 333333333333333333333333 111111111111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111111111111 22222222222222 111 11111111 111111 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333333333 111111111111111111111 1111111 1111 4444 111 11 222 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333 2 1 44444444 2 222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333 66666666666666666 11111111111111 111 333333 5555555555555 2222222 11 1 222222 1 11 33
lowQualScore : 444444444 22 5 44444 66666666666666666666666666666666666 22 1 8888 1111111111111111111 1 2 66 55 9 1 3 2 000000000000000000000000 333 1 777777777777777777777777 3 3333333333333333333333333333333333333333333333 33 222 111111111111111111111 22 2 1 22222 7777777777777777 2 11 11 44 3 44 44444444444444 22 555 0 77777777 88 444444 22 66 3 7 22 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 3 1 11 1 1 1 1 888888888888 1 555555555555555555555 1 22 1 1 22 55555 22 1 444444444 5 888 2 99 2 5 2 5 9999999 3 33 0000 2 8 6666 3 3 111 3 3 00 666 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666666 0 0 33333333 6 4 3 99 000 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555 00000000000000000 444 99999999999999 7 777 222222 9999999999999 0000000 33 5 8 5 6 9 999999 6 0 33 66 6
lowQualScore : ......... .. . ..... ................................... .. . .... ................... . . .. .. . . . . ........................ ... . ........................ . .............................................. .. ... ..................... .. . . ..... ................ . .. .. .. . .. .............. .. ... . ........ .. ...... .. .. . . .. . .............................................................. .. . . .. . . . . ............ . ..................... . .. . . .. ..... .. . ......... . ... . .. . . . . ....... . .. .... . . .... . . ... . . .. ... . ........................................................................................... ....... . . ........ . . . .. ... ........................................................................................................................................................................... ... ................. ... .............. . ... ...... ............. ....... .. . . . . . ...... . . .. .. .
lowQualScore : 666666666 88 5 55555 55555555555555555555555555555555555 22 6 1111 2222222222222222222 7 6 44 00 1 9 8 0 444444444444444444444444 333 9 999999999999999999999999 3 1111111111111111111111111111111111111111111111 22 000 333333333333333333333 77 3 6 88888 4444444444444444 2 66 66 33 4 77 44444444444444 55 888 8 99999999 77 555555 55 88 8 1 66 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 0 5 88 0 4 4 5 000000000000 5 444444444444444444444 7 11 5 5 22 66666 22 7 666666666 0 888 5 44 9 7 9 7 4444444 1 99 0000 9 6 9999 1 1 555 1 6 00 777 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000000 0 0 55555555 4 0 5 22 888 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222 00000000000000000 555 00000000000000 0 555 888888 5555555555555 5555555 66 7 3 0 7 8 777777 7 6 88 77 7
consensus : GGTTGGCCATCCTACT-CAC---CAATT--AT-TT-----AT-TTTTAC--T-ACCAGT----GA--A-A--AT-AATT--TC-AC----TA-C-A----GT---G-----A-AAATAA-TTTC--ACTAC-CAGT-G-AAAATA---A------------A--A-CACT---GGC-CA------A-A-GC---TA---CC--CA-CAATTA----A--------A---T-------T---------AT---------A--CT---A-GT------------------A--G-TGAAATTAATT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AT-AA-T--A--TT--AT-AC--TACT--AGTGAAAA--N-----AAT--TCAA-CA--ATGGCC--A--T-CCTACT--CACAA---T------AA-T-AT-TTAT-TT--------AT----CTAC--C--CA-GTG--------A--A-AAT--TAATTT-C-ACT-AC-C-A--GT-TGAA-AAT--------------------TAATT--TC-AC-TA--CCAGTG-----AA--AAT-AAA---A-C---A-CT---GGCC-A--AA-GC-TAC-CCAC-AATT-----A-A-AT--ATT----TA-TA-CTAG--TA-G-T---GAA-AA-TTN-ACCAATCAN-GACAACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGA-AAATGATGTTTTT-----AGAAATTCTAAAA-CATTCT-----ATGGCGTTACACT--AGACA-C-CATC----------------GCGAAA---------CA---GAA-----------GAA--TTTCT---AAGG----C-G------CACCAAACA----------T---------ANCATC-AACG-AAT---TG-GTTCG---T---TTAGCA--CAGAAGTCACAG---------CAATATAGAG---ACTGAT--AC-TCTG--GA-CGGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTAC---TTTAAAATC--NTN-TCCCCCAGTCCACA-G--G---GGATCCA-GGC-CTCG--ATTA-AAAGTACCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAA--ATATGCTTATTT
Reference ( gi|3 ) : GGTTGGCCATCCTACTTCAC---CAATT--AT-TT-----ATCTTTTAC--T-ACCAGT--TGGA--A-A--AT-AATT--TC-AC----TA-C-A----GT---A-----A-AAATAA-TTTC--ACT-C-CAGT-G-AAAATA---A------------A--G-CACT---GGC-CA------A-A-GC---TA---TC--CA-CAATTA----G--------A---T-------T---------AT---------A--CT---A-GT------------------A--G-TGAAATTAATT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AT-AA-T--A--TT--AT-AC--TACT--CGTGAAAA--A-----AAT--TCAA-CA--ATGGCC--A--T-C-TACT--CACAA--AT------AA-T-AT-TTAT-TT--------AC----CTAC--C--CA-GTA--------A--A-AAT--TAATTT-C-ACT-AC-CCA--GT-TGAA-AAT--------------------TAATT--TC-AC-TA--CCAGTG-----AA--AAT-AAA---A-C---A-CT---GGCC-A--AA-GC-TAC-CCAC-AATT-----A-A-AT--ATT----TA-TA-CTGGGTTA-G-T---GAA-AA-TTG-ACCAATCCAAGACAACGGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAATGATGTTTTT-----A-AAATTCT-AAA-CAT--T-----ATGGCG-TACACT--AGACA-C-CATC----------------GTGAA----------CA---GAG-----------GAA--TTTCT---AAGG----C-G------CACCAAAC-----------T---------ACCATC-AACG-AA----TG-GTTCG---T---TTAGC---CAGAAGTGACGGAGTACGAAACAATATAGAGT--ACTGGA--AC-TTTG--GA-TGGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTAC---TTTAAAATC--TTA-TCCCCCAGTCCATATG--G---GAATCAA-AGC-CTCG--ATTA-AGAGTGCCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAA--ATA--CTTCTTTCGGT
gi|17 : GGTTGACCATCCTACT-CAC----AATT--AT-TT-----AT-TTTTAC--T-ACCAG---------A-A--AT-T-TT--TC-AC----TA-T-A----------------------------------C-CAGT-G-AAA-TA---A------------A--G-CACT---GGC-C-------A-A-GC---TAC--TC--CA-CAATTA----AT-------A---T-------T---------AT---------A--CT---A--T------------------A--G-TGAA--TAA-T-----TC----------------A-CTGGT--AGCG--T-AT-A-----A--TT--AT-TC--TATT--
gi|12 : tGGTTGACCATCCTACT-CAC----AATT--AT-TT-----AT----------------T--TG-------------ATT--GT-AC----TA-CCA----GT---G-----A-AAATAA-TTTC--ACTAC-CAGT-G-AAAATA---A------------A--A-CACT---GGC-CA------A-A-GC---TA---AC--CA-CAAATA----A--------ATATT-------T---------AT---------A--AT---A-CT------------------A--G-TGAAAATAAAT-----CC----------------A----------------AC-AA-TG-G--CC--AT-CC--TACT--CAC--AAA--T-----AAT--T----------------A--T-T-T------------AT------AC-T-A---CAT-GT--------AC-------------CA-GT---------A--A-CAT--TAATTT-C-ACT-A--CTA--G--TGAA-AA---------------------TGATA--TC-AC-TA--CCAGTG-----AA--AAT-Agtattgtattgtttattaccaaggaaca
gi|21 : GGTTGGCCATCCTACT--AA---CAATT--AT-TA-----AT-TTTTAC--T-ACCAGT----GA--A-A--AT-AA-------A------A-C-AGT--GT---G-----A-AATTAT-TTTC--ACT-
gi|36 : ttggccaacctactcacaattatctatcttactaccGGTTGGCCATCCTAC-TCA----CAATT--AT-TT-----ATataga
gi|27 : gtatGTTGGCTATCCTG-TTCAC----AATT--AT-TT-----AT-TTTTAC--T-GC--------------------------------------C-A----GT---A-----A-AAATAA-TTTC--ACT-AGCAGT-G-ATAATA---A------------A--G-CACT---GGC-CA------A-A-GC---TA---CC--CA-Ct
gi|30 : GTTGGCCATCCTAC-TCA----CAATT--AT-TT-----AT-TTTTAC--T-ACCAGT----GA--A-A--AT-AAGT--TC-AC----TACC-A----GT---A-----
gi|30 : GTTGGCCATCCTACT-CAC----AATT--AT-TT-----AT-----------------------------------TT--TT-AC----TA-CCA----GT---G-----A-AAATAA-GTTC--ACTAC-CAGT-
gi|21 : TTGGCCAACCTACT-CAC----AATT--AT-CT-----ATCTT--AC--T-ACCAGT----GA--A-A--AT-AATT--TC-AC-----A-C-T----GT------------TTTAT-TTTC--ACTGG-TAGT-A-AAAATT---A------------A--a
gi|16 : TGGCCATCCTACT-CAC----AATT--AT-CT-----AT-----------------------------------TT--TT-AC----TA-CCA----GT---G-----A-AATTAA-TTTC--ACTAC-CAGT-G-AAAATA---A------------A--A-CACT---GGC-CA------A-A-TC---TA---CC--CA-CAATTA----A--------A---TGTT----T---------AT---------A--CT---A-GT------------------A--G-TGAAATTAATT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AT-AATT--AT-TT--AT-AC--TACT--AGTGAAAAT-A-----AAT--TCAA-C----TGGCC--A--taattgttagtaggatggccaaccataga
gi|22 : TGGCCATCTTACT-CAC----AATT--AT-TT-----TTTTTATAC--T-ACCAGT--T--A--A-A--AT-ATTT--TC-Aac
gi|4 : caattatttatttatactaccagtgaaattattttcactaccggtgaattcatgagGGCCATCCTACTCT-----CAATT--AT-TT-----AT-----------------------------------TT--TT-AC----TA-CCA----GT---G-----A-AAATAA-TTTC--ACTAC-CAGT-G--AAATA---A------------A--A-CCCT---GGC-CA------A-A-GC---TA---CC--CA-CAATTT----A--------A---T-------TAAATATTTAAT---------A--CT---A-GT------------------AG-G-TGAAA--AATTGACCATC----------------A-CTGAC--A--A--C-GT-AA-a
gi|10 : GGCAATCCTACT-CAC----AATT--AT-TT-----AT-----------------------------------TT--TT-AC----TA-CCA----GT---G-----A-AATTAT-TTTC--ACTAC-CATT-G-AAAATA---A------------A-----------------------A-A-GC---TA---CT--CA-CAATTA----A--------A---TATT----T---------AT---------A--CTTGTA-GTGAAAATTATTTTACTGCTA--G-TGAAATTAATT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AT-AATT--AT-TT--AC-AC--CACT--AGTGAAAAT-A-----GAT--TCAA-CA--ATGACC--A--TCC-TACC--CACAA--AT------AA------TTAT-TT--------A------TAC--TAACA-GT---------A--A-AAT--TAATTT-C-ACT-AC-C----AT-TGAA-AATAATTTCACTACCAGTGAAAATAATT--TC-AC-TA--CCAGTG-----AA--AAT-AAA---A-T---A-CA---GGCC-A--AA-GC-TGC-CCAC-AATT-----A-A-AT--ATT----TA-TG-CTAG--TA-G-T---GAA-AA-gaaagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggaaaatgatgttttaaaatttctaaacattatggcgtcactagacaacatcgtgaaacagaaaatgcaaaagagaatttctaaggcgcaccaaacatagcatcaacgaatgtgttcgtaatttagcagtcacagacaatatagagactgatactctggatggtatcatattcagatatgtacattctttattcatttccccagtccaaggatcctggcgctcgattaaagtaccgtcgaagcaattttttttcttttatttgatcatgaagcacctaaacctgataaagtcacgtttgtagagatatggtttggctgacattaatcaaaatgtcaaaccccacagtgcaagagaatttcaagtgcaagtatcctgatgctcggcagttttcgccgtgaagaactgcacggacagtctgtgtccctatatacaagtatgcaagtaaaatgtcgtctgatggaaaaaatcactgtccgaat
gi|15 : GGTCATCCTAC-TCG----CAATT--AT-TT-----AT-TTTTAT--T-ACCAGT----GA--A-A--TT-AATT--TC-AC----TGCC-G----GT---G-----A-AAATAA-TTTC--ACTAC-CAGC-G-AAAATA---A------------T--A-CACT---GAC-CA------A-A-GC---TA---CC--CA-CAATGA----A--------ATATT-------T---------AT---------A--CT---A-AT------------------A--G-TGAAAATAATT-----TT----------------A-CTGAT--G--G--T-GA-AA-TTAA--TT--TC-AC--T
gi|2 : GCCATCCTACT-CAC----AATT--ATGTT-----AT-TTTTAC--TTAACAGT---GGATAA-G--AA-AATT--TC-AC----TA-CCA----GTT--G-----A-AAATA--TTTCCAACTAC-CAGTTG-AAAAAA---A------------ATAA-CACT---G---CA------A-A-GCCT-TAC--TC--CAACAATTA----A--------A---TGACT---T---------AT---------AACCT---A-TC------------------A--GATGAA-TTAATT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AT-TA-T-----TT--AT-AC--TACT---ATCGAAA--T-----AAT--TCAAACA--ATGGCC--A--T-A-CACT--CAC------------AA-T-AC-TTAT-TT--------AT----CT----C--AA-GTA--------A--A-CAT--TAA------ACT-AG-CC---GT-TGAA-AA----------------------AAAT--TA-AC-CA----AGTG-----AA--AAT-AAA---A-C---AGCTG--GGCC-ATGAA-GC-TAC-CCACGAATT-----ACA-AT--ACT----TA-TATCTA---TA-G-TG--GAA-AA-TTT-ACCAAggtaatacaattatttc
gi|1 : ttagcGCCATCCTACT-CAC----AATT--ATGTT-----AT-TTTTAC--TTAACAGT---GGATAA-G--AA-AATT--TC-AC----TA-CCA----GTT--G-----A-AAATA--TTTCCAACTAC-CAGTTG-AAAAAA---A------------ATAA-CACT---G---CA------A-A-GCCT-TAC--TC--CAACAATTA----A--------A---TGACT---T---------AT---------AACCT---A-TC------------------A--GATGAA-TTAATT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AT-TA-T-----TT--AT-AC--TACT---ATCGAAA--T-----AAT--TCAAACA--ATGGCC--A--T-A-CACT--CAC------------AA-T-AC-TTAT-TT--------AT----CT----C--AA-GTA--------A--A-CAT--TAA------ACT-AG-CC---GT-TGAA-AA----------------------AAAT--TA-AC-CA----AGTG-----AA--AAT-AAA---A-C---AGCTG--GGCC-ATGAA-GC-TAC-CCACGAATT-----ACA-AT--ACT----TA-TATCTA---TA-G-TG--GAA-AA-TTT-ACCAAattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|5 : ttagcCCCTCCCACCTCAC---AAATT--ATATT-----AT--TTTAC--A-TCCAGT----GA--ATA--AT-AATT--TCCACATTATA-C-A----ATTAAA-----A-AAATAA-TTTC--ACTAC-CAGT-G-AAAATA---AG-----------A--G-CACT---GGCGCA------A-AAGCGTGTAACCCC--CA-CAATTA----A--------AATAT-------T---------ATTGTGTGAGAA--CT---A-GT------------------A--G-ATAATTTAATT-----C---------------------GGTGCA--GA-T-AT-AA-TT-A--TTCTAT-AC--TACTAGCGTGAAAG--ACATCAAAT--TCAA-CATAATG-CC--A--T-CCTACT--CACAA---T------AA-TTAT-GTGT-GT--------GTGATACTAC--C---A-GTA--------A--ACAAT--TAATT--C-ACT-AC-C----AT-GGAATGATA-------------------TGATTCATA-ACATA--CCAGTG-----AA--AATAAAA---A-C---A-CT---GGCC-A--AATGCTTAC-CCAC-AACTTACTGA-A-AT--ATTATGATA-TATTTGGATTA-G-TTTGAAA-AA-TTGAACCAAattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|32 : tagtaagaattatggttaggtacagatatagtaataacatttgagtagtaaatattatacatcagtaggatgcagtagtagtaggtgtaattgtgcttaccatCCTACT-CACAAATAATT--AT-TT-----AT-----AC--T-TCCAGT-----A--A-A--ATTAATT--TC-AC----TACC-A----GT---G-----A-AA
gi|16 : C---CAGTTGAAT-TT-----AT-TTTCAC--T-AGTAGT-----AT-A-A--AT-AATT--AT-AC----TA-CCA----GT---G-----A-AATTAA-TTTC--ACTAC-TAGT-A-TAAACATTTA------------A--T-TG-T---GGG-TA------G-A-TT---TG---GC--CA-GTGTTT----T--------A---T-------T---------TTC--------A--CT---G-GT------------------A--G-TGAAATTAATT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AA-AA-
gi|22 : tggccatcctactcacaattatctat---CAATT--AT-TT-----AT-TTATAC--T-ACCAGT----GA--A-A--TT-ATTT--TC-AC----TACC-G----GT---G-----A-A-------TTC--A--------T-G-AG----------------------------T---GGC-C---------A-TCT--TA---CT--CA-CAATTATTTTT--------T---T-------T---------AT---------A--CT---A-CC------------------A--G-TTAAAATATTT-----TC----------------A-ccaac
gi|13 : AATT--AT-TTCCACTACCTTGTAC--A-A--GGC--TGAA--A-ATAAT-AATT-----AT----TA-C-ACCATGTC--G-----A-AAATAA-TT-C--ACTAC-CAGT-GAAAAATA---A------------A--ATCACT---CGC-CAC-----A-A-GC---TA----C--CA-CAATTA----AC-------A---TAAATTTAT---------AT---------A--CT---ACGT------------------AATG-TGAAAa
gi|4 : cagtattaT-TT-----CTTTCTTACGTT-GTCAGTGATGGT--C-A--AT-T-TT--TC-ACC---TA-CTA----GT---A-----TTAAATA--TTTA--ATT-A-AATT-G-TGGGTA-------------------G-CTTT---GGC-CA------G-G-GT---T--------------TTA-----------------T-------T---------TC---------A--CT---G-GT------------------A--G-TGAAATTATTT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AA-AA-cataacagaattccacattaagactgttggtaggtactttctctgtacaacgtgaagagtataactttcaact
gi|10 : ggccatcctactctcaattatttat-TT-----AT-TTTCAC--T-GGTAGT----GA--A-A--TT-ATTT--TC-AA----TGGT-A----GT---G-----A-AATTAA-TTTT--ACTGT-TAGT-A-TAAATA---ATTATTTGTGGGTA--G-GA-T---GGT-CATTGTTGA-A-TC---TA---TTTTCA-CTAGTG----GTGTAAATAA---T-------T---------AT---------A--CT---A-CC------------------A--G-TGAAATTAATT-----TC----------------A-CTAGC--A--G--T-AA-AA-T--AATTT--TC-AC--TACA--AGT-ATAA--A-----TAT--TTAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggaaaatgatgttttaaaatttctaaacattatggcgtcactagacaacatcgtgaaacagaaaatgcaaaagagaatttctaaggcgcaccaaacatagcatcaacgaatgtgttcgtaatttagcagtcacagacaatatagagactgatactctggatggtatcatattcagatatgtacattctttattcatttccccagtccaaggatcctggcgctcgattaaagtaccgtcgaagcaattttttttcttttatttgatcatgaagcacctaaacctgataaagtcacgtttgtagagatatggtttggctgacattaatcaaaatgtcaaaccccacagtgcaagagaatttcaagtgcaagtatcctgatgctcggcagttttcgccgtgaagaactgcacggacagtctgtgtccctatatacaagtatgcaagtaaaatgtcgtctgatggaaaaaatcactgtccgaat
gi|10 : ggcaatcctactcacaattatttatttttactaccagtgaaattattttcactaccattgaaaataaaaagctactcacaaTTATAC--T-ACCAGT----GA--A-A--TT-AATT--TC-AC----TAGC-A----GT---------A-AAATAATTTTC--ACTAC-AAGT-A-TAAATATTTA------------A-------T---TGT-GA------GTA-GC---TT---T---------TTA----T------------T-------T---------TC---------A--AT---G-GT------------------A--G-TGAAAATAATT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AA-AA-tttcactaccagtgaaaataaaatacaggccaaagctgcccacaattaaatatttatgctagtagtgaaaa
gi|15 : ggcaatcctactcacaattatttatTTGTAT--T-ACCAGT----GA--A-A--TT-AATT--TC-AC----CATC-A----GT---A-----A-AATTAT-TTTC--ACTAT-TAGT-A-TAAATA---T------------T--T-CATTGTGGGT-----------A-GC---TT---T-------GGTCA----GTGT-----A---T-------T---------ATTTTC-----G--CT---G-GT------------------A--G-TGAAATTATTT-----TC----------------A-CCGGC--A--G--T-GA-AA-T-----TA--AT-TT--CACT--GGTAATAA--A-----AA---TAAA-TA--ATTGCttatttacaccactagtgaaaatagattcaacaatgaccatcctacccacaaataattatttatactaacagtaaaattaatttcactaccattgaaaataatttcactaccagtgaaaataatttcactaccagtgaaaataaaatacaggccaaagctgcccacaattaaatatttatgctagtagtgaaaa
gi|22 : ggtcatcctactcGA--A-A--AT-ATTT--TA-AC----TGGT-A----GT---ATAAAAA-AAATAA-TT------------GT-G-AG--TA---A------------G--A----T---GGC-CA-----------C---T-----------CA--TG----A--------A---T-------T----------C---------A--CC---G-GT------------------A--G-TGAAAATAATT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AT-AA-ttatttc
gi|32 : caattatttat--A-A--AT-AATTATTT-ATACT-TC-C-A----GT---A-----A-AATTAA-TTTC--ACTAC-CAGT-G-AAAaa
gi|16 : cctactcacT---GGC-CA------T-C--C---TA---CT--CA-CAATTATCT-A--------T---T-------T---------TT---------A--CT---A-CC------------------A--G-TGAAATTAATT-----TC----------------A-CT--------------------------------AC--CA-----GTGAAAA--T-----AA-----AA-CA--CTGGCC--AAAT-C-TACC--CACAA--TT------AAAT-GT-TTAT-------------------AC--T---A-GTA--------GTGA-AAT--TAATTT-C-ACT-GG-T-A--GT---AT-AAT--------------------TATTT--AT-AC-TA--CTAGTG-----AA--AAT-AAATTCA-----A-CT---GGCC-A--A
gi|30 : T---GGC-CA------T-C--C---TA---CT--CA-CAATTA----T------------T-------T---------ATTTTT-----A--CT---A-CC------------------A--G-TGAAAATAAGT-----TC----------------A-CTACC--A--G--T-Ac
gi|21 : gtT---GGC-CA------A-C--C---TA---CT--CA-CAATTA----TCT------A---T-------C---------TT---------A--CT---A-CC------------------A--G-TGAAAATAATT-----TCACACTGTTTTATTTTCA-CTGGT--A--G--T-A--AA-A--A--TT--A
gi|15 : tC---TA---CT--CG-CAATTA----T------------T-------T---------ATTTTT-----A--TT---A-CC------------------A--G-TGAAATTAATT-----TC----------------A-CTGCC--G--G--TGAA-AA-TA-A--TT--TC-AC--TACC--AGCGAAAA--T-----AAT-----A-CA--CTGACCAAA--G-C-TACC--CACAATGA-------AA-T-AT-TTA---T--------AC----TAA------TA-GTG--------A--A-AA---TAATTT-T-ACTGAT------GG-TG-A-AAT--------------------TAATT--TC-AC-Tataattgttagtaggatggccaaccataga
gi|27 : ggtcatcC---TG---TT--CA-CAATTA----T------------T-------T---------ATTTTT-----A--CT---G-CC------------------A--G-TAAAAATAATT-----TC----------------A-CTAGC--A--G--TGAT-AA-T--A--ggtaatacaattatttc
gi|32 : gttggctatcC---TA---CT--CA-CAAATA----ATT------A---T-------TT--------AT---------A--CT---T-CC------------------A--G-TAAAATTAATT-----TC----------------A-CTACC--A--G--T-aagcactggccaaagctacccac
gi|2 : cTA----A--------A---T-------A---------AT---------A--CT---A-CC------------------A--G-TGAAATTAA-T-----TC----------------ATCTGAT--A--GGTT-AT-AA-gaaa
gi|1 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacTA----A--------A---T-------A---------AT---------A--CT---A-CC------------------A--G-TGAAATTAA-T-----TC----------------ATCTGAT--A--GGTT-AT-AA-tactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|10 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacA----A--------A---T-------T---------ATTTTC-----A--AT---G-GT------------------A--G-TGAAATTAATT-----TT----------------A-CTGTT--A--G--T-AT-AA----A--TA--AT-----TATT--TGTGGGTA--G-----GATGGTCAT-TG--TTGA----A--T-C-TATTTTCACTA--GTGGTGTAAA-T-AA-TTAT-----------AC-----TAC--C---A-GTG--------A--A-A-T--TAATTT-C-ACT-AG-C-A--GT---AA-AAT--------------------AATTT--TC-AC-TA--CAAGTA-----TA--AAT-Atactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|15 : ggcaatcctactcacaattatttatttttactaccagtgaaattattttcactaccattgaaaataaaaagctactcacaattaaa--------A---T-------T---------GT---------A--TT---A-CC------------------A--G-TGAAATTAATT-----TC----------------A-CCATC--A--G--T-AA-AATT--A--TT--TTCAC--TATT--AGT-ATAA--A-----TAT--TTCA-TT--GTGGGT--AGCT-T-TGGT--C--------------AG-T-GTATTAT-TT---------------TCG--C--TG-GTAGT------G--A-AAT--TATTTT-C-ACC-G--GCA--GT---GA-AAT--------------------TAATT--TC-AC-TG--GTAATA-----AA--AAT-AAA---cactaccagtgaaaataatttcactaccagtgaaaataaaatacaggccaaagctgcccacaattaaatatttatgctagtagtgaaaa
gi|27 : ggtcatcctactcgcaatta--------A---T-------T---------ATC--------A--CT---G-CT------------------A--G-TGAAATTATTT-----TT----------------A-CTGGC--A--G--TAAA-AA-T--A---------AA--TAAT--TGTGAACA--G-----GATAGCCAA-Ctatttc
gi|28 : ---T-------T---------TT---------A--CT---G-G-------------------A--G-TTGAATTA-TG-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T--T-AA-CC-A--TT--GT-ACACTACT--AGTGAAAATGA-----AAT--TCAA-C----TGGCC--A--aaagcactggccaaagctacccac
gi|22 : agataaat---T-------T---------AT---------A--CT---A-CC------------------A--G-TGAAATTATTT-----TC----------------A-CT-------------------------------------ACC--GGTGAA------------T--TCAT-GA--GTGGCC--A--T-CTTACT--CAC-A--AT------TA-T--T-TTTT-TT--------ATA---CTA---C--CA-GTT--------A--A-AA---TATTTT-C-A
gi|30 : caattatttatT---------A--CT---G-GT------------------A--G-TGAACTTATTT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AA-AA-a
gi|12 : gttggccatcctactcacaattatttat---------A--CT---G-GT------------------A--G-TGAAATTATTT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AC-AA-TCAA--AT--A--AA--TAAT--TGTGAGTA--G-----GATGGTCAA-C
gi|32 : g---------A--CT---G-GT------------------A--G-TGAAATTAATT-----TT----------------A-CTGGA--A--G--T-AT-AA----A--TA--AT-----TATT--TGTGAgaaaataaaacactggccaaagctaaccacaaataaatatttataatactagtgaaaataaatccaacaatggccatcctactcacaaataattatttatactacatgtaccagtaacattaatttcactactagtgaaaatgatatcactaccagtgaaaata
gi|16 : cctac--CC---A-GT-----------------------TGAATTTATTT-----TC----------------A-CTAGT--A--G--T-ATAAA-TA-A--TT--AT-AC--TACC--AGTGAAAT--T-----AAT--TT---CA---------------C-TACT--AGTAT--A-------AA-C-AT-TTAA-TTGTGGGTAGAT----TTGG--C--CA-GT------------G-TTT--TATTTT-C-ACT-G--GTA--GT---GA-AAT--------------------TAATT--TC-AC-TG--GTAGTA-----AA--AAT-AGA---gaaa
gi|21 : tggccatcctactcacaatta---A-GT---------------------G-TGAAATTATTT-----TC----------------A-CTGGT--A--G--T-AA-GA-T--A--ccaac
gi|2 : ttggccaacctactcacaattatcAATTA-TT-----TC----------------G-ATAGT--A--G--T-AT-AA----A--TA--AT-AC--TACC--AGTGAAAT--T-----AAT--TCAgttttattttcactggtagtaaaaattaataattgttagtaggatggccaaccataga
gi|1 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagaAATTA-TT-----TC----------------G-ATAGT--A--G--T-AT-AA----A--TA--AT-AC--TACC--AGTGAAAT--T-----AAT--TCAcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|16 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagaTGGCC--A--T-CCTACT--CACAA-----------------------TT--------AT----CTAT--------------------------------TTT-T-ACT-AC-C-A--GT---GA-AAT--------------------TAATT--TC-AC-TA--CCAGTG-----AA--AAT-AAA---A-C---A-CT---GGCC-A--AA-TC-TAC-CCAC-AATT-----A-A-AT--GTT----TA-TA-CTAG--TA-G-T---GAA-Acaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|17 : TGACC--A--T-CCTACT--CACAA------------------TTAT-TT--------AT----------------------------------------TTT-T-ACT-AC-C-A--G-----A-AAT--------------------T--TT--TC-AC-TATACCAGTG-----AA--A-T-AAA---G-C---A-CT---GGCC----AA-GC-TACTCCAC-AATT-------A-AT--A-T----TA-TA-CTA---TA-G-T---GAATAA-TTC-ACttaatttcactggtagtataattatttatactactagtgaaaataaattcaactggccaac
gi|12 : tggtTGACC--A--T-CCTACT--CACAA------------------TTAT-TT--------AT----------------------------------T--TGATTG-T-ACT-AC-C-A--GT--GAA-AAT---------------------AATT--TC-AC-TA--CCAGTG-----AA--AAT-AAA---A-C---A-CT---GGCC-A--AA-GC-TAA-CCAC-AAAT-----A-A-AT--ATT----TA-TA-AT--ACTA-G-T---GAA-AA-T---A--AATCCA--ACAATGGtggtagcgtataattattctattgtattgtattgtttattaccaaggaaca
gi|27 : ggtTGGCT--A--T-CCTGTT--CACAA---T---------T-AT-TTAT-TT--------------TTACTGC--CA-GTA--------A--A-AAT--ccatcctactcacaaataattatttatactacatgtaccagtaacattaatttcactactagtgaaaatgatatcactaccagtgaaaata
gi|30 : gtTGGCC--A--T-CCTACT--CACAA---T---------T-AT-TTAT-TT--------------TTACTAC--CA-GTG--------A--A-AAT---AAGTT-C-ACT-A--CCA--GT-aatttcactagcagtgataataaagcactggccaaagctacccac
gi|21 : gtTGGCC--AA-C-C-TACT--CACAA---T---------T-AT-CTATCTT--------AC-----TAC--C---A-GTG--------A--A-AAT---AATTT-C-AC--AC-T----GT-T------T--------------------TATTT--TC-AC-TG--GTAGTA-----AA--AAT-TAA---a
gi|21 : tTGGCC--A--TCC-TACT--AACAA--TT------AT-T-AA-TT-T-TT--------A-----CTA---C--CA-GTG--------A--A-AAT--AAA------A-------CA--GTGTG-A-AAT--------------------TATTT--TC-AC-TG--GTAGT------AA--GAT-AGA---taattgttagtaggatggccaaccataga
gi|4 : ttggccaacctactcacaattaGGCC--A--T-CCTACT--CTCAA---T---------T-AT-TTAT-TT--------------TTACTAC--CA-GTG--------A--A-AAT--accataga
gi|15 : GGTC--A--T-CCTACT--CGCAA---T---------T-AT-TTAT-TT--------------TTATTAC--CA-GTG--------A--A-A-T--TAATTT-C-ACT-GC-C----GG-TGAA-AAT---------------------AATT--TC-AC-TA--CCAGCG-----AA--AAT-AAT---A-C---A-CT---GACC-A--AA-GC-TAC-CCAC-AATG-----A-A-AT--ATT----TA-TA-CTAA--TA-G-T---GAA-AA-Taatttcactaccagtgaaataaaaccctggccaaagctacccacaatttaattaaatatttaatactagtaggtgaaaaattgaccatcactgacaacgtaagaaagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggaaaatgatgttttaaaatttctaaacattatggcgtcactagacaacatcgtgaaacagaaaatgcaaaagagaatttctaaggcgcaccaaacatagcatcaacgaatgtgttcgtaatttagcagtcacagacaatatagagactgatactctggatggtatcatattcagatatgtacattctttattcatttccccagtccaaggatcctggcgctcgattaaagtaccgtcgaagcaattttttttcttttatttgatcatgaagcacctaaacctgataaagtcacgtttgtagagatatggtttggctgacattaatcaaaatgtcaaaccccacagtgcaagagaatttcaagtgcaagtatcctgatgctcggcagttttcgccgtgaagaactgcacggacagtctgtgtccctatatacaagtatgcaagtaaaatgtcgtctgatggaaaaaatcactgtccgaat
gi|32 : -C-TACT--CACAA--AT------AATT-AT-TTA---T--------AC----TT----C--CA-GT---------A--A-AAT--TAATTT-C-ACT-A--CCA--G--TGAA-Aaattttactgatggtgaaattaatttcactggtaatacaattatttc
gi|15 : cAA--AT------AA-T--T-GTAT-T-----------------AC--C---A-GTG--------A--A-A-T--TAATTT-C-ACC-AT-C-A--GT---AA-AAT--------------------TATTT--TC-AC-TA--TTAGTA-----TA--AAT-A
gi|19 : ggtcatcctactcgcaattatttatttttattaccagtgaaattaatttcactgccggtgaaaataatttcactaccagcgaaaataatacactgaccaaagctacccacaatgaaa--AT------AA-T--C-TTAT-TT--------AT----CTAC--T--CAAGTA--------A--A-AAT--TAATTT-CTACT-AC-CTGGTGT-TTAA------------------------TACTT--GT-AA-TG--CCAGTAATAATAG--AAT-AAA---T-C---A-ATTGAGACCGA--AA-GT-CTC-GCAC-AA-T-----A-G-AT--GTT----TA-CT-CTGAGTTc
gi|22 : -T-AT-TTAT-TT--------ATA---CTAC--C---A-GTG--------A--A-A-T--TATTTT-C-ACT-AC-C----GG-TGAA-
gi|13 : caat-TTAT-TT--------CCA---CTAC--C--TT-GTACAAGGCTGA--A-AATAATAATT----ATT-ACACCAT-GT-CGAA-AAT---------------------AATT---C-AC-TA--CCAGTGA----AA--AAT-AAA---ATC---A-CT---CGCC-AC-AA-GC-TA--CCAC-AATT-----A-ACATAAATTTA--TA-TA-CTACGTAATG-T---GAA-Attcatgagtggccatcttactcacaattattttttttatactaccagttaaaatattttcaa
gi|32 : cagtattaaaC----CTAC--T--CA--CA--------A--ATAAT--TATTTA-T-ACT--T-CCA--GT---AA-AAT--------------------TAATT--TC-AC-TA--CCAGTG-----AA--Acataacagaattccacattaagactgttggtaggtactttctctgtacaacgtgaagagtataactttcaact
gi|28 : -AAT--TA-TGT-C-ACT-GG-T-A--GT-TAAC-CAT--------------------TG--T--AC-AC-TA--CTAGTG-----AA--AAT-GAA---A-TTCAA-CT---GGCC-A--
gi|22 : agataaatttttactggagttgAT--TTATTTAT-ACT-AC-C-A--GT---GA-AAT--------------------TATTT--TC-AC-TA--CCGGTG-----AATTCAT-GAG------------T---GGCC-----A-TCTTAC-TCAC-AATT-----ATT-TT--TTT----TA-TA-CT--ACCA-G-T---TAA-AA-T
gi|4 : caattT--TATTTT-T-ACT-AC-C-A--GT--GAA-AAT---------------------AATT--TC-AC-TA--CCAGTG-----AA--A-T-AAA---A-C---C-CT---GGCC-A--AA-GC-TAC-CCAC-AATTTAATTA-A-AT--ATT----TAATA-CTAG--TA-GGT---GAA-AAATTG-ACCA-TCACTGACAACG-TAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGA-AAATGATGTTTTA-----A-AATTTCT-AAA-CAT--T-----ATGGCG-T-CACT--AGACA-A-CATC----------------GTGAAA---------CA---GAAAATGCAAAAGAGAA--TTTCT---AAGG----C-G------CACCAAACA----------T---------AGCATC-AACG-AA----TGTGTTCG---TAATTTAGC-------AGTCACAGA--------CAATATAGAG---ACTGAT--AC-TCTG--GA-TGGTATCATAT-TCA-GATATG--TACATT-C---TTTA----T--TCATTTCCCCAGTCCA------A---GGATCCT-GGCGCTCG--ATTA-A-AGTACCGT-CGAAGCAATT-TTTT-TTCTTTTattttcaa
gi|27 : ggccatcctactctcaattatT--TATTTT-T-ACT-GC-C-A--GT---AA-AAA--------------------TAATT--TC-AC-TA--GCAGTG-----AT--AAT-AAA---G-C---A-CT---GGCC-A--AA-GC-TAC-CCAC-atttgatcatgaagcacctaaacctgataaagtcacgtttgtagagatatggtttggctgacattaatcaaaatgtcaaaccccacagtgcaagagaatttcaagtgcaagtatcctgatgctcggcagttttcgccgtgaagaactgcacggacagtctgtgtccctatatacaagtatgcaagtaaaatgtcgtctgatggaaaaaatcactgtccgaat
gi|21 : gttggctatcctgttcacaattatAT--------------------TAATT--TTTAC-TA--CCAGTG-----AA--AAT-AAA---A-C---A-GT---G
gi|30 : ttggccaacctactcacaattatctatcttactaccagtgaaaataatttcaT--------------------TATTT--TT-AC-TA--CCAGTG-----AA--AAT-AAaattgttagtaggatggccaaccataga
gi|21 : gttggccatcctactcacaattatT---GGCC-A--AC--C-TAC-TCAC-AATT-----A-T-CT--ATC----T--TA-CT--ACCA-G-T---GAA-AA-Tgttcactaccagta
gi|34 : t--ATT----TA-TA-CTAG--TA-G-T---GAA-AA-TTG-ACCAATCAGAGACAAaatttcacactgttttattttcactggtagtaaaaattaataattgttagtaggatggccaaccataga
gi|7 : TGTTCTTTGTGAA-AAATTCC-AAAGCAT--TTAATTATG-CGCTACACTGAAGACA-C-CATC----------------GTGTA----------AA---GAG-----------TAA--TTTTCGTAAAGGAATTCAG------CACCAATT-----------TTTCAATAGAACCATCAAACG-AACTAGTG-TTTCGCTAT---TTAG----CAGTTGTAAC--CGTAC----CAATATATAGTAGACTGTACTACATCTGTTGATTGGTTCTATATGTTATGGTCTAGTTACGTTGC---TTGTAAATCAGTT--TCGCCCAGTCCA-ATGGAG---GAGGCCA-AGC-CTCGA-ATTA-AATATTCCGT-CAGAACATTT-TTTT-TTCTTTTCAATTAt
gi|2 : TTTTT-----AGAAATTCTAAAA-CATTCT-----ATGACGTTACACT--AGAAAGCGCATCTGCTGAAACAGAAAATGCAAA----------TA---GAA-----------GAATTTTTCT---AAGG----C-GGCAAAACATCAAA------------TGAA------ACAATC-AACGTAATG--TG-ATTCG-------TTAGCA--CAAAAtgagagaactactatacttggtcatcgaggcgcttactggttacactgaattttttgaaaggaggggggggggcaaactaaaaaaataaagtgctacaggtagtggggagagg
gi|1 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcaTTTTT-----AGAAATTCTAAAA-CATTCT-----ATGACGTTACACT--AGAAAGCGCATCTGCTGAAACAGAAAATGCAAA----------TA---GAA-----------GAATTTTTCT---AAGG----C-GGCAAAACATCAAA------------TGAA------ACAATC-AACGTAATG--TG-ATTCG-------TTAGCA--CAAAAtagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|14 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcaGGCG-CTCACT--AGACA-C-CATC----------------ATGAAACAGAAAATGCAAAAGAA-----------GAA--TTTCT---AAGG----C-G------CACCAAACATCATGAAACAT---------AGCATC-AACG-AA----TGTGTTCG---T---TTAGC-------AGTCACAG--------ACAATATAGAG---ACTG-----------------------ATA----A------G--TATATTAC---TTTAAAATC--ATT-TCCCCC-GTCC-CAGG--G---GGATCCG-GAC-CTCG--ATTA-AAAGTACCtagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|25 : ACACT--AGACA-C-CATC----------------GTGAAACAGAAAATGCA---AAGTAA--------GAA--TCTCT---AAGG----C-G------CACCAAACA----------T---------AGCATC-AAAG-AAT---TT-GTTCG---T---TTAGCAGTCAGA
gi|11 : AGAAG--ACTGAT--AC-TCTG--GA-CGGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTACTTTTTTAAACTCA-TTT-TCCTCCAGTCCA-A-G--GAGTGGATCCA-AGCTCTCGTTATTAGAGAGTGCCGTGCAGAACA--TATTTTGTTCTTTTGCATTAAA--AT
gi|2 : atgTTAAAATC--ATG-TTCCCCAGTCCTCAAA--G---G-ATCAAGGGT-CCAG--ATTA-A-AGTAACCT-C-GAA------TTTT-TTCTTTTGC-TTAAA--ATATGCTTATTTtatcgtgtccctttggtcatcagagctagcgtaggactgattttgtaaaggggggggggtggaataaaaaaatacaatccacaggtaagtggagggg
gi|1 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggTTAAAATC--ATG-TTCCCCAGTCCTCAAA--G---G-ATCAAGGGT-CCAG--ATTA-A-AGTAACCT-C-GAA------TTTT-TTCTTTTGC-TTAAA--ATATGCTTATTTgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|18 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactgg--ATTA-AAAGTACCGT-CAGAGCA--T-TTT-----TTTTGCATTAAAATATA--CTTCTTTgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TACAGCTGATGTTAATCAAAAGTGCCACCCCCCCCCCCACCCCGGTCCAATTGCAAACTAACCGTTTTTTCGTCGCCCCGAAGCAATTGCACGGTTGCCAGCGACAGCGTCTTTCTATACAAACAATTGCATGCAAGTAAAAATTGTAGTCTGATGGAAAAAAAGTAGGTGTGTCAAATTACAATATCCAAGCTATCATTTTCATCGTAACACTGCAATATATATTGCATTGATGCCAAAGTTGCAAGACATTTTGTGACGTAGCAGCATTCCACAAGTGATAAGTGACCTTTTACCGATTTATGCTCATGTCGGCAGAAAATGCTATGGCGTATTTGCATAAACCAGTGCAGACTAGATATCGAGCTGCCATTAAAATCCATTTTAGACGTAAAGCAAAACAATTATTCTTCCTCTATGAATAAA
Unaligned ( gi|8 ): CATGAAACACCTAAACGTTTTTAGGAGATATGGTTCGGCTGATTAATCAAAAATGTTCAACCCCCCCCCCCCCTGAAGTGCAAGTAAAAGCAAGCGACAGTCTGTTGTTTCTATTTAAAAACCAAATGCATGCAAGTAAAAATTGTAGTCTGATGAAAAAAAAGTAGGTGTTCAAAATACAAATCCAAGTATCATTTTCATCGAACACTGCCCATTAAGCATGATTGGCCAAGTTGCAGAGACATTGGACGTAGCACATTCCACAAGTGATATAAGTAAACCTTTTACGGATTTGATGCTCATTGTGGGCAGGAAAATTGCTTGTTATTTGCGTAAAACCAGTGCAGATATCGAGCTGCATAAATCCATATCTAGACGTAAAAAGCAAAACAATTTGCTTACCTCATGATAAAA
Unaligned ( gi|9 ): AAAATACTTATCTGATCATTAAAAACCCAAACCTGCAAAAGCCACATTTGTAGGAGATGTTAATCAAAATGTCAAACCCCCACTGCAAGTAACCCGATGCTCGGTAGTTTCCGCCGTACGATGTCACTTCTGTGTCCTTATACAAACAATGCATGTAAATAAACTTGTCTTCTGGTGATCACAGTGAAAATATGTGTAGCGGGTGGGTATTGAAATACACATCTAGATGGAGTGTCCCTGCACTATTTCCCATTTAATAAAGAACCAGATCTTGTACCAAATAGACTGACTTTGTAAGACTCAAGAGGAAATGGCCTAAGGGACCGTCAAGACACTCTAGCCTATGTGAAGTACATTAA
Unaligned ( gi|20 ): CTTAAAGGGTACCTCCAGTGCAATTTATTTGTGTATTAGAATACTTATCTGATCATTAAAAACCCAAATCTGCAAAAGTCACGTTTGTAAAAGACGTGGTTTGGCTGGTTTTAATCAAAATGTCAAACCC
Unaligned ( gi|23 ): CTTGAAGGGTACCTCCAGTGCAAATTTTTTGTTTTAAAATTCTTATCTGATCATTAAAGACCCAAACCTGCAAACGTCACGTTTGTAGGAGATGTGGTTTGGC
Unaligned ( gi|24 ): AATTAAAATACTTATTTGATCATGAAGCACCTAAACATGATAATGTCACGTTTGTAGGAGATATGGTTGACATTAATCAAAATGTCAAACCCCCA
Unaligned ( gi|26 ): GAATATGTGTAGTGGGTGGGTGTTCACATTCATATTTAGATGAAGTGTCCCTGCATTATTTAATTCCCATTTAATAAAAAACAAGATATTGTAC
Unaligned ( gi|29 ): AACGTTTTTAGGAGATATGGTTCGGCTGGATAATCAAAATGTCAACCAACCCCAACCAACCCCCGGCAGTGCAAGTA
Unaligned ( gi|31 ): TACACGGGCAATTAATTTGTTTGGACTGGTCACAATGTTCCCACCGAAGTAATGATTTC
Unaligned ( gi|33 ): TTATATGGGGATTTTCACTTGTACAATACATATCTTTACTT
Unaligned ( gi|35 ): AAATATAAATACAATGGTAATGCAATAATGAATCAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3 111 333333333333333333333 111 444444444444444 222222222 22222 222222 11111 11111 33333333 1 111111 11111 555555555555555555555 1 222 11 1 3333333 1111 1 1111111 222 11 3333333 1 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 11111 22222 111 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000 111 1111 333333 2222222222222222222 1 1 1111 111 2222222 888888888888888888888888 1 6666666666666666666666666666666666666666 11111 1 111 3333333333 1 1 11 222222
lowQualScore : 2 2 1 8 2 0 5 9999999 44444 000 2 33 2 111111111111111111111 0 6 0 888888 666 3 8888 1 3 3 3 555 66666 99 555 222222222222222 000000000 88 99 44 6 4 55555 3 66666 44 3 44 555 2 333333 3 99999 8 44444 2 1 777 22222 4 66 66666666 4 3 4 3 5 4 4 88 999999 77 77 88 5 4 44444 444444444444444444444 1 111 5 55 5 5 1 0 1111111 0000 5 1 8888888 5 111 5 77 88 8 6666666 6 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 77777 6 0 3 33333 3 444 77 666 6666 1 7777777777777777777777777777777777777777777777 000 2222 5 222222 5555555555555555555 44 1 7 5 1 2222 000 5555555 999999999999999999999999 99 7 5 0 7777777777777777777777777777777777777777 44444 33 2 222 1 1 5555555555 5 0 1 1 66 5 44 5 7 111111 5 7 33 3
lowQualScore : . . . . . . . ....... ..... ... . .. . ..................... . . . ...... ... . .... . . . . ... ..... .. ... ............... ......... .. .. .. . . ..... . ..... .. . .. ... . ...... . ..... . ..... . . ... ..... . .. ........ . . . . . . . .. ...... .. .. .. . . ..... ..................... . ... . .. . . . . ....... .... . . ....... . ... . .. .. . ....... . .. ............................................................................. . ..... . . . ..... . ... .. ... .... . .............................................. ... .... . ...... ................... .. . . . . .... ... ....... ........................ .. . . . ........................................ ..... .. . ... . . .......... . . . . .. . .. . . ...... . . .. .
lowQualScore : 9 9 1 0 7 8 7 3333333 11111 000 9 99 9 666666666666666666666 5 2 3 555555 222 1 6666 8 3 3 3 000 77777 22 444 111111111111111 888888888 55 77 22 2 3 44444 3 11111 66 3 66 444 1 666666 6 11111 0 22222 5 9 888 55555 0 33 11111111 0 0 0 2 7 0 4 33 666666 99 99 77 7 3 33333 333333333333333333333 4 444 7 77 7 7 4 1 0000000 6666 0 4 9999999 7 444 7 77 33 0 0000000 0 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88888 4 8 8 00000 7 888 99 444 6666 7 1111111111111111111111111111111111111111111111 000 1111 7 999999 6666666666666666666 11 0 1 7 4 4444 000 0000000 333333333333333333333333 22 1 7 1 1111111111111111111111111111111111111111 44444 00 1 444 0 7 3333333333 7 7 4 4 99 0 44 7 1 444444 7 3 55 0
consensus : GGTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AATTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATTA---A---A---T-------TAT---------A--CTA-NTA--G-TGAAATTAATTTCACTGGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTA--GTGAAAA-----NA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCATCCTAC---TCAC-AATAA-TACTTATTTAT----CTA-CCA-GTAAA-AATTAATTTC-ACTA-CCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-NAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TT-GACCAA--T-CACA-GAACCATACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGAGAAATGATGTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGGCGTTACACT--AGACA-C-CATC-GC-GAAAC------------AGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA-------ACGTAGC-ATCAA-CG-AAT-TNGT---TCG---T---TTAGCA--CAGAAGTCACAGA--------CAATATA--G-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTNTG--TACGTTAC---TTTAAAATC-A-TTTCCCCCAGTCCA-CA-GG---GGAT-CCA-GGC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATATGCTTNTTT
Reference ( family-3260 ) : GGTTGGCCATCCTAC-T-CACCAATTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATTA---A---A---T-------TAT---------A--CTA-GTA--G-TGAAATTAATTTCACTGGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTA--GTGAAAA-----NA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCATCCTAC---TCAC-AATAA-TATTTATTTAT----CTACCCA-GTGAA-AATTAATTTC-ACTA-CCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TT-NACCAA--T-CA-N-GA--CA-ACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGA-AAATGATGTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGGCGTTACACT--AGACA-C-CATC-GC-GAAAC------------AGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA-------ACATANC-ATCAA-CG-AAT-TGGT---TCG---T---TTAGCA--CAGAAGTCACAG---------CAATATA--G-AG-ACTGATACT----CTG--GAC-GGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTAC---TTTAAAATC-N-TNTCCCCCAGTCCA-CA-GG---GGAT-CCA-GGC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATATGCTTATTT
gi|1 : GCCATCCTAC-T-CAC-AATTATGTTAT-TTTTACTTAAC-------AG--T--GGATAA-GAAAAT--TTC-AC----TA-CCA----GTT--GAAAATA-TTTCCAA---CTACCAGTTG-AAAAAAA-ATAA-CACTG---C-A-AAGCCT-TA---C-TCCAACAATTA---A---A---TGACT---TAT---------AACCTA-TCA--GATGAA-TTAATTTCACTGGT--A--G-TATTA-T---T--TAT-AC--TACTA--TCG-AAA-----TA-AT-----TCAAAC--A--ATGGCCATAC-AC---TCAC----AA-TACTTATTTAT----CT--CAA-GTAAA-CATTAA-----ACTA-GCCGTTGAAA--A---AAA--T--T-AAC-CA--AGTG-----AAAAT---------------------AAAACAGCTG--GGCC-ATGAA-GC-TACCCACGAATT-----ACAATACT----TA-TATCT---A---TAG-TG--GAAAA-TT-TACCAAATT-CACA-GAACCATAC-GTAAGAAAGAAA
gi|1 : ttagcTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGACGTTACACT--AGAAAGCGCATCTGCTGAAAC------------AGAAAATGCAAATA------------GAAGAATTTTTCT---AAGG----C-GGCAAAACATC----------AA-------ATGAAACAATCAA-CGTAATGTGAT---TCG-------TTAGCA--CAAA---------------------ATA--GAAG-ACTGAT--------------------TTA-AT-TGA----CTG-----GTTA-------AAA-TC-A-TGTTCCCCAGTCCT-CA-AA---GGAT-CAAGGGT-CCAG--A-TT--AAAGTAACCT-C-GAA------TTTT-TTCTTTTGC-TTAAAATATGCTTATTTcagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|10 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcaGGCAATCCTAC-T-CAC-AATTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-ATTATT--TTC-AC----TA-CCA----TT---GAAAATAA------AAAGCTAC---T-C-ACAATTA-A--A-TATT----T-A--------TA---C-TT--GTAGTGA---A---AA--T-------TATTTT------A--CTG-CTA--G-TGAAATTAATTTCACTGGT--A--G-TATAATT-ATT--TAC-AC--CACTA--GTGAAAA-----TAGAT-----TC-AAC--A--ATGACCATCCTAC---CCAC-A--AA-TAATTATTTATA---CTA-ACA-GT-AA-AATTAATTTC-ACTA-CCA-TTGAAA--A--TAAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAAATAATTTCACTACCAGTGAAAATAAAATA-CA---GGCC-A--AA-GC-TGCCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TG-CT---AG--TAG-T---GAAAA-gatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|11 : -AG-ACTGATACT----CTG--GAC-GGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTACTTTTTTAAACTCAT-TTTCCTCCAGTCCA--A-GGAGTGGAT-CCA-AGCTCTCGTTA-TTAGAGAGTGCCGTGCAGAACA--TATTTTGTTCTTTTGCATTAAAAT
gi|12 : atgagaGGTTGACCATCCTAC-T-CAC-AATTAT-TTAT-TT---------------------------------GAT--TGT-AC----TA-CCA----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---A-CC--ACAAATA---A---ATATT-------TAT---------A--ATA-CTA--G-TGAAAATAAATCCA-------------ACAA-TGG-C--CAT-CC--TACT----CACAAA-----TA-AT-----T----------AT--TTATACTACATGTACC-AGTAA-CATTAATTTCA----CTA-CTA-GTGAA-AA-TGATATC-ACTA-CCAG-TGAAA--AT-tatcgtgtccctttggtcatcagagctagcgtaggactgattttgtaaaggggggggggtggaataaaaaaatacaatccacaggtaagtggagggg
gi|13 : -TTAT-TTCCACT-ACCTTGTACAAGGCT--G---AA-AATAATAATT--AT----TA-C-ACCATGTC--GAAAATAATT-C--A---CTACCAGT-GAAAAATAA-A--ATCACTCGC-C-ACAAGC---TA-----CC--ACAATTA---AC--A---TAAATTTATAT---------A--CTACGTAATG-TGAAAa
gi|14 : cagtattaaaGGCGCT-CACT--AGACA-C-CATC-AT-GAAACAGAAAATGCAAAAGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACCAAACATCATGAA-------ACATAGC-ATCAA-CG-AAT-GTGT---TCG---T---TTAGC-------AGTCACAGA--------CAATATA--G-AG-ACTGATA----------------------------A-G-------TATATTAC---TTTAAAATC-A-TTTCCCCC-GTCC--CAGGG---GGAT-CCG-GAC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCcataacagaattccacattaagactgttggtaggtactttctctgtacaacgtgaagagtataactttcaact
gi|15 : GGTCATCCTAC-T-CGC-AATTAT-TTAT-TTTTATT-ACC-------AG--T--G---AA-ATTAAT--TTC-AC----TG-CCG----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGC-G-AAAATAA-T--A-CACTGAC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATGA---A---ATATT-------TAT---------A--CTA-ATA--G-TGAAAATAATTTTACTGAT--G--G-TGAAA-T---T--AAT-TT--CACTG--GT-AATA-----CA-AT-----T
gi|16 : TGGCCATCCTAC-T-CAC-AATTAT-CTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-A----------------------------T--------TAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AATC---TA---C-CC--ACAATTA---A---ATGTT-------TAT---------A--CTA-GTA--G-TGAAATTAATTTCACTGGT--A--G-TATAATT-ATT--TAT-AC--TACTA--GTGAAAAT----AA-AT-----TC-AAC------TGGCCAatttc
gi|17 : GGTTGACCATCCTAC-T-CAC-AATTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG----------A-AATT-T--TTC-AC----TA--------------------------------TACCAGT-G-AAA-TAA-A--G-CACTGGC-C---AAGC---TA---CTCC--ACAATTA---AT--A---T-------TAT---------A--CTA--TA--G-TGAA--TAA-TTCACTGGT--AGCG-TATA----A-T--TAT-TC--TATTac
gi|18 : t--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAGCA--T-TTT-----TTTTGCATTAAAATATACTTCTTTgtattgtattgtttattaccaaggaaca
gi|19 : ATAA-T-CTTATTTAT----CTACTCAAGTAAA-AATTAATTTCTACTA-CCTGGTG-----TT-TAATACT--TGTAA-TGCCAGTAATAATAGAAT---------------------AAATCA-ATTGAGACCGA--AA-GT-CTCGCAC-AA-T-----A-GATGTT----TA-gatcatgaaacacctaaacgtttgtagaagatatgggttggctggcattaatcaaaatgtcaaatccccagtgcaagtatcctgatgcta
gi|2 : GCCATCCTAC-T-CAC-AATTATGTTAT-TTTTACTTAAC-------AG--T--GGATAA-GAAAAT--TTC-AC----TA-CCA----GTT--GAAAATA-TTTCCAA---CTACCAGTTG-AAAAAAA-ATAA-CACTG---C-A-AAGCCT-TA---C-TCCAACAATTA---A---A---TGACT---TAT---------AACCTA-TCA--GATGAA-TTAATTTCACTGGT--A--G-TATTA-T---T--TAT-AC--TACTA--TCG-AAA-----TA-AT-----TCAAAC--A--ATGGCCATAC-AC---TCAC----AA-TACTTATTTAT----CT--CAA-GTAAA-CATTAA-----ACTA-GCCGTTGAAA--A---AAA--T--T-AAC-CA--AGTG-----AAAAT---------------------AAAACAGCTG--GGCC-ATGAA-GC-TACCCACGAATT-----ACAATACT----TA-TATCT---A---TAG-TG--GAAAA-TT-TACCAAATT-CACA-GAACCATAC-GTAAGAAAGAAActctgagtt
gi|2 : ttagcTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGACGTTACACT--AGAAAGCGCATCTGCTGAAAC------------AGAAAATGCAAATA------------GAAGAATTTTTCT---AAGG----C-GGCAAAACATC----------AA-------ATGAAACAATCAA-CGTAATGTGAT---TCG-------TTAGCA--CAAA---------------------ATA--GAAG-ACTGAT--------------------TTA-AT-TGA----CTG-----GTTA-------AAA-TC-A-TGTTCCCCAGTCCT-CA-AA---GGAT-CAAGGGT-CCAG--A-TT--AAAGTAACCT-C-GAA------TTTT-TTCTTTTGC-TTAAAATATGCTTATTTcagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|21 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcaTTGGCCAACCTAC-T-CAC-AATTAT-CTAT-CTT-ACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC-----A-C-T----GT---T---TTATTTTC--A---CTGGTAGT-A-AAAATTA-A--gatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|21 : TGGC-C-A-AC-C---TA---C-TC--ACAATTA---TCT-A---T-------CTT---------A--CTA-CCA--G-TGAAAATAATTTCAC------A--C-TGTTT-T-A-T--TTTCAC--TGGTA--GTAAAAAT----TA-ATAATTGTT-AGT--AGGATGGCCAACCtaattgttagtaggatggccaaccataga
gi|21 : tGGTTGGCCATCCTAC-T-AAC-AATTAT-TAAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAA-------A------A-C-AGT--GT---GAAATTATTTTC--A---CTGGTAGT---AAGATAG-A--ataga
gi|22 : ttggccaacctactcacaattaCAATTATTTA---T---T-------TAT---------A--CTA-CCA--G-TGAAATTATTTTCACT--------------------------------ACCG--GTGAA-----------T-----TC-ATG--A--GTGGCCATCTTAC---TCAC-AATTA-T-TTTTTTTATA---CTA-CCA-GTTAA-AA-TATTTTC-Aataga
gi|25 : ACACT--AGACA-C-CATC-GT-GAAAC------------AGA----------AAATGCAAAGTAAGAA-----TCTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA-------ACATAGC-ATCAA-AG-AAT-TTGT---TCG---T---TTAGCAGTCAGAa
gi|27 : GTTGGCTATCCTGT-T-CAC-AATTAT-TTAT-TTTTACT-GCC-------AG--T--A---AA-AATAAT--TTC-AC----T----A----G--------------------------CAGT-G-ATAATAA-A--G-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--AC
gi|28 : TA---A---A---T-------TTTT--------A--CTG-G-A--G-TTGAATTA-TGTCACTGGT--A--G-T-TAA-CCA-T--TGT-ACACTACTA--GTGAAAATG---AA-AT-----TC-AAC------TGGCCA
gi|3 : agaGGTTGGCCATCCTAC-TTCACCAATTAT-TTATCTTTTACT-ACC-------AG--TTGG---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---AAAAATAATTTC--A---CT-CCAGT-G-AAAATAA-A--G-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---T-CC--ACAATTA---G---A---T-------TAT---------A--CTA-GTA--G-TGAAATTAATTTCACTGGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTC--GTGAAAA-----AA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCAT-CTAC---TCACAAATAA-TATTTATTTAC----CTACCCA-GTAAA-AATTAATTTC-ACTACCCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---GGGTTAG-T---GAAAA-TT-GACCAA--TCCA-A-GA--CA-ACGGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAATGATGTTTTT----A-AAATTCT-AAACAT-----TATGGCG-TACACT--AGACA-C-CATC-GT-G-AAC------------AGA----------G------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA-------AC-TACC-ATCAA-CG-AA--TGGT---TCG---T---TTAGC---CAGAAGTGACGGAGTACGAAACAATATA--G-AGTACTGGAACT----TTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTAC---TTTAAAATC-T-TATCCCCCAGTCCA-TATGG---GAAT-CAA-AGC-CTCG--A-TTA-AGAGTGCCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATA--CTTCTTT
gi|30 : GTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AATTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAG--TTC-AC----TACC-A----GT---cggt
gi|32 : CCTAC---TCAC-AA--A-TAATTATTTATA---CT-TCCA-GT-AA-AATTAATTTC-ACTA-CCAG-TGAAA--a
gi|34 : ATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TT-GACCAA--T-CAGA-GA--CA-A
gi|36 : GGTTGGCCATCCTAC-T-CA-CAATTAT-TTAT-Tt
gi|4 : gtatGGCCATCCTAC---TCTC-AAT-------TATTTAT------------------------TTTT-ACTA-CCAGT-GAAA--AT--AAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAA-T---------------------AAAACC-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATTTAATTA-AATATT----TAATA-CT---AG--TAGGT---GAAAAATT-GACCA---T-CA-CTGA--CA-ACG-TAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGA-AAATGATGTTTT-----AAAATTTCTAAA-CATT-----ATGGCGT--CACT--AGACA-A-CATC-GT-GAAAC------------AGA----------AAATGCAAAAGA-GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA-------ACATAGC-ATCAA-CG-AAT-GTGT---TCG---TAATTTAGCA-------GTCACAGA--------CAATATA--G-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GATATG--TACATT-C---TTT--ATTC-A-TTT-CCCCAGTCCA-----A---GGAT-CCT-GGCGCTCG--A-TT--AAAGTACCGT-CGAAGCAATT-TTTT-TTCTTTT
gi|5 : CCCTCCCACCT-CACAAATTATATTAT-TTT-ACA-TCC-------AG--T--G---AATAATAAT--TTCCACATTATA-C-A----ATTAAAAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAAGA--G-CACTGGCGCAA-AAGCGTGTAACCC-CC--ACAATTA---AAATA---T-------TATTGTGTGAGAA--CTA-GTA--G-ATAATTTAATT----CGGTGCA--GATATAATT-A-TTCTAT-AC--TACTAGCGTGAAAGACATCAA-AT-----TC-AACATA--AT-GCCATCCTAC---TCAC-AATAATTATGTGTGTGTGATACTA-CCA-GTAAACAATTAA-TTC-ACTA-CCA--TGGAATGATATGAT--TCAT-AACATACCAGTG-----AAAATA--------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AATGCTTACCCAC-AACTTACTGA-AATATTATGATA-TA-TTTGGAT--TAG-TTTGAAAAA-TTGAACCAA--atttgatcatgaagcacctaaacctgataaagtcacgtttgtagagatatggtttggctgacattaatcaaaatgtcaaaccccacagtgcaagagaatttcaagtgcaagtatcctgatgctcggcagttttcgccgtgaagaactgcacggacagtctgtgtccctatatacaagtatgcaagtaaaatgtcgtctgatggaaaaaatcactgtccgaat
gi|7 : tagtaagaattatggttaggtacagatatagtaataacatttgagtagtaaatattatacatcagtaggatgcagtagtagtaggtgtaattgtgcttaccatTGTTCTTTGTGAAAAATTCCAAAGCATTTAATTATG-CGCTACACTGAAGACA-C-CATC-GT-GTAA-------------AGA----------G------------TAA-----TTTTCGTAAAGGAATTCAG------CACC----------AATTTTTCAATAGAACCATCAAACG-AAC-TAGTGTTTCGCTAT---TTAGCAG-TTGTAACCGTAC---------CAATATATAGTAG-ACTG-TACTACATCTGTTGATTGGTTCTATATGTTATGGTCTAGTTACGTTGC---TTGTAAATC-AGTTTCGCCCAGTCCAATG-GA---GGAGGCCA-AGC-CTCG--AATTA-AATATTCCGT-CAGAACATTT-TTTT-TTCTTTTCAATTA
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TACAGCTGATGTTAATCAAAAGTGCCACCCCCCCCCCCACCCCGGTCCAATTGCAAACTAACCGTTTTTTCGTCGCCCCGAAGCAATTGCACGGTTGCCAGCGACAGCGTCTTTCTATACAAACAATTGCATGCAAGTAAAAATTGTAGTCTGATGGAAAAAAAGTAGGTGTGTCAAATTACAATATCCAAGCTATCATTTTCATCGTAACACTGCAATATATATTGCATTGATGCCAAAGTTGCAAGACATTTTGTGACGTAGCAGCATTCCACAAGTGATAAGTGACCTTTTACCGATTTATGCTCATGTCGGCAGAAAATGCTATGGCGTATTTGCATAAACCAGTGCAGACTAGATATCGAGCTGCCATTAAAATCCATTTTAGACGTAAAGCAAAACAATTATTCTTCCTCTATGAATAAA
Unaligned ( gi|8 ): CATGAAACACCTAAACGTTTTTAGGAGATATGGTTCGGCTGATTAATCAAAAATGTTCAACCCCCCCCCCCCCTGAAGTGCAAGTAAAAGCAAGCGACAGTCTGTTGTTTCTATTTAAAAACCAAATGCATGCAAGTAAAAATTGTAGTCTGATGAAAAAAAAGTAGGTGTTCAAAATACAAATCCAAGTATCATTTTCATCGAACACTGCCCATTAAGCATGATTGGCCAAGTTGCAGAGACATTGGACGTAGCACATTCCACAAGTGATATAAGTAAACCTTTTACGGATTTGATGCTCATTGTGGGCAGGAAAATTGCTTGTTATTTGCGTAAAACCAGTGCAGATATCGAGCTGCATAAATCCATATCTAGACGTAAAAAGCAAAACAATTTGCTTACCTCATGATAAAA
Unaligned ( gi|9 ): AAAATACTTATCTGATCATTAAAAACCCAAACCTGCAAAAGCCACATTTGTAGGAGATGTTAATCAAAATGTCAAACCCCCACTGCAAGTAACCCGATGCTCGGTAGTTTCCGCCGTACGATGTCACTTCTGTGTCCTTATACAAACAATGCATGTAAATAAACTTGTCTTCTGGTGATCACAGTGAAAATATGTGTAGCGGGTGGGTATTGAAATACACATCTAGATGGAGTGTCCCTGCACTATTTCCCATTTAATAAAGAACCAGATCTTGTACCAAATAGACTGACTTTGTAAGACTCAAGAGGAAATGGCCTAAGGGACCGTCAAGACACTCTAGCCTATGTGAAGTACATTAA
Unaligned ( gi|20 ): CTTAAAGGGTACCTCCAGTGCAATTTATTTGTGTATTAGAATACTTATCTGATCATTAAAAACCCAAATCTGCAAAAGTCACGTTTGTAAAAGACGTGGTTTGGCTGGTTTTAATCAAAATGTCAAACCC
Unaligned ( gi|23 ): CTTGAAGGGTACCTCCAGTGCAAATTTTTTGTTTTAAAATTCTTATCTGATCATTAAAGACCCAAACCTGCAAACGTCACGTTTGTAGGAGATGTGGTTTGGC
Unaligned ( gi|24 ): AATTAAAATACTTATTTGATCATGAAGCACCTAAACATGATAATGTCACGTTTGTAGGAGATATGGTTGACATTAATCAAAATGTCAAACCCCCA
Unaligned ( gi|26 ): GAATATGTGTAGTGGGTGGGTGTTCACATTCATATTTAGATGAAGTGTCCCTGCATTATTTAATTCCCATTTAATAAAAAACAAGATATTGTAC
Unaligned ( gi|29 ): AACGTTTTTAGGAGATATGGTTCGGCTGGATAATCAAAATGTCAACCAACCCCAACCAACCCCCGGCAGTGCAAGTA
Unaligned ( gi|31 ): TACACGGGCAATTAATTTGTTTGGACTGGTCACAATGTTCCCACCGAAGTAATGATTTC
Unaligned ( gi|33 ): TTATATGGGGATTTTCACTTGTACAATACATATCTTTACTT
Unaligned ( gi|35 ): AAATATAAATACAATGGTAATGCAATAATGAATCAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 333333333333333333333 111 44444444444444 111111111 22222 222222 11111 11111 2222 111111 111111 11111 555555555555555555555 1 222 11 1 3333333 1111 1 1111111 222 11 11 1 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11111 22222 111 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000 111 1111 333333 2222222222 111111 111 1 1 11 111 2222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 1 3333333333 1 1 11 222222
lowQualScore : 2 2 2 2 8 2 0 5 9999999 44444 000 2 33 2 111111111111111111111 0 6 0 888888 666 3 8888 1 3 3 3 555 66666 99 555 00000000000000 888 88 77 77 6 3 333333333 3 55555 3 66666 44 3 44 555 2 333333 3 99999 8 44444 2 1 777 22222 4 77 0000 111111 2 4 3 5 4 4 88 999999 77 77 66 5 4 44444 444444444444444444444 1 111 5 55 5 5 1 0 1111111 0000 5 1 8888888 5 111 5 6 88 88 5 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 77777 6 0 3 33333 3 444 77 666 6666 1 7777777777777777777777777777777777777777777777 000 2222 5 222222 5555555555 666666 88 000 1 5 1 11 1 000 5555555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 33 1 1 1 5555555555 5 0 1 1 66 5 44 5 7 111111 5 7 33 1
lowQualScore : . . . . . . . . ....... ..... ... . .. . ..................... . . . ...... ... . .... . . . . ... ..... .. ... .............. ... .. .. .. . . ......... . ..... . ..... .. . .. ... . ...... . ..... . ..... . . ... ..... . .. .... ...... . . . . . . .. ...... .. .. .. . . ..... ..................... . ... . .. . . . . ....... .... . . ....... . ... . . .. .. . .. ............................................................................. . ..... . . . ..... . ... .. ... .... . .............................................. ... .... . ...... .......... ...... .. ... . . . .. . ... ....... ..................................................................................... ..... .. . . . .......... . . . . .. . .. . . ...... . . .. .
lowQualScore : 9 9 9 9 0 7 8 7 3333333 11111 000 9 99 9 666666666666666666666 5 2 3 555555 222 1 6666 8 3 3 3 000 77777 22 444 55555555555555 555 55 11 33 2 1 999999999 3 44444 3 11111 66 3 66 444 1 666666 6 11111 0 22222 5 9 888 55555 0 11 5555 000000 4 0 2 7 0 4 33 666666 99 99 77 7 3 33333 333333333333333333333 4 444 7 77 7 7 4 1 0000000 6666 0 4 9999999 7 444 7 7 33 00 5 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88888 4 8 8 00000 7 888 99 444 6666 7 1111111111111111111111111111111111111111111111 000 1111 7 999999 0000000000 444444 00 000 4 7 4 66 0 000 0000000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333 00 4 6 7 3333333333 7 7 4 4 99 0 44 7 1 444444 7 3 55 0
consensus : GGTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATTA---A--A---T-------TAT---A--CTA-NTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTA--GTGAAAA-----NA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCATCCTAC---TCAC-AATAA-TACTTATTTAT----CTA-CC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTA-CCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-NAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCACAGAACCATACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGAGAAATGATGTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGGCGTTACACT--AGACA-C-CATC-GC-GAAAC------------AGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACGTAG---C-ATCAA-CG-AAT-TNGT---TCG---T---TTAGCA--CAGA-GT-ACAG--------AC--A-ATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTNTG--TACGTTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCCAGTCCA-CA-GG---GGAT-CCA-GGC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATATGCTTNTTT
Reference ( family-3260 ) : GGTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATTA---A--A---T-------TAT---A--CTA-NTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTA--GTGAAAA-----NA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCATCCTAC---TCAC-AATAA-TACTTATTTAT----CTA-CC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTA-CCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-NAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCACAGAACCATACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGAGAAATGATGTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGGCGTTACACT--AGACA-C-CATC-GC-GAAAC------------AGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACGTAG---C-ATCAA-CG-AAT-TNGT---TCG---T---TTAGCA--CAGAAGTCACAG--------AC--A-ATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTNTG--TACGTTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCCAGTCCA-CA-GG---GGAT-CCA-GGC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATATGCTTNTTT
gi|1 : GCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTATGTTAT-TTTTACTTAAC-------AG--T--GGATAA-GAAAAT--TTC-AC----TA-CCA----GTT--GAAAATA-TTTCCAA---CTACCAGTTG-AAAAAAA-ATAA-CACTG---C-A-AAGCCT-TA---C-TCCAACAATTA---A--A---TGACT---TAT---AACCTA-TCA--GATGA-A-T-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATTA-T---T--TAT-AC--TACTA--TCG-AAA-----TA-AT-----TCAAAC--A--ATGGCCATAC-AC---TCAC----AA-TACTTATTTAT----CT--CA--AGTAAA-CATTAA-----ACTA-GCCGTTGAAA--A---AAA--T--T-AAC-CA--AGTG-----AAAAT---------------------AAAACAGCTG--GGCC-ATGAA-GC-TACCCACGAATT-----ACAATACT----TA-TATCT---A---TAG-TG--GAAAA-TTT-ACCAAATTCACAGAACCATAC-GTAAGAAAGAAA
gi|1 : ttagcTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGACGTTACACT--AGAAAGCGCATCTGCTGAAAC------------AGAAAATGCAAATA------------GAAGAATTTTTCT---AAGG----C-GGCAAAACATC----------AA------ATGAAA---CAATCAA-CGTAATGTGAT---TCG-------TTAGCA--CAAA----ATAG--------A------------AG-ACTGAT--------------------TTA-AT-TGA----CTG-----GTT--------AAAATCA-TGTTCCCCAGTCCT-CA-AA---GGAT-CAAGGGT-CCAG--A-TT--AAAGTAACCT-C-GAA------TTTT-TTCTTTTGC-TTAAAATATGCTTATTTcagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|10 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcaGGCAATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-ATTATT--TTC-AC----TA-CCA----TT---GAAAATAA------AAAGCTAC---T-C-ACAATTA-A--A-TATT----T-A--------TA---C-TT--GTAGTGA---A--AA--T-------TATTTTA--CTG-CTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAATT-ATT--TAC-AC--CACTA--GTGAAAA-----TAGAT-----TC-AAC--A--ATGACCATCCTAC---CCAC-A--AA-TAATTATTTATA---CTA-AC--AGT-AA-AATTAATTTC-ACTA-CCA-TTGAAA--A--TAAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAAATAATTTCACTACCAGTGAAAATAAAATA-CA---GGCC-A--AA-GC-TGCCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TG-CT---AG--TAG-T---GAAAA-gatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|11 : -AG-ACTGATACT----CTG--GAC-GGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTACTTTTTTAAACTCATTTTCCTCCAGTCCA--A-GGAGTGGAT-CCA-AGCTCTCGTTA-TTAGAGAGTGCCGTGCAGAACA--TATTTTGTTCTTTTGCATTAAAAT
gi|12 : atgagaGGTTGACCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TT---------------------------------GAT--TGT-AC----TA-CCA----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---A-CC--ACAAATA---A--ATATT-------TAT---A--ATA-CTA--G-TGA-AAA-------TAAATCCA--------------ACAA-TGG-C--CAT-CC--TACT----CACAAA-----TA-AT-----T----------AT--TTATACTACATGTACC-AGTAA-CATTAATTTCA----CTA-CT--AGTGAA-AA-TGATATC-ACTA-CCAG-TGAAA--AT-tatcgtgtccctttggtcatcagagctagcgtaggactgattttgtaaaggggggggggtggaataaaaaaatacaatccacaggtaagtggagggg
gi|13 : -TTAT-TTCCACT-ACCTTGTACAAGGCT--G---AA-AATAATAATT--AT----TA-C-ACCATGTC--GAAAATAATT-C--A---CTACCAGT-GAAAAATAA-A--ATCACTCGC-C-ACAAGC---TA-----CC--ACAATTA---AC-A---TAAATTTATAT---A--CTACGTAATG-TGA-AAa
gi|14 : cagtattaaaGGCGCT-CACT--AGACA-C-CATC-AT-GAAACAGAAAATGCAAAAGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACCAAACATCATGAA------ACATAG---C-ATCAA-CG-AAT-GTGT---TCG---T---TTAGC-------AGTCACAG--------AC--A-ATATAG-AG-ACTGATA----------------------------A-G-------TATATTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCC-GTCC--CAGGG---GGAT-CCG-GAC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCcataacagaattccacattaagactgttggtaggtactttctctgtacaacgtgaagagtataactttcaact
gi|15 : GGTCATCCTAC-T-CGC-AA-TTAT-TTAT-TTTTATT-ACC-------AG--T--G---AA-ATTAAT--TTC-AC----TG-CCG----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGC-G-AAAATAA-T--A-CACTGAC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATGA---A--ATATT-------TAT---A--CTA-ATA--G-TGA-AAA-------TAATTTTACT-GAT--G--G-TGAAA-T---T--AAT-TT--CACTG--GT-AATA-----CA-AT-----T
gi|16 : TGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-CTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-A----------------------------T--------TAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AATC---TA---C-CC--ACAATTA---A--ATGTT-------TAT---A--CTA-GTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAATT-ATT--TAT-AC--TACTA--GTGAAAAT----AA-AT-----TC-AAC------TGGCCAatttc
gi|17 : GGTTGACCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG----------A-AATT-T--TTC-AC----TA--------------------------------TACCAGT-G-AAA-TAA-A--G-CACTGGC-C---AAGC---TA---CTCC--ACAATTA---AT-A---T-------TAT---A--CTA--TA--G-TGA-A---------TAA-TTCACT-GGT--AGCG-TATA----A-T--TAT-TC--TATTac
gi|18 : t--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAGCA--T-TTT-----TTTTGCATTAAAATATACTTCTTTgtattgtattgtttattaccaaggaaca
gi|19 : ATAA-T-CTTATTTAT----CTA-CTCAAGTAAA-AATTAATTTCTACTA-CCTGGTG-----TT-TAATACT--TGTAA-TGCCAGTAATAATAGAAT---------------------AAATCA-ATTGAGACCGA--AA-GT-CTCGCAC-AA-T-----A-GATGTT----TA-gatcatgaaacacctaaacgtttgtagaagatatgggttggctggcattaatcaaaatgtcaaatccccagtgcaagtatcctgatgcta
gi|2 : GCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTATGTTAT-TTTTACTTAAC-------AG--T--GGATAA-GAAAAT--TTC-AC----TA-CCA----GTT--GAAAATA-TTTCCAA---CTACCAGTTG-AAAAAAA-ATAA-CACTG---C-A-AAGCCT-TA---C-TCCAACAATTA---A--A---TGACT---TAT---AACCTA-TCA--GATGA-A-T-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATTA-T---T--TAT-AC--TACTA--TCG-AAA-----TA-AT-----TCAAAC--A--ATGGCCATAC-AC---TCAC----AA-TACTTATTTAT----CT--CA--AGTAAA-CATTAA-----ACTA-GCCGTTGAAA--A---AAA--T--T-AAC-CA--AGTG-----AAAAT---------------------AAAACAGCTG--GGCC-ATGAA-GC-TACCCACGAATT-----ACAATACT----TA-TATCT---A---TAG-TG--GAAAA-TTT-ACCAAATTCACAGAACCATAC-GTAAGAAAGAAActctgagtt
gi|2 : ttagcTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGACGTTACACT--AGAAAGCGCATCTGCTGAAAC------------AGAAAATGCAAATA------------GAAGAATTTTTCT---AAGG----C-GGCAAAACATC----------AA------ATGAAA---CAATCAA-CGTAATGTGAT---TCG-------TTAGCA--CAAA----ATAG--------A------------AG-ACTGAT--------------------TTA-AT-TGA----CTG-----GTT--------AAAATCA-TGTTCCCCAGTCCT-CA-AA---GGAT-CAAGGGT-CCAG--A-TT--AAAGTAACCT-C-GAA------TTTT-TTCTTTTGC-TTAAAATATGCTTATTTcagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|21 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcaTTGGCCAACCTAC-T-CAC-AA-TTAT-CTAT-CTT-ACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC-----A-C-T----GT---T---TTATTTTC--A---CTGGTAGT-A-AAAATTA-A--gatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|21 : TGGC-C-A-AC-C---TA---C-TC--ACAATTA---TCTA---T-------CTT---A--CTA-CCA--G-TGA-AAA-------TAATTTCAC-------A--C-TGTTT-T-A-T--TTTCAC--TGGTA--GTAAAAAT----TA-ATAATTGTT-AGT--AGGATGGCCAACCtaattgttagtaggatggccaaccataga
gi|21 : tGGTTGGCCATCCTAC-T-AAC-AA-TTAT-TAAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAA-------A------A-C-AGT--GT---GAAATTATTTTC--A---CTGGTAGT---AAGATAG-A--ataga
gi|22 : ttggccaacctactcacaattaCAATTATTTA--T---T-------TAT---A--CTA-CCA--G-TGA-AAT-------TATTTTCACT---------------------------------ACCG--GTGAA-----------T-----TC-ATG--A--GTGGCCATCTTAC---TCAC-AATTA-T-TTTTTTTATA---CTA-CC--AGTTAA-AA-TATTTTC-Aataga
gi|25 : ACACT--AGACA-C-CATC-GT-GAAAC------------AGA----------AAATGCAAAGTAAGAA-----TCTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACATAG---C-ATCAA-AG-AAT-TTGT---TCG---T---TTAGCAGTCAGAa
gi|27 : GTTGGCTATCCTGT-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-GCC-------AG--T--A---AA-AATAAT--TTC-AC----T----A----G--------------------------CAGT-G-ATAATAA-A--G-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--AC
gi|28 : TA---A--A---T-------TTTT--A--CTG-G-A--G-TTG-AAT-------TA-TGTCACT-GGT--A--G-T-TAA-CCA-T--TGT-ACACTACTA--GTGAAAATG---AA-AT-----TC-AAC------TGGCCA
gi|3 : agaGGTTGGCCATCCTAC-TTCACCAA-TTAT-TTATCTTTTACT-ACC-------AG--TTGG---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---AAAAATAATTTC--A---CT-CCAGT-G-AAAATAA-A--G-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---T-CC--ACAATTA---G--A---T-------TAT---A--CTA-GTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTC--GTGAAAA-----AA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCAT-CTAC---TCACAAATAA-TATTTATTTAC----CTACCC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTACCCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---GGGTTAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCCAAGA--CA-ACGGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAATGATGTTTTT----A-AAATTCT-AAACAT-----TATGGCG-TACACT--AGACA-C-CATC-GT-G-AAC------------AGA----------G------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------AC-TAC---C-ATCAA-CG-AA--TGGT---TCG---T---TTAGC---CAGAAGTGACGGAGTACGAAAC--A-ATATAG-AGTACTGGAACT----TTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTAC---TTTAAAATCT-TATCCCCCAGTCCA-TATGG---GAAT-CAA-AGC-CTCG--A-TTA-AGAGTGCCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATA--CTTCTTT
gi|30 : GTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAG--TTC-AC----TACC-A----GT---cggt
gi|32 : CCTAC---TCAC-AA--A-TAATTATTTATA---CTT-CC--AGTAAA-A-TTAATTTC-ACTA-CCAG-TGAAA--a
gi|34 : ATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCAGAGA
gi|36 : GGTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-Tcaat
gi|4 : gtatGGCCATCCTAC---TCTC-AAT-------TATTTAT-------------------------TTTT-ACTA-CCAGT-GAAA--AT--AAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAA-T---------------------AAAACC-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATTTAATTA-AATATT----TAATA-CT---AG--TAGGT---GAAAAATTG-ACCA---TCACTGA--CA-ACG-TAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGA-AAATGATGTTTT-----AAAATTTCTAAA-CATT-----ATGGCGT--CACT--AGACA-A-CATC-GT-GAAAC------------AGA----------AAATGCAAAAGA-GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACATAG---C-ATCAA-CG-AAT-GTGT---TCG---TAATTTAGCA-------GTCACAG--------AC--A-ATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GATATG--TACATT-C---TTT--ATTCA-TTT-CCCCAGTCCA-----A---GGAT-CCT-GGCGCTCG--A-TT--AAAGTACCGT-CGAAGCAATT-TTTT-TTCTTTT
gi|5 : CCCTCCCACCT-CAC-AAATTATATTAT-TTT-ACA-TCC-------AG--T--G---AATAATAAT--TTCCACATTATA-C-A----ATTAAAAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAAGA--G-CACTGGCGCAA-AAGCGTGTAACCC-CC--ACAATTA---A--A------------AT---A--TTA-TTGT-G-TGAGAACTAGTAGATAATTTAATTCGGTGCA--GATATAATT-A-TTCTAT-AC--TACTAGCGTGAAAGACATCAA-AT-----TC-AACATA--AT-GCCATCCTAC---TCAC-AATAATTATGTGTGTGTGATACTA-CC--AGTAAACAATTAA-TTC-ACTA-CCA--TGGAATGATATGAT--TCAT-AACATACCAGTG-----AAAATA--------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AATGCTTACCCAC-AACTTACTGA-AATATTATGATA-TA-TTTGGAT--TAG-TTTGAAAAA-TTGAACCAA--atttgatcatgaagcacctaaacctgataaagtcacgtttgtagagatatggtttggctgacattaatcaaaatgtcaaaccccacagtgcaagagaatttcaagtgcaagtatcctgatgctcggcagttttcgccgtgaagaactgcacggacagtctgtgtccctatatacaagtatgcaagtaaaatgtcgtctgatggaaaaaatcactgtccgaat
gi|7 : tagtaagaattatggttaggtacagatatagtaataacatttgagtagtaaatattatacatcagtaggatgcagtagtagtaggtgtaattgtgcttaccatTGTTCTTTGTGAAAAATTCCAAAGCATTTAATTATG-CGCTACACTGAAGACA-C-CATC-GT-GTAA-------------AGA----------G------------TAA-----TTTTCGTAAAGGAATTCAG------CACC----------AATTTTTCA-ATAGAACC-ATCAAACG-AAC-TAGTGTTTCGCTAT---TTAGCA----GTTGTAACCGT-------ACCAATATATAGTAG-ACTG-TACTACATCTGTTGATTGGTTCTATATGTTATGGTCTAGTTACGTTGC---TTGTAAATCAGTTTCGCCCAGTCCAATG-GA---GGAGGCCA-AGC-CTCG--AATTA-AATATTCCGT-CAGAACATTT-TTTT-TTCTTTTCAATTA
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TACAGCTGATGTTAATCAAAAGTGCCACCCCCCCCCCCACCCCGGTCCAATTGCAAACTAACCGTTTTTTCGTCGCCCCGAAGCAATTGCACGGTTGCCAGCGACAGCGTCTTTCTATACAAACAATTGCATGCAAGTAAAAATTGTAGTCTGATGGAAAAAAAGTAGGTGTGTCAAATTACAATATCCAAGCTATCATTTTCATCGTAACACTGCAATATATATTGCATTGATGCCAAAGTTGCAAGACATTTTGTGACGTAGCAGCATTCCACAAGTGATAAGTGACCTTTTACCGATTTATGCTCATGTCGGCAGAAAATGCTATGGCGTATTTGCATAAACCAGTGCAGACTAGATATCGAGCTGCCATTAAAATCCATTTTAGACGTAAAGCAAAACAATTATTCTTCCTCTATGAATAAA
Unaligned ( gi|8 ): CATGAAACACCTAAACGTTTTTAGGAGATATGGTTCGGCTGATTAATCAAAAATGTTCAACCCCCCCCCCCCCTGAAGTGCAAGTAAAAGCAAGCGACAGTCTGTTGTTTCTATTTAAAAACCAAATGCATGCAAGTAAAAATTGTAGTCTGATGAAAAAAAAGTAGGTGTTCAAAATACAAATCCAAGTATCATTTTCATCGAACACTGCCCATTAAGCATGATTGGCCAAGTTGCAGAGACATTGGACGTAGCACATTCCACAAGTGATATAAGTAAACCTTTTACGGATTTGATGCTCATTGTGGGCAGGAAAATTGCTTGTTATTTGCGTAAAACCAGTGCAGATATCGAGCTGCATAAATCCATATCTAGACGTAAAAAGCAAAACAATTTGCTTACCTCATGATAAAA
Unaligned ( gi|9 ): AAAATACTTATCTGATCATTAAAAACCCAAACCTGCAAAAGCCACATTTGTAGGAGATGTTAATCAAAATGTCAAACCCCCACTGCAAGTAACCCGATGCTCGGTAGTTTCCGCCGTACGATGTCACTTCTGTGTCCTTATACAAACAATGCATGTAAATAAACTTGTCTTCTGGTGATCACAGTGAAAATATGTGTAGCGGGTGGGTATTGAAATACACATCTAGATGGAGTGTCCCTGCACTATTTCCCATTTAATAAAGAACCAGATCTTGTACCAAATAGACTGACTTTGTAAGACTCAAGAGGAAATGGCCTAAGGGACCGTCAAGACACTCTAGCCTATGTGAAGTACATTAA
Unaligned ( gi|20 ): CTTAAAGGGTACCTCCAGTGCAATTTATTTGTGTATTAGAATACTTATCTGATCATTAAAAACCCAAATCTGCAAAAGTCACGTTTGTAAAAGACGTGGTTTGGCTGGTTTTAATCAAAATGTCAAACCC
Unaligned ( gi|23 ): CTTGAAGGGTACCTCCAGTGCAAATTTTTTGTTTTAAAATTCTTATCTGATCATTAAAGACCCAAACCTGCAAACGTCACGTTTGTAGGAGATGTGGTTTGGC
Unaligned ( gi|24 ): AATTAAAATACTTATTTGATCATGAAGCACCTAAACATGATAATGTCACGTTTGTAGGAGATATGGTTGACATTAATCAAAATGTCAAACCCCCA
Unaligned ( gi|26 ): GAATATGTGTAGTGGGTGGGTGTTCACATTCATATTTAGATGAAGTGTCCCTGCATTATTTAATTCCCATTTAATAAAAAACAAGATATTGTAC
Unaligned ( gi|29 ): AACGTTTTTAGGAGATATGGTTCGGCTGGATAATCAAAATGTCAACCAACCCCAACCAACCCCCGGCAGTGCAAGTA
Unaligned ( gi|31 ): TACACGGGCAATTAATTTGTTTGGACTGGTCACAATGTTCCCACCGAAGTAATGATTTC
Unaligned ( gi|33 ): TTATATGGGGATTTTCACTTGTACAATACATATCTTTACTT
Unaligned ( gi|35 ): AAATATAAATACAATGGTAATGCAATAATGAATCAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 333333333333333333333 111 44444444444444 111111111 22222 222222 11111 11111 2222 111111 111111 11111 555555555555555555555 1 222 11 1 3333333 1111 1 1111111 222 11 11 1 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11111 22222 111 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000 111 1111 333333 2222222222 111111 111 1 1 11 111 2222 66666666666666666666666 111111111 6666666666666666666666666666666666666666 22222 1 3333333333 1 1 11 222222
lowQualScore : 2 2 2 2 8 2 0 5 9999999 44444 000 2 33 2 111111111111111111111 0 6 0 888888 666 3 8888 1 3 3 3 555 66666 99 555 00000000000000 888 88 77 77 6 3 333333333 3 55555 3 66666 44 3 44 555 2 333333 3 99999 8 44444 2 1 777 22222 4 77 0000 111111 2 4 3 5 4 4 88 999999 77 77 66 5 4 44444 444444444444444444444 1 111 5 55 5 5 1 0 1111111 0000 5 1 8888888 5 111 5 6 88 88 5 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 77777 6 0 3 33333 3 444 77 666 6666 1 7777777777777777777777777777777777777777777777 000 2222 5 222222 5555555555 666666 88 000 1 5 1 11 1 000 5555 77777777777777777777777 6 555555555 5 0 1111111111111111111111111111111111111111 11111 33 1 1 1 5555555555 5 0 1 1 66 5 44 5 7 111111 5 7 33 1
lowQualScore : . . . . . . . . ....... ..... ... . .. . ..................... . . . ...... ... . .... . . . . ... ..... .. ... .............. ... .. .. .. . . ......... . ..... . ..... .. . .. ... . ...... . ..... . ..... . . ... ..... . .. .... ...... . . . . . . .. ...... .. .. .. . . ..... ..................... . ... . .. . . . . ....... .... . . ....... . ... . . .. .. . .. ............................................................................. . ..... . . . ..... . ... .. ... .... . .............................................. ... .... . ...... .......... ...... .. ... . . . .. . ... .... ....................... . ......... . . ........................................ ..... .. . . . .......... . . . . .. . .. . . ...... . . .. .
lowQualScore : 9 9 9 9 0 7 8 7 3333333 11111 000 9 99 9 666666666666666666666 5 2 3 555555 222 1 6666 8 3 3 3 000 77777 22 444 55555555555555 555 55 11 33 2 1 999999999 3 44444 3 11111 66 3 66 444 1 666666 6 11111 0 22222 5 9 888 55555 0 11 5555 000000 4 0 2 7 0 4 33 666666 99 99 77 7 3 33333 333333333333333333333 4 444 7 77 7 7 4 1 0000000 6666 0 4 9999999 7 444 7 7 33 00 5 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88888 4 8 8 00000 7 888 99 444 6666 7 1111111111111111111111111111111111111111111111 000 1111 7 999999 0000000000 444444 00 000 4 7 4 66 0 000 0000 33333333333333333333333 7 555555555 7 1 3333333333333333333333333333333333333333 33333 00 4 6 7 3333333333 7 7 4 4 99 0 44 7 1 444444 7 3 55 0
consensus : GGTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATTA---A--A---T-------TAT---A--CTA-NTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTA--GTGAAAA-----NA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCATCCTAC---TCAC-AATAA-TACTTATTTAT----CTA-CC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTA-CCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-NAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCACAGAACCATACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGAGAAATGATGTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGGCGTTACACT--AGACA-C-CATC-GC-GAAAC------------AGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACGTAG---C-ATCAA-CG-AAT-TNGT---TCG---TTTAGC--------A--C-----AGAGT-AC-AGACAATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTNTG--TACGTTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCCAGTCCA-CA-GG---GGAT-CCA-GGC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATATGCTTNTTT
Reference ( family-3260 ) : GGTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATTA---A--A---T-------TAT---A--CTA-NTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTA--GTGAAAA-----NA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCATCCTAC---TCAC-AATAA-TACTTATTTAT----CTA-CC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTA-CCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-NAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCACAGAACCATACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGAGAAATGATGTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGGCGTTACACT--AGACA-C-CATC-GC-GAAAC------------AGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACGTAG---C-ATCAA-CG-AAT-TNGT---TCG---TTTAGC--------A--C-----AGAGT-AC-AGACAATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTNTG--TACGTTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCCAGTCCA-CA-GG---GGAT-CCA-GGC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATATGCTTNTTT
gi|1 : GCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTATGTTAT-TTTTACTTAAC-------AG--T--GGATAA-GAAAAT--TTC-AC----TA-CCA----GTT--GAAAATA-TTTCCAA---CTACCAGTTG-AAAAAAA-ATAA-CACTG---C-A-AAGCCT-TA---C-TCCAACAATTA---A--A---TGACT---TAT---AACCTA-TCA--GATGA-A-T-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATTA-T---T--TAT-AC--TACTA--TCG-AAA-----TA-AT-----TCAAAC--A--ATGGCCATAC-AC---TCAC----AA-TACTTATTTAT----CT--CA--AGTAAA-CATTAA-----ACTA-GCCGTTGAAA--A---AAA--T--T-AAC-CA--AGTG-----AAAAT---------------------AAAACAGCTG--GGCC-ATGAA-GC-TACCCACGAATT-----ACAATACT----TA-TATCT---A---TAG-TG--GAAAA-TTT-ACCAAATTCACAGAACCATAC-GTAAGAAAGAAA
gi|1 : ttagcTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGACGTTACACT--AGAAAGCGCATCTGCTGAAAC------------AGAAAATGCAAATA------------GAAGAATTTTTCT---AAGG----C-GGCAAAACATC----------AA------ATGAAA---CAATCAA-CGTAATGTGAT---TCG----TTAGC--------A--C-----AAA---AT-AGA---------AG-ACTGAT--------------------TTA-AT-TGA----CTG-----GTT--------AAAATCA-TGTTCCCCAGTCCT-CA-AA---GGAT-CAAGGGT-CCAG--A-TT--AAAGTAACCT-C-GAA------TTTT-TTCTTTTGC-TTAAAATATGCTTATTTcagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|10 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcaGGCAATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-ATTATT--TTC-AC----TA-CCA----TT---GAAAATAA------AAAGCTAC---T-C-ACAATTA-A--A-TATT----T-A--------TA---C-TT--GTAGTGA---A--AA--T-------TATTTTA--CTG-CTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAATT-ATT--TAC-AC--CACTA--GTGAAAA-----TAGAT-----TC-AAC--A--ATGACCATCCTAC---CCAC-A--AA-TAATTATTTATA---CTA-AC--AGT-AA-AATTAATTTC-ACTA-CCA-TTGAAA--A--TAAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAAATAATTTCACTACCAGTGAAAATAAAATA-CA---GGCC-A--AA-GC-TGCCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TG-CT---AG--TAG-T---GAAAA-gatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|11 : -AG-ACTGATACT----CTG--GAC-GGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTACTTTTTTAAACTCATTTTCCTCCAGTCCA--A-GGAGTGGAT-CCA-AGCTCTCGTTA-TTAGAGAGTGCCGTGCAGAACA--TATTTTGTTCTTTTGCATTAAAAT
gi|12 : atgagaGGTTGACCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TT---------------------------------GAT--TGT-AC----TA-CCA----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---A-CC--ACAAATA---A--ATATT-------TAT---A--ATA-CTA--G-TGA-AAA-------TAAATCCA--------------ACAA-TGG-C--CAT-CC--TACT----CACAAA-----TA-AT-----T----------AT--TTATACTACATGTACC-AGTAA-CATTAATTTCA----CTA-CT--AGTGAA-AA-TGATATC-ACTA-CCAG-TGAAA--AT-tatcgtgtccctttggtcatcagagctagcgtaggactgattttgtaaaggggggggggtggaataaaaaaatacaatccacaggtaagtggagggg
gi|13 : -TTAT-TTCCACT-ACCTTGTACAAGGCT--G---AA-AATAATAATT--AT----TA-C-ACCATGTC--GAAAATAATT-C--A---CTACCAGT-GAAAAATAA-A--ATCACTCGC-C-ACAAGC---TA-----CC--ACAATTA---AC-A---TAAATTTATAT---A--CTACGTAATG-TGA-AAa
gi|14 : cagtattaaaGGCGCT-CACT--AGACA-C-CATC-AT-GAAACAGAAAATGCAAAAGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACCAAACATCATGAA------ACATAG---C-ATCAA-CG-AAT-GTGT---TCG---TTTAGC-------------------AGTCAC-AGACAATATAG-AG-ACTGATA----------------------------A-G-------TATATTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCC-GTCC--CAGGG---GGAT-CCG-GAC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCcataacagaattccacattaagactgttggtaggtactttctctgtacaacgtgaagagtataactttcaact
gi|15 : GGTCATCCTAC-T-CGC-AA-TTAT-TTAT-TTTTATT-ACC-------AG--T--G---AA-ATTAAT--TTC-AC----TG-CCG----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGC-G-AAAATAA-T--A-CACTGAC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATGA---A--ATATT-------TAT---A--CTA-ATA--G-TGA-AAA-------TAATTTTACT-GAT--G--G-TGAAA-T---T--AAT-TT--CACTG--GT-AATA-----CA-AT-----T
gi|16 : TGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-CTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-A----------------------------T--------TAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AATC---TA---C-CC--ACAATTA---A--ATGTT-------TAT---A--CTA-GTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAATT-ATT--TAT-AC--TACTA--GTGAAAAT----AA-AT-----TC-AAC------TGGCCAatttc
gi|17 : GGTTGACCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG----------A-AATT-T--TTC-AC----TA--------------------------------TACCAGT-G-AAA-TAA-A--G-CACTGGC-C---AAGC---TA---CTCC--ACAATTA---AT-A---T-------TAT---A--CTA--TA--G-TGA-A---------TAA-TTCACT-GGT--AGCG-TATA----A-T--TAT-TC--TATTac
gi|18 : t--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAGCA--T-TTT-----TTTTGCATTAAAATATACTTCTTTgtattgtattgtttattaccaaggaaca
gi|19 : ATAA-T-CTTATTTAT----CTA-CTCAAGTAAA-AATTAATTTCTACTA-CCTGGTG-----TT-TAATACT--TGTAA-TGCCAGTAATAATAGAAT---------------------AAATCA-ATTGAGACCGA--AA-GT-CTCGCAC-AA-T-----A-GATGTT----TA-gatcatgaaacacctaaacgtttgtagaagatatgggttggctggcattaatcaaaatgtcaaatccccagtgcaagtatcctgatgcta
gi|2 : GCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTATGTTAT-TTTTACTTAAC-------AG--T--GGATAA-GAAAAT--TTC-AC----TA-CCA----GTT--GAAAATA-TTTCCAA---CTACCAGTTG-AAAAAAA-ATAA-CACTG---C-A-AAGCCT-TA---C-TCCAACAATTA---A--A---TGACT---TAT---AACCTA-TCA--GATGA-A-T-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATTA-T---T--TAT-AC--TACTA--TCG-AAA-----TA-AT-----TCAAAC--A--ATGGCCATAC-AC---TCAC----AA-TACTTATTTAT----CT--CA--AGTAAA-CATTAA-----ACTA-GCCGTTGAAA--A---AAA--T--T-AAC-CA--AGTG-----AAAAT---------------------AAAACAGCTG--GGCC-ATGAA-GC-TACCCACGAATT-----ACAATACT----TA-TATCT---A---TAG-TG--GAAAA-TTT-ACCAAATTCACAGAACCATAC-GTAAGAAAGAAActctgagtt
gi|2 : ttagcTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGACGTTACACT--AGAAAGCGCATCTGCTGAAAC------------AGAAAATGCAAATA------------GAAGAATTTTTCT---AAGG----C-GGCAAAACATC----------AA------ATGAAA---CAATCAA-CGTAATGTGAT---TCG----TTAGC--------A--C-----AAA---AT-AGA---------AG-ACTGAT--------------------TTA-AT-TGA----CTG-----GTT--------AAAATCA-TGTTCCCCAGTCCT-CA-AA---GGAT-CAAGGGT-CCAG--A-TT--AAAGTAACCT-C-GAA------TTTT-TTCTTTTGC-TTAAAATATGCTTATTTcagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|21 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcaTTGGCCAACCTAC-T-CAC-AA-TTAT-CTAT-CTT-ACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC-----A-C-T----GT---T---TTATTTTC--A---CTGGTAGT-A-AAAATTA-A--gatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|21 : TGGC-C-A-AC-C---TA---C-TC--ACAATTA---TCTA---T-------CTT---A--CTA-CCA--G-TGA-AAA-------TAATTTCAC-------A--C-TGTTT-T-A-T--TTTCAC--TGGTA--GTAAAAAT----TA-ATAATTGTT-AGT--AGGATGGCCAACCtaattgttagtaggatggccaaccataga
gi|21 : tGGTTGGCCATCCTAC-T-AAC-AA-TTAT-TAAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAA-------A------A-C-AGT--GT---GAAATTATTTTC--A---CTGGTAGT---AAGATAG-A--ataga
gi|22 : ttggccaacctactcacaattaCAATTATTTA--T---T-------TAT---A--CTA-CCA--G-TGA-AAT-------TATTTTCACT---------------------------------ACCG--GTGAA-----------T-----TC-ATG--A--GTGGCCATCTTAC---TCAC-AATTA-T-TTTTTTTATA---CTA-CC--AGTTAA-AA-TATTTTC-Aataga
gi|25 : ACACT--AGACA-C-CATC-GT-GAAAC------------AGA----------AAATGCAAAGTAAGAA-----TCTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACATAG---C-ATCAA-AG-AAT-TTGT---TCG---TTTAGC--------AGTC-----AGAa
gi|27 : GTTGGCTATCCTGT-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-GCC-------AG--T--A---AA-AATAAT--TTC-AC----T----A----G--------------------------CAGT-G-ATAATAA-A--G-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--AC
gi|28 : TA---A--A---T-------TTTT--A--CTG-G-A--G-TTG-AAT-------TA-TGTCACT-GGT--A--G-T-TAA-CCA-T--TGT-ACACTACTA--GTGAAAATG---AA-AT-----TC-AAC------TGGCCA
gi|3 : agaGGTTGGCCATCCTAC-TTCACCAA-TTAT-TTATCTTTTACT-ACC-------AG--TTGG---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---AAAAATAATTTC--A---CT-CCAGT-G-AAAATAA-A--G-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---T-CC--ACAATTA---G--A---T-------TAT---A--CTA-GTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTC--GTGAAAA-----AA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCAT-CTAC---TCACAAATAA-TATTTATTTAC----CTACCC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTACCCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---GGGTTAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCCAAGA--CA-ACGGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAATGATGTTTTT----A-AAATTCT-AAACAT-----TATGGCG-TACACT--AGACA-C-CATC-GT-G-AAC------------AGA----------G------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------AC-TAC---C-ATCAA-CG-AA--TGGT---TCG---TTTAGCCAGAAGTGA--C-----GGAGT-ACGAAACAATATAG-AGTACTGGAACT----TTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTAC---TTTAAAATCT-TATCCCCCAGTCCA-TATGG---GAAT-CAA-AGC-CTCG--A-TTA-AGAGTGCCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATA--CTTCTTT
gi|30 : GTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAG--TTC-AC----TACC-A----GT---cggt
gi|32 : CCTAC---TCAC-AA--A-TAATTATTTATA---CTT-CC--AGTAAA-A-TTAATTTC-ACTA-CCAG-TGAAA--a
gi|34 : ATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCAGAGA
gi|36 : GGTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-Tcaat
gi|4 : gtatGGCCATCCTAC---TCTC-AAT-------TATTTAT-------------------------TTTT-ACTA-CCAGT-GAAA--AT--AAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAA-T---------------------AAAACC-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATTTAATTA-AATATT----TAATA-CT---AG--TAGGT---GAAAAATTG-ACCA---TCACTGA--CA-ACG-TAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGA-AAATGATGTTTT-----AAAATTTCTAAA-CATT-----ATGGCGT--CACT--AGACA-A-CATC-GT-GAAAC------------AGA----------AAATGCAAAAGA-GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACATAG---C-ATCAA-CG-AAT-GTGT---TCGTAATTTAGC-------------------AGTCAC-AGACAATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GATATG--TACATT-C---TTT--ATTCA-TTT-CCCCAGTCCA-----A---GGAT-CCT-GGCGCTCG--A-TT--AAAGTACCGT-CGAAGCAATT-TTTT-TTCTTTT
gi|5 : CCCTCCCACCT-CAC-AAATTATATTAT-TTT-ACA-TCC-------AG--T--G---AATAATAAT--TTCCACATTATA-C-A----ATTAAAAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAAGA--G-CACTGGCGCAA-AAGCGTGTAACCC-CC--ACAATTA---A--A------------AT---A--TTA-TTGT-G-TGAGAACTAGTAGATAATTTAATTCGGTGCA--GATATAATT-A-TTCTAT-AC--TACTAGCGTGAAAGACATCAA-AT-----TC-AACATA--AT-GCCATCCTAC---TCAC-AATAATTATGTGTGTGTGATACTA-CC--AGTAAACAATTAA-TTC-ACTA-CCA--TGGAATGATATGAT--TCAT-AACATACCAGTG-----AAAATA--------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AATGCTTACCCAC-AACTTACTGA-AATATTATGATA-TA-TTTGGAT--TAG-TTTGAAAAA-TTGAACCAA--atttgatcatgaagcacctaaacctgataaagtcacgtttgtagagatatggtttggctgacattaatcaaaatgtcaaaccccacagtgcaagagaatttcaagtgcaagtatcctgatgctcggcagttttcgccgtgaagaactgcacggacagtctgtgtccctatatacaagtatgcaagtaaaatgtcgtctgatggaaaaaatcactgtccgaat
gi|7 : tagtaagaattatggttaggtacagatatagtaataacatttgagtagtaaatattatacatcagtaggatgcagtagtagtaggtgtaattgtgcttaccatTGTTCTTTGTGAAAAATTCCAAAGCATTTAATTATG-CGCTACACTGAAGACA-C-CATC-GT-GTAA-------------AGA----------G------------TAA-----TTTTCGTAAAGGAATTCAG------CACC----------AATTTTTCA-ATAGAACC-ATCAAACG-AAC-TAGTGTTTCGCTATTTAGC--------A--GTTGTAACCGT-AC-CAATA-TATAGTAG-ACTG-TACTACATCTGTTGATTGGTTCTATATGTTATGGTCTAGTTACGTTGC---TTGTAAATCAGTTTCGCCCAGTCCAATG-GA---GGAGGCCA-AGC-CTCG--AATTA-AATATTCCGT-CAGAACATTT-TTTT-TTCTTTTCAATTA
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TACAGCTGATGTTAATCAAAAGTGCCACCCCCCCCCCCACCCCGGTCCAATTGCAAACTAACCGTTTTTTCGTCGCCCCGAAGCAATTGCACGGTTGCCAGCGACAGCGTCTTTCTATACAAACAATTGCATGCAAGTAAAAATTGTAGTCTGATGGAAAAAAAGTAGGTGTGTCAAATTACAATATCCAAGCTATCATTTTCATCGTAACACTGCAATATATATTGCATTGATGCCAAAGTTGCAAGACATTTTGTGACGTAGCAGCATTCCACAAGTGATAAGTGACCTTTTACCGATTTATGCTCATGTCGGCAGAAAATGCTATGGCGTATTTGCATAAACCAGTGCAGACTAGATATCGAGCTGCCATTAAAATCCATTTTAGACGTAAAGCAAAACAATTATTCTTCCTCTATGAATAAA
Unaligned ( gi|8 ): CATGAAACACCTAAACGTTTTTAGGAGATATGGTTCGGCTGATTAATCAAAAATGTTCAACCCCCCCCCCCCCTGAAGTGCAAGTAAAAGCAAGCGACAGTCTGTTGTTTCTATTTAAAAACCAAATGCATGCAAGTAAAAATTGTAGTCTGATGAAAAAAAAGTAGGTGTTCAAAATACAAATCCAAGTATCATTTTCATCGAACACTGCCCATTAAGCATGATTGGCCAAGTTGCAGAGACATTGGACGTAGCACATTCCACAAGTGATATAAGTAAACCTTTTACGGATTTGATGCTCATTGTGGGCAGGAAAATTGCTTGTTATTTGCGTAAAACCAGTGCAGATATCGAGCTGCATAAATCCATATCTAGACGTAAAAAGCAAAACAATTTGCTTACCTCATGATAAAA
Unaligned ( gi|9 ): AAAATACTTATCTGATCATTAAAAACCCAAACCTGCAAAAGCCACATTTGTAGGAGATGTTAATCAAAATGTCAAACCCCCACTGCAAGTAACCCGATGCTCGGTAGTTTCCGCCGTACGATGTCACTTCTGTGTCCTTATACAAACAATGCATGTAAATAAACTTGTCTTCTGGTGATCACAGTGAAAATATGTGTAGCGGGTGGGTATTGAAATACACATCTAGATGGAGTGTCCCTGCACTATTTCCCATTTAATAAAGAACCAGATCTTGTACCAAATAGACTGACTTTGTAAGACTCAAGAGGAAATGGCCTAAGGGACCGTCAAGACACTCTAGCCTATGTGAAGTACATTAA
Unaligned ( gi|20 ): CTTAAAGGGTACCTCCAGTGCAATTTATTTGTGTATTAGAATACTTATCTGATCATTAAAAACCCAAATCTGCAAAAGTCACGTTTGTAAAAGACGTGGTTTGGCTGGTTTTAATCAAAATGTCAAACCC
Unaligned ( gi|23 ): CTTGAAGGGTACCTCCAGTGCAAATTTTTTGTTTTAAAATTCTTATCTGATCATTAAAGACCCAAACCTGCAAACGTCACGTTTGTAGGAGATGTGGTTTGGC
Unaligned ( gi|24 ): AATTAAAATACTTATTTGATCATGAAGCACCTAAACATGATAATGTCACGTTTGTAGGAGATATGGTTGACATTAATCAAAATGTCAAACCCCCA
Unaligned ( gi|26 ): GAATATGTGTAGTGGGTGGGTGTTCACATTCATATTTAGATGAAGTGTCCCTGCATTATTTAATTCCCATTTAATAAAAAACAAGATATTGTAC
Unaligned ( gi|29 ): AACGTTTTTAGGAGATATGGTTCGGCTGGATAATCAAAATGTCAACCAACCCCAACCAACCCCCGGCAGTGCAAGTA
Unaligned ( gi|31 ): TACACGGGCAATTAATTTGTTTGGACTGGTCACAATGTTCCCACCGAAGTAATGATTTC
Unaligned ( gi|33 ): TTATATGGGGATTTTCACTTGTACAATACATATCTTTACTT
Unaligned ( gi|35 ): AAATATAAATACAATGGTAATGCAATAATGAATCAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 333333333333333333333 111 44444444444444 111111111 22222 222222 11111 11111 2222 111111 111111 11111 555555555555555555555 1 222 11 1 3333333 1111 1 1111111 222 11 11 1 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11111 22222 111 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000 111 1111 333333 2222222222 111111 111 1 1 11 111 2222 66666666666666666666666 111111111 6666666666666666666666666666666666666666 22222 1 3333333333 1 1 11 222222
lowQualScore : 2 2 2 2 8 2 0 5 9999999 44444 000 2 33 2 111111111111111111111 0 6 0 888888 666 3 8888 1 3 3 3 555 66666 99 555 00000000000000 888 88 77 77 6 3 333333333 3 55555 3 66666 44 3 44 555 2 333333 3 99999 8 44444 2 1 777 22222 4 77 0000 111111 2 4 3 5 4 4 88 999999 77 77 66 5 4 44444 444444444444444444444 1 111 5 55 5 5 1 0 1111111 0000 5 1 8888888 5 111 5 6 88 88 5 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 77777 6 0 3 33333 3 444 77 666 6666 1 7777777777777777777777777777777777777777777777 000 2222 5 222222 5555555555 666666 88 000 1 5 1 11 1 000 5555 77777777777777777777777 6 555555555 5 0 1111111111111111111111111111111111111111 11111 33 1 1 1 5555555555 5 0 1 1 66 5 44 5 7 111111 5 7 33 1
lowQualScore : . . . . . . . . ....... ..... ... . .. . ..................... . . . ...... ... . .... . . . . ... ..... .. ... .............. ... .. .. .. . . ......... . ..... . ..... .. . .. ... . ...... . ..... . ..... . . ... ..... . .. .... ...... . . . . . . .. ...... .. .. .. . . ..... ..................... . ... . .. . . . . ....... .... . . ....... . ... . . .. .. . .. ............................................................................. . ..... . . . ..... . ... .. ... .... . .............................................. ... .... . ...... .......... ...... .. ... . . . .. . ... .... ....................... . ......... . . ........................................ ..... .. . . . .......... . . . . .. . .. . . ...... . . .. .
lowQualScore : 9 9 9 9 0 7 8 7 3333333 11111 000 9 99 9 666666666666666666666 5 2 3 555555 222 1 6666 8 3 3 3 000 77777 22 444 55555555555555 555 55 11 33 2 1 999999999 3 44444 3 11111 66 3 66 444 1 666666 6 11111 0 22222 5 9 888 55555 0 11 5555 000000 4 0 2 7 0 4 33 666666 99 99 77 7 3 33333 333333333333333333333 4 444 7 77 7 7 4 1 0000000 6666 0 4 9999999 7 444 7 7 33 00 5 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88888 4 8 8 00000 7 888 99 444 6666 7 1111111111111111111111111111111111111111111111 000 1111 7 999999 0000000000 444444 00 000 4 7 4 66 0 000 0000 33333333333333333333333 7 555555555 7 1 3333333333333333333333333333333333333333 33333 00 4 6 7 3333333333 7 7 4 4 99 0 44 7 1 444444 7 3 55 0
consensus : GGTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATTA---A--A---T-------TAT---A--CTA-NTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTA--GTGAAAA-----NA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCATCCTAC---TCAC-AATAA-TACTTATTTAT----CTA-CC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTA-CCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-NAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCACAGAACCATACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGAGAAATGATGTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGGCGTTACACT--AGACA-C-CATC-GC-GAAAC------------AGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACGTAG---C-ATCAA-CG-AAT-TNGT---TCG---TTTAGC--------A--C-----AGAGT-AC-AGACAATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTNTG--TACGTTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCCAGTCCA-CA-GG---GGAT-CCA-GGC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATATGCTTNTTT
Reference ( family-3260 ) : GGTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATTA---A--A---T-------TAT---A--CTA-NTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTA--GTGAAAA-----NA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCATCCTAC---TCAC-AATAA-TACTTATTTAT----CTA-CC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTA-CCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-NAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCACAGAACCATACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGAGAAATGATGTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGGCGTTACACT--AGACA-C-CATC-GC-GAAAC------------AGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACGTAG---C-ATCAA-CG-AAT-TNGT---TCG---TTTAGC--------A--C-----AGAGT-AC-AGACAATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTNTG--TACGTTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCCAGTCCA-CA-GG---GGAT-CCA-GGC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATATGCTTNTTT
gi|1 : GCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTATGTTAT-TTTTACTTAAC-------AG--T--GGATAA-GAAAAT--TTC-AC----TA-CCA----GTT--GAAAATA-TTTCCAA---CTACCAGTTG-AAAAAAA-ATAA-CACTG---C-A-AAGCCT-TA---C-TCCAACAATTA---A--A---TGACT---TAT---AACCTA-TCA--GATGA-A-T-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATTA-T---T--TAT-AC--TACTA--TCG-AAA-----TA-AT-----TCAAAC--A--ATGGCCATAC-AC---TCAC----AA-TACTTATTTAT----CT--CA--AGTAAA-CATTAA-----ACTA-GCCGTTGAAA--A---AAA--T--T-AAC-CA--AGTG-----AAAAT---------------------AAAACAGCTG--GGCC-ATGAA-GC-TACCCACGAATT-----ACAATACT----TA-TATCT---A---TAG-TG--GAAAA-TTT-ACCAAATTCACAGAACCATAC-GTAAGAAAGAAA
gi|1 : ttagcTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGACGTTACACT--AGAAAGCGCATCTGCTGAAAC------------AGAAAATGCAAATA------------GAAGAATTTTTCT---AAGG----C-GGCAAAACATC----------AA------ATGAAA---CAATCAA-CGTAATGTGAT---TCG----TTAGC--------A--C-----AAA---AT-AGA---------AG-ACTGAT--------------------TTA-AT-TGA----CTG-----GTT--------AAAATCA-TGTTCCCCAGTCCT-CA-AA---GGAT-CAAGGGT-CCAG--A-TT--AAAGTAACCT-C-GAA------TTTT-TTCTTTTGC-TTAAAATATGCTTATTTcagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|10 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcaGGCAATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-ATTATT--TTC-AC----TA-CCA----TT---GAAAATAA------AAAGCTAC---T-C-ACAATTA-A--A-TATT----T-A--------TA---C-TT--GTAGTGA---A--AA--T-------TATTTTA--CTG-CTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAATT-ATT--TAC-AC--CACTA--GTGAAAA-----TAGAT-----TC-AAC--A--ATGACCATCCTAC---CCAC-A--AA-TAATTATTTATA---CTA-AC--AGT-AA-AATTAATTTC-ACTA-CCA-TTGAAA--A--TAAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAAATAATTTCACTACCAGTGAAAATAAAATA-CA---GGCC-A--AA-GC-TGCCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TG-CT---AG--TAG-T---GAAAA-gatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|11 : -AG-ACTGATACT----CTG--GAC-GGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTACTTTTTTAAACTCATTTTCCTCCAGTCCA--A-GGAGTGGAT-CCA-AGCTCTCGTTA-TTAGAGAGTGCCGTGCAGAACA--TATTTTGTTCTTTTGCATTAAAAT
gi|12 : atgagaGGTTGACCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TT---------------------------------GAT--TGT-AC----TA-CCA----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---A-CC--ACAAATA---A--ATATT-------TAT---A--ATA-CTA--G-TGA-AAA-------TAAATCCA--------------ACAA-TGG-C--CAT-CC--TACT----CACAAA-----TA-AT-----T----------AT--TTATACTACATGTACC-AGTAA-CATTAATTTCA----CTA-CT--AGTGAA-AA-TGATATC-ACTA-CCAG-TGAAA--AT-tatcgtgtccctttggtcatcagagctagcgtaggactgattttgtaaaggggggggggtggaataaaaaaatacaatccacaggtaagtggagggg
gi|13 : -TTAT-TTCCACT-ACCTTGTACAAGGCT--G---AA-AATAATAATT--AT----TA-C-ACCATGTC--GAAAATAATT-C--A---CTACCAGT-GAAAAATAA-A--ATCACTCGC-C-ACAAGC---TA-----CC--ACAATTA---AC-A---TAAATTTATAT---A--CTACGTAATG-TGA-AAa
gi|14 : cagtattaaaGGCGCT-CACT--AGACA-C-CATC-AT-GAAACAGAAAATGCAAAAGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACCAAACATCATGAA------ACATAG---C-ATCAA-CG-AAT-GTGT---TCG---TTTAGC-------------------AGTCAC-AGACAATATAG-AG-ACTGATA----------------------------A-G-------TATATTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCC-GTCC--CAGGG---GGAT-CCG-GAC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCcataacagaattccacattaagactgttggtaggtactttctctgtacaacgtgaagagtataactttcaact
gi|15 : GGTCATCCTAC-T-CGC-AA-TTAT-TTAT-TTTTATT-ACC-------AG--T--G---AA-ATTAAT--TTC-AC----TG-CCG----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGC-G-AAAATAA-T--A-CACTGAC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATGA---A--ATATT-------TAT---A--CTA-ATA--G-TGA-AAA-------TAATTTTACT-GAT--G--G-TGAAA-T---T--AAT-TT--CACTG--GT-AATA-----CA-AT-----T
gi|16 : TGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-CTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-A----------------------------T--------TAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AATC---TA---C-CC--ACAATTA---A--ATGTT-------TAT---A--CTA-GTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAATT-ATT--TAT-AC--TACTA--GTGAAAAT----AA-AT-----TC-AAC------TGGCCAatttc
gi|17 : GGTTGACCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG----------A-AATT-T--TTC-AC----TA--------------------------------TACCAGT-G-AAA-TAA-A--G-CACTGGC-C---AAGC---TA---CTCC--ACAATTA---AT-A---T-------TAT---A--CTA--TA--G-TGA-A---------TAA-TTCACT-GGT--AGCG-TATA----A-T--TAT-TC--TATTac
gi|18 : t--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAGCA--T-TTT-----TTTTGCATTAAAATATACTTCTTTgtattgtattgtttattaccaaggaaca
gi|19 : ATAA-T-CTTATTTAT----CTA-CTCAAGTAAA-AATTAATTTCTACTA-CCTGGTG-----TT-TAATACT--TGTAA-TGCCAGTAATAATAGAAT---------------------AAATCA-ATTGAGACCGA--AA-GT-CTCGCAC-AA-T-----A-GATGTT----TA-gatcatgaaacacctaaacgtttgtagaagatatgggttggctggcattaatcaaaatgtcaaatccccagtgcaagtatcctgatgcta
gi|2 : GCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTATGTTAT-TTTTACTTAAC-------AG--T--GGATAA-GAAAAT--TTC-AC----TA-CCA----GTT--GAAAATA-TTTCCAA---CTACCAGTTG-AAAAAAA-ATAA-CACTG---C-A-AAGCCT-TA---C-TCCAACAATTA---A--A---TGACT---TAT---AACCTA-TCA--GATGA-A-T-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATTA-T---T--TAT-AC--TACTA--TCG-AAA-----TA-AT-----TCAAAC--A--ATGGCCATAC-AC---TCAC----AA-TACTTATTTAT----CT--CA--AGTAAA-CATTAA-----ACTA-GCCGTTGAAA--A---AAA--T--T-AAC-CA--AGTG-----AAAAT---------------------AAAACAGCTG--GGCC-ATGAA-GC-TACCCACGAATT-----ACAATACT----TA-TATCT---A---TAG-TG--GAAAA-TTT-ACCAAATTCACAGAACCATAC-GTAAGAAAGAAActctgagtt
gi|2 : ttagcTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGACGTTACACT--AGAAAGCGCATCTGCTGAAAC------------AGAAAATGCAAATA------------GAAGAATTTTTCT---AAGG----C-GGCAAAACATC----------AA------ATGAAA---CAATCAA-CGTAATGTGAT---TCG----TTAGC--------A--C-----AAA---AT-AGA---------AG-ACTGAT--------------------TTA-AT-TGA----CTG-----GTT--------AAAATCA-TGTTCCCCAGTCCT-CA-AA---GGAT-CAAGGGT-CCAG--A-TT--AAAGTAACCT-C-GAA------TTTT-TTCTTTTGC-TTAAAATATGCTTATTTcagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|21 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcaTTGGCCAACCTAC-T-CAC-AA-TTAT-CTAT-CTT-ACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC-----A-C-T----GT---T---TTATTTTC--A---CTGGTAGT-A-AAAATTA-A--gatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|21 : TGGC-C-A-AC-C---TA---C-TC--ACAATTA---TCTA---T-------CTT---A--CTA-CCA--G-TGA-AAA-------TAATTTCAC-------A--C-TGTTT-T-A-T--TTTCAC--TGGTA--GTAAAAAT----TA-ATAATTGTT-AGT--AGGATGGCCAACCtaattgttagtaggatggccaaccataga
gi|21 : tGGTTGGCCATCCTAC-T-AAC-AA-TTAT-TAAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAA-------A------A-C-AGT--GT---GAAATTATTTTC--A---CTGGTAGT---AAGATAG-A--ataga
gi|22 : ttggccaacctactcacaattaCAATTATTTA--T---T-------TAT---A--CTA-CCA--G-TGA-AAT-------TATTTTCACT---------------------------------ACCG--GTGAA-----------T-----TC-ATG--A--GTGGCCATCTTAC---TCAC-AATTA-T-TTTTTTTATA---CTA-CC--AGTTAA-AA-TATTTTC-Aataga
gi|25 : ACACT--AGACA-C-CATC-GT-GAAAC------------AGA----------AAATGCAAAGTAAGAA-----TCTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACATAG---C-ATCAA-AG-AAT-TTGT---TCG---TTTAGC--------AGTC-----AGAa
gi|27 : GTTGGCTATCCTGT-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-GCC-------AG--T--A---AA-AATAAT--TTC-AC----T----A----G--------------------------CAGT-G-ATAATAA-A--G-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--AC
gi|28 : TA---A--A---T-------TTTT--A--CTG-G-A--G-TTG-AAT-------TA-TGTCACT-GGT--A--G-T-TAA-CCA-T--TGT-ACACTACTA--GTGAAAATG---AA-AT-----TC-AAC------TGGCCA
gi|3 : agaGGTTGGCCATCCTAC-TTCACCAA-TTAT-TTATCTTTTACT-ACC-------AG--TTGG---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---AAAAATAATTTC--A---CT-CCAGT-G-AAAATAA-A--G-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---T-CC--ACAATTA---G--A---T-------TAT---A--CTA-GTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTC--GTGAAAA-----AA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCAT-CTAC---TCACAAATAA-TATTTATTTAC----CTACCC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTACCCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---GGGTTAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCCAAGA--CA-ACGGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAATGATGTTTTT----A-AAATTCT-AAACAT-----TATGGCG-TACACT--AGACA-C-CATC-GT-G-AAC------------AGA----------G------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------AC-TAC---C-ATCAA-CG-AA--TGGT---TCG---TTTAGCCAGAAGTGA--C-----GGAGT-ACGAAACAATATAG-AGTACTGGAACT----TTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTAC---TTTAAAATCT-TATCCCCCAGTCCA-TATGG---GAAT-CAA-AGC-CTCG--A-TTA-AGAGTGCCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATA--CTTCTTT
gi|30 : GTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAG--TTC-AC----TACC-A----GT---cggt
gi|32 : CCTAC---TCAC-AA--A-TAATTATTTATA---CTT-CC--AGTAAA-A-TTAATTTC-ACTA-CCAG-TGAAA--a
gi|34 : ATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCAGAGA
gi|36 : GGTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-Tcaat
gi|4 : gtatGGCCATCCTAC---TCTC-AAT-------TATTTAT-------------------------TTTT-ACTA-CCAGT-GAAA--AT--AAT--T--T-CAC-TACCAGTG-----AAA-T---------------------AAAACC-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATTTAATTA-AATATT----TAATA-CT---AG--TAGGT---GAAAAATTG-ACCA---TCACTGA--CA-ACG-TAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGA-AAATGATGTTTT-----AAAATTTCTAAA-CATT-----ATGGCGT--CACT--AGACA-A-CATC-GT-GAAAC------------AGA----------AAATGCAAAAGA-GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACATAG---C-ATCAA-CG-AAT-GTGT---TCGTAATTTAGC-------------------AGTCAC-AGACAATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GATATG--TACATT-C---TTT--ATTCA-TTT-CCCCAGTCCA-----A---GGAT-CCT-GGCGCTCG--A-TT--AAAGTACCGT-CGAAGCAATT-TTTT-TTCTTTT
gi|5 : CCCTCCCACCT-CAC-AAATTATATTAT-TTT-ACA-TCC-------AG--T--G---AATAATAAT--TTCCACATTATA-C-A----ATTAAAAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAAGA--G-CACTGGCGCAA-AAGCGTGTAACCC-CC--ACAATTA---A--A------------AT---A--TTA-TTGT-G-TGAGAACTAGTAGATAATTTAATTCGGTGCA--GATATAATT-A-TTCTAT-AC--TACTAGCGTGAAAGACATCAA-AT-----TC-AACATA--AT-GCCATCCTAC---TCAC-AATAATTATGTGTGTGTGATACTA-CC--AGTAAACAATTAA-TTC-ACTA-CCA--TGGAATGATATGAT--TCAT-AACATACCAGTG-----AAAATA--------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AATGCTTACCCAC-AACTTACTGA-AATATTATGATA-TA-TTTGGAT--TAG-TTTGAAAAA-TTGAACCAA--atttgatcatgaagcacctaaacctgataaagtcacgtttgtagagatatggtttggctgacattaatcaaaatgtcaaaccccacagtgcaagagaatttcaagtgcaagtatcctgatgctcggcagttttcgccgtgaagaactgcacggacagtctgtgtccctatatacaagtatgcaagtaaaatgtcgtctgatggaaaaaatcactgtccgaat
gi|7 : tagtaagaattatggttaggtacagatatagtaataacatttgagtagtaaatattatacatcagtaggatgcagtagtagtaggtgtaattgtgcttaccatTGTTCTTTGTGAAAAATTCCAAAGCATTTAATTATG-CGCTACACTGAAGACA-C-CATC-GT-GTAA-------------AGA----------G------------TAA-----TTTTCGTAAAGGAATTCAG------CACC----------AATTTTTCA-ATAGAACC-ATCAAACG-AAC-TAGTGTTTCGCTATTTAGC--------A--GTTGTAACCGT-AC-CAATA-TATAGTAG-ACTG-TACTACATCTGTTGATTGGTTCTATATGTTATGGTCTAGTTACGTTGC---TTGTAAATCAGTTTCGCCCAGTCCAATG-GA---GGAGGCCA-AGC-CTCG--AATTA-AATATTCCGT-CAGAACATTT-TTTT-TTCTTTTCAATTA
blockSeqs : C T C A G C T TTGTACA GCT GAT T AA C ATTATACAATTAAAA A AAAG GA G TAA G G A C GTG ACCC CA TTT CATAAATTTA TTT AC CG AT A G ACTAGTAGA C AGC A TTAT TC C AC AGC A ACATCA G AATTG A AGG C T ATG AAATA T AA GATA ACTCA G C T T T C GG TGATAT AC CA GT A C ATAAT AATTTCACTACCAGTGAAAAT G TGA G TG T T G TAATTA ATGA A T TGGAT G TTG A A AT AC T GG NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . TTGTG G A TTAAT G TTA GA GCG TGCT A AGAAAATGCAAATAGAAGAATT GTA AATT A GCAAAA AAACATCATG TTTTTC CA AAC A A T TG T GTT TAAT CAGAAGTGACGGAGT G CAATATAG T ACTACATCTGTTGATTGGTTCTATATGTTATGGTCTAGTT ACTTT TA T T C AAGGAGT G G T TT A AG G A CAATT G A TA C
blockSeqs : . . . . A . . . TTG . . . . TACACCATGTCGA A CAA TG . AT G . . . CT CT . . ATGACT T . C T . . AT . GCA . TTAT . . . A C TGA . . . ATA A T . AGTA . AT A ACCC A . T T . . GT TTT . . C . C . A . G . . . . . TACTGA . . . GGGT . G . . . . . G T A A TC A CTA . C AT A AGAAAATGCAAAAGAAGAA . . . . . . TG . . . . T G . CTAT AGTTGTAACCGT . CAATATAG . ACTCTGGACGGTATCATATTCAGGTATGT AC TA G T C ATATGG . . G . . A . A CATTT . A TG A
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . TACCAGTTGA A A C . A A . . . . C . . ATATT . . C . . . AA . A . TGG . . . G A TA . . . A A T . AATT . AC A AAC A . T T . . GT ATT . . A . C . . . . . . . . . AC . . . AG . . . . . . . G T A G T G CT . C GT A AGAAAATGCAAAGTAAGAA . . . . . . CA . . . . T T . T ACAAA . CAATATAG . ACTTTGGATGGTATCATATTCAGGTATGT AC TA . G T AATGGA . . . . . A . A CATA . A . C
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . TACCATTGA A A G . A G . . . . A . . ATATT . . A . . . AA . G . CCA . . . A A TT . . . A C T . AATA . AT A ACT T . T T . . GT AT . . C . C . . . . . . . . . A . . . AG . . . . . . . . . G TA . C GT A AGAAAATGCAAAAGAGAA . . . . . . CA . . . . T G . T AGTC . TATATAGT . ACTCTGGATGGTATCATATTCAGATATGT GC GT . A C CAGGG . . . . . A . G CAT . A
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . TACCAGTGA A A G . A G . . . . C . . ATGTT . . G . . . AT . A . TTA . . . A A T . . . A C T . AAT . AA . ACC A . T T . . T AT . . C . C . . . . . . . . . A . . . AG . . . . . . T . A GT T AGAGGAA . . . . . . C . . . . C T . T AGTC . . . TTAATTGACTG C A . T C TCAAA . . . . . A . A CAT . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . TGCCGGTGA T A G . A G . . . . C . . CTAT . . T . . . AA . A . TA . . . A A T . . . A C T . AA . AT . TCC A . T T . . G A . . A . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . C GT . AGAGTAA . . . . . . A . . . . . A . . . AAGT . T . T . AA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . ACAGTGTGA T A G . G G . . . . C . . AAT . . C . . . AT . A . TA . . . G A C . . . . C T . AA . C . ACC A . . T . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . TACAGTAA A A A . G G . . . . C . . TAT . . C . . . AT . A . T . . . A A T . . . . C . . A . T . CA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . ACTGTT A A G . G G . . . . C . . TT . . G . . . AT . A . A . . . C A A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . TAG . A G . G . . . . . T . . AT . . G . . . T . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . TA . . G . . . . . . . . . AT . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : *** TACCGTTGA************ A***** G** G*** *** ** ATATT********* ** AT******* TA*** AATA* ACC*** ATT*** *** ** TATA*** AG***** *** ** T**** CTA C** GT** AGAAAATGCAAAAGAAGAA*************************** ****** T* AT** AGTGCGGC*************** CAATATAG* ACTCTGGACGGTATCATATTCAGGTATGT*********** AC*** TA A* CATT**
originalCons : GGTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-AC----TA-C-A----GT---GAAAATAATTTC--A---CTACCAGT-G-AAAATAA-A--A-CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATTA---A--A---T-------TAT---A--CTA-NTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTA--GTGAAAA-----NA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCATCCTAC---TCAC-AATAA-TACTTATTTAT----CTA-CC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTA-CCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-NAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATT-----A-AATATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCACAGAACCATACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGAGAAATGATGTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTC---TATGGCGTTACACT--AGACA-C-CATC-GC-GAAAC------------AGA----------A------------GAA-----TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACGTAG---C-ATCAA-CG-AAT-TNGT---TCG---TTTAGC--------A--C-----AGAGT-AC-AGACAATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTNTG--TACGTTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCCAGTCCA-CA-GG---GGAT-CCA-GGC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAACA--T-TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATATGCTTNTTT
finalCons : GGTTGGCCATCCTAC-T-CAC-AA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AATAAT--TTC-ACTACCGTTGA------------AAATAATTTCA-----CTACCAGTG--AAAATAA-AG---CACTGGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATTA---AATATT---------TAT---A--CTA-NTA--G-TGA-AAT-------TAATTTCACT-GGT--A--G-TATAATA---T--TAT-AC--TACTA--GTGAAAA-----NA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCATCCTAC---TCACAATA-A-TACTTATTTAT----CTACC---AGTAAA-AATTAATTTC-ACTA-CCAGTTGAAAATT---AAT--T--T-NAC-TACCAGTG-----AAAAT---------------------AAAACA-CT---GGCC-A--AA-GC-TACCCAC-AATTTATA---AATATT----TA-TA-CTAG-----TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCACAGAACCATACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGAGAAATGATGTTTTT----AGAAATTCTAAAACATT----TATGGCGCTACACT--AGACAC--CATCGT--GAAACAGAAAATGCAAAAGAAGAA---------------------------TTTCT---AAGG----C-G------CACC----------AA------ACGTAG---C-ATCAA-CG-AAT-TNGT---TCGAT--TTAGCAGTGCGGC---------------AC-AGACAATATAG-AG-ACTGATACTCTGGACGGTATCATATTCAGGTATGT-----------ACGTTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCCAGTCCA-CA-GG---GGAT-CCA-GGC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAACATT--TTTT-TTCTTTTGCATTAAAATATGCTTNTTT
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TACAGCTGATGTTAATCAAAAGTGCCACCCCCCCCCCCACCCCGGTCCAATTGCAAACTAACCGTTTTTTCGTCGCCCCGAAGCAATTGCACGGTTGCCAGCGACAGCGTCTTTCTATACAAACAATTGCATGCAAGTAAAAATTGTAGTCTGATGGAAAAAAAGTAGGTGTGTCAAATTACAATATCCAAGCTATCATTTTCATCGTAACACTGCAATATATATTGCATTGATGCCAAAGTTGCAAGACATTTTGTGACGTAGCAGCATTCCACAAGTGATAAGTGACCTTTTACCGATTTATGCTCATGTCGGCAGAAAATGCTATGGCGTATTTGCATAAACCAGTGCAGACTAGATATCGAGCTGCCATTAAAATCCATTTTAGACGTAAAGCAAAACAATTATTCTTCCTCTATGAATAAA
Unaligned ( gi|8 ): CATGAAACACCTAAACGTTTTTAGGAGATATGGTTCGGCTGATTAATCAAAAATGTTCAACCCCCCCCCCCCCTGAAGTGCAAGTAAAAGCAAGCGACAGTCTGTTGTTTCTATTTAAAAACCAAATGCATGCAAGTAAAAATTGTAGTCTGATGAAAAAAAAGTAGGTGTTCAAAATACAAATCCAAGTATCATTTTCATCGAACACTGCCCATTAAGCATGATTGGCCAAGTTGCAGAGACATTGGACGTAGCACATTCCACAAGTGATATAAGTAAACCTTTTACGGATTTGATGCTCATTGTGGGCAGGAAAATTGCTTGTTATTTGCGTAAAACCAGTGCAGATATCGAGCTGCATAAATCCATATCTAGACGTAAAAAGCAAAACAATTTGCTTACCTCATGATAAAA
Unaligned ( gi|9 ): AAAATACTTATCTGATCATTAAAAACCCAAACCTGCAAAAGCCACATTTGTAGGAGATGTTAATCAAAATGTCAAACCCCCACTGCAAGTAACCCGATGCTCGGTAGTTTCCGCCGTACGATGTCACTTCTGTGTCCTTATACAAACAATGCATGTAAATAAACTTGTCTTCTGGTGATCACAGTGAAAATATGTGTAGCGGGTGGGTATTGAAATACACATCTAGATGGAGTGTCCCTGCACTATTTCCCATTTAATAAAGAACCAGATCTTGTACCAAATAGACTGACTTTGTAAGACTCAAGAGGAAATGGCCTAAGGGACCGTCAAGACACTCTAGCCTATGTGAAGTACATTAA
Unaligned ( gi|20 ): CTTAAAGGGTACCTCCAGTGCAATTTATTTGTGTATTAGAATACTTATCTGATCATTAAAAACCCAAATCTGCAAAAGTCACGTTTGTAAAAGACGTGGTTTGGCTGGTTTTAATCAAAATGTCAAACCC
Unaligned ( gi|23 ): CTTGAAGGGTACCTCCAGTGCAAATTTTTTGTTTTAAAATTCTTATCTGATCATTAAAGACCCAAACCTGCAAACGTCACGTTTGTAGGAGATGTGGTTTGGC
Unaligned ( gi|24 ): AATTAAAATACTTATTTGATCATGAAGCACCTAAACATGATAATGTCACGTTTGTAGGAGATATGGTTGACATTAATCAAAATGTCAAACCCCCA
Unaligned ( gi|26 ): GAATATGTGTAGTGGGTGGGTGTTCACATTCATATTTAGATGAAGTGTCCCTGCATTATTTAATTCCCATTTAATAAAAAACAAGATATTGTAC
Unaligned ( gi|29 ): AACGTTTTTAGGAGATATGGTTCGGCTGGATAATCAAAATGTCAACCAACCCCAACCAACCCCCGGCAGTGCAAGTA
Unaligned ( gi|31 ): TACACGGGCAATTAATTTGTTTGGACTGGTCACAATGTTCCCACCGAAGTAATGATTTC
Unaligned ( gi|33 ): TTATATGGGGATTTTCACTTGTACAATACATATCTTTACTT
Unaligned ( gi|35 ): AAATATAAATACAATGGTAATGCAATAATGAATCAC
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333333 1111111 1111 111 111111 222222222222222222222 22222 222222 11111 11111 2222 111111 111111 555555555555555555555 1 1 11 3333333333 1111 1 1111111 222 11 11 1 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11111 11111 111 111 111 1 11 333333 2222222222 111111 111 1 1 11 111 444 999999999999999999999999 1 6666666666666666666666666666666666666666 11111 1 1 3333333333 1 1 11 222222
lowQualScore : 5 2 2 7 2 0 5 8888888 33 33 999 2 33 66666 2 5 66666666666666666666666666 77 1111111 2 5555 555 2 3 6 3 333 55555 88 2 2 000000 444444444444444444444 888888 88 4 888888 6 4 55555 3 66666 44 3 44 555 2 333333 3 99999 8 44444 2 1 777 22222 4 77 0000 111111 2 4 3 5 4 4 88 999999 77 77 66 5 4 444444444444444444444 1 3 88 6 6 1111111111 2222 5 1 8888888 5 111 5 6 88 88 5 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 77777 6 0 3 0 88888 6 666 77 666 555 5 000 1 0 55 222222 5555555555 666666 88 000 1 5 1 11 1 000 111 666666666666666666666666 7 5 0 7777777777777777777777777777777777777777 44444 33 2 1 1 1 5555555555 5 0 1 1 66 5 44 5 7 444444 7 33 1
lowQualScore : . . . . . . . ....... .. .. ... . .. ..... . . .......................... .. ....... . .... ... . . . . ... ..... .. . . ...... ..................... ...... .. . ...... . . ..... . ..... .. . .. ... . ...... . ..... . ..... . . ... ..... . .. .... ...... . . . . . . .. ...... .. .. .. . . ..................... . . .. . . .......... .... . . ....... . ... . . .. .. . .. ............................................................................. . ..... . . . . ..... . ... .. ... ... . ... . . .. ...... .......... ...... .. ... . . . .. . ... ... ........................ . . . ........................................ ..... .. . . . . .......... . . . . .. . .. . . ...... . .. .
lowQualScore : 7 9 7 5 5 1 3 7777777 77 77 333 7 55 77777 7 3 88888888888888888888888888 99 6666666 9 4444 444 1 1 2 1 888 55555 55 9 9 333333 333333333333333333333 888888 55 0 888888 2 3 44444 3 11111 66 3 66 444 1 666666 6 11111 0 22222 5 9 888 55555 0 11 5555 000000 4 0 2 7 0 4 33 666666 99 99 77 7 3 333333333333333333333 4 3 33 7 7 7777777777 1111 7 4 9999999 7 444 7 7 33 00 5 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88888 4 8 8 8 88888 7 999 99 444 111 7 000 4 1 77 999999 0000000000 444444 00 000 4 7 4 66 0 000 777 333333333333333333333333 1 7 1 1111111111111111111111111111111111111111 44444 00 1 4 6 7 3333333333 7 7 4 4 99 0 44 7 1 111111 3 55 0
consensus : GGTTGGCCATCCTAC-TCA-CAA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AA-TAAT-----TT-C-AC----TACC----GT-TGAAAA--TAATTTC--ACTACCAGT-G-----AAAATAA-A--A-CACT---GGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATT-AA-AT--AT--TTA---------------------T------A--CTANTA------G-TGAAATTAATTTCACTGGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTA--GTGAAAA-----NA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCATCCTAC---TCAC-AATAA-TACTTATTTAT----CTA-CC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTA-CCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-NAC-TACCAGTGAAAAT---------------------AAAACA-CT-GGCCA--AA-GC-TACCCACGANTTA--C--AAATATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCACAGAACCATACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGAGAAATGATGTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTCTA--TG-GCGTTACACT--AGACA-C-CATC-G-TG-AAACAGAAAAT---GCAAA-AGAAGAA--TTTCTAAGGCG------CACC----------AA------ACGTAG---C-ATCAA-CG-AAT-TNGT---TCG---TTTAGC----AGT-----------CAC-AGACAATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTNTG--TACGTTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCCAGTCCA-CA-GG---GGAT-CCA-GGC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAAC-A-T-TTTTTTTCTTTTGCATTAAAATATGCTTNTTT
Reference ( family-3260 ) : GGTTGGCCATCCTAC-TCA-CAA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AA-TAAT-----TT-C-AC----TACC----GT-TGAAAA--TAATTTC--ACTACCAGT-G-----AAAATAA-A--G-CACT---GGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATT-AA-AT--AT--TTA---------------------T------A--CTANTA------G-TGAAATTAATTTCACTGGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTA--GTGAAAA-----NA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCATCCTAC---TCAC-AATAA-TACTTATTTAT----CTA-CC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTA-CCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-NAC-TACCAGTGAAAAT---------------------AAAACA-CT-GGCCA--AA-GC-TACCCACAATTTA--T--AAATATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCACAGAACCATACGGTAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGAGAAATGATGTTTTT----AGAAATTCTAAAACATT-TA--TG-GCGCTACACT--AGACA-C-CATC-G-TG-AAACAGAAAAT---GCAAA-AGAAGAA--TTTCTAAGGCG------CACC----------AA------ACGTAG---C-ATCAA-CG-AAT-TNGT---TCG--ATTTAGC----AGT----G-CG--GCAC-AGACAATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAC-GGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCCAGTCCA-CA-GG---GGAT-CCA-GGC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAAC-A-T-TTTTTTTCTTTTGCATTAAAATATGCTTNTTT
gi|1 : GCCATCCTAC-TCA-CAA-TTATGTTAT-TTTTACTTAAC-------AG--T--GGATAA-GA-AAAT-----TT-C-AC----TACCA---GT-TGAAAA--TA-TTTCCAACTACCAGTTG-----AAAAAAA-ATAA-CACT---G---C-A-AAGCCT-TA---C-TCCAACAATT-AA-ATG-AC--TTA---------------------T------AACCTATCA------GATGAA-TTAATTTCACTGGT--A--G-TATTA-T---T--TAT-AC--TACTA--TCG-AAA-----TA-AT-----TCAAAC--A--ATGGCCATAC-AC---TCAC----AA-TACTTATTTAT----CT--CA--AGTAAA-CATTAA-----ACTA-GCCGTTGAAA--A---AAA--T--T-AAC-CA--AGTGAAAAT---------------------AAAACAGCTGGGCCATGAA-GC-TACCCACGAATTA--C---AATACT----TA-TATCT---A---TAG-TG--GAAAA-TTT-ACCAAATTCACAGAACCATAC-GTAAGAAAGAAA
gi|1 : ttagcTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTCTA--TG-ACGTTACACT--AGAAAGCGCATCTGCTG-AAACAGAAAAT---GCAAATAGAAGAATTTTTCTAAGGCGGCAAAACATC----------AA------ATGAAA---CAATCAA-CGTAATGTGAT---TCG----TTAGC------------------------ACAAAATAGAAG-ACTGAT--------------------TTA-AT-TGA----CTG-----GTTA-------AAA-TCA-TGTTCCCCAGTCCT-CA-AA---GGAT-CAAGGGT-CCAG--A-TT--AAAGTAACCT-C-GAA-------TTTTTTCTTTTGC-TTAAAATATGCTTATTTcagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|10 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcaGGCAATCCTAC-TCA-CAA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-A-------------------------------T-T----A--T--TTTC--ACTACCATT-G-----AAAATAA-A-------------------AAGC---TA---C-TC--ACAATT-AA-AT--AT--TTATACTTGTAGTGAAAATTATTTT------A--CTGCTA------G-TGAAATTAATTTCACTGGT--A--G-TATAATT-ATT--TAC-AC--CACTA--GTGAAAA-----TAGAT-----TC-AAC--A--ATGACCATCCTAC---CCAC-A--AA-TAATTATTTATA---CTA-AC--AGT-AA-AATTAATTTC-ACTA-CCA-TTGAAA--A--TAAT--T--T-CAC-TACCAGTGAAAATAATTTCACTACCAGTGAAAATAAAATA-CA-GGCCA--AA-GC-TGCCCACAAT-----T--AAATATT----TA-TG-CT---AG--TAG-T---GAAAA-gatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|11 : -AG-ACTGATACT----CTG--GAC-GGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTACTTTTTTAAACTCATTTTCCTCCAGTCCA--A-GGAGTGGAT-CCA-AGCTCTCGTTA-TTAGAGAGTGCCGTGCAGAAC-A-TATTTTGTTCTTTTGCATTAAAAT
gi|12 : atgagaGGTTGACCATCCTAC-TCA-CAA-TTAT-TTAT-TT----------------------------------GAT-----TG-T-AC----TACC----AG-TGAAAA--TAATTTC--ACTACCAGT-G-----AAAATAA-A--A-CACT---GGC-C-A-AAGC---TA---A-CC--ACAAAT-AA-AT--AT--TTA---------------------T------A--ATACTA------G-TGAAAATAAATCCA-------------ACAA-TGG-C--CAT-CC--TACT----CACAAA-----TA-AT-----T----------AT--TTATACTACATGTACC-AGTAA-CATTAATTTCA----CTA-CT--AGTGAA-AA-TGATATC-ACTA-CCAG-TGAAA--AT-tatcgtgtccctttggtcatcagagctagcgtaggactgattttgtaaaggggggggggtggaataaaaaaatacaatccacaggtaagtggagggg
gi|13 : -TTAT-TTCCACT-ACCTTGTACAAGGCT--G---AA-AA-TAATAATTATTAC-AC----CAT-----GT-CGAAAA--TAATT-C--ACTACCAGT-GA----AAAATAA-A--ATCACT---CGC-C-ACAAGC---TA-----CC--ACAATT-AACATAAAT--TTA---------------------T------A---TACTACGTAATG-TGAAAa
gi|14 : cagtattaaaG-GCGCT-CACT--AGACA-C-CATC-A-TG-AAACAGAAAAT---GCAAA-AGAAGAA--TTTCTAAGGCG------CACCAAACATCATGAA------ACATAG---C-ATCAA-CG-AAT-GTGT---TCG---TTTAGC----AGT-----------CAC-AGACAATATAG-AG-ACTGATA----------------------------A-G-------TATATTAC---TTTAAAATCA-TTTCCCCC-GTCC--CAGGG---GGAT-CCG-GAC-CTCG--A-TTA-AAAGTACCcataacagaattccacattaagactgttggtaggtactttctctgtacaacgtgaagagtataactttcaact
gi|15 : GGTCATCCTAC-TCG-CAA-TTAT-TTAT-TTTTATT-ACC-------AG--T--G---AA-AT-TAAT-----TT-C-AC----TGCC----GG-TGAAAA--TAATTTC--ACTACCAGC-G-----AAAATAA-T--A-CACT---GAC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACAATG-AA-AT--AT--TTA---------------------T------A--CTAATA------G-TGAAAATAATTTTACTGAT--G--G-TGAAA-T---T--AAT-TT--CACTG--GT-AATA-----CA-AT-----T
gi|16 : TGGCCATCCTAC-TCA-CAA-TTAT-CTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-A---------------------------------T-------TAATTTC--ACTACCAGT-G-----AAAATAA-A--A-CACT---GGC-C-A-AATC---TA---C-CC--ACAATT-AA-AT--GT--TTA---------------------T------A--CTAGTA------G-TGAAATTAATTTCACTGGT--A--G-TATAATT-ATT--TAT-AC--TACTA--GTGAAAAT----AA-AT-----TC-AAC------TGGCCAatttc
gi|17 : GGTTGACCATCCTAC-TCA-CAA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG----------A-AA-TT-T-----TT-C-AC----TA----------------------------TACCAGT-G-----AAA-TAA-A--G-CACT---GGC-C---AAGC---TA---CTCC--ACAATT--A-AT--A---TTA---------------------T------A--CTA-TA------G-TGAA--TAA-TTCACTGGT--AGCG-TATA----A-T--TAT-TC--TATTac
gi|18 : t--A-TTA-AAAGTACCGT-CAGAGC-A-T-TTT-----TTTTGCATTAAAATATACTTCTTTgtattgtattgtttattaccaaggaaca
gi|19 : ATAA-T-CTTATTTAT----CTA-CTCAAGTAAA-AATTAATTTCTACTA-CCTGGTG-----TT-TAATACT--TGTAA-TGCCAGTAATAAT---------------------AGAATA-gatcatgaaacacctaaacgtttgtagaagatatgggttggctggcattaatcaaaatgtcaaatccccagtgcaagtatcctgatgcta
gi|19 : -TTAT-TTA---TCTACT--CA-------AG--T--A---AA-AATTAAT-----TT-CTAC----TACCTGGTGT-TT--AA--TACTTGT--AATGCCAGT-AATAATAGAATAA-A--T-CAATTGAGAC-CGA-AAGT---CT---C-GC--ACAA-T-AG-AT--GT--TTA---------------------aatcaattgagaccgaaagtctcgcacaatagatgtttactctgagtt
gi|2 : ataatcGCCATCCTAC-TCA-CAA-TTATGTTAT-TTTTACTTAAC-------AG--T--GGATAA-GA-AAAT-----TT-C-AC----TACCA---GT-TGAAAA--TA-TTTCCAACTACCAGTTG-----AAAAAAA-ATAA-CACT---G---C-A-AAGCCT-TA---C-TCCAACAATT-AA-ATG-AC--TTA---------------------T------AACCTATCA------GATGAA-TTAATTTCACTGGT--A--G-TATTA-T---T--TAT-AC--TACTA--TCG-AAA-----TA-AT-----TCAAAC--A--ATGGCCATAC-AC---TCAC----AA-TACTTATTTAT----CT--CA--AGTAAA-CATTAA-----ACTA-GCCGTTGAAA--A---AAA--T--T-AAC-CA--AGTGAAAAT---------------------AAAACAGCTGGGCCATGAA-GC-TACCCACGAATTA--C---AATACT----TA-TATCT---A---TAG-TG--GAAAA-TTT-ACCAAATTCACAGAACCATAC-GTAAGAAAGAAActctgagtt
gi|2 : ttagcTTTTT----AGAAATTCTAAAACATTCTA--TG-ACGTTACACT--AGAAAGCGCATCTGCTG-AAACAGAAAAT---GCAAATAGAAGAATTTTTCTAAGGCGGCAAAACATC----------AA------ATGAAA---CAATCAA-CGTAATGTGAT---TCG----TTAGC------------------------ACAAAATAGAAG-ACTGAT--------------------TTA-AT-TGA----CTG-----GTTA-------AAA-TCA-TGTTCCCCAGTCCT-CA-AA---GGAT-CAAGGGT-CCAG--A-TT--AAAGTAACCT-C-GAA-------TTTTTTCTTTTGC-TTAAAATATGCTTATTTcagaagttgaaaaaagcagaatcatttttagaaattctaaaacattctatgacgttacactagaaagcgcatctgctgaaacagaaaatgcaaatagaagaatttttctaaggcggcaaaacatcaaatgaaacaatcaacgtaatgtgattcgttagcacaaaatagaagactgatttaattgactggttaaaatcatgttccccagtcctcaaaggatcaagggtccagattaaagtaacctcgaattttttcttttgcttaaaatatgcttatttgatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|21 : ttagcgccatcctactcacaattatgttatttttacttaacagtggataagaaaatttcactaccagttgaaaatatttccaactaccagttgaaaaaaaataacactgcaaagccttactccaacaattaaatgacttataacctatcagatgaattaatttcactggtagtattatttatactactatcgaaataattcaaacaatggccatacactcacaatacttatttatctcaagtaaacattaaactagccgttgaaaaaaattaaccaagtgaaaataaaacagctgggccatgaagctacccacgaattacaatacttatatctatagtggaaaatttaccaaattcacagaaccatacgtaagaaagaaacagaagttgaaaaaagcagaatcaTTGGCCAACCTAC-TCA-CAA-TTAT-CTAT-CTT-ACT-ACC-------AG--T--G---AA-AA-TAAT-----TT-C-AC-----ACT----GT-TT------TATTTTC--ACTGGTAGT-A-----AAAATTA-A--gatccgaagacactgaaactgataaaaagaaggaatatggtttggctgacattacaatggtcaaaaccccccgtgtcaaagtaccgatgctcggcgtttttcgccgtgaagaaactgcatgcgacagtcgcaagaagacaatgtgtccgtctgatcgaaaaaatcactaacgtccgaat
gi|21 : T---GGC-C-A-AC-C---TA---C-TC--ACAATT-AT-CT--AT--CT----------------------T------A--CTACCA------G-TGAAAATAATTTCAC------A--C-TGTTT-T-A-T--TTTCAC--TGGTA--GTAAAAAT----TA-ATAATTGTT-AGT--AGGATGGCCAACCtaattgttagtaggatggccaaccataga
gi|21 : tGGTTGGCCATCCTAC-TAA-CAA-TTAT-TAAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AA-TAA-----------A------ACA----GTGTGAAAT--TATTTTC--ACTGGTAGT-------AAGATAG-A--ataga
gi|22 : ttggccaacctactcacaattaCAATT-AT-TT--AT--TTA---------------------T------A--CTACCA------G-TGAAATTATTTTCACT--------------------------------ACCG--GTGAA-----------T-----TC-ATG--A--GTGGCCATCTTAC---TCAC-AATTA-T-TTTTTTTATA---CTA-CC--AGTTAA-AA-TATTTTC-Aataga
gi|25 : ACACT--AGACA-C-CATC-G-TG-AAACAGAAAAT---GCAAA-GTAAGAA--TCTCTAAGGCG------CACC----------AA------ACATAG---C-ATCAA-AG-AAT-TTGT---TCG---TTTAGC----AGT----a
gi|27 : GTTGGCTATCCTGT-TCA-CAA-TTAT-TTAT-TTTTACT-GCC-------AG--T--A---AA-AA-TAAT-----TT-C-AC----TA------G------------------------CAGT-G-----ATAATAA-A--G-CACT---GGC-C-A-AAGC---TA---C-CC--ACcaga
gi|28 : T-AA-AT---T--TT----------------------T------A--CTGG-A------G-TTGAATTA-TGTCACTGGT--A--G-T-TAA-CCA-T--TGT-ACACTACTA--GTGAAAATG---AA-AT-----TC-AAC------TGGCCA
gi|3 : agaGGTTGGCCATCCTACTTCACCAA-TTAT-TTATCTTTTACT-ACC-------AG--TTGG---AA-AA-TAAT-----TT-C-AC----TACA----G--TAAAAA--TAATTTC--ACT-CCAGT-G-----AAAATAA-A--G-CACT---GGC-C-A-AAGC---TA---T-CC--ACAATT-AG-A-------TTA---------------------T------A--CTAGTA------G-TGAAATTAATTTCACTGGT--A--G-TATAA-T-A-T--TAT-AC--TACTC--GTGAAAA-----AA-AT-----TC-AAC--A--ATGGCCAT-CTAC---TCACAAATAA-TATTTATTTAC----CTACCC--AGTAAA-AATTAATTTC-ACTACCCAGTTGAAA--AT-TAAT--T--T-CAC-TACCAGTGAAAAT---------------------AAAACA-CT-GGCCA--AA-GC-TACCCACAAT-----T--AAATATT----TA-TA-CT---GGGTTAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCCAAGA--CA-ACGGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAATGATGTTTTT----A-AAATTCT-AAACA-T-TA--TG-GCG-TACACT--AGACA-C-CATC-G-TG--AAC----------------AGAGGAA--TTTCTAAGGCG------CACC----------AA------AC-TAC---C-ATCAA-CG-AA--TGGT---TCG---TTTAGCCAGAAGT----GACGGAGTACGAAACAATATAG-AGTACTGGAACT----TTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GGTATG--TACGTTAC---TTTAAAATCT-TATCCCCCAGTCCA-TATGG---GAAT-CAA-AGC-CTCG--A-TTA-AGAGTGCCGT-CAGAAC-A---TTTTTTTCTTTTGCATTAAAATA--CTTCTTT
gi|30 : GTTGGCCATCCTAC-TCA-CAA-TTAT-TTAT-TTTTACT-ACC-------AG--T--G---AA-AA-TAAG-----TT-C-AC----TACC----cggt
gi|32 : CCTAC---TCAC-AA--A-TAATTATTTATA---CTT-CC--AGTAAA-A-TTAATTTC-ACTA-CCAG-TGAAA--agta
gi|34 : ATT----TA-TA-CT---AG--TAG-T---GAAAA-TTG-ACCAA--TCAGAGA
gi|36 : GGTTGGCCATCCTAC-TCA-CAA-TTAT-TTAT-Tcaat
gi|4 : gtatGGCCATCCTAC---TCTC-AAT-------TATTTAT-------------------------TTTT-ACTA-CCAGT-GAAA--AT--AAT--T--T-CAC-TACCAGTGAAA-T---------------------AAAACC-CT-GGCCA--AA-GC-TACCCACAATTTAATT--AAATATT----TAATA-CT---AG--TAGGT---GAAAAATTG-ACCA---TCACTGA--CA-ACG-TAAGAAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGGA-AAATGATGTTTT-----AAAATTTCTAAA-CATT--A--TG-GCGT--CACT--AGACA-A-CATC-G-TG-AAACAGAAAAT---GCAAA-AGA-GAA--TTTCTAAGGCG------CACC----------AA------ACATAG---C-ATCAA-CG-AAT-GTGT---TCGTAATTTAGC----AGT-----------CAC-AGACAATATAG-AG-ACTGATACT----CTG--GAT-GGTATCATAT-TCA-GATATG--TACATT-C---TTT--ATTCA-TTT-CCCCAGTCCA-----A---GGAT-CCT-GGCGCTCG--A-TT--AAAGTACCGT-CGAAGCAA-T-TTTTTTTCTTTT
gi|5 : CCCTCCCACCTCA-CAAATTATATTAT-TTT-ACA-TCC-------AG--T--G---AATAA-TAAT-----TT-CCACATTATACA----AT-TAAAAAAATAATTTC--ACTACCAGT-G-----AAAATAAGA--G-CACT---GGCGCAA-AAGCGTGTAACCC-CC--ACAATTAAA-AT--ATTATTG---------------------TGTGAGAA--CTAGTA------G-ATAATTTAATT----CGGTGCA--GATATAATT-A-TTCTAT-AC--TACTAGCGTGAAAGACATCAA-AT-----TC-AACATA--AT-GCCATCCTAC---TCAC-AATAATTATGTGTGTGTGATACTA-CC--AGTAAACAATTAA-TTC-ACTA-CCA--TGGAATGATATGAT--TCAT-AACATACCAGTGAAAATA--------------------AAAACA-CT-GGCCA--AATGCTTACCCACAACTTA--CTGAAATATTATGATA-TA-TTTGGAT--TAG-TTTGAAAAA-TTGAACCAA--atttgatcatgaagcacctaaacctgataaagtcacgtttgtagagatatggtttggctgacattaatcaaaatgtcaaaccccacagtgcaagagaatttcaagtgcaagtatcctgatgctcggcagttttcgccgtgaagaactgcacggacagtctgtgtccctatatacaagtatgcaagtaaaatgtcgtctgatggaaaaaatcactgtccgaat
gi|7 : tagtaagaattatggttaggtacagatatagtaataacatttgagtagtaaatattatacatcagtaggatgcagtagtagtaggtgtaattgtgcttaccatTGTTCTTTGTGAAAAATTCCAAAGCATT-TAATTATGCGCTACACTGAAGACA-C-CATC-G-TGTAAAGAGTAATTTTCGTAAA-GGAA------TTC--AG---------CACC----------AATTTTTCA-ATAGAACC-ATCAAACG-AAC-TAGTGTTTCGCTATTTAGC----AGTTGTAA-CC--GTAC-CAATA-TATAGTAG-ACTG-TACTACATCTGTTGATTGGTTCTATATGTTATGGTCTAGTTACGTTGC---TTGTAAATCAGTTTCGCCCAGTCCAATG-GA---GGAGGCCA-AGC-CTCG--AATTA-AATATTCCGT-CAGAAC-ATT-TTTTTTTCTTTTCAATTA
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TACAGCTGATGTTAATCAAAAGTGCCACCCCCCCCCCCACCCCGGTCCAATTGCAAACTAACCGTTTTTTCGTCGCCCCGAAGCAATTGCACGGTTGCCAGCGACAGCGTCTTTCTATACAAACAATTGCATGCAAGTAAAAATTGTAGTCTGATGGAAAAAAAGTAGGTGTGTCAAATTACAATATCCAAGCTATCATTTTCATCGTAACACTGCAATATATATTGCATTGATGCCAAAGTTGCAAGACATTTTGTGACGTAGCAGCATTCCACAAGTGATAAGTGACCTTTTACCGATTTATGCTCATGTCGGCAGAAAATGCTATGGCGTATTTGCATAAACCAGTGCAGACTAGATATCGAGCTGCCATTAAAATCCATTTTAGACGTAAAGCAAAACAATTATTCTTCCTCTATGAATAAA
Unaligned ( gi|8 ): CATGAAACACCTAAACGTTTTTAGGAGATATGGTTCGGCTGATTAATCAAAAATGTTCAACCCCCCCCCCCCCTGAAGTGCAAGTAAAAGCAAGCGACAGTCTGTTGTTTCTATTTAAAAACCAAATGCATGCAAGTAAAAATTGTAGTCTGATGAAAAAAAAGTAGGTGTTCAAAATACAAATCCAAGTATCATTTTCATCGAACACTGCCCATTAAGCATGATTGGCCAAGTTGCAGAGACATTGGACGTAGCACATTCCACAAGTGATATAAGTAAACCTTTTACGGATTTGATGCTCATTGTGGGCAGGAAAATTGCTTGTTATTTGCGTAAAACCAGTGCAGATATCGAGCTGCATAAATCCATATCTAGACGTAAAAAGCAAAACAATTTGCTTACCTCATGATAAAA
Unaligned ( gi|9 ): AAAATACTTATCTGATCATTAAAAACCCAAACCTGCAAAAGCCACATTTGTAGGAGATGTTAATCAAAATGTCAAACCCCCACTGCAAGTAACCCGATGCTCGGTAGTTTCCGCCGTACGATGTCACTTCTGTGTCCTTATACAAACAATGCATGTAAATAAACTTGTCTTCTGGTGATCACAGTGAAAATATGTGTAGCGGGTGGGTATTGAAATACACATCTAGATGGAGTGTCCCTGCACTATTTCCCATTTAATAAAGAACCAGATCTTGTACCAAATAGACTGACTTTGTAAGACTCAAGAGGAAATGGCCTAAGGGACCGTCAAGACACTCTAGCCTATGTGAAGTACATTAA
Unaligned ( gi|20 ): CTTAAAGGGTACCTCCAGTGCAATTTATTTGTGTATTAGAATACTTATCTGATCATTAAAAACCCAAATCTGCAAAAGTCACGTTTGTAAAAGACGTGGTTTGGCTGGTTTTAATCAAAATGTCAAACCC
Unaligned ( gi|23 ): CTTGAAGGGTACCTCCAGTGCAAATTTTTTGTTTTAAAATTCTTATCTGATCATTAAAGACCCAAACCTGCAAACGTCACGTTTGTAGGAGATGTGGTTTGGC
Unaligned ( gi|24 ): AATTAAAATACTTATTTGATCATGAAGCACCTAAACATGATAATGTCACGTTTGTAGGAGATATGGTTGACATTAATCAAAATGTCAAACCCCCA
Unaligned ( gi|26 ): GAATATGTGTAGTGGGTGGGTGTTCACATTCATATTTAGATGAAGTGTCCCTGCATTATTTAATTCCCATTTAATAAAAAACAAGATATTGTAC
Unaligned ( gi|29 ): AACGTTTTTAGGAGATATGGTTCGGCTGGATAATCAAAATGTCAACCAACCCCAACCAACCCCCGGCAGTGCAAGTA
Unaligned ( gi|31 ): TACACGGGCAATTAATTTGTTTGGACTGGTCACAATGTTCCCACCGAAGTAATGATTTC
Unaligned ( gi|33 ): TTATATGGGGATTTTCACTTGTACAATACATATCTTTACTT
Unaligned ( gi|35 ): AAATATAAATACAATGGTAATGCAATAATGAATCAC