lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 111 1 1 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 222222 111 11111 5555555555555555 1111 1111 1111 2222222222222222 111 11111 77777777777777777777777777777777 77777777777777777777 1 111 1111 22 1111111 444444444444444444444444444 11111111111 11 11 11 1 2222 44444444444444444444444444 11111 5555555555555555555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222 222222222 3333333 2222222 11111 33333333333 111111 11 111
lowQualScore : 0 3 000 999 0 0 0 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 33333 4 4 55 777 999999 0 000 99999 3 44 3 666 0000000000000000 555 4444 2 5 6 3 44 3 555 3 3 555 3 44 9999 3 3 3 3 0000 3 6666666666666666 3 44 44 3 3 3 666 55 000 55 88888 99999999999999999999999999999999 4 4 3 88888 7777 55555555555555555555 8 1 777 2 4 000 7777 0000 4 4 8 7777777 77 555 3 3 3 44 3 3 888 77 555 44 44 44 3 1111111 55 555555555555555555555555555 777 77777777777 4 4 4 4 99 4 11 4 4 00 4 55 4 3 1 4 66 4 0000 777 1 77777777777777777777777777 4 4 4 4 4 3 55 3 3 00000 3 77 3 3 3 5555555555555555555 2 55 66 999 2 55 4 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 6 0 5555555555555555555555555 000000000 3333333 1111111 11111 22222222222 5 5 888888 33 888 000
lowQualScore : . . ... ... . . . .. ......................................................................................... . . ..... . . .. ... ...... . ... ..... . .. . ... ................ ... .... . . . . .. . ... . . ... . .. .... . . . . .... . ................ . .. .. . . . ... .. ... .. ..... ................................ . . . ..... .... .................... . . ... . . ... .... .... . . . ....... .. ... . . . .. . . ... .. ... .. .. .. . ....... .. ........................... ... ........... . . . . .. . .. . . .. . .. . . . . .. . .... ... . .......................... . . . . . . .. . . ..... . .. . . . ................... . .. .. ... . .. . . ................................................................................................................... . . . ......................... ......... ....... ....... ..... ........... . . ...... .. ... ...
lowQualScore : 0 8 222 666 6 0 0 00 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 33333 4 0 55 000 000000 6 000 11111 6 66 3 888 5555555555555555 444 4444 9 7 2 1 88 3 777 3 3 888 3 66 7777 1 1 1 3 4444 3 3333333333333333 3 66 66 3 6 6 444 00 000 00 22222 77777777777777777777777777777777 0 0 8 33333 1111 55555555555555555555 0 0 000 5 0 999 7777 0000 0 0 0 3333333 33 444 1 1 1 22 1 1 555 33 444 22 22 66 6 8888888 00 888888888888888888888888888 000 99999999999 0 0 0 0 77 4 88 4 4 66 4 66 0 2 2 4 11 4 0000 888 9 99999999999999999999999999 4 0 0 0 0 6 00 3 3 11111 3 99 1 1 3 5555555555555555555 4 55 33 333 3 55 4 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 7 7 8888888888888888888888888 000000000 0000000 2222222 22222 55555555555 0 0 999999 66 666 000
consensus : NCCGCTAAT-ATGTTGAA-TATAAA-TAGGTTCGGTAGGT--CAGTG-TTTT------------GGN--------------G-----------TTT-TTTTT-----------------G----------N-----ATAAGGG-AT-ATTG----AA-TTGTCAA-AA--TA---AATTA--T--GAATGC---ATA-----CA-TT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA-A--------TACA---AGTAC-C--TATT-AT-GTT-TGC-T-CTTG-C-A-ATCTA-CT-AA---CAG-T--CT---AC-TC-AA-CAACCA-TG----A-AATA--------------A-CT-TT--A--GA-AAGTT-GT-C---A--T---ACGAA--T-----CAAA-----A---A---TC---A-------------TTTT-GCC-AATGTCA-----G----TGTTTCAAGTT---T--------TAG--GT-ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGG---CG-CTGAC-CTCCTTGA-CCCTGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA---TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---GA--GTGAT--GA--T-T-------TGT--T-------------TTT--T----N--AAA---AAA-------TA--T-TTA-C-CA-CAG-T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA---TCT---TTTAAA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------A-ATTCGTTATAT--TTTGTC--TTGTT--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAGGC-------AAT-T-CATTTAAGTT----AT-A------G--TAA----TAT---------GCGTAATT--TGC--CGAAAT-------ACGC-G--GAA----CG--TG-T-ACAATA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
Reference ( gi|2 ) : CCCGCTAAT-ATGTTGAA-TATAAA-TAGGTTGGGTAGGT--CAGTG-----------------GGG--------------G-----------TTT-TTTTT-----------------G----------C-----ATAAGGG-AT-ATTA----AA-TTGTCAA-AA--TG---AATTAA-T--GAATGC---ATA-----CA-TT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA-A--------TACA---AGTAC-C--TATT-AT-GTT-TGC-T-CTTG-C-A-ATCTA-CT-AA---CAG-T--CA---AC-TC-AA-CAACCA-TG----A-AATA--------------A-CT-TT--A--GA-AAGTT-GT-C---A--T---ACGAA--T-----CAAA-----A-------TC---A-------------TTTT-GCT-AATGTCA-----G----TGTTTCAAATT---TA-------TAG--GT-ATTTT---ATG-GTTGAG--A----AATGGG---TG-CTGAC-CTCCTTGA-CCCTGCAAA-TA-TTCGCTT--AA---TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---GA--GTGAT--GA--T-T-------TGT--T-------------TTT--T----T--CAA---AAA-------TG--T-TTA-C-CA-CAT-T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA---GCT---TTTAAA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--TTCGC-A-CTTTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------A-ATTCATTATAT--TTTATC--TTGTT--TTCGT-TTGATGGAAATTAACGAAGCTTCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------AAT-T-CATTTAAGTT----AT-A------G--TAA----TAT---------GCGTAATT--T-C--CGAAAT-------ACAC-G--GAA----TG--TG-T-ACAATA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
gi|5 : CCTCTCAC-AAGTTGAA-AATAAA-TAGGGTGGGTAGGT------G-----------------GGA--------------GATTTTTTTCTTTTT-TTTTT-----------------GGGGGGGGGGTT-----ATAAGGG-AT-ATTG----AA-TTGTCAA-AA--TG---AATT---------------ATA-----CA-CT--TATATT-G-TTTT---------------TGTA---AATAC-C--TATT-AT-
gi|8 : ggcctaaaaaacccaaaatacccgtgtttCTGCTAATCATGTCGAA-AATAAA-TAAAGTCGGTAGGTAACATTG-----------------TAG--------------G-----------TTG-TTTTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttttttttttgtcatctagaaccagacaataaagacattatatttcaacaaccatgtataaaatacatgcattataaaattgtcatacaaatcaacattatttcgccaatgtaagagttacaagttaagtatctctgtatgttagggttgagaaatggacactgacctccttgaccctacaaatactcgcttaaaatcagcataatcatatacatgtacagaataaggatttgttatattgattttggtttttaaaaaaaccaactcatttaccgcaattattacctgcattgccctgaccggtcatgcatatgctgtcttttttaaaatatttcgacttttggcactgttctgtagttaggtatcgtatatgttgatttggcaatattaatttaaatttgtaa
gi|7 : caattttatgaagtagaatagagaaatgtgtaaaaagtattaattaaaaaagatctcaagttattatcagtttcagtaatcgtaatttgctaaccatcaaactgttgtgaaaacaaaaattttaaaggcctaaaattaaatactgtagtttctgctcaacatgtcgaaaataaacaaaatttttaaggcctaaaaaaaaacgctgtgtttCGCTAAT-ATGTTGAA-TATAAAATAGGTTCG-TAGGT--CAGTGTTTTTTTTTTATATTTTGGT--------------T-----------TTT-TTTTT-----------------T----------G-----ATAAGGG-AT-ATTG----AA-TT-------A--TG-------AA-T--GCATAA---ATA-----CA-TT--TC---T-G-TTTTCTTT--A--------TACA---AGTAC-C--TA-T-AT-GTT-TGCTT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAAA---CAG-T--CT---AC-TCAAA-CAACCA-TG----A-AATA--------------A-CT-TA--T--TA-AAGTT-TT-C---A--T---ACGA---------CAAA-----A--------CAAAA-------------TTTT-GCT-AATGTCA-----G----TGTTACAAGT-------------TGG--GT-ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGG---TG-CTGAC-CTCCTTGA--CCTGCA---------------AA---TCAG-CAT-A-ATCATA-TA-A---GT--A---GT--GTGAT--GA--T-T-------TGT--T-------------TTTA-A----A--AAA---AAA-------TA--T-TTA-C-CA-CAG-T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACC-AG-CGT--G-CG---TCT---TTTAAA-C--AT-----T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-A-TT-CGAC-AT--TTTGC-A-CCTTT---C-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TACCGGT--ATATTCGTTATAT--TTTGTC--CTGCT--TTCggtttttatttatttatttattaatttttttgttcttataagggatattgaattgtcaaaatgaatttattacaatgtggtatatttttctttatatacgtacctatcatattatgctttgtcaataaagataacattcatatgtcccacaatcatgaaatacttagaaaggtt
gi|1 : TAAT-ATGT-GAACTATAAA---GGTTCG-TAG-T--CAGTGCTTTTGG----------GGG--------------G-----------TTC-TTTTTTTTTGAGATATAGGAATG----------G-----ATAAGGGCATTATTATTCTAT-CTGTCAA-AAATTACATAATTAACT--GCATACGATATA-----CAATT--TCTA-C-A-TTT-----G-A---------ACA---AGTAC-AA-TATC-GT-GT----C-T-CT-G-C-ACATCTA-CT-AATAACAGCT--CT---AC-TC-AATCAATTA-TG----ACAATACCATAGAAAAATCTA-CTATT--ACAGATAAGCT-ATTC---A--T---ACGAAATT-----CACA-----A-------CC---ACGAAAACCTTTATTCTT-GCTCAATGTCACGTCTA----TGTTTCAAATG---TACTCACATTA----C-ATTTT---AAC-ATATAG--AGTACAATGAG----G-CT-AC-CTCTTTGATCCCTGCAAA-TA-TTCACTTAAAA---TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-AT--GTC-A---GA--GTGATACGA--T-T-------TGT--T-------------CTT--T--------AATATAAA-------TA--T-CTA-C-CACCAG-T-TACA--CTT-GC-A--T-GC-TC--TACC-AG-CGTCGA-CA---TCT---TTTAAA-C--A------T-------TATATTATAATTCAA-TA-TAA-ATTT-CGACATT--CTCGC-A-CTTT----C-TTTCGCC-A--AGTG-TC-TAT-CGGCG-AACATG-T--------A-CTTCG-TACGC--CTAAAC--TTGTCGGTTCTTATTGATGGAAAC--ACG------CTCATAATCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAGGC-------AAT-TCCATTTAATTT----CC-A------GTATAA----TAT---------GCGTAATTACA-C--CAAAAA-------ACAG-A--CAA----C---TG-T-ACAATATTGCAT------CCCCACT--T----GAC---C-GAAAtt
gi|3 : caTGTTGAA-T-TAA--TAGTTCTGGTAGGT--CAGTG-----------------TTTTTTTTTTTTTTTTTG-----------TTTGTTTTT-----------------G----------G-----ATAAGGG-A--ATTG----AA-TTGTCAA-AA--TA---AATTA--T--GAATGC---ATATA---CA-TT--TCTA-T-A-TTTT------A--------TACA---AGTACAT--TATT-GT-GTT-TGC-T-CTTG-C-A-AATTA--T-AA---AGG-T--CAT--AC-TC-AA-CA-CCA-TG----A-AATA--------------AACT-TT--A--GA-AAGTT-GT-C---A--TGATACGAA--T-----CAAACCAAAA-------T----A-------------TTTT-GCT-AA-ACCA-----G----TGTTTCAAGTT--------------A--GT-ATTTT---ACG-AT-GA---A----AATGGG---TG-CTGAC-CTCTTTGA-CCCTGCAAATTATTTCGCTTAAAA---TCGGCCAT-A-ATC--A-TA-A---AT--A---GA---TGAG--CC--T-T-------TGT--G-------------TTT--T----TAAAAA---AAA-------TA--TGTTA-C-CA-CAGAT-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-CCTTTACCAAGCCGT--G-CA---TC----TTTAAA-C--ATTTTCTT-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TTTCTTCCC-ACCTTTT--CCTTTTCGCC-AGTGGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCA----------------TTATTGT------------TTGTT--TT-GT-TTG-TGGANNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGC-------TAC-T-CATTT------------------------A----TAT---------GCGTAATT--TAC--CGAAAT-------ACAC-G--GAA----CGTCTGTT-ACAATA-CG-AT---CG-CCCCACT--TTG--A-----CTGAAA
gi|15 : --------------G-----------TTT-TGTTT-----------------T----------T-----ATA---T-AT-TTTT----AA-TTGTCAA-AA--TA---AAGTA--T--AAATGC---ATG-----TA-TT--TCTC-T-G-TTTTCTTTG-AAGTAGGCCTACACACAATG-----TATT-AT-GTT-TGC-T-ATTG-C-C-ATCCA-CC-AG---CAG-T--TT---AC-TC-AA-CAACCA-TG----A-AATA--------------G-CT-CTTAA--GA-AAGTT-GT-C---A--T---TCGAA--T-----CAAA-----ACAAAT--TT---AT------------TTTT-TCC-AATGTCA-----G----TTTTTCAGGTT---
gi|4 : ttttctt-----------TTG-TTTTT-----------------G----------G-----ATAAGGG-AT-ATTG----AA-TTGTCAA-AA--TA---AATTA--T--GAATGC---ATATA---CA-TT--TCTA-T-A-TTT-------A--------TACA---AGTAA----TATT-GT-GTT-TGC-T-CT-G-C-A-ATCTA-CT-AA---CAG-T--CT---AC-TC-AA-CAACCA-TG----A-AATA--------------A-CT-TT--A--GA-AAGTT-GT-CATGA--T---ACGAA--TCAAACCAAA-----A-------T----A-------------TTTT-GCT-AA---CA-----G----TGTTTCAAGT-------------TAG--GT-ATTTT---ACG-ATTGAG--A----AATGGG---TG-CTGA--TTCTTTGC-CCCTGCAAA-TA-TTCGCTTA-AA---TCGG-CAT-A-ATC--A-TA-A-------A---GA--GTGAT--GC--T-T-------TGT--T-------------TTT--A----A--AAA---AAA-------TT--T-TTA-CACA--AG-T-TACACGCTT-GC-A--T-GC-CC-TTA-CGAG-CGT--G-CA---TCT---TTTAAA-C--ATTTTATT-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-C-TTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCAC-----------------------T--TTTGTC--TTG-T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNN-N-NNNNNAATTC----AT-C------T--T-A----TGT---------GCGT-ATT--T-A--CGAAAT-------ACAC-G----A----CGT-TG-T-ACAATA-CGCAT---C--CCACACT--TTG--GAC---CTGAAAaca
gi|8 : gttttttttTT-TTTTT-----------------G----------TTCTT-ATAAGGG-AT-ATTG----AA-TTGTCAA-AA--TG---AATTTA-TTACAATGTG--GTA-----TA-T------------TTTTCTTTATA--------TAC-----GTAC-C--TATC-AT-ATTATGC-T--TTGTC-A-ATAAAGAT-AA---CAT-T--CATATGT-CC-CA-CAATCA-TG----A-AATA-----------------C-TT--A--GA-AAG
gi|10 : caattttatgaagtagaatagagaaatgtgtaaaaagtattaattaaaaaagatctcaagttattatcagtttcagtaatcgtaatttgctaaccatcaaactgttgtgaaaacaaaaattttaaaggcctaaaattaaatactgtagtttctgctcaacatgtcgaaaataaacaaaatttttaaggcctaaaaaaaaacgctgtgtttctgctaatcatgtcgaaaataaataaagtcggtaggtaacattgtaggttgttttggtttttatttatttatttattaaTT-TTTTT-----------------G----------TTCTTAATAAGGG-AT-ATTG----AATTTGTCAA-AA--TG---AATT-----------T---ATA-----CA-ATGGTGTA-TAA-TTTTCTTTATA--------TA-A---AGTAC-C--TATC-AT-ATTATGC-T-gtt
gi|12 : tcattttatgaagtagaaaagaaatgtgtaaaatattaattaaaaaagatctcaaagttattatccagtttcagtaattcgtatttgctaaccattcaaactgttgtgaaacaaaaattttaaaggcctaaaaaaatactgtgtttctgctcaacatgtcgaaaaataaacaaaatttttaaggcctaaaaaaaaacctgtgtttctgctaatcagtgtcggaaaatagagataagtcacggtaggtaacattgtaggttgtttggtttttattatttatttattaaA----AA-TGTTCAATAA--TA---AATTA--T--GAATGC---ATAACTTTC--TT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA----------TATA---AGTAC-C--TATT-GT-GCT-TGT-T-CTTG-T-C-ATCCA-CT-AA---CAG-T--CT---AC-TC-AA-CAACCA-TG----A-AATA--------------A-CT-TT--T--AA-AAGTC-GT-C---A--T---ACGAA--TCAAAACAAA-----A-------TT---A-------------TTTT-GCC-GATGTCA-----GCTATTGTTTCAAGTT---C----------G--GT-ATTGT---ACG-GTTGAC--A----AATGGG---AG-CTGGC-CTGCTTGA-CCCTGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA---TTAG-CAT-A-ATC--A-TA-T---GT--A---GA--GTGAT--GA--T-T-------TGA--T-------------TTT--TAAAAA--AAA---AAA-------TA--T-TTA-C-CA-at
gi|21 : TGTCAA-AA--TA---AATTA--T--GAATGC---ATA-----TA-CT--TCTA-T-A-CCT-------A--------TACA---AGTAC-A--TATA-AT-GTT-TGA-T-CTTG-C-A-ATCTA-CT-AA---CAG-T--CA---AC-T-----TAACCA-TGA---A-AATA--------------A-CT-TT--A--GA-AAGTT-GT-C---A--T---ACGAA--T-----
gi|25 : ---ATA-----CA-TT--TCTA-T-A-TTT-------A--------TACA---AGTAC-A--TAGT-GT-GCT-TGC-T-TTTG-C-A-ATCTA-CT-AA---CAG-T--CT---AC-TC-AA-CAA
gi|9 : T--TCGA-T-GGTTTTCTTTA------------TA---AGTAC-TAGTATTTATAGTT-TGC-T--TTG-T-C-ATCTA-CC-AA---CAG-T--CT---ACATC-AA-C--CAA-TG----A-AATA--------------A-CT-TT--A--GA-AAGTC-CT-C---ACCT---ACGCA--T-----CAAA-----AACAAA--TC---AC------------TTTT-GCC-AATGTCA-----G----TGTTTCAAGTC-------------AG--GT-ATTCTTAAACGCGTTGAGGAA----AATGAGGGTTGACTGAC-GTCCTTGA-CCCTTCAAA-TA-TTCGCTT--AAAATTTAG-TTT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---GAACGTGAT--GA--TGT-------TATAATGA-----------TTTGGT----T--TAA---AAA-------TA--G-TTA-C-CA-CAG-TATACA--CTTAGC-A--T-G--TC-TTAC
gi|6 : ttgattgaatataaatagtttcggataggtcagtgttgttttagttttttgttttgttttttgggttttttttttttatattttattattatattttgactagggattgacattggtaaatatgaA---AGT---C--TATT-ATTGTT-T-C-TGCTTG-CCA-ATCAT-CA-AA---CAG-TGCTT---GC-TC-AA-CAACCATTG----A-AACA--------------A-C---T--A--G--GAGTTGGT-C---A--TC--ACGAA--T-----CAAA-----AACCAAATTCA--A-------------TTTTGGCC-AACGTCA-----G----TG
gi|19 : caatt-AT-GTT-TGC-T-CTTG-C-C-ATCTA-CA-AA---CAG-T--CT---TC-TC-AA-CAACCA-TG----A-AACA--------------A-CT-TT--A--GG-AAGTT-GT-C---A--T---ACGAA--T-----CAAA-----AACAAAT-TC---A-------------TTTT-GCC-AACGTCA-----G----TG-----------------------------ATGTT---ACG-GTTGAG--A----AAatgttacgtttggagaaagagtcacaatagtcaataagtagagtgatggattttggtttttaaaaaaataaatttaccacagtacagcttgccatgtctaccgagcgtggcatttcttagattaatagtgtgattattcaaatataaatttacgattttcgctacttttgtttcgctaaggtgtcgtatttgtgggccaaatatcatatattgtttgttttgtctgttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaagtatagtaagtaacatgcgtaatttgtctgaaatacgtagaaatgttgaagtacgctccccactgttggagacctgaaaatt
gi|5 : -TC-AA-CAACCA-TGTATAA-AATACAT-----------G-CA-TT--A--TA-AAATT-GT-C---A--T---ACAAA--T-----CAAC-----A-------TT---A-------------TTTC-GCC-AATGTAA-----G----AGTTACAAGTTAAGTA-------TCTCTGT-ATGTT---AGG-GTTGAG--A----AATGGA---CA-CTGAC-CTCCTTGA-CCCTACAAA-TA-CTCGCTTAAAA---TCAG-CAT-A-ATC--A-TATACATGTACA---GA--ATAAG--GA--T-T-------TGT--TATATTGATTTTGGTTT--T----T--AAA---AAAACCAACTCA--T-TTA-C-CG-CAA-T-TATT-ACCT-GC-AT-T-GC-CC-TGACCGGT-CAT--G-CATATGCTGTCTTT--------------T-------T------TAA---AA-T------ATTT-CGAC-TT--TTGGC-A-CTGTT---C-TGTAGTT-A--GGTA-TCGTAT-ATGTatcagcataatcataagtagagtgatg
gi|18 : ggcctaaaaaacccaaaatacccgtgtttcctctcacaagttgaaaataaatagggtgggtaggtgggagatttttttcttttttttttggggggggggttataagggatattgaattgtcaaaatgaattatacacttatattgtttttgtaaatacctattattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttttttttttgtcatctagaaccagacaataaagacattatattGTCA-----G----TGTTTCAA------T--------TAG--GTCATATC---A-G-GTTGA---A----AATGAA---CA-CTGACGCTCCTTG--------------------TTA-AA---TCAG-CAT-A-ATC--A-T--A---GT--A---GA--ATAGT--GA--G-T-------TAT--tgatttggcaatattaatttaaatttgtaa
gi|17 : CA-----G----TGTTTCAG------T--------TAG--GTCATATC---GAG-GTTGA---A----AATGAA---CA-C--AC-CTCCTTGA-TT----AAA-------------AA---TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---GA--ATAGT--GA--aatacactataatttgttattgtagaaaaaacccagacagagaaaacactttcagcttcatcgctctgaccggaatgacatgtgctgtcttt
gi|14 : AG--A----AATGGG---TG-CCGA--CTTCTTGACCCCTGCAAA-TA-TT-GCTTAAAA---TCAG-CAT-ACATC--A-TA-A---GT--A---GA--GTGAT--GA--T-TGTTAATATGT--TGG-----------TTT--T----T--TAA---AAA-------TA--A-TTA-T-TA-CAG-T-T----GCTA-GT-AACT-GC-TT-T--CC----CGT--G-CA---TCT---GTT-AA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAACATTT---AC-TT--CTCGC-A-CTTATCCCC-TTTCACC-A--GGTG-TCA----TTGCGTGGCACATTA-------ATATTTCTTATTT--TTTGTC---TGTT--TTCGT-gtatataatacaccctataatttgttaattgtcagaaaaaacccaacaaaaacactttcagcgttcatcgctctgaccgacagaatgagcatgtgctgctctt
gi|16 : tt--AA---TCAG-CACCA-ATC--A-TA-A---GT--AATAGA--GTGAT--GA--T-T-------TGT--T-------------TTT--T----T--TAA---AGA-------TA--T-TTAAC-CA-CAG-T-TACATGCTT-GC-A--TTGCCTC-TTACCGAG-CGT--G-CA---TCT---TTTAAAAT--A------T-------T------TAA-TCAA-TATTAA-ATTT-CGAC--T--TTCGC-A-CTTTT--TC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------
gi|19 : a--AA---TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---GA--GTGAT--Gccggtatatattc
gi|6 : atgtttgctcttgccatctacaaacagtcttctcaacaaccatgaaacaactttaggaagttgtcatacgaatcaaaaacaaattcattttgccaacgtcagtgatgttacggttgagaa--AG---TCAC-AAT-A-GTC--AATA-A---GT--A---GA--GTGAT--GGATT-T-------TGG--T-------------TTT--T----A--AAA---AAA-------TAAAT-TTA-C-CA-CAG-T--ACA-GCTT-GCCA--T-G--TC-T-ACCGAG-CGT--GGCA---TTT---CTTAGA-TTAA------TAGTGTGAT------TAT-TCAAATA-TAA-ATTTACGA--TT--TTCGCTA-CTTTT--G--TTTCGCT-AA-GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGC----CA-------A-AT--ATCATAT--ATTGT---TTGTT--TT-GT-CTG
gi|11 : caattaagtctattattgtttctgcttgccaatcatcaaacagtgcttgctcaacaaccattgaaacaactaggagttggtcatcacgaatcaaaaaccaaattcaattttggccaacgtcagtgatgttacgtttggagaaagC-TTACCTCG-CGT--G--A---TCT---TTTAAA-C--A-------------------------------A-T----TTT-CG-------------A-CTTTT--CC-TTTCGCCAA--GGTGTTCGTGTGTTG-G-GGCACA--------------TCATT-TATCGTTTGTCTGTTG-T--TTCG--TTGAT--AAAC--ACG-----TCTCA-Attatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaagtatagtaagtaacatgcgtaatttgtctgaaatacgtagaaatgttgaagtacgctccccactgttggagacctgaaaatt
gi|28 : -TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTT--CC-TTACGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-tggcgacaatatcccatcaatgcgtttaataggaaaatcatatgctgcagtgaacaatctattcaaaccaacgaaccgtccaataaatcgctaagtttagataacaataggcgaatctcatttaagtttagaattagtaaatatgcaaattgccaaaaacaaacaaacacgcagaaacgctgtggtacaatacgaatcctcctcactttgacctgaaaat
gi|24 : AC-TT--CTCGC-A-CTTAT--CC-TTTCACC-A--GGTG-TCA----TTGTG-GGCACA-TA-------T-ATTCGTTATAT--TTTGTC---TGTT--TTCGT-T
gi|13 : tttC-A-CTTTT--C--TTTCGCC-A--GGT--TCGTAT-TT------------------------TCGT-ATAT--GT-GTC--C-GTT--T-CGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCT-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCAAAT-T-CATTTAAGTT----AT-A------G--TAA----TAT---------GCGTAATT--TGT--CGAAAT-------ACGC-A--GAA----TG--TG-TGACAATA-CACAT---C--CCCCAC---TTG--GAC---CTGAAAA
gi|27 : GTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TACCGGTATA-AT-CGTTATAT--TTTGTC--TTGTT--TTCGT-TT
gi|11 : -------AATCT-CATTTAAGTTTAGAATTA------G--TAAA---TAT---------GCA-AATT--G-C--CAAAAACAAACAAACAC-GCAGAAACGCTG--TGGT-ACAATA-CGAAT---CCTCCTCACT--TT---GAC---CTGAAAA
gi|23 : cttacctcgcgtgatcttttaaacaattttcgacttttcctttcgccaaggtgttcgtgtgttggggcacatcatttatcgtttgtctgttgtttcgttgataaacacgtctcaatggcgacaatatcccatcaatgcgtttaataggaaaatcatatgctgcagtgaacaatctattcaaaccaacgaaccgtccaataaatcgctaagtttagataacaataggcgT-T-CATTTAAGTT----AT-ACATGTAG--TAA----TAT---------GCGTAATT--TGCCGCGAAATA------ACAC-G--AAA-----G--CGTT-ATAAT----CATACCC--CCCCACTACTTG--GACTCACTAAAAAt
gi|6 : TTTAAGT-----AT-A------G--TAAGTAACAT---------GCGTAATTTGT-C--TGAAAT-------ACGTAG--AAA----TG--T--T-GAAGTA-CGC-----T--CCCCACTG-TTGGAGAC---CTGAAAAt
gi|26 : caattaagtctattattgtttctgcttgccaatcatcaaacagtgcttgctcaacaaccattgaaacaactaggagttggtcatcacgaatcaaaaaccaaattcaattttggccaacgtcagtgatgttacgtttggagaaagagtcacaatagtcaataagtagagtgatggattttggtttttaaaaaaataaatttaccacagtacagcttgccatgtctaccgagcgtggcatttcttagattaatagtgtgattattcaaatataaatttacgattttcgctacttttgtttcgctaaggtgtcgtatttgtgggccaaatatcatatattgtttgttttgtctgttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT----AT-A------G--TAA----TATCGTAATTTTGCGTAATT--TGC--CGAAAT-------TCGA-A--GAACG--TG--TG-T-ACAATA-CGCAT---C--CCCCAtt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCATTTAAGTGATATATGCGTA
Unaligned ( gi|22 ): GTCGAAAATAAATAAAGTCGGTAGGTACATATAGGTGTTTTGGTTTTTATTTCATTTACTTATTTATTTATTTTTATTTTTTTTTTGTTCTTATAAGGGAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222222222222222 4444444444444444 1111 22222222222222 111 666666666666666666666666666666 3333333333333333 111 111 33333333333333333 1111111 3333333333333333333 1111111 1111111 1111 111111111 1 1111111 444444444444444444444 111 444444444444444444 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222 111111111 111111111 222222222222 111111 11
lowQualScore : 55 1 777 4 4 4 55 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8888 4 4 3 3 44 7777 3 4444 3 44 77 555555555555555555555 44 44 3 555 1111111111111111 555 2222 2 5 5 66 3 444 3 888 3 44 888 2 5 3 9999 3 3 33333333333333 3 44 44 3 3 3 111 44 3 44 111111111111111111111111111111 7 3 3 3 2 77777 6666 3 5555555555555555 333 0 666 2 3 999 7777 888888 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 33 2 2 777 66 555 000 33 66666666666666666 33 44 3 0000000 0000000000000000000 44 3 5555555 0000000 5555 3 1111 3 3 666666666 3 6 3 3 77 0 3 3 4 5 4 55 4 3333333 4 55 000000000000000000000 4 3 3 3 3 3 000 3 3 77777 3 77 2 2 3 999999999999999999 0 7 55 55 4 0 99 777777 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 666 5 6666666666666666666666 4 777777777 4 88888 777777777 4 0 444444444444 4 4 4 4 555555 11 66 888
lowQualScore : .. . ... . . . .. .......................................................................................................................................... . .... . . . . .. .... . .... . .. .. ..................... .. .. . ... ................ ... .... . . . .. . ... . ... . .. ... . . . .... . . .............. . .. .. . . . ... .. . .. .............................. . . . . . ..... .... . ................ ... . ... . . ... .... ...... . . . . . . . . . . .. . . ... .. ... ... .. ................. .. .. . ....... ................... .. . ....... ....... .... . .... . . ......... . . . . .. . . . . . . .. . ....... . .. ..................... . . . . . . ... . . ..... . .. . . . .................. . . .. .. . . .. ...... . ........................................................................................... . ... . ...................... . ......... . ..... ......... . . ............ . . . . ...... .. .. ...
lowQualScore : 88 4 888 4 4 4 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 5555 0 0 6 3 66 1111 3 9999 3 66 33 555555555555555555555 22 22 1 555 7777777777777777 000 6666 7 3 7 66 1 555 1 555 1 22 555 9 7 1 6666 1 1 55555555555555 1 22 22 1 3 3 777 66 3 66 999999999999999999999999999999 3 6 6 6 6 77777 5555 1 0000000000000000 666 1 444 8 6 222 1111 555555 6 6 6 6 6 6 9 9 9 9 99 9 9 999 88 000 000 99 88888888888888888 99 22 1 0000000 2222222222222222222 22 1 5555555 0000000 2222 1 9999 1 3 777777777 3 7 3 3 99 0 3 1 1 9 0 55 0 0000000 0 55 888888888888888888888 0 6 6 6 6 3 333 1 1 88888 1 33 9 9 1 333333333333333333 6 1 00 00 0 2 22 555555 7 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 000 7 6666666666666666666666 4 888888888 4 88888 888888888 4 1 111111111111 4 4 4 4 777777 99 99 888
consensus : NCCGCTAAT--ATGTCG---AA-TATAAA-TAGGTT-CGG-TAGGT-------CA-----G---T----------------G-T------TTT-------------G------GT----------T-------TTT-------------------TTTT------------TGN----------ATAAGGG----AT-ATTGAA-T-TGTCAA-AA--TA----AA-TTA-T--GAA-T--GC--AT------A-----C--------AT--T--TCTA-T-G-TTTTCTTTA-A--------TACA---AGTAC-C--TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----A-----TC-------A-TT-TT-GC-CAATGTCA-----G----TG-TTTCAAGT---T------T-TAGGT---ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGGCG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----NA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------A-ATTCGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-ACGCGGAA-C--G--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
Reference ( family-3241 ) : NCCGCTAAT--ATGTTG---AA-TATAAA-TAGGTT-CGG-TAGGT-------CA-----G---T----------------G-T------TTT-------------G------GN----------G-------TTT-------------------TTTT------------TGN----------ATAAGGG----AT-ATTGAA-T-TGTCAA-AA--TA----AA-TTA-T--GAA-T--GC--AT------A-----C--------AT--T--TCTA-T-G-TTTTCTTTA-A--------TACA---AGTAC-C--TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----A-----TC-------A-TT-TT-GC-CAATGTCA-----G----TG-TTTCAAGT---T------T-TAGGT---ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGGCG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----NA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------A-ATTCGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-ACGCGGAA-C--G--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
gi|1 : TAAT--ATGT-G---AACTATAAA---GGTT-CG--TAG-T-------CA-----G---T----------------GCT------TTT-------------G------GG----------GGGTTCTTTTT-------------------TTTTGAGATATAGGAATGG----------ATAAGGGCATTATTATTCTA-TCTGTCAA-AAATTA----CA-TAA-T--TAACT--GC--AT------A-----CGATATACAAT--T--TCTA-C-A-TTT-----G-A---------ACA---AGTAC-AA-TATC-GT-GT----CT-CT-G-C-ACATCTA-CTAATAACAGCT--C---TAC-TCAATCAATTAT-G----ACAAT-ACCATAGAAAAATCTACTATT--ACAGATAAGCTA-TTC---A--T-ACGAAATTCACAACCACGAAA----A-----CCTTT----A-TTCTT-GCTCAATGTCACGTCTA----TG-TTTCAAATGTAC------T-CACATTACATTTT---AAC-ATATAG--AGTACAATGAG-G----CT-AC-CTCTTTGATCCC-TGCAAA-TA-TTCACTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-AT--GTC-A---G---A--GTG-----------------ATACGA--T-T-------TGT-----T-------------CT--T-T----AATATAAA-------TA--T-CTA-CC----ACC-AG---------T-TACA--CTT-GC-A--T-GC-TC--TACC-AG-CGTCGA-CA-------TCTTTTAAA-C--A------T-------TATATTATAATTCAA-TA-TAA-ATTT-CGACATT--CTCGC-A-CTTT----C-TTTCGCC-A--AGTG-TC-TAT-CGGCG-AACATG-T--------A-CTTCG-TACGCCTAAACTTGT--CGGTTCTTATTGATGGAAAC--ACG------CTCATAATCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-TCCATTTAATT----T----CC-A------GTATAA-TAT---------GCGTAATTACA-C--CAAAA---------A-ACAGACAA-C-----T----G-T-ACAA-TATTGCAT------CCCCACT--T----GAC---C-GAAA
gi|10 : caCTGCTAATCAGTGTCGGAAAA-TAGAGA-TAAGTCACGG-TAGGTAA-----CA-----T---T----------------G-TAGGTTGTTT-------------G------GT----------T-------TTTATTATTTATTTATTAATT-TTTT------------TGTTCTTA-----ATAAGGG----AT-ATTGAATT-TGTCAA-AA--TG----AA-TT-------------T--AT------A-----C--------AA--TGGTGTA-TAA-TTTTCTTTATA--------TA-A---AGTAC-C--TATC-AT-ATTATGCT-
gi|11 : tcattttatgaagtagaaaagaaatgtgtaaaatattaattaaaaaagatctcaaagttattatccagtttcagtaattcgtatttgctaaccattcaaactgttgtgaaacaaaaattttaaaggcctaaaaaaatactgtgtttctgctcaacatgtcgaaaaataaacaaaatttttaaggcctaaaaaaaaacctgtgtttC-TTACCTCG-CGT--G--A-------TCTTTTAAA-C--A-------------------------------------ATTT-----------TCG--A-CTTTT--CC-TTTCGCCAA--GGTGTTCGTGTGTTG-G-GGCACA-T--------C-AT---TTATCGTTTGTC-TGTTGT--TTCG--TTGAT--AAAC--ACG-----TCTCA-Aat
gi|11 : TA------GGCGAA-TCT-CATTTAAGT----TTAGAATTA------G--TAAATAT---------GC--AAAT-TG-C--CAAAAACAAACAAAC-ACGCAGAAAC--G--CTGTGG-T-ACAA-TA-CGAAT---CCTCCTCACT--TT---GAC---CTGAAAAtggcgacaatatcccatcaatgcgtttaataggaaaatcatatgctgcagtgaacaatctattcaaaccaacgaaccgtccaataaatcgctaagtttagataacaataggcgaatctcatttaagtttagaattagtaaatatgcaaattgccaaaaacaaacaaacacgcagaaacgctgtggtacaatacgaatcctcctcactttgacctgaaaat
gi|12 : cttacctcgcgtgatcttttaaacaattttcgacttttcctttcgccaaggtgttcgtgtgttggggcacatcatttatcgtttgtctgttgtttcgttgataaacacgtctcaatggcgacaatatcccatcaatgcgtttaataggaaaatcatatgctgcagtgaacaatctattcaaaccaacgaaccgtccaataaatcgctaagtttagataacaaTCAATAA--TA----AA-TTA-T--GAA-T--GC--AT------AACTTTC---------T--T--TCTA-T-G-TTTTCTTTA----------TATA---AGTAC-C--TATT-GT-GCT-TGTT-CTTG-T-C-ATCCA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--T--AA-AAGTCG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAACAAAA-----TT-------A-TT-TT-GC-CGATGTCA-----GCTATTG-TTTCAAGT---T------C---GGT---ATTGT---ACG-GTTGAC--A----AATGGGAG----CTGGC-CTGCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA-TTAG-CAT-A-ATC--A-TA-T---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--GA--T-T-------TGA-----T-------------TT--T-TAAAAAA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-t
gi|13 : aaatgtC-A-CTTTT--C--TTTCGCC-A--GGT--TCGTAT-TT------------------------TCGT-ATATGT-GTCC-GT--T--T-CGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCT-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGC-AAAT-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-T--CGAAA---------T-ACGCAGAA-T--G--T----G-TGACAA-TA-CACAT---C--CCCCAC---TTG--GAC---CTGAAAA
gi|14 : AG--A----AATGGGTG----CCGAC-TTC-TTGA-CCCCTGCAAA-TA-TT-GCTTAAAA-TCAG-CAT-ACATC--A-TA-A---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--GA--T-TGTTAATATGT-----TGG-----------TT--T-T----TT-AAAAA-------TA--A-TTA-TT----A-C-AG---------T-T----GCTA-GT-AACT-GC-TT-T--CC----CGT--G-CA-------TCTGTT-AA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAACATTT---AC-TT--CTCGC-A-CTTATCCCC-TTTCACC-A--GGTG-TCA----TTGCGTGGCACATTA-------ATATTTCTTATTTTTTGTC-TGT--T--TTCGT-
gi|15 : tt---T----------------G-T------TTT-------------G------------------------------------------------TTTT------------TAT----------ATA---------T-TTTTAA-T-TGTCAA-AA--TA----AA-GTA-T--AAA-T--GC--AT------G-----T--------AT--T--TCTC-T-G-TTTTCTTTG-AAGTAGGCCTACACACAATG-----TATT-AT-GTT-TGCT-ATTG-C-C-ATCCA-CCAG---CAG-T--T---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------GCT-CTTAA--GA-AAGTTG-T-C---A--T-TCGAA--TCA--------AAAC---AAAT--TT-------ATTT-TT-TC-CAATGTCA-----G----TT-TTTCAGGT---T------
gi|16 : ttttctAAA-TCAG-CACCA-ATC--A-TA-A---GT--AATAG---A--GTG-----------------AT--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----TT-AAAGA-------TA--T-TTAACC----A-C-AG---------T-TACATGCTT-GC-A--TTGCCTC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAAAT--A------T-------T------TAA-TCAA-TATTAA-ATTT-CGAC-TT---TCGC-A-CTTTT--TC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-----------CCGGTATATATTaca
gi|17 : CA-----G----TG-TTTCAG------------T-TAGGTC--ATATC---GAG-GTTGA---A----AATGAACA----C--AC-CTCCTTGA-T----------TA--------AAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---GAATA--GTGAGTATATAATACACCCTAT--AA--T-T-------TGT-----TAA-----------TT--G-T----CA-GAAAA-------AA--C-CCA-ACAAAAA-C-AC---------T-TTCA-GCGT-TC-A--TCGC-TC-TGACCGAc
gi|18 : GTCA-----G----TG-TTTCAA------------T-TAGGTC--ATATC---A-G-GTTGA---A----AATGAACA----CTGACGCTCCTTG----------------TT------AAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-T--A---GT--A---GAATA--GTGAGTTATAATACACT---AT--AA--T-T-------TGT-----TA------------TT--G-T----AG-AAAAA---------------A-CCCAG-A-C-AGAGAAAACACT-TTCA-GCTT--C-A--TCGC-TC-TGACCGcagaatgagcatgtgctgctctt
gi|19 : -AT-GTT-TGCT-CTTG-C-C-ATCTA-CAAA---CAG-T--C---TTC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAC-A--------------ACT-TT--A--GG-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----ACAAATTC-------A-TT-TT-GC-CAACGTCA-----G----TG-----------------------------ATGTT---ACG-GTTGAG--A----AAgaatgacatgtgctgtcttt
gi|19 : AAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--Gatcagcataatcataagtagagtgatg
gi|2 : atgtttgctcttgccatctacaaacagtcttctcaacaaccatgaaacaactttaggaagttgtcatacgaatcaaaaacaaattcattttgccaacgtcagtgatgttacggttgagCCGCTAAT--ATGTTG---AA-TATAAA-TAGGTT-GGG-TAGGT-------CA-----G---T----------------G------------------------G------GG----------G-------TTT-------------------TTTT------------TGC----------ATAAGGG----AT-ATTAAA-T-TGTCAA-AA--TG----AA-TTAAT--GAA-T--GC--AT------A-----C--------AT--T--TCTA-T-G-TTTTCTTTA-A--------TACA---AGTAC-C--TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---AAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----------TC-------A-TT-TT-GC-TAATGTCA-----G----TG-TTTCAAAT---T------TATAGGT---ATTTT---ATG-GTTGAG--A----AATGGGTG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAA---TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----TC-AAAAA-------TG--T-TTA-CC----A-C-AT---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------GCTTTTAAA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--TTCGC-A-CTTTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------A-ATTCATTATATTTTATCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAATTAACGAAGCTTCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-T--C--CGAAA---------T-ACACGGAA-T--G--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
gi|21 : c-TGTCAA-AA--TA----AA-TTA-T--GAA-T--GC--AT------A-----T--------AC--T--TCTA-T-A-CCT-------A--------TACA---AGTAC-A--TATA-AT-GTT-TGAT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---AAC-T----TAACCAT-GA---A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--T
gi|22 : GTCG---AA-AATAAA-TAAAGT-CGG-TAGGTA------CATATAGG---T----------------G-T------TTT-------------G------GT----------T-------TTT-------------------ATTT------------
gi|23 : -T-T-CATTTAAGT----T----AT-ACATGTAG--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-CCGCGAAA---------TAACACGAAAGC--G--T------T-ATAA-T----CATACCC--CCCCACTACTTG--GACTCACTAAAAAcatttacttatttatttatttttattttttttttgttcttataagggat
gi|24 : AC-TT--CTCGC-A-CTTAT--CC-TTTCACC-A--GGTG-TCAT----TGTG-GGCACA-TA-------T-ATTCGTTATATTTTGTC-TGT--T--TTCGT-Tt
gi|25 : ttt--AT------A-----C--------AT--T--TCTA-T-A-TTT-------A--------TACA---AGTAC-A--TAGT-GT-GCT-TGCT-TTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAA
gi|26 : ----T----AT-A------G--TAA-TATCGTAATTTTGCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-TCGAAGAA-CGTG--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCA
gi|27 : GTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TACCGGTATA-AT-CGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TT
gi|28 : -TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTT--CC-TTACGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-
gi|3 : TGTTG---AA-T-TAA--TAGTTC-TGG-TAGGT-------CA-----G---T----------------G-T------TTT-------------T------TTTTTTTTTTTTG-------TTTG------------------TTTT------------TGG----------ATAAGGG----A--ATTGAA-T-TGTCAA-AA--TA----AA-TTA-T--GAA-T--GCATAT------A-----C--------AT--T--TCTA-T-A-TTTT------A--------TACA---AGTACAT--TATT-GT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-AATTA--TAA---AGG-T--CA--TAC-TCAA-C-ACCAT-G----A-AATAA--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-CATGA--T-ACGAA--TCAAACC----AAA----A-----T--------A-TT-TT-GC-TAA-ACCA-----G----TG-TTTCAAGT---T----------AGT---ATTTT---ACG-A-TGA---A----AATGGGTG----CTGAC-CTCTTTGA-CCC-TGCAAATTATTTCGCTTAAAA-TCGGCCAT-A-ATC--A-TA-A---AT--A---G---A---TG-----------------AG--CC--T-T-------TGTG----T-------------TT--T-TA---AA-AAAAA-------TA--TGTTA-CC----A-C-AGA--------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-CCTTTACCAAGCCGT--G-CA-------TC-TTTAAA-C--ATTTTCTT-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TTTCTTCCC-ACCTTTT--CCTTTTCGCC-AGTGGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCA-------------------TTATTGTTTGTTTTGT--T--TGTGG-ANNNNNNNNNN--NNN-----NNNNN-NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GGC-TA-C-T-CATTT----------------------------A-TAT---------GCGTAATT-TA-C--CGAAA---------T-ACACGGAA-C--GTCT----GTT-ACAA-TA-CG-AT---CG-CCCCACT--TTG--A-----CTGAAA
gi|4 : -------TTG-------------------TTTT------------TGG----------ATAAGGG----AT-ATTGAA-T-TGTCAA-AA--TA----AA-TTA-T--GAA-T--GC--AT------ATA---C--------AT--T--TCTA-T-A-TTT-------A--------TACA---AGTAA----TATT-GT-GTT-TGCT-CT-G-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-CATGA--T-ACGAA--TCAAACC----AAA----A-----T--------A-TT-TT-GC-TAA---CA-----G----TG-TTTCAAG-----------T-TAGGT---ATTTT---ACG-ATTGAG--A----AATGGGTG----CTGA--TTCTTTGC-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTT-AAA-TCGG-CAT-A-ATC--A-TA-A-------A---G---A--GTG-----------------AT--GC--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-A----AA-AAAAA-------TT--T-TTA--C----A-CAAG---------T-TACACGCTT-GC-A--T-GC-CC-TTA-CGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAA-C--ATTTTATT-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-C-TTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCAC-----------------------TTTTGTCTTG---T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN-NN-N-N-NNNNNAATT----C----AT-C------T--T-A-TGT---------GCGT-ATT-TA----CGAAA---------T-ACACG--A-C--GT-T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCACACT--TTG--GAC---CTGAAA
gi|5 : gttttttttCCTCTCAC--AAGTTG---AA-AATAAA-TAGGGT-GGG-TAGGT-------GG-----GAGAT----------------T-T------TTT-------------T------CT----------T-------TTT-------------------TTTT------------TGGGGGGGGGGTTATAAGGG----AT-ATTGAA-T-TGTCAA-AA--TG----AA-TT----------------AT------A-----C--------AC--T--TATATT-G-TTTT---------------TGTA---AATAC-C--TATT-AT-
gi|5 : ggcctaaaaaacccaaaatacccgtgttt-TCAA-CAACCAT-GTATAA-AAT-ACAT-----------GCA-TT--A--TA-AAATTG-T-C---A--T-ACAAA--TCA--------ACA----------TT-------A-TT-TC-GC-CAATGTAA-----G----AG-TTACAAGT---TAAGTATC-TCTGT---ATGTT---AGG-GTTGAG--A----AATGGACA----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TACAAA-TA-CTCGCTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TATACATGTACA---G---A--ATA-----------------AG--GA--T-T-------TGT-----TATATTGATTTTGGTT--T-T----TA-AAAAAACCAACTCA--T-TTA-CC----G-C-AA---------T-TATT-ACCT-GC-AT-T-GC-CC-TGACCGGT-CAT--G-CATATGCTGTCTTT---------------T-------T------TAA---AA-T------ATTT-CGAC-TT--TTGGC-A-CTGTT---C-TGTAGTT-A--GGTA-TCGTAT-ATGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttttttttttgtcatctagaaccagacaataaagacattatatttcaacaaccatgtataaaatacatgcattataaaattgtcatacaaatcaacattatttcgccaatgtaagagttacaagttaagtatctctgtatgttagggttgagaaatggacactgacctccttgaccctacaaatactcgcttaaaatcagcataatcatatacatgtacagaataaggatttgttatattgattttggtttttaaaaaaaccaactcatttaccgcaattattacctgcattgccctgaccggtcatgcatatgctgtcttttttaaaatatttcgacttttggcactgttctgtagttaggtatcgtatatgttgatttggcaatattaatttaaatttgtaa
gi|6 : ggcctaaaaaacccaaaatacccgtgtttcctctcacaagttgaaaataaatagggtgggtaggtgggagatttttttcttttttttttggggggggggttataagggatattgaattgtcaaaatgaattatacacttatattgtttttgtaaatacctattattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttttttttttgtcatctagaaccagacaataaagacattatattA---AGT---C--TATT-ATTGTT-T-CTGCTTG-CCA-ATCAT-CAAA---CAG-TGCT---TGC-TCAA-CAACCATTG----A-AAC-A--------------ACT-----A--GG-A-GTTGGT-C---A--TCACGAA--TCA--------AAA----A-----CCAAATTCAA-TT-TTGGC-CAACGTCA-----G----TGATGTTACGT---T------T-tgatttggcaatattaatttaaatttgtaa
gi|6 : caattAGAG-TCAC-AAT-A-GTC--AATA-A---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--GGATT-T-------TGG-----T-------------TT--T-T----AA-AAAAA-------TAAAT-TTA-CC----A-C-AG---------T--ACA-GCTT-GCCA--T-G--TC-T-ACCGAG-CGT--GGCA-------TTTCTTAGA-TTAA------TAGTGTGAT------TAT-TCAAATA-TAA-ATTTACGAT-TT---TCGCTA-CTTTT--G--TTTCGCT-AA-GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGC----CA-------A-AT--ATCATATATTGT-TTGT--T--TT-GT-CTGggagaaagagtcacaatagtcaataagtagagtgatggattttggtttttaaaaaaataaatttaccacagtacagcttgccatgtctaccgagcgtggcatttcttagattaatagtgtgattattcaaatataaatttacgattttcgctacttttgtttcgctaaggtgtcgtatttgtgggccaaatatcatatattgtttgttttgtctgttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaagtatagtaagtaacatgcgtaatttgtctgaaatacgtagaaatgttgaagtacgctccccactgttggagacctgaaaatt
gi|6 : caattaagtctattattgtttctgcttgccaatcatcaaacagtgcttgctcaacaaccattgaaacaactaggagttggtcatcacgaatcaaaaaccaaattcaattttggccaacgtcagtgatgttacgtttggagaaTTTAAGTATAGT----A--A------G--TAA-CAT---------GCGTAATT-TGTC--TGAAA---------T-ACGTAGAA----A--T----G-T-TGAAGTA-CGC-----T--CCCCACTG-TTGGAGAC---CTGAAAAttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaagtatagtaagtaacatgcgtaatttgtctgaaatacgtagaaatgttgaagtacgctccccactgttggagacctgaaaatt
gi|7 : caattaagtctattattgtttctgcttgccaatcatcaaacagtgcttgctcaacaaccattgaaacaactaggagttggtcatcacgaatcaaaaaccaaattcaattttggccaacgtcagtgatgttacgtttggagaaagagtcacaatagtcaataagtagagtgatggattttggtttttaaaaaaataaatttaccacagtacagcttgccatgtctaccgagcgtggcatttcttagattaatagtgtgattattcaaatataaatttacgattttcgctacttttgtttcgctaaggtgtcgtatttgtgggccaaatatcatatattgtttgttttgtctgttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCTAAT--ATGTTG---AA-TATAAAATAGGTT-CG--TAGGT-------CA-----G---T----------------G-T------TTTTTTTTTATATTTTG------GT----------T-------TTT-------------------TTTT------------TTG----------ATAAGGG----AT-ATTGAA-T-T---------------------A-T--GAA-T--GC--AT------AAATA-C--------AT--T--TCT----G-TTTTCTTTA----------TACA---AGTAC-C--TAT--AT-GTT-TGCTTCTTG-C-A-ATCTA-CTAAA--CAG-T--C---TAC-TCAAACAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TA--T--TA-AAGTTT-T-C---A--T-ACGA----CA--------AAAC---A-----AA-------A-TT-TT-GC-TAATGTCA-----G----TG-TTACAAGT---T---------GGGT---ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGGTG----CTGAC-CTCCTTGA--CC-TGC---------------AAA-TCAG-CAT-A-ATCATA-TA-A---GT--A---G---T--GTG-----------------AT--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--TAA----AA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACC-AG-CGT--G-CG-------TCTTTTAAA-C--AT-----T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-A-TT-CGAC-AT--TTTGC-A-CCTTT---C-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TACCGGT--ATATTCGTTATATTTTGTCCTGC--T--TTCtt
gi|8 : CTGCTAATC-ATGTCG---AA-AATAAA-TAAAGT-CGG-TAGGTAACATTGTA-----GGT-T----------------G-T------TTT-------------G------GT----------T-------TTTATTTATTTATTTATTAATTTTTT------------TGTTCTT------ATAAGGG----AT-ATTGAA-T-TGTCAA-AA--TG----AATTTA-TTACAA-T--GTG-GT------A-----T--------AT--------------TTTTCTTTATA--------TAC-----GTAC-C--TATC-AT-ATTATGCT--TTGTC-A-ATAAAGATAA---CAT-T--CATATGT-CCCA-CAATCAT-G----A-AAT-A----------------C-TT--A--GA-AAGtt
gi|9 : caattttatgaagtagaatagagaaatgtgtaaaaagtattaattaaaaaagatctcaagttattatcagtttcagtaatcgtaatttgctaaccatcaaactgttgtgaaaacaaaaattttaaaggcctaaaattaaatactgtagtttctgctcaacatgtcgaaaataaacaaaatttttaaggcctaaaaaaaaacgctgtgtttTTG---AA-TATAAA-TAGTTT-CGGATAGGT-------CA-----G---TGTTGTTTTAGTTTTTTG-T------TTT-------------GTTTTTTGG----------G-------TTT-------------------TTTT------------TTT----------TTA---------T-ATTTTA-T-TATTA------TATTTTGA-CTA-G--GGA-TTGAC--ATTGGTAAA-----T--------ATGAT--TCGA-T-GGTTTTCTTTA------------TA---AGTAC-TAGTATTTATAGTT-TGCT--TTG-T-C-ATCTA-CCAA---CAG-T--C---TACATCAA-C--CAAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTCC-T-C---ACCT-ACGCA--TCA--------AAA----ACAAA-TC-------ACTT-TT-GC-CAATGTCA-----G----TG-TTTCAAGT---C---------AGGT---ATTCTTAAACGCGTTGAGGAA----AATGAGGGTTGACTGAC-GTCCTTGA-CCC-TTCAAA-TA-TTCGCTTAAAATTTAG-TTT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---AACGTG-----------------AT--GA--TGT-------TATAATGAT-------------TTGGT-T----T--AAAAA-------TA--G-TTA-CC----A-C-AG---------TATACA--CTTAGC-A--T-G--TC-TTACgtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCATTTAAGTGATATATGCGTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222 4444444444444444 1111 22222222222222 111 666666666666666666666666666666 3333333333333333 111 22222222222222222222222222222222 1111111 3333333333333333333 1111111 1111111 1111 111111111 1 1111111 444444444444444444444 111 444444444444444444 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222 111111111 111111111 222222222222 111111 11
lowQualScore : 55 4 777 4 4 4 55 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888 4 4 4 3 3 44 3 3 44 3 77 55555555555555 44 3 555 1111111111111111 555 2222 2 5 5 66 3 444 3 888 3 44 888 2 5 3 9999 3 3 33333333333333 3 44 44 3 3 3 111 44 3 44 111111111111111111111111111111 7 3 3 3 2 77777 6666 3 5555555555555555 333 0 666 2 3 999 7777 888888 3 3 3 3 44 1 2 2 2 2 33 2 2 777 66 555 555 888 77777777777777777777777777777777 33 44 3 0000000 0000000000000000000 44 3 5555555 0000000 5555 3 1111 3 3 666666666 3 6 3 3 77 0 3 3 4 5 4 55 4 3333333 4 55 000000000000000000000 4 3 3 3 3 3 000 3 3 77777 3 77 2 2 3 999999999999999999 0 7 55 55 4 0 99 777777 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 666 5 6666666666666666666666 4 777777777 4 88888 777777777 4 0 444444444444 4 4 4 4 555555 11 66 888
lowQualScore : .. . ... . . . .. ................................................................................................................................................................... .... . . . . . .. . . .. . .. .............. .. . ... ................ ... .... . . . .. . ... . ... . .. ... . . . .... . . .............. . .. .. . . . ... .. . .. .............................. . . . . . ..... .... . ................ ... . ... . . ... .... ...... . . . . .. . . . . . .. . . ... .. ... ... ... ................................ .. .. . ....... ................... .. . ....... ....... .... . .... . . ......... . . . . .. . . . . . . .. . ....... . .. ..................... . . . . . . ... . . ..... . .. . . . .................. . . .. .. . . .. ...... . ........................................................................................... . ... . ...................... . ......... . ..... ......... . . ............ . . . . ...... .. .. ...
lowQualScore : 88 4 888 4 4 4 66 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5555 0 0 0 6 3 66 3 3 66 3 33 22222222222222 22 1 555 7777777777777777 000 6666 7 3 7 66 1 555 1 555 1 22 555 9 7 1 6666 1 1 55555555555555 1 22 22 1 3 3 777 66 3 66 999999999999999999999999999999 3 6 6 6 6 77777 5555 1 0000000000000000 666 1 444 8 6 222 1111 555555 6 6 6 6 88 4 9 9 9 9 99 9 9 999 88 000 000 999 88888888888888888888888888888888 99 22 1 0000000 2222222222222222222 22 1 5555555 0000000 2222 1 9999 1 3 777777777 3 7 3 3 99 0 3 1 1 9 0 55 0 0000000 0 55 888888888888888888888 0 6 6 6 6 3 333 1 1 88888 1 33 9 9 1 333333333333333333 6 1 00 00 0 2 22 555555 7 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 000 7 6666666666666666666666 4 888888888 4 88888 888888888 4 1 111111111111 4 4 4 4 777777 99 99 888
consensus : NCCGCTAAT--ATGTCG---AA-TATAAA-TAGGTT-CGG-TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTTTT-------------------TTTT------------T-----------GN----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC--ATA-----C--------ATT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA-A--------TACA---AGTAC-C--TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----A-----TC-------A-TT-TT-GC-CAATGTCA-----G----TG-TTTCAAGT---T------T-TAGGT---ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGGCG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----NA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------A-ATTCGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-ACGCGGAA-C--G--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
Reference ( family-3241 ) : NCCGCTAAT--ATGTCG---AA-TATAAA-TAGGTT-CGG-TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTTTT-------------------TTTT------------T-----------GN----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC--ATA-----C--------ATT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA-A--------TACA---AGTAC-C--TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----A-----TC-------A-TT-TT-GC-CAATGTCA-----G----TG-TTTCAAGT---T------T-TAGGT---ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGGCG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----NA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------A-ATTCGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-ACGCGGAA-C--G--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
gi|1 : TAAT--ATGT-G---AACTATAAA---GGTT-CG--TAG-T-------CA-----G---TGC----------------------T------TTT-------------GGGGGGTTCTTTTT-------------------TTTTGAGATATAGGAAT-----------GG----------ATA---------------------AGGGCATTATTATTCT-A-TCTGTCAA-AAATTACA-TAA-T--TAACTGC--ATA-----CGATATACAATT--TCTA-C-A-TTT-----G-A---------ACA---AGTAC-AA-TATC-GT-GT----CT-CT-G-C-ACATCTA-CTAATAACAGCT--C---TAC-TCAATCAATTAT-G----ACAAT-ACCATAGAAAAATCTACTATT--ACAGATAAGCTA-TTC---A--T-ACGAAATTCACAACCACGAAA----A-----CCTTT----A-TTCTT-GCTCAATGTCACGTCTA----TG-TTTCAAATGTAC------T-CACATTACATTTT---AAC-ATATAG--AGTACAATGAG-G----CT-AC-CTCTTTGATCCC-TGCAAA-TA-TTCACTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-AT--GTC-A---G---A---GTG-----------------A--------------TACGA--T-T-------TGT-----T-------------CT--T-T----AATATAAA-------TA--T-CTA-CC----ACC-AG---------T-TACA--CTT-GC-A--T-GC-TC--TACC-AG-CGTCGA-CA-------TCTTTTAAA-C--A------T-------TATATTATAATTCAA-TA-TAA-ATTT-CGACATT--CTCGC-A-CTTT----C-TTTCGCC-A--AGTG-TC-TAT-CGGCG-AACATG-T--------A-CTTCG-TACGCCTAAACTTGT--CGGTTCTTATTGATGGAAAC--ACG------CTCATAATCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-TCCATTTAATT----T----CC-A------GTATAA-TAT---------GCGTAATTACA-C--CAAAA---------A-ACAGACAA-C-----T----G-T-ACAA-TATTGCAT------CCCCACT--T----GAC---C-GAAA
gi|10 : caCTGCTAATCAGTGTCGGAAAA-TAGAGA-TAAGTCACGG-TAGGTAA-----CA-----T---TG-----------------------TAGGTTGTTT-------------GG-------TTTTTATTATTTATTTATTAATT-TTTT------------T-----------GTTCTTA-----ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-ATT-TGTCAA-AA--TGAA-TT-----------T--ATA-----C--------AATGGTGTA-TAA-TTTTCTTTATA--------TA-A---AGTAC-C--TATC-AT-ATTATGCT-
gi|11 : tcattttatgaagtagaaaagaaatgtgtaaaatattaattaaaaaagatctcaaagttattatccagtttcagtaattcgtatttgctaaccattcaaactgttgtgaaacaaaaattttaaaggcctaaaaaaatactgtgtttctgctcaacatgtcgaaaaataaacaaaatttttaaggcctaaaaaaaaacctgtgtttC-TTACCTCG-CGT--G--A-------TCTTTTAAA-C--A-------------------------------------ATTT-----------TCG--A-CTTTT--CC-TTTCGCCAA--GGTGTTCGTGTGTTG-G-GGCACA-T--------C-AT---TTATCGTTTGTC-TGTTGT--TTCG--TTGAT--AAAC--ACG-----TCTCA-Aat
gi|11 : TA------GGCGAA-TCT-CATTTAAGT----TTAGAATTA------G--TAAATAT---------GC--AAAT-TG-C--CAAAAACAAACAAAC-ACGCAGAAAC--G--CTGTGG-T-ACAA-TA-CGAAT---CCTCCTCACT--TT---GAC---CTGAAAAtggcgacaatatcccatcaatgcgtttaataggaaaatcatatgctgcagtgaacaatctattcaaaccaacgaaccgtccaataaatcgctaagtttagataacaataggcgaatctcatttaagtttagaattagtaaatatgcaaattgccaaaaacaaacaaacacgcagaaacgctgtggtacaatacgaatcctcctcactttgacctgaaaat
gi|12 : cttacctcgcgtgatcttttaaacaattttcgacttttcctttcgccaaggtgttcgtgtgttggggcacatcatttatcgtttgtctgttgtttcgttgataaacacgtctcaatggcgacaatatcccatcaatgcgtttaataggaaaatcatatgctgcagtgaacaatctattcaaaccaacgaaccgtccaataaatcgctaagtttagataacaaTCAATAA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC--ATAACTTTC---------TT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA----------TATA---AGTAC-C--TATT-GT-GCT-TGTT-CTTG-T-C-ATCCA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--T--AA-AAGTCG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAACAAAA-----TT-------A-TT-TT-GC-CGATGTCA-----GCTATTG-TTTCAAGT---T------C---GGT---ATTGT---ACG-GTTGAC--A----AATGGGAG----CTGGC-CTGCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA-TTAG-CAT-A-ATC--A-TA-T---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGA-----T-------------TT--T-TAAAAAA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-t
gi|13 : aaatgtC-A-CTTTT--C--TTTCGCC-A--GGT--TCGTAT-TT------------------------TCGT-ATATGT-GTCC-GT--T--T-CGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCT-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGC-AAAT-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-T--CGAAA---------T-ACGCAGAA-T--G--T----G-TGACAA-TA-CACAT---C--CCCCAC---TTG--GAC---CTGAAAA
gi|14 : AG--A----AATGGGTG----CCGAC-TTC-TTGA-CCCCTGCAAA-TA-TT-GCTTAAAA-TCAG-CAT-ACATC--A-TA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-TGTTAATATGT-----TGG-----------TT--T-T----TT-AAAAA-------TA--A-TTA-TT----A-C-AG---------T-T----GCTA-GT-AACT-GC-TT-T--CC----CGT--G-CA-------TCTGTT-AA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAACATTT---AC-TT--CTCGC-A-CTTATCCCC-TTTCACC-A--GGTG-TCA----TTGCGTGGCACATTA-------ATATTTCTTATTTTTTGTC-TGT--T--TTCGT-
gi|15 : tt-----------------------T------TCT-------------TG-------TTTTG-------------------TTTT------------T-----------AT----------ATA------------------------------T-TTTTA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-GTA-T--AAA-TGC--ATG-----T--------ATT--TCTC-T-G-TTTTCTTTG-AAGTAGGCCTACACACAATG-----TATT-AT-GTT-TGCT-ATTG-C-C-ATCCA-CCAG---CAG-T--T---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------GCT-CTTAA--GA-AAGTTG-T-C---A--T-TCGAA--TCA--------AAAC---AAAT--TT-------ATTT-TT-TC-CAATGTCA-----G----TT-TTTCAGGT---T------
gi|16 : ttAAA-TCAG-CACCA-ATC--A-TA-A---GT--AATAG---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----TT-AAAGA-------TA--T-TTAACC----A-C-AG---------T-TACATGCTT-GC-A--TTGCCTC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAAAT--A------T-------T------TAA-TCAA-TATTAA-ATTT-CGAC-TT---TCGC-A-CTTTT--TC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-----------CCGGTATATATTaca
gi|17 : CA-----G----TG-TTTCAG------------T-TAGGTC--ATATC---GAG-GTTGA---A----AATGAACA----C--AC-CTCCTTGA-T----------TA--------AAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---GAATA---GTGAGTATATAATACACCCTA--------------T--AA--T-T-------TGT-----TAA-----------TT--G-T----CA-GAAAA-------AA--C-CCA-ACAAAAA-C-AC---------T-TTCA-GCGT-TC-A--TCGC-TC-TGACCGAc
gi|18 : GTCA-----G----TG-TTTCAA------------T-TAGGTC--ATATC---A-G-GTTGA---A----AATGAACA----CTGACGCTCCTTG---------------------TTAAA--TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-----GT--A---G---AATAGTG-----------------AGTTATAATACACTAT--AA--T-T-------TGT-----TA------------TT--G-T----AG-AAAAA---------------A-CCCAG-A-C-AGAGAAAACACT-TTCA-GCTT--C-A--TCGC-TC-TGACCGcagaatgagcatgtgctgctctt
gi|19 : -AT-GTT-TGCT-CTTG-C-C-ATCTA-CAAA---CAG-T--C---TTC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAC-A--------------ACT-TT--A--GG-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----ACAAATTC-------A-TT-TT-GC-CAACGTCA-----G----TG-----------------------------ATGTT---ACG-GTTGAG--A----AAgaatgacatgtgctgtcttt
gi|19 : AAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--Gatcagcataatcataagtagagtgatg
gi|2 : atgtttgctcttgccatctacaaacagtcttctcaacaaccatgaaacaactttaggaagttgtcatacgaatcaaaaacaaattcattttgccaacgtcagtgatgttacggttgagCCGCTAAT--ATGTTG---AA-TATAAA-TAGGTT-GGG-TAGGT-------CA-----G---TG----------------------------------------------GG-------GGTTT-------------------TTTT------------T-----------GC----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTAA-A-T-TGTCAA-AA--TGAA-TTAAT--GAA-TGC--ATA-----C--------ATT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA-A--------TACA---AGTAC-C--TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---AAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----------TC-------A-TT-TT-GC-TAATGTCA-----G----TG-TTTCAAAT---T------TATAGGT---ATTTT---ATG-GTTGAG--A----AATGGGTG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAA---TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----TC-AAAAA-------TG--T-TTA-CC----A-C-AT---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------GCTTTTAAA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--TTCGC-A-CTTTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------A-ATTCATTATATTTTATCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAATTAACGAAGCTTCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-T--C--CGAAA---------T-ACACGGAA-T--G--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
gi|21 : c-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC--ATA-----T--------ACT--TCTA-T-A-CCT-------A--------TACA---AGTAC-A--TATA-AT-GTT-TGAT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---AAC-T----TAACCAT-GA---A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--T
gi|22 : GTCG---AA-AATAAA-TAAAGT-CGG-TAGGTA------CATATAGG---TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTTTT-------------------ATTT------------
gi|23 : -T-T-CATTTAAGT----T----AT-ACATGTAG--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-CCGCGAAA---------TAACACGAAAGC--G--T------T-ATAA-T----CATACCC--CCCCACTACTTG--GACTCACTAAAAAcatttacttatttatttatttttattttttttttgttcttataagggat
gi|24 : AC-TT--CTCGC-A-CTTAT--CC-TTTCACC-A--GGTG-TCAT----TGTG-GGCACA-TA-------T-ATTCGTTATATTTTGTC-TGT--T--TTCGT-Tt
gi|25 : ttt--ATA-----C--------ATT--TCTA-T-A-TTT-------A--------TACA---AGTAC-A--TAGT-GT-GCT-TGCT-TTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAA
gi|26 : ----T----AT-A------G--TAA-TATCGTAATTTTGCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-TCGAAGAA-CGTG--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCA
gi|27 : GTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TACCGGTATA-AT-CGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TT
gi|28 : -TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTT--CC-TTACGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-
gi|3 : TGTTG---AA-T-TAA--TAGTTC-TGG-TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTT-------------TT-------TTTTT-------------------TTTT------------TTGTTTGTTTTTGG----------ATA---------------------AGGG----A--ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGCATATA-----C--------ATT--TCTA-T-A-TTTT------A--------TACA---AGTACAT--TATT-GT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-AATTA--TAA---AGG-T--CA--TAC-TCAA-C-ACCAT-G----A-AATAA--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-CATGA--T-ACGAA--TCAAACC----AAA----A-----T--------A-TT-TT-GC-TAA-ACCA-----G----TG-TTTCAAGT---T----------AGT---ATTTT---ACG-A-TGA---A----AATGGGTG----CTGAC-CTCTTTGA-CCC-TGCAAATTATTTCGCTTAAAA-TCGGCCAT-A-ATC--A-TA-A---AT--A---G---A----TG-----------------A--------------G--CC--T-T-------TGTG----T-------------TT--T-TA---AA-AAAAA-------TA--TGTTA-CC----A-C-AGA--------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-CCTTTACCAAGCCGT--G-CA-------TC-TTTAAA-C--ATTTTCTT-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TTTCTTCCC-ACCTTTT--CCTTTTCGCC-AGTGGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCA-------------------TTATTGTTTGTTTTGT--T--TGTGG-ANNNNNNNNNN--NNN-----NNNNN-NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GGC-TA-C-T-CATTT----------------------------A-TAT---------GCGTAATT-TA-C--CGAAA---------T-ACACGGAA-C--GTCT----GTT-ACAA-TA-CG-AT---CG-CCCCACT--TTG--A-----CTGAAA
gi|4 : G-----------------------T------TTT-------------TT-------TTTTG-------------------TTTT------------T-----------GG----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC--ATATA---C--------ATT--TCTA-T-A-TTT-------A--------TACA---AGTAA----TATT-GT-GTT-TGCT-CT-G-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-CATGA--T-ACGAA--TCAAACC----AAA----A-----T--------A-TT-TT-GC-TAA---CA-----G----TG-TTTCAAG-----------T-TAGGT---ATTTT---ACG-ATTGAG--A----AATGGGTG----CTGA--TTCTTTGC-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTT-AAA-TCGG-CAT-A-ATC--A-TA-A-------A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GC--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-A----AA-AAAAA-------TT--T-TTA--C----A-CAAG---------T-TACACGCTT-GC-A--T-GC-CC-TTA-CGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAA-C--ATTTTATT-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-C-TTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCAC-----------------------TTTTGTCTTG---T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN-NN-N-N-NNNNNAATT----C----AT-C------T--T-A-TGT---------GCGT-ATT-TA----CGAAA---------T-ACACG--A-C--GT-T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCACACT--TTG--GAC---CTGAAA
gi|5 : CCTCTCAC--AAGTTG---AA-AATAAA-TAGGGT-GGG-TAGGT-------GG-----GAGATT-----------------------T------TTT-------------TC-------TTTTT-------------------TTTT------------T-----------GGGGGGGGGGTTATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TGAA-TT--------------ATA-----C--------ACT--TATATT-G-TTTT---------------TGTA---AATAC-C--TATT-AT-
gi|5 : ggcctaaaaaacccaaaatacccgtgttt-TCAA-CAACCAT-GTATAA-AAT-ACAT-----------GCA-TT--A--TA-AAATTG-T-C---A--T-ACAAA--TCA--------ACA----------TT-------A-TT-TC-GC-CAATGTAA-----G----AG-TTACAAGT---TAAGTATC-TCTGT---ATGTT---AGG-GTTGAG--A----AATGGACA----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TACAAA-TA-CTCGCTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TATACATGTACA---G---A---ATA-----------------A--------------G--GA--T-T-------TGT-----TATATTGATTTTGGTT--T-T----TA-AAAAAACCAACTCA--T-TTA-CC----G-C-AA---------T-TATT-ACCT-GC-AT-T-GC-CC-TGACCGGT-CAT--G-CATATGCTGTCTTT---------------T-------T------TAA---AA-T------ATTT-CGAC-TT--TTGGC-A-CTGTT---C-TGTAGTT-A--GGTA-TCGTAT-ATGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttttttttttgtcatctagaaccagacaataaagacattatatttcaacaaccatgtataaaatacatgcattataaaattgtcatacaaatcaacattatttcgccaatgtaagagttacaagttaagtatctctgtatgttagggttgagaaatggacactgacctccttgaccctacaaatactcgcttaaaatcagcataatcatatacatgtacagaataaggatttgttatattgattttggtttttaaaaaaaccaactcatttaccgcaattattacctgcattgccctgaccggtcatgcatatgctgtcttttttaaaatatttcgacttttggcactgttctgtagttaggtatcgtatatgttgatttggcaatattaatttaaatttgtaa
gi|6 : ggcctaaaaaacccaaaatacccgtgtttcctctcacaagttgaaaataaatagggtgggtaggtgggagatttttttcttttttttttggggggggggttataagggatattgaattgtcaaaatgaattatacacttatattgtttttgtaaatacctattattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttttttttttgtcatctagaaccagacaataaagacattatattA---AGT---C--TATT-ATTGTT-T-CTGCTTG-CCA-ATCAT-CAAA---CAG-TGCT---TGC-TCAA-CAACCATTG----A-AAC-A--------------ACT-----A--GG-A-GTTGGT-C---A--TCACGAA--TCA--------AAA----A-----CCAAATTCAA-TT-TTGGC-CAACGTCA-----G----TGATGTTACGT---T------T-tgatttggcaatattaatttaaatttgtaa
gi|6 : caattAGAG-TCAC-AAT-A-GTC--AATA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GGATT-T-------TGG-----T-------------TT--T-T----AA-AAAAA-------TAAAT-TTA-CC----A-C-AG---------T--ACA-GCTT-GCCA--T-G--TC-T-ACCGAG-CGT--GGCA-------TTTCTTAGA-TTAA------TAGTGTGAT------TAT-TCAAATA-TAA-ATTTACGAT-TT---TCGCTA-CTTTT--G--TTTCGCT-AA-GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGC----CA-------A-AT--ATCATATATTGT-TTGT--T--TT-GT-CTGggagaaagagtcacaatagtcaataagtagagtgatggattttggtttttaaaaaaataaatttaccacagtacagcttgccatgtctaccgagcgtggcatttcttagattaatagtgtgattattcaaatataaatttacgattttcgctacttttgtttcgctaaggtgtcgtatttgtgggccaaatatcatatattgtttgttttgtctgttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaagtatagtaagtaacatgcgtaatttgtctgaaatacgtagaaatgttgaagtacgctccccactgttggagacctgaaaatt
gi|6 : caattaagtctattattgtttctgcttgccaatcatcaaacagtgcttgctcaacaaccattgaaacaactaggagttggtcatcacgaatcaaaaaccaaattcaattttggccaacgtcagtgatgttacgtttggagaaTTTAAGTATAGT----A--A------G--TAA-CAT---------GCGTAATT-TGTC--TGAAA---------T-ACGTAGAA----A--T----G-T-TGAAGTA-CGC-----T--CCCCACTG-TTGGAGAC---CTGAAAAttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaagtatagtaagtaacatgcgtaatttgtctgaaatacgtagaaatgttgaagtacgctccccactgttggagacctgaaaatt
gi|7 : caattaagtctattattgtttctgcttgccaatcatcaaacagtgcttgctcaacaaccattgaaacaactaggagttggtcatcacgaatcaaaaaccaaattcaattttggccaacgtcagtgatgttacgtttggagaaagagtcacaatagtcaataagtagagtgatggattttggtttttaaaaaaataaatttaccacagtacagcttgccatgtctaccgagcgtggcatttcttagattaatagtgtgattattcaaatataaatttacgattttcgctacttttgtttcgctaaggtgtcgtatttgtgggccaaatatcatatattgtttgttttgtctgttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCTAAT--ATGTTG---AA-TATAAAATAGGTT-CG--TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTTTTTTTTATATTTTGG-------TTTTT-------------------TTTT------------T-----------TG----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-T-----------------A-T--GAA-TGC--ATAAATA-C--------ATT--TCT----G-TTTTCTTTA----------TACA---AGTAC-C--TAT--AT-GTT-TGCTTCTTG-C-A-ATCTA-CTAAA--CAG-T--C---TAC-TCAAACAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TA--T--TA-AAGTTT-T-C---A--T-ACGA----CA--------AAAC---A-----AA-------A-TT-TT-GC-TAATGTCA-----G----TG-TTACAAGT---T---------GGGT---ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGGTG----CTGAC-CTCCTTGA--CC-TGC---------------AAA-TCAG-CAT-A-ATCATA-TA-A---GT--A---G---T---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--TAA----AA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACC-AG-CGT--G-CG-------TCTTTTAAA-C--AT-----T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-A-TT-CGAC-AT--TTTGC-A-CCTTT---C-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TACCGGT--ATATTCGTTATATTTTGTCCTGC--T--TTCtt
gi|8 : CTGCTAATC-ATGTCG---AA-AATAAA-TAAAGT-CGG-TAGGTAACATTGTA-----GGT-TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTTTTATTTATTTATTTATTAATTTTTT------------T-----------GTTCTT------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TGAATTTA-TTACAA-TGTG-GTA-----T--------AT------------TTTTCTTTATA--------TAC-----GTAC-C--TATC-AT-ATTATGCT--TTGTC-A-ATAAAGATAA---CAT-T--CATATGT-CCCA-CAATCAT-G----A-AAT-A----------------C-TT--A--GA-AAGtt
gi|9 : caattttatgaagtagaatagagaaatgtgtaaaaagtattaattaaaaaagatctcaagttattatcagtttcagtaatcgtaatttgctaaccatcaaactgttgtgaaaacaaaaattttaaaggcctaaaattaaatactgtagtttctgctcaacatgtcgaaaataaacaaaatttttaaggcctaaaaaaaaacgctgtgtttTTG---AA-TATAAA-TAGTTT-CGGATAGGT-------CA-----G---TGTTGTTTTAGTTTTTTGTTTTGTTT------TTT-------------GGG------TTTTT-------------------TTTT------------T-----------TT----------ATATTTTATTATTATATTTTGACTAGGG----AT---TGACA-T-TG------G--TAAA-T-A-T--GA--------------------------T--TCGA-T-GGTTTTCTTTA------------TA---AGTAC-TAGTATTTATAGTT-TGCT--TTG-T-C-ATCTA-CCAA---CAG-T--C---TACATCAA-C--CAAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTCC-T-C---ACCT-ACGCA--TCA--------AAA----ACAAA-TC-------ACTT-TT-GC-CAATGTCA-----G----TG-TTTCAAGT---C---------AGGT---ATTCTTAAACGCGTTGAGGAA----AATGAGGGTTGACTGAC-GTCCTTGA-CCC-TTCAAA-TA-TTCGCTTAAAATTTAG-TTT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---AAC-GTG-----------------A--------------T--GA--TGT-------TATAATGAT-------------TTGGT-T----T--AAAAA-------TA--G-TTA-CC----A-C-AG---------TATACA--CTTAGC-A--T-G--TC-TTACgtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCATTTAAGTGATATATGCGTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222 4444444444444444 1111 22222222222222 111 666666666666666666666666666666 3333333333333333 111 22222222222222222222222222222222 1111111 3333333333333333333 1111111 1111111 1111 111111111 1 1111111 444444444444444444444 111 444444444444444444 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222 111111111 111111111 222222222222 111111 11
lowQualScore : 55 4 777 4 4 4 55 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888 4 4 4 3 3 44 3 3 44 3 77 55555555555555 44 3 555 1111111111111111 555 2222 2 5 5 66 3 444 3 888 3 44 888 2 5 3 9999 3 3 33333333333333 3 44 44 3 3 3 111 44 3 44 111111111111111111111111111111 7 3 3 3 2 77777 6666 3 5555555555555555 333 0 666 2 3 999 7777 888888 3 3 3 3 44 1 2 2 2 2 33 2 2 777 66 555 555 888 77777777777777777777777777777777 33 44 3 0000000 0000000000000000000 44 3 5555555 0000000 5555 3 1111 3 3 666666666 3 6 3 3 77 0 3 3 4 5 4 55 4 3333333 4 55 000000000000000000000 4 3 3 3 3 3 000 3 3 77777 3 77 2 2 3 999999999999999999 0 7 55 55 4 0 99 777777 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 666 5 6666666666666666666666 4 777777777 4 88888 777777777 4 0 444444444444 4 4 4 4 555555 11 66 888
lowQualScore : .. . ... . . . .. ................................................................................................................................................................... .... . . . . . .. . . .. . .. .............. .. . ... ................ ... .... . . . .. . ... . ... . .. ... . . . .... . . .............. . .. .. . . . ... .. . .. .............................. . . . . . ..... .... . ................ ... . ... . . ... .... ...... . . . . .. . . . . . .. . . ... .. ... ... ... ................................ .. .. . ....... ................... .. . ....... ....... .... . .... . . ......... . . . . .. . . . . . . .. . ....... . .. ..................... . . . . . . ... . . ..... . .. . . . .................. . . .. .. . . .. ...... . ........................................................................................... . ... . ...................... . ......... . ..... ......... . . ............ . . . . ...... .. .. ...
lowQualScore : 88 4 888 4 4 4 66 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5555 0 0 0 6 3 66 3 3 66 3 33 22222222222222 22 1 555 7777777777777777 000 6666 7 3 7 66 1 555 1 555 1 22 555 9 7 1 6666 1 1 55555555555555 1 22 22 1 3 3 777 66 3 66 999999999999999999999999999999 3 6 6 6 6 77777 5555 1 0000000000000000 666 1 444 8 6 222 1111 555555 6 6 6 6 88 4 9 9 9 9 99 9 9 999 88 000 000 999 88888888888888888888888888888888 99 22 1 0000000 2222222222222222222 22 1 5555555 0000000 2222 1 9999 1 3 777777777 3 7 3 3 99 0 3 1 1 9 0 55 0 0000000 0 55 888888888888888888888 0 6 6 6 6 3 333 1 1 88888 1 33 9 9 1 333333333333333333 6 1 00 00 0 2 22 555555 7 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 000 7 6666666666666666666666 4 888888888 4 88888 888888888 4 1 111111111111 4 4 4 4 777777 99 99 888
consensus : NCCGCTAAT--ATGTCG---AA-TATAAA-TAGGTT-CGG-TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTTTT-------------------TTTT------------T-----------GN----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC--ATA-----C--------ATT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA-A--------TACA---AGTAC-C--TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----A-----TC-------A-TT-TT-GC-CAATGTCA-----G----TG-TTTCAAGT---T------T-TAGGT---ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGGCG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----NA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------A-ATTCGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-ACGCGGAA-C--G--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
Reference ( family-3241 ) : NCCGCTAAT--ATGTCG---AA-TATAAA-TAGGTT-CGG-TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTTTT-------------------TTTT------------T-----------GN----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC--ATA-----C--------ATT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA-A--------TACA---AGTAC-C--TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----A-----TC-------A-TT-TT-GC-CAATGTCA-----G----TG-TTTCAAGT---T------T-TAGGT---ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGGCG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----NA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------A-ATTCGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-ACGCGGAA-C--G--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
gi|1 : TAAT--ATGT-G---AACTATAAA---GGTT-CG--TAG-T-------CA-----G---TGC----------------------T------TTT-------------GGGGGGTTCTTTTT-------------------TTTTGAGATATAGGAAT-----------GG----------ATA---------------------AGGGCATTATTATTCT-A-TCTGTCAA-AAATTACA-TAA-T--TAACTGC--ATA-----CGATATACAATT--TCTA-C-A-TTT-----G-A---------ACA---AGTAC-AA-TATC-GT-GT----CT-CT-G-C-ACATCTA-CTAATAACAGCT--C---TAC-TCAATCAATTAT-G----ACAAT-ACCATAGAAAAATCTACTATT--ACAGATAAGCTA-TTC---A--T-ACGAAATTCACAACCACGAAA----A-----CCTTT----A-TTCTT-GCTCAATGTCACGTCTA----TG-TTTCAAATGTAC------T-CACATTACATTTT---AAC-ATATAG--AGTACAATGAG-G----CT-AC-CTCTTTGATCCC-TGCAAA-TA-TTCACTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-AT--GTC-A---G---A---GTG-----------------A--------------TACGA--T-T-------TGT-----T-------------CT--T-T----AATATAAA-------TA--T-CTA-CC----ACC-AG---------T-TACA--CTT-GC-A--T-GC-TC--TACC-AG-CGTCGA-CA-------TCTTTTAAA-C--A------T-------TATATTATAATTCAA-TA-TAA-ATTT-CGACATT--CTCGC-A-CTTT----C-TTTCGCC-A--AGTG-TC-TAT-CGGCG-AACATG-T--------A-CTTCG-TACGCCTAAACTTGT--CGGTTCTTATTGATGGAAAC--ACG------CTCATAATCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-TCCATTTAATT----T----CC-A------GTATAA-TAT---------GCGTAATTACA-C--CAAAA---------A-ACAGACAA-C-----T----G-T-ACAA-TATTGCAT------CCCCACT--T----GAC---C-GAAA
gi|10 : caCTGCTAATCAGTGTCGGAAAA-TAGAGA-TAAGTCACGG-TAGGTAA-----CA-----T---TG-----------------------TAGGTTGTTT-------------GG-------TTTTTATTATTTATTTATTAATT-TTTT------------T-----------GTTCTTA-----ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-ATT-TGTCAA-AA--TGAA-TT-----------T--ATA-----C--------AATGGTGTA-TAA-TTTTCTTTATA--------TA-A---AGTAC-C--TATC-AT-ATTATGCT-
gi|11 : tcattttatgaagtagaaaagaaatgtgtaaaatattaattaaaaaagatctcaaagttattatccagtttcagtaattcgtatttgctaaccattcaaactgttgtgaaacaaaaattttaaaggcctaaaaaaatactgtgtttctgctcaacatgtcgaaaaataaacaaaatttttaaggcctaaaaaaaaacctgtgtttC-TTACCTCG-CGT--G--A-------TCTTTTAAA-C--A-------------------------------------ATTT-----------TCG--A-CTTTT--CC-TTTCGCCAA--GGTGTTCGTGTGTTG-G-GGCACA-T--------C-AT---TTATCGTTTGTC-TGTTGT--TTCG--TTGAT--AAAC--ACG-----TCTCA-Aat
gi|11 : TA------GGCGAA-TCT-CATTTAAGT----TTAGAATTA------G--TAAATAT---------GC--AAAT-TG-C--CAAAAACAAACAAAC-ACGCAGAAAC--G--CTGTGG-T-ACAA-TA-CGAAT---CCTCCTCACT--TT---GAC---CTGAAAAtggcgacaatatcccatcaatgcgtttaataggaaaatcatatgctgcagtgaacaatctattcaaaccaacgaaccgtccaataaatcgctaagtttagataacaataggcgaatctcatttaagtttagaattagtaaatatgcaaattgccaaaaacaaacaaacacgcagaaacgctgtggtacaatacgaatcctcctcactttgacctgaaaat
gi|12 : cttacctcgcgtgatcttttaaacaattttcgacttttcctttcgccaaggtgttcgtgtgttggggcacatcatttatcgtttgtctgttgtttcgttgataaacacgtctcaatggcgacaatatcccatcaatgcgtttaataggaaaatcatatgctgcagtgaacaatctattcaaaccaacgaaccgtccaataaatcgctaagtttagataacaaTCAATAA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC--ATAACTTTC---------TT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA----------TATA---AGTAC-C--TATT-GT-GCT-TGTT-CTTG-T-C-ATCCA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--T--AA-AAGTCG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAACAAAA-----TT-------A-TT-TT-GC-CGATGTCA-----GCTATTG-TTTCAAGT---T------C---GGT---ATTGT---ACG-GTTGAC--A----AATGGGAG----CTGGC-CTGCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA-TTAG-CAT-A-ATC--A-TA-T---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGA-----T-------------TT--T-TAAAAAA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-t
gi|13 : aaatgtC-A-CTTTT--C--TTTCGCC-A--GGT--TCGTAT-TT------------------------TCGT-ATATGT-GTCC-GT--T--T-CGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCT-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGC-AAAT-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-T--CGAAA---------T-ACGCAGAA-T--G--T----G-TGACAA-TA-CACAT---C--CCCCAC---TTG--GAC---CTGAAAA
gi|14 : AG--A----AATGGGTG----CCGAC-TTC-TTGA-CCCCTGCAAA-TA-TT-GCTTAAAA-TCAG-CAT-ACATC--A-TA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-TGTTAATATGT-----TGG-----------TT--T-T----TT-AAAAA-------TA--A-TTA-TT----A-C-AG---------T-T----GCTA-GT-AACT-GC-TT-T--CC----CGT--G-CA-------TCTGTT-AA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAACATTT---AC-TT--CTCGC-A-CTTATCCCC-TTTCACC-A--GGTG-TCA----TTGCGTGGCACATTA-------ATATTTCTTATTTTTTGTC-TGT--T--TTCGT-
gi|15 : tt-----------------------T------TCT-------------TG-------TTTTG-------------------TTTT------------T-----------AT----------ATA------------------------------T-TTTTA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-GTA-T--AAA-TGC--ATG-----T--------ATT--TCTC-T-G-TTTTCTTTG-AAGTAGGCCTACACACAATG-----TATT-AT-GTT-TGCT-ATTG-C-C-ATCCA-CCAG---CAG-T--T---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------GCT-CTTAA--GA-AAGTTG-T-C---A--T-TCGAA--TCA--------AAAC---AAAT--TT-------ATTT-TT-TC-CAATGTCA-----G----TT-TTTCAGGT---T------
gi|16 : ttAAA-TCAG-CACCA-ATC--A-TA-A---GT--AATAG---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----TT-AAAGA-------TA--T-TTAACC----A-C-AG---------T-TACATGCTT-GC-A--TTGCCTC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAAAT--A------T-------T------TAA-TCAA-TATTAA-ATTT-CGAC-TT---TCGC-A-CTTTT--TC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-----------CCGGTATATATTaca
gi|17 : CA-----G----TG-TTTCAG------------T-TAGGTC--ATATC---GAG-GTTGA---A----AATGAACA----C--AC-CTCCTTGA-T----------TA--------AAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---GAATA---GTGAGTATATAATACACCCTA--------------T--AA--T-T-------TGT-----TAA-----------TT--G-T----CA-GAAAA-------AA--C-CCA-ACAAAAA-C-AC---------T-TTCA-GCGT-TC-A--TCGC-TC-TGACCGAc
gi|18 : GTCA-----G----TG-TTTCAA------------T-TAGGTC--ATATC---A-G-GTTGA---A----AATGAACA----CTGACGCTCCTTG---------------------TTAAA--TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-----GT--A---G---AATAGTG-----------------AGTTATAATACACTAT--AA--T-T-------TGT-----TA------------TT--G-T----AG-AAAAA---------------A-CCCAG-A-C-AGAGAAAACACT-TTCA-GCTT--C-A--TCGC-TC-TGACCGcagaatgagcatgtgctgctctt
gi|19 : -AT-GTT-TGCT-CTTG-C-C-ATCTA-CAAA---CAG-T--C---TTC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAC-A--------------ACT-TT--A--GG-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----ACAAATTC-------A-TT-TT-GC-CAACGTCA-----G----TG-----------------------------ATGTT---ACG-GTTGAG--A----AAgaatgacatgtgctgtcttt
gi|19 : AAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--Gatcagcataatcataagtagagtgatg
gi|2 : atgtttgctcttgccatctacaaacagtcttctcaacaaccatgaaacaactttaggaagttgtcatacgaatcaaaaacaaattcattttgccaacgtcagtgatgttacggttgagCCGCTAAT--ATGTTG---AA-TATAAA-TAGGTT-GGG-TAGGT-------CA-----G---TG----------------------------------------------GG-------GGTTT-------------------TTTT------------T-----------GC----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTAA-A-T-TGTCAA-AA--TGAA-TTAAT--GAA-TGC--ATA-----C--------ATT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA-A--------TACA---AGTAC-C--TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---AAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----------TC-------A-TT-TT-GC-TAATGTCA-----G----TG-TTTCAAAT---T------TATAGGT---ATTTT---ATG-GTTGAG--A----AATGGGTG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAA---TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----TC-AAAAA-------TG--T-TTA-CC----A-C-AT---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------GCTTTTAAA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--TTCGC-A-CTTTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------A-ATTCATTATATTTTATCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAATTAACGAAGCTTCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-T--C--CGAAA---------T-ACACGGAA-T--G--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
gi|21 : c-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC--ATA-----T--------ACT--TCTA-T-A-CCT-------A--------TACA---AGTAC-A--TATA-AT-GTT-TGAT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---AAC-T----TAACCAT-GA---A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--T
gi|22 : GTCG---AA-AATAAA-TAAAGT-CGG-TAGGTA------CATATAGG---TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTTTT-------------------ATTT------------
gi|23 : -T-T-CATTTAAGT----T----AT-ACATGTAG--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-CCGCGAAA---------TAACACGAAAGC--G--T------T-ATAA-T----CATACCC--CCCCACTACTTG--GACTCACTAAAAAcatttacttatttatttatttttattttttttttgttcttataagggat
gi|24 : AC-TT--CTCGC-A-CTTAT--CC-TTTCACC-A--GGTG-TCAT----TGTG-GGCACA-TA-------T-ATTCGTTATATTTTGTC-TGT--T--TTCGT-Tt
gi|25 : ttt--ATA-----C--------ATT--TCTA-T-A-TTT-------A--------TACA---AGTAC-A--TAGT-GT-GCT-TGCT-TTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAA
gi|26 : ----T----AT-A------G--TAA-TATCGTAATTTTGCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-TCGAAGAA-CGTG--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCA
gi|27 : GTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TACCGGTATA-AT-CGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TT
gi|28 : -TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTT--CC-TTACGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-
gi|3 : TGTTG---AA-T-TAA--TAGTTC-TGG-TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTT-------------TT-------TTTTT-------------------TTTT------------TTGTTTGTTTTTGG----------ATA---------------------AGGG----A--ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGCATATA-----C--------ATT--TCTA-T-A-TTTT------A--------TACA---AGTACAT--TATT-GT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-AATTA--TAA---AGG-T--CA--TAC-TCAA-C-ACCAT-G----A-AATAA--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-CATGA--T-ACGAA--TCAAACC----AAA----A-----T--------A-TT-TT-GC-TAA-ACCA-----G----TG-TTTCAAGT---T----------AGT---ATTTT---ACG-A-TGA---A----AATGGGTG----CTGAC-CTCTTTGA-CCC-TGCAAATTATTTCGCTTAAAA-TCGGCCAT-A-ATC--A-TA-A---AT--A---G---A----TG-----------------A--------------G--CC--T-T-------TGTG----T-------------TT--T-TA---AA-AAAAA-------TA--TGTTA-CC----A-C-AGA--------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-CCTTTACCAAGCCGT--G-CA-------TC-TTTAAA-C--ATTTTCTT-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TTTCTTCCC-ACCTTTT--CCTTTTCGCC-AGTGGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCA-------------------TTATTGTTTGTTTTGT--T--TGTGG-ANNNNNNNNNN--NNN-----NNNNN-NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GGC-TA-C-T-CATTT----------------------------A-TAT---------GCGTAATT-TA-C--CGAAA---------T-ACACGGAA-C--GTCT----GTT-ACAA-TA-CG-AT---CG-CCCCACT--TTG--A-----CTGAAA
gi|4 : G-----------------------T------TTT-------------TT-------TTTTG-------------------TTTT------------T-----------GG----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC--ATATA---C--------ATT--TCTA-T-A-TTT-------A--------TACA---AGTAA----TATT-GT-GTT-TGCT-CT-G-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-CATGA--T-ACGAA--TCAAACC----AAA----A-----T--------A-TT-TT-GC-TAA---CA-----G----TG-TTTCAAG-----------T-TAGGT---ATTTT---ACG-ATTGAG--A----AATGGGTG----CTGA--TTCTTTGC-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTT-AAA-TCGG-CAT-A-ATC--A-TA-A-------A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GC--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-A----AA-AAAAA-------TT--T-TTA--C----A-CAAG---------T-TACACGCTT-GC-A--T-GC-CC-TTA-CGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAA-C--ATTTTATT-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-C-TTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCAC-----------------------TTTTGTCTTG---T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN-NN-N-N-NNNNNAATT----C----AT-C------T--T-A-TGT---------GCGT-ATT-TA----CGAAA---------T-ACACG--A-C--GT-T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCACACT--TTG--GAC---CTGAAA
gi|5 : CCTCTCAC--AAGTTG---AA-AATAAA-TAGGGT-GGG-TAGGT-------GG-----GAGATT-----------------------T------TTT-------------TC-------TTTTT-------------------TTTT------------T-----------GGGGGGGGGGTTATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TGAA-TT--------------ATA-----C--------ACT--TATATT-G-TTTT---------------TGTA---AATAC-C--TATT-AT-
gi|5 : ggcctaaaaaacccaaaatacccgtgttt-TCAA-CAACCAT-GTATAA-AAT-ACAT-----------GCA-TT--A--TA-AAATTG-T-C---A--T-ACAAA--TCA--------ACA----------TT-------A-TT-TC-GC-CAATGTAA-----G----AG-TTACAAGT---TAAGTATC-TCTGT---ATGTT---AGG-GTTGAG--A----AATGGACA----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TACAAA-TA-CTCGCTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TATACATGTACA---G---A---ATA-----------------A--------------G--GA--T-T-------TGT-----TATATTGATTTTGGTT--T-T----TA-AAAAAACCAACTCA--T-TTA-CC----G-C-AA---------T-TATT-ACCT-GC-AT-T-GC-CC-TGACCGGT-CAT--G-CATATGCTGTCTTT---------------T-------T------TAA---AA-T------ATTT-CGAC-TT--TTGGC-A-CTGTT---C-TGTAGTT-A--GGTA-TCGTAT-ATGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttttttttttgtcatctagaaccagacaataaagacattatatttcaacaaccatgtataaaatacatgcattataaaattgtcatacaaatcaacattatttcgccaatgtaagagttacaagttaagtatctctgtatgttagggttgagaaatggacactgacctccttgaccctacaaatactcgcttaaaatcagcataatcatatacatgtacagaataaggatttgttatattgattttggtttttaaaaaaaccaactcatttaccgcaattattacctgcattgccctgaccggtcatgcatatgctgtcttttttaaaatatttcgacttttggcactgttctgtagttaggtatcgtatatgttgatttggcaatattaatttaaatttgtaa
gi|6 : ggcctaaaaaacccaaaatacccgtgtttcctctcacaagttgaaaataaatagggtgggtaggtgggagatttttttcttttttttttggggggggggttataagggatattgaattgtcaaaatgaattatacacttatattgtttttgtaaatacctattattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttttttttttgtcatctagaaccagacaataaagacattatattA---AGT---C--TATT-ATTGTT-T-CTGCTTG-CCA-ATCAT-CAAA---CAG-TGCT---TGC-TCAA-CAACCATTG----A-AAC-A--------------ACT-----A--GG-A-GTTGGT-C---A--TCACGAA--TCA--------AAA----A-----CCAAATTCAA-TT-TTGGC-CAACGTCA-----G----TGATGTTACGT---T------T-tgatttggcaatattaatttaaatttgtaa
gi|6 : caattAGAG-TCAC-AAT-A-GTC--AATA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GGATT-T-------TGG-----T-------------TT--T-T----AA-AAAAA-------TAAAT-TTA-CC----A-C-AG---------T--ACA-GCTT-GCCA--T-G--TC-T-ACCGAG-CGT--GGCA-------TTTCTTAGA-TTAA------TAGTGTGAT------TAT-TCAAATA-TAA-ATTTACGAT-TT---TCGCTA-CTTTT--G--TTTCGCT-AA-GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGC----CA-------A-AT--ATCATATATTGT-TTGT--T--TT-GT-CTGggagaaagagtcacaatagtcaataagtagagtgatggattttggtttttaaaaaaataaatttaccacagtacagcttgccatgtctaccgagcgtggcatttcttagattaatagtgtgattattcaaatataaatttacgattttcgctacttttgtttcgctaaggtgtcgtatttgtgggccaaatatcatatattgtttgttttgtctgttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaagtatagtaagtaacatgcgtaatttgtctgaaatacgtagaaatgttgaagtacgctccccactgttggagacctgaaaatt
gi|6 : caattaagtctattattgtttctgcttgccaatcatcaaacagtgcttgctcaacaaccattgaaacaactaggagttggtcatcacgaatcaaaaaccaaattcaattttggccaacgtcagtgatgttacgtttggagaaTTTAAGTATAGT----A--A------G--TAA-CAT---------GCGTAATT-TGTC--TGAAA---------T-ACGTAGAA----A--T----G-T-TGAAGTA-CGC-----T--CCCCACTG-TTGGAGAC---CTGAAAAttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaagtatagtaagtaacatgcgtaatttgtctgaaatacgtagaaatgttgaagtacgctccccactgttggagacctgaaaatt
gi|7 : caattaagtctattattgtttctgcttgccaatcatcaaacagtgcttgctcaacaaccattgaaacaactaggagttggtcatcacgaatcaaaaaccaaattcaattttggccaacgtcagtgatgttacgtttggagaaagagtcacaatagtcaataagtagagtgatggattttggtttttaaaaaaataaatttaccacagtacagcttgccatgtctaccgagcgtggcatttcttagattaatagtgtgattattcaaatataaatttacgattttcgctacttttgtttcgctaaggtgtcgtatttgtgggccaaatatcatatattgtttgttttgtctgttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCTAAT--ATGTTG---AA-TATAAAATAGGTT-CG--TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTTTTTTTTATATTTTGG-------TTTTT-------------------TTTT------------T-----------TG----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-T-----------------A-T--GAA-TGC--ATAAATA-C--------ATT--TCT----G-TTTTCTTTA----------TACA---AGTAC-C--TAT--AT-GTT-TGCTTCTTG-C-A-ATCTA-CTAAA--CAG-T--C---TAC-TCAAACAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TA--T--TA-AAGTTT-T-C---A--T-ACGA----CA--------AAAC---A-----AA-------A-TT-TT-GC-TAATGTCA-----G----TG-TTACAAGT---T---------GGGT---ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGGTG----CTGAC-CTCCTTGA--CC-TGC---------------AAA-TCAG-CAT-A-ATCATA-TA-A---GT--A---G---T---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--TAA----AA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACC-AG-CGT--G-CG-------TCTTTTAAA-C--AT-----T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-A-TT-CGAC-AT--TTTGC-A-CCTTT---C-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TACCGGT--ATATTCGTTATATTTTGTCCTGC--T--TTCtt
gi|8 : CTGCTAATC-ATGTCG---AA-AATAAA-TAAAGT-CGG-TAGGTAACATTGTA-----GGT-TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTTTTATTTATTTATTTATTAATTTTTT------------T-----------GTTCTT------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TGAATTTA-TTACAA-TGTG-GTA-----T--------AT------------TTTTCTTTATA--------TAC-----GTAC-C--TATC-AT-ATTATGCT--TTGTC-A-ATAAAGATAA---CAT-T--CATATGT-CCCA-CAATCAT-G----A-AAT-A----------------C-TT--A--GA-AAGtt
gi|9 : caattttatgaagtagaatagagaaatgtgtaaaaagtattaattaaaaaagatctcaagttattatcagtttcagtaatcgtaatttgctaaccatcaaactgttgtgaaaacaaaaattttaaaggcctaaaattaaatactgtagtttctgctcaacatgtcgaaaataaacaaaatttttaaggcctaaaaaaaaacgctgtgtttTTG---AA-TATAAA-TAGTTT-CGGATAGGT-------CA-----G---TGTTGTTTTAGTTTTTTGTTTTGTTT------TTT-------------GGG------TTTTT-------------------TTTT------------T-----------TT----------ATATTTTATTATTATATTTTGACTAGGG----AT---TGACA-T-TG------G--TAAA-T-A-T--GA--------------------------T--TCGA-T-GGTTTTCTTTA------------TA---AGTAC-TAGTATTTATAGTT-TGCT--TTG-T-C-ATCTA-CCAA---CAG-T--C---TACATCAA-C--CAAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTCC-T-C---ACCT-ACGCA--TCA--------AAA----ACAAA-TC-------ACTT-TT-GC-CAATGTCA-----G----TG-TTTCAAGT---C---------AGGT---ATTCTTAAACGCGTTGAGGAA----AATGAGGGTTGACTGAC-GTCCTTGA-CCC-TTCAAA-TA-TTCGCTTAAAATTTAG-TTT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---AAC-GTG-----------------A--------------T--GA--TGT-------TATAATGAT-------------TTGGT-T----T--AAAAA-------TA--G-TTA-CC----A-C-AG---------TATACA--CTTAGC-A--T-G--TC-TTACgtt
blockSeqs : CA C GAA . A A GA CAGTGTTGTTTTAGTTTTTTGTTTTGTTTTTTGGGTTTTTTTTTTTTATATTTTATTATTATATTTTGACT . . C T . T . T A TA . AT ACTTTC GG T AA TCTTTGAAGTAGGCC CAC TAG T T A GC T CA G A . GC ATA A A T TATA . A CAT . TA . . G . ATG CC C . AAAACCAAATTCA T . G . T . CTAT A GTTAAGTATCTC C TAA C C GGA . GGTTGA G . C T TT C T C C C AT A T CAT AC ATA AAT ATA AGTATATAATACACCCTA . AT G GTTAATA TATATTGATTTTGG GG A AAAAAA ACCAACT AAT A AAAA . A AGAAAACAC A T A C AC T C T T T C . G TATGCTG A TA TAGTGTGAT . A T C A . TCT T C CCCC A GT T G T ATACCGGTATAATCG C TG . . TA AAGCTT . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G TC . TATACATGTAG A CGTAATTTT . GCCG ACAAACAAA A ACGCTGTG T G G . ACCC AC GA TCA
blockSeqs : C T . . . . G AACATTGTAGGTTGTTTTGGTTTTTATTTATTTATTTATTAATTTTTTTGTTCTTATA . . . . . . . . . . . G AATAC . . GG TCTTTATA . AT . A A TC . C . . . . A . . . A . . . . . . . . . ATG . . . AAAACAAATTC C . . . T . . . ATTTATA C . A . C . AG . . . . T C . . . . . . . . . . . AC AGTTATAATACACTA . . . . AATGAT . . AAA . TG . CAG . . A . C . . T C . . T G . . . . . . TTTTCTTT . . . . . . C . . CCT . A . . . ATACCGGTATATTCG T . . . . T . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . AT . TTAGAATTAG . . . GTC . . CGTGT . . . . CCT G . .
blockSeqs : . C . . . . G AACATTGTAGGTTGTTTGGTTTTTATTATTTATTTATTAATTTTTTTGTTCTTAATA . . . . . . . . . . . . TAC . . G TCTTTATA . C . . . C . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAACAAAATT . . . . C . . . GTTC . . C . G . TG . . . . T C . . . . . . . . . . . . A . . . . TGG . . TT . T . . . . . . . . . . C . . G G . . . . . . TTTTATTT . . . . . . T . . CC . . . . . ATTAATATTTC T . . . . T . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T . ATAGTAAG . . . GC . . CGTCT . . . . CG . . .
blockSeqs : . T . . . . G GGGAGATTTTTTTCTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGTTATA . . . . . . . . . . . . C . . G TCTTTAA . C . . . A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAACAAATTT . . . . T . . . GTTA . . T . G . CA . . . . T C . . . . . . . . . . . . A . . . . TAA . . TT . A . . . . . . . . . . . . . G G . . . . . . TTT . . . . . . C . . TC . . . . . ATAAATTCA T . . . . N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T . TATAG . . . GT . . GCGT . . . . C . . .
blockSeqs : . T . . . . G CAGTGTTTTTTTTTTATATTTTGGTTTTTTTTTTTGATA . . . . . . . . . . . . T . . G TCTTTA . C . . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAAACAAATC . . . . T . . . GTTG . . C . G . CA . . . . T C . . . . . . . . . . . . A . . . . TA . . CA . T . . . . . . . . . . . . . T G . . . . . . TT . . . . . . C . . CC . . . . . ATATATTCG T . . . . T . . C . TATAG . . . GC . . CGTT . . . . C . . .
blockSeqs : T . . . . G CAGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTGTTTTTGGATA . . . . . . . . . . . . C . . A TCTTTA . A . . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACCAAAAT . . . . C . . . GTCA . . C . G . TG . . . . C C . . . . . . . . . . . . A . . . . GT . . AG . C . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . TT . . . . . . C . . CC . . . . . ATACCG T . . . N . TATAG . . . AC . . TGT . . . . C . . .
blockSeqs : C . . . . G CAGTGGGGGTTTTTTTTGCATA . . . . . . . . . . . . T . . A TCTTTA . A . . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACCAAAAT . . . . T . . . TTA . . G . G . TG . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . TC . T . . . . . . . . . . . . . T G . . . . . . TT . . . . . . T . . CC . . . . . CAAATA C . . . CATCT . . . C . . TGT . . . . C . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A TA . C . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAACAAA . . . . T . . . TTA . . C . G . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . AA . T . . . . . . . . . . . . . G G . . . . . . TT . . . . . . T . . CC . . . . . ATCAT . . . . . . . . A . . AT . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . A A . C . . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAATC . . . . . . . . GTT . . C . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . TA . T . . . . . . . . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . TCG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . G A . C . . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACATT . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . AA . T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . G A . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . AA . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . T . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : G* **** ** C************* TCTTTA********** C*** A** *** ************** ** ** AAACAAAATT******************** ***** GTTA************ *** **** CG**** *** ** ** NA***** ** TTTT***************** CC*** ATATATTCG********* ** T***** TATAG***************** CGTGT******* C*****
originalCons : NCCGCTAAT--ATGTCG---AA-TATAAA-TAGGTT-CGG-TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTTTT-------------------TTTT------------T-----------GN----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC--ATA-----C--------ATT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA-A--------TACA---AGTAC-C--TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCA--------AAA----A-----TC-------A-TT-TT-GC-CAATGTCA-----G----TG-TTTCAAGT---T------T-TAGGT---ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGGCG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----NA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAA-C--A------T-------T------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTT--CC-TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACA-TA-------A-ATTCGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-ACGCGGAA-C--G--T----G-T-ACAA-TA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
finalCons : NCCGCTAAT--ATGTCG---AA-TATAAA-TAGGTT-CGG-TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTTTT-------------------TTTT------------T-----------GN----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC--ATAC-------------ATT--TCTA-T-G-TTTTCTTTA----------TACA---AGTACC---TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-CA--ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AAT-A--------------ACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T-ACGAA--TCAAAACAAAATT--------------------A-TT-TT-GC-CAATGTCA-----G----TG-TTTCAAGTTA------------GGT---ATTTT---ACG-GTTGAG--A----AATGGGCG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAA-TA-TTCGCTTAAAA-TCAG-CAT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A---GTG-----------------A--------------T--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-TNA-----AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TC-TTACCGAG-CGT--G-CA-------TCTTTTAAA-C--ATTTT-----------------TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TT--CTCGC-A-CTTTTCC---TTTCGCC-A--GGTG-TCGTAT-TTGTG-GGCACATATATTCG---------TTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACGT-----CTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-T-CATTTAAGTTATAG-----------------TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-ACGCGGAACGTGT-------G-T-ACAA-TA-CGCATC-----CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCATTTAAGTGATATATGCGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222 2222222222222 2222222222222222 11111111111111111 111111111 111 111 33333333333333333 1111111 3333333333333333333 1111111 1111111 1111 111111111 1 33333333333333333 111 33333333333333333333333333333 1 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222 111111111 111111111 1111 11 111111 11
lowQualScore : 55 4 777 4 4 4 55 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888 4 4 4 3 3 44 3 3 44 3 3 99999999999999 44 666 99999 3 44 33 4444444444444 2 5 5 66 3 444 3 888 3 44 888 2 5 3 9999 3 3333333333333333 3 44 44 3 3 3 555 44 999 44 3 888888 9999999999 3 3 3 2 77777 6666 555 7 55555555555555555 0 3 444444444 222 3 888888 3 3 3 3 77 2 2 2 2 33 2 2 777 66 555 000 33 66666666666666666 33 44 3 0000000 0000000000000000000 44 3 2222222 3333333 5555 3 1111 3 3 666666666 3 6 3 3 77 0 3 77 5 4 55 4 777 0 8888 55555555555555555 4 3 3 3 3 3 000 3 3 777 3 3 3 33 2 2 3 3 66666666666666666666666666666 1 1 55 55 4 0 99 777777 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 666 5 6666666666666666666666 4 777777777 4 88888 777777777 4 0 7777 1 00 4 555555 11 66 888
lowQualScore : .. . ... . . . .. .......................................................................................................................................................................................... .... . . . . . .. . . .. . . .............. .. ... ..... . .. .. ............. . . . .. . ... . ... . .. ... . . . .... . ................ . .. .. . . . ... .. ... .. . ...... .......... . . . . ..... .... ... . ................. . . ......... ... . ...... . . . . .. . . . . .. . . ... .. ... ... .. ................. .. .. . ....... ................... .. . ....... ....... .... . .... . . ......... . . . . .. . . .. . . .. . ... . .... ................. . . . . . . ... . . ... . . . .. . . . . ............................. . . .. .. . . .. ...... . ........................................................................................... . ... . ...................... . ......... . ..... ......... . . .... . .. . ...... .. .. ...
lowQualScore : 88 4 888 4 4 4 66 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5555 0 0 0 6 3 66 3 3 66 3 1 55555555555555 22 777 55555 1 22 99 4444444444444 7 3 7 66 1 555 1 555 1 22 555 9 7 1 6666 1 6666666666666666 1 22 22 1 3 3 888 66 222 66 6 222222 2222222222 6 6 6 6 77777 5555 888 3 55555555555555555 5 6 555555555 555 3 555555 6 6 6 6 33 9 9 9 9 99 9 9 999 88 000 000 99 88888888888888888 99 22 1 0000000 2222222222222222222 22 1 4444444 1111111 2222 1 9999 1 3 777777777 3 7 3 3 99 0 3 22 9 0 55 0 000 8 5555 77777777777777777 0 6 6 6 6 3 333 1 1 000 1 1 1 99 9 9 1 3 77777777777777777777777777777 8 5 00 00 4 2 22 555555 7 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 000 7 6666666666666666666666 4 888888888 4 88888 888888888 4 1 4444 1 00 4 777777 99 99 888
consensus : NCCGCTAAT--ATGTCG---AA-TATAAA-TAGGTT-CGG-TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTT------------------TT-------------------TTTT------------T-----------G-----G----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC-ATA-----C--------ATT--TCTAT-A-TTTTCTTTA-TAC-AAGTA--C-C-----------TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AATA--------------A-CT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T---ACGAA--TC-AAAA-C----AAAA---TT--A-TT-TTG-C-CAATGTCA-----G----TGTTTCAAGTT---AGGT-ATT----T--------T---ACG-GTT---------GAG--A-AATGGGCG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAAT-ATT-CGCTTAAAA-TCAGC-AT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----NA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TCTT-ACCGAGC-GT--G-CAT---CTTTTA----AACAT----T---T--T----TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TTC--TCGC-AC-TTTT--CCTTT-CGCC-A-G--GTG-TCGTAT-TTGTG-GG-CA-----CA------T--A----TA-T--TCGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-ACGCGGAA-CG-TGTG-TACAATA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
Reference ( family-3241 ) : NCCGCTAAT--ATGTCG---AA-TATAAA-TAGGTT-CGG-TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTT------------------TT-------------------TTTT------------T-----------G-----N----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC-ATA-----C--------ATT--TCTAT-G-TTTTCTTTA-TAC-AAGTA--C-C-----------TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AATA--------------A-CT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T---ACGAA--TC-AAAA-C----AAAA---TT--A-TT-TTG-C-CAATGTCA-----G----TGTTTCAAGTT---AGGT-ATT----T--------T---ACG-GTT---------GAG--A-AATGGGCG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAAT-ATT-CGCTTAAAA-TCAGC-AT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----NA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TCTT-ACCGAGC-GT--G-CAT---CTTTTA----AACAT----T---T--T----TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TTC--TCGC-AC-TTTT--CCTTT-CGCC-A-G--GTG-TCGTAT-TTGTG-GG-CA-----CA------T--A----TA-T--TCGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-ACGCGGAA-CG-TGTG-TACAATA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
gi|1 : TAAT--ATGT-G---AACTATAAA---GGTT-CG--TAG-T-------CA-----G---TGC----------------------T------TTT-------------GGGGGGTTCTTT------------------TT-------------------TTTTGAGATATAGGAAT-----------G-----G----------ATA---------------------AGGGCATTATTATTCT-A-TCTGTCAA-AAATTACA-TAA-T--TAACTGC-ATA-----CGATATACAATT--TCTAC-A-TTT-----G-AAC-AAGTA--C-AA----------TATC-GT-GT----CT-CT-G-C-ACATCTA-CTAATAACAGCT--C---TAC-TCAATCAATTAT-G----ACAATACCATAGAAAAATCTA-CTATT--ACAGATAAGCTA-TTC---A--T---ACGAAATTC-ACAA-CCACGAAAACCTTT--A-TTCTTG-CTCAATGTCACGTCTA----TGTTTCAAAT------GT-ACTCACAT--------T---ACA-TTTTAACATATAGAGT-ACAATGAG-G----CT-AC-CTCTTTGATCCC-TGCAAAT-ATT-CACTTAAAA-TCAGC-AT-A-ATC--A-TA-AT--GTC-A---G---A--GTG-----------------ATACGA--T-T-------TGT-----T-------------CT--T-T----AATATAAA-------TA--T-CTA-CC----ACC-AG---------T-TACA--CTT-GC-A--T-GC-TC-T-ACC-AGC-GTCGA-CAT---CTTTTA----AACAT----TATAT--TA---TAATTCAA-TA-TAA-ATTT-CGACATTC--TCGC-AC-TTT----CTTT-CGCC-A-A--GTG-TC-TAT-CGGCG-A---A-----CA------T--G----TACT--TCG-TACGCCTAAACTTGT--CGGTTCTTATTGATGGAAAC--ACG------CTCATAATCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTA------GGC-AA-T-TCCATTTAATT----T----CC-A------GTATAA-TAT---------GCGTAATTACA-C--CAAAA---------A-ACAGACAA-C----TG-TACAATATTGCAT------CCCCACT--T----GAC---C-GAAA
gi|10 : caCTGCTAATCAGTGTCGGAAAA-TAGAGA-TAAGTCACGG-TAGGTAA-----CA-----T---TG-----------------------TAGGTTGTTT-------------GG-------TTTTTATTATTTATTTATTAATT-------------------TTTT------------T-----------GTTCTTA----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-ATT-TGTCAA-AA--TGAA-TT-----------T-ATA-----C--------AATGGTGTATAA-TTTTCTTTA-TATAAAGTA--C-C-----------TATC-AT-ATTATGCT-
gi|11 : tcattttatgaagtagaaaagaaatgtgtaaaatattaattaaaaaagatctcaaagttattatccagtttcagtaattcgtatttgctaaccattcaaactgttgtgaaacaaaaattttaaaggcctaaaaaaatactgtgtttctgctcaacatgtcgaaaaataaacaaaatttttaaggcctaaaaaaaaacctgtgtttCTT-ACCTCGC-GT--G--AT---CTTTTA----AACA---------------------------------ATTT-----------TCG--AC-TTTT--CCTTT-CGCCAA-G--GTGTTCGTGTGTTG-G-GG-CA-----CA------T-------CA-T-----TTATCGTTTGTC-TGTTGT--TTCG--TTGAT--AAAC--ACG-----TCTCA-Aat
gi|11 : TA------GGCGAA-TCT-CATTTAAGT----TTAGAATTA------G--TAAATAT---------GC--AAAT-TG-C--CAAAAACAAACAAAC-ACGCAGAAACGCTGTGGTACAATA-CGAAT---CCTCCTCACT--TT---GAC---CTGAAAAtggcgacaatatcccatcaatgcgtttaataggaaaatcatatgctgcagtgaacaatctattcaaaccaacgaaccgtccaataaatcgctaagtttagataacaataggcgaatctcatttaagtttagaattagtaaatatgcaaattgccaaaaacaaacaaacacgcagaaacgctgtggtacaatacgaatcctcctcactttgacctgaaaat
gi|12 : cttacctcgcgtgatcttttaaacaattttcgacttttcctttcgccaaggtgttcgtgtgttggggcacatcatttatcgtttgtctgttgtttcgttgataaacacgtctcaatggcgacaatatcccatcaatgcgtttaataggaaaatcatatgctgcagtgaacaatctattcaaaccaacgaaccgtccaataaatcgctaagtttagataacaaTCAATAA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC-ATAACTTTC---------TT--TCTAT-G-TTTTCTTTA-TAT-AAGTA--C-C-----------TATT-GT-GCT-TGTT-CTTG-T-C-ATCCA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AATA--------------A-CT-TT--T--AA-AAGTCG-T-C---A--T---ACGAA--TC-AAAA-C----AAAA---TT--A-TT-TTG-C-CGATGTCA-----GCTATTGTTTCAAGTT---CGGT-ATT----G--------T---ACG-GTT---------GAC--A-AATGGGAG----CTGGC-CTGCTTGA-CCC-TGCAAAT-ATT-CGCTTAAAA-TTAGC-AT-A-ATC--A-TA-T---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--GA--T-T-------TGA-----T-------------TT--T-TAAAAAA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-t
gi|13 : aaatgtC-AC-TTTT--C-TTT-CGCC-A-G--GT--TCGTAT-TT------------------------------------TCGT-ATATGT-GTCC-GT--T--T-CGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCT-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGC-AAAT-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-T--CGAAA---------T-ACGCAGAA-TG-TGTG--ACAATA-CACAT---C--CCCCAC---TTG--GAC---CTGAAAA
gi|14 : AG--A-AATGGGTG----CCGAC-TTC-TTGA-CCCCTGCAAAT-ATT--GCTTAAAA-TCAGC-AT-ACATC--A-TA-A---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--GA--T-TGTTAATATGT-----TGG-----------TT--T-T----TT-AAAAA-------TA--A-TTA-TT----A-C-AG---------T-T----GCTA-GT-AACT-GC-TTT---CC---C-GT--G-CAT---CTGTT-----AACA---------T--T----TAA-TCAA-TA-TAACATTT---AC-TTC--TCGC-AC-TTATCCCCTTT-CACC-A-G--GTG-TCA----TTGCGTGG-CA-----CA------TTAA----TA-T--TTCTTATTTTTTGTC-TGT--T--TTCGT-
gi|15 : tt-----------------------T------TCT-------------TG-------TTT------------------TG-------------------TTTT------------T-----------A-----T----------ATA------------------------------T-TTTTA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-GTA-T--AAA-TGC-ATG-----T--------ATT--TCTCT-G-TTTTCTTTG-----AAGTAGGC-CTACACACAATGTATT-AT-GTT-TGCT-ATTG-C-C-ATCCA-CCAG---CAG-T--T---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AATA--------------G-CT-CTTAA--GA-AAGTTG-T-C---A--T---TCGAA--TC-AAAA-C----AAAT---TT--ATTT-TTT-C-CAATGTCA-----G----TTTTTCAGGTT---A
gi|16 : ttAAA-TCAGC-ACCA-ATC--A-TA-A---GT--AATAG---A--GTG-----------------AT--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----TT-AAAGA-------TA--T-TTAACC----A-C-AG---------T-TACATGCTT-GC-A--TTGCCTCTT-ACCGAGC-GT--G-CAT---CTTTTA----AA-AT----A---T--T----TAA-TCAA-TATTAA-ATTT-CGAC-TT---TCGC-AC-TTTT--TCTTT-CGCC-A-G--GTG-TCGTAT-TTGTG-GG-CA-----CA------T--A----------CCGGTATATATTca
gi|17 : CA-----G----TGTTTCA-GTT---AGGTCATA----T--------C---GAG-GTT---------GA---A-AATGAACA----C--AC-CTCCTTGA-T---------T-A--------AAAA-TCAGC-AT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---GAATA--GTGAGTATATAATACACCCTAT--AA--T-T-------TGT-----TAA-----------TT--G-T----CA-GAAAA-------AA--C-CCA-ACAAAAA-C-AC---------T-TTCA-GCGT-TC-A--TCGC-TCTG-ACCGAc
gi|18 : GTCA-----G----TGTTTCAA-TT---AGGTCATA----T--------C---A-G-GTT---------GA---A-AATGAACA----CTGACGCTCCTTG---------------TT-------AAA-TCAGC-AT-A-ATC--A-T--A---GT--A---GAATA--GTGAGTTATAATACACT---AT--AA--T-T-------TGT-----TA------------TT--G-T----AG-AAAAA---------------A-CCCAG-A-C-AGAGAAAACACT-TTCA-GCTT--C-A--TCGC-TCTG-ACCGcagaatgagcatgtgctgctctt
gi|19 : -AT-GTT-TGCT-CTTG-C-C-ATCTA-CAAA---CAG-T--C---TTC-TCAA-CAACCAT-G----A-AACA--------------A-CT-TT--A--GG-AAGTTG-T-C---A--T---ACGAA--TCAAAAA-C----AAAT---TC--A-TT-TTG-C-CAACGTCA-----G----TG-----------------ATG----T--------T---ACG-GTT---------GAG--A-AAgaatgacatgtgctgtcttt
gi|19 : AAAA-TCAGC-AT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--Gatcagcataatcataagtagagtgatg
gi|2 : atgtttgctcttgccatctacaaacagtcttctcaacaaccatgaaacaactttaggaagttgtcatacgaatcaaaaacaaattcattttgccaacgtcagtgatgttacggttgagCCGCTAAT--ATGTTG---AA-TATAAA-TAGGTT-GGG-TAGGT-------CA-----G---TG----------------------------------------------GG-------GGT------------------TT-------------------TTTT------------T-----------G-----C----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTAA-A-T-TGTCAA-AA--TGAA-TTAAT--GAA-TGC-ATA-----C--------ATT--TCTAT-G-TTTTCTTTAATAC-AAGTA--C-C-----------TATT-AT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---AAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AATA--------------A-CT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T---ACGAA--TC-AAAA-------------TC--A-TT-TTG-C-TAATGTCA-----G----TGTTTCAAATTTATAGGT-ATT----T--------T---ATG-GTT---------GAG--A-AATGGGTG----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TGCAAAT-ATT-CGCTTAA---TCAGC-AT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-T----TC-AAAAA-------TG--T-TTA-CC----A-C-AT---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TCTT-ACCGAGC-GT--G-CAG---CTTTTA----AACAT----T---T--------AA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TTT--TCGC-AC-TTTT--CCTTT-CGCC-A-G--GTG-TCGTAT-TTGTG-GG-CA-----CA------T--A----AA-T--TCATTATATTTTATCTTGT--T--TTCGT-TTGATGGAAATTAACGAAGCTTCTCA-AAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN-AA-T-T-CATTTAAGT----T----AT-A------G--TAA-TAT---------GCGTAATT-T--C--CGAAA---------T-ACACGGAA----TGTG-TACAATA-CGCAT---C--CCCCACT--TTG--GAC---CTGAAAA
gi|21 : c-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC-ATA-----T--------ACT--TCTAT-A-CCT-----A-TAC-AAGTA--C-A-----------TATA-AT-GTT-TGAT-CTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---AAC-T----TAACCAT-GA---A-AATA--------------A-CT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--T---ACGAA--T
gi|22 : GTCG---AA-AATAAA-TAAAGT-CGG-TAGGTA------CATATAGG---TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTT------------------TT-------------------ATTT------------
gi|23 : -T-T-CATTTAAGT----T----AT-ACATGTAG--TAA-TAT---------GCGTAATT-TG-CCGCGAAA---------TAACACGAAA--G-CGT--TATAAT----CATACCC--CCCCACTACTTG--GACTCACTAAAAAcatttacttatttatttatttttattttttttttgttcttataagggat
gi|24 : AC-TTC--TCGC-AC-TTAT--CCTTT-CACC-A-G--GTG-TCAT----TGTG-GG-CA-----CA------T--A----TA-T--TCGTTATATTTTGTC-TGT--T--TTCGT-Tt
gi|25 : ttt-ATA-----C--------ATT--TCTAT-A-TTT-----A-TAC-AAGTA--C-A-----------TAGT-GT-GCT-TGCT-TTTG-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAA
gi|26 : ----T----AT-A------G--TAA-TATCGTAATTTTGCGTAATT-TG-C--CGAAA---------T-TCGAAGAA-CG-TGTG-TACAATA-CGCAT---C--CCCCA
gi|27 : --GTG-TCGTAT-TTGTG-GG-CA-----CA------T--ACCGGTA-TAATCGTTATATTTTGTCTTGT--T--TTCGT-TT
gi|28 : -TA-TAA-ATTT-CGAC-TTC--TCGC-AC-TTTT--CCTTA-CGCC-A-G--GTG-TCGTAT-TTGTG-
gi|3 : TGTTG---AA-T-TAA--TAGTTC-TGG-TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTT-------------TT-------TTT------------------TT-------------------TTTT------------TTGTTTGTTTTTG-----G----------ATA---------------------AGGG----A--ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC-ATATA---C--------ATT--TCTAT-A-TTTT----A-TAC-AAGTA--CAT-----------TATT-GT-GTT-TGCT-CTTG-C-A-AATTA--TAA---AGG-T--CA--TAC-TCAA-CA-CCAT-G----A-AATA--------------AACT-TT--A--GA-AAGTTG-T-C---A--TGATACGAA--TC-AAAC-C----AAAA---T---A-TT-TTG-C-TAA-ACCA-----G----TGTTTCAAGTT---AG-T-ATT----T--------T---ACG-AT----------GA---A-AATGGGTG----CTGAC-CTCTTTGA-CCC-TGCAAATTATTTCGCTTAAAA-TCGGCCAT-A-ATC--A-TA-A---AT--A---G---A---TG-----------------AG--CC--T-T-------TGTG----T-------------TT--T-T----AA-AAAAAA------TA--TGTTA-CC----A-C-AGA--------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-CCTTTACCAAGCCGT--G-CAT---CTTT-A----AACAT----T---T--TCTTTTAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TTTCTTCCC-ACCTTTT--CCTTTTCGCC-A-GTGGTG-TCGTAT-TTGTG-GG-CA------------------------------TTATTGTTTGTTTTGT--T--TGTGG-ANNNNNNNNNN--NNN-----NNNNN-NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GGC-TA-C-T-CATTTA-----------------------------TAT---------GCGTAATT-TA-C--CGAAA---------T-ACACGGAA-CG-TCTGTTACAATA-CG-AT---CG-CCCCACT--TTG--A-----CTGAAA
gi|4 : G-----------------------T------TTT-------------TT-------TTT------------------TG-------------------TTTT------------T-----------G-----G----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TAAA-TTA-T--GAA-TGC-ATATA---C--------ATT--TCTAT-A-TTT-----A-TAC-AAGTA--A-------------TATT-GT-GTT-TGCT-CT-G-C-A-ATCTA-CTAA---CAG-T--C---TAC-TCAA-CAACCAT-G----A-AATA--------------A-CT-TT--A--GA-AAGTTG-T-CATGA--T---ACGAA--TC-AAAC-C----AAAA----T--A-TT-TTG-C-TAA---CA-----G----TGTTTCAAGTT---AGGT-ATT----T--------T---ACG-ATT---------GAG--A-AATGGGTG----CTGA--TTCTTTGC-CCC-TGCAAAT-ATT-CGCTT-AAA-TCGGC-AT-A-ATC--A-TA-A-------A---G---A--GTG-----------------AT--GC--T-T-------TGT-----T-------------TT--T-A----AA-AAAAA-------TT--T-TTA--C----A-CAAG---------T-TACACGCTT-GC-A--T-GC-CCTT-A-CGAGC-GT--G-CAT---CTTTTA----AACATTTTAT---T--T----TAA-TCAA-TA-TAA-ATTT-CGAC-TTC--TCGC-AC--TTT--CCTTT-CGCC-A-G--GTG-TCGTAT-TTGTG-GG-CA-----C-----------------------------TTTTGTCTTG---T--TTCGT-TTGATGGAAAC--ACG-----TCTCA-AAT--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN-NN-N-N-NNNNNAATT----C----AT-C------T--T-A-TGT---------GCGT-ATT-TA----CGAAA---------T-ACACG--A-CG-T-TG-TACAATA-CGCAT---C--CCACACT--TTG--GAC---CTGAAA
gi|5 : CCTCTCAC--AAGTTG---AA-AATAAA-TAGGGT-GGG-TAGGT-------GG-----GAGATT-----------------------T------TTT-------------TC-------TTT------------------TT-------------------TTTT------------T-----------G-----GGGGGGGGGTTATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TGAA-TT-------------ATA-----C--------ACT----TAT-A-TTGTTTTTG-T---AAATA--C-C-----------TATT-AT-
gi|5 : ggcctaaaaaacccaaaatacccgtgttt-TCAA-CAACCAT-GTATAA-AATACAT-----------G-CA-TT--A--TA-AAATTG-T-C---A--T---ACAAA--TC-AA---C----A------TT--A-TT-TCG-C-CAATGTAA-----G----AGTTACAAGTT---AAGT-ATC----TCTGTATGTT---AGG-GTT---------GAG--A-AATGGACA----CTGAC-CTCCTTGA-CCC-TACAAAT-ACT-CGCTTAAAA-TCAGC-AT-A-ATC--A-TATACATGTACA---G---A--ATA-----------------AG--GA--T-T-------TGT-----TATATTGATTTTGGTT--T-T----TA-AAAAAACCAACTCA--T-TTA-CC----G-C-AA---------T-TATT-ACCT-GC-AT-T-GC-CCTG-ACCGGTC-AT--G-CATATGCTGT--------CTT----T---T--T----TAA---AA-T------ATTT-CGAC-TTT--TGGC-AC-TGTT---CTGT-AGTT-A-G--GTA-TCGTAT-ATGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttttttttttgtcatctagaaccagacaataaagacattatatttcaacaaccatgtataaaatacatgcattataaaattgtcatacaaatcaacattatttcgccaatgtaagagttacaagttaagtatctctgtatgttagggttgagaaatggacactgacctccttgaccctacaaatactcgcttaaaatcagcataatcatatacatgtacagaataaggatttgttatattgattttggtttttaaaaaaaccaactcatttaccgcaattattacctgcattgccctgaccggtcatgcatatgctgtcttttttaaaatatttcgacttttggcactgttctgtagttaggtatcgtatatgttgatttggcaatattaatttaaatttgtaa
gi|6 : ggcctaaaaaacccaaaatacccgtgtttcctctcacaagttgaaaataaatagggtgggtaggtgggagatttttttcttttttttttggggggggggttataagggatattgaattgtcaaaatgaattatacacttatattgtttttgtaaatacctattattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttttttttttgtcatctagaaccagacaataaagacattatatt-AAGT-----C-----------TATT-ATTGTT-T-CTGCTTG-CCA-ATCAT-CAAA---CAG-TGCT---TGC-TCAA-CAACCATTG----A-AACA--------------A-CT-----A--GG-A-GTTGGT-C---A--TC--ACGAA--TC-AAAAAC----CAAA---TTCAA-TT-TTGGC-CAACGTCA-----G----TGtgatttggcaatattaatttaaatttgtaa
gi|6 : caattAGAG-TCACA-AT-A-GTC--AATA-A---GT--A---G---A--GTG-----------------AT--GGATT-T-------TGG-----T-------------TT--T-T----AA-AAAAA-------TAAAT-TTA-CC----A-C-AG---------T--ACA-GCTT-GCCA--T-G--TCT--ACCGAGC-GT--GGCAT---TTCTTAGATTAATAG----TG--TGAT----TAT-TCAAATA-TAA-ATTTACGAT-TT---TCGCTAC-TTTT--G-TTT-CGCT-AAG--GTG-TCGTAT-TTGTG-GGCCAAATATCA------T--A----TA-T--T-GTT-TGTTTTGTC-TGT--T--ATCatgttacgtttggagaaagagtcacaatagtcaataagtagagtgatggattttggtttttaaaaaaataaatttaccacagtacagcttgccatgtctaccgagcgtggcatttcttagattaatagtgtgattattcaaatataaatttacgattttcgctacttttgtttcgctaaggtgtcgtatttgtgggccaaatatcatatattgtttgttttgtctgttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaagtatagtaagtaacatgcgtaatttgtctgaaatacgtagaaatgttgaagtacgctccccactgttggagacctgaaaatt
gi|6 : caattaagtctattattgtttctgcttgccaatcatcaaacagtgcttgctcaacaaccattgaaacaactaggagttggtcatcacgaatcaaaaaccaaattcaattttggccaacgtcagtgatgttacgtttggagaaTTTAAGTATAGT----A--A------G--TAA-CAT---------GCGTAATT-TGTC--TGAAA---------T-ACGTAGAA--A-TGT--TGAAGTA-CGC-----T--CCCCACTG-TTGGAGAC---CTGAAAAttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaagtatagtaagtaacatgcgtaatttgtctgaaatacgtagaaatgttgaagtacgctccccactgttggagacctgaaaatt
gi|7 : caattaagtctattattgtttctgcttgccaatcatcaaacagtgcttgctcaacaaccattgaaacaactaggagttggtcatcacgaatcaaaaaccaaattcaattttggccaacgtcagtgatgttacgtttggagaaagagtcacaatagtcaataagtagagtgatggattttggtttttaaaaaaataaatttaccacagtacagcttgccatgtctaccgagcgtggcatttcttagattaatagtgtgattattcaaatataaatttacgattttcgctacttttgtttcgctaaggtgtcgtatttgtgggccaaatatcatatattgtttgttttgtctgttatcttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCTAAT--ATGTTG---AA-TATAAAATAGGTT-CG--TAGGT-------CA-----G---TG-----------------------T------TTTTTTTTTATATTTTGG-------TTT------------------TT-------------------TTTT------------T-----------T-----G----------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-T-----------------A-T--GAA-TGC-ATAAATA-C--------ATT--TCT---G-TTTTCTTTA-TAC-AAGTA--C-C-----------TAT--AT-GTT-TGCTTCTTG-C-A-ATCTA-CTAAA--CAG-T--C---TAC-TCAAACAACCAT-G----A-AATA--------------A-CT-TA--T--TA-AAGTTT-T-C---A--T---ACGA----C-AAAA-C----AAAA---TT-------TTG-C-TAATGTCA-----G----TGTTACAAGTT---GGGT-ATT----T--------T---ACG-GTT---------GAG--A-AATGGGTG----CTGAC-CTCCTTGA--CC-TGC---------------AAA-TCAGC-AT-A-ATCATA-TA-A---GT--A---G---T--GTG-----------------AT--GA--T-T-------TGT-----T-------------TT--TAA----AA-AAAAA-------TA--T-TTA-CC----A-C-AG---------T-TACA-GCTT-GC-A--T-GC-TCTT-ACC-AGC-GT--G-CGT---CTTTTA----AACA-----T---T--T----TAA-TCAA-TA-TAA-A-TT-CGAC-ATT--TTGC-AC-CTTT---CTTT-CGCC-A-G--GTG-TCGTAT-TTGTG-GG-CA-----CATACCGGT--A----TA-T--TCGTTATATTTTGTCCTGC--T--TTCtt
gi|8 : CTGCTAATC-ATGTCG---AA-AATAAA-TAAAGT-CGG-TAGGTAACATTGTA-----GGT-TG-----------------------T------TTT-------------GG-------TTT------------------TTATTTATTTATTTATTAATTTTTT------------T-----------G-----TTCTT------ATA---------------------AGGG----AT-ATTGA-A-T-TGTCAA-AA--TGAATTTA-TTACAA-TGTGGTA-----T--------AT-----------TTTTCTTTA-TAT-ACGTA--C-C-----------TATC-AT-ATTATGCT--TTGTC-A-ATAAAGATAA---CAT-T--CATATGT-CCCA-CAATCAT-G----A-AATA-----------------C-TT--A--GA-AAGtt
gi|9 : caattttatgaagtagaatagagaaatgtgtaaaaagtattaattaaaaaagatctcaagttattatcagtttcagtaatcgtaatttgctaaccatcaaactgttgtgaaaacaaaaattttaaaggcctaaaattaaatactgtagtttctgctcaacatgtcgaaaataaacaaaatttttaaggcctaaaaaaaaacgctgtgtttTTG---AA-TATAAA-TAGTTT-CGGATAGGT-------CA-----G---TGTTGTTTTAGTTTTTTGTTTTGTTT------TTT-------------GGG------TTT------------------TT-------------------TTTT------------T-----------T-----T----------ATATTTTATTATTATATTTTGACTAGGG----AT---TGACA-T-TG------G--TAAA-T-A-T--GA-------------------------T--TCGAT-GGTTTTCTTTA-TA---AGTA--C-TAG---------TATTTATAGTT-TGCT--TTG-T-C-ATCTA-CCAA---CAG-T--C---TACATCAA-C--CAAT-G----A-AATA--------------A-CT-TT--A--GA-AAGTCC-T-C---ACCT---ACGCA--TC-AAAA-A----CAAA---TC--ACTT-TTG-C-CAATGTCA-----G----TGTTTCAAGTC---AGGT-ATT----C--------TTAAACGCGTT---------GAGGAA-AATGAGGGTTGACTGAC-GTCCTTGA-CCC-TTCAAAT-ATT-CGCTTAAAATTTAGT-TT-A-ATC--A-TA-A---GT--A---G---AACGTG-----------------AT--GA--TGT-------TATAATGAT-------------TTGGT-T----T--AAAAA-------TA--G-TTA-CC----A-C-AG---------TATACA--CTTAGC-A--T-G--TCTT-ACgtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCATTTAAGTGATATATGCGTA