lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444 44444444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 2 2 333 00000 22222 44444444444444444 2222 1 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 1 1 11 1 1111111 1111111 111 222222222 1111 1 1 11 11111 2222222222222222222222222222 1111111 2222222222 111111111 111 2222 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 1 6666666 1 11111 11111 2222222222 222 1 444444444444444444444444444444444 22 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222 111 111111 2 3333333 11 11 1 22222222222 33333333333 1111 111 1111 111 44444444444444444444444444 1111 888888888888888888 11 33333 111111111 111111111111 1111111 11
lowQualScore : 5 5 99999999 66 33333333333 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 0 6 4 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 3 2 99 0 333 00000 66666 88888888888888888 9999 0 66 8 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 6 3 0 66 8 7 9 0 55 9 44 3 6666 44 22 2 8 2 8 3333333 3 0000000 000 99 555555555 2 5 0 33 2 6666 5 0 1 2 4 22 0 4 5 2 11111 44 9 44 8888888888888888888888888888 77777 4 3333333 3 666 2222222222 666666666 000 4 2 4 4 77 4 3333 5 66 5 000 5 44444444444444444444444444444444444444444444444 5 2222222 1 0 66666 88888 9999999999 111 1 5 5 5 777777777777777777777777777777777 5 6 2 55 77 2 66 66 2 0 5 5 000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 66 66 0 2 6 5 999999999999 222 000000 0 2 66 4 2 66 2 4 3 1 4 555 66 4 7 4 5 0 77 3 8888888 77 33 0 55555555555 77777777777 5555 6 55 4 5 0 444 55 1111 8888 888 333 66 4 8 1 11111111111111111111111111 1111 1 999999999999999999 777 666 33 4 3 33 3 1 3 3 4 00000 3 55 777777777 555555555555 4444444 888 4 2 44 0 5
lowQualScore : . . ........ .. ........... . ............................................................................................................................................ . . . . . ................................................................................................................................................................................................................................................ . . . .. . ... ..... ..... ................. .... . .. . . .................................................................................................................................................................................................................................. . . . . . .. . . . . .. . .. . .... .. .. . . . . ....... . ....... ... .. ......... . . . .. . .... . . . . . .. . . . . ..... .. . .. ............................ ..... . ....... . ... .......... ......... ... . . . . .. . .... . .. . ... . ............................................... . ....... . . ..... ..... .......... ... . . . . ................................. . . . .. .. . .. .. . . . . ... ................................................................................................................................ .. .. .. . . . . ............ ... ...... . . .. . . .. . . . . . ... .. . . . . . .. . ....... .. .. . ........... ........... .... . .. . . . ... .. .... .... ... ... .. . . . .......................... .... . .................. ... ... .. . . .. . . . . . ..... . .. ......... ............ ....... ... . . .. . .
lowQualScore : 0 0 44444444 11 77777777777 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 5 9 0 4 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 2 22 0 555 00000 77777 33333333333333333 0000 0 55 0 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4 7 7 0 11 4 8 2 2 33 1 22 1 5555 22 55 9 6 7 7 3333333 3 4444444 000 44 777777777 9 9 6 99 5 2222 8 4 4 5 1 22 9 3 0 8 00000 22 2 66 4444444444444444444444444444 88888 0 0000000 4 222 4444444444 333333333 000 0 6 4 4 22 5 9999 0 99 0 999 0 33333333333333333333333333333333333333333333333 6 2222222 0 8 55555 00000 8888888888 666 0 0 7 7 333333333333333333333333333333333 7 0 1 11 11 7 99 99 0 2 0 0 999 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 99 99 7 5 6 0 222222222222 222 555555 9 7 11 4 2 11 9 4 0 1 0 999 22 0 9 4 0 4 77 2 7777777 33 88 0 99999999999 44444444444 0000 7 22 4 0 4 444 44 1111 2222 000 999 11 4 1 6 11111111111111111111111111 8888 4 999999999999999999 000 777 22 0 3 44 1 2 1 1 8 22222 6 00 000000000 111111111111 9999999 888 7 7 00 7 7
consensus : NNTGCGGAGGAGGA-AT-TCNNNTAATTTC--TACAAAGAC-T-ACTCGCCACAAGCC-GTACATGC-C-GATA-TT-C-T-C--AGC-AT--CCTAA--C-C--CGC-TAC-T-TGCTATGTG-CTG-------------------------GTGTGCTTCA-----C-ATCAC--TA---GG-T--A--GCC-TG---TG----TAACG-GCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACCT----A-AAAG-N-CC--AA--GC-AGA---A----GT---T--TAAAAA---CCT-CATAA-TGCTGC-TG-GACT----CGTGGT-TTCCTGGTAC--C---TG----CT----AAGTGCTCATG-GGTACACA-------A-TC---ATT-------AG----------C-------A------------G-AAACG-CA-AT---C---GT-C--C---CTTGCCG-CTC-GCT---CATGCATC-AGTTCACCAGGGTCCATGCCACCCTAAATCAGAATGTAAAA-----ATTAC---C-TACTG-C-GTANAACG-GGAG-CACAATG--CTGC-CATTN-TCTTGC-TTTCTCTATGCCT-CATATC-GATA---CATGTGCTATA-AAGTNCTGCG-AG-G-GAGGA--ATACCGCC-TAATTTCNACAAAGACT-ACTCGCCACAAGC-CGT-ACATGCCGATATTTCT--CAG--CATC-CTAACCCGC--TACT-G--TTG-NT-TG-GCG----TGCTT--GG-CG-----C-----G--------------C-T--------------G-----A-----G-CCTGT-AACGGCTT--AGGAGATTTCATGT-CAAC-NATAC--C-T----ACAG--A--C-C-AA-GGCAGAAGA--GGTC-TNAAAA----CC-TCA---TAC-TGTGCT---------G-GACTCGTG--GTTTCCTGGTACC---TGCTAAGTGCTCAT-GGGTCA-NAATCATTAGCACT-AGCCC--G--TACT--GGCAAACCA--CGTCCT---C-TGCC---CT-TGGCTC--CATGCATC-AG-TC-A-------CCATG--GT---------NAGT----A-NCNCAC---C-TACNGCTG-T-AC-ACGGGAA-CA-CAA--TGC-TGC-T-ATTC-TCTTGCTT-T---------CTC-TA-------TGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCAGA-G---GGAGGAATTGCATA-ATTTCCATANAGAGACT-ACTTGCCACAAGCCCT--GTGCGGAGGAGGA-AT-TCCA-CAATTT-C--TACAAAGACTA--CTCGCCACAAGCC-GTACATGCCGATATTCT-TCANCAT--C--CTAACC-CGC-TAC-T-TGC------T------A------GG---TGT--G---CN--TCAC-ATCACTAGCAC---NA--GCCTGCTAACGNCTTA-AGGATTAGGGGAT---N--TCAGNTC-TTCA---CT----AC------C-AA--GG--CA--GAAGAGGTCTC-ANAG--C--CT-CAT---AC------TGTGCAGAGG--A-GGA-T--TCC-ACNATTT-C--TACAAAGACTA-CTCGCCA-CAAGCC-GTACATGCCGATACCTTAAGGTT-CCAAA-NCCTCA--TGCC-ATA----C------TGTGCGGAGGAGGAA--T--TNCACTAATT-C--TACAAAGANTA-CTTGCCACAAGCC-GTACATGCCGATA-TT-C-TC--ANCAT--CCTAACC--CGCTAC-TTGCTATGTGCTG-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACT---CTAGCGC-AG---CCT---GTAACG-GC-TT-AGGAG-ATTCCNG-TCCA-T-CATACC----TACA-G--ACC-----C--GAGG---AG--G----AA---GTC-TCAAAAC---CTCATAN-TGTGCTG-GACTCGT
Reference ( gi|1 ) : TTTGCAGAGGAGGA-AT-TCGAACAACTTC--TACAAAGAC-T-ATGTAAAACAAGCC-GTACATGCACGGGTA-TC-C-T-C--A-C-AT--CCTAAGAC-C--CGC-TAC-T-TGTTATG-G-CTT-------------------------GTGTGCTTCA-----CCATCAC--TT---GG-TGCA--GCC-TG---TG----TAACG-GCTTAGGAGATTCCAGCTCA-TCACACCT----G-AAAT-A-CC--AA--GC-AG----A----GT---T--TGAAAA---CCT-CATAA-TGCTGC-TG-GATT----TGTGCTGTGCCTTTTAT--G---TG----CT----AGGTCTTCATGCGGT-C-CA-------A-TC---A-T-------AG----------C-------A------------G-AAACAACA-AT---C---GT-C--C---CTTCCCG-CTT-GCT---CATGCATC-AGCTTACCAAGGTCCATG-CATC--GAATCAGAATGTAAAATAACGATTAC---C-TACTGCCAGTCCAACA-GGAG-CACAATC--CTGC-CATTC-TCCTGC-TTTCCCTATGCCT-AAGATC-ACTA---CATGTGCTATA-AAGTATTGTG-AGTA-GAGGA--ATACCACC-TAACTTCACCAACGACT-ACTTACCACACACGCGTTACATGACGATATTTCTTGCAA--TACCTCTAACCCGC--TACT-G--TTG-AT-TA-GCC----TGCTT--AG-TG-----T-----G--------------C----------------G-----A-----G-CCTGT-A-CAGCAT--AGGAGATCTCATGT-CAAT-AATAC--C-T----ACAG--A--C-C-AA-GG-AGAAGA--AGTC-TCAAAA----CC-TCA---TAA-TGTGCT---------G-GATTTGTG--GTTTCCTGGTACA---TGTTAAGCGCTGAT-GGGTCA-AAATCATTAGCATT-AGTCC--A--TACT--GGAAAACCA--TGTCCTAA-CTTGCC--GCT-TGGCTCAACATTCATC-AG-TC-A-------CCATG--GT---------GAGT----A-ACTTAC---C-TACTGCTG-T-AC-ACGGGAA-CA-CAA--TGC-TGC-T-ATTC-TCCTACTT-T---------CTC-AA-------TGCTTCAT-GTT-GC--TACAAGTCCTTTGCAGA-GACTGAAGGAATTCCACA-ACTTCTATATAGAGACT-ACGTAAAACAAGCCCT--TTGCAGAGTAGGA-AT-TCGA-CAACTT-C--TACATAGACTA--TGTAAAACAAGCC-GTACATACCAAAATTCT-TCAACAT--C--CCAACC-CGC-TAC-T-TGC------T------A------GG---TGT--G---TG--TCAC-ATCACTAGAAC---GA--GCTTACTAACACCCCACAGGATTAGGGGTT---G--TCAGGTC-TTCA---CT----AC------C-AA--GG--CA--GAAGAAGTCTC-ACAA--C--CT-CAT---AC------TGTGCAGAAG--A-GGA-T--TCC-ACTATTT-C--TACAAAGACTA-CTTATCA-CAAGCC-GTACATGACGATACCTTAAAGTT-TCAAA-ACCTCA--TATT-ATA----C------TGTGCAGAGGAGGA---T--TCCACTAATT-C--TAGAAAGACTA-CTTACCACAAGCC-GTACATGACGATA-TC-C-TC--AACAT--CCTGATC--CGCTAC-TTACTATGTGCTG-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACT-GTCTAGCACTAG---CCT---GTAATG-GC-AT-AGGAG-ATTCCTG-TCCA-T-CATACC----AACA-G--ACC-----C--GAGG---AG--G----AA---ATC-TCAAAAC---CTAACAA-TGTGCTG-GACTTGT
gi|7 : TGAAGAGGAGGA-AT-TCCACTAA--TT--TACCAAGAC-TAACTTACCACAAGCCTGTACATG-AC-AATA-TC-T-T-C--A-A-ATTACCTA--AC-C--CGCTTAC-TATGTTAT--G-CCT-------------------------GC-TGCT-----------------------G-TGCAACGCC-C----TG----TAACA-GCATAGGAGAATTCA
gi|5 : tagggagattccagttcaatcacacctacaattaccaagccaaagtttgaaaacctcagaatttgctgagatttgtgccgtgccttgtacttgcttagggctcatcgggtcacaaatccatatagcaaaaccaattggcgtaccctacccggcttgctcatgcatcagtctacccaagtccatgccatcctaaatcagaatgtaaaaattacagtcgtactgcagtcatacaggagccacaatctgttgctcattcgtcctgcttttcccttggcctcaaaatcgattaactcatttgccttaaagtattgTGCAGAGGACAA-GT-TCCATCA-TTTCGTTACAGA-AC-T-ACGTAAG-CAAGCC-GTACAT-----GATA-AT-C-T-C--A-C-A----CTGA----C--CAC---C-T-TGCTAAGTG-C-T-------------------------GTGTGCCTCA-----TAATCAC--Ttgtcaataaataccttacagacccaaggggaagaagtctcaa
gi|2 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccacaagtcctgTGCGGAAAAGAA-AT-T---GCAAATT---TGCA--GACCT-ACTCACCACAAGCC-GTACATGC-CGA-TA-TT-C-TTC--AGC-AT--CCTAT--C-C--TGC-TAC-T-TGCTATCTG-CTG-------------------------GTGTGCTTCA-----T-ATCAC--TAACAGG-T--A--GCC-TG---T------AGCG-GCTTAGGAGATTCATGTTCA-ACAAACCT----ACAGAG-T-CA--AA--AC-AAAT--A----GT---T--AAAAAAAAGTAT-CATAC-TG-TGC-TG-GACC----CATGGT-TTCCTTGTAC--C---GG----GT----GAGTGCTCCTG-AGT-CACA-------A-TA---ATT-------AG----------C-------A------------agcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|9 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgTACGGAGGAAGA-AAATC--ATAATTTC--TACAAAGAA-T-ACTTGCCACAAGCC-GTACATGCCC----A-TT-T-T-C--AAC-AT--CCCAA--C-A--TGC-TAC-T-TGCTATGTG-CGG-------------------------GTGTGCTTCAAATGACCAGCAC--T----------A--GCC-TG---T------AACA-TCTTAGGAGATTCCAGATCC-TCAAACCT----A-CAGG-C-CC--AAT-GT-AGA---A----GT---T--TCGACA---CAT-AGCAC-TG-TGC-TG-GAGT----CATGGT-TTCCTGCTAT--C---CA----CT----AAGTATTCATG-GGTAA-TA-------A-TC---A-T-------ctagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacacctactgatgtacacgggacacaatgccattatcttcctttgtctatgcctcatggcgatacaagtcctgcgcagaggaggaattgcctattttccagaaagagaacttgccacaagccgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|3 : agtaccaaacccactgctgtagacaatgctgctttctctgtccctcatgtcgatacaagtcctaTGCGGAGGAGGATAT-T-GCATAA-TTC----CAGACAC-T----CACCACACACC-GTACATGC-C-GATA-TT-CGT-C--AGC-A---CCT---AC-CCGCGC-TAC-T---TTAT----TTG-------------------------GTGTGCTTTA-----TCA-CACAACA---GG-TAC----C-------TG----TAACGCGTTTAGGAAGTTCATGTTCA-ACA-ACCT----C-AGA--G-CA--AA--GC-AG----A----ATAGGA--TAAAAA---TCT-CAT---TG--GCTTG-GACT----CATGTT-T-CCTTGTAC--C---TG----CG----ACGTGCTCATG-AGT-CACAATAATT-A-TC---ACT-------AGTCCCGATAATC-------A------------G-GCA-AACC-AT-------GT-CCTC---CTTGCCG-TTC-ACT---CATGCtaccactgagcccgtact
gi|2 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgctggcaagtgcGCAGAGGAGGA-AT-T-GCCTATTTTC--CAGAAAGAG-A-ACTTGCCACAAGCC-GTACTTGC--TGATA-TT-C-T-CTCATC-AT--CCTAA--C-C--CGT-TAC-T-TGCTTTGTG-TTG-------------------------GTGTGTTTCA-----C-ATTAC--T----------A--ACCATGGTCTG----TAACG-GCTTAGGAGACTTCAGTTCA-TCATACCT----GCAGAC-T-CA--AG--GC-AG----A----ttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgtgcgccgaggggaagtttgcatattcttcacaaatagaacttgcacaaggcctgaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|8 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacacctactgatgtacacgggacacaatgccattatcttcctttgtctatgcctcatggcgatacaagtcctgcGCAGAGGAGGA-CT-TCCATCA--TTC--TACAAAGAC-T-ATTCACCACAAGCC-GTACATGC--TAATACTT-T-T-C--AGC-AT--CCTAA--C-C--CGG-TAC-T-TGCTATG-GGCTT-------------------------GTGTGCTTTA-----C-ATCAC--TA---GCCTTTA--GCC-TA---T------AGCG-GCTTAGGAGATTCCTGTTCA-TCAGACCTTCTTG-CAG--A-CC--GAAGGC-AG----AAGAGGA---A--TAAAAG---CCT-CATAC-T-CAGT-TG-GATT----CGTGGT-TTCCTGCTAC--C---TG----CC----AAGTCCTCATA-GGT-A-AAAAGAATTA-TC---A-CCG-----AG----------CCCGCATTG------------GCAAAC--CATAT---C---CT-C--C---CATGTCA-CCC-AC----CATGCATC-AG-TCACCAGGAT--ATG-CACC--agaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|4 : attcatttgctgaagtcaaaattgagacacgaGCCGAGGAGGA-AT-T-GCATAATTTC--TACAAAGAG-A-ACTTGCCACAAGCC-GAAAATGCTCA--TT-TT-C-C-C--ATC-AT--CCTAT--T-C--CGC-TAC-T-TGCTTTGTA-CGG-------------------------GTGTGCTTTA-----C-ATTAC--T----------A--GCC-TG---GGCCTCTAACG-GCTTAGAAGAATACAGTGCA-TCATACCT------ACAG-A-CC--CACGGC-AGA---A----GA---TCATAAAAA---CAT-CCT-A-CCCTGT-T--GATT----T-CGCGG-----TTTATTGG---TACCTCCT----AAG---TCATG-GATAC-TA-------A-TC---ATT-------AG----------C-------ACTAGCCCGTGCTG-ATACATCA------C---GT-C--C----------------CC---CATGCCTC-AG-TCATCAGGGTCtgtgattttatca
gi|6 : agtatcacacctacagctgtatacgggacacaaagctgccattttcttgctttcgttatgtctcatagcaatacaggtcgtgcTTC--CACAAAGAG-A-ACTTGCCACTAGCC-G-ACATGC--TGATA-TTTC-T-C--A-CCAT--CCTA---CAC--CGT-CAC-T-TGCTTTGTG-CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGTGCTTCA-----T-ATTAA--T----AG-TAAG--GTC-C----TG----TAACG-GTTTAAGATACTCCAGTTCA-TCAAACCT------ACAG-A-CCCAAG--GC-AG----AAGAGGC---A--TAAAAA---CAT-CCT-A-TCCTGC-TG-GACT----TGTGGT-TTCCTGGTAC--GTGCTG----CT----AAGTGCTCATG-GATAA-TA-------A-TC---ATT-------AG----------C-------A------------agcacacctacaattttaatcaacataacatttcaaccaaccttcatattctcttgtcaatgaatcgaatttcccctattacagctgttttgattgaacaaaattaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaagacaggagccttgcttctatcacacacatgttataacttcacttgccaaacttgaaccacaaatgcgtgcacaattaa
gi|11 : ttgcatatctt-AT--CCTAA--C-C--CGC-TACGC-TGTTATGTG-CTG-------------------------GTGTGC---------------------------G-A--GCC-TG---T-------ACG-GCATAGGAGATTCATGTCAA-TTATACCT----A-CAGG-ACCC--AA--GG-AGAAGAA----GT---T--C--AAA---CCTCCATAACTG-TGC-TG-GACTGTGGTGTTCTGTACCTGCTAA--G---TG----CTGATGAAATCTTCActgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|19 : t-CTG-------------------------GTGTGATTTA-----C-ATCAC--TA---AA-GCCA--TCC-TG---T------AACG-GTTTAGGAAATTCacattcccaaacctgcttacttgc
gi|7 : tatgttGGAGATTCCAGTTCAATCACACCT----A-CAATTA-CC--AA--GCCAA----A----GT---T--TGAAAA---CCT-CAGAA-T-TTGC-TGAGATT----TGTGCCGTGCCTTGTAC--T---TG----CTT---AGGGCT-CATCGGGT-CACA-------AATCCATA-T-------AG----------C-------A--------------AAAC--CA-ATTGGC---GTAC--C---CTACCCGGCTT-GCT---CATGCATC-AGTCTACCCAAGTCCATGCCATCCTAAATCAGAATGTAAAA-----ATTACAGTCGTACTG-CAGTCATACA-GGAGCCACAATCTGTTGCTCATTCGTCCTGCTTTTCCCTTGGCCTCAAAATCGATTAACTCATTTGCCTTA-AAGTATTGTG-AAGAGGAGGA--ATTCCA-C-TAA-TTTACCAA-GACTAACTTACCACAAGCCTG-TACATGACAATA--TCTT-CAAATTAC--CTAACCCGCT-TACT-A--T---GT-TATGCC----TGCT----GCTG-----T-----G--------------C----------------A-----AC----GCCCTGTAA-CAGCAT--AGGAGAATTCATGT-CAATAAATAC--CTT----ACAG--AC-C-C-AA-GG-GGAAGA--AGTC-TCAAatgtacatc
gi|5 : tagGATTCCAGTCCA-TCATTCCT----A-AAGA-C-CC--AA--GG-AGGA--A----GT---C--TCAAAA---CCT-AATAA-TG-TGC-TG-GACT----CGCAGTTT-CCTGGTAC--C---TG----CT----GAGTGCTGATG-GGT-C-AA-------AATC---A-TTAGCGTTAG----------CC------A------------G-TACTGGCA-AA---CCAGGT-C--CTAACTTGCCG-CTTGGCTCAACATGCATCTAGTTCACCAAG
gi|2 : AC---C-TACTGAT-GTACA-CG-GGA--CACAAT-----GC-CATTA-TCTTCC-TTTGTCTATGCCT---------------CATG-GCGATACAAGTCCTGCGCAGAG-GAGGA--AT--TGCC-TATTTTCCAGAAAGAGA-ACTTGCCACAAGC-CGT-ACTTGCTGATATT-CTCTCAT--CATC-CTAACCCGT--TACT-----TG-CT-TT-G------TG-TT--GG-TG-----T-----GTTTCACATTACTAAC----------------C-----ATG---G-TCTGT-AACGGCTT--AGGAGACTTCA-GT-TCAT-CATAC--C-T----GCAG--A--CTC-AA-GGCAGAAGA--GGCA-TAAAAA----CA-TCC---CAC-CCTGTT---------G-AACTCTTA--GTTTCCTGGTTCC---TGCTAAAAGCTCAT-AGGT-A-A------------T-AATCC--G--TACT--GGCAAACCA--CGTCCCCATCTTGCC--------GCTCACGATGCATC-AG-CC-A-------CGATG--GT---------AAAT------ACCAACA--C-TTTTATTG-T-AC-ATGTG----A-CAT--TTC-AAC-T-ATCC-TTC-AGTT-T---------CTC-cggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccacaagtcctgtgcagaggacaagttccatcatttcgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|4 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacAC---C-TACAGCT-GTATA-CG-GGA--CACAAAG--CTGC-CATTT-TCTTGC-TTTCGTTATGTCT-CATAGC-AATA---CAGGT-C-------GTGCGCCG-AG---GAGGA--ATTGCA---TAATTTCTACAAAGAGA-ACTTGCCACAAGC-CGA-AAATGCTCAT-TTTCC--CAT--CATC-CTATTCCGC--TACTTGCTTTGTAC-GG-GTG----TGCTT--TA-CA-----TTACTAG--------------CCT--------------G-----G-----G-CCTCT-AACGGCTT--AGAAGAATACA-GT-GCAT-CATAC--C-T----ACAG--A--C-C-CACGGCAGAAGA----TCATAAAAA----CA-TCC---TAC-CCTGTT---------G-ATTTCGCG--GTTTATTGGTACC---TCCTAAG---TCAT-GGATAC-TAATCATTAGCACT-AGCCC--G--TGCT--GATACATCA--CGTCC--------CC--------------CATGCCTC-AG-TC-A-------TCAGG--GT---------CAGC----ACACCTAC---ttgtcaatca
gi|10 : agtatcacACACGAAA-CACAATG--CTGC-CATTG-TCTTCC-TGTATCTATGCCT---------------CAT-CGCTATACAAGTCTTATGCAGTG-GAGGA--ATaattttaatcaacataacatttcaaccaaccttcatattctcttgtcaatgaatcgaatttcccctattacagctgttttgattgaacaaaattaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaagacaggagccttgcttctatcacacacatgttataacttcacttgccaaacttgaaccacaaatgcgtgcacaattaa
gi|9 : atgttcaacaatcctacagagccaaggcagaataggtctcgaagtctcatactgtgctggtctcatggtttccttgtactgggcgagtcctcataagtcacaataattagcacttgtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttggcgttcaccatgcttaataccacagctacagctgtCTGC-TTTCTCTGTCCCT-CATGTC-GATA---CAAGTCCTATA-------CG-G-AG---GAAGA--AAATCA---TAATTTCTACAAAGAAT-ACTTGCCACAAGC-CGT-ACATGCCCAT-TTTC----AA--CATCCC-AACATGC--TACTTG--CT--AT-GT-GCGGGTGTGCTTCAAA-TGACCAGC-----A--------------C----------------T-----A-----G-CCTGT-AACATCTT--AGGAGATTCCAGAT-CCTC-AA-AC--C-T----ACAG--G--C-C-CA-AT--GTAGA--AGTT-TCGACA----CA-TAG---CAC-TGTGCT---------G-GAGTCATG--GTTTCCTGCTATC---CACTAAGTATTCAT-GGGTAA-TAATCATTACCACTGAGCCC--G--TACT--cgcatatttttccacaaagagaact
gi|3 : agtaccaaacccactgctgtagacaatgTGCTGGC-AAGTGCTGCG------GAGGAGGATATTGCA-TAATTCCA-----GAC--ACTCACCACACAC-CGT-ACATGCCGATATTCGT--CAG--CACCT---ACCCGCGCTACT----TTA-TT-TG-GTG----TGCTTT-AT-CA-----C-----A--------------C----------------A-----ACAGGTA-CCTGT-A-ACGCGTTTAGGAAGT-TCATGTTCAAC-AA--C--C-T-----CAG--A--G-C-AA-AGCAGAATA--GG-A-TAAAAA----TC-TCA---T---TG-GCTT--------G-GACTCATG---TTTCCTTGTACC---TGCGACGTGCTCAT-GAGTCA-CAATAATTATCACT-AGTCCCGA--TAATCAGGCAAACCA--TGTCCT-C-CTTGCC--G-------------TTCAC----------------TCATG--CT---------TAGT----A-TCACAC---C-TACAGCTG-T-ATAACGGGAA--A-CAA--AGCGTGA---ATTT-TCTTGCCT-T---------CTC-TA-------TGC-TCATAGTCAAC--TACAGGTTCCGTGC
gi|8 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaacG-AGCA-GAGGA--GGACTTCCATCATTCTACAAA-GACT-ATTCACCACAAGC-CGT-ACATGCTAATACTTTT--CAG--CATC-CTAACCCGG--TACT-----TG-CTATG-G-------GCTT---G-TG-----T-----G--------------CTTTACATCACTA----GCCTTTA-----G-CCTAT-AGCGGCTT--AGGAGAT-TCCTGT-TCAT-CAGAC--C-TTCTTGCAG--A--C-CGAA-GGCAGAAGA--GGAA-TAAAAG----CC-TCA---TAC-TCAGTT---------G-GATTCGTG--GTTTCCTGCTACC---TGCCAAGTCCTCAT-AGGTAA-AAAGAATTATCACCGAGCCC--G--CATT--GGCAAACCA--TATCCTCC-CATGTC--------ACCCACCATGCATC-AG-TC-A-------CCAgccgaggggaagtttgcatattcttcacaaatagaacttgcacaaggcctgaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|2 : attcatttgctgaagtcaaaattgagacacCT-ACTCACCACAAGC-CGT-ACATGCCGATATT-CTT-CAG--CATC-CTATCCTGC--TACT-----TG--C-TA--TC----TGCT---GG-TG-----T-----G--------------CTTCATATCACTAACAGGT----A-----G-CCTGT-AGCGGCTT--AGGAGAT-TCATGTTCAAC-AA-AC--C-T----ACAG--AG-T-C-AA-A--ACAAAT--AGT--TAAAAAAAAGTA-TCA---TAC-TGTGCT---------G-GACCCATG--GTTTCCTTGTACC---GGGTGAGTGCTCCT-GAGTCA-CAATAATTAGCACT-AGTCC--G--TACA--GGCAAACCA--TGTCCT-------CC---CT-TG---------TCGT-----TC-G-------CAATG--CT---------TAGT----A-TCACAC---C-TACTGATG-T-AC-ACGGG-A-CA-CAA--TGC-CAT-T-ATCT-TC---CTT-T---------GTC-TA-------TGCCTCAT-GGC-GA--TACAAGTCCTGCGCAGA-----GGAGGAATTGCCTA-TTTTCCAGAAAGAGA---ACTTGCCACAAGCCGTACTTGCTGAggatatgcacctgtgattttatca
gi|11 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacCTAACCCGC--TAC--G--CTG--T-TATG------TGCT---GG-TG-----T-----G--------------C----------------G-----A-----G-CCTGT-A-CGGCAT--AGGAGAT-TCATGT-CAAT-TATAC--C-T----ACAG--GACC-C-AA-GG-AGAAGA--AGT--TCAAAC----CT-CCA---TAACTGTGCT---------G-GA-CTGTG--GTGTTCT-GTACC---TGCTAAGTGCTGAT-G------AAATCTTCAACATT-tattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|6 : tatc-CCTGT-AACGGTTT--AAGATACTCCAGTT-CATC-AA-AC--C-T----ACAG--A--C-CCAA-GGCAGAAGA--GGCA-TAAAAA----CA-TCC---TAT-CCTGCT---------G-GACTTGTG--GTTTCCTGGTACGTGCTGCTAAGTGCTCAT-GGATAA-TAATCATTAGCACT-GACCC--G--TACT--GACAAATCA--CGTCCcccaaacctgcttacttgc
gi|7 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtGGAGATTCCAGTT-CAAT-CACAC--C-T----ACAATTA--C-C-AA-GC-CAAAG-----TT-TGAAAA----CC-TCA---GAA-TTTGCT---------GAGATTTGTGCCG-TGCCTTGTACT---TGCTTAGGGCTCATCGGGTCA-----CA---------AATCC--A--TATA--GCAAAACCAATTGGCGTAC-CCTACCCGGCT-T-GCT---CATGCATC-AG-TCTACCCAAGTCCATGCCATCCTAAATCAGAATGTAAA-AATTACAGTCGTACTGCAG-TCAT-ACAGGAGCCA-CAATCTGT-TGC-TCATTCGTCCTGCTT-TTCCCTTGGCCTC-AAAATCGATTAACTCAT--TT-GCCTTA-AAGTATTGTGAAGA-----GGAGGAATTCCACT-AATT---TACCAAGACTAACTTACCACAAGCCatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|5 : tagGATTCCA-GT-CCAT-CATTC--C-T----AAAG--A--C-CCAA-GG-AG--GA--AGTC-TCAAAA----CC-TAA---TAA-TGTGCT---------G-GACTCGCA--GTTTCCTGGTACC---TGCTGAGTGCTGAT-GGGTCA-AAATCATTAGCGTT-AGCCA--G--TACT--GGCAAACCA--GGTCCTAA-CTTGCC--GCT-TGGCTCAACATGCATCTAGTTC-A-------CCA-A--GC---------GGAT----A-ACTTAC---C-T-CTGCTGTT-AC-ACCGGAG-AATCAA--T---TGCGT-ATTC-TCT--CTTAT---------TTCAAA-------TGCCTCA--GTT-GC--CACAAGTCCTGTGCAGAGGAC--AAG---TTCCATC-ATTTCGTTACAGA-ACT-ACGT-AAGCAAGCCtgtacatgacaatatcttcaaattacctaacccgcttactatgttatgcctgctgctgtgcaacgccctgtaacagcataggagaattcatgtcaataaataccttacagacccaaggggaagaagtctcaa
gi|10 : ATGTTCAAC-AAT-C--C-T----ACAG--AG-C-C-AA-GGCAGAATA--GGTC-TCGAAG----TC-TCA---TAC-TGTGCT---------G-GTCTCATG--GTTTCCTTGTACT---GGGCGAGTCCTCAT-AAGTCA-CAATAATTAGCACT-TGTCC--G--TACA--GGCAAACCA--TGTCCT-------CC---CT-TGG-----CGT---------TC-A-------CCATG--CT---------TAAT----A-CCACAG---C-TACAGCTG-T-AC-AC-GAAA-CA-CAA--TGC-TGC-C-ATTG-TCTTCCTG-T---------ATC-TA-------TGCCTCATCGCT-A---TACAAGTCTTATGCAG-----TGGAGGAATCGCATATTTTTCCACAAAGAGAgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|12 : ATAT-CAAC-AATACGTC-T----GTGT--A--A-C-AA-GG-AGTCCA---TTC-TCAACA----CCATCAGAATAA-TGTATTTTCTCTTTGG-GACATGAG--GTTTCCTGGTAAA---CATTCTGAGCTCAT-GGGTCA-CAATCATTAGCACT-AG--C--ATTTACC--AGAAGTCCT--TGTGCTact
gi|16 : --C-C-AA-GGCAGAATA--GGTA-TAAAAAAG--TC-CCA---TAC-TGTGTT---------G-GACTCATG--GTTTCCCTGTACC---AGGTGAGTGCTCAT-AAGTCACAAA--ATTAGCATT-Agcgttcaccattatc
gi|13 : A-AG-AGGAGATCATTC-TCAACA----CCATCAGAACAA-TGTGTTTCCTATTTGG-GACATGAG--GTTTCCTGGTCAA---TGTTATGTGCTCAT-GGGTCA-CATTCATTAGCACT-AG
gi|6 : AT-GGGTAG-TAATAATTAGCACT-AGCCC--G--TACT--GACAAACCA--CGTCC--------CC--------------CATGCATC-AA-TC-A-------TCAGG--GT---------AAGC----A----TAC---C-TGCcatctaacagtagtccttatgcttctttcatcat
gi|15 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccatcAT-GGATAG-TAATCATTAGCACT-AGCCC--G--TACT--Gaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|18 : gtacctgcttaatcctcataggtaatagtaagcactgacccgtactgacaaatcacgtccaccAAGACC-----TCCTA---CTGTC--ACCATGG-TC--CATGCATC-AG-TC-A-------CTACA--GT---------GAGT----A-ACTTAC---C-TACAACCG-T-Aaca
gi|4 : AGT----A-TCACAC---C-TACAGCTG-T-AT-ACGGGA--CA-CAA--AGC-TGC-C-ATTT-TCTTGCTT-T---------CGT-TA-------TGTCTCAT-A---GCAATACAGGTCGTGCGCCGA-GG----AGGAATTGCATA-ATTTCTACAAAGAGA---ACTTGCCACAAGCC
gi|9 : AC---C-CACTGCTG-T-A------GA-----CAA--TGC-TGC-T--TTC-TC-------T---------GTC------------CCTCAT-GTC-GA--TACAAGTCCTATACGGA-G---GAAGAAAAT-CATA-ATTTC--TACAAAGAAT-ACTTGCCACAAGCCgaaaatgctcattttcccatcatcctattccgctacttgctttgtacgggtgtgctttacattactagcctgggcctctaacggcttagaagaatacagtgcatcatacctacagacccacggcagaagatcataaaaacatcctaccctgttgatttcgcggtttattggtacctcctaagtcatggatactaatcattagcactagcccgtgctgatacatcacgtcccccatgcctcagtcatcagggtcagcacacctacaattttaatcaacataacatttcaaccaaccttcatattctcttgtcaatgaatcgaatttcccctattacagctgttttgattgaacaaaattaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaagacaggagccttgcttctatcacacacatgttataacttcacttgccaaacttgaaccacaaatgcgtgcacaattaa
gi|4 : agtaccaaGCAATACAGGTCGT--GCGCCGAGGAGGA-AT-TGCA-TAATTT-C--TACAAAGAGAA--CTTGCCACAAGCC-GAAAATGCTCATTTTC--CCATCAT--C--CTATTC-CGC-TAC-T-TGC------TTTGTACG------GG---TGT--G---CT--TTAC-ATTACTAGCCT---GG--GCCT-CTAACGGCTTAGAAGAATACAG--T---GCATCATACC-TACA---GA----CC------C-AC--GG--CA--GAAGAgtacatgcccattttcaacatcccaacatgctacttgctatgtgcgggtgtgcttcaaatgaccagcactagcctgtaacatcttaggagattccagatcctcaaacctacaggcccaatgtagaagtttcgacacatagcactgtgctggagtcatggtttcctgctatccactaagtattcatgggtaataatcattaccactgagcccgtact
gi|5 : agtatcacacctacagctgtatacgggacacaaagctgccattttcttgctttcgttatgtctcataACAAGTCCT--GTGCAGAGGACAA-GT-TCCA-TCATTT-CGTTACAGA-ACTA--CGTAAG-CAAGCC-GTACATGATAA---TCT-C--ACAC--TGACCACCT-TGC-TAA-G-TGC------T--------------G---TGT--G---CC--TCATAATCACTAGCAC----A--CCTCTCTTA-ATCT------ATCAGGGG-----A--TCCATTCGTTCA----T----AC------C-AACTGG--CA--GAAtcataaaaacatcctaccctgttgatttcgcggtttattggtacctcctaagtcatggatactaatcattagcactagcccgtgctgatacatcacgtcccccatgcctcagtcatcagggtcagcacacctacaattttaatcaacataacatttcaaccaaccttcatattctcttgtcaatgaatcgaatttcccctattacagctgttttgattgaacaaaattaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaagacaggagccttgcttctatcacacacatgttataacttcacttgccaaacttgaaccacaaatgcgtgcacaattaa
gi|2 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccACAAGTCCT--GCGCAGAGGAGGA-AT-T-GC-CTATTTTC--CAGAAAGAGAA--CTTGCCACAAGCC-GTACTTGCTGATATTCTCTCATCAT--C--CTAACC-CGT-TAC-T-TGCTTTGTGT------T------GG---TGT--G---TT--TCAC-ATTACT--AAC---CATGGTCTG-TAAC--------GGCTTAGGAGAC---T--TCAGTTC-ATCATACCT----GCAGACT-C-AA--GG--CA--GAAGAGGCATA-AAAA--CATCC-CAC---CC------TGTtgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|9 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacacctactgatgtacacgggacacaatgccattatcttcctttgtctatgcctcatggcgatACAAGTCCT--ATACGGAGGAAGA-AAATC-A-TAATTT-C--TACAAAGAATA--CTTGCCACAAGCC-GTACATGCCCA---TTT-TCAACAT--C--CCAACA-TGC-TAC-T-TGC------T------ATGTGCGGG---TGT--G---CT--TCAA-ATGACCAGCAC---TA--GCCTG-TAACATC--------TTAGGAGAT---T--CCAGATC-CTCAAACCT----AC---------A--GGCCCAATGTAGAAGTTTCGACA---------CATAGCAC------TGTGCTGGAGTCATGGT-T--TCCTGCTA--T-C--CACTAAG--TA-TTCATtgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|7 : agtaccaaacccactgctgtagacaatgctgctttctctgtccctcatgtcgatTGAAGAGGAGGA-AT-TCCA-CTAATT----TACCAAGACTAACT-TACCACAAGCCTGTACATGACAATAT-CT-TCAA-ATTAC--CTAACC-CGCTTAC-TATGT------T------A------gggtaataatcattaccactgagcccgtact
gi|3 : tagggagattccagttcaatcacacctacaattaccaagccaaagtttgaaaacctcagaatttgctgagatttgtgccgtgccttgtacttgcttagggctcatcgggtcacaaatccatatagcaaaaccaattggcgtaccctacccggcttgctcatgcatcagtctacccaagtccatgccatcctaaatcagaatgtaaaaattacagtcgtactgcagtcatacaggagccacaatctgttgctcattcgtcctgcttttcccttggcctcaaaatcgattaactcatttgccttaaagtattgTGCGGAGGAGGATAT-TGCA-TAA-TT-C----CAGACACT-----CACCACACACC-GTACATGCCGATATTCG-TCAGCA---C--CTACCCGCGC-TACTT-TAT------T------T------GG---TGT--GCTTTA--TCAC-Atgcctgctgctgtgcaacgccctgtaacagcataggagaattcatgtcaataaataccttacagacccaaggggaagaagtctcaa
gi|8 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgctggcaagtgcGCAGAGGAGGA-CT-TCCATCA--TT-C--TACAAAGACTA--TTCACCACAAGCC-GTACATGCTAATACTTT-TCAGCAT--C--CTAACC-CGG-TAC-T-TGC------T------AT-----GGGCTTGT--G---TGCTTTAC-ATCACTAG--CCTTTA--GCCTA-TAGCGGCTTAGGAGATTCCTGTTC---A--TCAGACC-TTC----TTGCAGAC------CGAA--GG--CA--GAAGAGGAATA-AAAG--C--CT-CAT---AC------Tcaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgtgcgccgaggggaagtttgcatattcttcacaaatagaacttgcacaaggcctgaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|11 : attcatttgctgaagtcaaaattgagacacgaAT--C--CTAACC-CGC-TACGC-TGT------T------A------TG---TGCTGG---TG--T-------------GC---GA--GCCTGT----ACGGCATAGGA-----GATTCATG--TCAATTA-TAC----CT----ACAGGACCC-AA--GG---A--GAAGAAGT-TC-A-AA--C--CTCCATA--AC------TGTGCcagttggattcgtggtttcctgctacctgccaagtcctcataggtaaaaagaattatcaccgagcccgcattggcaaaccatatcctcccatgtcacccaccatgcatcagtcaccaggatatgcacctgtgattttatca
gi|5 : tTCAGGGGAT---T--CCAGTTC-GTCA----T----AC------C-AA--GG--CA--GAA----CCTC-ATA-------T-TGT---AC------TGTGCAGAGG--A-GGA-T--TTC-ACTAATT-C--TAGAAAGACTG-TTTACCA-CAAtggactgtggtgttctgtacctgctaagtgctgatgaaatcttcaacattcccaaacctgcttacttgc
gi|10 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccacaagtcctgtgcagaggacaagttccatcatttcgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcC------C-AA--GG--CA--GAATAGGTCTC-GAAG--T--CT-CAT---AC------TGTGC
gi|4 : atgttcaacaatcctacagagGTCTC-ATAG--C--A---AT---ACAGGTCGTGCGCCGAGG--A-GGAAT--TGC-ATAATTT-C--TACAAAGAGAA-CTTGCCA-CAAGCC-GAAAATGtggtctcatggtttccttgtactgggcgagtcctcataagtcacaataattagcacttgtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttggcgttcaccatgcttaataccacagctacagctgtacacgaaacacaatgctgccattgtcttcctgtatctatgcctcatcgctatacaagtcttatgcagtggaggaatcgcatatttttccacaaagagaact
gi|9 : agtatcacacctacagctgtatacgggacacaaagctgccattttcttgctttcgttat-ACAAGTC--CT--AT---AC------GGAG--GAAG--A-AAA-T----C-ATAATTT-C--TACAAAGAATA-CTTGCCA-CAAGCC-GTACATGctcattttcccatcatcctattccgctacttgctttgtacgggtgtgctttacattactagcctgggcctctaacggcttagaagaatacagtgcatcatacctacagacccacggcagaagatcataaaaacatcctaccctgttgatttcgcggtttattggtacctcctaagtcatggatactaatcattagcactagcccgtgctgatacatcacgtcccccatgcctcagtcatcagggtcagcacacctacaattttaatcaacataacatttcaaccaaccttcatattctcttgtcaatgaatcgaatttcccctattacagctgttttgattgaacaaaattaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaagacaggagccttgcttctatcacacacatgttataacttcacttgccaaacttgaaccacaaatgcgtgcacaattaa
gi|7 : agtaccaaacccactgctgtagacaatgctgctttctctgtccctcatgtcgatT---AT------TGTGAAGAGG--A-GGAAT--TCC-ACTAATT----TACCAAGACTAACTTACCA-CAAGCCTGTACATGACAATATCTTCAAATTACCTAA-CCCGCT--TACT-ATG----T------TATGCcccattttcaacatcccaacatgctacttgctatgtgcgggtgtgcttcaaatgaccagcactagcctgtaacatcttaggagattccagatcctcaaacctacaggcccaatgtagaagtttcgacacatagcactgtgctggagtcatggtttcctgctatccactaagtattcatgggtaataatcattaccactgagcccgtact
gi|5 : tagggagattccagttcaatcacacctacaattaccaagccaaagtttgaaaacctcagaatttgctgagatttgtgccgtgccttgtacttgcttagggctcatcgggtcacaaatccatatagcaaaaccaattggcgtaccctacccggcttgctcatgcatcagtctacccaagtccatgccatcctaaatcagaatgtaaaaattacagtcgtactgcagtcatacaggagccacaatctgttgctcattcgtcctgcttttcccttggcctcaaaatcgattaactcatttgccttaaagC------TGTGCAGAGG--A-CAAGT--TCC-ATCATTT-CGTTACAGA-ACTA-CGTA--AGCAAGCC-GTACATGATAATctgctgctgtgcaacgccctgtaacagcataggagaattcatgtcaataaataccttacagacccaaggggaagaagtctcaa
gi|2 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccacaagtcC------TGCGCAGAGG--A-GGAAT--TGC--CTATTTTC--CAGAAAGAGAA-CTTGCCA-CAAGCC-GTACTTGCTGATActcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|3 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacacctactgatgtacacgggacacaatgccattatcttcctttgtctatgcctcatggcgatacaagtcTGCGGAGG--A-GGA-TATTGC-ATAATTC-C-------AGAC-A-CTCACCA-CACACC-GTACATGCCGATAttctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|8 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgctggcaagtgcGCAGAGG--A-GGACT--TCC-ATCATT--C--TACAAAGACTA-TTCACCA-CAAGCC-GTACATGCTAATACTTTttcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgtgcgccgaggggaagtttgcatattcttcacaaatagaacttgcacaaggcctgaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|6 : attcatttgctgaagtcaaaattgagacacgaTTT-C--CACAAAGAGAA-CTTGCCA-CTAGCC-G-ACATGCTGATAtcagcatcctaacccggtacttgctatgggcttgtgtgctttacatcactagcctttagcctatagcggcttaggagattcctgttcatcagaccttcttgcagaccgaaggcagaagaggaataaaagcctcatactcagttggattcgtggtttcctgctacctgccaagtcctcataggtaaaaagaattatcaccgagcccgcattggcaaaccatatcctcccatgtcacccaccatgcatcagtcaccaggatatgcacctgtgattttatca
gi|5 : ttgcatatctATACC--AAGG----CAGA-ACCTCA--TATT-GTA----C------TGTGCAGAGGAGGA---T--TTCACTAATT-C--TAGAAAGACTG-TTTACCACAAtttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|5 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccacaagtcctgtgcagaggacaagttccatcatttcgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcCTTA---TT-TCAAATGCCTCAGTTGCC-ACAAGTCC------TGTGCAGAGGACAAG--T--TCCATCATTT-CGTTACAGA-ACTA-CGTAA-GCAAGCC-GTACATGATAAT-----C-TC---ACA----CTGA-C--CAC--C-TTGCTAAGTGCT--------------------------GTGTGCCTCATAATCA-----CTAGCAC--A---CCTCTCTTAAT---CTATCAGGGG-ATCCAT--TCGT-T-CATACC----AAC
gi|9 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctCCTCA--TGTCGATA----CAAGTCCTATACGGAGGAAGAAAAT----CA-TAATTTC--TACAAAGAATA-CTTGCCACAAGCC-GTACATGCC--CA-TT-T-TC--AACAT--CCCAACA--TGCTAC-TTGCTATGTGCGG-------------------------GTGTGCTTCAA-ATGACC-----AGCACTAG---CCT---GTAACA-TC-TT-AGGAG-ATTCCAGATCC--T-CAAACC----TACA-G--GCC-----C--AATG---TA--G----AA---GTT-TCGACAC---ATAGCAC-TGTGCTG-GAtggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|7 : agtaccaaacccactgctgtagacaatgctgctttctctgtcTA----T------TGTGAAGAGGAGGAA--T--TCCACTAATT----TACCAAGACTAACTTACCACAAGCCTGTACATGACAATA-TC-T-TC--AA-ATTACCTAACC--CGCT----TACTATGT------------------------------TATGCCT----GCTGCT-GTGCAACGC------CCT---GTAACA-GC-AT-AGGAGAATTCATG-TCAA-TAAATACCT---TACA-G--ACC-----CAAGGGG---AA--G----AA---GTC-TCAAgtcatggtttcctgctatccactaagtattcatgggtaataatcattaccactgagcccgtact
gi|2 : tagggagattccagttcaatcacacctacaattaccaagccaaagtttgaaaacctcagaatttgctgagatttgtgccgtgccttgtacttgcttagggctcatcgggtcacaaatccatatagcaaaaccaattggcgtaccctacccggcttgctcatgcatcagtctacccaagtccatgccatcctaaatcagaatgtaaaaattacagtcgtactgcagtcatacaggagccacaatctgttgctcattcgtcctgcttttcccttggcctcaaaatcgattaactcatttgccttaaag----C------TGCGCAGAGGAGGAA--T--TGC-CTATTTTC--CAGAAAGAGAA-CTTGCCACAAGCC-GTACTTGCTGATA-TT-C-TCTCATCAT--CCTAACC--CGTTAC-TTGCTTTGTGTTG-------------------------GTGTGTTTCAC-ATTACT-AACCA----TGG---TCT---GTAACG-GC-TT-AGGAG-ACTTCAG-TTCA-T-CATACC----TGCA-G--ACT-----C--AAGG---CA--G----AA---
gi|4 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacacctactgatgtacacgggacacaatgccattatcttcctttgtctatgcctcatggcgatacaagtc------TGCGCCGAGGAGGAA--T--TGCA-TAATTTC--TACAAAGAGAA-CTTGCCACAAGCC-GAAAATGCTCATT-TT-C-CC--ATCAT--CCTATTC--CGCTAC-TTGCTTTGTACGG-------------------------GTGTGCTTTAC-ATTACTAGCCTGG-----G---CCT---CTAACG-GC-TT-AGAAG-AATACAG-TGCA-T-CATACC----TACA-G--ACC-----C--ACGGC--AG--A----AG---ATCATAAAAAC---gaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|3 : agtatcacacctacagctgtatacgggacacaaagctgccattttcttgctttcgttatgtctcatagcaatacaggtcgTGCGGAGGAGGA---TATTGCA-TAATT-C--CAGA-----CA-CTCACCACACACC-GTACATGCCGATA-TT-CGTC--AGCA---CCT-ACCCGCGCTAC-TT--TAT---TTG-------------------------GTGTGCTT--T-ATCAC-------ACAACAGGTACCT---GTAACGCGT-TT-AGGAA-GTTCATG-TTCA-A-CA-ACCTCAGAGCA-A--AGC-----A--GAAT---AG--GATAAAA---ATC-TCAatcctaccctgttgatttcgcggtttattggtacctcctaagtcatggatactaatcattagcactagcccgtgctgatacatcacgtcccccatgcctcagtcatcagggtcagcacacctacaattttaatcaacataacatttcaaccaaccttcatattctcttgtcaatgaatcgaatttcccctattacagctgttttgattgaacaaaattaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaagacaggagccttgcttctatcacacacatgttataacttcacttgccaaacttgaaccacaaatgcgtgcacaattaa
gi|8 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgctggcaagtgcGCAGAGGAGGAC--T--TCCA-TCATT-C--TACAAAGACTA-TTCACCACAAGCC-GTACATGCTAATACTT-T-TC--AGCAT--CCTAACC--CGGTAC-TTGCTATGGGCTT-------------------------GTGTGCTTTAC-ATCACTAGCCT----TTAG---CCT---ATAGCG-GC-TT-AGGAG-ATTCCTG-TTCA-T-CAGACCTTCTTGCA-G--ACCGAAGGCA-GAAG---AG--G----AA-------TAAAAGC---CTCATAC-TCAGTTG-GATTCGTttggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgtgcgccgaggggaagtttgcatattcttcacaaatagaacttgcacaaggcctgaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|6 : attcatttgctgaagtcaaaattgagacacgaTT-C--CACAAAGAGAA-CTTGCCACTAGCC-G-ACATGCTGATA-TTTC-TC--ACCAT--CCTACAC--CGTCAC-TTGCTTTGTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGTGCTTCAT-ATTAAT-----AGTA--AGGT-CCT---GTAACG-GT-TT-AAGAT-ACTCCAG-TTCA-T-CAAACC----TACA-G--ACC-----C--AAGGCAGAA--G----AG---GCA-TAAAAACATCCTATCC----TGCTG-GACTTGTggtttcctgctacctgccaagtcctcataggtaaaaagaattatcaccgagcccgcattggcaaaccatatcctcccatgtcacccaccatgcatcagtcaccaggatatgcacctgtgattttatca
gi|11 : ttgcatatcttAT--CCTAACC--CGCTACGCTGTTATGTGCTG-------------------------GTGTGC------------------G----AG---CCT---GTA-CG-GC-AT-AGGAG-ATTCATG-TCAA-T-TATACC----TACAGG--ACC-----C--AAGG---AGAAG----AA---GT--TCAAACC---TCCATAACTGTGCTG-GACTggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|19 : tTATGTTCTG-------------------------GTGTGATTTAC-ATCA-----CTAAAGCCAT---CCT---GTAACG-GT-TT-AGGAA-ATTCATG-TACA-T-Cgtggtgttctgtacctgctaagtgctgatgaaatcttcaacattcccaaacctgcttacttgc
gi|7 : GGAG-ATTCCAG-TTCAAT-CACACC----TACA-ATTACC---------AAG---CC--A----AA---GTT-TGAAAAC---CTCAGAA-TTTGCTGAGATTTGT
gi|5 : tagG-ATTCCAG-TCCA-T-CATTCC----TAAA-G--ACC-----C--AAGG---AG--G----AA---GTC-TCAAAAC---CTAATAA-TGTGCTG-GACTCGgccgtgccttgtacttgcttagggctcatcgggtcacaaatccatatagcaaaaccaattggcgtaccctacccggcttgctcatgcatcagtctacccaagtccatgccatcctaaatcagaatgtaaaaattacagtcgtactgcagtcatacaggagccacaatctgttgctcattcgtcctgcttttcccttggcctcaaaatcgattaactcatttgccttaaagtattgtgaagaggaggaattccactaatttaccaagactaacttaccacaagcctgtacatgacaatatcttcaaattacctaacccgcttactatgttatgcctgctgctgtgcaacgccctgtaacagcataggagaattcatgtcaataaataccttacagacccaaggggaagaagtctcaa
gi|10 : TG-TTCA-A-CAATCC----TACA-G--AGC-----C--AAGG---CA--G----AATAGGTC-TCGAAGT---CTCATAC-TGTGCTG-GTCTcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccacaagtcctgtgcagaggacaagttccatcatttcgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CAATTTAACTAGCATTTGTCCGAATAATAAAAATGTTAAAGAAAATCACATTTAAGAAAATCAACATTTAACGTGAATATTAAGCCTATACATAATTAGATTTAAAATGGTGATTTGGATTGAAAATTTTA
Unaligned ( gi|17 ): TAACATTTCAACCAACCTTCAGTTTCACTTGTCAATGAGTCAAATTTCCTTTATTACAGCTGTTTTGATTGAAGAAAGTTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 22222 1 1 1 11 00000000000000000000000000 11 5555555 11 11 111 111111 11 1 1111111111 11 11 111 444444444444444444444444444444444444444 1 222 11 1 11 11 55555 111 3333 1 22 111 11111 1 555555555555555 111111 111 11111 2222 444444444444444444444444 99999999999999999999999999999999999 1 11 1 1111 888888888888888888888888 111 11 11 2222 1111 22 22 111 7777777 222 2222 4444 11 2 111 55555555555555555 11 1 2 11 3333 222 11 1 111 4 1 1 22 333 1 1
lowQualScore : 0 3 1111 88 2 2 3 55555 0 0 2 33 0 9 55555555555555555555555555 00 0 1111111 33 88 6 8 1 444 333333 11 6 9999999999 1 11 88 8 4 11 999 5 444 3 999 999999999999999999999999999999999999999 3 333 4 3 88 0 7 2 0 0 6 33 0 88 00000 444 8 1 6666 11 0 11 222 11111 99 8 1 3 8 1 88 3 111111111111111 1 666666 6 777 4 55555 1111 1 5 5 5 5 5 5 888888 999 66 5 0 5 5 333333333333333333333333 1 88888888888888888888888888888888888 7 5 2 2 8 7 3 666 33 4 77 4 4 0 1 88 1 5555 0 4 3 00 3 44 2 0 2 1 66 5555 3 3 55 55 999999999999999999999999 4 1 4 7777 4 3 1 3 44 0 1 4 4 4 6 222 4 2 4 77 3 0 22 5 5 44 6 99 99 2222 3 77 4 9999 3 0 1 22 1 3 5 6 2 2 2 3 77 777 2222222 888 4 4 9999 2 2222 55 88 1 0 2 999 77777777777777777 1 33 77 3 3 88 1111 1 888 1 4 2 22 5 6 6 1 888 6 0 1 5 1 6 5 6 1 6 6 6 2 2 77 66 333 2 4 33 2 7 6 5 6 1 6
lowQualScore : . . .... .. . . . ..... . . . .. . . .......................... .. . ....... .. .. . . . ... ...... .. . .......... . .. .. . . .. ... . ... . ... ....................................... . ... . . .. . . . . . . .. . .. ..... ... . . .... .. . .. ... ..... .. . . . . . .. . ............... . ...... . ... . ..... .... . . . . . . . ...... ... .. . . . . ........................ . ................................... . . . . . . . ... .. . .. . . . . .. . .... . . . .. . .. . . . . .. .... . . .. .. ........................ . . . .... . . . . .. . . . . . . ... . . . .. . . .. . . .. . .. .. .... . .. . .... . . . .. . . . . . . . . .. ... ....... ... . . .... . .... .. .. . . . ... ................. . .. .. . . .. .... . ... . . . .. . . . . ... . . . . . . . . . . . . . . .. .. ... . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 7 3 7777 11 5 0 2 22222 0 0 8 88 2 2 22222222222222222222222222 22 2 2222222 88 00 5 0 0 000 444444 00 0 0000000000 8 44 22 0 6 00 444 0 000 2 222 888888888888888888888888888888888888888 3 333 7 7 33 7 3 3 7 7 7 33 7 00 00000 000 0 4 2222 66 6 22 444 88888 00 0 8 2 0 0 66 3 222222222222222 0 111111 6 999 3 00000 3333 4 7 7 7 7 7 0 444444 777 99 0 5 0 0 111111111111111111111111 4 33333333333333333333333333333333333 1 7 1 4 4 3 3 111 99 4 55 0 0 0 4 11 0 6666 1 4 3 99 8 22 1 6 7 9 00 7777 1 6 00 00 666666666666666666666666 4 1 4 0000 4 4 0 5 66 4 0 0 0 4 7 000 4 9 4 33 0 7 44 7 7 00 7 22 22 5555 7 99 3 4444 0 9 0 22 4 0 7 0 5 5 5 0 55 555 5555555 000 0 0 0000 5 5555 55 00 0 0 5 000 55555555555555555 0 33 77 3 3 33 0000 0 000 0 0 5 00 0 0 0 0 000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 55 55 000 5 0 55 5 0 0 0 0 0 0
consensus : NNTGCGGAGGAGGAAT-TCGA-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAGCCGTACATGC-CGA-TA-TT-CTCANCATCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--TT--AG--CCTGTGTAACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANAC---CTACAANN-CC--AA-GCAGAA---GTT---TGAAAACCTCATAATGCTGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGNTAC---CTGCTAAGTNCTCAT-G-GGT--ACACAA--TCAT-TA--------GCA--G--AAAC--CA-AT---CGTCCCNTNCC--GCTCGCTCATGCATCAGCTTACCAAGGTCCATGCCATCCTGAATCAGAATGTAAAATAACGATTAC---C-TACTG-CC-GTACAACGGGAG-CACAA--TGC-TGC-CATT-NTCTTGC-TTTCCCTATGCCTC-ATA-TCGA-TA---CA-GTGCC---AAGTGCTGCG-A--G-GGAGGAATATCGCATAATTTCCACAAAGAC-N-ACTCGCCACAA-GC-C-GT-ACATGC-CGATATT-TCT--CANC-AT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--TTGC-T------T------GGCGTGCT--TC-G-C-------G-C-GCTG-A------G---CCTGTAACG-GCNTAGGAGANTTCATGT-CAAT-AATACC-TACAGA--C-CAA-GGCAGAAGAGGTC-TNAAAA----CCTCAT-ACTGTGCT-GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGAGTGCTCATGGGTCACAATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCT--------TGCC--CTTGGCTC--C-ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTACC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCG--GAG---GGAGGAA--TTGCATA-N--TTTCCACAAAGAGA-TACTTGCCA-CAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGTGNAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGATNCCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAAGAAGCCTCACAACCTCGTACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGG-ATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACTANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
Reference ( family-3205 ) : NNTGCGGAGGAGGAAT-TCNNNTAATTTCTACAAAGACTACTCGCCACAAGCCGTACATGC-CGA-TA-TT-CTCAGCATCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTG-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAG---GT--AG--CCTGTGTAACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANAC---CTAAAAGN-CC--AA-GCAGAA---GTT---TAAAAACCTCATAATGCTGCTG-GACTCGTG--GTTT-CCTGGTAC---CTGCTAAGTGCTCAT-G-GGT--ACACAA--TCAT-TA--------GCA--G--AAACG-CA-AT---CGTCCCTTGCC--GCTCGCTCATGCATCAGTTCACCAGGGTCCATGCCACCCTAAATCAGAATGTAAAA-----ATTAC---C-TACTG-C--GTANAACGGGAG-CACAA--TGC-TGC-CATT-NTCTTGC-TTTCTCTATGCCTC-ATA-TCGA-TA---CATGTGCTATAAAGTNCTGCG-A--G-GGAGGAATACCGCCTAATTTCNACAAAGAC-T-ACTCGCCACAA-GC-C-GT-ACATGC-CGATATT-TCT--CAGC-AT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--TTGN-T------T------GGCGTGCT--TG-G-C-------G-C-GCTG-A------G---CCTGTAACG-GCTTAGGAGATTTCATGT-CAAC-NATACC-TACAGA--C-CAA-GGCAGAAGAGGTC-TNAAAA----CCTCAT-ACTGTGCT-GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTAAGTGCTCATGGGTCANAATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCT---C----TGCC--CTTGGCTC--C-ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTANC-NCACCTACNGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTGCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCA--GAG---GGAGGAA--TTGCATA-A--TTTCCATANAGAGACTACTTGCCA-CAAGCCCTGTGCGGAGGAGGAATTCCACAATTTC--TACAAAGACTACTCGCCA-CAAGCCGTACATGCCGATATTCTTCANCATCCTAACC----CGCTACTTGCTAGGTGTGCNTCAC-ATCACTAGCACNAGCCTGCTAACGNCTTA-A-GGATTAGGGGATNTCAGNTC-TTCACTACCAA--GGCAGAAGAGGTCTCANAGCCTCATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACNATTTCTACAAAGACTACTCGCCACAAGCCGTACATGCCGATACCTTAAGGTTCCAAANCCTCATGCCATACTGTGCGGAGGAGGAATTNCACTAATTCTACAAAGANTACTTGCCACAAGCCGTACATGCCGATATTCTCANCATCCTAACCCGCTACTTGCTATGTGCTGGTGTGCTTCACATCAC--TCTAGCGC-AGCCTGTAACGGCTTAGGAGATTCCNGTCCATCATACCTACAGACCCGAGGAGGAAGTCTCAAAACCTCATANTGTGCTGGACTCGT
gi|1 : TGCAGAGGAGGAAT-TCGAACAACTTCTACAAAGACTATGTAAAACAAGCCGTACATGCACGGGTA-TC-CTCA-CATCCTAAGACCCGCTACTTGTTATG-GCTT-------------------------GTGTGCTTCACCATCACTTG---GTGCAG--CCTGTGTAACGGCTTAGGAGATTCCAGCTCA-TCACAC---CTGAAATA-CC--AA-GCAGA----GTT---TGAAAACCTCATAATGCTGCTG-GATTTGTG--CTGTGCCTTTTAT---GTGCTAGGTCTTCAT-GCGGT---C-CAA--TCAT--A--------GCA--G--AAACAACA-AT---CGTCCCTTCCC--GCTTGCTCATGCATCAGCTTACCAAGGTCCATGC-ATC--GAATCAGAATGTAAAATAACGATTAC---C-TACTG-CCAGTCCAACAGGAG-CACAA--TCC-TGC-CATT-CTCCTGC-TTTCCCTATGCCTA-AGA-TCAC-TA---CATGTGCTATAAAGTATTGTG-A--GTAGAGGAATACCACCTAACTTCACCAACGAC-T-ACTTACCACAC-ACGC-GTTACATGA-CGATATT-TCTTGCAAT-AC--CTCTAACC-CGC-TACT-G--TTGA-T------T------AGCCTGCT--TA-G-T-------G-T-GC-G-A------G---CCTGTA-CA-GCATAGGAGATCTCATGT-CAAT-AATACC-TACAGA--C-CAA-GG-AGAAGAAGTC-TCAAAA----CCTCAT-AATGTGCT-GGATTTGTGGTTTCCTGGT--ACATGTTAAGCGCTGATGGGTCAAAATC-ATTAGCATT----AG-TCCA-TACT--GGAAAACCAT--GTCCTAACT----TGCCG-CTTGGCTCAAC-ATTCATC-AG-TCAC-CATGGTGAGTAAC-TTACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCCTACTT-TCTC-AATGCTTCAT-GTT-GC--TACAAGTCCTTTGCA--GAGACTGAAGGAA--TTCCACA-A--CTTCTATATAGAGACTACGTAAAA-CAAGCCCTTTGCAGAGTAGGAATTCGACAACTTC--TACATAGACTATGTAAAA-CAAGCCGTACATACCAAAATTCTTCAACATCCCAACC----CGCTACTTGCTAGGTGTGTGTCAC-ATCACTAGAACGAGCTTACTAACACCCCACA-GGATTAGGGGTTGTCAGGTC-TTCACTACCAA--GGCAGAAGAAGTCTCACAACCTCATACTGTGCAGAAGAGGATTCCACTATTTCTACAAAGACTACTTATCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGG-ATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTGCTGGTGTGCTTCACATCACTGTCTAGCACTAGCCTGTAATGGCATAGGAGATTCCTGTCCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
gi|10 : ttATGTTCAAC-AAT-CC-TACAGAG-C-CAA-GGCAGAATAGGTC-TCGAAG----TCTCAT-ACTGTGCT-GGTCTCATGGTTTCCTTGT--ACTGGGCGAGTCCTCATAAGTCACAATA-ATTAGCACT----TG-TCCG-TACA--GGCAAACCAT--GTCCT----------CC--CTTGGC--------GT-------TCAC-CATGCTTAATACC-ACAGCTACAGCT-G-TAC-AC-GAAACA-CAATGC-TGC-CATTGTCTTCCTG-TATC-TATGCCTCA---TC-GCTATACAAGTCTTATGCA--G-T---GGAGGAA--TCGCATATT--TTTCCACAAAGAGA
gi|11 : -AT--C-CTAACC-CGC-TAC--G--CTGT-T--------------ATGTGCT---G-G-T-------G-T-GC-G-A------G---CCTGTA-CG-GCATAGGAGATT-CATGT-CAAT-TATACC-TACAGGACC-CAA-GG-AGAAGAAGT--TCAAAC----CTCCATAACTGTGCT-GGACT-GTGGTGTTCT-GT--ACCTGCTAAGTGCTGATG-----AAATC-TTCAACATT----act
gi|12 : t-GGACATGAGGTTTCCTGGTAAACATTCTGA--GCTCATGGGTCACAATC-ATTAGCACT----AG-Ccccaaacctgcttacttgc
gi|13 : atatcaacaatacgtctgtgtaacaaggagtccattctcaacaccatcagaataatgtattttctctttg-GGACATGAGGTTTCCTGGT--CAATGTTATGTGCTCATGGGTCACATTC-ATTAGCACT----AG-Catttaccagaagtccttgtgctgcgttcaccattatc
gi|15 : aagaggagatcattctcaacaccatcagaacaatgtgtttcctatttgGT--ACCTGCTTAATCCTCATAGGT---AATA-GTAAGCACT----GA-CCCG-TACT--GACAAATCAC--GTCCatctaacagtagtccttatgcttctttcatcat
gi|15 : CATGGATAGTAATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GACAaccatggatagtaatcattagcactagcccgtactgaca
gi|16 : gtacctgcttaatcctcataggtaatagtaagcactgacccgtactgacaaatcacgtccac--C-CAA-GGCAGAATAGGTA-TAAAAAAG--TCCCAT-ACTGTGTT-GGACTCATGGTTTCCCTGT--ACCAGGTGAGTGCTCATAAGTCACAA-A-ATTAGCATT----A
gi|18 : AC--CTCCTA--C----TGTCACCATGG-TC--C-ATGCATC-AG-TCAC-TACAGTGAGTAAC-TTACCTACAACC-G-TA
gi|19 : aagTATGTTCTGGTGTGATTTACATCAC--TAAAGC-C-ATCCTGTAACGGTTTAGGAAATTCATGTACATC
gi|2 : AGTACC-ATACCTACTATT-G-TAC-AC-GGAACA-CGATAC-TGC-
gi|2 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGA-TA---C---TGC----AAGAGCTGTG-C--G-GAAAAGAAATTGCA-AATTTGCA----GACCT-ACTCACCACAA-GC-C-GT-ACATGC-CGATATT-CTT--CAGC-AT--C-CTATCC-TGC-TACT-----TGC-TATCTGCT------GGTGTGCT--TC-A-T-------ATC-ACTA-ACAGGTAG---CCTGTAGCG-GCTTAGGAGATT-CATGTTCAAC-AA-ACC-TACAGAG-T-CAA-AACA-AATAG--T-TAAAAAAAAGTATCAT-ACTGTGCT-GGACCCATGGTTTCCTTGT--ACCGGGTGAGTGCTCCTGAGTCACAATA-ATTAGCACT----AG-TCCG-TACA--GGCAAACCAT--GTCCT----------CC--CTTG-------------TC-GT-TCGC-AATGCTTAGTATC-ACACCTACTGAT-G-TAC-ACGGG-ACA-CAA----TGC-CATTATCTTCCTT-TGTC-TATGCCTCAT-GGC-GA--TACAAGTCCTGCGCA--GA----GGAGGAA--TTGCCTA-T--TTTCCAGAAAGAGA--ACTTGCCA-CAAGCCaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacacctactgatgtacacgggacacaatgccattatcttcctttgtctatgcctcatggcgatacaagtcctgcgcagaggaggaattgcctattttccagaaagagaacttgccacaagccgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|2 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacaAC---C-TACTGAT--GTACA-CGGGA--CACAA--TGC-----CATT-ATCTTCC-TTTGTCTATGCCTC-ATG-GCGA-TA---CA----------AGTCCTGCGCA--GAGGAGGAAT--TGCCTATTTTCCAGAAAGAG-A-ACTTGCCACAA-GC-C-GT-ACTTGC-TGATATTCTCT--CATC-AT--C-CTAACC-CGT-TACTTGCTTTGTGT------T------GGTGTGTT--TC-A-C-------A-TTACTA-ACCATG-G---TCTGTAACG-GCTTAGGAGACTTCA-GT-TCAT-CATACC-TGCAGA--CTCAA-GGCAGAAGAGGCA-TAAAAA----CATCCC-ACCCTGTT-GAACTCTTAGTTTCCTGGT--TCCTGCTAAAAGCTCATAGGTAATAAT-------------------CCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCC---CATCTTGCC------GCTCA-CGATGCATC-AG-CCAC-GATGGTAAATACCAACACTT-TTATT-G-TAC-ATGTG---A-CATTTC-AAC-TATCCT-TCAGTT-TCTC-Tgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|3 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacCACCTACTGCTAG-TAC-ACGGG-ACA-AACTGC-TGtgtcaatca
gi|3 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttacTGCTGGCAAGTGCTGCG-G--A-GGAGGA-TATTGCATAATTCC-----AGAC---ACTCACCACAC-AC-C-GT-ACATGC-CGATATT-CGT--CAGC-A---C-CTACCCGCGC-TACT----TTAT-T------T------GGTGTGCT--TT-ATC-------A-C-ACAACA------GGTACCTGTAACGCGTTTAGGA-AGTTCATGTTCAAC-AA--CC-T-CAGA--G-CAA-AGCAGAATAGG-A-TAAAAA----TCTCAT---TG-GCTTGGACTCATG-TTTCCTTGT--ACCTGCGACGTGCTCATGAGTCACAATA-ATTATCACT----AGTCCCGATAATCAGGCAAACCAT--GTCCT-----------C--CTTG---C--C-GT---------TCACTCATGCTTAGTATC-ACACCTACAGCT-G-TATAACGGGAA-A-CAAAGCGTGA--ATTTTCTTGCCT-TCTC-TATG-CTCATAGTCAAC--TACAGGTTCCGTGCGCCGAG---G--GGAAGTTTGCATA-T--TCTTCACAAATAGA--ACTTG-CA-CAAGGCCTGgcaagtgctgcggaggaggatattgcataattccagacactcaccacacaccgtacatgccgatattcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgtgcgccgaggggaagtttgcatattcttcacaaatagaacttgcacaaggcctgaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|3 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaacAC---C-TACAG-CT-GTATAACGGGAA--ACAA--AGCGTGA--ATT-TTCTTGC-CTTCTCTATG-CTC-ATAGTCAACTA---CAGGTTCC-----GTGCGCCG-A--G-G--GGAAGTTTGCATATTCTTCACAAATAG-A-ACTTG-CACAAGGC-C-TG-AAATGCTCAAT-TC-GCT--CATCAAT--C-CT-ACC-CGC-TAC-----TTGC-T------T------aaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|4 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgctggcaagtgctgcggaggaggatattgcataattccagacactcaccacacaccgtacatgccgatattcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacAC---C-TACAG-CT-GTATA-CGGGA--CACAA--AGC-TGC-CATT-TTCTTGC-TTTCGTTATGTCTC-ATA-GCAA-TA---CAGGT-C------GTGCGCCG-A--G-G-AGGAAT--TGCATAATTTCTACAAAGAG-A-ACTTGCCACAA-GC-C-GA-AAATGC-TCAT-TT-TCC--CATC-AT--C-CTATTC-CGC-TACT-----TGC-T------TTGTACGGGTGTGCT--TT-A-CATTACTAG-C--CTG-G------G---CCTCTAACG-GCTTAGAAGAATACA-GT-GCAT-CATACC-TACAGA--C-CCACGGCAGAAGA--TCATAAAAA----CATCCT-ACCCTGTT-GATTTCGCGGTTTATTGGT--ACCTCCTAAGT---CATGGATACTAATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TGCT--GATACATCAC--GTC---------------------CCC--C-ATGCCTC-AG-TCAT-CAGGGTCAG---C-ACACCTACtgtg
gi|5 : agtatcacGATTCCA-GT-CCAT-CATTCC-TAAAGA--C-CCA-AG--GAGGAAGTC-TCAAAA----CCTAAT-AATGTGCT-GGACTCGCAGTTTCCTGGT--ACCTGCTGAGTGCTGATGGGTCAAAATC-ATTAGCGTT----AG-CCAG-TACT--GGCAAACCAG--GTCCTAACT----TGCCG-CTTGGCTCAAC-ATGCATCTAGTTCAC-CA-AGCGGATAAC-TTACCT-CTGCT-GTTAC-ACCGGAGAATCAAT---TGCGTATTCTCT--CTTATTTCAAATGCCTCA--GTT-GC--CACAAGTCCTGTGCA--GA----GGACAAG--TTCCATC-A--TTTCGTTACAGA-ACTAC--GTAAGCAAGCCaattttaatcaacataacatttcaaccaaccttcatattctcttgtcaatgaatcgaatttcccctattacagctgttttgattgaacaaaattaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaagacaggagccttgcttctatcacacacatgttataacttcacttgccaaacttgaaccacaaatgcgtgcacaattaa
gi|5 : TTGCCA-CAAGTCCTGTGCAGAGGACAAGTTCCATCATTTCGTTACAGA-ACTAC--GTAAGCAAGCCGTACAT---GATAATCT----CACACTGACCACCTTGCTAAGTGCT--GTGTGCCTCATAATCACTAGCACA--CCT-CT-----CTTA-ATCTATCAGGGGATC-CA-TTCGTTCA-TACCAACTGGCAGAAgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|5 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagTCAGGGGATTCCAGTTC-GTCA-TACCAA--GGCAGAA----CCTCATA---TTGTACTGTGCAGAGGAGGATTTCACTAATTCTAGAAAGACTGTTTACCACAAtgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|6 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccacaagtcctgtgcagaggacaagttccatcatttcgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc--TTGCATA-TCTTTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCA-CTAGCC
gi|6 : TTTCCACAAAGAGAACTTGCCACTAGCCG-ACATGC-TGA-TA-TTTCTCACCATCCTAC--ACCGTCACTTGCTTTGTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGTGCTTCAT-ATTAATAG---TA--AGGTCCTGT--AACGGTTTAAGATACTCCAGTTCA-TCAAAC---CTACAGAC-CC--AAGGCAGAAGAGGCA---TAAAAACATCCT-ATCCTGCTG-GACTTGTG--GTTT-CCTGGTACGTGCTGCTAAGTGCTCAT-G-GAT--A-ATAA--TCAT-TA--------GCA--gacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|6 : ttgcatatctTGAT-GGAC--GTGATTTGTCAGT--ACGGG-TCAGTGCTAATGA-TTATTATCCATGAGCACTTAGCAG-CACG-TACC--AGGAAACCACAAGTCCctgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|6 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctTCATGGGTAGTAATA-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GACAAACCAC--GTC---------------------CCC--C-ATGCATC-AA-TCAT-CAGGGTAAG---C-ATACCTGCtgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|7 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccaGGAGATTCCAGTTCAATCACAC---CTACAATTACC--AA-GCCAAA---GTT---TGAAAACCTCAGAAT-TTGCTGAGATTTGTGCCGTG--CCTTGTAC---TTGCTTAGGGCTCATCG-GGT---CACAAATCCATATA--------GCA-----AAAC--CA-ATTGGCGTACCCTACCCGGCTTGCTCATGCATCAGTCTACCCAAGTCCATGCCATCCTAAATCAGAATGTAAAA-----ATTACAGTCGTACTG-CA-GTCATACAGGAGCCACAATCTGT-TGCTCATTCGTCCTGCTTTTCCCTTGGCCTCAAAA-TCGATTAACTCATTTGCCTTAAAGTATTGTG-AAGA-GGAGGAATTCCA-CTAATTT--ACCAAGAC-TAACTTACCACAA-GC-CTGT-ACATGA-CAATATC-T-T--CAA--ATTAC-CTAACC-CGCTTACT-A---TGT-T------A------TGCCTGCTGCTGTG-CA------A-C-GC--------------CCTGTAACA-GCATAGGAGAATTCATGT-CAATAAATACCTTACAGAC-C-CAA-GG-GGAAGAAGTC-TCAAaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|8 : tagGCAGAGGAGGACT-TCCATCA--TTCTACAAAGACTATTCACCACAAGCCGTACATGC-TAA-TACTT-TTCAGCATCCTAA--CCCGGTACTTGCTATGGGCTT-------------------------GTGTGCTTTAC-ATCACTAGCCTTT--AG--CC--TATAGCGGCTTAGGAGATTCCTGTTCA-TCAGACCTTCTTGCAGA-CCGAAG-GCAGAA---GAGGAATAAAAGCCTCATACT-CAGTTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGCTAC---CTGCCAAGTCCTCAT-A-GGTAAAAAGAA--TTAT-CACCGAGCCCGCATTGGCAAAC--CATAT---CCTCCCATGTC--ACCCAC-CATGCATCAG-TCACCAGGAT--ATG-CACC
gi|9 : attcatttgctgaagtcaaaattgagacacgaAGTACC-AAACCCACTGCT-G-TA------GA----CAATGC-TGC-T-----------T-TCTC-TGTCCCTCAT-GTC-GA--TACAAGTCCTATACG--GAG---GAAGAAA--AT-CATA-A--TTTC--TACAAAGAATACTTGCCA-CAAGCCtgtgattttatca
gi|9 : TACGGAGGAAGAAAATCA--TAATTTCTACAAAGAATACTTGCCACAAGCCGTACATGC-C---CA-TT-TTCAACATCCCAA--CATGCTACTTGCTATGTGCGG-------------------------GTGTGCTTCAA-ATGACCAGCA-CT--AG--CC--TGTAACATCTTAGGAGATTCCAGATCC-TCAAAC---CTACAGGC-CC--AATGTAGAA---GTT---TCGACACATAGCACTG-TGCTG-GAGTCATG--GTTT-CCTGCTAT---CCACTAAGTATTCAT-G-GGT--A-ATAA--TCAT-TA--------CCA--gtacatgcccattttcaacatcccaacatgctacttgctatgtgcgggtgtgcttcaaatgaccagcactagcctgtaacatcttaggagattccagatcctcaaacctacaggcccaatgtagaagtttcgacacatagcactgtgctggagtcatggtttcctgctatccactaagtattcatgggtaataatcattaccactgagcccgtact
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CAATTTAACTAGCATTTGTCCGAATAATAAAAATGTTAAAGAAAATCACATTTAAGAAAATCAACATTTAACGTGAATATTAAGCCTATACATAATTAGATTTAAAATGGTGATTTGGATTGAAAATTTTA
Unaligned ( gi|17 ): TAACATTTCAACCAACCTTCAGTTTCACTTGTCAATGAGTCAAATTTCCTTTATTACAGCTGTTTTGATTGAAGAAAGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 2222 222222 1111 111 0000000000000000000000000 11 333333 11 11 1111 111 2 1111111111 2222 11 111 444444444444444444444444444444444 11 1 222 11 1 1 11 22222 111 11 222222222222 11 11 5555555555555555555 222222 11111 1111 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1111 666666666666666666666666 11 11 333333333 1111 33 11 1 44 222 2222 2222 11 1 11 1 22222222222222 1 1 1 11 22222 1111 33333 11 11 11 11
lowQualScore : 33 0 0 9999 9 22 5 8 5 666666 8 5555 8 8 666 1 5 0000000000000000000000000 00 0 888888 33 88 6 8 1 7777 000 4 9999999999 8 3 0 2222 8 11 0 8 8 444 1 999 444444444444444444444444444444444 88 3 333 1 1 88 0 7 2 6 5 88 66666 444 8 22 888888888888 11 0 8 11 1 8 1 8 1 0 6 3333333333333333333 1 777777 888 1 4 33333 8888 1 5 5 5 3 222222 1 66 5 0 5 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 5 1 9 8 4 8 0 44 66 4 99 3 3 9 88888 1 4444 1 4 3 2 33 1 0 2 4 33 66 8888 2 3 44 555 666666666666666666666666 4 1 4 7777 4 3 1 0 5 4 1 4 4 5 9 2 5 6666 99 1 55 6 1 6 88 8 11 333333333 3 99 6666 88 5 1 2 1 1 88 1 5 88 000 1 1 4444 1 3333 22 88 2 5 1 88 5 77777777777777 4 6 3 3 88 99999 5555 3 33333 88 88 0 88 1 1 1 88 22 88 1 1 1 1
lowQualScore : .. . . .... . .. . . . ...... . .... . . ... . . ......................... .. . ...... .. .. . . . .... ... . .......... . . . .... . .. . . . ... . ... ................................. .. . ... . . .. . . . . . .. ..... ... . .. ............ .. . . .. . . . . . . . ................... . ...... ... . . ..... .... . . . . . ...... . .. . . . . ............................................................................... .. . . . . . . . .. .. . .. . . . ..... . .... . . . . .. . . . . .. .. .... . . .. ... ........................ . . . .... . . . . . . . . . . . . . .... .. . .. . . . .. . .. ......... . .. .... .. . . . . . .. . . .. ... . . .... . .... .. .. . . . .. . .............. . . . . .. ..... .... . ..... .. .. . .. . . . .. .. .. . . . .
lowQualScore : 88 8 0 8888 8 44 0 0 6 444444 0 4444 8 0 666 4 6 0000000000000000000000000 22 2 555555 88 00 5 0 0 0000 000 0 0000000000 0 8 8 4444 0 00 6 0 8 000 0 222 888888888888888888888888888888888 33 3 333 0 0 33 7 3 0 7 0 00 55555 000 0 66 222222222222 00 8 0 88 8 0 4 0 0 6 7 6666666666666666666 7 777777 666 7 9 00000 7777 4 7 7 7 0 111111 0 99 0 5 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 0 0 7 1 0 0 6 88 66 0 55 6 6 6 66666 0 0000 6 0 1 8 99 2 4 9 4 00 00 3333 9 1 22 444 111111111111111111111111 4 1 4 0000 4 4 0 8 7 0 3 4 4 0 4 5 0 1111 99 0 00 7 0 7 66 0 00 666666666 2 22 8888 22 0 0 5 0 0 00 0 0 00 555 0 0 0000 0 5555 00 00 5 5 0 00 5 00000000000000 0 7 3 3 33 77777 3333 7 33333 33 33 7 33 0 0 0 00 00 00 0 0 0 0
consensus : NNTGCG--GAGGAGGAAT-TCG-A-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-CGA-TA-TT-C--TCANCA-TCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--T-TAG--CCTGTGTAACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACC----TACAGNC-CCAAGGCAGAA---GTT---T-GAAAACCTCATAAT-C--TGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGCTAC---CTGCTAAGTNCTCAT-G-GGT--ACACAA--TCAT-TA--------GCA--G--AAAC--CA-AT---CGTCCCNTNCC--GCTCGCTCATGCATCAGCTTACCAAGGTCCATGCCATCCTGAATCAGAATGTAAAATAACGATTAC---C-TACTGCT-GTACA-ACGGGAG-CACAA--TGCTGC-CATT-NTCCTGC-TTTCCCTATGCCTC-ATATCGA-TA---CA-GTGCC---A---AGTGCTGCG-A--G-GGAGGAATATCGCATAATTTCCACAAAGAC-N-ACTCGCCACAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-TCT--CANCAT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--T----TGC-T------T------G---GTGTGCTT---CG------CA------G-C-GCTG------A-----G--CCTGTAACG-GCTTAGGAGANTTCATG-T-CAAT-AATACC-TACAGA--C-C-AAGGCAGAAGAGGTC-TCAAAA----CCTCAT-ACTGTGCT-GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTC----CT--CC--CTTG--GCTC--C-ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTANC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCA--GAG---GGAGGAA--TTGCATA-T--TTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGT-AAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGAT-CCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAA-GA-GCCTCAC-AACCTCGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACCANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
Reference ( family-3205 ) : NNTGCG--GAGGAGGAAT-TCG-A-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-CGA-TA-TT-C--TCANCA-TCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--T-TAG--CCTGTGTAACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACC----TACAANN-CCAA-GCAGAA---GTT---T-GAAAACCTCATAATGC--TGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGNTAC---CTGCTAAGTNCTCAT-G-GGT--ACACAA--TCAT-TA--------GCA--G--AAAC--CA-AT---CGTCCCNTNCC--GCTCGCTCATGCATCAGCTTACCAAGGTCCATGCCATCCTGAATCAGAATGTAAAATAACGATTAC---C-TACTGCC-GTACA-ACGGGAG-CACAA--TGCTGC-CATT-NTCTTGC-TTTCCCTATGCCTC-ATATCGA-TA---CA-GTGCC---A---AGTGCTGCG-A--G-GGAGGAATATCGCATAATTTCCACAAAGAC-N-ACTCGCCACAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-TCT--CANCAT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--T----TGC-T------T------G---GCGTGCTT---CG------C-------G-C-GCTG------A-----G--CCTGTAACG-GCNTAGGAGANTTCATG-T-CAAT-AATACC-TACAGA--C-C-AAGGCAGAAGAGGTC-TNAAAA----CCTCAT-ACTGTGCT-GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTC----CTTGCC--CTTG--GCTC--C-ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTACC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCG--GAG---GGAGGAA--TTGCATA-N--TTTCCACAAAGAGA-TACTTGCCACAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGTGNAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGATNCCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAA-GAAGCCTCAC-AACCTCGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTCCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACTANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
gi|1 : TGCA--GAGGAGGAAT-TCG-AACAACTTCTACAAAGACTATGTAAAACAAG-CCGTACATGCACGGGTA-TC-C--TCA-CA-TCCTAAGACCCGCTACTTGTTATG-GCTT-------------------------GTGTGCTTCACCATCACTTGG--TGCAG--CCTGTGTAACGGCTTAGGAGATTCCAGCTCA-TCACACC----TGAAATA-CCAA-GCAGA----GTT---T-GAAAACCTCATAATGC--TGCTG-GATTTGTG--CTGTGCCTTTTAT---GTGCTAGGTCTTCAT-GCGGT---C-CAA--TCAT--A--------GCA--G--AAACAACA-AT---CGTCCCTTCCC--GCTTGCTCATGCATCAGCTTACCAAGGTCCATGC-ATC--GAATCAGAATGTAAAATAACGATTAC---C-TACTGCCAGTCCA-ACAGGAG-CACAA--TCCTGC-CATT-CTCCTGC-TTTCCCTATGCCTA-AGATCAC-TA---CATGTGCT---ATAAAGTATTGTG-A--GTAGAGGAATACCACCTAACTTCACCAACGAC-T-ACTTACCACACACGC-GTTACATGACGATATT-TCTTGCAATAC--CTCTAACC-CGC-TACT-G--T----TGA-T------T------A---GCCTGCTT---AG------T-------G-T-GC-G------A-----G--CCTGT-ACA-GCATAGGAGATCTCATG-T-CAAT-AATACC-TACAGA--C-C-AAGG-AGAAGAAGTC-TCAAAA----CCTCAT-AATGTGCT-GGATTTGTGGTTTCCTGGT--ACATGTTAA-GCGCTGATGGGTCAA-AATC-ATTAGCATT----AG-TCCA-TACT--GGAAAACCAT--GTCCTAACTTGCCG-CTTG--GCTCAAC-ATTCATC-AG-TCAC-CATGGTGAGTAAC-TTACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCCTACTT-TCTC-AATGCTTCAT-GTT-GC--TACAAGTCCTTTGCA--GAGACTGAAGGAA--TTCCACA-A--CTTCTATATAGAGACTACGTAAAACAAGCCCTTTGCAGAGTAGGAATTCGACAACTTC--TACATAGACTATGT-AAAACAAGCCGTACATACCAAAATTCTTCAACATCCCAACC----CGCTACTTGCTAGGTGTGTGTCAC-ATCACTAGAACGAGCTTACTAACACCCCACA-GGATTAGGGGTTGTCAGGTC-TTCACTACCAA--GGCAGAA-GAAGTCTCAC-AACCTCATACT-----GTG--CAGAAG--AGGATTCCACTATTTCTACAAAGACTACTTATCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTGCTGGTGTGCTTCACATCACTGTCTAGCACTAGCCTGTAATGGCATAGGAGATTCCTGTCCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
gi|10 : ttATG-TTCAAC-AAT-CC-TACAGAG-C-C-AAGGCAGAATAGGTC-TCGAAG----TCTCAT-ACTGTGCT-GGTCTCATGGTTTCCTTGT--ACTGGGCGA-GTCCTCATAAGTCAC-AATA-ATTAGCACT----TG-TCCG-TACA--GGCAAACCAT--GTC----CT--CC--CTTG--GC--------GT-------TCAC-CATGCTTAATACC-ACAGCTACAGCT-G-TAC-ACGA-AACA-CAATGC-TGC-CATTGTCTTCCTG-TATC-TATGCCTCA---TC-GCTATACAAGTCTTATGCA--G-T---GGAGGAA--TCGCATATT--TTTCCACAAAGAGA--ACT
gi|11 : AT--C-CTAACC-CGC-TAC--G--C----TGT-T-----------------ATGTGCTG----G------T-------G-T-GC-G------A-----G--CCTGTA-CG-GCATAGGAGA-TTCATG-T-CAAT-TATACC-TACAGGACC-C-AAGG-AGAAGAAGT--TCAAAC----CTCCATAACTGTGCT-GGACT-GTGGTGTTCT-GT--ACCTGCTAA-GTGCTGATG
gi|12 : t-GGACATGAGGTTTCCTGGTAAACATTCTGA---GCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CATT-TACC--AG-AA-------GTC----CTTGaaatcttcaacattcccaaacctgcttacttgc
gi|13 : atatcaacaatacgtctgtgtaacaaggagtccattctcaacaccatcagaataatgtattttctctttg-GGACATGAGGTTTCCTGGT--CAATGTTAT-GTGCTCATGGGTCAC-ATTC-ATTAGCACT----AG-Ctgctgcgttcaccattatc
gi|15 : aagaggagatcattctcaacaccatcagaacaatgtgtttcctatttgGT--ACCTGCTTA-ATCCTCATAGGT----AATA-GTAAGCACT----GA-CCCG-TACT--GACAAATCAC--GTC----Catctaacagtagtccttatgcttctttcatcat
gi|15 : CATGGATAGT-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GACAaccatggatagtaatcattagcactagcccgtactgaca
gi|16 : gtacctgcttaatcctcataggtaatagtaagcactgacccgtactgacaaatcacgtccac--C-C-AAGGCAGAATAGGTA-TAAAAAAG--TCCCAT-ACTGTGTT-GGACTCATGGTTTCCCTGT--ACCAGGTGA-GTGCTCATAAGTCAC-AA-A-ATTAGCATT----A
gi|18 : C--CATG--G-TC--C-ATGCATC-AG-TCAC-TACAGTGAGTAAC-TTACCTACAACC-G-TA
gi|19 : aagacctcctactgtcaTATGTTCTGGTGTGATTTACATCAC--TAAAG--CCATCCTGTAACGGTTTAGGAAATTCATGTACATC
gi|2 : AGTACC-ATACCTACTATT-G-TAC-AC-GGAACA-CGATAC-TGC-
gi|2 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGA-TA---C---TGC----A---AGAGCTGTG-C--G-GAAAAGAAATTGCA-AATTTGCA----GAC-CTACTCACCACAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-CTT--CAGCAT--C-CTATCC-TGC-TAC-----T----TGC-TATCTGCT------G---GTGTGCTT---CA------T-------ATC-ACTAACAGGTA-----G--CCTGTAGCG-GCTTAGGAGA-TTCATGTT-CAAC-AA-ACC-TACAGAG-T-C-AAAACA-AATAG--T-TAAAAAAAAGTATCAT-ACTGTGCT-GGACCCATGGTTTCCTTGT--ACCGGGTGA-GTGCTCCTGAGTCAC-AATA-ATTAGCACT----AG-TCCG-TACA--GGCAAACCAT--GTC----CT--CC--CTTG---------------TC-GT-TCGC-AATGCTTAGTATC-ACACCTACTGAT-G-TAC-ACGGG-ACA-CAA----TGC-CATTATCTTCCTT-TGTC-TATGCCTCAT-GGC-GA--TACAAGTCCTGCGCA--GA----GGAGGAA--TTGCCTA-T--TTTCCAGAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacacctactgatgtacacgggacacaatgccattatcttcctttgtctatgcctcatggcgatacaagtcctgcgcagaggaggaattgcctattttccagaaagagaacttgccacaagccgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|2 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacaAC---C-TACTGAT-GTACA--CGGGA--CACAA--TGC----CATT-ATCTTCC-TTTGTCTATGCCTC-ATGGCGA-TA---CA-------------AGTCCTGCGCA--GAGGAGGAAT--TGCCTATTTTCCAGAAAGAG-A-ACTTGCCACAAGC-C-GT-ACTTGCTGATATTCTCT--CATCAT--C-CTAACC-CGT-TACTTGCTT----TGTGT------T------G---GTGTGTTT---CA------C-------A-TTACTA------ACCATGG--TCTGTAACG-GCTTAGGAGACTTCA-G-T-TCAT-CATACC-TGCAGA--CTC-AAGGCAGAAGAGGCA-TAAAAA----CATCCC-ACCCTGTT-GAACTCTTAGTTTCCTGGT--TCCTGCTAA-AAGCTCATAGGTAAT-AAT-------------------CCG-TACT--GGCAAACCAC--GTC----C---CCATCTTGCCGCTCA-CGATGCATC-AG-CCAC-GATGGTAAATACCAACACTT-TTATT-G-TAC-ATGTG---A-CATTTC-AAC-TATCCT-TCAGTT-TCTC-Tgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|3 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacCACCTACTGCTAG-TAC-ACGGG-ACA-AACTGC-TGtgtcaatca
gi|3 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttacTGGC---A---AGTGCTGCG-G--A-GGAGGA-TATTGCATAATTCC-----AGAC---ACTCACCACACAC-C-GT-ACATGCCGATATT-CGT--CAGCA---C-CTACCCGCGC-TACT----T----TAT-T------T------G---GTGTGCTTTATCA------C-------A-C-AACA------G-----GTACCTGTAACGCGTTTAGGA-AGTTCATG-TTCAAC-AA--CC-T-CAGA--G-C-AAAGCAGAATAGG-A-TAAAAA----TCTCAT---TG-GCTTGGACTCATG-TTTCCTTGT--ACCTGC-GACGTGCTCATGAGTCAC-AATA-ATTATCACT----AGTCCCGATAATCAGGCAAACCAT--GTC----CT---C--CTTG-----C--C-GT---------TCACTCATGCTTAGTATC-ACACCTACAGCT-G-TATAACGGGAA-A-CAAAGCGTGA--ATTTTCTTGCCT-TCTC-TATG-CTCATAGTCAAC--TACAGGTTCCGTGCGCCGAG---G--GGAAGTTTGCATA-T--TCTTCACAAATAGA--ACTTG-CACAAGGCCTGgcaagtgctgcggaggaggatattgcataattccagacactcaccacacaccgtacatgccgatattcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgtgcgccgaggggaagtttgcatattcttcacaaatagaacttgcacaaggcctgaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|3 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgcTGCGCCGAGGGGAAGT-TTGCA-TATTCTTCACAAATAGAACTTGC-ACAAGGCCTGAAATGC-TCA--A-TT-CGCTCATCAATCCTA---CCCGCTACTTGCTTTGTGaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|4 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgctggcaagtgctgcggaggaggatattgcataattccagacactcaccacacaccgtacatgccgatattcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgAC---C-TACAGCT-GTATA--CGGGA--CACAA--AGCTGC-CATT-TTCTTGC-TTTCGTTATGTCTC-ATAGCAA-TA---CA-G-GTC--------GTGCGCCG-A----GGAGGA--ATTGCATAATTTCTACAAAGAG-A-ACTTGCCACAAGC-C-GA-AAATGCTCAT-TT-TCC--CATCAT--C-CTATTC-CGC-TAC-----T----TGC-T------TTGTACGG---GTGTGCTT---TA------CATTACTAG-C--CTG------G-----G--CCTCTAACG-GCTTAGAAGAATACA-G-T-GCAT-CATACC-TACAGAC-C-C-ACGGCAGAAGA--TCATAAAAA----CATCCT-ACCCTGTT-GATTTCGCGGTTTATTGGT--ACCTCCTAA-G---TCATGGAT-ACTAATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TGCT--GATACATCAC--GTC-------------------CCC--C-ATGCCTC-AG-TCAT-CAGGGTCAG---C-ACACCTAC
gi|5 : agtatcacGATTCCA-G-T-CCAT-CATTCC-TAAAGA--C-C-CAAG--GAGGAAGTC-TCAAAA----CCTAAT-AATGTGCT-GGACTCGCAGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTGATGGGTCAA-AATC-ATTAGCGTT----AG-CCAG-TACT--GGCAAACCAG--GTCCTAACTTGCCG-CTTG--GCTCAAC-ATGCATCTAGTTCAC-CA-AGCGGATAAC-TTACCT-CTGCT-GTTAC-ACCGGAGAATCAAT---TGCGTATTCTCT--CTTATTTCAAATGCCTCA--GTT-GC--CACAAGTCCTGTGCA--GA----GGACAAG--TTCCATC-A--TTTCaattttaatcaacataacatttcaaccaaccttcatattctcttgtcaatgaatcgaatttcccctattacagctgttttgattgaacaaaattaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaagacaggagccttgcttctatcacacacatgttataacttcacttgccaaacttgaaccacaaatgcgtgcacaattaa
gi|5 : TTGCCACAAGTCCTGTGCAGAGGACAAGTTCCATCATTTCGTTACAGA-ACTACGT--AAGCAAGCCGTACAT---GATAATCT----CACACTGACCACCTTGCTAAGTGCT--GTGTGCCTCATAATCACTAGCACA--CCT-CT-----CTTA-ATCTATCAGGGGAT-CCA-TTCGTTCA-TACCAACTGGCAGAATGACACCCCTCTAATCTGGTGTTAGGCGGTGTCCAGAGGTCAGGAATTTATT-CTTCTgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|5 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagTCAGGGGATTCCAGTTC-GTCA-TACCAA--GGCAGAA-----CCTCAT-A---TTGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTAATTCTAGAAAGACTGTTTACCACAAtgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|6 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccacaagtcctgtgcagaggacaagttccatcatttcgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc--TTGCATA-TCTTTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACTAGCC
gi|6 : TTTCCACAAAGAGAACTTGCCACTAG-CCG-ACATGC-TGA-TA-TTTC--TCACCA-TCCTAC--ACCGTCACTTGCTTTGTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGTGCTTCAT-ATTAATAG---T-AAGGTCCTGT--AACGGTTTAAGATACTCCAGTTCA-TCAAACC----TACAGAC-CCAAGGCAGAAGAGGCA---T-AAAAACATCCT-ATCC--TGCTG-GACTTGTG--GTTT-CCTGGTACGTGCTGCTAAGTGCTCAT-G-GAT--A-ATAA--TCAT-TA--------GCA--gacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|6 : ttgcatatctTGAT-GGAC--GTGATTTGTCAGT--ACGGG-TCA-GTGCTAATGA-TTAT-TATCCATGAGCACTTAGCAG-CACG-TACC--AGGAAACCACAAGTC----Cctgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|6 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctTCATGGGTAGT-AATA-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GACAAACCAC--GTC-------------------CCC--C-ATGCATC-AA-TCAT-CAGGGTAAG---C-ATACCTGCtgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|7 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccaGGAGATTCCAGTTCAATCACACC----TACAATTACCAA-GCCAAA---GTT---T-GAAAACCTCAGAAT-T--TGCTGAGATTTGTGCCGTGC-CTTG-TAC---TTGCTTAGGGCTCATCG-GGT---CACAAATCCATATA--------GCA-----AAAC--CA-ATTGGCGTACCCTACCCGGCTTGCTCATGCATCAGTCTACCCAAGTCCATGCCATCCTAAATCAGAATGTAAAA-----ATTACAGTCGTACTGCA-GT-CATACAGGAGCCACAATCTGTTGCTCATTCGTCCTGCTTTTCCCTTGGCCTCAAAATCGATTAACTCATTTGCCTTAA---AGTATTGTG-AAGA-GGAGGAATTCCAC-TAATTT--ACCAAGACTA-ACTTACCACAAGC-CTGT-ACATGACAATATC-T-T--CAA-ATTAC-CTAACC-CGCTTACT-A--TGTTATGC-C------T----------GC-TGCTG---TG------CA------A-C-GC-----------------CCTGTAACA-GCATAGGAGAATTCATG-T-CAATAAATACCTTACAGAC-C-C-AAGG-GGAAGAAGTC-TCAAaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|8 : tagGCA--GAGGAGGACT-TCC-ATCA--TTCTACAAAGACTATTCACCACAAG-CCGTACATGC-TAA-TACTT-T--TCAGCA-TCCTAA--CCCGGTACTTGCTATGGGCTT-------------------------GTGTGCTTTAC-ATCACTAGCCTT-TAG--CC--TATAGCGGCTTAGGAGATTCCTGTTCA-TCAGACCTTCTTGCAGAC-CGAAGGCAGAA---GAGGAAT-AAAAGCCTCATACT-C--AGTTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGCTAC---CTGCCAAGTCCTCAT-A-GGTAAAAAGAA--TTAT-CACCGAGCCCGCATTGGCAAAC--CATAT---CCTCCCATGTC--ACCCAC-CATGCATCAG-TCACCAGGAT--ATGC
gi|9 : attcatttgctgaagtcaaaattgagacacgaAC---C-CACTGCT-GTA---------G--ACAA--TGCTGC--------------TTTCTCTGTCCCTC-ATGTCGA-TA---CAAGTCCT---A--------TACG-G--A-GGAAGAAAATC--ATAATTTCTACAAAGAA-T-ACTTGCCACAAGC-C-GT-ACATGCC--CATT-T-T--CAACAT--C-CCAACA-TGC-TACT---------TGC-TATG---T------GCGGGTGTGCTT---CAAATGACCA------G-C-ACT-------A-----G--CCTGTAACA-TCTTAGGAGATTCCAGA-T-CCTC-AA-ACC-TACAGG--C-CCAATGTAGAAG---TT-TCGACA----CATAGC-ACTGTGCT-GGAGTCATGGTTTCCTGCT--ATCCACTAA-GTATTCATGGGTAAT-AATC-ATTACCACTG---AG-CCCG-TACT--acctgtgattttatca
gi|9 : agtaccaaTACG--GAGGAAGAAAATC--A-TAATTTCTACAAAGAATACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-C---CA-TT-T--TCAACA-TCCCAA--CATGCTACTTGCTATGTGCGG-------------------------GTGTGCTTCAA-ATGACCAGCA-C-TAG--CC--TGTAACATCTTAGGAGATTCCAGATCC-TCAAACC----TACAGGC-CCAATGTAGAA---GTT---TCGACA----CATAGCACTGTGCTG-GAGTCATG--GTTT-CCTGCTAT---CCACTAAGTATTCAT-G-GGT--A-ATAA--TCAT-TA--------CCA--
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CAATTTAACTAGCATTTGTCCGAATAATAAAAATGTTAAAGAAAATCACATTTAAGAAAATCAACATTTAACGTGAATATTAAGCCTATACATAATTAGATTTAAAATGGTGATTTGGATTGAAAATTTTA
Unaligned ( gi|17 ): TAACATTTCAACCAACCTTCAGTTTCACTTGTCAATGAGTCAAATTTCCTTTATTACAGCTGTTTTGATTGAAGAAAGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 2222 222222 1111 111 0000000000000000000000000 11 333333 11 33 1111 111 1111 111 333333 7777777777777777777777777777 11 222222 111 11 1 111 1 1 333333333333333 11111 111 22222 11 222222222 11 55555555555555555555 222222 2222 111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 1 11111111 11111111 111 222222222 55555555555555555555555 11 11 33333333 1111 11 11 1 1 222 2222 2222 11 1 11 1 22222222222222 2 1 1 11 44444 1111 33333 11 11 2222 11
lowQualScore : 33 0 0 9999 9 22 5 8 5 666666 8 5555 8 8 666 1 5 0000000000000000000000000 00 0 888888 33 66 6 1 4444 1 6 2 111 3333 3 3 77 6 99 6 9 111 1 6 6 888888 99 88 8888888888888888888888888888 33 555555 777 1 1 33 2 0 3 777 0 0 888888888888888 7 88888 111 6 6 6 55555 77 6 555555555 00 6 6 3 6 7 5 88888888888888888888 3 555555 1111 3 555 2 555 5 5 5 5 1 5 7 66 5 999 4 4 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 0 9 6 0 3 4 55 3 77 3 3 2 3 33333333 44444444 111 3 0 777777777 2 33 1 0 2 4 33 66 8888 2 3 44 55 44444444444444444444444 4 1 4 7777 4 3 1 0 3 4 1 4 4 5 9 2 5 6666 99 1 55 6 1 6 88 8 11 00000000 3 99 6 1111 11 5 1 2 1 1 88 1 5 5 000 1 1 4444 1 3333 22 88 2 5 1 88 5 77777777777777 6 6 3 3 88 99999 5555 3 33333 88 88 88 1 1 1 0000 88 1 1 1 1
lowQualScore : .. . . .... . .. . . . ...... . .... . . ... . . ......................... .. . ...... .. .. . . .... . . . ... .... . . .. . .. . . ... . . . ...... .. .. ............................ .. ...... ... . . .. . . . ... . . ............... . ..... ... . . . ..... .. . ......... .. . . . . . . .................... . ...... .... . ... . ... . . . . . . . .. . ... . . . ............................................................................. . . . . . . . . .. . .. . . . . ........ ........ ... . . ......... . .. . . . . .. .. .... . . .. .. ....................... . . . .... . . . . . . . . . . . . . .... .. . .. . . . .. . .. ........ . .. . .... .. . . . . . .. . . . ... . . .... . .... .. .. . . . .. . .............. . . . . .. ..... .... . ..... .. .. .. . . . .... .. . . . .
lowQualScore : 88 8 0 8888 8 44 0 0 6 444444 0 4444 8 0 666 4 6 0000000000000000000000000 22 2 555555 88 55 7 0 2222 0 7 5 777 5555 7 3 77 7 22 7 3 777 0 7 7 333333 22 33 9999999999999999999999999999 88 555555 555 0 0 88 0 0 2 555 0 5 222222222222222 3 77777 777 7 7 7 33333 55 7 333333333 00 7 7 7 7 5 7 66666666666666666666 4 666666 0000 1 444 5 999 0 0 0 0 4 0 6 99 9 777 4 4 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 0 8 7 5 9 6 4 00 6 99 3 3 2 5 66666666 66666666 777 3 4 777777777 8 99 2 4 9 4 00 00 3333 9 3 66 55 00000000000000000000000 4 1 4 0000 4 4 0 8 8 0 3 4 4 0 4 5 0 1111 99 0 00 7 0 7 66 0 00 88888888 2 22 7 2222 00 0 0 5 0 0 00 0 0 5 555 0 0 0000 0 5555 00 00 5 5 0 00 5 00000000000000 7 7 3 3 33 33333 3333 7 33333 33 33 33 0 0 0 0000 00 0 0 0 0
consensus : NNTGCG--GAGGAGGAAT-TCG-A-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-CGA-TA-TT-C--TCANCA-TCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--T-TAG--CCTGT--AACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACC----TACAGNC-CCAAGGCAGAA---GTN---TNAAAACCTCATANT-CTGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGNTAC---CTGCTAAGTGCTCAT-G-GGT--ACANAA--TCAT-TA--------GC-------A--G-------AAAC--CA-AT---CGTCC---CTTGCC--GCTCG-CTCA---TGCATC-AGTTCACCAAGGTCCATGC-ATC--GAATCGGAATGTAAAATAAC-ATTAC---C-TACTGCT-G-TACA-ACGGGAG-CA-CAA--TGCTGC-CATT-NTC-CTGC-TTTCNCTATGCCTC-ATGTCGA-TA---C-A-GTGCC---A---AGTGCTGCG-A--G-GGAGGAATATCGCATAATTTC--TACAAAGAC-N-ACTCGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-TCT--CANCAT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--T----TGC-T------T------G--GTGTGCTT-----CG------CA------GCGCTGA------G---CCTGTAACG-GCTTAGGAGANTTCATGT-CAAC-AATAC--C-TACAGA--C-CAA-GGCAGAAGAGGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCT------C-C-CTTG--GCTC--C-ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTANC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCA--GAG---GGAGGAA--TTGCAT-A-T--TTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGTAAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGAT-CCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAA-GA-GCCTCAC-AACCTCGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACCANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
Reference ( family-3205 ) : NNTGCG--GAGGAGGAAT-TCG-A-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-CGA-TA-TT-C--TCANCA-TCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--T-TAG--CCTGTGTAACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACC----TACAGNC-CCAAGGCAGAA---GTT---TGAAAACCTCATAAT-CTGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGCTAC---CTGCTAAGTNCTCAT-G-GGT--ACACAA--TCAT-TA--------GC-------A--G-------AAAC--CA-AT---CGTCC---CNTNCC--GCTCG-CTCA---TGCATC-AGCTTACCAAGGTCCATGCCATCCTGAATCAGAATGTAAAATAACGATTAC---C-TACTGCT-G-TACA-ACGGGAG-CA-CAA--TGCTGC-CATT-NTC-CTGC-TTTCCCTATGCCTC-ATATCGA-TA---C-A-GTGCC---A---AGTGCTGCG-A--G-GGAGGAATATCGCATAATTTC--CACAAAGAC-N-ACTCGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-TCT--CANCAT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--T----TGC-T------T------G--GTGTGCTT-----CG------CA------GCGCTGA------G---CCTGTAACG-GCTTAGGAGANTTCATGT-CAAT-AATAC--C-TACAGA--C-CAA-GGCAGAAGAGGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCT------C-C-CTTG--GCTC--C-ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTANC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCA--GAG---GGAGGAA--TTGCAT-A-T--TTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGTAAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGAT-CCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAA-GA-GCCTCAC-AACCTCGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACCANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
gi|1 : TGCA--GAGGAGGAAT-TCG-AACAACTTCTACAAAGACTATGTAAAACAAG-CCGTACATGCACGGGTA-TC-C--TCA-CA-TCCTAAGACCCGCTACTTGTTATG-GCTT-------------------------GTGTGCTTCACCATCACTTGG--TGCAG--CCTGTGTAACGGCTTAGGAGATTCCAGCTCA-TCACACC----TGAAATA-CCAAG-CAGA----GTT---TGAAAACCTCATAATGCTGCTG-GATTTGTG--CTGTGCCTTTTAT---GTGCTAGGTCTTCAT-GCGGT---C-CAA--TCAT--A--------GC-------A--G-------AAACAACA-AT---CGTCC---CTTCCC--GCTTG-CTCA---TGCATC-AGCTTACCAAGGTCCATGC-ATC--GAATCAGAATGTAAAATAACGATTAC---C-TACTGCCAG-TCCA-ACAGGAG-CA-CAA--TCCTGC-CATT-CTC-CTGC-TTTCCCTATGCCTA-AGATCAC-TA---C-ATGTGCT---ATAAAGTATTGTG-A--GTAGAGGAATACCACCTAACTTC--ACCAACGAC-T-ACTTACCA-CACACGC-GTTACATGACGATATT-TCTTGCAATAC--CTCTAACC-CGC-TACT-G--T----TGA-T------T------A--GCCTGCTT-----AG------T-------GTGC-GA------G---CCTGTA-CA-GCATAGGAGATCTCATGT-CAAT-AATAC--C-TACAGA--C-CAA-GG-AGAAGAAGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-AATGTGCT---------GGATTTGTGGTTTCCTGGT--ACATGTTAA-GCGCTGATGGGTCAA-AATC-ATTAGCATT----AG-TCCA-TACT--GGAAAACCAT--GTCCTAACTTGC-CGCTTG--GCTCAAC-ATTCATC-AG-TCAC-CATGGTGAGTAAC-TTACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCCTACTT-TCTC-AATGCTTCAT-GTT-GC--TACAAGTCCTTTGCA--GAGACTGAAGGAA--TTCCAC-A-A--CTTCTATATAGAGACTACGTAAAACAAGCCCTTTGCAGAGTAGGAATTCGACAACTTC--TACATAGACTATGTAAAACAAGCCGTACATACCAAAATTCTTCAACATCCCAACC----CGCTACTTGCTAGGTGTGTGTCACA-TCACTAGAACGAGCTTACTAACACCCCACA-GGATTAGGGGTTGTCAGGTC-TTCACTACCAA--GGCAGAA-GAAGTCTCAC-AACCTCATACT-----GTG--CAGAAG--AGGATTCCACTATTTCTACAAAGACTACTTATCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTGCTGGTGTGCTTCACATCACTGTCTAGCACTAGCCTGTAATGGCATAGGAGATTCCTGTCCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
gi|10 : ttATGTTCAAC-AAT-C--C-TACAGAG-C-CAA-GGCAGAATAGGTC----TCGAAG-----TC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGTCTCATGGTTTCCTTGT--ACTGGGCGA-GTCCTCATAAGTCAC-AATA-ATTAGCACT----TG-TCCG-TACA--GGCAAACCAT--GTCCT------C-C-CTTG--GC--------GT-------TCAC-CATGCTTAATACC-ACAGCTACAGCT-G-TAC-ACGA-AACA-CAATGC-TGC-CATTGTCTTCCTG-TATC-TATGCCTCA---TC-GCTATACAAGTCTTATGCA--G-T---GGAGGAA--TCGCAT-ATT--TTTCCACAAAGAGA--ACT
gi|11 : AT--C-CTAACC-CGC-TAC--G--C----TGT-T----------------ATGTGCT-------G------GT------GTGC-GA------G---CCTGTA-CG-GCATAGGAGA-TTCATGT-CAAT-TATAC--C-TACAGGACC-CAA-GG-AGAAGAAGT-----TCAAAC-----CT-CCA---TAACTGTGCT---------GGACT-GTGGTGTTCT-GT--ACCTGCTAA-GTGCTGATG
gi|12 : tATAT-CAAC-AATACGTC-TGTGTA--A-CAA-GG-AGTCCAT-TC----TCAACA-----CCATCAGAAT-AATGTATTTTCTCTTTGGGACATGAGGTTTCCTGGTAAACATTCTGA---GCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-Caaatcttcaacattcccaaacctgcttacttgc
gi|13 : AGAGGAGATCATTCTCAACA-----CCATCAGAAC-AATGTGTTTCCTATTTGGGACATGAGGTTTCCTGGT--CAATGTTAT-GTGCTCATGGGTCAC-ATTC-ATTAGCACT----AG-Catttaccagaagtccttgtgctgcgttcaccattatc
gi|15 : aGT--ACCTGCTTA-ATCCTCATAGGT----AATA-GTAAGCACT----GA-CCCG-TACT--GACAAATCAC--GTCCA------C-C-atctaacagtagtccttatgcttctttcatcat
gi|15 : CATGGATAGT-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GACAatggatagtaatcattagcactagcccgtactgaca
gi|16 : gtacctgcttaatcctcataggtaatagtaagcactgacccgtactgacaaatcacgtccac--C-CAA-GGCAGAATAGGTA----TAAAAAAG---TC-CCA---T-ACTGTGTT---------GGACTCATGGTTTCCCTGT--ACCAGGTGA-GTGCTCATAAGTCAC-AA-A-ATTAGCATT----A
gi|18 : -C-CATG--G-TC--C-ATGCATC-AG-TCAC-TACAGTGAGTAAC-TTACCTACAACC-G-TA
gi|19 : aagacctcctactgtcaTATGTTCTGGTGTGATTTACATCACT--AAAGC--CATCCTGTAACGGTTTAGGAAATTCATGTACATC
gi|2 : AGTACC-ATACCTACTATT-G-TAC-AC-GGAACA-CGATAC-TGC-
gi|2 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGA-TA---C----TGC----A---AGAGCTGTG-C--G-GAAAAGAAATTGCA-AATTTG--CA----GAC-CTACTCACCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-CTT--CAGCAT--C-CTATCC-TGC-TACT---------TGC-TATCTGCT------G--GTGTGCTT-----CA------TA------TCACTAACAGGTAG---CCTGTAGCG-GCTTAGGAGA-TTCATGTTCAAC-AA-AC--C-TACAGAG-T-CAA-AACA-AATAG-------TTAAAAAAAAGTA-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACCCATGGTTTCCTTGT--ACCGGGTGA-GTGCTCCTGAGTCAC-AATA-ATTAGCACT----AG-TCCG-TACA--GGCAAACCAT--GTCCT------C-C-CTTG---------------TC-GT-TCGC-AATGCTTAGTATC-ACACCTACTGAT-G-TAC-ACGGG-ACA-CAA----TGC-CATTATCTTCCTT-TGTC-TATGCCTCAT-GGC-GA--TACAAGTCCTGCGCA--GA----GGAGGAA--TTGCCT-A-T--TTTCCAGAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacacctactgatgtacacgggacacaatgccattatcttcctttgtctatgcctcatggcgatacaagtcctgcgcagaggaggaattgcctattttccagaaagagaacttgccacaagccgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|2 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacaAC---C-TACTGAT-G-TACA--CGGGA--CA-CAA--TGC----CATT-ATC-TTCC-TTTGTCTATGCCTC-ATGGCGA-TA---C-A-------------AGTCCTGCGCA--GAGGAGGAAT--TGCCTATTTTC--CAGAAAGAG-A-ACTTGCCA-CAAGC-C-GT-ACTTGCTGATATTCTCT--CATCAT--C-CTAACC-CGT-TACTTGCTT----TGTGT------T------G--GTGTGTTT-----CA------CA------TTACTAACCATG-G---TCTGTAACG-GCTTAGGAGACTTCA-GT-TCAT-CATAC--C-TGCAGA--CTCAA-GGCAGAAGAGGCA----TAAAAA-----CA-TCC---C-ACCCTGTT---------GAACTCTTAGTTTCCTGGT--TCCTGCTAA-AAGCTCATAGGTAAT-AAT-------------------CCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCC------CAT-CTTGCCGCTCA-CGATGCATC-AG-CCAC-GATGGTAAATACCAACACTT-TTATT-G-TAC-ATGTG---A-CATTTC-AAC-TATCCT-TCAGTT-TCTC-Tgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|3 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacCACCTACTGCTAG-TAC-ACGGG-ACA-AACTGC-TGtgtcaatca
gi|3 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttacTGGC---A---AGTGCTGCG-G--A-GGAGGA-TATTGCATAATTCC-------AGAC---ACTCACCA-CACAC-C-GT-ACATGCCGATATT-CGT--CAGCA---C-CTACCCGCGC-TACT----T----TAT-T------T------G--GTGTGCTTTATCACA------CA------AC----A------GGTACCTGTAACGCGTTTAGGA-AGTTCATGTTCAAC-AA--C--C-T-CAGA--G-CAA-AGCAGAATAGG-A----TAAAAA-----TC-TCA---T---TG-GCTT--------GGACTCATG-TTTCCTTGT--ACCTGC-GACGTGCTCATGAGTCAC-AATA-ATTATCACT----AGTCCCGATAATCAGGCAAACCAT--GTCCT--------C-CTTG-----C--C-GT---------TCACTCATGCTTAGTATC-ACACCTACAGCT-G-TATAACGGGAA-A-CAAAGCGTGA--ATTTTCTTGCCT-TCTC-TATG-CTCATAGTCAAC--TACAGGTTCCGTGCGCCGAG---G--GGAAGTTTGCAT-A-T--TCTTCACAAATAGA--ACTTG-CACAAGGCCTGgcaagtgctgcggaggaggatattgcataattccagacactcaccacacaccgtacatgccgatattcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgtgcgccgaggggaagtttgcatattcttcacaaatagaacttgcacaaggcctgaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|3 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgcTGCGCCGAGGGGAAGT-TTGCA-TATTCTTCACAAATAGAACTTGC-ACAAGGCCTGAAATGC-TCA--A-TT-CGCTCATCAATCCTA---CCCGCTACTTGCTTTGTGaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|4 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgctggcaagtgctgcggaggaggatattgcataattccagacactcaccacacaccgtacatgccgatattcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgAC---C-TACAGCT-G-TATA--CGGGA--CA-CAA--AGCTGC-CATT-TTC-TTGC-TTTCGTTATGTCTC-ATAGCAA-TA---C-A-G-GTC--------GTGCGCCG-A--G-G-AGGAAT--TGCATAATTTC--TACAAAGAG-A-ACTTGCCA-CAAGC-C-GA-AAATGCTCAT-TT-TCC--CATCAT--C-CTATTC-CGC-TACT---------TGC-T------TTGTACGG--GTGTGCTT-----TA------CATTACTAGC-CTGG------G---CCTCTAACG-GCTTAGAAGAATACA-GT-GCAT-CATAC--C-TACAGA--C-CCACGGCAGAAGA--TCA---TAAAAA-----CA-TCC---T-ACCCTGTT---------GATTTCGCGGTTTATTGGT--ACCTCCTAA-GT---CATGGAT-ACTAATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TGCT--GATACATCAC--GTC-------------------CCC--C-ATGCCTC-AG-TCAT-CAGGGTCAG---C-ACACCTAC
gi|5 : agtatcacGATTCCA-GT-CCAT-CATTC--C-TAAAGA--C-CCA-AG--GAGGAAGTC----TCAAAA-----CC-TAA---T-AATGTGCT---------GGACTCGCAGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTGATGGGTCAA-AATC-ATTAGCGTT----AG-CCAG-TACT--GGCAAACCAG--GTCCTAACTTGC-CGCTTG--GCTCAAC-ATGCATCTAGTTCAC-CA-AGCGGATAAC-TTACCT-CTGCT-GTTAC-ACCGGAGAATCAAT---TGCGTATTCTCT--CTTATTTCAAATGCCTCA--GTT-GC--CACAAGTCCTGTGCA--GA----GGACAAG--TTCCATCA-T--TTaattttaatcaacataacatttcaaccaaccttcatattctcttgtcaatgaatcgaatttcccctattacagctgttttgattgaacaaaattaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaagacaggagccttgcttctatcacacacatgttataacttcacttgccaaacttgaaccacaaatgcgtgcacaattaa
gi|5 : GATTCCAGTCCA-TCATTCC----TAAAGAC-CCAAGGAGGAA---GTC---TCAAAACCTAATAAT-GTGCTG-GACTCGCA--GTTT-CCTGGTAC---CTGCTGAGTGCTGAT-G-GGT---CAAAA--TCAT-TA--------GCGTTAGCCA--GTACTGGCAAAC--CA-G-----GTCCTAACTTGCC--GCTTGGCTCAACATGCATCTAGTTCACCAAG------------------CGGA--------TAAC--TTAC---C-T-CTGCT-GTTAC--ACCGGAG-AATCAA--T--TGCGTATT-CTCTCTTA-TTTCAA-ATGCCTC-A-GTTGC-CA-----------C---A---AGTCCTGTGCA--GAGGACAAGT-TC-CATCATTTCGTTACAGA-AC-T-A--CGTAAGCAAGC-C-GT-ACAT---GATA-A-TCT--CA-CA-----CTGACC------ACC----T----TGC-TAAG---T------GCTGTGTGCCT-----Ccgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|5 : TTGCCACAAGTCCTGTGCAGAGGACAAGTTCCATCATTTCGTTACAGA-ACTACGTAA-GCAAGCCGTACAT---GATAATCT----CACACTGACCACCTTGCTAAGTGCT--GTGTGCCTCATAATCACTAGCACA--CCT-CT-----CTTA-ATCTATCAGGGGAT-CCA-TTCGTTCA-TACCAACTGGCAGAATGACACCCCTCTAATCTGGTGTTAGGCGGTGTCCAGAGGTCAGGAATTTATT-CTTCTataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|5 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagTCAGGGGATTCCAGTTC-GTCA-TACCAA--GGCAGAA-----CCTCAT-A---TTGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTAATTCTAGAAAGACTGTTTACCACAAtgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|6 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccacaagtcctgtgcagaggacaagttccatcatttcgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc--TTGCAT-A-TCTTTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACTAGCC
gi|6 : TTTCCACAAAGAGAACTTGCCACTAG-CCG-ACATGC-TGA-TA-TTTC--TCACCA-TCCTAC--ACCGTCACTTGCTTTGTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGTGCTTCAT-ATTAATAG---T-AAGGTCCTGT--AACGGTTTAAGATACTCCAGTTCA-TCAAACC----TACAGAC-CCAAGGCAGAAGAGGCA---TAAAAACATCCTATC-CTGCTG-GACTTGTG--GTTT-CCTGGTACGTGCTGCTAAGTGCTCAT-G-GAT--A-ATAA--TCAT-TA--------GC-------A--gacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|6 : ttgcatatctTGAT---------GGAC--GTGATTTGTCAGT--ACGGG-TCA-GTGCTAATGA-TTAT-TATCCATGAGCACTTAGCAG-CACG-TACC--AGGAAACCACAAGTCCctgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|6 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctTCATGGGTAGT-AATA-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GACAAACCAC--GTC-------------------CCC--C-ATGCATC-AA-TCAT-CAGGGTAAG---C-ATACCTGCtgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|7 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccaGGAGATTCCAGTTCAATCACACC----TACAATTACCAAGCCA-AA---GTT---TGAAAACCTCAGAAT-TTGCTGAGATTTGTGCCGTGC-CTTG-TAC---TTGCTTAGGGCTCATCG-GGT---CACAAATCCATATA--------GC-------A----------AAAC--CA-ATTGGCGTAC---CCTACCCGGCTTG-CTCA---TGCATC-AGTCTACCCAAGTCCATGCCATCCTAAATCAGAATGTAAAA-----ATTACAGTCGTACTGCA-G-T-CATACAGGAGCCA-CAATCTGTTGCTCATTCGTC-CTGCTTTTCCCTTGGCCTCAAAATCGATTAACTC-ATTTGCCTTAA---AGTATTGTG-AAGA-GGAGGAATTCCAC-TAATTT----ACCAAGACTA-ACTTACCA-CAAGC-CTGT-ACATGACAATATC-T-T--CAA-ATTAC-CTAACC-CGCTTACT-A--TGTTATGC-C------T------G----CTGCTG-----TG------CA------ACGC-------------CCTGTAACA-GCATAGGAGAATTCATGT-CAATAAATAC--CTTACAGAC-C-CAA-GG-GGAAGAAGTC----TCAAaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|8 : tagGCA--GAGGAGGACT-TCC-ATCA--TTCTACAAAGACTATTCACCACAAG-CCGTACATGC-TAA-TACTT-T--TCAGCA-TCCTAA--CCCGGTACTTGCTATGGGCTT-------------------------GTGTGCTTTAC-ATCACTAGCCTT-TAG--CCTAT--AGCGGCTTAGGAGATTCCTGTTCA-TCAGACCTTCTTGCAGAC-CGAAGGCAGAA---GAGGAATAAAAGCCTCATACT-CAGTTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGCTAC---CTGCCAAGTCCTCAT-A-GGTAAAAAGAA--TTAT-CACCGAGCCCGC-------ATTGGC-----AAAC--CATAT---CCTCC---CATGTC--ACCCA-C-CA---TGCATC-AG-TCACCAGGAT--ATGC
gi|9 : attcatttgctgaagtcaaaattgagacacgaAC---C-CACTGCT-G-TA-----G------A-CAA--TG--------------CTGC-TTTCTCTGTCCCTC-ATGTCGA-TA---CAA-GTCCT---A--------TACG-G--A-GGAAGAAAAT--CATAATTTC--TACAAAGAA-T-ACTTGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCC--CATT-T-T--CAACAT--C-CCAACA-TGC-TAC-----T----TGC-TA-----TGTGCG-G--GTGTGCTT-----CAAATGACCA------GCACT-A------G---CCTGTAACA-TCTTAGGAGATTCCAGAT-CCTC-AA-AC--C-TACAGGC-C-CAA-TGTAGAA---GTT----TCGACA-----CA-TAG---C-ACTGTGCT---------GGAGTCATGGTTTCCTGCT--ATCCACTAA-GTATTCATGGGTAAT-AATC-ATTACCACTG---AG-CCCG-TACT--acctgtgattttatca
gi|9 : agtaccaaTACG--GAGGAAGAAAATC--A-TAATTTCTACAAAGAATACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-C---CA-TT-T--TCAACA-TCCCAA--CATGCTACTTGCTATGTGCGG-------------------------GTGTGCTTCAA-ATGACCAGCA-C-TAG--CCTGT--AACATCTTAGGAGATTCCAGATCC-TCAAACC----TACAGGC-CCAATGTAGAA---GTT---TCGACACATAGCACT-GTGCTG-GAGTCATG--GTTT-CCTGCTAT---CCACTAAGTATTCAT-G-GGT--A-ATAA--TCAT-TA--------CC-------A--
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CAATTTAACTAGCATTTGTCCGAATAATAAAAATGTTAAAGAAAATCACATTTAAGAAAATCAACATTTAACGTGAATATTAAGCCTATACATAATTAGATTTAAAATGGTGATTTGGATTGAAAATTTTA
Unaligned ( gi|17 ): TAACATTTCAACCAACCTTCAGTTTCACTTGTCAATGAGTCAAATTTCCTTTATTACAGCTGTTTTGATTGAAGAAAGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 2222 222222 1111 111 0000000000000000000000000 11 333333 11 11 1111 111 1111 111 2222 7777777777777777777777777777 11 222222 111 11 1 111 1 222222222222222 1111 1111 22222 11 222222222 11 55555555555555555555 222222 2222 111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 1 11111111 11111111 111 222222222 55555555555555555555555 11 11 33333333 1111 11 11 1 1 222 2222 2222 11 1 11 1 22222222222222 2 1 1 11 44444 1111 33333 11 11 2222 11
lowQualScore : 33 0 0 9999 9 22 5 8 5 666666 8 5555 8 8 666 1 5 0000000000000000000000000 00 0 888888 33 33 6 1 4444 1 6 2 111 2222 1 1 77 6 99 6 7 111 1 6 6 9999 7 88 8888888888888888888888888888 33 555555 777 1 0 33 2 0 3 777 0 7 222222222222222 3 7777 7777 6 6 55555 77 6 555555555 00 6 6 1 6 7 5 88888888888888888888 3 555555 1111 3 222 2 555 5 5 5 5 1 5 7 66 5 999 4 4 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 0 9 3 0 3 4 55 3 77 3 3 2 3 33333333 44444444 111 3 0 777777777 2 33 1 0 2 4 33 66 8888 2 3 44 55 44444444444444444444444 4 1 4 7777 4 3 1 0 3 4 1 4 4 5 5 9 2 5 6666 99 1 55 6 1 6 88 8 11 00000000 3 99 6 1111 11 5 1 2 1 1 88 1 5 5 000 1 1 4444 1 3333 22 88 2 5 1 88 5 77777777777777 6 6 3 3 88 99999 5555 3 33333 88 88 88 1 1 1 0000 88 1 1 1 1
lowQualScore : .. . . .... . .. . . . ...... . .... . . ... . . ......................... .. . ...... .. .. . . .... . . . ... .... . . .. . .. . . ... . . . .... . .. ............................ .. ...... ... . . .. . . . ... . . ............... . .... .... . . ..... .. . ......... .. . . . . . . .................... . ...... .... . ... . ... . . . . . . . .. . ... . . . ............................................................................. . . . . . . . . .. . .. . . . . ........ ........ ... . . ......... . .. . . . . .. .. .... . . .. .. ....................... . . . .... . . . . . . . . . . . . . . .... .. . .. . . . .. . .. ........ . .. . .... .. . . . . . .. . . . ... . . .... . .... .. .. . . . .. . .............. . . . . .. ..... .... . ..... .. .. .. . . . .... .. . . . .
lowQualScore : 88 8 0 8888 8 44 0 0 6 444444 0 4444 8 0 666 4 6 0000000000000000000000000 22 2 555555 88 88 7 0 2222 0 7 5 777 7777 0 0 77 7 22 7 5 777 0 7 7 8888 5 33 9999999999999999999999999999 88 555555 555 2 2 88 0 0 2 555 0 0 777777777777777 2 8888 2222 7 7 33333 55 7 333333333 00 7 7 0 7 5 7 66666666666666666666 4 666666 0000 1 111 0 999 0 0 0 0 4 0 6 99 9 777 4 4 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 0 8 7 6 9 6 4 00 6 99 3 3 2 5 66666666 66666666 777 3 4 777777777 8 99 2 4 9 4 00 00 3333 9 3 66 55 00000000000000000000000 4 1 4 0000 4 4 0 8 8 0 3 4 4 0 6 4 5 0 1111 99 0 00 7 0 7 66 0 00 88888888 2 22 7 2222 00 0 0 5 0 0 00 0 0 5 555 0 0 0000 0 5555 00 00 5 5 0 00 5 00000000000000 7 7 3 3 33 33333 3333 7 33333 33 33 33 0 0 0 0000 00 0 0 0 0
consensus : NNTGCG--GAGGAGGAAT-TCG-A-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-CGA-TA-TT-C--TCANCA-TCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--T-TAG--CCTGT--AACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACCT----ACAGNC-CCAAGGCAGAA---GTN---TNAAAACCTCATANT-CTGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGNTAC---CTGCTAAGTGCTCAT-G-GGT--ACANAATCAT-TA--------GC-------A--G-------AAAC--CA-AT---CGTCC---CTTGCC--GCTCG-CTCA---TGCATC-AGTTCACCAAGGTCCATG-CATC--GAATCGGAATGT-AAAATAAC-ATTACCTACTGCT-G-TACA-ACGGGAG-CA-CAA--TGCTGC-CATT-NTC-CTGC-TTTCNCTATGCCTC-ATGTCGA-TA---C-A-GTGCC---A---AGTGCTGCG-A--G-GGAGGAATATCGCATAATTTC--TACAAAGAC-N-ACTCGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-TCT--CANCAT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--T----TGC-T------T------G--GTGTGCTT-----CG------CA------GCGCTGA------G---CCTGTAACG-GCTTAGGAGANTTCA-TGT-CAAC-AATAC--C-TACAGA--C-CAA-GGCAGAAGAGGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCT------C-C-CTTG--GCTC--C-ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTANC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCA--GAG---GGAGGAA--TTGCAT-A-T--TTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGTAAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGAT-CCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAA-GA-GCCTCAC-AACCTCGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACCANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
Reference ( family-3205 ) : NNTGCG--GAGGAGGAAT-TCG-A-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-CGA-TA-TT-C--TCANCA-TCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--T-TAG--CCTGT--AACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACCT----ACAGNC-CCAAGGCAGAA---GTN---TNAAAACCTCATANT-CTGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGNTAC---CTGCTAAGTGCTCAT-G-GGT--ACANAATCAT-TA--------GC-------A--G-------AAAC--CA-AT---CGTCC---CTTGCC--GCTCG-CTCA---TGCATC-AGTTCACCAAGGTCCATG-CATC--GAATCGGAATGT-AAAATAAC-ATTACCTACTGCT-G-TACA-ACGGGAG-CA-CAA--TGCTGC-CATT-NTC-CTGC-TTTCNCTATGCCTC-ATGTCGA-TA---C-A-GTGCC---A---AGTGCTGCG-A--G-GGAGGAATATCGCATAATTTC--TACAAAGAC-N-ACTCGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-TCT--CANCAT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--T----TGC-T------T------G--GTGTGCTT-----CG------CA------GCGCTGA------G---CCTGTAACG-GCTTAGGAGANTTCA-TGT-CAAC-AATAC--C-TACAGA--C-CAA-GGCAGAAGAGGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCT------C-C-CTTG--GCTC--C-ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTANC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCA--GAG---GGAGGAA--TTGCAT-A-T--TTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGTAAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGAT-CCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAA-GA-GCCTCAC-AACCTCGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACCANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
gi|1 : TGCA--GAGGAGGAAT-TCG-AACAACTTCTACAAAGACTATGTAAAACAAG-CCGTACATGCACGGGTA-TC-C--TCA-CA-TCCTAAGACCCGCTACTTGTTATG-GCTT-------------------------GTGTGCTTCACCATCACTTGG--TGCAG--CCTGTGTAACGGCTTAGGAGATTCCAGCTCA-TCACACCT----GAAATA-CCAAG-CAGA----GTT---TGAAAACCTCATAATGCTGCTG-GATTTGTG--CTGTGCCTTTTAT---GTGCTAGGTCTTCAT-GCGGT--CCA--ATCAT--A--------GC-------A--G-------AAACAACA-AT---CGTCC---CTTCCC--GCTTG-CTCA---TGCATC-AGCTTACCAAGGTCCATG-CATC--GAATCAGAATGT-AAAATAACGATTACCTACTGCCAG-TCCA-ACAGGAG-CA-CAA--TCCTGC-CATT-CTC-CTGC-TTTCCCTATGCCTA-AGATCAC-TA---C-ATGTGCT---ATAAAGTATTGTG-A--GTAGAGGAATACCACCTAACTTC--ACCAACGAC-T-ACTTACCA-CACACGC-GTTACATGACGATATT-TCTTGCAATAC--CTCTAACC-CGC-TACT-G--T----TGA-T------T------A--GCCTGCTT-----AG------T-------GTGC-GA------G---CCTGTA-CA-GCATAGGAGATCTCA-TGT-CAAT-AATAC--C-TACAGA--C-CAA-GG-AGAAGAAGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-AATGTGCT---------GGATTTGTGGTTTCCTGGT--ACATGTTAA-GCGCTGATGGGTCAA-AATC-ATTAGCATT----AG-TCCA-TACT--GGAAAACCAT--GTCCTAACTTGC-CGCTTG--GCTCAAC-ATTCATC-AG-TCAC-CATGGTGAGTAAC-TTACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCCTACTT-TCTC-AATGCTTCAT-GTT-GC--TACAAGTCCTTTGCA--GAGACTGAAGGAA--TTCCAC-A-A--CTTCTATATAGAGACTACGTAAAACAAGCCCTTTGCAGAGTAGGAATTCGACAACTTC--TACATAGACTATGTAAAACAAGCCGTACATACCAAAATTCTTCAACATCCCAACC----CGCTACTTGCTAGGTGTGTGTCACA-TCACTAGAACGAGCTTACTAACACCCCACA-GGATTAGGGGTTGTCAGGTC-TTCACTACCAA--GGCAGAA-GAAGTCTCAC-AACCTCATACT-----GTG--CAGAAG--AGGATTCCACTATTTCTACAAAGACTACTTATCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTGCTGGTGTGCTTCACATCACTGTCTAGCACTAGCCTGTAATGGCATAGGAGATTCCTGTCCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
gi|10 : ttA-TGTTCAAC-AAT-C--C-TACAGAG-C-CAA-GGCAGAATAGGTC----TCGAAG-----TC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGTCTCATGGTTTCCTTGT--ACTGGGCGA-GTCCTCATAAGTCAC-AATA-ATTAGCACT----TG-TCCG-TACA--GGCAAACCAT--GTCCT------C-C-CTTG--GC--------GT-------TCAC-CATGCTTAATACC-ACAGCTACAGCT-G-TAC-AC-GAAACA-CAATGC-TGC-CATTGTCTTCCTG-TATC-TATGCCTCA---TC-GCTATACAAGTCTTATGCA--G-T---GGAGGAA--TCGCAT-ATT--TTTCCACAAAGAGA--ACT
gi|11 : AT--C-CTAACC-CGC-TAC--G--C----TGT-T----------------ATGTGCT-------G------GT------GTGC-GA------G---CCTGTA-CG-GCATAGGAGA-TTCA-TGT-CAAT-TATAC--C-TACAGGACC-CAA-GG-AGAAGAAGT-----TCAAAC-----CT-CCA---TAACTGTGCT---------GGACT-GTGGTGTTCT-GT--ACCTGCTAA-GTGCTGATG
gi|12 : tA-TAT-CAAC-AATACGTC-TGTGTA--A-CAA-GG-AGTCCAT-TC----TCAACA-----CCATCAGAAT-AATGTATTTTCTCTTTGGGACATGAGGTTTCCTGGTAAACATTCTGA---GCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-Caaatcttcaacattcccaaacctgcttacttgc
gi|13 : AGAGGAGATCATTCTCAACA-----CCATCAGAAC-AATGTGTTTCCTATTTGGGACATGAGGTTTCCTGGT--CAATGTTAT-GTGCTCATGGGTCAC-ATTC-ATTAGCACT----AG-Catttaccagaagtccttgtgctgcgttcaccattatc
gi|15 : aGT--ACCTGCTTA-ATCCTCATAGGT----AATA-GTAAGCACT----GA-CCCG-TACT--GACAAATCAC--GTCCA------C-C-atctaacagtagtccttatgcttctttcatcat
gi|15 : CATGGATAGT-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GACAatggatagtaatcattagcactagcccgtactgaca
gi|16 : gtacctgcttaatcctcataggtaatagtaagcactgacccgtactgacaaatcacgtccac--C-CAA-GGCAGAATAGGTA----TAAAAAAG---TC-CCA---T-ACTGTGTT---------GGACTCATGGTTTCCCTGT--ACCAGGTGA-GTGCTCATAAGTCAC-AA-A-ATTAGCATT----A
gi|18 : -C-CATG--G-TC--C-ATGCATC-AG-TCAC-TACAGTGAGTAAC-TTACCTACAACC-G-TA
gi|19 : aagacctcctactgtcaTATGTTCTGGTGTGATTTACATCACT--AAAGC--CATCCTGTAACGGTTTAGGAAATTCATGTACATC
gi|2 : AGTACC-ATACCTACTATT-G-TAC-AC-GGAACA-CGATAC-TGC-
gi|2 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGA-TA---C----TGC----A---AGAGCTGTG-C--G-GAAAAGAAATTGCA-AATTT----GCA--GAC-CTACTCACCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-CTT--CAGCAT--C-CTATCC-TGC-TACT---------TGC-TATCTGCT------G--GTGTGCTT-----CA------TA------TCACTAACAGGTAG---CCTGTAGCG-GCTTAGGAGA-TTCA-TGTTCAAC-AA-AC--C-TACAGAG-T-CAA-AACA-AATAG-------TTAAAAAAAAGTA-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACCCATGGTTTCCTTGT--ACCGGGTGA-GTGCTCCTGAGTCAC-AATA-ATTAGCACT----AG-TCCG-TACA--GGCAAACCAT--GTCCT------C-C-CTTG---------------TC-GT-TCGC-AATGCTTAGTATC-ACACCTACTGAT-G-TAC-ACGGG-ACA-CAA----TGC-CATTATCTTCCTT-TGTC-TATGCCTCAT-GGC-GA--TACAAGTCCTGCGCA--GA----GGAGGAA--TTGCCT-A-T--TTTCCAGAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacacctactgatgtacacgggacacaatgccattatcttcctttgtctatgcctcatggcgatacaagtcctgcgcagaggaggaattgcctattttccagaaagagaacttgccacaagccgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|2 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacaTCGCAATGC-TTAGTATC-AC-ACCTACTGAT-G-TACA--CGGGA--CA-CAA--TGC----CATT-ATC-TTCC-TTTGTCTATGCCTC-ATGGCGA-TA---C-A-------------AGTCCTGCGCA--GAGGAGGAAT--TGCCTATTTTC--CAGAAAGAG-A-ACTTGCCA-CAAGC-C-GT-ACTTGCTGATATTCTCT--CATCAT--C-CTAACC-CGT-TACTTGCTT----TGTGT------T------G--GTGTGTTT-----CA------CA------TTACTAACCATG-G---TCTGTAACG-GCTTAGGAGACTTCA-GTT-CATC--ATAC--C-TGCAGA--CTCAA-GGCAGAAGAGGCA----TAAAAA-----CA-TCC---C-ACCCTGTT---------GAACTCTTAGTTTCCTGGT--TCCTGCTAA-AAGCTCATAGGTAAT-AAT-------------------CCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCC------CAT-CTTGCCGCTCA-CGATGCATC-AG-CCAC-GATGGTAAATACCAACACTT-TTATT-G-TAC-ATGTG---A-CATTTC-AAC-TATCCT-TCAGTT-TCTC-Tgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|3 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgtCACCTACTGCTAG-TAC-ACGGG-ACA-AACTGC-TGtgtcaatca
gi|3 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttacTGGC---A---AGTGCTGCG-G--A-GGAGGA-TATTGCATAATTCC-------AGAC---ACTCACCA-CACAC-C-GT-ACATGCCGATATT-CGT--CAGCA---C-CTACCCGCGC-TACT----T----TAT-T------T------G--GTGTGCTTTATCACA------CA------AC----A------GGTACCTGTAACGCGTTTAGGA-AGTTCA-TGTTCAAC-AA--C--C-T-CAGA--G-CAA-AGCAGAATAGG-A----TAAAAA-----TC-TCA---T---TG-GCTT--------GGACTCATG-TTTCCTTGT--ACCTGC-GACGTGCTCATGAGTCAC-AATA-ATTATCACT----AGTCCCGATAATCAGGCAAACCAT--GTCCT--------C-CTTG-----C--C-GT---------TCACTCATGCTTAGTATC-ACACCTACAGCT-G-TATAACGGGAA-A-CAAAGCGTGA--ATTTTCTTGCCT-TCTC-TATG-CTCATAGTCAAC--TACAGGTTCCGTGCGCCGAG---G--GGAAGTTTGCAT-A-T--TCTTCACAAATAGA--ACTTG-CACAAGGCCTGgcaagtgctgcggaggaggatattgcataattccagacactcaccacacaccgtacatgccgatattcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgtgcgccgaggggaagtttgcatattcttcacaaatagaacttgcacaaggcctgaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|3 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgcTGCGCCGAGGGGAAGT-TTGCA-TATTCTTCACAAATAGAACTTGC-ACAAGGCCTGAAATGC-TCA--A-TT-CGCTCATCAATCCTA---CCCGCTACTTGCTTTGTGaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|4 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgctggcaagtgctgcggaggaggatattgcataattccagacactcaccacacaccgtacatgccgatattcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgACCTACAGCT-G-TATA--CGGGA--CA-CAA--AGCTGC-CATT-TTC-TTGC-TTTCGTTATGTCTC-ATAGCAA-TA---C-A-G-GTC--------GTGCGCCG-A--G-G-AGGAAT--TGCATAATTTC--TACAAAGAG-A-ACTTGCCA-CAAGC-C-GA-AAATGCTCAT-TT-TCC--CATCAT--C-CTATTC-CGC-TACT---------TGC-T------TTGTACGG--GTGTGCTT-----TA------CATTACTAGC-CTGG------G---CCTCTAACG-GCTTAGAAGAATACAGTG--CATC-A-TAC--C-TACAGA--C-CCACGGCAGAAGA--TCA---TAAAAA-----CA-TCC---T-ACCCTGTT---------GATTTCGCGGTTTATTGGT--ACCTCCTAA-GT---CATGGAT-ACTAATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TGCT--GATACATCAC--GTC-------------------CCC--C-ATGCCTC-AG-TCAT-CAGGGTCAG---C-ACACCTAC
gi|5 : agtatcacGATTCCA--GT-CCAT-CATTC--C-TAAAGA--C-CCA-AG--GAGGAAGTC----TCAAAA-----CC-TAA---T-AATGTGCT---------GGACTCGCAGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTGATGGGTCAA-AATC-ATTAGCGTT----AG-CCAG-TACT--GGCAAACCAG--GTCCTAACTTGC-CGCTTG--GCTCAAC-ATGCATCTAGTTCAC-CA-AGCGGATAAC-TTACCT-CTGCT-GTTAC-ACCGGAGAATCAAT---TGCGTATTCTCT--CTTATTTCAAATGCCTCA--GTT-GC--CACAAGTCCTGTGCA--GA----GGACAAG--TTCCATCA-T--TTaattttaatcaacataacatttcaaccaaccttcatattctcttgtcaatgaatcgaatttcccctattacagctgttttgattgaacaaaattaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaagacaggagccttgcttctatcacacacatgttataacttcacttgccaaacttgaaccacaaatgcgtgcacaattaa
gi|5 : GATTCCAGTCCA-TCATTCCT----AAAGAC-CCAAGGAGGAA---GTC---TCAAAACCTAATAAT-GTGCTG-GACTCGCA--GTTT-CCTGGTAC---CTGCTGAGTGCTGAT-G-GGT---CAAAATCAT-TA--------GCGTTAGCCA--GTACTGGCAAAC--CA-G-----GTCCTAACTTGCC--GCTTGGCTCAACATGCATCTAGTTCACCAAG------------------CGG---------ATAAC--TTACCT-CTGCT-GTTAC--ACCGGAG-AATCAA--T--TGCGTATT-CTCTCTTA-TTTCAA-ATGCCTC-A-GTTGC-CA-----------C---A---AGTCCTGTGCA--GAGGACAAGT-TC-CATCATTTCGTTACAGA-AC-T-A--CGTAAGCAAGC-C-GT-ACAT---GATA-A-TCT--CA-CA-----CTGACC------ACC----T----TGC-TAAG---T------GCTGTGTGCCT-----Ccgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|5 : TTGCCACAAGTCCTGTGCAGAGGACAAGTTCCATCATTTCGTTACAGA-ACTACGTAA-GCAAGCCGTACAT---GATAATCT----CACACTGACCACCTTGCTAAGTGCT--GTGTGCCTCATAATCACTAGCACA--CCT-CT-----CTTA-ATCTATCAGGGGAT-CCA-TTCGTTCA-TACCAACTGGCAGAATGACACCCCTCTAATCTGGTGTTAGGCGGTGTCCAGAGGTCAGGAATTTATT-CTTCTataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|5 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagTCAGGGGATTCCAGTTC-GTCA-TACCAA--GGCAGAA-----CCTCAT-A---TTGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTAATTCTAGAAAGACTGTTTACCACAAtgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|6 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccacaagtcctgtgcagaggacaagttccatcatttcgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc--TTGCAT-A-TCTTTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACTAGCC
gi|6 : TTTCCACAAAGAGAACTTGCCACTAG-CCG-ACATGC-TGA-TA-TTTC--TCACCA-TCCTAC--ACCGTCACTTGCTTTGTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGTGCTTCAT-ATTAATAG---T-AAGGTCCTGT--AACGGTTTAAGATACTCCAGTTCA-TCAAACCT----ACAGAC-CCAAGGCAGAAGAGGCA---TAAAAACATCCTATC-CTGCTG-GACTTGTG--GTTT-CCTGGTACGTGCTGCTAAGTGCTCAT-G-GAT--A-ATAATCAT-TA--------GC-------A--gacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|6 : ttgcatatctTGAT---------GGAC--GTGATTTGTCAGT--ACGGG-TCA-GTGCTAATGA-TTAT-TATCCATGAGCACTTAGCAG-CACG-TACC--AGGAAACCACAAGTCCctgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|6 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctTCATGGGTAGT-AATA-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GACAAACCAC--GTC-------------------CCC--C-ATGCATC-AA-TCAT-CAGGGTAAG---C-ATACCTGCtgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|7 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccaGGAGATTCCAGTTCAATCACACCT----ACAATTACCAAGCCA-AA---GTT---TGAAAACCTCAGAAT-TTGCTGAGATTTGTGCCGTGC-CTTG-TAC---TTGCTTAGGGCTCATCG-GGTC-ACAAATCCATATA--------GC-------A----------AAAC--CA-ATTGGCGTAC---CCTACCCGGCTTG-CTCA---TGCATC-AGTCTACCCAAGTCCATGCCATCCTAAATCAGAATGTAAAAATTAC-AGT-CGTACTGCA-G-T-CATACAGGAGCCA-CAATCTGTTGCTCATTCGTC-CTGCTTTTCCCTTGGCCTCAAAATCGATTAACTC-ATTTGCCTTAA---AGTATTGTG-AAGA-GGAGGAATTCCAC-TAATT----TACCAAGACTA-ACTTACCA-CAAGC-CTGT-ACATGACAATATC-T-T--CAA-ATTAC-CTAACC-CGCTTACT-A--TGTTATGC-C------T------G----CTGCTG-----TG------CA------ACGC-------------CCTGTAACA-GCATAGGAGAATTCA-TGT-CAATAAATAC--CTTACAGAC-C-CAA-GG-GGAAGAAGTC----TCAAaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|8 : tagGCA--GAGGAGGACT-TCC-ATCA--TTCTACAAAGACTATTCACCACAAG-CCGTACATGC-TAA-TACTT-T--TCAGCA-TCCTAA--CCCGGTACTTGCTATGGGCTT-------------------------GTGTGCTTTAC-ATCACTAGCCTT-TAG--CCTAT--AGCGGCTTAGGAGATTCCTGTTCA-TCAGACCTTCTTGCAGAC-CGAAGGCAGAA---GAGGAATAAAAGCCTCATACT-CAGTTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGCTAC---CTGCCAAGTCCTCAT-A-GGTAAAAAGAATTAT-CACCGAGCCCGC-------ATTGGC-----AAAC--CATAT---CCTCC---CATGTC--ACCCA-C-CA---TGCATC-AG-TCACCAGGAT--ATG-CACC--
gi|9 : attcatttgctgaagtcaaaattgagacacgaACCCACTGCT-G-TA-----G------A-CAA--TG--------------CTGC-TTTCTCTGTCCCTC-ATGTCGA-TA---CAA-GTCCT---A--------TACG-G--A-GGAAGAAAAT--CATAATTTC--TACAAAGAA-T-ACTTGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCC--CATT-T-T--CAACAT--C-CCAACA-TGC-TAC-----T----TGC-TA-----TGTGCG-G--GTGTGCTT-----CAAATGACCA------GCACT-A------G---CCTGTAACA-TCTTAGGAGATTCCA-GAT-CCTC-AA-AC--C-TACAGGC-C-CAA-TGTAGAA---GTT----TCGACA-----CA-TAG---C-ACTGTGCT---------GGAGTCATGGTTTCCTGCT--ATCCACTAA-GTATTCATGGGTAAT-AATC-ATTACCACTG---AG-CCCG-TACT--tgtgattttatca
gi|9 : agtaccaaTACG--GAGGAAGAAAATC--A-TAATTTCTACAAAGAATACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-C---CA-TT-T--TCAACA-TCCCAA--CATGCTACTTGCTATGTGCGG-------------------------GTGTGCTTCAA-ATGACCAGCA-C-TAG--CCTGT--AACATCTTAGGAGATTCCAGATCC-TCAAACCT----ACAGGC-CCAATGTAGAA---GTT---TCGACACATAGCACT-GTGCTG-GAGTCATG--GTTT-CCTGCTAT---CCACTAAGTATTCAT-G-GGT--A-ATAATCAT-TA--------CC-------A--
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CAATTTAACTAGCATTTGTCCGAATAATAAAAATGTTAAAGAAAATCACATTTAAGAAAATCAACATTTAACGTGAATATTAAGCCTATACATAATTAGATTTAAAATGGTGATTTGGATTGAAAATTTTA
Unaligned ( gi|17 ): TAACATTTCAACCAACCTTCAGTTTCACTTGTCAATGAGTCAAATTTCCTTTATTACAGCTGTTTTGATTGAAGAAAGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 2222 222222 1111 111 0000000000000000000000000 11 333333 11 11 1111 111 1111 111 2222 7777777777777777777777777777 11 222222 111 11 1 111 1 222222222222222 1111 1111 22222 11 222222222 11 55555555555555555555 222222 2222 111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 1 11111111 11111111 111 222222222 55555555555555555555555 11 11 33333333 1111 11 11 1 1 222 2222 2222 11 1 11 1 22222222222222 2 1 1 11 44444 1111 33333 11 11 2222 11
lowQualScore : 33 0 0 9999 9 22 5 8 5 666666 8 5555 8 8 666 1 5 0000000000000000000000000 00 0 888888 33 33 6 1 4444 1 6 2 111 2222 1 1 77 6 99 6 7 111 1 6 6 9999 7 88 8888888888888888888888888888 33 555555 777 1 0 33 2 0 3 777 0 7 222222222222222 3 7777 7777 6 6 55555 77 6 555555555 00 6 6 1 6 7 5 88888888888888888888 3 555555 1111 3 222 2 555 5 5 5 5 1 5 7 66 5 999 4 4 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 0 9 3 0 3 4 55 3 77 3 3 2 3 33333333 44444444 111 3 0 777777777 2 33 1 0 2 4 33 66 8888 2 3 44 55 44444444444444444444444 4 1 4 7777 4 3 1 0 3 4 1 4 4 5 5 9 2 5 6666 99 1 55 6 1 6 88 8 11 00000000 3 99 6 1111 11 5 1 2 1 1 88 1 5 5 000 1 1 4444 1 3333 22 88 2 5 1 88 5 77777777777777 6 6 3 3 88 99999 5555 3 33333 88 88 88 1 1 1 0000 88 1 1 1 1
lowQualScore : .. . . .... . .. . . . ...... . .... . . ... . . ......................... .. . ...... .. .. . . .... . . . ... .... . . .. . .. . . ... . . . .... . .. ............................ .. ...... ... . . .. . . . ... . . ............... . .... .... . . ..... .. . ......... .. . . . . . . .................... . ...... .... . ... . ... . . . . . . . .. . ... . . . ............................................................................. . . . . . . . . .. . .. . . . . ........ ........ ... . . ......... . .. . . . . .. .. .... . . .. .. ....................... . . . .... . . . . . . . . . . . . . . .... .. . .. . . . .. . .. ........ . .. . .... .. . . . . . .. . . . ... . . .... . .... .. .. . . . .. . .............. . . . . .. ..... .... . ..... .. .. .. . . . .... .. . . . .
lowQualScore : 88 8 0 8888 8 44 0 0 6 444444 0 4444 8 0 666 4 6 0000000000000000000000000 22 2 555555 88 88 7 0 2222 0 7 5 777 7777 0 0 77 7 22 7 5 777 0 7 7 8888 5 33 9999999999999999999999999999 88 555555 555 2 2 88 0 0 2 555 0 0 777777777777777 2 8888 2222 7 7 33333 55 7 333333333 00 7 7 0 7 5 7 66666666666666666666 4 666666 0000 1 111 0 999 0 0 0 0 4 0 6 99 9 777 4 4 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 0 8 7 6 9 6 4 00 6 99 3 3 2 5 66666666 66666666 777 3 4 777777777 8 99 2 4 9 4 00 00 3333 9 3 66 55 00000000000000000000000 4 1 4 0000 4 4 0 8 8 0 3 4 4 0 6 4 5 0 1111 99 0 00 7 0 7 66 0 00 88888888 2 22 7 2222 00 0 0 5 0 0 00 0 0 5 555 0 0 0000 0 5555 00 00 5 5 0 00 5 00000000000000 7 7 3 3 33 33333 3333 7 33333 33 33 33 0 0 0 0000 00 0 0 0 0
consensus : NNTGCG--GAGGAGGAAT-TCG-A-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-CGA-TA-TT-C--TCANCA-TCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--T-TAG--CCTGT--AACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACCT----ACAGNC-CCAAGGCAGAA---GTN---TNAAAACCTCATANT-CTGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGNTAC---CTGCTAAGTGCTCAT-G-GGT--ACANAATCAT-TA--------GC-------A--G-------AAAC--CA-AT---CGTCC---CTTGCC--GCTCG-CTCA---TGCATC-AGTTCACCAAGGTCCATG-CATC--GAATCGGAATGT-AAAATAAC-ATTACCTACTGCT-G-TACA-ACGGGAG-CA-CAA--TGCTGC-CATT-NTC-CTGC-TTTCNCTATGCCTC-ATGTCGA-TA---C-A-GTGCC---A---AGTGCTGCG-A--G-GGAGGAATATCGCATAATTTC--TACAAAGAC-N-ACTCGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-TCT--CANCAT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--T----TGC-T------T------G--GTGTGCTT-----CG------CA------GCGCTGA------G---CCTGTAACG-GCTTAGGAGANTTCA-TGT-CAAC-AATAC--C-TACAGA--C-CAA-GGCAGAAGAGGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCT------C-C-CTTG--GCTC--C-ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTANC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCA--GAG---GGAGGAA--TTGCAT-A-T--TTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGTAAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGAT-CCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAA-GA-GCCTCAC-AACCTCGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACCANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
Reference ( family-3205 ) : NNTGCG--GAGGAGGAAT-TCG-A-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-CGA-TA-TT-C--TCANCA-TCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--T-TAG--CCTGT--AACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACCT----ACAGNC-CCAAGGCAGAA---GTN---TNAAAACCTCATANT-CTGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGNTAC---CTGCTAAGTGCTCAT-G-GGT--ACANAATCAT-TA--------GC-------A--G-------AAAC--CA-AT---CGTCC---CTTGCC--GCTCG-CTCA---TGCATC-AGTTCACCAAGGTCCATG-CATC--GAATCGGAATGT-AAAATAAC-ATTACCTACTGCT-G-TACA-ACGGGAG-CA-CAA--TGCTGC-CATT-NTC-CTGC-TTTCNCTATGCCTC-ATGTCGA-TA---C-A-GTGCC---A---AGTGCTGCG-A--G-GGAGGAATATCGCATAATTTC--TACAAAGAC-N-ACTCGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-TCT--CANCAT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--T----TGC-T------T------G--GTGTGCTT-----CG------CA------GCGCTGA------G---CCTGTAACG-GCTTAGGAGANTTCA-TGT-CAAC-AATAC--C-TACAGA--C-CAA-GGCAGAAGAGGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCT------C-C-CTTG--GCTC--C-ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTANC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCA--GAG---GGAGGAA--TTGCAT-A-T--TTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGTAAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGAT-CCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAA-GA-GCCTCAC-AACCTCGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACCANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
gi|1 : TGCA--GAGGAGGAAT-TCG-AACAACTTCTACAAAGACTATGTAAAACAAG-CCGTACATGCACGGGTA-TC-C--TCA-CA-TCCTAAGACCCGCTACTTGTTATG-GCTT-------------------------GTGTGCTTCACCATCACTTGG--TGCAG--CCTGTGTAACGGCTTAGGAGATTCCAGCTCA-TCACACCT----GAAATA-CCAAG-CAGA----GTT---TGAAAACCTCATAATGCTGCTG-GATTTGTG--CTGTGCCTTTTAT---GTGCTAGGTCTTCAT-GCGGT--CCA--ATCAT--A--------GC-------A--G-------AAACAACA-AT---CGTCC---CTTCCC--GCTTG-CTCA---TGCATC-AGCTTACCAAGGTCCATG-CATC--GAATCAGAATGT-AAAATAACGATTACCTACTGCCAG-TCCA-ACAGGAG-CA-CAA--TCCTGC-CATT-CTC-CTGC-TTTCCCTATGCCTA-AGATCAC-TA---C-ATGTGCT---ATAAAGTATTGTG-A--GTAGAGGAATACCACCTAACTTC--ACCAACGAC-T-ACTTACCA-CACACGC-GTTACATGACGATATT-TCTTGCAATAC--CTCTAACC-CGC-TACT-G--T----TGA-T------T------A--GCCTGCTT-----AG------T-------GTGC-GA------G---CCTGTA-CA-GCATAGGAGATCTCA-TGT-CAAT-AATAC--C-TACAGA--C-CAA-GG-AGAAGAAGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-AATGTGCT---------GGATTTGTGGTTTCCTGGT--ACATGTTAA-GCGCTGATGGGTCAA-AATC-ATTAGCATT----AG-TCCA-TACT--GGAAAACCAT--GTCCTAACTTGC-CGCTTG--GCTCAAC-ATTCATC-AG-TCAC-CATGGTGAGTAAC-TTACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCCTACTT-TCTC-AATGCTTCAT-GTT-GC--TACAAGTCCTTTGCA--GAGACTGAAGGAA--TTCCAC-A-A--CTTCTATATAGAGACTACGTAAAACAAGCCCTTTGCAGAGTAGGAATTCGACAACTTC--TACATAGACTATGTAAAACAAGCCGTACATACCAAAATTCTTCAACATCCCAACC----CGCTACTTGCTAGGTGTGTGTCACA-TCACTAGAACGAGCTTACTAACACCCCACA-GGATTAGGGGTTGTCAGGTC-TTCACTACCAA--GGCAGAA-GAAGTCTCAC-AACCTCATACT-----GTG--CAGAAG--AGGATTCCACTATTTCTACAAAGACTACTTATCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTGCTGGTGTGCTTCACATCACTGTCTAGCACTAGCCTGTAATGGCATAGGAGATTCCTGTCCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
gi|10 : ttA-TGTTCAAC-AAT-C--C-TACAGAG-C-CAA-GGCAGAATAGGTC----TCGAAG-----TC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGTCTCATGGTTTCCTTGT--ACTGGGCGA-GTCCTCATAAGTCAC-AATA-ATTAGCACT----TG-TCCG-TACA--GGCAAACCAT--GTCCT------C-C-CTTG--GC--------GT-------TCAC-CATGCTTAATACC-ACAGCTACAGCT-G-TAC-AC-GAAACA-CAATGC-TGC-CATTGTCTTCCTG-TATC-TATGCCTCA---TC-GCTATACAAGTCTTATGCA--G-T---GGAGGAA--TCGCAT-ATT--TTTCCACAAAGAGA--ACT
gi|11 : AT--C-CTAACC-CGC-TAC--G--C----TGT-T----------------ATGTGCT-------G------GT------GTGC-GA------G---CCTGTA-CG-GCATAGGAGA-TTCA-TGT-CAAT-TATAC--C-TACAGGACC-CAA-GG-AGAAGAAGT-----TCAAAC-----CT-CCA---TAACTGTGCT---------GGACT-GTGGTGTTCT-GT--ACCTGCTAA-GTGCTGATG
gi|12 : tA-TAT-CAAC-AATACGTC-TGTGTA--A-CAA-GG-AGTCCAT-TC----TCAACA-----CCATCAGAAT-AATGTATTTTCTCTTTGGGACATGAGGTTTCCTGGTAAACATTCTGA---GCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-Caaatcttcaacattcccaaacctgcttacttgc
gi|13 : AGAGGAGATCATTCTCAACA-----CCATCAGAAC-AATGTGTTTCCTATTTGGGACATGAGGTTTCCTGGT--CAATGTTAT-GTGCTCATGGGTCAC-ATTC-ATTAGCACT----AG-Catttaccagaagtccttgtgctgcgttcaccattatc
gi|15 : aGT--ACCTGCTTA-ATCCTCATAGGT----AATA-GTAAGCACT----GA-CCCG-TACT--GACAAATCAC--GTCCA------C-C-atctaacagtagtccttatgcttctttcatcat
gi|15 : CATGGATAGT-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GACAatggatagtaatcattagcactagcccgtactgaca
gi|16 : gtacctgcttaatcctcataggtaatagtaagcactgacccgtactgacaaatcacgtccac--C-CAA-GGCAGAATAGGTA----TAAAAAAG---TC-CCA---T-ACTGTGTT---------GGACTCATGGTTTCCCTGT--ACCAGGTGA-GTGCTCATAAGTCAC-AA-A-ATTAGCATT----A
gi|18 : -C-CATG--G-TC--C-ATGCATC-AG-TCAC-TACAGTGAGTAAC-TTACCTACAACC-G-TA
gi|19 : aagacctcctactgtcaTATGTTCTGGTGTGATTTACATCACT--AAAGC--CATCCTGTAACGGTTTAGGAAATTCATGTACATC
gi|2 : AGTACC-ATACCTACTATT-G-TAC-AC-GGAACA-CGATAC-TGC-
gi|2 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGA-TA---C----TGC----A---AGAGCTGTG-C--G-GAAAAGAAATTGCA-AATTT----GCA--GAC-CTACTCACCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-CTT--CAGCAT--C-CTATCC-TGC-TACT---------TGC-TATCTGCT------G--GTGTGCTT-----CA------TA------TCACTAACAGGTAG---CCTGTAGCG-GCTTAGGAGA-TTCA-TGTTCAAC-AA-AC--C-TACAGAG-T-CAA-AACA-AATAG-------TTAAAAAAAAGTA-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACCCATGGTTTCCTTGT--ACCGGGTGA-GTGCTCCTGAGTCAC-AATA-ATTAGCACT----AG-TCCG-TACA--GGCAAACCAT--GTCCT------C-C-CTTG---------------TC-GT-TCGC-AATGCTTAGTATC-ACACCTACTGAT-G-TAC-ACGGG-ACA-CAA----TGC-CATTATCTTCCTT-TGTC-TATGCCTCAT-GGC-GA--TACAAGTCCTGCGCA--GA----GGAGGAA--TTGCCT-A-T--TTTCCAGAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacacctactgatgtacacgggacacaatgccattatcttcctttgtctatgcctcatggcgatacaagtcctgcgcagaggaggaattgcctattttccagaaagagaacttgccacaagccgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|2 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacaTCGCAATGC-TTAGTATC-AC-ACCTACTGAT-G-TACA--CGGGA--CA-CAA--TGC----CATT-ATC-TTCC-TTTGTCTATGCCTC-ATGGCGA-TA---C-A-------------AGTCCTGCGCA--GAGGAGGAAT--TGCCTATTTTC--CAGAAAGAG-A-ACTTGCCA-CAAGC-C-GT-ACTTGCTGATATTCTCT--CATCAT--C-CTAACC-CGT-TACTTGCTT----TGTGT------T------G--GTGTGTTT-----CA------CA------TTACTAACCATG-G---TCTGTAACG-GCTTAGGAGACTTCA-GTT-CATC--ATAC--C-TGCAGA--CTCAA-GGCAGAAGAGGCA----TAAAAA-----CA-TCC---C-ACCCTGTT---------GAACTCTTAGTTTCCTGGT--TCCTGCTAA-AAGCTCATAGGTAAT-AAT-------------------CCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCC------CAT-CTTGCCGCTCA-CGATGCATC-AG-CCAC-GATGGTAAATACCAACACTT-TTATT-G-TAC-ATGTG---A-CATTTC-AAC-TATCCT-TCAGTT-TCTC-Tgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|3 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgtCACCTACTGCTAG-TAC-ACGGG-ACA-AACTGC-TGtgtcaatca
gi|3 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttacTGGC---A---AGTGCTGCG-G--A-GGAGGA-TATTGCATAATTCC-------AGAC---ACTCACCA-CACAC-C-GT-ACATGCCGATATT-CGT--CAGCA---C-CTACCCGCGC-TACT----T----TAT-T------T------G--GTGTGCTTTATCACA------CA------AC----A------GGTACCTGTAACGCGTTTAGGA-AGTTCA-TGTTCAAC-AA--C--C-T-CAGA--G-CAA-AGCAGAATAGG-A----TAAAAA-----TC-TCA---T---TG-GCTT--------GGACTCATG-TTTCCTTGT--ACCTGC-GACGTGCTCATGAGTCAC-AATA-ATTATCACT----AGTCCCGATAATCAGGCAAACCAT--GTCCT--------C-CTTG-----C--C-GT---------TCACTCATGCTTAGTATC-ACACCTACAGCT-G-TATAACGGGAA-A-CAAAGCGTGA--ATTTTCTTGCCT-TCTC-TATG-CTCATAGTCAAC--TACAGGTTCCGTGCGCCGAG---G--GGAAGTTTGCAT-A-T--TCTTCACAAATAGA--ACTTG-CACAAGGCCTGgcaagtgctgcggaggaggatattgcataattccagacactcaccacacaccgtacatgccgatattcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgtgcgccgaggggaagtttgcatattcttcacaaatagaacttgcacaaggcctgaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|3 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgcTGCGCCGAGGGGAAGT-TTGCA-TATTCTTCACAAATAGAACTTGC-ACAAGGCCTGAAATGC-TCA--A-TT-CGCTCATCAATCCTA---CCCGCTACTTGCTTTGTGaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|4 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgctggcaagtgctgcggaggaggatattgcataattccagacactcaccacacaccgtacatgccgatattcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgACCTACAGCT-G-TATA--CGGGA--CA-CAA--AGCTGC-CATT-TTC-TTGC-TTTCGTTATGTCTC-ATAGCAA-TA---C-A-G-GTC--------GTGCGCCG-A--G-G-AGGAAT--TGCATAATTTC--TACAAAGAG-A-ACTTGCCA-CAAGC-C-GA-AAATGCTCAT-TT-TCC--CATCAT--C-CTATTC-CGC-TACT---------TGC-T------TTGTACGG--GTGTGCTT-----TA------CATTACTAGC-CTGG------G---CCTCTAACG-GCTTAGAAGAATACAGTG--CATC-A-TAC--C-TACAGA--C-CCACGGCAGAAGA--TCA---TAAAAA-----CA-TCC---T-ACCCTGTT---------GATTTCGCGGTTTATTGGT--ACCTCCTAA-GT---CATGGAT-ACTAATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TGCT--GATACATCAC--GTC-------------------CCC--C-ATGCCTC-AG-TCAT-CAGGGTCAG---C-ACACCTAC
gi|5 : agtatcacGATTCCA--GT-CCAT-CATTC--C-TAAAGA--C-CCA-AG--GAGGAAGTC----TCAAAA-----CC-TAA---T-AATGTGCT---------GGACTCGCAGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTGATGGGTCAA-AATC-ATTAGCGTT----AG-CCAG-TACT--GGCAAACCAG--GTCCTAACTTGC-CGCTTG--GCTCAAC-ATGCATCTAGTTCAC-CA-AGCGGATAAC-TTACCT-CTGCT-GTTAC-ACCGGAGAATCAAT---TGCGTATTCTCT--CTTATTTCAAATGCCTCA--GTT-GC--CACAAGTCCTGTGCA--GA----GGACAAG--TTCCATCA-T--TTaattttaatcaacataacatttcaaccaaccttcatattctcttgtcaatgaatcgaatttcccctattacagctgttttgattgaacaaaattaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaagacaggagccttgcttctatcacacacatgttataacttcacttgccaaacttgaaccacaaatgcgtgcacaattaa
gi|5 : GATTCCAGTCCA-TCATTCCT----AAAGAC-CCAAGGAGGAA---GTC---TCAAAACCTAATAAT-GTGCTG-GACTCGCA--GTTT-CCTGGTAC---CTGCTGAGTGCTGAT-G-GGT---CAAAATCAT-TA--------GCGTTAGCCA--GTACTGGCAAAC--CA-G-----GTCCTAACTTGCC--GCTTGGCTCAACATGCATCTAGTTCACCAAG------------------CGG---------ATAAC--TTACCT-CTGCT-GTTAC--ACCGGAG-AATCAA--T--TGCGTATT-CTCTCTTA-TTTCAA-ATGCCTC-A-GTTGC-CA-----------C---A---AGTCCTGTGCA--GAGGACAAGT-TC-CATCATTTCGTTACAGA-AC-T-A--CGTAAGCAAGC-C-GT-ACAT---GATA-A-TCT--CA-CA-----CTGACC------ACC----T----TGC-TAAG---T------GCTGTGTGCCT-----Ccgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|5 : TTGCCACAAGTCCTGTGCAGAGGACAAGTTCCATCATTTCGTTACAGA-ACTACGTAA-GCAAGCCGTACAT---GATAATCT----CACACTGACCACCTTGCTAAGTGCT--GTGTGCCTCATAATCACTAGCACA--CCT-CT-----CTTA-ATCTATCAGGGGAT-CCA-TTCGTTCA-TACCAACTGGCAGAATGACACCCCTCTAATCTGGTGTTAGGCGGTGTCCAGAGGTCAGGAATTTATT-CTTCTataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|5 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagTCAGGGGATTCCAGTTC-GTCA-TACCAA--GGCAGAA-----CCTCAT-A---TTGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTAATTCTAGAAAGACTGTTTACCACAAtgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|6 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccacaagtcctgtgcagaggacaagttccatcatttcgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc--TTGCAT-A-TCTTTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACTAGCC
gi|6 : TTTCCACAAAGAGAACTTGCCACTAG-CCG-ACATGC-TGA-TA-TTTC--TCACCA-TCCTAC--ACCGTCACTTGCTTTGTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGTGCTTCAT-ATTAATAG---T-AAGGTCCTGT--AACGGTTTAAGATACTCCAGTTCA-TCAAACCT----ACAGAC-CCAAGGCAGAAGAGGCA---TAAAAACATCCTATC-CTGCTG-GACTTGTG--GTTT-CCTGGTACGTGCTGCTAAGTGCTCAT-G-GAT--A-ATAATCAT-TA--------GC-------A--gacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|6 : ttgcatatctTGAT---------GGAC--GTGATTTGTCAGT--ACGGG-TCA-GTGCTAATGA-TTAT-TATCCATGAGCACTTAGCAG-CACG-TACC--AGGAAACCACAAGTCCctgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|6 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctTCATGGGTAGT-AATA-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GACAAACCAC--GTC-------------------CCC--C-ATGCATC-AA-TCAT-CAGGGTAAG---C-ATACCTGCtgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|7 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccaGGAGATTCCAGTTCAATCACACCT----ACAATTACCAAGCCA-AA---GTT---TGAAAACCTCAGAAT-TTGCTGAGATTTGTGCCGTGC-CTTG-TAC---TTGCTTAGGGCTCATCG-GGTC-ACAAATCCATATA--------GC-------A----------AAAC--CA-ATTGGCGTAC---CCTACCCGGCTTG-CTCA---TGCATC-AGTCTACCCAAGTCCATGCCATCCTAAATCAGAATGTAAAAATTAC-AGT-CGTACTGCA-G-T-CATACAGGAGCCA-CAATCTGTTGCTCATTCGTC-CTGCTTTTCCCTTGGCCTCAAAATCGATTAACTC-ATTTGCCTTAA---AGTATTGTG-AAGA-GGAGGAATTCCAC-TAATT----TACCAAGACTA-ACTTACCA-CAAGC-CTGT-ACATGACAATATC-T-T--CAA-ATTAC-CTAACC-CGCTTACT-A--TGTTATGC-C------T------G----CTGCTG-----TG------CA------ACGC-------------CCTGTAACA-GCATAGGAGAATTCA-TGT-CAATAAATAC--CTTACAGAC-C-CAA-GG-GGAAGAAGTC----TCAAaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|8 : tagGCA--GAGGAGGACT-TCC-ATCA--TTCTACAAAGACTATTCACCACAAG-CCGTACATGC-TAA-TACTT-T--TCAGCA-TCCTAA--CCCGGTACTTGCTATGGGCTT-------------------------GTGTGCTTTAC-ATCACTAGCCTT-TAG--CCTAT--AGCGGCTTAGGAGATTCCTGTTCA-TCAGACCTTCTTGCAGAC-CGAAGGCAGAA---GAGGAATAAAAGCCTCATACT-CAGTTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGCTAC---CTGCCAAGTCCTCAT-A-GGTAAAAAGAATTAT-CACCGAGCCCGC-------ATTGGC-----AAAC--CATAT---CCTCC---CATGTC--ACCCA-C-CA---TGCATC-AG-TCACCAGGAT--ATG-CACC--
gi|9 : attcatttgctgaagtcaaaattgagacacgaACCCACTGCT-G-TA-----G------A-CAA--TG--------------CTGC-TTTCTCTGTCCCTC-ATGTCGA-TA---CAA-GTCCT---A--------TACG-G--A-GGAAGAAAAT--CATAATTTC--TACAAAGAA-T-ACTTGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCC--CATT-T-T--CAACAT--C-CCAACA-TGC-TAC-----T----TGC-TA-----TGTGCG-G--GTGTGCTT-----CAAATGACCA------GCACT-A------G---CCTGTAACA-TCTTAGGAGATTCCA-GAT-CCTC-AA-AC--C-TACAGGC-C-CAA-TGTAGAA---GTT----TCGACA-----CA-TAG---C-ACTGTGCT---------GGAGTCATGGTTTCCTGCT--ATCCACTAA-GTATTCATGGGTAAT-AATC-ATTACCACTG---AG-CCCG-TACT--tgtgattttatca
gi|9 : agtaccaaTACG--GAGGAAGAAAATC--A-TAATTTCTACAAAGAATACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-C---CA-TT-T--TCAACA-TCCCAA--CATGCTACTTGCTATGTGCGG-------------------------GTGTGCTTCAA-ATGACCAGCA-C-TAG--CCTGT--AACATCTTAGGAGATTCCAGATCC-TCAAACCT----ACAGGC-CCAATGTAGAA---GTT---TCGACACATAGCACT-GTGCTG-GAGTCATG--GTTT-CCTGCTAT---CCACTAAGTATTCAT-G-GGT--A-ATAATCAT-TA--------CC-------A--
blockSeqs : CC A GCA T GA C G G TGAT C CGC T A C T T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA T CCTTT GT . A T TCTT A A G GAG GGAA C A G A CC . G GTG G C . AAAA A AT GCGTTAGCCAGTACTGGC . ATTGG TAA T CG T G T ACA T T GTCCATGCCATCCTA A TAAA AGT . T CATA GC T TCTGTTGCT CG T T T A T T ACTCATTTGCCTTAAA G CAGA ATTG A GTT A CT G . T . G C T . G TTA . G T TTGCTATCTGCTGGTGTGCTTCATATCACTAACAGGTAG G C C G T A T GT T AC T C C T GATCATTC AAAAGTA GAA A TTCTCTTTG T AA G C C CT CC TAGC T A CA AA TAACTTGCCGCTTGGCTCAA G G A TAGT T T T C A A A T A G A C T AGCG GT G TC A A A TA A TA CCGAG G GT C TCT . C G C C C GT G . . . T A . A ACCT AG . C A C . . CTTAATCT T G G . CT TGACA TAAT G AGGCG TC TC AA G T A AA . T T A A
blockSeqs : . . CAT A GA C . T TAAT . TC C . A T T . C CACT . . . A . A . G . C A T C . . . G . G . . CAC T T CCGAGCCCGCATTGGC . TAT . C . T . T . . T . A CTT AC . . ACA G . AGCTGC A . . G . T . CAAGTCCTA C CAGA ATTG C C A TA . . . . G . C . T T . . . TTGCTTTGTGTTGGTGTGTTTCACATTACTAACCATGG A . G . T . T . . G . . C G GGTC AGTC GAA . TCCTATTTG G . C . C C A G . . . . CCATCTTGCCGCTCA . G A AG . C G A . A . . . G A C . TGC C A TC . G . T . . GT G . . TT . C . . . . . . A T . . . C
blockSeqs : . . A . CT C . T TCA . T G . A A G . A TA . . . C . T . C . A G A T . . . C . G . . C A T GCA . G . A . C . . . . . . . TT . . ATA . . TTGCG T . . A . A . CTGCAA G AAGA TCCA A T G A . . . . G . G . G T . . . TTGCTTTGTACGGGTGTGCTTTACATTACTAGCCTGGG A . A . T . T . . G . . C C GGTA CCA . . T G . C . C C C . . . . . TCCCTTGGC . G C GT . T T C . A . . . G A C . TAC C C CA . C . . . . GA G . . T . C
blockSeqs : AT . . . CC . T A . . A T . G . A . G . T A C C . . . C . C . . A G C . . ACA . . TGC C . . C . T . CAGGTC G CG TG A T A A . . . . C . C . T T . . . TTGCTATGTGCGGGTGTGCTTCAAATGACCAGCACTAG A . T . . . T . . C . . C G GGCA CCA . . . T . T . A C C . . . . . TCCCTTG . G A AG . T A T . A . . . G A C . TTC T T TG . C . . . . GA . . . T . .
blockSeqs : . A . G . G . T C C G . . . . . A . . A T T . . A . . TG . . . T . . . CAA C GA TG A T A T . . . . G . C . A T . . . TTTATTTGGTGTGCTTTATCACACAACAGGTA A . A . . . T . . C . . C T AGTC TC . . . T . C . C T A . . . . . TCCTTGC . G A AG . T T C . A . . . C . A . TGC . C . . T . . . T
blockSeqs : . CAA A AG TC A . . T . . . . A . . . A T . . . TATGTTATGCCTGCTGCTGTGCAACGC A . T . . . T . . . . . C T AGTC CT . . . G . G . C C C . . . . . CCC . G . AA . G C T . A . . . . . . . T
blockSeqs : . GA AT . . . . . . . . . . . . . . . . . GCTGTTATGTGCTGGTGTGCGAG . . . . . . T . . . . . T G AGT CA . . . T . G . A C A . . . . . CCC . . . . . G G A . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T TTC TC . . . G . C . C T A . . . . . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G GGA CA . . . G . C . C C A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G TCA CC . . . A . C . T A C . . . . .
blockSeqs : . . . . G GTT CA . . . G . C . A T C . . . .
blockSeqs : . G . . . C . A T A . .
blockSeqs : . . . . T C . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TAC*** A** N* A*** T* ACA** ** TCGC***** CATCA*************** GG**** TN** ** CCCCTTGGC************** T* GA****** **
originalCons : NNTGCG--GAGGAGGAAT-TCG-A-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAG-CCGTACATGC-CGA-TA-TT-C--TCANCA-TCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--T-TAG--CCTGT--AACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACCT----ACAGNC-CCAAGGCAGAA---GTN---TNAAAACCTCATANT-CTGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGNTAC---CTGCTAAGTGCTCAT-G-GGT--ACANAATCAT-TA--------GC-------A--G-------AAAC--CA-AT---CGTCC---CTTGCC--GCTCG-CTCA---TGCATC-AGTTCACCAAGGTCCATG-CATC--GAATCGGAATGT-AAAATAAC-ATTACCTACTGCT-G-TACA-ACGGGAG-CA-CAA--TGCTGC-CATT-NTC-CTGC-TTTCNCTATGCCTC-ATGTCGA-TA---C-A-GTGCC---A---AGTGCTGCG-A--G-GGAGGAATATCGCATAATTTC--TACAAAGAC-N-ACTCGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-TCT--CANCAT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--T----TGC-T------T------G--GTGTGCTT-----CG------CA------GCGCTGA------G---CCTGTAACG-GCTTAGGAGANTTCA-TGT-CAAC-AATAC--C-TACAGA--C-CAA-GGCAGAAGAGGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCT------C-C-CTTG--GCTC--C-ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTANC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCA--GAG---GGAGGAA--TTGCAT-A-T--TTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGTAAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGAT-CCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAA-GA-GCCTCAC-AACCTCGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACCANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
finalCons : NNTGCG--GAGGAGGAAT-TCG-A-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAG-CCGTACATGCTAC---A-TT-C--TCANCA-TCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--T-TAG--CCTGT--AACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACCT----ACAGNC-CCAAGGCAGAA---GTN---TNAAAACCTCATANTN-TGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGNTAC---CTGCTAAGTGCTCAT-G-GGTA---ANAATCATT-A--------GC-------A--G-------AAAC--CA-AT---CGTCC---CTTGCC--GCTCG-CTCA---TGCATC-AGTTCACCAAGGTCCATG-CATC--GAATCGGAATGT-AAAATAAC-ATTACCTACTGCT-G-TACA--CGGGA--CA-CAATCGC-----CATT-NTC-CTGC-TTTCNCTATGCCTC-ATGTCGA-TACATCA---------------GTGCTGCGGG----GGAGGAATTN--CATAATTTC--TACAAAGAC-N-ACTCGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-TCT--CANCAT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--T----TGC-T------T------G--GTGTGCTT-----CG------CA------GCGCTGA------G---CCTGTAACG-GCTTAGGAGANTTCA-TGT-CAAC-AATAC--C-TACAGA--C-CAA-GGCAGAAGAGGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCCCCCCTTGGC--------------C-ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTANC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCAGA------GGAGGAA--TTGCAT-A-T--TTTCCACAAAGAGA--ACTTGCCACAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGTAAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGAT-CCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAA-GA-GCCTCAC-AACCTCGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACCANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CAATTTAACTAGCATTTGTCCGAATAATAAAAATGTTAAAGAAAATCACATTTAAGAAAATCAACATTTAACGTGAATATTAAGCCTATACATAATTAGATTTAAAATGGTGATTTGGATTGAAAATTTTA
Unaligned ( gi|17 ): TAACATTTCAACCAACCTTCAGTTTCACTTGTCAATGAGTCAAATTTCCTTTATTACAGCTGTTTTGATTGAAGAAAGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 2222 444444444 1111 111 0000000000000000000000000 11 333333 11 11 1111 111 1111 111 8888888888888888888888888888888 11 222222 111 11 1 111 1 222222222222222 1111 1111 11 33333333333 111 66666666666666666 111111111 11 111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 22 1 11111111 11111111 111 222222222 77777777777777777777777777777 11 11 1111 1111111 111111 11 1 1 222 2222 2222 11 1 11 1 22222222222222 2 1 1 11 44444 1111 33333 11 11 2222 11
lowQualScore : 33 0 0 9999 9 22 5 8 5 333333333 8 5555 8 8 666 1 5 0000000000000000000000000 00 0 888888 33 33 6 1 4444 1 6 2 111 2222 1 1 77 6 99 6 7 111 1 6 6 333 99 6 6666666666666666666666666666666 33 555555 777 1 0 33 2 0 3 777 0 7 222222222222222 3 7777 7777 6 6 77777 3 55 99 99999999999 77 6 6 1 6 7 5 000 99999999999999999 3 66 777777777 5 1 11 222 2 555 5 5 5 5 1 5 7 66 5 999 4 4 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 0 9 4 4 88 4 55 3 11 3 2 3 33333333 44444444 111 3 0 777777777 2 33 1 0 2 4 33 66 8888 2 3 44 55 00000000000000000000000000000 3 4444 4 2 1 0 3 4 1 4 4 5 5 9 2 5 6666 99 1 55 6 1 6 88 8 11 99 4444 77 5 8888 4444444 555555 99 5 1 2 1 1 88 1 5 5 000 1 1 4444 1 3333 22 88 2 5 1 88 5 77777777777777 6 6 3 3 88 99999 5555 3 33333 88 88 88 1 1 1 0000 88 1 1 1 1
lowQualScore : .. . . .... . .. . . . ......... . .... . . ... . . ......................... .. . ...... .. .. . . .... . . . ... .... . . .. . .. . . ... . . . ... .. . ............................... .. ...... ... . . .. . . . ... . . ............... . .... .... . . ..... . .. .. ........... .. . . . . . . ... ................. . .. ......... . . .. ... . ... . . . . . . . .. . ... . . . ............................................................................. . . . . . . .. . .. . .. . . . ........ ........ ... . . ......... . .. . . . . .. .. .... . . .. .. ............................. . .... . . . . . . . . . . . . . . .... .. . .. . . . .. . .. .. .... .. . .... ....... ...... .. . . . . . .. . . . ... . . .... . .... .. .. . . . .. . .............. . . . . .. ..... .... . ..... .. .. .. . . . .... .. . . . .
lowQualScore : 88 8 0 8888 8 44 0 0 6 888888888 0 4444 8 0 666 4 6 0000000000000000000000000 22 2 555555 88 88 7 0 2222 0 7 5 777 7777 0 0 77 7 22 7 5 777 0 7 7 222 22 7 4444444444444444444444444444444 88 555555 555 2 2 88 0 0 2 555 0 0 777777777777777 2 8888 2222 7 7 00000 7 88 22 55555555555 77 7 7 0 7 5 7 000 00000000000000000 4 99 666666666 0 0 99 111 0 999 0 0 0 0 4 0 6 99 9 777 4 4 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 0 8 7 3 5 11 4 00 6 22 3 2 5 66666666 66666666 777 3 4 777777777 8 99 2 4 9 4 00 00 3333 9 3 66 55 11111111111111111111111111111 1 4444 0 2 0 8 8 0 3 4 4 0 6 4 5 0 1111 99 0 00 7 0 7 66 0 00 22 2222 99 7 3333 3333333 000000 22 0 0 5 0 0 00 0 0 5 555 0 0 0000 0 5555 00 00 5 5 0 00 5 00000000000000 7 7 3 3 33 33333 3333 7 33333 33 33 33 0 0 0 0000 00 0 0 0 0
consensus : NNTGCG--GAGGAGGAAT-TCG-A-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAG-CCGTACATGCT-A-C----A-TT-C--TCANCA-TCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--T-TAG--CCTGT--AACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACCT----ACAGNC-CCAAGGCAGAA---GTN---TNAAAACCTCATANTN-TGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGNTAC---CTGCTAAGTGCTCAT-G-GGTNANAA--TCAT-TA-----------GC-------A--G-------AAAC--CA-AT---CGTCC---CTTGCC--GCTCG-CTCA---TGCATC-AGTTCACCAAGGTCCATG-CATC--GAATCGGAATGT-AAAATAAC-ATTACCTACTGCT-G-T-ACA-CGGGA--CA--CAA--TC----GC-CATT-NTC-CTGC-TTTCNCTATGCCTC-ATGTCGA-TA---CA--T---C--------A-GTNC--TG--CG--GA-GGAGGA-ATTNCA--TAATTTC--TACAAAGAC-N-ACTCGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-TCT--CANCAT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--T----TGC-T------T------G--GTGTGCTT-----CG------C------AGCGCTGA------G---CCTGTAACG-GCTTAGGAGANTTCATGT-CAAC-AATAC--C-TACAGA--C-CAAGGCAGAAGAGGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCC-------CC-CCTTG--G-C----C----ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTANC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCG--GAGG----AGGAA--TTGCAT-A-T--TTTCC---A---CAAA-G----AGA--ACTTGCCACAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGTAAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGAT-CCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAA-GA-GCCTCAC-AACCTCGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACCANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
Reference ( family-3205 ) : NNTGCG--GAGGAGGAAT-TCG-A-CAATTTCTACAAAGANTACTTGCCACAAG-CCGTACATGCT-A-C----A-TT-C--TCANCA-TCCTAA--CCCGCTACTTGCTATGTGCTT-------------------------GTGTGCTTCAC-ATCACTAGC--T-TAG--CCTGT--AACGGCTTAGGAGATTCCAGTTCA-TCANACCT----ACAGNC-CCAAGGCAGAA---GTN---TNAAAACCTCATANTN-TGCTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGNTAC---CTGCTAAGTGCTCAT-G-GGTAANAA--TCAT-TA-----------GC-------A--G-------AAAC--CA-AT---CGTCC---CTTGCC--GCTCG-CTCA---TGCATC-AGTTCACCAAGGTCCATG-CATC--GAATCGGAATGT-AAAATAAC-ATTACCTACTGCT-G-T-ACA-CGGGA--CA--CAA--TC----GC-CATT-NTC-CTGC-TTTCNCTATGCCTC-ATGTCGA-TA---CA--T---C--------A-GTGC--TG--CG--GG-GGAGGA-ATTNCA--TAATTTC--TACAAAGAC-N-ACTCGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-TCT--CANCAT--C-CTAACC-CGC-TACT-G--T----TGC-T------T------G--GTGTGCTT-----CG------C------AGCGCTGA------G---CCTGTAACG-GCTTAGGAGANTTCATGT-CAAC-AATAC--C-TACAGA--C-CAAGGCAGAAGAGGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACTCGTGGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCC-------CC-CCTTG--G-C----C----ATGCATC-AG-TCAC-CATGGTNAGTANC-ACACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCTTNCTT-TCTC-TATGCCTCAT-GTC-GC--TACAAGTCCTGTGCA--GAGG----AGGAA--TTGCAT-A-T--TTTCC---A---CAAA-G----AGA--ACTTGCCACAAGCCCTGTGCAGAGNACGAGTTCNACNACTTCGTTACANAGACTACGTAAAGCAAGCCGTACATACCGANANTCTTCAACACNCCGACCACCTCGCTANNTGCTAGGTGTGCGTCACAATCACTAGNACGAGCCTACTAACACCCCACATNNATCAGGGGAT-CCAGTTC-TTCA-TACCAA--GGCAGAA-GA-GCCTCAC-AACCTCGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTANTTCTANAAAGACTGCTTACCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTNCTGGTGTGNTTCACATCACTGTNNAGCACCANCCTGTAACGGCNTAGGAGATTCNTGTNCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
gi|1 : TGCA--GAGGAGGAAT-TCG-AACAACTTCTACAAAGACTATGTAAAACAAG-CCGTACATGC--A-CGGGTA-TC-C--TCA-CA-TCCTAAGACCCGCTACTTGTTATG-GCTT-------------------------GTGTGCTTCACCATCACTTGG--TGCAG--CCTGTGTAACGGCTTAGGAGATTCCAGCTCA-TCACACCT----GAAATA-CCAAG-CAGA----GTT---TGAAAACCTCATAATGCTGCTG-GATTTGTG--CTGTGCCTTTTAT---GTGCTAGGTCTTCAT-GCGGTC-CAA--TCAT--A-----------GC-------A--G-------AAACAACA-AT---CGTCC---CTTCCC--GCTTG-CTCA---TGCATC-AGCTTACCAAGGTCCATG-CATC--GAATCAGAATGT-AAAATAACGATTACCTACTGCCAG-T-CCAACAGGAG-CA--CAA--TCCT--GC-CATT-CTC-CTGC-TTTCCCTATGCCTA-AGATCAC-TA---CA--TGTGCTATAA---A-GTAT--TG--TG--AGTAGAGGA-ATACCACCTAACTTC--ACCAACGAC-T-ACTTACCA-CACACGC-GTTACATGACGATATT-TCTTGCAATAC--CTCTAACC-CGC-TACT-G--T----TGA-T------T------A--GCCTGCTT-----AG------T-------GTGC-GA------G---CCTGTA-CA-GCATAGGAGATCTCATGT-CAAT-AATAC--C-TACAGA--C-CAAGG-AGAAGAAGTC----TCAAAA-----CC-TCA---T-AATGTGCT---------GGATTTGTGGTTTCCTGGT--ACATGTTAA-GCGCTGATGGGTCAA-AATC-ATTAGCATT----AG-TCCA-TACT--GGAAAACCAT--GTCCTAACTTGCC-GCTTG--G-CTCAAC----ATTCATC-AG-TCAC-CATGGTGAGTAAC-TTACCTACTGCT-G-TAC-ACGGGAACA-CAATGC-TGC-TATTCTCCTACTT-TCTC-AATGCTTCAT-GTT-GC--TACAAGTCCTTTGCA--GAGACTGAAGGAA--TTCCAC-A-A--CTTCT---A---TATA-G----AGACTACGTAAAACAAGCCCTTTGCAGAGTAGGAATTCGACAACTTC--TACATAGACTATGTAAAACAAGCCGTACATACCAAAATTCTTCAACATCCCAACC----CGCTACTTGCTAGGTGTGTGTCACA-TCACTAGAACGAGCTTACTAACACCCCACA-GGATTAGGGGTTGTCAGGTC-TTCACTACCAA--GGCAGAA-GAAGTCTCAC-AACCTCATACT-----GTG--CAGAAG--AGGATTCCACTATTTCTACAAAGACTACTTATCACAAGCCGTACATGACGATACCTTAAAGTTTCAAAACCTCATATTATACTGTGCAGAGGAGGATTCCACTAATTCTAGAAAGACTACTTACCACAAGCCGTACATGACGATATCCTCAACATCCTGATCCGCTACTTACTATGTGCTGGTGTGCTTCACATCACTGTCTAGCACTAGCCTGTAATGGCATAGGAGATTCCTGTCCATCATACCAACAGACCCGAGGAGGAAATCTCAAAACCTAACAATGTGCTGGACTTGT
gi|10 : ttATGTTCAAC-AAT-C--C-TACAGAG-C-CAAGGCAGAATAGGTC----TCGAAG-----TC-TCA---T-ACTGTGCT---------GGTCTCATGGTTTCCTTGT--ACTGGGCGA-GTCCTCATAAGTCAC-AATA-ATTAGCACT----TG-TCCG-TACA--GGCAAACCAT--GTCC-------TC-CCTTG--G-C-----------GT-------TCAC-CATGCTTAATACC-ACAGCTACAGCT-G-TAC-AC-GAAACA-CAATGC-TGC-CATTGTCTTCCTG-TATC-TATGCCTCA---TC-GCTATACAAGTCTTATGCA--GTGG----AGGAA--TCGCAT-ATT--TTTCC---A---CAAA-G----AGA--ACT
gi|11 : AT--C-CTAACC-CGC-TAC--G--C----TGT-T----------------ATGTGCT-------G------G------TGTGC-GA------G---CCTGTA-CG-GCATAGGAGA-TTCATGT-CAAT-TATAC--C-TACAGGACC-CAAGG-AGAAGAAGT-----TCAAAC-----CT-CCA---TAACTGTGCT---------GGACT-GTGGTGTTCT-GT--ACCTGCTAA-GTGCTGATG
gi|12 : tATAT-CAAC-AATACGTC-TGTGTA--A-CAAGG-AGTCCAT-TC----TCAACA-----CCATCAGAAT-AATGTATTTTCTCTTTGGGACATGAGGTTTCCTGGTAAACATTCTGA---GCTCATGGGTCAC-AATC-ATTAGCACT----AG-Caaatcttcaacattcccaaacctgcttacttgc
gi|13 : AGAGGAGATCATTCTCAACA-----CCATCAGAAC-AATGTGTTTCCTATTTGGGACATGAGGTTTCCTGGT--CAATGTTAT-GTGCTCATGGGTCAC-ATTC-ATTAGCACT----AG-Catttaccagaagtccttgtgctgcgttcaccattatc
gi|15 : aGT--ACCTGCTTA-ATCCTCATAGGT----AATA-GTAAGCACT----GA-CCCG-TACT--GACAAATCAC--GTCC-----------------A-C----C----ATGGAT--AG-TAAT-CATatctaacagtagtccttatgcttctttcatcat
gi|15 : CATGGATAGT-AATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GACAtagcactagcccgtactgaca
gi|16 : gtacctgcttaatcctcataggtaatagtaagcactgacccgtactgacaaatcacgtccac--C-CAAGGCAGAATAGGTA----TAAAAAAG---TC-CCA---T-ACTGTGTT---------GGACTCATGGTTTCCCTGT--ACCAGGTGA-GTGCTCATAAGTCAC-AA-A-ATTAGCATT----A
gi|18 : -CCATG--GTC----C----ATGCATC-AG-TCAC-TACAGTGAGTAAC-TTACCTACAACC-G-TA
gi|19 : aagacctcctactgtcaTATGTTCTGGTGTGATTTACATCACT--AAAGC--CATCCTGTAACGGTTTAGGAAATTCATGTACATC
gi|2 : AGTACC-ATACCTACTATT-G-TAC-AC-GGAACA-CGATAC-TGC-
gi|2 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGA-TA---CT--G---C--------AAGAGC--TGTGCG--GA-AAAGAA-ATTGCA---AATTT----GCA--GAC-CTACTCACCA-CAAGC-C-GT-ACATGCCGATATT-CTT--CAGCAT--C-CTATCC-TGC-TACT---------TGC-TATCTGCT------G--GTGTGCTT-----CA------T------ATCACTAACAGGTAG---CCTGTAGCG-GCTTAGGAGA-TTCATGTTCAAC-AA-AC--C-TACAGAG-T-CAAAACA-AATAG-------TTAAAAAAAAGTA-TCA---T-ACTGTGCT---------GGACCCATGGTTTCCTTGT--ACCGGGTGA-GTGCTCCTGAGTCAC-AATA-ATTAGCACT----AG-TCCG-TACA--GGCAAACCAT--GTCC-------TC-CCTTG-------------------TC-GT-TCGC-AATGCTTAGTATC-ACACCTACTGAT-G-TAC-ACGGG-ACA-CAA----TGC-CATTATCTTCCTT-TGTC-TATGCCTCAT-GGC-GA--TACAAGTCCTGCGCA--GAGG----AGGAA--TTGCCT-A-T--TTTCC---A---GAAA-G----AGA--ACTTGCCACAAGCCaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgttcgcaatgcttagtatcacacctactgatgtacacgggacacaatgccattatcttcctttgtctatgcctcatggcgatacaagtcctgcgcagaggaggaattgcctattttccagaaagagaacttgccacaagccgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|2 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacaTCGCAATGC-TTAGTATC-AC-ACCTACTGAT-G-T-ACA-CGGGA--CA--CAA--T-----GC-CATT-ATC-TTCC-TTTGTCTATGCCTC-ATGGCGA-TA---CA---------------A-GTCC--TG--CGCAGA-GGAGGA-ATTGCC--TATTTTC--CAGAAAGAG-A-ACTTGCCA-CAAGC-C-GT-ACTTGCTGATATTCTCT--CATCAT--C-CTAACC-CGT-TACTTGCTT----TGTGT------T------G--GTGTGTTT-----CA------C------ATTACTAACCATG-G---TCTGTAACG-GCTTAGGAGACTTCAGTT-CATC--ATAC--C-TGCAGA--CTCAAGGCAGAAGAGGCA----TAAAAA-----CA-TCC---C-ACCCTGTT---------GAACTCTTAGTTTCCTGGT--TCCTGCTAA-AAGCTCATAGGTAAT-AAT-------------------CCG-TACT--GGCAAACCAC--GTCC-------CCATCTTGCCG-C----TCACGATGCATC-AG-CCAC-GATGGTAAATACCAACACTT-TTATT-G-TAC-ATGTG---A-CATTTC-AAC-TATCCT-TCAGTT-TCTC-Tgtacttgctgatattctctcatcatcctaacccgttacttgctttgtgttggtgtgtttcacattactaaccatggtctgtaacggcttaggagacttcagttcatcatacctgcagactcaaggcagaagaggcataaaaacatcccaccctgttgaactcttagtttcctggttcctgctaaaagctcataggtaataatccgtactggcaaaccacgtccccatcttgccgctcacgatgcatcagccacgatggtaaataccaacacttttattgtacatgtgacatttcaactatccttcagtttctcttgtcaatca
gi|3 : cacaagggtaagcgacaataacattttatgctcattttaggacccaatttgccaccccaacttttgatcacaattttccgaataatgaagttcttaaacgaaatcgcatttaagaaaataaactttcaatttcaatattaggcctatacaatattatcatgtaagatttgatgatgatgtggattgaaaattttagaagattaaagaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaccatacctactattgtacacggaacacgatactgcaagagctgtgcggaaaagaaattgcaaatttgcagacctactcaccacaagccgtacatgccgatattcttcagcatcctatcctgctacttgctatctgctggtgtgcttcatatcactaacaggtagcctgtagcggcttaggagattcatgttcaacaaacctacagagtcaaaacaaatagttaaaaaaaagtatcatactgtgctggacccatggtttccttgtaccgggtgagtgctcctgagtcacaataattagcactagtccgtacaggcaaaccatgtcctcccttgtcgtCACCTACTGCTAG-TAC-ACGGG-ACA-AACTGC-TGtgtcaatca
gi|3 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttac--------A-GTGC--TG--CG--GA-GGAGGATATTGCA--TAATTCC-------AGAC---ACTCACCA-CACAC-C-GT-ACATGCCGATATT-CGT--CAGCA---C-CTACCCGCGC-TACT----T----TAT-T------T------G--GTGTGCTTTATCACA------C------AAC----A------GGTACCTGTAACGCGTTTAGGA-AGTTCATGTTCAAC-AA--C--C-T-CAGA--G-CAAAGCAGAATAGG-A----TAAAAA-----TC-TCA---T---TG-GCTT--------GGACTCATG-TTTCCTTGT--ACCTGC-GACGTGCTCATGAGTCAC-AATA-ATTATCACT----AGTCCCGATAATCAGGCAAACCAT--GTCC-------TC-CTT----G-C----C----GT---------TCACTCATGCTTAGTATC-ACACCTACAGCT-G-TATAACGGGAA-A-CAAAGCGTGA--ATTTTCTTGCCT-TCTC-TATG-CTCATAGTCAAC--TACAGGTTCCGTGCGCCGAGG-----GGAAGTTTGCAT-A-T--TCTTC---A---CAAA-T----AGA--ACTTG-CACAAGGCCTGgcaagtgctgcggaggaggatattgcataattccagacactcaccacacaccgtacatgccgatattcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgtgcgccgaggggaagtttgcatattcttcacaaatagaacttgcacaaggcctgaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|3 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgctggcaTGCGCCGAGGGGAAGT-TTGCA-TATTCTTCACAAATAGAACTTGC-ACAAGGCCTGAAATGCT-C-A----A-TT-CGCTCATCAATCCTA---CCCGCTACTTGCTTTGTGaaatgctcaattcgctcatcaatcctacccgctacttgctttgtg
gi|4 : accaaggtaagcaacattgacttttacgcccattttgggacaactttgccccctttctcaatttagctcgccatttttctgaataatacaattcttacaattctaatcatatttaaaaaaaaacaattcaacatgttgaataattcggcctagaccattgttatcagtatcagattttgaatgggtgatttggatgacaaattttagaagtttatagtaaaaattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaccacctactgctagtacacgggacaaactgctggcaagtgctgcggaggaggatattgcataattccagacactcaccacacaccgtacatgccgatattcgtcagcacctacccgcgctactttatttggtgtgctttatcacacaacaggtacctgtaacgcgtttaggaagttcatgttcaacaacctcagagcaaagcagaataggataaaaatctcattggcttggactcatgtttccttgtacctgcgacgtgctcatgagtcacaataattatcactagtcccgataatcaggcaaaccatgtcctccttgccgttcactcatgcttagtatcacacctacagctgtataacgggaaacaaagcgtgaattttcttgccttctctatgctcatagtcaactacaggttccgACCTACAGCT-G-T-ATA-CGGGA--CA--CAAAGCT----GC-CATT-TTC-TTGC-TTTCGTTATGTCTC-ATAGCAA-TA---CAGGT---C----------GTGC---G--CC--GA-GGAGGA-ATTGCA--TAATTTC--TACAAAGAG-A-ACTTGCCA-CAAGC-C-GA-AAATGCTCAT-TT-TCC--CATCAT--C-CTATTC-CGC-TAC-----T----TGC-T------TTGTACGG--GTGTGCTT-----TA------CATTACTAGC-CTGG------G---CCTCTAACG-GCTTAGAAGAATACA-GTGCATC--ATAC--C-TACAGAC-C-CACGGCAGAAGA--TCA---TAAAAA-----CA-TCC---T-ACCCTGTT---------GATTTCGCGGTTTATTGGT--ACCTCCTAA-G---TCATGGAT-ACTAATC-ATTAGCACT----AG-CCCG-TGCT--GATACATCAC--GTCC-------C-----------C----C----ATGCCTC-AG-TCAT-CAGGGTCAG---C-ACACCTAC
gi|5 : agtatcacGATTCCA-GT-CCAT-CATTC--C-TAAAGA--C-CCAAG--GAGGAAGTC----TCAAAA-----CC-TAA---T-AATGTGCT---------GGACTCGCAGTTTCCTGGT--ACCTGCTGA-GTGCTGATGGGTCAA-AATC-ATTAGCGTT----AG-CCAG-TACT--GGCAAACCAG--GTCCTAACTTGCC-GCTTG--G-CTCAAC----ATGCATCTAGTTCAC-CA-AGCGGATAAC-TTACCT-CTGCT-GTTAC-ACCGGAGAATCAAT---TGCGTATTCTCT--CTTATTTCAAATGCCTCA--GTT-GC--CACAAGTCCTGTGCA--GAGG----ACAAG--TTCCATCA-T--TTaattttaatcaacataacatttcaaccaaccttcatattctcttgtcaatgaatcgaatttcccctattacagctgttttgattgaacaaaattaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaagacaggagccttgcttctatcacacacatgttataacttcacttgccaaacttgaaccacaaatgcgtgcacaattaa
gi|5 : GATTCCAGTCCA-TCATTCCT----AAAGAC-CCAAGGAGGAA---GTC---TCAAAACCTAATAATG-TGCTG-GACTCGCA--GTTT-CCTGGTAC---CTGCTGAGTGCTGAT-G-GGTCAAAA--TCAT-TA-----------GCGTTAGCCA--GTACTGGCAAAC--CA-G-----GTCCTAACTTGCC--GCTTGGCTCAACATGCATCTAGTTCACCAAG------------------CGG---------ATAAC--TTACCT-CTGCT-GTT-ACA-CCGGA--GAATCAA--TT----GCGTATT-CTCTCTTA-TTTCAA-ATGCCTC-A-GTTGC-CA---CA---------------A-GTCCTGTG--CA--GA-GGACAA-GTTCCA--TCATTTCGTTACAGA-AC-T-A--CGTAAGCAAGC-C-GT-ACAT---GATA-A-TCT--CA-CA-----CTGACC------ACC----T----TGC-TAAG---T------GCTGTGTGCCT-----Ccgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|5 : CG--GAGA----ATCAA--TTGCGT-A-T--TCTCTCTTATTTCAAATGCCTCAG-----TTGCCACAAGTCCTGTGCAGAGGACAAGTTCCATCATTTCGTTACAGA-ACTACGTAA-GCAAGCCGTACAT---GATAATCT----CACACTGACCACCTTGCTAAGTGCT--GTGTGCCTCATAATCACTAGCACA--CCT-CT-----CTTA-ATCTATCAGGGGAT-CCA-TTCGTTCA-TACCAACTGGCAGAATGACACCCCTCTAATCTGGTGTTAGGCGGTGTCCAGAGGTCAGGAATTTATT-CTTCTataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|5 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacacTCAGGGGATTCCAGTTC-GTCA-TACCAA--GGCAGAA-----CCTCAT-A---TTGTACT-----GTG--CAGAGG--AGGATTTCACTAATTCTAGAAAGACTGTTTACCACAAtgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcaggggattccagttcgtcataccaaggcagaacctcatattgtactgtgcagaggaggatttcactaattctagaaagactgtttaccacaa
gi|6 : gattccagtccatcattcctaaagacccaaggaggaagtctcaaaacctaataatgtgctggactcgcagtttcctggtacctgctgagtgctgatgggtcaaaatcattagcgttagccagtactggcaaaccaggtcctaacttgccgcttggctcaacatgcatctagttcaccaagcggataacttacctctgctgttacaccggagaatcaattgcgtattctctcttatttcaaatgcctcagttgccacaagtcctgtgcagaggacaagttccatcatttcgttacagaactacgtaagcaagccgtacatgataatctcacactgaccaccttgctaagtgctgtgtgcctcataatcactagcacacctctcttaatctatcaggggatccattcgttcataccaactggcagaatgacacccctctaatctggtgttaggcggtgtccagaggtcaggaatttattcttcttgctaaacaattctagcaaaggactgtgatccgacccatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc--TTGCAT-A-TCTTTTCC---A---CAAA-G----AGA--ACTTGCCACTAGCC
gi|6 : TTTCCACAAAGAGAACTTGCCACTAG-CCG-ACATGCTGA-T----A-TTTC--TCACCA-TCCTAC--ACCGTCACTTGCTTTGTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGTGCTTCAT-ATTAATAG---T-AAGGTCCTGT--AACGGTTTAAGATACTCCAGTTCA-TCAAACCT----ACAGAC-CCAAGGCAGAAGAGGCA---TAAAAACATCCTATCC-TGCTG-GACTTGTG--GTTT-CCTGGTACGTGCTGCTAAGTGCTCAT-G-GATAATAA--TCAT-TA-----------GC-------A--gacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|6 : ttgcatatctTGAT---------GGAC--GTGATTTGTCAGT--ACGGG-TCA-GTGCTAATGA-TTAT-TATCCATGAGCACTTAGCAG-CACG-TACC--AGGAAACCACAAGTCC-------ctgacccgtactgacaaatcacgtccatcatgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|6 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctTCATGGGTAGT-AATA-ATTAGCACT----AG-CCCG-TACT--GACAAACCAC--GTCC-------C-----------C----C----ATGCATC-AA-TCAT-CAGGGTAAG---C-ATACCTGCtgggtagtaataattagcactagcccgtactgacaaaccacgtcccccatgcatcaatcatcagggtaagcatacctgcaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|7 : ttgcatatcttttccacaaagagaacttgccactagccgacatgctgatatttctcaccatcctacaccgtcacttgctttgtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgtgcttcatattaatagtaaggtcctgtaacggtttaagatactccagttcatcaaacctacagacccaaggcagaagaggcataaaaacatcctatcctgctggacttgtggtttcctggtacgtgctgctaagtgctcatggataataatcattagcactgacccgtactgacaaatcacgtccaGGAGATTCCAGTTCAATCACACCT----ACAATTACCAAGCCA-AA---GTT---TGAAAACCTCAGAATT-TGCTGAGATTTGTGCCGTGC-CTTG-TAC---TTGCTTAGGGCTCATCG-GGTCACAAATCCATATA-----------GC-------A----------AAAC--CA-ATTGGCGTAC---CCTACCCGGCTTG-CTCA---TGCATC-AGTCTACCCAAGTCCATGCCATCCTAAATCAGAATGTAAAAATTAC-AGT-CGTACTGCA-G-TCATA-CAGGAGCCA--CAA--TCTGTTGCTCATTCGTC-CTGCTTTTCCCTTGGCCTCAAAATCGATTAACTCA--T---TTGCCTTAAA-GTAT--TG--TGAAGA-GGAGGA-ATTCCAC-TAATT----TACCAAGACTA-ACTTACCA-CAAGC-CTGT-ACATGACAATATC-T-T--CAA-ATTAC-CTAACC-CGCTTACT-A--TGTTATGC-C------T------G----CTGCTG-----TG------C------AACGC-------------CCTGTAACA-GCATAGGAGAATTCATGT-CAATAAATAC--CTTACAGAC-C-CAAGG-GGAAGAAGTC----TCAAaattttaatcaacatttatttcacttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttcaggacaggagtctcgcttctatcacacatattttagaactcaacttgcaaaacaaccacaaatgtgtgcacaaata
gi|8 : tagGCA--GAGGAGGACT-TCC-ATCA--TTCTACAAAGACTATTCACCACAAG-CCGTACATGCT-AAT----ACTT-T--TCAGCA-TCCTAA--CCCGGTACTTGCTATGGGCTT-------------------------GTGTGCTTTAC-ATCACTAGCCTT-TAG--CCTAT--AGCGGCTTAGGAGATTCCTGTTCA-TCAGACCTTCTTGCAGAC-CGAAGGCAGAA---GAGGAATAAAAGCCTCATACTC-AGTTG-GATTCGTG--GTTT-CCTGCTAC---CTGCCAAGTCCTCAT-A-GGTAAAAA--GAAT-TATCACCGAGCCCGC-------ATTGGC-----AAAC--CATAT---CCTCC---CATGTC--ACCCA-C-CA---TGCATC-AG-TCACCAGGAT--ATG-CACC--
gi|9 : attcatttgctgaagtcaaaattgagacacgaACCCACTGCT-G-T-A------GA--CA---------------------ATG-CTGC-TTTCTCTGTCCCTC-ATGTCGA-TA---CA---------------A-GTCC--TATACG--GA-GGAAGA-AAATCA--TAATTTC--TACAAAGAA-T-ACTTGCCA-CAAGC-C-GT-ACATGCC--CATT-T-T--CAACAT--C-CCAACA-TGC-TAC-----T----TGC-TA-----TGTGCG-G--GTGTGCTT-----CAAATGACC------AGCACT-A------G---CCTGTAACA-TCTTAGGAGATTCCAGAT-CCTC-AA-AC--C-TACAGGC-C-CAATGTAGAA---GTT----TCGACA-----CA-TAG---C-ACTGTGCT---------GGAGTCATGGTTTCCTGCT--ATCCACTAA-GTATTCATGGGTAAT-AATC-ATTACCACTG---AG-CCCG-TACT--tgtgattttatca
gi|9 : agtaccaaTACG--GAGGAAGAAAATC--A-TAATTTCTACAAAGAATACTTGCCACAAG-CCGTACATGCC---C----A-TT-T--TCAACA-TCCCAA--CATGCTACTTGCTATGTGCGG-------------------------GTGTGCTTCAA-ATGACCAGCA-C-TAG--CCTGT--AACATCTTAGGAGATTCCAGATCC-TCAAACCT----ACAGGC-CCAATGTAGAA---GTT---TCGACACATAGCACTG-TGCTG-GAGTCATG--GTTT-CCTGCTAT---CCACTAAGTATTCAT-G-GGTAATAA--TCAT-TA-----------CC-------A--
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CAATTTAACTAGCATTTGTCCGAATAATAAAAATGTTAAAGAAAATCACATTTAAGAAAATCAACATTTAACGTGAATATTAAGCCTATACATAATTAGATTTAAAATGGTGATTTGGATTGAAAATTTTA
Unaligned ( gi|17 ): TAACATTTCAACCAACCTTCAGTTTCACTTGTCAATGAGTCAAATTTCCTTTATTACAGCTGTTTTGATTGAAGAAAGTTAA