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gi|11 : A-GGGT-A---------AAG----------ACAAAT---TC----AGC----------AAT--------TTTG-ATG-AC-TAGGG-TAACGC--A--TATTTTTT-G-GAAATATATT---GGTA-A-ATGAGTAAAATGTCG--AATTG-TTCG---CTTC-AAG-GT---CTTTAAGG-TAA-ATTA-ATT--TT-TCTCCC-TAGGTACCCATTCCGCTAGT-TC--ACTT--------ATAAGTA--AT-T-ATTCTT----AAACGTTACAGGA-ATAAGA
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gi|3 : cggTAGGAT-AAAGT-GTGTTACCCA-AGT---TC---A-----AGAT--G-----GC--G---ACAG-ACA-T-AT-CCA--AATCT-G-AAATTTTAC--A--CTTAA------TATA--CAAATAT-ATG--GAGC--TTGT-ATTGCG-----AA-A-----A-T-----GGAA-GTT---AAT--A-TT---GAAA-TC---GTGTAG---AG--A-GAA-----------------------TATTC----CGA-A--AA-TAAGCATA-A-TCAGT--A-CATATT-ACGGCGA--TAA-AGCGGGTGGA---------------AATTTTTTATCGTGATTAGAGTGAAGCAA----A-TTGAC------------------------------------------------GACTA-GGGT-A---------ACG----------AAAACT---TG----AGT----------AAA--------TTCA-ATT-AC-TATGT-TAACAC--A--TA-----T-A-GAAATATATT---TTA--A-ATGAGTAAAATATCG--AATTG-CTCG---TTTC-AAT-GACTGCTCTAAGG-TA--ATAA-CTT--TT-TATCCT-TAGATACGCATTCGGCCAAT-TC--ACTT-------GAT-AGTA--AT-T-ACTTTT----AGACATTGCAGGA-ATTAG-ATATTGTCATTGTGTTGGCA-ATT--ATTATGT--GAGT-AC-AATATGGTAAACTC-TA-G-AACATATA-GTG-GTCC--AT-TATTTTTTTTTTTCGTAGTTA--------------AA---CGAATT-GA--------T------ACCCG-GGACTTTG-T----ACAA-CC-GA-TCTGGA--T-------ACTTTT-AAACAT-CTACAGATCAA-TTC-ATCA----TATAG-AAATAC--TAACACTCTTG
gi|4 : aatcactgtgttgaaacagaaACTAGGGT-AAAGT-GCGTTACCCT-AGT---CC---A-----AGAT--G-----GC--G---ATAG-ACA-T-GT-ACG--CCTCT-G-AAATATTTT--A--CTTAA------TATA--TAAATAT-ATG--GACC--TTGT-ATTGCG-----AA-A-----G-T-----GGAA-GTT---AAT--A-TT---GTAA-TA---GTTTGG---AC--A-GAAG-AAGG--T--AA-----A----TATTC----CGA-A--AAATACGCATG-G-TCAGT--A-CGTATT-ACGGCGA--TAA-CGCGGGTAGA---------------A--------------------------AA----A-TTGAC----------------------C----------------------AT-GATTA-GGGT-A---------ACG----------AAAACT---TG----AGC----------AAT--------TTTG-ATG-AC-TAGGG-TAAGGC--A--TA-----C-A-GAAA-------------------AGTAAAATATCG--AATTG-CTCG---TTTC-AAG-GTTTGCTCTAGGG-T---GTTA-CTC--AG-TCTCCC-TAGAT-------------GT-TC--ACTT--TTAA-AAT-AGTA--ATATAACTCTT----AAACATTACAGGA-ATTAGAAAATTCTCATTGTGCC-GCA-ATT--A--AGGT-----C-AC-ACTATCCTAAACTC-TA-G-AACATGTACTTA-GTCA--AT-TA------------------A--------------AA---CAAATT-GTTAGCTGTGT------ACCCG-GG-GTGTG-T----ATAA-CT-GA-TCTGGA--------------------------------CAA-TGC-ATCA----TATAGAAAACAT--TAACACTTTTGaacttgaaatttttgaagatatgataca
gi|5 : AGGAT-AA-GT-GCGTTACCCT-AGT---CC---A-----GGAT--G-----GC--G---ATAG--CA-T-GT-ACA--CCTCT---AAATATTTT--A--CTTAA------TATA--TAAATATAAGG--GAC----GGT-A-TGTG-----AA-A-----A-T-----GCAA-GTT---AAT--A-T-----AAA-TA---G-TTAG---AC--A-GAA--AAGG--T--TA-----A----TATTC----CAA-A--TAATACGCATG-ACTCAGT--ATCATATTGAC-GCGATTTAG-AGCGAGTATA---------------G--------------------------AA----ATTTGAT----------------------C----------------------AT-GATTA-GGGT-AAAGCAAATCACGACTAGGTAACAAAACT---TG----AGC----------AAT--------TTGA-ATG-ACGTAGGGTTAAAGC--A--TA-----C-ATAAAATGTATT---AGT--A-ATGAGTAAAA-ATC---AATTG-CTCG---TTTCTAAT-GTTT-CTCTA--------GTTAGCTT--AA-TCTCCC--AGAT-------------GT-TC---CTT--TTAA-AAT-AGTA--AT-T-ACTCTT----AAACA-TACAGA----TAG-AAATTCT
gi|6 : ctgaAAGT-GTGCTGCTCT-AGT---CC---A-----AAAT--GTAGACACTAG---ACAG-GCA-T-GT-ACG-----------------TT-----CTTAA------TATAGATAAATAG-ATG--AAGT--TTGT-ATT-CG-----GATA-----G-T-----AGAA-GTT---AAT--A-CT---GTAA-TA---GTTTAG---AC--A-GAAG-AAGG--T--AA-----A----TATTC----CGA-A--AAATACGCATG-A-TTAGT--A-CATATT-ACGGCGA--AAA-AGCGGGTAGATTGGATCATTAGGGTA--------------------------AAGCACA-TT-------------------------C----------------------AC-GACTA-GGGT-A---------ACG----------AAAACT---TG----AGC----------ACT--------TTTA-AGG-AC-TGGGG-TAATGC--A--TA-----T-A-G-----------------A-ATGAAT---ACGTCG--AATTG-CTTG---TTTC-AAG-GTCTGCTCTAAGG-T---GTTG-CTT--AATTCTCTC-TATAT-------------G
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blockSeqs : . G . T . A . . . . TAG A . . A CCTCTG AAG . . . . . . . AATTATTC . T . . . . . . . . . . . A . . . G . . . C A AAATTTGACCGTAATTAGAGTAAAGCAAATTC . . . . . . . AAT . . . . C . . T . T GGTA . . . . . T G . AA . AAT . ACGCATTCGGCCA . . TTAA . . . AACTCTT A A C . . . . . . . . . . . . . ATTTTTTCGTAATTA . . . . A . . CT T TACTTTTAAACATCTACAGAT . . . G .
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blockSeqs : . A . T . T . . . . G A . . A AATCTG A . . . . . . . TAGT . T . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . A TTGGATCATTAGGGTAAAGCACATTC . . . . . . . AAT . . . . G . . C . T AGT . . . . . G G . . . AG . . . . . . . . AATCTT A A G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . CT T TACTTT . . . A .
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originalCons : ACTAGGGT-AAAGT-GCGTTACCCT-AGT---CC---A-----AGAT--G-----GC--G---ATAG-ACA-T-GT-ACG--CCTCT-G-AAATATTTT--A--CTTAA------TATA--TAAATAT-ATG--GACC--TTGT-ATTGCG-----AA-A-----G-T-----GGAA-GTT---AAT--A-TT---GTAA-TA---GTTTAG---AC--A-GAAG-AAGG--T--AA-----A----TATTC----CGA-A--AAATACGCATG-A-TCAGT--A-CATATT-ACGGCGA--TAA-AGCGGGTAGA---------------A--------------------------AA----A-TTGAC----------------------C----------------------AC-GACTA-GGGT-A---------ACG----------AAAACT---TG----AGC----------AAT--------TTTG-ATG-AC-TAGGG-TAACGC--A--TA-----T-A-GAAATATATT---AGT--A-ATGAGTAAAATATCG--AATTG-CTCG---TTTC-AAT-GTTTGCTCTAGGG-T---GTTA-CTT--AG-TCTCCC-TAGAT-------------GT-TC--ACTT--T--A-AAT-AGTA--AT-TAACTCTT----AAACATTACAGGA-ATTAGAAAATTCTCATTNTGCC-GCA-ATT--ATTATGT--GAAC-AC-AATATCGTAAACTC-TA-G-AACATGTA-GTA-GTCA--AT-TA------------------A--------------AA---CGAATT-GATAGCTGTGT------ACCCG-GG-CTGTG-T----ATAA-CT-GA-TCTGGA--T-------AC-TTT-AAACAT-CTACAG--CAA-TGC-ATCA----TATAGAAAACAT--TAACACTTTTG
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Unaligned ( gi|19 ): AACAGAAATTCGACAACTAGGTGAGCTCTACCATTACATG
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Reference ( family-3135 ) : ACTAGGGT-AAAGT-GCGTTACCCT-AGT---CC---A-----AGAT--G-----GC--G---ATAG-ACA-T-GT-ACG--CCTCT-G-AAATATTTT--A--CTTAA------TATA--TAAATAT-ATG--GACC--TTGT-ATTGCG-----AA-A-----G-T-----GGAA-GTT---AAT--A-TT---GTAA-TA---GTTTAG---AC--A-GAAG-AAGG--T--AA-----A----TATTC----CGA-A--AAATACGCATG-A-TCAGT--A-CATATT-ACGGCGA--TAA-AGCGGGTAGA---------------A-----A-A----A-TTGAC----------------------C----------------------AC-GACTA-GGGT-A---------ACG----------AAAACT---TG----AGC----------AAT--------TTTG-ATG-AC-TAGGG-TAACGC----A--TA-----C---A-G-AAA---------TATATT---AGT--A-AT----GAGTA------AAAT---------ATCG--AATTG-CTCG---TTTC-AA--NGTTTGCTCTAGGG-T---GTTA-CTT--AG-TCTCCC-TAGAT-------------GT-TC--ACTT----AATAGTAAT-T-ACTCTT----AAACATTACAGGA-ATTAGAAAATTCTCATTNTGCC-GCA-ATT--ATTATGT--GAAC-AC-AATATCGTAAACTC-TA-G-AACATGTA-GTA-GTCA--AT-TA------------------A--------------AA---CGAATT-GATAGCTGTGT------ACCCG-GG-CTGTG-T----ATAA-CT-GA-TCTGGA--T-------ACTTT----CA---T-T-------TCAA-TGC-ATCA----TATAGAAAACAT--TAACACTTTTG
gi|1 : TAGGGTCAAAGT-GCGT-ACCCTTAGT---TCCTCA-----AGATTTG-----TCT-G---ATAGTACG-T-GTTACG--CTGCTTGCAAATATTTT--A--CTTGAATTTATTATA--GAGATAT-ATG--GACC--TGG--ATTGCG-----AAGA-----GCT-----GGAAAGTT---CAT--T-TT---GTAA-TG---GTTTAG---AC--AGGAAG-AAAGGTT--AA-----ATTTTTTTTT----CGATA--AAATACGCATGAA-TCAGTCGA-CATATT-ACGGCGA--TAATTGCGGATAGG---------------AAAAATA-A----A-TTGAC----------------------TCAA-------------------AT-GATGA-GGGTCA---------ACG----------CAAATTCTACGATCTAGCGGTAACGAAGAATTTGAGAATTTTGTATGAAC-TAGAG-TAACGCGAGTA--TA---------A-G-AAA---------TATATT---AGTA-A-AT----GAAGA------AAGT---------ATCGAAAATTGCCTCG---TTTC-GAATAGTTT-CTC-AGGG-T---GTTA-CTT--AG-TCTCCA-TAGAT-------------GC-GC--ACTT----AATAAAAAA-T-ACTATCAA--AAACATTACAGGAGATTAT-AAATTCTCATTCT-CC-GCA-ATT--ATTAAGT--GAAC-ACAAAGATCG-ATACTC-TA-G-TACATGTA-GTA-GTCA--AT-TAG-----------------A--------------AA---CAGAAT-GATAGCTGTGT------ACCCG-GG-CTGTGAC----ATAA--T-GA--CTAGA--T-------ACTTTCAAACA---T-CTACAA--TCAA-TGCAATCAT---TATAGAAAACAT--CAACAATTCT
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gi|5 : AGGAT-AA-GT-GCGTTACCCT-AGT---CC---A-----GGAT--G-----GC--G---ATAG--CA-T-GT-ACA--CCTCT---AAATATTTT--A--CTTAA------TATA--TAAATATAAGG--GAC----GGT-A-TGTG-----AA-A-----A-T-----GCAA-GTT---AAT--A-T-----AAA-TA---G-TTAG---AC--A-GAA--AAGG--T--TA-----A----TATTC----CAA-A--TAATACGCATG-ACTCAGT--ATCATATTGAC-GCGATTTAG-AGCGAGTATA---------------G-----A-A----ATTTGAT----------------------C----------------------AT-GATTA-GGGT-AAAGCAAATCACGACTAGGTAACAAAACT---TG----AGC----------AAT--------TTGA-ATG-ACGTAGGGTTAAAGC----A--TA-----C---ATA-AAA---------TGTATT---AGT--A-AT----GAGTA------AAA----------ATC---AATTG-CTCG---TTTCTAA--TGTTT-CTCTA--------GTTAGCTT--AA-TCTCCC--AGAT-------------GT-TC---CTTTTAAAATAGTAAT-T-ACTCTT----AAACA-TACAGA----TAG-AAATTCT
gi|6 : ctgaAAGT-GTGCTGCTCT-AGT---CC---A-----AAAT--GTAGACACTAG---ACAG-GCA-T-GT-ACG-----------------TT-----CTTAA------TATAGATAAATAG-ATG--AAGT--TTGT-ATT-CG-----GATA-----G-T-----AGAA-GTT---AAT--A-CT---GTAA-TA---GTTTAG---AC--A-GAAG-AAGG--T--AA-----A----TATTC----CGA-A--AAATACGCATG-A-TTAGT--A-CATATT-ACGGCGA--AAA-AGCGGGTAGATTGGATCATTAGGGTA-----A-AGCACA-TT-------------------------C----------------------AC-GACTA-GGGT-A---------ACG----------AAAACT---TG----AGC----------ACT--------TTTA-AGG-AC-TGGGG-TAATGC----A--TA-----T---A-G---------------------------A-AT----GAAT---------AC---------GTCG--AATTG-CTTG---TTTC-AA--GGTCTGCTCTAAGG-T---GTTG-CTT--AATTCTCTC-TATAT-------------G
gi|7 : -A--AAATACGCATG-A-TCAGT--A-CATATT-ACGGCGA--TAA-AGCGGATAGA---------------A-----A-A----A-TTGAC----------------------CATGATTAGGGTAACGCAAATTCAC-GACTA-GGGT-A---------ACG----------AAAATT---TG----AGC----------AAT--------TTTG-ATG-AC-TAGAT-TAACGC----A--TA-----T---A-G-AAA---------TATATT---AGTG-A-AT----GAGTA------AAAT---------ATCG--AAATG-CTCG---TTCC-AA--TGTTTGCTCTAGGG-T---GTTA-CTT--AG-TTTTCC-TAGAT-------------GC-TC--ACTT----AATAAAAAT-T-ACTATTCAAAAAACATTACAGGA-ATTATAAAATTCTCATTCTGCC-GCA-ATT--ATTATGT--GAAC-AC-AATATCGTAAACTC-TA-GTAACAT
gi|8 : ACTAGGGT-AA-GT-GCGTTACCCT-AGT---CC---A-----AGAT--G-----GC--G---ATAG--CA-TTGT-ACG--CCTC--G-AAATATTTT--AAGCTTAA------TATA--TAAA-AT-ATG--GACC--TTGTGATTGCG-----AA-------G-T-----GGAA-AGT---AAT--AATT---GTAA-TA---GTTTGG---AC--A-GAAG-ACGG--TTAAA-----A----TAT-C----CGA-A--AAATACGCATG-T-CCAGT--A-CGTATT-ACGGCGA--TAA-CGCGGGTAGA---------------A-----A-A----A-TTGAC----------------------C----------------------ATGGATTAGGGGT-A---------ACG----------AAAACT---TG----AGC----------AA---------TTTG-ATG-AC-TA-GG-TAAGGC----A--TA-----C---A-G-AAA--------------------------------AGTA------AAAT---------ATCG--AATTG-CTCG---TTTC-AA--CG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AACAGAAATTCGACAACTAGGTGAGCTCTACCATTACATG