lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 0 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333 55 11111 77 444 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 2 4 2 2 2 11111111 2 555 4 333 2 999 4 77777 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555 22 66666666 1 444 333 555555 2222222222222 55 22 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 333 7777777777777777777777777777777777 3
lowQualScore : . . .................................................. .. ..... .. ... . .................................................................................................................... . . . . . . ........ . ... . ... . ... . ..... . .................................................................................. ... .. ........ . ... ... ...... ............. .. .. ........................................................................... .. ... .................................. .
lowQualScore : 2 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888 55 66666 33 000 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 2 1 1 1 44444444 1 999 0 222 0 444 2 44444 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 66 99999999 7 666 222 222222 3333333333333 22 66 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 555 9999999999999999999999999999999999 1
consensus : AGTGGTTNCCGAGAAGAAGA-T-TTTTNAANGACCCA-N---C--C-CTATTT---TTG--C---A-TT--TTAATN-ATTAT--CTC--CC-CTT-NGA-TGA-A---G----G--C--NTG-------ATCCTT--C----A----T--TT---G-A-ACAAA--------CT-----T---G-------N-T--C-CCA-----T----TT-A-CCC-AAG-G-A-T-GN-----T-TT--GTAC-CAA--G-TTT--GG-T-----TG-A-------------A----N-TTGG------TC-C-A-GC-GN--T---TCTTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AAT--------G-T---GAA---A------AG------T-TTA--CA--GACA--GA----------CG--------GACGG---AC----GA---CA----G-----AC----GAC-G-GA-CAA--AATGTGA-TCA---GA---------A------AGC--TCA-G------GCTCAG-GTGAGCTAAAAA
Reference ( gi|3 ) : AGTGGTTCTTGAGAAGAAGAAT-TTTTTAATGACACA-A---C--C-CTATTT---TTA--C---A-TT--TTAATA-ATTAT--CTC--CC-CTT-TGA-TGA-A---G----G--C--CTG-------ATCCGT--C----A----T--TT---A-A-ACAAA--------CT-----T---G-------T-T--C-CCA-----T----TT-A-CCC-AAG-G-A-T-GA-----T-TT--ATAC-CAA--G-TTT--AG-T-----TG-A-------------A----T-TTGG------TC-C-A-GC-AT--T---TCTTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AAT--------G-T---GAA---A------AG------T-TAA--CA--GACA--GA----------TG--------GACGG---ACT---GA---CA----G-----AC----GAC-G-GA-CAA--AATGTGA-TCA---GA---------A---T--AGC--TCA-G------GTTCAG-GTGAGCTAAAAA
gi|2 : AGTGGTTCCTGAGATGA----T-TTTTAAAAGACCCATC---C--C-CTATTT---T-G--C---A-TG--TTCGTG-ACTAT--CTC--CT-CTT-TGA-TGA-A---G----G--T--CTG-------ACCTTT--A----A----T--TT---G-A-ACAAG--------CT-----T---G------------------------------A-CTC-ATA-G-G-T-CA-----C-AT--GTAC-CAA--A-TTT--GG-T-----TG-A-------------A----T-TT-G------TC-C-A-GT-GA--T---TCTGG-A---A--AA--G---CAGT--------TGA---A--AAT--------G-T---GAA---A------AG------T-TTT--C---TACA--G------------C--------GACAA---A-----AA---CAAC--G-----AC----AAC-G-GA-CAA--ATTTTGA-------------------------------------------TCAG-GTGAGCTAAAAA
gi|11 : tcatgatctgaacaaacgtgaatctccattacatcaggaaactgtcatataagtattagcttttctggcctAGTAGCTATTGAGAAAAAAAAGGTTTTCATTGA----------------AT----------C---A-TT--TTAAG--------------CC-CTT-AGA--GT-A---G----G---------------ATACGT--T----ACATCT--TC---A-G-ATAAG--------GT-----T---G-------AAC--C-CCA-----T----TT-A-CAC-AAG-G-A-C-GC-----T-TTTGA-AC-CAA--G-TTA--GG-T-----TGAA-------------A----A-TTGC------TC-CAA-GT-GG--T---TCTT----------A--A---AAG---------AAG---A--AAT--------A-T---GAA---A------AT------T-TTC--CA--G-CA--GA----------AG--------GACAG---At
gi|12 : TGTTTATTGAGAAGA------TTTTT--CGACACA-TTGTC--C-CAATTT---CCC--C---C-TT--TCAAAATATAAT--TTT--CT-CTT-GGA--GA-A---G----C--C--ATG-------GTCCTT--C----A----G--TT---G-A-ATAAG--------CT---------G-------CAT--C-CCA-----T----TT-A-CCA-AGG-G-A-T-TT-----T-TT--GTGT-GAA--A-TTC--AA-T-----TG-A-------------A------ATGG------CT-C-A-G-------------TG-A---A--AAT-A---GATT--------AGA---C--AAT--------G-C---AAA---A------AA------T-TCA--C
gi|22 : atTGATTCCCAAACAGAAGA---TATTTAAGCACCCA-A---C--C-CTATTT---TCACTC---G-TT--TTA--A-GTCAT--CTC--CA-TTT-GGA-AGA-A---G----A--C--TTG-------ACCTTT--C----A----T--TC-----G-GCAAA--------CT-----T---
gi|5 : AAGATT-TTTCAAATG----------C--C-CTGTCC---T--------A-TT--T--ATC-ATT-T--CTTAACC-CTT-CAA-TG------G----GTTC--TTA-------A------------A----T--TT---G-A-ACAAC--------CT-----T---G-------C-TTCC-CCA-----T----GT-A-GCC-AAA-G-A-T-AC-----T-TT--ATAT-CAA--G-TTT--GG-T-----TG-A-------------A----A-TTGG------CC-T-G-GT-GG--A---TCT---A---G--AA--A---AA----------ACA---A--GAT--------G-T---G
gi|4 : ttgtagtttgaacaaactggaatctacactaaataaggatgctctcctttttcttgtccagatccccacgtt-TTTTAAATTACCCA-G---T--C-TTATTT---TTG--GTGAG-TT--TTGTTT-ACTAGAACTT--CC-CTT-T---TGA-A---GA---G--A--ATG-------TACCTT------------T--TT---G-A-ATAAA---------TACAAAT---A-------T-T--C---------T----TC-A-CCC-AAA-G-A-T-AT-----C-TT--AAAC-CAC--T-TTT--CA-T-----TG-A-------------A----A-TTGG------TG-G-A-GT-AT--T---TCT-G-A---A--TA--A---GATT--------AAA---A---------------T---GA------------G------TCTGA--CT--GACA--GA----------AA--------GACGG---AC----------A----G-----AC----AAT-A-TA-CAA--AAGATGG-TTA---GA---------A------AGC---------------TTAG-GTGAGCTA
gi|1 : GACACA-A---CACCACTATTT---TTG--C---A-ATGGTTCGTG-ATTATAACTC--ACGCCT-GGT-TGA-A---ACAGTG--C--CT---------TCCTT--C----A----TCTTT---GTA-ACAAAT-------CT-----T---GAGA----G-C--C-CCT-----C----TT-A-CCCCAAG-A-A-T-GA-----TGTT--GTAC-CAAAAG-TTTGAAG-T-----TG-AC------------A----T-ATGGCCGACCTC-CTA-GC-GG--T---TCTTGGA---G--TATGA---AGGTC-------GAA---A--AAT--------G-T---GAAAACA------AG--------TAA--CAGCGACA---------------G--------GACAG---ACCTCGGA---CATCACG-----AA----GAC-A-GA-CA
gi|15 : atg---C--C-ATATTTATCTTA--T---A-TT--TTAAT----TAT--CTC--CC-CTT-TGT-CGA-A---G------------A-------A---GTA-C----A----T--TT---G-A-A-------------T-----T--------------------A-----T----TT-A-ATC-AAACG-A-T-GC-----T-TT--ATGC-CGA--G-TTT--GG-T-----TA-ATAAATCTAGATTTA----T-TTGG------TC-G-A-CT-AA--T---TTCTG-ACGTG--AA--A---ATGT--------GAA---A--AAG--------G-T---AAtgtacaggactgacggtgacaaaaaggcgatcatgaatctagacgcaatctttgagcctcccgtgtctcaggtgaactaaaaa
gi|6 : TT---TT---------TC--TTAATC-ATTAT---TG--TC-CTT-TGA-ACA-A---G----A--C--ATG-------ATCCTT--C----A----T--T----G-G-ACAAA--------C---------------------------A-----T----TC-A-CCC-AAG-C-A-T-GT-----T-CT--GTGC-CAT--G-TGC--GG-T-----TT-A-------------A----A-TTAT------CC-C-T-GT-GT--T---TCCTG-A---C--AA--G---AAAT---------AA---A--AAT--------G-T---GAA---AACATATAG------T-CTA--CA--TACA--GA----------C---------TACAA---AAT---GA---CA----A-----AT-------------TTA--AAT-TAATTCATTCGA----------------AG---TGA-A------GCTCAG-GTGGGCTAA
gi|8 : cTT---TTA--T---ACTT--TTGCTG-ATTAT--CTA--CC-CTA-T---TAA-ATCGG----A--C--ATA-------ATCCAT------------T--TT---T-A-ACTAA--------CG-----T---G----------------A-------------A-CCC---------T--A-----T-TT--GTGT-CCA--G-TTT--TA-T-----TG-A-------------A----A-ATGG------CT-C-A-TT-GA--T---ACTAG-T---G--CA--A---AAGA--------GGA---A--AAT--------A-T---GAA---A------AAATACTAT-TGA--CA--GACA--AA----------AA--------GACGG---ACT---GA---CG----A-----AC----GGC-ATGA-AAA--GATTTAA--AA---AA---------A---A--AAC--TCA-
gi|14 : aATA-ATTA---CTT--CC-CTT-GGA---A-G---G----G--T--GTG-------AGACATTGC----A----C--TT---A-A-TCAA----------------T---G-------A-T--T-CAA-----TGATTTT-A-TCC-AAG-G-A-T-GA-----T-G---GTACTC----G-TTT--GG-TC----TC-A-------------A----T-ATGG------TC-T-A-AT-ATGGT---TCT-----------A--A---TTAT--------AAA---A--AGA--------G-T---GAA---A-------G------T-TTA--CA--GACA--AA----------CA--------GACAG---A
gi|18 : TA-ATTAT--C-C--CC-CTT-GGAATGG-A---A----G--C--ATGCATGAGCATTCAT--A----A----A--TT---A-AGACAAA--------CA-----CCAAA-------A-T--C-ATA-----T----TT-A-CCCTAAG-GTA-T-GC-----T-GT--GTGG-CAA--G-TTT--GG-T-----TA-A-------------A----T-TTGG------CCTT-A-GC-A
gi|10 : catttctA-ATTAT--TCC--CC-CTT-GGA---A-G---G----G--T--GTG-------AGACATTGC----A----C--TT---A-A-TCAA----------------T---G-------T-T--C---AATGATT----TT-A-TCC-AAG-G-A-T-GA-----T-G---GTACTCGT--GCTTT--GG-TCTCGATG-A---------------------TGG------TC-T-A-TG-AT--TGGTTCT-----------A--A---TTAT--------AAAC--A--AGT--------G-T---GAA---A------GG------T-TTA--CA--GACA--AA----------CA--------GA-------------G---CA----G-----AC----AAT-G-GA-TAA----------TCA---GA---------A---T--------TA-T------ATACAAAGCAAGCTAAAAA
gi|7 : -ATTAT--CTC--CT-CTTGTAA-GGAGA---G----G------TG-------AACTTT--C----A----T--CT---A-A-ACAAT--------TC-----T---GA------A-T--C-CCT-----T----TT-A-CCC-ATG-G-ATT-GAATCCCT-TT---TAC-C------CTT--GGAT-----TG-A-------------ATCCCT-TTTT------CC-C-ATGG-AT--T---CTTTG-T---GTCAA--ATTTGATT--------AAA---ATTAATGAGAAGTAG-T---CAA---A------AT------T-TAC--CACTGACA--GA------------------------A---ACA---GA---CA----A-----AC----AA-----A-CAA--AATGTGA-TAA---GA---------
gi|9 : T--CTT--CT-CTT-TGA-GG------G----G--A--ATT-------ATCATT--C----A----T--TT---A-A-ACAAA--------AT-----TC--A-------C-T--C-GCT-----T----TT-C-TGT-ACG-G-A-T-AA-----T-CA--ATTT-CAT--G-TTTC-AT-T-----TA-A-------------A----A---GG------ACAT-A-AT-AA--T---TATGG-A---G--AA--G---AA--------------------AT--------G-T---GAA-----------G------T-GAA--CA--GGCA--GA----------TG--------GAAAG---ACA---GAAGGTA----G-----A------ACAG-AA-CAGTTCATGTG----A---GA---------T---TTCAGC--TCA--------GCTCAG-GTGAACTAAAGAgaaattc
gi|20 : T-TTA-TGA-A---A----G--CA-C---------ATCCGT--CGTACA----T--TC---A-A-ACAAA--------C-------------------------CCA-----T----TT-G-CAT-AA----A-T-G---------C--ATA---------TTT--GG-T-----TG-A-------------A----A-TTGG-------------GC---------TCTTG-G---G--GA--A---AAGA--------CAA---A--ACT--------G-T---GAA---A------AG------
gi|24 : GA-G---G----G--CATCTG-------ATCATT--C----A----T--TT---G-A-AAAAAAAGTGAATTT-----TA--G-------A-T--T-CCA-----T----TT-G-CCT-AAG-G-A-T-GT-----T-TT--GAGT-CAA--G-TT---AGCT-----TG-A-------------A----T-TTAG------Tgt
gi|32 : CCTT--C----A----T--TTTTGG-A-ACAAAA-------CT-----T---GATGCGTTT-T--CGCCG-----T----TTTATCCC-AGG-A-A-T-GA-----T-TT--GTAC-CAG--G-TTt
gi|13 : T-A-CCC-ATG-G-A-T-AC-----T-TT--GTGC-CAA--G-TTT--GG-A-----TC-A-------------C----A-CTA--------C-C-A-GT-GT--T----CTAG-A---A--AG--A---AGAT--------GAA---A--AAA--------G-TT--GAA---A------AG------T-TTA--CA--GACA--GAGGTCAGCAGGTG--------GATGG---AC----GA---CA----AC----ACAAAGGAT-G-TA-TAA--CAGGTGA-TCA---GAAAAAACTCCA---C--AGCTTTCA--------GCTCAA-GTGAGCTAAAAA
gi|16 : -AGG-G-A-TTGA-----T-TT--GTAT-CAA--G-TTTG-AA-T-----TGTA-------------A----A-TTGG------T----A-AG-AT--TG--TCCTG-A-------A--G---AAGT--------AAA---A--AAA--------AAT---GAA---A------AG------T-TA-------GACA--GA----------CG--------GACGG---AC----GA---C------------C----GGT-T-GA----------TGA-TCA---GG---------A---T--AGC--TTA-
gi|23 : -CAA--A-TTT--AG-T-----TG-A-------------A----TCTTGC------TC-CGA-GCGAT--T-----TTG-A------AG--A---TGGT--------GACTGTA--AAT--------G-T---GAA---G------AG------T-TTA--TA-----A--TA----------TC--------AACGGACCACT---GA---CA----G-----Acggcaagcttcaatgata
gi|19 : gtgg-C-A-GC-AG--C---TCTTG-A---G--AA--G---AATTCAATTATTAAA---A--AAT--------A-TACTGAC---A------AA------T-GGA--CA--GACA--GG----------CA--------GGCGA---AGA---GA---CA----A-----AC----GAC-A-GA-CAA--AGGGTGA-TCA---GA---------A---A--ACC--TCA-aatttga
gi|25 : gact--T---TCTGG-A---G--AA--G---AAGT--------CGA---T--ACT--------G-T---GAA---A------AA------A-AAATACA--GACA--GA----------TG--------GACGA---ACA---GA---CATAGGG-----AC----TAC-G-GATCG------GTGA-CCA---GA---------A---A--AGC--TCc
gi|21 : --T---TCTGG-A---G--AA--------GT--------TCA---A--AAT--------G-T---GTG---A------AG------T-TTA--TA--GACA--AA----------CG--------GACAT---AC-----A---CA----GTACACAC----GCC-C-TA-CAA--CAAGTGA-TCA---GA---------A---A--AGC--TCA---------T-----GTGAGCTAAAA
gi|29 : g---A--AAT--------G-T---GAA---A------AG------T-TT-------TACA--GA----------TG--------GAC-------T---GA---T-----------------GCT-G-GA-CAA--AATGTGA-TCA---GAGCT------A---T--AA-----A-A------GCTCAA-GTGAGCTA
gi|34 : -T---GAA---A------AG-------------CA--TACA--TA----------CA--------GACAG---ACT---GA---CA----G-----AT----GAC-G-GA-CAA--CTGGTGA-ACA---GA---------A---A--AGC--TCA-
gi|26 : -T---GAA---A------AG------T-TTA--T---GACGCCGA----------CG---------ACA----AC----GA---CACC--G-----AC----AAC-G-GA-CAA--ATTTTGA-TTT---GA---------A---------------G------GCTCAA-GTGAGCTAAAAA
gi|30 : ---GAA---A------CG------T-TTA--CA--GACA--GA----------CG--------GACGG---ACA---GA---CA----A-----AC------T-G------------GCGA-TCA---GA---------A------A------A-A------GCTCAG-GTAAGCTAAtaa
gi|33 : --CA--GACA--GA----------CGACGAGCAGGACAG---ACA---GA---CAC---G-----AC----GAC-G-GA-CAA--AG-GTGA-CCA---GA---------A---T--AGC--TCA-ttcaatgat
gi|35 : ---GA---CA----G-----AC----CAC-A-GA-CAA--TTTTTGA-TCA---GA----------------AGC--TAC-G------GCTCAG-GTTAGCTAAAAA
gi|36 : GTGA-TCA---GA---------AAGTC--AAC--TCA-GCATTCAGCTCAG-GTGGGCTAAAAAatcag
gi|38 : acgg---GA---------A---T--AGC--TCACG------GTTCAG-GTGAGCTAAAAAct
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTACATATTTCCCAATTGATCTCCTTTGAACACGGTGTGGCCTCTATTGACAAACTTGAATTTTAAGGATCTTGTGTGCCAAATTAGATTGAAATTGCCAAGTGTTTGGAAACAGAAAATTATAAAAAG
Unaligned ( gi|27 ): CTGGAGAAGATGAAAATGTGAAAAATTCATGACAATAACAACAACTACGACTAATTTGGCTCAGGTGAGCTAAAA
Unaligned ( gi|28 ): TAGTGGTTCTGGAGAAGATGATGAAAATGTGAAACTTTTCCCGCAACGACAACGACGACATACAAATAAATGTT
Unaligned ( gi|31 ): AGAATTGAAAATGTGAAAATTTACGAGAGACAGACAAGGAACAATTTTGATCAGGTGAGTGAGCTAAAAACG
Unaligned ( gi|37 ): GACGACGGTTGATCAGGATAGCTTACGTAAGCTTCAATGATATGTGAAC
Alignments
lowQualScore : 1 1111 22222222222222 111111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111 111 222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111 44444444444444444444444444
lowQualScore : 1 0 0 8 4 33 1111 5 11111111111111 3 44 66666 2 66 33 2 1 333333333333333333 44444 4 666666 2 666 44444 2 222222222222222222222222222222222222222222222 4444 2 3 1 1 1 1 77777 1 1 3 22 1 22 3 1 22 3 55555555555555555555555555555555555555555555 1 7777777777777777777777777777777 444 22 1 444 5555555 222 444444 1 000 1 22 1 44 888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 1 3 6666666666666666 4444 2 333 11111111111111111111111111 2
lowQualScore : . . . . . .. .... . .............. . .. ..... . .. .. . . .................. ..... . ...... . ... ..... . ............................................. .... . . . . . . ..... . . . .. . .. . . .. . ............................................ . ............................... ... .. . ... ....... ... ...... . ... . .. . .. ................................................... .... . . ................ .... . ... .......................... .
lowQualScore : 0 7 8 0 0 55 0000 0 00000000000000 3 66 00000 5 55 22 4 8 555555555555555555 11111 0 666666 0 222 44444 0 555555555555555555555555555555555555555555555 5555 0 8 9 9 9 9 66666 9 9 6 55 8 66 8 9 66 8 44444444444444444444444444444444444444444444 7 0000000000000000000000000000000 666 33 5 111 0000000 888 666666 7 999 7 44 7 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111 0000 9 8 4444444444444444 2222 0 333 55555555555555555555555555 9
consensus : AGTGGTTCCCGAGAAGAAGA-TTTTT-AANNACCCA---NCCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TT-AATNATT-AT--CTC--CC-CTTNGA-NG-AA----G----GCGT--GATCC-TT-C----A-T---TT---G-A-ACAAA--------CT-----T---G-A---T---------CCCA-----T----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----NT-TT-GTGC-CAA--G-TTTG--G-T-T--G-A-------------A----A-T-TGG------TCC-A--G--CGGTTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------C----G--------GA---CG--GAC-GACA----G-----AC----GACG-GA-CA---AAA-------T-GTGA----T-CA---G--AA-AG----CT---CA-G------GCTC-AGGTGAGCTAAAAA
Reference ( family-3127 ) : AGTGGTTNCCGAGAAGAAGA-TTTTTNAANGACCCA---NCCC-TATTT---TTG--C---A-T-T--TT-AATNATT-AT--CTC--CC-CTTNGA-TG-AA----G----GCNT--GATCC-TT-C----A-T---TT---G-A-ACAAA--------CT-----T---G-N---T---------CCCA-----T----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----NT-TT-GTAC-CAA--G-TTTG--G-T-T--G-A-------------A----N-T-TGG------TCC-A--G--CGNTTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------C----G--------GA---CG--GAC-GACA----G-----AC----GACG-GA-CA---AAA-------T-GTGA----T-CA---G--AA-AG----CT---CA-G------GCTC-AGGTGAGCTAAAAA
gi|1 : CA---CCAC-TATTT---TTG--C---A-A-TGGTT-CGTGATT-ATAACTC--ACGCCTGGT-TG-AA----ACAGTGCCT----TCC-TT-C----A-TCT-TT---GTA-ACAAAT-------CT-----T---G-AGAGC---------CCCT-----C----TTA-CCCCAAG-A-A-T-G----ATGTT-GTAC-CAAAAG-TTTGAAG-T-T--G-A-------------C----A-TATGGCCGACCTCCTA--G--CGGTTC-TTGGA---G--TATGA---AGGTC-------GAA---A--AATG-T---GA-------AAACAA------G--T---A-ACAGCG-ACAG-GA----------C----A--------GACCTCG--GAC-ATCAC---G-----AA----GACA-GA-CA---
gi|10 : atggacacaaATT-AT--TCC--CC-CTTGGA----AG----G----GTGT--GAGACATTGC----A-C---TT---A-A-TCAA----------------T---G-T---T---------C--AATGATT----TTA-TCC-AAG-G-A-T-G----AT-G--GTACTCGT--GCTTTG--G-T-CTCG-A-------------T----G-A-TGG------TCT-AT-GATTGGTTC-T-----------A--A---TTAT--------AAAC--A--AGTG-T---GA-------A---AG------GT-T---T-ACA--G-ACA--AA----------C----A--------GA------------GCA----G-----AC----AATG-GA-------------------TAA----T-CA---G--AA--------T---TA-T------ATACAAAGCAAGCTAAAAAtgtacaggactgacggtgacaaaaaggcgatcatgaatctagacgcaatctttgagcctcccgtgtctcaggtgaactaaaaa
gi|11 : aT---TTT--C---A-T-T--G--AATCATT-TT--AAG--CC-CTTAGA-GT-AG----G----ATAC--GTTAC-AT-C------T---TC---A-G-ATAAG--------GT-----T---G-AA--C---------CCCA-----T----TTA-CAC-AAG-G-A-C-G----CT-TTTGAAC-CAA--G-TTAG--G-T-T--GAA-------------A----A-T-TGC------TCCAA--G--TGGTTC-TT----------A--A---AAG---------AAG---A--AATA-T---GA-------A---AA------TT-T---T-CCA--G--CA--GA----------A----G--------GA---CA--GA
gi|12 : agtagctattgagaaaaaaaaggAGAAGA-TTTTT---CGACACATTGTCCC-AATTT---CCC--C---C-T-T--TCAAAATATA-AT--TTT--CT-CTTGGA--G-AA----G----CCAT--GGTCC-TT-C----A-G---TT---G-A-ATAAG--------CT-----G---C-A---T---------CCCA-----T----TTA-CCA-AGG-G-A-T-T----TT-TT-GTGT-GAA--A-TTCA--A-T-T--G-A-------------A----A---TGG------CTC-A--G----------TG-A---A--AAT-A---GATT--------AGA---C--AATG-C---AA-------A---AA------AT-T---C-AC
gi|13 : attgtttattgTA-CCC-ATG-G-A-T-A----CT-TT-GTGC-CAA--G-TTTG--G-A-T--C-A-------------C----A-C-TA--------CC-A--G--TG-TTC-TAG-A---A--AG--A---AGAT--------GAA---A--AAAG-TT--GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GAGGTCAGCAGGT----G--------GA---TG--GAC-GACA----AC----ACAAAGGATG-TA-TA---ACA-------G-GTGA----T-CA---GAAAA-AA----CTCCACA-GCTTTCAGCTC-AAGTGAGCTAAAAA
gi|14 : ATAATT-A---CTT--CC-CTTGGA----AG----G----GTGT--GAGACATTGC----A-C---TT---A-A-TCAA----------------T---G-A---T---------TCAA-----TGATTTTA-TCC-AAG-G-A-T-G----A--TG-GTACTC----G-TTTG--G-TCT--C-A-------------A----T-A-TGG------TCT-AATA--TGGTTC-T-----------A--A---TTAT--------AAA---A--AGAG-T---G--------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--AA----------C----A--------GA---CA--GA
gi|15 : CCA-TATTTATCTTA--T---A-T-T--TT-AAT---T-AT--CTC--CC-CTTTGT-CG-AA----G----AAGT--A--------C----A-T---TT---G-A-A-------------T-----T----------------------A-----T----TTA-ATC-AAACG-A-T-G----CT-TT-ATGC-CGA--G-TTTG--G-T-T--A-ATAAATCTAGATTTA----T-T-TGG------TCG-A--C--TAATTT-CTG-ACGTG--AA--A---ATGT--------GAA---A--AAGG-T---AA-------
gi|16 : -AGG-G-A-TTG----AT-TT-GTAT-CAA--G-TTTG--AAT-T--GTA-------------A----A-T-TGG------T---A--A---GATTG-TCC-T---G--AA--G---AAGT--------AAA---A--AAAAAT---GA-------A---AA------GT-T-------A--G-ACA--GA----------C----G--------GA---CG--GAC-GAC------------C----GGTT-GA-------------------TGA----T-CA---G--GATAG----CT---TACG------GC
gi|17 : T---TTA--C---A-TAT--TT-CCCAATTGAT--CTC--C---TTTGA-AC-AC----G----GTGT--GG-CC-TC-T----A-T---T------G-ACAAA--------CT-----T---G-A----------------A-----T----TT----T-AAG-G-A-T-C----TT-GT-GTGC-CAA--A-TTAG--A-T-T--G-A-------------A----A-T-TG--------CCAA--G--TGTTT------G---G--AA--A---CAG----------AA---A--ATTA-T---AA-------A---AA------Gaagcttcaatgata
gi|18 : TAATT-AT--C-C--CC-CTTGGAATGGAA----GCAT-GCAT--GAGCA-TT-C----A-TAAATT---A-AGACAAA--------CA-----CCAAA-A---T---------CATA-----T----TTA-CCCTAAG-GTA-T-G----CT-GT-GTGG-CAA--G-TTTG--G-T-T--A-A-------------A----T-T-TGG------CC
gi|19 : catttctC-A--G--CAGCTC-TTG-A---G--AA--G---AATTCAATTATTAAA---A--AATA-TACTGA-------C---AA------AT-G---G-ACA--G-ACA--GG----------C----A--------GG---CGAAGA--GACA----A-----AC----GACA-GA-CA---AAG-------G-GTGA----T-CA---G--AA-AAC---CT---CA-ttagca
gi|2 : gactAGTGGTTCCTGAGATGA----TTTTTAAAAGACCCA---TCCCCTATTT---T-G--C---A-T-G--TT-CGTGACT-AT--CTC--CT-CTTTGA-TG-AA----G----GTCT--GACCT-TT-A----A-T---TT---G-A-ACAAG--------CT-----T---G-A-------------CTCA-----T-------------AG-G---T-C----AC-AT-GTAC-CAA--A-TTTG--G-T-T--G-A-------------A----T-T-T-G------TCC-A--G--TGATTC-TGG-A---A--AA--G---CAGT--------TGA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-TTTCT-ACA--G--C---GA----------C----A--------AA-------AAC-AAC-----G-----AC----AACG-GA-CA---AAT-------T-TTGA----------------------------------------TC-AGGTGAGCTAAAAAc
gi|20 : tcatgatctgaacaaacgtgaatctccattacatcaggaaactgtcatataagtattagcttttctggcctA-TG-AA----A----GCAC---ATCC-GT-CGTACA-T---TC---A-A-ACAAA--------C---------------------------CCA-----T----TTG-CAT-AA----A-T-G---------------CAT--A-TTTG--G-T-T--G-A-------------A----A-T-TGG-------------G--C---TC-TTG-G---G--GA--A---AAGA--------CAA---A--ACTG-T---GA-------A---AA------Gt
gi|21 : tttTTC-TGG-A---G--AA--------GT--------TCA---A--AATG-T---GT-------G---AA------GT-T---T-ATA--G-ACA--AA----------C----G--------GA---CA--TAC--ACA----GTACACAC----GCCC-TA-CA---ACA-------A-GTGA----T-CA---G--AA-------------A-A------GCTC-ATGTGAGCTAAAAgt
gi|22 : gTGATTCCCAAACAGAAGA-TATTT-AAGCACCCA---ACCC-TATTT---TCACTC---G-T-T--TT-AA--GTC-AT--CTC--CA-TTTGGA-AG-AA----G----ACTT--GACCT-TT-C----A-T---TC---G---GCAAA--------CT-----T---
gi|23 : -CAA--A-TTTA--G-T-T--G-A-------------A----TCT-TGC------TCCGA--G--CGATT--TTG-A------AG--A---TGGT--------GACTGTA--AATG-T---GA-------A---GA------GT-T---T-ATA--ATATC--AA----------C----G--------GA---CC--ACT-GACA----G-----A
gi|24 : gtggG-AG----G----GCATCTGATCA-TT-C----A-T---TT---G-A-AAAAAAAGTGAATTT-----TA--G-A---T---------TCCA-----T----TTG-CCT-AAG-G-A-T-G----TT-TT-GAGT-CAA--G-TTAG--C-T-T--G-A-------------A----T-T-TAG------Taatttga
gi|25 : TTC-TGG-A---G--AA--G---AAGT--------CGA---T--ACTG-T---GA-------A---AA------AA-AAA-T-ACA--G-ACA--GA----------T----G--------GA---CG--AACAGACATAGGG-----AC----TACG-GATCG---------------GTGA----C-CA---GA-AA-AG----CT---Ct
gi|26 : -T---GA-------A---AA------GT-T---T-AT---G-ACGCCGA----------C----G---------A---CA---AC-GACACC--G-----AC----AACG-GA-CA---AAT-------T-TTGA----T-TT---G--A--------------A-G------GCTC-AAGTGAGCTAAAAA
gi|28 : -A--G--TGGTTC-TGG-A---G--AA--G---ATGA--------TGA---A--AATG-T---GA-------A---AC------TT-T---T-CCC--G--CA---A----------C----------------------GAC-AAC-----G-----AC----GACA-TA-CAAATAAA-------T-GTtaa
gi|29 : t---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T------T-ACA--GA----------T----G--------GA---CT--GAT-G--------------C------TG-GA-CA---AAA-------T-GTGA----T-CA---G-----AG----CTATAAA-A------GCTC-AAGTGAGCTAt
gi|3 : AGTGGTTCTTGAGAAGAAGAATTTTTTAATGACACA---ACCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TT-AATAATT-AT--CTC--CC-CTTTGA-TG-AA----G----GCCT--GATCC-GT-C----A-T---TT---A-A-ACAAA--------CT-----T---G-T---T---------CCCA-----T----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----AT-TT-ATAC-CAA--G-TTTA--G-T-T--G-A-------------A----T-T-TGG------TCC-A--G--CATTTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---A-ACA--G-ACA--GA----------T----G--------GA---CG--GACTGACA----G-----AC----GACG-GA-CA---AAA-------T-GTGA----T-CA---G--AATAG----CT---CA-G------GTTC-AGGTGAGCTAAAAA
gi|30 : ---GA-------A---AC------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------C----G--------GA---CG--------------------------GACA-GA-CA---AAC-------TGGCGA----T-CA---G--AA-A-----------A-A------GCTC-AGGTAAGCTAA
gi|32 : CC-TT-C----A-T---TTTTGG-A-ACAAAA-------CT-----T---G-A---TGCGTTTTCGCCGT-----T----TTATCCC-AGG-A-A-T-G----AT-TT-GTAC-CAG--G-TTttcaatgat
gi|33 : CA--G-ACA--GA----------C----GACGAGCAGGA---CA--GACAGACAC---G-----AC----GACG-GA-CA---AAG---------GTGA----C-CA---G--AATAG----CT---CA-
gi|34 : -T---GA-------A---AA------GCATACAT-ACA--G-ACA--GA----------C------------------------T-GACA----G-----AT----GACG-GA-CA---ACT-------G-GTGA----A-CA---GA-AA-AG----CT---CA-
gi|35 : -GACA----G-----AC----CACA-GA-CA---ATT-------T-TTGA----T-CA---G--AA--G----CT---AC-G------GCTC-AGGTTAGCTAAAAA
gi|36 : -GTGA----T-CA---G--AA-AGTCAACT---CA-GCATTCAGCTC-AGGTGGGCTAAAAAatcag
gi|38 : acgg---G--AATAG----CT---CACG------GTTC-AGGTGAGCTAAAAAct
gi|4 : TTTTAAATTACCCA---GTCT-TATTT---TTG--GTGAG-T-T--TT-GTTTACT-AGAACTT--CC-CTTT---TG-AA----GA---GAAT--GTACC-TT--------T---TT---G-A-ATAAA---------TACAAAT---A-T---T---------C--------T----TCA-CCC-AAA-G-A-T-A----TC-TT-AAAC-CAC--T-TTTC--A-T-T--G-A-------------A----A-T-TGG------TGG-A--G--TATTTC-T-G-A---A--TA--A---GATT--------AAA---A-------T---GA-------------------GT-C---TGACT--G-ACA--GA----------A----A--------GA---CG--GAC----A----G-----AC----AATA-TA-CA---AAA-------G-ATGG----T-TA---G--AA-A--------------------GCTT-AGGTGAGCTAat
gi|5 : AAGA-TTTTTCAAATGCCCT---GTCC-TATTT-----------------------ATCATT--T--CTTAACC-CTTCAA-TG------------------GGTTC-TT-A----AAT---TT---G-A-ACAAC--------CT-----T---G-C---TTC-------CCCA-----T----GTA-GCC-AAA-G-A-T-A----CT-TT-ATAT-CAA--G-TTTG--G-T-T--G-A-------------A----A-T-TGG------CCT-G--G--TGGATC-T---A---G--AA--A---AA----------ACA---A--GATG-T---G
gi|6 : ttgtagtttgaacaaactggaatctacactaaataaggatgctctcctttttcttgtccagatccccacgttTT---TT---------T-C--TT-AATCATT-AT---TG--TC-CTTTGA-AC-AA----G----ACAT--GATCC-TT-C----A-T---T----G-G-ACAAA--------C-----------------------------A-----T----TCA-CCC-AAG-C-A-T-G----TT-CT-GTGC-CAT--G-TGCG--G-T-T--T-A-------------A----A-T-TAT------CCC-T--G--TGTTTC-CTG-A---C--AA--G---AAAT--------AAA---A--A-TG-T---GA-------A---AACATATAGT-C---T-ACA--T-ACA--GA----------C----T------------------AC-AA------A-----AT----GACA-AA-TTT--AAA-------T--TAA----TTCATTCG--AA-G------T---GA-A------GCTC-AGGTGGGCTAA
gi|7 : cATT-AT--CTC--CT-CTTGTA-AG-GA----G----AGGT--GAACT-TT-C----A-T---CT---A-A-ACAAT--------TC-----T---GAA---T---------CCCT-----T----TTA-CCC-ATG-G-ATT-GAATCCC-TT-TTAC-C------CTTG--GAT-T--G-A-------------ATCCCT-T-TTT------CCC-A--T--GGATTCTTTG-T---GTCAA--ATTTGATT--------AAA---ATTAATG-A---GAAGTAGTCA---AA------AT-T---T-AC------C----A----------C----T--------GA---CA--GA--AACA----G-----ACA---AACA-AA-CA---AAA-------T-GTGA----T-AA---G--AG-A
gi|8 : TT---TTA--T---ACT-T--TT-GCTGATT-AT--CTA--CC-CT---A-TT-AAATCGG----ACAT--AATCC-AT--------T---TT---T-A-ACTAA--------CG-----T---G-A---A---------CCC------------TA---------------------T-TT-GTGT-CCA--G-TTTT--A-T-T--G-A-------------A----A-A-TGG------CTC-A--T--TGATAC-TAG-T---G--CA--A---AAGA--------GGA---A--AATA-T---GA-------A---AA------AA-TAC-T-ATT--G-ACA--GA----------CAAAAA--------GA---CG--GACTGACG----A-----AC----GGCATGA-AA---AGA-------T-TTAA----A-AA---A--AA-AA----CT---CA-aattc
gi|9 : aT--CTT--CT-CTTTGA-GG-------G----GAAT--TATCA-TT-C----A-T---TT---A-A-ACAAA--------AT-----TC--A-C---T---------CGCT-----T----TTC-TGT-ACG-G-A-T-A----AT-CA-ATTT-CAT--G-TTTC--A-T-T--T-A-------------A----A-A-GGA------CAT-A--A--TAATTA-TGG-A---G--AA--G---AA--------------------ATG-T---GA-------A-----------GT-G---A-ACA--G-GCA--GA----------T----G--------GA--------AA-GACA----G-----AA----GGTA-GAACA---GAACAGTTCAT-GTGAGATTT-CA---G-----------CT---CA-G-------CTC-AGGTGAACTAAAGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGGAGAAGATGAAAATGTGAAAAATTCATGACAATAACAACAACTACGACTAATTTGGCTCAGGTGAGCTAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AGAATTGAAAATGTGAAAATTTACGAGAGACAGACAAGGAACAATTTTGATCAGGTGAGTGAGCTAAAAACG
Unaligned ( gi|37 ): GACGACGGTTGATCAGGATAGCTTACGTAAGCTTCAATGATATGTGAAC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222 1111111111111111111111111 444444444444444444444444444444444444 1111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111 44444444444444444444444444
lowQualScore : 0 0 99 999999 9999 5 22222222222222222222222222 2 444 33 33 2 2 1 0000000000000000000000000 4 666666 2 666 44444 2 555555555555555555555555555555555555 4444 2 3 1 1 1 1 88888888888 22 1 22 22 3 44444 3 1 5555555555555555555555555555555555555555 1 1 1111111111111111111111111111111 444 22 3 222 5555555 222 999999 1 99999 22 1 44 55555555555555555555555555555555555555555555555 6666 333 1 6666666666666666 4444 2 333 11111111111111111111111111 2
lowQualScore : . . .. ...... .... . .......................... . ... .. .. . . . ......................... . ...... . ... ..... . .................................... .... . . . . . . ........... .. . .. .. . ..... . . ........................................ . . ............................... ... .. . ... ....... ... ...... . ..... .. . .. ............................................... .... ... . ................ .... . ... .......................... .
lowQualScore : 7 8 22 555555 8888 0 44444444444444444444444444 5 111 22 22 4 4 0 8888888888888888888888888 0 666666 0 222 99999 0 111111111111111111111111111111111111 5555 0 8 9 9 9 9 55555555555 55 8 55 66 8 88888 8 9 7777777777777777777777777777777777777777 7 7 2222222222222222222222222222222 666 33 1 666 0000000 888 222222 7 55555 44 7 11 55555555555555555555555555555555555555555555555 0000 000 9 4444444444444444 2222 0 333 33333333333333333333333333 9
consensus : AGTGGTTCCCGAGAAGAAGA--TTTTT-AANN-ACCCAN---CCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TTAATN-ATT-A---T--CTC--CC-CT-TNGAA--GAAG---G---CGT--GA--T-CC-TT-C----A-T---TT---G-A-ACAAA--------CTT----G-A---T---------CCCAT----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----NT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TCC-A-G--T--GG-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--GAC-GACA----G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G--AA-AG----CT---CA-G------GCTC-AGGTGAGCTAAAAA
Reference ( family-3127 ) : AGTGGTTCCCGAGAAGAAGA--TTTTT-AANN-ACCCAN---CCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TTAATN-ATT-A---T--CTC--CC-CT-TNGAN--GAAG---G---CGT--GA--T-CC-TT-C----A-T---TT---G-A-ACAAA--------CTT----G-A---T---------CCCAT----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----NT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TCC-A-G--C--GG-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--GAC-GACA----G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G--AA-AG----CT---CA-G------GCTC-AGGTGAGCTAAAAA
gi|1 : CAC---CAC-TATTT---TTG--C---A-A-TGGTTCGTG-ATT-A---TAACTC--ACGCC-TGGTT--GAAA---C---AGT--GCCTT-CC-TT-C----A-TCT-TT---GTA-ACAAAT-------CTT----G-AGAGC---------CCCTC----TTA-CCCCAAG-A-A-T-G----ATG----TTGTA--C-CAAAAGTTTGAAG-T-----TG-A-C---A------------TATGGCCGACCTCCTA-G--C--GG-TTC-TTGGA---G--TATGA---AGGTC-------GAA---A--AATG-T---GA-------AAACAA------G--T---A-ACAGCG-ACAG-GA----------CA--------GACCTCG--GAC-ATCAC---G-----AA----GAC-A-GA-CA---
gi|10 : atggacacaa-ATT-A---T--TCC--CC-CT-TGGAA--G--G---G---TGT--GA--G-ACATTGC----A-C---TT---A-A-TCAAT--------GTTCAATG-A---T-------------T----TTA-TCC-AAG-G-A-T-G----ATGGTACTCGTG--C-------TTTG--G-TCTCGATG-A--------------------TGG------TCT-ATGATT--GG-TTC-T-----------A--A---TTAT--------AAAC--A--AGTG-T---GA-------A---AG------GT-T---T-ACA--G-ACA--AA----------CA--------GA------------GCA----G-----AC----AAT-G-GA-------------------TAA----T-CA---G--AA--------T---TA-T------ATACAAAGCAAGCTAAAAAtgtacaggactgacggtgacaaaaaggcgatcatgaatctagacgcaatctttgagcctcccgtgtctcaggtgaactaaaaa
gi|11 : aTT---TT---C---A-T-T--G-AATC-ATT-T---T--AAG--CC-CT-TAGA---GTAG---GATACGT--TA--CATC-TT-C----A------------G-ATAAG--------GTT----G-AA--C---------CCCAT----TTA-CAC-AAG-G-A-C-G----CT-----TT-TGAAC-CAA--GTTAG--G-T-----TGAA-A---A------------T-TGC------TCCAA-G--T--GG-TTC-TT----------A--A---AAG---------AAG---A--AATA-T---GA-------A---AA------TT-T---T-CCA--G--CA--GA----------AG--------GA---CA--GA
gi|12 : agtagctattgagaaaaaaaaggAGAAGA--TTTTT---CG-ACACATTGTCCC-AATTT---CCC--C---C-T-T--TCAAAATATA-A---T--TTT--CT-CT-TGGA---GAAG---C---CAT--GG--T-CC-TT-C----A-G---TT---G-A-ATAAG--------CTG----C-A---T---------CCCAT----TTA-CCA-AGG-G-A-T-T----TT-----TTGTG--T-GAA--ATTCA--A-T-----TG-A-A---A--------------TGG------CTC-A-G-------------TG-A---A--AAT-A---GATT--------AGA---C--AATG-C---AA-------A---AA------AT-T---C-AC
gi|13 : attgtttattgTA-CCC-ATG-G-A-T-A----CT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-A-----TC-A-C---A------------C-TA--------CC-A-G--T---G-TTC-TAG-A---A--AG--A---AGAT--------GAA---A--AAAGTT---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GAGGTCAGCAGGTG--------GA---TG--GAC-GACA----AC----ACAAAGGAT-G-TA-TA---AC-------AG-GTGA----T-CA---GAAAA-AA----CTCCACA-GCTTTCAGCTC-AAGTGAGCTAAAAA
gi|14 : ATA-ATT-A------CTT--CC-CT-TGGAA--G--G---G---TGT--GA--G-ACATTGC----A-C---TT---A-A-TCAA-----------T----G-A---T---------TCAATGATTTTA-TCC-AAG-G-A-T-G----AT-----G-GTA--CTC----GTTTG--G-T-----CT-C-A---A------------TATGG------TCT-A-A--TATGG-TTC-T-----------A--A---TTAT--------AAA---A--AGAG-T---GA-------A---A-------GT-T---T-ACA--G-ACA--AA----------CA--------GA---CA--GA
gi|15 : ---CCA-TATTTATCTTA--T---A-T-T--TTA----ATT-A---T--CTC--CC-CT-TTGTC--GAAG---A---AGT--A-----------C----A-T---TT---G-A-A-------------TT-----------------------AT----TTA-ATC-AAACG-A-T-G----CT-----TTATG--C-CGA--GTTTG--G-T-----TA-ATA---AATCTAGATTTATT-TGG------TCG-A-C--T--AA-TTT-CTG-ACGTG--AA--A---ATGT--------GAA---A--AAGG-T---AA-------
gi|16 : -AGG-G-A-TTG----AT-----TTGTA--T-CAA--GTTTG--AAT-----TGTA-A---A------------T-TGG------TAA-G-A--T--TG-TCC-T-------G--AA--G---AAGT--------AAA---A--AAAAAT---GA-------A---AA------GT-T-------A--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--GAC-GAC------------C----GGT-T-GA-------------------TGA----T-CA---G--GATAG----CT---TACG------GC
gi|17 : T---TTA--C---A-TAT--TTCCCA-ATTGA---T--CTC--C---T-TTGAA--CACG---G---TGT--GG----CC-TC-T----A-T---T------G-ACAAA--------CTT----G-A----------------AT----TT----T-AAG-G-A-T-C----TT-----GTGTG--C-CAA--ATTAG--A-T-----TG-A-A---A------------T-TG--------CC-A-------AG-TGT-TTG-----G--AA--A---CAG----------AA---A--ATTA-T---AA-------A---AA------Gaagcttcaatgata
gi|18 : TA-ATT-A---T--C-C--CC-CT-TGGAATGGAAGCATG---CAT--GA--G-CA-TT-C----A-TAAATT---A-AGACAAA--------CACCAA-A-A---T---------CATAT----TTA-CCCTAAG-GTA-T-G----CT-----GTGTG--G-CAA--GTTTG--G-T-----TA-A-A---T------------T-TGG------CC
gi|19 : catttctC-A-G--C--AG-CTC-TTG-A---G--AA--G---AATTCAATTATTAAA---A--AATA-TACTGA-------C---AA------AT-G---G-ACA--G-ACA--GG----------CA--------GG---CGAAGA--GACA----A-----AC----GAC-A-GA-CA---AA-------GG-GTGA----T-CA---G--AA-AAC---CT---CA-ttagca
gi|2 : gactAGTGGTTCCTGAGATGA-----TTTTT-AAAAGACCCAT---CCCCTATTT---T-G--C---A-T-G--TTCGTG-ACT-A---T--CTC--CT-CT-TTGAT--GAAG---G---TCT--GA--C-CT-TT-A----A-T---TT---G-A-ACAAG--------CTT----G-A-------------CTCAT-------------AG-G---T-C----AC-----ATGTA--C-CAA--ATTTG--G-T-----TG---A---A------------T-TTG------TCC-A-G--T--GA-TTC-TGG-A---A--AA--G---CAGT--------TGA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-TTTCT-ACA--G--C---GA----------CA--------AA-------AAC-AAC-----G-----AC----AAC-G-GA-CA---AA-------TT-TTGA----------------------------------------TC-AGGTGAGCTAAAAAc
gi|20 : tcatgatctgaacaaacgtgaatctccattacatcaggaaactgtcatataagtattagcttttctggcctAT--GAAA---G---CAC---A--T-CC-GT-CGTACA-T---TC---A-A-ACAAA--------C-----------------------CCAT----TTG-CAT-AA----A-T-G--------------------CAT--ATTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG-------------------G-CTC-TTG-G---G--GA--A---AAGA--------CAA---A--ACTG-T---GA-------A---AA------Gt
gi|21 : tttG-TTC-TGG-A---G--AA--------GT--------TCA---A--AATG-T---GT-------G---AA------GT-T---T-ATA--G-ACA--AA----------CG--------GA---CA--TAC--ACA----GTACACAC----GCC-C-TA-CA---AC-------AA-GTGA----T-CA---G--AA-------------A-A------GCTC-ATGTGAGCTAAAAgt
gi|22 : TGATTCCCAAACAGAAGA--TATTT-AAGC-ACCCAA---CCC-TATTT---TCACTC---G-T-T--TTAA---GTC-A---T--CTC--CA-TT-TGGAA--GAAG---A---CTT--GA--C-CT-TT-C----A-T---TC---G---GCAAA--------CTT----
gi|23 : GTG--G-CAA--ATTTA--G-T-----TG-A-AT--C------------T-TGC------TCCGA-G--C--GA-TT--TTG-A------AG--A---TGGT--------GACTGTA--AATG-T---GA-------A---GA------GT-T---T-ATA--ATATC--AA----------CG--------GA---CC--ACT-GACA----G-----A
gi|24 : --GAGG---G---CATCTGA--T-CA-TT-C----A-T---TT---G-A-AAAAAAAGTGAATTTTA---G-A---T---------TCCAT----TTG-CCT-AAG-G-A-T-G----TT-----TTGAG--T-CAA--GTTAG--C-T-----TG-A-A---T------------T-TAG------Taatttga
gi|25 : -TTC-TGG-A---G--AA--G---AAGT--------CGA---T--ACTG-T---GA-------A---AA------AA-AAA-T-ACA--G-ACA--GA----------TG--------GA---CG--AACAGACATAGGG-----AC----TAC-G-GATCG---------------GTGA----C-CA---GA-AA-AG----CT---Ct
gi|26 : -T---GA-------A---AA------GT-T---T-AT---G-ACGCCGA----------CG---------A---CA---AC-GACACC--G-----AC----AAC-G-GA-CA---AA-------TT-TTGA----T-TT---G--A--------------A-G------GCTC-AAGTGAGCTAAAAA
gi|28 : -A-G--T--GG-TTC-TGG-A---G--AA--G---ATGA--------TGA---A--AATG-T---GA-------A---AC------TT-T---T-CCC--G--CA---A----------C------------------GAC-AAC-----G-----AC----GAC-A-TA-CAAATAA-------AT-GTtaa
gi|29 : t---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T------T-ACA--GA----------TG--------GA---CT--GAT-G--------------C------T-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G-----AG----CTATAAA-A------GCTC-AAGTGAGCTAt
gi|3 : AGTGGTTCTTGAGAAGAAGAATTTTTT-AATG-ACACAA---CCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TTAATA-ATT-A---T--CTC--CC-CT-TTGAT--GAAG---G---CCT--GA--T-CC-GT-C----A-T---TT---A-A-ACAAA--------CTT----G-T---T---------CCCAT----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----AT-----TTATA--C-CAA--GTTTA--G-T-----TG-A-A---T------------T-TGG------TCC-A-G--C--AT-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---A-ACA--G-ACA--GA----------TG--------GA---CG--GACTGACA----G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G--AATAG----CT---CA-G------GTTC-AGGTGAGCTAAAAA
gi|30 : ---GA-------A---AC------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--------------------------GAC-A-GA-CA---AA-------CTGGCGA----T-CA---G--AA-A-----------A-A------GCTC-AGGTAAGCTAA
gi|32 : -CC-TT-C----A-T---TTTTGG-A-ACAAAA-------CTT----G-A---TGCGTTTTCGCCGTT----TTATCCC-AGG-A-A-T-G----AT-----TTGTA--C-CAG--GTTttcaatgat
gi|33 : CA--G-ACA--GA----------CGACGAGCAGGA---CA--GACAGACAC---G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------G--GTGA----C-CA---G--AATAG----CT---CA-
gi|34 : -T---GA-------A---AA------GCATACAT-ACA--G-ACA--GA----------C--------------------T-GACA----G-----AT----GAC-G-GA-CA---AC-------TG-GTGA----A-CA---GA-AA-AG----CT---CA-
gi|35 : -GACA----G-----AC----CAC-A-GA-CA---AT-------TT-TTGA----T-CA---G--AA--G----CT---AC-G------GCTC-AGGTTAGCTAAAAA
gi|36 : -GTGA----T-CA---G--AA-AGTCAACT---CA-GCATTCAGCTC-AGGTGGGCTAAAAAatcag
gi|38 : acgg---G--AATAG----CT---CACG------GTTC-AGGTGAGCTAAAAAct
gi|4 : --TTTTA-AATT-ACCCAG---TCT-TATTT---TTG--GTGAG-T-T--TTGTTT-ACT-AGAAC--TTC--CC-TT-TTGAA--GAGA---A---TGT--A-----CC-TT--------T---TT---G-A-ATAAA--------TAC----A-AATAT---------TC--T----TCA-CCC-AAA-G-A-T-A----TC-----TTAAA--C-CAC--TTTTC--A-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TGG-A-G--T--AT-TTC-T-G-A---A--TA--A---GATT--------AAA---A-------T---GA-------------------GT-C---TGACT--G-ACA--GA----------AA--------GA---CG--GAC----A----G-----AC----AAT-A-TA-CA---AA-------AG-ATGG----T-TA---G--AA-A--------------------GCTT-AGGTGAGCTAat
gi|5 : AAGA--TTTTTCAAAT-GCCCTG---TCC-TATTT----------------------ATC-ATT-----T--CTTAACC-CT-TCAAT--G---------------GG--T-TC-TT-A----AAT---TT---G-A-ACAAC--------CTT----G-C---TTC-------CCCAT----GTA-GCC-AAA-G-A-T-A----CT-----TTATA--T-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------CCT-G-G--T--GG-ATC-T---A---G--AA--A---AA----------ACA---A--GATG-T---G
gi|6 : ttgtagtttgaacaaactggaatctacactaaataaggatgctctcctttttcttgtccagatccccacgttTT---TT---------T-C--TTAATC-ATT-A---T---TG--TC-CT-TTGAA--CAAG---A---CAT--GA--T-CC-TT-C----A-T---T----G-G-ACAAA--------C-------------------------AT----TCA-CCC-AAG-C-A-T-G----TT-----CTGTG--C-CAT--GTGCG--G-T-----TT-A-A---A------------T-TAT------CCC-T-G--T--GT-TTC-CTG-A---C--AA--G---AAAT--------AAA---A--A-TG-T---GA-------A---AACATATAGT-C---T-ACA--T-ACA--GA----------CT------------------AC-AA------A-----AT----GAC-A-AA-TTT--AA-------AT--TAA----TTCATTCG--AA-G------T---GA-A------GCTC-AGGTGGGCTAA
gi|7 : c-ATT-A---T--CTC--CT-CT-TGTAA--GGAG---A---GGT--GA--A-CT-TT-C----A-T---CT---A-A-ACAAT--------TCT----GAA---T---------CCCTT----TTA-CCC-ATG-G-ATT-GAATCCC-----TTTTA--C-C-----CTTG--GAT-----TG-A-ATCCC------------T-TTT------TCC-C-A--T--GGATTCTTTG-T---GTCAA--ATTTGATT--------AAA---ATTAATG-A---GAAGTAGTCA---AA------AT-T---T-AC------C----A----------CT--------GA---CA--GA--AACA----G-----ACA---AAC-A-AA-CA---AA-------AT-GTGA----T-AA---G--AG-A
gi|8 : TT---TTA--T---ACT-T--TTGCTG-ATT-A---T--CTA--CC-CTATTAAA--TCGG---A---CAT--AA--T-CC-AT--------T---TT---T-A-ACTAA--------CGT----G-A---A---------CCC-------TA---------------------T-----TTGTG--T-CCA--GTTTT--A-T-----TG-A-A---A------------A-TGG------CTC-A-T--T--GA-TAC-TAG-T---G--CA--A---AAGA--------GGA---A--AATA-T---GA-------A---AAAATACTAT-T---G-ACA--G-ACA--AA----------AA--------GA---CG--GACTGACG----A-----AC----GGC-ATGA-AA---AG-------AT-TTAA----A-AA---A--AA-AA----CT---CA-aattc
gi|9 : a---T--CTT--CT-CT-TTGAG--G--G---G---AAT--TA--T-CA-TT-C----A-T---TT---A-A-ACAAA--------ATT----C-AC--T---------CGCTT----TTC-TGT-ACG-G-A-T-A----AT-----CAATT--T-CAT--GTTTC--A-T-----TT-A-A---A------------A-GGA------CAT-A-A--T--AA-TTA-TGG-A---G----------------------AAG---A--AATG-T---G------------AA------GT-G---A-ACA--G-GCA--GA----------TG--------GA--------AA-GACA----G-----AA----GGTAG-AA-CA---GAACAGTTCAT-GTGAGATTT-C----------AG----CT---CA--------GCTC-AGGTGAACTAAAGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGGAGAAGATGAAAATGTGAAAAATTCATGACAATAACAACAACTACGACTAATTTGGCTCAGGTGAGCTAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AGAATTGAAAATGTGAAAATTTACGAGAGACAGACAAGGAACAATTTTGATCAGGTGAGTGAGCTAAAAACG
Unaligned ( gi|37 ): GACGACGGTTGATCAGGATAGCTTACGTAAGCTTCAATGATATGTGAAC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222 1111111111111 444444444444444444444444444444444444 111111111111111111 2222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111 44444444444444444444444444
lowQualScore : 0 0 99 999999 9999 5 22222222222222222222222222 2 444 33 55 2 999 1 55555 3 0000000000000 4 4 666 44444 2 555555555555555555555555555555555555 4444 2 3 1 1 1 1 88888888888 22 1 22 22 3 44444 3 1 444444444444444444 88888888888 1 22 44444 1 1111111111111111111111111111111 444 22 3 222 5555555 222 999999 1 99999 22 1 44 55555555555555555555555555555555555555555555555 6666 333 1 6666666666666666 4444 2 333 11111111111111111111111111 2
lowQualScore : . . .. ...... .... . .......................... . ... .. .. . ... . ..... . ............. . . ... ..... . .................................... .... . . . . . . ........... .. . .. .. . ..... . . .................. ........... . .. ..... . ............................... ... .. . ... ....... ... ...... . ..... .. . .. ............................................... .... ... . ................ .... . ... .......................... .
lowQualScore : 7 8 22 555555 8888 0 44444444444444444444444444 5 111 22 66 4 777 0 55555 5 6666666666666 2 0 222 99999 0 111111111111111111111111111111111111 5555 0 8 9 9 9 9 55555555555 55 8 55 66 8 88888 8 9 666666666666666666 11111111111 9 66 66666 7 2222222222222222222222222222222 666 33 1 666 0000000 888 222222 7 55555 44 7 11 55555555555555555555555555555555555555555555555 0000 000 9 4444444444444444 2222 0 333 33333333333333333333333333 9
consensus : AGTGGTTCCCGAGAAGAAGA--TTTTT-AANN-ACCCAN---CCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TTAATN-ATT-A---T--CTC--C-CCT---TNGA--A--GAAG---GCGT--GAT-CC-TT-CAT---TT---G-A-ACAAA--------CTT----G-A---T---------CCCAT----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----NT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TCC-A-G--T--GG-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--GAC-GACA----G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G--AA-AG----CT---CA-G------GCTC-AGGTGAGCTAAAAA
Reference ( family-3127 ) : AGTGGTTCCCGAGAAGAAGA--TTTTT-AANN-ACCCAN---CCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TTAATN-ATT-A---T--CTC--C-CCT---TNGA--A--GAAG---GCGT--GAT-CC-TT-CAT---TT---G-A-ACAAA--------CTT----G-A---T---------CCCAT----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----NT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TCC-A-G--T--GG-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--GAC-GACA----G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G--AA-AG----CT---CA-G------GCTC-AGGTGAGCTAAAAA
gi|1 : CAC---CAC-TATTT---TTG--C---A-A-TGGTTCGTG-ATT-A---TAACTCA-CGCCTGG-TTGA--A--ACAGT--GCCT----T-CC-TT-CATCT-TT---GTA-ACAAAT-------CTT----G-AGAGC---------CCCTC----TTA-CCCCAAG-A-A-T-G----ATG----TTGTA--C-CAAAAGTTTGAAG-T-----TG-A-C---A------------TATGGCCGACCTCCTA-G--C--GG-TTC-TTGGA---G--TATGA---AGGTC-------GAA---A--AATG-T---GA-------AAACAA------G--T---A-ACAGCG-ACAG-GA----------CA--------GACCTCG--GAC-ATCAC---G-----AA----GAC-A-GA-CA---
gi|10 : atggacacaa-ATT-A---T--TCC--C-CCT---TGGA--A--G--G---GTGT--GAG-ACATTGCAC---TT---A-A-TCAAT--------GTTCAATG-A---T-------------T----TTA-TCC-AAG-G-A-T-G----ATGGTACTCGTG--C-------TTTG--G-TCTCGATG-A--------------------TGG------TCT-ATGATT--GG-TTC-T-----------A--A---TTAT--------AAAC--A--AGTG-T---GA-------A---AG------GT-T---T-ACA--G-ACA--AA----------CA--------GA------------GCA----G-----AC----AAT-G-GA-------------------TAA----T-CA---G--AA--------T---TA-T------ATACAAAGCAAGCTAAAAAtgtacaggactgacggtgacaaaaaggcgatcatgaatctagacgcaatctttgagcctcccgtgtctcaggtgaactaaaaa
gi|11 : aTT---TT---C---A-T-T--G-AATC-ATT-T---T--AAG--C-CCT---TAGAGTA--GGAT---ACGT--TACATC-TT-CA-----------G-ATAAG--------GTT----G-AA--C---------CCCAT----TTA-CAC-AAG-G-A-C-G----CT-----TT-TGAAC-CAA--GTTAG--G-T-----TGAA-A---A------------T-TGC------TCCAA-G--T--GG-TTC-TT----------A--A---AAG---------AAG---A--AATA-T---GA-------A---AA------TT-T---T-CCA--G--CA--GA----------AG--------GA---CA--GA
gi|12 : agtagctattgagaaaaaaaaggAGAAGA--TTTTT---CG-ACACATTGTCCC-AATTT---CCC--C---C-T-T--TCAAAATATA-A---T--TTT--C-TCT---TGGA-----GAAG---CCAT--GGT-CC-TT-CAG---TT---G-A-ATAAG--------CTG----C-A---T---------CCCAT----TTA-CCA-AGG-G-A-T-T----TT-----TTGTG--T-GAA--ATTCA--A-T-----TG-A-A---A--------------TGG------CTC-A-G-------------TG-A---A--AAT-A---GATT--------AGA---C--AATG-C---AA-------A---AA------AT-T---C-AC
gi|13 : attgtttattgTA-CCC-ATG-G-A-T-A----CT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-A-----TC-A-C---A------------C-TA--------CC-A-G--T---G-TTC-TAG-A---A--AG--A---AGAT--------GAA---A--AAAGTT---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GAGGTCAGCAGGTG--------GA---TG--GAC-GACA----AC----ACAAAGGAT-G-TA-TA---AC-------AG-GTGA----T-CA---GAAAA-AA----CTCCACA-GCTTTCAGCTC-AAGTGAGCTAAAAA
gi|14 : ATA-ATT-A------CTT--C-CCT---TGGA--A--G--G---GTGT--GAG-ACATTGCAC---TT---A-A-TCAA-----------T----G-A---T---------TCAATGATTTTA-TCC-AAG-G-A-T-G----AT-----G-GTA--CTC----GTTTG--G-T-----CT-C-A---A------------TATGG------TCT-A-A--TATGG-TTC-T-----------A--A---TTAT--------AAA---A--AGAG-T---GA-------A---A-------GT-T---T-ACA--G-ACA--AA----------CA--------GA---CA--GA
gi|15 : ---CCA-TATTTATCTTA--T---A-T-T--TTA----ATT-A---T--CTC--C-CCTTTGTCGA--A--GAAG----------------TA-CAT---TT---G-A-A-------------TT-----------------------AT----TTA-ATC-AAACG-A-T-G----CT-----TTATG--C-CGA--GTTTG--G-T-----TA-ATA---AATCTAGATTTATT-TGG------TCG-A-C--T--AA-TTT-CTG-ACGTG--AA--A---ATGT--------GAA---A--AAGG-T---AA-------
gi|16 : -AGG-G-A-TTG----AT-----TTGTA--T-CAA--GTTTG--AAT-----TGTA-A---A------------T-TGG------TAA-G-A--T--TG-TCC-T-------G--AA--G---AAGT--------AAA---A--AAAAAT---GA-------A---AA------GT-T-------A--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--GAC-GAC------------C----GGT-T-GA-------------------TGA----T-CA---G--GATAG----CT---TACG------GC
gi|17 : T---TTA--C---A-TAT--TTCCCA-ATTGA---T--CTC--C---T---TTGA--A--CACG---GTGT--GG--CC-TC-TAT---T------G-ACAAA--------CTT----G-A----------------AT----TT----T-AAG-G-A-T-C----TT-----GTGTG--C-CAA--ATTAG--A-T-----TG-A-A---A------------T-TG--------CCAA-G--T--G----T-TTG-----G--AA--A---CAG----------AA---A--ATTA-T---AA-------A---AA------Gaagcttcaatgata
gi|18 : TA-ATT-A---T--C-C--C-CCT---TGGA--ATGGAAGCATGCAT--GAG-CA-TT-CATAAATT---A-AGACAAA--------CACCAA-A-A---T---------CATAT----TTA-CCCTAAG-GTA-T-G----CT-----GTGTG--G-CAA--GTTTG--G-T-----TA-A-A---T------------T-TGG------CC
gi|19 : catttctC-A-G--C--AG-CTC-TTG-A---G--AA--G---AATTCAATTATTAAA---A--AATA-TACTGA-------C---AA------AT-G---G-ACA--G-ACA--GG----------CA--------GG---CGAAGA--GACA----A-----AC----GAC-A-GA-CA---AA-------GG-GTGA----T-CA---G--AA-AAC---CT---CA-ttagca
gi|2 : gactAGTGGTTCCTGAGATGA-----TTTTT-AAAAGACCCAT---CCCCTATTT---T-G--C---A-T-G--TTCGTG-ACT-A---T--CTC--C-TCT---TTGA--T--GAAG---GTCT--GAC-CT-TT-AAT---TT---G-A-ACAAG--------CTT----G-A-------------CTCAT-------------AG-G---T-C----AC-----ATGTA--C-CAA--ATTTG--G-T-----TG---A---A------------T-TTG------TCC-A-G--T--GA-TTC-TGG-A---A--AA--G---CAGT--------TGA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-TTTCT-ACA--G--C---GA----------CA--------AA-------AAC-AAC-----G-----AC----AAC-G-GA-CA---AA-------TT-TTGA----------------------------------------TC-AGGTGAGCTAAAAAc
gi|20 : tcatgatctgaacaaacgtgaatctccattacatcaggaaactgtcatataagtattagcttttctggcct-CAT---TC---A-A-ACAAA--------C-----------------------CCAT----TTG-CAT-AA----A-T-G--------------------CAT--ATTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG-------------------G-CTC-TTG-G---G--GA--A---AAGA--------CAA---A--ACTG-T---GA-------A---AA------Gt
gi|21 : tttatgaaagcacatccgtcgtaG-TTC-TGG-A---G--AA--------GT--------TCA---A--AATG-T---GT-------G---AA------GT-T---T-ATA--G-ACA--AA----------CG--------GA---CA--TAC--ACA----GTACACAC----GCC-C-TA-CA---AC-------AA-GTGA----T-CA---G--AA-------------A-A------GCTC-ATGTGAGCTAAAAgt
gi|22 : TGATTCCCAAACAGAAGA--TATTT-AAGC-ACCCAA---CCC-TATTT---TCACTC---G-T-T--TTAA---GTC-A---T--CTC--C-ATT---TGGA--A--GAAG---ACTT--GAC-CT-TT-CAT---TC---G---GCAAA--------CTT----
gi|23 : GTG--G-CAA--ATTTA--G-T-----TG-A-AT--C------------T-TGC------TCCGA-G--C--GA-TT--TTG-A------AG--A---TGGT--------GACTGTA--AATG-T---GA-------A---GA------GT-T---T-ATA--ATATC--AA----------CG--------GA---CC--ACT-GACA----G-----A
gi|24 : --GAGG---GCATCTGAT-CA-TT-CAT---TT---G-A-AAAAAAAGTGAATTTTA---G-A---T---------TCCAT----TTG-CCT-AAG-G-A-T-G----TT-----TTGAG--T-CAA--GTTAG--C-T-----TG-A-A---T------------T-TAG------Taatttga
gi|25 : -TTC-TGG-A---G--AA--G---AAGT--------CGA---T--ACTG-T---GA-------A---AA------AA-AAA-T-ACA--G-ACA--GA----------TG--------GA---CG--AACAGACATAGGG-----AC----TAC-G-GATCG---------------GTGA----C-CA---GA-AA-AG----CT---Ct
gi|26 : -T---GA-------A---AA------GT-T---T-AT---G-ACGCCGA----------CG---------A---CA---AC-GACACC--G-----AC----AAC-G-GA-CA---AA-------TT-TTGA----T-TT---G--A--------------A-G------GCTC-AAGTGAGCTAAAAA
gi|28 : -A-G--T--GG-TTC-TGG-A---G--AA--G---ATGA--------TGA---A--AATG-T---GA-------A---AC------TT-T---T-CCC--G--CA---A----------C------------------GAC-AAC-----G-----AC----GAC-A-TA-CAAATAA-------AT-GTtaa
gi|29 : t---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T------T-ACA--GA----------TG--------GA---CT--GAT-G--------------C------T-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G-----AG----CTATAAA-A------GCTC-AAGTGAGCTAt
gi|3 : AGTGGTTCTTGAGAAGAAGAATTTTTT-AATG-ACACAA---CCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TTAATA-ATT-A---T--CTC--C-CCT---TTGA--T--GAAG---GCCT--GAT-CC-GT-CAT---TT---A-A-ACAAA--------CTT----G-T---T---------CCCAT----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----AT-----TTATA--C-CAA--GTTTA--G-T-----TG-A-A---T------------T-TGG------TCC-A-G--C--AT-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---A-ACA--G-ACA--GA----------TG--------GA---CG--GACTGACA----G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G--AATAG----CT---CA-G------GTTC-AGGTGAGCTAAAAA
gi|30 : ---GA-------A---AC------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--------------------------GAC-A-GA-CA---AA-------CTGGCGA----T-CA---G--AA-A-----------A-A------GCTC-AGGTAAGCTAA
gi|32 : -CC-TT-CAT---TTTTGG-A-ACAAAA-------CTT----G-A---TGCGTTTTCGCCGTT----TTATCCC-AGG-A-A-T-G----AT-----TTGTA--C-CAG--GTTttcaatgat
gi|33 : CA--G-ACA--GA----------CGACGAGCAGGA---CA--GACAGACAC---G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------G--GTGA----C-CA---G--AATAG----CT---CA-
gi|34 : -T---GA-------A---AA------GCATACAT-ACA--G-ACA--GA----------C--------------------T-GACA----G-----AT----GAC-G-GA-CA---AC-------TG-GTGA----A-CA---GA-AA-AG----CT---CA-
gi|35 : -GACA----G-----AC----CAC-A-GA-CA---AT-------TT-TTGA----T-CA---G--AA--G----CT---AC-G------GCTC-AGGTTAGCTAAAAA
gi|36 : -GTGA----T-CA---G--AA-AGTCAACT---CA-GCATTCAGCTC-AGGTGGGCTAAAAAatcag
gi|38 : acgg---G--AATAG----CT---CACG------GTTC-AGGTGAGCTAAAAAct
gi|4 : --TTTTA-AATT-ACCCAG---TCT-TATTT---TTG--GTGAG-T-T--TTGTTT-ACT-AGAAC--TTC--C-CTT---TTGA--A--GAGA---ATGT--A---CC-TT---T---TT---G-A-ATAAA--------TAC----A-AATAT---------TC--T----TCA-CCC-AAA-G-A-T-A----TC-----TTAAA--C-CAC--TTTTC--A-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TGG-A-G--T--AT-TTC-T-G-A---A--TA--A---GATT--------AAA---A-------T---GA-------------------GT-C---TGACT--G-ACA--GA----------AA--------GA---CG--GAC----A----G-----AC----AAT-A-TA-CA---AA-------AG-ATGG----T-TA---G--AA-A--------------------GCTT-AGGTGAGCTAat
gi|5 : AAGA--TTTTTCAAAT-GCCCTG---TCC-TATTT----------------------ATC-ATT-----T--CTTAAC-CCT---TC--------AAT---GGGT----T-CT-TA-AAT---TT---G-A-ACAAC--------CTT----G-C---TTC-------CCCAT----GTA-GCC-AAA-G-A-T-A----CT-----TTATA--T-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------CCT-G-G--T--GG-ATC-T---A---G--AA--A---AA----------ACA---A--GATG-T---G
gi|6 : ttgtagtttgaacaaactggaatctacactaaataaggatgctctcctttttcttgtccagatccccacgttTT---TT---------T-C--TTAATC-ATT-A---T---TG--T-CCT---TTGA--A--CAAG---ACAT--GAT-CC-TT-CAT---T----G-G-ACAAA--------C-------------------------AT----TCA-CCC-AAG-C-A-T-G----TT-----CTGTG--C-CAT--GTGCG--G-T-----TT-A-A---A------------T-TAT------CCC-T-G--T--GT-TTC-CTG-A---C--AA--G---AAAT--------AAA---A--A-TG-T---GA-------A---AACATATAGT-C---T-ACA--T-ACA--GA----------CT------------------AC-AA------A-----AT----GAC-A-AA-TTT--AA-------AT--TAA----TTCATTCG--AA-G------T---GA-A------GCTC-AGGTGGGCTAA
gi|7 : c-ATT-A---T--CTC--C-TCT---TGTA--A--GGAG---AGGT--GAA-CT-TT-CAT---CT---A-A-ACAAT--------TCT----GAA---T---------CCCTT----TTA-CCC-ATG-G-ATT-GAATCCC-----TTTTA--C-C-----CTTG--GAT-----TG-A-ATCCC------------T-TTT------TCC-C-A--T--GGATTCTTTG-T---GTCAA--ATTTGATT--------AAA---ATTAATG-A---GAAGTAGTCA---AA------AT-T---T-AC------C----A----------CT--------GA---CA--GA--AACA----G-----ACA---AAC-A-AA-CA---AA-------AT-GTGA----T-AA---G--AG-A
gi|8 : TT---TTA--T---ACT-T--TTGCTG-ATT-A---T--CTA--C-CCTA--TTAA--A--TCGG---ACAT--AAT-CC-AT---T---TT---T-A-ACTAA--------CGT----G-A---A---------CCC-------TA---------------------T-----TTGTG--T-CCA--GTTTT--A-T-----TG-A-A---A------------A-TGG------CTC-A-T--T--GA-TAC-TAG-T---G--CA--A---AAGA--------GGA---A--AATA-T---GA-------A---AAAATACTAT-T---G-ACA--G-ACA--AA----------AA--------GA---CG--GACTGACG----A-----AC----GGC-ATGA-AA---AG-------AT-TTAA----A-AA---A--AA-AA----CT---CA-aattc
gi|9 : a---T--CTT--C-TCT---TTGA--G--G--G---GAAT--TAT-CA-TT-CAT---TT---A-A-ACAAA--------ATT----C-AC--T---------CGCTT----TTC-TGT-ACG-G-A-T-A----AT-----CAATT--T-CAT--GTTTC--A-T-----TT-A-A---A------------A-GGA------CAT-A-A--T--AA-TTA-TGG-A---G----------------------AAG---A--AATG-T---G------------AA------GT-G---A-ACA--G-GCA--GA----------TG--------GA--------AA-GACA----G-----AA----GGTAG-AA-CA---GAACAGTTCAT-GTGAGATTT-C----------AG----CT---CA--------GCTC-AGGTGAACTAAAGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGGAGAAGATGAAAATGTGAAAAATTCATGACAATAACAACAACTACGACTAATTTGGCTCAGGTGAGCTAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AGAATTGAAAATGTGAAAATTTACGAGAGACAGACAAGGAACAATTTTGATCAGGTGAGTGAGCTAAAAACG
Unaligned ( gi|37 ): GACGACGGTTGATCAGGATAGCTTACGTAAGCTTCAATGATATGTGAAC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222 1111111111111 444444444444444444444444444444444444 111111111111111111 2222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111 44444444444444444444444444
lowQualScore : 0 0 99 999999 9999 5 22222222222222222222222222 2 444 33 55 2 999 1 55555 3 0000000000000 4 4 666 44444 2 555555555555555555555555555555555555 4444 2 3 1 1 1 1 88888888888 22 1 22 22 3 44444 3 1 444444444444444444 88888888888 1 22 44444 1 1111111111111111111111111111111 444 22 3 222 5555555 222 999999 1 99999 22 1 44 55555555555555555555555555555555555555555555555 6666 333 1 6666666666666666 4444 2 333 11111111111111111111111111 2
lowQualScore : . . .. ...... .... . .......................... . ... .. .. . ... . ..... . ............. . . ... ..... . .................................... .... . . . . . . ........... .. . .. .. . ..... . . .................. ........... . .. ..... . ............................... ... .. . ... ....... ... ...... . ..... .. . .. ............................................... .... ... . ................ .... . ... .......................... .
lowQualScore : 7 8 22 555555 8888 0 44444444444444444444444444 5 111 22 66 4 777 0 55555 5 6666666666666 2 0 222 99999 0 111111111111111111111111111111111111 5555 0 8 9 9 9 9 55555555555 55 8 55 66 8 88888 8 9 666666666666666666 11111111111 9 66 66666 7 2222222222222222222222222222222 666 33 1 666 0000000 888 222222 7 55555 44 7 11 55555555555555555555555555555555555555555555555 0000 000 9 4444444444444444 2222 0 333 33333333333333333333333333 9
consensus : AGTGGTTCCCGAGAAGAAGA--TTTTT-AANN-ACCCAN---CCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TTAATN-ATT-A---T--CTC--C-CCT---TNGA--A--GAAG---GCGT--GAT-CC-TT-CAT---TT---G-A-ACAAA--------CTT----G-A---T---------CCCAT----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----NT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TCC-A-G--T--GG-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--GAC-GACA----G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G--AA-AG----CT---CA-G------GCTC-AGGTGAGCTAAAAA
Reference ( family-3127 ) : AGTGGTTCCCGAGAAGAAGA--TTTTT-AANN-ACCCAN---CCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TTAATN-ATT-A---T--CTC--C-CCT---TNGA--A--GAAG---GCGT--GAT-CC-TT-CAT---TT---G-A-ACAAA--------CTT----G-A---T---------CCCAT----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----NT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TCC-A-G--T--GG-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--GAC-GACA----G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G--AA-AG----CT---CA-G------GCTC-AGGTGAGCTAAAAA
gi|1 : CAC---CAC-TATTT---TTG--C---A-A-TGGTTCGTG-ATT-A---TAACTCA-CGCCTGG-TTGA--A--ACAGT--GCCT----T-CC-TT-CATCT-TT---GTA-ACAAAT-------CTT----G-AGAGC---------CCCTC----TTA-CCCCAAG-A-A-T-G----ATG----TTGTA--C-CAAAAGTTTGAAG-T-----TG-A-C---A------------TATGGCCGACCTCCTA-G--C--GG-TTC-TTGGA---G--TATGA---AGGTC-------GAA---A--AATG-T---GA-------AAACAA------G--T---A-ACAGCG-ACAG-GA----------CA--------GACCTCG--GAC-ATCAC---G-----AA----GAC-A-GA-CA---
gi|10 : atggacacaa-ATT-A---T--TCC--C-CCT---TGGA--A--G--G---GTGT--GAG-ACATTGCAC---TT---A-A-TCAAT--------GTTCAATG-A---T-------------T----TTA-TCC-AAG-G-A-T-G----ATGGTACTCGTG--C-------TTTG--G-TCTCGATG-A--------------------TGG------TCT-ATGATT--GG-TTC-T-----------A--A---TTAT--------AAAC--A--AGTG-T---GA-------A---AG------GT-T---T-ACA--G-ACA--AA----------CA--------GA------------GCA----G-----AC----AAT-G-GA-------------------TAA----T-CA---G--AA--------T---TA-T------ATACAAAGCAAGCTAAAAAtgtacaggactgacggtgacaaaaaggcgatcatgaatctagacgcaatctttgagcctcccgtgtctcaggtgaactaaaaa
gi|11 : aTT---TT---C---A-T-T--G-AATC-ATT-T---T--AAG--C-CCT---TAGAGTA--GGAT---ACGT--TACATC-TT-CA-----------G-ATAAG--------GTT----G-AA--C---------CCCAT----TTA-CAC-AAG-G-A-C-G----CT-----TT-TGAAC-CAA--GTTAG--G-T-----TGAA-A---A------------T-TGC------TCCAA-G--T--GG-TTC-TT----------A--A---AAG---------AAG---A--AATA-T---GA-------A---AA------TT-T---T-CCA--G--CA--GA----------AG--------GA---CA--GA
gi|12 : agtagctattgagaaaaaaaaggAGAAGA--TTTTT---CG-ACACATTGTCCC-AATTT---CCC--C---C-T-T--TCAAAATATA-A---T--TTT--C-TCT---TGGA-----GAAG---CCAT--GGT-CC-TT-CAG---TT---G-A-ATAAG--------CTG----C-A---T---------CCCAT----TTA-CCA-AGG-G-A-T-T----TT-----TTGTG--T-GAA--ATTCA--A-T-----TG-A-A---A--------------TGG------CTC-A-G-------------TG-A---A--AAT-A---GATT--------AGA---C--AATG-C---AA-------A---AA------AT-T---C-AC
gi|13 : attgtttattgTA-CCC-ATG-G-A-T-A----CT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-A-----TC-A-C---A------------C-TA--------CC-A-G--T---G-TTC-TAG-A---A--AG--A---AGAT--------GAA---A--AAAGTT---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GAGGTCAGCAGGTG--------GA---TG--GAC-GACA----AC----ACAAAGGAT-G-TA-TA---AC-------AG-GTGA----T-CA---GAAAA-AA----CTCCACA-GCTTTCAGCTC-AAGTGAGCTAAAAA
gi|14 : ATA-ATT-A------CTT--C-CCT---TGGA--A--G--G---GTGT--GAG-ACATTGCAC---TT---A-A-TCAA-----------T----G-A---T---------TCAATGATTTTA-TCC-AAG-G-A-T-G----AT-----G-GTA--CTC----GTTTG--G-T-----CT-C-A---A------------TATGG------TCT-A-A--TATGG-TTC-T-----------A--A---TTAT--------AAA---A--AGAG-T---GA-------A---A-------GT-T---T-ACA--G-ACA--AA----------CA--------GA---CA--GA
gi|15 : ---CCA-TATTTATCTTA--T---A-T-T--TTA----ATT-A---T--CTC--C-CCTTTGTCGA--A--GAAG----------------TA-CAT---TT---G-A-A-------------TT-----------------------AT----TTA-ATC-AAACG-A-T-G----CT-----TTATG--C-CGA--GTTTG--G-T-----TA-ATA---AATCTAGATTTATT-TGG------TCG-A-C--T--AA-TTT-CTG-ACGTG--AA--A---ATGT--------GAA---A--AAGG-T---AA-------
gi|16 : -AGG-G-A-TTG----AT-----TTGTA--T-CAA--GTTTG--AAT-----TGTA-A---A------------T-TGG------TAA-G-A--T--TG-TCC-T-------G--AA--G---AAGT--------AAA---A--AAAAAT---GA-------A---AA------GT-T-------A--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--GAC-GAC------------C----GGT-T-GA-------------------TGA----T-CA---G--GATAG----CT---TACG------GC
gi|17 : T---TTA--C---A-TAT--TTCCCA-ATTGA---T--CTC--C---T---TTGA--A--CACG---GTGT--GG--CC-TC-TAT---T------G-ACAAA--------CTT----G-A----------------AT----TT----T-AAG-G-A-T-C----TT-----GTGTG--C-CAA--ATTAG--A-T-----TG-A-A---A------------T-TG--------CCAA-G--T--G----T-TTG-----G--AA--A---CAG----------AA---A--ATTA-T---AA-------A---AA------Gaagcttcaatgata
gi|18 : TA-ATT-A---T--C-C--C-CCT---TGGA--ATGGAAGCATGCAT--GAG-CA-TT-CATAAATT---A-AGACAAA--------CACCAA-A-A---T---------CATAT----TTA-CCCTAAG-GTA-T-G----CT-----GTGTG--G-CAA--GTTTG--G-T-----TA-A-A---T------------T-TGG------CC
gi|19 : catttctC-A-G--C--AG-CTC-TTG-A---G--AA--G---AATTCAATTATTAAA---A--AATA-TACTGA-------C---AA------AT-G---G-ACA--G-ACA--GG----------CA--------GG---CGAAGA--GACA----A-----AC----GAC-A-GA-CA---AA-------GG-GTGA----T-CA---G--AA-AAC---CT---CA-ttagca
gi|2 : gactAGTGGTTCCTGAGATGA-----TTTTT-AAAAGACCCAT---CCCCTATTT---T-G--C---A-T-G--TTCGTG-ACT-A---T--CTC--C-TCT---TTGA--T--GAAG---GTCT--GAC-CT-TT-AAT---TT---G-A-ACAAG--------CTT----G-A-------------CTCAT-------------AG-G---T-C----AC-----ATGTA--C-CAA--ATTTG--G-T-----TG---A---A------------T-TTG------TCC-A-G--T--GA-TTC-TGG-A---A--AA--G---CAGT--------TGA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-TTTCT-ACA--G--C---GA----------CA--------AA-------AAC-AAC-----G-----AC----AAC-G-GA-CA---AA-------TT-TTGA----------------------------------------TC-AGGTGAGCTAAAAAc
gi|20 : tcatgatctgaacaaacgtgaatctccattacatcaggaaactgtcatataagtattagcttttctggcct-CAT---TC---A-A-ACAAA--------C-----------------------CCAT----TTG-CAT-AA----A-T-G--------------------CAT--ATTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG-------------------G-CTC-TTG-G---G--GA--A---AAGA--------CAA---A--ACTG-T---GA-------A---AA------Gt
gi|21 : tttatgaaagcacatccgtcgtaG-TTC-TGG-A---G--AA--------GT--------TCA---A--AATG-T---GT-------G---AA------GT-T---T-ATA--G-ACA--AA----------CG--------GA---CA--TAC--ACA----GTACACAC----GCC-C-TA-CA---AC-------AA-GTGA----T-CA---G--AA-------------A-A------GCTC-ATGTGAGCTAAAAgt
gi|22 : TGATTCCCAAACAGAAGA--TATTT-AAGC-ACCCAA---CCC-TATTT---TCACTC---G-T-T--TTAA---GTC-A---T--CTC--C-ATT---TGGA--A--GAAG---ACTT--GAC-CT-TT-CAT---TC---G---GCAAA--------CTT----
gi|23 : GTG--G-CAA--ATTTA--G-T-----TG-A-AT--C------------T-TGC------TCCGA-G--C--GA-TT--TTG-A------AG--A---TGGT--------GACTGTA--AATG-T---GA-------A---GA------GT-T---T-ATA--ATATC--AA----------CG--------GA---CC--ACT-GACA----G-----A
gi|24 : --GAGG---GCATCTGAT-CA-TT-CAT---TT---G-A-AAAAAAAGTGAATTTTA---G-A---T---------TCCAT----TTG-CCT-AAG-G-A-T-G----TT-----TTGAG--T-CAA--GTTAG--C-T-----TG-A-A---T------------T-TAG------Taatttga
gi|25 : -TTC-TGG-A---G--AA--G---AAGT--------CGA---T--ACTG-T---GA-------A---AA------AA-AAA-T-ACA--G-ACA--GA----------TG--------GA---CG--AACAGACATAGGG-----AC----TAC-G-GATCG---------------GTGA----C-CA---GA-AA-AG----CT---Ct
gi|26 : -T---GA-------A---AA------GT-T---T-AT---G-ACGCCGA----------CG---------A---CA---AC-GACACC--G-----AC----AAC-G-GA-CA---AA-------TT-TTGA----T-TT---G--A--------------A-G------GCTC-AAGTGAGCTAAAAA
gi|28 : -A-G--T--GG-TTC-TGG-A---G--AA--G---ATGA--------TGA---A--AATG-T---GA-------A---AC------TT-T---T-CCC--G--CA---A----------C------------------GAC-AAC-----G-----AC----GAC-A-TA-CAAATAA-------AT-GTtaa
gi|29 : t---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T------T-ACA--GA----------TG--------GA---CT--GAT-G--------------C------T-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G-----AG----CTATAAA-A------GCTC-AAGTGAGCTAt
gi|3 : AGTGGTTCTTGAGAAGAAGAATTTTTT-AATG-ACACAA---CCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TTAATA-ATT-A---T--CTC--C-CCT---TTGA--T--GAAG---GCCT--GAT-CC-GT-CAT---TT---A-A-ACAAA--------CTT----G-T---T---------CCCAT----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----AT-----TTATA--C-CAA--GTTTA--G-T-----TG-A-A---T------------T-TGG------TCC-A-G--C--AT-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---A-ACA--G-ACA--GA----------TG--------GA---CG--GACTGACA----G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G--AATAG----CT---CA-G------GTTC-AGGTGAGCTAAAAA
gi|30 : ---GA-------A---AC------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--------------------------GAC-A-GA-CA---AA-------CTGGCGA----T-CA---G--AA-A-----------A-A------GCTC-AGGTAAGCTAA
gi|32 : -CC-TT-CAT---TTTTGG-A-ACAAAA-------CTT----G-A---TGCGTTTTCGCCGTT----TTATCCC-AGG-A-A-T-G----AT-----TTGTA--C-CAG--GTTttcaatgat
gi|33 : CA--G-ACA--GA----------CGACGAGCAGGA---CA--GACAGACAC---G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------G--GTGA----C-CA---G--AATAG----CT---CA-
gi|34 : -T---GA-------A---AA------GCATACAT-ACA--G-ACA--GA----------C--------------------T-GACA----G-----AT----GAC-G-GA-CA---AC-------TG-GTGA----A-CA---GA-AA-AG----CT---CA-
gi|35 : -GACA----G-----AC----CAC-A-GA-CA---AT-------TT-TTGA----T-CA---G--AA--G----CT---AC-G------GCTC-AGGTTAGCTAAAAA
gi|36 : -GTGA----T-CA---G--AA-AGTCAACT---CA-GCATTCAGCTC-AGGTGGGCTAAAAAatcag
gi|38 : acgg---G--AATAG----CT---CACG------GTTC-AGGTGAGCTAAAAAct
gi|4 : --TTTTA-AATT-ACCCAG---TCT-TATTT---TTG--GTGAG-T-T--TTGTTT-ACT-AGAAC--TTC--C-CTT---TTGA--A--GAGA---ATGT--A---CC-TT---T---TT---G-A-ATAAA--------TAC----A-AATAT---------TC--T----TCA-CCC-AAA-G-A-T-A----TC-----TTAAA--C-CAC--TTTTC--A-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TGG-A-G--T--AT-TTC-T-G-A---A--TA--A---GATT--------AAA---A-------T---GA-------------------GT-C---TGACT--G-ACA--GA----------AA--------GA---CG--GAC----A----G-----AC----AAT-A-TA-CA---AA-------AG-ATGG----T-TA---G--AA-A--------------------GCTT-AGGTGAGCTAat
gi|5 : AAGA--TTTTTCAAAT-GCCCTG---TCC-TATTT----------------------ATC-ATT-----T--CTTAAC-CCT---TC--------AAT---GGGT----T-CT-TA-AAT---TT---G-A-ACAAC--------CTT----G-C---TTC-------CCCAT----GTA-GCC-AAA-G-A-T-A----CT-----TTATA--T-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------CCT-G-G--T--GG-ATC-T---A---G--AA--A---AA----------ACA---A--GATG-T---G
gi|6 : ttgtagtttgaacaaactggaatctacactaaataaggatgctctcctttttcttgtccagatccccacgttTT---TT---------T-C--TTAATC-ATT-A---T---TG--T-CCT---TTGA--A--CAAG---ACAT--GAT-CC-TT-CAT---T----G-G-ACAAA--------C-------------------------AT----TCA-CCC-AAG-C-A-T-G----TT-----CTGTG--C-CAT--GTGCG--G-T-----TT-A-A---A------------T-TAT------CCC-T-G--T--GT-TTC-CTG-A---C--AA--G---AAAT--------AAA---A--A-TG-T---GA-------A---AACATATAGT-C---T-ACA--T-ACA--GA----------CT------------------AC-AA------A-----AT----GAC-A-AA-TTT--AA-------AT--TAA----TTCATTCG--AA-G------T---GA-A------GCTC-AGGTGGGCTAA
gi|7 : c-ATT-A---T--CTC--C-TCT---TGTA--A--GGAG---AGGT--GAA-CT-TT-CAT---CT---A-A-ACAAT--------TCT----GAA---T---------CCCTT----TTA-CCC-ATG-G-ATT-GAATCCC-----TTTTA--C-C-----CTTG--GAT-----TG-A-ATCCC------------T-TTT------TCC-C-A--T--GGATTCTTTG-T---GTCAA--ATTTGATT--------AAA---ATTAATG-A---GAAGTAGTCA---AA------AT-T---T-AC------C----A----------CT--------GA---CA--GA--AACA----G-----ACA---AAC-A-AA-CA---AA-------AT-GTGA----T-AA---G--AG-A
gi|8 : TT---TTA--T---ACT-T--TTGCTG-ATT-A---T--CTA--C-CCTA--TTAA--A--TCGG---ACAT--AAT-CC-AT---T---TT---T-A-ACTAA--------CGT----G-A---A---------CCC-------TA---------------------T-----TTGTG--T-CCA--GTTTT--A-T-----TG-A-A---A------------A-TGG------CTC-A-T--T--GA-TAC-TAG-T---G--CA--A---AAGA--------GGA---A--AATA-T---GA-------A---AAAATACTAT-T---G-ACA--G-ACA--AA----------AA--------GA---CG--GACTGACG----A-----AC----GGC-ATGA-AA---AG-------AT-TTAA----A-AA---A--AA-AA----CT---CA-aattc
gi|9 : a---T--CTT--C-TCT---TTGA--G--G--G---GAAT--TAT-CA-TT-CAT---TT---A-A-ACAAA--------ATT----C-AC--T---------CGCTT----TTC-TGT-ACG-G-A-T-A----AT-----CAATT--T-CAT--GTTTC--A-T-----TT-A-A---A------------A-GGA------CAT-A-A--T--AA-TTA-TGG-A---G----------------------AAG---A--AATG-T---G------------AA------GT-G---A-ACA--G-GCA--GA----------TG--------GA--------AA-GACA----G-----AA----GGTAG-AA-CA---GAACAGTTCAT-GTGAGATTT-C----------AG----CT---CA--------GCTC-AGGTGAACTAAAGA
blockSeqs : AT AAAAG TTGT C TTGGTGAGTTTTGTTT G GAA . AA . TTG G GTA G CATGCATGAG A G AAA TTGG G AACTTGATGCGTTTTCGCCGT GATT T T C T T T ATGGTAC AA T . . A CTCGA A T AATCTAGATTTATT CTCCA T AT ATGG T TGAGAAGAATTCAATTATTA TGT TT T ACT AGTAGTC . CATATA A TTCT . T CC GGTCAGCAGGTGGATGGACGACAAC AAAG AT T GAACAGTTCATG GATT T TTC AAAAAACTCCACAGCTTTCA .
blockSeqs : . CAAAT T . CCCCCTTTCAAAAT . . . . . A A ATG A GCATCTGAT A G . A . AAAGTGAATTTTAGATTCCA . . . . . . . AATCCC . . . . A . T . TCCCT CTCCG . . GGA . TGTGTCAAATTTGATTA C . A . . . AATACT . ACAT . . . CGACGAGCAGGACAGACAGACACG A AG . AATAAATG . . . AAAGTCAACTCAGCATTCA .
blockSeqs : . AAGC A . TTACATATTTCCCA . . . . . . G A A ACGTTACA . . . G . ACACCAAAATCATA . . . . . . . CT . . . . . . . . ATA GTCT . . GG . TGACGTGAAAATGTG . . . . . . . . AAT . . . TGGACGAACAGACATAGGG . G . AACTGG . . . GATAGCTTACG .
blockSeqs : . AATG A . TTATACTTTTGCTG . . . . . . G A A GTGTGAG . . . A . CCTTGCTTCCCCA . . . . . . . TT . . . . . . . . TCT GCTC . . GG . TGAAAATAGATTA . . . . . . . . TG . . . CGGACATACACAGTACAC . G . ACAGG . . . AATAGCTCACG .
blockSeqs : . AATT G . ATCTTATATTTTA . . . . . . C A A CCATGGT . . . G . GGTTGAACCCCA . . . . . . . CT . . . . . . . . AT GTCT . . AA . AGAAAGAAGATG . . . . . . . . T . . . CAGGCGAAGAGACAA . T . AAGGG . . . AGCTATAAAA .
blockSeqs : G . TCACTCGTTTTAA . . . . . . T A A GTGTGAG . . . A . ATACAAATATTC . . . . . . . AT . . . . . . . . AC GTCG . . TG . GGAAAAGCAGTT . . . . . . . . T . . . TGGACGGACTGACAG . A . AATTT . . . AATAGCTCAG .
blockSeqs : . TTACATTTTAATA . . . . . . G T A GTCTGAC . . . G . TTCTGAATCCCT . . . . . . . CT . . . . . . . . AT GTAA . . AG . TGGGGAAAAGAC . . . . . . . . C . . . AAGACGGACTGACGA . G . ACAAG . . . AAGCTACG .
blockSeqs : TGCATGTTCGTG . . . . . . T A A ACTTGAC . . . A . AATTCACTCGCT . . . . . . . AT . . . . . . . . AT GTCC . . GA . GGAGAAGAAGTC . . . . . . . . T . . . CGGACCACTGACAG . C . AATTT . . . AAGTGAA .
blockSeqs : TTCATTGAATC . . . . . . G T A GCCTGAT . . . G . TGTTCAATGAT . . . . . . . TT . . . . . . . . TT GTCC . . GA . GGAGAAGATGAT . . . . . . . . T . . . CGACAACGACACCG . G . AAATG . . . AGCTCA .
blockSeqs : TTTCTTAATC . . . . . . T A A ACATGAT . . . G . GCTGCATCCCA . . . . . . . CT . . . . . . . . AT GTGG . . GG . TGAGAAAAAGTA . . . . . . . . G . . . CTGACAGAAACAG . G . AAATG . . . AAAAA .
blockSeqs : ATC . . . . . . T A A AGGTGAA . . . A . ACTTGTTCCCA . . . . . . . AC . . . . . . . . AT GCCT . . AT . TGACAAGAAATA . . . . . . . . T . . . CGGACGGACGAC . A . ACTGG . . . AAAA .
blockSeqs : . . . . . . C A A ACATAAT . . . G . GCTTGACTCA . . . . . . . TT . . . . . . . . TT TCCC . . AT . AGTGCAAAAGAG . . . . . . . . T . . . CAAAAACAACG . G . ATTTT . . . AAG .
blockSeqs : . . . . . . T A G GAATTAT . . . G . ACGTGAACCC . . . . . . . AT . . . . . . . . TT TTCC . . GG . TGAAGATGGTG . . . . . . . . T . . . AAGACGGACAG . G . AAAGA . . . AAA .
blockSeqs : . . . . . . G G C GTGTGG . . . G . TGATTCAA . . . . . . . AT . . . . . . . . AT GCTC . . GT . GAATAAGATTA . . . . . . . . T . . . TGGAAAGACAG . A . TAAAT . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . ATGTA . . . A . ACTTGAA . . . . . . . TC . . . . . . . . AT ACAT . . GA . GAAGAAGTA . . . . . . . . T . . . TGGACTGATG . G . AAATG . . .
blockSeqs : . . . . . T . . GGGTT . . . T . ACCCA . . . . . . . CT . . . . . . . . AT CCA . . AA . TGGAAACAG . . . . . . . . A . . . CAGAGCAG . G . AGATT . . .
blockSeqs : . . . . . A . TTA . . . . . . . TT . . . . . . . . AA CC . . G . GGAGAAGTT . . . . . . . . T . . . CGACAACG . A . AAGG . . .
blockSeqs : . . . . . ACA . . . . . . . AT . . . . . . . . AA G . . G . AGAAAAAA . . . . . . . . T . . . CTGACAG . A . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . G . AATTATA . . . . . . . . T . . . CTACAAA . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAAAAGA . . . . . . . . G . . . CGGACG . A . .
blockSeqs : . . . . AATTATA . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . GGAGA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AATN** TTACATTTTANTN************* ** ** *** GCGTGAT****** *** G**** ACTTGNTCCCA************************* NT********* ** ** AT**************** GTCC******* TGAGAAAAAGTA******************* *** ** ** CGGACGGACGACAG********************************* AAANG*********** AAAGCTAG******************
originalCons : AGTGGTTCCCGAGAAGAAGA--TTTTT-AANN-ACCCAN---CCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TTAATN-ATT-A---T--CTC--C-CCT---TNGA--A--GAAG---GCGT--GAT-CC-TT-CAT---TT---G-A-ACAAA--------CTT----G-A---T---------CCCAT----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----NT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TCC-A-G--T--GG-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GA----------CG--------GA---CG--GAC-GACA----G-----AC----GAC-G-GA-CA---AA-------AT-GTGA----T-CA---G--AA-AG----CT---CA-G------GCTC-AGGTGAGCTAAAAA
finalCons : AGTGGTTCCCGAGAAGAAGA--TTTTTAATN--ACCCAN---CCC-TATTTTTACATTTTANTN-------------ATT-A---T--CTC--C-CCT---TNGA--A--GAAGGCGTGAT------CC-TT-CAT---TTG----A-ACAAACTTGNTCCCA-------------------------T----TTA-CCC-AAG-G-A-T-GNT---------TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-AAT----------------TGGTCC-------A-G--T--GG-TTC-TTGAGAAAAAGTA-------------------AA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-T---T-ACA--G-ACA--GACGGACGGACGACAG---------------------------------AC----GAC-G-GA-CAAAANG-----------TGA----T-CA---GAAAGCTAG------------------GCTC-AGGTGAGCTAAAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGGAGAAGATGAAAATGTGAAAAATTCATGACAATAACAACAACTACGACTAATTTGGCTCAGGTGAGCTAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AGAATTGAAAATGTGAAAATTTACGAGAGACAGACAAGGAACAATTTTGATCAGGTGAGTGAGCTAAAAACG
Unaligned ( gi|37 ): GACGACGGTTGATCAGGATAGCTTACGTAAGCTTCAATGATATGTGAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111 111111111 111 1111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111111111 2222222222222222222222222222222 11111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555555555555555555555555
lowQualScore : 0 0 99 2222222 1111 5 666 444444444 3 44 666 2 2 2 444 33 666 2 999 1 33 33 3 0000000000000 4 4 666 44444 2 2 000000000000000000000000000000000000000000000 4444 2 3 1 1 1 1 88888888888 22 1 22 22 3 44444 3 1 444444444444444444 88888888888 1 22 44444 1 1111111111111111111111111111111 444 22 1 444 5555555 222 999999 11111111111 1 1 22 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333 4 11111111111111111111111111 2
lowQualScore : . . .. ....... .... . ... ......... . .. ... . . . ... .. ... . ... . .. .. . ............. . . ... ..... . . ............................................. .... . . . . . . ........... .. . .. .. . ..... . . .................. ........... . .. ..... . ............................... ... .. . ... ....... ... ...... ........... . . .. ................................................................................... ... . .......................... .
lowQualScore : 7 8 22 8888888 0000 0 444 000000000 1 22 555 0 5 5 111 22 555 4 777 0 22 11 5 6666666666666 2 0 222 99999 0 0 555555555555555555555555555555555555555555555 5555 0 8 9 9 9 9 55555555555 55 8 55 66 8 88888 8 9 666666666666666666 11111111111 9 66 55555 7 2222222222222222222222222222222 666 33 5 111 0000000 888 222222 77777777777 7 7 44 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555 0 99999999999999999999999999 7
consensus : AGTGGTTCCCGAGAAGAAGA--TTTTT--AACG-ACCCA---NCCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TT-ANTNA-TT-A---T--CTC---C-CCT---TNGA--A--GAAG---GCGT--GAT-CC-TT-CAT---TT---G-A-AC-AAA--------CT-----T---G-A---T---------CCCA-----T----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----NT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TCC-A-G--T--GG-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-----T---T-ACA-G-ACA--GA----------CG--------GACG----GAC-GACA----G-----AC------------GAC-G--GA-C----AAA--A-GGTGATCA---G-AA-----AG----CT----A-G------GCTC-AGGTGAGCTAAAAA
Reference ( family-3127 ) : AGTGGTTCCCGAGAAGAAGA--TTTTT--AATN-ACCCA---NCCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TT-ANTNA-TT-A---T--CTC---C-CCT---TNGA--A--GAAG---GCGT--GAT-CC-TT-CAT---TT---G-A-AC-AAA--------CT-----T---G-N---T---------CCCA-----T----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----NT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TCC-A-G--T--GG-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-----T---T-ACA-G-ACA--GA----------CG--------GACG----GAC-GACA----G-----AC------------GAC-G--GA-C----AAA--A-NGTGATCA---G-AA-----AG----CT----A-G------GCTC-AGGTGAGCTAAAAA
gi|1 : CA---CCAC-TATTT---TTG--C---A-A-TGGTT-CGTGA-TT-A---TAACTCA--CGCCTGG-TTGA--A--ACAGT--GCCT----T-CC-TT-CATCT-TT---GTA-AC-AAAT-------CT-----T---G-AGAGC---------CCCT-----C----TTA-CCCCAAG-A-A-T-G----ATG----TTGTA--C-CAAAAGTTTGAAG-T-----TG-A-C---A------------TATGGCCGACCTCCTA-G--C--GG-TTC-TTGGA---G--TATGA---AGGTC-------GAA---A--AATG-T---GA-------AAACAA------GTAACAGC---G-ACAGG-ACA--GACCT-------CG--------GACATCACGAA-GACA----G-----ACATGTACAGGACTGAC-GGTGA-CA---AAA--A-GGCGATCA---T-GA-----AT----CT----A-G------ACGC-
gi|10 : atggacacaaA-TT-A---T--TCC---C-CCT---TGGA--A--G--G---GTGT--GAG-ACATTGCAC---TT---A-A-TC-AA----------------T---G-T---T---------C--AATGATT----TTA-TCC-AAG-G-A-T-G----ATGGTACTCGTG--C-------TTTG--G-TCTCGATG-A--------------------TGG------TCT-ATGATT--GG-TTC-T-----------A--A---TTAT--------AAAC--A--AGTG-T---GA-------A---AG------GT-----T---T-ACA-G-ACA--AA----------CA--------GA-----------GCA----G-----AC------------AAT-G--GA---------------TAATCA---G-AA-----------TT----A-T------ATACAAAGCAAGCTAAAAAatctttgagcctcccgtgtctcaggtgaactaaaaa
gi|11 : a-T-T--TC-ATTGAATC-A---T--TTTAAGC-CCT---TAGAGTA--GGAT---ACGT--TACATC-TT-CA-----------G-AT-AAG--------GT-----T---G-AA--C---------CCCA-----T----TTA-CAC-AAG-G-A-C-G----CT-----TT-TGAAC-CAA--GTTAG--G-T-----TGAA-A---A------------T-TGC------TCCAA-G--T--GG-TTC-TT----------A--A---AAG---------AAG---A--AATA-T---GA-------A---AA------TT-----T---T-CCA-G--CA--GA----------AG--------GACA----GA
gi|12 : agtagctattgagaaaaaaaaggtAGAAGA--TTTTT----CG-ACACATTGTCCC-AATTT---CCC--C---C-T-T--TCAAAATA-TA-A---T--TTT---C-TCT---TGG---A--GAAG---CCAT--GGT-CC-TT-CAG---TT---G-A-AT-AAG--------CT-----G---C-A---T---------CCCA-----T----TTA-CCA-AGG-G-A-T-T----TT-----TTGTG--T-GAA--ATTCA--A-T-----TG-A-A---A--------------TGG------CTC-A-G-------------TG-A---A--AAT-A---GATT--------AGA---C--AATG-C---AA-------A---AA------AT-----T---C-AC
gi|13 : attgtttattgTA-CCC-ATG-G-A-T-A----CT-----TTGTG--C-CAA--GTTTG--G-A-----TC-A-C---A------------C-TA--------CC-A-G--T--G--TTC-TAG-A---A--AG--A---AGAT--------GAA---A--AAAG-TT--GA-------A---AA------GT-----T---T-ACA-G-ACA--GAGGTCAGCAGGTG--------GATG----GAC-GACA----AC----AC------------AAA-G--GA-TGTATAAC--A-GGTGATCA---G-AA-----AAAA--CTCCACA-GCTTTCAGCTC-AAGTGAGCTAAAAA
gi|14 : TAA-TT-A------CTT---C-CCT---TGGA--A--G--G---GTGT--GAG-ACATTGCAC---TT---A-A-TC-AA----------------T---G-A---T---------TCAA-----TGATTTTA-TCC-AAG-G-A-T-G----AT-----G-GTA--CTC----GTTTG--G-T-----CT-C-A---A------------TATGG------TCT-A-A--TATGG-TTC-T-----------A--A---TTAT--------AAA---A--AGAG-T---GA-------A---A-------GT-----T---T-ACA-G-ACA--AA----------CA--------GACA----GA
gi|15 : aCCA-TATTTATCTTA--T---A-T-T--TT-A---A-TT-A---T--CTC---C-CCTTTGTCGA--A--GAAG----------------TA-CAT---TT---G-A-A--------------T-----T----------------------A-----T----TTA-ATC-AAACG-A-T-G----CT-----TTATG--C-CGA--GTTTG--G-T-----TA-ATA---AATCTAGATTTATT-TGG------TCG-A-C--T--AA-TTT-CTG-ACGTG--AA--A---ATGT--------GAA---A--AAGG-T---AA-------
gi|16 : -AGG-G-A-TTG----AT-----TTGTA--T-CAA--GTTTG--AAT-----TGTA-A---A------------T-TGG------TAA-G-A--T--TG-TCC-T-------G--AA--G---AAGT--------AAA---A--AAAAAT---GA-------A---AA------GT-----T-------A-G-ACA--GA----------CG--------GACG----GAC-GAC------------C------------GGT-T--GA---------------TGATCA---G-GAT----AG----CT----
gi|17 : T---TTA--C---A-TAT--TT-CCCAA-TTGA---T--CTC---C---T---TTGA--A--CACG---GTGT--GG--CC-TC-TAT---T------G-AC-AAA--------CT-----T---G-A----------------A-----T----TT----T-AAG-G-A-T-C----TT-----GTGTG--C-CAA--ATTAG--A-T-----TG-A-A---A------------T-TG--------CCAA-G--T--G----T-TTG-----G--AA--A---CAG----------AA---A--ATTA-T---AA-------A---AA------Gtacggcaagcttcaatgata
gi|18 : --C---A-T-T--TC--TTAA-TT-A---T--C-C---C-CCT---TGGA--ATGGAAGCATGCAT--GAG-CA-TT-CATAAATT---A-AGAC-AAA--------CA-----CCAAA-A---T---------CATA-----T----TTA-CCCTAAG-GTA-T-G----CT-----GTGTG--G-CAA--GTTTG--G-T-----TA-A-A---T------------T-TGG------CC
gi|19 : C-A-G--C--AG-CTC-TTG-A---G--AA--G---AATTCAATTATTAAA---A--AATA-TACTGA-------C---AA------AT-----G---G-ACA-G-ACA--GG----------CA--------GGCGAA--GA--GACA----A-----AC------------GAC-A--GA-C----AAA--G-GGTGATCA---G-AA-----AA----Cttagca
gi|2 : gactAGTGGTTCCTGAGATGA-----TTTTT--AAAAGACCCA---TCCCCTATTT---T-G--C---A-T-G--TT-CGTGA-CT-A---T--CTC---C-TCT---TTGA--T--GAAG---GTCT--GAC-CT-TT-AAT---TT---G-A-AC-AAG--------CT-----T---G-A-------------CTCA-----T-------------AG-G---T-C----AC-----ATGTA--C-CAA--ATTTG--G-T-----TG---A---A------------T-TTG------TCC-A-G--T--GA-TTC-TGG-A---A--AA--G---CAGT--------TGA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-----TTTCT-ACA-G--C---GA----------CA--------AA------AAC-AAC-----G-----AC------------AAC-G--GA-C----AAA--T-TTTGA--------------------------------------TC-AGGTGAGCTAAAAActcac
gi|20 : tcatgatctgaacaaacgtgaatctccattacatcaggaaactgtcatataagtattagcttttctggcct-CAT---TC---A-A-AC-AAA--------C---------------------------CCA-----T----TTG-CAT-AA----A-T-G--------------------CAT--ATTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG-------------------G-CTC-TTG-G---G--GA--A---AAGA--------CAA---A--ACTG-T---GA-------A---AA------Gt
gi|21 : tttatgaaagcacatccgtcgtaG-TTC-TGG-A---G--AA--------GT--------TCA---A--AATG-T---GT-------G---AA------GT-----T---T-ATA-G-ACA--AA----------CG--------GACA----TAC--ACA----GTACACAC------------GCC-C--TA-C----AAC--A-AGTGATCA---G-AA-----AA-------------------GCTC-ATGTGAGCTAAAAgt
gi|22 : TGATTCCCAAACAGAAGA--TATTT--AAGC-ACCCA---ACCC-TATTT---TCACTC---G-T-T--TT-A--AG-TC-A---T--CTC---C-ATT---TGGA--A--GAAG---ACTT--GAC-CT-TT-CAT---TC---G---GC-AAA--------CT-----T---
gi|23 : GTG--G-CAA--ATTTA--G-T-----TG-A-AT--C------------T-TGC------TCCGA-G--C--GA-TT--TTG-A------AG--A---TGGT--------GACTGTA--AATG-T---GA-------A---GA------GT-----T---T-ATA-ATATC--AA----------CG--------GACC----ACT-GACA----G-----A
gi|24 : --GAGG---GCATCTGAT-CA-TT-CAT---TT---G-A-AA-AAAAAGTGAATTT-----TA--G-A---T---------TCCA-----T----TTG-CCT-AAG-G-A-T-G----TT-----TTGAG--T-CAA--GTTAG--C-T-----TG-A-A---T------------T-TAG------Taatttga
gi|25 : -TTC-TGG-A---G--AA--G---AAGT--------CGA---T--ACTG-T---GA-------A---AA------AA-----AAA-T-ACA-G-ACA--GA----------TG--------GACG----AACAGACATAGGG-----AC------------TAC-G--GATC-----------GGTGACCA---GAAA-----AG----CT----t
gi|26 : -T---GA-------A---AA------GT-----T---T-AT--G-ACGCCGA----------CG---------ACA-----AC-GACACC--G-----AC------------AAC-G--GA-C----AAA--T-TTTGATTT---G-AA-------------------G------GCTC-AAGTGAGCTAAAAAc
gi|28 : -A-G--T--GG-TTC-TGG-A---G--AA--G---ATGA--------TGA---A--AATG-T---GA-------A---AC------TT-----T---T-CCC-G--CA---A----------C-----------------GAC-AAC-----G-----AC------------GAC-A--TA-C----AAA--taa
gi|29 : t---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-----T---T-----T-ACA--GA----------TG--------GACT----GAT-G--------------C--------------T-G--GA-C----AAA--A-TGTGATCA---G--------AG----CTATAAA-A------GCTC-AAGTGAGCTAtaaatgtt
gi|3 : AGTGGTTCTTGAGAAGAAGAATTTTTT--AATG-ACACA---ACCC-TATTT---TTA--C---A-T-T--TT-AATAA-TT-A---T--CTC---C-CCT---TTGA--T--GAAG---GCCT--GAT-CC-GT-CAT---TT---A-A-AC-AAA--------CT-----T---G-T---T---------CCCA-----T----TTA-CCC-AAG-G-A-T-G----AT-----TTATA--C-CAA--GTTTA--G-T-----TG-A-A---T------------T-TGG------TCC-A-G--C--AT-TTC-TTG-A---G--AA--A---AAGT--------AAA---A--AATG-T---GA-------A---AA------GT-----T---A-ACA-G-ACA--GA----------TG--------GACG----GACTGACA----G-----AC------------GAC-G--GA-C----AAA--A-TGTGATCA---G-AAT----AG----CTC---A-G------GTTC-AGGTGAGCTAAAAA
gi|30 : ---GA-------A---AC------GT-----T---T-ACA-G-ACA--GA----------CG--------GACG----GACAGACA----A-----AC------------T---------------------GGCGATCA---G-AA-----A-----------A-A------GCTC-AGGTAAGCTAA
gi|32 : -CC-TT-CAT---TTTTGG-A-ACAAAA--------CT-----T---G-A---TGCGTTTTCGCCGT-----T----TTATCCC-AGG-A-A-T-G----AT-----TTGTA--C-CAG--GTTttcaatgat
gi|33 : CA-G-ACA--GA----------CGACGAGCAGGACA----GACAGACAC---G-----AC------------GAC-G--GA-C-----AA--A-GGTGACCA---G-AAT----AG----CT----
gi|34 : -T---GA-------A---AA------GCA----TACAT-ACA-G-ACA--GA----------C-------------------T-GACA----G-----AT------------GAC-G--GA-C----AAC--T-GGTGAACA---GAAA-----AG----CT----ca
gi|35 : -GACA----G-----AC------------CAC-A--GA-C----AAT--T-TTTGATCA---G--A-----AG----CT----ACG------GCTC-AGGTTAGCTAAAAAca
gi|36 : GTGATCA---G-AA-----AGTCAACTC---A-GCATTCAGCTC-AGGTGGGCTAAAAAatcag
gi|38 : acgg-G------GTTC-AGGTGAGCTAAAAAct
gi|4 : gaatagctcac--TTTTA--AATT-ACCCA---GTCT-TATTT---TTG--GTGAG-T-T--TT-GTTTA-CT-AGAAC--TTC---C-CTT---TTGA--A--GAGA---ATGT--A---CC-TT---T---TT---G-A-AT-AAA---------TACAAAT---A-T---T---------C--------T----TCA-CCC-AAA-G-A-T-A----TC-----TTAAA--C-CAC--TTTTC--A-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------TGG-A-G--T--AT-TTC-T-G-A---A--TA--A---GATT--------AAA---A-------T---GA-------------------GT-----C---TGACT-G-ACA--GA----------AA--------GACG----GAC----A----G-----AC------------AAT-A--TA-C----AAA--A-GATGGTTA---G-AA-----A--------------------GCTT-AGGTGAGCTAat
gi|5 : AAGA--TTTTTCAAATG--CCCT---GTCC-TATTT---AT---C---A-T-T--TC--TTAA-----------------C-CCT---TC--------AAT---GGGT----T-CT-TA-AAT---TT---G-A-AC-AAC--------CT-----T---G-C---TTC-------CCCA-----T----GTA-GCC-AAA-G-A-T-A----CT-----TTATA--T-CAA--GTTTG--G-T-----TG-A-A---A------------T-TGG------CCT-G-G--T--GG-ATC-T---A---G--AA--A---AA----------ACA---A--GATG-T---G
gi|6 : ttgtagtttgaacaaactggaatctacactaaataaggatgctctcctttttcttgtccagatccccacgttTT---TT---------T-C--TT-AATCA-TT-A---T---TG---T-CCT---TTGA--A--CAAG---ACAT--GAT-CC-TT-CAT---T----G-G-AC-AAA--------C-----------------------------A-----T----TCA-CCC-AAG-C-A-T-G----TT-----CTGTG--C-CAT--GTGCG--G-T-----TT-A-A---A------------T-TAT------CCC-T-G--T--GT-TTC-CTG-A---C--AA--G---AAAT--------AAA---A--A-TG-T---GA-------A---AACATATAGT-----C---T-ACA-T-ACA--GA----------CT-----------------AC-AA------A-----AT------------GAC-A--AA-TTT--AAATTA-ATTCATTC---G-AA------G----TG----A-A------GCTC-AGGTGGGCTAA
gi|7 : cA-TT-A---T--CTC---C-TCT---TGTA--A--GGAG---AGGT--GAA-CT-TT-CAT---CT---A-A-AC-AAT--------TC-----T---GAA---T---------CCCT-----T----TTA-CCC-ATG-G-ATT-GAATCCC-----TTTTA--C-C-----CTTG--GAT-----TG-A-ATCCC------------T-TTT------TCC-C-A--T--GGATTCTTTG-T---GTCAA--ATTTGATT--------AAA---ATTAATG-A---GAAGTAGTCA---AA------AT-----T---T-AC-----C----A----------CT--------GACA----GA--AACA----G-----ACA-----------AAC-A--AA-C----AAA--A-TGTGATAA---G-AG-----A
gi|8 : TT---TTA--T---ACT-T--TT-GCTGA-TT-A---T--CTA---C-CCTA--TTAA--A--TCGG---ACAT--AAT-CC-AT---T---TT---T-A-AC-TAA--------CG-----T---G-A---A---------CCC------------TA---------------------T-----TTGTG--T-CCA--GTTTT--A-T-----TG-A-A---A------------A-TGG------CTC-A-T--T--GA-TAC-TAG-T---G--CA--A---AAGA--------GGA---A--AATA-T---GA-------A---AAAATACTAT-----T---G-ACA-G-ACA--AA----------AA--------GACG----GACTGACG----A-----AC------------GGC-----A-T----GAA--A-AGaattc
gi|9 : a---T--CTT---C-TCT---TTGA--G--G--G---GAAT--TAT-CA-TT-CAT---TT---A-A-AC-AAA--------AT-----TC--A-C---T---------CGCT-----T----TTC-TGT-ACG-G-A-T-A----AT-----CAATT--T-CAT--GTTTC--A-T-----TT-A-A---A------------A-GGA------CAT-A-A--T--AA-TTA-TGG-A---G----------------------AAG---A--AATG-T---G------------AA------GT-----G---A-ACA-G-GCA--GA----------TG--------GA-------AA-GACA----G-----AA------------GGTAG--AA-C----AGA--ACAGT--TCATGTG-AGATTTCAG----CT----C-A------GCTC-AGGTGAACTAAAGAatttaaaaaaaaaactca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGGAGAAGATGAAAATGTGAAAAATTCATGACAATAACAACAACTACGACTAATTTGGCTCAGGTGAGCTAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AGAATTGAAAATGTGAAAATTTACGAGAGACAGACAAGGAACAATTTTGATCAGGTGAGTGAGCTAAAAACG
Unaligned ( gi|37 ): GACGACGGTTGATCAGGATAGCTTACGTAAGCTTCAATGATATGTGAAC