lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 1 777777 333333333333 11 444444 111111111111 555 22222222222222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777 1111111111 11111 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333 555555555555555555555 11 333333 11 1 1 66666 1 1
lowQualScore : 0 777777 444444444444 22 5 111111 66 777777777777 999 5 5 5 4 44444444444444444444444444444 11111111111111111111111111111111111111 4444444444 3 7777 22222 55 7777 666 3 3 0 7777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222 444444444444444444444 0 11 888 333333 44 5 6 1 2 55555 9 8 6
lowQualScore : . ...... ............ .. . ...... .. ............ ... . . . . ............................. ...................................... .......... . .... ..... .. .... ... . . . .... ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ........ ..................... . .. ... ...... .. . . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 222222 000000000000 88 7 111111 99 555555555555 222 0 0 0 4 55555555555555555555555555555 55555555555555555555555555555555555555 4444444444 6 7777 66666 00 7777 444 6 6 5 7777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00000000 666666666666666666666 6 00 000 222222 00 5 7 7 5 88888 5 0 0
consensus : GAAGAT-CATTGT--GTGTAA-GTTAAG---A-ATTTTCTT-CTCA-CA--GGTTA--AA-AAT-TGAA-CGGGTAGATTT--AC-CA-ACA-CTCC-TAGAGA--ATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA---GATG--CA--AGTT--CT----ATA---ACA-CC-ATTGAAAATGAA-T--------T-A----CA---T-T--TTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA----AATAT-------GATGA--GAG---------A--A--AA------GACA-----AG---AAATATTTAAA-AT--T--ATTGA-TA----TTAA--AT-TATAAA-AA-A---T-------TT------TTC-C-TAC-CT-T-GA---A-----TA-ATGA---GCAAAAACT-ATAT---T-----TGG----C-TGCTC-CAA--TTCT--G-AGA----AGA-AAAGA--AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T---TGGGCAGAATTT----AT-CA--ACAAATAT---------A-TTCA-TA-C--AAA-T---ATC-AA-ATCA-TA---G---GGTGCT-TTAAAAAT-T-GC-ATTTA--CAGA--T-AGTTAT-----TTAGTC-CTTTGTATATTCTA-GTGTATTGGC---A-AACTGTTCCTCG---TTAAT--GTTGTNA-TGAT-----CTCACT-TTTGT-CTGTTTTGGACTCTGAA---TTAG-AAATAAA-CTATTCTGTTCT
Reference ( gi|2 ) : GAAGAT-CATTATTGGTGTAATGTTAAG---A-ATTTCCTT-CTCATCA--AGTTA--AA-AAT-TGAATCGGGTAGATTCTGAC-CA-ACA-CTCC-TAGAGA--ATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA---AATG--CA--AGTT--CT----ATA---ACA-C--ATTGAAAATGAA-T--------T-A----CA---T-T--TTT----TGA---TA-A-CTTGTCAAA----AATATAC----CGATGA--GAAGGGGAA---A--AAAAA------AACA-----AGAAAAAATATTCAAAGAT--T--ATTAA-TA----TTAA--ATTTATAAA-AA-A---T-------TT------TTC-T-TAC-CT-T-GA---A-----TA-ATGA---TCAAAAACT-ATAT---T-----TGG----CTTGCTT-CAAGCTTCT-TGAAGA----AGA-AAAGAT-AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T---TGCGCAGAATTT----ATGTA--ACAAATAT---------A-TTTA-TA-C--AAA-T---ATC-AA-ATC--TA---G---GGTGCTGTTAAAAAT-T-GC-ATTT---TAGACTT-GGTTATT--CTTTAGTCCCTTTGTATATTCTA-ATGT-TTGGC---ATAACTGTT-TTCG---TTAAT--GTTGTTA-TGAA-----CTCACT-TTTGT-CTTTTTTGGACTCTGGAAATTTAGAAAATAAA-C-ATTCTGTTCT
gi|4 : GACGAT-CA--GTT--TGTAA-ATTAAG---ACATTTT-TT-CTCA-CA---------------------TGGGTAGGTTT--AC-CA-ATA-TCCC-TTGA-A--AGGAT-CGA----TTAT--------GTACTAAA-----TG--CA--A-----CT----CTA---ATA-CC-GTAGTAAATGAA-G--------G-A----CA---C-T--TTT----TGA---TA-A---TGTGAAA----CATAT-------GAT------------ACCCA--AAGAA------AAT-----------AAATATTTCAAT-T--T--ATTGA-CA----GAAA--A--TAT-CA-AA-A---T-------TT------TTC---TAC-TT-T-AG---A-----T--AT------------------T---T-----TGG----C-TACTT--AAG--TC-----AGA----AGA-AAA-ATAAATT-C-TTG-AT--CT----TG------TGGGCAG-ATTT----GTGTATGATAAA-AT---------A-
gi|19 : aatttagatctcaGAAGAT-CAGT----GTGTGA-ACTGAG---A-ATTTTCTT-CTCAC-----GGTA--AATAGT-CGAAATAGGTAGGTTT--AC-CA-ATA-TTCA--AGA-A--AGGAT-CG-----ATAT--------TCACTGAA---gcgttgttgtgtgtatgatattttgtcactgaactatgtgtgcttgtatatactgatacttattacatgtatatgctatcatttggcatttcttctctccataactgtaactattttaagtttgcggttcattttggactgtgaattagaaataaagcgttctgttcc
gi|1 : aagttagtcagaAAGATACAT-AT--GTGTAA-GTTAAG---A-ATTTTCTTGCTTA--A--GGTTAGAAA-AATATGAATCGGGCAGATTTACGC-GA-ACAGCTCCGTAGAGA---TGAAACGT----C-GT--------GCACTAAA---G-TGGGCA--GTTT--CT-----TATCCACG-C--ATTGAAAATGAA-T--------T-A----CA-----T--TTT----TGA---TA-A-CTTGTCAAA----AAT-TACGGATCGATGA--GAGG------------------------CA-----AG---AAATATTCAAA-AT--CAGATTAA-TGC---TTAA--A-ATATAAA-AA-AAACT-------TT------TTC-T-AGC-CT-TGGA---A-----TATATGA---GCAAAAAATAATAT---T-----GGG----C-TGCTCACAA--CTCT-----GA----GAG-AAAGA--AATC-CTTTG-ATGGCT----TGTCT---TGGGCAGATTTT----TTACA--A-AAATAT---------A--TAA-TAGC--AAATT---ATC-AACATC---A---GCCAGGTGC--TTAAAATTCT-GCAATTTA--TAGACTTGGGTTATTTGCTTTAGT--CTTTGTATATTC---GTTT-TTGGCCCAATAACTGTTCTCCGTGCTTAAT--GTTGTTA-TGAAATGATCTCACTGTTTGTGCTGTTTT-GACTCATGAA--TTAG-AAATAAAGC-ATTCTGTTCTttc
gi|18 : aattttgttatagaAGAT-CATT----GTGTAAT--------------TTCTT-CTCA-CA--GGTTA--AA-AAT-TGAATTGGGTAGATTT--AC-CA-ACA-CTCC-TAGAG---ATGAtgttttctgttctgtataaagtg
gi|3 : tgaaacaatactggggttatgaaaattattaattttgattatTGTAGAGTTAAGGGGA-ATTTC-TG-CTCA-CA--ACTTA--AA------------GGTAGATTT--ACGCAGACA-CTTC-TA-AGATGATGGA----------------------ACTAAA-----TG--CA---GTT--TT----A-----ACA-CCAATTGAAAGTGAATT--------T-A----CA---G-T--GGT----GGAGGGTA-ATCTTG--GA----------AC----CGA-----------------------AA------GATA-----AG---AAATATTTAAA-ATTGT--ATT-A-TA----GTAA--A--TAT--C-AA-A---T-------TTGGGGTGTTC-TGTACGCT-T-GAAGGA-----GG-ATGA---GCAAAAACT-ATGA---TGGGGGTGG----C-TGCTC---ATCGTCT-GG--GA----AGAGAAAGA--AATC-C-ATGCAT--CTGGGGTG--C---TGGGTAG-ATTT----AT-TA--ACAAA-AA---------A-ATTA-TA-T----A-T---ATC-AA-ATCA-TA-------GGTGCT-T--AAAAT-T-GC-ATGGGAACAGATAT-AGTTATG--GGTTAGT--CTTTGTATATTCTAGATGT-T
gi|7 : tgaagcaattttttaactgggattatgaaaattatttatctgttggttagaaattttgaggttaTT-CTCA-CA--GGTTA--AA-AAT-TGAAAGAGGTAGATTT--AC-CA-ACA-CCCC-TTGAGA---TGAA-CGT----TTATAATTATATGCACTAAA-----TG--CAGAACTT--CT----A-----ACA-CC-ATTGCAAATAAA-T--------TTATTTCCA---T-T--TCT----TAA---TA-A-CTTGTGAAG----AATAT-------TATT---------------A--AGAAA------GACA-----AG---AACTATTTAAA-AT--T--ATTGA-TA----GTAA--A--TATAAACAA-A---T-------TT----------C-TAC-TT-T-GA---A-----TA-ATGA---GCAAAAATT-ATA----T-----TGG------TGCTgtaatgggtctcactttgt
gi|5 : ttT-TTCATCACAGGTTA--AA-TAT-TGGA--------ATT---------ATA-TTCC-TAAA-A--AGGAT-CGA----CTAT--------GCTCCAAATGCAATT--CA--AATT--C---------------C--GTTGAAAATGAA-G--------T-A----CA---T-T--TTT----TGA---GA-A-GATGTGAAA----AATAT-------GAT------------A---ACCAAAGA------AAC----------GAAATGTT-------------TCAA-T-----TT-----TTTACAAA-AA-A---TATCCAAATT------GTC---TGC-TT-T-AA---A-----TA-ATGA---ACAAAAACT-AT-T---T-----TGG----Cca
gi|17 : A--AA-AAT-TGAATCAGGTAGATTT--AC-CA-ACA-CTCC-TAGAGA---TGAA-CGT----TTAT--------GCACT--A---AATG--C---AGTT--C------TA---ACACC--ATTGAAAATGAA-T--------A-A----TAT--T-T--TTT----TGA---TA-A-CTTGTAAAA----AATATaacctaactcagaggggggggggggcttttgatcttattaaatgtgtatgatgtttgacattatgccattaaacatgtgcttatatatgtattggcatctattgttactgaaatattcgatcaactgacacatctttctctcgattactgtaactttttcatgtttttccattttggactctatctgaaagtgttctactctatgcacctaac
gi|15 : CC-TTGAGA---TGGA-CGTAAATTTAT--------TCACTAAA-----TG--CA---GTT--C-----A-A---ACA-CC-ATTGAAAATGAA-T--------T-A----CA---T-T--TTT----TAA---TA-A-CTTGTGAAA----AA-ATCA----TTATGA--G------------------A------GACA-----AG---AAATATTTAA--AT--T--ATTGA-TAGTATTTAACGATTT-TAAA-ga
gi|6 : T--------GCACTAGA---GATGG-CT--AGTCTCCTCAAAACA---ACA-C--ACT----ATGGA-TATTATAGCT-A----AA---TATGGTCT----TGA---TACA-ATTGTCAAA----A-TATGA----TGATGA--GAG------------------------ACA-----AGGAAA--TATTCAAA-AT--T--ATTAA-TA----TCCA--AGATATAAA-AATG---T-------TT------TGCTT-TAC-CTCT-TA---AGCTTCTA-ATGAAGCCCTAAAACT--TA----T-----TGGAAACCATGC-T-CAA-CT--C-TGAAGA----GAA-AGAGA--ATTC-CTTTG-AT--CTAC--AA--T---TGGACCAGATTT----AT-TA--ACAAAAAT---------A-TATATTA-C--AAA-T---ATCAAA-ATCATTA-------GGTGCT
gi|8 : ATG--CA--AATC--GA----ATA----CA----ATCGAAAATGAA-G--------T-A----CACTTT-T--TTT----TTA---TA-A-C--GTGAAA----AATAT-------GATAACCGAA---GAA---A--AGAAATATTTCAATATATTGAGAAAAAATA-------AT--C--ATT----------------TTT-------------T-------TT------TTC---TGC-CT-A-AG---A-----TA-ATGA---GCAAAGACT-AT-T---T-----CGA----CT---TC-CAAA-TTC-----AAA----AGATAAAGA--AATT-C-TTG-AT--CT----CG--TGCATGGGCAG-ATTTGTCAATG-A--AAACATATG--------A-TGTA-TA-C--taa
gi|11 : -C--ATTGAAAATGAA-T--------T-A----CA---T-T--TTTGATATGA---TA-A-CTTGTGAAACTGAAATAT-------TATGA--TAAGAG---------------------ATA------GAGAAAATATTTAAA-AT--A--ATTGACTA----GTAA--AT----ACA-AA-T---T-------TT------TTC-C-TAC-CT-T-GA---AA----TAGATGA---ACAAAAACT-ATAA---T-----TGG----CT---CT-CA----TCTCTGAAGAGAATAGA-AAAgtagttg
gi|14 : TGAA-T--------T-A----CA---T-T--TTT----TGA---TA-A-CTTGTAAAA----AATATGA----TGATGA--GAGAG----------------------ACA-----AG---AAATATTCAAA-AT--T--ATTAA-TA----TTAA--ATATTTAAA-AA-A---C-------T-----------C-TAC-CT-T-GA---A-----TA-ATCA---GCAAAAACT-ATATATAT-----TGG----C-TGCT
gi|9 : ----AAA-AAAATT-AATTGC-TTT-AT--CA----TT--T---TAGACAGAATTT-------CA--ACAG-TATTTTGTTT--A-TTCA-TA-TCTAAA-T---ATC-AA--TCA-TA---G---G-TGCT--TAAAAA--------------------------ATT------AG---CTTTGTATATTCTA--TGTATTGGC---A--ACTGTT-CTC----TTAAT--GT-GTTAATCA-------TCACT-TT-GT-CTGTTTTGGACTCTGAA---TTAGAAATAAAA-C-TATCTGTTCTcttgaaactgaga
gi|10 : GCAGAATTT-------CA--ACAG-TATTTTTGTTTCA-TTCA-TA-TCTAAA-T---ATC-AA-ATCA-TA---G---G-TGCT--TAAAAAT---------------------------------TAGTC--TTTGTATATTCTA--TGTATTGGC---A--ACTGTT-CTC----TTAAT--GTTGTTA-TAAT-----CTCAC--TTTGT-CTGTTTTGGACTCTGAA---TTAG-AAATAAA-C-ATTCTGTTCTatcttttccacatgcaatatttataaagtg
gi|12 : aaaaaagtttaattgctttattcaatttaTTT----AT-TA---CAAGTAT---------AATTCA-T--C--AGG-TCACATC-AA-GTCA-TACATA---GGTACT--TAAAA-T-T-AC-ATTTA--CAGATAT-ATTTAT---CTGAAGTC--TTTGTATATTCTA-GGGA-TTGGC-----AAC----------------T--GTTGTAA-TGAT-----TTCAC--TTTGT-GTATTTTGGACTCTG-----------AATAAA-CTACTCTGTatc
gi|21 : A-C---ATC-AA-ATCA-TA---G---G-TGCT--TAAAA-T-T-GC-ATTTA--CAGA--T-AGTTGT----CTTAGTCT-----TATATTCTA-TGGA-TTAGC---A
gi|16 : ---GGTGTT-TTAAAAAT-TTGC-ATTT---T----------TAT------------CTTTGTATATTC---ATGGATTGGC---A--ACTGTTCTTTG---ATCATTTGTTGTC--TGAT-----TTCACT-TT-GT-CCTATTTTGACTCTGAA---TTAGAAAatt
gi|22 : atcatTTGTAA-TGGT-----CTCACT-TC-GT-CTATTTTGGACGCTGAA---TTAG-AAATAAA-CTATTCTTTTCTcaaa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GATCTAATGTGTATAATATTTTATATTATGATGCATACTTTTGGCATTGGAATTACTGTCGCATTGTCATTATTGCCTCCCTGTAATATCTATACAATTGACATTTCTTCCTCTTGCCAACTTCTGTACAACTCTTTTCATCTTTGTCCATTTTTGGAACTC
Unaligned ( gi|20 ): TAAACAGTTATACATTCATTGGCACCTATGGTTCCTGAACTATTCTATCAATTGACATCTATTCTCTCGATTACTG
Unaligned ( gi|23 ): TCATTTTATGTTATTCTATTTCGGACTTTGAATTAGAAATAAAGCGTTCTGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 111 22222 111 11111111111111111 444444444444444444444444 11111 1111111111 555555555555555555 111 222222222222222 11 1111111111 11111 11111111111 111111 3333333333333 111 111 3333333333333 1111 55555555555555555555555555555555555555555 11111 22222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222 333333333333333333333 111111 22222 1111
lowQualScore : 8 11 99 888 111 6 7 5 5 5 0 66 2 4 4 77777 66 8 4 4 4 4 4 555 4 66666666666666666 666666666666666666666666 88 3 55 6 7777 00000 44 7777 555 3 3 1 555 4444444444 999 1 111111111111111111 0 000 4 3 55 3 0 3 555555555555555 777 3 11 5555555555 4 4 4 4 555 777 00000 8 777 4 88888888888 111111 3 2222222222222 000 8 4 111 4 4 8 4 66 3333333333333 5 777 4444 55 44 00000000000000000000000000000000000000000 4 777 3 3 88888 3 3 99999 55 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 444444444 55 444444444444444444444 7777 222222 0 4 44 11111 2222 4 2 4 777 4 4 88
lowQualScore : . .. .. ... ... . . . . . . .. . . . ..... .. . . . . . . ... . ................. ........................ .. . .. . .... ..... .. .... ... . . . ... .......... ... . .................. . ... . . .. . . . ............... ... . .. .......... . . . . ... ... ..... . ... . ........... ...... . ............. ... . . ... . . . . .. ............. . ... .... .. .. ......................................... . ... . . ..... . . ..... .. ..................................................... . ......... .. ..................... .... ...... . . .. ..... .... . . . ... . . ..
lowQualScore : 0 00 22 333 777 7 1 0 0 0 2 11 0 4 4 88888 11 9 4 4 4 0 0 555 4 66666666666666666 333333333333333333333333 66 6 00 7 1111 88888 66 1111 888 3 3 0 888 2222222222 222 2 000000000000000000 5 000 3 6 00 6 4 6 777777777777777 000 6 55 8888888888 0 0 0 0 333 000 00000 0 000 0 77777777777 555555 2 4444444444444 999 0 0 000 0 4 9 4 11 6666666666666 2 000 1111 55 88 33333333333333333333333333333333333333333 0 000 6 6 77777 6 6 99999 55 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 777777777 55 111111111111111111111 1111 111111 1 0 77 66666 5555 0 1 0 000 0 0 00
consensus : GAAGAT-CATTGT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA--ATG-CA--AGTT--CT----ATAACAC--CA-TTGAAA--ATGAATT-A----CA---T-T--TTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA---AA----T-----AT---GATGA-G--------AGA---AGAGACAAG---AAATATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA----T-TAA--A-N-TAT--AAA-AA-ATTT------TTC-C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---C--TGCTC-C---AA--C--TCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGGGCAGAATT---TAT-CAAC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GGGTGCT-T----AAAAAT--T-GC-ATTT--ACAG--A--T---AGTTA-----T---T-TAGT-C------CTTTGTATATTCTAG----TGTATTGG--CA--AA-CTGTTC-TTCG---TTAAT--GTTGT-----NATGATC-TCACT-TT-T---GT----C-TATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAAT-AAACCATTCTGTTCT
Reference ( family-3083 ) : GAAGAT-CATTGT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAAG-ATG-CA--AGTT--CT----ATAACAC--CA-TTGAAA--ATGAATT-A----CA---T-T--TTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA---AA----T-----AT---GATGA-G--------AGA---AAAGACAAG---AAATATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA----T-TAA--A-T-TAT--AAA-AA-ATTT------TTC-C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---C--TGCTC-C---AA--T--TCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGGGCAGAATT---TAT-CAAC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GGGTGCT-T---TAAAAAT--T-GC-ATTT--ACAG--A--T---AGTTA-----T---T-TAGT-C------CTTTGTATATTCTAG----TGTATTGG--CA--AA-CTGTTC-CTCG---TTAAT--GTTGT-----NATGATC-TCACT-TT-T---GT----C-TGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAAT-AAACTATTCTGTTCT
gi|1 : AAGATACAT-AT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTTGC-TTA--AGGTTAGAAAAATATG-AATC-G-GGCAGATTT--ACGCGA-ACAGCTCCGTA-GAGA-TGAAACGT----C-GT--------GCACTAAAGTGGG-CA--GTTT--CTT---ATC-CACG-CA-TTGAAA--ATGAATT-A----CA-----T--TTT----TGA---TA-A-CTTGTCAAA---AA----TTACGGATC--GATGA-G----------------AGGCAAG---AAATATTCAAA-ATCAGAT-TAA-TGC---T-TAA--A-A-TATAAAAA-AA-ACTT------TTT-C-TAGC-CT-TGG-A---A-----TATATGAG---CAAAAAATAATAT---T-----GGG---C--TGCTCAC---AA--C--TCT--GAGA--G-AA-AG---A-AATC-CTTTG-ATGGCT----TGTCT----TGGGCAGATTT---TTTACAA---AAATA----T---------A--T---AA-TAGC--AA-AT--T---ATC-A---ACATCAGCC---AGGTGCT-T-----AAAATTCT-GCAATTT--ATAG--A--CTTGGGTTATTTGCT---T-TAGT--------CTTTGTATATTC--G----TTT-TTGGCCCAATAA-CTGTTC-TCCGTGCTTAAT--GTTGTTATGAAATGATC-TCACTGTT-T---GTG---C-TGTTTT-GACTCATGAA---TTAG-AAAT-AAAGCATTCTGTTCT
gi|10 : aattttgttatagaAAA-AA-AGTTTA-ATTG-C-TTT-AT--TC----AA--T----TTAGCAGAATT---T---CAAC--AG-TA----TTTTTGTTTCA-TT---CA-TA-TCTAA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GG-TGCT-T----AAAAAT--T----------------------------------------AGT-C-------TTTGTATATTCTA-----TGTATTGG--CA--A--CTGTTC--TC----TTAAT--GTTGT-----TATAATC-TCACT-TT-----GT----C-TGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAAT-AAAC-ATTCTGTTCTtgttttctgttctgtataaagtg
gi|11 : --CA-TTGAAA--ATGAATT-A----CA---T-T--TTTGATATGA---TA-A-CTTGTGAAACTGAAATATT-----AT---GATAA-G--------AGAT--AGAGA-------AAATATTTAAA-ATA--AT-TGACTA----G-TAA-------AT--ACA-AA-TTTT------TTC-C-TA-C-CT-T-GAA---A-----TAGATGAA---CAAAAACT-ATAA---T-----TGG---C--T-CTC------A--TC-TCT--GAAGAGA-AT-AG---A-AAatc
gi|12 : TT---TAT-TA-C--AAGTA----T---------AATT---CA-T--C--AG-G---TCACATC-A---A-GTCA-TACATAGGTACT-T-----AAAAT--T-AC-ATTT--ACAG--A--T---A--TA-----T---T-TA-T-CTGAAGTCTTTGTATATTCTAG-----GGATTGG--C---AA-C-----------------T--GTTGT-----AATGATT-TCAC--TT-T---GT----G-TATTTTGGACTC-TG-----------AAT-AAACTACTCTGTa
gi|14 : TGAATT-A----CA---T-T--TTT----TGA---TA-A-CTTGTAAAA---AA----T-----AT---GATGATG--------AG----AGAGACAAG---AAATATTCAAA-ATT--AT-TAA-TA----T-TAA--A-TATTT--AAA-AA-ACT-----------C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATCAG---CAAAAACT-ATATATAT-----TGG---C--TGCTC-TTGAAA------CT--GAGA
gi|15 : CC-TT-GAGA-TGGA-CGTAAATTTAT--------TCACTAAA---TG-CA---GTT--C-----A-AACAC--CA-TTGAAA--ATGAATT-A----CA---T-T--TTT----TAA---TA-A-CTTGTGAAA---AAAT--C-----AT---TATGA-G----------------AGACAAG---AAATATTT-AA-ATT--AT-TGA-TAGTATT-TAACGA-T-TTT--AAA-
gi|16 : -ATCA-T-----GGTGTT-T---TAAAAAT--TTGC-ATTT-----------------TTA-----T-----------------CTTTGTATATTC--A----TGGATTGG--CA--A--CTGTTC-TTTG---ATCATTTGTTGT-----C-TGATT-TCACT-TT-----GT----CCTATTTTG-ACTC-TGAA---TTAG-AAAC-AAA
gi|17 : A--AAAAT-TG-AATC-A-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAG-ATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAA---ATG-C---AGTT--C------TAACAC--CA-TTGAAA--ATGAATA-A----TAT--T-T--TTT----TGA---TA-A-CTTGTAAAA---AA----T-----AT---GA
gi|18 : AGAT-CATTGT--GT---------------A-ATTT-CTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-TTG-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAG-ATGA
gi|19 : tgaaacaatactggggttatgaaaattattaattttgattatGAAGAT-CA--GT--GTGTG-A-ACTGAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-C-GGTAA--ATAGT-CGAAA-T-A-GGTAGGTTT--AC-C-A-ATA-TTCA--A-GA-AAGGAT-CG-----ATAT--------TCACTGAA
gi|2 : aagttagtcagaGAAGAT-CATTATTGGTGTA-ATGTTAAG---A-ATTTCCTT-C-TCATCAAGTTA--AAAAT-TG-AATC-G-GGTAGATTCTGAC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAAA-ATG-CA--AGTT--CT----ATAACA---CA-TTGAAA--ATGAATT-A----CA---T-T--TTT----TGA---TA-A-CTTGTCAAA---AA----T-----ATACCGATGA-GAAGGGGAAAAA---AAAAACAAGAAAAAATATTCAAAGATT--AT-TAA-TA----T-TAA--ATT-TAT--AAA-AA-ATTT------TTC-T-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAT---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---CT-TGCTT-C---AAGCT--TCTTGAAGAAGA-AA-AG---ATAATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGCGCAGAATT---TATGTAAC--AAATA----T---------A-TT---TA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATC--TA---GGGTGCTGT---TAAAAAT--T-GC-ATTT---TAG--ACTT---GGTTATTC--T---T-TAGTCC------CTTTGTATATTCTAA----TGT-TTGG--CAT-AA-CTGTT--TTCG---TTAAT--GTTGT-----TATGAAC-TCACT-TT-T---GT----C-TTTTTTGGACTC-TGGAAATTTAGAAAAT-AAAC-ATTCTGTTCTttc
gi|21 : -A---C---ATC-A---A-ATCA-TA---GG-TGCT-T-----AAAAT--T-GC-ATTT--ACAG--A--T---AGTTG-----TC--T-TAGT-C------T----TATATTCTA-----TGGATTAG--CA--A
gi|22 : TTGT-----AATGGTC-TCACT-TC-----GT----C-TATTTTGGACGC-TGAA---TTAG-AAAT-AAACTATTCTTTTCTtt
gi|23 : -TCATT-TTAT---GTTATTC-TATTTCGGACTT-TGAA---TTAG-AAAT-AAAGCGTTCTGTTat
gi|3 : T--ATGTAGA-GTTAAGGGGA-ATTT-CTG-C-TCA-CAACTTA--AA--------------GGTAGATTT--ACGC-AGACA-CTTC-TAAGATGATGGA----------------------ACTAAA---TG-CA---GTT--TT----A--ACAC--CAATTGAAA--GTGAATTTA----CA---G-T--GGT----GGAGGGTA-ATCTTG----------------------------GA-A--------CCG---AAAGATAAG---AAATATTTAAA-ATT--GTATTA-TA----G-TAA--A---TAT----C-AA-ATTTGGGGTGTTC-TGTA-CGCT-T-G-AAGGA-----GG-ATGAG---CAAAAACT-ATGA---TGGGGGTGG---C--TGCTC------A--TCGTCT--GGGAAGAGAA-AG---A-AATC-C-ATGCAT--CTGGGGTG--C----TGGGTAG-ATT---TAT-TAAC--AAAAA----A---------A-TT----A-TA-T-----A---T---ATC-A---A-ATCA-TA----GGTGCT-T-----AAAAT--T-GC-ATGGGAACAGATA--T---AGTTA-----TGGGT-TAGT--------CTTTGTATATTCTAGATGTTGTAATGG--t
gi|4 : tgaagcaattttttaactgggattatgaaaattatttatctgttggttagaaattttgaggtGACGAT-CA--GT--TTGTA-A-ATTAAG---ACATTTT-TT-C-TCA-CA-------------------T-G-GGTAGGTTT--AC-C-A-ATA-TCCC-TT-GA-AAGGAT-CGA----TTAT--------GTACTAAA---TG-CA--A-----CT----CTAATAC--CG-TAGTAA--ATGAAGG-A----CA---C-T--TTT----TGA---TA-A---TGTGAAA---CA----T-----AT---GAT--------------ACCCAAAGAAAAT---AAATATTTCAA-TTT--AT-TGA-CA------GAA--A-A-TAT--CAA-AA---TT------TTT-C-TA-C-TT-T-A-G---A-----T--AT------------------T---T-----TGG---C--TACT--T---AA--G--TC----AGAAGA-AA-AAT--A-AATT-C-TTG-AT--CT----TG-------TGGGCAGATTTGTGTAT-GATA--AAATAGCGTT---------G-TTGTGTG-TA-T--GATATTTT---GTC-ACTGA-ACTA-T----GTGTGC------------T--T-GT-ATAT--ACTG--A--T---ACTTA-----T---TACA-------------TGTATATGCTAT----CAT-TTGG--C---AT-TTCTTCTCTCC---ATAA----CTGT-----AACTATT-TTAAG-TT-TGCGGT----T-CATTTTGGACTG-TGAA---TTAG-AAAT-AAAGCGTTCTGTTCgtctcactttgt
gi|5 : aatttagatctcaTT-CATCA-CAGGTTA--AATAT-TG-GA----------ATT----------ATA-TTCC-TA-AA-AAGGAT-CGA----CTAT--------GCTCCAAA---TG-CA--A-TT--C-----A-AATTC--CG-TTGAAA--ATGAAGT-A----CA---T-T--TTT----TGA---GA-A-GATGTGAAA---AA----T-----AT---GATAA-C--------CAA---AGAAAC--G---AAATGTTT-CA-ATT--TT-TTA-CA------AAA--A-A-TAT--CCA-AA----T------TGT-C-TG-C-TT-T-A-A---A-----TA-ATGAA---CAAAAACT-AT-T---T-----TGG---C--AAC-C-T---AA--C--TCA--GAGGGGG-GG-GG---G-GGCT-T-TTG-AT--CT----TA--TTAAATGTGTATGATG---T-T-TGAC--A---------------------T---TA-TG-C---------C---ATT-A---A-A-CA-T------GTGCT-TATATATGTAT--TGGC-ATCT--------A--T---TGTTA-----C---T-GAA---------------ATATTCGA-----TCAACTGA--CA--CATCTTTCT-CTCGA--TTA-----CTGT-----AACTTTT-TCATG-TT-T---TT----C-CATTTTGGACTC-T--A---TCTG------AAAGTGTTCTACTCTc
gi|6 : tT--------GCACTAGAG-ATGGCT--AGTCTCCTCAAAACAACACACTA-TGGATATTAT-AGCT-A----AA---TATGGTCT----TGA---TACA-ATTGTCAAA---A-----T-----AT---GATGATG--------AGA------GACAAGG--AAATATTCAAA-ATT--AT-TAA-TA----TCCAA--G-A-TAT--AAA-AATGTTT------TGCTT-TA-C-CTCT-T-A---AGCTTCTA-ATGAAGCCCTAAAACT--TA----T-----TGGAAACCATGCT--C---AA--C--TCT--GAAGAGA-AAGAG---A-ATTC-CTTTG-AT--CTAC--AA--T----TGGACCAGATT---TAT-TAAC--AAAAA----T---------A-TA---TATTA-C--AA-A---T---ATCAA---A-ATCA-TT---AGGTGCT-T---atgcacctaac
gi|7 : TTTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-A-GAGGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CCCC-TT-GAGA-TGAA-CGT----TTATAATTATATGCACTAAA---TG-CAGAACTT--CT----A--ACAC--CA-TTGCAA--ATAAATTTATTTCCA---T-T--TCT----TAA---TA-A-CTTGTGAAG---AA----T-----AT---TATTA----------AGA---AA-GACAAG---AACTATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA----G-TAA--A---TAT--AAACAA-ATTT----------C-TA-C-TT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAATT-ATA----T-----TGG------TGCTC-aa
gi|8 : -ATG-CA--AATC--G-------AATAC--AA-TCGAAA--ATGAAGT-A----CACTTT-T--TTT----TTA---TA-A-C--GTGAAA---AA----T-----AT---GATAA-C--------CGA---A--GAAAAG---AAATATTTCAA-TAT--AT-TGA-GA----A-AAA--A-T-AAT--CAT-TT-TTTT------TTT-C-TG-C-CT-A-A-G---A-----TA-ATGAG---CAAAGACT-AT-T---T-----CGA---C--T--TC-CA--AA--T--TC----AAAAGATAA-AG---A-AATT-C-TTG-AT--CT----CG--TGCA-TGGGCAG-ATT---TGT-CAATGAAAACA----T---------A-Ta
gi|9 : AAAA-AA-AT---T-AATTGC-TTT-AT--CA----TT--T----TAGACAGAATT---T---CAAC--AG-TA----TTTTGTTT--A-TT---CA-TA-TCTAA-A---T---ATC-A---A--TCA-TA---GG-TGCT-T---AAAAAAT--T----------------------------------------AG---------CTTTGTATATTCTA-----TGTATTGG--CA--A--CTGTTC--TC----TTAAT--GT-GT-----TA--ATCATCACT-TT-----GT----C-TGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAACTA-TCTGTTCTgatgtatacgtagttg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GATCTAATGTGTATAATATTTTATATTATGATGCATACTTTTGGCATTGGAATTACTGTCGCATTGTCATTATTGCCTCCCTGTAATATCTATACAATTGACATTTCTTCCTCTTGCCAACTTCTGTACAACTCTTTTCATCTTTGTCCATTTTTGGAACTC
Unaligned ( gi|20 ): TAAACAGTTATACATTCATTGGCACCTATGGTTCCTGAACTATTCTATCAATTGACATCTATTCTCTCGATTACTG
Alignments
lowQualScore : 22 111 22222 111 11111111111111111 1 33333333333 111 111 3333333333333333333333 111 222 11 22222222222222222 11111 11111111111 111111 111111111111 111 3333333333333 1111 55555555555555555555555555555555555555555 11111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222 11111 33333333 111111 22222 1111 1
lowQualScore : 8 11 99 888 111 6 7 5 5 5 0 66 2 4 4 77777 66 8 4 4 4 4 4 555 4 88888888888888888 4 9 66 33333333333 4 4 7 7777 000 7777 555 3 3 1 7777 77 111 5555555555555555555555 2 000 4 3 55 3 0 3 000 88 666 4 22222222222222222 4 4 4 4 555 777 00000 8 777 4 88888888888 111111 3 999999999999 66 8 4 111 4 4 8 4 66 3333333333333 5 777 4444 55 44 00000000000000000000000000000000000000000 4 777 3 3 88888 3 55 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 444444444 55 88888 44444444 7777 222222 0 4 44 11111 2222 4 4 777 4 4 1
lowQualScore : . .. .. ... ... . . . . . . .. . . . ..... .. . . . . . . ... . ................. . . .. ........... . . . .... ... .... ... . . . .... .. ... ...................... . ... . . .. . . . ... .. ... . ................. . . . . ... ... ..... . ... . ........... ...... . ............ .. . . ... . . . . .. ............. . ... .... .. .. ......................................... . ... . . ..... . .. . ........................................................... . ......... .. ..... ........ .... ...... . . .. ..... .... . . ... . . .
lowQualScore : 0 00 22 333 777 7 1 0 0 0 2 11 0 4 4 88888 11 9 4 4 4 0 0 555 4 44444444444444444 4 9 11 33333333333 0 0 3 7777 000 1111 888 3 3 0 1111 99 777 4444444444444444444444 8 000 3 6 00 6 4 6 444 22 222 0 44444444444444444 0 0 0 0 333 000 00000 0 000 0 77777777777 555555 2 999999999999 11 0 0 000 0 4 9 4 11 6666666666666 2 000 1111 55 88 33333333333333333333333333333333333333333 0 000 6 6 77777 6 00 6 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 777777777 55 77777 00000000 1111 111111 1 0 77 66666 5555 0 0 000 0 4 9
consensus : GAAGAT-CATTGT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACT-AAA-TG--CA--AGTTCT-ATAACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA----AA--TAT---GATG---A--G--------AGA-AGAGACAAG---AAATATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-N-TAAA-ATAT--AAA-AA---ATTT------TTC-C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---C--TGCTC-C---AA--C-TCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGGGCAGAATT---TAT-CAAC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GGGTGC--TT-AAAAAT-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTA-----T---T-TAGT-C------CTTTGTATATTCTAG----TGTATTGG--CA--AACTGTTCT-CCG---TTAAT--GTTGT-----NATGATC-TCACT-TT-T---GT----C-TATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAAT-AAANCATTCTGTTCT
Reference ( family-3083 ) : GAAGAT-CATTGT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACT-AAAATG--CA--AGTTCT-ATAACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA----AA--TAT---GATG---A--G--------AGA-AGAGACAAG---AAATATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-T-TAAA-NTAT--AAA-AA---ATTT------TTC-C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---C--TGCTC-C---AA--C-TCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGGGCAGAATT---TAT-CAAC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GGGTGC--TT-AAAAAT-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTA-----T---T-TAGT-C------CTTTGTATATTCTAG----TGTATTGG--CA--AACTGTTCT-TCG---TTAAT--GTTGT-----NATGATC-TCACT-TT-T---GT----C-TATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAAT-AAACCATTCTGTTCT
gi|1 : AAGATACAT-AT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTTGC-TTA--AGGTTAGAAAAATATG-AATC-G-GGCAGATTT--ACGCGA-ACAGCTCCGTA-GAGA-TGAAACGT----C-GT--------GCACT-AAAGTGGGCA--GTTTCTTATC-CACGCA-TTGAAAATGAATT-A----CA----TTTT----TGA---TA-A-CTTGTCAAA----AAT-TAC---G--G---ATCG--------ATG-AGAGGCAAG---AAATATTCAAA-ATCAGAT-TAA-TGCT-TAAA-ATATAAAAA-AA---ACTT------TTT-C-TAGC-CT-TGG-A---A-----TATATGAG---CAAAAAATAATAT---T-----GGG---C--TGCTCAC---AA--C-TCT--GAGA--G-AA-AG---A-AATC-CTTTG-ATGGCT----TGTCT----TGGGCAGATTT---TTTACAA---AAATA----T---------A--T---AA-TAGC--AA-AT--T---ATC-A---ACATCAGCC---AGGTGC--TT-AAAATTCT-GCAATTT--ATAG--A--CTTGG--GTTATTTGCT---T-TAGT--------CTTTGTATATTC--G----TTT-TTGGCCCAATAACTGTTCT-CCGTGCTTAAT--GTTGTTATGAAATGATC-TCACTGTT-T---GTG---C-TGTTTT-GACTCATGAA---TTAG-AAAT-AAAGCATTCTGTTCT
gi|10 : aattttgttatagaAAA-AA-AGTTTA-ATTG-C-TTT-AT--TC----AA--T----TTAGCAGAATT---T---CAAC--AG-TA----TTTTTGTTTCA-TT---CA-TA-TCTAA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GG-TGC--TT-AAAAAT-T------------------------------------------AGT-C-------TTTGTATATTCTA-----TGTATTGG--CA--A-CTGTTCT-C-----TTAAT--GTTGT-----TATAATC-TCACT-TT-----GT----C-TGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAAT-AAA-CATTCTGTTCTtgttttctgttctgtataaagtg
gi|11 : -CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTTGATATGA---TA-A-CTTGTGAAACTGAAA--TATTATGATA---A--G--------AGATAGAGA-------AAATATTTAAA-ATA--AT-TGACTA-G-TAA----AT--ACA-AA---TTTT------TTC-C-TA-C-CT-T-GAA---A-----TAGATGAA---CAAAAACT-ATAA---T-----TGG---C--T-CT--C---AT--C-TCT--GAAGAGA-AT-AG---A-AAatc
gi|12 : TT---TAT-TA-C--AAGTA----T---------AATT---CA-T--C--AG-G---TCACATC-A---A-GTCA-TACATAGGTAC--TT-AAAA-T-T-AC-ATTT--ACAG--A--T---A----TA-----T---T-TA-T-CTGAAGTCTTTGTATATTCTAG-----GGATTGG--C---AAC-----------------T--GTTGT-----AATGATT-TCAC--TT-T---GT----G-TATTTTGGACTC-TG-----------AAT-AAACTACTCTGTa
gi|14 : TGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTAAAA----AA--TAT---GATG---AT-G--------AG--AGAGACAAG---AAATATTCAAA-ATT--AT-TAA-TA-T-TAAATATTT--AAA-AA---ACT-----------C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATCAG---CAAAAACT-ATATATAT-----TGG---C--TGCTC-TTGAAA-----CT--GAGA
gi|15 : CC-TT-GAGA-TGGA-CGTAAATTTAT--------TCACT-AAA-TG--CA---GTTC--A-AACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TAA---TA-A-CTTGTGAAA----AAATCAT---TATG-------------------AGAGACAAG---AAATATTT-AA-ATT--AT-TGA-TA-G-TA
gi|16 : -ATCA-T-----GGTGT--TTTAAAAAT-TTGC-ATTT-------------------TTA-----T-----------------CTTTGTATATTC--A----TGGATTGG--CA--A-CTGTTCT-TTG---ATCATTTGTTGT-----C-TGATT-TCACT-TT-----GT----CCTATTTTG-ACTC-TGAA---TTAG-AAAC-AAAtttaacgattttaaa
gi|17 : A--AAAAT-TG-AATC-A-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAG-ATGAA-CGT----TTAT--------GCACT--AAATG--C---AGTTC---TAACAC-CA-TTGAAAATGAATA-A----TAT--TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTAAAA----AA--TAT---GA
gi|18 : AGAT-CATTGT--GT---------------A-ATTT-CTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-TTG-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAG-ATGA
gi|19 : tgaaacaatactggggttatgaaaattattaattttgattatGAAGAT-CA--GT--GTGTG-A-ACTGAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-C-GGTAA--ATAGT-CGAAA-T-A-GGTAGGTTT--AC-C-A-ATA-TTCA--A-GA-AAGGAT-CG-----ATAT--------TCACT-GAA
gi|2 : aagttagtcagaGAAGAT-CATTATTGGTGTA-ATGTTAAG---A-ATTTCCTT-C-TCATCAAGTTA--AAAAT-TG-AATC-G-GGTAGATTCTGAC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAAAATG--CA--AGTTCT-ATAACA--CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTCAAA----AA--TATACCGATG---A--GAAGGGGAAAAA-AAAAACAAGAAAAAATATTCAAAGATT--AT-TAA-TA-T-TAAATTTAT--AAA-AA---ATTT------TTC-T-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAT---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---CT-TGCTT-C---AAGCT-TCTTGAAGAAGA-AA-AG---ATAATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGCGCAGAATT---TATGTAAC--AAATA----T---------A-TT---TA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATC--TA---GGGTGCTGTT-AAAAAT-T-GC-ATTT---TAG--ACTT---G--GTTATTC--T---T-TAGTCC------CTTTGTATATTCTAA----TGT-TTGG--CAT-AACTGTT-T-TCG---TTAAT--GTTGT-----TATGAAC-TCACT-TT-T---GT----C-TTTTTTGGACTC-TGGAAATTTAGAAAAT-AAA-CATTCTGTTCTttc
gi|21 : -A---C---ATC-A---A-ATCA-TA---GG-TGC--TT-AAAA-T-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTG-----TC--T-TAGT-C------T----TATATTCTA-----TGGATTAG--CA--A
gi|22 : TTGT-----AATGGTC-TCACT-TC-----GT----C-TATTTTGGACGC-TGAA---TTAG-AAAT-AAACTATTCTTTTCTtt
gi|23 : -TCATT-TTAT---GTTATTC-TATTTCGGACTT-TGAA---TTAG-AAAT-AAAGCGTTCTGTTat
gi|3 : T--ATGTAGA-GTTAAGGGGA-ATTT-CTG-C-TCA-CAACTTA--AA--------------GGTAGATTT--ACGC-AGACA-CTTC-TAAGATGATGGA----------------------ACT-AAA-TG--CA---GTTTT-A--ACAC-CAATTGAAAGTGAATTTA----CA---GTGGT----GGAGGGTA-ATCTTG-------------------GA-----A--C--------CGA-A-AGATAAG---AAATATTTAAA-ATT--GTATTA-TA-G-TAAA--TAT----C-AA---ATTTGGGGTGTTC-TGTA-CGCT-T-G-AAGGA-----GG-ATGAG---CAAAAACT-ATGA---TGGGGGTGG---C--TGCT--C---AT--CGTCT--GGGAAGAGAA-AG---A-AATC-C-ATGCAT--CTGGGGTG--C----TGGGTAG-ATT---TAT-TAAC--AAAAA----A---------A-TT----A-TA-T-----A---T---ATC-A---A-ATCA-TA----GGTGC--TT--AAAAT-T-GC-ATGGGAACAGATA--T---A--GTTA-----TGGGT-TAGT--------CTTTGTATATTCTAGATGTTGTAATGG--t
gi|4 : tgaagcaattttttaactgggattatgaaaattatttatctgttggttagaaattttgaggtGACGAT-CA--GT--TTGTA-A-ATTAAG---ACATTTT-TT-C-TCA-CA-------------------T-G-GGTAGGTTT--AC-C-A-ATA-TCCC-TT-GA-AAGGAT-CGA----TTAT--------GTACT-AAA-TG--CA--A---CT-CTAATAC-CG-TAGTAAATGAAGG-A----CA---CTTTT----TGA---TA-A---TGTGAAA----CA--TAT---GATACCCA--A--------AGA-A-----AAT---AAATATTTCAA-TTT--AT-TGA-CA---GAAA-ATAT--CAA-AA-----TT------TTT-C-TA-C-TT-T-A-G---A-----T--AT------------------T---T-----TGG---C--TACT--T---AA--G-TC----AGAAGA-AA-AAT--A-AATT-C-TTG-AT--CT----TG-------TGGGCAGATTTGTGTAT-GATA--AAATAGCGTT---------G-TTGTGTG-TA-T--GATATTTT---GTC-ACTGA-ACTA-T----GTGTGC----------T-T-GT-ATAT--ACTG--A--T---A--CTTA-----T---TACA-------------TGTATATGCTAT----CAT-TTGG--C---ATTTCTTCTCTCC---ATAA----CTGT-----AACTATT-TTAAG-TT-TGCGGT----T-CATTTTGGACTG-TGAA---TTAG-AAAT-AAAGCGTTCTGTTCgtctcactttgt
gi|5 : aatttagatctcaTT-CATCA-CAGGTTA--AATAT-TG-GA----------ATT----------ATA-TTCC-TA-AA-AAGGAT-CGA----CTAT--------GCTCC-AAA-TG--CA--A-TTC--A-AATTC-CG-TTGAAAATGAAGT-A----CA---TTTTT----TGA---GA-A-GATGTGAAA----AA--TAT---GATA---A--C--------CAA-AGAAAC--G---AAATGTTT-CA-ATT--TT-TTA-CA---AAAA-ATAT--CCA-AA------T------TGT-C-TG-C-TT-T-A-A---A-----TA-ATGAA---CAAAAACT-AT-T---T-----TGG---C--AAC-C-T---AA--C-TCA--GAGGGGG-GG-GG---G-GGCT-T-TTG-AT--CT----TA--TTAAATGTGTATGATG---T-T-TGAC--A---------------------T---TA-TG-C---------C---ATT-A---A-A-CA-T------GTGC--TT-ATATA--T-GT-ATTG--GCAT--C--T---ATTGTTA-----C---T-GAA---------------ATATTCGA-----TCAACTGA--CA--CATCTTTCTCTCGA--TTA-----CTGT-----AACTTTT-TCATG-TT-T---TT----C-CATTTTGGACTC-T--A---TCTG-AAAc
gi|6 : tTCT----TGA---TACA-ATTGTCAAA----A---TAT---GATG---AT-G--------AGA----GACAAGG--AAATATTCAAA-ATT--AT-TAA-TA-TCCAAG-ATAT--AAA-AAT--GTTT------TGCTT-TA-C-CTCT-T-A---AGCTTCTA-ATGAAGCCCTAAAACT--TA----T-----TGGAAACCATGCT--C---AA--C-TCT--GAAGAGA-AAGAG---A-ATTC-CTTTG-AT--CTAC--AA--T----TGGACCAGATT---TAT-TAAC--AAAAA----T---------A-TA---TATTA-C--AA-A---T---ATCAA---A-ATCA-TT---AGGTGC--TT-AAgtgttctactctatgcacctaac
gi|7 : tgcactagagatggctagtctcctcaaaacaacacactatggatattatagctaaatatggTTTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-A-GAGGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CCCC-TT-GAGA-TGAA-CGT----TTATAATTATATGCACT-AAA-TG--CAGAACTTCT-A--ACAC-CA-TTGCAAATAAATTTATTTCCA---TTTCT----TAA---TA-A-CTTGTGAAG----AA--TAT---TATT---A-----------AGA-A-AGACAAG---AACTATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-G-TAAA--TAT--AAACAA---ATTT----------C-TA-C-TT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAATT-ATA----T-----TGG------TGCTC-
gi|8 : ATG--CA--AATCG----AATAC-AA-TCGAAAATGAAGT-A----CACTTTTTTT----TTA---TA-A-C--GTGAAA----AA--TAT---GATA---A--C--------CGA-AGAAA--AG---AAATATTTCAA-TAT--AT-TGA-GA----AAA-A-AT--AAT-CATTTTTTT------TTT-C-TG-C-CT-A-A-G---A-----TA-ATGAG---CAAAGACT-AT-T---T-----CGA---C--T--TC-C---AA--A-T-T--CAAAAGATAA-AG---A-AATT-C-TTG-AT--CT----CG--TGCA-TGGGCAG-ATT---TGT-CAATGAAAACA----T---------A-Ta
gi|9 : AAAA-AA-AT---T-AATTGC-TTT-AT--CA----TT--T----TAGACAGAATT---T---CAAC--AG-TA----TTTTGTTT--A-TT---CA-TA-TCTAA-A---T---ATC-A---A--TCA-TA---GG-TGC--TT-AAAAA--------------------------------A-----T---T--AG---------CTTTGTATATTCTA-----TGTATTGG--CA--A-CTGTTCT-C-----TTAAT--GT-GT-----TA--ATCATCACT-TT-----GT----C-TGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAACTA-TCTGTTCTgatgtatacgtagttg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GATCTAATGTGTATAATATTTTATATTATGATGCATACTTTTGGCATTGGAATTACTGTCGCATTGTCATTATTGCCTCCCTGTAATATCTATACAATTGACATTTCTTCCTCTTGCCAACTTCTGTACAACTCTTTTCATCTTTGTCCATTTTTGGAACTC
Unaligned ( gi|20 ): TAAACAGTTATACATTCATTGGCACCTATGGTTCCTGAACTATTCTATCAATTGACATCTATTCTCTCGATTACTG
Alignments
lowQualScore : 22 111 22222 111 11111111111111111 33333333333 111 111 3333333333333333333333 111 22222222222222222 11111 11111111111 111111 111111111111 111 3333333333333 1111 55555555555555555555555555555555555555555 11111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222 2222 3333333 111111 22222 1111 1
lowQualScore : 8 11 99 888 111 6 7 5 5 5 0 66 2 4 4 77777 66 8 4 4 4 4 4 555 4 88888888888888888 99 66 33333333333 4 4 7 7777 000 7777 555 3 3 1 7777 77 111 5555555555555555555555 2 3 666 4 3 55 3 0 3 555 7777 666 4 22222222222222222 4 4 4 4 555 777 00000 8 777 4 88888888888 111111 3 999999999999 66 8 4 111 4 4 8 4 66 3333333333333 5 777 4444 55 44 00000000000000000000000000000000000000000 4 777 3 3 88888 3 55 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 444444444 55 4444 1111111 7777 222222 0 4 44 11111 2222 4 4 777 4 0
lowQualScore : . .. .. ... ... . . . . . . .. . . . ..... .. . . . . . . ... . ................. .. .. ........... . . . .... ... .... ... . . . .... .. ... ...................... . . ... . . .. . . . ... .... ... . ................. . . . . ... ... ..... . ... . ........... ...... . ............ .. . . ... . . . . .. ............. . ... .... .. .. ......................................... . ... . . ..... . .. . ........................................................... . ......... .. .... ....... .... ...... . . .. ..... .... . . ... . .
lowQualScore : 0 00 22 333 777 7 1 0 0 0 2 11 0 4 4 88888 11 9 4 4 4 0 0 555 4 44444444444444444 55 11 33333333333 0 0 3 7777 000 1111 888 3 3 0 1111 99 777 4444444444444444444444 8 6 444 3 6 00 6 4 6 333 2222 222 0 44444444444444444 0 0 0 0 333 000 00000 0 000 0 77777777777 555555 2 999999999999 11 0 0 000 0 4 9 4 11 6666666666666 2 000 1111 55 88 33333333333333333333333333333333333333333 0 000 6 6 77777 6 00 6 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 777777777 55 2222 1111111 1111 111111 1 0 77 66666 5555 0 0 000 0 8
consensus : GAAGAT-CATTGT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA--TG--CA--AGTTCT-ATAACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA----AA--TAT---GATG---A--GAG--------A-AGAGACAAG-AAA---TATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-GTAAA-AT-AT--AAA-AA---ATTT------TTC-C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---C--TGCTC-C---AA--C-TCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGGGCAGAATT---TAT-CAAC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GGGTGC--TT-AAAAAT-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTA-----T---T-TAGT-C------CTTTGTATATTCTAG----TGTATTGG--CA--AACTGTTCTC-CG---TTAAT--GTTGT-----NATGATC-TCACT-TT-T---GT----C-TATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAGCATTCTGTTCT
Reference ( family-3083 ) : GAAGAT-CATTGT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA--TG--CA--AGTTCT-ATAACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA----AA--TAT---GATG---A--GAG--------A-AGAGACAAG-AAA---TATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-NTAAA-AT-AT--AAA-AA---ATTT------TTC-C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---C--TGCTC-C---AA--C-TCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGGGCAGAATT---TAT-CAAC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GGGTGC--TT-AAAAAT-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTA-----T---T-TAGT-C------CTTTGTATATTCTAG----TGTATTGG--CA--AACTGTTCTC-CG---TTAAT--GTTGT-----NATGATC-TCACT-TT-T---GT----C-TATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAANCATTCTGTTCT
gi|1 : AAGATACAT-AT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTTGC-TTA--AGGTTAGAAAAATATG-AATC-G-GGCAGATTT--ACGCGA-ACAGCTCCGTA-GAGA-TGAAACGT----C-GT--------GCACTAAAG-TGGGCA--GTTTCTTATC-CACGCA-TTGAAAATGAATT-A----CA----TTTT----TGA---TA-A-CTTGTCAAA----AAT-TAC---G--G---ATCGAT--------G-AGAGGCAAG-AAA---TATTCAAA-ATCAGAT-TAA-TGCTTAAA-AT-ATAAAAA-AA---ACTT------TTT-C-TAGC-CT-TGG-A---A-----TATATGAG---CAAAAAATAATAT---T-----GGG---C--TGCTCAC---AA--C-TCT--GAGA--G-AA-AG---A-AATC-CTTTG-ATGGCT----TGTCT----TGGGCAGATTT---TTTACAA---AAATA----T---------A--T---AA-TAGC--AA-AT--T---ATC-A---ACATCAGCC---AGGTGC--TT-AAAATTCT-GCAATTT--ATAG--A--CTTGG--GTTATTTGCT---T-TAGT--------CTTTGTATATTC--G----TTT-TTGGCCCAATAACTGTTCTC-CGTGCTTAAT--GTTGTTATGAAATGATC-TCACTGTT-T---GTG---C-TGTTTT-GACTCATGAA---TTAG-AAATAAAGCATTCTGTTCT
gi|10 : aattttgttatagaAAA-AA-AGTTTA-ATTG-C-TTT-AT--TC----AA--T----TTAGCAGAATT---T---CAAC--AG-TA----TTTTTGTTTCA-TT---CA-TA-TCTAA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GG-TGC--TT-AAAAAT-T------------------------------------------AGT-C-------TTTGTATATTCTA-----TGTATTGG--CA--A-CTGTTCTC------TTAAT--GTTGT-----TATAATC-TCACT-TT-----GT----C-TGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAA-CATTCTGTTCTtgttttctgttctgtataaagtg
gi|11 : -CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTTGATATGA---TA-A-CTTGTGAAACTGAAA--TATTATGATA---A--GAG--------ATAGAGA-----AAA---TATTTAAA-ATA--AT-TGACTA-GTAA-----AT--ACA-AA---TTTT------TTC-C-TA-C-CT-T-GAA---A-----TAGATGAA---CAAAAACT-ATAA---T-----TGG---C--T-CT--C---AT--C-TCT--GAAGAGA-AT-AG---A-AAatc
gi|12 : TT---TAT-TA-C--AAGTA----T---------AATT---CA-T--C--AG-G---TCACATC-A---A-GTCA-TACATAGGTAC--TT-AAAA-T-T-AC-ATTT--ACAG--A--T---A----TA-----T---T-TA-T-CTGAAGTCTTTGTATATTCTAG-----GGATTGG--C---AAC-----------------T--GTTGT-----AATGATT-TCAC--TT-T---GT----G-TATTTTGGACTC-TG-----------AATAAACTACTCTGTa
gi|14 : TGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTAAAA----AA--TAT---GATG---AT-GAG----------AGAGACAAG-AAA---TATTCAAA-ATT--AT-TAA-TA-TTAAATAT-TT--AAA-AA---ACT-----------C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATCAG---CAAAAACT-ATATATAT-----TGG---C--TGCTC-TTGAAA-----CT--GAGA
gi|15 : CC-TT-GAGA-TGGA-CGTAAATTTAT--------TCACTAAA--TG--CA---GTTC--A-AACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TAA---TA-A-CTTGTGAAA----AAATCAT---TATG-------------------AGAGACAAG-AAA---TATTT-AA-ATT--AT-TGA-TA-GTA
gi|16 : -ATCA-T-----GGTGT--TTTAAAAAT-TTGC-ATTT-------------------TTA-----T-----------------CTTTGTATATTC--A----TGGATTGG--CA--A-CTGTTCTT-TG---ATCATTTGTTGT-----C-TGATT-TCACT-TT-----GT----CCTATTTTG-ACTC-TGAA---TTAG-AAACAAAtttaacgattttaaa
gi|17 : A--AAAAT-TG-AATC-A-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAG-ATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA--TG--C---AGTTC---TAACAC-CA-TTGAAAATGAATA-A----TAT--TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTAAAA----AA--TAT---GA
gi|18 : AGAT-CATTGT--GT---------------A-ATTT-CTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-TTG-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAG-ATGA
gi|19 : tgaaacaatactggggttatgaaaattattaattttgattatGAAGAT-CA--GT--GTGTG-A-ACTGAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-C-GGTAA--ATAGT-CGAAA-T-A-GGTAGGTTT--AC-C-A-ATA-TTCA--A-GA-AAGGAT-CG-----ATAT--------TCACTGAA--T
gi|2 : aagttagtcagaGAAGAT-CATTATTGGTGTA-ATGTTAAG---A-ATTTCCTT-C-TCATCAAGTTA--AAAAT-TG-AATC-G-GGTAGATTCTGAC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAAAATG--CA--AGTTCT-ATAACAC--A-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTCAAA----AA--TATACCGATG---A--GAAGGGGAAAAA-AAAAACAAG-AAAAAATATTCAAAGATT--AT-TAA-TA-TTAAA-TTTAT--AAA-AA---ATTT------TTC-T-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAT---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---CT-TGCTT-C---AAGCT-TCTTGAAGAAGA-AA-AG---ATAATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGCGCAGAATT---TATGTAAC--AAATA----T---------A-TT---TA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATC--TA---GGGTGCTGTT-AAAAAT-T-GC-ATTT---TAG--ACTT---G--GTTATTC--T---T-TAGTCC------CTTTGTATATTCTAA----TGT-TTGG--CAT-AACTGTT-TT-CG---TTAAT--GTTGT-----TATGAAC-TCACT-TT-T---GT----C-TTTTTTGGACTC-TGGAAATTTAGAAAATAAA-CATTCTGTTCTtc
gi|21 : -A---C---ATC-A---A-ATCA-TA---GG-TGC--TT-AAAA-T-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTG-----TC--T-TAGT-C------T----TATATTCTA-----TGGATTAG--CA--A
gi|22 : TTGT-----AATGGTC-TCACT-TC-----GT----C-TATTTTGGACGC-TGAA---TTAG-AAATAAACTATTCTTTTCTtt
gi|23 : -TCATT-TTAT---GTTATTC-TATTTCGGACTT-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTat
gi|3 : T--ATGTAGA-GTTAAGGGGA-ATTT-CTG-C-TCA-CAACTTA--AA--------------GGTAGATTT--ACGC-AGACA-CTTC-TAAGATGATGGA----------------------ACTAAA--TG--CA---GTTTT-A--ACAC-CAATTGAAAGTGAATTTA----CA---GTGGT----GGAGGGTA-ATCTTG-------------------GA-----A--CCG--------A-A-AGATAAG-AAA---TATTTAAA-ATT--GTATTA-TA-GT-AA-AT-AT----C-AA---ATTTGGGGTGTTC-TGTA-CGCT-T-G-AAGGA-----GG-ATGAG---CAAAAACT-ATGA---TGGGGGTGG---C--TGCT--C---AT--CGTCT--GGGAAGAGAA-AG---A-AATC-C-ATGCAT--CTGGGGTG--C----TGGGTAG-ATT---TAT-TAAC--AAAAA----A---------A-TT----A-TA-T-----A---T---ATC-A---A-ATCA-TA----GGTGC--TT--AAAAT-T-GC-ATGGGAACAGATA--T---A--GTTA-----TGGGT-TAGT--------CTTTGTATATTCTAGATGTTGTAATGG--t
gi|4 : tgaagcaattttttaactgggattatgaaaattatttatctgttggttagaaattttgaggtGACGAT-CA--GT--TTGTA-A-ATTAAG---ACATTTT-TT-C-TCA-CA-------------------T-G-GGTAGGTTT--AC-C-A-ATA-TCCC-TT-GA-AAGGAT-CGA----TTAT--------GTACTAAA--TG--CA--A---CT-CTAATAC-CG-TAGTAAATGAAGG-A----CA---CTTTT----TGA---TA-A---TGTGAAA----CA--TAT---GATACCCA--AAG--------A-A-----AAT-AAA---TATTTCAA-TTT--AT-TGA-CA-G-AAA-AT-AT--CAA-AA-----TT------TTT-C-TA-C-TT-T-A-G---A-----T--AT------------------T---T-----TGG---C--TACT--T---AA--G-TC----AGAAGA-AA-AAT--A-AATT-C-TTG-AT--CT----TG-------TGGGCAGATTTGTGTAT-GATA--AAATAGCGTT---------G-TTGTGTG-TA-T--GATATTTT---GTC-ACTGA-ACTA-T----GTGTGC----------T-T-GT-ATAT--ACTG--A--T---A--CTTA-----T---TACA-------------TGTATATGCTAT----CAT-TTGG--CAT-TTCTTCTCTC-CA----TAA----CTGT-----AACTATT-TTAAG-TT-TGCGGT----T-CATTTTGGACTG-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTCgtctcactttgt
gi|5 : aatttagatctcaTT-CATCA-CAGGTTA--AATAT-TG-GA----------ATT----------ATA-TTCC-TA-AA-AAGGAT-CGA----CTAT--------GCTCCAAA--TG--CA--A-TTC--A-AATTC-CG-TTGAAAATGAAGT-A----CA---TTTTT----TGA---GA-A-GATGTGAAA----AA--TAT---GATA---A--CCA--------A-AGAAAC--G-AAA---TGTTT-CA-ATT--TT-TTA-CA-A-AAA-AT-AT--CCA-AA------T------TGT-C-TG-C-TT-T-A-A---A-----TA-ATGAA---CAAAAACT-AT-T---T-----TGG---C--AAC-C-T---AA--C-TCA--GAGGGGG-GG-GG---G-GGCT-T-TTG-AT--CT----TA--TTAAATGTGTATGATG---T-T-TGAC--A---------------------T---TA-TG-C---------C---ATT-A---A-A-CA-T------GTGC--TT-ATATA--T-GT-ATTG--GCAT--C--T---ATTGTTA-----C---T-GAA---------------ATATTCGA-----TCAACTGA--CA--CATCTTTCTCTCGA--TTA-----CTGT-----AACTTTT-TCATG-TT-T---TT----C-CATTTTGGACTC-T--A---TCTG-AAAc
gi|6 : tTCT----TGA---TACA-ATTGTCAAA----A---TAT---GATG---AT-GAG--------A----GACAAGGAAA---TATTCAAA-ATT--AT-TAA-TATCCAAG-AT-AT--AAA-AAT--GTTT------TGCTT-TA-C-CTCT-T-A---AGCTTCTA-ATGAAGCCCTAAAACT--TA----T-----TGGAAACCATGCT--C---AA--C-TCT--GAAGAGA-AAGAG---A-ATTC-CTTTG-AT--CTAC--AA--T----TGGACCAGATT---TAT-TAAC--AAAAA----T---------A-TA---TATTA-C--AA-A---T---ATCAA---A-ATCA-TT---AGGTGC--TT-AAgtgttctactctatgcacctaac
gi|7 : tgcactagagatggctagtctcctcaaaacaacacactatggatattatagctaaatatggTTTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-A-GAGGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CCCC-TT-GAGA-TGAA-CGT----TTATAATTATATGCACTAAA--TG--CAGAACTTCT-A--ACAC-CA-TTGCAAATAAATTTATTTCCA---TTTCT----TAA---TA-A-CTTGTGAAG----AA--TAT---TATT---A---AG--------A-A-AGACAAG-AAC---TATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-GTAAA--T-AT--AAACAA---ATTT----------C-TA-C-TT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAATT-ATA----T-----TGG------TGCTC-
gi|8 : A--TG--CA--AATCG----AATAC-AA-TCGAAAATGAAGT-A----CACTTTTTTT----TTA---TA-A-C--GTGAAA----AA--TAT---GATA---A--CCG--------A-AGAAA--AG-AAA---TATTTCAA-TAT--AT-TGA-GA---AAA-A--AT--AAT-CATTTTTTT------TTT-C-TG-C-CT-A-A-G---A-----TA-ATGAG---CAAAGACT-AT-T---T-----CGA---C--T--TC-C---AA--A-T-T--CAAAAGATAA-AG---A-AATT-C-TTG-AT--CT----CG--TGCA-TGGGCAG-ATT---TGT-CAATGAAAACA----T---------A-Ta
gi|9 : AAAA-AA-AT---T-AATTGC-TTT-AT--CA----TT--T----TAGACAGAATT---T---CAAC--AG-TA----TTTTGTTT--A-TT---CA-TA-TCTAA-A---T---ATC-A---A--TCA-TA---GG-TGC--TT-AAAAA--------------------------------A-----T---T--AG---------CTTTGTATATTCTA-----TGTATTGG--CA--A-CTGTTCTC------TTAAT--GT-GT-----TA--ATCATCACT-TT-----GT----C-TGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAACTATCTGTTCTgatgtatacgtagttg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GATCTAATGTGTATAATATTTTATATTATGATGCATACTTTTGGCATTGGAATTACTGTCGCATTGTCATTATTGCCTCCCTGTAATATCTATACAATTGACATTTCTTCCTCTTGCCAACTTCTGTACAACTCTTTTCATCTTTGTCCATTTTTGGAACTC
Unaligned ( gi|20 ): TAAACAGTTATACATTCATTGGCACCTATGGTTCCTGAACTATTCTATCAATTGACATCTATTCTCTCGATTACTG
Alignments
lowQualScore : 22 111 22222 111 11111111111111111 33333333333 111 111 3333333333333333333333 11111 22222222222222222 11111 11111111111 111111 111111111111 111 3333333333333 1111 55555555555555555555555555555555555555555 11111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222 11111 3333333 111111 11111 1111
lowQualScore : 8 11 99 888 111 6 7 5 5 5 0 66 2 4 4 77777 66 8 4 4 4 4 4 555 4 88888888888888888 99 66 33333333333 4 4 7 7777 000 7777 555 3 3 1 7777 77 111 5555555555555555555555 2 3 666 4 3 55 3 0 3 44444 4 4 666 4 22222222222222222 4 4 4 4 555 777 00000 8 777 4 88888888888 111111 3 999999999999 66 8 4 111 4 4 8 4 66 3333333333333 5 777 4444 55 44 00000000000000000000000000000000000000000 4 777 3 3 88888 3 55 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 444444444 55 99999 1111111 7777 222222 0 4 99 66666 6666 4 777 4 8
lowQualScore : . .. .. ... ... . . . . . . .. . . . ..... .. . . . . . . ... . ................. .. .. ........... . . . .... ... .... ... . . . .... .. ... ...................... . . ... . . .. . . . ..... . . ... . ................. . . . . ... ... ..... . ... . ........... ...... . ............ .. . . ... . . . . .. ............. . ... .... .. .. ......................................... . ... . . ..... . .. . ........................................................... . ......... .. ..... ....... .... ...... . . .. ..... .... . ... . .
lowQualScore : 0 00 22 333 777 7 1 0 0 0 2 11 0 4 4 88888 11 9 4 4 4 0 0 555 4 44444444444444444 55 11 33333333333 0 0 3 7777 000 1111 888 3 3 0 1111 99 777 4444444444444444444444 8 6 444 3 6 00 6 4 6 99999 0 0 222 0 44444444444444444 0 0 0 0 333 000 00000 0 000 0 77777777777 555555 2 999999999999 11 0 0 000 0 4 9 4 11 6666666666666 2 000 1111 55 88 33333333333333333333333333333333333333333 0 000 6 6 77777 6 00 6 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 777777777 55 99999 1111111 1111 111111 1 0 66 77777 5555 0 000 0 4
consensus : GAAGAT-CATTGT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA--TG--CA--AGTTCT-ATAACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA----AA--TAT---GATG---A--GAG--------A-AGAGACAAG-AAA---TATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-G--TAAA-AT-AT--AAA-AA---ATTT------TTC-C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---C--TGCTC-C---AA--C-TCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGGGCAGAATT---TAT-CAAC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GGGTGC--TT-AAAAAT-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTA-----T---T-TAGT-C------CTTTGTATATTCTAG----TGTATTGG--CA--AACTGTTCTC-CG---TTAA--TGTTGT-----NATGATC-TCACT-TT-T---GT----CTATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTCT
Reference ( family-3083 ) : GAAGAT-CATTGT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA--TG--CA--AGTTCT-ATAACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA----AA--TAT---GATG---A--GAG--------A-AGAGACAAG-AAA---TATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-G--TAAA-AT-AT--AAA-AA---ATTT------TTC-C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---C--TGCTC-C---AA--C-TCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGGGCAGAATT---TAT-CAAC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GGGTGC--TT-AAAAAT-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTA-----T---T-TAGT-C------CTTTGTATATTCTAG----TGTATTGG--CA--AACTGTTCTC-CG---TTAA--TGTTGT-----NATGATC-TCACT-TT-T---GT----CTATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAGCATTCTGTTCT
gi|1 : AAGATACAT-AT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTTGC-TTA--AGGTTAGAAAAATATG-AATC-G-GGCAGATTT--ACGCGA-ACAGCTCCGTA-GAGA-TGAAACGT----C-GT--------GCACTAAAG-TGGGCA--GTTTCTTATC-CACGCA-TTGAAAATGAATT-A----CA----TTTT----TGA---TA-A-CTTGTCAAA----AAT-TAC---G--G---ATCGAT--------G-AGAGGCAAG-AAA---TATTCAAA-ATCAGAT-TAA-T--GCTTAAA-AT-ATAAAAA-AA---ACTT------TTT-C-TAGC-CT-TGG-A---A-----TATATGAG---CAAAAAATAATAT---T-----GGG---C--TGCTCAC---AA--C-TCT--GAGA--G-AA-AG---A-AATC-CTTTG-ATGGCT----TGTCT----TGGGCAGATTT---TTTACAA---AAATA----T---------A--T---AA-TAGC--AA-AT--T---ATC-A---ACATCAGCC---AGGTGC--TT-AAAATTCT-GCAATTT--ATAG--A--CTTGG--GTTATTTGCT---T-TAGT--------CTTTGTATATTC--G----TTT-TTGGCCCAATAACTGTTCTC-CGTGCTTAA--TGTTGTTATGAAATGATC-TCACTGTT-T---GTG---CTGTTTT-GACTCATGAA---TTAG-AAATAAAGCATTCTGTTCT
gi|10 : aattttgttatagaAAA-AA-AGTTTA-ATTG-C-TTT-AT--TC----AA--T----TTAGCAGAATT---T---CAAC--AG-TA----TTTTTGTTTCA-TT---CA-TA-TCTAA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GG-TGC--TT-AAAAAT-T------------------------------------------AGT-C-------TTTGTATATTCTA-----TGTATTGG--CA--A-CTGTTCTC------TTAA--TGTTGT-----TATAATC-TCACT-TT-----GT----CTGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAA-CATTCTGTTCTtgttttctgttctgtataaagtg
gi|11 : -CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTTGATATGA---TA-A-CTTGTGAAACTGAAA--TATTATGATA---A--GAG--------ATAGAGA-----AAA---TATTTAAA-ATA--AT-TGACTA-G--TAA-----AT--ACA-AA---TTTT------TTC-C-TA-C-CT-T-GAA---A-----TAGATGAA---CAAAAACT-ATAA---T-----TGG---C--T-CT--C---AT--C-TCT--GAAGAGA-AT-AG---A-AAatc
gi|12 : TT---TAT-TA-C--AAGTA----T---------AATT---CA-T--C--AG-G---TCACATC-A---A-GTCA-TACATAGGTAC--TT-AAAA-T-T-AC-ATTT--ACAG--A--T---A----TA-----T---T-TA-T-CTGAAGTCTTTGTATATTCTAG-----GGATTGG--C---AAC-------------------TGTTGT-----AATGATT-TCAC--TT-T---GT----GTATTTTGGACTC-TG-----------AATAAACTACTCTGTa
gi|14 : TGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTAAAA----AA--TAT---GATG---AT-GAG----------AGAGACAAG-AAA---TATTCAAA-ATT--AT-TAA-TA-T--TAAATAT-TT--AAA-AA---ACT-----------C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATCAG---CAAAAACT-ATATATAT-----TGG---C--TGCTC-TTGAAA-----CT--GAGA
gi|15 : CC-TT-GAGA-TGGA-CGTAAATTTAT--------TCACTAAA--TG--CA---GTTC--A-AACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TAA---TA-A-CTTGTGAAA----AAATCAT---TATG-------------------AGAGACAAG-AAA---TATTT-AA-ATT--AT-TGA-TA-G--TA
gi|16 : -ATCA-T-----GGTGT--TTTAAAAAT-TTGC-ATTT-------------------TTA-----T-----------------CTTTGTATATTC--A----TGGATTGG--C---AACTGTTCTT-TG---ATCATTTGTTGT-----C-TGATT-TCAC--TT-T---GTC---CTATTTT-GACTC-TGAA---TTAG-AAACAAAtttaacgattttaaa
gi|17 : A--AAAAT-TG-AATC-A-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAG-ATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA--TG--C---AGTTC---TAACAC-CA-TTGAAAATGAATA-A----TAT--TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTAAAA----AA--TAT---GA
gi|18 : AGAT-CATTGT--GT---------------A-ATTT-CTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-TTG-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAG-ATGA
gi|19 : tgaaacaatactggggttatgaaaattattaattttgattatGAAGAT-CA--GT--GTGTG-A-ACTGAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-C-GGTAA--ATAGT-CGAAA-T-A-GGTAGGTTT--AC-C-A-ATA-TTCA--A-GA-AAGGAT-CG-----ATAT--------TCACTGAA--T
gi|2 : aagttagtcagaGAAGAT-CATTATTGGTGTA-ATGTTAAG---A-ATTTCCTT-C-TCATCAAGTTA--AAAAT-TG-AATC-G-GGTAGATTCTGAC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAAAATG--CA--AGTTCT-ATAACAC--A-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTCAAA----AA--TATACCGATG---A--GAAGGGGAAAAA-AAAAACAAG-AAAAAATATTCAAAGATT--AT-TAA-TA-T--TAAA-TTTAT--AAA-AA---ATTT------TTC-T-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAT---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---CT-TGCTT-C---AAGCT-TCTTGAAGAAGA-AA-AG---ATAATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGCGCAGAATT---TATGTAAC--AAATA----T---------A-TT---TA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATC--TA---GGGTGCTGTT-AAAAAT-T-GC-ATTT---TAG--ACTT---G--GTTATTC--T---T-TAGTCC------CTTTGTATATTCTAA----TGT-TTGG--CAT-AACTGTT-TT-CG---TTAA--TGTTGT-----TATGAAC-TCACT-TT-T---GT----CTTTTTTGGACTC-TGGAAATTTAGAAAATAAA-CATTCTGTTCTtc
gi|21 : -A---C---ATC-A---A-ATCA-TA---GG-TGC--TT-AAAA-T-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTG-----TC--T-TAGT-C------T----TATATTCTA-----TGGATTAG--CA--A
gi|22 : TTGT-----AATGGTC-TCACT-TC-----GT----CTATTTTGGACGC-TGAA---TTAG-AAATAAACTATTCTTTTCTtt
gi|23 : -TCATT-TTAT---GTTATTCTATTTCGGACTT-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTat
gi|3 : T--ATGTAGA-GTTAAGGGGA-ATTT-CTG-C-TCA-CAACTTA--AA--------------GGTAGATTT--ACGC-AGACA-CTTC-TAAGATGATGGA----------------------ACTAAA--TG--CA---GTTTT-A--ACAC-CAATTGAAAGTGAATTTA----CA---GTGGT----GGAGGGTA-ATCTTG-------------------GA-----A--CCG--------A-A-AGATAAG-AAA---TATTTAAA-ATT--GTATTA-TA-G--T-AA-AT-AT----C-AA---ATTTGGGGTGTTC-TGTA-CGCT-T-G-AAGGA-----GG-ATGAG---CAAAAACT-ATGA---TGGGGGTGG---C--TGCT--C---AT--CGTCT--GGGAAGAGAA-AG---A-AATC-C-ATGCAT--CTGGGGTG--C----TGGGTAG-ATT---TAT-TAAC--AAAAA----A---------A-TT----A-TA-T-----A---T---ATC-A---A-ATCA-TA----GGTGC--TT--AAAAT-T-GC-ATGGGAACAGATA--T---A--GTTA-----TGGGT-TAGT--------CTTTGTATATTCTAGATGTTGTAATGG--t
gi|4 : tgaagcaattttttaactgggattatgaaaattatttatctgttggttagaaattttgaggtGACGAT-CA--GT--TTGTA-A-ATTAAG---ACATTTT-TT-C-TCA-CA-------------------T-G-GGTAGGTTT--AC-C-A-ATA-TCCC-TT-GA-AAGGAT-CGA----TTAT--------GTACTAAA--TG--CA--A---CT-CTAATAC-CG-TAGTAAATGAAGG-A----CA---CTTTT----TGA---TA-A---TGTGAAA----CA--TAT---GATACCCA--AAG--------A-A-----AAT-AAA---TATTTCAA-TTT--AT-TGA-CA-G---AAA-AT-AT--CAA-AA-----TT------TTT-C-TA-C-TT-T-A-G---A-----T--AT------------------T---T-----TGG---C--TACT--T---AA--G-TC----AGAAGA-AA-AAT--A-AATT-C-TTG-AT--CT----TG-------TGGGCAGATTTGTGTAT-GATA--AAATAGCGTT---------G-TTGTGTG-TA-T--GATATTTT---GTC-ACTGA-ACTA-T----GTGTGC----------T-T-GT-ATAT--ACTG--A--T---A--CTTA-----T---TACA-------------TGTATATGCTAT----CAT-TTGG--CAT-TTCTTCTCTC-CA----TAA----CTGT-----AACTATT-TTAAG-TT-TGCGGT----TCATTTTGGACTG-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTCgtctcactttgt
gi|5 : aatttagatctcaTT-CATCA-CAGGTTA--AATAT-TG-GA----------ATT----------ATA-TTCC-TA-AA-AAGGAT-CGA----CTAT--------GCTCCAAA--TG--CA--A-TTC--A-AATTC-CG-TTGAAAATGAAGT-A----CA---TTTTT----TGA---GA-A-GATGTGAAA----AA--TAT---GATA---A--CCA--------A-AGAAAC--G-AAA---TGTTT-CA-ATT--TT-TTA-CA-A---AAA-AT-AT--CCA-AA------T------TGT-C-TG-C-TT-T-A-A---A-----TA-ATGAA---CAAAAACT-AT-T---T-----TGG---C--AAC-C-T---AA--C-TCA--GAGGGGG-GG-GG---G-GGCT-T-TTG-AT--CT----TA--TTAAATGTGTATGATG---T-T-TGAC--A---------------------T---TA-TG-C---------C---ATT-A---A-A-CA-T------GTGC--TT-ATATA--T-GT-ATTG--GCAT--C--T---ATTGTTA-----C---T-GAA---------------ATATTCGA-----TCAACTGA--CA--CATCTTTCTCTCGA--TTA-----CTGT-----AACTTTT-TCATG-TT-T---TT----CCATTTTGGACTC-T--A---TCTG-----AAAGTGTTCTACTCTc
gi|6 : tTCT----TGA---TACA-ATTGTCAAA----A---TAT---GATG---AT-GAG--------A----GACAAGGAAA---TATTCAAA-ATT--AT-TAA-TATC--CAAG-AT-AT--AAA-AAT--GTTT------TGCTT-TA-C-CTCT-T-A---AGCTTCTA-ATGAAGCCCTAAAACT--TA----T-----TGGAAACCATGCT--C---AA--C-TCT--GAAGAGA-AAGAG---A-ATTC-CTTTG-AT--CTAC--AA--T----TGGACCAGATT---TAT-TAAC--AAAAA----T---------A-TA---TATTA-C--AA-A---T---ATCAA---A-ATCA-TT---AGGTGC--TT-AAatgcacctaac
gi|7 : tgcactagagatggctagtctcctcaaaacaacacactatggatattatagctaaatatggTTTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-A-GAGGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CCCC-TT-GAGA-TGAA-CGT----TTATAATTATATGCACTAAA--TG--CAGAACTTCT-A--ACAC-CA-TTGCAAATAAATTTATTTCCA---TTTCT----TAA---TA-A-CTTGTGAAG----AA--TAT---TATT---A---AG--------A-A-AGACAAG-AAC---TATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-G--T-AA-AT-AT--AAACAA---ATTT----------C-TA-C-TT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAATT-ATA----T-----TGG------TGCTC-
gi|8 : A--TG--CA--AATCG----AATAC-AA-TCGAAAATGAAGT-A----CACTTTTTTT----TTA---TA-A-C--GTGAAA----AA--TAT---GATA---A--CCG--------A-AGAAA--AG-AAA---TATTTCAA-TAT--AT-TGA-GA-----AAA-A--AT--AAT-CATTTTTTT------TTT-C-TG-C-CT-A-A-G---A-----TA-ATGAG---CAAAGACT-AT-T---T-----CGA---C--T--TC-C---AA--A-T-T--CAAAAGATAA-AG---A-AATT-C-TTG-AT--CT----CG--TGCA-TGGGCAG-ATT---TGT-CAATGAAAACA----T---------A-Ta
gi|9 : AAAA-AA-AT---T-AATTGC-TTT-AT--CA----TT--T----TAGACAGAATT---T---CAAC--AG-TA----TTTTGTTT--A-TT---CA-TA-TCTAA-A---T---ATC-A---A--TCA-TA---GG-TGC--TT-AAAAA--------------------------------A-----T---T--AG---------CTTTGTATATTCTA-----TGTATTGG--CA--A-CTGTTCTC------TTAA--TGT-GT-----TA--ATCATCACT-TT-----GT----CTGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAACTATCTGTTCTgatgtatacgtagttg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GATCTAATGTGTATAATATTTTATATTATGATGCATACTTTTGGCATTGGAATTACTGTCGCATTGTCATTATTGCCTCCCTGTAATATCTATACAATTGACATTTCTTCCTCTTGCCAACTTCTGTACAACTCTTTTCATCTTTGTCCATTTTTGGAACTC
Unaligned ( gi|20 ): TAAACAGTTATACATTCATTGGCACCTATGGTTCCTGAACTATTCTATCAATTGACATCTATTCTCTCGATTACTG
Alignments
lowQualScore : 22 111 22222 111 11111111111111111 33333333333 111 111 3333333333333333333333 11111 22222222222222222 11111 11111111111 111111 111111111111 111 3333333333333 1111 55555555555555555555555555555555555555555 11111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222 11111 3333333 111111 11111 1111
lowQualScore : 8 11 99 888 111 6 7 5 5 5 0 66 2 4 4 77777 66 8 4 4 4 4 4 555 4 88888888888888888 99 66 33333333333 4 4 7 7777 000 7777 555 3 3 1 7777 77 111 5555555555555555555555 2 3 666 4 3 55 3 0 3 44444 4 4 666 4 22222222222222222 4 4 4 4 555 777 00000 8 777 4 88888888888 111111 3 999999999999 66 8 4 111 4 4 8 4 66 3333333333333 5 777 4444 55 44 00000000000000000000000000000000000000000 4 777 3 3 88888 3 55 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 444444444 55 99999 1111111 7777 222222 0 4 99 66666 6666 4 777 4 7 1
lowQualScore : . .. .. ... ... . . . . . . .. . . . ..... .. . . . . . . ... . ................. .. .. ........... . . . .... ... .... ... . . . .... .. ... ...................... . . ... . . .. . . . ..... . . ... . ................. . . . . ... ... ..... . ... . ........... ...... . ............ .. . . ... . . . . .. ............. . ... .... .. .. ......................................... . ... . . ..... . .. . ........................................................... . ......... .. ..... ....... .... ...... . . .. ..... .... . ... . . .
lowQualScore : 0 00 22 333 777 7 1 0 0 0 2 11 0 4 4 88888 11 9 4 4 4 0 0 555 4 44444444444444444 55 11 33333333333 0 0 3 7777 000 1111 888 3 3 0 1111 99 777 4444444444444444444444 8 6 444 3 6 00 6 4 6 99999 0 0 222 0 44444444444444444 0 0 0 0 333 000 00000 0 000 0 77777777777 555555 2 999999999999 11 0 0 000 0 4 9 4 11 6666666666666 2 000 1111 55 88 33333333333333333333333333333333333333333 0 000 6 6 77777 6 00 6 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 777777777 55 99999 1111111 1111 111111 1 0 66 77777 5555 0 000 4 6 1
consensus : GAAGAT-CATTGT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA--TG--CA--AGTTCT-ATAACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA----AA--TAT---GATG---A--GAG--------A-AGAGACAAG-AAA---TATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-G--TAAA-AT-AT--AAA-AA---ATTT------TTC-C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---C--TGCTC-C---AA--C-TCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGGGCAGAATT---TAT-CAAC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GGGTGC--TT-AAAAAT-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTA-----T---T-TAGT-C------CTTTGTATATTCTAG----TGTATTGG--CA--AACTGTTCTC-CG---TTAA--TGTTGT-----NATGATC-TCACT-TT-T---GT----CTATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTCT
Reference ( family-3083 ) : GAAGAT-CATTGT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA--TG--CA--AGTTCT-ATAACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA----AA--TAT---GATG---A--GAG--------A-AGAGACAAG-AAA---TATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-G--TAAA-AT-AT--AAA-AA---ATTT------TTC-C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---C--TGCTC-C---AA--C-TCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGGGCAGAATT---TAT-CAAC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GGGTGC--TT-AAAAAT-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTA-----T---T-TAGT-C------CTTTGTATATTCTAG----TGTATTGG--CA--AACTGTTCTC-CG---TTAA--TGTTGT-----NATGATC-TCACT-TT-T---GT----CTATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTCT
gi|1 : AAGATACAT-AT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTTGC-TTA--AGGTTAGAAAAATATG-AATC-G-GGCAGATTT--ACGCGA-ACAGCTCCGTA-GAGA-TGAAACGT----C-GT--------GCACTAAAG-TGGGCA--GTTTCTTATC-CACGCA-TTGAAAATGAATT-A----CA----TTTT----TGA---TA-A-CTTGTCAAA----AAT-TAC---G--G---ATCGAT--------G-AGAGGCAAG-AAA---TATTCAAA-ATCAGAT-TAA-T--GCTTAAA-AT-ATAAAAA-AA---ACTT------TTT-C-TAGC-CT-TGG-A---A-----TATATGAG---CAAAAAATAATAT---T-----GGG---C--TGCTCAC---AA--C-TCT--GAGA--G-AA-AG---A-AATC-CTTTG-ATGGCT----TGTCT----TGGGCAGATTT---TTTACAA---AAATA----T---------A--T---AA-TAGC--AA-AT--T---ATC-A---ACATCAGCC---AGGTGC--TT-AAAATTCT-GCAATTT--ATAG--A--CTTGG--GTTATTTGCT---T-TAGT--------CTTTGTATATTC--G----TTT-TTGGCCCAATAACTGTTCTC-CGTGCTTAA--TGTTGTTATGAAATGATC-TCACTGTT-T---GTG---CTGTTTT-GACTCATGAA---TTAG-AAATAAAGCATTCTGTTCT
gi|10 : aattttgttatagaAAA-AA-AGTTTA-ATTG-C-TTT-AT--TC----AA--T----TTAGCAGAATT---T---CAAC--AG-TA----TTTTTGTTTCA-TT---CA-TA-TCTAA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GG-TGC--TT-AAAAAT-T------------------------------------------AGT-C-------TTTGTATATTCTA-----TGTATTGG--CA--A-CTGTTCTC------TTAA--TGTTGT-----TATAATC-TCACT-TT-----GT----CTGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAA-CATTCTGTTCTtgttttctgttctgtataaagtg
gi|11 : -CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTTGATATGA---TA-A-CTTGTGAAACTGAAA--TATTATGATA---A--GAG--------ATAGAGA-----AAA---TATTTAAA-ATA--AT-TGACTA-G--TAA-----AT--ACA-AA---TTTT------TTC-C-TA-C-CT-T-GAA---A-----TAGATGAA---CAAAAACT-ATAA---T-----TGG---C--T-CT--C---AT--C-TCT--GAAGAGA-AT-AG---A-AAatc
gi|12 : TT---TAT-TA-C--AAGTA----T---------AATT---CA-T--C--AG-G---TCACATC-A---A-GTCA-TACATAGGTAC--TT-AAAA-T-T-AC-ATTT--ACAG--A--T---A----TA-----T---T-TA-T-CTGAAGTCTTTGTATATTCTAG-----GGATTGG--C---AAC-------------------TGTTGT-----AATGATT-TCAC--TT-T---GT----GTATTTTGGACTC-TGAA---Ta
gi|14 : TGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTAAAA----AA--TAT---GATG---AT-GAG----------AGAGACAAG-AAA---TATTCAAA-ATT--AT-TAA-TA-T--TAAATAT-TT--AAA-AA---ACT-----------C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATCAG---CAAAAACT-ATATATAT-----TGG---C--TGCTC-TTGAAA-----CT--GAGAaaactactctgt
gi|15 : CC-TT-GAGA-TGGA-CGTAAATTTAT--------TCACTAAA--TG--CA---GTTC--A-AACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TAA---TA-A-CTTGTGAAA----AAATCAT---TATG-------------------AGAGACAAG-AAA---TATTT-AA-ATT--AT-TGA-TA-G--TA
gi|16 : -ATCA-T-----GGTGT--TTTAAAAAT-TTGC-ATTT-------------------TTA-----T-----------------CTTTGTATATTC--A----TGGATTGG--C---AACTGTTCTT-TG---ATCATTTGTTGT-----C-TGATT-TCAC--TT-T---GTC---CTATTTT-GACTC-TGAA---TTAG-AAACAAAtttaacgattttaaa
gi|17 : A--AAAAT-TG-AATC-A-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAG-ATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA--TG--C---AGTTC---TAACAC-CA-TTGAAAATGAATA-A----TAT--TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTAAAA----AA--TAT---GA
gi|18 : AGAT-CATTGT--GT---------------A-ATTT-CTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-TTG-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAG-ATGA
gi|19 : tgaaacaatactggggttatgaaaattattaattttgattatGAAGAT-CA--GT--GTGTG-A-ACTGAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-C-GGTAA--ATAGT-CGAAA-T-A-GGTAGGTTT--AC-C-A-ATA-TTCA--A-GA-AAGGAT-CG-----ATAT--------TCACTGAA--T
gi|2 : aagttagtcagaGAAGAT-CATTATTGGTGTA-ATGTTAAG---A-ATTTCCTT-C-TCATCAAGTTA--AAAAT-TG-AATC-G-GGTAGATTCTGAC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAAAATG--CA--AGTTCT-ATAACAC--A-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTCAAA----AA--TATACCGATG---A--GAAGGGGAAAAA-AAAAACAAG-AAAAAATATTCAAAGATT--AT-TAA-TA-T--TAAA-TTTAT--AAA-AA---ATTT------TTC-T-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAT---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---CT-TGCTT-C---AAGCT-TCTTGAAGAAGA-AA-AG---ATAATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGCGCAGAATT---TATGTAAC--AAATA----T---------A-TT---TA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATC--TA---GGGTGCTGTT-AAAAAT-T-GC-ATTT---TAG--ACTT---G--GTTATTC--T---T-TAGTCC------CTTTGTATATTCTAA----TGT-TTGG--CAT-AACTGTT-TT-CG---TTAA--TGTTGT-----TATGAAC-TCACT-TT-T---GT----CTTTTTTGGACTC-TGGAAATTTAGAAAATAAA-CATTCTGTTCTtc
gi|21 : -A---C---ATC-A---A-ATCA-TA---GG-TGC--TT-AAAA-T-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTG-----TC--T-TAGT-C------T----TATATTCTA-----TGGATTAG--CA--A
gi|22 : TTGT-----AATGGTC-TCACT-TC-----GT----CTATTTTGGACGC-TGAA---TTAG-AAATAAACTATTCTTTTCTtt
gi|23 : -TCATT-TTAT---GTTATTCTATTTCGGACTT-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTat
gi|3 : T--ATGTAGA-GTTAAGGGGA-ATTT-CTG-C-TCA-CAACTTA--AA--------------GGTAGATTT--ACGC-AGACA-CTTC-TAAGATGATGGA----------------------ACTAAA--TG--CA---GTTTT-A--ACAC-CAATTGAAAGTGAATTTA----CA---GTGGT----GGAGGGTA-ATCTTG-------------------GA-----A--CCG--------A-A-AGATAAG-AAA---TATTTAAA-ATT--GTATTA-TA-G--T-AA-AT-AT----C-AA---ATTTGGGGTGTTC-TGTA-CGCT-T-G-AAGGA-----GG-ATGAG---CAAAAACT-ATGA---TGGGGGTGG---C--TGCT--C---AT--CGTCT--GGGAAGAGAA-AG---A-AATC-C-ATGCAT--CTGGGGTG--C----TGGGTAG-ATT---TAT-TAAC--AAAAA----A---------A-TT----A-TA-T-----A---T---ATC-A---A-ATCA-TA----GGTGC--TT--AAAAT-T-GC-ATGGGAACAGATA--T---A--GTTA-----TGGGT-TAGT--------CTTTGTATATTCTAGATGTTGTAATGG--t
gi|4 : tgaagcaattttttaactgggattatgaaaattatttatctgttggttagaaattttgaggtGACGAT-CA--GT--TTGTA-A-ATTAAG---ACATTTT-TT-C-TCA-CA-------------------T-G-GGTAGGTTT--AC-C-A-ATA-TCCC-TT-GA-AAGGAT-CGA----TTAT--------GTACTAAA--TG--CA--A---CT-CTAATAC-CG-TAGTAAATGAAGG-A----CA---CTTTT----TGA---TA-A---TGTGAAA----CA--TAT---GATACCCA--AAG--------A-A-----AAT-AAA---TATTTCAA-TTT--AT-TGA-CA-G---AAA-AT-AT--CAA-AA-----TT------TTT-C-TA-C-TT-T-A-G---A-----T--AT------------------T---T-----TGG---C--TACT--T---AA--G-TC----AGAAGA-AA-AAT--A-AATT-C-TTG-AT--CT----TG-------TGGGCAGATTTGTGTAT-GATA--AAATAGCGTT---------G-TTGTGTG-TA-T--GATATTTT---GTC-ACTGA-ACTA-T----GTGTGC----------T-T-GT-ATAT--ACTG--A--T---A--CTTA-----T---TACA-------------TGTATATGCTAT----CAT-TTGG--CAT-TTCTTCTCTC-CA----TAA----CTGT-----AACTATT-TTAAG-TT-TGCGGT----TCATTTTGGACTG-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTCgtctcactttgt
gi|5 : aatttagatctcaTT-CATCA-CAGGTTA--AATAT-TG-GA----------ATT----------ATA-TTCC-TA-AA-AAGGAT-CGA----CTAT--------GCTCCAAA--TG--CA--A-TTC--A-AATTC-CG-TTGAAAATGAAGT-A----CA---TTTTT----TGA---GA-A-GATGTGAAA----AA--TAT---GATA---A--CCA--------A-AGAAAC--G-AAA---TGTTT-CA-ATT--TT-TTA-CA-A---AAA-AT-AT--CCA-AA------T------TGT-C-TG-C-TT-T-A-A---A-----TA-ATGAA---CAAAAACT-AT-T---T-----TGG---C--AAC-C-T---AA--C-TCA--GAGGGGG-GG-GG---G-GGCT-T-TTG-AT--CT----TA--TTAAATGTGTATGATG---T-T-TGAC--A---------------------T---TA-TG-C---------C---ATT-A---A-A-CA-T------GTGC--TT-ATATA--T-GT-ATTG--GCAT--C--T---ATTGTTA-----C---T-GAA---------------ATATTCGA-----TCAACTGA--CA--CATCTTTCTCTCGA--TTA-----CTGT-----AACTTTT-TCATG-TT-T---TT----CCATTTTGGACTC-T--A---TCTG-----AAAGTGTTCTACTCTc
gi|6 : tTCT----TGA---TACA-ATTGTCAAA----A---TAT---GATG---AT-GAG--------A----GACAAGGAAA---TATTCAAA-ATT--AT-TAA-TATC--CAAG-AT-AT--AAA-AAT--GTTT------TGCTT-TA-C-CTCT-T-A---AGCTTCTA-ATGAAGCCCTAAAACT--TA----T-----TGGAAACCATGCT--C---AA--C-TCT--GAAGAGA-AAGAG---A-ATTC-CTTTG-AT--CTAC--AA--T----TGGACCAGATT---TAT-TAAC--AAAAA----T---------A-TA---TATTA-C--AA-A---T---ATCAA---A-ATCA-TT---AGGTGC--TT-AAatgcacctaac
gi|7 : tgcactagagatggctagtctcctcaaaacaacacactatggatattatagctaaatatggTTTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-A-GAGGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CCCC-TT-GAGA-TGAA-CGT----TTATAATTATATGCACTAAA--TG--CAGAACTTCT-A--ACAC-CA-TTGCAAATAAATTTATTTCCA---TTTCT----TAA---TA-A-CTTGTGAAG----AA--TAT---TATT---A---AG--------A-A-AGACAAG-AAC---TATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-G--T-AA-AT-AT--AAACAA---ATTT----------C-TA-C-TT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAATT-ATA----T-----TGG------TGCTC-
gi|8 : A--TG--CA--AATCG----AATAC-AA-TCGAAAATGAAGT-A----CACTTTTTTT----TTA---TA-A-C--GTGAAA----AA--TAT---GATA---A--CCG--------A-AGAAA--AG-AAA---TATTTCAA-TAT--AT-TGA-GA-----AAA-A--AT--AAT-CATTTTTTT------TTT-C-TG-C-CT-A-A-G---A-----TA-ATGAG---CAAAGACT-AT-T---T-----CGA---C--T--TC-C---AA--A-T-T--CAAAAGATAA-AG---A-AATT-C-TTG-AT--CT----CG--TGCA-TGGGCAG-ATT---TGT-CAATGAAAACA----T---------A-Ta
gi|9 : AAAA-AA-AT---T-AATTGC-TTT-AT--CA----TT--T----TAGACAGAATT---T---CAAC--AG-TA----TTTTGTTT--A-TT---CA-TA-TCTAA-A---T---ATC-A---A--TCA-TA---GG-TGC--TT-AAAAA--------------------------------A-----T---T--AG---------CTTTGTATATTCTA-----TGTATTGG--CA--A-CTGTTCTC------TTAA--TGT-GT-----TA--ATCATCACT-TT-----GT----CTGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAACTATCTGTTCTgatgtatacgtagttg
blockSeqs : . TT TG AT GGG C T . A T . A . A TCA TG G . G . . A GAA . TTTATAATTATAT AA . GAACTTCTA . A T TTTC CTT GATA GGG C T G CTGA AT TAT GAGAAGGGGAAAAAAA C G AAA A G . A C TCC T T A C ATTTGGGGTGTTC G . G C GA AGG GCTTC G GCC . GATGGGGG AAACCA G CTTGAAA TG G G TTT T G T C . GGGGTGC A GTG ATGT GA GT TTTTTGTTTCATTCATATCTAAAT A CTG . . ACATA G TG T ATTGCATGGGAACAGATATAGTTATGGGTTAGTCT T GATGTTGTA . ATAA TCGAT ATTT T A T TGCG TATT . AAT A C A
blockSeqs : . TT . GA . . C . . . . A . . TTG . . . . . . . TGA . TAAATTTAT . . AGTTCTAT . . T . T . . . . A . . ACC ACCCAAAGAA C . . A . . . . GT . . A . TTTTTTTTTT . . . . G . . . . . ATATAT CT G TCAAGCT . T . T . . . . . TATTAAA A . ATT . AT GCGTTGTTGTGTGTATGATATTTT . . . . AG G . . ATTGCATTTTAGACTTGGTTATTCTTTAGTCCCT T ATGGA . ATTT TGA AT A . T AT C . . . G A
blockSeqs : . . . A . . T . . . . A . . TCG . . . . . . . GA . TTTAT . . AGTTCT . . . . . . . . . G . . . AAGAGATAG C . . A . . . . TT . . A . TGTTTTGCT . . . . G . . . . . AAT C G CATCG . . . . . . . . . CGTGCA A . ATT . AA TTTTGTTTATTCATATCTAAAT . . . . AG G . . TTACATTTACAGATATATTTATCTGAAGTCT T TGTA . ACA CGT AT C . T T . . . . G A
blockSeqs : . . . A . . T . . . . A . . AGA . . . . . . . GA . TTTAT . . GTTTTA . . . . . . . . . A . . . GATGAGAG T . . A . . . . GT . . C . TTTTTTC . . . . G . . . . . ATT C A CTAAC . . . . . . . . . ACAAT G . ATG . AT TAATTCATCAGGTCAC . . . . AG G . . TTGCATTTACAGATAGTTGTCTTAGTCT T GGGA . AA CA AT T . T T . . . . G G
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . TA . . . . . . . GA . ATTAT . . GTTCA . . . . . . . . . C . . . AACCAAAG C . . C . . . . TT . . C . ATTTTTC . . . . A . . . . . TT C A CCAAA . . . . . . . . . AAT G . ATT . AA TATATATTACAAAT . . . . TA G . . ATGTATTGGCATCTATTGTTACTGAA T ATGT . AA T T A . G T . . . . A G
blockSeqs : . . . . . A . . TG . . . . . . . AA . ACTAT . . ACTCT . . . . . . . . . G . . . AACCGAAG C . . A . . . . GT . . A . TTTTT . . . . A . . . . . TT C G CATC . . . . . . . . . TGT A . GTC . AC TATTTATACAAAT . . . . AG G . . TTGTATATACTGATACTTATTACA T TGGA . AA T A A . G T . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AA . ATAT . . ATTCA . . . . . . . . . G . . . GATGAGA C . . A . . . . GT . . A . TTGT . . . . T . . . . . AT C G TAAG . . . . . . . . . TTT . . TT . T AATTATATAT . . . . A G . . ATTTGCATTTTTATCT G TCAT . AA . . A . T . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AA . . . . AATCG . . . . . . . . . C . . . ACCGAA . . . C . . . . G . . A . ATTT . . . . G . . . . . AT C . CAAC . . . . . . . . . TG . . C . T TTATGCC . . . . G . . . ATTAGTCT T TCAA . T . . . . . . .
blockSeqs : . . GA . . . . . . . . . . G . . . TAAGAA . . . . . . . . A . . . . ACT . . . . A . . . . . TT . . . . . . . C . . . . . . . . . . AATTAGCT . TGTA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . GAG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** NTTAT************ ** ** GTTCTA***** ** GACGAAG*************** ** GT*** A** G** TT********* CAAN******** ** CGT********** ATT* TATTCATACAAAT**************************** ** AA*** T****** N***** T* ****
originalCons : GAAGAT-CATTGT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA--TG--CA--AGTTCT-ATAACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA----AA--TAT---GATG---A--GAG--------A-AGAGACAAG-AAA---TATTTAAA-ATT--AT-TGA-TA-G--TAAA-AT-AT--AAA-AA---ATTT------TTC-C-TA-C-CT-T-G-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACT-ATAT---T-----TGG---C--TGCTC-C---AA--C-TCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TTG-AT--CT----TG--T----TGGGCAGAATT---TAT-CAAC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA-TA---GGGTGC--TT-AAAAAT-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTA-----T---T-TAGT-C------CTTTGTATATTCTAG----TGTATTGG--CA--AACTGTTCTC-CG---TTAA--TGTTGT-----NATGATC-TCACT-TT-T---GT----CTATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTCT
finalCons : GAAGAT-CA--GT--GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGNTTAT------------GCACTAAA--TG--CAGTTCTA-----AACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTGAAA----AA--TAT---GATGACGAAG---------------AGACAAG-AAA---TATTTAAA-ATT--AT-TGA-TAGT---AAA-AT-ATA--AA-AA---ATTT------TTC-C-TA-C-CT-TG--A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACT-ATTT---------TGG---C--TGCTCAAN--------TCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TTG-AT--CTCGT----------TGGGCAGAATT---TATT-AAC--AAATATATTCATACAAAT----------------------------ATC-A---A-ATCA-TA---GGGTGC--TT-AAAAAT-T-GC-ATTT--ACAG--A--T---A--GTTA-----T---T-TAGT-C------CTTTGTATATTCTAG----TGTATTGG--CAA---CTGTTCTCT------TAA--TGTTGTN-----ATGATC-TCACT-TT-T---GT----CTATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GATCTAATGTGTATAATATTTTATATTATGATGCATACTTTTGGCATTGGAATTACTGTCGCATTGTCATTATTGCCTCCCTGTAATATCTATACAATTGACATTTCTTCCTCTTGCCAACTTCTGTACAACTCTTTTCATCTTTGTCCATTTTTGGAACTC
Unaligned ( gi|20 ): TAAACAGTTATACATTCATTGGCACCTATGGTTCCTGAACTATTCTATCAATTGACATCTATTCTCTCGATTACTG
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 11111 22222 111 11111111111111111 22222 111 111111111 1111111111 111 11111 2222222222222222222 11111111 3333333 111111 111111 111 111 444444444444 1 55555555555555555555555555555555555555555 1111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 11111 22222222222222222 11111 22222 1111
lowQualScore : 8 6666666 6 00 33333 0 5 5 5 0 66 2 4 4 77777 66 8 4 4 4 4 4 555 4 77777777777777777 99 66 4 777 11111 4 4 4 7 7777 000 7777 555 3 3 7777 3 77777 666666666 0 5555555555 3 3 000 4 3 55 3 0 3 44444 8 0 4 7777777777777777777 4 4 4 4 99999 11111111 777 4 5555555 111111 0 4 777 333333 000 8 4 111 4 4 4 4 4 66 111111111111 5 777 2 4 4 55 44 00000000000000000000000000000000000000000 4 777 3 55 7777777 55 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 88888 55555 4 0 22222222222222222 1 4 00000 3 3 11111 2222 4 4 777 4 7 1
lowQualScore : . ....... . .. ..... . . . . . .. . . . ..... .. . . . . . . ... . ................. .. .. . ... ..... . . . . .... ... .... ... . . .... . ..... ......... . .......... . . ... . . .. . . . ..... . . . ................... . . . . ..... ........ ... . ....... ...... . . ... ...... ... . . ... . . . . . .. ............ . ... . . . .. .. ......................................... . ... . .. ....... .. . .............................................................. . ..... ..... . . ................. . . ..... . . ..... .... . . ... . . .
lowQualScore : 0 4444444 7 33 33333 1 0 0 0 2 11 0 4 4 88888 11 9 4 4 4 0 0 555 4 66666666666666666 55 11 4 888 44444 6 0 0 3 7777 000 1111 888 3 3 1111 3 55555 555555555 5 9999999999 6 6 000 3 6 00 6 4 6 99999 0 7 0 9999999999999999999 0 0 0 0 00000 22222222 000 0 8888888 555555 7 0 000 222222 999 0 0 000 0 4 4 4 4 11 333333333333 2 000 1 0 0 55 88 88888888888888888888888888888888888888888 0 000 6 00 8888888 00 6 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 44444 55555 0 1 33333333333333333 0 0 00000 6 6 22222 5555 0 0 000 4 6 1
consensus : GAAGAT-CA-NT----GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGN----TTAT--------GCACTAAA--TG--CA-G---TTC--TA-AACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTGAA----AAAT-AT---G-AT-GA-C-GA-AGAG----------ACA-A-G---AAATATTTAAA-ATTA--T-TGA-TA-G--TAAA-ATATAAA-AA-A--TTT------TTC---C-TA-C-CT-TG-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACTA-TA-T----TTGG---C--TGC-TC---A--A--CTCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TT-G-AT--CT----C-GT----TGGGCAGAATT---TAT-TA-AC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA--TA---GGGTGC--TT-AAAAAT-T-GCA-TTT--ACAG--A--T---A--GTTA---T---T-T-----A------GT-CCTTTGTATATTCTAGTGTATTGGC-----A-ACTGTTCTC-----TTAA-T-----GTTGTNAT-GA-----TC-TCACT-TT-T---GT----C-TATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTCT
Reference ( family-3083 ) : GAAGAT-CA-GT----GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-C-G-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGN----TTAT--------GCACTAAA--TG--CA-G---TTC--TA-AACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTGAA----AAAT-AT---G-AT-GA-C-GA-AGAG----------ACA-A-G---AAATATTTAAA-ATTA--T-TGA-TA-G--TAAA-ATATAAA-AA-A--TTT------TTC---C-TA-C-CT-TG-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAACTA-T--T----TTGG---C--TGC-TC---A--A--NTCT--GAGAAGA-AA-AG---A-AATC-C-TT-G-AT--CT----C-GT----TGGGCAGAATT---TAT-TA-AC--AAATA----T---------A-TT---CA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATCA--TA---GGGTGC--TT-AAAAAT-T-GCA-TTT--ACAG--A--T---A--GTTA---T---T-T-----A------GT-CCTTTGTATATTCTAGTGTATTGGC-----A-ACTGTTCTC-----TTAA-T-----GTTGTNAT-GA-----TC-TCACT-TT-T---GT----C-TATTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTCT
gi|1 : AAGATACATAT----GTGTA-A-GTTAAG---A-ATTTTCTTGC-TTA--AGGTTAGAAAAATATG-AATC-G-GGCAGATTT--ACGCGA-ACAGCTCCGTA-GAGA-TGAAACG-----TCGT--------GCACTAAAG-TGGGCA-G---TTTCTTA-TCCACGCA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT-----GA---TA-A-CTTGTCAA----AAATTAC---GGATCGA-T-GA--GAG----------GCA-A-G---AAATATTCAAA-ATCAGAT-TAA-T--GCTTAAA-ATATAAA-AA-AAACTT------TTT---C-TAGC-CT-TGGA---A-----TATATGAG---CAAAAAATAATA-T----TGGG---C--TGC-TC---ACAA--CTCT--GAGAG---AA-AG---A-AATC-C-TTTG-ATGGCT----T-GTCT--TGGGCAGATTT---T-T-TACAA--AAATA----T---------A-T----AA-TAGC--AA-A---TT--ATC-A---ACATCAGCCA---GG-TGC--TT-AAAATTCT-GCAATTT--ATAG--A--CTTGG--GTTA---T---T-TGCTTTA------GT-C-TTTGTATATTC--GTTT-TTGGCCCAATA-ACTGTTCTCCGTGCTTAA-T-----GTTGTTAT-GAAATGATC-TCACTGTT-T---GTG---C-TGTTTTG-ACTCATGAA---TTAG-AAATAAAGCATTCTGTTCT
gi|10 : aattttgttatagaAAA-AA-AGTTTA-ATTG-C-TT-T-AT--TC----A-AT----TTAGCAGAATT---T---CA-AC--AG-TA----TTTTTGTTTCA-TT---CA-TA-TCTAA-A---T---ATC-A---A-ATCA--TA---GG-TGC--TT-AAAAAT-T---------------------------------------------A------GT-C-TTTGTATATTCTA-TGTATTGGC-----A-ACTGTTCTC-----TTAA-T-----GTTGTTAT-AA-----TC-TCAC--TT-T---GT----C-TGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAA-CATTCTGTTCTtgttttctgttctgtataaagtg
gi|11 : -CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTTGATATGA---TA-A-CTTGTGAAACTGAAAT-AT---T-AT-GA-T--A-AGAG----------ATAGA-GA--AAATATTTAAA-ATAA--T-TGACTA-G--TAA----ATACA-AA-T--TTT------TTC---C-TA-C-CT-TGAA---A-----TAGATGAA---CAAAAACTA-TA-A----TTGG---C--T-C-TC---A--T--CTCT--GAAGAGA-AT-AG---A-AAatc
gi|12 : TT---TAT-TA--C--AAGTA----T---------AATT---CA-T--C--AG-G---TCACATC-A---A-GTCA--TACATAGGTAC--TT-AAAA-T-T-ACA-TTT--ACAG--A--T---A----TA---T---T-T-----ATCTGAAGT-C-TTTGTATATTCTAGGG-ATTGGC-----A-ACTGTT----------------------GTAAT-GA-----TT-TCACT-TT-----GT----G-TATTTTGGACTC-TGAA---Ta
gi|14 : TGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTAAA----AAAT-AT---G-AT-GA-T-GAGAGAG----------ACA-A-G---AAATATTCAAA-ATTA--T-TAA-TA-T--TAAATATTTAAA-AA-A--CT-------------C-TA-C-CT-TG-A---A-----TA-ATCAG---CAAAAACTA-TA-TATA-TTGG---C--TGC-TCTTGA--A--A-CT--GAGAaaactactctgt
gi|15 : CC-TT-GAGA-TGGA-CGTAAATTTAT--------TCACTAAA--TG--CA-G---TTC---A-AACAC-CA-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TAA---TA-A-CTTGTGAA----AAA--AT---C-AT-TA-T-G--AGAG----------ACA-A-G---AAATATTT-AA-ATTA--T-TGA-TA-G--TA
gi|16 : -ATCA--T-----GGTGT--TTTAAAAAT-TTGCA-TTT-------------------TTA---T----------------------CTTTGTATATTC--ATGGATTGGC-----A-ACTGTTCT------TTGA-TCATTTGTTGTC-T-GA-----TT-TCACT-TT-----GT----CCTATTTTG-ACTC-TGAA---TTAG-AAACAAAtttaacgattttaaa
gi|17 : A--AAAAT-TG-AATC-A-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAG-ATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAA--TG--CA-G---TTC--T--AACAC-CA-TTGAAAATGAATA-A----TAT--TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTAAA----AAAT-AT---G-A
gi|18 : AGAT-CA-TT----GTGTA-A--------------TTTCTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-TTG-GGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAG-ATGA
gi|19 : tgaaacaatactggggttatgaaaattattaattttgattatGAAGAT-CA-GT----GTGTG-A-ACTGAG---A-ATTTTCTT-C-TCA-C-GGTAA--ATAGT-CGAAA-T-A-GGTAGGTTT--AC-C-A-ATA-TTCA--A-GA-AAGGAT-CGA-----TAT--------TCACTGAA--T
gi|2 : aagttagtcagaGAAGAT-CA-TTATTGGTGTA-ATGTTAAG---A-ATTTCCTT-C-TCATCAAGTTA--AAAAT-TG-AATC-G-GGTAGATTCTGAC-C-A-ACA-CTCC-TA-GAGAATGAA-CGT----TTAT--------GCACTAAAAATG--CAAG---TTC--TATAACAC--A-TTGAAAATGAATT-A----CA---TTTTT----TGA---TA-A-CTTGTCAA----AAAT-ATACCG-AT-GA---GA-AGGGGAAAAAAAAAACA-A-GAAAAAATATTCAAAGATTA--T-TAA-TA-T--TAAATTTATAAA-AA-A--TTT------TTC---T-TA-C-CT-TG-A---A-----TA-ATGAT---CAAAAACTA-TA-T----TTGG---CT-TGCTTC---A--AGCTTCTTGAAGAAGA-AA-AG---ATAATC-C-TT-G-AT--CT----T-GT----TGCGCAGAATT---TATGTA-AC--AAATA----T---------A-TT---TA-TA-C--AA-A---T---ATC-A---A-ATC---TA---GGGTGCTGTT-AAAAAT-T-GCA-TTT---TAG--ACTT---G--GTTATTCT---T-T-----A------GTCCCTTTGTATATTCTAATGT-TTGGCAT---A-ACTGTTTTCG----TTAA-T-----GTTGTTAT-GA-----AC-TCACT-TT-T---GT----C-TTTTTTGGACTC-TGGAAATTTAGAAAATAAA-CATTCTGTTCTtc
gi|21 : -A---C---ATC-A---A-ATCA--TA---GG-TGC--TT-AAAA-T-T-GCA-TTT--ACAG--A--T---A--GTTG---TC--T-T-----A------GT-CT----TATATTCTA-TGGATTAGC-----A-ATT
gi|22 : TTGTAAT-GG-----TC-TCACT-TC-----GT----C-TATTTTGGACGC-TGAA---TTAG-AAATAAACTATTCTTTTCT
gi|23 : -TCATT-TTAT---GTTATTC-TATTTCGGACTT-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTat
gi|3 : T----ATGTAGA-GTTAAGGGGA-ATTT-CTG-C-TCA-CAACTTA--AA--------------GGTAGATTT--ACGC-AGACA-CTTC-TAAGATGATGGA----------------------ACTAAA--TG--CA-G---TTT--TA-A-CAC-CAATTGAAAGTGAATTTA----CA---GTGGT----GGAGGGTA-ATCTTG-GAA----C-----------------C-GA-A-AG----------ATA-A-G---AAATATTTAAA-ATTG--TATTA-TA-G--T-AA-ATAT--C-AA-A--TTTGGGGTGTTC---TGTA-CGCT-TG-AAGGA-----GG-ATGAG---CAAAAACTA-TGATGGGGGTGG---C--TGC-TC---AT-C--GTCT--GGGAAGAGAA-AG---A-AATC-C-AT-GCAT--CTGGGGT-GC----TGGGTAG-ATT---TAT-TA-AC--AAAAA----A---------A-TT----A-TA-T-----A---T---ATC-A---A-ATCA--TA----GGTGC--TT--AAAAT-T-GCA-TGGGAACAGATA--T---A--GTTA---TGGGT-T-----A------GT--CTTTGTATATTCTAG---------------------------------A-T-----GTTGTAATGGG-----TC-TCACT-TT-t
gi|4 : tgaagcaattttttaactgggattatgaaaattatttatctgttggttagaaattttgaggtGACGAT-CA-GT----TTGTA-A-ATTAAG---ACATTTT-TT-C-TCA-CA-------------------T-G-GGTAGGTTT--AC-C-A-ATA-TCCC-TT-GA-AAGGAT-CGA----TTAT--------GTACTAAA--TG--CA-A---CTC--T--AATAC-CG-TAGTAAATGAAGG-A----CA---CTTTT----TGA---TA-A---TGTGAA----ACAT-AT---G-AT--A-C-CC-AAAG----------AAA-A-T---AAATATTTCAA-TTTA--T-TGA-CA-G---AAA-ATATCAA-AA-----TT------TTT---C-TA-C-TT-TA-G---A-----------------------TA-T--T----TTGG---C--TAC-TT---A--A--GTC----AGAAGA-AA-AAT--A-AATT-C-TT-G-AT--CT----T-G-----TGGGCAGATTTGTGTAT-GA-TA--AAATAGCGTT---------G-TTGTGTG-TA-T--GATATTTT---GTC-ACTGA-ACTA--T----GTGTGC----------T-T-GTA-TAT--ACTG--A--T---A--CTTA---T---TAC-----A-------------TGTATATGCTATCAT-TTGGC-----A-TTTCTTCTC-----TCCA-TA----ACTGTAAC-TA-----TT-TTAAG-TT-TGCGGT----T-CATTTTGGACTG-TGAA---TTAG-AAATAAAGCGTTCTGTTCgt
gi|5 : aatttagatctcaTT-CATCA-CAGGTTA--AATAT-TG-GA----------ATT----------ATA-TTCC-TA-AA-AAGGAT-CGA----CTAT--------GCTCCAAA--TG--CA-A---TTC---A-AATTC-CG-TTGAAAATGAAGT-A----CA---TTTTT----TGA---GA-A-GATGTGAA----AAAT-AT---G-AT-AACC-AA-AGAA----------AC----G---AAATGTTT-CA-ATTT--T-TTA-CA-A---AAA-ATATCCA-AA------T------TGT---C-TG-C-TT-TA-A---A-----TA-ATGAA---CAAAAACTA-T--T----TTGG---C--AAC-CT---A--A--CTCA--GAGGGGG-GG-GG---G-GGCT-T-TT-G-AT--CT----T-ATTAAATGTGTATGATG---T-T-TG-AC--A---------------------T---TA-TG-C---------C---ATT-A---A-A-CA--T------GTGC--TT-ATATA--T-GTA-TTG--GCAT--C--T---ATTGTTA---C---T-G-----A------A---------ATATTCGA-TCAACTGAC-----ACATCTTTCTC-----TCGATT-----ACTGTAAC-TT-----TT-TCATG-TT-T---TT----C-CATTTTGGACTC-T--A---TCTG-----AAAGTGTTCTACTCTc
gi|6 : tTCT----TGA---TACA-ATTGTCAA----AA-T-AT---G-AT-GA-T-G--AGAG----------ACA-AGG---AAATATTCAAA-ATTA--T-TAA-TATC--CAAG-ATATAAA-AATG--TTT------TGCT--T-TA-C-CTCTT-A---AGCTTCTA-ATGAAGCCCTAAAACT--T--A----TTGGAAACCATGC-TC---A--A--CTCT--GAAGAGA-AAGAG---A-ATTC-CTTT-G-AT--CTA---CAAT----TGGACCAGATT---TAT-TA-AC--AAAAA----T---------A-TA---TATTA-C--AA-A---T---ATCAA---A-ATCA--TT---AGGTGC--TT-AAatgcacctaac
gi|7 : tgcactagagatggctagtctcctcaaaacaacacactatggatattatagctaaatatggTTTT-C-TCA-CAGGTTA--AAAAT-TG-AA-A-GAGGTAGATTT--AC-C-A-ACA-CCCC-TT-GAGA-TGAA-CGT----TTATAATTATATGCACTAAA--TG--CA-GAACTTC--TA-A-CAC-CA-TTGCAAATAAATTTATTTCCA---TTTCT----TAA---TA-A-CTTGTGAA----GAAT-AT---T-AT-TA-A-GA-A-AG----------ACA-A-G---AACTATTTAAA-ATTA--T-TGA-TA-G--T-AA-ATATAAACAA-A--TTT------------C-TA-C-TT-TG-A---A-----TA-ATGAG---CAAAAATTA-T--A----TTGG------TGC-TC---A--
gi|8 : A--TG--CA-A---ATC---G-AATAC-AA-TCGAAAATGAAGT-A----CACTTTTTTT----TTA---TA-A-C--GTGAA----AAAT-AT---G-AT-AA-CCGA-AGAA----------A---A-G---AAATATTTCAA-TATA--T-TGA-GA-----AAA-A-ATAAT-CA-T--TTT------TTTTTTC-TG-C-CT-AA-G---A-----TA-ATGAG---CAAAGACTA-T--T----TCGA---C--TTC-CA---A--A--TTC----AAAAGATAA-AG---A-AATT-C-TT-G-AT--CT----C-GTGCA-TGGGCAG-ATT---TGT-CA-ATGAAAACA----T---------A-T
gi|9 : AAAA-AA-AT---T-AATTGC-TT-T-AT--CA----T-TT----TAGACAGAATT---T---CA-AC--AG-TA----TTTTGTTT--A-TT---CA-TA-TCTAA-A---T---ATC-A---A--TCA--TA---GG-TGC--TT-AAAAA--------------------------------A---T---T-------A------G---CTTTGTATATTCTA-TGTATTGGC-----A-ACTGTTCTC-----TTAA-T-----GT-GTTA---A-----TCATCACT-TT-----GT----C-TGTTTTGGACTC-TGAA---TTAG-AAATAAAACTATCTGTTCTgatgtatacgtagttg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GATCTAATGTGTATAATATTTTATATTATGATGCATACTTTTGGCATTGGAATTACTGTCGCATTGTCATTATTGCCTCCCTGTAATATCTATACAATTGACATTTCTTCCTCTTGCCAACTTCTGTACAACTCTTTTCATCTTTGTCCATTTTTGGAACTC
Unaligned ( gi|20 ): TAAACAGTTATACATTCATTGGCACCTATGGTTCCTGAACTATTCTATCAATTGACATCTATTCTCTCGATTACTG