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lowQualScore                  :                     333   4    00000000000  22222 2 333 2 2 2   77       4      
lowQualScore                  :                     ...   .    ...........  ..... . ... . . .   ..       .      
lowQualScore                  :                     777   4    00000000000  66666 1 777 1 1 1   66       6      
consensus                     :         AATACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC-----A-A---A-A-A-ACA--TTGAGTCCCCGCCT
Reference ( gi|11 )           :         AATACTTTTTGA---CGGTCCAT-----------AC-----A-A---A-A-A-ACAT-TTGAGTCTCCGCCT
gi|16                         :         AATACTTTTTGA---CGGTCCAA-----------GC-----A-A---A-A-A-ACA--TTGAGTCCCCGCCT
gi|15                         :         AATACTTTTTGA---CGGCCCTT-----------AC-------A---A-A-A-ACA--TTGAGTCCCCGCCT
gi|10                         :         AATACTTTTCGA---CGGCCCAT-----------AC-----A-A---ATA-A-ACA--TGGAGTCCCCGCCTt
gi|7                          :         AATTCTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC-----A-A---A-A-A-AT-T-TTGAGTCT
gi|17                         :   gaaattAACACTTTTTAA---CGGCCCAT-----------AC-----A-A---A-A-G-ACAC-T--AGTCCCCGCCTacc
gi|14                         :         AATACTTTTGGA---CGGCCCAT-----------AC-----A-A---A-A-A-ACA--TTGAGTC
gi|6                          :    aaattAACACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC-----A-A---T-A-A-ACA--TGGAGTTTCCACCTgc
gi|12                         :     aatgAATACTTTTTGA---TGGCCCAT-----------AC-----ATA---A-A-A-GTA--TTGAGTC-CCGCCTt
gi|8                          :        tAATACTTTTAGA---CAGCTCAT-----------AC-----A-A---A-A-A-ACATATTGAGTTCCTGC
gi|2                          :      attAATACTTTTTGACGGCGGCCCAT-----------AC-----A-A---A-A---------TGAGTCTTCACCT
gi|1                          : cagaaatgAATGCTTTTTGA---CGGCCCATACAAAAAAAAAAC-----A-A---A-A-A-ACA--TTAAATCCCCGCCTt
gi|4                          :         AATACTCTTTAA---CGACCCAT-----------AC-----A-A---A-A-ACACA--TTGCGTCCTCGCtt
gi|3                          :  aaaaattAATACTTTTTGA---AGGCCCAT-----------ACAAAA-A-A---A-A-A-ACAA-ACGCGTCCCCGCC
gi|13                         :          tTACTTTGTGA---CGGTCCAT-----------AC-----A-A---A-ATG-AAAT-TTGAGTACTCGCCTct
gi|9                          :            ACTTTTTAA---TGGCCCAT-----------ACAT---A-A---A-A-A-AAAA-ACGAGTCTCCGCCTt
gi|18                         :           taaTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC-----A-AAATA-A-A-ACA--TTGAATCCCCGCCT
gi|19                         :              TTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC-----A-A---A-A-G-A-A--TTGATTCCCCGCCT
gi|20                         :                TTTAA---CGGCCCAT-----------AC-----A-A---A-A-A-ACA--CTGAGTCCTCGTCT
gi|5                          :                 TTAA---CGGCCCAT-----------ACAAAACA-A---A-A-A-ATAA-ACGAGTCCCCGCCT





Alignments
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lowQualScore                  :                     555        55555555555  8888 0 000 0 88 0  88 0 555             
consensus                     :         AATACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCT
Reference ( family-3076 )     :         AATACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCT
gi|1                          :         AATGCTTTTTGA---CGGCCCATACAAAAAAAAAAC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TAAATCCCCGCCT
gi|10                         :         AATACTTTTCGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---ATA--A-AC--A-T---GGAGTCCCCGCCTtt
gi|11                         :         AATACTTTTTGA---CGGTCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--ATT---TGAGTCTCCGCCT
gi|12                         :         AATACTTTTTGA---TGGCCCAT-----------AC----ATA---A-A--A-GT--A-T---TGAGT-CCCGCCT
gi|13                         :          tTACTTTGTGA---CGGTCCAT-----------AC----A-A---A-ATGA-AA--T-T---TGAGTACTCGCCT
gi|14                         :         AATACTTTTGGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCt
gi|15                         :    aaattAATACTTTTTGA---CGGCCCTT-----------AC------A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCTgc
gi|16                         :         AATACTTTTTGA---CGGTCCAA-----------GC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCTt
gi|17                         :         AACACTTTTTAA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--G-AC--A-C---T-AGTCCCCGCCT
gi|18                         :              TTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-AAATA-A--A-AC--A-T---TGAATCCCCGCCT
gi|19                         :              TTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--G-A---A-T---TGATTCCCCGCCT
gi|2                          :         AATACTTTTTGACGGCGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--------------TGAGTCTTCACCT
gi|20                         :        cagaaatgTTTAA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-C---TGAGTCCTCGTCTt
gi|3                          :         AATACTTTTTGA---AGGCCCAT-----------ACAAAAA-A---A-A--A-ACA-A-A---CGCGTCCCCGCC
gi|4                          :        tAATACTCTTTAA---CGACCCAT-----------AC----A-A---A-A--ACAC--A-T---TGCGTCCTCGCct
gi|5                          :          aaaaattTTAA---CGGCCCAT-----------AC----A-AAACA-A--A-AA--A-TAAACGAGTCCCCGCCT
gi|6                          : aaaacgtaAACACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---T-A--A-AC--A-T---GGAGTTTCCACCT
gi|7                          :     aatgAATTCTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AT--T-T---TGAGTCTCt
gi|8                          :   gaaattAATACTTTTAGA---CAGCTCAT-----------AC----A-A---A-A--A-ACATA-T---TGAGTTCCTGCacc
gi|9                          :         attACTTTTTAA---TGGCCCAT-----------ACATA-A-A---A-A--A-AA--A-A---CGAGTCTCCGCCT





Alignments
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consensus                     :         AATACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCT
Reference ( family-3076 )     :         AATACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCT
gi|1                          :         AATGCTTTTTGA---CGGCCCATACAAAAAAAAAAC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TAAATCCCCGCCT
gi|10                         :         AATACTTTTCGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---ATA--A-AC--A-T---GGAGTCCCCGCCTtt
gi|11                         :         AATACTTTTTGA---CGGTCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--ATT---TGAGTCTCCGCCT
gi|12                         :         AATACTTTTTGA---TGGCCCAT-----------AC----ATA---A-A--A-GT--A-T---TGAGT-CCCGCCT
gi|13                         :          tTACTTTGTGA---CGGTCCAT-----------AC----A-A---A-ATGA-AA--T-T---TGAGTACTCGCCT
gi|14                         :         AATACTTTTGGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCt
gi|15                         :    aaattAATACTTTTTGA---CGGCCCTT-----------AC------A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCTgc
gi|16                         :         AATACTTTTTGA---CGGTCCAA-----------GC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCTt
gi|17                         :         AACACTTTTTAA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--G-AC--A-C---T-AGTCCCCGCCT
gi|18                         :              TTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-AAATA-A--A-AC--A-T---TGAATCCCCGCCT
gi|19                         :              TTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--G-A---A-T---TGATTCCCCGCCT
gi|2                          :         AATACTTTTTGACGGCGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--------------TGAGTCTTCACCT
gi|20                         :        cagaaatgTTTAA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-C---TGAGTCCTCGTCTt
gi|3                          :         AATACTTTTTGA---AGGCCCAT-----------ACAAAAA-A---A-A--A-ACA-A-A---CGCGTCCCCGCC
gi|4                          :        tAATACTCTTTAA---CGACCCAT-----------AC----A-A---A-A--ACAC--A-T---TGCGTCCTCGCct
gi|5                          :          aaaaattTTAA---CGGCCCAT-----------AC----A-AAACA-A--A-AA--A-TAAACGAGTCCCCGCCT
gi|6                          : aaaacgtaAACACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---T-A--A-AC--A-T---GGAGTTTCCACCT
gi|7                          :     aatgAATTCTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AT--T-T---TGAGTCTCt
gi|8                          :   gaaattAATACTTTTAGA---CAGCTCAT-----------AC----A-A---A-A--A-ACATA-T---TGAGTTCCTGCacc
gi|9                          :         attACTTTTTAA---TGGCCCAT-----------ACATA-A-A---A-A--A-AA--A-A---CGAGTCTCCGCCT


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originalCons                  :         AATACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCT
finalCons                     :         AATACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCT





Alignments
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consensus                     :         AATACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCT
Reference ( family-3076 )     :         AATACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCT
gi|1                          :         AATGCTTTTTGA---CGGCCCATACAAAAAAAAAAC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TAAATCCCCGCCT
gi|10                         :         AATACTTTTCGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---ATA--A-AC--A-T---GGAGTCCCCGCCTtt
gi|11                         :         AATACTTTTTGA---CGGTCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--ATT---TGAGTCTCCGCCT
gi|12                         :         AATACTTTTTGA---TGGCCCAT-----------AC----ATA---A-A--A-GT--A-T---TGAGT-CCCGCCT
gi|13                         :          tTACTTTGTGA---CGGTCCAT-----------AC----A-A---A-ATGA-AA--T-T---TGAGTACTCGCCT
gi|14                         :         AATACTTTTGGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCt
gi|15                         :    aaattAATACTTTTTGA---CGGCCCTT-----------AC------A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCTgc
gi|16                         :         AATACTTTTTGA---CGGTCCAA-----------GC----A-A---A-A--A-AC--A-T---TGAGTCCCCGCCTt
gi|17                         :         AACACTTTTTAA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--G-AC--A-C---T-AGTCCCCGCCT
gi|18                         :              TTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-AAATA-A--A-AC--A-T---TGAATCCCCGCCT
gi|19                         :              TTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--G-A---A-T---TGATTCCCCGCCT
gi|2                          :         AATACTTTTTGACGGCGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--------------TGAGTCTTCACCT
gi|20                         :        cagaaatgTTTAA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AC--A-C---TGAGTCCTCGTCTt
gi|3                          :         AATACTTTTTGA---AGGCCCAT-----------ACAAAAA-A---A-A--A-ACA-A-A---CGCGTCCCCGCC
gi|4                          :        tAATACTCTTTAA---CGACCCAT-----------AC----A-A---A-A--ACAC--A-T---TGCGTCCTCGCct
gi|5                          :          aaaaattTTAA---CGGCCCAT-----------AC----A-AAACA-A--A-AA--A-TAAACGAGTCCCCGCCT
gi|6                          : aaaacgtaAACACTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---T-A--A-AC--A-T---GGAGTTTCCACCT
gi|7                          :     aatgAATTCTTTTTGA---CGGCCCAT-----------AC----A-A---A-A--A-AT--T-T---TGAGTCTCt
gi|8                          :   gaaattAATACTTTTAGA---CAGCTCAT-----------AC----A-A---A-A--A-ACATA-T---TGAGTTCCTGCacc
gi|9                          :         attACTTTTTAA---TGGCCCAT-----------ACATA-A-A---A-A--A-AA--A-A---CGAGTCTCCGCCT