lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 1 1 1 5555 1 1 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 2 1111 222222 1 1111 22222222222222222 22222 111 2 4444444444444 222 111 1 2 33
lowQualScore : 0 6 0 9 2 0 0000 0 0 3 555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 11 8 9999 6 6 444444 44 1 9 0 5 0000 77777777777777777 66666 66 5 2 888 0 5 8 2222222222222 8 2 2 2 5 555 1 444 2 1 3 3 888 3 1 3 0 4 99
lowQualScore : . . . . . . .... . . . ... ................................................................................................................................................................................ .. .. . .... . . ...... .. . . . . .... ................. ..... .. . . ... . . . ............. . . . . . ... . ... . . . . ... . . . . . ..
lowQualScore : 0 5 0 0 5 0 2222 0 0 2 888 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 22 0 0000 7 7 000000 22 7 5 0 0 6666 88888888888888888 55555 99 0 2 222 1 0 9 9999999999999 0 7 7 7 7 000 5 555 9 0 3 3 555 3 2 6 5 0 22
consensus : GTA-TTAATTTNAT-ATTGGTTTGNA-TCA--TNTT-TTAAG-AAAAGTTTACGNG-CCAATTT--CAAAAA-TCGTC----C--AA-----TCAG--------CACA---------GCGCA-----G-T--A------AATG--------------GGA-AT-TTTGA-CTATA-AAAACCCT-CTT-CTAAAGACC--ATC---A-AGA-TGTAGCTC-ACAATTA-ATC-AATTT-CAA-ATGATTT--TCAA-CA-AGAA--CA--AAAACGTTTAT-G-GT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGAC--NTTTT--AA-AAGGAC-GATG-CAC-GTGCAT-GCGCATG-TGCGCG----TT-G-CA-A-TT-TTT---ATTAA--CAT-CACTGT-G-TAGA-AACT-TTATTAT-TG-T-CTA--CCTATGC
Reference ( gi|3 ) : GTA-TTAATTTGAT-ATTGCTTTGGA-TCAGTTCTT-TTAAG-AAAAGTTTACGC--CCAATTTTGCAGAAATTCGTC----C--AA-----TCAG--------TACA---------GTTCA-----G-T--A------AATG--------------GGA-ATCTTTGA-CTATATAAGACCCT-CTTGCTAAAGATCG-ATC---A-AGG-TGTAGCTCGACAATTG-ATC-AATTT-CAATATGATTT--TCAA-CA-AGAA--CA--AAAATGTTTAT-G-GT----CAA-TTC-GAGAGAATT--GGAC--ATGTT--AA-AAGGTC-GATGGCAC-GTGCAT-GCGCATGGTGCACG----TT-G-CA-A-TT-TTT---ATTAG--CAT-CACTGT-G-TAGA-AGCT-TTATTAT-TGTT-CTATCCCTATGC
gi|4 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGTTTTGGA-TCA---CTTGTTAAG-AAA-GTGTACGG--C-AATTT-G-ATAAAT-CGTC----C--A------TCAG--------GA-A---------TTTCA-----GGC--A------CATGCGCGTGGCTGAAATGGA-AT-TTTGA-CTATA---AACCCT-CT-----AAGACAT-TTC---ATAGA-TGTA-CTCTACAATTATATC-AATTTTCAA-ATGATTT----AA-CA-AAAA--CATCAAACTATA-AT-G-GT----CAA-GTCTGGAAGAATTTGGGAC--ATTTT--GC-AAAGAC-GATTGCAC-GTGCATTGCGC-TAATGCGCG----TT-G-CA-A-TT-TTT---ATTAA--CAT-
gi|2 : GTACTTAAATTTAT-ATTG-TTTGGA-TCAATT-TT-TAAAG-AAGAGTT-ACGGG-TCAATTT--CAAAA--TCGTCAGATC--AAAGATTTCAG--------CACACGGCGGCATGCGCT-----G-TGAA------AATG--------------GTA-ATGTTTGA-CTA-ATAA---CCTGCTT--TAA-GACC--ACC---A-AAGCTGTAGCTCAGCAAAAT-ATC-AATTT--AA-ATGATTT---CAA-CA-AGAAATCA--AAAACGTTTATTG-GTGTTCTAACTTC-GA-AGAATTT-GGAA--GCCTT--AAGAAGACCTGATG-CAC-GTGCAT-GCGCATCGCGCGTC----TT-G-TA-A-TTGTTT---ATTAA--CAT-CACTATGG-TAAG-AACT-TTATCTT-CG-T-CTA--CCTATGCagttggctgtgaacttgggatttatgtctactatg
gi|5 : GTA-TTAATTTAAT-ATTGGTTTGTA-TCA--TAAT-TTAAG-AAAAGTT-ATGT--C--ATTT--CAAAA--TCGTC----C--AA-----TTAGAATAGGCACACA---------GCGCATGCGCG-T--GCTGAAGAATG--------------GAATGTATGTGA-CTATA-AA---TCT-TTCTCTGAACATCGCATC---A-AGA-T-T-GTTC------TA-ATCTAATTT-CAA-ATG-TTT--TCAAACATAGAA---A--CAAATGCTGTT-G-GT----CAA-AGC-GAGAAATTT--GGAC--ACTTTGGAA-AAGA-C-GATGTCACGGTGCATAGCGCA-GATGC-CGT---TT-GCCATA-TTATTG---ATTA---TAT-GACTCT-G-TAGA-AACT-T
gi|1 : TA-TTAATTTCATGATTGGTTTGCATTCA--TTTT-TTAAGCACAAG-TTACGTGGGCAAGTTT-C--AAAGTCGTC----CCAAA-----TCAG--------
gi|12 : gt--------------GAA-AT-TTTGA-CTATA----ACCTT-CTT--TAAAGACC--ATC---T-AGA-TGTA-CTC-ACA------TC-CATTT-TATAATGATTT--T-AC-CA-AGAA--CA--AAA-CGTT-AT-G--T----CAT-TGC----AGAATT--GGAC--CCTTT--AA-AAGCAC-GATG-CAC-GTGCAT-GCGCAT--TG-----------G-CA-A-TT-TTT---AT--A--CAT-CAGTGT-G-TAGATA--T-TTAATAT-TG-T-CTAaaatcgaggcacatgcggcaattgccaacgtgccttaaaaattcggaatttgaactaaaccctcttctaagaaccatttcaaagatgttacttcaccttattccaattcaaatgattttcaacaagaacaaaacgttatcggtcaatccgcaaaaaatggaccttttaaaaaggacggaacgccatgccatgcgcgggttttgcaaatttttttaaattatcactatgtgaactgttattgtatgatctaccttatgc
gi|1 : --------------GGA-AT--TTGAACTA-----AACCCT-CTT-CTAAGAACC--ATTTCAA-AGA-TGTTACTTCACC-TTA-TTC-CAATT-CAA-ATGATTT--TCAA-CA-AGAA--C---AAAACG-TTATCG-GT----CAA-TCC-GCAAAAAAT--GGAC--CTTTT--AA-AAAG---GACGGAAC-GC-CAT-GC-CA---TGCGCGGGTTTT-G-CA-A-AT-TTT---TTTAAATTAT-CACTAT-G-T-GA-A-CTGTTATTGTATGAT-CTA-CCTTATGCcat
gi|13 : gttattaatttcatgattggtttgcattcattttttaagcacaagttacgtgggcaagtttcaaagtcgtcccaaatcagaaatcgaggcacatgcggcaattgccaacgtgccttaaaaattcAAT-TGATTTCTTCAA-CA-ACAA--AC--AACACGTTATT-GAGT----CA--TTC-GA-AGA-TT--GGAC--CT-TT--AA-A--GAC-GATGACGA-GTGCAT-GCGCATG---CGCG----TTTG-CA-A-TT-TTT---ATTA---CATCCACTTG-G-TAAG-AACT-TTA-TA--TG-T-CTA--CCTAT
gi|15 : taTTAT-G-GT----CC--TTC-CA------T--GGATGAATGTT--CA-AAAGTT-GATG-CAC-GTGCAT-GCGCATGA---GCG----TT-G--A-A-TT-CTTTTAATTA---CAT-
gi|18 : aagcgTTAT-G-GT----CA--TTC-AAAA--AGT--GAAC--CT--T--CA-AATGAC-GATC-CAC-GTGCAT-GCACAT------------TT-G-CA-A-Tttgtcattagataattaaattatctacatatgc
gi|24 : acgT-GCGCAT------------TT-G-CA-A-TT-TT----AT--A--CAT-CACTGT-G-TAGA---CT-TTATGAT-
gi|20 : GCATGCTGCGT-----TT-G-CA-A-TT-TTT---AT--A--CAT-CA-TGT-G-TAGC-AACT----TTAT-TGTT-C-ATACC-ATGCgtctac
gi|21 : TGCGCG----TTTG-CA-T-TT-TTT---ATTA---C-T-CACTGT-G-TAGA-A-CT-TTATTAT-TG-T-CTA--CCTATGC
gi|19 : TGCGCG----TTTG-CA-ATTT-TTT---ATTA---CAT-CACTGT-G-TAGT-CACT-TTA-TAT-TGTC-TTA
gi|22 : aaTGCGCG----TT-G-CA-A-TT-TTT---ATTA---C-T-CACT-T-G-TAAA-A--C-TTATCAC-TG-T-CTA--CCTActag
gi|6 : ca----TT-G-CA---TT-TTT---ATTAA--CAT-AAATGT-G-TA-A-AATT-TTA-TAT-TGTTACTAT
gi|23 : tT-G-CA-A-TT-TTT---ATTTA--CAT-C-CTGT-GTTAGG-AACT-TTA-TAT-TGGT-CTA--CCTATGCgctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctaccttaccttgtgagatatcaaatgattttcattgaataaaaaataaacaagaataaaacaaagttagactggattccgaagttaggaagccaa
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TACATCAGTGTGTAGATATTTAATATTGTCTACATGCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTCTACTAACTTGGTGAACTATCAAATGATCAATTGAAGATAAAGTTTAGAACTGATTCCGAAGTTAGGAAGCCAAAA
Unaligned ( gi|8 ): GACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTTCTTCTACGCAATATCCTTAATGCTCGGAATATCAAAATGATTCAAATTGAAGATATTTAAAAAGTTTTAGACTTGAGTTTCCGAAGTTAGGTGAAGCCGGGAAAA
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATATCCAATCAATGTTCAGGGTTGGCGAAGTTCTACCATCCGTCTTGTGAATATCAGATGTATTTTGCAATTGAAGAAGTAAAAAAGTTAGACTGATTCCTGAGAGTTAGG
Unaligned ( gi|10 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTCTACTACCTTGTGATATCAATGATTTAATTAGAAGAATAAAAAATTAAGTTAGACTAATTCCGAATTTAGGAAGCAAAAA
Unaligned ( gi|11 ): TTGCATCTATCTTTATTTATAACACCAAGCTTACAGCCTAATTTTGTATTACCAATCAAATGCCAGACACTACACGCACGTGCACCAATTCTAAATTTGATCTACCAATCACTGAAAGGGGATCTAAGTTTACCTACCTTGTGGAATCAAAATGATTTCATTGAAGCATAAAAGTAGAGGGACCTTCCGAAGTTAGGAAGCCAATAAATGCA
Unaligned ( gi|14 ): CACGTGCAAATTCAAAATTTTGATCATACCTGGGTCCAATCAATTCAGGATCTCAAGTTCTGCCTACCTTGTGAATATCAAATGATTTCATTGAAGAATAAAAAAGTAAGACTGATTCCGAAGTTAGGAAGCCAAAAATGC
Unaligned ( gi|16 ): CTCAAATCCTATTGTTAGTGAATATCTTCAAATGCATTTCATTTGTAGAATAAAAAACGTTTAGGACTGATTCCGAAGTTAGGAGCCAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTACCTACCTTGTGATATGAAATGATACTTCAAGAATAAAAAAGTTAGACTGATTCCAGAAGTAGGAAGCCAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 222222222 11 1 22222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 1 1 111 22222 1111 2222222222222 111 3333333333 11111 11111 111 11 111 111 1111 111 11 1
lowQualScore : 8 1 8 0 1 8 1111 8 8 0 777777777 3 11 0 0 8 99999999999999 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 3 3 111 66666 6666 3333333333333 666 4444444444 6 77 5 5 5 22222 5 55555 1 777 4 4 9999 44 44 6 2 66 1 888 1 66 000 4 8 6666 111 8 2 2 2 33 5 33 33 2 33 55 2 33 2 33 0 22 2 5 2 33 3
lowQualScore : . . . . . . .... . . . ......... . .. . . . .............. .............................................................. ... . . ... ..... .... ............. ... .......... . .. . . . ..... . ..... . ... . . .... .. .. . . .. . ... . .. ... . . .... ... . . . . .. . .. .. . .. .. . .. . .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 2222 0 0 8 888888888 8 00 8 6 0 88888888888888 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 5 3 777 00000 5555 8888888888888 777 8888888888 7 77 7 7 7 33333 7 77777 0 000 4 4 4444 77 66 4 2 11 0 666 7 11 666 4 9 0000 666 0 7 7 7 77 3 11 44 5 44 99 5 22 5 44 8 99 7 3 7 99 3
consensus : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTC----C--AA-----TCAGAAAT-GCGG-CACAC--------GCG--------CA-----G-------TG----A------AA---TGGGAAT-TT---TGACTATA-AAAACCCTCTT-CTAAAGAC----C--ATC---AAGATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AATTT-CA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA-AAAACGTT-A-T-G-GT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAAGAC--GAT-G-CAC-GTGCAT-GCGCAT-G-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
Reference ( family-3075 ) : GTA-TTAATTTNAT-ATTGGTTTGNAT-CA--TNTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTC----C--AA-----TCAG----------CACA---------GCG--------CA-----G-------T-----A------AA---TGGGAAT-TT---TGACTATA-AAAACCCTCTT-CTAAAGAC----C--ATC---AAGATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AATTT-CA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA-AAAACGTTTA-T-G-GT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAGGAC--GAT-G-CAC-GTGCAT-GCGCAT-G-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|1 : TA-TTAATTTCATGATTGGTTTGCATTCA--TTTTTTAA-GCACAAGTT-ACGTGGGCAAGTTT--CAAAG-T-CGTC----CCAAA-----TCAGAAATCGAGG-CACAT--------GCGGCAATTGCCA-----ACGTGCCTT-----A------AAAATTCGGAAT-TT---GAACTA-----AACCCTCTT-CTAAGAAC----C--ATTTCAAAGATGTTACTTC-A-CC-TTA-TTC-CAATT-CA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--C--AAAACG-TTA-TCG-GT----CAA-TCC-GCAAAAAAT--GGACCTTTTAAAAAGGAC--G---G-AAC-GC-CAT-GC-CAT-G-CGCGGGTTTT-G-CA-A-A--T-TTTTTTAAATTAT-CACTA--T--G-T--GAACTGT--TATTGTAT-GATC-TA--CCTTATGC
gi|12 : gtGAAAT-TT---TGACTATA-A---CCTTCTT--TAAAGAC----C--ATC---TAGATGT-A-CTC-A-CA------TC-CATTT-TATA-AT-GATTT--T--ACCA-AGAA--CA-AAA-CGTT-A-T-G--T----CAT-TGC----AGAATT--GGACCCTTT-AAAAGCAC--GAT-G-CAC-GTGCAT-GCGCAT---TG---------G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C
gi|13 : A-A-ATTGATTTCTTC-AACA-ACAA--AC-AACACGTTAT-T-GAGT----CA--TTC-GAAG--ATT--GGACCTTT----AAAGAC--GAT-GACGA-GTGCAT-GCGCAT-G-CGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--CATCCACTT--G--G-TAAGAACT-T--TA-TA--T-G-TC-TA--CC-TATat
gi|15 : tAAGCGTT-A-T-G-GT----CC--TTC-CATGGA--T--GAATGTTC---AAAAGTT--GAT-G-CAC-GTGCAT-GCGCA----TGAGCG--TT-G--A-A-TTCT-TTTAATTA--CAT---TTG--TCAT-TAGATAAT-T--AA--AT-T-A-TC-TA--CA-TATGC
gi|18 : ACGTT-A-T-G-GT----CA--TTC-AAAA--AGT--GAACCTTC---AAATGAC--GAT-C-CAC-GTGCAT-GCACAT-T-TGC
gi|19 : -TGCGCG--TTTG-CA-ATT--T-TTTATT-A--CAT-CACTG--T--G-TAGTCACT-T--TA-TAT-T-G-TC-Taat
gi|2 : aaGTACTTAAATTTAT-ATTG-TTTGGAT-CA--ATTTTTAAAGAA-GAGTT-ACGGG--TCAATTT--C-AAAAT-CGTCAGATC--AAAGATTTCAG----------CACACGGCGGCATGCG--------CT-----G-------TGA---A------AA---TGGTAATGTT---TGAC--TA-ATAACCTGCTT-T--AAGAC----C--ACCA--AAGCTGT-AGCTC-AGCAAAAT-ATC-AATTT--A-A-AT-GA-TT--TC-AACA-AGAAATCA-AAAACGTTTATT-G-GTGTTCTAACTTC-GAAGAATTT--GGAAGCCTT-AAGAAGACCTGAT-G-CAC-GTGCAT-GCGCAT---CGCGCGTCTT-G-TA-A-T--TGTTTATTAA--CAT-CACTA--TG-G-TAAGAACT-T--TATCTT-C-G-TC-TA--CC-TATGCtactag
gi|20 : GCAT-GCTGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CA-TG--T--G-TAGCAACT-T--TATTGT-----TCATA--CC--ATGC
gi|21 : -TGCGCG--TTTG-CA-T-T--T-TTTATTA---C-T-CACTG--T--G-TAGAA-CT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|22 : -TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--C-T-CACT---T--G-TA-AAAC--T--TATCAC-T-G-TC-TA--CC-TA
gi|23 : caT-G-CA-A-T--T-TTTATTTA--CAT-C-CTG--T--GTTAGGAACT-T--TA-TAT-TGG-TC-TA--CC-TATGC
gi|24 : -TGCGCA--TTTG-CA-A-T--T-TT-AT--A--CAT-CACTG--T--G-TAG--ACT-T--TATGA--T-G-TC-TA--Ct
gi|3 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGCTTTGGAT-CAGTTCTTTTAA-GAA-AAGTTTACGC---CCAATTTTGCAGAAATTCGTC----C--AA-----TCAG----------TACA---------GTT--------CA-----G-------T-----A------AA---TGGGAATCTT---TGACTATATAAGACCCTCTTGCTAAAGAT----CG-ATC---AAGGTGT-AGCTCGA-CAATTG-ATC-AATTT-CA-ATAT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA-AAAATGTTTA-T-G-GT----CAA-TTC-GAGAGAATT--GGACATGTT-AAAAGGTC--GATGG-CAC-GTGCAT-GCGCATGG-TGCACG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAG--CAT-CACTG--T--G-TAGAAGCT-T--TATTAT-T-GTTC-TATCCC-TATGC
gi|4 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGTTTTGGAT-CA--CTTGTTAA-GAA-A-GTGTACGG----CAATTT--GATAAAT-CGTC----C--A------TCAGGAATTTCAGGCACAT--------GCG--------C------G-------TGGCTGA------AA---TGG-AAT-TT---TGACTATA-AA--CCCTCT-----AAGACATTTC--AT-----AGATGT-A-CTCTA-CAATTATATC-AATTTTCA-A-AT-GATTT-----AACA-AAAA--CATCAAACTATAA-T-G-GT----CAA-GTCTGGAAGAATTTGGGACATTTT-GCAAAGAC--GATTG-CAC-GTGCATTGCGCTA-A-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-AGTTGGCT--G-T--GAACT-TGGGATTTA-T-G-TC-TA---C-TATG
gi|5 : GTA-TTAATTTAAT-ATTGGTTTGTAT-CA--TAATTTAA-GAA-AAGTT---ATG--TCA-TTT--CAAAA-T-CGTC----C--AA-----TTAGAATAGGCA--CACA---------GCG--------CATGCGCG-------T-----GCTGAAGAA---TGG-AAT-GTATGTGACTATA-AA--TCTTTCT-CTGAACAT----CGCATC---AAGAT-T--GTTC-------TA-ATCTAATTT-CA-A-AT-G-TTT--TCAAACATAGAA---A-CAAATGCTGT-T-G-GT----CAA-AGC-GAGAAATTT--GGACACTTTGGAAAAGAC--GAT-GTCACGGTGCATAGCGCAG-A-TGC-CGT-TT-GCCATA-T--TATTGATT-A--TAT-GACTC--T--G-TAGAAACT-T--
gi|6 : --TT-G-CA---T--T-TTTATTAA--CAT-AAATG--T--G-TA-AAATT-T--TA-TAT-T-G-T--TA---C-TATGC
gi|7 : tA--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C---ATGCtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctaccttaccttgtgagatatcaaatgattttcattgaataaaaaataaacaagaataaaacaaagttagactggattccgaagttaggaagccaa
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTTCTTCTACGCAATATCCTTAATGCTCGGAATATCAAAATGATTCAAATTGAAGATATTTAAAAAGTTTTAGACTTGAGTTTCCGAAGTTAGGTGAAGCCGGGAAAA
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATATCCAATCAATGTTCAGGGTTGGCGAAGTTCTACCATCCGTCTTGTGAATATCAGATGTATTTTGCAATTGAAGAAGTAAAAAAGTTAGACTGATTCCTGAGAGTTAGG
Unaligned ( gi|10 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTCTACTACCTTGTGATATCAATGATTTAATTAGAAGAATAAAAAATTAAGTTAGACTAATTCCGAATTTAGGAAGCAAAAA
Unaligned ( gi|11 ): TTGCATCTATCTTTATTTATAACACCAAGCTTACAGCCTAATTTTGTATTACCAATCAAATGCCAGACACTACACGCACGTGCACCAATTCTAAATTTGATCTACCAATCACTGAAAGGGGATCTAAGTTTACCTACCTTGTGGAATCAAAATGATTTCATTGAAGCATAAAAGTAGAGGGACCTTCCGAAGTTAGGAAGCCAATAAATGCA
Unaligned ( gi|14 ): CACGTGCAAATTCAAAATTTTGATCATACCTGGGTCCAATCAATTCAGGATCTCAAGTTCTGCCTACCTTGTGAATATCAAATGATTTCATTGAAGAATAAAAAAGTAAGACTGATTCCGAAGTTAGGAAGCCAAAAATGC
Unaligned ( gi|16 ): CTCAAATCCTATTGTTAGTGAATATCTTCAAATGCATTTCATTTGTAGAATAAAAAACGTTTAGGACTGATTCCGAAGTTAGGAGCCAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTACCTACCTTGTGATATGAAATGATACTTCAAGAATAAAAAAGTTAGACTGATTCCAGAAGTAGGAAGCCAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 222222222 1111 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 222 2222 1111 222222222222 111 3333333333 11111 111111 11 11 111 1 111 111 11 1
lowQualScore : 8 1 8 8 8 11 8 8 0 777777777 0 6666 0 8 11 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 5 555 8888 6666 333333333333 666 4444444444 6 6 1 5 5 5 22222 5 777777 0 4 4 8 00 9999 44 44 6 2 66 1 444 4 66 4 3 4 4 4 444 111 8 2 2 2 33 5 33 33 2 33 55 2 33 2 33 0 22 2 5 2 33 3
lowQualScore : . . . . . .. . . . ......... . .... . . .. . ..................................................... .. . ... .... .... ............ ... .......... . . . . . . ..... . ...... . . . . .. .... .. .. . . .. . ... . .. . . . . . ... ... . . . . .. . .. .. . .. .. . .. . .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 0 0 0 8 0 00 0 0 8 888888888 8 6666 8 0 00 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 2 000 5555 5555 888888888888 777 8888888888 7 7 0 7 7 7 33333 7 999999 8 4 4 9 66 4444 77 66 4 2 11 0 111 4 11 4 3 4 4 4 888 666 0 7 7 7 77 3 11 44 5 44 99 5 22 5 44 8 99 7 3 7 99 3
consensus : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCAGAAA-T-N---GGCACAC--------GCG--------CATG---G-TGC---A-AAATG-GGAAT---TTTGACTATA-AAAACCCTCTT-CTAAAGAC----C-ATC---AAGATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AA-TTTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
Reference ( family-3075 ) : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCAGAAA-T-GC--GGCACAC--------GCG--------CA-----G-TG------AAATG-GGAAT---TTTGACTATA-AAAACCCTCTT-CTAAAGAC----C-ATC---AAGATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AA-TTTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|1 : TA-TTAATTTCATGATTGGTTTGCATTCA--TTTTTTAA-GCACAAGTT-ACGTGGGCAAGTTT--CAAAG-T-CGTCCCAAATCAGAAA-TCGA--GGCACAT--------GCGGCAATTGCCAAC---G-TGCCTTAAAAATTCGGAAT---TTGAACTA-----AACCCTCTT-CTAAGAAC----C-ATTTCAAAGATGTTACTTC-A-CC-TTA-TTC-CA-ATTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--C---AAAACG-TT-A-TC-GGT----CAA-TCC-GCAAAAAAT--GGACCTTTT-AAAAAGGAC--G---G-AAC-GC-CA-T-GC-CATG-CGCGGGTTTT-G-CA-A-A--T-TTTTTTAAATTAT-CACTA--T--G-T--GAACTGT--TATTGTAT-GATC-TA--CCTTATGC
gi|12 : gt-GAAAT---TTTGACTATA-A---CCTTCTT--TAAAGAC----C-ATC---TAGATGT-A-CTC-A-CA------TC-CA-TTTTATA-AT-GATTT--T--ACCA-AGAA--CA--AAA-CG-TT-A-T--G-T----CAT-TGC----AGAATT--GGACCCTTT-AAAAG-CAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCAT--TG---------G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C
gi|13 : A-A-ATTGATTTCTTC-AACA-ACAA--AC--AACACG-TT-A-TTGAGT----CA--TTC-GAAG--ATT--GGACCTTT----AAA-GAC--GA-TGACGA-GTGCA-T-GCGCATG-CGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--CATCCACTT--G--G-TAAGAACT-T--TA-TA--T-G-TC-TA--CC-TATat
gi|15 : tAAGCG-TT-A-T--GGT----CC--TTC-CATGGA--T--GAATGTTC---AAAA-GTT--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCA---TGAGCG--TT-G--A-A-TTCT-TTTAATTA--CAT---TTG--TCAT-TAGATAAT-T--AA--AT-T-A-TC-TA--CA-TATGC
gi|18 : ACG-TT-A-T--GGT----CA--TTC-AAAA--AGT--GAACCTTC---AAAT-GAC--GA-TC-CAC-GTGCA-T-GCACATT-TGC
gi|19 : -TGCGCG--TTTG-CA-ATT--T-TTTATT-A--CAT-CACTG--T--G-TAGTCACT-T--TA-TAT-T-G-TC-Taat
gi|2 : aaGTACTTAAATTTAT-ATTG-TTTGGAT-CA--ATTTTTAAAGAA-GAGTT-ACGGG--TCAATTT--C-AAAAT-CGTCA--GATCAAAGATT-TC--AGCACACGGCGGCATGCG--------CT-----G-TGA-----AAATG-GTAATG--TTTGAC--TA-ATAACCTGCTT-T--AAGAC----C-ACCA--AAGCTGT-AGCTC-AGCAAAAT-ATC-AA-TTT-A-A-AT-GA-TT--TC-AACA-AGAAATCA--AAAACGTTT-ATT--GGTGTTCTAACTTC-GAAGAATTT--GGAAGCCTT-AAGAA-GACCTGA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCAT--CGCGCGTCTT-G-TA-A-T--TGTTTATTAA--CAT-CACTA--TG-G-TAAGAACT-T--TATCTT-C-G-TC-TA--CC-TATGCtactag
gi|20 : GCATGCTGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CA-TG--T--G-TAGCAACT-T--TATTGT-----TCATA--CC--ATGC
gi|21 : -TGCGCG--TTTG-CA-T-T--T-TTTATTA---C-T-CACTG--T--G-TAGAA-CT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|22 : -TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--C-T-CACT---T--G-TA-AAAC--T--TATCAC-T-G-TC-TA--CC-TA
gi|23 : caT-G-CA-A-T--T-TTTATTTA--CAT-C-CTG--T--GTTAGGAACT-T--TA-TAT-TGG-TC-TA--CC-TATGC
gi|24 : -TGCGCA--TTTG-CA-A-T--T-TT-AT--A--CAT-CACTG--T--G-TAG--ACT-T--TATGA--T-G-TC-TA--Ct
gi|3 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGCTTTGGAT-CAGTTCTTTTAA-GAA-AAGTTTACGC---CCAATTTTGCAGAAATTCGTCC--AATCAG------------TACA---------GTT--------CA-----G-T-------AAATG-GGAATC--TTTGACTATATAAGACCCTCTTGCTAAAGAT----CGATC---AAGGTGT-AGCTCGA-CAATTG-ATC-AA-TTTCA-ATAT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAATG-TTTA-T--GGT----CAA-TTC-GAGAGAATT--GGACATGTT-AAAAG-GTC--GA-TGGCAC-GTGCA-T-GCGCATGGTGCACG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAG--CAT-CACTG--T--G-TAGAAGCT-T--TATTAT-T-GTTC-TATCCC-TATGC
gi|4 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGTTTTGGAT-CA--CTTGTTAA-GAA-A-GTGTACGG----CAATTT--GATAAAT-CGTCC--A-TCAGGAA-T-TTCAGGCACAT--------GCG--------CGTG---GCTG------AAATG-G-AAT---TTTGACTAT---AAACCCTCT-----AAGACATTTC-AT-----AGATGT-A-CTCTA-CAATTATATC-AATTTTCA-A-AT-GATTT-----AACA-AAAA--CATCAAACTA-TA-A-T--GGT----CAA-GTCTGGAAGAATTTGGGACATTTT-GCAAA-GAC--GATTG-CAC-GTGCATT-GCGCTAA-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-AGTTGGCT--G-T--GAACT-TGGGATTTA-T-G-TC-TA---C-TATG
gi|5 : GTA-TTAATTTAAT-ATTGGTTTGTAT-CA--TAATTTAA-GAA-AAGTT---ATG--TC-ATTT--C-AAAAT-CGTCC--AATTAG-AA-T-A---GGCACACA-------GCG--------CATGCGCG-TGCTGAA-GAAT--GGAATGTATGTGACTAT---AAATCTTTCT-CTGAACATCG--C-ATC---AAGAT-T--GTTC-------TA-ATCTAA-TTTCA-A-AT-G-TTT--TCAAACATAGAA---A--CAAATG-CT-GTT--GGT----CAA-AGC-GAGAAATTT--GGACACTTTGGAAAA-GAC--GA-TGTCACGGTGCA-TAGCGCAGA-TGC-CGT-TT-GCCATA-T--TATTGATT-A--TAT-GACTC--T--G-TAGAAACT-T--
gi|6 : --TT-G-CA---T--T-TTTATTAA--CAT-AAATG--T--G-TA-AAATT-T--TA-TAT-T-G-T--TA---C-TATGC
gi|7 : tA--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C---ATGCtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctaccttaccttgtgagatatcaaatgattttcattgaataaaaaataaacaagaataaaacaaagttagactggattccgaagttaggaagccaa
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTTCTTCTACGCAATATCCTTAATGCTCGGAATATCAAAATGATTCAAATTGAAGATATTTAAAAAGTTTTAGACTTGAGTTTCCGAAGTTAGGTGAAGCCGGGAAAA
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATATCCAATCAATGTTCAGGGTTGGCGAAGTTCTACCATCCGTCTTGTGAATATCAGATGTATTTTGCAATTGAAGAAGTAAAAAAGTTAGACTGATTCCTGAGAGTTAGG
Unaligned ( gi|10 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTCTACTACCTTGTGATATCAATGATTTAATTAGAAGAATAAAAAATTAAGTTAGACTAATTCCGAATTTAGGAAGCAAAAA
Unaligned ( gi|11 ): TTGCATCTATCTTTATTTATAACACCAAGCTTACAGCCTAATTTTGTATTACCAATCAAATGCCAGACACTACACGCACGTGCACCAATTCTAAATTTGATCTACCAATCACTGAAAGGGGATCTAAGTTTACCTACCTTGTGGAATCAAAATGATTTCATTGAAGCATAAAAGTAGAGGGACCTTCCGAAGTTAGGAAGCCAATAAATGCA
Unaligned ( gi|14 ): CACGTGCAAATTCAAAATTTTGATCATACCTGGGTCCAATCAATTCAGGATCTCAAGTTCTGCCTACCTTGTGAATATCAAATGATTTCATTGAAGAATAAAAAAGTAAGACTGATTCCGAAGTTAGGAAGCCAAAAATGC
Unaligned ( gi|16 ): CTCAAATCCTATTGTTAGTGAATATCTTCAAATGCATTTCATTTGTAGAATAAAAAACGTTTAGGACTGATTCCGAAGTTAGGAGCCAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTACCTACCTTGTGATATGAAATGATACTTCAAGAATAAAAAAGTTAGACTGATTCCAGAAGTAGGAAGCCAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11 222222222 1111 11 9999999999999999999999999999999999999999999999 11 222 22222 1111 222222222222 111 3333333333 11111 111111 11 11 111 1 111 111 11 1
lowQualScore : 8 1 8 8 8 11 8 8 0 777777777 0 6666 0 8 11 0 6666666666666666666666666666666666666666666666 11 5 555 22222 6666 333333333333 666 4444444444 6 77 5 5 5 22222 5 777777 0 4 4 8 00 9999 44 44 6 2 66 1 444 4 66 4 3 4 8 444 111 8 2 2 2 33 5 33 33 2 33 55 2 33 2 33 0 22 2 5 2 33 3
lowQualScore : . . . . . .. . . . ......... . .... . . .. . .............................................. .. . ... ..... .... ............ ... .......... . .. . . . ..... . ...... . . . . .. .... .. .. . . .. . ... . .. . . . . ... ... . . . . .. . .. .. . .. .. . .. . .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 0 0 0 8 0 00 0 0 8 888888888 8 6666 8 0 00 8 2222222222222222222222222222222222222222222222 77 2 000 00000 5555 888888888888 777 8888888888 7 77 7 7 7 33333 7 999999 8 4 4 9 66 4444 77 66 4 2 11 0 111 4 11 4 3 4 9 888 666 0 7 7 7 77 3 11 44 5 44 99 5 22 5 44 8 99 7 3 7 99 3
consensus : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCAGAAA--TC---G--GCACAC-GC-G-CA--TGCGC--G-TGC----AAAATG-GGAAT---TTTGACTATA-AAAACCCTCTT-CTAAAGAC----C-ATC---AAGATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AATTT-CA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GAT-G-CAC-GTGCAT-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
Reference ( family-3075 ) : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCAGAAA--TN---G--GCACAC-GC-G-CA--TG-----G-TGC----AAAATG-GGAAT---TTTGACTATA-AAAACCCTCTT-CTAAAGAC----C-ATC---AAGATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AATTT-CA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GAT-G-CAC-GTGCAT-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|1 : TA-TTAATTTCATGATTGGTTTGCATTCA--TTTTTTAA-GCACAAGTT-ACGTGGGCAAGTTT--CAAAG-T-CGTCCCAAATCAGAAA--TC---GAGGCACAT-GC-GGCAATTGCCAACG-TGCCTTAAAAATTCGGAAT---TTGAACTA-----AACCCTCTT-CTAAGAAC----C-ATTTCAAAGATGTTACTTC-A-CC-TTA-TTC-CAATT-CA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--C---AAAACG-TT-A-TC-GGT----CAA-TCC-GCAAAAAAT--GGACCTTTT-AAAAAGGAC--G---G-AAC-GC-CAT-GC-CATG-CGCGGGTTTT-G-CA-A-A--T-TTTTTTAAATTAT-CACTA--T--G-T--GAACTGT--TATTGTAT-GATC-TA--CCTTATGC
gi|12 : gt-GAAAT---TTTGACTATA-A---CCTTCTT--TAAAGAC----C-ATC---TAGATGT-A-CTC-A-CA------TC-CATTT-TATA-AT-GATTT--T--ACCA-AGAA--CA--AAA-CG-TT-A-T--G-T----CAT-TGC----AGAATT--GGACCCTTT-AAAAG-CAC--GAT-G-CAC-GTGCAT-GCGCAT--TG---------G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C
gi|13 : A-A-ATTGATTTCTTC-AACA-ACAA--AC--AACACG-TT-A-TTGAGT----CA--TTC-GAAG--ATT--GGACCTTT----AAA-GAC--GAT-GACGA-GTGCAT-GCGCATG-CGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--CATCCACTT--G--G-TAAGAACT-T--TA-TA--T-G-TC-TA--CC-TATat
gi|15 : tAAGCG-TT-A-T--GGT----CC--TTC-CATGGA--T--GAATGTTC---AAAA-GTT--GAT-G-CAC-GTGCAT-GCGCA---TGAGCG--TT-G--A-A-TTCT-TTTAATTA--CAT---TTG--TCAT-TAGATAAT-T--AA--AT-T-A-TC-TA--CA-TATGC
gi|18 : ACG-TT-A-T--GGT----CA--TTC-AAAA--AGT--GAACCTTC---AAAT-GAC--GAT-C-CAC-GTGCAT-GCACATT-TGC
gi|19 : -TGCGCG--TTTG-CA-ATT--T-TTTATT-A--CAT-CACTG--T--G-TAGTCACT-T--TA-TAT-T-G-TC-Taat
gi|2 : aaGTACTTAAATTTAT-ATTG-TTTGGAT-CA--ATTTTTAAAGAA-GAGTT-ACGGG--TCAATTT--C-AAAAT-CGTCA--GATCAAAGATTTC---A--GCACACGGCGG-CA--TGCGCT-G-TG-----AAAATG-GTAATG--TTTGAC--TA-ATAACCTGCTT-T--AAGAC----C-ACCA--AAGCTGT-AGCTC-AGCAAAAT-ATC-AATTT--A-A-AT-GA-TT--TC-AACA-AGAAATCA--AAAACGTTT-ATT--GGTGTTCTAACTTC-GAAGAATTT--GGAAGCCTT-AAGAA-GACCTGAT-G-CAC-GTGCAT-GCGCAT--CGCGCGTCTT-G-TA-A-T--TGTTTATTAA--CAT-CACTA--TG-G-TAAGAACT-T--TATCTT-C-G-TC-TA--CC-TATGCtactag
gi|20 : GCATGCTGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CA-TG--T--G-TAGCAACT-T--TATTGT-----TCATA--CC--ATGC
gi|21 : -TGCGCG--TTTG-CA-T-T--T-TTTATTA---C-T-CACTG--T--G-TAGAA-CT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|22 : -TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--C-T-CACT---T--G-TA-AAAC--T--TATCAC-T-G-TC-TA--CC-TA
gi|23 : caT-G-CA-A-T--T-TTTATTTA--CAT-C-CTG--T--GTTAGGAACT-T--TA-TAT-TGG-TC-TA--CC-TATGC
gi|24 : -TGCGCA--TTTG-CA-A-T--T-TT-AT--A--CAT-CACTG--T--G-TAG--ACT-T--TATGA--T-G-TC-TA--Ct
gi|3 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGCTTTGGAT-CAGTTCTTTTAA-GAA-AAGTTTACGC---CCAATTTTGCAGAAATTCGTCC--AATCAG--------------TACA--GT-T-CA---------G-T-------AAATG-GGAATC--TTTGACTATATAAGACCCTCTTGCTAAAGAT----CGATC---AAGGTGT-AGCTCGA-CAATTG-ATC-AATTT-CA-ATAT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAATG-TTTA-T--GGT----CAA-TTC-GAGAGAATT--GGACATGTT-AAAAG-GTC--GAT-GGCAC-GTGCAT-GCGCATGGTGCACG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAG--CAT-CACTG--T--G-TAGAAGCT-T--TATTAT-T-GTTC-TATCCC-TATGC
gi|4 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGTTTTGGAT-CA--CTTGTTAA-GAA-A-GTGTACGG----CAATTT--GATAAAT-CGTCC--A-TCAGGAA--TTTCAG--GCACAT-GC-G-CG--TG-----GCTG------AAATG-G-AAT---TTTGACTATA-AA--CCCTCT-----AAGACATTTC-AT-----AGATGT-A-CTCTA-CAATTATATC-AATTTTCA-A-AT-GATTT-----AACA-AAAA--CATCAAACTA-TA-A-T--GGT----CAA-GTCTGGAAGAATTTGGGACATTTT-GCAAA-GAC--GATTG-CAC-GTGCATTGCGCTAA-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-AGTTGGCT--G-T--GAACT-TGGGATTTA-T-G-TC-TA---C-TATG
gi|5 : GTA-TTAATTTAAT-ATTGGTTTGTAT-CA--TAATTTAA-GAA-AAGTT---ATG--TC-ATTT--C-AAAAT-CGTCC--AATTAG-AA--TA---G--GCACACAGC-G-CA--TGCGC--G-TGCTGA-AGAAT--GGAATGTATGTGACTAT---AAATCTTTCT-CTGAACATCG--C-ATC---AAGAT-T--GTTC-------TA-ATCTAATTT-CA-A-AT-G-TTT--TCAAACATAGAA---A--CAAATG-CT-GTT--GGT----CAA-AGC-GAGAAATTT--GGACACTTTGGAAAA-GAC--GAT-GTCACGGTGCATAGCGCAGA-TGC-CGT-TT-GCCATA-T--TATTGATT-A--TAT-GACTC--T--G-TAGAAACT-T--
gi|6 : --TT-G-CA---T--T-TTTATTAA--CAT-AAATG--T--G-TA-AAATT-T--TA-TAT-T-G-T--TA---C-TATGC
gi|7 : tA--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C---ATGCtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctaccttaccttgtgagatatcaaatgattttcattgaataaaaaataaacaagaataaaacaaagttagactggattccgaagttaggaagccaa
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTTCTTCTACGCAATATCCTTAATGCTCGGAATATCAAAATGATTCAAATTGAAGATATTTAAAAAGTTTTAGACTTGAGTTTCCGAAGTTAGGTGAAGCCGGGAAAA
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATATCCAATCAATGTTCAGGGTTGGCGAAGTTCTACCATCCGTCTTGTGAATATCAGATGTATTTTGCAATTGAAGAAGTAAAAAAGTTAGACTGATTCCTGAGAGTTAGG
Unaligned ( gi|10 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTCTACTACCTTGTGATATCAATGATTTAATTAGAAGAATAAAAAATTAAGTTAGACTAATTCCGAATTTAGGAAGCAAAAA
Unaligned ( gi|11 ): TTGCATCTATCTTTATTTATAACACCAAGCTTACAGCCTAATTTTGTATTACCAATCAAATGCCAGACACTACACGCACGTGCACCAATTCTAAATTTGATCTACCAATCACTGAAAGGGGATCTAAGTTTACCTACCTTGTGGAATCAAAATGATTTCATTGAAGCATAAAAGTAGAGGGACCTTCCGAAGTTAGGAAGCCAATAAATGCA
Unaligned ( gi|14 ): CACGTGCAAATTCAAAATTTTGATCATACCTGGGTCCAATCAATTCAGGATCTCAAGTTCTGCCTACCTTGTGAATATCAAATGATTTCATTGAAGAATAAAAAAGTAAGACTGATTCCGAAGTTAGGAAGCCAAAAATGC
Unaligned ( gi|16 ): CTCAAATCCTATTGTTAGTGAATATCTTCAAATGCATTTCATTTGTAGAATAAAAAACGTTTAGGACTGATTCCGAAGTTAGGAGCCAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTACCTACCTTGTGATATGAAATGATACTTCAAGAATAAAAAAGTTAGACTGATTCCAGAAGTAGGAAGCCAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11 222222222 11 1 111 6666666666666666666666666666666666666666666666 22 222 33333 1111 2222 1111 111 3333333333 11111 111111 11 11 111 1 111 111 11 1
lowQualScore : 8 1 8 8 8 11 8 5 8 777777777 0 11 0 0 8 444 3333333333333333333333333333333333333333333333 11 555 99999 6666 3333 6 2222 6 666 4444444444 6 6 1 5 5 5 99999 5 777777 0 4 4 8 00 9999 44 44 6 2 66 1 444 4 66 4 3 4 4 4 444 111 8 2 2 2 33 5 33 33 2 33 55 2 33 2 33 0 22 2 5 2 33 3
lowQualScore : . . . . . .. . . . ......... . .. . . . ... .............................................. .. ... ..... .... .... . .... . ... .......... . . . . . . ..... . ...... . . . . .. .... .. .. . . .. . ... . .. . . . . . ... ... . . . . .. . .. .. . .. .. . .. . .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 0 0 0 8 0 00 0 6 0 888888888 8 00 8 6 0 888 8888888888888888888888888888888888888888888888 77 000 88888 5555 3333 7 7777 7 777 8888888888 7 7 0 7 7 7 33333 7 999999 8 4 4 9 66 4444 77 66 4 2 11 0 111 4 11 4 3 4 4 4 888 666 0 7 7 7 77 3 11 44 5 44 99 5 22 5 44 8 99 7 3 7 99 3
consensus : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCAGAAAT--C---G--GCACAC-G-CGGCA--TGC--GC-GTGC----AAAATG-GGAAT---TTTGACTAT--AAAACCCTCTT-CTAAAGAC----C-ATC---AA-GATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AA-TTTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
Reference ( family-3075 ) : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCAGAAAT--C---G--GCACAC-G-CG-CA--TGC--GC-GTGC----AAAATG-GGAAT---TTTGACTATA-AAAACCCTCTT-CTAAAGAC----C-ATC---AA-GATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AA-TTTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|1 : TA-TTAATTTCATGATTGGTTTGCATTCA--TTTTTTAA-GCACAAGTT-ACGTGGGCAAGTTT--CAAAG-T-CGTCCCAAATCAGAAAT--C---GAGGCACAT-G-CGGCAATTGCCAAC-GTGCCTTAAAAATTCGGAAT---TTGAACTA-----AACCCTCTT-CTAAGAAC----C-ATTTCAAA-GATGTTACTTC-A-CC-TTA-TTC-CA-ATTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--C---AAAACG-TT-A-TC-GGT----CAA-TCC-GCAAAAAAT--GGACCTTTT-AAAAAGGAC--G---G-AAC-GC-CA-T-GC-CATG-CGCGGGTTTT-G-CA-A-A--T-TTTTTTAAATTAT-CACTA--T--G-T--GAACTGT--TATTGTAT-GATC-TA--CCTTATGC
gi|12 : gt-GAAAT---TTTGACTATA-A---CCTTCTT--TAAAGAC----C-ATC---TA-GATGT-A-CTC-A-CA------TC-CA-TTTTATA-AT-GATTT--T--ACCA-AGAA--CA--AAA-CG-TT-A-T--G-T----CAT-TGC----AGAATT--GGACCCTTT-AAAAG-CAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCAT--TG---------G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C
gi|13 : A-A-ATTGATTTCTTC-AACA-ACAA--AC--AACACG-TT-A-TTGAGT----CA--TTC-GAAG--ATT--GGACCTTT----AAA-GAC--GA-TGACGA-GTGCA-T-GCGCATG-CGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--CATCCACTT--G--G-TAAGAACT-T--TA-TA--T-G-TC-TA--CC-TATat
gi|15 : tAAGCG-TT-A-T--GGT----CC--TTC-CATGGA--T--GAATGTTC---AAAA-GTT--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCA---TGAGCG--TT-G--A-A-TTCT-TTTAATTA--CAT---TTG--TCAT-TAGATAAT-T--AA--AT-T-A-TC-TA--CA-TATGC
gi|18 : ACG-TT-A-T--GGT----CA--TTC-AAAA--AGT--GAACCTTC---AAAT-GAC--GA-TC-CAC-GTGCA-T-GCACATT-TGC
gi|19 : -TGCGCG--TTTG-CA-ATT--T-TTTATT-A--CAT-CACTG--T--G-TAGTCACT-T--TA-TAT-T-G-TC-Taat
gi|2 : aaGTACTTAAATTTAT-ATTG-TTTGGAT-CA--ATTTTTAAAGAA-GAGTT-ACGGG--TCAATTT--CAAAA-T-CGTCA--GATCAAAGATTTC---A--GCACAC-GGCGGCA--TGC--GCTGTG-----AAAATG-GTAATG--TTTGACTA---ATAACCTGCTT-T--AAGAC----C-ACC---AAAGCTGT-AGCTC-AGCAAAAT-ATC-AA-TTT-A-A-AT-GATTT---C-AACA-AGAAATCA--AAAACGTTT-ATT--GGTGTTCTAACTTC-GAAGAATTT--GGAAGCCTT-AAGAA-GACCTGA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCAT--CGCGCGTCTT-G-TA-A-T--TGTTTATTAA--CAT-CACTA--TG-G-TAAGAACT-T--TATCTT-C-G-TC-TA--CC-TATGCtactag
gi|20 : GCATGCTGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CA-TG--T--G-TAGCAACT-T--TATTGT-----TCATA--CC--ATGC
gi|21 : -TGCGCG--TTTG-CA-T-T--T-TTTATTA---C-T-CACTG--T--G-TAGAA-CT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|22 : -TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--C-T-CACT---T--G-TA-AAAC--T--TATCAC-T-G-TC-TA--CC-TA
gi|23 : caT-G-CA-A-T--T-TTTATTTA--CAT-C-CTG--T--GTTAGGAACT-T--TA-TAT-TGG-TC-TA--CC-TATGC
gi|24 : -TGCGCA--TTTG-CA-A-T--T-TT-AT--A--CAT-CACTG--T--G-TAG--ACT-T--TATGA--T-G-TC-TA--Ct
gi|3 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGCTTTGGAT-CAGTTCTTTTAA-GAA-AAGTTTACGC---CCAATTTTGCAGAAATTCGTCC--AATCAG--------------TACA--G-TT-CA----------GT-------AAATG-GGAATC--TTTGACTATATAAGACCCTCTTGCTAAAGAT----CGATC---AA-GGTGT-AGCTCGA-CAATTG-ATC-AA-TTTCA-ATAT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAATG-TTTA-T--GGT----CAA-TTC-GAGAGAATT--GGACATGTT-AAAAG-GTC--GA-TGGCAC-GTGCA-T-GCGCATGGTGCACG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAG--CAT-CACTG--T--G-TAGAAGCT-T--TATTAT-T-GTTC-TATCCC-TATGC
gi|4 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGTTTTGGAT-CA--CTTGTTAA-G-A-AAGTGTACGG----CAATTT--GATAAAT-CGTCC---ATCAGGAAT--TTCAG--GCACAT-G-CG-CG--TG---GC--TG------AAAT--GGAAT---TTTGACTAT---AAACCCTCT-----AAGACATTTC-AT-----A-GATGT-A-CTCTA-CAATTATATC-AATTTTCA-A-AT-GATTT-----AACA-AAAA--CATCAAACTA-TA-A-T--GGT----CAA-GTCTGGAAGAATTTGGGACATTTT-GCAAA-GAC--GATTG-CAC-GTGCATT-GCGCTAA-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-AGTTGGCT--G-T--GAACT-TGGGATTTA-T-G-TC-TA---C-TATG
gi|5 : GTA-TTAATTTAAT-ATTGGTTTGTAT-CA--TAATTTAA-GAA-AAGTT---ATG--TC-ATTT--C-AAAAT-CGTCC--AATTAG-AAT--A---G--GCACACAG-CG-CA--TGC--GC-GTGCTGA-AGAAT--GGAATGTATGTGACTAT---AAATCTTTCT-CTGAACATCG--C-ATC---AA-GAT-T--GTTC-------TA-ATCTAA-TTTCA-A-AT-G-TTT--TCAAACATAGAA---A--CAAATG-CT-GTT--GGT----CAA-AGC-GAGAAATTT--GGACACTTTGGAAAA-GAC--GA-TGTCACGGTGCA-TAGCGCAGA-TGC-CGT-TT-GCCATA-T--TATTGATT-A--TAT-GACTC--T--G-TAGAAACT-T--
gi|6 : --TT-G-CA---T--T-TTTATTAA--CAT-AAATG--T--G-TA-AAATT-T--TA-TAT-T-G-T--TA---C-TATGC
gi|7 : tA--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C---ATGCtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctaccttaccttgtgagatatcaaatgattttcattgaataaaaaataaacaagaataaaacaaagttagactggattccgaagttaggaagccaa
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTTCTTCTACGCAATATCCTTAATGCTCGGAATATCAAAATGATTCAAATTGAAGATATTTAAAAAGTTTTAGACTTGAGTTTCCGAAGTTAGGTGAAGCCGGGAAAA
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATATCCAATCAATGTTCAGGGTTGGCGAAGTTCTACCATCCGTCTTGTGAATATCAGATGTATTTTGCAATTGAAGAAGTAAAAAAGTTAGACTGATTCCTGAGAGTTAGG
Unaligned ( gi|10 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTCTACTACCTTGTGATATCAATGATTTAATTAGAAGAATAAAAAATTAAGTTAGACTAATTCCGAATTTAGGAAGCAAAAA
Unaligned ( gi|11 ): TTGCATCTATCTTTATTTATAACACCAAGCTTACAGCCTAATTTTGTATTACCAATCAAATGCCAGACACTACACGCACGTGCACCAATTCTAAATTTGATCTACCAATCACTGAAAGGGGATCTAAGTTTACCTACCTTGTGGAATCAAAATGATTTCATTGAAGCATAAAAGTAGAGGGACCTTCCGAAGTTAGGAAGCCAATAAATGCA
Unaligned ( gi|14 ): CACGTGCAAATTCAAAATTTTGATCATACCTGGGTCCAATCAATTCAGGATCTCAAGTTCTGCCTACCTTGTGAATATCAAATGATTTCATTGAAGAATAAAAAAGTAAGACTGATTCCGAAGTTAGGAAGCCAAAAATGC
Unaligned ( gi|16 ): CTCAAATCCTATTGTTAGTGAATATCTTCAAATGCATTTCATTTGTAGAATAAAAAACGTTTAGGACTGATTCCGAAGTTAGGAGCCAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTACCTACCTTGTGATATGAAATGATACTTCAAGAATAAAAAAGTTAGACTGATTCCAGAAGTAGGAAGCCAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11 222222222 11 1 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777 22 222 222222 1111 2222 1111 111 3333333333 11111 111111 11 11 111 1 111 111 11 1
lowQualScore : 8 1 8 8 8 11 8 5 8 777777777 0 11 0 0 8 444 66666666666666666666666666666666666666666666666666 11 555 000000 6666 3333 6 2222 6 666 4444444444 6 6 1 5 5 5 99999 5 777777 0 4 4 8 00 9999 44 44 6 2 66 1 444 4 66 4 3 4 4 4 444 111 8 2 2 2 33 5 33 33 2 33 55 2 33 2 33 0 22 2 5 2 33 3
lowQualScore : . . . . . .. . . . ......... . .. . . . ... .................................................. .. ... ...... .... .... . .... . ... .......... . . . . . . ..... . ...... . . . . .. .... .. .. . . .. . ... . .. . . . . . ... ... . . . . .. . .. .. . .. .. . .. . .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 0 0 0 8 0 00 0 6 0 888888888 8 00 8 6 0 888 66666666666666666666666666666666666666666666666666 77 000 777777 5555 3333 7 7777 7 777 8888888888 7 7 0 7 7 7 33333 7 999999 8 4 4 9 66 4444 77 66 4 2 11 0 111 4 11 4 3 4 4 4 888 666 0 7 7 7 77 3 11 44 5 44 99 5 22 5 44 8 99 7 3 7 99 3
consensus : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCAGAAAT--C---G--GCACAC-G-CGGCA--TGC--GC-GTG--C----A--AAATG-GGAAT---TTTGACTATA--AAACCCTCTT-CTAAAGAC----C-ATC---AA-GATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AA-TTTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
Reference ( family-3075 ) : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCAGAAAT--C---G--GCACAC-G-CGGCA--TGC--GC-GTG--C----A--AAATG-GGAAT---TTTGACTATA--AAACCCTCTT-CTAAAGAC----C-ATC---AA-GATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AA-TTTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|1 : TA-TTAATTTCATGATTGGTTTGCATTCA--TTTTTTAA-GCACAAGTT-ACGTGGGCAAGTTT--CAAAG-T-CGTCCCAAATCAGAAAT--C---GAGGCACAT-G-CGGCAATTGCCAAC-GTG--CCTTAA--AAATTCGGAAT---TTGAACTA-----AACCCTCTT-CTAAGAAC----C-ATTTCAAA-GATGTTACTTC-A-CC-TTA-TTC-CA-ATTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--C---AAAACG-TT-A-TC-GGT----CAA-TCC-GCAAAAAAT--GGACCTTTT-AAAAAGGAC--G---G-AAC-GC-CA-T-GC-CATG-CGCGGGTTTT-G-CA-A-A--T-TTTTTTAAATTAT-CACTA--T--G-T--GAACTGT--TATTGTAT-GATC-TA--CCTTATGC
gi|12 : gt-GAAAT---TTTGACTATA--A--CCTTCTT--TAAAGAC----C-ATC---TA-GATGT-A-CTC-A-CA------TC-CA-TTTTATA-AT-GATTT--T--ACCA-AGAA--CA--AAA-CG-TT-A-T--G-T----CAT-TGC----AGAATT--GGACCCTTT-AAAAG-CAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCAT--TG---------G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C
gi|13 : A-A-ATTGATTTCTTC-AACA-ACAA--AC--AACACG-TT-A-TTGAGT----CA--TTC-GAAG--ATT--GGACCTTT----AAA-GAC--GA-TGACGA-GTGCA-T-GCGCATG-CGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--CATCCACTT--G--G-TAAGAACT-T--TA-TA--T-G-TC-TA--CC-TATat
gi|15 : tAAGCG-TT-A-T--GGT----CC--TTC-CATGGA--T--GAATGTTC---AAAA-GTT--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCA---TGAGCG--TT-G--A-A-TTCT-TTTAATTA--CAT---TTG--TCAT-TAGATAAT-T--AA--AT-T-A-TC-TA--CA-TATGC
gi|18 : ACG-TT-A-T--GGT----CA--TTC-AAAA--AGT--GAACCTTC---AAAT-GAC--GA-TC-CAC-GTGCA-T-GCACATT-TGC
gi|19 : -TGCGCG--TTTG-CA-ATT--T-TTTATT-A--CAT-CACTG--T--G-TAGTCACT-T--TA-TAT-T-G-TC-Taat
gi|2 : aaGTACTTAAATTTAT-ATTG-TTTGGAT-CA--ATTTTTAAAGAA-GAGTT-ACGGG--TCAATTT--CAAAA-T-CGTCA--GATCAAAGATTTC---A--GCACAC-GGCGGCA--TGC--GCTGTG-------A--AAATG-GTAATG--TTTGACTA-A--TAACCTGCTT-T--AAGAC----C-ACC---AAAGCTGT-AGCTC-AGCAAAAT-ATC-AA-TTT-A-A-AT-GATTT---C-AACA-AGAAATCA--AAAACGTTT-ATT--GGTGTTCTAACTTC-GAAGAATTT--GGAAGCCTT-AAGAA-GACCTGA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCAT--CGCGCGTCTT-G-TA-A-T--TGTTTATTAA--CAT-CACTA--TG-G-TAAGAACT-T--TATCTT-C-G-TC-TA--CC-TATGCtactag
gi|20 : GCATGCTGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CA-TG--T--G-TAGCAACT-T--TATTGT-----TCATA--CC--ATGC
gi|21 : -TGCGCG--TTTG-CA-T-T--T-TTTATTA---C-T-CACTG--T--G-TAGAA-CT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|22 : -TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--C-T-CACT---T--G-TA-AAAC--T--TATCAC-T-G-TC-TA--CC-TA
gi|23 : caT-G-CA-A-T--T-TTTATTTA--CAT-C-CTG--T--GTTAGGAACT-T--TA-TAT-TGG-TC-TA--CC-TATGC
gi|24 : -TGCGCA--TTTG-CA-A-T--T-TT-AT--A--CAT-CACTG--T--G-TAG--ACT-T--TATGA--T-G-TC-TA--Ct
gi|3 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGCTTTGGAT-CAGTTCTTTTAA-GAA-AAGTTTACGC---CCAATTTTGCAGAAATTCGTCC--AATCAG--------------TACA-------------------GTT--C----AGTAAATG-GGAATC--TTTGACTATATAAGACCCTCTTGCTAAAGAT----CGATC---AA-GGTGT-AGCTCGA-CAATTG-ATC-AA-TTTCA-ATAT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAATG-TTTA-T--GGT----CAA-TTC-GAGAGAATT--GGACATGTT-AAAAG-GTC--GA-TGGCAC-GTGCA-T-GCGCATGGTGCACG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAG--CAT-CACTG--T--G-TAGAAGCT-T--TATTAT-T-GTTC-TATCCC-TATGC
gi|4 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGTTTTGGAT-CA--CTTGTTAA-G-A-AAGTGTACGG----CAATTT--GATAAAT-CGTCC---ATCAGGAAT--TTCAG--GCA---------CA--TGC--GC-GTGGCT----G--AAAT--GGAAT---TTTGACTAT---AAACCCTCT-----AAGACATTTC-AT-----A-GATGT-A-CTCTA-CAATTATATC-AATTTTCA-A-AT-GATTT-----AACA-AAAA--CATCAAACTA-TA-A-T--GGT----CAA-GTCTGGAAGAATTTGGGACATTTT-GCAAA-GAC--GATTG-CAC-GTGCATT-GCGCTAA-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-AGTTGGCT--G-T--GAACT-TGGGATTTA-T-G-TC-TA---C-TATG
gi|5 : GTA-TTAATTTAAT-ATTGGTTTGTAT-CA--TAATTTAA-GAA-AAGTT---ATG--TC-ATTT--C-AAAAT-CGTCC--AATTAG-AAT--A---G--GCACACAG-C-GCA--TGC--GC-GTG--CTGA-A--GAAT--GGAATGTATGTGACTATA--AATCTTTC-T-CTGAACATCG--C-ATC---AA-GAT-T--GTTC-------TA-ATCTAA-TTTCA-A-AT-G-TTT--TCAAACATAGAA---A--CAAATG-CT-GTT--GGT----CAA-AGC-GAGAAATTT--GGACACTTTGGAAAA-GAC--GA-TGTCACGGTGCA-TAGCGCAGA-TGC-CGT-TT-GCCATA-T--TATTGATT-A--TAT-GACTC--T--G-TAGAAACT-T--
gi|6 : --TT-G-CA---T--T-TTTATTAA--CAT-AAATG--T--G-TA-AAATT-T--TA-TAT-T-G-T--TA---C-TATGC
gi|7 : tA--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C---ATGCtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctaccttaccttgtgagatatcaaatgattttcattgaataaaaaataaacaagaataaaacaaagttagactggattccgaagttaggaagccaa
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTTCTTCTACGCAATATCCTTAATGCTCGGAATATCAAAATGATTCAAATTGAAGATATTTAAAAAGTTTTAGACTTGAGTTTCCGAAGTTAGGTGAAGCCGGGAAAA
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATATCCAATCAATGTTCAGGGTTGGCGAAGTTCTACCATCCGTCTTGTGAATATCAGATGTATTTTGCAATTGAAGAAGTAAAAAAGTTAGACTGATTCCTGAGAGTTAGG
Unaligned ( gi|10 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTCTACTACCTTGTGATATCAATGATTTAATTAGAAGAATAAAAAATTAAGTTAGACTAATTCCGAATTTAGGAAGCAAAAA
Unaligned ( gi|11 ): TTGCATCTATCTTTATTTATAACACCAAGCTTACAGCCTAATTTTGTATTACCAATCAAATGCCAGACACTACACGCACGTGCACCAATTCTAAATTTGATCTACCAATCACTGAAAGGGGATCTAAGTTTACCTACCTTGTGGAATCAAAATGATTTCATTGAAGCATAAAAGTAGAGGGACCTTCCGAAGTTAGGAAGCCAATAAATGCA
Unaligned ( gi|14 ): CACGTGCAAATTCAAAATTTTGATCATACCTGGGTCCAATCAATTCAGGATCTCAAGTTCTGCCTACCTTGTGAATATCAAATGATTTCATTGAAGAATAAAAAAGTAAGACTGATTCCGAAGTTAGGAAGCCAAAAATGC
Unaligned ( gi|16 ): CTCAAATCCTATTGTTAGTGAATATCTTCAAATGCATTTCATTTGTAGAATAAAAAACGTTTAGGACTGATTCCGAAGTTAGGAGCCAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTACCTACCTTGTGATATGAAATGATACTTCAAGAATAAAAAAGTTAGACTGATTCCAGAAGTAGGAAGCCAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11 222222222 11 1 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777 22 222 222222 1111 2222 1111 111 3333333333 11111 111111 11 11 111 1 111 111 11 1
lowQualScore : 8 1 8 8 8 11 8 5 8 777777777 0 11 0 0 8 444 66666666666666666666666666666666666666666666666666 11 555 000000 6666 3333 6 2222 6 666 4444444444 6 6 1 5 5 5 99999 5 777777 0 4 4 8 00 9999 44 44 6 2 66 1 444 4 66 4 3 4 4 4 444 111 8 2 2 2 33 5 33 33 2 33 55 2 33 2 33 0 22 2 5 2 33 3
lowQualScore : . . . . . .. . . . ......... . .. . . . ... .................................................. .. ... ...... .... .... . .... . ... .......... . . . . . . ..... . ...... . . . . .. .... .. .. . . .. . ... . .. . . . . . ... ... . . . . .. . .. .. . .. .. . .. . .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 0 0 0 8 0 00 0 6 0 888888888 8 00 8 6 0 888 66666666666666666666666666666666666666666666666666 77 000 777777 5555 3333 7 7777 7 777 8888888888 7 7 0 7 7 7 33333 7 999999 8 4 4 9 66 4444 77 66 4 2 11 0 111 4 11 4 3 4 4 4 888 666 0 7 7 7 77 3 11 44 5 44 99 5 22 5 44 8 99 7 3 7 99 3
consensus : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCAGAAAT--C---G--GCACAC-G-CGGCA--TGC--GC-GTG--C----A--AAATG-GGAAT---TTTGACTATA--AAACCCTCTT-CTAAAGAC----C-ATC---AA-GATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AA-TTTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
Reference ( family-3075 ) : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCAGAAAT--C---G--GCACAC-G-CGGCA--TGC--GC-GTG--C----A--AAATG-GGAAT---TTTGACTATA--AAACCCTCTT-CTAAAGAC----C-ATC---AA-GATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AA-TTTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|1 : TA-TTAATTTCATGATTGGTTTGCATTCA--TTTTTTAA-GCACAAGTT-ACGTGGGCAAGTTT--CAAAG-T-CGTCCCAAATCAGAAAT--C---GAGGCACAT-G-CGGCAATTGCCAAC-GTG--CCTTAA--AAATTCGGAAT---TTGAACTA-----AACCCTCTT-CTAAGAAC----C-ATTTCAAA-GATGTTACTTC-A-CC-TTA-TTC-CA-ATTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--C---AAAACG-TT-A-TC-GGT----CAA-TCC-GCAAAAAAT--GGACCTTTT-AAAAAGGAC--G---G-AAC-GC-CA-T-GC-CATG-CGCGGGTTTT-G-CA-A-A--T-TTTTTTAAATTAT-CACTA--T--G-T--GAACTGT--TATTGTAT-GATC-TA--CCTTATGC
gi|12 : gt-GAAAT---TTTGACTATA--A--CCTTCTT--TAAAGAC----C-ATC---TA-GATGT-A-CTC-A-CA------TC-CA-TTTTATA-AT-GATTT--T--ACCA-AGAA--CA--AAA-CG-TT-A-T--G-T----CAT-TGC----AGAATT--GGACCCTTT-AAAAG-CAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCAT--TG---------G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C
gi|13 : A-A-ATTGATTTCTTC-AACA-ACAA--AC--AACACG-TT-A-TTGAGT----CA--TTC-GAAG--ATT--GGACCTTT----AAA-GAC--GA-TGACGA-GTGCA-T-GCGCATG-CGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--CATCCACTT--G--G-TAAGAACT-T--TA-TA--T-G-TC-TA--CC-TATat
gi|15 : tAAGCG-TT-A-T--GGT----CC--TTC-CATGGA--T--GAATGTTC---AAAA-GTT--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCA---TGAGCG--TT-G--A-A-TTCT-TTTAATTA--CAT---TTG--TCAT-TAGATAAT-T--AA--AT-T-A-TC-TA--CA-TATGC
gi|18 : ACG-TT-A-T--GGT----CA--TTC-AAAA--AGT--GAACCTTC---AAAT-GAC--GA-TC-CAC-GTGCA-T-GCACATT-TGC
gi|19 : -TGCGCG--TTTG-CA-ATT--T-TTTATT-A--CAT-CACTG--T--G-TAGTCACT-T--TA-TAT-T-G-TC-Taat
gi|2 : aaGTACTTAAATTTAT-ATTG-TTTGGAT-CA--ATTTTTAAAGAA-GAGTT-ACGGG--TCAATTT--CAAAA-T-CGTCA--GATCAAAGATTTC---A--GCACAC-GGCGGCA--TGC--GCTGTG-------A--AAATG-GTAATG--TTTGACTA-A--TAACCTGCTT-T--AAGAC----C-ACC---AAAGCTGT-AGCTC-AGCAAAAT-ATC-AA-TTT-A-A-AT-GATTT---C-AACA-AGAAATCA--AAAACGTTT-ATT--GGTGTTCTAACTTC-GAAGAATTT--GGAAGCCTT-AAGAA-GACCTGA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCAT--CGCGCGTCTT-G-TA-A-T--TGTTTATTAA--CAT-CACTA--TG-G-TAAGAACT-T--TATCTT-C-G-TC-TA--CC-TATGCtactag
gi|20 : GCATGCTGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CA-TG--T--G-TAGCAACT-T--TATTGT-----TCATA--CC--ATGC
gi|21 : -TGCGCG--TTTG-CA-T-T--T-TTTATTA---C-T-CACTG--T--G-TAGAA-CT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|22 : -TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--C-T-CACT---T--G-TA-AAAC--T--TATCAC-T-G-TC-TA--CC-TA
gi|23 : caT-G-CA-A-T--T-TTTATTTA--CAT-C-CTG--T--GTTAGGAACT-T--TA-TAT-TGG-TC-TA--CC-TATGC
gi|24 : -TGCGCA--TTTG-CA-A-T--T-TT-AT--A--CAT-CACTG--T--G-TAG--ACT-T--TATGA--T-G-TC-TA--Ct
gi|3 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGCTTTGGAT-CAGTTCTTTTAA-GAA-AAGTTTACGC---CCAATTTTGCAGAAATTCGTCC--AATCAG--------------TACA-------------------GTT--C----AGTAAATG-GGAATC--TTTGACTATATAAGACCCTCTTGCTAAAGAT----CGATC---AA-GGTGT-AGCTCGA-CAATTG-ATC-AA-TTTCA-ATAT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAATG-TTTA-T--GGT----CAA-TTC-GAGAGAATT--GGACATGTT-AAAAG-GTC--GA-TGGCAC-GTGCA-T-GCGCATGGTGCACG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAG--CAT-CACTG--T--G-TAGAAGCT-T--TATTAT-T-GTTC-TATCCC-TATGC
gi|4 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGTTTTGGAT-CA--CTTGTTAA-G-A-AAGTGTACGG----CAATTT--GATAAAT-CGTCC---ATCAGGAAT--TTCAG--GCA---------CA--TGC--GC-GTGGCT----G--AAAT--GGAAT---TTTGACTAT---AAACCCTCT-----AAGACATTTC-AT-----A-GATGT-A-CTCTA-CAATTATATC-AATTTTCA-A-AT-GATTT-----AACA-AAAA--CATCAAACTA-TA-A-T--GGT----CAA-GTCTGGAAGAATTTGGGACATTTT-GCAAA-GAC--GATTG-CAC-GTGCATT-GCGCTAA-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-AGTTGGCT--G-T--GAACT-TGGGATTTA-T-G-TC-TA---C-TATG
gi|5 : GTA-TTAATTTAAT-ATTGGTTTGTAT-CA--TAATTTAA-GAA-AAGTT---ATG--TC-ATTT--C-AAAAT-CGTCC--AATTAG-AAT--A---G--GCACACAG-C-GCA--TGC--GC-GTG--CTGA-A--GAAT--GGAATGTATGTGACTATA--AATCTTTC-T-CTGAACATCG--C-ATC---AA-GAT-T--GTTC-------TA-ATCTAA-TTTCA-A-AT-G-TTT--TCAAACATAGAA---A--CAAATG-CT-GTT--GGT----CAA-AGC-GAGAAATTT--GGACACTTTGGAAAA-GAC--GA-TGTCACGGTGCA-TAGCGCAGA-TGC-CGT-TT-GCCATA-T--TATTGATT-A--TAT-GACTC--T--G-TAGAAACT-T--
gi|6 : --TT-G-CA---T--T-TTTATTAA--CAT-AAATG--T--G-TA-AAATT-T--TA-TAT-T-G-T--TA---C-TATGC
gi|7 : tA--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C---ATGCtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctaccttaccttgtgagatatcaaatgattttcattgaataaaaaataaacaagaataaaacaaagttagactggattccgaagttaggaagccaa
blockSeqs : C T . C . GT A A . ACGGGT TG A T G AGATTTCAGCACACGGCGGCATGCGCTGTGA G GTA TATAAG GCTA ATTT G C A AG TACAATTAT T T T T T T CTTC T ATCA T T T TG GTTC AC TG G A TG C TGG . CT T A G T A TGC GTC T C T T TC G TT . C GC CA T GA . GG A T G T A TC .
blockSeqs : . G . T . . . A . TACGCC . A . A AATAGGCACACAGCGCATGCGCGTGCTGAA G G TAAA CTG CG . C . AG AGCAAAAT . . C . . . TCA . CATC . . T . . T G G A . C TA . . . G . . . TGG GT T . . . . A TA . . . G . AG . . T T . . . . .
blockSeqs : . G . G . . . A . TACGG . A . A GAATTTCAGGCACATGCGCGTGGCTG . C TAA TA . . C . A GACAATTG . . C . . . TC . CA . . . . . A C A A . G TA . . . T . . . TG G T . . . . . TA . . . . . GA . . T T . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . ATGT . . . . TACAGTTCAGT . . ATA T . . C . A ACA . . C . . . T . AC . . . . . A A G T . C TA . . . . . . . TT G . . . . . . TT . . . . . GT . . T T . . . . .
blockSeqs : . TAA . . . . . G TA . . . . . . C . CA . . . . . A G G A . G TG . . . . . . . AA G . . . . . . TA . . . . . AG . . T T . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . G A A . A . . . . . . . . GA G . . . . . . TA . . . . . GC . . T T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . T . A . . . . . . . . T A . . . . . . TA . . . . . GA . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T G . . . . . . T . . . . . GG . . T T . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . T . . . . . GA . . A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . GA . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . GA . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . .
blockSeqCons : ACGN***** A** AGTGGCACACGGCCATGCGCGTG*************************** ** *** TAA*** TG** C*** A** NACAAG**** TC*** CA**** ** G** ** GA T*
originalCons : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTTACGNG--CCAATTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCAGAAAT--C---G--GCACAC-G-CGGCA--TGC--GC-GTG--C----A--AAATG-GGAAT---TTTGACTATA--AAACCCTCTT-CTAAAGAC----C-ATC---AA-GATGT-AGCTC-A-CAATTA-ATC-AA-TTTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
finalCons : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGTTACGN-----CAATTT--CAAAAAT-CGTCCA--ATCAGAGTGGCACACGGCCATGCGCGTG---------------------------AAAT--GGAAT---TTTGACTATAA---ACCCTCTTTG--AAGAC----C-ATC---AA-GATGTA--CTCNACAAG----ATC-AA-TTTCA-A-AT-GATTTTC---AACA-AGAACA----AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTTCTTCTACGCAATATCCTTAATGCTCGGAATATCAAAATGATTCAAATTGAAGATATTTAAAAAGTTTTAGACTTGAGTTTCCGAAGTTAGGTGAAGCCGGGAAAA
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATATCCAATCAATGTTCAGGGTTGGCGAAGTTCTACCATCCGTCTTGTGAATATCAGATGTATTTTGCAATTGAAGAAGTAAAAAAGTTAGACTGATTCCTGAGAGTTAGG
Unaligned ( gi|10 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTCTACTACCTTGTGATATCAATGATTTAATTAGAAGAATAAAAAATTAAGTTAGACTAATTCCGAATTTAGGAAGCAAAAA
Unaligned ( gi|11 ): TTGCATCTATCTTTATTTATAACACCAAGCTTACAGCCTAATTTTGTATTACCAATCAAATGCCAGACACTACACGCACGTGCACCAATTCTAAATTTGATCTACCAATCACTGAAAGGGGATCTAAGTTTACCTACCTTGTGGAATCAAAATGATTTCATTGAAGCATAAAAGTAGAGGGACCTTCCGAAGTTAGGAAGCCAATAAATGCA
Unaligned ( gi|14 ): CACGTGCAAATTCAAAATTTTGATCATACCTGGGTCCAATCAATTCAGGATCTCAAGTTCTGCCTACCTTGTGAATATCAAATGATTTCATTGAAGAATAAAAAAGTAAGACTGATTCCGAAGTTAGGAAGCCAAAAATGC
Unaligned ( gi|16 ): CTCAAATCCTATTGTTAGTGAATATCTTCAAATGCATTTCATTTGTAGAATAAAAAACGTTTAGGACTGATTCCGAAGTTAGGAGCCAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTACCTACCTTGTGATATGAAATGATACTTCAAGAATAAAAAAGTTAGACTGATTCCAGAAGTAGGAAGCCAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111111 1111 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 222 11111 22222 22222222222222 111 444444444 11111 111111 11 11 111 1 111 111 11 1
lowQualScore : 8 1 8 8 8 11 8 5 8 8 8 6666666 88 8 6666 0 8 444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 3 555 44444 6 00000 55555555555555 333 7 666666666 99 6 6 1 5 5 5 22222 5 777777 0 4 4 8 00 9999 44 44 6 2 66 1 444 4 66 4 3 4 4 4 444 111 8 2 2 2 33 5 33 33 2 33 55 2 33 2 33 0 22 2 5 2 33 3
lowQualScore : . . . . . .. . . . . . ....... .. . .... . . ... .................................................... .. . ... ..... . ..... .............. ... . ......... .. . . . . . . ..... . ...... . . . . .. .... .. .. . . .. . ... . .. . . . . . ... ... . . . . .. . .. .. . .. .. . .. . .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 0 0 0 8 0 00 0 6 0 0 0 0000000 88 0 6666 8 0 888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 3 000 55555 7 33333 88888888888888 555 5 888888888 22 7 7 0 7 7 7 33333 7 999999 8 4 4 9 66 4444 77 66 4 2 11 0 111 4 11 4 3 4 4 4 888 666 0 7 7 7 77 3 11 44 5 44 99 5 22 5 44 8 99 7 3 7 99 3
consensus : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGT-T-AC--GT---C-AA-TTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCA-GA----G----C-GGCACA--CGGCG-CAT-GC--GC-G----TGC---A-AAAT--GG-AAT---TTTGACTATA---AA-CCCTCTT--T-AAGA-C----C-ATC---AAGATGT-A-CTCNACA---A-----AT--C-AA-TTTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
Reference ( family-3075 ) : GTA-TTAATTTNAT-ATTGNTTTGGAT-CA--TTTTTTAA-GAA-AAGT-T-AC--GN---C-AA-TTT--CAAAAAT-CGTCC--AATCA-GA----G----T-GGCACA--CGGC--CAT-GC--GC-G----TG------AAAT--GG-AAT---TTTGACTATA---AA-CCCTCTT--TGAAGA-C----C-ATC---AAGATGT-A-CTCNACA---A--G--AT--C-AA-TTTCA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAACG-TT-A-T--GGT----CAA-TTC-GAAAGAATT--GGACNTTTT-AAAAA-GAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCATG-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-CACTG--T--G-TAGAAACT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|1 : TA-TTAATTTCATGATTGGTTTGCATTCA--TTTTTTAA-GCACAAGT-T-AC--GTGGGC-AAGTTT--CAAAG-T-CGTCCCAAATCA-GAAATCG----A-GGCACATGCGGC--AATTGCCAAC-G----TGCCTTAAAAATTCGG-AAT---TTGAACTA-----AA-CCCTCTT--CTAAGAAC----C-ATTTCAAAGATGTTA-CTTCACC---T--T--ATTCC-AA-TT-CA-A-AT-GATTT--TC-AACA-AGAA--C---AAAACG-TT-A-TC-GGT----CAA-TCC-GCAAAAAAT--GGACCTTTT-AAAAAGGAC--G---G-AAC-GC-CA-T-GC-CATG-CGCGGGTTTT-G-CA-A-A--T-TTTTTTAAATTAT-CACTA--T--G-T--GAACTGT--TATTGTAT-GATC-TA--CCTTATGC
gi|12 : gt--GA-AAT---TTTGACTATA---A--CCTTCTT--TAAAGA-C----C-ATC---TAGATGT-A-CTC-ACA----------T--C-CA-TTTTATA-AT-GATTT--T--ACCA-AGAA--CA--AAA-CG-TT-A-T--G-T----CAT-TGC----AGAATT--GGACCCTTT-AAAAG-CAC--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCAT--TG---------G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C
gi|13 : A-A-ATTGATTTCTTC-AACA-ACAA--AC--AACACG-TT-A-TTGAGT----CA--TTC-GAAG--ATT--GGACCTTT----AAA-GAC--GA-TGACGA-GTGCA-T-GCGCATG-CGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--CATCCACTT--G--G-TAAGAACT-T--TA-TA--T-G-TC-TA--CC-TATat
gi|15 : tAAGCG-TT-A-T--GGT----CC--TTC-CATGGA--T--GAATGTTC---AAAA-GTT--GA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCA---TGAGCG--TT-G--A-A-TTCT-TTTAATTA--CAT---TTG--TCAT-TAGATAAT-T--AA--AT-T-A-TC-TA--CA-TATGC
gi|18 : ACG-TT-A-T--GGT----CA--TTC-AAAA--AGT--GAACCTTC---AAAT-GAC--GA-TC-CAC-GTGCA-T-GCACATT-TGC
gi|19 : -TGCGCG--TTTG-CA-ATT--T-TTTATT-A--CAT-CACTG--T--G-TAGTCACT-T--TA-TAT-T-G-TC-Taat
gi|2 : aaGTACTTAAATTTAT-ATTG-TTTGGAT-CA--ATTTTTAAAGAA-GAGT-T-ACGGGT---C-AA-TTT--C-AAAAT-CGTCA--GATCA-AA----GATTTC-AGCACA--CGGCGGCAT-GC--GCTG----TGA-----AAAT--GGTAATG--TTTGACTAAT---AA-CCTGCTT--T-AAGA-C----C-ACCA--AAGCTGT-AGCTCAGCA---A--AATAT--C-AA-TTT-A-A-AT-GA-TT--TC-AACA-AGAAATCA--AAAACGTTT-ATT--GGTGTTCTAACTTC-GAAGAATTT--GGAAGCCTT-AAGAA-GACCTGA-TG-CAC-GTGCA-T-GCGCAT--CGCGCGTCTT-G-TA-A-T--TGTTTATTAA--CAT-CACTA--TG-G-TAAGAACT-T--TATCTT-C-G-TC-TA--CC-TATGCtactag
gi|20 : GCATGCTGCGT---TT-G-CA-A-T--T-TTTAT--A--CAT-CA-TG--T--G-TAGCAACT-T--TATTGT-----TCATA--CC--ATGC
gi|21 : -TGCGCG--TTTG-CA-T-T--T-TTTATTA---C-T-CACTG--T--G-TAGAA-CT-T--TATTAT-T-G-TC-TA--CC-TATGC
gi|22 : -TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATT-A--C-T-CACT---T--G-TA-AAAC--T--TATCAC-T-G-TC-TA--CC-TA
gi|23 : caT-G-CA-A-T--T-TTTATTTA--CAT-C-CTG--T--GTTAGGAACT-T--TA-TAT-TGG-TC-TA--CC-TATGC
gi|24 : -TGCGCA--TTTG-CA-A-T--T-TT-AT--A--CAT-CACTG--T--G-TAG--ACT-T--TATGA--T-G-TC-TA--Ct
gi|3 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGCTTTGGAT-CAGTTCTTTTAA-GAA-AAGT-TTAC--GC---CCAA-TTTTGCAGAAATTCGTCC--AATCA-G--------------TACA---GTT--CA---------G----T-------AAAT--GGGAATC--TTTGACTATATAAGA-CCCTCTTGCTAAAGA-T----CGATC---AAGGTGT-AGCTCGACA---ATTG--AT--C-AA-TTTCA-ATAT-GATTT--TC-AACA-AGAA--CA--AAAATG-TTTA-T--GGT----CAA-TTC-GAGAGAATT--GGACATGTT-AAAAG-GTC--GA-TGGCAC-GTGCA-T-GCGCATGGTGCACG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAG--CAT-CACTG--T--G-TAGAAGCT-T--TATTAT-T-GTTC-TATCCC-TATGC
gi|4 : GTA-TTAATTTGAT-ATTGTTTTGGAT-CA--CTTGTTAA-G-A-AAGTGT-AC--GG---C-AA-TTT--GATAAAT-CGTCC---ATCAGGA----A----T-TTCA-----GGCA-CAT-GC--GC-GTGGCTG------AAAT--GG-AAT---TTTGACTATA---AA-CCCTCT-----AAGA-CATTTC-AT-----AGATGT-A-CTCTACAATTA--T--AT--C-AATTTTCA-A-AT-GATTT-----AACA-AAAA--CATCAAACTA-TA-A-T--GGT----CAA-GTCTGGAAGAATTTGGGACATTTT-GCAAA-GAC--GATTG-CAC-GTGCATT-GCGCTAA-TGCGCG--TT-G-CA-A-T--T-TTTATTAA--CAT-AGTTGGCT--G-T--GAACT-TGGGATTTA-T-G-TC-TA---C-TATG
gi|5 : GTA-TTAATTTAAT-ATTGGTTTGTAT-CA--TAATTTAA-GAA-AAGT-T-AT--GT---C--A-TTT--C-AAAAT-CGTCC--AATTA-GA----A----TAGGCACA--CAGCG-CAT-GC--GC-G----TGCTGAA-GAAT--GG-AATGTATGTGACTATA---AATCTTTCTC--TGAACA-TCG--C-ATC---AAGAT-T-G-TTCTA-----------AT--CTAA-TTTCA-A-AT-G-TTT--TCAAACATAGAA---A--CAAATG-CT-GTT--GGT----CAA-AGC-GAGAAATTT--GGACACTTTGGAAAA-GAC--GA-TGTCACGGTGCA-TAGCGCAGA-TGC-CGT-TT-GCCATA-T--TATTGATT-A--TAT-GACTC--T--G-TAGAAACT-T--
gi|6 : --TT-G-CA---T--T-TTTATTAA--CAT-AAATG--T--G-TA-AAATT-T--TA-TAT-T-G-T--TA---C-TATGC
gi|7 : tA--CAT-CAGTG--T--G-TAGATA-T-T--TAATAT-T-G-TC-TA--C---ATGCtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctaccttaccttgtgagatatcaaatgattttcattgaataaaaaataaacaagaataaaacaaagttagactggattccgaagttaggaagccaa
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTTCTTCTACGCAATATCCTTAATGCTCGGAATATCAAAATGATTCAAATTGAAGATATTTAAAAAGTTTTAGACTTGAGTTTCCGAAGTTAGGTGAAGCCGGGAAAA
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATATCCAATCAATGTTCAGGGTTGGCGAAGTTCTACCATCCGTCTTGTGAATATCAGATGTATTTTGCAATTGAAGAAGTAAAAAAGTTAGACTGATTCCTGAGAGTTAGG
Unaligned ( gi|10 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTCTACTACCTTGTGATATCAATGATTTAATTAGAAGAATAAAAAATTAAGTTAGACTAATTCCGAATTTAGGAAGCAAAAA
Unaligned ( gi|11 ): TTGCATCTATCTTTATTTATAACACCAAGCTTACAGCCTAATTTTGTATTACCAATCAAATGCCAGACACTACACGCACGTGCACCAATTCTAAATTTGATCTACCAATCACTGAAAGGGGATCTAAGTTTACCTACCTTGTGGAATCAAAATGATTTCATTGAAGCATAAAAGTAGAGGGACCTTCCGAAGTTAGGAAGCCAATAAATGCA
Unaligned ( gi|14 ): CACGTGCAAATTCAAAATTTTGATCATACCTGGGTCCAATCAATTCAGGATCTCAAGTTCTGCCTACCTTGTGAATATCAAATGATTTCATTGAAGAATAAAAAAGTAAGACTGATTCCGAAGTTAGGAAGCCAAAAATGC
Unaligned ( gi|16 ): CTCAAATCCTATTGTTAGTGAATATCTTCAAATGCATTTCATTTGTAGAATAAAAAACGTTTAGGACTGATTCCGAAGTTAGGAGCCAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTACCTACCTTGTGATATGAAATGATACTTCAAGAATAAAAAAGTTAGACTGATTCCAGAAGTAGGAAGCCAAAAAT