lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111 11111 44444444444444444444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 1
lowQualScore : 6 6 444 1 77 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333 777 3 44 33333 3 3 3 77777777777777777777777777777777777777777777 2 2 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4444 2 2 3333333333333 55 555 333 2 2 4444 7
lowQualScore : . . ... . .. ........................................................................... ........ ... . .. ..... . . . ............................................ . . . .......................................................... .... . . ............. .. ... ... . . .... .
lowQualScore : 7 7 000 7 00 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99999999 777 3 66 88888 3 3 1 22222222222222222222222222222222222222222222 7 7 7 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555 2 2 3333333333333 33 111 999 2 2 7777 0
consensus : GTTTGTCA-GC-GN-CAACTCCTCTTGAAACGCC--G---CG-CT---CA--ACA--GATT---A-T---CGT--GAA-A--CTAT--N---GTA-GTGA-ATG-AAGA-A--C---ATAC--CGT-G--T--A--G-AT-GC-GCAT-ATNAT-A-----------C-A-CA---G-G---AA------TT-C-T-GATT-TC-AT-TT-TTT-TTC----TCGG-GG---A----T--T--A-TG---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-T---A-AA-CA----CTGAATGGAGAGGA
Reference ( gi|8 ) : GTTTGTCA-GC-GC-CAACTCCTCTTGAAATGCC--GAAACA-CT---CAGAACA-AGATT---A-TG--CGT--GAA-A--TCAT--AA--GTA-GTGAAATG-AAGA-A--C---ATAC--GGT-G--T--A--G-AT-GC-GCAA-ATCAT-A-----------C-A-CA---G-G---A-------TT-C-T-GATT-TC-ATCTT-TTT-TTC----TCGG-GG---A----T--T--A-TG---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-T---A-AA-CA----CTGAATGGAGTGGA
gi|3 : GTTTGTCA-GC-GG-TCGCTCCTCTGAAAACGCCTGAAAACAGCT---TAATAC--AGATG---A-AA--CTT--GTA-G--CCCT--A----TG-ATGAAA-G-A--A-A--C---ATAC--TGT-G--T--ACTA-TT-AC-GC---ATCAT-AC----------C-A-CA---G-GAAAA-------TT-CTT-GATT-AC-ATCTC-TCT-CTCTCTATCGA-CG---T----T--G--A-TGTTTG-----CCTCC----TT-TGAAC--C-TC--CTTC-ACCAATA-T-C---A-AA-CA----TTGACTGG
gi|11 : TTTGTCAAGC-GC-CAACTCCTTCTGAAA--CC--GA-----CT---T----CA-CGATT-----T---CAT--GAA-C--TT-T--GT--GTA-GTTA--T--AAGA-A--CC--ATAC--CAT-G--T-----G-AT-G--GCAT-AT-AT-G-------------G-CA---GCG---AAG-----TT-C-T-GATT-CT-TTCTA-TTT-T------ACGG-GGAA-A----T--T--A-TG---G-----G--CC----gaaagaagg
gi|14 : TTTGTCA-AC-ATATGACTCCTCT-GACA-ACC--G------CTTTTCA--ACA--GATT---A-T---CGG--GAACA--CTAT--T---GTT-GTGAC-TG-AAGA-A--C---ATGC--TGT-G--TA-A--G-AT-GC-GC-----CAT-A-----------T-A-CA---A-GGAAA-------TT-C-TGGATT-TC-ATGAT-TTC-TCC----cc
gi|13 : TTTGT-A-AC-GC--AACTC-TCT-GAAAT-CT-----ACA--T---CA--ACA--GATT---A-T-----T--TAA-ACTTTAT-------TA-GTTA--TG-GAGA-A--ATTAATAC--TAT-G--T--A--G-ATTGC-GCAA--T--T-A-----------C-A-CA---G-G---A-------AT-T-C-GATT-CG-AT-TT-TTT-TTC----TGCG-GA---A----T--T--A-T
gi|17 : TTGTCA-GC-GG-CAAGCTCTC-TGAAACG--------CG-CT---CA-AACA-GAATA---T-TGATCGT--GAA-A--CTAT---T--GTATGTG-AATGAAAGA-AAGC---CTAC--TGT-G--TTAA--G-AT-GTGGCAT-AT--T-G-----------C-A-CA---G-G---A-------
gi|1 : GTCA-GCTGT-CAGC-CCTCGTGAAAAACC--G------CT---CA--ACATGGATTTAAA-T---CGTTTGAA-AC-TTATCGAACTGTA-GTGAGATATAACA-A--T---AGACTTGGA-GACT--T--G-AT-GC-ACACCATAAT-AGGCAGGCCTGCC-A-CGAATG-G---AAGTGAATTT-C-T-GATT--C-AT--T-TTT-TTC-----CGG-GA---A----T-----G-TA---G-----CTCCC----TT-TA-CT--CATC--ATTC-ACCA--A-------A-AA-CA----CTGAATGAAGcaattc
gi|12 : aggtctctccAACA--GATT---ACTC--CGT--GAA-A--ACTT--T---GTA-GTGA--TGGAAGACA--G---ATAC--TGT-G--T-----G-AT-GC-GCA---TAAT-A-----------C-A-CA---G-A---A---------------ATT-TT-A-CTT-CTT-TTT----TGGG-GGGGGA----A--T--A-TG------------------CT-TG-AC----TC--TT-C-ACCA--A-T-T---A-AA-CA----C--GATGGAatagaaa
gi|16 : --CGT--GAA-A---CAT--TT--GTA-GTGA--TA-AGGA-T--C---ATAC--TGTTG--T--A--G-AT-GC-G-AC-ATGAT-A-----------C-A-CA---G-G---AAACAA--TT-C-T-GATT--C-ATGTGATTT-TTC----CCGC-GG---A----T--T--AATG---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC---TTC-ACagaagg
gi|18 : ATA-AAGA----C---ATAC--CAT-G--T--A--A-AA-GG-GCAT-ATT-T-A-----------C-A-GT---A-A---A-------TT-C-T-TATT-TG-ATATA-GTA-TAC--------------A----TG-T--A-T----------C--CC----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-TAT---A-AAACC----CTGAATGGAaa
gi|7 : tg-AAGG-A--T---ATAC--CGT-G--T--A--G-AT-GC-GC----CTAT-A-----------TTA-CA---G-G---A-------CT-C-T-GATG-TGGATTTT-TTT-ATA----TCG-----------------------------------C----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-T---A-AA-CA----CTGAATGGAGag
gi|15 : aaatttggccaaaataatatacaactgaaacgatttgtcacagcgcactcctctaagacaaggtctaacaagagttttgtgaA-A--C---GTAC--TGT-G--T--A--GGAT-GC-GCAT-ATTAC-G-----------C-A-CA---G-GGAAA-------TTGC-T-GATA-T--ATTTT-TTTGTTT----TCGGAGG---AT---T--T--A-T----G-----C--CCAGTGTT-TG--C--C-TC--GTTCGACCA--A-G-G---T-AA-CA----CTGAATGGAaaaggtaaaaatgttgc
gi|20 : gaGT-G--T--A--G-AT-GT-GCAT-ATT---------------T-A-CA---G-G---AAT-----TT-C-T-GATT-TG-A--TT-TTT-TAA----AAGGAGG---AAT--T--T--C-TA---T-----C--CC----AT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-T---T-AA-CA----CTGAATGGagaag
gi|21 : cc-GCAA-GTTATTA-----------C-ATCA---G-G---AAA-----TT-T-T-GATT-T------------TTT----TCGGTGG---A----T--T--A-TG---C-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC----TC-ACCA--A-A-T---T-AA-CA----CTGAATGGA
gi|23 : -A-----------C-A-CA---G-A---A-------AT-C-T-GA-T-TC-ATTTT-TTT-TTC----TTCT-TA---A----A--T--A-TT---G-----C--CC-----T-TG-A------C--TCTC-ACCA--A---A---A-AA-CA----CTGAATGAAGagaag
gi|22 : -A-CA---G-G---AAA-----TT-C-T-GATT-T------T-TTT-TT-------AA-GG---AGGTTT--T--A-TA---GTGTACC--CC----AT-TG-GTGAC-TT--TTTT-ACGA--A-T-T---A-AA-CA----CTGAGTGGA
gi|19 : tt-C-T-GATCGTC-ATTTT-TGT-TTT----TCGG-GG---A----TATT--A-TC---C-----T--CT----TT-TG-AC--C-TCTTTTTC-ACCA--ATT-T---A-GA-TACGAGCTGAATGag
gi|4 : tacagccagaatattgtg-TTT-TTC----TTGA-GT---A----T--A--T-TG---A-----C--AC----TTCTG-AC--T----------ACCA--A-T-T---A-AA-CA----CTGAGTGGAagaagcagga
gi|24 : ttggccaaaattattttgtgcatatcaggtgaaatcggtttagcacatgcatcatgaatttaaatgcggaagaaaaaaagctgtattgaaatgtatgtacatgtatagaatatatgaaataattatgatgta----TCGG-GG---AA---T--T--A-TG---C-----C--CC----TT-TG-ACGCC-TC--TTCC-ACCA--A-T-T---A-AA-CA----Cagaaggataaaatagttg
gi|26 : ----TCGG-GG---AA---T--T--A-TG---------C--CC----TT-TT-AC----TC--TTCA-ACCA--A-A-T---ACAA-CA----CTGAAgatgtaagaagg
gi|27 : tatGG-AA---A----T--TTAA-TA---T-----C--CC----AT-TG-AT--C-TG--TT-C-ACCA--A-T-T---A-AA-CG----C--AATAGAgaag
gi|9 : aagga--CT----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-TTAAA-AA-CA----CTGAATGAA
gi|25 : ggtgaaaccggtttagcacatgcatcattaatcatgccagagagaagctgtttgagaatgttttttacagcgcatatatagaatatatgaaataattatgttgtattgttctggagtatatcgata----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCAC-A-T-T---A-AA-CA----CTG-ATGGAAAGGAaaaaaaagaataaaattgttgc
gi|6 : -TC--GTTT-ACCA--A-T-T---A-TA-CA----CTGAATGGAtagaataattgttgctt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGAAACTTTGGCACAAATTATTTTATGAAACTCAAGAGCCTCAGGTGAACACAGTTTACATGTAGACACATGCATTGCCGAAAGAGAAGCTGTTTTTGGAAATGTTTTTACAGCGCATATATAGAATCACTATGAAATGTCTTATGTATTTATTTGCCGCCAGTATATAAACAGTTCTTGATCGTTTACCTAATTATCACTGATGAAGGAG
Unaligned ( gi|5 ): AAAATTATTATTTGCAACTCGGATGAAACCGGTTTAGCACATGCATCATGATTTTAAATGCCGAAGAGACGCTGTTTGGATCTTTTTTTTACATCGCATATATACAGAATATATGAAATAATTATGTTGTATTTTTCCGGAATATATTGACACTTCTGACTTGTTTAAACACTGAATGGAAGAAGATTAAAATGGTCG
Unaligned ( gi|10 ): GGTGAAACTGGCTTAGCACATGCATCATGAATTTAAATGCTGAAGAGAAGCTATTTGGAAATGTTTTTTACAATGCATATAGAATGTATGAAATATTTGTGTTGTATTTTTCCGGATTATATTGACACTTCCGACTTGTTTACCAAGTGTACACTAAATGGTAGAA
Unaligned ( gi|28 ): AAAAATAGTTTGTGCAACTCAGGTGAAACCGGTTTAGCA
Alignments
lowQualScore : 11 1 5555555555555555555555555 11 2222222 222222222222 11111 1111111 11111111 2222222222222222222 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111
lowQualScore : 5 5 22 0 5 5 2222222222222222222222222 5 11 888 0000000 66 4 4 444444444444 4 00000 8888888 55 11111111 1 2 88888 2 77777 2 2 2 3333333333333333333 666666666 8888 2 666666 2 777 2 2 55555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444 4 2 1111 444 88 55 555 2 2 4444 2 33
lowQualScore : . . .. . . . ......................... . .. ... ....... .. . . ............ . ..... ....... .. ........ . . ..... . ..... . . . ................... ......... .... . ...... . ... . . ..... ................................................................ .... . . .... ... .. .. ... . . .... . ..
lowQualScore : 7 7 33 1 4 7 5555555555555555555555555 0 99 888 3333333 11 4 4 111111111111 0 00000 6666666 00 22222222 8 9 77777 9 11111 7 5 5 6666666666666666666 222222222 3333 0 000000 0 555 0 1 33333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0000 0 0 1111 333 66 00 666 1 1 5555 4 44
consensus : GTTTGTCA-GC-GN-CAACTCCTCTTGA-AACGCC-----G---C-GCT---CA--A-CA--GA---TT---AT--CGT--GAA-A-CT------NT-T-GTA-G-----TGA-A-TG-AA--GA-A--C---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-GCAT-AT-----ATA-----------CA--C--A---G-G--A-A------T-T---C-T-GA-----TT-TC-AT-TT--TT-T--T-TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-A--GAGGA
Reference ( family-3 ) : GTTTGTCA-GC-GN-CAACTCCTCTTGA-AACGCC-----G---C-GCT---CA--A-CA--GA---TT---AT--CGT--GAA-A-CT------AT-N-GTA-G-----TGA-A-TG-AA--GA-A--C---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-GCAT-ATN----ATA-----------CA--C--A---G-G--A-A------T-T---C-T-GA-----TT-TC-AT-TT--TT-T--T-TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-A--GAGGA
gi|1 : GTCA-GCTGT-CAGC-CCTCGTGA-AAAACC-----G---C---T---CA--A-CATGGA---TTTAAAT--CGTTTGAA-A-CTTATCGAAC-T-GTA-G-----TGAGA-TATAA--CA-A--T---AGACT-T-GG--A--G-ACTTGAT-GC-ACACCATA----ATAGGCAGGCCTGCCA--C--GAATG-G--A-AGTGAATT-T---C-T-GA-----TT--C-AT-TT--TT-T--T-CC-------G-GG---A----A---T--G-T-A---G-----CTCCC----TT-TA-CT--CATC--ATTC-ACCA--A----A-AA-CA----CTGAATGA-A--GA
gi|11 : aggtctctccTTTGTCAAGC-GC-CAACTCCTTCTGA-AA--CC-----G-----ACT---TC--A-C---GA---TT----T--CAT--G-A-A-CT------TTGT-GTA-G-----TT--A-T--AA--GA-AC-C---ATACCAT-GT-----G-A-----T-G--GCAT-AT-----ATG------------G--C--A---GCG--A-AG-----T-T---C-T-GA------T-TC-TT-TC--TA-T--T-TT----ACGG-GGAA-A----T---T--A-T-G---G-----G--CC----tagaaa
gi|12 : A--A-CA--GA---TT---ACTCCGT--GAA-AACT-------T-T-GTA-G-----TGA-T-GG-AA--GACA--G---ATACTGT-GT-----G-A-----T-GC-GCAT-A------ATA-----------CA--C--A---G-A--A-A------T-T---T-T--A-----CT-TC----TT--TT-T--T-GG----GGGG-GG---A----A---T--A-T-G------------------CT-TG-AC----TC--TT-C-ACCA--A-T-TA-AA-CA----C--GATGG-A--cc
gi|13 : TTTGT-A-AC-G--CAACTC-TCT-GA-AAT-CT-----A---C-A-T---CA--A-CA--GA---TT---AT----T--TAA-A-CT------TT-A-TTA-G-----TTA---TG-GA--GA-A--ATTAATACTAT-GT--A--G-A-----TTGC-GCA--AT------TA-----------CA--C--A---G-G--A-A------T-T---C---GA-----TT-CG-AT-TT--TT-T--T-TC----TGCG-GA---A----T---T--A-T-agaagg
gi|14 : TTTGTCA-AC-ATATGACTCCTCT-GACAAC------------C-GCTTTTCA--A-CA--GA---TT---AT--CGG--GAACA-CT------AT-T-GTT-G-----TGA-C-TG-AA--GA-A--C---ATGCTGT-GTA-A--G-A-----T-GC-GC-C-AT-----ATA-----------CA--A--G---G-A--A-A------T-T---C-TGGA-----TT-TC-AT-GA--TT-T--C-TC----
gi|15 : A-A--C---GTACTGT-GT--A--GGA-----T-GC-GCAT-ATT----ACG-----------CA--C--A---G-GGAA-A------T-TG--C-T-GA-----TA-T--AT-TT--TT-TTGT-TT----TCGGAGG---AT---T---T--A-T-----G-----C--CCAGTGTT-TG--C--C-TC--GTTCGACCA--A-G-GT-AA-CA----CTGAATGG-A--c
gi|16 : ga--CGT--GAA-A-CA------TT-T-GTA-G-----TGA---TA-AG--GA-T--C---ATACTGTTGT--A--G-A-----T-GC-G-AC-ATG----ATA-----------CA--C--A---G-G--A-AACAA--T-T---C-T-GA-----TT--C-AT-GTGATT-T--T-TC----CCGC-GG---A----T---T--AAT-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC---TTC-ACagaag
gi|17 : TTGTCA-GC-GG-CAAGCTCTCT-GA-AACGC------------GCT---CA--AACA--GAATATTG--AT--CGT--GAA-A-CT------AT-T-GTATG-----TGA-A-TGAAA--GA-AAGC---CTACTGT-GTTAA--G-A-----T-GTGGCAT-AT------TG-----------CA--C--A---G-GACA-A------T-T---C-aa
gi|18 : -A-TA-AA--GA----C---ATACCAT-GT--A--A-A-----A-GG-GCAT-ATT------------------TA--C--A---GTA--A-A------T-T---C-T-TA-----TT-TG-AT-AT-------------------A-GT---A----TACAT--G-T-A---T-----C--CC----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-TATA-AAACC----CTGAATGG-A--
gi|19 : tgTA-----------CAGCC--A---G-A--ATA------T-TGTGC-T-GA-----TCGTC-AT-TT--TTGT--T-TT----TCGG-GG---A----TAT-T--A-T-C---C-----T--CT----TT-TG-AC--C-TCTTTTTC-ACCA--ATT-TA-GA-TACGAGCTGAAT-G-A--GAAGag
gi|20 : CCGT-GT--A--G-A-----T-GT-GCAT-ATT------------------TA--C--A---G-G--A-A------T-TT--C-T-GA-----TT-TG-AT-TT--TT-T--A-AA----AGGA-GG---AAT--T---T--C-T-A---T-----C--CC----AT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-TT-AA-CA----CTGAATGG-cagga
gi|21 : TA-----------CAT-C--A---G-G--A-AA-----T-T---T-T-GA-----TT-T---------------T-TT----TCGGTGG---A----T---T--A-T-G---C-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC----TC-ACCA--A-A-TT-AA-CA----CTGAATGG-A--
gi|22 : gcaagttatA--C--A---G-G--A-AA-----T-T---C-T-GA-----TT-T------T--TT-T--T-T-------AA-GG---AGGTTT---T--A-T-A---GTGTACC--CC----AT-TG-GTGAC-TT--TTTT-ACGA--A-T-TA-AA-CA----CTGAGTGG-A--agaag
gi|23 : ttA-----------CA--C--A---G-A--A-A------T-----C-T-GA-----TT--C-AT-TT--TT-TT-T-TC----TTCT-TA---A----A---T--A-T-T---G-----C--CC-----T-TG-A------C--TCTC-ACCA--A---AA-AA-CA----CTGAATGA-A--ag
gi|24 : ----TCGG-GG---AA---T---T--A-T-G---C-----C--CC----TT-TG-ACGCC-TC--TTCC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----C
gi|25 : ----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCAC-A-T-TA-AA-CA----CTG-ATGG-A--AAGGAgatgtaagaagg
gi|26 : ----TCGG-GG---AA---T---T--A-T-G---------C--CC----TT-TT-AC----TC--TTCA-ACCA--A-A-TACAA-CA----CTGAAtagaataattgttgctt
gi|27 : tatGG-AA---A----T---TTAA-T-A---T-----C--CC----AT-TG-AT--C-TG--TT-C-ACCA--A-T-TA-AA-CG----C--AATAG-A--gaag
gi|3 : aaggaGTTTGTCA-GC-GG-TCGCTCCTCTGAA-AACGCCTGAAAA---CAGCT---TAATA-CA--GA--------------T--GAA-A-C--------T-T-GTA-GCCCTATG--A-TG-AAAGAA-A--C---ATACTGT-GT--ACTA-T-----T-AC-GC---ATC----ATAC----------CA--C--A---G-GAAA-A------T-T---CTT-GA-----TT-AC-ATCTC--TC-T--C-TCTCTATCGA-CG---T----T---G--A-T-GTTTG-----CCTCC----TT-TGAAC--C-TC--CTTC-ACCAATA-T-CA-AA-CA----TTGACTGG-G--AAAGA
gi|4 : T-GT--A--C-A-----T-GT---AT-AGA----ATA-----------TA--TGAA---A-T--A-A------T-T---A-T-GA-----TG-T--AT-TT--TT-------C----TTGA-GT---A----T---A--T-T-G---A-----C--AC----TTCTG-AC--T----------ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAGTGG-AAGAAGGAagg
gi|5 : ttggccaaaattattttgtgcatatcaggtgaaatcggtttagcacatgcatcatgaatttaaatgcggaagaaaaaaagctgtattgaaatgtaC-GCAT-AT-----ATA-----------CA-----------G--A-A------TAT---A-T-GAAATAATT-AT-GT-TG--TA-T--T-TT----TCCG-GA---A----TA--T--A-TTG---A-----C--AC----TTCTG-AC--T-TG--TTT-------------A-AA-CA----CTGAATGGAA--GAAGAtaaaatagttg
gi|6 : aaaattattatttgcaactcggatgaaaccggtttagcacatgcatcatgattttaaatgccgaagagacgctgtttggatcttttttttacat-GC-GCAT-ATATAGAATA-----------TA--T------G-A--A-A------T-G---C-T-TA-----T-----GT-AT--TT-T--T-TG----CCGG-AGTATA----T---T--AAC-A---G-----T--TC----T---G-AA----TC--GTTT-ACCA--A-T-TA-TA-CA----CTGAATGG-A---AGGAttaaaatggtcg
gi|7 : ggccgaaattattttatgcaactcaagagtctcaggtgaaacaggtttacatgtagcacatgcattgccgaagagaagctgtttggaaatgtttttttaca-G-----TGA-A-----A--GG-A--T---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-GCCT-ATA----TTA-----------CA-----------G--G-A------C-T---C-T-GA-----TG-TGGAT-TT--TT-T--TATA----TCG-------------------------------------C----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-A--GAg
gi|8 : aaatttggccaaaataatatacaactgaaacgatttgtcacagcgcactcctctaagacaaggtctaacaagagttttGTTTGTCA-GC-GC-CAACTCCTCTTGA-AATGCC-----GAAAC-ACT---CAGAA-CAA-GA---TT---ATG-CGT--GAA-A-TC------AT-AAGTA-G-----TGA-AATG-AA--GA-A--C---ATACGGT-GT--A--G-A-----T-GC-GCAA-ATC----ATA-----------CA--C--A---G-G----A------T-T---C-T-GA-----TT-TC-ATCTT--TT-T--T-TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-A--GTGGAaaggtaaaaatgttgc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGAAACTTTGGCACAAATTATTTTATGAAACTCAAGAGCCTCAGGTGAACACAGTTTACATGTAGACACATGCATTGCCGAAAGAGAAGCTGTTTTTGGAAATGTTTTTACAGCGCATATATAGAATCACTATGAAATGTCTTATGTATTTATTTGCCGCCAGTATATAAACAGTTCTTGATCGTTTACCTAATTATCACTGATGAAGGAG
Unaligned ( gi|9 ): GGTGAAACCGGTTTAGCACATGCATCATTAATCATGCCAGAGAGAAGCTGTTTGAGAATGTTTTTTACAGCGCATATATAGAATATATGAAATAATTATGTTGTATTGTTCTGGAGTATATCGATACTTTTGACTTGTTTACCAATTTAAAAACACTGAATGAAAAAAAAAGAATAAAATTGTTGC
Unaligned ( gi|10 ): GGTGAAACTGGCTTAGCACATGCATCATGAATTTAAATGCTGAAGAGAAGCTATTTGGAAATGTTTTTTACAATGCATATAGAATGTATGAAATATTTGTGTTGTATTTTTCCGGATTATATTGACACTTCCGACTTGTTTACCAAGTGTACACTAAATGGTAGAA
Unaligned ( gi|28 ): AAAAATAGTTTGTGCAACTCAGGTGAAACCGGTTTAGCA
Alignments
lowQualScore : 11 1 5555555555555555555555555 11 2222222 11111111 11111 1111111 11111111 11111 111 11111111111 111111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222 1111
lowQualScore : 5 5 22 0 5 5 2222222222222222222222222 5 11 888 0000000 66 4 88888888 555 4 00000 8888888 55 11111111 1 3 00000 3 77777 2 2 2 2 000 66666666666 7777777 4 88 2 666666 2 777 2 2 55555 4444 4 33 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444 4444 2 2 1111 333 88 55 666 2 2 4444 2
lowQualScore : . . .. . . . ......................... . .. ... ....... .. . ........ ... . ..... ....... .. ........ . . ..... . ..... . . . . ... ........... ....... . .. . ...... . ... . . ..... .... . .. . . ............................................... .... . . .... ... .. .. ... . . .... .
lowQualScore : 7 7 33 1 4 7 5555555555555555555555555 0 99 888 3333333 11 4 00000000 777 0 00000 6666666 00 22222222 8 1 11111 1 77777 9 7 7 5 888 77777777777 2222222 2 77 1 888888 1 999 1 2 66666 8888 4 11 2 2 88888888888888888888888888888888888888888888888 2222 1 1 3333 777 33 33 444 2 2 7777 5
consensus : GTTTGTCA-GC-GN-CAACTCCTCTTGA-AACGCC-----G---C-GCT---CA--A-CA--GA---TT---AT--CGT--GAA-ACTT------T-T-GTA-G-----TGA-A-TG-AA--GA-A--C---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CAT-AT-A-TA-----------CA--CA---G-G--A-A------T-T---C-T-GA-----TT-TC-AT-TT--TT-T-T--TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGAGGA
Reference ( family-3 ) : GTTTGTCA-GC-GN-CAACTCCTCTTGA-AACGCC-----G---C-GCT---CA--A-CA--GA---TT---AT--CGT--GAA-ACTN------T-T-GTA-G-----TGA-A-TG-AA--GA-A--C---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CAT-AT-A-TA-----------CA--CA---G-G--A-A------T-T---C-T-GA-----TT-TC-AT-TT--TT-T-T--TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGAGGA
gi|1 : GTCA-GCTGT-CAGC-CCTCGTGA-AAAACC-----G---C---T---CA--A-CATGGA---TTTAAAT--CGTTTGAA-ACTTATCGAAC-T-GTA-G-----TGAGA-TATAA--CA-A--T---AGACT-T-GG--A--G-ACTTGAT-GC-A-CACCAT-AATAGGCAGGCCTGCCA--CGAATG-G--A-AGTGAATT-T---C-T-GA-----TT--C-AT-TT--TT-T-T--CC-------G-GG---A----A---T--G-T-A---G-----CTCCC----TT-TA-CT--CATC--ATTC-ACCA--A----A-AA-CA----CTGAATGA-AGA
gi|11 : aggtctctccTTTGTCAAGC-GC-CAACTCCTTCTGA-AA--CC-----G-----ACT---TC--A-C---GA---TT----T--CAT--G-A-ACTT------TGT-GTA-G-----TT--A-T--AA--GA-AC-C---ATACCAT-GT-----G-A-----T-G--G-CAT-AT-A-TG------------G--CA---GCG--A-AG-----T-T---C-T-GA------T-TC-TT-TC--TA-T-T--TT----ACGG-GGAA-A----T---T--A-T-G---G-----G--CC----tagaaa
gi|12 : A--A-CA--GA---TT---ACTCCGT--GAA-AACT------T-T-GTA-G-----TGA-T-GG-AA--GACA--G---ATACTGT-GT-----G-A-----T-GC-G-CAT-A--A-TA-----------CA--CA---G-A--A-A------T-T---T-T--A-----CT-TC----TT--TT-T-T--GG----GGGG-GG---A----A---T--A-T-G------------------CT-TG-AC----TC--TT-C-ACCA--A-T-TA-AA-CA----C--GATGG-cc
gi|13 : TTTGT-A-AC-G--CAACTC-TCT-GA-AAT-CT-----A---C-A-T---CA--A-CA--GA---TT---AT----T--TAA-ACTT------T-A-TTA-G-----TTA---TG-GA--GA-A--ATTAATACTAT-GT--A--G-A-----TTGC-G-CA--AT---TA-----------CA--CA---G-G--A-A------T-T---C---GA-----TT-CG-AT-TT--TT-T-T--TC----TGCG-GA---A----T---T--A-T-agaagg
gi|14 : TTTGTCA-AC-ATATGACTCCTCT-GACAAC------------C-GCTTTTCA--A-CA--GA---TT---AT--CGG--GAACACTA------T-T-GTT-G-----TGA-C-TG-AA--GA-A--C---ATGCTGT-GTA-A--G-A-----T-GC-G-C-C-AT-A-TA-----------CA--AG---G-A--A-A------T-T---C-TGGA-----TT-TC-AT-GA--TT-T-C--TC----
gi|15 : A-A--C---GTACTGT-GT--A--GGA-----T-GC-G-CAT-ATTA-CG-----------CA--CA---G-GGAA-A------T-TG--C-T-GA-----TA-T--AT-TT--TT-T-TGTTT----TCGGAGG---A----T---TT-A-T-G---------C--CCAGTGTT-TG--C--C-TC--GTTCGACCA--A-G-GT-AA-CA----CTGAATGG-c
gi|16 : ga--CGT--GAA-ACAT------T-T-GTA-G-----TGA---TA-AG--GA-T--C---ATACTGTTGT--A--G-A-----T-GC-GACAT-G--A-TA-----------CA--CA---G-G--A-AACAA--T-T---C-T-GA-----TT--C-AT-GTGATT-T-T--TC----CCGC-GG---A----T---T--AAT-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC---TTC-ACagaag
gi|17 : TTGTCA-GC-GG-CAAGCTCTCT-GA-AACGC------------GCT---CA--AACA--GAATATTG--AT--CGT--GAA-ACTA------T-T-GTATG-----TGA-A-TGAAA--GA-AAGC---CTACTGT-GTTAA--G-A-----T-GTGG-CAT-AT---TG-----------CA--CA---G-GACA-A------T-T---C-aa
gi|18 : -A-TA-AA--GA----C---ATACCAT-GT--A--A-A-----A-GG-G-CAT-AT-T-TA-----------CA-------GTA--A-A------T-T---C-T-TA-----TT-TG-AT-AT-------------------A-GT---A----TACAT--G-T-A---T-----C--CC----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-TATA-AAACC----CTGAATGG-
gi|19 : tg-TA-----------CAGCCA---G-A--ATA------T-TGTGC-T-GA-----TCGTC-AT-TT--TTGT-T--TT----TCGG-GG---A----TAT-T--A-T-C---C-----T--CT----TT-TG-AC--C-TCTTTTTC-ACCA--ATT-TA-GA-TACGAGCTGAAT-G-AGAAGag
gi|20 : CCGT-GT--A--G-A-----T-GT-G-CAT-AT-T-TA-----------CA-------G-G--A-A------T-TT--C-T-GA-----TT-TG-AT-TT--TT-T-A--AA----AGGA-GG---AAT--T---T--C-T-A---T-----C--CC----AT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-TT-AA-CA----CTGAATGG-cagga
gi|21 : T-AT---TA-----------CAT-CA---G-G--A-AA-----T-T---T-T-GA-----TT-T--------------T--TT----TCGGTGG---A----T---T--A-T-G---C-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC----TC-ACCA--A-A-TT-AA-CA----CTGAATGG-
gi|22 : gcaagtA--CA---G-G--A-AA-----T-T---C-T-GA-----TT-T------T--TT-T-T--T-------AA-GG---AGGTTT---T--A-T-A---GTGTACC--CC----AT-TG-GTGAC-TT--TTTT-ACGA--A-T-TA-AA-CA----CTGAGTGG-agaag
gi|23 : ttA-----------CA--CA---G-A--A-A------T-----C-T-GA-----TT--C-AT-TT--TT-TTT--TC----TTCT-TA---A----A---T--A-T-T---G-----C--CC-----T-TG-A------C--TCTC-ACCA--A---AA-AA-CA----CTGAATGA-AGag
gi|24 : ----TCGG-GG---AA---T---T--A-T-G---C-----C--CC----TT-TG-ACGCC-TC--TTCC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----C
gi|25 : ----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCAC-A-T-TA-AA-CA----CTG-ATGG-AAAGGAgatgtaagaagg
gi|26 : ----TCGG-GG---AA---T---T--A-T-G---------C--CC----TT-TT-AC----TC--TTCA-ACCA--A-A-TACAA-CA----CTGAAtagaataattgttgctt
gi|27 : tatGG-AA---A----T---TTAA-T-A---T-----C--CC----AT-TG-AT--C-TG--TT-C-ACCA--A-T-TA-AA-CG----C--AATAG-gaag
gi|3 : aaggaGTTTGTCA-GC-GG-TCGCTCCTCTGAA-AACGCCTGAAAA---CAGCT---TAATA-CA--GA--------------T--GAA-AC--------T-T-GTA-GCCCTATG--A-TG-AAAGAA-A--C---ATACTGT-GT--ACTA-T-----T-AC-G-CAT--C-A-TAC----------CA--CA---G-GAAA-A------T-T---CTT-GA-----TT-AC-ATCTC--TC-T-C--TCTCTATCGA-CG---T----T---G--A-T-GTTTG-----CCTCC----TT-TGAAC--C-TC--CTTC-ACCAATA-T-CA-AA-CA----TTGACTGG-GAAAGA
gi|5 : C-G-CAT-AT-A-TA-----------CA---------G--A-A------TAT---A-T-GAAATAATT-AT-GT-TG--TA-T-T--TT----TCCG-GA---A----TA--T--A-TTG---A-----C--AC----TTCTG-AC--T-TG--TTT-------------A-AA-CA----CTGAATGGAAGAAGAagg
gi|6 : aaaattattatttgcaactcggatgaaaccggtttagcacatgcatcatgattttaaatgccgaagagacgctgtttggatcttttttttacat-GC-G-CAT-AT-A-TAGAA--------TA--TAT--G-A--A-A------T-G---C-T-TA-----T-----GT-AT--TT-T-T--TG----CCGG-AGTATA----T---T--AAC-A---G-----T--TC----T---G-AA----TC--GTTT-ACCA--A-T-TA-TA-CA----CTGAATGG-A-AGGAttaaaatggtcg
gi|7 : ggccgaaattattttatgcaactcaagagtctcaggtgaaacaggtttacatgtagcacatgcattgccgaagagaagctgtttggaaatgtttttttaca-G-----TGA-A-----A--GG-A--T---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CCT-AT-A-T------------TA--CA---G-G--A--------C-T---C-T-GA-----TG-TGGAT-TT--TT-T-TA-TA----TCG-------------------------------------C----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGAg
gi|8 : aaatttggccaaaataatatacaactgaaacgatttgtcacagcgcactcctctaagacaaggtctaacaagagttttGTTTGTCA-GC-GC-CAACTCCTCTTGA-AATGCC-----GAAAC-ACT---CAGAA-CAA-GA---TT---ATG-CGT--GAA-ATCA------T-AAGTA-G-----TGA-AATG-AA--GA-A--C---ATACGGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CAA-ATCA-TA-----------CA--CA---G-G--A--------T-T---C-T-GA-----TT-TC-ATCTT--TT-T-T--TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGTGGAaaggtaaaaatgttgc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGAAACTTTGGCACAAATTATTTTATGAAACTCAAGAGCCTCAGGTGAACACAGTTTACATGTAGACACATGCATTGCCGAAAGAGAAGCTGTTTTTGGAAATGTTTTTACAGCGCATATATAGAATCACTATGAAATGTCTTATGTATTTATTTGCCGCCAGTATATAAACAGTTCTTGATCGTTTACCTAATTATCACTGATGAAGGAG
Unaligned ( gi|4 ): TTGGCCAAAATTATTTTGTGCATATCAGGTGAAATCGGTTTAGCACATGCATCATGAATTTAAATGCGGAAGAAAAAAAGCTGTATTGAAATGTATGTACATGTATAGAATATATGAAATAATTATGATGTATTTTTCTTGAGTATATTGACACTTCTGACTACCAATTAAACACTGAGTGGAAGAAGGATAAAATAGTTG
Unaligned ( gi|9 ): GGTGAAACCGGTTTAGCACATGCATCATTAATCATGCCAGAGAGAAGCTGTTTGAGAATGTTTTTTACAGCGCATATATAGAATATATGAAATAATTATGTTGTATTGTTCTGGAGTATATCGATACTTTTGACTTGTTTACCAATTTAAAAACACTGAATGAAAAAAAAAGAATAAAATTGTTGC
Unaligned ( gi|10 ): GGTGAAACTGGCTTAGCACATGCATCATGAATTTAAATGCTGAAGAGAAGCTATTTGGAAATGTTTTTTACAATGCATATAGAATGTATGAAATATTTGTGTTGTATTTTTCCGGATTATATTGACACTTCCGACTTGTTTACCAAGTGTACACTAAATGGTAGAA
Unaligned ( gi|28 ): AAAAATAGTTTGTGCAACTCAGGTGAAACCGGTTTAGCA
Alignments
lowQualScore : 11 111 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 11111 1111111 11111111 11111 111 11111111111 111111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11 5 111 8 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4 22222222 4 4 00000 8888888 55 11111111 1 3 00000 3 77777 2 2 2 2 000 66666666666 7777777 4 88 2 666666 2 777 2 2 55555 4444 4 33 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444 4444 2 2 8888 666 88 55 666 2 2 4444 2
lowQualScore : .. . ... . . ................................................... . . ........ . . ..... ....... .. ........ . . ..... . ..... . . . . ... ........... ....... . .. . ...... . ... . . ..... .... . .. . . ............................................... .... . . .... ... .. .. ... . . .... .
lowQualScore : 99 0 111 5 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 77777777 0 0 00000 6666666 00 22222222 8 1 11111 1 77777 9 7 7 5 888 77777777777 2222222 2 77 1 888888 1 999 1 2 66666 8888 4 11 2 2 88888888888888888888888888888888888888888888888 2222 1 1 7777 333 33 33 444 2 2 7777 5
consensus : GTTTGTCA--GC-GC-CAACTCCTCTTGA-AACGCC-----G---C-GCT---C-A--A-CA--GA---TT---AT--CGT--GAA-A-CTT------T-TGTA-G-----TGA-A-TG-AA--GA-A--C---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CAT-AT-A-TA-----------CA--CA---G-G--A-A------T-T---C-T-GA-----TT-TC-AT-TT--TT-T-T--TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGAGGA
Reference ( family-3 ) : GTTTGTCA--GC-GN-CAACTCCTCTTGA-AACGCC-----G---C-GCT---C-A--A-CA--GA---TT---AT--CGT--GAA-A-CTT------T-TGTA-G-----TGA-A-TG-AA--GA-A--C---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CAT-AT-A-TA-----------CA--CA---G-G--A-A------T-T---C-T-GA-----TT-TC-AT-TT--TT-T-T--TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGAGGA
gi|1 : GTCA--GCTGT-CAGC-CCTCGTGA-AAAACC-----G---C---T---C-A--A-CATGGA---TTTAAAT--CGTTTGAA-A-CTTATCGAAC-TGTA-G-----TGAGA-TATAA--CA-A--T---AGACT-T-GG--A--G-ACTTGAT-GC-A-CACCAT-AATAGGCAGGCCTGCCA--CGAATG-G--A-AGTGAATT-T---C-T-GA-----TT--C-AT-TT--TT-T-T--CC-------G-GG---A----A---T--G-T-A---G-----CTCCC----TT-TA-CT--CATC--ATTC-ACCA--A----A-AA-CA----CTGAATGA-AGA
gi|11 : aggtctctccTTTGTCAA-GC-GC-CAACTCCTTCTGA-AA--CC-----G-----ACT---T-C--A-C---GA---TT----T--CAT--G-A-A-CTT------TGTGTA-G-----TT--A-T--AA--GA-AC-C---ATACCAT-GT-----G-A-----T-G--G-CAT-AT-A-TG------------G--CA---GCG--A-AG-----T-T---C-T-GA------T-TC-TT-TC--TA-T-T--TT----ACGG-GGAA-A----T---T--A-T-G---G-----G--CC----tagaaa
gi|12 : -A--A-CA--GA---TT---ACTCCGT--GAA-A-ACT------T-TGTA-G-----TGA-T-GG-AA--GACA--G---ATACTGT-GT-----G-A-----T-GC-G-CAT-A--A-TA-----------CA--CA---G-A--A-A------T-T---T-T--A-----CT-TC----TT--TT-T-T--GG----GGGG-GG---A----A---T--A-T-G------------------CT-TG-A---C-TC---TTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----C--GATGG-cc
gi|13 : TTTGT-A--AC-G--CAACTC-TCT-GA-AAT-CT-----A---C-A-T---C-A--A-CA--GA---TT---AT----T--TAA-A-CTT------T-ATTA-G-----TTA---TG-GA--GA-A--ATTAATACTAT-GT--A--G-A-----TTGC-G-CA--AT---TA-----------CA--CA---G-G--A-A------T-T---C---GA-----TT-CG-AT-TT--TT-T-T--TC----TGCG-GA---A----T---T--A-T-agaagg
gi|14 : TTTGTCA--AC-ATATGACTCCTCT-GACAAC------------C-GCTTTTC-A--A-CA--GA---TT---AT--CGG--GAACA-CTA------T-TGTT-G-----TGA-C-TG-AA--GA-A--C---ATGCTGT-GTA-A--G-A-----T-GC-G-C-C-AT-A-TA-----------CA--AG---G-A--A-A------T-T---C-TGGA-----TT-TC-AT-GA--TT-T-C--TC----
gi|15 : A-A--C---GTACTGT-GT--A--GGA-----T-GC-G-CAT-ATTA-CG-----------CA--CA---G-GGAA-A------T-TG--C-T-GA-----TA-T--AT-TT--TT-T-TGTTT----TCGGAGG---A----T---TT-A-T-G---------C--CCAGTGTT-TG--C--C-TC--GTTCGACCA--A-G-GT-AA-CA----CTGAATGG-c
gi|16 : ga--CGT--GAA-A-CAT------T-TGTA-G-----TGA---TA-AG--GA-T--C---ATACTGTTGT--A--G-A-----T-GC-GACAT-G--A-TA-----------CA--CA---G-G--A-AACAA--T-T---C-T-GA-----TT--C-AT-GTGATT-T-T--TC----CCGC-GG---A----T---T--AAT-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC---TTC-ACagaag
gi|17 : TTGTCA--GC-GG-CAAGCTCTCT-GA-AACGC------------GCT---C-A--AACA--GAATATTG--AT--CGT--GAA-A-CTA------T-TGTATG-----TGA-A-TGAAA--GA-AAGC---CTACTGT-GTTAA--G-A-----T-GTGG-CAT-AT---TG-----------CA--CA---G-GACA-A------T-T---C-aa
gi|18 : -A-TA-AA--GA----C---ATACCAT-GT--A--A-A-----A-GG-G-CAT-AT-T-TA-----------CA-------GTA--A-A------T-T---C-T-TA-----TT-TG-AT-AT-------------------A-GT---A----TACAT--G-T-A---T-----C--CC----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-TATA-AAACC----CTGAATGG-
gi|19 : tg-TA-----------CAGCCA---G-A--ATA------T-TGTGC-T-GA-----TCGTC-AT-TT--TTGT-T--TT----TCGG-GG---A----TAT-T--A-T-C---C-----T--CT----TT-TG-AC--C-TCTTTTTC-ACCA--ATT-TA-GA-TACGAGCTGAAT-G-AGAAGag
gi|20 : CCGT-GT--A--G-A-----T-GT-G-CAT-AT-T-TA-----------CA-------G-G--A-A------T-TT--C-T-GA-----TT-TG-AT-TT--TT-T-A--AA----AGGA-GG---AAT--T---T--C-T-A---T-----C--CC----AT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-TT-AA-CA----CTGAATGG-cagga
gi|21 : T-AT---TA-----------CAT-CA---G-G--A-AA-----T-T---T-T-GA-----TT-T--------------T--TT----TCGGTGG---A----T---T--A-T-G---C-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC----TC-ACCA--A-A-TT-AA-CA----CTGAATGG-
gi|22 : gcaagtA--CA---G-G--A-AA-----T-T---C-T-GA-----TT-T------T--TT-T-T--T-------AA-GG---AGGTTT---T--A-T-A---GTGTACC--CC----AT-TG-GTGAC-TT--TTTT-ACGA--A-T-TA-AA-CA----CTGAGTGG-agaag
gi|23 : ttA-----------CA--CA---G-A--A-A------T-----C-T-GA-----TT--C-AT-TT--TT-TTT--TC----TTCT-TA---A----A---T--A-T-T---G-----C--CC-----T-TG-A------C--TCTC-ACCA--A---AA-AA-CA----CTGAATGA-AGag
gi|24 : ----TCGG-GG---AA---T---T--A-T-G---C-----C--CC----TT-TG-ACGCC-TC--TTCC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----C
gi|25 : ----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCAC-A-T-TA-AA-CA----CTG-ATGG-AAAGGAgatgtaagaagg
gi|26 : ----TCGG-GG---AA---T---T--A-T-G---------C--CC----TT-TT-AC----TC--TTCA-ACCA--A-A-TACAA-CA----CTGAAtagaataattgttgctt
gi|27 : tatGG-AA---A----T---TTAA-T-A---T-----C--CC----AT-TG-AT--C-TG--TT-C-ACCA--A-T-TA-AA-CG----C--AATAG-gaag
gi|3 : aaggaGTTTGTCA--GC-GG-TCGCTCCTCTGAA-AACGCCTGAAAA---CAGCT---T-AATA-CA--GA--------------T--GAA-A-C--------T-TGTA-GCCCTATG--A-TG-AAAGAA-A--C---ATACTGT-GT--ACTA-T-----T-AC-G-CAT--C-A-TAC----------CA--CA---G-GAAA-A------T-T---CTT-GA-----TT-AC-ATCTC--TC-T-C--TCTCTATCGA-CG---T----T---G--A-T-GTTTG-----CCTCC----TT-TGAAC--C-TC--CTTC-ACCAATA-T-CA-AA-CA----TTGACTGG-GAAAGA
gi|5 : C-G-CAT-AT-A-TA-----------CA---------G--A-A------TAT---A-T-GAAATAATT-AT-GT-TG--TA-T-T--TT----TCCG-GA---A----TA--T--A-TTG---A-----C--AC----TTCTG-AC--T-TG--TTT-------------A-AA-CA----CTGAATGGAAGAAGAagg
gi|6 : aaaattattatttgcaactcggatgaaaccggtttagcacatgcatcatgattttaaatgccgaagagacgctgtttggatcttttttttacat-GC-G-CAT-AT-A-TAGAA--------TA--TAT--G-A--A-A------T-G---C-T-TA-----T-----GT-AT--TT-T-T--TG----CCGG-AGTATA----T---T--AAC-A---G-----T--TC----T---G-AA----TC--GTTT-ACCA--A-T-TA-TA-CA----CTGAATGG-A-AGGAttaaaatggtcg
gi|7 : ggccgaaattattttatgcaactcaagagtctcaggtgaaacaggtttacatgtagcacatgcattgccgaagagaagctgtttggaaatgtttttttacaTTTGTCACAGC-GC---ACTCCTCT----AA-GAC-----A---A-GGT---CTA--A-CA----------------------AG-A-GTT------T-TGT---------GA-A-----A--GG-A--T---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CCT-AT-A-T------------TA--CA---G-G--A--------C-T---C-T-GA-----TG-TGGAT-TT--TT-T-TA-TA----TCG-------------------------------------C----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGAg
gi|8 : aaatttggccaaaataatatacaactgaaacgaGTTTGTCA--GC-GC-CAACTCCTCTTGA-AATGCC-----GAAAC-ACT---C-AGAA-CAA-GA---TT---ATG-CGT--GAA-ATCAT------A-AGTA-G-----TGA-AATG-AA--GA-A--C---ATACGGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CAA-ATCA-TA-----------CA--CA---G-G--A--------T-T---C-T-GA-----TT-TC-ATCTT--TT-T-T--TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGTGGAaaggtaaaaatgttgc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGAAACTTTGGCACAAATTATTTTATGAAACTCAAGAGCCTCAGGTGAACACAGTTTACATGTAGACACATGCATTGCCGAAAGAGAAGCTGTTTTTGGAAATGTTTTTACAGCGCATATATAGAATCACTATGAAATGTCTTATGTATTTATTTGCCGCCAGTATATAAACAGTTCTTGATCGTTTACCTAATTATCACTGATGAAGGAG
Unaligned ( gi|4 ): TTGGCCAAAATTATTTTGTGCATATCAGGTGAAATCGGTTTAGCACATGCATCATGAATTTAAATGCGGAAGAAAAAAAGCTGTATTGAAATGTATGTACATGTATAGAATATATGAAATAATTATGATGTATTTTTCTTGAGTATATTGACACTTCTGACTACCAATTAAACACTGAGTGGAAGAAGGATAAAATAGTTG
Unaligned ( gi|9 ): GGTGAAACCGGTTTAGCACATGCATCATTAATCATGCCAGAGAGAAGCTGTTTGAGAATGTTTTTTACAGCGCATATATAGAATATATGAAATAATTATGTTGTATTGTTCTGGAGTATATCGATACTTTTGACTTGTTTACCAATTTAAAAACACTGAATGAAAAAAAAAGAATAAAATTGTTGC
Unaligned ( gi|10 ): GGTGAAACTGGCTTAGCACATGCATCATGAATTTAAATGCTGAAGAGAAGCTATTTGGAAATGTTTTTTACAATGCATATAGAATGTATGAAATATTTGTGTTGTATTTTTCCGGATTATATTGACACTTCCGACTTGTTTACCAAGTGTACACTAAATGGTAGAA
Unaligned ( gi|28 ): AAAAATAGTTTGTGCAACTCAGGTGAAACCGGTTTAGCA
Alignments
lowQualScore : 11 111 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 11111 1111111 11111111 11111 111 11111111111 111111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11 5 111 8 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4 22222222 4 4 00000 8888888 55 11111111 1 3 00000 3 77777 2 2 2 2 000 66666666666 7777777 4 88 2 666666 2 777 2 2 55555 4444 4 33 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444 4444 2 2 8888 666 88 55 666 2 2 4444 2
lowQualScore : .. . ... . . ................................................... . . ........ . . ..... ....... .. ........ . . ..... . ..... . . . . ... ........... ....... . .. . ...... . ... . . ..... .... . .. . . ............................................... .... . . .... ... .. .. ... . . .... .
lowQualScore : 99 0 888 5 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 77777777 0 0 00000 6666666 00 22222222 8 1 11111 1 77777 9 7 7 5 888 77777777777 2222222 2 77 1 888888 1 999 1 2 66666 8888 4 11 2 2 88888888888888888888888888888888888888888888888 2222 1 1 7777 333 33 33 444 2 2 7777 5
consensus : GTTTGTCA--GC-GC-CAACTCCTCTTGA-AACGCC-----G---C-GCT---C-A--A-CA--GA---TT---AT--CGT--GAA-A-CTT------T-TGTA-G-----TGA-A-TG-AA--GA-A--C---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CAT-AT-A-TA-----------CA--CA---G-G--A-A------T-T---C-T-GA-----TT-TC-AT-TT--TT-T-T--TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGAGGA
Reference ( family-3 ) : GTTTGTCA--GC-GC-CAACTCCTCTTGA-AACGCC-----G---C-GCT---C-A--A-CA--GA---TT---AT--CGT--GAA-A-CTT------T-TGTA-G-----TGA-A-TG-AA--GA-A--C---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CAT-AT-A-TA-----------CA--CA---G-G--A-A------T-T---C-T-GA-----TT-TC-AT-TT--TT-T-T--TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGAGGA
gi|1 : GTCA--GCTGT-CAGC-CCTCGTGA-AAAACC-----G---C---T---C-A--A-CATGGA---TTTAAAT--CGTTTGAA-A-CTTATCGAAC-TGTA-G-----TGAGA-TATAA--CA-A--T---AGACT-T-GG--A--G-ACTTGAT-GC-A-CACCAT-AATAGGCAGGCCTGCCA--CGAATG-G--A-AGTGAATT-T---C-T-GA-----TT--C-AT-TT--TT-T-T--CC-------G-GG---A----A---T--G-T-A---G-----CTCCC----TT-TA-CT--CATC--ATTC-ACCA--A----A-AA-CA----CTGAATGA-AGA
gi|11 : aggtctctccTTTGTCAA-GC-GC-CAACTCCTTCTGA-AA--CC-----G-----ACT---T-C--A-C---GA---TT----T--CAT--G-A-A-CTT------TGTGTA-G-----TT--A-T--AA--GA-AC-C---ATACCAT-GT-----G-A-----T-G--G-CAT-AT-A-TG------------G--CA---GCG--A-AG-----T-T---C-T-GA------T-TC-TT-TC--TA-T-T--TT----ACGG-GGAA-A----T---T--A-T-G---G-----G--CC----tagaaa
gi|12 : -A--A-CA--GA---TT---ACTCCGT--GAA-A-ACT------T-TGTA-G-----TGA-T-GG-AA--GACA--G---ATACTGT-GT-----G-A-----T-GC-G-CAT-A--A-TA-----------CA--CA---G-A--A-A------T-T---T-T--A-----CT-TC----TT--TT-T-T--GG----GGGG-GG---A----A---T--A-T-G------------------CT-TG-A---C-TC---TTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----C--GATGG-cc
gi|13 : TTTGT-A--AC-GC--AACTC-TCT-GA-AAT-CT-----A---C-A-T---C-A--A-CA--GA---TT---AT----T--TAA-A-CTT------T-ATTA-G-----TTA---TG-GA--GA-A--ATTAATACTAT-GT--A--G-A-----TTGC-G-CA--AT---TA-----------CA--CA---G-G--A-A------T-T---C---GA-----TT-CG-AT-TT--TT-T-T--TC----TGCG-GA---A----T---T--A-T-agaagg
gi|14 : TTTGTCA--AC-ATATGACTCCTCT-GACAAC------------C-GCTTTTC-A--A-CA--GA---TT---AT--CGG--GAACA-CTA------T-TGTT-G-----TGA-C-TG-AA--GA-A--C---ATGCTGT-GTA-A--G-A-----T-GC-G-C-C-AT-A-TA-----------CA--AG---G-A--A-A------T-T---C-TGGA-----TT-TC-AT-GA--TT-T-C--TC----
gi|15 : A-A--C---GTACTGT-GT--A--GGA-----T-GC-G-CAT-ATTA-CG-----------CA--CA---G-GGAA-A------T-TG--C-T-GA-----TA-T--AT-TT--TT-T-TGTTT----TCGGAGG---A----T---TT-A-T-G---------C--CCAGTGTT-TG--C--C-TC--GTTCGACCA--A-G-GT-AA-CA----CTGAATGG-c
gi|16 : ga--CGT--GAA-A-CAT------T-TGTA-G-----TGA---TA-AG--GA-T--C---ATACTGTTGT--A--G-A-----T-GC-GACAT-G--A-TA-----------CA--CA---G-G--A-AACAA--T-T---C-T-GA-----TT--C-AT-GTGATT-T-T--TC----CCGC-GG---A----T---T--AAT-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC---TTC-ACagaag
gi|17 : TTGTCA--GC-GG-CAAGCTCTCT-GA-AACGC------------GCT---C-A--AACA--GAATATTG--AT--CGT--GAA-A-CTA------T-TGTATG-----TGA-A-TGAAA--GA-AAGC---CTACTGT-GTTAA--G-A-----T-GTGG-CAT-AT---TG-----------CA--CA---G-GACA-A------T-T---C-aa
gi|18 : -A-TA-AA--GA----C---ATACCAT-GT--A--A-A-----A-GG-G-CAT-AT-T-TA-----------CA-------GTA--A-A------T-T---C-T-TA-----TT-TG-AT-AT-------------------A-GT---A----TACAT--G-T-A---T-----C--CC----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-TATA-AAACC----CTGAATGG-
gi|19 : tg-TA-----------CAGCCA---G-A--ATA------T-TGTGC-T-GA-----TCGTC-AT-TT--TTGT-T--TT----TCGG-GG---A----TAT-T--A-T-C---C-----T--CT----TT-TG-AC--C-TCTTTTTC-ACCA--ATT-TA-GA-TACGAGCTGAAT-G-AGAAGag
gi|20 : CCGT-GT--A--G-A-----T-GT-G-CAT-AT-T-TA-----------CA-------G-G--A-A------T-TT--C-T-GA-----TT-TG-AT-TT--TT-T-A--AA----AGGA-GG---AAT--T---T--C-T-A---T-----C--CC----AT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-TT-AA-CA----CTGAATGG-cagga
gi|21 : T-AT---TA-----------CAT-CA---G-G--A-AA-----T-T---T-T-GA-----TT-T--------------T--TT----TCGGTGG---A----T---T--A-T-G---C-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC----TC-ACCA--A-A-TT-AA-CA----CTGAATGG-
gi|22 : gcaagtA--CA---G-G--A-AA-----T-T---C-T-GA-----TT-T------T--TT-T-T--T-------AA-GG---AGGTTT---T--A-T-A---GTGTACC--CC----AT-TG-GTGAC-TT--TTTT-ACGA--A-T-TA-AA-CA----CTGAGTGG-agaag
gi|23 : ttA-----------CA--CA---G-A--A-A------T-----C-T-GA-----TT--C-AT-TT--TT-TTT--TC----TTCT-TA---A----A---T--A-T-T---G-----C--CC-----T-TG-A------C--TCTC-ACCA--A---AA-AA-CA----CTGAATGA-AGag
gi|24 : ----TCGG-GG---AA---T---T--A-T-G---C-----C--CC----TT-TG-ACGCC-TC--TTCC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----C
gi|25 : ----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCAC-A-T-TA-AA-CA----CTG-ATGG-AAAGGAgatgtaagaagg
gi|26 : ----TCGG-GG---AA---T---T--A-T-G---------C--CC----TT-TT-AC----TC--TTCA-ACCA--A-A-TACAA-CA----CTGAAtagaataattgttgctt
gi|27 : tatGG-AA---A----T---TTAA-T-A---T-----C--CC----AT-TG-AT--C-TG--TT-C-ACCA--A-T-TA-AA-CG----C--AATAG-gaag
gi|3 : aaggaGTTTGTCA--GC-GG-TCGCTCCTCTGAA-AACGCCTGAAAA---CAGCT---T-AATA-CA--GA--------------T--GAA-A-C--------T-TGTA-GCCCTATG--A-TG-AAAGAA-A--C---ATACTGT-GT--ACTA-T-----T-AC-G-CAT--C-A-TAC----------CA--CA---G-GAAA-A------T-T---CTT-GA-----TT-AC-ATCTC--TC-T-C--TCTCTATCGA-CG---T----T---G--A-T-GTTTG-----CCTCC----TT-TGAAC--C-TC--CTTC-ACCAATA-T-CA-AA-CA----TTGACTGG-GAAAGA
gi|5 : C-G-CAT-AT-A-TA-----------CA---------G--A-A------TAT---A-T-GAAATAATT-AT-GT-TG--TA-T-T--TT----TCCG-GA---A----TA--T--A-TTG---A-----C--AC----TTCTG-AC--T-TG--TTT-------------A-AA-CA----CTGAATGGAAGAAGAagg
gi|6 : aaaattattatttgcaactcggatgaaaccggtttagcacatgcatcatgattttaaatgccgaagagacgctgtttggatcttttttttacat-GC-G-CAT-AT-A-TAGAA--------TA--TAT--G-A--A-A------T-G---C-T-TA-----T-----GT-AT--TT-T-T--TG----CCGG-AGTATA----T---T--AAC-A---G-----T--TC----T---G-AA----TC--GTTT-ACCA--A-T-TA-TA-CA----CTGAATGG-A-AGGAttaaaatggtcg
gi|7 : ggccgaaattattttatgcaactcaagagtctcaggtgaaacaggtttacatgtagcacatgcattgccgaagagaagctgtttggaaatgtttttttacaTTTGTCACAGC-GC---ACTCCTCT----AA-GAC-----A---A-GGT---CTA--A-CA----------------------AG-A-GTT------T-TGT---------GA-A-----A--GG-A--T---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CCT-AT-A-T------------TA--CA---G-G--A--------C-T---C-T-GA-----TG-TGGAT-TT--TT-T-TA-TA----TCG-------------------------------------C----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGAg
gi|8 : aaatttggccaaaataatatacaactgaaacgaGTTTGTCA--GC-GC-CAACTCCTCTTGA-AATGCC-----GAAAC-ACT---C-AGAA-CAA-GA---TT---ATG-CGT--GAA-ATCAT------A-AGTA-G-----TGA-AATG-AA--GA-A--C---ATACGGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CAA-ATCA-TA-----------CA--CA---G-G--A--------T-T---C-T-GA-----TT-TC-ATCTT--TT-T-T--TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGTGGAaaggtaaaaatgttgc
blockSeqs : CA . TAT T C TGCCGAAACACTCAGAACAAGATTATGCGT C T TT G T CCCTA AATGA AG AATTA C T TAA G . T G A . TA GAA GCCA C GA T ACAA A GTG T G AATAA GTC C GA G T TCTCTATCGACGTTGATGTTTGCCT AGTG C A GAC TTT CG AT TA C A CGAG A
blockSeqs : A . CC G . CGCGCTCAAACAGAATATTGATCGT . . CT . . . AAATG . AAGC T . ACT . . . . . . CA C TCA T AC . G . G . . . TGG C . . . TAAGGAGGTTTTATAGTGTACC . . . GCC G C C TT . . . .
blockSeqs : . . GC T . CGCCTGAAAACAGCTTAATACAGAT . . TT . . . ATGG . ACC T . AA . . . . . . A . TAT . AA . A . T . . . TC . . . . TGCCGGAGTATATTAACAGT . . . C T C . T . . . .
blockSeqs : . . GT . . CCGCTTTTCAACAGATTATCGG . . TA . . . ACTG . CAG T . A . . . . . . A . CA . . . A . . . . . TC . . . . GTTTTCGGAGGATTTATGC . . . C T C . G . . . .
blockSeqs : . . CC . . TCTACATCAACAGATTATT . . AT . . . ATG . AC T . A . . . . . . A . CA . . . . . . . . . CG . . . . TTACGGGGAAATTATGGG . . . C T C . T . . . .
blockSeqs : . . C . . CCGACTTCACGATTTCAT . . TA . . . ATA . AC T . A . . . . . . A . CA . . . . . . . . . TC . . . . TTTCGGGGATATTATCCT . . . T T T . A . . . .
blockSeqs : . . C . . GACAAGGTCTAACA . . TT . . . ATG . TC T . A . . . . . . T . AG . . . . . . . . . TG . . . . AAAGGAGGAATTTCTATC . . . C T C . T . . . .
blockSeqs : . . AT . . . AT . AC C . A . . . . . . T . CA . . . . . . . . . TG . . . . TTTCCGGAATATATTGAC . . . T T C . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . AT C . A . . . . . . A . CA . . . . . . . . . AC . . . . TCCCGCGGATTAATGGC . . . C T A . T . . . .
blockSeqs : . AC T . A . . . . . . A . CA . . . . . . . . . AT . . . . TTTCGGTGGATTATGCC . . . T T C . A . . . .
blockSeqs : C C . . . . . . . . A . CA . . . . . . . . . TC . . . . TCTTCTTAAATATTGC . . . C C C . T . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . A . CA . . . . . . . . . T . . . . TCTCGGGGATTATGGC . . . C T T . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . C . . . . GGGGGGGGAATATG . . . T G C . T . . . .
blockSeqs : . . . . . CA . . . . . . . . . T . . . . AGTATACATGTATC . . . T T . . T . . . .
blockSeqs : . . . CA . . . . . . . . . T . . . . ATATCG . . . C T . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TT****** ATG**** ***** A** *********** CA***** ****** TC** TNTCGGGGATTATGGC******************************* C*** T**
originalCons : GTTTGTCA--GC-GC-CAACTCCTCTTGA-AACGCC-----G---C-GCT---C-A--A-CA--GA---TT---AT--CGT--GAA-A-CTT------T-TGTA-G-----TGA-A-TG-AA--GA-A--C---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CAT-AT-A-TA-----------CA--CA---G-G--A-A------T-T---C-T-GA-----TT-TC-AT-TT--TT-T-T--TC----TCGG-GG---A----T---T--A-T-G---G-----C--CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-TA-AA-CA----CTGAATGG-AGAGGA
finalCons : GTTTGTCA--GC-GC-CAACTCCTCTTGA-AACGCC-----G---C-GCT---C-A--A-CA--GA---TT---AT--CGT--GAA-A-CTT------T-TGTA-G-----TGATG----AA--GA-A--C---ATACCGT-GT--A--G-A-----T-GC-G-CAT-ATA--TA-----------CACA-----G-G--A-A------T-T---C-T-GA-----TTTC--AT-TT--TT-T-TTNTCGGGGATTATGGC-------------------------------CC----TT-TG-ACC---TC--TTTC-ACCA--AT--TA-AA-CA----CTGAATGG-AGAGGA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGAAACTTTGGCACAAATTATTTTATGAAACTCAAGAGCCTCAGGTGAACACAGTTTACATGTAGACACATGCATTGCCGAAAGAGAAGCTGTTTTTGGAAATGTTTTTACAGCGCATATATAGAATCACTATGAAATGTCTTATGTATTTATTTGCCGCCAGTATATAAACAGTTCTTGATCGTTTACCTAATTATCACTGATGAAGGAG
Unaligned ( gi|4 ): TTGGCCAAAATTATTTTGTGCATATCAGGTGAAATCGGTTTAGCACATGCATCATGAATTTAAATGCGGAAGAAAAAAAGCTGTATTGAAATGTATGTACATGTATAGAATATATGAAATAATTATGATGTATTTTTCTTGAGTATATTGACACTTCTGACTACCAATTAAACACTGAGTGGAAGAAGGATAAAATAGTTG
Unaligned ( gi|9 ): GGTGAAACCGGTTTAGCACATGCATCATTAATCATGCCAGAGAGAAGCTGTTTGAGAATGTTTTTTACAGCGCATATATAGAATATATGAAATAATTATGTTGTATTGTTCTGGAGTATATCGATACTTTTGACTTGTTTACCAATTTAAAAACACTGAATGAAAAAAAAAGAATAAAATTGTTGC
Unaligned ( gi|10 ): GGTGAAACTGGCTTAGCACATGCATCATGAATTTAAATGCTGAAGAGAAGCTATTTGGAAATGTTTTTTACAATGCATATAGAATGTATGAAATATTTGTGTTGTATTTTTCCGGATTATATTGACACTTCCGACTTGTTTACCAAGTGTACACTAAATGGTAGAA
Unaligned ( gi|28 ): AAAAATAGTTTGTGCAACTCAGGTGAAACCGGTTTAGCA
Alignments
lowQualScore : 11 111 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 111111 22222222222222222222222222222222222222222 11111111111 22222222222222222222222222222222222222222222 111111111 11
lowQualScore : 11 5 111 8 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4 22222222 4 4 99999 3 555555 3 55 99999999 3 33 2 88888 2 77777 2 2 2 2 2 00000000000000000000000000000000000000000 1 555 1 2 55555 33333333333 22 2 99999999999999999999999999999999999999999999 3333 3 1 111111111 00 44 7777777 2 4444 2 333
lowQualScore : .. . ... . . ................................................... . . ........ . . ..... . ...... . .. ........ . .. . ..... . ..... . . . . . ......................................... . ... . . ..... ........... .. . ............................................ .... . . ......... .. .. ....... . .... . ...
lowQualScore : 99 0 888 5 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 77777777 0 0 11111 6 555555 6 00 88888888 3 66 9 77777 9 11111 5 4 4 2 2 11111111111111111111111111111111111111111 9 222 9 0 00000 88888888888 99 1 33333333333333333333333333333333333333333333 9999 8 9 666666666 11 88 1111111 0 2222 2 666
consensus : GTTTGTCA--GC-GC-CAACTCCTCTTGA-AACGCC-----G---C-GCT---C-A--A-CA--GA---TT---AT--CGT--GAA-A-CTT------T-TGTA-G-----TG-A--T-G-A-A--GA-A--C---A-TAC-CG-TGT--A--G-A-----T-GC-G-CAT-A-T-A-TA-----------CA--CA---G-G----A-A------T-T---C-T-GA-----TT-TC-AT-----TT--TT-TT--TN--TCGG-GG---A--T--T--A-T-G---G-----C----CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-T---A-AACA----CTGAATGG-A--GAGGA
Reference ( family-3 ) : GTTTGTCA--GC-GC-CAACTCCTCTTGA-AACGCC-----G---C-GCT---C-A--A-CA--GA---TT---AT--CGT--GAA-A-CTT------T-TGTA-G-----TG-A--T-G-A-A--GA-A--C---A-TAC-CG-TGT--A--G-A-----T-GC-G-CAT-A-T-A-TA-----------CA--CA---G-G----A-A------T-T---C-T-GA-----TT-TC-AT-----TT--TT-TT--TN--TCGG-GG---A--T--T--A-T-G---G-----C----CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-T---A-AACA----CTGAATGG-A--GAGGA
gi|1 : GTCA--GCTGT-CAGC-CCTCGTGA-AAAACC-----G---C---T---C-A--A-CATGGA---TTTAAAT--CGTTTGAA-A-CTTATCGAAC-TGTA-G-----TG-A----G-ATA--TA-A--C---AATAGACT-TGG--A--G-ACTTGAT-GC-A-CACCA-T-AATAGGCAGGCCTGCCA--CGAATG-G----A-AGTGAATT-T---C-T-GA-----TT--C-AT-----TT--TT-TT--C----CGG-GA---A--T-----G-T-A---G-----CTC--CC----TT-TA-CT--CATC--ATTC-ACCA--A-------A-AACA----CTGAATGA-A--G
gi|11 : aggtctctccTTTGTCAA-GC-GC-CAACTCCTTCTGA-AA--CC-----G-----ACT---T-C--A-C---GA---TT----T--CAT--G-A-A-CTT------TGTGTA-G-----TT-A--T---A-A--GA-AC-C---A-TAC-CA-TGT-----G-A-----T-G--G-CAT-A-T-A-TG------------G--CA---GCG----A-AG-----T-T---C-T-GA------T-TC-TT-----TC--TA-TT--TT--ACGG-GGAA-A--T--T--A-T-G---G-----G----CC----tagaaa
gi|12 : -A--A-CA--GA---TT---ACTCCGT--GAA-A-ACT------T-TGTA-G-----TG-A--TGG-A-A--GACA--G---A-TAC-TG-TGT-----G-A-----T-GC-G-CAT-A---A-TA-----------CA--CA---G-A----A-A------T-T---T-T--A-----CT-TC--------TT--TT-TT--GG--GGGG-GG---A--A--T--A-T-G--------------------CT-TG-A---C-TC---TTC-ACCA--A-T-T---A-AACA----C--GATGG-A--cc
gi|13 : TTTGT-A--AC-GC--AACTC-TCT-GA-AAT-CT-----A---C-A-T---C-A--A-CA--GA---TT---AT----T--TAA-A-CTT------T-ATTA-G-----TT-A--T-G-G-A--GA-A--ATTAA-TAC-TA-TGT--A--G-A-----TTGC-G-CA--A-T---TA-----------CA--CA---G-G----A-A------T-T---C---GA-----TT-CG-AT-----TT--TT-TT--TC--TGCG-GA---A--T--T--A-T-agaagg
gi|14 : TTTGTCA--AC-ATATGACTCCTCT-GACAAC------------C-GCTTTTC-A--A-CA--GA---TT---AT--CGG--GAACA-CTA------T-TGTT-G-----TG-AC-T-G-A-A--GA-A--C---A-TGC-TG-TGTA-A--G-A-----T-GC-G-C-C-A-T-A-TA-----------CA--AG---G-A----A-A------T-T---C-TGGA-----TT-TC-AT-----
gi|15 : A-A--C---G-TAC-TG-TGT--A--GGA-----T-GC-G-CAT-A-TTA-CG-----------CA--CA---G-GGA--A-A------T-TG--C-T-GA-----TA-T--AT-----TT--TT-TTGTTT--TCGGAGG---A--T--TT-A-T-G---------C----CCAGTGTT-TG--C--C-TC--GTTCGACCA--A-G-G---T-AACA----CTGAATGG-A--gatttctcc
gi|16 : ga--CGT--GAA-A-CAT------T-TGTA-G-----TG-A--T-A-A-G--GA-T--C---A-TAC-TGTTGT--A--G-A-----T-GC-GACAT-G---A-TA-----------CA--CA---G-GAAACA-A------T-T---C-T-GA------T-TC-AT-----GTGATT-TT--TC--CCGC-GG---A--T--TA-A-T-G---G-----C----CC----TT-TG-AC--C-TC---TTC-ACagaag
gi|17 : TTGTCA--GC-GG-CAAGCTCTCT-GA-AACGC------------GCT---C-A--AACA--GAATATTG--AT--CGT--GAA-A-CTA------T-TGTATG-----TGAA--T-GAA-A--GA-AAGC---C-TAC-TG-TGTTAA--G-A-----T-GTGG-CAT-A-T---TG-----------CA--CA---G-GAC--A-A------T-T---C-aa
gi|18 : -----TG-A--T-A-A-A--GA----C---A-TAC-CA-TGT--A--A-A-----A-GG-G-CAT-A-T-T-T-------------A--CA---GTA----A-A------T-T---C-T-TA-----TT-TG-AT-----AT--AG-TA--TA--C---------A--TG-T--A-T-----------C----CC----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-TATA--A-AACC----CTGAATGG-A--
gi|19 : -TA-----------CAGCCA---G-A----ATA------T-TGTGC-T-GA-----TCGTC-AT-----TT--TTGTT--TT--TCGG-GG---A--TATT--A-T-C---C-----T----CT----TT-TG-AC--C-TCTTTTTC-ACCA--ATT-T---A-GATACGAGCTGAAT-G-A--GAAGag
gi|20 : C-CG-TGT--A--G-A-----T-GT-G-CAT-A-T-T-T-------------A--CA---G-G----A-AT-----T-T---C-T-GA-----TT-TG-AT-----TT--TT-TA--AA--AGGA-GG---AATT--T--C-T-A---T-----C----CC----AT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-T---T-AACA----CTGAATGG-cagga
gi|21 : T-A-T---TA-----------CAT-CA---G-G----A-AA-----T-T---T-T-GA-----TT-T-----------------T--TT--TCGGTGG---A--T--T--A-T-G---C-----C----CC----TT-TG-AC--C-TC----TC-ACCA--A-A-T---T-AACA----CTGAATGG-A--
gi|22 : gcaagtA--CA---G-G----A-AA-----T-T---C-T-GA-----TT-T----------T--TT-TT--TA--AGGA-GG---T--T--TT-A-T-A---GTGTACC----CC----AT-TG-GTGAC-TT--TTTT-ACGA--A-T-T---A-AACA----CTGAGTGG-A--agaag
gi|23 : ttA-----------CA--CA---G-A----A-A------T-----C-T-GA-----TT--C-AT-----TT--TT-TT--TTCTTCTT-AA---A--T-----A-T-T---G-----C----CC----TT--G-AC--------TCTC-ACCA--A-A-----A-AACA----CTGAATGA-A--Gag
gi|24 : --TCGG-GG---AA-T--T--A-T-G---C-----C----CC----TT-TG-ACGCC-TC--TTCC-ACCA--A-T-T---A-AACA----C
gi|25 : ----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCAC-A-T-T---A-AACA----CTG-ATGG-A--AAGGAgatgtaagaagg
gi|26 : --TCGG-GG---AA-T--T--A-T-G---------C----CC----TT-TT-AC----TC--TTCA-ACCA--A-A-T---ACAACA----CTGAAtagaataattgttgctt
gi|27 : tatGG-AA---A--T--TTAA-T-A---T-----C----CC----AT-TG-AT--C-TG--TT-C-ACCA--A-T-T---A-AACG----C--AATAG-A--gaag
gi|3 : aaggaGTTTGTCA--GC-GG-TCGCTCCTCTGAA-AACGCCTGAAAA---CAGCT---T-AATA-CA--GA--------------T--GAA-A-C--------T-TGTA-GCCCTATG-A--T-G-A-AAGAA-A--C---A-TAC-TG-TGT--ACTA-T-----T-AC-G-CAT---C-A-TAC----------CA--CA---G-GAA--A-A------T-T---CTT-GA-----TT-AC-ATCTCTCTC--TC-TC--TA--TCGA-CG---T--T--G--A-T-GTTTG-----CCT--CC----TT-TGAAC--C-TC--CTTC-ACCAATA-T-C---A-AACA----TTGACTGG-G--AAAGA
gi|4 : -TGT--A--C-A-----T-GT-A-TAG-AAT-A-TA-----------TG--AA---A-T----A-A------T-T---A-T-GA-----TG-T--AT-----TT--TT-CT--T-----GA-GT---A--T--A--T-T-G---A-----C----AC----TTCTG-AC--T----------ACCA--A-T-T---A-AACA----CTGAGTGG-AAGAAGGAagg
gi|5 : ttggccaaaattattttgtgcatatcaggtgaaatcggtttagcacatgcatcatgaatttaaatgcggaagaaaaaaagctgtattgaaatgtaC-G-CAT-A-T-A-TA-----------CA---------G----A-A------TAT---A-T-GAAATAATT-AT-GT-----TG--TA-TT--TT--TCCG-GA---A--TA-T--A-TTG---A-----C----AC----TTCTG-AC--T-TG--TTT----------------A-AACA----CTGAATGGAA--GAAGAtaaaatagttg
gi|6 : aaaattattatttgcaactcggatgaaaccggtttagcacatgcatcatgattttaaatgccgaagagacgctgtttggatcttttttttacat-GC-G-CAT-A-T-A-TAGAA--------TA--TAT--G-A----A-A------T-G---C-T-TA-----T-----GT-----AT--TT-TT--TG--CCGG-AGTATA--T--T--AAC-A---G-----T----TC----T---G-AA----TC--GTTT-ACCA--A-T-T---A-TACA----CTGAATGG-A---AGGAttaaaatggtcg
gi|7 : ggccgaaattattttatgcaactcaagagtctcaggtgaaacaggtttacatgtagcacatgcattgccgaagagaagctgtttggaaatgtttttttacaTTTGTCACAGC-GC---ACTCCTCT----AA-GAC-----A---A-GGT---CTA--A-CA----------------------AG-A-GTT------T-TGT---------G-A------A-A--GG-A--T---A-TAC-CG-TGT--A--G-A-----T-GC-G-CCT-A-T-A-T------------TA--CA---G-G----A--------C-T---C-T-GA-----TG-TGGAT-----TT--TT-TTA-TA--TCG------------------------------------C----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-T---A-AACA----CTGAATGG-A--Gg
gi|8 : aaatttggccaaaataatatacaactgaaacgaGTTTGTCA--GC-GC-CAACTCCTCTTGA-AATGCC-----GAAAC-ACT---C-AGAA-CAA-GA---TT---ATG-CGT--GAA-ATCAT------A-AGTA-G-----TG-AAAT-G-A-A--GA-A--C---A-TAC-GG-TGT--A--G-A-----T-GC-G-CAA-A-TCA-TA-----------CA--CA---G-G----A--------T-T---C-T-GA-----TT-TC-ATC----TT--TT-TT--TC--TCGG-GG---A--T--T--A-T-G---G-----C----CC----TT-TG-AC--C-TC--TTTC-ACCA--A-T-T---A-AACA----CTGAATGG-A--GTGGAaaggtaaaaatgttgc
gi|9 : -GC-G-CAT-A-T-A-TAGAA--------TA--TA---T-G----A-AATAA--T-T---A-T-G------TT-GT-AT-----TG--TT-CT-----------GG---A--G--T--A-T-A---T-----CGATACT----TT-TG-AC--T-TG--TTT--ACCA--A-T-TTAAA-AACA----CTGAATGA-A--A
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGAAACTTTGGCACAAATTATTTTATGAAACTCAAGAGCCTCAGGTGAACACAGTTTACATGTAGACACATGCATTGCCGAAAGAGAAGCTGTTTTTGGAAATGTTTTTACAGCGCATATATAGAATCACTATGAAATGTCTTATGTATTTATTTGCCGCCAGTATATAAACAGTTCTTGATCGTTTACCTAATTATCACTGATGAAGGAG
Unaligned ( gi|10 ): GGTGAAACTGGCTTAGCACATGCATCATGAATTTAAATGCTGAAGAGAAGCTATTTGGAAATGTTTTTTACAATGCATATAGAATGTATGAAATATTTGTGTTGTATTTTTCCGGATTATATTGACACTTCCGACTTGTTTACCAAGTGTACACTAAATGGTAGAA
Unaligned ( gi|28 ): AAAAATAGTTTGTGCAACTCAGGTGAAACCGGTTTAGCA