lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222
lowQualScore : 2222 4 6 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 888
lowQualScore : .... . . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ...
lowQualScore : 5555 0 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 000
consensus : TATCATTTCCGGCAANTTTCGATCACTGTAGCANNCACGGTATATTTTGAC-TGC-AAACCTACATCTCAATT-ACACG--TATGCAT--GCATAT--GTATGCA-TAN---TATACAATGAAT-TAT-GA-----A-TACAAAACA-TGC--TTT------------TTT-----TC--TCNTTTGTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--ATCCATTG---GGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCCGA-TTCA----TANT----NC--ACA---------GTAATACATTN---TTTGCCTT-TAAT---TGA--TA-TATTNC-T-TTGCTA-C-TCTCT----TTCCT----TTTNCAAAGT-T-------------------TTT-T--A-G-GATGCGGNCACANGCTC-TGCTGCNC-TC-AGGTCAAATAATTTGACATATCTC-T--G------ATTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGCCCTCA---CAACGACTTG---AA---GGTTTA--ATT--CAACCATAT-CT-----------------CTACAGNGGGANTTGGACGCATTTAA
Reference ( gi|4 ) : TATCATTTC----AATTTTCAGTCACTGTAAC-------------TTTGAC-TGC-AGATTTACATCACCATT-ACACATATATACATGTACATAC--GTATGCA-TAT---TATACAATATAT-TAT-GA-----T-TACAAAATA-TGC-ATCT------------CTT-----TC--TCATTTGTATCTTGGTCATA-------T-G-TCA--ATCCATTG---GGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCCGA-TCCA----CAAT----AC--ACA---TG----GTAGTACATTA---TGTGACTT-TAAT---TAA--TA-AATTGC-T-TTGCTA-C-TCTTT----TTCCT----TTTCCAAAAT-T-------------------TTC-T--A-G-GATGTGGGCACATACTCGTGCTGCCCATTGAGGTCAAATAATTTGATGTATCTC-T--A------ATTGAATTCAAA---------ATACGTAGAAATA----GTGTTATTACACCAACGATTTG---AA---GGTTTT--GTT--CAACCATAT-CT-----------------CTGTAAT-GGAATTGGACGCATTTAAA
gi|8 : TATCATTTCCGGCAAATTTCAATCACTATAACACTCACGGTATATTTTGAC-TGCGAAATCTACATTTCAATCGGCACAC-TATGCATA-GCATACCGGTAT---------------AGTAAAT-TAC-TA-----G-TATAAAACATTTC-ATTT------------TTTTTTAATC--TCCTTTGTATCTTGGTCATA-------T-G-T----AT--ATTA---GGAATTGG-GG--AG-CCTCTTTCCCGA-TCCA----T-GT----TC---TA---TA----AT-GTACATTT---TTTGCGTT-TAAT---T
gi|3 : TTTC----AATTTTCGATCACTGTAGCAGGT---------TTTGTCATGC-AAACCTACATCTCAATT-ACAC-----------------T--GTCTGCA--A----TATGCAATAAAT-TAT-GA-----A-TACAAAACA-TGC--TTT------------TTTCCC--CC--CCA-TTATGTCTCGAACATA-------T--------ATTTACTGCCAGGAACT-C-CT--A--TCCCCATTCCTA-CCCC----TGAT----GT--AC----------GTATTACATTC---TTTGTCTT-TGAT---TGA--TA-TATTCC-TATTGCTA-C-TCTCT----TTCCTTTAATTTTCAAAGT-T-------------------TTT-T--G-G-GG---------ATGCT-GTGCTTC------AGGCCTAATTATTTGACCTATCTCAT--ATCAGCCGTTAAATTGAAATTGGTGTTTATGCTTTGTAACA-----TGTCCTCA----AAAGATTGG---AA---GGCTTA--ATT--CAGTTACAT-GT-----------------CTATtttatacgggtgcagacacaggtcctgatgtccctcaggtcaaataatttgacatatc
gi|7 : cTTGAC-TGT-AAACCTACACCTCAATT-ACAT-----------------T--GTATGAA-TAG---TGTACAATGAAT-TAT-GA-----A-TACAAAATA-TGC-----------------TTT-----TCA-CCA-CTGCATCTTGATCACATTGTGACT-G-TCA--GTTCA-------GAGTT-TAGG--AG-TCCTTATTCCGG-TTCA----TATT----CCTAACA----------TAATACATTC---GTTGCCTT-TAAT---TAA--TA-TACTCCTT-TTCCTA-A-TCTCT----T--CA----TTTTCAGAGT-T-------------------TTTGT--T-G-G-TGTGGCTACGAGCCCCTGCTGAGTCTT-AGGTCTAATAAATTGAC-T-TCTC-T--G------ATTGAATTGAAtagacaaacccatctttaattttccactatttgacttatctgccattgaattggacatattaaattcctttaatg
gi|17 : gattttgatatattc-TGC-AAACTCACATCACATTT-ACACG-ATATACAT-TATATAT--G-ATGCACTATGAATACACAAGATAC-TAT-gcta
gi|11 : ttgtaCA-TAA---TATACAATGAAT-TGT-----------ACAAAACA-GGC--TTT------------CTC-----CC--T-ATA-GTAGCTTGGTCACA-------TTG-TCA-----CA---------GTC-T-GGG-AG-TCTCTATCCTGA-TTTG----TGGT----AC--GTACTCTGTAACGTAATACATTG---TCTGCCTTAGAGTG--TAAATTA-TATTCC-T-TT--TA-CAGCTTTC---TTTCT----TTTCtttcc
gi|16 : A-TAA---TATACAATAAAG-TAT-GAATACATGTACAACATA-TGTTGTTT------------TTT-----TC--TCATCTGTAGCTCAGTAATA-------------A--ACC----------AATT-T-GG--AG-TCTTTATCCCGA-TTCA----TAtttttttctctttttttaatagtttttggggatg
gi|1 : -TAT---T-TACAATGTATACATTGA-----A-TGCAAAACA-TAC-CTCTAACACCCCAACACCC-----CCGGTCGTTTGTGTTTCCGCAATA-------TTG-TTACTACCGGCTG---GGAGTT-T-GG--AAATCCTTATCCTGG-TTCA----AACT----TC--ATA---------ATA-TACATTA---TTTGCCTT-TAAT---TGA--TAGAATAAT-T-TTACGATC-TCTTTCCGCTCCCT----TTT--AAAAG-T-------------------TTT-T--G-GTGAAGAGGGCACACAGCCTTGCTGTACATC-AGATCTAATAATTTGACCTATCTC-T--G------AATGAAT
gi|13 : ttcatattctttatcttgtgtacacagtttttgtcatagttttgattgtaattagcctatatccAT-TAT-GA-----A-TACAGAACA-TGC---CT------------TTTC----TC--TCCTTTGTATCTCAATCACAT------T-GTTCT--A-CCATTT---GGA----------AG-TCCCTATCCC-A-TTCATACCCAAT----A---AC----------GTAATGAATTC---GTTGCCTT-TAAC---TGA--TA-TATTTC-T-TTagaagactaagctgtagtaagcttaaagataagtgttaatatttcataacataaactgtaggctcatgtttgaaagttcttaaaattcagttacctcaacttaatttcccgctatttgaatatttatttgaactcagctgaaattgcactgaccatatt
gi|2 : catgaAATA-TG-----T------------GTT-----TC--CCCTTTGTATCTCAGTCATA-------T-G-CCG------ATTG---GGAGCT-T-CT--A--TCTTAATTCATATTCCA----TAATGTAAAT--ACA---TG----TAAATGCATTAAAGT-TGCCTT-CAATATATGA--TA-TATTGC-T-CTTTTA-C-T
gi|5 : T------------TTT-----TC--TC-CTTGTATCTAAGTTGTA-------T-G-ACA--AT----TG---GGAGTT-CAGG--CG-TCTCTATCGCGA-TTCA----TATC----CC--ATA---AT----GTAATACATT--------------------CAA--TA-TACTGC-T-TTGCTG-T-TCT--------CCT----TCTGCAAAATAT-------------------TTG-G--A-G-GATGCGAACACA-A-TC------CCC--TCAGGCCAATTGATTTGACATAT-------G------ACTGAATTTAAG---------ACATGTGGAAATA----Gggtagaagcaccaaagaggtaccatttcactcccttcttttgcaaattttgttgaaaatgcggtcacaattatccaggtcaaatattttgacatattttaaaatttaattaaagacacaaggaatcatgcaacttaaagatggtttttactttgcaacatatctccacaaaagatttgaagatttaattcattatttacaccgacataaataaataaaaagaaaaatccagaccagacatattttattaatttcatagttgcttaattataccaatttaaaattatattttgaagtcaccttttactttaacaaagatatgttcagtcattacaaaacataa
gi|9 : TTG---GGAGTT-T-GGGGAG-TCTCTTTTTCGA-TTCA----CATT----TC--ATA---AT----GTAATACATTA---TTTGCCTT-TAAT---TGA--CT-TATTGC-T-TTGTTA-C-TC--T----TTCCT----TTCGCACAGT-TGGTTTTATTTATTTATTTATTT-T--A-A-GATGCGGGCATAAAC--------CTC--TGAGGTCAAATAATCTGACGT------T--A------CTTGAATTCAAG-----------ACGTGGAAcctgtgtgtttttattttgtaacatatagtcacagaagacagaagatctgcaatttaattcaattactagtacatcttatgaataaaattacttttaaaattatctctagaatgggatcagacatgtcttcattcacttgacactactgtgtaactttagattatgtaactgacgctatcttgtactgaacaaatgtgtgttttatcattatcaaaggataa
gi|8 : gTA-C-ATTTT----TTGCG----TTT---AATT-T-------------------TTA-T--ACG-GGTGCAGACACAGG-TCCTGATGTCCCTC-AGGTCAAATAATTTGACATATCtttatttgaagacgtgttttggttt
gi|2 : tatcatttccggcaaatttcaatcactataacactcacggtatattttgactgcgaaatctacatttcaatcggcacactatgcatagcataccggtatagtaaattactagtataaaacatttcatttttttttaatctcctttgtatcttggtcatatgtatattaggaattggggagcctctttcccgatccatgttctataatgA-C-TCCCT----T--CT----TTTGCAAA-T-T-------------------TTG-TTGA-A-AATGCGGTCACA-ATT----------ATCCAGGTCAAATATTTTGACATAT-TT-TAAA------ATTTAATTAAAG---------ACACA-AGGAATC----ATG---------CAAC---TTA---AAGATGGTTTTTACTTTGCAA-CATAT-CT-----------------CCACAAA-AGATTTGAA-G-ATTTAA
gi|12 : aatatgtgtttcccctttgtatctcagtcatatgccgattgggagcttctatcttaattcatattccataatgtaaatacatgtaaatgcattaaagttgccttcaatatatgatatattgctcttttactggtagaagcaccaaagaggtaccatttcGTCAAATAAGTCGACATTTTTC-A--A------ATTAAATTCAAG---------ACACGTGGAAATAACCGGTGCTTTTACG-TAATGACATGTCCAT---AGTTTA--ATT--CAACCATTTACTGATGAATAAAAAATTAACTGCAGTGGGAATTGGACACATttcattatttacaccgacataaataaataaaaagaaaaatccagaccagacatattttattaatttcatagttgcttaattataccaatttaaaattatattttgaagtcaccttttactttaacaaagatatgttcagtcattacaaaacataa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): CAATTATTACACCGTATGCATAAAATTATGAAGACAAAACACCCGTTTGCCCCATTGTATCCCGACCATATTGTCACTTCCAGTTAGCCCAAAACCATACTCCATGACATAATACATAAACTGTAGCAGTCATTGCCTTAAAGTCCTTTTCATATAGATTTAAACAAATAACATGCTGTGCCTCACGTTTAATAATTTGATCTATCAACGATTGAATGGAAGATAAGACTTTGTGGAGTTACATTAAAGATAAATGCTTTCTCTAAAAGATAGATGCTTAAACTTTGTAACACAAATGATTTGAAGATTTAATTCAGTTACACCTACTTATAAATCAAACAAATGTTTTCCACTCTTTG
Unaligned ( gi|10 ): GAACTGTAATAGTTTGACATGTGATCTAATAAATAATCCCTATGATATTCTTTAAAAAACCTGCTACCAAACCATTTCATTTTTTCCCCTGTAAATTGTACATGTATAATTATCATTTGTATCATAACATTTAAGTTGTTTTTGTCATACTTTTGACTGTAAACATACATCTCGATGACATTGTATGCATAATACTAGTATACATTAAA
Unaligned ( gi|14 ): TTTAATTCAAAATTTACACCTACTTTTGAATTAAAGAAACTAATATGTAGTTTCCACTACTTGGAACTTATCTGCAATGAAATTGGACATATCTACATGTAATTCTTTTGATAC
Unaligned ( gi|15 ): AAACATCTCTGCAGTGGGGTTATACATTAATAATTCACTTAAGTCTACTTCAGTTGTACCAATTTGAGATTATTTAATTGAAGGCCTCTGTTTTGAACAAAAATAT
Alignments
lowQualScore : 222 66666666666666 9999999999999999 11111 1111111111111 5555555555555555555555 1111111 444444444444444444 1111111111111111 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555555555555555555 111111111111111 111111111 55555555555555555555 111 22222 11 1 77777777777777777 222
lowQualScore : 000 1 0 0 55555555555555 8 6 6 3 2222222222222222 1 5 4 9999 4 4 00000 4 777 9999 8888888888888 7777 44 5555 0000000000000000000000 0 1111111 3 1 1 1 444444444444444444 777 1 4444444444444444 777 777 4 1 4 4 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 9999 0 2 5555555555555555555 1 6 3 888888888888888 1 777777777 0 11111111111111111111 0 777 55555 0 33 6 0 00000000000000000 555 1 888
lowQualScore : ... . . . .............. . . . . ................ . . . .... . . ..... . ... .... ............. .... .. .... ...................... . ....... . . . . .................. ... . ................ ... ... . . . . ..... ................................................................................................ . .... . . ................... . . . ............... . ......... . .................... . ... ..... . .. . . ................. ... . ...
lowQualScore : 000 0 7 7 66666666666666 0 7 7 2 0000000000000000 7 7 6 9999 0 0 00000 0 000 9999 3333333333333 1111 66 5555 9999999999999999999999 5 3333333 6 7 0 0 666666666666666666 000 5 5555555555555555 000 000 0 0 4 4 99999 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 4444 2 8 7777777777777777777 4 1 4 555555555555555 0 888888888 8 22222222222222222222 2 555 00000 8 88 5 0 00000000000000000 000 0 777
consensus : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AAACCTACATCTCAATTACACG---TG--CATG--C-TATGTAT-GCATANTA-TACAATGAAT-TAT-GAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TTT----C--TCCT--TTGTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--ATCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCCGATTCATATTCC------ATA---------GT---AATACAT-------TNTT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-ATATTNC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TA-GGATGCGGGCACAN-G-CTC-TGCTG-CCC--TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAGTGGGAATTGGACGCATTTAA
Reference ( family-2995 ) : TATCATTTCCGGCAANTTTCGATCACTGTAGCANNCACGGTATA-TT-TTGAC-TGC-AAACCTACATCTCAATTACACG-TATG--CATG--CATATGTAT-GCATANTA-TACAATGAAT-TAT-GAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TTT----C--TCNT--TTGTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--ATCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCCGATTCATANTNC------ACA---------GT---AATACAT-------TNTT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-ATATTNC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TA-GGATGCGGNCACAN-G-CTC-TGCTG-CNC--TCAGGTCAAATAATTTGACATATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGCCCTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTACAGNGGGANTTGGACGCATTTAA
gi|1 : TATT--TACAATGTATACATTGAATGCA-----AA-ACAT---AC-C--TCTAACACCCCAACACCCC----CGGTCGT--TTGTGTTTCCGCAATA-------TTG-TTACTACCGGCTGGGAGTT-T-GG--AAATCCTTATCCTGGTTCAAACTTC------ATA---------AT---A-TACAT-------TATT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-AGAATAA-T-TT------TA-CGAT---------------------CTCTTTC-----CGCTCCCT----TTT---A------------AA-AGT-T-------------------T-TT-GG-TGAAGAGGGCACACAG-CCT-TGCTG-TACA-TCAGATCTAATAATTTGACCTATCTC---T--GA----ATGAATAGAAG---------AC
gi|10 : ttcatattctttatcttgtgtacacagtttttgtcatagttttgattgtaattagcctatatccATACTT-TTGAC-TGT-AAACATACATCTCGATGACAT----TG--TATG--CATA---AT-AC-TAGTA-TACATTAAAtaagctgtagtaagcttaaagataagtgttaatatttcataacataaactgtaggctcatgtttgaaagttcttaaaattcagttacctcaacttaatttcccgctatttgaatatttatttgaactcagctgaaattgcactgaccatatt
gi|11 : gaactgtaatagtttgacatgtgatctaataaataatccctatgatattctttaaaaaacctgctaccaaaccatttcattttttcccctgtaaattgtacatgtataattatcatttgtatcataacatttaagttgtttttgtcCATAATA-TACAATGAAT-TGT-----ACA-----AA-ACAG---GC-T--TTC-------------T------C--CCTA--TAGTAGCTTGGTCACA-------TTG-TCA-----CA------GTC-T-GGG-AG-TCTCTATCCTGATTTGTGGTAC------GTACTCTGTAACGT---AATACAT-------TGTC-----TGCCTTAGAG---TGTAAATTATATTCC-T-TTTACAGCTTTC--T---------------------TTCTTTT-----C------T----TTT---TTTCTCTTTTTTTAATAGT-T-------------------T-TT-GG-GGATG
gi|12 : GTCAAATAAGTCGACATTTTTC---A--AA----TTAAATTCAAG---------ACACGTGGAAATAACCGGTGCTTTTA---CGTAATGACATGTCCATAG-----TTTAATT--CAACCATTTACTGATGAATAAAAAATTAACTGCAGTGGGAATTGGACACAT
gi|13 : ATGAAT-TAT-GAATACA-----GA-ACAT---GC-C--TTT-------------TCT----C--TCCT--TTGTATCTCAATCACAT------T-GTTCT--A-CCATTTGGA----------AG-TCCCTATCCC-ATTCATACCCA------ATAAC-------GT---AATGAAT-------TCGT-----TGCCTTTAAC---TG---AT-ATATTTC-T-TT----
gi|16 : cATAATA-TACAATAAAG-TAT-GAATACATGTACAACATAT---GT-TGTTTT-------------TTT----C--TCAT--CTGTAGCTCAGTAATA-------------A--ACC-------AATT-T-GG--AG-TCTTTATCCCGATTCATA
gi|17 : -TGC-AAACTCACATCACATTTACACGATATA--CAT-----TATATAT-G------------ATGCAC-TAT-GAATACA-----CA-AGAT---AC-T--ATT-------------TTC----C--
gi|2 : ttgta-------------TTT----C--CCCT--TTGTATCTCAGTCATA-------T-G-CCG--AT----TGGGAGCT-T-----------CTATCTTAATTCATATTCC------ATA---------ATGTAAATACATGTAAATGCATTAAAGTTGCCTTCAATATATG---AT-ATATTGC-T-CT----TTTA-C--TGGTAGAAGCACCAAAGAGGTACCATTTCACTCCC------T----TCTTTTGC-----------AA-ATT-T-------------------TGTT-GA-AAATGCGGTCACAA---TTA-T----------CCAGGTCAAATATTTTGACATAT-TT---TAAAA----TTTAATTAAAG---------ACACAAGGAA-------------TCA---T---GCAACTTA---AAGATGGTTTTTACTTTGCAA-CATAT-CT-----------------CCACA-AAAGATTTGAA-G-ATTTAA
gi|3 : aatatgtgCAATTTTCGATCACTGTAGCA-----GGT-----T-TTGTCATGC-AAACCTACATCTCAATTACAC------------------TGTCT-GC--AATA-TGCAATAAAT-TAT-GAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TTC----C--CCCCCATTATGTCTCGAACATA-------T--------ATTTACTGCCAG-----GA--AC-TC-CTATCCCCATTCCTACCCCTGATGTAC----------GT---ATTACAT-------TCTT-----TGTCTTTGAT---TG---AT-ATATTCC-TATT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------TTTAATTT---TC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TG-GGG---------AT-G-CTG-TGCT-------TCAGGCCTAATTATTTGACCTATCTCATAT--CAGCCGTTAAATTGAAATTGGTGTTTATGCTTTGTAACA-----TGTCCTCA------AAAGATTGG---AAGG-----CTTAATT--CAGTTACAT-GT-----------------CTAttcattatttacaccgacataaataaataaaaagaaaaatccagaccagacatattttattaatttcatagttgcttaattataccaatttaaaattatattttgaagtcaccttttactttaacaaagatatgttcagtcattacaaaacataa
gi|4 : ctttTATCATTTC----AATTTTCAGTCACTGTAAC--------------T-TTGAC-TGC-AGATTTACATCACCATTACACA-TATATACATGTACATACGTAT-GCATATTA-TACAATATAT-TAT-GATTACA-----AA-ATAT---GCAT--CTC-------------TTT----C--TCAT--TTGTATCTTGGTCATA-------T-G-TCA--ATCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCCGATCCACAATAC------ACATG-------GT---AGTACAT-------TATG-----TGACTTTAAT---TA---AT-AAATTGC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTTTTTC-----C------T----TTT---CC-----------AA-AAT-T-------------------T-TC-TA-GGATGTGGGCACAT-A-CTCGTGCTG-CCCATTGAGGTCAAATAATTTGATGTATCTC---T--AA----TTGAATTCAAA---------ATACGTAGAAATA----GTGTTATTACACC--AACGATTTG---AAGG-----TTTTGTT--CAACCATAT-CT-----------------CTGTAAT-GGAATTGGACGCATTTAAttagacaaacccatctttaattttccactatttgacttatctgccattgaattggacatattaaattcctttaatg
gi|5 : TT-------------TTT----C--TCCT--T-GTATCTAAGTTGTA-------T-G-ACA--AT----TGGGAGTT-CAGG--CG-TCTCTATCGCGATTCATATCCC------ATAAT-------GT---AATACAT-------TC---------------------A---AT-ATACTGC-T-TT----GCTG-T--T---------------------CTCCTTC-------------------T---GC-----------AA-AATAT-------------------T-TG-GA-GGATGCGAACACAA----TC-------CCC--TCAGGCCAATTGATTTGACATAT---------GA----CTGAATTTAAG---------ACATGTGGAAATA----Ga
gi|6 : GTAT-GCATAA----------AAT-TAT-GAAGACA-----AA-ACA-----C-C--CGT-------------TTG----C--CCCA--TTGTATCCCGACCATAT------T-G-TCA--cctgtgtgtttttattttgtaacatatagtcacagaagacagaagatctgcaatttaattcaattactagtacatcttatgaataaaattacttttaaaattatctctagaatgggatcagacatgtcttcattcacttgacactactgtgtaactttagattatgtaactgacgctatcttgtactgaacaaatgtgtgttttatcattatcaaaggataa
gi|6 : caattattacaccACAT-G-CTG-TGC-----C--TCACGTTTAATAATTTGATCTATCAA---C--GA----TTGAATGGAAG---------ATActtccagttagcccaaaaccatactccatgacataatacataaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataacatgctgtgcctcacgtttaataatttgatctatcaacgattgaatggaagataagactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|7 : caattattacaccgtatgcataaaattatgaagacaaaacacccgtttgccccattgtatcccgaccatattgtcacttccagttagcccaaaaccatactccatgacataatacataaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataGATATA-TTCTTGAC-TGT-AAACCTACACCTCAATTACAT------------------TGTAT-GAATAGTG-TACAATGAAT-TAT-GAATACA-----AA-ATAT---GC------T-------------TTT----C--ACCA--CTGCATCTTGATCACATTGTGACT-G-TCA--GTTCA----GAGTT-TAGG--AG-TCCTTATTCCGGTTCATATTCCTA----ACA----------T---AATACAT-------TCGT-----TGCCTTTAAT---TA---AT-ATACTCCTT-TT----CCTA-A--T---------------------CTCTT-------C------A----TTT---TC-----------AG-AGT-T-------------------T-TTGTT-GG-TGTGGCTACGA-GCCCC-TGCTGAGTC--TTAGGTCTAATAAATTGAC-T-TCTC---T--GA----TTGAATTGAAG---------agactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|8 : gattttTATCATTTCCGGCAAATTTCAATCACTATAACACTCACGGTATA-TT-TTGAC-TGCGAAATCTACATTTCAAT----CG----G--CACA--C-TATGCATAGCATACCGGTATAGTAAAT-TAC-TAGTATA-----AA-ACATTTCAT-T--TTT-------------TTTTAATC--TCCT--TTGTATCTTGGTCATA-------T-G-T----AT--ATTAGGAATTGG-GG--AG-CCTCTTTCCCGATCCATGTTCT------ATA---------AT----GTACAT-------TTTT-----TGCGTTTAAT---TT---TT-ATActa
gi|8 : TA-C--A---------------------TTTTTTG-----C------G----TTT-----------------A-ATT-T-------------------T-TA-TACGGGTGCAGACACAG-G-TCC-TGATGTCCC--TCAGGTCAAATAATTTGACATATCcgggtgcagacacaggtcctgatgtccctcaggtcaaataatttgacatatc
gi|9 : tatcatttccggcaaatttcaatcactataacactcacggtatattttgactgcgaaatctacatttcaatcggcacactatgcatagcataccggtatagtaaattactagtataaaacatttcatttttttttaatctcctttgtatcttggtcatatgtatattaggaattggggagcctctttcccgatccatgttctataatgTTGGGAGTT-T-GGGGAG-TCTCTTTTTCGATTCACATTTC------ATAAT-------GT---AATACAT-------TATT-----TGCCTTTAAT---TG---AC-TTATTGC-T-TT----GTTA--------------------------CTCTTTC-----C------T----TTC---GC-----------AC-AGT-TGGTTTTATTTATTTATTTAT-TT-TA-AGATGCGGGCATAA-A-C---------CTC--TGAGGTCAAATAATCTGACGT--------T--AC----TTGAATTCAAG-----------ACGTGGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTTAATTCAAAATTTACACCTACTTTTGAATTAAAGAAACTAATATGTAGTTTCCACTACTTGGAACTTATCTGCAATGAAATTGGACATATCTACATGTAATTCTTTTGATAC
Unaligned ( gi|15 ): AAACATCTCTGCAGTGGGGTTATACATTAATAATTCACTTAAGTCTACTTCAGTTGTACCAATTTGAGATTATTTAATTGAAGGCCTCTGTTTTGAACAAAAATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111
lowQualScore : 222 4444444444444 111 000000000000000000 11111 22222222222222222222 5555555555555555555555 111111 1111111 333 111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555555555555555555 111111111111111 111111111 44444444444444444444 111 22222 11 1 77777777777777777 111
lowQualScore : 000 0 0000000000000 6 5 5 000 0 1 666666666666666666 5 55555 1 00000 4 777 00000000000000000000 7777 44 55 3 3 1111111111111111111111 0 333333 3 1111111 2 4 4 55 444 777 2 999999999999999 99999999 4 1 4 4 99999 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 9999 0 3 2222222222222222222 1 8 3 888888888888888 1 777777777 0 22222222222222222222 0 777 55555 0 33 6 0 00000000000000000 222 6 6
lowQualScore : ... . ............. . . . ... . . .................. . ..... . ..... . ... .................... .... .. .. . . ...................... . ...... . ....... . . . .. ... ... . ............... ........ . . . . ..... ................................................................................................. . .... . . ................... . . . ............... . ......... . .................... . ... ..... . .. . . ................. ... . .
lowQualScore : 000 7 3333333333333 7 7 7 000 6 4 000000000000000000 0 99999 8 00000 0 000 88888888888888888888 1111 66 00 6 6 1111111111111111111111 5 555555 6 8888888 0 0 0 55 555 000 4 666666666666666 66666666 0 0 0 0 66666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 4444 2 4 6666666666666666666 4 9 4 555555555555555 0 888888888 8 22222222222222222222 2 555 00000 8 88 5 0 00000000000000000 333 7 7
consensus : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATTACAC----A--C--------ATGTAT-GCATAATA-TACAATGAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TTT----C--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--ATCCATTGGGAGTTT-GG--AG-TCTCTATCCCGATT-------CATACT-C-C--ATAAC-GT---AATACAT-----TNT-------TTGCCTTTAAT---TG---AT-ATATTNC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TA-GGATGCGGGCACAN-G-CCC-TGCTG-CCC--TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
Reference ( family-2995 ) : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATTACACGTGCATGC-------TATGTAT-GCATANTA-TACAATGAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TTT----C--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--ATCCATTGGGAGTTT-GG--AG-TCTCTATCCCGATT-------CATATT-C-C--ATA---GT---AATACAT-----TNT-------TTGCCTTTAAT---TG---AT-ATATTNC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TA-GGATGCGGGCACAN-G-CTC-TGCTG-CCC--TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAGTGGGAATTGGACGCATTTAA
gi|1 : ATAGTT-TTGAT-TGT-AATTAGCCTATATCCTATTTACA-----------------ATGTAT-ACAT-----------------TGAATGCA-----AA-ACAT---AC-C--TCTAACACCCCAACACCCC----CGGTCGT--T-T-GTGTTTCCGCAATA-------TTG-TTACTACCGGCTGGGAGTTT-GG--AAATCCTTATCCTGGTT-------CAAACT-T-C--ATA---AT---A-TACAT-----TAT-------TTGCCTTTAAT---TG---AT-AGAATAA-T-TT------TA-CGAT---------------------CTCTTTC-----CGCTCCCT----TTT---A------------AA-AGT-T-------------------T-TT-GG-TGAAGAGGGCACACAG-CCT-TGCTG-TACA-TCAGATCTAATAATTTGACCTATCTC---T--GA----ATGAATAGAAG---------AC
gi|10 : ttcatattctttatcttgtgtacacagtttttgtcATACTT-TTGAC-TGT-AA---ACATACATCTCGATGACAT-TGTATGC--------ATA-AT-AC-TAGTA-TACATTAAAtaagctgtagtaagcttaaagataagtgttaatatttcataacataaactgtaggctcatgtttgaaagttcttaaaattcagttacctcaacttaatttcccgctatttgaatatttatttgaactcagctgaaattgcactgaccatatt
gi|11 : gaactgtaatagtttgacatgtgatctaataaataatccctatgatattctttaaaaaacctgctaccaaaccatttcattttttcccctgtaaattgtacatgtataattatcatttgtatcataacatttaagttgtttttgtcCATAATA-TACAATGAATTGT----ACA-----AA-ACAG---GC-T--TT---------------------C--TCCC--TATAGTAGCTTGGTCACA-------TTG-TCA-----CA------GTCT-GGG-AG-TCTCTATCCTGATTTGTGGTACGTACT-C-T--GTAAC-GT---AATACAT-----TGT-------CTGCCTTAGAG---TGTAAATTATATTCC-T-TTTACAGCTTTC--T---------------------TTCTTTT-----C------T----TTT---TTTCTCTTTTTTTAATAGT-T-------------------T-TT-GG-GGATG
gi|12 : GTCAAATAAGTCGACATTTTTC---A--AA----TTAAATTCAAG---------ACACGTGGAAATAACCGGTGCTTTTA---CGTAATGACATGTCCATAG-----TTTAATT--CAACCATTTACTGATGAATAAAAAATTAACTGCAGTGGGAATTGGACACAT
gi|13 : ATGAATTATGAATACA-----GA-ACAT---GC-C--TTT-------------TCT----C--TCCT--T-T-GTATCTCAATCACAT------T-GTTCT--A-CCATTTGGA---------AG-TCCCTATCCC-ATT-------CATACC-C-A--ATAAC-GT---AATGAAT-----TCG-------TTGCCTTTAAC---TG---AT-ATATTTC-T-TT----
gi|16 : cATAATA-TACAATAAAGTATGAATACATGTACAACATAT---GT-TGTTTT-------------TTT----C--TCAT--C-T-GTAGCTCAGTAATA-------------A--ACC-------AATTT-GG--AG-TCTTTATCCCGATT-------CATA
gi|17 : -TGC-AA---ACTCACATCACATTTACACG-----------------ATAT-ACATTATA-TATGATGCACTATGAATACA-----CA-AGAT---AC-T--ATT-------------TTC----C--
gi|2 : ttgta-------------TTT----C--CCCT--T-T-GTATCTCAGTCATA-------T-G-CCG------ATTGGGAGCT-----------TCTATCTTAATT-------CATATT-C-C--ATA---ATGTAAATACATGTAAATGCATTAAAGTTGCCTTCAATATATG---AT-ATATTGC-T-CT----TTTA-C--TGGTAGAAGCACCAAAGAGGTACCATTTCACTCCC------T----TCTTTTGC-----------AA-ATT-T-------------------TGTT-GA-AAATGCGGTCACAA---------TTA-TC----CAGGTCAAATATTTTGACATAT-TT---TAAAA----TTTAATTAAAG---------ACACAAGGAA-------------TCA---T---GCAACTTA---AAGATGGTTTTTACTTTGCAA-CATAT-CT-----------------CCACAAAAG--ATTTGAAG-ATTTAA
gi|3 : aatatgtgCAATTTTCGATCACTGTAGCA-----GGT-----T-TTGTCATGC-AA---ACCTACATCTCAATTACAC-----------------TGTCT-GCA--ATA-TGCAATAAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TTC----C--CCCCCAT-T-ATGTCTCGAACATA-------T--------ATTTACTGCCAG----GA--AC-TC-CTATCCCCATT-------CCTACC-C-CTGATGTACGT---ATTACAT-----TCT-------TTGTCTTTGAT---TG---AT-ATATTCC-TATT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------TTTAATTT---TC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TG-GGG---------AT-G-CTG-TGCT-------TCAGGCCTAATTATTTGACCTATCTCATAT--CAGCCGTTAAATTGAAATTGGTGTTTATGCTTTGTAACA-----TGTCCTCA------AAAGATTGG---AAGG-----CTTAATT--CAGTTACAT-GT-----------------CTttcattatttacaccgacataaataaataaaaagaaaaatccagaccagacatattttattaatttcatagttgcttaattataccaatttaaaattatattttgaagtcaccttttactttaacaaagatatgttcagtcattacaaaacataa
gi|4 : ctttTATCATTTC----AATTTTCAGTCACTGTAAC--------------T-TTGAC-TGC-AG---ATTTACATCACCATTACACATATATACATGTACATACGTAT-GCATATTA-TACAATATATTATGATTACA-----AA-ATAT---GCAT--CTC-------------TTT----C--TCAT--T-T-GTATCTTGGTCATA-------T-G-TCA--ATCCATTGGGAGTTT-GG--AG-TCTCTATCCCGATC-------CACAATACAC--ATG---GT---AGTACAT-----TAT-------GTGACTTTAAT---TA---AT-AAATTGC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTTTTTC-----C------T----TTT---CC-----------AA-AAT-T-------------------T-TC-TA-GGATGTGGGCACAT-A-CTCGTGCTG-CCCATTGAGGTCAAATAATTTGATGTATCTC---T--AA----TTGAATTCAAA---------ATACGTAGAAATA----GTGTTATTACACC--AACGATTTG---AAGG-----TTTTGTT--CAACCATAT-CT-----------------CTGTAAT-GGAATTGGACGCATTTAAattagacaaacccatctttaattttccactatttgacttatctgccattgaattggacatattaaattcctttaatg
gi|5 : TT-------------TTT----C--TCCT--T---GTATCTAAGTTGTA-------T-G-ACA--AT----TGGGAGTTCAGG--CG-TCTCTATCGCGATT-------CATATC-C-C--ATAAT-GT---AATACAT-----TC-----------------------A---AT-ATACTGC-T-TT----GCTG-T--T---------------------CTCCTTC-------------------T---GC-----------AA-AATAT-------------------T-TG-GA-GGATGCGAACACAA----TC-------CCC--TCAGGCCAATTGATTTGACATAT---------GA----CTGAATTTAAG---------ACATGTGGAAATA----Ga
gi|6 : GTAT-GCATAA----------AATTATGAAGACA-----AA-ACA-----C-C--CGT-------------TTG----C--CCCA--T-T-GTATCCCGACCATAT------T-G-TCA--cctgtgtgtttttattttgtaacatatagtcacagaagacagaagatctgcaatttaattcaattactagtacatcttatgaataaaattacttttaaaattatctctagaatgggatcagacatgtcttcattcacttgacactactgtgtaactttagattatgtaactgacgctatcttgtactgaacaaatgtgtgttttatcattatcaaaggataa
gi|6 : caattattacaccACAT-G-CTG-TGC-----C--TCACGTTTAATAATTTGATCTATCAA---C--GA----TTGAATGGAAG---------ATActtccagttagcccaaaaccatactccatgacataatacataaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataacatgctgtgcctcacgtttaataatttgatctatcaacgattgaatggaagataagactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|7 : caattattacaccgtatgcataaaattatgaagacaaaacacccgtttgccccattgtatcccgaccatattgtcacttccagttagcccaaaaccatactccatgacataatacataaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaata-----GATATA-TTCTTGAC-TGT-AA---ACCTACACCTCAATTACAT-----------------TGTAT-GAATAGTG-TACAATGAATTATGAATACA-----AA-ATAT---GC------T-------------TTT----C--ACCA--C-T-GCATCTTGATCACATTGTGACT-G-TCA--GTTCA----GAGTTTAGG--AG-TCCTTATTCCGGTT-------CATATT-C-C---TAAC-AT---AATACAT-----TCG-------TTGCCTTTAAT---TA---AT-ATACTCCTT-TT----CCTA-A--T---------------------CTCTT-------C------A----TTT---TC-----------AG-AGT-T-------------------T-TTGTT-GG-TGTGGCTACGA-GCCCC-TGCTGAGTC--TTAGGTCTAATAAATTGAC-T-TCTC---T--GA----TTGAATTGAAG---------agactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|8 : gattttTATCATTTCCGGCAAATTTCAATCACTATAACACTCACGGTATA-TT-TTGAC-TGCGAA---ATCTACATTTCAAT----CG-GCACAC-------TATGCATAGCATACCGGTATAGTAAATTACTAGTATA-----AA-ACATTTCAT-T--TTT-------------TTTTAATC--TCCT--T-T-GTATCTTGGTCATA-------T-G-T----AT--ATTAGGAATTG-GGG-AG-CCTCTTTCCCGA--------------T-C-C--AT----------------------GT-------T---CTATAAT--------GT-ACATTT--T-TT----GCG---------------------------------------------------TTT-----------------A-ATT-T-------------------T-TA-TACGGGTGCAGACACAG-G-TCC-TGATGTCCC--TCAGGTCAAATAATTTGACATATCcta
gi|9 : TTGGGAGTTT-GGGGAG-TCTCTTTTTCGATT-------CACATT-T-C--ATAAT-GT---AATACAT-----TAT-------TTGCCTTTAAT---TG---AC-TTATTGC-T-TT----GTTA--------------------------CTCTTTC-----C------T----TTC---GC-----------AC-AGT-TGGTTTTATTTATTTATTTAT-TT-TA-AGATGCGGGCATAA-A-C---------CTC--TGAGGTCAAATAATCTGACGT--------T--AC----TTGAATTCAAG-----------ACGTGGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTTAATTCAAAATTTACACCTACTTTTGAATTAAAGAAACTAATATGTAGTTTCCACTACTTGGAACTTATCTGCAATGAAATTGGACATATCTACATGTAATTCTTTTGATAC
Unaligned ( gi|15 ): AAACATCTCTGCAGTGGGGTTATACATTAATAATTCACTTAAGTCTACTTCAGTTGTACCAATTTGAGATTATTTAATTGAAGGCCTCTGTTTTGAACAAAAATAT
Alignments
lowQualScore : 222 4444444444444 111 6666666666666666666 111111 11111 22222222222222222222 55555555555555555555555555555555555555 1111111 111111111111111 4444444444444444444444444 22222222222222222 11111 3333333333333333333 11111 55555555555555555555 11111111111111111 111111111 44444444444444444444 111 22222 11 1 77777777777777777 1
lowQualScore : 000 0 0000000000000 6 5 5 000 0 5 5 8888888888888888888 0 222222 1 00000 4 777 00000000000000000000 7777 44 55 3 3 88888888888888888888888888888888888888 3 0 3 0000000 55 3 3 666666666666666 777 4 777 1 8 4 4 0000000000000000000000000 11111111111111111 77777 1 4 4444444444444444444 4 00000 6 22222222222222222222 1 8 55555555555555555 1 777777777 0 22222222222222222222 0 777 55555 0 33 6 0 00000000000000000 2 6 6
lowQualScore : ... . ............. . . . ... . . . ................... . ...... . ..... . ... .................... .... .. .. . . ...................................... . . . ....... .. . . ............... ... . ... . . . . ......................... ................. ..... . . ................... . ..... . .................... . . ................. . ......... . .................... . ... ..... . .. . . ................. . . .
lowQualScore : 000 7 3333333333333 7 7 7 000 6 0 0 8888888888888888888 9 888888 4 00000 0 000 88888888888888888888 1111 66 00 6 6 22222222222222222222222222222222222222 3 8 3 8888888 00 6 6 333333333333333 000 0 000 0 9 4 5 6666666666666666666666666 77777777777777777 00000 9 4 4444444444444444444 4 99999 5 66666666666666666666 4 9 11111111111111111 0 888888888 8 22222222222222222222 2 555 00000 8 88 5 0 00000000000000000 0 7 7
consensus : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATT-AC-ACA--T--------------GTATGCATAATATAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----TC--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATT-------CATACTCC--ATA-ACGT-AATACAT-----TNT-------TTGCCTTTAAT---TG-A---TATATTNC-T-TTGCTAC--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NCAAAGT-T-------------------T-TT-T-A-GGATGCGGGCACAA-G-CCC-TGCTG-C-CC--TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
Reference ( family-2995 ) : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATT-AC-ACACAT--------------GTATGCATAATATAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----TC--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATT-------CATACTCC--ATA-ACGT-AATACAT-----TNT-------TTGCCTTTAAT---TG-A---TATATTNC-T-TTGCTAC--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NCAAAGT-T-------------------T-TT-T-A-GGATGCGGGCACAN-G-CCC-TGCTG-C-CC--TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
gi|1 : ATAGTT-TTGAT-TGT-AATTAGCCTATATCCTATTT-AC-A---AT--------------GTATACAT----------------------TGAATGCA-----AA-ACAT---AC-C--TCTAACACCCCAACACCC----CCGGTCGT--T-T-GTGTTTCCGCAATA-------TTG-TTACTA-CCGGCTGGGAGTT-T-GG--AAATCCTTATCCT-GGTT-------CAAACTTC--ATA-AT----ATACAT-----TAT-------TTGCCTTTAAT---TG-A---TAGAATAA-T-TT--TACGAT---------------------CTCTTTC-----CGCTCCCT----TTT---A-AAAGT-T-------------------T-TT-G-G-TGAAGAGGGCACACAG-CCT-TGCTG-T-ACA-TCAGATCTAATAATTTGACCTATCTC---T--GA----ATGAATAGAAG---------AC
gi|10 : ttcatattctttatcttgtgtacacagtttttgtcATACTT-TTGAC-TGT-AA---ACATACATCTCGATG-AC-AT---T--------------GTATGCATAATAtaagctgtagtaagcttaaagataagtgttaatatttcataacataaactgtaggctcatgtttgaaagttcttaaaattcagttacctcaacttaatttcccgctatttgaatatttatttgaactcagctgaaattgcactgaccatatt
gi|11 : gaactgtaatagtttgacatgtgatctaataaataatccctatgatattctttaaaaaacctgctaccaaaccatttcattttttcccctgtaaattgtacatgtataattatcatttgtatcataacatttaagttgtttttgtcCATAATATAC------AATGAATTGT----ACA-----AA-ACAG---GC-T--TT---------------------C--TCCC--TATAGTAGCTTGGTCACA-------TTG-TCA------CA------GTC-T-GGG-AG-TCTCTATCCT-GATTTGTGGTACGTACTCT--GTA-ACGT-AATACAT-----TGT-------CTGCCTTAGAG---TGTAAATTATATTCCTT-TTACAGC--T---------------------TTCTTTC-----T------T----TTC---T-----T-T-------------------T-TT-T-ctagtatacattaaa
gi|12 : GTCAAATAAGTCGACATTTTTC---A--AA----TTAAATTCAAG---------ACACGTGGAAATAACCGGTGCTTTTA---CGTAATGACATGTCCATAG-----TTTAATT--CAACCATTTACTGATGAATAAAAAATTAACTGCAGTGGGAATTGGACACATctctttttttaatagtttttggggatg
gi|13 : ATGAATTATGAATACA-----GA-ACAT---GC-C--TTT-------------TC----TC--TCCT--T-T-GTATCTCAATCACAT------T-GTTCT--A--CCATTTGGA----------AG-TCCCTATCCC--ATT-------CATACCCA--ATA-ACGT-AATGAAT-----TCG-------TTGCCTTTAAC---TG-A---TATATTTC-T-TT
gi|16 : cATAATATAC------AATAAAGTATGAATACATGTACAACATAT---GT-TGTTTT-------------TT----TC--TCAT--C-T-GTAGCTCAGTAATA-------------A--A-CC-------AATT-T-GG--AG-TCTTTATCCC-GATT-------CATA
gi|17 : -TGC-AA---ACTCACATCACATTT-AC-ACG-----------------ATATACATTATATAT------GATGCACTATGAATACA-----CA-AGAT---AC-T--ATT-------------TT----CC--
gi|2 : ttgta-------------TT----TC--CCCT--T-T-GTATCTCAGTCATA-------T-G-CCG-------ATTGGGAGCT------------TCTATCTT-AATT-------CATATTCC--ATA-ATGTAAATACATGTAAATGCATTAAAGTTGCCTTCAATATATG-A---TATATTGC-T-CTTTTAC--TGGTAGAAGCACCAAAGAGGTACCATTTCACTCCC------T----TCTTTTGCAAATT-T-------------------TGTT-G-A-AAATGCGGTCACAA---------TTA-T-C----CAGGTCAAATATTTTGACATAT-TT---TAAAA----TTTAATTAAAG---------ACACAAGGAA-------------TCA---T---GCAACTTA---AAGATGGTTTTTACTTTGCAA-CATAT-CT-----------------CCACAAAAG--ATTTGAAG-ATTTAA
gi|3 : aatatgtgCAATTTTCGATCACTGTAGCA-----GGT-----T-TTGTCATGC-AA---ACCTACATCTCAATT-AC-AC---T--------------GTCTGCA--ATATGC------AATAAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----CC--CCCCCAT-T-ATGTCTCGAACATA-------T--------A-TTTACTGCCAG-----GA--AC-TC-CTATCCC-CATT-------CCTACCCCTGATGTACGT-ATTACAT-----TCT-------TTGTCTTTGAT---TG-A---TATATTCC-TATTGCTAC--T---------------------CTCTTTC-----C------TTTAATTT---TCAAAGT-T-------------------T-TT-TGG-GGATGCTG-------------TGCT--------TCAGGCCTAATTATTTGACCTATCTCATAT--CAGCCGTTAAATTGAAATTGGTGTTTATGCTTTGTAACA-----TGTCCTCA------AAAGATTGG---AAGG-----CTTAATT--CAGTTACAT-GT-----------------CTttcattatttacaccgacataaataaataaaaagaaaaatccagaccagacatattttattaatttcatagttgcttaattataccaatttaaaattatattttgaagtcaccttttactttaacaaagatatgttcagtcattacaaaacataa
gi|4 : ctttTATCATTTC----AATTTTCAGTCACTGTAAC--------------T-TTGAC-TGC-AG---ATTTACATCACCATT-AC-ACATATATACATGTACATACGTATGCATATTATAC------AATATATTATGATTACA-----AA-ATAT---GCAT--CTC-------------TT----TC--TCAT--T-T-GTATCTTGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATC-------CACAATAC--ACA-TGGT-AGTACAT-----TAT-------GTGACTTTAAT---TA-A---TAAATTGC-T-TTGCTAC--T---------------------CTTTTTC-----C------T----TTT---CCAAAAT-T-------------------T-TC-T-A-GGATGTGGGCACAT-A-CTCGTGCTG-C-CCATTGAGGTCAAATAATTTGATGTATCTC---T--AA----TTGAATTCAAA---------ATACGTAGAAATA----GTGTTATTACACC--AACGATTTG---AAGG-----TTTTGTT--CAACCATAT-CT-----------------CTGTAAT-GGAATTGGACGCATTTAAattagacaaacccatctttaattttccactatttgacttatctgccattgaattggacatattaaattcctttaatg
gi|5 : TT-------------TT----TC--TCCT--T---GTATCTAAGTTGTA-------T-G-ACA--A-T----TGGGAGTT-CAGG--CG-TCTCTATCGC-GATT-------CATATCCC--ATA-ATGT-AATACAT-----TC-----------------------A-A---TATACTGC-T-TTGCTGT--T---------------------C----TC-----C------T----TCT---GCAAAATAT-------------------T-TG-G-A-GGATGCGAACACAA-T-C---------C-CC--TCAGGCCAATTGATTTGACATA-------T--GA----CTGAATTTAAG---------ACATGTGGAAATA----Ga
gi|6 : CAATT-ATTACAC-C--------------GTATGCATAA---------------AATTATGAAGACA-----AA-ACA-----C-C--CGT-------------TT----GC--CCCA--T-T-GTATCCCGACCATAT------T-G-TCA--CTTCC------AGTT-------AG--------CCCAAAAC-------CATACTCC--ATG-ACAT-AATACAT-----cctgtgtgtttttattttgtaacatatagtcacagaagacagaagatctgcaatttaattcaattactagtacatcttatgaataaaattacttttaaaattatctctagaatgggatcagacatgtcttcattcacttgacactactgtgtaactttagattatgtaactgacgctatcttgtactgaacaaatgtgtgttttatcattatcaaaggataa
gi|6 : -TGCTG-TGCC--TCACGTTTAATAATTTGATCTATCAA---C--GA----TTGAATGGAAG---------ATAaaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataacatgctgtgcctcacgtttaataatttgatctatcaacgattgaatggaagataagactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|7 : caattattacaccgtatgcataaaattatgaagacaaaacacccgtttgccccattgtatcccgaccatattgtcacttccagttagcccaaaaccatactccatgacataatacataaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataaca-----GATATA-TTCTTGAC-TGT-AA---ACCTACACCTCAATT-AC-AT---T--------------GTATGAATAGTGTAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ATAT---GC------T-------------TT----TC--ACCA--C-T-GCATCTTGATCACATTGTGACT-G-TCA--G-TTCA----GAGTT-TAGG--AG-TCCTTATTCC-GGTT-------CATATTCC---TA-ACAT-AATACAT-----TCG-------TTGCCTTTAAT---TA-A---TATACTCCTT-TTCCTAA--T---------------------CTCTT-------C------A----TTT---TCAGAGT-T-------------------T-TTGT-T-GG-TGTGGCTACGA-GCCCC-TGCTGAG-TC--TTAGGTCTAATAAATTGAC-T-TCTC---T--GA----TTGAATTGAAG---------agactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|8 : gattttTATCATTTCCGGCAAATTTCAATCACTATAACACTCACGGTATA-TT-TTGAC-TGCGAA---ATCTACATTTCAATCGGC-ACAC-----------------TATGCATAGCATACCGGTATAGTAAATTACTAGTATA-----AA-ACATTTCAT-T--TTT-------------TTTTAATC--TCCT--T-T-GTATCTTGGTCATA-------T-G-T----A-T--ATTAGGAATTGG-GG--AG-CCTCTTTCCC-GATC-------CATGTTCT--ATA-ATG----TACAT-----TTT-------TTGCGTTTAAT---TT-T---TATActa
gi|8 : TAC--A---------------------TTTTTTG-----C------G----TTT------AATT-T-------------------T-TA-T-ACGGGTGCAGACACAG-G-TCC-TGATGTC-CC--TCAGGTCAAATAATTTGACATATCcgggtgcagacacaggtcctgatgtccctcaggtcaaataatttgacatatc
gi|9 : tatcatttccggcaaatttcaatcactataacactcacggtatattttgactgcgaaatctacatttcaatcggcacactatgcatagcataccggtatagtaaattactagtataaaacatttcatttttttttaatctcctttgtatcttggtcatatgtatattaggaattggggagcctctttcccgatccatgttctataatgTTGGGAGTT-T-GGGGAG-TCTCTTTTTC-GATT-------CACATTTC--ATA-ATGT-AATACAT-----TAT-------TTGCCTTTAAT---TG-A---CTTATTGC-T-TTGTTA-------------------------CTCTTTC-----C------T----TTC---GCACAGT-TGGTTTTATTTATTTATTTAT-TT-T-A-AGATGCGGGCATAA-A-CCT---CTG---------AGGTCAAATAATCTGACGT--------T--AC----TTGAATTCAAG-----------ACGTGGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTTAATTCAAAATTTACACCTACTTTTGAATTAAAGAAACTAATATGTAGTTTCCACTACTTGGAACTTATCTGCAATGAAATTGGACATATCTACATGTAATTCTTTTGATAC
Unaligned ( gi|15 ): AAACATCTCTGCAGTGGGGTTATACATTAATAATTCACTTAAGTCTACTTCAGTTGTACCAATTTGAGATTATTTAATTGAAGGCCTCTGTTTTGAACAAAAATAT
Alignments
lowQualScore : 222 4444444444444 111 5555555555555555555 111111 11111 22222222222222222222 55555555555555555555555555 1111111 1111111 1111111111111111 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 44444444444444444444 111111111111111 111111111 44444444444444444444 111 22222 11 1 77777777777777777 1
lowQualScore : 000 0 0000000000000 6 5 5 000 0 5 1111111111111111111 0 222222 1 00000 4 777 00000000000000000000 7777 44 55 3 3 77777777777777777777777777 6666666 3 2 3 0000000 55 3 3 3333333333333333 777 777 4 1 4 4 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 33333 6 77777777777777777777 1 8 3 888888888888888 1 777777777 0 22222222222222222222 0 777 55555 0 33 6 0 00000000000000000 2 6 6
lowQualScore : ... . ............. . . . ... . . ................... . ...... . ..... . ... .................... .... .. .. . . .......................... ....... . . . ....... .. . . ................ ... ... . . . . ..... ................................................................................................ . ..... . .................... . . . ............... . ......... . .................... . ... ..... . .. . . ................. . . .
lowQualScore : 000 7 3333333333333 7 7 7 000 6 0 6666666666666666666 9 888888 4 00000 0 000 88888888888888888888 1111 66 00 6 6 11111111111111111111111111 2222222 3 8 3 8888888 00 6 6 3333333333333333 000 000 0 0 4 4 99999 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 99999 5 99999999999999999999 4 9 4 555555555555555 0 888888888 8 22222222222222222222 2 555 00000 8 88 5 0 00000000000000000 0 7 7
consensus : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACACAC----------------GTATGCATAATATAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----TC--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATT-------CATACTCC--ATA-ACGTAA-TACAT-------TNTT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-ATATTNC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-T-A-GGATGCGGGCACA-AG-CCC-TGCTG-T-CC--TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
Reference ( family-2995 ) : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACACAT----------------GTATGCATAATATAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----TC--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATT-------CATACTCC--ATA-ACGTAA-TACAT-------TNTT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-ATATTNC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-T-A-GGATGCGGGCACA-AG-CCC-TGCTG-C-CC--TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
gi|1 : ATAGTT-TTGAT-TGT-AATTAGCCTATATCCTATTT-ACA-AT----------------GTATACAT----------------------TGAATGCA-----AA-ACAT---AC-C--TCTAACACCCCAACACCC----CCGGTCGT--T-T-GTGTTTCCGCAATA-------TTG-TTACTA-CCGGCTGGGAGTT-T-GG--AAATCCTTATCCT-GGTT-------CAAACTTC--ATA-AT---A-TACAT-------TATT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-AGAATAA-T-TT------TA-CGAT---------------------CTCTTTC-----CGCTCCCT----TTT---A------------AA-AGT-T-------------------T-TT-G-G-TGAAGAGGGCACACAG-CCT-TGCTG-T-ACA-TCAGATCTAATAATTTGACCTATCTC---T--GA----ATGAATAGAAG---------AC
gi|10 : ttcatattctttatcttgtgtacacagtttttgtcATACTT-TTGAC-TGT-AA---ACATACATCTCGATG-ACAT-T----------------GTATGCATAATAtaagctgtagtaagcttaaagataagtgttaatatttcataacataaactgtaggctcatgtttgaaagttcttaaaattcagttacctcaacttaatttcccgctatttgaatatttatttgaactcagctgaaattgcactgaccatatt
gi|11 : gaactgtaatagtttgacatgtgatctaataaataatccctatgatattctttaaaaaacctgctaccaaaccatttcattttttcccctgtaaattgtacatgtataattatcatttgtatcataacatttaagttgtttttgtcCATAATATAC------AATGAATTGT----ACA-----AA-ACAG---GC-T--TT---------------------C--TCCC--TATAGTAGCTTGGTCACA-------TTG-TCA------CA------GTC-T-GGG-AG-TCTCTATCCT-GATTTGTGGTACGTACTCT--GTA-ACGTAA-TACAT-------TGTC-----TGCCTTAGAG---TGTAAATTATATTCC-T-TTTACAGCTTTC--T---------------------TTCTTTT-----C------T----TTT---TTTCTCTTTTTTTAATAGT-T-------------------T-TT-G-G-GGATGctagtatacattaaa
gi|12 : GTCAAATAAGTCGACATTTTTC---A--AA----TTAAATTCAAG---------ACACGTGGAAATAACCGGTGCTTTTA---CGTAATGACATGTCCATAG-----TTTAATT--CAACCATTTACTGATGAATAAAAAATTAACTGCAGTGGGAATTGGACACAT
gi|13 : ATGAATTATGAATACA-----GA-ACAT---GC-C--TTT-------------TC----TC--TCCT--T-T-GTATCTCAATCACAT------T-GTTCT--A--CCATTTGGA----------AG-TCCCTATCCC--ATT-------CATACCCA--ATA-ACGTAA-TGAAT-------TCGT-----TGCCTTTAAC---TG---AT-ATATTTC-T-TT----
gi|16 : cATAATATAC------AATAAAGTATGAATACATGTACAACATAT---GT-TGTTTT-------------TT----TC--TCAT--C-T-GTAGCTCAGTAATA-------------A--A-CC-------AATT-T-GG--AG-TCTTTATCCC-GATT-------CATA
gi|17 : -TGC-AA---ACTCACATCACATTT-ACACG-----------------ATATACATTATATAT------GATGCACTATGAATACA-----CA-AGAT---AC-T--ATT-------------TT----CC--
gi|2 : ttgta-------------TT----TC--CCCT--T-T-GTATCTCAGTCATA-------T-G-CCG--A-T----TGGGAGCT-T-----------CTATCTT-AATT-------CATATTCC--ATA-ATGTAAATACATGTAAATGCATTAAAGTTGCCTTCAATATATG---AT-ATATTGC-T-CT----TTTA-C--TGGTAGAAGCACCAAAGAGGTACCATTTCACTCCC------T----TCTTTTGC-----------AA-ATT-T-------------------TGTT-G-A-AAATGCGGTCACA-A--------TTA-T-C----CAGGTCAAATATTTTGACATAT-TT---TAAAA----TTTAATTAAAG---------ACACAAGGAA-------------TCA---T---GCAACTTA---AAGATGGTTTTTACTTTGCAA-CATAT-CT-----------------CCACAAAAG--ATTTGAAG-ATTTAA
gi|3 : aatatgtgCAATTTTCGATCACTGTAGCA-----GGT-----T-TTGTCATGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACAC-T----------------GTCTGCA--ATATGC------AATAAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----CC--CCCCCAT-T-ATGTCTCGAACATA-------T--------A-TTTACTGCCAG-----GA--AC-TC-CTATCCC-CATT-------CCTACCCCTGATGTACGTAT-TACAT-------TCTT-----TGTCTTTGAT---TG---AT-ATATTCC-TATT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------TTTAATTT---TC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TGG-GGATGCTG-------------TGCT--------TCAGGCCTAATTATTTGACCTATCTCATAT--CAGCCGTTAAATTGAAATTGGTGTTTATGCTTTGTAACA-----TGTCCTCA------AAAGATTGG---AAGG-----CTTAATT--CAGTTACAT-GT-----------------CTttcattatttacaccgacataaataaataaaaagaaaaatccagaccagacatattttattaatttcatagttgcttaattataccaatttaaaattatattttgaagtcaccttttactttaacaaagatatgttcagtcattacaaaacataa
gi|4 : ctttTATCATTTC----AATTTTCAGTCACTGTAAC--------------T-TTGAC-TGC-AG---ATTTACATCACCATT-ACACATATATACATGTACATACGTATGCATATTATAC------AATATATTATGATTACA-----AA-ATAT---GCAT--CTC-------------TT----TC--TCAT--T-T-GTATCTTGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATC-------CACAATAC--ACA-TGGTAG-TACAT-------TATG-----TGACTTTAAT---TA---AT-AAATTGC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTTTTTC-----C------T----TTT---CC-----------AA-AAT-T-------------------T-TC-T-A-GGATGTGGGCACA-TA-CTCGTGCTG-C-CCATTGAGGTCAAATAATTTGATGTATCTC---T--AA----TTGAATTCAAA---------ATACGTAGAAATA----GTGTTATTACACC--AACGATTTG---AAGG-----TTTTGTT--CAACCATAT-CT-----------------CTGTAAT-GGAATTGGACGCATTTAAattagacaaacccatctttaattttccactatttgacttatctgccattgaattggacatattaaattcctttaatg
gi|5 : TT-------------TT----TC--TCCT--T---GTATCTAAGTTGTA-------T-G-ACA--A-T----TGGGAGTT-CAGG--CG-TCTCTATCGC-GATT-------CATATCCC--ATA-ATGTAA-TACAT-------TC---------------------A---AT-ATACTGC-T-TT----GCTG-T--T---------------------CTCCTTC-------------------T---GC-----------AA-AATAT-------------------T-TG-G-A-GGATGCGAACACA-AT-CCC----------C--TCAGGCCAATTGATTTGACATAT---------GA----CTGAATTTAAG---------ACATGTGGAAATA----Ga
gi|6 : ATT-ACAC-C----------------GTATGCATAA---------------AATTATGAAGACA-----AA-ACA-----C-C--CGT-------------TT----GC--CCCA--T-T-GTATCCCGACCATAT------T-G-TCA--CTTCC------AGTT-------AG--------CCCAAAAC-------CATACTCC--ATG-ACATAA-TACAT-------cctgtgtgtttttattttgtaacatatagtcacagaagacagaagatctgcaatttaattcaattactagtacatcttatgaataaaattacttttaaaattatctctagaatgggatcagacatgtcttcattcacttgacactactgtgtaactttagattatgtaactgacgctatcttgtactgaacaaatgtgtgttttatcattatcaaaggataa
gi|6 : caatt-TGCTG-TGCC--TCACGTTTAATAATTTGATCTATCAA---C--GA----TTGAATGGAAG---------ATAaaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataacatgctgtgcctcacgtttaataatttgatctatcaacgattgaatggaagataagactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|7 : caattattacaccgtatgcataaaattatgaagacaaaacacccgtttgccccattgtatcccgaccatattgtcacttccagttagcccaaaaccatactccatgacataatacataaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataaca-----GATATA-TTCTTGAC-TGT-AA---ACCTACACCTCAATT-ACAT-T----------------GTATGAATAGTGTAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ATAT---GC------T-------------TT----TC--ACCA--C-T-GCATCTTGATCACATTGTGACT-G-TCA--G-TTCA----GAGTT-TAGG--AG-TCCTTATTCC-GGTT-------CATATTCC---TA-ACATAA-TACAT-------TCGT-----TGCCTTTAAT---TA---AT-ATACTCCTT-TT----CCTA-A--T---------------------CTCTT-------C------A----TTT---TC-----------AG-AGT-T-------------------T-TTGT-T-GG-TGTGGCTACG-AGCCCC-TGCTGAG-TC--TTAGGTCTAATAAATTGAC-T-TCTC---T--GA----TTGAATTGAAG---------agactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|8 : gattttTATCATTTCCGGCAAATTTCAATCACTATAACACTCACGGTATA-TT-TTGAC-TGCGAA---ATCTACATTTCAATCGGCACAC-----------------TATGCATAGCATACCGGTATAGTAAATTACTAGTATA-----AA-ACATTTCAT-T--TTT-------------TTTTAATC--TCCT--T-T-GTATCTTGGTCATA-------T-G-T----A-T--ATTAGGAATTGG-GG--AG-CCTCTTTCCC-GATC-------CATGTTCT--ATA-ATG----TACAT-------TTTT-----TGCGTTTAAT---TT---TT-ATActa
gi|8 : TA-C--A---------------------TTTTTTG-----C------G----TTT-----------------A-ATT-T-------------------T-TA-T-ACGGGTGCAGACACA-GG-TCC-TGATGTC-CC--TCAGGTCAAATAATTTGACATATCcgggtgcagacacaggtcctgatgtccctcaggtcaaataatttgacatatc
gi|9 : tatcatttccggcaaatttcaatcactataacactcacggtatattttgactgcgaaatctacatttcaatcggcacactatgcatagcataccggtatagtaaattactagtataaaacatttcatttttttttaatctcctttgtatcttggtcatatgtatattaggaattggggagcctctttcccgatccatgttctataatgTTGGGAGTT-T-GGGGAG-TCTCTTTTTC-GATT-------CACATTTC--ATA-ATGTAA-TACAT-------TATT-----TGCCTTTAAT---TG---AC-TTATTGC-T-TT----GTTA--------------------------CTCTTTC-----C------T----TTC---GC-----------AC-AGT-TGGTTTTATTTATTTATTTAT-TT-T-A-AGATGCGGGCATA-AA-CCT---CTG---------AGGTCAAATAATCTGACGT--------T--AC----TTGAATTCAAG-----------ACGTGGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTTAATTCAAAATTTACACCTACTTTTGAATTAAAGAAACTAATATGTAGTTTCCACTACTTGGAACTTATCTGCAATGAAATTGGACATATCTACATGTAATTCTTTTGATAC
Unaligned ( gi|15 ): AAACATCTCTGCAGTGGGGTTATACATTAATAATTCACTTAAGTCTACTTCAGTTGTACCAATTTGAGATTATTTAATTGAAGGCCTCTGTTTTGAACAAAAATAT
Alignments
lowQualScore : 222 4444444444444 111 5555555555555555555 111111 11111 22222222222222222222 55555555555555555555555555 1111111 1111111 1111111111111111 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 33333333333333333333 111111111111111 111111111 44444444444444444444 111 22222 11 1 77777777777777777 1
lowQualScore : 000 0 0000000000000 6 5 5 000 0 5 5555555555555555555 0 222222 1 00000 4 777 00000000000000000000 7777 44 55 3 3 77777777777777777777777777 6666666 3 2 3 0000000 55 3 3 3333333333333333 777 777 4 1 4 4 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 3333 0 0 0 77777777777777777777 1 8 3 888888888888888 1 777777777 0 22222222222222222222 0 777 55555 0 33 6 0 00000000000000000 2 6 6
lowQualScore : ... . ............. . . . ... . . ................... . ...... . ..... . ... .................... .... .. .. . . .......................... ....... . . . ....... .. . . ................ ... ... . . . . ..... ................................................................................................ . .... . . . .................... . . . ............... . ......... . .................... . ... ..... . .. . . ................. . . .
lowQualScore : 000 7 3333333333333 7 7 7 000 6 0 0000000000000000000 9 888888 4 00000 0 000 88888888888888888888 1111 66 00 6 6 11111111111111111111111111 2222222 3 8 3 8888888 00 6 6 3333333333333333 000 000 0 0 4 4 99999 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 2222 8 2 2 33333333333333333333 4 9 4 555555555555555 0 888888888 8 22222222222222222222 2 555 00000 8 88 5 0 00000000000000000 0 7 7
consensus : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACAC----------------ACGTATGCATAATATAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----TC--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATT-------CATACTCC--ATA-ACGTAA-TACAT-------TNTT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-ATATTNC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TA-GGATGCGGGCACA-AG-CCC-TGCTG-T-CC--TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
Reference ( family-2995 ) : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACAC----------------ACGTATGCATAATATAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----TC--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATT-------CATACTCC--ATA-ACGTAA-TACAT-------TNTT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-ATATTNC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TA-GGATGCGGGCACA-AG-CCC-TGCTG-T-CC--TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
gi|1 : ATAGTT-TTGAT-TGT-AATTAGCCTATATCCTATTT-ACA-----------------ATGTATACAT----------------------TGAATGCA-----AA-ACAT---AC-C--TCTAACACCCCAACACCC----CCGGTCGT--T-T-GTGTTTCCGCAATA-------TTG-TTACTA-CCGGCTGGGAGTT-T-GG--AAATCCTTATCCT-GGTT-------CAAACTTC--ATA-AT---A-TACAT-------TATT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-AGAATAA-T-TT------TA-CGAT---------------------CTCTTTC-----CGCTCCCT----TTT---A------------AA-AGT-T-------------------T-TT-GG-TGAAGAGGGCACACAG-CCT-TGCTG-T-ACA-TCAGATCTAATAATTTGACCTATCTC---T--GA----ATGAATAGAAG---------AC
gi|10 : ttcatattctttatcttgtgtacacagtttttgtcATACTT-TTGAC-TGT-AA---ACATACATCTCGATG-ACAT-----------------TGTATGCATAATAtaagctgtagtaagcttaaagataagtgttaatatttcataacataaactgtaggctcatgtttgaaagttcttaaaattcagttacctcaacttaatttcccgctatttgaatatttatttgaactcagctgaaattgcactgaccatatt
gi|11 : gaactgtaatagtttgacatgtgatctaataaataatccctatgatattctttaaaaaacctgctaccaaaccatttcattttttcccctgtaaattgtacatgtataattatcatttgtatcataacatttaagttgtttttgtcCATAATATAC------AATGAATTGT----ACA-----AA-ACAG---GC-T--TT---------------------C--TCCC--TATAGTAGCTTGGTCACA-------TTG-TCA------CA------GTC-T-GGG-AG-TCTCTATCCT-GATTTGTGGTACGTACTCT--GTA-ACGTAA-TACAT-------TGTC-----TGCCTTAGAG---TGTAAATTATATTCC-T-TTTACAGCTTTC--T---------------------TTCTTTT-----C------T----TTT---TTTCTCTTTTTTTAATAGT-T-------------------T-TT-GG-GGATGctagtatacattaaa
gi|12 : GTCAAATAAGTCGACATTTTTC---A--AA----TTAAATTCAAG---------ACACGTGGAAATAACCGGTGCTTTTA---CGTAATGACATGTCCATAG-----TTTAATT--CAACCATTTACTGATGAATAAAAAATTAACTGCAGTGGGAATTGGACACAT
gi|13 : ATGAATTATGAATACA-----GA-ACAT---GC-C--TTT-------------TC----TC--TCCT--T-T-GTATCTCAATCACAT------T-GTTCT--A--CCATTTGGA----------AG-TCCCTATCCC--ATT-------CATACCCA--ATA-ACGTAA-TGAAT-------TCGT-----TGCCTTTAAC---TG---AT-ATATTTC-T-TT----
gi|16 : cATAATATAC------AATAAAGTATGAATACATGTACAACATAT---GT-TGTTTT-------------TT----TC--TCAT--C-T-GTAGCTCAGTAATA-------------A--A-CC-------AATT-T-GG--AG-TCTTTATCCC-GATT-------CATA
gi|17 : -TGC-AA---ACTCACATCACATTT-ACAC----------------G-ATATACATTATATAT------GATGCACTATGAATACA-----CA-AGAT---AC-T--ATT-------------TT----CC--
gi|2 : ttgta-------------TT----TC--CCCT--T-T-GTATCTCAGTCATA-------T-G-CCG--A-T----TGGGAGCT-T-----------CTATCTT-AATT-------CATATTCC--ATA-ATGTAAATACATGTAAATGCATTAAAGTTGCCTTCAATATATG---AT-ATATTGC-T-CT----TTTA-C--TGGTAGAAGCACCAAAGAGGTACCATTTCACTCCC------T----TCTTTTGC-----------AA-ATT-T-------------------TGTT-GA-AAATGCGGTCACA-A--------TTA-T-C----CAGGTCAAATATTTTGACATAT-TT---TAAAA----TTTAATTAAAG---------ACACAAGGAA-------------TCA---T---GCAACTTA---AAGATGGTTTTTACTTTGCAA-CATAT-CT-----------------CCACAAAAG--ATTTGAAG-ATTTAA
gi|3 : aatatgtgCAATTTTCGATCACTGTAGCA-----GGT-----T-TTGTCATGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACAC-----------------TGTCTGCA--ATATGC------AATAAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----CC--CCCCCAT-T-ATGTCTCGAACATA-------T--------A-TTTACTGCCAG-----GA--AC-TC-CTATCCC-CATT-------CCTACCCCTGATGTACGTAT-TACAT-------TCTT-----TGTCTTTGAT---TG---AT-ATATTCC-TATT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------TTTAATTT---TC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-T--------GGGGA----------TGCTG-TGCT--TCAGGCCTAATTATTTGACCTATCTCATAT--CAGCCGTTAAATTGAAATTGGTGTTTATGCTTTGTAACA-----TGTCCTCA------AAAGATTGG---AAGG-----CTTAATT--CAGTTACAT-GT-----------------CTttcattatttacaccgacataaataaataaaaagaaaaatccagaccagacatattttattaatttcatagttgcttaattataccaatttaaaattatattttgaagtcaccttttactttaacaaagatatgttcagtcattacaaaacataa
gi|4 : ctttTATCATTTC----AATTTTCAGTCACTGTAAC--------------T-TTGAC-TGC-AG---ATTTACATCACCATT-ACACATATATACATGTACATACGTATGCATATTATAC------AATATATTATGATTACA-----AA-ATAT---GCAT--CTC-------------TT----TC--TCAT--T-T-GTATCTTGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATC-------CACAATAC--ACA-TGGTAG-TACAT-------TATG-----TGACTTTAAT---TA---AT-AAATTGC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTTTTTC-----C------T----TTT---CC-----------AA-AAT-T-------------------T-TC-TA-GGATGTGGGCACA-TA-CTCGTGCTG-C-CCATTGAGGTCAAATAATTTGATGTATCTC---T--AA----TTGAATTCAAA---------ATACGTAGAAATA----GTGTTATTACACC--AACGATTTG---AAGG-----TTTTGTT--CAACCATAT-CT-----------------CTGTAAT-GGAATTGGACGCATTTAAattagacaaacccatctttaattttccactatttgacttatctgccattgaattggacatattaaattcctttaatg
gi|5 : TT-------------TT----TC--TCCT--T---GTATCTAAGTTGTA-------T-G-ACA--A-T----TGGGAGTT-CAGG--CG-TCTCTATCGC-GATT-------CATATCCC--ATA-ATGTAA-TACAT-------TC---------------------A---AT-ATACTGC-T-TT----GCTG-T--T---------------------CTCCTTC-------------------T---GC-----------AA-AATAT-------------------T-TG-GA-GGATGCGAACACA-AT-CCC----------C--TCAGGCCAATTGATTTGACATAT---------GA----CTGAATTTAAG---------ACATGTGGAAATA----Ga
gi|6 : ATT-ACAC-----------------CGTATGCATAA---------------AATTATGAAGACA-----AA-ACA-----C-C--CGT-------------TT----GC--CCCA--T-T-GTATCCCGACCATAT------T-G-TCA--CTTCC------AGTT-------AG--------CCCAAAAC-------CATACTCC--ATG-ACATAA-TACAT-------cctgtgtgtttttattttgtaacatatagtcacagaagacagaagatctgcaatttaattcaattactagtacatcttatgaataaaattacttttaaaattatctctagaatgggatcagacatgtcttcattcacttgacactactgtgtaactttagattatgtaactgacgctatcttgtactgaacaaatgtgtgttttatcattatcaaaggataa
gi|6 : caatt-TGCTG-TGCC--TCACGTTTAATAATTTGATCTATCAA---C--GA----TTGAATGGAAG---------ATAaaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataacatgctgtgcctcacgtttaataatttgatctatcaacgattgaatggaagataagactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|7 : caattattacaccgtatgcataaaattatgaagacaaaacacccgtttgccccattgtatcccgaccatattgtcacttccagttagcccaaaaccatactccatgacataatacataaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataaca-----GATATA-TTCTTGAC-TGT-AA---ACCTACACCTCAATT-ACAT-----------------TGTATGAATAGTGTAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ATAT---GC------T-------------TT----TC--ACCA--C-T-GCATCTTGATCACATTGTGACT-G-TCA--G-TTCA----GAGTT-TAGG--AG-TCCTTATTCC-GGTT-------CATATTCC---TA-ACATAA-TACAT-------TCGT-----TGCCTTTAAT---TA---AT-ATACTCCTT-TT----CCTA-A--T---------------------CTCTT-------C------A----TTT---TC-----------AG-AGT-T-------------------T-TTGTT-GG-TGTGGCTACG-AGCCCC-TGCTGAG-TC--TTAGGTCTAATAAATTGAC-T-TCTC---T--GA----TTGAATTGAAG---------agactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|8 : gattttTATCATTTCCGGCAAATTTCAATCACTATAACACTCACGGTATA-TT-TTGAC-TGCGAA---ATCTACATTTCAATCGGCAC----------------AC-TATGCATAGCATACCGGTATAGTAAATTACTAGTATA-----AA-ACATTTCAT-T--TTT-------------TTTTAATC--TCCT--T-T-GTATCTTGGTCATA-------T-G-T----A-T--ATTAGGAATTGG-GG--AG-CCTCTTTCCC-GATC-------CATGTTCT--ATA-ATG----TACAT-------TTTT-----TGCGTTTAAT---TT---TT-ATActa
gi|8 : TA-C--A---------------------TTTTTTG-----C------G----TTT-----------------A-ATT-T-------------------T-TA-TACGGGTGCAGACACA-GG-TCC-TGATG-T-CCC-TCAGGTCAAATAATTTGACATATCcgggtgcagacacaggtcctgatgtccctcaggtcaaataatttgacatatc
gi|9 : tatcatttccggcaaatttcaatcactataacactcacggtatattttgactgcgaaatctacatttcaatcggcacactatgcatagcataccggtatagtaaattactagtataaaacatttcatttttttttaatctcctttgtatcttggtcatatgtatattaggaattggggagcctctttcccgatccatgttctataatgTTGGGAGTT-T-GGGGAG-TCTCTTTTTC-GATT-------CACATTTC--ATA-ATGTAA-TACAT-------TATT-----TGCCTTTAAT---TG---AC-TTATTGC-T-TT----GTTA--------------------------CTCTTTC-----C------T----TTC---GC-----------AC-AGT-TGGTTTTATTTATTTATTTAT-TT-TA-AGATGCGGGCATA-AA-CCT---CTG---------AGGTCAAATAATCTGACGT--------T--AC----TTGAATTCAAG-----------ACGTGGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTTAATTCAAAATTTACACCTACTTTTGAATTAAAGAAACTAATATGTAGTTTCCACTACTTGGAACTTATCTGCAATGAAATTGGACATATCTACATGTAATTCTTTTGATAC
Unaligned ( gi|15 ): AAACATCTCTGCAGTGGGGTTATACATTAATAATTCACTTAAGTCTACTTCAGTTGTACCAATTTGAGATTATTTAATTGAAGGCCTCTGTTTTGAACAAAAATAT
Alignments
lowQualScore : 222 4444444444444 111 5555555555555555555 111111 11111 22222222222222222222 55555555555555555555555555 1111111 1111111 1111111111111111 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 33333333333333333333 111111111111111 111111111 44444444444444444444 111 22222 11 1 77777777777777777 1
lowQualScore : 000 0 0000000000000 6 5 5 000 0 5 5555555555555555555 0 222222 1 00000 4 777 00000000000000000000 7777 44 55 3 3 77777777777777777777777777 6666666 3 2 3 0000000 55 3 3 3333333333333333 777 777 4 1 4 4 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 3333 0 0 0 77777777777777777777 1 8 3 888888888888888 1 777777777 0 22222222222222222222 0 777 55555 0 33 6 0 00000000000000000 2 6 6
lowQualScore : ... . ............. . . . ... . . ................... . ...... . ..... . ... .................... .... .. .. . . .......................... ....... . . . ....... .. . . ................ ... ... . . . . ..... ................................................................................................ . .... . . . .................... . . . ............... . ......... . .................... . ... ..... . .. . . ................. . . .
lowQualScore : 000 7 3333333333333 7 7 7 000 6 0 0000000000000000000 9 888888 4 00000 0 000 88888888888888888888 1111 66 00 6 6 11111111111111111111111111 2222222 3 8 3 8888888 00 6 6 3333333333333333 000 000 0 0 4 4 99999 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 2222 8 2 2 33333333333333333333 4 9 4 555555555555555 0 888888888 8 22222222222222222222 2 555 00000 8 88 5 0 00000000000000000 0 7 7
consensus : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACAC----------------ACGTATGCATAATATAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----TC--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATT-------CATACTCC--ATA-ACGTAA-TACAT-------TNTT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-ATATTNC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TA-GGATGCGGGCACA-AG-CCC-TGCTG-T-CC--TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
Reference ( family-2995 ) : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACAC----------------ACGTATGCATAATATAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----TC--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATT-------CATACTCC--ATA-ACGTAA-TACAT-------TNTT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-ATATTNC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TA-GGATGCGGGCACA-AG-CCC-TGCTG-T-CC--TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
gi|1 : ATAGTT-TTGAT-TGT-AATTAGCCTATATCCTATTT-ACA-----------------ATGTATACAT----------------------TGAATGCA-----AA-ACAT---AC-C--TCTAACACCCCAACACCC----CCGGTCGT--T-T-GTGTTTCCGCAATA-------TTG-TTACTA-CCGGCTGGGAGTT-T-GG--AAATCCTTATCCT-GGTT-------CAAACTTC--ATA-AT---A-TACAT-------TATT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-AGAATAA-T-TT------TA-CGAT---------------------CTCTTTC-----CGCTCCCT----TTT---A------------AA-AGT-T-------------------T-TT-GG-TGAAGAGGGCACACAG-CCT-TGCTG-T-ACA-TCAGATCTAATAATTTGACCTATCTC---T--GA----ATGAATAGAAG---------AC
gi|10 : ttcatattctttatcttgtgtacacagtttttgtcATACTT-TTGAC-TGT-AA---ACATACATCTCGATG-ACAT-----------------TGTATGCATAATAtaagctgtagtaagcttaaagataagtgttaatatttcataacataaactgtaggctcatgtttgaaagttcttaaaattcagttacctcaacttaatttcccgctatttgaatatttatttgaactcagctgaaattgcactgaccatatt
gi|11 : gaactgtaatagtttgacatgtgatctaataaataatccctatgatattctttaaaaaacctgctaccaaaccatttcattttttcccctgtaaattgtacatgtataattatcatttgtatcataacatttaagttgtttttgtcCATAATATAC------AATGAATTGT----ACA-----AA-ACAG---GC-T--TT---------------------C--TCCC--TATAGTAGCTTGGTCACA-------TTG-TCA------CA------GTC-T-GGG-AG-TCTCTATCCT-GATTTGTGGTACGTACTCT--GTA-ACGTAA-TACAT-------TGTC-----TGCCTTAGAG---TGTAAATTATATTCC-T-TTTACAGCTTTC--T---------------------TTCTTTT-----C------T----TTT---TTTCTCTTTTTTTAATAGT-T-------------------T-TT-GG-GGATGctagtatacattaaa
gi|12 : GTCAAATAAGTCGACATTTTTC---A--AA----TTAAATTCAAG---------ACACGTGGAAATAACCGGTGCTTTTA---CGTAATGACATGTCCATAG-----TTTAATT--CAACCATTTACTGATGAATAAAAAATTAACTGCAGTGGGAATTGGACACAT
gi|13 : ATGAATTATGAATACA-----GA-ACAT---GC-C--TTT-------------TC----TC--TCCT--T-T-GTATCTCAATCACAT------T-GTTCT--A--CCATTTGGA----------AG-TCCCTATCCC--ATT-------CATACCCA--ATA-ACGTAA-TGAAT-------TCGT-----TGCCTTTAAC---TG---AT-ATATTTC-T-TT----
gi|16 : cATAATATAC------AATAAAGTATGAATACATGTACAACATAT---GT-TGTTTT-------------TT----TC--TCAT--C-T-GTAGCTCAGTAATA-------------A--A-CC-------AATT-T-GG--AG-TCTTTATCCC-GATT-------CATA
gi|17 : -TGC-AA---ACTCACATCACATTT-ACAC----------------G-ATATACATTATATAT------GATGCACTATGAATACA-----CA-AGAT---AC-T--ATT-------------TT----CC--
gi|2 : ttgta-------------TT----TC--CCCT--T-T-GTATCTCAGTCATA-------T-G-CCG--A-T----TGGGAGCT-T-----------CTATCTT-AATT-------CATATTCC--ATA-ATGTAAATACATGTAAATGCATTAAAGTTGCCTTCAATATATG---AT-ATATTGC-T-CT----TTTA-C--TGGTAGAAGCACCAAAGAGGTACCATTTCACTCCC------T----TCTTTTGC-----------AA-ATT-T-------------------TGTT-GA-AAATGCGGTCACA-A--------TTA-T-C----CAGGTCAAATATTTTGACATAT-TT---TAAAA----TTTAATTAAAG---------ACACAAGGAA-------------TCA---T---GCAACTTA---AAGATGGTTTTTACTTTGCAA-CATAT-CT-----------------CCACAAAAG--ATTTGAAG-ATTTAA
gi|3 : aatatgtgCAATTTTCGATCACTGTAGCA-----GGT-----T-TTGTCATGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACAC-----------------TGTCTGCA--ATATGC------AATAAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----CC--CCCCCAT-T-ATGTCTCGAACATA-------T--------A-TTTACTGCCAG-----GA--AC-TC-CTATCCC-CATT-------CCTACCCCTGATGTACGTAT-TACAT-------TCTT-----TGTCTTTGAT---TG---AT-ATATTCC-TATT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------TTTAATTT---TC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-T--------GGGGA----------TGCTG-TGCT--TCAGGCCTAATTATTTGACCTATCTCATAT--CAGCCGTTAAATTGAAATTGGTGTTTATGCTTTGTAACA-----TGTCCTCA------AAAGATTGG---AAGG-----CTTAATT--CAGTTACAT-GT-----------------CTttcattatttacaccgacataaataaataaaaagaaaaatccagaccagacatattttattaatttcatagttgcttaattataccaatttaaaattatattttgaagtcaccttttactttaacaaagatatgttcagtcattacaaaacataa
gi|4 : ctttTATCATTTC----AATTTTCAGTCACTGTAAC--------------T-TTGAC-TGC-AG---ATTTACATCACCATT-ACACATATATACATGTACATACGTATGCATATTATAC------AATATATTATGATTACA-----AA-ATAT---GCAT--CTC-------------TT----TC--TCAT--T-T-GTATCTTGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATC-------CACAATAC--ACA-TGGTAG-TACAT-------TATG-----TGACTTTAAT---TA---AT-AAATTGC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTTTTTC-----C------T----TTT---CC-----------AA-AAT-T-------------------T-TC-TA-GGATGTGGGCACA-TA-CTCGTGCTG-C-CCATTGAGGTCAAATAATTTGATGTATCTC---T--AA----TTGAATTCAAA---------ATACGTAGAAATA----GTGTTATTACACC--AACGATTTG---AAGG-----TTTTGTT--CAACCATAT-CT-----------------CTGTAAT-GGAATTGGACGCATTTAAattagacaaacccatctttaattttccactatttgacttatctgccattgaattggacatattaaattcctttaatg
gi|5 : TT-------------TT----TC--TCCT--T---GTATCTAAGTTGTA-------T-G-ACA--A-T----TGGGAGTT-CAGG--CG-TCTCTATCGC-GATT-------CATATCCC--ATA-ATGTAA-TACAT-------TC---------------------A---AT-ATACTGC-T-TT----GCTG-T--T---------------------CTCCTTC-------------------T---GC-----------AA-AATAT-------------------T-TG-GA-GGATGCGAACACA-AT-CCC----------C--TCAGGCCAATTGATTTGACATAT---------GA----CTGAATTTAAG---------ACATGTGGAAATA----Ga
gi|6 : ATT-ACAC-----------------CGTATGCATAA---------------AATTATGAAGACA-----AA-ACA-----C-C--CGT-------------TT----GC--CCCA--T-T-GTATCCCGACCATAT------T-G-TCA--CTTCC------AGTT-------AG--------CCCAAAAC-------CATACTCC--ATG-ACATAA-TACAT-------cctgtgtgtttttattttgtaacatatagtcacagaagacagaagatctgcaatttaattcaattactagtacatcttatgaataaaattacttttaaaattatctctagaatgggatcagacatgtcttcattcacttgacactactgtgtaactttagattatgtaactgacgctatcttgtactgaacaaatgtgtgttttatcattatcaaaggataa
gi|6 : caatt-TGCTG-TGCC--TCACGTTTAATAATTTGATCTATCAA---C--GA----TTGAATGGAAG---------ATAaaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataacatgctgtgcctcacgtttaataatttgatctatcaacgattgaatggaagataagactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|7 : caattattacaccgtatgcataaaattatgaagacaaaacacccgtttgccccattgtatcccgaccatattgtcacttccagttagcccaaaaccatactccatgacataatacataaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataaca-----GATATA-TTCTTGAC-TGT-AA---ACCTACACCTCAATT-ACAT-----------------TGTATGAATAGTGTAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ATAT---GC------T-------------TT----TC--ACCA--C-T-GCATCTTGATCACATTGTGACT-G-TCA--G-TTCA----GAGTT-TAGG--AG-TCCTTATTCC-GGTT-------CATATTCC---TA-ACATAA-TACAT-------TCGT-----TGCCTTTAAT---TA---AT-ATACTCCTT-TT----CCTA-A--T---------------------CTCTT-------C------A----TTT---TC-----------AG-AGT-T-------------------T-TTGTT-GG-TGTGGCTACG-AGCCCC-TGCTGAG-TC--TTAGGTCTAATAAATTGAC-T-TCTC---T--GA----TTGAATTGAAG---------agactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|8 : gattttTATCATTTCCGGCAAATTTCAATCACTATAACACTCACGGTATA-TT-TTGAC-TGCGAA---ATCTACATTTCAATCGGCAC----------------AC-TATGCATAGCATACCGGTATAGTAAATTACTAGTATA-----AA-ACATTTCAT-T--TTT-------------TTTTAATC--TCCT--T-T-GTATCTTGGTCATA-------T-G-T----A-T--ATTAGGAATTGG-GG--AG-CCTCTTTCCC-GATC-------CATGTTCT--ATA-ATG----TACAT-------TTTT-----TGCGTTTAAT---TT---TT-ATActa
gi|8 : TA-C--A---------------------TTTTTTG-----C------G----TTT-----------------A-ATT-T-------------------T-TA-TACGGGTGCAGACACA-GG-TCC-TGATG-T-CCC-TCAGGTCAAATAATTTGACATATCcgggtgcagacacaggtcctgatgtccctcaggtcaaataatttgacatatc
gi|9 : tatcatttccggcaaatttcaatcactataacactcacggtatattttgactgcgaaatctacatttcaatcggcacactatgcatagcataccggtatagtaaattactagtataaaacatttcatttttttttaatctcctttgtatcttggtcatatgtatattaggaattggggagcctctttcccgatccatgttctataatgTTGGGAGTT-T-GGGGAG-TCTCTTTTTC-GATT-------CACATTTC--ATA-ATGTAA-TACAT-------TATT-----TGCCTTTAAT---TG---AC-TTATTGC-T-TT----GTTA--------------------------CTCTTTC-----C------T----TTC---GC-----------AC-AGT-TGGTTTTATTTATTTATTTAT-TT-TA-AGATGCGGGCATA-AA-CCT---CTG---------AGGTCAAATAATCTGACGT--------T--AC----TTGAATTCAAG-----------ACGTGGAA
blockSeqs : CGG ACTCACGGTATA C A G . G CATATATACATGTACATAC CGGTAT G TGTAC C TTC TGTTTT TTAA . CA A A TTGTGACTGTCAGTTCA TGGGG . T A TGTGGTA TG T A GTAAATGCATTAAAGT ATA TAA T C T A TACAG CTGGTAGAAGCACCAAAGAGGTACCATTTCACTCCCTTCTTTTGCAAATTT G GTT TACTCGTGCTGCCCAT A A T CTCATATCAGCCG C TTGGTGTTT GTGTTATTACACCA . TGGTT TG T . . A G C
blockSeqs : . . . . . . CAC . G . . . ATCTC . . . . . TTGTTCTACCATTTG TGGG . C . . . . . TGTC . . . T . . T CTCTTTCCTTTCGCACAGTTGGTTTTATTTATTTATTTA . TAC AGCCCCTGCTGAGTC A A A TTTAAAA A . TGTCCTCAA . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . A . . . CTTT . . . . . TGTCAATCCATTGG CAGG . T . . . . . TCGT . . . G . . G TCTTTCTTTTCTTTTTTTCTCTTTTTTTAATAGTT . GG GGTCCTGATGTCCC T C A TTCAAA G . TCAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CG . G . . . TATT . . . . . TTGTCACTTCC TAGG . T . . . . . TCTT . . . C . . G CTCTCTTTCCTTTAATTTTCAAAGTT . GA TGCTGTGCT A G A CTCTAA C .
blockSeqs : . . . . . CT . A . . . TTTT . . . . . TGCCGATTGG GGGG . T . . . . . TATG . . . G . . G CTCTTTTTCCTTTTCCAAAATT . TA AACCTCTG A A A CAACGA T .
blockSeqs : . . . . CC . A . . . CCGT . . . . . TATTTACTGC TGG . C . . . . . TCGT . . . G . . C ATCTCTTCATTTTCAGAGTT . GA ATTATC T C A CTCTGA G .
blockSeqs : . TT . G . . . TTTT . . . . . TGACAATTGG TGG . T . . . . . TTTT . . . C . . G TTCTCCTTCTGCAAAATAT . TA ATCCCC T A A TAC G .
blockSeqs : . A . . . TTT . . . . . TGTATATTAG GA . T . . . . . TATT . . . G . . CATTTTTTGCGTTTAATTT . T A G . GA C .
blockSeqs : . . . . T . . . . . TTGTCACA T . . . . . . . TC . . . A . .
blockSeqs : . . . . . AACC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : *** TTTT**************** ** TTGTCAATCCATGG************ TGGG*** G**** ACCCTGTGCC**********
originalCons : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACAC----------------ACGTATGCATAATATAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GC-T--TTT-------------TT----TC--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATA-------T-G-TCA--A-TCCATTGGGAGTT-T-GG--AG-TCTCTATCCC-GATT-------CATACTCC--ATA-ACGTAA-TACAT-------TNTT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-ATATTNC-T-TT----GCTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TA-GGATGCGGGCACA-AG-CCC-TGCTG-T-CC--TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
finalCons : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACAC----------------ACGTATGCATAATATAC------AATGAATTATGAATACA-----AA-ACAT---GCTTTT----------------TT----TC--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATATTGTCAATCCATGG------------GAGTTTGGG---AG-TCTCTATCCC-GATT-------CATACTCC--ATA-ACGTAA-TACAT-------TNTT-----TGCCTTTAAT---TG---AT-ATATTNC-T-TTG----CTA-C--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NC-----------AA-AGT-T-------------------T-TT-TA-GGATGCGGGCACAACCCTGTGCC----------TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTTAATTCAAAATTTACACCTACTTTTGAATTAAAGAAACTAATATGTAGTTTCCACTACTTGGAACTTATCTGCAATGAAATTGGACATATCTACATGTAATTCTTTTGATAC
Unaligned ( gi|15 ): AAACATCTCTGCAGTGGGGTTATACATTAATAATTCACTTAAGTCTACTTCAGTTGTACCAATTTGAGATTATTTAATTGAAGGCCTCTGTTTTGAACAAAAATAT
Alignments
lowQualScore : 222 4444444444444 111 5555555555555555555 111111 222222222222222222222 77777777777777777777777777 1111111 1111111111111111 4444444444444444444444444 444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 5555555555555555555555 111111111111111 111111111 44444444444444444444 111 22222 11 1 77777777777777777 1
lowQualScore : 000 0 0000000000000 6 5 5 000 0 5 5555555555555555555 0 222222 1 777 4 777 333333333333333333333 7777 44 55 3 3 00000000000000000000000000 33 3 0 3 0000000 55 3 3 3333333333333333 777 4 777 1 8 4 4 0000000000000000000000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 00000 3 3 0000000000000000000000 777 1 8 3 888888888888888 1 777777777 0 22222222222222222222 0 777 55555 0 33 6 0 00000000000000000 2 6 6
lowQualScore : ... . ............. . . . ... . . ................... . ...... . ... . ... ..................... .... .. .. . . .......................... .. . . . ....... .. . . ................ ... . ... . . . . ......................... ................................................... . ..... . . ...................... ... . . . ............... . ......... . .................... . ... ..... . .. . . ................. . . .
lowQualScore : 000 7 3333333333333 7 7 7 000 6 0 0000000000000000000 9 888888 4 000 0 000 888888888888888888888 1111 66 00 6 6 77777777777777777777777777 44 3 8 3 8888888 00 6 6 3333333333333333 000 0 000 0 9 4 5 6666666666666666666666666 000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 99999 4 4 2222222222222222222222 888 4 9 4 555555555555555 0 888888888 8 22222222222222222222 2 555 00000 8 88 5 0 00000000000000000 0 7 7
consensus : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACAC----------------ACGTATGCATAATATAC------AATGAATTATGAATACA---A-AACAT---GC----TTTT-------------TT----TC--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATAT------TG-TCAA-T-CCA--TGGGAGTTTGGG-AGTCTCTATCCC-GATT-------CATACTCC--ATA-ACGTAA-TACAT-------TNTT-----TGCCTTTAAT---TG-A---TATATTNC-T-TTGCTAC--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NCAAAGT-T-------------------T-TT-T-A-GGATGCGGGCACA--A--CC---C-TG-T---G--CC---TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
Reference ( family-2995 ) : TATCATTTCCGGCAATTTTCGATCACTGTAACA-----GGTATA-TT-TTGAC-TGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACAC----------------ACGTATGCATAATATAC------AATGAATTATGAATACA---A-AACAT---GC----TTTT-------------TT----TC--TCCT--T-T-GTATCTCGGTCATAT------TG-TCAA-T-CCA--TGGGAGTTTGGG-AGTCTCTATCCC-GATT-------CATACTCC--ATA-ACGTAA-TACAT-------TNTT-----TGCCTTTAAT---TG-A---TATATTNC-T-TTGCTAC--T---------------------CTCTTTC-----C------T----TTT---NCAAAGT-T-------------------T-TT-T-A-GGATGCGGGCACA--A--CC---C-TG-T---G--CC---TCAGGTCAAATAATTTGACGTATCTC---T--GA----TTGAATTNAAG---------ACACGTGGAAATA----GTGTTNTCA---C--AACGACTTG---AAGG-----TTTAATT--CAACCATAT-CT-----------------CTGCAATGGGAATTGGACGCATTTAA
gi|1 : ATAGTT-TTGAT-TGT-AATTAGCCTATATCCTATTT-ACA-----------------ATGTATACAT----------------------TGAATGCA---A-AACAT---AC----CTCTAACACCCCAACACCC----CCGGTCGT--T-T-GTGTTTCCGCAATAT------TG-TTAC-TACCGGCTGGGAGTTTGGA-AATCCTTATCCT-GGTT-------CAAACTTC--ATA-AT---A-TACAT-------TATT-----TGCCTTTAAT---TG-A---TAGAATAA-T-TT--TACGAT---------------------CTCTTTC-----CGCTCCCT----TTT---A-AAAGT-T-------------------T-TT-G-G-TGAAGAGGGCACACAG--CCTTGC-TG-T---A--CA---TCAGATCTAATAATTTGACCTATCTC---T--GA----ATGAATAGAAG---------AC
gi|10 : ttcatattctttatcttgtgtacacagtttttgtcATACTT-TTGAC-TGT-AA---ACATACATCTCGATG-ACAT-----------------TGTATGCATAATAtaagctgtagtaagcttaaagataagtgttaatatttcataacataaactgtaggctcatgtttgaaagttcttaaaattcagttacctcaacttaatttcccgctatttgaatatttatttgaactcagctgaaattgcactgaccatatt
gi|11 : gaactgtaatagtttgacatgtgatctaataaataatccctatgatattctttaaaaaacctgctaccaaaccatttcattttttcccctgtaaattgtacatgtataattatcatttgtatcataacatttaagttgtttttgtcCATAATATAC------AATGAATTGT----ACA---A-AACAG---GC----TTT---------------------C--TCCC--TATAGTAGCTTGGTCACAT------TG-TCA-----CA-------GTCTGGG-AGTCTCTATCCT-GATTTGTGGTACGTACTCT--GTA-ACGTAA-TACAT-------TGTC-----TGCCTTAGAG---TGTAAATTATATTCCTT-TTACAGC--T---------------------TTCTTTC-----T------T----TTC---T-----T-T-------------------T-TT-T-ctagtatacattaaa
gi|12 : GTCAAATAAGTCGACATTTTTC---A--AA----TTAAATTCAAG---------ACACGTGGAAATAACCGGTGCTTTTA---CGTAATGACATGTCCATAG-----TTTAATT--CAACCATTTACTGATGAATAAAAAATTAACTGCAGTGGGAATTGGACACATctctttttttaatagtttttggggatg
gi|13 : ATGAATTATGAATACA---G-AACAT---GC----CTTT-------------TC----TC--TCCT--T-T-GTATCTCAATCACAT------TGTTCTA---CCA--------TTTGGA-AGTCCCTATCCC--ATT-------CATACCCA--ATA-ACGTAA-TGAAT-------TCGT-----TGCCTTTAAC---TG-A---TATATTTC-T-TT
gi|16 : cATAATATAC------AATAAAGTATGAATACATGTACAACAT---ATGTTGTTTT-------------TT----TC--TCAT--C-T-GTAGCTCAGTAATA------------AA-C-C--------AATTT-GG-AGTCTTTATCCC-GATT-------CATA
gi|17 : -TGC-AA---ACTCACATCACATTT-ACAC----------------G-ATATACATTATATAT------GATGCACTATGAATACA---C-AAGAT---AC----TATT-------------TT----CC--
gi|2 : ttgta-------------TT----TC--CCCT--T-T-GTATCTCAGTCATAT-------G-CCGA-T--------------TGGG-AGCTTCTATCTT-AATT-------CATATTCC--ATA-ATGTAAATACATGTAAATGCATTAAAGTTGCCTTCAATATATG-A---TATATTGC-T-CTTTTAC--TGGTAGAAGCACCAAAGAGGTACCATTTCACTCCC------T----TCTTTTGCAAATT-T-------------------TGTT-G-A-AAATGCGGTCACA--A--T---------T---A--TC----CAGGTCAAATATTTTGACATAT-TT---TAAAA----TTTAATTAAAG---------ACACAAGGAA-------------TCA---T---GCAACTTA---AAGATGGTTTTTACTTTGCAA-CATAT-CT-----------------CCACAAAAG--ATTTGAAG-ATTTAA
gi|3 : aatatgtgCAATTTTCGATCACTGTAGCA-----GGT-----T-TTGTCATGC-AA---ACCTACATCTCAATT-ACAC-----------------TGTCTGCA--ATATGC------AATAAATTATGAATACA---A-AACAT---GC----TTTT-------------TT----CC--CCCCCAT-T-ATGTCTCGAACATAT------AT-TTAC-TGCCA-----------GGA-ACTC-CTATCCC-CATT-------CCTACCCCTGATGTACGTAT-TACAT-------TCTT-----TGTCTTTGAT---TG-A---TATATTCC-TATTGCTAC--T---------------------CTCTTTC-----C------TTTAATTT---TCAAAGT-T-------------------T-TT-TGG-GGATG------------------C-TG-T---G--CT---TCAGGCCTAATTATTTGACCTATCTCATAT--CAGCCGTTAAATTGAAATTGGTGTTTATGCTTTGTAACA-----TGTCCTCA------AAAGATTGG---AAGG-----CTTAATT--CAGTTACAT-GT-----------------CTttcattatttacaccgacataaataaataaaaagaaaaatccagaccagacatattttattaatttcatagttgcttaattataccaatttaaaattatattttgaagtcaccttttactttaacaaagatatgttcagtcattacaaaacataa
gi|4 : ctttTATCATTTC----AATTTTCAGTCACTGTAAC--------------T-TTGAC-TGC-AG---ATTTACATCACCATT-ACACATATATACATGTACATACGTATGCATATTATAC------AATATATTATGATTACA---A-AATAT---GCA---TCTC-------------TT----TC--TCAT--T-T-GTATCTTGGTCATA-------TG-TCAA-T-CCAT-TGGGAGTTT-GG-AGTCTCTATCCC-GATC-------CACAATAC--ACA-TGGTAG-TACAT-------TATG-----TGACTTTAAT---TA-A---TAAATTGC-T-TTGCTAC--T---------------------CTTTTTC-----C------T----TTT---CCAAAAT-T-------------------T-TC-T-A-GGATGTGGGCACAT-A--CT---CGTGCT---G--CCCATTGAGGTCAAATAATTTGATGTATCTC---T--AA----TTGAATTCAAA---------ATACGTAGAAATA----GTGTTATTACACC--AACGATTTG---AAGG-----TTTTGTT--CAACCATAT-CT-----------------CTGTAAT-GGAATTGGACGCATTTAAattagacaaacccatctttaattttccactatttgacttatctgccattgaattggacatattaaattcctttaatg
gi|5 : TT-------------TT----TC--TCCT--T---GTATCTAAGTTGTAT-------G-ACAA-T------TGGGAGTTCAGG-CGTCTCTATCGC-GATT-------CATATCCC--ATA-ATGTAA-TACAT-------TC---------------------A-A---TATACTGC-T-TTGCTGT--T---------------------CTCCTTC-------------------T---GCAAAATAT-------------------T-TG-G-A-GGATGCGAACACA--A--TC---C-----------CC---TCAGGCCAATTGATTTGACATAT---------GA----CTGAATTTAAG---------ACATGTGGAAATA----Ga
gi|6 : ATT-ACAC-----------------CGTATGCATAA---------------AATTATGAAGACA---A-AACA-----C----CCGT-------------TT----GC--CCCA--T-T-GTATCCCGACCATAT------TG-TCACTT-CC-------AGTT-----AG-------CCCAAAAC-------CATACTCC--ATG-ACATAA-TACAT-------cctgtgtgtttttattttgtaacatatagtcacagaagacagaagatctgcaatttaattcaattactagtacatcttatgaataaaattacttttaaaattatctctagaatgggatcagacatgtcttcattcacttgacactactgtgtaactttagattatgtaactgacgctatcttgtactgaacaaatgtgtgttttatcattatcaaaggataa
gi|6 : caatt---C-TG-T---G--CC---TCACGTTTAATAATTTGATCTATCAA---C--GA----TTGAATGGAAG---------ATAaaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataacatgctgtgcctcacgtttaataatttgatctatcaacgattgaatggaagataagactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|7 : caattattacaccgtatgcataaaattatgaagacaaaacacccgtttgccccattgtatcccgaccatattgtcacttccagttagcccaaaaccatactccatgacataatacataaactgtagcagtcattgccttaaagtccttttcatatagatttaaacaaataacatg-----GATATA-TTCTTGAC-TGT-AA---ACCTACACCTCAATT-ACAT-----------------TGTATGAATAGTGTAC------AATGAATTATGAATACA---A-AATAT---GC-------T-------------TT----TC--ACCA--C-T-GCATCTTGATCACATTGTGACTG-TCAG-T-TCA-----GAGTTTAGG-AGTCCTTATTCC-GGTT-------CATATTCC---TA-ACATAA-TACAT-------TCGT-----TGCCTTTAAT---TA-A---TATACTCCTT-TTCCTAA--T---------------------CTCTT-------C------A----TTT---TCAGAGT-T-------------------T-TTGT-T-GG-TGTGGCTACG--AGCCC---C-TG-CTGAG--TC---TTAGGTCTAATAAATTGAC-T-TCTC---T--GA----TTGAATTGAAG---------agactttgtggagttacattaaagataaatgctttctctaaaagatagatgcttaaactttgtaacacaaatgatttgaagatttaattcagttacacctacttataaatcaaacaaatgttttccactctttg
gi|8 : gattttTATCATTTCCGGCAAATTTCAATCACTATAACACTCACGGTATA-TT-TTGAC-TGCGAA---ATCTACATTTCAATCGGCAC----------------AC-TATGCATAGCATACCGGTATAGTAAATTACTAGTATA---A-AACATTTCAT----TTTT-------------TTTTAATC--TCCT--T-T-GTATCTTGGTCATA-------TG-TATA-T------TAGGAATTGGGG-AGCCTCTTTCCC-GATC-------CATGTTCT--ATA-ATG----TACAT-------TTTT-----TGCGTTTAAT---TT-T---TATActa
gi|8 : TAC--A---------------------TTTTTTG-----C------G----TTT------AATT-T-------------------T-TA-T-ACGGGTGCAGACACA--GG-TC---C-TGAT---GTCCC---TCAGGTCAAATAATTTGACATATCcgggtgcagacacaggtcctgatgtccctcaggtcaaataatttgacatatc
gi|9 : tatcatttccggcaaatttcaatcactataacactcacggtatattttgactgcgaaatctacatttcaatcggcacactatgcatagcataccggtatagtaaattactagtataaaacatttcatttttttttaatctcctttgtatcttggtcatatgtatattaggaattggggagcctctttcccgatccatgttctataatg--TGGGAGTTTGGGGAGTCTCTTTTTC-GATT-------CACATTTC--ATA-ATGTAA-TACAT-------TATT-----TGCCTTTAAT---TG-A---CTTATTGC-T-TTGTTA-------------------------CTCTTTC-----C------T----TTC---GCACAGT-TGGTTTTATTTATTTATTTAT-TT-T-A-AGATGCGGGCATA--A--AC---C-T----------C---TGAGGTCAAATAATCTGACGT--------T--AC----TTGAATTCAAG-----------ACGTGGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTTAATTCAAAATTTACACCTACTTTTGAATTAAAGAAACTAATATGTAGTTTCCACTACTTGGAACTTATCTGCAATGAAATTGGACATATCTACATGTAATTCTTTTGATAC
Unaligned ( gi|15 ): AAACATCTCTGCAGTGGGGTTATACATTAATAATTCACTTAAGTCTACTTCAGTTGTACCAATTTGAGATTATTTAATTGAAGGCCTCTGTTTTGAACAAAAATAT