lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333 1 4444 555555555555555555 1111111 2222 1 33333 33333333333333 1 6666666666666 111 1 1 11 8888888888888888888888888888888888 22 55555555555555555555555555 11 1 11 1 11111 11 11111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 555555555555555555555555555 11111 1 1 11 222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222 2222
lowQualScore : 2 111111 5 2222 4 4 1 444444444444444444 66 7777777 6666 0 33333 77777777777777 33 0 9999999999999 111 0 2 6 11 88 0 8888888888888888888888888888888888 5 55 66 4 6 11111111111111111111111111 11 44 2 88 6 3 6 1 55 6 2 0 3 55 88 1 0 66666 55 1 55555555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8 3 5 4 000000000000000000000000000 00000 4 3 1 22 6 111111111111 66 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111 0 1 6666 66 2 2 1 7
lowQualScore : . ...... . .... . . . .................. .. ....... .... . ..... .............. .. . ............. ... . . . .. .. . .................................. . .. .. . . .......................... .. .. . .. . . . . .. . . . . .. .. . . ..... .. . ........ .................................................................................. . . . . ........................... ..... . . . .. . ............ .. . ..................................................................... ............ . . .... .. . . . .
lowQualScore : 5 000000 5 5555 0 0 0 333333333333333333 22 5555555 2222 0 22222 55555555555555 88 5 0000000000000 444 0 2 4 00 88 7 2222222222222222222222222222222222 8 33 88 8 7 88888888888888888888888888 44 66 2 88 7 3 7 0 88 7 2 8 2 77 77 9 1 44444 77 7 99999999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 6 7 0 666666666666666666666666666 00000 0 9 6 22 0 888888888888 11 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333 1 9 7777 11 0 2 7 6
consensus : TTCATGGNCATAANTGTAACTATCCCTGTCACAGTATTGAAGCAAAANGGCGTGGCCGATTTTCATCT-GAC-GCGTT-GTA---TACATGTTAATAC-A-GCCCTAAG---AC-AAT--TG-GAAGGGGGG--GGGG-ACT-GTCGCTACGTTTCACATCA-CTGCGAAA--TACCAAGGGGATGAAACTNGAAACTCGACGTGAGCGG--TTGCTATTTT-TAGATGCG----GAAA-AAT---ANA-G----TTGTGN--TTTNTG-ATTGCGCAAAACAGTCTCCTCAAT---ATT-AGA---TCCGCCACT-CT-TCATTTGTA-TCATGACGTCAAAAC-A-AG-ACCGTGA-CATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-NGCCATGAT--AGATATT--ACATTTTGTT---GTACATTAGCC--TAG-GCCTTAC----T-CATTTC-CAAT----AAT-ATG-GTGCACTGN--ACTTTGCAG-AAACAT--C---AT-AAGACTAG-G-ATGAAATTGATGT-AA--TCAC---------CC--A-C--GTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGT-NACTTTGCGAGAT-CAA-AAA---AAGGACA-G-TC------G---NT-------AGGATTATG------NGAG----TTTTTA---CTC------GACATTG--AAAAT--TCAT-TG-GATGTATATG---GT--AGACTCGAATTTTCTCTGTTCTAAATC
Reference ( gi|1 ) : TTCATGGCCATTACTG-AACTATCTTTGTCACAG----GAAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GTA---TACATGTTAATAC-A-GCCCTAAG---AC-AAT--TG-GAAGGGGGG--GGGGCACT-GTCACTACGTTACACATTA-TTGGGAAA-ACACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGG--TTGCTATTTC-TAGGTGTG----GAAACACT---ATATG----TTGTG---TTTATGAATTGCATAAAACAGCCTCCTCAAT---ATT-AGA---TCTAACACTTCT-TCATTTATT-TTATGACGTCAAAAC-A-AG-ACCACAA-CATCACATTTATTGTCTTGTC--CT-GGATATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---ATACATTAGCCTCTAG-GCCTTAC----T-CATTTC-CAAT---CAAT-ATG-ATGCACTGA--ACTTTGCAGCAAATAT--C---AT-AAGACTAG-G-ATGAAATTGATAT-AA--CCAC---------CC--A-C--ATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGT-CACTTTGCAAGAT-TAA-AAA---AAGGACA-G-TT------G---AT-------AGAATTATG------CGAG----TTTTTA---CTT------GACATTT--AAAAA--TCAT-TG-CATGTATATG---GT--AAACTTGAATTTTCTCTGCTCTAAATC
gi|2 : TTCATGGCCAT-ACTG-AACTATCTTTGTCACAG----GAAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GTA---TACATGTTAATAC-A-GCCCTAAG---AC-AAT--TG-GAAGGGGGG--GGG-CACT-GTCACTACGTTACACATTA-TTGGGAAA--CACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGG--TTGCTATTTC-TAGGTGTG----GAA-CA-T---ATACG----TTGTGG--TTTATGAATTGCATAAAACAGCCTCCTCAAT---ATT-AGA---TCTACCACTTCT-TCATTTATT-TTATGACGTCAGAAC-A-AG-ACCACAA-CATCACATTTATTGTCTTGTC--CT-GGATATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---ATACATTAGCCTCTAG-GCCTTAC----T-CATTTC-CAAT---CAAT-ATG-ATGCACTGA--ACTTTGCAGCAAATAT--C---AT-AAGACTAG-G-ATGAAATTGATATAAA--CCAC---------CC--A-C--ATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGT-CACTTTGC-AGAT-----AAA---AAGGACA-G-TT------G---AT-------AGAAATATG------CAAG----TTTTTA---CTT------GACATTT--AAAAA--TCAT-TG-CATGTATATG---GT--AAACTTGAATTTTCTCTGCTCTAAATC
gi|3 : tTTTATAGACATAAATATAACT-TCCCTGTTACAGTATTAAAGTAAAAAGGTGTGGCCGATCTTCATC---AT-GTGTTCGCAAGGTACATGT--ACACTA-ACCCTAA----AT-AAT--GGTGAAGGG----------ACTTATCACATCGTTTTACATTA-CTGTGTA---TATCAAGAAAATGATACT---AATTAGACGTGAGCGA--TTGCTATTTT-TAGAGGCA----GAAAAAAC---AGAAA----TTTTAAA-TTTGTCTGTTACTCAAAATGATCTTGTCAAT-----C-AGACCCTCTA----TTATATAATTTGTA-TTGTGTTATGAAAAC-A-AGGAGCATGA-CATCACATCTGTTCTCTTGTC--TA-GGCCACGAT--TGATATT--GTATTT----------CATTAGCC----------TAC----T-CATTTC-CAAT---AGAC-TTGAAAGCATTGC--ATTGTG-ATTGGACATGGA---GTGAAAACGAGAA-AAGAAATTGA-GT-AC--TTACT--------CT--A-C--GTAAGTT-----CGTTGTCTCAGAACAATGAGATGTGCCTTTTGCGTAAT-T---GGA---AAGAACCTG-TC------A---AT-------AG-ATTTTG------GAAG----TTTTTA---CAC------AACATGG--AAAAA--GAAC-TT-AATGAATGTG-------AGACTTAAATTTttt
gi|4 : ttATGGTTGATTCTCATCTTG-------T-GTG---TGCATACTAA--------CCTTAC---AT-AAT-----GATGGGAGA--AAGGGACT-GTCACTGAGTTTCACCTCAACTGCTACATGTATCAAGGGGCCGAAACTGGAAACTCGACTCGAGCAG--TTGCTGTTTT-TAGATGCA----AAAAAAATAAAAAAT-----TTGTAT--TTTCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCT---T---ATT-G------------------TCATTGGTA-TCATGATTTCAAAACAA-AG-ACTGTGA-CATCACAT
gi|7 : agaacatgatcatgtgatctaaagcttatagttacatattgctatagacataagcctagacatagaacaatttcttatggtattaaagtgaagtgacTTCATAC-ATGCTTTAAGTTTACTAATCTTA-AAAGAGGGGAAGGGG-----GTTGCTAGATTTTGCATC------------TACCAAGG------AACTTGAAATCCGATATCAATGG--TTGTTATATT-TAGATGAGAGCAGAAA-AAT---ACA-GAGATTTGTAC--TTTTTG--TTGCACAAAACAAACTCCT-AAT---
gi|15 : gtcagatcatgattatttgatatatacattttttcatagacataagcacaatattataagtaaaaaatcttcaccttgttcAGGGGATGAAATTTAAAACTTG-TGTGAGTGGTTTTGCTATTTA-AAGATGCGTT--GAA--ACC---AGA-G----TT-TG---TATATAAAT---------CAGTTTCCTCAGCTCAATT-AGA---TCCGTCATTGCA-TCATtt
gi|14 : TTTCATATGTGAG----AAAACA-----ATGAA----GTGTGCATTTTCTG--TTGTGCAAAAAAGTCTCCTCTGT---A---AGA---TTTG-CAA--CT-TCATTTGTA-TAATTATGTC--AAC-AGAG-AATGAGA-CATCACA
gi|16 : gccacAC---ATTCAGT---TCCACCACTGCT-TCAG--ATTATCATAGCATTA---C-A--G-ATCATAGTCA-CACATCTATCGTCTTGCC--CT-GGTTATGATAAAAATATT--ATACTTTGTT---
gi|5 : GTCCAAAC-ATAG-ACTGTGA-TGTCACATCTCTCACCTTGTC--CCCAGCTATGAT--TAATATT--ACATTTAGTTATAATACATTAGAC-CTAATG---TAC----TGCGTT-------------------GTACAGGGA--AC--TACAA-GAATAT--TAGGAT-GAAAGTAA-G-ACGATCTAGATAT-AAGTTCACAAATTAAGGCCGTA-T--ATAAGTT-----CACAATTTCAGGCTGTTGAGATGT-GGCCTTGTGAGAT-GAA-AAA---AAGGGTA-G-CC------A---TT-------AGGATTATG------TTAG-------------------------------AAAAT--TTGT-TG-GACTTATAT----GT--AGACTCAAAATTTCTC-GGTCCAAATCg
gi|6 : tTTCTCTTGCA--CT-TGCTATTAT--A-----T--A-ATCTTATT---TTAAATTGACAT-TAG-GCCTTATGTGGTGCATTTC-------------AT---TGCACTGGGGACTTC--------------------AAGATTAG-G-ATAAAATTGAAAT-AA--TCAA---------TC--T-T--GTAAGTT-----TGTAATCTCAAATCAAGCTGAATT----TTCTCGAGAT-CAA-AAG-----GGATC-G-TT------GTTTAT-------AGGATTATG------GGAGAGTTTTTTCAATGCTG------GAAATTT--GGAA---------G-GAT--ATATGC--GT--AGACTCAAATTTTCTCTGTCCTGAt
gi|12 : TCTTGTCATCT-TGCCATTGT--AG-TATTTGACATTTTGT----GTACAAT------TAG-GCCT------------------------AAT-GTG-GTGCACTGC--ATTTTGTAG---ACAC--C---TC-AAAACTAG-G-TTAAAATTGAGAT-
gi|13 : gtgtcTCTTGTCATCT-TGCCATG-T--AG-TATTTGACATTTTGTT---GTACAAT------TAG-GCCT------------------------AAT-GTG-GTGCACTGC--A-TTTGTAG---ACAC--C---TC-AAAACTAG-GTTTAAAATTGActtgtttgtaatc
gi|8 : tcTAC----T-CATTTC-CAGT---TAAT-ATG-ATGCA-----------GGGG-----GT--C---AT-TAGAC-AGTG-ATGCAATTCATGT-AA---AAC---------AC--G-A--A--AATT-----CATTATCTCATTTCAATGAGATGT-GACTTTGTA-------------------ACA-G-TT-----------------------TCAT---------------TTTTCA-----T------GCCA-----AAAAAATTCTT-TG-GATATATATGTA-TT--AAGCTTGAATTTTCTCAATTCTGAatcttgtttgttaatc
gi|9 : catcacatattacacatgtacAT----T-CATTTCTCAATGGCCAATTACA-ATGCAC-------------ATAGA-AT--C---AT-GAGACTGG-G-ATGAAATTGAGGT-AA--GCAA---------TC--AAT--GTAAGTTAAATTCCTGATCTAAGATCAATGAGATAT-CACTTTGCAAGA--TAA-AAA---AAtatttt
gi|20 : ctttaaAAAAAT--C---AT-AAGACTGG-G-ATGAAATTGATGC-AAT-TCAC---------TT--A-TGGAT-----------ATAATATCAGGTCAACGTGGTGT-TACTTTGCAAttatgatccttaggattataggaacatgaaagcagctcgaattttctctgtccctcttta
gi|10 : ctatacaaAT--C---AT-ATAACTAG-G-ATTAAATTGATAA-AA----AC---------CC--A-C--GTTAATT-----CATGATCTCGGGTCCACGAGATGC-GACTTTGTTGAATGCAG-AAAC--AACGACC-G--T------G------------AGGATTTTT---------A----TTTTTA---TTTTTTTCCG--ATTTCGAAAAT--TCAT-TG-GAAGTATGC----GT--AGATGCAAATATTTTC
gi|19 : -ACGAAATTCAGGT-AA--TTA--------------A-C--ATAAGGT-----CATAATCTCAGGTCAACGAGATGT-TACTTTGCGAGAC-AGA-ACAGG-AAGGTCG-G-TG------G---TT-------AGGATTAaagtgttt
gi|11 : AT---------CC--A-C--GAAAGTT-----CGTAATCTCGTGTCAACAAGATGT-GACTTTGCGAGAT-TAAAAAA---AAGGACA-GATTTAAAAAG---ACATCGTTAAGTATTATGGTAGTTTGGG----TTTTTC---C--------GACGATG--AAAAT--CCATCTG--ATGT-TATGT--GT--ACTCTCGATTTTTTTCTG-TCGCAATC
gi|17 : AGAT-CAA-ATA-----GGACA-G-TTGTTG--G---CT-------GGGTTTATG------AGAG----TGTTT----TTC------AAAATTG--AAAAT--TCATCTGACATGT--------GC--AGACTAAAATTTTCTGTGTCCTAA
gi|18 : A-AAATTTAAGGA-----TC------G---CT-------TGGATTGTA------GGAA----TTTTTC---TTC------GACGCTG--AAGAT--TTCT-TG-TATGTAAATGCCTGTCTAAACTCGAATTTTCTTTGCt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAGTTTTTTTTATGCAGAAAAACCAGATGTTTGTATTTTCTGTTATACAAAACAGTCTCGTCATT
Alignments
lowQualScore : 2 222222 11111 55555555555555555555 11 2222222 22 1111 33333333333333 1111 1111 444444444444444 1 333 1111111 2222222 111 11 11111 11 11111 666666666666666666666666666666666666666 222222222222222222222222222 2222222222222222222 11111 222222222222222222222222222 222222222 2222
lowQualScore : 1 88 3 7 11 000000 88888 1 4 55555555555555555555 11 0 4444444 1 8 6 00 1 8 1111 2 1 22222222222222 777 7 2 88 77 0000 4444 555555555555555 5 0 5 1 111 6 4444444 5 44 7777777 3 2 55 5 555 5 5 33 1 00000 33 0 4 11111 111111111111111111111111111111111111111 7 4 1 1 333333333333333333333333333 7 3 3 4 7777777777777777777 3 99999 2 1 1 3 3 2 55555 999999 777777777777777777777777777 3 99999 1 8888 666666666 44 2222 0 0 55 0 2222 55 777
lowQualScore : . .. . . .. ...... ..... . . .................... .. . ....... . . . .. . . .... . . .............. ... . . .. .. .... .... ............... . . . . ... . ....... . .. ....... . . .. . ... . . .. . ..... .. . . ..... ....................................... . . . . ........................... . . . . ................... . ..... . . . . . . ..... ...... ........................... . ..... . .... ......... .. .... . . .. . .... .. ...
lowQualScore : 0 33 7 3 33 000000 44444 4 6 44444444444444444444 00 8 6666666 4 2 4 44 0 0 8888 8 4 44444444444444 222 5 2 55 99 6666 9999 444444444444444 0 8 0 0 666 2 1111111 7 44 0000000 7 2 00 7 111 7 0 88 0 99999 88 2 1 11111 777777777777777777777777777777777777777 0 4 9 0 555555555555555555555555555 3 3 3 0 3333333333333333333 6 11111 5 0 0 6 6 3 44444 777777 333333333333333333333333333 6 33333 6 5555 000000000 44 5555 5 6 00 4 3333 00 000
consensus : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATG--TTAA---TACTAGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGAG-GGG-AC-TGTCACTACGTTTCACATTA-CTGNGANA-T--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGAT----GC-G--GAAAA--A-TANA-GA--T-T-TGTATTT-TCTG-A-TTGCACAAAACAGTCTCCTCAAT---ATT-AGATCCGCCAC-T-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGT-C--CTGGCTATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---GTACATTAG-C--CT--AG-GCCTTACT-CATTTC-CAAT----A-ATGTG-GTGCACTGCACTTTGCA---G-AAACAT--C---AT-AAGACTAG-G-ATGAAATTGATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGACG-G-------------TC----G---NTAGG-ATTAT--GGGAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGACG--TATATG---GT--AGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
Reference ( family-2987 ) : TTCATGGNCATAANTGTAACTATCCCTGTCACAGTATTG-AAGCAAAANGGCGTGGCCGATTTTCATCT-GAC-GCGTT-GT--A---TACATG--TTAA---TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGG-AC-TGTCGCTACGTTTCACATCA-CTGCGAAA-T--ACCAAGGGGATGAAACTNGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGAT----GC-G--GAAAA--A-TANA-G-----T-TGTGNTT-TNTG-A-TTGCGCAAAACAGTCTCCTCAAT---ATT-AGATCCGCCAC-T-CT-TCATTTGTATCATGACGTCAAAAC-A-A-GACCGT-GACATCACATCTATCGTCTTGT-C--CTNGCCATGAT--AGATATT--ACATTTTGTT---GTACATTAG-C--CT--AG-GCCTTACT-CATTTC-CAAT----A-ATATG-GTGCACTGNACTTTGCA---G-AAACAT--C---AT-AAGACTAG-G-ATGAAATTGATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGACA-G-------------TC----G---NTAGG-ATTAT--GNGAGTT----TTTACT------CGACATTGAAAATTCATTGGATG--TATATG---GT--AGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
gi|1 : TTCATGGCCATTACTG-AACTATCTTTGTCACAG----G-AAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GT--A---TACATG--TTAA---TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGGCAC-TGTCACTACGTTACACATTA-TTGGGAAAAC--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGGTT--GCTATTTCTAGGT----GT-G--GAAAC--ACTATATG-----T-TGTG-TT-TATG-AATTGCATAAAACAGCCTCCTCAAT---ATT-AGATCTAACAC-TTCT-TCATTTATTTTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCAC-AACATCACATTTATTGTCTTGT-C--CTGGATATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---ATACATTAG-C--CTCTAG-GCCTTACT-CATTTC-CAATC---A-ATATG-ATGCACTGAACTTTGCA---GCAAATAT--C---AT-AAGACTAG-G-ATGAAATTGATAT-AA--CCAC---------CC--A-CATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGTCAC-TTT-GCAAGAT-T-AAAA---A--AAGGACA-G-------------TT----G---ATAGA-ATTAT--GCGAGTT----TTTACT------TGACATTTAAAAATCATTGCATG--TATATG---GT--AAACTTGAATTTTCTC---TGCTCTAAATC
gi|10 : AT--C---AT-ATAACTAG-G-ATTAAATTGATAA-AA----AC---------CC--A-CGTTAATT-----CATGATCTCGGGTCCACGAGATGCGAC-TTT-GTTGAATGC-AGAA---AC-AACGAC-----------------C----G---TGAGG-ATTTT--TA---TT----TTTATTTTTTTCCGATTTCGAAAATTCATTGGAAG--TATGC----GT--AGATGCAAATATTTTCAAGTGTT
gi|11 : AT---------CC--A-CGAAAGTT-----CGTAATCTCGTGTCAACAAGATGTGAC-TTT-GCGAGAT-TAAAAA---A--AAGGACA-GATTTAAAAAGACATC----G---TTAAGTATTAT--GGTAGTTTGGGTTTTTC------CGACGATGAAAATCCATCTGATG--T-TATGT--GT--ACTCTCGATTTTTTTC---TGTt
gi|12 : TCTTGT-CATCTTGCCATTGT--AG-TATTTGACATTTTGT----GTACAAT-------T--AG-GCCT--------------------A-ATGTG-GTGCACTGCATTTTGTA---G-ACACCT--C------AAAACTAG-G-TTAAAATTGAcgcaatc
gi|13 : gtgtcTCTTGT-CATCTTGCCATG-T--AG-TATTTGACATTTTGTT---GTACAAT-------T--AG-GCC----------------T----A-ATGTG-GTGCACTGCA-TTTGTA---G-ACACCT--C------AAAACTAG-GTTTAAAATTGAgatcttgtttgtaatc
gi|14 : tc--GCCACTTTCATAT----GT-GA-GAAAACAA-TGAA-G-----TGTGCATTT-TCTG---TTGTGCAAAAAAGTCTCCTC--T---GTA-AGATTTGCAA----CT-TCATTTGTATAATTATGTC--AAC-AGA-GAATGA-GACATCACAatcttgtttgttaatc
gi|15 : AGGGGATGAAATTTAAAACTTG-TGTGAGTGGTTTTGCTATTTAAAGAT----GC-GTTGAAAC----CAGA-G-----T-T-TG----TAT--A-T-----AAATCAGTTTCCTCAGCTCAATT-AGATCCGTCAT-TGCA-TCAT
gi|16 : AC---ATTCAGTTCCACCAC-TGCT-TCAGAT-TATCATAGCATTA---C-A---GATCATAGTCA-CACATCTATCGTCTTGC-C--CTGGTTATGATAAAAATATT--ATACTTTGTT---G
gi|17 : AGAT-C-AAAT---A----GGACA-G-------------TTGTTGG---CTGGG-TTTAT--GAGAGTG----TTT-TT------CAAAATTGAAAATTCATCTGACA--TGT------GC--AGACTAAAATTTTCTG---TGTCCTAA
gi|18 : T-C-AAAA---TTTAAGGA-----------------TC----G---CTTGG-ATTGT--AGGAATT----TTTCTT------CGACGCTGAAGATTTCTTGTATG--TAAATGCCTGTCTAAACTCGAATTTTCTT---TGt
gi|19 : -ACGAAATTCAGGT-AA--TTA--------------A-CATAAGGT-----CATAATCTCAGGTCAACGAGATGTTAC-TTT-GCGAGA--C-AGAACAGG--AAGGTCG-G-------------TG----G---TTAGG-ATTAc
gi|2 : TTCATGGCCATA-CTG-AACTATCTTTGTCACAG----G-AAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GT--A---TACATG--TTAA---TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGC-AC-TGTCACTACGTTACACATTA-TTGGGAAA-C--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGGTT--GCTATTTCTAGGT----GT-G--G-AAC--A-TATACG-----T-TGTGGTT-TATGAA-TTGCATAAAACAGCCTCCTCAAT---ATT-AGATCTACCACTT-CT-TCATTTATTTTATGACGTCAGAAC-A-A-GACCAC-AACATCACATTTATTGTCTTGT-C--CTGGATATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---ATACATTAG-CCTCT--AG-GCCTTACT-CATTTC-CAATC---A-ATATG-ATGCACTGAACTTTGCA---GCAAATAT--C---AT-AAGACTAG-G-ATGAAATTGATATAAA--CCAC---------CC--A-CATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGTCAC-TTT-GC-AGAT-----AA---A--AAGGACA-G-------------TT----G---ATAGA-AATAT--GCAAGTT----TTTACT------TGACATTTAAAAATCATTGCATG--TATATG---GT--AAACTTGAATTTTCTC---TGCTCTAAATC
gi|20 : tCTATACA---A-AAAAAT--C---AT-AAGACTGG-G-ATGAAATTGATGC-AAT-TCAC---------TT--A-TGGA---------TATAATATCAGGTCAACGTGGTGTTAC-TTT-GCAAttt
gi|21 : TTTTTA--T----GC-A--GAAAA--A-C-CA-GATGT-T-TGTATTT-TCTG---TTATACAAAACAGTCTCGTCA
gi|3 : cagtttTTTATAGACATAAATATAACT-TCCCTGTTACAGTATTA-AAGTAAAAAGGTGTGGCCGATCTTCATC---AT-GTGTTCGC--AAGGTACATG--T--A---CACTAACCCTAA-ATAAT------GGTGAA-GGG-ACTTATCACATCGTTTTACATTA-CTGTG-TA-T--ATCAAGAAAATGATACT---AATTAGACGTGAGCGATT--GCTATTTTTAGAG----GC-A--GAAAA--A--ACA-GAAATTT-TAAATTTGTCTG---TTACTCAAAATGATCTTGTCA-----ATC-AGACCCTCTAT-T-ATATAATTTGTATTGTGTTATGAAAAC-A-AGGAGCAT-GACATCACATCTGTTCTCTTGT-C--TAGGCCACGAT--TGATATT--GTATTT----------CATTAG-C--C----------TACT-CATTTC-CAAT----AGACTTGAAAGCATTGCATTGTGAT---T-GGACATGGA---GTGAAAACGAGAA-AAGAAATTGA-GT-AC--TTACT--------CT--A-CGTAAGTT-----CGTTGTCTCAGAACAATGAGATGTGCCTTTT-GCGTAAT-T---GG---A--AAGAACCTG-------------TC----A---ATA-G-ATTTT--GGAAGTT----TTTACA------CAACATGGAAAAAGAACTTAATG--AATGTG-------AGACTTAAATTTtt
gi|4 : ttGTATTA-AAGTGAAGTGACATGGTTGATTCTCATCT------TGT--GT--G---TGCATA--CTAA----------CCTTACATAAT--GATGGGAGAAAGGG-AC-TGTCACTGAGTTTCACCTCAACTGCTACA-TGTATCAAGGGGCCGAAACTGGAAACTCGACTCGAGCAGTT--GCTGTTTTTAGAT----GCAA--AAAAA--A-TAAA-AAAT--T-TGTATTT-TCTG---TTGCACAAAACAGTCTCCT---T---ATT-G----------------TCATTGGTATCATGATTTCAAAACAA-A-GACTGT-GACATCACAT
gi|5 : agaacatgatcatgtgatctaaagcttatagttacatattgctatagacataagcctagacatagaacaatttcttatgGTCCAAAC-ATA-GACTGT-GATGTCACATCTCTCACCTTGTCC--CCAGCTATGAT--TAATATT--ACATTTAGTTATAATACATTAGAC--CT--AATG---TACTGCGTT-------------------GTACAGGGAAC--TACA---A-GAATAT--TAGGAT-GAAAGTAA-G-ACGATCTAGATAT-AAGTTCACAAATTAAGGCCGTA-TATAAGTT-----CACAATTTCAGGCTGTTGAGATGTGGC-CTT-GTGAGAT-G-AAAA---A--AAGGGTA-G-------------CC----A---TTAGG-ATTAT--G-----------TTA---------------GAAAATTTGTTGGACT--TATAT----GT--AGACTCAAAATTTCTC----GGTCCAAATC
gi|6 : tTCTTGC-A--CTTGCTATTAT--A-----T--A-ATCTTATT---TTAAATTGA-CA-TT--AG-GCCTT---------------------ATGTG-GTGCATTTCA--TTGCACTGG-GGACTT--C------AAGATTAG-G-ATAAAATTGAAAT-AA--TCAA---------TC--T-TGTAAGTT-----TGTAATCTCAAATCA---AGCTG-AAT-TTTCTCGAGAT-C---AA---A--AGGGATC-G-------------TT----GTTTATAGG-ATTATGGGAGAGTT----TTT--T------CAATGCTGGAAAT---TTGGAAGGATATATGC--GT--AGACTCAAATTTTCTC---TGTCCTGAt
gi|7 : ttcCACAATATTATAAGTAAAAA----------ATCTTCACCT------TGTT-CTTCA---TACATGCTTTAAGTTTACTAATCTTAAAA-------GAGGGGAAG-GGG-----GTTGCTAGATTTTGCATC-----------T--ACCAAGG------AACTTGAAATCCGATATCAATGGTT--GTTATATTTAGATGAGAGC-A--GAAAA--A-TACA-GAGAT-T-TGTACTT-TTTG---TTGCACAAAACAAACTCCT-AAT---
gi|8 : gtcagatcatgattatttgatatatacattttttcatagacataagTACT-CATTTC-CAGTT---A-ATATG-ATGCAGGGGG-----------------T--C---AT-TAGAC-AGTG-ATGCAATTCATGT-AA----AA---------C---A-CGAAAATT-----CATTATCTCATTTCAATGAGATGTGAC-TTT-Gtt
gi|8 : catcacatattacacatgtacAAAATTCTTTGGATA--TATATGTA-TT--AAGCTTGAATTTTCTC---AATTCTGAtaacagtttcatttttcatgccaaaaaaattctttggatatatatgtattaagcttgaattttctcaattctgatatttt
gi|9 : catcacatattacacatgtactactcatttccagttaatatgatgcagggggtcattagacagtgatgcaattcatgtaaaacacgaaaattcattatctcatttcaatgagatgtgactttgtaacagtttcatttttcatgccaaaATT-CATTTCTCAATGGCCA-AT-----TACAATGCACAT---A---G-AA---T--C---AT-GAGACTGG-G-ATGAAATTGAGGT-AA--GCAA---------TC--AATGTAAGTTAAATTCCTGATCTAAGATCAATGAGATATCAC-TTT-GCAAGAT---AAAA---A--AATTATG-A-------------TC----C---TTAGG-ATTAT--AGGA---------------------ACA-TGAAA-----------------------GC--AG-CTCGAATTTTCTC---TGTCCtatttt
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 33333333333333333333 222222222 1 1 22 22222222222222 1111 4444444444444444 22 11111 222222 111 11 11111 11 11111 6666666666666666666666666666666666 1111111111 11111111111 2222222222222222222 11111 22222222222222222 1111 222222222 2222222222
lowQualScore : 99999 3 33 777777 9999 1 66666666666666666666 222222222 0 3 6 00 1 8 8 8 0 1 66666666666666 44 6 2 88 77 0000 9999 5 2222222222222222 5 0 99 2 00000 5 44 888888 3 0 55 5 555 88 33 66 00000 33 0 7 11111 2222222222222222222222222222222222 4 3 77 1 7 0 0 7777777777 55 666 666 7 3 55555555555 3 4 7777777777777777777 3 99999 2 1 1 3 3 2 55555 666 55 11111111111111111 7777 7777 3 2222 9999 333333333 2 5555 0000000000 777
lowQualScore : ..... . .. ...... .... . .................... ......... . . . .. . . . . . . .............. .. . . .. .. .... .... . ................ . . .. . ..... . .. ...... . . .. . ... .. .. .. ..... .. . . ..... .................................. . . .. . . . . .......... .. ... ... . . ........... . . ................... . ..... . . . . . . ..... ... .. ................. .... .... . .... .... ......... . .... .......... ...
lowQualScore : 00000 2 22 444444 4444 4 44444444444444444444 888888888 6 2 4 44 0 0 0 0 8 4 00000000000000 77 7 2 55 99 6666 9999 0 9999999999999999 0 2 66 5 44444 7 44 999999 7 3 00 7 111 44 88 44 99999 88 2 4 11111 9999999999999999999999999999999999 4 7 11 9 3 8 7 4444444444 00 111 444 3 3 88888888888 3 0 3333333333333333333 6 11111 5 0 0 6 6 3 44444 444 00 88888888888888888 4444 7777 6 8888 4444 999999999 7 8888 9999999999 000
consensus : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATG--TTAA---TACTAACCCTAAGACAATTGGAAGGGGGAG-GGG-AC-TGTCACTACGTTTCACATTA-CTGNGANA-T--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGAT----GC-G--GAAAA-A-C--ANA-GA---T--TTGTATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCTCAAT---ATT-AGATCCGCCAC-T-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-GGCTATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---GTACATTAGC--CT--AGGCCTTACTCATTTC-CAAT----A-ATGTG-GTGCACTGCACTTTGCA---G-AGACAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGA-CGG-------------TCG---NTAG----G-ATTATGG--GAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGACG--TATATG---G--T--AGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
Reference ( family-2987 ) : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATG--TTAA---TACTAGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGAG-GGG-AC-TGTCACTACGTTTCACATTA-CTGNGANA-T--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGAT----GC-G--GAAAA-A-T--ANA-GA---T--TTGTATTT-TCTG-ATTGCACAAAACAGTCTCCTCAAT---ATT-AGATCCGCCAC-T-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-GGCTATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---GTACATTAGC--CT--AGGCCTTACTCATTTC-CAAT----A-ATGTG-GTGCACTGCACTTTGCA---G-AAACAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGA-CGG-------------TCG---NTAG----G-ATTATGG--GAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGACG--TATATG---G--T--AGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
gi|1 : TTCATGGCCATTACTG-AACTATCTTTGTCACAG----G-AAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GT--A---TACATG--TTAA---TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGGCAC-TGTCACTACGTTACACATTA-TTGGGAAAAC--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGGTT--GCTATTTCTAGGT----GT-G--GAAAC-ACT--ATATG-------TTGTGTTT-ATGA-ATTGCATAAAACAGCCTCCTCAAT---ATT-AGATCTAACAC-TTCT-TCATTTATTTTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCAC-AACATCACATTTATTGTCTTGTC--CT-GGATATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---ATACATTAGC--CTCTAGGCCTTACTCATTTC-CAATC---A-ATATG-ATGCACTGAACTTTGCA---GCAAATAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATAT-AA--CCAC---------CC--A-CATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGTCAC-TTT-GCAAGAT-T-AAAA---A--AAGGA-CAG-------------TTG---ATAG----A-ATTATGC--GAGTT----TTTACT------TGACATTTAAAAATCATTGCATG--TATATG---G--T--AAACTTGAATTTTCTC---TGCTCTAAATC
gi|10 : AT--CAT-ATA---ACTAG-G-ATTAAATT-----------GATAA-AA----AC---------CC--A-CGTTAATT-----CATGATCTCGGGTCCACGAGATGCGAC-TTT-GTTGAATGC-AGAA---A--CA--A-CGA-------------CCG---TGAG----G-ATTTTT-----ATT----TTTATTTTTTTCCGATTTCGAAAATTCATTGGAAG--TATGC----G--T--AGATGCAAATATTTTCAAGTGTT
gi|11 : AT---------CC--A-CGAAAGTT-----CGTAATCTCGTGTCAACAAGATGTGAC-TTT-GCGAGAT-TAAAAA---A--AAGGA-CAGATTTAAAAAGACATCG---TTAA----GTATTATGG--TAGTTTGGGTTTTTC------CGACGATGAAAATCCATCTGATG--T-TATGT--G--T--ACTCTCGATTTTTTTC---TGTt
gi|12 : TCTTGTCATCT-TGCCATTGT--AG-TATTTGACATTTTGT----GTACAAT------T--AGGCCT-------------------A-ATGTG-GTGCACTGCATTTTGTA---G-ACACCT--C---AAA---ACTAG-G-TTAAAATT-----------GAcgcaatc
gi|13 : gtgtcTCTTGTCATCT-TGCCATG-T--AG-TATTTGACATTTTGTT---GTACAAT------T--AGGCCT-------------------A-ATGTG-GTGCACTGCA-TTTGTA---G-ACACCT--C---AAA---ACTAG-GTTTAAAATT-----------GAgatcttgtttgtaatc
gi|14 : tc--GCCACTTTCATAT----GT-G--AGAAA-A-C--AAT-GAAG-T--GTGCATTT-TCTG--TTGTGCAAAAAAGTCTCCTCTGT---A---AGATTTGCAAC-T----TCATTTGTATAATTATGTC--AAC-AGA-GAATGA-GACATCACAatcttgtttgttaatc
gi|15 : AGGGGATGAAATTTAAAACTTG-TGTGAGTGGTTTTGCTATTTAAAGAT----GC-GTTG-AAA-C-C--AGA-G----T--TTGTAT-------------ATAAATCAGTTTCCTCAGCTCAATT-AGATCCGTCAT-TGCA-TCAT
gi|16 : AC---ATTCAGTTCCACCAC-TGCT-TCAGAT-TATCATAGCATTA---C-A---GATCATAGTCA-CACATCTATCGTCTTGCC--CT-GGTTATGATAAAAATATT--ATACTTTGTT---G
gi|17 : AGAT-C-AAAT---A----GGA-CAG-------------TTG---TTGGCTGGG-TTTATGA--GAGTG----TTT-TT------CAAAATTGAAAATTCATCTGACA--TGT------G--C--AGACTAAAATTTTCTG---TGTCCTAA
gi|18 : T-C-AAAA---TTTAAGGA-----------------TCG---CTTG----G-ATTGTAG--GAATT----TTTCTT------CGACGCTGAAGATTTCTTGTATG--TAAATGCCTG--TCTAAACTCGAATTTTCTT---TGt
gi|19 : -ACGAAATT-----------CAGGT-AA--TTA--------------A-CATAAGGT-----CATAATCTCAGGTCAACGAGATGTTAC-TTT-GCGAGA--C-AGAACAGG--AAGGT-CGG-------------TGG---TTAG----G-ATTAc
gi|2 : TTCATGGCCATA-CTG-AACTATCTTTGTCACAG----G-AAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GT--A---TACATG--TTAA---TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGC-AC-TGTCACTACGTTACACATTA-TTGGGAAA-C--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGGTT--GCTATTTCTAGGT----GT-G--GAACATA-T--ACG---------TTGTGGTT-TATGAATTGCATAAAACAGCCTCCTCAAT---ATT-AGATCTACCACTT-CT-TCATTTATTTTATGACGTCAGAAC-A-A-GACCAC-AACATCACATTTATTGTCTTGTC--CT-GGATATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---ATACATTAGCCTCT--AGGCCTTACTCATTTC-CAATC---A-ATATG-ATGCACTGAACTTTGCA---GCAAATAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATATAAA--CCAC---------CC--A-CATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGTCAC-TTT-GC-AGAT-----AA---A--AAGGA-CAG-------------TTG---ATAG----A-AATATGC--AAGTT----TTTACT------TGACATTTAAAAATCATTGCATG--TATATG---G--T--AAACTTGAATTTTCTC---TGCTCTAAATC
gi|20 : tCTATACA---A-AAAAAT--CAT-AAG---ACTGG-G-ATGAAATT-----------GATGC-AAT-TCAC---------TT--A-TGGA---------TATAATATCAGGTCAACGTGGTGTTAC-TTT-GCAAttt
gi|21 : TTTTTA--T----GC-A--GAAAA-A-C---CA-GA---TGTTTGTATTT-TCTG--TTATACAAAACAGTCTCGTCA
gi|3 : cagtttTTTATAGACATAAATATAACT-TCCCTGTTACAGTATTA-AAGTAAAAAGGTGTGGCCGATCTTCATC---AT-GTGTTCGC--AAGGTACATG--T--A---CACTAACCCTAA-ATAAT------GGTGAA-GGG-ACTTATCACATCGTTTTACATTA-CTGTG-TA-T--ATCAAGAAAATGATACT---AATTAGACGTGAGCGATT--GCTATTTTTAGAG----GC-A--GAAAA-A----ACA-GAAATT--TTAAATTTGTCTG--TTACTCAAAATGATCTTGTCA-----ATC-AGACCCTCTAT-T-ATATAATTTGTATTGTGTTATGAAAAC-A-AGGAGCAT-GACATCACATCTGTTCTCTTGTC--TA-GGCCACGAT--TGATATT--GTATTT----------CATTAGC--C---------TACTCATTTC-CAAT----AGACTTGAAAGCATTGCATTGTGAT---T-GGACATGGAGTGAAA---ACGAGAA-AAGAAATT-----------GA-GT-AC--TTACT--------CT--A-CGTAAGTT-----CGTTGTCTCAGAACAATGAGATGTGCCTTTT-GCGTAAT-T---GG---A--AAGAACCTG-------------TCA---ATA-----G-ATTTTGG--AAGTT----TTTACA------CAACATGGAAAAAGAACTTAATG--AATGTG---------AGACTTAAATTTtt
gi|4 : ttCATA---G-AACAAT--TTCTTATGGTATTA-AAGTGAAGTGACATGGTTGATTCTCATCTTG-------T-GT--G---TGCAT-----------ACTAACCTTAC-ATAAT--GATGGGAGAAAGGG-AC-TGTCACTGAGTTTCACCTCAACTGCTACA-TGTATCAAGGGGCCGAAACTGGAAACTCGACTCGAGCAGTT--GCTGTTTTTAGAT----GCAA--AAAAA-A-TA-AAA-AA---T--TTGTATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCT---T---ATT-G----------------TCATTGGTATCATGATTTCAAAACAA-A-GACTGT-GACATCACAT
gi|5 : agaacatgatcatgtgatctaaagcttatagttacatattgctatagacataagcctagaGTCCAAAC-ATA-GACTGT-GATGTCACATCTCTCACCTTGTC--CCCAGCTATGAT--TAATATT--ACATTTAGTTATAATACAT-------T--AGACC---------------T----A-ATGT------ACTGCGTTGTACA---G-GGA-AC--TAC-AAGAATATTAG-G-ATGAAAGTAAGACGATCTAGATAT-AAGTTCACAAATTAAGGCCGTA-TATAAGTT-----CACAATTTCAGGCTGTTGAGATGTGGC-CTT-GTGAGAT-G-AAAA---A--AAGGG-TAG-------------CCA---TTAG----G-ATTATG-------------TTA---------------GAAAATTTGTTGGACT--TATAT----G--T--AGACTCAAAATTTCTC----GGTCCAAATC
gi|6 : tTCTTGCA--CT-TGCTATTAT--A-----T--A-ATCTTATT---TTAAATTGACA-TT--AGGCCTTA--------------------TGTG-GTGCATTTCA--TTGCACTGG-GGACTT--CA---AG---ATTAG-G-ATAAAATT-----------GAAAT-AA--TCAA---------TC--T-TGTAAGTT-----TGTAATCTCAAATCA---AGCTG-AAT-TTTCTCGAGAT-C---AA---A--AGGGA-TCG-------------TTGTTTATAG----G-ATTATGGGAGAGTT----TTT--T------CAATGCTGGAAAT---TTGGAAGGATATATGC--G--T--AGACTCAAATTTTCTC---TGTCCTGAt
gi|7 : ttcCACAATATTATAAGTAAAA----------AATCTTCACCT------TGTT-CTTCA---TACATGCTTTAAGTTTACTAATCTTAAAA-------GAGGGGAAG-GGG-GT-TG---CTAGATTTTGCATC-----------T--ACCAAGGA------ACTTGAAATCCGATATCAATGGTT--GTTATATTTAGATGAGAGC-A--GAAAA-A-TACAGA-GA---T--TTGTACTT-TTTG--TTGCACAAAACAAACTCCT-AAT---
gi|8 : gtcagatcatgattatttgatatatacattttttcatagacataagTACTCATTTC-CAGTT---A-ATATG-ATGCA---------GGG---G-G----T--CAT-TAG---AC-AGTG-ATGCAATT-----------CATGT-AA----AA---------C---A-CGAAAATT-----CATTATCTCATTTCAATGAGATGTGAC-TTT-Gtt
gi|8 : catcacatattacacatgtacAAAATTCTTTGGATA--TATATG---TATT--AAGCTTGAATTTTCTC---AATTCTGAtaacagtttcatttttcatgccaaaaaaattctttggatatatatgtattaagcttgaattttctcaattctgatatttt
gi|9 : catcacatattacacatgtactactcatttccagttaatatgatgcagggggtcattagacagtgatgcaattcatgtaaaacacgaaaattcattatctcatttcaatgagatgtgactttgtaacagtttcatttttcatgccaaaATTCATTTCTCAATGGCCA-AT-----TACAATGCACAT---A---G-AA---T--CAT-GAG---ACTGG-G-ATGAAATT-----------GAGGT-AA--GCAA---------TC--AATGTAAGTTAAATTCCTGATCTAAGATCAATGAGATATCAC-TTT-GCAAGAT---AAAA---A--AATTA-TGA-------------TCC---TTAG----G-ATTATAG--GAtatttt
gi|9 : ctttaaCTCGAATTTTCTC---TGTCCacatgaaagcagctcgaattttctctgtccctcttta
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 33333333333333333333 222222222 1 1 22 22222222222222 1111 11 11 1111111 2222222 111 11 11111 11 111 6666666666666666666666666666666666 111111111111 1 11111111111 2222222222222222222 11111 22222222222222222 1111 222222222 2222222222
lowQualScore : 99999 3 33 777777 9999 1 66666666666666666666 222222222 0 3 6 00 1 8 8 8 0 1 66666666666666 44 6 2 88 77 0000 999999 77777 44 0 66 66 66 666 33 4444444 5 44 7777777 3 0 55 5 555 88 33 66 00000 33 0 7 22 000 8888888888888888888888888888888888 4 3 77 1 333333333333 0 55 666 666 7 3 55555555555 3 4 7777777777777777777 3 99999 2 1 1 3 3 2 55555 666 55 11111111111111111 7777 7777 3 2222 9999 333333333 2 5555 0000000000 777
lowQualScore : ..... . .. ...... .... . .................... ......... . . . .. . . . . . . .............. .. . . .. .. .... ...... ..... .. . .. .. .. ... .. ....... . .. ....... . . .. . ... .. .. .. ..... .. . . .. ... .................................. . . .. . ............ . .. ... ... . . ........... . . ................... . ..... . . . . . . ..... ... .. ................. .... .... . .... .... ......... . .... .......... ...
lowQualScore : 00000 2 22 444444 4444 4 44444444444444444444 888888888 6 2 4 44 0 0 0 0 8 4 00000000000000 77 7 2 55 99 6666 000000 88888 22 2 99 99 99 555 88 1111111 7 44 0000000 7 3 00 7 111 44 88 44 99999 88 2 4 44 000 7777777777777777777777777777777777 4 7 11 9 555555555555 7 00 111 444 3 3 88888888888 3 0 3333333333333333333 6 11111 5 0 0 6 6 3 44444 444 00 88888888888888888 4444 7777 6 8888 4444 999999999 7 8888 9999999999 000
consensus : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATG--TTAA---TACTAACCCTAAGACAATTGGAAGGGGGAG-GGG-AC-TGTCACTACGTTTCACATTA-CTGNGANA-T--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGAT----GC-G--GAAAA--A--CANAGA--TG-TTGT--ATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCTCAAT---ATT-AGATCCGCCAC-T-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-GGCTATGAT--AGATATT--ACATTTCGTTGTA---CATTAGC--CT--AGGCCTTACTCATTTC-CAAT----A-ATGTG-GTGCACTGCACTTTGCA---G-AGACAT--CAT-AAGA---CTAG-G-ATGAAATT-----------GATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGA-CGG-------------TCG---NTAG----G-ATTATGG--GAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGACG--TATATG---G--T--AGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
Reference ( family-2987 ) : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATG--TTAA---TACTAACCCTAAGACAATTGGAAGGGGGAG-GGG-AC-TGTCACTACGTTTCACATTA-CTGNGANA-T--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGAT----GC-G--GAAAA--A--CANAGA--T--TTGT--ATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCTCAAT---ATT-AGATCCGCCAC-T-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-GGCTATGAT--AGATATT--ACATTTCGTTGTA---CATTAGC--CT--AGGCCTTACTCATTTC-CAAT----A-ATGTG-GTGCACTGCACTTTGCA---G-AGACAT--CAT-AAGA---CTAG-G-ATGAAATT-----------GATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGA-CGG-------------TCG---NTAG----G-ATTATGG--GAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGACG--TATATG---G--T--AGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
gi|1 : TTCATGGCCATTACTG-AACTATCTTTGTCACAG----G-AAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GT--A---TACATG--TTAA---TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGGCAC-TGTCACTACGTTACACATTA-TTGGGAAAAC--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGGTT--GCTATTTCTAGGT----GT-G--GAAAC--A--C-TATA--TG-TTGT--GTTT--ATGAATTGCATAAAACAGCCTCCTCAAT---ATT-AGATCTAACAC-TTCT-TCATTTATTTTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCAC-AACATCACATTTATTGTCTTGTC--CT-GGATATGAT--AGATATT--ACATTTCGTTATA---CATTAGC--CTCTAGGCCTTACTCATTTC-CAATC---A-ATATG-ATGCACTGAACTTTGCA---GCAAATAT--CAT-AAGA---CTAG-G-ATGAAATT-----------GATAT-AA--CCAC---------CC--A-CATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGTCAC-TTT-GCAAGAT-T-AAAA---A--AAGGA-CAG-------------TTG---ATAG----A-ATTATGC--GAGTT----TTTACT------TGACATTTAAAAATCATTGCATG--TATATG---G--T--AAACTTGAATTTTCTC---TGCTCTAAATC
gi|10 : AT--CAT-ATAA---CTAG-G-ATTAAATT-----------GATAA-AA----AC---------CC--A-CGTTAATT-----CATGATCTCGGGTCCACGAGATGCGAC-TTT-GTTGAATGC-AGAA---A--CA--A-CGA-------------CCG---TGAG----G-ATTTTT-----ATT----TTTATTTTTTTCCGATTTCGAAAATTCATTGGAAG--TATGC----G--T--AGATGCAAATATTTTCAAGTGTT
gi|11 : AT---------CC--A-CGAAAGTT-----CGTAATCTCGTGTCAACAAGATGTGAC-TTT-GCGAGAT-TAAAAA---A--AAGGA-CAGATTTAAAAAGACATCG---TTAA----GTATTATGG--TAGTTTGGGTTTTTC------CGACGATGAAAATCCATCTGATG--T-TATGT--G--T--ACTCTCGATTTTTTTC---TGTt
gi|12 : TCTTGTCATCT-TGCCATTGT--AG-TATTTGACATTTTGT-GTA---CAAT------T--AGGCCT-------------------A-ATGTG-GTGCACTGCATTTTGTA---G-ACACCT--C---AAAA---CTAG-G-TTAAAATT-----------GAcgcaatc
gi|13 : gtgtcTCTTGTCATCT-TGCCATG-T--AG-TATTTGACATTTTGTTGTA---CAAT------T--AGGCCT-------------------A-ATGTG-GTGCACTGCA-TTTGTA---G-ACACCT--C---AAAA---CTAG-GTTTAAAATT-----------GAgatcttgtttgtaatc
gi|14 : tc--GCCACTTTCATAT----GT-G--AGAAA--A--CAATGAAGT--GTGC--ATTT-TCTG--TTGTGCAAAAAAGTCTCCTC--T---GTA-AGATTTGCAA----CT-TCATTTGTATAATTATGTC--AAC-AGA-GAATGA-GACATCACAatcttgtttgttaatc
gi|15 : AGGGGATGAAATTTAAAACTTG-TGTGAGTGGTTTTGCTATTTAAAGAT----GC-GTTG-AAA--C--CAGAG---T--TTGT--AT-------------ATAAATCAGTTTCCTCAGCTCAATT-AGATCCGTCAT-TGCA-TCAT
gi|16 : AC---ATTCAGTTCCACCAC-TGCT-TCAGAT-TATCATAGCATTA---C-A---GATCATAGTCA-CACATCTATCGTCTTGCC--CT-GGTTATGATAAAAATATT--ATACTTTGTTG
gi|17 : AGAT-C-AAAT---A----GGA-CAG-------------TTG---TTGGCTGGG-TTTATGA--GAGTG----TTT-TT------CAAAATTGAAAATTCATCTGACA--TGT------G--C--AGACTAAAATTTTCTG---TGTCCTAA
gi|18 : T-C-AAAA---TTTAAGGA-----------------TCG---CTTG----G-ATTGTAG--GAATT----TTTCTT------CGACGCTGAAGATTTCTTGTATG--TAAATGCCTG--TCTAAACTCGAATTTTCTT---TGt
gi|19 : -ACGAAATT-----------CAGGT-AA--TTA--------------A-CATAAGGT-----CATAATCTCAGGTCAACGAGATGTTAC-TTT-GCGAGA--C-AGAACAGG--AAGGT-CGG-------------TGG---TTAG----G-ATTAc
gi|2 : TTCATGGCCATA-CTG-AACTATCTTTGTCACAG----G-AAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GT--A---TACATG--TTAA---TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGC-AC-TGTCACTACGTTACACATTA-TTGGGAAA-C--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGGTT--GCTATTTCTAGGT----GT-G--G---A--A--CATATA--CG-TTGT--GGTT-TATGAATTGCATAAAACAGCCTCCTCAAT---ATT-AGATCTACCACTT-CT-TCATTTATTTTATGACGTCAGAAC-A-A-GACCAC-AACATCACATTTATTGTCTTGTC--CT-GGATATGAT--AGATATT--ACATTTCGTTATA---CATTAGCCTCT--AGGCCTTACTCATTTC-CAATC---A-ATATG-ATGCACTGAACTTTGCA---GCAAATAT--CAT-AAGA---CTAG-G-ATGAAATT-----------GATATAAA--CCAC---------CC--A-CATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGTCAC-TTT-GC-AGAT-----AA---A--AAGGA-CAG-------------TTG---ATAG----A-AATATGC--AAGTT----TTTACT------TGACATTTAAAAATCATTGCATG--TATATG---G--T--AAACTTGAATTTTCTC---TGCTCTAAATC
gi|20 : tCTATACA---A-AAAAAT--CAT-AAGA---CTGG-G-ATGAAATT-----------GATGC-AAT-TCAC---------TT--A-TGGA---------TATAATATCAGGTCAACGTGGTGTTAC-TTT-GCAAttt
gi|21 : TTTTTA--T----GC-A--GAAAA--A--C-CAGA--TGTTTGT--ATTT-TCTG--TTATACAAAACAGTCTCGTCA
gi|3 : cagtttTTTATAGACATAAATATAACT-TCCCTGTTACAGTATTA-AAGTAAAAAGGTGTGGCCGATCTTCATC---AT-GTGTTCGC--AAGGTACATG--T--A---CACTAACCCTAA-ATAAT------GGTGAA-GGG-ACTTATCACATCGTTTTACATTA-CTGTG-TA-T--ATCAAGAAAATGATACT---AATTAGACGTGAGCGATT--GCTATTTTTAGAG----GCAG--AAAAA--A--CAGAAA--T--TT-TAAATTTGTCTG--TTACTCAAAATGATCTTGTCA-----ATC-AGACCCTCTAT-T-ATATAATTTGTATTGTGTTATGAAAAC-A-AGGAGCAT-GACATCACATCTGTTCTCTTGTC--TA-GGCCACGAT--TGATATT--GTATTT----------CATTAGC--C---------TACTCATTTC-CAAT----AGACTTGAAAGCATTGCATTGTGAT---T-GGACATGGAGTGAAAA---CGAGAA-AAGAAATT-----------GA-GT-AC--TTACT--------CT--A-CGTAAGTT-----CGTTGTCTCAGAACAATGAGATGTGCCTTTT-GCGTAAT-T---GG---A--AAGAACCTG-------------TCA---ATA-----G-ATTTTGG--AAGTT----TTTACA------CAACATGGAAAAAGAACTTAATG--AATGTG---------AGACTTAAATTTtt
gi|4 : ttCATA---G-AACAAT--TTCTTATGGTATTA-AAGTGAAGTGACATGGTTGATTCTCATCTTG-------T-GT--G---TGCAT-----------ACTAACCTTAC-ATAAT--GATGGGAGAAAGGG-AC-TGTCACTGAGTTTCACCTCAACTGCTACA-TGTATCAAGGGGCCGAAACTGGAAACTCGACTCGAGCAGTT--GCTGTTTTTAGAT----GC-A--AAAAA--AATAAAAAA--T--TTGT--ATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCT---T---ATT-G----------------TCATTGGTATCATGATTTCAAAACAA-A-GACTGT-GACATCACAT
gi|5 : agaacatgatcatgtgatctaaagcttatagttacatattgctatagacataagcctagaGTCCAAAC-ATA-GACTGT-GATGTCACATCTCTCACCTTGTC--CCCAGCTATGAT--TAATATT--ACATTTAGTTATAATACATTAG---------ACCT-------------------A-ATGT------ACTGCGTTGTACA---G-GGA-AC--TAC-AAGAATATTAG-G-ATGAAAGTAAGACGATCTAGATAT-AAGTTCACAAATTAAGGCCGTA-TATAAGTT-----CACAATTTCAGGCTGTTGAGATGTGGC-CTT-GTGAGAT-G-AAAA---A--AAGGG-TAG-------------CCA---TTAG----G-ATTATG-------------TTA---------------GAAAATTTGTTGGACT--TATAT----G--T--AGACTCAAAATTTCTC----GGTCCAAATC
gi|6 : tTCTTGCA--CT-TGCTATTAT--A-----T--A-ATCTTATTTTA---AATTGACA-TT--AGGCCTTA--------------------TGTG-GTGCATTTCA--TTGCACTGG-GGACTT--CA---AGA---TTAG-G-ATAAAATT-----------GAAAT-AA--TCAA---------TC--T-TGTAAGTT-----TGTAATCTCAAATCA---AGCTG-AAT-TTTCTCGAGAT-C---AA---A--AGGGA-TCG-------------TTGTTTATAG----G-ATTATGGGAGAGTT----TTT--T------CAATGCTGGAAAT---TTGGAAGGATATATGC--G--T--AGACTCAAATTTTCTC---TGTCCTGAt
gi|7 : ttcCACAATATTATAAGTAAAA----------AATCTTCACCT------TGTT-CTTCA---TACATGCTTTAAGTTTACTAATCTTAAAA-------GAGGGGAAG-GGG-GT-TG---CTAGATTTTGCATC-----------T--ACCAAGGA------ACTTGAAATCCGATATCAATGGTT--GTTATATTTAGATGAGAGC-A--GAAAAATA--CAGAGA--T--TTGT--ACTT-TTTG--TTGCACAAAACAAACTCCT-AAT---
gi|8 : gtcagatcatgattatttgatatatacattttttcatagacataagTACTCATTTC-CAGTT---A-ATATG-ATGCA---------------G-GGG-GT--CAT-TAGA---C-AGTG-ATGCAATT-----------CATGT-AA----AA---------C---A-CGAAAATT-----CATTATCTCATTTCAATGAGATGTGAC-TTT-Gtt
gi|8 : catcacatattacacatgtacAAAATTCTTTGGATA--TATATG---TATT--AAGCTTGAATTTTCTC---AATTCTGAtaacagtttcatttttcatgccaaaaaaattctttggatatatatgtattaagcttgaattttctcaattctgatatttt
gi|9 : catcacatattacacatgtactactcatttccagttaatatgatgcagggggtcattagacagtgatgcaattcatgtaaaacacgaaaattcattatctcatttcaatgagatgtgactttgtaacagtttcatttttcatgccaaaATTCATTTCTCAATGGCCA-AT-----TACAATGCAC-----A---T-AGA-AT--CAT-GAGA---CTGG-G-ATGAAATT-----------GAGGT-AA--GCAA---------TC--AATGTAAGTTAAATTCCTGATCTAAGATCAATGAGATATCAC-TTT-GCAAGAT---AAAA---A--AATTA-TGA-------------TCC---TTAG----G-ATTATAG--GAtatttt
gi|9 : ctttaaCTCGAATTTTCTC---TGTCCacatgaaagcagctcgaattttctctgtccctcttta
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 33333333333333333333 222222222 1 1 22 22222222222222 111111 11111 11 1111111 2222222 111 11 11111 11 11111 6666666666666666666666666666666666 111111111111 1 11111111111 2222222222222222222 11111 22222222222222222 1111 222222222 2222222222
lowQualScore : 99999 3 33 777777 9999 1 66666666666666666666 222222222 0 3 6 00 1 8 8 8 0 1 66666666666666 44 6 2 88 77 111111 2 77777 0 8 5 5 666 33 4444444 5 44 7777777 3 0 55 5 555 88 33 66 00000 33 0 7 11111 2222222222222222222222222222222222 4 3 77 1 333333333333 0 55 666 666 7 3 55555555555 3 4 7777777777777777777 3 99999 2 1 1 3 3 2 55555 666 55 11111111111111111 7777 7777 3 2222 9999 333333333 2 5555 0000000000 777
lowQualScore : ..... . .. ...... .... . .................... ......... . . . .. . . . . . . .............. .. . . .. .. ...... . ..... . . . . ... .. ....... . .. ....... . . .. . ... .. .. .. ..... .. . . ..... .................................. . . .. . ............ . .. ... ... . . ........... . . ................... . ..... . . . . . . ..... ... .. ................. .... .... . .... .... ......... . .... .......... ...
lowQualScore : 00000 2 22 444444 4444 4 44444444444444444444 888888888 6 2 4 44 0 0 0 0 8 4 00000000000000 77 7 2 55 99 666666 2 22222 2 8 0 0 555 88 1111111 7 44 0000000 7 3 00 7 111 44 88 44 99999 88 2 4 11111 9999999999999999999999999999999999 4 7 11 9 555555555555 7 00 111 444 3 3 88888888888 3 0 3333333333333333333 6 11111 5 0 0 6 6 3 44444 444 00 88888888888888888 4444 7777 6 8888 4444 999999999 7 8888 9999999999 000
consensus : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATG--TTAA---TACTAACCCTAAGACAATTGGAAGGGGGAG-GGG-AC-TGTCACTACGTTTCACATTA-CTGNGANA-T--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGATG----C-GGAAAAA--CANAGATGT-T-GTATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCTCAAT---ATT-AGATCCGCCAC-T-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-GGCTATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---GTACATTAGC--CT--AGGCCTTACTCATTTC-CAAT----A-ATGTG-GTGCACTGCACTTTGCA---G-AGACAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGA-CGG-------------TCG---NTAG----G-ATTATGG--GAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGACG--TATATG---G--T--AGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
Reference ( family-2987 ) : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATG--TTAA---TACTAACCCTAAGACAATTGGAAGGGGGAG-GGG-AC-TGTCACTACGTTTCACATTA-CTGNGANA-T--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGATG----C-GGAAAAA--CANAGATGT-T-GTATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCTCAAT---ATT-AGATCCGCCAC-T-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-GGCTATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---GTACATTAGC--CT--AGGCCTTACTCATTTC-CAAT----A-ATGTG-GTGCACTGCACTTTGCA---G-AGACAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGA-CGG-------------TCG---NTAG----G-ATTATGG--GAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGACG--TATATG---G--T--AGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
gi|1 : TTCATGGCCATTACTG-AACTATCTTTGTCACAG----G-AAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GT--A---TACATG--TTAA---TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGGCAC-TGTCACTACGTTACACATTA-TTGGGAAAAC--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGGTT--GCTATTTCTAGGTG----T-GGAAACA--C-TATATGT-T-GTGTTT--ATGAATTGCATAAAACAGCCTCCTCAAT---ATT-AGATCTAACAC-TTCT-TCATTTATTTTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCAC-AACATCACATTTATTGTCTTGTC--CT-GGATATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---ATACATTAGC--CTCTAGGCCTTACTCATTTC-CAATC---A-ATATG-ATGCACTGAACTTTGCA---GCAAATAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATAT-AA--CCAC---------CC--A-CATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGTCAC-TTT-GCAAGAT-T-AAAA---A--AAGGA-CAG-------------TTG---ATAG----A-ATTATGC--GAGTT----TTTACT------TGACATTTAAAAATCATTGCATG--TATATG---G--T--AAACTTGAATTTTCTC---TGCTCTAAATC
gi|10 : AT--CAT-ATA---ACTAG-G-ATTAAATT-----------GATAA-AA----AC---------CC--A-CGTTAATT-----CATGATCTCGGGTCCACGAGATGCGAC-TTT-GTTGAATGC-AGAA---A--CA--A-CGA-------------CCG---TGAG----G-ATTTTT-----ATT----TTTATTTTTTTCCGATTTCGAAAATTCATTGGAAG--TATGC----G--T--AGATGCAAATATTTTCAAGTGTT
gi|11 : AT---------CC--A-CGAAAGTT-----CGTAATCTCGTGTCAACAAGATGTGAC-TTT-GCGAGAT-TAAAAA---A--AAGGA-CAGATTTAAAAAGACATCG---TTAA----GTATTATGG--TAGTTTGGGTTTTTC------CGACGATGAAAATCCATCTGATG--T-TATGT--G--T--ACTCTCGATTTTTTTC---TGTt
gi|12 : TCTTGTCATCT-TGCCATTGT--AG-TATTTGACATTTTGT----GTACAAT------T--AGGCCT-------------------A-ATGTG-GTGCACTGCATTTTGTA---G-ACACCT--C---AAA---ACTAG-G-TTAAAATT-----------GAcgcaatc
gi|13 : gtgtcTCTTGTCATCT-TGCCATG-T--AG-TATTTGACATTTTGTT---GTACAAT------T--AGGCCT-------------------A-ATGTG-GTGCACTGCA-TTTGTA---G-ACACCT--C---AAA---ACTAG-GTTTAAAATT-----------GAgatcttgtttgtaatc
gi|14 : tc--GCCACTTTCATATG----T-GAGAAAA--CAATGAAGTGT-GCATTT-TCTG--TTGTGCAAAAAAGTCTCCTC--T---GTA-AGATTTGCAA----CT-TCATTTGTATAATTATGTC--AAC-AGA-GAATGA-GACATCACAatcttgtttgttaatc
gi|15 : AGGGGATGAAATTTAAAACTTG-TGTGAGTGGTTTTGCTATTTAAAGATG----C-GTTGAAA--C-CAGAGTT-T-GTAT-------------ATAAATCAGTTTCCTCAGCTCAATT-AGATCCGTCAT-TGCA-TCAT
gi|16 : AC---ATTCAGTTCCACCAC-TGCT-TCAGAT-TATCATAGCATTA---C-A---GATCATAGTCA-CACATCTATCGTCTTGCC--CT-GGTTATGATAAAAATATT--ATACTTTGTT---G
gi|17 : AGAT-C-AAAT---A----GGA-CAG-------------TTG---TTGGCTGGG-TTTATGA--GAGTG----TTT-TT------CAAAATTGAAAATTCATCTGACA--TGT------G--C--AGACTAAAATTTTCTG---TGTCCTAA
gi|18 : T-C-AAAA---TTTAAGGA-----------------TCG---CTTG----G-ATTGTAG--GAATT----TTTCTT------CGACGCTGAAGATTTCTTGTATG--TAAATGCCTG--TCTAAACTCGAATTTTCTT---TGt
gi|19 : -ACGAAATT-----------CAGGT-AA--TTA--------------A-CATAAGGT-----CATAATCTCAGGTCAACGAGATGTTAC-TTT-GCGAGA--C-AGAACAGG--AAGGT-CGG-------------TGG---TTAG----G-ATTAc
gi|2 : TTCATGGCCATA-CTG-AACTATCTTTGTCACAG----G-AAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GT--A---TACATG--TTAA---TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGC-AC-TGTCACTACGTTACACATTA-TTGGGAAA-C--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGGTT--GCTATTTCTAGGTG----T-GG---AA--CATATACGT-T-GTGGTT-TATGAATTGCATAAAACAGCCTCCTCAAT---ATT-AGATCTACCACTT-CT-TCATTTATTTTATGACGTCAGAAC-A-A-GACCAC-AACATCACATTTATTGTCTTGTC--CT-GGATATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---ATACATTAGCCTCT--AGGCCTTACTCATTTC-CAATC---A-ATATG-ATGCACTGAACTTTGCA---GCAAATAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATATAAA--CCAC---------CC--A-CATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGTCAC-TTT-GC-AGAT-----AA---A--AAGGA-CAG-------------TTG---ATAG----A-AATATGC--AAGTT----TTTACT------TGACATTTAAAAATCATTGCATG--TATATG---G--T--AAACTTGAATTTTCTC---TGCTCTAAATC
gi|20 : tCTATACA---A-AAAAAT--CAT-AAG---ACTGG-G-ATGAAATT-----------GATGC-AAT-TCAC---------TT--A-TGGA---------TATAATATCAGGTCAACGTGGTGTTAC-TTT-GCAAttt
gi|21 : TTTTTA--TG----C-AGAAAAA--C-CAGATGT-TTGTATTT-TCTG--TTATACAAAACAGTCTCGTCA
gi|3 : cagtttTTTATAGACATAAATATAACT-TCCCTGTTACAGTATTA-AAGTAAAAAGGTGTGGCCGATCTTCATC---AT-GTGTTCGC--AAGGTACATG--T--A---CACTAACCCTAA-ATAAT------GGTGAA-GGG-ACTTATCACATCGTTTTACATTA-CTGTG-TA-T--ATCAAGAAAATGATACT---AATTAGACGTGAGCGATT--GCTATTTTTAGAGG----CAGAAAAAA--CAGAAATTT-T-AAATTTGTCTG--TTACTCAAAATGATCTTGTCA-----ATC-AGACCCTCTAT-T-ATATAATTTGTATTGTGTTATGAAAAC-A-AGGAGCAT-GACATCACATCTGTTCTCTTGTC--TA-GGCCACGAT--TGATATT--GTATTT----------CATTAGC--C---------TACTCATTTC-CAAT----AGACTTGAAAGCATTGCATTGTGAT---T-GGACATGGAGTGAAA---ACGAGAA-AAGAAATT-----------GA-GT-AC--TTACT--------CT--A-CGTAAGTT-----CGTTGTCTCAGAACAATGAGATGTGCCTTTT-GCGTAAT-T---GG---A--AAGAACCTG-------------TCA---ATA-----G-ATTTTGG--AAGTT----TTTACA------CAACATGGAAAAAGAACTTAATG--AATGTG---------AGACTTAAATTTtt
gi|4 : ttCATA---G-AACAAT--TTCTTATGGTATTA-AAGTGAAGTGACATGGTTGATTCTCATCTTG-------T-GT--G---TGCAT-----------ACTAACCTTAC-ATAAT--GATGGGAGAAAGGG-AC-TGTCACTGAGTTTCACCTCAACTGCTACA-TGTATCAAGGGGCCGAAACTGGAAACTCGACTCGAGCAGTT--GCTGTTTTTAGATG----C-AAAAAAAATAAAAAAT-T-T-GTATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCT---T---ATT-G----------------TCATTGGTATCATGATTTCAAAACAA-A-GACTGT-GACATCACAT
gi|5 : agaacatgatcatgtgatctaaagcttatagttacatattgctatagacataagcctagaGTCCAAAC-ATA-GACTGT-GATGTCACATCTCTCACCTTGTC--CCCAGCTATGAT--TAATATT--ACATTTAGTTATAATACAT-------T--AGACC---------------T----A-ATGT------ACTGCGTTGTACA---G-GGA-AC--TAC-AAGAATATTAG-G-ATGAAAGTAAGACGATCTAGATAT-AAGTTCACAAATTAAGGCCGTA-TATAAGTT-----CACAATTTCAGGCTGTTGAGATGTGGC-CTT-GTGAGAT-G-AAAA---A--AAGGG-TAG-------------CCA---TTAG----G-ATTATG-------------TTA---------------GAAAATTTGTTGGACT--TATAT----G--T--AGACTCAAAATTTCTC----GGTCCAAATC
gi|6 : tTCTTGCA--CT-TGCTATTAT--A-----T--A-ATCTTATT---TTAAATTGACA-TT--AGGCCTTA--------------------TGTG-GTGCATTTCA--TTGCACTGG-GGACTT--CA---AG---ATTAG-G-ATAAAATT-----------GAAAT-AA--TCAA---------TC--T-TGTAAGTT-----TGTAATCTCAAATCA---AGCTG-AAT-TTTCTCGAGAT-C---AA---A--AGGGA-TCG-------------TTGTTTATAG----G-ATTATGGGAGAGTT----TTT--T------CAATGCTGGAAAT---TTGGAAGGATATATGC--G--T--AGACTCAAATTTTCTC---TGTCCTGAt
gi|7 : ttcCACAATATTATAAGTAAAA----------AATCTTCACCT------TGTT-CTTCA---TACATGCTTTAAGTTTACTAATCTTAAAA-------GAGGGGAAG-GGG-GT-TG---CTAGATTTTGCATC-----------T--ACCAAGGA------ACTTGAAATCCGATATCAATGGTT--GTTATATTTAGATGAGAGC-AGAAAAATACAGAGAT-T-T-GTACTT-TTTG--TTGCACAAAACAAACTCCT-AAT---
gi|8 : gtcagatcatgattatttgatatatacattttttcatagacataagTACTCATTTC-CAGTT---A-ATATG-ATGCA---------------G-GGG-GT--CAT-TAG---AC-AGTG-ATGCAATT-----------CATGT-AA----AA---------C---A-CGAAAATT-----CATTATCTCATTTCAATGAGATGTGAC-TTT-Gtt
gi|8 : catcacatattacacatgtacAAAATTCTTTGGATA--TATATG---TATT--AAGCTTGAATTTTCTC---AATTCTGAtaacagtttcatttttcatgccaaaaaaattctttggatatatatgtattaagcttgaattttctcaattctgatatttt
gi|9 : catcacatattacacatgtactactcatttccagttaatatgatgcagggggtcattagacagtgatgcaattcatgtaaaacacgaaaattcattatctcatttcaatgagatgtgactttgtaacagtttcatttttcatgccaaaATTCATTTCTCAATGGCCA-AT-----TACAATGCAC-----A---T-AGA-AT--CAT-GAG---ACTGG-G-ATGAAATT-----------GAGGT-AA--GCAA---------TC--AATGTAAGTTAAATTCCTGATCTAAGATCAATGAGATATCAC-TTT-GCAAGAT---AAAA---A--AATTA-TGA-------------TCC---TTAG----G-ATTATAG--GAtatttt
gi|9 : ctttaaCTCGAATTTTCTC---TGTCCacatgaaagcagctcgaattttctctgtccctcttta
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 33333333333333333333 222222222 1 1 22 22222222222222 111111 11111 11 1111111 2222222 111 11 11111 11 11111 6666666666666666666666666666666666 111111111111 1 11111111111 2222222222222222222 11111 22222222222222222 1111 222222222 2222222222
lowQualScore : 99999 3 33 777777 9999 1 66666666666666666666 222222222 0 3 6 00 1 8 8 8 0 1 66666666666666 44 6 2 88 77 111111 2 77777 0 8 5 5 666 33 4444444 5 44 7777777 3 0 55 5 555 88 33 66 00000 33 0 7 11111 2222222222222222222222222222222222 4 3 77 1 333333333333 0 55 666 666 7 3 55555555555 3 4 7777777777777777777 3 99999 2 1 1 3 3 2 55555 666 55 11111111111111111 7777 7777 3 2222 9999 333333333 2 5555 0000000000 777
lowQualScore : ..... . .. ...... .... . .................... ......... . . . .. . . . . . . .............. .. . . .. .. ...... . ..... . . . . ... .. ....... . .. ....... . . .. . ... .. .. .. ..... .. . . ..... .................................. . . .. . ............ . .. ... ... . . ........... . . ................... . ..... . . . . . . ..... ... .. ................. .... .... . .... .... ......... . .... .......... ...
lowQualScore : 00000 2 22 444444 4444 4 44444444444444444444 888888888 6 2 4 44 0 0 0 0 8 4 00000000000000 77 7 2 55 99 666666 2 22222 2 8 0 0 555 88 1111111 7 44 0000000 7 3 00 7 111 44 88 44 99999 88 2 4 11111 9999999999999999999999999999999999 4 7 11 9 555555555555 7 00 111 444 3 3 88888888888 3 0 3333333333333333333 6 11111 5 0 0 6 6 3 44444 444 00 88888888888888888 4444 7777 6 8888 4444 999999999 7 8888 9999999999 000
consensus : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATG--TTAA---TACTAACCCTAAGACAATTGGAAGGGGGAG-GGG-AC-TGTCACTACGTTTCACATTA-CTGNGANA-T--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGATG----C-GGAAAAA--CANAGATGT-T-GTATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCTCAAT---ATT-AGATCCGCCAC-T-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-GGCTATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---GTACATTAGC--CT--AGGCCTTACTCATTTC-CAAT----A-ATGTG-GTGCACTGCACTTTGCA---G-AGACAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGA-CGG-------------TCG---NTAG----G-ATTATGG--GAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGACG--TATATG---G--T--AGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
Reference ( family-2987 ) : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATG--TTAA---TACTAACCCTAAGACAATTGGAAGGGGGAG-GGG-AC-TGTCACTACGTTTCACATTA-CTGNGANA-T--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGATG----C-GGAAAAA--CANAGATGT-T-GTATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCTCAAT---ATT-AGATCCGCCAC-T-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-GGCTATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---GTACATTAGC--CT--AGGCCTTACTCATTTC-CAAT----A-ATGTG-GTGCACTGCACTTTGCA---G-AGACAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGA-CGG-------------TCG---NTAG----G-ATTATGG--GAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGACG--TATATG---G--T--AGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
gi|1 : TTCATGGCCATTACTG-AACTATCTTTGTCACAG----G-AAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GT--A---TACATG--TTAA---TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGGCAC-TGTCACTACGTTACACATTA-TTGGGAAAAC--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGGTT--GCTATTTCTAGGTG----T-GGAAACA--C-TATATGT-T-GTGTTT--ATGAATTGCATAAAACAGCCTCCTCAAT---ATT-AGATCTAACAC-TTCT-TCATTTATTTTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCAC-AACATCACATTTATTGTCTTGTC--CT-GGATATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---ATACATTAGC--CTCTAGGCCTTACTCATTTC-CAATC---A-ATATG-ATGCACTGAACTTTGCA---GCAAATAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATAT-AA--CCAC---------CC--A-CATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGTCAC-TTT-GCAAGAT-T-AAAA---A--AAGGA-CAG-------------TTG---ATAG----A-ATTATGC--GAGTT----TTTACT------TGACATTTAAAAATCATTGCATG--TATATG---G--T--AAACTTGAATTTTCTC---TGCTCTAAATC
gi|10 : AT--CAT-ATA---ACTAG-G-ATTAAATT-----------GATAA-AA----AC---------CC--A-CGTTAATT-----CATGATCTCGGGTCCACGAGATGCGAC-TTT-GTTGAATGC-AGAA---A--CA--A-CGA-------------CCG---TGAG----G-ATTTTT-----ATT----TTTATTTTTTTCCGATTTCGAAAATTCATTGGAAG--TATGC----G--T--AGATGCAAATATTTTCAAGTGTT
gi|11 : AT---------CC--A-CGAAAGTT-----CGTAATCTCGTGTCAACAAGATGTGAC-TTT-GCGAGAT-TAAAAA---A--AAGGA-CAGATTTAAAAAGACATCG---TTAA----GTATTATGG--TAGTTTGGGTTTTTC------CGACGATGAAAATCCATCTGATG--T-TATGT--G--T--ACTCTCGATTTTTTTC---TGTt
gi|12 : TCTTGTCATCT-TGCCATTGT--AG-TATTTGACATTTTGT----GTACAAT------T--AGGCCT-------------------A-ATGTG-GTGCACTGCATTTTGTA---G-ACACCT--C---AAA---ACTAG-G-TTAAAATT-----------GAcgcaatc
gi|13 : gtgtcTCTTGTCATCT-TGCCATG-T--AG-TATTTGACATTTTGTT---GTACAAT------T--AGGCCT-------------------A-ATGTG-GTGCACTGCA-TTTGTA---G-ACACCT--C---AAA---ACTAG-GTTTAAAATT-----------GAgatcttgtttgtaatc
gi|14 : tc--GCCACTTTCATATG----T-GAGAAAA--CAATGAAGTGT-GCATTT-TCTG--TTGTGCAAAAAAGTCTCCTC--T---GTA-AGATTTGCAA----CT-TCATTTGTATAATTATGTC--AAC-AGA-GAATGA-GACATCACAatcttgtttgttaatc
gi|15 : AGGGGATGAAATTTAAAACTTG-TGTGAGTGGTTTTGCTATTTAAAGATG----C-GTTGAAA--C-CAGAGTT-T-GTAT-------------ATAAATCAGTTTCCTCAGCTCAATT-AGATCCGTCAT-TGCA-TCAT
gi|16 : AC---ATTCAGTTCCACCAC-TGCT-TCAGAT-TATCATAGCATTA---C-A---GATCATAGTCA-CACATCTATCGTCTTGCC--CT-GGTTATGATAAAAATATT--ATACTTTGTT---G
gi|17 : AGAT-C-AAAT---A----GGA-CAG-------------TTG---TTGGCTGGG-TTTATGA--GAGTG----TTT-TT------CAAAATTGAAAATTCATCTGACA--TGT------G--C--AGACTAAAATTTTCTG---TGTCCTAA
gi|18 : T-C-AAAA---TTTAAGGA-----------------TCG---CTTG----G-ATTGTAG--GAATT----TTTCTT------CGACGCTGAAGATTTCTTGTATG--TAAATGCCTG--TCTAAACTCGAATTTTCTT---TGt
gi|19 : -ACGAAATT-----------CAGGT-AA--TTA--------------A-CATAAGGT-----CATAATCTCAGGTCAACGAGATGTTAC-TTT-GCGAGA--C-AGAACAGG--AAGGT-CGG-------------TGG---TTAG----G-ATTAc
gi|2 : TTCATGGCCATA-CTG-AACTATCTTTGTCACAG----G-AAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GT--A---TACATG--TTAA---TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGC-AC-TGTCACTACGTTACACATTA-TTGGGAAA-C--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGGTT--GCTATTTCTAGGTG----T-GG---AA--CATATACGT-T-GTGGTT-TATGAATTGCATAAAACAGCCTCCTCAAT---ATT-AGATCTACCACTT-CT-TCATTTATTTTATGACGTCAGAAC-A-A-GACCAC-AACATCACATTTATTGTCTTGTC--CT-GGATATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---ATACATTAGCCTCT--AGGCCTTACTCATTTC-CAATC---A-ATATG-ATGCACTGAACTTTGCA---GCAAATAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATATAAA--CCAC---------CC--A-CATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGTCAC-TTT-GC-AGAT-----AA---A--AAGGA-CAG-------------TTG---ATAG----A-AATATGC--AAGTT----TTTACT------TGACATTTAAAAATCATTGCATG--TATATG---G--T--AAACTTGAATTTTCTC---TGCTCTAAATC
gi|20 : tCTATACA---A-AAAAAT--CAT-AAG---ACTGG-G-ATGAAATT-----------GATGC-AAT-TCAC---------TT--A-TGGA---------TATAATATCAGGTCAACGTGGTGTTAC-TTT-GCAAttt
gi|21 : TTTTTA--TG----C-AGAAAAA--C-CAGATGT-TTGTATTT-TCTG--TTATACAAAACAGTCTCGTCA
gi|3 : cagtttTTTATAGACATAAATATAACT-TCCCTGTTACAGTATTA-AAGTAAAAAGGTGTGGCCGATCTTCATC---AT-GTGTTCGC--AAGGTACATG--T--A---CACTAACCCTAA-ATAAT------GGTGAA-GGG-ACTTATCACATCGTTTTACATTA-CTGTG-TA-T--ATCAAGAAAATGATACT---AATTAGACGTGAGCGATT--GCTATTTTTAGAGG----CAGAAAAAA--CAGAAATTT-T-AAATTTGTCTG--TTACTCAAAATGATCTTGTCA-----ATC-AGACCCTCTAT-T-ATATAATTTGTATTGTGTTATGAAAAC-A-AGGAGCAT-GACATCACATCTGTTCTCTTGTC--TA-GGCCACGAT--TGATATT--GTATTT----------CATTAGC--C---------TACTCATTTC-CAAT----AGACTTGAAAGCATTGCATTGTGAT---T-GGACATGGAGTGAAA---ACGAGAA-AAGAAATT-----------GA-GT-AC--TTACT--------CT--A-CGTAAGTT-----CGTTGTCTCAGAACAATGAGATGTGCCTTTT-GCGTAAT-T---GG---A--AAGAACCTG-------------TCA---ATA-----G-ATTTTGG--AAGTT----TTTACA------CAACATGGAAAAAGAACTTAATG--AATGTG---------AGACTTAAATTTtt
gi|4 : ttCATA---G-AACAAT--TTCTTATGGTATTA-AAGTGAAGTGACATGGTTGATTCTCATCTTG-------T-GT--G---TGCAT-----------ACTAACCTTAC-ATAAT--GATGGGAGAAAGGG-AC-TGTCACTGAGTTTCACCTCAACTGCTACA-TGTATCAAGGGGCCGAAACTGGAAACTCGACTCGAGCAGTT--GCTGTTTTTAGATG----C-AAAAAAAATAAAAAAT-T-T-GTATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCT---T---ATT-G----------------TCATTGGTATCATGATTTCAAAACAA-A-GACTGT-GACATCACAT
gi|5 : agaacatgatcatgtgatctaaagcttatagttacatattgctatagacataagcctagaGTCCAAAC-ATA-GACTGT-GATGTCACATCTCTCACCTTGTC--CCCAGCTATGAT--TAATATT--ACATTTAGTTATAATACAT-------T--AGACC---------------T----A-ATGT------ACTGCGTTGTACA---G-GGA-AC--TAC-AAGAATATTAG-G-ATGAAAGTAAGACGATCTAGATAT-AAGTTCACAAATTAAGGCCGTA-TATAAGTT-----CACAATTTCAGGCTGTTGAGATGTGGC-CTT-GTGAGAT-G-AAAA---A--AAGGG-TAG-------------CCA---TTAG----G-ATTATG-------------TTA---------------GAAAATTTGTTGGACT--TATAT----G--T--AGACTCAAAATTTCTC----GGTCCAAATC
gi|6 : tTCTTGCA--CT-TGCTATTAT--A-----T--A-ATCTTATT---TTAAATTGACA-TT--AGGCCTTA--------------------TGTG-GTGCATTTCA--TTGCACTGG-GGACTT--CA---AG---ATTAG-G-ATAAAATT-----------GAAAT-AA--TCAA---------TC--T-TGTAAGTT-----TGTAATCTCAAATCA---AGCTG-AAT-TTTCTCGAGAT-C---AA---A--AGGGA-TCG-------------TTGTTTATAG----G-ATTATGGGAGAGTT----TTT--T------CAATGCTGGAAAT---TTGGAAGGATATATGC--G--T--AGACTCAAATTTTCTC---TGTCCTGAt
gi|7 : ttcCACAATATTATAAGTAAAA----------AATCTTCACCT------TGTT-CTTCA---TACATGCTTTAAGTTTACTAATCTTAAAA-------GAGGGGAAG-GGG-GT-TG---CTAGATTTTGCATC-----------T--ACCAAGGA------ACTTGAAATCCGATATCAATGGTT--GTTATATTTAGATGAGAGC-AGAAAAATACAGAGAT-T-T-GTACTT-TTTG--TTGCACAAAACAAACTCCT-AAT---
gi|8 : gtcagatcatgattatttgatatatacattttttcatagacataagTACTCATTTC-CAGTT---A-ATATG-ATGCA---------------G-GGG-GT--CAT-TAG---AC-AGTG-ATGCAATT-----------CATGT-AA----AA---------C---A-CGAAAATT-----CATTATCTCATTTCAATGAGATGTGAC-TTT-Gtt
gi|8 : catcacatattacacatgtacAAAATTCTTTGGATA--TATATG---TATT--AAGCTTGAATTTTCTC---AATTCTGAtaacagtttcatttttcatgccaaaaaaattctttggatatatatgtattaagcttgaattttctcaattctgatatttt
gi|9 : catcacatattacacatgtactactcatttccagttaatatgatgcagggggtcattagacagtgatgcaattcatgtaaaacacgaaaattcattatctcatttcaatgagatgtgactttgtaacagtttcatttttcatgccaaaATTCATTTCTCAATGGCCA-AT-----TACAATGCAC-----A---T-AGA-AT--CAT-GAG---ACTGG-G-ATGAAATT-----------GAGGT-AA--GCAA---------TC--AATGTAAGTTAAATTCCTGATCTAAGATCAATGAGATATCAC-TTT-GCAAGAT---AAAA---A--AATTA-TGA-------------TCC---TTAG----G-ATTATAG--GAtatttt
gi|9 : ctttaaCTCGAATTTTCTC---TGTCCacatgaaagcagctcgaattttctctgtccctcttta
blockSeqs : AATAT A CT TATTAT TAGA A TAGACAGCATTGTA CTTTAAGTT T G C TG A A . T A AACTGCTACATGT GA T T TT TT AGAGC G ATAAA G G T GTC AA CAGCTCA C TG TTGCA G AG A GA TA AT CA AAAAA TG T TATAA AGCCTCTAGGCCTTACTCATTTCCAATC G G AA C CTTTGCAGC C GG GTG AAT A T AAGACGATCTA T A GTTCACAAATTAAGGCCGT A AAATT A C G T C T GCAG CAG TT CAGATTTAAAAAGACA TTTA CTGG T GGAG TGGG ATTTTTTTC T AGGA GCCTGTCT AAG
blockSeqs : CTG A CC TATTA AGGT G ATGTGTTCGCAAGG TTAA T A T . T . . . T ATTGGGAAAC GG G T AC . CA T TACAG T . . TC . CAAT . CG CTGCT A AA . AG A AT T AGA TG T TG AGCCTACTCATTTCCAAT . G G C TTGCACTGG C . AT . T . . G . TTCACTT . . G C G . . G TAAA . . CCTG T . . GT . TTC G AG GTATT .
blockSeqs : G . . TATTA TGAC G TTGTTCTTCA TA T . T . A . . . T ACTGTGTAT AA G A AC . T A CAA G . . TA . AAT . CA CTTCT G AA . TA C . T TGA . T TG GACATTAGGCCTTA . A G C TTTTGTAG T . AT . . . . T . TTACTCT . . A C T . . G CAA . . CGA T . . AG . CTT A TG GTGT .
blockSeqs : G . . TTGTGTG . . . . . . . . . T T GC T C AT . C A CAT G . . TC . CT . TA TTATA G CA . A T . G TAA . C TA TAGGCCT . T A T CTATACAA A . AT . . . . T . CCACCC . . A T C . . A CAA . . CAG T . . GG . ACT G CA GCGT .
blockSeqs : . . C T . T A CAG T . . TC . CA . CT CT . A . A T . G AG . A TT TAGGCCT . G G C TTGTGATT C . AC . . . . T . TCAATC . . A C T . . G CAG . . CGG C . . CA . ACA A TG GGT .
blockSeqs : . C A CC . . . TT . T . . . . . . T . G AG . T G TAGACCT . G A T TTGTACAG C . AT . . . . A . GCAATC . . G T G . . G GAA . . CAG T . . GA . TT A TG GT .
blockSeqs : C . CC . . . . . . T A . . . . A . A TTTGTAG . . AT . . . . T . ACCC . . A T G . . G AA . . TAG A . . GG . A G TG GC .
blockSeqs : . . . . CAT . . A . . . . G . TTA . . G T A . . A T . . TCG A . . . . T . CT GT .
blockSeqs : G . . . . . . . . . AAC . . A T G . . . C . . TGA T . . . TA G .
blockSeqs : . . . . . . . . C . C . . . . . . T . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TATTA* TA******* ** ACTGGGT******* CAN** TC* ** CAT**** A** CTTAGGCCTTA*********************** TTTGCAG***** GCT*******
originalCons : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATG--TTAA---TACTAACCCTAAGACAATTGGAAGGGGGAG-GGG-AC-TGTCACTACGTTTCACATTA-CTGNGANA-T--ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGATG----C-GGAAAAA--CANAGATGT-T-GTATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCTCAAT---ATT-AGATCCGCCAC-T-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-A-A-GACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-GGCTATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---GTACATTAGC--CT--AGGCCTTACTCATTTC-CAAT----A-ATGTG-GTGCACTGCACTTTGCA---G-AGACAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGA-CGG-------------TCG---NTAG----G-ATTATGG--GAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGACG--TATATG---G--T--AGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
finalCons : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATGTA-------TACTAACCCTAAGACAAT--GAAGGGGGAG-GGG-AC-TGTCACTACGTTTCACATTACTGGGT-------ACCAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGATG----C-GGAAAAACAN--AGATGT-T-GTATTTTC-TG--TTGCACAAAACAGTCTCCTCAT----ATT-AGATCCGCCAC-T-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-AA--GACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-GGCTATGAT--AGATATT--ACATTTCGTT---GTACATTCTTAGGCCTTA-----------------------A-ATGTG-GTGCACTGCATTTGCAG-----AGACAT--CAT-AAG---ACTAG-G-ATGAAATT-----------GATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGA-CGG-------------TCG---NTAG----G-ATTATGG--GAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGACG--TATATGCT-------AGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 44444444444444444444 33333333333 1 1 22 5555555555555555 11 1111 22222 11 111111 222222 1 11 11 77777777777777777777777777777777777 2222 11111 1 11111 11111111111 2222222222222222222 11111 22222222222222222 1111 222222222 333333
lowQualScore : 99999 3 33 777777 9999 1 11111111111111111111 88888888888 0 3 6 22 44 8 8 8 0 1 2222222222222222 11 44 6 2 88 77 0000 22222 0 8 5 5 666 33 777777 44 777777 3 0 55 5 1 5 88 33 66 9999 3 33 2 888 77 55555555555555555555555555555555555 6666 0000 11111 0 33333 666 3 3 3 55555555555 3 4 7777777777777777777 3 99999 2 1 1 3 3 2 55555 666 55 11111111111111111 7777 7777 3 2222 9999 333333333 2 9999 666666 777
lowQualScore : ..... . .. ...... .... . .................... ........... . . . .. .. . . . . . ................ .. .. . . .. .. .... ..... . . . . ... .. ...... .. ...... . . .. . . . .. .. .. .... . .. . ... .. ................................... .... .... ..... . ..... ... . . . ........... . . ................... . ..... . . . . . . ..... ... .. ................. .... .... . .... .... ......... . .... ...... ...
lowQualScore : 00000 2 22 444444 4444 4 00000000000000000000 00000000000 6 2 4 00 88 0 0 0 8 4 0000000000000000 00 77 7 2 55 99 6666 22222 2 8 0 0 555 88 777777 44 000000 7 3 00 7 4 7 44 88 44 4444 2 88 2 888 99 44444444444444444444444444444444444 2222 2222 66666 7 33333 444 6 3 3 88888888888 3 0 3333333333333333333 6 11111 5 0 0 6 6 3 44444 444 00 88888888888888888 4444 7777 6 8888 4444 999999999 7 2222 777777 888
consensus : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATG---TTAA----TACTAACCCTAAGACAATTGGAAGGGGGAG-GGG-ACT-GTCACTACGTTTCACATTA-CTGN-----GAAA-TAC--CAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGATG----CGGAAAAA--CANAGATGT-T-GTATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCTCA--T--ATTAGATCCGCCACT-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-A-AG-ACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-GGCTATGAT--A-GATATT--ACATTTCGTTG---TAC--ATT---C-TC--TA--GGCCTTA-------------AATGTGGTGCACTGCA-TT-TGCA---G-AGACATCA--T-AAG---ACTAG-G-AT-GAAATT-----------GATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGA-CGG-------------TCG---NTAG----G-ATTATGG--GAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGATG--TATATGC-----TAGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
Reference ( family-2987 ) : TTCATGGCCATAACTG-AACTATCTTTGTCACAGTATTA-AAGTAAAATGGNATGGCTGATTTTCATCTAGACAGCGTT-GT--A---TACATG---T--A----TACTAACCCTAAGACAAT--GAAGGGGGAG-GGG-ACT-GTCACTACGTTTCACATTA-CTGG-----G----TAC--CAAGGAGGTGAAACTGGAAACTCGACGTGAGCGGTT--GCTATTTTTAGATG----CGGAAAAA--CANAGATGT-T-GTATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCTCA--T--ATTAGATCCGCCACT-CT-TCATTTGTATTATGACGTCAAAAC-A-AG-ACCGC-GACATCACATCTATCGTCTTGTC--CT-GGCTATGAT--A-GATATT--ACATTTCGTTG---TAC--ATT---C-T---TA--GGCCTTA-------------AATGTGGTGCACTGCA-TT-TGCA---G-AGACATCA--T-AAG---ACTAG-G-AT-GAAATT-----------GATGT-AA--TCAC---------CC--A-CGTAAGTT-----CGTAATCTCAGGTCAACGAGATGTNAC-TTT-GCGAGAT-C-AAAA---A--AAGGA-CGG-------------TCG---NTAG----G-ATTATGG--GAGTT----TTTACT------CGACGTTGAAAATTCATTGGACG--TATATGC-----TAGACTCGAATTTTCTC---TGTTCTAAATC
gi|1 : TTCATGGCCATTACTG-AACTATCTTTGTCACAG----G-AAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GT--A---TACATG---TTAA----TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGGCACT-GTCACTACGTTACACATTA-TTGG-----GAAAACAC--CAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGGTT--GCTATTTCTAGGTG----TGGAAACA--C-TATATGT-T-GTGTTT--ATGAATTGCATAAAACAGCCTCCTCAA-T--ATTAGATCTAACACTTCT-TCATTTATTTTATGACGTCAAAAC-A-AG-ACCAC-AACATCACATTTATTGTCTTGTC--CT-GGATATGAT--A-GATATT--ACATTTCGTTA---TAC--ATTAGCC-TC--TA--GGCCTTACTCATTTCCAATCAATATGATGCACTGAACTT-TGCA---GCAAATATCA--T-AAG---ACTAG-G-AT-GAAATT-----------GATAT-AA--CCAC---------CC--A-CATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGTCAC-TTT-GCAAGAT-T-AAAA---A--AAGGA-CAG-------------TTG---ATAG----A-ATTATGC--GAGTT----TTTACT------TGACATTTAAAAATCATTGCATG--TATATGG-----TAAACTTGAATTTTCTC---TGCTCTAAATC
gi|10 : ATCA--T-ATA---ACTAG-G-AT-TAAATT-----------GATAA-AA----AC---------CC--A-CGTTAATT-----CATGATCTCGGGTCCACGAGATGCGAC-TTT-GTTGAATGC-AGAA---A--CA--A-CGA-------------CCG---TGAG----G-ATTTTT-----ATT----TTTATTTTTTTCCGATTTCGAAAATTCATTGGAAG--TATGCG------TAGATGCAAATATTTTCAAGTGTT
gi|11 : AT---------CC--A-CGAAAGTT-----CGTAATCTCGTGTCAACAAGATGTGAC-TTT-GCGAGAT-TAAAAA---A--AAGGA-CAGATTTAAAAAGACATCG---TTAA----GTATTATGG--TAGTTTGGGTTTTTC------CGACGATGAAAATCCATCTGATG--T-TATGTG----TACTCTCGATTTTTTTC---TGTt
gi|12 : TCTTGTCATCT-TGCCATTGT--A-G-TATTTGACATTTTGT-G---TAC--A-----A-T---TA--GGCCT---------------AATGTGGTGCACTGCATTT-TGTA---G-ACACCTC-----AAA---ACTAG-G-TT-AAAATT-----------GAcgcaatc
gi|13 : gtgtcTCTTGTCATCT-TGCCATG-T--A-G-TATTTGACATTTTGTTG---TAC--A-----A-T---TA--GGCCT---------------AATGTGGTGCACTGCA-TT-TGTA---G-ACACCTC-----AAA---ACTAG-GTTT-AAAATT-----------GAgatcttgtttgtaatc
gi|14 : tc--GCCACTTTCATATG----TGAGAAAA--CAATGAAGTGT-GCATTT-TCTG--TTGTGCAAAAAAGTCTCCTC---T--GTAAGATTTGCAA---CT-TCATTTGTATAATTATGTC--AAC-AGAG-AATGA-GACATCACAatcttgtttgttaatc
gi|15 : AGGGGATGAAATTTAAAACTTG-TGTGAGTGGTTTTGCTATTTAAAGATG----CGTTGAAA--C-CAGAGTT-T-GTAT-------------ATAAATCAGTTTCCTCAGCTCAATTAGATCCGTCATTGCA-TCAT
gi|16 : CA--T---TCAGTTCCACCACTGCT-TCAGAT-TATCATAGCATTA---C-A--G-ATCATAGTCA-CACATCTATCGTCTTGCC--CT-GGTTATGATAAA-AATATT--ATACTTTGTTG---
gi|17 : aAGAT-C-AAAT---A----GGA-CAG-------------TTG---TTGGCTGGG-TTTATGA--GAGTG----TTT-TT------CAAAATTGAAAATTCATCTGAC----ATGTGC------AGACTAAAATTTTCTG---TGTCCTAA
gi|18 : T-C-AAAA---TTTAAGGA-----------------TCG---CTTG----G-ATTGTAG--GAATT----TTTCTT------CGACGCTGAAGATTTCTTGTATG--TAAATGCCTGTCTAAACTCGAATTTTCTT---TGt
gi|19 : -AC-GAAATT-----------CAGGT-AA--TTA--------------A-CATAAGGT-----CATAATCTCAGGTCAACGAGATGTTAC-TTT-GCGAGA--C-AGAACAGG--AAGGT-CGG-------------TGG---TTAG----G-ATTAc
gi|2 : TTCATGGCCATA-CTG-AACTATCTTTGTCACAG----G-AAACAAAATAGAATAGCTGATTTTCATCTAGACAGCATT-GT--A---TACATG---TTAA----TAC-AGCCCTAAGACAATTGGAAGGGGGGG-GGC-ACT-GTCACTACGTTACACATTA-TTGG-----GAAA-CAC--CAAGGAGGTGAAACTGGAAACTTGTTGTGAGCGGTT--GCTATTTCTAGGTG----TGGAA-----CATATACGT-T-GTGGTT-TATGAATTGCATAAAACAGCCTCCTCAA-T--ATTAGATCTACCACTTCT-TCATTTATTTTATGACGTCAGAAC-A-AG-ACCAC-AACATCACATTTATTGTCTTGTC--CT-GGATATGAT--A-GATATT--ACATTTCGTTA---TAC--ATTAGCC-TC--TA--GGCCTTACTCATTTCCAATCAATATGATGCACTGAACTT-TGCA---GCAAATATCA--T-AAG---ACTAG-G-AT-GAAATT-----------GATATAAA--CCAC---------CC--A-CATCAGTT-----CATAATCTCTGGTCAATAAGAGGTCAC-TTT-GC-AGAT-----AA---A--AAGGA-CAG-------------TTG---ATAG----A-AATATGC--AAGTT----TTTACT------TGACATTTAAAAATCATTGCATG--TATATGG-----TAAACTTGAATTTTCTC---TGCTCTAAATC
gi|20 : t-TACA---A-AAAAATCA--T-AAG---ACTGG-G-AT-GAAATT-----------GATGC-AAT-TCAC---------TT--A-TGGA---------TATAATATCAGGTCAACGTGGTGTTAC-TTT-GCAAttt
gi|21 : ctaTTTTTA--TG----CAGAAAAA--C-CAGATGT-TTGTATTT-TCTG--TTATACAAAACAGTCTCGTCA--T--
gi|3 : cagtttTTTATAGACATAAATATAACT-TCCCTGTTACAGTATTA-AAGTAAAAAGGTGTGGCCGATCTTCATC---AT-GTGTTCGC--AAGGTACATG---T--A----CACTAACCCTAA-ATAAT--G----GTGAA-GGG-ACTTATCACATCGTTTTACATTA-CTGT-----G----TATATCAAGAAAATGATACT---AATTAGACGTGAGCGATT--GCTATTTTTAGAGG----CAGAAAAAA-CAGAAATTT-T-AAATTTGTCTG--TTACTCAAAATGATCTTGTCA-----ATCAGACCCTCTATT-ATATAATTTGTATTGTGTTATGAAAAC-A-AGGAGCAT-GACATCACATCTGTTCTCTTGTC--TA-GGCCACGAT--T-GATATT--GTATTTCATTAGCCTACTCATT---T-CCAATA--GACTTGA-------------AA------GCATTGCA-TTGTGAT---T-GGACATGGAGTGAAA---ACGAG-A-AAAGAAATT-----------GA-GT-AC--TTAC---------TCT-A-CGTAAGTT-----CGTTGTCTCAGAACAATGAGATGTGCCTTTT-GCGTAAT-T---GG---A--AAGAACCTG-------------TCA---ATA-----G-ATTTTGG--AAGTT----TTTACA------CAACATGGAAAAAGAACTTAATG--AATGTG-------AGACTTAAATTTt
gi|4 : ttCATA---G-AACAAT--TTCTTATGGTATTA-AAGTGAAGTGACATGGTTGATTCTCATCT---------T-GT--G---TG--TG---C--A----TACTAACCTTAC-ATAAT--GATGGGAGAAAGGG-ACT-GTCACTGAGTTTCACCTCAACTGCTACATG----TAT--CAAGGGGCCGAAACTGGAAACTCGACTCGAGCAGTT--GCTGTTTTTAGATG----CAAAAAAAATAAAAAAT-T-T-GTATTT-TCTG--TTGCACAAAACAGTCTCCT----T--ATTG---------------TCATTGGTATCATGATTTCAAAACAA-AG-ACTGT-GACATCACAT
gi|5 : agaacatgatcatgtgatctaaagcttatagttacatattgctatagacataagcctagaGTCCAAAC-ATAG-ACTGT-GATGTCACATCTCTCACCTTGTC--CCCAGCTATGAT--T-AATATT--ACATTTAGTTA---TA---ATA---CAT---TA--GACCT---------------AATGT-----ACTGCG-TTGTACA---G-GGA-ACTA--C-AAGAATATTAG-G-AT-GAAAGTAAGACGATCTAGATAT-AAGTTCACAAATTAAGGCCGTA-TATAAGTT-----CACAATTTCAGGCTGTTGAGATGTGGC-CTT-GTGAGAT-G-AAAA---A--AAGGG-TAG-------------CCA---TTAG----G-ATTATG-------------TTA---------------GAAAATTTGTTGGACT--TATATG------TAGACTCAAAATTTCTC----GGTCCAAATC
gi|6 : tTCTTGCA--CT-TGCTATTAT--ATAATCTT--ATTTTAAATTG----AC--ATT----------A--GGCCTTA---------------TGTGGTGCATTTCA--T-TGCACTGG-GGACTTC-----AAG---ATTAG-G-AT-AAAATT-----------GAAAT-AA--TCAA---------TC--T-TGTAAGTT-----TGTAATCTCAAATCA---AGCTG-AAT-TTTCTCGAGAT-C---AA---A--AGGGA-TCG-------------TTGTTTATAG----G-ATTATGGGAGAGTT----TTT--T------CAATGCTGGAAAT---TTGGAAGGATATATGCG----TAGACTCAAATTTTCTC---TGTCCTGAt
gi|7 : ttcCACAATATTATAAGTAAAA----------AATCTTCACCT------TGTT-CTTCA---TACATGCTTT--AAGTTTACTAATCTTAAAA-------GAGGGGAAG-GGG-GTT-G---CTAGATTTTGCATC----------------TAC--CAAGGA------ACTTGAAATCCGATATCAATGGTT--GTTATATTTAGATGAGAGCAGAAAAATACAGAGAT-T-T-GTACTT-TTTG--TTGCACAAAACAAACTCCTAA--T--
gi|8 : gtcagatcatgattatttgatatatacattttttcatagacataag-TGCA---G-GGG-GTCA--T-TAG---AC-AGTG-AT-GCAATT-----------CATGT-AA----AA---------C---A-CGAAAATT-----CATTATCTCATTTCAATGAGATGTGAC-TTT-Gtt
gi|8 : catcacatattacacatgtactactcatttccagttaatatgaAAAATTCTTTGGATA--TATATGTAT---TAAGCTTGAATTTTCTC---AATTCTGAtaacagtttcatttttcatgccaaaaaaattctttggatatatatgtattaagcttgaattttctcaattctgatatttt
gi|9 : catcacatattacacatgtactactcatttccagttaatatgatgcagggggtcattagacagtgatgcaattcatgtaaaacacgaaaattcattatctcatttcaatgagatgtgactttgtaacagtttcatttttcatgccaaaTT---C-T---CAATGGCC----------------AAT----TACAATGCA------CA---T-AGA-ATCA--T-GAG---ACTGG-G-AT-GAAATT-----------GAGGT-AA--GCAA---------TC--AATGTAAGTTAAATTCCTGATCTAAGATCAATGAGATATCAC-TTT-GCAAGAT---AAAA---A--AATTA-TGA-------------TCC---TTAG----G-ATTATAG--GAtatttt