lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111 11111111111111
lowQualScore : 1 666666666 333333333 1 222 000000000000000000000000000000000000000 1 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 333333333333 1 1111 111 222 2222 444444444444444444444444444444444444444 3333 333333333333333333333 1111111111 22222222222222 111111 1 2222 1 1 1 2 444 333333 2222 1 1 4444444 22222 1 1 3333 1 1 22222 2 2 33 1 22 33333 4 8888 1 555555 1 33333 2 2 1 4444444 2 66666666666666666 2 4 2 2 1 2 555555 22 1 2 1 77777777777777777777777777777 2 1 1 222 11111111111111 22 33 1 1
lowQualScore : 3 666666666 3 3 555555555 3 0 2 3 66 111 000000000000000000000000000000000000000 0 4 8 6 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 777 55 8888 4 999999999999 5 55 88 0 55 3 7 1111 55 55 444 3 3 555 6 888 5555 555 3 555 2222 44 3 666 999999999999999999999999999999999999999 3 88 3 7777 3 3 99 3 55 3 9 666 7777 3 666666666666666666666 55 777 55 4 4 8888 4 4 4 4 4444444444 3 55 33333333333333 4 777 0 55 55 66 2 5 444444 5 1 777 9999 99 7 7 6 6 5 0 777 000000 1111 4 5 0 6666666 11111 8 1 0 6 8 4444 8 2 88 8 3 3 7 00000 0 0 55 5 77 77777 0 5555 7 2 777777 5 11111 0 4 4 0 0 2 6666666 0 4 77777777777777777 3 0 2 0 0 0 5 2 0 3 2 777777 2 22 3 4 5 0 4 5 2 00000000000000000000000000000 3 5 5 000 33333333333333 3 77 00 5 0 2 6 6
lowQualScore : . ......... . . ......... . . . . .. ... ....................................... . . . . . ..................................................................................................... . . ... .. .... . ............ . .. .. . .. . . .... .. .. ... . . ... . ... .... ... . ... .... .. . ... ....................................... . .. . .... . . .. . .. . . ... .... . ..................... .. ... .. . . .... . . . . .......... . .. .............. . ... . .. .. .. . . ...... . . ... .... .. . . . . . . ... ...... .... . . . ....... ..... . . . . . .... . . .. . . . . ..... . . .. . .. ..... . .... . . ...... . ..... . . . . . . ....... . . ................. . . . . . . . . . . . ...... . .. . . . . . . . ............................. . . . ... .............. . .. .. . . . . .
lowQualScore : 3 333333333 2 2 888888888 2 0 5 2 55 000 000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 4 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 000 55 5555 0 111111111111 7 00 66 9 00 6 3 1111 00 00 666 3 3 888 7 333 9999 888 3 888 7777 66 3 444 777777777777777777777777777777777777777 6 66 6 9999 6 6 44 6 00 6 0 444 7777 6 111111111111111111111 55 000 55 0 0 5555 0 0 0 0 5555555555 8 55 55555555555555 0 000 8 55 22 99 6 0 444444 0 9 888 3333 22 3 3 0 0 0 0 000 888888 2222 5 0 0 0000000 00000 0 4 6 0 0 0000 0 2 66 0 3 3 3 88888 0 0 55 5 55 55555 0 0000 0 5 555555 5 55555 0 0 0 0 5 5 0000000 0 0 00000000000000000 0 0 5 0 0 0 5 5 0 0 5 555555 5 55 0 0 0 0 0 0 5 00000000000000000000000000000 0 5 5 555 00000000000000 0 55 00 5 5 5 0 0
consensus : AAGTAA-GTAAGTA----A----TCTTTTATTATA-C---G---ACATG-TGCATTTTAAGTATTACAAAAC------A---TTA---------TACAA-----------TCATA-AATGATA-ANTACATCAGTT---GCA---CC-GG-----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACTT-T---TATATT-TT--A-ANAATG--AT-ATGTA-ATGCAT-C----A-GCGCA-TAA---CACAT--AAT----AT-ATTNNTT-ATA---AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATAT--NAAGAA-A-T---T-TT--GCA---ATTT---G-CCTTTGGT---T-C--T--TT-CC---A-------------------------TCA-A--N-----TTAT-TT--AT-ATT-GATAT-T-TA-NTTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TTC------ATAT--TACG----AA--AA---AAAAG--T-TTC-TCTTT----GGC-T-ATCGAAATATT-T-ACA----CGA---AAGTA--GA--------------AAATG-T---TTTTCGTCCTC--TATGGAT-CCA--TCGT-T------GC-ATAATTTACAAA---AACGTTCT--TGTG--GAGGTTCATTTACAGTA-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGATCTCCACATCTATAAACTGA--CGA-TCAC----GGGCCTTTCTT-GTTTN-TAAAATCAGGTT-CCA-TTGATACATACGG-TT-CAATTTAG-TCCAA-AA-TTT-TGTTTG-AAGTTAACATATG-TCGCAGTTTAAGGTAAAGCACAATATTTTTTTGTTTCCAACCTTCTTCACAGTAGTTTTGAATTAACTTTCATTTTCA-AAGGTTTCATATAATCANAAACACATAGGTGTAAATAATCGTAGCATAAGAACACATAGTCTAANTTACGNAGGGAGTTNTTTNA-TTTGTAAACACCAANGTCCCATTGCTCCGATCNGCTNNTCCATGCATAAGGAGGNCTTTTTTGNTAAAGACGTTCTTTCGTACCATTTTNATCAANTNGTAATATATTCGATNTTTCCGANCATACATGAACAGCGACGCTGTGTCGGTTGTTNACCATCCTACCCNAC--TTTAATGTGAT-GCTGGAGAATTTCTATGCAATCCCAGAAAAATATCCGATGGCGCGANCCGGGGGCGCGAGTNTGTAAACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGACTGAAAAANTTTTTCAAAAGTTTGGAATCTGACATCCTTATAACTAT
Reference ( gi|1 ) : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAAGTATTACAAAAC------A---TTA---------TACA------------TCATA-AAT-ATA-ACTACATCAGT----G-A---CC-GG-----CC-A-TTTGACC-TAT-A------AGT--CA----T---TATATT-TT--A-AC--TG--AT-ATATA-AT-CAT-C----A-GCGCA-TAA---CACAT--AAT----AT-ATTTATT-ATA---AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCATTAAA-T--AG--A--ATAT--GAAGAA-A-T---T-T---GCA---ATTT---G-CCTTTGGT---T-C--T--TT-CC---A-------------------------TCA-A--T-----TTAT-TT--AT-ATT-TA-AT-T-TA-ATTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TTA------ATAC--T--G----AA--AA---AAAAG--T-TTC-TCTTT----GGC-T-ATTGAAATATT-T-ACA----TGA---AAGTA--GA--------------AAATG-T---TTTTCGTCCTC--TATGGAT-CCA--TCAT-T------GC-ATAATGTACAAA---AACGTT-T--TGTG--GAGGTTCATTTACA-TA-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTAAAAACTGA--CCA-TCAC----GGACCTTTCTT-GTTTG-T----TCAGG-T-C-A-TTGATACATACGG-TT-CA----AG-TTCAA-AA-TTT-TGTTTG-AAGTTAACATATGTTCTTAGTTT-AGGTAAAG-ACAATA-TTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAATAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGT----TATTATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCA--AGAACACAT-ATCTAAATTACGAA-GGAGTTCTTTGATTTTGT-AACACC-AAGTTCCATTGTTCCGAT-A---GCTCCAT-----AGGAAAAC-TTTTTGGT-AAGACGTTC-TTCAT-CCATTTTGATC-AATCG------ATTCCATC-TTCTTATCATACATAACCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACTATTTAATGTGATAGCTGGAGAATATCTATGCAATCCTAGAAAAATA-CGAATGGCACGAT-------------TTTGT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAACAACACATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTATGTATTTTTGAATATCACTGATCCTAAAGCTCTGCCAGCAGATTTACCGAGAGTCTCCGCCGCAATATTAAAGTTTATCTTTTCGTGAAATATAACACCTAGATACCGATACTGACTTATATA
gi|4 : AAGTAAAGTAAGTA----A----TCTTT-ATT-TAGT---G---ACATGATGCATTT-AAGTAT---AGAACCTTACAA---TTA---------TACA------------GCATACAATGATA-AATA-ATCAGTT---GCA---CC-CGAACACCC-AATTTGACC-TAT-A------AGT--CACTT-T---TATGTT-TC--A-AA--AG--ATCGTACA-AG-CAT------A-GCGCA-TAA---C--------T----AT-AT------------AAATGTTTT--T--TTC--T-AGTTTTAAG-CGCAG--A--ATAT--CAAGAA-A-T---T-TT--GCA----TTT---G-CTTTAGGCGTCT-CG-T--TT-TC---A-------------------------TCC-A--TACA--TTAT-CT--A--ATT-GT-ATAT-TA-TTTGTA-C--A-TTT-TGTC---T----ATA-TTC------ATAT--TACG----AACAAA---AAAAG--T-TTC-AC-TT----GGCTT-ATTGAAATATT-T-ACA----CTA---AAGTATGAA--------------AAATG-T---TTTTCG-CCTC--TAT-GAT--CA--TCGT-T------GC--TAATTTACAAT---AA
gi|6 : atAAGTAA-GTAAATA----A----TCTTTTATTATA-TAGTG---AC--G-TGC-TTTT--GTAT---AATGC------A---TT----------TA-A------------TCATA-TAC-ATGTACAATATCAGT----T-A------GG-----CCCA-TTTGAAC-TAC-A------TGT--GA----T---T------TT--G-AT--CT--AT-ATGTA----CAT--------ACGTA-TAG---CGCAT--ATT----GA-ATTATTT-ATAC--AAATGTT----T--T-C--T-TGC-TTGAA-A--AG--G---TATTCAAAGAA-A-T---T-G---TCATCCGTTT---G-TCTTTGAT---TGT--T--TT-CT---A-------------------------TTA-A--A-------ATGTT--AT-ACT-GATAT-T-TA-CTTG-A-CCTA-TTTTTGTC---T----ATA-TTC------ATAT--T--G----TG--AATTTAATAG--T-TTT-TCATT----GGT-T-ATCGAAAGATT-T-GCAGTATTAA---ACACA--GG--------------AAATG-T---TTTTCGTCTTC--TA
gi|2 : ctAGTAG-GTAAGTATCGTAAGATTCTTTTATTATA-C---GTGGACATG-T-CATTTTAAGTATTACAAAAC------A---TTA---------TACAA-----------CCATA-AATGATA-AATACATCCGTT---G-ATCCCC-GG-----CC-AATTTGAC--TAT-A-------GT--CACT--T---TATATT-TT--A-ACAATG--AT--TGTA----CAT-CGCATA-GCGCAGTAA---CACAT--AATTAGTATTATTTAAT-ATC---AA-TGTTGTATT--T-A--T-AGCATTAAAGT--AG--A--ATAT--GAAGAA-A-T---T-TT--GCA---ATTT---G-CCTTGGTT---T-C--T--TT-TCCAAA-------------------------TCA-AGTT-----TTAT-TTT-AT-ATTGCATAT-T-TA-TTTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATAATTA------ATAT--TACG----AA--AA---AAAAG--T-TTCCTCTTT----GCC-T-ATTGAAATATT-T-ACA----CGA---AAGTA--GA--------------AAATG-T---TTTTCGTCCTCCTCATGGATCCCA--TCAT-T------GC-ATAAT-TACAAA---AACGTT-CTGTGTG--GAGGTTCATTTACA-TA-GCGACCGGTTTCAATACAGA-AGGAAGGAT-TCCACATCT--AAACTGA--GGT-TCACCCGTGGCCTTTTCTTGGTTTGTT----TCAGGTT-C-A-TTGAT-CATACGGTTT-CA----AT-GACAAGAA-TTT-TGTTTGAAAGTTAACATATGGTTCCAGTTTAAGGTAAAGCACAATATTTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-T-A-TTTCATTTTCA-AAGGTTTCATATAATCAGAAATACATA------AATAA-CGTA-CA--AGAACACATAATCTAAATTACGAAGGGAGTTTTTTGA--TTGTAAACACTAAAGTTCCATTGTTCCGATCAGCTGCTCCAT-----AGGAAGACTTTTTTGGTAAAGACGTTCTTTCATACCA-TTTGATCAAATCG------ATTCCATCTTTCTTATCATACATAAACAGCGACGCTGTGTCGGTTGTTAA-CATCCTACTCAAC--TTTAATGTGAT-GCTGGAGAATTTC--TGCAATCC-AG-AAAATA-TCGATGGCACGAT-------------TTTGTAAACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTCTAAagca
gi|7 : TTATTATA-G---G---ACATG-TGCATTTTAAGTATTACAAAAC------AGTATTACAAGAGTAATACAAAACAAGTATAATCATA-AATTATA-ATTACATCGTT----GCA---CCCGG-----CCCA-TTTGACTATAG-A------GGT--CACCCTT---TAGATTGTT--ACAA--TG--AT-ATGAC-ATGCAT------A-GCGCAATAA----ACG---AAT----AT-ATTATTT-GTAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AG-ATTAAA-T--AG--A---TAT--GAAGAC-A-T---T-TT--GCA---ATT----G-CCTTTGGT---T-CG-T--TT-CC---A-------------------------TCA-A----------AT-TC--ATGATA-TA----T-TA-TTTGTA----A-TTTCTGTCTTAT----GTA-TTC------ATAC--
gi|3 : -ATA-ATTACATCAGTTCGCA-C---CC-GG-----CCCA-TTT-ACC-TATGA------AGTTTCACTT-T---TATATC-TTTAA-ACAATG--AT-ATGTACATGCAT-TG---A-GCGCA-TAC---CACAT--AAT----AT-AT--ATTCATA---GAATTTTGT--T--T-TCTT-AGCATTAA--T--AG--A--ATAT--GAAGAA-A-TCTTT-T---GCA---ATTT---G-CCTTTGGT---T-CCTT--TT-CC---A-------------------------TCA-AA-T-----TTAT-TTCCAT-ATT-GATAT-T----ATTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TTC------ATAT--TACG----AA--AA---AAAAG--A-TTC-TCTT-----GAC-TTATTGAAATATT-T-ACAC---TGA---AAGTA--GA--------------AAATG-T---TTTTCGTCCTC--TATG-AT-CCA--TCATCT------GCCATAATTTACAAAGAAAACGTTCT--TGTG--GAGGTTCATTTACA-TAAGCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGATCTCCACATC-ATAAACTGAAGCCATTCAC----GGACCTTTCAT-GTTTG-T----TCAGGTT-C-ATTTGATACATACGGATTACA----AG-TTCAA-AA-TTTCTGTTTG-AAGTTAACATATG-TCGCAGTTT-AGGTAAAG-ACAATA--TTTTTGTTTCCAACCTTCTTCAC-ATAGTTTTGAATTAACTTTCATTTatgtattacgtaagtaaatgcaattttttt
gi|5 : atgC-GG-----CCCA-CTTGATC-TAC-ATGTACAAGT--CA----TCTTTATATT-C---A-AA--TGCAAT-TTACA-TG-CATGC----ACACGTAGTAAATTCATATCAAAT-----T-ATTTGT--ATA---AA-CGCTGT--TC-T-C--T-TGCTTGAAAGT--AG--T--ATAT--TAAGAA-A-T---TCT---TCA---GTTT---G-TCTTTGAT---TAT--T--TT-CC---A-------------------------TTACA--TGTAAACTAG-TT--AG-ATT-AATAT-T-TA-ACTGTA-C--ATTTTTTGTC---T----ACA-GTACATGTGATATTGT--G----GA--AG---AAGAGTAT-TTC-TATAT----GGC-T-TTCGAAA---------------GA---CAG---------------------AATG-T---------TCTTC--TATGGAT-TTA--TCCT-T------AC-ATAATGTACGAA---AACGTTCT--TGTGGTGAGTTTC-TTTA
gi|19 : atcatatttatgtagtatttggtaattcatttagttgcattC-TAT-A------AGT--CACTT-T---TATATT-TT--T-ACAATG--GT-ATGTACATGCAT------A-GCGCA-TAA---CACAT--AAT----AN-ATGTA-----A---AAATtc
gi|9 : -CAT-C----A-GCGCA-TGA------AC--AAT----AT-------C-ATA---AA-TGTTGT--TGTT-C--TCAGTTTTAAG-C--AG--A--ATAC---AAGAACA-T---T-TTTTGCA---ATTG---G-CTTTTGGT---T-CC-T--TT-TC---A-------------------------TCA-A--A-----TTAT-CT--AT-ATT-GATAT-TATATCTTGTAAC--A-TTT---TC---TCATAATA-TTA-------TAT--T--ACGAAAA--AA---AAAAG--TCTTC-ACTTT----GGC-T-ATTGAAATATT-T-ACA----CG----AAGTA--GA--------------AAATGTT---TTTTCGTCCTC--TATGGAT-CCA--TCGT-TTGCCACGC-ATAATTTACAAA---AAcaatgggtttg
gi|10 : aaatgatggcgtacaagagAA---CACAT--AAT----CT-ATTATTT-ATATTTAAATGTTGT--T--TTC--T-AGCATTAAA-T--AG--A--ATAT-----------T---T-TTG-GCA---ATTT---G-CCTTTGGT---T-C--TGTTT-CC---C-------------------------TCA-A--T-----TTAT-TT--AT-GTT-GATAT-T-TA-ATT-TG-C--A-TTTCTGTC---T----A-A-TTC------ATATA-T--G----AA--AA----------T-TTC-TCTGT----CGC-T-ATTGAAATATTCT-ACA----CGA---AA-TA--GA--------------AAATG-T---TTTCAGTCC-C--TATGGAT-CCAGCTCA--T------GC-ATAATTTACAAA---AACGTC-T--TGTG--GAGGTTC-TTTACA-TACGCGACCGGTT
gi|12 : AA---CACAT--AAT----AT-ATTACTT-ATAT--AAATGTTGT--T--TTC--T-ACCATTAAA-T--AG--A--ATAT--GAAGAA-ATT---T-T---GCA---ATTT---G-CCTTTGGT---T-CT-T--TT-CC---A-------------------------NNN-N--N-----NNNN-NN--NN-NNN-NN-NN-N-NN-NNNNNN-N--N-NNNNNNNN---N----NNN-NNN------NNNN--N--N----NN--NN---NNNNN--N-NNN-NNNNTACCCGGC-T-A--AAAATA-----GCA----TTA---AAA-A--AA--------------AAATG-CATATTTTCG--CTC--TGTGa
gi|11 : TGTTGT--T--T-C--T-AGCTTAAAA-C--AG--A--ATAT--CAAGAA-A-T---T-TTT-GCA---ATTT---GTCCTTTGGT---T-C--T--TTTCC---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTA-A--A-----TTAT-TT--AT-ATT-GATAT-T-TA-TTTGTA-C--A-ATTTTGAC---T----ATA-TTC------ATAT--TACG----AA--AA---AAAAG--T-TTC-ACTTT----GGT-T-ATTGAAATATT-T-ACA----CGA---AAGTA--GAATCGGCCGAGCCGTAAACA-A---TTTTCGTCCTC--TATTGAT-CCA--TCGT-T------GC-ATAATTTACAAA---AA
gi|20 : T--T--T-C--T-AGCTTTAAA-C--AGTAAGTATAT--CAAGAA-A-T---TAT---GCA---GTTTAATG-TCTTTGGT---T-C--T--TT-
gi|8 : tgtAGAA-A-T---T-TC--GCA---GTTT---G-CCTTTGAT---TAA--T--AT-TT---A-------------------------TGA-T--G-----GTAT-TT--AT-ATT-GATAT-C-TA-ATGGTA-C--A-TTT-TATC---T----ATA-TTC------AT-C---------------A---ACATA--T-TTC-TGTTT----GGT-T-TTCGAAACATT-TGATA----TAAAACAAACA--AA--------------AAATG-T---CATTCGTCCTC--TATGGAT-TCA--TTCT-T------AC-ATAGCGTAAGCA---AATGTTCT--TGAG--GAGATTCATTT-CAGTA-ACAACTGATTttc
gi|16 : ---AATGTTCT--TGAG--GAGATTCATTT-CAGTA-ACGACTGGTTgggttagggtatgggcaatcacgggcctttttgtttttaaaatcaggtccaatgttacatacggttcaatttagtccacaat
gi|16 : GA--CAA-TCAC----GGGCCTTT-TT-GTCTT-TAAAATCAGG-T-CCA-TTGTTACATACGG-TT-CAATTTAG-TCCAC-AA-Tgggttagggtatggacaatcacgggcctttttgtctttaaaatcaggtccattgttacatacggttcaatttagtccacaat
gi|8 : aatgttcttgaggagattcatttcagtaacgactggttgggttagggtatgA-TCAC----GGGCCTTT-TT-GTTTT-TAAAATCAGG-T-CCA-ATGTTACATACGG-TT-CAATTTAG-TCCAC-AA-T
gi|21 : agaaatttcgcagtttgcctttgattaatatttatgatggtatttatattgatatctaatggtacattttatctatattcatcaacatatttctgtttggttttcgaaacatttgatataaaacaaacaaaaaatgtcattcgtcctctatggattcattcttacatagcgtaagcaaatgttcttgaggagattcatttcagtaacaactgattgggttagggtatgggcaAGG-TTC-A-TTGAT-CATACGG-TT-CA----AGCTTCAA-AAATTT-TGTTTG-AAGTTA--ATATGT
gi|13 : tCACAAACACATAGGTGTAAATAATTGTAGTATAAGAACACAT-GTCTAATTTATATA-GGAGTTATTTCA-TTTGTAAACACC-ATGTCCCATTGCTCTGAT-T---TATCCATGCATAAGGAGACC-TTTTTGTTAAAGACGTTC-TTCGT-CTATTTTCATT-ACTAGTAATATATTTGATA-TTCCGAACATACATGA
gi|14 : TGTCGG-TGTTTACCATCCTACCTCAC----------------TG---------TATACAATCCCAGAAAA-TATCGAATGGCGCGAGCCGGGGGCGCGAGTGTGT--ACAATTTTTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTG-CACAATAATCTAAAACAAGAAAAACACATGATTGAAAAACTT
gi|17 : TAACGGTTGGTATGTTTCAAACCCCCATACCCCTGC-ACAATAATCTAAA-CAGAAATAACGCATGACTAAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCTGACATCCTTATAACTAT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACATATATAAATGTTGTTTTCTAGTTTTAA
Unaligned ( gi|18 ): AAGTCATTTGAATTATATTTCAATCTACATGTACATAGAAAACATATTAAGCTAATTTGTAAAAATGTTGTTTCCTAGCTTGAAATAGTGTGTTAAGGA
Alignments
lowQualScore : 1 444444444 4444444 4444444444444 11 333333333333333333333 1 11111111 1111 11111111 11111111 2222 222 222 1 1111 333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111 22222222222222 11111111 1 22 1 222222 11 1 3333 111 1 22222 1 1 22 1 2 2 2 1 33 22222 2 2222 555555 22222 11 2 22 1 4444444 55555 1 1 2 2 1 555555 22 11 11111111111111 1111111 444444444444444444444444444 22 11
lowQualScore : 0 333333333 0 0 0000000 0 8 0 11 4444444444444 11 555555555555555555555 77 6 6 66 1 22 77 5 66666666 2222 0 5 3 5 33333333 66 9999999 88888888 1 7777 999 8 777777 555555 999 3 444 44 77 2 44 3 1 8888 55555 1 2 44 77 555 555 3 555 4444 44 3 3 555 888888888888888888888888888888888888888888 3 3 3 55 2 7 3 3 44 3 55 3 8 666 7777 3 33333333333333 0 88 55 55 4 4 4 4 1 4 4 999999 777 55 33333333333333 4 55 4 66 2 33333333 4 777 5 77 5 5 9 6 3 0 2 44 5 3 000000 11 8 8 0 8 1 7777 222 7 3 6 66666 1 0 0 3 33 5 3 3 3 0 2 00 88888 0 4444 4 1 0 777777 7 00000 99 1 1 3 1 1 00 7 7 4 0 0 4444444 11111 7 1 2 1 7 3 0 3 7 1 7 4 1 888888 6 44 77 1 0 3 44 1 6 11 99999999999999 7777777 6 7 7 999999999999999999999999999 1 22 33 7 1 0 0 1
lowQualScore : . ......... . . ....... . . . .. ............. .. ..................... .. . . .. . .. .. . ........ .... . . . . ........ .. ....... ........ . .... ... . ...... ...... ... . ... .. .. . .. . . .... ..... . . .. .. ... ... . ... .... .. . . ... .......................................... . . . .. . . . . .. . .. . . ... .... . .............. . .. .. .. . . . . . . . ...... ... .. .............. . .. . .. . ........ . ... . .. . . . . . . . .. . . ...... .. . . . . . .... ... . . . ..... . . . . .. . . . . . . .. ..... . .... . . . ...... . ..... .. . . . . . .. . . . . . ....... ..... . . . . . . . . . . . . . ...... . .. .. . . . .. . . .. .............. ....... . . . ........................... . .. .. . . . . .
lowQualScore : 0 555555555 8 8 6666666 8 0 8 66 0000000000000 22 222222222222222222222 66 0 7 44 0 11 11 7 66666666 1111 7 7 0 0 77777777 11 2222222 66666666 9 3333 666 0 222222 999999 222 6 555 22 33 3 22 1 0 0000 55555 0 9 22 33 444 444 1 444 0000 22 1 1 888 111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6 00 1 3 6 6 66 6 00 6 0 444 7777 6 33333333333333 4 66 00 55 0 0 0 0 2 0 0 888888 000 55 55555555555555 0 55 4 11 7 77777777 4 000 7 99 0 0 2 7 2 2 5 55 5 2 000000 00 0 0 0 0 0 0000 333 3 3 7 22222 5 0 0 2 88 0 7 3 7 7 0 77 00000 0 0000 0 0 7 777777 3 77777 33 0 0 3 0 0 77 3 3 0 7 7 3333333 00000 3 0 3 0 3 7 7 7 3 0 3 0 0 777777 7 77 33 0 7 0 77 0 7 77 77777777777777 7777777 7 3 3 333333333333333333333333333 0 77 33 3 0 7 7 0
consensus : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA---T---GACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-G--CAC-C-GG----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AACAATGATATGTACAT-GCAT---AGCGCA-TAACA----CATAAT--A---TATTATTT-ATAT--AAATGTTG--TT--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAA--N---TT-A-T-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----AT-ATT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TT-CTCTTTGGC-T-ATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTC--TATGGAT-CCA--TCGT-T------GC-ATAATTTACAAA---AACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-TA-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTATAAACTGA---CAATCA--CG-GGCC-TTTCTT-GTTTGTAAAATCAGGTTCCATTGATACATACGG-TT-CAATTTAGTCCAAAATTT-TGTTTG-AAGTTAACATATG--TC-CAGTTT-AGGTAAAG-ACAATA-TTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACA------TAAATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAA-GGAGTTNTTTGA-TTTGTAAACACCAA-GTTCCATTGTTCCGAT-AGCT--TCCAT-----AGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTC-TTCGT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATC-TTCTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGGTTGTTAACCATCCTACCTCAC--TTTAATGTGAT-GCTGGAGAAT-TCTATGCAATCCCAGAAAAATAT--GATGGCGCGANC----GGCGCGA-TTTGTA-ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
Reference ( family-2952 ) : AAGTAA-GTAAGTA----A----TCTTTTATTATA---C---GACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAATCATA-A-ATG-ATAANTACATC-AGTT-G--CAC-C-GG----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AANAATGATATGTA-AT-GCAT-C-AGCGCA-TAACA----CATAAT--A---TATTNNTT-ATA---AAATGTTG--TT--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAA--N---TT-A-T-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----AT-ATT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TT-CTCTTTGGC-T-ATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTC--TATGGAT-CCA--TCGT-T------GC-ATAATTTACAAA---AACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACAGTA-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGATCTCCACATCTATAAACTGA---CGATCA--CG-GGCC-TTTCTT-GTTTNTAAAATCAGGTTCCATTGATACATACGG-TT-CAATTTAGTCCAAAATTT-TGTTTG-AAGTTAACATATG--TCGCAGTTTAAGGTAAAGCACAATATTTTTTTGTTTCCAACCTTCTTCACAGTAGTTTTGAATTAACTTTCATTTTCA-AAGGTTTCATATAATCANAAACACATAGGTGTAAATAATCGTAGCATAAGAACACATAGTCTAANTTACGNAGGGAGTTNTTTNA-TTTGTAAACACCAANGTCCCATTGCTCCGATCNGCTNNTCCATGCATAAGGAGGNCTTTTTTGNTAAAGACGTTCTTTCGTACCATTTTNATCAANTNGTAATATATTCGATNTTTCCGANCATACATGAACAGCGACGCTGTGTCGGTTGTTNACCATCCTACCCNAC--TTTAATGTGAT-GCTGGAGAATTTCTATGCAATCCCAGAAAAATATCCGATGGCGCGANCCGGGGGCGCGAGTNTGTAAACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGACTGAAAAANTTTTTCAAAAGTTTGGAATCTGACATCCTTATAACTAT
gi|1 : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA---T---GACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACA-TCATA-A-AT--ATAACTACATC-AGT--G---AC-C-GG----CC-A-TTTGACC-TAT-A------AGT--CA-------TTATATTTT--AAC--TGATATATA-AT--CAT-C-AGCGCA-TAACA----CATAAT--A---TATTTATT-ATA---AAATGTTG--TT--T-C--T-AGCATTAAA-T--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TT---GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAA--T---TT-A-T-TT--ATATTT-A-AT-T-TAA-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----AT-ATT-A-----A------TACT--GAA--AAAAAA--G--T-TT-CTCTTTGGC-T-ATTGAAATATT-T-ACA----T-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTC--TATGGAT-CCA--TCAT-T------GC-ATAATGTACAAA---AACGTT-T-TGTG--GAGGTTCATTTACA-TA-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTAAAAACTGA---CCATCA--CG-GACC-TTTCTT-GTTTGT----TCAGGT--CATTGATACATACGG-TT-CA----AGTTCAAAATTT-TGTTTG-AAGTTAACATATGT-TCTTAGTTT-AGGTAAAG-ACAATA-TTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAATAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGT----TATTATCACAAATACA------TAAATAATCGTAGC--AAGAACACATA-TCTAAATTACGAA-GGAGTTCTTTGATTTTGT-AACACCAA-GTTCCATTGTTCCGAT-AGC---TCCAT-----AGGAAAAC-TTTTTGGT-AAGACGTTC-TTCAT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATC-TTCTTATCATACATAACCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACTATTTAATGTGATAGCTGGAGAATATCTATGCAATCCTAGAAAAATA----------CGAAT----GGCACGATTTTGT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAACAACACATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
gi|10 : AACA----CATAAT--C---TATTATTT-ATATTTAAATGTTG--TT--TTC--T-AGCATTAAA-T--AG--A--ATATT-------T--TTG--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--TGTT-T-CC---C-------------------------T------CAA--T---TT-A-T-TT--ATGTTG-ATAT-T-TAA-TT-TG-C--A-TTTCTGTC---T----A--ATT-C-----A------TAT-ATGAA--AA---------T-TT-CTCTGTCGC-T-ATTGAAATATTCT-ACA----C-GAAA----TA--GA--------------AAATG-TTTTCAGTCC-C--TATGGAT-CCAGCTCAT--------GC-ATAATTTACAAA---AACG-TCT-TGTG--GAGGTTC-TTTACA-TACGCGACCGGTTgtatttttgaatatcactgatcctaaagctctgccagcagatttaccgagagtctccgccgcaatattaaagtttatcttttcgtgaaatataacacctagataccgatactgacttatata
gi|11 : TGTTG--TT--T-C--T-AGCTTAAAA-C--AG--A--ATATCAAGAA-AT--TTTT-GCA---ATT---TGTCCTTTGGT---T-C--T--T-TTCC---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT------TAA--A---TT-A-T-TT--ATATTG-ATAT-T-TAT-TTGTA-C--A-ATTTTGAC---T----AT-ATT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TT-CACTTTGGT-T-ATTGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GAATCGGCCGAGCCGTAAACA-ATTTTCGTCCTC--TATTGAT-CCA--TCGT-T------GC-ATAATTTACAAA---AAa
gi|12 : AACA----CATAAT--A---TATTACTT-ATAT--AAATGTTG--TT--TTC--T-ACCATTAAA-T--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-TC---
gi|13 : CACAAACACATAGGTGTAAATAATTGTAGTATAAGAACACAT-GTCTAATTTATATA-GGAGTTATTTCA-TTTGTAAACACC-ATGTCCCATTGCTCTGAT----TTATCCATGCATAAGGA-GACCTTTTTGTTAAAGACGTTC-TTCGT-CTATTTTCATT-ACTAGTAATATATTTGATA-TTCCGAACATACATGAcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacccggctaaaaatagcattaaaaaaaaaatgcatattttcgctctgtg
gi|14 : TGTCGGT-GTTTACCATCCTACCTCAC--T-----------------G------TATACAATCCCAGAAAA-TATCGAATGGCGCGAGCCGGGGGCGCGAGTGTGTA--CAATTTTTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTG-CACAATAATCTAAAACAAGAAAAACACATGATTGAAAAACTT
gi|16 : ---AATGTTCT-TGAG--GAGATTCATTT-CAGTA-ACGACTGGTT----------GGGTTAGGG----------TATGGAC-------AATCA--CG-GGCC-TTT-TT-GTCTTTAAAATCAGG-TCCATTGTTACATACGG-TT-CAATTTAGTCCACAAT
gi|17 : TAACGGTTGGTATGTTTCAAACCCCCATACCCCTGC-ACAATAATCTAAA-CAGAAATAACGCATGACTAAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCTGACATCCTTATAACTAT
gi|18 : -A------AGT--CATT-TGAATTATATTTC--AAT--CTACATGTA-----CAT---AG------AAAA----CATATT--AAGCTAATTTGT-A-A---AAATGTTG--TT--TCC--T-AGCTTGAAA-T--AG--T--GTGTTAAGGA-
gi|19 : C-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--TACAATGGTATGTACAT-GCAT---AGCGCA-TAACA----CATAAT--A---NAT
gi|2 : AGTAG-GTAAGTATCGTAAGATTCTTTTATTATA---CGTGGACATG-T-CATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAACCATA-A-ATG-ATAAATACATC-CGTT-GATCCC-C-GG----CCAA-TTTGA-C-TAT--------AGT--CAC--T---TTATATTTT--AACAATGAT-TGTACATCGCAT---AGCGCAGTAACA----CATAATTAG---TATTATTTAATAT--CAATGTTGTATT--T-A--T-AGCATTAAAGT--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTGGTT---T-C--T--T-T-TCCAAA-------------------------T------CAAGTT---TT-ATT-TT--ATATTGCATAT-T-TAT-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATAATT-A-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTCCTCTTTGCC-T-ATTGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCCTCATGGATCCCA--TCAT-T------GC-ATAA-TTACAAA---AACGTTCTGTGTG--GAGGTTCATTTACA-TA-GCGACCGGTTTCAATACAGA-AGGAAGGAT-TCCACATC--TAAACTGA---GGTTCACCCGTGGCCTTTTCTTGGTTTGT---TTCAGGTT-CATTGAT-CATACGGTTT-CAAT---GACAAGAATTT-TGTTTGAAAGTTAACATATGGTTC-CAGTTTAAGGTAAAGCACAATATTTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TA--TTTCATTTTCA-AAGGTTTCATATAATCAGAAATACA------TAAATAA-CGT---ACAAGAACACATAATCTAAATTACGAAGGGAGTTTTTTGA--TTGTAAACACTAAAGTTCCATTGTTCCGATCAGCTGCTCCAT-----AGGAAGACTTTTTTGGTAAAGACGTTCTTTCATACCA-TTTGATCAAATCG------ATTCCATCTTTCTTATCATACATAAACAGCGACGCTGTGTCGGTTGTTAA-CATCCTACTCAAC--TTTAATGTGAT-GCTGGAGAATTTC--TGCAAT-CCAG-AAAATAT-CGATGGCACGAT-------------TTTGTAAACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTCTAAgtaaaaatcaatgggtttg
gi|20 : --TT--T-C--T-AGCTTTAAA-C--AGTAAGTATATCAAGAA-AT--TAT--GCA---GTTTAATG-TCTTTGGT---T-C--T--T-T-
gi|21 : tgtAGGTTC-ATTGAT-CATACGG-TT-CAAGCT--TCAAAAATTT-TGTTTG-AAGTTA--ATATG--Tttc
gi|3 : t-ATG-ATAATTACATC-AGTTCG--CAC-CCGG----CCCA-TTT-ACC-TATGA------AGTTTCACT-T---TTATATCTTTAAACAATGATATGTACAT-GCAT-TGAGCGCA-TACCA----CATAAT--A---TAT-ATTC-ATA---GAATTTTG--TT--T-TCTT-AGCATTAA--T--AG--A--ATATGAAGAA-ATCTTTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-CCTT--T-T-CC---A-------------------------T------CAA--A---TTTA-T-TTCCATATTG-ATAT-T---A-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----AT-ATT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--A-TT-CTCTT-GAC-TTATTGAAATATT-T-ACA----CTGAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTC--TATG-AT-CCA--TCATCT------GCCATAATTTACAAAGAAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACATAA-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGATCTCCACATC-ATAAACTGAAGCCATTCA--CG-GACC-TTTCAT-GTTTGT----TCAGGTTCATTTGATACATACGGATTACA----AGTTCAAAATTTCTGTTTG-AAGTTAACATATG--TCGCAGTTT-AGGTAAAG-ACAATA--TTTTTGTTTCCAACCTTCTTCACA-TAGTTTTGAATTAACTTTCATTT
gi|4 : AAGTAAAGTAAGTA----A----TCTTT-ATT-TAG--T---GACATGATGCATTT-AA-------------GTAT---AGAA-CCTTACAATTA---------TACAG-CATACA-ATG-ATAAATA-ATC-AGTT-G--CAC-C-CGAACACCCAATTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATGTTTC--AAAA--GAT-CGTACAA-GCAT---AGCGCA-TAAC----------T--A---TAT------------AAATGTTT--TT--TTC--T-AGTTTTAAG-CGCAG--A--ATATCAAGAA-AT--TTT--GCA----TT---TG-CTTTAGGCGTCT-CG-T--T-T-TC---A-------------------------T------CCA--TACATT-A-T-CT--A-ATTGTATAT-T--AT-TTGTA-C--A-TTT-TGTC---T----AT-ATT-C-----A------TATTACGAACAAAAAAA--G--T-TT-CAC-TTGGCTT-ATTGAAATATT-T-ACA----C-TAAA---GTATGAA--------------AAATG-TTTTTCG-CCTC--TAT-GAT--CA--TCGT-T------GC--TAATTTACAAT---AA
gi|5 : atTG-GTAATT-CATTTAGTT-G--CATTC-GG----CCCA-CTTGATC-TAC-ATGTACAAGT--CATC-T---TTATATTC-----AAATGCAATTTACAT-GCATGC-A-CACG-TAGTAAATTCATATC--A---AATTATTT-GTAT--AAACGCTG--TTC-T-C--T-TGCTTGAAAGT--AG--T--ATATTAAGAA-AT--TCT--TCA---GTT---TG-TCTTTGAT---TAT--T--T-T-CC---A-------------------------TTACATGTAA--A---CT-A-G-TT--AGATTA-ATAT-T-TAA-CTGTA-C--ATTTTTTGTC---T----AC-AGTACATGTGA------TATTGTGGA--AGAAGA--GTAT-TT-CTATATGGC-T-TTCGAAA----------------GACA---G---------------------AATG-T------TCTTC--TATGGAT-TTA--TCCT-T------AC-ATAATGTACGAA---AACGTTCT-TGTGGTGAGTTTC-TTTA
gi|6 : atcatatttatgtagtattAAGTAA-GTAAATA----A----TCTTTTATTATATAGT---GAC--G-TGC-TTTT---------------GTAT---AATG-C------ATT------------TAATCATATACATGTACAAT---ATC-AGTT-A--------GG----CCCA-TTTGAAC-TAC-A------TGT--GATT-T---TGATCT------------ATATGTA-----CAT----ACGTA-TAGCG----CATATT--G---AATTATTT-ATAC--AAATGT----TT--T-C--T-TGCTTGAAA-A--GG--T--ATTCAAAGAA-AT--TGT---CATCCGTT---TG-TCTTTGAT---TGT--T--T-T-CT---A-------------------------T------TAA--A------A-TGTT--ATACTG-ATAT-T-TAC-TTG-A-CCTA-TTTTTGTC---T----AT-ATT-C-----A------TATTGTGAAT-TTAATA--G--T-TT-TTCATTGGT-T-ATCGAAAGATT-T-GCAGTATT-AAAC---ACA--GG--------------AAATG-TTTTTCGTCTTC--TAtc
gi|7 : ctTTATTATA---G---GACATG-TGCATTTTAAGTATTACAAAACAGTATTACAAGAGT------AATACAAAACAAGTATAATCATA-A-ATT-ATAATTACATC--GTT-G--CAC-CCGG----CCCA-TTTGACTATAG-A------GGT--CACCCT---TTAGATTGT--TACAATGATATGAC-AT-GCAT---AGCGCAATAA-A----CG-AAT--A---TATTATTT-GTAT--AAATGTTG--TT--T-C--T-AG-ATTAAA-T--AG--A---TATGAAGAC-AT--TTT--GCA---A-T---TG-CCTTTGGT---T-CG-T--T-T-CC---A-------------------------T------CAA---------A-T-TC--A---TG-ATATAT-TAT-TTGTA----A-TTTCTGTCTTAT----GT-ATT-C-----ATACATGTATTACGTA--AGTAAA--agca
gi|8 : AGAA-AT--TTC--GCA---GTT---TG-CCTTTGAT---T-A--A--TAT-TT---A-------------------------T------GAT--G---GT-A-T-TT--ATATTG-ATAT-C-TAA-TGGTA-C--A-TTT-TATC---T----AT-ATT-C-----A------T----CAAC--ATA--------T-TT-CTGTTTGGT-T-TTCGAAACATT-TGATA----T-AAAACAAACA--AA--------------AAATG-TCATTCGTCCTC--TATGGAT-TCA--TTCT-T------AC-ATAGCGTAAGCA---AATGTTCT-TGAG--GAGATTCATTT-CAGTA-ACAACTGATTtgcaattttttt
gi|8 : GG---CAATCA--CG-GGCC-TTT-TT-GTTTTTAAAATCAGGT-CCAATGTTACATACGG-TT-CAATTTAGTCCACAATgggttagggtatgggcaatcacgggcctttttgtttttaaaatcaggtccaatgttacatacggttcaatttagtccacaat
gi|9 : agaaatttcgcagtttgcctttgattaatatttatgatggtatttatattgatatctaatggtacattttatctatattcatcaacatatttctgtttggttttcgaaacatttgatataaaacaaacaaaaaatgtcattcgtcctctatggattcattcttacatagcgtaagcaaatgttcttgaggagattcatttcagtaacaactgattgggttagggtatg-GCAT-C-AGCGCA-TGA-------ACAAT--A---T------C-ATA---AA-TGTTG--TTGTT-C--TCAGTTTTAAG-C--AG--A--ATA-CAAGAACAT--TTTTTGCA---ATT---GG-CTTTTGGT---T-CC-T--T-T-TC---A-------------------------T------CAA--A---TT-A-T-CT--ATATTG-ATAT-TATATCTTGTAAC--A-TTT---TC---TCATAAT-ATT-------A------TATTACGAA--AAAAAAAAG--TCTT-CACTTTGGC-T-ATTGAAATATT-T-ACA----C-G-AA---GTA--GA--------------AAATGTTTTTTCGTCCTC--TATGGAT-CCA--TCGT-TTGCCACGC-ATAATTTACAAA---AA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACATATATAAATGTTGTTTTCTAGTTTTAA
Alignments
lowQualScore : 1 444444444 222222222 4444444444444 11 333333333333333333333 1 11111111 1111 1111111 1111111 1111 11 11 1 1111 33333333333333333333333333333333 11111111 11111111111111 22222222222222 11111111 1 1111111111 333333333333333333 111 11 1 3333 111 1 2222 1 1 22222222 1 1 22 1 11 11111 1 2222 333333 11111 11 1 1 1 2222 333 1 1 1 1 333333 1 2 44444444444444444444444444 666666666666666666666666666666666666 11
lowQualScore : 0 555555555 0 0 444444444 0 8 0 11 4444444444444 11 555555555555555555555 77 6 6 66 0 22 77 5 66666666 2222 0 5 5 4 3333333 66 0 4 777 4444444 0 88 1111 33 33 777777 44 0 3 3 888 44 77 2 44 3 1 8888 99999 1 2 44 77 555 555 3 555 4444 44 3 3 555 77777777777777777777777777777777 66666666 3 88 2 7 3 3 44 3 55 3 8 666 7777 3 33333333333333 0 88 55 55 4 4 3 8 1 4 4 999999 777 55 33333333333333 4 55 3 4 66 2 33333333 4 777 5 77 5 5 3 6 6 6666666666 1 222222222222222222 444 1 11 8 8 0 8 7777 222 7 3 6 7777 1 0 0 3 11111111 3 3 00 2 88 66666 5 4444 1 888888 7 22222 99 3 1 7 3 7 3 2222 999 2 7 3 0 3 7 3 888888 3 1 3 6 22222222222222222222222222 6 7 7 222222222222222222222222222222222222 33 7 1 0
lowQualScore : . ......... . . ......... . . . .. ............. .. ..................... .. . . .. . .. .. . ........ .... . . . . ....... .. . . ... ....... . .. .... .. .. ...... .. . . . ... .. .. . .. . . .... ..... . . .. .. ... ... . ... .... .. . . ... ................................ ........ . .. . . . . .. . .. . . ... .... . .............. . .. .. .. . . . . . . . ...... ... .. .............. . .. . . .. . ........ . ... . .. . . . . . .......... . .................. ... . .. . . . . .... ... . . . .... . . . . ........ . . .. . .. ..... . .... . ...... . ..... .. . . . . . . .... ... . . . . . . . ...... . . . . .......................... . . . .................................... .. . . .
lowQualScore : 0 222222222 8 8 888888888 8 0 8 66 0000000000000 22 222222222222222222222 66 0 7 44 6 11 11 7 66666666 1111 7 7 0 4 8888888 11 9 4 888 5555555 7 77 6666 55 55 222222 66 3 6 6 666 22 33 3 22 1 0 0000 22222 0 9 22 33 444 444 1 444 0000 22 1 1 888 88888888888888888888888888888888 11111111 6 66 1 3 6 6 66 6 00 6 0 444 7777 6 33333333333333 4 66 00 55 0 0 4 0 2 0 0 888888 000 55 55555555555555 0 55 9 4 11 7 77777777 4 888 7 99 0 0 3 7 7 8888888888 4 444444444444444444 000 4 00 0 0 0 0 0000 333 3 3 7 0000 5 0 0 2 77777777 3 3 77 0 33 00000 0 0000 0 333333 3 33333 33 3 0 3 3 3 3 7777 000 0 3 3 7 3 3 3 333333 3 0 7 7 77777777777777777777777777 7 3 3 777777777777777777777777777777777777 33 3 0 7
consensus : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-G--CAC-C-GG----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AACAATGATA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTA-TTTA-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAN---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTC--TATGGAT-CCA--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTATAAACTGA---CAATCA--CG-GGCC-TTTCTT-GTTTGTAAAATCAGGTTCCATTGATACATACGG-TT-CAATTTAGTCCAAAATTT-TGTTTG-AAGTTAACATATG--TC-C--AGTTT-AGGTAAAG-ACAATA-TTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAA-GGAGTTNTTTGATTT-GTAAACACC-AAGTTCCATTGTTCCGA--T-AGCCG-TCCATAGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTC-TTCGT-CCATTTTGATC-AATCG------ATTCCATC-TTCTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGGT-GTTAACCATCCTACCTCACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT-T-TATGCAATCCCAGAAAAATATC-GATGGCGCGANC----GGCGCGATT-T-GT-A-CAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
Reference ( family-2952 ) : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-G--CAC-C-GG----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AACAATGATA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTA-TTTA-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAN---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTC--TATGGAT-CCA--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTATAAACTGA---CAATCA--CG-GGCC-TTTCTT-GTTTGTAAAATCAGGTTCCATTGATACATACGG-TT-CAATTTAGTCCAAAATTT-TGTTTG-AAGTTAACATATG--TC-C--AGTTT-AGGTAAAG-ACAATA-TTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAA-GGAGTTNTTTGATTT-GTAAACACC-AAGTTCCATTGTTCCGA--T-AGCT--TCCATAGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTC-TTCGT-CCATTTTGATC-AATCG------ATTCCATC-TTCTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGGTTGTTAACCATCCTACCTCACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT-TCTATGCAATCCCAGAAAAATAT--GATGGCGCGANC----GGCGCGATT-T-GT-AACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
gi|1 : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACA-TCATA-A-AT--ATAACTACATC-AGT--G---AC-C-GG----CC-A-TTTGACC-TAT-A------AGT--CA-------TTATATTTT--AAC--TGATA-TATA-AT----CATC-AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTT-ATTA-TA---AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCATTAAA-T--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TT---GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAT---TT--AT-TT--ATATTT-A-AT-T-TAA-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-A-----A------TACT--GAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATTGAAATATT-T-ACA----T-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTC--TATGGAT-CCA--TCAT-T------G-CATAATGTACA---AAAACGTT-T-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTAAAAACTGA---CCATCA--CG-GACC-TTTCTT-GTTTGT----TCAGGT--CATTGATACATACGG-TT-CAA----GTTCAAAATTT-TGTTTG-AAGTTAACATATG--TT-CTTAGTTT-AGGTAAAG-ACAATA-TTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAATAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTT----ATTATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCA--AGAACACATA-TCTAAATTACGAA-GGAGTTCTTTGATTTTGTAA-CACC-AAGTTCCATTGTTCCGA--T-AGCT---CCATAGGAAAAC-TTTTTGGTAA-GACGTTC-TTCAT-CCATTTTGATC-AATCG------ATTCCATC-TTCTTATCATACATAACCAGCGACGCTGTGTCGGT-GTTAACCATCCTACCTCACTATTTAATGTGATAGCTGGAGAATATCTATGCAATCCTAGAAAAATA----------CGAAT----GGCACGATT-TTGT-A-CAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAACAACACATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
gi|10 : AACA----CATAAT--CTATTA-TTTA-TATTTAAATGTTGT--T--TTC--T-AGCATTAAA-T--AG--A--ATATT-------T--TTG--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--TGTT-T-CC---C-------------------------T------CAAT---TT--AT-TT--ATGTTG-ATAT-T-TAA-TT-TG-C--A-TTTCTGTC---T----A-A-TT-C-----A------TAT-ATGAA--AA---------T-TTC-TCTGTCGC-TATTGAAATATTCT-ACA----C-GAAA----TA--GA--------------AAATG-TTTTCAGTCC-C--TATGGAT-CCAGCTCAT--------G-CATAATTTACA---AAAACG-TCT-TGTG--GAGGTTC-TTTACA-T-ACGCGACCGGTTgtatttttgaatatcactgatcctaaagctctgccagcagatttaccgagagtctccgccgcaatattaaagtttatcttttcgtgaaatataacacctagataccgatactgacttatata
gi|11 : TGTTGT--T--T-C--T-AGCTTAAAA-C--AG--A--ATATCAAGAA-AT--TTTT-GCA---ATT---TGTCCTTTGGT---T-C--T--T-TTCC---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT------TAAA---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAT-TTGTA-C--A-ATTTTGAC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-ACTTTGGT-TATTGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GAATCGGCCGAGCCGTAAACA-ATTTTCGTCCTC--TATTGAT-CCA--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAAa
gi|12 : AACA----CATAAT--ATATTA-CTTA-TAT--AAATGTTGT--T--TTC--T-ACCATTAAA-T--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-TC---
gi|13 : CACAAACACATAGGTGTAAATAATTGTAGTATAAGAACACAT-GTCTAATTTATATA-GGAGTTATTTCATTT-GTAAACACC-ATGTCCCATTGCTCTGATTT-ATCCA-TGCATAAGGAGACCTTTTTGTTAAAGACGTTC-TTCGT-CTATTTTCATT-ACTAGTAATATATTTGATA-TTCCGAACATACATGAcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacccggctaaaaatagcattaaaaaaaaaatgcatattttcgctctgtg
gi|14 : TGTCGGT-GTTTACCATCCTACCTCACT-------------------G------TATACAATCCCAGAAAA-TATCGAATGGCGCGAGCCGGGGGCGCGAGTGT-GT-A-CAATTTTTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTG-CACAATAATCTAAAACAAGAAAAACACATGATTGAAAAACTT
gi|16 : AATGTTCT-TGAG--GAGATTCATTT-CAGT-A-ACGACTGGTT----------GGGTTAGGGT----------ATG----GA---CAATCA--CG-GGCC-TTT-TT-GTCTTTAAAATCAGGT-CCATTGTTACATACGG-TT-CAATTTAGTCCACAAT
gi|17 : TAACGGTTGGTATGTTTCAAACCCCCATACCCCTGC-ACAATAATCTAAA-CAGAAATAACGCATGACTAAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCTGACATCCTTATAACTAT
gi|18 : -A------AGT--CATT-TGAATTATATTTC--AA---------TCTACAT-GTACAT--AG-------AAAA----CATATT--AAGCTAATTTG-TAA--AAATGTTGT--T--TCC--T-AGCTTGAAA-T--AG--T--GTGTTAAGGA-
gi|19 : C-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--TACAATGGTA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ANAT
gi|2 : AGTAG-GTAAGTATCGTAAGATTCTTTTATTATA-C---GTGGACATG-T-CATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAACCATA-A-ATG-ATAAATACATC-CGTT-GATCCC-C-GG----CCAA-TTTGAC--TAT-A-------GT--CACT-T---T-ATATTTT--AACAATGAT--TGTACATCG--CAT--AGCGCAG-TAACA----CATAATTAGTATTA-TTTAATAT--CAATGTTGTATT--T-A--T-AGCATTAAAGT--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTGGTT---T-C--T--T-T-TCCAAA-------------------------T------CAAG---TTTTAT-TTT-ATATTGCATAT-T-TAT-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATAATT-A-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTCCTCTTTGCC-TATTGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCCTCATGGATCCCA--TCAT-T------G-CATAA-TTACA---AAAACGTTCTGTGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACAGA-AGGAAGGAT-TCCACATC--TAAACTGA---GGTTCACCCGTGGCCTTTTCTTGGTTTGT---TTCAGGTT-CATTGAT-CATACGGTTT-CAAT---GACAAGAATTT-TGTTTGAAAGTTAACATATGGTTC-C--AGTTTAAGGTAAAGCACAATATTTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-T-A-TTTCATTTTCA-AAGGTTTCATATAATCAGAAATACATA------AATAA-CGT---ACAAGAACACATAATCTAAATTACGAAGGGAGTTTTTTGA-TT-GTAAACACTAAAGTTCCATTGTTCCGA--TCAGCTGCTCCATAGGAAGACTTTTTTGGTAAAGACGTTCTTTCATACCA-TTTGATCAAATCG------ATTCCATCTTTCTTATCATACATAAACAGCGACGCTGTGTCGGTTGTTAA-CATCCTACTCAACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT-T-TCTGCAAT-CCAG-AAAATATC-GATGGCACGAT------------TT-T-GTAAACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTCTAAgtaaaaatcaatgggtttg
gi|20 : T--T--T-C--T-AGCTTTAAA-C--AGTAAGTATATCAAGAA-AT--TAT--GCA---GTTTAATG-TCTTTGGT---T-C--T--T-T-
gi|21 : tgtAGGTTC-ATTGAT-CATACGG-TT-CAAGCT--TCAAAAATTT-TGTTTG-AAGTTA--ATATG--Tttc
gi|3 : t-ATG-ATAATTACATC-AGTTCG--CAC-CCGG----CCCA-TTT-ACC-TATGA------AGTTTCACT-T---TTATATCTTTAAACAATGATA-TGTACAT-G--CATTGAGCGCA--TACCA----CATAAT--ATAT-A-TTCA-TA---GAATTTTGT--T--T-TCTT-AGCATTAA--T--AG--A--ATATGAAGAA-ATCTTTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-CCTT--T-T-CC---A-------------------------T------CAAA---TTT-AT-TTCCATATTG-ATAT-T---A-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--A-TTC-TC-TTGACTTATTGAAATATT-T-ACA----CTGAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTC--TAT-GAT-CCA--TCATCT------GCCATAATTTACAAAGAAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-TAA-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGATCTCCACATC-ATAAACTGAAGCCATTCA--CG-GACC-TTTCAT-GTTTGT----TCAGGTTCATTTGATACATACGGATTACA----AGTTCAAAATTTCTGTTTG-AAGTTAACATATG--TCGC--AGTTT-AGGTAAAG-ACAATA--TTTTTGTTTCCAACCTTCTTCACA-TAGTTTTGAATTAACTTTCATTT
gi|4 : AAGTAAAGTAAGTA----A----TCTTT-ATT-TAGT---G---ACATGATGCATTT-AA-------------GTAT---AGAA-CCTTACAATTA---------TACAG-CATACA-ATG-ATAAATA-ATC-AGTT-G--CAC-C-CGAACACCCAATTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATGTTTC--AA-AA-GAT--CGTACAA-G--CAT--AGCGCA--TAAC----------------------TA-TAT--AAATGTTTT--T--TTC--T-AGTTTTAAG-CGCAG--A--ATATCAAGAA-AT--TTT--GCA----TT---TG-CTTTAGGCGTCT-CG-T--T-T-TC---A-------------------------T------CCATACATT--AT-CT--A-ATTGTATAT-T--AT-TTGTA-C--A-TTT-TGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAACAAAAAAA--G--T-TTC-AC-TTGGCTTATTGAAATATT-T-ACA----C-TAAA---GTATGAA--------------AAATG-TTTTTCG-CCTC--TAT-GAT--CA--TCGT-T------G-C-TAATTTACA---ATAA
gi|5 : atTG-GTAATT-CATTTAGTT-G--CATTC-GG----CCCA-CTTGATC-TAC-ATGTACAAGT--CATC-T---TTATATTC----A-AATGCAA-TTTACAT-G--CAT---GCACACGTAGTAAATTCATATC--AAATTA-TTTG-TAT--AAACGCTGT--TC-T-C--T-TGCTTGAAAGT--AG--T--ATATTAAGAA-AT--TCT--TCA---GTT---TG-TCTTTGAT---TAT--T--T-T-CC---A-------------------------TTACATGTAAA---CT--AG-TT--AGATTA-ATAT-T-TAA-CTGTA-C--ATTTTTTGTC---T----ACA-GTACATGTGA------TATTGTGGA--AGAAGA--GTAT-TTC-TATATGGC-TTTCGAAA----------------GACA---G---------------------AATG-T------TCTTC--TATGGAT-TTA--TCCT-T------A-CATAATGTACG---AAAACGTTCT-TGTGGTGAGTTTC-TTTA
gi|6 : atcatatttatgtagtattAAGTAA-GTAAATA----A----TCTTTTATTATA-TAGTG---AC--G-TGC-TTTT---------------GTAT---AATG-C------ATT------------TAATCATATACATGTACAAT---ATC-AGTT-A--------GG----CCCA-TTTGAAC-TAC-A------TGT--GATT-T---TGATCT------------ATA-TGTACAT-A--C-------GTA--TAGCG----CATATT--GAATTA-TTTA-TAC--AAATGT--T--T--T-C--T-TGCTTGAAA-A--GG--T--ATTCAAAGAA-AT--TGT---CATCCGTT---TG-TCTTTGAT---TGT--T--T-T-CT---A-------------------------T------TAAA-------ATGTT--ATACTG-ATAT-T-TAC-TTG-A-CCTA-TTTTTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTGTGAAT-TTAATA--G--T-TTT-TCATTGGT-TATCGAAAGATT-T-GCAGTATT-AAAC---ACA--GG--------------AAATG-TTTTTCGTCTTC--TAtc
gi|7 : ctTTATTATA-G---G---ACATG-TGCATTTTAAGTATTACAAAACAGTATTACAAGAGT------AATACAAAACAAGTATAATCATA-A-ATT-ATAATTACATC--GTT-G--CAC-CCGG----CCCA-TTTGACTATAG-A------GGT--CACCCT---TTAGATTGT--TACAATGATA-TG-ACAT-G--CAT--AGCGCAA-TAA-A----CG-AAT--ATATTA-TTTG-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AG-ATTAAA-T--AG-----ATATGAAGAC-AT--TTT--GCA---A-T---TG-CCTTTGGT---T-CG-T--T-T-CC---A-------------------------T------CAA--------AT-TC--A---TG-ATATAT-TAT-TTGTA----A-TTTCTGTCTTAT----GTA-TT-C-----ATACATGTATTACGTA--AGTAAA--agca
gi|8 : AGAA-AT--TTC--GCA---GTT---TG-CCTTTGAT---T-A--A--TAT-TT---A-------------------------T------GATG---GT--AT-TT--ATATTG-ATAT-C-TAA-TGGTA-C--A-TTT-TATC---T----ATA-TT-C-----A------T----CAAC--ATA--------T-TTC-TGTTTGGT-TTTCGAAACATT-TGATA----T-AAAACAAACA--AA--------------AAATG-TCATTCGTCCTC--TATGGAT-TCA--TTCT-T------A-CATAGCGTAAG---CAAATGTTCT-TGAG--GAGATTCATTT-CAGT-A-ACAACTGATT----------GGGTTAGGG----------TATG----GG---CAATCA--CG-GGCC-TTT-TT-GTTTTTAAAATCAGG-TCCAATGTTACATACGG-TT-CAATTTAGTCCACAATtgcaattttttt
gi|9 : AATGATGGCGTACAA-GAGCATC-AGCGCA--TGA-------ACAAT--AT----------CAT--AAATGTTGT--TGTT-C--TCAGTTTTAAG-C--AG--A--ATA-CAAGAACAT--TTTTTGCA---ATT---GG-CTTTTGGT---T-CC-T--T-T-TC---A-------------------------T------CAAA---TT--AT-CT--ATATTG-ATAT-TATATCTTGTAAC--A-TTT---TC---TCATAATA-TT-------A------TATTACGAA--AAAAAAAAG--TCTTC-ACTTTGGC-TATTGAAATATT-T-ACA----C-G-AA---GTA--GA--------------AAATGTTTTTTCGTCCTC--TATGGAT-CCA--TCGT-TTGCCACG-CATAATTTACA---AAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACATATATAAATGTTGTTTTCTAGTTTTAA
Alignments
lowQualScore : 1 444444444 222222222 4444444444444 11 333333333333333333333 1 11111111 1111 1111111 1111111 1111 11 11 1 1111 33333333333333333333333333333333 11111111 11111111111111 22222222222222 11111111 1 1111111111 333333333333333333 111 11 11 3333 111 1 2222 1 1 22222222 1 1 1 1 11 1 22 1 2222 333333 2222 11 1 22 1 44444444 1 1 1 1 333333 1 1 33333333333333333333333333 11111 444444444444444444 11 11
lowQualScore : 0 555555555 0 0 444444444 0 8 0 11 4444444444444 11 555555555555555555555 77 6 6 66 0 22 77 5 66666666 2222 0 5 5 4 3333333 66 0 4 777 4444444 0 88 1111 33 33 777777 44 0 3 3 888 44 77 2 44 3 1 8888 99999 1 2 44 77 555 555 3 555 4444 44 3 3 555 77777777777777777777777777777777 66666666 3 88 2 7 3 3 44 3 55 3 8 666 7777 3 33333333333333 0 88 55 55 4 4 3 8 1 4 4 999999 777 55 33333333333333 4 55 3 4 66 2 33333333 4 777 5 77 5 5 3 6 6 6666666666 1 222222222222222222 444 1 11 8 88 8 7777 222 7 6 3 7777 1 0 0 3 11111111 3 3 7 3 2 88 3 00 5 4444 1 888888 7 1111 99 3 1 00 7 3 00000000 2 7 3 0 3 7 3 888888 3 1 3 6 77777777777777777777777777 6 7 7 66666 3 333333333333333333 88 33 7 1 0
lowQualScore : . ......... . . ......... . . . .. ............. .. ..................... .. . . .. . .. .. . ........ .... . . . . ....... .. . . ... ....... . .. .... .. .. ...... .. . . . ... .. .. . .. . . .... ..... . . .. .. ... ... . ... .... .. . . ... ................................ ........ . .. . . . . .. . .. . . ... .... . .............. . .. .. .. . . . . . . . ...... ... .. .............. . .. . . .. . ........ . ... . .. . . . . . .......... . .................. ... . .. . .. . .... ... . . . .... . . . . ........ . . . . . .. . .. . .... . ...... . .... .. . . .. . . ........ . . . . . . . ...... . . . . .......................... . . . ..... . .................. .. .. . . .
lowQualScore : 0 222222222 8 8 888888888 8 0 8 66 0000000000000 22 222222222222222222222 66 0 7 44 6 11 11 7 66666666 1111 7 7 0 4 8888888 11 9 4 888 5555555 7 77 6666 55 55 222222 66 3 6 6 666 22 33 3 22 1 0 0000 22222 0 9 22 33 444 444 1 444 0000 22 1 1 888 88888888888888888888888888888888 11111111 6 66 1 3 6 6 66 6 00 6 0 444 7777 6 33333333333333 4 66 00 55 0 0 4 0 2 0 0 888888 000 55 55555555555555 0 55 9 4 11 7 77777777 4 888 7 99 0 0 3 7 7 8888888888 4 444444444444444444 000 4 00 0 00 0 0000 333 3 7 3 0000 5 0 0 2 77777777 3 3 3 3 0 33 3 77 0 0000 0 333333 3 3333 33 3 0 77 3 3 00000000 0 3 3 7 3 3 3 333333 3 0 3 7 77777777777777777777777777 7 3 3 33333 7 333333333333333333 33 33 3 0 7
consensus : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-G--CAC-C-GG----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AACAATGATA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTA-TTTA-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG-A---ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAN---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTATGAACTGA---CAATCAC--G-GGCCTTT-CTTG-TTTGTAAAATCAGGTTCCATTGATACATACGG-TT-CAATTTAGTCCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TC-C--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAAGG-AGTTNTTTGATTT-GTAAACACCAA-GTTCCATTGTTCCGATC-AGCCG-TCCATAGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTCTT-CGT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--CTATGCAATCCCAGAAAAATATCGA-TGGCGCGANC----GGCGCGATT-T-GT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
Reference ( family-2952 ) : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-G--CAC-C-GG----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AACAATGATA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTA-TTTA-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG-A---ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAN---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTATAAACTGA---CAATCAC--G-GGCCTTT-CTTG-TTTGTAAAATCAGGTTCCATTGATACATACGG-TT-CAATTTAGTCCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TC-C--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAAGG-AGTTNTTTGATTT-GTAAACACCAA-GTTCCATTGTTCCGAT--AGCCG-TCCATAGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTCTT-CGT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--TTATGCAATCCCAGAAAAATATCGA-TGGCGCGANC----GGCGCGATT-T-GT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
gi|1 : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACA-TCATA-A-AT--ATAACTACATC-AGT--G---AC-C-GG----CC-A-TTTGACC-TAT-A------AGT--CA-------TTATATTTT--AAC--TGATA-TATA-AT----CATC-AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTT-ATTA-TA---AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCATTAAA-T--AG-A---ATATGAAGAA-AT--TT---GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAT---TT--AT-TT--ATATTT-A-AT-T-TAA-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-A-----A------TACT--GAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATTGAAATATT-T-ACA----T-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCAT-T------G-CATAATGTACA---AAAACGTT-T-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTAAAAACTGA---CCATCAC--G-GACCTTT-CTTG-TTTGT----TCAGGT--CATTGATACATACGG-TT-CAA----GTTCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TT-CTTAGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAATAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTT----ATTATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCA--AGAACACATA-TCTAAATTACGAAGG-AGTTCTTTGATTTTGTAA-CACCAA-GTTCCATTGTTCCGAT--AGC---TCCATAGGAAAAC-TTTTTGGTAA-GACGTTCTT-CAT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAACCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACTATTTAATGTGATAGCTGGAGAATATCTATGCAATCCTAGAAAAATA----------CGAAT----GGCACGATT-TTGT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAACAACACATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
gi|10 : AACA----CATAAT--CTATTA-TTTA-TATTTAAATGTTGT--T--TTC--T-AGCATTAAA-T--AG-A---ATATT-------T--TTG--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--TGTT-T-CC---C-------------------------T------CAAT---TT--AT-TT--ATGTTG-ATAT-T-TAA-TT-TG-C--A-TTTCTGTC---T----A-A-TT-C-----A------TAT-ATGAA--AA---------T-TTC-TCTGTCGC-TATTGAAATATTCT-ACA----C-GAAA----TA--GA--------------AAATG-TTTTCAGTCC-CT--ATGGATCC-AGCTCAT--------G-CATAATTTACA---AAAACG-TCT-TGTG--GAGGTTC-TTTACA-T-ACGCGACCGGTTgtatttttgaatatcactgatcctaaagctctgccagcagatttaccgagagtctccgccgcaatattaaagtttatcttttcgtgaaatataacacctagataccgatactgacttatata
gi|11 : TGTTGT--T--T-C--T-AGCTTAAAA-C--AG-A---ATATCAAGAA-AT--TTTT-GCA---ATT---TGTCCTTTGGT---T-C--T--T-TTCC---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT------TAAA---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAT-TTGTA-C--A-ATTTTGAC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-ACTTTGGT-TATTGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GAATCGGCCGAGCCGTAAACA-ATTTTCGTCCTCT--ATTGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAAa
gi|12 : AACA----CATAAT--ATATTA-CTTA-TAT--AAATGTTGT--T--TTC--T-ACCATTAAA-T--AG-A---ATATGAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-TC---
gi|13 : CACAAACACATAGGTGTAAATAATTGTAGTATAAGAACACAT-GTCTAATTTATATAGG-AGTTATTTCATTT-GTAAACACCAT-GTCCCATTGCTCTGATTTATCCA-TGCATAAGGAGACCTTTTTGTTAAAGACGTTCTT-CGT-CTATTTTCATTAC-TAGTAATATATTTGATATT-CCGAACATACATGAcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacccggctaaaaatagcattaaaaaaaaaatgcatattttcgctctgtg
gi|14 : TGTCGG-TGTTTACCATCCTACCTCACT-------------------G------TATACAATCCCAGAAAA-TATCGAATGGCGCGAGCCGGGGGCGCGAGTGT-GT--ACAATTTTTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTG-CACAATAATCTAAAACAAGAAAAACACATGATTGAAAAACTT
gi|16 : AATGTTCT-TGAG--GAGATTCATTT-CAGT-A-ACGACTGGTT----------GGGTTAGGGT----------ATG----GA---CAATCAC--G-GGCCTTT--TTG-TCTTTAAAATCAGGT-CCATTGTTACATACGG-TT-CAATTTAGTCCACAAT
gi|17 : TAACGGTTGGTATGTTTCAAACCCCCATACCCCTGC-ACAATAATCTAAA-CAGAAATAACGCATGACTAAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCTGACATCCTTATAACTAT
gi|18 : -A------AGT--CATT-TGAATTATATTTC--AA---------TCTACAT-GTACAT--AG-------AAAA----CATATT--AAGCTAATTTG-TAA--AAATGTTGT--T--TCC--T-AGCTTGAAA-T--AG-T---GTGTTAAGGA-
gi|19 : C-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--TACAATGGTA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ANAT
gi|2 : AGTAG-GTAAGTATCGTAAGATTCTTTTATTATA-C---GTGGACATG-T-CATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAACCATA-A-ATG-ATAAATACATC-CGTT-GATCCC-C-GG----CCAA-TTTGAC--TAT-A-------GT--CACT-T---T-ATATTTT--AACAATGAT--TGTACATCG--CAT--AGCGCAG-TAACA----CATAATTAGTATTA-TTTAATAT--CAATGTTGTATT--T-A--T-AGCATTAAAGT--AG-A---ATATGAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTGGTT---T-C--T--T-T-TCCAAA-------------------------T------CAAG---TTTTAT-TTT-ATATTGCATAT-T-TAT-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATAATT-A-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTCCTCTTTGCC-TATTGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCCTCATGGATCCCA--TCAT-T------G-CATAATT-ACA---AAAACGTTCTGTGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACAGA-AGGAAGGAT-TCCACATCTA--AACTGA---GGTTCACCCGTGGCCTTTTCTTGGTTTGTT---TCAGGTTC-ATTGAT-CATACGG-TTTCAAT---GACAAGAATTT-TGTTTGAAAGTTAACATATGGTTC-C--AGTTTAAGGTAAAGCACAATATTTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TA--TTTCATTTTCA-AAGGTTTCATATAATCAGAAATACATA------AATAA-CGTA---CAAGAACACATAATCTAAATTACGAAGGGAGTTTTTTGATT--GTAAACACTAAAGTTCCATTGTTCCGATC-AGCTGCTCCATAGGAAGACTTTTTTGGTAAAGACGTTCTTTCATACCATTT-GATCAAATCG------ATTCCATCTTTCTTATCATACATAAACAGCGACGCTGTGTCGGTTGTTAA-CATCCTACTCAACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--TTCTGCAAT-CCAG-AAAATATCGA-TGGCACGAT------------TT-T-GTAAACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTCTAAgtaaaaatcaatgggtttg
gi|20 : T--T--T-C--T-AGCTTTAAA-C--AGTAAGTATATCAAGAA-AT--TAT--GCA---GTTTAATG-TCTTTGGT---T-C--T--T-T-
gi|21 : tgtAGGTTC-ATTGAT-CATACGG-TT-CAAGCT--TCAAAAATTT-TGTTTGAA-GTTA--ATATG--Tttc
gi|3 : t-ATG-ATAATTACATC-AGTTCG--CAC-CCGG----CCCA-TTT-ACC-TATGA------AGTTTCACT-T---TTATATCTTTAAACAATGATA-TGTACAT-G--CATTGAGCGCA--TACCA----CATAAT--ATAT-A-TTCA-TA---GAATTTTGT--T--T-TCTT-AGCATTAA--T--AG-A---ATATGAAGAA-ATCTTTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-CCTT--T-T-CC---A-------------------------T------CAAA---TTT-AT-TTCCATATTG-ATAT-T---A-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--A-TTC-TC-TTGACTTATTGAAATATT-T-ACA----CTGAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--AT-GATCC-A--TCATCT------GCCATAATTTACAAAGAAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-TAA-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGATCTCCACATC-ATAAACTGAAGCCATTCAC--G-GACCTTT-CATG-TTTGT----TCAGGTTCATTTGATACATACGGATTACA----AGTTCAAAATTTCTGTTTGAA-GTTAACATATG--TCGC--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATA-TTTTT-GTTTCCAACCTTCTTCACA-TAGTTTTGAATTAACTTTCATTT
gi|4 : AAGTAAAGTAAGTA----A----TCTTT-ATT-TAGT---G---ACATGATGCATTT-AA-------------GTAT---AGAA-CCTTACAATTA---------TACAG-CATACA-ATG-ATAAATA-ATC-AGTT-G--CAC-C-CGAACACCCAATTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATGTTTC--AA-AA-GAT--CGTACAA-G--CAT--AGCGCA--TAAC----------------------TA-TAT--AAATGTTTT--T--TTC--T-AGTTTTAAG-CGCAG-A---ATATCAAGAA-AT--TTT--GCA----TT---TG-CTTTAGGCGTCT-CG-T--T-T-TC---A-------------------------T------CCATACATT--AT-CT--A-ATTGTATAT-T--AT-TTGTA-C--A-TTT-TGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAACAAAAAAA--G--T-TTC-AC-TTGGCTTATTGAAATATT-T-ACA----C-TAAA---GTATGAA--------------AAATG-TTTTTCG-CCTCT--AT-GAT-C-A--TCGT-T------G-C-TAATTTACA---ATAA
gi|5 : atTG-GTAATT-CATTTAGTT-G--CATTC-GG----CCCA-CTTGATC-TAC-ATGTACAAGT--CATC-T---TTATATTC----A-AATGCAA-TTTACAT-G--CAT---GCACACGTAGTAAATTCATATC--AAATTA-TTTG-TAT--AAACGCTGT--TC-T-C--T-TGCTTGAAAGT--AG-T---ATATTAAGAA-AT--TCT--TCA---GTT---TG-TCTTTGAT---TAT--T--T-T-CC---A-------------------------TTACATGTAAA---CT--AG-TT--AGATTA-ATAT-T-TAA-CTGTA-C--ATTTTTTGTC---T----ACA-GTACATGTGA------TATTGTGGA--AGAAGA--GTAT-TTC-TATATGGC-TTTCGAAA----------------GACA---G---------------------AATG-T------TCTTCT--ATGGATTT-A--TCCT-T------A-CATAATGTACG---AAAACGTTCT-TGTGGTGAGTTTC-TTTA
gi|6 : atcatatttatgtagtattAAGTAA-GTAAATA----A----TCTTTTATTATA-TAGTG---AC--G-TGC-TTTT---------------GTAT---AATG-C------ATT------------TAATCATATACATGTACAAT---ATC-AGTT-A--------GG----CCCA-TTTGAAC-TAC-A------TGT--GATT-T---TGATCT------------ATA-TGTACAT-A--C-------GTA--TAGCG----CATATT--GAATTA-TTTA-TAC--AAATGT--T--T--T-C--T-TGCTTGAAA-A--GG-T---ATTCAAAGAA-AT--TGT---CATCCGTT---TG-TCTTTGAT---TGT--T--T-T-CT---A-------------------------T------TAAA-------ATGTT--ATACTG-ATAT-T-TAC-TTG-A-CCTA-TTTTTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTGTGAAT-TTAATA--G--T-TTT-TCATTGGT-TATCGAAAGATT-T-GCAGTATT-AAAC---ACA--GG--------------AAATG-TTTTTCGTCTTCT--Atc
gi|7 : ctTTATTATA-G---G---ACATG-TGCATTTTAAGTATTACAAAACAGTATTACAAGAGT------AATACAAAACAAGTATAATCATA-A-ATT-ATAATTACATC--GTT-G--CAC-CCGG----CCCA-TTTGACTATAG-A------GGT--CACCCT---TTAGATTGT--TACAATGATA-TG-ACAT-G--CAT--AGCGCAA-TAA-A----CG-AAT--ATATTA-TTTG-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AG-ATTAAA-T--AG-----ATATGAAGAC-AT--TTT--GCA---A-T---TG-CCTTTGGT---T-CG-T--T-T-CC---A-------------------------T------CAA--------AT-TC--A---TG-ATATAT-TAT-TTGTA----A-TTTCTGTCTTAT----GTA-TT-C-----ATACATGTATTACGTA--AGTAAA--agca
gi|8 : AGAA-AT--TTC--GCA---GTT---TG-CCTTTGAT---T-A--A--TAT-TT---A-------------------------T------GATG---GT--AT-TT--ATATTG-ATAT-C-TAA-TGGTA-C--A-TTT-TATC---T----ATA-TT-C-----A------T----CAAC--ATA--------T-TTC-TGTTTGGT-TTTCGAAACATT-TGATA----T-AAAACAAACA--AA--------------AAATG-TCATTCGTCCTCT--ATGGATTC-A--TTCT-T------A-CATAGCGTAAG---CAAATGTTCT-TGAG--GAGATTCATTT-CAGT-A-ACAACTGATT----------GGGTTAGGG----------TATG----GG---CAATCAC--G-GGCCTTT--TTG-TTTTTAAAATCAGG-TCCAATGTTACATACGG-TT-CAATTTAGTCCACAATtgcaattttttt
gi|9 : AATGATGGCGTACAA-GAGCATC-AGCGCA--TGA-------ACAAT--AT----------CAT--AAATGTTGT--TGTT-C--TCAGTTTTAAG-C--AG-A---ATA-CAAGAACAT--TTTTTGCA---ATT---GG-CTTTTGGT---T-CC-T--T-T-TC---A-------------------------T------CAAA---TT--AT-CT--ATATTG-ATAT-TATATCTTGTAAC--A-TTT---TC---TCATAATA-TT-------A------TATTACGAA--AAAAAAAAG--TCTTC-ACTTTGGC-TATTGAAATATT-T-ACA----C-G-AA---GTA--GA--------------AAATGTTTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-TTGCCACG-CATAATTTACA---AAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACATATATAAATGTTGTTTTCTAGTTTTAA
Alignments
lowQualScore : 1 444444444 222222222 4444444444444 11 333333333333333333333 1 11111111 1111 1111111 1111111 1111 11 11 1 1111 33333333333333333333333333333333 11111111 11111111111111 22222222222222 11111111 1 1111111111 333333333333333333 111 11 11 3333 111 1 2222 1 1 22222222 1 1 1 1 11 1 22 1 2222 333333 2222 11 1 22 1 111 222 1 1 1 1 333333 1 1 33333333333333333333333333 11111 444444444444444444 11 11
lowQualScore : 0 555555555 0 0 444444444 0 8 0 11 4444444444444 11 555555555555555555555 77 6 6 66 0 22 77 5 66666666 2222 0 5 5 4 3333333 66 0 4 777 4444444 0 88 1111 33 33 777777 44 0 3 3 888 44 77 2 44 3 1 8888 99999 1 2 44 77 555 555 3 555 4444 44 3 3 555 77777777777777777777777777777777 66666666 3 88 2 7 3 3 44 3 55 3 8 666 7777 3 33333333333333 0 88 55 55 4 4 3 8 1 4 4 999999 777 55 33333333333333 4 55 3 4 66 2 33333333 4 777 5 77 5 5 3 6 6 6666666666 1 222222222222222222 444 1 11 8 88 8 7777 222 7 6 3 7777 1 0 0 3 11111111 3 3 7 3 2 88 3 00 5 4444 1 888888 7 1111 99 3 1 00 7 3 666 999 2 7 3 0 3 7 3 888888 3 1 3 6 77777777777777777777777777 6 7 7 66666 3 333333333333333333 88 33 7 1 0
lowQualScore : . ......... . . ......... . . . .. ............. .. ..................... .. . . .. . .. .. . ........ .... . . . . ....... .. . . ... ....... . .. .... .. .. ...... .. . . . ... .. .. . .. . . .... ..... . . .. .. ... ... . ... .... .. . . ... ................................ ........ . .. . . . . .. . .. . . ... .... . .............. . .. .. .. . . . . . . . ...... ... .. .............. . .. . . .. . ........ . ... . .. . . . . . .......... . .................. ... . .. . .. . .... ... . . . .... . . . . ........ . . . . . .. . .. . .... . ...... . .... .. . . .. . . ... ... . . . . . . . ...... . . . . .......................... . . . ..... . .................. .. .. . . .
lowQualScore : 0 222222222 8 8 888888888 8 0 8 66 0000000000000 22 222222222222222222222 66 0 7 44 6 11 11 7 66666666 1111 7 7 0 4 8888888 11 9 4 888 5555555 7 77 6666 55 55 222222 66 3 6 6 666 22 33 3 22 1 0 0000 22222 0 9 22 33 444 444 1 444 0000 22 1 1 888 88888888888888888888888888888888 11111111 6 66 1 3 6 6 66 6 00 6 0 444 7777 6 33333333333333 4 66 00 55 0 0 4 0 2 0 0 888888 000 55 55555555555555 0 55 9 4 11 7 77777777 4 888 7 99 0 0 3 7 7 8888888888 4 000000000000000000 000 4 00 0 00 0 0000 333 3 7 3 0000 5 0 0 2 88888888 3 3 3 3 0 33 3 77 0 0000 0 333333 3 3333 33 3 0 77 3 3 333 000 0 3 3 7 3 3 3 333333 3 0 3 7 33333333333333333333333333 7 3 3 33333 7 333333333333333333 33 33 3 0 7
consensus : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-G--CAC-C-GG----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AACAATGATA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTA-TTTA-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAN---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTATGAACTGA---CAATCAC--G-GGCCTTT-CTTG-TTTGTAAAATCAGGTTCCATTGATACATACGG-TT-CAATTTAGTCCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TC-C--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAAGG-AGTTNTTTGATTT-GTAAACACCAA-GTTCCATTGTTCCGA-TCAGCCG-TCCATAGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTCTT-CGT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--CTATGCAATCCCAGAAAAATATCGA-TGGCGCGANC----GGCGCGATT-T-GT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
Reference ( family-2952 ) : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-G--CAC-C-GG----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AACAATGATA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTA-TTTA-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAN---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTATGAACTGA---CAATCAC--G-GGCCTTT-CTTG-TTTGTAAAATCAGGTTCCATTGATACATACGG-TT-CAATTTAGTCCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TC-C--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAAGG-AGTTNTTTGATTT-GTAAACACCAA-GTTCCATTGTTCCGA-TCAGCCG-TCCATAGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTCTT-CGT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--CTATGCAATCCCAGAAAAATATCGA-TGGCGCGANC----GGCGCGATT-T-GT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
gi|1 : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACA-TCATA-A-AT--ATAACTACATC-AGT--G---AC-C-GG----CC-A-TTTGACC-TAT-A------AGT--CA-------TTATATTTT--AAC--TGATA-TATA-AT----CATC-AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTT-ATTA-TA---AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCATTAAA-T--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TT---GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAT---TT--AT-TT--ATATTT-A-AT-T-TAA-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-A-----A------TACT--GAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATTGAAATATT-T-ACA----T-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCAT-T------G-CATAATGTACA---AAAACGTT-T-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTAAAAACTGA---CCATCAC--G-GACCTTT-CTTG-TTTGT----TCAGGT--CATTGATACATACGG-TT-CAA----GTTCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TT-CTTAGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAATAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTT----ATTATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCA--AGAACACATA-TCTAAATTACGAAGG-AGTTCTTTGATTTTGTAA-CACCAA-GTTCCATTGTTCCGA-T-AGC---TCCATAGGAAAAC-TTTTTGGTAA-GACGTTCTT-CAT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAACCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACTATTTAATGTGATAGCTGGAGAATATCTATGCAATCCTAGAAAAATA----------CGAAT----GGCACGATT-TTGT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAACAACACATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
gi|10 : AACA----CATAAT--CTATTA-TTTA-TATTTAAATGTTGT--T--TTC--T-AGCATTAAA-T--AG--A--ATATT-------T--TTG--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--TGTT-T-CC---C-------------------------T------CAAT---TT--AT-TT--ATGTTG-ATAT-T-TAA-TT-TG-C--A-TTTCTGTC---T----A-A-TT-C-----A------TAT-ATGAA--AA---------T-TTC-TCTGTCGC-TATTGAAATATTCT-ACA----C-GAAA----TA--GA--------------AAATG-TTTTCAGTCC-CT--ATGGATCC-AGCTCAT--------G-CATAATTTACA---AAAACG-TCT-TGTG--GAGGTTC-TTTACA-T-ACGCGACCGGTTgtatttttgaatatcactgatcctaaagctctgccagcagatttaccgagagtctccgccgcaatattaaagtttatcttttcgtgaaatataacacctagataccgatactgacttatata
gi|11 : TGTTGT--T--T-C--T-AGCTTAAAA-C--AG--A--ATATCAAGAA-AT--TTTT-GCA---ATT---TGTCCTTTGGT---T-C--T--T-TTCC---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT------TAAA---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAT-TTGTA-C--A-ATTTTGAC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-ACTTTGGT-TATTGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GAATCGGCCGAGCCGTAAACA-ATTTTCGTCCTCT--ATTGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAAa
gi|12 : AACA----CATAAT--ATATTA-CTTA-TAT--AAATGTTGT--T--TTC--T-ACCATTAAA-T--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-TC---
gi|13 : CACAAACACATAGGTGTAAATAATTGTAGTATAAGAACACAT-GTCTAATTTATATAGG-AGTTATTTCATTT-GTAAACACCAT-GTCCCATTGCTCTGATTTATCCA-TGCATAAGGAGACCTTTTTGTTAAAGACGTTCTT-CGT-CTATTTTCATTAC-TAGTAATATATTTGATATT-CCGAACATACATGAcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacccggctaaaaatagcattaaaaaaaaaatgcatattttcgctctgtg
gi|14 : TGTCGG-TGTTTACCATCCTACCTCACT-------------------G------TATACAATCCCAGAAAA-TATCGAATGGCGCGAGCCGGGGGCGCGAGTGT-GT--ACAATTTTTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTG-CACAATAATCTAAAACAAGAAAAACACATGATTGAAAAACTT
gi|16 : AATGTTCT-TGAG--GAGATTCATTT-CAGT-A-ACGACTGGTT----------GGGTTAGGGT----------ATG----GA---CAATCAC--G-GGCCTTT--TTG-TCTTTAAAATCAGGT-CCATTGTTACATACGG-TT-CAATTTAGTCCACAAT
gi|17 : TAACGGTTGGTATGTTTCAAACCCCCATACCCCTGC-ACAATAATCTAAA-CAGAAATAACGCATGACTAAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCTGACATCCTTATAACTAT
gi|18 : -A------AGT--CATT-TGAATTATATTTC--AA---------TCTACAT-GTACAT--AG-------AAAA----CATATT--AAGCTAATTTG-TAA--AAATGTTGT--T--TCC--T-AGCTTGAAA-T--AG--T--GTGTTAAGGA-
gi|19 : C-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--TACAATGGTA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ANAT
gi|2 : AGTAG-GTAAGTATCGTAAGATTCTTTTATTATA-C---GTGGACATG-T-CATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAACCATA-A-ATG-ATAAATACATC-CGTT-GATCCC-C-GG----CCAA-TTTGAC--TAT-A-------GT--CACT-T---T-ATATTTT--AACAATGAT--TGTACATCG--CAT--AGCGCAG-TAACA----CATAATTAGTATTA-TTTAATAT--CAATGTTGTATT--T-A--T-AGCATTAAAGT--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTGGTT---T-C--T--T-T-TCCAAA-------------------------T------CAAG---TTTTAT-TTT-ATATTGCATAT-T-TAT-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATAATT-A-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTCCTCTTTGCC-TATTGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCCTCATGGATCCCA--TCAT-T------G-CATAATT-ACA---AAAACGTTCTGTGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACAGA-AGGAAGGAT-TCCACATCTA--AACTGA---GGTTCACCCGTGGCCTTTTCTTGGTTTGTT---TCAGGTTC-ATTGAT-CATACGG-TTTCAAT---GACAAGAATTT-TGTTTGAAAGTTAACATATGGTTC-C--AGTTTAAGGTAAAGCACAATATTTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TA--TTTCATTTTCA-AAGGTTTCATATAATCAGAAATACATA------AATAA-CGTA---CAAGAACACATAATCTAAATTACGAAGGGAGTTTTTTGATT--GTAAACACTAAAGTTCCATTGTTCCGA-TCAGCTGCTCCATAGGAAGACTTTTTTGGTAAAGACGTTCTTTCATACCATTT-GATCAAATCG------ATTCCATCTTTCTTATCATACATAAACAGCGACGCTGTGTCGGTTGTTAA-CATCCTACTCAACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--TTCTGCAAT-CCAG-AAAATATCGA-TGGCACGAT------------TT-T-GTAAACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTCTAAgtaaaaatcaatgggtttg
gi|20 : T--T--T-C--T-AGCTTTAAA-C--AGTAAGTATATCAAGAA-AT--TAT--GCA---GTTTAATG-TCTTTGGT---T-C--T--T-T-
gi|21 : tgtAGGTTC-ATTGAT-CATACGG-TT-CAAGCT--TCAAAAATTT-TGTTTGAA-GTTA--ATATG--Tttc
gi|3 : t-ATG-ATAATTACATC-AGTTCG--CAC-CCGG----CCCA-TTT-ACC-TATGA------AGTTTCACT-T---TTATATCTTTAAACAATGATA-TGTACAT-G--CATTGAGCGCA--TACCA----CATAAT--ATAT-A-TTCA-TA---GAATTTTGT--T--T-TCTT-AGCATTAA--T--AG--A--ATATGAAGAA-ATCTTTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-CCTT--T-T-CC---A-------------------------T------CAAA---TTT-AT-TTCCATATTG-ATAT-T---A-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--A-TTC-TC-TTGACTTATTGAAATATT-T-ACA----CTGAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--AT-GATCC-A--TCATCT------GCCATAATTTACAAAGAAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-TAA-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGATCTCCACATC-ATAAACTGAAGCCATTCAC--G-GACCTTT-CATG-TTTGT----TCAGGTTCATTTGATACATACGGATTACA----AGTTCAAAATTTCTGTTTGAA-GTTAACATATG--TCGC--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATA-TTTTT-GTTTCCAACCTTCTTCACA-TAGTTTTGAATTAACTTTCATTT
gi|4 : AAGTAAAGTAAGTA----A----TCTTT-ATT-TAGT---G---ACATGATGCATTT-AA-------------GTAT---AGAA-CCTTACAATTA---------TACAG-CATACA-ATG-ATAAATA-ATC-AGTT-G--CAC-C-CGAACACCCAATTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATGTTTC--AA-AA-GAT--CGTACAA-G--CAT--AGCGCA--TAAC----------------------TA-TAT--AAATGTTTT--T--TTC--T-AGTTTTAAG-CGCAG--A--ATATCAAGAA-AT--TTT--GCA----TT---TG-CTTTAGGCGTCT-CG-T--T-T-TC---A-------------------------T------CCATACATT--AT-CT--A-ATTGTATAT-T--AT-TTGTA-C--A-TTT-TGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAACAAAAAAA--G--T-TTC-AC-TTGGCTTATTGAAATATT-T-ACA----C-TAAA---GTATGAA--------------AAATG-TTTTTCG-CCTCT--AT-GAT-C-A--TCGT-T------G-C-TAATTTACA---ATAA
gi|5 : atTG-GTAATT-CATTTAGTT-G--CATTC-GG----CCCA-CTTGATC-TAC-ATGTACAAGT--CATC-T---TTATATTC----A-AATGCAA-TTTACAT-G--CAT---GCACACGTAGTAAATTCATATC--AAATTA-TTTG-TAT--AAACGCTGT--TC-T-C--T-TGCTTGAAAGT--AG--T--ATATTAAGAA-AT--TCT--TCA---GTT---TG-TCTTTGAT---TAT--T--T-T-CC---A-------------------------TTACATGTAAA---CT--AG-TT--AGATTA-ATAT-T-TAA-CTGTA-C--ATTTTTTGTC---T----ACA-GTACATGTGA------TATTGTGGA--AGAAGA--GTAT-TTC-TATATGGC-TTTCGAAA----------------GACA---G---------------------AATG-T------TCTTCT--ATGGATTT-A--TCCT-T------A-CATAATGTACG---AAAACGTTCT-TGTGGTGAGTTTC-TTTA
gi|6 : atcatatttatgtagtattAAGTAA-GTAAATA----A----TCTTTTATTATA-TAGTG---AC--G-TGC-TTTT---------------GTAT---AATG-C------ATT------------TAATCATATACATGTACAAT---ATC-AGTT-A--------GG----CCCA-TTTGAAC-TAC-A------TGT--GATT-T---TGATCT------------ATA-TGTACAT-A--C-------GTA--TAGCG----CATATT--GAATTA-TTTA-TAC--AAATGT--T--T--T-C--T-TGCTTGAAA-A--GG--T--ATTCAAAGAA-AT--TGT---CATCCGTT---TG-TCTTTGAT---TGT--T--T-T-CT---A-------------------------T------TAAA-------ATGTT--ATACTG-ATAT-T-TAC-TTG-A-CCTA-TTTTTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTGTGAAT-TTAATA--G--T-TTT-TCATTGGT-TATCGAAAGATT-T-GCAGTATT-AAAC---ACA--GG--------------AAATG-TTTTTCGTCTTCT--Atc
gi|7 : ctTTATTATA-G---G---ACATG-TGCATTTTAAGTATTACAAAACAGTATTACAAGAGT------AATACAAAACAAGTATAATCATA-A-ATT-ATAATTACATC--GTT-G--CAC-CCGG----CCCA-TTTGACTATAG-A------GGT--CACCCT---TTAGATTGT--TACAATGATA-TG-ACAT-G--CAT--AGCGCAA-TAA-A----CG-AAT--ATATTA-TTTG-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AG-ATTAAA-T--AG-----ATATGAAGAC-AT--TTT--GCA---A-T---TG-CCTTTGGT---T-CG-T--T-T-CC---A-------------------------T------CAA--------AT-TC--A---TG-ATATAT-TAT-TTGTA----A-TTTCTGTCTTAT----GTA-TT-C-----ATACATGTATTACGTA--AGTAAA--agca
gi|8 : AGAA-AT--TTC--GCA---GTT---TG-CCTTTGAT---T-A--A--TAT-TT---A-------------------------T------GATG---GT--AT-TT--ATATTG-ATAT-C-TAA-TGGTA-C--A-TTT-TATC---T----ATA-TT-C-----A------T----CAAC--ATA--------T-TTC-TGTTTGGT-TTTCGAAACATT-TGATA----T-AAAACAAACA--AA--------------AAATG-TCATTCGTCCTCT--ATGGATTC-A--TTCT-T------A-CATAGCGTAAG---CAAATGTTCT-TGAG--GAGATTCATTT-CAGT-A-ACAACTGATT----------GGGTTAGGG----------TATG----GG---CAATCAC--G-GGCCTTT--TTG-TTTTTAAAATCAGG-TCCAATGTTACATACGG-TT-CAATTTAGTCCACAATtgcaattttttt
gi|9 : AATGATGGCGTACAA-GAGCATC-AGCGCA--TGA-------ACAAT--AT----------CAT--AAATGTTGT--TGTT-C--TCAGTTTTAAG-C--AG--A--ATA-CAAGAACAT--TTTTTGCA---ATT---GG-CTTTTGGT---T-CC-T--T-T-TC---A-------------------------T------CAAA---TT--AT-CT--ATATTG-ATAT-TATATCTTGTAAC--A-TTT---TC---TCATAATA-TT-------A------TATTACGAA--AAAAAAAAG--TCTTC-ACTTTGGC-TATTGAAATATT-T-ACA----C-G-AA---GTA--GA--------------AAATGTTTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-TTGCCACG-CATAATTTACA---AAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACATATATAAATGTTGTTTTCTAGTTTTAA
Alignments
lowQualScore : 1 444444444 222222222 4444444444444 11 333333333333333333333 1 11111111 1111 1111111 1111111 1111 11 11 1 1111 33333333333333333333333333333333 11111111 11111111111111 22222222222222 11111111 1 1111111111 333333333333333333 111 11 11 3333 111 1 2222 1 1 22222222 1 1 1 1 11 1 22 1 2222 333333 2222 11 1 22 1 111 222 1 1 1 1 333333 1 1 33333333333333333333333333 11111 444444444444444444 11 11
lowQualScore : 0 555555555 0 0 444444444 0 8 0 11 4444444444444 11 555555555555555555555 77 6 6 66 0 22 77 5 66666666 2222 0 5 5 4 3333333 66 0 4 777 4444444 0 88 1111 33 33 777777 44 0 3 3 888 44 77 2 44 3 1 8888 99999 1 2 44 77 555 555 3 555 4444 44 3 3 555 77777777777777777777777777777777 66666666 3 88 2 7 3 3 44 3 55 3 8 666 7777 3 33333333333333 0 88 55 55 4 4 3 8 1 4 4 999999 777 55 33333333333333 4 55 3 4 66 2 33333333 4 777 5 77 5 5 3 6 6 6666666666 1 222222222222222222 444 1 11 8 88 8 7777 222 7 6 3 7777 1 0 0 3 11111111 3 3 7 3 2 88 3 00 5 4444 1 888888 7 1111 99 3 1 00 7 3 666 999 2 7 3 0 3 7 3 888888 3 1 3 6 77777777777777777777777777 6 7 7 66666 3 333333333333333333 88 33 7 1 0
lowQualScore : . ......... . . ......... . . . .. ............. .. ..................... .. . . .. . .. .. . ........ .... . . . . ....... .. . . ... ....... . .. .... .. .. ...... .. . . . ... .. .. . .. . . .... ..... . . .. .. ... ... . ... .... .. . . ... ................................ ........ . .. . . . . .. . .. . . ... .... . .............. . .. .. .. . . . . . . . ...... ... .. .............. . .. . . .. . ........ . ... . .. . . . . . .......... . .................. ... . .. . .. . .... ... . . . .... . . . . ........ . . . . . .. . .. . .... . ...... . .... .. . . .. . . ... ... . . . . . . . ...... . . . . .......................... . . . ..... . .................. .. .. . . .
lowQualScore : 0 222222222 8 8 888888888 8 0 8 66 0000000000000 22 222222222222222222222 66 0 7 44 6 11 11 7 66666666 1111 7 7 0 4 8888888 11 9 4 888 5555555 7 77 6666 55 55 222222 66 3 6 6 666 22 33 3 22 1 0 0000 22222 0 9 22 33 444 444 1 444 0000 22 1 1 888 88888888888888888888888888888888 11111111 6 66 1 3 6 6 66 6 00 6 0 444 7777 6 33333333333333 4 66 00 55 0 0 4 0 2 0 0 888888 000 55 55555555555555 0 55 9 4 11 7 77777777 4 888 7 99 0 0 3 7 7 8888888888 4 000000000000000000 000 4 00 0 00 0 0000 333 3 7 3 0000 5 0 0 2 88888888 3 3 3 3 0 33 3 77 0 0000 0 333333 3 3333 33 3 0 77 3 3 333 000 0 3 3 7 3 3 3 333333 3 0 3 7 33333333333333333333333333 7 3 3 33333 7 333333333333333333 33 33 3 0 7
consensus : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-G--CAC-C-GG----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AACAATGATA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTA-TTTA-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAN---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTATGAACTGA---CAATCAC--G-GGCCTTT-CTTG-TTTGTAAAATCAGGTTCCATTGATACATACGG-TT-CAATTTAGTCCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TC-C--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAAGG-AGTTNTTTGATTT-GTAAACACCAA-GTTCCATTGTTCCGA-TCAGCCG-TCCATAGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTCTT-CGT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--CTATGCAATCCCAGAAAAATATCGA-TGGCGCGANC----GGCGCGATT-T-GT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
Reference ( family-2952 ) : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-G--CAC-C-GG----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AACAATGATA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTA-TTTA-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAN---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTATGAACTGA---CAATCAC--G-GGCCTTT-CTTG-TTTGTAAAATCAGGTTCCATTGATACATACGG-TT-CAATTTAGTCCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TC-C--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAAGG-AGTTNTTTGATTT-GTAAACACCAA-GTTCCATTGTTCCGA-TCAGCCG-TCCATAGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTCTT-CGT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--CTATGCAATCCCAGAAAAATATCGA-TGGCGCGANC----GGCGCGATT-T-GT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
gi|1 : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACA-TCATA-A-AT--ATAACTACATC-AGT--G---AC-C-GG----CC-A-TTTGACC-TAT-A------AGT--CA-------TTATATTTT--AAC--TGATA-TATA-AT----CATC-AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTT-ATTA-TA---AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCATTAAA-T--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TT---GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAT---TT--AT-TT--ATATTT-A-AT-T-TAA-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-A-----A------TACT--GAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATTGAAATATT-T-ACA----T-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCAT-T------G-CATAATGTACA---AAAACGTT-T-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTAAAAACTGA---CCATCAC--G-GACCTTT-CTTG-TTTGT----TCAGGT--CATTGATACATACGG-TT-CAA----GTTCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TT-CTTAGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAATAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTT----ATTATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCA--AGAACACATA-TCTAAATTACGAAGG-AGTTCTTTGATTTTGTAA-CACCAA-GTTCCATTGTTCCGA-T-AGC---TCCATAGGAAAAC-TTTTTGGTAA-GACGTTCTT-CAT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAACCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACTATTTAATGTGATAGCTGGAGAATATCTATGCAATCCTAGAAAAATA----------CGAAT----GGCACGATT-TTGT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAACAACACATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
gi|10 : AACA----CATAAT--CTATTA-TTTA-TATTTAAATGTTGT--T--TTC--T-AGCATTAAA-T--AG--A--ATATT-------T--TTG--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--TGTT-T-CC---C-------------------------T------CAAT---TT--AT-TT--ATGTTG-ATAT-T-TAA-TT-TG-C--A-TTTCTGTC---T----A-A-TT-C-----A------TAT-ATGAA--AA---------T-TTC-TCTGTCGC-TATTGAAATATTCT-ACA----C-GAAA----TA--GA--------------AAATG-TTTTCAGTCC-CT--ATGGATCC-AGCTCAT--------G-CATAATTTACA---AAAACG-TCT-TGTG--GAGGTTC-TTTACA-T-ACGCGACCGGTTgtatttttgaatatcactgatcctaaagctctgccagcagatttaccgagagtctccgccgcaatattaaagtttatcttttcgtgaaatataacacctagataccgatactgacttatata
gi|11 : TGTTGT--T--T-C--T-AGCTTAAAA-C--AG--A--ATATCAAGAA-AT--TTTT-GCA---ATT---TGTCCTTTGGT---T-C--T--T-TTCC---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT------TAAA---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAT-TTGTA-C--A-ATTTTGAC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-ACTTTGGT-TATTGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GAATCGGCCGAGCCGTAAACA-ATTTTCGTCCTCT--ATTGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAAa
gi|12 : AACA----CATAAT--ATATTA-CTTA-TAT--AAATGTTGT--T--TTC--T-ACCATTAAA-T--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-TC---
gi|13 : CACAAACACATAGGTGTAAATAATTGTAGTATAAGAACACAT-GTCTAATTTATATAGG-AGTTATTTCATTT-GTAAACACCAT-GTCCCATTGCTCTGATTTATCCA-TGCATAAGGAGACCTTTTTGTTAAAGACGTTCTT-CGT-CTATTTTCATTAC-TAGTAATATATTTGATATT-CCGAACATACATGAcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacccggctaaaaatagcattaaaaaaaaaatgcatattttcgctctgtg
gi|14 : TGTCGG-TGTTTACCATCCTACCTCACT-------------------G------TATACAATCCCAGAAAA-TATCGAATGGCGCGAGCCGGGGGCGCGAGTGT-GT--ACAATTTTTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTG-CACAATAATCTAAAACAAGAAAAACACATGATTGAAAAACTT
gi|16 : AATGTTCT-TGAG--GAGATTCATTT-CAGT-A-ACGACTGGTT----------GGGTTAGGGT----------ATG----GA---CAATCAC--G-GGCCTTT--TTG-TCTTTAAAATCAGGT-CCATTGTTACATACGG-TT-CAATTTAGTCCACAAT
gi|17 : TAACGGTTGGTATGTTTCAAACCCCCATACCCCTGC-ACAATAATCTAAA-CAGAAATAACGCATGACTAAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCTGACATCCTTATAACTAT
gi|18 : -A------AGT--CATT-TGAATTATATTTC--AA---------TCTACAT-GTACAT--AG-------AAAA----CATATT--AAGCTAATTTG-TAA--AAATGTTGT--T--TCC--T-AGCTTGAAA-T--AG--T--GTGTTAAGGA-
gi|19 : C-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--TACAATGGTA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ANAT
gi|2 : AGTAG-GTAAGTATCGTAAGATTCTTTTATTATA-C---GTGGACATG-T-CATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAACCATA-A-ATG-ATAAATACATC-CGTT-GATCCC-C-GG----CCAA-TTTGAC--TAT-A-------GT--CACT-T---T-ATATTTT--AACAATGAT--TGTACATCG--CAT--AGCGCAG-TAACA----CATAATTAGTATTA-TTTAATAT--CAATGTTGTATT--T-A--T-AGCATTAAAGT--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTGGTT---T-C--T--T-T-TCCAAA-------------------------T------CAAG---TTTTAT-TTT-ATATTGCATAT-T-TAT-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATAATT-A-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTCCTCTTTGCC-TATTGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCCTCATGGATCCCA--TCAT-T------G-CATAATT-ACA---AAAACGTTCTGTGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACAGA-AGGAAGGAT-TCCACATCTA--AACTGA---GGTTCACCCGTGGCCTTTTCTTGGTTTGTT---TCAGGTTC-ATTGAT-CATACGG-TTTCAAT---GACAAGAATTT-TGTTTGAAAGTTAACATATGGTTC-C--AGTTTAAGGTAAAGCACAATATTTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TA--TTTCATTTTCA-AAGGTTTCATATAATCAGAAATACATA------AATAA-CGTA---CAAGAACACATAATCTAAATTACGAAGGGAGTTTTTTGATT--GTAAACACTAAAGTTCCATTGTTCCGA-TCAGCTGCTCCATAGGAAGACTTTTTTGGTAAAGACGTTCTTTCATACCATTT-GATCAAATCG------ATTCCATCTTTCTTATCATACATAAACAGCGACGCTGTGTCGGTTGTTAA-CATCCTACTCAACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--TTCTGCAAT-CCAG-AAAATATCGA-TGGCACGAT------------TT-T-GTAAACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTCTAAgtaaaaatcaatgggtttg
gi|20 : T--T--T-C--T-AGCTTTAAA-C--AGTAAGTATATCAAGAA-AT--TAT--GCA---GTTTAATG-TCTTTGGT---T-C--T--T-T-
gi|21 : tgtAGGTTC-ATTGAT-CATACGG-TT-CAAGCT--TCAAAAATTT-TGTTTGAA-GTTA--ATATG--Tttc
gi|3 : t-ATG-ATAATTACATC-AGTTCG--CAC-CCGG----CCCA-TTT-ACC-TATGA------AGTTTCACT-T---TTATATCTTTAAACAATGATA-TGTACAT-G--CATTGAGCGCA--TACCA----CATAAT--ATAT-A-TTCA-TA---GAATTTTGT--T--T-TCTT-AGCATTAA--T--AG--A--ATATGAAGAA-ATCTTTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-CCTT--T-T-CC---A-------------------------T------CAAA---TTT-AT-TTCCATATTG-ATAT-T---A-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--A-TTC-TC-TTGACTTATTGAAATATT-T-ACA----CTGAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--AT-GATCC-A--TCATCT------GCCATAATTTACAAAGAAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-TAA-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGATCTCCACATC-ATAAACTGAAGCCATTCAC--G-GACCTTT-CATG-TTTGT----TCAGGTTCATTTGATACATACGGATTACA----AGTTCAAAATTTCTGTTTGAA-GTTAACATATG--TCGC--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATA-TTTTT-GTTTCCAACCTTCTTCACA-TAGTTTTGAATTAACTTTCATTT
gi|4 : AAGTAAAGTAAGTA----A----TCTTT-ATT-TAGT---G---ACATGATGCATTT-AA-------------GTAT---AGAA-CCTTACAATTA---------TACAG-CATACA-ATG-ATAAATA-ATC-AGTT-G--CAC-C-CGAACACCCAATTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATGTTTC--AA-AA-GAT--CGTACAA-G--CAT--AGCGCA--TAAC----------------------TA-TAT--AAATGTTTT--T--TTC--T-AGTTTTAAG-CGCAG--A--ATATCAAGAA-AT--TTT--GCA----TT---TG-CTTTAGGCGTCT-CG-T--T-T-TC---A-------------------------T------CCATACATT--AT-CT--A-ATTGTATAT-T--AT-TTGTA-C--A-TTT-TGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAACAAAAAAA--G--T-TTC-AC-TTGGCTTATTGAAATATT-T-ACA----C-TAAA---GTATGAA--------------AAATG-TTTTTCG-CCTCT--AT-GAT-C-A--TCGT-T------G-C-TAATTTACA---ATAA
gi|5 : atTG-GTAATT-CATTTAGTT-G--CATTC-GG----CCCA-CTTGATC-TAC-ATGTACAAGT--CATC-T---TTATATTC----A-AATGCAA-TTTACAT-G--CAT---GCACACGTAGTAAATTCATATC--AAATTA-TTTG-TAT--AAACGCTGT--TC-T-C--T-TGCTTGAAAGT--AG--T--ATATTAAGAA-AT--TCT--TCA---GTT---TG-TCTTTGAT---TAT--T--T-T-CC---A-------------------------TTACATGTAAA---CT--AG-TT--AGATTA-ATAT-T-TAA-CTGTA-C--ATTTTTTGTC---T----ACA-GTACATGTGA------TATTGTGGA--AGAAGA--GTAT-TTC-TATATGGC-TTTCGAAA----------------GACA---G---------------------AATG-T------TCTTCT--ATGGATTT-A--TCCT-T------A-CATAATGTACG---AAAACGTTCT-TGTGGTGAGTTTC-TTTA
gi|6 : atcatatttatgtagtattAAGTAA-GTAAATA----A----TCTTTTATTATA-TAGTG---AC--G-TGC-TTTT---------------GTAT---AATG-C------ATT------------TAATCATATACATGTACAAT---ATC-AGTT-A--------GG----CCCA-TTTGAAC-TAC-A------TGT--GATT-T---TGATCT------------ATA-TGTACAT-A--C-------GTA--TAGCG----CATATT--GAATTA-TTTA-TAC--AAATGT--T--T--T-C--T-TGCTTGAAA-A--GG--T--ATTCAAAGAA-AT--TGT---CATCCGTT---TG-TCTTTGAT---TGT--T--T-T-CT---A-------------------------T------TAAA-------ATGTT--ATACTG-ATAT-T-TAC-TTG-A-CCTA-TTTTTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTGTGAAT-TTAATA--G--T-TTT-TCATTGGT-TATCGAAAGATT-T-GCAGTATT-AAAC---ACA--GG--------------AAATG-TTTTTCGTCTTCT--Atc
gi|7 : ctTTATTATA-G---G---ACATG-TGCATTTTAAGTATTACAAAACAGTATTACAAGAGT------AATACAAAACAAGTATAATCATA-A-ATT-ATAATTACATC--GTT-G--CAC-CCGG----CCCA-TTTGACTATAG-A------GGT--CACCCT---TTAGATTGT--TACAATGATA-TG-ACAT-G--CAT--AGCGCAA-TAA-A----CG-AAT--ATATTA-TTTG-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AG-ATTAAA-T--AG-----ATATGAAGAC-AT--TTT--GCA---A-T---TG-CCTTTGGT---T-CG-T--T-T-CC---A-------------------------T------CAA--------AT-TC--A---TG-ATATAT-TAT-TTGTA----A-TTTCTGTCTTAT----GTA-TT-C-----ATACATGTATTACGTA--AGTAAA--agca
gi|8 : AGAA-AT--TTC--GCA---GTT---TG-CCTTTGAT---T-A--A--TAT-TT---A-------------------------T------GATG---GT--AT-TT--ATATTG-ATAT-C-TAA-TGGTA-C--A-TTT-TATC---T----ATA-TT-C-----A------T----CAAC--ATA--------T-TTC-TGTTTGGT-TTTCGAAACATT-TGATA----T-AAAACAAACA--AA--------------AAATG-TCATTCGTCCTCT--ATGGATTC-A--TTCT-T------A-CATAGCGTAAG---CAAATGTTCT-TGAG--GAGATTCATTT-CAGT-A-ACAACTGATT----------GGGTTAGGG----------TATG----GG---CAATCAC--G-GGCCTTT--TTG-TTTTTAAAATCAGG-TCCAATGTTACATACGG-TT-CAATTTAGTCCACAATtgcaattttttt
gi|9 : AATGATGGCGTACAA-GAGCATC-AGCGCA--TGA-------ACAAT--AT----------CAT--AAATGTTGT--TGTT-C--TCAGTTTTAAG-C--AG--A--ATA-CAAGAACAT--TTTTTGCA---ATT---GG-CTTTTGGT---T-CC-T--T-T-TC---A-------------------------T------CAAA---TT--AT-CT--ATATTG-ATAT-TATATCTTGTAAC--A-TTT---TC---TCATAATA-TT-------A------TATTACGAA--AAAAAAAAG--TCTTC-ACTTTGGC-TATTGAAATATT-T-ACA----C-G-AA---GTA--GA--------------AAATGTTTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-TTGCCACG-CATAATTTACA---AAAA
blockSeqs : A TCGTAAGAT CGTGG A TA GTATTACAAAACA TA GTAATACAAAACAAG AC C C GT AC TA C ATCCCC AACA A A G TGTACAA TT C GAA TTAAACA GG GTA TG CG TAAATT TA A A TTT AT GT T CT C A CGC TAAGT T C CT TT TCC TAA T GTC CCT GT A T CAA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT TACATT G CC T C A A TC A CT T C TTA CATA A ACATGTGA CA AA TA C C T T T C G GTATT CAA TG ATCGGCCGAGCCGT T TC G C GC A TTGCCAC C AAG G GT A A G A C TCAATACAGA T TCTCCACATCATAAACT AGC A CC T TC G AAAA TCA A A T TTTA C C A A GTTCC A C T T G TT T AC . TCAT A GGTGTA T GTAT AA G A T A A TTT TGC C A T A T A TAATAT T A T C TTAATGTGATGCTGGAGAATT C A A TCGAA G GCCGGGGGCGCGAGTGT AA C A A
blockSeqs : . A TAGTG . TA . TA CCTTACAATTA AT T . G AC C . CACCC . . . . A . . . TTACA A GAG C G CA . . . T . C T . . T GT A C . . T . . . . CG . . . . TTACATG GTTTT . T T T . . A . . . T . . . CATACATG T . . . . T T T . . CT . . . . . T . . G CT . . . . A A G . . TCAATACGGA A TTCCACATCTAAACT . T . . C . AAAA TCC A . A TTTA G . . A TCGC . . . . . . . . . . C G . T . A . TC CA T A . . . . . . . . G . . . TCGA A TTTT . C . T
blockSeqs : . A GTG . A . . CATTA AT . . G AC A . CATTC . . . . A . . . TAACA A CG . A CA . . . A . . C . . A GT A G . . . . . . . AT . . . . T ATTT . . T . . . T . . . C . . . CA . . . . . T . T . . C . . . . . G . . A T . . . . A A . . . . A TATG . T . . . . T CC A . . GCT A . . .
blockSeqs : GG . T . . CATT G . . G A A . CACCC . . . . A . . . TTACA A G . . AA . . . T . . T . . T T A T . . . . . . . GT . . . . T TTT . . T . . . T . . . C . . . CA . . . . . T . T . . C . . . . . G . . A T . . . . A A . . . . T TATG . A . . . . . TC . . . T A
blockSeqs : . G C A . CACC . . . . A . . . CAAA A G . . CA . . . T . . . . . A C T G . . . . . . . CG . . . . T ATT . . G . . . A . . . T . . . AA . . . . . A . T . . C . . . . . G . . G T . . . . . . . . . TC . . . A C
blockSeqs : T . . . . . . . . T . . . CAA A G . . CA . . . T . . . . . T T A C . . . . . . . CC . . . . T ACT . . T . . . T . . . T . . . CA . . . . . T . C . . C . . . . . G . . C T . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . AA . G . . CA . . . C . . . . . A T A G . . . . . . . C . . . . T GGT . . T . . . A . . . C . . . CA . . . . . T . C . . T . . . . . . . . C T . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . CG . . . T . . . . . T C A C . . . . . . . C . . . . T ATT . . T . . . C . . . . . . . CA . . . . . . . C . . C . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . G . . C . . . T . . . . . T T T T . . . . . . . C . . . . T A . . . . . . T . . . . . . . CA . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . T A T A . . . . . . . C . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . A T A G . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . T C . C . . . . . . . A . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : CGTG***** TA ** CATTA**************** AT G* CACCC*** TAACA** G*** ** T** ********** TACG************** C* **** TC* TCTA
originalCons : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA-T---G---ACATG-TGCATTTTAA-------------GTATTACAAAA-C------ATTA---------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-G--CAC-C-GG----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AACAATGATA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTA-TTTA-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAN---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGAT-TCCACATCTATGAACTGA---CAATCAC--G-GGCCTTT-CTTG-TTTGTAAAATCAGGTTCCATTGATACATACGG-TT-CAATTTAGTCCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TC-C--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAAGG-AGTTNTTTGATTT-GTAAACACCAA-GTTCCATTGTTCCGA-TCAGCCG-TCCATAGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTCTT-CGT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--CTATGCAATCCCAGAAAAATATCGA-TGGCGCGANC----GGCGCGATT-T-GT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
finalCons : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATACGTG-----ACATG-TGCATTTTAA-------------GTAT--CAAAACATTA----------------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-GCACCC---GG----CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTTAACA--ATGATA-TGTACATG---CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTA-TTTA-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAN---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTT----------GAGGAAGGATACG--------------GA---CAATCAC--G-GGCCTTTC-TTG-TTTGT----TCAGGTTC-ATTGATACATACGG-TT-CAATCTAGTCCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TC-C--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAAGG-AGTTNTTTGATTT-GTAAACACCAA-GTTCCATTGTTCCGA-TCAGCCG-TCCATAGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTCTT-CGT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--CTATGCAATCCCAGAAAAATATCGA-TGGCGCGANC----GGCGCGATT-T-GT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACATATATAAATGTTGTTTTCTAGTTTTAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 444444444 33 88888888888888888888888888888888888888888 1 111111 111 1111111 1111111 1111 11 11 1 1111 33333333333333333333333333333333 11111111 11111111111111 22222222222222 11111111 1 555555555555555555555555555555555 111 11 11 3333 2222 1 1 22222222 1 1 1 1 11 1 22 1 2222 333333 2222 11 1 22 1 33333333 1 1 1 1 333333 1 1 33333333333333333333333333 11111 444444444444444444 11 11
lowQualScore : 0 555555555 0 0 11 0 8 0 8 0 11 44444444444444444444444444444444444444444 77 6 6 66 0 22 77 333333 000 0 5 5 4 3333333 66 0 4 777 4444444 0 88 1111 33 33 777777 44 0 3 3 888 44 77 2 44 3 1 8888 99999 1 2 44 77 555 555 3 555 4444 44 3 3 555 77777777777777777777777777777777 66666666 3 88 2 7 3 3 44 3 55 3 8 666 7777 3 33333333333333 0 88 55 55 4 4 3 8 1 4 4 999999 777 55 33333333333333 4 55 3 4 66 2 33333333 4 777 5 77 5 5 3 6 6 111111111111111111111111111111111 5 444 1 11 8 88 8 4444 8 4 6 7 6 5555 1 0 0 3 11111111 3 3 7 3 2 88 3 00 5 4444 1 888888 7 1111 99 3 1 00 7 3 33333333 2 7 3 0 3 7 3 888888 3 1 3 6 77777777777777777777777777 6 7 7 66666 3 333333333333333333 88 33 7 1 0
lowQualScore : . ......... . . .. . . . . . .. ......................................... .. . . .. . .. .. ...... ... . . . . ....... .. . . ... ....... . .. .... .. .. ...... .. . . . ... .. .. . .. . . .... ..... . . .. .. ... ... . ... .... .. . . ... ................................ ........ . .. . . . . .. . .. . . ... .... . .............. . .. .. .. . . . . . . . ...... ... .. .............. . .. . . .. . ........ . ... . .. . . . . . ................................. . ... . .. . .. . .... . . . . . .... . . . . ........ . . . . . .. . .. . .... . ...... . .... .. . . .. . . ........ . . . . . . . ...... . . . . .......................... . . . ..... . .................. .. .. . . .
lowQualScore : 0 222222222 8 8 22 8 0 8 0 8 66 00000000000000000000000000000000000000000 66 0 7 44 6 11 11 777777 000 7 7 0 4 8888888 11 9 4 888 5555555 7 77 6666 55 55 222222 66 3 6 6 666 22 33 3 22 1 0 0000 22222 0 9 22 33 444 444 1 444 0000 22 1 1 888 88888888888888888888888888888888 11111111 6 66 1 3 6 6 66 6 00 6 0 444 7777 6 33333333333333 4 66 00 55 0 0 4 0 2 0 0 888888 000 55 55555555555555 0 55 9 4 11 7 77777777 4 888 7 99 0 0 3 7 7 666666666666666666666666666666666 0 000 4 00 0 00 0 0000 0 2 7 3 7 5555 5 0 0 2 77777777 3 3 3 3 0 33 3 77 0 0000 0 333333 3 3333 33 3 0 77 3 3 77777777 0 3 3 7 3 3 3 333333 3 0 3 7 33333333333333333333333333 7 3 3 33333 7 333333333333333333 33 33 3 0 7
consensus : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA--GTG-ACATG-TGCATTTTAAGTATTACAAAAC------A---TTA--------------------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-G--CACCCGG---CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AACAATGATA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTA-TTTA-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAN---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGG-GAGGAAGGATTCCACATCTAAAAACTGA---CAATCAC--G-GGCCTTT-CTTG-TTTGTAAAAT-CAGGTTCA-TTGATACATACGGTT-CAATCTAGTCCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TC-C--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAAGG-AGTTNTTTGATTT-GTAAACACCAA-GTTCCATTGTTCCGATC-AGCCG-TCCATAGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTCTT-CGT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--CTATGCAATCCCAGAAAAATATCGA-TGGCGCGANC----GGCGCGATT-T-GT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
Reference ( family-2952 ) : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATAC-GTG-ACATG-TGCATTTTAAGTAT--CAAAAC------A---TTA--------------------TACAATCATA-A-ATG-ATAATTACATC-AGTT-G--CACCCGG---CCCA-TTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--AACAATGATA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTA-TTTA-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCNTTAAA-T--AG--A--ATATNAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAN---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAN-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATCGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTT----------GAGGAAGGAT-------------ACGGA---CAATCAC--G-GGCCTTT-CTTG-TTTGT----T-CAGGTTCA-TTGATACATACGGTT-CAATCTAGTCCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TC-C--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTTTCATATNATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCACAAGAACACATAGTCTAAATTACGAAGG-AGTTNTTTGATTT-GTAAACACCAA-GTTCCATTGTTCCGATC-AGCCG-TCCATAGGAAGACCTTTTTGGTAAAGACGTTCTT-CGT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAANCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--CTATGCAATCCCAGAAAAATATCGA-TGGCGCGANC----GGCGCGATT-T-GT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAANAACGCATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
gi|1 : AAGTAA-GTAAGTA----AA---TCTTTTATTATA---TG-ACATG-TGCATTTTAAGTATTACAAAAC------A---TTA--------------------TACA-TCATA-A-AT--ATAACTACATC-AGTG-A--C---CGG---CC-A-TTTGACC-TAT-A------AGT--CA-------TTATATTTT--AAC--TGATA-TATA-AT----CATC-AGCGCA--TAACA----CATAAT--ATATTT-ATTA-TA---AAATGTTGT--T--T-C--T-AGCATTAAA-T--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TT---GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-CC---A-------------------------T------CAAT---TT--AT-TT--ATATTT-A-AT-T-TAA-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-A-----A------TACT--GAA--AAAAAA--G--T-TTC-TCTTTGGC-TATTGAAATATT-T-ACA----T-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCAT-T------G-CATAATGTACA---AAAACGTT-T-TGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGATTCCACATCTAAAAACTGA---CCATCAC--G-GACCTTT-CTTG-TTTGT----T-CAGGT-CA-TTGATACATACGGTT-CAA----GTTCAAAATTT-TGTTTGAA-GTTAACATATG--TT-CTTAGTTTA-GGTAAAG-ACAATATTTTTT-GTTTCCAATCTTCTTCACAATAG--TTGAA-TAA-TTTCATTTTCACAAGGTT----ATTATCACAAATACATA------AATAATCGTAGCA--AGAACACATA-TCTAAATTACGAAGG-AGTTCTTTGATTTTGTAA-CACCAA-GTTCCATTGTTCCGAT--AGC---TCCATAGGAAAAC-TTTTTGGTAA-GACGTTCTT-CAT-CCATTTTGATCAA-TCG------ATTCCATCTT-CTTATCATACATAACCAGCGACGCTGTGTCGG-TGTTAACCATCCTACCTCACTATTTAATGTGATAGCTGGAGAATATCTATGCAATCCTAGAAAAATA----------CGAAT----GGCACGATT-TTGT--ACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTGCCACAATAATCTAAAACAGGAACAACACATGATTGAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCCGACATCCTTGTAACTAT
gi|10 : AACA----CATAAT--CTATTA-TTTA-TATTTAAATGTTGT--T--TTC--T-AGCATTAAA-T--AG--A--ATATT-------T--TTG--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--TGTT-T-CC---C-------------------------T------CAAT---TT--AT-TT--ATGTTG-ATAT-T-TAA-TT-TG-C--A-TTTCTGTC---T----A-A-TT-C-----A------TAT-ATGAA--AA---------T-TTC-TCTGTCGC-TATTGAAATATTCT-ACA----C-GAAA----TA--GA--------------AAATG-TTTTCAGTCC-CT--ATGGATCC-AGCTCAT--------G-CATAATTTACA---AAAACG-TCT-TGTG--GAGGTTC-TTTACA-T-ACGCGACCGGTT----------gtatttttgaatatcactgatcctaaagctctgccagcagatttaccgagagtctccgccgcaatattaaagtttatcttttcgtgaaatataacacctagataccgatactgacttatata
gi|11 : TGTTGT--T--T-C--T-AGCTTAAAA-C--AG--A--ATATCAAGAA-AT--TTTT-GCA---ATT---TGTCCTTTGGT---T-C--T--T-TTCC---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT------TAAA---TT--AT-TT--ATATTG-ATAT-T-TAT-TTGTA-C--A-ATTTTGAC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTC-ACTTTGGT-TATTGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GAATCGGCCGAGCCGTAAACA-ATTTTCGTCCTCT--ATTGATCC-A--TCGT-T------G-CATAATTTACA---AAAAa
gi|12 : AACA----CATAAT--ATATTA-CTTA-TAT--AAATGTTGT--T--TTC--T-ACCATTAAA-T--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-C--T--T-T-TC---
gi|13 : CACAAACACATAGGTGTAAATAATTGTAGTATAAGAACACAT-GTCTAATTTATATAGG-AGTTATTTCATTT-GTAAACACCAT-GTCCCATTGCTCTGATTTATCCA-TGCATAAGGAGACCTTTTTGTTAAAGACGTTCTT-CGT-CTATTTTCATTAC-TAGTAATATATTTGATATT-CCGAACATACATGAcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacccggctaaaaatagcattaaaaaaaaaatgcatattttcgctctgtg
gi|14 : TGTCGG-TGTTTACCATCCTACCTCACT-------------------G------TATACAATCCCAGAAAA-TATCGAATGGCGCGAGCCGGGGGCGCGAGTGT-GT--ACAATTTTTAACGGTTGGTATGTTTTAAACCCCCATACCCCTG-CACAATAATCTAAAACAAGAAAAACACATGATTGAAAAACTT
gi|16 : AATGTTCT-TGAG--GAGATTCATTT-CAGT-A-ACGACTGGTT----------GGGTTAGGGT-------------ATGGA---CAATCAC--G-GGCCTTT--TTG-TCTTTAAAAT-CAGGTCCA-TTGTTACATACGGTT-CAATTTAGTCCACAAT
gi|17 : TAACGGTTGGTATGTTTCAAACCCCCATACCCCTGC-ACAATAATCTAAA-CAGAAATAACGCATGACTAAAAAAGTTTTTCAAAAGTTTGGAATCTGACATCCTTATAACTAT
gi|18 : -A------AGT--CATT-TGAATTATATTTC--AA---------TCTACAT-GTACAT--AG-------AAAA----CATATT--AAGCTAATTTG-TAA--AAATGTTGT--T--TCC--T-AGCTTGAAA-T--AG--T--GTGTTAAGGA-
gi|19 : C-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATATTTT--TACAATGGTA-TGTACAT-G--CAT--AGCGCA--TAACA----CATAAT--ANAT
gi|2 : AGTAG-GTAAGTATCGTAAGATTCTTTTATTATAC-GTGGACATG-T-CATTTTAAGTATTACAAAAC------A---TTA--------------------TACAACCATA-A-ATG-ATAAATACATC-CGTT-GATC-CCCGG---CCAA-TTTGAC--TAT-A-------GT--CACT-T---T-ATATTTT--AACAATGAT--TGTACATCG--CAT--AGCGCAG-TAACA----CATAATTAGTATTA-TTTAATAT--CAATGTTGTATT--T-A--T-AGCATTAAAGT--AG--A--ATATGAAGAA-AT--TTT--GCA---ATT---TG-CCTTGGTT---T-C--T--T-T-TCCAAA-------------------------T------CAAG---TTTTAT-TTT-ATATTGCATAT-T-TAT-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATAATT-A-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--T-TTCCTCTTTGCC-TATTGAAATATT-T-ACA----C-GAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCCTCATGGATCCCA--TCAT-T------G-CATAATT-ACA---AAAACGTTCTGTGTG--GAGGTTCATTTACA-T-A-GCGACCGGTTTCAATACAG-AAGGAAGGATTCCACATCTAA--ACTGA---GGTTCACCCGTGGCCTTTTCTTGGTTTGT----TTCAGGTTCA-TTGAT-CATACGGTTTCAAT---GACAAGAATTT-TGTTTGAAAGTTAACATATGGTTC-C--AGTTTAAGGTAAAGCACAATATTTTTTTGTTTCCAATCTTCTTCACAGTAG--TTGAA-TA--TTTCATTTTCA-AAGGTTTCATATAATCAGAAATACATA------AATAA-CGTA---CAAGAACACATAATCTAAATTACGAAGGGAGTTTTTTGATT--GTAAACACTAAAGTTCCATTGTTCCGATC-AGCTGCTCCATAGGAAGACTTTTTTGGTAAAGACGTTCTTTCATACCATTT-GATCAAATCG------ATTCCATCTTTCTTATCATACATAAACAGCGACGCTGTGTCGGTTGTTAA-CATCCTACTCAACT--TTAATGTGAT-GCTGGAGAAT--TTCTGCAAT-CCAG-AAAATATCGA-TGGCACGAT------------TT-T-GTAAACAGTTTCTAACGGTTGGTATGTTCTAAgtaaaaatcaatgggtttg
gi|20 : T--T--T-C--T-AGCTTTAAA-C--AGTAAGTATATCAAGAA-AT--TAT--GCA---GTTTAATG-TCTTTGGT---T-C--T--T-T-
gi|21 : tgtAGGTTCA-TTGAT-CATACGGTT-CAAGCT--TCAAAAATTT-TGTTTGAA-GTTA--ATATG--Tttc
gi|3 : t-ATG-ATAATTACATC-AGTTCG--CACCCGG---CCCA-TTT-ACC-TATGA------AGTTTCACT-T---TTATATCTTTAAACAATGATA-TGTACAT-G--CATTGAGCGCA--TACCA----CATAAT--ATAT-A-TTCA-TA---GAATTTTGT--T--T-TCTT-AGCATTAA--T--AG--A--ATATGAAGAA-ATCTTTT--GCA---ATT---TG-CCTTTGGT---T-CCTT--T-T-CC---A-------------------------T------CAAA---TTT-AT-TTCCATATTG-ATAT-T---A-TTGTA-C--A-TTTCTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAA--AAAAAA--G--A-TTC-TC-TTGACTTATTGAAATATT-T-ACA----CTGAAA---GTA--GA--------------AAATG-TTTTTCGTCCTCT--AT-GATCC-A--TCATCT------GCCATAATTTACAAAGAAAACGTTCT-TGTG--GAGGTTCATTTACA-TAA-GCGACCGGTTTCAATACGGAGAGGAAGGATCTCCACATCATAAACTGAAGCCATTCAC--G-GACCTTT-CATG-TTTGT----T-CAGGTTCATTTGATACATACGGAT-TA--CAAGTTCAAAATTTCTGTTTGAA-GTTAACATATG--TCGC--AGTTTA-GGTAAAG-ACAATA-TTTTT-GTTTCCAACCTTCTTCACA-TAGTTTTGAATTAACTTTCATTT
gi|4 : AAGTAAAGTAAGTA----A----TCTTT-ATT-TA--GTG-ACATGATGCATTT-AAGTAT---AGAACCTTACAA---TTA--------------------TACAG-CATACA-ATG-ATAAATA-ATC-AGTT-G--CACCCGAACACCCAATTTGACC-TAT-A------AGT--CACT-T---TTATGTTTC--AA-AA-GAT--CGTACAA-G--CAT--AGCGCA--TAAC----------------------TA-TAT--AAATGTTTT--T--TTC--T-AGTTTTAAG-CGCAG--A--ATATCAAGAA-AT--TTT--GCA----TT---TG-CTTTAGGCGTCT-CG-T--T-T-TC---A-------------------------T------CCATACATT--AT-CT--A-ATTGTATAT-T--AT-TTGTA-C--A-TTT-TGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTACGAACAAAAAAA--G--T-TTC-AC-TTGGCTTATTGAAATATT-T-ACA----C-TAAA---GTATGAA--------------AAATG-TTTTTCG-CCTCT--AT-GAT-C-A--TCGT-T------G-C-TAATTTACA---ATAA
gi|5 : atTG-GTAATT-CATTTAGTT-G--CATTCGG---CCCA-CTTGATC-TAC-ATGTACAAGT--CATC-T---TTATATTC----A-AATGCAA-TTTACAT-G--CAT---GCACACGTAGTAAATTCATATC--AAATTA-TTTG-TAT--AAACGCTGT--TC-T-C--T-TGCTTGAAAGT--AG--T--ATATTAAGAA-AT--TCT--TCA---GTT---TG-TCTTTGAT---TAT--T--T-T-CC---A-------------------------TTACATGTAAA---CT--AG-TT--AGATTA-ATAT-T-TAA-CTGTA-C--ATTTTTTGTC---T----ACA-GTACATGTGA------TATTGTGGA--AGAAGA--GTAT-TTC-TATATGGC-TTTCGAAA----------------GACA---G---------------------AATG-T------TCTTCT--ATGGATTT-A--TCCT-T------A-CATAATGTACG---AAAACGTTCT-TGTGGTGAGTTTC-TTTA
gi|6 : atcatatttatgtagtattAAGTAA-GTAAATA----A----TCTTTTATTATATAGTG-AC--G-TGC-TTTT--GTAT---AATGC------A---TT-----------------------TAATCATATACATGTACAAT---ATC-AGTT-A-------GG---CCCA-TTTGAAC-TAC-A------TGT--GATT-T---TGATCT------------ATA-TGTACAT-A--C-------GTA--TAGCG----CATATT--GAATTA-TTTA-TAC--AAATGT--T--T--T-C--T-TGCTTGAAA-A--GG--T--ATTCAAAGAA-AT--TGT---CATCCGTT---TG-TCTTTGAT---TGT--T--T-T-CT---A-------------------------T------TAAA-------ATGTT--ATACTG-ATAT-T-TAC-TTG-A-CCTA-TTTTTGTC---T----ATA-TT-C-----A------TATTGTGAAT-TTAATA--G--T-TTT-TCATTGGT-TATCGAAAGATT-T-GCAGTATT-AAAC---ACA--GG--------------AAATG-TTTTTCGTCTTCT--Atc
gi|7 : ctTTATTATA--G-G-ACATG-TGCATTTTAAGTATTACAAAAC------AGTATTACAAGAGTAATACAAAACAAGTATAATCATA-A-ATT-ATAATTACATC--GTT-G--CACCCGG---CCCA-TTTGACTATAG-A------GGT--CACCCT---TTAGATTGT--TACAATGATA-TG-ACAT-G--CAT--AGCGCAA-TAA-A----CG-AAT--ATATTA-TTTG-TAT--AAATGTTGT--T--T-C--T-AG-ATTAAA-T--AG-----ATATGAAGAC-AT--TTT--GCA---A-T---TG-CCTTTGGT---T-CG-T--T-T-CC---A-------------------------T------CAA--------AT-TC--A---TG-ATATAT-TAT-TTGTA----A-TTTCTGTCTTAT----GTA-TT-C-----ATACATGTATTACGTA--AGTAAA--agca
gi|8 : AGAA-AT--TTC--GCA---GTT---TG-CCTTTGAT---T-A--A--TAT-TT---A-------------------------T------GATG---GT--AT-TT--ATATTG-ATAT-C-TAA-TGGTA-C--A-TTT-TATC---T----ATA-TT-C-----A------T----CAAC--ATA--------T-TTC-TGTTTGGT-TTTCGAAACATT-TGATA----T-AAAACAAACA--AA--------------AAATG-TCATTCGTCCTCT--ATGGATTC-A--TTCT-T------A-CATAGCGTAAG---CAAATGTTCT-TGAG--GAGATTCATTT-CAGT-A-ACAACTGATT----------GGGTTAGGGT-------------ATGGG---CAATCAC--G-GGCCTTT--TTG-TTTTTAAAAT-CAGGTCCA-ATGTTACATACGGTT-CAATTTAGTCCACAATtgcaattttttt
gi|9 : AATGATGGCGTACAA-GAGCATC-AGCGCA--TGA-------ACAAT--AT----------CAT--AAATGTTGT--TGTT-C--TCAGTTTTAAG-C--AG--A--ATA-CAAGAACAT--TTTTTGCA---ATT---GG-CTTTTGGT---T-CC-T--T-T-TC---A-------------------------T------CAAA---TT--AT-CT--ATATTG-ATAT-TATATCTTGTAAC--A-TTT---TC---TCATAATA-TT-------A------TATTACGAA--AAAAAAAAG--TCTTC-ACTTTGGC-TATTGAAATATT-T-ACA----C-G-AA---GTA--GA--------------AAATGTTTTTTCGTCCTCT--ATGGATCC-A--TCGT-TTGCCACG-CATAATTTACA---AAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACATATATAAATGTTGTTTTCTAGTTTTAA