lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 555555555555555555555555555555555555555 333333333333333 11 1 2222222222 11111111 1111111111111111111111111111111111111111111 3333333333 22222 111 333333 1
lowQualScore : 5 4 999999999999999999999999999999999999999 2 2 444444444444444 33 3 5 2 3 2 1111111111 3 99999 99999999 6666666666666666666666666666666666666666666 5 5555555555 5 00000 444 3 8 666666 0 5
lowQualScore : . . ....................................... . . ............... .. . . . . . .......... . ..... ........ ........................................... . .......... . ..... ... . . ...... . .
lowQualScore : 0 5 777777777777777777777777777777777777777 5 7 666666666666666 44 1 0 9 3 1 4444444444 1 11111 88888888 4444444444444444444444444444444444444444444 0 0000000000 2 00000 000 2 8 555555 2 0
consensus : AATGGTTTTAGAAACA--T------A--T----G---C-CCCCT-G--CA-----TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTT--TN--AATTTN---GAAT-G-TCTGTA-ATGATAGT-GAAAAATA------NGG-GTTATCTACT-----AGTCAGGGG-CAACCACAAT---------ACT-NAGTT--ATC------TCTC---AAA---TACTGAGCAGACA----------TTTCCAA-----ATA---ANCAGTCATTTGA-TNATGACCTTTGACCTTGCGA
Reference ( gi|3 ) : AATGGTTTTAAAAACA--T------A--T----G---C-CCCCT-G--CA-----TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTT--CT--GATTTT---GAAA-G-TCTGCA-ATGATAGT-GAATAATA------AGA-GTTACCTACT-----AGTCAAAGG-CACCCACAAC---------ACT-TAATCGTATC------TCTC---A-----TACTGAGCAGACA----------TTTCTAA-----ATA---ACCACTCATTTGAGTAATGACCTTTGACATTGTGA
gi|12 : AATG-TTTTAGAAATA--T------A--T----G---C-CTCCT-G---------TGTGGCAA-CATTGAAAAGGAT-CAATTT--TT--CAATAG---GAAT-G-TCTGTA-GTTATGGT-GAATAATATGCATGGGG-GTTATCTCCT-----AGTC
gi|10 : gaAATG-TTTTAGAAATG--T------A--T----GTTTC-TCCCTCG--CAGGACCTATG-CAA-AATTGAAAATGAT-CCCCTT---T--AAATTA---CAAA-G-TTTGTA-ATGGTGGT-GAAACATA------TGA-ATTACCCACT-----AGTCAGGAG-AAATCACAAT---------ACT-
gi|18 : caAATGTTTTCAAAAATA--C------A--TTC--A---C-CCCCT-G---------TGTCACAAATATTGAAAAGGATCCAACTCCACT--GATCTT---AAa
gi|15 : agaAATG-TTTTAGAAAGA--C------G--T----A---A-AACCT-A--CG-----TTTGGCAA-TATTGAACAGATT-CAACTT---TAAAATTCA---GAAT-G-TCCATA-A-GGTAGT-GA--AATA------AAA-G
gi|2 : gaGTTTTAGAAACA--TGT----A--T----G---T-CC----A--AA-----CATTGCAA-TACAGCAAACGAT-CAACAT--AA--ACTTTT---GAAT-G-CCTGTA-ATGATAGT-GAAAAATA------TAG-GTTATCTTTT-----AGTCAGCAG-CAACCACAAT---------AC--TA--CGTGTCACAACGTGTC---AAAAATTATTTATAAAACAATATAAGAGTTCTCCAG-----ATACTGAGCACACATTTGAGTCATAACTTTTGACCTTGTGAgt
gi|16 : aaaaaGTTTTGGAAACA--TTAT---A--T----A---C-TCCT-----CA-----TGTGGCAA-AATTGAGAATTAT-CAACTT--TC--AATCTA---GAAT-G-TCTGAA-ATGAT
gi|17 : atGTTTTATAAGCA--T------A--TATATG---T-TTCCC-G---------TGTGGCAA-TATTGAAAATGAT-AACCTT--
gi|9 : aaataattatgtgaataaaaaTTTTAGAAACA--T-----------------------------TA-----TATG-CAA-TATTGAAAAGGAC-CAACCT--TA--AATTTA---GAAT-G-TCTGTA-ATGATGGT--------------------TTATCTACT-----GGTCAAGAG-CGACTGTAATGATAAGTTAACTACAATTG-AGT------TTTC---AGTT--TACTGAGCAGACA----------TTTCAAA-----ATA---ACCa
gi|5 : tTTTTAAAAACACGT------A--TCT--G---C-TCCTT-TTTCA-----TGCTGCAA-TGTTGAAAAGCAT-CAACTT--TA--CATTCA---G-AA-T-TCTTTA-GTGATAGC-TAAAAATA------TGG-TTTATATACT-----AGAGAGGGG-TAACCATAAG---------AAT-AAGTTTAATC------TCTC---
gi|13 : ttcaaatacaatggtggctgcaacaaTTTTAGAAACA--TGCATATA--T----G---C-TCCCT-G---------TGTGGCAC-TATTGAAAAGGGT-CAACTT---T--A--CTT---GACT-G-TCTGTA-ATAAGAG
gi|20 : tcaaataatatgtgaagacatTTTTAGATACA--T------AATT----A---TACCTCT-G---------TGTGGCAA-CATTGAAAACGAT-CAAccagaaatggg
gi|21 : ataTTTTAGAAATA--T------A--T----G---T-GCCTT-C--AA-----TGTGGCAA-TATT
gi|1 : agaaataAGAAACAGAT------A--T----G---C-CTTCC----CA-----TGTGGCAA-TACTGAAAATTAT-CAAC-T--CA--AAATGT---AAAATT-TCTGAA-ACGACAGT-GAA-AATC------ACAGGTTATGTACT-----TGTCAAGGC-CAACCACAAT---------GCT-AAGTTTGATA------TCGCAAGA-----TAATGAGCAGGCA----------TTTTCAG-----ATA---ACCAGTCATT--A-----GACTTTTGATCTTGTGA
gi|4 : attttcaaaca--CA-----CATAGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTT--TG--AATTCA---GAAT-G-TCTGTA-ATGCCAGT-GAAATATA------TAG-GTTATATACT-----GGTTGGAGGTCAACCACAAggtcgtctgctctgcaaggggtacccgtgtgcgaggtttcatcaatgcctg
gi|6 : tttcttgttttttaagaatttatatttagatttaacattaaaccagaaatgtttcaaaGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTT--TG--GAATTCCCAGAAT-GTTCTGTAGATG-CAGTAGAATTAT-------AGG-GTTATATACTGGGGGAGTCAAA------CCACAAttatacaaagttagacttctcaagatcgttagcaggcac
gi|8 : aA-TATTGAAAAGGAT-CAACTC--TA--AATTTA---GAAC-G-TCTGCA-ATGATAGT-GAAAAATA------TGG-GTTATCTACT-----ACTTAGAGG---TTCACAAT---------Attataagcaaagtagattctcaagaatcggttagcaggcactgaagtcatgacctttcacctgtg
gi|11 : ctttttttttttatctagaactttcatgtataattaactatgggagaaacaagaaatgtacggatt-G-TTTGTA-ATGATTGT-GAAAAGTA------TGG-GTTACCTACT-----AGTCAGGGG-CAACTATGGT---------AAT-AAAT------------TTGA---A-----TTCTGA--AGA-------------TTCCAAATATTATA---ATTAGTCAATTG---AATGACCTTTGACCTTGCGA
gi|7 : aattGCA-ATGATAGT-AAATATTA------AAA-GTTATCTACC-----AGTCACGGA-TAACCACAAC---------ACT-TG-----ATC------TCCC---AAAG--TACCCAGCAGACA----------TTTCTAA-----ATA---AACTGTCATTTCATTTATTGCCTTtctga
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AATTAAAAATTAAATTCAAAATTTAGAATGTCTGTACATAATGATAGTGAAAAGTATGGGTTAATTAAATTATCTACGTACTGGTTAGGGTAACCACAA
Unaligned ( gi|19 ): AATGTCAGTAATGATAGCATACAATATATTTGGTTATTCACTATTCAGGGGCAAGCACAATACTAAGT
Alignments
lowQualScore : 1 444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111111111 6666666666666666666666666666666 2222222222 333333 111 4444
lowQualScore : 1 666666666666666666666666666666666666666 2 1 2 66 2 33 1 2 7777 1 3333333333333333333333 6666 77777 3 3 555 4 9999999999999999999999999999999 11 2 0 1111111111 000000 000 1 3 2222 2
lowQualScore : . ....................................... . . . .. . .. . . .... . ...................... .... ..... . . ... . ............................... .. . . .......... ...... ... . . .... .
lowQualScore : 9 777777777777777777777777777777777777777 4 8 4 33 9 99 0 5 4444 4 5555555555555555555555 1111 11111 3 1 444 9 5555555555555555555555555555555 66 5 9 9999999999 777777 000 0 5 2222 0
consensus : AATGGTTTTAGAAACA--T------A--T----G---C-CCCCT-G--CA-----TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------NG---GG---------TTATC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACCACA---ATACTAAGT--T--ATC-----------TCTCAA-A---TACTGAGCAGACA----------TTTCCAA------ATA---ANCAGTCATTTGAG-TCATGACCTTTGACCTTGTGA
Reference ( family-2902 ) : AATGGTTTTAGAAACA--T------A--T----G---C-CCCCT-G--CA-----TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTT-NAA-TT--TNGAATG-TCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------NG---GG---------TTATC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACCACA---ATACTNAGT--T--ATC-----------TCTCAA-A---TACTGAGCAGACA----------TTTCCAA------ATA---ANCAGTCATTTGA--TNATGACCTTTGACCTTGCGA
gi|1 : AGAAACAGAT------A--T----G---C-CTTCC----CA-----TGTGGCAA-TACTGAAAATTAT-CAACTCA-AAA-TG--TAAAATT-TCTGAA----ACGACAGTGAAAATCA------CA---GG---------TTATG----TACT-----TGTCAAGGC-CAACCACA---ATGCTAAGT--TTGATA-----------TCGCAAGA---TAATGAGCAGGCA----------TTTTCAG------ATA---ACCAGTCATT--A------GACTTTTGATCTTGTGA
gi|10 : attttcaaacaAATG-TTTTAGAAATG--T------A--T----GTTTC-TCCCTCG--CAGGACCTATG-CAA-AATTGAAAATGAT-CCCCTTT-AAA-TT--ACAAA-G-TTTGTA----ATGGTGGTGAAACATA------TG---AA---------TTACC----CACT-----AGTCAGGAG-AAATCACA---ATACTggtcgtctgctctgcaaggggtacccgtgtgcgaggtttcatcaatgcctg
gi|11 : caTG-TTTGTA----ATGATTGTGAAAAGTA------TG---GG---------TTACC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACTATG---GTAATAAAT---------------------TTGA-A---TTCTGA--AGA-------------TTCCAAATATT-ATA---ATTAGTCAATTGA----ATGACCTTTGACCTTGCGAa
gi|12 : aatAATG-TTTTAGAAATA--T------A--T----G---C-CTCCT-G---------TGTGGCAA-CATTGAAAAGGAT-CAATTTT-TCA-AT--AGGAATG-TCTGTA----GTTATGGTGAATAATATGCATGGG---GG---------TTATC----TCCT-----AGTCtctga
gi|13 : gaTTTTAGAAACA--TGCATATA--T----G---C-TCCCT-G---------TGTGGCAC-TATTGAAAAGGGT-CAACTTT-A----C--TTGACTG-TCTGTA----ATAAGAGCCAGAAATG------GG---
gi|14 : tcaaataatatgtgaagacatATTAAAAA---T-TAAATTC-AAAATT--TAGAATG-TCTGTACATAATGATAGTGAAAAGTA------TG---GGTTAATTAAATTATCTACGTACT-----GGTTA-GGG-TAACCACA---A
gi|15 : aAATG-TTTTAGAAAGA--C------G--T----A---A-AACCT-A--CG-----TTTGGCAA-TATTGAACAGATT-CAACTTTAAAA-TT--CAGAATG-TCCATA----A-GGTAGTGAAATAAA------AG---G
gi|16 : gaGTTTTGGAAACA--TTAT---A--T----A---C-TCCT-----CA-----TGTGGCAA-AATTGAGAATTAT-CAACTTT-CAA-TC--TAGAATG-TCTGAA----ATGATt
gi|17 : atGTTTTATAAGCA--T------A--TATATG---T-TTCCC-G---------TGTGGCAA-TATTGAAAATGAT--AACCTT-
gi|18 : aaataattatgtgaataaaaaAATGTTTTCAAAAATA--C------A--TTC--A---C-CCCCT-G---------TGTCACAAATATTGAAAAGGATCCAACTa
gi|19 : agaAATG-TCAGTA----ATGATAGCATACAATA------TATTTGG---------TTATT----CACT-----ATTCAGGGG-CAAGCACA---ATACTAAGT--ccactgatcttaa
gi|2 : GTTTTAGAAACA--TGT----A--T----G---T-CC----A--AA-----CATTGCAA-TACAGCAAACGAT-CAACATA-AAC-TT--TTGAATG-CCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------TA---GG---------TTATC----TTTT-----AGTCAGCAG-CAACCACA---ATACTACG---T--GTCACAACG-----TGTCAA-AAATTATTTATAAAACAATATAAGAGTTCTCCAG------ATACTGAGCACACATTTGAG-TCATAACTTTTGACCTTGTGA
gi|20 : aaaaaTTTTAGATACA--T------AATT----A---TACCTCT-G---------TGTGGCAA-CATTGAAAACGAT-CAA
gi|21 : ataTTTTAGAAATA--T------A--T----G---T-GCCTT-C--AA-----TGTGGCAA-TATT
gi|3 : agaaataAATGGTTTTAAAAACA--T------A--T----G---C-CCCCT-G--CA-----TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTC-TGA-TT--TTGAAAG-TCTGCA----ATGATAGTGAATAATA------AG---AG---------TTACC----TACT-----AGTCAAAGG-CACCCACA---ACACTTAATCGT--ATC-----------TCTC---A---TACTGAGCAGACA----------TTTCTAA------ATA---ACCACTCATTTGAG-TAATGACCTTTGACATTGTGA
gi|4 : --CA-----CATAGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTT-GAA-TT--CAGAATG-TCTGTA----ATGCCAGTGAAATATA------TA---GG---------TTATA----TACT-----GGTTGGAGGTCAACCACAATTATACAAAGT--TAGACT-----------TCTCAAGA---TCGTTAGCAGGCA----------
gi|5 : tttcttgttttttaagaatttatatttagatttaacattaaaccagaaatgtttcaaaTTTTAAAAACACGT------A--TCT--G---C-TCCTT-TTTCA-----TGCTGCAA-TGTTGAAAAGCAT-CAACTTT-ACA-TT--CAGAAT--TCTTTA----GTGATAGCTAAAAATA------TG---GT---------TTATA----TACT-----AGAGAGGGG-TAACCATA---AGAATAAGT--TTAATC-----------TCTCc
gi|6 : ttcaaatacaatggtggctgcaacaaGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTTGGAA-TTCCCAGAATGTTCTGTAG---ATG-CAGT-AGAATTAT-----AG---GG---------TTATA----TACTGGGGGAGTCA------AACCACA---ATTATAAG-----------------------CAA----------AGTAG--A----------TTCTCAAGAATCGGTT---AGCAGGCA-CTGAAGTCATGACCTTTCACCT
gi|7 : aGCA----ATGATAGTAAATATTA------AA---AG---------TTATC----TACC-----AGTCACGGA-TAACCACA---ACACT---T--G--ATC-----------TCCCAA-AG--TACCCAGCAGACA----------TTTCTAA------ATA---AACTGTCATTTCAT-TTATTGCCTTgtg
gi|8 : A-TATTGAAAAGGAT-CAACTCT-AAA-TT--TAGAACG-TCTGCA----ATGATAGTGAAAAATA------TG---GG---------TTATC----TACT-----ACTTAGAGG-T--TCACA---ATAaaaaatcacaggagtcatatgcatctactcttcaaggggtatc
gi|9 : ctttttttttttatctagaactttcatgtataattaactatgggagaaacaagaaatgtacggattTTTTAGAAACA--T-----------------------------TA-----TATG-CAA-TATTGAAAAGGAC-CAACCTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATGGT------------------------------TTATC----TACT-----GGTCAAGAG-CGACTGTA---ATGATAAGT--T--AACTACAATTGAGTTTTCAGTT---TACTGAGCAGACA----------TTTCAAA------ATA---ACC
Alignments
lowQualScore : 1 444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111111111 6666666666666666666666666666666 2222222222 333333 111 111
lowQualScore : 1 666666666666666666666666666666666666666 2 1 2 66 2 444 2 7777 1 3333333333333333333333 6666 77777 3 3 555 9999999999999999999999999999999 11 2 0 1111111111 000000 000 1 44 555 0
lowQualScore : . ....................................... . . . .. . ... . .... . ...................... .... ..... . . ... ............................... .. . . .......... ...... ... . .. ... .
lowQualScore : 9 777777777777777777777777777777777777777 4 8 4 77 9 666 5 4444 4 5555555555555555555555 1111 11111 3 1 444 5555555555555555555555555555555 66 5 9 9999999999 777777 000 0 22 000 8
consensus : AATGGTTTTAGAAACA--T------A--T----G---C-CCCCT-G--CA-----TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------NG---GG---------TTATC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACCACA---ATACTAAGT--T--ATC-----------TCTCAA-A---TACTGAGCAGACA----------TTTCCAA------ATA---ANCAGTCATTTGAGTCATGACCTTTGACCTTGTGA
Reference ( family-2902 ) : AATGGTTTTAGAAACA--T------A--T----G---C-CCCCT-G--CA-----TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------NG---GG---------TTATC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACCACA---ATACTAAGT--T--ATC-----------TCTCAA-A---TACTGAGCAGACA----------TTTCCAA------ATA---ANCAGTCATTTGAGTCATGACCTTTGACCTTGTGA
gi|1 : AGAAACAGAT------A--T----G---C-CTTCC----CA-----TGTGGCAA-TACTGAAAATTAT-CAACTCA-AAA-TG--TAAAATT-TCTGAA----ACGACAGTGAAAATCA------CA---GG---------TTATG----TACT-----TGTCAAGGC-CAACCACA---ATGCTAAGT--TTGATA-----------TCGCAAGA---TAATGAGCAGGCA----------TTTTCAG------ATA---ACCAGTCATT--A-----GACTTTTGATCTTGTGA
gi|10 : attttcaaacaAATG-TTTTAGAAATG--T------A--T----GTTTC-TCCCTCG--CAGGACCTATG-CAA-AATTGAAAATGAT-CCCCTTT-AAA-TT---ACAAAG-TTTGTA----ATGGTGGTGAAACATA------TG---AA---------TTACC----CACT-----AGTCAGGAG-AAATCACA---ATACTAggtcgtctgctctgcaaggggtacccgtgtgcgaggtttcatcaatgcctg
gi|11 : caTG-TTTGTA----ATGATTGTGAAAAGTA------TG---GG---------TTACC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACTATG---GTAATAAAT---------------------TTGA-A---TTCTGA--AGA-------------TTCCAAATATT-ATA---ATTAGTCAATTGA---ATGACCTTTGACCTTGCGA
gi|12 : aatAATG-TTTTAGAAATA--T------A--T----G---C-CTCCT-G---------TGTGGCAA-CATTGAAAAGGAT-CAATTTT-TCA-AT--AGGAATG-TCTGTA----GTTATGGTGAATAATATGCATGGG---GG---------TTATC----TCCT-----AGTCtctga
gi|13 : gaTTTTAGAAACA--TGCATATA--T----G---C-TCCCT-G---------TGTGGCAC-TATTGAAAAGGGT-CAACTTT---A-CT--T-GACTG-TCTGTA----ATAAGAGCCAGAAATG------GG---
gi|14 : tcaaataatatgtgaagacatATTAAAAA---T-TAAATTC-AAAATT--TAGAATG-TCTGTACATAATGATAGTGAAAAGTA------TG---GGTTAATTAAATTATCTACGTACT-----GGTTA-GGG-TAACCACA---A
gi|15 : aAATG-TTTTAGAAAGA--C------G--T----A---A-AACCT-A--CG-----TTTGGCAA-TATTGAACAGATT-CAACTTTAAAA-TT--CAGAATG-TCCATA----A-GGTAGTGAAATAAA------AG---G
gi|16 : gaGTTTTGGAAACA--TTAT---A--T----A---C-TCCT-----CA-----TGTGGCAA-AATTGAGAATTAT-CAACTTT-CAA-TC--TAGAATG-TCTGAA----ATGATt
gi|17 : atGTTTTATAAGCA--T------A--TATATG---T-TTCCC-G---------TGTGGCAA-TATTGAAAATGAT--AACCTT-A
gi|18 : aaataattatgtgaataaaaaAATGTTTTCAAAAATA--C------A--TTC--A---C-CCCCT-G---------TGTCACAAATATTGAAAAGGATCCAACT
gi|19 : agaAATG-TCAGTA----ATGATAGCATACAATA------TATTTGG---------TTATT----CACT-----ATTCAGGGG-CAAGCACA---ATACTAAGT--ccactgatcttaa
gi|2 : GTTTTAGAAACA--TGT----A--T----G---T-CC----A--AA-----CATTGCAA-TACAGCAAACGAT-CAACATA-AAC-TT--TTGAATG-CCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------TA---GG---------TTATC----TTTT-----AGTCAGCAG-CAACCACA---ATACTACG---T--GTCACAACG-----TGTCAA-AAATTATTTATAAAACAATATAAGAGTTCTCCAG------ATACTGAGCACACATTTGAGTCATAACTTTTGACCTTGTGA
gi|20 : aaaaaTTTTAGATACA--T------AATT----A---TACCTCT-G---------TGTGGCAA-CATTGAAAACGAT-CAA
gi|21 : ataTTTTAGAAATA--T------A--T----G---T-GCCTT-C--AA-----TGTGGCAA-TATT
gi|3 : agaaataAATGGTTTTAAAAACA--T------A--T----G---C-CCCCT-G--CA-----TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTC-TGA-TT--TTGAAAG-TCTGCA----ATGATAGTGAATAATA------AG---AG---------TTACC----TACT-----AGTCAAAGG-CACCCACA---ACACTTAATCGT--ATC-----------TCTC---A---TACTGAGCAGACA----------TTTCTAA------ATA---ACCACTCATTTGAGTAATGACCTTTGACATTGTGA
gi|4 : --CA-----CATAGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTT-GAA-TT--CAGAATG-TCTGTA----ATGCCAGTGAAATATA------TA---GG---------TTATA----TACT-----GGTTGGAGGTCAACCACAATTATACAAAGT--TAGACT-----------TCTCAAGA---TCGTTAGCAGGCA----------
gi|5 : tttcttgttttttaagaatttatatttagatttaacattaaaccagaaatgtttcaaaTTTTAAAAACACGT------A--TCT--G---C-TCCTT-TTTCA-----TGCTGCAA-TGTTGAAAAGCAT-CAACTTT-ACA-TT--CAGAAT--TCTTTA----GTGATAGCTAAAAATA------TG---GT---------TTATA----TACT-----AGAGAGGGG-TAACCATA---AGAATAAGT--TTAATC-----------TCTCc
gi|6 : ttcaaatacaatggtggctgcaacaaGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTTGGAA-TTCCCAGAATGTTCTGTAG---ATG-CAGT-AGAATTAT-----AG---GG---------TTATA----TACTGGGGGAGTCA------AACCACA---ATTATAAG-----------------------CAA----------AGTAG--A----------TTCTCAAGAATCGGTT---AGCAGGCACTGAAGTCATGACCTTTCACC-TGTG
gi|7 : aGCA----ATGATAGTAAATATTA------AA---AG---------TTATC----TACC-----AGTCACGGA-TAACCACA---ACACT---T--G--ATC-----------TCCCAA-AG--TACCCAGCAGACA----------TTTCTAA------ATA---AACTGTCATTTCATTTATTGCCTT
gi|8 : A-TATTGAAAAGGAT-CAACTCT-AAA-TT--TAGAACG-TCTGCA----ATGATAGTGAAAAATA------TG---GG---------TTATC----TACT-----ACTTAGAGG-T--TCACA---ATAaaaaatcacaggagtcatatgcatctactcttcaaggggtatc
gi|9 : ctttttttttttatctagaactttcatgtataattaactatgggagaaacaagaaatgtacggattTTTTAGAAACA--T-----------------------------TA-----TATG-CAA-TATTGAAAAGGAC-CAACCTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATGGT------------------------------TTATC----TACT-----GGTCAAGAG-CGACTGTA---ATGATAAGT--T--AACTACAATTGAGTTTTCAGTT---TACTGAGCAGACA----------TTTCAAA------ATA---ACC
Alignments
lowQualScore : 1 444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111111111 6666666666666666666666666666666 2222222222 333333 111 111
lowQualScore : 1 666666666666666666666666666666666666666 2 1 2 66 2 444 2 7777 1 3333333333333333333333 6666 77777 3 3 555 9999999999999999999999999999999 11 2 0 1111111111 000000 000 1 44 555 0
lowQualScore : . ....................................... . . . .. . ... . .... . ...................... .... ..... . . ... ............................... .. . . .......... ...... ... . .. ... .
lowQualScore : 9 777777777777777777777777777777777777777 4 8 4 77 9 666 5 4444 4 5555555555555555555555 1111 11111 3 1 444 5555555555555555555555555555555 66 5 9 9999999999 777777 000 0 22 000 8
consensus : AATGGTTTTAGAAACA--T------A--T----G---C-CCCCT-G--CA-----TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------NG---GG---------TTATC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACCACA---ATACTAAGT--T--ATC-----------TCTCAA-A---TACTGAGCAGACA----------TTTCCAA------ATA---ANCAGTCATTTGAGTCATGACCTTTGACCTTGTGA
Reference ( family-2902 ) : AATGGTTTTAGAAACA--T------A--T----G---C-CCCCT-G--CA-----TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------NG---GG---------TTATC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACCACA---ATACTAAGT--T--ATC-----------TCTCAA-A---TACTGAGCAGACA----------TTTCCAA------ATA---ANCAGTCATTTGAGTCATGACCTTTGACCTTGTGA
gi|1 : AGAAACAGAT------A--T----G---C-CTTCC----CA-----TGTGGCAA-TACTGAAAATTAT-CAACTCA-AAA-TG--TAAAATT-TCTGAA----ACGACAGTGAAAATCA------CA---GG---------TTATG----TACT-----TGTCAAGGC-CAACCACA---ATGCTAAGT--TTGATA-----------TCGCAAGA---TAATGAGCAGGCA----------TTTTCAG------ATA---ACCAGTCATT--A-----GACTTTTGATCTTGTGA
gi|10 : attttcaaacaAATG-TTTTAGAAATG--T------A--T----GTTTC-TCCCTCG--CAGGACCTATG-CAA-AATTGAAAATGAT-CCCCTTT-AAA-TT---ACAAAG-TTTGTA----ATGGTGGTGAAACATA------TG---AA---------TTACC----CACT-----AGTCAGGAG-AAATCACA---ATACTAggtcgtctgctctgcaaggggtacccgtgtgcgaggtttcatcaatgcctg
gi|11 : caTG-TTTGTA----ATGATTGTGAAAAGTA------TG---GG---------TTACC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACTATG---GTAATAAAT---------------------TTGA-A---TTCTGA--AGA-------------TTCCAAATATT-ATA---ATTAGTCAATTGA---ATGACCTTTGACCTTGCGA
gi|12 : aatAATG-TTTTAGAAATA--T------A--T----G---C-CTCCT-G---------TGTGGCAA-CATTGAAAAGGAT-CAATTTT-TCA-AT--AGGAATG-TCTGTA----GTTATGGTGAATAATATGCATGGG---GG---------TTATC----TCCT-----AGTCtctga
gi|13 : gaTTTTAGAAACA--TGCATATA--T----G---C-TCCCT-G---------TGTGGCAC-TATTGAAAAGGGT-CAACTTT---A-CT--T-GACTG-TCTGTA----ATAAGAGCCAGAAATG------GG---
gi|14 : tcaaataatatgtgaagacatATTAAAAA---T-TAAATTC-AAAATT--TAGAATG-TCTGTACATAATGATAGTGAAAAGTA------TG---GGTTAATTAAATTATCTACGTACT-----GGTTA-GGG-TAACCACA---A
gi|15 : aAATG-TTTTAGAAAGA--C------G--T----A---A-AACCT-A--CG-----TTTGGCAA-TATTGAACAGATT-CAACTTTAAAA-TT--CAGAATG-TCCATA----A-GGTAGTGAAATAAA------AG---G
gi|16 : gaGTTTTGGAAACA--TTAT---A--T----A---C-TCCT-----CA-----TGTGGCAA-AATTGAGAATTAT-CAACTTT-CAA-TC--TAGAATG-TCTGAA----ATGATt
gi|17 : atGTTTTATAAGCA--T------A--TATATG---T-TTCCC-G---------TGTGGCAA-TATTGAAAATGAT--AACCTT-A
gi|18 : aaataattatgtgaataaaaaAATGTTTTCAAAAATA--C------A--TTC--A---C-CCCCT-G---------TGTCACAAATATTGAAAAGGATCCAACT
gi|19 : agaAATG-TCAGTA----ATGATAGCATACAATA------TATTTGG---------TTATT----CACT-----ATTCAGGGG-CAAGCACA---ATACTAAGT--ccactgatcttaa
gi|2 : GTTTTAGAAACA--TGT----A--T----G---T-CC----A--AA-----CATTGCAA-TACAGCAAACGAT-CAACATA-AAC-TT--TTGAATG-CCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------TA---GG---------TTATC----TTTT-----AGTCAGCAG-CAACCACA---ATACTACG---T--GTCACAACG-----TGTCAA-AAATTATTTATAAAACAATATAAGAGTTCTCCAG------ATACTGAGCACACATTTGAGTCATAACTTTTGACCTTGTGA
gi|20 : aaaaaTTTTAGATACA--T------AATT----A---TACCTCT-G---------TGTGGCAA-CATTGAAAACGAT-CAA
gi|21 : ataTTTTAGAAATA--T------A--T----G---T-GCCTT-C--AA-----TGTGGCAA-TATT
gi|3 : agaaataAATGGTTTTAAAAACA--T------A--T----G---C-CCCCT-G--CA-----TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTC-TGA-TT--TTGAAAG-TCTGCA----ATGATAGTGAATAATA------AG---AG---------TTACC----TACT-----AGTCAAAGG-CACCCACA---ACACTTAATCGT--ATC-----------TCTC---A---TACTGAGCAGACA----------TTTCTAA------ATA---ACCACTCATTTGAGTAATGACCTTTGACATTGTGA
gi|4 : --CA-----CATAGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTT-GAA-TT--CAGAATG-TCTGTA----ATGCCAGTGAAATATA------TA---GG---------TTATA----TACT-----GGTTGGAGGTCAACCACAATTATACAAAGT--TAGACT-----------TCTCAAGA---TCGTTAGCAGGCA----------
gi|5 : tttcttgttttttaagaatttatatttagatttaacattaaaccagaaatgtttcaaaTTTTAAAAACACGT------A--TCT--G---C-TCCTT-TTTCA-----TGCTGCAA-TGTTGAAAAGCAT-CAACTTT-ACA-TT--CAGAAT--TCTTTA----GTGATAGCTAAAAATA------TG---GT---------TTATA----TACT-----AGAGAGGGG-TAACCATA---AGAATAAGT--TTAATC-----------TCTCc
gi|6 : ttcaaatacaatggtggctgcaacaaGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTTGGAA-TTCCCAGAATGTTCTGTAG---ATG-CAGT-AGAATTAT-----AG---GG---------TTATA----TACTGGGGGAGTCA------AACCACA---ATTATAAG-----------------------CAA----------AGTAG--A----------TTCTCAAGAATCGGTT---AGCAGGCACTGAAGTCATGACCTTTCACC-TGTG
gi|7 : aGCA----ATGATAGTAAATATTA------AA---AG---------TTATC----TACC-----AGTCACGGA-TAACCACA---ACACT---T--G--ATC-----------TCCCAA-AG--TACCCAGCAGACA----------TTTCTAA------ATA---AACTGTCATTTCATTTATTGCCTT
gi|8 : A-TATTGAAAAGGAT-CAACTCT-AAA-TT--TAGAACG-TCTGCA----ATGATAGTGAAAAATA------TG---GG---------TTATC----TACT-----ACTTAGAGG-T--TCACA---ATAaaaaatcacaggagtcatatgcatctactcttcaaggggtatc
gi|9 : ctttttttttttatctagaactttcatgtataattaactatgggagaaacaagaaatgtacggattTTTTAGAAACA--T-----------------------------TA-----TATG-CAA-TATTGAAAAGGAC-CAACCTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATGGT------------------------------TTATC----TACT-----GGTCAAGAG-CGACTGTA---ATGATAAGT--T--AACTACAATTGAGTTTTCAGTT---TACTGAGCAGACA----------TTTCAAA------ATA---ACC
blockSeqs : G TATGTTTCTCCCTCGCAGGACC A T C AA A CCC T CATA G TGGGTTAATTAAA TACG GGGGG G T ATT TTAACTACAATTGAGTTTTCAGTT TC G ATATAAGAGT GAATCG CTG T TG GTC
blockSeqs : G CGTATCTGCTCCTTTTTCA . G . GG . A . G G TGCATGGGGG . . G . . TGTCACAACGTGTCAAAAAT AT T . ATATT . G TG GTA
blockSeqs : T TGCATATATGCTCCCTG . G . A . T . . G TATTTGG . . G . . TTAGACTTCTCAAGA AC G . . . C TG GTC
blockSeqs : G TATATATGTTTCCCG . G . T . T . . C TAGGG . . G . . TGATCTCCCAAAG CG T . . . G GA TTT
blockSeqs : G TTATATACTCCTCA . T . A . C . . G TGAA . . A . . TCGTATCTCTCA AC C . . . A TC .
blockSeqs : . TAATTATACCTCTG . T . C . T . . G TGGG . . G . . TTTGAA AC G . . . C
blockSeqs : . CGTAAAACCTACG . G . A . T . . A TAGG . . G . . CAA . . .
blockSeqs : CATTCACCCCCTG . C . A . T . . G AGAG . . C . .
blockSeqs : TATGTGCCTTCAA . C . T . C . . G TAGG . . G . .
blockSeqs : TATGCCCCCTGCA . G . G . C . . G TGGT . . A . .
blockSeqs : TGTATGTCCAAA . G . A . T . . T AAAG . . . . .
blockSeqs : TATGCCTCCTG . G . A . T . . A TGGG . . . . .
blockSeqs : TTA . G . A . . . . G . . .
blockSeqs : . G . . . . .
blockSeqs : . G . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TTATATGCTCCCCG************************* TCGATCTCTCAAA****************** TG GTC
originalCons : AATGGTTTTAGAAACA--T------A--T----G---C-CCCCT-G--CA-----TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------NG---GG---------TTATC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACCACA---ATACTAAGT--T--ATC-----------TCTCAA-A---TACTGAGCAGACA----------TTTCCAA------ATA---ANCAGTCATTTGAGTCATGACCTTTGACCTTGTGA
finalCons : AATGGTTTTAGAAACATTATATGCTCCCCG-------------------------TGTGGCAA-TATTGAAAAGGAT-CAACTTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------NG---GG---------TTATC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACCACA---ATACTAAGTCGATCTCTCAAA------------------TACTGAGCAGACA----------TTTCCAA------ATA---ANCAGTCATTTGAGTCATGACCTTTGACCTTGTGA
Alignments
lowQualScore : 1 2222 11111111 1111111111111111111111 44444444444444444 11111 2222222222 11111 111 111
lowQualScore : 1 3 1111 2 888888 22222222 777777 444 1 2 66 2 444 2 7777 1 3333333333333333333333 6666 77777 3 3 555 88888 0 8 00000000000000000 99999 5 0 2 1111111111 1 44444 000 1 44 555 0
lowQualScore : . . .... . ...... ........ ...... ... . . .. . ... . .... . ...................... .... ..... . . ... ..... . . ................. ..... . . . .......... . ..... ... . .. ... .
lowQualScore : 9 6 1111 9 555555 11111111 222222 111 8 4 77 9 666 5 4444 4 5555555555555555555555 1111 11111 3 1 444 33333 2 0 00000000000000000 99999 0 2 5 9999999999 7 33333 000 0 22 000 8
consensus : AATGGTTTTAGAAACAT---TAT-ATG---C-TCCC----CG--TGTG------GCA---ATATTGAAAAGGAT-CAACTTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------NG---GG---------TTATC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACCACA---AT-----ACTAAG-T------C-G-ATC----TCTCAA-A---T-ACTGAGCAGACA----------TTTCCAA-----ATA---ANCAGTCATTTGAGTCATGACCTTTGACCTTGTGA
Reference ( family-2902 ) : AATGGTTTTAGAAACAT---TAT-ATG---C-TCCC----CG--TGTG------GCA---ATATTGAAAAGGAT-CAACTTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------NG---GG---------TTATC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACCACA---AT-----ACTAAG-T------C-G-ATC----TCTCAA-A---T-ACTGAGCAGACA----------TTTCCAA-----ATA---ANCAGTCATTTGAGTCATGACCTTTGACCTTGTGA
gi|1 : AGAAACAG----AT-ATG---CCTTCC----CA--TGTG------GCA---ATACTGAAAATTAT-CAACTCA-AAA-TG--TAAAATT-TCTGAA----ACGACAGTGAAAATCA------CA---GG---------TTATG----TACT-----TGTCAAGGC-CAACCACA---AT-----GCTAAGTT------T-G-ATA----TCGCAAGA---T-AATGAGCAGGCA----------TTTTCAG-----ATA---ACCAGTCATT--A-----GACTTTTGATCTTGTGA
gi|10 : attttcaaacaAATG-TTTTAGAAA------TGT-ATGTTTC-TCCCT---CG--CAGGACCTATGCA---AAATTGAAAATGAT-CCCCTTT-AAA-TT---ACAAAG-TTTGTA----ATGGTGGTGAAACATA------TG---AA---------TTACC----CACT-----AGTCAGGAG-AAATCACA---AT-----ACTAggtcgtctgctctgcaaggggtacccgtgtgcgaggtttcatcaatgcctg
gi|11 : caTG-TTTGTA----ATGATTGTGAAAAGTA------TG---GG---------TTACC----TACT-----AGTCAGGGG-CAACTATG---GT-----AATAAA-T-------------------TTGA-A---T-TCTGA--AGA-------------TTCCAAATATTATA---ATTAGTCAATTGA---ATGACCTTTGACCTTGCGA
gi|12 : aatAATG-TTTTAGAAA------TAT-ATG---C-CTCC----TG--TGTG------GCA---ACATTGAAAAGGAT-CAATTTT-TCA-AT--AGGAATG-TCTGTA----GTTATGGTGAATAATATGCATGGG---GG---------TTATC----TCCT-----AGTCtctga
gi|13 : gaTTTTAGAAACATGCATAT-ATG---C-TCCC----TG--TGTG------GCA---CTATTGAAAAGGGT-CAACTTT---A-CT--T-GACTG-TCTGTA----ATAAGAGCCAGAAATG------GG---
gi|14 : tcaaataatatgtgaagacatATTAAAAA---T-TAAATTC-AAAATT--TAGAATG-TCTGTACATAATGATAGTGAAAAGTA------TG---GGTTAATTAAATTATCTACGTACT-----GGTTA-GGG-TAACCACA---A
gi|15 : aAATG-TTTTAGAAAGAC----GT-AAA---A-CCTA----CG--TTTG------GCA---ATATTGAACAGATT-CAACTTTAAAA-TT--CAGAATG-TCCATA----A-GGTAGTGAAATAAA------AG---G
gi|16 : gaGTTTTGGAAACAT---TAT-ATA---C-TCCT----CA--TGTG------GCA---AAATTGAGAATTAT-CAACTTT-CAA-TC--TAGAATG-TCTGAA----ATGATt
gi|17 : atGTTTTATAAGCATA--TAT-ATG---T-TTCC----CG--TGTG------GCA---ATATTGAAAATGAT--AACCTT-A
gi|18 : aaataattatgtgaataaaaaAATGTTTTCAAAAA------TAC-ATT---C-ACCC----CC--TGTG------TCACAAATATTGAAAAGGATCCAACT
gi|19 : agaAATG-TCAGTA----ATGATAGCATACAATA------TATTTGG---------TTATT----CACT-----ATTCAGGGG-CAAGCACA---AT-----ACTAAG-T------ccactgatcttaa
gi|2 : GTTTTAGAAACAT----GT-ATG-----TCCA----AA--CATT------GCA---ATACAGCAAACGAT-CAACATA-AAC-TT--TTGAATG-CCTGTA----ATGATAGTGAAAAATA------TA---GG---------TTATC----TTTT-----AGTCAGCAG-CAACCACA---AT-----ACTACG-TGTCA--C-A-ACG----TGTCAA-AAATT-ATTTATAAAACAATATAAGAGTTCTCCAG-----ATACTGAGCACACATTTGAGTCATAACTTTTGACCTTGTGA
gi|20 : aaaaaTTTTAGATACAT---AATTATA---C--CTC----TG--TGTG------GCA---ACATTGAAAACGAT-CAA
gi|21 : ataTTTTAGAAATAT----AT-GTG---C-CTTC----AA--TGTG------GCA---ATATT
gi|3 : agaaataAATGGTTTTAAAAACAT-------ATG---C-CCCC----TGCATGTG------GCA---ATATTGAAAAGGAT-CAACTTC-TGA-TT--TTGAAAG-TCTGCA----ATGATAGTGAATAATA------AG---AG---------TTACC----TACT-----AGTCAAAGG-CACCCACA---AC-----ACTTAA-T------C-GTATC----TCTC---A---T-ACTGAGCAGACA----------TTTCTAA-----ATA---ACCACTCATTTGAGTAATGACCTTTGACATTGTGA
gi|4 : TA------GCA---ATATTGAAAAGGAT-CAACTTT-GAA-TT--CAGAATG-TCTGTA----ATGCCAGTGAAATATA------TA---GG---------TTATA----TACT-----GGTTGGAGGTCAACCACAATTAT-----ACAAAG-T------TAG-ACT----TCTCAAGA---T-CGTTAGCAGGCA----------
gi|5 : tttcttgttttttaagaatttatatttagatttaacattaaaccagaaatgtttcaaacacaTTTTAAAAACACG--TAT-CTG---C-TCCTTTTTCA--TGCT------GCA---ATGTTGAAAAGCAT-CAACTTT-ACA-TT--CAGAAT--TCTTTA----GTGATAGCTAAAAATA------TG---GT---------TTATA----TACT-----AGAGAGGGG-TAACCATA---AG-----AATAAGTT------T-A-ATC----TCTCc
gi|6 : ttcaaatacaatggtggctgcaacaa------GCA---ATATTGAAAAGGAT-CAACTTTGGAA-TTCCCAGAATGTTCTGTAG---ATG-CAGT-AGAATTAT-----AG---GG---------TTATA----TACTGGGGGAGTCA------AACCACA---ATTATAAGCAAAG-T------A-G-AT-----TCTCAA-G---A-ATCG-------G----------TT----------------AGCAGGCACTGAAGTCATGACCTTTCACC-TGTG
gi|7 : aGCA----ATGATAGTAAATATTA------AA---AG---------TTATC----TACC-----AGTCACGGA-TAACCACA---AC-----AC-----T------T-G-ATC----TCCCAA-AG--T-ACCCAGCAGACA----------TTTCTAA-----ATA---AACTGTCATTTCATTTATTGCCTT
gi|8 : ---ATATTGAAAAGGAT-CAACTCT-AAA-TT--TAGAACG-TCTGCA----ATGATAGTGAAAAATA------TG---GG---------TTATC----TACT-----ACTTAGAGG-T--TCACA---AT-----Aaaaaatcacaggagtcatatgcatctactcttcaaggggtatc
gi|9 : ctttttttttttatctagaactttcatgtataattaactatgggagaaacaagaaatgtacggattTTTTAGAAACAT---TAT-ATG---C-------------------------A---ATATTGAAAAGGAC-CAACCTT-AAA-TT--TAGAATG-TCTGTA----ATGATGGT------------------------------TTATC----TACT-----GGTCAAGAG-CGACTGTA---AT-----GATAAG-TTAACTAC-A-ATTGAGTTTTCAG-T---TTACTGAGCAGACA----------TTTCAAA-----ATA---ACC