lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 11 111111 333333 111111111 111111 222 11 1 1111 1 111 11111111 2222222222222222 11111111111 33 1111 222 111111 111111 66666666666666666666666666666 111 1111 33
lowQualScore : 6 5 66 0000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 33 8 4 4 1 66 4 4 66 00 4 11 111111 1 4 66 4 4 4 4 55 4 4 777777 4 444444444 99 4 55 3 55 3 7777 99999 000000 333 3 3 3 00 3 555 4 6 3 3 3 7 3 3 3 3 3 3 4 4 4 3 55 3 3 0000 3 44 222 44 22222222 1 999999 3 2222222222222222 3 3 555 3 3 999 3 44 3 3 3 3 3 55555555555 44 3 555 77 555 6 3 3 66 3 44 3 3 3 5 1 66 0 0000 2 3 3 555 6666 44 6 3 3 44 2 66 888888 111 2 2 2 2 1 1 111111 1 666 666 111111 4 22222222222222222222222222222 4 666 5 5 777 4 5 5 5 5 5 0000 5 33 5
lowQualScore : . . .. .... ................................................................................................................................... . .. . . . . .. . . .. .. . .. ...... . . .. . . . . .. . . ...... . ......... .. . .. . .. . .... ..... ...... ... . . . .. . ... . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . .... . .. ... .. ........ . ...... . ................ . . ... . . ... . .. . . . . . ........... .. . ... .. ... . . . .. . .. . . . . . .. . .... . . . ... .... .. . . . .. . .. ...... ... . . . . . . ...... . ... ... ...... . ............................. . ... . . ... . . . . . . .... . .. .
lowQualScore : 0 0 99 6666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 66 9 4 4 1 11 4 4 11 66 4 99 333333 9 4 11 0 0 0 0 55 4 4 777777 4 666666666 55 0 00 6 00 6 7777 11111 555555 888 3 3 3 99 3 888 4 7 6 6 6 3 6 6 6 9 6 6 0 0 0 6 00 6 6 3333 3 66 555 66 11111111 0 666666 3 1111111111111111 1 1 444 1 3 222 3 66 3 3 3 3 3 88888888888 66 3 444 55 444 2 1 1 22 1 22 1 1 1 7 9 55 7 0000 9 1 1 888 5555 22 2 1 1 22 9 88 666666 888 9 9 9 9 4 4 222222 3 444 444 555555 0 11111111111111111111111111111 0 444 0 0 000 5 0 0 0 0 0 6666 0 22 0
consensus : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC--ACATAGAA-TTACA----T----TAATC-ATCAG-GAG--TTTT-T--GAAAAG-T----TT-----CAT------CAT-ATTC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AA---GAGAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-T-G-AA-AAATCTT-TC-AAA-TGGAGC-TGAA-GAGGCTGGG-A--T-ATAGTCTATA-TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------AT-G----------------CTTGCACTT-T-AA---A-G-CA---CCCAA-TGGT--G-A-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGG-TTTC-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT----T-ATA-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---G-TATATATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTG------AT-----G-----T--C-----CAAC-A--CTGATTC-AC-TA--NTTCAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
Reference ( gi|3 ) : GGTGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-CACACAGAA-TTACA----T----TAATT-ATCAG-GAG--TTTT-T--GAAAAG-T----TT-----CAT------CATGATTC-AG-TCTG-CATCTA-TCAGG-AA---GAGAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-T-G-AA-AATTCTT-TC-AAA-TGGAGC-TGAA-GAGGCTGGG-A--T-ATAGTCTATA-TGC---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------AT-G----------------CTTGCACTT-T-AA---A-G-CA---CCCAA-TGGT--G-A-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGG-TTT--A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT----T-ATA-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---G-CATATATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTG------AT-----G-----T--T-----CAAC-A--CTGATTC-AT-TA--TTTCAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGGAAACTAT-ATTTCCA
gi|5 : GATGTGCACGATTAC-T--CAATCAAAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAAATGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AA--TTAAT--T--T-TTGA--C---AA-CA-AA--TATCAT-TC-GT-TTGTGGA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC--ACATAGAA-TTACA----A----TATTC-ATCAG-GA---TTTT-T--GAAAAG-T----TT-----CAT------CAT---TC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AA---GAGAGAT-C-T-TCCA-GCA-ATGC-T-G-AA-AAT-CTT-TC-AAA-TGGAGT---AA-GAGGCTGGA-A--T-ATAGTCTAT--TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------AT-A----------------CTTGCACTT-T-AA---A-G-CA---CCCAA-TGGT--G-A-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGA-TT---TTTCC-AAGACA-TGG-TTTC-A-TA--C-TG-AAT-TCAA-AACT-CT-CCACT----T-ATA-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TG-A---T-GT-GT-ATAA-TAC-T---GTTATA-ATCTAGCT---TAGGCTATATTA------AA-TTTTG------ATGAACAG-----TAAC-----CAAC-A--CTGATTC-AT-TA---TTCAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATT
gi|1 : gGATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|7 : GATGTGCACGATTACTT--CAA----AATTgtaatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactttgaccgaaatgaaaatgttgagttagatttaatatttttgaggcaaacaaattcatctcgtttgtgaaatatcaaatctcctgcaagtcaattagaattacattaatcatcaggaagttttttgaaatttcatcattcagtctgcatctgtcggaaagagagattctttccagcagatgctgaaaatctttcaaatgggctgaagaggctgggatatagtctatatgcataaaagaaactgcaatgcttgcactttaaaagcatccattggtgaccaaatataatgttggttttttccaagcatggttttattactgaattcagaactcctcacttaatatgctggaaaatatggtttattatagaatttcaattatttgaacactcaagttgaatgtgtataataaatgtgtatatccttaggctatattaaatttttgatgacagtaacaacaactgatgcattaatttccaaacagcctttggaagaggaactatatttcca
gi|12 : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTgttatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtgaccgaaaataatgttgatgttagttttaattaattgaaccacaaacaatcgtttcgtgttgtaaaatattcaaaatctccttgcaagtcacatagaattacattaattcatcacggttttttgaaaagtttcatcattacagtttgcatcgtcaggaaaataagaggttcttccagcaatgctgaaaatctttcaaaatggagcttgaaggctggaatctatagtctatatgtataaagaactgcaatggcgtgcactttaaagccacccaatggtgacccaatatagtggttttccaaagacatggtttcatactgaattcagaaactcttatattgcttggaaataggttttatacagaattcacattattgtgtacctcttattgttgaacctgtggtataagtacat
gi|21 : aggGATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTgtaatcgataatcaaatcgagttacttgaggatttttggtaatgcaaatattatggattacagatcatttgtcttcagataactgctattgcaatcgaagtaactacaaggatataatcgatcaatatgcgattactttgcaaaatgacaatgtaatgtgtaagattaattttggaacaacaaatatcactcggtttgtgaacatatcaaatc
gi|23 : tgttatacgatcctggcaggGATGTGCACAATTAC-T--CAG----AATTgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttactaggatatcggttaa
gi|2 : gTGTGCACGATTAC-CTGCAA----AATTgcaatcgattaataatcgattacttg
gi|4 : ggataTGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTgtaatcgataaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgacgaaaatgaatgttgagtgttagatttaatttttgaacaaacaaatatcatcgttgtgaaatatcaaatctcctgcaagtcgcatagaaattacattaatcatcaggagtttttttgaaaagtttcatcatcagctctgcatcagtcaggaagagagattcttccagcaatgctggaaaatcttttcaaatggagctgaagaggctggatatagtctattgtataaagaactgcaatgcttgcactttaaagcacccagtggtgacacaatatagtgatttttccaagacatggtttcatagtgttcagaactcctccgcttatttgctgaatatggttataacaaattcaattatttatacactcaagtgaatgtgtataatacatggtatatatccttaggctacattattattcaatttttatgaaaagtaaccaacactgattctataatttaaaagcctgtgcaacaggaactataatttc
gi|6 : aTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-T-T--TGA-TGTTTAGATTTAAT--T--T-T-GAA------AACACAA--TATCATCTC-GT-TTGTAGA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC---CACAGAA-TTACA----T----TAATT-ATC---GAG--TTTT-T--GAAAAGTT----TT-----CAT------CATGATTC-AG-TCTG-CATCTA-T-AGG-AA---GAGAG-TTC-T-TCCA-GCA-ATGC-T-G--A-AATTCTT-TC-AAA-TGGAGC-TGAA-GGG--TGGG-A--T-ATAGTCTATA-T-C----T-A--A---GAA--CT--------G-A------AT-G----------------CTTGCACTT-T-AA---A-G-CA----CCAA-TGGT--GAA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGA--T---TTTCC-AAGACA-T-G-TTT--A-TA--C-TG-AAT-TC-G-AACTCCT--CACT----T-ATA-TGC-TG-G-AAAT-----TGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--A---TGAA---TGGT-GT-ATAA-T--AT---G-CATATATC---CT---TAGG-TATATTA------AA-TTGT-------AT-----G-----T--T-----CAAC-A--CTGATTC-ATATA--TTTCAA-ACAG-CC-T-G-GC----AA-CAG--AACTAT-ATTCCgtaatcgataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgattaataaatgattacctttgaaccaaatgaaatgttgatgttagatttaattaattctaacaaacaaagctatcatctcgtttgtgaaatatcaaatgcaagtcacaatagaattacatttaataatcatcagtgagtttttgaaaagttatgttcaatcattcgagtctgcatctgttcaggaaaatgctatctgcaaagatctttcaaatggagctgacgaggctgggaatatagtctatatgtataaagaactggtatgattgcatcttaaagcaccattgaccaatatagtgattttttccagacatgatttcatacatgaattcagaatcctccacttatatgctggaaatatggtttataatacaacaattcaattatttgtacactcaggtgaaccttgtgtaaatacatatatatatcccttgaacagtaccaacaatttgatccactaattcaagacagccttgcaatcaggaactatatttccaa
gi|2 : ggatgtgcacgttacttcaaaattgtaatcgattaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatttatcgattacTTTGA-C--GAAAATGA-A--TGT--TGAGTGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATC---GT-T-GTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC--GCATAGAAATTACA----T----TAATC-ATCAG-GAG--TTTT-TTTGAAAAG-T----TT-----CAT------CAT----C-AGCTCTG-CATCAG-TCAGG-AA---GAGAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-T-GGAA-AATCTTT-TC-AAA-TGGAGC-TGAA-GAGGCTGG--A--T-ATAGTCTAT--TGT---AT-A--AA--GAA--CT--------GCA------AT-G----------------CTTGCACTT-T-AA---A-G-CA---CCCAG-TGGT--G-A-CAC-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TT-CC-AAGACA-TGG-TTTC-A-TA--G-TG---T-TCAG-AACTCCT-CCGCT----T-ATT-TGC-TG----AAT----ATGGTT-ATA--ACA--AA-TTCA-ATTAT--T-TATACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GGTATATATC---CT---TAGGCTACATTATTATTCAA-TTTTT------AT-----GAAAAGTAAC-----CAAC-A--CTGATTCTAT-AA--TTT-AA-A-AG-CC-TGT-GC----AA-CAGG-AACTATAATTTCaa
gi|1 : ggatatgtgcacgattacctgcaaaattgtaatcgataaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTTTGA-CC-GAAA-TGA-AAATGT--TGA--GTT-AGATTTAATATT--T-TTGAGGC---AAACA-AA--T-TCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AAT-TAGAA-TTACA----T----TAATC-ATCAG-GAAGTTTTT-T--GAAA---T----TT-----CAT------CAT---TC-AG-TCTG-CATCTG-TCGGA-AA---GAGAGATTCTT-TCCA-GCAGATGC-T-G-AA-AA-TCTT-TC-AAA-TGG-GC-TGAA-GAGGCTGGG-A--T-ATAGTCTATA-TGC---AT-A--AAAGAAA--CT--------GCA------AT-G----------------CTTGCACTT-TAAA---A-G-CA---TCCAT-TGGT--G-A-C-CAA-AT-----------AT--A-ATGTTGGTTT---TTTCC-AAG-CA-TGGTTTT--ATTA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT--CACT----TAATA-TGC-TG-GAAAAT----ATGGTTTATT--ATAG-AATTTCA-ATTAT--T-TGAACACTC--A--AGT-TGAA---T-GT-GT-ATAA-TAAAT---G-TGTATATC---CT---TAGGCTATATTA------AATTTTTG------AT-----G-----A--CAGTAACAACAA--CTGATGC-AT-TAATTTCCAA-ACAG-CCTT-T-GG----AA-GAGG-AACTAT-ATTTCCA
gi|4 : gatgtgcacgattactcaaaattgtaatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacTTTGAAC--CAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--TAAT-TCTAA-C---AAACA-AAGCTATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAA------T-GCAAGTCACA-ATAGAA-TTACA----TTTAATAATC-ATCAGTGAG--TTTT-T--GAAAAG-TTATGTT-----CA--------ATCATTCGAG-TCTG-CATCTGTTCAGG-A-------AAATGC-TATC--------TGC-----AA-AGATCTT-TC-AAA-TGGAGC-TGAC-GAGGCTGGGAA--T-ATAGTCTATA-TGT---ATAA--A---GAA--CT--------GGT------AT-G----------------ATTGCATCT-T-AA---A-G-CA---CC--A-T--T--G-A-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC--AGACA-TGA-TTTC-A-TA--CATG-AAT-TCAG-AA-TCCT-CCACT----T-ATA-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATAATACAACAA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--GG--TGAACCTT-GT-GT-A-AA-TACAT---A-TATATATC---CC------------TTG------AA-CAGTA----------------------C-----CAAC-AATTTGATCC-AC-TA--ATTCAAGACAG-CC-T-T-GC----AATCAGG-AACTAT-ATTTCCA
gi|12 : atgtgcacgattactcaaaattgtaatcgataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgattaataaatgattaccTTTG--C--AAAA-TGACAA-TGTAATG--TGTA-AGATT-AAT--T--T-TGGAA-C---AA-CA-AA--TATCA-CTCGGT-TTGTGAACAT-ATC--AAATCa
gi|7 : agggatgtgcacgattactcaaaattgtaatcgataatcaaatcgagttacttgaggatttttggtaatgcaaatattatggattacagatcatttgtcttcagataactgctattgcaatcgaagtaactacaaggatataatcgatcaatatgcgattacTGA-CCGAAAA-T---AA-TGT--TGA-TGTT-AGTTTTAAT--T--AATTGAA-CCACAAACA-A-----TCGTTTC-GTGTTGTAAA-AT-ATTCAAAATCTCC-TTGCAAGTC--ACATAGAA-TTACA----T----TAATTCATCAC-GGT--TTTT-T--GAAAAG-T----TT-----CAT------CATTA--C-AG-TTTG-CATC-G-TCAGG-AAAATAAGAGGTTC-T-TCCA-GCA-ATGC-T-G-AA-AA-TCTT-TCAAAA-TGGAGCTTGA---AGGCTGGA-ATCT-ATAGTCTATA-TGT---ATAA--A---GAA--CT--------GCA------ATGG----------------CGTGCACTT-T-AA---A-GCCA---CCCAA-TGGT--G-ACC-C-A-AT-----------AT--A-G---TGG--T---TTTCCAAAGACA-TGG-TTTC-A-TA--C-TG-AAT-TCAGAAACT-------CT----T-ATATTGCTTG-G-AAAT----AGGTTTTAT---ACAG-AA-TTCACATTAT--TGTGTAC-CTCTTATTGT--TGAACC-T-GTGGT-ATAAGTACAT---
gi|8 : gatgtgcacgattacttcaaaattgttatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgAAA-TGA-AA-T-T--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTCAA-C---GAACA-AA--TATTATCTC-GT-TTGT-AA-ATAATC--AAATATCCTT-GCAAATC-CA-A-AGAA--TACA----T----TAATTCATCAG-GAG--TTTTAT--G-AAAG-T----TT-------T------CATAATTC-AG-TCTG-CAT-TG-TCAGG-AA---GAGAGATTC-T-CCAA-GCA-ATGC-T-G-AATAAATCTTGTC-AAATTGGAGC-TGAG-GAGGCTGGG-A--T-ATAGTCTGTACTGT---AT-AAGA---GAA--CT--------GCA------AT-G----------------CTTGCACTTGT-AA---AGG-CA---CCCAA-TGGT--G-A-C-C-A-AT-----------AT--AGG---TGATTTTCGTTTCA-AACAGA-TGG-TTTCAA-AA--C-TGCAAT-TCAG-AACTTCT-CAACT-------TA-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACCGAAA-TTGA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AAGTTGAGACCT-GT-GT-TTAA-TACAT---G-T-TAT-TC---CTTTATAGGCTATATCA------AA-TTGTG------AT-----G---------------AAC-A--
gi|13 : aAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--TA-T-TT---------AACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAAT-------GCAAGT---AT-TAGAA-TTACAAAATTA---TAATC-ATCAG-GAG--TTTT-T--GAAAAG-T----TT-----CAT------CAT---TC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AA---GA----TGC-T----------ATGC-T-G-CA-AAATCTT-TC-AAA-TGGAGC-TGAA-GAGGCTGAG-A--T-ATAGTATATA-TGT---ATAA--A---GAA--CT----------A------AT-G----------------CTTGCA----T-AA---A-gtaa
gi|20 : cgaCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCCCC-T-GCAAATC--ACATAGAA-TTACA----T----CAATC-ATTAG-GAG--TTTT-T--GAAAAG-A----TT-----CAT------C---ATTT-AG-TCTG-CTTCTG-TCAGG-AA---GAGAGATTC-
gi|10 : TACA----T----TAATC-A-CAG-G-G--TTTT-T--GAA--G-T----TT-----AA----------GATTC-AG-TCTG-AATCTG--CAGG-AA---GAGAG--TT-T-TCCAAGCA-ATGCGT-G-AA-AAATC------AAT-TGGAGC-TGAAAGAGGT--GG-A--T-ATAATCTATA-T-----AT-A--A---AGA--CT--------GCA------AT-G----------------CTTGCACTT-T-AA---A-G--A---CCCAA-TGATTGG-A-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGA--T---TTTGC-AA-ATA-TGG-TTTC-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-A----------------T-A----GC-TG------T----ATGGTTTATA--ACA--AA-TT---ATTAT--T-TGT--ACTCA-A--AG--TG-A---T-GT-G--ATAC-T-CATTTAG-TATATATC---CT---TCGGC
gi|9 : acata--TTTT-T--AAAAAG-T----TTGTAGTCATAGAGAGCAT-ATT-----TCTGGCATCTG-TCCGGCAA---CAGAGATTCCT-TCCA-GCA-ATGCTT-G-AA-A--TCTT-TC-AAA-TGGAAC-TGGA----GCTGGG-A--TAATAGTCT-CA-TGTAAAATAA--A---GAAACCTTCCCCTTGGTA------AT-GTTTTTAGTTACAAGTTCTTGTACTT-T-AA---A-G-CAT--CCTAATTGGT------T-C-ATAT-----------AT--A-G---CGATCT---TTTCCGAATATATTGG-TTTGCA-TAATC-TG-AATCTGAGTAACTCTTGTCACTATTCT-A-A-TGC-TGTG-ACATAACCATGGTTT-TG--AT-G-TA-TTCG-ACTCTCAT-TGTG-ACTT--C--TG--T------T-GT-AT-ACAT-TACAT---G-TATTTAT
gi|2 : TTC-AG--CTC-CATTT------G-AA---AAGA---TT-T-TCCA-GCA-TTGC-TGG-AA-GAATCTC-TC-gtcttgtataagactttctttaggttaactatataaaaccatgtgttgatgaagaagtaacctatacacaatctgtattctacacgagtgtcacaacaga
gi|15 : ggatatgtgcacgattacctgcaaaattgtaatcgataaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgacgaaaatgaatgttgagtgttagatttaatttttgaacaaacaaatatcatcgttgtgaaatatcaaatctcctgcaagtcgcatagaaattacattaatcatcaggagtttttttgaaaagtttcatcatcagctctgcatcagtcaggaaTGGG-A--T-ATAGTCTATA-TGT---TT-A--AA--GAA--CT--------GTACCGGTAAT-G----------------ATTGCATTT----A---A-G-CA---CCAAA-TGGT--G-A-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTT-C-AAGACA-TGA-TTTC-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT----T-ATA-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-GTTCT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAACC-T-GT-GTAATAA-TAC-T---G-TATgaggctggatatagtctattgtataaagaactgcaatgcttgcactttaaagcacccagtggtgacacaatatagtgatttttccaagacatggtttcatagtgttcagaactcctccgcttatttgctgaatatggttataacaaattcaattatttatacactcaagtgaatgtgtataatacatggtatatatccttaggctacattattattcaatttttatgaaaagtaaccaacactgattctataatttaaaagcctgtgcaacaggaactataatttc
gi|11 : T-A--A---GAA--CT--------GCA------AT-A----------------CTTGCACTG-T-AGCTTA-A-CATTTCCTAG-TGGT--G-G-C-C-A-ATCATCAGGCAGTATCAA-G---TGAT-T---TTTCC-AAGACA-TAG-TTTC-A-TA--C-TG-AAT-ACAA-AACCCCT-CCACTGA--T-GTA-TAA-TG-G-AAAC----ATAGT---TA--ACAG-AA-T--------------------TC--A--GG--TGAA---C-CT-GC-TTAA--------------AAATC---CT---TAGAGCGT-TTA------AA-TTGTG------ATGACCAG-----TCAT-----CAAC-A--TTGATTC-AC-TA--ATTTAA-ACAG-CA-T-T-GCCAGAAA-CA-TAAACTAT-
gi|14 : tgTT-T-AA---A-G-CA---CCCAA-TGGT--G-A-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TT-CC-AAGACA-TGA-TTTC-A-TA--C-TG-AAT-TCAG------------------T-ATA-TGC-TA-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAACC-T-GT-GC-ATAA-TACAT---G-TATATATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTAT-----AT-----A-----T--T-------AC-A--TTGATTC-AC-TA--ATTCTA-ATAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
gi|22 : ---TGATTT---TTTC--AAGACA-TGG-TTTC-A-TA--C-TG-ATA-TCAG-AACTCCT-CCACT----T-AT
gi|16 : CAG-AAC-CCG-CC-TT----T-ATA--GC-T-----AAT----A-GGTGTAAA--GCAG-AA-TTC--ATTA---T-CGGACACTC--A------TAAA---T-----C-ATAA------------ATA---C---CT---C--GCTAAATTT------AA-TTGTGTTGAACAT-----A-----A--C-----CAAC-A---TGA-TC-AC-TA--AGT--A-ACAGTTC-T-TGGC----AA-CAG--AACTAT-
gi|18 : gtgattttccaaagacaa-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---G-CATATATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTG------AT-----G-----T--T-----CAAC-A--CTGAttcaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GGGATGGGCACGATTATTCAAATATAATCGATTACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAAA
Unaligned ( gi|19 ): GGGATGGGAACGATTACTATGAAATGCAATCGATTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 111111111 22222222222222222222 1 111 11111111 2222222222222222 11111111111 222 111111 444444444444444444444444
lowQualScore : 8 55 8888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 11 8 4 4 55 4 4 55 99 4 88888 0 4 55 3 3 3 3 55 4 4 44 3 3 222222222 3 3 3 99 3 7777 44444444444444444444 3 3 3 3 3 555 2 6 3 3 3 7 3 3 6 3 3 7 3 3 3 77 3 555 2 44 111 44 11111111 0 888888 3333333333333333 2 2 555 2 3 888 2 3 44 6 3 3 3 44444444444 44 3 555 1 555 5 2 2 2 2 33 2 2 2 5 2 0 33 2 5555 2 2 444 6666 33 5 2 2 33 2 66 666666 000 2 2 2 2 0 0 777 2 3 555 555 000000 3 999999999999999999999999 3 55 4 5 66 4 4 4 4 4 9999 4 3 4 4
lowQualScore : . .. .... ................................................................................................................................ . .. . . . .. . . .. .. . ..... . . .. . . . . .. . . .. . . ......... . . . .. . .... .................... . . . . . ... . . . . . . . . . . . . . . . .. . ... . .. ... .. ........ . ...... ................ . . ... . . ... . . .. . . . . ........... .. . ... . ... . . . . . .. . . . . . . .. . .... . . ... .... .. . . . .. . .. ...... ... . . . . . . ... . . ... ... ...... . ........................ . .. . . .. . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 0 55 5555 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 99 0 0 0 55 0 0 55 55 0 55555 8 0 55 6 6 6 6 00 0 0 99 6 6 555555555 6 6 6 22 3 1111 77777777777777777777 3 3 3 3 3 888 4 7 6 6 6 3 5 6 7 6 6 3 6 6 3 99 3 444 3 22 555 22 22222222 2 888888 5555555555555555 9 9 000 9 1 555 1 1 22 2 1 1 1 66666666666 22 1 000 5 000 7 9 9 9 9 99 9 9 9 3 7 1 77 7 7777 9 9 666 1111 99 7 9 9 99 7 33 777777 333 7 7 7 7 7 7 333 5 1 888 888 555555 6 777777777777777777777777 6 00 4 3 11 4 4 4 4 4 4444 4 9 4 4
consensus : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT-ATTC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AAATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GTATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTG------AT-----GT--C-----CAAC-A--CTGATTCAC-TAATT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
Reference ( family-2895 ) : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT-ATTC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AAATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GTATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTG------AT-----GT--C-----CAAC-A--CTGATTCAC-TANTT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
gi|1 : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|1 : ACTTTGA-CC-GAAA-TGA-AAATGT--TGA--GTT-AGATTTAATATT--T-TTGAGGC---AAACA-AA--T-TCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AA-TTAGAA-TTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAAGTTTTT-TGAAA--T----TT-----C-AT------C---ATTC-AG-TCTG-CATCTG-TCGGA-AAGA---GAGATTCTT-TCCA-GCAGATGC-TG-A-AAATC-TT-TCAAA-TGG-GCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGC---AT-A--AAAGAAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-TAAA---A-GC-A---TCCAT-TGGT--GA-C-CAA-AT-----------AT--A-ATGTTGGTTT---TTTCC-AAG-CA-TGGTTT-T-ATTA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT--CACT--TAAT----A-TGC-TG-GAAAAT----ATGGTTTATT--ATAG-AATTTCA-ATTAT--T-TGAACACTC--A--AGT-TGAA---T-GT-GT-ATAA-TAAAT---GTGTAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AATTTTTG------AT-----GA--CAGTAACAACAA--CTGATGCAT-TAATTTCCAA-ACAG-CCTT-T-GG----AA-GAGG-AACTAT-ATTTCCAgtaatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactttgaccgaaatgaaaatgttgagttagatttaatatttttgaggcaaacaaattcatctcgtttgtgaaatatcaaatctcctgcaagtcaattagaattacattaatcatcaggaagttttttgaaatttcatcattcagtctgcatctgtcggaaagagagattctttccagcagatgctgaaaatctttcaaatgggctgaagaggctgggatatagtctatatgcataaaagaaactgcaatgcttgcactttaaaagcatccattggtgaccaaatataatgttggttttttccaagcatggttttattactgaattcagaactcctcacttaatatgctggaaaatatggtttattatagaatttcaattatttgaacactcaagttgaatgtgtataataaatgtgtatatccttaggctatattaaatttttgatgacagtaacaacaactgatgcattaatttccaaacagcctttggaagaggaactatatttcca
gi|10 : gatgtgcacgattactcaaaattgtaatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-AC-ATA-----TACA----T----TAA-T-CA-CAG-G-G--TTTT-TGAA--GT----TT-------A--------AG-ATTC-AG-TCTG-AATCTG--CAGG-AAGA---GAG--TT-T-TCCAAGCA-ATGCGTGAA-AAATC------AAT-TGGAGCT-GAAAGAGGT--GG-AT--ATAATCTATA-T-----AT-A--A---AGA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-G--A---CCCAA-TGATTGGA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGA--T---TTTGC-AA-ATA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-A--------------T-A--------GC-TG------T----ATGGTTTATA--ACA--AA-TT---ATTAT--T-TGT--ACTCA-A--AG--TG-A---T-GT-G--ATAC-T-CATTTAGTATAT-ATC---CT---TCGGC
gi|11 : T---GT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATA----------------CTTGCACTG-T-AGCTTA-AC-ATTTCCTAG-TGGT--GG-C-C-A-ATCATCAGGCAGTATCAA-G---TGATTT---T-TCC-AAGACA-TAGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-ACAA-AACCCCT-CCACTGAT-GT----A-TAA-TG-G-AAAC----ATAGT---TA--ACAG-AA-T--------------------TC--A--GG--TGAA---C-CT-GC-TTAA-------------AA-ATC---CT---TAGAGCGT-TTA------AA-TTGTG------ATGACCAGT--CAT---CAAC-A--TTGATTCAC-TAATT--TAA-ACAG-CA-T-T-GCCAGAAA-CATA-AACTAT-
gi|12 : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|12 : aggACTTTG--C--AAAA-TGACAA-TGTAATG--TGTA-AGATT-AAT--T--T-TGGAA-C---AA-CA-AA--TATCA-CTCGGT-TTGTGAACAT-ATC--AAATCgtaatcgataatcaaatcgagttacttgaggatttttggtaatgcaaatattatggattacagatcatttgtcttcagataactgctattgcaatcgaagtaactacaaggatataatcgatcaatatgcgattactttgcaaaatgacaatgtaatgtgtaagattaattttggaacaacaaatatcactcggtttgtgaacatatcaaatc
gi|13 : agggatgtgcacgattactcaaaattgtaatcgataatcaaatcgagttacttgaggatttttggtaatgcaaatattatggattacagatcatttgtcttcagataactgctattgcaatcgaagtaactacaaggatataatcgatcaatatgcgattAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--TA-T-TT---------AACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAAT-------GCAAGT--AT--TAGAA-TTACAAAATTA---TAA-T-CATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT---TC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA-------TGC-T----------ATGC-TGCA-AAATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGAG-AT--ATAGTATATA-TGT---ATAA--A---GAA--CT----------A------ATG----------------CTTGCA----T-AA---A-
gi|14 : cgaTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TT-CC-AAGACA-TGATTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG----------------T-AT----A-TGC-TA-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAACC-T-GT-GC-ATAA-TACAT---GTATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGT-------AT-----AT--A-----TTAC-A--TTGATTCAC-TAATT--CTA-ATAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
gi|15 : TGGG-AT--ATAGTCTATA-TGT---TT-A--AA--GAA--CT--------GTACCGGTAATG----------------ATTGCATTT----A---A-GC-A---CCAAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTC--AAGACA-TGATTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-GTTCT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAACC-T-GT-GTAATAA-TAC-T---GTAT
gi|16 : CAG-AAC-CCG-CC-TT--T-AT----A--GC-T-----AAT----A-GGTGTAAA--GCAG-AA-TTCA--TTAT--C-GG-ACACTC--A------TAAA---T-----C-ATAA-------------AT-A-C---CT---C--GCTAAATTT------AA-TTGTGTTGAACAT-----AA--C-----CAAC-A---TGA-TCAC-TAAGT----A-ACAGTTC-T-TGGC----AA-CA-G-AACTAT-
gi|18 : gtgattttccaaagacaa-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GCATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTG------AT-----GT--T-----CAAC-A--CTGAttcaa
gi|2 : aaacagattgtatactcagcttaaacaagacccgaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTGCACGATTAC-CTGCAA----AATT
gi|2 : ggatTTTGA-C--GAAAATGA-A--TGT--TGAGTGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATC---GT-T-GTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-GC-ATAGAAATTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAGTTTTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CA----TC-AGCTCTG-CATCAG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGGA-AAATCTTT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCT-GG-AT--ATAGTCTAT--TGT---ATAA--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAG-TGGT--GA-CAC-A-AT-----------AT--A-G---TGA-TT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--G-TG---T-TCAG-AACTCCT-CCGCT--T-AT----T-TGC-TG----AAT----ATGG-TTATA--ACA--AA-TTCA-ATTAT--T-TATACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACATG--GTATAT-ATC---CT---TAGGCTACATTATTATTCAA-TTTTT------ATGAAAAGTAAC-----CAAC-A--CTGATTCTA-TAATT--TAA-A-AG-CC-TGT-GC----AA-CAGG-AACTATAATTTCgtaatcgataaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgacgaaaatgaatgttgagtgttagatttaatttttgaacaaacaaatatcatcgttgtgaaatatcaaatctcctgcaagtcgcatagaaattacattaatcatcaggagtttttttgaaaagtttcatcatcagctctgcatcagtcaggaagagagattcttccagcaatgctggaaaatcttttcaaatggagctgaagaggctggatatagtctattgtataaagaactgcaatgcttgcactttaaagcacccagtggtgacacaatatagtgatttttccaagacatggtttcatagtgttcagaactcctccgcttatttgctgaatatggttataacaaattcaattatttatacactcaagtgaatgtgtataatacatggtatatatccttaggctacattattattcaatttttatgaaaagtaaccaacactgattctataatttaaaagcctgtgcaacaggaactataatttc
gi|20 : ggatatgtgcacgattacctgcaaaattgtaatcgataaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCCCC-T-GCAAATC-AC-ATAGAA-TTACA----T----CAA-T-CATTAG-GAG--TTTT-TGAAAAGA----TT-----C-AT------C---ATTT-AG-TCTG-CTTCTG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-
gi|21 : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|22 : tgttatacgatcctggcagg---TGATTT---TTTC--AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-ATA-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttactaggatatcggttaa
gi|23 : GATGTGCACAATTAC-T--CAG----AATT
gi|3 : gGGTGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTCCAC-ACAGAA-TTACA----T----TAA-T-TATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CATGATTC-AG-TCTG-CATCTA-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AATTC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGC---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT---A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GCATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTG------AT-----GT--T-----CAAC-A--CTGATTCAT-TATTT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGGAAACTAT-ATTTCCAgcaatcgattaataatcgattacttg
gi|4 : ATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|4 : CTTTGAAC--CAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--TAAT-TCTAA-C---AAACA-AAGCTATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAA------T-GCAAGTC-ACAATAGAA-TTACA----TTTAATAA-T-CATCAGTGAG--TTTT-TGAAAAGTTATGTT-----CAAT------C---ATTCGAG-TCTG-CATCTGTTCAGG-A-------AAATGC-TATC--------TGC---AA-AGATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAC-GAGGCTGGGAAT--ATAGTCTATA-TGT---ATAA--A---GAA--CT--------GGT------ATG----------------ATTGCATCT-T-AA---A-GC-A---CC--A-T--T--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC--AGACA-TGATTT-C-A-TA--CATG-AAT-TCAG-AA-TCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATAATACAACAA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--GG--TGAACCTT-GT-GT-A-AA-TACAT---ATATAT-ATC---CC------------TTG------AA-CAGTA-----------------C-----CAAC-AATTTGATCCAC-TAATT--CAAGACAG-CC-T-T-GC----AATCAGG-AACTAT-ATTTCCAgtaatcgataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgattaataaatgattacctttgaaccaaatgaaatgttgatgttagatttaattaattctaacaaacaaagctatcatctcgtttgtgaaatatcaaatgcaagtcacaatagaattacatttaataatcatcagtgagtttttgaaaagttatgttcaatcattcgagtctgcatctgttcaggaaaatgctatctgcaaagatctttcaaatggagctgacgaggctgggaatatagtctatatgtataaagaactggtatgattgcatcttaaagcaccattgaccaatatagtgattttttccagacatgatttcatacatgaattcagaatcctccacttatatgctggaaatatggtttataatacaacaattcaattatttgtacactcaggtgaaccttgtgtaaatacatatatatatcccttgaacagtaccaacaatttgatccactaattcaagacagccttgcaatcaggaactatatttccaa
gi|5 : atgtgcacgattactcaaaattgtaatcgataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgattaataaatgattacGATGTGCACGATTAC-T--CAATCAAAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAAATGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AA--TTAAT--T--T-TTGA--C---AA-CA-AA--TATCAT-TC-GT-TTGTGGA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----A----TAT-T-CATCAG-GA---TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT---TC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA---GAGAT-C-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AA-TC-TT-TCAAA-TGGAGT---AA-GAGGCTGGA-AT--ATAGTCTAT--TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATA----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TT-CC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAA-AACTC-T-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TG-A---T-GT-GT-ATAA-TAC-T---GT-TATAATCTAGCT---TAGGCTATATTA------AA-TTTTG------ATGAACAGTAAC-----CAAC-A--CTGATTCAT-TA-TT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTa
gi|6 : gGATGTGCACG-TTACTT--CAA----AATT
gi|6 : gACTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-T-T--TGA-TGTTTAGATTTAAT--T--T-T-GAA------AACACAA--TATCATCTC-GT-TTGTAGA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC--C-ACAGAA-TTACA----T----TAA-T-TATC---GAG--TTTT-TGAAAAGT----TTT----C-AT------CATGATTC-AG-TCTG-CATCTA-T-AGG-AAGA---GAG-TTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AT-TC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GGG--TGGG-AT--ATAGTCTATA-TCT---A-----A---GAA--CT--------G-A------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CC-AA-TGGT--GAAC-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---T--CC-AAGACA-TG--TT-T-A-TA--C-TG-AAT-TC-G-AACTCCT-C-ACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT-----TGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--A---TGAA---TGGT-GT-ATAA-T--AT---GCATAT-ATC---CT---TAGG-TATATTA------AA-TTGT-------AT-----GT--T-----CAAC-A--CTGATTCATATATTT--CAA-ACAG-CC-T-G-GC----AA-CA-G-AACTAT-ATTCCgtaatcgattaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatttatcgattactttgacgaaatgaaatttgatgtttagatttaattttgaaaacacaatatcatctcgtttgtagaatatcaaatctcctgcaagtccacagaattacattaattatcgagtttttgaaaagttttcatcatgattcagtctgcatctataggaagagagttcttccagcaatgctgaaattctttcaaatggagctgaagggtgggatatagtctatatctaagaactgaatgcttgcactttaaagcaccaatggtgaaccaatatagtgattttccaagacatgtttatactgaattcgaactcctcacttatatgctggaaattggtttataacagaattcaattatttgtacactcaatgaatggtgtataatatgcatatatccttaggtatattaaattgtatgttcaacactgattcatatatttcaaacagcctggcaacagaactatattccaa
gi|7 : ggatgtgcacgttacttcaaaattgtaatcgattaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatttatcgattGATGTGCACGATTACTT--CAA----AATTaa
gi|7 : TGA-CCGAAAA-T---AA-TGT--TGA-TGTT-AGTTTTAAT--T--AATTGAA-CCACAAACA-A-----TCGTTTC-GTGTTGTAAA-AT-ATTCAAAATCTCC-TTGCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----T----TAA-TTCATCAC-GGT--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT--TAC-AG-TTTG-CATC-G-TCAGG-AAAATAAGAGGTTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AA-TC-TT-TCAAAATGGAGCTTGAA-G--GCTGGA-ATCTATAGTCTATA-TGT---AT-A--AA--GAA--CT--------GCA------ATGG---------------CGTGCACTT-T-AA---A-GCCA---CCCAA-TGGT--GACC-C-A-AT-----------AT--A-G---TGG--T---TTTCCAAAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAGAAACT-------CT--T-AT----ATTGCTTG-G-AAAT----AGGTTTTAT---ACAG-AA-TTCACATTAT--TGTGTAC-CTCTTATTGT--TGAACC-T-GTGGT-ATAAGTACAT---gttatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtgaccgaaaataatgttgatgttagttttaattaattgaaccacaaacaatcgtttcgtgttgtaaaatattcaaaatctccttgcaagtcacatagaattacattaattcatcacggttttttgaaaagtttcatcattacagtttgcatcgtcaggaaaataagaggttcttccagcaatgctgaaaatctttcaaaatggagcttgaaggctggaatctatagtctatatgtataaagaactgcaatggcgtgcactttaaagccacccaatggtgacccaatatagtggttttccaaagacatggtttcatactgaattcagaaactcttatattgcttggaaataggttttatacagaattcacattattgtgtacctcttattgttgaacctgtggtataagtacat
gi|8 : gatgtgcacgattacttcaaaattgttatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgAAA-TGA-AA-T-T--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTCAA-C---GAACA-AA--TATTATCTC-GT-TTGT-AA-ATAATC--AAATATCCTT-GCAAATC--C-AAAGAA--TACA----T----TAATT-CATCAG-GAG--TTTTATG-AAAGT----TT--------T------CATAATTC-AG-TCTG-CAT-TG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-CCAA-GCA-ATGC-TGAATAAATC-TTGTCAAATTGGAGCT-GAG-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTGTACTGT---AT-AAGA---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTTGT-AA---AGGC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--AGG---TGATTTTCGTTTCA-AACAGA-TGGTTT-CAA-AA--C-TGCAAT-TCAG-AACTTCT-CAACT-----T----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACCGAAA-TTGA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AAGTTGAGACCT-GT-GT-TTAA-TACAT---GT-TAT--TC---CTTTATAGGCTATATCA------AA-TTGTG------AT-----G----------AAC-A--
gi|9 : a--TTTT-TAAAAAGT----TTGTAGTC-ATAGAGAGCAT-ATT-----TCTGGCATCTG-TCCGGCAACA---GAGATTCCT-TCCA-GCA-ATGCTTG---AAATC-TT-TCAAA-TGGAACT-GGA----GCTGGG-ATA-ATAGTCT-CA-TGTAAAATAA--A---GAAACCTTCCCCTTGGTA------ATGTTTTTAGTTACAAGTTCTTGTACTT-T-AA---A-GC-AT--CCTAATTGGT-----T-C-ATAT-----------AT--A-G---CGATCT---TTTCCGAATATATTGGTTTGC-A-TAATC-TG-AATCTGAGTAACTCTTGTCAC---T-ATTCTAA-TGC-TGTG-ACATAACCATGGTTT-TG--AT-G-TA-TTCG-ACTCTCAT-TGTG-ACTT--C--TG--T------T-GT-AT-ACAT-TACAT---GTATTT-ATgtaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GGGATGGGCACGATTATTCAAATATAATCGATTACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAAA
Unaligned ( gi|19 ): GGGATGGGAACGATTACTATGAAATGCAATCGATTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 111111111 22222222222222222222 1 111 11111111 2222222222222222 11111111111 222 111111 444444444444444444444444
lowQualScore : 8 55 8888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 11 8 4 4 55 4 4 55 99 4 88888 0 4 55 3 3 3 3 55 4 4 44 3 3 222222222 3 3 3 99 3 7777 44444444444444444444 3 3 3 3 3 555 2 6 3 3 3 7 3 3 6 3 3 7 3 3 3 77 3 555 2 44 111 44 11111111 0 888888 3333333333333333 2 2 555 2 3 888 2 3 44 6 3 3 3 44444444444 44 3 555 1 555 5 2 2 2 2 33 2 2 2 5 2 0 33 2 5555 2 2 444 6666 33 5 2 2 33 2 66 666666 000 2 2 2 2 0 0 777 2 3 555 555 000000 3 999999999999999999999999 3 55 4 66 4 4 4 4 4 9999 4 3 4 4
lowQualScore : . .. .... ................................................................................................................................ . .. . . . .. . . .. .. . ..... . . .. . . . . .. . . .. . . ......... . . . .. . .... .................... . . . . . ... . . . . . . . . . . . . . . . .. . ... . .. ... .. ........ . ...... ................ . . ... . . ... . . .. . . . . ........... .. . ... . ... . . . . . .. . . . . . . .. . .... . . ... .... .. . . . .. . .. ...... ... . . . . . . ... . . ... ... ...... . ........................ . .. . .. . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 0 55 5555 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 99 0 0 0 55 0 0 55 55 0 55555 8 0 55 6 6 6 6 00 0 0 99 6 6 555555555 6 6 6 22 3 1111 77777777777777777777 3 3 3 3 3 888 4 7 6 6 6 3 5 6 7 6 6 3 6 6 3 99 3 444 3 22 555 22 22222222 2 888888 5555555555555555 9 9 000 9 1 555 1 1 22 2 1 1 1 66666666666 22 1 000 5 000 7 9 9 9 9 99 9 9 9 3 7 1 77 7 7777 9 9 666 1111 99 7 9 9 99 7 33 777777 333 7 7 7 7 7 7 333 5 1 888 888 555555 6 777777777777777777777777 6 00 4 11 4 4 4 4 4 4444 4 9 4 4
consensus : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT-ATTC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AAATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GTATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTG------AT-----GT--C-----CAAC-A--CTGATTCAC-TAATT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
Reference ( family-2895 ) : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT-ATTC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AAATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GTATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTG------AT-----GT--C-----CAAC-A--CTGATTCAC-TAATT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
gi|1 : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|1 : ACTTTGA-CC-GAAA-TGA-AAATGT--TGA--GTT-AGATTTAATATT--T-TTGAGGC---AAACA-AA--T-TCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AA-TTAGAA-TTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAAGTTTTT-TGAAA--T----TT-----C-AT------C---ATTC-AG-TCTG-CATCTG-TCGGA-AAGA---GAGATTCTT-TCCA-GCAGATGC-TG-A-AAATC-TT-TCAAA-TGG-GCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGC---AT-A--AAAGAAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-TAAA---A-GC-A---TCCAT-TGGT--GA-C-CAA-AT-----------AT--A-ATGTTGGTTT---TTTCC-AAG-CA-TGGTTT-T-ATTA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT--CACT--TAAT----A-TGC-TG-GAAAAT----ATGGTTTATT--ATAG-AATTTCA-ATTAT--T-TGAACACTC--A--AGT-TGAA---T-GT-GT-ATAA-TAAAT---GTGTAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AATTTTTG------AT-----GA--CAGTAACAACAA--CTGATGCAT-TAATTTCCAA-ACAG-CCTT-T-GG----AA-GAGG-AACTAT-ATTTCCAgtaatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactttgaccgaaatgaaaatgttgagttagatttaatatttttgaggcaaacaaattcatctcgtttgtgaaatatcaaatctcctgcaagtcaattagaattacattaatcatcaggaagttttttgaaatttcatcattcagtctgcatctgtcggaaagagagattctttccagcagatgctgaaaatctttcaaatgggctgaagaggctgggatatagtctatatgcataaaagaaactgcaatgcttgcactttaaaagcatccattggtgaccaaatataatgttggttttttccaagcatggttttattactgaattcagaactcctcacttaatatgctggaaaatatggtttattatagaatttcaattatttgaacactcaagttgaatgtgtataataaatgtgtatatccttaggctatattaaatttttgatgacagtaacaacaactgatgcattaatttccaaacagcctttggaagaggaactatatttcca
gi|10 : gatgtgcacgattactcaaaattgtaatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-AC-ATA-----TACA----T----TAA-T-CA-CAG-G-G--TTTT-TGAA--GT----TT-------A--------AG-ATTC-AG-TCTG-AATCTG--CAGG-AAGA---GAG--TT-T-TCCAAGCA-ATGCGTGAA-AAATC------AAT-TGGAGCT-GAAAGAGGT--GG-AT--ATAATCTATA-T-----AT-A--A---AGA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-G--A---CCCAA-TGATTGGA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGA--T---TTTGC-AA-ATA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-A--------------T-A--------GC-TG------T----ATGGTTTATA--ACA--AA-TT---ATTAT--T-TGT--ACTCA-A--AG--TG-A---T-GT-G--ATAC-T-CATTTAGTATAT-ATC---CT---TCGGC
gi|11 : T---GT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATA----------------CTTGCACTG-T-AGCTTA-AC-ATTTCCTAG-TGGT--GG-C-C-A-ATCATCAGGCAGTATCAA-G---TGATTT---T-TCC-AAGACA-TAGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-ACAA-AACCCCT-CCACTGAT-GT----A-TAA-TG-G-AAAC----ATAGT---TA--ACAG-AA-T--------------------TC--A--GG--TGAA---C-CT-GC-TTAA-------------AA-ATC---CT---TAGAGCGT-TTA------AA-TTGTG------ATGACCAGT--CAT---CAAC-A--TTGATTCAC-TAATT--TAA-ACAG-CA-T-T-GCCAGAAA-CATA-AACTAT-
gi|12 : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|12 : aggACTTTG--C--AAAA-TGACAA-TGTAATG--TGTA-AGATT-AAT--T--T-TGGAA-C---AA-CA-AA--TATCA-CTCGGT-TTGTGAACAT-ATC--AAATCgtaatcgataatcaaatcgagttacttgaggatttttggtaatgcaaatattatggattacagatcatttgtcttcagataactgctattgcaatcgaagtaactacaaggatataatcgatcaatatgcgattactttgcaaaatgacaatgtaatgtgtaagattaattttggaacaacaaatatcactcggtttgtgaacatatcaaatc
gi|13 : agggatgtgcacgattactcaaaattgtaatcgataatcaaatcgagttacttgaggatttttggtaatgcaaatattatggattacagatcatttgtcttcagataactgctattgcaatcgaagtaactacaaggatataatcgatcaatatgcgattAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--TA-T-TT---------AACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAAT-------GCAAGT--AT--TAGAA-TTACAAAATTA---TAA-T-CATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT---TC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA-------TGC-T----------ATGC-TGCA-AAATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGAG-AT--ATAGTATATA-TGT---ATAA--A---GAA--CT----------A------ATG----------------CTTGCA----T-AA---A-
gi|14 : cgaTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TT-CC-AAGACA-TGATTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG----------------T-AT----A-TGC-TA-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAACC-T-GT-GC-ATAA-TACAT---GTATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGT-------AT-----AT--A-----TTAC-A--TTGATTCAC-TAATT--CTA-ATAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
gi|15 : TGGG-AT--ATAGTCTATA-TGT---TT-A--AA--GAA--CT--------GTACCGGTAATG----------------ATTGCATTT----A---A-GC-A---CCAAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTC--AAGACA-TGATTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-GTTCT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAACC-T-GT-GTAATAA-TAC-T---GTAT
gi|16 : CAG-AAC-CCG-CC-TT--T-AT----A--GC-T-----AAT----A-GGTGTAAA--GCAG-AA-TTCA--TTAT--C-GG-ACACTC--A------TAAA---T-----C-ATAA-------------AT-A-C---CT---C--GCTAAATTT------AA-TTGTGTTGAACAT-----AA--C-----CAAC-A---TGA-TCAC-TAAGT----A-ACAGTTC-T-TGGC----AA-CA-G-AACTAT-
gi|18 : gtgattttccaaagacaa-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GCATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTG------AT-----GT--T-----CAAC-A--CTGAttcaa
gi|2 : aaacagattgtatactcagcttaaacaagacccgaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTGCACGATTAC-CTGCAA----AATT
gi|2 : ggatTTTGA-C--GAAAATGA-A--TGT--TGAGTGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATC---GT-T-GTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-GC-ATAGAAATTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAGTTTTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CA----TC-AGCTCTG-CATCAG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGGA-AAATCTTT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCT-GG-AT--ATAGTCTAT--TGT---ATAA--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAG-TGGT--GA-CAC-A-AT-----------AT--A-G---TGA-TT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--G-TG---T-TCAG-AACTCCT-CCGCT--T-AT----T-TGC-TG----AAT----ATGG-TTATA--ACA--AA-TTCA-ATTAT--T-TATACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACATG--GTATAT-ATC---CT---TAGGCTACATTATTATTCAA-TTTTT------ATGAAAAGTAAC-----CAAC-A--CTGATTCTA-TAATT--TAA-A-AG-CC-TGT-GC----AA-CAGG-AACTATAATTTCgtaatcgataaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgacgaaaatgaatgttgagtgttagatttaatttttgaacaaacaaatatcatcgttgtgaaatatcaaatctcctgcaagtcgcatagaaattacattaatcatcaggagtttttttgaaaagtttcatcatcagctctgcatcagtcaggaagagagattcttccagcaatgctggaaaatcttttcaaatggagctgaagaggctggatatagtctattgtataaagaactgcaatgcttgcactttaaagcacccagtggtgacacaatatagtgatttttccaagacatggtttcatagtgttcagaactcctccgcttatttgctgaatatggttataacaaattcaattatttatacactcaagtgaatgtgtataatacatggtatatatccttaggctacattattattcaatttttatgaaaagtaaccaacactgattctataatttaaaagcctgtgcaacaggaactataatttc
gi|20 : ggatatgtgcacgattacctgcaaaattgtaatcgataaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCCCC-T-GCAAATC-AC-ATAGAA-TTACA----T----CAA-T-CATTAG-GAG--TTTT-TGAAAAGA----TT-----C-AT------C---ATTT-AG-TCTG-CTTCTG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-
gi|21 : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|22 : tgttatacgatcctggcagg---TGATTT---TTTC--AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-ATA-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttactaggatatcggttaa
gi|23 : GATGTGCACAATTAC-T--CAG----AATT
gi|3 : gGGTGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTCCAC-ACAGAA-TTACA----T----TAA-T-TATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CATGATTC-AG-TCTG-CATCTA-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AATTC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGC---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT---A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GCATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTG------AT-----GT--T-----CAAC-A--CTGATTCAT-TATTT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGGAAACTAT-ATTTCCAgcaatcgattaataatcgattacttg
gi|4 : ATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|4 : CTTTGAAC--CAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--TAAT-TCTAA-C---AAACA-AAGCTATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAA------T-GCAAGTC-ACAATAGAA-TTACA----TTTAATAA-T-CATCAGTGAG--TTTT-TGAAAAGTTATGTT-----CAAT------C---ATTCGAG-TCTG-CATCTGTTCAGG-A-------AAATGC-TATC--------TGC---AA-AGATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAC-GAGGCTGGGAAT--ATAGTCTATA-TGT---ATAA--A---GAA--CT--------GGT------ATG----------------ATTGCATCT-T-AA---A-GC-A---CC--A-T--T--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC--AGACA-TGATTT-C-A-TA--CATG-AAT-TCAG-AA-TCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATAATACAACAA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--GG--TGAACCTT-GT-GT-A-AA-TACAT---ATATAT-ATC---CC------------TTG------AA-CAGTA-----------------C-----CAAC-AATTTGATCCAC-TAATT--CAAGACAG-CC-T-T-GC----AATCAGG-AACTAT-ATTTCCAgtaatcgataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgattaataaatgattacctttgaaccaaatgaaatgttgatgttagatttaattaattctaacaaacaaagctatcatctcgtttgtgaaatatcaaatgcaagtcacaatagaattacatttaataatcatcagtgagtttttgaaaagttatgttcaatcattcgagtctgcatctgttcaggaaaatgctatctgcaaagatctttcaaatggagctgacgaggctgggaatatagtctatatgtataaagaactggtatgattgcatcttaaagcaccattgaccaatatagtgattttttccagacatgatttcatacatgaattcagaatcctccacttatatgctggaaatatggtttataatacaacaattcaattatttgtacactcaggtgaaccttgtgtaaatacatatatatatcccttgaacagtaccaacaatttgatccactaattcaagacagccttgcaatcaggaactatatttccaa
gi|5 : atgtgcacgattactcaaaattgtaatcgataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgattaataaatgattacGATGTGCACGATTAC-T--CAATCAAAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAAATGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AA--TTAAT--T--T-TTGA--C---AA-CA-AA--TATCAT-TC-GT-TTGTGGA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----A----TAT-T-CATCAG-GA---TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT---TC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA---GAGAT-C-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AA-TC-TT-TCAAA-TGGAGT---AA-GAGGCTGGA-AT--ATAGTCTAT--TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATA----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TT-CC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAA-AACTC-T-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TG-A---T-GT-GT-ATAA-TAC-T---GT-TATAATCTAGCT---TAGGCTATATTA------AA-TTTTG------ATGAACAGTAAC-----CAAC-A--CTGATTCAT-T-ATT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTa
gi|6 : gGATGTGCACG-TTACTT--CAA----AATT
gi|6 : gACTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-T-T--TGA-TGTTTAGATTTAAT--T--T-T-GAA------AACACAA--TATCATCTC-GT-TTGTAGA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC--C-ACAGAA-TTACA----T----TAA-T-TATC---GAG--TTTT-TGAAAAGT----TTT----C-AT------CATGATTC-AG-TCTG-CATCTA-T-AGG-AAGA---GAG-TTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AT-TC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GGG--TGGG-AT--ATAGTCTATA-TCT---A-----A---GAA--CT--------G-A------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CC-AA-TGGT--GAAC-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---T--CC-AAGACA-TG--TT-T-A-TA--C-TG-AAT-TC-G-AACTCCT-C-ACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT-----TGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--A---TGAA---TGGT-GT-ATAA-T--AT---GCATAT-ATC---CT---TAGG-TATATTA------AA-TTGT-------AT-----GT--T-----CAAC-A--CTGATTCATATATTT--CAA-ACAG-CC-T-G-GC----AA-CA-G-AACTAT-ATTCCgtaatcgattaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatttatcgattactttgacgaaatgaaatttgatgtttagatttaattttgaaaacacaatatcatctcgtttgtagaatatcaaatctcctgcaagtccacagaattacattaattatcgagtttttgaaaagttttcatcatgattcagtctgcatctataggaagagagttcttccagcaatgctgaaattctttcaaatggagctgaagggtgggatatagtctatatctaagaactgaatgcttgcactttaaagcaccaatggtgaaccaatatagtgattttccaagacatgtttatactgaattcgaactcctcacttatatgctggaaattggtttataacagaattcaattatttgtacactcaatgaatggtgtataatatgcatatatccttaggtatattaaattgtatgttcaacactgattcatatatttcaaacagcctggcaacagaactatattccaa
gi|7 : ggatgtgcacgttacttcaaaattgtaatcgattaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatttatcgattGATGTGCACGATTACTT--CAA----AATTaa
gi|7 : TGA-CCGAAAA-T---AA-TGT--TGA-TGTT-AGTTTTAAT--T--AATTGAA-CCACAAACA-A-----TCGTTTC-GTGTTGTAAA-AT-ATTCAAAATCTCC-TTGCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----T----TAA-TTCATCAC-GGT--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT--TAC-AG-TTTG-CATC-G-TCAGG-AAAATAAGAGGTTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AA-TC-TT-TCAAAATGGAGCTTGAA-G--GCTGGA-ATCTATAGTCTATA-TGT---AT-A--AA--GAA--CT--------GCA------ATGG---------------CGTGCACTT-T-AA---A-GCCA---CCCAA-TGGT--GACC-C-A-AT-----------AT--A-G---TGG--T---TTTCCAAAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAGAAACT-------CT--T-AT----ATTGCTTG-G-AAAT----AGGTTTTAT---ACAG-AA-TTCACATTAT--TGTGTAC-CTCTTATTGT--TGAACC-T-GTGGT-ATAAGTACAT---gttatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtgaccgaaaataatgttgatgttagttttaattaattgaaccacaaacaatcgtttcgtgttgtaaaatattcaaaatctccttgcaagtcacatagaattacattaattcatcacggttttttgaaaagtttcatcattacagtttgcatcgtcaggaaaataagaggttcttccagcaatgctgaaaatctttcaaaatggagcttgaaggctggaatctatagtctatatgtataaagaactgcaatggcgtgcactttaaagccacccaatggtgacccaatatagtggttttccaaagacatggtttcatactgaattcagaaactcttatattgcttggaaataggttttatacagaattcacattattgtgtacctcttattgttgaacctgtggtataagtacat
gi|8 : gatgtgcacgattacttcaaaattgttatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgAAA-TGA-AA-T-T--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTCAA-C---GAACA-AA--TATTATCTC-GT-TTGT-AA-ATAATC--AAATATCCTT-GCAAATC--C-AAAGAA--TACA----T----TAATT-CATCAG-GAG--TTTTATG-AAAGT----TT--------T------CATAATTC-AG-TCTG-CAT-TG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-CCAA-GCA-ATGC-TGAATAAATC-TTGTCAAATTGGAGCT-GAG-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTGTACTGT---AT-AAGA---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTTGT-AA---AGGC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--AGG---TGATTTTCGTTTCA-AACAGA-TGGTTT-CAA-AA--C-TGCAAT-TCAG-AACTTCT-CAACT-----T----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACCGAAA-TTGA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AAGTTGAGACCT-GT-GT-TTAA-TACAT---GT-TAT--TC---CTTTATAGGCTATATCA------AA-TTGTG------AT-----G----------AAC-A--
gi|9 : a--TTTT-TAAAAAGT----TTGTAGTC-ATAGAGAGCAT-ATT-----TCTGGCATCTG-TCCGGCAACA---GAGATTCCT-TCCA-GCA-ATGCTTG---AAATC-TT-TCAAA-TGGAACT-GGA----GCTGGG-ATA-ATAGTCT-CA-TGTAAAATAA--A---GAAACCTTCCCCTTGGTA------ATGTTTTTAGTTACAAGTTCTTGTACTT-T-AA---A-GC-AT--CCTAATTGGT-----T-C-ATAT-----------AT--A-G---CGATCT---TTTCCGAATATATTGGTTTGC-A-TAATC-TG-AATCTGAGTAACTCTTGTCAC---T-ATTCTAA-TGC-TGTG-ACATAACCATGGTTT-TG--AT-G-TA-TTCG-ACTCTCAT-TGTG-ACTT--C--TG--T------T-GT-AT-ACAT-TACAT---GTATTT-ATgtaa
blockSeqs : T TG TCAA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A CG A C . AA G T . AA A CCAC C GC G G C A CA T T CA A A AAATTA T T T TT A TATG GTAGTCATAGAGAGCATA G C G T C TAA A C A A . G A T A T G A T A A CT C AAA A AG A AC TCCCCTTG CCGGTA TTTTTAGTTACAAGTT G . CTT G C TTT C T TG A A . T CATCAGGCAGT CA G . T TCG A T G A . AT A C C A G GA . TCTA T T TG AACC AT C . C CA G TT TTGT CCT G G A G TTA A A TAG TTA TTATTC . GATGACCAGTCAT . AT A . G T . G G CAGA T T A A
blockSeqs : T . . . . A . . . . . . A . C . . . . . . . . . A . . TTTAA . . . . . . TCATCATGA . . . . . . A . . . . T C . A . . T . . . A . . A . A . . . G . . . . . T T . . C . . . . . . . T . G . . . . . . . . T . . . . . . G . . A . . . . A AAGT ACC . . . . G A . . . . . TATGAAAAGTAAC . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . A . . T . . . . . . CATCATGA . . . . . . A . . . . . G . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . AG CC . . . . . A . . . . . GATGAACAGTAAC . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . G . . T . . . . . . CATCAT . . . . . . A . . . . . A . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . GG CC . . . . . A . . . . . GTTGAACATAAC . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . A . . T . . . . . . CAATCA . . . . . . A . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . AG CC . . . . . A . . . . . GATGTT . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . A . . T . . . . . . CATCAT . . . . . . G . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . AG . . . . . . A . . . . . GATGTT . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . A . . A . . . . . . CATCAT . . . . . . A . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . AG . . . . . . A . . . . . ATATA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . TCATAA . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . AG . . . . . . A . . . . . ATGTT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . CATCA . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . AG . . . . . . A . . . . . GATG . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . CATCA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . AC . .
blockSeqs : . . . AAGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** C**** ** CATCATA************* *** *** G** AG**** GATGATAC**************** **
originalCons : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT-ATTC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AAATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GTATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTG------AT-----GT--C-----CAAC-A--CTGATTCAC-TAATT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
finalCons : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAAC----AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TTCATCATA-------------TTC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AAATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TGG--AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--AAG----TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GTATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTGATGATAC----------------CAAC-A--CTGATTCAC-TAATT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GGGATGGGCACGATTATTCAAATATAATCGATTACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAAA
Unaligned ( gi|19 ): GGGATGGGAACGATTACTATGAAATGCAATCGATTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 111111111 22222222222222222222 1 111 11111111 2222222222222222 11111111111 222 111111 5555555555555
lowQualScore : 8 55 8888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 11 8 4 4 55 4 4 55 99 4 88888 0 4 55 3 3 3 3 55 4 4 44 3 3 222222222 3 3 3 99 3 7777 44444444444444444444 3 3 3 3 3 555 2 6 3 3 3 7 3 3 6 3 3 7 3 3 3 77 3 555 2 44 111 44 11111111 0 888888 3333333333333333 2 2 555 2 3 888 2 3 44 6 3 3 3 44444444444 44 3 555 1 555 5 2 2 2 2 33 2 2 2 5 2 0 33 2 5555 2 2 444 6666 33 5 2 2 33 2 66 666666 000 2 2 2 2 0 0 777 2 3 555 555 000000 3 3 0000000000000 4 55 4 66 4 4 4 4 4 9999 4 3 4 4
lowQualScore : . .. .... ................................................................................................................................ . .. . . . .. . . .. .. . ..... . . .. . . . . .. . . .. . . ......... . . . .. . .... .................... . . . . . ... . . . . . . . . . . . . . . . .. . ... . .. ... .. ........ . ...... ................ . . ... . . ... . . .. . . . . ........... .. . ... . ... . . . . . .. . . . . . . .. . .... . . ... .... .. . . . .. . .. ...... ... . . . . . . ... . . ... ... ...... . . ............. . .. . .. . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 0 55 5555 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 99 0 0 0 55 0 0 55 55 0 55555 8 0 55 6 6 6 6 00 0 0 99 6 6 555555555 6 6 6 22 3 1111 77777777777777777777 3 3 3 3 3 888 4 7 6 6 6 3 5 6 7 6 6 3 6 6 3 99 3 444 3 22 555 22 22222222 2 888888 5555555555555555 9 9 000 9 1 555 1 1 22 2 1 1 1 66666666666 22 1 000 5 000 7 9 9 9 9 99 9 9 9 3 7 1 77 7 7777 9 9 666 1111 99 7 9 9 99 7 33 777777 333 7 7 7 7 7 7 333 5 1 888 888 555555 6 6 9999999999999 0 55 4 11 4 4 4 4 4 4444 4 9 4 4
consensus : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT-ATTC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AAATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GTATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTGATG---A-----T-ACCAAC-A--CTGATTCAC-TAATT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
Reference ( family-2895 ) : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT-ATTC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AAATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GTATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTGATG---A-----T-ACCAAC-A--CTGATTCAC-TAATT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
gi|1 : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|1 : ACTTTGA-CC-GAAA-TGA-AAATGT--TGA--GTT-AGATTTAATATT--T-TTGAGGC---AAACA-AA--T-TCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AA-TTAGAA-TTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAAGTTTTT-TGAAA--T----TT-----C-AT------C---ATTC-AG-TCTG-CATCTG-TCGGA-AAGA---GAGATTCTT-TCCA-GCAGATGC-TG-A-AAATC-TT-TCAAA-TGG-GCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGC---AT-A--AAAGAAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-TAAA---A-GC-A---TCCAT-TGGT--GA-C-CAA-AT-----------AT--A-ATGTTGGTTT---TTTCC-AAG-CA-TGGTTT-T-ATTA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT--CACT--TAAT----A-TGC-TG-GAAAAT----ATGGTTTATT--ATAG-AATTTCA-ATTAT--T-TGAACACTC--A--AGT-TGAA---T-GT-GT-ATAA-TAAAT---GTGTAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AATTTTTGATG---ACAG--T-AACAACAA--CTGATGCAT-TAATTTCCAA-ACAG-CCTT-T-GG----AA-GAGG-AACTAT-ATTTCCAgtaatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactttgaccgaaatgaaaatgttgagttagatttaatatttttgaggcaaacaaattcatctcgtttgtgaaatatcaaatctcctgcaagtcaattagaattacattaatcatcaggaagttttttgaaatttcatcattcagtctgcatctgtcggaaagagagattctttccagcagatgctgaaaatctttcaaatgggctgaagaggctgggatatagtctatatgcataaaagaaactgcaatgcttgcactttaaaagcatccattggtgaccaaatataatgttggttttttccaagcatggttttattactgaattcagaactcctcacttaatatgctggaaaatatggtttattatagaatttcaattatttgaacactcaagttgaatgtgtataataaatgtgtatatccttaggctatattaaatttttgatgacagtaacaacaactgatgcattaatttccaaacagcctttggaagaggaactatatttcca
gi|10 : gatgtgcacgattactcaaaattgtaatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-AC-ATA-----TACA----T----TAA-T-CA-CAG-G-G--TTTT-TGAA--GT----TT-------A--------AG-ATTC-AG-TCTG-AATCTG--CAGG-AAGA---GAG--TT-T-TCCAAGCA-ATGCGTGAA-AAATC------AAT-TGGAGCT-GAAAGAGGT--GG-AT--ATAATCTATA-T-----AT-A--A---AGA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-G--A---CCCAA-TGATTGGA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGA--T---TTTGC-AA-ATA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-A--------------T-A--------GC-TG------T----ATGGTTTATA--ACA--AA-TT---ATTAT--T-TGT--ACTCA-A--AG--TG-A---T-GT-G--ATAC-T-CATTTAGTATAT-ATC---CT---TCGGC
gi|11 : T---GT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATA----------------CTTGCACTG-T-AGCTTA-AC-ATTTCCTAG-TGGT--GG-C-C-A-ATCATCAGGCAGTATCAA-G---TGATTT---T-TCC-AAGACA-TAGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-ACAA-AACCCCT-CCACTGAT-GT----A-TAA-TG-G-AAAC----ATAGT---TA--ACAG-AA-T--------------------TC--A--GG--TGAA---C-CT-GC-TTAA-------------AA-ATC---CT---TAGAGCGT-TTA------AA-TTGTGATG---ACCAGTC-ATCAAC-A--TTGATTCAC-TAATT--TAA-ACAG-CA-T-T-GCCAGAAA-CATA-AACTAT-
gi|12 : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|12 : aggACTTTG--C--AAAA-TGACAA-TGTAATG--TGTA-AGATT-AAT--T--T-TGGAA-C---AA-CA-AA--TATCA-CTCGGT-TTGTGAACAT-ATC--AAATCgtaatcgataatcaaatcgagttacttgaggatttttggtaatgcaaatattatggattacagatcatttgtcttcagataactgctattgcaatcgaagtaactacaaggatataatcgatcaatatgcgattactttgcaaaatgacaatgtaatgtgtaagattaattttggaacaacaaatatcactcggtttgtgaacatatcaaatc
gi|13 : agggatgtgcacgattactcaaaattgtaatcgataatcaaatcgagttacttgaggatttttggtaatgcaaatattatggattacagatcatttgtcttcagataactgctattgcaatcgaagtaactacaaggatataatcgatcaatatgcgattAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--TA-T-TT---------AACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAAT-------GCAAGT--AT--TAGAA-TTACAAAATTA---TAA-T-CATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT---TC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA-------TGC-T----------ATGC-TGCA-AAATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGAG-AT--ATAGTATATA-TGT---ATAA--A---GAA--CT----------A------ATG----------------CTTGCA----T-AA---A-
gi|14 : cgaTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TT-CC-AAGACA-TGATTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG----------------T-AT----A-TGC-TA-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAACC-T-GT-GC-ATAA-TACAT---GTATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGT-AT----A-----T-ATT-AC-A--TTGATTCAC-TAATT--CTA-ATAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTTCCA
gi|15 : TGGG-AT--ATAGTCTATA-TGT---TT-A--AA--GAA--CT--------GTACCGGTAATG----------------ATTGCATTT----A---A-GC-A---CCAAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTC--AAGACA-TGATTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-GTTCT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAACC-T-GT-GTAATAA-TAC-T---GTAT
gi|16 : CAG-AAC-CCG-CC-TT--T-AT----A--GC-T-----AAT----A-GGTGTAAA--GCAG-AA-TTCA--TTAT--C-GG-ACACTC--A------TAAA---T-----C-ATAA-------------AT-A-C---CT---C--GCTAAATTT------AA-TTGTGTTGAACA-----TAACCAAC-A---TGA-TCAC-TAAGT----A-ACAGTTC-T-TGGC----AA-CA-G-AACTAT-
gi|18 : gtgattttccaaagacaa-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GCATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTGATG---T-----T---CAAC-A--CTGAttcaa
gi|2 : aaacagattgtatactcagcttaaacaagacccgaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTGCACGATTAC-CTGCAA----AATT
gi|2 : ggatTTTGA-C--GAAAATGA-A--TGT--TGAGTGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATC---GT-T-GTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-GC-ATAGAAATTACA----T----TAA-T-CATCAG-GAGTTTTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CA----TC-AGCTCTG-CATCAG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGGA-AAATCTTT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCT-GG-AT--ATAGTCTAT--TGT---ATAA--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAG-TGGT--GA-CAC-A-AT-----------AT--A-G---TGA-TT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--G-TG---T-TCAG-AACTCCT-CCGCT--T-AT----T-TGC-TG----AAT----ATGG-TTATA--ACA--AA-TTCA-ATTAT--T-TATACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACATG--GTATAT-ATC---CT---TAGGCTACATTATTATTCAA-TTTTTATG---AAAAG-TAACCAAC-A--CTGATTCTA-TAATT--TAA-A-AG-CC-TGT-GC----AA-CAGG-AACTATAATTTCgtaatcgataaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgacgaaaatgaatgttgagtgttagatttaatttttgaacaaacaaatatcatcgttgtgaaatatcaaatctcctgcaagtcgcatagaaattacattaatcatcaggagtttttttgaaaagtttcatcatcagctctgcatcagtcaggaagagagattcttccagcaatgctggaaaatcttttcaaatggagctgaagaggctggatatagtctattgtataaagaactgcaatgcttgcactttaaagcacccagtggtgacacaatatagtgatttttccaagacatggtttcatagtgttcagaactcctccgcttatttgctgaatatggttataacaaattcaattatttatacactcaagtgaatgtgtataatacatggtatatatccttaggctacattattattcaatttttatgaaaagtaaccaacactgattctataatttaaaagcctgtgcaacaggaactataatttc
gi|20 : ggatatgtgcacgattacctgcaaaattgtaatcgataaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCCCC-T-GCAAATC-AC-ATAGAA-TTACA----T----CAA-T-CATTAG-GAG--TTTT-TGAAAAGA----TT-----C-AT------C---ATTT-AG-TCTG-CTTCTG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-
gi|21 : GATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|22 : tgttatacgatcctggcagg---TGATTT---TTTC--AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-ATA-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttactaggatatcggttaa
gi|23 : GATGTGCACAATTAC-T--CAG----AATT
gi|3 : gGGTGTGCACGATTAC-T--CAA----AATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTGAA-C---AAACA-AA--TATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTCCAC-ACAGAA-TTACA----T----TAA-T-TATCAG-GAG--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CATGATTC-AG-TCTG-CATCTA-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AATTC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTATA-TGC---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC-AAGACA-TGGTTT---A-TA--C-TG-AAT-TCAG-AACTCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TGAA---T-GT-GT-ATAA-TACAT---GCATAT-ATC---CT---TAGGCTATATTA------AA-TTGTGATG---T-----T---CAAC-A--CTGATTCAT-TATTT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGGAAACTAT-ATTTCCAgcaatcgattaataatcgattacttg
gi|4 : ATGTGCACGATTAC-T--CAA----AATT
gi|4 : CTTTGAAC--CAAA-TGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AGATTTAAT--TAAT-TCTAA-C---AAACA-AAGCTATCATCTC-GT-TTGTGAA-AT-ATC--AAA------T-GCAAGTC-ACAATAGAA-TTACA----TTTAATAA-T-CATCAGTGAG--TTTT-TGAAAAGTTATGTT-----CAAT------C---ATTCGAG-TCTG-CATCTGTTCAGG-A-------AAATGC-TATC--------TGC---AA-AGATC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAC-GAGGCTGGGAAT--ATAGTCTATA-TGT---ATAA--A---GAA--CT--------GGT------ATG----------------ATTGCATCT-T-AA---A-GC-A---CC--A-T--T--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TTTCC--AGACA-TGATTT-C-A-TA--CATG-AAT-TCAG-AA-TCCT-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATAATACAACAA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--GG--TGAACCTT-GT-GT-A-AA-TACAT---ATATAT-ATC---CC------------TTG------AA-CAG--------------T-ACCAAC-AATTTGATCCAC-TAATT--CAAGACAG-CC-T-T-GC----AATCAGG-AACTAT-ATTTCCAgtaatcgataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgattaataaatgattacctttgaaccaaatgaaatgttgatgttagatttaattaattctaacaaacaaagctatcatctcgtttgtgaaatatcaaatgcaagtcacaatagaattacatttaataatcatcagtgagtttttgaaaagttatgttcaatcattcgagtctgcatctgttcaggaaaatgctatctgcaaagatctttcaaatggagctgacgaggctgggaatatagtctatatgtataaagaactggtatgattgcatcttaaagcaccattgaccaatatagtgattttttccagacatgatttcatacatgaattcagaatcctccacttatatgctggaaatatggtttataatacaacaattcaattatttgtacactcaggtgaaccttgtgtaaatacatatatatatcccttgaacagtaccaacaatttgatccactaattcaagacagccttgcaatcaggaactatatttccaa
gi|5 : atgtgcacgattactcaaaattgtaatcgataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgattaataaatgattacGATGTGCACGATTAC-T--CAATCAAAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTGA-C--GAAAATGA-AA-TGT--TGA-TGTT-AA--TTAAT--T--T-TTGA--C---AA-CA-AA--TATCAT-TC-GT-TTGTGGA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----A----TAT-T-CATCAG-GA---TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT---TC-AG-TCTG-CATCTG-TCAGG-AAGA---GAGAT-C-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AA-TC-TT-TCAAA-TGGAGT---AA-GAGGCTGGA-AT--ATAGTCTAT--TGT---AT-A--A---GAA--CT--------GCA------ATA----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---TT-CC-AAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAA-AACTC-T-CCACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AG--TG-A---T-GT-GT-ATAA-TAC-T---GT-TATAATCTAGCT---TAGGCTATATTA------AA-TTTTGATG---AACAG-TAACCAAC-A--CTGATTCAT-T-ATT--CAA-ACAG-CC-T-T-GC----AA-CAGG-AACTAT-ATTa
gi|6 : gGATGTGCACG-TTACTT--CAA----AATT
gi|6 : gACTTTGA-C--GAAA-TGA-AA-T-T--TGA-TGTTTAGATTTAAT--T--T-T-GAA------AACACAA--TATCATCTC-GT-TTGTAGA-AT-ATC--AAATCTCC-T-GCAAGTC--C-ACAGAA-TTACA----T----TAA-T-TATC---GAG--TTTT-TGAAAAGT----TTT----C-AT------CATGATTC-AG-TCTG-CATCTA-T-AGG-AAGA---GAG-TTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AT-TC-TT-TCAAA-TGGAGCT-GAA-GGG--TGGG-AT--ATAGTCTATA-TCT---A-----A---GAA--CT--------G-A------ATG----------------CTTGCACTT-T-AA---A-GC-A---CC-AA-TGGT--GAAC-C-A-AT-----------AT--A-G---TGATTT---T--CC-AAGACA-TG--TT-T-A-TA--C-TG-AAT-TC-G-AACTCCT-C-ACT--T-AT----A-TGC-TG-G-AAAT-----TGGTTTATA--ACAG-AA-TTCA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--A---TGAA---TGGT-GT-ATAA-T--AT---GCATAT-ATC---CT---TAGG-TATATTA------AA-TTGT-ATG---T-----T---CAAC-A--CTGATTCATATATTT--CAA-ACAG-CC-T-G-GC----AA-CA-G-AACTAT-ATTCCgtaatcgattaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatttatcgattactttgacgaaatgaaatttgatgtttagatttaattttgaaaacacaatatcatctcgtttgtagaatatcaaatctcctgcaagtccacagaattacattaattatcgagtttttgaaaagttttcatcatgattcagtctgcatctataggaagagagttcttccagcaatgctgaaattctttcaaatggagctgaagggtgggatatagtctatatctaagaactgaatgcttgcactttaaagcaccaatggtgaaccaatatagtgattttccaagacatgtttatactgaattcgaactcctcacttatatgctggaaattggtttataacagaattcaattatttgtacactcaatgaatggtgtataatatgcatatatccttaggtatattaaattgtatgttcaacactgattcatatatttcaaacagcctggcaacagaactatattccaa
gi|7 : ggatgtgcacgttacttcaaaattgtaatcgattaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatttatcgattGATGTGCACGATTACTT--CAA----AATTaa
gi|7 : TGA-CCGAAAA-T---AA-TGT--TGA-TGTT-AGTTTTAAT--T--AATTGAA-CCACAAACA-A-----TCGTTTC-GTGTTGTAAA-AT-ATTCAAAATCTCC-TTGCAAGTC-AC-ATAGAA-TTACA----T----TAA-TTCATCAC-GGT--TTTT-TGAAAAGT----TT-----C-AT------CAT--TAC-AG-TTTG-CATC-G-TCAGG-AAAATAAGAGGTTC-T-TCCA-GCA-ATGC-TGAA-AA-TC-TT-TCAAAATGGAGCTTGAA-G--GCTGGA-ATCTATAGTCTATA-TGT---AT-A--AA--GAA--CT--------GCA------ATGG---------------CGTGCACTT-T-AA---A-GCCA---CCCAA-TGGT--GACC-C-A-AT-----------AT--A-G---TGG--T---TTTCCAAAGACA-TGGTTT-C-A-TA--C-TG-AAT-TCAGAAACT-------CT--T-AT----ATTGCTTG-G-AAAT----AGGTTTTAT---ACAG-AA-TTCACATTAT--TGTGTAC-CTCTTATTGT--TGAACC-T-GTGGT-ATAAGTACAT---gttatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtgaccgaaaataatgttgatgttagttttaattaattgaaccacaaacaatcgtttcgtgttgtaaaatattcaaaatctccttgcaagtcacatagaattacattaattcatcacggttttttgaaaagtttcatcattacagtttgcatcgtcaggaaaataagaggttcttccagcaatgctgaaaatctttcaaaatggagcttgaaggctggaatctatagtctatatgtataaagaactgcaatggcgtgcactttaaagccacccaatggtgacccaatatagtggttttccaaagacatggtttcatactgaattcagaaactcttatattgcttggaaataggttttatacagaattcacattattgtgtacctcttattgttgaacctgtggtataagtacat
gi|8 : gatgtgcacgattacttcaaaattgttatcgattaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgAAA-TGA-AA-T-T--TGA-TGTT-AGATTTAAT--T--T-TTCAA-C---GAACA-AA--TATTATCTC-GT-TTGT-AA-ATAATC--AAATATCCTT-GCAAATC--C-AAAGAA--TACA----T----TAATT-CATCAG-GAG--TTTTATG-AAAGT----TT--------T------CATAATTC-AG-TCTG-CAT-TG-TCAGG-AAGA---GAGATTC-T-CCAA-GCA-ATGC-TGAATAAATC-TTGTCAAATTGGAGCT-GAG-GAGGCTGGG-AT--ATAGTCTGTACTGT---AT-AAGA---GAA--CT--------GCA------ATG----------------CTTGCACTTGT-AA---AGGC-A---CCCAA-TGGT--GA-C-C-A-AT-----------AT--AGG---TGATTTTCGTTTCA-AACAGA-TGGTTT-CAA-AA--C-TGCAAT-TCAG-AACTTCT-CAACT-----T----A-TGC-TG-G-AAAT----ATGGTTTATA--ACCGAAA-TTGA-ATTAT--T-TGTACACTC--A--AAGTTGAGACCT-GT-GT-TTAA-TACAT---GT-TAT--TC---CTTTATAGGCTATATCA------AA-TTGTGATG---A-----
gi|9 : a--TTTT-TAAAAAGT----TTGTAGTC-ATAGAGAGCAT-ATT-----TCTGGCATCTG-TCCGGCAACA---GAGATTCCT-TCCA-GCA-ATGCTTG---AAATC-TT-TCAAA-TGGAACT-GGA----GCTGGG-ATA-ATAGTCT-CA-TGTAAAATAA--A---GAAACCTTCCCCTTGGTA------ATGTTTTTAGTTACAAGTTCTTGTACTT-T-AA---A-GC-AT--CCTAATTGGT-----T-C-ATAT-----------AT--A-G---CGATCT---TTTCCGAATATATTGGTTTGC-A-TAATC-TG-AATCTGAGTAACTCTTGTCAC---T-ATTCTAA-TGC-TGTG-ACATAACCATGGTTT-TG--AT-G-TA-TTCG-ACTCTCAT-TGTG-ACTT--C--TG--T------T-GT-AT-ACAT-TACAT---GTATTT-ATacagtaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GGGATGGGCACGATTATTCAAATATAATCGATTACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAAA
Unaligned ( gi|19 ): GGGATGGGAACGATTACTATGAAATGCAATCGATTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTG