lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1111111 333333333333333333333333333 1111111 111111111111111 111 111111111 22222222 111 222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1 1
lowQualScore : 7777 3 6666 555 999999 3 6 33 2 2 7777777 5555 2 555555555555555555555555555 9999999 2 2 5555555 3 3 44 3 44 777777777777777 111 2 2 2 6666 1 5 555 33 777 2 555555555 1 99999 77 444 2 666 0 666 77 3 3 33 3 3 44444444 4 55 66 4 1 9999 000 77 5 5 1 1 2 000000000 5 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 3
lowQualScore : .... . .... ... ...... . . .. . . ....... .... . ........................... ....... . . ....... . . .. . .. ............... ... . . . .... . . ... .. ... . ......... . ..... .. ... . ... . ... .. . . .. . . ........ . .. .. . . .... ... .. . . . . . ......... . . .............................................................. . . .
lowQualScore : 1111 1 1111 000 666666 1 5 77 5 5 0000000 7777 7 888888888888888888888888888 3333333 9 9 6666666 1 1 22 1 22 222222222222222 555 1 7 7 1111 2 7 000 11 666 4 999999999 1 11111 33 777 7 222 5 666 33 1 1 66 8 3 00000000 0 66 11 4 7 1111 000 99 7 7 7 1 5 000000000 7 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 3
consensus : TATAATCA----CAA-CTATCC----CGGGC---T-G----ACGAANTC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--G----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TGCAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAGCT-A---ATG--TCATTTATTTA--CT-GC-----A--AAATAAA-----TGACG--AAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATNACAA---------ATAATGAT-GAGTATA---T-----CAT-ACA-AT--------------CCA-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
Reference ( gi|4 ) : TATAATCA----CAA-CTATCC----CGGGC---T-A----ATGAAATC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--G----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TGCAAAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAGCT-A---ATG--TCATTTATTTA--CT-GC-----A--AAATAAA-----TGACG--AAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGTATAA-GT-AAAACATGACAAAT--------------CTA-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
gi|11 : TATAATCA----CAA-CTATCC----CGGGC---T-G----ACTAAATC--AA-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--A----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAACT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TGCAGAAAGATACAT-A-ACACTGT----GGTTGAGCT-A---ATG--TCATTTATTTA--CT-GC-----A--AAATAAA-----TGACG--AAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAA
gi|7 : TATAATCA----CAG-TTGTTCGGATCGTGT---C-A----ATGAATCC--AA-A-AGGAAA---CA----C-CTA---------C---TAAA----------TATA-------TA-CATGT-A-------------------TG--G-A--GCTG----GTA----C---AAA---TGCGGAAAGAT-----A-ATGCTGT----AATCAAACTCATTCATG--TCATTTAATGG--TT-G------G--AAATAAA-----CGACT--ATGTATAAA-AA--TA-GACA--G-AA--ATA---T-AGG-------AAA-------ATA--------A-AT-TA--A-TGATTAG-A-AATGA---TTGAC--AA-A-GGAATACACAGAACATCACGA---------ATTATGAT-GAGTA
gi|10 : tgATAATCA-----AA-CTATCC----CGGGC---TTG----ACGAAATC--AC-A-AT-------CA----ATCTA---------C---T--A----------TATA-------TG-CCTTT-AA----CG-GCAGAT-A-GTTC--G-A--GCTT----GAA----A---GT----TGCAGAAAGATACAA-A-A-ACTGT----GGTTGAACT-A---ATG--TCATTTATTTA--CTGGC-----A--AAATAAA-----TGACG--AAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AG--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-A--TA--A-T
gi|2 : ATAATCAAAAACAA-CTATCT----TGGAC---T-ATATAATGAATTC--AC-A-ATGATTATACA----A-TTAGCATGGCAAC---T--G----------C-TA-------TGACCTTT-AA----T--GCAGAT-A-GTTT--T-A--GGTTTTGGGTA----TT--ATGA--CATAGAAATATACCT-T-GCACTGA----ACCTAAGAT-A---ATG--TAA---ATTCAA-CT-GCCCTGAA--AAATAAAAA---TGATT--TGGT---AA-AA---ATTGCATTACAA--GTA-ATTGAAG-TTGAACAGTAT-AAATATAG-------A-AC-TA--AATGACTAA-AGAATAG---TTGAC--CAAG-GGATTTTGTAAAACATCACCA---------ATTATGAT-GAGT
gi|14 : tgtctggcccacaaggcaaagcacaTAATCA----CAA-CTACCC----CGGGC---T-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----C-CTA---------C---T--A----------CATA-------TG-CCTTT-AA----T--GCAGCG-A-GTTC--G-A--GCCT-----TAATT-A---ATG---TGCAGAAAGATACAA-A-ACACTAT----AATTGAGCT-A---ATG--TCA
gi|9 : gAATCA----CAAACTATCC-----GGGC---T-G----A-GAAATC--AC-A-AT-------CACTAGA-CTA---------T---A--GA---------TACA-------TG-CCTTT-AA----CT-GCAGCT-ACGTTC--G-A--GCCTC---GTA----A---ATG---TGGCATAAGATACAA-T--CACTGT----GGTTGATAT-A---ATGATCCATTTATTTATACT-GC-----A--AA-TAA------TGACG--AAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AAT-ATA-AGT-AAG--TGA--AAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-Tc
gi|1 : AATAA----CAA-CTCTCC----CGAGGATGT-A----GTGAATTTCTACTA-ATG------CA----A-CTA---------TATAT--GAGAAAACAATTATA-------TG-CCTTT-AATCAGC--GCAGCT-A-GTTC--GCA--TCTT----GTATTACA---ATG---AG--AAAAGA---AA-G-A---TGA----GG---AA-T-A---ATG--TCATTTAATGA--CG-AA-----A--GAACAAAAATTTTG-------GC---AA-AA---GCG--AT-T-AA--ATA-CGT--AG-AAGAACGATGTGGAATATATT------ATACATAATA-TGACAAC-A-AATAGATTTTGACCTCA-GAGGATTTTACACAATAATACAATACAAACACATAATGACGGAGTATAT-CT----TTAT-ACACCT--------------CCA-----TGTATATTTTTCACCCCAGTCATA-TAAT-GAGA-AGATGGC
gi|3 : ATCA----CAA-CTATCT----CGGGC---T-G----ACGAAATC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--A----------TAAT-------TG-CCTTTAAA----C--G-AGCT-A-GTTCGTG-A--GCTT-----T-----A---ATGCATTGCCGAAAGATACAA-A-ACACTGT-----GTTGA--T-T---ATG---CA-TTATTTA--CT-GC-----A--AAATAAA-----TGACG--AAGT---AA-AAATTAC-GCAT-A-AA--ATACAGT-ATGCTTGAACAAA-T-GAATATA--------A-A--TA--A-TGA-TAG-A-ACTAG---TTAA---CA-G-GGA-TTCACAAAAC-TGACAA---------ATAATGTT-GAGT-TAATGTAAAAACATGACAAATAATGTGAGTATATCCTATATACTATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGgc
gi|12 : tATCA----CAA-CTATCC----CGGGC---T-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------T---T--A----------TACA-------TG-TCTTT-AA----C--ACAGCT-A-GTTT--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TGCAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAGCT-A---ATG--TCATTC-------------------------AA-----TGACG--AAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AAT-AAG-TTGAACAAAGT-GAACATA--------A-AC-
gi|19 : atACCA----CAA-CCATTC----CGGGC---T-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTATT-------C---T--G----------TAT
gi|21 : ATCA----CAA-CTATCC----CGGGC---T-G----ACGAATTC--AC-A-A
gi|6 : A----CAA-CTATCC----CGGGC---T-A----ATGAAATC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--G----------TATA-------TG-CCTTT-AC----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TGCAAAA-GATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAGCT-A---ATG--TCATTTATTTA--CT-GC-----A--AAATAAA-----TGACG--AAGT---AA-AA--TACGGCAT---AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAGAA-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAG
gi|18 : AA-CTATCC----CAGGA---G-G----ACAAATTC--AC-A-GT-------CA----A-CTA---------C---T-------------TGTA-------TG-CCTTC-A
gi|15 : actatgatgATTC----CGGAT---T-A-----T----TC--AC-ATAT-------CA----A-CCA---------T---T--GGAAGT-----CATACGAGGTCTG-CCTTT-AA----TTTGCAGCGGA-GTTC--G-A--GCCC----TTA----ATTAATG---TGCAGAAAGATACAA-A-ACAc
gi|5 : actaacccccggctaggATC--GC-A-A--------CA----G-CC----------C---T--AA---------TATA-------TG-CCTT--AA----C--GAAGCT-A-GTTC--G-A---CTT----GTC----A---ATGT--TGCAAAAAATTACAA-A-ACACTGC----GGTTGAGCTAA---ATG--TCATTTA-TTA--CT-GC-----A--AA--AAA-----T-ACG--AAGT---AA-AA--T-C----T-A-AA----C-AGT-AAC-TTGAACAAA-T-GAATATAAAACAGTTA-AC-TA--A-TGACTA--A-AATAG---TT-AC--CA-G-GGATTTCACCAAAAATGACAT---------ATAATGAT--AGT
gi|8 : ttttttatcgctaatcgctaatattggaatacccagctatt-A-AT-------TA----A-CTC---------C---T--T----------TAT--------TG-CAA---AA----CT-GCAGTC-A-ACTC--A-ACGACTT----ATA----C---ATG--------AAGGATACGACATACACTGT----AGTTTAGTT-A---ATG--TCATTTATTTA--CT-G------G--AAATAAA-----TGACG--AAGT---AA-AA---ATGGTAT---AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-
gi|16 : GGTACAT-A-ACACTGT----AGTTTAGTT-A---ATG--TCATTTATTTA--CT-G------A--AAATAAA-----TGACG--AAGT---AA-AA--AATGGTAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-atacattgtatatggaacatcaccgtaacagtgtcaaaatactcgaataatcgaatatttttctact
gi|13 : actttatacatgaaggatac-A-GCACTGTAATTGATCGAGCT-A---ATG--TCATTTATTTA--CT-AC-----A--AA-CAAA-----TGACG--AAGT---AATAA--T-TGGCAT-A-AACAACA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-AGATATA--------A-AC-AA--A-TGTTTAG-T-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCTCAAATTATCACAT---------ATAa
gi|6 : tG--TCATTTATTT----T-GC-----AGTAAATAAA-----TGAC
gi|11 : acaactatcccgggctaatgaaatcacaatcaactactgtatatgcctttaccgcagctagttcgagcttgtaaatgtgcaaaagatacaaaacactgtggttgagctaatG--TCATTTATTT----T-GC-----AGTAAATAAA-----TGACgaagtaaaatacggcataaataagtaagttgaacaaagtgaatataaactaatgactagaaaatagttgaccagggatttcgcaaaacatgacaaataatgatgag
gi|16 : tataatcacaactatcccgggctgactaaatcaaaatcaactactatatatgcctttaacgcaactagttcgagcttgtaaatgtgcagaaagatacataacactgtggttgagctaatG--TCATTTATTTT--CA-GT--------AAATAAA-----TGACATTAACT---AA-AC--TACAGgaagtaaaatacggcataaaataagtaagttgaa
gi|8 : actttatacatgaaggatacggtacataacaG--TCATTTATTTC--CA-GT--------AAATAAA-----TGACATTAACT---AA-AC--TACAGTGT-A-gaagtaaaaaatggtataaaataagtaagttgaacaaagta
gi|17 : aattaactcctttattgcaaaactgcagtcaactcaacgacttatacatgaaggatacgacaGTAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGTAT----T-------------AT--------------C--------ATACATT----A-------CATACCAGTGGAGACAGATgaagtaaaaatggtataaataagtaagttgaacaaagtatacattgtatatggaacatcaccgtaacagtgtcaaaatactcgaataatcgaatatttttctact
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATGTCGTATGGTGCAGGGAAAACATTTATACATGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 3333333333333333333333333 1111111 11111111 111 111111 11111 22222222 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 1
lowQualScore : 6666 2 5555 2 999999 0 1 33 2 2 7777777 5555 2 0000000000000000000000000 8888888 2 2 3333333 2 2 33 2 33 99999 55555555 000 2 2 2 66666 33 5 444 33 2 3 33 2 111111 3 11111 555 2 777 666 66 2 2 2 2 3 11111111 3 44 55 4 0 66 5 888 66 5 5 0 1 777777777 5 77 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 0
lowQualScore : .... . .... . ...... . . .. . . ....... .... . ......................... ....... . . ....... . . .. . .. ..... ........ ... . . . ..... .. . ... .. . . .. . ...... . ..... ... . ... ... .. . . . . . ........ . .. .. . . .. . ... .. . . . . ......... . .. .................................................................. . . .
lowQualScore : 5555 9 7777 7 666666 3 0 77 5 5 0000000 7777 7 5555555555555555555555555 7777777 7 7 8888888 9 9 99 9 99 00000 22222222 777 9 5 5 00000 77 3 777 77 7 4 99 9 444444 2 11111 000 9 333 666 88 9 9 9 8 1 88888888 6 22 55 0 2 44 0 888 99 0 0 4 0 888888888 0 99 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 0
consensus : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---TG----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAGC--T-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGTA---A-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--AT-A--TAAAA-C---ATGAC-A--------------ATCC-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
Reference ( family-2805 ) : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAANTC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---TG----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAGC--T-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGTA---A-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATNACAA---------ATAATGAT-GAGT--AT-A--T-----C---AT-AC-A--------------ATCC-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
gi|1 : AATAA----CAA-CTCTCC----CGAGGAT-GTA--GTGAATTTCTACTA-ATG------CA----A-CTA---------TATATGAGAAAACAATTATA-------TG-CCTTT-AATCAGC--GCAGCT-A-GTTC--GCA--TCTT----GTATTACA---ATG-------AGAAA---AGAA-A-------------GATGAGGAAT-A---ATG--TCA-TTTAATGA--CG-AA-----AGAACAAAAATTTTG-----GCA---A-AA---GCG--AT-T-AA--ATA-CGT--AG-AAGAACGATGTGGAATATATT------ATACATAATA-TGACAAC-A-AATAGATTTTGACCTCA-GAGGATTTTACACAATAATACAATACAAACACATAATGACGGAGT--AT-A--T-----CTTTAT-AC-AC-------------CTCC-A-----TGTATATTTTTCACCCCAGTCATA-TAAT-GAGA-AGATGGC
gi|10 : ATAATCA-----AA-CTATCC----CG-GGCTTG----ACGAAATC--AC-A-AT-------CA----ATCTA---------C---TA----------TATA-------TG-CCTTT-AA----CG-GCAGAT-A-GTTC--G-A--GCTT----GAA----A---GT----TG-CAGAAAGATACAA-A-A-ACTGT----GGTTGAAC--T-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CTGGC-----AAAATAAA-----TGACGAAGTA---A-AA--TACGGCAT-A-AG--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-A--TA--A-Tgc
gi|11 : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACTAAATC--AA-A-AT-------CA----A-CTA---------C---TA----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAACT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAT-A-ACACTGT----GGTTGAGC--T-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGTA---A-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAA
gi|12 : ATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------T---TA----------TACA-------TG-TCTTT-AA----C--ACAGCT-A-GTTT--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAGC--T-A---ATG--TCA-TTC-----------------------AA-----TGACGAAGTA---A-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AAT-AAG-TTGAACAAAGT-GAACATA--------A-AC-
gi|13 : at-A-GCACTGTAATTGATCGAGC--T-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-AC-----AAA-CAAA-----TGACGAAGTA---ATAA--T-TGGCAT-A-AACAACA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-AGATATA--------A-AC-AA--A-TGTTTAG-T-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCTCAAATTATCACAT---------ATA
gi|14 : tTAATCA----CAA-CTACCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----C-CTA---------C---TA----------CATA-------TG-CCTTT-AA----T--GCAGCG-A-GTTC--G-A--GCCT-----TAATT-A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTAT----AATTGAGC--T-A---ATG--TCA-
gi|15 : gATTC----CG-GATT----------ATTC--AC-ATAT-------CA----A-CCA---------T---TGGAAGT-----CATACGAGGTCTG-CCTTT-AA----TTTGCAGCGGA-GTTC--G-A--GCCC----TTA----ATTAATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACAc
gi|16 : actaacccccggctaggGGTACAT-A-ACACTGT----AGTTTAGT--T-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-G------AAAATAAA-----TGACGAAGTA---A-AA--AATGGTAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-
gi|17 : actttatacatgaaggatacGTAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--ATTA--T-----C---AT-AC--------------------------------ATT----A-------CATACCAGTGGAGACAGATa
gi|18 : ataaAA-CTATCC----CA-GGAG-G----ACAAATTC--AC-A-GT-------CA----A-CTA---------C---T-----------TGTA-------TG-CCTTC-A
gi|19 : actatgatgACCA----CAA-CCATTC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTATT-------C---TG----------TATc
gi|2 : ATAATCAAAAACAA-CTATCT----TG-GACT-ATATAATGAATTC--AC-A-ATGATTATACA----A-TTAGCATGGCAAC---TG----------C-TA-------TGACCTTT-AA----T--GCAGAT-A-GTTT--T-A--GGTTTTGGGTA----TT--ATGA--CA-TAGAAATATACCT-T-GCACTGA----ACCTAAGA--T-A---ATG--TAAATTCA---A--CT-GCCCTGAAAAATAAAAA---TGATTTGGTA---A-AA---ATTGCATTACAA--GTA-ATTGAAG-TTGAACAGTAT-AAATATAG-------A-AC-TA--AATGACTAA-AGAATAG---TTGAC--CAAG-GGATTTTGTAAAACATCACCA---------ATTATGAT-GAGT--
gi|21 : tgtctggcccacaaggcaaagcacaATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-A
gi|3 : ATCA----CAA-CTATCT----CG-GGCT-G----ACGAAATC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---TA----------TAAT-------TG-CCTTTAAA----C--G-AGCT-A-GTTCGTG-A--GCTT-----T-----A---ATGCATTG-CCGAAAGATACAA-A-ACACTGT-----GTTGA----T-T---ATG---CA--TTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGTA---A-AAATTAC-GCAT-A-AA--ATACAGT-ATGCTTGAACAAA-T-GAATATA--------A-A--TA--A-TGA-TAG-A-ACTAG---TTAA---CA-G-GGA-TTCACAAAAC-TGACAA---------ATAATGTT-GAGTTAAT-G--TAAAAAC---ATGAC-AAATAATGTGAGTATATCCTATATACTATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATG
gi|4 : tTATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-A----ATGAAATC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---TG----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAAAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAGC--T-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGTA---A-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--AT-AAGTAAAA-C---ATGACAA--------------ATCT-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
gi|5 : ----------TATA-------TG-CCTT--AA----C--GAAGCT-A-GTTC--G-A---CTT----GTC----A---ATGT--TG-CAAAAAATTACAA-A-ACACTGC----GGTTGAGC--TAA---ATG--TCA-TTTA-TTA--CT-GC-----AAA--AAA-----T-ACGAAGTA---A-AA--T-C----T-A-AA----C-AGT-AAC-TTGAACAAA-T-GAATATAAAACAGTTA-AC-TA--A-TGACTA--A-AATAG---TT-AC--CA-G-GGATTTCACCAAAAATGACAT---------ATAATGAT--AGT--
gi|6 : ttttttatcgctaatcgctaatattggaatacccagctattatcgcaacagccctaaA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-A----ATGAAATC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---TG----------TATA-------TG-CCTTT-AC----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CA-AAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAGC--T-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGTA---A-AA--TACGGCAT---AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAGAA-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAG
gi|7 : TATAATCA----CAG-TTGTTCGGATCG-TGTC-A----ATGAATCC--AA-A-AGGAAA---CA----C-CTA---------C---TAAA--------TATA-------TA-CATGT-A-------------------TG--G-A--GCTG----GTA----C---AAA---TG-CGGAAAGATA------ATGCTGT----AATCAAAC--TCATTCATG--TCA-TTTAATGG--TT-G------GAAATAAA-----CGACTATGTATAAA-AA--TA-GACA--G-AA--ATA---T-AGG-------AAA-------ATA--------A-AT-TA--A-TGATTAG-A-AATGA---TTGAC--AA-A-GGAATACACAGAACATCACGA---------ATTATGAT-GAGT--A
gi|8 : tg-A-AT-------TA----A-CTC---------C---TT----------TAT--------TG-CAA---AA----CT-GCAGTC-A-ACTC--A-ACGACTT----ATA----C---ATG---------AAGGATACGACATACACTGT----AGTTTAGT--T-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-G------GAAATAAA-----TGACGAAGTA---A-AA---ATGGTAT---AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-
gi|9 : AATCA----CAAACTATCC-----G-GGCT-G----A-GAAATC--AC-A-AT-------CACTAGA-CTA---------T---AGA---------TACA-------TG-CCTTT-AA----CT-GCAGCT-ACGTTC--G-A--GCCTC---GTA----A---ATG---TGGCATAA-GATACAA-T--CACTGT----GGTTGATA--T-A---ATGATCCA-TTTATTTATACT-GC-----AAA-TAA------TGACGAAGTA---A-AA--TACGGCAT-A-AAT-ATA-AGT-AAG--TGA--AAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-Tatacattgtatatggaacatcaccgtaacagtgtcaaaatactcgaataatcgaatatttttctact
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATGTCGTATGGTGCAGGGAAAACATTTATACATGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 333333333333333333333333333 1111111 11111111 111 111111 11111 22222222 111111111 444444444444444444444444444444444444444444444 444444444444 1 1 1
lowQualScore : 6666 2 5555 2 999999 0 1 33 2 2 7777777 5555 2 000000000000000000000000000 8888888 2 2 3333333 2 2 33 2 33 99999 55555555 000 2 2 2 66666 33 5 444 33 2 3 33 2 111111 3 11111 555 2 777 666 66 2 2 2 2 3 11111111 3 44 55 4 0 66 5 888 66 5 5 0 1 777777777 5 77 888888888888888888888888888888888888888888888 444444444444 0 0 0
lowQualScore : .... . .... . ...... . . .. . . ....... .... . ........................... ....... . . ....... . . .. . .. ..... ........ ... . . . ..... .. . ... .. . . .. . ...... . ..... ... . ... ... .. . . . . . ........ . .. .. . . .. . ... .. . . . . ......... . .. ............................................. ............ . . .
lowQualScore : 5555 9 7777 7 666666 3 4 77 5 5 0000000 7777 7 888888888888888888888888888 7777777 7 7 8888888 9 9 99 9 99 00000 22222222 777 9 5 5 00000 77 3 777 77 7 4 99 9 444444 2 11111 000 9 333 666 88 9 9 9 8 1 88888888 6 22 55 0 2 44 0 888 99 0 0 4 1 888888888 0 99 222222222222222222222222222222222222222222222 888888888888 0 0 0
consensus : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--G----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--ATA--T-AAAAC---ATGAC-A--------------ATCC-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
Reference ( family-2805 ) : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--G----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--ATA--T-AAAAC---ATGAC-A--------------ATCC-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
gi|1 : AATAA----CAA-CTCTCC----CGAGGAT-GTA--GTGAATTTCTACTA-ATG------CA----A-CTA---------TATAT--GAGAAAACAATTATA-------TG-CCTTT-AATCAGC--GCAGCT-A-GTTC--GCA--TCTT----GTATTACA---ATG-------AGAAA---AGAA-A-------------GATGAGGAAT-A---ATG--TCA-TTTAATGA--CG-AA-----AGAACAAAAATTTTG-----GC---AA-AA---GCG--AT-T-AA--ATA-CGT--AG-AAGAACGATGTGGAATATATT------ATACATAATA-TGACAAC-A-AATAGATTTTGACCTCA-GAGGATTTTACACAATAATACAATACAAACACATAATGACGGAGT--ATA--T-----CTTTAT-AC-AC-------------CTCC-A-----TGTATATTTTTCACCCCAGTCATA-TAAT-GAGA-AGATGGC
gi|10 : ATAATCA-----AA-CTATCC----CG-GGCTTG----ACGAAATC--AC-A-AT-------CA----ATCTA---------C---T--A----------TATA-------TG-CCTTT-AA----CG-GCAGAT-A-GTTC--G-A--GCTT----GAA----A---GT----TG-CAGAAAGATACAA-A-A-ACTGT----GGTTGAA--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CTGGC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AG--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-A--TA--A-Tgc
gi|11 : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACTAAATC--AA-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--A----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAACT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAT-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAA
gi|12 : ATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------T---T--A----------TACA-------TG-TCTTT-AA----C--ACAGCT-A-GTTT--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTC-----------------------AA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AAT-AAG-TTGAACAAAGT-GAACATA--------A-AC-
gi|13 : at-A-GCACTGTAATTGATCGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-AC-----AAA-CAAA-----TGACGAAGT---AATAA--T-TGGCAT-A-AACAACA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-AGATATA--------A-AC-AA--A-TGTTTAG-T-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCTCAAATTATCACAT---------ATA
gi|14 : tTAATCA----CAA-CTACCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----C-CTA---------C---T--A----------CATA-------TG-CCTTT-AA----T--GCAGCG-A-GTTC--G-A--GCCT-----TAATT-A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTAT----AATTGAG--CT-A---ATG--TCA-
gi|15 : gATTC----CG-GATT----------ATTC--AC-ATAT-------CA----A-CCA---------T---T--GGAAGT-----CATACGAGGTCTG-CCTTT-AA----TTTGCAGCGGA-GTTC--G-A--GCCC----TTA----ATTAATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACAc
gi|16 : actaacccccggctaggGGTACAT-A-ACACTGT----AGTTTAG--TT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-G------AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--AATGGTAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-
gi|17 : actttatacatgaaggatacGTAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--AT---T------------------------------ATC---------ATACATT----A-------CATACCAGTGGAGACAGATa
gi|18 : ataaAA-CTATCC----CA-GGAG-G----ACAAATTC--AC-A-GT-------CA----A-CTA---------C---T-------------TGTA-------TG-CCTTC-A
gi|19 : actatgatgACCA----CAA-CCATTC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTATT-------C---T--G----------TATc
gi|2 : ATAATCAAAAACAA-CTATCT----TG-GACT-ATATAATGAATTC--AC-A-ATGATTATACA----A-TTAGCATGGCAAC---T--G----------C-TA-------TGACCTTT-AA----T--GCAGAT-A-GTTT--T-A--GGTTTTGGGTA----TT--ATGA--CA-TAGAAATATACCT-T-GCACTGA----ACCTAAG--AT-A---ATG--TAAATTCA---A--CT-GCCCTGAAAAATAAAAA---TGATTTGGT---AA-AA---ATTGCATTACAA--GTA-ATTGAAG-TTGAACAGTAT-AAATATAG-------A-AC-TA--AATGACTAA-AGAATAG---TTGAC--CAAG-GGATTTTGTAAAACATCACCA---------ATTATGAT-GAGT--
gi|21 : tgtctggcccacaaggcaaagcacaATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-A
gi|3 : ATCA----CAA-CTATCT----CG-GGCT-G----ACGAAATC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--A----------TAAT-------TG-CCTTTAAA----C--G-AGCT-A-GTTCGTG-A--GCTT-----T-----A---ATGCATTG-CCGAAAGATACAA-A-ACACTGT-----GTTGA----T-T---ATG---CA--TTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AAATTAC-GCAT-A-AA--ATACAGT-ATGCTTGAACAAA-T-GAATATA--------A-A--TA--A-TGA-TAG-A-ACTAG---TTAA---CA-G-GGA-TTCACAAAAC-TGACAA---------ATAATGTT-GAGTTAATG--TAAAAAC---ATGAC-AAATAATGTGAGTATATCCTATATACTATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATG
gi|4 : tTATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-A----ATGAAATC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--G----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAAAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--ATAAGT-AAAAC---ATGACAA--------------ATCT-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
gi|5 : ----------TATA-------TG-CCTT--AA----C--GAAGCT-A-GTTC--G-A---CTT----GTC----A---ATGT--TG-CAAAAAATTACAA-A-ACACTGC----GGTTGAG--CTAA---ATG--TCA-TTTA-TTA--CT-GC-----AAA--AAA-----T-ACGAAGT---AA-AA--T-C----T-A-AA----C-AGT-AAC-TTGAACAAA-T-GAATATAAAACAGTTA-AC-TA--A-TGACTA--A-AATAG---TT-AC--CA-G-GGATTTCACCAAAAATGACAT---------ATAATGAT--AGT--
gi|6 : ttttttatcgctaatcgctaatattggaatacccagctattatcgcaacagccctaaA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-A----ATGAAATC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--G----------TATA-------TG-CCTTT-AC----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CA-AAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT---AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAGAA-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAG
gi|7 : TATAATCA----CAG-TTGTTCGGATCG-TGTC-A----ATGAATCC--AA-A-AGGAAA---CA----C-CTA---------C---TAAA----------TATA-------TA-CATGT-A-------------------TG--G-A--GCTG----GTA----C---AAA---TG-CGGAAAGAT-----A-ATGCTGT----AATCAAA--CTCATTCATG--TCA-TTTAATGG--TT-G------GAAATAAA-----CGACTATGTATAAA-AA--TA-GACA--G-AA--ATA---T-AGG-------AAA-------ATA--------A-AT-TA--A-TGATTAG-A-AATGA---TTGAC--AA-A-GGAATACACAGAACATCACGA---------ATTATGAT-GAGT--A
gi|8 : tg-A-AT-------TA----A-CTC---------C---T--T----------TAT--------TG-CAA---AA----CT-GCAGTC-A-ACTC--A-ACGACTT----ATA----C---ATG---------AAGGATACGACATACACTGT----AGTTTAG--TT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-G------GAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA---ATGGTAT---AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-
gi|9 : AATCA----CAAACTATCC-----G-GGCT-G----A-GAAATC--AC-A-AT-------CACTAGA-CTA---------T---A--GA---------TACA-------TG-CCTTT-AA----CT-GCAGCT-ACGTTC--G-A--GCCTC---GTA----A---ATG---TGGCATAA-GATACAA-T--CACTGT----GGTTGAT--AT-A---ATGATCCA-TTTATTTATACT-GC-----AAA-TAA------TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AAT-ATA-AGT-AAG--TGA--AAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-Tatacattgtatatggaacatcaccgtaacagtgtcaaaatactcgaataatcgaatatttttctact
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATGTCGTATGGTGCAGGGAAAACATTTATACATGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 333333333333333333333333333 1111111 11111111 111 111111 11111 22222222 111111111 444444444444444444444444444444444444444444444 444444444444 1 1 1
lowQualScore : 6666 2 5555 2 999999 0 1 33 2 2 7777777 5555 2 000000000000000000000000000 8888888 2 2 3333333 2 2 33 2 33 99999 55555555 000 2 2 2 66666 33 5 444 33 2 3 33 2 111111 3 11111 555 2 777 666 66 2 2 2 2 3 11111111 3 44 55 4 0 66 5 888 66 5 5 0 1 777777777 5 77 888888888888888888888888888888888888888888888 444444444444 0 0 0
lowQualScore : .... . .... . ...... . . .. . . ....... .... . ........................... ....... . . ....... . . .. . .. ..... ........ ... . . . ..... .. . ... .. . . .. . ...... . ..... ... . ... ... .. . . . . . ........ . .. .. . . .. . ... .. . . . . ......... . .. ............................................. ............ . . .
lowQualScore : 5555 9 7777 7 666666 3 4 77 5 5 0000000 7777 7 888888888888888888888888888 7777777 7 7 8888888 9 9 99 9 99 00000 22222222 777 9 5 5 00000 77 3 777 77 7 4 99 9 444444 2 11111 000 9 333 666 88 9 9 9 8 1 88888888 6 22 55 0 2 44 0 888 99 0 0 4 1 888888888 0 99 222222222222222222222222222222222222222222222 888888888888 0 0 0
consensus : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--G----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--ATA--T-AAAAC---ATGAC-A--------------ATCC-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
Reference ( family-2805 ) : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--G----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--ATA--T-AAAAC---ATGAC-A--------------ATCC-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
gi|1 : AATAA----CAA-CTCTCC----CGAGGAT-GTA--GTGAATTTCTACTA-ATG------CA----A-CTA---------TATAT--GAGAAAACAATTATA-------TG-CCTTT-AATCAGC--GCAGCT-A-GTTC--GCA--TCTT----GTATTACA---ATG-------AGAAA---AGAA-A-------------GATGAGGAAT-A---ATG--TCA-TTTAATGA--CG-AA-----AGAACAAAAATTTTG-----GC---AA-AA---GCG--AT-T-AA--ATA-CGT--AG-AAGAACGATGTGGAATATATT------ATACATAATA-TGACAAC-A-AATAGATTTTGACCTCA-GAGGATTTTACACAATAATACAATACAAACACATAATGACGGAGT--ATA--T-----CTTTAT-AC-AC-------------CTCC-A-----TGTATATTTTTCACCCCAGTCATA-TAAT-GAGA-AGATGGC
gi|10 : ATAATCA-----AA-CTATCC----CG-GGCTTG----ACGAAATC--AC-A-AT-------CA----ATCTA---------C---T--A----------TATA-------TG-CCTTT-AA----CG-GCAGAT-A-GTTC--G-A--GCTT----GAA----A---GT----TG-CAGAAAGATACAA-A-A-ACTGT----GGTTGAA--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CTGGC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AG--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-A--TA--A-Tgc
gi|11 : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACTAAATC--AA-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--A----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAACT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAT-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAA
gi|12 : ATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------T---T--A----------TACA-------TG-TCTTT-AA----C--ACAGCT-A-GTTT--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTC-----------------------AA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AAT-AAG-TTGAACAAAGT-GAACATA--------A-AC-
gi|13 : at-A-GCACTGTAATTGATCGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-AC-----AAA-CAAA-----TGACGAAGT---AATAA--T-TGGCAT-A-AACAACA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-AGATATA--------A-AC-AA--A-TGTTTAG-T-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCTCAAATTATCACAT---------ATA
gi|14 : tTAATCA----CAA-CTACCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----C-CTA---------C---T--A----------CATA-------TG-CCTTT-AA----T--GCAGCG-A-GTTC--G-A--GCCT-----TAATT-A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTAT----AATTGAG--CT-A---ATG--TCA-
gi|15 : gATTC----CG-GATT----------ATTC--AC-ATAT-------CA----A-CCA---------T---T--GGAAGT-----CATACGAGGTCTG-CCTTT-AA----TTTGCAGCGGA-GTTC--G-A--GCCC----TTA----ATTAATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACAc
gi|16 : actaacccccggctaggGGTACAT-A-ACACTGT----AGTTTAG--TT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-G------AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--AATGGTAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-
gi|17 : actttatacatgaaggatacGTAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--AT---T------------------------------ATC---------ATACATT----A-------CATACCAGTGGAGACAGATa
gi|18 : ataaAA-CTATCC----CA-GGAG-G----ACAAATTC--AC-A-GT-------CA----A-CTA---------C---T-------------TGTA-------TG-CCTTC-A
gi|19 : actatgatgACCA----CAA-CCATTC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTATT-------C---T--G----------TATc
gi|2 : ATAATCAAAAACAA-CTATCT----TG-GACT-ATATAATGAATTC--AC-A-ATGATTATACA----A-TTAGCATGGCAAC---T--G----------C-TA-------TGACCTTT-AA----T--GCAGAT-A-GTTT--T-A--GGTTTTGGGTA----TT--ATGA--CA-TAGAAATATACCT-T-GCACTGA----ACCTAAG--AT-A---ATG--TAAATTCA---A--CT-GCCCTGAAAAATAAAAA---TGATTTGGT---AA-AA---ATTGCATTACAA--GTA-ATTGAAG-TTGAACAGTAT-AAATATAG-------A-AC-TA--AATGACTAA-AGAATAG---TTGAC--CAAG-GGATTTTGTAAAACATCACCA---------ATTATGAT-GAGT--
gi|21 : tgtctggcccacaaggcaaagcacaATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-A
gi|3 : ATCA----CAA-CTATCT----CG-GGCT-G----ACGAAATC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--A----------TAAT-------TG-CCTTTAAA----C--G-AGCT-A-GTTCGTG-A--GCTT-----T-----A---ATGCATTG-CCGAAAGATACAA-A-ACACTGT-----GTTGA----T-T---ATG---CA--TTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AAATTAC-GCAT-A-AA--ATACAGT-ATGCTTGAACAAA-T-GAATATA--------A-A--TA--A-TGA-TAG-A-ACTAG---TTAA---CA-G-GGA-TTCACAAAAC-TGACAA---------ATAATGTT-GAGTTAATG--TAAAAAC---ATGAC-AAATAATGTGAGTATATCCTATATACTATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATG
gi|4 : tTATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-A----ATGAAATC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--G----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAAAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--ATAAGT-AAAAC---ATGACAA--------------ATCT-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
gi|5 : ----------TATA-------TG-CCTT--AA----C--GAAGCT-A-GTTC--G-A---CTT----GTC----A---ATGT--TG-CAAAAAATTACAA-A-ACACTGC----GGTTGAG--CTAA---ATG--TCA-TTTA-TTA--CT-GC-----AAA--AAA-----T-ACGAAGT---AA-AA--T-C----T-A-AA----C-AGT-AAC-TTGAACAAA-T-GAATATAAAACAGTTA-AC-TA--A-TGACTA--A-AATAG---TT-AC--CA-G-GGATTTCACCAAAAATGACAT---------ATAATGAT--AGT--
gi|6 : ttttttatcgctaatcgctaatattggaatacccagctattatcgcaacagccctaaA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-A----ATGAAATC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--G----------TATA-------TG-CCTTT-AC----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CA-AAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT---AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAGAA-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAG
gi|7 : TATAATCA----CAG-TTGTTCGGATCG-TGTC-A----ATGAATCC--AA-A-AGGAAA---CA----C-CTA---------C---TAAA----------TATA-------TA-CATGT-A-------------------TG--G-A--GCTG----GTA----C---AAA---TG-CGGAAAGAT-----A-ATGCTGT----AATCAAA--CTCATTCATG--TCA-TTTAATGG--TT-G------GAAATAAA-----CGACTATGTATAAA-AA--TA-GACA--G-AA--ATA---T-AGG-------AAA-------ATA--------A-AT-TA--A-TGATTAG-A-AATGA---TTGAC--AA-A-GGAATACACAGAACATCACGA---------ATTATGAT-GAGT--A
gi|8 : tg-A-AT-------TA----A-CTC---------C---T--T----------TAT--------TG-CAA---AA----CT-GCAGTC-A-ACTC--A-ACGACTT----ATA----C---ATG---------AAGGATACGACATACACTGT----AGTTTAG--TT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-G------GAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA---ATGGTAT---AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-
gi|9 : AATCA----CAAACTATCC-----G-GGCT-G----A-GAAATC--AC-A-AT-------CACTAGA-CTA---------T---A--GA---------TACA-------TG-CCTTT-AA----CT-GCAGCT-ACGTTC--G-A--GCCTC---GTA----A---ATG---TGGCATAA-GATACAA-T--CACTGT----GGTTGAT--AT-A---ATGATCCA-TTTATTTATACT-GC-----AAA-TAA------TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AAT-ATA-AGT-AAG--TGA--AAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-Tatacattgtatatggaacatcaccgtaacagtgtcaaaatactcgaataatcgaatatttttctact
blockSeqs : AAAA A GGAT . ATATA A . . T GATTATA CTAG T GCATGGCAACTG CGAGGTC A A TTT G C GT . CG TTGGG ATTA CAT G C T AATTG . A TTC AT A T TA G CCCTGA A AA ATA T ATT TAC CA C G C G . AAACAGTT . C . A GA G . . A . C . . TA GTAAAAACATGACAAATAATGTGAGTATATCCTATATAC A C G C
blockSeqs : . . . . TG A . . . GAAA . . TTGGAAGT . . . CG . . . . . CG ATTA A . . . G . C . . . T . . C A . . . T A T . . . G . G . C . . G . . . . . G . . . AAGTAAAACATGACAAATCTA A . . .
blockSeqs : . . . . G T . . . . . . TTCTG . . . CT . . . . . G TT T . . . G . . . . . T . . C A . . . T A . . . . G . . . C . . A . . . . . C . . . TATC A . . .
blockSeqs : . . . . G T . . . . . . CTAAA . . . CT . . . . . G A . . . . G . . . . . T . . C A . . . T A . . . . G . . . C . . G . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . G T . . . . . . TAGA . . . C . . . . . G A . . . . A . . . . . T . . C A . . . T A . . . . A . . . C . . G . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . G T . . . . . . CTA . . . C . . . . . T A . . . . A . . . . . T . . C A . . . A A . . . . G . . . C . . G . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . G T . . . . . . CTA . . . T . . . . . G A . . . . A . . . . . T . . C A . . . T A . . . . G . . . T . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . G T . . . . . . TTA . . . T . . . . . G A . . . . G . . . . . A . . C A . . . T A . . . . G . . . C . . C .
blockSeqs : . . . . G T . . . . . . CTA . . . C . . . . . G A . . . . G . . . . . T . . C A . . . T A . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . CTA . . . C . . . . . G A . . . . G . . . . . T . . . . . . . T G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . CTG . . . C . . . . . A C . . . . A . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . CTG . . . C . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G T . . . . . . CTT . . . . . . . . . . A . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . CT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : G***** ** ******* CTA************************ C****** A******* G**** ** ***** T** ******** C* ** *** ** *********
originalCons : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTA---------C---T--G----------TATA-------TG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--ATA--T-AAAAC---ATGAC-A--------------ATCC-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
finalCons : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCTG-----ACGAATTC--AC-A-AT-------CA----A-CTACTA------------------------TATA-------TG-CCTTT-AAC------GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTAA-------ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGTG----GTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AAT--ACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--ATA--T-AAAAC---ATGAC-A--------------ATCC-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATGTCGTATGGTGCAGGGAAAACATTTATACATGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 3333333333333333333333333333333 1111111 11111111 111 111111 11111 22222222 111111111 444444444444444444444444444444444444444444444 444444444444 1 1 1
lowQualScore : 6666 2 5555 2 999999 0 1 33 2 2 5555555 2 33 2 2222222222222222222222222222222 2 2 3333333 2 2 33 2 33 99999 55555555 000 2 2 2 66666 33 5 444 33 2 3 33 2 111111 3 11111 555 2 777 666 66 2 2 2 2 3 11111111 3 44 55 4 0 66 5 888 66 5 5 0 1 777777777 5 77 888888888888888888888888888888888888888888888 444444444444 0 0 0
lowQualScore : .... . .... . ...... . . .. . . ....... . .. . ............................... . . ....... . . .. . .. ..... ........ ... . . . ..... .. . ... .. . . .. . ...... . ..... ... . ... ... .. . . . . . ........ . .. .. . . .. . ... .. . . . . ......... . .. ............................................. ............ . . .
lowQualScore : 5555 9 7777 7 666666 3 4 44 4 4 9999999 5 44 5 3333333333333333333333333333333 7 7 8888888 9 9 99 9 99 00000 22222222 777 9 5 5 00000 77 3 777 77 7 4 99 9 444444 2 11111 000 9 333 666 88 9 9 9 8 1 88888888 6 22 55 0 2 44 0 888 99 0 0 4 1 888888888 0 99 222222222222222222222222222222222222222222222 888888888888 0 0 0
consensus : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CAA-CTA--C-T-------A-T------------A--------TATG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--ATA--T-AAAAC---ATGAC-A--------------ATCC-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
Reference ( family-2805 ) : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CAA-CTA--C-T-------A-T------------A--------TATG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--ATA--T-AAAAC---ATGAC-A--------------ATCC-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
gi|1 : AATAA----CAA-CTCTCC----CGAGGAT-GTA--GTGAATTTCTACTA-ATG------CAA-CTA--TAT-------A-TGAGAAAACAATTA--------TATG-CCTTT-AATCAGC--GCAGCT-A-GTTC--GCA--TCTT----GTATTACA---ATG-------AGAAA---AGAA-A-------------GATGAGGAAT-A---ATG--TCA-TTTAATGA--CG-AA-----AGAACAAAAATTTTG-----GC---AA-AA---GCG--AT-T-AA--ATA-CGT--AG-AAGAACGATGTGGAATATATT------ATACATAATA-TGACAAC-A-AATAGATTTTGACCTCA-GAGGATTTTACACAATAATACAATACAAACACATAATGACGGAGT--ATA--T-----CTTTAT-AC-AC-------------CTCC-A-----TGTATATTTTTCACCCCAGTCATA-TAAT-GAGA-AGATGGC
gi|10 : ATAATCA-----AA-CTATCC----CG-GGCTTG----ACGAAATC--AC-A-AT-------CAATCTA--C-T-------A-T------------A--------TATG-CCTTT-AA----CG-GCAGAT-A-GTTC--G-A--GCTT----GAA----A---GT----TG-CAGAAAGATACAA-A-A-ACTGT----GGTTGAA--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CTGGC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AG--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-A--TA--A-Tgc
gi|11 : TATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACTAAATC--AA-A-AT-------CAA-CTA--C-T-------A-T------------A--------TATG-CCTTT-AA----C--GCAACT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAT-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAA
gi|12 : ATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CAA-CTA--T-T-------A-T------------A--------CATG-TCTTT-AA----C--ACAGCT-A-GTTT--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTC-----------------------AA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AAT-AAG-TTGAACAAAGT-GAACATA--------A-AC-
gi|13 : at-A-GCACTGTAATTGATCGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-AC-----AAA-CAAA-----TGACGAAGT---AATAA--T-TGGCAT-A-AACAACA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-AGATATA--------A-AC-AA--A-TGTTTAG-T-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCTCAAATTATCACAT---------ATA
gi|14 : tTAATCA----CAA-CTACCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CAC-CTA--C-T-------A-C------------A--------TATG-CCTTT-AA----T--GCAGCG-A-GTTC--G-A--GCCT-----TAATT-A---ATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACACTAT----AATTGAG--CT-A---ATG--TCA-
gi|15 : gATTC----CG-GATT----------ATTC--AC-ATAT-------CAA-CCA--T-TGGAAGTCA-T------------ACGAGG---TCTG-CCTTT-AA----TTTGCAGCGGA-GTTC--G-A--GCCC----TTA----ATTAATG---TG-CAGAAAGATACAA-A-ACAc
gi|16 : actaacccccggctaggGGTACAT-A-ACACTGT----AGTTTAG--TT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-G------AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--AATGGTAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-
gi|17 : actttatacatgaaggatacGTAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--AT---T------------------------------ATC---------ATACATT----A-------CATACCAGTGGAGACAGATa
gi|18 : ataaAA-CTATCC----CA-GGAG-G----ACAAATTC--AC-A-GT-------CAA-CTA--C-T---------T------------G--------TATG-CCTTC-A
gi|19 : actatgatgACCA----CAA-CCATTC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-AT-------CAA-CTA--T-T-------C-T------------G--------TATc
gi|2 : ATAATCAAAAACAA-CTATCT----TG-GACT-ATATAATGAATTC--AC-A-ATGATTATACAA-TTA--G-C-------A-T------------GGCAACTGCTATGACCTTT-AA----T--GCAGAT-A-GTTT--T-A--GGTTTTGGGTA----TT--ATGA--CA-TAGAAATATACCT-T-GCACTGA----ACCTAAG--AT-A---ATG--TAAATTCA---A--CT-GCCCTGAAAAATAAAAA---TGATTTGGT---AA-AA---ATTGCATTACAA--GTA-ATTGAAG-TTGAACAGTAT-AAATATAG-------A-AC-TA--AATGACTAA-AGAATAG---TTGAC--CAAG-GGATTTTGTAAAACATCACCA---------ATTATGAT-GAGT--
gi|21 : tgtctggcccacaaggcaaagcacaATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-G----ACGAATTC--AC-A-A
gi|3 : ATCA----CAA-CTATCT----CG-GGCT-G----ACGAAATC--AC-A-AT-------CAA-CTA--C-T-------A-T------------A--------ATTG-CCTTTAAA----C--G-AGCT-A-GTTCGTG-A--GCTT-----T-----A---ATGCATTG-CCGAAAGATACAA-A-ACACTGT-----GTTGA----T-T---ATG---CA--TTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AAATTAC-GCAT-A-AA--ATACAGT-ATGCTTGAACAAA-T-GAATATA--------A-A--TA--A-TGA-TAG-A-ACTAG---TTAA---CA-G-GGA-TTCACAAAAC-TGACAA---------ATAATGTT-GAGTTAATG--TAAAAAC---ATGAC-AAATAATGTGAGTATATCCTATATACTATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATG
gi|4 : tTATAATCA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-A----ATGAAATC--AC-A-AT-------CAA-CTA--C-T-------G-T------------A--------TATG-CCTTT-AA----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CAAAAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAG-A-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAGT--ATAAGT-AAAAC---ATGACAA--------------ATCT-A-----TATACATT----A-------CATA-CAGT-GAGA-AGATGGC
gi|5 : TC--GC-A-A--------CAG-CC---C-T-------AAT------------A--------TATG-CCTT--AA----C--GAAGCT-A-GTTC--G-A---CTT----GTC----A---ATGT--TG-CAAAAAATTACAA-A-ACACTGC----GGTTGAG--CTAA---ATG--TCA-TTTA-TTA--CT-GC-----AAA--AAA-----T-ACGAAGT---AA-AA--T-C----T-A-AA----C-AGT-AAC-TTGAACAAA-T-GAATATAAAACAGTTA-AC-TA--A-TGACTA--A-AATAG---TT-AC--CA-G-GGATTTCACCAAAAATGACAT---------ATAATGAT--AGT--
gi|6 : ttttttatcgctaatcgctaatattggaatacccagctattaA----CAA-CTATCC----CG-GGCT-A----ATGAAATC--AC-A-AT-------CAA-CTA--C-T-------G-T------------A--------TATG-CCTTT-AC----C--GCAGCT-A-GTTC--G-A--GCTT----GTA----A---ATG---TG-CA-AAAGATACAA-A-ACACTGT----GGTTGAG--CT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-GC-----AAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT---AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-TGACTAGAA-AATAG---TTGAC--CA-G-GGATTTCGCAAAACATGACAA---------ATAATGAT-GAG
gi|7 : TATAATCA----CAG-TTGTTCGGATCG-TGTC-A----ATGAATCC--AA-A-AGGAAA---CAC-CTA--C-TAA-----A-T------------A--------TATA-CATGT-A-------------------TG--G-A--GCTG----GTA----C---AAA---TG-CGGAAAGAT-----A-ATGCTGT----AATCAAA--CTCATTCATG--TCA-TTTAATGG--TT-G------GAAATAAA-----CGACTATGTATAAA-AA--TA-GACA--G-AA--ATA---T-AGG-------AAA-------ATA--------A-AT-TA--A-TGATTAG-A-AATGA---TTGAC--AA-A-GGAATACACAGAACATCACGA---------ATTATGAT-GAGT--A
gi|8 : tg-A-AT-------TAA-CTC--C-T-------T-T------------A--------T-TG-CAA---AA----CT-GCAGTC-A-ACTC--A-ACGACTT----ATA----C---ATG---------AAGGATACGACATACACTGT----AGTTTAG--TT-A---ATG--TCA-TTTATTTA--CT-G------GAAATAAA-----TGACGAAGT---AA-AA---ATGGTAT---AA--ATA-AGT-AAG-TTGAACAAAGT-
gi|9 : AATCA----CAAACTATCC-----G-GGCT-G----A-GAAATC--AC-A-AT-------CA--CTAGAC-T-------A-T------------AGATA----CATG-CCTTT-AA----CT-GCAGCT-ACGTTC--G-A--GCCTC---GTA----A---ATG---TGGCATAA-GATACAA-T--CACTGT----GGTTGAT--AT-A---ATGATCCA-TTTATTTATACT-GC-----AAA-TAA------TGACGAAGT---AA-AA--TACGGCAT-A-AAT-ATA-AGT-AAG--TGA--AAAGT-GAATATA--------A-AC-TA--A-Tatacattgtatatggaacatcaccgtaacagtgtcaaaatactcgaataatcgaatatttttctact
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATGTCGTATGGTGCAGGGAAAACATTTATACATGTA