lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1111111 11 111 1111111 4444444444444444 222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555555 1 22222 44444444444444444444444
lowQualScore : 44 55 4444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666 0000 0000000 4 00 555 77777 4444444 7777777777777777 55 333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 555 444 2 555 888 888888888 3 5 2 88 33 2 33 11 66666 11111111111111111111111 6 8 6
lowQualScore : .. .. .... ......................................................... . ................................................... .... ....... . .. ... ..... ....... ................ .. ... ................................................................................................................ . ... ... . ... ... ......... . . . .. .. . .. .. ..... ....................... . . .
lowQualScore : 77 77 3333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888 2222222 5 44 000 77777 1111111 3333333333333333 66 555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 444 777 9 000 999 555555555 1 0 9 44 99 9 99 55 44444 99999999999999999999999 7 3 0
consensus : AAGGGTCATAACTCTGCCAAA--TGTTAT---C--C-----GA-CC-GA-ACCCTTA---------NAAGTN--CTTGACCTGCG-TATTCT-CAT----GA--TATA-NCN----A--TAT---C------CCAAATTT-C--A--ATTCAAA----ATG------TCCATGT--ATGACTG-AG-----ATA--A-N--GAGTG--G---A--CTG---TGAA-TTGTTTGAAATTTTTCAAAGTCCAAGTGGATT--G-TAAACTCTTCCAAAAATTATTT-CACTCA-ACCAAACCGA-A-ACGAACTTGA---C--CGTATTTTCAGGACATACA-GT-ATCTACATGTAT-A---T-CCCAA-ATTTCA---AT---TCAAAA-TG-----ATGTCC-ATGTA-TGACTG-AGATAA--T-G--AGCGGAAACTGTG---AATTGTT------T----------G-----AAAGGGGCTTAACTCTGC
Reference ( gi|1 ) : AAGGGCCATAACTCTGTCAAA--CGTTAT---C--C-----GA-CT-GA-ACCCTTA---------CAAGTT--CCCGATTTGCT-TATTCT-CAT----G---CATA-ACG----A--TAT---T------CCAAAGTG-C--T--ATTCAAA----ATA------TCCATAT--ATGACCG-AG-----ATA--A-A--GAGTG--G---C--CTG---TGAA-TTGTTTGAATTCTTTCATAG-CCAAGCGGATTATAATAAACTCTTATAAAAAATATTC-CACTTA-ATTAAACCAA-AGACGAACTT-----C--CATATCCTTAAGACGTACA-GT-ATCTACATGCAT-A---T-CTCAA-ATTTCA---AT---TCAAAA-TGG--C-ATGTCC-AGGTA-TGACTA-AGATAA--T-G--AGCGGAAACTGCA---AATTGTT------T----------T-----AAAGGGGCATAACTTTGC
gi|3 : AAGGGTCATAATTCTACCAAA--AGTTATTTGC--C-----AA-CT-GA-A---TTAAGATAGATGTAAATA--CTTCATTTGTG-TATTCA-CAT----G----ATA-----------TAC---C------TCAA------------TTCAAA----ATA------TCCATGT--ATGATGG-AG-----ATG--ATC--GAGTT--GAAAC--TT------AG-TTGTTTGAAATTTTTCA------ACATGAATTTGACTAGACACTTCCAAAATTAATTT-CACTCATATCAA
gi|8 : AAGGGC-AGAACTCTACCAAA--TATTAT---TTTC------A-CT-CA-AC---TA---------AAA-----------CTGTC-TATTCT-CAT----GATGTATA-CAG----AATTAT---T------CTAAATTT-C--A--ATTCAAATA--ATG------TCTACAT--ATGACTG-AG-----AT---------ATTG--A---C--CAG----AAA-TTATTTGAA
gi|12 : AAGGTCAATAACT--GCCAAA--TGT-AT---C--CCAGCAAA-CT-GACACCA--A---------CA-GTG--GC---TTTGTG-TATTCT-CAT----G---TATA-TCT----A--TAT---C------CTACATTT-C--A--ATTCAAA----ATG------TACATGT--ATGACTA-AC-----TTA--A-T--GAGTA--G---att
gi|17 : cAAGGCTCATAACTTTGCCAAA---GTTAT---C--C-----AATCG-GG-ACGTTTA---------AAAGTA--TTTGACTTCCG-TGTTCT-CATATACA---CATA-ACT----A--TAT---C------CCAAA
gi|19 : AAGTGGCATAACTCTATCAAA---GTTAT---C--C-----GA-CC-GG-ACCCTTA---------TAATTT--
gi|9 : aAGGGTCATAACTCTGCC-AA--TATTAT---C--T-----GA-CCAGA-ACC---A---------CAAAATAACTTGACCTGC--CATTCT-CAT----GA--TATA-CTT----A--CAT---T------TCA------------ACTCTAA----ATG------TCCATTT--ATGACT---------ATA--G-A--CAATG----------CA---TGAATTTGCTTGAA
gi|2 : gtccTAACTCT-TCAAAAAC-TTAT---T--C-----GA-TC-GA-AACCT---------------------------GCA-TATTTT-CAG----GA--CATA-CCT----A--TAT---C------CCCAATT--C--T--GATGAAA----AAAGAAAAGCCCTTGT--ATGACTG-AG-----ATA--A-T--GAGTGAAA---A--CTG---TGCA-TTGTTTGAA
gi|7 : acctgcatattctcacgatatattaatatccaaaatttcaattcaaaatgtccgcgtgtgaataagaaaaatagtgtaaatttttcaacaccctggctAT---C--T-----AA-CC-AG-ACCCATA---------AAAGAA--CTTGACCT-CTGTATTTT-CAT----G----ATATACAT---G--TAT---TTACAGCCCAAATTT-TAAT--ATTCAAACTGAACA------TGCACATGAATGACTC-AG-----ATA--A-T--GAGCA--A---AAATTG---TGAA-TTATTTGAAATTTTaaaaaggtttataaaaggggcttaactctgc
gi|2 : TGCA-TATTCT-CAC----GA--TATA-TTA----A--TAT---C------CAAAATTT-C--A--ATTCAAA----ATG------TCCGCGT--GTGAATA-AG-----AAA--A-A--TAGTG-------------------------TAAATTTTTCAACAC-CC---TGGCTTA------ACTCTT-CAAAAA---------CTTA--TTCGATCGA-A-----ACCT-----G--CATATTTTCAGGACATAC-------CTA------T-A---T-CCCCA-ATTCTG---AT---GAAAAA-AGA--A-AAGCCC-TTGTA-TGACTG-AGATAA--T-G--AGTGAAAACTGTG---CATTGTT------TGAAAAAAAGGTTTATAAAAGGGGCTTAACTCTGC
gi|10 : accTCTACGT----G---TATA-ATGTCCCA--TAT---T------TCA---T--C--A--ATTCAAA----ATA------TCCATGT--ATGACTT-AT-----ACA--A-AATGAGTA--G---
gi|13 : aacaaacttgatctgcagattttcaggaccattga----G---TATA-TCT----A--TAT---C------CTACATTT-C--A--ATTCAAA----ATG------TACATGT--ATGACTA-AC-----TTA--A-T--GAGTA--G---aaactgaaaattttcaaaggcttaactctgc
gi|4 : ATA-TCC----A--TAT---C------CCAAA-T--C--TTAATTCAAA----ATG------TCTATGT--GTAAAT--AA-----ATA--A-T--AAGTG--GAA-A--CTG---TGAT-TTGTTTGAAAT-TTTCAAAG-TCAAATGG-TT-TGATAAA-TC----AATCAATAATT-CA---A-ACAAAACCAA-ACACAAACTTAA---C--CAGAGTATTAGAACAT--------TTT-----TAT-A---T-CCCAA-CTTCCA---AT---aagtccatcatttactggaaacatcgactcaacataaaaaccaaatacaaacttgaccagtgtact
gi|5 : tatTA-AGG----A--TATATAT------CCAAAATTTC--A--ACTCAAA----ATG------TCCATGCA-ATGACTG-AG-----ATAATA-A--GAGGA--A---A--C-----TGAT-TTGTTGGAAAT-TTTCAAAGTTCAAG-GGATT----TAAACTCTTTTGAAA
gi|14 : acatacttgacctgcatattt----A--TCT---T------TTAAATTT-C--A--ATTCAAA----ATG------ACCATGC--ATGACTG-AG-----ATA--C-T--GAGTG--GAA-A--CTGAACTGAA-TTGTTTtgttttgaacataacctgaacatgatttgact
gi|15 : ttttcatgatactggtatatctata--ATTCAAA----ATG------TCTATGTC-ATGACTGCAGTTATTGTA--A-A--CAG-A--A---A--CTG---TGAG-CTGTCTAAAACTTTTCAAAGTCCAAGtcttgttcaaggggcataactctg
gi|8 : ttggtctacatttaatcgtcacaatctatcaatatcctaAACTCTACCAAATATTATTTTCACTCA-ACTAAA-----------ACTG-----T--C-TATTCTCATGATGTA---------TACA-GAATTA---T-TCTAA-ATTTCA---AT---TCAAA--TA-----ATGTCT-ACATA-TGACTG-AGATAT--T-G--ACCAGAAATT
gi|7 : aagggcagTA-ACCAGACCCATAAAAGAACTTGACCTC--TGTATTTTCATGATATACATGT-ATTTACA-GC----------CCAA-ATTTTA---ATAT-TCAAAC-TGAA-C-ATGCAC-ATGAA-TGACTC-AGATAA--T-G--AGCAAAAATTGTG---AATTATT------T----------G-----AAAatttgaaatt
gi|10 : atcACAAACTTGAT--CTGCAGATTTTCAGGAC---CA-TTGATCTACGTGTAT-AATGT-CCCAT-ATTTCATCAAT---TCAAAA-TA--------TCC-ATGTA-TGACTT-ATACAAAAT-G--AGTAGAAACTGAA---AAT--TT------T----------C-----AAA--GGCTTAACTCTGCtttt
gi|6 : aGATATACATGT-AT-TACA-GC---------CCCAA-ATTTTA---ATATTTCAAAACTGAAAC-ATGCACGATGAA-TGACTC-AGCTAA--T-G--AGCAAAAATTGTG---AATTATT------T----------G-----AAA
gi|3 : ttcat-GT-ATTCACATG-AT-A---T-------ACCTCA---AT---TCAAA---------ATATCC-ATGTA-TGATGG-AGATGA--TCG--AGTTGAAACTT-----AGTTGTT------T----------G-----AAAattttttctgcgatcaaagggacaaactctgccaaaattattttgaatgagaagcta
gi|14 : aagggtcataattctaccaaaagttatttgccaactgaattaagatagatgtaaatacttcatttgtT-ATCTATA---AT-C---T-TTTAA-ATTTCA---AT---TCAAAA-TGA--C------C-ATGCA-TGACTG-AGATAC--T-G--AGTGGAAACTGAACTGAATTGTTTTCTTGT----------T-----CAAGGGGCATAACTCTGtttttcaacatgaatttgactagacacttccaaaattaatttcactcatatcaa
gi|12 : ttttcatgatactggta-ATGTATATCTAT-A---T-CCTAC-ATTTCA---AT---TCAAA---------ATGTAC-ATGTA-TGACTA-ACTTAA--T-G--AG
gi|9 : caaggtcaataactgccaaatgtatcccagcaaactgacaccaacagtggctttgtgtattctcTCT-CATG-AT-A---TACTTAC-ATTTCA---AC---TCTAA---------ATGTCC-ATTTA-TGACTATAGACAA--T-G--tag
gi|4 : gtccagggtcataactctgccaatattatctgaccagaaccacaaaataacttgacctgccatTATATCCAT-A---T-CCCAA-ATCTTA---AT---TCAAA---------ATGTCT-ATGTG-TAAATA-A-ATAA--T-A--AGTGGAAACTGTG---ATTTGTT------T----------G-----AAAcatgaatttgcttgaa
gi|13 : taTATATCTAT-A---T-CCTAC-ATTTCA---AT---TCAAA---------ATGTAC-ATGTA-TGACTA-ACTTAA--T-G--AGTAGAAttttcaaagtcaaatggtttgataaatcaatcaataattcaaacaaaaccaaacacaaacttaaccagagtattagaacatttttatatcccaacttccaat
gi|5 : gATATAT-A---T-CCAAA-ATTTCA---AC---TCAAAA-TG--------TCC-ATGCAATGACTG-AGATAA--T-A--AGAGGAAACTG-----ATTTGTT------gtccatcatttactggaaacatcgactcaacataaaaaccaaatacaaacttgaccagtgtact
gi|15 : acatacttgacctgcatattttaaggTCAATATCCTA---AT---TCAAAA-TGT--CTATGTC------A-TGACTGCAGTTAT--T-GTAAACAGAAACTGTG---AGCTGTC------T----------A-----AAAggaaattttcaaagttcaagggatttaaactcttttgaaatgttttgaacataacctgaacatgatttgact
gi|16 : ttggtctacatttaatcgtcacaatctaA-TGACTA-AGATGA--T-G--AGCAGAATTTATG---AATTATT------T----------G-----AAActtttcaaagtccaag
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACCTGCATGTATTTCTATGATATACTTATATTCACAAGGTTCAAATCAAAATGTCCCACATGAGTGCAAAAAGGCACTGTTTTAAAGTTTCAGAGCCCATGTAGCTGAACTCTTCCCCAAAACACTTTTTCA
Unaligned ( gi|18 ): TTACTCTGCTAAAAGGTATCTGACTGGACCCATACAAGAAATTGACCAGCATAAACTTATTCCCGT
Unaligned ( gi|20 ): AACATTTTCTGAGCAAATCCAGACAGTAAATTGGCCT
Alignments
lowQualScore : 1 222222222222222222 1111 11111111 11111111 3333333333333333 111 11 44444444444 111 2222222 111111 11 333 555555555555555555555555 111 44444444444 111 1111 555555555555555
lowQualScore : 3 5 1 888 66 3 5 111111111111111111 1111 1 999 666 555 00000000 888888 55 1 555 44 22222222 3 6 9999999999 44 2222222222222222 555 3 00 777 22222222222 77 0 888 6666666 5 333333 33 44 666 99 1 1 66 3 222222222222222222222222 111 99 99999999999 3 99 111 4444 000000000000000 2 4
lowQualScore : . . . ... .. . . .................. .... . ... ... ... ........ ...... .. . ... .. ........ . . .......... .. ................ ... . .. ... ........... .. . ... ....... . ...... .. .. ... .. . . .. . ........................ ... .. ........... . .. ... .... ............... . .
lowQualScore : 6 7 6 888 99 4 0 888888888888888888 2222 1 999 444 888 99999999 888888 77 0 888 66 11111111 3 7 8888888888 33 1111111111111111 111 1 55 222 77777777777 99 1 000 1111111 2 999999 00 22 000 22 7 0 77 2 333333333333333333333333 777 22 44444444444 7 22 777 2222 888888888888888 5 0
consensus : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACC-GGAC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AG-----ATAA-TGAGCGG--A--CTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGTCCAAGTGGA-TT---G--TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCACT-A-ACNAAACCNA--A-ACG-AACTTGACCT--GTA--TTTTCAGGACATACA-G---T-ATCTACA-GTATA---TCCCAAATTTCA---AT--TCAAAATG--A---T--GCCCATGTATGACTNAGAT--AATGAGCGGAAACTG---CGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
Reference ( family-2652 ) : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAATGTTAT---C--CGACC-GAAC---CCTTAN---------AAGTN-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATANCNA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AG-----ATAA-NGAGTGG--A--CTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGTCCAAGTGGA-TT---G--TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCACTCA-ACCAAACCGA--A-ACG-AACTTGACC---GTA--TTTTCAGGACATACA-G---T-ATCTACATGTATA---TCCCAAATTTCA---AT--TCAAAATG--A---T--GTCCATGTATGACTGAGAT--AATGAGCGGAAACTG---TGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCTTAACTCTGC
gi|1 : AAGGGCCA-TAACTCTGTCAAACGTTAT---C--CGACT-GAAC---CCTTAC---------AAGTT-CCCGATTTGC--TT---ATTCTCATG----CATAACGA----TAT------TC-CAAAGTGCTAT---TCAAA--A--------TATCC-ATAT-ATGACCG-AG-----ATAA-AGAGTGG--C--CTGTGAA-TTGTTTGAAT--TCTTTCATAG-CCAAGCGGA-TTATAA--TAAACTCTT--ATAAAA-AATATTCCACTTA-ATTAAACCAA--AGACG-AACTT--CC---ATA--TCCTTAAGACGTACA-G---T-ATCTACATGCATA---TCTCAAATTTCA---AT--TCAAAATGGCA---T--GTCCAGGTATGACTAAGAT--AATGAGCGGAAACTG---CAAATTGT----TTT---------------AAAGGGGCATAACTTTGC
gi|10 : --A-ACA-AACTTGATCT--GCAGATTTTCAGGAC---CA-T---TGATCTACGTGTATAATGTCCCATATTTCATCAAT--TCAAAATA----------TCCATGTATGACTTATACAAAATGAGTAGAAACTG---AAAAT--T----TTC---------------AAA--GGCTTAACTCTGC
gi|11 : ACCTGCATGT---ATTTCTATG---ATATACTTA----TAT------TCACAAGGTTCAAA---TCAAA--A--------TGTCC--CAC-ATGAGTG---------CAA-AAAG-GC--A--CTGT-------TTTAAAG----TTTCAGAGCCCATGTAG--CT---G----AACTCTTCCCCAAAACACTTTTTCA
gi|12 : AAGGTCAATAACT--GCCAAATGT-AT---C--CCAGC-AAACTGACACCAA---------CAGTGGCTT----TGT--GT---ATTCTCATG----TATATCTA----TAT------CC-TACATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTAC-ATGT-ATGACTA-AC-----TTAA-TGAGTAG--
gi|13 : cTATATCTA----TAT------CC-TACATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTAC-ATGT-ATGACTA-AC-----TTAA-TGAGTAG--A--
gi|14 : g--TTTTCATGA--TACT-GGTAT-ATCTATA---ATC---TTTTAAATTTCA---AT--TCAAAATG--A--------CCATGCATGACTGAGAT--ACTGAGTGGAAACTGAACTGAATTGTTTTCTTGTT-------------CAAGGGGCATAACTCTGagtccatcatttactggaaacatcgactcaacataaaaaccaaatacaaacttgaccagtgtact
gi|15 : TTGGTCTAC--ATTTAATCGTCACA---ATCTATCAA----TAT------CC-TAA-------T---TCAAA--A--------TGTCT-ATGTCATGACTGCAGTTATTGTAA-ACAG-AA--A--CTGTGAG-CTGTCTAAAA--CTTTTCAAAGTCCAAG
gi|16 : ATGACTAAGAT--GATGAGCAGAATTTA---TGAATTAT----TTG---------------AAA
gi|17 : cAAGGCTCA-TAACTTTGCCAAA-GTTAT---C--CAATCGGGAC---GTTTAA---------AAGTA-TTTGACTTCC--GT---GTTCTCATATACACATAACTA----TAT------CC-CAAAatttctgcatccttggggcacaactgtaccaaacatttctggaacgtgaacta
gi|18 : ACTCTGCTAAAAGGTAT---C--TGACT-GGAC---CCATAC---------AAGAA-ATTGACCAGC--AT---A
gi|19 : ttAAGTGGCA-TAACTCTATCAAA-GTTAT---C--CGACC-GGAC---CCTTAT---------AAaacttattcccgt
gi|2 : aACCTGC--AT---ATTCTCACG---ATATATTAA----TAT------CC-AAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-GCGT-GTGAATA-AG-----AAAA-ATAGTG-------------------T-AAA--TTTTTCAACACCC---TGGC-TT--------AACTCTT--CAAAAA-CTTATTC-----------GATCGA--A-AC-----CTG--C---ATA--TTTTCAGGACATAC-------------C---TATA---TCCCCAATTCTG---AT--GAAAAAAG--A---AAAGCCCTTGTATGACTGAGAT--AATGAGTGAAAACTG---TGCATTGT----TTGAAAAAAAGGTTTATAAAAGGGGCTTAACTCTGCttt
gi|3 : AAGGGTCA-TAATTCTACCAAAAGTTATTTGC--CAACT-GAA------TTAAGATAGATGTAAATA-CTTCATTTGT--GT---ATTCACATG---ATATACC------------------------TCAAT---TCAAA--A--------TATCC-ATGT-ATGATGG-AG-----ATGATCGAGTTGAAA--CT-T-AG-TTGTTTGAAA--TTTTTCAA----CA--TGAATTT---GACTAGACACTT--CCAAAA-TTAATTTCACTCATATCAA
gi|4 : ---ATATATCCA----TAT------CC-CAAATCTTAAT---TCAAA--A--------TGTCT-ATGT-GTAAAT--AA-----ATAA-TAAGTGGAAA--CTGTGAT-TTGTTTGAAA---TTTTCAAAGT-CAAATGGT-TT---GA-TAAA-TCAA--TCAA-----TAATTCA---A-ACAAAACCAA--ACACA-AACTTAACCAGAGTA--TT---AGAACAT-----------TTT-----TATA---TCCCAACTTCCA---AT--
gi|5 : tTA-CTTGACCTGC--AT---ATTTTAAGG---ATATA--------TAT------CC-AAAATTTCAAC---TCAAA--A--------TGTCC-ATGCAATGACTG-AG-----ATAA-TAAGAGG--A--AACTGAT-TTGTTGGAAA---TTTTCAAAGTTCAAG-GGA-TT------TAAACTCTT--TTGAAA---TGTTT---TGA-ACATAACCTG--A-ACATGATTTGAC
gi|6 : acaTCATG---ATATACATG----TATTACAGCCC-CAAATTTTAATATTTCAAA--ACTGAAACATGCACGATGA-ATGACTC-AG-----CTAA-TGAGCAA--AAATTGTGAA-TTATTTGAAAATTTTTTCTGCGATCAAAGGGA---------CAAACTCTG--CC-AAA-ATTATTTt
gi|7 : tA-ACCAGACCCATAA-AAG-AACTTGACCTCTGTA--TTTTCATGATATACATG---T-ATTTACA-G--------CCCAAATTTTA---ATATTCAAACTG--AACAT--GCACATGAATGACTCAGAT--AATGAGCAAAAATTG---TGAATTAT----TTG---------------AAAtgaatgagaagcta
gi|8 : atctAAGGG-CA-GAACTCTACCAAATATTAT---TTTC-ACT-CAAC------TAA---------AA----------CTGT--CT---ATTCTCATG---ATGTATACAGAATTAT------TC-TAAATTTCAAT---TCAAATAA--------TGTCT-ACAT-ATGACTG-AG-----ATAT-TGACCAG--A-------AA-TTATTTGAAA--TTtttt
gi|9 : AGGGTCA-TAACTCTGCCAA-TATTAT---C--TGACC-AGAA---CCACAA---------AATAA-CTTGACCTGC---C---ATTCTCATG---ATATACTTA----CAT--------------TTCAAC---TCTAA--A--------TGTCC-ATTT-ATGACTATAG-----ACAA-TG-----------CATGAATTTGCTTGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AACATTTTCTGAGCAAATCCAGACAGTAAATTGGCCT
Alignments
lowQualScore : 1 222222222222222222 11111111 3333333333333 111 11 44444444444 111 222 1111 22222222 555555555555555555555555 111 111 4444444444444 1111 1111 444444444444444
lowQualScore : 3 5 0 888 66 3 5 111111111111111111 7777 1 999 666 555 6666666 888888 55 1 555 44 22222222 3 6 88 1 3 44 4444444444444 55 555 3 00 777 22222222222 77 0 888 0 000 44 1 3333 6 1 5 55555555 99 0 3 55 1 555555555555555555555555 000 777 2222222222222 6 2 1 77 5555 0 2222 333333333333333 2 1
lowQualScore : . . . ... .. . . .................. .... . ... ... ... ....... ...... .. . ... .. ........ . . .. . . .. ............. .. ... . .. ... ........... .. . ... . ... .. . .... . . . ........ .. . . .. . ........................ ... ... ............. . . . .. .... . .... ............... . .
lowQualScore : 6 7 8 888 99 4 0 000000000000000000 6666 1 999 444 888 7777777 888888 77 0 888 66 11111111 3 7 22 5 3 66 5555555555555 66 111 1 55 222 77777777777 99 1 000 1 555 88 0 5555 7 0 2 44444444 22 1 0 33 4 777777777777777777777777 000 999 5555555555555 7 2 0 99 0000 4 1111 666666666666666 5 0
consensus : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AGATAAT-G--AGCGG--A--CTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGTCCAAGTGGA-TT---G--TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCAC-TAACNAAACCCG--A-ACG-AACTTGACC--C--G--TA--TTTTCANGACATACA-G---T-ATCTACA-GTATA---TCCCAAATTTCA---AT---TCAAAA-TG--A----TGCCC-ATGNATGACTNAGAT--AATGAGCGGAAACTG---TGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
Reference ( family-2652 ) : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AGATAAT-G--AGCGG--A--CTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGTCCAAGTGGA-TT---G--TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCAC-TAACNAAACCNA--A-ACG-AACTTGACC--T--G--TA--TTTTCAGGACATACA-G---T-ATCTACA-GTATA---TCCCAAATTTCA---AT---TCAAAA-TG--A----TGCCC-ATGTATGACTNAGAT--AATGAGCGGAAACTG---CGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
gi|1 : AAGGGCCA-TAACTCTGTCAAACGTTAT---C--CGACTGA-AC---CCTTAC---------AAGTT-CCCGATTTGC--TT---ATTCTCATG----CATAACGA----TAT------TC-CAAAGTGCTAT---TCAAA--A--------TATCC-ATAT-ATGACCG-AGATAAA-G--AGTGG--C--CTGTGAA-TTGTTTGAAT--TCTTTCATAG-CCAAGCGGA-TTATAA--TAAACTCTT--ATAAAA-AATATTCCACTTAATTAAACCAA--AGACG-AACTT---C--C--A--TA--TCCTTAAGACGTACA-G---T-ATCTACATGCATA---TCTCAAATTTCA---AT---TCAAAA-TGGCA----TGTCC-AGGTATGACTAAGAT--AATGAGCGGAAACTG---CAAATTGT----TTT---------------AAAGGGGCATAACTTTGC
gi|10 : --A-ACA-AACTTGATC--T--G--CAGATTTTCAGGAC---CA-T---TGATCTACGTGTATAATGTCCCATATTTCATCAAT---TCAAAA-T---A----T--CC-ATGTATGACTTATACAAAATGAGTAGAAACTG---AAAAT--T----TTC---------------AAA--GGCTTAACTCTGC
gi|11 : ACCTGCATGT---ATTTCTATG---ATATACTTA----TAT------TCACAAGGTTCAAA---TCAAA--A--------TGTCC--CAC-ATGAGTG----CAAA-A--AG-GC--A--CTGT-------TTTAAAG----TTTCAGAGCCCATGTAG--CT---G----AACTCTTCCCCAAAACACTTTTTCA
gi|12 : AAGGTCAATAACT--GCCAAATGT-AT---C--CCAGCAA-ACTGACACCAA---------CAGTGGCTT----TGT--GT---ATTCTCATG----TATATCTA----TAT------CC-TACATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTAC-ATGT-ATGACTA-ACTTAAT-G--AG
gi|13 : cTATATCTA----TAT------CC-TACATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTAC-ATGT-ATGACTA-ACTTAAT-G--AGTAG--A--tag
gi|14 : g--TTTTCATGA--TACT-GGTAT-ATCTATA---ATC---TTTTAAATTTCA---AT---TCAAAA-TG--A-------CC-ATGCATGACTGAGAT--ACTGAGTGGAAACTGAACTGAATTGTTTTCTTGTT-------------CAAGGGGCATAACTCTGagtccatcatttactggaaacatcgactcaacataaaaaccaaatacaaacttgaccagtgtact
gi|15 : TTGGTCTAC--ATTTAATCGTCACA---ATCTATCAA----TAT------CC-TAA-------T---TCAAA--A--------TGTCT-ATGTCATGACTGCAGTTATT-GTAAACAG--AAACTGTGAG-CTGTCTAAAA--CTTTTCAAAGTCCAAG
gi|16 : ATGACTAAGAT--GATGAGCAGAATTTA---TGAATTAT----TTG---------------AAA
gi|17 : cAAGGCTCA-TAACTTTGCCAAA-GTTAT---C--CAATCGGGAC---GTTTAA---------AAGTA-TTTGACTTCC--GT---GTTCTCATATACACATAACTA----TAT------CC-CAAAatttctgcatccttggggcacaactgtaccaaacatttctggaacgtgaacta
gi|18 : ACTCTGCTAAAAGGTAT---C--TGACTGG-AC---CCATAC---------AAGAA-ATTGACCAGC--AT---A
gi|19 : ttAAGTGGCA-TAACTCTATCAAA-GTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAT---------AAaacttattcccgt
gi|2 : aACCTGC--AT---ATTCTCACG---ATATATTAA----TAT------CC-AAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-GCGT-GTGAATA-AGA-AA--------------------AA-TAGTGT-AAA--TTTTTCAACACCC---TGGC-TT--------AACTCTT--CAAAAA-CTTATT---------------CG--A-TCG-AA----ACC--T--GCATA--TTTTCAGGACATAC----------C------TATA---TCCCCAATTCTG---AT---GAAAAA-AGAAA----AGCCC-TTGTATGACTGAGAT--AATGAGTGAAAACTG---TGCATTGT----TTGAAAAAAAGGTTTATAAAAGGGGCTTAACTCTGCttt
gi|3 : AAGGGTCA-TAATTCTACCAAAAGTTATTTGC--CAACTGA-A------TTAAGATAGATGTAAATA-CTTCATTTGT--GT---ATTCACATG---ATATACCT------------------------CAAT---TCAAA--A--------TATCC-ATGT-ATGATGG-AGATGATCG--AGTTGAAA--CT-T-AG-TTGTTTGAAA--TTTTTCAA----CA--TGAATTT---GACTAGACACTT--CCAAAA-TTAATTTCAC-T
gi|4 : ---ATATATCCA----TAT------CC-CAAATCTTAAT---TCAAA--A--------TGTCT-ATGT-GTAAAT--AAATAAT-A--AGTGGAAA--CTGTGAT-TTGTTTGAAA---TTTTCAAAGT-CAAATGGT-TT---GA-TAAA-TCAA--TCAA-----TAATTCA---AACAAAACCAA--ACACA-AACTTAACCAGA--G--TA--TT---AGAACAT-----------TTT-----TATA---TCCCAACTTCCA---AT---catatcaa
gi|5 : tTA-CTTGACCTGC--AT---ATTTTAAGG---ATATAT--------AT------CC-AAAATTTCAAC---TCAAA--A--------TGTCC-ATGCAATGACTG-AGATAAT-A--AGAGG--A--AACTGAT-TTGTTGGAAA---TTTTCAAAGTTCAAG-GGA-TT------TAAACTCTT--TTGAAA---TGTTTTG---AACATAACCTG--A-ACATGATTTGAC
gi|6 : acaTTCATGATATACATG---T-AT-TACA-GC-------CCCAAATTTTA---ATATTTCAAAACTG--AAACATGCACGATGAATGACTCAGCT--AATGAGCAAAAATTG---TGAATTAT----TTG---------------AAAt
gi|6 : TCATG---ATATACATG----TATTACAGCCC-CAAATTTTAATATTTCAAA--ACTGAAACATGCACGATGA-ATGACTC-AGCTAAT-G--AGCAA--AAATTGTGAA-TTATTTGAAAATTTTTTCTGCGATCAAAGGGA---------CAAACTCTG--CC-AAA-ATTATTTattttttctgcgatcaaagggacaaactctgccaaaattattttgaatgagaagcta
gi|7 : tC-TAACCAGACCCATAA-AAG-AACTTGACC--TCTG--TA--TTTTCATGATATACATG---T-ATTTACA-G--------CCCAAATTTTA---ATAT-TCAAAC-TG--AACA-TGCAC-ATGAATGACTCAGAT--AATGAGCAAAAATTG---TGAATTAT----TTG---------------AAAtgaatgagaagcta
gi|8 : atAAGGG-CA-GAACTCTACCAAATATTAT---TTTC-ACTCA-AC------TAA---------AA----------CTGT--CT---ATTCTCATG---ATGTATACAGAATTAT------TC-TAAATTTCAAT---TCAAATAA--------TGTCT-ACAT-ATGACTG-AGATATT-G--ACCAG--A-------AA-TTATTTGAAA--TTtttt
gi|9 : AGGGTCA-TAACTCTGCCAA-TATTAT---C--TGACCAG-AA---CCACAA---------AATAA-CTTGACCTGC---C---ATTCTCATG---ATATACTTA----CAT--------------TTCAAC---TCTAA--A--------TGTCC-ATTT-ATGACTATAGACAAT-G-------------CATGAATTTGCTTGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AACATTTTCTGAGCAAATCCAGACAGTAAATTGGCCT
Alignments
lowQualScore : 1 222222222222222222 11111111 3333333333333 111 11 44444444444 111 111 333333333333333333333333 555555555555555555555555 111 111 4444444444444 111 1111 444444444444444
lowQualScore : 3 5 0 888 66 3 5 111111111111111111 7777 1 999 666 555 6666666 888888 55 1 555 44 22222222 3 6 88 1 3 44 4444444444444 55 555 3 00 777 22222222222 77 0 888 0 666 1 222222222222222222222222 99 0 1 55 1 555555555555555555555555 000 777 2222222222222 6 1 1 77 000 0 2222 333333333333333 2 1
lowQualScore : . . . ... .. . . .................. .... . ... ... ... ....... ...... .. . ... .. ........ . . .. . . .. ............. .. ... . .. ... ........... .. . ... . ... . ........................ .. . . .. . ........................ ... ... ............. . . . .. ... . .... ............... . .
lowQualScore : 6 7 8 888 99 4 0 000000000000000000 6666 1 999 444 888 7777777 888888 77 0 888 66 11111111 3 7 22 5 3 66 5555555555555 66 111 1 55 222 77777777777 99 1 000 1 333 0 777777777777777777777777 22 1 0 33 4 777777777777777777777777 000 999 5555555555555 7 0 0 99 000 4 1111 666666666666666 5 0
consensus : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AGATAAT-G--AGCGG--A--CTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGTCCAAGTGGA-TT---G--TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCAC-TAACGAAACCCG--A-ACG-AACTTGACC--C--GTA--TTTTCANGACATACA-G---T-ATCTACA-GTATA---TCCCAAATTT---CAAT---TCAAAA-TG--A----TGCCC-ATGNATGACTNAGAT--AATGAGCGGAAACTG---TGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
Reference ( family-2652 ) : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AGATAAT-G--AGCGG--A--CTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGTCCAAGTGGA-TT---G--TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCAC-TAACNAAACCCG--A-ACG-AACTTGACC--C--GTA--TTTTCANGACATACA-G---T-ATCTACA-GTATA---TCCCAAATTT---CAAT---TCAAAA-TG--A----TGCCC-ATGNATGACTNAGAT--AATGAGCGGAAACTG---TGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
gi|1 : AAGGGCCA-TAACTCTGTCAAACGTTAT---C--CGACTGA-AC---CCTTAC---------AAGTT-CCCGATTTGC--TT---ATTCTCATG----CATAACGA----TAT------TC-CAAAGTGCTAT---TCAAA--A--------TATCC-ATAT-ATGACCG-AGATAAA-G--AGTGG--C--CTGTGAA-TTGTTTGAAT--TCTTTCATAG-CCAAGCGGA-TTATAA--TAAACTCTT--ATAAAA-AATATTCCACTTAATTAAACCAA--AGACG-AACTT---C--C--ATA--TCCTTAAGACGTACA-G---T-ATCTACATGCATA---TCTCAAATTT---CAAT---TCAAAA-TGGCA----TGTCC-AGGTATGACTAAGAT--AATGAGCGGAAACTG---CAAATTGT----TTT---------------AAAGGGGCATAACTTTGC
gi|10 : --A-ACA-AACTTGATC--T--GCAGATTTTCAGGAC---CA-T---TGATCTACGTGTATAATGTCCCATATTTCATCAAT---TCAAAA-T---A----T--CC-ATGTATGACTTATACAAAATGAGTAGAAACTG---AAAAT--T----TTC---------------AAA--GGCTTAACTCTGC
gi|11 : ACCTGCATGT---ATTTCTATG---ATATACTTA----TAT------TCACAAGGTTCAAA---TCAAA--A--------TGTCC--CAC-ATGAGTG----CAAA-A--AG-GC--A--CTGT-------TTTAAAG----TTTCAGAGCCCATGTAG--CT---G----AACTCTTCCCCAAAACACTTTTTCA
gi|12 : AAGGTCAATAACT--GCCAAATGT-AT---C--CCAGCAA-ACTGACACCAA---------CAGTGGCTT----TGT--GT---ATTCTCATG----TATATCTA----TAT------CC-TACATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTAC-ATGT-ATGACTA-ACTTAAT-G--AG
gi|13 : cTATATCTA----TAT------CC-TACATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTAC-ATGT-ATGACTA-ACTTAAT-G--AGTAG--A--tag
gi|14 : g--TTTTCATGA--TACT-GGTAT-ATCTATA---ATC---TTTTAAATTT---CAAT---TCAAAA-TG--A-------CC-ATGCATGACTGAGAT--ACTGAGTGGAAACTGAACTGAATTGTTTTCTTGTT-------------CAAGGGGCATAACTCTGagtccatcatttactggaaacatcgactcaacataaaaaccaaatacaaacttgaccagtgtact
gi|15 : TTGGTCTAC--ATTTAATCGTCACA---ATCTATCAA----TAT------CC-TAA-------T---TCAAA--A--------TGTCT-ATGTCATGACTGCAGTTATT-GTAAACAG--AAACTGTGAG-CTGTCTAAAA--CTTTTCAAAGTCCAAG
gi|16 : ATGACTAAGAT--GATGAGCAGAATTTA---TGAATTAT----TTG---------------AAA
gi|17 : cAAGGCTCA-TAACTTTGCCAAA-GTTAT---C--CAATCGGGAC---GTTTAA---------AAGTA-TTTGACTTCC--GT---GTTCTCATATACACATAACTA----TAT------CC-CAAAatttctgcatccttggggcacaactgtaccaaacatttctggaacgtgaacta
gi|18 : ACTCTGCTAAAAGGTAT---C--TGACTGG-AC---CCATAC---------AAGAA-ATTGACCAGC--AT---A
gi|19 : ttAAGTGGCA-TAACTCTATCAAA-GTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAT---------AAaacttattcccgt
gi|2 : aACCTGC--AT---ATTCTCACG---ATATATTAA----TAT------CC-AAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-GCGT-GTGAATA-AGA-AA--------------------AA-TAGTGT-AAA--TTTTTCAACACCC---TGGC-TT--------AACTCTT--CAAAAA-CTTATT---C-GATCGAAACCTG-------------------C--ATA--TTTTCAGGACATAC----------C------TATA---TCCCCAATTC---TGAT---GAAAAA-AGAAA----AGCCC-TTGTATGACTGAGAT--AATGAGTGAAAACTG---TGCATTGT----TTGAAAAAAAGGTTTATAAAAGGGGCTTAACTCTGCttt
gi|3 : AAGGGTCA-TAATTCTACCAAAAGTTATTTGC--CAACTGA-A------TTAAGATAGATGTAAATA-CTTCATTTGT--GT---ATTCACATG---ATATACCT------------------------CAAT---TCAAA--A--------TATCC-ATGT-ATGATGG-AGATGATCG--AGTTGAAA--CT-T-AG-TTGTTTGAAA--TTTTTCAA----CA--TGAATTT---GACTAGACACTT--CCAAAA-TTAATTTCAC-T
gi|4 : ---ATATATCCA----TAT------CC-CAAATCTTAAT---TCAAA--A--------TGTCT-ATGT-GTAAAT--AAATAAT-A--AGTGGAAA--CTGTGAT-TTGTTTGAAA---TTTTCAAAGT-CAAATGGT-TT---GA-TAAA-TCAA--TCAA-----TAATTCA---AACAAAACCAA--ACACA-AACTTAACCAGA--GTA--TT---AGAACAT-----------TTT-----TATA---TCCCAACTTC---CAAT---catatcaa
gi|5 : tTA-CTTGACCTGC--AT---ATTTTAAGG---ATATAT--------AT------CC-AAAATTTCAAC---TCAAA--A--------TGTCC-ATGCAATGACTG-AGATAAT-A--AGAGG--A--AACTGAT-TTGTTGGAAA---TTTTCAAAGTTCAAG-GGA-TT------TAAACTCTT--TTGAAA---TGTTTTG---AACATAACCTG--A-ACATGATTTGAC
gi|6 : acaTTCATGATATACATG---T-AT-TACA-GC-------CCCAAATTT---TAATATTTCAAAACTG--AAACATGCACGATGAATGACTCAGCT--AATGAGCAAAAATTG---TGAATTAT----TTG---------------AAAt
gi|6 : TCATG---ATATACATG----TATTACAGCCC-CAAATTTTAATATTTCAAA--ACTGAAACATGCACGATGA-ATGACTC-AGCTAAT-G--AGCAA--AAATTGTGAA-TTATTTGAAAATTTTTTCTGCGATCAAAGGGA---------CAAACTCTG--CC-AAA-ATTATTTattttttctgcgatcaaagggacaaactctgccaaaattattttgaatgagaagcta
gi|7 : tC-TAACCAGACCCATAA-AAG-AACTTGACC--TCTGTA--TTTTCATGATATACATG---T-ATTTACA-G--------CCCAAATTT---TAATAT-TCAAAC-TG--AACA-TGCAC-ATGAATGACTCAGAT--AATGAGCAAAAATTG---TGAATTAT----TTG---------------AAAtgaatgagaagcta
gi|8 : atAAGGG-CA-GAACTCTACCAAATATTAT---TTTC-ACTCA-AC------TAA---------AA----------CTGT--CT---ATTCTCATG---ATGTATACAGAATTAT------TC-TAAATTTCAAT---TCAAATAA--------TGTCT-ACAT-ATGACTG-AGATATT-G--ACCAG--A-------AA-TTATTTGAAA--TTtttt
gi|9 : AGGGTCA-TAACTCTGCCAA-TATTAT---C--TGACCAG-AA---CCACAA---------AATAA-CTTGACCTGC---C---ATTCTCATG---ATATACTTA----CAT--------------TTCAAC---TCTAA--A--------TGTCC-ATTT-ATGACTATAGACAAT-G-------------CATGAATTTGCTTGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AACATTTTCTGAGCAAATCCAGACAGTAAATTGGCCT
Alignments
lowQualScore : 1 222222222222222222 11111111 3333333333333 111 11 44444444444 111 111 333333333333333333333333 555555555555555555555555 111 111 4444444444444 111 1111 444444444444444
lowQualScore : 3 5 0 888 66 3 5 111111111111111111 7777 1 999 666 555 6666666 888888 55 1 555 44 22222222 3 6 88 1 3 44 4444444444444 55 555 3 00 777 22222222222 77 0 888 0 666 6 222222222222222222222222 99 0 1 55 1 555555555555555555555555 000 777 2222222222222 6 1 1 77 000 4 2222 333333333333333 2 1
lowQualScore : . . . ... .. . . .................. .... . ... ... ... ....... ...... .. . ... .. ........ . . .. . . .. ............. .. ... . .. ... ........... .. . ... . ... . ........................ .. . . .. . ........................ ... ... ............. . . . .. ... . .... ............... . .
lowQualScore : 6 7 8 888 99 4 0 000000000000000000 6666 1 999 444 888 7777777 888888 77 0 888 66 11111111 3 7 22 5 3 66 5555555555555 66 111 1 55 222 77777777777 99 1 000 1 333 4 777777777777777777777777 22 1 0 33 4 777777777777777777777777 000 999 5555555555555 7 0 0 99 000 0 1111 666666666666666 5 0
consensus : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AGATAAT-G--AGCGG--A--CTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGTCCAAGTGGA-TT---G--TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCAC-TAACGAAACCCG--A-ACG-AACTTGACC--C--GTA--TTTTCANGACATACA-G---T-ATCTACA-GTATA---TCCCAAATTTCA---AT---TCAAAA-TG--A----TGCCC-ATGNATGACTNAGATAA--TGAGCGGAAACTG---TGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
Reference ( family-2652 ) : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AGATAAT-G--AGCGG--A--CTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGTCCAAGTGGA-TT---G--TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCAC-TAACGAAACCCG--A-ACG-AACTTGACC--C--GTA--TTTTCANGACATACA-G---T-ATCTACA-GTATA---TCCCAAATTTCA---AT---TCAAAA-TG--A----TGCCC-ATGNATGACTNAGATAA--TGAGCGGAAACTG---TGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
gi|1 : AAGGGCCA-TAACTCTGTCAAACGTTAT---C--CGACTGA-AC---CCTTAC---------AAGTT-CCCGATTTGC--TT---ATTCTCATG----CATAACGA----TAT------TC-CAAAGTGCTAT---TCAAA--A--------TATCC-ATAT-ATGACCG-AGATAAA-G--AGTGG--C--CTGTGAA-TTGTTTGAAT--TCTTTCATAG-CCAAGCGGA-TTATAA--TAAACTCTT--ATAAAA-AATATTCCACTTAATTAAACCAA--AGACG-AACTT---C--C--ATA--TCCTTAAGACGTACA-G---T-ATCTACATGCATA---TCTCAAATTTCA---AT---TCAAAA-TGGCA----TGTCC-AGGTATGACTAAGATAA--TGAGCGGAAACTG---CAAATTGT----TTT---------------AAAGGGGCATAACTTTGC
gi|10 : --A-ACA-AACTTGATC--T--GCAGATTTTCAGGAC---CA-T---TGATCTACGTGTATAATGTCCCATATTTCATCAAT---TCAAAA-T---A----T--CC-ATGTATGACTTATACAAAATGAGTAGAAACTG---AAAATT------TTC---------------AAAGG--CTTAACTCTGC
gi|11 : ACCTGCATGT---ATTTCTATG---ATATACTTA----TAT------TCACAAGGTTCAAA---TCAAA--A--------TGTCC--CAC-ATGAGTG----CAAA-A--AG-GC--A--CTGT-------TTTAAAG----TTTCAGAGCCCATGTAG--CT---G----AACTCTTCCCCAAAACACTTTTTCA
gi|12 : AAGGTCAATAACT--GCCAAATGT-AT---C--CCAGCAA-ACTGACACCAA---------CAGTGGCTT----TGT--GT---ATTCTCATG----TATATCTA----TAT------CC-TACATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTAC-ATGT-ATGACTA-ACTTAAT-G--AG
gi|13 : cTATATCTA----TAT------CC-TACATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTAC-ATGT-ATGACTA-ACTTAAT-G--AGTAG--A--tag
gi|14 : g--TTTTCATGA--TACT-GGTAT-ATCTATA---ATC---TTTTAAATTTCA---AT---TCAAAA-TG--A-------CC-ATGCATGACTGAGATAC--TGAGTGGAAACTGAACTGAATTGTTTTCTTGTT-------------CAAGGGGCATAACTCTGagtccatcatttactggaaacatcgactcaacataaaaaccaaatacaaacttgaccagtgtact
gi|15 : TTGGTCTAC--ATTTAATCGTCACA---ATCTATCAA----TAT------CC-TAA-------T---TCAAA--A--------TGTCT-ATGTCATGACTGCAGTTATT-GTAAACAG--AAACTGTGAG-CTGTCTAAAA--CTTTTCAAAGTCCAAG
gi|16 : ATGACTAAGATGA--TGAGCAGAATTTA---TGAATTAT----TTG---------------AAA
gi|17 : cAAGGCTCA-TAACTTTGCCAAA-GTTAT---C--CAATCGGGAC---GTTTAA---------AAGTA-TTTGACTTCC--GT---GTTCTCATATACACATAACTA----TAT------CC-CAAAatttctgcatccttggggcacaactgtaccaaacatttctggaacgtgaacta
gi|18 : ACTCTGCTAAAAGGTAT---C--TGACTGG-AC---CCATAC---------AAGAA-ATTGACCAGC--AT---A
gi|19 : ttAAGTGGCA-TAACTCTATCAAA-GTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAT---------AAaacttattcccgt
gi|2 : aACCTGC--AT---ATTCTCACG---ATATATTAA----TAT------CC-AAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-GCGT-GTGAATA-AGA-AA--------------------AA-TAGTGT-AAA--TTTTTCAACACCC---TGGC-TT--------AACTCTT--CAAAAA-CTTATT---C-GATCGAAACCTG-------------------C--ATA--TTTTCAGGACATAC----------C------TATA---TCCCCAATTCTG---AT---GAAAAA-AGAAA----AGCCC-TTGTATGACTGAGATAA--TGAGTGAAAACTG---TGCATTGT----TTGAAAAAAAGGTTTATAAAAGGGGCTTAACTCTGCttt
gi|3 : AAGGGTCA-TAATTCTACCAAAAGTTATTTGC--CAACTGA-A------TTAAGATAGATGTAAATA-CTTCATTTGT--GT---ATTCACATG---ATATACCT------------------------CAAT---TCAAA--A--------TATCC-ATGT-ATGATGG-AGATGATCG--AGTTGAAA--CT-T-AG-TTGTTTGAAA--TTTTTCAA----CA--TGAATTT---GACTAGACACTT--CCAAAA-TTAATTTCAC-T
gi|4 : ---ATATATCCA----TAT------CC-CAAATCTTAAT---TCAAA--A--------TGTCT-ATGT-GTAAAT--AAATAAT-A--AGTGGAAA--CTGTGAT-TTGTTTGAAA---TTTTCAAAGT-CAAATGGT-TT---GA-TAAA-TCAA--TCAA-----TAATTCA---AACAAAACCAA--ACACA-AACTTAACCAGA--GTA--TT---AGAACAT-----------TTT-----TATA---TCCCAACTTCCA---AT---catatcaa
gi|5 : tTA-CTTGACCTGC--AT---ATTTTAAGG---ATATAT--------AT------CC-AAAATTTCAAC---TCAAA--A--------TGTCC-ATGCAATGACTG-AGATAAT-A--AGAGG--A--AACTGAT-TTGTTGGAAA---TTTTCAAAGTTCAAG-GGA-TT------TAAACTCTT--TTGAAA---TGTTTTG---AACATAACCTG--A-ACATGATTTGAC
gi|6 : acaTTCATGATATACATG---T-AT-TACA-GC-------CCCAAATTTTA---ATATTTCAAAACTG--AAACATGCACGATGAATGACTCAGCTAA--TGAGCAAAAATTG---TGAATTAT----TTG---------------AAAt
gi|6 : TCATG---ATATACATG----TATTACAGCCC-CAAATTTTAATATTTCAAA--ACTGAAACATGCACGATGA-ATGACTC-AGCTAAT-G--AGCAA--AAATTGTGAA-TTATTTGAAAATTTTTTCTGCGATCAAAGGGA---------CAAACTCTG--CC-AAA-ATTATTTattttttctgcgatcaaagggacaaactctgccaaaattattttgaatgagaagcta
gi|7 : tC-TAACCAGACCCATAA-AAG-AACTTGACC--TCTGTA--TTTTCATGATATACATG---T-ATTTACA-G--------CCCAAATTTTA---ATAT-TCAAAC-TG--AACA-TGCAC-ATGAATGACTCAGATAA--TGAGCAAAAATTG---TGAATTAT----TTG---------------AAAtgaatgagaagcta
gi|8 : atAAGGG-CA-GAACTCTACCAAATATTAT---TTTC-ACTCA-AC------TAA---------AA----------CTGT--CT---ATTCTCATG---ATGTATACAGAATTAT------TC-TAAATTTCAAT---TCAAATAA--------TGTCT-ACAT-ATGACTG-AGATATT-G--ACCAG--A-------AA-TTATTTGAAA--TTtttt
gi|9 : AGGGTCA-TAACTCTGCCAA-TATTAT---C--TGACCAG-AA---CCACAA---------AATAA-CTTGACCTGC---C---ATTCTCATG---ATATACTTA----CAT--------------TTCAAC---TCTAA--A--------TGTCC-ATTT-ATGACTATAGACAAT-G-------------CATGAATTTGCTTGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AACATTTTCTGAGCAAATCCAGACAGTAAATTGGCCT
Alignments
lowQualScore : 1 222222222222222222 11111111 3333333333333 111 11 44444444444 111 111 333333333333333333333333 555555555555555555555555 111 111 4444444444444 111 1111 444444444444444
lowQualScore : 3 5 0 888 66 3 5 111111111111111111 7777 1 999 666 555 6666666 888888 55 1 555 44 22222222 3 6 88 1 3 44 4444444444444 55 555 3 00 777 22222222222 77 0 888 0 666 6 222222222222222222222222 99 0 1 55 1 555555555555555555555555 000 777 2222222222222 6 1 1 77 000 4 2222 333333333333333 2 1
lowQualScore : . . . ... .. . . .................. .... . ... ... ... ....... ...... .. . ... .. ........ . . .. . . .. ............. .. ... . .. ... ........... .. . ... . ... . ........................ .. . . .. . ........................ ... ... ............. . . . .. ... . .... ............... . .
lowQualScore : 6 7 8 888 99 4 0 000000000000000000 6666 1 999 444 888 7777777 888888 77 0 888 66 11111111 3 7 22 5 3 66 5555555555555 66 111 1 55 222 77777777777 99 1 000 1 333 4 777777777777777777777777 22 1 0 33 4 777777777777777777777777 000 999 5555555555555 7 0 0 99 000 0 1111 666666666666666 5 0
consensus : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AGATAAT-G--AGCGG--A--CTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGTCCAAGTGGA-TT---G--TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCAC-TAACGAAACCCG--A-ACG-AACTTGACC--C--GTA--TTTTCANGACATACA-G---T-ATCTACA-GTATA---TCCCAAATTTCA---AT---TCAAAA-TG--A----TGCCC-ATGNATGACTNAGATAA--TGAGCGGAAACTG---TGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
Reference ( family-2652 ) : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AGATAAT-G--AGCGG--A--CTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGTCCAAGTGGA-TT---G--TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCAC-TAACGAAACCCG--A-ACG-AACTTGACC--C--GTA--TTTTCANGACATACA-G---T-ATCTACA-GTATA---TCCCAAATTTCA---AT---TCAAAA-TG--A----TGCCC-ATGNATGACTNAGATAA--TGAGCGGAAACTG---TGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
gi|1 : AAGGGCCA-TAACTCTGTCAAACGTTAT---C--CGACTGA-AC---CCTTAC---------AAGTT-CCCGATTTGC--TT---ATTCTCATG----CATAACGA----TAT------TC-CAAAGTGCTAT---TCAAA--A--------TATCC-ATAT-ATGACCG-AGATAAA-G--AGTGG--C--CTGTGAA-TTGTTTGAAT--TCTTTCATAG-CCAAGCGGA-TTATAA--TAAACTCTT--ATAAAA-AATATTCCACTTAATTAAACCAA--AGACG-AACTT---C--C--ATA--TCCTTAAGACGTACA-G---T-ATCTACATGCATA---TCTCAAATTTCA---AT---TCAAAA-TGGCA----TGTCC-AGGTATGACTAAGATAA--TGAGCGGAAACTG---CAAATTGT----TTT---------------AAAGGGGCATAACTTTGC
gi|10 : --A-ACA-AACTTGATC--T--GCAGATTTTCAGGAC---CA-T---TGATCTACGTGTATAATGTCCCATATTTCATCAAT---TCAAAA-T---A----T--CC-ATGTATGACTTATACAAAATGAGTAGAAACTG---AAAATT------TTC---------------AAAGG--CTTAACTCTGC
gi|11 : ACCTGCATGT---ATTTCTATG---ATATACTTA----TAT------TCACAAGGTTCAAA---TCAAA--A--------TGTCC--CAC-ATGAGTG----CAAA-A--AG-GC--A--CTGT-------TTTAAAG----TTTCAGAGCCCATGTAG--CT---G----AACTCTTCCCCAAAACACTTTTTCA
gi|12 : AAGGTCAATAACT--GCCAAATGT-AT---C--CCAGCAA-ACTGACACCAA---------CAGTGGCTT----TGT--GT---ATTCTCATG----TATATCTA----TAT------CC-TACATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTAC-ATGT-ATGACTA-ACTTAAT-G--AG
gi|13 : cTATATCTA----TAT------CC-TACATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTAC-ATGT-ATGACTA-ACTTAAT-G--AGTAG--A--tag
gi|14 : g--TTTTCATGA--TACT-GGTAT-ATCTATA---ATC---TTTTAAATTTCA---AT---TCAAAA-TG--A-------CC-ATGCATGACTGAGATAC--TGAGTGGAAACTGAACTGAATTGTTTTCTTGTT-------------CAAGGGGCATAACTCTGagtccatcatttactggaaacatcgactcaacataaaaaccaaatacaaacttgaccagtgtact
gi|15 : TTGGTCTAC--ATTTAATCGTCACA---ATCTATCAA----TAT------CC-TAA-------T---TCAAA--A--------TGTCT-ATGTCATGACTGCAGTTATT-GTAAACAG--AAACTGTGAG-CTGTCTAAAA--CTTTTCAAAGTCCAAG
gi|16 : ATGACTAAGATGA--TGAGCAGAATTTA---TGAATTAT----TTG---------------AAA
gi|17 : cAAGGCTCA-TAACTTTGCCAAA-GTTAT---C--CAATCGGGAC---GTTTAA---------AAGTA-TTTGACTTCC--GT---GTTCTCATATACACATAACTA----TAT------CC-CAAAatttctgcatccttggggcacaactgtaccaaacatttctggaacgtgaacta
gi|18 : ACTCTGCTAAAAGGTAT---C--TGACTGG-AC---CCATAC---------AAGAA-ATTGACCAGC--AT---A
gi|19 : ttAAGTGGCA-TAACTCTATCAAA-GTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAT---------AAaacttattcccgt
gi|2 : aACCTGC--AT---ATTCTCACG---ATATATTAA----TAT------CC-AAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-GCGT-GTGAATA-AGA-AA--------------------AA-TAGTGT-AAA--TTTTTCAACACCC---TGGC-TT--------AACTCTT--CAAAAA-CTTATT---C-GATCGAAACCTG-------------------C--ATA--TTTTCAGGACATAC----------C------TATA---TCCCCAATTCTG---AT---GAAAAA-AGAAA----AGCCC-TTGTATGACTGAGATAA--TGAGTGAAAACTG---TGCATTGT----TTGAAAAAAAGGTTTATAAAAGGGGCTTAACTCTGCttt
gi|3 : AAGGGTCA-TAATTCTACCAAAAGTTATTTGC--CAACTGA-A------TTAAGATAGATGTAAATA-CTTCATTTGT--GT---ATTCACATG---ATATACCT------------------------CAAT---TCAAA--A--------TATCC-ATGT-ATGATGG-AGATGATCG--AGTTGAAA--CT-T-AG-TTGTTTGAAA--TTTTTCAA----CA--TGAATTT---GACTAGACACTT--CCAAAA-TTAATTTCAC-T
gi|4 : ---ATATATCCA----TAT------CC-CAAATCTTAAT---TCAAA--A--------TGTCT-ATGT-GTAAAT--AAATAAT-A--AGTGGAAA--CTGTGAT-TTGTTTGAAA---TTTTCAAAGT-CAAATGGT-TT---GA-TAAA-TCAA--TCAA-----TAATTCA---AACAAAACCAA--ACACA-AACTTAACCAGA--GTA--TT---AGAACAT-----------TTT-----TATA---TCCCAACTTCCA---AT---catatcaa
gi|5 : tTA-CTTGACCTGC--AT---ATTTTAAGG---ATATAT--------AT------CC-AAAATTTCAAC---TCAAA--A--------TGTCC-ATGCAATGACTG-AGATAAT-A--AGAGG--A--AACTGAT-TTGTTGGAAA---TTTTCAAAGTTCAAG-GGA-TT------TAAACTCTT--TTGAAA---TGTTTTG---AACATAACCTG--A-ACATGATTTGAC
gi|6 : acaTTCATGATATACATG---T-AT-TACA-GC-------CCCAAATTTTA---ATATTTCAAAACTG--AAACATGCACGATGAATGACTCAGCTAA--TGAGCAAAAATTG---TGAATTAT----TTG---------------AAAt
gi|6 : TCATG---ATATACATG----TATTACAGCCC-CAAATTTTAATATTTCAAA--ACTGAAACATGCACGATGA-ATGACTC-AGCTAAT-G--AGCAA--AAATTGTGAA-TTATTTGAAAATTTTTTCTGCGATCAAAGGGA---------CAAACTCTG--CC-AAA-ATTATTTattttttctgcgatcaaagggacaaactctgccaaaattattttgaatgagaagcta
gi|7 : tC-TAACCAGACCCATAA-AAG-AACTTGACC--TCTGTA--TTTTCATGATATACATG---T-ATTTACA-G--------CCCAAATTTTA---ATAT-TCAAAC-TG--AACA-TGCAC-ATGAATGACTCAGATAA--TGAGCAAAAATTG---TGAATTAT----TTG---------------AAAtgaatgagaagcta
gi|8 : atAAGGG-CA-GAACTCTACCAAATATTAT---TTTC-ACTCA-AC------TAA---------AA----------CTGT--CT---ATTCTCATG---ATGTATACAGAATTAT------TC-TAAATTTCAAT---TCAAATAA--------TGTCT-ACAT-ATGACTG-AGATATT-G--ACCAG--A-------AA-TTATTTGAAA--TTtttt
gi|9 : AGGGTCA-TAACTCTGCCAA-TATTAT---C--TGACCAG-AA---CCACAA---------AATAA-CTTGACCTGC---C---ATTCTCATG---ATATACTTA----CAT--------------TTCAAC---TCTAA--A--------TGTCC-ATTT-ATGACTATAGACAAT-G-------------CATGAATTTGCTTGAA
blockSeqs : T A T TTG TT C G TTAAGATAGATGT GTGG G ATG TTA TAC ACAGAAT TACAGC AC G ATT TA CTGAAACA G C GC T C TA CAGAAACTGTG AT ATT A CC TGT ATTTGACT CC CAC CG G CATAAAAGAACTTGACCTCT GA G CA A ATTGATCTACGTGTATAATG TCA ATT CTGAAACATGC G T T AA AAC G TTTC AAAAAAAGGTTTATA G T
blockSeqs : T . A . . A . TGACACCAA GTA G G . . TTA . T T . . . . A AT T . . TGGAAACTGTG G C A TC AAT TTTGAT . CT CT A AAACACAAACTTAACCAGA . T CA A TGGTATATCTATAATC . AT TGAACATGC . C G . . A . TT G A
blockSeqs : G . A . . G . GTTTAA GAA G A . . CTA . T T . . . . . G T . . CAAAAATTGTG A T C CC AAG ATTT . TT CT A TGC . G TA A ATGTATTACAGC . . AGAAAAGC . T A . . G . . . T
blockSeqs : T . T . . G . CCATAC ATA C G . . CTA . T T . . . . . A A . . TTGAAACTT G T A TT AG CTG . AT . C . G TA A ATGTATTTACAG . . TAT . A G . . A . .
blockSeqs : T . T . . A . CCTTAT TAA G A . . CAA . C T . . . . . A A . . AGGAAACTG T T A AT T CTT . . . . T C . TTTTATA . . TGA . A C . . A . .
blockSeqs : . . . . . G . CCACAA . G A . . CTA . A T . . . . . A A . . GCACTGT T . C T T AC . . T . . CTATA . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . TAA . G . . TAA . C T . . . . . G A . . CAGA A . . .
blockSeqs : . A . . CCA . A T . . . . . G C . . CATG A .
blockSeqs : C . . ATG . C . . . . . . C A . . . .
blockSeqs : . . . TTA . T . . . . . . G A . .
blockSeqs : . CT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : CGGAAACTGTG** CC ACTT******* CT* ATATATCTACAG************ TGAAATGC*****
originalCons : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AGATAAT-G--AGCGG--A--CTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGTCCAAGTGGA-TT---G--TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCAC-TAACGAAACCCG--A-ACG-AACTTGACC--C--GTA--TTTTCANGACATACA-G---T-ATCTACA-GTATA---TCCCAAATTTCA---AT---TCAAAA-TG--A----TGCCC-ATGNATGACTNAGATAA--TGAGCGGAAACTG---TGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
finalCons : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AGATAAT-G--AGCGGAAACTGTG--AA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGCCCAAGTGGACTT-------AAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCACT-AACGAAACCCG--A-ACG-AACTTGACC--C--GTA--TTTTCANGACATACATATATCTACAG------------TCCCAAATTTCA---AT---TCAAAATGAAATGC-----CC-ATGNATGACTNAGATAA--TGAGCGGAAACTG---TGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AACATTTTCTGAGCAAATCCAGACAGTAAATTGGCCT
Alignments
lowQualScore : 1 222222222222222222 11111111 111 111111 111 111111 3333333 111 111 333333333333333333333333 444444444444444 111 111 22222222 111 1111 444444444444444
lowQualScore : 3 5 0 888 66 3 5 111111111111111111 7777 1 999 666 555 6666666 888888 55 1 555 44 22222222 3 6 111 1 3 44 66 444444 4 555 3 000000 33 6666666 77 0 888 0 666 6 222222222222222222222222 99 0 1 55 888 1 222222222222222 77 000 777 6 00000000 6 1 1 77 000 0 2222 333333333333333 2 1
lowQualScore : . . . ... .. . . .................. .... . ... ... ... ....... ...... .. . ... .. ........ . . ... . . .. .. ...... . ... . ...... .. ....... .. . ... . ... . ........................ .. . . .. ... . ............... .. ... ... . ........ . . . .. ... . .... ............... . .
lowQualScore : 6 7 8 888 99 4 0 000000000000000000 6666 1 999 444 888 7777777 888888 77 0 888 66 11111111 3 7 444 5 3 66 77 000000 0 111 1 666666 88 3333333 99 1 000 1 333 4 777777777777777777777777 22 1 0 33 111 1 000000000000000 99 000 999 7 88888888 7 0 0 99 000 4 1111 666666666666666 5 0
consensus : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AGATAAT-G--AGCGGAAACTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGCCC---AAGTGGACT----TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCACT-AACGAAACCCG--A-ACG-AACTTGACC--C--GTA--TTTTCANGACATAC--ATGTATCTACA--------GTCCC--AAATTTCA---AT---TCAAAA-TGAA-A--TGCCC-ATGNATGACTNAGAT--AATGAGCGGAAACTG---TGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
Reference ( family-2652 ) : AAGGGTCA-TAACTCTGCCAAANGTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAA---------AAGTA-CTTGACCTGC--GT---ATTCTCATG---ATATATCTA----TAT------CC-CAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-ATGT-ATGACTG-AGATAAT-G--AGCGGAAACTGTGAA-TTGTTTGAAA--TTTTTCAAAGCCC---AAGTGGACT----TAAACTCTT--CCAAAA-ATTATTTCACT-AACGAAACCCG--A-ACG-AACTTGACC--C--GTA--TTTTCANGACATAC--ATATATCTACA--------GTCCC--AAATTTCA---AT---TCAAAA-TGAA-A--TGCCC-ATGNATGACTNAGAT--AATGAGCGGAAACTG---TGAATTGT----TTG---------------AAAGGGGCNTAACTCTGC
gi|1 : AAGGGCCA-TAACTCTGTCAAACGTTAT---C--CGACTGA-AC---CCTTAC---------AAGTT-CCCGATTTGC--TT---ATTCTCATG----CATAACGA----TAT------TC-CAAAGTGCTAT---TCAAA--A--------TATCC-ATAT-ATGACCG-AGATAAA-G--AGTGGC--CTGTGAA-TTGTTTGAAT--TCTTTCATAGCC----AAGCGGATTATAATAAACTCTT--ATAAAA-AATATTCCACTTAATTAAACCAA--AGACG-AACTT---C--C--ATA--TCCTTAAGACGTAC--A-GTATCTACATGCAT---ATCTC--AAATTTCA---AT---TCAAAA-TGGC-A--TGTCC-AGGTATGACTAAGAT--AATGAGCGGAAACTG---CAAATTGT----TTT---------------AAAGGGGCATAACTTTGC
gi|10 : --A-ACA-AACTTGATC--T--GCAGATTTTCAGGAC---C--ATTGATCTACGTGTATAATGTCCC--ATATTTCATCAAT---TCAAAA-T----A--T--CC-ATGTATGACTTATACAAAATGAGTAGAAACTG---AAAAT--T----TTC---------------AAA--GGCTTAACTCTGC
gi|11 : ACCTGCATGT---ATTTCTATG---ATATACTTA----TAT------TCACAAGGTTCAAA---TCAAA--A--------TGTCC--------CAC--------AT-G--AGTGCAAAAAG-GCA-CTGTTTTAAA---GTTTCAGAGCCC---ATGTAG--C----TGAACTCTTCCCCAAAACACTTTTTCA
gi|12 : AAGGTCAATAACT--GCCAAATGT-AT---C--CCAGCAA-ACTGACACCAA---------CAGTGGCTT----TGT--GT---ATTCTCATG----TATATCTA----TAT------CC-TACATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTAC-ATGT-ATGACTA-ACTTAAT-G--AG
gi|13 : cTATATCTA----TAT------CC-TACATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTAC-ATGT-ATGACTA-ACTTAAT-G--AGTAGAAtag
gi|14 : g--TTTTCATGA--TACTGGTATATCTATA--------ATCTTTTAAATTTCA---AT---TCAAAA-TGA--------CC-ATGCATGACTGAGAT--ACTGAGTGGAAACTGAACTGAATTGTTTTCTTGTT-------------CAAGGGGCATAACTCTGgtccatcatttactggaaacatcgactcaacataaaaaccaaatacaaacttgaccagtgtact
gi|15 : TTGGTCTAC--ATTTAATCGTCACA---ATCTATCAA----TAT------CC-TAA-------T---TCAAA--A--------TGTCT-ATGTCATGACTGCAGTTATT-GTAAACAGAAACTGTGAG-CTGTCTAAAA--CTTTTCAAAGTCC---AAG
gi|16 : ATGACTAAGAT--GATGAGCAGAATTTA---TGAATTAT----TTG---------------AAA
gi|17 : cAAGGCTCA-TAACTTTGCCAAA-GTTAT---C--CAATCGGGAC---GTTTAA---------AAGTA-TTTGACTTCC--GT---GTTCTCATATACACATAACTA----TAT------CC-CAAAatttctgcatccttggggcacaactgtaccaaacatttctggaacgtgaacta
gi|18 : ACTCTGCTAAAAGGTAT---C--TGACTGG-AC---CCATAC---------AAGAA-ATTGACCAGC--AT---A
gi|19 : ttAAGTGGCA-TAACTCTATCAAA-GTTAT---C--CGACCGG-AC---CCTTAT---------AAaacttattcccgt
gi|2 : aACCTGC--AT---ATTCTCACG---ATATATTAA----TAT------CC-AAAATTTCAAT---TCAAA--A--------TGTCC-GCGT-GTGA------ATAA---------GAAA-----AA-TAGTGT-AAA--TTTTTCAACACCC------TGG-CT----TAA-CTCTT--CAAAAA-CTTATT---CG-ATCGAAACCTG-------------------C--ATA--TTTTCAGGACATAC--CTATATC--------------CCC---AATTCTG---AT---GAAAAA-AGAA-A--AGCCC-TTGTATGACTGAGAT--AATGAGTGAAAACTG---TGCATTGT----TTGAAAAAAAGGTTTATAAAAGGGGCTTAACTCTGCttt
gi|3 : AAGGGTCA-TAATTCTACCAAAAGTTATTTGC--CAACTGA-A------TTAAGATAGATGTAAATA-CTTCATTTGT--GT---ATTCACATG---ATATACCT------------------------CAAT---TCAAA--A--------TATCC-ATGT-ATGATGG-AGATGATCG--AGTTGAAACT-T-AG-TTGTTTGAAA--TTTTTCAA----CATGAATTTGAC-----TAGACACTT--CCAAAA-TTAATTTCACT-
gi|4 : ---ATATATCCA----TAT------CC-CAAATCTTAAT---TCAAA--A--------TGTCT-ATGT-GTAAAT--AAATAAT-A--AGTGGAAACTGTGAT-TTGTTTGAAA---TTTTCAAAG-TC---AAATGGTTTGA--TAAA-TCAA--TCAA-----TAATTCA---AACAAAACCAA--ACACA-AACTTAACCAGA--GTA--TT---AGAACATTT--TTATA---------------TCCC--AACTTCCA---AT---catatcaa
gi|5 : tTA-CTTGACCTGC--AT---ATTTTAAGG---ATATAT--------AT------CC-AAAATTTCAAC---TCAAA--A--------TGTCC-ATGCAATGACTG-AGATAAT-A--AGAGGAAAC--TGAT-TTGTTGGAAA---TTTTCAAAGTTC---AAG-GGATT----TAAACTCTT--TTGAAA---TGTTTTG---AACATAACCTG--A-ACATGATTTGAC
gi|6 : acaTTCATGATATAC--ATGTAT-TACA--------GCCCC--AAATTTTA---ATATTTCAAAACTGAA-ACATGCACGATGAATGACTCAGCT--AATGAGCAAAAATTG---TGAATTAT----TTG---------------AAAt
gi|6 : TCATG---ATATACATG----TATTACAGCCC-CAAATTTTAATATTTCAAA--ACTGAAACATGCACGATGA-ATGACTC-AGCTAAT-G--AGCAAAAATTGTGAA-TTATTTGAAAATTTTTTCTGCGATC---AAAGGGAC------AAACTCTG--CC-AAA-ATTATTTattttttctgcgatcaaagggacaaactctgccaaaattattttgaatgagaagcta
gi|7 : tCT-AACCAGACCCATAA-AAG-AACTTGACC--TCTGTA--TTTTCATGATATAC--ATGTATTTACA--------G-CCC--AAATTTTA---ATAT-TCAAAC-TGAACA--TGCAC-ATGAATGACTCAGAT--AATGAGCAAAAATTG---TGAATTAT----TTG---------------AAAtgaatgagaagcta
gi|8 : atAAGGG-CA-GAACTCTACCAAATATTAT---TTTC-ACTCA-AC------TAA---------AA----------CTGT--CT---ATTCTCATG---ATGTATACAGAATTAT------TC-TAAATTTCAAT---TCAAATAA--------TGTCT-ACAT-ATGACTG-AGATATT-G--ACCAGA-------AA-TTATTTGAAA--TTtttt
gi|9 : AGGGTCA-TAACTCTGCCAA-TATTAT---C--TGACCAG-AA---CCACAA---------AATAA-CTTGACCTGC---C---ATTCTCATG---ATATACTTA----CAT--------------TTCAAC---TCTAA--A--------TGTCC-ATTT-ATGACTATAGACAAT-G-----------CATGAATTTGCTTGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AACATTTTCTGAGCAAATCCAGACAGTAAATTGGCCT