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lowQualScore                  :                333                  7 2 2  2   3333333333        22   4444    2     77777777777777777   4444  4444  4444 5555  5555 555 0          
lowQualScore                  :                ...                  . . .  .   ..........        ..   ....    .     .................   ....  ....  .... ....  .... ... .          
lowQualScore                  :                222                  4 1 1  1   7777777777        99   5555    1     33333333333333333   6666  7777  7777 3333  7777 000 1          
consensus                     :             CAATATTCCGAGCCGACGAGAAGCAT-T-AA-TAT----------AAGTTGTA--GAA----CTTG-TTTGT-A-T---C---------GTCG---TA----AA----A----TA----A---AGTTTAAACTTT
Reference ( gi|7 )            :             CAATACTCCGAGCCGACGAGAAGCGT-T-AA-TAT----------AAGTTGTA--GAA----CTTG-TTTGT---T---T---------GTCA---TA----AA----A----TA----A---AGTTTAAATTTT
gi|4                          :             CAA-ATTCAAAGCCAATGACGTGCCT-T-CA-TAT----------AAGTTGTA--AAC----CTTG-TTTGTTAAT---C---------GTCA---TA----AA----A----TA----A---A---TAAA
gi|17                         :          tgtCAGTA-TCAAAGCCATCGAAAATTAT-T-AAATAT----------AAGTTGTG--GAA----CTTG-TTTGA---TAAAT---------GTCG---TA----AA----gattaa
gi|14                         :          aatCAA-ATTCCGAGCAGACGA--------------AT-------------TTGTC--GAA----CTTG-TTTTT---T---TTTTTAAATCGTCG---TA----AA----A----TG----A---
gi|9                          :        tcgcgcAAAATTCCGAGTCTATGAGAAGCAT-TTAA-TAG----------AAATTGTA--GAA----CTTGTTTTGTAA-T---C---------ATCG---TA----AA----A----TA----A---AGTTTtaa
gi|6                          :              AATAC-CCAAGCCAACGAGAAGAAT-T-AA-TA------------AGT-GTA--GAAACGACTTG-CTAAT---C-------------GTTG---TA----AA----A----TA----A---AGTTTAAACTTTtta
gi|5                          :               ATAATCCGAATTAACGAGAAACAT-T-AA-TAG----------AAGTTGTA--GCA----CTAG-TTTTTCAAT---C---------GTTA---TAAGATAA----A----TA----A---AGTTTAAAtgta
gi|3                          :                   TCCCAGCCGACGAGAAGCAT-T-GA-TAT----------AAGTTGTA--GAA----CTTA-TTGGT---TAACA---------GTCA---TA----AA----A----CGAAATA---AGTTTAAATTTTga
gi|1                          :               caaaTCGGAACTAGTGAGAAGTAT-T-AA-GAT----------AAGTTGTA--GAA----CTTG-TTTGT---TCAGT---------GTCA---TA----AAATATA----TA----A---AGTTTAAACT
gi|13                         :           taccaaagTCTGAGCTGACAAAAAGCAT-T-AA-TAT----------AAGTTGAA--GAA----CTTG-TTTGT---T--------------------------AA----A----TA----A---ATTTTAAAaaacaa
gi|10                         :         cacatcaaaaTCCGAGCCCACGAGAAGCAT-C-AA-TAG----------AAGTTGTA--GAG----GCTG-TTTGTTAAT---C---------GTCG---TA----AA----A----TA----A---
gi|18                         :               aaaaTCCGATCCGACGAGAAG----T-AG-TAT----------TAGTTAAA--GAA----CTTG-TTTGT---T---A---------ATCATCGTA----AA----A----TA----A---tctagttt
gi|15                         :                 aaTCCGAGCCGATGAGAGGCATGT-AT-TAT----------A------A--GAA----CTTG-TTTGTAAAT---T---------GTCG---TA----AA----A----TG----A---tgt
gi|8                          :          atgccaaaaTCCAAACCGAGGAGAAGCAT-T-AA-TACATGTATATTAAAGCTGTA--GAA----CTTG-CTTGTTAAT---C---------GTCG---TA----AA----
gi|21                         :           caccaaaaTCCTAGCCGACGAGAAACAT-T-AG-TAT----------AAAATGT-----------TTG--TTAT---T---C---------GTCG---TA----AA----A----T
gi|2                          :                    aaaAGCCCAAAAGAAGCAT-T-AA-TATCATA------AAGCAGTA--GAA----TTTG-TTTGTGAAT---T---------GTTG---TA----AA----A----TA----G---
gi|16                         : ctaatttgcttactgatatcaaAGTCTATGAGAAGTAT-T-A--TGT----------AAATTGTG--GAC----TTTG-TTTGTTAAT---C---------GTCG---TA----AA----A----CA----ta
gi|22                         :                 agatcttGTCGACGGGAAGCAT-T-AA-TCT----------AAGTTGTATGGAG----CTTG-T---T---T---T---------GTCA---cttt
gi|12                         :                           GACAAAAAACAA-C-GA-TAT----------AAGTTGTA--GAA----TCT--TTTAA---T---T---------GTCA---TA----AA----ACAGTTA----A---AGTTTGAAT
gi|20                         :                            tctcatcaCAT-T-GA-CAT----------AAGTTGCA--GAA----CTTG-TTTGTTA-T---T---------GTCG---TA----AA----A----TA----AATCAATTTAAACTT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATCATACCAAAATCCGAGGCGATGAAAGGCATTGGATATAGATAAAATAACTTTCAATTTTTAACCCGTAAAA
Unaligned ( gi|19 ): CATCACGCTAACATCTGAGCCAGCAAAAGGCATGAATACAAACGGTAAAACGTTATTTTTAAA






Alignments
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lowQualScore                  :              8                      2 2  2   3333333333        22   4444    2    2 777777777 6666666      4444  4444 5555  5555 444            
lowQualScore                  :              .                      . .  .   ..........        ..   ....    .    . ......... .......      ....  .... ....  .... ...            
lowQualScore                  :              7                      0 0  0   0000000000        88   2222    0    1 111111111 4444444      5555  5555 0000  3333 777            
consensus                     :           CAATATTCCGAGCCGACGAGAAGCAT-T-AA-TAT----------AAGTTGTA--GAA----CTTG-TTTG-TTA------AT---C---GTCGTA----AA----A----TA----A---AGTTTAAACTTT
Reference ( family-2583 )     :           CAATATTCCGAGCCGACGAGAAGCAT-T-AA-TAT----------AAGTTGTA--GAA----CTTG-TTTG-T--------AT---C---GTCGTA----AA----A----TA----A---AGTTTAAACTTT
gi|1                          :                 TCGGAACTAGTGAGAAGTAT-T-AA-GAT----------AAGTTGTA--GAA----CTTG-TTTG-T---------T---CAGTGTCATA----AAATATA----TA----A---AGTTTAAACT
gi|10                         :         taccaaagTCCGAGCCCACGAGAAGCAT-C-AA-TAG----------AAGTTGTA--GAG----GCTG-TTTG-TTA------AT---C---GTCGTA----AA----A----TA----A---aaacaa
gi|12                         :                     aaaaGACAAAAAACAA-C-GA-TAT----------AAGTTGTA--GAA----TCT--TTTA----------AT---T---GTCATA----AA----ACAGTTA----A---AGTTTGAAtctagttt
gi|13                         :         tctcatcaTCTGAGCTGACAAAAAGCAT-T-AA-TAT----------AAGTTGAA--GAA----CTTG-TTTG-T---------T-----------------AA----A----TA----A---ATTTTAAAt
gi|14                         : cacatcaaaaCAA-ATTCCGAGCAGACGA--------------AT-------------TTGTC--GAA----CTTG-TTTT-TTTTTTTAAAT---C---GTCGTA----AA----A----TG----A---
gi|15                         :           tcgcgcTCCGAGCCGATGAGAGGCATGT-AT-TAT----------A------A--GAA----CTTG-TTTG-TAA------AT---T---GTCGTA----AA----A----TG----A---taa
gi|16                         :            atgccaaaaAGTCTATGAGAAGTAT-T-A--TGT----------AAATTGTG--GAC----TTTG-TTTG-TTA------AT---C---GTCGTA----AA----A----CA----
gi|17                         :    agatcttCAGTAT-CAAAGCCATCGAAAATTAT-T-AAATAT----------AAGTTGTG--GAA----CTTG-TTTG----------ATAAAT---GTCGTA----AA----cttt
gi|18                         :              aatTCCGATCCGACGAGAAG----T-AG-TAT----------TAGTTAAA--GAA----CTTG-TTTG-TTA------AT---C---ATCGTA----AA----A----TA----A---
gi|2                          :                   aaAGCCCAAAAGAAGCAT-T-AA-TATCATA------AAGCAGTA--GAA----TTTG-TTTG-TGA------AT---T---GTTGTA----AA----A----TA----G---tgt
gi|20                         :            ctaatttgcttactgatatcaaCAT-T-GA-CAT----------AAGTTGCA--GAA----CTTG-TTTGTT--------AT---T---GTCGTA----AA----A----TA----AATCAATTTAAACTTta
gi|21                         :                 TCCTAGCCGACGAGAAACAT-T-AG-TAT----------AAAATGT-----------TTG--TTA-T---------T---C---GTCGTA----AA----A----T
gi|22                         :                   aaaGTCGACGGGAAGCAT-T-AA-TCT----------AAGTTGTATGGAG----CTTG-TTT
gi|3                          :                 TCCCAGCCGACGAGAAGCAT-T-GA-TAT----------AAGTTGTA--GAA----CTTA-TTGG-TTA------AC---A---GTCATA----AA----A----CGAAATA---AGTTTAAATTTTtgtca
gi|4                          :       caaaCAA-ATTCAAAGCCAATGACGTGCCT-T-CA-TAT----------AAGTTGTA--AAC----CTTG-TTTG-TTA------AT---C---GTCATA----AA----A----TA----A---A---TAAA
gi|5                          :          tgtATAATCCGAATTAACGAGAAACAT-T-AA-TAG----------AAGTTGTA--GCA----CTAG-TTTT-TCA------AT---C---GTTATAAGATAA----A----TA----A---AGTTTAAAgattaa
gi|6                          :            AATAC-CCAAGCCAACGAGAAGAAT-T-AA-TA------------AGT-GTA--GAAACGACTTG-CTA-----------AT---C---GTTGTA----AA----A----TA----A---AGTTTAAACTTTga
gi|7                          :           CAATACTCCGAGCCGACGAGAAGCGT-T-AA-TAT----------AAGTTGTA--GAA----CTTG-TTTG-T---------T---T---GTCATA----AA----A----TA----A---AGTTTAAATTTTtgta
gi|8                          :                 TCCAAACCGAGGAGAAGCAT-T-AA-TACATGTATATTAAAGCTGTA--GAA----CTTG-CTTG-TTA------AT---C---GTCGTA----AA----
gi|9                          :    caccaaaaAAAATTCCGAGTCTATGAGAAGCAT-TTAA-TAG----------AAATTGTA--GAA----CTTGTTTTG-TA-------AT---C---ATCGTA----AA----A----TA----A---AGTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATCATACCAAAATCCGAGGCGATGAAAGGCATTGGATATAGATAAAATAACTTTCAATTTTTAACCCGTAAAA
Unaligned ( gi|19 ): CATCACGCTAACATCTGAGCCAGCAAAAGGCATGAATACAAACGGTAAAACGTTATTTTTAAA






Alignments
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lowQualScore                  :              .                      . .  .   ...............       ..   .          ......          ....  .... ....  .... ...            
lowQualScore                  :              7                      0 0  0   999999999999999       88   0          111111          5555  5555 0000  3333 777            
consensus                     :           CAATATTCCGAGCCGACGAGAAGCAT-T-AA-TAT----A----------AGTTGTA--GAA-CTTGTTTGTT------AATCGTCGTA----AA----A----TA----A---AGTTTAAACTTT
Reference ( family-2583 )     :           CAATATTCCGAGCCGACGAGAAGCAT-T-AA-TAT----A----------AGTTGTA--GAA-CTTGTTTGTT------AATCGTCGTA----AA----A----TA----A---AGTTTAAACTTT
gi|1                          :                 TCGGAACTAGTGAGAAGTAT-T-AA-GAT----A----------AGTTGTA--GAA-CTTGTTTGTT------CAGTGTCATA----AAATATA----TA----A---AGTTTAAACT
gi|10                         :         taccaaagTCCGAGCCCACGAGAAGCAT-C-AA-TAG----A----------AGTTGTA--GAG-GCTGTTTGTT------AATCGTCGTA----AA----A----TA----A---aaacaa
gi|12                         :                     aaaaGACAAAAAACAA-C-GA-TAT----A----------AGTTGTA--GAATCTT-----TT------AATTGTCATA----AA----ACAGTTA----A---AGTTTGAAtctagttt
gi|13                         :         tctcatcaTCTGAGCTGACAAAAAGCAT-T-AA-TAT----A----------AGTTGAA--GAA-CTTGTTTGTT--------------------AA----A----TA----A---ATTTTAAAt
gi|14                         : cacatcaaaaCAA-ATTCCGAGCAGACGA--------------AT-----------------TTGTC--GAA-CTTGTTTTTTTTTTTAAATCGTCGTA----AA----A----TG----A---
gi|15                         :           tcgcgcTCCGAGCCGATGAGAGGCATGT-AT-TAT----A----------AG--------AA-CTTGTTTGTA------AATTGTCGTA----AA----A----TG----A---taa
gi|16                         :            atgccaaaaAGTCTATGAGAAGTAT-T-A--TGT----A----------AATTGTG--GAC-TTTGTTTGTT------AATCGTCGTA----AA----A----CA----
gi|17                         :    agatcttCAGTAT-CAAAGCCATCGAAAATTAT-T-AAATAT----A----------AGTTGTG--GAA-CTTGTTTGAT------AAATGTCGTA----AA----cttt
gi|18                         :              aatTCCGATCCGACGAGAAG----T-AG-TAT----T----------AGTTAAA--GAA-CTTGTTTGTT------AATCATCGTA----AA----A----TA----A---
gi|2                          :                   aaAGCCCAAAAGAAGCAT-T-AA-TATCATAA----------AGCAGTA--GAA-TTTGTTTGTG------AATTGTTGTA----AA----A----TA----G---tgt
gi|20                         :            ctaatttgcttactgatatcaaCAT-T-GA-CAT----A----------AGTTGCA--GAA-CTTGTTTGTT-------ATTGTCGTA----AA----A----TA----AATCAATTTAAACTTta
gi|21                         :                 TCCTAGCCGACGAGAAACAT-T-AG-TAT----A----------A---------AA---TGTTTGTT------ATTCGTCGTA----AA----A----T
gi|22                         :                   aaaGTCGACGGGAAGCAT-T-AA-TCT----A----------AGTTGTATGGAG-CTTGTTT
gi|3                          :                 TCCCAGCCGACGAGAAGCAT-T-GA-TAT----A----------AGTTGTA--GAA-CTTATTGGTT------AACAGTCATA----AA----A----CGAAATA---AGTTTAAATTTTtgtca
gi|4                          :       caaaCAA-ATTCAAAGCCAATGACGTGCCT-T-CA-TAT----A----------AGTTGTA--AAC-CTTGTTTGTT------AATCGTCATA----AA----A----TA----A---A---TAAA
gi|5                          :          tgtATAATCCGAATTAACGAGAAACAT-T-AA-TAG----A----------AGTTGTA--GCA-CTAGTTTTTC------AATCGTTATAAGATAA----A----TA----A---AGTTTAAAgattaa
gi|6                          :            AATAC-CCAAGCCAACGAGAAGAAT-T-AA-TA----------------AGT-GTA--GAA-ACGACTTGCT------AATCGTTGTA----AA----A----TA----A---AGTTTAAACTTTga
gi|7                          :           CAATACTCCGAGCCGACGAGAAGCGT-T-AA-TAT----A----------AGTTGTA--GAA-CTTGTTTGT---------TTGTCATA----AA----A----TA----A---AGTTTAAATTTTtgta
gi|8                          :                 TCCAAACCGAGGAGAAGCAT-T-AA-TAC----ATGTATATTAAAGCTGTA--GAA-CTTGCTTGTT------AATCGTCGTA----AA----
gi|9                          :    caccaaaaAAAATTCCGAGTCTATGAGAAGCAT-TTAA-TAG----A----------AATTGTA--GAA-CTTGTTTTGT------AATCATCGTA----AA----A----TA----A---AGTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATCATACCAAAATCCGAGGCGATGAAAGGCATTGGATATAGATAAAATAACTTTCAATTTTTAACCCGTAAAA
Unaligned ( gi|19 ): CATCACGCTAACATCTGAGCCAGCAAAAGGCATGAATACAAACGGTAAAACGTTATTTTTAAA






Alignments
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lowQualScore                  :              .                      . .  .   ...............       ..   .          ......          ....  .... ....  .... ...            
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Reference ( family-2583 )     :           CAATATTCCGAGCCGACGAGAAGCAT-T-AA-TAT----A----------AGTTGTA--GAA-CTTGTTTGTT------AATCGTCGTA----AA----A----TA----A---AGTTTAAACTTT
gi|1                          :                 TCGGAACTAGTGAGAAGTAT-T-AA-GAT----A----------AGTTGTA--GAA-CTTGTTTGTT------CAGTGTCATA----AAATATA----TA----A---AGTTTAAACT
gi|10                         :         taccaaagTCCGAGCCCACGAGAAGCAT-C-AA-TAG----A----------AGTTGTA--GAG-GCTGTTTGTT------AATCGTCGTA----AA----A----TA----A---aaacaa
gi|12                         :                     aaaaGACAAAAAACAA-C-GA-TAT----A----------AGTTGTA--GAATCTT-----TT------AATTGTCATA----AA----ACAGTTA----A---AGTTTGAAtctagttt
gi|13                         :         tctcatcaTCTGAGCTGACAAAAAGCAT-T-AA-TAT----A----------AGTTGAA--GAA-CTTGTTTGTT--------------------AA----A----TA----A---ATTTTAAAt
gi|14                         : cacatcaaaaCAA-ATTCCGAGCAGACGA--------------AT-----------------TTGTC--GAA-CTTGTTTTTTTTTTTAAATCGTCGTA----AA----A----TG----A---
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gi|16                         :            atgccaaaaAGTCTATGAGAAGTAT-T-A--TGT----A----------AATTGTG--GAC-TTTGTTTGTT------AATCGTCGTA----AA----A----CA----
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gi|18                         :              aatTCCGATCCGACGAGAAG----T-AG-TAT----T----------AGTTAAA--GAA-CTTGTTTGTT------AATCATCGTA----AA----A----TA----A---
gi|2                          :                   aaAGCCCAAAAGAAGCAT-T-AA-TATCATAA----------AGCAGTA--GAA-TTTGTTTGTG------AATTGTTGTA----AA----A----TA----G---tgt
gi|20                         :            ctaatttgcttactgatatcaaCAT-T-GA-CAT----A----------AGTTGCA--GAA-CTTGTTTGTT-------ATTGTCGTA----AA----A----TA----AATCAATTTAAACTTta
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gi|3                          :                 TCCCAGCCGACGAGAAGCAT-T-GA-TAT----A----------AGTTGTA--GAA-CTTATTGGTT------AACAGTCATA----AA----A----CGAAATA---AGTTTAAATTTTtgtca
gi|4                          :       caaaCAA-ATTCAAAGCCAATGACGTGCCT-T-CA-TAT----A----------AGTTGTA--AAC-CTTGTTTGTT------AATCGTCATA----AA----A----TA----A---A---TAAA
gi|5                          :          tgtATAATCCGAATTAACGAGAAACAT-T-AA-TAG----A----------AGTTGTA--GCA-CTAGTTTTTC------AATCGTTATAAGATAA----A----TA----A---AGTTTAAAgattaa
gi|6                          :            AATAC-CCAAGCCAACGAGAAGAAT-T-AA-TA----------------AGT-GTA--GAA-ACGACTTGCT------AATCGTTGTA----AA----A----TA----A---AGTTTAAACTTTga
gi|7                          :           CAATACTCCGAGCCGACGAGAAGCGT-T-AA-TAT----A----------AGTTGTA--GAA-CTTGTTTGT---------TTGTCATA----AA----A----TA----A---AGTTTAAATTTTtgta
gi|8                          :                 TCCAAACCGAGGAGAAGCAT-T-AA-TAC----ATGTATATTAAAGCTGTA--GAA-CTTGCTTGTT------AATCGTCGTA----AA----
gi|9                          :    caccaaaaAAAATTCCGAGTCTATGAGAAGCAT-TTAA-TAG----A----------AATTGTA--GAA-CTTGTTTTGT------AATCATCGTA----AA----A----TA----A---AGTTT


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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATCATACCAAAATCCGAGGCGATGAAAGGCATTGGATATAGATAAAATAACTTTCAATTTTTAACCCGTAAAA
Unaligned ( gi|19 ): CATCACGCTAACATCTGAGCCAGCAAAAGGCATGAATACAAACGGTAAAACGTTATTTTTAAA






Alignments
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consensus                     :           CAATATTCCGAGCCGACGAGAAGCAT-T-AA-TAT----A----------AGTTGTA--GAA-CTTGTTTGTT------AATCGTCGTA----AA----A----TA----A---AGTTTAAACTTT
Reference ( family-2583 )     :           CAATATTCCGAGCCGACGAGAAGCAT-T-AA-TAT----A----------AGTTGTA--GAA-CTTGTTTGTT------AATCGTCGTA----AA----A----TA----A---AGTTTAAACTTT
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gi|7                          :           CAATACTCCGAGCCGACGAGAAGCGT-T-AA-TAT----A----------AGTTGTA--GAA-CTTGTTTGT---------TTGTCATA----AA----A----TA----A---AGTTTAAATTTTtgta
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATCATACCAAAATCCGAGGCGATGAAAGGCATTGGATATAGATAAAATAACTTTCAATTTTTAACCCGTAAAA
Unaligned ( gi|19 ): CATCACGCTAACATCTGAGCCAGCAAAAGGCATGAATACAAACGGTAAAACGTTATTTTTAAA