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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATATCTTGCAAATGTTGATTAATAAATTAGGTAAGTGAG






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Unaligned ( gi|15 ): TATATCTTGCAAATGTTGATTAATAAATTAGGTAAGTGAG






Alignments
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lowQualScore                  :                                        .....  .....   . ... ...          
lowQualScore                  :                                        77777  77777   1 999 999          
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gi|3                          :                     tTATAAACATCGATTTAATATTTAAA-----GAT-A---G---GTAAAGGGGa
gi|30                         :                     TTTTAAACGTCGATTTAAC-----AA-----TAT-A---G---TTAAGGGGGTatatgtaatgaatttatcattactacggt
gi|31                         :                    CTTATAAATGTCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGGGTa
gi|32                         :                     TTATAAACGTCGATTTAAC-----AA-----GAT-A---G---GTAGGGG
gi|33                         :                      tATAAACGTCGTTTTGAT-----AG-----GAT-A---G---GTGAGGGGGTta
gi|34                         :                  tgCTTATAAACGTCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GAAAGGGG
gi|35                         :                        TAAACGTCGATTTAAT-----AA-----GAC-A---G---GTAAGGGGGT
gi|36                         :                    CTTATAAATGTCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGat
gi|37                         :                   tCTT-TAAACGTCGTTTTAAT-----AG-----GAT-A---G---GTGAGGGG
gi|38                         :                    CTTATAAATGTCGATTTAAT-----AA-----TAT-A---G---GTAAGG
gi|4                          :                   tCTTATATATGGCGATTTAAT-----AA-----GAT-G---G---GTAAGGGGGT
gi|5                          :                    CTTATAAATGTTAATTTAA-------------GAT-A---G---GTAAAGGGGTaagtaacaaatctatcattact
gi|6                          :                     TTATAAATGTCGATTTAAC-----AA-----GAT-A---G---GTTAGGGGGttatgataaattcatcattactagt
gi|7                          :         ttggaacacattataTAAACGTCGTTTTAAT-----AATTGAAGAT-A---G---GTAAGGGGGT
gi|8                          :                     TTATAAACGTTGATTTGAA-----AA-----GAT-G---G---GTAAGGGGGatataataaat
gi|9                          :       gaacacatttgtaCTTATAAACGTCAAATTAAC-----AA-----GAT-A---G---GTAAG


blockSeqs                     :                                        ATTTA  TTGAA   G CAT TAC
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  
blockSeqs                     :                                        .      .       . .   .  


blockSeqCons                  :                    
originalCons                  :                    CTTATAAACGTCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGGGT
finalCons                     :                    CTTATAAACGTCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATATCTTGCAAATGTTGATTAATAAATTAGGTAAGTGAG






Alignments
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lowQualScore                  :                                        .....  .....   . ... ...          
lowQualScore                  :                                        77777  77777   1 999 999          
consensus                     :                    CTTATAAACGTCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGGGT
Reference ( family-2549 )     :                    CTTATAAACGTCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGGGT
gi|1                          :                    CTTATAAATGTTGATT-AAT-----AA-----ATT-A---G---GTAAGTGGGT
gi|10                         : atatttggaacacttttatCTCATAAACGTCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GGAAGAGGaataaatttatcattactacagta
gi|11                         :         aacacatttatCTTATAA-CGTTGATTTAAT-----AA-----AATGA---G---GTAAGGGG
gi|12                         :          aacacattatCTTATAAACATCGATTTAAC-----AA-----GAT-ACATGTACGTAAGGGGGT
gi|13                         :                   tCTTATAAACATCGATTTAAT-----AT-----AAT-A---G---GTAAGGGGG
gi|14                         :                tttatTTGTAAACGTTGATTTAAT-----AT-----GAT-A---G---ATAAGGGGG
gi|16                         :              tttattCTTATAAACGTCAATTTAAT-----AA-----GAT-A---T---TTAAGGGGGT
gi|17                         :                    CTTATAATCATTGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTGAGGGGGTa
gi|18                         :                    CTTATAAACGTCGATTTAAA-----AA-----GAT-G---G---GTAAGGGGGTa
gi|19                         :                    CTTATAAACGTCGTTTTAAT-----AG-----GAT-A---A---GTGAGGGGGTa
gi|2                          :                   tCTTATAAATGTCGATTTAAT-----GA-----GAT-A---G---ATAAGG
gi|20                         :                   tCTTATAAACGTCGTTTTAAT-----AG-----GAT-A---G---GTGAGGGGGTactaaggaggtgtataataaatttatcattactac
gi|21                         :                   tCTTATAAACGTCGATTCAAT-----AA-----GAT-A---T---GTGAGGGAGT
gi|22                         :                   tCTTATAATCGTTGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGGGT
gi|23                         :                   tCTTATAAACGTCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGGGT
gi|24                         :                    CTTATAAACATCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGGGT
gi|25                         :                    CTTTTAAACGTCAATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGGGT
gi|26                         :                    CTTATAAACGTCGATTTAAC-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGGGT
gi|27                         :                    CTTATAAACGTCGGTT-GAT-----AA-----GAT-A---G---ATAAGGGGGT
gi|28                         :                   tCTTATAAACGTCT-TTTAAT-----AG-----GAT-A---G---GTGAGGGGGT
gi|29                         :                    tTTATAA-CGTCGTTTTAAT-----AG-----GAT-A---G---ATGAGGGGGT
gi|3                          :                     tTATAAACATCGATTTAATATTTAAA-----GAT-A---G---GTAAAGGGGa
gi|30                         :                     TTTTAAACGTCGATTTAAC-----AA-----TAT-A---G---TTAAGGGGGTatatgtaatgaatttatcattactacggt
gi|31                         :                    CTTATAAATGTCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGGGTa
gi|32                         :                     TTATAAACGTCGATTTAAC-----AA-----GAT-A---G---GTAGGGG
gi|33                         :                      tATAAACGTCGTTTTGAT-----AG-----GAT-A---G---GTGAGGGGGTta
gi|34                         :                  tgCTTATAAACGTCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GAAAGGGG
gi|35                         :                        TAAACGTCGATTTAAT-----AA-----GAC-A---G---GTAAGGGGGT
gi|36                         :                    CTTATAAATGTCGATTTAAT-----AA-----GAT-A---G---GTAAGGGat
gi|37                         :                   tCTT-TAAACGTCGTTTTAAT-----AG-----GAT-A---G---GTGAGGGG
gi|38                         :                    CTTATAAATGTCGATTTAAT-----AA-----TAT-A---G---GTAAGG
gi|4                          :                   tCTTATATATGGCGATTTAAT-----AA-----GAT-G---G---GTAAGGGGGT
gi|5                          :                    CTTATAAATGTTAATTTAA-------------GAT-A---G---GTAAAGGGGTaagtaacaaatctatcattact
gi|6                          :                     TTATAAATGTCGATTTAAC-----AA-----GAT-A---G---GTTAGGGGGttatgataaattcatcattactagt
gi|7                          :         ttggaacacattataTAAACGTCGTTTTAAT-----AATTGAAGAT-A---G---GTAAGGGGGT
gi|8                          :                     TTATAAACGTTGATTTGAA-----AA-----GAT-G---G---GTAAGGGGGatataataaat
gi|9                          :       gaacacatttgtaCTTATAAACGTCAAATTAAC-----AA-----GAT-A---G---GTAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATATCTTGCAAATGTTGATTAATAAATTAGGTAAGTGAG