lowQualScore : 11 3333333333 3333333333333 7777777777777 111111
lowQualScore : 5 44 3 3 0 3 2222222222 3 3 44 77 777 7777 5555555555555 77 3 44 3 3 3 8888888888888 333333 4 0
lowQualScore : . .. . . . . .......... . . .. .. ... .... ............. .. . .. . . . ............. ...... . .
lowQualScore : 7 00 3 1 9 1 2222222222 1 3 66 99 444 1111 1111111111111 55 1 22 1 3 3 7777777777777 333333 6 7
consensus : TATA-TCTTTATT-GCTTAAGACG-TACAT-CTTATCA-CAT-T---AT---A-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----TACATA---A----AAAAATGGCA-CTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AA-TTC--ATAAAT----AAA-----GGAGAACAACTTTTAAAC
Reference ( gi|1 ) : TATA-TCTTTATT-CCTTAAGACG-TACAT-CTTATTA-CAT-T-T-AT---A-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----TACATA---A--C-AAAAATGGCA-TTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AA-TTCTAATAAATATTAAAA-----GGAGAACAACTTTTGAAC
gi|3 : TATA-TCTTTATT-CCTTAAGACG-TACAT-CTTATTA--AT-T-T-AT---A-TT-AC--AA-ATG--CAT---CA----TACATA---A--CAAAAAATGGCA--TG-TA--TGGTG-GTGTACA-AATTTCTAA-AAATATTAAAA-----GGAGAACAACTTT
gi|5 : aTATA-TCTTTATT-GCTTTAGACG-TACAT-GT----A-CATCT-T-ATCACA-TT-AC--AATATG--TAT--ACA----TA-------------AAAATTGCA-CTG-TG--TGGTG-GTGTACA-AA-TTC----AAAT----AAC-----GGAGAACAACTTTTAAA
gi|2 : TATA-TCTTTATTGCCTTAAAACG--ACAT-CTTATCA-CAT-C-C-A-------T-AC--AATGTG--GAT--CCA----TA-ATAC--A--A-AAAAATGGCA-GTG-TATGTGGTG-GTGTACAGAA-TTGCAATAAA--------------GAGAACAACTTTTAAAtaaga
gi|13 : taTATA-TCTTTATT-GCTTAAGACG-TACAT-CTTATCA-C------------A-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T-------------AAAAATGGCA-CTG-TA--TGGTG-Gacgaa
gi|11 : TATAATCTTCATT-GGTTAAGACG-TACAT-CTTATCA-CAT------T---A-TT-AC--AATATGTACAT--GTA----TACATA---A--
gi|16 : aTATA-TCTTTATT-GCTTAAGACG-TACAT-CTTATTA-CAT-T-TCAT---A-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaa
gi|12 : tataTA-TCTTTATT-GCT-AAGACG-TACAT-CTTATCA-CAT-C-------------AC--AATATG--TA-------------------------AAAATGGCA-CTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AA-TTCAAA
gi|8 : cCTTTATT-GCTTAAGAAAATACAT-CTTATCC-CAT-T---AT---AGTT-AC--AATATG--TAT--ACA----TA-------------AAAA-GGCA-ATG-TA--TTGCG-GTGTACA-AA-TTC----AAAT----AAA-----GGAGAGTAACTTT
gi|4 : TTACT-GCTTAAGACG-TACATTCTTATTAACAT-TCT-AT---A-TT-AC--AATATG--CATTGACA----TACATA---A--C--ACAAT-GCA-TTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AA-TT---AT--ATATTAAAA-----TCGGAACAACTTTTAAACca
gi|6 : tcTTATT-GATTAAGACG-TACAT-CTTATCA-CAT-T-------------AC--AATATG--TAT--GCA----TAAATAC--A--T-AAAAATGATA-CTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AA-T-----TAAA----AAAAACCCCGGATAACAACT
gi|10 : TTAAAACG-TACAT-C-TATCA-CAT-T----T---A-TT-AC--AATATGA-CAT--G-A----TACATA---AAGA-AAAAATCACA-C---TA--TAGTGTGTTTACA-AA-T--CAAT--------AAC-----GGAGAACAaataata
gi|7 : tattaATG-TACAT-CTTTTTA-AA------GT---A-TT-AC--AACATG--TAT--ACACAAGTACATATTTA--A-AAAAA-GGCA-TTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AA-TTC----AAAT----AAA-----GGAGAACAATGTTTAAAC
gi|9 : T-CTTATTA-CAT-T-C-GT---A-TTTACCAGATATG--CAT--ACA----TGTACA---A--A-AAAAATGGGC-TTGATA--TGGTG-ATGTAC--AA-TTC---TAAATATGAAA--------AGAACAAC-TTTGAACaaggtg
gi|14 : ATA---T--C-GAAAATGGCAATTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AA-TTC----AAAT----AAA-----AGAGAACAAC-TTTGAAC
gi|15 : -AAACATGGCA-TTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AA-TTC----AAAT----AAC-----GGAGAACA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAAAGGGGATCAACTTTTAAACAAGATGGTGATCCCGCA
Alignments
lowQualScore : 11111 2222222222222222 44444444 1111
lowQualScore : 5 3 3 2 2 2 2 22222 3 3 44 77 555 6666666666666666 66 2 33 2 3 22222222 7777 3 6666
lowQualScore : . . . . . . . ..... . . .. .. ... ................ .. . .. . . ........ .... . ....
lowQualScore : 0 3 1 9 9 9 9 55555 1 1 22 33 000 3333333333333333 99 9 99 9 1 99999999 3333 1 5555
consensus : TATA-TCTTTATTG-CTTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CA-TT--ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T-ACATA---A-AAAAATGGCA-CTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AATT-C------AAAT----A-AA----GGAGAACAACTTTTAAAC
Reference ( family-2512 ) : TATA-TCTTTATTG-CTTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CA-TT--ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T-ACATA---A-AAAAATGGCA-CTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AATT-C--AT--AAAT----A-AA----GGAGAACAACTTTTAAAC
gi|1 : TATA-TCTTTATTC-CTTAAGACG-TACAT-CT-TATTA-CATTT--ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T-ACATA---ACAAAAATGGCA-TTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AATT-CTAAT--AAATATTAA-AA----GGAGAACAACTTTTGAAC
gi|10 : TATTA--TTAAAACG-TACAT-CT--ATCA-CA-TT---TA-TT-AC--AATATGA-CAT--G-A----T-ACATAAAGA-AAAAATCACA-C---TA--TAGTGTGTTTACA-AATC---------AAT----A-AC----GGAGAACA
gi|11 : TATAATCTTCATTG-GTTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CA-T----TA-TT-AC--AATATGTACAT--GTA----T-ACATA---A-
gi|12 : aTA-TCTTTATTG-CT-AAGACG-TACAT-CT-TATCA-CA-TC--A-------C--AATATG--TA-----------------------AAAATGGCA-CTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AATT-C--Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaa
gi|13 : cTATA-TCTTTATTG-CTTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-C--------A-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T-----------AAAAATGGCA-CTG-TA--TGGTG-Gaa
gi|14 : AAAATGGCAATTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AATT-C------AAAT----A-AA----AGAGAACAACTTTGAA
gi|15 : atatcg---A-AAACATGGCA-TTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AATT-C------AAAT----A-AC----GGAGAACAc
gi|16 : TATA-TCTTTATTG-CTTAAGACG-TACAT-CT-TATTA-CA-TT--
gi|17 : tataAT----A-AA----GGGGATCAACTTTTAAACtcata
gi|2 : TATA-TCTTTATTGCCTTAAAACG--ACAT-CT-TATCA-CA-TC---CA--T-AC--AATGTG--GAT--CCA----TAATACA---A-AAAAATGGCA-GTG-TATGTGGTG-GTGTACAGAATTGC-------AAT----A-AA-----GAGAACAACTTTTAAAaagatggtgatcccgca
gi|3 : taTATA-TCTTTATTC-CTTAAGACG-TACAT-CT-TATTA-AT-TT--ATA-TT-AC--AA-ATG--CAT---CA----T-ACATAAC-A-AAAAATGGCA--TG-TA--TGGTG-GTGTACA-AATT-T--CTAAAAATATTAA-AA----GGAGAACAACTTTacgaa
gi|4 : aTTACTG-CTTAAGACG-TACATTCT-TATTAACA-TTCTATA-TT-AC--AATATG--CATTGACA----T-ACATA---A-CACAATG-CA-TTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AATT----AT--ATATTA--A-AA----TCGGAACAACTTTTAAAC
gi|5 : tcTATA-TCTTTATTG-CTTTAGACG-TACAT-GTACATCT-TA-TC--ACA-TT-AC--AATATG--TAT--ACA----T-A----------AAAATTGCA-CTG-TG--TGGTG-GTGTACA-AATT-C------AAAT----A-AC----GGAGAACAACTTTTAAA
gi|6 : TTATTG-ATTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CA-TT--ACA-AT-AT---GTATG--CAT--AAA----T-ACAT------AAAAATGATA-CTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AATT-A--A---AAA-----A-AACCCCGGATAACAACTtaaga
gi|7 : ATG-TACAT-CT-TTTTA-AA-----GTA-TT-AC--AACATG--TAT--ACACAAGT-ACATATTTA-AAAAAAGGCA-TTG-TA--TGGTG-GTGTACA-AATT-C------AAAT----A-AA----GGAGAACAATGTTTAAACaataata
gi|8 : CTTTATTG-CTTAAGAAAATACAT-CT-TATCC-CA-TT--ATAGTT-AC--AATATG--TAT--ACA----T-A----------AAAA-GGCA-ATG-TA--TTGCG-GTGTACA-AATT-C------AAAT----A-AA----GGAGAGTAACTTTCAaaggtg
gi|9 : T-CT-TATTA-CA-TTC-GTA-TTTACCAGATATG--CAT--ACATG--T-ACA-A---A-AAAAATGGGC-TTGATA--TGGTG-ATGTAC--AATT-C---T--AAAT----ATGA----AAAGAACAACTTTGAA
Alignments
lowQualScore : 11111 2222222222222 111111 1111
lowQualScore : 5 3 3 2 2 2 55555 3 3 44 77 555 6666 1111111111111 66 2 33 2 3 777777 7777 3 6666
lowQualScore : . . . . . . ..... . . .. .. ... .... ............. .. . .. . . ...... .... . ....
lowQualScore : 0 3 1 9 9 9 44444 1 1 22 33 000 5555 4444444444444 99 9 99 9 1 555555 3333 1 5555
consensus : TATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATT--ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T--A-CATA---A-AAAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAACAACTTTTAAAC
Reference ( family-2512 ) : TATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATT--ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T--A-CATA---A-AAAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAACAACTTTTAAAC
gi|1 : TATA-TCTTTATTCC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATTA-CATTT-ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T--A-CATA---ACAAAAATGGCA-TTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-CTAATAAATATTAA-AA----GGAGAACAACTTTTGAAC
gi|10 : TATTA--TTAAAACG-TACAT-CT--ATCA-CATT---TA-TT-AC--AATATGA-CAT--G-A----T--A-CATAAAGA-AAAAATCACA-C---TATA--GTGTGTTTACA-AATC-------AAT----A-AC----GGAGAACA
gi|11 : TATAATCTTCATTGG-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CAT----TA-TT-AC--AATATGTACAT--GTA----T--A-CATA---A-
gi|12 : aTA-TCTTTATTGC-T-AAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATC--A-------C--AATATG--TA-------------------------AAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaa
gi|13 : cTATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-C-------A-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T-------------AAAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-G
gi|14 : AAAATGGCAATTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----AGAGAACAACTTTGAA
gi|15 : atatcg---A-AAACATGGCA-TTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AC----GGAGAACAc
gi|16 : TATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATTA-CATT--
gi|17 : tataAT----A-AA----GGGGATCAACTTTTAAACtcata
gi|2 : TATA-TCTTTATTGCCTTAAAACG--ACAT-CT-TATCA-CATC---CA-T--AC--AATGTG--GAT--CCA----T--AATACA---A-AAAAATGGCA-GTG-TATGTGGTG-GTGTACAGAATT-G----CAAT----A-AA-----GAGAACAACTTTTAAAaagatggtgatcccgca
gi|3 : taTATA-TCTTTATTCC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATTA-ATTT--ATA-TT-AC--AA-ATG--CAT---CA----T--A-CATAAC-A-AAAAATGGCA--TG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-TCTAAAAATATTAA-AA----GGAGAACAACTTTacgaa
gi|4 : aTTACTGC-TTAAGACG-TACATTCT-TATTAACATTCTATA-TT-AC--AATATG--CATTGACA----T--A-CATA---A-CACAATG-CA-TTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATTAT----ATATTA--A-AA----TCGGAACAACTTTTAAAC
gi|5 : tcTATA-TCTTTATTGC-TTTAGACG-TACAT-GTACATCT-TATC--ACA-TT-AC--AATATG--TAT--ACA----T--A-----------AAAATTGCA-CTG-TGTG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AC----GGAGAACAACTTTTAAA
gi|6 : TTATTGA-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATT--ACA-AT-AT--G-TATG--CAT--AAA----T--A-CATA---A-AAA--TGATA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-A----AAAA----A-AACCCCGGATAACAACTtaaga
gi|7 : ATG-TACAT-CT-TTTTA-AA----GTA-TT-AC--AACATG--TAT--ACACAAGT--A-CATATTTA-AAAAAAGGCA-TTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAACAATGTTTAAACaataata
gi|8 : CTTTATTGC-TTAAGAAAATACAT-CT-TATCC-CATT--ATAGTT-AC--AATATG--TAT--ACA----T--A-----------AAAA-GGCA-ATG-TATT--GCG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAGTAACTTTCAaaggtg
gi|9 : T-CT-TATTA-CATTC-GTA-TTTACCAGATATG--CAT--ACA----TGTA-CA-A---A-AAAAATGGGC-TTGATATG--GTG-ATGTACA-ATTC-T----AAAT----ATGA----AAAGAACAACTTTGAA
Alignments
lowQualScore : 11111 2222222222222 111111 1111
lowQualScore : 5 3 3 2 2 2 55555 3 3 44 77 555 6666 1111111111111 66 2 33 2 3 777777 7777 3 6666
lowQualScore : . . . . . . ..... . . .. .. ... .... ............. .. . .. . . ...... .... . ....
lowQualScore : 0 3 1 9 9 9 44444 1 1 22 33 000 5555 4444444444444 99 9 99 9 1 555555 3333 1 5555
consensus : TATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATT--ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T--A-CATA---A-AAAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAACAACTTTTAAAC
Reference ( family-2512 ) : TATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATT--ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T--A-CATA---A-AAAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAACAACTTTTAAAC
gi|1 : TATA-TCTTTATTCC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATTA-CATTT-ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T--A-CATA---ACAAAAATGGCA-TTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-CTAATAAATATTAA-AA----GGAGAACAACTTTTGAAC
gi|10 : TATTA--TTAAAACG-TACAT-CT--ATCA-CATT---TA-TT-AC--AATATGA-CAT--G-A----T--A-CATAAAGA-AAAAATCACA-C---TATA--GTGTGTTTACA-AATC-------AAT----A-AC----GGAGAACA
gi|11 : TATAATCTTCATTGG-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CAT----TA-TT-AC--AATATGTACAT--GTA----T--A-CATA---A-
gi|12 : aTA-TCTTTATTGC-T-AAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATC--A-------C--AATATG--TA-------------------------AAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaa
gi|13 : cTATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-C-------A-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T-------------AAAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-G
gi|14 : AAAATGGCAATTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----AGAGAACAACTTTGAA
gi|15 : atatcg---A-AAACATGGCA-TTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AC----GGAGAACAc
gi|16 : TATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATTA-CATT--
gi|17 : tataAT----A-AA----GGGGATCAACTTTTAAACtcata
gi|2 : TATA-TCTTTATTGCCTTAAAACG--ACAT-CT-TATCA-CATC---CA-T--AC--AATGTG--GAT--CCA----T--AATACA---A-AAAAATGGCA-GTG-TATGTGGTG-GTGTACAGAATT-G----CAAT----A-AA-----GAGAACAACTTTTAAAaagatggtgatcccgca
gi|3 : taTATA-TCTTTATTCC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATTA-ATTT--ATA-TT-AC--AA-ATG--CAT---CA----T--A-CATAAC-A-AAAAATGGCA--TG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-TCTAAAAATATTAA-AA----GGAGAACAACTTTacgaa
gi|4 : aTTACTGC-TTAAGACG-TACATTCT-TATTAACATTCTATA-TT-AC--AATATG--CATTGACA----T--A-CATA---A-CACAATG-CA-TTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATTAT----ATATTA--A-AA----TCGGAACAACTTTTAAAC
gi|5 : tcTATA-TCTTTATTGC-TTTAGACG-TACAT-GTACATCT-TATC--ACA-TT-AC--AATATG--TAT--ACA----T--A-----------AAAATTGCA-CTG-TGTG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AC----GGAGAACAACTTTTAAA
gi|6 : TTATTGA-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATT--ACA-AT-AT--G-TATG--CAT--AAA----T--A-CATA---A-AAA--TGATA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-A----AAAA----A-AACCCCGGATAACAACTtaaga
gi|7 : ATG-TACAT-CT-TTTTA-AA----GTA-TT-AC--AACATG--TAT--ACACAAGT--A-CATATTTA-AAAAAAGGCA-TTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAACAATGTTTAAACaataata
gi|8 : CTTTATTGC-TTAAGAAAATACAT-CT-TATCC-CATT--ATAGTT-AC--AATATG--TAT--ACA----T--A-----------AAAA-GGCA-ATG-TATT--GCG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAGTAACTTTCAaaggtg
gi|9 : T-CT-TATTA-CATTC-GTA-TTTACCAGATATG--CAT--ACA----TGTA-CA-A---A-AAAAATGGGC-TTGATATG--GTG-ATGTACA-ATTC-T----AAAT----ATGA----AAAGAACAACTTTGAA
blockSeqs : A C A T A A TCTAT G T CA TA TGA CAAG ACATAAAGA AT A TG T G TCTAA ATTA T CCCC
blockSeqs : . . . . . . TCGT . . . A G . ACATATTTA C . . . . AT TA . .
blockSeqs : . . . . . . TAT . . . . G . ACATAACA C . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . CAC . . . . A . AATACAA C . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . TAC . . . . C . GTACAAA T . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . TAT . . . . A . ACATAA G . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . A . ACATAA T . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . CA . . . . A . ACATAA C . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . CC . . . . A . A C . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . GT . . . . A . A T . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . A . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : TAT** ACATAA******* C***** ****
originalCons : TATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATT--ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T--A-CATA---A-AAAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAACAACTTTTAAAC
finalCons : TATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATTAT--A-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----TACATAA-------AAAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATTC-----AAAT----A-AA----GGAGAACAACTTTTAAAC
Alignments
lowQualScore : 11111 2222222222222 111111 1111
lowQualScore : 5 3 3 2 2 2 55555 3 3 44 77 555 6666 1111111111111 66 2 33 2 3 777777 7777 3 6666
lowQualScore : . . . . . . ..... . . .. .. ... .... ............. .. . .. . . ...... .... . ....
lowQualScore : 0 3 1 9 9 9 44444 1 1 22 33 000 5555 4444444444444 99 9 99 9 1 555555 3333 1 5555
consensus : TATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATT--ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T--A-CATA---A-AAAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAACAACTTTTAAAC
Reference ( family-2512 ) : TATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATT--ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T--A-CATA---A-AAAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAACAACTTTTAAAC
gi|1 : TATA-TCTTTATTCC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATTA-CATTT-ATA-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T--A-CATA---ACAAAAATGGCA-TTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-CTAATAAATATTAA-AA----GGAGAACAACTTTTGAAC
gi|10 : TATTA--TTAAAACG-TACAT-CT--ATCA-CATT---TA-TT-AC--AATATGA-CAT--G-A----T--A-CATAAAGA-AAAAATCACA-C---TATA--GTGTGTTTACA-AATC-------AAT----A-AC----GGAGAACA
gi|11 : TATAATCTTCATTGG-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CAT----TA-TT-AC--AATATGTACAT--GTA----T--A-CATA---A-
gi|12 : aTA-TCTTTATTGC-T-AAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATC--A-------C--AATATG--TA-------------------------AAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaa
gi|13 : cTATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-C-------A-TT-AC--AATATG--CAT--ACA----T-------------AAAAATGGCA-CTG-TATG--GTG-G
gi|14 : AAAATGGCAATTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----AGAGAACAACTTTGAA
gi|15 : atatcg---A-AAACATGGCA-TTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AC----GGAGAACAc
gi|16 : TATA-TCTTTATTGC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATTA-CATT--
gi|17 : tataAT----A-AA----GGGGATCAACTTTTAAACtcata
gi|2 : TATA-TCTTTATTGCCTTAAAACG--ACAT-CT-TATCA-CATC---CA-T--AC--AATGTG--GAT--CCA----T--AATACA---A-AAAAATGGCA-GTG-TATGTGGTG-GTGTACAGAATT-G----CAAT----A-AA-----GAGAACAACTTTTAAAaagatggtgatcccgca
gi|3 : taTATA-TCTTTATTCC-TTAAGACG-TACAT-CT-TATTA-ATTT--ATA-TT-AC--AA-ATG--CAT---CA----T--A-CATAAC-A-AAAAATGGCA--TG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-TCTAAAAATATTAA-AA----GGAGAACAACTTTacgaa
gi|4 : aTTACTGC-TTAAGACG-TACATTCT-TATTAACATTCTATA-TT-AC--AATATG--CATTGACA----T--A-CATA---A-CACAATG-CA-TTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATTAT----ATATTA--A-AA----TCGGAACAACTTTTAAAC
gi|5 : tcTATA-TCTTTATTGC-TTTAGACG-TACAT-GTACATCT-TATC--ACA-TT-AC--AATATG--TAT--ACA----T--A-----------AAAATTGCA-CTG-TGTG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AC----GGAGAACAACTTTTAAA
gi|6 : TTATTGA-TTAAGACG-TACAT-CT-TATCA-CATT--ACA-AT-AT--G-TATG--CAT--AAA----T--A-CATA---A-AAA--TGATA-CTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-A----AAAA----A-AACCCCGGATAACAACTtaaga
gi|7 : ATG-TACAT-CT-TTTTA-AA----GTA-TT-AC--AACATG--TAT--ACACAAGT--A-CATATTTA-AAAAAAGGCA-TTG-TATG--GTG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAACAATGTTTAAACaataata
gi|8 : CTTTATTGC-TTAAGAAAATACAT-CT-TATCC-CATT--ATAGTT-AC--AATATG--TAT--ACA----T--A-----------AAAA-GGCA-ATG-TATT--GCG-GTGTACA-AATT-C----AAAT----A-AA----GGAGAGTAACTTTCAaaggtg
gi|9 : T-CT-TATTA-CATTC-GTA-TTTACCAGATATG--CAT--ACA----TGTA-CA-A---A-AAAAATGGGC-TTGATATG--GTG-ATGTACA-ATTC-T----AAAT----ATGA----AAAGAACAACTTTGAA