lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            11111111                                                                                                           22222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                       55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                                                                                                   11111111111111111111111111111111111111                                               1111111111111111     
lowQualScore                  :                      555555555    111111          1    222222    11          2                    22              888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888       3333333    11       111    444444444444444        1  11           777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777       111        444444444444444     1                    3333               22    111      222       22   111111                             22222222222222222    22222                           1         4444444444444444    11         2222222222222222222222222          1        99999999999999999999999999999999999999999999999999999999             66666666666666         1  1     3333333          4444444444444  1     2                00000000            33       4        22            22       7777777777777           6666               1          11111111111111111111         1    33                4        222      1    33               2      1          4          4               33  1    55555   1          44     4             4         666666        4       4                  4      4       1     55       33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333          1  4       55       8888          444            666666666        4     4                33333333333333333333333333333333333333          666           666                    2222222222222222     
lowQualScore                  :               77     333333333    222222 4        0    999999    11  1       0      8    4 8      00 2    8       555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   2   5555555    88       444    222222222222222      5 0  11     5 5 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666       222 66  5  222222222222222  5  2     3  99 88888  6 0000    6  3 6  3  66    222   6  000   3   66   111111     3  3 7    7 7  3        00000000000000000    22222     4 4     66    4  33   2     55  4444444444444444    33   0  5  5555555555555555555555555    5  5  0   66   66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5           55555555555555  6   6  3  3   0 3333333          4444444444444  5     0  2             00000000       3    11       0        44   555      55       9999999999999      6    1111         4 2   5          99999999999999999999     6   5    11        2     6 0        111  6   5    22               0      7          0          0               44  7    00000   5          66     0             0         555555        0       0                  0      0       5     77       66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666          5  0     6 55       5555          666    6       999999999        0     0                11111111111111111111111111111111111111          111           111                    0000000000000000     
lowQualScore                  :               ..     .........    ...... .        .    ......    ..  .       .      .    . .      .. .    .       ............................................................   .   .......    ..       ...    ...............      . .  ..     . . . ...............................................................       ... ..  .  ...............  .  .     .  .. .....  . ....    .  . .  .  ..    ...   .  ...   .   ..   ......     .  . .    . .  .        .................    .....     . .     ..    .  ..   .     ..  ................    ..   .  .  .........................    .  .  .   ..   ........................................................ .           ..............  .   .  .  .   . .......          .............  .     .  .             ........       .    ..       .        ..   ...      ..       .............      .    ....         . .   .          ....................     .   .    ..        .     . .        ...  .   .    ..               .      .          .          .               ..  .    .....   .          ..     .             .         ......        .       .                  .      .       .     ..       .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................          .  .     . ..       ....          ...    .       .........        .     .                ......................................          ...           ...                    ................     
lowQualScore                  :               99     222222222    888888 4        0    999999    22  6       4      0    0 0      66 5    9       222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222   5   4444444    88       999    222222222222222      7 0  99     0 2 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555       666 99  0  666666666666666  0  0     6  22 33333  7 0000    7  3 7  3  11    555   2  222   6   88   555555     6  6 3    3 3  6        00000000000000000    88888     4 4     33    4  88   4     11  5555555555555555    88   2  0  0000000000000000000000000    0  0  0   44   77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7           88888888888888  7   7  3  3   8 4444444          5555555555555  5     0  5             55555555       0    00       0        00   000      55       0000000000000      0    0000         0 5   0          55555555555555555555     0   0    55        5     0 0        000  0   0    55               0      0          0          0               00  0    00000   0          00     0             0         000000        0       0                  0      0       0     00       00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000          0  0     0 00       0000          000    0       000000000        0     0                00000000000000000000000000000000000000          000           000                    0000000000000000     
consensus                     :          GGTGT--AAAGCNGA-GT--ATGTA------C-GTACCATC-GGGT-----TACGTA-CAGCCCGACAATGGCAA-CAGA-G-GAAAAC--GGCTCG-AATGTTTAA-CAT-C-CT-C--TATCA-------TA---T-CTGTTAAAT-A--CCATT-----TTTAATGTTT---CAGTTTTTT-CTTTCAAC--TTAAA-AGAT----TAC-GGGTGTC-T-TA--ATGCT-CGC-T---GC--GACGG--A---AA-ATTAA-TACAA----GA-ACCGT-AAA----A--TA--AACACTATATTCG-A--TA-TATA-AT--AAATA-NGAA-GA-TGATG-TA--G-----GT-A-CC-GGCA-TA-G-TT-TGAATGTA---CGT-AC--CATG-AAAT-CCT------AGCCA-AA-A-TCGG-A-TG-TACGTACC-G--T-AA--AAA----GATGTT---ACCTA-C-CATGT-ACTAA-CAGAAAAAGGTCT-TAT-A-TTAT--CATTAG-AAAG--TTCCTA-TCAT---TAT-A--AAA-CCTA-A--TTGGC-AT-GT-ACTTTACT-ATCTTTATAT-G--TAAG-----A--C--A-TA-CAAGTTCCTTAT-CA-A-TCAC-CGCAAAACATA-A--TT----TAC-TA-TAC-TT-TA-AACTACA-GGG-TCGAGTGCTAA-TGCATGCAGGAACACTCCTATGNTTACCCCCCCCCCACCTG---CCTCCTTNTTATAATTTCAATNGTTCGAAAANGAANCNTTTATGGATTAAACA---ATTTTTATA-TTTAATCTTGAGTACCGCTTTTTTNANGCTCATCATCACAACTAATACTAAC---------TTTTTAATATATCATNCATTCGATNATATTCA-ATGTGAAANGATTCAATGTTATNAATGAGTGTTTCAAAATATTAAATAATAAAATTCCAATTTGTACA-AAGTCCGATTTTTTTTTAAAAACA-CGTTGGACTGGTGGGGTG-TGGTGGGCTAAACAAACTAG-AGCTATTGTTTGGGGTTACATAGGCTTTACAGTATTAACACAAATAATGC-TTCTTCTATATATTGTTAGAT-GATTTTTTTGGTTAACAGAAGTGTAGTTTAAAAAAATATAACAATGAACAA---AGTAGTC-TG-AACATATTGAAATTAACATGCACAAGTGTAAAAAACATAAAAAAAGAAAAAAAAACTTTGACAAAAC-AGTTGCACTGTTTAGAAAAGCGGGGGGGGGGGGGGGAGAGGGACAAATCCTAAGAATGTGACACATGATGGCCAGAAAAAAAATACTTGACCAATAAAGTTTTGTGTGTGTTGTGGGGAG--------GGGC-TATTT----TGCTCCCGGCCCCTA-GTCATCAACATGTAATGGTTACTA-ATAA---TACCATTTAACGCTGGTGCTTCTTTGTAGAAAAAGATTAATTTTGAAACTTCAACAAAAATTATGCGATTATTTACA-CAAAA-TCAACCTCGGAGCCACCATTGTCAATT-GAATA--TATTATTTATGTC--ACA-AACATACGAA--GCAGATCCGCGC--GTTACCTAGATAGCGAGGGTA----AAGAAACTGC--GGGTG
Reference ( gi|2 )            :          GGTGT--AAAGCAGA-----ATGTA------C-GTACCATC-GGGT-----TACGTA-CAGCCCAACAATGGCAA-CAGA-G-GAAAACG-GGCTCG-AATGTTTAA-CAT-C-TT-C--TATC--------T----T-CTGTTAAAT-A--CCGTT-----TTTAATGTTTC--CAG-TTTT--CTTTTAAT--TTAAACAGAT----TA--GGGTGTC-T-TA--ATGCT-CAC-T--CGC--GACAG--A---AA-ATTAT-CACAA----GA-ACCGT-AAA----A--TA--A-CGCTATATTCG-A--TA-TA-A-AT--AAAT--T-AA-GA-TGATG-TA--G-----GT-A-C--GGCA-TA-G-TT-TGAATGTA---CGT-AC--AATG-AAATTCCT------AGCCA-AA-A-TCGG-A-TG-TACGTACC-G--T-AA--AAC----GATGTT---ACCTA-C-CATGT-ACTAA-CAGAAAAAGGTCT-TAT-A-TTAT--GATTAG-AAAG--TTCCTA-TCAT---TAT-A--AA--CCTA----TTGGC-AT-GT-ACTTTACT-ATCTTTATAT-G--TAAG-----A--C--A-TA-CAAGTTCCTTAT-CAGA-TCAC-CGCAAAACATA-A---T----TAC-TA-TAC-TT-TA-AACTATA-GAA-TCGAGTGCTAAATGCATGCAGGAACATTCCT-TGCTTACCCCCCCCCC-CCTGGTTTTTTTTTTTTATAATTTCAAT-GTTCGAAA-TGAACTTTTTATGGGTTAAACATACATTTTTTTCCTTTAATTTTGA--AACGCTTTTTTAAGACTCATCATCACAACTAATGTTAACAACTATTTTTTTTTGATAGATCA-ACATTCGATGATATTTATATGTGAAATG-TTTAATGTTATATATGAGTGTTTCAAAA-ATTAAAAAATAAAATTC-AATTTGTACACAAGTCCGATTTTTTTAAAATAACAACGGGGGAATGGTGGGGTGGCGGTGG-CTAAACAAACTAGTAGCTATTGT--GTGTTTACATAG-CTTTACA-TATTAACACAAATAATGCCTTCTTC-ATATATTTTTAGAAAGATTTTT--AGTT--------T-TAGTT-AAAAAAATATAACAATGAACAATGAATTAATCATGCAACATCTT---------AGGCGTAGGTGTAAAA---------AA--AAAAAAGGGC--TGACAAAACAAGTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCATACTTTTGCTGCTCCCGGCTCCTATGGAAACAATGTACAACTGTATCTAGACAAAAGCACCATTTAACTCT-GTGCTCC--TGTAGAA----ATTAATTTTG-ACCTTCGACAAAAA-CATGCA--TATTTACAGCAAAATTCAACCTCGGAGCCACGCT--TCAATTGGAATAAGGATTG-TTATCTCAAACAGAACATACGAAAGACAGATCCGCGCCGATTACCTAGATAGCGAGGGTATAGTAAGAA--TGCCGGGGTG
gi|1                          :          GGTGTTAAAAGCGGA------TGTA------CCGTACCA-C-GAGG-----TACGTAACAGCCCAACGATGGCAA-CA-A-G-GAAA-CG-G-CTCG-AATGGTTTA-CAT-CCTT-C--TATA--------A----T-CTG--AAAT-A--ACTAA-----TTTAATGTTT----AG-TTTTT-CTTTTAAC--TTAAAGAG------TG--GGTTGTC-T-TAT-AGGCT-CCC-T---GC--GACAG--A---AA--TAATACACAA----A----CGT-AAA----A--TA--AACACTAATTTCTTA--TA-TA-A-A---ACAT--G-AACGA-T--TG-TAAGG-----GT-A-CCGAGCA-TT-C-GT-TGA-TGTA---CGT-AC--CAGG-AAAT-CCT------AACCA-AA-A-TCGG-AATGATACGTACC-GAGT-AA--AAA----GA-GTTTTCACCAA-CGCATGTGAGTAAACAGAAAA-GGTCT--AT-A-TTATTCATTTAG-AAAA--TTC-TA-TCAT----AT-A--AAA-CCTA----TTGGC-ATTGT-ACTT-ACTTAT-TTTATAT-GCATAAG-----GATC--AATAGCAA-TTCCTTAT-CAGAATCACACGCAAAACATA-AAATT----TAT-TA-TACGTT-TA-AACTACA-GGGGTCGAGTGCTAA-TGCATGCAG--AC-TTCCTATGATTATCCCCCCCCC-C-TG---CTTTTTTGTTATA-TTTCAATTGTTCGAAAATGAACTTTTTATG--TTAAATA---ATTTTTATA-TTTAATCTTGAGTACCGCTTTTTTTATGCT-ATCATCACAA----TACTAAC---------TTTTTAATATATCATGCATTCGATTATATTCA-ATGTGAAAGA-TTCAAT-TTATTAATGAGTGTTTCAAAATATTAAATAATAAAATTCCAATTTGTACA-AAGTCCGATTTTTTTTTAAAAACA-CGTTGGACTGGTGGGGTG-TGGTGGGCTAAACAAACTAG-AGCTATTGTTTGGGGTTACATAGGCTTTACAGTATTAACACAAATAATGC-TTCTTCTATATATTGTTAGAT-GATTTTTTTGGTTAACAGAAGTGTAGTTTAAAAAAATATAACAATGAACAA---AGTAGTC-TG-AACATATTGAAATTAACATGCACAAGTGTAAAAAACATAAAAAAAGAAAAAAAAACTTTGACAAAAC-AGTTGCACTGTTTAGAAAAGCGGGGGGGGGGGGGGGAGAGGGACAAATCCTAAGAATGTGACACATGATGGCCAGAAAAAAAATACTTGACCAATAAAGTTTTGTGTGTGTTGTGGGGAG--------GGGC-TATTT----TGCTCCCGGCCCCTA-GTCATCAACATGTAATGGTTACTA-ATAA---TACCATTTAACGCTGGTGCTTCTTTGTAGAAAAAGATTAATTTTGAAACTTCAACAAAAATTATGCGATTATTTACA-CAAAA-TCAACCTCGGAGCCACCATTGTCAATT-GAATA--TATTATTTATGTC--ACA-AACATACGAA--GCAGATCCGCGC--GTTACCTAGATAGCGAGGGTA----AAGAAACTGC--GGGTG
gi|13                         :       actGGTGT--ATACCCGATGT--ACGTA------C-GTACCATC-GGGT--------AT--CATCCCGA-AATGTCAA-CAGA-G-GAAAACG-G-TTAG-AATGTTTA--TAC-CATG-G--TATC--------T--------ATTGAAT-AA-CCATT-----T--AATGTTT---CAGTTTTT--CTTTCAAT--TTAA
gi|20                         :      cactGGTAT--AAAGCCGATGTACATGTA------C-GTACCACC-GGAT------ACGTA-AAGTCCAACA-TGGCAA-CAGA-G-GAAAAC--GGCTCga
gi|22                         :     tcactGGTGT--AAAGCGGAGGTACATGTA------C-GTACCAT
gi|4                          : cacaaacactGTAT--AAGGCG-------ATGTA------C-GTACCATAAGGGT-----TACGT--TAGTCCAATCATGGCAAACAGA-GTGAATAAT-GGCTCGTAATGTTTAAACAT-C-CT-C--T-----------TA---T-CTGTTAAAT-ATACCATT--------AAT-TTTGAACAG-TTTTTTCTTTTAAC--TTAAA--GAT----TACTGGGTGTC-TGTA--ATGCT-CGC-T---GC--GACG-------AA-ATTAA-TACAA----GA-AC-GT-AAA----AAATA--AACACTATATCGA-A--TA-TA-A-TT--AAATAATGAA-GAATGATG-TA--G-----GTTA-CC-GGCAATA-GGTT-TGA-TGTAG--CGTTAC--CATG-AAAT-CCA------AACCA-AA-AATCGACA-TG-TACGTACC-A--T-AA--AAA----GATGT----ACCTA-C-CATGT--CTAA-TAGAAAA-GGTCT-TAT-ACTTAT--CATTAG-AAAGAGTTCCTA-TC-T---TAT-A--AAA-CCTAAA--TTGGC-AT-GTTACT---CT-ACCT-------------------------A-T----------TTAT-CA----C-C-CGCAAAACATA-ATTTT----TA--TA-TAC-TTCTATAACTAC--GGG-TTGAGTGCTA
gi|3                          :         gtGTAT--AAGGCG-------ATGTA------C-GTACCATAAGGGT-----TACGT--TAGTCCAATCATGGCAAACAGA-GTGAATAAT-GGCTCGTAATGTTTAAACAT-C-CT-C--T-----------TA---T-CTGTTAAAT-ATACCATT--------AAT-TTTGAACAG-TTTTTTCTTTTAAC--TTAAA--GAT----TACTGGGTGTC-TGTA--ATGCT-CGC-T---GC--GACG-------AA-ATTAA-TACAA----GA-AC-GT-AAA----AAATA--AACACTATATCGA-A--TA-TA-A-TT--AAATAATGAA-GAATGATG-TA--G-----GTTA-CC-GGCAATA-GGTT-TGA-TGTAG--CGTTAC--CATG-AAAT-CCA------AACCA-AA-AATCGACA-TG-TACGTACC-A--T-AA--AAA----GATGT----ACCTA-C-CATGT--CTAA-TAGAAAA-GGTCT-TAT-ACTTAT--CATTAG-AAAGAGTTCCTA-TC-T---TAT-A--AAA-CCTAAA--TTGGC-AT-GTTACT---CT-ACCT-------------------------A-T----------TTAT-CA----C-C-CGCAAAACATA-ATTTT----TA--TA-TAC-TTCTATAACTAC--GGG-TTGAGTGCTAtt
gi|19                         :           gtGT--AAAGCC-A-----ATGTAGGTACAT-GTACCATC-GGGT------ACGTA-CAACTAAACA-TGACAA-CAGA-G-GAAAAC--GGCTCG-AATGTAT-A-CAT-C-CTAC--TATtt
gi|8                          :                   AGCCGA-------GTA------C-GTACCATC-AGGT------ACCAG-CATCCCAACA-TGGCAA-CAGA-G-GAATACATGGC----GATGTTACC-CAT-T-TG-A--TATCAA------T----TATTGATAAAT-AT-CCA-------TTTAATGTTTC--GAT-TCTT--CCTTTCATCGTTAA--AGAT----AA--TGACA-C-T-AAGTATGAT-CACATAATGCCTGATGG--ACACAA-ATTA--AACGA-----A-ACCGT-GAATAATA--TA--A--ACTGTATTTG-A--TA-TCTA-ATAAAAAT--G-AA-G--TGAT--CA--A-----GT-A------TA-TATG-TTACCAGTGCA---CAT-GC--TGTATAAATTCCa
gi|11                         :                      actgggtatttTA------C-GTACCATC-AGGTATCTGCATGTA-CATCCCGACA-TGGCAA-CAGAGG-GAAAAC--GGTTAG-AATGTTT-A-CATCC-CT-CAATACCA-------TGGTAT-CTATTGAAT-A--CTAGTAACCATTTAATGTTTC--AGG-TTTT--CTTTCAAC--TTAAg
gi|7                          :                                                          tgaaATGTA-CACCCCGACA-TGGCAG-CAAA-G-GGAAACG-GTTTAG-A--GTTTA--CAT-CCTT-CAATACCATGGATGGTA---T-CTAT-GAAT-AA-CCATT-----T--AATGTTT---CAGTTTTT--CTTTCAACTATTAA--AGAT----AAT-GTGTGTC-T-TA--ATGCT-TGC-T---GC--AA-AG------AA-ATCA---ATAA----GAGAACGT-AGA----A--------------ATTTG-ATTTA-TATA-AT--AAAT--TGAA-TATTGATA-TA--GCCAAAGT-GCC--AACA-TA-G-TT-TG-ATGTATATTGT-AC--CATG-AAA-ACCT------AATCA-AA-A-TCAG-A-TG-CACGTACC-t
gi|16                         :                                           tgcaaatccgatggtatctgcGTA-CTGCCGAACA-TGGCAA-CAGA-G-GAAAAC--GGCTCG-AATATTT-A-CATCC-TT-C--TATA-------------T-CTGTTAAATAA--CCA-------TTTAGTGTTT---CAGTTTTT--CTTTCAAC--TT--GCAGAT----acctatatataccatgcagtta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                      TCAAC--TTAA-CAGATAATATA-----TCTC-T-TA--ATGAT-CGC-T--GG---GACTG--A---AA--TTAA-TAAAA----GA-AC-GT-AGA----A--TA--AACAATATATTTG-A--TA-TA-ATAA--AAAT--G-AA-GA-TGATG-TG--G-----GT-ACC--GGCA-TT-G-TT-TG-ATGTA---CGT-AC--CATG-AAA-TGTT------AGCTA-AA-A-TTGG-A-TG-TACATACC-aatgtgctgtc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                               cGGTGTCTT-TA--ATGCTACGC-T---GCT-GACAATTA---AATGTAAA-TACGAAGATGA-AACGTAAAA----A--TAATA-TACTATATTCT-G--CATTATA-AT--AAATA-TGAA-GA-TGATGTTAATG-----GT-A-CCAGGCA-TA-T-TT-TG-ATGTT---AGT-ACTGCATG-AGAATCATGGTAAGAGGCATAATA-TCGA-AGTG-TACGTACC-T--T-AGTTAACAATTGATGTA---CCCTCTC-CATGT-ACTAA-CA-AAGAAGGTCTGTAT-A-TTTT--CATTAGAAAAG--TTCCTAGTC-T---TAT-AGTAA--CCTATATGTTGGCGAT-GT-ACTTTAGT--TCTTTAT-T-G--TAAGGACAAA--T--A-GA-CAAGTT---------------C-CGCAAAACATC-A---T----T---TATTAC-TT-AA-AACTACACGGG-TCAAGTGCTAagt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                        -TA--ATGTT-CGC-T---GC--GACAG--A---AA--TTA---ATAA----GA-G------AA----G--TA-------TATATTTT-A--TA-TA-A--------T--G-AA-GA-TGATG-TG--G-----GT-A-CC-GGCA-TA-A-TT-TGCATGTG---CGT-AC--CATG-AAA-TCTT------ATCCA-AA-A-TCGG-A-TG-TATGTACC-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A-TGATG-TA--G-----GT-ACC--GGCA-TT-G-TT-TG-ACGTA---AGT-Aagtgagaaaaat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A-TGATG-TA--G-----GT-ACC--GGCA-TT-G-TT-TG-ACGTA---AGT-Atctaaaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aatcaaatacgacgatGATG-TA--G-----GT-A-CC-GGCA-TA-G-TT-TGA-TGTA---CTT-AC--CATG-AGAT-CCT------AGTCA-AA-A-TCGG-A-TG-T------------------AC----GATG-T---ACGTA-C-CATGT-ACTGA-CAAAAtctaaaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --G-----GT-A-C--CGCA-TA-G-TT-TGA-TGTA---CGT-AC--CATG-AAAT-CCT------AGCCA-AA-A-TCGG-A-TG-TACCTACCAG--T-AA--AAA----GATGTA---G--TA-C-CATGC-ACTAA-CAG-AAAAGTTCT-TATCA-CTA-------GG-AAAG--CTCCTA-TTATAAATTT-A--AA--CTTA----TTGGC-AT-AT-ACTTTACT-A-GTTTATAT-G--TAAG-----A--CGAA-TA-CAAGTTCCT--T-CACA-TCAC-TGCAAAACATGTA---TG---TACACA-TAT-TT-TA-ATC-ACA-GAC-TCGAATG------GTAT----GAACACTCTT-TGCTTACCCTCCCCCCACC-----TCTCCTTTTTAT-ATTTCAATGGTTCGAAA-AAAAACATTTATGGATTAAACcgg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                g-AC--CATG-AAAT-CCT------AGTCA-AA-A-TCGG-A-TG-TACGTACCTG--TCGA--AAA----GAT-TT---ACCTA-C-AATGC-ACTAA-CAAAAAAA----T-TCT-G---AT--CATTAGAAAAG--TTCT---------------------------------C-AT-GT-ACTTTACT-ATTTTTATGTAA--TAAG-----A-----A-TA-CATGTTC---ATGCAAG-TCAT-CACAAAACAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A-AA-A-TCGG-A-TG-TACGTACCAG--T-AA--AAA----GATA-T---ACCTA-C-CATGT-ACTAA-CAT-AAAAGGTCT-TGTCA-TTA---GA-----AAAG--TTCCTA-CCAT---TATAA--AA--CCTA----TTGGC-AT-GT-ATTTTACT--TTTTTgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ATGT----ATCTA-C-CATGC-ACTAA-AAGAA-----------------------------AAG--TTCTTA-TCAT---TAT-A--AAAGCTTA-----TGGT-AT-GT-AGTTTACT-AT-TTTATAT-G--CAAG-----A--CGAA-TA-CAAGTTCCT--T-CAGA-TCAC-TGCAAAACATG-T---TCGCATACATG-CAT-TT-TA-AA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaTTTTTAAGACTCATCATCACAACTAA----------------TTTTTAATATATCA-TCATTCGATGATATTCA-ATGTGAAATGATTCAATGTTATA-ATGAGTGTTTCAAAA-AT

lowQualScore                  :                         3333333333333                   222222                1                                      222       5555555555555555555555             333333333333333       111    1                        22222222222      11111                         2222222  11                11  11                                        1111                                                22    111                     111111                             22222222           11111                      11        2222222             1  11           1              333333                   22222     777777777777777777777777777777777777777777777               3333333333333333       1  1      11               1                   2                3333333333          11       1        111           11       333        22           11                                 666666666666666              22                1        1             1                1                 1          2                        2                  2      1             2         11            1       1                  2      1             22       11    4444444444     1                      333       2222        333333333                333333333  11          11         2                                                                                                                        77777777    2     4444               2                        2    333              1       11       2222          1              1      11        2     2                   11      2     333    1       22   2          22            22                     4444     11   22     
lowQualScore                  :                  66     1111111111111    99        8    555555    99  0   1   7      7     7 3  7   55  3    8       111   4   3333333333333333333333           8 444444444444444   1   555 4  2    0         4 7  5    55555555555   5  22222  8 4 4     4    4  4    1111111  33         9999   88  22  66  4   666      1  1 999  4 1  8 4   5555   4 7 3 44     55 77 88888 6    3 3  6   6     44    222  6   44     3   3   000000    6 3  3     6 6  3        11111111     55    88888     4 4     44    4  11   1    3333333    4    4 4 3  22        4  0 2 66   4     000000     4  4 8        88888     111111111111111111111111111111111111111111111  6 5          3333333333333333    5  1  1      44   6           3     99999   88    3  1             7777777777 11  1    44       4        555  222      00       555      4 33           88 2         1 11  6          6    444444444444444              11        1       3        4 7      6    4                5      4          5          0               88  4    0  66   2          0      5             0         88 2 2        5       5                  0      5       2     44       88    1111111111     5                      555 2     1111     3  888888888 3              999999999  88          88         0                                                                                                               3 3      22222222    0     2222               0 55 4           2  88   0    555           2  5       88       4444          5 3            5      88        0     0                55 88      0     000    5    2  77   0          77            77                     2222     88   77     
lowQualScore                  :                  ..     .............    ..        .    ......    ..  .   .   .      .     . .  .   ..  .    .       ...   .   ......................           . ...............   .   ... .  .    .         . .  .    ...........   .  .....  . . .     .    .  .    .......  ..         ....   ..  ..  ..  .   ...      .  . ...  . .  . .   ....   . . . ..     .. .. ..... .    . .  .   .     ..    ...  .   ..     .   .   ......    . .  .     . .  .        ........     ..    .....     . .     ..    .  ..   .    .......    .    . . .  ..        .  . . ..   .     ......     .  . .        .....     .............................................  . .          ................    .  .  .      ..   .           .     .....   ..    .  .             .......... ..  .    ..       .        ...  ...      ..       ...      . ..           .. .         . ..  .          .    ...............              ..        .       .        . .      .    .                .      .          .          .               ..  .    .  ..   .          .      .             .         .. . .        .       .                  .      .       .     ..       ..    ..........     .                      ... .     ....     .  ......... .              .........  ..          ..         .                                                                                                               . .      ........    .     ....               . .. .           .  ..   .    ...           .  .       ..       ....          . .            .      ..        .     .                .. ..      .     ...    .    .  ..   .          ..            ..                     ....     ..   ..     
lowQualScore                  :                  99     9999999999999    55        9    666666    44  5   6   7      3     3 6  3   00  6    0       999   0   1111111111111111111111           9 444444444444444   1   666 4  8    8         0 7  0    88888888888   0  55555  9 4 4     4    4  4    3333333  44         4444   99  22  11  4   333      9  1 777  4 9  0 0   1111   0 3 6 66     00 99 33333 7    3 3  7   7     88    555  7   22     1   6   555555    7 3  3     7 7  3        88888888     00    77777     0 0     88    0  33   9    7777777    4    4 4 3  22        4  0 0 11   4     333333     4  4 9        33333     666666666666666666666666666666666666666666666  2 0          0000000000000000    7  4  4      00   7           3     00000   00    7  0             3333333333 33  0    77       0        000  777      77       000      0 00           00 5         0 77  7          7    777777777777777              33        0       3        0 3      7    0                5      0          0          0               00  0    0  00   5          0      0             0         55 5 5        0       0                  0      5       5     00       55    0000000000     5                      000 5     0000     0  555555555 0              000000000  00          55         0                                                                                                               0 0      55555555    0     5555               0 55 0           5  00   0    000           5  0       55       0000          5 0            5      55        0     0                55 00      0     555    5    5  55   0          55            55                     5555     00   55     
consensus                     :             GGTGT--AAAGCGGA-G---TA--TGTAC--GTACCATC-GGGT-----TACGTA-CAGCCCAACAATGGCAA-CAGAG-G-AA-AAC--GG-CTCG-AATGTTTAA-CAT-CCT-C---TATC-A---T-------ATCTGTTAAAT-A--CCATT-----TTTAATGTTT---C-AGTTTTTTCTTTCAACT-TAAA-AGATNAC-G------GGT-GT-----CT-T-A-ATGCT-CGCT-GC-GACGG--A---AA-ATTAATACGA----GAACCGT--AA--AA-TAA-ACACTATATTCGA--TAT-ATAA-T-AAAT-ATGAA-G-A-T--GATGT--A--G-----G-TACC-G-GC-ATA-GTTTGAATGTA---CG-TAC--CATGA-AAT-CCT------AGCC-A-AA-ATCGG-A-TG-TACGTACC---G--T-AAAAA--GATGTT---ACCTA-C-CATGT-ACTAA-CAGAAAAAGGTCT-TATA-TTAT-CATT-A-G-AA--AGTTCCTA-TCATTA--TAA-AACCT-A---ATTGGC-AT-G-TACTTTACT-AT-TTTATAT-G--TAAG-----A--C--A-TA-CAAGTTCCTTAT-CAG-A-TCAC-CGCAAAACATA-A--TT----TAC-TATAC-TT-TA-AACTACA-GGG-TCGAGTGCTAA-TGCATGCAGGAACATTCCT-TGCTTACCCCCCCCCC-CCTG---CTTTTTTTTTATAATTTCAAT-GTTCGAAAATGAACTTTTTATGGGTTAAACATACATTTTTNTNCTTTAATCTTGAGTANCGCTTTTTTAAGACTCATCATCACAACTAATGCTAAC---------TTTTTAATATATCATGCATTCGATGATATTCA-ATGTGAAATGATTCAATGTTAT-AATGAGTGTTTCAAAATATTAAANAATAAAATTCCAATTTGTACACAAGTCCGATTTTTTTNNAANAACAACGNNGGANTGGTGGGGTGGCGGTGGGCTAAACAAACTAGTAGCTATTGTTTGNGNTTACATAGGCTTTACAGTATTAACACAAATAATGCCTTCTTCTATATATTNTTAGANAGATTTTTTTGGTTAACAGAAGTGTAGTTTAAAAAAATATAACAATGAACAATGAANTAGTCATGCAACATNTTGAAATTAACANGCGCAGGTGTAAAAAACATAAAAAAAGAAAAAAGGGCTTTGACAAAACAAGTTGCACTGTTTAGAAAAGCGGGGGGGGGGGGGGGAGAGGGACAAATCCTAAGAATGTGACACATGATGGCCAGAAAAAAAATACTTGACCAATAAAGTTTTGTGTGTGTNGNGGGGGGGGGGGGGGGGGCATACTTTTGCTGCTCCCGGCCCCTATGNNANCAACGTGCAACGGTNNCTAGACAAAAGCACCATTTAACNCTGGTGCTCCTTTGTAGAAAAAGATTAATTTTGAANCTTCGACAAAAATCATGCGATTATTTACAGCAAAATTCAACCTCGGAGCCACNNTTGTCAATTGGAATAAGNATTGTTTATNTCAAACAGAACATACGAAAGGCAGATCCGCGCCGGTTACCTAGATAGCGAGGGTATAGTAAGAAACTGCCGGGGTG
Reference ( family-243 )      :             GGTGT--AAAGCNGA-G---TA--TGTAC--GTACCATC-GGGT-----TACGTA-CAGCCCGACAATGGCAA-CAGAG-G-AA-AAC--GG-CTCG-AATGTTTAA-CAT-CCT-C---TATC-A---T-------ATCTGTTAAAT-A--CCATT-----TTTAATGTTT---C-AGTTTTTTCTTTCAACT-TAAA-AGATTAC-G------GGT-GT-----CT-T-A-ATGCT-CGCT-GC-GACGG--A---AA-ATTAATACAA----GAACCGT--AA--AA-TAA-ACACTATATTCGA--TAT-ATAA-T-AAAT-ANGAA-G-A-T--GATGT--A--G-----G-TACC-G-GC-ATA-GTTTGAATGTA---CG-TAC--CATGA-AAT-CCT------AGCC-A-AA-ATCGG-A-TG-TACGTACC---G--T-AAAAA--GATGTT---ACCTA-C-CATGT-ACTAA-CAGAAAAAGGTCT-TATA-TTAT-CATT-A-G-AA--AGTTCCTA-TCATTA--TAA-AACCT-A---ATTGGC-AT-G-TACTTTACT-ATCTTTATAT-G--TAAG-----A--C--A-TA-CAAGTTCCTTAT-CA--A-TCAC-CGCAAAACATA-A--TT----TAC-TATAC-TT-TA-AACTACA-GGG-TCGAGTGCTAA-TGCATGCAGGAACACTCCTATGNTTACCCCCCCCCCACCTG---CCTCCTTNTTATAATTTCAATNGTTCGAAAANGAANCNTTTATGGATTAAACA---ATTTTTATA-TTTAATCTTGAGTACCGCTTTTTTNANGCTCATCATCACAACTAATACTAAC---------TTTTTAATATATCATNCATTCGATNATATTCA-ATGTGAAANGATTCAATGTTATNAATGAGTGTTTCAAAATATTAAATAATAAAATTCCAATTTGTACA-AAGTCCGATTTTTTTTTAAAAACA-CGTTGGACTGGTGGGGTG-TGGTGGGCTAAACAAACTAG-AGCTATTGTTTGGGGTTACATAGGCTTTACAGTATTAACACAAATAATGC-TTCTTCTATATATTGTTAGAT-GATTTTTTTGGTTAACAGAAGTGTAGTTTAAAAAAATATAACAATGAACAA---AGTAGTC-TG-AACATATTGAAATTAACATGCACAAGTGTAAAAAACATAAAAAAAGAAAAAAAAACTTTGACAAAAC-AGTTGCACTGTTTAGAAAAGCGGGGGGGGGGGGGGGAGAGGGACAAATCCTAAGAATGTGACACATGATGGCCAGAAAAAAAATACTTGACCAATAAAGTTTTGTGTGTGTTGTGGGGAG--------GGGC-TATTT----TGCTCCCGGCCCCTA-GTCATCAACATGTAATGGTTACTA-ATAA---TACCATTTAACGCTGGTGCTTCTTTGTAGAAAAAGATTAATTTTGAAACTTCAACAAAAATTATGCGATTATTTACA-CAAAA-TCAACCTCGGAGCCACCATTGTCAATT-GAATA--TATTATTTATGTC--ACA-AACATACGAA--GCAGATCCGCGC--GTTACCTAGATAGCGAGGGTA----AAGAAACTGC--GGGTG
gi|1                          :             GGTGTTAAAAGCGGA---------TGTACC-GTACCA-C-GAGG-----TACGTAACAGCCCAACGATGGCAA-CA-AG-G-AA-A-C--GG-CTCG-AATGGTTTA-CAT-CCTTC---TAT--A-----------ATCTG--AAAT-A----ACTAA---TTTAATGTTT-----AGTTTTT-CTTTTAACT-TAAA--GAGT---G------GGTTGT-----CT-T-ATAGGCT-CCCT-GC-GACAG--A---AA---TAATACAC----AAAC-GT--AA--AA-TAA-ACACTA-ATTTCT--TAT-ATAA----AAC-ATGAACG-A-T----TGT--AAGG-----G-TACC-GAGC-ATT-CGTTGA-TGTA---CG-TAC--CAGGA-AAT-CCT------AACC-A-AA-ATCGG-AATGATACGTACC---GAGT-AAAAA--GA-GTTTTCACCAA-CGCATGTGAGTAAACAGAAAA-GGTCT--ATA-TTATTCATTTA-G-AA--AATTC-TA-TCAT-A--TAA-AACCT-A----TTGGC-ATTG-TACTT-ACTTAT-TTTATAT-GCATAAG-----GATC--AATAGCAA-TTCCTTAT-CAGAA-TCACACGCAAAACATA-AAATT----TAT-TATACGTT-TA-AACTACA-GGGGTCGAGTGCTAA-TGCATGCAG--AC-TTCCTATGATTATCCCCCCCCC--CTG---CTTTTTTGTTATA-TTTCAATTGTTCGAAAATGAACTTTTTATG--TTAAATA---ATTTTTATA-TTTAATCTTGAGTACCGCTTTTTTTATGCT-ATCATCACAA----TACTAAC---------TTTTTAATATATCATGCATTCGATTATATTCA-ATGTGAAA-GATTCAAT-TTATTAATGAGTGTTTCAAAATATTAAATAATAAAATTCCAATTTGTACA-AAGTCCGATTTTTTTTTAAAAACA-CGTTGGACTGGTGGGGTG-TGGTGGGCTAAACAAACTAG-AGCTATTGTTTGGGGTTACATAGGCTTTACAGTATTAACACAAATAATGC-TTCTTCTATATATTGTTAGAT-GATTTTTTTGGTTAACAGAAGTGTAGTTTAAAAAAATATAACAATGAACAA---AGTAGTC-TG-AACATATTGAAATTAACATGCACAAGTGTAAAAAACATAAAAAAAGAAAAAAAAACTTTGACAAAAC-AGTTGCACTGTTTAGAAAAGCGGGGGGGGGGGGGGGAGAGGGACAAATCCTAAGAATGTGACACATGATGGCCAGAAAAAAAATACTTGACCAATAAAGTTTTGTGTGTGTTGTGGGGAG--------GGGC-TATTT----TGCTCCCGGCCCCTA-GTCATCAACATGTAATGGTTACTA-ATAA---TACCATTTAACGCTGGTGCTTCTTTGTAGAAAAAGATTAATTTTGAAACTTCAACAAAAATTATGCGATTATTTACA-CAAAA-TCAACCTCGGAGCCACCATTGTCAATT-GAATA--TATTATTTATGTC--ACA-AACATACGAA--GCAGATCCGCGC--GTTACCTAGATAGCGAGGGTA----AAGAAACTGC--GGGTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               actAC--CATGA-AAT-CCT------AGTC-A-AA-ATCGG-A-TG-TACGTACCT--G--TCGAAAA--GAT-TT---ACCTA-C-AATGC-ACTAA-CAAAAAAA----T-TCTG---AT-CATT-A-GAAA--AGTTCT------------------------------C-AT-G-TACTTTACT-ATTTTTATGTAA--TAAG-----A-----A-TA-CATGTTC---ATGCA--AGTCAT-CACAAAACAT
gi|11                         :                                       TAC--GTACCATC-AGGTATCTGCATGTA-CATCCCGACA-TGGCAA-CAGAG-GGAA-AAC--GG-TTAG-AATGTTT-A-CATCCCT-CAA-TACC-ATGGT-------ATCTATTGAAT-A--CTAGTAACCATTTAATGTTT---C-AG-GTTTTCTTTCAACT-TAAgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgaaA--AATGT----ATCTA-C-CATGC-ACTAA-AAGAAAA-------------------------------GTTCTTA-TCATTA--TAA-AAGCT-T---A-TGGT-AT-G-TAGTTTACT-AT-TTTATAT-G--CAAG-----A--CGAA-TA-CAAGTTCCT--T-CAG-A-TCAC-TGCAAAACAT--G--TTCGCATACATGCAT-TT-TA-AAt
gi|13                         :             GGTGT--ATACCCGATG---TA--CGTAC--GTACCATC-GGGT--------AT--CATCCCGA-AATGTCAA-CAGAG-G-AA-AAC--GG-TTAG-AATGTTT-A-TA------C---CATG-G---T-------ATCTATTGAATAA--CCA-------TTTAATGTTT---C-AG-TTTTTCTTTCAATT-TAAG-A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                             cact-T-A-ATGTT-CGCT-GC-GACAG--A---AA--TTAATAAGA----GAA--GT--A--------------TATATTT----TAT-ATAA-T--------GAA-G-A-T--GATGT--G--G-----G-TACC-G-GC-ATA-ATTTGCATGTG---CG-TAC--CATGA-AAT-CTT------ATCC-A-AA-ATCGG-A-TG-TATGTACCA--G--T-GAGAA--AA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -A-AA-ATCGG-A-TG-TACGTACCA--G--T-AAAAA--GATA-T---ACCTA-C-CATGT-ACTAA-CAT-AAAAGGTC-------TTGT-CATT-A-GAAA--AGTTCCTA-CCATTA--TAA-AACCT-----ATTGGC-AT-G-TATTTTACT--TTTTTat
gi|16                         :                                                                 GTA-CTGCCGAACA-TGGCAA-CAGAG-G-AA-AAC--GG-CTCG-AATATTT-A-CAT-CCT-------TCTA---T-------ATCTGTTAAATAA--CCA-------TTTAGTGTTT---C-AG-TTTTTCTTTCAACT-T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTTTAAGACTCATCATCACAACTAAT----------------TTTTAATATATCAT-CATTCGATGATATTCA-ATGTGAAATGATTCAATGTTAT-AATGAGTGTTTCAAAAgcagataatgtgctgtc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --GATGT--A--G-----G-TACC-G-GC-ATA-GTTTGA-TGTA---CT-TAC--CATGA-GAT-CCT------AGTC-A-AA-ATCGG-A-TG-TACG--------------------ATGT----ACGTA-C-CATGT-ACTGA-CAAAAat
gi|19                         :                GT--AAAGCCAATG---TA--GGTACATGTACCATC-GGGT------ACGTA-CAACTAAACA-TGACAA-CAGAG-G-AA-AAC--GG-CTCG-AATGTAT-A-CAT-CCTAC---TATcgg
gi|2                          :             GGTGT--AAAGCAGA------A--TGTAC--GTACCATC-GGGT-----TACGTA-CAGCCCAACAATGGCAA-CAGAG-G-AA-AAC--GGGCTCG-AATGTTTAA-CAT-CTT-C---TATC-----T--------TCTGTTAAAT-A--CCGTT-----TTTAATGTTT---CCAGTTTT--CTTTTAATT-TAAACAGATTA--G------GGT-GT-----CT-T-A-ATGCT-CACTCGC-GACAG--A---AA-ATTATCACAA----GAACCGT--AA--AA-TAA--CGCTATATTCGA--TAT-A-AA-T-AAAT---TAA-G-A-T--GATGT--A--G-----G-TAC--G-GC-ATA-GTTTGAATGTA---CG-TAC--AATGA-AATTCCT------AGCC-A-AA-ATCGG-A-TG-TACGTACC---G--T-AAAAC--GATGTT---ACCTA-C-CATGT-ACTAA-CAGAAAAAGGTCT-TATA-TTAT-GATT-A-G-AA--AGTTCCTA-TCATTA--TAA-A-CCT-A----TTGGC-AT-G-TACTTTACT-ATCTTTATAT-G--TAAG-----A--C--A-TA-CAAGTTCCTTAT-CAG-A-TCAC-CGCAAAACATA-A--TT-----AC-TATAC-TT-TA-AACTATA-GAA-TCGAGTGCTAAATGCATGCAGGAACATTCCT-TGCTTACCCCCCCCCC-CCTGGTTTTTTTTTTTTATAATTTCAAT-GTTCGAAA-TGAACTTTTTATGGGTTAAACATACATTTTTTTCCTTTAATTTTGA--AACGCTTTTTTAAGACTCATCATCACAACTAATGTTAACAACTATTTTTTTTTGATAGATCA-ACATTCGATGATATTTATATGTGAAATG-TTTAATGTTATATATGAGTGTTTCAAAA-ATTAAAAAATAAAATTC-AATTTGTACACAAGTCCGATTTTTTTAAAATAACAACGGGGGAATGGTGGGGTGGCGGTGG-CTAAACAAACTAGTAGCTATTGT--GTGTTTACATAG-CTTTACA-TATTAACACAAATAATGCCTTCTTC-ATATATTTTTAGAAAGATTTTT--AGTT--------T-TAGTT-AAAAAAATATAACAATGAACAATGAATTAATCATGCAACATCTT---------AGGCGTAGGTGTAAAA---------AA--AAAAAAGGGC--TGACAAAACAAGTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCATACTTTTGCTGCTCCCGGCTCCTATGGAAACAATGTACAACTGTATCTAGACAAAAGCACCATTTAACTCT-GTGCTCC--TGTAGAA----ATTAATTTTG-ACCTTCGACAAAAA-CATGCA--TATTTACAGCAAAATTCAACCTCGGAGCCACGCT--TCAATTGGAATAAGGATTG-TTATCTCAAACAGAACATACGAAAGACAGATCCGCGCCGATTACCTAGATAGCGAGGGTATAGTAAGAA--TGCCGGGGTGa
gi|20                         :             GGTAT--AAAGCCGATG---TACATGTAC--GTACCACC-GGAT------ACGTA-AAGTCCAACA-TGGCAA-CAGAG-G-AA-AAC--GG-CTC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tcactAA-TCAAAT-ACGAC-G-A-TATGATGT--A--G-----G-TACC-G-GC-ATT-GTTTG-ACGTA---AG-TAT--C-TAA-AA
gi|22                         :             GGTGT--AAAGCGGA-GGTACA--TGTAC--GTACCAT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cacaaacact-A-T--GATGT--A--G-----G-TACC-G-GC-ATT-GTTTG-ACGTA---AG-TAT--C-TAA-AA
gi|3                          :              GTAT--AAGGCG--------A--TGTAC--GTACCATAAGGGT-----TACGT--TAGTCCAATCATGGCAAACAGAGTG-AATAAT--GG-CTCGTAATGTTTAAACAT-CCT-C---T--------T-------ATCTGTTAAAT-ATACCATT--------AAT-TTTGAAC-AGTTTTTTCTTTTAACT-T-AA-AGATTACTG------GGT-GT-----CTGT-A-ATGCT-CGCT-GC-GACG-------AA-ATTAATACAA----GAA-CGTAAAA--AA-TAA-ACACTATA-TCGA---AT-ATAATT-AAATAATGAA-GAA-T--GATGT--A--G-----GTTACC-G-GCAATAGGTTTG-ATGTAG--CGTTAC--CATGA-AAT-CCA------AACCAA-AA-ATCGACA-TG-TACGTACC---A--T-AAAAA--GATG-T---ACCTA-C-CATGT--CTAA-TAG-AAAAGGTCT-TATACTTAT-CATT-A-G-AAAGAGTTCCTA-TC-TTA--TAA-AACCTAA---ATTGGC-AT-GTTACTCTAC------CTAT----------------------------------TTAT-CA-----C-C-CGCAAAACATA-ATTTT----TA--TATAC-TTCTATAACTAC--GGG-TTGAGTGCTA
gi|4                          :            gtGTAT--AAGGCG--------A--TGTAC--GTACCATAAGGGT-----TACGT--TAGTCCAATCATGGCAAACAGAGTG-AATAAT--GG-CTCGTAATGTTTAAACAT-CCT-C---T--------T-------ATCTGTTAAAT-ATACCATT--------AAT-TTTGAAC-AGTTTTTTCTTTTAACT-T-AA-AGATTACTG------GGT-GT-----CTGT-A-ATGCT-CGCT-GC-GACG-------AA-ATTAATACAA----GAA-CGTAAAA--AA-TAA-ACACTATA-TCGA---AT-ATAATT-AAATAATGAA-GAA-T--GATGT--A--G-----GTTACC-G-GCAATAGGTTTG-ATGTAG--CGTTAC--CATGA-AAT-CCA------AACCAA-AA-ATCGACA-TG-TACGTACC---A--T-AAAAA--GATG-T---ACCTA-C-CATGT--CTAA-TAG-AAAAGGTCT-TATACTTAT-CATT-A-G-AAAGAGTTCCTA-TC-TTA--TAA-AACCTAA---ATTGGC-AT-GTTACTCTAC------CTAT----------------------------------TTAT-CA-----C-C-CGCAAAACATA-ATTTT----TA--TATAC-TTCTATAACTAC--GGG-TTGAGTGCTAtt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                            gt------GGT-GT-----CT-TTA-ATGCTACGCT-GCTGACAATTA---AATGTAAATACGAAGATGAAACGT--AA--AAATAATATACTATATTCTG--CATTATAA-T-AAAT-ATGAA-G-A-T--GATGTTAAT-G-----G-TACCAG-GC-ATA-TTTTGA-TGTT---AG-TACTGCATGAGAAT-CATGGTAAGAGGC-ATAATATCGA-AGTG-TACGTACCTTAG--TTAACAATTGATGTA---CCCTCTC-CATGT-ACTAA-CA-AAGAAGGTCTGTATA-TTTT-CATT-A-GAAA--AGTTCCTAGTC-TTA--TAGTAACCT-ATATGTTGGCGAT-G-TACTTTAGT--TCTTTAT-T-G--TAAGGACAAA--T--A-GA-CAAGTT----------------C-CGCAAAACATC-A--TT----TAT---TAC-TT-AA-AACTACACGGG-TCAAGTGCTAtt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --G-----G-TACC-G--C-ATA-GTTTGA-TGTA---CG-TAC--CATGA-AAT-CCT------AGCC-A-AA-ATCGG-A-TG-TACCTACCA--G--T-AAAAA--GATGTA---G--TA-C-CATGC-ACTAA-CAG-AAAAGTTC-------TTAT-CACT-AGG-AA--AGCTCCTA-TTATAAATTTA-AACTT-----ATTGGC-AT-A-TACTTTACT-A-GTTTATAT-G--TAAG-----A--CGAA-TA-CAAGTTCCT--T-CAC-A-TCAC-TGCAAAACATGTA--TG----TACACATAT-TT-TA-ATC-ACA-GAC-TCGAATG------GTAT----GAACACTCTT-TGCTTACCCTCCCCCCACCT-----CTCCTTTTTAT-ATTTCAATGGTTCGAAAAA-AAACATTTATGGATTAAAC
gi|7                          :                                                              gATGTA-CACCCCGACA-TGGCAG-CAAAG-G-GA-AAC--GG-TTTA-GA-GTTTA--CAT-CCT-TCAATACC-A---TGGATGGTATCTAT-GAAT-AA-CCATT-----T--AATGTTT---C-AG-TTTTTCTTTCAACTATTAA-AGATAAT-G------TGT-GT-----CT-T-A-ATGCT-TGCT-GC-AAAG-------AA-ATCAATAAGA----GAA-CGT--AG--AA------------ATTTGATTTAT-ATAA-T-AAAT--TGAA-T-ATT--GATAT--A--GCCAAAG-TGCC-A-AC-ATA-GTTTG-ATGTATATTG-TAC--CATGA-AAA-CCT------AATC-A-AA-ATCAG-A-TG-CACGTACC---
gi|8                          : tgcaaatccgatggtatctgcAGCCGA-G---TA------C--GTACCATC-AGGT------ACCAG-CATCCCAACA-TGGCAA-CAGAG-G-AA-TACATGG-C----GATGTTACC-CAT-TTG-A---TATC-AAT-T-------AT-TGATAAAT-AT-CCATT-----T--AATGTTT---C-GATTCTTCCTTTCATCG-TTAA-AGATAAT-GACACTAAGT-ATGATCACA-T-A-ATGC----CT----GATGG--ACACAA-ATTAA-ACGA-----AACCGT--GAATAA-TAT-AAACTGTATTTGA--TAT-CTAA-T-AAAA-ATGAA-G---T--GATacctatatataccatgcagtta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                              actgggtatttTCAACT-TAAC-AGATAAT-A------TAT-CT-----CT-T-A-ATGAT-CGCT-GG-GACTG--A---AA--TTAATAAAA----GAAC-GT--AG--AA-TAA-ACAATATATTTGA--TAT-A--A-T-AAAA-ATGAA-G-A-T--GATGT--G--G-----G-TACC-G-GC-ATT-GTTTGA-TGTA---CG-TAC--CATGA-AAT-GTT------AGCT-A-AA-ATTGG-A-TG-TACATACC---caagtatatatgttaccagtgcacatgctgtataaattccg

lowQualScore                  :              444444444444                    222222                1                                      222       5555555555555555555555             333333333333333       111    1                1         222222222     11111                         2222222  11                1   11                                        111                                                 22    111                     111111                             22222222           11111                      11        2222222             1  11           1              333333                          11       111    22222222222           333333333333333333         333333333333333333333          11               1                   1                333333333           11       2                      11       222        11           11                                 666666666666666              11                1                      111               1                 1          1                        1                  1      1             1         11            1       1                  1      1             11       11    4444444444     1                      222       1  1        333333333                  44444444444           11         1                                                                                                                333333333          1     2222               1                        1    222              1       11       2222          1              1      11        1     1                   11      1     111    1       11   1          11            11                     2222     11   11     
lowQualScore                  :       66     111111111111     99        8    555555    99  0       7      7     7 3  7   55  3    8       111   4   3333333333333333333333           8 444444444444444   1   555 4  2    0         4 0  4    1 666666666     11111  8 4 4     4    4  4    1111111  33       2 9999   7   22  66  4   666      1  1 999  4 1  8 4   111    4 7 3 44     55 77 88888 6    3 3  6   6     44    222  6   44     3   3   000000    6 3  3     6 6  3        11111111     55    88888     4 4     44    4  11   1    3333333    4    4 4 3  22        4  0 2 66   4     000000     4  4 8       8  4  4 22    3  555    44444444444 5 88   2  999999999999999999         222222222222222222222  1       44   6           3     99999   7     3                444444444           44       6        7     7       00       111      1 66           88 1               6          6    444444444444444              99                3        7 7      6    777               5      1          5          5               22  1    5  22   1          5      5             5         88 1 1        5       5                  5      5       1     66       88    1111111111     5                      111 1     5  5     1  888888888 1                44444444444           88         5                                                                                                              1 333333333          5     3333               5 22 1           2  22   5    111           1  5       88       4444          5 1            5      88        5     5                22 88      5     999    5    1  88   5          88            77                     4444     88   77     
lowQualScore                  :       ..     ............     ..        .    ......    ..  .       .      .     . .  .   ..  .    .       ...   .   ......................           . ...............   .   ... .  .    .         . .  .    . .........     .....  . . .     .    .  .    .......  ..       . ....   .   ..  ..  .   ...      .  . ...  . .  . .   ...    . . . ..     .. .. ..... .    . .  .   .     ..    ...  .   ..     .   .   ......    . .  .     . .  .        ........     ..    .....     . .     ..    .  ..   .    .......    .    . . .  ..        .  . . ..   .     ......     .  . .       .  .  . ..    .  ...    ........... . ..   .  ..................         .....................  .       ..   .           .     .....   .     .                .........           ..       .        .     .       ..       ...      . ..           .. .               .          .    ...............              ..                .        . .      .    ...               .      .          .          .               ..  .    .  ..   .          .      .             .         .. . .        .       .                  .      .       .     ..       ..    ..........     .                      ... .     .  .     .  ......... .                ...........           ..         .                                                                                                              . .........          .     ....               . .. .           .  ..   .    ...           .  .       ..       ....          . .            .      ..        .     .                .. ..      .     ...    .    .  ..   .          ..            ..                     ....     ..   ..     
lowQualScore                  :       99     111111111111     55        9    666666    44  5       7      3     3 6  3   00  6    0       999   0   1111111111111111111111           9 444444444444444   1   666 4  8    8         0 9  4    0 666666666     11111  9 4 4     4    4  4    3333333  44       7 4444   8   22  11  4   333      9  1 777  4 9  0 0   333    0 3 6 66     00 99 33333 7    3 3  7   7     88    555  7   22     1   6   555555    7 3  3     7 7  3        88888888     00    77777     0 0     88    0  33   9    7777777    4    4 4 3  22        4  0 0 11   4     333333     4  4 9       9  4  4 22    1  666    22222222222 0 22   5  555555555555555555         999999999999999999999  6       00   7           3     00000   3     3                777777777           77       7        3     3       33       000      0 00           00 0               7          7    333333333333333              33                3        3 3      7    777               5      0          0          0               00  0    5  00   0          0      0             5         55 0 0        0       0                  0      5       0     55       55    0000000000     5                      000 0     5  0     0  555555555 0                55555555555           55         5                                                                                                              0 555555555          5     5555               5 00 0           5  00   0    000           0  0       55       0000          5 0            5      55        0     5                00 00      0     000    5    0  55   0          00            55                     0000     00   55     
consensus                     :  GGTGT--AAAGCGGATG---TA--TGTAC--GTACCATC-GGGT-----TACGTA-CAGCCCAACAATGGCAA-CAGAG-G-AA-AAC--GG-CTCG-AATGTTTAA-CAT-CCT-C---TATC-A---T-------ATCTGTTAAAT-A--CCATT-----TTTAATGTTT---C-AGTTTTTTCTTTCAACT-TAAA-AGATNAC-G------GGTGT-----CT-T-A-ATGCT-CGCT-GC-GACGG--A---AA-ATTAATACGA----GAA-CGT--AA--AA-TAA-ACACTATATTCGA--TAT-ATAA-T-AAAT-ATGAA-G-A-T--GATGT--A--G-----G-TACC-G-GC-ATA-GTTTGAATGTA---CG-TAC--CATGA-AAT-CCT------AGCC-A-AA-ATCGG-A-TG-TACGTACC---G--T-AAAAA--GATGTT---ACCTA-C-CATGT-ACTAA-CAGAAAAAGGTCT-TATA-TTAT-CATT-A-G-AA--AGTTCCTA-TCATTA--TAA-AACCT-A---ATTGGC-AT-G-TACTTTA-CT-AT-T--TTATATG---TAAG-----A--C--A-TA-CAAGTTCCTTAT-CAGA-TCAC-CGCAAAACATA-A--TT----TAC-TATAC-TTTAAACTACA-GGG-TCGAGTGCTAA-TGCATGCAGGAACATTCCT-TGCTTACCCCCCCCCC-CCTG---CTTTTTTTTTATAATTTCAAT-GTTCGAAAATGAACTTTTTATGGGTTAAACATACATTTTTNTNCTTTAATCTTGAGTANCGCTTTTTTAAGACTCATCATCACAACTAATGCTAAC---------TTTTTAATATATCATGCATTCGATGATATTCA-ATGTGAAATGATTCAATGTTAT-A-ATGAGTGTTTCAAAATATTAAANAATAAAATTCCAATTTGTACACAAGTCCGATTTTTTTNNAANAACAACGNNGGANTGGTGGGGTGGCGGTGGGCTAAACAAACTAGTAGCTATTGTTTGNGNTTACATAGGCTTTACAGTATTAACACAAATAATGCCTTCTTCTATATATTNTTAGANAGATTTTTTTGGTTAACAGAAGTGTAGTTTAAAAAAATATAACAATGAACAATGAANTAGTCATGCAACATNTTGAAATTAACANGCGCAGGTGTAAAAAACATAAAAAAAGAAAAAAGGGCTTTGACAAAACAAGTTGCACTGTTTAGAAAAGCGGGGGGGGGGGGGGGAGAGGGACAAATCCTAAGAATGTGACACATGATGGCCAGAAAAAAAATACTTGACCAATAAAGTTTTGTGTGTGTNGNGGGGGGGGGGGGGGGGGCATACTTTTGCTGCTCCCGGCCCCTATGNNANCAACGTGCAACGGTNNCTAGACAAAAGCACCATTTAACNCTGGTGCTCCTTTGTAGAAAAAGATTAATTTTGAANCTTCGACAAAAATCATGCGATTATTTACAGCAAAATTCAACCTCGGAGCCACNNTTGTCAATTGGAATAAGNATTGTTTATNTCAAACAGAACATACGAAAGGCAGATCCGCGCCGGTTACCTAGATAGCGAGGGTATAGTAAGAAACTGCCGGGGTG
Reference ( family-243 )      :  GGTGT--AAAGCGGA-G---TA--TGTAC--GTACCATC-GGGT-----TACGTA-CAGCCCAACAATGGCAA-CAGAG-G-AA-AAC--GG-CTCG-AATGTTTAA-CAT-CCT-C---TATC-A---T-------ATCTGTTAAAT-A--CCATT-----TTTAATGTTT---C-AGTTTTTTCTTTCAACT-TAAA-AGATNAC-G------GGTGT-----CT-T-A-ATGCT-CGCT-GC-GACGG--A---AA-ATTAATACGA----GAACCGT--AA--AA-TAA-ACACTATATTCGA--TAT-ATAA-T-AAAT-ATGAA-G-A-T--GATGT--A--G-----G-TACC-G-GC-ATA-GTTTGAATGTA---CG-TAC--CATGA-AAT-CCT------AGCC-A-AA-ATCGG-A-TG-TACGTACC---G--T-AAAAA--GATGTT---ACCTA-C-CATGT-ACTAA-CAGAAAAAGGTCT-TATA-TTAT-CATT-A-G-AA--AGTTCCTA-TCATTA--TAA-AACCT-A---ATTGGC-AT-G-TACTTTA-CT-AT-T--TTATATG---TAAG-----A--C--A-TA-CAAGTTCCTTAT-CAGA-TCAC-CGCAAAACATA-A--TT----TAC-TATAC-TTTAAACTACA-GGG-TCGAGTGCTAA-TGCATGCAGGAACATTCCT-TGCTTACCCCCCCCCC-CCTG---CTTTTTTTTTATAATTTCAAT-GTTCGAAAATGAACTTTTTATGGGTTAAACATACATTTTTNTNCTTTAATCTTGAGTANCGCTTTTTTAAGACTCATCATCACAACTAATGCTAAC---------TTTTTAATATATCATGCATTCGATGATATTCA-ATGTGAAATGATTCAATGTTAT-A-ATGAGTGTTTCAAAATATTAAANAATAAAATTCCAATTTGTACACAAGTCCGATTTTTTTNNAANAACAACGNNGGANTGGTGGGGTGGCGGTGGGCTAAACAAACTAGTAGCTATTGTTTGNGNTTACATAGGCTTTACAGTATTAACACAAATAATGCCTTCTTCTATATATTNTTAGANAGATTTTTTTGGTTAACAGAAGTGTAGTTTAAAAAAATATAACAATGAACAATGAANTAGTCATGCAACATNTTGAAATTAACANGCGCAGGTGTAAAAAACATAAAAAAAGAAAAAAGGGCTTTGACAAAACAAGTTGCACTGTTTAGAAAAGCGGGGGGGGGGGGGGGAGAGGGACAAATCCTAAGAATGTGACACATGATGGCCAGAAAAAAAATACTTGACCAATAAAGTTTTGTGTGTGTNGNGGGGGGGGGGGGGGGGGCATACTTTTGCTGCTCCCGGCCCCTATGNNANCAACGTGCAACGGTNNCTAGACAAAAGCACCATTTAACNCTGGTGCTCCTTTGTAGAAAAAGATTAATTTTGAANCTTCGACAAAAATCATGCGATTATTTACAGCAAAATTCAACCTCGGAGCCACNNTTGTCAATTGGAATAAGNATTGTTTATNTCAAACAGAACATACGAAAGGCAGATCCGCGCCGGTTACCTAGATAGCGAGGGTATAGTAAGAAACTGCCGGGGTG
gi|1                          :  GGTGTTAAAAGCGGA---------TGTACC-GTACCA-C-GAGG-----TACGTAACAGCCCAACGATGGCAA-CA-AG-G-AA-A-C--GG-CTCG-AATGGTTTA-CAT-CCTTC---TAT--A-----------ATCTG--AAAT-A----ACTAA---TTTAATGTTT-----AGTTTTT-CTTTTAACT-TAAA-GAGTG---G------GTTGT-----CT-T-ATAGGCT-CCCT-GC-GACAG--A---AA---TAATAC-A----CAAACGT--AA--AA-TAA-ACACTA-ATTTCT--TAT-ATAA----AAC-ATGAACG-A-T----TGT--AAGG-----G-TACC-GAGC-ATT-CGTTGA-TGTA---CG-TAC--CAGGA-AAT-CCT------AACC-A-AA-ATCGG-AATGATACGTACC---GAGT-AAAAA--GA-GTTTTCACCAA-CGCATGTGAGTAAACAGAAAA-GGTCT--ATA-TTATTCATTTA-G-AA--AATTC-TA-TCAT-A--TAA-AACCT-A----TTGGC-ATTG-TACTT-A-CTTAT-T--TTATATGCA-TAAG-----GATC--AATAGCAA-TTCCTTAT-CAGAATCACACGCAAAACATA-AAATT----TAT-TATACGTTTAAACTACA-GGGGTCGAGTGCTAA-TGCATGCAG--AC-TTCCTATGATTATCCCCCCCCC-C-TG---CTTTTTTGTTATA-TTTCAATTGTTCGAAAATGAACTTTTTATG--TTAAATA---ATTTTTATA-TTTAATCTTGAGTACCGCTTTTTTTATGCT-ATCATCACAA----TACTAAC---------TTTTTAATATATCATGCATTCGATTATATTCA-ATGTGAAA-GATTCAAT-TTATTA-ATGAGTGTTTCAAAATATTAAATAATAAAATTCCAATTTGTACA-AAGTCCGATTTTTTTTTAAAAACA-CGTTGGACTGGTGGGGTG-TGGTGGGCTAAACAAACTAG-AGCTATTGTTTGGGGTTACATAGGCTTTACAGTATTAACACAAATAATGC-TTCTTCTATATATTGTTAGAT-GATTTTTTTGGTTAACAGAAGTGTAGTTTAAAAAAATATAACAATGAACAA---AGTAGTC-TG-AACATATTGAAATTAACATGCACAAGTGTAAAAAACATAAAAAAAGAAAAAAAAACTTTGACAAAACA-GTTGCACTGTTTAGAAAAGCGGGGGGGGGGGGGGGAGAGGGACAAATCCTAAGAATGTGACACATGATGGCCAGAAAAAAAATACTTGACCAATAAAGTTTTGTGTGTGTTGT--------GGGGAGGGGC-TATTT----TGCTCCCGGCCCCTA-GTCATCAACATGTAATGGTTACTA-ATAA---TACCATTTAACGCTGGTGCTTCTTTGTAGAAAAAGATTAATTTTGAAACTTCAACAAAAATTATGCGATTATTTACA-CAAAA-TCAACCTCGGAGCCACCATTGTCAATT-GAATA--TATTATTTATGTC--ACA-AACATACGAA--GCAGATCCGCGC--GTTACCTAGATAGCGAGGGTA----AAGAAACTGC--GGGTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   actAC--CATGA-AAT-CCT------AGTC-A-AA-ATCGG-A-TG-TACGTACCT--G--TCGAAAA--GAT-TT---ACCTA-C-AATGC-ACTAA-CAAAAAAA----T-TCTG---AT-CATT-A-GAAA--AGTTCT------------------------------C-AT-G-TACTTTA-CT-AT-T--TT-TATGTAATAAG-----A-----A-TA-CATGTTC---ATGCAAG-TCAT-CACAAAACAT
gi|11                         :                            TAC--GTACCATC-AGGTATCTGCATGTA-CATCCCGACA-TGGCAA-CAGAG-GGAA-AAC--GG-TTAG-AATGTTT-A-CATCCCT-CAA-TACC-ATGGT-------ATCTATTGAAT-A--CTAGTAACCATTTAATGTTT---C-AG-GTTTTCTTTCAACT-TAAgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgaaA--AATGT----ATCTA-C-CATGC-ACTAA-AAGAAAA-------------------------------GTTCTTA-TCATTA--TAA-AAGCT-T---AT-GGT-AT-G-TAGTTTA-CT-AT-T--TTATATG---CAAG-----A--CGAA-TA-CAAGTTCCT--T-CAGA-TCAC-TGCAAAACAT--G--TTCGCATACATGCAT-TTTAAAt
gi|13                         :  GGTGT--ATACCCGATG---TA--CGTAC--GTACCATC-GGGT--------AT--CATCCCGA-AATGTCAA-CAGAG-G-AA-AAC--GG-TTAG-AATGTTT-A-TA------C---CATG-G---T-------ATCTATTGAATAA--CCA-------TTTAATGTTT---C-AG-TTTTTCTTTCAATT-TAAG-A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                 cact-T-A-ATGTT-CGCT-GC-GACAG--A---AA--TTAATAAGA----GAA--GT--A--------------TATATTT----TAT-ATAA-T--------GAA-G-A-T--GATGT--G--G-----G-TACC-G-GC-ATA-ATTTGCATGTG---CG-TAC--CATGA-AAT-CTT------ATCC-A-AA-ATCGG-A-TG-TATGTACCA--G--T-GAGAA--AA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-AA-ATCGG-A-TG-TACGTACCA--G--T-AAAAA--GATA-T---ACCTA-C-CATGT-ACTAA-CAT-AAAAGGTC-------TTGT-CATT-A-GAAA--AGTTCCTA-CCATTA--TAA-AACCT-----ATTGGC-AT-G-TATTTTA-CT-TT-T--TTat
gi|16                         :                                                      GTA-CTGCCGAACA-TGGCAA-CAGAG-G-AA-AAC--GG-CTCG-AATATTT-A-CAT-CCT-------TCTA---T-------ATCTGTTAAATAA--CCA-------TTTAGTGTTT---C-AG-TTTTTCTTTCAACT-T-GC-AGATAAT-GT-----GCTGT-----C
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTTTTAAGACTCATCATCACAACTAAT----------------TTTTAATATATCAT-CATTCGATGATATTCA-ATGTGAAATGATTCAATGTTAT-A-ATGAGTGTTTCAAAA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  --GATGT--A--G-----G-TACC-G-GC-ATA-GTTTGA-TGTA---CT-TAC--CATGA-GAT-CCT------AGTC-A-AA-ATCGG-A-TG-TACG--------------------ATGT----ACGTA-C-CATGT-ACTGA-CAAAAat
gi|19                         :     GT--AAAGCCAATG---TA--GGTACATGTACCATC-GGGT------ACGTA-CAACTAAACA-TGACAA-CAGAG-G-AA-AAC--GG-CTCG-AATGTAT-A-CAT-CCTAC---TATcgg
gi|2                          :  GGTGT--AAAGCAGA------A--TGTAC--GTACCATC-GGGT-----TACGTA-CAGCCCAACAATGGCAA-CAGAG-G-AA-AAC--GGGCTCG-AATGTTTAA-CAT-CTT-C---TATC-----T--------TCTGTTAAAT-A--CCGTT-----TTTAATGTTT---CCAGTTTT--CTTTTAATT-TAAACAGATTA--G------GGTGT-----CT-T-A-ATGCT-CACTCGC-GACAG--A---AA-ATTATCACAA----GAACCGT--AA--AA-TAA--CGCTATATTCGA--TAT-A-AA-T-AAAT--T-AA-G-A-T--GATGT--A--G-----G-TAC--G-GC-ATA-GTTTGAATGTA---CG-TAC--AATGA-AATTCCT------AGCC-A-AA-ATCGG-A-TG-TACGTACC---G--T-AAAAC--GATGTT---ACCTA-C-CATGT-ACTAA-CAGAAAAAGGTCT-TATA-TTAT-GATT-A-G-AA--AGTTCCTA-TCATTA--TAA-A-CCT-A----TTGGC-AT-G-TACTTTA-CT-ATCT--TTATATG---TAAG-----A--C--A-TA-CAAGTTCCTTAT-CAGA-TCAC-CGCAAAACATA-A--TT-----AC-TATAC-TTTAAACTATA-GAA-TCGAGTGCTAAATGCATGCAGGAACATTCCT-TGCTTACCCCCCCCCC-CCTGGTTTTTTTTTTTTATAATTTCAAT-GTTCGAAA-TGAACTTTTTATGGGTTAAACATACATTTTTTTCCTTTAATTTTGA--AACGCTTTTTTAAGACTCATCATCACAACTAATGTTAACAACTATTTTTTTTTGATAGATCA-ACATTCGATGATATTTATATGTGAAATG-TTTAATGTTAT-ATATGAGTGTTTCAAAA-ATTAAAAAATAAAATTC-AATTTGTACACAAGTCCGATTTTTTTAAAATAACAACGGGGGAATGGTGGGGTGGCGGTGG-CTAAACAAACTAGTAGCTATTGT--GTGTTTACATAG-CTTTACA-TATTAACACAAATAATGCCTTCTTC-ATATATTTTTAGAAAGATTTTT--AGTT--------T-TAGTT-AAAAAAATATAACAATGAACAATGAATTAATCATGCAACATCTT---------AGGCGTAGGTGTAAAAAA-----------AAAAAAGGGCT--GACAAAACAAGTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCATACTTTTGCTGCTCCCGGCTCCTATGGAAACAATGTACAACTGTATCTAGACAAAAGCACCATTTAACTCT-GTGCTCC--TGTAGAA----ATTAATTTTG-ACCTTCGACAAAAA-CATGCA--TATTTACAGCAAAATTCAACCTCGGAGCCACGCT--TCAATTGGAATAAGGATTG-TTATCTCAAACAGAACATACGAAAGACAGATCCGCGCCGATTACCTAGATAGCGAGGGTATAGTAAGAA--TGCCGGGGTGa
gi|20                         :  GGTAT--AAAGCCGATG---TACATGTAC--GTACCACC-GGAT------ACGTA-AAGTCCAACA-TGGCAA-CAGAG-G-AA-AAC--GG-CTC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tcactAA-TCAAAT-ACGAC-G-A-TATGATGT--A--G-----G-TACC-G-GC-ATT-GTTTG-ACGTA---AG-TAT--C-TAA-AA
gi|22                         :  GGTGT--AAAGCGGA-GGTACA--TGTAC--GTACCAT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cacaaacact-A-T--GATGT--A--G-----G-TACC-G-GC-ATT-GTTTG-ACGTA---AG-TAT--C-TAA-AA
gi|3                          :   GTAT--AAGGCG--------A--TGTAC--GTACCATAAGGGT-----TACGT--TAGTCCAATCATGGCAAACAGAGTG-AATAAT--GG-CTCGTAATGTTTAAACAT-CCT-C---T--------T-------ATCTGTTAAAT-ATACCATT--------AAT-TTTGAAC-AGTTTTTTCTTTTAACT-T-AA-AGATTACTG------GGTGT-----CTGT-A-ATGCT-CGCT-GC-GACG-------AA-ATTAATACAA----GAA-CGTAAAA--AA-TAA-ACACTATA-TCGA---AT-ATAATT-AAATAATGAA-GAA-T--GATGT--A--G-----GTTACC-G-GCAATAGGTTTG-ATGTAG--CGTTAC--CATGA-AAT-CCA------AACCAA-AA-ATCGACA-TG-TACGTACC---A--T-AAAAA--GATG-T---ACCTA-C-CATGT--CTAA-TAG-AAAAGGTCT-TATACTTAT-CATT-A-G-AAAGAGTTCCTA-TC-TTA--TAA-AACCTAA---ATTGGC-AT-GTTACTCTACCT-AT-TTATCACCCG---CAAA-----A--C--A-T---AATTT--TTAT-------------------ATA-C--TT------C-TAT-------AACTAC--GGG-TTGAGTGCTA
gi|4                          : gtGTAT--AAGGCG--------A--TGTAC--GTACCATAAGGGT-----TACGT--TAGTCCAATCATGGCAAACAGAGTG-AATAAT--GG-CTCGTAATGTTTAAACAT-CCT-C---T--------T-------ATCTGTTAAAT-ATACCATT--------AAT-TTTGAAC-AGTTTTTTCTTTTAACT-T-AA-AGATTACTG------GGTGT-----CTGT-A-ATGCT-CGCT-GC-GACG-------AA-ATTAATACAA----GAA-CGTAAAA--AA-TAA-ACACTATA-TCGA---AT-ATAATT-AAATAATGAA-GAA-T--GATGT--A--G-----GTTACC-G-GCAATAGGTTTG-ATGTAG--CGTTAC--CATGA-AAT-CCA------AACCAA-AA-ATCGACA-TG-TACGTACC---A--T-AAAAA--GATG-T---ACCTA-C-CATGT--CTAA-TAG-AAAAGGTCT-TATACTTAT-CATT-A-G-AAAGAGTTCCTA-TC-TTA--TAA-AACCTAA---ATTGGC-AT-GTTACTCTACCT-AT-TTATCACCCG---CAAA-----A--C--A-T---AATTT--TTAT-------------------ATA-C--TT------C-TAT-------AACTAC--GGG-TTGAGTGCTAtt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                 gt------GGTGT-----CT-TTA-ATGCTACGCT-GCTGACAATTA---AATGTAAATACGAAGATGAAACGT--AA--AAATAATATACTATATTCTG--CATTATAA-T-AAAT-ATGAA-G-A-T--GATGTTAAT-G-----G-TACCAG-GC-ATA-TTTTGA-TGTT---AG-TACTGCATGAGAAT-CATGGTAAGAGGC-ATAATATCGA-AGTG-TACGTACCTTAG--TTAACAATTGATGTA---CCCTCTC-CATGT-ACTAA-CA-AAGAAGGTCTGTATA-TTTT-CATT-A-GAAA--AGTTCCTAGTC-TTA--TAGTAACCT-ATATGTTGGCGAT-G-TACTTTA-GT-TC-T--TTAT-TG---TAAGGACAAA--T--A-GA-CAAGTT---------------C-CGCAAAACATC-A--TT----TAT---TAC-TTAAAACTACACGGG-TCAAGTGCTAtt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --G-----G-TACC-G--C-ATA-GTTTGA-TGTA---CG-TAC--CATGA-AAT-CCT------AGCC-A-AA-ATCGG-A-TG-TACCTACCA--G--T-AAAAA--GATGTA---G--TA-C-CATGC-ACTAA-CAG-AAAAGTTC-------TTAT-CACT-AGG-AA--AGCTCCTA-TTATAAATTTA-AACTT-----ATTGGC-AT-A-TACTTTA-CT-AG-T--TTATATG---TAAG-----A--CGAA-TA-CAAGTTCCT--T-CACA-TCAC-TGCAAAACATGTA--TG----TACACATAT-TTTAATC-ACA-GAC-TCGAATG------GTAT----GAACACTCTT-TGCTTACCCTCCCCCCACCT-----CTCCTTTTTAT-ATTTCAATGGTTCGAAAAAAAAC-ATTTATGGATTAAAC
gi|7                          :                                                   gATGTA-CACCCCGACA-TGGCAG-CAAAG-G-GA-AAC--GG-TTTA-GA-GTTTA--CAT-CCT-TCAATACC-A---TGGATGGTATCTAT-GAAT-AA-CCATT-----T--AATGTTT---C-AG-TTTTTCTTTCAACTATTAA-AGATAAT-G------TGTGT-----CT-T-A-ATGCT-TGCT-GC-AAAG-------AA-ATCAATAAGA----GAA-CGT--AG--AA------------ATTTGATTTAT-ATAA-T-AAAT--TGAA-T-ATT--GATAT--A--GCCAAAG-TGCC-A-AC-ATA-GTTTG-ATGTATATTG-TAC--CATGA-AAA-CCT------AATC-A-AA-ATCAG-A-TG-CACGTACC---
gi|8                          :      tgcaaatccgatggtatctgcGTAC--GTACCATC-AGGT------ACCAG-CATCCCAACA-TGGCAA-CAGAG-G-AA-TACATGG-C----GATGTTACC-CAT-TTG-A---TATC-AAT-T-------AT-TGATAAAT-AT-CCATT-----T--AATGTTT---C-GATTCTTCCTTTCATCG-TTAA-AGATAAT-GACACTAAGTATGATCACA-T-A-ATGC----CT----GATGG--ACACAA-ATTAA-ACGA-----AACCGT--GAATAA-TAT-AAACTGTATTTGA--TAT-CTAA-T-AAAA-ATGAA-G---T--GATacctatatataccatgcagtta
gi|9                          :                                                                                                                                                                             actgggtatttagccgaTCAACT-TAAC-AGATAAT-A------TATCT-----CT-T-A-ATGAT-CGCT-GG-GACTG--A---AA--TTAATAAAA----GAAC-GT--AG--AA-TAA-ACAATATATTTGA--TAT-A--A-T-AAAA-ATGAA-G-A-T--GATGT--G--G-----G-TACC-G-GC-ATT-GTTTG-ATGTA---CG-TAC--CATGA-AAT-GTT------AGCT-A-AA-ATTGG-A-TG-TACATACC---caagtatatatgttaccagtgcacatgctgtataaattccg