lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111
lowQualScore : 11 1 1 1 2 111 333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 2 11111 1111 1 1111 222 1 1 1 1 2 1 1 11 555555 1 11111 1 444444444444444 11
lowQualScore : 9 88 3 0 0 2 6 0 0 9 99 7 6 0 7 6 3 0 6 6 99 3 6 99 2 777 6 0 2 333333333333333333333333333333333333333333333 0 2 0 6 0 1 5 8 888 1 55555 55 6666 7 3 7 3 3 1 4444 8 5 5 111 0 5 1 0 7 6 2 2 6 0 3 6 5 6 6 0 6 6 77 6 3 2 111111 0 77777 5 4 333333333333333 6 22
lowQualScore : . .. . . . . . . . . .. . . . . . . . . . .. . . .. . ... . . . ............................................. . . . . . . . . ... . ..... .. .... . . . . . . .... . . . ... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . ...... . ..... . . ............... . ..
lowQualScore : 7 33 3 2 0 5 0 0 2 7 22 3 7 5 5 7 2 7 7 0 22 5 7 22 5 888 0 7 5 777777777777777777777777777777777777777777777 0 5 0 0 0 4 0 1 000 0 11111 99 9999 1 4 1 6 0 4 4444 1 7 1 000 8 7 0 7 0 0 5 5 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 55 0 0 5 555555 5 55555 0 0 000000000000000 0 00
consensus : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATNGGCAGGG-AGATCGACATGCCCGCAGACNTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTTCCGCCTTNGGACATCGAAAGAGCGGGGTGAGGNGGGATATGATNT--G--------GAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCC-GGTGTAGGAA----GTTATC-CC--C-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCA-GTCCCCACCTCT-ATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATAACCGTTTGAAGGGGTGTCGANANCGGGATGTCCCCTTGTGGTTTGNCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCNGGGGGGACCGGACCCAGACCNANAGGAGGGAAGTGGNTGGTANGTGTGCTACNGAAAGTGG-G-----GGTCTTCCTCTAGCCCACCTAGT
Reference ( gi|1 ) : TTATATGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAAGG-AGATCAACATGTCCGCAGATCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCACCAATGGA-CATGGAGG-CTTATATGG--TGGATTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGTTGATGAGATGGTGTGTTCCCGCCTTCGGACATATGAAGAGCAG-ATAAGGAGGGAT----TCT-----------GAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATATCGTAGATACGGCTACAGTGAAGTGCC-GATGTAGGAA----GTTATT-CC--C-TCTTGGAAGGATCCTGATATCATCCTGAAGAAATTCA-GTCCTCAGCTAT-ATTGGGTTCACACTAAGTCATCTGTTATGGTTGTTAACTATGACCGTATGAAGGGTTGTCAAGACCAGGATATCATCTTATGG-TTGTCCCACTATCAAGATAGGCTGAGAGTATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGG-GTG--GTGGGTGGAAGGAGTGATACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTGGTGTTCTAACCCATTTAGTGCA
gi|5 : TTATACTG--CGAA-CCAACTAATG-ATGGGCAGGG-AAATTGATATGCCCGCAGACTTGATGTTTGGTACTCCACAG------------------------AAG-CTTATGTGG--TGGACTT-GCA--GCGGGCAATCCAGACAGTCCATGAGACGGTGTTTT
gi|16 : caaaatcattaggacgaccgcttagtccaaattccgtcgctctgcagtcaataggcacacagaTTATAAGG--CCAA-CCGACTCATG-GTGGGCAGGG-AGATCAACATG
gi|2 : gTACGGTTCCAATCCTAATCATGTATTGGCAGGGGAGATCAAAATGATCACAGACCTAGTGTT-GGTACTCCACAGAGGGGATCCTCCAGTAGAACA-GGAAG-CTTATGTGGCGTGGACTTAGGACCGCGGGCAATCCAAA----TGATG-GACGGTGCATTCCCGCCTTAGGACATCGAAAGAATGGGATGAAGAGGGAT----TATTCATTTTTTAGGAATTCACTCGTTCCTTCAAGCAG-GGAGACCTAGTTCTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAGGGGCC-GGTGTAGGAA----GTTATC-CC--CCTCCTGGGAAGGTTCTGGTATCGTCCTGAAGAAATTCA-GCCCCCACTTCT-ATGGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTc
gi|6 : aaaattgggacgagcattagcccaaaattagcgggcgtttgcagtcaataggcatccagaaagttGACTCATG-ATTGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACATGACGTT-GGTACTCCACAGAGGG-ATCC-CCAGTGGA-CATTAAAG-CTTATGCGG--TGCACTT-GGA--GTGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGgg
gi|11 : CAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGT-ACCCTCCAGTGGA-CCTGGAGG-ATTATGTGG--TGGATTT-GGA--ACGGACAATCCAGGCAGCCAATGAGACGGTGTGTTc
gi|10 : AGACATGATGTTTGGTATTCCAAAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGGTTTTTTGTAG--TGAACTT-GGA--GTGGGCAATCCAGAAATCCCATTAGACGGTGCGTT
gi|12 : TGATGTTTGGTACTACACAGAGGG-ACCTTCAAGTGGA-CATGGAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-CGA--GCGAGCAATCTAGACAGCCCGTGAGACCACGCGTTTCCGa
gi|8 : TTCCGCCTTCGGA-------AGAGCGG-G-AAGATAGAATATGATCTAAG--------GAATTAACTCGTTCCTATACTCAGCGGAAAC-TAGT-CCGTGTC-TAGATACGGCTACAGTGAACGGCC-AGTGT
gi|3 : a-----------GAATTCACTCGTTCCTTCAATGAG-GGAATCCCTGT-TTATGTCTTAGAAAAGGCTACACTGAAGTACCTGA-GTAGGAA-----TTATT-CC--CATCCTGGAAGGATCCTGGTATCATCCTGAAGAAACCCATATCC-CACCTCT-ATTGGGTTAAGATTAAGTCATCTATTATAGTAGTTAACCATAACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGAACGGGATGTTTCTTTGTGG-TTGGTCCGCTATCAAGAGAAGTTTAAGGCATTAGGGGGAACTGAACCCAGACCGAAAGGAGAG--ATGGATGGTAGGTGTACTACAGAAAGTGG-G-----GGTCTTCCTCTAGCCCACCTAGT
gi|13 : tccctaaCACTCATTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGCATTAGAAA--GCTGCAGTGAAGGGCC-GTTGCAAGAA----GTT-TT-CCTTC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTAcc
gi|4 : TCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCC-AGTGTA---A----GTTATC-CC--C-C---------------------TCTTGGAGG-------GTCCT--GGTATTATCGAGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTTACTATGACCGTTTGAAGTGATGTTAATACCAGGATATCCTCTTATGGTTTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTAAGGGCATCC-GGGGGACCGGACCCAGACCTACAGG-AGGAAGTGGTTGGTATGTGTGCTACTGAAAG
gi|7 : aagGGCTACACTGAAGTACC-GGTGTAGGAATGGAATTATC-CC--CATCCTGAAAGGATCCTGGCATCATCCTGAAGAAACTCATATCC-CACCTCT-GTCGGGTTAAGATTAAGTCATCTATTA
gi|14 : AGTGAAGGACC-AGTGTAGGAA----TTCA---CCA-C-TTCTAGAAGGGTCCTGGTATCATCTTCAAGAAATGCA-ATCCCCACCTAT-ATCGGGT
gi|15 : aaAA----GTTATTGCC--C-TCCTGGAAGGGTCCTGGTAAC-TCCTGAAGAAACTCA-GGACTCACCTCT-ATCGGGTTAAGACTAAAT-ATATGTTA-GGTaaa
gi|9 : -CC--C-TCCAAGAAGGGTCCTGGTATTATCCTGAAGAAACTCA-ATCCCCACCTCT-ACCGGGTTAAGCCCAAGGCGTATGTTGTGGAGGTTAACCATAACCATTTGAAGGG
Alignments
lowQualScore : 11 1 222222 222 6666666666666 11111 1 2 33333 6666666
lowQualScore : 0 33 0 8 1 8 2 1 5 5 5 5 1 5 77 5 77 0 0 1 1 222222 888 1 8888888888888 2 8 8 2 22222 4 4 3 2 666 0 0 1 1 0 0 44 0 3 1 1 77 0 1 1 11111 1 1 1 0000000 55 2
lowQualScore : . .. . . . . . . . . . . . . .. . .. . . . . ...... ... . ............. . . . . ..... . . . . ... . . . . . . .. . . . . .. . . . ..... . . . ....... .. .
lowQualScore : 2 88 0 0 0 0 8 0 0 7 1 7 4 7 99 7 99 7 7 4 0 000000 333 0 3333333333333 5 0 0 5 00000 4 4 3 0 000 2 7 0 0 7 7 33 7 7 0 0 77 7 0 0 33333 0 0 0 0000000 55 5
consensus : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTCCCGCCTTCGGACAT--GAAGAGCGGGATGAGGAGGGAT-AT--ATCT----GGAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCAGNCCCCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATGACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGACCGGGATATCNTCTTATGG-TTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGGA-GGA-GTGGNTGGTAGGTGTGCTACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTNNTNCTCTAGCCCACCTAGT
Reference ( family-2279 ) : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATNGGCAGGG-AGATCGACATGCCCGCAGACNTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTTCCGCCTTNGGACATCGAAAGAGCGGGGTGAGGNGGGAT-ATG-ATNT----GGAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCAGTCCCCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATAACCGTTTGAAGGGGTGTCGANANCGGGATGTCCCCTTGTGGTTTGNCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCNGGGGGGACCGGACCCAGACCNANAGGAGGGAAGTGGNTGGTANGTGTGCTACNGAAAGTGG-G-----GGTCTTCCTCTAGCCCACCTAGT
gi|1 : TTATATGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAAGG-AGATCAACATGTCCGCAGATCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCACCAATGGA-CATGGAGG-CTTATATGG--TGGATTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGTTGATGAGATGGTGTGTTCCCGCCTTCGGACATATGAAGAGCAGA-TAAGGAGGGAT------TCT----G-AATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATATCGTAGATACGGCTACAGTGAAGTGCCGATGTAGGAA----GTTATT-C-CC-TCTTGGAAGGATCCTGATATCATCCTGAAGAAATTCAGTCCTCAGCTATATTGGGTTCACACTAAGTCATCTGTTATGGTTGTTAACTATGACCGTATGAAGGGTTGTCAAGACCAGGATATCATCTTATGG-TTGTCCCACTATCAAGATAGGCTGAGAGTATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGGGTG---GTGGGTGGAAGGAGTGATACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTGGTGTTCTAACCCATTTAGT
gi|10 : AGACATGATGTTTGGTATTCCAAAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGGTTTTTTGTAG--TGAACTT-GGA--GTGGGCAATCCAGAAATCCCATTAGACGGTGCGTTgca
gi|11 : CAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGT-ACCCTCCAGTGGA-CCTGGAGG-ATTATGTGG--TGGATTT-GGA--ACGGACAATCCAGGCAGCCAATGAGACGGTGTGTTa
gi|12 : TGATGTTTGGTACTACACAGAGGG-ACCTTCAAGTGGA-CATGGAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-CGA--GCGAGCAATCTAGACAGCCCGTGAGACCACGCGTTTCCG
gi|13 : CACTCATTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGCATTAGAAA--GCTGCAGTGAAGGGCCGTTGCAAGAA----GTTTTC-CTTC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTA
gi|14 : AGTGAAGGACCAGTGTAGGAA----TTCA-C-C-AC-TTCTAGAAGGGTCCTGGTATCATCTTCAAGAAATGCAATCCCCACCTATATCGGGTAAA
gi|15 : aaAA----GTTATTGC-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTAAC-TCCTGAAGAAACTCAGGACTCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAAT-ATATGTTA-GGT
gi|16 : TTATAAGG--CCAA-CCGACTCATG-GTGGGCAGGG-AGATCAACATGC
gi|2 : gTACGGTTCCAATCCTAATCATGTATTGGCAGGGGAGATCAAAATGATCACAGACCTAGTGTT-GGTACTCCACAGAGGGGATCCTCCAGTAGAACA-GGAAG-CTTATGTGGCGTGGACTTAGGACCGCGGGCAATCCAAATG----ATG-GACGGTGCATTCCCGCCTTAGGACATCGAAAGAATGGGATGAAGAGGGATTATTCATTTTTTAGGAATTCACTCGTTCCTTCAAGCAG-GGAGACCTAGTTCTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAGGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CCCTCCTGGGAAGGTTCTGGTATCGTCCTGAAGAAATTCAGCCCCCACTTCTATGGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGG
gi|3 : aaaattgggacgagcattagcccaaaattagcgggcgtttgcagtcaataggcatccagaaagttGAATTCACTCGTTCCTTCAATGAG-GGAATCCCTGT-TTATGTCTTAGAAAAGGCTACACTGAAGTACCTGAGTAGGAA-----TTATT-C-CCATCCTGGAAGGATCCTGGTATCATCCTGAAGAAACCCATATCCCACCTCTATTGGGTTAAGATTAAGTCATCTATTATAGTAGTTAACCATAACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGAACGGGATGTTTCTTTGTGG-TTGGTCCGCTATCAAGAGAAGTTTAAGGCATTAGGGGGAACTGAACCCAGACCGAAAGGAGAGA--TGGATGGTAGGTGTACTACAGAAAGTGG-G-----GGTCTTCCTCTAGCCCACCTAGT
gi|4 : tccctaaGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCAGTGTA---A----GTTATC-C-CC-CTCTTGGAGGG-----------TCCTG----------GT----AT---TATCGAGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTTACTATGACCGTTTGAAGTGATGTTAATACCAGGATATCCTCTTATGGTTTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTAAGGGCATCC-GGGGGACCGGACCCAGACCTACAGGA-GGAAGTGGTTGGTATGTGTGCTACTGAAAGcc
gi|5 : aaTTATACTG--CGAA-CCAACTAATG-ATGGGCAGGG-AAATTGATATGCCCGCAGACTTGATGTTTGGTACTCCACA------------------------GAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-GCA--GCGGGCAATCCAGACAGTCCATGAGACGGTG
gi|6 : caaaatcattaggacgaccgcttagtccaaattccgtcgctctgcagtcaataggcacacagaGACTCATG-ATTGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACATGACGTT-GGTACTCCACAGAGGG-ATCC-CCAGTGGA-CATTAAAG-CTTATGCGG--TGCACTT-GGA--GTGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCtttt
gi|7 : GGCTACACTGAAGTACCGGTGTAGGAATGGAATTATC-C-CCATCCTGAAAGGATCCTGGCATCATCCTGAAGAAACTCATATCCCACCTCTGTCGGGTTAAGATTAAGTCATCTATTA
gi|8 : TTCCGCCTTCGGA-------AGAGCGGGA--AGATAGAAT-ATG-ATCTAA--GGAATTAACTCGTTCCTATACTCAGCGGAAAC-TAGT-CCGTGTCT-AGATACGGCTACAGTGAACGGCCAGTGT
gi|9 : aC-C-CC-TCCAAGAAGGGTCCTGGTATTATCCTGAAGAAACTCAATCCCCACCTCTACCGGGTTAAGCCCAAGGCGTATGTTGTGGAGGTTAACCATAACCATTTGAAGGGGT
Alignments
lowQualScore : 11 1 444444 11 7777777777777 11111 1 1 111 3333333
lowQualScore : 0 33 0 8 8 1 5 5 5 5 1 5 77 5 77 0 0 1 555555 6 11 4444444444444 2 8 8 2 22222 4 4 3 11 0 1 0 0 0 1 3 1 6 0 7 888 1 2222222 22 1
lowQualScore : . .. . . . . . . . . . . .. . .. . . . ...... . .. ............. . . . . ..... . . . .. . . . . . . . . . . . ... . ....... .. .
lowQualScore : 2 88 0 0 0 0 0 7 1 7 4 7 99 7 99 7 7 4 000000 7 00 3333333333333 5 0 0 5 00000 4 4 3 22 2 4 2 7 7 0 3 0 7 7 3 000 0 0000000 00 0
consensus : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTCCCGCCTTCGGACAT--GAAGAGCGGGATGAGGAGGGAT-AT--ATCT----GGAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCAGNCCCCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATGACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGACCGGGATATCNTCTTATGG-TTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGGAGN-GGTGGNTGGTAGGTGTGCTACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTNNTNCTCTAGCCCACCTAGT
Reference ( family-2279 ) : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTCCCGCCTTCGGACAT--GAAGAGCGGGATGAGGAGGGAT-AT--ATCT----GGAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCAGNCCCCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATGACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGACCGGGATATCNTCTTATGG-TTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGGAGG-AGTGGNTGGTAGGTGTGCTACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTNNTNCTCTAGCCCACCTAGT
gi|1 : TTATATGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAAGG-AGATCAACATGTCCGCAGATCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCACCAATGGA-CATGGAGG-CTTATATGG--TGGATTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGTTGATGAGATGGTGTGTTCCCGCCTTCGGACATATGAAGAGCAG-ATAAGGAGGGAT------TCT----G-AATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATATCGTAGATACGGCTACAGTGAAGTGCCGATGTAGGAA----GTTATT-C-CC-TCTTGGAAGGATCCTGATATCATCCTGAAGAAATTCAGTCCTCAGCTATATTGGGTTCACACTAAGTCATCTGTTATGGTTGTTAACTATGACCGTATGAAGGGTTGTCAAGACCAGGATATCATCTTATGG-TTGTCCCACTATCAAGATAGGCTGAGAGTATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGG-GT-GGTGGGTGGAAGGAGTGATACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTGGTGTTCTAACCCATTTAGT
gi|10 : AGACATGATGTTTGGTATTCCAAAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGGTTTTTTGTAG--TGAACTT-GGA--GTGGGCAATCCAGAAATCCCATTAGACGGTGCGTTgca
gi|11 : CAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGT-ACCCTCCAGTGGA-CCTGGAGG-ATTATGTGG--TGGATTT-GGA--ACGGACAATCCAGGCAGCCAATGAGACGGTGTGTTa
gi|12 : TGATGTTTGGTACTACACAGAGGG-ACCTTCAAGTGGA-CATGGAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-CGA--GCGAGCAATCTAGACAGCCCGTGAGACCACGCGTTTCCG
gi|13 : CACTCATTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGCATTAGAAA--GCTGCAGTGAAGGGCCGTTGCAAGAA----GTTTTC-CTTC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTA
gi|14 : AGTGAAGGACCAGTGTAGGAA----TTCA-C-C-AC-TTCTAGAAGGGTCCTGGTATCATCTTCAAGAAATGCAATCCCCACCTATATCGGGTAAA
gi|15 : aaAA----GTTATTGC-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTAAC-TCCTGAAGAAACTCAGGACTCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAAT-ATATGTTA-GGT
gi|16 : TTATAAGG--CCAA-CCGACTCATG-GTGGGCAGGG-AGATCAACATGC
gi|2 : gTACGGTTCCAATCCTAATCATGTATTGGCAGGGGAGATCAAAATGATCACAGACCTAGTGTT-GGTACTCCACAGAGGGGATCCTCCAGTAGAACA-GGAAG-CTTATGTGGCGTGGACTTAGGACCGCGGGCAATCCAAATG----ATG-GACGGTGCATTCCCGCCTTAGGACATCGAAAGAATGGGATGAAGAGGGATTATTCATTTTTTAGGAATTCACTCGTTCCTTCAAGCAG-GGAGACCTAGTTCTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAGGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CCCTCCTGGGAAGGTTCTGGTATCGTCCTGAAGAAATTCAGCCCCCACTTCTATGGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGG
gi|3 : aaaattgggacgagcattagcccaaaattagcgggcgtttgcagtcaataggcatccagaaagttGAATTCACTCGTTCCTTCAATGAG-GGAATCCCTGT-TTATGTCTTAGAAAAGGCTACACTGAAGTACCTGAGTAGGAA-----TTATT-C-CCATCCTGGAAGGATCCTGGTATCATCCTGAAGAAACCCATATCCCACCTCTATTGGGTTAAGATTAAGTCATCTATTATAGTAGTTAACCATAACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGAACGGGATGTTTCTTTGTGG-TTGGTCCGCTATCAAGAGAAGTTTAAGGCATTAGGGGGAACTGAACCCAGACCGAAAGGAGA-GATGGATGGTAGGTGTACTACAGAAAGTGG-G-----GGTCTTCCTCTAGCCCACCTAGT
gi|4 : tccctaaGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCAGTGT---AA----GTTATC-C-CC-CTCTTGGAGGGTCCTGGTATTATC------GAGTTAAGAC----------------TAAG------TCATCTGTTATGGTGGTTTACTATGACCGTTTGAAGTGATGTTAATACCAGGATATCCTCTTATGGTTTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTAAGGGCATCC-GGGGGACCGGACCCAGACCTACAGGAGGAAGTGGTTGGTATGTGTGCTACTGAAAGcc
gi|5 : aaTTATACTG--CGAA-CCAACTAATG-ATGGGCAGGG-AAATTGATATGCCCGCAGACTTGATGTTTGGTACTCCACA------------------------GAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-GCA--GCGGGCAATCCAGACAGTCCATGAGACGGTG
gi|6 : caaaatcattaggacgaccgcttagtccaaattccgtcgctctgcagtcaataggcacacagaGACTCATG-ATTGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACATGACGTT-GGTACTCCACAGAGGG-ATCC-CCAGTGGA-CATTAAAG-CTTATGCGG--TGCACTT-GGA--GTGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCtttt
gi|7 : GGCTACACTGAAGTACCGGTGTAGGAATGGAATTATC-C-CCATCCTGAAAGGATCCTGGCATCATCCTGAAGAAACTCATATCCCACCTCTGTCGGGTTAAGATTAAGTCATCTATTA
gi|8 : TTCCGCCTTCGGA-------AGAGCGGGA--AGATAGAAT-ATG-ATCTAA--GGAATTAACTCGTTCCTATACTCAGCGGAAAC-TAGT-CCGTGTCT-AGATACGGCTACAGTGAACGGCCAGTGT
gi|9 : aC-C-CC-TCCAAGAAGGGTCCTGGTATTATCCTGAAGAAACTCAATCCCCACCTCTACCGGGTTAAGCCCAAGGCGTATGTTGTGGAGGTTAACCATAACCATTTGAAGGGGT
Alignments
lowQualScore : 11 1 444444 11 7777777777777 11111 1 1 22 3333333
lowQualScore : 0 33 0 8 8 1 5 5 5 5 1 5 77 5 77 0 0 1 555555 6 11 4444444444444 2 8 8 2 22222 4 4 3 11 0 1 0 0 0 1 3 1 6 0 00 1 1 2222222 22 1
lowQualScore : . .. . . . . . . . . . . .. . .. . . . ...... . .. ............. . . . . ..... . . . .. . . . . . . . . . . .. . . ....... .. .
lowQualScore : 2 88 0 0 0 0 0 7 1 7 4 7 99 7 99 7 7 4 000000 7 00 3333333333333 5 0 0 5 00000 4 4 3 22 2 4 2 7 7 0 3 0 7 7 77 0 0 0000000 00 0
consensus : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTCCCGCCTTCGGACAT--GAAGAGCGGGATGAGGAGGGAT-AT--ATCT----GGAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCAGNCCCCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATGACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGACCGGGATATCNTCTTATGG-TTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGGA-GAGGTGGNTGGTAGGTGTGCTACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTNNTNCTCTAGCCCACCTAGT
Reference ( family-2279 ) : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTCCCGCCTTCGGACAT--GAAGAGCGGGATGAGGAGGGAT-AT--ATCT----GGAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCAGNCCCCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATGACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGACCGGGATATCNTCTTATGG-TTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGGA-GNGGTGGNTGGTAGGTGTGCTACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTNNTNCTCTAGCCCACCTAGT
gi|1 : TTATATGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAAGG-AGATCAACATGTCCGCAGATCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCACCAATGGA-CATGGAGG-CTTATATGG--TGGATTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGTTGATGAGATGGTGTGTTCCCGCCTTCGGACATATGAAGAGCAG-ATAAGGAGGGAT------TCT----G-AATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATATCGTAGATACGGCTACAGTGAAGTGCCGATGTAGGAA----GTTATT-C-CC-TCTTGGAAGGATCCTGATATCATCCTGAAGAAATTCAGTCCTCAGCTATATTGGGTTCACACTAAGTCATCTGTTATGGTTGTTAACTATGACCGTATGAAGGGTTGTCAAGACCAGGATATCATCTTATGG-TTGTCCCACTATCAAGATAGGCTGAGAGTATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGG--GTGGTGGGTGGAAGGAGTGATACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTGGTGTTCTAACCCATTTAGT
gi|10 : AGACATGATGTTTGGTATTCCAAAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGGTTTTTTGTAG--TGAACTT-GGA--GTGGGCAATCCAGAAATCCCATTAGACGGTGCGTTgca
gi|11 : CAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGT-ACCCTCCAGTGGA-CCTGGAGG-ATTATGTGG--TGGATTT-GGA--ACGGACAATCCAGGCAGCCAATGAGACGGTGTGTTa
gi|12 : TGATGTTTGGTACTACACAGAGGG-ACCTTCAAGTGGA-CATGGAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-CGA--GCGAGCAATCTAGACAGCCCGTGAGACCACGCGTTTCCG
gi|13 : CACTCATTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGCATTAGAAA--GCTGCAGTGAAGGGCCGTTGCAAGAA----GTTTTC-CTTC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTA
gi|14 : AGTGAAGGACCAGTGTAGGAA----TTCA-C-C-AC-TTCTAGAAGGGTCCTGGTATCATCTTCAAGAAATGCAATCCCCACCTATATCGGGTAAA
gi|15 : aaAA----GTTATTGC-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTAAC-TCCTGAAGAAACTCAGGACTCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAAT-ATATGTTA-GGT
gi|16 : TTATAAGG--CCAA-CCGACTCATG-GTGGGCAGGG-AGATCAACATGC
gi|2 : gTACGGTTCCAATCCTAATCATGTATTGGCAGGGGAGATCAAAATGATCACAGACCTAGTGTT-GGTACTCCACAGAGGGGATCCTCCAGTAGAACA-GGAAG-CTTATGTGGCGTGGACTTAGGACCGCGGGCAATCCAAATG----ATG-GACGGTGCATTCCCGCCTTAGGACATCGAAAGAATGGGATGAAGAGGGATTATTCATTTTTTAGGAATTCACTCGTTCCTTCAAGCAG-GGAGACCTAGTTCTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAGGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CCCTCCTGGGAAGGTTCTGGTATCGTCCTGAAGAAATTCAGCCCCCACTTCTATGGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGG
gi|3 : aaaattgggacgagcattagcccaaaattagcgggcgtttgcagtcaataggcatccagaaagttGAATTCACTCGTTCCTTCAATGAG-GGAATCCCTGT-TTATGTCTTAGAAAAGGCTACACTGAAGTACCTGAGTAGGAA-----TTATT-C-CCATCCTGGAAGGATCCTGGTATCATCCTGAAGAAACCCATATCCCACCTCTATTGGGTTAAGATTAAGTCATCTATTATAGTAGTTAACCATAACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGAACGGGATGTTTCTTTGTGG-TTGGTCCGCTATCAAGAGAAGTTTAAGGCATTAGGGGGAACTGAACCCAGACCGAAAGGA-GAGATGGATGGTAGGTGTACTACAGAAAGTGG-G-----GGTCTTCCTCTAGCCCACCTAGT
gi|4 : tccctaaGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCAGTGT---AA----GTTATC-C-CC-CTCTTGGAGGGTCCTGGTATTATC------GAGTTAAGAC----------------TAAG------TCATCTGTTATGGTGGTTTACTATGACCGTTTGAAGTGATGTTAATACCAGGATATCCTCTTATGGTTTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTAAGGGCATCC-GGGGGACCGGACCCAGACCTACAGGAGGAAGTGGTTGGTATGTGTGCTACTGAAAGcc
gi|5 : aaTTATACTG--CGAA-CCAACTAATG-ATGGGCAGGG-AAATTGATATGCCCGCAGACTTGATGTTTGGTACTCCACA------------------------GAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-GCA--GCGGGCAATCCAGACAGTCCATGAGACGGTG
gi|6 : caaaatcattaggacgaccgcttagtccaaattccgtcgctctgcagtcaataggcacacagaGACTCATG-ATTGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACATGACGTT-GGTACTCCACAGAGGG-ATCC-CCAGTGGA-CATTAAAG-CTTATGCGG--TGCACTT-GGA--GTGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCtttt
gi|7 : GGCTACACTGAAGTACCGGTGTAGGAATGGAATTATC-C-CCATCCTGAAAGGATCCTGGCATCATCCTGAAGAAACTCATATCCCACCTCTGTCGGGTTAAGATTAAGTCATCTATTA
gi|8 : TTCCGCCTTCGGA-------AGAGCGGGA--AGATAGAAT-ATG-ATCTAA--GGAATTAACTCGTTCCTATACTCAGCGGAAAC-TAGT-CCGTGTCT-AGATACGGCTACAGTGAACGGCCAGTGT
gi|9 : aC-C-CC-TCCAAGAAGGGTCCTGGTATTATCCTGAAGAAACTCAATCCCCACCTCTACCGGGTTAAGCCCAAGGCGTATGTTGTGGAGGTTAACCATAACCATTTGAAGGGGT
Alignments
lowQualScore : 11 1 444444 11 7777777777777 11111 1 1 22 3333333
lowQualScore : 0 33 0 8 8 1 5 5 5 5 1 5 77 5 77 0 0 1 555555 6 11 4444444444444 2 8 8 2 22222 4 4 3 11 0 1 0 0 0 1 3 1 6 0 00 1 2222222 22 1
lowQualScore : . .. . . . . . . . . . . .. . .. . . . ...... . .. ............. . . . . ..... . . . .. . . . . . . . . . . .. . ....... .. .
lowQualScore : 2 88 0 0 0 0 0 7 1 7 4 7 99 7 99 7 7 4 000000 7 00 3333333333333 5 0 0 5 00000 4 4 3 22 2 4 2 7 7 0 3 0 7 7 77 0 0000000 00 0
consensus : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTCCCGCCTTCGGACAT--GAAGAGCGGGATGAGGAGGGAT-AT--ATCT----GGAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCAGNCCCCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATGACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGACCGGGATATCNTCTTATGG-TTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGGA-GAGGTGGNTGGTAGGTGTGCTACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTNNTNCTCTAGCCCACCTAGT
Reference ( family-2279 ) : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTCCCGCCTTCGGACAT--GAAGAGCGGGATGAGGAGGGAT-AT--ATCT----GGAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCAGNCCCCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATGACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGACCGGGATATCNTCTTATGG-TTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGGA-GAGGTGGNTGGTAGGTGTGCTACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTNNTNCTCTAGCCCACCTAGT
gi|1 : TTATATGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAAGG-AGATCAACATGTCCGCAGATCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCACCAATGGA-CATGGAGG-CTTATATGG--TGGATTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGTTGATGAGATGGTGTGTTCCCGCCTTCGGACATATGAAGAGCAG-ATAAGGAGGGAT------TCT----G-AATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATATCGTAGATACGGCTACAGTGAAGTGCCGATGTAGGAA----GTTATT-C-CC-TCTTGGAAGGATCCTGATATCATCCTGAAGAAATTCAGTCCTCAGCTATATTGGGTTCACACTAAGTCATCTGTTATGGTTGTTAACTATGACCGTATGAAGGGTTGTCAAGACCAGGATATCATCTTATGG-TTGTCCCACTATCAAGATAGGCTGAGAGTATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGG--GTGGTGGGTGGAAGGAGTGATACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTGGTGTTCTAACCCATTTAGT
gi|10 : AGACATGATGTTTGGTATTCCAAAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGGTTTTTTGTAG--TGAACTT-GGA--GTGGGCAATCCAGAAATCCCATTAGACGGTGCGTTgca
gi|11 : CAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGT-ACCCTCCAGTGGA-CCTGGAGG-ATTATGTGG--TGGATTT-GGA--ACGGACAATCCAGGCAGCCAATGAGACGGTGTGTTa
gi|12 : TGATGTTTGGTACTACACAGAGGG-ACCTTCAAGTGGA-CATGGAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-CGA--GCGAGCAATCTAGACAGCCCGTGAGACCACGCGTTTCCG
gi|13 : CACTCATTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGCATTAGAAA--GCTGCAGTGAAGGGCCGTTGCAAGAA----GTTTTC-CTTC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTA
gi|14 : AGTGAAGGACCAGTGTAGGAA----TTCA-C-C-AC-TTCTAGAAGGGTCCTGGTATCATCTTCAAGAAATGCAATCCCCACCTATATCGGGTAAA
gi|15 : aaAA----GTTATTGC-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTAAC-TCCTGAAGAAACTCAGGACTCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAAT-ATATGTTA-GGT
gi|16 : TTATAAGG--CCAA-CCGACTCATG-GTGGGCAGGG-AGATCAACATGC
gi|2 : gTACGGTTCCAATCCTAATCATGTATTGGCAGGGGAGATCAAAATGATCACAGACCTAGTGTT-GGTACTCCACAGAGGGGATCCTCCAGTAGAACA-GGAAG-CTTATGTGGCGTGGACTTAGGACCGCGGGCAATCCAAATG----ATG-GACGGTGCATTCCCGCCTTAGGACATCGAAAGAATGGGATGAAGAGGGATTATTCATTTTTTAGGAATTCACTCGTTCCTTCAAGCAG-GGAGACCTAGTTCTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAGGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CCCTCCTGGGAAGGTTCTGGTATCGTCCTGAAGAAATTCAGCCCCCACTTCTATGGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGG
gi|3 : aaaattgggacgagcattagcccaaaattagcgggcgtttgcagtcaataggcatccagaaagttGAATTCACTCGTTCCTTCAATGAG-GGAATCCCTGT-TTATGTCTTAGAAAAGGCTACACTGAAGTACCTGAGTAGGAA-----TTATT-C-CCATCCTGGAAGGATCCTGGTATCATCCTGAAGAAACCCATATCCCACCTCTATTGGGTTAAGATTAAGTCATCTATTATAGTAGTTAACCATAACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGAACGGGATGTTTCTTTGTGG-TTGGTCCGCTATCAAGAGAAGTTTAAGGCATTAGGGGGAACTGAACCCAGACCGAAAGGA-GAGATGGATGGTAGGTGTACTACAGAAAGTGG-G-----GGTCTTCCTCTAGCCCACCTAGT
gi|4 : tccctaaGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCAGTGT---AA----GTTATC-C-CC-CTCTTGGAGGGTCCTGGTATTATC------GAGTTAAGAC----------------TAAG------TCATCTGTTATGGTGGTTTACTATGACCGTTTGAAGTGATGTTAATACCAGGATATCCTCTTATGGTTTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTAAGGGCATCC-GGGGGACCGGACCCAGACCTACAGGAGGAAGTGGTTGGTATGTGTGCTACTGAAAGcc
gi|5 : aaTTATACTG--CGAA-CCAACTAATG-ATGGGCAGGG-AAATTGATATGCCCGCAGACTTGATGTTTGGTACTCCACA------------------------GAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-GCA--GCGGGCAATCCAGACAGTCCATGAGACGGTG
gi|6 : caaaatcattaggacgaccgcttagtccaaattccgtcgctctgcagtcaataggcacacagaGACTCATG-ATTGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACATGACGTT-GGTACTCCACAGAGGG-ATCC-CCAGTGGA-CATTAAAG-CTTATGCGG--TGCACTT-GGA--GTGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCtttt
gi|7 : GGCTACACTGAAGTACCGGTGTAGGAATGGAATTATC-C-CCATCCTGAAAGGATCCTGGCATCATCCTGAAGAAACTCATATCCCACCTCTGTCGGGTTAAGATTAAGTCATCTATTA
gi|8 : TTCCGCCTTCGGA-------AGAGCGGGA--AGATAGAAT-ATG-ATCTAA--GGAATTAACTCGTTCCTATACTCAGCGGAAAC-TAGT-CCGTGTCT-AGATACGGCTACAGTGAACGGCCAGTGT
gi|9 : aC-C-CC-TCCAAGAAGGGTCCTGGTATTATCCTGAAGAAACTCAATCCCCACCTCTACCGGGTTAAGCCCAAGGCGTATGTTGTGGAGGTTAACCATAACCATTTGAAGGGGT
blockSeqs : TT T T G A T G T A T T CG A CC T CATCGA G TG TATTCATTTTTTA G C T C TGGAA G T C AT A T T T G AG A G CT C
blockSeqs : . . . . C T . T . T . . . . T . G . ATGATCTAA G . . A G . . A GG A C . A . A T
blockSeqs : . . . . C T . T . T . . . . C G . . C T . . A GC A
blockSeqs : . . T T . T . T . . . . T . . C G . . . TA A
blockSeqs : A . . . . . . . . . T . G . . . GA C
blockSeqs : . . . . . . . . . C G . . . TA .
blockSeqs : . . . . AT
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTCCCGCCTTCGGACAT--GAAGAGCGGGATGAGGAGGGAT-AT--ATCT----GGAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCAGNCCCCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATGACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGACCGGGATATCNTCTTATGG-TTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGGA-GAGGTGGNTGGTAGGTGTGCTACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTNNTNCTCTAGCCCACCTAGT
finalCons : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTCCCGCCTTCGGACAT--GAAGAGCGGGATGAGGAGGGAT-AT--ATCT----GGAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCAGNCCCCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATGACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGACCGGGATATCNTCTTATGG-TTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGGA-GAGGTGGNTGGTAGGTGTGCTACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTNNTNCTCTAGCCCACCTAGT
Alignments
lowQualScore : 11 1 444444 11 7777777777777 11111 1 1 22 3333333
lowQualScore : 0 33 0 8 8 1 5 5 5 5 1 5 77 5 77 0 0 1 555555 6 11 4444444444444 2 8 8 2 22222 4 4 3 11 0 1 0 0 0 1 3 1 6 0 00 1 2222222 22 1
lowQualScore : . .. . . . . . . . . . . .. . .. . . . ...... . .. ............. . . . . ..... . . . .. . . . . . . . . . . .. . ....... .. .
lowQualScore : 2 88 0 0 0 0 0 7 1 7 4 7 99 7 99 7 7 4 000000 7 00 3333333333333 5 0 0 5 00000 4 4 3 22 2 4 2 7 7 0 3 0 7 7 77 0 0000000 00 0
consensus : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTCCCGCCTTCGGACAT--GAAGAGCGGGATGAGGAGGGAT-AT--ATCT----GGAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCAGNCCCCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATGACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGACCGGGATATCNTCTTATGG-TTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGGA-GAGGTGGNTGGTAGGTGTGCTACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTNNTNCTCTAGCCCACCTAGT
Reference ( family-2279 ) : TTATACGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGG-CTTATGTGG--TGGACTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCGTTCCCGCCTTCGGACAT--GAAGAGCGGGATGAGGAGGGAT-AT--ATCT----GGAATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTATCATCCTGAAGAAACTCAGNCCCCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGGTTAACCATGACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGACCGGGATATCNTCTTATGG-TTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTNAGGGCATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGGA-GAGGTGGNTGGTAGGTGTGCTACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTNNTNCTCTAGCCCACCTAGT
gi|1 : TTATATGG--CCAA-CCGACTCATG-ATGGGCAAGG-AGATCAACATGTCCGCAGATCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGG-ACCCACCAATGGA-CATGGAGG-CTTATATGG--TGGATTT-GGA--GCGGGCAATCCAGACAGTTGATGAGATGGTGTGTTCCCGCCTTCGGACATATGAAGAGCAG-ATAAGGAGGGAT------TCT----G-AATTCACTCGTTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATATCGTAGATACGGCTACAGTGAAGTGCCGATGTAGGAA----GTTATT-C-CC-TCTTGGAAGGATCCTGATATCATCCTGAAGAAATTCAGTCCTCAGCTATATTGGGTTCACACTAAGTCATCTGTTATGGTTGTTAACTATGACCGTATGAAGGGTTGTCAAGACCAGGATATCATCTTATGG-TTGTCCCACTATCAAGATAGGCTGAGAGTATCCGGGGGGACCGAACCCGGACCTACAGG--GTGGTGGGTGGAAGGAGTGATACTGAAAGTGGTGTTGGTGGTGGTGTTCTAACCCATTTAGT
gi|10 : AGACATGATGTTTGGTATTCCAAAGAGGG-ACCCTCCAGTGGA-CATGGAGGTTTTTTGTAG--TGAACTT-GGA--GTGGGCAATCCAGAAATCCCATTAGACGGTGCGTTgca
gi|11 : CAGACCTGATGTTTGGTACTCCACAGAGGT-ACCCTCCAGTGGA-CCTGGAGG-ATTATGTGG--TGGATTT-GGA--ACGGACAATCCAGGCAGCCAATGAGACGGTGTGTTa
gi|12 : TGATGTTTGGTACTACACAGAGGG-ACCTTCAAGTGGA-CATGGAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-CGA--GCGAGCAATCTAGACAGCCCGTGAGACCACGCGTTTCCG
gi|13 : CACTCATTCCTTCAATCAG-GGAGACCTAGT-CTATGCATTAGAAA--GCTGCAGTGAAGGGCCGTTGCAAGAA----GTTTTC-CTTC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTA
gi|14 : AGTGAAGGACCAGTGTAGGAA----TTCA-C-C-AC-TTCTAGAAGGGTCCTGGTATCATCTTCAAGAAATGCAATCCCCACCTATATCGGGTAAA
gi|15 : aaAA----GTTATTGC-CC-TCCTGGAAGGGTCCTGGTAAC-TCCTGAAGAAACTCAGGACTCACCTCTATCGGGTTAAGACTAAAT-ATATGTTA-GGT
gi|16 : TTATAAGG--CCAA-CCGACTCATG-GTGGGCAGGG-AGATCAACATGC
gi|2 : gTACGGTTCCAATCCTAATCATGTATTGGCAGGGGAGATCAAAATGATCACAGACCTAGTGTT-GGTACTCCACAGAGGGGATCCTCCAGTAGAACA-GGAAG-CTTATGTGGCGTGGACTTAGGACCGCGGGCAATCCAAATG----ATG-GACGGTGCATTCCCGCCTTAGGACATCGAAAGAATGGGATGAAGAGGGATTATTCATTTTTTAGGAATTCACTCGTTCCTTCAAGCAG-GGAGACCTAGTTCTATGTCTTAGATACGGCTACAGTGAGGGGCCGGTGTAGGAA----GTTATC-C-CCCTCCTGGGAAGGTTCTGGTATCGTCCTGAAGAAATTCAGCCCCCACTTCTATGGGGTTAAGACTAAGTCATCTGTTATGGTGG
gi|3 : aaaattgggacgagcattagcccaaaattagcgggcgtttgcagtcaataggcatccagaaagttGAATTCACTCGTTCCTTCAATGAG-GGAATCCCTGT-TTATGTCTTAGAAAAGGCTACACTGAAGTACCTGAGTAGGAA-----TTATT-C-CCATCCTGGAAGGATCCTGGTATCATCCTGAAGAAACCCATATCCCACCTCTATTGGGTTAAGATTAAGTCATCTATTATAGTAGTTAACCATAACCGTTTGAAGGGGTGTCGAGAACGGGATGTTTCTTTGTGG-TTGGTCCGCTATCAAGAGAAGTTTAAGGCATTAGGGGGAACTGAACCCAGACCGAAAGGA-GAGATGGATGGTAGGTGTACTACAGAAAGTGG-G-----GGTCTTCCTCTAGCCCACCTAGT
gi|4 : tccctaaGTCTTAGATACGGCTACAGTGAAGGGCCAGTGT---AA----GTTATC-C-CC-CTCTTGGAGGGTCCTGGTATTATC------GAGTTAAGAC----------------TAAG------TCATCTGTTATGGTGGTTTACTATGACCGTTTGAAGTGATGTTAATACCAGGATATCCTCTTATGGTTTGTCCCGCTATCAAGAGAAGTTAAGGGCATCC-GGGGGACCGGACCCAGACCTACAGGAGGAAGTGGTTGGTATGTGTGCTACTGAAAGcc
gi|5 : aaTTATACTG--CGAA-CCAACTAATG-ATGGGCAGGG-AAATTGATATGCCCGCAGACTTGATGTTTGGTACTCCACA------------------------GAAG-CTTATGTGG--TGGACTT-GCA--GCGGGCAATCCAGACAGTCCATGAGACGGTG
gi|6 : caaaatcattaggacgaccgcttagtccaaattccgtcgctctgcagtcaataggcacacagaGACTCATG-ATTGGCAGGG-AGATCAACATGCCCGCAGACATGACGTT-GGTACTCCACAGAGGG-ATCC-CCAGTGGA-CATTAAAG-CTTATGCGG--TGCACTT-GGA--GTGGGCAATCCAGACAGCCCATGAGACGGCGCtttt
gi|7 : GGCTACACTGAAGTACCGGTGTAGGAATGGAATTATC-C-CCATCCTGAAAGGATCCTGGCATCATCCTGAAGAAACTCATATCCCACCTCTGTCGGGTTAAGATTAAGTCATCTATTA
gi|8 : TTCCGCCTTCGGA-------AGAGCGGGA--AGATAGAAT-ATG-ATCTAA--GGAATTAACTCGTTCCTATACTCAGCGGAAAC-TAGT-CCGTGTCT-AGATACGGCTACAGTGAACGGCCAGTGT
gi|9 : aC-C-CC-TCCAAGAAGGGTCCTGGTATTATCCTGAAGAAACTCAATCCCCACCTCTACCGGGTTAAGCCCAAGGCGTATGTTGTGGAGGTTAACCATAACCATTTGAAGGGGT