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Reference ( gi|2 )            :     TTTTAAA-TTTCGGGG-AAATTCAAATAATTTCCTTTTTGTTT---T--TAA--G---AG---AT---CTAT-A--AATGTTTT-A-GAATTA-TT--T---T-GAA-GT-GTG-CTA---AGTGT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCCAAA
gi|1                          :     TTTTAAAATTTCGGGGAAAATTCCAATAA-TTCCTTTTTGTTT---TA-TAAG-G---AG---AT---CTAT-AT-AATGTTTT-A-GAATT--CT--T---T-GAA--T-GTG-CTA---AGTGT-----A-----AA-------TG-AAGTTTCCCAAA
gi|5                          :     TTTTAAA-TATCGGGA-AAAC------AATTT--------TTT---T--TAA--GG--AG---AT---CTA--A--AATGTTTT-A-GAATTA-TT--T---T-GAA-GT-GTG-CTA---AATGT----AA-----AA-------TG-AGGTTTCCCAAAg
gi|7                          : ttttTTTTAAA-TTTTGGGG-AAAT--AA-----TTCATTTTCGTTT---TA-TAAG-G---AG---AT---CCAT-G-----------------TA-TT--T---T-GAA-GT-GTG-CTA---AGTGT----AAAAATTAA-------TG-GTGTTTCCCAAAac
gi|8                          :     TTTTTAA-TATCGGGA-AAGT------AATTATCTTTTT-------T--TAA--GG--AG---AT---CTATTAT-AATGTTTT-A-GAATTA-TT--T---T-GAA-GT-GTG-TT--------------------AC-------TG-ATGTTTCCAAAA
gi|9                          :    tTTTTA---TTTTGGGG-AAAT--AAAT----TCATTTTTGTTT---TA-TAA--G---G--------------------------A-GAATTA-TTATT---T-GAA-GT-GTG-GTA---AGTGT----AAAAATGAA-------TG-ATGTTTCCCAAt
gi|4                          :     TTTTTAA-TTTCGGGG-AAAT--AA-----TTCATTTTTGTTT---T--TAAG-G---AG---AT---CT------AATATTTT-T-GAATTG-TG--C---C--AA-GT-GGG-TTA---AA-------AAAT---AA-------TG-ATGTTTCCAAAAg
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gi|27                         :     TTTTAAA-TTTCGGGGAAAATTCAAATAA-TTCCTTTTTGTTT---
gi|3                          :     TTTTTAA-TTTCTGGG-AA------ATAAGTTCAATTTTGATT---TCATAAG-G---AG---AT---CTAT-A-----------------TA-TT--T---TGGAA-GT-GTG-C-----AATGT----AA-----AAAATGAACTG-ATGTTTCCCAAA
gi|17                         :    tTTTTAAA----CGGGG-AAAT------AATTTA-TTTTTGTTT---TA-TAA--G---A-----T---CTAT-A-----------------TA-T----------AA-GT-GTG-CTC---AGTGT----AAAAATGAA-------TG-ATGTTTgctt
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTAATTTTCGGCGAATATTCATTTTTGTTTGTATAAGGAGATTCGTATATATTTTGAAGTGTGGATAAGTAGTATAAAAATGAA






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Reference ( family-2267 )     :     TTTTAAA-TTTCGGGGAAA---T--AAATAATTTCATTTTTGTTT---T--T---AA--G---AG---AT---C-TAT-A--AATGTTTT-A-GAATTA-TT--T---T-GAA-GT-GT-G-CTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCCAAA
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gi|26                         :                                            attTTT---T--T---AT--A---GG---AT---CATAT-A--A-TGTTTT-A-GA--TA-TT--T-----GAA-TT-GT-C-CTA---AGT-GT----AA-----AT-------TA-AGGTTCCCatt
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Reference ( family-2267 )     :     TTTTAAA-TTTCGGGGAAA-------T----A-AAT--TTCATTTTTGTTT---T--T---AA--G---AG---AT---C-TAT-A--AATGTTTT-A-GAATTA-TT--T---T-GAA-GT-GT-G-CTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCCAAA
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Reference ( family-2267 )     :     TTTTAAA-TTTCGGGG-------AAA-------T------AA-TT-CATTTTTGTTT---T--T---AA--G---AG---AT---C-TAT-A--AATGTTTT-A-GAATTA-TT--T---T-GAA-GT-GT-G-CTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCCAAA
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Reference ( family-2267 )     :     TTTTAAA-TTTCGGGG-------AAA-------T------AA-TT-CATTTTTGTTT---T--T---AA--G---AG---AT---C-TAT-A--AATGTTTT-A-GAATTA-TT--T---T-GAA-GT-GT-G-CTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCCAAA
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blockSeqs                     :            .        .         T               .  . C         .   A  .    GG      .    .   .  T  AA        AG       .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     C      .        .
blockSeqs                     :            .        .         T               .  . A         .   A  .    GG      .    .   .  T  GA        AG       .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :            .        .         T               .  . A         .   .  .    GG      .    .   .  T  GA        TG       .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :            .        .         C               .  . A         .   .  .    GG      .    .   .  T  AA        AG       .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :            .        .         T               .  . A         .   .  .    GG      .    .   .  T  AA        AA       .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :            .        .         T               .  . A         .   .  .    GG      .    .   .  T  A         AG       .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :            .        .         T               .  . A         .   .  .    GG      .    .   .  T  A         TG       .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                     .         T               .  . .         .   .  .    G       .    .   .  T  T         AG       .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .   .  .    G       .    .   .  T  A         AG       .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .   .  .    G       .    .   .  T  A         AG       .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .   .  .    G       .    .   .  T  A         A        .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .   .  .    G       .    .   .  T  .         A        .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .   .  .    G       .    .   .  T  .         G        .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .   .  .    A       .    .   .  T  .         G        .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .   .  .    G       .    .   .  .  .         .        .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .   .  .    G       .    .   .  .  .         .        .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .   .  .    A       .    .   .  .  .         .        .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .   .  .    G       .    .   .  .  .         .        .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .   .  .    G       .    .   .  .  .         .        .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .   .  .    .       .    .   .  .  .         .        .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                              .                                                     .  .  .   .   .  .  . .   .     .  .     .      .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .  .  . .   .     .  .     .      .        .


blockSeqCons                  :                               T*************                     **      GG****                 A***
originalCons                  :     TTTTAAA-TTTCGGGG-------AAA-------T------AA-TT-CATTTTTGTTT---T--T---AA--G---AG---AT---C-TAT-A--AATGTTTT-A-GAATTA-TT--T---T-GAA-GT-GT-G-CTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCCAAA
finalCons                     :     TTTTAAA-TTTCGGGG-------AAAT-------------AA-TT-CATTTTTGTTT---T--T---AAGG----AG---AT---C-TAT-AA---TGTTTT-A-GAATTA-TT--T---T-GAA-GT-GT-G-CTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCCAAA





Alignments
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lowQualScore                  :            3        9999999   99999999999999  5  2 1         444 22  1 1 55 22  1   33 1  444 33333333    666  1  3   222 1   1  1  2    222   1  9999  77777  2222222  1            
lowQualScore                  :            .        .......   ..............  .  . .         ... ..  . . .. ..  .   .. .  ... ........    ...  .  .   ... .   .  .  .    ...   .  ....  .....  .......  .            
lowQualScore                  :            1        3333333   66666666666666  7  9 4         111 99  5 5 22 11  5   77 5  222 22222222    000  4  0   666 5   4  4  9    555   4  8888  77777  3333333  4            
consensus                     :     TTTTAAA-TTTCGGGG-------AAA-------T------AA-TT-CATTTTTGTTT---T--TA-A-G--G--AG-ATC--T-AT---A--ATG---TTTTA-GAATTA-TTT---T-GAA-GT-GT-GCTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCCAAA
Reference ( family-2267 )     :     TTTTAAA-TTTCGGGG-------AAA-------T------AA-TT-CATTTTTGTTT---T--TA-A-G--G--AG-ATC--T-AT---A--ATG---TTTTA-GAATTA-TTT---T-GAA-GT-GT-GCTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCCAAA
gi|1                          :     TTTTAAAATTTCGGGG-------AAAATTCCAAT------AA-TT-CCTTTTTGTTT---TA-TA-A-G--G--AG-ATCTAT-AT---A--ATG---TTTTA-GAATT--CTT---T-GAA--T-GT-GCTA---AGT-GT-----A-----AA-------TG-AAGTTTCCCAAA
gi|10                         :                    G-------AAA-------T------GA-TT-CCTTTTC-------T--TA-A-G--G--AG-ATC--TAAG---A--ATG---TTTTA--AATTA-TTT---T-GAA-GT-GT-GTTA---AGT-GT----AA-----GA-------TG-ATGTATCCAAAAg
gi|11                         :      TTTAAT-TTTCGGCG-------AA--------T------A--TT-CATTTTTGTTTG--TA-TA-A-G--G--AG-ATT--C-GT---A-----------TA-----TA-TTT---T-GAA-GT-GTGGATA---AGTAGTATA-AA-----AA-------TG-cttt
gi|12                         :                                                           TTT---T--TA-A-A--GGAAG-AAC--T-AT---A---TGAATTTTTA-GAACTACTTT---T-GAATGTAGT-GCTT---AGT-GT----AA-----AA-------TGAATGTTTCCCAGAa
gi|13                         :                                                 tgaaTTTTTTTTT---T--TA-G-G--G--A---TC--T-AT---A--ATG---TTTTA-GAA-TA-TTT---T-GAA-GT-GTGGCTA---AGT-GTG---AA-----AA-------TG-ATGTTTCCAAAAaac
gi|14                         :                                                  ctcTTTTTTTTT---T--TA-A-GAGG--AG-ATC--T-AT---C--ATG---TTTTA-GAATTA-TTC---T-AAA-GT-GG-GCTA---AGT-GTA---AA-----AA-------TG-ATGTTTTTCAAAaaaaaa
gi|15                         :                                                         TGTTT---T--TT-A-G--G--AG-ATC--T-AT---A--TTGT--TTTTA-GAATTATTTT---T-GAA-AT-GT-GCTT---AGC-GTGTTAGA-----AA-------TG-ATGTTTCCAAAAaaaa
gi|16                         :                                                           TTT---T--CT-A-G--G--AG-ATA--T-AT---A--ATG---TTTCAAGAATTG-TGTGTGT-GAA-GT-GT-GCTA---AGT-GT----AAC----AA-------TA-ATGTGTTCAAAAaaat
gi|17                         :     TTTTAAA----CGGGG-------AAA-------T------AA-TT-TATTTTTGTTT---T-----A-T--A--AG-ATC--T-AT---A------------------TA-T--------AA-GT-GT-GCTC---AGT-GT----AAAAATGAA-------TG-ATGTTTaaagtt
gi|18                         :                                                         ttTTT---T--TA-A-G--G--AG-ATC--T-AT---ATAATG---GTTTA-GAATTA-TTT---T-GAA-GT-GT-GCTA---AGT-CT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCC
gi|19                         :  ctctTTTAA--TTTCGGGG-------AAA-------T------AT-TT-CATTTTTGTTT---TA-TA-A-G--G--AG-ATC--T-AT---A------------------TA-TTT---T-GAA-GT-GT-GGTA---AGT-GTA---AA-----AA-------TG-ccaaaa
gi|2                          :     TTTTAAA-TTTCGGGG-------AAA-------TTCAAATAA-TTTCCTTTTTGTTT---T--TA-A----G--AG-ATC--T-ATA--A--ATG---TTTTA-GAATTA-TTT---T-GAA-GT-GT-GCTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCCAAAa
gi|20                         :                                                      TTTTGTTT---TA-TA-AAG--G--ATTATC--T-AT---A---TA---TTTTT-GAAT---------------GT-GT-GCCATTGAGT-GT----AA-----AAATTAA--TG-ATGTTTCCCAA
gi|21                         :                                                        TTTTTT---T--AA-A-G--G--AG-AAC--T-AT---A--ATG---TTTTA-GAACTA-TTT---T-GAA-GT-GT-GCTT---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCCAAAgct
gi|22                         :                                                           TTT---T--TA-A-G--G--AG-ATC--T-AA---A--ATG---TTTTA-AAATTA-TTT---T-GAA-GT-GT-GTTA---AGT-GT----AA-----GA-------TG-ATGTTTCCCAAAactt
gi|23                         :                                                        cctTTT---T--TA-A-GC-G--AA-A-----------G--ATG---TTTT--GAATTG-TTT---T-GAA-GT-GT-GCTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGT---CCAAAac
gi|24                         :                                                 atattTTTTGATT---TA-TA-A-G--G--AG-ATC--T-AT---A------------------TA-TTT---T-GAA-GT-GT-GCTA---AGT-GT----AAAAATGAA-------TG-ATGTTTCCCAAAattttt
gi|25                         :                                                           TTT---T--TA-A-GC-G--AA-A-----------G--ATG---TTTT--GAATTG-TTT---T-GAA-GT-GT-GCTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGT---CCAAAg
gi|26                         :                                                        attTTT---T--TATA-G--G--A---TCA-T-AT---A--ATG---TTTTA-GA--TA-TTT-----GAA-TT-GT-CCTA---AGT-GT----AA-----AT-------TA-AGGTTCCCatt
gi|27                         :    tTTTTAAA-TTTCGGGGAAAATTCAAA-------T------AA-TT-CCTTTTTGTTT---
gi|28                         :                                                                                                                              A-GT-GT-GCTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG-ATGTTTCCC
gi|29                         :                                                                                                                   -TTT---T-GAA-GT-GT-GCTA---AGT-GT----AA-----AA-------TG--TGTTTCCGAAAcccaaaaaa
gi|3                          :     TTTTTAA-TTTCTGGG-------AAA-------T------AAGTT-CAATTTTGATT---TCATA-A-G--G--AG-ATC--T-AT---A------------------TA-TTT---TGGAA-GT-GT-GC-----AAT-GT----AA-----AAAATGAACTG-ATGTTTCCCAAAa
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