lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 222222222222222 1 2 222222222 1 2222222222 111 2 1 22222 222222222 666666666666666666666666666666666666666666 22222 1 333 11111111 1 1111 1111 2222 1 111 1111 11 1 1 11 1111 111111 111 44444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 33 3 444 1 22222222222 333 77777777777 444444444 222 111 222 1 111 1
lowQualScore : 5 77 5 77 5 77 8 66666 5 333333333333333 5 0 66 5 66 5 666666666 0 888 888 5555555555 000 5 5 4 77 5 5 2 0 2 44444 99 222222222 99 6 6 777777777777777777777777777777777777777777 5 66666 3 6 777 6 77 6 6 6 33333333 1 6 6 4444 9999 6 3333 3 0 111 7777 11 6 6 8 8 3 6 88 6 7777 666666 3 888 33333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000 77 4 0 77 66 0 5 0 1 1 1 5 5 3 555 1 4 77 5 0 33333333333 5 000 5 3 77 99 0 00000000000 999999999 444 111 555 3 1 111 1 0 0
lowQualScore : . .. . .. . .. . ..... . ............... . . .. . .. . ......... . ... ... .......... ... . . . .. . . . . . ..... .. ......... .. . . .......................................... . ..... . . ... . .. . . . ........ . . . .... .... . .... . . ... .... .. . . . . . . .. . .... ...... . ... ..... ....................................................................................... ... .. . . .. .. . . . . . . . . . ... . . .. . . ........... . ... . . .. .. . ........... ......... ... ... ... . . ... . . .
lowQualScore : 7 99 7 99 7 99 7 77777 0 555555555555555 0 0 99 0 99 2 000000000 0 888 888 6666666666 222 0 0 0 55 0 0 1 6 0 88888 22 888888888 22 7 7 666666666666666666666666666666666666666666 7 88888 3 7 555 7 00 7 7 7 55555555 8 7 7 2222 2222 7 2222 2 0 000 8888 00 0 0 0 0 0 0 66 0 0000 000000 8 444 00000 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000 99 3 7 99 44 7 7 7 4 4 7 7 7 0 000 4 3 99 7 7 77777777777 0 000 7 5 77 22 8 22222222222 222222222 333 777 000 3 0 777 0 8 8
consensus : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTTATAG--AC-TTAA-------T-------T-T-CCT--C-AAT--C-ACTGATTAG-A-TTTATATTTAT-AT---TG---T-----TAGC-CCTACCTTGGGT-G-A-AATC-AAA-CAA-TG-AATTTACAAAAAAGACAGTA-AT--AT--ATAA-AGAG----CTTCCCT--AATA-AATA-AAC--AGT---ACT--AG---GGGCA-G---G-TCG-GC--T---CT-ATTCGG-GCC-AC-TA-TCCCC--AGCACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTATA--AGACAAATG-AA-A-TAG--C-TTCGGC--TCTATTCGGGGC-C-ACTAATT-TCACT----TA---T--CTTATT-ACTTCCTT--TATTATTCC-----CTT-CTGTCTG---TT-AT-----AT-TTA--TTA---ACC-T--G---CTGCT-------TATGAGCTTCG--ACCGA-GTAGAGTG---A--TCTCAAGA--CTCC-AGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TTCAAAGG-GGG-TGACNGCCG--GGT-TAGTCTATCT----T--TAN-TATAGTCC-TTA-TCATTAAAGTT--ACATTGAACATATGTAT--TGATTCATTAC-CC----TATCATT-ATA---GTCT--TT-ATCT---ATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
Reference ( gi|2 ) : ATGGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTTAT-G--AC-TTAA-------T-------T-T-CCT--C-AAT--CGACTGATTAG-A-TTTA-ATTTAT-AT---TG---T-----TAGCTCCTACCTTGGGT-G-A-AATC-AGA-CAA-TG-AATTTACCAAAAATACAGTA-AT--AT--ATAA-GAAG----CTTCCCT--AATA-AATA-AAC--A-T---ACT--AG---AGG---A---G-TCG-G---T---CT-ATTCGG-G-C-AC-TA-TCCCCAGAGCACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTAAG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTACA--AGACAAATG-AA-A-TAG--C-TTCGGC--TCTATTC-GG-C-C-ATTAATT-TCATT----TA---T--CTTATA-ACTTCCTT--T--TATTCC-----GT----GTC-----TT-A------AT-TTA--ACA---ACC-T--G---CTGCT-------TATGAGCTTCGTGACCGTTGTAGAGTG---A--TCTCAAGA--CTC--AGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCATTTCAAAGGTCGG-TGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCT----T--TTA-TATAGT-C-TTA-TCATTAAAAGT--ACATTGAA-A---GTATTGTGATTCATT---CC----TATCA-T-ATA---GTC---TT-ATCT---ATAAAATTTAACAAAGAAAAAATATTAT
gi|3 : GTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTTATAG--AC-TTAA-------T-------T-TTCCT--C-AAT--C-ACTGATTAG-A-TTTATATTTAT-AT---TG---T-----TAGC-CCTACCTTGGGT-G-A-AATC-AAG-CAA-TG-AATTTA-CAAAAAGACAGTATAT--AA--ATAA-ATGA----CTCCCCT--AAT--AATA-AACCAG-T---ACT--AG---GGC---AG--G-TCG-G---CTCGCTAATTCGG-C-CGACTTA-TCCAC-GAGCACTA--CT-TTTT-CCCC-GAC-AATGTCCAGTAA-CTAAG-GT-TTACCA----CCTG--G-TAAGCC-T-GT-----AGAC-AATGAAA-A-TAGACT-TTCGGCTTTCTATTCGGG-C-C-ACTAAAT-TCACTTTTATA---T--CCTATGCACTTCCTT--TA-TTTTCC-----CT----TTCTGT--TT-AT-----AT-TGA--TCC---AGT-T--G---CTGGC-------TATGAGCTTCG-GACC---GTAGAGTG---A--T-TCA--A--CTCCAGGAT-C-CCGA--TATATACCCTTGG-GACGTT-CTA-TTCAAAGG--GGTTGACGGCCG--GAT-TAGTCTATCT----T--TAT-TATAGT-CTTTA-TCAT
gi|1 : aacGTGCTCTA--TGATTT-CAA--CG--TT--ATTCTTATAG--AC-CTAT-------T-------T-T-CCT--C-CAT--CA--TGATTAG---TTTATATTCTT-AT---TG---T------AGC-CCTACCTTGG-T-G-A-A-TC-AAA-CAA-TGGAATTTACAAAAAACGCAGTA-AT--AT--ATAA-AGAG----CTTCCCT--AATA-AATA-CAC--AGT---ACT--AG---GGAC--A---G-TCGCT---T---CT-ATTCGG-GCC-AC-TA-GCCC---AGCACTA-TCTTATTT-CCCTAGAC-AATG--CATGAA-CTATGCGT-TAACCA----CTCTGCG-TAAG-C-TAGTAAA--AGACAAATG-AATA-TAG--CTTTCGGC--TCTATCCGGG-C-CAACTAA-T-TCACT----TA---T--CTTATT-ACTTCCTTTAT--TATTCCTTTCTGT-----TC-----TT-AT-----AC-TTA--TTA-----C-T--GTTTCTGCT---------TGAGCTTC--GACC---GTAAGATG---ATTTCTCAAGACTCTC--AGATCCACCGTTTTATATACCTT--G-GGCG-T-CCA-TTCAAGG--CGG-TGACCGCCG--GGTCTAGT---TCT----TTATTA-T-TAGTCC-TTATTCATTAAAGTT--AC-TTGAA-ACATGTAT--TGA-TCATTAACCT----TATCATT-ATA---GTCTGTTT-ATCT---ATTTAA-TCAACAATGAAAAAA-ATTAT
gi|8 : taacGTA-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT-T-G---T-TTAA-------TATCAATTT-T-CCT--C-AAT--C-ACTGATTAG-ATTTTT-ATTTTT-AT---TG---T-----CAAC-CCTACCTTGGGT-G-A-AATC-AAA-GAA-TG-GATTTAC--AATAGACAG-A-ATAGAT--ATAA-AGAG----CTTCCCT--AATA-GATA-AAC--AGT---ATT--AG---GGGCA-G---G-TTG-GC--T---CT-ATTCGGAA-C-AC-TA-TCCCC--AGCACCA-TCTATTTT-CCTT-GAC-AGTGT-CAGTtacag
gi|11 : taacGTG-TCTG--GTAGTT-AAA--CACATC--ATTTGTTT-A--GCATTAA-------T-------TGT-CCT--C-AAT--C-ACTGATTGG-AATTTT-ATTAAT-AT---TA---T-----TAGC-CCTACCTTG--T-----AATCGAAA-CG--TG-AATTTACAATGGACAGAATA-A---AT--ATAA-ATAA----CTTCCCT--AATA-AATA-AAC--AGT---ACT--AG---GGGC--A---GACCG-GC--T---CT-Atc
gi|15 : cGTG-TCTA--TGAATT-CAA--CGC-TT--ATTCTT-T-G---T-TTAATATCAATT-------T-T-CCT--C-AAT--C-ACTGATTAG-A-TTT
gi|13 : acG-TCTA--TGAGTT-CAA--CAC-TT--ATTCTTATAG--AC-TTAA-------T-------T-TTCCT--C-A-T--TGGCTGATTA------TA--TTTAT-AT---TG---T-----TAGGTC-TACCTTGGGT-G-A-AATC-AAA-CAA-TG-ACTTTACAAAAAgta
gi|4 : -TCTAATTGAGTTTCAATACGC-TTTAGTTCTTAT-ACAAC-TTAA-------T-------T-T-TCTTTC-AACTACAACTGATTAG----------TTAT-AT---TGGATTCAGGATAGCTCCTACCTTGGGTAG-ATAATC-AAAACAAATG-AATTTAC-AAAAAGACAGTA--T--ATTAATAATAAAGATGTCTTACCTTTAATACAATATAAC--A-TGTTACTTAAGGTCAGGCAAG---G-TCG-GCATT---CT-ATTCGG-GCC-ACTTA-TCCCC--AGCACTATTCTA-TTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCAAAACCTTT--G-TAAGCCATAGTATA--Aga
gi|14 : aactgaC-TAAA-------T-------T-T-CCT--CAAAT--C-ACTGATTAGAA-TTTATATTTATCATTTATG---T-----T--TCCCTGACTTGGGC-ATA-AACC-AGA--AA-TC-AAtaaatcatgactataggccattcgcatcattacgcggcagctatatctcagtccaattagtctcatatatcaataacattattcactcttaccttagtatcctattatatatttcttttctgttttctcttttatatagattactctgtgcttgctgatcgca
gi|10 : tattcaacactCTGATTAG-A-TTTA----TATTAT---TG---T-----TTGC-CCTACCTTGGGT-A-A-AATC-AAA-GGA-TG-AATTTAC--AATAGACAGTATAG--AT--ATAA-AGAG----CTTTCTT--AA-A-ACTA-AAC--AGT---ATT--TT---GGGCA-G---G-TCA-GC--T---CT-ATTCGG-GCC-AC-TATTCCCC---TCATCA-TATATTTT-CCCG-G----TTGT--------CTATG-GT-TAGCCA----CCCTA-G-TAAGCT-TAGTAatactgcacagctacaaaa
gi|5 : T--AG---CGG---ACAGG-TCG-GGC-T---CT-ATTCGG-G-CCAC-AT-TCCCCAG--CACTA-TCTATTTTTCCCT-GACTAATGT--AGTTGTCTATG-GTCTTACCA----CCCT--GGTAAGCC-TAGTA-ATTAGATAAATG-AA-AATAG--C-TTCGGC--TCTATCG-GG-CGC-ACTAATTCTCACT----TAAAAT--CT-ATA--CTTCCTTA-C--CATTCC-----TT----ATCTGACGTT-ATCATGTATATTATTACACTGACTAT--G---TT-CTCACCTAATAT-AGCTT-ACAACCGA---AGAGTAGCTA--T-TCAAGA--CTCC-AGATCC-C-GGTTCTTA-ACCCTTGACGGCGTTTCCATTACAAAGCGGGG-TGACCGCCGCCGGT-TAGTCTATCTGTACT--TTA-T-TAGT-CCTTA-TCATGTAAAGTTAACATTTAA-ACATGTATTG--ATTCATTA--CCAGAACATCA-TTATAACGGTC---TT-ATATTATATAAAATGTTACAAGAAAAAAATATTAt
gi|7 : G-GT-TAACCA----CCCT--GGTAAGCC-TAATATA--AGACAAATG-AA-A-TAG--C-TTCGGC--TCTGTTC-GGGC-C-ATTGATT--CACT----TA---TATCTTATT-ACCTCCTT--TATTATTCC-----CTTCCTGTC-----TT-A------AA-TTA--TTA---CCC-TTTG---CTGCT-------T-TGAGTTTT---AGCG--GTGGAATG---A--ACTCAA-A--CTCC-AAA---------------ACCCTTGG-GTCGTT-CTA-TTCAAAGG-GGG-TGA----CG--GGT-TATTCTAT-T----C--TCATTATAGTCC-TTA-TCATT-AAAGT--Agca
gi|6 : atGC--TCTATTC-GGGC-C-ACTAATT--CACT----TA---T--CTCATT-ACTTCCTT--TATTATTCC-----CTTTCTGTC-----TTTA------AT-T----GTT---ACC-T--GTTGCTGCT-------T-TGAGCTTCG--ACC--T-TAAAGTG---A--TCTCGAGA--CTCC-AGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TTCAAAGG-GGG-TGACCGCCG--GGT-TAGTCTATCT----T--TAT-TATAGTCC-TTT-TCATTAAAGTT--ACATTGAATAT--GTAT--TGATTCATTAC-CC----TATCATT-ATA---GTCT--TT-ATCT---ATAAAATGTAACacaatg
gi|9 : -T--G---CTGCT-------T-TGAGCTTCA--ACCGA---AAAGTG---A--TCTCAAGA--CTCC-AGATCC-CCGGTTTATATACCCATGG-GGCGTT-CTA-TTCAATGG--GGTTGACGGCTG--GGT-TAGTCTATAT----T--TAT-TATAGTCC-TTA-TCATTAAAGTT--ACATTGAACAT--GTAT--TGATTCATTAC-CC----TATAATT-ATA---ATCT--TT-ATTT---ATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTA
gi|12 : attacctgt-T--G---CTGCT--------ATGAGCTTCG--ACCGA---AGAGTG---A--TCTCAAGA--CTCC-AGATCC-CCGGTTTATATACCCTAGG-GACGTT-CTA-TTCAAAGG--GG-TGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCT----T--TAT-TATAGT-CTTTA-TCATTAAAGTT--ACATTGAACAT--GTAT--TGATTCATT---c
gi|16 : TGATTCATTAC-CT----TATCA-TTATA---GTC---TTTATGT---ATAAAATGTAACAAAG-AAAAATATTAac
gi|17 : -T-ATA---GTC---TTTATCT---ATCAAATGTAACAAAGAAAAAATATTA
Alignments
lowQualScore : 222222 1 22222222 11 22222 1111 11 1111 1111 1 11111 1 2222 111 11 11111 444444444444 11 222 222222222222222 111 3333 222 1111 111
lowQualScore : 5 66 5 66 5 66 888888 99 4 4 3 66 4 4 777 77 0 8888 777 777 8 00000000 4 4 4 4 4 66 77 77 55555 1 999 666 77 5 5 5 5 5 66 5 888 5 0000 66 5 0 666 5 77 5 33 5 5 5 00 6 5 5 2222 5555 5 66 1 99 6 3 6 6 77777 77 55 1 4 5 8 5 3333 111 1 22 7 66666 666666666666 6 3 77 66 222 888888888888888 5 222 5555 888 66 2 5 0 5 0 0 0 5 5 5 5 5 5 2 2 66 5 1 66 5 5 5 5 5 888 5 4444 0 000 77 5 5 0
lowQualScore : . .. . .. . .. ...... .. . . . .. . . ... .. . .... ... ... . ........ . . . . . .. .. .. ..... . ... ... .. . . . . . .. . ... . .... .. . . ... . .. . .. . . . .. . . . .... .... . .. . .. . . . . ..... .. .. . . . . . .... ... . .. . ..... ............ . . .. .. ... ............... . ... .... ... .. . . . . . . . . . . . . . . . .. . . .. . . . . . ... . .... . ... .. . . .
lowQualScore : 0 99 0 99 0 99 888888 55 4 4 3 11 4 4 000 22 1 3333 888 888 9 66666666 4 4 4 4 4 11 77 99 77777 4 666 000 99 7 7 7 7 7 99 0 888 0 1111 99 0 7 111 7 99 7 44 7 7 7 00 7 7 7 1111 0000 7 00 0 22 7 3 7 7 77777 99 99 4 3 7 7 7 3333 777 7 77 3 33333 333333333333 7 2 88 99 555 555555555555555 0 111 0000 888 99 5 0 4 0 1 1 4 0 0 0 0 0 0 5 8 99 0 0 99 0 0 0 0 7 888 7 2222 7 000 99 7 7 7
consensus : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-TG-AAT--TTACAAAAAAGACAG--TAT----ATA--TATAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GGTCGG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATCC-CCAG--CACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCGGC--TCTATT-CGGGGCCACTA-ATT-TCACT----TA---TCTTAT-TACTTCCTTTATTATTCCTT-T-CTGTC--TTAT-----AT-TTATTA-CC--TG---CTG---------CT--TATGAGCTT-C--GACCG--GTAGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTATT--A-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAA-ACATGTATTGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
Reference ( family-2226 ) : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-TG-AAT--TTACAAAAAAGACAG--TA-----ATA--TATAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GGTCGG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATCC-CCAG--CACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCGGC--TCTATT-CGGGGCCACTA-ATT-TCACT----TA---TCTTAT-TACTTCCTTTATTATTCCCT-T-CTGTCTGTTAT-----AT-TTATTAACC--TG---CTG---------CT--TATGAGCTT-C--GACCG-AGTAGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACNGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTANT--A-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAACATATGTATTGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
gi|1 : GTGCTCTA--TGATTT-CAA--CG--TT--ATTCTT------ATA-GACCTAT-TT-T-CCT--CCA-TC-A----TGATTAG--TTTATATTCTT-AT---T---GT-AGC-CCTACCTTGG-T--------GA-A-TC-AAA-CAA-TGGAAT--TTACAAAAAACGCAG--TA-----ATA--TATAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-CA-CA-GT-ACT--AG-G---GACA--GTCGC-T--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-A-GC-CCAG--CACTA-TCTTATTT-CCCTAGAC-AATG--CATGAA-CTATGCGT-TAACCA----CTCTGCG-TAAG-C-TAGTA-AAAGACAA--ATG-AATA-TA-G--CT-TTCGGC--TCTATC-CGGGCCAACTA-A-T-TCACT----TA---TCTTAT-TACTTCCTTTATTATTCCTT-T-CTGT-TCTTAT-----AC-TTATTA--C--TGTTTCTG---------CT----TGAGCTT-C--GACC---GTAAGATG---ATTTCTCAAGACTCTCAGATCCACCGTTTTATATACCTT--G-GGCG-T-CCA-TT-C-AAG-G-CGGTGACCGCCG--GGTCTAGT---TCTTTATT--ATT-AGTCCTTATTCAT-TAAAGTTA-C-TTGAA-ACATGTATTGA-TCATTAACC----TTATCATTATA---GTCTGTT-TATC-TATTTAAT-CAACAATGAAAAAA-ATTAT
gi|10 : taacC---TGATTAG-ATTTATATT----AT---T---GTTTGC-CCTACCTTGGGT--------AA-AATC-AAA-GGA-TG-AAT--TTACAATA--GACAG--TAT----AGA--TATAAAGA-G-CTTTCTT--AA-A-ACTA-AA-CA-GT-ATT--TT-G---GGCA-GGTCAG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATTC-CCCT--CATCA-TATATTTT-CCCG-G----TTGT--------CTATG-GT-TAGCCA----CCCTA-G-TAAGCT-TAGTA-Ttacag
gi|11 : GTG-TCTG--GTAGTT-AAA--CACATC--ATTTGT------TTA-GCATTAA-TTGT-CCT--CAA-TC-AC---TGATTGG-AATTTTATTAAT-AT---T---ATTAGC-CCTACCTTG--T-----------AATCGAAA-CG--TG-AAT--TTACAATG--GACAGAATA-----A-A--TATAAATA-A-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GACCGG-C--T--CT-A
gi|12 : c--TG---CTG---------CT---ATGAGCTT-C--GACCG-A--AGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTAGG-GACGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GG-TGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTATT--A-T-AGTCTTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAAC--ATGTATTGATTCATT-AC
gi|13 : G-TCTA--TGAGTT-CAA--CAC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-TTCCT--CAT-TG-GC---TGATTA-------TATTTAT-AT---T---GTTAGG-TCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-TG-ACT--TTACAAAAA
gi|14 : CTAAA-TT-T-CCT--CAAATC-AC---TGATTAGAATTTATATTTATCATTTAT---GTT-TC-CCTGACTTGGGCATAAACCAGA-AATC-AAA-TAC-TG-CACAGCTACAAAAga
gi|15 : tattcaacactGTG-TCTA--TGAATT-CAA--CGC-TT--ATTCTTTGTTTAATA----TCAATTT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTGTA
gi|16 : acTGATTCATT-ACC----TTATCATTATA---GTC--TT-TATG-TATAAAATGTAACAAAG-AAAAATATTA
gi|17 : TAT-ATTATA---GTC--TT-TATC-TATCAAATGTAACAAAGAAAAAATATTA
gi|2 : aGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------AT--GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TCGAC---TGATTAG-ATTTA-ATTTAT-AT---T---GTTAGCTCCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AGA-CAA-TG-AAT--TTACCAAAAATACAG--TA-----ATA--TATAAGAA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA--T-ACT--AG-A---GG---AGTCGG----T--CT-ATTCGGGC-AC-T-ATCC-CCAGAGCACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTAAG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-CAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCGGC--TCTATT-C--GGCCATTA-ATT-TCATT----TA---TCTTAT-AACTTCCTT--TTATTCC-----GTGTC--TTA------AT-TTAACAACC--TG---CTG---------CT--TATGAGCTT-CGTGACCGTTGTAGAGTG---A--TCTCAAGACT--CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCATTT-CAAAG-GTCGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTTAT--A-T-AGT-CTTA-TCAT-TAAAAGTA-CATTGAAAGTAT-TG-TGATTCATT---C----CTATCA-TATA---GTC---T-TATC-TATAAAATTTAACAAAGAAAAAATATTATca
gi|3 : atgGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-TTCCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAG-CAA-TG-AAT--TTAC-AAAAAGACAG--TAT----ATA--AATAAATG-A-CTCCCCT--AAT--AATA-AACCA-GT-ACT--A--G---GGCA-GGTCGG-C--TCGCTAATTCGGCCGACTT-ATCCACGAG--CACTA--CT-TTTT-CCCC-GAC-AATGTCCAGTAA-CTAAG-GT-TTACCA----CCTG--G-TAAGCC-T-GT----AGAC-A--ATGAAA-A-TA-GACT--TTCGGCTTTCTATT-C-GGGCCACTA-AAT-TCACTTTTATA---TCCTATGCACTTCCTTTATTTTCCCTT-T-CTGT---TTAT-----AT-TGATCCAGT--TG---CTG---------GC--TATGAGCTT-CG-GACC---GTAGAGTG---A--T-TCA--ACTC-CAGGATC-CCGA--TATATACCCTTGG-GACGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GGTTGACGGCCG--GAT-TAGTCTATCTTTATT--A-T-AGTCTTTA-TCAT-
gi|4 : aac-TCTAATTGAGTTTCAATACGC-TTTAGTTCTT------ATACAACTTAA-TT-T-TCTTTCAA-CT-ACAACTGATTAG---TTATATTGG--AT---TCAGGATAGCTCCTACCTTGGGTA-------GATAATC-AAAACAAATG-AAT--TTACAAAAA-GACAG--TATATTAATA---ATAAAGATGTCTTACCTTTAATACAATATAA-CATGTTACTTAAG-GTCAGGCAAGGTCGG-CATT--CT-ATTCGGGCCAC-TTATCC-CCAG--CACTATTCTA-TTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCAAAACCTTT--G-TAAGCCATAGTA-TAATA-AATCATG-ACTA-TAGG--CCATTCGCA--TC-ATTACGCGGCAGCTATATC-TCA
gi|5 : aactgaT--AGCG---GACA-GGTCGGGC--T--CT-ATTCGGGCCAC-A-TTCC-CCAG--CACTA-TCTATTTTTCCCT-GACTAATGT--AGTTGTCTATG-GTCTTACCA----CCCT--GGTAAGCC-TAGTAATTAGATAA--ATG-AA-AATA-G--C--TTCGGC--TCTAT--CGGGCGCACTA-ATTCTCACT----TAAAATCT-AT--ACTTCCTT-ACCATTCCTTAT-CTGAC-GTTATCATGTATATTATTACAC--TGA--CTATGTTCTCACCTAATAT-AGCTTAC--AACCG-A--AGAGTAGCTA--T-TCAAGACTC-CAGATCC-C-GGTTCTTA-ACCCTTGACGGCGTTTCCA-TTACAAAGCG-GGGTGACCGCCGCCGGT-TAGTCTATCTGTACTTTA-TTAGTCCTTA-TCATGTAAAGTTAACATTTAA-ACATGTATTGATTCATT-ACCAGAAC-ATCATTATAACGGTC--TTATATTATATAAAATGTTACAAGAAAAAAATATTAgtccaattagtctcatatatcaataacattattcactcttaccttagtatcctattatatatttcttttctgttttctcttttatatagattactctgtgcttgctgatcgca
gi|6 : GC--TCTATT-CGGG-CCACTA-ATT--CACT----TA---TCTCAT-TACTTCCTTTATTATTCCCT-TTCTGTCT-TTA------AT-T-GTTA-CC--TGTTGCTG---------CT--T-TGAGCTT-C--GACCT---TAAAGTG---A--TCTCGAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACCGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTATT--A-T-AGTCCTTT-TCAT-TAAAGTTA-CATTGA--ATATGTATTGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACgca
gi|7 : ATG-GT-TAACCA----CCCT--GGTAAGCC-TAATA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCGGC--TCTGTT-C-GGGCCATTG-A-T-TCACTTA--TA---TCTTAT-TACCTCCTTTATTATTCCCT-TCCTGTC--TTA------AA-TTATTACCCTTTG---CTG---------CT--T-TGAGTTT-T---AGCG--GTGGAATG---A--ACTCAA-ACTC-CAAA---------------ACCCTTGG-GTCGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GGGTGA----CG--GGT-TATTCTATTCTCATT--A-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTAA-CAATG
gi|8 : GTA-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTTTGTTTAATA----TCAA-TT-TTCCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTTTATTTTT-AT---T---GTCAAC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-GAA-TG-GAT--TTACAATA--GACAG---A-----ATAGATATAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-GATA-AA-CA-GT-ATT--AG-G---GGCA-GGTTGG-C--T--CT-ATTCGGAACAC-T-ATCC-CCAG--CACCA-TCTATTTT-CCTT-GAC-AGTGT-CAGT
gi|9 : taac--TG---CTG---------CT--T-TGAGCTT-C--AACCG-A--AAAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCATGG-GGCGTT-CTA-TT-CAATG-G-GGTTGACGGCTG--GGT-TAGTCTATATTTATT--A-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAAC--ATGTATTGATTCATT-ACC----CTATAATTATA---ATC--TT-TATT-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAtc
Alignments
lowQualScore : 222222 1 22222222 11 1111 11 1111 1111 1 11111 333333333333333 1 2222 111 1111111 111 111 22222222 11111 222222 2222222 1111111111 11 22222222222222 111 22222 1 1111 111
lowQualScore : 5 66 5 66 5 66 888888 99 4 4 3 66 4 4 777 77 0 8888 777 777 8 00000000 4 4 4 4 4 66 77 5 999 5 666 77 5 5 5 5 5 66 5 888 5 0000 66 5 0 666 5 77 5 33 5 5 5 00 6 5 5 2222 5555 5 66 1 99 6 3 6 6 77777 555555555555555 77 55 3 7 8 5 0000 000 8888888 0 555 000 33333333 44444 5 5 5 222222 99999 1111111 5 9999999999 44 99999999999999 5 222 44444 888 66 2 5 0 5 0 0 0 5 5 5 5 5 5 2 2 66 5 66 5 5 5 5 5 5 1 77 5 4444 0 000 77 5 5 0
lowQualScore : . .. . .. . .. ...... .. . . . .. . . ... .. . .... ... ... . ........ . . . . . .. .. . ... . ... .. . . . . . .. . ... . .... .. . . ... . .. . .. . . . .. . . . .... .... . .. . .. . . . . ..... ............... .. .. . . . . .... ... ....... . ... ... ........ ..... . . . ...... ..... ....... . .......... .. .............. . ... ..... ... .. . . . . . . . . . . . . . . . .. . .. . . . . . . . .. . .... . ... .. . . .
lowQualScore : 0 99 0 99 0 99 888888 55 4 4 3 11 4 4 000 22 1 3333 888 888 9 66666666 4 4 4 4 4 11 77 0 444 7 000 99 7 7 7 7 7 99 0 888 0 1111 99 0 7 111 7 99 7 44 7 7 7 00 7 7 7 1111 0000 7 00 0 22 7 3 7 7 77777 777777777777777 99 99 7 9 7 7 0000 000 6666666 1 333 000 66666666 33333 7 7 7 111111 33333 2222222 0 8888888888 33 44444444444444 0 111 11111 888 99 5 0 4 0 1 1 4 0 0 0 0 0 0 5 5 99 0 99 0 0 0 0 7 5 0 99 7 2222 7 000 99 7 7 7
consensus : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GAAT--TTACAAAAAAGACAGTATAT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GGTCGG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATCC-CCAG--CACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TCGGGNCCACTAATT-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTG------TCTTATAT-TT-------AT-TAC-C---TG---CTGCTTATG--------------AGCTT-C--GACCG--GTAGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAAACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
Reference ( family-2226 ) : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GAAT--TTACAAAAAAGACAGTATAT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GGTCGG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATCC-CCAG--CACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TCGGGGCCACTAATT-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTG------TCTTATAT-TT-------AT-TAC-C---TG---CTGCTTATG--------------AGCTT-C--GACCG--GTAGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAAACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
gi|1 : GTGCTCTA--TGATTT-CAA--CG--TT--ATTCTT------ATA-GACCTAT-TT-T-CCT--CCA-TC-A----TGATTAG--TTTATATTCTT-AT---T---GT-AGC-CCTACCTTGG-T--------GA-A-TC-AAA-CAA-TGGAAT--TTACAAAAAACGCAGTA-AT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-CA-CA-GT-ACT--AG-G---GACA--GTCGC-T--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-A-GC-CCAG--CACTA-TCTTATTT-CCCTAGAC-AATG--CATGAA-CTATGCGT-TAACCA----CTCTGCG-TAAG-C-TAGTA-AAAGACAA--ATG-AATA-TA-G--CT-TTCG---------------GC--TCTAT-CCGGGCCAACTAA-T-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTGT-----TCTTATAC-TT-------AT-TA--C---TGTTTCTGCT--TG--------------AGCTT-C--GACC---GTAAGATG---ATTTCTCAAGACTCTCAGATCCACCGTTTTATATACCTT--G-GGCG-T-CCA-TT-C-AAG-G-CGGTGACCGCCG--GGTCTAGT---TCTTTA--TTATT-AGTCCTTATTCAT-TAAAGTTA-C-TTGAAACATGTAT--TGA-TCATTAACC----TTATCATTATA---GTCTGTT-TATC-TATTTAAT-CAACAATGAAAAAA-ATTAT
gi|10 : taacC---TGATTAG-ATTTATATT----AT---T---GTTTGC-CCTACCTTGGGT--------AA-AATC-AAA-GGA-T-GAAT--TTACAATA--GACAGTATAG--ATA-TAAAGA-G-CTTTCTT--AA-A-ACTA-AA-CA-GT-ATT--TT-G---GGCA-GGTCAG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATTC-CCCT--CATCA-TATATTTT-CCCG-G----TTGT--------CTATG-GT-TAGCCA----CCCTA-G-TAAGCT-TAGTA-Ttacag
gi|11 : GTG-TCTG--GTAGTT-AAA--CACATC--ATTTGT------TTA-GCATTAA-TTGT-CCT--CAA-TC-AC---TGATTGG-AATTTTATTAAT-AT---T---ATTAGC-CCTACCTTG--T-----------AATCGAAA-CG--T-GAAT--TTACAATG--GACAGAATAA--ATA-TAAATA-A-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GACCGG-C--T--CT-A
gi|12 : c---TG---CTGCT-ATG--------------AGCTT-C--GACCG--A-AGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTAGG-GACGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GG-TGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCTTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTG-AACATGTAT--TGATTCATT-AC
gi|13 : G-TCTA--TGAGTT-CAA--CAC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-TTCCT--CAT-TG-GC---TGATTA-------TATTTAT-AT---T---GTTAGG-TCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GACT--TTACAAAAA
gi|14 : CTAAA-TT-T-CCT--CAAATC-AC---TGATTAGAATTTATATTTATCATTTAT---GTT-TC-CCTGACTTGGGCATAAACCAGA-AATC-AAA-TAC-T-GCACAGCTACAAAAga
gi|15 : tattcaacactGTG-TCTA--TGAATT-CAA--CGC-TT--ATTCTTTGTTTAATA----TCAATTT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTGTA
gi|16 : ac--TGATTCATT-ACC----TTATCATTATA---GTC--TT-TATG-TATAAAATGTAACAAAG-AAAAATATTA
gi|17 : TAT-ATTATA---GTC--TT-TATC-TATCAAATGTAACAAAGAAAAAATATTA
gi|2 : aGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------AT--GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TCGAC---TGATTAG-ATTTA-ATTTAT-AT---T---GTTAGCTCCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AGA-CAA-T-GAAT--TTACCAAAAATACAGTA-AT--ATA-TAAGAA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA--T-ACT--AG-A---GG---AGTCGG----T--CT-ATTCGGGC-AC-T-ATCC-CCAGAGCACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTAAG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-CAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TC--GGCCATTAATT-TCATT----TA---TC-------TTAT-A-ACTT---CCTT---------TTA-----TT-CC-----GTG------TCTTA-AT-TTA------AC-AAC-C---TG---CTGCTTATG--------------AGCTT-CGTGACCGTTGTAGAGTG---A--TCTCAAGACT--CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCATTT-CAAAG-GTCGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTT--ATA-T-AGT-CTTA-TCAT-TAAAAGTA-CATTGAAA---GTATTGTGATTCATT---C----CTATCA-TATA---GTC---T-TATC-TATAAAATTTAACAAAGAAAAAATATTATca
gi|3 : atgGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-TTCCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAG-CAA-T-GAAT--TTAC-AAAAAGACAGTATAT--AAA-TAAATG-A-CTCCCCT--AAT--AATA-AACCA-GT-ACT--A--G---GGCA-GGTCGG-C--TCGCTAATTCGGCCGACTT-ATCCACGAG--CACTA--CT-TTTT-CCCC-GAC-AATGTCCAGTAA-CTAAG-GT-TTACCA----CCTG--G-TAAGCC-T-GT----AGAC-A--ATGAAA-A-TA-GACT--TTCG---------------GCTTTCTAT-TC-GGGCCACTAAAT-TCACTTTTATA---TC-------CTATGC-ACTT---CCTT-------TATTT-----TC-CC-TT-TCTG------T-TTATAT-TG-------ATCCAG-T---TG---CTGGCTATG--------------AGCTT-CG-GACC---GTAGAGTG---A--T-TCA--ACTC-CAGGATC-CCGA--TATATACCCTTGG-GACGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GGTTGACGGCCG--GAT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCTTTA-TCAT-
gi|4 : aac-TCTAATTGAGTTTCAATACGC-TTTAGTTCTT------ATACAACTTAA-TT-T-TCTTTCAA-CT-ACAACTGATTAG---TTATATTGG--AT---TCAGGATAGCTCCTACCTTGGGTA-------GATAATC-AAAACAAAT-GAAT--TTACAAAAA-GACAGTATATTAATAATAAAGATGTCTTACCTTTAATACAATATAA-CATGTTACTTAAG-GTCAGGCAAGGTCGG-CATT--CT-ATTCGGGCCAC-TTATCC-CCAG--CACTATTCTA-TTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCAAAACCTTT--G-TAAGCCATAGTA-TAATA-AATCATG-ACTA-TAGG--CCATTCGCATCATTACGCGGCAGC--TATATCTCAGTCCAATTAGTC-TCATA----TA---TCAATAACATTAT-TCACTCTTACCTTAGTATCCTATTATATATTT-CT-TT-TCTG------TTTTCTCT-TTTATATAGAT-TACTC---TG----TGCTT
gi|5 : aactgaT--AGCG---GACA-GGTCGGGC--T--CT-ATTCGGGCCAC-A-TTCC-CCAG--CACTA-TCTATTTTTCCCT-GACTAATGT--AGTTGTCTATG-GTCTTACCA----CCCT--GGTAAGCC-TAGTAATTAGATAA--ATG-AA-AATA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT--CGGGCGCACTAATTCTCACT----TAAAATC-------T-AT---ACTT---CCTT--------ACCA-----TT-CC-TTATCTGACGTTATCATGTATATT-------AT-TAC------A---CTGACTATGTTCTCACCTAATATAGCTTAC--AACCG--A-AGAGTAGCTA--T-TCAAGACTC-CAGATCC-C-GGTTCTTA-ACCCTTGACGGCGTTTCCA-TTACAAAGCG-GGGTGACCGCCGCCGGT-TAGTCTATCTGTACTTTA-TTAGTCCTTA-TCATGTAAAGTTAACATTTAAACATGTAT--TGATTCATT-ACCAGAAC-ATCATTATAACGGTC--TTATATTATATAAAATGTTACAAGAAAAAAATATTAgctgatcgca
gi|6 : ---------------GC--TCTAT-TCGGG-CCACTAATT--CACT----TA---TC-------TCAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CCCTT-TCTG------TCTT-TAA-TT-------GT-TAC-CTGTTG---CTGCTT-TG--------------AGCTT-C--GACC---TTAAAGTG---A--TCTCGAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACCGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTT-TCAT-TAAAGTTA-CATTG-AATATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACgca
gi|7 : ATG-GT-TAACCA----CCCT--GGTAAGCC-TAATA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTGT-TC-GGGCCATTGA-T-TCACTTA--TA---TC-------TTAT-T-ACCT---CCTT-------TATTA-----TTCCC-TT-CCTG------TCTTA-AA-TT-------AT-TAC-CCTTTG---CTGCTT-TG--------------AGTTT-T---AGCG--GTGGAATG---A--ACTCAA-ACTC-CAAA---------------ACCCTTGG-GTCGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GGGTGA----CG--GGT-TATTCTATTCTCA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTAA-CAATG
gi|8 : GTA-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTTTGTTTAATA----TCAA-TT-TTCCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTTTATTTTT-AT---T---GTCAAC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-GAA-T-GGAT--TTACAATA--GACAGAATAG--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-GATA-AA-CA-GT-ATT--AG-G---GGCA-GGTTGG-C--T--CT-ATTCGGAACAC-T-ATCC-CCAG--CACCA-TCTATTTT-CCTT-GAC-AGTGT-CAGT
gi|9 : taac-------AT-TAC-C---TGTTGCTGCTT-TG--------------AGCTT-C--AACCG--A-AAAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCATGG-GGCGTT-CTA-TT-CAATG-G-GGTTGACGGCTG--GGT-TAGTCTATATTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTG-AACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATAATTATA---ATC--TT-TATT-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAtc
Alignments
lowQualScore : 222222 1 22222222 11 1111 11 1111 1111 1 11111 333333333333333 22 2222 111 1111111 111 111 22222222 11111 222222 2222222 1111111111 11 22222222222222 111 22222 1 1111 111
lowQualScore : 5 66 5 66 5 66 888888 99 4 4 3 66 4 4 777 77 0 8888 777 777 8 00000000 4 4 4 4 4 66 77 5 999 5 666 77 5 5 5 5 5 66 5 888 5 0000 66 5 0 666 5 77 5 33 5 5 5 00 6 5 5 2222 5555 5 66 1 99 6 3 6 6 77777 555555555555555 77 55 00 8 5 0000 000 8888888 0 555 000 33333333 44444 5 5 5 222222 99999 1111111 5 9999999999 44 99999999999999 5 222 44444 888 66 2 5 0 5 0 0 0 5 5 5 5 5 5 2 2 66 5 66 5 5 5 5 5 5 1 77 5 4444 0 000 77 5 5 0
lowQualScore : . .. . .. . .. ...... .. . . . .. . . ... .. . .... ... ... . ........ . . . . . .. .. . ... . ... .. . . . . . .. . ... . .... .. . . ... . .. . .. . . . .. . . . .... .... . .. . .. . . . . ..... ............... .. .. .. . . .... ... ....... . ... ... ........ ..... . . . ...... ..... ....... . .......... .. .............. . ... ..... ... .. . . . . . . . . . . . . . . . .. . .. . . . . . . . .. . .... . ... .. . . .
lowQualScore : 0 99 0 99 0 99 888888 55 4 4 3 11 4 4 000 22 1 3333 888 888 9 66666666 4 4 4 4 4 11 77 0 444 7 000 99 7 7 7 7 7 99 0 888 0 1111 99 0 7 111 7 99 7 44 7 7 7 00 7 7 7 1111 0000 7 00 0 22 7 3 7 7 77777 777777777777777 99 99 44 7 7 0000 000 6666666 1 333 000 66666666 33333 7 7 7 111111 33333 2222222 0 8888888888 33 44444444444444 0 111 11111 888 99 5 0 4 0 1 1 4 0 0 0 0 0 0 5 5 99 0 99 0 0 0 0 7 5 0 99 7 2222 7 000 99 7 7 7
consensus : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GAAT--TTACAAAAAAGACAGTATAT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GGTCGG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATCC-CCAG--CACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TCGGGCCCACTAATT-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTG------TCTTATAT-TT-------AT-TAC-C---TG---CTGCTTATG--------------AGCTT-C--GACCG--GTAGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAAACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
Reference ( family-2226 ) : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GAAT--TTACAAAAAAGACAGTATAT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GGTCGG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATCC-CCAG--CACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TCGGGNCCACTAATT-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTG------TCTTATAT-TT-------AT-TAC-C---TG---CTGCTTATG--------------AGCTT-C--GACCG--GTAGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAAACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
gi|1 : GTGCTCTA--TGATTT-CAA--CG--TT--ATTCTT------ATA-GACCTAT-TT-T-CCT--CCA-TC-A----TGATTAG--TTTATATTCTT-AT---T---GT-AGC-CCTACCTTGG-T--------GA-A-TC-AAA-CAA-TGGAAT--TTACAAAAAACGCAGTA-AT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-CA-CA-GT-ACT--AG-G---GACA--GTCGC-T--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-A-GC-CCAG--CACTA-TCTTATTT-CCCTAGAC-AATG--CATGAA-CTATGCGT-TAACCA----CTCTGCG-TAAG-C-TAGTA-AAAGACAA--ATG-AATA-TA-G--CT-TTCG---------------GC--TCTAT-CCGGGCCAACTAA-T-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTGT-----TCTTATAC-TT-------AT-TA--C---TGTTTCTGCT--TG--------------AGCTT-C--GACC---GTAAGATG---ATTTCTCAAGACTCTCAGATCCACCGTTTTATATACCTT--G-GGCG-T-CCA-TT-C-AAG-G-CGGTGACCGCCG--GGTCTAGT---TCTTTA--TTATT-AGTCCTTATTCAT-TAAAGTTA-C-TTGAAACATGTAT--TGA-TCATTAACC----TTATCATTATA---GTCTGTT-TATC-TATTTAAT-CAACAATGAAAAAA-ATTAT
gi|10 : taacC---TGATTAG-ATTTATATT----AT---T---GTTTGC-CCTACCTTGGGT--------AA-AATC-AAA-GGA-T-GAAT--TTACAATA--GACAGTATAG--ATA-TAAAGA-G-CTTTCTT--AA-A-ACTA-AA-CA-GT-ATT--TT-G---GGCA-GGTCAG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATTC-CCCT--CATCA-TATATTTT-CCCG-G----TTGT--------CTATG-GT-TAGCCA----CCCTA-G-TAAGCT-TAGTA-Ttacag
gi|11 : GTG-TCTG--GTAGTT-AAA--CACATC--ATTTGT------TTA-GCATTAA-TTGT-CCT--CAA-TC-AC---TGATTGG-AATTTTATTAAT-AT---T---ATTAGC-CCTACCTTG--T-----------AATCGAAA-CG--T-GAAT--TTACAATG--GACAGAATAA--ATA-TAAATA-A-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GACCGG-C--T--CT-A
gi|12 : c---TG---CTGCT-ATG--------------AGCTT-C--GACCG--A-AGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTAGG-GACGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GG-TGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCTTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTG-AACATGTAT--TGATTCATT-AC
gi|13 : G-TCTA--TGAGTT-CAA--CAC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-TTCCT--CAT-TG-GC---TGATTA-------TATTTAT-AT---T---GTTAGG-TCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GACT--TTACAAAAA
gi|14 : CTAAA-TT-T-CCT--CAAATC-AC---TGATTAGAATTTATATTTATCATTTAT---GTT-TC-CCTGACTTGGGCATAAACCAGA-AATC-AAA-TAC-T-GCACAGCTACAAAAga
gi|15 : tattcaacactGTG-TCTA--TGAATT-CAA--CGC-TT--ATTCTTTGTTTAATA----TCAATTT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTGTA
gi|16 : ac--TGATTCATT-ACC----TTATCATTATA---GTC--TT-TATG-TATAAAATGTAACAAAG-AAAAATATTA
gi|17 : TAT-ATTATA---GTC--TT-TATC-TATCAAATGTAACAAAGAAAAAATATTA
gi|2 : aGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------AT--GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TCGAC---TGATTAG-ATTTA-ATTTAT-AT---T---GTTAGCTCCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AGA-CAA-T-GAAT--TTACCAAAAATACAGTA-AT--ATA-TAAGAA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA--T-ACT--AG-A---GG---AGTCGG----T--CT-ATTCGGGC-AC-T-ATCC-CCAGAGCACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTAAG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-CAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TCGG--CCATTAATT-TCATT----TA---TC-------TTAT-A-ACTT---CCTT---------TTA-----TT-CC-----GTG------TCTTA-AT-TTA------AC-AAC-C---TG---CTGCTTATG--------------AGCTT-CGTGACCGTTGTAGAGTG---A--TCTCAAGACT--CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCATTT-CAAAG-GTCGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTT--ATA-T-AGT-CTTA-TCAT-TAAAAGTA-CATTGAAA---GTATTGTGATTCATT---C----CTATCA-TATA---GTC---T-TATC-TATAAAATTTAACAAAGAAAAAATATTATca
gi|3 : atgGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-TTCCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAG-CAA-T-GAAT--TTAC-AAAAAGACAGTATAT--AAA-TAAATG-A-CTCCCCT--AAT--AATA-AACCA-GT-ACT--A--G---GGCA-GGTCGG-C--TCGCTAATTCGGCCGACTT-ATCCACGAG--CACTA--CT-TTTT-CCCC-GAC-AATGTCCAGTAA-CTAAG-GT-TTACCA----CCTG--G-TAAGCC-T-GT----AGAC-A--ATGAAA-A-TA-GACT--TTCG---------------GCTTTCTAT-TCGGG-CCACTAAAT-TCACTTTTATA---TC-------CTATGC-ACTT---CCTT-------TATTT-----TC-CC-TT-TCTG------T-TTATAT-TG-------ATCCAG-T---TG---CTGGCTATG--------------AGCTT-CG-GACC---GTAGAGTG---A--T-TCA--ACTC-CAGGATC-CCGA--TATATACCCTTGG-GACGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GGTTGACGGCCG--GAT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCTTTA-TCAT-
gi|4 : aac-TCTAATTGAGTTTCAATACGC-TTTAGTTCTT------ATACAACTTAA-TT-T-TCTTTCAA-CT-ACAACTGATTAG---TTATATTGG--AT---TCAGGATAGCTCCTACCTTGGGTA-------GATAATC-AAAACAAAT-GAAT--TTACAAAAA-GACAGTATATTAATAATAAAGATGTCTTACCTTTAATACAATATAA-CATGTTACTTAAG-GTCAGGCAAGGTCGG-CATT--CT-ATTCGGGCCAC-TTATCC-CCAG--CACTATTCTA-TTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCAAAACCTTT--G-TAAGCCATAGTA-TAATA-AATCATG-ACTA-TAGG--CCATTCGCATCATTACGCGGCAGC--TATATCTCAGTCCAATTAGTC-TCATA----TA---TCAATAACATTAT-TCACTCTTACCTTAGTATCCTATTATATATTT-CT-TT-TCTG------TTTTCTCT-TTTATATAGAT-TACTC---TG----TGCTT
gi|5 : aactgaT--AGCG---GACA-GGTCGGGC--T--CT-ATTCGGGCCAC-A-TTCC-CCAG--CACTA-TCTATTTTTCCCT-GACTAATGT--AGTTGTCTATG-GTCTTACCA----CCCT--GGTAAGCC-TAGTAATTAGATAA--ATG-AA-AATA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT--CGGGCGCACTAATTCTCACT----TAAAATC-------T-AT---ACTT---CCTT--------ACCA-----TT-CC-TTATCTGACGTTATCATGTATATT-------AT-TAC------A---CTGACTATGTTCTCACCTAATATAGCTTAC--AACCG--A-AGAGTAGCTA--T-TCAAGACTC-CAGATCC-C-GGTTCTTA-ACCCTTGACGGCGTTTCCA-TTACAAAGCG-GGGTGACCGCCGCCGGT-TAGTCTATCTGTACTTTA-TTAGTCCTTA-TCATGTAAAGTTAACATTTAAACATGTAT--TGATTCATT-ACCAGAAC-ATCATTATAACGGTC--TTATATTATATAAAATGTTACAAGAAAAAAATATTAgctgatcgca
gi|6 : ---------------GC--TCTAT-TCGGG-CCACTAATT--CACT----TA---TC-------TCAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CCCTT-TCTG------TCTT-TAA-TT-------GT-TAC-CTGTTG---CTGCTT-TG--------------AGCTT-C--GACC---TTAAAGTG---A--TCTCGAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACCGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTT-TCAT-TAAAGTTA-CATTG-AATATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACgca
gi|7 : ATG-GT-TAACCA----CCCT--GGTAAGCC-TAATA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTGT-TCGGG-CCATTGA-T-TCACTTA--TA---TC-------TTAT-T-ACCT---CCTT-------TATTA-----TTCCC-TT-CCTG------TCTTA-AA-TT-------AT-TAC-CCTTTG---CTGCTT-TG--------------AGTTT-T---AGCG--GTGGAATG---A--ACTCAA-ACTC-CAAA---------------ACCCTTGG-GTCGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GGGTGA----CG--GGT-TATTCTATTCTCA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTAA-CAATG
gi|8 : GTA-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTTTGTTTAATA----TCAA-TT-TTCCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTTTATTTTT-AT---T---GTCAAC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-GAA-T-GGAT--TTACAATA--GACAGAATAG--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-GATA-AA-CA-GT-ATT--AG-G---GGCA-GGTTGG-C--T--CT-ATTCGGAACAC-T-ATCC-CCAG--CACCA-TCTATTTT-CCTT-GAC-AGTGT-CAGT
gi|9 : taac-------AT-TAC-C---TGTTGCTGCTT-TG--------------AGCTT-C--AACCG--A-AAAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCATGG-GGCGTT-CTA-TT-CAATG-G-GGTTGACGGCTG--GGT-TAGTCTATATTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTG-AACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATAATTATA---ATC--TT-TATT-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAtc
Alignments
lowQualScore : 222222 1 22222222 11 1111 11 1111 1111 1 11111 333333333333333 2222 111 1111111 111 111 22222222 11111 222222 2222222 1111111111 11 22222222222222 111 22222 1 1111 111
lowQualScore : 5 66 5 66 5 66 888888 99 4 4 3 66 4 4 777 77 0 8888 777 777 8 00000000 4 4 4 4 4 66 77 5 999 5 666 77 5 5 5 5 5 66 5 888 5 0000 66 5 0 666 5 77 5 33 5 5 5 00 6 5 5 2222 5555 5 66 1 99 6 3 6 6 77777 555555555555555 77 55 88 4 8 5 0000 000 8888888 0 555 000 33333333 44444 5 5 5 222222 99999 1111111 5 9999999999 44 99999999999999 5 222 44444 888 66 2 5 0 5 0 0 0 5 5 5 5 5 5 2 2 66 5 66 5 5 5 5 5 5 1 77 5 4444 0 000 77 5 5 0
lowQualScore : . .. . .. . .. ...... .. . . . .. . . ... .. . .... ... ... . ........ . . . . . .. .. . ... . ... .. . . . . . .. . ... . .... .. . . ... . .. . .. . . . .. . . . .... .... . .. . .. . . . . ..... ............... .. .. .. . . . .... ... ....... . ... ... ........ ..... . . . ...... ..... ....... . .......... .. .............. . ... ..... ... .. . . . . . . . . . . . . . . . .. . .. . . . . . . . .. . .... . ... .. . . .
lowQualScore : 0 99 0 99 0 99 888888 55 4 4 3 11 4 4 000 22 1 3333 888 888 9 66666666 4 4 4 4 4 11 77 0 444 7 000 99 7 7 7 7 7 99 0 888 0 1111 99 0 7 111 7 99 7 44 7 7 7 00 7 7 7 1111 0000 7 00 0 22 7 3 7 7 77777 777777777777777 99 99 66 3 7 7 0000 000 6666666 1 333 000 66666666 33333 7 7 7 111111 33333 2222222 0 8888888888 33 44444444444444 0 111 11111 888 99 5 0 4 0 1 1 4 0 0 0 0 0 0 5 5 99 0 99 0 0 0 0 7 5 0 99 7 2222 7 000 99 7 7 7
consensus : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GAAT--TTACAAAAAAGACAGTATAT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GGTCGG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATCC-CCAG--CACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TCGGGCCCACTAATT-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTG------TCTTATAT-TT-------AT-TAC-C---TG---CTGCTTATG--------------AGCTT-C--GACCG--GTAGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAAACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
Reference ( family-2226 ) : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GAAT--TTACAAAAAAGACAGTATAT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GGTCGG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATCC-CCAG--CACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TCGGGCCCACTAATT-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTG------TCTTATAT-TT-------AT-TAC-C---TG---CTGCTTATG--------------AGCTT-C--GACCG--GTAGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAAACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
gi|1 : GTGCTCTA--TGATTT-CAA--CG--TT--ATTCTT------ATA-GACCTAT-TT-T-CCT--CCA-TC-A----TGATTAG--TTTATATTCTT-AT---T---GT-AGC-CCTACCTTGG-T--------GA-A-TC-AAA-CAA-TGGAAT--TTACAAAAAACGCAGTA-AT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-CA-CA-GT-ACT--AG-G---GACA--GTCGC-T--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-A-GC-CCAG--CACTA-TCTTATTT-CCCTAGAC-AATG--CATGAA-CTATGCGT-TAACCA----CTCTGCG-TAAG-C-TAGTA-AAAGACAA--ATG-AATA-TA-G--CT-TTCG---------------GC--TCTAT-CCGGGCCAACTAA-T-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTGT-----TCTTATAC-TT-------AT-TA--C---TGTTTCTGCT--TG--------------AGCTT-C--GACC---GTAAGATG---ATTTCTCAAGACTCTCAGATCCACCGTTTTATATACCTT--G-GGCG-T-CCA-TT-C-AAG-G-CGGTGACCGCCG--GGTCTAGT---TCTTTA--TTATT-AGTCCTTATTCAT-TAAAGTTA-C-TTGAAACATGTAT--TGA-TCATTAACC----TTATCATTATA---GTCTGTT-TATC-TATTTAAT-CAACAATGAAAAAA-ATTAT
gi|10 : taacC---TGATTAG-ATTTATATT----AT---T---GTTTGC-CCTACCTTGGGT--------AA-AATC-AAA-GGA-T-GAAT--TTACAATA--GACAGTATAG--ATA-TAAAGA-G-CTTTCTT--AA-A-ACTA-AA-CA-GT-ATT--TT-G---GGCA-GGTCAG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATTC-CCCT--CATCA-TATATTTT-CCCG-G----TTGT--------CTATG-GT-TAGCCA----CCCTA-G-TAAGCT-TAGTA-Ttacag
gi|11 : GTG-TCTG--GTAGTT-AAA--CACATC--ATTTGT------TTA-GCATTAA-TTGT-CCT--CAA-TC-AC---TGATTGG-AATTTTATTAAT-AT---T---ATTAGC-CCTACCTTG--T-----------AATCGAAA-CG--T-GAAT--TTACAATG--GACAGAATAA--ATA-TAAATA-A-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GACCGG-C--T--CT-A
gi|12 : c---TG---CTGCT-ATG--------------AGCTT-C--GACCG--A-AGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTAGG-GACGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GG-TGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCTTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTG-AACATGTAT--TGATTCATT-AC
gi|13 : G-TCTA--TGAGTT-CAA--CAC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-TTCCT--CAT-TG-GC---TGATTA-------TATTTAT-AT---T---GTTAGG-TCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GACT--TTACAAAAA
gi|14 : CTAAA-TT-T-CCT--CAAATC-AC---TGATTAGAATTTATATTTATCATTTAT---GTT-TC-CCTGACTTGGGCATAAACCAGA-AATC-AAA-TAC-T-GCACAGCTACAAAAga
gi|15 : tattcaacactGTG-TCTA--TGAATT-CAA--CGC-TT--ATTCTTTGTTTAATA----TCAATTT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTGTA
gi|16 : ac--TGATTCATT-ACC----TTATCATTATA---GTC--TT-TATG-TATAAAATGTAACAAAG-AAAAATATTA
gi|17 : TAT-ATTATA---GTC--TT-TATC-TATCAAATGTAACAAAGAAAAAATATTA
gi|2 : aGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------AT--GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TCGAC---TGATTAG-ATTTA-ATTTAT-AT---T---GTTAGCTCCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AGA-CAA-T-GAAT--TTACCAAAAATACAGTA-AT--ATA-TAAGAA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA--T-ACT--AG-A---GG---AGTCGG----T--CT-ATTCGGGC-AC-T-ATCC-CCAGAGCACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTAAG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-CAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TCGG--CCATTAATT-TCATT----TA---TC-------TTAT-A-ACTT---CCTT---------TTA-----TT-CC-----GTG------TCTTA-AT-TTA------AC-AAC-C---TG---CTGCTTATG--------------AGCTT-CGTGACCGTTGTAGAGTG---A--TCTCAAGACT--CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCATTT-CAAAG-GTCGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTT--ATA-T-AGT-CTTA-TCAT-TAAAAGTA-CATTGAAA---GTATTGTGATTCATT---C----CTATCA-TATA---GTC---T-TATC-TATAAAATTTAACAAAGAAAAAATATTATca
gi|3 : atgGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-TTCCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAG-CAA-T-GAAT--TTAC-AAAAAGACAGTATAT--AAA-TAAATG-A-CTCCCCT--AAT--AATA-AACCA-GT-ACT--A--G---GGCA-GGTCGG-C--TCGCTAATTCGGCCGACTT-ATCCACGAG--CACTA--CT-TTTT-CCCC-GAC-AATGTCCAGTAA-CTAAG-GT-TTACCA----CCTG--G-TAAGCC-T-GT----AGAC-A--ATGAAA-A-TA-GACT--TTCG---------------GCTTTCTAT-TCGGG-CCACTAAAT-TCACTTTTATA---TC-------CTATGC-ACTT---CCTT-------TATTT-----TC-CC-TT-TCTG------T-TTATAT-TG-------ATCCAG-T---TG---CTGGCTATG--------------AGCTT-CG-GACC---GTAGAGTG---A--T-TCA--ACTC-CAGGATC-CCGA--TATATACCCTTGG-GACGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GGTTGACGGCCG--GAT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCTTTA-TCAT-
gi|4 : aac-TCTAATTGAGTTTCAATACGC-TTTAGTTCTT------ATACAACTTAA-TT-T-TCTTTCAA-CT-ACAACTGATTAG---TTATATTGG--AT---TCAGGATAGCTCCTACCTTGGGTA-------GATAATC-AAAACAAAT-GAAT--TTACAAAAA-GACAGTATATTAATAATAAAGATGTCTTACCTTTAATACAATATAA-CATGTTACTTAAG-GTCAGGCAAGGTCGG-CATT--CT-ATTCGGGCCAC-TTATCC-CCAG--CACTATTCTA-TTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCAAAACCTTT--G-TAAGCCATAGTA-TAATA-AATCATG-ACTA-TAGG--CCATTCGCATCATTACGCGGCAGC--TATATCTCAGTCCAATTAGTC-TCATA----TA---TCAATAACATTAT-TCACTCTTACCTTAGTATCCTATTATATATTT-CT-TT-TCTG------TTTTCTCT-TTTATATAGAT-TACTC---TG----TGCTT
gi|5 : aactgaT--AGCG---GACA-GGTCGGGC--T--CT-ATTCGGGCCAC-A-TTCC-CCAG--CACTA-TCTATTTTTCCCT-GACTAATGT--AGTTGTCTATG-GTCTTACCA----CCCT--GGTAAGCC-TAGTAATTAGATAA--ATG-AA-AATA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT--CGGGCGCACTAATTCTCACT----TAAAATC-------T-AT---ACTT---CCTT--------ACCA-----TT-CC-TTATCTGACGTTATCATGTATATT-------AT-TAC------A---CTGACTATGTTCTCACCTAATATAGCTTAC--AACCG--A-AGAGTAGCTA--T-TCAAGACTC-CAGATCC-C-GGTTCTTA-ACCCTTGACGGCGTTTCCA-TTACAAAGCG-GGGTGACCGCCGCCGGT-TAGTCTATCTGTACTTTA-TTAGTCCTTA-TCATGTAAAGTTAACATTTAAACATGTAT--TGATTCATT-ACCAGAAC-ATCATTATAACGGTC--TTATATTATATAAAATGTTACAAGAAAAAAATATTAgctgatcgca
gi|6 : ---------------GC--TCTAT-TCGGGCC-ACTAATT--CACT----TA---TC-------TCAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CCCTT-TCTG------TCTT-TAA-TT-------GT-TAC-CTGTTG---CTGCTT-TG--------------AGCTT-C--GACC---TTAAAGTG---A--TCTCGAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACCGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTT-TCAT-TAAAGTTA-CATTG-AATATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACgca
gi|7 : ATG-GT-TAACCA----CCCT--GGTAAGCC-TAATA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTGT-TCGGG-CCATTGA-T-TCACTTA--TA---TC-------TTAT-T-ACCT---CCTT-------TATTA-----TTCCC-TT-CCTG------TCTTA-AA-TT-------AT-TAC-CCTTTG---CTGCTT-TG--------------AGTTT-T---AGCG--GTGGAATG---A--ACTCAA-ACTC-CAAA---------------ACCCTTGG-GTCGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GGGTGA----CG--GGT-TATTCTATTCTCA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTAA-CAATG
gi|8 : GTA-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTTTGTTTAATA----TCAA-TT-TTCCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTTTATTTTT-AT---T---GTCAAC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-GAA-T-GGAT--TTACAATA--GACAGAATAG--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-GATA-AA-CA-GT-ATT--AG-G---GGCA-GGTTGG-C--T--CT-ATTCGGAACAC-T-ATCC-CCAG--CACCA-TCTATTTT-CCTT-GAC-AGTGT-CAGT
gi|9 : taac-------AT-TAC-C---TGTTGCTGCTT-TG--------------AGCTT-C--AACCG--A-AAAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCATGG-GGCGTT-CTA-TT-CAATG-G-GGTTGACGGCTG--GGT-TAGTCTATATTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTG-AACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATAATTATA---ATC--TT-TATT-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAtc
blockSeqs : . AT T TA A TA TGTTTA CA T G T TT A G AAC AA TATC TTA CAG T ATAAACCA T G A A . AG AA T TTA A TGT TT C T C T T TA C TCA A CAT CG A TT A AG T AT T . T CC T . C AAAC AG A AT C TC A T A G ACT CATCATTACGCGGCA TT CT TC C T C TTTA AAA AATAACA GC TTA AGTATCCT TATAT C C A ACGTTA GTATA TATATAG C CTGTTG TA TTCTCACCTAATAT A GTG GTTGT GCT . C . . C T T A C T G G CC . CT . T . G A A C TG . AGAA ACG . A A
blockSeqs : . . . . . . TGTTTA G . . T . . . . A AAT . . T A . . . . . . AA T G . G . . . . . . . . . . GC . . TT . . . AT . . . C . . . . GG . T C . . . . . CCA . . T GC C A . TA . . TC . T . . . . . ATAT A . CCTTTG TA . . GG GGT . . C . . . . . . . . T G . . . . . . . . A C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . T . . . . A TAT . . . . . . . . . . A T A . A . . . . . . . . . . C . . T . . . AT . . . C . . . . GG . C T . . . . . C . . T GC A T . . . . A . T . . . . . CTCT . . CTGTTG TA . . G GA . . C . . . . . . . . G G . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . A TAT . . . . . . . . . . . T T . G . . . . . . . . . . C . . T . . . AT . . . C . . . . G . T C . . . . . C . . T G C T . . . . T . T . . . . . AAT . . TCTG A . . A GT . . C . . . . . . . . G C . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . A TAT . . . . . . . . . . . T T . A . . . . . . . . . . C . . A . . . T . . . . . . . . G . T . . . . . . C . . T G C T . . . . T . . . . . . . TAA . . CTG T . . G GA . . C . . . . . . . . G C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A TTT . . . . . . . . . . . . G . G . . . . . . . . . . C . . T . . . A . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAA . . TTG T . . A TT . . . . . . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : A* AA G*** C**** ****** ATAT* T* ** **
originalCons : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GAAT--TTACAAAAAAGACAGTATAT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GGTCGG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATCC-CCAG--CACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TCGGGCCCACTAATT-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTG------TCTTATAT-TT-------AT-TAC-C---TG---CTGCTTATG--------------AGCTT-C--GACCG--GTAGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAAACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
finalCons : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAGA-TTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GAAT--TTACAAAAAAGACAGTATAT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GGTCGG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATCC-CCAG--CACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCTG---TAAGCC-TAGTA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-GC----TTCG---------------GC--TCTAT-TCGGGCCCACTAATT-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTG------TCTTATAT-TT-------AT-TAC-C---TG---CTGCTT-TG--------------AGCTT-C--GACCG--GTAGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAAACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
Alignments
lowQualScore : 222222 1 22222222 11 1111 11 1111 1111 1 11111 333333333333333 2222 111 1111111 111 111 22222222 11111 222222 2222222 1 222 11 222222222 111 22222 1 1111 111
lowQualScore : 5 66 5 66 5 66 888888 99 4 4 3 66 4 4 777 77 0 8888 777 777 8 00000000 4 4 4 4 4 66 77 5 999 5 666 77 5 5 5 5 5 66 5 888 5 0000 66 5 0 666 5 77 5 33 5 5 5 00 6 5 5 2222 5555 5 66 1 99 6 3 6 6 77777 555555555555555 77 55 88 4 8 5 0000 000 8888888 0 555 000 33333333 44444 5 5 5 222222 99999 1111111 5 0 777 777 00 4 000000000 5 222 44444 888 66 2 5 0 5 0 0 0 5 5 5 5 5 5 2 2 66 5 66 5 5 5 5 5 5 1 77 5 4444 0 000 77 5 5 0
lowQualScore : . .. . .. . .. ...... .. . . . .. . . ... .. . .... ... ... . ........ . . . . . .. .. . ... . ... .. . . . . . .. . ... . .... .. . . ... . .. . .. . . . .. . . . .... .... . .. . .. . . . . ..... ............... .. .. .. . . . .... ... ....... . ... ... ........ ..... . . . ...... ..... ....... . . ... ... .. . ......... . ... ..... ... .. . . . . . . . . . . . . . . . .. . .. . . . . . . . .. . .... . ... .. . . .
lowQualScore : 0 99 0 99 0 99 888888 55 4 4 3 11 4 4 000 22 1 3333 888 888 9 66666666 4 4 4 4 4 11 77 0 444 7 000 99 7 7 7 7 7 99 0 888 0 1111 99 0 7 111 7 99 7 44 7 7 7 00 7 7 7 1111 0000 7 00 0 22 7 3 7 7 77777 777777777777777 99 99 66 3 7 7 0000 000 6666666 1 333 000 66666666 33333 7 7 7 111111 33333 2222222 0 0 888 888 66 4 000000000 0 111 11111 888 99 5 0 4 0 1 1 4 0 0 0 0 0 0 5 5 99 0 99 0 0 0 0 7 5 0 99 7 2222 7 000 99 7 7 7
consensus : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GAAT--TTACAAAAAAGACAGTATAT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GGTCGG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATCC-CCAG--CACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TCGGGCCCACTAATT-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTG------TCTTATAT-TT-------AT-TAC-C---TG---CT--GCTT-TGA---------GCTT-C--GACCG--GTAGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAAACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
Reference ( family-2226 ) : NNNGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GAAT--TTACAAAAAAGACAGTATAT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GGTCGG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATCC-CCAG--CACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TCGGGCCCACTAATT-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTG------TCTTATAT-TT-------AT-TAC-C---TG---CT--GCTT-TGA---------GCTT-C--GACCG--GTAGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTGAAACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAT
gi|1 : GTGCTCTA--TGATTT-CAA--CG--TT--ATTCTT------ATA-GACCTAT-TT-T-CCT--CCA-TC-A----TGATTAG--TTTATATTCTT-AT---T---GT-AGC-CCTACCTTGG-T--------GA-A-TC-AAA-CAA-TGGAAT--TTACAAAAAACGCAGTA-AT--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-CA-CA-GT-ACT--AG-G---GACA--GTCGC-T--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-A-GC-CCAG--CACTA-TCTTATTT-CCCTAGAC-AATG--CATGAA-CTATGCGT-TAACCA----CTCTGCG-TAAG-C-TAGTA-AAAGACAA--ATG-AATA-TA-G--CT-TTCG---------------GC--TCTAT-CCGGGCCAACTAA-T-TCACT----TA---TC-------TTAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CC-TT-TCTGT-----TCTTATAC-TT-------AT-TA--C---TGTTTCT--GC-T-TGA---------GCTT-C--GACC---GTAAGATG---ATTTCTCAAGACTCTCAGATCCACCGTTTTATATACCTT--G-GGCG-T-CCA-TT-C-AAG-G-CGGTGACCGCCG--GGTCTAGT---TCTTTA--TTATT-AGTCCTTATTCAT-TAAAGTTA-C-TTGAAACATGTAT--TGA-TCATTAACC----TTATCATTATA---GTCTGTT-TATC-TATTTAAT-CAACAATGAAAAAA-ATTAT
gi|10 : taacC---TGATTAG-ATTTATATT----AT---T---GTTTGC-CCTACCTTGGGT--------AA-AATC-AAA-GGA-T-GAAT--TTACAATA--GACAGTATAG--ATA-TAAAGA-G-CTTTCTT--AA-A-ACTA-AA-CA-GT-ATT--TT-G---GGCA-GGTCAG-C--T--CT-ATTCGGGCCAC-T-ATTC-CCCT--CATCA-TATATTTT-CCCG-G----TTGT--------CTATG-GT-TAGCCA----CCCTA-G-TAAGCT-TAGTA-Ttacag
gi|11 : GTG-TCTG--GTAGTT-AAA--CACATC--ATTTGT------TTA-GCATTAA-TTGT-CCT--CAA-TC-AC---TGATTGG-AATTTTATTAAT-AT---T---ATTAGC-CCTACCTTG--T-----------AATCGAAA-CG--T-GAAT--TTACAATG--GACAGAATAA--ATA-TAAATA-A-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA-GT-ACT--AG-G---GGCA-GACCGG-C--T--CT-A
gi|12 : c---TG---CT--GCTA-TGA---------GCTT-C--GACCG--A-AGAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTAGG-GACGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GG-TGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCTTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTG-AACATGTAT--TGATTCATT-AC
gi|13 : G-TCTA--TGAGTT-CAA--CAC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-TTCCT--CAT-TG-GC---TGATTA-------TATTTAT-AT---T---GTTAGG-TCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-CAA-T-GACT--TTACAAAAA
gi|14 : CTAAA-TT-T-CCT--CAAATC-AC---TGATTAGAATTTATATTTATCATTTAT---GTT-TC-CCTGACTTGGGCATAAACCAGA-AATC-AAA-TAC-T-GCACAGCTACAAAAga
gi|15 : tattcaacactGTG-TCTA--TGAATT-CAA--CGC-TT--ATTCTTTGTTTAATA----TCAATTT-T-CCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTGTA
gi|16 : ac--TGATTCATT-ACC----TTATCATTATA---GTC--TT-TATG-TATAAAATGTAACAAAG-AAAAATATTA
gi|17 : TAT-ATTATA---GTC--TT-TATC-TATCAAATGTAACAAAGAAAAAATATTA
gi|2 : aGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------AT--GACTTAA-TT-T-CCT--CAA-TCGAC---TGATTAG-ATTTA-ATTTAT-AT---T---GTTAGCTCCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AGA-CAA-T-GAAT--TTACCAAAAATACAGTA-AT--ATA-TAAGAA-G-CTTCCCT--AATA-AATA-AA-CA--T-ACT--AG-A---GG---AGTCGG----T--CT-ATTCGGGC-AC-T-ATCC-CCAGAGCACTA-TCTATTTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTAAG-GT-TAACCA----CCCT--G-TAAGCC-TAGTA-CAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT-TCGG--CCATTAATT-TCATT----TA---TC-------TTAT-A-ACTT---CCTT---------TTA-----TT-CC-----GTG------TCTTA-AT-TTA------AC-AAC-C---TG---CT--GCTTATGA---------GCTT-CGTGACCGTTGTAGAGTG---A--TCTCAAGACT--CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCATTT-CAAAG-GTCGGTGACGGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTT--ATA-T-AGT-CTTA-TCAT-TAAAAGTA-CATTGAAA---GTATTGTGATTCATT---C----CTATCA-TATA---GTC---T-TATC-TATAAAATTTAACAAAGAAAAAATATTATca
gi|3 : atgGTG-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTT------ATA-GACTTAA-TT-TTCCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTATATTTAT-AT---T---GTTAGC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAG-CAA-T-GAAT--TTAC-AAAAAGACAGTATAT--AAA-TAAATG-A-CTCCCCT--AAT--AATA-AACCA-GT-ACT--A--G---GGCA-GGTCGG-C--TCGCTAATTCGGCCGACTT-ATCCACGAG--CACTA--CT-TTTT-CCCC-GAC-AATGTCCAGTAA-CTAAG-GT-TTACCA----CCTG--G-TAAGCC-T-GT----AGAC-A--ATGAAA-A-TA-GACT--TTCG---------------GCTTTCTAT-TCGGG-CCACTAAAT-TCACTTTTATA---TC-------CTATGC-ACTT---CCTT-------TATTT-----TC-CC-TT-TCTG------T-TTATAT-TG-------ATCCAG-T---TG---CTG-GCTA-TGA---------GCTT-CG-GACC---GTAGAGTG---A--T-TCA--ACTC-CAGGATC-CCGA--TATATACCCTTGG-GACGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GGTTGACGGCCG--GAT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCTTTA-TCAT-
gi|4 : aac-TCTAATTGAGTTTCAATACGC-TTTAGTTCTT------ATACAACTTAA-TT-T-TCTTTCAA-CT-ACAACTGATTAG---TTATATTGG--AT---TCAGGATAGCTCCTACCTTGGGTA-------GATAATC-AAAACAAAT-GAAT--TTACAAAAA-GACAGTATATTAATAATAAAGATGTCTTACCTTTAATACAATATAA-CATGTTACTTAAG-GTCAGGCAAGGTCGG-CATT--CT-ATTCGGGCCAC-TTATCC-CCAG--CACTATTCTA-TTT-CCCT-GAC-AATGT-CAGTAA-CTATG-GT-TAACCAAAACCTTT--G-TAAGCCATAGTA-TAATA-AATCATG-ACTA-TAGG--CCATTCGCATCATTACGCGGCAGC--TATATCTCAGTCCAATTAGTC-TCATA----TA---TCAATAACATTAT-TCACTCTTACCTTAGTATCCTATTATATATTT-CT-TT-TCTG------TTTTCTCT-TTTATATAGAT-TACTC---TG----T--GCTT-
gi|5 : aactgaT--AGCG---GACA-GGTCGGGC--T--CT-ATTCGGGCCAC-A-TTCC-CCAG--CACTA-TCTATTTTTCCCT-GACTAATGT--AGTTGTCTATG-GTCTTACCA----CCCT--GGTAAGCC-TAGTAATTAGATAA--ATG-AA-AATA-G--C--TTCG---------------GC--TCTAT--CGGGCGCACTAATTCTCACT----TAAAATC-------T-AT---ACTT---CCTT--------ACCA-----TT-CC-TTATCTGACGTTATCATGTATATT-------AT-TACAC---TGA--CTATGTTC-TCACCTAATATAGCTTAC--AACCG--A-AGAGTAGCTA--T-TCAAGACTC-CAGATCC-C-GGTTCTTA-ACCCTTGACGGCGTTTCCA-TTACAAAGCG-GGGTGACCGCCGCCGGT-TAGTCTATCTGTACTTTA-TTAGTCCTTA-TCATGTAAAGTTAACATTTAAACATGTAT--TGATTCATT-ACCAGAAC-ATCATTATAACGGTC--TTATATTATATAAAATGTTACAAGAAAAAAATATTAgctgatcgca
gi|6 : ---------------GC--TCTAT-TCGGGCC-ACTAATT--CACT----TA---TC-------TCAT-T-ACTT---CCTT-------TATTA-----TT-CCCTT-TCTG------TCTT-TAA-TT-------GT-TAC-C---TGTTGCT--GCTT-TGA---------GCTT-C--GACCT---TAAAGTG---A--TCTCGAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCTTGG-GGCGTT-CCA-TT-CAAAG-G-GGGTGACCGCCG--GGT-TAGTCTATCTTTA--TTA-T-AGTCCTTT-TCAT-TAAAGTTA-CATTG-AATATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATCATTATA---GTC--TT-TATC-TATAAAATGTAACgca
gi|7 : ATG-GT-TAACCA----CCCT--GGTAAGCC-TAATA-TAAGACAA--ATG-AA-A-TA-G--C--TTCG---------------GC--TCTGT-TCGGG-CCATTGA-T-TCACTTA--TA---TC-------TTAT-T-ACCT---CCTT-------TATTA-----TTCCC-TT-CCTG------TCTTA-AA-TT-------AT-TAC-CCTTTG---CT--GCTT-TGA---------GTTT-T---AGCG--GTGGAATG---A--ACTCAA-ACTC-CAAA---------------ACCCTTGG-GTCGTT-CTA-TT-CAAAG-G-GGGTGA----CG--GGT-TATTCTATTCTCA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTAA-CAATG
gi|8 : GTA-TCTA--TGAGTT-CAA--CGC-TT--ATTCTTTGTTTAATA----TCAA-TT-TTCCT--CAA-TC-AC---TGATTAG-ATTTTTATTTTT-AT---T---GTCAAC-CCTACCTTGGGT--------GA-AATC-AAA-GAA-T-GGAT--TTACAATA--GACAGAATAG--ATA-TAAAGA-G-CTTCCCT--AATA-GATA-AA-CA-GT-ATT--AG-G---GGCA-GGTTGG-C--T--CT-ATTCGGAACAC-T-ATCC-CCAG--CACCA-TCTATTTT-CCTT-GAC-AGTGT-CAGT
gi|9 : taac-------AT-TAC-C---TGTTGCT--GCTT-TGA---------GCTT-C--AACCG--A-AAAGTG---A--TCTCAAGACTC-CAGATCC-CCGGTTTATATACCCATGG-GGCGTT-CTA-TT-CAATG-G-GGTTGACGGCTG--GGT-TAGTCTATATTTA--TTA-T-AGTCCTTA-TCAT-TAAAGTTA-CATTG-AACATGTAT--TGATTCATT-ACC----CTATAATTATA---ATC--TT-TATT-TATAAAATGTAACAAAGAAAAAATATTAtc