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lowQualScore                  :          11   9 22222   6 6   6    0     66   77777 111111     5   5   0    444 5    66666  8 5  5 5 5   44 111111111111   5   5  44       444 5  5   4   4        66  22 66   4   33        9999999  00000 0  555  0 88    88  0  22222222 0 0  0     0000   88 0 88 0 0  5555 0   0 0 1  33333   777 1  1 1 5555 99  44 4 444444       
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Reference ( gi|8 )            :      TCAA--TAAAT-A--CTGT-T-GTT-CCGCAATCTTT-GAT-----TG-----AAATA-TTT-ATT-CAAA---C-TTTC----AATTC-CG-A-T-TAT--A----TTCT----AAT-GGA-GT--CCAAGGC---CCGG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-AACTTGATT-----T-TA-----A-TC---TC-T--AGTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCA-C-A------ACTTGGA
gi|12                         :      TCAA--TAAAT-A--TTGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-GAT-----TA-----AACTA-TTT-AAT-CAAA---C-TTTC----GATTC-CG-A-T-TAT--A----TTTT----AAT-GGA-GT--CCAAGGC---CCAG-ATT-TTC-TCCACTCG--TG--A--AAA-TGC-GACTTG-----------------A-TC---TC-T--AGTC--AC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-A-GA-----CAG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGA
gi|9                          :      TCAA--TAAAT-A--TCGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-GAT-----TA-----AAATA-CTT-ATT-CAAA---C-TTTC----GATTC-CG-A-T-TAT--A----TTT-------T-GGA-AT---CAAGGC---CCGGCATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAATTGCGGACTTGATT-----T-AA-----A-TC---TC-T--AGTC--GC-AA--------A-T-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-GCC-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TC--C-A------ACTTGGAgc
gi|11                         :      TCAA--TAA-T-A--TTGT-T-GTT-CCGCCATCTT--GAT-----TA-----AAATA-TT--ATT-CAAA---C-ATTC----CAT-C-CG-A-T-TAT--A----TTTTTA--AAT-GGA--T--CCAGGGC---C-GG-ATT-T-C-TCCAGTTG--CG--A--AAA-TGC-GACTTG-TT-----T-TA-----A-TC---TC-T--AGTC--GC-AA--------A-A-TC-AA-TT----TCT--A-G--T-CGGC----A-TA--G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCGTC-A------ACTTGGAg
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gi|5                          :         A--TCAATGA--TTGTCT-GTT-TCGCCATCTTT-GAT-----TA-----AAATA-TTT-CTT-CAAC---CATTTC----GAT-C-CG-AGT-TAT--AATAGTTTT----AAT-G-A-GT--CTAAGGC---C-GG-ATT-TTC-TCCACTCGGCCA--A--AAA-TGCGAACTTGATT-----T-TA-----A-TC---TC-T--AGTC--GC--A--------A-A-TC-AATTT----TCTG-A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-TAA----C--TCG-C--------ACTTGGAtc
gi|18                         :                      tGT-T-GCC-CCGCCATCTT--GAT-----TG-----AAATA-TTT-ATT-CAAA---C-TTTT----GATCC-CA-A-T-TGT--AAAA-TTTT----AAT-GGA-GT--CCGAGGC---CTGG-ATT-TTC-TCCACTCA--TG--A--AAA-TGC-AAATTGATT-----T-TA-----A-TC---TT-T--AGTT--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TC
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gi|13                         :                                             AT-----TA-----AAATA-T---ATT-CAAATAAC-TTTC----GATCCGCG-A-T--AT--A----TTTT----TAA-GGA-GT--CCG-GGC---CCGA-ATC-T-C-TCCACTCG--CG--AT-AAA-TTC-CACTTGATTGAATCC-TA-----A-TC---TA----AGTCCGGC-AA--------ACA-TC-AAATT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ATTgca
gi|15                         :                                                   tga-----AAATA-TGT-GTT-CAAA---C-TTCC----GATCC-CG-A-T-TAT--AAAA-TTTT----ACT-GGA--T-------GC---CGTA-ATT-TTC-TCCACTTG--CA--A--AAA-TGC-AACTTGATT-----A-TA-----A-TT---TC-A--AGTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--G-G--T-T-GC----G-GAT-G-T-GA-----CTG---T-TT-T-A----T--GCA-C-A------ACTTAGAgagca
gi|16                         :                                         ttgtattaggtat-----AAATA-CTT-ATG-AAAA---C-TTTC----AATCT-CA-A-T-TAT--AAAAGTT-T----ACT-GGATGC--CTAAG------TGA-ATT-TTC-TTTACTTG--CG--A--AAA-TGC-AACTTGATT-----A-TA-----A-TC---TG-T--CGCT--GC-AA--------A-A-TG-GATTT----TCT--G-G--T-C-GCATATA-TAT-G-C-AA-----CCA---T-TT-T-A----C--TCT-C-A------ACTTGGA
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gi|6                          :                                                                                                                                                       -TTC-TCAACTTGG-TG--ACAAAA-TGC-AACTTCATA-----A-AA-----A-TC---TC-TT-ATTC--AC-AACACTGATAA-A-TC-AATTT----TCT--A-G--TCC-GC----A-TCT-G-gc
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lowQualScore                  :          ..   .  ..    . .   .          ..  . .....  .....     .   .   .  ..........  ... .    .. ....   . .. .  .   .. ....  .. .....   .   ... ..       ... .  .   .   .        ..  .. ..   .   . . .       .......  ..... .  .  . .. ...   ..  .  ........ . .  .     ....   .. . .. . .  .... .   . . .  .....   ... .  . . .... ..   . . ......       
lowQualScore                  :          55   7  55    3 3   1          44  7 77777  99999     2   2   4  7777777777  999 2    11 7777   2 11 2  2   11 3333  11 99999   2   333 33       999 8  2   2   2        33  11 33   2   2 1 1       1111111  88888 9  9  9 55 333   66  9  99999999 9 9  9     7777   55 9 66 9 8  0000 9   9 9 0  00000   555 0  0 0 2222 88   2 2 111111       
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Reference ( family-2082 )     :      TCAA--TAAATA--TTGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATC-C-CG-AT-TAT--A----TT--T--T--AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCGG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGA
gi|1                          :      TCAACCTAAATAGTCTGT-T-GTA-TCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AAATA-CTT-ATTTCA----------AA---C-TTTC--GGATAATC-T----ATATAT--A----TT--T--G--AAT-GGA-G-T--CCACAGCGCTCCGG-ATT-TTCGTCCACTCG--CG--A--AA--TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-A-TT-AA-TT----TCT--A-G--T-C-GC----CTTAT-G-C-GA-----CTG---TGTT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGA
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gi|14                         :                                 tgaATCTT--GA-T-----TA-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATC-C-CG-AT-TAT--A----TT--T--TT-AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCCG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGAgagca
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Reference ( family-2082 )     :      TCAA--TAAATA--TTGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATC-C-CG-AT-TAT--A----TT--T--T--AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCGG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGA
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gi|12                         :    taTCAA--TAAATA--TTGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AACTA-TTT-AAT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATT-C-CG-AT-TAT--A----TT--T--T--AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCAG-ATT-TTC-TCCACTCG--TG--A--AAA-TGC-G-A-CTTG-----------------A-TC-TC-T--A---GTC--AC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-A-GA-----CAG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGAgca
gi|13                         :                                            A-T-----TA-----AAATA-T---ATT-CA----------AATAAC-TTTC--G----ATC-CGCG-AT--AT--A----TT--T--T--TAA-GGA-G-T--CCG-GGC---CCGA-ATC-T-C-TCCACTCG--CG--AT-AAA-TTC-C-A-CTTGATTGAATCC-TA-----A-TC-TA----A---GTCCGGC-AA--------ACA-TC-AAATT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ATTgc
gi|14                         :                                 tgaATCTT--GA-T-----TA-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATC-C-CG-AT-TAT--A----TT--T--TT-AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCCG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGAgagca
gi|15                         :                                                      -----AAATA-TGT-GTT-CA----------AA---C-TTCC--G----ATC-C-CG-AT-TAT--AAAA-TT--T--T--ACT-GGA---T-------GC---CGTA-ATT-TTC-TCCACTTG--CA--A--AAA-TGC-A-A-CTTGATT-----A-TA-----A-TT-TC-A--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--G-G--T-T-GC----G-GAT-G-T-GA-----CTG---T-TT-T-A----T--GCA-C-A------ACTTAGAgca
gi|16                         :                                        ttgtattaggtatA-----AAATA-CTT-ATG-AA----------AA---C-TTTC--A----ATC-T-CA-AT-TAT--AAAA-GT--T--T--ACT-GGATG-C--CTAAG------TGA-ATT-TTC-TTTACTTG--CG--A--AAA-TGC-A-A-CTTGATT-----A-TA-----A-TC-TG-T--C---GCT--GC-AA--------A-A-TG-GATTT----TCT--G-G--T-C-GCATATA-TAT-G-C-AA-----CCA---T-TT-T-A----C--TCT-C-A------ACTTGGA
gi|17                         :                                                            AATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATC-C-CA-AT-TAA--T----TT--T--T--AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCGG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTGAAT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GT---GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGAg
gi|18                         :                      GT-T-GCC-CCGCCATCTT--GA-T-----TG-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTT--G----ATC-C-CA-AT-TGT--AAAA-TT--T--T--AAT-GGA-G-T--CCGAGGC---CTGG-ATT-TTC-TCCACTCA--TG--A--AAA-TGC-A-A-ATTGATT-----T-TA-----A-TC-TT-T--A---GTT--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCgc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                         TTGATT-----A-TT-----A-TT-TC-T--A---TAA--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--G-G--T-T-GC----A-AAT-G-T-GATAAACCCACTCT-CT-T-A----C--TCA-C-ACCCCAGACTTGGA
gi|2                          :       CAA--TAAATA--TTGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-AA-T-----TA-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATT-C-CGTAT-TAT--A----TT--T--T--AATGGGA-G-TTCCCAAGGC---CCGG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTGATT-----TATA-----A-TCATC-T--A---GTC--GCAAA--------A-A-TCAAATTT----TCTCAG-G--T-C-GCT---A-TATGG-C-GA-----CCG---T-TT-T-AAAACT--TCACC-A------ACTTGGAg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                     -A-CATGATT-----T-TATCATAA-TC-TC-T--A---GTC--AC-AA--------A-A-TC-GATTC----TCT--G-G--T-C-GC----A-AAT-G-C-GA-----TGG---T-TT-T-A----C--
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                      tA-----A-TC-TC-T--A---GTC--AC-AA--------A---TA-AATTT----TCT--G-G--T-C-GC----A-AAT-G----------------T-TT-T-A----C--TTG-C-A------ACTTGGA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                T--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCA---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGA
gi|3                          :        AA--TAAAT----TGT-TTGTTTCCGCCATCTTT-GA-TCTAGGTA-----AAATAGTTT-ATT-CA----------AA---C-TTTTTGA----ATT-C-TG--T-TATTCA----TTGTTGGT--AAT-GGA-G-TG-CCAAGGC---C-GG-ATTGTTC-TCCA-TCG--CG--A--AA--TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC----ATCTGTC--GT-G-------------------TTAGGGTCT--A-G--T-CGGC----C-TAT-G-C-AA-----CCG---T-TTAT-A----C--TCG-C-A------CCTTGGAgca
gi|4                          :      TCAA--TAA-TA--TTGT-T-GTT-CCACCATCTTTTGA-T-----TACGGTAAAATA-TTTTATT-CA----------AA---C-TTT---G----ATC-T--G-AT-TAT--A----TT--T--TG-AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CGAG-ATT-TTC-TCCACTCG--C---A--AAA-TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-TTCT---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATCTTA--TCC--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-AA-----CCG-----TT-T-A----C--TCG-CAA------ACTTtc
gi|5                          : gccttTCAA--TGA-----TTGTCT-GTT-TCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AAATA-TTT-CTT-CA----------AC---CATTTC--G----ATC-C-GA-GT-TAT--AATAGTT--T--T--AAT-G-A-G-T--CTAAGGC---C-GG-ATT-TTC-TCCACTCGGCCA--A--AAA-TGC-G-AACTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC--A--------A-A-TC-AATTT----TCTG-A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-TAA----C--TCG-C--------ACTTGGA
gi|6                          :                          taTT-CCCCCATCTTC-AAAT-----TA-----AAATA-TT--ATT-CACTAGTGACACAC---C-TTGC--G----ATCACACG-CT-CAT--AAAA-TT--TA-G--AAT-GG----T--TAGAAGC---ATGA-AAT-T-C-TCAACTTGG-TG--ACAAAA-TGC-A-A-CTTCATA-----A-AA-----A-TC-TC-TT-A---TTC--AC-AACACTGATAA-A-TC-AATTT----TCT--A-G--TCC-GC----A-TCT-G-
gi|7                          :     ctgttaataattatctcat-T-GGT-CCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AAATA-TTT-ATTTCA----------AA---C-TTTC--G----ATC-C-CG-AT-TAT--T----TA--T--T--TAT-GGA-GTT--CCGGGGC---CCGA-ATT-TTC-TCCACTCG--CGAAA--AAA-TGC-GAA-CTTGATT-----T-TA-----ATTC-TCTT--A---GTC--GC-AA--------A-ATTC-AATTT----TCT--ATGTTT-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----CTTTCG-CGA------ACTTGGA
gi|8                          :    tgTCAA--TAAATA--CTGT-T-GTT-CCGCAATCTTT-GA-T-----TG-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--A----ATT-C-CG-AT-TAT--A----TT--C--T--AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCGG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-A-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCA-C-A------ACTTGGAgt
gi|9                          :      TCAA--TAAATA--TCGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AAATA-CTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATT-C-CG-AT-TAT--A----TT--T-------T-GGA-A-T---CAAGGC---CCGGCATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAATTGCGG-A-CTTGATT-----T-AA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-T-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-GCC-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TC--C-A------ACTTGGA


blockSeqs                     :          .    A  .     C T   T          TT  A CTAGG  CGGTA     G   T   T  CTAGTGACAC  TAA A    TG .      A GC T  .   TC ATAG  GT TTA     G   TG  TC       .   C  C   G   .        GC  AA CA   T   G A A       GAATCC   TCATA T  A  T TC TCT   CG  A  CACTGATA C T  A     AGGG   CA T TT C G  ATGT .   G C G  TAAAC   CTC .  A A AAAC TT   T A CCCCAG
blockSeqs                     :          .    A  .     . .   .          T   . .      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . AC .  .   .  AAA   .  GGT     .   GT  G        .   C  .   .   .        G   .  T    .   . . .       TA       .     .  .  . T  .     .   .  .        . .  .     TA     G  . .  . G  ATAT .   . . .  .       .   .  . . .    .    C G .     
blockSeqs                     :          .    A  .     . .   .          T   . .      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . C  .  .   .  AAA   .  TT      .   G   .        .   C  .   .   .        .   .  .    .   . . .       T        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  T    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
blockSeqs                     :          .    A  .     . .   .          T   . .      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . C  .  .   .  AAA   .  TG      .   G   .        .   C  .   .   .        .   .  .    .   . . .       T        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
blockSeqs                     :          .    A  .     . .   .          T   . .      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . C  .  .   .  AAA   .  AG      .   G   .        .   G  .   .   .        .   .  .    .   . . .       T        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
blockSeqs                     :          .    A  .     . .   .          T   . .      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . C  .  .   .  .     .  T       .   G   .        .   T  .   .   .        .   .  .    .   . . .       A        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
blockSeqs                     :          .    .  .     . .   .          C   . .      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . C  .  .   .  .     .  T       .   G   .        .   C  .   .   .        .   .  .    .   . . .       A        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
blockSeqs                     :          .    .  .     . .   .          T   . .      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . C  .  .   .  .     .  T       .   G   .        .   T  .   .   .        .   .  .    .   . . .       T        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
blockSeqs                     :          .    .  .     . .   .          T   . .      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . C  .  .   .  .     .  T       .   G   .        .   C  .   .   .        .   .  .    .   . . .       T        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
blockSeqs                     :                        . .   .          T   . .      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . C  .  .   .  .     .  T       .   G   .        .   G  .   .   .        .   .  .    .   . . .       A        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
blockSeqs                     :                        . .   .          .   . .      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . T  .  .   .  .     .  T       .   G   .        .   T  .   .   .        .   .  .    .   . . .       T        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
blockSeqs                     :                              .          .   . .      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . G  .  .   .  .     .  T       .   G   .        .   C  .   .   .        .   .  .    .   . . .       T        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
blockSeqs                     :                                         .   . .      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . C  .  .   .  .     .  T       .   G   .        .   C  .   .   .        .   .  .    .   . . .       T        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
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blockSeqs                     :                                                      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . C  .  .   .  .     .  T       .   .   .        .   .  .   .   .        .   .  .    .   . . .       A        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
blockSeqs                     :                                                      .         .   .   .  .           .   .    .  .      . .  .  .   .  .     .  .       .   .   .        .   .  .   .   .        .   .  .    .   . . .       T        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
blockSeqs                     :                                                                .   .   .  .           .   .    .  .      . .  .  .   .  .     .  .       .   .   .        .   .  .   .   .        .   .  .    .   . . .       T        .     .  .  . .  .     .   .  .        . .  .     .      .  . .  . .  .    .   . . .  .       .   .  . . .    .    . . .     
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finalCons                     :      TCAA--TAAATA--TTGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATC-CC-G-AT-TAT--A----TT--T--T--AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCGG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGA





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Reference ( family-2082 )     :      TCAA--TAAATA--TTGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATC-C-CG-AT-TAT--A----TT--T--T--AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCGG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGA
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gi|10                         :   cctcaAA--TAAATA--TTGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AA-TA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATT-C-CG-AT-TAT--A----TT--T-----AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCGG-AAT-TTC---CACTCG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GCATGTA-TAT-G-CGGA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGAg
gi|11                         :      TCAA--TAA-TA--TTGT-T-GTT-CCGCCATCTT--GA-T-----TA-----AAATA-TT--ATT-CA----------AA---C-ATTC--C----ATC-C--G-AT-TAT--A----TT--T--TTAAAT-GGA---T--CCAGGGC---C-GG-ATT-T-C-TCCAGTTG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTG-TT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AA-TT----TCT--A-G--T-CGGC----A-TA--G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCGTC-A------ACTTGGAg
gi|12                         :    taTCAA--TAAATA--TTGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AACTA-TTT-AAT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATT-C-CG-AT-TAT--A----TT--T--T--AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCAG-ATT-TTC-TCCACTCG--TG--A--AAA-TGC-G-A-CTTG-----------------A-TC-TC-T--A---GTC--AC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-A-GA-----CAG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGAgca
gi|13                         :                                            A-T-----TA-----AAATA-T---ATT-CA----------AATAAC-TTTC--G----ATC-CGCG-AT--AT--A----TT--T--T--TAA-GGA-G-T--CCG-GGC---CCGA-ATC-T-C-TCCACTCG--CG--AT-AAA-TTC-C-A-CTTGATTGAATCC-TA-----A-TC-TA----A---GTCCGGC-AA--------ACA-TC-AAATT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ATTgc
gi|14                         :                                 tgaATCTT--GA-T-----TA-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATC-C-CG-AT-TAT--A----TT--T--TT-AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCCG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGAgagca
gi|15                         :                                                      -----AAATA-TGT-GTT-CA----------AA---C-TTCC--G----ATC-C-CG-AT-TAT--AAAA-TT--T--T--ACT-GGA---T-------GC---CGTA-ATT-TTC-TCCACTTG--CA--A--AAA-TGC-A-A-CTTGATT-----A-TA-----A-TT-TC-A--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--G-G--T-T-GC----G-GAT-G-T-GA-----CTG---T-TT-T-A----T--GCA-C-A------ACTTAGAgca
gi|16                         :                                        ttgtattaggtatA-----AAATA-CTT-ATG-AA----------AA---C-TTTC--A----ATC-T-CA-AT-TAT--AAAA-GT--T--T--ACT-GGATG-C--CTAAG------TGA-ATT-TTC-TTTACTTG--CG--A--AAA-TGC-A-A-CTTGATT-----A-TA-----A-TC-TG-T--C---GCT--GC-AA--------A-A-TG-GATTT----TCT--G-G--T-C-GCATATA-TAT-G-C-AA-----CCA---T-TT-T-A----C--TCT-C-A------ACTTGGA
gi|17                         :                                                            AATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATC-C-CA-AT-TAA--T----TT--T--T--AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCGG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTGAAT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GT---GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGAg
gi|18                         :                      GT-T-GCC-CCGCCATCTT--GA-T-----TG-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTT--G----ATC-C-CA-AT-TGT--AAAA-TT--T--T--AAT-GGA-G-T--CCGAGGC---CTGG-ATT-TTC-TCCACTCA--TG--A--AAA-TGC-A-A-ATTGATT-----T-TA-----A-TC-TT-T--A---GTT--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCgc
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gi|2                          :       CAA--TAAATA--TTGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-AA-T-----TA-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATT-C-CGTAT-TAT--A----TT--T--T--AATGGGA-G-TTCCCAAGGC---CCGG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-G-A-CTTGATT-----TATA-----A-TCATC-T--A---GTC--GCAAA--------A-A-TCAAATTT----TCTCAG-G--T-C-GCT---A-TATGG-C-GA-----CCG---T-TT-T-AAAACT--TCACC-A------ACTTGGAg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                     -A-CATGATT-----T-TATCATAA-TC-TC-T--A---GTC--AC-AA--------A-A-TC-GATTC----TCT--G-G--T-C-GC----A-AAT-G-C-GA-----TGG---T-TT-T-A----C--
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                      tA-----A-TC-TC-T--A---GTC--AC-AA--------A---TA-AATTT----TCT--G-G--T-C-GC----A-AAT-G----------------T-TT-T-A----C--TTG-C-A------ACTTGGA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                T--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCA---T-TT-T-A----C--TCG-C-A------ACTTGGA
gi|3                          :        AA--TAAAT----TGT-TTGTTTCCGCCATCTTT-GA-TCTAGGTA-----AAATAGTTT-ATT-CA----------AA---C-TTTTTGA----ATT-C-TG--T-TATTCA----TTGTTGGT--AAT-GGA-G-TG-CCAAGGC---C-GG-ATTGTTC-TCCA-TCG--CG--A--AA--TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC----ATCTGTC--GT-G-------------------TTAGGGTCT--A-G--T-CGGC----C-TAT-G-C-AA-----CCG---T-TTAT-A----C--TCG-C-A------CCTTGGAgca
gi|4                          :      TCAA--TAA-TA--TTGT-T-GTT-CCACCATCTTTTGA-T-----TACGGTAAAATA-TTTTATT-CA----------AA---C-TTT---G----ATC-T--G-AT-TAT--A----TT--T--TG-AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CGAG-ATT-TTC-TCCACTCG--C---A--AAA-TGC-G-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-TTCT---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATCTTA--TCC--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-AA-----CCG-----TT-T-A----C--TCG-CAA------ACTTtc
gi|5                          : gccttTCAA--TGA-----TTGTCT-GTT-TCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AAATA-TTT-CTT-CA----------AC---CATTTC--G----ATC-C-GA-GT-TAT--AATAGTT--T--T--AAT-G-A-G-T--CTAAGGC---C-GG-ATT-TTC-TCCACTCGGCCA--A--AAA-TGC-G-AACTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC--A--------A-A-TC-AATTT----TCTG-A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-TAA----C--TCG-C--------ACTTGGA
gi|6                          :                          taTT-CCCCCATCTTC-AAAT-----TA-----AAATA-TT--ATT-CACTAGTGACACAC---C-TTGC--G----ATCACACG-CT-CAT--AAAA-TT--TA-G--AAT-GG----T--TAGAAGC---ATGA-AAT-T-C-TCAACTTGG-TG--ACAAAA-TGC-A-A-CTTCATA-----A-AA-----A-TC-TC-TT-A---TTC--AC-AACACTGATAA-A-TC-AATTT----TCT--A-G--TCC-GC----A-TCT-G-
gi|7                          :     ctgttaataattatctcat-T-GGT-CCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AAATA-TTT-ATTTCA----------AA---C-TTTC--G----ATC-C-CG-AT-TAT--T----TA--T--T--TAT-GGA-GTT--CCGGGGC---CCGA-ATT-TTC-TCCACTCG--CGAAA--AAA-TGC-GAA-CTTGATT-----T-TA-----ATTC-TCTT--A---GTC--GC-AA--------A-ATTC-AATTT----TCT--ATGTTT-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----CTTTCG-CGA------ACTTGGA
gi|8                          :    tgTCAA--TAAATA--CTGT-T-GTT-CCGCAATCTTT-GA-T-----TG-----AAATA-TTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--A----ATT-C-CG-AT-TAT--A----TT--C--T--AAT-GGA-G-T--CCAAGGC---CCGG-ATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAA-TGC-A-A-CTTGATT-----T-TA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-A-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-G-C-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TCA-C-A------ACTTGGAgt
gi|9                          :      TCAA--TAAATA--TCGT-T-GTT-CCGCCATCTTT-GA-T-----TA-----AAATA-CTT-ATT-CA----------AA---C-TTTC--G----ATT-C-CG-AT-TAT--A----TT--T-------T-GGA-A-T---CAAGGC---CCGGCATT-TTC-TCCACTCG--CG--A--AAATTGCGG-A-CTTGATT-----T-AA-----A-TC-TC-T--A---GTC--GC-AA--------A-T-TC-AATTT----TCT--A-G--T-C-GC----A-TAT-GCC-GA-----CCG---T-TT-T-A----C--TC--C-A------ACTTGGA