lowQualScore : 2222222222222222222222 111111 11 1111111111111 11111111
lowQualScore : 5 777 33 8888888888888888888888 0 0 66 000000 2 88 6666 5 66 00 3 33 2222222222222 9999999999999999999999 2 2 88888 7777777 2 2 444 2 777777 2 44444444 777777 3333 2 0 33 33 5555 88888888 3 55 999 8
lowQualScore : . ... .. ...................... . . .. ...... . .. .... . .. .. . .. ............. ...................... . . ..... ....... . . ... . ...... . ........ ...... .... . . .. .. .... ........ . .. ... .
lowQualScore : 7 333 77 9999999999999999999999 9 9 33 333333 7 77 1111 7 55 11 1 99 5555555555555 1111111111111111111111 4 4 22222 6666666 4 4 444 7 777777 7 66666666 777777 9999 5 5 77 77 7777 66666666 1 22 666 5
consensus : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTCTTGTG--TA------GGA-AAAC-CGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-T-AT-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATGTGGTCC--TTTT--G----AAGCAAA---G----TG-TC-GAA---ATCGGACGGGATTTCTTGGC
Reference ( gi|7 ) : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTCTTGTG--TA------GGA-AAAT-CGT----TAT-AAATCAGTA-ACCA-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-T-CT-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATATGGTCC--TTTT--G----AAGCAAA---G----TG-TC-AAA---ATGGGACGGGATTTCTTGGC
gi|11 : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T-------------TTTTGTG------------A-AAAA-CGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----ACAGATAAG-AGA-T---GG-C------TCC-T-AT-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATATGGTCC--TTCT--G----AAGCGAA---G----T
gi|4 : AGAAATCCTTAG-CAGTTTA--A--------C------------AT--TA-G--TA------GAA-AAA--CGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AGAGATAACA-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-T-AT-----TAA-------T--A-G-TT-GTAATATGGTCC--TTTT--G----AAGCAGA---A----TA-GC-GAATT-TTAGGA----ATTTCTCGGC
gi|17 : cgAGAAATCCTTAT-CAG---A--A--------T------------ATCTTGTG--TA------GGA-AAAC-CGT------T-AAATCAGTT-ACAG-CAA-T--TTTAAAA-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------A-CGA-a
gi|20 : aAGAAATCCTTAG-TAG---A--A--------T------------GTCCAGTG--TA------TGA-AAAC-CGT----TAT-AAATCAGT
gi|21 : aAGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------ATTTTGTGT-TA------TGG-AAAC-CGg
gi|12 : gccaGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------TACATTTATCTTCGACTTGTG--TA------GGA-AAAC-CGTTATCTAT-AAATCAGTG-ACTG-CAC-TTAT-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-T-AT-----TAAT------TTAA-GCTT-ATAAT
gi|9 : AAATCCTTAGGCAG---ATAA--------T------------GTCTT-T---TA------GGA-AAAT--GT----TAT-AATCCAGTA-ACCA-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-AT----A-------GTCGA-T---GC-T------TCC-T-CT-----TAAT------T----GC-T-GTAATATGGTCT--TTTT--G----AAGCAAA---G----TG-TCAAAA---ATGGGACGGA--TTCTTGG
gi|5 : AAATTCTTAG-CAG---A--A--------TTGCCG-------GTCAAGTG--TATATTATATA-GAATACGT----TAT-AAACCAGTG-ACCG-TAA-T-----------------G-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CAA-T---GG-C------TCC-T-AT-----CAAT------C--A-GCTT-GTAATGTGGTCC--TTTG--G----AGCCAAA---T----TG-TT-GAA---ATCGGACGAGATATC
gi|1 : AAATC-TTAG-CGA---A--A--------T------------ATCCGGTG--TA------GAG-AAAC-TGA----TAT-AAGTCAGAG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------C-----A--------A-T-A-----A-------G-AGA-TTTAAG-CGAATTATCC-T-AT-----TGATTACATGT--A-GCTT-GCAATGTGGTTC--GGTT--T----A--CACG---T----TG-TT-CAG---ATCGGACGGGATTTCTTa
gi|10 : aAATCCTTAGGCAG---A--A--------T------------GTCTTGTG--TA------GGA-AAAT-CGT----TAT-AAATCAGTA-ACC--CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---G--C------TCC-T-CT-----TAAT------T----GCTT-GTAATATGGTCT--TTTT--G----AAGCAAA---G----TG-TC-AAA---ATGGGACGGGATTTCTTG
gi|6 : aagATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTACGGTG--TT------TGA-AAAC-CGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----AAGAGATGAG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-G---GG-C------TCC-T-AT-----TCAT------C--A-GCTT-GTAATATGGTCC--TTTT--G----AAGCACA---GTAGTTG-TC-GAA---ACCGGAC
gi|2 : ATGCTTAG--AG---A--A--------T------------TTCTGG-GAATA------GCAGAAAC-CGT----T------TTATTA-A------A-T--TCA---A-------AG-------A-----G--------AAT-A-----A-------A-T-A-C---GG-C------TCCGT-ATACAGGTAAT------T--ACATCT-GTAATGTGGAAC--TTTA--A----AAGCAAAA--G----TG-TC-AGA---ATCGGATGGGATTTCTaaattt
gi|3 : tgccaaggttTTAG-CAGC--A--A--------T-------------TCCGGTG--AAC-----GAA-AAAC-CGT----TATTAAAT-AGTG-ACCA-CAAAT--T-----A-------AG-------AAGATAG--------A-T-AGATTGA-------G-CGAAT---GG-C------TCC-T-AT-----TAAT------T--A-GCTTGGTAATATGGTCC--TTTT--G-----AGCACA---G----TT-TC-GAAAACACGGACCGGCATTTTTggt
gi|8 : tTTAG-CAG---A--AAACCCGAGT------------GTTTT------A------GGA-AAAC-AGC----TATTAAATCAGTGCACTGTCAA-T--T-----A-------AG-------A-----GGATGATCGA-T-A-----A-------G-CGA-T---GA-C------TAC-TACT-----TAA-------T--A-GCTT-GTGATGTGGTCC--TTTTTAG----AAGCA
gi|19 : AG---A--A---------------------ATCCTGAG--AA------GGA-AAAC-TAT----TAT-AAATCAGTG-ATAG-CAA-T--T-----A-------AT-------A-----C--------A-G-A-----A-------G-AGA-T---tggacagtctttgagtcc
gi|13 : ca--T-----A-------CG-------A-----G--------A-TTA-----A-------G-CGA-T---GA-C------TAC-T----------AT------C--A-GTTT-GTAATGTGGTCCAGTTT----------ACACGTTTG----T--TC-GAA---ATCGGAAGGGATTTTTT
gi|18 : a-------AG-------A-----G--------C-T-C-----A-------G-TGA-T---GG-C------TCC-T-TT-----TAAT------T--A-GCTT-GTAGTATGGTCC--TTTT--G----AAGCGAA---G----TG-TC-AAA---ATTGGACGG
gi|15 : -----G--------A-T-A-----A-------G-TGA-T---GA-C------TC--T-AT-----TAAT------T--A-ACTT-GTAATTTGGTCA--TTTT--G----AAGC-AA---G----TGTTC-GAA---ATCGGAC-GGATTTCTTGG
gi|16 : -T-A-----A-------G-CAA-T---GGGC------TC-----------TAAT------C--A-GCTT-GTAATGTGGTCC--TTTT--GATGTAAATAAA---G----TG-TG-GAA---ATCAAACGGGATTTCCT
gi|14 : TT-GTAATTTGGTCA--TTTT--G----AAGCAAA---G----TG-TC-GAA---ATCGGACGGG
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222 1111111111111
lowQualScore : 5 666 33 666666666666666666666666666666666 0 55 2 2 5555 5 2 2 2 33 1111111111111 8888888 55555 88888888 2 2 77777 7777777 2 2 444 2 777777 2 2 66666 777777 4444 2 1 33 5555 2 9999 2 2 2 33 2
lowQualScore : . ... .. ................................. . .. . . .... . . . . .. ............. ....... ..... ........ . . ..... ....... . . ... . ...... . . ..... ...... .... . . .. .... . .... . . . .. .
lowQualScore : 3 999 44 222222222222222222222222222222222 2 99 5 5 7777 3 7 9 9 77 1111111111111 1111111 99999 55555555 2 2 88888 2222222 2 2 111 5 222222 5 5 22222 222222 6666 4 1 44 3333 7 3333 9 9 9 99 9
consensus : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-GAAA--TCGGA-CGGGATTTCTTGGC
Reference ( family-2070 ) : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-GAAA--TCGGA-CGGGATTTCTTGGC
gi|1 : AAATC-TTAG-CGA---A--A--------T------------ATC---------CGGTG--TA-GAG-AAACTGA----TAT-AAGTCAGAG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------C-----A--------A-T-A-----A-------G-AGA-TTTAAG-CGAATTATCC-TA-T-----TGATTACATGT--A-GCTT-GCAATGTGGTTCGGTT--T----A--CACG-T----TG-T-T-CAGA--TCGGA-CGGGATTTCTT
gi|10 : aAATCCTTAGGCAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAATCGT----TAT-AAATCAGTA-ACC--CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---G--C------TCC-TC-T-----TAAT------T----GCTT-GTAATATGGTCTTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-AAAA--TGGGA-CGGGATTTCTTG
gi|11 : aagAGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T-------------TT---------TTGTG-------A-AAAACGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----ACAGATAAG-AGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATATGGTCCTTCT--G----AAGCGAA-G----T
gi|12 : GAAATCCTTAG-CAG---A--A--------TACATTTATCTTCGAC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGTTATCTAT-AAATCAGTG-ACTG-CAC-TTAT-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------TTAA-GCTT-ATAAT
gi|13 : --T-----A-------CG-------A-----G--------A-TTA-----A-------G-CGA-T---GA-C------TAC-TA-T-----CA-------------GTTT-GTAATGTGGTCCAGTT--T----ACAC----GTT--TGTT-C-GAAA--TCGGA-AGGGATTTTTT
gi|14 : aTT-GTAATTTGGTCATTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-GAAA--TCGGA-CGGG
gi|15 : aatctaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----G--------A-T-A-----A-------G-TGA-T---GA-C------TC--TA-T-----TAAT------T--A-ACTT-GTAATTTGGTCATTTT--G----AAGCAA--G----TG-TTC-GAAA--TCGGA-C-GGATTTCTTGG
gi|16 : -T-A-----A-------G-CAA-T---GGGC------TC-----------TAAT------C--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTT--GATGTAAATAAA-G----TG-T-G-GAAA--TCAAA-CGGGATTTCCT
gi|17 : AGAAATCCTTAT-CAG---A--A--------T------------ATC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGT------T-AAATCAGTT-ACAG-CAA-T--TTTAAAA-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------A-CGA-
gi|18 : a-------AG-------A-----G--------C-T-C-----A-------G-TGA-T---GG-C------TCC-TT-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAGTATGGTCCTTTT--G----AAGCGAA-G----TG-T-C-AAAA--TTGGA-CGG
gi|19 : AG---A--A---------------------ATC---------CTGAG--AA-GGA-AAACTAT----TAT-AAATCAGTG-ATAG-CAA-T--T-----A-------AT-------A-----C--------A-G-A-----A-------G-AGA-T---
gi|2 : caATGCTTAG--AG---A--A--------T------------TTC---------TGG-GAATA-GCAGAAACCGT----TTT-A--TTA----------AA-T--TCA---A-------AG-------A-----G--------AAT-A-----A-------A-T-A-C---GG-C------TCCGTA-TACAGGTAAT------T--ACATCT-GTAATGTGGAACTTTA--A----AAGCAAAAG----TG-T-C-AGAA--TCGGA-TGGGATTTCT
gi|20 : tgccaaggttAGAAATCCTTAG-TAG---A--A--------T------------GTC---------CAGTG--TA-TGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ggt
gi|21 : aAGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------ATT---------TTGTGT-TA-TGG-AAACCG
gi|3 : gccaTTAG-CAGC--A--A--------T-------------TC---------CGGTG--AACGAA-AAACCGT----TATTAAAT-AGTG-ACCA-CAAAT--T-----A-------AG-------AAGATAG--------A-T-AGATTGA-------G-CGAAT---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTTGGTAATATGGTCCTTTT--G-----AGCACA-G----TT-T-C-GAAAACACGGACCGGCATTTTT
gi|4 : tAGAAATCCTTAG-CAGTTTA--A--------C------------AT-----------TA-G--TA-GAA-AAAC-GT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AGAGATAACA-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAA-------T--A-G-TT-GTAATATGGTCCTTTT--G----AAGCAGA-A----TA-G-C-GAAT--TTTA---GGAATTTCTCGGC
gi|5 : cgAAATTCTTAG-CAG---A--A--------TTGCCG-------GTCAAGTGTATATTATA--TA-GAA-TA--CGT----TAT-AAACCAGTG-ACCG-TAA-T-----------------G-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CAA-T---GG-C------TCC-TA-T-----CAAT------C--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTG--G----AGCCAAA-T----TG-T-T-GAAA--TCGGA-CGAGATATCa
gi|6 : ATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTA---------CGGTG--TT-TGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----AAGAGATGAG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-G---GG-C------TCC-TA-T-----TCAT------C--A-GCTT-GTAATATGGTCCTTTT--G----AAGCACA-GTAGTTG-T-C-GAAA--CCGGA-a
gi|7 : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAATCGT----TAT-AAATCAGTA-ACCA-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TC-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATATGGTCCTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-AAAA--TGGGA-CGGGATTTCTTGGCaaattt
gi|8 : TTAG-CAG---A--AAACCCGAGT------------GTT---------TT------A-GGA-AAACAGC----TATTAAATCAGTGCACTGTCAA-T--T-----A-------AG-------A-----GGATGATCGA-T-A-----A-------G-CGA-T---GA-C------TAC-TACT-----TAA-------T--A-GCTT-GTGATGTGGTCCTTTTTAG----AAGCA
gi|9 : AAATCCTTAGGCAG---ATAA--------T------------GTC---------TT-T---TA-GGA-AAAT-GT----TAT-AATCCAGTA-ACCA-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-AT----A-------GTCGA-T---GC-T------TCC-TC-T-----TAAT------T----GCT--GTAATATGGTCTTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-CAAAAA--TGGGA-CGGA--TTCTTGGtggacagtctttgagtcc
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222 1111111111111
lowQualScore : 5 666 33 666666666666666666666666666666666 0 55 2 2 5555 5 2 2 2 33 1111111111111 8888888 55555 88888888 2 2 77777 7777777 2 2 444 2 777777 2 2 66666 777777 4444 2 1 33 5555 2 9999 2 2 2 33 2
lowQualScore : . ... .. ................................. . .. . . .... . . . . .. ............. ....... ..... ........ . . ..... ....... . . ... . ...... . . ..... ...... .... . . .. .... . .... . . . .. .
lowQualScore : 3 999 44 222222222222222222222222222222222 2 99 5 5 7777 3 7 9 9 77 1111111111111 1111111 99999 55555555 2 2 88888 2222222 2 2 111 5 222222 5 5 22222 222222 6666 4 1 44 3333 7 3333 9 9 9 99 9
consensus : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-GAAA--TCGGA-CGGGATTTCTTGGC
Reference ( family-2070 ) : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-GAAA--TCGGA-CGGGATTTCTTGGC
gi|1 : AAATC-TTAG-CGA---A--A--------T------------ATC---------CGGTG--TA-GAG-AAACTGA----TAT-AAGTCAGAG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------C-----A--------A-T-A-----A-------G-AGA-TTTAAG-CGAATTATCC-TA-T-----TGATTACATGT--A-GCTT-GCAATGTGGTTCGGTT--T----A--CACG-T----TG-T-T-CAGA--TCGGA-CGGGATTTCTT
gi|10 : aAATCCTTAGGCAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAATCGT----TAT-AAATCAGTA-ACC--CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---G--C------TCC-TC-T-----TAAT------T----GCTT-GTAATATGGTCTTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-AAAA--TGGGA-CGGGATTTCTTG
gi|11 : aagAGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T-------------TT---------TTGTG-------A-AAAACGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----ACAGATAAG-AGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATATGGTCCTTCT--G----AAGCGAA-G----T
gi|12 : GAAATCCTTAG-CAG---A--A--------TACATTTATCTTCGAC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGTTATCTAT-AAATCAGTG-ACTG-CAC-TTAT-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------TTAA-GCTT-ATAAT
gi|13 : --T-----A-------CG-------A-----G--------A-TTA-----A-------G-CGA-T---GA-C------TAC-TA-T-----CA-------------GTTT-GTAATGTGGTCCAGTT--T----ACAC----GTT--TGTT-C-GAAA--TCGGA-AGGGATTTTTT
gi|14 : aTT-GTAATTTGGTCATTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-GAAA--TCGGA-CGGG
gi|15 : aatctaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----G--------A-T-A-----A-------G-TGA-T---GA-C------TC--TA-T-----TAAT------T--A-ACTT-GTAATTTGGTCATTTT--G----AAGCAA--G----TG-TTC-GAAA--TCGGA-C-GGATTTCTTGG
gi|16 : -T-A-----A-------G-CAA-T---GGGC------TC-----------TAAT------C--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTT--GATGTAAATAAA-G----TG-T-G-GAAA--TCAAA-CGGGATTTCCT
gi|17 : AGAAATCCTTAT-CAG---A--A--------T------------ATC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGT------T-AAATCAGTT-ACAG-CAA-T--TTTAAAA-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------A-CGA-
gi|18 : a-------AG-------A-----G--------C-T-C-----A-------G-TGA-T---GG-C------TCC-TT-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAGTATGGTCCTTTT--G----AAGCGAA-G----TG-T-C-AAAA--TTGGA-CGG
gi|19 : AG---A--A---------------------ATC---------CTGAG--AA-GGA-AAACTAT----TAT-AAATCAGTG-ATAG-CAA-T--T-----A-------AT-------A-----C--------A-G-A-----A-------G-AGA-T---
gi|2 : caATGCTTAG--AG---A--A--------T------------TTC---------TGG-GAATA-GCAGAAACCGT----TTT-A--TTA----------AA-T--TCA---A-------AG-------A-----G--------AAT-A-----A-------A-T-A-C---GG-C------TCCGTA-TACAGGTAAT------T--ACATCT-GTAATGTGGAACTTTA--A----AAGCAAAAG----TG-T-C-AGAA--TCGGA-TGGGATTTCT
gi|20 : tgccaaggttAGAAATCCTTAG-TAG---A--A--------T------------GTC---------CAGTG--TA-TGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ggt
gi|21 : aAGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------ATT---------TTGTGT-TA-TGG-AAACCG
gi|3 : gccaTTAG-CAGC--A--A--------T-------------TC---------CGGTG--AACGAA-AAACCGT----TATTAAAT-AGTG-ACCA-CAAAT--T-----A-------AG-------AAGATAG--------A-T-AGATTGA-------G-CGAAT---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTTGGTAATATGGTCCTTTT--G-----AGCACA-G----TT-T-C-GAAAACACGGACCGGCATTTTT
gi|4 : tAGAAATCCTTAG-CAGTTTA--A--------C------------AT-----------TA-G--TA-GAA-AAAC-GT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AGAGATAACA-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAA-------T--A-G-TT-GTAATATGGTCCTTTT--G----AAGCAGA-A----TA-G-C-GAAT--TTTA---GGAATTTCTCGGC
gi|5 : cgAAATTCTTAG-CAG---A--A--------TTGCCG-------GTCAAGTGTATATTATA--TA-GAA-TA--CGT----TAT-AAACCAGTG-ACCG-TAA-T-----------------G-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CAA-T---GG-C------TCC-TA-T-----CAAT------C--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTG--G----AGCCAAA-T----TG-T-T-GAAA--TCGGA-CGAGATATCa
gi|6 : ATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTA---------CGGTG--TT-TGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----AAGAGATGAG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-G---GG-C------TCC-TA-T-----TCAT------C--A-GCTT-GTAATATGGTCCTTTT--G----AAGCACA-GTAGTTG-T-C-GAAA--CCGGA-a
gi|7 : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAATCGT----TAT-AAATCAGTA-ACCA-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TC-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATATGGTCCTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-AAAA--TGGGA-CGGGATTTCTTGGCaaattt
gi|8 : TTAG-CAG---A--AAACCCGAGT------------GTT---------TT------A-GGA-AAACAGC----TATTAAATCAGTGCACTGTCAA-T--T-----A-------AG-------A-----GGATGATCGA-T-A-----A-------G-CGA-T---GA-C------TAC-TACT-----TAA-------T--A-GCTT-GTGATGTGGTCCTTTTTAG----AAGCA
gi|9 : AAATCCTTAGGCAG---ATAA--------T------------GTC---------TT-T---TA-GGA-AAAT-GT----TAT-AATCCAGTA-ACCA-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-AT----A-------GTCGA-T---GC-T------TCC-TC-T-----TAAT------T----GCT--GTAATATGGTCTTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-CAAAAA--TGGGA-CGGA--TTCTTGGtggacagtctttgagtcc
blockSeqs : G TTT TA TTGCCGGTCAAGTGTATA AA C G TATC T C T A TA AAGAGATG AGATAAC AGATA GATGATCG A T GATTG CAGATAA T A . G . G C ACAGG . TAA G A TA ATGT A TAGT T T A AC C
blockSeqs : G C . TACATTTATCTTCGAC T . . . T . . . . TTAAAA . . . . . T . . . . . . . . . . AC . A . . . TT . . . . .
blockSeqs : . . . AACCCGAGTGTT . . . . . . . . . CAA . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TGTC . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TATC . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TTTC . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TGTC . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TATT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TGTA . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TGTC . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TGTC . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TTT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . ATC . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TTC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . CAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : *** ****** ******
originalCons : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-GAAA--TCGGA-CGGGATTTCTTGGC
finalCons : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-GAAA--TCGGA-CGGGATTTCTTGGC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222 1111111111111
lowQualScore : 5 666 33 666666666666666666666666666666666 0 55 2 2 5555 5 2 2 2 33 1111111111111 8888888 55555 88888888 2 2 77777 7777777 2 2 444 2 777777 2 2 66666 777777 4444 2 1 33 5555 2 9999 2 2 2 33 2
lowQualScore : . ... .. ................................. . .. . . .... . . . . .. ............. ....... ..... ........ . . ..... ....... . . ... . ...... . . ..... ...... .... . . .. .... . .... . . . .. .
lowQualScore : 3 999 44 222222222222222222222222222222222 2 99 5 5 7777 3 7 9 9 77 1111111111111 1111111 99999 55555555 2 2 88888 2222222 2 2 111 5 222222 5 5 22222 222222 6666 4 1 44 3333 7 3333 9 9 9 99 9
consensus : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-GAAA--TCGGA-CGGGATTTCTTGGC
Reference ( family-2070 ) : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-GAAA--TCGGA-CGGGATTTCTTGGC
gi|1 : AAATC-TTAG-CGA---A--A--------T------------ATC---------CGGTG--TA-GAG-AAACTGA----TAT-AAGTCAGAG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------C-----A--------A-T-A-----A-------G-AGA-TTTAAG-CGAATTATCC-TA-T-----TGATTACATGT--A-GCTT-GCAATGTGGTTCGGTT--T----A--CACG-T----TG-T-T-CAGA--TCGGA-CGGGATTTCTT
gi|10 : aAATCCTTAGGCAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAATCGT----TAT-AAATCAGTA-ACC--CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---G--C------TCC-TC-T-----TAAT------T----GCTT-GTAATATGGTCTTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-AAAA--TGGGA-CGGGATTTCTTG
gi|11 : aagAGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T-------------TT---------TTGTG-------A-AAAACGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----ACAGATAAG-AGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATATGGTCCTTCT--G----AAGCGAA-G----T
gi|12 : GAAATCCTTAG-CAG---A--A--------TACATTTATCTTCGAC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGTTATCTAT-AAATCAGTG-ACTG-CAC-TTAT-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------TTAA-GCTT-ATAAT
gi|13 : --T-----A-------CG-------A-----G--------A-TTA-----A-------G-CGA-T---GA-C------TAC-TA-T-----CA-------------GTTT-GTAATGTGGTCCAGTT--T----ACAC----GTT--TGTT-C-GAAA--TCGGA-AGGGATTTTTT
gi|14 : aTT-GTAATTTGGTCATTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-GAAA--TCGGA-CGGG
gi|15 : aatctaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----G--------A-T-A-----A-------G-TGA-T---GA-C------TC--TA-T-----TAAT------T--A-ACTT-GTAATTTGGTCATTTT--G----AAGCAA--G----TG-TTC-GAAA--TCGGA-C-GGATTTCTTGG
gi|16 : -T-A-----A-------G-CAA-T---GGGC------TC-----------TAAT------C--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTT--GATGTAAATAAA-G----TG-T-G-GAAA--TCAAA-CGGGATTTCCT
gi|17 : AGAAATCCTTAT-CAG---A--A--------T------------ATC---------TTGTG--TA-GGA-AAACCGT------T-AAATCAGTT-ACAG-CAA-T--TTTAAAA-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------A-CGA-
gi|18 : a-------AG-------A-----G--------C-T-C-----A-------G-TGA-T---GG-C------TCC-TT-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAGTATGGTCCTTTT--G----AAGCGAA-G----TG-T-C-AAAA--TTGGA-CGG
gi|19 : AG---A--A---------------------ATC---------CTGAG--AA-GGA-AAACTAT----TAT-AAATCAGTG-ATAG-CAA-T--T-----A-------AT-------A-----C--------A-G-A-----A-------G-AGA-T---
gi|2 : caATGCTTAG--AG---A--A--------T------------TTC---------TGG-GAATA-GCAGAAACCGT----TTT-A--TTA----------AA-T--TCA---A-------AG-------A-----G--------AAT-A-----A-------A-T-A-C---GG-C------TCCGTA-TACAGGTAAT------T--ACATCT-GTAATGTGGAACTTTA--A----AAGCAAAAG----TG-T-C-AGAA--TCGGA-TGGGATTTCT
gi|20 : tgccaaggttAGAAATCCTTAG-TAG---A--A--------T------------GTC---------CAGTG--TA-TGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ggt
gi|21 : aAGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------ATT---------TTGTGT-TA-TGG-AAACCG
gi|3 : gccaTTAG-CAGC--A--A--------T-------------TC---------CGGTG--AACGAA-AAACCGT----TATTAAAT-AGTG-ACCA-CAAAT--T-----A-------AG-------AAGATAG--------A-T-AGATTGA-------G-CGAAT---GG-C------TCC-TA-T-----TAAT------T--A-GCTTGGTAATATGGTCCTTTT--G-----AGCACA-G----TT-T-C-GAAAACACGGACCGGCATTTTT
gi|4 : tAGAAATCCTTAG-CAGTTTA--A--------C------------AT-----------TA-G--TA-GAA-AAAC-GT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----A-------AGAGATAACA-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TA-T-----TAA-------T--A-G-TT-GTAATATGGTCCTTTT--G----AAGCAGA-A----TA-G-C-GAAT--TTTA---GGAATTTCTCGGC
gi|5 : cgAAATTCTTAG-CAG---A--A--------TTGCCG-------GTCAAGTGTATATTATA--TA-GAA-TA--CGT----TAT-AAACCAGTG-ACCG-TAA-T-----------------G-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CAA-T---GG-C------TCC-TA-T-----CAAT------C--A-GCTT-GTAATGTGGTCCTTTG--G----AGCCAAA-T----TG-T-T-GAAA--TCGGA-CGAGATATCa
gi|6 : ATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTA---------CGGTG--TT-TGA-AAACCGT----TAT-AAATCAGTG-ACCG-CAA-T--T-----AAGAGATGAG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-G---GG-C------TCC-TA-T-----TCAT------C--A-GCTT-GTAATATGGTCCTTTT--G----AAGCACA-GTAGTTG-T-C-GAAA--CCGGA-a
gi|7 : AGAAATCCTTAG-CAG---A--A--------T------------GTC---------TTGTG--TA-GGA-AAATCGT----TAT-AAATCAGTA-ACCA-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-A-----A-------G-CGA-T---GG-C------TCC-TC-T-----TAAT------T--A-GCTT-GTAATATGGTCCTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-C-AAAA--TGGGA-CGGGATTTCTTGGCaaattt
gi|8 : TTAG-CAG---A--AAACCCGAGT------------GTT---------TT------A-GGA-AAACAGC----TATTAAATCAGTGCACTGTCAA-T--T-----A-------AG-------A-----GGATGATCGA-T-A-----A-------G-CGA-T---GA-C------TAC-TACT-----TAA-------T--A-GCTT-GTGATGTGGTCCTTTTTAG----AAGCA
gi|9 : AAATCCTTAGGCAG---ATAA--------T------------GTC---------TT-T---TA-GGA-AAAT-GT----TAT-AATCCAGTA-ACCA-CAA-T--T-----A-------AG-------A-----G--------A-T-AT----A-------GTCGA-T---GC-T------TCC-TC-T-----TAAT------T----GCT--GTAATATGGTCTTTTT--G----AAGCAAA-G----TG-T-CAAAAA--TGGGA-CGGA--TTCTTGGtggacagtctttgagtcc