lowQualScore : 11111111111111111111111111111 222222222222222222222222222
lowQualScore : 4444444444444 222 111 11 11 1111 1111 2222222222 111 4444444444444444444 11111 11 1 333333333333333333333333333333333333333333 11111111 11 66666666666666666666666 222222222 22222222 11111111111111111111111111111 1 222222222 11 111111 666666666666666666666666666 44444444444444444444444 222 8888888888888888888888888888888888888888888888 22 3 1111111 2222222 33333333 777777777777777777 11 22222222222
lowQualScore : 1 5555555555555 666 333 5 000 22 0 55 7777 5 55 66 0 2 5 1 66 1 0 0 0000 0 44 5 66 4444444444 3 888 777 3 2 4444444444444444444 22222 6 1 55 0 777777777777777777777777777777777777777777 0 99999 1 5 77777777 2 77 2 55 0 9 66666666666666666666666 1 333333333 44444444 2 3 66666666666666666666666666666 0 555555555 5 77 7 5 3 66 5 5 5 0 3 5 66 888 0 3 5 00 7777 5 5 333333 5 5 444444444444444444444444444 11111111111111111111111 1 3 7777 3 55 7777 3 3 55 3 3 444 4 11 2222222222222222222222222222222222222222222222 2 3 44 99 999 2 3 0000000 3 3 333 3 44 8888888 6 2 88888888 777777777777777777 66 33 44 44444444444 3 55
lowQualScore : . ............. ... ... . ... .. . .. .... . .. .. . . . . .. . . . .... . .. . .. .......... . ... ... . . ................... ..... . . .. . .......................................... . ..... . . ........ . .. . .. . . ....................... . ......... ........ . . ............................. . ......... . .. . . . .. . . . . . . .. ... . . . .. .... . . ...... . . ........................... ....................... . . .... . .. .... . . .. . . ... . .. .............................................. . . .. .. ... . . ....... . . ... . .. ....... . . ........ .................. .. .. .. ........... . ..
lowQualScore : 4 2222222222222 888 000 3 000 33 2 55 8888 4 22 99 5 7 0 2 99 9 2 5 6666 4 22 0 99 5555555555 4 888 555 6 4 4444444444444444444 55555 9 2 55 8 000000000000000000000000000000000000000000 4 22222 4 7 11111111 5 22 5 55 2 8 88888888888888888888888 0 555555555 77777777 3 0 00000000000000000000000000000 0 666666666 7 99 9 7 0 99 0 0 0 2 4 0 99 888 5 2 0 66 0000 0 0 999999 0 0 666666666666666666666666666 77777777777777777777777 2 6 7777 6 00 7777 6 6 00 6 6 222 0 55 5555555555555555555555555555555555555555555555 1 3 66 22 222 8 1 0000000 1 1 888 1 22 9999999 2 9 88888888 777777777777777777 99 88 66 33333333333 6 55
consensus : TGAACGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGGCAGAAT-GAACAGCCA---CTTAATGTGACNTGGCTN-AAAAATAN-NGTTCTTCACAT-CTTGTAT--GATCAATTCGAACAAAGNTG-GATT--AGTGATATGTATA----ATTCCCC-AAAA--GN---------AANTA---A---TTACAGGATATTCAAA--CAAACGGTC--AATA-----TNGAAAAATATTTA-CTTAGATTACCTG-A-AAA--CTT-------TGAAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCNAT-GAG-GTNGGAANATGG-GAGATATACCTAGAGA-----NGAT--------------AGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGNTNGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCTAGG-CAA--CTCAATGTGTC-AAANT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--TGTAAC--G-AACAG-AA-CAA-C---A-TTAATC-AAATTATG-------------------------TAAATTT-TATAA---GA-AATTA--TCA-TGGAGA-GA----GTT-AG--T----T-CT-CCG--GG-T-T-AGAGAT-ACTTTTTTGG-G----------GG-TTT--GTTTTTT-GTTTTT--TTTTGA-TTT-GGTAACTTTTT--CAC-GC---ATGTT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATAATCCTT-TTCAATGCT-T----T-ACTATTGT-ATT-GCA-NGA--AATAA---------AA-AT--ATTGA
Reference ( gi|2 ) : TGAATGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGGCAGAAT-GCACAGCCA---CTTAATGTGATTTGGCTC-AAAAATAA-AGTTTTTCACAT-CTTGTAT--GATCAATTCAAACAAAGTTG-GATT--AGTGATATGTATA----ATTCCTC-AAAA--GC---------AAGTA---A---TTACAGGATATATAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTG-CTTAGATTACCTG-ATAAA--CTTA------TGAAATA---TT-TGTGT--GAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCATAGAG-GTGGGAAGATGGAGAGATATACCTAGAGA-----GAAT--------------AGAATTTG--CCATT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGTTAGG-CAA--CTGAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAATTA-TTTAA--TGTAAC--G-AACAG-AA-CAA-C---A-TTAATC-AAATTATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATTT-TATAA---GGAAATTA--TCA-TGGAGA-GA----GTT-AG--T----T-CT-CCG--GG-T-TAAGAGAT-ACTTTTTGGGCG----------GGTTTT--GCTTTTT-GTTTTTGGTTTTGA-TTT-GGTAACTTTTT--CACGGC---ATGTTCTGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATGATCCTTGTTCAATGC--G----T-ACTATGGTGATT-GCA-GGA--AATAA---------AA-AT--ATTGA
gi|1 : TGAATGATTGTGGATTATCTTTTA------AAAAAAATGGCATAAT-CAACAGCCA---CTTAATGTGATTTGGCTT-AAAAATAA-GATTTTTCTTAT-CTTGTAT--GCTCAATTCAAACAAAGTTG-AATT--AGTGATATGTATACAATAT------AAAATGGCGAAGTAACAAAGTATCAA---TTGCAGGATTTTTAAA--CAAATGGTC--AATA-----TTAAAAAATACTTT-CTCAGATTACCTG-AAAAA--CGTA------TGAAGCA---TG-TTTGT--AAATTTAGAACA-A--GTAATGCAAAAT-TACCCATAGAG-GTGGGAATATGGAGAGATGTACCTAGAAAAAATTGAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNN--NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------------NNN-------------NNNNNNNNT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCTAGG-CAA--TTTAATGTTTC-AAGGC--AT-TATGAA-CACATATCCTAATATT-CTTA--AA----TTAATCAACTA--TTAA--TATAAC--G-AGC-G-AA-CA---------TAAT---AATTA------------ATTATACAAATTGTGTAAATTG-AATAA----AAAATGA--TCATTGGAGA-GA----GTT-AC--T----T-CT-CCG--GT-T-T---AGGT-AC---TTG------------------TT--GTTTTTT-CTTTTTG-----GA-T-------ACCTCTT--CAAAGC---ATGTT-TGCTT-T-------T-ATTGTT-G-TAA-T--ACATGTATCTGTTATTAATATTCCTTTCCCAATGCCTT----T-ACCTTTCT-ATA-GCA-AGA--AATAA---------AA-GC--ATTGA
gi|7 : ttTGAATGGTTGTGGATTATTTTATACATGTATA-----TGGCAGAAT-GGACAGCCA---CTTAATGTGACTTGGCTTAAAAAATAA-GATTTTTCACAT-CTTGTAT--GAT-AATTCAAACAAAGTTG-GATT--AGTGTTATGCATA----ATTCCTC-AAAA--GC---------AAGTA---A---TTACAGGATTTTTAAG--CAAACGGTC--AGTA-----TTGAAAAGTACTTA-CTTAGATTACCTG-AAAAA--CTTC------TGAAATATTTTT-TTTAT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-
gi|4 : caatttacaaaattcccaaaggaaaaagatttcttcaaaacttaatgtaatgagaaattataacagtcattggtttaattatataaaacagatctACGAATGTGGATTATCCTATA------TT-----TGGTTG--TCGCATA--CATTCCCTAATATAAAATGGCTA-AAAACTAC-TGTTCATAATAT-ATTATAT--GACCAATTTGTACAGAAATG-GAAG--AGCAATATTTCTG----ACACACC-TAAA--GC---------AATTA---A---CTACAAAATATTCAAA--ACAACATTG--AATT-----TAGAAAGATATCT--CTTGAATCTCC-----AAA--CTAAAAAGGCAAAAATA----T-TATGT--AAATAT---ACATGTTGTAATTACAAAC-TACCAAT
gi|13 : atattttgaatctcttaaaataactccactccaaatgatatggtatatggagaattgggaagatatccctaggctttaaacataaaggtacgaatgattacgttctgggcaaaattataataaataagttatactttctattacttaaaataaacttacaggtacatattggatgaaatgtataaaaaaatattatcgACGAATGTGGATTATCCTATA------T------TGTC-TAAT---ACATTC----CCTAGTGCAAATTGGTTA-CGAAATAC-TGTTGATAAAAT-ATTGCAT--GATCAACT
gi|18 : atataatgaatcttaattaataaccatactccaaatgatatggtgaattataatggtaagaatgattacgttcttggcaaaattggtatattctaataaattgtgcactaaattatactgttttttacatgatataacatgcatatcttagatgaaatgcttaaaaaaatatcattgTAATTAT--ATTATTTTACA------TA-----TCTCAGAAT-GAACAGCCA---Ctg
gi|8 : tttgcaagttttgcagtggaccaagatttcttaaagactttaatatgatagacatgtataaaattacaataattcttagtttaaatatagaaaaacagtcgtagaatgaatgttgattttttttttACAACCA---TTTCATGTGACGTGGATT-TAAAACAATACTTCTTCACAA-TGTGTAT--GTTCAATTCAAGCAAAGCTG-GACT--AGGGATATGTATA----ATTCCTC-GAAA--GG---------AAATA---ATATTTACAGGTTATCCAAAAGTATACAAT----ATA-----TTGGATGATATTTA-GTTG---TAC------GAA--CTTT------TG--ATA---TT-TGTTTTCAACTTTAGAACT-G--GTAATAC
gi|9 : ggtttatttacaaaattcatagggcaaagatttcttctaaactttagtatgctatgagacatttagaactgttcttggtttcagtatctataaaatcgattttgaatgattatagattaaACAACCA---TTTCA-GTGACGTGGATT-ATAAACAATACTTCTTCACAA-TGTGTAT--GTTCA-TTCAAGCAAAGCTG-GACT--AGGGATATGTATA----ATTCCTCGAAAG--GA---------AAATA---ATATTTACAGGTTATCCAAA-------AGT----ATA-----C---AATATATTGG-ATGATATTATTTGTACGAA--CTT-------TG--ATA---TT-TGTTTTCAACTTTAGAACT-G--GTAAT
gi|6 : gggtttatttacaaaattcatagggcaaagatttcttctaaactttattgatatgctatgagacatttagaactgttcttggtttcagtatctataaaaatcgaatttgaatgattatagataaTTAATATTGCATGGTTG-AAAAACAC-TGTTTTTAATATTCTTAAA---GATTAATTTGTACAAAGTTG-GAAA--AGTGAAGTTTTAA----ATTCACC-AAAG--GT---------TATTA---A---TTACAGAATATATTAG--C--ATGGCCTAAAGG-----TAGAGAAGTATGTATCATA-ACTACCT----------TT-------TGAATTA---GC-CCT-T--AAACTTTGTA--------AATGTCAAAT-TACC------G-GTTGGAATGT-------TATGCCAAGAAA-----TGAT--------------AGAATCTG--TAGCT--TGTGCAGT--AAATCGGAACTTGGTGTGAATTCCATTACATT-------------TTTCCATGT-AATGATATCACAGTGAGAA---ATAG-TAGA-AAA--CTTTTTGTTCC-AAATT--AT-TATT-G-CCAAAATCCAAATTCT-TATA--AA---TTTGAACAATTG-TTTAA--Ta
gi|14 : GCTA-AAGCATAC-AGTTTTACA-AT-CTTTT-TCAGATCAATTTAAACAAAAATACAATTACAGTGATATATTTG----ATTTTCC-TAAA--GG---------AACAA---A---TCACAGAATGTTTTAA--GAA--GG----AATAAGCTCTAGAGAAATGTTTT-GGTATATCATGTA-ATAAATTCTT-------TGACACA---CTACATAT--AGATCTAGAACA-A--TGAAT-CACAAT-TACCGATTAAA-ACCAGACACTGGCAAAATATACC---AGA-----TGAT--------------AGAATCTGGACC-TTAATATGTAA
gi|22 : TG-GATT-------CATATATG----AGTCCAC-AAAA--GG---------AAGTA---A---TTACAAG-----------------GTC--TATA-----TTGAAATGTAATTA-CTTAGATTACCTGAATAAA--CGTT------TGACATG----T-TATGT--AAATTTAGAACT-G--ATAAGGCAATAT-TACCTA
gi|3 : cACA-G--GTAATGCAAATTATACCCAT-GAGAGTGGGAAGATGG-GAGATATACCTAGAGA-----GAAT--------------AGAATTTG--CCATT--TATGTAACCAAA-T--GAGATAGGTG-------------ATGAGTTCATTATATATTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAA-C---A--GCTAGG-CAA--CTGAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATAT--CATTCTAA---TTTAATCAATTA-TTTAA--TGTAAC--G-AACAG-AAACAA-C---A-T-AATC-AAATTATG-------------------------TAAATTT--ATAA---GAATATT----CA-TGGAGA-GA----GTT-AG--T----T-CT-CCG--GG-T-T-AGAGAT-ACTTTTTTGG-G----------GGGTTT--GTTTTTT-GTGTTTGTTTTTGATTTT-GGT-ACTTTTT--CAC-GC---ATGTT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATA-------G-TATTGAT-ATCCTT-TTCAATGT--ATCTTT-ACTAT-GT-ATT-GCA-TGAATAAT-A---------AA-AT--ATTGA
gi|5 : tttgtcaggctactcaatacgatatgatatggcagtttcgtaaactctgtacctggtacatG-------------TTAAACTGTTACAGACATTTCTATGAAAC---A-CCTGAGG-CAA--CTGAATGTGTC-AAATT--TA-TATT-A-CACACATCGTA--ATT-CATA--AA---TT--ATC-ATTACTTTAA--TGTAACCGA-AACAA-AC-CAA-C---A-TTAATC-AAA-TATG-------------------------TAAATTC-TATAA---GACACTTA--T-A-TGG-GA-AA----G-T-AGAAT----C-AT-CCG--GG-TATTTGAAATAACTTTTTTG--G----------GGTTTC--TTTTTTT-GTTTTTTTTTTTG--TTT-GG-AACTTTTT--CACTTCACGATGTT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-T-A-T--ATA-------G-TATTGATA--CCTT-TTCAATGCT-T----T-ACTAT-GT-ATT-GCA-TGA--AATAATACAATATGAA-AT--ATTGAaataatattgatatgaatatatatt
gi|24 : acagaatccgaattttgtagccccaatagatgatgagtttcattatatatttaactgtacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAAAAC---A-CGATAGG-CAA--CTCAAAGCAT---AATTTAAT-TACT-G-CACATATCCTAGAAGT-CATA--TA---TTTACTCAACTG-TTACA--TATTAT--T-AACAA-AA-CTC-A---A-TTCATC-AAATatatggacaca
gi|12 : gAAAAC---T-GGTAAGGGCAA--CTCAATGTGTC-CAGGT--AT-CATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTATTCAACTA-TTTAA--TATAAC--G-AACAG-AA-CAG-C---A-TTAATC-AGATTATG-TATAAGAATTATCATGGAGAGAGTTAAATTT-TA--------------------------------------G--T----T-CT-TCG--AG-T-T-AGACAT-ACT-----------------------------TTTTT-GTT------------TTT-GGTAACCTTTT--CAC-GC---ATGTT-TGCAT-T-------T-AGT-TC-G-TAA-T--AT-T-----TG-TATTAAT--T-----TTCAATGCT-T----T-ACT-TTGT-ATT-GCA-AGA--AAT-----------GA-AC--ATTGAcctgt
gi|11 : AAAACGGTA-AG---GG-CAAGACTCAATGTGTCCAAGGT--ATGCATT-A-CACAATTCCTAA-ATT-CATA--AA---TTTATTCAACTA-TTTAAATTATAAC--G-AACAG-AA--AG-C---ATTTAATC-AGATTATG--TATAAGAATTATCATGGAGAGGTTAAATTT-T-----------------------------A----GT------T----T-CT-TCG--AG-T-T-AGACAT-ACTTTTT-------------------------TTTTT------------------T-GGTAACCTTTT--CAC-GC---ATGTTTTCCAT-T-------T-AGT-TC---TA-----ATAT-----TGCTATT--TAATT----TTCAAT-C--T----T-ACT-TTGT-ATT-GCA-AGA--AAT-----------GA-AC--ATTGAt
gi|10 : AAGT--AT-TATT-AACACCCATCCTAATATTGCATG--GAATGTTTAATC-AT---TTTAAT-TGTTAC--GCAACAGAAA-CAAGCTTAA-TTAATCGAAATTAT-----------------------TAGTAAATTTATGTAA---G--AATTAAGTCA-TGGAGA-GAAGATGTA-TG--T----T-CTGCCGAAGGTT-TATGAGAT-AC--TTCGGGGG----------GGt
gi|16 : TAA--TGTAAC--G-AACAG-AA-CAA-C---A-TTAATC-AAATTATG-------------------------TAAATTT--ATAA---G--AATTA--TCA-TGGAGA-GA----GTT-AG--T----T-CT-CCG--GG-T-T-AGAGAT-ACTTTTTTGGGG----------GGGTTT--GTTTTTT-GTTTTT-GTTTTGA-TTT-GGTAACTTTTT--CAC-GC---ATGTT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATA------TG-TATTGAT-ATCCTT-TTCAATGCT-T----T-ACTAT-GT-ATT-GCA-TGA--AAT-A---------AA-AT--ATTGAggggggggtaacttttttccagcgcatggtgttcattagtaaaatattttgtaattagtatgtgtttgataatccttagattgcaaaaataaaacatattaattgaatgaattgacgtataggcctagtatcatgtac
gi|25 : AAACTA-TGTAAAATGAAAATTA--TAA-TTGAGA-GA----GTT-AG--C----T-CT-CCT--GG-T-TAattgaatt
gi|15 : tgtaacaaagtactttttagcacaacattaaacaggtaTT-TATAG------AATTA--TCAATGGAGAAGA----GTTTAG--T----TTCT-CCG--GG-T-TAGAAGAT-ACTTTTTTGG-G----------GGTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTG-TTTTGA-TTT-GGTAACTTTTT--CA--GCA--ATGTT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--A-A------TG-TATTGAT-ATCCT--TTCAATGCT-T----T-ACTAT-GT-ATTGGCA-TG---AATAAAT-------AA-AT--ATT
gi|19 : aaataaacgcaaccaatcattcccataaaaacgtgaaAATTA--TCA-TGGGGA-AA----GTT-AG--T----T-CT-CCG--GG-T-T---AGAC-ATTTTT-----------------GTTTT--GTCTTTT--TTTT----------TTT-GGTAACTTTTT--CAC-GC---ATGTT-TGCTT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--AT-C-----TG-TATTAAT-ATCCTT-TTCAATGCT-T----T-ACT-TTGT-ATA-ACG-AGA--AAT-A---------AA-AC--ATTGAtattgtaattgtaat
gi|20 : gAGA-GA----GCT-AG--CCAACT-CT-CCA--AG-T-TAA------ACTTTTTGGGAGAGGGGGGGGGGG------GCTTTTT----------TTT-A-T----GTAAC-----------GA---GTGTT-TGCAT-T-------TTACC-TT---TAA-T--ATCT-----T--TATAAAC-ATTCTT-TTCAATGC--T----TTACTTT--TAAT--GCA-AGA--AATAA---------AA-ttgat
gi|23 : GTTTTGT-TTTTGGTAACTTTTT--CAC-GT---ATGTT-TGCTT-T-------T-ATT-AT-G-TAA-T--AT-C-----TG-TATCAAT-ATCCTT-TTCAATGCT-T----T-GCT-TTGT-ATA-GCAGGGA--AATAA---------Acattacttaacattg
gi|28 : tctgttagacatactGTTTTG--TTT-TGTAACT-TTT--CAC-GC---ATGTT-TGCA--T-------T-ATT-TT-GATAA-T--TTA------TG-TATT
gi|10 : -GGTAACTTTTTTCCAGCGC---ATGGTGTTCAT-TAGTAAAAT-ATT-TT-G-TAA-TTAGTATG----TG-T-TTGATAATCCTTA-------------------------GATT-GCA--AA--AATAA---------AACAT--ATTAAa
gi|26 : aagtattattaacacccatcctaatattgcatggaatgtttaatcattttaattgttacgcaacagaaacaagcttaattaatcgaaattattagtaaatttatgtaagaattaagtcatggagagaagatgtatgttctgccgaaggtttatgagatacttcgggggggggggggGTCTTGCTTCT-------T-ATT-TTTG-CAAAT--ATCT-----GG-TATTTATAAACCC-ATTCAATGC--T----TTACTATGTTA----GCA-AGA--AATAA---------AA-ATTGATTGAttgaatgaattgacgtataggcctagtatcatgtac
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATACTTATAAGTTTAGTCAGCTATTTCATATACCTAATAGAGCCGCTTCAATCACATCAAAATATGTAAACTATTATGGAGAGAGTTCACCAAGTTTGACGCTTTTCTATGGCTTTCTTTTTCCGGAATTGAGAACCTCTTCACGCAAGTTTGTCGTAGTCTTCTAATATCTATTGAT
Unaligned ( gi|21 ): TGCAAAATTTGAGGCAAATTCTTTAACAACTTATTATGTAATGAGAAAGTGCAACAATCCTTGGTTTAATTAAATTAAAAAAAAATCAATGTGGATTATCTTGGAGTGATGATAGATGGGTTATTAATGTG
Unaligned ( gi|27 ): TATCCTTTTTTAATCAGGTGCTTTACTATGTATTTGCATGAAATATAAATATGAATTGAAATT
Unaligned ( gi|29 ): TACGTATCTAATATAAAATGGCGAAGTAATAAAGTATCA
Unaligned ( gi|30 ): ATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTATCAATCCAGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333 11 111 2222222222222 11111 1 222222222222222222 11 11111 2 11111 11 11 00000000000000000000000000000 1111111111 11111111 4444444444444444444444444444444444 11111 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555 1111 111 2222222 11 22 2222222222222
lowQualScore : 1 77777777777777777777777 11 0 3 11 4 1 22 8 1 3 4 66 1 0 1 4 0 66 0 9999 9999 0 4 66 1 1 777 555 2 1 44 1111111111111 11111 1 2 88 1 9999 555555555555555555 33 99999999 4 22 66666 0 5 55555 8 1 1 4 6 1 44444 33 6 7 88 1 1 66666666666666666666666666666 8 9999999999 66 3 5 1 66 4 4 4 0 4 55 777 0 4 77 6666 22222222 3 3 77 99999 3 44 88888 7777 3 0 44 2222222222222222222222222222222222 77777 3 44 6 3 6666 0000000 3 55555555 6666 3 3 44 77 666 55 3 1 6666666666666666666666666666666666 0000 888 33 777 2 5 2 5 2 8888888 2 2 333 2 33 5555555 5 1 44 2 2 77777 2 777 55 2 2 2 33 0000000000000 3 44
lowQualScore : . ....................... .. . . .. . . .. . . . . .. . . . . . .. . .... .... . . .. . . ... ... . . .. ............. ..... . . .. . .... .................. .. ........ . .. ..... . . ..... . . . . . . ..... .. . . .. . . ............................. . .......... .. . . . .. . . . . . .. ... . . .. .... ........ . . .. ..... . .. ..... .... . . .. .................................. ..... . .. . . .... ....... . ........ .... . . .. .. ... .. . . .................................. .... ... .. ... . . . . . ....... . . ... . .. ....... . . .. . . ..... . ... .. . . . .. ............. . ..
lowQualScore : 7 99999999999999999999999 55 2 2 22 4 0 00 9 7 7 4 11 9 7 0 4 1 11 7 4444 4444 1 4 11 0 0 888 666 2 1 44 6666666666666 11111 0 7 33 2 4444 000000000000000000 66 11111111 7 22 44444 1 0 00000 0 0 0 0 0 0 55555 88 7 3 33 0 0 66666666666666666666666666666 0 0000000000 99 4 0 0 11 4 4 4 9 0 55 000 1 0 99 1111 11111111 3 3 99 33333 3 66 33333 1111 3 4 66 6666666666666666666666666666666666 77777 3 66 7 1 5555 0000000 1 44444444 5555 1 1 22 33 777 11 3 2 7777777777777777777777777777777777 7777 222 99 999 9 7 9 3 7 7777777 7 7 777 7 77 9999999 3 1 44 9 9 11111 9 999 88 9 9 9 99 6666666666666 1 66
consensus : TGAACGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGAACAGCCACTTAATGTGACNTGGC-TNAAAAATAANG-TTTTTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCGAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCCC-AA--AAGNAAGTA---A---TTACAGGATATTTAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTA-CTTAGATT----ACCTG-A-A--AA--C-TT-TGAAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCA-T-GAG-GTGGGAANATGGAGAGATATACCTAGAGANAATAGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--CTNAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT-TATAA-G-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--T-TTT-T--TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATAATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTATTGT-A-TT-GCA-NGAAATA--A---------AA-AT--ATTGA
Reference ( family-203 ) : TGAACGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGAACAGCCACTTAATGTGACNTGGC-TNAAAAATANNG-TTCTTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCGAACAAAGNTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCCC-AA--AAGNAANTA---A---TTACAGGATATTCAAA--CAAACGGTC--AATA-----TNGAAAAATATTTA-CTTAGATT----ACCTG-A-A--AA--C-TT-TGAAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCNA-T-GAG-GTNGGAANATGG-GAGATATACCTAGAGANGATAGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGNTNGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--CTCAATGTGTC-AAANT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT-TATAA-G-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--T-TTT-T--TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATAATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTATTGT-A-TT-GCA-NGAAATA--A---------AA-AT--ATTGA
gi|1 : TGAATGATTGTGGATTATCTTTTA------AAAAAAATGG----CATAATCAACAGCCACTTAATGTGATTTGGC-TTAAAAATAAGA-TTTTTCTTAT-CTTGT--ATGCTCAATTCAAACAAAGTTG-AATTA--GTGATATGTATACAATATAAAATGGCG-AAGTAACAAAGTATCAA---TTGCAGGATTTTTAAA--CAAATGGTC--AATA-----TTAAAAAATACTTT-CTCAGATT----ACCTGAA-A--AA--C-GTATGAAGCA---TG-TTTGT--AAATTTAGAACA-A--GTAATGCAAAAT-TACCCA-TAGAG-GTGGGAATATGGAGAGATGTACCTAGAAAAAATTGAAT
gi|1 : ttT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--TTTAATGTTTC-AAGGC--AT-TATGAA-CACATATCCTAATATT-CTTA--AA----TTAATCAACTA--TTAA--TATAAC--G-AG--------C-G-AA-CATAA-TA--A-TTA--A-----TTATAC-AAATTGT--G-------------------------TAAATTG-AATAA-A-A-A-ATGA--TCATTGGAGA-GA----G-------TT-AC--------T----T-CT-CCG--GT--TT----A-GGT-AC----TT-G--------------TT---GTTT-------T-TTC-T--TTTTG-----GATACCTCTTC--AA---A-GC-ATG-TT-TGCTT-T-------T-ATTGTT-G-TAA-T--ACATGTATCTGTTATTAATATTCCTT-TCC-----CAA-TGC--CTTTACCTTTCT-A-TA-GCA-AGAAATA--A---------AA-GC--ATTGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgacatttctataaaacaagctaggcaatttaatgtttcaaggcattatgaacacatatcctaatattcttaaattaatcaactattaatataacgagcgaacataataattaattatacaaattgtgtaaattgaataaaaaatgatcattggagagagttacttctccggtttaggtacttgttgttttttctttttggatacctcttcaaagcatgtttgcttttattgttgtaatacatgtatctgttattaatattcctttcccaatgcctttacctttctatagcaagaaataaaagcattga
gi|10 : tttgaatgattgtggattatcttttaaaaaaaatggcataatcaacagccacttaatgtgatttggcttaaaaataagatttttcttatcttgtatgctcaattcaaacaaagttgaattagtgatatgtatacaatataaaatggcgaagtaacaaagtatcaattgcaggatttttaaacaaatggtcaatattaaaaaatactttctcagattacctgaaaaacgtatgaagcatgtttgtaaatttagaacaagtaatgcaaaattacccatagaggtgggaatatggagagatgtacctagaaaaaattgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGT--AT-TATT-AACACCCATCCTAATATTGCATG--GAATGTTTAATCA--T--TTTAAT-TGTTAC--GCAA--------CAGAAA-C--AAGCTTAA-TTA--A-----T----CGAAATTATTAG-------------------------TAAATTTATGTAA-G---A-ATTAAGTCA-TGGAGA-GAAGATG-------TA-TG--------T----T-CTGCCGAAGGT-TT-ATGA-GAT-AC---TTC-GG-------GGG--
gi|10 : GGTAACTTTTTTCCAG--C-GC-ATG-GTGTTCAT-TAGTAAAAT-ATT-TT-G-TAA-TTAGTATG----TG-T-TTGATAATCCTT----------AG-------------------A-TT-GCA-A-AAATA--A---------AACAT--ATTAAggggggggggtaacttttttccagcgcatggtgttcattagtaaaatattttgtaattagtatgtgtttgataatccttagattgcaaaaataaaacatattaattgaatgaattgacgtataggcctagtatcatgtac
gi|11 : aagtattattaacacccatcctaatattgcatggaatgtttaatcattttaattgttacgcaacagaaacaagcttaattaatcgaaattattagtaaatttatgtaagaattaagtcatggagagaagatgtatgttctgccgaaggtttatgagatacttcgggggggggggggAAAACGGTA-AG----GGCAAGACTCAATGTGTCCAAGGT--ATGCATT-A-CACAATTCCTAA-ATT-CATA--AA---TTTATTCAACTA-TTTAAATTATAAC--G-AA--------CAG-AA----AG-C---ATTTA--A-----T----C-AGATTAT--G---------------------------------TATAA-G---A-ATTA--TCA-TGGAGA-G-----G-------TT-AAATTTTAGTT----T-CT-TCG--AG--TT-A-GA-CAT-ACTTTTTT---------------TT-------------------------------TTTGGTAACCTTTT--CA---C-GC-ATGTTT-TCCAT-T-------T-AGT-TC---TA-----ATAT-----TGCTATT--TAA---TT-T-T-----CAA-T-----CTTACT-TTGT-A-TT-GCA-AGAAAT-------------GA-AC--ATTGAttgaatgaattgacgtataggcctagtatcatgtac
gi|12 : GGCAA--CTCAATGTGTC-CAGGT--AT-CATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTATTCAACTA-TTTAA--TATAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AG-C---A-TTA--A-----T----C-AGATTAT--G---------------------------------TATAA-G---A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----GTTAAATTTT-AG--------T----T-CT-TCG--AG--TT-A-GA-CAT-ACTTTTTT------------G--TT-------------------------------TTTGGTAACCTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-AGT-TC-G-TAA-T--AT-T-----TG-TATTAA------TT-T-T-----CAA-TG---CTTTACT-TTGT-A-TT-GCA-AGAAAT-------------GA-AC--ATTGAt
gi|13 : aaaactggtaagACGAATGTGGATTATCCTATA------T------TGT----C-TAAT--ACATTC-CCTAGTGCAAATTGGT-TACGAAATACTG-TTGATAAAAT-ATTGC--ATGATCAACTTGt
gi|14 : atataatgaatcttaattaataaccatactccaaatgatatggtgaattataatggtaagaatgattacgttcttggcaaaattggtatattctaataaattgtgcactaaattatactgttttttacatgatataacatgcatatcttagatgaaatgcttaaaaaaatatcattgGC-TAAAGCATACAG-TTTTACA-AT-CTTTTTCA-GATCAATTTAAACAAAAATACAATTACAGTGATATATTTG----AT----TTTCC-TA--AAGGAACAA---A---TCACAGAATGTTTTAA--GAA--GG----AATAAGCTCTAGAGAAATGTTTT-GGTATATC----ATGTA-ATA--AATTC-TT-TGACACA---CTACATAT--AGATCTAGAACA-A--TGAAT-CACAAT-TACCGATT-AAA-ACCAGACACTGGCAAAATATACC---AGATGATAGAATCTGGACC-TTAATATGTAA
gi|15 : AAT--A-AA--------CGC-AA-CC-AATC---A-TTCCCA-----T----A-AAA--AC--G-------------------------TGAATTT--ATAG-----A-ATTA--TCAATGGAGAAGA----G-------TTTAG--------T----TTCT-CCG--GG--TT-A-GAAGAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTTTTTGTTTTTTTG--T-TTT-TG-TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA-----GCAATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--A-A------TG-TATTGAT-ATCC-T-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT-A-TTGGCA-TG-AATA--AAT-------AA-AT--ATT
gi|16 : aTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT--ATAA-G-A-A--TTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGGGGTTT---GTTTTTT-G--T-TTT-TG-TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATA------TG-TATTGAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT-A-TT-GCA-TGAAAT---A---------AA-AT--ATTGAtattgtaattgtaat
gi|17 : ATACT-TATA--AG---TTTAGTCAGCTA-TTTCA--TATACC--T-AA--------TAG-AG-C--CG-C---T-TCA--A-----T----C-ACATCA------------------------------AAAT----AT---GTA-A-ACTA--TTA-TGGAGA-G----------------AG--------T----T-CA-CCA--AG--TT----T-GAC-GCTTTTCT-AT-------GGC--TTT--------------C-TTT-T--TCCGGA-ATTGAGAACCTCTT--CA---C-GC-AAG-TT-TGTCG-T-------A-GTC-TT-C-TAA-T--A--------TC-TATTGATattgaatt
gi|18 : ATTATTTTACA------TA-----TCT----CAGAATGAACAGCCAC
gi|19 : tttgcaagttttgcagtggaccaagatttcttaaagactttaatatgatagacatgtataaaattacaataattcttagtttaaatatagaaaaacagtcgtagaatgaatgttgatttttttttttaattat-A-ATTA--TCA-TGGGGA-AA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-CAT-----TTTT-G----------------------TTTT-G--T-CTT-T--TTTTT--TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCTT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--AT-C-----TG-TATTAAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACT-TTGT-A-TA-ACG-AGAAAT---A---------AA-AC--ATTGA
gi|2 : gTGAATGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGCACAGCCACTTAATGTGATTTGGC-TCAAAAATAAAG-TTTTTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCAAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCTC-AA--AAGCAAGTA---A---TTACAGGATATATAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTG-CTTAGATT----ACCTG-ATA--AA--C-TTATGAAATA---TT-TGTGT--GAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCA-TAGAG-GTGGGAAGATGGAGAGATATACCTAGAGAGAATAGAATTTG--CCATT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGTT-AGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAATTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATTT-TATAAGG-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TTAA-GA-GAT-ACTTTTTG-GGC------GGGT-TTT---GCTTTTT-G--T-TTT-TGGTTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---CGGC-ATG-TTCTGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATGATCCTTGT-T-----CAA-TG---C-GTACTATGGTGA-TT-GCA-GGAAATA--A---------AA-AT--ATTGAttgat
gi|20 : AGA-GA----G-------CT-AG--------CCAACT-CT-CCA--AG--TT-A-AA------CTTTTTG-GGAGAGGGGGGG--GGG---G-------G--C-TTT-T--TTTT-A-T---GTAAC--------------GA-GTG-TT-TGCAT-T-------TTACC-TT---TAA-T--ATCT-----T--TATAAACA-TTCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACT-TT-T-A-AT-GCA-AGAAATA--A---------AA-
gi|22 : TG-GATT-------CATATATG----AG----TCCAC-AA--AAGGAAGTA---A---TTACAAG-----------------GTC--TATA-----TTGAAATGTAATTA-CTTAGATT----ACCTG-A-ATAAA--CGTT-TGACATG---TT--ATGT--AAATTTAGAACT-G--ATAAGGCAATAT-TACCTA-cattacttaacattg
gi|23 : cT-G--T-TTT-G--TTTT-----TGGTAACTTTTT--CA---C-GT-ATG-TT-TGCTT-T-------T-ATT-AT-G-TAA-T--AT-C-----TG-TATCAAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTGCT-TTGT-A-TA-GCAGGGAAATA--A---------A
gi|24 : tctgttagacatacTAAAAC---A-CGAT-AGGCAA--CTCAAAGCAT---AATTTAAT-TACT-G-CACATATCCTAGAAGT-CATA--TA---TTTACTCAACTG-TTACA--TATTAT--T-AA--------CAA-AA-C--TC-A---A-TTC--A-----T----C-AAATCCT--G-------------------------T
gi|25 : g--TGTAAC--A-AAGTACTTTTTAG-CA-C--AA-C---A-TTA--AACAGGT----A-AAACTAT--G-------------------------TAAA-----ATGA---A-A-ATTA--TAA-TTGAGA-GA----G-------TT-AG--------C----T-CT-CCT--GG--TT-A-
gi|26 : T-TGCTTCT-------T-ATT-TTTG-CAAAT--ATCT-----GG-TATTTATAAACCCA-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT---TA-GCA-AGAAATA--A---------AA-ATTGATTGA
gi|27 : gtcATCCTT-T-TTTAATCAGGTG---CTTTACTA-TGT-ATTT-GCA-TGAAATA--T---------AA-AT--ATtt
gi|28 : t--TTTTG--TTTTGTAACTTTT---CA---C-GC-ATG-TT-TGCA--T-------T-ATT-TT-GATAA-T--TTA------TG-TATTgaattgaaatt
gi|3 : gACA-G--GTAATGCAAATTATACCCA-T-GAGAGTGGGAAGATGG-GAGATATACCTAGAGAGAATAGAATTTG--CCATT--TATGTAACCAAA-T--GAGATAGGTG-------------ATGAGTTCATTATATATTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAA-C---A--GCT-AGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATAT--CATTCTAA---TTTAATCAATTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AAAC--AA-C---A-T-A--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT--ATAA-G-A-ATATT----CA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTTGGG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--TGTTTGT--TTTTGATTTTGGT-ACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATA-------G-TATTGAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TGTATCTTTACTA-TGT-A-TT-GCA-TG-AATAATA---------AA-AT--ATTGAa
gi|4 : tttgtcaggctactcaatacgatatgatatggcagtttcgtaaactctgtacctggtacatACGAATGTGGATTATCCTATA------TT-----TGGTTGTC-GCAT--ACATTC-CCTAATATAAAATGGC-TAAAAACTACTG-TTCATAATAT-ATTAT--ATGACCAATTTGTACAGAAATG-GAAGA--GCAATATTTCTG----AC----ACACC-TA--AAGCAATTA---A---CTACAAAATATTCAAA--ACAACATTG--AATT-----TAGAAAGATATCT--CTTGAATCTCCAAACTA-A-A--AA--G-GC-AAAAATA----T-TATGT--AAATAT---ACATGTTGTAATTACAAAC-TACCAA-T-aataatattgatatgaatatatatt
gi|5 : atattttgaatctcttaaaataactccactccaaatgatatggtatatggagaattgggaagatatccctaggctttaaacataaaggtacgaatgattacgttctgggcaaaattataataaataagttatactttctattacttaaaataaacttacaggtacatattggatgaaatgtataaaaaaatattatcgG-------------TTAAACTGTTACAGACATTTCTATGAAAC-----ACCTGAGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--TA-TATT-A-CACACATCGTA--ATT-CATA--AA---TT--ATC-ATTACTTTAA--TGTAACCGA-AA--------CAA-AC-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAA-TAT--G-------------------------TAAATTC-TATAA-G-ACA-CTTA--T-A-TGG-GA-AA----G--------T-AGAA------T----C-AT-CCG--GGTATT-T-GA-AATAACTTTTTT-GG-------GGT--TTC---TTTTTTT-GTTT-TTT-T--TTTTG--TTTGG-AACTTTTT--CACTTC-ACGATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-T-A-T--ATA-------G-TATTGATA--CCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT-A-TT-GCA-TGAAATA--ATACAATATGAA-AT--ATTGA
gi|6 : acagaatccgaattttgtagccccaatagatgatgagtttcattatatatttaactgtacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTAATATTGCATGGT-TGAAAAACACTG-TTTTTAATATTCTTAA--A-GATTAATTTGTACAAAGTTG-GAAAA--GTGAAGTTTTAA----AT----TCACC-AA--AGGTTATTA---A---TTACAGAATATATTAG--C--ATGGCCTAAAGG-----TAGAGAAGTATGTATCATA-ACT----ACCT-------------TT-TGAATTA---GC-CCT-T--AAACTTTGTA--------AATGTCAAAT-TACC-------G-GTTGGAATGT-------TATGCCAAGAAATGATAGAATCTG--TAGCT--TGTGCAGT--AAATCGGAACTTGGTGTGAATTCCATTACATT-------------TTTCCATGT-AATGATATCACAGTGAGAA---ATAG-T-AGAAAA--CTTTTTGTTCC-AAATT--AT-TATT-G-CCAAAATCCAAATTCT-TATA--AA---TTTGAACAATTG-TTTAA--Tatatggacaca
gi|7 : TGAATGGTTGTGGATTATTTTATACATGTATA-----TGG----CAGAATGGACAGCCACTTAATGTGACTTGGCTTAAAAAATAAGA-TTTTTCACAT-CTTGT--ATGAT-AATTCAAACAAAGTTG-GATTA--GTGTTATGCATA----AT----TCCTC-AA--AAGCAAGTA---A---TTACAGGATTTTTAAG--CAAACGGTC--AGTA-----TTGAAAAGTACTTA-CTTAGATT----ACCTGAA-A--AA--C-TTCTGAAATATTTTT-TTTAT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-
gi|8 : caatttacaaaattcccaaaggaaaaagatttcttcaaaacttaatgtaatgagaaattataacagtcattggtttaattatataaaacagatctCGATTTTGAATGAT--TATA------GA-----T-----------TAAACAACCATTTCATGTGACGTGGA-TTTAAAACAATACTTCTTCACAA-TGTGT--ATGTTCAATTCAAGCAAAGCTG-GACTA--GGGATATGTATA----AT----TCCTC-GA--AAGGAAATA---ATATTTACAGGTTATCCAAAAGTATACAAT----ATA-----TTGGATGATATTTA-GTTG---T----AC------G--AA--CTTT-TG--ATA---TT-TGTTTTCAACTTTAGAACT-G--GTAATAC
gi|9 : ggtttatttacaaaattcatagggcaaagatttcttctaaactttagtatgctatgagacatttagaactgttcttggtttcagtatctataaaatATAAACAACCATTTCA-GTGACGTGGA-TTATAAACAATACTTCTTCACAA-TGTGT--ATGTTCA-TTCAAGCAAAGCTG-GACTA--GGGATATGTATA----AT----TCCTCGAA--AGGAAAATA---ATATTTACAGGTTATCCAAAAGTATACAAT----ATA-----TTGGATGATA-TTA-TTTG---T----AC------G--AA--C-TT-TG--ATA---TT-TGTTTTCAACTTTAGAACT-G--GTAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGCAAAATTTGAGGCAAATTCTTTAACAACTTATTATGTAATGAGAAAGTGCAACAATCCTTGGTTTAATTAAATTAAAAAAAAATCAATGTGGATTATCTTGGAGTGATGATAGATGGGTTATTAATGTG
Unaligned ( gi|29 ): TACGTATCTAATATAAAATGGCGAAGTAATAAAGTATCA
Unaligned ( gi|30 ): ATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTATCAATCCAGG
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333 11 111 2222222222222 11111 1 22222222222222222 11 333333333333333333 333333333333333333 11111 11 11 88888888888888888888888888888 1111111111 11111111 4444444444444444444444444444444444 11111 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555 1111 111 2222222 11 22 2222222222222
lowQualScore : 1 77777777777777777777777 11 0 3 11 4 1 22 8 3 4 66 1 0 1 4 0 66 0 9999 9999 0 4 66 1 1 777 555 2 1 2 1111111111111 11111 2 88 1 9999 55555555555555555 33 99999999 4 22 66666 0 5 222222222222222222 1 111111111111111111 8 1 22222 11 5 5 33 33333333333333333333333333333 8 9999999999 66 1 5 1 66 4 4 4 0 4 55 777 0 4 77 6666 22222222 3 3 77 99999 3 44 88888 7777 3 0 44 2222222222222222222222222222222222 77777 3 44 6 3 6666 0000000 3 55555555 6666 3 3 44 77 666 55 3 1 6666666666666666666666666666666666 0000 888 33 777 2 5 2 5 2 8888888 2 2 333 2 33 5555555 5 1 44 2 2 77777 2 777 55 2 2 2 33 0000000000000 3 44
lowQualScore : . ....................... .. . . .. . . .. . . . .. . . . . . .. . .... .... . . .. . . ... ... . . . ............. ..... . .. . .... ................. .. ........ . .. ..... . . .................. . .................. . . ..... .. . . .. ............................. . .......... .. . . . .. . . . . . .. ... . . .. .... ........ . . .. ..... . .. ..... .... . . .. .................................. ..... . .. . . .... ....... . ........ .... . . .. .. ... .. . . .................................. .... ... .. ... . . . . . ....... . . ... . .. ....... . . .. . . ..... . ... .. . . . .. ............. . ..
lowQualScore : 7 99999999999999999999999 55 2 2 22 4 0 77 9 7 4 11 9 7 2 4 1 11 7 4444 4444 1 4 11 0 9 888 666 2 1 8 6666666666666 11111 7 33 2 4444 00000000000000000 66 11111111 7 22 44444 1 0 444444444444444444 0 888888888888888888 0 0 22222 00 2 8 88 22222222222222222222222222222 0 0000000000 99 0 0 7 11 4 4 4 9 0 55 000 1 0 99 1111 11111111 3 3 99 33333 3 66 33333 1111 3 4 66 6666666666666666666666666666666666 77777 3 66 7 1 5555 0000000 1 44444444 5555 1 1 22 33 777 11 3 2 7777777777777777777777777777777777 7777 222 99 999 9 7 9 3 7 7777777 7 7 777 7 77 9999999 3 1 44 9 9 11111 9 999 88 9 9 9 99 6666666666666 1 66
consensus : TGAACGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGAACAGCCACTTAATGTGACNTGGC-TNAAAAATAANGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCGAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCCC-AA--AAGNAAGTA---A---TTACAGGATATTTAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTA-CTTAGATT----ACCTG-A--AAA--C-TT-TGAAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCA-T-GAG-G--------TGGGAAGATGGA----GAGATA-------TACCTAGAGANGATAGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--CTNAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT-TATAA-G-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--T-TTT-T--TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATAATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTATTGT-A-TT-GCA-NGAAATA--A---------AA-AT--ATTGA
Reference ( family-203 ) : TGAACGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGAACAGCCACTTAATGTGACNTGGC-TNAAAAATAANGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCGAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCCC-AA--AAGNAAGTA---A---TTACAGGATATTTAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTA-CTTAGATT----ACCTG-A--AAA--C-TT-TGAAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCA-T-GAG-G--------TGGGAANATGGA----GAGATA-------TACCTAGAGANAATAGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--CTNAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT-TATAA-G-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--T-TTT-T--TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATAATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTATTGT-A-TT-GCA-NGAAATA--A---------AA-AT--ATTGA
gi|1 : TGAATGATTGTGGATTATCTTTTA------AAAAAAATGG----CATAATCAACAGCCACTTAATGTGATTTGGC-TTAAAAATAAGATTT-TTCTTAT-CTTGT--ATGCTCAATTCAAACAAAGTTG-AATTA--GTGATATGTATACAATATAAAATGGCG-AAGTAACAAAGTATCAA---TTGCAGGATTTTTAAA--CAAATGGTC--AATA-----TTAAAAAATACTTT-CTCAGATT----ACCTG-A--AAAA-C-GTATGAAGCA---TG-TTTGT--AAATTTAGAACA-A--GTAATGCAAAAT-TACCCA-TAGAG-GTGGGAATATGGAGAGATGTACCTAGAAAAAATTGAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNN--NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------------NNN-------------NNNNNNNNT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--TTTAATGTTTC-AAGGC--AT-TATGAA-CACATATCCTAATATT-CTTA--AA----TTAATCAACTA--TTAA--TATAAC--G-AG--------C-G-AA-CATAA-TA--A-TTA--A-----TTATAC-AAATTGT--G-------------------------TAAATTG-AATAA-A-A-A-ATGA--TCATTGGAGA-GA----G-------TT-AC--------T----T-CT-CCG--GT--TT----A-GGT-AC----TT-G--------------TT---GTTT-------T-TTC-T--TTTTG-----GATACCTCTTC--AA---A-GC-ATG-TT-TGCTT-T-------T-ATTGTT-G-TAA-T--ACATGTATCTGTTATTAATATTCCTT-TCC-----CAA-TGC--CTTTACCTTTCT-A-TA-GCA-AGAAATA--A---------AA-GC--ATTGA
gi|10 : ttAAGT--AT-TATT-AACACCCATCCTAATATTGCATG--GAATGTTTAATCA--T--TTTAAT-TGTTAC--GCAA--------CAGAAA-C--AAGCTTAA-TTA--A-----T----CGAAATTATTAG-------------------------TAAATTTATGTAA-G---A-ATTAAGTCA-TGGAGA-GAAGATG-------TA-TG--------T----T-CTGCCGAAGGT-TT-ATGA-GAT-AC---TTC-GG-------GGG--
gi|10 : GGTAACTTTTTTCCAG--C-GC-ATG-GTGTTCAT-TAGTAAAAT-ATT-TT-G-TAA-TTAGTATG----TG-T-TTGATAATCCTT----------AG-------------------A-TT-GCA-A-AAATA--A---------AACAT--ATTAAggggggggggtaacttttttccagcgcatggtgttcattagtaaaatattttgtaattagtatgtgtttgataatccttagattgcaaaaataaaacatattaattgaatgaattgacgtataggcctagtatcatgtac
gi|11 : aagtattattaacacccatcctaatattgcatggaatgtttaatcattttaattgttacgcaacagaaacaagcttaattaatcgaaattattagtaaatttatgtaagaattaagtcatggagagaagatgtatgttctgccgaaggtttatgagatacttcgggggggggggggAAAACGGTA-AG----GGCAAGACTCAATGTGTCCAAGGT--ATGCATT-A-CACAATTCCTAA-ATT-CATA--AA---TTTATTCAACTA-TTTAAATTATAAC--G-AA--------CAG-AA----AG-C---ATTTA--A-----T----C-AGATTAT--G---------------------------------TATAA-G---A-ATTA--TCA-TGGAGA-G-----G-------TT-AAATTTTAGTT----T-CT-TCG--AG--TT-A-GA-CAT-ACTTTTTT---------------TT-------------------------------TTTGGTAACCTTTT--CA---C-GC-ATGTTT-TCCAT-T-------T-AGT-TC---TA-----ATAT-----TGCTATT--TAA---TT-T-T-----CAA-T-----CTTACT-TTGT-A-TT-GCA-AGAAAT-------------GA-AC--ATTGAttgaatgaattgacgtataggcctagtatcatgtac
gi|12 : GGCAA--CTCAATGTGTC-CAGGT--AT-CATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTATTCAACTA-TTTAA--TATAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AG-C---A-TTA--A-----T----C-AGATTAT--G---------------------------------TATAA-G---A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----GTTAAATTTT-AG--------T----T-CT-TCG--AG--TT-A-GA-CAT-ACTTTTTT------------G--TT-------------------------------TTTGGTAACCTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-AGT-TC-G-TAA-T--AT-T-----TG-TATTAA------TT-T-T-----CAA-TG---CTTTACT-TTGT-A-TT-GCA-AGAAAT-------------GA-AC--ATTGAt
gi|13 : aaaactggtaagACGAATGTGGATTATCCTATA------T------TGT----C-TAAT--ACATTC-CCTAGTGCAAATTGGT-TACGAAATACTGTTG-ATAAAAT-ATTGC--ATGATCAACTTGt
gi|14 : atataatgaatcttaattaataaccatactccaaatgatatggtgaattataatggtaagaatgattacgttcttggcaaaattggtatattctaataaattgtgcactaaattatactgttttttacatgatataacatgcatatcttagatgaaatgcttaaaaaaatatcattgGC-TAAAGCATACAGTTT-TACA-AT-CTTTTTCA-GATCAATTTAAACAAAAATACAATTACAGTGATATATTTG----AT----TTTCC-TA--AAGGAACAA---A---TCACAGAATGTTTTAA--GAA--GG----AATAAGCTCTAGAGAAATGTTTT-GGTATATC----ATGTA-AT-AAATTC-TT-TGACACA---CTACATAT--AGATCTAGAACA-A--TGAAT-CACAAT-TACCGATT-AAA-A--------CCAGACACTGGC----AAAATA-------TACC---AGATGATAGAATCTGGACC-TTAATATGTAA
gi|15 : AAT--A-AA--------CGC-AA-CC-AATC---A-TTCCCA-----T----A-AAA--AC--G-------------------------TGAATTT--ATAG-----A-ATTA--TCAATGGAGAAGA----G-------TTTAG--------T----TTCT-CCG--GG--TT-A-GAAGAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTTTTTGTTTTTTTG--T-TTT-TG-TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA-----GCAATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--A-A------TG-TATTGAT-ATCC-T-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT-A-TTGGCA-TG-AATA--AAT-------AA-AT--ATT
gi|16 : aTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT--ATAA-G-A-A--TTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGGGGTTT---GTTTTTT-G--T-TTT-TG-TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATA------TG-TATTGAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT-A-TT-GCA-TGAAAT---A---------AA-AT--ATTGAtattgtaattgtaat
gi|17 : ATACT-TATA--AG---TTTAGTCAGCTA-TTTCA--TATACC--T-AA--------TAG-AG-C--CG-C---T-TCA--A-----T----C-ACATCA------------------------------AAAT----AT---GTA-A-ACTA--TTA-TGGAGA-G----------------AG--------T----T-CA-CCA--AG--TT----T-GAC-GCTTTTCT-AT-------GGC--TTT--------------C-TTT-T--TCCGGA-ATTGAGAACCTCTT--CA---C-GC-AAG-TT-TGTCG-T-------A-GTC-TT-C-TAA-T--A--------TC-TATTGATattgaatt
gi|18 : ATTATTTTACA------TA-----TCT----CAGAATGAACAGCCAC
gi|19 : tttgcaagttttgcagtggaccaagatttcttaaagactttaatatgatagacatgtataaaattacaataattcttagtttaaatatagaaaaacagtcgtagaatgaatgttgatttttttttttaattat-A-ATTA--TCA-TGGGGA-AA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-CAT-----TTTT-G----------------------TTTT-G--T-CTT-T--TTTTT--TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCTT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--AT-C-----TG-TATTAAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACT-TTGT-A-TA-ACG-AGAAAT---A---------AA-AC--ATTGA
gi|2 : gTGAATGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGCACAGCCACTTAATGTGATTTGGC-TCAAAAATAAAGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCAAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCTC-AA--AAGCAAGTA---A---TTACAGGATATATAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTG-CTTAGATT----ACCTG-AT-AAA--C-TTATGAAATA---TT-TGTGT--GAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCA-TAGAG-G--------TGGGAAGATGGA----GAGATA-------TACCTAGAGAGAATAGAATTTG--CCATT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGTT-AGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAATTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATTT-TATAAGG-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TTAA-GA-GAT-ACTTTTTG-GGC------GGGT-TTT---GCTTTTT-G--T-TTT-TGGTTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---CGGC-ATG-TTCTGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATGATCCTTGT-T-----CAA-TG---C-GTACTATGGTGA-TT-GCA-GGAAATA--A---------AA-AT--ATTGAttgat
gi|20 : AGA-GA----G-------CT-AG--------CCAACT-CT-CCA--AG--TT-A-AA------CTTTTTG-GGAGAGGGGGGG--GGG---G-------G--C-TTT-T--TTTT-A-T---GTAAC--------------GA-GTG-TT-TGCAT-T-------TTACC-TT---TAA-T--ATCT-----T--TATAAACA-TTCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACT-TT-T-A-AT-GCA-AGAAATA--A---------AA-
gi|22 : TG-GATT-------CATATATG----AG----TCCAC-AA--AAGGAAGTA---A---TTACAAG-----------------GTC--TATA-----TTGAAATGTAATTA-CTTAGATT----ACCTG-AATAAA--CGTT-TGACATG----T-TATGT--AAATTTAGAACT-G--ATAAGGCAATAT-TACCTA-cattacttaacattg
gi|23 : cT-G--T-TTT-G--TTTT-----TGGTAACTTTTT--CA---C-GT-ATG-TT-TGCTT-T-------T-ATT-AT-G-TAA-T--AT-C-----TG-TATCAAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTGCT-TTGT-A-TA-GCAGGGAAATA--A---------A
gi|24 : tctgttagacatacTAAAAC---A-CGAT-AGGCAA--CTCAAAGCAT---AATTTAAT-TACT-G-CACATATCCTAGAAGT-CATA--TA---TTTACTCAACTG-TTACA--TATTAT--T-AA--------CAA-AA-C--TC-A---A-TTC--A-----T----C-AAATCCT--G-------------------------T
gi|25 : g--TGTAAC--A-AAGTACTTTTTAG-CA-C--AA-C---A-TTA--AACAGGT----A-AAACTAT--G-------------------------TAAA-----ATGA---A-A-ATTA--TAA-TTGAGA-GA----G-------TT-AG--------C----T-CT-CCT--GG--TT-A-
gi|26 : T-TGCTTCT-------T-ATT-TTTG-CAAAT--ATCT-----GG-TATTTATAAACCCA-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT---TA-GCA-AGAAATA--A---------AA-ATTGATTGA
gi|27 : gtcATCCTT-T-TTTAATCAGGTG---CTTTACTA-TGT-ATTT-GCA-TGAAATA--T---------AA-AT--ATtt
gi|28 : t--TTTTG--TTTTGTAACTTTT---CA---C-GC-ATG-TT-TGCA--T-------T-ATT-TT-GATAA-T--TTA------TG-TATTgaattgaaatt
gi|3 : gACA-G--GTAATGCAAATTATACCCA-T-GAGAG--------TGGGAAGATGG-----GAGATA-------TACCTAGAGAGAATAGAATTTG--CCATT--TATGTAACCAAA-T--GAGATAGGTG-------------ATGAGTTCATTATATATTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAA-C---A--GCT-AGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATAT--CATTCTAA---TTTAATCAATTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AAAC--AA-C---A-T-A--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT--ATAA-G-A-ATATT----CA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTTGGG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--TGTTTGT--TTTTGATTTTGGT-ACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATA-------G-TATTGAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TGTATCTTTACTA-TGT-A-TT-GCA-TG-AATAATA---------AA-AT--ATTGAa
gi|4 : tttgtcaggctactcaatacgatatgatatggcagtttcgtaaactctgtacctggtacatACGAATGTGGATTATCCTATA------TT-----TGGTTGTC-GCAT--ACATTC-CCTAATATAAAATGGC-TAAAAACTACTGTTC-ATAATAT-ATTAT--ATGACCAATTTGTACAGAAATG-GAAGA--GCAATATTTCTG----AC----ACACC-TA--AAGCAATTA---A---CTACAAAATATTCAAA--ACAACATTG--AATT-----TAGAAAGATATCT--CTTGAATCTCCAAACTA-A--AAA--G-GC-AAAAATA---TT--ATGT--AAATAT---ACATGTTGTAATTACAAAC-TACCAA-T-aataatattgatatgaatatatatt
gi|5 : atattttgaatctcttaaaataactccactccaaatgatatggtatatggagaattgggaagatatccctaggctttaaacataaaggtacgaatgattacgttctgggcaaaattataataaataagttatactttctattacttaaaataaacttacaggtacatattggatgaaatgtataaaaaaatattatcgG-------------TTAAACTGTTACAGACATTTCTATGAAAC-----ACCTGAGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--TA-TATT-A-CACACATCGTA--ATT-CATA--AA---TT--ATC-ATTACTTTAA--TGTAACCGA-AA--------CAA-AC-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAA-TAT--G-------------------------TAAATTC-TATAA-G-ACA-CTTA--T-A-TGG-GA-AA----G--------T-AGAA------T----C-AT-CCG--GGTATT-T-GA-AATAACTTTTTT-GG-------GGT--TTC---TTTTTTT-GTTT-TTT-T--TTTTG--TTTGG-AACTTTTT--CACTTC-ACGATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-T-A-T--ATA-------G-TATTGATA--CCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT-A-TT-GCA-TGAAATA--ATACAATATGAA-AT--ATTGA
gi|6 : acagaatccgaattttgtagccccaatagatgatgagtttcattatatatttaactgtacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTAATATTGCATGGT-TGAAAAACACTGTTT-TTAATATTCTTAA--A-GATTAATTTGTACAAAGTTG-GAAAA--GTGAAGTTTTAA----AT----TCACC-AA--AGGTTATTA---A---TTACAGAATATATTAG--C--ATGGCCTAAAGG-----TAGAGAAGTATGTATCATA-ACT----ACCT------------TT-TGAATTA---GC-CCT-T--AAACTTTGTA--------AATGTCAAAT-TACC-------G-G--------TTGGAATGT-----------TA-------TGCCAAGAAATGATAGAATCTG--TAGCT--TGTGCAGT--AAATCGGAACTTGGTGTGAATTCCATTACATT-------------TTTCCATGT-AATGATATCACAGTGAGAA---ATAG-T-AGAAAA--CTTTTTGTTCC-AAATT--AT-TATT-G-CCAAAATCCAAATTCT-TATA--AA---TTTGAACAATTG-TTTAA--Tatatggacaca
gi|7 : TGAATGGTTGTGGATTATTTTATACATGTATA-----TGG----CAGAATGGACAGCCACTTAATGTGACTTGGCTTAAAAAATAAGATTT-TTCACAT-CTTGT--ATGAT-AATTCAAACAAAGTTG-GATTA--GTGTTATGCATA----AT----TCCTC-AA--AAGCAAGTA---A---TTACAGGATTTTTAAG--CAAACGGTC--AGTA-----TTGAAAAGTACTTA-CTTAGATT----ACCTGAA--AAA--C-TTCTGAAATATTTTT-TTTAT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-
gi|8 : caatttacaaaattcccaaaggaaaaagatttcttcaaaacttaatgtaatgagaaattataacagtcattggtttaattatataaaacagatctCGATTTTGAATGAT--TATA------GA-----T-----------TAAACAACCATTTCATGTGACGTGGA-TTTAAAACAATACTTCTTCACAA-TGTGT--ATGTTCAATTCAAGCAAAGCTG-GACTA--GGGATATGTATA----AT----TCCTC-GA--AAGGAAATA---ATATTTACAGGTTATCCAAAAGTATACAAT----ATA-----TTGGATGATATTTA-GTTG---T----AC-------GAA--CTTT-TG--ATA---TT-TGTTTTCAACTTTAGAACT-G--GTAATAC
gi|9 : ggtttatttacaaaattcatagggcaaagatttcttctaaactttagtatgctatgagacatttagaactgttcttggtttcagtatctataaaatATAAACAACCATTTCA-GTGACGTGGA-TTATAAACAATACTTCTTCACAA-TGTGT--ATGTTCA-TTCAAGCAAAGCTG-GACTA--GGGATATGTATA----AT----TCCTCGAA--AGGAAAATA---ATATTTACAGGTTATCCAAAAGTATACAAT----ATA-----TTGGATGATA-TTA-TTTG---T----AC-------GAA--C-TT-TG--ATA---TT-TGTTTTCAACTTTAGAACT-G--GTAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGCAAAATTTGAGGCAAATTCTTTAACAACTTATTATGTAATGAGAAAGTGCAACAATCCTTGGTTTAATTAAATTAAAAAAAAATCAATGTGGATTATCTTGGAGTGATGATAGATGGGTTATTAATGTG
Unaligned ( gi|29 ): TACGTATCTAATATAAAATGGCGAAGTAATAAAGTATCA
Unaligned ( gi|30 ): ATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTATCAATCCAGG
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333 11 111 2222222222222 11111 1 22222222222222222 11 44444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11 11 88888888888888888888888888888 1111111111 11111111 4444444444444444444444444444444444 11111 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555 1111 111 2222222 11 22 2222222222222
lowQualScore : 1 77777777777777777777777 11 0 3 11 4 1 22 8 3 4 66 1 0 1 4 0 66 0 9999 9999 0 4 66 1 1 777 555 2 1 2 1111111111111 11111 2 88 1 9999 55555555555555555 33 99999999 4 22 66666 0 5 6 55555555555555555555555555555555555555555555555 8 1 22222 11 5 5 33 33333333333333333333333333333 8 9999999999 66 1 5 1 66 4 4 4 0 4 55 777 0 4 77 6666 22222222 3 3 77 99999 3 44 88888 7777 3 0 44 2222222222222222222222222222222222 77777 3 44 6 3 6666 0000000 3 55555555 6666 3 3 44 77 666 55 3 1 6666666666666666666666666666666666 0000 888 33 777 2 5 2 5 2 8888888 2 2 333 2 33 5555555 5 1 44 2 2 77777 2 777 55 2 2 2 33 0000000000000 3 44
lowQualScore : . ....................... .. . . .. . . .. . . . .. . . . . . .. . .... .... . . .. . . ... ... . . . ............. ..... . .. . .... ................. .. ........ . .. ..... . . . ............................................... . . ..... .. . . .. ............................. . .......... .. . . . .. . . . . . .. ... . . .. .... ........ . . .. ..... . .. ..... .... . . .. .................................. ..... . .. . . .... ....... . ........ .... . . .. .. ... .. . . .................................. .... ... .. ... . . . . . ....... . . ... . .. ....... . . .. . . ..... . ... .. . . . .. ............. . ..
lowQualScore : 7 99999999999999999999999 55 2 2 22 4 0 77 9 7 4 11 9 7 2 4 1 11 7 4444 4444 1 4 11 0 9 888 666 2 1 8 6666666666666 11111 7 33 2 4444 00000000000000000 66 11111111 7 22 44444 1 0 6 33333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 22222 00 2 8 88 22222222222222222222222222222 0 0000000000 99 0 0 7 11 4 4 4 9 0 55 000 1 0 99 1111 11111111 3 3 99 33333 3 66 33333 1111 3 4 66 6666666666666666666666666666666666 77777 3 66 7 1 5555 0000000 1 44444444 5555 1 1 22 33 777 11 3 2 7777777777777777777777777777777777 7777 222 99 999 9 7 9 3 7 7777777 7 7 777 7 77 9999999 3 1 44 9 9 11111 9 999 88 9 9 9 99 6666666666666 1 66
consensus : TGAACGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGAACAGCCACTTAATGTGACNTGGC-TNAAAAATAANGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCGAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCCC-AA--AAGNAAGTA---A---TTACAGGATATTTAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTA-CTTAGATT----ACCTG-A--AAA--C-TT-TGAAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCAT-GAG-GTG-------GGA--AGA---TGGA----GAGATA-------TACCTAGAGANGATAGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--CTNAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT-TATAA-G-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--T-TTT-T--TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATAATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTATTGT-A-TT-GCA-NGAAATA--A---------AA-AT--ATTGA
Reference ( family-203 ) : TGAACGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGAACAGCCACTTAATGTGACNTGGC-TNAAAAATAANGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCGAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCCC-AA--AAGNAAGTA---A---TTACAGGATATTTAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTA-CTTAGATT----ACCTG-A--AAA--C-TT-TGAAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCAT-GAG-GTG-------GGA--AGA---TGGA----GAGATA-------TACCTAGAGANGATAGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--CTNAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT-TATAA-G-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--T-TTT-T--TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATAATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTATTGT-A-TT-GCA-NGAAATA--A---------AA-AT--ATTGA
gi|1 : TGAATGATTGTGGATTATCTTTTA------AAAAAAATGG----CATAATCAACAGCCACTTAATGTGATTTGGC-TTAAAAATAAGATTT-TTCTTAT-CTTGT--ATGCTCAATTCAAACAAAGTTG-AATTA--GTGATATGTATACAATATAAAATGGCG-AAGTAACAAAGTATCAA---TTGCAGGATTTTTAAA--CAAATGGTC--AATA-----TTAAAAAATACTTT-CTCAGATT----ACCTG-A--AAAA-C-GTATGAAGCA---TG-TTTGT--AAATTTAGAACA-A--GTAATGCAAAAT-TACCCATAGAG-GTGGGAATATGGAG-AGA---TGTACCTAGAAAAAATTGAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNN--NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------------NNN-------------NNNNNNNNT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--TTTAATGTTTC-AAGGC--AT-TATGAA-CACATATCCTAATATT-CTTA--AA----TTAATCAACTA--TTAA--TATAAC--G-AG--------C-G-AA-CATAA-TA--A-TTA--A-----TTATAC-AAATTGT--G-------------------------TAAATTG-AATAA-A-A-A-ATGA--TCATTGGAGA-GA----G-------TT-AC--------T----T-CT-CCG--GT--TT----A-GGT-AC----TT-G--------------TT---GTTT-------T-TTC-T--TTTTG-----GATACCTCTTC--AA---A-GC-ATG-TT-TGCTT-T-------T-ATTGTT-G-TAA-T--ACATGTATCTGTTATTAATATTCCTT-TCC-----CAA-TGC--CTTTACCTTTCT-A-TA-GCA-AGAAATA--A---------AA-GC--ATTGA
gi|10 : ttAAGT--AT-TATT-AACACCCATCCTAATATTGCATG--GAATGTTTAATCA--T--TTTAAT-TGTTAC--GCAA--------CAGAAA-C--AAGCTTAA-TTA--A-----T----CGAAATTATTAG-------------------------TAAATTTATGTAA-G---A-ATTAAGTCA-TGGAGA-GAAGATG-------TA-TG--------T----T-CTGCCGAAGGT-TT-ATGA-GAT-AC---TTC-GG-------GGG--
gi|10 : GGTAACTTTTTTCCAG--C-GC-ATG-GTGTTCAT-TAGTAAAAT-ATT-TT-G-TAA-TTAGTATG----TG-T-TTGATAATCCTT----------AG-------------------A-TT-GCA-A-AAATA--A---------AACAT--ATTAAggggggggggtaacttttttccagcgcatggtgttcattagtaaaatattttgtaattagtatgtgtttgataatccttagattgcaaaaataaaacatattaattgaatgaattgacgtataggcctagtatcatgtac
gi|11 : aagtattattaacacccatcctaatattgcatggaatgtttaatcattttaattgttacgcaacagaaacaagcttaattaatcgaaattattagtaaatttatgtaagaattaagtcatggagagaagatgtatgttctgccgaaggtttatgagatacttcgggggggggggggAAAACGGTA-AG----GGCAAGACTCAATGTGTCCAAGGT--ATGCATT-A-CACAATTCCTAA-ATT-CATA--AA---TTTATTCAACTA-TTTAAATTATAAC--G-AA--------CAG-AA----AG-C---ATTTA--A-----T----C-AGATTAT--G---------------------------------TATAA-G---A-ATTA--TCA-TGGAGA-G-----G-------TT-AAATTTTAGTT----T-CT-TCG--AG--TT-A-GA-CAT-ACTTTTTT---------------TT-------------------------------TTTGGTAACCTTTT--CA---C-GC-ATGTTT-TCCAT-T-------T-AGT-TC---TA-----ATAT-----TGCTATT--TAA---TT-T-T-----CAA-T-----CTTACT-TTGT-A-TT-GCA-AGAAAT-------------GA-AC--ATTGAttgaatgaattgacgtataggcctagtatcatgtac
gi|12 : GGCAA--CTCAATGTGTC-CAGGT--AT-CATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTATTCAACTA-TTTAA--TATAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AG-C---A-TTA--A-----T----C-AGATTAT--G---------------------------------TATAA-G---A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----GTTAAATTTT-AG--------T----T-CT-TCG--AG--TT-A-GA-CAT-ACTTTTTT------------G--TT-------------------------------TTTGGTAACCTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-AGT-TC-G-TAA-T--AT-T-----TG-TATTAA------TT-T-T-----CAA-TG---CTTTACT-TTGT-A-TT-GCA-AGAAAT-------------GA-AC--ATTGAt
gi|13 : aaaactggtaagACGAATGTGGATTATCCTATA------T------TGT----C-TAAT--ACATTC-CCTAGTGCAAATTGGT-TACGAAATACTGTTG-ATAAAAT-ATTGC--ATGATCAACTTGt
gi|14 : atataatgaatcttaattaataaccatactccaaatgatatggtgaattataatggtaagaatgattacgttcttggcaaaattggtatattctaataaattgtgcactaaattatactgttttttacatgatataacatgcatatcttagatgaaatgcttaaaaaaatatcattgGC-TAAAGCATACAGTTT-TACA-AT-CTTTTTCA-GATCAATTTAAACAAAAATACAATTACAGTGATATATTTG----AT----TTTCC-TA--AAGGAACAA---A---TCACAGAATGTTTTAA--GAA--GG----AATAAGCTCTAGAGAAATGTTTT-GGTATATC----ATGTA-AT-AAATTC-TT-TGACACA---CTACATAT--AGATCTAGAACA-A--TGAAT-CACAAT-TACCGAT------TA-------AAACCAGACACTGGC----AAAATA-------TACC---AGATGATAGAATCTGGACC-TTAATATGTAA
gi|15 : AAT--A-AA--------CGC-AA-CC-AATC---A-TTCCCA-----T----A-AAA--AC--G-------------------------TGAATTT--ATAG-----A-ATTA--TCAATGGAGAAGA----G-------TTTAG--------T----TTCT-CCG--GG--TT-A-GAAGAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTTTTTGTTTTTTTG--T-TTT-TG-TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA-----GCAATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--A-A------TG-TATTGAT-ATCC-T-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT-A-TTGGCA-TG-AATA--AAT-------AA-AT--ATT
gi|16 : aTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT--ATAA-G-A-A--TTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGGGGTTT---GTTTTTT-G--T-TTT-TG-TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATA------TG-TATTGAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT-A-TT-GCA-TGAAAT---A---------AA-AT--ATTGAtattgtaattgtaat
gi|17 : ATACT-TATA--AG---TTTAGTCAGCTA-TTTCA--TATACC--T-AA--------TAG-AG-C--CG-C---T-TCA--A-----T----C-ACATCA------------------------------AAAT----AT---GTA-A-ACTA--TTA-TGGAGA-G----------------AG--------T----T-CA-CCA--AG--TT----T-GAC-GCTTTTCT-AT-------GGC--TTT--------------C-TTT-T--TCCGGA-ATTGAGAACCTCTT--CA---C-GC-AAG-TT-TGTCG-T-------A-GTC-TT-C-TAA-T--A--------TC-TATTGATattgaatt
gi|18 : ATTATTTTACA------TA-----TCT----CAGAATGAACAGCCAC
gi|19 : tttgcaagttttgcagtggaccaagatttcttaaagactttaatatgatagacatgtataaaattacaataattcttagtttaaatatagaaaaacagtcgtagaatgaatgttgatttttttttttaattat-A-ATTA--TCA-TGGGGA-AA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-CAT-----TTTT-G----------------------TTTT-G--T-CTT-T--TTTTT--TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCTT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--AT-C-----TG-TATTAAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACT-TTGT-A-TA-ACG-AGAAAT---A---------AA-AC--ATTGA
gi|2 : gTGAATGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGCACAGCCACTTAATGTGATTTGGC-TCAAAAATAAAGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCAAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCTC-AA--AAGCAAGTA---A---TTACAGGATATATAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTG-CTTAGATT----ACCTG-AT-AAA--C-TTATGAAATA---TT-TGTGT--GAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCATAGAG-GTG-------GGA--AGA---TGGA----GAGATA-------TACCTAGAGAGAATAGAATTTG--CCATT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGTT-AGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAATTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATTT-TATAAGG-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TTAA-GA-GAT-ACTTTTTG-GGC------GGGT-TTT---GCTTTTT-G--T-TTT-TGGTTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---CGGC-ATG-TTCTGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATGATCCTTGT-T-----CAA-TG---C-GTACTATGGTGA-TT-GCA-GGAAATA--A---------AA-AT--ATTGAttgat
gi|20 : AGA-GA----G-------CT-AG--------CCAACT-CT-CCA--AG--TT-A-AA------CTTTTTG-GGAGAGGGGGGG--GGG---G-------G--C-TTT-T--TTTT-A-T---GTAAC--------------GA-GTG-TT-TGCAT-T-------TTACC-TT---TAA-T--ATCT-----T--TATAAACA-TTCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACT-TT-T-A-AT-GCA-AGAAATA--A---------AA-
gi|22 : TG-GATT-------CATATATG----AG----TCCAC-AA--AAGGAAGTA---A---TTACAAG-----------------GTC--TATA-----TTGAAATGTAATTA-CTTAGATT----ACCTG-AATAAA--CGTT-TGACATG----T-TATGT--AAATTTAGAACT-G--ATAAGGCAATAT-TACCTAcattacttaacattg
gi|23 : cT-G--T-TTT-G--TTTT-----TGGTAACTTTTT--CA---C-GT-ATG-TT-TGCTT-T-------T-ATT-AT-G-TAA-T--AT-C-----TG-TATCAAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTGCT-TTGT-A-TA-GCAGGGAAATA--A---------A
gi|24 : tctgttagacatacTAAAAC---A-CGAT-AGGCAA--CTCAAAGCAT---AATTTAAT-TACT-G-CACATATCCTAGAAGT-CATA--TA---TTTACTCAACTG-TTACA--TATTAT--T-AA--------CAA-AA-C--TC-A---A-TTC--A-----T----C-AAATCCT--G-------------------------T
gi|25 : g--TGTAAC--A-AAGTACTTTTTAG-CA-C--AA-C---A-TTA--AACAGGT----A-AAACTAT--G-------------------------TAAA-----ATGA---A-A-ATTA--TAA-TTGAGA-GA----G-------TT-AG--------C----T-CT-CCT--GG--TT-A-
gi|26 : T-TGCTTCT-------T-ATT-TTTG-CAAAT--ATCT-----GG-TATTTATAAACCCA-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT---TA-GCA-AGAAATA--A---------AA-ATTGATTGA
gi|27 : gtcATCCTT-T-TTTAATCAGGTG---CTTTACTA-TGT-ATTT-GCA-TGAAATA--T---------AA-AT--ATtt
gi|28 : t--TTTTG--TTTTGTAACTTTT---CA---C-GC-ATG-TT-TGCA--T-------T-ATT-TT-GATAA-T--TTA------TG-TATTgaattgaaatt
gi|3 : gACA-G--GTAATGCAAATTATACCCAT-GAGAGTG-------GGA--AGA---TGG-----GAGATA-------TACCTAGAGAGAATAGAATTTG--CCATT--TATGTAACCAAA-T--GAGATAGGTG-------------ATGAGTTCATTATATATTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAA-C---A--GCT-AGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATAT--CATTCTAA---TTTAATCAATTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AAAC--AA-C---A-T-A--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT--ATAA-G-A-ATATT----CA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTTGGG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--TGTTTGT--TTTTGATTTTGGT-ACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATA-------G-TATTGAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TGTATCTTTACTA-TGT-A-TT-GCA-TG-AATAATA---------AA-AT--ATTGAa
gi|4 : tttgtcaggctactcaatacgatatgatatggcagtttcgtaaactctgtacctggtacatACGAATGTGGATTATCCTATA------TT-----TGGTTGTC-GCAT--ACATTC-CCTAATATAAAATGGC-TAAAAACTACTGTTC-ATAATAT-ATTAT--ATGACCAATTTGTACAGAAATG-GAAGA--GCAATATTTCTG----AC----ACACC-TA--AAGCAATTA---A---CTACAAAATATTCAAA--ACAACATTG--AATT-----TAGAAAGATATCT--CTTGAATCTCCAAACTA-A--AAA--G-GC-AAAAATA---TT--ATGT--AAATAT---ACATGTTGTAATTACAAAC-TACCAAT-aataatattgatatgaatatatatt
gi|5 : atattttgaatctcttaaaataactccactccaaatgatatggtatatggagaattgggaagatatccctaggctttaaacataaaggtacgaatgattacgttctgggcaaaattataataaataagttatactttctattacttaaaataaacttacaggtacatattggatgaaatgtataaaaaaatattatcgG-------------TTAAACTGTTACAGACATTTCTATGAAAC-----ACCTGAGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--TA-TATT-A-CACACATCGTA--ATT-CATA--AA---TT--ATC-ATTACTTTAA--TGTAACCGA-AA--------CAA-AC-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAA-TAT--G-------------------------TAAATTC-TATAA-G-ACA-CTTA--T-A-TGG-GA-AA----G--------T-AGAA------T----C-AT-CCG--GGTATT-T-GA-AATAACTTTTTT-GG-------GGT--TTC---TTTTTTT-GTTT-TTT-T--TTTTG--TTTGG-AACTTTTT--CACTTC-ACGATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-T-A-T--ATA-------G-TATTGATA--CCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT-A-TT-GCA-TGAAATA--ATACAATATGAA-AT--ATTGA
gi|6 : acagaatccgaattttgtagccccaatagatgatgagtttcattatatatttaactgtacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTAATATTGCATGGT-TGAAAAACACTGTTT-TTAATATTCTTAA--A-GATTAATTTGTACAAAGTTG-GAAAA--GTGAAGTTTTAA----AT----TCACC-AA--AGGTTATTA---A---TTACAGAATATATTAG--C--ATGGCCTAAAGG-----TAGAGAAGTATGTATCATA-ACT----ACCT------------TT-TGAATTA---GC-CCT-T--AAACTTTGTA--------AATGTCAAAT-TACC------G-GTT-------GGA--ATG---T-----------TA-------TGCCAAGAAATGATAGAATCTG--TAGCT--TGTGCAGT--AAATCGGAACTTGGTGTGAATTCCATTACATT-------------TTTCCATGT-AATGATATCACAGTGAGAA---ATAG-T-AGAAAA--CTTTTTGTTCC-AAATT--AT-TATT-G-CCAAAATCCAAATTCT-TATA--AA---TTTGAACAATTG-TTTAA--Tatatggacaca
gi|7 : TGAATGGTTGTGGATTATTTTATACATGTATA-----TGG----CAGAATGGACAGCCACTTAATGTGACTTGGCTTAAAAAATAAGATTT-TTCACAT-CTTGT--ATGAT-AATTCAAACAAAGTTG-GATTA--GTGTTATGCATA----AT----TCCTC-AA--AAGCAAGTA---A---TTACAGGATTTTTAAG--CAAACGGTC--AGTA-----TTGAAAAGTACTTA-CTTAGATT----ACCTGAA--AAA--C-TTCTGAAATATTTTT-TTTAT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-
gi|8 : caatttacaaaattcccaaaggaaaaagatttcttcaaaacttaatgtaatgagaaattataacagtcattggtttaattatataaaacagatctCGATTTTGAATGAT--TATA------GA-----T-----------TAAACAACCATTTCATGTGACGTGGA-TTTAAAACAATACTTCTTCACAA-TGTGT--ATGTTCAATTCAAGCAAAGCTG-GACTA--GGGATATGTATA----AT----TCCTC-GA--AAGGAAATA---ATATTTACAGGTTATCCAAAAGTATACAAT----ATA-----TTGGATGATATTTA-GTTG---T----AC-------GAA--CTTT-TG--ATA---TT-TGTTTTCAACTTTAGAACT-G--GTAATAC
gi|9 : ggtttatttacaaaattcatagggcaaagatttcttctaaactttagtatgctatgagacatttagaactgttcttggtttcagtatctataaaatATAAACAACCATTTCA-GTGACGTGGA-TTATAAACAATACTTCTTCACAA-TGTGT--ATGTTCA-TTCAAGCAAAGCTG-GACTA--GGGATATGTATA----AT----TCCTCGAA--AGGAAAATA---ATATTTACAGGTTATCCAAAAGTATACAAT----ATA-----TTGGATGATA-TTA-TTTG---T----AC-------GAA--C-TT-TG--ATA---TT-TGTTTTCAACTTTAGAACT-G--GTAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGCAAAATTTGAGGCAAATTCTTTAACAACTTATTATGTAATGAGAAAGTGCAACAATCCTTGGTTTAATTAAATTAAAAAAAAATCAATGTGGATTATCTTGGAGTGATGATAGATGGGTTATTAATGTG
Unaligned ( gi|29 ): TACGTATCTAATATAAAATGGCGAAGTAATAAAGTATCA
Unaligned ( gi|30 ): ATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTATCAATCCAGG
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333 11 111 2222222222222 11111 1 22222222222222222 11 44444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11 11 88888888888888888888888888888 1111111111 11111111 4444444444444444444444444444444444 11111 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555 1111 111 2222222 11 22 2222222222222
lowQualScore : 1 77777777777777777777777 11 0 3 11 4 1 22 8 3 4 66 1 0 1 4 0 66 0 9999 9999 0 4 66 1 1 777 555 2 1 2 1111111111111 11111 2 88 1 9999 55555555555555555 33 99999999 4 22 66666 0 5 6 55555555555555555555555555555555555555555555555 8 1 22222 11 5 5 33 33333333333333333333333333333 8 9999999999 66 1 5 1 66 4 4 4 0 4 55 777 0 4 77 6666 22222222 3 3 77 99999 3 44 88888 7777 3 0 44 2222222222222222222222222222222222 77777 3 44 6 3 6666 0000000 3 55555555 6666 3 3 44 77 666 55 3 1 6666666666666666666666666666666666 0000 888 33 777 2 5 2 5 2 8888888 2 2 333 2 33 5555555 5 1 44 2 2 77777 2 777 55 2 2 2 33 0000000000000 3 44
lowQualScore : . ....................... .. . . .. . . .. . . . .. . . . . . .. . .... .... . . .. . . ... ... . . . ............. ..... . .. . .... ................. .. ........ . .. ..... . . . ............................................... . . ..... .. . . .. ............................. . .......... .. . . . .. . . . . . .. ... . . .. .... ........ . . .. ..... . .. ..... .... . . .. .................................. ..... . .. . . .... ....... . ........ .... . . .. .. ... .. . . .................................. .... ... .. ... . . . . . ....... . . ... . .. ....... . . .. . . ..... . ... .. . . . .. ............. . ..
lowQualScore : 7 99999999999999999999999 55 2 2 22 4 0 77 9 7 4 11 9 7 2 4 1 11 7 4444 4444 1 4 11 0 9 888 666 2 1 8 6666666666666 11111 7 33 2 4444 00000000000000000 66 11111111 7 22 44444 1 0 6 33333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 22222 00 2 8 88 22222222222222222222222222222 0 0000000000 99 0 0 7 11 4 4 4 9 0 55 000 1 0 99 1111 11111111 3 3 99 33333 3 66 33333 1111 3 4 66 6666666666666666666666666666666666 77777 3 66 7 1 5555 0000000 1 44444444 5555 1 1 22 33 777 11 3 2 7777777777777777777777777777777777 7777 222 99 999 9 7 9 3 7 7777777 7 7 777 7 77 9999999 3 1 44 9 9 11111 9 999 88 9 9 9 99 6666666666666 1 66
consensus : TGAACGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGAACAGCCACTTAATGTGACNTGGC-TNAAAAATAANGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCGAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCCC-AA--AAGNAAGTA---A---TTACAGGATATTTAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTA-CTTAGATT----ACCTG-A--AAA--C-TT-TGAAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCAT-GAG-GTG-------GGA--AGA---TGGA----GAGATA-------TACCTAGAGANGATAGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--CTNAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT-TATAA-G-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--T-TTT-T--TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATAATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTATTGT-A-TT-GCA-NGAAATA--A---------AA-AT--ATTGA
Reference ( family-203 ) : TGAACGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGAACAGCCACTTAATGTGACNTGGC-TNAAAAATAANGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCGAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCCC-AA--AAGNAAGTA---A---TTACAGGATATTTAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTA-CTTAGATT----ACCTG-A--AAA--C-TT-TGAAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCAT-GAG-GTG-------GGA--AGA---TGGA----GAGATA-------TACCTAGAGANGATAGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--CTNAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT-TATAA-G-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--T-TTT-T--TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATAATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTATTGT-A-TT-GCA-NGAAATA--A---------AA-AT--ATTGA
gi|1 : TGAATGATTGTGGATTATCTTTTA------AAAAAAATGG----CATAATCAACAGCCACTTAATGTGATTTGGC-TTAAAAATAAGATTT-TTCTTAT-CTTGT--ATGCTCAATTCAAACAAAGTTG-AATTA--GTGATATGTATACAATATAAAATGGCG-AAGTAACAAAGTATCAA---TTGCAGGATTTTTAAA--CAAATGGTC--AATA-----TTAAAAAATACTTT-CTCAGATT----ACCTG-A--AAAA-C-GTATGAAGCA---TG-TTTGT--AAATTTAGAACA-A--GTAATGCAAAAT-TACCCATAGAG-GTGGGAATATGGAG-AGA---TGTACCTAGAAAAAATTGAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNN--NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------------NNN-------------NNNNNNNNT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--TTTAATGTTTC-AAGGC--AT-TATGAA-CACATATCCTAATATT-CTTA--AA----TTAATCAACTA--TTAA--TATAAC--G-AG--------C-G-AA-CATAA-TA--A-TTA--A-----TTATAC-AAATTGT--G-------------------------TAAATTG-AATAA-A-A-A-ATGA--TCATTGGAGA-GA----G-------TT-AC--------T----T-CT-CCG--GT--TT----A-GGT-AC----TT-G--------------TT---GTTT-------T-TTC-T--TTTTG-----GATACCTCTTC--AA---A-GC-ATG-TT-TGCTT-T-------T-ATTGTT-G-TAA-T--ACATGTATCTGTTATTAATATTCCTT-TCC-----CAA-TGC--CTTTACCTTTCT-A-TA-GCA-AGAAATA--A---------AA-GC--ATTGA
gi|10 : ttAAGT--AT-TATT-AACACCCATCCTAATATTGCATG--GAATGTTTAATCA--T--TTTAAT-TGTTAC--GCAA--------CAGAAA-C--AAGCTTAA-TTA--A-----T----CGAAATTATTAG-------------------------TAAATTTATGTAA-G---A-ATTAAGTCA-TGGAGA-GAAGATG-------TA-TG--------T----T-CTGCCGAAGGT-TT-ATGA-GAT-AC---TTC-GG-------GGG--
gi|10 : GGTAACTTTTTTCCAG--C-GC-ATG-GTGTTCAT-TAGTAAAAT-ATT-TT-G-TAA-TTAGTATG----TG-T-TTGATAATCCTT----------AG-------------------A-TT-GCA-A-AAATA--A---------AACAT--ATTAAggggggggggtaacttttttccagcgcatggtgttcattagtaaaatattttgtaattagtatgtgtttgataatccttagattgcaaaaataaaacatattaattgaatgaattgacgtataggcctagtatcatgtac
gi|11 : aagtattattaacacccatcctaatattgcatggaatgtttaatcattttaattgttacgcaacagaaacaagcttaattaatcgaaattattagtaaatttatgtaagaattaagtcatggagagaagatgtatgttctgccgaaggtttatgagatacttcgggggggggggggAAAACGGTA-AG----GGCAAGACTCAATGTGTCCAAGGT--ATGCATT-A-CACAATTCCTAA-ATT-CATA--AA---TTTATTCAACTA-TTTAAATTATAAC--G-AA--------CAG-AA----AG-C---ATTTA--A-----T----C-AGATTAT--G---------------------------------TATAA-G---A-ATTA--TCA-TGGAGA-G-----G-------TT-AAATTTTAGTT----T-CT-TCG--AG--TT-A-GA-CAT-ACTTTTTT---------------TT-------------------------------TTTGGTAACCTTTT--CA---C-GC-ATGTTT-TCCAT-T-------T-AGT-TC---TA-----ATAT-----TGCTATT--TAA---TT-T-T-----CAA-T-----CTTACT-TTGT-A-TT-GCA-AGAAAT-------------GA-AC--ATTGAttgaatgaattgacgtataggcctagtatcatgtac
gi|12 : GGCAA--CTCAATGTGTC-CAGGT--AT-CATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTATTCAACTA-TTTAA--TATAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AG-C---A-TTA--A-----T----C-AGATTAT--G---------------------------------TATAA-G---A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----GTTAAATTTT-AG--------T----T-CT-TCG--AG--TT-A-GA-CAT-ACTTTTTT------------G--TT-------------------------------TTTGGTAACCTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-AGT-TC-G-TAA-T--AT-T-----TG-TATTAA------TT-T-T-----CAA-TG---CTTTACT-TTGT-A-TT-GCA-AGAAAT-------------GA-AC--ATTGAt
gi|13 : aaaactggtaagACGAATGTGGATTATCCTATA------T------TGT----C-TAAT--ACATTC-CCTAGTGCAAATTGGT-TACGAAATACTGTTG-ATAAAAT-ATTGC--ATGATCAACTTGt
gi|14 : atataatgaatcttaattaataaccatactccaaatgatatggtgaattataatggtaagaatgattacgttcttggcaaaattggtatattctaataaattgtgcactaaattatactgttttttacatgatataacatgcatatcttagatgaaatgcttaaaaaaatatcattgGC-TAAAGCATACAGTTT-TACA-AT-CTTTTTCA-GATCAATTTAAACAAAAATACAATTACAGTGATATATTTG----AT----TTTCC-TA--AAGGAACAA---A---TCACAGAATGTTTTAA--GAA--GG----AATAAGCTCTAGAGAAATGTTTT-GGTATATC----ATGTA-AT-AAATTC-TT-TGACACA---CTACATAT--AGATCTAGAACA-A--TGAAT-CACAAT-TACCGAT------TA-------AAACCAGACACTGGC----AAAATA-------TACC---AGATGATAGAATCTGGACC-TTAATATGTAA
gi|15 : AAT--A-AA--------CGC-AA-CC-AATC---A-TTCCCA-----T----A-AAA--AC--G-------------------------TGAATTT--ATAG-----A-ATTA--TCAATGGAGAAGA----G-------TTTAG--------T----TTCT-CCG--GG--TT-A-GAAGAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTTTTTGTTTTTTTG--T-TTT-TG-TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA-----GCAATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--A-A------TG-TATTGAT-ATCC-T-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT-A-TTGGCA-TG-AATA--AAT-------AA-AT--ATT
gi|16 : aTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT--ATAA-G-A-A--TTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGGGGTTT---GTTTTTT-G--T-TTT-TG-TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATA------TG-TATTGAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT-A-TT-GCA-TGAAAT---A---------AA-AT--ATTGAtattgtaattgtaat
gi|17 : ATACT-TATA--AG---TTTAGTCAGCTA-TTTCA--TATACC--T-AA--------TAG-AG-C--CG-C---T-TCA--A-----T----C-ACATCA------------------------------AAAT----AT---GTA-A-ACTA--TTA-TGGAGA-G----------------AG--------T----T-CA-CCA--AG--TT----T-GAC-GCTTTTCT-AT-------GGC--TTT--------------C-TTT-T--TCCGGA-ATTGAGAACCTCTT--CA---C-GC-AAG-TT-TGTCG-T-------A-GTC-TT-C-TAA-T--A--------TC-TATTGATattgaatt
gi|18 : ATTATTTTACA------TA-----TCT----CAGAATGAACAGCCAC
gi|19 : tttgcaagttttgcagtggaccaagatttcttaaagactttaatatgatagacatgtataaaattacaataattcttagtttaaatatagaaaaacagtcgtagaatgaatgttgatttttttttttaattat-A-ATTA--TCA-TGGGGA-AA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-CAT-----TTTT-G----------------------TTTT-G--T-CTT-T--TTTTT--TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCTT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--AT-C-----TG-TATTAAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACT-TTGT-A-TA-ACG-AGAAAT---A---------AA-AC--ATTGA
gi|2 : gTGAATGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGCACAGCCACTTAATGTGATTTGGC-TCAAAAATAAAGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCAAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCTC-AA--AAGCAAGTA---A---TTACAGGATATATAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTG-CTTAGATT----ACCTG-AT-AAA--C-TTATGAAATA---TT-TGTGT--GAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCATAGAG-GTG-------GGA--AGA---TGGA----GAGATA-------TACCTAGAGAGAATAGAATTTG--CCATT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGTT-AGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAATTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATTT-TATAAGG-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TTAA-GA-GAT-ACTTTTTG-GGC------GGGT-TTT---GCTTTTT-G--T-TTT-TGGTTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---CGGC-ATG-TTCTGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATGATCCTTGT-T-----CAA-TG---C-GTACTATGGTGA-TT-GCA-GGAAATA--A---------AA-AT--ATTGAttgat
gi|20 : AGA-GA----G-------CT-AG--------CCAACT-CT-CCA--AG--TT-A-AA------CTTTTTG-GGAGAGGGGGGG--GGG---G-------G--C-TTT-T--TTTT-A-T---GTAAC--------------GA-GTG-TT-TGCAT-T-------TTACC-TT---TAA-T--ATCT-----T--TATAAACA-TTCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACT-TT-T-A-AT-GCA-AGAAATA--A---------AA-
gi|22 : TG-GATT-------CATATATG----AG----TCCAC-AA--AAGGAAGTA---A---TTACAAG-----------------GTC--TATA-----TTGAAATGTAATTA-CTTAGATT----ACCTG-AATAAA--CGTT-TGACATG----T-TATGT--AAATTTAGAACT-G--ATAAGGCAATAT-TACCTAcattacttaacattg
gi|23 : cT-G--T-TTT-G--TTTT-----TGGTAACTTTTT--CA---C-GT-ATG-TT-TGCTT-T-------T-ATT-AT-G-TAA-T--AT-C-----TG-TATCAAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTGCT-TTGT-A-TA-GCAGGGAAATA--A---------A
gi|24 : tctgttagacatacTAAAAC---A-CGAT-AGGCAA--CTCAAAGCAT---AATTTAAT-TACT-G-CACATATCCTAGAAGT-CATA--TA---TTTACTCAACTG-TTACA--TATTAT--T-AA--------CAA-AA-C--TC-A---A-TTC--A-----T----C-AAATCCT--G-------------------------T
gi|25 : g--TGTAAC--A-AAGTACTTTTTAG-CA-C--AA-C---A-TTA--AACAGGT----A-AAACTAT--G-------------------------TAAA-----ATGA---A-A-ATTA--TAA-TTGAGA-GA----G-------TT-AG--------C----T-CT-CCT--GG--TT-A-
gi|26 : T-TGCTTCT-------T-ATT-TTTG-CAAAT--ATCT-----GG-TATTTATAAACCCA-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT---TA-GCA-AGAAATA--A---------AA-ATTGATTGA
gi|27 : gtcATCCTT-T-TTTAATCAGGTG---CTTTACTA-TGT-ATTT-GCA-TGAAATA--T---------AA-AT--ATtt
gi|28 : t--TTTTG--TTTTGTAACTTTT---CA---C-GC-ATG-TT-TGCA--T-------T-ATT-TT-GATAA-T--TTA------TG-TATTgaattgaaatt
gi|3 : gACA-G--GTAATGCAAATTATACCCAT-GAGAGTG-------GGA--AGA---TGG-----GAGATA-------TACCTAGAGAGAATAGAATTTG--CCATT--TATGTAACCAAA-T--GAGATAGGTG-------------ATGAGTTCATTATATATTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAA-C---A--GCT-AGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATAT--CATTCTAA---TTTAATCAATTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AAAC--AA-C---A-T-A--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT--ATAA-G-A-ATATT----CA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTTGGG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--TGTTTGT--TTTTGATTTTGGT-ACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATA-------G-TATTGAT-ATCCTT-T-T-----CAA-TGTATCTTTACTA-TGT-A-TT-GCA-TG-AATAATA---------AA-AT--ATTGAa
gi|4 : tttgtcaggctactcaatacgatatgatatggcagtttcgtaaactctgtacctggtacatACGAATGTGGATTATCCTATA------TT-----TGGTTGTC-GCAT--ACATTC-CCTAATATAAAATGGC-TAAAAACTACTGTTC-ATAATAT-ATTAT--ATGACCAATTTGTACAGAAATG-GAAGA--GCAATATTTCTG----AC----ACACC-TA--AAGCAATTA---A---CTACAAAATATTCAAA--ACAACATTG--AATT-----TAGAAAGATATCT--CTTGAATCTCCAAACTA-A--AAA--G-GC-AAAAATA---TT--ATGT--AAATAT---ACATGTTGTAATTACAAAC-TACCAAT-aataatattgatatgaatatatatt
gi|5 : atattttgaatctcttaaaataactccactccaaatgatatggtatatggagaattgggaagatatccctaggctttaaacataaaggtacgaatgattacgttctgggcaaaattataataaataagttatactttctattacttaaaataaacttacaggtacatattggatgaaatgtataaaaaaatattatcgG-------------TTAAACTGTTACAGACATTTCTATGAAAC-----ACCTGAGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--TA-TATT-A-CACACATCGTA--ATT-CATA--AA---TT--ATC-ATTACTTTAA--TGTAACCGA-AA--------CAA-AC-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAA-TAT--G-------------------------TAAATTC-TATAA-G-ACA-CTTA--T-A-TGG-GA-AA----G--------T-AGAA------T----C-AT-CCG--GGTATT-T-GA-AATAACTTTTTT-GG-------GGT--TTC---TTTTTTT-GTTT-TTT-T--TTTTG--TTTGG-AACTTTTT--CACTTC-ACGATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-T-A-T--ATA-------G-TATTGATA--CCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTA-TGT-A-TT-GCA-TGAAATA--ATACAATATGAA-AT--ATTGA
gi|6 : acagaatccgaattttgtagccccaatagatgatgagtttcattatatatttaactgtacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTAATATTGCATGGT-TGAAAAACACTGTTT-TTAATATTCTTAA--A-GATTAATTTGTACAAAGTTG-GAAAA--GTGAAGTTTTAA----AT----TCACC-AA--AGGTTATTA---A---TTACAGAATATATTAG--C--ATGGCCTAAAGG-----TAGAGAAGTATGTATCATA-ACT----ACCT------------TT-TGAATTA---GC-CCT-T--AAACTTTGTA--------AATGTCAAAT-TACC------G-GTT-------GGA--ATG---T-----------TA-------TGCCAAGAAATGATAGAATCTG--TAGCT--TGTGCAGT--AAATCGGAACTTGGTGTGAATTCCATTACATT-------------TTTCCATGT-AATGATATCACAGTGAGAA---ATAG-T-AGAAAA--CTTTTTGTTCC-AAATT--AT-TATT-G-CCAAAATCCAAATTCT-TATA--AA---TTTGAACAATTG-TTTAA--Tatatggacaca
gi|7 : TGAATGGTTGTGGATTATTTTATACATGTATA-----TGG----CAGAATGGACAGCCACTTAATGTGACTTGGCTTAAAAAATAAGATTT-TTCACAT-CTTGT--ATGAT-AATTCAAACAAAGTTG-GATTA--GTGTTATGCATA----AT----TCCTC-AA--AAGCAAGTA---A---TTACAGGATTTTTAAG--CAAACGGTC--AGTA-----TTGAAAAGTACTTA-CTTAGATT----ACCTGAA--AAA--C-TTCTGAAATATTTTT-TTTAT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-
gi|8 : caatttacaaaattcccaaaggaaaaagatttcttcaaaacttaatgtaatgagaaattataacagtcattggtttaattatataaaacagatctCGATTTTGAATGAT--TATA------GA-----T-----------TAAACAACCATTTCATGTGACGTGGA-TTTAAAACAATACTTCTTCACAA-TGTGT--ATGTTCAATTCAAGCAAAGCTG-GACTA--GGGATATGTATA----AT----TCCTC-GA--AAGGAAATA---ATATTTACAGGTTATCCAAAAGTATACAAT----ATA-----TTGGATGATATTTA-GTTG---T----AC-------GAA--CTTT-TG--ATA---TT-TGTTTTCAACTTTAGAACT-G--GTAATAC
gi|9 : ggtttatttacaaaattcatagggcaaagatttcttctaaactttagtatgctatgagacatttagaactgttcttggtttcagtatctataaaatATAAACAACCATTTCA-GTGACGTGGA-TTATAAACAATACTTCTTCACAA-TGTGT--ATGTTCA-TTCAAGCAAAGCTG-GACTA--GGGATATGTATA----AT----TCCTCGAA--AGGAAAATA---ATATTTACAGGTTATCCAAAAGTATACAAT----ATA-----TTGGATGATA-TTA-TTTG---T----AC-------GAA--C-TT-TG--ATA---TT-TGTTTTCAACTTTAGAACT-G--GTAAT
blockSeqs : C CATGTATATGGCAG GA A AT T A CT C A T TC T A C CA . . G . G C . TAT A G T AGTATACAAT AGCTC T AT T TCCA GTAATAAATTCTT AC TTTTTTT A TC ATGTT A G TAAAACCAGACACTGGCAAAATA T T GACC AA C A CG ATGAGTTCATTATATA T GGTAAG GA C C G TA G . A G CT ATG C AT CGA GTACTTTT A A C GCTTA T CC ACAGG . G TA ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATTTT GTA T AG A A AGAT TTAAATT T ATTTTAGT CAAC T G AA TA AT AG A T GGGGGTTTTTTGTTTTTTTGT TGG GAT TC CTT G A T G C AGTAAAA T . TG A TA ATG C G AA G . TTAAT G TAT AT G T G GG AATACAATATG C TG
blockSeqs : T TTTGGTTGTCG GC A TT . A CA C C . . T T . . . . . . C G . TAT A A A AGTATACAAT . T T G . CTGAATAAACGTT AA CTACA G TC AA . C AGAGGTGGGAAGATGGAGAGATA T G CCA . C A . TGAATTCCATTACATT . AAGTT . C . G . . . . . . . . T GC . . . . TC . . . . . . TAAATTTAT GGA . . . . . . . AA . . . . T AA G . T GGGGGGGTTTGTTTTTTGT TG GA . G . G . C . . . . GA . . AT . A AA . . . . . T . . . A AAAT . .
blockSeqs : C TATCTCAG GG A AA . C AA . T . . T A . . . . . . G G . . A A T CAAACGGTC . A G G . CTGATAAACTTA AC TTTG G . AG . T GAGAGTGGGAAGATGGGAGATA A G CCA . . . . ATG . ACGAT . G . G . . . . . . . . . G . . . . C . . . . . . TAAATTCT GAC . . . . . . . . . . . . . A C . T GGCGGGTTTTGCTTTTTGT TG GA . . . . . . . . . . G . . AT . G GA . . . . . T . . . A AATA . .
blockSeqs : C TATGGCAG AA A CA . A CT . T . . T T . . . . . . C T . . A A A ACAACATTG . T A A . CTGAAAAACTTC AA GCCC G . TG . C GGTTGGAATGTTA . T TAG . . ACCTG . C . T . . . . . . . . . G . . . . C . . . . . . TGAATTT GA . . . . . . . . . . . . . A C . T GGGGGGTTTGTTTTTTGTG GT GA . . . . . . . . . . G . . CT . G AA . . . . . A . . . A AA . .
blockSeqs : T TTGTCT AA A CT . G CT . C . . T T . . . . . . T T . . A T T CATGGCCTA . T A G . CTAAAAAGGC AA TTTG A . AG . A ATAGT . G . T . . . . . . . . . A . . . . C . . . . . . TAAATTT GA . . . . . . . . . . . . . A G . T GGGGTTTCTTTTTTTGTTT T GA . . . . . . . . . . G . . CT . G A . . . . . A . . . T AA . .
blockSeqs : . GAT . . CG . A AG . C . . T C . . . . . . C G . . T A C CAAACGGTC . C A . . GAACTTT AA TTTG T . AG . . AGCT . G . T . . . . . . . . . G . . . . C . . . . . . TAAATTT G . . . . . . . . . . . . . A G . T GGAGAGGGGGGGGGGGGC T T . . . . . . . . . . G . . T . A A . . . . . T . . . T AA . .
blockSeqs : . . CG . T AT . C . . . C . . . . . . G A . . T A C GAAGG . T A . . GAACTT . TTA T . TG . . T . T . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . AAAT G . . . . . . . . . . . . . A C . T ATGGCTTTC T A . . . . . . . . . . C . . A . G A . . . . . T . . . A AA . .
blockSeqs : . T AT . . . . . . . . . . . A A . . . . . GTC . . . . . CTTT . TTA . . TG T . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . . TAAA G . . . . . . . . . . . . . A G . T GTTTTGT G G . . . . . . . . . . G . . A . A A . . . . . T . . . G AA . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . C . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . A G . T GTT T G . . . . . . . . . . G . . C . A A . . . . . A . . . A AT . .
blockSeqs : . A . . . . C . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A A . . TT . . . . . . . . . . . . G . . C . T A . . . . . A . . . A A . .
blockSeqs : . G . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . G A . . . . . A . . . T A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . G . . . . . . A . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TATGNCAG*************** **** **** ** *** CTGAAAACTTT****** GAGGTCGGAANNTGGGAGATA************************** ** C**** **** TAAATTT*************************** GA*** A** GGGGGTTGTTTTTGT******************* A****** A* *** N*
originalCons : TGAACGATTGTGGATTATCTTATA------TA-----TGG----CAGAATGAACAGCCACTTAATGTGACNTGGC-TNAAAAATAANGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCGAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCCC-AA--AAGNAAGTA---A---TTACAGGATATTTAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTA-CTTAGATT----ACCTG-A--AAA--C-TT-TGAAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCAT-GAG-GTG-------GGA--AGA---TGGA----GAGATA-------TACCTAGAGANGATAGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--CTNAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAATTT-TATAA-G-A-A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTT-GG-------GGG--TTT---GTTTTTT-G--T-TTT-T--TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATAT-----TG-TATTGATAATCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTATTGT-A-TT-GCA-NGAAATA--A---------AA-AT--ATTGA
finalCons : TGAACGATTGTGGATTATCTTATATATGNCAG---------------AATGAACAGCCACTTAATGTGACNTGGC-TNAAAAATAANGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCGAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCCC-AA--AAGNAAGTA---A---TTACAGGATATTTAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTA-CTTAGATT----ACCTGAAAACTTT------TGAAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCATGAGGTCGGAANNTGGGAGATA--------------------------TACCTAGAGANGATAGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--CTNAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--TGTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AAC----A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--GTAAATTT---------------------------ATAAGA---A-ATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TTA--GA-GAT-ACTTTTTTGGGGGTTGTTTTTGT-------------------TTT-T--TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCAT-T-------T-ATT-TT-G-TAA-T--ATA------TG-TATTGATA-TCCTT-T-T-----CAA-TG---CTTTACTN-TGT-A-TT-GCA-NGAAATA--A---------AA-AT--ATTGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGCAAAATTTGAGGCAAATTCTTTAACAACTTATTATGTAATGAGAAAGTGCAACAATCCTTGGTTTAATTAAATTAAAAAAAAATCAATGTGGATTATCTTGGAGTGATGATAGATGGGTTATTAATGTG
Unaligned ( gi|29 ): TACGTATCTAATATAAAATGGCGAAGTAATAAAGTATCA
Unaligned ( gi|30 ): ATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTATCAATCCAGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444 11 111 2222222222222 11111 1 2222222 1111 11 11111 2 11111 11 11 00000000000000000000000000000 1111111111 11111111 3333333333333333333333333 111111 1111111 1111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 11111 2222222222222
lowQualScore : 1 22222222222222222 33 99 11 0 3 11 4 1 22 8 3 4 66 1 0 1 4 0 66 0 9999 9999 0 4 66 1 1 777 555 2 1 2 1111111111111 11111 2 88 1 9999 7777777 666 1 9999 0 4444 4 1 4 22 66666 0 5 55555 8 8 22 4 6 1 44444 33 6 7 88 66666666666666666666666666666 8 9999999999 66 1 5 1 66 4 4 4 0 4 55 777 0 4 44 3 6666 22222222 3 3 77 99999 3 44 88888 7777 3 0 44 3333333333333333333333333 888888 55 444444 77 6 3 6666 0000000 3 7777777777777 3 3 44 44 888 99 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 777 2 5 2 5 2 2 8888888 2 333 33 555555 1111111 33 2 777 2 11111 2 777 2 2 2 2 2 2 33 0000000000000 3 44
lowQualScore : . ................. .. .. .. . . .. . . .. . . . .. . . . . . .. . .... .... . . .. . . ... ... . . . ............. ..... . .. . .... ....... ... . .... . .... . . . .. ..... . . ..... . . .. . . . ..... .. . . .. ............................. . .......... .. . . . .. . . . . . .. ... . . .. . .... ........ . . .. ..... . .. ..... .... . . .. ......................... ...... .. ...... .. . . .... ....... . ............. . . .. .. ... .. . ..................................................... .. ... . . . . . . ....... . ... .. ...... ....... .. . ... . ..... . ... . . . . . . .. ............. . ..
lowQualScore : 7 77777777777777777 77 11 55 2 2 22 4 0 77 9 7 4 11 9 7 2 4 1 11 7 4444 4444 1 4 11 0 9 888 666 2 1 8 6666666666666 11111 7 33 2 4444 8888888 222 1 4444 7 0000 4 0 7 22 44444 1 0 00000 0 2 00 0 0 0 55555 88 7 3 33 66666666666666666666666666666 0 0000000000 99 0 0 7 11 4 4 4 9 0 55 000 1 0 66 3 1111 11111111 3 3 99 33333 3 66 33333 1111 3 4 66 3333333333333333333333333 222222 00 222222 99 7 1 5555 0000000 1 1111111111111 1 1 22 22 000 22 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 999 9 7 9 3 7 7 7777777 7 777 77 777777 3333333 77 7 333 9 11111 9 999 9 0 9 9 9 9 99 6666666666666 1 66
consensus : TGAACGATTGTGGATTATCTTATA------T----A-----TGNCAGAATGAACAGCCACTTAATGTGACNTGGC-TNAAAAATAANGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCGAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCCC-AA--AAGNAAGTA---A---TTACAGGATATTTAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTA-CTTAGATT----ACCTG-A--AAACT-TTTG----AAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCA-T-GAG-GTGGGAANATGGAGAGATATACCTAGAGANAATAGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--CTNAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--T-GTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAA-TT-T-AT--AA-GA-AATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTTGG--------GGG---T--T----G-TTTT---T--G--TTTTT--TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCA-T-T-------TATT-TT-G-TAAT--ATA-T---G-------TATT-GAT-A-T-CCTT-TT-----CAA-TG---CTTTA-CTNT-GT-A-TT-GCA-NGAAATA--A---------AA-AT--ATTGA
Reference ( family-203 ) : TGAACGATTGTGGATTATCTTATA------T----A-----TGNCAGAATGAACAGCCACTTAATGTGACNTGGC-TNAAAAATAANGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCGAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCCC-AA--AAGNAAGTA---A---TTACAGGATATTTAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTA-CTTAGATT----ACCTG-A--AAACT-TTTG----AAATA---TT-TNTGT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCA-T-GAG-GTCGGAANNTGG-GAGATATACCTAGAGANGATAGAATCTG--CCGTT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--CTNAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAACTA-TTTAA--T-GTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAA-TT-T-AT--AA-GA-AATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTTGG--------GGG---T--T----G-TTTT---T--G--TTTTT--TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCA-T-T-------TATT-TT-G-TAAT--ATA-T---G-------TATT-GAT-A-T-CCTT-TT-----CAA-TG---CTTTA-CTNT-GT-A-TT-GCA-NGAAATA--A---------AA-AT--ATTGA
gi|1 : TGAATGATTGTGGATTATCTTTTA------A----AAAAAATGGCATAATCAACAGCCACTTAATGTGATTTGGC-TTAAAAATAAGATTT-TTCTTAT-CTTGT--ATGCTCAATTCAAACAAAGTTG-AATTA--GTGATATGTATACAATATAAAATGGCG-AAGTAACAAAGTATCAA---TTGCAGGATTTTTAAA--CAAATGGTC--AATA-----TTAAAAAATACTTT-CTCAGATT----ACCTGAA--AAACG-TATG----AAGCA---TG-TTTGT--AAATTTAGAACA-A--GTAATGCAAAAT-TACCCA-TAGAG-GTGGGAATATGGAGAGATGTACCTAGAAAAAATTGAAT
gi|1 : ttT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGCT-AGGCAA--TTTAATGTTTC-AAGGC--AT-TATGAA-CACATATCCTAATATT-CTTA--AA----TTAATCAACTA--TTAA--T-ATAAC--G-AG--------C-G-AA-CATAA-TA--A-TTA--A-----TTATAC-AAATTGT--G-------------------------TAAA-TT-GAAT--AA-AA-AATGA--TCATTGGAGA-GA----G-------TT-AC--------T----T-CT-CCG--GT--TT----A-GGT-ACTT----------------G---T--T----G-TTT----------TTTCT--TTTTG-----GATACCTCTTC--AA---A-GC-ATG-TT-TGCT-T-T-------TATTGTT-G-TAAT--ACA-T---GTATCTGTTATT-AAT-A-T-TCCT-TTCC---CAA-TGC--CTTTACCTTT-CT-A-TA-GCA-AGAAATA--A---------AA-GC--ATTGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgacatttctataaaacaagctaggcaatttaatgtttcaaggcattatgaacacatatcctaatattcttaaattaatcaactattaatataacgagcgaacataataattaattatacaaattgtgtaaattgaataaaaaatgatcattggagagagttacttctccggtttaggtacttgttgttttttctttttggatacctcttcaaagcatgtttgcttttattgttgtaatacatgtatctgttattaatattcctttcccaatgcctttacctttctatagcaagaaataaaagcattga
gi|10 : tttgaatgattgtggattatcttttaaaaaaaatggcataatcaacagccacttaatgtgatttggcttaaaaataagatttttcttatcttgtatgctcaattcaaacaaagttgaattagtgatatgtatacaatataaaatggcgaagtaacaaagtatcaattgcaggatttttaaacaaatggtcaatattaaaaaatactttctcagattacctgaaaaacgtatgaagcatgtttgtaaatttagaacaagtaatgcaaaattacccatagaggtgggaatatggagagatgtacctagaaaaaattgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGT--AT-TATT-AACACCCATCCTAATATTGCATG--GAATGTTTAATCA--T--TTTAA--TTGTTAC--GCAA--------CAG-AAAC--AAGCTTAA-TTA--A-----T----CGAAATTATTAG-------------------------TAAA-TT-T-ATGTAA-GA-A-TTAAGTCA-TGGAGA-GAAGATG-------TA-TG--------T----T-CTGCCGAAGG--TTTATGA-GAT-ACTTCGGGGG--------GGG---G--G----G-------------------------GG----GGTAACTTTTTTCCAG--C-GC-ATG-GTGTTCA-T-TAGTAAAATATT-TT-G-TAATTAGTA-T---G-------TGTTTGAT-AAT-CCTT---------AG--------------------A-TT-GCA-A-AAATA--A---------AACAT--ATTAA
gi|11 : AAAACGGTA-AG----GGCAAGACTCAATGTGTCCAAGGT--ATGCATT-A-CACAATTCCTAA-ATT-CATA--AA---TTTATTCAACTA-TTTAAATT-ATAAC--G-AA--------CAG-AA----AG-C---ATTTA--A-----T----C-AGATTAT--G---------------------------------T-AT--AA-G--AATTA--TCA-TGGAGA-G-----G-------TT-AAATTTTAGTT----T-CT-TCG--AG--TT-A-GA-CAT-ACTTTTTT----------------T--T---------------------------------TTTGGTAACCTTTT--CA---C-GC-ATGTTT-TCCA-T-T-------TAGT-TC---TAAT--AT--T---GC------TATT---T-A----ATT-TT-----CAA-T-----CTTA-CTTT-GT-A-TT-GCA-AGAAAT-------------GA-AC--ATTGAttgaatgaattgacgtataggcctagtatcatgtac
gi|12 : GGCAA--CTCAATGTGTC-CAGGT--AT-CATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTATTCAACTA-TTTAA--T-ATAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AG-C---A-TTA--A-----T----C-AGATTAT--G-------------------------TA---------T--AA-GA-A-TTA--TCA-TGGAGA-GA----GTTAAATTTT-AG--------T----T-CT-TCG--AG--TT-A-GA-CAT-ACTTTTTT------------G---T--T---------------------------------TTTGGTAACCTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCA-T-T-------TAGT-TC-G-TAAT--ATT-T---G-------TATT-AA--------TT-TT-----CAA-TG---CTTTA-CTTT-GT-A-TT-GCA-AGAAAT-------------GA-AC--ATTGAt
gi|13 : aaaactggtaagACGAATGTGGATTATCCTATA------T----------TGTC-TAAT--ACATTC-CCTAGTGCAAATTGGT-TACGAAATACTGTTG-ATAAAAT-ATTGC--ATGATCAACTTGt
gi|14 : atataatgaatcttaattaataaccatactccaaatgatatggtgaattataatggtaagaatgattacgttcttggcaaaattggtatattctaataaattgtgcactaaattatactgttttttacatgatataacatgcatatcttagatgaaatgcttaaaaaaatatcattgGC-TAAAGCATACAGTTT-TACA-AT-CTTTTTCA-GATCAATTTAAACAAAAATACAATTACAGTGATATATTTG----AT----TTTCC-TA--AAGGAACAA---A---TCACAGAATGTTTTAA--GAA--GG----AATAAGCTCTAGAGAAATGTTTT-GGTATATC----ATGTA-AT-AAATTCTTTG----ACACA---CTACATAT--AGATCTAGAACA-A--TGAAT-CACAAT-TACCGATT-AAA-ACCAGACACTGGCAAAATATACC---AGATGATAGAATCTGGACC-TTAATATGTAA
gi|15 : AAT--A-AA--------CGC-AA-CC-AATC---A-TTCCCA-----T----A-AAA--AC--G-------------------------TGAA-TT-T-AT--AG----AATTA--TCAATGGAGAAGA----G-------TTTAG--------T----TTCT-CCG--GG--TT-A-GAAGAT-ACTTTTTTGG--------GGG---T--TTTTTG-TTTT---TTTG--TTTTTG-TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA-----GCAATG-TT-TGCA-T-T-------TATT-TT-G-TAAT--A-A-T---G-------TATT-GAT-A-T-CC-T-TT-----CAA-TG---CTTTA-CTAT-GT-A-TTGGCA-TG-AATA--AAT-------AA-AT--ATT
gi|16 : aTAA--T-GTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAA-TT-T-AT--AA-GA-A-TTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTTGG--------GGGGGTT--T----G-TTTT---TT-G--TTTTTG-TTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCA-T-T-------TATT-TT-G-TAAT--ATA-T---G-------TATT-GAT-A-T-CCTT-TT-----CAA-TG---CTTTA-CTAT-GT-A-TT-GCA-TGAAAT---A---------AA-AT--ATTGAtattgtaattgtaat
gi|17 : ATACT-TATA--AG---TTTAGTCAGCTA-TTTCA--T-ATACC--T-AA--------TAG-AG-C--CG-C---T-TCA--A-----T----C-ACATCA------------------------------AAA-TA-T-GT--AA-----ACTA--TTA-TGGAGA-GA----G-------TT------------------CA-CCA--AG--TT-T-GA---C-GCTTTTCTAT--------GG---------------CTT---T-----CTTTT--TCCGGA-ATTGAGAACCTCTT--CA---C-GC-AAG-TT-TGTC-G-T-------AGTC-TT-C-TA----ATA-T---C-------TATT-GAT-attgaatt
gi|18 : ATTATTTTACA------T----A-----TCTCAGAATGAACAGCCAC
gi|19 : tttgcaagttttgcagtggaccaagatttcttaaagactttaatatgatagacatgtataaaattacaataattcttagtttaaatatagaaaaacagtcgtagaatgaatgttgatttttttttttaattat-AATTA--TCA-TGGGGA-AA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-CAT-----TTTTG--------------------------TTT---T--G--TCTTT--TTTTT--TTTGGTAACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCT-T-T-------TATT-TT-G-TAAT--ATC-T---G-------TATT-AAT-A-T-CCTT-TT-----CAA-TG---CTTTA-CTTT-GT-A-TA-ACG-AGAAAT---A---------AA-AC--ATTGA
gi|2 : gTGAATGATTGTGGATTATCTTATA------T----A-----TGGCAGAATGCACAGCCACTTAATGTGATTTGGC-TCAAAAATAAAGTTT-TTCACAT-CTTGT--ATGATCAATTCAAACAAAGTTG-GATTA--GTGATATGTATA----AT----TCCTC-AA--AAGCAAGTA---A---TTACAGGATATATAAA--CAAACGGTC--AATA-----TTGAAAAATATTTG-CTTAGATT----ACCTG-AT-AAACT-TATG----AAATA---TT-TGTGT--GAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-TACCCA-TAGAG-GTGGGAAGATGGAGAGATATACCTAGAGAGAATAGAATTTG--CCATT--TATGTAACCAAAAT--GAGATAGGTG-------------ATG-------------TTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAAAC---A-AGTT-AGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATATT-CATA--AA---TTTAATCAATTA-TTTAA--T-GTAAC--G-AA--------CAG-AA-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAATTAT--GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATTT-T-AT--AAGGA-AATTA--TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TTAA-GA-GAT-ACTTTTTGGGC-------GGGTT-T--T----GCTTTT---T--G--TTTTTGGTTTTGA-TTTGGTAACTTTTT--CA---CGGC-ATG-TTCTGCA-T-T-------TATT-TT-G-TAAT--ATATT---G-------TATT-GATGA-T-CCTTGTT-----CAA-TG---C-GTA-CTATGGTGA-TT-GCA-GGAAATA--A---------AA-AT--ATTGAttgat
gi|20 : AGA-GA----G-------CT-AG--------CCAACT-CT-CCA--AG--TT-A-AA------CTTTTTGGGAGAGGGGGGGG---G--G----G-----------G--CTTTT--TTTT-A-T---GTAAC--------------GA-GTG-TT-TGCATT-T-------TACC-TT---TAAT--ATC-T---T-------TATA-AAC-A-T-TCTT-TT-----CAA-TG---CTTTA-CTTT--T-A-AT-GCA-AGAAATA--A---------AA-
gi|22 : TG-GATT-------CATATATG----AG----TCCAC-AA--AAGGAAGTA---A---TTACAAG-----------------GTC--TATA-----TTGAAATGTAATTA-CTTAGATT----ACCTG-AATAAACG-TTTG----ACATG----T-TATGT--AAATTTAGAACT-G--ATAAGGCAATAT-TACCTA-cattacttaacattg
gi|23 : c---T--G--TTTTG--TTTT-----TGGTAACTTTTT--CA---C-GT-ATG-TT-TGCT-T-T-------TATT-AT-G-TAAT--ATC-T---G-------TATC-AAT-A-T-CCTT-TT-----CAA-TG---CTTTG-CTTT-GT-A-TA-GCAGGGAAATA--A---------A
gi|24 : tctgttagacatacTAAAAC---A-CGAT-AGGCAA--CTCAAAGCAT---AATTTAAT-TACT-G-CACATATCCTAGAAGT-CATA--TA---TTTACTCAACTG-TTACA--T-ATTAT--T-AA--------CAA-AA-C--TC-A---A-TTC--A-----T----C-AAATCCT--G-------------------------T
gi|25 : g--T-GTAAC--A-AAGTACTTTTTAG-CA-C--AA-C---A-TTA--AACAGGT----A-AAACTAT--G-------------------------TAAA------AT--GA--A-AATTA--TAA-TTGAGA-GA----G-------TT-AG--------C----T-CT-CCT--GG--TT-A-
gi|26 : T-TGCT-TCT-------TATT-TTTG-CAA---ATA-TCTGG-------TATT-TAT-A-AACCCA-TT-----CAA-TG---CTTTA-CTAT-GT---TA-GCA-AGAAATA--A---------AA-ATTGATTGA
gi|27 : gtcT-A-T-CCTT-TTTTAATCAGGTG---CTTTA-CTAT-GT-ATTT-GCA-TGAAATA--T---------AA-AT--ATtt
gi|28 : --TTTTG--TTTTGTAACTTTT---CA---C-GC-ATG-TT-TGCA---T-------TATT-TT-GATAAT--TTA-T---G-------TATT-gaattgaaatt
gi|3 : gACA-G--GTAATGCAAATTATACCCA-T-GAGAGTGGGAAGATGG-GAGATATACCTAGAGAGAATAGAATTTG--CCATT--TATGTAACCAAA-T--GAGATAGGTG-------------ATGAGTTCATTATATATTTAACTGT-ACTGACATTTCTATAAA-C---A--GCT-AGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--AT-TATT-A-CACACATCCTAATAT--CATTCTAA---TTTAATCAATTA-TTTAA--T-GTAAC--G-AA--------CAGAAA-C--AA-C---A--TA--A-----T----C-AAATTAT--G-------------------------TAAA-TT-T-AT--AA-GA-A--TAT-TCA-TGGAGA-GA----G-------TT-AG--------T----T-CT-CCG--GG--TT-A-GA-GAT-ACTTTTTTGG--------GGGGT-T--T----G-TTTTTTGT--G--TTTGT--TTTTGATTTTGGT-ACTTTTT--CA---C-GC-ATG-TT-TGCA-T-T-------TATT-TT-G-TAAT--ATA-----G-------TATT-GAT-A-T-CCTT-TT-----CAA-TGTATCTTTA-CTAT-GT-A-TT-GCA-TG-AATAATA---------AA-AT--ATTGAa
gi|4 : tttgtcaggctactcaatacgatatgatatggcagtttcgtaaactctgtacctggtacatACGAATGTGGATTATCCTATA------TTTGGT-----TGTC-GCAT--ACATTC-CCTAATATAAAATGGC-TAAAAACTACTGTTC-ATAATAT-ATTAT--ATGACCAATTTGTACAGAAATG-GAAGA--GCAATATTTCTG----AC----ACACC-TA--AAGCAATTA---A---CTACAAAATATTCAAA--ACAACATTG--AATT-----TAGAAAGATATCT--CTTGAATCTCCAAACTA-A--AAA------GGCAAAAATA----T-TATGT--AAATAT---ACATGTTGTAATTACAAAC-TACCAA-T-aataatattgatatgaatatatatt
gi|5 : atattttgaatctcttaaaataactccactccaaatgatatggtatatggagaattgggaagatatccctaggctttaaacataaaggtacgaatgattacgttctgggcaaaattataataaataagttatactttctattacttaaaataaacttacaggtacatattggatgaaatgtataaaaaaatattatcgG-------------TTAAACTGTTACAGACATTTCTATGAAAC-----ACCTGAGGCAA--CTGAATGTGTC-AAATT--TA-TATT-A-CACACATCGTA--ATT-CATA--AA---TT--ATC-ATTACTTTAA--T-GTAACCGA-AA--------CAA-AC-C--AA-C---A-TTA--A-----T----C-AAA-TAT--G-------------------------TAAA-TTCT-AT--AA-GACACTTA--T-A-TGG-GA-AA----G--------T-AGAA------T----C-AT-CCG--GGTATT-T-GA-AATAACTTTTTTGG--------GGT---TTCT----T-TTTT---T--GTTTTTTT--TTTTG--TTTGG-AACTTTTT--CACTTC-ACGATG-TT-TGCA-T-T-------TATT-TT-G-T-AT--ATA-----G-------TATT-GAT-A---CCTT-TT-----CAA-TG---CTTTA-CTAT-GT-A-TT-GCA-TGAAATA--ATACAATATGAA-AT--ATTGA
gi|6 : acagaatccgaattttgtagccccaatagatgatgagtttcattatatatttaactgtacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTAATATTGCATGGT-TGAAAAACACTGTTT-TTAATATTCTTAA--A-GATTAATTTGTACAAAGTTG-GAAAA--GTGAAGTTTTAA----AT----TCACC-AA--AGGTTATTA---A---TTACAGAATATATTAG--CA--TGGCCTAAAGG-----TAGAGAAGTATGTATCATA-ACT----ACCT-----------TTTG----AATTA---GC-CCT-T--AAACTTTGTA--------AATGTCAAAT-TACC-------G-GTTGGAATGT-------TATGCCAAGAAATGATAGAATCTG--TAGCT--TGTGCAGT--AAATCGGAACTTGGTGTGAATTCCATTACATT-------------TTTCCATGT-AATGATATCACAGTGAGAA---ATAG-T-AGAAAA--CTTTTTGTTCC-AAATT--AT-TATT-G-CCAAAATCCAAATTCT-TATA--AA---TTTGAACAATTG-TTTAA--T-atatggacaca
gi|7 : TGAATGGTTGTGGATTATTTTATACATGTAT----A-----TGGCAGAATGGACAGCCACTTAATGTGACTTGGCTTAAAAAATAAGATTT-TTCACAT-CTTGT--ATGAT-AATTCAAACAAAGTTG-GATTA--GTGTTATGCATA----AT----TCCTC-AA--AAGCAAGTA---A---TTACAGGATTTTTAAG--CAAACGGTC--AGTA-----TTGAAAAGTACTTA-CTTAGATT----ACCTGAA--AAACT-TCTG----AAATATTTTT-TTTAT--AAATTTAGAACA-G--GTAATGCAAAAT-
gi|8 : caatttacaaaattcccaaaggaaaaagatttcttcaaaacttaatgtaatgagaaattataacagtcattggtttaattatataaaacagatctCGATTTTGAATGAT--TATA------G----A-----T-------TAAACAACCATTTCATGTGACGTGGA-TTTAAAACAATACTTCTTCACAA-TGTGT--ATGTTCAATTCAAGCAAAGCTG-GACTA--GGGATATGTATA----AT----TCCTC-GA--AAGGAAATA---ATATTTACAGGTTATCCAAAAGTATACAAT----ATA-----TTGGATGATATTTA-GTTG---T----AC-------GAACT-TTTG------ATA---TT-TGTTTTCAACTTTAGAACT-G--GTAATAC
gi|9 : ggtttatttacaaaattcatagggcaaagatttcttctaaactttagtatgctatgagacatttagaactgttcttggtttcagtatctataaaatATAAACAACCATTTCA-GTGACGTGGA-TTATAAACAATACTTCTTCACAA-TGTGT--ATGTTCA-TTCAAGCAAAGCTG-GACTA--GGGATATGTATA----AT----TCCTCGAA--AGGAAAATA---ATATTTACAGGTTATCCAAAAGTATACAAT----ATA-----TTGGATGATA-TTA-TTTG---T----AC-------GAACT-TT-------GATA---TT-TGTTTTCAACTTTAGAACT-G--GTAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGCAAAATTTGAGGCAAATTCTTTAACAACTTATTATGTAATGAGAAAGTGCAACAATCCTTGGTTTAATTAAATTAAAAAAAAATCAATGTGGATTATCTTGGAGTGATGATAGATGGGTTATTAATGTG
Unaligned ( gi|29 ): TACGTATCTAATATAAAATGGCGAAGTAATAAAGTATCA
Unaligned ( gi|30 ): ATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTATCAATCCAGG