lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111 11111111 22222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222 111111111 1111111111111111 333333333333333333 1111111 11 3333333 33333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 66 22 4 9999 1 1 1 1 1 3 22 1 777777 44 666 3 444444 22 1 4 22 1 6666 44 22 1 1 1 22 3 1 1 1 3333 222222 3333 1 22 88888888 22 1 3333 22 3333 3333 777 222 6666 555 77777 00000000000 777 4444 2 4444 55555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 22 44 22 4 000 555555 22 222222222 9 2 2 44 666666 888888888 22 666666 2222222222222222 2 111111111111111111 0000000 2 11 1 1 5555555 2 88888 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 5 2 2 0 2 2 2 0 9999 77
lowQualScore : .. .. . .... . . . . . . .. . ...... .. ... . ...... .. . . .. . .... .. .. . . . .. . . . . .... ...... .... . .. ........ .. . .... .. .... .... ... ... .... ... ..... ........... ... .... . .... ..... ................................................................................. . .. .. .. . ... ...... .. ......... . . . .. ...... ......... .. ...... ................ . .................. ....... . .. . . ....... . ..... . ............................................................................................................ ... . . . . . . . . .... ..
lowQualScore : 11 99 4 4444 8 8 7 7 7 5 44 7 444444 11 333 2 666666 22 6 8 22 6 3333 00 22 6 6 7 33 3 7 7 7 5555 444444 7777 7 44 22222222 44 7 7777 33 5555 5555 888 999 5555 222 11111 99999999999 999 0000 0 2222 00000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 88 88 88 0 777 888888 77 444444444 8 0 0 88 111111 444444444 99 111111 0000000000000000 4 888888888888888888 0000000 4 99 1 1 8888888 4 55555 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888 3 5 2 1 5 5 5 9 3333 99
consensus : ATTTT--TTTTATGG-ATA----AGAGAAT-GT-T-TT-AAA-TCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-AT-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TAC------ATT----G-T--C---G----G--T-C----CA--TG----T----T---T---C----T---TC-----AT-GT--A--TA-GTTG---A----TA-A----A-----T----------A-A-------T-T------A-GT---C--GC-----A-GA-----------------T--A----------T-A--TA--G--ACGTTTCACA-GGCAC-T------C-GA---C-----ATNA-TAA--A------TA---------C--ATTTA------AT----A-----------A-A-------AT---------AAC-------AAA-C-TATTGTCGGT-C-GN--GTTT-TTTTT---ACGG-GAAT--A-T--TTTTTTCATT-A-ATTTT-----TATGCTT-AAGAGAATGGTTCTT--AAAAGNNANGNNCCGTAAGACGTTTTTTTAAAGTCTCGACCGCTCGGCNANGG---CA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
Reference ( gi|2 ) : ATTTT--TTTGGTGG-ATA----AGAGAAT-GT-T-TT-AAA-TCA-A--G-CA------A--TG--AT-A------A--GA-AT-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG-T-A----TAC------ATT----G-T--C---T----G--T-C----CA--TG----T----T---T---C----T---TC-----AT-GT--A--TA-GTTG---A----TA-A----A-----T----------A-A-------T-T------A-GT---C--GC-----A-GA-----------------C--A----------T-A--TA--G--ACGTTTCACA-GACTA-T------C-GA---T-----ATAA-TAA--A------TA---------C--ATTTA------AT----A-----------A-A-------AT---------AAC-------AAA-C-GATTGTCAGT-C-GG--GTTT-TTTTTTTAACGG-GAA---A-T--TTTTTTCATTAA-ATTTT-----TATGCTTGTAGAGAATGGTTCTT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG---CA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---GGTG--ATAAA
gi|6 : ATGTT--TTTA-TGG-ATA----AGAGAAT-GT-T-TG-AAA-TCA-A--G-CA------A--TG--AT-------------------------------G--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG-T-A----TAC------ATT----G-T--C---T----A--G-C----TA--CA---------------------------------AT-GTAGA--TAGGTTGT--A----TA-T----A-----T----------ATA-------T-T------A-TC---T--GC-----A-GA-----------------A--A------------G--TG--C--TCGTTTCAC--GACTC-T------C-AA---C------T-A-TAA--A------TA---------C--ATTT-------AT----------------A-A-------AT---------AAT-------AAA-C-TGTCGTCAGT-CTGT--GTTT-GGTTAGTTACGG-GAAGATA-T--TTTTTTNNNNNN-NNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACA-AGCATATA-TGATTA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTATTATAAA
gi|3 : TTTT--TTTTGTG--ATA----AAAGAAT-GT-T-TT-AAA-TCACA--G-CA------A--TG--AT-A------A--GA-ATAA--A-C-G--CAA-G--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG---A----TAT------AAT----G-T--C---T----G--T-C----CA--TG----T----T---T---C----T---TC-----AT-GT--A--TA-GTTG---A----TA-A----A-----T----------A-A-------T-T------A-GT---C--GC-----A-GA-----------------C--A----------T-A--TT--G--AAGTTTCACA-GACTA-T------C------------ATAG-C-A--A------TA---------C--A-TTA------AT----A-----------ATA-------ATA--------AACA------AAA-C-AATTATCAGT-C-GA----TT-TTTTTTTACCGG-GAA---G-TAATTTTTTCATT-A-TTTTT-----TATGCTTTAAGAGAATGG-TCTT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---CA-AG-ATACATTGAATA-T-GAT-CGGA-CAAGCAG---GGTG--ATa
gi|1 : tTTTTCATTTGGTGG-ATA----AAAGAAT-GTCT-TT-AAA-TCA----G-CA------A--AT--AT-A------A--GA-AT-A--AAC-G--CA-TG--T-GCT-TCC-G--GCAA-GCAG-T-A----TACCA----GTT----G-T--C---T----G--TTC----CA--TG----T----T---T---C----T---TC-----AT-G---A--TA-GTTG---A----TT-A----T-----C----------A-A-------T-T------AAGT---C--GC-----A-GA-----------------C--A----------TTA--TA--AGAACGTTTCACATGACGA-T------C-GA---T-----ATAAATAA--A-------A---------C--ATTCA------AT----A-----------A-A-------AT---------AAC-------AAA-C-GATTGTCAGT-C-GG--GTTT-TTTTT---ACGG-GAAT--A-T--TTTTTCCATTAAGATTTT-----TATGCT--AAGAGAATAGTTCTTGAAAACGTCAAATGCTGTAAGACGTTTGTGTAAGGTCTCGACCGTTCGGCTACGG---CACAGCATACA-TGAA-A-T-GATGCGGACCAAGCAG---tataaaat
gi|14 : TTTT--TTTGGTGGGATA----ACAGAAT-GT-T-TTTAAA-TCA-A--G-C----------TG--AT-A------A--GA-AT-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-GACG-AA-GCAG-T-A----T-C------ATT----G-T--C---T----G--T-C----CA---G----T----T-------C----T---TC-----AT-GT--A--TA-GTTG---ATGCCTA-T----A-----TGCCGACAG--A-G-------T-T------A-GT---A--GC-----A-GAGATTAG-----------C--G----------T-A--TAATG--AAG--TCGCA-GACCA-TATAGACC-GG---TTCAAAAAAA-CAAG-A------TAGAAAACTATC--GTATA------AT----ATCACATTTATAA-A-------AT---------AAC--------AA-C-GATTGTCAGT-CGGG--GTTT-TTTTTTTTACGG-GAAT--ATT--TTTTTTCATT-A-ATTTT-----Tat
gi|7 : tTTTT--TTTTACGG-ATG----CGAG--TCGT-T-TT-GAA-GGA-ACTGTCA------A--TG--GT-A------A--GA-A-----A-C-------TG----CGT-CCC-G--GTAA-ACAG-T-A----TAC------ATT----G-T--C---G----G--T-C----CA--TG----T----T---C---CTCTTT---TC-----AT-GT--A--AT-GATA---A----TA-A----G-----T----------G-C-------T-TTAA---A-AT---A--GT-----A-TA-----------------CTTA----------T-A--TA-----ACTTTTCACA-GGCAC-T------C-CA---C-----ATCA-T----A------TA---------C--ATTTA------AT----A-----------A-A-------A----------AAC-------AAA-G-TAT--TTATT----G--GTGT-TTCTT---ACGG-GAA---
gi|35 : tTTTT--TTTTATGG-ATATTAAAGAGAAT-GT-T-TT-AAA-TCA-A--G-CA------A--TG--AT-A------ATGGATAT-A--A-C-GC-CAAT---T-CGT-T-C-G--G-AA--CAG-T-A----Ttacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagcatacatgtatatgatcggaccaagcagagtgatataaa
gi|15 : TT--TTTTATGG-AAA----AG-GAAT-AT-T-TC-CAA-TCA-A--A-CACT----AGCTG--GT-A------A--TA-AT-A--A-C-G--AATTG--T-CGT--CC-G--A-AA-GCAT-T-A----TAC------ATT----G-T--C---G----G--T-C----CA--TT----TTTTCT---T---C----T---TC-----AT-G-------A-G-TGCC-A----TA-ATATTA-----T------------A-------T-T------A------T--AC-----AGGA-----------------T--AT---------T-A--TA--G--ACGTTTCACA-AACAC-T------C-GA---C-----ATAA-TAA--
gi|10 : T--TTTTATGG-ATA----AGAGAA--GT-T-T--AAA-TCA-A----CA------A--TG--GTTA------A--GA-AT-A--A-A-G--CA-TG--TTCGT-TC-----G-AA-GCAGCT-G----TAC------ATT----G-T--C---G----G--T-C----CA--TG----T----T---TGTTC----T---TC-----AT-AT--A--T----TG---A----TA-A----A-----T----------A-A-------G-T------G-CT---CTAGT-----A-TA-----------------C--G------------A--TA--G--ACGTTTCACA-GG--A-T------C-AA---C-----ATTA-T-A--A------TA---------C--ATTTA------AC----A-----------A-A-------A----------AA--------AAA-C-TATTGTCAGT-C------TTT-TT-------CGG-GGAT--A-T--TTTT----TTAA-AATTC-----TAT--TTAAAAAG------TC--------AATATGGCCTGTAAGACGTCTTTTGACAGTCTCGATCACGTCGACTACG---CAAAGCATACA-T-AATATT-GAT-CGGG--AAGCAGATAAGTG--ATAtgatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgcggatacataaatatgatgggaccaagcagagtgatatccaat
gi|9 : T--TTTTATGG-AT------GTGATT-GT-T-TT-GAA-TTA-A--G-CA------A--TG--GT-ACATGTAA--GA-AT-A--A-C-T--CCATT--T-CGT-TCC-C--T-AA-GCGG-T-A----TACATTAGTATT----G-T--C---G----G--T-C----CA--TG----T----T---T---C----TTCCTC-----AT-TC--A--TA-GCTA---G----TT-A----A-----T----------GTA-------TGT------ATGT---C--GC-----A-GA-----------------A--AAGTGCTTTAGT-G--TA--G--ACGTTTCACA-AGCAC-T------T-GACGTT-----TTAA--AA--A------TA---------C---CTTA------CT----A-----------T-A------------------AAC-------AAATT-TATTGTCGAT----A--GTTT-GTTtga
gi|12 : GAGGAT-GT-T-TT-AAA-TTA-A--G-CA------A--TG--GTAA------A--AA-AT-A--A-T-G--TCACG--T-TGT-TCC-G--G-AA-GAGG-C-A----TACATTAATATT----G-T--C---G----G--T-C----TG--TG----T----T---T---C----T---TC-----TTCAT--T--TA-GTTG---A----TG-G----A-----T----------A------------------A-GT---C--GC-----A-GAAAGTGCTCTGAAGATAGT--A----------T-C--TA--G--ACGTTTCACA-GGCAC-T------T-GA---T-----ATTA-TAA--A------TA---------T--ATTTA------ATTAAAA-----------A-A-------ATCTCCTTATAAAC-------AAA-C-TATTGCCAGTAC-AT--GTAT-TTTTTTAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatagatgatcggacccagcagagt
gi|22 : tatgggtgtgattgatatctcttgGAAAAT-GT-TCTT-CAA-TCA-A--G-CA------C--TT--GT-A------A--TA-AT-A--A-C-G--CAATGTAT-CGT-TCC-G--A-AAGGCAT-T-A----TAC------ATT----G-T--C---GA---G--T-C----CA--CG----T----T---T---C----T---TCTTCAAAT--T--ACTTA-GTGC---A----T--A----G-----T----------A-T-------T-T------ATATAA-C--G------G-GA-----------------T--G----------T-T--TAG-G--ACGTTTCACA-GACAC-T------C-GA---C-----ATAA-TAA--A------TG---------C--ATTTA------AT----tacatttaaaaacgtcaaggtgcagcctgtgagactttt
gi|11 : GAGGAT-GT-G-TT-TAA-TTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--AA-ATGA--A-T-GTTCA--G--T-TGT-TCC-G--G-AA-GAGG-CCA----TAC------ATT----AATAAT---T----G--T-C----GAGCTGATTTT----C---T---C----T---TC-----AT--T-----TA-GTTG---A----TG-G----A-----T----------A-A-------CGTGCAAGAA-GT------GCTCTGAA-GA-----------------T--AG---------T-AATTA--G--A-GTTTCACACGGCAA-T------T-GA---T-----ATTA-TAATAA------TA---------TTAATTAA------AA----A-----------A-ATCTACTTAT---------AAC-------AAA-C-TATTGCC-GTAC-AT--GTTA-TTTTTTTAAtatatgtataaaaaaaaaaa
gi|8 : attttttatgggtgtgattgatatctcttgAGAAT-GT-T-T--AAA-TCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-AT-A--A-C-A--CAATG--T-TGT-TCC-A--A-AA-GTGG-T-A----TAC------ATTGACAG-T--CCA-T----GACT-C----CA--TG----T----T---T---C----T---C-------T-TT--A--T---TTG---A----TG-A----A-----T----------A-A-------T-T------A-GT---C--GC-----A-GA-----------------A--AAGTGCTTTAGT-A--TA--G--ACGTTTCAGA-CAC---T------C-GA---C-----ATTA-TAA--A------TA---------C--ATTTA------AT----A-----------A-A-------A----------ACC-------AAA-C-AATAGTCAGT----A--GTTT-TTT-----ATGG-GAAT--A-T--ATTTatacttaaaaacgtcaaggtgcagcctgtgagactttgtttggt
gi|5 : tttctgatgtgattgacttttgaAGAAT-GT-T-TT-AAAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-AT-A--A-C-------TG--T-CGT-CCC-G--G-AA--CGG-T-A----TAC------ATT----G-T--C---G----G--T-C----CA--TG----T----TTCCT---C----T---TC-----AT-G------TA-ATTG---A----TA-T----A-----TAAGTGCTTTAA-A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T--A----------T-A--TA--G--ACTTTTCACA-GGCAC-T------C-CA---C-----ATCA-T-A--A------TA---------C--ATTTA------AT----A-----------A-A-------A----------AAC-------AAA-G-TATTATTGGT----A--GTTT-CTTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatagatgaacggaccaagcagagtaac
gi|4 : tttttttttacggatgcgagtcttttgaAGAAT-GT-T-TT-AAA-TCA-A--G-CA------AT-TG--GT--------A--GA-AT-A--A-C-------TG--T-TGTGTCCGG--G-AA-ACGG-T-A----TGC------ATT----G-T--C---G----G--T-C----CA--TT----T----TCC-T---C----T---TC-----AT-G------TA-ATTGTATA----TA-A----GTGCTTT----------A-A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T--A----------T-A--TA--G--TCTTTTCACA-GGC-A-C------C-CA---CA----ATCA-TAA--C------TA---------C--ATTTA------AT----A-----------A-A------------------AAC-------AAT-CTTATT-TTGGT-A-GT--GTTTCTTTCCCCCGCGG-GAAT--A-T--TTTTTT-------ATTTTGAAAATATATT-----AAAATG--TC-------AAGAGAGACGCGAGACCTTTTTTGTTAAAATGTCTACGACTCGGCTACGG---AA-AG-ATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGAAG---AGTG--ATAacggaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagcatacatgtatatgatcggaccaagcagagtgatataaaa
gi|17 : ttttttttacggatgcgagtcttttgaAGAAC-GT-T-TT-AAA-TCA-A--G-CA------T--TG---T-A------A--GA-AT-A--A-C-G--CAATG--T-CAT-TCA-A--A-AA-GTGG-T-A----C----------T----G-T--C---G----G--C-C----CA--TG----T----T---T---C----TCT-TC-----AT-TT--A--C---TTG---A----TG-A----A-----T----------A-A-------T-T------A-GTC--C--AC-----A-GA-----------------A--AAGTGCTTTAGT-A--TA--G--ATGTTTCACA-GA-TACT------CGGA---C-----AATA-TAA--A------TC---------C--ATTTC------ATA---A-----------A-A-------AA---------AACAAAAAAAAAA-C-TATTGTCGCT-C-AGTAGTTT-TTTT----ACGG-GAAT--A-T--Tta
gi|27 : ttttttttggggggggggggttgtgattgtcttttgaAGAAT-GT-T-TT-AAA-TCA-A--G-CA------A-------------------GA-AT-A--A-T-A--CAGTG--T-CGT-CCC-G--G-AA-ACGG-T-A----TAC------ATT----G-T--A---CATAGG--T-C----CA--TG----T----TTCCT---C----T---TC-----AT-GT--A--
gi|26 : tttttttacggatgcgagttttttgaAGAAT-AT-T-TT-AAA-TCA-A--C-CA------A--TGTGAT-A------A--GA-AT-A--A-T-G--CCATG--T-CGT-TTC-A--G-AA-GCGG-T-A----TAC------ATC----G-T--C---G----A--A-C----CG--TT----T----T---T---C----T---TC-----at
gi|34 : ttttttatggatgtgattgtcttttgaAGAAT-GT-T-TT-GAA-TCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-AT-A--A-C-G--CATTG--T-CAT-TCC-A--T-AA-GTGG-T-ATAATTAA------ATT----G-T--C---G----G--T-C----CA--TG----T----T---ttcattca
gi|28 : ttttgaAGAAT-GT-T-TT-AAA-TTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-AT-AATA-T-G--CCACG--T-CGT-T-C-A--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A---------------------------------------------T---T---C----T---TC-----A--GT-----TA-GCTG---A----TA-G----A-----C----------A-A-------
gi|33 : ttttaatggatgtaattgtctcttgaAGAAT-GT-T-CT------CGCA--G-CACGAATTA--CG--GT-A------A--TA-ATTA--A-CCG--CAATG--T-CGT-TCC-A--A-AA-GCAT-T-A----TAC-------TT----G-T--C---G----A--T-C----CA--TG----T----T---T---C----T---TC-----gtc
gi|13 : tttgcaAAT-GT-T-TT-CAA-TCA-A--G-CA------C--TG--GT-A------A--TA-AT-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--A-AA-GCAT-T-A----TAC------ATT----G-T--C---G----G--T-C----CA--CG----T----T---T---C----T---TCTTC--AT--T--ACTTA-GT-G---C----TATA----G-----T----------A-T-------T-T------A-TTATAC--G------G-GA-----------------T--G----------T-T--TA--G--ACGTTTCACA-GACAC-T------C-GA---C-----ATAA-TAA--A------TG---------C--ATTTA------Att
gi|42 : a-TT-AAA-TCA-A--A-CA------A--TG--GT-A------A--GA-AT-A--A-C-A--CCAAG--T-CGT-TCattatatgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatacataaatattaccggaccaagcagagtgttataaaat
gi|38 : G--GT-A------A--TA-AT-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-A--A-AA-GCAT-T-A----TAC------ATT----G-T--C---G----A--T-C----CA--TG----T----T---T---C----T---TC-----
gi|32 : T-G------A--AA-AT-A--A-C-T--CCACA--T-TGT-TCC-A--G-AA-GTGG-T-A----TAC------GTT----G-T--TACTT----G--T-CAGTACG--TA----T----T---T---C----T---TC-----TTCAT--T--TA-GTTT---A----Tttc
gi|16 : g--TG----T----T---T---CGTC-C---TC-----AT-GT--------GTTT---A----TA-A----A-----C----------A-AAGTGGTTT-T------A-AT-------------A-G------------------T--A----------T-A--TA--G--GCGTT-CATA-AGC-A-T------C-AA---C-----ATTA-TAA--AATTTAATA---------C--ATTTAGGCCTAAT----A-----------A-A-------AA---------GAC-------AAA-C-TA---------------GTTT-CTT-----ACGG-AAAT--A-T--TCTTT--------GTTTT-----TAT--TTGCA---AATG--TC------AAGATAGACGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG---CA-AGCATTCA-TGTGT--T-GAT-GGGACCAAGCAG---AGTG--gttattgtttgatgtt
gi|20 : tgaaaataaaacatgtttcttttgataagctctttt---T---C----C---TC-----AT-GT--A-----GTTT---A----TA-A----A-----C----------A-A----------------A-GT------GCTTT--A-G------------------T--A----------T-A--TA--G--GCGTTTCACA-AGCAC-T------C-AA---C-----ATTA-CAA--A------TA---------C--ATTTA------AT----A-----------A-A------------------AGC-------AAA-C-TA---------------GTTT-TCTT----ACGGTGAT---A-T--TTTTTT-------ATTTT-----T----------------GTNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG---CA-AGCATACG-TGTGTG-T-GAG-GGGACCAAGCAG---AGTG--a
gi|29 : ttcgA-GTTG---A----TA-A----A-----T----------A-A-------T-T------A-GT---C--GC-----A-GA-----------------C--A----------T-A--TT--G--ACGTTTCACA-GACTA-T------C-GA---T-----AT-----A--A------TA---------C--ATTTA------AT----A-----------A-A-------AT---------AAC-------AAA-C-GATTATCAGT-C--G--GTTT-TTTTTTT-ACGG-GAAT--A-T--TTaata
gi|19 : ----------A-A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T--A----------T-A--TA--G--TCTTTTCACA-GGCAC-T------C-CA---C-----ATCA-TAA--A------TA---------C--ATTTA------AT----A-----------A-A-------A----------AAC-------AAA-G-TATTATTGGT----A--GTTT-CTT-----GCGG-GAAT--A-T----------TNNN-NNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAG---CA-TACATGTA-T----A-T-GAT-CGGACCAAGAAG---AGTG--ATA
gi|8 : atagtgctttaG---CA-AGCATAGA-TGAA---------CGGACCAAGCAG---AGTA--taa
gi|13 : tttctgatgtgattgacttttgaagaatgtttaaatcaagcaatggtaagaataacacaatgttgttccaaaagtggtatacattgacagtccatgactccatgtttctctttatttgatgaataattagtcgcagaaaagtgctttagtatagacgtttcagacactcgacattataaatacatttaataaaaaccaaacaatagtcagtagttttttatgggaatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG---CA-AGCATACA-TAAATA-T-TAC-CGGACCAAGCAG---AGTGTTATAAAc
gi|9 : aaatgttttcaatcaagcactggtaataataacgcaatgtcgttccgaaagcattatacattgtcggtccacgtttcttcttcattacttagtgctatagtatttattatacgggatgtttagacgtttcacagacactcgacataataaatgcatttaaattatatgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG---CA-AGCATA----GA----T-GAT-CGGACCCAGCAG---AGTat
gi|25 : tttttatggatgtgattgttttgaattaagcaatggtacatgtaagaataactccatttcgttccctaagcggtatacattagtattgtcggtccatgtttcttcctcattcatagctagttaatgtatgtatgtcgcagaaaagtgctttagtgtagacgtttcacaagcacttgacgttttaaaaataccttactataaacaaatttattgtcgatagtttgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG---CA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGG---AAGCAG---AGTG--ATA
gi|5 : aaaaaactattttcagtctgtttacgggaatatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-AGCATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAtgata
gi|7 : tttttttttacggatgcgagtcttttgaagaatgttttaaaatcaagcaatggtaagaataactgtcgtcccggaacggtatacattgtcggtccatgtttcctcttcatgtaattgatatataagtgctttaaattagtatatatagacttttcacaggcactccacatcataatacatttaataaaaaacaaagtattattggtagtttcttacggaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaA-AGCATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAtaaaa
gi|24 : tttttttttacggatgcgagtcgttttgaaggaactgtcaatggtaagaaactgcgtcccggtaaacagtatacattgtcggtccatgttcctcttttcatgtaatgataataagtgctttaaaatagtatacttatataacttttcacaggcactccacatcatatacatttaataaaaaacaaagtatttattggtgtttcttacgggaatacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaA-AGC-TACA-TGTATA-TTGAT-CGGA-CAAGAAG---AGTG--ATAtaaa
gi|15 : ttattatggttagtttcttcgggaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaATACA-TAAATA-T-GAT-GGGACCAAGCAG---AGTG--ATAtaaaat
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTCTCCTCAAATTGTGTTTATAAACATAAGTGGTTTTAATAGTATATTAGGCGTTCATAAGCATCAACATTTATAAAATTAATAACATTTAGCCTAATAAAAACACAACTAGTATGTCTTACGTGAAATATTCTTTGTTTTTTATTTGCCAAATGTCAAGATAGACGTAATCAGAACTTTGGTAAAATCTTCGATCGTCGCATACGGCAAATTCATGTGTTGATGGGACCAAGCAGAGG
Unaligned ( gi|21 ): GTTTCTTCTTTATTTATAGCTATTGGTATATATAAGTCGCAGAAAAGTGTTCTAGTGTAGACGTTTTACAGGCACTTGACAAATATAAGAATATCTTCCTATAAACAAATTAAATTGTCAATACTTTGTTTAGGGGCATATTTTGTTATGAAATGTATTTAAAACGTCAAACTTTGGTGTAAAGTCGGCTACGGCAAGCGTAGATGATCAGACCAAGAAGAGT
Unaligned ( gi|23 ): TTTATAAACAAAGTGGTTTTAATAGTATATAGGCGTTTCATAAGCACTCAACATTATAAAATTTAATACATTTAGGCCTAATAAAAACAAACTAGTTTTCTTACGGAAATATTCTTTTTTTTTATTTTGCAAATGTCAAGATAGACGTAATCGAAACTTTGGTAAAAAGTCTTCGACG
Unaligned ( gi|30 ): ACCACAGGCACTCATTTAATAATTCTTCATGCAAACAAACAAAATACTAGTTTGTTTACTGGGATCATTTTTTTTTTTCATTAAATGTATCTAAAACGTCAAGTACCTGT
Unaligned ( gi|31 ): TCACAGGTACATGACGTTTTTAAAAATATATTTGATAAAAAAAAAATCTTCCTGTAAACAAATCATTCAATTTTATTAAATATATTTAAAACGTCAAGTGCCTGT
Unaligned ( gi|36 ): TGAAAATCACAGGCACTTGACATTTAGAAATGCATCTAATAAAAGAAAAATGTTTTCGTAAACAAACTATTGACAATA
Unaligned ( gi|37 ): AAAATAATCCACATTGTTCCAGAAGTGGTACTACGTTGTTACTTGTCAGTACGTATTTTCTTTTCATTTAGT
Unaligned ( gi|39 ): AGTTGCTTATGGGAATAATTTCTTTTCAATCAAATATATCTAAAACGACAAGTACCTGTG
Unaligned ( gi|40 ): TAAGAATAAATTCTTCCTGTAAACAAACTAAATTGACATTCAATGGTTTGTTTA
Unaligned ( gi|41 ): TATGCTTGATGCCCAAGAGCACATCATTTGCCCCAATTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333333333333333 1111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 222222222222222222 4444444444444 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 33 2 000000000000000000000000000000 1 1 1 3 3 22 1 888888888 22 1 444444 22 1 1 4 22 1 5555 22 22 1 1 1 22 3 1 1 1 3333 77777777777777 3333333 1 777 1 1 22 1 555 888 3333 7777 444 33333 222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 8 5555 1 22 1 3 3333 1 3333 1 33 33 1 000000 22 888888 444 22 444444 999999 5555 1 666666666666666666 6666666 1 222222 1 2 4444444444444 22 1 3333 333 1 1 22 1 44 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 2 2 2 2 55555 2 2 333 77
lowQualScore : .. . .............................. . . . . . .. . ......... .. . ...... .. . . . .. . .... .. .. . . . .. . . . . .... .............. ....... . ... . . .. . ... ... .... .... ... ..... ... ............................................................................................................................... . . .... . .. . . .... . .... . .. .. . ...... .. ...... ... .. ...... ...... .... . .................. ....... . ...... . . ............. .. . .... ... . . .. . .. ........................................................................................................ . . . . . ..... . . ... ..
lowQualScore : 99 9 999999999999999999999999999999 7 7 7 3 3 33 7 111111111 11 5 444444 11 5 5 6 11 5 7777 22 11 5 5 6 22 2 6 6 6 4444 88888888888888 8888888 7 555 7 7 33 7 222 444 1111 2222 666 77777 999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 3 4444 7 33 7 0 1111 5 1111 5 55 99 5 999999 00 333333 222 11 444444 888888 0000 7 111111111111111111 8888888 6 333333 7 5 1111111111111 44 7 9999 222 8 9 66 9 55 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8 0 4 2 1 88888 1 1 777 33
consensus : ATTTT--TTTTACGG-AT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G------TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TC-GA----C-A--TT-A-TA------A--A------TA---C--ATT------TA------AT----AA-A-------A----------AAC-------A-AA-C-T--A-TTGTCGGT-C-G-G----T--TT--TT-TT----T---A-CG-GGA--A-TA--TTTTTTT-------ATTA-----A-TTTT-----TATGC-TTA-AGAGAATGGTTCTTAAAA--GATANANGCCGTAA---GACNTTTNT--GTAAAGTCT-CGACCGC-TCGGCTACG-GCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
Reference ( family-1983 ) : ATTTT--TTTTATGG-AT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G------TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TC-GA----C-A--TN-A-TA------A--A------TA---C--ATT------TA------AT----AA-A-------AT---------AAC-------A-AA-C-T--A-TTGTCGGT-C-GNG----T--TT--TT-TT----T---A-CG-GGA--A-TA--TTTTTTT------CATTA-----A-TTTT-----TATGC-TTA-AGAGAATGGTTCTTAAAA--GNNANGNNCCGTAA---GACGTTTTT--TTAAAGTCT-CGACCGC-TCGGCNANG-GCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
gi|1 : TTTTCATTTGGTGG-AT--A----AA--------A------------GAAT-GTCT-TT-AAATCA----G-CA------A--AT--AT-A------A--GA-A-T-A--AAC-G--CA-TG--T-GCT-TCC-G--GCAA-GCAG-T-A----TACCA----G-------TT-------GT-C---T-GTTC--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G-------A--T--------AG---TTG---ATT-A-------------T-----C----------A----A-------T-T------AAGT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-TTA--TA-AGAAC-GTTTCACATGACGA----TC-GA----T-A--TA-AATA------A--A-------A---C--ATT------CA------AT----AA-A-------AT---------AAC-------A-AA-C-G--A-TTGTCAGT-C-GGG----T--TT--TT-TT----T---A-CG-GGA--A-TA--TTTTTTC------CATTAAG---A-TTTT-----TATGC--TA-AGAGAATAGTTCTTGAAAACGTCAAATGCTGTAA---GACGTTTGT--GTAAGGTCT-CGACCGT-TCGGCTACG-GCACAGCATACA-TGAA-A-T-GATGCGGACCAAGCAG---A
gi|10 : T--TTTTATGG-AT--A----AG--------A------------GAA--GT-T-T--AAATCA-A----CA------A--TG--GTTA------A--GA-A-T-A--A-A-G--CA-TG--TTCGT-TC-----G-AA-GCAGCT-G----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGTTTGT---T----C----T---TC-----A---T-A------TA----------------TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------G-T------G-CT--C----T-----AGTA-----------------T-A-CGA--TA-G--AC-GTTTCACA-GG-A-----TC-AA----C-A--TT-A-T-------A--A------TA---C--ATT------TA------AC----AA-A-------A----------AA--------A-AA-C-T--A-TTGTCAGT-C--------T--TT--TT-------------CG-GGG--A-TA--TTTTTTT------AA--A-----A--TTC-----TAT---TTA-AAAAG-------TCAA------TATGGCCTGTAA---GACGTCTTT--TGACAGTCT-CGATCACGTCGACTACG-CAA-AGCATACA-T-AATATT-GAT-CGGG--AAGCAGATAAGTG--ATAt
gi|11 : G--------A------------GGAT-GT-G-TT-TAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--AA-A-TGA--A-T-GTTCA--G--T-TGT-TCC-G--G-AA-GAGG-CCA----TAC------A-------TTAATAATTGT-C---G-AG-C--TGATTT---TC--T----C----T---TC-----A---T--------T---T--------AG---TTG---ATG-G-------------A-----T----------A----A-------CGTGCAAGAA-GT------GCTCTGAAG-A-----------------T-AGT-AATTA-G--A--GTTTCACACGGCAA----TT-GA----T-A--TT-A-TA------ATAA------TA---TTAATT------AA------AA----AA-ATCTACTTAT---------AAC-------A-AA-C-T--A-TTGCCGTA-C-ATG----TTATT--TT-TT----T---A------A--A-TA--CTTtga
gi|12 : attttttatgggtgtgattgatatctcttgG--------A------------GGAT-GT-T-TT-AAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--AA-AAT-A--A-T-G--TCACG--T-TGT-TCC-G--G-AA-GAGG-C-A----TAC------A-------TTAATATT-GT-C---G-GT-C--T-GTGT---T---T----C----T---TC-----T---TCA------TT--T--------AG---TTG---ATG-G-------------A-----T----------A----A------------------GT--C---GC-----AG-AAAGTGCTCTGAAGATAGT-A-T-C--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TT-GA----T-A--TT-A-TA------A--A------TA---T--ATT------TA------ATTAAAAA-A-------ATCTCCTTATAAAC-------A-AA-C-T--A-TTGCCAGTAC-ATG----TA-TT--TT-TT----T---A-aaaaacgtcaaggtgcagcctgtgagactttgtttggt
gi|13 : tatgggtgtgattgatatctcttgAAT-GT-T-TT-CAATCA-A--G-CA------C--TG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ACGTTTCT---T----C----T---TC-----A---T--------TACTT--------AG----TG---CTATA-------------G-----T----------ATTT-A-------T-T------A-TA--C---G------GG-A-----------------T-G-T-T--TA-G--AC-GTTTCACA-GACAC----TC-GA----C-A--TA-A-TA------A--A------TG---C--ATT------TA------Aaatacatttaaaaacgtcaaggtgcagcctgtgagactttt
gi|13 : a-GCA-AGCATACA-TAAATA-T-TAC-CGGACCAAGCAG---AGTGTTATAAAattatatgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatacataaatattaccggaccaagcagagtgttataaaat
gi|14 : aaatgttttcaatcaagcactggtaataataacgcaatgtcgttccgaaagcattatacattgtcggtccacgtttcttcttcattacttagtgctatagtatttattatacgggatgtttagacgtttcacagacactcgacataataaatgcatttaaattatatgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTT--TTTGGTGGGAT--A----AC--------A------------GAAT-GT-T-TTTAAATCA-A--G-C----------TG--AT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-GACG-AA-GCAG-T-A----T-C------A-------TTGTCT---GT-CCA-G-TT-CTTC-ATGT---A---T----AG---T---TG-----A---T-GCCTA--TA--TGCCGACAGAG---TTA---GTA-GCAGAGATTAGCGTA-----T----------A----A-------T-G------AAGT--C---GC-----AG-A-----------------CCA-T-A--TA-G--ACCGGTTCAAA-AAAACAAGATA-GAAAACT-A--TC-G-TAT-----A--A------TATCAC--ATT------TA-------T----AA-A-------AT---------AAC-------A-A--C-G--A-TTGTCAGT-C-GGGGTTTT--TT--TT-TT----T---A-CG-GGA--A-TAT-TTTTTTT------CATTA-----A-TTTT-----Tat
gi|15 : tTT--TTTTATGG-AA--A----AG---------------------GAAT-AT-T-TC-CAATCA-A--A-CACT----AGCTG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--AATTG--T-CGT--CC-G--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATTT---T---TTCTTC----T---TC-----A---T-G-------------------AG---T-G---CCATA-------------A-----T----------ATTATA-------T-T------A-----T---AC-----AGGA-----------------T-A-TTA--TA-G--AC-GTTTCACA-AACAC----TC-GA----C-A--TA-A-TA------A--
gi|15 : ATACA-TAAATA-T-GAT-GGGACCAAGCAG---AGTG--ATAtgatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgcggatacataaatatgatgggaccaagcagagtgatatccaat
gi|16 : ttttttatggaaaaggaatatttccaatcaaacactagctggtaataataacgaattgtcgtccgaaagcattatacattgtcggtccattttttcttcttcatgagtgccataatattatattatacaggatattatagacgtttcacaaacactcgacataataatgatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgcggTGT---T---T----CGTC-C---TC-----A---T-G------T-------------G---TTT---ATA-A-------------A-----C----------A----AAGTGGTTT-T------A-AT-------------AG-------------------T-A-T-A--TA-G--GC-GTT-CATA-AGCA-----TC-AA----C-A--TT-A-TA------A--AATTTAATA---C--ATT------TAGGCCTAAT----AA-A-------AA---------GAC-------A-AA-C-T--A---G-------------------T--TT-CT----T---A-CG-GAA--A-TA--TTCTTT-----------------G-TTTT-----TAT---TT---GCAAATG--TC----AA--GATAGACGTAATNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNN-NNNNNNNNN-GCA-AGCATTCA-TGTGT--T-GAT-GGGACCAAGCAG---AGTG--tccaat
gi|17 : tgaaaataaaacatgtttcttttgataagctctttt--------A------------GAAC-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA---------TT--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CAT-TCA-A--A-AA-GTGG-T-A----C-----------------T-------GT-C---G-GC-C--C-ATGT---T---T----C----TCT-TC-----A---T-T------TA--C-------------TTG---ATG-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GTC-C---AC-----AG-AAAAGTGCTT--------T-AGT-A--TA-G--AT-GTTTCACA-GATAC----TCGGA----C-A--AT-A-TA------A--A------TC---C--ATT------TC------ATA---AA-A-------AA---------AACAAAAAAAA-AA-C-T--A-TTGTCGCT-CAGTA----G--TT--TT-TT----T---A-CG-GGA--A-TA--TTa
gi|18 : ttttttttggggggggggggttgtgattgtcttttgaT---C---T----C----C---TC-----AAATT-G------T-------------G---TTT---ATA-A-------------ACA---T----------A----A-------G-T------G-GT--TTTAAT-----AGTA-----------------T-A-T----TA-G--GC-GTT-CATA-AGCA-----TC-AA----C-A--TTTA-TA------A--AATTAA-TAA--C--ATT------TAGCCTA-AT----AA-A-------A-----------AC-------ACAA-C-T--A-GTAT--GT-C-------------------T----T---A-CGTGAA--A-TA--TTCTTT--------GTT---------TTT-----TAT---TTG-CCA-AATG--TC----AA--GATAGA---CGTAATCAGA-ACTTTG--GTAAAATCTTCGATCG--TCGCATACG-GCA-A--ATTCA-TGTGT--T-GAT-GGGACCAAGCAG---AG
gi|19 : tt----------A----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T-A-T-A--TA-G--TC-TTTTCACA-GGCAC----TC-CA----C-A--TC-A-TA------A--A------TA---C--ATT------TA------AT----AA-A-------A----------AAC-------A-AA-G-T--A-TTATTGGT-A-G----------T--TT-CT----T---G-CG-GGA--A-T-----------------ATTN-----N-NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNN-NNNNNNNNN-GAA-AGCATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGAAG---AGTG--ATAg
gi|2 : atagtgctttaATTTT--TTTGGTGG-AT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--AT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---T-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G------TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GACTA----TC-GA----T-A--TA-A-TA------A--A------TA---C--ATT------TA------AT----AA-A-------AT---------AAC-------A-AA-C-G--A-TTGTCAGT-C-GGG----T--TT--TT-TT----TTTAA-CG-GGA--A--A--TTTTTTT------CATTA-----AATTTT-----TATGC-TTGTAGAGAATGGTTCTTNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNN-NNNNNNNNNNGCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---GGTG--ATAAAtaa
gi|20 : ---T----C----C---TC-----A---T-G------TA------------G---TTT---ATA-A-------------A-----C----------A----A----------------A-GT------GCTTT--AG-------------------T-A-T-A--TA-G--GC-GTTTCACA-AGCAC----TC-AA----C-A--TT-A-CA------A--A------TA---C--ATT------TA------AT----AA-A------------------AGC-------A-AA-C-T--A---G------------------TT--TT-CT----T---A-CG-GTG--A-TA--TTTTTTT----------------A-TTTT-----TGT----------------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNN-NNNNNNNNN-GCA-AGCATACG-TGTGTG-T-GAG-GGGACCAAGCAG---AGTG--
gi|21 : ttcg---T---T----C----T---TT-----A---T-T------TA--T--------AGCTATTG---GTA-T-------------A-----T----------A------------T-A------A-GT--C---GC-----AG-AAAAGTGTTC--------T-AGT-G--TA-G--AC-GTTTTACA-GGCAC----TT-GA----C-A---A-A-TATAAG--A--A------TA---T--CTT------CCT-----AT----A---------------------AAC-------A-AA-T-TAAA-TTGTCAAT-----A----C--TT--TG-TT----T---A-GG-GGC--A-TA--TT-----------------------TTGT-----TATG---------AAAT-GTATTTAAAA-----------CGTCA---AACTTTGGT--GTAAAG------------TCGGCTACG-GCA-AGCGTA----G---A-T-GAT-CAGACCAAGAAG---AGTaata
gi|22 : gtttcG--------A------------AAAT-GT-TCTT-CAATCA-A--G-CA------C--TT--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATGTAT-CGT-TCC-G--A-AAGGCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---GAGT-C--C-ACGT---T---T----C----T---TCTTCAAA---T--------TACTT--------AG---TGC---AT--A-------------G-----T----------A----T-------T-T------ATATAAC---G------GG-A-----------------T-G-T-T--TAGG--AC-GTTTCACA-GACAC----TC-GA----C-A--TA-A-TA------A--A------TG---C--ATT------TA------AT----
gi|23 : -----------------T-A-T-A--TA-G--GC-GTTTCATA-AGCAC----TC-AA----C-A--TT-A-TAAAATTTA--A------TA---C--ATTTAGGCCTA------AT----AA-A------------------AAC-------A-AA-C-T--A---G------------------TT--TT-CT----T---A-CG-GAA--A-TA--TTCTTTT------TTTTT-----A-TTTT-----tatatgtataaaaaaaaaaa
gi|24 : tttataaacaaagtggttttaatagA-AGC-TACA-TGTATA-TTGAT-CGGAC-AAGAAG---AGTG--ATAgcaaatgtcaagatagacgtaatcgaaactttggtaaaaagtcttcgacg
gi|25 : ttattatggttagtttcttcgggaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnga---------AAA-------A-AA-C-T--A-TTTTCAGT-C---------------TG-TT----T---A-CG-GGA--A-TA---------------------------TTTT-----TNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNN-NNNNN-----GCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGG---AAGCAG---AGTG--ATAtaaaat
gi|26 : TT--TTTTATGG-AT--G----TG--------ATTGTCTTTTGAAGAAT-AT-T-TT-AAATCA-A--C-CA------A--TGTGAT-A------A--GA-A-T-A--A-T-G--CCATG--T-CGT-TTC-A--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TC-------GT-C---G-AA-C--C-GTTT---T---T----C----T---TC-----tgata
gi|27 : TTT--TTTTACGG-ATGCG----AGTTTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-C-----------------A------A--GA-A-T-A--A-T-A--CAGTG--T-CGT-CCC-G--G-AA-ACGG-T-A----TAC------A-------TT-------GTACATAG-GT-C--C-ATGT---TTCCT----C----T---TC-----A---T-G------TA--ttcattca
gi|28 : --------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-AATA-T-G--CCACG--T-CGT-T-C-A--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A----------------------------------------T---T----C----T---TC-----A-----G------T---T--------AG---CTG---ATA-G-------------A-----C----------A----A-------at
gi|29 : ttttaatggatgtaattgtctcttga--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-T-A--TT-G--AC-GTTTCACA-GACTA----TC-GA----T-A--T------------A--A------TA---C--ATT------TA------AT----AA-A-------AT---------AAC-------A-AA-C-G--A-TTATCAGT-CGGTT----T--TT--TT-TT----T---A-CG-GGA--A-TA--TTTgtc
gi|3 : TTTT--TTTTGTG--AT--A----AA--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCACA--G-CA------A--TG--AT-A------A--GA-A-TAA--A-C-G--CAA-G--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG---A----TAT------A-------AT-------GT-C---T-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G------TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-T-A--TT-G--AA-GTTTCACA-G--AC----T----------A--TC-A-TAGC----A--A------TA---C--A-T------TA------AT----AATA-------ATA--------AACA------A-AA-C-A--A-TTATCAGT-C-GAT----T--TT--TT-TT----T---ACCG-GGA--AGTA--ATTTTTT------CATTA-----T-TTTT-----TATGCTTTA-AGAGAATGG-TCTTNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNN-NNNNNNNNN-NCA-AG-ATACATTGAATA-T-GAT-CGGA-CAAGCAG---GGTG--AT
gi|30 : tACA-GGTAC----TT-GA----C-G--TT-T-TA------G--A------TA---C--ATT------TA------AT----GA-A-------AA---------AAA-------A-AA-tataaaat
gi|31 : accacaggcactcatttaataattcttcatgcaaacaaacaaaatactagtttgtttactgggatcatACA-GGCAC----TT-GA----C-G--TT-T-TA------A--A------TA---T--ATT------TA------AT----AA-A-------AT-----------T-------G-AA--------------------TG----A--TT--TG-TT----T---A-CA-GGA--A-GATTTTTTTTT------TATCAAATATA-TTTT-----TA
gi|32 : tcacaggtacatgacgtttt--GT-G------A--AA-A-T-A--A-C-T--CCACA--T-TGT-TCC-A--G-AA-GTGG-T-A----TAC------GTTGTTACTT-------GT-C---A-GT-A--C-GTAT---T---T----C----T---TC-----T---TCA------TT--T--------AG---TTT---AT
gi|33 : --------A------------GAAT-GT-T-CT-----CGCA--G-CACGAATTA--CG--GT-A------A--TA-A-TTA--A-CCG--CAATG--T-CGT-TCC-A--A-AA-GCAT-T-A----TAC--------------TT-------GT-C---G-AT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----gttattgtttgatgtt
gi|34 : tttgca--------A------------GAAT-GT-T-TT-GAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CATTG--T-CAT-TCC-A--T-AA-GTGG-T-ATAATTAA------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---tt
gi|35 : ttttgaTTTT--TTTTATGG-AT--ATTAAAG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--AT-A------ATGGATA-T-A--A-C-GC-CAAT---T-CGT-T-C-G--G-AA--CAG-T-A----T
gi|36 : TCACA-GGCAC----TT-GA----C-AT-TT-A-GA------A--A------TG---C--ATC------TA------AT----AA-A-------AG---------AA--------A-AA---T--G-TTTTCG
gi|38 : tgaaaaG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-A--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-AT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----taaacaaactattgacaata
gi|4 : TTTT--TTTTACGG-ATGCG----AGTCTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------AT-TG--GT--------A--GA-A-T-A--A-C-------TG--T-TGTGTCCGG--G-AA-ACGG-T-A----TGC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATTT---TCC-T----C----T---TC-----A---T-G----------T--------AA---TTGTATATA-A-------------GTGCTTT----------A----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T-A-T-A--TA-G--TC-TTTTCACA-GGCAC----CC--A----CAA--TC-A-TA------A--C------TA---C--ATT------TA------AT----AA-A------------------AAC-------A-AT-CTT--A-TT-TTGGT-A-GTG----T--TT--CT-TTCCCCC---G-CG-GGA--A-TA--TTTTTTT----------------A-TTTTGAAAATATA--TTA-A---AATG----TCAAGA--GAGACG---CG--A---GACCTTTTTTGTTAAAATGT-CTACGAC-TCGGCTACG-GAA-AG-ATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGAAG---AGTG--ATAttc
gi|42 : -TT-AAATCA-A--A-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-A--CCAAG--T-CGT-TCta
gi|5 : TTTT--TTTTACGG-ATGCG----AGTCTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TTAAAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-------TG--T-CGT-CCC-G--G-AA--CGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---TTCCT----C----T---TC-----A---T-G----------T--------AA---TTG---ATA-T-------------A-----TAAGTGCTTTAA----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-TTTTCACA-GGCAC----TC-CA----C-A--TC-A-T-------A--A------TA---C--ATT------TA------AT----AA-A-------A----------AAC-------A-AA-G-T--A-TTATTGGT-A-G----------T--TT-CT----T---A-C--GGA--A-T-----------------NNNN-----N-NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNN-NNNNNGAAA-GCA-TACATGTA-T----A-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATA
gi|6 : tT--TTTTATGG-AT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TG-AAATCA-A--G-CA------A--TG----------------------------------ATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-CTA-G-CT-A--C-A-------------------------------A---T-G------TAGAT--------AGG--TTGT--ATA-T-------------A-----T----------AT---A-------T-T------A-TC--T---GC-----AG-A-----------------A-A---G--TG-C--TC-GTTTCAC--GACTC----TC-AA----C-----T-A-TA------A--A------TA---C--ATT------T-------AT-----A-A-------AT---------AAT-------A-AA-C-T--G-TCGTCAGT-CTGTG----T--TTGGTTAGT----T---A-CG-GGAAGA-TA--TTTTTTTNNNNNNNNNNN-----N-NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNN-NNNNNNNNG-ACA-AGCATATA-TGATTA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTATTATAAAtaaaa
gi|7 : atgTTTT--TTTTACGG-AT--G----CG--------A------------G--TCGT-T-TT-GAAGGA-ACTGTCA------A--TG--GT-A------A--GA-A------A-C-------TG----CGT-CCC-G--GTAA-ACAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---C----CTCTTT---TC-----A---T-G------TA--A--------TG---ATA---ATA-A-------------G-----T----------G----C-------T-TTAA---A-AT--A---GT-----AT-ACT---------------T-A-T-A--TA----AC-TTTTCACA-GGCAC----TC-CA----C-A--TC-A-T----------A------TA---C--ATT------TA------AT----AA-A-------A----------AAC-------A-AA-G-T--ATTTATTGGT---G----------T--TT-CT----T---A-CG-GGA--A-TA--CCT-----------NNNN-----N-NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNN-NNNNNGAAA-GC-----ATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAa
gi|8 : t--------A------------GAAT-GT-T-T--AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-A--CAATG--T-TGT-TCC-A--A-AA-GTGG-T-A----TAC------A-------TT-------GA-C---A-GT-C--C-ATG--------A----C----T---CC-----A---T-GTTTCTCTT--T--------AT---TTG---ATG-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-AAAAGTGCTT--------T-AGT-A--TA-G--AC-GTTT--CA-GACAC----TC-GA----C-A--TT-A-TA------A--A------TA---C--ATT------TA------AT----AA-A-------A----------ACC-------A-AA-C-A--A-TAGTCAGT-A-G----------T--TT-TT----T---A-TG-GGA--A-TA--TATTTtaaa
gi|8 : tttctgatgtgattgacttttga-GCA-AGCATAGA-TGAA---------CGGACCAAGCAG---AGTA--annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatagatgaacggaccaagcagagtaac
gi|9 : tttctgatgtgattgacttttgaagaatgtttaaatcaagcaatggtaagaataacacaatgttgttccaaaagtggtatacattgacagtccatgactccatgtttctctttatttgatgaataattagtcgcagaaaagtgctttagtatagacgtttcagacactcgacattataaatacatttaataaaaaccaaacaatagtcagtagttttttatgggaatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--TTTTATGG-AT--------G--------T------------GATT-GT-T-TT-GAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-ACATGTAA--GA-A-T-A--A-C-T--CCATT--T-CGT-TCC-C--T-AA-GCGG-T-A----TACATTAGTA-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----TTCCTC-----A---T-T------CA--T--------AG---CTA---GTT-A-------------A-----T----------GT---A-------TGT------ATGT--C---GC-----AG-AAAAGTGCTT--------T-AGT-G--TA-G--AC-GTTTCACA-AGCAC----TT-GA----C-GTTTT-A-AA------A--A------TA---C---CT------TA------CT----AT-A------------------AAC-------A-AATT-T--A-TTGTCGAT----AG----T--TT--GT-Tc
gi|9 : -GCA-AGCATA----GA----T-GAT-CGGACCCAGCAG---AGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatagatgatcggacccagcagagt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): AAAATAATCCACATTGTTCCAGAAGTGGTACTACGTTGTTACTTGTCAGTACGTATTTTCTTTTCATTTAGT
Unaligned ( gi|39 ): AGTTGCTTATGGGAATAATTTCTTTTCAATCAAATATATCTAAAACGACAAGTACCTGTG
Unaligned ( gi|40 ): TAAGAATAAATTCTTCCTGTAAACAAACTAAATTGACATTCAATGGTTTGTTTA
Unaligned ( gi|41 ): TATGCTTGATGCCCAAGAGCACATCATTTGCCCCAATTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333333333333333 1111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111111111111111111111111 11111111111111111111111 3333333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 33 666 000000000000000000000000000000 1 1 1 3 3 22 1 888888888 22 1 444444 22 1 1 4 22 1 5555 22 22 1 1 1 22 3 1 1 1 3333 77777777777777 3333333 1 777 1 1 22 1 555 888 3333 7777 444 33333 222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 8 5555 1 22 1 3 3333 1 3333 3 33 3333 222222 1 33333 1 555 666666 4444444444444444444444444444 22 22 44444444444444444444444 1 1 1 1 1 22 0 33 9999999999999 22 22 3333 3 1 22 2 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 2 2 2 4 2 2 2 333 77
lowQualScore : .. ... .............................. . . . . . .. . ......... .. . ...... .. . . . .. . .... .. .. . . . .. . . . . .... .............. ....... . ... . . .. . ... ... .... .... ... ..... ... ............................................................................................................................... . . .... . .. . . .... . .... . .. .... ...... . ..... . ... ...... ............................ .. .. ....................... . . . . . .. . .. ............. .. .. .... . . .. . . .................................................................................................................. ... . . . . . . . ... ..
lowQualScore : 99 000 999999999999999999999999999999 7 7 7 3 3 33 7 111111111 11 5 444444 11 5 5 6 11 5 7777 22 11 5 5 6 22 2 6 6 6 4444 88888888888888 8888888 7 555 7 7 33 7 222 444 1111 2222 666 77777 999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 3 4444 7 33 7 0 1111 5 1111 0 55 0000 666666 5 88888 5 888 555555 0000000000000000000000000000 11 11 22222222222222222222222 5 5 5 5 7 33 6 55 3333333333333 44 44 9999 6 9 66 0 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 5 2 1 5 1 1 1 777 33
consensus : ATTTT--TTTTAC--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G------TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TC-GA----C-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--ATTGTCGGT-CG-G-----T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT-------ATTA--------A--TTTT-----TATGC-TTA-AGAGAATGG-TCTTAAAA--G---ATAGACGCCGTN----AGA-CNT-TTGTG-TAAAGTC-T-CGACCGC-TCGGCTACG-GCA-AGCATACA-TGNATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
Reference ( family-1983 ) : ATTTT--TTTTAC--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G------TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TC-GA----C-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--ATTGTCGGT-CG-G-----T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT-------ATTA--------A--TTTT-----TATGC-TTA-AGAGAATGGTTCTTAAAA--G---ATANANGCCGTA----AGA-CNT-TTNTG-TAAAGTC-T-CGACCGC-TCGGCTACG-GCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
gi|1 : TTTTCATTTGGT--GGAT--A----AA--------A------------GAAT-GTCT-TT-AAATCA----G-CA------A--AT--AT-A------A--GA-A-T-A--AAC-G--CA-TG--T-GCT-TCC-G--GCAA-GCAG-T-A----TACCA----G-------TT-------GT-C---T-GTTC--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G-------A--T--------AG---TTG---ATT-A-------------T-----C----------A----A-------T-T------AAGT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-TTA--TA-AGAAC-GTTTCACATGACGA----TC-GA------------T-ATA------A-A-----T-AAAACATT------C---------A---------A--------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-AA-C-G--ATTGTCAGT-CG-GG----T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTCC------ATTA--------AGATTTT-----TATGC-T-A-AGAGAATAGTTCTTGAAAACG---TCAAATGCTGTA----AGA-CGT-TTGTG-TAAGGTC-T-CGACCGT-TCGGCTACG-GCACAGCATACA-TGAA-A-T-GATGCGGACCAAGCAG---A
gi|10 : T--TTTTAT--GGAT--A----AG--------A------------GAA--GT-T-T--AAATCA-A----CA------A--TG--GTTA------A--GA-A-T-A--A-A-G--CA-TG--TTCGT-TC-----G-AA-GCAGCT-G----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGTTTGT---T----C----T---TC-----A---T-A------TA----------------TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------G-T------G-CT--C----T-----AGTA-----------------T-A-CGA--TA-G--AC-GTTTCACA-GG-A-----TC-AA----C-A--T--T-AT-------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------CA--A--A-------------A---------A-A--A-AA-C-T--ATTGTCAGT-C--------T--TTT--T-----------CG-GGG--A-T-ATTTTTTT-------A--A--------A--ATTC-----TAT---TTA---------------AAAA--GTCAATATGGCCTGTA----AGA-CGTCTTTTG--ACAGTC-T-CGATCACGTCGACTACG-CAA-AGCATACA-T-AATATT-GAT-CGGG--AAGCAGATAAGTG--ATAt
gi|11 : G--------A------------GGAT-GT-G-TT-TAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--AA-A-TGA--A-T-GTTCA--G--T-TGT-TCC-G--G-AA-GAGG-CCA----TAC------A-------TTAATAATTGT-C---G-AG-C--TGATTT---TC--T----C----T---TC-----A---T--------T---T--------AG---TTG---ATG-G-------------A-----T----------A----A-------CGTGCAAGAA-GT------GCTCTGAAG-A-----------------T-AGT-AATTA-G--A--GTTTCACACGGCAA----TT-GA----T-A--T--T-ATAAT----A-A-----T-AT--TAAT------T---------A---------A--------AA--A--A-------------ATCTACTTATA-AC-A-AA-C-T--ATTGCCGTA-CATG-----TTATTT--TT--T----TA------A--A-T-ACTTtga
gi|12 : attttttatgggtgtgattgatatctcttgG--------A------------GGAT-GT-T-TT-AAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--AA-AAT-A--A-T-G--TCACG--T-TGT-TCC-G--G-AA-GAGG-C-A----TAC------A-------TTAATATT-GT-C---G-GT-C--T-GTGT---T---T----C----T---TC-----T---TCA------TT--T--------AG---TTG---ATG-G-------------A-----T----------A----A------------------GT--C---GC-----AG-AAAGTGCTCTGAAGATAGT-A-T-C--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TT-GA----T-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---TATT------T---------A---------AT-------TA--A--AAAAATCTCCTTATA---------A-AC-A-AA-C-T--ATTGCCAGTACATG-----TA-TTT--TT--T----TA-aaaaacgtcaaggtgcagcctgtgagactttgtttggt
gi|13 : tatgggtgtgattgatatctcttgAAT-GT-T-TT-CAATCA-A--G-CA------C--TG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ACGTTTCT---T----C----T---TC-----A---T--------TACTT--------AG----TG---CTATA-------------G-----T----------ATTT-A-------T-T------A-TA--C---G------GG-A-----------------T-G-T-T--TA-G--AC-GTTTCACA-GACAC----TC-GA----C-A--T--A-ATA------A-A-----T-G---CATT------T---------A---------AATTATATGTA--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-aatacatttaaaaacgtcaaggtgcagcctgtgagactttt
gi|13 : a-GCA-AGCATACA-TAAATA-T-TAC-CGGACCAAGCAG---AGTGTTATAAAaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatacataaatattaccggaccaagcagagtgttataaaat
gi|14 : aaatgttttcaatcaagcactggtaataataacgcaatgtcgttccgaaagcattatacattgtcggtccacgtttcttcttcattacttagtgctatagtatttattatacgggatgtttagacgtttcacagacactcgacataataaatgcatttaaattatatgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTT--TTTTGGTGGGAT--A----AC--------A------------GAAT-GT-T-TTTAAATCA-A--G-C----------TG--AT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-GACG-AA-GCAG-T-A----T-C------A-------TTGTCT---GT-CCA-G-TT-CTTC-ATGT---A---T----AG---T---TG-----A---T-GCCTA--TA--TGCCGACAGAG---TTA---GTA-GCAGAGATTAGCGTA-----T----------A----A-------T-G------AAGT--C---GC-----AG-A-----------------CCA-T-A--TA-G--ACCGGTTCAAA-AAAACAAGATA-GAAAACT-A--TCGT-ATA------ATA-----TCA---CATT------T---------A------------------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-A--C-G--ATTGTCAGT-CG-GGGTTTT--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTTTC-----ATTA--------A--TTTT-----Tat
gi|15 : TT--TTTTAT--GGAA--A----AG---------------------GAAT-AT-T-TC-CAATCA-A--A-CACT----AGCTG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--AATTG--T-CGT--CC-G--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATTT---T---TTCTTC----T---TC-----A---T-G-------------------AG---T-G---CCATA-------------A-----T----------ATTATA-------T-T------A-----T---AC-----AGGA-----------------T-A-TTA--TA-G--AC-GTTTCACA-AACAC----TC-GA----C-A--T--A-ATA------A-
gi|15 : ATACA-TAAATA-T-GAT-GGGACCAAGCAG---AGTG--ATAtgatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgcggatacataaatatgatgggaccaagcagagtgatatccaat
gi|16 : ttttttatggaaaaggaatatttccaatcaaacactagctggtaataataacgaattgtcgtccgaaagcattatacattgtcggtccattttttcttcttcatgagtgccataatattatattatacaggatattatagacgtttcacaaacactcgacataataatgatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgcggTGT---T---T----CGTC-C---TC-----A---T-G------T-------------G---TTT---ATA-A-------------A-----C----------A----AAGTGGTTT-T------A-AT-------------AG-------------------T-A-T-A--TA-G--GC-GTT-CATA-AGCA-----TC-AA----C-A--T--T-ATAAAATTTA-A-----T-A---CATTTAGGCCT---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------AGAC-A-AA-C-T--A--G-------------------TT--TC--T----TA-CG-GAA--A-T-ATTCTTT--------------------G--TTTT-----TAT---TT---GCAAATG--TC----AA--G---ATAGACGTAATN----NNN-NNN-NNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNN-GCA-AGCATTCA-TGTGT--T-GAT-GGGACCAAGCAG---AGTG--tccaat
gi|17 : tgaaaataaaacatgtttcttttgataagctctttt--------A------------GAAC-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA---------TT--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CAT-TCA-A--A-AA-GTGG-T-A----C-----------------T-------GT-C---G-GC-C--C-ATGT---T---T----C----TCT-TC-----A---T-T------TA--C-------------TTG---ATG-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GTC-C---AC-----AG-AAAAGTGCTT--------T-AGT-A--TA-G--AT-GTTTCACA-GATAC----TCGGA----C-A--A--T-ATA------A-A-----T-C---CATT------TCATAAAAAAA---------A--------CA--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-C-T--ATTGTCGCT-CA-G-----TAGTTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTa
gi|18 : ttttttttggggggggggggttgtgattgtcttttgaT---C---T----C----C---TC-----AAATT-G------T-------------G---TTT---ATA-A-------------ACA---T----------A----A-------G-T------G-GT--TTTAAT-----AGTA-----------------T-A-T----TA-G--GC-GTT-CATA-AGCA-----TC-AA----C-A--T--TTATA------A-AATTAAT-AA--CATT------T---------A---------GCC------TA--ATAA-------------A---------A-AC-ACAA-C-T--AGTAT--GT-C--------------------T----TA-CGTGAA--A-T-ATTCTTT--------GTT-------------TTT-----TAT---TTG-CCA-AATG--TC----AA--G---ATAGACGTAATC----AGA-ACT-TTG-G-TAAAATC-TTCGATCG--TCGCATACG-GCA-A--ATTCA-TGTGT--T-GAT-GGGACCAAGCAG---AG
gi|19 : tt----------A----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T-A-T-A--TA-G--TC-TTTTCACA-GGCAC----TC-CA----C-A--T--C-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-G-T--ATTATTGGT-AG-----------TT--TC--T----TG-CG-GGA--A----------T-------ATTN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNN----NNN-NNN-NNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNN-GAA-AGCATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGAAG---AGTG--ATAg
gi|2 : atagtgctttaATTTT--TTTGGT--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--AT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---T-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G------TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GACTA----TC-GA----T-A--T--A-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-AA-C-G--ATTGTCAGT-CG-GGTT--T--TTT--TT--T----TAACG-GGA--A---ATTTTTTTC------ATTA--------AA-TTTT-----TATGC-TTGTAGAGAATGGTTCTTNNNN--N---NNNNNNNNNNNN----NNN-NNN-NNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNNNGCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---GGTG--ATAAAtaa
gi|20 : ---T----C----C---TC-----A---T-G------TA------------G---TTT---ATA-A-------------A-----C----------A----A----------------A-GT------GCTTT--AG-------------------T-A-T-A--TA-G--GC-GTTTCACA-AGCAC----TC-AA----C-A--T--T-ACA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------G--C-A-AA-C-T--A------------G-----T--TTT--CT--T-----A-CG-GTG--A-T-ATTTTTTT-------AT--------------TTT-----TGTNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNN----NNN-NNN-NNNNN-NNNNNNN-N-NN----------------GCA-AGCATACG-TGTGTG-T-GAG-GGGACCAAGCAG---AGTG--
gi|21 : ttcg---T---T----C----T---TT-----A---T-T------TA--T--------AGCTATTG---GTA-T-------------A-----T----------A------------T-A------A-GT--C---GC-----AG-AAAAGTGTTC--------T-AGT-G--TA-G--AC-GTTTTACA-GGCAC----TT-GA----CAA--A--T-ATA------A-G-----A-A---TATC------T---------T---------C--------CT--A--T-------------A---------A-AC-A-AA-T-TAAATTGTCAAT----A-----C--TTT--GT--T----TA-GG-GGC--A-T-ATTTTGTT-------ATGA--------A------------ATG---TA------------TTTAAAA--------------CGTC----AAA-CTT-TGGTG-TAAAG-------------TCGGCTACG-GCA-AGCGTA----G---A-T-GAT-CAGACCAAGAAG---AGTaata
gi|22 : gtttcG--------A------------AAAT-GT-TCTT-CAATCA-A--G-CA------C--TT--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATGTAT-CGT-TCC-G--A-AAGGCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---GAGT-C--C-ACGT---T---T----C----T---TCTTCAAA---T--------TACTT--------AG---TGC---AT--A-------------G-----T----------A----T-------T-T------ATATAAC---G------GG-A-----------------T-G-T-T--TAGG--AC-GTTTCACA-GACAC----TC-GA----C-A--T--A-ATA------A-A-----T-G---CATT------T---------AATTATATGTA--------TA--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-
gi|23 : -----------------T-A-T-A--TA-G--GC-GTTTCATA-AGCAC----TC-AA----C-A--T--T-ATAAAATTTA-A-----T-A---CATT------T---------A---------GGCC-----TAATA--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--A--G------------------TTT--TC--T----TA-CG-GAA--A-T-ATTCTTTT----------------------TTTT-----TAT-T-TT---GCAAATG--TC----AA--G---ATAGA---CGTAATCGAAA-CTT-TGGTA-AAAAGTCTT-CGACa
gi|24 : tttataaacaaagtggttttaatagA-AGC-TACA-TGTATA-TTGAT-CGGAC-AAGAAG---AGTG--ATAg
gi|25 : ttattatggttagtttcttcgggaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnga---------A-AA-A-AA-C-T--ATTTTCAGT-CT-G-----T--TT-------------A-CG-GGA--A-T-A-----------------------------TTTT-----TNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNN----NNN-NNN-NNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNN-----GCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGG---AAGCAG---AGTG--ATAtaaaat
gi|26 : TT--TTTTAT--GGAT--G----TG--------ATTGTCTTTTGAAGAAT-AT-T-TT-AAATCA-A--C-CA------A--TGTGAT-A------A--GA-A-T-A--A-T-G--CCATG--T-CGT-TTC-A--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TC-------GT-C---G-AA-C--C-GTTT---T---T----C----T---TC-----tgata
gi|27 : TTT--TTTTAC--GGATGCG----AGTTTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-C-----------------A------A--GA-A-T-A--A-T-A--CAGTG--T-CGT-CCC-G--G-AA-ACGG-T-A----TAC------A-------TT-------GTACATAG-GT-C--C-ATGT---TTCCT----C----T---TC-----A---T-G------TA--ttcattca
gi|28 : --------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-AATA-T-G--CCACG--T-CGT-T-C-A--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A----------------------------------------T---T----C----T---TC-----A-----G------T---T--------AG---CTG---ATA-G-------------A-----C----------A----A-------at
gi|29 : ttttaatggatgtaattgtctcttga--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-T-A--TT-G--AC-GTTTCACA-GACTA----TC-GA----T-A--T-------------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-AA-C-G--ATTATCAGT-CG-GTT---T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTgtc
gi|3 : TTTT--TTTTGT--G-AT--A----AA--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCACA--G-CA------A--TG--AT-A------A--GA-A-TAA--A-C-G--CAA-G--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG---A----TAT------A-------AT-------GT-C---T-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G------TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-T-A--TT-G--AA-GTTTCACA-G--AC----T----------A--T--C-ATAGC----A-A-----T-A---CATTAA----T---------A---------A--------TA--A--T-------------A---------A-ACAA-AA-C-A--ATTATCAGT-CG-AT----T--TTT--TT--T----TACCG-GGA--AGTAATTTTTTC-------ATTA--------T--TTTT-----TATGCTTTA-AGAGAATGG-TCTTNNNN--N---NNNNNNNNNNNN----NNN-NNN-NNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNN-NCA-AG-ATACATTGAATA-T-GAT-CGGA-CAAGCAG---GGTG--AT
gi|30 : tACA-GGTAC----TT-GA----C-G--T--T-TTA------G-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TG--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-tataaaat
gi|31 : accacaggcactcatttaataattcttcatgcaaacaaacaaaatactagtttgtttactgggatcattACA-GGCAC----TT-GA----C-G--T--T-TTA------A-A-----T-A---TATT------T---------A---------A--------TA--A--A--------------------------------------ATTG--AAT----G-----A--TTT--GT--T----TA-CA-GGA--A-G-ATTTTTTT-------TTTATCAAATATA--TTTT-----TA
gi|32 : tcacaggtacatgacgtttt--GT-G------A--AA-A-T-A--A-C-T--CCACA--T-TGT-TCC-A--G-AA-GTGG-T-A----TAC------GTTGTTACTT-------GT-C---A-GT-A--C-GTAT---T---T----C----T---TC-----T---TCA------TT--T--------AG---TTT---AT
gi|33 : --------A------------GAAT-GT-T-CT-----CGCA--G-CACGAATTA--CG--GT-A------A--TA-A-TTA--A-CCG--CAATG--T-CGT-TCC-A--A-AA-GCAT-T-A----TAC--------------TT-------GT-C---G-AT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----gttattgtttgatgtt
gi|34 : tttgca--------A------------GAAT-GT-T-TT-GAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CATTG--T-CAT-TCC-A--T-AA-GTGG-T-ATAATTAA------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---tt
gi|35 : ttttgaTTTT--TTTTAT--GGAT--ATTAAAG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--AT-A------ATGGATA-T-A--A-C-GC-CAAT---T-CGT-T-C-G--G-AA--CAG-T-A----T
gi|36 : TCACA-GGCAC----TT-GA----C-AT-T--T-AGA------A-A-----T-G---CATC------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------G-A--A-AA-A-T--GTTTTCG
gi|38 : tgaaaaG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-A--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-AT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----taaacaaactattgacaata
gi|4 : TTTT--TTTTAC--GGATGCG----AGTCTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------AT-TG--GT--------A--GA-A-T-A--A-C-------TG--T-TGTGTCCGG--G-AA-ACGG-T-A----TGC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATTT---TCC-T----C----T---TC-----A---T-G----------T--------AA---TTGTATATA-A-------------GTGCTTT----------A----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T-A-T-A--TA-G--TC-TTTTCACA-GGCAC----CC--A----CAA--T--C-ATA------A-C-----T-A---CATT------T---------A---------A--------T---A--A-------------A---------A-AC-A-AT-CTT--ATT-TTGGT-AGTG-----T--TTC--TT--TCCCCCG-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT-------------------A--TTTTGAAAATATA--TTA-A---AATG--TC----AA--G---AGAGACGC---G----AGACCTT-TTTTGTTAAAATG-T-CTACGAC-TCGGCTACG-GAA-AG-ATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGAAG---AGTG--ATAttc
gi|42 : -TT-AAATCA-A--A-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-A--CCAAG--T-CGT-TCta
gi|5 : TTTT--TTTTAC--GGATGCG----AGTCTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TTAAAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-------TG--T-CGT-CCC-G--G-AA--CGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---TTCCT----C----T---TC-----A---T-G----------T--------AA---TTG---ATA-T-------------A-----TAAGTGCTTTAA----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-TTTTCACA-GGCAC----TC-CA----C-A--T--C-AT-------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-G-T--ATTATTGGT-AG-----------TT--TC--T----TA-CG-GAA--
gi|5 : tA-AGCATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagcatacatgtatatgatcggaccaagcagagtgatataaaa
gi|6 : tttttttttacggatgcgagtcttttgaagaatgttttaaaatcaagcaatggtaagaataactgtcgtcccggaacggtatacattgtcggtccatgtttcctcttcatgtaattgatatataagtgctttaaattagtatatatagacttttcacaggcactccacatcataatacatttaataaaaaacaaagtattattggtagtttcttacggaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaT--TTTTAT--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TG-AAATCA-A--G-CA------A--TG----------------------------------ATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-CTA-G-CT-A--C-A-------------------------------A---T-G------TAGAT--------AGG--TTGT--ATA-T-------------A-----T----------AT---A-------T-T------A-TC--T---GC-----AG-A-----------------A-A---G--TG-C--TC-GTTTCAC--GACTC----TC-AA----C-------T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T-------------------A--------TA--A--A-------------T---------A-AT-A-AA-C-T--GTCGTCAGT-CT-G-----TG-TTTGGTTAGT----TA-CG-GGAAGA-T-ATTTTTTTNNNNNNNNNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNN----NNN-NNN-NNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNG-ACA-AGCATATA-TGATTA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTATTATAAAtaaaa
gi|7 : atgTTTT--TTTTAC--GGAT--G----CG--------A------------G--TCGT-T-TT-GAAGGA-ACTGTCA------A--TG--GT-A------A--GA-A------A-C-------TG----CGT-CCC-G--GTAA-ACAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---C----CTCTTT---TC-----A---T-G------TA--A--------TG---ATA---ATA-A-------------G-----T----------G----C-------T-TTAA---A-AT--A---GT-----AT-ACT---------------T-A-T-A--TA----AC-TTTTCACA-GGCAC----TC-CA----C-A--T--C-AT---------A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-G-T--ATT-T--AT-TG-G-----T--GTT--TC--T----TA-CG-GGA--A-T-ACCT-----------------------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNN----NNN-NNN-NNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNN-GAA-AGCATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAa
gi|8 : t--------A------------GAAT-GT-T-T--AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-A--CAATG--T-TGT-TCC-A--A-AA-GTGG-T-A----TAC------A-------TT-------GA-C---A-GT-C--C-ATG--------A----C----T---CC-----A---T-GTTTCTCTT--T--------AT---TTG---ATG-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-AAAAGTGCTT--------T-AGT-A--TA-G--AC-GTTT--CA-GACAC----TC-GA----C-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-CC-A-AA-C-A--ATAGTCAGT-AG-----------TT--TT--T----TA-TG-GGA--A-T-ATATTTtaaa
gi|8 : tttctgatgtgattgacttttga-GCA-AGCATAGA-TGAA---------CGGACCAAGCAG---AGTA--annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatagatgaacggaccaagcagagtaac
gi|9 : tttctgatgtgattgacttttgaagaatgtttaaatcaagcaatggtaagaataacacaatgttgttccaaaagtggtatacattgacagtccatgactccatgtttctctttatttgatgaataattagtcgcagaaaagtgctttagtatagacgtttcagacactcgacattataaatacatttaataaaaaccaaacaatagtcagtagttttttatgggaatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--TTTTAT--GGAT--------G--------T------------GATT-GT-T-TT-GAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-ACATGTAA--GA-A-T-A--A-C-T--CCATT--T-CGT-TCC-C--T-AA-GCGG-T-A----TACATTAGTA-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----TTCCTC-----A---T-T------CA--T--------AG---CTA---GTT-A-------------A-----T----------GT---A-------TGT------ATGT--C---GC-----AG-AAAAGTGCTT--------T-AGT-G--TA-G--AC-GTTTCACA-AGCAC----TT-GA----C-GTTT--T-AAA------A-A-----T-A---C-CT------T---------A---------C--------T---A--T-------------A---------A-AC-A-AATT-T--ATTGTCGAT--A-G-----T--TTG--TT--c
gi|9 : -GCA-AGCATA----GA----T-GAT-CGGACCCAGCAG---AGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatagatgatcggacccagcagagt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): AAAATAATCCACATTGTTCCAGAAGTGGTACTACGTTGTTACTTGTCAGTACGTATTTTCTTTTCATTTAGT
Unaligned ( gi|39 ): AGTTGCTTATGGGAATAATTTCTTTTCAATCAAATATATCTAAAACGACAAGTACCTGTG
Unaligned ( gi|40 ): TAAGAATAAATTCTTCCTGTAAACAAACTAAATTGACATTCAATGGTTTGTTTA
Unaligned ( gi|41 ): TATGCTTGATGCCCAAGAGCACATCATTTGCCCCAATTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333333333333333 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111111111111111111111111 11111111111111111111111 3333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33 666 000000000000000000000000000000 1 1 1 3 3 22 1 888888888 22 1 444444 22 1 1 4 22 1 5555 22 22 1 1 1 22 3 1 1 1 3333 77777777777777 3333333 1 777 1 1 22 1 555 888 3333 7777 444 33333 222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 8 5555 1 22 1 3 3333 1 3333 3 33 3333 222222 1 33333 1 555 666666 4444444444444444444444444444 22 22 44444444444444444444444 1 1 1 1 1 22 0 33 9999999999999 22 22 3333 3 1 22 1 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 2 3 2 2 2 333 77
lowQualScore : .. ... .............................. . . . . . .. . ......... .. . ...... .. . . . .. . .... .. .. . . . .. . . . . .... .............. ....... . ... . . .. . ... ... .... .... ... ..... ... ............................................................................................................................. . . .... . .. . . .... . .... . .. .... ...... . ..... . ... ...... ............................ .. .. ....................... . . . . . .. . .. ............. .. .. .... . . .. . . ........................................................................................................................ . . . . . . ... ..
lowQualScore : 99 000 999999999999999999999999999999 7 7 7 3 3 33 7 111111111 11 5 444444 11 5 5 6 11 5 7777 22 11 5 5 6 22 2 6 6 6 4444 88888888888888 8888888 7 555 7 7 33 7 222 444 1111 2222 666 77777 999 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 3 4444 7 33 7 0 1111 5 1111 0 55 0000 666666 5 88888 5 888 555555 0000000000000000000000000000 11 11 22222222222222222222222 5 5 5 5 7 33 6 55 3333333333333 44 44 9999 6 9 66 9 9 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 1 1 1 1 1 777 33
consensus : ATTTT--TTTTAC--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G----TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TC-GA----C-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--ATTGTCGGT-CG-G-----T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT--------ATTA--------A--TTTT-----TATGC-TTA-AGAGAATGGT-CTTGAAA--GATAGACGCNGT-NAGAC---NT-TTGTGTAAAGTC-T-CGACCGC-TCGGCTACG-GCA-AGCATACA-TGNATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
Reference ( family-1983 ) : ATTTT--TTTTAC--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G----TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TC-GA----C-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--ATTGTCGGT-CG-G-----T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT--------ATTA--------A--TTTT-----TATGC-TTA-AGAGAATGGT-CTTAAAA--GATAGACGCCGT-NAGAC---NT-TTGTGTAAAGTC-T-CGACCGC-TCGGCTACG-GCA-AGCATACA-TGNATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
gi|1 : TTTTCATTTGGT--GGAT--A----AA--------A------------GAAT-GTCT-TT-AAATCA----G-CA------A--AT--AT-A------A--GA-A-T-A--AAC-G--CA-TG--T-GCT-TCC-G--GCAA-GCAG-T-A----TACCA----G-------TT-------GT-C---T-GTTC--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G-----A--T--------AG---TTG---ATT-A-------------T-----C----------A----A-------T-T------AAGT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-TTA--TA-AGAAC-GTTTCACATGACGA----TC-GA------------T-ATA------A-A-----T-AAAACATT------C---------A---------A--------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-AA-C-G--ATTGTCAGT-CG-GG----T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTCC-------ATTA--------AGATTTT-----TATGC-T-A-AGAGAATAGTTCTTGAAAACGTCAAATGCTGT-AAGAC---GT-TTGTGTAAGGTC-T-CGACCGT-TCGGCTACG-GCACAGCATACA-TGAA-A-T-GATGCGGACCAAGCAG---A
gi|10 : T--TTTTAT--GGAT--A----AG--------A------------GAA--GT-T-T--AAATCA-A----CA------A--TG--GTTA------A--GA-A-T-A--A-A-G--CA-TG--TTCGT-TC-----G-AA-GCAGCT-G----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGTTTGT---T----C----T---TC-----A---T-A----TA----------------TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------G-T------G-CT--C----T-----AGTA-----------------T-A-CGA--TA-G--AC-GTTTCACA-GG-A-----TC-AA----C-A--T--T-AT-------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------CA--A--A-------------A---------A-A--A-AA-C-T--ATTGTCAGT-C--------T--TTT--T-----------CG-GGG--A-T-ATTTTTTT--------A--A--------A--ATTC-----TAT---TTA-AAA----AGT-C----AA--TAT-GGC-CTGT-AAGAC---GTCTTTTG-ACAGTC-T-CGATCACGTCGACTACG-CAA-AGCATACA-T-AATATT-GAT-CGGG--AAGCAGATAAGTG--ATAt
gi|11 : G--------A------------GGAT-GT-G-TT-TAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--AA-A-TGA--A-T-GTTCA--G--T-TGT-TCC-G--G-AA-GAGG-CCA----TAC------A-------TTAATAATTGT-C---G-AG-C--TGATTT---TC--T----C----T---TC-----A---T------T---T--------AG---TTG---ATG-G-------------A-----T----------A----A-------CGTGCAAGAA-GT------GCTCTGAAG-A-----------------T-AGT-AATTA-G--A--GTTTCACACGGCAA----TT-GA----T-A--T--T-ATAAT----A-A-----T-AT--TAAT------T---------A---------A--------AA--A--A-------------ATCTACTTATA-AC-A-AA-C-T--ATTGCCGTA-CATG-----TTATTT--TT--T----TA------A--A-T-ACTTtga
gi|12 : attttttatgggtgtgattgatatctcttgG--------A------------GGAT-GT-T-TT-AAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--AA-AAT-A--A-T-G--TCACG--T-TGT-TCC-G--G-AA-GAGG-C-A----TAC------A-------TTAATATT-GT-C---G-GT-C--T-GTGT---T---T----C----T---TC-----T---TCA----TT--T--------AG---TTG---ATG-G-------------A-----T----------A----A------------------GT--C---GC-----AG-AAAGTGCTCTGAAGATAGT-A-T-C--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TT-GA----T-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---TATT------T---------A---------AT-------TA--A--AAAAATCTCCTTATA---------A-AC-A-AA-C-T--ATTGCCAGTACATG-----TA-TTT--TT--T----TA-aaaaacgtcaaggtgcagcctgtgagactttgtttggt
gi|13 : tatgggtgtgattgatatctcttgAAT-GT-T-TT-CAATCA-A--G-CA------C--TG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ACGTTTCT---T----C----T---TC-----A---T------TACTT--------AG----TG---CTATA-------------G-----T----------ATTT-A-------T-T------A-TA--C---G------GG-A-----------------T-G-T-T--TA-G--AC-GTTTCACA-GACAC----TC-GA----C-A--T--A-ATA------A-A-----T-G---CATT------T---------A---------AATTATATGTA--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-aatacatttaaaaacgtcaaggtgcagcctgtgagactttt
gi|13 : a-GCA-AGCATACA-TAAATA-T-TAC-CGGACCAAGCAG---AGTGTTATAAAaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatacataaatattaccggaccaagcagagtgttataaaat
gi|14 : aaatgttttcaatcaagcactggtaataataacgcaatgtcgttccgaaagcattatacattgtcggtccacgtttcttcttcattacttagtgctatagtatttattatacgggatgtttagacgtttcacagacactcgacataataaatgcatttaaattatatgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTT--TTTTGGTGGGAT--A----AC--------A------------GAAT-GT-T-TTTAAATCA-A--G-C----------TG--AT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-GACG-AA-GCAG-T-A----T-C------A-------TTGTCT---GT-CCA-G-TT-CTTC-ATGT---A---T----AG---T---TG-----A---T-GCCTATA--TGCCGACAGAG---TTA---GTA-GCAGAGATTAGCGTA-----T----------A----A-------T-G------AAGT--C---GC-----AG-A-----------------CCA-T-A--TA-G--ACCGGTTCAAA-AAAACAAGATA-GAAAACT-A--TCGT-ATA------ATA-----TCA---CATT------T---------A------------------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-A--C-G--ATTGTCAGT-CG-GGGTTTT--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTTTC------ATTA--------A--TTTT-----Tat
gi|15 : TT--TTTTAT--GGAA--A----AG---------------------GAAT-AT-T-TC-CAATCA-A--A-CACT----AGCTG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--AATTG--T-CGT--CC-G--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATTT---T---TTCTTC----T---TC-----A---T-G-----------------AG---T-G---CCATA-------------A-----T----------ATTATA-------T-T------A-----T---AC-----AGGA-----------------T-A-TTA--TA-G--AC-GTTTCACA-AACAC----TC-GA----C-A--T--A-ATA------A-
gi|15 : ATACA-TAAATA-T-GAT-GGGACCAAGCAG---AGTG--ATAtgatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgcggatacataaatatgatgggaccaagcagagtgatatccaat
gi|16 : ttttttatggaaaaggaatatttccaatcaaacactagctggtaataataacgaattgtcgtccgaaagcattatacattgtcggtccattttttcttcttcatgagtgccataatattatattatacaggatattatagacgtttcacaaacactcgacataataatgatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgcggTGT---T---T----CGTC-C---TC-----A---T-G----T-------------G---TTT---ATA-A-------------A-----C----------A----AAGTGGTTT-T------A-AT-------------AG-------------------T-A-T-A--TA-G--GC-GTT-CATA-AGCA-----TC-AA----C-A--T--T-ATAAAATTTA-A-----T-A---CATTTAGGCCT---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------AGAC-A-AA-C-T--A--G-------------------TT--TC--T----TA-CG-GAA--A-T-ATTCTTT---------------------G--TTTT-----TAT---TT---GCAAAT-GT-C----AA--GATAGACGTAAT-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNN-GCA-AGCATTCA-TGTGT--T-GAT-GGGACCAAGCAG---AGTG--tccaat
gi|17 : tgaaaataaaacatgtttcttttgataagctctttt--------A------------GAAC-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA---------TT--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CAT-TCA-A--A-AA-GTGG-T-A----C-----------------T-------GT-C---G-GC-C--C-ATGT---T---T----C----TCT-TC-----A---T-T----TA--C-------------TTG---ATG-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GTC-C---AC-----AG-AAAAGTGCTT--------T-AGT-A--TA-G--AT-GTTTCACA-GATAC----TCGGA----C-A--A--T-ATA------A-A-----T-C---CATT------TCATAAAAAAA---------A--------CA--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-C-T--ATTGTCGCT-CA-G-----TAGTTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTa
gi|18 : ttttttttggggggggggggttgtgattgtcttttgaT---C---T----C----C---TC-----AAATT-G----T-------------G---TTT---ATA-A-------------ACA---T----------A----A-------G-T------G-GT--TTTAAT-----AGTA-----------------T-A-T----TA-G--GC-GTT-CATA-AGCA-----TC-AA----C-A--T--TTATA------A-AATTAAT-AA--CATT------T---------A---------GCC------TA--ATAA-------------A---------A-AC-ACAA-C-T--AGTAT--GT-C--------------------T----TA-CGTGAA--A-T-ATTCTTT---------GTT-------------TTT-----TAT---TTG-CCA-AATG-T-C----AA--GATAGACGTAAT-CAGAA---CT-TTG-GTAAAATC-TTCGATCG--TCGCATACG-GCA-A--ATTCA-TGTGT--T-GAT-GGGACCAAGCAG---AG
gi|19 : tt----------A----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T-A-T-A--TA-G--TC-TTTTCACA-GGCAC----TC-CA----C-A--T--C-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-G-T--ATTATTGGT-AG-----------TT--TC--T----TG-CG-GGA--A-T-ATTNNNNN--------NNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNGA--------A-AGCATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGAAG---AGTG--ATAg
gi|2 : atagtgctttaATTTT--TTTGGT--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--AT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---T-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G----TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GACTA----TC-GA----T-A--T--A-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-AA-C-G--ATTGTCAGT-CG-GGTT--T--TTT--TT--T----TAACG-GGA--A---ATTTTTTTC-------ATTA--------AA-TTTT-----TATGC-TTGTAGAGAATGGTTCTTNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNNNGCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---GGTG--ATAAAtaa
gi|20 : ---T----C----C---TC-----A---T-G----TA------------G---TTT---ATA-A-------------A-----C----------A----A----------------A-GT------GCTTT--AG-------------------T-A-T-A--TA-G--GC-GTTTCACA-AGCAC----TC-AA----C-A--T--T-ACA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------G--C-A-AA-C-T--A------------G-----T--TTT--CT--T-----A-CG-GTG--A-T-ATTTTTTT--------AT--------------TTT-----TGTNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNN---------------GCA-AGCATACG-TGTGTG-T-GAG-GGGACCAAGCAG---AGTG--
gi|21 : ttcg---T---T----C----T---TT-----A---T-T----TA--T--------AGCTATTG---GTA-T-------------A-----T----------A------------T-A------A-GT--C---GC-----AG-AAAAGTGTTC--------T-AGT-G--TA-G--AC-GTTTTACA-GGCAC----TT-GA----CAA--A--T-ATA------A-G-----A-A---TATC------T---------T---------C--------CT--A--T-------------A---------A-AC-A-AA-T-TAAATTGTCAAT----A-----C--TTT--GT--T----TA-GG-GGC--A-T-ATTTTGTT--------ATGA--------A------------ATG---TA------------TTTAAAA-----------CGT-CAAAC---TT-TGGTGTAAAG-------------TCGGCTACG-GCA-AGC-------GTAGA-T-GAT-CAGACCAAGAAG---AGTaata
gi|22 : gtttcG--------A------------AAAT-GT-TCTT-CAATCA-A--G-CA------C--TT--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATGTAT-CGT-TCC-G--A-AAGGCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---GAGT-C--C-ACGT---T---T----C----T---TCTTCAAA---T------TACTT--------AG---TGC---AT--A-------------G-----T----------A----T-------T-T------ATATAAC---G------GG-A-----------------T-G-T-T--TAGG--AC-GTTTCACA-GACAC----TC-GA----C-A--T--A-ATA------A-A-----T-G---CATT------T---------AATTATATGTA--------TA--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-
gi|23 : -----------------T-A-T-A--TA-G--GC-GTTTCATA-AGCAC----TC-AA----C-A--T--T-ATAAAATTTA-A-----T-A---CATT------T---------A---------GGCC-----TAATA--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--A--G------------------TTT--TC--T----TA-CG-GAA--A-T-ATTCTTTT-----------------------TTTT-----TAT-T-TT---GCAAAT-GT-C----AA--GATAGACGTAATCGAAAC---TT-TGGTAAAAAGTCTT-CGACa
gi|24 : tttataaacaaagtggttttaatagA-AGC-TACA-TGTATA-TTGAT-CGGAC-AAGAAG---AGTG--ATAg
gi|25 : ttattatggttagtttcttcgggaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnga---------A-AA-A-AA-C-T--ATTTTCAGT-CT-G-----T--TT-------------A-CG-GGA--A-T-AT------------------------------TTT-----TNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNN----GCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGG---AAGCAG---AGTG--ATAtaaaat
gi|26 : TT--TTTTAT--GGAT--G----TG--------ATTGTCTTTTGAAGAAT-AT-T-TT-AAATCA-A--C-CA------A--TGTGAT-A------A--GA-A-T-A--A-T-G--CCATG--T-CGT-TTC-A--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TC-------GT-C---G-AA-C--C-GTTT---T---T----C----T---TC-----tgata
gi|27 : TTT--TTTTAC--GGATGCG----AGTTTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-C-----------------A------A--GA-A-T-A--A-T-A--CAGTG--T-CGT-CCC-G--G-AA-ACGG-T-A----TAC------A-------TT-------GTACATAG-GT-C--C-ATGT---TTCCT----C----T---TC-----A---T-G----TA--ttcattca
gi|28 : --------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-AATA-T-G--CCACG--T-CGT-T-C-A--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A----------------------------------------T---T----C----T---TC-----A-----G----T---T--------AG---CTG---ATA-G-------------A-----C----------A----A-------at
gi|29 : ttttaatggatgtaattgtctcttga--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-T-A--TT-G--AC-GTTTCACA-GACTA----TC-GA----T-A--T-------------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-AA-C-G--ATTATCAGT-CG-GTT---T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTgtc
gi|3 : TTTT--TTTTGT--G-AT--A----AA--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCACA--G-CA------A--TG--AT-A------A--GA-A-TAA--A-C-G--CAA-G--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG---A----TAT------A-------AT-------GT-C---T-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G----TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-T-A--TT-G--AA-GTTTCACA-G--AC----T----------A--T--C-ATAGC----A-A-----T-A---CATTAA----T---------A---------A--------TA--A--T-------------A---------A-ACAA-AA-C-A--ATTATCAGT-CG-AT----T--TTT--TT--T----TACCG-GGA--AGTAATTTTTTC--------ATTA--------T--TTTT-----TATGCTTTA-AGAGAATGGT-CTTNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNN-NCA-AG-ATACATTGAATA-T-GAT-CGGA-CAAGCAG---GGTG--AT
gi|30 : tACA-GGTAC----TT-GA----C-G--T--T-TTA------G-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TG--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-tataaaat
gi|31 : accacaggcactcatttaataattcttcatgcaaacaaacaaaatactagtttgtttactgggatcattACA-GGCAC----TT-GA----C-G--T--T-TTA------A-A-----T-A---TATT------T---------A---------A--------TA--A--A--------------------------------------ATTG--AAT----G-----A--TTT--GT--T----TA-CA-GGA--A-G-ATTTTTTT--------TTTATCAAATATA--TTTT-----TA
gi|32 : tcacaggtacatgacgtttt--GT-G------A--AA-A-T-A--A-C-T--CCACA--T-TGT-TCC-A--G-AA-GTGG-T-A----TAC------GTTGTTACTT-------GT-C---A-GT-A--C-GTAT---T---T----C----T---TC-----T---TCA----TT--T--------AG---TTT---AT
gi|33 : --------A------------GAAT-GT-T-CT-----CGCA--G-CACGAATTA--CG--GT-A------A--TA-A-TTA--A-CCG--CAATG--T-CGT-TCC-A--A-AA-GCAT-T-A----TAC--------------TT-------GT-C---G-AT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----gttattgtttgatgtt
gi|34 : tttgca--------A------------GAAT-GT-T-TT-GAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CATTG--T-CAT-TCC-A--T-AA-GTGG-T-ATAATTAA------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---tt
gi|35 : ttttgaTTTT--TTTTAT--GGAT--ATTAAAG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--AT-A------ATGGATA-T-A--A-C-GC-CAAT---T-CGT-T-C-G--G-AA--CAG-T-A----T
gi|36 : TCACA-GGCAC----TT-GA----C-AT-T--T-AGA------A-A-----T-G---CATC------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------G-A--A-AA-A-T--GTTTTCG
gi|38 : tgaaaaG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-A--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-AT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----taaacaaactattgacaata
gi|4 : TTTT--TTTTAC--GGATGCG----AGTCTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------AT-TG--GT--------A--GA-A-T-A--A-C-------TG--T-TGTGTCCGG--G-AA-ACGG-T-A----TGC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATTT---TCC-T----C----T---TC-----A---T-G--------T--------AA---TTGTATATA-A-------------GTGCTTT----------A----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T-A-T-A--TA-G--TC-TTTTCACA-GGCAC----CC--A----CAA--T--C-ATA------A-C-----T-A---CATT------T---------A---------A--------T---A--A-------------A---------A-AC-A-AT-CTT--ATT-TTGGT-AGTG-----T--TTC--TT--TCCCCCG-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT--------------------A--TTTTGAAAATATA--TTA-A---AAT-GT-C----AA--GAGAGACGC----GAGACCTTTT-TTGT-TAAAATG-T-CTACGAC-TCGGCTACG-GAA-AG-ATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGAAG---AGTG--ATAttc
gi|42 : -TT-AAATCA-A--A-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-A--CCAAG--T-CGT-TCta
gi|5 : TTTT--TTTTAC--GGATGCG----AGTCTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TTAAAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-------TG--T-CGT-CCC-G--G-AA--CGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---TTCCT----C----T---TC-----A---T-G--------T--------AA---TTG---ATA-T-------------A-----TAAGTGCTTTAA----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-TTTTCACA-GGCAC----TC-CA----C-A--T--C-AT-------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-G-T--ATTATTGGT-AG-----------TT--TC--T----TA-C--GGA--A-T-NNNNNNNN--------NNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNG--------AAA-GCA-----TACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATA
gi|6 : tT--TTTTAT--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TG-AAATCA-A--G-CA------A--TG----------------------------------ATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-CTA-G-CT-A--C-A-------------------------------A---T-G----TAGAT--------AGG--TTGT--ATA-T-------------A-----T----------AT---A-------T-T------A-TC--T---GC-----AG-A-----------------A-A---G--TG-C--TC-GTTTCAC--GACTC----TC-AA----C-------T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T-------------------A--------TA--A--A-------------T---------A-AT-A-AA-C-T--GTCGTCAGT-CT-G-----TG-TTTGGTTAGT----TA-CG-GGAAGA-T-ATTTTTTTNNNNNNNNNNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNG-ACA-AGCATATA-TGATTA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTATTATAAAtaaaa
gi|7 : atgTTTT--TTTTAC--GGAT--G----CG--------A------------G--TCGT-T-TT-GAAGGA-ACTGTCA------A--TG--GT-A------A--GA-A------A-C-------TG----CGT-CCC-G--GTAA-ACAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---C----CTCTTT---TC-----A---T-G----TA--A--------TG---ATA---ATA-A-------------G-----T----------G----C-------T-TTAA---A-AT--A---GT-----AT-ACT---------------T-A-T-A--TA----AC-TTTTCACA-GGCAC----TC-CA----C-A--T--C-AT---------A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-G-T--ATT-T--AT-TG-G-----T--GTT--TC--T----TA-CG-GGA--A-T-ACCTNNNN--------NNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNGA--------A-AGCATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAa
gi|8 : t--------A------------GAAT-GT-T-T--AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-A--CAATG--T-TGT-TCC-A--A-AA-GTGG-T-A----TAC------A-------TT-------GA-C---A-GT-C--C-ATGA---C---T----C---------C-----A---T-G----TT--TCTCTTT--AT---TTG---ATG-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-AAAAGTGCTT--------T-AGT-A--TA-G--AC-GTTTCA---GACAC----TC-GA----C-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-CC-A-AA-C-A--ATAGTCAGT-AG-----------TT--TT--T----TA-TG-GGA--A-T-----------------------------A--TATT-----TANNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNN-----GCA-AGCATAGA-TGAA---------CGGACCAAGCAG---AGTA--taaa
gi|9 : tttctgatgtgattgacttttgaT--TTTTAT--GGAT--------G--------T------------GATT-GT-T-TT-GAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-ACATGTAA--GA-A-T-A--A-C-T--CCATT--T-CGT-TCC-C--T-AA-GCGG-T-A----TACATTAGTA-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----TTCCTC-----A---T-T----CA--T--------AG---CTA---GTT-A-------------A-----T----------GT---A-------TGT------ATGT--C---GC-----AG-AAAAGTGCTT--------T-AGT-G--TA-G--AC-GTTTCACA-AGCAC----TT-GA----C-GTTT--T-AAA------A-A-----T-A---C-CT------T---------A---------C--------T---A--T-------------A---------A-AC-A-AATT-T--ATTGTCGAT--A-G-----T--TTG--TT--c
gi|9 : -GCA-AGCATA----G---A-T-GAT-CGGACCCAGCAG---AGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatagatgatcggacccagcagagt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): AAAATAATCCACATTGTTCCAGAAGTGGTACTACGTTGTTACTTGTCAGTACGTATTTTCTTTTCATTTAGT
Unaligned ( gi|39 ): AGTTGCTTATGGGAATAATTTCTTTTCAATCAAATATATCTAAAACGACAAGTACCTGTG
Unaligned ( gi|40 ): TAAGAATAAATTCTTCCTGTAAACAAACTAAATTGACATTCAATGGTTTGTTTA
Unaligned ( gi|41 ): TATGCTTGATGCCCAAGAGCACATCATTTGCCCCAATTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333333333333333 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111111111111111111111111 11111111111111111111111 4444444444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 33 666 000000000000000000000000000000 1 1 1 3 3 22 1 888888888 22 1 444444 22 1 1 4 22 1 5555 22 22 1 1 1 22 3 1 1 1 3333 77777777777777 3333333 1 777 1 1 22 1 222 888 5555 7777 444 33333 222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 8 5555 1 22 1 3 3333 1 3333 3 33 3333 222222 1 33333 1 555 666666 4444444444444444444444444444 22 22 44444444444444444444444 1 1 1 1 1 22 0 33 0000000000000 22 22 3333 3 1 22 1 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 3 2 2 2 333 77
lowQualScore : .. ... .............................. . . . . . .. . ......... .. . ...... .. . . . .. . .... .. .. . . . .. . . . . .... .............. ....... . ... . . .. . ... ... .... .... ... ..... ... ............................................................................................................................. . . .... . .. . . .... . .... . .. .... ...... . ..... . ... ...... ............................ .. .. ....................... . . . . . .. . .. ............. .. .. .... . . .. . . ........................................................................................................................ . . . . . . ... ..
lowQualScore : 99 000 999999999999999999999999999999 7 7 7 3 3 33 7 111111111 11 5 444444 11 5 5 6 11 5 7777 22 11 5 5 6 22 2 6 6 6 4444 88888888888888 8888888 7 555 7 7 33 7 666 444 7777 2222 666 77777 999 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 3 4444 7 33 7 0 1111 5 1111 0 55 0000 666666 5 88888 5 888 555555 0000000000000000000000000000 11 11 22222222222222222222222 5 5 5 5 7 33 6 55 4444444444444 44 44 9999 6 9 66 9 9 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 1 1 1 1 1 777 33
consensus : ATTTT--TTTTAC--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G----TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TC-GA----C-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--ATTGTCGGT-CG-G-----T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT--------ATTA--------A--TTTT-----TATGC-TTA-AGAGAATGGT-CTTGAAA--GATAGACGCNGT-NAGAC---NT-TTGTGTAAAGTC-T-CGACCGC-TCGGCTACG-GCA-AGCATACA-TGNATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
Reference ( family-1983 ) : ATTTT--TTTTAC--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G----TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TC-GA----C-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--ATTGTCGGT-CG-G-----T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT--------ATTA--------A--TTTT-----TATGC-TTA-AGAGAATGGT-CTTGAAA--GATAGACGCNGT-NAGAC---NT-TTGTGTAAAGTC-T-CGACCGC-TCGGCTACG-GCA-AGCATACA-TGNATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
gi|1 : TTTTCATTTGGT--GGAT--A----AA--------A------------GAAT-GTCT-TT-AAATCA----G-CA------A--AT--AT-A------A--GA-A-T-A--AAC-G--CA-TG--T-GCT-TCC-G--GCAA-GCAG-T-A----TACCA----G-------TT-------GT-C---T-GTTC--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G-----A--T--------AG---TTG---ATT-A-------------T-----C----------A----A-------T-T------AAGT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-TTA--TA-AGAAC-GTTTCACATGACGA----TC-GA------------T-ATA------A-A-----T-AAAACATT------C---------A---------A--------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-AA-C-G--ATTGTCAGT-CG-GG----T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTCC-------ATTA--------AGATTTT-----TATGC-T-A-AGAGAATAGTTCTTGAAAACGTCAAATGCTGT-AAGAC---GT-TTGTGTAAGGTC-T-CGACCGT-TCGGCTACG-GCACAGCATACA-TGAA-A-T-GATGCGGACCAAGCAG---A
gi|10 : T--TTTTAT--GGAT--A----AG--------A------------GAA--GT-T-T--AAATCA-A----CA------A--TG--GTTA------A--GA-A-T-A--A-A-G--CA-TG--TTCGT-TC-----G-AA-GCAGCT-G----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---TGTT-C----T---TC-----A---T-A----TA--T--------------TG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------G-T------G-CT--C----T-----AGTA-----------------T-A-CGA--TA-G--AC-GTTTCACA-GG-A-----TC-AA----C-A--T--T-ATA------A-------T-A---CATT------T---------A---------A--------CA--A--A-------------A---------A-A--A-AA-C-T--ATTGTCAGT-C-------------T--TT--T----T--CG-GGG--A-T-ATTTTTTT--------A--A--------A--ATTC-----TAT---TTA-AAAA----GT-C----AA--TATGG-C-CTGT-AAGAC---GTCTTTTG-ACAGTC-T-CGATCACGTCGACTACG-CAA-AGCATACA-T-AATATT-GAT-CGGG--AAGCAGATAAGTG--ATAt
gi|11 : G--------A------------GGAT-GT-G-TT-TAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--AA-A-TGA--A-T-GTTCA--G--T-TGT-TCC-G--G-AA-GAGG-CCA----TAC------A-------TTAATAATTGT-C---G-AG-C--TGATTT---TC--T----C----T---TC-----A---T------T---T--------AG---TTG---ATG-G-------------A-----T----------A----A-------CGTGCAAGAA-GT------GCTCTGAAG-A-----------------T-AGT-AATTA-G--A--GTTTCACACGGCAA----TT-GA----T-A--T--T-ATAAT----A-A-----T-AT--TAAT------T---------A---------A--------AA--A--A-------------ATCTACTTATA-AC-A-AA-C-T--ATTGCCGTA-CATG-----TTATTT--TT--T----TA------A--A-T-ACTTtga
gi|12 : attttttatgggtgtgattgatatctcttgG--------A------------GGAT-GT-T-TT-AAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--AA-AAT-A--A-T-G--TCACG--T-TGT-TCC-G--G-AA-GAGG-C-A----TAC------A-------TTAATATT-GT-C---G-GT-C--T-GTGT---T---T----C----T---TC-----T---TCA----TT--T--------AG---TTG---ATG-G-------------A-----T----------A----A------------------GT--C---GC-----AG-AAAGTGCTCTGAAGATAGT-A-T-C--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TT-GA----T-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---TATT------T---------A---------AT-------TA--A--AAAAATCTCCTTATA---------A-AC-A-AA-C-T--ATTGCCAGTACATG-----TA-TTT--TT--T----TA-aaaaacgtcaaggtgcagcctgtgagactttgtttggt
gi|13 : tatgggtgtgattgatatctcttgAAT-GT-T-TT-CAATCA-A--G-CA------C--TG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ACGTTTCT---T----C----T---TC-----A---T------TACTT--------AG----TG---CTATA-------------G-----T----------ATTT-A-------T-T------A-TA--C---G------GG-A-----------------T-G-T-T--TA-G--AC-GTTTCACA-GACAC----TC-GA----C-A--T--A-ATA------A-A-----T-G---CATT------T---------A---------AATTATATGTA--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-aatacatttaaaaacgtcaaggtgcagcctgtgagactttt
gi|13 : a-GCA-AGCATACA-TAAATA-T-TAC-CGGACCAAGCAG---AGTGTTATAAAaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatacataaatattaccggaccaagcagagtgttataaaat
gi|14 : aaatgttttcaatcaagcactggtaataataacgcaatgtcgttccgaaagcattatacattgtcggtccacgtttcttcttcattacttagtgctatagtatttattatacgggatgtttagacgtttcacagacactcgacataataaatgcatttaaattatatgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTT--TTTTGGTGGGAT--A----AC--------A------------GAAT-GT-T-TTTAAATCA-A--G-C----------TG--AT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-GACG-AA-GCAG-T-A----T-C------A-------TTGTCT---GT-CCA-G-TT-CTTC-ATGT---A---T----AG---T---TG-----A---T-GCCTATA--TGCCGACAGAG---TTA---GTA-GCAGAGATTAGCGTA-----T----------A----A-------T-G------AAGT--C---GC-----AG-A-----------------CCA-T-A--TA-G--ACCGGTTCAAA-AAAACAAGATA-GAAAACT-A--TCGT-ATA------ATA-----TCA---CATT------T---------A------------------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-A--C-G--ATTGTCAGT-CG-GGGTTTT--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTTTC------ATTA--------A--TTTT-----Tat
gi|15 : TT--TTTTAT--GGAA--A----AG---------------------GAAT-AT-T-TC-CAATCA-A--A-CACT----AGCTG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--AATTG--T-CGT--CC-G--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATTT---T---TTCTTC----T---TC-----A---T-G-----------------AG---T-G---CCATA-------------A-----T----------ATTATA-------T-T------A-----T---AC-----AGGA-----------------T-A-TTA--TA-G--AC-GTTTCACA-AACAC----TC-GA----C-A--T--A-ATA------A-
gi|15 : ATACA-TAAATA-T-GAT-GGGACCAAGCAG---AGTG--ATAtgatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgcggatacataaatatgatgggaccaagcagagtgatatccaat
gi|16 : ttttttatggaaaaggaatatttccaatcaaacactagctggtaataataacgaattgtcgtccgaaagcattatacattgtcggtccattttttcttcttcatgagtgccataatattatattatacaggatattatagacgtttcacaaacactcgacataataatgatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgcggTGT---T---T----CGTC-C---TC-----A---T-G----T-------------G---TTT---ATA-A-------------A-----C----------A----AAGTGGTTT-T------A-AT-------------AG-------------------T-A-T-A--TA-G--GC-GTT-CATA-AGCA-----TC-AA----C-A--T--T-ATAAAATTTA-A-----T-A---CATTTAGGCCT---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------AGAC-A-AA-C-T--A--G-------------------TT--TC--T----TA-CG-GAA--A-T-ATTCTTT---------------------G--TTTT-----TAT---TT---GCAAAT-GT-C----AA--GATAGACGTAAT-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNN-GCA-AGCATTCA-TGTGT--T-GAT-GGGACCAAGCAG---AGTG--tccaat
gi|17 : tgaaaataaaacatgtttcttttgataagctctttt--------A------------GAAC-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA---------TT--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CAT-TCA-A--A-AA-GTGG-T-A----C-----------------T-------GT-C---G-GC-C--C-ATGT---T---T----C----TCT-TC-----A---T-T----TA--C-------------TTG---ATG-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GTC-C---AC-----AG-AAAAGTGCTT--------T-AGT-A--TA-G--AT-GTTTCACA-GATAC----TCGGA----C-A--A--T-ATA------A-A-----T-C---CATT------TCATAAAAAAA---------A--------CA--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-C-T--ATTGTCGCT-CA-G-----TAGTTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTa
gi|18 : ttttttttggggggggggggttgtgattgtcttttgaT---C---T----C----C---TC-----AAATT-G----T-------------G---TTT---ATA-A-------------ACA---T----------A----A-------G-T------G-GT--TTTAAT-----AGTA-----------------T-A-T----TA-G--GC-GTT-CATA-AGCA-----TC-AA----C-A--T--TTATA------A-AATTAAT-AA--CATT------T---------A---------GCC------TA--ATAA-------------A---------A-AC-ACAA-C-T--AGTAT--GT-C--------------------T----TA-CGTGAA--A-T-ATTCTTT---------GTT-------------TTT-----TAT---TTG-CCA-AATG-T-C----AA--GATAGACGTAAT-CAGAA---CT-TTG-GTAAAATC-TTCGATCG--TCGCATACG-GCA-A--ATTCA-TGTGT--T-GAT-GGGACCAAGCAG---AG
gi|19 : tt----------A----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T-A-T-A--TA-G--TC-TTTTCACA-GGCAC----TC-CA----C-A--T--C-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-G-T--ATTATTGGT-AG-----------TT--TC--T----TG-CG-GGA--A-T-ATTNNNNN--------NNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNGA--------A-AGCATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGAAG---AGTG--ATAg
gi|2 : atagtgctttaATTTT--TTTGGT--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--AT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---T-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G----TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GACTA----TC-GA----T-A--T--A-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-AA-C-G--ATTGTCAGT-CG-GGTT--T--TTT--TT--T----TAACG-GGA--A---ATTTTTTTC-------ATTA--------AA-TTTT-----TATGC-TTGTAGAGAATGGTTCTTNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNNNGCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---GGTG--ATAAAtaa
gi|20 : ---T----C----C---TC-----A---T-G----TA------------G---TTT---ATA-A-------------A-----C----------A----A----------------A-GT------GCTTT--AG-------------------T-A-T-A--TA-G--GC-GTTTCACA-AGCAC----TC-AA----C-A--T--T-ACA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------G--C-A-AA-C-T--A------------G-----T--TTT--CT--T-----A-CG-GTG--A-T-ATTTTTTT--------AT--------------TTT-----TGTNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNN---------------GCA-AGCATACG-TGTGTG-T-GAG-GGGACCAAGCAG---AGTG--
gi|21 : ttcg---T---T----C----T---TT-----A---T-T----TA--T--------AGCTATTG---GTA-T-------------A-----T----------A------------T-A------A-GT--C---GC-----AG-AAAAGTGTTC--------T-AGT-G--TA-G--AC-GTTTTACA-GGCAC----TT-GA----CAA--A--T-ATA------A-G-----A-A---TATC------T---------T---------C--------CT--A--T-------------A---------A-AC-A-AA-T-TAAATTGTCAAT----A-----C--TTT--GT--T----TA-GG-GGC--A-T-ATTTTGTT--------ATGA--------A------------ATG---TA------------TTTAAAA-----------CGT-CAAAC---TT-TGGTGTAAAG-------------TCGGCTACG-GCA-AGC-------GTAGA-T-GAT-CAGACCAAGAAG---AGTaata
gi|22 : gtttcG--------A------------AAAT-GT-TCTT-CAATCA-A--G-CA------C--TT--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATGTAT-CGT-TCC-G--A-AAGGCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---GAGT-C--C-ACGT---T---T----C----T---TCTTCAAA---T------TACTT--------AG---TGC---AT--A-------------G-----T----------A----T-------T-T------ATATAAC---G------GG-A-----------------T-G-T-T--TAGG--AC-GTTTCACA-GACAC----TC-GA----C-A--T--A-ATA------A-A-----T-G---CATT------T---------AATTATATGTA--------TA--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-
gi|23 : -----------------T-A-T-A--TA-G--GC-GTTTCATA-AGCAC----TC-AA----C-A--T--T-ATAAAATTTA-A-----T-A---CATT------T---------A---------GGCC-----TAATA--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--A--G------------------TTT--TC--T----TA-CG-GAA--A-T-ATTCTTTT-----------------------TTTT-----TAT-T-TT---GCAAAT-GT-C----AA--GATAGACGTAATCGAAAC---TT-TGGTAAAAAGTCTT-CGACa
gi|24 : tttataaacaaagtggttttaatagA-AGC-TACA-TGTATA-TTGAT-CGGAC-AAGAAG---AGTG--ATAg
gi|25 : ttattatggttagtttcttcgggaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnga---------A-AA-A-AA-C-T--ATTTTCAGT-CT-G-----T--TT-------------A-CG-GGA--A-T-AT------------------------------TTT-----TNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNN----GCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGG---AAGCAG---AGTG--ATAtaaaat
gi|26 : TT--TTTTAT--GGAT--G----TG--------ATTGTCTTTTGAAGAAT-AT-T-TT-AAATCA-A--C-CA------A--TGTGAT-A------A--GA-A-T-A--A-T-G--CCATG--T-CGT-TTC-A--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TC-------GT-C---G-AA-C--C-GTTT---T---T----C----T---TC-----tgata
gi|27 : TTT--TTTTAC--GGATGCG----AGTTTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-C-----------------A------A--GA-A-T-A--A-T-A--CAGTG--T-CGT-CCC-G--G-AA-ACGG-T-A----TAC------A-------TT-------GTACATAG-GT-C--C-ATGT---TTCCT----C----T---TC-----A---T-G----TA--ttcattca
gi|28 : --------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-AATA-T-G--CCACG--T-CGT-T-C-A--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A----------------------------------------T---T----C----T---TC-----A-----G----T---T--------AG---CTG---ATA-G-------------A-----C----------A----A-------at
gi|29 : ttttaatggatgtaattgtctcttga--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-T-A--TT-G--AC-GTTTCACA-GACTA----TC-GA----T-A--T-------------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-AA-C-G--ATTATCAGT-CG-GTT---T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTgtc
gi|3 : TTTT--TTTTGT--G-AT--A----AA--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCACA--G-CA------A--TG--AT-A------A--GA-A-TAA--A-C-G--CAA-G--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG---A----TAT------A-------AT-------GT-C---T-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G----TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------C-A-T-A--TT-G--AA-GTTTCACA-G--AC----T----------A--T--C-ATAGC----A-A-----T-A---CATTAA----T---------A---------A--------TA--A--T-------------A---------A-ACAA-AA-C-A--ATTATCAGT-CG-AT----T--TTT--TT--T----TACCG-GGA--AGTAATTTTTTC--------ATTA--------T--TTTT-----TATGCTTTA-AGAGAATGGT-CTTNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNN-NCA-AG-ATACATTGAATA-T-GAT-CGGA-CAAGCAG---GGTG--AT
gi|30 : tACA-GGTAC----TT-GA----C-G--T--T-TTA------G-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TG--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-tataaaat
gi|31 : accacaggcactcatttaataattcttcatgcaaacaaacaaaatactagtttgtttactgggatcattACA-GGCAC----TT-GA----C-G--T--T-TTA------A-A-----T-A---TATT------T---------A---------A--------TA--A--A--------------------------------------ATTG--AAT----G-----A--TTT--GT--T----TA-CA-GGA--A-G-ATTTTTTT--------TTTATCAAATATA--TTTT-----TA
gi|32 : tcacaggtacatgacgtttt--GT-G------A--AA-A-T-A--A-C-T--CCACA--T-TGT-TCC-A--G-AA-GTGG-T-A----TAC------GTTGTTACTT-------GT-C---A-GT-A--C-GTAT---T---T----C----T---TC-----T---TCA----TT--T--------AG---TTT---AT
gi|33 : --------A------------GAAT-GT-T-CT-----CGCA--G-CACGAATTA--CG--GT-A------A--TA-A-TTA--A-CCG--CAATG--T-CGT-TCC-A--A-AA-GCAT-T-A----TAC--------------TT-------GT-C---G-AT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----gttattgtttgatgtt
gi|34 : tttgca--------A------------GAAT-GT-T-TT-GAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CATTG--T-CAT-TCC-A--T-AA-GTGG-T-ATAATTAA------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---tt
gi|35 : ttttgaTTTT--TTTTAT--GGAT--ATTAAAG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--AT-A------ATGGATA-T-A--A-C-GC-CAAT---T-CGT-T-C-G--G-AA--CAG-T-A----T
gi|36 : TCACA-GGCAC----TT-GA----C-AT-T--T-AGA------A-A-----T-G---CATC------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------G-A--A-AA-A-T--GTTTTCG
gi|38 : tgaaaaG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-A--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-AT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----taaacaaactattgacaata
gi|4 : TTTT--TTTTAC--GGATGCG----AGTCTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------AT-TG--GT--------A--GA-A-T-A--A-C-------TG--T-TGTGTCCGG--G-AA-ACGG-T-A----TGC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATTT---TCC-T----C----T---TC-----A---T-G--------T--------AA---TTGTATATA-A-------------GTGCTTT----------A----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T-A-T-A--TA-G--TC-TTTTCACA-GGCAC----CC--A----CAA--T--C-ATA------A-C-----T-A---CATT------T---------A---------A--------T---A--A-------------A---------A-AC-A-AT-CTT--ATT-TTGGT-AGTG-----T--TTC--TT--TCCCCCG-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT--------------------A--TTTTGAAAATATA--TTA-A---AAT-GT-C----AA--GAGAGACGC----GAGACCTTTT-TTGT-TAAAATG-T-CTACGAC-TCGGCTACG-GAA-AG-ATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGAAG---AGTG--ATAttc
gi|42 : -TT-AAATCA-A--A-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-A--CCAAG--T-CGT-TCta
gi|5 : TTTT--TTTTAC--GGATGCG----AGTCTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TTAAAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-------TG--T-CGT-CCC-G--G-AA--CGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---TTCCT----C----T---TC-----A---T-G--------T--------AA---TTG---ATA-T-------------A-----TAAGTGCTTTAA----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-TTTTCACA-GGCAC----TC-CA----C-A--T--C-AT-------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-G-T--ATTATTGGT-AG-----------TT--TC--T----TA-C--GGA--A-T-NNNNNNNN--------NNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNG--------AAA-GCA-----TACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATA
gi|6 : tT--TTTTAT--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TG-AAATCA-A--G-CA------A--TG----------------------------------ATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-CTA-G-CT-A--C-A-------------------------------A---T-G----TAGAT--------AGG--TTGT--ATA-T-------------A-----T----------AT---A-------T-T------A-TC--T---GC-----AG-A-----------------A-A---G--TG-C--TC-GTTTCAC--GACTC----TC-AA----C-------T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T-------------------A--------TA--A--A-------------T---------A-AT-A-AA-C-T--GTCGTCAGT-CT-G-----TG-TTTGGTTAGT----TA-CG-GGAAGA-T-ATTTTTTTNNNNNNNNNNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNG-ACA-AGCATATA-TGATTA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTATTATAAAtaaaa
gi|7 : atgTTTT--TTTTAC--GGAT--G----CG--------A------------G--TCGT-T-TT-GAAGGA-ACTGTCA------A--TG--GT-A------A--GA-A------A-C-------TG----CGT-CCC-G--GTAA-ACAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---C----CTCTTT---TC-----A---T-G----TA--A--------TG---ATA---ATA-A-------------G-----T----------G----C-------T-TTAA---A-AT--A---GT-----AT-ACT---------------T-A-T-A--TA----AC-TTTTCACA-GGCAC----TC-CA----C-A--T--C-AT---------A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-G-T--ATT-T--AT-TG-G-----T--GTT--TC--T----TA-CG-GGA--A-T-ACCTNNNN--------NNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNGA--------A-AGCATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAa
gi|8 : t--------A------------GAAT-GT-T-T--AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-A--CAATG--T-TGT-TCC-A--A-AA-GTGG-T-A----TAC------A-------TT-------GA-C---A-GT-C--C-ATGA---C---T----C---------C-----A---T-G----TT--TCTCTTT--AT---TTG---ATG-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-AAAAGTGCTT--------T-AGT-A--TA-G--AC-GTTTCA---GACAC----TC-GA----C-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-CC-A-AA-C-A--ATAGTCAGT-AG-----------TT--TT--T----TA-TG-GGA--A-T-----------------------------A--TATT-----TANNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNN-----GCA-AGCATAGA-TGAA---------CGGACCAAGCAG---AGTA--taaa
gi|9 : tttctgatgtgattgacttttgaT--TTTTAT--GGAT--------G--------T------------GATT-GT-T-TT-GAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-ACATGTAA--GA-A-T-A--A-C-T--CCATT--T-CGT-TCC-C--T-AA-GCGG-T-A----TACATTAGTA-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----TTCCTC-----A---T-T----CA--T--------AG---CTA---GTT-A-------------A-----T----------GT---A-------TGT------ATGT--C---GC-----AG-AAAAGTGCTT--------T-AGT-G--TA-G--AC-GTTTCACA-AGCAC----TT-GA----C-GTTT--T-AAA------A-A-----T-A---C-CT------T---------A---------C--------T---A--T-------------A---------A-AC-A-AATT-T--ATTGTCGAT--A-G-----T--TTG--TT--c
gi|9 : -GCA-AGCATA----G---A-T-GAT-CGGACCCAGCAG---AGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatagatgatcggacccagcagagt
blockSeqs : . GTG GTGATTGTCTTTTGAA C . C T C CT T CGAATTA TG T CATGTA TG T A G AT . GTT CA TA T G G AC T G C C TAAT GTTGTTAC AATAATT A ATA A . TT G TTC TCC TCTT TCTT TCC TTCAA AAT GCCTATATGCCGACAGAGTTAGTAGCAGAGATTAGCGTATAATGAAGTCGCAGA C G AAT G . C C AAGA G AAAC A TT CGT AAATTT T ATTAA C T TAGGCC CATAAAAAAAA AT TA AAAATCTCCTTATA G A C T T AA CA CGGGGTTTT GG AG CCCC A T AG G A TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . T A T T . ATA TT
blockSeqs : . T GCGAGTTTTTTGAA . . . A C . . CTAGC . . . . . . A . . CG AA . . . . . . . . . . ATTAGTA AATATT . CA . . . . . TCC GTT GTC CT . . CATTTAGTTGATGGATAAGTCGCAGAAAGTGCTCTGAAGATAG . G GA . . . . . . . A T TT AAATTT . . . A AA AATTATATGTA . . ATCTACTTAT . . . . . . CG CATGTTA . . . C . . . . TCATTAAATTTTTATGCTTGTAGAGAATGGTTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . A . . . . TT
blockSeqs : . T GCGAGTCTTTTGAA . . . . . . . AT . . . . . . T . . GC AA . . . . . . . . . . A GTCT . TA . . . . . CC . G . . . GTTTCTCTTTATTTGATGAATAATTAGTCGCAGAAAAGTGCTT . G TA . . . . . . . . . T AT . . . . . AAATTATATG . . AT . . . . . . CA ACATGTA . . . . . . . . CATTATTTTTTATGCTTTAAGAGAATGGTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . A . . . . .
blockSeqs : . T GCGAGTCTTTTGAA . . . . . . . A . . . . . . . . . G AT . . . . . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . TCATAGCTAGTTAATGTATGTATGTCGCAGAAAAGTGCTT . G C . . . . . . . . . T GC . . . . . AGGCC . . AT . . . . . . CA CGGGTTT . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA . . T . . . . .
blockSeqs : . T ATTAAAGA . . . . . . . A . . . . . . . . . G AA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TTATAGCTATTGGTATATATAAGTCGCAGAAAAGTGTTC . G T . . . . . . . . . T . . . . . . AGCC . . AT . . . . . . CG CAGTAG . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA . . T . . . . .
blockSeqs : . C AAGA . . . . . . . A . . . . . . . . . G AA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TTAGTTGATGGATAACGTGCAAGAAGTGCTCTGAAGA . . A . . . . . . . . . A . . . . . . AAT . . A . . . . . . TG CGGTTT . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAA . . T . . . . .
blockSeqs : . T AACA . . . . . . . C . . . . . . . . . G AA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TTACTTGATGAATAATTAGTCCACAGAAAAGTGCTT . . A . . . . . . . . . A . . . . . . AA . . A . . . . . . CA CGATT . . . . . . . . TATTTTGAAAATATATTAAAATGTCAAGAGAGACGCGAGACCTTTTTTGTTAAAATGTCTACGACTCGGCTACG . . A . . . . .
blockSeqs : . T AAGA . . . . . . . A . . . . . . . . . G CA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GTAGATAGGTTGTATATATATATTATCTGCAGA . . A . . . . . . . . . T . . . . . . AA . . A . . . . . . CA AGTGT . . . . . . . . ATATTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . T . . . . .
blockSeqs : . C AAAA . . . . . . . C . . . . . . . . . G AG . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GTAATGATAATAAGTGCTTTAAAATAGTATACT . . A . . . . . . . . . T . . . . . . AA . . A . . . . . . CA CTGTG . . . . . . . . TTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . T . . . . .
blockSeqs : . C AAGA . . . . . . . A . . . . . . . . . G CA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TACTTAGTGCTATAGTATTTATTATACGGGA . . A . . . . . . . . . C . . . . . . AA . . A . . . . . . CA CTGT . . . . . . . . TAAAATTCTATTTAAAAAGTCAATATGGCCTGTAAGACGTCTTTTGACAGTCTCGATCACGTCGACTACG . . T . . . . .
blockSeqs : . T GCGA . . . . . . . A . . . . . . . . . G AA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GTGTTTATAAACATAAGTGGTTTTAATAGTA . . A . . . . . . . . . A . . . . . . AA . . A . . . . . . CA TGGT . . . . . . . . GTTTTTTATTTGCCAAATGTCAAGATAGACGTAATCAGAACTTTGGTAAAATCTTCGATCGTCGCATACG . . A . . . . .
blockSeqs : . C AAG . . . . . . . A . . . . . . . . . G CA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GTAATTGATATATAAGTGCTTTAAATTAGTA . . G . . . . . . . . . T . . . . . . AA . . A . . . . . . CG AGT . . . . . . . . GTTTTTATTTGCAAATGTCAAGATAGACGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . A . . . . .
blockSeqs : . T GT . . . . . . . A . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TACTTAGTGCATAGTATTTATATAACGGGA . . T . . . . . . . . . T . . . . . . TC . . A . . . . . . TG AG . . . . . . . . TATTTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . G AT . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GTAATTGTATATAAGTGCTTTAATTAGTA . . A . . . . . . . . . A . . . . . . AA . . A . . . . . . TG GT . . . . . . . . TATGAAATGTATTTAAAACGTCAAACTTTGGTGTAAAGTCGGCTACG . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . G AA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GAGTGCCATAATATTATATTATACAGGA . . A . . . . . . . . . T . . . . . . AA . . A . . . . . . CA AC . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . T AA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GTGTTTATAAACAAAGTGGTTTTAATAG . . A . . . . . . . . . C . . . . . . AA . . A . . . . . . CA GA . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . G CA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GTATAGTTGATAAATAATTAGTCGCAGA . . A . . . . . . . . . T . . . . . . AA . . A . . . . . . CG AG . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . G AA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GTATAGTTGATAAATAATTAGTCGCAGA . . A . . . . . . . . . T . . . . . . AA . . A . . . . . . A AG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . A CA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . ATATTGATAAATAAGTGCTCTAGTA . . G . . . . . . . . . T . . . . . . AA . . A . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GTAGTTTATAAACAAAGTGCTTTAG . . A . . . . . . . . . C . . . . . . AA . . A . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . C . . . . . . AA . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . AA . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . AC . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** AA A************* A*** ** *** A********************** AGT**********
originalCons : ATTTT--TTTTAC--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G----TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------T-A-T-A--TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TC-GA----C-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--ATTGTCGGT-CG-G-----T--TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT--------ATTA--------A--TTTT-----TATGC-TTA-AGAGAATGGT-CTTGAAA--GATAGACGCNGT-NAGAC---NT-TTGTGTAAAGTC-T-CGACCGC-TCGGCTACG-GCA-AGCATACA-TGNATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
finalCons : ATTTT--TTTTAC--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TACA-------------TT-------GT-C---G-GT-C--C-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G----TA--T--------AG---TTG---ATA-A-------------A-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------T-A-TA---TA-G--AC-GTTTCACA-GGCAC----TC-GA----C-A--T--T-ATA------A-A-----T-A---CATT------T---------A---------A--------TA--A--AA----------------------A-AC-A-AA-C-T--ATTGTCGGTAGT----------TTT--TT--T----TA-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT--------ATTA--------A--TTTT-----TATGC-TTA-AGAGAATGGT-CTTGAAA--GATAGACGCNGT-NAGAC---NT-TTGTGTAAAGTC-T-CGACCGC-TCGGCTACG-GCA-AGCATACA-TGNATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): AAAATAATCCACATTGTTCCAGAAGTGGTACTACGTTGTTACTTGTCAGTACGTATTTTCTTTTCATTTAGT
Unaligned ( gi|39 ): AGTTGCTTATGGGAATAATTTCTTTTCAATCAAATATATCTAAAACGACAAGTACCTGTG
Unaligned ( gi|40 ): TAAGAATAAATTCTTCCTGTAAACAAACTAAATTGACATTCAATGGTTTGTTTA
Unaligned ( gi|41 ): TATGCTTGATGCCCAAGAGCACATCATTTGCCCCAATTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333333333333333 1111111 1111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111111 11111111111111111111111 33333333333333333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 33 666 000000000000000000000000000000 1 1 1 3 3 22 1 888888888 22 1 444444 22 1 1 4 22 1 5555 22 22 1 1 1 22 3 1 1 1 3333 77777777777777 0000000 1 555 1 1 1 222 888 5555 5555 444 33333 222 9999999999999 444 444 3333 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 999999 1 22 3 222 1 1 3 33 1 1 888888 1 888888 1 555 22 555555555 777777777777777777 22 22 11111111111111111111111 1 1 1 1 1 22 1 0 77777777777777777777777 22 22 77777 1 1 22 1 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 2 3 2 2 2 333 77
lowQualScore : .. ... .............................. . . . . . .. . ......... .. . ...... .. . . . .. . .... .. .. . . . .. . . . . .... .............. ....... . ... . . . ... ... .... .... ... ..... ... ............. ... ... .... . ............................................................................ ...... . .. . ... . . . .. . . ...... . ...... . ... .. ......... .................. .. .. ....................... . . . . . .. . . ....................... .. .. ..... . . .. . . ........................................................................................................................ . . . . . . ... ..
lowQualScore : 99 000 999999999999999999999999999999 7 7 7 3 3 33 7 111111111 11 5 444444 11 5 5 6 11 5 7777 22 11 5 5 6 22 2 6 6 6 4444 88888888888888 2222222 7 222 7 7 7 666 444 7777 7777 666 77777 999 6666666666666 666 666 5555 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444444 7 33 0 666 5 5 0 55 4 4 000000 4 000000 5 666 00 999999999 444444444444444444 00 00 55555555555555555555555 4 4 4 4 6 22 6 2 00000000000000000000000 33 33 44444 7 8 55 8 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 1 1 1 1 1 777 33
consensus : ATTTT--TTTTAC--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-CC-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-GTA--T------AG---TTG---A----TA-AA-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------TA-T-A--TA-G--ACGTTTCACA-GGC---AC-TC-GAC-A--TT-AT-A------A-A------T-A---CATT--T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--A-TTGTCG----GT--A---G------T--TTT--TT--TT-----A-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT--------ATTA--------A--TTTT-----TATGC-TTA-AGAGAATGGT-CTTGAAA--GATAGACGCNGT-NAGAC---NT-TTGTGTAAAGTC-T-CGACCGC-TCGGCTACG-GCA-AGCATACA-TGNATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
Reference ( family-1983 ) : ATTTT--TTTTAC--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-CC-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-GTA--T------AG---TTG---A----TA-AA-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------TA-T-A--TA-G--ACGTTTCACA-GGC---AC-TC-GAC-A--TT-AT-A------A-A------T-A---CATT--T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--A-TTGTCG----GT--A---G------T--TTT--TT--TT-----A-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT--------ATTA--------A--TTTT-----TATGC-TTA-AGAGAATGGT-CTTGAAA--GATAGACGCNGT-NAGAC---NT-TTGTGTAAAGTC-T-CGACCGC-TCGGCTACG-GCA-AGCATACA-TGNATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAAA
gi|1 : TTTTCATTTGGT--GGAT--A----AA--------A------------GAAT-GTCT-TT-AAATCA----G-CA------A--AT--AT-A------A--GA-A-T-A--AAC-G--CA-TG--T-GCT-TCC-G--GCAA-GCAG-T-A----TACCA----G-------TT-------GT-C---T-GTTCC-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-G-A--T------AG---TTG---A----TT-AT-----C----------A----A-------T-T------AAGT--C---GC-----AG-A-----------------CA-TTA--TA-AGAACGTTTCACATGAC---GA-TC-GA------T-AT-A------A-A------T-AAAACATT--C---------A---------A--------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-AA-C-G--A-TTGTCA----GTCGG---G------T--TTT--TT--TT-----A-CG-GGA--A-T-ATTTTTTCC-------ATTA--------AGATTTT-----TATGC-T-A-AGAGAATAGTTCTTGAAAACGTCAAATGCTGT-AAGAC---GT-TTGTGTAAGGTC-T-CGACCGT-TCGGCTACG-GCACAGCATACA-TGAA-A-T-GATGCGGACCAAGCAG---A
gi|10 : T--TTTTAT--GGAT--A----AG--------A------------GAA--GT-T-T--AAATCA-A----CA------A--TG--GTTA------A--GA-A-T-A--A-A-G--CA-TG--TTCGT-TC-----G-AA-GCAGCT-G----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-CC-ATGT---T---TGTT-C----T---TC-----A---T-ATA--T------------TG---A----TA-AA-----T----------A----A-------G-T------G-CT--C----T-----AGTA-----------------TA-CGA--TA-G--ACGTTTCACA-GG----A--TC-AAC-A--TT-AT-A------A--------T-A---CATT--T---------A---------A--------CA--A--A-------------A---------A-A--A-AA-C-T--A-TTGTC---------A---G------T--CTT--TT--T--------CG-GGG--A-T-ATTTTTTT--------A--A--------A--ATTC-----TAT---TTA-AAAA----GT-C----AA--TATGG-C-CTGT-AAGAC---GTCTTTTG-ACAGTC-T-CGATCACGTCGACTACG-CAA-AGCATACA-T-AATATT-GAT-CGGG--AAGCAGATAAGTG--ATAt
gi|11 : G--------A------------GGAT-GT-G-TT-TAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--AA-A-TGA--A-T-GTTCA--G--T-TGT-TCC-G--G-AA-GAGG-CCA----TAC------A-------TTAATAATTGT-C---G-AG-CTGATTT---TC--T----C----T---TC-----A---T--T---T------AG---TTG---A----TG-GA-----T----------A----A-------CGTGCAAGAA-GT------GCTCTGAAG-A-----------------TAGT-AATTA-G--A-GTTTCACACGGC---AA-TT-GAT-A--TT-AT-AAT----A-A------T-AT--TAAT--T---------A---------A--------AA--A--A-------------ATCTACTTATA-AC-A-AA-C-T--A-TTGCC-----GT--ACATG------TTATTT--TT--TT-----A------A--A-T-ACTTtga
gi|12 : attttttatgggtgtgattgatatctcttgG--------A------------GGAT-GT-T-TT-AAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--AA-AAT-A--A-T-G--TCACG--T-TGT-TCC-G--G-AA-GAGG-C-A----TAC------A-------TTAATATT-GT-C---G-GT-CT-GTGT---T---T----C----T---TC-----T---TCATT--T------AG---TTG---A----TG-GA-----T----------A----A------------------GT--C---GC-----AG-AAAGTGCTCTGAAGATAGTA-T-C--TA-G--ACGTTTCACA-GGC---AC-TT-GAT-A--TT-AT-A------A-A------T-A---TATT--T---------A---------AT-------TA--A--AAAAATCTCCTTATA---------A-AC-A-AA-C-T--A-TTGCCA----GT--ACATG------TA-TTT--TT--TT-----A-aaaaacgtcaaggtgcagcctgtgagactttgtttggt
gi|12 : tatgggtgtgattgatatctcttgGTCTCACA-GGCTGCACCTT-GAC-G--TT-TTTA------A-A------T-G---TATT--T---------A---------A--------AA--A--A-------------A---------T-AC-A-TG---T--A-CTGGCA----AT--A---G------T--TTG--TT--T------A-TA-AGG--A-G-ATTTTTTTA-------ATTAAAT-----A--TATT-----TATaatacatttaaaaacgtcaaggtgcagcctgtgagactttt
gi|13 : tatgggtgtgattgatatctcttggaggatgttttaaattaagcaatggtaaaaaataatgtcacgttgttccggaagaggcatacattaatattgtcggtctgtgtttcttcttcatttagttgatggataagtcgcagaaagtgctctgaagatagtatctagacgtttcacaggcacttgatattAAT-GT-T-TT-CAATCA-A--G-CA------C--TG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-CC-ACGTTTCT---T----C----T---TC-----A---T--TACTT------AG----TG---C----TATAG-----T----------ATTT-A-------T-T------A-TA--C---G------GG-A-----------------TG-T-T--TA-G--ACGTTTCACA-GAC---AC-TC-GAC-A--TA-AT-A------A-A------T-G---CATT--T---------A---------AATTATATGTA--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-tttt
gi|13 : a-GCA-AGCATACA-TAAATA-T-TAC-CGGACCAAGCAG---AGTGTTATAAAaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatacataaatattaccggaccaagcagagtgttataaaat
gi|14 : aaatgttttcaatcaagcactggtaataataacgcaatgtcgttccgaaagcattatacattgtcggtccacgtttcttcttcattacttagtgctatagtatttattatacgggatgtttagacgtttcacagacactcgacataataaatgcatttaaattatatgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTT--TTTTGGTGGGAT--A----AC--------A------------GAAT-GT-T-TTTAAATCA-A--G-C----------TG--AT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-GACG-AA-GCAG-T-A----T-C------A-------TT-------GT-C---T-GT-CC-A-GT---T--------C----T---TC-----A---T-GTA--T------AG---TTG---ATGCCTA-TA-----TGCCGACAG--A----G-------T-T------A-GT--A---GC-----AG-A-----------------GA-T----TA-G---CGTat
gi|14 : T-AT-A------ATA------TCA---CATT--T---------A------------------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-A--C-G--A-TTGTCA----GT--C---GGGGTTTT--TTT--TT--TT-----A-CG-GGA--A-T-ATTTTTTTTC------ATTA--------A--TTTT-----Tataatgaagtcgcagaccatatagaccggttcaaaaaaacaagatagaaaactatcgtataatatcacatttataaaataacaacgattgtcagtcggggtttttttttttacgggaatattttttttcattaattttt
gi|15 : ttttttttggtgggataacagaatgtttttaaatcaagctgataagaataacgcaatgtcgttccgacgaagcagtatcattgtctgtccagttcttcatgtatagttgatgcctatatgccgacagagttagtagcagagattagcgtataatgaagtcgcagaccatatagaccggttcaaaaaaacaagatagaaaactatcgTT--TTTTAT--GGAA--A----AG---------------------GAAT-AT-T-TC-CAATCA-A--A-CACT----AGCTG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--AATTG--T-CGT--CC-G--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-CC-ATTT---T---TTCTTC----T---TC-----A---T-G-----------AG---T-G---C----CATAA-----T----------ATTATA-------T-T------A-----T---AC-----AGGA-----------------TA-TTA--TA-G--ACGTTTCACA-AAC---AC-TC-GAC-A--TA-AT-A------A-
gi|15 : ATACA-TAAATA-T-GAT-GGGACCAAGCAG---AGTG--ATAtgatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgcggatacataaatatgatgggaccaagcagagtgatatccaat
gi|16 : ttttttatggaaaaggaatatttccaatcaaacactagctggtaataataacgaattgtcgtccgaaagcattatacattgtcggtccattttttcttcttcatgagtgccataatattatattatacaggatattatagacgtttcacaaacactcgacataataatgatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgcggTGT---T---T----CGTC-C---TC-----A---T-GT-----------G---TTT---A----TA-AA-----C----------A----AAGTGGTTT-T------A-AT-------------AG-------------------TA-T-A--TA-G--GCGTT-CATA-AGC---A--TC-AAC-A--TT-AT-A------A-AATTTAAT-A---CATT--T---------AGGCCTA---A--------TA--A--A-------------A---------AGAC-A-AA-C-T--A-------------------G------T--TTC--TT---------A-CG-GAA--A-T-ATTCTTT---------------------G--TTTT-----TAT---TT---GCAAATG-T-C----AA--GATAGACGTAAT-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNN-GCA-AGCATTCA-TGTGT--T-GAT-GGGACCAAGCAG---AGTG--tccaat
gi|17 : tgaaaataaaacatgtttcttttgataagctctttt--------A------------GAAC-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA---------TT--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CAT-TCA-A--A-AA-GTGG-T-A----C-----------------T-------GT-C---G-GC-CC-ATGT---T---T----C----TCT-TC-----A---T-TTA--C-----------TTG---A----TG-AA-----T----------A----A-------T-T------A-GTC-C---AC-----AG-AAAAGTGCTT--------TAGT-A--TA-G--ATGTTTCACA-GAT---AC-TCGGAC-A--AT-AT-A------A-A------T-C---CATT--TCATAAAAAAA---------A--------CA--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-C-T--A-TTGTCGCTCAGT--A---G---------TTT--TT--TT-----A-CG-GGA--A-T-ATTa
gi|18 : ttttttttggggggggggggttgtgattgtcttttgaT---C---T----C----C---TC-----AAATT-GT-----------G---TTT---A----TA-AACA---T----------A----A-------G-T------G-GT--TTTAAT-----AGTA-----------------TA-T----TA-G--GCGTT-CATA-AGC---A--TC-AAC-A--TTTAT-A------A-AATTAA-T-AA--CATT--T---------A---------GCC------TA--ATAA-------------A---------A-AC-ACAA-C-T--A-----------GT--A--------------TG--TC--TT-----A-CGTGAA--A-T-ATTCTTT---------GTT-------------TTT-----TAT---TTG-CCA-AATG-T-C----AA--GATAGACGTAAT-CAGAA---CT-TTG-GTAAAATC-TTCGATCG--TCGCATACG-GCA-A--ATTCA-TGTGT--T-GAT-GGGACCAAGCAG---AG
gi|19 : tt----------A----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------TA-T-A--TA-G--TCTTTTCACA-GGC---AC-TC-CAC-A--TC-AT-A------A-A------T-A---CATT--T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-G-T--A-TTATTG----GT--A---G----------TT--TC--TT-----G-CG-GGA--A-T-ATTNNNNN--------NNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNGA--------A-AGCATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGAAG---AGTG--ATAg
gi|2 : atagtgctttaATTTT--TTTGGT--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--AT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---T-GT-CC-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-GTA--T------AG---TTG---A----TA-AA-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------CA-T-A--TA-G--ACGTTTCACA-GAC---TA-TC-GAT-A--TA-AT-A------A-A------T-A---CATT--T---------A---------A--------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-AA-C-G--A-TTGTCA----GTCGG---G------T--TTT--TT--TTTTA--A-CG-GGA--A---ATTTTTTTC-------ATTA--------AA-TTTT-----TATGC-TTGTAGAGAATGGTTCTTNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNNNGCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---GGTG--ATAAAtaa
gi|20 : ---T----C----C---TC-----A---T-GTA----------G---TTT---A----TA-AA-----C----------A----A----------------A-GT------GCTTT--AG-------------------TA-T-A--TA-G--GCGTTTCACA-AGC---AC-TC-AAC-A--TT-AC-A------A-A------T-A---CATT--T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------G--C-A-AA-C-T--A-------------------G------T--TTT--CT--T------A-CG-GTG--A-T-ATTTTTTT--------AT--------------TTT-----TGTNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNN---------------GCA-AGCATACG-TGTGTG-T-GAG-GGGACCAAGCAG---AGTG--
gi|21 : ttcg---T---T----C----T---TT-----A---T-TTA--T------AGCTATTG---G----TA-TA-----T----------A------------T-A------A-GT--C---GC-----AG-AAAAGTGTTC--------TAGT-G--TA-G--ACGTTTTACA-GGC---AC-TT-GACAA--AT-AT-A------A-G------A-A---TATC--T---------T---------C--------CT--A--T-------------A---------A-AC-A-AA-T-TAAA-TTGTCA----AT--A----------C--TTT--GT--TT-----A-GG-GGC--A-T-ATTTTGTT--------ATGA--------A------------ATG---TA------------TTTAAAA-----------CGT-CAAAC---TT-TGGTGTAAAG-------------TCGGCTACG-GCA-AGC-------GTAGA-T-GAT-CAGACCAAGAAG---AGTaata
gi|22 : gtttcG--------A------------AAAT-GT-TCTT-CAATCA-A--G-CA------C--TT--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATGTAT-CGT-TCC-G--A-AAGGCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---GAGT-CC-ACGT---T---T----C----T---TCTTCAAA---T--TACTT------AG---TGC---A----T--AG-----T----------A----T-------T-T------ATATAAC---G------GG-A-----------------TG-T-T--TAGG--ACGTTTCACA-GAC---AC-TC-GAC-A--TA-AT-A------A-A------T-G---CATT--T---------AATTATATGTA--------TA--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-
gi|23 : -----------------TA-T-A--TA-G--GCGTTTCATA-AGC---AC-TC-AAC-A--TT-AT-AAAATTTA-A------T-A---CATT--T---------A---------GGCC-----TAATA--A-------------A---------A-AC-A-AA-C-T--A---G-------------------------TTT--TC--TT-----A-CG-GAA--A-T-ATTCTTTT-----------------------TTTT-----TAT-T-TT---GCAAAT-GT-C----AA--GATAGACGTAATCGAAAC---TT-TGGTAAAAAGTCTT-CGACa
gi|24 : tttataaacaaagtggttttaatagA-AGC-TACA-TGTATA-TTGAT-CGGAC-AAGAAG---AGTG--ATAg
gi|25 : ttattatggttagtttcttcgggaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnga---------A-AA-A-AA-C-T--A-TTTTCA----GT-----------------CT--GT--TT-----A-CG-GGA--A-T-AT------------------------------TTT-----TNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNN----GCA-AGCATACA-TGAATA-T-GAT-CGG---AAGCAG---AGTG--ATAtaaaat
gi|26 : TT--TTTTAT--GGAT--G----TG--------ATTGTCTTTTGAAGAAT-AT-T-TT-AAATCA-A--C-CA------A--TGTGAT-A------A--GA-A-T-A--A-T-G--CCATG--T-CGT-TTC-A--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A-------TC-------GT-C---G-AA-CC-GTTT---T---T----C----T---TC-----tgata
gi|27 : TTT--TTTTAC--GGATGCG----AGTTTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-C-----------------A------A--GA-A-T-A--A-T-A--CAGTG--T-CGT-CCC-G--G-AA-ACGG-T-A----TAC------A-------TT-------GTACATAG-GT-CC-ATGT---TTCCT----C----T---TC-----A---T-GTA--ttcattca
gi|28 : --------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-AATA-T-G--CCACG--T-CGT-T-C-A--G-AA-GCGG-T-A----TAC------A--------------------------------------T---T----C----T---TC-----A-----GT---T------AG---CTG---A----TA-GA-----C----------A----A-------at
gi|29 : ttttaatggatgtaattgtctcttga------AG---TTG---A----TA-AA-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------CA-T-A--TT-G--ACGTTTCACA-GAC---TA-TC-GAT-A--T------------A-A------T-A---CATT--T---------A---------A--------TA--A--A-------------AT--------A-AC-A-AA-C-G--A-TTATCA----GT--C---GGTT---T--TTT--TT--TT-----A-CG-GGA--A-T-ATTTgtc
gi|3 : TTTT--TTTTGT--G-AT--A----AA--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCACA--G-CA------A--TG--AT-A------A--GA-A-TAA--A-C-G--CAA-G--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG---A----TAT------A-------AT-------GT-C---T-GT-CC-ATGT---T---T----C----T---TC-----A---T-GTA--T------AG---TTG---A----TA-AA-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-A-----------------CA-T-A--TT-G--AAGTTTCACA-G-----AC-T------A--TC-AT-AGC----A-A------T-A---CATTAAT---------A---------A--------TA--A--T-------------A---------A-ACAA-AA-C-A--A-TTATCA----GT--C---GAT----T--TTT--TT--TT-----ACCG-GGA--AGTAATTTTTTC--------ATTA--------T--TTTT-----TATGCTTTA-AGAGAATGGT-CTTNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNN-NCA-AG-ATACATTGAATA-T-GAT-CGGA-CAAGCAG---GGTG--AT
gi|30 : tACA-GGT---AC-TT-GAC-G--TT-TT-A------G-A------T-A---CATT--T---------A---------A--------TG--A--A-------------A---------A-AA-A-AA-tataaaat
gi|31 : accacaggcactcatttaataattcttcatgcaaacaaacaaaatactagtttgtttactgggatcattACA-GGC---AC-TT-GAC-G--TT-TT-A------A-A------T-A---TATT--T---------A---------A--------TA--A--A-------------A--------------------------TTG-----------A---A------TGATTT--GT--TT-----A-CA-GGA--A-G-ATTTTTTT--------TTTATCAAATATA--TTTT-----TA
gi|32 : tcacaggtacatgacgtttt--GT-G------A--AA-A-T-A--A-C-T--CCACA--T-TGT-TCC-A--G-AA-GTGG-T-A----TAC------GTTGTTACTT-------GT-C---A-GT-AC-GTAT---T---T----C----T---TC-----T---TCATT--T------AG---TTT---A----T
gi|33 : --------A------------GAAT-GT-T-CT-----CGCA--G-CACGAATTA--CG--GT-A------A--TA-A-TTA--A-CCG--CAATG--T-CGT-TCC-A--A-AA-GCAT-T-A----TAC--------------TT-------GT-C---G-AT-CC-ATGT---T---T----C----T---TC-----gttattgtttgatgtt
gi|34 : tttgca--------A------------GAAT-GT-T-TT-GAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-G--CATTG--T-CAT-TCC-A--T-AA-GTGG-T-ATAATTAA------A-------TT-------GT-C---G-GT-CC-ATGT---T---tt
gi|35 : ttttgaTTTT--TTTTAT--GGAT--ATTAAAG--------A------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------A--TG--AT-A------ATGGATA-T-A--A-C-GC-CAAT---T-CGT-T-C-G--G-AA--CAG-T-A----T
gi|36 : TCACA-GGC---AC-TT-GAC-AT-TT-AG-A------A-A------T-G---CATC--T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------G-A--A-AA-A-T--G-TTTTCG----
gi|38 : tgaaaaG--GT-A------A--TA-A-T-A--A-C-G--CAATG--T-CGT-TCC-A--A-AA-GCAT-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-AT-CC-ATGT---T---T----C----T---TC-----taaacaaactattgacaata
gi|4 : TTTT--TTTTAC--GGATGCG----AGTCTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TT-AAATCA-A--G-CA------AT-TG--GT--------A--GA-A-T-A--A-C-------TG--T-TGTGTCCGG--G-AA-ACGG-T-A----TGC------A-------TT-------GT-C---G-GT-CC-ATTT---TCC-T----C----T---TC-----A---T-G----T------AA---TTGTATA----TA-AGTGCTTT----------A----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------TA-T-A--TA-G--TCTTTTCACA-GGC---AC-CC--ACAA--TC-AT-A------A-C------T-A---CATT--T---------A---------A--------T---A--A-------------A---------A-AC-A-AT-CTT--A-TT-TTG----GT--A---G------TG-TTT--CT--TTCCCCCG-CG-GGA--A-T-ATTTTTTT--------------------A--TTTTGAAAATATA--TTA-A---AAT-GT-C----AA--GAGAGACGC----GAGACCTTTT-TTGT-TAAAATG-T-CTACGAC-TCGGCTACG-GAA-AG-ATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGAAG---AGTG--ATAttc
gi|42 : -TT-AAATCA-A--A-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-A--CCAAG--T-CGT-TCta
gi|5 : TTTT--TTTTAC--GGATGCG----AGTCTTTTGAA------------GAAT-GT-T-TTAAAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-------TG--T-CGT-CCC-G--G-AA--CGG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-CC-ATGT---TTCCT----C----T---TC-----A---T-G----T------AA---TTG---A----TA-TA-----TAAGTGCTTTAA----A-------T-T------A-GT----------------A-----------------TA-T-A--TA-G--ACTTTTCACA-GGC---AC-TC-CAC-A--TC-AT--------A-A------T-A---CATT--T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-G-T--A-TTATTG----GT--A---G----------TT--TC--TT-----A-C--GGA--A-T-NNNNNNNN--------NNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNG--------AAA-GCA-----TACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATA
gi|6 : tT--TTTTAT--GGAT--A----AG--------A------------GAAT-GT-T-TG-AAATCA-A--G-CA------A--TG----------------------------------ATG--T-CGT-TCC-G--G-AA-GCAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-CTA-G-CT-AC-A-------------------------------A---T-GTAGAT------AGG--TTGT--A----TA-TA-----T----------AT---A-------T-T------A-TC--T---GC-----AG-A-----------------AA---G--TG-C--TCGTTTCAC--GAC---TC-TC-AAC-----T-AT-A------A-A------T-A---CATT--T-------------------A--------TA--A--A-------------T---------A-AT-A-AA-C-T--G-TCGTCA----GT--CT--G------TG-TTTGGTTAGTT-----A-CG-GGAAGA-T-ATTTTTTTNNNNNNNNNNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNG-ACA-AGCATATA-TGATTA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTATTATAAAtaaaa
gi|7 : atgTTTT--TTTTAC--GGAT--G----CG--------A------------G--TCGT-T-TT-GAAGGA-ACTGTCA------A--TG--GT-A------A--GA-A------A-C-------TG----CGT-CCC-G--GTAA-ACAG-T-A----TAC------A-------TT-------GT-C---G-GT-CC-ATGT---T---C----CTCTTT---TC-----A---T-GTA--A------TG---ATA---A----TA-AG-----T----------G----C-------T-TTAA---A-AT--A---GT-----AT-ACT---------------TA-T-A--TA----ACTTTTCACA-GGC---AC-TC-CAC-A--TC-AT----------A------T-A---CATT--T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-AC-A-AA-G-T--ATTTATTG----GT--G--------------TT--TC--TT-----A-CG-GGA--A-T-ACCTNNNN--------NNNN--------N--NNNN-----NNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNGA--------A-AGCATACA-TGTATA-T-GAT-CGGACCAAGCAG---AGTG--ATAa
gi|8 : t--------A------------GAAT-GT-T-T--AAATCA-A--G-CA------A--TG--GT-A------A--GA-A-T-A--A-C-A--CAATG--T-TGT-TCC-A--A-AA-GTGG-T-A----TAC------A-------TT-------GA-C---A-GT-CC-ATGA---C---T----C---------C-----A---T-GTT--TCTCTTTAT---TTG---A----TG-AA-----T----------A----A-------T-T------A-GT--C---GC-----AG-AAAAGTGCTT--------TAGT-A--TA-G--ACGTTTCA---GAC---AC-TC-GAC-A--TT-AT-A------A-A------T-A---CATT--T---------A---------A--------TA--A--A-------------A---------A-CC-A-AA-C-A--A-TAGTCA----GT--A---G------T--TTT--TT---------A-TG-GGA--A-T-----------------------------A--TATT-----TANNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNN---NN-NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNN-----GCA-AGCATAGA-TGAA---------CGGACCAAGCAG---AGTA--taaa
gi|9 : tttctgatgtgattgacttttgaT--TTTTAT--GGAT--------G--------T------------GATT-GT-T-TT-GAATTA-A--G-CA------A--TG--GT-ACATGTAA--GA-A-T-A--A-C-T--CCATT--T-CGT-TCC-C--T-AA-GCGG-T-A----TACATTAGTA-------TT-------GT-C---G-GT-CC-ATGT---T---T----C----TTCCTC-----A---T-TCA--T------AG---CTA---G----TT-AA-----T----------GT---A-------TGT------ATGT--C---GC-----AG-AAAAGTGCTT--------TAGT-G--TA-G--ACGTTTCACA-AGC---AC-TT-GAC-GTTTT-AA-A------A-A------T-A---C-CT--T---------A---------C--------T---A--T-------------A---------A-AC-A-AATT-T--A-TTGTCG----AT--A---G------T--TTG--TT--c
gi|9 : -GCA-AGCATA----G---A-T-GAT-CGGACCCAGCAG---AGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaagcatagatgatcggacccagcagagt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): AAAATAATCCACATTGTTCCAGAAGTGGTACTACGTTGTTACTTGTCAGTACGTATTTTCTTTTCATTTAGT
Unaligned ( gi|39 ): AGTTGCTTATGGGAATAATTTCTTTTCAATCAAATATATCTAAAACGACAAGTACCTGTG
Unaligned ( gi|40 ): TAAGAATAAATTCTTCCTGTAAACAAACTAAATTGACATTCAATGGTTTGTTTA
Unaligned ( gi|41 ): TATGCTTGATGCCCAAGAGCACATCATTTGCCCCAATTTTTTTTT