lowQualScore : 3333333333333333333333 111111111 2222222222222222 11111 222222222222222 222222222 55555555555555555555555555
lowQualScore : 5555 444 44444 33 3333333333333333333333 22 1 1 666 555555555 22 1 33 3333 1 2222222222222222 444444 1 1 444 6 33333 55555555 1 555555555555555 1 33333 1 22 4 222 44 99999999999 3333 1 444444444 1 2 44 1 55555 33333333333333333333333333 33 5555 8888888 55 33 666 44 3
lowQualScore : .... ... ..... .. ...................... .. . . ... ......... .. . .. .... . ................ ...... . . ... . ..... ........ . ............... . ..... . .. . ... .. ........... .... . ......... . . .. . ..... .......................... .. .... ....... .. .. ... .. .
lowQualScore : 0000 111 99999 22 8888888888888888888888 66 9 9 777 222222222 22 6 88 3333 5 1111111111111111 333333 5 5 777 5 44444 44444444 5 999999999999999 5 77777 5 11 3 777 22 77777777777 4444 6 222222222 7 0 11 8 00000 33333333333333333333333333 44 3333 1111111 99 44 555 22 3
consensus : ATGGACA----GAC---AGAC--G--GA--TAG------ATA------C------A--C-AGAT-GG---A--N-G----GACA--G-AC--A----G-A-------CAG------A------TA-GA-TG--GACGGA-C---GGACA--------GA-CA--------G------AT-AG-----A-C--AGAC---AG--AC----A-----G----A-T---------GA-CAGACAGAC-A-GACA-----G-G--N-----A---GAT----GG-A-CAGA--C----A-------GAC--AG--ACG-GAT--GGA-CAGAC
Reference ( gi|5 ) : ATGGACA----GAC---AGAT--G--GA--TAG------ATA------C------A--C-AGAT-GG---A--A-G----GACA--G-AC--A----G-A-------CAC------A------TA-GA-TG--GACGGA-A---GGACA--------GA-CA--------C------AT-AG-----A-C--AAAC---AG--AT----A-----G----A-T---------GA-CAGGCAGAT-A-GACA-----G-G--A-----A---GAT----GA-A-CAGA--C----A-------GAC--AG--ACG-AAT--GGA-CAGAC
gi|2 : ATAGACA----GAC---AGAC--A--GA--CAGGA----ATA------T------ATTC-GGAT-GG---A--C-G----GACA--T-AC--A----G-C-------CAG------A------TATAA-TT--AACGGA-C---AGACA--------GA-CA--------T------AC-GG-----A-C--GGAC---AG--AC----A-----GGCAAA-TACG------GA-CGGACAGAC-A-GGCT-----G-G--C-----A---GATATACGG-G-CGGG--C----A-------GAC--AGATACG-GAC--GGA-CAGAC
gi|10 : aaATGGACA----GAC---AAAT--G--G----------------------------A--C-AGAC-AG---A--A-T----GACA--G-AC--A----A-A-------CAG------A------CA-GG-CA--GACAAA-C---GGACA--------G-------------------AT-AA-----A-C--AAAagacgg
gi|16 : tgtatgagacagatgagaaaaggttaggacctagacaattatgaaATAGATA----GAC---AGAT--A--GA--TAG------ATA------CTATTAGA--T-AGAT-AA---A--C-G----GACA--G-AC--A----G-A-------CAG------A------TA-GATTA--GACAGA-G---AGA
gi|9 : cATAGACA----GAT---AGAT--G--GA--CGG------ATAATGGGACG-----A--T-AGAT-GG---A--T-G----GATA--G-AC--A----G-A-----------------------TA-GA-TG--G
gi|9 : tgagtagacgtagtggcagaatagatggacatgatgacagataaggatgggcatcaATGGACATGATGAC---AGATAAG--GA--TGGGCATCAATA------G------A--C-AGAT-AG---A--T-G----GACG--G-AT--AATGGG-A-------CG-------A------TA-GA-TG--GATGGA-T---AGACA--------GA-TA--------G------AT-GG-----
gi|8 : tgagtagacgtagtggcagaatagATGGACA----GAC------T--A--GA--CAG------ATA------C------A--TGAAAT-GG---A--A-G----GCCA--G-GT--A----A-GCTGTTACCAC-------------CA-GA--G--GATGGA-C---AGACA--------GACCA--------CTCCAG-ATCAG-----G-C--AGAC---AC--AT----G-----G----A-TG--------GA-CA
gi|6 : acacagatggTGGGTA----GAC---AG-T--G--GC--TAG------ACA------G------A--T-GGAT-GG---AC-A-GATTTGATA--G-AC--A----GGA-------TAT------A------TG-GT-TG--GAC--A-T---TGATA--------GA-CA--------GTGG---AT-GG-----A-T--AA-C---AGTGAT----A-----G----------------GA-CAGATAGATGA-GACA-----G-G--A---------------------CTGA--T----A-------GAC--AG--ATG-GAT--GGA-CAGcac
gi|7 : TAGGTA----GAC---AAAA--A--GA--TAG-------TA------T------A--C-AGGC-AG---A--G-A----AACA--G-AC--A----G-AGAGG---CAG------A------TA-GA-TG--TA--GA-A---G-ACA-----------TA--------C------AT-AG-----A-G--ATAC---AG--AT----G-----G------T---------GAACAGGCAGAC-A-GA-A-----G-C--G-----G---CAT----AT-A-CAAA--T----A-------GAC--AG--g
gi|13 : GATA----GACTATGGAC--GTTGA--TAG------ATA------G------A--C-AGAT-GGACTA--A-G----GACT--G-AT--A----G-A-------C----------------A-GA-TG--GACTGA-T---GG
gi|13 : gatagacagatggactgatctGATA----GAC---AGAT--G--GA--CTG------AT-----------------C-TGAT-AG---ACTATG----GACGTTG-AT--A----G-A-------TAG------A------CA-GA-TG--GAC-TA-A---GGACT--------G-------------------AT-AG-----A-C--AGAT---GG--AC----T-----G----A-T---------GG-Cct
gi|3 : ACA----GAC---AGAT--A--GAAGCAG------ATA------G------G--T-AGAC-TG---AT-A-G------CA--G-AC--A----G-A-------AAA------A------CA-GA-TG--GACACACA---G--CA--------GA-CA--------G------AT-AG----------AAGC---AG--AT----A-----G----G-TCAACTAATAGA-CA-GCAGAA-A-AACA-----G-A--T-----G---GAC----AC-A-CAGA--C----A-------GAC--AG--ACA-AACAGGGA-t
gi|11 : ACA----GAC---AGAT--G--AA--TA--------------------------C-AGAT-AG---A-----------CA--G-AC--C----A-A-------TCT------A------TT-GA-----GACTGG-C---AGACA--------GA-CA--------G------AT-GG-----A-C--AGAT---AG--AT----T-----G----A-TGGA------GA-CTGGCAGAT-A-GACA-----G-tccgagatagacagacagatagat
gi|17 : ACA----GAC---AGAC--G--AA--TAA------ACG-------------A--C-AGGTCAG---A--C-G----GATA--A-AC--A----G-A-------CAG------A------CA-GA-TG--GATAAA-C---AGACA--------GA-Cacacaaagtgtttcct
gi|1 : atACA----GAT---TGAT--A--GA--CAG------AGA------G------A--C-AAAC-GA---C--A-GCACTGATA--G-AA--A----G-A-------CACG-----A------TA-CA-TC--AACTGATA---GAGCA--------GA-C---------C------AC-AA-----A-C--AGACCAGAG--AC----ACGAGTA----A-T---------GA-CTAGCAGAC-A-CACA-----C----------------T----GA---TAGA--C----A-------GACAGAG--ACACAAT--AGA-TAGAC
gi|14 : gacttgataggacagacagagacA----GAC---AGAC--A--GG--TAG------A------------------C-AGAT-GG---A--T-G----GATA--G-AT--A----G-A-------TAG------A------TA-GA-TA--GACGGG-T---GGACA--------GA-CT--------T------GT-GG-----A-C--AGAC---Aa
gi|12 : cagaaaagtA----GAC---AGAC--A--GG--TAG------A------------------C-AGAT-GG---A--T-G----GATA--G-AT--A------A-------TAG------A------TA-GA-TA--GACGGG-T---GGACA--------GA-CT--------T------GT-GG-----A-C--AGAC---GG--
gi|4 : aaacatacagaaaagt----GAC---AGAT--A--GA--TGG------ACA------CGG----A--G-AGAA-GT---G--A-G----GACA----AC--A----G-A-------CG-------A------TA-GA-TGGAGACAGA-ACATGGACAGTGATGGGGA-CA--------G------AC-A------A-C--AACC---AGAAAT----A-----G----A-T---------GG-AGGACAGAC-ATAACA-----G-A--C-----A---GAT----GG-ACCAGA--C----AGCGAGAGGACA-AG--AC--AAT--GGA-CAGAcgg
gi|8 : A------C------A--C-AGAT-GG---A--T-G----GACA--G-ACT-A----G-A-------CAG------A------TA-CA-TGA-AATGGA-A---GGCCA--------GG-TA------------------AGCTGTTA-C--CACC---AG--A-----G-----G----A-T---------G----GACAGAC-A-GAC--------C--ACTCC-A---GAT---------CAGG--C----A-------GAC--AC--ATG-GAT--GGA-CACACtaga
gi|16 : ------C------A--T-AGAT-AG---A--C-A----GATA--G-AT--A----G-A-------TACTATTAGA------TA-GA-TA--AACGGA-C---AGACA--------GA-CA--------G------AT-AG-----ATT--AGAC---AG--AG----A-----G----A-
gi|10 : ------A--C-AGAT-GAGAAA--A-G----GTTA--GGACCTA----G-A-------CA-------A------T--TA-TG--AA---A-T---GGACA--------GA-CA--------A------AT-GG-----A-C--AGAC---AG--A----------------A-T---------GA-CAGACA--------------------------------------A-A-CAGA--C----A-------GGC--AG--ACA-AAC--GGA-CAGA
gi|12 : tgtatgag------A--C-ATAC-AG---A--A-A----AGTA--G-AC--A----G-A-------CAG------G------TA-GA-CA--GATGGA-T---GGATA--------GA-TA---------------AT-AG-----A-T--AGAT---AG--AC----G-----G----G-TG--------GA-CAGACTTGT-G-GACA-----G-taaacaaa
gi|14 : aa----GACA--G-AC--A----G-G-------TAG------A------CA-GA-TG--GATGGA-T---AGATA--------GA-TA--------G------AT-AG-----A-T--AGAC---GG--GT----G-----G----A-CA--------GA-CTTGTGGAC-A-GACA-----acggcgg
gi|15 : cagaaaagta----GACA--C-AC--A----G-A-------CAC------AGACTGATA-GA-TA--GACAGA-G---ATACA--------GA-CT--------G------AT-AG-----A-CAGAGAC---AC--AC----A-----G----ACT---------GA-TAGACAGAC-A-GA
gi|17 : ACA--G-AC--A----G-A-------CGA------A------TA-AA-C---GAC----A---GGTCA--------GA-CG--------G------AT-AA-----A-C--AGAC---AG--AC----A-----G----A-TG--------GA-TAAACAGAC-A-GACg
gi|9 : at--G-GC--A----G-A----------------A------TA-GA-TG--GACATG-A---TGACA--------GA-TAAGGATGGGC------AT-CA-----A-T--AGAC---AG--AT----A-----G----A-T---------G----GACGGAT-A--ATG-----G-G--ACGAT-A---GAT----GG-A-TGGA--T----A-------GAC--AG--ATA-GAT--GG
gi|15 : tgagtagacgtagt----G-A-------CAC------A------CA-GA-C----------------ACA--------GA-CT--------G------AT-AG-----A-T--AGAC---AG--A-----------G----A-T----------A-CAGACTGAT-A-GACA-----GAG--ACACACA---GAC----TG-A-TAGA--C----A-------GAC--AG--A
gi|16 : C------A------TA-GA-TA--GACAGA-T---AGATA--------GA-TA--------CTATTAGAT-AG-----A-T--AAAC---GG--AC----A-----G----A-CA--------GA-CAGATAGATTA-GACA-----G-A--G-----A---GAg
gi|12 : GACA--------GA-CA--------G------GT-AG-----A-C--AGAT---GG--ATGGATA-----G----A-T---------AA-TAGATAGAT-A-GACG-----G-G--------------T----GG-A-CAGA--CTTGTG-------GAC--AG--ACG-
gi|14 : aaacatacagaaaagtaCA--------GA-AA--------A------GT-AG-----A-C--AGAC---AG--GT----A-----G----A------------------CAGAT-G-GATG-----G-A--T-----A---GAT----AG-A-TAGA--T----A-------GAT--AG--ACG-GGT--GGA-CAGACgcgg
gi|15 : --------GA-CA--------C------AC-AG-----A-C--A--C---AG--AC----T-----G----A-TA--------GA-TAGACAGAG-A-TACA-----G-A--C-----T---GAT----AG-A-CAGAGAC----A-------CAC--AG--ACT-GAT--AGA-CAGACttgtggacagaca
gi|17 : A--------T------AC-AG-----A-C--AGAC---GA--AT----A-----A----A-C---------GA-CAGGT---C-A-GACG-----G---------------AT----AA-A-CAGA--C----A-------GAC--AG--ATG-GAT--AAA-CAGACagag
gi|11 : AC---AG--AC----A-----G----A-T---------GA--ATACAGAT-A-GACA-----G-ACCA-----ATCTATT----GAGA-CTGG--C----A-------GAC--AG--ACA-GAT--GGA-CAGAagac
gi|16 : --AT----A-----G----A-TA--------GA-CAGATAGAT-A-GATACTATTA-G--AT----A---GAT----AA-A-CGGA--C----A-------GAC--AG--ACA-GAT--AGATTAGACtagattgatggagactggcagatagacagacacaaagtgtttcct
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GACGGATAGACAGACAATTAGATATACTAACAGACAGACAGACATACGG
Unaligned ( gi|19 ): TTACCTTGGACTGTTCCAGATCAGACACTGTGTTCTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111 222222222222222222222 11111111111111111 11111 1111111
lowQualScore : 44 2 11111111111 2 1 777 1 4444 222222222222222222222 2 99999 22 22 2 22 1 2 22222222222222222 77777777 2 7777 44 22 22 4444 88 555 33 5555 0 555 2 66666 77 77 3 7777 0000000 3 777
lowQualScore : .. . ........... . . ... . .... ..................... . ..... .. .. . .. . . ................. ........ . .... .. .. .. .... .. ... .. .... . ... . ..... .. .. . .... ....... . ...
lowQualScore : 22 3 66666666666 4 0 888 8 7777 999999999999999999999 0 88888 88 88 0 88 4 0 66666666666666666 22222222 0 0000 88 88 88 7777 44 555 99 7777 1 000 9 88888 99 99 3 1111 8888888 6 000
consensus : ATGGACAGACAGA--CGGATAG--AT--ACA--CAGA-TGG---ATG----GACA---------------------G-AC-----A--GA--CAG-ATA--GATGG-A--C---GGA---C-G--GACAG--------ACA-GATA----GA--C--AG--AC----AGA--CAGA-T-GACGG----ACAGAC---A-GACAG--GC-AG--AT--GGA-C----AGACA-------GAC-AGACG--GATGGACAGAC
Reference ( family-1975 ) : ATGGACAGACAGA--CGGATAG--AT--ACA--CAGA-TGG---ANG----GACA---------------------G-AC-----A--GA--CAG-ATA--GATGG-A--C---GGA---C-G--GACAG--------ACA-GATA----GA--C--AG--AC----AGA--CAGA-T-GACAG----ACAGAC---A-GACAG--GN-AG--AT--GGA-C----AGACA-------GAC-AGACG--GATGGACAGAC
gi|1 : GA--CAGACAG--AG--ACA--CAGA-TTG---ATA----GACA---------------------G-AG-----A--GA--CAA-AC---GACAGCA--C---TGA---T-A--GAAAG--------ACACGATACATCAA--C--TG--AT----AGAG-CAGA-C-CACAA----ACAGACCAGA-GACAC--G--AGTAAT--GAC-T----AG-CA-------GAC-ACACACTGATAGACAGAC
gi|10 : gacttgatagA--CAGA-TGAGAAAAG----GTTA---------------------GGACCT---A--GA--CAA-TTA----TGA-A--------A---T-G--GACAG--------ACA-AATG----GA--C--AG--AC----AGA-----A-T-GACAG----ACAAAC---A-GACAG--GC-AG--AC--AAA-C----GGACA-------GAT-AAACagagacacaatagatagaca
gi|11 : tgtatgagACAGA--CAGATGA--AT--ACA---------G---ATA----GACA---------------------G-AC-----C--AA--TCT-ATT--GA--G-A--C---TGG---C-A--GACAG--------ACA-GATG----GA--C--AG--AT----AGA--TTGA-T-GG----------------A-GACTG--GC-AG--AT--AGA-C----AGACA-------aaa
gi|12 : AAACATA--CAGAAAA--GT--AGA--CAGA-CAG---GTA----GACA---------------------G-AT-----G--GA--TGG-ATA--GAT-A-A--T---AGA---T-A--GATAG--------ACG-GGTG----GA--C--AG--ACTTGTGGA--CAGA-C-GGCGG----caaagtgtttcct
gi|12 : AGACAGA--CAGGTAG--A--------CAGA-TGG---ATG----GATA---------------------G-AT-----A---A--TAG-ATA--GATAG-A--C---GGG---T-G--GACAG--------ACT-TGTG----GA--C--AG--AC----GG
gi|13 : aaacatacagaaaagtGATAGACAGA--TGGACTG--AT-------CTGA-TAGACTATG----GACGTT-------------------G-AT-----A--GA--TAG-ACA--GATGG-A--CTAAGGA---C-T--GATAG--------ACA-GATG----GA--C--TG--Acgg
gi|14 : AGACAGA--CAGGTAG--A--------CAGA-TGG---ATG----GATA---------------------G-AT-----A--GA--TAG-ATA--GATAG-A--C---GGG---T-G--GACAG--------ACT-TGTG----GA--C--AG--AC----Atggct
gi|15 : cagaaaagtACA---------------------G-AC-----ACAGA--CTG-ATA--GATAG-A--C---AGA---G-A--TACAG--------ACT-GATA----GA--CAGAG--AC----ACA--CAGACT-GATAG----ACAGAC---A-GA
gi|16 : gacacATAG--AT--AGA--CAGA-TAG---ATA----GATA------------------------C-----T--AT--TAG-ATA--GATAA-A--C---GGA---C-A--GACAG--------ACA-GATA----GAT-T--AG--AC----AGA--GAGA-g
gi|17 : c-AC-----A--GA--CAG-ACG--AATAA-A--C---G-A---CAG--GTCAG--------ACG-GATA----AA--C--AG--AC----AGA--CAGA-TGGATAA----ACAGAC---A-GAC
gi|18 : atG---ACG----GATA---------------------G-AC-----A--GA--CAA-TTA--GATAT-A--C---TAA---C-A--GACAG--------ACA-GACA----TA--C--GG--
gi|2 : ATAGACAGACAGA--CAGACAGGAAT--ATATTCGGA-TGG---ACG----GACATACAGCCAGATATAATTAACGG-AC-----A--GA--CAG-ACA--TACGG-A--C---GGA---C-A--GACAG--------GCA-AATACG--GA--C--GG--AC----AGA--CAGGCT-GGCAGATATACGGGC---G-GGCAG--AC-AG--ATACGGA-C----GGACA-------GAC-AGACG--
gi|3 : aaGACAGATAGAAGCAGATAG--GT--AGA--CTGA-TAG------------CA---------------------G-AC-----A--GA--AAA-ACA--GATGG-A--C---ACA---C-A--G-CAG--------ACA-GATA----GAAGC--AG--AT----AGGT-CAAC-T-AATAG----ACAG-C---A-GAAAA--AC-AG--AT--GGA-C----ACACA-------GAC-AGACA--GACAAACAG
gi|3 : acaGACAGAAAAA--CAGATGG--AC--ACA--CAG---------CA----GACA---------------------G-AT-----A--GAAGCAG-ATA--GGTCA-A--C---TAA---T-A--GACAG---------CA-GAAA----AA--C--AG--AT----GGA--CACA-----CAG----ACAGAC---A-GACAA--AC-AG------GGA-CTCCGAGATA-------GAC-AGACA--GATAGAggactccgagatagacagacagatagat
gi|4 : acagacagatagaagcagataggtagactgatagcaGA--CAGATAG--ATGGACA--CGGA-GAG---AAGTGAGGACA-----------------------AC-----A--GA--C-G-ATA--GATGG-AGAC---AGAACAT-G--GACAGTGATGGGGACA-GACA-----A--C--AA--CC----AGAAATAGA-T-GGAGG----ACAGAC---ATAACAG--AC-AG--AT--GGACC----AGACAGCGAGAGGACAAGAC---AATGGACAGAt
gi|5 : ATGGACAGACAGA--TGGATAG--AT--ACA--CAGA-TGG---AAG----GACA---------------------G-AC-----A--GA--CAC-ATA--GATGG-A--C---GGA---A-G--GACAG--------ACA-CATA----GA--C--AA--AC----AGA--TAGA-T-GACAG----GCAGAT---A-GACAG--GA-AG--AT--GAA-C----AGACA-------GAC-AGACG--AATGGACAGACtaga
gi|6 : TGGGTAGACAG---TGGCTAG--A--------CAGA-TGG---ATG----GACA---------------------G-ATTTGATA--GA--CAGGATA--TATGG-T--T---GGA---C-ATTGATAG--------ACA-G-TG----GA--T--GG--AT----A-A--CAG--T-GATAG-------GAC---A-GATAG--ATGAG--ACA-GGA-C----TGATA-------GAC-AGATG--GATGGACAG
gi|7 : TAGGTAGACAAA--AAGATAG---T--ATA--CAGG-CAG---AGA----AACA---------------------G-AC-----A--GA--GAG-GCA--GATAG-A--T---GTA--------GA-AG--------AC---ATA----CA--T--AG--AG----ATA--CAGA-T-GGTGA----ACAGGC---A-GACAGAAGC-GGC-AT--ATA-C----AAATA-------GAC-AGg
gi|8 : --ACA--CAGA-TGG---ATG----GACA---------------------G-ACT----A--GA--CAG-ATA--CATGA-A--------A---T-G--GAAGG--------CCA-GGTA----AG--C--TGTTAC----CAC--CAGA-G-GATGG----ACAGAC---A-GACCACTCC-AG--AT------C----AGGCA-------GAC-ACATG--GATGGACACAC
gi|9 : --CAGAATAG---ATG----GACAT--------------------G-AT--------GA--CAG-ATAAGGATGG-G--C-----A---T-C--AATAG--------ACA-GATA----GA--T--GG--AC----GGA--TA-A-T-G--GG----AC---------GATAG--AT-GG--AT--GGA-T----AGACA-------GAT-AGATG--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTACCTTGGACTGTTCCAGATCAGACACTGTGTTCTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111 222222222222222222222 11111111 1111111111111111111 11111 1111 111111111
lowQualScore : 4 3 33 55555555555 11 33333 444444444444444444444 88888 33 2 2 3 2 1 22 44444444 666 22 55555 9999999 44 22 2 3333333333333333333 44 4444 0 2 5555 5555 33 444 2 2 22222 7777777 2 0000 8888888 2 000000000
lowQualScore : . . .. ........... .. ..... ..................... ..... .. . . . . . .. ........ ... .. ..... ....... .. .. . ................... .. .... . . .... .... .. ... . . ..... ....... . .... ....... . .........
lowQualScore : 0 5 99 99999999999 33 88888 777777777777777777777 22222 22 4 4 0 2 0 99 22222222 000 66 44444 3333333 55 66 0 7777777777777777777 55 3333 2 5 3333 7777 77 777 7 7 33333 1111111 7 3333 7777777 9 666666666
consensus : ATGGACA-GACAGACAGA--TAG--AT--ACA--CAGACGGA--T--GGACA---------------------GAC-----AGA--CAG-AT-AGATGG-ACGG--AC----G--GAC---A--GACA--G--AT--G----GA--CAG--A-C---------AG--------A-CAGA-T--GAC-GG----A----CA--GAC---A-GAC-AG--A--CAG--AC--GGA-C----AGACA-------GAC-AGA-----CG--GATGGACAGAC
Reference ( family-1975 ) : ATGGACA-GACAGACGGA--TAG--AT--ACA--CAGATGGA--T--GGACA---------------------GAC-----AGA--CAG-AT-AGATGG-ACGG--AC----G--GAC---A--GACA--G--AT--A----GA--CAG--A-C---------AG--------A-CAGA-T--GAC-GG----A----CA--GAC---A-GAC-AG--G--CAG--AT--GGA-C----AGACA-------GAC-AGA-----CG--GATGGACAGAC
gi|1 : GACAGA--CAG--AG--ACA--CAGATTGA--T--AGACA---------------------GAG-----AGA--CAA-AC--GACAGCACTG--AT----A--GAA---A--GACAC-G--AT--ACATCAA--CTG--A-T---------AG--------AGCAGA-C--CAC-AA----A----CA--GACCAGA-GAC-AC--G---AGTAAT--GAC-T----AG-CA-------GAC-ACA-----CACTGATAGACAGAC
gi|10 : gacttgatag-----AGA--CAG-ATGAGA--A-AAGGTTA-----G--GACCT-A--GACA--ATTATG-A----AA--TGG--A-C---------AG--------A-CAAA-T--G----G----A----CA--GAC---A-GAA-TG--A--CAG--AC--AAA-C----AGACA-------GGC-AGA-----CA--AACGGACAGAagagacacaatagatagaca
gi|10 : tgtatg--AT----G--GAC---A--GACA--A--AT--G----GA--CAG--A-C---------AG--------A----A-T--GAC-AG----A----CA--AAC---A-GAC-AG--G--CAG--AC--AAA-C----GGACA-------GAT-AAA-----Ctaaacaaa
gi|11 : tgtatgagacagatgagaaaaggttaggacctagacaattatgaaACAGACAGA--TGA--AT--ACA--------GA--T--AGACA---------------------GAC-----CAA--TCT-AT-TGA--G-ACTG--GC----A--GAC---A--GACA--G--AT--G----GA--CAG--A-T---------AG--------A-T----T--GAT-GG----A----------------GAC-TG--G--CAG--AT--AGA-C----AGACA-------aaa
gi|12 : A-AACATACAGA--AAA--GT--AGA--CAGACAGG--T--AGACA---------------------GAT-----GGA--TGG-AT-AGAT-A-ATAG--AT----A--GAT---A--GACG--G--GT--G----GA--CAG--A-CTTGT-----GG--------A-CAGA-C--GGC-GG----caaagtgtttcct
gi|12 : A-GACAGACAGG--TAG--A--------CAGATGGA--T--GGATA---------------------GAT-----A-A--TAG-AT-AGATAG-ACGG--GT----G--GAC---A--GACT--T--GT--G----GA--CAG--A-C---------GG--------
gi|13 : aaacatacagaaaagt--GAT---A--GACA--G--AT--G----GA--CTG--ATC---------TG--------A-TAGA-C--TAT-GG----A----CGTTGAT---A-GAT-AG--A--CAG--AT--GGA-CTAA-GGACT-------GAT-AGA-----CA--GATGGACTGAcgg
gi|14 : A-GACAGACAGG--TAG--A--------CAGATGGA--T--GGATA---------------------GAT-----AGA--TAG-AT-AGATAG-ACGG--GT----G--GAC---A--GACT--T--GT--G----GA--CAG--A-C---------Atggct
gi|15 : cagaaaagt-ACAG--AC--------AC---A--GACT--G--AT--A----GA--TAG--A-C---------AG--------A---GA-T---AC-AG----A----CT--GAT---A-GAC-AG--AGACAC--AC--AGA-C----TGATA-------GAC-AGA-----CA--GA
gi|16 : gacacA--TAG--AT--AGA--CAGATAGA--T--AGATA-----------------------C-----TAT--TAG-AT-AGATAA-ACGG--AC----A--GAC---A--GACA--G--AT--A----GAT-TAG--A-C---------AG--------A-GAGA-g
gi|17 : cAC---A--GACA--G--AC--G----AA--TAA--A-C----------G--------A-CAGG-TCAGAC-GG----A----TA--AAC---A-GAC-AG--A--CAG--AT--GGA-T----AAACA-------GAC-AGA-----C
gi|18 : atGA--C--GGATA---------------------GAC-----AGA--CAA-TT-AGATAT-ACTA--AC----A--GAC---A--GACA--G--AC--A----TA--CGG--
gi|2 : ATAGACA-GACAGACAGA--CAGGAAT--ATATTCGGATGGA--C--GGACATACAGCCAGATATAATTAACGGAC-----AGA--CAG-AC-ATACGG-ACGG--AC----A--GAC---A--GGCA--A--AT--ACG--GA--CGG--A-C---------AG--------A-CAGGCT--GGC-AGATATA----CG--GGC---G-GGC-AG--A--CAG--ATACGGA-C----GGACA-------GAC-AGA-----CG--
gi|3 : aaACA-GACAGATAGAAGCAG--AT--AGG--TAGACTGA--T--AG-CA---------------------GAC-----AGA--AAA-AC-AGATGG-ACAC--AC----A--G-C---A--GACA--G--AT--A----GAAGCAG--A-T---------AGGTCAACTAA-TAGA-C--AGC-AG----AAAAACA--GAT---G-GAC-AC--A--CAG--AC--AGA-C----AGACA-------AAC-AGGGACTCCGA-GATAGACAGAC
gi|3 : GACA-GAAAAACAGA--TGG--AC--ACA--CAG-------C--AGACA---------------------GAT-----AGAAGCAG-AT-AGGTCA-ACTA--AT----A--GAC---A--G-CA--G--AA--A----AA--CAG--A-T---------GG--------A-CACA------C-AG----A----CA--GAC---A-GAC-AA--A--CAG------GGA-CTCCGAGATA-------GAC-AGA-----CA--GATAGAagatagat
gi|4 : acagacagatagaagcagataggtagactgatagcaGACAGA--TAG--ATGGACA--CGGAGAGAAGTGAGGACA----------------------AC-----AGA--C-G-AT-AGATGG-A--G--ACA---G--AAC---ATGGACAGTG--ATGGG----GA--CAG--A-CAACAACCAGAA--------A-TAGA-T--GGA-GG----A----CA--GAC---ATAAC-AG--A--CAG--AT--GGACC----AGACAGCGAGAGGACAAGA-----C---AATGGACAGAt
gi|5 : ATGGACA-GACAGATGGA--TAG--AT--ACA--CAGATGGA--A--GGACA---------------------GAC-----AGA--CAC-AT-AGATGG-ACGG--AA----G--GAC---A--GACA--C--AT--A----GA--CAA--A-C---------AG--------A-TAGA-T--GAC-AG----G----CA--GAT---A-GAC-AG--G--AAG--AT--GAA-C----AGACA-------GAC-AGA-----CG--AATGGACAGACtaga
gi|6 : TGGGTA-GACAG-TGGC--TAG--A--------CAGATGGA--T--GGACA---------------------GATTTGATAGA--CAGGAT-ATATGG-TTGG--AC----ATTGAT---A--GACA--G---T--G----GA--TGG--A-T---------A---------A-CAG--T--GATAGG----A----CA--GAT---A-GATGAG--A--CAG-------GA-C----TGATA-------GAC-AGA-----TG--GATGGACAG
gi|7 : TAGGTA-GACAAAAAGA--TAG---T--ATA--CAGGCAGA--G--AAACA---------------------GAC-----AGA--GAG-GC-AGATAG-ATGT--A--------GA----A--GACA------T--A----CA--TAG--A-G---------AT--------A-CAGA-T--GGT-GA----A----CA--GGC---A-GAC-AGAAG--CGGC-AT--ATA-C----AAATA-------GAC-AGg
gi|8 : --ACA--CAGATGGA--T--GGACA---------------------GACT----AGA--CAG-AT-ACATGA-A-----AT----G--GAA---G--GCCA--G--GT--A----AG--CTGTTA-C---------CA--------C-CAGA-G--GAT-GG----A----CA--GAC---A-GAC-CACTC--CAG--AT------C----AGGCA-------GAC-ACA-----TG--GATGGACACAC
gi|9 : ATGGACATGAT-GACAGA--TAA----------------GGA--T--GGGCATC-------------------AAT-----AGA--CAG-AT-AGATGG-ACGG--ATAATGG--GACGATA--GATG--G--AT--G----GA--TAG--A-C---------AG--------A-TAGA-T--G
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTACCTTGGACTGTTCCAGATCAGACACTGTGTTCTC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 11111 1111111111111111111 11111111 111111111 111 1111 1111111
lowQualScore : 0 5 33 2 66666666666666 33 5 33 33 33 22222 444 2 333 2 1 2222222222222222222 44444 55 33 8888888 11111111 33 2 999999999 2 333 2 3 33 444 8888 2 2 33 2 33 555 3 3 1111 0000000 3 44 1
lowQualScore : . . .. . .............. .. . .. .. .. ..... ... . ... . . ................... ..... .. .. ....... ........ .. . ......... . ... . . .. ... .... . . .. . .. ... . . .... ....... . .. .
lowQualScore : 7 0 99 9 22222222222222 77 8 44 44 44 22222 444 5 888 5 8 2222222222222222222 66666 66 22 0000000 88888888 44 5 333333333 9 999 9 1 99 777 3333 9 9 99 9 99 666 1 1 9999 0000000 1 22 2
consensus : ATAGACA-GACAGACAGA--T-AG--AT--AC------A--CAGACGGA--TG--GACA--GAC-----AGACA---G-ATA-G-A-TGGACG-------GAC----G--GA-C---A--GA--CA----G--ATGG--------ACAG--A-CAG---------A-CAGAT---G-AC-GGACA--GAC---A----GAC-A-G--A-CA--GAC--GG-A-C----AGACA-------GAC-AG--ACGGATGGACAGAC
Reference ( family-1975 ) : ATGGACA-GACAGACAGA--T-AG--AT--AC------A--CAGACGGA--TG--GACA--GAC-----AGACA---G-ATA-G-A-TGGACG-------GAC----G--GA-C---A--GA--CA----G--ATGG--------ACAG--A-CAG---------A-CAGAT---G-AC-GGACA--GAC---A----GAC-A-G--A-CA--GAC--GG-A-C----AGACA-------GAC-AG--ACGGATGGACAGAC
gi|1 : GACAGA--C-AG--AG--AC------A--CAGATTGA--TA--GACA--GAG-----AGACAAACG-ACA-GCA-CTGATA-------GAA----A--GA-C---AC-GA--TA----C--ATCA--------ACTG--A-TAG---------AGCAGAC---C-AC-AAACA--GACCAGA----GAC-ACG--AGTAATGAC--TA-G-C----AGAC---------AC-AC--ACTGATAGACAGAC
gi|10 : gacttgatagAGACAGA--TGAG--A---------------AAA-GGT--TA--G-----GACCT---AGACA---A-TT----A-TGAA----------AT----G--GA-C---A--GA--CA----A--ATGG--------ACAG--A-CAG---------A----AT---G-AC-AGACA--AAC---A----GAC-A-G--G-CA--GAC--AA-A-C----GGACA-------GAT-AA--ACagagacacaatagatagaca
gi|11 : tgtatgACAGACAGA--T-GA--AT--AC------A--------GA--TA--GACA--GAC-----CAATC---T-ATT-G-A---GACT-------GGC----A--GA-C---A--GA--CA----G--ATGG--------ACAG--A-TAG---------A-TTGATGGAG-AC-TGGCA--GAT---A----GAC-A-G--A-CA--aaa
gi|12 : ACA--TAC---A----GAA-A-A--G-TA--GAC--AG-A-C----AGGTA-------GAC-AG--ATGGATGGATAGAcaaagtgtttcct
gi|12 : aaTAGACA-GACAGGTAG---------------------A--CAGATGGA--TG--GATA--GAT-----A-ATA---G-ATA-G-A-TAGACG-------GGT----G--GA-C---A--GA--CT----T--GTGG--------ACAG--A-CGG---------taatagatagatagacgggtggacagacttgtggacagacggcgg
gi|13 : aaacatacagaaaag--GA-T---A--GA--CA----G--ATGG--------ACTG--ATCTG---------A-TAGAC---T-AT-GGACGTTGAT---A----GAT-A-G--A-CA--GAT--GG-A-CTAA-GGACT-------GAT-AG--ACAGATGGACTGAcgg
gi|14 : C---A----GAA-A-A--G-TA--GAC--AG-A-C----AGGTA-------GAC-AG--ATGGATGGATAGAtggct
gi|14 : A-GACAGACAGG--T-AG--------------A--CAGATGGA--TG--GATA--GAT-----AGATA---G-ATA-G-A-TAGACG-------GGT----G--GA-C---A--GA--CT----T--GTGG--------ACAG--A-CAtagatagatagatagacgggtggacagacttgtggacagaca
gi|15 : cagaaaagtGACACA--C-AG--A----C------A--CAGACTGA--TA--GATA--GAC-----AG--A---G-AT---------ACA-------GAC----T--GA-T---A--GA--CA----G--A--G--------ACAC--A-CAG---------A-C---T---G-AT-AGACA--GAC---A----GA
gi|16 : ATAGATA-GACAGATAGA--T-AG--AT--ACTATTAGA--TAGATAAA--CG--GACA--GAC-----AGACA---G-ATA-G-ATTAGACA-------GAg
gi|17 : cA-C---A--GA--CA----G--ACGA--------ATAA--A-C-G---------A-CAGGTCA-G-AC-GGATA--AAC---A----GAC-A-G--A-CA--GAT--GG-A-T----AAACA-------GAC-AG--ACgaga
gi|18 : atGACGGA--TA--GACA--GAC-----AATTA---G-ATA-T-A-CTAACA-------GAC----A--GA-C---A--GA--CA----T--ACGG--------
gi|2 : ATAGACA-GACAGACAGA--C-AGGAAT--AT------ATTCGGATGGA--CG--GACA--TAC-----AGCCA---G-ATATA-A-TTAACG-------GAC----A--GA-C---A--GA--CATACGG--ACGG--------ACAG--A-CAG---------G-CAAATACGG-AC-GGACA--GAC---AGGCTGGC-A-G--A-TA--TAC--GG-G-C----GGGCA-------GAC-AGATACGGACGGACAGAC
gi|3 : aaACA-GACAGATAGAAGC-AG--AT--AG------G--TAGACTGA--TA--G-CA--GAC-----AGAAA---A-ACA-G-A-TGGACACACAGCAGAC----A--GA-T---A--GAAGCA----G--ATAGGTCAACTAATAG--A-CAGCAGAAAA--A-CAGAT---GGAC-ACACA--GAC---A----GAC-A-G--A-CA--AACAGGG-A-CTCCGAGATA-------GAC-AG--ACAGATAGAagacgg
gi|4 : GACAGA--T-AG--ATGGAC------A--CGGAGAGAAGTGAGGACA---AC-----AGAC----G-ATA-G-A-TGGA---------GAC----A--GAAC---ATGGA--CA----GTGATGGGG------ACAG--A-CAACAACCAGAAA-TAGAT---G-GA-GGACA--GAC---AT---AAC-A-G--A-CA--GAT--GG-ACC----AGACAGCGAGAGGACAAG--AC-AATGGACAGAt
gi|5 : ATGGACA-GACAGATGGA--T-AG--AT--AC------A--CAGATGGA--AG--GACA--GAC-----AGACA---C-ATA-G-A-TGGACG-------GAA----G--GA-C---A--GA--CA----C--ATAG--------ACAA--A-CAG---------A-TAGAT---G-AC-AGGCA--GAT---A----GAC-A-G--G-AA--GAT--GA-A-C----AGACA-------GAC-AG--ACGAATGGACAGACtaga
gi|6 : AGACAG---T-GG--CT--AG------A--CAGATGGA--TG--GACA--GATTTGATAGACA---GGATA-T-A-TGGTTG-------GAC----ATTGA-T---A--GA--CA----G---TGG--------ATGG--A-TA----------A-CAG-T---G-ATAGGACA--GAT---A----GATGA-G--A-CA--G-----G-A-C----TGATA-------GAC-AG--ATGGATGGACAG
gi|7 : tgggtTAGGTA-GACAAAAAGA--T-AG---T--AT------A--CAGGCAGA--GA--AACA--GAC-----AGAGA---G-GCA-G-A-TAGATG-------TA--------GA-----A--GA--CA----T--AC----------ATAG--A-GAT---------A-CAGAT---G-GT-GAACA--GGC---A----GAC-A-G--A--A--G-C--GGCA-T----ATACA-------AAT-AG--ACAg
gi|8 : --AC------A--CAGATGGA--TG--GACA--GACT----AGACA---G-ATA-C-A-TGAA----------AT----G--GA-A---G--GC--CA----G--GTAA--------GCTGTTA-CCA---------C-CAGAG---G-AT-GGACA--GAC---A----GAC-C-ACTC-CA--GAT-------C----AGGCA-------GAC-AC--ATGGATGGACACAC
gi|9 : ATGGACATGAT-GACAGA--T-AA----------------------GGA--TG--GGCATCAAT-----AGACA---G-ATA-G-A-TGGACG-------GATAATGG--GA-CGATA--GA--TG----G--ATGG--------ATAG--A-CAG---------A-TAGAT---G-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTACCTTGGACTGTTCCAGATCAGACACTGTGTTCTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 222222222222222222222 11111 111111111 1111 1111111
lowQualScore : 0 33 2 33333333333333 33 44 33 33 111111111111111111111 22222 444 2 2 2 2 1 777 6666 2 55 66666 33 33 33 666666 33 2 000000000 5 88888 2 2 5555 9999 444 2 2 2 33 2 33 9999 3 3 1111 0000000 3 2
lowQualScore : . .. . .............. .. .. .. .. ..................... ..... ... . . . . . ... .... . .. ..... .. .. .. ...... .. . ......... . ..... . . .... .... ... . . . .. . .. .... . . .... ....... . .
lowQualScore : 2 99 9 44444444444444 77 55 44 44 222222222222222222222 22222 111 4 4 4 4 1 000 6666 2 33 22222 11 11 22 888888 22 4 000000000 3 99999 7 7 7777 3333 777 7 9 9 99 9 99 0000 1 1 9999 0000000 1 6
consensus : ATAGACAGACAGA--CAGAT-AG--AT--AC------A--CAGACGGA--TG--GACA---------------------GAC-----AGACA---G-A-TAG-A-TGGACG-GACG--GA-CA--GACA--G--AT--GG--A--CA------G--A-CAG---------A-CAGA-T---G-AC-GGA----CA----GAC---A-GAC-A-G--A-CA--GA--CGG-A-C----AGACA-------GAC-AGACGGATGGACAGAC
Reference ( family-1975 ) : ATAGACAGACAGA--CAGAT-AG--AT--AC------A--CAGACGGA--TG--GACA---------------------GAC-----AGACA---G-A-TAG-A-TGGACG-GACG--GA-CA--GACA--G--AT--GG--A--CA------G--A-CAG---------A-CAGA-T---G-AC-GGA----CA----GAC---A-GAC-A-G--A-CA--GA--CGG-A-C----AGACA-------GAC-AGACGGATGGACAGAC
gi|1 : GA--CAGAC-AG--AG--AC------A--CAGATTGA--TA--GACA---------------------GAG-----AGACAAACG-A-CAGCA-CTGATA-GAAA--GA-CAC-GATA--C--AT--CA--A--CT------G--A-TAG---------AGCAGA-C---C-AC-AAA----CA----GACCAGA-GAC-ACG--AGTAATGA--CTA-G-C----AGAC---------AC-ACACTGATAGACAGAC
gi|10 : gacttgatagAGA--CAGATGAG--A---------------AAA-GGT--TA--G------------------------GACCT---AGACA---A-T-T---A-TGAA----ATG--GA-CA--GACA--A--AT--GG--A--CA------G--A-CAG---------A----A-T---G-AC-AGA----CA----AAC---A-GAC-A-G--G-CA--GA--CAA-A-C----GGACA-------GAT-AAACagagacacaatagatagaca
gi|11 : tgtatgACAGA--CAGAT-GA--AT--AC------A--------GA--TA--GACA---------------------GAC-----CAATC---T-A-TTG-A---GACT-GGCA--GA-CA--GACA--G--AT--GG--A--CA------G--A-TAG---------A-TTGA-TGGAG-AC-TGG----CA----GAT---A-GAC-A-G--A-CA--aaa
gi|12 : ACAGAAAAGTAGA--CAGAC-AG--GT--AG------A--CAGATGGA--TG--GATA---------------------GAT-----A-ATA---G-A-TAG-A-TAGACG-GGTG--GA-CA--GACT--T--GT--GG--A--CA------G--A-CGG---------caaagtgtttcct
gi|13 : aaacat--GA-TA--GACA--G--AT--GG--A--CT------G--ATCTG---------A-TAGA-C---T-AT-GGA----CGTT--GAT---A-GAT-A-G--A-CA--GA--TGG-A-CTAA-GGACT-------GAT-AGACAGATGGACTGAcgg
gi|14 : AGAAAAGTAGA--CAGAC-AG--GT--AG------A--CAGATGGA--TG--GATA---------------------GAT-----AGATA---G-A-TAG-A-TAGACG-GGTG--GA-CA--GACT--T--GT--GG--A--CA------G--A-CAtggct
gi|15 : cGA--CACAC-AG--A----C------A--CAGACTGA--TA--GATA---------------------GAC-----AG--A---G-A-T--------ACA-GACT--GA-TA--GACA--G--A----G--A--CA------C--A-CAG---------A-C----T---G-AT-AGA----CA----GAC---A-GA
gi|16 : ATAGATAGACAGA--TAGAT-AG--AT--ACTATTAGA--TAGATAAA--CG--GACA---------------------GAC-----AGACA---G-A-TAG-ATTAGACA-GAg
gi|17 : cA-CA--GACA--G--AC--GA--A--TA------A--A-C-G---------A-CAGG-TCA-G-AC-GGA----TA----AAC---A-GAC-A-G--A-CA--GA--TGG-A-T----AAACA-------GAC-AGACgaga
gi|18 : atGACGGA--TA--GACA---------------------GAC-----AATTA---G-A-TAT-A-CTAACA-GACA--GA-CA--GACA--T--AC--GG--
gi|2 : ATAGACAGACAGA--CAGAC-AGGAAT--AT------ATTCGGATGGA--CG--GACATACAGCCAGATATAATTAACGGAC-----AGACA---G-A-CAT-A-CGGACG-GACA--GA-CA--GGCA--A--ATACGG--A--CG------G--A-CAG---------A-CAGGCT---G-GC-AGATATACG----GGC---G-GGC-A-G--A-CA--GATACGG-A-C----GGACA-------GAC-AGACG
gi|3 : aaACAGACAGATAGAAGCAGAT-AG--GT--------------AGACTGA--TA--G-CA---------------------GAC-----AGAAA---A-A-CAG-A-TGGACA-CACA--G--CA--GACA--G--AT--AG--AAGCA------G--A-TAG---------GTCAAC-T---A-AT-AGA----CA----G-C---A-GAA-A-A--A-CA--GA--TGG-A-C----ACACA-------GAC-AGACAGACAAACAG
gi|3 : AGACAGAAAAA--CAGAT-GG--AC--AC------A--CAG-CAGA--CA--GATA---------------------GA------AG-CA---G-A-TAG-G-TCAACT-AATA--GA-CA--G-CA--G--AA--AA--A--CA------G--A-TGG---------A-CACA--------C-AGA----CA----GAC---A-GAC-A-A--A-CA--G----GG-A-CTCCGAGATA-------GAC-AGACAGATAGAggactccgagatagacagacagatagat
gi|4 : acagacagatagaagcagataggtagactgatagcGA--CAGAT-AG--ATGGAC------A--CGGAGAGAAGTGAGGACA----------------------AC-----AGAC----G-A-TAG-A-TGGA---GACA--GAACATGGACA--GTGAT--GGGGA--CA------G--A-CAACAACCAGAAA-TAGA-T---G-GA-GGA----CA----GAC---ATAAC-A-G--A-CA--GA--TGG-ACC----AGACAGCGAGAGGACAAGAC-AATGGACAGAt
gi|5 : ATGGACAGACAGA--TGGAT-AG--AT--AC------A--CAGATGGA--AG--GACA---------------------GAC-----AGACA---C-A-TAG-A-TGGACG-GAAG--GA-CA--GACA--C--AT--AG--A--CA------A--A-CAG---------A-TAGA-T---G-AC-AGG----CA----GAT---A-GAC-A-G--G-AA--GA--TGA-A-C----AGACA-------GAC-AGACGAATGGACAGACtaga
gi|6 : AGA--CAG-T-GG--CT--AG------A--CAGATGGA--TG--GACA---------------------GATTTGATAGACA---GGA-TAT-A-TGGTTG-GACATTGA-TA--GACA--G---T--GG--A--TG------G--A-TA----------A-CAG--T---G-ATAGGA----CA----GAT---A-GATGA-G--A-CA--G-----G-A-C----TGATA-------GAC-AGATGGATGGACAG
gi|7 : tgggtTAGGTAGACAAA--AAGAT-AG---T--AT------A--CAGGCAGA--GA--AACA---------------------GAC-----AGAGA---G-G-CAG-A-TAGATG-TA----GA--A--GACA--T--AC------A--TA------G--A-GAT---------A-CAGA-T---G-GT-GAA----CA----GGC---A-GAC-A-G--A--A--G---CGGCA-T----ATACA-------AAT-AGACAg
gi|8 : --AC------A--CAGATGGA--TG--GACA---------------------GACT----AGACA---G-A-TAC-A-TGAA----ATG--GA-AG--GCCA--G--GT--AA--G--CT------GTTA-CCA---------C-CAGA-G---G-AT-GGA----CA----GAC---A-GAC-C-ACTC-CA--GA--T-----C----AGGCA-------GAC-ACATGGATGGACACAC
gi|9 : GGCA---G-AATAG-A-TGGACATGATG---A-CA--GATAAGG--AT--GG--G--CATCAATAG--A-CAG---------A-TAGA-T---GGAC-GGA----TAATGGGAC-----GAT-A-G--A-TG--GA--TGG-A-T----AGACA-------GAT-AGATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTACCTTGGACTGTTCCAGATCAGACACTGTGTTCTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 222222222222222222222 11111 111111111 1111 1111111
lowQualScore : 0 33 2 33333333333333 33 44 33 33 111111111111111111111 22222 444 2 2 2 2 1 777 6666 2 55 66666 33 33 33 666666 33 2 000000000 5 88888 2 2 5555 9999 444 2 2 2 33 2 33 9999 3 3 1111 0000000 3 2
lowQualScore : . .. . .............. .. .. .. .. ..................... ..... ... . . . . . ... .... . .. ..... .. .. .. ...... .. . ......... . ..... . . .... .... ... . . . .. . .. .... . . .... ....... . .
lowQualScore : 2 99 9 44444444444444 77 55 44 44 222222222222222222222 22222 111 4 4 4 4 1 000 6666 2 33 22222 11 11 22 888888 22 4 000000000 3 99999 7 7 7777 3333 777 7 9 9 99 9 99 0000 1 1 9999 0000000 1 6
consensus : ATAGACAGACAGA--CAGAT-AG--AT--AC------A--CAGACGGA--TG--GACA---------------------GAC-----AGACA---G-A-TAG-A-TGGACG-GACG--GA-CA--GACA--G--AT--GG--A--CA------G--A-CAG---------A-CAGA-T---G-AC-GGA----CA----GAC---A-GAC-A-G--A-CA--GA--CGG-A-C----AGACA-------GAC-AGACGGATGGACAGAC
Reference ( family-1975 ) : ATAGACAGACAGA--CAGAT-AG--AT--AC------A--CAGACGGA--TG--GACA---------------------GAC-----AGACA---G-A-TAG-A-TGGACG-GACG--GA-CA--GACA--G--AT--GG--A--CA------G--A-CAG---------A-CAGA-T---G-AC-GGA----CA----GAC---A-GAC-A-G--A-CA--GA--CGG-A-C----AGACA-------GAC-AGACGGATGGACAGAC
gi|1 : GA--CAGAC-AG--AG--AC------A--CAGATTGA--TA--GACA---------------------GAG-----AGACAAACG-A-CAGCA-CTGATA-GAAA--GA-CAC-GATA--C--AT--CA--A--CT------G--A-TAG---------AGCAGA-C---C-AC-AAA----CA----GACCAGA-GAC-ACG--AGTAATGA--CTA-G-C----AGAC---------AC-ACACTGATAGACAGAC
gi|10 : gacttgatagAGA--CAGATGAG--A---------------AAA-GGT--TA--G------------------------GACCT---AGACA---A-T-T---A-TGAA----ATG--GA-CA--GACA--A--AT--GG--A--CA------G--A-CAG---------A----A-T---G-AC-AGA----CA----AAC---A-GAC-A-G--G-CA--GA--CAA-A-C----GGACA-------GAT-AAACagagacacaatagatagaca
gi|11 : tgtatgACAGA--CAGAT-GA--AT--AC------A--------GA--TA--GACA---------------------GAC-----CAATC---T-A-TTG-A---GACT-GGCA--GA-CA--GACA--G--AT--GG--A--CA------G--A-TAG---------A-TTGA-TGGAG-AC-TGG----CA----GAT---A-GAC-A-G--A-CA--aaa
gi|12 : ACAGAAAAGTAGA--CAGAC-AG--GT--AG------A--CAGATGGA--TG--GATA---------------------GAT-----A-ATA---G-A-TAG-A-TAGACG-GGTG--GA-CA--GACT--T--GT--GG--A--CA------G--A-CGG---------caaagtgtttcct
gi|13 : aaacat--GA-TA--GACA--G--AT--GG--A--CT------G--ATCTG---------A-TAGA-C---T-AT-GGA----CGTT--GAT---A-GAT-A-G--A-CA--GA--TGG-A-CTAA-GGACT-------GAT-AGACAGATGGACTGAcgg
gi|14 : AGAAAAGTAGA--CAGAC-AG--GT--AG------A--CAGATGGA--TG--GATA---------------------GAT-----AGATA---G-A-TAG-A-TAGACG-GGTG--GA-CA--GACT--T--GT--GG--A--CA------G--A-CAtggct
gi|15 : cGA--CACAC-AG--A----C------A--CAGACTGA--TA--GATA---------------------GAC-----AG--A---G-A-T--------ACA-GACT--GA-TA--GACA--G--A----G--A--CA------C--A-CAG---------A-C----T---G-AT-AGA----CA----GAC---A-GA
gi|16 : ATAGATAGACAGA--TAGAT-AG--AT--ACTATTAGA--TAGATAAA--CG--GACA---------------------GAC-----AGACA---G-A-TAG-ATTAGACA-GAg
gi|17 : cA-CA--GACA--G--AC--GA--A--TA------A--A-C-G---------A-CAGG-TCA-G-AC-GGA----TA----AAC---A-GAC-A-G--A-CA--GA--TGG-A-T----AAACA-------GAC-AGACgaga
gi|18 : atGACGGA--TA--GACA---------------------GAC-----AATTA---G-A-TAT-A-CTAACA-GACA--GA-CA--GACA--T--AC--GG--
gi|2 : ATAGACAGACAGA--CAGAC-AGGAAT--AT------ATTCGGATGGA--CG--GACATACAGCCAGATATAATTAACGGAC-----AGACA---G-A-CAT-A-CGGACG-GACA--GA-CA--GGCA--A--ATACGG--A--CG------G--A-CAG---------A-CAGGCT---G-GC-AGATATACG----GGC---G-GGC-A-G--A-CA--GATACGG-A-C----GGACA-------GAC-AGACG
gi|3 : aaACAGACAGATAGAAGCAGAT-AG--GT--------------AGACTGA--TA--G-CA---------------------GAC-----AGAAA---A-A-CAG-A-TGGACA-CACA--G--CA--GACA--G--AT--AG--AAGCA------G--A-TAG---------GTCAAC-T---A-AT-AGA----CA----G-C---A-GAA-A-A--A-CA--GA--TGG-A-C----ACACA-------GAC-AGACAGACAAACAG
gi|3 : AGACAGAAAAA--CAGAT-GG--AC--AC------A--CAG-CAGA--CA--GATA---------------------GA------AG-CA---G-A-TAG-G-TCAACT-AATA--GA-CA--G-CA--G--AA--AA--A--CA------G--A-TGG---------A-CACA--------C-AGA----CA----GAC---A-GAC-A-A--A-CA--G----GG-A-CTCCGAGATA-------GAC-AGACAGATAGAggactccgagatagacagacagatagat
gi|4 : acagacagatagaagcagataggtagactgatagcGA--CAGAT-AG--ATGGAC------A--CGGAGAGAAGTGAGGACA----------------------AC-----AGAC----G-A-TAG-A-TGGA---GACA--GAACATGGACA--GTGAT--GGGGA--CA------G--A-CAACAACCAGAAA-TAGA-T---G-GA-GGA----CA----GAC---ATAAC-A-G--A-CA--GA--TGG-ACC----AGACAGCGAGAGGACAAGAC-AATGGACAGAt
gi|5 : ATGGACAGACAGA--TGGAT-AG--AT--AC------A--CAGATGGA--AG--GACA---------------------GAC-----AGACA---C-A-TAG-A-TGGACG-GAAG--GA-CA--GACA--C--AT--AG--A--CA------A--A-CAG---------A-TAGA-T---G-AC-AGG----CA----GAT---A-GAC-A-G--G-AA--GA--TGA-A-C----AGACA-------GAC-AGACGAATGGACAGACtaga
gi|6 : AGA--CAG-T-GG--CT--AG------A--CAGATGGA--TG--GACA---------------------GATTTGATAGACA---GGA-TAT-A-TGGTTG-GACATTGA-TA--GACA--G---T--GG--A--TG------G--A-TA----------A-CAG--T---G-ATAGGA----CA----GAT---A-GATGA-G--A-CA--G-----G-A-C----TGATA-------GAC-AGATGGATGGACAG
gi|7 : tgggtTAGGTAGACAAA--AAGAT-AG---T--AT------A--CAGGCAGA--GA--AACA---------------------GAC-----AGAGA---G-G-CAG-A-TAGATG-TA----GA--A--GACA--T--AC------A--TA------G--A-GAT---------A-CAGA-T---G-GT-GAA----CA----GGC---A-GAC-A-G--A--A--G---CGGCA-T----ATACA-------AAT-AGACAg
gi|8 : --AC------A--CAGATGGA--TG--GACA---------------------GACT----AGACA---G-A-TAC-A-TGAA----ATG--GA-AG--GCCA--G--GT--AA--G--CT------GTTA-CCA---------C-CAGA-G---G-AT-GGA----CA----GAC---A-GAC-C-ACTC-CA--GA--T-----C----AGGCA-------GAC-ACATGGATGGACACAC
gi|9 : GGCA---G-AATAG-A-TGGACATGATG---A-CA--GATAAGG--AT--GG--G--CATCAATAG--A-CAG---------A-TAGA-T---GGAC-GGA----TAATGGGAC-----GAT-A-G--A-TG--GA--TGG-A-T----AGACA-------GAT-AGATG
blockSeqs : AG G ATACTATTAG TT TG AG AG TACAGCCAGATATAATTAACG TTGAT . G A . T G CAT CATT A TG GTG AC GG AG TCAATA TT T CAACCAGAA T TGGA G A TATA ATGG . T G . CT . . ATAC C C TCCG GCGAGAG A A
blockSeqs : . . GAATAT . TG . . . CT . . . . . A CT TG . . AGG . . . . . . . . TCA . . . TT . . . . . . . AC . . TAA . . G
blockSeqs : . . ATGGAC . CT . . . T . . . . . A CG CA . . A . . . . . . . . CT . . . . . . . . . . . AT . . . . . A
blockSeqs : . . ATAC . TA . . . . . . . . . A CG TG . . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . AT . . . . . A
blockSeqs : . . GTAG . CG . . . . . . . . . T CA TG . . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . AT . . . . . G
blockSeqs : . . GTAG . TG . . . . . . . . . G CA CT . . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . AT . . . . . G
blockSeqs : . . ACAC . CT . . . . . . . . . G CA CA . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . AT . . . . . A
blockSeqs : . . ATAC . CA . . . . . . . . . C CG CA . . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . AT . . . . . G
blockSeqs : . . CTAG . GA . . . . . . . . . G CA CA . . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . AT . . . . . G
blockSeqs : . . TAT . TG . . . . . . . . . G CT TA . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . AC . TG . . . . . . . . . G CG CA . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GT . CA . . . . . . . . . A TG AG . . G . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . TG . . . . . . . . . G TG TG . . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . G . TG . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . G . .
blockSeqCons : *** ** *** **
originalCons : ATAGACAGACAGA--CAGAT-AG--AT--AC------A--CAGACGGA--TG--GACA---------------------GAC-----AGACA---G-A-TAG-A-TGGACG-GACG--GA-CA--GACA--G--AT--GG--A--CA------G--A-CAG---------A-CAGA-T---G-AC-GGA----CA----GAC---A-GAC-A-G--A-CA--GA--CGG-A-C----AGACA-------GAC-AGACGGATGGACAGAC
finalCons : ATAGACAGACAGA--CAGAT-AG--AT--AC------A--CAGACGGA--TG--GACA---------------------GAC-----AGACA---G-A-TAG-A-TGGACG-GACG--GA-CA--GACA--G--AT--GG--A--CA------G--A-CAG---------A-CAGA-T---G-AC-GGA----CA----GAC---A-GAC-A-G--A-CA--GA--CGG-A-C----AGACA-------GAC-AGACGGATGGACAGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTACCTTGGACTGTTCCAGATCAGACACTGTGTTCTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 222222222222222222222 11111 111111111 1111 1111111
lowQualScore : 0 33 2 33333333333333 33 44 33 33 111111111111111111111 22222 444 2 2 2 2 1 777 6666 2 55 66666 33 33 33 666666 33 2 000000000 5 88888 2 2 5555 9999 444 2 2 2 33 2 33 9999 3 3 1111 0000000 3 2
lowQualScore : . .. . .............. .. .. .. .. ..................... ..... ... . . . . . ... .... . .. ..... .. .. .. ...... .. . ......... . ..... . . .... .... ... . . . .. . .. .... . . .... ....... . .
lowQualScore : 2 99 9 44444444444444 77 55 44 44 222222222222222222222 22222 111 4 4 4 4 1 000 6666 2 33 22222 11 11 22 888888 22 4 000000000 3 99999 7 7 7777 3333 777 7 9 9 99 9 99 0000 1 1 9999 0000000 1 6
consensus : ATAGACAGACAGA--CAGAT-AG--AT--AC------A--CAGACGGA--TG--GACA---------------------GAC-----AGACA---G-A-TAG-A-TGGACG-GACG--GA-CA--GACA--G--AT--GG--A--CA------G--A-CAG---------A-CAGA-T---G-AC-GGA----CA----GAC---A-GAC-A-G--A-CA--GA--CGG-A-C----AGACA-------GAC-AGACGGATGGACAGAC
Reference ( family-1975 ) : ATAGACAGACAGA--CAGAT-AG--AT--AC------A--CAGACGGA--TG--GACA---------------------GAC-----AGACA---G-A-TAG-A-TGGACG-GACG--GA-CA--GACA--G--AT--GG--A--CA------G--A-CAG---------A-CAGA-T---G-AC-GGA----CA----GAC---A-GAC-A-G--A-CA--GA--CGG-A-C----AGACA-------GAC-AGACGGATGGACAGAC
gi|1 : GA--CAGAC-AG--AG--AC------A--CAGATTGA--TA--GACA---------------------GAG-----AGACAAACG-A-CAGCA-CTGATA-GAAA--GA-CAC-GATA--C--AT--CA--A--CT------G--A-TAG---------AGCAGA-C---C-AC-AAA----CA----GACCAGA-GAC-ACG--AGTAATGA--CTA-G-C----AGAC---------AC-ACACTGATAGACAGAC
gi|10 : gacttgatagAGA--CAGATGAG--A---------------AAA-GGT--TA--G------------------------GACCT---AGACA---A-T-T---A-TGAA----ATG--GA-CA--GACA--A--AT--GG--A--CA------G--A-CAG---------A----A-T---G-AC-AGA----CA----AAC---A-GAC-A-G--G-CA--GA--CAA-A-C----GGACA-------GAT-AAACagagacacaatagatagaca
gi|11 : tgtatgACAGA--CAGAT-GA--AT--AC------A--------GA--TA--GACA---------------------GAC-----CAATC---T-A-TTG-A---GACT-GGCA--GA-CA--GACA--G--AT--GG--A--CA------G--A-TAG---------A-TTGA-TGGAG-AC-TGG----CA----GAT---A-GAC-A-G--A-CA--aaa
gi|12 : ACAGAAAAGTAGA--CAGAC-AG--GT--AG------A--CAGATGGA--TG--GATA---------------------GAT-----A-ATA---G-A-TAG-A-TAGACG-GGTG--GA-CA--GACT--T--GT--GG--A--CA------G--A-CGG---------caaagtgtttcct
gi|13 : aaacat--GA-TA--GACA--G--AT--GG--A--CT------G--ATCTG---------A-TAGA-C---T-AT-GGA----CGTT--GAT---A-GAT-A-G--A-CA--GA--TGG-A-CTAA-GGACT-------GAT-AGACAGATGGACTGAcgg
gi|14 : AGAAAAGTAGA--CAGAC-AG--GT--AG------A--CAGATGGA--TG--GATA---------------------GAT-----AGATA---G-A-TAG-A-TAGACG-GGTG--GA-CA--GACT--T--GT--GG--A--CA------G--A-CAtggct
gi|15 : cGA--CACAC-AG--A----C------A--CAGACTGA--TA--GATA---------------------GAC-----AG--A---G-A-T--------ACA-GACT--GA-TA--GACA--G--A----G--A--CA------C--A-CAG---------A-C----T---G-AT-AGA----CA----GAC---A-GA
gi|16 : ATAGATAGACAGA--TAGAT-AG--AT--ACTATTAGA--TAGATAAA--CG--GACA---------------------GAC-----AGACA---G-A-TAG-ATTAGACA-GAg
gi|17 : cA-CA--GACA--G--AC--GA--A--TA------A--A-C-G---------A-CAGG-TCA-G-AC-GGA----TA----AAC---A-GAC-A-G--A-CA--GA--TGG-A-T----AAACA-------GAC-AGACgaga
gi|18 : atGACGGA--TA--GACA---------------------GAC-----AATTA---G-A-TAT-A-CTAACA-GACA--GA-CA--GACA--T--AC--GG--
gi|2 : ATAGACAGACAGA--CAGAC-AGGAAT--AT------ATTCGGATGGA--CG--GACATACAGCCAGATATAATTAACGGAC-----AGACA---G-A-CAT-A-CGGACG-GACA--GA-CA--GGCA--A--ATACGG--A--CG------G--A-CAG---------A-CAGGCT---G-GC-AGATATACG----GGC---G-GGC-A-G--A-CA--GATACGG-A-C----GGACA-------GAC-AGACG
gi|3 : aaACAGACAGATAGAAGCAGAT-AG--GT--------------AGACTGA--TA--G-CA---------------------GAC-----AGAAA---A-A-CAG-A-TGGACA-CACA--G--CA--GACA--G--AT--AG--AAGCA------G--A-TAG---------GTCAAC-T---A-AT-AGA----CA----G-C---A-GAA-A-A--A-CA--GA--TGG-A-C----ACACA-------GAC-AGACAGACAAACAG
gi|3 : AGACAGAAAAA--CAGAT-GG--AC--AC------A--CAG-CAGA--CA--GATA---------------------GA------AG-CA---G-A-TAG-G-TCAACT-AATA--GA-CA--G-CA--G--AA--AA--A--CA------G--A-TGG---------A-CACA--------C-AGA----CA----GAC---A-GAC-A-A--A-CA--G----GG-A-CTCCGAGATA-------GAC-AGACAGATAGAggactccgagatagacagacagatagat
gi|4 : acagacagatagaagcagataggtagactgatagcGA--CAGAT-AG--ATGGAC------A--CGGAGAGAAGTGAGGACA----------------------AC-----AGAC----G-A-TAG-A-TGGA---GACA--GAACATGGACA--GTGAT--GGGGA--CA------G--A-CAACAACCAGAAA-TAGA-T---G-GA-GGA----CA----GAC---ATAAC-A-G--A-CA--GA--TGG-ACC----AGACAGCGAGAGGACAAGAC-AATGGACAGAt
gi|5 : ATGGACAGACAGA--TGGAT-AG--AT--AC------A--CAGATGGA--AG--GACA---------------------GAC-----AGACA---C-A-TAG-A-TGGACG-GAAG--GA-CA--GACA--C--AT--AG--A--CA------A--A-CAG---------A-TAGA-T---G-AC-AGG----CA----GAT---A-GAC-A-G--G-AA--GA--TGA-A-C----AGACA-------GAC-AGACGAATGGACAGACtaga
gi|6 : AGA--CAG-T-GG--CT--AG------A--CAGATGGA--TG--GACA---------------------GATTTGATAGACA---GGA-TAT-A-TGGTTG-GACATTGA-TA--GACA--G---T--GG--A--TG------G--A-TA----------A-CAG--T---G-ATAGGA----CA----GAT---A-GATGA-G--A-CA--G-----G-A-C----TGATA-------GAC-AGATGGATGGACAG
gi|7 : tgggtTAGGTAGACAAA--AAGAT-AG---T--AT------A--CAGGCAGA--GA--AACA---------------------GAC-----AGAGA---G-G-CAG-A-TAGATG-TA----GA--A--GACA--T--AC------A--TA------G--A-GAT---------A-CAGA-T---G-GT-GAA----CA----GGC---A-GAC-A-G--A--A--G---CGGCA-T----ATACA-------AAT-AGACAg
gi|8 : --AC------A--CAGATGGA--TG--GACA---------------------GACT----AGACA---G-A-TAC-A-TGAA----ATG--GA-AG--GCCA--G--GT--AA--G--CT------GTTA-CCA---------C-CAGA-G---G-AT-GGA----CA----GAC---A-GAC-C-ACTC-CA--GA--T-----C----AGGCA-------GAC-ACATGGATGGACACAC
gi|9 : GGCA---G-AATAG-A-TGGACATGATG---A-CA--GATAAGG--AT--GG--G--CATCAATAG--A-CAG---------A-TAGA-T---GGAC-GGA----TAATGGGAC-----GAT-A-G--A-TG--GA--TGG-A-T----AGACA-------GAT-AGATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTACCTTGGACTGTTCCAGATCAGACACTGTGTTCTC