lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666666666 2222222 22222222222222222222222222 22222222222 111111 11111111111111111 1111 66666 11111 999999999999999 111 222222222222 444444444444 33333333333333333 11111111111111 444444444444 1 3333333 1111111111
lowQualScore : 4 4 66 66 2 4 66 9999 00000000000000000000000000000000000000000 2222222 2 44 33 3 77 3 44 44 44 6666 00000000000000000000000000 5 33 2 88888888888 111111 55555555555555555 55 3333 8888 77777 99 66 8 4 777 66 4 22222 777777777777777 000 8888 777777777777 66 666666666666 888888 33 444 33 11111111111111111 2 33333333333333 2 777777777777 11 1 22 333 44 44444 3 1 555555 333 1 1 1 2 22 44 1 1 22 1 333 22 22 33 44 22 22 22 1 777777 666 22 8888888 1 1 22 1 1 3 1 9999999999 2 2 33 33 4 2 2 55555 33 3
lowQualScore : . . .. .. . . .. .... ......................................... ....... . .. .. . .. . .. .. .. .... .......................... . .. . ........... ...... ................. .. .... .... ..... .. .. . . ... .. . ..... ............... ... .... ............ .. ............ ...... .. ... .. ................. . .............. . ............ .. . .. ... .. ..... . . ...... ... . . . . .. .. . . .. . ... .. .. .. .. .. .. .. . ...... ... .. ....... . . .. . . . . .......... . . .. .. . . . ..... .. .
lowQualScore : 4 4 11 11 7 4 11 4444 55555555555555555555555555555555555555555 0000000 9 22 99 1 33 1 22 22 22 5555 44444444444444444444444444 7 99 9 77777777777 999999 44444444444444444 66 4444 5555 99999 11 11 9 4 888 11 4 55555 444444444444444 000 0000 444444444444 99 555555555555 888888 44 444 44 33333333333333333 2 99999999999999 1 777777777777 44 8 55 222 33 55555 1 8 222222 222 8 8 8 5 55 33 8 8 55 8 222 66 66 88 55 66 55 55 8 000000 888 55 9999999 8 8 55 8 8 6 9 1111111111 0 2 11 11 4 2 4 99999 99 1
consensus : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------TT-CC--A------T-------------ACT--GTGGGAC--TT-C-GATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----G---T-G--TC-----------CACAACA-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AACCCATT-CCA--TTGA----TAA-----TTA-CCA--ATG-CTACCTG-ACACCT---TTTGCA--T-TAGA-----TGT-----TGTT--AA--TTA---AAGG--GAT---------ACAAAAAAT--TAAATCAC-T------A-TAGGCTG------TAT--A-TCGAC--ATC----G-TA----TAG-T-CATGAGGN--T----------AAAA-AA---AAACCA-CAGACC-AA--TTT---CCT--AG-----AAAGCAT-CT------T---T-T-A-TGA--C--T-TT-G--AA-A---A--CA--TTTTT-AA--AAC--CT--T--A-A------T---TAT--TAA-A---TGC-T-T--TG-TA-AGAATA-A-T-TA-A--T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
Reference ( gi|6 ) : GAACAG-CTGT-T--T--TAA-TT--ACG----CA--------TT-CC--A------T-------------ACC--GTGGGAC--T--C-GATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----A---T-G--TC-----------CACAACA-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AACCCATT-CCA--TTGA----TAAAATT-TTA-CCA--ATG-CTACCTG-ACACCT---TTTGCA--T-TAGA-----TGT-----T---------TTA---AAGG--GAT---------ACTAAAAAT--TAAATCAC-T------A-TAGGCTG------TAT--A-TCGAC--ATC----A-TA----TAG-T-CATGAGGT--T----------AAAA-AA---AAACCATCAGACC-AA--TTT---CCT--AG-----AAAACAT-CT------T---T-T-A-TCA--C--T-TT-G--AA-A---A--CA--TTTTT-AA--AAC--CT--T--A-A------T---TAT--T---A---TGC-T-T--TG-TA-AGAATA-A-T-GA-A--T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
gi|3 : GAACAG-CTGTAT--T--TAAGTT--ACAAACCCA--------TTTCC--A------T-------------ACT--GTGGACT--T--C-AATAT-GCT--TGA-TAGATAC--AC-AG--A--CAAG--A----G-T----G---C-A--TC-----------CACAACA-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----T----ACCCAGT-CCAT-TTGA----TAA-----TTACCCA--ATG-CTACCTG-ACACCT---TTTGCA--T-TAGA-----TGTA----TGTTCAAA--TTA---AAGG--GAT---------ACAAAAAAT--TAAATCA--T------A--AGGC-G------TAT--AGTCGAC--ATC------T-----TAGTT-CATGAGAA--T-----------AAA-AA---AACCCAACAGACCAAA--TTA---CCTC-AG-----AAAG-AT-CT------T---T-T-A-TGA--C--T-TTGG--AA-A---A--CA--TTTGG-TA--AAC--CT--C--A-A------TC--TAT--TA--A---AGC-T-T--TG-TATAGAATACA-T-TA-A--A--AA-AA-AAT-T--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTTGATAGGTGTGTC
gi|8 : aaattgtgccaaatccttttgaaaattcagtcttatGAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACA----CAACACAT--TT-CT--G------T-------------ACT--GTGGGAC--TT-C-GATATTGCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A---AAA--A----GGT----G---TTG--TC-----------CACAACA-GG--T-C----A------------------------------------ATT---A--TTGA----TAA-----TTA-CCA--ATG-CTACCTG-ACACCT---TTTGCA--C-CAGA-----TGT-----TGCTTCAAAATTA---AAGG--GAT---------ACACAAAAT--TAAATCAT----------TAGGC---------AA--A-T------ATC----A-AA----CA--T-CATGAGGG--T----------AAAA-AA---AAA--AACAGA-C-AA--TTT---CCC--AG-----AAAGCAT-CT------T---T-T-A-TGA--CT-T-TT-G--AA-A---A--CA--TTTT---A--AAC--C---T--A-A------T---TAT--TAA-A---TGCTT-T--TG-TA-AGAATA-A-T-TATA--T--AA-Aac
gi|15 : taGAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------AT-CC--A------TTTCTGT-------ACT--GTGGGAC--TT-C-GATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----G---T-G--TC-----------CACAACA-GG--C-CA---A-T--T-ATGTG------GT---T----TG--AACCTATT--------------------------CCA--ATG-CTACCTG-ACACCT---TTGGCA--T-TAGA-----
gi|1 : ttgcaaatcctttatattcagtctttaGAACAGTCTGT-T--T--GA---T--ACG----CA--------AT-CC--A------TGTTCATGAATACTATC--TTGGGAC--T--TTGATAT-GCTTATGAGTAGAT-CT-ACAGG--ATCCAAATTAATTCGGT----ATAGT-G--TCTGCACACATTTCACAA-A-AG--T-CA---A-T--T-AAGTGA-----GTAA-T----TGAAAACACATTACCAATTTGAAACCTAA---T-TTA--CATTATGTCTCCTCG-ACACCTCAGTTTGCATCT-CAGAGGTGTTGT-----T---------TCAAATAATA--GAT---------ACAAACAATAATAAATCAC-T--------T--GCTT------TAT--A-TCGAC--ATC----A-TA----T-G-T-CAAGAGTTTAT----------AAAA-AA---AAACC--CAG--C-AA--TTT----CT--AGTGACTAAAGCAT-CT------T---T-T-A-TTG--A--C-TT-G--AA-A---ACCCA--TTTTT--A--AAC--AT--T--A-AC-----T---TAT--TAA-A---TGC-T-T--TG-TA-AAATTATA-T--A-A--T--AA-AA-AATCT---TGAT--AACTTT-TAATT-T-----TTAG----TA-GTG
gi|9 : tgatatattggcggccacaaatcttcttatacaaaagtttagtcttttcttatttaGAACAG--TGT-T--TATTGA-TT--ATG----TAACCTCATATT-CTGGA------T-------------AT---GTGGGACCTT--C-GATAT-GCT---GA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----G---T-G--TCT----------CA-AACA-GGATT-A----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG-------ATT-CCA---TGA----GAA---C-TTA--CA--ATG-CTA-CTGTACACC----TTTGCA--T-TAGA-----TGT-----TGTTTCAAAATTA---AAGG--GAT---------AC
gi|23 : atgttacacttttcaactcgaaggtttcacaacactgtaaccaggtgtacacccaaaattcagcactaaatgataattgtgcagaatcctttaaattcagtctttaGAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------AT-CC--A------T-------------------TGG--C--T--TTGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--TAAA--A----GGC----G---T-G--TC-----------CACAAC---------------------AGTG------GT---T----TG--AACACATT-CCA--TTGA----TAA
gi|18 : ttgtgcaaatcctttaaattcagtctttaGAAC-G-CTGT-TGGT--TGA-TTTAACG----CAACCCAT--TT-CT--G------T-------------ACATGGTGGGACCTT--C-GATAT-GCT--TGA-TAGAT-CAAAT-GGGAA--CAAA--A----AGTG---G---T-G--TC-----------CACAATA-GG--T-CAAA-A-TAAC-AAGTG------GT---T----Tt
gi|24 : ataaattgtgcaaatctttctattcagtctttaAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----TA--------AC-CC--AATGATGT-------------ACT--GTGGGAC--TT-C-GATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGTGCAGG---T-GTTTC-----------CACAACA-GG--T-C----A-C--T-
gi|4 : attcaggattcaCAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------GT-CC--A------TTTCTGT-------ACT--GTGGACT--T--C-AATAT-GCT--TG--TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----G---T-G--TC-----------CACAACA-GG--T-C--------------TG------GTCAAT----TG--AACCTATG-CCA--TTGA----TAA-----TTA-CCA--ATG-CTACCTG-ACACTG---TTTGCA--T-TAAA-----TGTATGTTTCAAAA----TTA---AAGG--GAT---------ACAAAAACT--TAAACCAC--------A--AGGCTGCATGTATAT--A-TCGAC--ATTGTATA-TA----TAG-T-CATGAGTT--T----------AAAATAA---AAACCA---GATC-AA--TTT---CCT--AG-----AAAGCAT-CT------T---T-T-A-TGA--C--T-TT-T--AA-A---A--CA--TTTCT-AA--AAC--CTTAT--A-A------T---TAT--TAA-A---TGC-T-T--TA-TA-AGAATA-A-T--A-A--TAAAA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTtggccgtatattga
gi|2 : --------TT-CC--T------A-------------ACT--ATGGGAC--TT-C-GATAT-GCT--TGG-CAGAT-C--A--GG--A--CAAA--------GT----A--------TC-----------CACCATGTGG--T-C----A----G-AAATA------GT---T----t
gi|29 : ttttgaaatccgattaacaataaaatgttggcaaatcaaggaacattccaatttgcaaattttatggctatataaattcagtctaacagtttaattcactacaattttagtccatttgtttttattgcgtaacttgactctagggt--------TT-CC---------T-------------ACT--GCTGGAC--TTCC-G-TAT-GCT--TGG-CA-AT-T--AC-GG--A--CTAA--A-----GT----A---C-C--CC-----------CACACTGTGG--TCC----A-A--T-AGGTG------GT---T----aaaagaagggtttcgtttgccaagccttgaattatagcccgctaactgatgttctttttccaatttgaatgatgtttctcattaaactttacaggtgaacaaacaacgcaagtcaagatataattatatcacatactaggttgttggcatcgtaattatttgaggataggagccatttcatacaaagcatcatttattacttctaatcgctttttaaatcttaatgtttcaaatgctattgttaaaatacattgatga
gi|36 : gttttgtttgcataaccaac--------TT-CC--A------T-------------ACT--GTGGGACT-T--C-GATAT-GC
gi|26 : ccatGGAC--T--TTGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-TG--A--TAAA--A----AGT----G---T-G--TC-----------CACAATA-GG--T-CAAATA-T--CAAAGTG------CT---T----TG--------TT-TAA----GA----TGACACCATTC-CCA--TTG-CTACTTG-ACATCT---TTTGCA--T-T
gi|5 : caATAT-GCT--TG--CA-AT-C--AC---------AAA--A----AGT--------T-G--GCG----------CGAAATA-GG--C-A----A-T--T-AGGTGTTAATTGT---TAAAGTA--AAACCAAT-CCA--T--------AATATA-TTG-TCA--TTGGCTAACTT-ATAC-T---TTTGAA--TATGAA-----TTT-----T---------TTT---AATGATGATGAATGGTAAAC-AAAAAT--AAAAT-AT-TCTTAAAA-TA---TT------TTT--G-TC-ACTAATT----AATAACACTAC-T-TATGAGGA--T----------AAAA-A----------T---GCC-AA--TTT---CCT--GG-----AAAGCAT-CT------TAAATAT-A-TGACTC--T-TT-G--AA-A-------A--TTTTT-AAGCAAT--CT--T--A-A------T---TAT--G---AAACTGC-T-A--TG-TG-AAAATT-A-T-A--------AA-AA-AATCTTAATGAT--CAT-TT-Ttg
gi|10 : tttgattgcgacataacccatttctagttgttacttatGT----G---T-G--TC-----------CACAACA-GG--T-C----AAT--G-AAGTG------GT---T----TA--AACCCATT-CCA--TTGA----TAA-----TCA-TCA--AAG-CTACTTG-ACAACT---TTTACA--T-TAGA-----TGT-----TGT-------TTC---AA------------------TATAAAT--TAAATCGC-T------A---GGCTG------TAT--A-TCAAC--ATC----G-TA------G-T-CATGAGGT--T----------AAAA-AA---AA----CCAGACC-AA--TTT---CCT--AG-----AAAGCAT-CT------T---T-T-A-TGA--C--T-TT-G--AA-A---A--CA--TTTTT-AA--AAC--CT--T--A-A------T---TAT--TAA-A---TGC-T-T--TG-TA-AGAATA-G-T-TA-A--T--AA-AA-AATCT--ACGAT--AAC-TT-TATTT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGccgcaagtgagtgcgtcac
gi|11 : AAAAAT--TAAATCAC-T------A---AGCTG------TAT--A---GAC--ATT------CG----TAA-T-CATGATGA--T----------AAAC-AG---A--CGGTGAGACC-AT--TTT---CCT--AG-----AAATCAT-CT------T---T-T-A-TGA--C--T-TT-A--AA-A---A--CA--TTTAA-TA--AAC--CT--T--A-A------T---TATTAT---A---TGC-T-T--TG-TA-AAAATA-A-T-TA-A--TA-AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-G-----TTAGTT--TA-GTGTGTC
gi|2 : cAAT--TATATCACAT------ACTAGGTTG------T-------TGGC--ATC----G-TAAT--TAT-T---TGAGG-----------------------------ATAGGAGC-CA--TTT---CAT--AC-----AAAGCAT-CA------T---T-T-A-TTA--C--T-TC-T--AATC---G--C---TTTTT--A--AAT--CT--T--A-A------T---GTT--TCAAA---TGC-TAT--TG-TT-AAAATA-
gi|13 : ttttgaaatccgattaacaataaaatgttggcaaatcaaggaacattccaatttgcaaattttatggctatataaattcagtctaacagtttaattcactacaattttagtccatttgtttttattgcgtaacttgactctagggtttcctaactatgggacttcgatatgcttggcagatcaggacaaagtatccaccatgtggtcagaaatagttaaaagaagggtttcgtttgccaagccttgaattatagcccgctaactgatgttctttttccaatttgaatgatgtttctcattaaactttacaggtgaacaaacaacgcaagtcaagatatTCAC-T--------T-GGCCG------TAT--A-TTGAC--ATC----A-TA------G-T-CATGAGGT--T----------AAAA-AA---AAAAAACCT--CC-AA--TTT---CCT--AG-----AAAGCAT-CT------T---T-A-A-TGA--C--T-TT-G--AA-A---A--CA--TTTTT-AA--AAC--CT--T--A-A------T---TAT--TAA-A---TGC-T-T--TG-TA-AG-ATA-A-T-TA-A--T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TATTT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTcattgatga
gi|33 : caggAGGCTG------TATCTA-TCGAC--ATC----G--A-----AG-T-CATGAGGT--T----------AAAA-AA---AAA--ACCAGACC-G----TG---CGT--AA-----AAAAC
gi|19 : GGCTG-------AT----TTGAA--GAC----A-TAG---CAA-T-TATGAGGA--T----------AAAA-A-------------GGTA-AA--TTT---TCA--AG-----AAAACAT-TT------G---T-C-A-TTA--C--T-TT-G--GA-A---A--TA--GTTTT-AA--AAT--CT--T----A------T---TCT--TGA-A---TTT-T-A--TG-TT-GGAATA-A-T-TA-A--T--TA-AA-AATCG--ATGAT--CTC-TT-TTACT-T-----
gi|12 : GCTG------TAT--A-CAGAC--ATG----T-TA----AGG-T-CATGAAG-------------------GA---TAACCA---GAC--AA--TTT---CCT--AG-----AAAGCATAAT------T---G-T-A-TGA--C--CATT-G--TA-A-----------CTTT-AA--AAG--CC--T--A-AGGGAAGTA--TAT--TCCAA---TGT-T-T--GG-TA-AGAATA-A-TCGT-ACTC--AACAA-AATCT--ATGATGAAACGTTGTAATT-T-----TAGAGT--TA-GTGTGTgtctt
gi|20 : GCTG------TAT--A---GAC--AT-------TG----CAA-T-TATGAGGT--T----------AAGA-AA---G--TCGTTA---------TTT---CCA--AG-----AAAGCAT-TT------T---T-TTA-TTA--CCTT-TT-A--AA-ATCTA--CT--TTTTT-GA--A------------------------TAT--C---A---TAT-G-T--TG-GA-AACAT----T-GA-T--T--TA-AA-AATCT--AAGGT--CAC-TT-T--TA-T-----CAAGTT--Tgca
gi|14 : AT--A-TCGAC--ATC----G-TA------G-T-C-TGAGGT--TTAAAAATAATAAAA-AA---AAAAAAACGGACC-AAGTTCT---CCT--AG-----AAAGCAT-CT------T---T-T-A-TGA--C--T-T--G--TA-A---A--CA--TTTTG-AA--AAC--CT--T--A-A------T---TTT--T---AAA-TGC-T-T--TG-GA-AGAATA-A-T-TA-A--T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTCtattga
gi|21 : a--A-TAGAC--ATT----G-CA-----AT-T-AATGAGGA--T----------AAAA-A-----------TAG-TA-AA--TTT---ATTCAAA-----AAAGCAT-CT------T---T-T-A-TTA--C--T-TT-G--AA-A---A--C---TTTTT-AA--AAT--CT--T--A-A------T--------------------T-T--TG-----GAATA-A-T-TG-A--T---A-AA-AGTCT--AAGCT--AG--TT-CACTT-T-----TA
gi|17 : --A-TCGAT--AT-------TA----CAG-TGTATGAGGA--T----------GAAA---------TTATTA--CG-TG--TGT---CCG--GA-----GAAATAT-AT------T---T-T-AGTGA--C--T-TT-----A-A---A--CAGCTTTTT-GA--AAC--CT--T--ACA------T---TTT--TCAAA---TG--T-T--TA-TA-AGAATA-A-T-TA-AC-T--GA-AA-ATTGT--ATGA---GCC-TT-TAATC-A-----TAAGTT--CA-TTGTGCCctaatccttattgata
gi|34 : A----TCG-T-AATGA-----T----------GAAA-AT---AAA--AT--GGTC-AA--TTT---CCG--AG-----AAAACAT--T------T---T-T-A-TGA--C--T-TT-G--AA-A---gc
gi|16 : ----TAA-T-TATGAGGA--T----------AAAA-ACGCCAATTCA-CAGACT-GA--------------------AAAGCAT-TT------T---T-T-A-TAA--C--T-TT-GAAAA-A---A--CG--CTTTGAAA--AAT--CT--T--A-A------T---TCT--TAA-A---TGC-A-G--TA-TT-AGAATA-ATT-GA-T--T--AA-AACAATCT--ATGAT--TAC--T-TAATTGTACATGTAAGTT--GG-GTGTGTC
gi|22 : cgGGT--T----------AAAA-AT---AAACC--CAGACC-AA--TTT---CCT--AG-----AAAGCAT-CT------T---T-T-A-TGA--C--T-TT-T--AA-A---A--CA--TTTTT-AA--AAC--CT--TTTA-A------T---TAT--T---AAA-TGC-T-T--TG-TA-AGAATA-A-T-TA-A--T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTac
gi|28 : CAGACC-AA--TTT---CCT--AG-----AAAGCAC-CTAGAGCTT---T-T-A-TGC--C--T-TT-G--AA-A---A--CA--TTTTT-AA--AAC--CT--T--A-A------T---CAT--CAA-A---TGC-T-T--TG-CA-AGAATA-A-T-TC-A--T--AA-A
gi|25 : aCAAAAC-AA--TTTTGTCCA--AA-----AAAGCAT-CT------T---T-T-A-TGT--A--T-CT-G--AA-A---A--CA--TCTTT-CA--AATGGCT--G---------------TAT--T---A---GAG-T-T--CGATA-AAAAAA-A----A-A-----AA-AA-AATCT--ATGAT--CAC-TT-TAATT-A-----CATGTT--GA-GTGca
gi|31 : aaaa-AA--ATT---CTG--AG-----AAAACAT-CT------T---T-T-A-TTA--C--T-TT-G--AA-A---A--TA--TTTTT-AA--AAT--C--------A------T---TAT--T-------TGT-T-TAATG-TT-GAAATA-A-T-AG-A--T--
gi|27 : CAT-CT------T---T-T-A-TGA--C--T-TT-G--AA-A---A--CA--TTTTT-AAT-AAC--CT--T--A-A------TTTATAT--TAA-A---TGC-T-T--GG-CA-AGAATA-A-T-TA-A--TAAAA-AA-AATCC--ATGAT--AAC-TT-TAATT-G-----TAAGTt
gi|32 : T--T--A-A------T---TAT--T---AAA-TGA-T-T--TG-TA-AGAATA-C-T-TT-A--A--AA-AA-AATAT--AT-AT--AAC-TT-TAA-T-T-----TAAGTT--TA-GTTTGTC
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GCAGATTTTCTATTCCCTATATGAATTCATCTAATAGTTAATTGGTACTACAATTAAGTTCCTAATGGTTTTGAATTGCGTTAACCATTTTAGTGTTTTCTAACTATGGGACATTGCATGTTTTTGATCAGAAGCACGGACAAACACGTACTCTCACATGTGCTTTTATAAATTGCCAACAGAATGTTTTTTGTTTTAAGCCAATCCTTGAAATTATGAGCCCTGTTACATGTAACGGAATGTTTTTTCAAATTTGATGCTGTTTTTAAGTAAAAGGTATCGAAGTGAACACAATTAAAGAGTCAAAAAGATAAT
Unaligned ( gi|30 ): AAATCTTAATTTTCAAATGTATTGTTAAAATAATTGATGAACACCTATTACAATTTAAGTGCAAGTTGATTGTATTAC
Unaligned ( gi|35 ): ATGTACCTTTTTCAAATTGAGTTCACGATGTACAGATTGTACACCAAAACACACG
Alignments
lowQualScore : 1111 55555555555555555555555555555555555 1111 22222222222 111111 11111111111111111111111 111111 1111111 111 444444444444444 3333333333333333333333333 333333 222222222222222 11111111111 44444444444444
lowQualScore : 4 3 44 44 3 44 0000 00000000000000000000000000000000000 2 2 66 555 1 5 2 33 33 2 66 2 33 33 33 6666 3333 2 33 66 777777 33 5 33 2 55555555555 111111 99999999999999999999999 77 777777 7777 1111111 000 55 7 3 55 666 55 3 88888888 8 99999 777777777777777 4 4 9999999999999999999999999 66 9999 111111 1 888888 33 2 777777777777777 2 22 1 00000000000 2 88888888888888 1 1 555 22 22 333 44 44444 1 1 555555 333 1 3 22 44 1 1 1 333 55 22 0 44 1 22 1 22 22 1 666666 777 3 1 22 1 1 5 44 1 9999 1 2 22 22 4 2 2 55555 33 2
lowQualScore : . . .. .. . .. .... ................................... . . .. ... . . . .. .. . .. . .. .. .. .... .... . .. .. ...... .. . .. . ........... ...... ....................... .. ...... .... ....... ... .. . . .. ... .. . ........ . ..... ............... . . ......................... .. .... ...... . ...... .. . ............... . .. . ........... . .............. . . ... .. .. ... .. ..... . . ...... ... . . .. .. . . . ... .. .. . .. . .. . .. .. . ...... ... . . .. . . . .. . .... . . .. .. . . . ..... .. .
lowQualScore : 0 3 66 66 3 66 4444 99999999999999999999999999999999999 9 9 88 000 7 3 7 99 00 9 88 9 99 99 99 1111 0000 7 77 33 777777 77 3 77 7 00000000000 111111 88888888888888888888888 99 444444 1111 3333333 000 00 3 6 00 444 00 6 77777777 9 66666 666666666666666 4 4 4444444444444444444444444 11 4444 888888 7 888888 77 7 555555555555555 1 99 0 00000000000 1 22222222222222 9 4 000 66 66 333 33 55555 7 7 000000 000 7 5 44 11 7 7 7 000 00 55 3 11 7 44 7 33 33 7 555555 999 3 7 77 7 7 0 00 7 0000 7 0 88 88 0 0 1 33333 44 7
consensus : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------T--T-CC--A------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--T-T----A---GATGT-T----GTTTCA-AA---T-----TAAAGG-G-ATACAAA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA-TAGGCTG------TAT--A-TCGACAT-CGTA--TA----G-TCATGA-G--GNT-----------AAAA-A-A---AAACCA-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
Reference ( family-1901 ) : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------T--T-CC--A------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--T-T----A---GATGT-T----GTT----AA---T-----TAAAGG-G-ATACAAA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA-TAGGCTG------TAT--A-TCGACAT-CGTA--TA----G-TCATGA-G--GNT-----------AAAA-A-A---AAACCA-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
gi|1 : GAACAGTCTGT-T--T---GA-T---ACG----CA--------A--T-CC--A------TGTTCATGAATA-C-TA--TCTTGGGAC-TTTGATAT-GCTTATGAGTAGAT-CT-ACAGG--ATCCAAATTAATTCGGTATA-GT-G--TCTGCACACATTTCACAAA-AG--T-CA---A-T--T-AAGTGA-----GTAA-T----TGAAAA-------CACATTA-CCAAT--T-TGAAACCTA--A----TTT---ACATTATGTCTCCTCG-ACA--CCTCAGTTTGCA--T-CTCAGA---GGTGT-T----GTTTCA-AA---T-------AATA-G-ATACAAA-C----------------A------ATAAT----AAATCAC-T--T--GCTT------TAT--A-TCGACAT-CATA--T-----G-TCAAGA-GTTTAT-----------AAAA-A-A---AAACC--C-AG---C---A--A--TTT----CT--AGTGACTAAAGCA-T-CT------T---T-TATTGA--C----T-T-GAAA---ACCCA--TTTTT-A--AA-C--A-T--T--A-AC-----T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-A-AATT-ATA-TA-A-T--AA-AA-AATCT---TGAT--AACTTT-TAATT-T-----TTAG----TA-GTG
gi|10 : tgatatattggcggccacaaatcttcttatacaaaagtttagtcttttcttatttaGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----AAT--G-AAGTG------GT---T----TA--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TCA---TCA--AAG-CTACTTG-ACA--ACT---TTTACA--T-T----A---GATGT-T----GTT---------T-----CAA-------TATAAA--------------------------T--T----AAATCGC-TA---GGCTG------TAT--A-TCAACAT-CGTA--------G-TCATGA-G--GTT-----------AAAA-A-A---AA--C--C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-GT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ACGAT--AAC-TT-TATTT-T-----TAAGTT--TA-GTGTG
gi|11 : AA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA---AGCTG------TAT--A---GACATTCGTA--------A-TCATGA-T--GAT-----------AAAC-A-G---A--CGG-TGAG-ACC---A--T--TTT---CCT--AG-----AAATCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-AAAA---A--CA--TTTAATA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-ATA-TGC-T-TTGTA-AAAATA-AT--TA-A-TA-AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-G-----TTAGTT--TA-GTGTGTC
gi|12 : cGCTG------TAT--A-CAGACAT-GTTA--AG----G-TCATGAAG--GAT-----------AA-------------C--C-AG-AC----A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-TAAT------T---G-TA-TGA--C--CAT-T-GTAA-----------CTTTAA--AA-G--C-C--T--A-AGGGAAGTA--TATTCCAA-TGT-T-TGGTA-AGAATA-ATCGTA-C-TC-AACAA-AATCT--ATGATGAAACGTTGTAATT-T-----TAGAGT--TA-GTGTGT
gi|13 : TCAC-T--T-GGCCG------TAT--A-TTGACAT-C--A--TA----G-TCATGA-G--GTT-----------AAAA-A-A---AAA------AA-ACCTCCA--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-AA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AG-ATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TATTT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTgca
gi|14 : caggAT--A-TCGACAT-CGTA--------G-TC-TGA-G--GTTTAAAAATAATAAAAA-A-A---AAAAAA-C-GG-ACC---A--AGTTCT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C----T-T-GTAA---A--CA--TTTTGAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TTTT-AAA-TGC-T-TTGGA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
gi|15 : aGAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------A--T-CC--A------TTTCTGT----A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--C-CA---A-T--T-ATGTG------GT---T----TG--AA-------CCTATT---------------------------------CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTGGCA--T-T----A---GA
gi|16 : ttgcaaatcctttatattcagtcttta--TA----A-TTATGA-G--GAT-----------AAAA-A-CGCCAATTCA-C-AG-ACT---G--A--------------------AAAGCA-T-TT------T---T-TA-TAA--C--T-T-T-GAAA---AAACG--CTTTGAA--AAAT--C-T--T--A-A------T---TCTT-AAA-TGC-A-GTATT-AGAATA-AT--TG-ATT--AA-AACAATCT--ATGAT--TAC--T-TAATTGTACATGTAAGTT--GG-GTGTGTC
gi|17 : cg--AG-----AAA-TA-T-AT------T---T-TAGTGA--C--T-T-T---AA---A--CAGCTTTTTGA--AA-C--C-T--T--ACA------T---TTTTCAAA-TG--T-TTATA-AGAATA-AT--TA-ACT--GA-AA-ATTGT--ATGA---GCC-TT-TAATC-A-----TAAGTT--CA-TTGTGCCac
gi|18 : atcgatattacagtgtatgaggatgaaattattacgtgtgtccggGAAC-G-CTGT-TGGT--TGA-TTTAACG----CAACCCAT--T--T-CT--G------T----------A-CATGG-T---GGGACCTTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-CAAAT-GGGAA--CAAA--A----AGTG---GT-G--TC--CACA------AT--A-GG--T-CAAA-A-TAAC-AAGTG------GT---T----Tgc
gi|19 : ataaattgtgcaaatctttctattcagtctttaGACAT-AGCA--------A-TTATGA-G--GAT-----------AAAA-A---------------G-GTA---A--A--TTT---TCA--AG-----AAAACA-T-TT------G---T-CA-TTA--C--T-T-T-GGAA---A--TA--GTTTTAA--AA-T--C-T--T----A------T---TCTT-GAA-TTT-T-ATGTT-GGAATA-AT--TA-A-T--TA-AA-AATCG--ATGAT--CTC-TT-TTACT-T-----
gi|2 : ggctgatttgaa--------T--T-CC--T------A----------A-C-TA--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGG-CAGAT-C--A--GG--A--CAAA--------------GT-A--TC--CACC------AT--GTGG--T-C----A----G-AAATA------GT---T----AA--AAGAAGGGTTTCGTTTGCCAAGCCT-TG------A--A----TTATAGCC----CG-CTAACTG-ATGTTCTT---TTTCCAATT-T----GAATGATGT-TTCTCATT----AAACTT-----TACAGGTG-A-ACAAACAACGCAAGTCAAGATATA------AT--T----ATATCACATACTAGGTTG-------------TTGGCAT-CGTAATTA----T-T--TGA-G--GAT-----------A-------------------GG-AGC---C--A--TTT---CAT--AC-----AAAGCA-T-CA------T---T-TA-TTA--C--T-TCT---AA---T--CG--CTTTTTA--AA-T--C-T--T--A-A------TG--TTTC-AAA-TGC-TATTGTT-AAAATACAT--TG-A-T--GA-gtctt
gi|20 : ttttgaaatccgattaacaataaaatgttggcaaatcaaggaacattccaatttgcaaattttatggctatataaattcagtctaacagtttaattcactacaattttagtccatttgtttttattgcgtaacttgactctagggtGCTG------TAT--A---GACAT-TGCA--------A-TTATGA-G--GTT-----------AAGA-A-A---G------------TC---GTTA--TTT---CCA--AG-----AAAGCATT-TT------T---T-TA-TTA--CCTT-T-T-AAAATCTA--CT--TTTTTGA--A--------------------------TATC-ATA-TG----TTG----GAAAC-AT--TG-ATT--TA-AA-AATCT--AAGGT--CAC-TT-T--TA-T-----CAAGTT--T
gi|21 : --A-TAGACAT-TGCA---A----T-TAATGA-G--GAT-----------AAAA-A------------T-AGTA-----A--A--TTT---ATTCAAA-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TTA--C--T-T-T-GAAA---A--C---TTTTTAA--AA-T--C-T--T--A-A------T----------------T-TTG----GAATA-AT--TG-A-T---A-AA-AGTCT--AAGCT--AG--TT-CACTT-T-----TAtattga
gi|22 : -G--GTT-----------AAAA-A-T---AAACC--C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-TAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--TTTA-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTctaatccttattgata
gi|23 : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------A--T-CC--A------T------------------T---GG--C-TTTGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--TAAA--A----GGC----GT-G--TC--CACA------AC-----------------------AGTG------GT---T----TG--AA-------CACATT--CCA----T-TGA----TA--A----T
gi|24 : ttgtgcaaatcctttaaattcagtctttaAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----TA--------A--C-CC--AATGATGT----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGTGCAGGT-GTTTC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-C--T-
gi|25 : attcaggattcaA-C-AA-AAC---A--A--TTTTGTCCA--AA-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGT--A--T-C-T-GAAA---A--CA--TCTTTCA--AA-TGGC-T--------------G---TATT-AGA--GT-T-CGATA-AAAA-A-A----A-A-A--AA-AA-AATCT--ATGAT--CAC-TT-TAATT-A-----CATGTT--GA-GTGtggccgtatattga
gi|26 : aaaGGAC-TTTGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-TG--A--TAAA--A----AGT----GT-G--TC--CACA------AT--A-GG--T-CAAATA-T--CAAAGTG------CT---T----TG---------------TT--TAA----GATGA----CACCA----TTC---CCA--TTG-CTACTTG-ACA--TCT---TTTGCA--T-T----
gi|27 : caCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAAT-AA-C--C-T--T--A-A------TTTATATT-AAA-TGC-T-TGGCA-AGAATA-AT--TA-A-TAAAA-AA-AATCC--ATGAT--AAC-TT-TAATT-G-----TAAGTtg
gi|28 : A-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-C-CTAGAGCTT---T-TA-TGC--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---CATC-AAA-TGC-T-TTGCA-AGAATA-AT--TC-A-T--AA-A
gi|29 : GT-T--T--TGT-TT--GCA----TAACCAAC--T--T-CC---------T----------A-C-TG--C---TGGAC-TTCCGTAT-GCT--TGG-CA-AT-T--AC-GG--A--CTAA--A-----GT----AC-C--CC--CACA------CT--GTGG--TCC----A-A--T-AGGTG------GT---T----ca
gi|3 : GAACAG-CTGTAT--T--TAAGTT--ACAAACCCA--------T--TTCC--A------T----------A-C-TG--T---GG-AC-TTCAATAT-GCT--TGA-TAGATAC--AC-AG--A--CAAG--A----G-T----GC-A--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----T----A-------CCCAGT--CCAT---T-TGA----TA--A----TTAC--CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--T-T----A---GATGTAT----GTTCA--AA---T-----TAAAGG-G-ATACAAA-A----------------A------AT--T----AAATCA--TA--AGGC-G------TAT--AGTCGACAT-C-T---TA----GTTCATGA-G--AAT-----------AAAA-A-A---ACCCAA-C-AG-ACCA--A--A--TTA---CCTC-AG-----AAAG-A-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-TGGAAA---A--CA--TTTGGTA--AA-C--C-T--C--A-A------TC--TATT-AAA--GC-T-TTGTATAGAATACAT--TA-A-A--AA-AA-AAT-T--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTTGATAGGTGTGTC
gi|30 : aaattgtgccaaatccttttgaaaattcagtcttatA--AA-T--C-T--T--A-A------T---TTTC-AAA-TGT-A-TTGTT-AAAATA-AT--TG-A-T---G-AA-CACCT--ATTAC--AA--TT-TAAGT-G-----CAAGTT--GA-TTGTATac
gi|31 : ---A--A--ATT---CTG--AG-----AAAACA-T-CT------T---T-TA-TTA--C--T-T-T-GAAA---A--TA--TTTTTAA--AA-T--CAT--T--A-T------T---TGTT-TAA-TG----TTGAA-ATAATAGAT--Ttac
gi|32 : -T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGA-T-TTGTA-AGAATA-CT--TT-A-A--AA-AA-AATAT--AT-AT--AAC-TT-TAA-T-T-----TAAGTT--TA-GTTTGTC
gi|33 : AGGCTG------TATCTA-TCGACAT-CG-A---A----G-TCATGA-G--GTT-----------AAAA-A-A---AAAAC--C-AG-ACC---ac
gi|34 : -TCGTAA-T--GAT-----------GAAA-ATA---AAAT------G-GTC---A--A--TTT---CCG--AG-----AAAACA-T--T------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---gtgcgtaaaaaac
gi|36 : a--------T--T-CC--A------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GC
gi|4 : ccatCAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------G--T-CC--A------TTTCTGT----A-C-TG--T---GG-AC-TTCAATAT-GCT--TG--TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C--------------TG------GTCAAT----TG--AA-------CCTATG--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CTG---TTTGCA--T-T----A---AATGTAT----GTTTCAAAA---T-----TAAAGG-G-ATACAAA-A----------------A------CT--T----AAACCAC--A--AGGCTGCATGTATAT--A-TCGACAT-TGTA--TATATAG-TCATGA-G--TTT-----------AAAATA-A---AAACCA----G-ATC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-TAAA---A--CA--TTTCTAA--AA-C--C-TTAT--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTATA-AGAATA-A---TA-A-TAAAA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGT
gi|5 : -T--T--TGA-TT--GCGA---CA--------TAAC-CC--A------T----------TTC-TAGTT---GTTAC-TTATATAT-GCT--TG--CA-AT-C--AC-A-------AAA--A----GTT----G--G--CG--CGAA------AT--A-GG--C-A----A-T--T-AGGTGTTAATTGT---TAAAGTA--AA-------ACCAAT--CCA----T--AA----TAT-A----TTG---TCA--TTGGCTAACTT-ATA--C-T---TTTGAA--TAT----G---AATTT-T----TTT----AA---TGATGATGAATG-GTAAACAAA-A----------------ATAAAATAT--TCTTAAAAT-AT-TT-TTGTCAC------TA---A-TTAATAA-CAC---TA----C-TTATGA-G--GAT-----------AAAA-A---------------T-GCC---A--A--TTT---CCT--GG-----AAAGCA-T-CT------TAAATATA-TGACTC--T-T-T-GAAA-------A--TTTTTAAGCAA-T--C-T--T--A-A------T---TATG-AAACTGC-T-ATGT---GAA-A-AT--TA-T-A--AA-AA-AATCTTAATGAT--CAT-TT-Tt
gi|6 : GAACAG-CTGT-T--T--TAA-TT--ACG----CA--------T--T-CC--A------T----------A-C-CG--T---GGGAC-T-CGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----AT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--AAATTTTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--T-T----A---GATGT-T----------------T-----TAAAGG-G-ATACTAA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA-TAGGCTG------TAT--A-TCGACAT-CATA--TA----G-TCATGA-G--GTT-----------AAAA-A-A---AAACCATC-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAACA-T-CT------T---T-TA-TCA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT---A-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--GA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTCccgcaagtgagtgcgtcac
gi|8 : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACA----CAACACAT--T--T-CT--G------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATATTGCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A---AAA--A----GGT----GTTG--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-------------------------------------------ATT----A----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--C-C----A---GATGT-T----GCTTCAAAA---T-----TAAAGG-G-ATACACA-A----------------A------AT--T----AAATCAT----TAGGC-A------AAT--A-TCAA-------A--CA------TCATGA-G--GGT-----------AAAA-A-A---AAA-AA-C-AG-A-C---A--A--TTT---CCC--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--CT-T-T-T-GAAA---A--CA--TTTT--A--AA-C--C----T--A-A------T---TATT-AAA-TGCTT-TTGTA-AGAATA-AT--TATA-T--AA-A
gi|9 : taGAACAG--TGT-T--TATTGA-TT--ATG----TAACCTCATAT--T-CTGGA------T----------A---TG--T---GGGACCTTCGATAT-GCT---GA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TCT-CA-A------AC--A-GGATT-A----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--------------ATT--CCA------TGA----GA--AC---TTA----CA--ATG-CTA-CTGTACA--CC----TTTGCA--T-T----A---GATGT-T----GTTTCAAAA---T-----TAAAGG-G-ATAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GCAGATTTTCTATTCCCTATATGAATTCATCTAATAGTTAATTGGTACTACAATTAAGTTCCTAATGGTTTTGAATTGCGTTAACCATTTTAGTGTTTTCTAACTATGGGACATTGCATGTTTTTGATCAGAAGCACGGACAAACACGTACTCTCACATGTGCTTTTATAAATTGCCAACAGAATGTTTTTTGTTTTAAGCCAATCCTTGAAATTATGAGCCCTGTTACATGTAACGGAATGTTTTTTCAAATTTGATGCTGTTTTTAAGTAAAAGGTATCGAAGTGAACACAATTAAAGAGTCAAAAAGATAAT
Unaligned ( gi|35 ): ATGTACCTTTTTCAAATTGAGTTCACGATGTACAGATTGTACACCAAAACACACG
Alignments
lowQualScore : 1111 55555555555555555555555555555555555 1111 22222222222 111111 11111111111111111111111 111111 1111111 111 222222222222222 3333333333333333333333333 333333 222222222222222 11111111111 44444444444444
lowQualScore : 4 3 44 44 3 44 0000 00000000000000000000000000000000000 2 2 66 555 1 5 2 33 33 2 66 2 33 33 33 6666 3333 2 33 66 777777 33 5 33 2 55555555555 111111 99999999999999999999999 77 777777 7777 1111111 000 55 7 3 55 666 55 7777 66 8 0 888888888888888 1 4 9999999999999999999999999 66 9999 111111 1 888888 33 2 777777777777777 2 22 1 00000000000 2 88888888888888 1 1 555 22 22 333 44 44444 1 1 555555 333 1 3 22 44 1 1 1 333 55 22 0 44 1 22 1 22 22 1 666666 777 3 1 22 1 1 5 44 1 9999 1 2 22 22 4 2 2 55555 33 2
lowQualScore : . . .. .. . .. .... ................................... . . .. ... . . . .. .. . .. . .. .. .. .... .... . .. .. ...... .. . .. . ........... ...... ....................... .. ...... .... ....... ... .. . . .. ... .. .... .. . . ............... . . ......................... .. .... ...... . ...... .. . ............... . .. . ........... . .............. . . ... .. .. ... .. ..... . . ...... ... . . .. .. . . . ... .. .. . .. . .. . .. .. . ...... ... . . .. . . . .. . .... . . .. .. . . . ..... .. .
lowQualScore : 0 3 66 66 3 66 4444 99999999999999999999999999999999999 9 9 88 000 7 3 7 99 00 9 88 9 99 99 99 1111 0000 7 77 33 777777 77 3 77 7 00000000000 111111 88888888888888888888888 99 444444 1111 3333333 000 00 3 6 00 444 00 7777 11 9 8 111111111111111 8 4 4444444444444444444444444 11 4444 888888 7 888888 77 7 888888888888888 1 99 0 00000000000 1 22222222222222 9 4 000 66 66 333 33 55555 7 7 000000 000 7 5 44 11 7 7 7 000 00 55 3 11 7 44 7 33 33 7 555555 999 3 7 77 7 7 0 00 7 0000 7 0 88 88 0 0 1 33333 44 7
consensus : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------T--T-CC--A------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--T-TGTTTC-----AA-----A--TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA-TAGGCTG------TAT--A-TCGACAT-CGTA--TA----G-TCATGA-G--GNT-----------AAAA-A-A---AAACCA-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
Reference ( family-1901 ) : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------T--T-CC--A------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--T-TGTTTC-----AA-----A--TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA-TAGGCTG------TAT--A-TCGACAT-CGTA--TA----G-TCATGA-G--GNT-----------AAAA-A-A---AAACCA-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
gi|1 : GAACAGTCTGT-T--T---GA-T---ACG----CA--------A--T-CC--A------TGTTCATGAATA-C-TA--TCTTGGGAC-TTTGATAT-GCTTATGAGTAGAT-CT-ACAGG--ATCCAAATTAATTCGGTATA-GT-G--TCTGCACACATTTCACAAA-AG--T-CA---A-T--T-AAGTGA-----GTAA-T----TGAAAA-------CACATTA-CCAAT--T-TGAAACCTA--A----TTT---ACATTATGTCTCCTCG-ACA--CCTCAGTTTGCA--TCTCAGAGGTG--T-TGTTTC-----AA-----A--T--AATA-GATACAAA-C----------------A------ATAAT----AAATCAC-T--T--GCTT------TAT--A-TCGACAT-CATA--T-----G-TCAAGA-GTTTAT-----------AAAA-A-A---AAACC--C-AG---C---A--A--TTT----CT--AGTGACTAAAGCA-T-CT------T---T-TATTGA--C----T-T-GAAA---ACCCA--TTTTT-A--AA-C--A-T--T--A-AC-----T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-A-AATT-ATA-TA-A-T--AA-AA-AATCT---TGAT--AACTTT-TAATT-T-----TTAG----TA-GTG
gi|10 : tgatatattggcggccacaaatcttcttatacaaaagtttagtcttttcttatttaGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----AAT--G-AAGTG------GT---T----TA--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TCA---TCA--AAG-CTACTTG-ACA--ACT---TTTACA--TT----AGATG--T-TGTTTC-----AA------------------TATAAA--------------------------T--T----AAATCGC-TA---GGCTG------TAT--A-TCAACAT-CGTA--------G-TCATGA-G--GTT-----------AAAA-A-A---AA--C--C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-GT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ACGAT--AAC-TT-TATTT-T-----TAAGTT--TA-GTGTG
gi|11 : AA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA---AGCTG------TAT--A---GACATTCGTA--------A-TCATGA-T--GAT-----------AAAC-A-G---A--CGG-TGAG-ACC---A--T--TTT---CCT--AG-----AAATCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-AAAA---A--CA--TTTAATA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-ATA-TGC-T-TTGTA-AAAATA-AT--TA-A-TA-AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-G-----TTAGTT--TA-GTGTGTC
gi|12 : cGCTG------TAT--A-CAGACAT-GTTA--AG----G-TCATGAAG--GAT-----------AA-------------C--C-AG-AC----A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-TAAT------T---G-TA-TGA--C--CAT-T-GTAA-----------CTTTAA--AA-G--C-C--T--A-AGGGAAGTA--TATTCCAA-TGT-T-TGGTA-AGAATA-ATCGTA-C-TC-AACAA-AATCT--ATGATGAAACGTTGTAATT-T-----TAGAGT--TA-GTGTGT
gi|13 : TCAC-T--T-GGCCG------TAT--A-TTGACAT-C--A--TA----G-TCATGA-G--GTT-----------AAAA-A-A---AAA------AA-ACCTCCA--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-AA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AG-ATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TATTT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTgca
gi|14 : caggAT--A-TCGACAT-CG----TA----G-TC-TGA-G--GTTTAAAAATAATAAAAA-A-A---AAAAAA-C-GG-ACC---A--AGTTCT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C----T-T-GTAA---A--CA--TTTTGAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TTTT-AAA-TGC-T-TTGGA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
gi|15 : aGAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------A--T-CC--A------TTTCTGT----A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--C-CA---A-T--T-ATGTG------GT---T----TG--AA-------CCTATT---------------------------------CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTGGCA--TT----AGA
gi|16 : ttgcaaatcctttatattcagtcttta--TA----A-TTATGA-G--GAT-----------AAAA-A-CGCCAATTCA-C-AG-ACT---G--A--------------------AAAGCA-T-TT------T---T-TA-TAA--C--T-T-T-GAAA---AAACG--CTTTGAA--AAAT--C-T--T--A-A------T---TCTT-AAA-TGC-A-GTATT-AGAATA-AT--TG-ATT--AA-AACAATCT--ATGAT--TAC--T-TAATTGTACATGTAAGTT--GG-GTGTGTC
gi|17 : cg--AG-----AAA-TA-T-AT------T---T-TAGTGA--C--T-T-T---AA---A--CAGCTTTTTGA--AA-C--C-T--T--ACA------T---TTTTCAAA-TG--T-TTATA-AGAATA-AT--TA-ACT--GA-AA-ATTGT--ATGA---GCC-TT-TAATC-A-----TAAGTT--CA-TTGTGCCac
gi|18 : atcgatattacagtgtatgaggatgaaattattacgtgtgtccggGAAC-G-CTGT-TGGT--TGA-TTTAACG----CAACCCAT--T--T-CT--G------T----------A-CATGG-T---GGGACCTTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-CAAAT-GGGAA--CAAA--A----AGTG---GT-G--TC--CACA------AT--A-GG--T-CAAA-A-TAAC-AAGTG------GT---T----Tgc
gi|19 : ataaattgtgcaaatctttctattcagtctttaGACAT-AGCA--------A-TTATGA-G--GAT-----------AAAA-A---------------G-GTA---A--A--TTT---TCA--AG-----AAAACA-T-TT------G---T-CA-TTA--C--T-T-T-GGAA---A--TA--GTTTTAA--AA-T--C-T--T----A------T---TCTT-GAA-TTT-T-ATGTT-GGAATA-AT--TA-A-T--TA-AA-AATCG--ATGAT--CTC-TT-TTACT-T-----
gi|2 : ggctgatttgaa--------T--T-CC--T------A----------A-C-TA--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGG-CAGAT-C--A--GG--A--CAAA--------------GT-A--TC--CACC------AT--GTGG--T-C----A----G-AAATA------GT---T----AA--AAGAAGGGTTTCGTTTGCCAAGCCT-TG------A--A----TTATAGCC----CG-CTAACTG-ATGTTCTT---TTTCCAATTT----GAATG--A-TGTTTCTCATTAA-----ACTTTACAGGTGA-ACAAACAACGCAAGTCAAGATATA------AT--T----ATATCACATACTAGGTTG-------------TTGGCAT-CGTAATTA----T-T--TGA-G--GAT-----------A-------------------GG-AGC---C--A--TTT---CAT--AC-----AAAGCA-T-CA------T---T-TA-TTA--C--T-TCT---AA---T--CG--CTTTTTA--AA-T--C-T--T--A-A------TG--TTTC-AAA-TGC-TATTGTT-AAAATACAT--TG-A-T--GA-gtctt
gi|20 : ttttgaaatccgattaacaataaaatgttggcaaatcaaggaacattccaatttgcaaattttatggctatataaattcagtctaacagtttaattcactacaattttagtccatttgtttttattgcgtaacttgactctagggtGCTG------TAT--A---GACAT-TGCA--------A-TTATGA-G--GTT-----------AAGA-A-A---G------------TC---GTTA--TTT---CCA--AG-----AAAGCATT-TT------T---T-TA-TTA--CCTT-T-T-AAAATCTA--CT--TTTTTGA--A--------------------------TATC-ATA-TG----TTG----GAAAC-AT--TG-ATT--TA-AA-AATCT--AAGGT--CAC-TT-T--TA-T-----CAAGTT--T
gi|21 : --A-TAGACAT-TGCA---A----T-TAATGA-G--GAT-----------AAAA-A------------T-AGTA-----A--A--TTT---ATTCAAA-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TTA--C--T-T-T-GAAA---A--C---TTTTTAA--AA-T--C-T--T--A-A------T----------------T-TTG----GAATA-AT--TG-A-T---A-AA-AGTCT--AAGCT--AG--TT-CACTT-T-----TAtattga
gi|22 : -G--GTT-----------AAAA-A-T---AAACC--C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-TAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--TTTA-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTctaatccttattgata
gi|23 : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------A--T-CC--A------T------------------T---GG--C-TTTGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--TAAA--A----GGC----GT-G--TC--CACA------AC-----------------------AGTG------GT---T----TG--AA-------CACATT--CCA----T-TGA----TA--A----T
gi|24 : ttgtgcaaatcctttaaattcagtctttaAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----TA--------A--C-CC--AATGATGT----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGTGCAGGT-GTTTC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-C--T-
gi|25 : attcaggattcaA-C-AA-AAC---A--A--TTTTGTCCA--AA-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGT--A--T-C-T-GAAA---A--CA--TCTTTCA--AA-TGGC-T--------------G---TATT-AGA--GT-T-CGATA-AAAA-A-A----A-A-A--AA-AA-AATCT--ATGAT--CAC-TT-TAATT-A-----CATGTT--GA-GTGtggccgtatattga
gi|26 : aaaGGAC-TTTGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-TG--A--TAAA--A----AGT----GT-G--TC--CACA------AT--A-GG--T-CAAATA-T--CAAAGTG------CT---T----TG---------------TT--TAA----GATGA----CACCA----TTC---CCA--TTG-CTACTTG-ACA--TCT---TTTGCA--TT----
gi|27 : caCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAAT-AA-C--C-T--T--A-A------TTTATATT-AAA-TGC-T-TGGCA-AGAATA-AT--TA-A-TAAAA-AA-AATCC--ATGAT--AAC-TT-TAATT-G-----TAAGTtg
gi|28 : A-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-C-CTAGAGCTT---T-TA-TGC--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---CATC-AAA-TGC-T-TTGCA-AGAATA-AT--TC-A-T--AA-A
gi|29 : GT-T--T--TGT-TT--GCA----TAACCAAC--T--T-CC---------T----------A-C-TG--C---TGGAC-TTCCGTAT-GCT--TGG-CA-AT-T--AC-GG--A--CTAA--A-----GT----AC-C--CC--CACA------CT--GTGG--TCC----A-A--T-AGGTG------GT---T----ca
gi|3 : GAACAG-CTGTAT--T--TAAGTT--ACAAACCCA--------T--TTCC--A------T----------A-C-TG--T---GG-AC-TTCAATAT-GCT--TGA-TAGATAC--AC-AG--A--CAAG--A----G-T----GC-A--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----T----A-------CCCAGT--CCAT---T-TGA----TA--A----TTAC--CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--TATG-TTC-----AA-----A--TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------AT--T----AAATCA--TA--AGGC-G------TAT--AGTCGACAT-C-T---TA----GTTCATGA-G--AAT-----------AAAA-A-A---ACCCAA-C-AG-ACCA--A--A--TTA---CCTC-AG-----AAAG-A-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-TGGAAA---A--CA--TTTGGTA--AA-C--C-T--C--A-A------TC--TATT-AAA--GC-T-TTGTATAGAATACAT--TA-A-A--AA-AA-AAT-T--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTTGATAGGTGTGTC
gi|30 : aaattgtgccaaatccttttgaaaattcagtcttatA--AA-T--C-T--T--A-A------T---TTTC-AAA-TGT-A-TTGTT-AAAATA-AT--TG-A-T---G-AA-CACCT--ATTAC--AA--TT-TAAGT-G-----CAAGTT--GA-TTGTATac
gi|31 : ---A--A--ATT---CTG--AG-----AAAACA-T-CT------T---T-TA-TTA--C--T-T-T-GAAA---A--TA--TTTTTAA--AA-T--CAT--T--A-T------T---TGTT-TAA-TG----TTGAA-ATAATAGAT--Ttac
gi|32 : -T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGA-T-TTGTA-AGAATA-CT--TT-A-A--AA-AA-AATAT--AT-AT--AAC-TT-TAA-T-T-----TAAGTT--TA-GTTTGTC
gi|33 : AGGCTG------TATCTA-TCGACAT-CG-A---A----G-TCATGA-G--GTT-----------AAAA-A-A---AAAAC--C-AG-ACC---ac
gi|34 : -TCGTAA-T--GAT-----------GAAA-ATA---AAAT------G-GTC---A--A--TTT---CCG--AG-----AAAACA-T--T------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---gtgcgtaaaaaac
gi|36 : a--------T--T-CC--A------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GC
gi|4 : ccatCAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------G--T-CC--A------TTTCTGT----A-C-TG--T---GG-AC-TTCAATAT-GCT--TG--TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C--------------TG------GTCAAT----TG--AA-------CCTATG--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CTG---TTTGCA--TT----AAATG--TATGTTTC-----AA-----AA-TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------CT--T----AAACCAC--A--AGGCTGCATGTATAT--A-TCGACAT-TGTA--TATATAG-TCATGA-G--TTT-----------AAAATA-A---AAACCA----G-ATC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-TAAA---A--CA--TTTCTAA--AA-C--C-TTAT--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTATA-AGAATA-A---TA-A-TAAAA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGT
gi|5 : -T--T--TGA-TT--GCGA---CA--------TAAC-CC--A------T----------TTC-TAGTT---GTTAC-TTATATAT-GCT--TG--CA-AT-C--AC-A-------AAA--A----GTT----G--G--CG--CGAA------AT--A-GG--C-A----A-T--T-AGGTGTTAATTGT---TAAAGTA--AA-------ACCAAT--CCA----T--AA----TAT-A----TTG---TCA--TTGGCTAACTT-ATA--C-T---TTTGAA--T-------ATGAAT-TTTTTT-----AATGATGA--TGAATGG-TAAACAAA-A----------------ATAAAATAT--TCTTAAAAT-AT-TT-TTGTCAC------TA---A-TTAATAA-CAC---TA----C-TTATGA-G--GAT-----------AAAA-A---------------T-GCC---A--A--TTT---CCT--GG-----AAAGCA-T-CT------TAAATATA-TGACTC--T-T-T-GAAA-------A--TTTTTAAGCAA-T--C-T--T--A-A------T---TATG-AAACTGC-T-ATGT---GAA-A-AT--TA-T-A--AA-AA-AATCTTAATGAT--CAT-TT-Tt
gi|6 : GAACAG-CTGT-T--T--TAA-TT--ACG----CA--------T--T-CC--A------T----------A-C-CG--T---GGGAC-T-CGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----AT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--AAATTTTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--T-T--------------------TTAAAGG-GATACTAA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA-TAGGCTG------TAT--A-TCGACAT-CATA--TA----G-TCATGA-G--GTT-----------AAAA-A-A---AAACCATC-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAACA-T-CT------T---T-TA-TCA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT---A-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--GA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTCccgcaagtgagtgcgtcac
gi|8 : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACA----CAACACAT--T--T-CT--G------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATATTGCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A---AAA--A----GGT----GTTG--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-------------------------------------------ATT----A----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--CC----AGATG--T-TGCTTCA----AA-----A--TTAAAGG-GATACACA-A----------------A------AT--T----AAATCAT----TAGGC-A------AAT--A-TCAA-------A--CA------TCATGA-G--GGT-----------AAAA-A-A---AAA-AA-C-AG-A-C---A--A--TTT---CCC--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--CT-T-T-T-GAAA---A--CA--TTTT--A--AA-C--C----T--A-A------T---TATT-AAA-TGCTT-TTGTA-AGAATA-AT--TATA-T--AA-A
gi|9 : taGAACAG--TGT-T--TATTGA-TT--ATG----TAACCTCATAT--T-CTGGA------T----------A---TG--T---GGGACCTTCGATAT-GCT---GA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TCT-CA-A------AC--A-GGATT-A----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--------------ATT--CCA------TGA----GA--AC---TTA----CA--ATG-CTA-CTGTACA--CC----TTTGCA--TT----AGATG--T-TGTTTCA----AA-----A--TTAAAGG-GATAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GCAGATTTTCTATTCCCTATATGAATTCATCTAATAGTTAATTGGTACTACAATTAAGTTCCTAATGGTTTTGAATTGCGTTAACCATTTTAGTGTTTTCTAACTATGGGACATTGCATGTTTTTGATCAGAAGCACGGACAAACACGTACTCTCACATGTGCTTTTATAAATTGCCAACAGAATGTTTTTTGTTTTAAGCCAATCCTTGAAATTATGAGCCCTGTTACATGTAACGGAATGTTTTTTCAAATTTGATGCTGTTTTTAAGTAAAAGGTATCGAAGTGAACACAATTAAAGAGTCAAAAAGATAAT
Unaligned ( gi|35 ): ATGTACCTTTTTCAAATTGAGTTCACGATGTACAGATTGTACACCAAAACACACG
Alignments
lowQualScore : 1111 55555555555555555555555555555555555 1111 22222222222 111111 11111111111111111111111 111111 1111111 111 222222222222222 3333333333333333333333333 333333 222222222222222 11111111111 44444444444444
lowQualScore : 4 3 44 44 3 44 0000 00000000000000000000000000000000000 2 2 66 555 1 5 2 33 33 2 66 2 33 33 33 6666 3333 2 33 66 777777 33 5 33 2 55555555555 111111 99999999999999999999999 77 777777 7777 1111111 000 55 7 3 55 666 55 7777 66 8 0 888888888888888 1 4 9999999999999999999999999 66 9999 111111 1 888888 33 2 777777777777777 2 22 1 00000000000 2 88888888888888 1 1 555 22 22 333 44 44444 1 1 555555 333 1 3 22 44 1 1 1 333 55 22 0 44 1 22 1 22 22 1 666666 777 3 1 22 1 1 5 44 1 9999 1 2 22 22 4 2 2 55555 33 2
lowQualScore : . . .. .. . .. .... ................................... . . .. ... . . . .. .. . .. . .. .. .. .... .... . .. .. ...... .. . .. . ........... ...... ....................... .. ...... .... ....... ... .. . . .. ... .. .... .. . . ............... . . ......................... .. .... ...... . ...... .. . ............... . .. . ........... . .............. . . ... .. .. ... .. ..... . . ...... ... . . .. .. . . . ... .. .. . .. . .. . .. .. . ...... ... . . .. . . . .. . .... . . .. .. . . . ..... .. .
lowQualScore : 0 3 66 66 3 66 4444 99999999999999999999999999999999999 9 9 88 000 7 3 7 99 00 9 88 9 99 99 99 1111 0000 7 77 33 777777 77 3 77 7 00000000000 111111 88888888888888888888888 99 444444 1111 3333333 000 00 3 6 00 444 00 7777 11 9 8 111111111111111 8 4 4444444444444444444444444 11 4444 888888 7 888888 77 7 888888888888888 1 99 0 00000000000 1 22222222222222 9 4 000 66 66 333 33 55555 7 7 000000 000 7 5 44 11 7 7 7 000 00 55 3 11 7 44 7 33 33 7 555555 999 3 7 77 7 7 0 00 7 0000 7 0 88 88 0 0 1 33333 44 7
consensus : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------T--T-CC--A------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--T-TGTTTC-----AA-----A--TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA-TAGGCTG------TAT--A-TCGACAT-CGTA--TA----G-TCATGA-G--GNT-----------AAAA-A-A---AAACCA-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
Reference ( family-1901 ) : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------T--T-CC--A------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--T-TGTTTC-----AA-----A--TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA-TAGGCTG------TAT--A-TCGACAT-CGTA--TA----G-TCATGA-G--GNT-----------AAAA-A-A---AAACCA-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
gi|1 : GAACAGTCTGT-T--T---GA-T---ACG----CA--------A--T-CC--A------TGTTCATGAATA-C-TA--TCTTGGGAC-TTTGATAT-GCTTATGAGTAGAT-CT-ACAGG--ATCCAAATTAATTCGGTATA-GT-G--TCTGCACACATTTCACAAA-AG--T-CA---A-T--T-AAGTGA-----GTAA-T----TGAAAA-------CACATTA-CCAAT--T-TGAAACCTA--A----TTT---ACATTATGTCTCCTCG-ACA--CCTCAGTTTGCA--TCTCAGAGGTG--T-TGTTTC-----AA-----A--T--AATA-GATACAAA-C----------------A------ATAAT----AAATCAC-T--T--GCTT------TAT--A-TCGACAT-CATA--T-----G-TCAAGA-GTTTAT-----------AAAA-A-A---AAACC--C-AG---C---A--A--TTT----CT--AGTGACTAAAGCA-T-CT------T---T-TATTGA--C----T-T-GAAA---ACCCA--TTTTT-A--AA-C--A-T--T--A-AC-----T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-A-AATT-ATA-TA-A-T--AA-AA-AATCT---TGAT--AACTTT-TAATT-T-----TTAG----TA-GTG
gi|10 : tgatatattggcggccacaaatcttcttatacaaaagtttagtcttttcttatttaGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----AAT--G-AAGTG------GT---T----TA--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TCA---TCA--AAG-CTACTTG-ACA--ACT---TTTACA--TT----AGATG--T-TGTTTC-----AA------------------TATAAA--------------------------T--T----AAATCGC-TA---GGCTG------TAT--A-TCAACAT-CGTA--------G-TCATGA-G--GTT-----------AAAA-A-A---AA--C--C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-GT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ACGAT--AAC-TT-TATTT-T-----TAAGTT--TA-GTGTG
gi|11 : AA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA---AGCTG------TAT--A---GACATTCGTA--------A-TCATGA-T--GAT-----------AAAC-A-G---A--CGG-TGAG-ACC---A--T--TTT---CCT--AG-----AAATCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-AAAA---A--CA--TTTAATA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-ATA-TGC-T-TTGTA-AAAATA-AT--TA-A-TA-AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-G-----TTAGTT--TA-GTGTGTC
gi|12 : cGCTG------TAT--A-CAGACAT-GTTA--AG----G-TCATGAAG--GAT-----------AA-------------C--C-AG-AC----A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-TAAT------T---G-TA-TGA--C--CAT-T-GTAA-----------CTTTAA--AA-G--C-C--T--A-AGGGAAGTA--TATTCCAA-TGT-T-TGGTA-AGAATA-ATCGTA-C-TC-AACAA-AATCT--ATGATGAAACGTTGTAATT-T-----TAGAGT--TA-GTGTGT
gi|13 : TCAC-T--T-GGCCG------TAT--A-TTGACAT-C--A--TA----G-TCATGA-G--GTT-----------AAAA-A-A---AAA------AA-ACCTCCA--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-AA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AG-ATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TATTT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTgca
gi|14 : caggAT--A-TCGACAT-CG----TA----G-TC-TGA-G--GTTTAAAAATAATAAAAA-A-A---AAAAAA-C-GG-ACC---A--AGTTCT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C----T-T-GTAA---A--CA--TTTTGAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TTTT-AAA-TGC-T-TTGGA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
gi|15 : aGAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------A--T-CC--A------TTTCTGT----A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--C-CA---A-T--T-ATGTG------GT---T----TG--AA-------CCTATT---------------------------------CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTGGCA--TT----AGA
gi|16 : ttgcaaatcctttatattcagtcttta--TA----A-TTATGA-G--GAT-----------AAAA-A-CGCCAATTCA-C-AG-ACT---G--A--------------------AAAGCA-T-TT------T---T-TA-TAA--C--T-T-T-GAAA---AAACG--CTTTGAA--AAAT--C-T--T--A-A------T---TCTT-AAA-TGC-A-GTATT-AGAATA-AT--TG-ATT--AA-AACAATCT--ATGAT--TAC--T-TAATTGTACATGTAAGTT--GG-GTGTGTC
gi|17 : cg--AG-----AAA-TA-T-AT------T---T-TAGTGA--C--T-T-T---AA---A--CAGCTTTTTGA--AA-C--C-T--T--ACA------T---TTTTCAAA-TG--T-TTATA-AGAATA-AT--TA-ACT--GA-AA-ATTGT--ATGA---GCC-TT-TAATC-A-----TAAGTT--CA-TTGTGCCac
gi|18 : atcgatattacagtgtatgaggatgaaattattacgtgtgtccggGAAC-G-CTGT-TGGT--TGA-TTTAACG----CAACCCAT--T--T-CT--G------T----------A-CATGG-T---GGGACCTTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-CAAAT-GGGAA--CAAA--A----AGTG---GT-G--TC--CACA------AT--A-GG--T-CAAA-A-TAAC-AAGTG------GT---T----Tgc
gi|19 : ataaattgtgcaaatctttctattcagtctttaGACAT-AGCA--------A-TTATGA-G--GAT-----------AAAA-A---------------G-GTA---A--A--TTT---TCA--AG-----AAAACA-T-TT------G---T-CA-TTA--C--T-T-T-GGAA---A--TA--GTTTTAA--AA-T--C-T--T----A------T---TCTT-GAA-TTT-T-ATGTT-GGAATA-AT--TA-A-T--TA-AA-AATCG--ATGAT--CTC-TT-TTACT-T-----
gi|2 : ggctgatttgaa--------T--T-CC--T------A----------A-C-TA--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGG-CAGAT-C--A--GG--A--CAAA--------------GT-A--TC--CACC------AT--GTGG--T-C----A----G-AAATA------GT---T----AA--AAGAAGGGTTTCGTTTGCCAAGCCT-TG------A--A----TTATAGCC----CG-CTAACTG-ATGTTCTT---TTTCCAATTT----GAATG--A-TGTTTCTCATTAA-----ACTTTACAGGTGA-ACAAACAACGCAAGTCAAGATATA------AT--T----ATATCACATACTAGGTTG-------------TTGGCAT-CGTAATTA----T-T--TGA-G--GAT-----------A-------------------GG-AGC---C--A--TTT---CAT--AC-----AAAGCA-T-CA------T---T-TA-TTA--C--T-TCT---AA---T--CG--CTTTTTA--AA-T--C-T--T--A-A------TG--TTTC-AAA-TGC-TATTGTT-AAAATACAT--TG-A-T--GA-gtctt
gi|20 : ttttgaaatccgattaacaataaaatgttggcaaatcaaggaacattccaatttgcaaattttatggctatataaattcagtctaacagtttaattcactacaattttagtccatttgtttttattgcgtaacttgactctagggtGCTG------TAT--A---GACAT-TGCA--------A-TTATGA-G--GTT-----------AAGA-A-A---G------------TC---GTTA--TTT---CCA--AG-----AAAGCATT-TT------T---T-TA-TTA--CCTT-T-T-AAAATCTA--CT--TTTTTGA--A--------------------------TATC-ATA-TG----TTG----GAAAC-AT--TG-ATT--TA-AA-AATCT--AAGGT--CAC-TT-T--TA-T-----CAAGTT--T
gi|21 : --A-TAGACAT-TGCA---A----T-TAATGA-G--GAT-----------AAAA-A------------T-AGTA-----A--A--TTT---ATTCAAA-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TTA--C--T-T-T-GAAA---A--C---TTTTTAA--AA-T--C-T--T--A-A------T----------------T-TTG----GAATA-AT--TG-A-T---A-AA-AGTCT--AAGCT--AG--TT-CACTT-T-----TAtattga
gi|22 : -G--GTT-----------AAAA-A-T---AAACC--C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-TAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--TTTA-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTctaatccttattgata
gi|23 : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------A--T-CC--A------T------------------T---GG--C-TTTGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--TAAA--A----GGC----GT-G--TC--CACA------AC-----------------------AGTG------GT---T----TG--AA-------CACATT--CCA----T-TGA----TA--A----T
gi|24 : ttgtgcaaatcctttaaattcagtctttaAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----TA--------A--C-CC--AATGATGT----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGTGCAGGT-GTTTC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-C--T-
gi|25 : attcaggattcaA-C-AA-AAC---A--A--TTTTGTCCA--AA-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGT--A--T-C-T-GAAA---A--CA--TCTTTCA--AA-TGGC-T--------------G---TATT-AGA--GT-T-CGATA-AAAA-A-A----A-A-A--AA-AA-AATCT--ATGAT--CAC-TT-TAATT-A-----CATGTT--GA-GTGtggccgtatattga
gi|26 : aaaGGAC-TTTGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-TG--A--TAAA--A----AGT----GT-G--TC--CACA------AT--A-GG--T-CAAATA-T--CAAAGTG------CT---T----TG---------------TT--TAA----GATGA----CACCA----TTC---CCA--TTG-CTACTTG-ACA--TCT---TTTGCA--TT----
gi|27 : caCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAAT-AA-C--C-T--T--A-A------TTTATATT-AAA-TGC-T-TGGCA-AGAATA-AT--TA-A-TAAAA-AA-AATCC--ATGAT--AAC-TT-TAATT-G-----TAAGTtg
gi|28 : A-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-C-CTAGAGCTT---T-TA-TGC--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---CATC-AAA-TGC-T-TTGCA-AGAATA-AT--TC-A-T--AA-A
gi|29 : GT-T--T--TGT-TT--GCA----TAACCAAC--T--T-CC---------T----------A-C-TG--C---TGGAC-TTCCGTAT-GCT--TGG-CA-AT-T--AC-GG--A--CTAA--A-----GT----AC-C--CC--CACA------CT--GTGG--TCC----A-A--T-AGGTG------GT---T----ca
gi|3 : GAACAG-CTGTAT--T--TAAGTT--ACAAACCCA--------T--TTCC--A------T----------A-C-TG--T---GG-AC-TTCAATAT-GCT--TGA-TAGATAC--AC-AG--A--CAAG--A----G-T----GC-A--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----T----A-------CCCAGT--CCAT---T-TGA----TA--A----TTAC--CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--TATG-TTC-----AA-----A--TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------AT--T----AAATCA--TA--AGGC-G------TAT--AGTCGACAT-C-T---TA----GTTCATGA-G--AAT-----------AAAA-A-A---ACCCAA-C-AG-ACCA--A--A--TTA---CCTC-AG-----AAAG-A-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-TGGAAA---A--CA--TTTGGTA--AA-C--C-T--C--A-A------TC--TATT-AAA--GC-T-TTGTATAGAATACAT--TA-A-A--AA-AA-AAT-T--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTTGATAGGTGTGTC
gi|30 : aaattgtgccaaatccttttgaaaattcagtcttatA--AA-T--C-T--T--A-A------T---TTTC-AAA-TGT-A-TTGTT-AAAATA-AT--TG-A-T---G-AA-CACCT--ATTAC--AA--TT-TAAGT-G-----CAAGTT--GA-TTGTATac
gi|31 : ---A--A--ATT---CTG--AG-----AAAACA-T-CT------T---T-TA-TTA--C--T-T-T-GAAA---A--TA--TTTTTAA--AA-T--CAT--T--A-T------T---TGTT-TAA-TG----TTGAA-ATAATAGAT--Ttac
gi|32 : -T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGA-T-TTGTA-AGAATA-CT--TT-A-A--AA-AA-AATAT--AT-AT--AAC-TT-TAA-T-T-----TAAGTT--TA-GTTTGTC
gi|33 : AGGCTG------TATCTA-TCGACAT-CG-A---A----G-TCATGA-G--GTT-----------AAAA-A-A---AAAAC--C-AG-ACC---ac
gi|34 : -TCGTAA-T--GAT-----------GAAA-ATA---AAAT------G-GTC---A--A--TTT---CCG--AG-----AAAACA-T--T------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---gtgcgtaaaaaac
gi|36 : a--------T--T-CC--A------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GC
gi|4 : ccatCAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------G--T-CC--A------TTTCTGT----A-C-TG--T---GG-AC-TTCAATAT-GCT--TG--TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C--------------TG------GTCAAT----TG--AA-------CCTATG--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CTG---TTTGCA--TT----AAATG--TATGTTTC-----AA-----AA-TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------CT--T----AAACCAC--A--AGGCTGCATGTATAT--A-TCGACAT-TGTA--TATATAG-TCATGA-G--TTT-----------AAAATA-A---AAACCA----G-ATC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-TAAA---A--CA--TTTCTAA--AA-C--C-TTAT--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTATA-AGAATA-A---TA-A-TAAAA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGT
gi|5 : -T--T--TGA-TT--GCGA---CA--------TAAC-CC--A------T----------TTC-TAGTT---GTTAC-TTATATAT-GCT--TG--CA-AT-C--AC-A-------AAA--A----GTT----G--G--CG--CGAA------AT--A-GG--C-A----A-T--T-AGGTGTTAATTGT---TAAAGTA--AA-------ACCAAT--CCA----T--AA----TAT-A----TTG---TCA--TTGGCTAACTT-ATA--C-T---TTTGAA--T-------ATGAAT-TTTTTT-----AATGATGA--TGAATGG-TAAACAAA-A----------------ATAAAATAT--TCTTAAAAT-AT-TT-TTGTCAC------TA---A-TTAATAA-CAC---TA----C-TTATGA-G--GAT-----------AAAA-A---------------T-GCC---A--A--TTT---CCT--GG-----AAAGCA-T-CT------TAAATATA-TGACTC--T-T-T-GAAA-------A--TTTTTAAGCAA-T--C-T--T--A-A------T---TATG-AAACTGC-T-ATGT---GAA-A-AT--TA-T-A--AA-AA-AATCTTAATGAT--CAT-TT-Tt
gi|6 : GAACAG-CTGT-T--T--TAA-TT--ACG----CA--------T--T-CC--A------T----------A-C-CG--T---GGGAC-T-CGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----AT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--AAATTTTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--T-T--------------------TTAAAGG-GATACTAA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA-TAGGCTG------TAT--A-TCGACAT-CATA--TA----G-TCATGA-G--GTT-----------AAAA-A-A---AAACCATC-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAACA-T-CT------T---T-TA-TCA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT---A-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--GA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTCccgcaagtgagtgcgtcac
gi|8 : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACA----CAACACAT--T--T-CT--G------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATATTGCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A---AAA--A----GGT----GTTG--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-------------------------------------------ATT----A----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--CC----AGATG--T-TGCTTCA----AA-----A--TTAAAGG-GATACACA-A----------------A------AT--T----AAATCAT----TAGGC-A------AAT--A-TCAA-------A--CA------TCATGA-G--GGT-----------AAAA-A-A---AAA-AA-C-AG-A-C---A--A--TTT---CCC--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--CT-T-T-T-GAAA---A--CA--TTTT--A--AA-C--C----T--A-A------T---TATT-AAA-TGCTT-TTGTA-AGAATA-AT--TATA-T--AA-A
gi|9 : taGAACAG--TGT-T--TATTGA-TT--ATG----TAACCTCATAT--T-CTGGA------T----------A---TG--T---GGGACCTTCGATAT-GCT---GA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TCT-CA-A------AC--A-GGATT-A----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--------------ATT--CCA------TGA----GA--AC---TTA----CA--ATG-CTA-CTGTACA--CC----TTTGCA--TT----AGATG--T-TGTTTCA----AA-----A--TTAAAGG-GATAC
blockSeqs : . A GG AT G TA AACC ACCTCATATTCTGGAT T A GT . G C T . A A AA . GA . . . GCAG T TT T . . T AT C AAAATAAC TTAATT TAAAAGAAGGGTTT TG AGCCT . AAATT TAG . G T TT . AT . AA A TCATTAAACT T T CAACGCAAGTCAAGATATA . CTTA ATACTA T CATGTA CT G TGTATATATAG A . T TAAAAATAATA T CGCCAATTCAC T C TCC TT GT TGT CA . T A AGAGCT AAA A G CT CT A C G TCT AA GC GC A GG A TA TT C GGGAAG TTA C C CT A T C CG T TAA C C TA GA G G G ACATG GA G
blockSeqs : . . . . . . A ATCCATTTCTGT . . G . G C . . A . . . . . . . G . . . . . T . . AAATATCA . TAAAGTAAAAC . GA . CCA C . . . . . . . . A AATGATGA T . AATAAAAT . . TTTT T . . . CGTAATTAT . . A . . AAAACCATC . C A . . . C . . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . A C . C . . C . . TAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . ACCCATTTCTGT . . . . G . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . AATG . CAATTGAACC . TT . TA . . . . . . . . . . AAAA T . AA . . TATA T . . . GTTAAGG . . A . . AAAAAAAC . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . G . . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . ACCCAATGATGT . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AATT . TTAAACC . T . AC . . . . . . . . . . AAAA G . AA . . TAA C . . . CATATAG . . T . . AACCCAAC . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . . . . TC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . GTCCATTTCTGT . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . ACT . TTGAACC . T . A . . . . . . . . . . AAAA T . AA . . TA T . . . TCGTAA . . T . . GACGGTG . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . ACACATTTCTGT . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . TTGAACA . T . A . . . . . . . . . . AAA T . AA . . TA T . . . TGCAAT . . A . . TAAACCC . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . CT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . ACCAACTTCCT . . . . G . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . TTGAACC . T . A . . . . . . . . . . AA T . AA . . TT T . . . CTTAGT . . A . . AAAAACC . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TAACCCAT . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . TTACC . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . AA T . . . CACTAC . . A . . AAAACCA . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TTTCCAT . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . TTG . T . A . . . . . . . . TA A . . . CGTAG . . T . . AAAAAAC . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TTCCTA . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . TTG . . . A . . . . . . . . T . . . CATAG . . A . . TAAAAT . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . ATCCAT . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . CGTAG . . T . . AAACC . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : TTCCAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . AGCAA . . A . . AAAA . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : TTCCAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGCAA . . T . . CC . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CGAAG . . A . . AG . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : ACA . . T . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ACCCATTTCCGT*********************** *** ** A* ** ** ** **** **** ** ****** ** ATT******** ****** TTGAACC**************** ** T***** **** ** *** **** AAAA*********** ** CGTAG********** ** ***** ** ****** **
originalCons : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CA--------T--T-CC--A------T----------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--T-TGTTTC-----AA-----A--TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA-TAGGCTG------TAT--A-TCGACAT-CGTA--TA----G-TCATGA-G--GNT-----------AAAA-A-A---AAACCA-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
finalCons : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG----CAACCCATTTCCGT-----------------------A-C-TG--T---GGGAC-TTCGATAT-GCT--TGA-TAGAT-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-CATT--------AAGTG------GTTTGAACC----------------CATT--CCAT-----TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--T-TGTTTCAAAA-----------TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------AT--T----AAATCAC-TA-TAGGCTG------TAT--A-TCGACATCGTAG----------TCATGA-G--GNT-----------AAAA-A-A---AAACCA-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GCAGATTTTCTATTCCCTATATGAATTCATCTAATAGTTAATTGGTACTACAATTAAGTTCCTAATGGTTTTGAATTGCGTTAACCATTTTAGTGTTTTCTAACTATGGGACATTGCATGTTTTTGATCAGAAGCACGGACAAACACGTACTCTCACATGTGCTTTTATAAATTGCCAACAGAATGTTTTTTGTTTTAAGCCAATCCTTGAAATTATGAGCCCTGTTACATGTAACGGAATGTTTTTTCAAATTTGATGCTGTTTTTAAGTAAAAGGTATCGAAGTGAACACAATTAAAGAGTCAAAAAGATAAT
Unaligned ( gi|35 ): ATGTACCTTTTTCAAATTGAGTTCACGATGTACAGATTGTACACCAAAACACACG
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111 22222222222 111111 11111111111111111111111 1111 1111111 111 111111111111 33333333333333333333333 11111111 3333333 11111111 11111111111 4444444444444
lowQualScore : 4 2 33 33 5 33 5555 777777 2 444 2 66666666666 5 2 444 5 2 2 33 2 2 2 2 66 2 33 33 33 6666 3333 2 33 66 777777 33 5 33 2 55555555555 111111 77777777777777777777777 77 5555 44 7777 1111111 000 55 7 3 55 666 55 7777 66 8 222222222222 66 4 4 2 4 33333333333333333333333 66 9999 44444444 2222222 1 888888 33 7777 4444 22222222 55 2 22 1 00000000000 2 6666666666666 1 1 555 22 22 333 44 44444 1 1 555555 333 1 3 22 44 1 1 1 333 55 22 0 44 1 22 1 22 22 1 666666 777 3 1 22 1 1 5 44 1 9999 1 2 22 22 4 2 2 55555 33 2
lowQualScore : . . .. .. . .. .... ...... . ... . ........... . . ... . . . .. . . . . .. . .. .. .. .... .... . .. .. ...... .. . .. . ........... ...... ....................... .. .... .. .... ....... ... .. . . .. ... .. .... .. . ............ .. . . . . ....................... .. .... ........ ....... . ...... .. .... .... ........ .. . .. . ........... . ............. . . ... .. .. ... .. ..... . . ...... ... . . .. .. . . . ... .. .. . .. . .. . .. .. . ...... ... . . .. . . . .. . .... . . .. .. . . . ..... .. .
lowQualScore : 0 9 99 99 7 99 4444 777777 7 777 7 99999999999 3 7 777 0 5 5 77 7 7 7 7 33 7 77 77 77 1111 0000 7 77 33 777777 77 3 77 7 00000000000 111111 88888888888888888888888 99 0000 55 1111 3333333 000 00 3 6 00 444 00 7777 11 9 666666666666 11 6 4 0 4 22222222222222222222222 11 4444 55555555 4444444 5 888888 77 4444 9999 99999999 33 1 99 7 00000000000 1 1111111111111 9 4 000 66 66 333 33 55555 7 7 000000 000 7 5 44 11 7 7 7 000 00 55 3 11 7 44 7 33 33 7 555555 999 3 7 77 7 7 0 00 7 0000 7 0 88 88 0 0 1 33333 44 7
consensus : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG---CAAC------C-CA---T-TTCCGT--------AC-TG-T---GGGAC-TTCG-ATAT-GCT--TGA-T-AGA-T-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--T-TGTT--TCA--A----AA--TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------AT--T----AAAT--------CAC-TA--TAGGCTG------TAT--A-TC-GACAT-C--GTA------G-TCA--TGA-G--GNT-----------AAAA-AA---AAACCA-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
Reference ( family-1901 ) : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG---CAAC------C-CA---T-TTCCGT--------AC-TG-T---GGGAC-TTCG-ATAT-GCT--TGA-T-AGA-T-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--T-TGTT--TCA--A----AA--TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------AT--T----AAAT--------CAC-TA--TAGGCTG------TAT--A-TC-GACAT-C--GTA------G-TCA--TGA-G--GNT-----------AAAA-AA---AAACCA-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
gi|1 : GAACAGTCTGT-T--T---GA-T---ACG---CAAT------C-CA---T-GTTCATGAAT----AC-TA-TCTTGGGAC-TTTG-ATAT-GCTTATGAGT-AGA-T-CT-ACAGG--ATCCAAATTAATTCGGTATA-GT-G--TCTGCACACATTTCACAAA-AG--T-CA---A-T--T-AAGTGA-----GTAA-T----TGAAAA-------CACATTA-CCAAT--T-TGAAACCTA--A----TTT---ACATTATGTCTCCTCG-ACA--CCTCAGTTTGCA--TCTCAGAGGTG--T-TGTT--TC---A----AA--T--AATA-GATACAAA-C----------------A------ATAAT----AAAT--------CAC-T---T--GCTT------TAT--A-TC-GACAT-C--ATAT-----G-TCA--AGA-GTTTAT-----------AAAA-AA---AAACC--C-AG---C---A--A--TTT----CT--AGTGACTAAAGCA-T-CT------T---T-TATTGA--C----T-T-GAAA---ACCCA--TTTTT-A--AA-C--A-T--T--A-AC-----T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-A-AATT-ATA-TA-A-T--AA-AA-AATCT---TGAT--AACTTT-TAATT-T-----TTAG----TA-GTG
gi|10 : tgatatattggcggccacaaatcttcttatacaaaagtttagtcttttcttatttaGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----AAT--G-AAGTG------GT---T----TA--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--A----TCA---TCA--AAG-CTACTTG-ACA--ACT---TTTACA--TT----AGATG--T-TGTT--TCA--A----TA--T----------------A----------------A------AT--T----AAAT--------CGC-TA----GGCTG------TAT--A-TC-AACAT-C--GTA------G-TCA--TGA-G--GTT-----------AAAA-AA---AA--C--C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-GT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ACGAT--AAC-TT-TATTT-T-----TAAGTT--TA-GTGTG
gi|11 : AA-A----------------A------AT--T----AAAT--------CAC-TA----AGCTG------TAT--A----GACATTC--GTA------A-TCA--TGA-T--GAT-----------AAAC-AG---A--CGG-TGAG-ACC---A--T--TTT---CCT--AG-----AAATCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-AAAA---A--CA--TTTAATA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-ATA-TGC-T-TTGTA-AAAATA-AT--TA-A-TA-AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-G-----TTAGTT--TA-GTGTGTC
gi|12 : cGCTG------TAT--A-CA-GACAT-G--TTAAG----G-TCA--TGAAG--GAT-----------AA------------C--C-AG-AC----A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-TAAT------T---G-TA-TGA--C--CAT-T-GTAA-----------CTTTAA--AA-G--C-C--T--A-AGGGAAGTA--TATTCCAA-TGT-T-TGGTA-AGAATA-ATCGTA-C-TC-AACAA-AATCT--ATGATGAAACGTTGTAATT-T-----TAGAGT--TA-GTGTGT
gi|13 : T--------CAC-T---T-GGCCG------TAT--A-TT-GACAT-C--ATA------G-TCA--TGA-G--GTT-----------AAAA-AA---AAA------AA-ACCTCCA--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-AA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AG-ATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TATTT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTgca
gi|14 : caggAT--A-TC-GACAT-C--GTA------G-TC---TGA-G--GTTTAAAAATAATAAAAA-AA---AAAAAA-C-GG-ACC---A--AGTTCT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C----T-T-GTAA---A--CA--TTTTGAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TTTT-AAA-TGC-T-TTGGA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTC
gi|15 : aGAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG---CAAT------C-CA---T-TTCTGT--------AC-TG-T---GGGAC-TTCG-ATAT-GCT--TGA-T-AGA-T-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--C-CA---A-T--T-ATGTG------GT---T----TG--AA-------CCTATT---------------------------------CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTGGCA--TT----AGA
gi|16 : ttgcaaatcctttatattcagtcttta-C--GTA------A-TTA--TGA-G--GAT-----------AAAA-ACGCCAATTCA-C-AG-ACT---G--A--------------------AAAGCA-T-TT------T---T-TA-TAA--C--T-T-T-GAAA---AAACG--CTTTGAA--AAAT--C-T--T--A-A------T---TCTT-AAA-TGC-A-GTATT-AGAATA-AT--TG-ATT--AA-AACAATCT--ATGAT--TAC--T-TAATTGTACATGTAAGTT--GG-GTGTGTC
gi|17 : --AG-----AAA-TA-T-AT------T---T-TAGTGA--C--T-T-T---AA---A--CAGCTTTTTGA--AA-C--C-T--T--ACA------T---TTTTCAAA-TG--T-TTATA-AGAATA-AT--TA-ACT--GA-AA-ATTGT--ATGA---GCC-TT-TAATC-A-----TAAGTT--CA-TTGTGCCac
gi|18 : atcgatattacagtgtatgaggatgaaattattacgtgtgtccggGAAC-G-CTGT-TGGT--TGA-TTTAACG---CAAC------C-CA---T-TTCTGT--------ACATGGT---GGGACCTTCG-ATAT-GCT--TGA-T-AGA-T-CAAAT-GGGAA--CAAA--A----AGTG---GT-G--TC--CACA------AT--A-GG--T-CAAA-A-TAAC-AAGTG------GT---T----Tgc
gi|19 : ataaattgtgcaaatctttctattcagtcttta-GACAT-A--GCA------A-TTA--TGA-G--GAT-----------AAAA-A--------------G-GTA---A--A--TTT---TCA--AG-----AAAACA-T-TT------G---T-CA-TTA--C--T-T-T-GGAA---A--TA--GTTTTAA--AA-T--C-T--T----A------T---TCTT-GAA-TTT-T-ATGTT-GGAATA-AT--TA-A-T--TA-AA-AATCG--ATGAT--CTC-TT-TTACT-T-----
gi|2 : ggctgatttgaaTGT-T--T--TTA-TT--GCG---TAACTTGACTC-TAGGGT-TTCCTA--------AC-TA-T---GGGAC-TTCG-ATAT-GCT--TGG-C-AGA-T-C--A--GG--A--CAAA--------------GT-A--TC--CACC------AT--GTGG--T-C----A----G-AAATA------GT---T----AA--AAGAAGGGTTTCGTTTGCCAAGCCT-TG------A--A----TTATAGCC----CG-CTAACTG-ATGTTCTT---TTTCCAATTT----GAATG--A-TGTTTCTCATTA----AACTTTACAGGTGA-ACAAACAACGCAAGTCAAGATATA------AT--T----ATAT--------CACATAC-TAGGTTG-------------TT-GGCAT-C--GTA------A-TTATTTGA-G--GAT-----------A------------------GG-AGC---C--A--TTT---CAT--AC-----AAAGCA-T-CA------T---T-TA-TTA--C--T-TCT---AA---T--CG--CTTTTTA--AA-T--C-T--T--A-A------TG--TTTC-AAA-TGC-TATTGTT-AAAATACAT--TG-A-T--GA-gtctt
gi|20 : ttttgaaatccgattaacaataaaatgttggcaaatcaaggaacattccaatttgcaaattttatggctatataaattcagtctaacagtttaattcactacaattttagtccattGCTG------TAT--A----GACAT-T--GCA------A-TTA--TGA-G--GTT-----------AAGA-AA---G------------TC---GTTA--TTT---CCA--AG-----AAAGCATT-TT------T---T-TA-TTA--CCTT-T-T-AAAATCTA--CT--TTTTTGA--A--------------------------TATC-ATA-TG----TTG----GAAAC-AT--TG-ATT--TA-AA-AATCT--AAGGT--CAC-TT-T--TA-T-----CAAGTT--T
gi|21 : --A-TA-GACAT-T--GCA------A-TTAA-TGA-G--GAT-----------AAAA-A-----------T-AGTA-----A--A--TTT---ATTCAAA-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TTA--C--T-T-T-GAAA---A--C---TTTTTAA--AA-T--C-T--T--A-A------T----------------T-TTG----GAATA-AT--TG-A-T---A-AA-AGTCT--AAGCT--AG--TT-CACTT-T-----TAtattga
gi|22 : -G--GTT-----------AAAA-AT---AAACC--C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-TAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--TTTA-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--TA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTctaatccttattgata
gi|23 : GAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG---CAAT------C-CA---T-T-------------------------GGC-TTTG-ATAT-GCT--TGA-T-AGA-T-C--AC-GG--A--TAAA--A----GGC----GT-G--TC--CACA------AC-----------------------AGTG------GT---T----TG--AA-------CACATT--CCA----T-TGA----TA--A----T
gi|24 : ttgtgcaaatcctttaaattcagtctttaAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG---TAAC------C-CA---A-TGATGT--------AC-TG-T---GGGAC-TTCG-ATAT-GCT--TGA-T-AGA-T-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGTGCAGGT-GTTTC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-C--T-
gi|25 : attcaggattcaA-C-AA-AAC---A--A--TTTTGTCCA--AA-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGT--A--T-C-T-GAAA---A--CA--TCTTTCA--AA-TGGC-T--------------G---TATT-AGA--GT-T-CGATA-AAAA-A-A----A-A-A--AA-AA-AATCT--ATGAT--CAC-TT-TAATT-A-----CATGTT--GA-GTGtggccgtatattga
gi|26 : aaaGGAC-TTTG-ATAT-GCT--TGA-T-AGA-T-C--AC-TG--A--TAAA--A----AGT----GT-G--TC--CACA------AT--A-GG--T-CAAATA-T--CAAAGTG------CT---T----TG---------------TT--TAA----GATGA----CACCA----TTC---CCA--TTG-CTACTTG-ACA--TCT---TTTGCA--TT----
gi|27 : caCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAAT-AA-C--C-T--T--A-A------TTTATATT-AAA-TGC-T-TGGCA-AGAATA-AT--TA-A-TAAAA-AA-AATCC--ATGAT--AAC-TT-TAATT-G-----TAAGTtg
gi|28 : A-C-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-C-CTAGAGCTT---T-TA-TGC--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---CATC-AAA-TGC-T-TTGCA-AGAATA-AT--TC-A-T--AA-A
gi|29 : GT-T--T--TGT-TT--GCA---TAAC------C-AA---C-TTCC-T--------AC-TG-C---TGGAC-TTCC-GTAT-GCT--TGG-C-A-A-T-T--AC-GG--A--CTAA--A-----GT----AC-C--CC--CACA------CT--GTGG--TCC----A-A--T-AGGTG------GT---T----ca
gi|3 : GAACAG-CTGTAT--T--TAAGTT--ACA----AAC------C-CA---T-TTCCAT--------AC-TG-T---GG-AC-TTCA-ATAT-GCT--TGA-T-AGA-TAC--AC-AG--A--CAAG--A----G-T----GC-A--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----T----A-------CCCAGT--CCAT---T-TGA----TA--A----TTAC--CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--TATGTT--C----A----AA--TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------AT--T----AAAT--------CA--TA---AGGC-G------TAT--AGTC-GACAT-C--TTA------GTTCA--TGA-G--AAT-----------AAAA-AA---ACCCAA-C-AG-ACCA--A--A--TTA---CCTC-AG-----AAAG-A-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-TGGAAA---A--CA--TTTGGTA--AA-C--C-T--C--A-A------TC--TATT-AAA--GC-T-TTGTATAGAATACAT--TA-A-A--AA-AA-AAT-T--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTTGATAGGTGTGTC
gi|30 : aaattgtgccaaatccttttgaaaattcagtcttatA--AA-T--C-T--T--A-A------T---TTTC-AAA-TGT-A-TTGTT-AAAATA-AT--TG-A-T---G-AA-CACCT--ATTAC--AA--TT-TAAGT-G-----CAAGTT--GA-TTGTATac
gi|31 : ---A--A--ATT---CTG--AG-----AAAACA-T-CT------T---T-TA-TTA--C--T-T-T-GAAA---A--TA--TTTTTAA--AA-T--CAT--T--A-T------T---TGTT-TAA-TG----TTGAA-ATAATAGAT--Ttac
gi|32 : -T--T--A-A------T---TATT-AAA-TGA-T-TTGTA-AGAATA-CT--TT-A-A--AA-AA-AATAT--AT-AT--AAC-TT-TAA-T-T-----TAAGTT--TA-GTTTGTC
gi|33 : AGGCTG------TATCTA-TC-GACAT-C--GAA------G-TCA--TGA-G--GTT-----------AAAA-AA---AAAAC--C-AG-ACC---ac
gi|34 : AT-C--GTA------A-TGA--TGA-------------------AAA-TA---AAAT------G-GTC---A--A--TTT---CCG--AG-----AAAACA-T--T------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-GAAA---gtgcgtaaaaaac
gi|36 : ------C-CA---T-TTCCAT--------AC-TG-T---GGGAC-TTCG-ATAT-GC
gi|4 : CAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACG---CAGT------C-CA---T-TTCTGT--------AC-TG-T---GG-AC-TTCA-ATAT-GCT--TG--T-AGA-T-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C--------------TG------GTCAAT----TG--AA-------CCTATG--CCA----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CTG---TTTGCA--TT----AAATG--TATGTT--TCA--A----AA--TTAAAGG-GATACAAA-A----------------A------CT--T----AAAC--------CAC--A---AGGCTGCATGTATAT--A-TC-GACAT-T--GTATATATAG-TCA--TGA-G--TTT-----------AAAATAA---AAACCA----G-ATC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--C--T-T-T-TAAA---A--CA--TTTCTAA--AA-C--C-TTAT--A-A------T---TATT-AAA-TGC-T-TTATA-AGAATA-A---TA-A-TAAAA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGT
gi|5 : -T--T--TGA-TT--GCGACATAAC------C-CA---T-TTC--T--------AG-T--T---GTTAC-TTAT-ATAT-GCT--TG--C-A-A-T-C--AC-A-------AAA--A----GTT----G--G--CG--CGAA------AT--A-GG--C-A----A-T--T-AGGTGTTAATTGT---TAAAGTA--AA-------ACCAAT--CCA----T--AA----TAT-A----TTG---TCA--TTGGCTAACTT-ATA--C-T---TTTGAA--T-------ATGAAT-TTTT--TTA--ATGATGA--TGAATGG-TAAACAAA-A----------------ATAAAATAT--TCTTAAAATATTTTTGTCAC-TAATTA------------AT--A-----ACAC-----TA------C-TTA--TGA-G--GAT-----------AAAA-A--------------T-GCC---A--A--TTT---CCT--GG-----AAAGCA-T-CT------TAAATATA-TGACTC--T-T-T-GAAA-------A--TTTTTAAGCAA-T--C-T--T--A-A------T---TATG-AAACTGC-T-ATGT---GAA-A-AT--TA-T-A--AA-AA-AATCTTAATGAT--CAT-TT-Tt
gi|6 : GAACAG-CTGT-T--T--TAA-TT--ACG---CA-----------------TTCCAT--------AC-CG-T---GGGAC-T-CG-ATAT-GCT--TGA-T-AGA-T-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----AT-G--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--AA-------CCCATT--CCA----T-TGA----TA--AAATTTTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--TT----AGATG--T-T-------------------TTAAAGG-GATACTAA-A----------------A------AT--T----AAAT--------CAC-TA--TAGGCTG------TAT--A-TC-GACAT-CATATA------G-TCA--TGA-G--GTT-----------AAAA-AA---AAACCATC-AG-ACC---A--A--TTT---CCT--AG-----AAAACA-T-CT------T---T-TA-TCA--C--T-T-T-GAAA---A--CA--TTTTTAA--AA-C--C-T--T--A-A------T---TATT---A-TGC-T-TTGTA-AGAATA-AT--GA-A-T--AA-AA-AATCT--ATGAT--AAC-TT-TAATT-T-----TAAGTT--TA-GTGTGTCccgcaagtgagtgcgtcac
gi|7 : GT-T--T--TGAATT--GCG---TTAA------C-CA---T-TTTAGTGTTTTCTAAC-TA-T---GGGAC-ATTGCATGT-TTT--TGA-TCAGAAG-C--AC-GG--A--CAAA--
gi|8 : gcagattttctattccctatatgaattcatctaatagttaattggtactacaattaagttcctaatgGAACAG-CTGT-T--T--TGA-TT--ACA---CAAC------A-CA---T-TTCTGT--------AC-TG-T---GGGAC-TTCG-ATATTGCT--TGA-T-AGA-T-C--AC-GG--A---AAA--A----GGT----GTTG--TC--CACA------AC--A-GG--T-C----A-------------------------------------------ATT----A----T-TGA----TA--A----TTA---CCA--ATG-CTACCTG-ACA--CCT---TTTGCA--CC----AGATG--T-TGCT--TCA--A----AA--TTAAAGG-GATACACA-A----------------A------AT--T----AAAT--------CAT-----TAGGC-A------AAT--A-TCAAACA----------------TCA--TGA-G--GGT-----------AAAA-AA---AAA-AA-C-AG-A-C---A--A--TTT---CCC--AG-----AAAGCA-T-CT------T---T-TA-TGA--CT-T-T-T-GAAA---A--CA--TTTT--A--AA-C--C----T--A-A------T---TATT-AAA-TGCTT-TTGTA-AGAATA-AT--TATA-T--AA-Acacgtactctcacatgtgcttttataaattgccaacagaatgttttttgttttaagccaatccttgaaattatgagccctgttacatgtaacggaatgttttttcaaatttgatgctgtttttaagtaaaaggtatcgaagtgaacacaattaaagagtcaaaaagataat
gi|9 : taGAACAG--TGT-T--TATTGA-TT--ATG---TAAC------CTCA---TATTCTGG--------ATATG-T---GGGACCTTCG-ATAT-GCT---GA-T-AGA-T-C--AC-GG--A--CAAA--A----GGT----GT-G--TCT-CA-A------AC--A-GGATT-A----A-T--T-AAGTG------GT---T----TG--A------------TT--CCA----T--GA----GA--AC---TTA---C-A--ATG-CTAC-TGTACA--CCT---TT-GCA--TT----AGATG--T-TGTT--TCA--A----AA--TTAAAGG-GATAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATGTACCTTTTTCAAATTGAGTTCACGATGTACAGATTGTACACCAAAACACACG