lowQualScore : 22222222222222222 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111 333333333 111111 1 11111111111111111 22222 22222222 11111 22222222222222222222222222222222 111111 2222222 222 1 111
lowQualScore : 2 666 666 9 2 6 8 3 555555555 3 1 2 3 8888 666666 5 8 66 8 5 22222222222222222 5 66666 2 66 2 99999999 2 0 3 4 77777 4 666 7 3 33333333333333333333333333333333 8888 77777 9 4 777777 4 4 3 3 3 2222222 0 777 3 3 2 5 4 1 2 2 8 0 66 5 000 5 2 33 7 2 5 777 2 33 6 5 3 3 3 3 6
lowQualScore : . ... ... . . . . . ......... . . . . .... ...... . . .. . . ................. . ..... . .. . ........ . . . . ..... . ... . . ................................ .... ..... . . ...... . . . . . ....... . ... . . . . . . . . . . .. . ... . . .. . . . ... . .. . . . . . . .
lowQualScore : 5 222 222 8 5 5 0 2 555555555 5 0 5 0 0000 444444 7 1 99 5 0 22222222222222222 1 99999 0 66 5 11111111 5 1 2 4 99999 4 444 3 6 44444444444444444444444444444444 5555 33333 8 0 000000 4 0 2 6 6 0000000 5 111 1 0 9 7 3 4 9 7 0 1 33 3 111 3 5 44 5 5 3 333 9 99 2 0 3 3 2 6 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--T-A------TT-AAGAAATCTTTTA--CNTTTT-ACTCAG-TA------------TACCTATTATC--G-ATTGTCATTTACTGTT---AT--GGGGAGATGAATCCAAACA-TGACG--A-TGTA---AATCA-ACTA-ATTT----------T--------TTC-T-T------CAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G------TAGATT-TACTG-TATG-ACTA-----CCTCACATCATATTATA-TT-ATTCAAA-TT-ACCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TTT-CTN--T-C-T--AATGTAACTAC-AA-ATTA-T---CATG-TCT--ACTTA-TNGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGTTGTTTT
Reference ( gi|3 ) : CTAACATATAAAACAAATTTAAGATCATCAGTGGAAAAAAGCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--T-A------TT-AAGAACTCTTTTA--CTTTTT-ACTCAGGTACATGTAGACCCCTACCTATTATT--T-ATTGCCATTTATTGTT---AT--GGGGAGATGAATCTAAACA-TGTTG--A-TGTA---AATCA-ACTA-ATTT----------T--------T------------CAA----AAG-TA-TATCAGAGATTCTG-G------TAGGTT-TACTG-TATG-ACTA-----TCTCACATCATATTATT-TT-ATTCAAA-TT-ACCATCACATGGGTA-T-T-ACTTATT--TTT-CTA--T-C-T--AATGTAACTAC-AA-ATTA-T---CATG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGTTGTCTT
gi|7 : CCA-AG--GATTC--GT-TCATTTCTT--------------------AATATGATAATACAAGAAGTTAAT--T-A------TT-AAGAAGTCTTTTA--CACTCT-CCTCAG--------------TTATCCATTATC--G-ATTGTCATTTACTTTT---AT--GGGGAGACGAATCT-AACATTGTT---A-TATA---GATCA-ATTA-ATTTTTTCTTCTG-T--------T------------CGA----AAG-TT-TATCAGAGATTCTG-G------TAGATT-TACTG-CATG-AC--------CTGACATCATG-TA---TC-ATTTAAA-TT-A-CAT-------GTA---T-ATTCATA--TTT-CTA--T-C--------TAACTATGAA-AATA-T---CAT
gi|6 : ttatgaattatttagaaaaaaatattcctaactgctcgtgtggattaCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTTTCTTTCAA-T---T---CCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--G-A------TTTAAGAAATCTTTTA--CTTTTTTACTC--------GT-------TACC-ATAATC--G-ATTGTCATT-ATTGTTTCAAT--GGG-AGATGA-TCCAAACA-TGACG--AATGTA---AATCATACTA-ATTT----------T--------TTCTCGTT-----CAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-GCT----TAGATT-TACGT-TATACACTC-----ACTCAC-TCAATTTATA-TT-AATCCAA-TT-ACCA-CACATGTG-A-T-T---CTATT--TTT-CTT--T-CAT--A--GTAACTAC-AA-A-TA-TTGACA-G-T-T--GTTTA-TAGT
gi|5 : ttatCAGAGCCGGTT---GCTTCACTT-TT-CTTTCAA-T---T--CCCAAATATAAT-ATGCCA-AAGTGAATGAT-A------TT-AAGAAAGTCTTTA--CTTTTT-ACTC-GGTA------------TACC-ATTATC--G-ATTGTCA-TTATTGTTTCAAT---GGGAGATGAATCCAAACA-TGACG--A-TGTA---AATCATACTA-ATTTTTTCCTCGTGT--------T------------CAA----AAGCTA-TATCGGAGATTCTG-GCTTATTTACGTTATACTA-CATC-ACT------CCTCAATTTATATTA------ACTC-CA-TT-ACCA-CACATGTG-A-T-T-ACTTATTC-TTT-CTT--T-C-----ATGTAACGAC-AA-
gi|1 : aataaatccaaaaattgattccatgtggattattCAGAG---ATTCTGATAT-A-TTCTT-CTT-CAACT--GTTAGCCAAATATAATAAT-CCAGA--T-AAT--T-A-------T-AAGAAATC-TTTA--C-TTTT-ACTCA---ATAT-----------CCTATTATCAAT-ATT-TCATTT-CTGTTC--ATTCGGGGAG-T--ATCTAAACA-TGACGACA-TGTT---AATCA-ACTGCATTT----------T--------CTCTCTTA-----CAA----AA------ATC-GA-ATTCT--G------TAGATT-TACTGTTATG-ACTA-----CCGTACATCATATTACTATTAATTCAAATTT-TCCATCAC-TTGATA-T-T-AC-TA-T--TTT-CTATTT-C-T--AATGTAACTAC-AA-ATT--T---CA-G-TCT--ACTTA-TTGTAATTTAGTTATATATT
gi|4 : ttatatattaatcacacaaaaacttagcacaattgcatttaccttataattttatttagaaaaattattttaagtccaaaactgttcttgtgaattatCTT-CTTTCAA-TCTGT--ACCAA---TGATA-TGC-AGAAGTGAAT--TTA------TG-TAGA--TCTTTT-------TT-ACTCAGATAC---------------TATTATT--CGATTGCCATTT-TTGTT---A----GGGAGCTGA-TCTAA----TGATG--A-TGTA---AAT-A-ACAT-GTTT----------TCCTCGG--T------------CAA----AAG-TC-T--C-GAGATTCTG-G------TAGATT-T-CTG-TATG-ACT--------TCACATCAT-TTA-T-TT-ATTC--A-TT-ACCA--GCGTGTGTT-T-T-A-TTG-T--TTT-CTT--T-C-T--AATGTAA-TA--AG-ATTA-TC--CATGCTCT---CTTA-TAGT-A-TTAG-ATTATATT-A-CAGTTGTTttgcagtgttata
gi|2 : tctgagattattagaaagtcaaactgttcggtgtggatgtatcacggaggtctcaTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATATTGCCAGAAGTAAAT--T-ACATGTATT-AAGAAATCTTTTA--CATTTT-ACTCA-----AT---------TACCTATTATC--G-ATTGCCATTAACTTTT--------GGGCGATGAATCTAAACA-TGATT--A-TATACTAAATCA-ACTC-ATTT----------T--------TTCGTCTGTT---CAATTTTAAG-GT-TATCAGAGATTTTG-G------AAGATT-TACTG-TATG-ACTA-----CCTGACATCATG-CA---TT-ATTCAAA--T-ACCTTTACATGTATG-TGT-ATTTATT--TTT-CTA--T-C-T--AACTTAATTATGAA-ATTA-T---CATG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAG---TATATTGA-CAGTTGTTTT
gi|13 : tcatgttttaatagcaaaaataaaactaaagttgttttataattgttttgataattatacctttggcacactgtgcctgtattaaggtgatgttatAAGTGAAT--T-A------TT-AAGAAATATTTTA--CTTTTA-ACTCAGA--------------TACCTATTATC--G-ACTGTCATTTACTGTT---AT--GGGGAAATTAATTTAAACA-TAATG--A-TATA---AATCA-ACTA-ATTT----------T--------T------------
gi|8 : AGAA-TCTTTTAAACCTTTT-ACTC---TA-----AGA----TACCTATTATC--G-ATTGTCATTGATT--T---AT--GGG-AGATGAATCCAAACA-TCACG--A-TGTA---AATCA-ACTA-ATCT----------T--------TTTTTTTCTGGGGCAA----AA--TACTATCGGAGATTCT--A------TA-ATT---CTG-TATG-AGTGCGCGTTCGCACATC--ATTATA-TT-A-TCAA---T-ACC----TATGG--A-T-T-ACTTATT--TTT-TCA--T-T-TTCACTGT-ACTAC-AG-AGTA-T---CATG-TCT--AC-TA-TTGT-A-T--G-TAT-TATTGACCAGTtcctct
gi|9 : CCAAACA-TGACG--A-TGTA---AATCA-AGTA-ATTT----------T--------TTCCTCTGTT---CAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G------TAGAAT-TACTG-TATG-ACTA-----CCTCACATCATATTATA-TT-AATCAAA-TT-ACCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TTT-CTT--T-C-T--AATGTAACTAC-AA-ATTA-T---CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGTTGTTgtatttta
gi|11 : GTA---AATCA-ACTA-ATTT----------T--------TTCCTCTGTT---CAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G------TAGATT-T-CTG-TATG-ACTA-----CCTCACACCATATTATA-TT-AATCAAA-TT-ACCATCACATGTGTA-T-T-ACTTTCT--TTT-CTT--T-C-T--AATGTAACTAC-AATATTA-T---CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGTTGTTTT
gi|10 : g---AATCA-ACTA-ATTT----------TCCTCTGTTT------------CAA----AGT-TA-TATCGGAGATTCTGTG------TAGATT-TACTG-TATG-ACTA-----CCTCACACCATATTA-T-AT-AATCAAA-TT-ACCATCACATGTGTATT-T-ACTTCTT--TTT-TCT--T-C-T--AATGTAACTAC-AA-ATTA-T---CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGTTGTTTT
gi|12 : atatggtCTG-TATG-ACTA-----CCTCACATCATATTATA-TT-ATTCAAA-TT-ACCACCACATGTGTA-T-T-ACTTAGT--TTT-CTT--T-C-T--AATGTAACTAC-AA-ATTA-T---CACG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAA-TATATATTGA-TAGTTGTT
gi|15 : -TT-ATTCAAA-TTTACCATCACATATGTA-T-TTACTTATT--TTTTCTA--TTC-T--AATGTAACTAC-AA-ATTATT---CATG-TCT--ACTTATTAGTAA-TTAG-TATATA-TGA-CAGTTGT
gi|14 : ttta-TT-ATTCAAA-TTTACCATCACATATGTA-T-TTACTTATT--TTTTCTA--TTC-T--AATGTAACTAC-AA-ATTATT---CATG-TCT--ACTTATTAGTAA-TTAG-TATATA-TGA-CAGTTGT
gi|17 : ttttaTTCAAA-TG-ACCTTTTCATGTATA-T-TTACTTATT--TTT-CTA--T-C-T--AATGTAATTATGAA-ATTA-T---TATG-TCT--ACTTt
gi|16 : t-T-ATTTATTATTTT-CT---T-T-T--AATGTAACTAC-AA-ATTA-T---CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGTTGTTTT
gi|18 : -T--AATGTAACTAC----ATTA-T---CATG-TCTTAACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATA-TGA-TAGTTGTTTT
Alignments
lowQualScore : 11 11 222222222 111111 11 3333333333333333333 33333333 6666666666666666666
lowQualScore : 11 11 6 3 6 1 555555555 1 0 1 66 999999 5 66 11 9999999999999999999 3 4 4 1 1 33333333 4 55 555 6 3 3 3 2222222222222222222 7777 55 33 3 55 2 3 3 88888 44 88 2 777 5 2 5 2 2 7 55 2 5 33 1 5 0 2 7 2 5 2 2 33 6 1 3 3 2 3 3
lowQualScore : .. .. . . . . ......... . . . .. ...... . .. .. ................... . . . . . ........ . .. ... . . . . ................... .... .. .. . .. . . . ..... .. .. . ... . . . . . . .. . . .. . . . . . . . . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 00 00 0 2 7 4 111111111 7 7 4 99 444444 0 11 33 7777777777777777777 6 4 4 9 9 99999999 0 55 888 7 3 3 3 8888888888888888888 7777 00 77 6 00 1 3 3 33333 66 99 9 555 3 7 0 7 5 5 99 5 0 44 0 0 5 4 1 4 3 7 9 99 2 0 1 1 3 3 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATCTTTTA--C-TTTTTACTC--A-GTA------------TACCTATTAT-CGAT-TGTCATTTACTGTT---AT--GGGGAGATGAATCTAAACATGACG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-TC-TC---T---T--------CAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--TTT-CTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TNGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
Reference ( family-1869 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATCTTTTA--C-NTTTTACTC--A-GTA------------TACCTATTAT-CGAT-TGTCATTTACTGTT---AT--GGGGAGATGAATCCAAACATGACG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-TC------T---T--------CAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--TNT-CTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TNGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|1 : CAGAG---ATTCTGATAT-A-TTCTT-CTT-CAACT--GTTAGCCAAATATAATAAT-CCAGA--T-AAT--TA------T-AAG-AAATCTTT-A--C--TTTTACTC--A-ATA------------T-CCTATTAT-CAATATTTCATTT-CTGTTC--ATTCGGGGAG-T--ATCTAAACATGACG-ACATGTT---AATCA-ACTGCAT-TTTC-TC------T---CTTA-----CAA----AA------ATCGAA--TTCTG----TAGATTTACTGTTATG-ACTAC-----CGTA--CATCATATTACTATTAA-TTCAAATT-TTCCATCACTTG-ATA-T-T-ACT-ATT--TTCT-A--TTT-CTAAT-GTAACTAC-AA-ATT--T-CA-G-TCT--ACTTA-TTGTAATTTAGTTATATATT
gi|10 : ttatatattaatcacacaaaaacttagcacaattgcatttaccttataattttatttagaaaaattattttaagtccaaaactgttcttgtgaattat---AATCA-ACTA-AT-TTTCCTC------TGTTT--------CAA----AGT-TA-TATCGGAGATTCTGTG--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CACCATATTA-TA-TA--ATCAAATT-A-CCATCACATGTGTATT-T-ACTTCTT--TT-T-T--CTT-CTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTTttgcagtgttata
gi|11 : atatggtGTA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-TCCTCTG-T---T--------CAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTT-CTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CACCATATTA-TATTA--ATCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTTCT--TT-T-C--TTT-CTAAT-GTAACTAC-AATATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|12 : gCTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCACCACATGTGTA-T-T-ACTTAGT--TT-T-C--TTT-CTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CACG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAA-TATATATTGA-TAGT-TGTTT
gi|13 : AAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATATTTTA--C-TTTTAACTC--A-G-A------------TACCTATTAT-CGAC-TGTCATTTACTGTT---AT--GGGGAAATTAATTTAAACATAATG-A--TATA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-TC------C---T--------C
gi|14 : TTT-TATTA--TTCAAATTTA-CCATCACATATGTA-T-TTACTTATT--TT-TTC--TATTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTATT-CATG-TCT--ACTTATTAGTAA-TTAG-TATATA-TGA-CAGT-TGTTt
gi|15 : -TATTA--TTCAAATTTA-CCATCACATATGTA-T-TTACTTATT--TT-TTC--TATTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTATT-CATG-TCT--ACTTATTAGTAA-TTAG-TATATA-TGA-CAGT-TGT
gi|16 : tt-T-ATTTATTATTT-T-C--TTT--TAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|17 : --TTCAAATG-A-CCTTTTCATGTATA-T-TTACTTATT--TT-T-C--TAT-CTAAT-GTAATTATGAA-ATTA-T-TATG-TCT--ACTT
gi|18 : tTAAT-GTAACTAC----ATTA-T-CATG-TCTTAACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATA-TGA-TAGT-TGTTTT
gi|2 : TTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATATTGCCAGAAGTAAAT--TACATGTATTAAG-AAATCTTTTA--C-ATTTTACTC--A-AT-------------TACCTATTAT-CGAT-TGCCATTAACTTTT--------GGGCGATGAATCTAAACATGATT-A--TATACTAAATCA-ACTC-AT-TTTT-TCGTCTG-T---T--------CAATTTTAAG-GT-TATCAGAGATTTTG-G--AAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTGA--CATCA---TG-CATTA--TTCAAA-T-A-CCTTTACATGTATG-TGT-ATTTATT--TT-T-C--TAT-CTAAC-TTAATTATGAA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAG---TATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|3 : tcatgttttaatagcaaaaataaaactaaagttgttttataattgttttgataattatacctttggcacactgtgcctgtattaaggtgatgttatCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AACTCTTTTA--C-TTTTTACTC--AGGTACATGTAGACCCCTACCTATTAT-TTAT-TGCCATTTATTGTT---AT--GGGGAGATGAATCTAAACATGTTG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-TT-----------T---T--------CAA----AAG-TA-TATCAGAGATTCTG-G--TAGGTTTACTGT-ATG-ACTAT-----CTCA--CATCATATTA-TTTTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGGGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--TAT-CTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTCTT
gi|4 : ctaacatataaaacaaatttaagatcatcagtggaaaaaagCTT-CTTTCAA-TCTGT--ACCAA---TGATA-TGC-AGAAGTGAAT--T--------TATGTAGATCTTTT--------TTACTC--A-G-A------------TAC-TATTATTCGAT-TGCCATTT-TTGTT---A----GGGAGCTGA-TCTAA---TGATG-A--TGTA---AAT-A-AC---ATGTTTT-CC------TCGGT--------CAA----AAG-TC-T--CG-AGATTCTG-G--TAGATTT-CTGT-ATG-ACT--------TCA--CATCAT-TTA-T-TTA--TTC--ATT-A-CCA--GCGTGTGTT-T-T-A-TTG-T--TT-T-C--TTT-CTAAT-GTAA-TA--AG-ATTA-TCCATGCTCT---CTTA-TAGT-A-TTAG-ATTATATT-A-CAGT-TGTTT
gi|5 : tctgagattattagaaagtcaaactgttcggtgtggatgtatcacggaggtctcaCAGAGCCGGTT---GCTTCACTT-TT-CTTTCAA-T---T--CCCAAATATAAT-ATGCCA-AAGTGAATGATA------TTAAG-AAAGTCTTTA--C-TTTTTACTC--G-GTA------------TACC-ATTAT-CGAT-TGTCA-TTATTGTTTCAAT---GGGAGATGAATCCAAACATGACG-A--TGTA---AATCATACTA-AT-TTTT-TCCTCGTGT---T--------CAA----AAGCTA-TATCGGAGATTCTG-G--CTTATTTACGTT-AT--ACTAC-----ATCACTCCTCAATTTA-TATTAACTCC--ATT-A-CCA-CACATGTG-A-T-T-ACTTATTC-TT-T-C--TTT-C--AT-GTAACGAC-AA-
gi|6 : aataaatccaaaaattgattccatgtggattattCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTTTCTTTCAA-T---T---CCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--GAT-----TTAAG-AAATCTTTTA--CTTTTTTACTC----GT-------------TACC-ATAAT-CGAT-TGTCA-TTATTGTTTCAAT---GGGAGATG-ATCCAAACATGACGAA--TGTA---AATCATACTA-AT-TTTT-TCTCG---T---T--------CAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-GCTTAGATTTACGTT-ATACACTCA-----CTCA--C-TCAATTTA-TATTA--ATCCAATT-A-CCA-CACATGTG-A-T-T---CTATT--TT-T-C--TTT-C--ATAGTAACTAC-AA-AT
gi|7 : ttatCCA-AG--GATTC--GT-TCATTTCTT--------------------AATATGATAATACAAGAAGTTAAT--TA------TTAAG-AAGTCTTTTA--C-ACTCTCCTC--A-GT-------------TATCCATTAT-CGAT-TGTCATTTACTTTT---AT--GGGGAGACGAATCT-AACATTGTT-A--TATA---GATCA-ATTA-AT-TTTT-TCTTCTG-T---T--------CGA----AAG-TT-TATCAGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGC-ATG----AC-----CTGA--CATCA---TG-TATCA--TTTAAATT--------ACATGTATA-T-----TCATA--TT-T-C--TAT-C------TAACTATGAA-AATA-T-CATattgacagttgtttatagt
gi|8 : ttatgaattatttagaaaaaaatattcctaactgctcgtgtggattaAATCTTTTAAAC-CTTTTACTCTAA-G-A------------TACCTATTAT-CGAT-TGTCATTGAT--TT---AT---GGGAGATGAATCCAAACATCACG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-CTTT-TT------T---TTTCTGGGGCAA----AA--TACTATCGGAGATTCT--A--TA-ATT--CTGT-ATG-AGTGCGCGTTCGCA--CATC--ATTA-TATTA---TCAA--T-A-CC------TATGGA-T-T-ACTTATT--TT-T-TCATTT-TCACT-GT-ACTAC-AG-AGTA-T-CATG-TCT--AC-TA-TTGT-A-T--G-TAT-TATTGACCAGTGTATTTT
gi|9 : agCCAAACATGACG-A--TGTA---AATCA-AGTA-AT-TTTT-TCCTCTG-T---T--------CAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGAATTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--ATCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--TTT-CTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTa
Alignments
lowQualScore : 11 11 222222222 111111 3333333333333333333 33333333 222222222222
lowQualScore : 11 11 6 3 6 1 555555555 1 0 1 66 999999 5 66 55 9999999999999999999 3 4 4 1 1 33333333 0 4 55 555 6 3 3 3 777777777777 3 99999 7777 3 33 3 55 2 3 3 88888 44 88 2 777 5 2 5 2 2 7 55 2 5555 5 2 7 2 5 2 2 33 6 1 3 3 2 3 3
lowQualScore : .. .. . . . . ......... . . . .. ...... . .. .. ................... . . . . . ........ . . .. ... . . . . ............ . ..... .... . .. . .. . . . ..... .. .. . ... . . . . . . .. . .... . . . . . . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 00 00 0 2 7 4 111111111 7 7 4 99 444444 0 11 66 7777777777777777777 6 4 4 9 9 99999999 8 0 55 888 7 3 3 3 666666666666 6 11111 7777 6 77 6 00 1 3 3 33333 66 99 9 555 3 7 0 7 5 5 99 5 1111 0 4 1 4 3 7 9 99 2 0 1 1 3 3 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATCTTTTA--C-TTTTTACTC--A-GTA------------TACCTATTAT-CGAT-TGTCATTTACTGTT---AT--GGGGAGATGAATCTAAACATGACG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-T-C-T-C---T--T-C-----AA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TNGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
Reference ( family-1869 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATCTTTTA--C-TTTTTACTC--A-GTA------------TACCTATTAT-CGAT-TGTCATTTACTGTT---AT--GGGGAGATGAATCTAAACATGACG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-T-C-T-C---T--T-C-----AA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TNGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|1 : CAGAG---ATTCTGATAT-A-TTCTT-CTT-CAACT--GTTAGCCAAATATAATAAT-CCAGA--T-AAT--TA------T-AAG-AAATCTTT-A--C-TTTT-ACTC--A-ATA------------T-CCTATTAT-CAATATTTCATTT-CTGTTC--ATTCGGGGAG-T--ATCTAAACATGACG-ACATGTT---AATCA-ACTGCAT-TTTC-T-C-T-C---T--TAC-----AA----AA------ATCGAA--TTCTG----TAGATTTACTGTTATG-ACTAC-----CGTA--CATCATATTACTATTAA-TTCAAATT-TTCCATCACTTG-ATA-T-T-ACT-ATT--TTCT-A--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATT--T-CA-G-TCT--ACTTA-TTGTAATTTAGTTATATATT
gi|10 : ttatatattaatcacacaaaaacttagcacaattgcatttaccttataattttatttagaaaaattattttaagtccaaaactgttcttgtgaattat---AATCA-ACTA-AT-TTTCCT-C-TGT---T--T-C-----AA----AGT-TA-TATCGGAGATTCTGTG--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CACCATATTA-TA-TA--ATCAAATT-A-CCATCACATGTGTATT-T-ACTTCTT--TT-T-T--C-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTTttgcagtgttata
gi|11 : atatggtGTA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-T-CCT-C---TGTT-C-----AA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTT-CTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CACCATATTA-TATTA--ATCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTTCT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AATATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|12 : gCTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCACCACATGTGTA-T-T-ACTTAGT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CACG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAA-TATATATTGA-TAGT-TGTTT
gi|13 : AAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATATTTTA--C-TTTTAACTC--A-G-A------------TACCTATTAT-CGAC-TGTCATTTACTGTT---AT--GGGGAAATTAATTTAAACATAATG-A--TATA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-TCC-T-C---T--
gi|14 : TTT-TATTA--TTCAAATTTA-CCATCACATATGTA-T-TTACTTATT--TT-TTC--TATTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTATT-CATG-TCT--ACTTATTAGTAA-TTAG-TATATA-TGA-CAGT-TGTT
gi|15 : -TATTA--TTCAAATTTA-CCATCACATATGTA-T-TTACTTATT--TT-TTC--TATTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTATT-CATG-TCT--ACTTATTAGTAA-TTAG-TATATA-TGA-CAGT-TGT
gi|16 : tt-T-ATTTATTATTT-T-C--T-TT-TAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|17 : --TTCAAATG-A-CCTTTTCATGTATA-T-TTACTTATT--TT-T-C--T-ATCTAAT-GTAATTATGAA-ATTA-T-TATG-TCT--ACTT
gi|18 : tTAAT-GTAACTAC----ATTA-T-CATG-TCTTAACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATA-TGA-TAGT-TGTTTT
gi|2 : TTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATATTGCCAGAAGTAAAT--TACATGTATTAAG-AAATCTTTTA--C-ATTTTACTC--A-AT-------------TACCTATTAT-CGAT-TGCCATTAACTTTT--------GGGCGATGAATCTAAACATGATT-A--TATACTAAATCA-ACTC-AT-TTTT-T-CGT-C---TGTT-C-----AATTTTAAG-GT-TATCAGAGATTTTG-G--AAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTGA--CATCA---TG-CATTA--TTCAAA-T-A-CCTTTACATGTATG-TGT-ATTTATT--TT-T-C--T-ATCTAAC-TTAATTATGAA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAG---TATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|3 : tcatgttttaatagcaaaaataaaactaaagttgttttataattgttttgataattatacctttggcacactgtgcctgtattaaggtgatgttatCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AACTCTTTTA--C-TTTTTACTC--AGGTACATGTAGACCCCTACCTATTAT-TTAT-TGCCATTTATTGTT---AT--GGGGAGATGAATCTAAACATGTTG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-TT-------------T--T-C-----AA----AAG-TA-TATCAGAGATTCTG-G--TAGGTTTACTGT-ATG-ACTAT-----CTCA--CATCATATTA-TTTTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGGGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-ATCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTCTT
gi|4 : ctaacatataaaacaaatttaagatcatcagtggaaaaaagCTT-CTTTCAA-TCTGT--ACCAA---TGATA-TGC-AGAAGTGAAT--T--------TATGTAGATCTTTT--------TTACTC--A-G-A------------TAC-TATTATTCGAT-TGCCATTT-TTGTT---A----GGGAGCTGA-TCTAA---TGATG-A--TGTA---AAT-A-AC---ATGTTTT-C-C-T-C---GG-T-C-----AA----AAG-TC-T--CG-AGATTCTG-G--TAGATTT-CTGT-ATG-ACT--------TCA--CATCAT-TTA-T-TTA--TTC--ATT-A-CCA--GCGTGTGTT-T-T-A-TTG-T--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAA-TA--AG-ATTA-TCCATGCTCT---CTTA-TAGT-A-TTAG-ATTATATT-A-CAGT-TGTTT
gi|5 : tctgagattattagaaagtcaaactgttcggtgtggatgtatcacggaggtctcaCAGAGCCGGTT---GCTTCACTT-TT-CTTTCAA-T---T--CCCAAATATAAT-ATGCCA-AAGTGAATGATA------TTAAG-AAAGTCTTTA--C-TTTTTACTC--G-GTA------------TACC-ATTAT-CGAT-TGTCA-TTATTGTTTCAAT---GGGAGATGAATCCAAACATGACG-A--TGTA---AATCATACTA-AT-TTTT-TCC-T-CGTGT--T-C-----AA----AAGCTA-TATCGGAGATTCTG-G--CTTATTTACGTT-AT--ACTAC-----ATCACTCCTCAATTTA-TATTAACTCC--ATT-A-CCA-CACATGTG-A-T-T-ACTTATTC-TT-T-C--T-TTC--AT-GTAACGAC-AA-
gi|6 : aataaatccaaaaattgattccatgtggattattCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTTTCTTTCAA-T---T---CCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--GAT-----TTAAG-AAATCTTTTA--CTTTTTTACTC----GT-------------TACC-ATAAT-CGAT-TGTCA-TTATTGTTTCAAT---GGGAGATG-ATCCAAACATGACGAA--TGTA---AATCATACTA-AT-TTTT-T-C-T-CG--T--T-C-----AA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-GCTTAGATTTACGTT-ATACACTCA-----CTCA--C-TCAATTTA-TATTA--ATCCAATT-A-CCA-CACATGTG-A-T-T---CTATT--TT-T-C--T-TTC--ATAGTAACTAC-AA-AT
gi|7 : ttatCCA-AG--GATTC--GT-TCATTTCTT--------------------AATATGATAATACAAGAAGTTAAT--TA------TTAAG-AAGTCTTTTA--C-ACTCTCCTC--A-GT-------------TATCCATTAT-CGAT-TGTCATTTACTTTT---AT--GGGGAGACGAATCTAA-CATTGTT-A--TATA---GATCA-ATTA-AT-TTTT-T-C-T-TCTGT--T-C-----GA----AAG-TT-TATCAGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGC-ATG----AC-----CTGA--CATCA---TG-TATCA--TTTAAATT--------ACATGTATA-T-T--CATATT--TC-T-----------AT-CTAACTATGAA-AATA-T-CATattgacagttgtttatagt
gi|8 : ttatgaattatttagaaaaaaatattcctaactgctcgtgtggattaAATCTTTTAAAC-CTTTTACTCTAA-G-A------------TACCTATTAT-CGAT-TGTCATTGAT--TT---AT---GGGAGATGAATCCAAACATCACG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-CTTT-T-T-T-T---T--T-CTGGGGCA----AAA-TACTATCGGAGATTCT--A--TA-ATT--CTGT-ATG-AGTGCGCGTTCGCA--CATC--ATTA-TATTA---TCAA--T-A-CC------TATGGA-T-T-ACTTATT--TT-T-TCAT-TTTCACT-GT-ACTAC-AG-AGTA-T-CATG-TCT--AC-TA-TTGT-A-T--G-TAT-TATTGACCAGTGTATTTT
gi|9 : agCCAAACATGACG-A--TGTA---AATCA-AGTA-AT-TTTT-T-CCT-C---TGTT-C-----AA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGAATTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--ATCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTa
Alignments
lowQualScore : 11 11 222222222 111111 3333333333333333333 33333333 222222222222
lowQualScore : 11 11 6 3 6 1 555555555 1 0 1 66 999999 5 66 55 9999999999999999999 3 4 4 1 1 33333333 0 4 55 555 6 3 3 3 777777777777 3 99999 7777 3 33 3 55 2 3 3 88888 44 88 2 777 5 2 5 2 2 7 55 2 5555 5 2 7 2 5 2 2 33 6 1 3 3 2 3 3
lowQualScore : .. .. . . . . ......... . . . .. ...... . .. .. ................... . . . . . ........ . . .. ... . . . . ............ . ..... .... . .. . .. . . . ..... .. .. . ... . . . . . . .. . .... . . . . . . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 00 00 0 2 7 4 111111111 7 7 4 99 444444 0 11 66 7777777777777777777 6 4 4 9 9 99999999 8 0 55 888 7 3 3 3 666666666666 6 11111 7777 6 77 6 00 1 3 3 33333 66 99 9 555 3 7 0 7 5 5 99 5 1111 0 4 1 4 3 7 9 99 2 0 1 1 3 3 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATCTTTTA--C-TTTTTACTC--A-GTA------------TACCTATTAT-CGAT-TGTCATTTACTGTT---AT--GGGGAGATGAATCTAAACATGACG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-T-C-T-C---T--T-C-----AA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TNGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
Reference ( family-1869 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATCTTTTA--C-TTTTTACTC--A-GTA------------TACCTATTAT-CGAT-TGTCATTTACTGTT---AT--GGGGAGATGAATCTAAACATGACG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-T-C-T-C---T--T-C-----AA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TNGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|1 : CAGAG---ATTCTGATAT-A-TTCTT-CTT-CAACT--GTTAGCCAAATATAATAAT-CCAGA--T-AAT--TA------T-AAG-AAATCTTT-A--C-TTTT-ACTC--A-ATA------------T-CCTATTAT-CAATATTTCATTT-CTGTTC--ATTCGGGGAG-T--ATCTAAACATGACG-ACATGTT---AATCA-ACTGCAT-TTTC-T-C-T-C---T--TAC-----AA----AA------ATCGAA--TTCTG----TAGATTTACTGTTATG-ACTAC-----CGTA--CATCATATTACTATTAA-TTCAAATT-TTCCATCACTTG-ATA-T-T-ACT-ATT--TTCT-A--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATT--T-CA-G-TCT--ACTTA-TTGTAATTTAGTTATATATT
gi|10 : ttatatattaatcacacaaaaacttagcacaattgcatttaccttataattttatttagaaaaattattttaagtccaaaactgttcttgtgaattat---AATCA-ACTA-AT-TTTCCT-C-TGT---T--T-C-----AA----AGT-TA-TATCGGAGATTCTGTG--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CACCATATTA-TA-TA--ATCAAATT-A-CCATCACATGTGTATT-T-ACTTCTT--TT-T-T--C-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTTttgcagtgttata
gi|11 : atatggtGTA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-T-CCT-C---TGTT-C-----AA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTT-CTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CACCATATTA-TATTA--ATCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTTCT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AATATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|12 : gCTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCACCACATGTGTA-T-T-ACTTAGT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CACG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAA-TATATATTGA-TAGT-TGTTT
gi|13 : AAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATATTTTA--C-TTTTAACTC--A-G-A------------TACCTATTAT-CGAC-TGTCATTTACTGTT---AT--GGGGAAATTAATTTAAACATAATG-A--TATA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-TCC-T-C---T--
gi|14 : TTT-TATTA--TTCAAATTTA-CCATCACATATGTA-T-TTACTTATT--TT-TTC--TATTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTATT-CATG-TCT--ACTTATTAGTAA-TTAG-TATATA-TGA-CAGT-TGTT
gi|15 : -TATTA--TTCAAATTTA-CCATCACATATGTA-T-TTACTTATT--TT-TTC--TATTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTATT-CATG-TCT--ACTTATTAGTAA-TTAG-TATATA-TGA-CAGT-TGT
gi|16 : tt-T-ATTTATTATTT-T-C--T-TT-TAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|17 : --TTCAAATG-A-CCTTTTCATGTATA-T-TTACTTATT--TT-T-C--T-ATCTAAT-GTAATTATGAA-ATTA-T-TATG-TCT--ACTT
gi|18 : tTAAT-GTAACTAC----ATTA-T-CATG-TCTTAACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATA-TGA-TAGT-TGTTTT
gi|2 : TTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATATTGCCAGAAGTAAAT--TACATGTATTAAG-AAATCTTTTA--C-ATTTTACTC--A-AT-------------TACCTATTAT-CGAT-TGCCATTAACTTTT--------GGGCGATGAATCTAAACATGATT-A--TATACTAAATCA-ACTC-AT-TTTT-T-CGT-C---TGTT-C-----AATTTTAAG-GT-TATCAGAGATTTTG-G--AAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTGA--CATCA---TG-CATTA--TTCAAA-T-A-CCTTTACATGTATG-TGT-ATTTATT--TT-T-C--T-ATCTAAC-TTAATTATGAA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAG---TATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|3 : tcatgttttaatagcaaaaataaaactaaagttgttttataattgttttgataattatacctttggcacactgtgcctgtattaaggtgatgttatCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AACTCTTTTA--C-TTTTTACTC--AGGTACATGTAGACCCCTACCTATTAT-TTAT-TGCCATTTATTGTT---AT--GGGGAGATGAATCTAAACATGTTG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-TT-------------T--T-C-----AA----AAG-TA-TATCAGAGATTCTG-G--TAGGTTTACTGT-ATG-ACTAT-----CTCA--CATCATATTA-TTTTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGGGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-ATCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTCTT
gi|4 : ctaacatataaaacaaatttaagatcatcagtggaaaaaagCTT-CTTTCAA-TCTGT--ACCAA---TGATA-TGC-AGAAGTGAAT--T--------TATGTAGATCTTTT--------TTACTC--A-G-A------------TAC-TATTATTCGAT-TGCCATTT-TTGTT---A----GGGAGCTGA-TCTAA---TGATG-A--TGTA---AAT-A-AC---ATGTTTT-C-C-T-C---GG-T-C-----AA----AAG-TC-T--CG-AGATTCTG-G--TAGATTT-CTGT-ATG-ACT--------TCA--CATCAT-TTA-T-TTA--TTC--ATT-A-CCA--GCGTGTGTT-T-T-A-TTG-T--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAA-TA--AG-ATTA-TCCATGCTCT---CTTA-TAGT-A-TTAG-ATTATATT-A-CAGT-TGTTT
gi|5 : tctgagattattagaaagtcaaactgttcggtgtggatgtatcacggaggtctcaCAGAGCCGGTT---GCTTCACTT-TT-CTTTCAA-T---T--CCCAAATATAAT-ATGCCA-AAGTGAATGATA------TTAAG-AAAGTCTTTA--C-TTTTTACTC--G-GTA------------TACC-ATTAT-CGAT-TGTCA-TTATTGTTTCAAT---GGGAGATGAATCCAAACATGACG-A--TGTA---AATCATACTA-AT-TTTT-TCC-T-CGTGT--T-C-----AA----AAGCTA-TATCGGAGATTCTG-G--CTTATTTACGTT-AT--ACTAC-----ATCACTCCTCAATTTA-TATTAACTCC--ATT-A-CCA-CACATGTG-A-T-T-ACTTATTC-TT-T-C--T-TTC--AT-GTAACGAC-AA-
gi|6 : aataaatccaaaaattgattccatgtggattattCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTTTCTTTCAA-T---T---CCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--GAT-----TTAAG-AAATCTTTTA--CTTTTTTACTC----GT-------------TACC-ATAAT-CGAT-TGTCA-TTATTGTTTCAAT---GGGAGATG-ATCCAAACATGACGAA--TGTA---AATCATACTA-AT-TTTT-T-C-T-CG--T--T-C-----AA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-GCTTAGATTTACGTT-ATACACTCA-----CTCA--C-TCAATTTA-TATTA--ATCCAATT-A-CCA-CACATGTG-A-T-T---CTATT--TT-T-C--T-TTC--ATAGTAACTAC-AA-AT
gi|7 : ttatCCA-AG--GATTC--GT-TCATTTCTT--------------------AATATGATAATACAAGAAGTTAAT--TA------TTAAG-AAGTCTTTTA--C-ACTCTCCTC--A-GT-------------TATCCATTAT-CGAT-TGTCATTTACTTTT---AT--GGGGAGACGAATCTAA-CATTGTT-A--TATA---GATCA-ATTA-AT-TTTT-T-C-T-TCTGT--T-C-----GA----AAG-TT-TATCAGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGC-ATG----AC-----CTGA--CATCA---TG-TATCA--TTTAAATT--------ACATGTATA-T-T--CATATT--TC-T-----------AT-CTAACTATGAA-AATA-T-CATattgacagttgtttatagt
gi|8 : ttatgaattatttagaaaaaaatattcctaactgctcgtgtggattaAATCTTTTAAAC-CTTTTACTCTAA-G-A------------TACCTATTAT-CGAT-TGTCATTGAT--TT---AT---GGGAGATGAATCCAAACATCACG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-CTTT-T-T-T-T---T--T-CTGGGGCA----AAA-TACTATCGGAGATTCT--A--TA-ATT--CTGT-ATG-AGTGCGCGTTCGCA--CATC--ATTA-TATTA---TCAA--T-A-CC------TATGGA-T-T-ACTTATT--TT-T-TCAT-TTTCACT-GT-ACTAC-AG-AGTA-T-CATG-TCT--AC-TA-TTGT-A-T--G-TAT-TATTGACCAGTGTATTTT
gi|9 : agCCAAACATGACG-A--TGTA---AATCA-AGTA-AT-TTTT-T-CCT-C---TGTT-C-----AA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGAATTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--ATCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTa
blockSeqs : CC . A C T T TCTGTA T G GA CATGTA T AA TT AGGTACATGTAGACCCC T T . T A TCAAT A . CTA T . G C CCTCGTGT . TGGGG TTTT C AC T CT A . C GCGTT CT TA . ACT T . T T G T AT . TCA A A G T T C C TA T T . . T C G
blockSeqs : . . T C . T TGTA A A . T . . T TAAGA T . . T A TCAAT . . . T . . . CCTCTGT . . . . A . . A . . . . TA . A T . T . . T C . TC A . G . T . . . T T . . T . .
blockSeqs : . . A C . T TGTA A G . . . . A GGTA T . . T A ATG . . . . . . . CGTCTGT . . . . A . . A . . . . TA . A . . C . . T . . TC . . G . . . . . . A . . T . .
blockSeqs : . . . T . T TTC A G . . . . T AGA T . . T A ATG . . . . . . . CTTCTGT . . . . T . . A . . . . TA . T . . T . . . . . T . . . . . . . . . A . . T . .
blockSeqs : . T TT A G . . . . T AAT C . . T A ATG . . . . . . . CCTCTGT . . . . A . . A . . . . AT . T . . T . . . . . C . . . . . . . . . A . . T . .
blockSeqs : . . . G . . . . A AGA T . . T A AT . . . . . . . CTGTT . . . . C . . A . . . . AT . T . . T . . . . . C . . . . . . . . . T . . T . .
blockSeqs : T . . . . C AGT . . . . A A . . . . . . . CCTCT . . . . A . . A . . . . TA . T . . T . . . . . C . . . . . . . . . T . . T . .
blockSeqs : . . GT . . . . . . . . . . . . . CTCGG . . . . A . . . . . . . T . T . . T . . . . . C . . . . . . . . . A . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . CTCGT . . . . T . . . . . . . A . T . . T . . . . . C . . . . . . . . . A . . T . .
blockSeqs : . . . . . TTTT . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** TGTA***** AGN**************** AT****** ** CCTCTGT***** A* T**
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATCTTTTA--C-TTTTTACTC--A-GTA------------TACCTATTAT-CGAT-TGTCATTTACTGTT---AT--GGGGAGATGAATCTAAACATGACG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-T-C-T-C---T--T-C-----AA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TNGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAATGTA-----CCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATCTTTTA--C-TTTTTACTCAGN----------------TACCTATTAT-CGAT-TGTCATTTACTGTTAT------GGGAGATGAATCTAAACATGACG-A--TGTA---AATCA-ACTA-AT-TTTT-TCCTCTGT-----T-C-----AA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTAT--TCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TNGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
Alignments
lowQualScore : 11 11 222222222 111111 33333333333333333333 33333333
lowQualScore : 11 11 6 3 6 1 555555555 8 0 1 66 999999 5 66 55 33333333333333333333 4 3 4 4 33 1 44444444 4 55 666 6 3 44 1 66666 7777 55 33 3 55 2 3 3 88888 44 88 2 777 5 2 5 2 2 7 55 2 5555 5 2 7 2 5 2 2 33 6 1 3 3 2 3 3
lowQualScore : .. .. . . . . ......... . . . .. ...... . .. .. .................... . . . . .. . ........ . .. ... . . .. . ..... .... .. .. . .. . . . ..... .. .. . ... . . . . . . .. . .... . . . . . . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 00 00 0 2 7 4 111111111 7 7 4 99 444444 0 11 66 11111111111111111111 4 6 4 4 99 1 00000000 0 55 444 7 3 66 0 22222 7777 00 77 6 00 1 3 3 33333 66 99 9 555 3 7 0 7 5 5 99 5 1111 0 4 1 4 3 7 9 99 2 0 1 1 3 3 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATCTTTTA--C-TTTTTACTC--AG--------------N-TA-CCTATTAT-CGAT-TGTCATTTACTGTT---AT---GGGAGATGAATCTAAACATGACG-A--TG---TAAATCA-ACTA-A--TTTTTTCCTC-T-G-TTCAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TNGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
Reference ( family-1869 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATCTTTTA--C-TTTTTACTC--AG--------------N-TA-CCTATTAT-CGAT-TGTCATTTACTGTT---AT---GGGAGATGAATCTAAACATGACG-A--TG---TAAATCA-ACTA-A--TTTTTTCCTC-T-G-TTCAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TNGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|1 : CAGAG---ATTCTGATAT-A-TTCTT-CTT-CAACT--GTTAGCCAAATATAATAAT-CCAGA--T-AAT--TA------T-AAG-AAATCTTT-A--C-TTTT-ACTC--A---------------A-TATCCTATTAT-CAATATTTCATTT-CTGTTC--ATTCGGGGAG-T--ATCTAAACATGACG-ACATG---TTAATCA-ACTGCA--TTTTCTC-TC-T---TACAA----AA------ATCGAA--TTCTG----TAGATTTACTGTTATG-ACTAC-----CGTA--CATCATATTACTATTAA-TTCAAATT-TTCCATCACTTG-ATA-T-T-ACT-ATT--TTCT-A--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATT--T-CA-G-TCT--ACTTA-TTGTAATTTAGTTATATATT
gi|10 : ttatatattaatcacacaaaaacttagcacaattgcatttaccttataattttatttagaaaaattattttaagtccaaaactgttcttgtgaattatAATCA-ACTA-A----TTTTCCTC-T-GTTTCAA----AGT-TA-TATCGGAGATTCTGTG--TAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CACCATATTA-TA-TA--ATCAAATT-A-CCATCACATGTGTATT-T-ACTTCTT--TT-T-T--C-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTTttgcagtgttata
gi|11 : atatggtG---TAAATCA-ACTA-A--TTTTTTCCTC-T-G-TTCAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGATTT-CTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CACCATATTA-TATTA--ATCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTTCT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AATATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|12 : gCTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--TTCAAATT-A-CCACCACATGTGTA-T-T-ACTTAGT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CACG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAA-TATATATTGA-TAGT-TGTTT
gi|13 : AAGTGAAT--TA------TTAAG-AAATATTTTA--C-TTTTAACTC--AG--------------A-TA-CCTATTAT-CGAC-TGTCATTTACTGTT---ATG--GGGAAATTAATTTAAACATAATG-A--TA---TAAATCA-ACTA-A--TTTTTTCCTC-T-
gi|14 : TTT-TATTA--TTCAAATTTA-CCATCACATATGTA-T-TTACTTATT--TT-TTC--TATTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTATT-CATG-TCT--ACTTATTAGTAA-TTAG-TATATA-TGA-CAGT-TGTT
gi|15 : -TATTA--TTCAAATTTA-CCATCACATATGTA-T-TTACTTATT--TT-TTC--TATTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTATT-CATG-TCT--ACTTATTAGTAA-TTAG-TATATA-TGA-CAGT-TGT
gi|16 : tt-T-ATTTATTATTT-T-C--T-TT-TAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|17 : --TTCAAATG-A-CCTTTTCATGTATA-T-TTACTTATT--TT-T-C--T-ATCTAAT-GTAATTATGAA-ATTA-T-TATG-TCT--ACTT
gi|18 : tTAAT-GTAACTAC----ATTA-T-CATG-TCTTAACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATA-TGA-TAGT-TGTTTT
gi|2 : TTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATATTGCCAGAAGTAAAT--TACATGTATTAAG-AAATCTTTTA--C-ATTTTACTC--AA--------------T-TA-CCTATTAT-CGAT-TGCCATTAACT-TT----T---GGGCGATGAATCTAAACATGATT-A--TATACTAAATCA-ACTC-A--TTTTTTCGTC-T-G-TTCAATTTTAAG-GT-TATCAGAGATTTTG-G--AAGATTTACTGT-ATG-ACTAC-----CTGA--CATCA---TG-CATTA--TTCAAA-T-A-CCTTTACATGTATG-TGT-ATTTATT--TT-T-C--T-ATCTAAC-TTAATTATGAA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAG---TATATTGA-CAGT-TGTTTT
gi|3 : tcatgttttaatagcaaaaataaaactaaagttgttttataattgttttgataattatacctttggcacactgtgcctgtattaaggtgatgttatCCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTT-CTTTCAA-T--GT--ACCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--TA------TTAAG-AACTCTTTTA--C-TTTTTACTC--AGGTACATGTAGACCCC-TA-CCTATTAT-TTAT-TGCCATTTATTGTT---ATG--GGGAGATGAATCTAAACATGTTG-A--TG---TAAATCA-ACTA-A--TTT------------TTCAA----AAG-TA-TATCAGAGATTCTG-G--TAGGTTTACTGT-ATG-ACTAT-----CTCA--CATCATATTA-TTTTA--TTCAAATT-A-CCATCACATGGGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-ATCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TAGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTCTT
gi|4 : ctaacatataaaacaaatttaagatcatcagtggaaaaaagCTT-CTTTCAA-TCTGT--ACCAA---TGATA-TGC-AGAAGTGAAT--T--------TATGTAGATCTTTT--------TTACTC--AG--------------A-TA-C-TATTATTCGAT-TGCCATTT-TTGTT---A----GGGAGCTGA-TCTAA---TGATG-A--TG---TAAAT-A-AC---A--TGTTTTCCTC-G-G-T-CAA----AAG-TC-T--CG-AGATTCTG-G--TAGATTT-CTGT-ATG-ACT--------TCA--CATCAT-TTA-T-TTA--TTC--ATT-A-CCA--GCGTGTGTT-T-T-A-TTG-T--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAA-TA--AG-ATTA-TCCATGCTCT---CTTA-TAGT-A-TTAG-ATTATATT-A-CAGT-TGTTT
gi|5 : tctgagattattagaaagtcaaactgttcggtgtggatgtatcacggaggtctcaCAGAGCCGGTT---GCTTCACTT-TT-CTTTCAA-T---T--CCCAAATATAATA-TGCCA-AAGTGAATGATA------TTAAG-AAAGTCTTTA--C-TTTTTACTC--GG--------------TATA-CC-ATTAT-CGAT-TGTCATT-ATTGTTTCAAT---GGGAGATGAATCCAAACATGACG-A--TG---TAAATCATACTA-A--TTTTTTCCTCGT-G-TTCAA----AAGCTA-TATCGGAGATTCTG-G--CTTATTTACGTT-AT--ACTAC-----ATCACTCCTCAATTTA-TATTAACTCC--ATT-A-CCA-CACATGTG-A-T-T-ACTTATTC-TT-T-C--T-TTC--AT-GTAACGAC-AA-
gi|6 : aataaatccaaaaattgattccatgtggattattCAGAG--GATTC--GTATCACTTCTTTCTTTCAA-T---T---CCAAATATAATAATGCCAGAAGTGAAT--GAT-----TTAAG-AAATCTTTTA--CTTTTTTACTC---G--------------T-TA-CC-ATAAT-CGAT-TGTCA-TTATTGTTTCAAT---GGGAGATG-ATCCAAACATGACGAA--TG---TAAATCATACTA-A--TTTTTT-CTC---G-TTCAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-GCTTAGATTTACGTT-ATACACTCA-----CTCA--C-TCAATTTA-TATTA--ATCCAATT-A-CCA-CACATGTG-A-T-T---CTATT--TT-T-C--T-TTC--ATAGTAACTAC-AA-AT
gi|7 : ttatCCA-AG--GATTC--GT-TCATTTCTT--------------------AATATGATAATACAAGAAGTTAAT--TA------TTAAG-AAGTCTTTTA--C-ACTCTCCTC--AG--------------T-TA-TCCATTAT-CGAT-TGTCATTTACTTTT---ATG--GGGAGACGAATCT-AACATTGTT-A--TA---TAGATCA-ATTA-A--TTTTTTCTTC-T-G-TTCGA----AAG-TT-TATCAGAGATTCTG-G--TAGATTTACTGC-ATG----AC-----CTGA--CATCA---TG-TATCA--TTTAAATT--------ACATGTATA-T-T--CATATT--TC-T-----------AT-CTAACTATGAA-AATA-T-CATattgacagttgtttatagt
gi|8 : ttatgaattatttagaaaaaaatattcctaactgctcgtgtggattaAATCTTTTAAAC-CTTTTACTCTAAG--------------A-TA-CCTATTAT-CGAT-TGTCATTGAT--TT---AT---GGGAGATGAATCCAAACATCACG-A--TG---TAAATCA-ACTA-ATCTTTTTTTTTC-TGG-GGCAA----AA--TACTATCGGAGATTCT--A--TA-ATT--CTGT-ATG-AGTGCGCGTTCGCA--CATC--ATTA-TATTA---TCAA--T-A-CC------TATGGA-T-T-ACTTATT--TT-T-TCAT-TTTCACT-GT-ACTAC-AG-AGTA-T-CATG-TCT--AC-TA-TTGT-A-T--G-TAT-TATTGACCAGTGTATTTT
gi|9 : agCCAAACATGACG-A--TG---TAAATCA-AGTA-A--TTTTTTCCTC-T-G-TTCAA----AAG-TA-TATCGGAGATTCTG-G--TAGAATTACTGT-ATG-ACTAC-----CTCA--CATCATATTA-TATTA--ATCAAATT-A-CCATCACATGTGTA-T-T-ACTTATT--TT-T-C--T-TTCTAAT-GTAACTAC-AA-ATTA-T-CATG-TCT--ACTTA-TTGTAA-TTAG-TATATATTGA-CAGT-TGTTTa