lowQualScore : 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1
lowQualScore : 5555 7 2 2 33 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 3
lowQualScore : .... . . . .. .............................................................. . .
lowQualScore : 9999 7 2 2 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 3
consensus : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GT-CA--TTCATCTCACCTTTNTCNNNNTTTCNCTNGAAAANNNNCTNANNGNNGNANNNNNGCCGNNATNTTCTTCGG-GTGAATTTTGAAAGACG
Reference ( gi|6 ) : TCATGACCAACGCAGTTTT---GGATTAGG-GT-CA--TTCATCGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTG-GTGAATTTTGAAAGACG
gi|2 : TCATGACCAACGCAGTATTATGGGATTAGG-GT-CA--TTCATCGCACCTTTTTTCCAGTTTCTTTGAAAAAATATCTCATCGTGGCAAACTGACCGTTATATTCTTCTG-GTGAACTTTTGAAGACG
gi|7 : aTCGTGGCCAAAGCAGTTTT---GGATTGGG-GT-CA--TTCATCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCG-GTGAATTTTGAAAGACGt
gi|5 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGC-GT-CA--CTCATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGG-GTGAATTTTGAAAGACG
gi|11 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GT-CA--CTCATCTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGT-TTGAATTTTGAAAGA
gi|9 : TCATGACCAATGCAGTTTT---GGATTGGG-GT-CA--TTAATCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGG-GTGAATTTTGAAAGA
gi|8 : TCATGACCAACGCAATTTA---GGATTGGG-GT-CA--TTCATCT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGG-ATAAATTTTGAAAGACG
gi|13 : TCATGACCAATGTAATTTT---GGATTGGG-GT-CA--TTCATCT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGA-GTGAATTTTGAAAGA
gi|16 : TCATGACCAACGTAGTTTT---GGATTTGG-GT-CA--TTCATC
gi|10 : TCATGACCAACACAGTTTC---AGATTGGG-GT-CA--TTCATCTC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGCATGAATTTTGAAAGAtcccttttctttatttta
gi|14 : TCATGACCAACGTAGTTTT---GGATTGGT-GT-CA--TTCATC
gi|17 : cTCATAACCAATGTAGTTTT---GGATTGGG-GT-CA--TTCATCtacattttctttattttatccttcaaaaatattcgacacttcgggtgaattttgaaagacgt
gi|15 : cTCATGATCAACGCACTTTC---GGATTGGG-GT-CA--TTCATCACt
gi|3 : TCATGACCAACACAGTTTA---GGATTGGC-GTCCAGCTTCATCTCCCTTTTGTCAGTTTTTTACTTGAAAATATGTTGAGGGGCAAACTGACGTTAGAATTTTCTTCGG-GCAAATTTTGAAAGACGccttttttcagtttattcttga
gi|18 : TCATGATCAAGGCAGTTTA---GGATTGGG-GT-CA--TTCATC
gi|4 : TCATGATCATCGCAGTTTC---GGGTCGGGCGT-CA--TTCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGG-GTGAATTTAGAAGGACG
gi|1 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-G------TTCATCt
gi|12 : TCATGACCAACACAGTTTC---CGACTGGA-AT-CA--TTCAT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGG-GTGAATTATGAAATACGttctaagtcccctcctatctcttcccgttatccttgaaaaataattgtcagggccgatactgacgttggtttctttcgggtgaatttaaagacgt
gi|19 : CATAACCAACGCAGTTTC---GGATT-TG-GT-CA--CTCATC
gi|14 : TCGG-GTGAATTTTGAAAGACGt
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 4444 2 2 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2
lowQualScore : .... . . .. ..................................................................... .
lowQualScore : 4444 1 1 99 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9
consensus : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GTC-A--TTCATCT----------CACCTTTTTCNNNN--TTTTNCTCGAAAANNNNTTGNNNGGGNCGNNNNNGNCGNNANNTTCTT-CGGGTGAATTTTGAAAGACG
Reference ( family-1839 ) : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GTC-A--TTCATCT----------CACCTTTNTCNNNN--TTTCNCTNGAAAANNNNCTNANNGNNGNANNNNNGCCGNNATNTTCTT-CGGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|1 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GT------TCATCTTCTAAGTCCCCTCCTATCTCTTCCCGTTATCCTTGAAAAATAATTGTCAGGGCCGATACTGACGTTGGTTTCTTTCGGGTGAATTT--AAAGACG
gi|10 : TCATGACCAACACAGTTTC---AGATTGGG-GTC-A--TTCATCT----------CNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-TGCATGAATTTTGAAAGAt
gi|11 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GTC-A--CTCATCT----------CANNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CGTTTGAATTTTGAAAGA
gi|12 : TCATGACCAACACAGTTTC---CGACTGGA-ATC-A--TTCAT-------------NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-CGGGTGAATTATGAAATACG
gi|13 : TCATGACCAATGTAATTTT---GGATTGGG-GTC-A--TTCATCT------------NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CGAGTGAATTTTGAAAGA
gi|14 : TCATGACCAACGTAGTTTT---GGATTGGT-GTC-A--TTCATCTA---------CATTTTCTTTATTT--TATCCTTCAAAAATATT-------------------CGACA----CTT-CGGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|15 : cTCATGATCAACGCACTTTC---GGATTGGG-GTC-A--TTCATCA----------C-CCTTTTTTCAGT--TTATTCTTGAt
gi|16 : TCATGACCAACGTAGTTTT---GGATTTGG-GTC-A--TTCATCT----------C-CCTTT-TCTTTA--TTT
gi|17 : TCATAACCAATGTAGTTTT---GGATTGGG-GTC-A--TTCATCT----------ta
gi|18 : cTCATGATCAAGGCAGTTTA---GGATTGGG-GTC-A--TTCATC
gi|19 : CATAACCAACGCAGTTTC---GGATT-TG-GTC-A--CTCATCT----------
gi|2 : TCATGACCAACGCAGTATTATGGGATTAGG-GTC-A--TTCATCG----------CACCTTTTTTCCAG--TTTCTTTGAAAAAATATCTCATCGTGGCAAACTGACCGTTATATTCTT-CTGGTGAACTTTTGAAGACG
gi|3 : aTCATGACCAACACAGTTTA---GGATTGGC-GTCCAGCTTCATCT----------CCCTTTTGTCAGTT--TTTTACTTGAAAATATGTTGAGGGGCAAACTGACGTTAGAATTTTCTT-CGGGCAAATTTTGAAAGACGt
gi|4 : TCATGATCATCGCAGTTTC---GGGTCGGGCGTC-A--TTCATCT----------NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TGGGTGAATTTAGAAGGACG
gi|5 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGC-GTC-A--CTCATAT----------NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CGGGTGAATTTTGAAAGACGt
gi|6 : TCATGACCAACGCAGTTTT---GGATTAGG-GTC-A--TTCATCG----------CANNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CTGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|7 : TCGTGGCCAAAGCAGTTTT---GGATTGGG-GTC-A--TTCATCT----------CNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CCGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|8 : TCATGACCAACGCAATTTA---GGATTGGG-GTC-A--TTCATCT------------NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CGGATAAATTTTGAAAGACG
gi|9 : TCATGACCAATGCAGTTTT---GGATTGGG-GTC-A--TTAATCT----------TNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-AGGGTGAATTTTGAAAGA
Alignments
lowQualScore : 1111 333333333333333333333333333333
lowQualScore : 4444 2 2 2 22 77777777 5555 8888888 33 1 33 777777777777777777777777777777 2
lowQualScore : .... . . . .. ........ .... ....... .. . .. .............................. .
lowQualScore : 4444 1 1 1 99 66666666 2222 8888888 00 0 33 999999999999999999999999999999 9
consensus : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GT-C-A--T--------TCATCTC--ACCTTTT-TCCNNNTTT-TNCTTGAAAAATANTTGNNNGGGNCGNNNNNGNCGNNANNTTCTT-CGGGTGAATTTTGAAAGACG
Reference ( family-1839 ) : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GT-C-A--T--------TCATCTC--ACCTTTT-TCNNNNTTT-TNCTCGAAAANNNNTTGNNNGGGNCGNNNNNGNCGNNANNTTCTT-CGGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|1 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GTTC-A--TCTTCTAAGTCCCCTCCTATCTCTT-CCCG--TTA-TCCTTGAAAAATAATTGTCAGGGCCGATACTGACGTTGGTTTCTTTCGGGTGAATTT--AAAGACG
gi|10 : TCATGACCAACACAGTTTC---AGATTGGG-GT-C-A--T--------TCATCTC--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-TGCATGAATTTTGAAAGAt
gi|11 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GT-C-A--C--------TCATCTC--ANNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CGTTTGAATTTTGAAAGA
gi|12 : TCATGACCAACACAGTTTC---CGACTGGA-AT-C-A--T--------TCAT-----NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-CGGGTGAATTATGAAATACG
gi|13 : TCATGACCAATGTAATTTT---GGATTGGG-GT-C-A--T--------TCATCT----NNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CGAGTGAATTTTGAAAGA
gi|14 : TCATGACCAACGTAGTTTT---GGATTGGT-GT-C-A--T--------TCATCT---ACATTTT-CTTTATTTTATCCTTCAAAAATATT------------------CGACA----CTT-CGGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|15 : cTCATGATCAACGCACTTTC---GGATTGGG-GT-C-A--T--------TCATCAC---CCTTTT-TTCAGTTTA-TTCTTGAt
gi|16 : TCATGACCAACGTAGTTTT---GGATTTGG-GT-C-A--T--------TCATCT----CCCTTT-TCTTTATTT-T
gi|17 : TCATAACCAATGTAGTTTT---GGATTGGG-GT-C-A--T--------TCATCTa
gi|18 : cTCATGATCAAGGCAGTTTA---GGATTGGG-GT-C-A--T--------TCATC
gi|19 : CATAACCAACGCAGTTTC---GGATT-TG-GT-C-A--C--------TCATCT
gi|2 : TCATGACCAACGCAGTATTATGGGATTAGG-GT-C-A--T--------TCATCGC--ACCTTTT-TTCCAGTTT-CTTTGAAAAAATATCTCATCGTGGCAAACTGACCGTTATATTCTT-CTGGTGAACTTTTGAAGACG
gi|3 : aTCATGACCAACACAGTTTA---GGATTGGC-GT-CCAGCT--------TCATCTC---CCTTTTGTCAGTTTTT-TACTTGAAAATATGTTGAGGGGCAAACTGACGTTAGAATTTTCTT-CGGGCAAATTTTGAAAGACGt
gi|4 : TCATGATCATCGCAGTTTC---GGGTCGGGCGT-C-A--T--------TCATCTN--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TGGGTGAATTTAGAAGGACG
gi|5 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGC-GT-C-A--C--------TCATATN--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CGGGTGAATTTTGAAAGACGt
gi|6 : TCATGACCAACGCAGTTTT---GGATTAGG-GT-C-A--T--------TCATCGC--ANNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CTGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|7 : TCGTGGCCAAAGCAGTTTT---GGATTGGG-GT-C-A--T--------TCATCTC--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CCGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|8 : TCATGACCAACGCAATTTA---GGATTGGG-GT-C-A--T--------TCATCT----NNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CGGATAAATTTTGAAAGACG
gi|9 : TCATGACCAATGCAGTTTT---GGATTGGG-GT-C-A--T--------TAATCTT--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-AGGGTGAATTTTGAAAGA
Alignments
lowQualScore : 1111 33333333333333333333333333333333
lowQualScore : 4444 2 2 2 22 77777777 5555 8888888 33 1 0 2 77777777777777777777777777777777
lowQualScore : .... . . . .. ........ .... ....... .. . . . ................................
lowQualScore : 4444 1 1 1 99 66666666 2222 2222222 00 0 1 9 00000000000000000000000000000000
consensus : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCTC--ACCTTTT-TCCNNNTTT-TNCTTGAAAA-ATANTTGNNNGGGNCGNNNNNGNCGNNANNTTC-TTCGGGTGAATTTTGAAAGACG
Reference ( family-1839 ) : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCTC--ACCTTTT-TCCNNNTTT-TNCTTGAAAA-ATANTTGNNNGGGNCGNNNNNGNCGNNANNTTC-TTCGGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|1 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GTTC-A--TCTTCTAAGTCCCCTCCTATCTCTT-CCC--GTTA-TCCTTGAAAA-ATAATTGTCAGGGCCGATACTGACGTTGGTTTCTTTCGGGTGAATTT--AAAGACG
gi|10 : TCATGACCAACACAGTTTC---AGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCTC--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NGTGCATGAATTTTGAAAGAt
gi|11 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-G-TC-A--C--------TCATCTC--ANNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCGTTTGAATTTTGAAAGA
gi|12 : TCATGACCAACACAGTTTC---CGACTGGA-A-TC-A--T--------TCAT-----NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GTCGGGTGAATTATGAAATACG
gi|13 : TCATGACCAATGTAATTTT---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCT----NNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCGAGTGAATTTTGAAAGA
gi|14 : TCATGACCAACGTAGTTTT---GGATTGGT-G-TC-A--T--------TCATCT---ACATTTT-CTTTATTTTATCCTTCAAAA-ATATT------------------CGACA----C-TTCGGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|15 : cTCATGATCAACGCACTTTC---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCAC---CCTTTT-TTCAGTTTA-TTCTTGAt
gi|16 : TCATGACCAACGTAGTTTT---GGATTTGG-G-TC-A--T--------TCATCT----CCCTTT-TCTTTATTT-T
gi|17 : TCATAACCAATGTAGTTTT---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCTa
gi|18 : cTCATGATCAAGGCAGTTTA---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATC
gi|19 : CATAACCAACGCAGTTTC---GGATT-TG-G-TC-A--C--------TCATCT
gi|2 : TCATGACCAACGCAGTATTATGGGATTAGG-G-TC-A--T--------TCATCGC--ACCTTTT-TTCCAGTTT-CTTTGAAAAA-ATATCTCATCGTGGCAAACTGACCGTTATATTC-TTCTGGTGAACTTTTGAAGACG
gi|3 : aTCATGACCAACACAGTTTA---GGATTGGC-G-TCCAGCT--------TCATCTC---CCTTTTGTCAGTTTTT-TACTTGAAAATAT-GTTGAGGGGCAAACTGACGTTAGAATTTTC-TTCGGGCAAATTTTGAAAGACGt
gi|4 : TCATGATCATCGCAGTTTC---GGGTCGGGCG-TC-A--T--------TCATCTN--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTTGGGTGAATTTAGAAGGACG
gi|5 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGC-G-TC-A--C--------TCATATN--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCGGGTGAATTTTGAAAGACGt
gi|6 : TCATGACCAACGCAGTTTT---GGATTAGG-G-TC-A--T--------TCATCGC--ANNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCTGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|7 : TCGTGGCCAAAGCAGTTTT---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCTC--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCCGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|8 : TCATGACCAACGCAATTTA---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCT----NNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCGGATAAATTTTGAAAGACG
gi|9 : TCATGACCAATGCAGTTTT---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TAATCTT--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTAGGGTGAATTTTGAAAGA
Alignments
lowQualScore : 1111 33333333333333333333333333333333
lowQualScore : 4444 2 2 2 22 77777777 5555 8888888 33 1 0 2 77777777777777777777777777777777
lowQualScore : .... . . . .. ........ .... ....... .. . . . ................................
lowQualScore : 4444 1 1 1 99 66666666 2222 2222222 00 0 1 9 00000000000000000000000000000000
consensus : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCTC--ACCTTTT-TCCNNNTTT-TNCTTGAAAA-ATANTTGNNNGGGNCGNNNNNGNCGNNANNTTC-TTCGGGTGAATTTTGAAAGACG
Reference ( family-1839 ) : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCTC--ACCTTTT-TCCNNNTTT-TNCTTGAAAA-ATANTTGNNNGGGNCGNNNNNGNCGNNANNTTC-TTCGGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|1 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GTTC-A--TCTTCTAAGTCCCCTCCTATCTCTT-CCC--GTTA-TCCTTGAAAA-ATAATTGTCAGGGCCGATACTGACGTTGGTTTCTTTCGGGTGAATTT--AAAGACG
gi|10 : TCATGACCAACACAGTTTC---AGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCTC--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NGTGCATGAATTTTGAAAGAt
gi|11 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-G-TC-A--C--------TCATCTC--ANNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCGTTTGAATTTTGAAAGA
gi|12 : TCATGACCAACACAGTTTC---CGACTGGA-A-TC-A--T--------TCAT-----NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GTCGGGTGAATTATGAAATACG
gi|13 : TCATGACCAATGTAATTTT---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCT----NNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCGAGTGAATTTTGAAAGA
gi|14 : TCATGACCAACGTAGTTTT---GGATTGGT-G-TC-A--T--------TCATCT---ACATTTT-CTTTATTTTATCCTTCAAAA-ATATT------------------CGACA----C-TTCGGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|15 : cTCATGATCAACGCACTTTC---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCAC---CCTTTT-TTCAGTTTA-TTCTTGAt
gi|16 : TCATGACCAACGTAGTTTT---GGATTTGG-G-TC-A--T--------TCATCT----CCCTTT-TCTTTATTT-T
gi|17 : TCATAACCAATGTAGTTTT---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCTa
gi|18 : cTCATGATCAAGGCAGTTTA---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATC
gi|19 : CATAACCAACGCAGTTTC---GGATT-TG-G-TC-A--C--------TCATCT
gi|2 : TCATGACCAACGCAGTATTATGGGATTAGG-G-TC-A--T--------TCATCGC--ACCTTTT-TTCCAGTTT-CTTTGAAAAA-ATATCTCATCGTGGCAAACTGACCGTTATATTC-TTCTGGTGAACTTTTGAAGACG
gi|3 : aTCATGACCAACACAGTTTA---GGATTGGC-G-TCCAGCT--------TCATCTC---CCTTTTGTCAGTTTTT-TACTTGAAAATAT-GTTGAGGGGCAAACTGACGTTAGAATTTTC-TTCGGGCAAATTTTGAAAGACGt
gi|4 : TCATGATCATCGCAGTTTC---GGGTCGGGCG-TC-A--T--------TCATCTN--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTTGGGTGAATTTAGAAGGACG
gi|5 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGC-G-TC-A--C--------TCATATN--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCGGGTGAATTTTGAAAGACGt
gi|6 : TCATGACCAACGCAGTTTT---GGATTAGG-G-TC-A--T--------TCATCGC--ANNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCTGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|7 : TCGTGGCCAAAGCAGTTTT---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCTC--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCCGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|8 : TCATGACCAACGCAATTTA---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCT----NNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCGGATAAATTTTGAAAGACG
gi|9 : TCATGACCAATGCAGTTTT---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TAATCTT--NNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTAGGGTGAATTTTGAAAGA
blockSeqs : TATG C . C GC . CN GTCAGTT TA N T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
blockSeqs : C . . . . . CA NNNNNN N N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
blockSeqs : C . . . . . CA NNNNNN N N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
blockSeqs : C . . . . . NN NNNNNN N N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
blockSeqs : T . . . . . NN NNNNNN N C . ATCTCATCGTGGCAAACTGACCGTTATATTC
blockSeqs : T . . . . . CA CTTTAT A T . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
blockSeqs : C . . . . . CN TTCAGT T T . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
blockSeqs : T . . . . . TN TCTTTA T A . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
blockSeqs : T . . . . . N TTCCAG T N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
blockSeqs : A . . . . . A NNNNNN N N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
blockSeqs : C . . . . . C NNNNNN N N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
blockSeqs : A . . . . . C NNNNNN N N . GTTGAGGGGCAAACTGACGTTAGAATTTTC
blockSeqs : C . . . . . . NNNNNN N N . ATTCGACAC
blockSeqs : C . . . . . . NNNNNN N N
blockSeqs : T . . . . . . NNNNNN N
blockSeqs : T . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : T . . . . .
blockSeqCons : ******** CA** TTCNNN* ATCTCATCGTGGCAAACTGACCGTTATATTC*
originalCons : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCTC--ACCTTTT-TCCNNNTTT-TNCTTGAAAA-ATANTTGNNNGGGNCGNNNNNGNCGNNANNTTC-TTCGGGTGAATTTTGAAAGACG
finalCons : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-G-TC-A--T--------TCATCTCA--CCTTTTTTCNNN-TTT-TNCTTGAAAA-ATATCTCATCGTGGCAAACTGACCGTTATATTC-TTCGGGTGAATTTTGAAAGACG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 4444 2 2 22 66666666666666666 0 5555 33 1 11 888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : .... . . .. ................. . .... .. . .. .......................................
lowQualScore : 4444 1 1 99 66666666666666666 6 5555 00 0 00 444444444444444444444444444444444444444
consensus : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GT-CA--TTCATC-------TCACC-----TTTTNTC-NNTTTT-TNCTTGAAAAATATNTCGTNGN---GGC--ANACTGACCGTTAGN---TTC-TTCGGGTGAATTTTGAAAGACG
Reference ( family-1839 ) : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GT-CA--TTCATC-------TCACC-----TTTTTTC-NNNTTT-TNCTTGAAAAATATCTCATCGT---GGC--AAACTGACCGTTATA---TTC-TTCGGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|1 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-G------TTCATCTTCTAAGTCCCCTCCTATCTCTTC-CCGTTA-TCCTTGAAAAATA----ATTGTCAGGGCCGATACTGA-CGTTGGT---TTCTTTCGGGTGAATTT--AAAGACG
gi|10 : TCATGACCAACACAGTTTC---AGATTGGG-GT-CA--TTCATC-------TCNNN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NGTGCATGAATTTTGAAAGAt
gi|11 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGG-GT-CA--CTCATC-------TCANN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NTCGTTTGAATTTTGAAAGA
gi|12 : TCATGACCAACACAGTTTC---CGACTGGA-AT-CA--TTCAT----------NNN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-GTCGGGTGAATTATGAAATACG
gi|13 : TCATGACCAATGTAATTTT---GGATTGGG-GT-CA--TTCATC-------T--NN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NTCGAGTGAATTTTGAAAGA
gi|14 : TCATGACCAACGTAGTTTT---GGATTGGT-GT-CA--TTCATC-------T-ACA-----TTTTCTT-TATTTTATCCTTCAAAAATAT-TC--------GAC--A-------------------C-TTCGGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|15 : cTCATGATCAACGCACTTTC---GGATTGGG-GT-CA--TTCATC-------AC-CC-----TTTTTTC-AGTTTA-TTCTTGAt
gi|16 : TCATGACCAACGTAGTTTT---GGATTTGG-GT-CA--TTCATC-------TC-CC-----TTTTCTT-TATTTT-
gi|17 : TCATAACCAATGTAGTTTT---GGATTGGG-GT-CA--TTCATC-------Ta
gi|18 : cTCATGATCAAGGCAGTTTA---GGATTGGG-GT-CA--TTCATC-------
gi|19 : CATAACCAACGCAGTTTC---GGATT-TG-GT-CA--CTCATC-------T
gi|2 : TCATGACCAACGCAGTATTATGGGATTAGG-GT-CA--TTCATC-------GCACC-----TTTTTTC-CAGTTT-CTTTGAAAAAATATCTCATCGT---GGC--AAACTGACCGTTATA---TTC-TTCTGGTGAACTTTTGAAGACG
gi|3 : aTCATGACCAACACAGTTTA---GGATTGGC-GTCCAGCTTCATC-------TC-CC-----TTTTGTCAGTTTTT-TACTTG-AAAATATGTTG-AGG---GGC--AAACTGA-CGTTAGAATTTTC-TTCGGGCAAATTTTGAAAGACGt
gi|4 : TCATGATCATCGCAGTTTC---GGGTCGGGCGT-CA--TTCATC-------TNNNN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NTTGGGTGAATTTAGAAGGACG
gi|5 : TCATGACCAACGCAGTTTC---GGATTGGC-GT-CA--CTCATA-------TNNNN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NTCGGGTGAATTTTGAAAGACGt
gi|6 : TCATGACCAACGCAGTTTT---GGATTAGG-GT-CA--TTCATC-------GCANN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NTCTGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|7 : TCGTGGCCAAAGCAGTTTT---GGATTGGG-GT-CA--TTCATC-------TCNNN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NTCCGGTGAATTTTGAAAGACG
gi|8 : TCATGACCAACGCAATTTA---GGATTGGG-GT-CA--TTCATC-------T--NN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NTCGGATAAATTTTGAAAGACG
gi|9 : TCATGACCAATGCAGTTTT---GGATTGGG-GT-CA--TTAATC-------TTNNN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NTAGGGTGAATTTTGAAAGA